JP6946183B2 - ステビオール配糖体の微生物による生成 - Google Patents

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Description

関連出願
本願は、2014年11月5日に出願された米国仮出願第62/075,644号に対する優先権及び利益を主張するものであり、その参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本願開示は、人工酵素を含めた酵素、コードするポリヌクレオチド、宿主細胞、及びステビオール配糖体を作製する方法に関する。
高甘味度甘味料は、スクロースの甘味度よりも何倍も高い甘味度を有する。それらは本質的にカロリーゼロであり、一般に、食品及び飲料など、ダイエット用製品及び低カロリー製品に使用されている。高甘味度甘味料は血糖反応を誘発しないため、糖尿病患者及び炭水化物の摂取管理に関心のある人々をターゲットにした製品で使用するのに好適である。
ステビオール配糖体は、南アメリカの特定の地域に土着するAsteraceae(Compositae)科の多年生の低木Stevia rebaudiana Bertoniの葉に見られる、化合物群である。それらは、構造的に単一塩基ステビオールを特徴とし、C13位及びC19位において存在する炭水化物残基が異なる。ステビオール配糖体はステビアの葉に蓄積され、総乾燥重量の約10%〜20%を構成する。乾燥重量基準で見ると、ステビアの葉に見られる4つの主なグリコシドには典型的に、ステビオシド(9.1%)、レバウジオシドA(3.8%)、レバウジオシドC(0.6〜1.0%)及びズルコシドA(0.3%)が挙げられる。他の公知のステビオール配糖体には、レバウジオシドB、C、D、E、F及びM、ステビオールビオシド及びルブソシドが挙げられる。
微量グリコシル化産物であるレバウジオシドMは、スクロースよりも約200〜350倍強力であると推定され、わずかな苦味または甘草の後味のあるきれいな甘味を持っていると表現されている。Prakash I.et al.,Development of Next Generation Stevia Sweetener:Rebaudioside M,Foods 3(1),162−175(2014)。世界の食品産業はRebMに大きな関心を寄せている。
Stevia rebaudianaからステビオール配糖体を調製する方法は公知ではあるが、これらの方法の多くは商用には好適ではなく、かつ/または持続可能ではない。したがって、高度に精製されたステビオール配糖体組成物など、ステビオール配糖体を含む組成物を、簡便、効率的かつ経済的に調製する方法に対するニーズが依然としてある。さらに、RebA、RebD、RebE、RebI、RebMなどのようなグリコシル化を複数有する生成物を含む、微量グリコシル化生成物を実質的な量で製造する方法が必要とされている。
さまざまな態様では、本発明は、RebD及びRebMならびにステビアの葉の微量生成物であるグリコシル化産物を含むステビオール配糖体を作製する方法を提供し、かつ、これらの方法で使用するための酵素、コードするポリヌクレオチド、及び宿主細胞を提供する。本発明は、RebD及びRebMのようなステビオールのグリコシル化産物を高純度及び/または高収率で製造するための、工学的に操作した酵素及び工学的に操作した宿主細胞を提供する。本発明はさらに、ステビオール配糖体を含有する製品、中でも、食品、飲料、口腔ケア用品、甘味料、香味料などの作製方法を提供する。
さまざまな態様及び実施形態では、本発明は、酵素、コードするポリヌクレオチド、宿主細胞、ならびにC13及び/またはC19に複数のグリコシル化を有するステビオール配糖体の作製方法を提供する。ステビオール配糖体は、2、3、4、5、6、7、8またはそれ以上のグリコシル化を有してよい。さまざまな実施形態では、グリコシル化を、C13−O、C19−O、1−2’(ステビオールのC−13及び/またはC19位)、及び1−3’(ステビオールのC−13及び/またはC19位)から選択する。これらのグリコシル化を実施するための例示的酵素は表8に掲載されており、ステビオールのC13−Oグリコシル化(例えば、SrUGT85C2)、ステビオールのC19−Oグリコシル化(例えば、SrUGT74G1)、ステビオール配糖体の1−2’グリコシル化(例えば、SrUGT91D1、SrUGT91D2、OsUGT1−2)、及びステビオール配糖体の1−3’グリコシル化(例えば、SrUGT76G1)を触媒する酵素が含まれている。さまざまな実施形態で使用できる多数の誘導体を本明細書に開示しており、それらには、本明細書でMbUGTc13(配列番号51)、MbUGTc19(配列番号8)、MbUGTc19−2(配列番号46)、MbUGT1−2(配列番号9)、MbUGT1,2−2(配列番号45)、及びMbUGT1−3(配列番号10)として識別される酵素、及びその誘導体が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明は、これらのグリコシル化をステビオール基質でインビボにて行うためのUGT酵素を少なくとも2つ、3つ、または4つ発現する宿主細胞を提供する。本発明の実施形態にしたがって製造され得るさまざまなステビオール配糖体生成物は、図28〜31及び表10に示されており、それらには、RebM、RebD、RebE、及びRebIが含まれる。本発明実施形態に従って、これらのステビオール配糖体を、E.coliなどの細菌宿主細胞で高収率で生成させることができ、E.coliの増殖及び代謝に好適な温度で生成させることができる。
いくつかの態様では、本発明は、修飾されたUGT酵素を提供し、これはレバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、かつステビオールモノシドのC13において1−2’グリコシル化活性の実質的損失がない。このような酵素により、RebDに対する高い炭素フラックスが提供され得る。さらに、本発明は、修飾されたUGT酵素を提供し、これはレバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、かつステビオシドのC13において1−3’グリコシル化活性の実質的損失がない。このような酵素により、RebMに対する高い炭素フラックスが提供され得る。
本願開示に従い、解糖からステビオール、さらにはステビオール配糖体へのさまざまな経路モジュールを作製して、宿主細胞内でステビオール配糖体の生成を工学的に操作するが、それを最適化し、バランスを調整して、主要グリコシル化産物としてのステビオール、それに次ぐRebDまたはRebM(または他のグリコシル化産物)への炭素フラックスを促進させることができる。
別の態様では、本発明は、RebDを作製する方法を提供する。かかる方法は、複数のウリジン二リン酸依存型グリコシルトランスフェラーゼという酵素(UGT)を介してステビオールからRebDを生成する宿主細胞を提供すること、及びその宿主細胞を、RebDが生成される条件下で培養することを含む。UGT酵素は、レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性が親UGT酵素に比較して高く、ステビオールモノシドのC13において1−2’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素を含む。ある実施形態では、レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性は、ステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性と等しいかまたはそれより優れている。
別の態様では、本発明は、RebMを作製する方法を提供する。かかる方法は、複数のウリジン二リン酸依存型グリコシルトランスフェラーゼ酵素(UGT)を介してステビオールからRebMを産生する宿主細胞を提供すること、及びその宿主細胞をRebMが生成される条件下で培養することを含む。UGT酵素は、(a)レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、ステビオールモノシドのC13において1−2’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素;及び(b)レバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、かつステビオシドのC13において1−3’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素のうち、1つ以上を含む。ある実施形態では、レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性は、ステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性と等しいかまたはそれより優れている。あるいは、またはさらに、レバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性は、ステビオシドのC13における1−3’グリコシル化活性と等しいかまたはそれより優れている。
いくつかの実施形態では、本発明は、野生型酵素(例えば、L200AまたはL200G)の200位にアミノ酸置換を有する酵素を含め、ステビオシド及びRebDの1−3’グリコシル化活性を提供し、実質的な活性改善を示す、修飾されたSrUGT76G1酵素を提供する。
他の態様及び実施形態では、本発明は、野生型酵素に対し、新規な基質特異性、生成物プロファイル、及び反応速度を提供できる、UGT酵素の円順列変異体(ならびに、コードするポリヌクレオチド)を提供する。円順列変異体は、本明細書に記載のように、ステビオール配糖体を生成させるために宿主細胞に発現させることができる。したがって、さまざまな実施形態では、微生物の細胞は、野生型UGT酵素または親UGT酵素の円順列変異体であるUGT酵素を少なくとも1つ発現させる。円順列変異体は、親酵素と同一の基本的折り畳み構造(fold)を保持しているが、N末端の位置(例えば、「切断部位」)が異なり、本来のN末端とC末端は連結されており、任意選択で連結配列により連結されている。例えば、円順列変異体では、N末端メチオニンは、天然のN末端ではなくタンパク質中の一部位に位置する。例えば、本発明は、OsUGT1−2及びSrUGT74G1の円順列変異体を提供し、それを、ステビオールのグリコシル化産物を生成させるために本明細書に記載のようにさらに修飾することができる。
別の態様では、本発明は、少なくとも4つのグリコシル化を有するステビオール配糖体をE.coli内に生成させる方法を提供する。本発明に従い、E.coli細胞は、本明細書に記載の酵素を1つ以上含んでよい複数のUGT酵素を含み、これらは共に少なくとも4つ、少なくとも5つ、または少なくとも6つのグリコシル化反応を連続して行う。本明細書に開示するように、グリコシル化の基質及び低グリコシル化産物は、E.coli細胞内に十分に蓄積して下流の反応を許容される速度で進行させ、グリコシル化産物のほとんど大部分が最終的に細胞外に蓄積する。ステビオール配糖体は、培地成分から精製され得る。したがって、E.coliは、ステビオール足場のグリコシル化反応をいくつか必要とするステビオール配糖体の生成にとって望ましい宿主である。
さらに他の態様では、本発明は、ステビオール配糖体(RebM、RebD、RebE、RebI、及びその他を含む)をE.coli内に生成させる方法を提供する。宿主細胞内でステビオールを生成させることが既知の酵素の多くは植物酵素であり、それらは至適温度が20〜24℃の範囲であることが多いが、E.coliの増殖率及び代謝は、それより高温で至適である。本願開示により、24℃を上回る温度、例えば、24℃〜37℃、または27℃〜37℃、または30℃〜37℃での酵素による生成を可能にすることにより、E.coli内にステビオール配糖体を高収率で生成させることが可能になる。さまざまな実施形態では、本開示は、ステビオールまたはステビオール配糖体をE.coliまたは他の微生物宿主内に生成させるための代替的または工学的に操作されたGGPPS酵素、KS酵素、CPPS酵素、KO酵素、及びKAH酵素を提供する。
本発明の他の態様及び実施形態は、以下の詳細な開示から明らかとなるであろう。
ステビオール配糖体ファミリーの微量成分であり、ジテルペノイドステビオール(枠内)の誘導体で6つのグルコシル修飾基を有するレバウジオシドM(RebM)の化学構造を示す。 RebMへの経路モジュールを示す。解糖及びMEP経路を1つのモジュールとして扱い、その下流のカウレン生合成経路を第2モジュールとして示す。ステビオールの生合成を第3モジュールとして示す。第4モジュールはステビオールのグリコシル化とRebM生合成経路である。UDP−グルコース生成増強を支持する第5モジュールも示されている。 RebMまでを含む、ステビオール配糖体生成の例示的な一経路を示す。PsCKSは二機能性コパリル二リン酸及びカウレン合成酵素(Phaeosphaeria sp.由来)であり、ゲラニルゲラニル二リン酸(IPP及びDMAPPからTaxus canadensisのGGPP合成酵素により合成。図示せず)に対して作用する。SrKOはStevia rebaudianaカウレンオキシダーゼであり、AtKAHはステビオールモノオキシゲナーゼ活性を有するArabidopsis thaliana P450である。実線矢印は、既知のUGT活性である。点線枠の矢印は、インビトロで他の基質に対して実証されている活性に基づいて予測される反応である。MbUGT1−2は本開示で設計した新規UGT酵素である。 工学的に操作されたE.coli細胞から得たカウレン生成プロファイルを示す。 植物Stevia rebaudiana(SrCPPS及びSrKS)から選択されるCPPS/KS酵素からのカウレン生成である。 植物Physcomitrella patens(PpCK)から選択されるCPPS/KS酵素からのカウレン生成である。 真菌種Gibberella fujikuroi(GfCK)から選択される酵素を用いて構築した株である。 真菌種Phaeosphaeria sp.(PsCK)から選択される酵素を用いて構築した株である。 異なるKS酵素から構築された株により得られたGCプロファイルを示す。経路は図2に示されている。枠内の図(左部に挿入)は、副生成物の蓄積を示すクロマトグラフを拡大したものである。GCプロファイル及び対応するMSスペクトルから、KS酵素は、生成物プロファイルに関して非特異的であり得ることが示されている。他のテルペノイド副生成物はカウレンと同様のMS特性で生成された。3経路すべてにおいて主生成物はカウレンである。カウレンの真正性は、これまでに公開されている文献で報告されているMSスペクトル及びNMRデータとの比較により確認される。すべての副生成物から得たMSスペクトルは、特徴的な272分子イオンを示す。 工学的に操作された株から得た生成物プロファイルを示す。上流経路の調節が異なる場合の各種の下流経路の発現レベルから得た生成プロファイルが示されている。副生成物は、図5に示されている副生成物と同一である。各株の遺伝子型の詳細表2に記載されている。 適切にバランスのとれたモジュールがカウレン生合成を可能にしている株(表2の株47、Ch1TrcMEP−Ch1T7PsCKG)は、2Lバイオリアクターにおいて1リットルあたり数グラム規模でのカウレン製造が可能であることを示す。 工学的に操作された株全体を通して、インドールの蓄積はカウレン生成と逆相関することを示す。 SrKO酵素の再設計及び特性記述を示す。 N末端膜貫通領域の分析及びSrKOに対する修飾を有する欠失である。 設計したSrKO/SrCPR酵素構成体の概略図である。 E.coli内の工学的に操作された各種構成体(1)WT、(2)WT+(MA)KO−O−CPR、(3)WT+(MA)KO−O−CPR、(4)WT+(MA)KO−L−CPR、(5)WT+(MA)KO−L−CPR、(6)WT+(8RP)KO−O−CPR、(7)WT+(8RP)KO−O−CPR、(8)WT+(8RP)KO−L−CPR、(9)WT+(8RP)KO−L−CPRのタンパク質発現である。 株47のバックグラウンドでSrCPRとのリンカーまたはオペロンとして立体配置されているSrKOのカウレン酸の生産性を示す。 プラスミドのコピー数及びプロモーター強度をさまざまに変えた場合のSrKO構成体のMMME全体像の探索を例示する。バランスの悪いモジュールは、カウレン酸の蓄積が少量であるかまたはまったくなく、その代わり、それと関連して上流のカウレン蓄積が増加を示している。 KO、KAH、またはCPR遺伝子の最適酵素多様体、N末端欠失、及び点変異についてスクリーニングするためのCYP450発現モジュール設計を示す。2つのP450とCPR酵素を、プラスミドのフォーマットまたは染色体に組み込んだフォーマットでプロモーター強度をさまざまに変えて、ポリシストロン性オペロンで発現させる。 野生型AtKAHと比べたカウレン酸ヒドロキシラーゼ活性の倍率変化で表したAtKAH酵素の各種点変異体を示す。 ステビオール生産性が改善され、最終的にカウレン酸からステビオールに完全変換されていることを実証する、工学的に操作された一連のAtKAHを示す。 適切にバランスのとれたモジュールにおいて、2つのP450(AtKAH及びSrKO)及び補因子CYP450レダクターゼ(SrCPR)は、カウレンからカウレン酸へ、さらにステビオールへと完全に変換できることを示す。 UDP−グルコース生成増加について操作されたテルペン生成E.coli株を用いて低分子カフェ酸をグリコシル化させ、pETプラスミドから過剰発現させたVitis viniferaグリコシルトランスフェラーゼ2(VvGT2)を用いてカフェ酸3‐グルコシドを生成させるモデル系を使用した、E.coliにおけるUDP−グルコース生成の増加を示す。グリコシル化されたカフェ酸の力価が非修飾バックグラウンド株よりも改善されていることから、グリコシル化を支持するUDP−グルコース基質プールが増加していることが示される。株1は、ガラクトース異化モジュール(galETKM)、UDP−糖ピロホスファターゼ(ushA)、ホスホグルコムターゼ(pgm)、グリコース−1ホスファターゼ(agp)、β−ガラクトシダーゼ(lacZ)のノックアウトを有し、Trcプロモーター下でスクロースホスホリラーゼ(spl)を過剰発現している株47(表2)である(表7を参照されたい)。株2は、ガラクトース異化モジュール(galETKM)、UDP−糖ピロホスファターゼ(ushA)、ホスホグルコムターゼ(pgm)、グリコース−1ホスファターゼ(agp)、β−ガラクトシダーゼ(lacZ)のノックアウトを有し、T7プロモーター下でスクロースホスホリラーゼ(spl)を過剰発現している株47(表2)である(表7を参照されたい)。 4つのUGT活性すべてを組み込んだ最適グリコシル化モジュールの識別過程示す。可能な全24の組み合わせを、異なる3レベルでの発現を可能にする3種の異なるプラスミドに素早くアセンブリし合計72の有力な構成体を得る。 RebMのインビボでの生成を示す。 E.coli培養から得たステビオール配糖体の生成物の力価である。 RebMの同定を示すLC/MSトレースである。陰性対照株は、ステビオール及びUDP−グルコースプール増量が得られるよう修飾されており、4UGT株は陰性対照株に4種のUGTを加えたものである。 円順列変異体設計の開始点としての、OsUGT1−2(米Oryza sativa由来1−2’グリコシル化酵素)相同モデルを示す。 天然のN末端とC末端をつなぐUGT円順列変異体用リンカーを示す。3種の異なるリンカー、すなわち(A)既存配列を結合しているYKDDSGYSSSYAAAAGM(配列番号48)、(B)中間の長さのループを作るYKDAAGM(配列番号49)、及び(C)最小ループを作るYGSGM(配列番号50)が示されている。 UGT円順列変異体の新たなN末端及びC末端の選択基準を例示する。新たな末端の位置は、(1)溶媒に露出しており、障害を最小化するために活性部位から離れていること、(2)親配列との相違を最大にするため、配列の中間位置に近いこと、及び(3)既存の円順列変異体分岐点にしばしば見られるアミノ酸を有していることが必要である(Lo,et al.,2012,PLoS One 7(2):e31791)。G198、K240、G250、及びG259における新たなN末端がこれらの基準に合致している。 第1回目のOsUGT1−2の円順列変異体の1−2’グリコシル化活性を示す。数字は、N末端及びC末端の新規な位置を作製するために使用した親配列の切断部位の位置を指し、L/M/S表示は、長/中/短の各リンカー(図20に記載)を表す。 1−2’UGT円順列変異体(MbUGT1−2)の改良を示す。切断部位及びリンカー長の変更により、この酵素に可能な少なくとも1つの基質に対する活性が有意に増強されることが示されている。Lの手前の数字(例えば、xxxL)は、新しい切断部位の位置を指し、Lの後ろの数字(例えば、1Lxx)は、切断部位が198のバックグラウンドにおける新しいリンカー長を指す[BL21=無UGTの陰性対照]。 MbUGT1−2酵素における点変異を示す。点変異では、基質ステビオールモノシドに対するより高い活性が示され、円順列変異法(circular permutization)により作製されたUGT酵素改善についての可能性を示している[BL21=無UGTの陰性対照]。 MbUGT1−2酵素における点変異を示す。点変異では、基質レバウジオシドAに対するより高い活性が示され、円順列変異法(circular permutization)により作製されたUGT酵素改善についての可能性を示している。[BL21=無UGTの陰性対照]。 MbUGT1−2酵素に有益な点変異は、親UGT酵素で適切なアミノ酸残基に翻訳されていれば、活性に対し中立的または有害な影響をもたらさないことを示す。このことは、円順列変異体には、これまで自然選択では選択されていない新規な配列への配列シャッフリングによりもたらされる、固有の改善と進化の可能性があることを実証している。[BL21=無UGTの陰性対照]。 SrUGT85C2のN末端とSrUGT76G1のC末端とを融合させて創作された、C13−O−グリコシル化活性を持つキメラUGTを示す。 SrUGT85C2(すなわち、C13−O−グリコシル化)により触媒される可能な反応(矢印で記載)の概要である。 SrUGT74G1(すなわち、C19−O−グリコシル化)により触媒される可能な反応(矢印で記載)の概要である。 MbUGT1−2(すなわち、1−2−グリコシル化)により触媒される可能な反応(矢印で記載)の概要である。 SrUGT76G1(すなわち、1−3−グリコシル化)により触媒される可能な反応(矢印で記載)の概要である。 SrUGT85C2酵素における点変異とステビオール基質に対する活性変化との対比を示す。[BL21=無UGTの陰性対照]。 SrUGT85C2酵素における点変異とC19−グルコピラノシルステビオール基質に対する活性変化との対比を示す。[BL21=無UGTの陰性対照]。 第1回目のSrUGT74G1の円順列変異体のC19−O−グリコシル化活性を示す。数字は、新規なN末端及びC末端を作製するために使用した親配列の切断部位の位置を指し、wt/L/S表示は、野生型/長/短の各リンカーを表す(この場合、「wt」は、改変を含まない、既存のN末端配列とC末端配列との単純な融合を指す)。 SrUGT76G1酵素における点変異とステビオシド基質に対する活性変化との対比を示す。[BL21=無UGTの陰性対照]。 SrUGT76G1酵素における点変異とレバウジオシドD基質に対する活性変化との対比を示す。[BL21=無UGTの陰性対照]。 第1回目のSrUGT76G1の円順列変異体の1−3’グリコシル化活性を示す。数字は、新規なN末端及びC末端を作製するために使用した親配列の切断部位の位置を指し、L/S表示は長/短の各リンカーを表す。 結晶構造が解明されているシロイヌナズナ(Arabidopsis)UGTである2VCEに固定した、UGTアラインメント及び二次構造を示す。Q0DPB7−ORYSJはOsUGT1−2である。囲み枠は76G1−L200A点変異の位置であり、有意に改善された活性を促進する。保存されたPSPGモチーフも複数の囲み枠に示されている。 22℃、30℃、及び37℃での性能についてインビボで試験した代替的GGPPS酵素を示す。 22℃、30℃、及び37℃での性能についてインビボで試験した代替的CPPS/KS対を示す。 22℃で選択した株を使用してステビオール及び他のグリコシル化産物と比較した場合のRebMの力価を示す。 RebMの大部分が細胞外に蓄積することを示す。左パネル[訳者注:WO2016073740では上下に配されており、この図では上パネルに該当]は、細胞内及び細胞外のRebM及びステビオール配糖体の力価を示す。右パネル[訳者注:WO2016073740では上下に配されており、この図では下パネルに該当]は、同一のデータを、細胞外で観察された各化合物のパーセントとして示す。 ステビオールモノシドの生成に基づく、22℃、30℃、及び34℃でのUGT85C2変異体のスクリーニングを示す。 34℃での変異体を示すパネルである。 34℃での変異体を示すパネルである。 22℃、30℃、及び34℃でのステビオールモノシドの生成についてスクリーニングした選択変異を示す。 30及び34℃での活性についての74G1円順列変異体のスクリーニングを示す。 ステビオールに対する活性を示すパネルである。 ステビオールビオシドに対する活性を示すパネルである。 22℃、26℃、及び30℃での活性についてのAtKAH点変異体のスクリーニングを示す。 30℃及び34℃でのMbUGT1−2組換え変異体のインビトロでのスクリーニングを示す。 RebAからRebDへの変換を示すパネルである。 ステビオールモノシドから13Cステビオールビオシドへの変換を示すパネルである。 各種モジュール構成体間の30℃でのカウレン生成を示す。 各種モジュール構成体間の34℃でのカウレン生成を示す。 AtKAH点変異のライブラリー全体を通した30℃でのステビオールの生成を示す。 AtKAH点変異のライブラリー全体を通した34℃でのステビオールの生成を示す。 30℃、34℃、及び37℃でのMbUGT1−2円順列変異体の活性を示す。 RebAからRebDへの変換を示すパネルである。 ステビオールモノシドから13Cステビオールビオシドへの変換を示すパネルである。 30℃、34℃、及び37℃においてステビオールを13Cステビオールモノシドに変換するUGT85C2変異体の活性を示す。 30℃、34℃、及び37℃においてRebDを13C RebMに変換するUGT76G1変異体の活性を示す。 30℃、34℃、及び37℃においてステビオールビオシドを13Cステビオシドに変換するUGT74G1円順列変異体の活性を示す。
さまざまな態様では、本発明は、RebM、RebD、及びステビアの葉で微量に生成されるグリコシル化産物などのステビオール配糖体の作製方法を提供し、かつ、これらの方法で使用するための酵素、コードするポリヌクレオチド、及び宿主細胞を提供する。本発明は、ステビオールのグリコシル化産物を作製するための、工学的に操作した酵素及び工学的に操作した宿主細胞を高純度及び/または高収率で提供する。本発明はさらに、RebMまたはRebDのようなステビオール配糖体を含有する製品、中でも、食品、飲料、口腔ケア用品、甘味料、香味料などを作製する方法を提供する。このようなステビオール配糖体含有製品を、本開示によって低コストで製造できる。
RebMは図1に例示されており、囲み枠で示されるステビオール足場(ジテルペノイド)を有している。RebMは、6つのグリコシル化、すなわち、(1)C13 O−グリコシル化、(2)C13 1−2’グリコシル化、(3)C13 1−3’グリコシル化、(4)C19 O−グリコシル化、(5)C19 1−2’グリコシル化、及び(6)C19 1−3’グリコシル化を含有している。ゲラニルゲラニルピロリン酸(GGPP)からRebMへの経路を図3に例示する。IPP及びDMAPP(MEP経路またはMVA経路の生成物)から生成されるGGPPを、実施形態によっては二機能性酵素として提示され得るコパリル合成酵素及びカウレン合成酵素の作用によりカウレンに変換させる。ステビオールは、P450酵素であるカウレンオキシダーゼ及びカウレン酸ヒドロキシラーゼの2酵素の作用によってカウレンから生成され、これらの酵素は、1つ以上のP450レダクターゼ酵素により再生される。ステビオール生成後、C13位及びC19位での一連のグリコシル化反応により、6グリコシル化(hexaglycosylated)RebMなど多様なステビオール配糖体生成物を生成させることができる。他のさまざまなグリコシル化産物が(図3に示すように)可能であり、図28〜31に例示されるように、既知のUGTグリコシル化酵素はそれぞれ、多数の基質に対して作用することができる。したがって、グリコシル化産物の相対的収率は、その基質の忠実性、相対反応速度、発現レベル、及び利用性に影響されることになる。例えば、UGT91D2及びOsUGT1−2はどちらも、ステビオールモノシドから(C13での作用により)ステビオールビオシド、ならびに、RebAから(C19での作用により)RebDを生成させることができる1−2’グリコシル化酵素である。さらに、UGT76G1は、ステビオシドから(C13での作用により)RebA、ならびに、RebDから(C19での作用により)RebMを生成させることができる1−3’グリコシル化酵素である。表8、9、及び10は、6つのグリコシル化反応から生じ得る可能な各種ステビオール配糖体、ならびに、各反応の酵素を示す。表1は、ステビオール配糖体の生成に使用してよい各種酵素の一覧である。本明細書と共にアミノ酸配列も提供され、その各々は、任意選択で、細胞内の代謝回転を抑制するために2位にアラニンの挿入または置換を含むことができる。特定のGGPPS配列はさらに、2つのさらなる残基(VD)を配列末端に含有し、これらの残基は何らかの有害な影響があるとは考えられておらず、ある実施形態では省略され得る。
したがって、いくつかの態様では、本発明は、所望のステビオール配糖体(例えば、RebM)の生成を最大限にするために工学的に操作した酵素、コードするポリヌクレオチド、及び宿主細胞を提供する。例えば、本開示は、レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性が親UGT酵素より高く、ステビオールモノシドのC13において1−2’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素を提供する。このような酵素は、RebDに対する高い炭素フラックスを提供し得る。さらに、本開示は、レバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性が親UGT酵素より高く、ステビオシドのC13において1−3’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素を提供する。このような酵素は、RebMに対する高い炭素フラックスを提供し得る。理論に束縛されることは望まないが、いくつかの態様及び実施形態では、本発明は、基質(超基質を含む)をより良く収容することができ、それにより、RebAまたはRebDのようにさらに高度にグリコシル化されたステビオール基質との作用速度(例えば、基質結合及び代謝回転の速度)を高めることができる基質結合ポケットを有する修飾UGT酵素を提供する。
いくつかの態様では、本発明は、グリコシル化産物として主にRebMが生成される制御されたグリコシル化経路を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、微生物の細胞でRebMを作製する方法を提供し、ここで、RebM:RebD比は約1:1超、または約1:0.5超、または約1:0.25超、または約10:1超、または約25:1超、または約50:1超である。いくつかの実施形態では、RebDは、RebM収率の約20%未満、または約10%未満、または約5%未満、または約1%未満で生成されるか、または単離されたステビオールのグリコシル化産物中で検出不可能である。RebDは、RebMからの分離が困難であり得ること、またはそのような分離が必要な場合に多大な精製コストが追加され得ることから、実施形態によってはRebD量の少ない生成物が望ましい。いくつかの実施形態では、RebMは、細胞により産生されたステビオールのグリコシル化産物の少なくとも約25重量%、またはグリコシル化産物の少なくとも約50重量%、またはグリコシル化産物の少なくとも約75重量%、またはグリコシル化産物の少なくとも約80重量%、またはグリコシル化産物の少なくとも約85重量%、またはグリコシル化産物の少なくとも約90重量%、またはステビオールのグリコシル化産物の少なくとも約95重量%を示す。
グリコシル化経路には、13−Oグリコシル化、19−Oグリコシル化、ならびに、ステビオールのC13及び/またはC19における1つ以上の1−2’グリコシル化及び/または1つ以上の1−3’グリコシル化が関与する。用語「ステビオール配糖体(複数可)」とは、ステビオールの配糖体を指し、これには、ステビオールモノシド、ステビオールビオシド、ルブソシド、ズルコシドB、ズルコシドA、レバウジオシドB、レバウジオシドG、ステビオシド、レバウジオシドC、レバウジオシドF、レバウジオシドA、レバウジオシドE、レバウジオシドH、レバウジオシドL、レバウジオシドK、レバウジオシドJ、レバウジオシドM、レバウジオシドD、レバウジオシドN、レバウジオシドOが含まれるが、これらに限定されない。これらのステビオール配糖体の化学的特性は公知であり、例えば、表10、ならびに、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるWO2014/122227号に記載されている。
本願開示に従い、ステビオール配糖体の生成は、図2に例示されるようにさまざまな経路「モジュール」の作製を介して宿主細胞内で工学的に操作され、それを、最適化及びバランス調整してステビオール、それに次ぐ主要グリコシル化産物としての所望グリコシル化産物(RebMまたはRebDなど)までの炭素フラックスを促進させることができる。代謝回転の類似する酵素を一つのサブセット、またはモジュールにグループ化し、かつ酵素の濃度/活性を調節して各種サブセットの代謝回転を一様にすることにより、経路の代謝回転と資源消費量との比を最適化することができる。
第1の経路モジュールは、IPP及びDMAPPを生成する、MEP経路またはMVA経路の酵素を含む。MEP経路及びMVA経路は生物に内因性のものであってよく、これらの経路を、特定の律速酵素の重複コピーを提供することによって高め、かつ下流経路とのバランスを調整してよい。IPP及びDMAPPは、(−)−カウレン生成用の基質として(例えば、コパリル合成酵素とカウレンシンターゼ酵素とを別々に、または二機能性酵素により)作用し、これが第2の経路モジュールとなる。第3の経路モジュールでは、2つのP450酵素(例えば、カウレンオキシダーゼ(KO)及びカウレン酸ヒドロキシラーゼ(KAH))及び1つ以上のP450レダクターゼ酵素の作用により、(−)−カウレン酸をステビオールに変換する。GGPPの生成とそのステビオールまでの変換を触媒する例示的な酵素は表1に掲載されている。その後、ステビオールはUDP酵素モジュールによりグリコシル化されて最終生成物となる。さらなるモジュールには、UDP−グルコース基質の生成を増強する遺伝子が含まれる。本発明のさまざまな実施形態では、これらのモジュールはそれぞれモノシストロン性オペロンまたはポリシストロン性オペロンとして存在し、それぞれがプラスミド上に存在するかまたは染色体に組み込まれている。ある実施形態では、モジュールは、所望の最終生成物の生成が増加するよう構成されている。
一態様では、本発明は、任意選択でRebMまたはRebDである、ステビオール配糖体を作製する方法を提供する。かかる方法は、複数のウリジン二リン酸依存型グリコシルトランスフェラーゼ酵素(UGT)を介してステビオールからステビオール配糖体を生成する宿主細胞を提供すること、及びその宿主細胞をステビオール配糖体が生成される条件下で培養することを含む。UGT酵素は、(a)レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、ステビオールモノシドのC13において1−2’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素(例えば、22℃、27℃、または30℃で評価した場合);及び(b)レバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性がその親UGT酵素より高く、かつステビオシドのC13において1−3’グリコシル化活性の実質的損失がない、修飾されたUGT酵素(例えば、22℃、27℃、または30℃で評価した場合)のうち1つ以上を含む。
ある実施形態では、レバウジオシドA(RebA)のC19における1−2’グリコシル化活性は、ステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性と等しいかまたはそれより優れている。あるいは、またはさらに、レバウジオシドD(RebD)のC19における1−3’グリコシル化活性は、ステビオシドのC13における1−3’グリコシル化活性と等しいかまたはそれより優れている。
いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有する修飾UGT酵素及び/または1−3’グリコシル化活性を有するUGT酵素は、親酵素と比較した場合に、C13における活性の実質的損失を示さない。例えば、修飾酵素は、親(例えば、野生型)酵素と比較して、C13におけるその活性の少なくとも50%、またはC13におけるその活性の少なくとも約75%、またはC13におけるその活性の少なくとも約80%、少なくとも約90%、もしくは少なくとも約95%を保持する(例えば、22℃、27℃、または30℃で評価した場合)。いくつかの実施形態では、酵素は、C13において改善された活性を有し、例えば、C13における活性が少なくとも2倍または少なくとも3倍改善されている。グリコシル化活性の損失または改善は、インビトロ、例えば対象基質を添加した細胞抽出物において、または他のインビトロまたはインビボでのアッセイで決定できる。例えば、相対反応速度は、対象とするステビオールまたはステビオール配糖体の基質(複数可)が生成される株で決定され得る。グリコシル化活性を定量化する例示的な評価法は、本明細書ならびに参照により本明細書に組み込まれるWO2014/122227号に開示されている。
いくつかの実施形態では、C13における1−2’グリコシル化活性及び1−3’グリコシル化活性は、これらの反応をC19にて行う酵素で十分に(例えば、酵素によるこれらの段階のために何ら酵素を加えることなく)機能するが、他の実施形態では、細胞はさらに、C13において1−2’グリコシル化及び/または1−3’グリコシル化を行うための酵素を発現する。いくつかの実施形態では、たとえC19において活性損失があっても、1−2’反応及び/または1−3’反応をC13において行うよう、第2の酵素を工学的に操作する。
いくつかの実施形態では、細胞は、ステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素を1つのみ発現し、かつ/またはステビオシドのC13における1−3’グリコシル化活性を有するUGT酵素を1つのみ発現する。そのような実施形態では、酵素を工学的に操作してC19における反応を高め、これにより、RebMなどのC19グリコシル化産物の方へ生成物を引き寄せることができ、細胞にさらに代謝負荷を掛けることになる追加酵素を発現させなくてもすむ。
複数の態様及び実施形態では、本発明は、親(例えば、野生型)酵素に対し、新規な基質特異性、生成物プロファイル、及び反応速度を提供できる、UGT酵素の円順列変異体(ならびに、コードするポリヌクレオチド、及びUGT酵素の円順列変異体の作製方法)を提供する。理論に束縛されることは望まないが、円順列変異体は、1つ以上のグリコシル基を有するステビオール基質のような超基質に対し、より開かれているかまたは接近可能なUGT結合ポケット作製の機会を提供する。このようにすることで、本発明は、グリコシル化が多い形態のステビオールに対するグリコシル化反応を、グリコシル化が少ない(したがって、小さい)基質に対する反応と同様またはそれ以上の速度で進行させるようにできる。円順列変異体は、本明細書に記載のように、ステビオール配糖体を生成させるために宿主細胞に発現させることができる。したがって、さまざまな実施形態では、ステビオール配糖体(例えば、RebMまたはRebD)を生成する微生物細胞は、親(例えば、野生型)UGT酵素の円順列変異体であるUGT酵素を少なくとも1つ発現する。
円順列変異体は、親酵素と同一の基本的折り畳み構造(fold)を保持しているが、天然のN末端の位置が異なり(例えば、「切断部位」)、本来のN末端とC末端は連結され、任意選択で連結配列により連結されている。UGT酵素の例示的構造(例えば、OsUGT1−2に基づく)は図20に示されている。UGTアラインメント及び二次構造エレメントは、図38に示されている。各円順列変異体について、切断部位は、変異体のN末端アミノ酸(例えば、N末端の50または100アミノ酸)と親または野生型の配列とのアラインメントにより、親配列(例えば、野生型配列)の対応する位置を基準にして記載され得る。本明細書で使用する場合、所与の円順列変異体の「切断部位」とは、円順列変異体の2位(例えば、開始Metの後)、またはタンパク質の代謝回転を抑制するために2位にアラニンを挿入した場合の円順列変異体の3位に位置するアミノ酸の元々の位置を指す。UGT配列全体を比較するためのアラインメントは、図38に示されている保存されたPSPGモチーフ周辺に固定する必要がある。PSPG(植物二次代謝産物グリコシルトランスフェラーゼ)モチーフは、ヌクレオチド二リン酸糖供与体分子を結合させる役割を果たす、植物UGT内の保存されている領域である。Gachon et al.,Plant secondary metabolism glycosyltransferases:the emerging functional analysis,Trends Plant Sci.10:542−549(2005)。UDPGTファミリーのこのモチーフの最も保存された残基は、WXPQXXXLXHXXXXAFXX[H]XGXXXXXEXXXXGXPXXXXPXFXXQというパターンを示し、そこでは、角括弧で括ったヒスチジンは二リン酸領域との重要な接触を行う。Finn RD,et al.Pfam:the protein families database,Nucleic Acids Res.42:D222−230(2014)。さらに、このモチーフ周辺のアラインメントは、一クラスとしてのUGTタンパク質にとって有益となる特性に翻訳する点変異の記載に有用である。例えば、モチーフの始めのトリプトファン、または中間位置にある重要ヒスチジンへのアラインメント固定を使用して、この配列に対する点変異を記載してよく、植物のGT1 UDP−グルコースグリコシルトランスフェラーゼにおいてはそれが普遍的となるであろう。
いくつかの実施形態では、円順列変異体は、Stevia rebaudiana由来のUGT85C2の円順列変異体である。SrUGT85C2は本明細書では配列番号1として提供される。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、OsUGT1−2(配列番号7)の円順列変異体である。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、Stevia rebaudianaのUGT91D2の円順列変異体である(配列番号5)。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、Stevia rebaudianaのUGT74G1の円順列変異体である(配列番号2)。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、Stevia rebaudianaのUGT76G1の円順列変異体である(配列番号3)。このようにして、UGT酵素のN末端の位置を変えることにより、新規な基質特異性と活性プロファイルを持つ酵素を創作することができる。例えば、切断部位は、円順列変異体のN末端(例えば、N末端の50のアミノ酸)と親または野生型の酵素とのアラインメントを行った場合、いくつかの実施形態ではアミノ酸150から300までの間、またはいくつかの実施形態ではアミノ酸190と260の間、またはいくつかの実施形態では残基190と210の間である。他の実施形態では、円順列変異体は、円順列変異体のN末端の50のアミノ酸と親または野生型の酵素とのアラインメントを行った場合、切断部位を、アミノ酸245と280の間(例えば、272位)、またはアミノ酸260から275までの間に有する。いくつかの実施形態では、新たなN末端を、局所的な二次構造エレメント(α−ヘリックスまたはβ−シートなど)の間に配し、かつ/または野生型酵素のループ構造に配する。所望するN末端の位置を選択する場合、Metを開始アミノ酸として切断部位に付加し、任意選択で、細胞の代謝回転を抑制するためにAlaを第2位に配する。天然のN末端とC末端は連結され、任意選択で、連結配列で連結される。一般に、連結配列は、例えば、主にまたは本質的にGly、Ser、及び/またはAlaからなる配列を用いて、柔軟性(例えば、可能性の高いループ構造以外の定義された二次構造がない)が得られるよう選択される。いくつかの実施形態では、連結アミノ酸配列は約2〜約25アミノ酸長であり、それがループを形成してよい。円順列変異体はさらに、親または野生型の酵素の対応する位置に対し、(例えば、最もスコアの高い局所的アラインメントに基づき)アミノ酸の置換、欠失、または挿入を1〜約30、または約1〜約20、または1〜約10、または1〜約5含んでよい。いくつかの実施形態では、天然のN末端Metは、その新しい位置で分子内に維持されているか、または他の実施形態では欠失している。
いくつかの実施形態では、少なくとも1つのUGT酵素はキメラUGT酵素であり、それにおいて、1つのUGTのN末端ドメインは別のUGT酵素のC末端ドメインと連結されている。例えば、N末端ドメイン及びC末端ドメインは、表9から選択される2つの異なる酵素のものであり、各ドメインはさらに、親ドメイン配列と比べてアミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を1〜10含んでよい。UGTは、より可変なN末端の基質結合(糖受容体)ドメインと、より保存されたC末端のUDP−グルコース結合(糖供与体)ドメインの2ドメインを有する。N末端ドメインで酵素の基質特異性のほとんどが決定されるが、一部の特異性はC末端ドメインにより制御される。これらのドメイン各々が、そのタンパク質のおよそ半分ずつを作っている。
いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素は、OsUGT1−2(配列番号7)、SrUGT91D2(配列番号5)、SrUGT91D1(配列番号4)、SrUGT91D2e(配列番号6)(表9を参照されたい)またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、誘導体は、RebAのC19における高いグリコシル化活性を有する。UGT酵素は、一般に、OsUGT1−2、SrUGT91D2、SrUGT91D1、及びSrUGT91D2eの1つ以上に対し、約50%超、約60%超、約70%超、約80%超、約90%超、もしくは約95%超、または約96、97、98、もしくは99%超の同一性レベルを有してよい。
ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の類似性または同一性、すなわち配列同一性のパーセンテージは、配列アラインメントにより決定され得る。そのようなアラインメントは、当技術分野で公知のいくつかのアルゴリズム、例えば、Karlin and Altschulの数学アルゴリズム(Karlin&Altschul(1993) Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873−5877)、hmmalign(HMMERパッケージ、http://hmmer.wustl.edu/)またはCLUSTALアルゴリズム(Thompson,J.D.,Higgins,D.G.&Gibson,T.J.(1994) Nucleic Acids Res.22,4673−80)を用いて行うことができる。配列同一性(配列一致)のグレードは、例えば、BLAST、BLATまたはBlastZ(またはBlastX)を使用して計算してよい。Altschulら((1990) J.Mol.Biol.215:403−410)のBLASTN及びBLASTPプログラムに同様のアルゴリズムが組み込まれている。BLASTNプログラムをスコア=100、ワード長=12で用いて、BLASTポリヌクレオチド検索を実行することができる。
BLASTPプログラムをスコア=50、ワード長=3で用いてBLASTタンパク質検索を実行してよい。比較を目的としてギャップありアラインメントを得るために、Altschul et al(1997)Nucleic Acids Res.25:3389−3402に記載のGapped BLASTを用いる。BLAST及びGapped BLASTプログラムを用いる際は、それぞれのプログラムのデフォルトのパラメータを使用する。配列一致解析には、Shuffle−LAGAN(Brudno M.,Bioinformatics 2003b,19 Suppl 1:154−162)またはマルコフ確率場のような確立された相同性マッピング技術を補完してよい。
いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素はOsUGT1−2またはその誘導体であり、これは任意選択で、RebAのC19における1−2’グリコシル化活性を高めるアミノ酸置換、アミノ酸欠失、及び/またはアミノ酸挿入を1つ以上含む、OsUGT1−2の円順列変異体である。例えば、1−2’グリコシル化酵素は、OsUGT1−2(配列番号7)のアミノ酸190〜210内の位置と整列するかまたはそれに対応する切断部位を有してよく、また、いくつかの実施形態では、配列番号7のアミノ酸194〜200内の位置、例えば、195位、196位、197位、または199位であってよい。円順列変異体は、任意選択で、OsUGT1−2のN末端残基及びC末端残基に対応するアミノ酸の間にリンカー配列を有してよい。リンカーは、2〜約25アミノ酸の範囲というように長さが異なってよい。例えば、リンカーは約8〜約20アミノ酸長であってよく、例えば、いくつかの実施形態では約17アミノ酸であってよい。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、いかなる連結配列も含有しない。円順列変異体はさらに、野生型配列に、アミノ酸の置換、付加、または欠失を1〜20、または1〜10、または1〜5含有してよい(OsUGT1−2に対する変異配列の局所的アラインメントにより決定)。いくつかの実施形態では、2位にAlaの挿入または置換を行って細胞内の酵素の代謝回転を抑制する。いくつかの実施形態では、諸変異が集合的にRebAのC19における1−2’グリコシル化活性を高める(例えば、22℃、27℃、または30℃で評価した場合)。
いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素はOsUGT1−2の円順列変異体であり、切断部位がOsUGT1−2の195位、196位、197位、198位、または199位に対応している。MbUGT1−2と命名した例示的な円順列変異体を本明細書に開示する。円順列変異体は、野生型酵素の14位、16位、89位、185位、365位、366位、395位、396位、417位、420位、421位、422位、424位、427位、428位、430位、431位、432位、434位及び/または463位に対応する位置のうち1つ以上にアミノ酸置換を有してよい。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、14位にアミノ酸置換を有し、このような置換はTrpまたはTyrなどの芳香族アミノ酸であってよい。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は366位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でProである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は420位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でGluである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は421位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でPheである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は424位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でAspである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は427位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でGluである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は428位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でGluである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は432位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でTyr、His、Trp、Asp、またはGluである。いくつかの実施形態では、酵素は、アミノ酸424と427の間に2〜5個のアミノ酸の挿入、例えば、配列Gly−Pro−Serなどを含む。いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGTは、配列番号9(MbUGT1−2)のアミノ酸配列を含むか、または、配列番号9に対して少なくとも約50%の同一性、少なくとも約60%の同一性、少なくとも約70%の同一性、少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、または少なくとも約90%の同一性、または少なくとも約95%の同一性、または少なくとも96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有し、かつ、RebAのC19またはステビオールモノシドのC13のうち1つ以上において1−2’グリコシル化活性を有する酵素を含む。
いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素は、OsUGT1−2の円順列変異体であり、切断部位がOsUGT1−2の196位に対応している。MbUGT1,2−2と命名した例示的な円順列変異体(配列番号45)を本明細書に開示する。円順列変異体は、野生型酵素の16位、422位、430位、及び434位のうち1つ以上にアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態では、円順列変異体は16位にアミノ酸置換を有し、このような置換は芳香族アミノ酸、例えばTrpであってよい。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は422位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でGluである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は430位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でGluである。これらの実施形態または他の実施形態では、円順列変異体は434位にアミノ酸置換を有し、置換アミノ酸は任意選択でHisである。いくつかの実施形態では、酵素は、天然のN末端アミノ酸とC末端アミノ酸の間にいかなる連結配列も含有せず、天然のN末端Metは任意選択で欠失させてよい。いくつかの実施形態では、1−2’グリコシル化活性を有するUGTは、配列番号45のアミノ酸配列を含むか、または、配列番号45に対して少なくとも約50%の同一性、少なくとも約60%の同一性、少なくとも約70%の同一性、少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、または少なくとも約90%の同一性、または少なくとも約95%の同一性、または少なくとも96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有し、かつ、RebAのC19またはステビオールモノシドのC13のうち1つ以上において1−2’グリコシル化活性を有する酵素を含む。
いくつかの実施形態では、1−3’グリコシル化活性を有するUGT酵素はSrUGT76G1であるか、または、RebDのC19またはステビオシドのC13におけるグリコシル化活性が同一もしくは高いSrUGT76G1の誘導体である。いくつかの実施形態では、1−3’グリコシル化活性を有するUGT酵素は、配列番号3の77位、78位、81位、82位、93位、94位、155位、192位、200位、202位、205位、283位、284位、379位、及び397位のうち1つ以上にアミノ酸置換を含むSrUGT76G1誘導体である(表13を参照されたい)。いくつかの実施形態では、誘導体はL200位(野生型酵素にしたがった番号付け)にアミノ酸置換を有し、これは任意選択でAlaまたはGlyである。これらの実施形態では、誘導体はさらに、アミノ酸置換を284位(例えば、Ala)及び/または379位(例えば、Gly)、及び/または192位(例えば、Ala)に有してよい。いくつかの実施形態では、2位にAlaの挿入または置換を行って細胞内の代謝回転を抑制する。いくつかの実施形態では、UGT酵素は、配列番号3に対し少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、少なくとも約90%の同一性、または少なくとも約95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有するが、配列番号3の200位に対応するアミノ酸がAlaまたはGlyということはない。表13に示すように、L200AまたはL200Gの置換により、C19及びC13の両方の箇所における活性が大幅に改善される。
UGT76G1に対するさらなる修飾には、22位、25位、145位、154位、256位、及び282位の1つ以上における修飾、例えば、Q22G、Q22H、I25F、I25W、T145A、T145G、T145P、H154R、L256P、L256W、L256T、L256G、L256A、L256R、L256E、S281G及びS282Nのうちの1つ以上が含まれる。これらの修飾は、WO2014/122227に開示されており、参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、UGT76G1に対するこれらのさらなる修飾は、77位、78位、81位、82位、83位、93位、94位、155位、192位、200位、202位、205位、283位、284位、378位、379位、及び397位における修飾と組み合わせて、より優れた特性を示す。
いくつかの実施形態では、1−3’グリコシル化活性を有するUGT酵素は、SrUGT76G1の円順列変異体であり、切断部位がSrUGT76G1のアミノ酸の170位〜290位(例えば、190位〜210位、196位〜200位または260位〜280位)内の位置に対応している。いくつかの実施形態では、切断部位は、野生型酵素の196位または264位に対応する。円順列変異体(例えば、MbUGT1−3)は、野生型酵素の対応する位置に対し、アミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を1〜30、または1〜20、または1〜10、または1〜5有してよい。いくつかの実施形態では、1−3’グリコシル化活性を有するUGTは、配列番号10(MbUGT1−3)のアミノ酸配列を含むか、または、配列番号10に対し、少なくとも約50%の同一性、少なくとも約60%の同一性、少なくとも約70%の同一性、少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、または少なくとも約90%の同一性、または少なくとも約95%の同一性、または少なくとも96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有し、かつRebDのC19またはステビオシドのC13における1−3’グリコシル化活性のうち1つ以上を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、2位にAlaの置換または挿入を行って細胞内の代謝回転を抑制する。
さまざまな実施形態では、本発明の宿主細胞または方法にはさらに、ステビオールをステビオールモノシドに変換するUGT酵素が使用される。いくつかの実施形態では、ステビオールをステビオールモノシドに変換するUGT酵素はSrUGT85C2、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、酵素は、配列番号1に対し、アミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を1〜約50、または1〜約20、または1〜約10含む。例えば、誘導体は、配列番号1に対する少なくとも約65%の同一性、もしくは少なくとも約70%の同一性、もしくは少なくとも約80%の同一性、または配列番号1に対する少なくとも90%の同一性、または配列番号1に対する少なくとも95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有してよく、かつステビオールをステビオールモノシドに変換する、同一または類似の活性を(例えば、インビトロまたはインビボで)維持してよい。例示的なアミノ酸修飾を表11に示す。いくつかの実施形態では、ステビオールをステビオールモノシドに変換する酵素は、野生型酵素の215位にアミノ酸置換を有するSrUGT85C2誘導体である。いくつかの実施形態では、野生型酵素の215位に対応するアミノ酸は、スレオニン、セリン、グリシン、またはアラニンである(野生型でのアミノ酸はプロリンである)。いくつかの実施形態では、前記215位のアミノ酸はスレオニンである。これらの実施形態または他の実施形態では、SrUGT85C2誘導体は、308位、311位、316位、349位及び/または414位のうち1つ以上において変異を有する(野生型酵素に従った番号付け。いくつかの実施形態では、308位アミノ酸はスレオニンであり、かつ/または311位アミノ酸はグルタミンであり、かつ/または316位アミノ酸はアラニンであり、かつ/または349位アミノ酸はグルタミン酸であり、かつ/または414位アミノ酸にはグリシンである。いくつかの実施形態では、第2位にAlaの挿入または置換を行って細胞内の代謝回転を制限する。
さまざまな実施形態では、宿主細胞または方法にはさらに、ステビオールビオシドをステビオシドに変換するUGT酵素が使用され、この酵素は、いくつかの実施形態ではSrUGT74G1、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、酵素は、配列番号2に対し、アミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を1〜約50、または1〜約20、または1〜10含む。例えば、誘導体は、配列番号2に対する少なくとも80%の同一性、配列番号2に対する少なくとも90%の同一性、または配列番号2に対する少なくとも95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有してよく、かつステビオールビオシドをステビオシドに(例えば、インビトロまたはインビボで)変換する、同一または類似の活性を維持してよい。
いくつかの実施形態では、ステビオールビオシドをステビオシドに変換するUGT酵素は、SrUGT74G1の円順列変異体(例えば、MbUGTC19)である。いくつかの実施形態では、円順列変異体は、SrUGT74G1の180位〜280位(例えば、250位〜270位)内のアミノ酸に対応する切断部位を有する。円順列変異体は、本来のN末端とC末端の間に1〜10個のアミノ酸でできた連結配列(例えば、GSG)を有してよい。円順列変異体は、野生型配列の対応する位置に対し、アミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を1〜30、または1〜20、または1〜10、または1〜5有してよい。いくつかの実施形態では、SrUGT74G1円順列変異体は、配列番号8(MbUGTC19)または配列番号46(MbUGTC19−2)のアミノ酸配列を含むか、または、配列番号8または46に対し、少なくとも約50%の同一性、少なくとも約60%の同一性、少なくとも約70%の同一性、少なくとも約80%の同一性、少なくとも約85%の同一性、または少なくとも約90%の同一性、または少なくとも約95%の同一性、または少なくとも96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有し、かつステビオールビオシドをステビオシドに変換する活性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、カウレン合成酵素(KS)、カウレンオキシダーゼ(KO)、及びカウレン酸ヒドロキシラーゼ(KAH)を含む1つ以上の経路モジュールを介してステビオール基質を産生し、かかる宿主細胞はさらに、KO酵素及びKAH酵素の1つ以上を再生するシトクロムP450レダクターゼ(CPR)を含む。いくつかの実施形態では、KAHはStevia rebaudiana、Arabidopsis thaliana、Vitis vinifera、もしくはMedicago trunculataのKAH、またはその誘導体(例えば、野生型配列に対し少なくとも80%、または少なくとも90%、または少なくとも95%、または少なくとも97%の配列同一性を有するもの)である。いくつかの実施形態では、KAHは、Arabidopsis thalianaのKAH(AtKAH)、またはその誘導体である。AtKAHは、カウレン酸ヒドロキシラーゼ活性率を高めるか、そうでなければ、酵素の生産性または発現を改善する、アミノ酸の置換、挿入、及び/または欠失を1つ以上有してよく、例えば、E.coliで機能発現するよう工学的に操作されたN末端が含まれる。いくつかの実施形態では、AtKAHは、表6に示す配列番号29の親配列のうち1か所以上(例えば、2〜10か所)において、ステビオールまたはカウレン酸の生成を高めるアミノ酸置換を有する。例示的な置換には、配列番号29の以下の位置に対応する置換が挙げられる:25位(例えば、A25L)、79位(例えば、S79T)、119位(例えば、T119C)、137位(例えば、I137L)、142位(例えば、I142V)、155位(例えば、R155K)、180位(例えば、M180L)、193位(例えば、E193G)、196位(例えば、C196A)、197位(例えば、D197E)、226位(A226E)、235位(例えば、L235Q)、238位(例えば、I238M)、245位(F245L、F245V)、272位(例えば、L272I)、285位(例えば、I285R)、287位(例えば、C287S)、325位(例えば、C325I、C325M)、330位(例えば、F330L)、334位(例えば、D334E)、339位(例えば、S339T)、352位(例えば、S352E)、373位(例えば、E373D)、397位(例えば、I397F)、470位(例えば、V470L)、499位(例えば、Q499V)、506位(例えば、L506M)、507位(例えば、L507I、L507T、L507V)。いくつかの実施形態では、AtKAH酵素は、(野生型配列に対して)331位にアミノ酸置換を有する誘導体であり、この酵素は、いくつかの実施形態では、高温(例えば、22℃超)における酵素の生産性を改善する。いくつかの実施形態では、331位アミノ酸はIleである。
P450酵素SrKOの機能発現を達成するN末端修飾を図9に例示する。これらの修飾または同様の修飾を行ってAtKAHなどのKAHの機能発現を達成してよい。例えば、膜貫通領域の全部または複数の部分を、アミノ酸4個〜アミノ酸約39個、またはいくつかの実施形態では、アミノ酸約6個〜アミノ酸約25個、またはアミノ酸約4〜約20個、またはアミノ酸約29個、またはアミノ酸約39個というように欠失させてよい。欠失は、膜貫通領域のN末端部分から取るのが好ましい。この欠失した部分を、約4〜約20個のアミノ酸残基、例えば約4〜約12個の残基(例えば、アミノ酸残基8個)の可溶化タグで置き換える。タグは、主に疎水性アミノ酸で構築され、それらは任意選択でAla、Leu、Ile、Val、及びPheから選択される。機能発現の例示的配列はN末端タグ:MALLLAVF(配列番号47)である。いくつかの実施形態では、AtKAHは、アミノ酸14個の欠失を有し、N末端タグ(例えば、配列番号29)が付加され、任意選択で置換C331Iを有する(野生型酵素に基づく位置命名法)を有する。
P450酵素の代替的N末端タグ配列は、2015年8月21日に出願された仮出願第62/208,166号に記載されており、本発明の特定の実施形態において使用される。例えば、膜貫通ドメイン(または「N末端アンカー」)は、waaA、ypfN、yhcB、yhbM、yhhm、zipA、ycgG、djlA、sohB、lpxK、F11O、motA、htpx、pgaC、ygdD、hemr、及びyclsから選択されるE.coli遺伝子由来であり得る。これらの遺伝子を、バイオインフォマティックス予測ならびに実験的検証により、C末端細胞質の内膜タンパク質として同定した。本発明では、E.coliの野生型膜貫通ドメインの誘導体である、すなわち、野生型配列に対する1つ以上の変異を有する、N末端アンカー配列を使用する場合がある。例示的な実施形態では、膜アンカー配列は約8〜約75アミノ酸長である。例えば、膜アンカーは長さが約15〜約50アミノ酸、または約15〜約40アミノ酸、または約15〜約30アミノ酸、または約20〜約40アミノ酸、または約20〜約30アミノ酸であってよい。
いくつかの実施形態では、カウレン合成酵素(KS)はStevia rebaudiana、Zea mays、Populus trichocarpa、Arabidopsis thaliana、Erwina tracheiphila由来またはその誘導体(例えば、野生型配列に対し少なくとも80%、または少なくとも90%、または少なくとも95%、または少なくとも97%の配列同一性を有するもの)である。さらに、細胞は、Stevia rebaudiana、Streptomyces clavuligerus、Bradyrhizobium japonicum、Zea mays、Arabidopsis thaliana、Erwina tracheiphila由来のコパリル二リン酸合成酵素(CPPS)、またはその誘導体(例えば、野生型配列に対し少なくとも80%、または少なくとも90%、または少なくとも95%、または少なくとも97%の配列同一性を有するもの)を発現してよい。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、任意選択でPhomopsis amygdali、Physcomitrella patens、Gibberella fujikuroi酵素から選択される、CPPSとKSとの二機能性酵素、またはその誘導体を発現する。このような誘導体は、一般に、親配列(例えば、表1を参照されたい)に対し、少なくとも約75%、または少なくとも約80%、または少なくとも約85%、または少なくとも約90%、または少なくとも約95%、または少なくとも96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有してよい。いくつかの実施形態では、細胞は、Erwina tracheiphilaのCPPS酵素及びKS酵素、またはその誘導体を発現する。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、Stevia rebaudiana(SrKO)、Arabidopsis thaliana、Gibberella fujikoroi、もしくはTrametes versicolor由来のカウレン酸化酵素、または、その誘導体を発現し、任意選択でE.coliに機能発現させるためにN末端で(上記及び図9に示すように)修飾される。いくつかの実施形態では、CPRは、Stevia rebaudiana(SrCPR)、Arabidopsis thaliana、もしくはGiberella fujikuroiの酵素、またはその誘導体であり、任意選択でE.coliに機能発現させるためにN末端で修飾される。
SrKOは、その活性を改善するアミノ酸修飾を1つ以上有してよい。例示的修飾は米国仮出願第62/040,284号に開示されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。例えば、SrKOは、複数の位置におけるアミノ酸修飾を1つ以上含んでよい(配列番号22に対する、47位(例えば、L47I)、59位(例えば、Y59H)、60位(例えば、M60K)、63位(例えば、T63A)、67位(例えば、A67E)、76位(例えば、K76R)、80位(例えば、T80C)、82位(例えば、M82V)、85位(例えば、V85L、V85I)、86位(例えば、S86N)、100位(例えば、Q100S)、106位(例えば、N106K)、112位(例えば、K112T)、116位(A116R)、119位(例えば、T119S)、123位(例えば、M123T、M123Q、M123F、M123T)、127位(例えば、D127G)、129位(例えば、Y129F)、140位(例えば、A140R)、149位(例えば、K149R)、150位(例えば、H150F)、171位(例えば、N171D)、180位(例えば、L180F)、183位(例えば、I183V)、208位(例えば、D208E)、232位(例えば、D232E)、267位(例えば、S267A)、272位(例えば、H272Q)、284位(例えば、S284C)、286位(例えば、I286L)、294位(例えば、Q294K)、299位(例えば、Q299E)、310位(例えば、I310T、I310V)、371位(例えば、R371K、R371I)、375位(例えば、V375T、V375I、V375L)、378位(例えば、I378V)、382位(例えば、H382Y)、388位(例えば、V388Q、V388M)、393位(例えば、H393D)、400位(例えば、L400I)、413位(例えば、V413K、V413D)、434位(例えば、F434L)、442位(例えば、G442A)、450位(例えば、S450A)、454位(例えば、L454M)、460位(例えば、G460A)、464位(例えば、M464L)、475位(例えば、M475G)、487位(例えば、T487N)、492位(例えば、P492K)、及び497位(例えば、I497L)。いくつかの実施形態では、SrKOは、N末端膜貫通ドメインのアミノ酸約20個の欠失を含み、N末端タグ配列(上記)が付加されている。SrKOは、2位にAlaを含有して細胞内の酵素の代謝回転を抑制してよい。
いくつかの実施形態では、P450レダクターゼパートナー(複数可)には、Stevia rebaudiana(Sr)CPR、Stevia rebaudiana(Sr)CPR1、Arabidopsis thaliana(At)CPR、Taxus cuspidata(Tc)CPR、Artemisia annua(Aa)CPR、Arabidopsis thaliana(At)CPR1、Arabidopsis thaliana(At)CPR2、Arabidopsis thaliana(At)R2、Stevia rebaudiana(Sr)CPR2、Stevia rebaudiana(Sr)CPR3、またはPelargonium graveolens(Pg)CPRが含まれる。これらのP450のいずれも、実施形態によっては、誘導体化して、例えば、1〜約20の変異、または約1〜約10の変異を導入することができる。これらのCPRタンパク質の詳細はPCT/US15/46369号に記載されており、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、単一CPR酵素(例えば、SrCPR)を含むE.coliであり、酵素は染色体に組み込まれており、例えば、SrKO及びAtKAHの両酵素を支持する。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ゲラニルゲラニルピロリン酸合成酵素(GGPPS)を発現し、これは、任意選択でTaxus canadensis、Abies grandis、Aspergillus nidulans、Stevia rebaudiana、Gibberella fujikuroi、Mus musculus、Thalassiosira pseudonana、Streptomyces melanosporofaciens、Streptomyces clavuligerus、Sulfulubus acidocaldarius、Synechococcus sp.(例えば、JA−3−3Ab)、Arabidopsis thaliana、海洋細菌443、Paracoccus haeundaensis、Chlorobium tepidum TLS、Synechocystis sp.(PCC6803)、Thermotoga maritima HB8、Corynebacterium glutamicum、Thermus thermophillus HB27、Pyrobaculum calidifontis JCM11548のゲラニルゲラニルピロリン酸合成酵素、またはその誘導体である。表1を参照されたい。このような誘導体は、一般に、親配列(例えば、表1を参照されたい)に対し、少なくとも約60%、または少なくとも約70%、または少なくとも約75%、または少なくとも約80%、または少なくとも約85%、または少なくとも約90%、または少なくとも約95%、または少なくとも96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有してよい。いくつかの実施形態では、GGPPSはTaxus canadensisまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、Taxus GGPPSはN末端に欠失のある(例えば、N末端のアミノ酸70〜110個、例えば約98個が欠失している)配列である。欠失のある配列はさらに、対応する野生型配列において、アミノ酸の置換、欠失、及び/または挿入を約1〜約10、例えば、約1〜約5含んでよい。欠失のある例示的配列を配列番号12として本明細書に開示する。いくつかの実施形態では、GGPPSはCornybacterium glutamicum由来のGGPPSまたはその誘導体であり、それにより22℃より高温での生産性における利点が提供され得る。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、一経路で生成されるイソペンチルピロリン酸(iso−pentyl pyrophosphate)(IPP)及びジメチルアリルピロリン酸(DMAPP)を発現する。いくつかの実施形態では、経路は、メチルエリスリトールリン酸(MEP)経路及び/または、メバロン酸(MVA)経路である。
MEP(2−C−メチル−D−エリスリトール 4−リン酸)経路は、MEP/DOXP(2−C−メチル−D−エリスリトール 4−リン酸/1−デオキシ−D−キシルロース 5−リン酸)経路または非メバロン酸経路またはメバロン酸非依存的経路とも呼ばれ、グリセルアルデヒド−3−リン酸及びピルビン酸をIPP及びDMAPPに変換する経路を指す。かかる経路には、典型的に、以下の酵素、すなわち1−デオキシ−D−キシルロース−5−リン酸合成酵素(Dxs)、1−デオキシ−D−キシルロース−5−リン酸レダクトイソメラーゼ(IspC)、4−ジホスホシチジル−2−C−メチル−D−エリスリトール合成酵素(IspD)、4−ジホスホシチジル−2−C−メチル−D−エリスリトールキナーゼ(IspE)、2C−メチル−D−エリスリトール−2,4−シクロ二リン酸合成酵素(IspF)、1−ヒドロキシ−2−メチル−2−(E)−ブテニル−4−二リン酸合成酵素(IspG)、及びイソペンテニル二リン酸イソメラーゼ(IspH)の作用が関与する。MEP経路、ならびにMEP経路を構成する遺伝子及び酵素はUS8,512,988に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。例えば、MEP経路を構成する遺伝子には、dxs、ispC、ispD、ispE、ispF、ispG、ispH、idi、及びispAが挙げられる。いくつかの実施形態では、ステビオールは、少なくとも一部はMEP経路を介した代謝フラックスにより生成され、ここで、宿主細胞は、dxs、ispD、ispF、及び/またはidiの遺伝子のさらなるコピーを少なくとも1つ有する。US8,512,988に開示されているように、E.coliにおけるMEP経路を介したテルペノイド生成物の効率的生成についての代用マーカーとして、代謝物であるインドール量を使用できる。
MVA経路とは、アセチルCoAをIPPに変換する生合成経路を指す。メバロン酸経路は、典型的に、以下の段階を触媒する酵素を含む:(a)2分子のアセチルCoAを縮合させてアセトアセチルCoAにする(例えば、アセトアセチルCoAチオラーゼの作用による);(b)アセトアセチルCoAとアセチルCoAとを縮合させてヒドロキシメチルグルタリル−補酵素A(HMG−CoA)を形成させる(例えば、HMG−CoA合成酵素(HMGS)の作用による);(c)HMG−CoAをメバロネートに変換する(例えば、HMG−CoA還元酵素(HMGR)の作用による);(d)メバロネートをリン酸化させてメバロン酸−5−リン酸にする(例えば、メバロン酸キナーゼ(MK)の作用による);(e)メバロン酸−5−リン酸をメバロン酸−5−ピロリン酸(mevalonate 5−pyrophosphate)に変換する(例えば、ホスホメバロン酸キナーゼ(PMK)の作用による);及び(f)メバロン酸−5−ピロリン酸(mevalonate 5−pyrophosphate)をイソペンテニルピロリン酸に変換する(例えば、メバロン酸ピロリン酸デカルボキシラーゼ(MPD)の作用による)。MVA経路、ならびにMEP経路を構成する遺伝子及び酵素は、US7,667,017に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
宿主細胞は原核細胞または真核細胞であってよい。例えば、宿主細胞は、E.coli、Bacillus subtillus、またはPseudomonas putidaから選択される細菌であってよい。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、Saccharomyces cerevisiae、Pichia pastoris、及びYarrowia lipolyticaなど、サッカロミセスの一種、ピチアの一種、またはヤロウィアの一種である。宿主細胞は、IPP及びDMAPPの生成を高めるdxs、idi、IspD、及びIspFの重複または過剰発現を有するE.coliであってよい。
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、UDP−グルコースの生成を高める、例えば、UDP−グルコース基質利用性を高める遺伝子修飾を1つ以上有するE.coliである。ステビオールのグリコシル化についてUDP−グルコースの利用性を改善するため、一連の遺伝子ノックアウトと遺伝子挿入を導入して、UDP−グルコースへの炭素フラックスを高め、かつUDP−グルコースから離れている経路のフラックス(例えば、グリコーゲン合成及び炭素貯蔵)を抑制することができる。例えば、遺伝子修飾により、細胞内へのスクロースの移入を増加させ、それをスクロースホスホリラーゼの作用によりフルクトースとグルコースに分けることができる。それに続く一連のノックアウトにより、一次代謝を改変して、炭素供給源としてフルクトースのみを使用して生物量を強制的に合成させ、グルコースを専らUDP−グルコース生合成に向かわせるようにできる。この戦略を実施するためのE.coli株に対する例示的修飾は表7に掲載されている。修飾についての詳細は、PCT/EP2011/061891に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、1つ以上の遺伝子修飾には、ΔgalE、ΔgalT、ΔgalK、ΔgalM、ΔushA、Δagp、Δpgm、E coli GALUの重複、及びBacillus substillus UGPA、BaSPの発現が挙げられる。
例示的な一実施形態では、宿主細胞はE.coliであり、異種発現させた遺伝子、すなわち、Taxus canadensisのGGPPSまたはその誘導体、Phaeosphaeria sp.のPsCKまたはその誘導体、Stevia rebaudianaのKOまたはその誘導体、Arabidopsis thalianaのKAHまたはその誘導体、Stevia rebaudianaのCPRまたはその誘導体(宿主細胞が発現するCPR酵素はこれのみ)、Stevia rebaudianaのUGT85C2またはその誘導体、Stevia rebaudianaのUGT74G1の誘導体のStevia rebaudianaのUGT74G1、Stevia rebaudianaのUGT76G1またはその誘導体、及びMbUGT1−2またはその誘導体を含む。これらの酵素の各種誘導体を本明細書に開示する。いくつかの実施形態では、E.coliは、KAH−KOのポリシストロン性発現モジュールを含有し、かつ、染色体に組み込まれているSrCPR(または誘導体)の単一コピーを含有する。いくつかの実施形態では、E.coliを修飾して上述のようにUDP−グルコースの利用性を高める。いくつかの実施形態では、E.coliは、dxs、idi、ispD、及びispF遺伝子のさらなる1コピーを有する。いくつかの実施形態では、インビボでのさらなる安定性を提供するため、発現タンパク質の1つ以上が2位にアラニンを含有する。
他の実施形態では、宿主細胞は、E.coliであり、異種発現させた遺伝子、すなわち、Cornybacterium glutamicumのGGPPSまたはその誘導体;Erwina tracheiphilaのCPPS及びErwina tracheiphilaのKSまたはその両方もしくはいずれかの誘導体;Stevia rebaudianaのKOまたはその誘導体;Arabidopsis thalianaのKAHまたはその誘導体;Stevia rebaudianaのCPRまたはその誘導体;Stevia rebaudianaのUGT85C2もしくはMbUGTc13またはその誘導体;Stevia rebaudianaのUGT74G1またはその誘導体(またはMbUGTC19、MbUGTC19−2、もしくはその誘導体);Stevia rebaudianaのUGT76G1またはその誘導体(またはMbUGT1−3の誘導体のMbUGT1−3);及びOsUGT1−2、SrUGT91D2、またはその誘導体、またはMbUGT1−2もしくはMbUGT1,1−2またはその誘導体を含む。これらの酵素の各種誘導体を本明細書に開示する。いくつかの実施形態では、E.coliは、KAH−KOのポリシストロン性発現モジュールを含有し、かつ染色体に組み込まれているSrCPRの単一コピーを含有する。いくつかの実施形態では、E.coliを修飾して上述のようにUDP−グルコースの利用性を高める。いくつかの実施形態では、E.coliは、dxs、idi、ispD、及びispF遺伝子の1つ以上(または全部)のさらなる1コピーを有する。いくつかの実施形態では、インビボでのさらなる安定性を提供するため、発現タンパク質の1つ以上が2位にアラニンを含有する。いくつかの実施形態では、E.coliは、約24℃を上回る温度、例えば、約27℃以上、または約30℃以上、または約32℃以上、または約34℃以上、または約37℃での高いRebMまたはRebD生産性を提供する。
いくつかの実施形態では、方法はさらに、所望のステビオール配糖体(複数可)(例えば、RebMまたはRebD)を培地から回収することを含む。いくつかの実施形態では、所望のステビオール配糖体(例えば、RebMまたはRebD)を、濃度が少なくとも約10mg/L、または少なくとも約100mg/L、または少なくとも約200mg/L、または少なくとも約500mg/L、または少なくとも約1g/L、または少なくとも約10g/Lの培地で生成させる。
任意選択で、本発明の方法はさらに、標的ステビオール配糖体を開始組成物から分離することを含む。標的ステビオール配糖体は、例えば、晶出、膜による分離、遠心分離、抽出、クロマトグラフ分離法または、そのような方法の組合せなど任意の好適な方法により分離することができる。含有配糖体画分の異なる画分をブレンドして定義済み生成物を調製することができる。あるいは、RebM及びRebDを、例えば、別々の培養により調製して精製し、所定の比率でブレンドすることができる。
別の態様では、本発明は、少なくとも4つのグリコシル化を有するステビオール配糖体をE.coli内に生成させる方法を提供する。本発明に従い、E.coli細胞は、本明細書に記載の酵素を1つ以上含み得る複数のUGT酵素を含み、それらは共同して少なくとも4、少なくとも5、または少なくとも6(7または8を含む)の連続的なグリコシル化反応を行う。本明細書に開示するように、グリコシル化の基質及び低グリコシル化産物は、E.coli細胞内に十分に蓄積して下流の反応を許容される速度で進行させ、可能性の高い膜輸送体の作用により、グリコシル化産物のほとんど大部分が最終的に細胞外に蓄積する。ステビオール配糖体は、培地成分から精製され得る。したがって、いくつかの実施形態では、方法は、増殖培地とE.coli細胞を、例えば、回分式、連続式、または半連続式バイオリアクター処理を使用して分離し、増殖培地から所望のグリコシル化産物(例えば、RebM)を単離することを含む。
さらに他の態様では、本発明は、E.coli内にステビオール配糖体(RebD、RebM、RebE、RebI及び他のグリコシル化産物)を生成させる方法を提供する。一般に、所望のステビオール配糖体は、少なくとも2つのグリコシル化、例えば、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、または8つのグリコシル化を有する。いくつかの実施形態では、ステビオール配糖体はRebMまたはRebDである。宿主細胞内でステビオールを生成させることが既知の酵素の多くは植物酵素であり、それらは至適温度が20〜24℃の範囲であることが多いが、E.coliの増殖率及び代謝は、より高温で至適である。本願開示により、24℃を上回る温度、例えば、24℃〜37℃、または27℃〜37℃、または30℃〜37℃での酵素産生を可能にすることで、E.coli内にステビオール配糖体を高収率で生成させることが可能になる。
E.coliでの商用生合成は、過剰発現酵素及び/または異物酵素が安定である温度の制約を受けることが多いが、いくつかの実施形態の本願開示では、培養を高温で維持することができるため、高収率及び全体的な高生産性をもたらす。いくつかの実施形態では、培養を約30℃以上、または約31℃以上、または約32℃以上、または約33℃以上、または約34℃以上、または約35℃以上、または約36℃以上、または約37℃で行う。
宿主細胞及び方法はさらに、ステビオール配糖体の商用生産に好適である、すなわち、かかる細胞及び方法は商用スケールでの生産性があり得る。いくつかの実施形態では、培養サイズは少なくとも約100L、少なくとも約200L、少なくとも約500L、少なくとも約1,000L、または少なくとも約10,000Lである。一実施形態において、培養を、回分式培養、連続式培養、または半連続式培養で行ってよい。
いくつかの態様では、本発明は、ステビオール配糖体成分を含む生成物を製造する方法を提供し、かかるステビオール配糖体成分は、いくつかの実施形態ではRebMまたはRebDである。方法は、ステビオール配糖体を生成させる本明細書に記載の株を培養し、ステビオール配糖体を回収して、かかるステビオール配糖体を、食品、飲料、口腔ケア製品、甘味料、香味剤、または他の製品などの製品に組み込むことを含む。
本発明に従い調製し、精製されたステビオール配糖体をさまざまな製品に使用してよく、それらには、食品、飲料、テクスチャラント(texturant)(例えば、デンプン、繊維、ゴム、脂肪及び脂肪模倣物、及び乳化剤)、医薬組成物、タバコ製品、栄養補助組成物、口腔衛生組成物、及び化粧料組成物が含まれるが、これらに限定されない。RebMと組み合わせて使用できる香味の非限定的な例には、ライム、レモン、オレンジ、果実、バナナ、ブドウ、ナシ、パイナップル、マンゴ、ビターアーモンド、コーラ、シナモン、砂糖、綿菓子及びバニラの各香味が挙げられる。他の食品成分の非限定的な例には、香味、酸味料、及びアミノ酸、着色料、増量剤、化工デンプン、ゴム、調質剤、保存料、抗酸化剤、乳化剤、安定化剤、粘稠剤及びゲル化剤が挙げられる。
本発明にしたがって得た高度に精製された目的ステビオール配糖体(複数可)は、食物、飲料、医薬組成物、化粧品、チューインガム、食卓用製品、穀類、乳製品、練り歯磨き及び他の口腔用組成物などに高甘味度天然甘味料として組み込まれ得る。
本発明にしたがって得た高度に精製された目的ステビオール配糖体(複数可)をさまざまな生理活性物質または機能性成分と併用することができる。機能性成分は、一般に、カロテノイド、食物繊維、脂肪酸誘導体、サポニン、抗酸化剤、栄養補助食品、フラボノイド、イソチオシアネート、フェノール、植物のステロール及びスタノール(フィトステロール及びフィトスタノール);ポリオール;プレバイオティクス、プロバイオティクス;フィトエストロゲン;大豆タンパク質;硫化物/チオール;アミノ酸;タンパク質;ビタミン;及びミネラルなどのカテゴリーに分類される。機能性成分を、心血管、コレステロール減少、及び抗炎症など、それらの健康上の利益に基づいて分類してもよい。
本発明にしたがって得た高度に精製された目的ステビオール配糖体(複数可)を、味特性が改善されたゼロカロリー、低カロリーまたは糖尿病用の飲料及び食品を製造するために高甘味度甘味料として利用してよい。また、砂糖を使用できない飲み物、食物、医薬品、及び他製品に使用してよい。さらに、高度に精製された目的ステビオール配糖体(複数可)、特にRebMは、人の食用に作られた飲み物、食物、及び他製品用だけではなく、動物用の食餌及び飼料にも、味特性が改善された甘味料として使用することができる。
高度に精製された目的ステビオール配糖体(複数可)が甘味化合物として使用され得る例には、ウォッカ、ワイン、ビール、蒸留酒、及び日本酒等のようなアルコール飲料、天然ジュース、清涼飲料水、炭酸入りソフトドリンク、ダイエット飲み物、ゼロカロリー飲み物、低カロリーの飲み物及び食品、ヨーグルト飲み物、インスタントジュース、インスタントコーヒー、粉末タイプのインスタント飲料、缶詰製品、シロップ、発酵大豆ペースト、醤油、酢、ドレッシング、マヨネーズ、ケチャップ、カレー、スープ、インスタントブイヨン、粉末醤油、粉末酢、ビスケット各種、米菓、クラッカー、パン、チョコレート、キャラメル、キャンディ、チューインガム、ゼリー、プリン、保存加工した果物及び野菜、新鮮なクリーム、ジャム、マーマレード、フラワーペースト、粉乳、牛乳、アイスクリーム、シャーベット、瓶詰めした野菜及び果物、豆の水煮缶詰、甘味ソースで煮た肉及び食物、農産物野菜食品、魚介類、ハム、ソーセージ、魚肉ハム、魚肉ソーセージ、魚のすり身、魚肉揚げ物製品、魚介類の乾物、冷凍食料品、保存加工海藻、保存加工肉、タバコ、医薬品、他多数が挙げられるが、これに限定されるものではない。原則として、その用途は無限であり得る。
食物、飲み物、医薬品、化粧品、食卓用製品、及びチューインガムなどの製品製造の際、混合、混練、溶解、酢漬(pickling)、透過、浸出、散布、霧化、注入及び他の方法のような従来の方法を使用してよい。
ステビオール配糖体は、一般にステビアとして知られる、植物Stevia rebaudianaの天然成分である。ステビオール配糖体であるレバウジオシドM(RebM)(図1)は、その味プロファイルにより他のステビオール配糖体の味プロファイルに対して著しい改善をもたらし、現在使用されているレバウジオシドAのようなステビオール配糖体に代わる理想的候補ではあるが、その期待に応えられていないのは、ステビア植物に少量しかないことにある(<0.01%)。ステビオールは、RebMのようなステビオール配糖体の化学的コア構造を形成するジテルペノイドである(1)。
テルペノイド生合成は、複合体テルペノイド分子を異種生成させるために、原核細胞(例えば、E.coli)及び真核細胞(例えば、酵母)の両方で工学的操作が行われている(2、3)。E.coliのMEP経路は、酵母のMVA−経路より化学量論的に優れており、副生成物の蓄積が少ない(4、5)。新しい代謝工学的方法である多変量モジュラーメタボリックエンジニアリング(MMME)、及びテルペノイドの前駆体を過剰生成できるプラットフォームE.coli株が記載されている(4、6)。MMMEでは、代謝ネットワークを明確なモジュールの集合体として再定義することにより、規制及び経路による障害を評価し排除することが容易になる(7)。代謝回転の類似する酵素を一つのサブセット、またはモジュールにグループ化し、その後、濃度/活性を調節して各種サブセットの代謝回転を一様にすることにより、経路の代謝回転と資源消費量との比を最大にすることができる。
ステビオール及びステビオール配糖体用の足場となる官能基のないテルペン前駆体であるカウレンを生合成させるために、MMME経路工学をE coliに応用した。次に、下流の、CYP450介在性の酸化反応を工学的に操作して、ジテルペノイドを足場とするステビオールをE.coliで生合成させることができることを実証した。さらに、E.coliにおいてステビオールをステビオール配糖体に変換する糖鎖付加化学を工学的に操作して、糖鎖を付加した天然由来物質を作製する技術基盤を開発した。またさらに、E.coliを工学的に操作して、高いステビオール配糖体生成量を支持する、改善された量のUDP−グルコースを作製した。この研究により、再生可能な資源による微生物系においてRebM(及び本明細書に記載する他のステビオール配糖体)を得るための、経済的で、商業的に実行可能な供給源が提供される。
実施例1:ステビオール及びステビオール配糖体の生合成
ステビオール配糖体はジテルペノイド誘導体であり、その生合成初期経路では、共通の中間体をジベレリン酸生合成と共有している(8)。全体の直線経路は、4部分、すなわち(1)グルコース由来の中心炭素代謝物から開始前駆体であるIPPとDMAPPとを形成させる部分、(2)最初に貢献する中間体であるカウレンを生成させる部分、(3)主要中間体であるステビオールを生合成させる部分、(4)各種のステビオール配糖体を形成させる部分にモジュール化される。さらなるモジュール(5)を独立して工学的に操作し、ステビオールのグリコシル化に必要な第2の基質であるUDP−グルコースの増量生成を支持する。5つのモジュールを図2に示す。
植物では、共通のイソプレノイド前駆体であるIPP及びDMAPPの形成は、2つの生合成経路、つまりメバロン酸(MVA)経路またはメチルエリスリトールリン酸(MEP)経路(9)から生じ得る。ステビオール・ジテルペノイド生合成の第1段階は、IPP及びDMAPPのゲラニルゲラニル二リン酸(GGPP)への変換である。GGPPはすべてのジテルペノイド分子に対する4サブユニット前駆体である。次に、プロトン化で開始されるGGPPからコパリル二リン酸(CPP)への環化をCPP合成酵素(CPPS)により触媒させる。その後、カウレン合成酵素(KS)で触媒されるイオン化依存性の環化により、CPPからカウレンが生成される。これらの酵素は、ステビアの野生型生合成経路から同定され明らかにされている。このほかには、GGPPをカウレンに変換することが基部植物(Physcomitrella patens)及び真菌種(例えば、Gibberella fujikuroi及びPhaeosphaeria sp.)から明らかになっている、二機能性酵素がある(10、11)。その後、カウレンを、P450モノオキシゲナーゼであるカウレンオキシダーゼ(KO)によって3段階反応でカウレン酸に酸化させる。完全長のKO cDNAを酵母に発現させ、それによりカウレンがカウレン酸に変換され得ることが示された(12)。経路の次の段階は、カウレン酸13−ヒドロキシラーゼ(KAH)によるカウレン酸の水酸化である。シトクロムP450であるKAHを酵母に発現させ、それによりカウレン酸がステビオールに変換された(13)。
コアのステビオール分子を組み立てると、一連の6つのグリコシル化で6つのグルコース部分がステビオールのコアに結合される。これらの活性に関与するグリコシルトランスフェラーゼ酵素(EC2.4.1.17)は、UDP−グルコースのグルコース成分の疎水性低分子(この場合はステビオール分子)への移動を触媒する(14)。O−グリコシル化は、ステビオールのC13位及びC19位で生じ(図1)、その後、これらの両O−グリコシルにおける1−2’グリコシル化及び1−3’グリコシル化により合計6つのグリコシル化がもたらされる。グリコシル化の順序は、さまざまな中間生成物によってC13またはC19のグリコシル化、ならびに、1−2’または1−3’グリコシル化に与えられる順序に変化が生じ、極めて複雑になり得る(図3)。中間生成物のプールがStevia rebaudianaに蓄積すると仮定した場合、RebM生成経路で可能性が高いのは、ステビオール>ステビオールモノシド>ステビオールビオシド>ステビオシド>レバウジオシドA>レバウジオシドD>レバウジオシドMである。ただし、これは、微生物の生合成系における代替経路を除外するものではない(図3)。
ステビオール配糖体の生化学経路について詳細に理解して明らかにし、また、異種性の生合成経路の工学的操作を介してIPP及びDMAPPの経路を変更するための、上流イソプレノイド経路の工学技術を進歩させることは、好都合な微生物系バイオプロセスで精製された高品質のステビオール配糖体を、持続可能に管理製造するための基盤となる。植物を用いる現在の製造及び精製のスキームにはコスト削減という重要な課題がある。植物経路を微生物宿主に再構築して使用する本明細書に記載の微生物経路は、現在の方法を改善し、天然では存在量が非常に少ないステビオール配糖体を優れた品質で生成させる優れた機会を提供する。
(A)E.coliにおけるカウレン生合成操作
カウレンは、ステビオール及び植物成長ホルモンであるジベレリン酸の環式ジテルペノイド前駆体である。カウレンの生合成は、テルペノイドの汎用的な前駆体IPP及びDMAPPから3段階で構成される。IPP及びDMAPPからの3段階反応は、酵素GPPS、CPS及びKSまたは二機能性CPPS/KS酵素により触媒される。カウレンまでの全体的経路は2つのモジュールにグループ化される(図2)。異なる生物に由来するいくつかの酵素で、IPP及びDMAPPからGGPPへの変換(15〜18)及びGGPPからカウレン(9〜12、18)への変換及びカウレンからステビオールへの変換(12、19〜24)が明らかになっている(表1)。ステビアなどの高等植物では、GGPPからカウレンへの生合成は、コパリルピロリン酸合成酵素(CPPS)及びカウレン合成酵素(KS)と呼ばれる酵素が仲介する2段階反応として行われる。基部植物(Physcomitrella patens)及び真菌(例えば、Gibberella fujikuroi及びPhaeosphaeria sp.)種では、GGPPからカウレンへの生合成は、これらの生物で明らかになっている二機能性酵素により行われる。同様に、複数の酵素がクローニングされ、IPP及びDMAPPを変換してGGPPにすることが明らかになっている。したがって、カウレン生合成の工学的操作へ向けた第1段階は酵素の選択である。カウレンの生合成について試験するために異なる種に由来する酵素を選択した(表1)。タキサジエン生合成についてMMMEで最適化した研究から、TcGPPSの動態は、タキサジエンの約1g/Lでの製造を支持できるものであり、したがって他のジテルペンの製造も支持できることがわかった。最良のカウレン合成酵素オーソログを同定するため、上流の候補酵素としてTcGPPSを選択した。次いで、上流経路を工学的に操作した株で経路を試験するため、KS−CPS−GGPPS(KCG)または二機能性PsCK−GGPPS(CKG)を含んでいるオペロンを選択した。下流カウレン経路の発現を調節するため、KS−CPPS−GGPPS(KCG)及びCK−GGPPS(CKG)オペロンを、コピー数及びプロモーター強度をさまざまに変えてプラスミド系にクローニングした(p5Trc、p10Trc、p20Trc及びp5T7)。さらに、カウレンの各オペロンの1コピーを、発現レベルがさまざまに異なる上流経路と共に、強度がさまざまに異なるプロモーター下でE.coli染色体に組み込んだ。
経路を調節し、各種の組み合わせの生産性を試験するため、上流及び下流の発現をさまざまに変えて株を選択した。これらの株を、小規模(2mL)Hungateチューブ発酵に供し、表現型の特性及びカウレン生産性の特徴付けを行った。図4に示すように、複雑な非線形のカウレン蓄積が観察された。興味深いことに、植物種由来のKS(SrCPPS、SrKS及びPpCK)は同様のプロファイルを示したが(図4A、B)、真菌酵素で構築した経路(GfCK及びPsCK)では、非常に類似したパターンの生成物蓄積が示された(図4C、D)。興味深いことに、真菌酵素を組み込んでいる経路の低コピー発現は、植物酵素経路より比較的高い生産性を示した。生成物力価の最大値(約140mg/L)は、植物酵素のみを用いた構成体によるものである(図4A、すなわち、Stevia rebaudiana遺伝子を用いて上流をTrcプロモーター下、下流をプラスミドp20Trcに構築した株)。しかし、完全に染色体に組み込んだ真菌経路の酵素(PsCK)(図4D、すなわち、上流にTrc、下流にT7−PsCKGを有する株)では約100mg/Lのカウレンが生成された。これら2株の下流成分の発現を比較すると、同一強度の上流経路Ch1TrcMEP下で、Ch1T7PsCKG経路はp20TrcSrKCG(35a.u.)より23倍低い(1.5a.u.)(4)。多段階/マルチモジュール経路の性能の主要駆動力は、フラックスにおける至適バランスである。今回の下流発現を非常に低くした、Ch1TrcMEP及びCh1T7PsCKGで構築した株において、我々は、最高100mg/Lのカウレン生成を達成した。これにより、PsCK酵素はバランスのとれた経路発現下で高フラックスを支持できることが実証された。さらに、本研究から、異なる経路バランス下のジテルペン生成物プロファイルが複雑な非線形挙動であることについての洞察も与えられた(図5、6、及び表2)。このような、フラックス調節がさまざまに異なる場合の、経路による生成物選択性に関する複雑な挙動は、多変量モジュールによる経路最適化の力を明確に示している。至適バランス下では、株は、生成物プロファイルで高い選択性を示し得る(図6D、株47)。さらに、多変量モジュールによる検索で、最良の変異型カウレン酵素(PsCK)を選択し、さらに高生産性の株を人工的に作り出すことができた。この至適株(すなわち、株47)をバイオリアクターシステムで増殖させた際、我々は、培地または工程の改善を最小限に抑えつつ、カウレンを1.6g/L生成できる株を作製することができた(図7)。MMMEは、経路のさらなる最適化へ向けた洞察も与えるとともに、同様の手法を使用してGGPPS酵素の最良の変異型(表1)を同定する一助となる。その上、タキサジエン生成株に対する経路操作で観察されたように、カウレン生成もまた、抑制分子インドールの生成と逆相関を示した(図8)。
(B)E.coliにおけるステビオール生合成操作
ステビオールの生合成には、シトクロムP450酵素が介在する主要酸化反応2つが関与している(図3)。P450は、数千の天然由来物質の代謝経路に関与する重要な酸化酵素である(25)。最近まで、科学コミュニティーでは、野生型の真核生物宿主(例えば、植物または酵母)に比べると、E.coliなど細菌宿主は、こうした重要な天然物化学反応の実施には理想的な系ではないと考えられていた。しかし、E.coliにおいてタキソールの生化学を最適化する間に、P450酵素の生化学、具体的にはE.coliにおけるP450酵素の使用に関する生化学に関与する構造と機能との機構的関係について理解が深まった。N末端膜領域の操作と、CYP450酵素及びその補因子のP450レダクターゼ(CPR)の各酵素の至適組み合わせの構築とを至適に行うことは、機能発現にとって重要である。CYP450酵素を機能発現させ、タキサジエン、バレンセン、リモネンまたはカウレンなどの複雑な天然テルペノイドの天然由来物質をインビボで酸化させるために、いくつかの酵素/経路最適化技術が開発された。
ステビオール生合成は、カウレンオキシダーゼ(KO)及びカウレン酸ヒドロキシラーゼ(KAH)ならびにCYP450レダクターゼ(CPR)の異なる2種のCYP450酵素に仲介される。候補となるいくつかの遺伝子/酵素を同定し、ステビオール生合成における酸化及び水酸化反応のためのP450酵素として注釈を付した(表1)。カルボキシル化及びヒドロキシル化のための酵素であるKO及びKAHを機能発現させるには、タンパク質の再設計及び工学操作が必要である。我々は、E.coliにおいて改善された機能発現をさせるためのSrKO酵素を再設計しクローニングすることから開始した。バイオインフォマティクス解析を徹底的に行った後、N末端に欠失及び修飾のあるKO酵素をいくつか構築した(図9A)。SrKOと補因子シトロクロム(cytrochrome)P450レダクターゼ酵素(SrCPR)とを、融合タンパク質(「リンカー」構成体)として、またはポリシストロン性モジュール(「オペロン」構成体)としてpET45d発現ベクターに組み込んだ構成体(図9B)を創作した。E.coli内のこれらの構成体でのタンパク質生成及び相対的溶解度をSDS−PAGEを使用して評価した(図9C)。
その後、これらの構成体を、我々が作製したベクターp5Trcに移し、その経路のin vivo機能活性を試験した。これらの構成体を形質転換してカウレン生成株3、9及び11とし(表2)、カウレンからカウレン酸への変換を試験した(表3)。設計したキメラ酵素は機能的に活性であったが、酵素の反応性が不完全であったためカウレノ−ル及びカウレナールが生成された。N末端に欠失のある各種KO構成体すべてのうち、KOの39AAを欠失させた構成体が、4及び20アミノ酸を欠失させた構成体より機能的に活性であった。さらに、オペロンとして発現させたSrKO及びSrCPRは、SrKO及びSrCPRから構築した融合酵素と同様の活性を示した。この当初の研究に続いて、我々はSrKO酵素を3遺伝子のKAH−KO−CPRモジュールの一部としてさらに最適化し(下記を参照されたい)、この構成体のうち、至適SrKO構成体はN末端からアミノ酸残基20個を欠失させており、カウレンからカウレン酸に完全に変換された(下記を参照されたい)。
上記SrKO株の初回スクリーニングにおいて、基質プールの利用性は、その後のカウレン酸への変換に重要であることがわかった。高量の基質(カウレン)プールが利用可能な場合(株9)、カウレンは酸化経路で約60mg/Lの酸素化カウレン化合物に変換された。Arabidopsis thalianaのKO酵素の酵素活性に関するこれまでのインビトロ研究から、この酵素で、カウレンのアルコール誘導体、ジオール誘導体、及びアルデヒド誘導体が生成されることが実証された(12)。同様の生成物多様性はタキソールP450酵素でも見られるが、その場合、経路全体のバランスの再調整によって生成物プロファイルが変化し、水酸化されたタキサンのみが生成された。これを受け、KOのP450モジュールと上流モジュールとのバランスを再調整するため、株操作研究を開始した。モジュールバランスを再調整するため、KO経路を、染色体に組み込んだカウレン高生成株(株47)に導入し、活性及び生産性について試験した(図10)。異なる生物由来のオーソロガスなKO酵素の設計、合成及び試験も行い(表1)最良の変異型酵素を同定した。カウレン経路の場合と同様に、多変量での経路最適化を実施し、フラックスのバランスをさまざまに変えて最良の変異型酵素の同定、及びそれらの非線形生成物プロファイルと生成物分布の確認を行った(図11)。その後、野生型バックグラウンドの点変異体コレクションの設計及び検証を行ってSrKO活性を改善した(表4)。
カウレン酸が首尾よく生成されたら、生合成経路における酵素による最終段階を組み込み、酵素KAHによりカウレン酸のC13位炭素で水酸化が起こりステビオールが得られることを検証した(図1及び2)。SrKO及びSrCPRのポリシストロン性発現についての研究から、この酵素が独立成分として発現し、機能活性を維持し得ることがわかった。KO及びKAH両酵素が、SrCPR酵素単一を用いた場合も機能的に活性であるかどうかを測定した。プラスミド数を制限し、KO及びKAHの発現バランスを調整するために、SrCPRの単一コピーをカウレン操作株の染色体に組み込んだ。KO及びKAHを、p5Trcプラスミド下のポリシストロン性発現として構築した。全株(表5)を4日間発酵させ酢酸エチルで抽出しGC−MS分析を行ったところ、検出可能レベルのステビオールが検出された。
この有望な初回結果をもとに、E.coliの生合成経路に組み立てるための至適酵素を同定し、その際、操作した各種バージョンのKO及びKAHの両候補をCPR補因子酵素を有するポリシストロン性オペロンでインビボ発現させることを手段とした(図12)。AtKAH酵素を点変異の活動(campaign)でさらに増強させた。合理的な方法を使用してAtKAH配列の単一点変異コレクションを設計し、カウレン酸からステビオールへの変換を改善するために野生型酵素の安定性、溶解度、または活性を高めることを目標とした。野生型AtKAHに対する点変異及び対応する倍率変化の改善を表6にまとめ、図13に表示している。その後、これらの点変異のいくつかをAtKAH酵素で組み換え、カウレン酸をステビオールに完全に変換することができる組換え酵素を同定した(図14)。至適なSrKO及びSrCPRを有するオペロンで発現させると、カウレンからステビオールへの完全変換が示され(図15)、このことは、経路成分を慎重にバランス調整することの重要性をさらに強調している。
(C)E.coliにおける低分子グリコシル化操作
ステビオールからレバウジオシドM及びすべての中間ステビオール配糖体に至るまでの複数のグリコシル化を支持するため、利用可能なUDP−グルコース量を増加させようとするバックグラウンドE.coli株に一連の修飾を導入した。UDP−グルコースへの炭素フラックスを増加させること、及び低分子グリコシル化(すなわち、グリコーゲン合成及び炭素貯蔵)に従っていない、UDP−グルコースから離れている経路のフラックスを抑制することを目的として、一連の遺伝子ノックアウト及び遺伝子挿入を行った。かかる設計により、スクロースを細胞内へ移入させること、及び移入させたスクロースを、スクロースホスホリラーゼの作用によりフルクトースとグルコースに分けることが可能になる。炭素供給源としてスクロースを使用して細胞増殖が行われている場合、その後の一連のノックアウトにより一次代謝が改変され、炭素供給源としてフルクトースのみを使用して生物量が合成されるよう強制し、グルコースがUDP−グルコース生合成だけに向かって集められる。ただし、炭素供給源としてグリセロールまたはグルコースで増殖させたいずれの場合でも、細胞には依然として増殖能があり、かつUDP−グルコース利用性が改善されている。この戦略を実現する、E.coli株に施用される特定の修飾は表7に掲載されている。これらの修飾で低分子のグリコシル化が増強されたか否かを試験して測定したところ、カフェ酸(培地に添加)のインビボでのグリコシル化の増強が操作株により示され、実際に増強させることが実証された(図16)。
ステビオールのコア分子を構築し、コアを、グリコシル化反応がそれぞれ異なる4種のUGTの組立て体を使用してUDP−グルコースでグリコシル化させた(表8及び9)。これらの化学反応には、(1)ステビオールのC13におけるO−グリコシル化、(2)ステビオールのC19におけるO−グリコシル化、(3)C13 O−グルコースまたはC19 O−グルコースにおける1−2’−グリコシル化、及び(4)C13 O−グルコースまたはC19 O−グルコースにおける1−3’−グリコシル化(上記反応すべてを含む例については図1を参照されたい)が含まれる。C13の酸素及び/またはC19の酸素の一方または双方が一旦グリコシル化されたら、さらなるグリコシル化を1−2’または1−3’を加えてO−グルコースに付加できる。以下に記載するように、これらのUGTは、基本的にはそれらのドメインのシャッフリングにより修飾されており、目的の点変異でさらに増強され、所望の最終生成物であるRebMまでのフラックスを増強させる。MMME法を用いて4種のUGTを可能なあらゆる組み合わせに迅速に組み合わせ、ステビオール生成株をバックグラウンドにして得られた構成体をインビボでスクリーニングした(図17)。最適なポリシストロン性配置に組み立てた改善UGTと他の4つのモジュールとを単一E.coli株に組み合わせた。我々は、その株を培養し、レバウジオシドMをもたらすステビオール配糖体のインビボ生成を実証した(図18)。かかる株は合計5.7mg/Lのステビオール配糖体を生成でき、それには100μg/LのRebMが含まれている。可能なあらゆる構成体を作製し、それらを、プロモーター強度をさまざまに変えてプラスミドで発現させるかまたは染色体に組み込んで発現させることにより、RebD:RebM比が1:1から0:1(残ったRebDなし)に至るまでの範囲であるステビオール配糖体生成物プロファイルを得た。
我々の知る限り、ステビオールのような酸素化された二機能性テルペノイド分子を生成させるために、E.coliに2つのシトクロムP450モノオキシゲナーゼを機能的に発現させたのは今回が初めてである。その上、カウレンをステビオールに変換するために、1個のCPR酵素が両P450酵素(KO及びKAH)の補因子として作用した。これは、E.coli系でのP450介在性酸化反応の工学操作における、もう1つの重要な躍進である。さらに、我々の知る限り、4つのUGTを単一E.coli株に組み合わせ、それが、テルペノイドのコア分子を順次6回グリコシル化させてレバウジオシドMを単独のステビオール配糖体中間生成物として生成する能力があることを実証したのは今回が初めてである。これは、UGTの工学的操作、及び希少なステビオール配糖体を持続可能に生成するための基盤確立における大きな前進である。
実施例2:グリコシルトランスフェラーゼ酵素の円順列変異体の構築
酵素に対して作用する自然選択では、十分な安定性及び生物学的機能の活性について選択しようとする。このプロセスで、酵素は特定の進化経路へ送られるが、これは産業用途に求められる安定性と活性の獲得に容易に適合しないことがある。一例として、特定の一基質に特化した酵素は、特化していなかった酵素よりも新しい基質の人工操作で問題が多くなりがちである。したがって、ドメインの接続を交換して酵素を「振り混ぜる」ことにより、タンパク質の折り畳みは同一であるが、折り返しの相互作用と折り込まれている相互作用とが新規である、新たに選択及び進化の対象となるであろう酵素が創作される可能性がある。言い換えれば、アミノ酸変異を何ら導入することなく、単純に配列をシャッフリングし、酵素をその本来の進化経路から移動させることによって、タンパク質の折り畳みから進化空間の別のポイントへと「飛ぶ」ことができる可能性がある。
UGT(UDP−グルコースグリコシルトランスフェラーゼ)には、より可変なN末端の基質結合(糖受容体)ドメインと、より保存されたC末端のUDP−グルコース結合(糖供与体)ドメインという2つのドメインがある。N末端ドメインで酵素の基質特異性のほとんどが決定されるが、一部の特異性はC末端ドメインにより制御される。これらのドメイン各々がそのタンパク質のおよそ半分ずつを作っている。この2ドメイン構造を考えたとき、我々は、タンパク質を半分に切断して新たなN末端とC末端を作り、本来のN末端とC末端とを共に結合させれば(例えば、円「順列変異法(permutization)」)、酵素が「シャッフル」され、また(得られる酵素は、選択という圧力から生じたものではないと考えらえることから)人工的に活性を改善する新たな機会が作られるであろうという仮説を立てた。
一般手順の説明として、シャッフル酵素の設計では以下の工程が含まれる:(i)所望のグリコシル化活性を有する公知のUGTとの相同モデルを作製する(図19);(ii)その相同モデルを使用して、N末端残基とC末端残基の間の距離を推定する;(iii)既存のN末端とC末端とを連結するさまざまな長さのリンカーを設計する;(iv)新たなN末端及びC末端となる酵素内の位置を選択する;(v)得られる配列を合成する;(vi)インビボ及びインビトロで発現させ、親活性を保持するあらゆるシャッフル酵素を同定する;(vii)シャッフル酵素の新しい相同モデルから情報を得て、合理的操作法によって各設計を変更する;(viii)所望の活性改善が達成されるまで工程viiを繰り返す。リンカーを作製する場合(工程iii)、N末端残基及びC末端残基の同定を行い、各末端に最も近いが、相同モデルの構造に基づきタンパク質の残りの部分と直接相互作用すると予測されるものを同定する(図20)。新たなN末端とC末端用に切断部位を選ぶ場合(工程iv)(図21)、二次構造エレメント間のループ領域を選ぶが、かかるループ領域は、ドメイン構造を維持しており、可能な限り配列の中間に近く、また、溶媒露出していて活性部位から離れているものを選ぶ。
円順列変異体を、C13、C19、1−2’及び1−3’の各グリコシル化活性について設計、合成し、かつ組み込みを行った(親酵素はそれぞれ、SrUGT85C2、SrUGT74G1、OsUGT1−2(Q0DPB7_ORYSJ)(28)、及びSrUGT76G1である)。4活性はいずれも円順列変異体で機能した。一例として、データは、第1回目の円順列変異体操作で得た新規な酵素MbUGT1−2を示し、親酵素OsUGT1−2と同等の活性を示している(図22)。シャッフル酵素に対して行った次の改良では本来の親配列より活性が増強された酵素が生成され、このシャッフリング法が改善された酵素を生成することについての可能性を示している(図23)。これらの改良は、シャッフル酵素の新規なN末端とC末端を形成している位置と特定残基に対する、より微細なスケールでの修飾、ならびに親のN末端とC末端を連結するリンカーの長さとアミノ酸配列を改良することに焦点を当てる。
MbUGT1−2酵素に対する一連の点変異により、この新規配列にさらなる改善がもたらされ(図24及び25)、酵素配列をシャッフリングすることによって有意に改善する機会がかかる方法により作られたことが確認された。しかしながら、MbUGT1−2に改善された活性を付与したこれらの点変異を親OsUGT1−2バックグラウンドで試験したところ、中性であるかまたは活性に悪影響があることがわかった(図26)。新規酵素と親配列の間には点変異の移動可能性がないことから、円順列変異法(circular permutization)は、UGT酵素を改善する機会を得るための有益かつ普遍的な方法であることが確認された。
実施例3:別個のグリコシルトランスフェラーゼのキメラ融合
円順列変異法(circular permutization)によって生じた酵素のシャッフリングと同じように、N末端の低分子糖受容体である結合ドメインまたはC末端の糖供与体である結合ドメインを、既知のUGT同士で交換することによって、グリコシルトランスフェラーゼ酵素をシャッフルする代替的方法を創作した。例えば、SrUGT85C2のN末端ドメインとSrUGT76G1のC末端ドメインとで構成されるキメラ酵素を創作した(図27)。このアプローチの背後にある根拠は、UGT酵素のドメインをシャッフリングするという概念にあるが、今回に限り特別に、各UGT間でドメインをシャッフリングするというニュアンスを加えた。その意図するところは、エネルギー全体像において親酵素が占めているポイントから離れて、新たに最適な酵素立体配置へ向けたさらなる進化が可能な、新規な配列の非最適化酵素を生成株に作製することにある。ここでも、この酵素はそれ自体が自然選択を受けた結果生じたものではないため、このキメラ法で生じたシャッフル酵素は、高い進化可能性/点変異から良好な利益を受ける大きな可能性(すなわち、より高い活性)を有していなければならない。さらに、この方法を使用して、折り畳み及び/または安定性が増強されたキメラタンパク質を作製することができる。
簡潔に述べると、この方法では、広範な4つの工程を使用し、すなわち、(1)2つの候補UGTを同定する、(2)2つのUGT同士でキメラを作製するための乗換え位置(crossover position)を選択する(すなわち、2つの配列をつなぎ合わせるポイントを選択する)、(3)C末端ドメイン(ヌクレオチド−炭水化物の結合ドメイン、例えば、UDP−グルコース結合ドメイン)を、構造上の考察に基づき、低分子基質またはN末端低分子結合ドメインとの相互作用が改善されるよう変異させる、(4)キメラ構成体を創作して活性について試験する、という各工程を使用する。この方法は、潜在的なあらゆるUGTの機能的性能を改善するために一般化及び適用することができる。UGTのドメイン構造が保存されていれば、2つのUGTのいずれに由来するドメインでも組み合わせ可能と考えられる。
実施例4:活性を改善し希少配糖体を生合成させるためのグリコシルトランスフェラーゼ酵素修飾
ステビア植物から明らかになっている、十分量で生じるステビオール配糖体は約20種のみであるが、生合成により生成され得る、グリコシル化パターンの異なった考えられるステビオール配糖体がさらにいくつかある。表10及び図29、30、31及び32には、本項に記載するステビオール配糖体として可能性の高い、既知のステビオール配糖体がまとめられており、それらは符号SG#で略称されている。これらのグリコシドには天然に存在するものもあれば、本明細書に記載の4つのグリコシル化反応(すなわち、C13−O−グリコシル化、C19−O−グリコシル化、1,2’−グリコシル化、及び1,3’−グリコシル化)を触媒するUGTを使用して生合成が可能なものもある。
合理的な設計法を使用して、ステビオールからステビオールモノシド(SG1)、及び/またはC19−グルコピラノシルステビオール(SG2)からルブソシド(SG5)、及び/またはSG4からSG10、及び/またはSG7からSG11、及び/またはSG13からSG17、及び/またはSG19からSG29、及び/またはSG23からSG31への変換を改善するために、野生型酵素の安定性、溶解度、または活性を高めることを目的として、SrUGT85C2配列(C13−O−グリコシル化活性を有する)における単一点変異、二重点変異、及び三重点変異のコレクションを設計した。野生型SrUGT85C2に対する点変異及び対応する倍率変化改善を表11にまとめ、図32及び33に表示している。
合理的な設計法を使用して、ステビオールからC19−グルコピラノシルステビオール(SG2)、及び/またはステビオールモノシド(SG1)からルブソシド(SG5)、及び/またはステビオールビオシド(SG3)からステビオシド(SG8)、及び/またはSG6からレバウジオシドG(SG9)、及び/またはレバウジオシドB(SG12)からレバウジオシドA(SG16)、及び/またはSG18からSG28、及び/またはSG22からSG30への変換を改善するために、野生型酵素の安定性、溶解度、または活性を高めることを目的とした、SrUGT74G1配列(C19−O−グリコシル化活性を有する)における単一点変異、二重点変異、及び三重点変異のコレクションを設計した。
合理的な設計法を使用して、ステビオールモノシド(SG1)からステビオールビオシド(SG3)、及び/またはC19−グルコピラノシルステビオール(SG2)からSG4、及び/またはルブソシド(SG5)からステビオシド(SG8)、及び/またはルブソシド(SG5)からSG10、及び/またはルブソシド(SG5)からレバウジオシドE(SG14)、及び/またはSG6からレバウジオシドB(SG12)、及び/またはSG7からSG13、及び/または及び/またはステビオシド(SG8)からレバウジオシドE(SG14)、及び/またはSG10からレバウジオシドE(SG14)、及び/またはレバウジオシドG(SG9)からレバウジオシドA(SG16)、及び/またはレバウジオシドG(SG9)からSG21、及び/またはSG11からSG17、及び/またはSG11からSG20、及び/またはレバウジオシドB(SG12)からSG22、及び/またはSG13からSG23、及び/またはSG15からレバウジオシドI(SG26)、及び/またはSG15からSG27、及び/またはレバウジオシドA(SG16)からレバウジオシドD(SG24)、及び/またはレバウジオシドA(SG16)からSG30、及び/またはSG17からSG25、及び/またはSG17からSG31、及び/またはSG20からSG25、及び/またはSG21からレバウジオシドD(SG24)、及び/またはレバウジオシドD(SG24)からSG37、及び/またはSG25からSG39、及び/またはレバウジオシドI(SG26)からレバウジオシドM(SG32)、及び/またはレバウジオシドI(SG26)からSG38、及び/またはSG27からレバウジオシドM(SG32)、及び/またはSG27からSG40、及び/またはSG28からSG33、及び/またはSG29からSG35、及び/またはSG30からSG37、及び/またはSG31からSG39、及び/またはレバウジオシドM(SG32)からSG43、及び/またはレバウジオシドM(SG32)からSG44、及び/またはSG34からSG41、及び/またはSG36からSG42、及び/またはSG38からSG43、及び/またはSG40からSG44、及び/またはSG41からSG47、及び/またはSG42からSG48、及び/またはSG43からSG46、及び/またはSG44からSG46への変換を改善するために、野生型酵素の安定性、溶解度、または活性を高めることを目的として、MbUGT1−2配列(1−2’グリコシル化活性を有する)における単一点変異、二重点変異、及び三重点変異のコレクションを設計した。野生型MbUGT1−2に対する点変異及び対応する倍率変化改善を表12にまとめ、代表的反応を図24及び25に示す。
合理的な設計法を使用して、ステビオールモノシド(SG1)からSG6、及び/またはC19−グルコピラノシルステビオール(SG2)からSG7、及び/またはステビオールビオシド(SG3)からレバウジオシドB(SG12)、及び/またはSG4からSG13、及び/またはルブソシド(SG5)からレバウジオシドG(SG9)、及び/またはルブソシド(SG5)からSG11、及び/またはルブソシド(SG5)からSG15、及び/またはステビオシド(SG8)からレバウジオシドA(SG16)、及び/またはステビオシド(SG8)からSG20、及び/またはレバウジオシドG(SG9)からSG15、及び/またはSG10からSG17、及び/またはSG10からSG21、及び/またはSG11からSG15、及び/またはレバウジオシドB(SG12)からSG18、及び/またはSG13からSG19、及び/またはレバウジオシドE(SG14)からレバウジオシドD(SG24)、及び/またはレバウジオシドE(SG14)からSG25、及び/またはレバウジオシドE(SG14)からレバウジオシドM(SG32)、及び/またはレバウジオシドA(SG16)からレバウジオシドI(SG26)、及び/またはレバウジオシドA(SG16)からSG28、及び/またはSG17からSG27、及び/またはSG17からSG29、及び/またはSG20からレバウジオシドI(SG26)、及び/またはSG21からSG27、及び/またはレバウジオシドD(SG24)からレバウジオシドM(SG32)、及び/またはレバウジオシドD(SG24)からSG33、及び/またはSG25からレバウジオシドM(SG32)、及び/またはSG25からSG35、及び/またはレバウジオシドI(SG26)からSG34、及び/またはSG27からSG36、及び/またはSG28からSG34、及び/またはSG29からSG36、及び/またはSG30からSG38、及び/またはSG31からSG40、及び/またはレバウジオシドM(SG32)からSG41、及び/またはレバウジオシドM(SG32)からSG42、及び/またはSG33からSG41、及び/またはSG35からSG42、及び/またはSG37からSG43、及び/またはSG39からSG44、及び/またはSG41からSG45、及び/またはSG42からSG45、及び/またはSG43からSG48、及び/またはSG44からSG47への変換を改善するために、野生型酵素の安定性、溶解度、または活性を高めることを目的として、SrUGT76G1配列(1−3’グリコシル化活性を有する)における単一点変異、二重点変異、三重点変異、または四重点変異のコレクションを設計した。野生型SrUGT76G1に対する点変異及び対応する倍率変化改善を表13にまとめ、代表的反応を図35及び36に示す。
実施例5:22℃を上回る場合の収率及び性能の改善
22℃を上回る温度での最適下限を決定するためカウレンモジュールにおける酵素の性能を測定した。先の実施例に使用したGGPPS(ゲラニルゲラニル二リン酸)シンターゼ酵素及び二機能性コパリル二リン酸(CPP)/カウレンシンターゼ酵素の代替的酵素のクラスターを同定した。特に、E.coliにおいて細菌酵素のほうが植物酵素及び真菌酵素より良好に機能する場合があることから、細菌供給源に由来する代替的酵素を検討した。可能な場合は好熱性細菌由来の酵素を検討した。CPP合成酵素及びカウレン合成酵素の活性については、根圏細菌がその共生ライフスタイルからカウレン生成性であることが多いため、根圏細菌の遺伝子を同定した。
図39は、代替的GGPPS酵素についての結果を示す。いくつかの酵素は、高温において改善された性能を示し、それらには海洋細菌443、Synechoccus sp.、Thermotoga maritima、Cornybacterium glutamicum、及びPyrobaculum calidifontisが含まれる。
図40は、代替的CPPS及びKS酵素についての結果を示す。Erwina tracheiphila(Et)のCPPS及びEtKSが、高温における改善された活性を示した。
さまざまなステビオール配糖体(RebMなど)の生成を選択株において22℃で試験した。かかる株は、FAB46−MEP、T7−PsCKS−AnGGPPS、T7−AtKAH−SrKO−SrCPR、T7−MbUGT1,3−MbUGT1,2−MbUGTc13−MbUGTc19を含んでいるpBAC単一コピー染色体を有するE.coli K12であった。図41に示すように、RebMの力価は55.5mg/L、ステビオール配糖体総力価は58.3mg/Lであったが、これは、RebM94.4%に等しい。RebM:RebD比は64.5:1(単位:グラム)であった。
Figure 0006946183
ステビオール配糖体の細胞内蓄積を調べた。図42に示すように、ステビオール配糖体の大部分が細胞から排泄されている。図42は、細胞内及び細胞外の物質を合わせて、細胞の内側と外側とで蓄積生成物のパーセンテージを比べている。これは、ほとんどが細胞内の蓄積を示し、ステビオール配糖体の収率が実質的に少なかった当初の研究と対照的であった。当初の研究では力価が低かったために、蓄積された生成物プールでは、細胞の外へ生成物をポンピングするのに必要な能動輸送機序に不十分だったことが考えられる。実際、力価の上昇に伴い、細胞の外側に蓄積した生成物の割合が大きくなり、これは、推定上のポンプ活性の閾濃度を一旦超えると、残りの生成物が運び出されることを示している。中間生成物プールが輸送体のKb以下に維持されれば、炭素が外部に失われることなく、C−フラックスを最終生成物まで効果的に押し出させることができるため(例えば、ステビオール配糖体中間体が一旦ポンピングで出されると、そこからさらにグリコシル化されてRebMなど所望の生成物になることができない)、これらのデータは、株の工学的操作の観点及びE.coliにおける商用生産の点で非常に有望である。
UGT85C2の点変異体を作製し、22℃、30℃、及び34℃で試験した。図43A、Bは、34℃でのステビオールモノシドの生成を示す。図43Cは、選択した変異体の22℃、30℃、及び34℃でのステビオールモノシド生成を示す。いくつかの変異は、34℃で高いステビオールモノシド生成を示し、変異P215Tが生成量が最も多かった。
74G1の円順列変異体も30℃及び34℃での活性について試験した。図44A、Bは、ステビオールから13C−c19−Glu−ステビオールへの変換(図44A)及びステビオールビオシドから13Cステビオシドへの変換(図44B)を示す。
AtKAHにおける変異を22℃、26℃、及び30℃での活性についてスクリーニングした。図45に示すように、C331Iでは実質的な熱安定性が得られた。C331Iはt14バックグラウンドで作製されたものである。
MbUGT1,2の合理的組換えを行い、RebAからRebDへの変換(図46A)、ならびにステビオールモノシドから13cステビオールビオシドへの変換(図46B)について30℃及び34℃でスクリーニングを行った。これらの試験から、残基196において切断して新たなN末端を創出し、S16W、H422E、R430E、R434Hに変異が導入された円順列変異体が得られた(MbUGT1,2−2)。これらの試験では、これらの酵素を生成する細胞に列記した温度で4時間のタンパク質生成を誘導して抽出し、一晩インビトロでアッセイを行った。基質濃度は1mMである。
30℃及び34℃にて温度がカウレン基質生成に与える影響を試験した。図47は、各種モジュール構成体間の30℃でのカウレン生成を示し、図48は、各種モジュール構成体間の34℃でのカウレン生成を示す。30℃では、バックグラウンドT7MEPのCh1.T7−PsCK−AnGGPPSが最も高いカウレン力価(約15mg/L)を与えた。34℃では、バックグラウンドT7MEPのCh1.T7−PsCK−AnGGPPSが最も高いカウレン力価(約2mg/L)を示した。
AtKAHの熱耐性を調べるため、AtKAH点変異体を30℃及び34℃で試験した。条件は、R培地+グルコース、96ディープウェルプレート、30℃または34℃にて3日間という条件であった。株のバックグラウンドはp5Trc−(8RP)t14AtKAH−O−(8RP)t20SrKO−O−FLSrCPRであった。図49は、AtKAH点変異のライブラリー全体を通した30℃でのステビオールの生成を示す。図50は、AtKAH点変異のライブラリー全体を通した34℃でのステビオールの生成を示す。各種点変異は、30または34℃におけるステビオールの高力価に示されるように、野生型の熱耐性を改善している。
MbUGT1_2の各円順列変異体(curcular permutant)を30℃、33℃、及び37℃で活性について試験した。図51(A)、(B)は、MbUGT1_2円順列変異体の30℃、34℃、及び37℃での活性を示す。パネル(A)は、RebAからRebDへの変換を示し、パネル(B)は、ステビオールモノシドから13Cステビオールビオシドへの変換を示す。いずれも、円順列変異体の発現を誘導し、その後、4時間のインキュベーションを行った。示されているように、EUGT11は30℃以上で誘導するとその活性を失った。対照的に、誘導円順列変異体は30℃で最も活性が高いようである。MbUGT1_2 196Lは、両基質で最も高い活性を保持している。
図52は、30℃、34℃、及び37℃においてステビオールを13Cステビオールモノシドに変換するUGT85C2変異体の活性を示す。発現を誘導し、その後、4時間のインキュベーションを行った。示されているように、85C2−WT及び各誘導は、34℃及び37℃で同程度の活性を保持しており、30℃での最も高い活性を維持している。
図53は、30℃、34℃、及び37℃においてRebDを13C RebMに変換するUGT76G1変異体の活性を示す。発現を誘導し、その後、4時間のインキュベーションを行った。76G1−L200Aは、高温で誘導してアッセイを行った場合に特に活性であり、タンパク質量の多さによる可能性がある。
図54は、30℃、34℃、及び37℃においてステビオールビオシドを13Cステビオシドに変換するUGT74G1円順列変異体の活性を示す。74G1−WTは、37Cで誘導してアッセイを行った場合でもステビオールビオシドに対する活性を保持している。円順列変異体74G1−259M及び74G1−259Lは、高温における有意な活性低下を示している。
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配列表
UGT配列
>SrUGT85C2 gi|37993661|gb|AAR06916.1|UDP−グリコシルトランスフェラーゼ85C2[Stevia rebaudiana]
(配列番号1)
MDAMATTEKKPHVIFIPFPAQSHIKAMLKLAQLLHHKGLQITFVNTDFIHNQFLESSGPHCLDGAPGFRFETIPDGVSHSPEASIPIRESLLRSIETNFLDRFIDLVTKLPDPPTCIISDGFLSVFTIDAAKKLGIPVMMYWTLAACGFMGFYHIHSLIEKGFAPLKDASYLTNGYLDTVIDWVPGMEGIRLKDFPLDWSTDLNDKVLMFTTEAPQRSHKVSHHIFHTFDELEPSIIKTLSLRYNHIYTIGPLQLLLDQIPEEKKQTGITSLHGYSLVKEEPECFQWLQSKEPNSVVYVNFGSTTVMSLEDMTEFGWGLANSNHYFLWIIRSNLVIGENAVLPPELEEHIKKRGFIASWCSQEKVLKHPSVGGFLTHCGWGSTIESLSAGVPMICWPYSWDQLTNCRYICKEWEVGLEMGTKVKRDEVKRLVQELMGEGGHKMRNKAKDWKEKARIAIAPNGSSSLNIDKMVKEITVLARN
>SrUGT74G1 gi|37993669|gb|AAR06920.1|UDP−グリコシルトランスフェラーゼ74G1[Stevia rebaudiana]
(配列番号2)
MAEQQKIKKSPHVLLIPFPLQGHINPFIQFGKRLISKGVKTTLVTTIHTLNSTLNHSNTTTTSIEIQAISDGCDEGGFMSAGESYLETFKQVGSKSLADLIKKLQSEGTTIDAIIYDSMTEWVLDVAIEFGIDGGSFFTQACVVNSLYYHVHKGLISLPLGETVSVPGFPVLQRWETPLILQNHEQIQSPWSQMLFGQFANIDQARWVFTNSFYKLEEEVIEWTRKIWNLKVIGPTLPSMYLDKRLDDDKDNGFNLYKANHHECMNWLDDKPKESVVYVAFGSLVKHGPEQVEEITRALIDSDVNFLWVIKHKEEGKLPENLSEVIKTGKGLIVAWCKQLDVLAHESVGCFVTHCGFNSTLEAISLGVPVVAMPQFSDQTTNAKLLDEILGVGVRVKADENGIVRRGNLASCIKMIMEEERGVIIRKNAVKWKDLAKVAVHEGGSSDNDIVEFVSELIKA
>SrUGT76G1 gi|37993653|gb|AAR06912.1|UDP−グリコシルトランスフェラーゼ76G1[Stevia rebaudiana]
(配列番号3)
MENKTETTVRRRRRIILFPVPFQGHINPILQLANVLYSKGFSITIFHTNFNKPKTSNYPHFTFRFILDNDPQDERISNLPTHGPLAGMRIPIINEHGADELRRELELLMLASEEDEEVSCLITDALWYFAQSVADSLNLRRLVLMTSSLFNFHAHVSLPQFDELGYLDPDDKTRLEEQASGFPMLKVKDIKSAYSNWQILKEILGKMIKQTKASSGVIWNSFKELEESELETVIREIPAPSFLIPLPKHLTASSSSLLDHDRTVFQWLDQQPPSSVLYVSFGSTSEVDEKDFLEIARGLVDSKQSFLWVVRPGFVKGSTWVEPLPDGFLGERGRIVKWVPQQEVLAHGAIGAFWTHSGWNSTLESVCEGVPMIFSDFGLDQPLNARYMSDVLKVGVYLENGWERGEIANAIRRVMVDEEGEYIRQNARVLKQKADVSLMKGGSSYESLESLVSYISSL
>SrUGT91D1
(配列番号4)
MYNVTYHQNSKAMATSDSIVDDRKQLHVATFPWLAFGHILPFLQLSKLIAEKGHKVSFLSTTRNIQRLSSHISPLINVVQLTLPRVQELPEDAEATTDVHPEDIQYLKKAVDGLQPEVTRFLEQHSPDWIIYDFTHYWLPSIAASLGISRAYFCVITPWTIAYLAPSSDAMINDSDGRTTVEDLTTPPKWFPFPTKVCWRKHDLARMEPYEAPGISDGYRMGMVFKGSDCLLFKCYHEFGTQWLPLLETLHQVPVVPVGLLPPEIPGDEKDETWVSIKKWLDGKQKGSVVYVALGSEALVSQTEVVELALGLELSGLPFVWAYRKPKGPAKSDSVELPDGFVERTRDRGLVWTSWAPQLRILSHESVCGFLTHCGSGSIVEGLMFGHPLIMLPIFCDQPLNARLLEDKQVGIEIPRNEEDGCLTKESVARSLRSVVVENEGEIYKANARALSKIYNDTKVEKEYVSQFVDYLEKNARAVAIDHES
>SrUGT91D2
(配列番号5)
MATSDSIVDDRKQLHVATFPWLAFGHILPYLQLSKLIAEKGHKVSFLSTTRNIQRLSSHISPLINVVQLTLPRVQELPEDAEATTDVHPEDIPYLKKASDGLQPEVTRFLEQHSPDWIIYDYTHYWLPSIAASLGISRAHFSVTTPWAIAYMGPSADAMINGSDGRTTVEDLTTPPKWFPFPTKVCWRKHDLARLVPYKAPGISDGYRMGLVLKGSDCLLSKCYHEFGTQWLPLLETLHQVPVVPVGLLPPEVPGDEKDETWVSIKKWLDGKQKGSVVYVALGSEVLVSQTEVVELALGLELSGLPFVWAYRKPKGPAKSDSVELPDGFVERTRDRGLVWTSWAPQLRILSHESVCGFLTHCGSGSIVEGLMFGHPLIMLPIFGDQPLNARLLEDKQVGIEIPRNEEDGCLTKESVARSLRSVVVEKEGEIYKANARELSKIYNDTKVEKEYVSQFVDYLEKNTRAVAIDHES
>SrUGT91D2e
(配列番号6)
MATSDSIVDDRKQLHVATFPWLAFGHILPYLQLSKLIAEKGHKVSFLSTTRNIQRLSSHISPLINVVQLTLPRVQELPEDAEATTDVHPEDIPYLKKASDGLQPEVTRFLEQHSPDWIIYDYTHYWLPSIAASLGISRAHFSVTTPWAIAYMGPSADAMINGSDGRTTVEDLTTPPKWFPFPTKVCWRKHDLARLVPYKAPGISDGYRMGLVLKGSDCLLSKCYHEFGTQWLPLLETLHQVPVVPVGLLPPEIPGDEKDETWVSIKKWLDGKQKGSVVYVALGSEVLVSQTEVVELALGLELSGLPFVWAYRKPKGPAKSDSVELPDGFVERTRDRGLVWTSWAPQLRILSHESVCGFLTHCGSGSIVEGLMFGHPLIMLPIFGDQPLNARLLEDKQVGIEIPRNEEDGCLTKESVARSLRSVVVEKEGEIYKANARELSKIYNDTKVEKEYVSQFVDYLEKNARAVAIDHES
>OsUGT1−2(Q0DPB7_ORYSJ)
配列番号7
MDSGYSSSYAAAAGMHVVICPWLAFGHLLPCLDLAQRLASRGHRVSFVSTPRNISRLPPVRPALAPLVAFVALPLPRVEGLPDGAESTNDVPHDRPDMVELHRRAFDGLAAPFSEFLGTACADWVIVDVFHHWAAAAALEHKVPCAMMLLGSAHMIASIADRRLERAETESPAAAGQGRPAAAPTFEVARMKLIRTKGSSGMSLAERFSLTLSRSSLVVGRSCVEFEPETVPLLSTLRGKPITFLGLMPPLHEGRREDGEDATVRWLDAQPAKSVVYVALGSEVPLGVEKVHELALGLELAGTRFLWALRKPTGVSDADLLPAGFEERTRGRGVVATRWVPQMSILAHAAVGAFLTHCGWNSTIEGLMFGHPLIMLPIFGDQGPNARLIEAKNAGLQVARNDGDGSFDREGVAAAIRAVAVEEESSKVFQAKAKKLQEIVADMACHERYIDGFIQQLRSYKD
UGTの変異体及び円順列変異体
>MbUGTC19
(配列番号8)
MAECMNWLDDKPKESVVYVAFGSLVKHGPEQVEEITRALIDSDVNFLWVIKHKEEGKLPENLSEVIKTGKGLIVAWCKQLDVLAHESVGCFVTHCGFNSTLEAISLGVPVVAMPQFSDQTTNAKLLDEILGVGVRVKADENGIVRRGNLASCIKMIMEEERGVIIRKNAVKWKDLAKVAVHEGGSSDNDIVEFVSELIKAGSGEQQKIKKSPHVLLIPFPLQGHINPFIQFGKRLISKGVKTTLVTTIHTLNSTLNHSNTTTTSIEIQAISDGCDEGGFMSAGESYLETFKQVGSKSLADLIKKLQSEGTTIDAIIYDSMTEWVLDVAIEFGIDGGSFFTQACVVNSLYYHVHKGLISLPLGETVSVPGFPVLQRWETPLILQNHEQIQSPWSQMLFGQFANIDQARWVFTNSFYKLEEEVIEWTRKIWNLKVIGPTLPSMYLDKRLDDDKDNGFNLYKANHH
>MbUGT1−2
(配列番号9)
MAGSSGMSLAERFSLTLSRSSLVVGRSCVEFEPETVPLLSTLRGKPITFLGLMPPLHEGRREDGEDATVRWLDAQPAKSVVYVALGSEVPLGVEKVHELALGLELAGTRFLWALRKPTGVSDADLLPAGFEERTRGRGVVATRWVPQMSILAHAAVGAFLTHCGWNSTIEGLMFGHPLIMLPIFGDQGPNARLIEAKNAGLQVARNDGDGSFDREGVAAAIRAVAVEEESSKVFQAKAKKLQEIVADMACHERYIDGFIQQLRSYKDDSGYSSSYAAAAGMHVVICPWLAFGHLLPCLDLAQRLASRGHRVSFVSTPRNISRLPPVRPALAPLVAFVALPLPRVEGLPDGAESTNDVPHDRPDMVELHRRAFDGLAAPFSEFLGTACADWVIVDVFHHWAAAAALEHKVPCAMMLLGSAHMIASIADRRLERAETESPAAAGQGRPAAAPTFEVARMKLIRTK
>MbUGT1−3
(配列番号10)
MANWQILKEILGKMIKQTKASSGVIWNSFKELEESELETVIREIPAPSFLIPLPKHLTASSSSLLDHDRTVFQWLDQQPPSSVLYVSFGSTSEVDEKDFLEIARGLVDSKQSFLWVVRPGFVKGSTWVEPLPDGFLGERGRIVKWVPQQEVLAHGAIGAFWTHSGWNSTLESVCEGVPMIFSDFGLDQPLNARYMSDVLKVGVYLENGWERGEIANAIRRVMVDEEGEYIRQNARVLKQKADVSLMKGGSSYESLESLVSYISSLENKTETTVRRRRRIILFPVPFQGHINPILQLANVLYSKGFSITIFHTNFNKPKTSNYPHFTFRFILDNDPQDERISNLPTHGPLAGMRIPIINEHGADELRRELELLMLASEEDEEVSCLITDALWYFAQSVADSLNLRRLVLMTSSLFNFHAHVSLPQFDELGYLDPDDKTRLEEQASGFPMLKVKDIKSAYS
>MbUGT1,2−2
(配列番号45)
MATKGSSGMSLAERFWLTLSRSSLVVGRSCVEFEPETVPLLSTLRGKPITFLGLMPPLHEGRREDGEDATVRWLDAQPAKSVVYVALGSEVPLGVEKVHELALGLELAGTRFLWALRKPTGVSDADLLPAGFEERTRGRGVVATRWVPQMSILAHAAVGAFLTHCGWNSTIEGLMFGHPLIMLPIFGDQGPNARLIEAKNAGLQVARNDGDGSFDREGVAAAIRAVAVEEESSKVFQAKAKKLQEIVADMACHERYIDGFIQQLRSYKDDSGYSSSYAAAAGMHVVICPWLAFGHLLPCLDLAQRLASRGHRVSFVSTPRNISRLPPVRPALAPLVAFVALPLPRVEGLPDGAESTNDVPHDRPDMVELHRRAFDGLAAPFSEFLGTACADWVIVDVFHHWAAAAALEHKVPCAMMLLGSAEMIASIADERLEHAETESPAAAGQGRPAAAPTFEVARMKLIR
>MbUGTC19−2
(配列番号46)
MANHHECMNWLDDKPKESVVYVAFGSLVKHGPEQVEEITRALIDSDVNFLWVIKHKEEGKLPENLSEVIKTGKGLIVAWCKQLDVLAHESVGCFVTHCGFNSTLEAISLGVPVVAMPQFSDQTTNAKLLDEILGVGVRVKADENGIVRRGNLASCIKMIMEEERGVIIRKNAVKWKDLAKVAVHEGGSSDNDIVEFVSELIKAGSGEQQKIKKSPHVLLIPFPLQGHINPFIQFGKRLISKGVKTTLVTTIHTLNSTLNHSNTTTTSIEIQAISDGCDEGGFMSAGESYLETFKQVGSKSLADLIKKLQSEGTTIDAIIYDSMTEWVLDVAIEFGIDGGSFFTQACVVNSLYYHVHKGLISLPLGETVSVPGFPVLQRWETPLILQNHEQIQSPWSQMLFGQFANIDQARWVFTNSFYKLEEEVIEWTRKIWNLKVIGPTLPSMYLDKRLDDDKDNGFNLYKA
>MbUGTC13
(配列番号51)
MADAMATTEKKPHVIFIPFPAQSHIKAMLKLAQLLHHKGLQITFVNTDFIHNQFLESSGPHCLDGAPGFRFETIPDGVSHSPEASIPIRESLLRSIETNFLDRFIDLVTKLPDPPTCIISDGFLSVFTIDAAKKLGIPVMMYWTLAACGFMGFYHIHSLIEKGFAPLKDASYLTNGYLDTVIDWVPGMEGIRLKDFPLDWSTDLNDKVLMFTTEATQRSHKVSHHIFHTFDELEPSIIKTLSLRYNHIYTIGPLQLLLDQIPEEKKQTGITSLHGYSLVKEEPECFQWLQSKEPNSVVYVNFGSTTVMSLEDMTEFGWGLANSNHYFLWIIRSNLVIGENAVLPPELEEHIKKRGFIASWCSQEKVLKHPSVGGFLTHCGWGSTIESLSAGVPMICWPYSWDQLTNCRYICKEWEVGLEMGTKVKRDEVKRLVQELMGEGGHKMRNKAKDWKEKARIAIAPNGSSSLNIDKMVKEITVLARN
ステビオール生合成の酵素
>TcGGPPS
(配列番号11)
MYTAMAAGTQSLQLRTVASYQECNSMRSCFKLTPFKSFHGVNFNVPSLGAANCEIMGHLKLGSLPYKQCSVSSKSTKTMAQLVDLAETEKAEGKDIEFDFNEYMKSKAVAVDAALDKAIPLEYPEKIHESMRYSLLAGGKRVRPALCIAACELVGGSQDLAMPTACAMEMIHTMSLIHDDLPCMDNDDFRRGKPTNHKVFGEDTAVLAGDALLSFAFEHIAVATSKTVPSDRTLRVISELGKTIGSQGLVGGQVVDITSEGDANVDLKTLEWIHIHKTAVLLECSVVSGGILGGATEDEIARIRRYARCVGLLFQVVDDILDVTKSSEELGKTAGKDLLTDKATYPKLMGLEKAKEFAAELATRAKEELSSFDQIKAAPLLGLADYIAFRQN
>TcGGPPS 98位で切断し角括弧で括った変異を有する
(配列番号12)
MADFNEYMKSKAVAVDAALDKAIPLEYPEKIHESMRYSLLAGGKRVRPALCIAACELVGGSQDLAMPTACAMEMIHTMSLIHDDLPCMDNDDFRRGKPTNHKVFGEDTAVLAGDALLSFAFEHIAVATSKTVPSDRTLRVI[C]ELGKTIGSQGLVGGQVVDITSEGDANVDLKTLEWIHIHKTAVLLECSVVSGGILG[D]ATEDEIARIRRYARCVGLLFQVVDDILDVTKSSEELGKTAGKDLLTDKATYPKLMGLEKAKEFAAELATRAKEELSSFDQIK[V]APLLGLADYIAFRQN
>AgGGPPS gi|17352451|gb|AAL17614.2|AF425235_1 ゲラニルゲラニル二リン酸合成酵素[Abies grandis]
(配列番号13)
MAYSGMATSYHGLHFMNIATQECNLKRLSIPSRRFHGVSPSLWASNGFQGHLKRELSANSFLVSSSRYSNTIAKFTNLPEKVKEKVIEFDFKEYLRSKAMAVNEALDRAVPLRYPERIHEAMRYSLLAGGKRVRPVLCISACELVGGTEEVAMPTACAMEMIHTMSLIHDDLPCMDNDDFRRGKPTNHKVFGEGTAILAGDALLSFAFEHIAVSTSKSVGTDRILRVVSELGRTIGSQGLVGGQVADITSEGDASVDLDTLEWIHIHKTAVLLECSVMCGAIISGASDNEIERIQRYARSVGLLFQVVDDILDVTKSSKELGKTAGKDLISDKATYPKLMGLEKAKQFASDLLIRAKEDLSCFDPMKAAPLLGLADYIAFRQN
>AnGGPPS gi|259486923|tpe|CBF85177.1| TPA:保存された仮定上のタンパク質[Aspergillus nidulans FGSC A4}
(配列番号14)
MSPPLDSALEPLSEYKETAFPRTEKDPSQYKEHDLVTPEKEIQTGYFSPRGSHSSHGSHDSSASSNISLDDARMSDVNNSPNVFHDDPDTIDEKLSMYWKAANETVIREPYDYIAGIPGKEIRRKLLEAFNHWYKVDEQSCQAIATTVGMAHNASLLIDDIQDSSKLRRGVPCAHEVFGIAQTINSANYVYFLAQNQLFRLRSWPQAISVFNEEMVNLHRGQGMELFWRDNLLPPSMDDYLQMIANKTGGLFRMIVRLLQTSSRQVIDVEQLVDVLGLYFQILDDYKNIREEKMAAQKGFFEDLTEGKFSFPICHAIGEGAKNRTALLHMLRLKTDDMKIKQEAVCILDNAGSLDYTREVLYGLDRKARSLLREFKTPNPFMEALLDAMLSSLQACH
>SmGGPPS gi|260653869|dbj|BAI44337.1| ゲラニルゲラニル二リン酸合成酵素[Streptomyces melanosporofaciens]
配列番号15)
MTTPTLSPGRLDADTVRKSVDVVLEDFLTAKAHTTPQHHLPYLSGLLKDFLSGGKRIRPLLCVTGWQAVGGGEDTEPVFRVAACLEMFHAFALIHDDVMDDSDTRRGRPTIHRTLAALCATDRRPEQIERFGVSGAVLLGDLALTWSDELLHSAGLTPVQFDAVLPLLSEMRTEVMLGQYLDLQATGELTDDVEATLTVNRYKTAKYTIERPLHVGAAIAGAGPEAMEAFTAYALPLGEAFQLRDDLLGVYGDPESTGKSQLDDLRAGKNTTLIALALRGSDSTQAARLRSLIGNPLLDERDAATIQEIFAATTARDAVEQMIDDRRTQALRALDDAPFTADAVNALKQIARLATVRNS
>MbGGPPS[海洋細菌443]
(配列番号36)
MAENGLLDCEQYLEEAMAEHATAQCPPLLAQALNYAVFPGGARVRPKICKAVALANNSSDVGLANAAASAIELLHCASLVHDDLPCFDDATQRRGKPSVHAKFGERIAVLTGDALIVAAFQTLATHAIHAVRTERVPLVTAIVARGVGAPHGICAGQAWECERSVDLSRYHRAKTGALFVAATCAGAAAAGVDPGPWVNLGASIGEAYQVADDIKDAISDPETLGKPTGIDVKLDRPSAVRELGLDGAVTRLKQCLEAGLDSMPACAGQDLLQKIVRAQASRFVPEKIAQVAAVD
>PhGGPPS[Paracoccus haeundaensis]
(配列番号37)
MARRDVNPIHATLLQTRLEEIAQGFGAVSQPLGAAMSHGALSSGRRFRGMLMLLAAEASGGVCDTIVDAACAVEMVHAASLIFDDLPCMDDAGLRRGRPATHVAHGESRAVLGGIALITEAMALLAGARGASGTVRAQLVRILSRSLGPQGLCAGQDLDLHAAKNGAGVEQEQDLKTGVLFIAGLEMLAVIKEFDAEEQTQMIDFGRQLGRVFQSYDDLLDVVGDQAALGKDTGRDAAAPGPRRGLLAVSDLQNVSRHYEASRAQLDAMLRSKRLQAPEIAALLERVLPYAARAVD
>CtGGPPS[Clorobium tepidum TLS]
(配列番号38)
MASSPITQAQVESKYRQYHAKINEALAACFPKEKPATLYDPARYILEGKGKRIRPFLTLLAAEAVSGKSDNALGVALGIEVLHNFTLMHDDIMDQADLRHGRPTVHKQWNVNAAILSGDMMIAYAYELALKAISSRHAEIIHIFNDANITICEGQALDMELEQRKDVTIADYLDMISKKTGRLISAALEAGGVAGDGTPEQIAALVTFGEKIGRAFQIQDDYLDIMAGDGKSGKVPGGDVINGKKTWLLLRSLELAEGADRELLQSIFDNNGTSPDNVPAVKAIFEKCGVLNETRAKINEDTEAALAALDALPFEEGRGYLRGFANILMKRDFVD
>SsGGPPS[Synechoccus sp.JA−3−3Ab]
(配列番号39)
MAVAQTFNLDTYLSQRQQQVEEALSAALVPAYPERIYEAMRYSLLAGGKRLRPILCLAACELAGGSVEQAMPTACALEMIHTMSLIHDDLPAMDNDDFRRGKPTNHKVFGEDIAILAGDALLAYAFEHIASQTRGVPPQLVLQVIARIGHAVAATGLVGGQVVDLESEGKAISLETLEYIHSHKTGALLEASVVSGGILAGADEELLARLSHYARDIGLAFQIVDDILDVTATSEQLGKTAGKDQAAAKATYPSLLGLEASRQKAEELIQSAKEALRPYGSQAEPLLALADFITRRQHVD
>SsGGPPS2[Synechocystis sp.PCC6803]
(配列番号40)
MAVAQQTRTDFDLAQYLQVKKGVVEAALDSSLAIARPEKIYEAMRYSLLAGGKRLRPILCITACELCGGDEALALPTACALEMIHTMSLIHDDLPSMDNDDFRRGKPTNHKVYGEDIAILAGDGLLAYAFEYVVTHTPQADPQALLQVIARLGRTVGAAGLVGGQVLDLESEGRTDITPETLTFIHTHKTGALLEASVLTGAILAGATGEQQQRLARYAQNIGLAFQVVDDILDITATQEELGKTAGKDVKAQKATYPSLLGLEASRAQAQSLIDQAIVALEPFGPSAEPLQAIAEYIVARKYVD
>TmGGPPS[Thermotoga maritima HB8]
(配列番号41)
MAKKEKVEERIREILRPGWDLLTEEAMLYSATVGGKRIRPLLVLTLGEDLGVEEEKLLDVAVAVELFHTASLIHDDLPPIDNADFRRGKPSCHRTYGEDIALLAGDGLFFLAFSQISKIGNSKIFEEFSETAYKLLLGEAMDVEFERRKMEVSQEMVERMYAFKTGALFAFCFSAPFILKGKDHTKMKLLGEKFGVAFQIYDDLKDILGSFEKVGKDLGKDTEKVTLVKKVGIQKAREMADKYYEEVLKGIESEGLFRTLFLLKELKQMVEERVD
>CgGGPPS[Corynebacterium glutamicum]
(配列番号42)
MAKDVSLSSFDAHDLDLDKFPEVVRDRLTQFLDAQELTIADIGAPVTDAVAHLRSFVLNGGKRIRPLYAWAGFLAAQGHKNSSEKLESVLDAAASLEFIQACALIHDDIIDSSDTRRGAPTVHRAVEADHRANNFEGDPEHFGVSVSILAGDMALVWAEDMLQDSGLSAEALARTRDAWRGMRTEVIGGQLLDIYLESHANESVELADSVNRFKTAAYTIARPLHLGASIAGGSPQLIDALLHYGHDIGIAFQLRDDLLGVFGDPAITGKPAGDDIREGKRTVLLALALQRADKQSPEAATAIRAGVGKVTSPEDIAVITEHIRATGAEEEVEQRISQLTESGLAHLDDVDIPDEVRAQLRALAIRSTERRMVD
>TtGGPPS[Thermus thermophillus HB27]
(配列番号43)
MAVPAPEAIRQALQERLLARLDHPDPLYRDLLQDYPRRGGKMLRGLLTVYSALAHGAPLEAGLEAATALELFQNWVLVHDDIEDGSEERRGRPALHRLHPMPLALNAGDAMHAEMWGLLAEGLARGLFPPEVLLEFHEVVRRTAYGQHLDLLWTLGGTFDLRPEDYFRMVAHKAAYYTAVAPLRLGALLAGKTPPAAYEEGGLRLGTAFQIVDDVLNLEGGEAYGKERAGDLYEGKRTLILLRFLEEAPPEERARALALLALPREAKPEAEVGWLLERLLASRALAWAKAEAKRLQAEGLALLEAAFQDLPGKEALDHLRGLLAALVERRAVD
>PcGGPPS[Pyrobaculum calidifontis JCM11548]
(配列番号44)
MADVVSRLHQKYGAEVEKALVRYLSIGLAEDFREAVLYQVKTGGKRLRPLLTLAAAEAVSGQWRPALPAAAIVELIHNYSLIYDDIIDRGDVRRGLPTVRKAFGDNAAILVGIWYREAIEEAVLDTPKPTLFAKEVAEVIKAIDEGERLDILFEAAGRSDPYFVQARWREVTLDDYIKMVSLKTGALIAAAAKWGVLSVSDDRGLAEAAWNFGMAAGVAFQIIDDVLDIYGDPKKFGKEIGKDIKEHKRGNAVVAVALSHLGEGERRRLLEILAREVVEEADVREAVALLDSVGAREEALRLAARYREEAERHLAKIPNNGTLKELLDFIVAREY
>SrCPPS[Stevia rebaudiana]
(配列番号16)
MKTGFISPATVFHHRISPATTFRHHLSPATTNSTGIVALRDINFRCKAVSKEYSDLLQKDEASFTKWDDDKVKDHLDTNKNLYPNDEIKEFVESVKAMFGSMNDGEINVSAYDTAWVALVQDVDGSGSPQFPSSLEWIANNQLSDGSWGDHLLFSAHDRIINTLACVIALTSWNVHPSKCEKGLNFLRENICKLEDENAEHMPIGFEVTFPSLIDIAKKLNIEVPEDTPALKEIYARRDIKLTKIPMEVLHKVPTTLLHSLEGMPDLEWEKLLKLQCKDGSFLFSPSSTAFALMQTKDEKCLQYLTNIVTKFNGGVPNVYPVDLFEHIWVVDRLQRLGIARYFKSEIKDCVEYINKYWTKNGICWARNTHVQDIDDTAMGFRVLRAHGYDVTPDVFRQFEKDGKFVCFAGQSTQAVTGMFNVYRASQMLFPGERILEDAKKFSYNYLKEKQSTNELLDKWIIAKDLPGEVGYALDIPWYASLPRLETRYYLEQYGGEDDVWIGKTLYRMGYVSNNTYLEMAKLDYNNYVAVLQLEWYTIQQWYVDIGIEKFESDNIKSVLVSYYLAAASIFEPERSKERIAWAKTTILVDKITSIFDSSQSSKEDITAFIDKFRNKSSSKKHSINGEPWHEVMVALKKTLHGFALDALMTHSQDIHPQLHQAWEMWLTKLQDGVDVTAELMVQMINMTAGRWVSKELLTHPQYQRLSTVTNSVCHDITKLHNFKENSTTVDSKVQELVQLVFSDTPDDLDQDMKQTFLTVMKTFYYKAWCDPNTINDHISKVFEIVI
>SrKS[Stevia rebaudiana]
(配列番号17)
MNLSLCIASPLLTKSNRPAALSAIHTASTSHGGQTNPTNLIIDTTKERIQKQFKNVEISVSSYDTAWVAMVPSPNSPKSPCFPECLNWLINNQLNDGSWGLVNHTHNHNHPLLKDSLSSTLACIVALKRWNVGEDQINKGLSFIESNLASATEKSQPSPIGFDIIFPGLLEYAKNLDINLLSKQTDFSLMLHKRELEQKRCHSNEMDGYLAYISEGLGNLYDWNMVKKYQMKNGSVFNSPSATAAAFINHQNPGCLNYLNSLLDKFGNAVPTVYPHDLFIRLSMVDTIERLGISHHFRVEIKNVLDETYRCWVERDEQIFMDVVTCALAFRLLRINGYEVSPDPLAEITNELALKDEYAALETYHASHILYQEDLSSGKQILKSADFLKEIISTDSNRLSKLIHKEVENALKFPINTGLERINTRRNIQLYNVDNTRILKTTYHSSNISNTDYLRLAVEDFYTCQSIYREELKGLERWVVENKLDQLKFARQKTAYCYFSVAATLSSPELSDARISWAKNGILTTVVDDFFDIGGTIDELTNLIQCVEKWNVDVDKDCCSEHVRILFLALKDAICWIGDEAFKWQARDVTSHVIQTWLELMNSMLREAIWTRDAYVPTLNEYMENAYVSFALGPIVKPAIYFVGPKLSEEIVESSEYHNLFKLMSTQGRLLNDIHSFKREFKEGKLNAVALHLSNGESGKVEEEVVEEMMMMIKNKRKELMKLIFEENGSIVPRACKDAFWNMCHVLNFFYANDDGFTGNTILDTVKDIIYNPLVLVNENEEQR
>GfCPPS/KS[Gibberella fujikuroi]
(配列番号18)
MPGKIENGTPKDLKTGNDFVSAAKSLLDRAFKSHHSYYGLCSTSCQVYDTAWVAMIPKTRDNVKQWLFPECFHYLLKTQAADGSWGSLPTTQTAGILDTASAVLALLCHAQEPLQILDVSPDEMGLRIEHGVTSLKRQLAVWNDVEDTNHIGVEFIIPALLSMLEKELDVPSFEFPCRSILERMHGEKLGHFDLEQVYGKPSSLLHSLEAFLGKLDFDRLSHHLYHGSMMASPSSTAAYLIGATKWDDEAEDYLRHVMRNGAGHGNGGISGTFPTTHFECSWIIATLLKVGFTLKQIDGDGLRGLSTILLEALRDENGVIGFAPRTADVDDTAKALLALSLVNQPVSPDIMIKVFEGKDHFTTFGSERDPSLTSNLHVLLSLLKQSNLSQYHPQILKTTLFTCRWWWGSDHCVKDKWNLSHLYPTMLLVEAFTEVLHLIDGGELSSLFDESFKCKIGLSIFQAVLRIILTQDNDGSWRGYREQTCYAILALVQARHVCFFTHMVDRLQSCVDRGFSWLKSCSFHSQDLTWTSKTAYEVGFVAEAYKLAALQSASLEVPAATIGHSVTSAVPSSDLEKYMRLVRKTALFSPLDEWGLMASIIESSFFVPLLQAQRVEIYPRDNIKVDEDKYLSIIPFTWVGCNNRSRTFASNRWLYDMMYLSLLGYQTDEYMEAVAGPVFGDVSLLHQTIDKVIDNTMGNLARANGTVHSGNGHQHESPNIGQVEDTLTRFTNSVLNHKDVLNSSSSDQDTLRREFRTFMHAHITQIEDNSRFSKQASSDAFSSPEQSYFQWVNSTGGSHVACAYSFAFSNCLMSANLLQGKDAFPSGTQKYLISSVMRHATNMCRMYNDFGSIARDNAERNVNSIHFPEFTLCNGTSQNLDERKERLLKIATYEQGYLDRALEALERQSRDDAGDRAGSKDMRKLKIVKLFCDVTDLYDQLYVIKDLSSSMK
>PpCPPS/KS[Physcomitrella patens]
(配列番号19)
MASSTLIQNRSCGVTSSMSSFQIFRGQPLRFPGTRTPAAVQCLKKRRCLRPTESVLESSPGSGSYRIVTGPSGINPSSNGHLQEGSLTHRLPIPMEKSIDNFQSTLYVSDIWSETLQRTECLLQVTENVQMNEWIEEIRMYFRNMTLGEISMSPYDTAWVARVPALDGSHGPQFHRSLQWIIDNQLPDGDWGEPSLFLGYDRVCNTLACVIALKTWGVGAQNVERGIQFLQSNIYKMEEDDANHMPIGFEIVFPAMMEDAKALGLDLPYDATILQQISAEREKKMKKIPMAMVYKYPTTLLHSLEGLHREVDWNKLLQLQSENGSFLYSPASTACALMYTKDVKCFDYLNQLLIKFDHACPNVYPVDLFERLWMVDRLQRLGISRYFEREIRDCLQYVYRYWKDCGIGWASNSSVQDVDDTAMAFRLLRTHGFDVKEDCFRQFFKDGEFFCFAGQSSQAVTGMFNLSRASQTLFPGESLLKKARTFSRNFLRTKHENNECFDKWIITKDLAGEVEYNLTFPWYASLPRLEHRTYLDQYGIDDIWIGKSLYKMPAVTNEVFLKLAKADFNMCQALHKKELEQVIKWNASCQFRDLEFARQKSVECYFAGAATMFEPEMVQARLVWARCCVLTTVLDDYFDHGTPVEELRVFVQAVRTWNPELINGLPEQAKILFMGLYKTVNTIAEEAFMAQKRDVHHHLKHYWDKLITSALKEAEWAESGYVPTFDEYMEVAEISVALEPIVCSTLFFAGHRLDEDVLDSYDYHLVMHLVNRVGRILNDIQGMKREASQGKISSVQIYMEEHPSVPSEAMAIAHLQELVDNSMQQLTYEVLRFTAVPKSCKRIHLNMAKIMHAFYKDTDGFSSLTAMTGFVKKVLFEPVPE
>PsCPPS/KS[Phaeosphaeria sp.]
(配列番号20)
MFAKFDMLEEEARALVRKVGNAVDPIYGFSTTSCQIYDTAWAAMISKEEHGDKVWLFPESFKYLLEKQGEDGSWERHPRSKTVGVLNTAAACLALLRHVKNPLQLQDIAAQDIELRIQRGLRSLEEQLIAWDDVLDTNHIGVEMIVPALLDYLQAEDENVDFEFESHSLLMQMYKEKMARFSPESLYRARPSSALHNLEALIGKLDFDKVGHHLYNGSMMASPSSTAAFLMHASPWSHEAEAYLRHVFEAGTGKGSGGFPGTYPTTYFELNWVLSTLMKSGFTLSDLECDELSSIANTIAEGFECDHGVIGFAPRAVDVDDTAKGLLTLTLLGMDEGVSPAPMIAMFEAKDHFLTFLGERDPSFTSNCHVLLSLLHRTDLLQYLPQIRKTTTFLCEAWWACDGQIKDKWHLSHLYPTMLMVQAFAEILLKSAEGEPLHDAFDAATLSRVSICVFQACLRTLLAQSQDGSWHGQPEASCYAVLTLAESGRLVLLQALQPQIAAAMEKAADVMQAGRWSCSDHDCDWTSKTAYRVDLVAAAYRLAAMKASSNLTFTVDDNVSKRSNGFQQLVGRTDLFSGVPAWELQASFLESALFVPLLRNHRLDVFDRDDIKVSKDHYLDMIPFTWVGCNNRSRTYVSTSFLFDMMIISMLGYQIDEFFEAEAAPAFAQCIGQLHQVVDKVVDEVIDEVVDKVVGKVVGKVVGKVVDERVDSPTHEAIAICNIEASLRRFVDHVLHHQHVLHASQQEQDILWRELRAFLHAHVVQMADNSTLAPPGRTFFDWVRTTAADHVACAYSFAFACCITSATIGQGQSMFATVNELYLVQAAARHMTTMCRMCNDIGSVDRDFIEANINSVHFPEFSTLSLVADKKKALARLAAYEKSCLTHTLDQFENEVLQSPRVSSAASGDFRTRKVAVVRFFADVTDFYDQLYILRDLSSSLKHVGT
>EtCPPS[Erwina tracheiphila]
(配列番号32)
MAHALAENILTELNTLLSDMDDGGYVGPSVYDTAQLLRFHPNPPDRAGIYRWLIKQQHEDGGWGSPDFPLHRQVPTVAAILALHEAQPQPEGAAAALAAAAVYLAQERDLYADTIPDDAPIGAELILPQLCRQAAALFPHLAYPRYGALYEAEAARLGKVESLTAVPSGHPLLHSWESWGRSSTEVTPDVFGSIGISPSATAVWLGRACAENPACLPEHATRYLHNASRATGVGIDGVVPNVWPIDVFEPCWSLYSLHLAGLFSHPGLSTVVQNIATNIQAILTPLGLGPALSFASDADDTAIAAAVVQLSGHSLTCYPLHQFEKGDLFVTFPGERNPSLSTTIHAVHALSLLGTTAPDARAYIENSKSADGVWKNEKWHASWLYPTSHAVAALAHGMPSWRDNDVLYKILEAQHLSGGWGAGAAPTQEETAYALFALHVMNDRVNAPLREKLVSAVARAREWLLVRYQSNQLPITPLWIGKELYCPQRVVRVTELTGLWLALNWNPSHSDVSDTRTETPGERI
>EtKS[Erwina tracheiphila]
(配列番号33)
MATSHDDACQQVKVWGETLFGFLDEHAVEAVRGGQFILRHIRPELAAISARTGRDPDDEARELAFYQEMALLFWIDDCHDRGVMSPDDYAVVEGILVGRMPDAPTPSVGCSFLRHRLAQLASHKHDYSQLLADTQAYSTALRNGKRLASDPDRWSYSEHLRNGVDSIGYQNVFGCLSLLWGLDMPRWRTEPAFQNALSFLCAIGRLQNDLHGLANDRTLGEADNLAVQLERRYPTLDAVEFLQTEITGYERMLRPLLETANFDPVWVRLMETMLTVSDQYYATSTLRYRIDDTATTAPSCDTRHASGAVTGSGNETE
>SfCPPS[Sinorhizobium fredii]
(配列番号34)
MANALSEQILFELRHLLSEMSDGGSVGPSVYDTARALQFGGNVTGRQDAYAWLLAQQQADGGWGSADFPLFRHAPTWAALLALQRADPLPGAADAVQAATRFLERQADPYAHAVPEDAPIGAELILPQLCGEAASLLGGVAFPRHPALLPLRQACLVKLGAVATLPSGHPLLHSWEAWGTWPTAACPDDDGSIGISPAATAAWRAHAVTQGSTPQVGRADAYLQAASRATRSGIEGVVPNVWPINVFEPCWSLYTLHLAGLFAHPALDEAVRVIVAQLDARLGVRGLGPALHFAADADDTAVALCVLRLAGRDPAVDALRHFEIGELFVTFPGERNASVSTNIHALHALRLLGKPAAGTSAYVEANRNPHGLWDNEKWHVSWLYPTAHAVAALAQGKPQWRDERALAALLQAQRDDGGWGAGRASTFEETAYALFALHVMDGSEEPTGRRRIAQAVARALEWMLARHAAPALPQMPLWIGKELYCPIRVVRVAELAGLWLALRWGPRVPAEGAGAAP
>SfKS[Sinorhizobium fredii]
(配列番号35)
MAIPTERGLQQVLEWGRSLTGFADEHAAEAVRGGQYILQRIHPSLRDTSARTGRDPQDETLIVAFYRELALLFWLDDCNDLDLIAPEQLAAVEQALGQGVPCALPGFEGCAVLRASLAALAYDRRDYAQLLDDTRCYCAALRAGHAQAAGAAERWSYAEYLHNGIDSIAYANVFCCLSLLWGLDMATLRARPAFRQVLRLISAIGRLQNDLHGRDKDRSAGEADNAAILLLERYPAMPVVEFLNDELAGHTRMLHRVMAEERFPAPWGPLIEAMAAIRAHYYQTSTSRYRSDAAGGGQHAPA
>SrKO AAQ63464.1|ent−カウレンオキシダーゼCYP701A5[Stevia rebaudiana]
(配列番号21)
MDAVTGLLTVPATAITIGGTAVALAVALIFWYLKSYTSARRSQSNHLPRVPEVPGVPLLGNLLQLKEKKPYMTFTRWAATYGPIYSIKTGATSMVVVSSNEIAKEALVTRFQSISTRNLSKALKVLTADKTMVAMSDYDDYHKTVKRHILTAVLGPNAQKKHRIHRDIMMDNISTQLHEFVKNNPEQEEVDLRKIFQSELFGLAMRQALGKDVESLYVEDLKITMNRDEIFQVLVVDPMMGAIDVDWRDFFPYLKWVPNKKFENTIQQMYIRREAVMKSLIKEHKKRIASGEKLNSYIDYLLSEAQTLTDQQLLMSLWEPIIESSDTTMVTTEWAMYELAKNPKLQDRLYRDIKSVCGSEKITEEHLSQLPYITAIFHETLRRHSPVPIIPLRHVHEDTVLGGYHVPAGTELAVNIYGCNMDKNVWENPEEWNPERFMKENETIDFQKTMAFGGGKRVCAGSLQALLTASIGIGRMVQEFEWKLKDMTQEEVNTIGLTTQMLRPLRAIIKPRI
>t20−8RPSrKO
(配列番号22)
MALLLAVFAVALAVALIFWYLKSYTSARRSQSNHLPRVPEVPGVPLLGNLLQLKEKKPYMTFTRWAATYGPIYSIKTGATSMVVVSSNEIAKEALVTRFQSISTRNLSKALKVLTADKTMVAMSDYDDYHKTVKRHILTAVLGPNAQKKHRIHRDIMMDNISTQLHEFVKNNPEQEEVDLRKIFQSELFGLAMRQALGKDVESLYVEDLKITMNRDEIFQVLVVDPMMGAIDVDWRDFFPYLKWVPNKKFENTIQQMYIRREAVMKSLIKEHKKRIASGEKLNSYIDYLLSEAQTLTDQQLLMSLWEPIIESSDTTMVTTEWAMYELAKNPKLQDRLYRDIKSVCGSEKITEEHLSQLPYITAIFHETLRRHSPVPIIPLRHVHEDTVLGGYHVPAGTELAVNIYGCNMDKNVWENPEEWNPERFMKENETIDFQKTMAFGGGKRVCAGSLQALLTASIGIGRMVQEFEWKLKDMTQEEVNTIGLTTQMLRPLRAIIKPRI
>AtKO[Arabidopsis thaliana]
(配列番号23)
MAFFSMISILLGFVISSFIFIFFFKKLLSFSRKNMSEVSTLPSVPVVPGFPVIGNLLQLKEKKPHKTFTRWSEIYGPIYSIKMGSSSLIVLNSTETAKEAMVTRFSSISTRKLSNALTVLTCDKSMVATSDYDDFHKLVKRCLLNGLLGANAQKRKRHYRDALIENVSSKLHAHARDHPQEPVNFRAIFEHELFGVALKQAFGKDVESIYVKELGVTLSKDEIFKVLVHDMMEGAIDVDWRDFFPYLKWIPNKSFEARIQQKHKRRLAVMNALIQDRLKQNGSESDDDCYLNFLMSEAKTLTKEQIAILVWETIIETADTTLVTTEWAIYELAKHPSVQDRLCKEIQNVCGGEKFKEEQLSQVPYLNGVFHETLRKYSPAPLVPIRYAHEDTQIGGYHVPAGSEIAINIYGCNMDKKRWERPEDWWPERFLDDGKYETSDLHKTMAFGAGKRVCAGALQASLMAGIAIGRLVQEFEWKLRDGEEENVDTYGLTSQKLYPLMAIINPRRS
>PpKO[Physcomitrella patens]
(配列番号24)
MAKHLATQLLQQWNEALKTMPPGFRTAGKILVWEELASNKVLITIALAWVLLFVARTCLRNKKRLPPAIPGGLPVLGNLLQLTEKKPHRTFTAWSKEHGPIFTIKVGSVPQAVVNNSEIAKEVLVTKFASISKRQMPMALRVLTRDKTMVAMSDYGEEHRMLKKLVMTNLLGPTTQNKNRSLRDDALIGMIEGVLAELKASPTSPKVVNVRDYVQRSLFPFALQQVFGYIPDQVEVLELGTCVSTWDMFDALVVAPLSAVINVDWRDFFPALRWIPNRSVEDLVRTVDFKRNSIMKALIRAQRMRLANLKEPPRCYADIALTEATHLTEKQLEMSLWEPIIESADTTLVTSEWAMYEIAKNPDCQDRLYREIVSVAGTERMVTEDDLPNMPYLGAIIKETLRKYTPVPLIPSRFVEEDITLGGYDIPKGYQILVNLFAIANDPAVWSNPEKWDPERMLANKKVDMGFRDFSLMPFGAGKRMCAGITQAMFIIPMNVAALVQHCEWRLSPQEISNINNKIEDVVYLTTHKLSPLSCEATPRISHRLP
>SrKAH1 gi|189418962|gb|ACD93722.1|ent−カウレン酸13−ヒドロキシラーゼ[Stevia rebaudiana]
(配列番号25)
MIQVLTPILLFLIFFVFWKVYKHQKTKINLPPGSFGWPFLGETLALLRAGWDSEPERFVRERIKKHGSPLVFKTSLFGDRFAVLCGPAGNKFLFCNENKLVASWWPVPVRKLFGKSLLTIRGDEAKWMRKMLLSYLGPDAFATHYAVTMDVVTRRHIDVHWRGKEEVNVFQTVKLYAFELACRLFMNLDDPNHIAKLGSLFNIFLKGIIELPIDVPGTRFYSSKKAAAAIRIELKKLIKARKLELKEGKASSSQDLLSHLLTSPDENGMFLTEEEIVDNILLLLFAGHDTSALSITLLMKTLGEHSDVYDKVLKEQLEISKTKEAWESLKWEDIQKMKYSWSVICEVMRLNPPVIGTYREALVDIDYAGYTIPKGWKLHWSAVSTQRDEANFEDVTRFDPSRFEGAGPTPFTFVPFGGGPRMCLGKEFARLEVLAFLHNIVTNFKWDLLIPDEKIEYDPMATPAKGLPIRLHPHQV
>SrKAH2 特許US20080064063によるent−カウレン酸13−ヒドロキシラーゼ[Stevia rebaudiana]
(配列番号26)
MGLFPLEDSYALVFEGLAITLALYYLLSFIYKTSKKTCTPPKASGEHPITGHLNLLSGSSGLPHLALASLADRCGPIFTIRLGIRRVLVVSNWEIAKEIFTTHDLIVSNRPKYLAAKILGFNYVSFSFAPYGPYWVGIRKIIATKLMSSSRLQKLQFVRVFELENSMKSIRESWKEKKDEEGKVLVEMKKWFWELNMNIVLRTVAGKQYTGTVDDADAKRISELFREWFHYTGRFVVGDAFPFLGWLDLGGYKKTMELVASRLDSMVSKWLDEHRKKQANDDKKEDMDFMDIMISMTEANSPLEGYGTDTIIKTTCMTLIVSGVDTTSIVLTWALSLLLNNRDTLKKAQEELDMCVGKGRQVNESDLVNLIYLEAVLKEALRLYPAAFLGGPRAFLEDCTVAGYRIPKGTCLLINMWKLHRDPNIWSDPCEFKPERFLTPNQKDVDVIGMDFELIPFGAGRRYCPGTRLALQMLHIVLATLLQNFEMSTPNDAPVDMTASVGMTNAKASPLEVLLSPRVKWS
>AtKAH gi|332005993|gb|AED93376.1|シトクロムP450、ファミリー714、サブファミリーA、ポリペプチド2[Arabidopsis thaliana]
(配列番号27)
MESLVVHTVNAIWCIVIVGIFSVGYHVYGRAVVEQWRMRRSLKLQGVKGPPPSIFNGNVSEMQRIQSEAKHCSGDNIISHDYSSSLFPHFDHWRKQYGRIYTYSTGLKQHLYINHPEMVKELSQTNTLNLGRITHITKRLNPILGNGIITSNGPHWAHQRRIIAYEFTHDKIKGMVGLMVESAMPMLNKWEEMVKRGGEMGCDIRVDEDLKDVSADVIAKACFGSSFSKGKAIFSMIRDLLTAITKRSVLFRFNGFTDMVFGSKKHGDVDIDALEMELESSIWETVKEREIECKDTHKKDLMQLILEGAMRSCDGNLWDKSAYRRFVVDNCKSIYFAGHDSTAVSVSWCLMLLALNPSWQVKIRDEILSSCKNGIPDAESIPNLKTVTMVIQETMRLYPPAPIVGREASKDIRLGDLVVPKGVCIWTLIPALHRDPEIWGPDANDFKPERFSEGISKACKYPQSYIPFGLGPRTCVGKNFGMMEVKVLVSLIVSKFSFTLSPTYQHSPSHKLLVEPQHGVVIRVV
>t26−8RPAtKAH
(配列番号28)
MALLLAVFVYGRAVVEQWRMRRSLKLQGVKGPPPSIFNGNVSEMQRIQSEAKHCSGDNIISHDYSSSLFPHFDHWRKQYGRIYTYSTGLKQHLYINHPEMVKELSQTNTLNLGRITHITKRLNPILGNGIITSNGPHWAHQRRIIAYEFTHDKIKGMVGLMVESAMPMLNKWEEMVKRGGEMGCDIRVDEDLKDVSADVIAKACFGSSFSKGKAIFSMIRDLLTAITKRSVLFRFNGFTDMVFGSKKHGDVDIDALEMELESSIWETVKEREIECKDTHKKDLMQLILEGAMRSCDGNLWDKSAYRRFVVDNCKSIYFAGHDSTAVSVSWCLMLLALNPSWQVKIRDEILSSCKNGIPDAESIPNLKTVTMVIQETMRLYPPAPIVGREASKDIRLGDLVVPKGVCIWTLIPALHRDPEIWGPDANDFKPERFSEGISKACKYPQSYIPFGLGPRTCVGKNFGMMEVKVLVSLIVSKFSFTLSPTYQHSPSHKLLVEPQHGVVIRVV
>t14−8RPAtKAH
(配列番号29)
MALLLAVFIVIVGIFSVGYHVYGRAVVEQWRMRRSLKLQGVKGPPPSIFNGNVSEMQRIQSEAKHCSGDNIISHDYSSSLFPHFDHWRKQYGRIYTYSTGLKQHLYINHPEMVKELSQTNTLNLGRITHITKRLNPILGNGIITSNGPHWAHQRRIIAYEFTHDKIKGMVGLMVESAMPMLNKWEEMVKRGGEMGCDIRVDEDLKDVSADVIAKACFGSSFSKGKAIFSMIRDLLTAITKRSVLFRFNGFTDMVFGSKKHGDVDIDALEMELESSIWETVKEREIECKDTHKKDLMQLILEGAMRSCDGNLWDKSAYRRFVVDNCKSIYFAGHDSTAVSVSWCLMLLALNPSWQVKIRDEILSSCKNGIPDAESIPNLKTVTMVIQETMRLYPPAPIVGREASKDIRLGDLVVPKGVCIWTLIPALHRDPEIWGPDANDFKPERFSEGISKACKYPQSYIPFGLGPRTCVGKNFGMMEVKVLVSLIVSKFSFTLSPTYQHSPSHKLLVEPQHGVVIRVV
>SrCPR ABB88839.2|NADPHシトクロムP450レダクターゼ[Stevia rebaudiana]
(配列番号30)
MQSDSVKVSPFDLVSAAMNGKAMEKLNASESEDPTTLPALKMLVENRELLTLFTTSFAVLIGCLVFLMWRRSSSKKLVQDPVPQVIVVKKKEKESEVDDGKKKVSIFYGTQTGTAEGFAKALVEEAKVRYEKTSFKVIDLDDYAADDDEYEEKLKKESLAFFFLATYGDGEPTDNAANFYKWFTEGDDKGEWLKKLQYGVFGLGNRQYEHFNKIAIVVDDKLTEMGAKRLVPVGLGDDDQCIEDDFTAWKELVWPELDQLLRDEDDTSVTTPYTAAVLEYRVVYHDKPADSYAEDQTHTNGHVVHDAQHPSRSNVAFKKELHTSQSDRSCTHLEFDISHTGLSYETGDHVGVYSENLSEVVDEALKLLGLSPDTYFSVHADKEDGTPIGGASLPPPFPPCTLRDALTRYADVLSSPKKVALLALAAHASDPSEADRLKFLASPAGKDEYAQWIVANQRSLLEVMQSFPSAKPPLGVFFAAVAPRLQPRYYSISSSPKMSPNRIHVTCALVYETTPAGRIHRGLCSTWMKNAVPLTESPDCSQASIFVRTSNFRLPVDPKVPVIMIGPGTGLAPFRGFLQERLALKESGTELGSSIFFFGCRNRKVDFIYEDELNNFVETGALSELIVAFSREGTAKEYVQHKMSQKASDIWKLLSEGAYLYVCGDAKGMAKDVHRTLHTIVQEQGSLDSSKAELYVKNLQMSGRYLRDVW
>AtCPR[Arabidopsis thaliana]
(配列番号31)
MTSALYASDLFKQLKSIMGTDSLSDDVVLVIATTSLALVAGFVVLLWKKTTADRSGELKPLMIPKSLMAKDEDDDLDLGSGKTRVSIFFGTQTGTAEGFAKALSEEIKARYEKAAVKVIDLDDYAADDDQYEEKLKKETLAFFCVATYGDGEPTDNAARFSKWFTEENERDIKLQQLAYGVFALGNRQYEHFNKIGIVLDEELCKKGAKRLIEVGLGDDDQSIEDDFNAWKESLWSELDKLLKDEDDKSVATPYTAVIPEYRVVTHDPRFTTQKSMESNVANGNTTIDIHHPCRVDVAVQKELHTHESDRSCIHLEFDISRTGITYETGDHVGVYAENHVEIVEEAGKLLGHSLDLVFSIHADKEDGSPLESAVPPPFPGPCTLGTGLARYADLLNPPRKSALVALAAYATEPSEAEKLKHLTSPDGKDEYSQWIVASQRSLLEVMAAFPSAKPPLGVFFAAIAPRLQPRYYSISSCQDWAPSRVHVTSALVYGPTPTGRIHKGVCSTWMKNAVPAEKSHECSGAPIFIRASNFKLPSNPSTPIVMVGPGTGLAPFRGFLQERMALKEDGEELGSSLLFFGCRNRQMDFIYEDELNNFVDQGVISELIMAFSREGAQKEYVQHKMMEKAAQVWDLIKEEGYLYVCGDAKGMARDVHRTLHTIVQEQEGVSSSEAEAIVKKLQTEGRYLRDVW

Claims (43)

  1. レバウジオシドM(RebM)を作製する方法であって、
    (1)ステビオールのC13−Oグリコシル化を触媒するウリジン二リン酸依存型グリコシルトランスフェラーゼ(UGT)酵素
    (2)ステビオールのC19−Oグリコシル化を触媒するUGT酵素
    (3)ステビオールのC13及びC19における1−2’グリコシル化を触媒するUGT酵素、並びに
    (4)ステビオールのC13及びC19における1−3’グリコシル化を触媒するUGT酵素、
    からなる4種類の酵素を全てを発現し、ステビオールからRebMを生成する宿主細胞を提供すること、ただし、該UGT酵素は、
    (a)配列番号45のアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、配列番号45のアミノ酸配列を有するUGT酵素と少なくとも同等のレバウジオシドA(RebA)のC19及びステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性を有するUGT酵素、及び
    (b)列番号3に対してL200A及びL200Gから選択される変異を有するアミノ酸配列を含むUGT酵素と少なくとも同等のレバウジオシドD(RebD)のC19及びステビオシドのC13における1−3’グリコシル化活性を有する、配列番号3のアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ、配列番号3に対してL200A及びL200Gから選択される変異を有するアミノ酸配列を含むUGT酵素、及び
    (c)列番号1に対してP215T置換を有するアミノ酸配列を含むUGT酵素と少なくとも同等のステビオールのC13−Oグリコシル化活性を有する、配列番号1と少なくとも90%の配列同一性を有し、且つ配列番号1に対してP215T置換を有するアミノ酸配列を含む、UGT酵素
    のうち1つ以上を含んでおり、かつ
    前記宿主細胞を前記RebMが生成される条件下で培養すること
    を含む、
    前記方法。
  2. 1−2’グリコシル化活性を有する前記UGT酵素は、配列番号45と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項1に記載の方法。
  3. 1−3’グリコシル化活性を有する前記UGT酵素は、配列番号3と少なくとも95%の配列同一性を有し、配列番号3に対してL200A変異を有するアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の方法。
  4. C13−Oグリコシル化活性を有する前記UGT酵素は、配列番号1と少なくとも95%の配列同一性を有し、且つ、配列番号1に対してP215T変異を有するアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の方法。
  5. 前記宿主細胞は、カウレン合成酵素(KS)、カウレンオキシダーゼ(KO)、及びカウレン酸ヒドロキシラーゼ(KAH)を含む酵素経路を介してステビオール基質を産生し、かつ、前記KO酵素及びKAH酵素の1つ以上を再生するシトクロムP450レダクターゼ酵素(CPR)をさらに含む、請求項1〜のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記宿主細胞はE.coliである、請求項に記載の方法。
  7. 前記KAHは、Stevia rebaudiana、Arabidopsis thaliana、Vitis vinifera、もしくはMedicago trunculataのKAH、またはその誘導体である、請求項に記載の方法。
  8. 前記KAHは、Arabidopsis thalianaのKAH(AtKAH)、またはその誘導体である、請求項に記載の方法。
  9. 前記AtKAHは、カウレン酸ヒドロキシラーゼ活性の速度を高めるアミノ酸置換、アミノ酸挿入、及び/またはアミノ酸欠失を1つ以上有し、かつ/または、E.coliで機能発現するよう工学的に操作されたN末端を有する、請求項に記載の方法。
  10. 前記AtKAHは、配列番号29の25位、79位、119位、137位、142位、155位、180位、193位、196位、197位、226位、331位、235位、238位、245位、272位、285位、287位、325位、330位、334位、339位、352位、373位、397位、470位、499位、506位、及び507位、に対応する位置のうち1つ以上の位置にアミノ酸置換を有する、請求項に記載の方法。
  11. 前記AtKAHは、A25L、S79T、T119C、I137L、I142V、R155K、M180L、E193G、C196A、D197E、A226E、L235Q、I238M、F245L、F245V、L272I、I285R、C287S、C325I、C325M、F330L、D334E、S339T、S352E、E373D、I397F、V470L、Q499V、L506M、L507I、L507T、及びL507Vから選択される1つ以上のアミノ酸置換を有する、請求項10に記載の方法。
  12. 前記AtKAHは、C325Iを含む、請求項10又は11に記載の方法。
  13. 前記KSは、Stevia rebaudiana、Zea mays、Populus trichocarpa、もしくはArabidopsis thaliana、またはその誘導体に由来する、請求項5〜12のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記細胞は、Stevia rebaudiana、Erwina tracheiphila、Sinorhizobium fredii、Streptomyces clavuligerus、Bradyrhizobium japonicum、Zea mays、Arabidopsis thalianaに由来するコパリル二リン酸合成酵素(CPPS)、またはその誘導体を発現する、請求項13のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記宿主細胞は、CPPSとKSとの二機能性酵素を発現する、請求項13記載の方法。
  16. 前記宿主細胞は、Stevia rebaudiana、Arabidopsis thaliana、Physcomitrella patens、Gibberella fujikoroi、もしくはTrametes versicolor、または、その誘導体に由来するカウレン酸化酵素を発現する、請求項15のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記カウレン酸化酵素は、E.coliに機能発現させるためにN末端で修飾される、請求項16に記載の方法。
  18. 前記CPRは、Stevia rebaudiana、Arabidopsis thaliana、もしくはGiberella fujikuroiの酵素、または、その誘導体である、請求項17のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記CPRは、E.coliに機能発現させるためにN末端で修飾される、請求項18に記載の方法。
  20. 前記宿主細胞は、ゲラニルゲラニルピロリン酸合成酵素(GGPPS)を発現する、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記宿主細胞は、イソペンテニルピロリン酸(IPP)及びジメチルアリルピロリン酸(DMAPP)を生成する経路を発現する、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記経路は、メチルエリスリトールリン酸(MEP)経路及び/またはメバロン酸(MVA)経路である、請求項21に記載の方法。
  23. 前記宿主細胞は、原核細胞または真核細胞である、請求項21または22に記載の方法。
  24. 前記宿主細胞は、E.coli、Bacillus subtilis、またはPseudomonas putidaである、請求項23に記載の方法。
  25. 前記宿主細胞は、Saccharomyces cerevisiae、Pichia pastoris、及びYarrowia lipolyticaを含む、サッカロミセスの種、ピチアの種、またはヤロウィアの種である、請求項23に記載の方法。
  26. 前記宿主細胞は、dxs、idi、IspD、及びIspFの重複または過剰発現を有するE.coliである、請求項24に記載の方法。
  27. 前記E.coliは、UDP−グルコースの生成を高める遺伝子修飾を1つ以上有する、請求項24に記載の方法。
  28. 1つ以上の前記遺伝子修飾に、ΔgalE、ΔgalT、ΔgalK、ΔgalM、ΔushA、Δagp、Δpgm、E coliのGALUの重複、Bacillus subtilisのUGPAの発現、Bifidobacterium adolescentisのSPLの発現が含まれる、請求項27に記載の方法。
  29. 前記宿主細胞は、異種発現させた遺伝子である、
    Taxus canadensisのGGPSまたはその誘導体、
    Phaeosphaeria sp.のPsCK(またはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのKOまたはその誘導体、
    Arabidopsis thalianaのKAHまたはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのCPRまたはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのUGT85C2またはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのUGT74G1もしくはその誘導体、またはMbUGTC19もしくはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのUGT76G1もしくはその誘導体、またはMbUGT1−3もしくはその誘導体、及び
    Stevia rebaudianaのUGT91D2、またはOsUGT1−2、またはMbUGT1−2またはその誘導体
    を含む、請求項1〜28のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記宿主細胞は、異種発現させた遺伝子である、
    Corynebacterium glutamicumのGGPSまたはその誘導体、Erwina tracheiphilaのCPPSまたはその誘導体、
    Erwina tracheiphilaのKSまたはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのKOまたはその誘導体、
    Arabidopsis thalianaのKAHまたはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのCPRまたはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのUGT85C2またはその誘導体、
    Stevia rebaudianaのUGT74G1もしくはその誘導体、またはMbUGTC19もしくはその誘導体、またはMbUGTC19−2もしくはその誘導体、Stevia rebaudianaのUGT76G1もしくはその誘導体、またはMbUGT1−3もしくはその誘導体、及び
    Stevia rebaudianaのUGT91D2、またはOsUGT1−2、またはMbUGT1,2−2またはその誘導体
    を含む、請求項1〜28のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記UGT85C2は、置換P215Tを有する誘導体である、請求項30に記載の方法。
  32. 前記宿主細胞は、22℃〜37℃で細胞培養されたE.coli宿主細胞である、請求項30又は31に記載の方法。
  33. 前記宿主細胞は、27℃〜37℃で細胞培養されたE.coli宿主細胞である、請求項32に記載の方法。
  34. 培地からRebMを回収することをさらに含む、請求項1〜33のいずれか一項に記載の方法。
  35. RebMを、濃度が少なくとも10mg/Lの培地で生成させる、請求項34に記載の方法。
  36. RebMとRebDとの比が1:1〜1:0である、請求項35に記載の方法。
  37. RebDを、RebM収率の20%未満で生成させる、請求項36に記載の方法。
  38. RebMが、前記ステビオールのグリコシル化産物の少なくとも25重量%を占める、請求項36に記載の方法。
  39. 請求項1〜38のいずれか一項に記載の方法にしたがってRebMを生成し、RebMを製品に組み込むことを含む、RebMを含む製品を製造する方法。
  40. 配列番号45と少なくとも95%同一なアミノ酸配列を含み、配列番号45のアミノ酸配列を有するUGT酵素と少なくとも同等のRebAのC19及びステビオールモノシドのC13における1−2’グリコシル化活性を有する、OsUGT1−2の円順列変異体。
  41. 配列番号1に対してP215T置換を含むアミノ酸配列を有するUGT酵素と少なくとも同等のステビオールC13−Oグリコシル化活性を有する、配列番号1に対して少なくとも95%同一なアミノ酸配列及びP215T置換を有するアミノ酸配列を含む、修飾されたStevia rebaudianaのUGT85C2。
  42. 請求項40又は41に記載の酵素をコードする、ポリヌクレオチド。
  43. 請求項42に記載のポリヌクレオチドを発現している、宿主細胞。
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