JP6812551B2 - 前立腺特異的膜抗原結合タンパク質 - Google Patents

前立腺特異的膜抗原結合タンパク質 Download PDF

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Description

相互参照
本出願は、2016年11月23日に出願された、米国仮特許出願第62/426,086号の利益を主張するものであり、該文献はその全体が引用により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は配列表を包含しており、これは、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、その全体を引用することで本明細書に組み込まれる。2017年11月22日に作成された上記ASCIIのコピーは、47517−707_601_SL.txtという名称であり、148,650バイトのサイズである。
引用による組み込み
本明細書に言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、又は特許出願が引用によって組み込まれるよう具体的かつ個別に示されるかのように、及びそれら全体において明記されるかのように、同じ程度まで引用により本明細書に組み込まれる。
本開示は、前立腺特異的膜抗原(PSMA)の発現に関連する他の兆候を診断及び処置するために使用することができる前立腺特異的膜抗原(PSMA)結合タンパク質を提供する。
1つの実施形態において、相補性決定領域CDR1、CDR2、及びCDR3を含む、前立腺特異的膜抗原(PSMA)結合タンパク質が本明細書で提供され、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列はRFMISXYXMH(SEQ ID NO:1)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列はXINPAXTDYAEXVKG(SEQ ID NO:2)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列はDXYGY(SEQ ID NO:3)に記載される通りであり、幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は以下の式:f1−r1−f2−r2−f3−r3−f4を含み、式中、r1はSEQ ID NO:1であり;r2はSEQ ID NO:2であり;及び、r3はSEQ ID NO:3であり;ここで、f、f、f、及びfは、上記のタンパク質がSEQ ID NO:4で記載されるアミノ酸配列に少なくとも80パーセント同一であるように選択されたフレームワーク残基である。幾つかの実施形態において、Xはプロリンである。幾つかの実施形態では、Xはヒスチジンである。幾つかの実施形態において、Xはアスパラギン酸である。幾つかの実施形態では、Xはリジンである。幾つかの実施形態では、Xはグルタミンである。幾つかの実施形態では、Xはチロシンである。幾つかの実施形態では、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4として記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、Xはプロリンである。幾つかの実施形態では、Xはグルタミンである。幾つかの実施形態では、Xはチロシンである。幾つかの実施形態において、Xはリジンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはチロシンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはヒスチジンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質はさらに、SEQ ID NO:4に記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもカニクイザル前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、r1はSEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、又は、SEQ ID NO:7を含む。幾つかの実施形態において、r2はSEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、又はSEQ ID NO:14を含む。幾つかの実施形態では、r3は、SEQ ID NO:15を含む。
本発明の別の実施形態は、SEQ ID NO:4として記載される配列を含む、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質を提供し、ここで、アミノ酸位置31、33、50、55、56、62、及び97から選択された1つ以上のアミノ酸残基が置換される。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は、位置31、33、50、55、56、62、及び97以外のアミノ酸位置で1つ以上の追加の置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置31で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置33で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置50で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置55で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置56で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置62で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は位置97で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置55と97で置換を含む。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置33と97で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置33、50、及び、97で置換を含む。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4として記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもカニクイザル前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置31、33、50、及び、97で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置33、50、55、及び、97で置換を含む。幾つかの実施形態において、結合タンパク質はアミノ酸位置33、50、56、及び、97で置換を含む。幾つかの実施形態において、はアミノ酸位置33、50、62、及び、97で置換を含む。
さらなる実施形態は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質を提供し、ここで、CDR1はSEQ ID NO:16で記載される配列を含む。1つの実施形態は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質を提供し、ここで、CDR2はSEQ ID NO:17で記載される配列を含む。追加の実施形態は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質を提供し、ここで、CDR3はSEQ ID NO:18で記載される配列を含む。1つの実施形態では、SEQ ID NO:4で記載される配列に少なくとも80%同一の配列を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質が提供される。1つの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質が提供され、ここで、CDR1はSEQ ID NO:16に対して少なくとも80%の同一性を有し、CDR2はSEQ ID NO:17に対して少なくとも85%の同一性を有し、CDR3はSEQ ID NO:18に対して少なくとも80%の同一性を有する。
別の実施形態は、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む前立腺特異的膜抗原結合タンパク質を提供し、ここで、CDR1はSEQ ID NO:16で記載される配列を含み、CDR2はSEQ ID NO:17で記載される配列を含み、CDR3はSEQ ID NO:18で記載される配列を含む。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、ヒト前立腺特異的膜抗原とカニクイザル前立腺特異的膜抗原の1つあるいは両方に結合する。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は、同等の結合親和性で、ヒト前立腺特異的膜抗原とカニクイザル前立腺特異的膜抗原に結合する。幾つかの実施形態において、結合タンパク質は、カニクイザル前立腺特異的膜抗原よりも高い結合親和性でヒト前立腺特異的膜抗原に結合する。
別の実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを提供する。さらなる実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。別の実施形態では、ベクターで形質転換された宿主細胞が提供される。別の実施形態では、(i)本開示に係るPSMA結合タンパク質、本開示に係るポリヌクレオチド、本開示に係るベクター、又は本開示に係る宿主細胞、及び、(ii)薬学的に許容可能な担体を含む、医薬組成物が提供される。別の実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質の生成のプロセスを提供し、上記プロセスは、PSMA結合タンパク質の発現を可能にする条件下で本開示に係るPSMAアルブミン結合タンパク質をコードする核酸配列を含むベクターを用いて形質転換されたかトランスフェクトされた宿主を培養する工程と、培養物から生成されたタンパク質を回収及び精製する工程とを含む。1つの実施形態では、本開示に係るPSMA結合タンパク質を被験体へ投与する工程を含む、増殖性疾患、腫瘍性疾患、炎症性疾患、免疫学的障害、自己免疫性疾患、感染症、ウイルス性疾患、アレルギー反応、寄生虫性反応、移植片対宿主病、又は宿主対移植片病の処置又は改善のための方法が提供される。幾つかの実施形態では、被験体はヒトである。幾つかの実施形態において、方法はさらに、本開示に係るPSMA結合タンパク質と組み合わせた薬剤の投与を含む。
1つの実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質を提供する。さらなる実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む抗体を提供する。1つの実施形態において、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む、多特異性抗体、二重特異性抗体、sdAb、可変重鎖ドメイン、ペプチド、又はリガンドが提供される。1つの実施形態では、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む抗体が提供され、ここで、上記抗体は単一ドメイン抗体である。幾つかの実施形態において、単一ドメイン抗体はIgGの重鎖可変領域に由来する。さらなる実施形態は、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む、多特異性結合タンパク質又は抗体を提供する。1つの実施形態では、本開示に係る多特異性抗体を被験体へ投与する工程を含む、増殖性疾患、腫瘍性疾患、炎症性疾患、免疫学的障害、自己免疫性疾患、感染症、ウイルス性疾患、アレルギー反応、寄生虫性反応、移植片対宿主病、又は宿主対移植片病の処置又は改善のための方法が提供される。さらなる実施形態では、本開示に係る多特異性抗体を被験体へ投与する工程を含む、前立腺疾病の処置又は改善のための方法が提供される。別の実施形態は、上記の実施形態のいずれかに係るPSMA結合タンパク質を被験体へ投与する工程を含む、前立腺疾病の処置又は改善のための方法を提供する。さらなる実施形態では、本開示に係るPSMA結合タンパク質を被験体へ投与する工程を含む、前立腺疾病の処置又は改善のための方法を提供する。
幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)Xはプロリンである;(ii)Xはヒスチジンである;(iii)Xはアスパラギン酸である;(iv)Xはリジンである;(v)Xはグルタミンである;(vi)Xはチロシンである;及び、(vii)Xはセリンである。幾つかの実施形態において、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4として記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)Xはプロリンである;ここで、Xはグルタミンである;(ii)Xはチロシンである;ここで、Xはリジンであり、Xはセリンである;(iii)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはセリンである;(iv)Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである;(v)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである;(vi)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはセリンである;(vii)Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである(viii)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである;(ix)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはチロシンであり、Xはセリンである;及び、(x)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。場合によっては、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4で記載される配列を有する結合タンパク質のよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。場合によっては、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質はさらに、SEQ ID NO:4で記載される配列を有する結合タンパク質のよりもカニクイザル前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)位置31での置換;(ii)位置50での置換;(iii)位置55での置換;位置56での置換;(iv)位置62での置換;(v)位置97での置換;(vi)位置55及び97での置換;(vii)位置33及び97での置換;(viii)33、50、及び97の置換;(ix)位置31、33、50、及び97での置換;(x)位置33、50、55、及び97での置換;(xi)位置33、50、56、及び97での置換;ならびに、(xiii)位置33、50、62、及び97での置換。場合によっては、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4で記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。場合によっては、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質はさらに、SEQ ID NO:4で記載される配列を有する結合タンパク質のよりもカニクイザル前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。
1つの実施形態は、前立腺癌の処置又は改善のための方法を提供し、上記方法は、相補性決定領域CDR1、CDR2、及びCDR3を含むPSMA結合タンパク質の被験体への投与を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列はRFMISXYXMH(SEQ ID NO:1)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列はXINPAXTDYAEXVKG(SEQ ID NO:2)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列はDXYGY(SEQ ID NO:3)に記載される通りである。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は単一ドメイン抗体である。幾つかの実施形態において、上記単一ドメイン抗体は三重特異性抗体の一部である。
本発明の新規な特徴はとりわけ添付の請求項で説明される。本発明の特徴及び利点のより良い理解は、本発明の原理が用いられる実施形態を説明する以下の詳細な説明と、以下の添付図面とを引用することによって得られるであろう。
典型的なPMSA標的三重特異性の抗原結合タンパク質の略図であり、タンパク質は抗CD3ε単鎖可変フラグメント(scFv)と抗HSA可変重鎖領域を含む不変のコア要素と、VH、scFv、非Igバインダー、あるいはリガンドであり得るPMSA結合ドメインとを有する。 ヒト前立腺癌細胞を殺すようにT細胞を誘発するためのCD3に対する様々な親和性と例示的なPSMA標的化三重特異性タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)の能力を比較する。図2Aは、前立腺癌モデルLNCaPにおける様々なPMSA標的化TriTAC分子による死滅を示す。 ヒト前立腺癌細胞を殺すようにT細胞を誘発するためのCD3に対する様々な親和性と例示的なPSMA標的化三重特異性タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)の能力を比較する。図2Bは、前立腺癌モデル22Rv1における様々なPMSA標的化TriTAC分子による死滅を示す。 LNCaPと22Rv1の前立腺癌モデルにおけるPMSA標的化TriTACのEC50値を示す。 3週間にわたる静脈内投与(100μg/kg)後のカニクイザル中のPMSA標的化TriTAC C236の血清中濃度を示す。 3週間にわたる静脈内投与(100μg/kg)後のカニクイザル中の異なるCD3親和性を有するPMSA標的化TriTAC分子の血清中濃度を示す。 ヒト前立腺癌細胞株LNCaPを殺すようにT細胞を誘発するためのPSMAに対する様々な親和性とPSMA標的化TriTAC分子の能力を比較する。図5Aは、陽性対照としてのPSMA標的化BiTEを用いる、ヒト血清アルブミンがない状態で実施された実験を示す。 ヒト前立腺癌細胞株LNCaPを殺すようにT細胞を誘発するためのPSMAに対する様々な親和性とPSMA標的化TriTAC分子の能力を比較する。図5Bは、陽性対照としてのPSMA標的化BiTEを用いる、ヒト血清アルブミンの存在下で実施された実験を示す。 ヒト前立腺癌細胞株LNCaPを殺すようにT細胞を誘発するためのPSMAに対する様々な親和性とPSMA標的化TriTAC分子の能力を比較する。図5Cは、LNCaP前立腺癌モデルにおいて陽性対照としてのPSMA標的化BiTEを用いる、HSAの存在下又は不在下でのPSMA標的化TriTACに対するEC50値を示す。 マウス異種移植片実験においてヒト前立腺癌細胞の腫瘍成長を阻害するためにPSMA標的化TriTAC分子の能力を実証する。 標的タンパク質を発現する/しない標的細胞株を用いて細胞致死アッセイにおけるTriTAC分子の特異性を例証する。図7Aは、LNCaP、KMS12BM、及びOVCAR8の細胞株におけるEGFRとPSMAの発現を示す。 標的タンパク質を発現する/しない標的細胞株を用いて細胞致死アッセイにおけるTriTAC分子の特異性を例証する。図7Bは、PSMA、EGFR、及び陰性対照TriTACsによるLNCaP腫瘍細胞の死滅を示す。 標的タンパク質を発現する/しない標的細胞株を用いて細胞致死アッセイにおけるTriTAC分子の特異性を例証する。図7Cは、PSMA、EGFR、及び陰性対照TriTACsによるKMS12BM腫瘍細胞の死滅を示す。 標的タンパク質を発現する/しない標的細胞株を用いて細胞致死アッセイにおけるTriTAC分子の特異性を例証する。図7Dは、PSMA、EGFR、及び陰性対照TriTACsによるOVCAR8細胞の死滅を示す。 TriTAC活性に対する、37°C及び凍結/融解のサイクルでのプレインキュベーションの影響を描く。図8Aは37°C及び凍結/融解のサイクルでのプレインキュベーションの後のPSMA TriTAC C235活性を示す。 TriTAC活性に対する、37°C及び凍結/融解のサイクルでのプレインキュベーションの影響を描く。図8Bは37°C及び凍結/融解のサイクルでプレインキュベーションの後にPSMA TriTAC C359活性を示す。 TriTAC活性に対する、37°C及び凍結/融解のサイクルでのプレインキュベーションの影響を描く。図8Cは37°C及び凍結/融解のサイクルでプレインキュベーションの後にPSMA TriTAC C360活性を示す。 TriTAC活性に対する、37°C及び凍結/融解のサイクルでのプレインキュベーションの影響を描く。図8Dは37°C及び凍結/融解のサイクルでプレインキュベーションの後にPSMA TriTAC C361活性を示す。 T細胞依存性細胞の細胞毒性アッセイ(TDCC)における再指示された(redirected)T細胞死滅での本開示のPSMA標的化TriTAC分子の活性を描く。図9Aは、LNCaP細胞を殺す際に、カニクイザルドナーG322からのカニクイザル末梢血単核細胞(PBMC)を再指示する際のPSMA標的化TriTAC分子の影響を示す。 T細胞依存性細胞の細胞毒性アッセイ(TDCC)における再指示された(redirected)T細胞死滅での本開示のPSMA標的化TriTAC分子の活性を描く。図9Bは、MDAPCa2b細胞を殺すためにカニクイザルドナーD173から、カニクイザルPBMCを再指示する際のPSMA標的化TriTAC分子の影響を示す。 T細胞活性化マーカーCD25及びCD69の発現に対する本開示のPSMA標的化TriTAC分子の影響を描く。 PSMA発現標的細胞の存在下でT細胞増殖を刺激するために本開示のPSMA標的化TriTAC分子の能力を描く。 PSMA標的化TriTAC分子PSMA Z2 TriTAC(SEQ ID NO:156)によるLnCaP細胞を殺す再指示されたT細胞を描く。
本発明の好ましい実施形態が本明細書で示され記載されてきたが、こうした実施形態がほんの一例として提供されているに過ぎないということは当業者にとって明白である。多くの変更、変化、及び置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその均等物の範囲内の方法、及び構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
特定の定義
本明細書で使用される用語は、特定のケースだけを記載することを目的としており、本発明を限定することを意図していない。本明細書で使用されるように、単数形「1つ(a)」、「1つ(an)」、及び「その(the)」は、文脈上他の意味を明白に示すものでない限り、同様に複数形を含むことを意図している。さらに、用語「含むこと(including)」、「含む(includes)」「有すること(having)」、「有する(has)」、「とともに(with)」、又はその変形が、詳細な記載及び/又は請求項のいずれかで使用される程度まで、そのような用語は、用語「含む(comprising)」に類似した方法で含まれるように意図される。
用語「約(about)」又は「およそ(approximately)」は、当業者によって決定されるような特定の値の許容可能な誤差範囲内であることを意味し、これは、その値がどのように測定又は決定されるか、例えば、測定システムの制限に部分的に依存している。例えば、「約」とは、任意の値での実践につき1又は1を超える標準偏差を意味し得る。特定の値が本出願と請求項に記載されている場合、特段の定めのない限り、「約」との用語は、特定の値の許容可能な誤差範囲内を意味するものであると仮定されなければならない。
用語「個体」、「患者」、又は「被験体」は互換的に使用される。どの用語も、保健従事者(例えば、医師、正看護婦、ナース−プラクティショナー、医師助手、用務係、又はホスピス職員)の監督(例えば、持続的又は断続的)によって特徴付けられた状態を要求せず、又はそれに限定されない。
用語「フレームワーク」又は「FR」残基(又は領域)は、本明細書に定義されるようなCDR又は超可変領域の残基以外の可変ドメイン残基を指す。「ヒト・コンセンサス・フレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンVL又はVHフレームワーク配列の選択の際に最も一般に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。
本明細書で使用されるように、「可変領域」又は「可変ドメイン」とは、可変ドメインの特定の部分が抗体中の配列で大きく異なり、その特定の抗原について各々の特定の抗体の結合と特異性で使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメイン全体に均一に分布していない。それは、軽鎖と重鎖の両方の可変ドメイン中の相補性決定領域(CDR)又は超可変領域と呼ばれる3つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク(FR)と呼ばれる。天然の重鎖と軽鎖の可変ドメインは各々、β−シート構造を接続する、場合によってはβ−シート構造の一部を形成するループを形成する、3つのCDRにより接続された、β−シート構造を採用している4つのFR領域を含む。各鎖のCDRはFR領域によって極めて接近して一緒に保持され、他の鎖からのCDRとともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, Md. (1991)を参照)。定常ドメインは抗体を抗原に結合することに直接関与しないが、抗体依存性の細胞毒性における抗体の関与などの様々なエフェクター機能を示す。「Kabatでのような可変ドメイン残基のナンバリング」あるいは「Kabatでのようなアミノ酸位置のナンバリング」、及びその変更形態は、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)における抗体の編集物の重鎖可変ドメインあるいは軽鎖可変ドメインのために使用される番号づけ方式を参照する。このナンバリングシステムを使用して、実際の直線のアミノ酸配列は、可変性ドメインのFR又はCDRの省略、又はそれらへの挿入に対応する、より少数の又は付加的なアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後に単一のアミノ酸挿入物(Kabatに係る残基52a)を、重鎖FR残基82の後に挿入された残基(例えば、Kabatに従って残基82a、82b、及び82cなど)を含んでもよい。残基のKabatナンバリングは、「標準の」Kabatナンバリングを行った配列を有する抗体の配列の相同領域にある列によって、与えられた抗体について測定され得る。本開示のCDRはKabatの番号付けの慣習に必ず対応するということを意図するものではない。
本明細書で使用されるように、配列に対する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性」との用語は、配列を位置合わせし、ギャップを導入して、必要に応じて最大のパーセント配列同一性を達成した後に、かつ、配列同一性の一部としてのいかなる保存的置換を考慮せずに、特定の配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の割合として定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当該技術分野内の様々な方法で、例えば、EMBOSS MATCHER、EMBOSS WATER、EMBOSS STRETCHER、EMBOSS NEEDLE、EMBOSS LALIGN、BLAST、BLAST−2、ALIGN、又はMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを用いて達成可能である。当業者は、比較されている配列の全長にわたる最大のアラインメントを達成するために必要とされるあらゆるアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメーターを決定することができる。
本明細書で使用されるように、「消失半減期」は、GoodmanとGillmanのThe Pharmaceutical Basis of Therapeutics 21−25(Alfred Goodman Gilman,Louis S.Goodman,and Alfred Gilman,eds.,6th ed.1980)に記載されるように、その通常の意味で使用される。簡潔に、この用語は、薬物消失の時間経過の定量的測度を包含することを意味している。薬物濃度は通常、消失プロセスの飽和に必要なものに匹敵しないため、大抵の薬剤の消失は急激的なものである(すなわち、一次速度論に従う)。急激なプロセスの速度は、時間の単位当たりの分数変化率を表すその速度定数kにより、又は、処理の50%の完了に必要な時間であるその半減期t1/2によって表され得る。これらの2つの定数の単位は、それぞれ時間−1及び時間である。一次反応速度定数及び反応の半減期は単純に関連づけられ(k×t1/2=0.693)、適宜交換され得る。一次消失キネティクスは、薬物の一定の画分が時間単位ごとに消失されることを命令するため、薬物濃度対時間の対数のプロットは、初期分布段階後(すなわち、薬物吸収と分布が完了した後)の全ての時間で直線状である。薬物消失の半減期は、そのようなグラフから正確に判定され得る。
本明細書で使用されるように、用語「結合親和性」は、結合標的に対する本開示に記載されたタンパク質の親和性を指し、「Kd」値を数的に使用して表現される。2つ以上のタンパク質が、その結合標的に対して同等の結合親和性を有すると示されている場合、その結合標的に対するそれぞれのタンパク質の結合に関するKd値は、互いの±2倍以内である。2つ以上のタンパク質が単一の結合標的に対して同等の結合親和性を有すると示されている場合、上記の単一結合標的に対するそれぞれのタンパク質の結合に関するKd値は、互いの±2倍以内である。タンパク質が同等の結合親和性で2つ以上の標的に結合すると示されている場合、2つ以上の標的に対する上記タンパク質の結合に関するKd値は、互いの±2倍以内である。一般に、高いKd値は弱い結合に対応する。幾つかの実施形態では、「Kd」は、BIAcore(商標)−2000あるいはBIAcore(商標)−3000(BIAcore, Inc., Piscataway, N.J.)を使用して放射標識された抗原結合アッセイ(RIA)又は表面プラズモン共鳴アッセイによって測定される。ある実施形態では、「on−rate」あるいは「会合速度(rate of association又はassociation rate)」あるいは「kon」、及び「オフ率」あるいは「解離速度(rate of dissociation)又は(dissociation rate)」、又は「koff」もBIAcore(商標)−2000あるいはBIAcore(商標)−3000(BIAcore, Inc., Piscataway, N.J.)を使用して、表面プラズモン共鳴技術で決定される。さらなる実施形態では、「Kd」、「kon」、及び「koff」は、OCTET(登録商標)システムズ(Pall Life Sciences)を使用して測定される。OCTET(登録商標)システムズを使用して、結合親和性を測定する例示的な方法では、リガンド、例えば、ビオチン化されたヒト又はカニクイザルのPSMAは、OCTET(登録商標)ストレプトアビジンキャピラリーセンサー先端表面に固定され、その後、約20−50μg/mlのヒト又はカニクイザルのPSMAタンパク質を使用してメーカーの説明書に従ってが活性化される。PBS/カゼインの溶液も遮断薬として導入される。関連反応速度測定については、PSMA結合タンパク質変異体は、約10μg/mlから約1000μg/mlまでの濃度で導入される。完全解離は、陰性対照の結合タンパク質を含まないアッセイ緩衝液の場合に観察される。その後、結合反応の動力学的パラメーターは、適切なツール、例えば、ForteBioソフトウェアを使用して決定される。
PSMA結合タンパク質、医薬組成物、同様に、PSMA結合タンパク質を作るための核酸、組換え発現ベクター、及び宿主細胞が本明細書で提供される。さらに、疾患、疾病、及び障害の予防及び/又は処置において、開示されたPSMA結合タンパク質を使用する方法も提供される。PSMA結合タンパク質はPSMAに特異的に結合することができる。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、CD3結合ドメインなどの追加のドメインを含む。
前立腺特異的膜抗原(PSMA)及び前立腺の疾病におけるその役割
前立腺特異的膜抗原結合タンパク質が本明細書で企図される。グルタミン酸塩カルボキシペプチダーゼIIとしても知られている前立腺特異的膜抗原(PSMA)、N−アセチル−α−連結した酸性ジペプチターゼI[Naaladase(NLP)I]、あるいは、葉酸ヒドロラーゼは、前立腺癌細胞と非前立腺固形腫瘍血管新生では高度に発現し、健康な前立腺、腎臓、肝臓、小腸、小腸、唾液腺、十二指腸の粘膜、近位尿細管、及び脳を含む他の組織ではより低いレベルで発言する事がわかっている750残基のII型膜貫通糖タンパク質である。PSMAは、単核の亜鉛活性部位を有するカルボキシペプチダーゼ(例えばカルボキシペプチダーゼA)、及び、二核の亜鉛活性部位を有するカルボキシ−及びアミノペプチダーゼを含む、亜鉛依存性エキソペプチダーゼのスーパーファミリーのメンバーである[例えば、カルボキシペプチダーゼG2(CPG2)、ペプチダーゼT及びV(PepT及びPepV)、ストレプトマイセス−グリセウスアミノペプチダーゼ(Sgap)、及びエロモナスプロテオリチカアミノペプチダーゼ(AAP)]。これらの溶解可能な単一ドメイン(例えばAAP)、あるいは二重ドメイン(例えばCPG2)亜鉛依存性エキソペプチダーゼを有する限定された相同領域に加えて、PSMAの全配列は少なくとも4つの他のヒトタンパク質に相同である:NLDL(回腸で発現;35%の同一性)、NLD2(卵巣、睾丸、及び脳で発現;67%の同一性)、トランスフェリン受容体(TfR)1(TfR1;ほとんどの細胞型で発現;26%の同一性)、及びTfR2(肝臓で優勢的に発現;28%の同一性)。
PSMAの結晶構造は3つのTfR1ドメインと類似する3つのドメイン:プロテアーゼドメイン、頂端ドメイン(apical domain)、及び螺旋ドメインを含む各ポリペプチド鎖を有する対称的な二量体を含むことが示されている。3つのドメイン間の界面の大きな空洞(〜1,100Å2)は、二核の亜鉛部位と、優勢的に極性の残基(70の残留物の66%)を含む。2つの亜鉛イオンについての観察と、PSMAオルソログとホモログの中のキャビティ成形残基の多くの保存は、有力な基質結合部位として空洞を同定する。
典型的には、PSMA発現は、前立腺疾患の進行と転移とともに増加することがわかっている。PSMAの発現は前立腺癌で、とりわけ、分化が不十分な転移性及びホルモン難治性の細胞腫で増大する。PSMAは、正常組織から血管中に限定されないが、腎細胞細胞腫と結腸細胞腫を含む特定の悪性病変の及び腫瘍周囲及び腫瘍内の領域中の毛細管の内皮細胞でも発現される。加えて、PSMAは腫瘍血管新生に関連することが報告されている。PSMAは結腸、乳房、膀胱、膵臓、腎臓、及び黒色腫の細胞腫中の腫瘍関連血管新生の内皮細胞で発現されることが実証されている。
腫瘍マーカーとしての役割に加えて、PSMAは二核の亜鉛部位を含んでおり、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼとして活性であり、ペプチド又は小分子からのα−又はγ−結合グルタミン酸塩の加水分解を触媒する。その基質は必須栄養素であるポリ−γ−グルタミン酸化葉酸と、抗癌剤メトトレキサートのポリ−γ−グルタミン酸化の形態とを含み、この場合、切断により効果的ではなくなる。PSMAの酵素活性は、プロドラッグのデザインのために利用することができ、薬物の不活性なグルタミン酸化形態は選択的に切断され、それによって、PSMAを発現する細胞でのみ活性化される。PSMAはさらに、豊富な神経ペプチドN−アセチル−l−アスパルチル−l−グルタミン酸塩(α−NAAG)を切断して不活性化し、これは、NMDAイオンチャネル型受容体の阻害剤であり、かつ、II型代謝型グルタミン酸受容体サブタイプ3のアゴニストである。α−NAAGによるグルタミン酸作動性神経伝達のレギュレーションの破壊は、統合失調症、発作性疾患、アルツハイマー病、ハンチントン病、及び筋萎縮性側索硬化症に関与している。したがって、PSMAの阻害は、グルタミン酸塩を減少させ、及びα−NAAGを増加させることにより潜在的に神経保護を与える。例えば、nM以下の阻害剤2−(ホスホノメチル)ペンタン二酸は、細胞培養、及び/又は、血流不全、糖尿病性神経障害、薬物乱用、慢性疼痛、及び筋萎縮性側索硬化症の動物モデルにおいて神経保護を提供することがわかっている。
前立腺癌は、最も一般的なタイプの癌であり、アメリカ人男性の癌による主要な死因の1つである。高齢者の人口の増加と早期診断のきっかけとなるこの疾患に対する意識の高まりの結果、前立腺癌と診察された人の数は着実に増えている。前立腺癌を進行させる人の寿命リスクは、白人で約5人に1人、アフリカ系アメリカ人で6人に1人である。リスクの高いグループは、前立腺癌の陽性の家系又はアフリカ系アメリカ人のグループでによって表わされる。生涯にわたって、前立腺癌と診察された人の3分の2以上がその病気で死ぬ。さらに、前立腺癌では死なない多くの患者は、疼痛、出血、及び尿路閉塞などの症状を改善するために継続的な処置を必要とする。したがって、前立腺癌はさらに、苦痛と健康管理の出費の増加の主要な原因を表わす。前立腺癌が局在化され、患者の平均寿命が10年以上である場合、前立腺全摘出術はその病気の根絶のために最良の機会を与える。歴史上、この手術の欠点は、ほとんどの癌が、検知される時までに手術の限界を越えて広がっていたということである。塊の高悪性度の腫瘍を抱える患者は前立腺全摘出術による処置が成功に終わる見込みは少ない。放射線治療も前立腺全摘出術の代わりとして広く使用されている。放射線治療によって一般に処置される患者は、高齢であまり健康ではなく、グレードの高い臨床的に進行した腫瘍を抱えている人々である。とりわけ好ましい処置は、放射線場が処置される組織の量に一致するように設計されている、3次元の共焦点放射線療法を含む外部光線療法;超音波ガイダンスを使用して放射性化合物のシードが注入される、組織内照射;及び、外部光線療法と組織内照射の組み合わせである。局所的に進行性の疾患を抱える患者の処置については、前立腺全摘出術あるいは放射線治療の前又は後に、ホルモン療法が利用されている。ホルモン療法は播種性の前立腺癌を抱える人を処置するための主要な形態である。睾丸摘出は血清テストステロン濃度を減少させるが、エストロゲン処置は同様に有益である。エストロゲンからのジエチルスチルベストロールは、心臓血管毒性を引き起こすという欠点を抱える別の有用なホルモン療法である。ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニストが投与されると、テストステロン濃度は最終的に減少する。フルタミドと他の非ステロイド性の抗アンドロゲン薬剤は、その細胞内受容体へのテストステロンの結合を阻む。その結果、それは、テストステロンの効果を遮断し、血清テストステロン濃度を増加させて、患者の性的能力を維持する−−前立腺全摘出術と放射線処理の後の重大な問題。細胞毒性化学療法は、前立腺癌を処置する際には大部分が効果がない。その毒性が原因でこの治療は高齢の患者には適さない。加えて、前立腺癌は細胞毒性薬に対する耐性が比較的強い。再発性又は進行性の疾患も抗アンドロゲン治療で処置される。不運なことに、ほとんどすべての腫瘍がホルモン耐性を有するようになり、任意の有効な治療がない状態で急速に進行する。これに応じて、患者の正常組織に圧倒的に毒性ではなく、前立腺癌細胞を選択的に除去するのに効果的な前立腺癌のための有効な治療が必要とされている。本開示は、特定の実施形態において、前立腺癌を処置するのに役立つPSMA結合タンパク質を提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を使用する免疫療法によって前立腺癌を処置する方法を提供する。
さらに、前立腺特異的膜抗原スクリーニング方法は多くの偽陽性に関連することから、前立腺癌を診断するのは困難である。これに応じて、幾つかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を使用して、前立腺癌を検知する改良された方法を提供する。
PSMA結合タンパク質
特定の実施形態において、PSMAタンパク質に結合する、抗PSMA抗体又は抗体変異体などの結合タンパク質が本明細書で提供される。幾つかの実施形態では、PSMAタンパク質は多量体である。PSMAタンパク質多量体は、本明細書で使用されるように、少なくとも2つのPSMAタンパク質あるいはその断片のタンパク質複合体である。PSMAタンパク質多量体は、完全長のPSMAタンパク質(例えば、SEQ ID NO:20)、組み換えの溶解可能なPSMA(rsPSMA、例えば、SEQ ID NO:20のアミノ酸44−750))、及び、(つまり、PSMAの二量体及び/又は高次の多量体の形成に必要なタンパク質ドメインを保持する)多量体を形成する前述の断片の様々な組み合わせから構成され得る。幾つかの実施形態において、多量体を形成するPSMAタンパク質の少なくとも1つは、組み換えの溶解可能なPSMA(rsPSMA)ポリペプチドである。幾つかの実施形態において、PSMAタンパク質多量体は、組み換えの溶解可能なPSMAタンパク質から形成されたものなどの二量体である。幾つかの実施形態において、rsPSMAはホモダイマーである。いかなる特定の理論によっても束縛されることなく、本明細書で言及されるPSMAタンパク質多量体は、固有立体配座を取ると信じられており、好ましくは、そのような立体配座を持つと信じられている。PSMAタンパク質は、特定の実施形態では、PSMAタンパク質多量体を形成するために一緒に非共有結合される。例えば、PSMAタンパク質が非変性条件下で二量体を形成するために非共有結合することが分かっている。PSMAタンパク質多量体はPSMAの活性を保持することができ、好ましくはPSMAの活性を保持する。PSMAタンパク質の活性は、特定の実施形態では、葉酸ヒドロラーゼ活性、NAALADase活性、ジペプチジルペプチダーゼ−IV活性、及びγ−グルタミルヒドロラーゼ活性などの酵素活性である。多量体のPSMA活性を試験するための方法は、当該技術分野で知られている(例えば、O’Keefe et al. in: Prostate Cancer: Biology, Genetics, and the New Therapeutics, L. W. K. Chung, W. B. Isaacs and J. W. Simons (eds.) Humana Press, Totowa, N.J., 2000, pp. 307−326によって精査される)。
幾つかの実施形態において、PSMAタンパク質あるいはPSMAタンパク質多量体と結合する本開示の結合タンパク質は、PSMAタンパク質あるいはPSMAタンパク質多量体の酵素活性を調節する。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、NAALADase活性、葉酸ヒドロラーゼ活性、ジペプチジルジペプチダーゼIV活性、γ−グルタミルヒドロラーゼ活性、あるいはこれらの組み合わせなどの少なくとも1つの酵素活性を阻害する。他の実施形態では、PSMA結合タンパク質は、NAALADase活性、葉酸ヒドロラーゼ活性、ジペプチジルジペプチダーゼIV活性、γ−グルタミルヒドロラーゼ活性、あるいはこれらの組み合わせなどの少なくとも1つの酵素活性を増強する。
本明細書で使用されるように、用語「抗体変異体」は、本明細書に記載される抗体の変異体及び誘導体を指す。ある実施形態では、本明細書に記載される抗PSMA抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、ある実施形態では、本明細書に記載される抗PSMA抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体の結合親和性及び/又は他の生体特性を改善するために企図される。アミノ酸変異体を調製する例示的な方法は、限定されないが、抗体をコードするヌクレオチド配列へ、あるいはペプチド合成によって、適切な修飾を導入することを含む。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び/又は残基への挿入及び/又はの置換を含む。
最終構築物に到達するために、あらゆる欠失、挿入、及び置換の組み合わせをつくることができるが、ただし、最終構築物は所望の特徴(例えば、抗原−結合)を有する。ある実施形態では、1つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異誘発の対象部位はCDRとフレームワーク領域を含む。そのような置換の例が以下に記載される。アミノ酸置換は、所望の抗体に導入されてもよく、所望の活性(例えば、保持された/改善された抗原結合、減少した免疫原性、あるいは改善された抗体依存性細胞性細胞毒性(ADCC)又は補体依存細胞毒性(CDC))についてスクリーニングされた生成物へ導入されてもよい。保守的及び非保存的なアミノ酸置換は抗体変異体の調製について企図される。
変異体抗PSMA抗体を作成する置換の別の例では、親抗体の1つ以上超可変領域残基が置換されている。概して、変異体は、親抗体と比較して、所望の特性の改善、例えば、親和性の増加、親和性の減少、免疫原性の減少、pH依存性の結合の増加に基づいて、選択される。例えば、親和性成熟変異体抗体は、例えば、本明細書に記載される技術や当該技術分野で知られている技術などのファージディスプレーベースの親和性成熟技術を用いて、生成可能である。
置換は、変異体を生成するために親抗PSMA抗体の超可変領域(HVR)で行うことができ、変異体は結合親和性に基づき、つまり、親和性成熟によって選択される。親和性成熟の幾つかの実施形態において、多様性は、様々な方法(例えば、エラープローンPCR、チェーンシャッフリング(chain shuffling)、あるいはオリゴヌクレオチド定方向突然変異誘発)のいずれかによって成熟について選択されたバリアブル遺伝子へ導入される。その後、第2のライブラリが作成される。その後、ライブラリは所望の親和性を有する任意の抗体変異体を同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入する別の方法はHVR方向アプローチを含み、幾つかのHVR残基(例えば、ある時点で4−6の残基)が無作為化される。抗原結合に関与するHVR残基は、例えば、アラニン走査突然変異誘発又はモデリングを用いて、特異的に同定されることがある。置換は、親抗体配列内の1、2、3又はそれ以上の部位にあり得る。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質は、PSMAに特異的な、ラクダ科の動物由来のsdAbの重鎖変数ドメイン(VH)、可変ドメイン(VHH)、ペプチド、リガンド、又は少分子実態などの単一ドメイン抗体である。幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質のPSMA結合ドメインは、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体由来のドメインを含むPSMAに結合する任意のドメインである。特定の実施形態において、PSMA結合タンパク質は単一ドメイン抗体である。他の実施形態において、PSMA結合タンパク質はペプチドである。さらなる実施形態において、PSMA結合タンパク質は小分子である。
一般に、単一ドメイン抗体との用語は、その最も広い意味で本明細書で使用されるように、特定の生体源あるいは特定の調製方法に限定されないことに着目されたい。例えば、幾つかの実施形態では、本開示の単一ドメイン抗体は、(1)自然発生の重鎖抗体のVHHドメインの隔離;(2)自然発生のVHHドメインをコードするヌクレオチド配列の発現;(3)自然発生のVHHドメインの「ヒト化」、あるいはそのようなヒト化されたVHHドメインをコードする核酸の発現;(4)任意の動物種に由来する、及び、とりわけ人間などからの哺乳動物の種からの自然発生のVHドメインの「ラクダ化(camelization)」、あるいは、そのようなラクダ化VHドメインをコードする核酸の発現;(5)「ドメイン抗体」又は「Dab」の「ラクダ化」、あるいはそのようなラクダ化VHドメインをコードする核酸の発現;(6)タンパク質、ポリペプチド、あるいは他のアミノ酸配列を調製するための合成技術又は半合成技術の使用;(7)当該技術分野で知られている技術を使用して単一ドメイン抗体をコードする核酸の調製と、その後の、得られる核酸の発現;及び/又は、(8)前述の1つ以上の任意の組み合わせ、によって、得られる。
1つの実施形態では、単一ドメイン抗体は、PSMAに対して向けられた自然発生の重鎖抗体のVHHドメインに対応する。本明細書にさらに記載されるように、そのようなVHH配列は通常、PSMA(つまり、上げるために、1つの、PSMAに対して方向付けられた免疫応答及び/又は重鎖抗体)を有するラクダ科の動物の種を適切に免疫することにより、ラクダ科の動物由来の適切な生体サンプル(血液サンプル、血清サンプル、又はB細胞のサンプル)を得ることにより、及び、当該技術分野で知られているあらゆる適切な技術を用いて上記サンプルから始まるPSMAに対して向けられたVHH配列を生成することにより、生成又は入手可能である。
別の実施形態において、PSMAに対するそのような自然発生のVHHドメインは、ラクダ科の動物のVHH配列の未処理のライブラリから、例えば、PSMA、あるいは、当該技術分野で知られている少なくとも1つのスクリーニング技術を用いて、その少なくとも1つの部分、断片、抗原決定基、あるいはエピトープを使用してそのようなライブラリをスクリーニングすることによって、得られる。そのようなライブラリ及び技術は、例えば、WO99/37681、WO01/90190、WO03/025020、及びWO03/035694に記載される。代替的に、未処理のVHHライブラリに由来する改善された合成又は半合成のライブラリが使用される。例えば、WO00/43507に記載されるような 無作為の突然変異誘発及び/又はCDRシャッフリングなどの技術によって、未処理のVHHライブラリから得られたVHHライブラリなどである。
さらなる実施形態において、PSMAに対して方向付けられたVHH配列を得るためのさらに別の技術は、当該技術分野で知られているあらゆる適切な技術を使用して、(つまり、1つの、PSMAに対して方向付けられた免疫応答及び/又は重鎖抗体を産生するために)重鎖抗体を発現することができるトランスジェニック哺乳動物を適切に免疫すること、上記トランスジェニック哺乳動物から適切な生体サンプル(血液サンプル、血清サンプル、又はB細胞のサンプル)を得ること、及び、上記サンプルから開始して、PSMAに対して方向付けられたVHH配列を生成することを含む。例えば、この目的のために、重鎖抗体発現ラット又はマウス、及びWO02/085945とWO04/049794に記載されるような方法と技術を使用することができる。
幾つかの実施形態において、単一ドメインPSMA抗体は、本明細書に記載されるように、自然発生のVHHドメインのアミノ酸配列に対応するが、「ヒト化している」、つまり、上記自然発生のVHH配列のアミノ酸配列中(及び、とりわけ、フレームワーク配列内)の1つ以上のアミノ酸残基を、(例えば、上に示すような)ヒト由来の従来の4−鎖抗体からのVHドメイン中の対応する位置で生じるアミノ酸残基の1つ以上に置き換えることによって、アミノ酸配列を有する単一ドメイン抗体を含む。これは、例えば、さらに以下の記載に基づいて、当業者に明らかな当該技術分野で知られているやり方で実施可能である。再度、本開示のそのようなヒト化された抗PSMA単一ドメイン抗体がそれ自体で知られている任意の適切なやり方で得られ(つまり、上のポイント(1)−(8)で示されたように)、従って、出発物質として自然発生のVHHドメインを含むポリペプチドを使用して得られたポリペプチドに厳密には限定されない。幾つかのさらなる実施形態では、単一ドメインPSMA抗体は、本明細書に記載されるように、自然発生のVHドメインのアミノ酸配列に対応するが、「ラクダ化」、つまり、従来の4−鎖抗体からの自然発生のVHドメインのアミノ酸配列中の1つ以上のアミノ酸残基を、重鎖抗体のVHHドメイン中の対応する位置で生じるアミノ酸残基の1つ以上に置き換えることによって、アミノ酸配列を有する単一ドメイン抗体を含む。そのような「ラクダ化」置換は好ましくは、VH−VL界面及び/又はいわゆるラクダ科に顕著な残基を形成するか、ならびに/あるいは、そこに存在する、アミノ酸位置に挿入される(例えば、WO 94/04678とDavies and Riechmann (1994と1996)を参照)。好ましくは、ラクダ化単一ドメインを生成又は設計するための出発物質又は出発点として使用されるVH配列は、好ましくは哺乳動物からのVH配列、より好ましくはVH3配列などのヒトのVH配列である。しかしながら、特定の実施形態では、本開示のそのようなラクダ化抗PSMA単一ドメイン抗体、当該技術分野で知られているやり方(つまり、上のポイント(1)−(8)で示されように)で得られ、したがって、出発物質としての自然発生のVHドメインを含むポリペプチドを用いて得られたポリペプチドに厳密には限定されないということに注意されたい。例えば、本明細書にさらに記載されるように、「ヒト化」及び「ラクダ化」の両方は、自然発生のVHHドメインあるいはVHドメインをコードするヌクレオチド配列を提供し、及び、その後、新しいヌクレオチド配列が「ヒト化」又は「ラクダ化」単一ドメイン抗体をそれぞれコードするようなやり方で提供されたヌクレオチド配列中の1つ以上のコドンを変えることによって、実行される。その後、この核酸は、本開示の所望の抗PSMA単一ドメイン抗体を提供するために発現可能である。代替的に、他の実施形態では、自然発生のVHHドメインあるいはVHドメインのアミノ酸配列にそれぞれ基づいて、本開示の所望のヒト化又はラクダ化抗PSMA単一ドメイン抗体のそれぞれのアミノ酸配列が設計され、その後、ペプチド合成の既知の技術を用いてデノボ合成される。幾つかの実施形態において、自然発生のVHHドメインあるいはVHドメインのアミノ酸配列あるいはヌクレオチド配列にそれぞれ基づいて、本開示の所望のヒト化又はラクダ化抗PSMA短鎖抗体のそれぞれをコードするヌクレオチド配列が設計され、その後、核酸合成の既知の技術を用いてデノボ合成され、その後、本開示の所望の抗PSMA単一ドメイン抗体を得るために、このように得られた核酸を、既知の発現技術を用いて発現させる。
自然発生のVH配列又はVHH配列から開始して、本開示の抗PSMA単一ドメイン抗体及び/又はこの抗PSMA単一ドメイン抗体をコードする核酸を得るための他の適切な方法及び技術は、本開示の抗PSMA単一ドメイン抗体あるいはこれをコードするヌクレオチド配列又は核酸を提供するために、適切なやり方で、例えば、1つ以上の自然発生のVH配列の1つ以上の部分(1つ以上のフレームワーク(FR)配列及び/又は相補性決定領域(CDR)配列など)、1つ以上の自然発生のVHH配列の1つ以上の部分(1つ以上のFR配列あるいはCDR配列など)、及び/又は、1つ以上の合成又は半合成の配列を組み合わせることを含む。
実施形態によっては、PSMA結合タンパク質はかなり小さく、実施形態によっては、わずか25kD、わずか20kD、わずか15kD、又はわずか10kDであることが企図される。特定の例において、PSMA結合タンパク質は、ペプチド又は小分子の実体である場合に5kD以下である。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、重鎖可変相補性決定領域(CDR)、CDR1、重鎖可変CDR2、重鎖可変CDR3、軽鎖可変CDR1、軽鎖可変CDR2、及び軽鎖可変CDR3を含む抗PSMA特異的抗体を含む。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、あるいは抗原結合フラグメントからのドメインを含む、PSMAに結合する任意のドメインを含み、例えば、単一ドメイン抗体(sdAb)、Fab、Fab’、F(ab)2、及びFvフラグメント、1つ以上のCDRで構成されたフラグメント、単鎖抗体(例えば、単鎖Fvフラグメント(scFv))、ジスルフィド安定化(dsFv)Fvフラグメント、ヘテロ共役抗体(例えば、二重特異性抗体)、pFvフラグメント、重鎖単量体又は二量体、軽鎖単量体又は二量体、ならびに1つの重鎖と1つの軽鎖からなる二量体である。幾つかの例では、PSMA結合タンパク質が本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質が最終的に使用される同じ種に由来することがPSMA結合ドメインにとっては有益である。例えば、ヒトで使用するためには、抗体又は抗体フラグメントの抗原結合ドメインからのヒト又はヒト化残基を含めることが、PSMA結合タンパク質のPSMA結合ドメインに有益なことがある。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、重鎖可変CDR1、重鎖可変CDR2、及び重鎖可変CDR3を含む、抗PSMA特異的結合タンパク質である。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、重鎖可変CDR1、重鎖可変CDR2、及び重鎖可変CDR3を含む、抗PSMA単一ドメイン抗体である。
幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、式:f1−r1−f2−r2−f3−r3−f4によって表わされるように、3つの相補性決定領域/配列によって中断された4つのフレームワーク領域/配列(f1−f4)で構成されるアミノ酸配列を含むポリペプチドであり、式中、r1、r2、及びr3はそれぞれ、相補性決定領域CDR1、CDR2、及びCDR3であり、f、f、f、及びfはフレームワーク残基である。本開示のPSMA結合タンパク質のフレームワーク残基は、例えば、75、76、77、78、79、80、81のアミノ酸残基と、相補性決定領域、例えば、30、31、32、33、34、35、36のアミノ酸残基を含む。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、フレームワーク残基と、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む、SEQ ID NO:4で記載されるアミノ酸配列を含み、(a)CDR1は、SEQ ID NO:16で記載されるアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:16中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含み、(b)CDR2は、SEQ ID NO:17で記載される配列、あるいはSEQ ID NO:17中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含み、及び、(c)CDR3は、SEQ ID NO:18で記載される配列、あるいはSEQ ID NO:18中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含む。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、フレームワーク残基と、CDR1、CDR2、及びCDR3を含む、SEQ ID NO:19で記載されるアミノ酸配列を含み、(a)CDR1は、SEQ ID NO:16で記載されるアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:16中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含み、(b)CDR2は、SEQ ID NO:17で記載される配列、あるいはSEQ ID NO:17中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含み、及び、(c)CDR3は、SEQ ID NO:18で記載される配列、あるいはSEQ ID NO:18中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含む。
PSMA結合タンパク質のCDR1が、SEQ ID NO:16で記載されるアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:16中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含む実施形態において、そのような置換は例えば、プロリン、ヒスチジンを含む。PSMA結合タンパク質のCDR2が、SEQ ID NO:17で記載されるアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:17中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含む実施形態において、そのような置換は例えば、アスパラギン酸、リジン、グルタミン、チロシンを含む。
PSMA結合タンパク質のCDR3が、SEQ ID NO:18で記載されるアミノ酸配列、あるいはSEQ ID NO:18中に1つ、2つ、3つ、あるいは4つのアミノ酸置換を有する変異体を含む実施形態において、そのような置換は例えば、セリンを含む。
幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は式:f1−r1−f2−r2−f3−r3−f4を含み、式中、r1、r2、及びr3はそれぞれ、相補性決定領域CDR1、CDR2、及びCDR3であり、f、f、f、及びfはフレームワーク残基であり、r1はSEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、又は、SEQ ID NO:7を含み、r2はSEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、又はSEQ ID NO:14を含み、及び、r3はSEQ ID NO:15を含む。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は以下の式:f1−r1−f2−r2−f3−r3−f4を含む単一ドメイン抗体であり、式中、r1、r2、及びr3はそれぞれ、相補性決定領域CDR1、CDR2、及びCDR3であり、f、f、f、及びfはフレームワーク残基であり、r1はSEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、又は、SEQ ID NO:7であり、r2はSEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、又はSEQ ID NO:14であり、及び、r3はSEQ ID NO:15である。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:17に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:18に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:16に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:18に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:16に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:17に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:18に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:17に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:16に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りである。
幾つかの実施形態において、アミノ酸残基X1、X2、X3、X4、X5、X6、及びXは、グルタミン酸、プロリン、セリン、ヒスチジン、トレオニン、アスパラギン酸、グリシン、リジン、トレオニン、グルタミン、及びチロシンから独立して選択される。幾つかの実施形態において、Xはプロリンである。幾つかの実施形態では、Xはヒスチジンである。幾つかの実施形態において、Xはアスパラギン酸である。幾つかの実施形態では、Xはリジンである。幾つかの実施形態では、Xはグルタミンである。幾つかの実施形態では、Xはチロシンである。幾つかの実施形態では、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはプロリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはグルタミンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはチロシンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはセリンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはピロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはチロシンであり、Xはセリンである。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はCDR1、CDR2、及びCDR3を含み、ここで、(a)CDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:1(RFMISXYXMH)に記載される通りであり、(b)CDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:2(XINPAXTDYAEXVKG)に記載される通りであり、及び、(c)CDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:3(DXYGY)に記載される通りであり、ここで、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。
本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはトレオニンであり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはトレオニンであり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはセリンであり、Xはトレオニンであり、Xはリジンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはプロリンであり、Xはセリンであり、Xはトレオニンであり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはグリシンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはセリンであり、Xはトレオニンであり、Xはグリシンであり、Xはグルタミンであり、Xはセリンであり、及び、Xはグリシンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはセリンであり、Xはトレオニンであり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはグリシンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはトレオニンであり、Xはセリンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはグルタミン酸であり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグリシンであり、Xはトレオニンであり、Xはチロシンであり、及び、Xはセリンである。本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、CDR1、CDR2、及びCDR3の配列を含むことがあり、ここで、Xはヒスチジンであり、Xはセリンである。例示的なフレームワーク配列はSEQ ID NO:165−168として開示される。
幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)Xはプロリンである;(ii)Xはヒスチジンである;(iii)Xはアスパラギン酸である;(iv)Xはリジンである;(v)Xはグルタミンである;(vi)Xはチロシンである;及び、(vii)Xはセリンである。幾つかの実施形態において、上記の実施形態の前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、SEQ ID NO:4として記載される配列を有する結合タンパク質のものよりもヒト前立腺特異的膜抗原に対する高い親和性を有する。幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)Xはプロリンである;ここで、Xはグルタミンである;(ii)Xはチロシンである;ここで、Xはリジンであり、Xはセリンである;(iii)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはセリンである;(iv)Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである;(v)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである;(vi)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはリジンであり、Xはセリンである;(vii)Xはプロリンであり、Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである(viii)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはグルタミンであり、Xはセリンである;(ix)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはチロシンであり、Xはセリンである;及び、(x)Xはヒスチジンであり、Xはアスパラギン酸であり、Xはセリンである。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載される通りのアミノ酸配列を有する。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載される通りのアミノ酸配列を有し、ここで、1つ以上のアミノ酸位置が置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置19、86、87、及び106の1つ以上が置換される。アミノ酸位置19、86、87、及び106の例示的な置換は、限定されないが、T19R、K86R、P87A、及びQ106Lを含む。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31、33、50、55、56、62、及び97の1つ以上が置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31はE31Pとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33はS33Hとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置50はT50Dとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置55はG55Kとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置56はT56Qとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置62はS62Yとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置97はG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33はS33Hとして置換される。幾つかの実施形態において、位置31でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31、50、及び97はそれぞれ、E31P、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33及び97はそれぞれ、S33H及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33、50、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50、55、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33、50、55、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、G55K、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置31、50、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31、33、50、及び97はそれぞれ、E31P、S33H、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50、56、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33、50、56、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、T56Q、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50、62、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33、50、62、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、S62Y、及びG97Sとして置換される。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:19に記載される通りのアミノ酸配列を有する。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:19に記載される通りのアミノ酸配列を有し、ここで、1つ以上のアミノ酸位置が置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置31、33、50、55、56、62、及び97の1つ以上が置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31はE31Pとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33はS33Hとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置50はT50Dとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置55はG55Kとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置56はT56Qとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置62はS62Yとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置97はG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33はS33Hとして置換される。幾つかの実施形態において、位置31でのSEQ ID NO:19の置換は、位置50及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置31、50、及び97はそれぞれ、E31P、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:19の置換は、位置97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33及び97はそれぞれ、S33H及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:19の置換は、位置50及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33、50、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:19の置換は、位置50、55、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33、50、55、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、G55K、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:19の置換は、位置31、50、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置31、33、50、及び97はそれぞれ、E31P、S33H、T50D、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:19の置換は、位置50、56、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:19のアミノ酸位置33、50、56、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、T56Q、及びG97Sとして置換される。幾つかの実施形態において、位置33でのSEQ ID NO:4の置換は、位置50、62、及び97での置換と組み合わされる。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33、50、62、及び97はそれぞれ、S33H、T50D、S62Y、及びG97Sとして置換される。
幾つかの実施形態において、前立腺特異的膜抗原結合タンパク質は、以下の任意の組み合わせを含む:(i)位置31での置換;(ii)位置50での置換;(iii)位置55での置換;位置56での置換;(iv)位置62での置換;(v)位置97での置換;(vi)位置55及び97での置換;(vii)位置33及び97での置換;(viii)33、50、及び97の置換;(ix)位置31、33、50、及び97での置換;(x)位置33、50、55、及び97での置換;(xi)位置33、50、56、及び97での置換;ならびに、(xiii)位置33、50、62、及び97での置換。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、ヒトとカニクイザルのPSMAと交差反応する。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はヒトPSMAに特異的である。様々な実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に記載されるアミノ酸配列と少なくとも約75%、約76%、約77%、約78%、約79%、約80%、約81%、約82%、約83%、約84%、約85%、約86%、約87%、約88%、約89%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいは約100%同一である。
様々な実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:19に記載されるアミノ酸配列と少なくとも約75%、約76%、約77%、約78%、約79%、約80%、約81%、約82%、約83%、約84%、約85%、約86%、約87%、約88%、約89%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいは約100%同一である。
様々な実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質の相補性決定領域は、SEQ ID NO:16に記載されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約80%、約81%、約82%、約83%、約84%、約85%、約86%、約87%、約88%、約89%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいは約100%同一である。
様々な実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質の相補性決定領域は、SEQ ID NO:17に記載されるアミノ酸配列と少なくとも約75%、約76%、約77%、約78%、約79%、約80%、約81%、約82%、約83%、約84%、約85%、約86%、約87%、約88%、約89%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいは約100%同一である。
様々な実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質の相補性決定領域は、SEQ ID NO:18に記載されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約85%、約86%、約87%、約88%、約89%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、あるいは約100%同一である。
ヒト化及び親和性の成熟
治療用途のための結合タンパク質の設計において、例えば、標的の機能的活性を調節するタンパク質、及び/又は、より高い特異性を持つ結合タンパク質、及び/又は特定の細胞又は組織環境においてより生物利用可能で、安定し、又は可溶性である結合タンパク質などの改善された結合タンパク質を作成することが望ましい。
本開示に記載されるPSMA結合タンパク質は、PSMAである標的結合ドメインに対する結合親和性の改善を示す。本開示は、ヒト及びカニクイザルのPSMAの何れか又は両方に対する高い結合親和性をもたらす、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質の相補性決定領域(CDR)におけるアミノ酸置換を同定する。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は抗体である。特定の実施形態において、PSMA結合タンパク質はヒト化抗体である。一般的に、ヒト化抗体は、CDR又はCDRの部分が非ヒト抗体由来であり、フレームワーク領域又はフレームワーク領域の部分がヒト抗体配列に由来する、1つ以上の可変ドメインを含む。随意に、ヒト化抗体はヒト定常領域の少なくとも一部も含む。幾つかの実施形態において、選択されたフレームワーク残基は、例えば、抗体の得意性、親和性、又はpH依存性を修復する又は改善するために、非ヒト抗体(例えば、CDRが由来する抗体)からの対応する残基で置換される。ヒト化のために使用可能なヒトフレームワーク領域は、限定されないが、最良適合法を用いて選択されるフレームワーク領域(例えば、Sims et al. J Immunol 151:2296, 1993);軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域(例えば、Carter et al. Proc Natl Acad Sci USA, 89:4285, 1992; and Presta et al., J Immunol, 151:2623, 1993);ヒト成熟(身体的に突然変異した)フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域(例えば、Almagro and Fransson, Front Biosci 13:1619−1633, 2008);及びスクリーニングフレームワークライブラリに由来するフレームワーク領域(例えば、Baca et al., J Biol Chem 272:10678−10684, 1997; and Rosok et al., J Biol Chem 271:22611−22618, 1996))を含む。故に、1つの態様において、PSMA結合タンパク質は含む、ヒト化又はヒト抗体、或いは抗体フラグメントを含む。1つの実施形態において、ヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインは、本明細書に記載されるヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインの1つ以上(例えば、3つ全て)の軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)、及び軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)、及び/又は、本明細書に記載されるヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインの1つ以上(例えば、3つ全て)の重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)、及び重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)を含み、例えばヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインは、1つ以上の、例えば3つ全てのLC CDRと、1つ以上の、例えば3つ全てのHC CDRを含む。幾つかの実施形態において、ヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインは、PSMAに特異的なヒト化又はヒト軽鎖可変領域を含み、ここでPSMAに特異的な軽鎖可変領域はヒト軽鎖フレームワーク領域中のヒト又は非ヒト軽鎖CDRを含む。特定の例において、軽鎖フレームワーク領域はλ(ラムダ)軽鎖フレームワークである。他の例において、軽鎖フレームワーク領域はκ(カッパ)軽鎖フレームワークである。幾つかの実施形態において、ヒト化又はヒト抗PSMA結合ドメインは、PSMAに特異的なヒト化又はヒト重鎖可変領域を含み、PSMAに特異的な重鎖可変領域は、ヒト重鎖フレームワーク領域中のヒト又は非ヒト重鎖CDRを含む。特定の例において、重鎖及び/又は軽鎖の相補性決定領域は、例えば7E11、EPR6253、107.1A4、GCP−05、EP3253、BV9、SP29、ヒトPSMA/FOLH1/NAALADase I抗体などの既知の抗PSMA抗体に由来する。
本開示のPSMA結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、標的結合ドメインに対するその結合親和性を増大させるために成熟される親和性である。上述のCDRの1つ以上を含む、抗PSMA抗体などの本開示のPSMA結合タンパク質の親和性を改善することが望まれる場合、親和性が改善されたそのような抗体は、多数の成熟プロトコル、限定されないが、CDRの維持、鎖のシャフリング、大腸菌の突然変異菌株の使用、DNAシャフリング、ファージディスプレイ、及び生殖(sexual)によって得られる場合がある。親和性成熟の上方の例示的な方法は、Vaughan et al. (Nature Biotechnology, 16, 535−539, 1998)によって議論されている。故に、前述の段落で議論されたPSMA結合タンパク質変異体に加えて、本開示は更に、標的、即ちPSMAに対する結合タンパク質の親和性を改善する配列変異体を提供する。特定の実施形態において、そのような配列変異体は、PSMA結合タンパク質配列内の1つ以上の半保存的又は保存的置換を含み、そのような置換は、結合タンパク質の望ましい活性に有意に影響を与えないことが好ましい。置換は自然に発生する、又は、例えば突然変異生成(例えば、Hutchinson et al., 1978, J. Biol. Chem. 253:6551)を使用して導入されてもよい。例えば、アミノ酸であるグリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンは頻繁に、互いに置換されてもよい(脂肪族側鎖を持つアミノ酸)。これら起こり得る置換において、典型的にはグリシン及びアラニンが、比較的短い側鎖を持つことから互いの置換に使用され、バリン、ロイシン、及びイソロイシンは、疎水性である、より大きな脂肪族側鎖を持つことから互いの置換に使用される。互いに頻繁に置換され得る他のアミノ酸は、限定されないが:フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファン(芳香族側鎖を持つアミノ酸);リジン、アルギニン、及びヒスチジン(塩基性側鎖を持つアミノ酸);アスパラギン酸塩、及びグルタミン酸塩(酸性側鎖を持つアミノ酸);アスパラギン、及びグルタミン(アミド側鎖を持つアミノ酸);並びにシステイン、及びメチオニン(硫黄含有側鎖を持つアミノ酸)を含む。
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、組み合わせライブラリをスクリーニングすることにより、例えば、ファージディスプレイライブラリを生成すること、且つ望ましい結合特徴を持つ抗体に対してそのようなライブラリをスクリーニングすることにより、単離される。更に、その結合標的に対するPSMA結合タンパク質の結合親和性は、特定のPSMAアルブミン結合タンパク質中の特定の消失半減期を標的とするように選択され得る。故に、幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質はその結合標的に対して高い結合親和性を有する。他の実施形態において、PSMA結合タンパク質はその結合標的に対して中程度の結合親和性を有する。また他の実施形態において、PSMA結合タンパク質はその結合標的に対して低い又は中程度の結合親和性を有する。典型的な結合親和性は、10nM以下(高い)の、10nM〜100nMの間(中程度)の、及び100nMを超える(低い)Kdを含む。PSMAに結合する親和性は、例えば、アッセイプレート上にコーティングされた;微生物細胞表面に表示された;溶液中などの、結合タンパク質自体の、又はPSMAに結合するそのPSMA結合ドメインの能力によって、決定することができる。PSMAに対する本開示のタンパク質の結合活性も、ビーズ、基質、細胞などに対して、リガンド(例えばPSMA)、或いは前記結合タンパク質自体又はそのPSMA結合ドメインを固定することによって分析され得る。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質自体又はそのPSMA結合ドメインと、標的リガンド(PSMAなど)との結合は、例えば結合動力学アッセイによって決定することができる。結合動力学アッセイは、特定の実施形態において、OCTET(登録商標)システムを使用して行なわれる。そのような実施形態において、第1の工程は、最適な装填密度でバイオセンサ(例えばストレプトアビジンバイオセンサ)の表面上へとリガンド(例えばビオチン化PSMA)を固定する工程であって、その後、結合していないリガンドを取り除くためのアッセイバッファーにより洗浄し、その後、分析物、即ちPSMA結合タンパク質自体、又はリガンドを有するそのPSMA結合ドメインを会合し、その後、分析物を含まないバッファーにバイオセンサをさらし、その結果、リガンドからのPSMA結合タンパク質自体又はそのPSMA結合ドメインの解離をもたらす、工程を含む。BSA、カゼイン、Tween20、PEG、ゼラチンなどの適切な遮断薬は、バイオセンサ上の非特異的結合部位を遮断するために使用される。結合動力学データは後に、PSMA結合タンパク質自体又はそのPSMA結合ドメインとリガンドとの結合相互作用に対する会合及び解離速度定数を決定するのに適切なソフトウェア(例えばForteBio’s Octetのソフトウェア)を使用して、分析される。
特定の実施形態において、本明細書に開示されるPSMA結合タンパク質は、ヒトKd(hKd)を有するヒトPSMAに結合する。特定の実施形態において、本明細書に開示されるPSMA結合タンパク質は、カニクイザルKd(cKd)を有するカニクイザルPSMAに結合する。特定の実施形態において、本明細書に開示されるPSMA結合タンパク質は、カニクイザルKd(cKd)を有するカニクイザルPSMAと、ヒトKd(hKd)を有するヒトPSMAとに結合する。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約500nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約450nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約400nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約350nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約300nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約250nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約200nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約150nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約100nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.1nM〜約90nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.2nM〜約80nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.3nM〜約70nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.4nM〜約50nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.5nM〜約30nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.6nM〜約10nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.7nM〜約8nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.8nM〜約6nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約0.9nM〜約4nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、hKd及びcKdは、約1nM〜約2nMの範囲に及ぶ。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質は、同等の結合親和性(Kd)を備えたヒト及びカニクイザルのPSMAに結合する。
幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4に述べられるような配列を含み、約10nM〜約20nMのhKdを有する。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置31においてグルタミン酸からプロリンへの突然変異を含み、約5nM〜約10nMのhKdを有する。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置56においてトレオニンからグルタミンへの突然変異を含み、約1nM〜約7nMのhKdを有する。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置55においてグリシンからリジンへの突然変異を含み、約0.5nM〜約5nMのhKdを有する。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33においてセリンからヒスチジンへの突然変異、アミノ酸位置50においてトレオニンからアスパラギン酸への突然変異、及びアミノ酸位置97においてグリシンからセリンへの置換を含み、約5nM〜約10nMのhKdを有する。幾つかの実施形態において、本開示のPSMA結合タンパク質は、SEQ ID NO:4のアミノ酸位置33においてセリンからヒスチジンへの突然変異、及びアミノ酸位置97においてグリシンからセリンへの置換を含み、約0.05nM〜約2nMのhKdを有する。故に、様々な実施形態において、SEQ ID NO:4に述べられるような配列と比較して1つ以上の置換を含むPSMA結合タンパク質は、置換のないSEQ ID NO:4の配列を含むタンパク質よりも1.5〜約300倍高いヒトPSMAに対する結合親和性を持つ。例えば、SEQ ID NO:4の置換がE31Pを含むと、結合親和性は約1.5〜約3倍高く;SEQ ID NO:4の置換がT56Qを含むと、約2〜約15倍高く;SEQ ID NO:4の置換がG55Kを含むと、約3〜約30倍高く;SEQ ID NO:4の置換がS33H T50D G97Sを含むと、約2〜約3倍高く;及びSEQ ID NO:4の置換がS33H G97Sを含むと、約5〜約300倍高い。幾つかの実施形態において、SEQ ID NO:4の1つ以上アミノ酸置換は、上述のように、ヒト及びカニクイザル両方のPSMA、例えば、SEQ ID NO:4のアミノ酸置換S33H及びG97Sを含む本開示のPSMA結合タンパク質に対する結合親和性の増強をもたらし、置換のないSEQ ID NO:4の配列を含むタンパク質と比較して、ヒト及びカニクイザルPSMAに対する親和性が増大したことを示す。そのような二重親和性増強の更なる例は、SEQ ID NO:4のアミノ酸置換S33H、T50D、及びG97Sを含むPSMA結合タンパク質の場合に見られる。幾つかの実施形態において、前述のPSMA結合タンパク質の何れか(例えば、SEQ ID No.21−32の抗PSMA単一ドメイン抗体)は、精製の容易さのためにタグ付けされる親和性ペプチドである。幾つかの実施形態において、親和性ペプチドタグは、6hisとも称される、6つの連続するヒスチジン残基である(SEQ ID NO:33)。
本開示のPSMA結合タンパク質、例えば抗PSMA単一ドメイン抗体の結合親和性も、相対語において、或いは、PSMAにも特異的に結合する第2の結合タンパク質(例えば、「第2のPSMA特異的抗体」とも本明細書で称される、PSMAに特異的である第2の抗PSMA単一ドメイン抗体)の結合親和性と比較して、記載され得る。幾つかの実施形態において、第2のPSMA特異的抗体は、SEQ ID No.21−32に定められる結合タンパク質などの、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質変異体の何れかである。従って、本開示の特定の実施形態は、SEQ ID NO:4の結合タンパク質よりも高い親和性、又は、SEQ ID NO:4の結合タンパク質のKdよりも低いKdを持つ、ヒトPSMA及び/又はカニクイザルPSMAに結合する、抗PSMA単一ドメイン抗体に関連する。本開示の更なる実施形態は、SEQ ID NO:19の結合タンパク質よりも高い親和性、又はSEQ ID NO:19の結合タンパク質のKdよりも低いKdによりヒトPSMA及び/又はカニクイザルPSMAに結合する抗PSMAの単一ドメイン抗体に関係がある。
CD3結合ドメイン
T細胞の応答の特異性は、T細胞受容体複合体によって抗原(主要組織適合複合体、MHCの文脈で表示される)の認識によって媒介される。T細胞受容体複合体の一部として、CD3は、細胞表面に存在する、CD3γ(ガンマ)鎖、CD3δ(デルタ)鎖、及び2つのCD3ε(イプシロン)鎖を含むタンパク質複合体である。T細胞受容体複合体を含むために、CD3は、CD3ζ(ゼータ)と同様に、T細胞受容体複合体のα(アルファ)とβ(ベータ)鎖と共に会合する。固定された抗CD3抗体などによるT細胞上でのCD3のクラスター形成は、T細胞受容体の結合と同様であるがそのクローンに典型的な特異性とは無関係の、T細胞活性化を引き起こす。
1つの態様において、本開示に係るPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質が、本明細書に記載される。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、CD3に特異的に結合するドメインを更に含む。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、CD3γに特異的に結合するドメインを更に含む。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、CD3δに特異的に結合するドメインを更に含む。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、CD3εに特異的に結合するドメインを更に含む。更なる実施形態において、多特異性タンパク質は、T細胞受容体(TCR)に特異的に結合するドメインを更に含む。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、TCRのα鎖に特異的に結合するドメインを更に含む。幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、TCRのβ鎖に特異的に結合するドメインを更に含む。
幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は更に、ヒト血清アルブミン(HSA)などのバルク血清タンパク質に特異的に結合するドメインを含む。幾つかの実施形態において、HSA結合ドメインは、SEQ ID NO:123−146からなる群から選択された配列を含む。
幾つかの実施形態において、多特異性タンパク質は、PSMA標的化TriTAC分子又はPSMA三重特異性分子或いは三重特異性分子とも本明細書で称される、PSMA標的化三重特異性抗原結合タンパク質である。
特定の実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質のCD3結合ドメインは、ヒトCD3との有力なCD3結合親和性を呈するだけではなく、それぞれのカニクイザルCD3タンパク質との優れた交差反応性も示す。例によっては、多特異性タンパク質のCD3結合ドメインは、カニクイザルからのCD3と交差反応性である。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質のCD3結合ドメインは、CD3に結合するドメインを含み、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はCD3結合抗体の抗原結合フラグメント、例えば単一ドメイン抗体(sdAb)、Fab、Fab’、F(ab)2、及びFvフラグメント、1つ以上のCDRで構成されたフラグメント、単鎖抗体(例えば、単鎖Fvフラグメント(scFv))、ジスルフィド安定化(dsFv)Fvフラグメント、ヘテロ共役抗体(例えば、二重特異性抗体)、pFvフラグメント、重鎖単量体又は二量体、軽鎖単量体又は二量体、並びに1つの重鎖と1つの軽鎖からなる二量体からのドメインが含まれるがこれらに限定されない。幾つかの例において、本明細書に記載される単一PSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質が最終的に使用される同じ種に由来することが、CD3結合ドメインにとっては有益である。例えば、ヒトに使用するために、抗体又は抗体フラグメントのPSMA結合ドメインからのヒト又はヒト化残基を含めることが、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質のCD3結合ドメインには有益な場合がある。
故に、1つの態様において、PSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質のCD3結合ドメインは、ヒト化又はヒト抗体、或いは抗体フラグメント、もしくはマウスの抗体又は抗体フラグメントを含む。1つの実施形態において、ヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインは、本明細書に記載されるヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインの1つ以上(例えば3つすべて)の軽鎖相補性決定領域、軽鎖相補性決定領域1(LC CDR1)、軽鎖相補性決定領域2(LC CDR2)、及び軽鎖相補性決定領域3(LC CDR3)、及び/又は、本明細書に記載されるヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインの1つ以上(例えば3つすべて)の重鎖相補性決定領域、重鎖相補性決定領域1(HC CDR1)、重鎖相補性決定領域2(HC CDR2)、及び重鎖相補性決定領域3(HC CDR3)を含み、例えば、ヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインは、1つ以上の、例えば3つ全てのLC CDR、及び1つ以上の、例えば3つ全てのHC CDRを含む。
幾つかの実施形態において、ヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインは、CD3に特異的なヒト化又はヒト軽鎖可変領域を含み、ここでCD3に特異的な軽鎖可変領域は、ヒト軽鎖フレームワーク領域中のヒト又は非ヒト軽鎖CDRを含む。特定の例において、軽鎖フレームワーク領域はλ(ラムダ)軽鎖フレームワークである。他の例において、軽鎖フレームワーク領域はκ(カッパ)軽鎖フレームワークである。
幾つかの実施形態において、ヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインは、CD3に特異的なヒト化又はヒト重鎖可変領域を含み、ここでCD3に特異的な重鎖可変領域は、ヒト重鎖フレームワーク領域中のヒト又は非ヒト重鎖CDRを含む。
特定の例において、重鎖及び/又は軽鎖の相補性決定領域は、例えば、ムロモナブ−CD3(OKT3)、オテリキシズマブ(TRX4)、テプリズマブ(MGA031)、ビジリズマブ(Nuvion)、SP34、TR−66、又はX35−3、VIT3、BMA030(BW264/56)、CLB−T3/3、CRIS7、YTH12.5、F111−409、CLB−T3.4.2、TR−66、WT32、SPv−T3b、11D8、XIII−141、XIII−46、XIII−87、12F6、T3/RW2−8C8、T3/RW2−4B6、OKT3D、M−T301、SMC2、F101.01、UCHT−1、及びWT−31などの既知の抗CD3抗体に由来する。
1つの実施形態において、抗CD3結合ドメインは、本明細書で提供されるアミノ酸配列の軽鎖と重鎖を含む単鎖可変フラグメント(scFv)である。本明細書で使用されるように、「単鎖可変フラグメント」又は「scFv」とは、軽鎖の可変領域を含む抗体フラグメントと、重鎖の可変領域を含む少なくとも1つの抗体フラグメントとを指し、軽鎖と重鎖の可変領域は、短い適合性の(flexible)ポリペプチドリンカーによって連続的に結合され、単一のポリペプチド鎖として発現可能であり、及びscFvはそれが由来する無傷の抗体の特異性を保持する。一実施形態において、抗CD3結合ドメインは以下を含む:本明細書で提供される軽鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも1つ、2つ、又は3つの修飾(例えば置換)を含むが、多くとも30、20、又は10の修飾(例えば置換)しか含まないアミノ酸配列、或いは本明細書で提供されるアミノ酸配列に95−99%の同一性を有する配列を含む、軽鎖可変領域;及び/又は、本明細書で提供される重鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも1つ、2つ、又は3つの修飾(例えば置換)を含むが、多くとも30、20、又は10の修飾(例えば置換)しか含まないアミノ酸配列、或いは本明細書で提供されるアミノ酸配列に95−99%の同一性を有する配列を含む、重鎖可変領域。1つの実施形態において、ヒト化又はヒト抗CD3結合ドメインはscFvであり、本明細書に記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域は、scFvリンカーによって本明細書に記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域に結合される。scFvの軽鎖可変領域と重鎖可変領域は、例えば、以下の配向のいずれかであり得る:軽鎖可変領域−scFvリンカー−重鎖可変領域、或いは重鎖可変領域−scFvリンカー−軽鎖可変領域。
幾つかの例において、CD3に結合するscFvは既知の方法に従って調製される。例えば、scFv分子は、適合性のポリペプチドリンカーを使用して、VHとVLの領域を一緒に結合することにより、生成可能である。scFv分子は、最適化された長さ及び/又はアミノ酸組成を備えるscFvリンカー(例えばSer−Glyリンカー)を含む。従って、幾つかの実施形態において、scFvリンカーの長さは、CD3結合部位を形成するために、VH又はVLのドメインが他の可変ドメインと分子間で会合することができるような長さである。特定の実施形態において、こうしたscFvリンカーは「短い」、つまり、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12のアミノ酸残基からなる。故に、特定の例において、scFvリンカーは約12以下のアミノ酸残基からなる。0のアミノ酸残基の場合、scFvリンカーはペプチド結合である。幾つかの実施形態において、これらscFvリンカーは、約3から約15、例えば8、9、又は10の連続的なアミノ酸残基からなる。scFvリンカーのアミノ酸組成に関して、適合性を与え、可変ドメインに干渉せず、同様に、機能的なCD3結合部位を形成するために2つの可変ドメインを接合するための鎖間フォールディングを可能にしないペプチドが選択される。例えば、グリシンとセリンの残基を含むscFvリンカーは一般的にプロテアーゼ耐性を与える。幾つかの実施形態において、scFv中のリンカーはグリシンとセリンの残基を含む。scFvリンカーのアミノ酸配列は、例えば、CD3結合とscFvの産生収率を改善するためのファージディスプレイ方法によって最適化可能である。scFv中の可変軽鎖ドメインと可変重鎖ドメインを結合するのに適切なペプチドscFvリンカーの例としては、限定されないが、(GS)(SEQ ID NO:157)、(GGS)(SEQ ID NO:158)、(GGGS)(SEQ ID NO:159)、(GGSG)(SEQ ID NO:160)、(GGSGG)(SEQ ID NO:161)、又は(GGGGS)(SEQ ID NO:162)が挙げられ、ここで、nは1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10である。1つの実施形態において、scFvリンカーは、(GGGGS)(SEQ ID NO:163)、又は(GGGGS)(SEQ ID NO:164)であり得る。リンカー長さの変動は活性を保持又は増強し、活性研究で優れた有効性をもたらすこともある。
幾つかの実施形態において、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質のCD3結合ドメインは、1000nM以下、500nM以下、200nM以下、100nM以下、80nM以下、50nM以下、20nM以下、10nM以下、5nM以下、1nM以下、又は0.5nM以下のKDを持つCD3発現細胞上のCD3に対する親和性を有する。幾つかの実施形態において、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質のCD3結合ドメインは、1000nM以下、500nM以下、200nM以下、100nM以下、80nM以下、50nM以下、20nM以下、10nM以下、5nM以下、1nM以下、又は0.5nM以下のKDを持つ、CD3ε、γ、或いはδに対する親和性を有する。更なる実施形態において、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質のCD3結合ドメインは、CD3に対する低い親和性、つまり、約100nM以上を有する。
CD3に結合する親和性は、例えば、アッセイプレート上にコーティングされた;微生物細胞表面に表示された;溶液中などの、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質自体又はCD3結合に結合するそのCD3結合ドメインの能力によって、決定することができる。CD3に対する本開示のPSMA三重特異性抗原結合タンパク質自体又はそのCD3結合ドメインの結合活性は、ビーズ、基質、細胞などに対して、リガンド(例えば、CD3)又はPSMA三重特異性抗原結合タンパク質自体或いはそのCD3結合ドメインを固定することにより分析可能である。薬剤は、所定の温度で一定の期間インキュベートされた適切なバッファーと結合パートナーに加えることができる。未結合材料を取り除くために洗浄した後、結合タンパク質は、例えば、SDS、高いpHのバッファーなどで放出可能であり、例えば、表面プラズモン共鳴(SPR)によって分析可能である。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるCD3結合ドメインは、表7に記載される配列(SEQ ID NO:34−88)及びそのサブ配列を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、CD3結合ドメインは、表7に記載される配列(SEQ ID NO:34−122)に対して少なくとも70%−95%以上の相同性を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、CD3結合ドメインは、表7に記載される配列(SEQ ID NO:34−122)に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%以上の相同性を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、CD3結合ドメインは、表7に記載される配列(SEQ ID NO:34−122)の少なくとも一部を含む配列を有する。幾つかの実施形態において、CD3結合ドメインは、表7に記載される配列(SEQ ID NO:34−122)の1つ以上を含むポリペプチドを含む。
特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:49、及び56−67を含む重鎖CDR1を有するscFvを含む。特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:50、及び68−77を含む重鎖CDR2を有するscFvを含む。特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:51、及び78−87を含む重鎖CDR3を有するscFvを含む。特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:53、及び88−100を含む軽鎖CDR1を有するscFvを含む。特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:54、及び101−113を含む軽鎖CDR2を有するscFvを含む。特定の実施形態において、CD3結合ドメインは、SEQ ID NO:55、及び114−120を含む軽鎖CDR3を有するscFvを含む。
CD3に結合する親和性は、例えば、アッセイプレート上にコーティングされた;微生物細胞表面に表示された;溶液中などの、PSMA結合タンパク質自体又はCD3結合に結合するそのCD3結合ドメインを含む多特異性タンパク質の能力によって、決定することができる。CD3に対して本開示に係る、PSMA結合タンパク質自体又はそのCD3結合ドメインを含む多特異性タンパク質の結合活性は、ビーズ、基質、細胞などに対して、リガンド(例えば、CD3)、又は前記多特異性タンパク質自体、或いはそのCD3結合ドメインを固定することによりアッセイすることができる。CD3に結合するための、PSMA結合タンパク質自体又はそのCD3結合ドメインを含む多特異性タンパク質の結合活性は、ビーズ、基質、細胞などに対して、リガンド(例えば、CD3)、又は前記多特異性タンパク質自体、或いはそのPSMA3結合ドメインを固定することにより決定することができる。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質間と標的リガンド(CD3など)との結合は、例えば結合動力学アッセイによって決定することができる。結合動力学アッセイは、特定の実施形態において、OCTET(登録商標)システムを使用して行なわれる。そのような実施形態において、第1の工程は、最適な装填密度でバイオセンサ(例えばストレプトアビジンバイオセンサ)の表面上へとリガンド(例えばビオチン化CD3)を固定する工程であって、その後、結合していないリガンドを取り除くためにアッセイバッファーにより洗浄し;その後、分析物、例えば、リガンドを有するPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質を会合し;その後、分析物を含まないバッファーにバイオセンサをさらし、その結果、リガンドからのPSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質の解離をもたらす、工程を含む。BSA、カゼイン、Tween20、PEG、ゼラチンなどの適切な遮断薬は、動力学アッセイ中に、バイオセンサ上の非特異的結合部位を遮断するために使用される。結合動力学データは後に、PSMA結合タンパク質を含む多特異性タンパク質とリガンドとの結合相互作用に対する会合及び解離速度定数を決定するのに適切なソフトウェア(例えばForteBio’s Octetのソフトウェア)を使用して、分析される。
1つの態様において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、CD3に特異的に結合するドメイン(A)、ヒト血清アルブミン(HSA)に特異的に結合するドメイン(B)、及びPSMAに特異的に結合するドメイン(C)を含む。PSMA標的化三重特異性タンパク質中の3つのドメインは任意の順序で配置される。故に、PSMA標的化三重特異性タンパク質のドメイン順序は以下のとおり企図される:
N−(A)−(B)−(C)−COOH、
N−(A)−(C)−(B)−COOH、
N−(B)−(A)−(C)−COOH、
N−(B)−(C)−(A)−COOH、
N−(C)−(B)−(A)−COOH、又は
N−(C)−(A)−(B)−COOH。
幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(A)−(B)−(C)−COOHのドメイン順序を有する。幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(A)−(C)−(B)−COOHのドメイン順序を有する。幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(B)−(A)−(C)−COOHのドメイン順序を有する。幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(B)−(C)−(A)−COOHのドメイン順序を有する。幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(C)−(B)−(A)−COOHのドメイン順序を有する。幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、HN−(C)−(A)−(B)−COOHのドメイン順序を有する。
幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は中間ドメインとしてHSA結合ドメインを有し、それによりドメイン順序は、HN−(A)−(B)−(C)−COOH又はHN−(C)−(B)−(A)−COOHである。HSA結合ドメインが中間ドメインであるそのような実施形態において、CD3及びPSMA結合ドメインは、それぞれの標的に結合するための追加の適合性を与えられることが、企図される。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、表10に記載される配列(SEQ ID NO:147−156)及びそのサブ配列を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、三重特異性抗原結合タンパク質は、表10に記載される配列(SEQ ID NO:147−156)に対して少なくとも70%−95%以上の相同性を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、三重特異性抗原結合タンパク質は、表10に記載される配列(SEQ ID NO:147−156)に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%以上の相同性を有するポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、三重特異性抗原結合タンパク質は、表10に記載される配列(SEQ ID NO:147−156)の少なくとも一部を含む配列を有する。幾つかの実施形態において、三重特異性抗原結合タンパク質は、表10に記載される配列(SEQ ID NO:147−156)の1つ以上を含むポリペプチドを含む。幾つかの実施形態において、三重特異性抗原結合タンパク質は、表10における配列(SEQ ID NO:147−156)に記載されるような1つ以上のCDRを含む。
本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、細胞傷害性T細胞を動員することによりPSMAを発現する細胞の特異的な標的化を可能にするように設計される。これは、単独の抗原に向けられた完全長の抗体を使用し且つ細胞傷害性T細胞を直接動員することができないADCC(抗体依存性細胞傷害)と比較して、有効性を改善する。対照的に、これら細胞上で特異的に発現されたCD3分子を結合することにより、PSMA標的化三重特異性タンパク質は、非常に特異的な様式で細胞傷害性T細胞を、PSMAを発現する細胞と架橋することができ、それによって、T細胞の細胞毒性の可能性を標的細胞へ向けることができる。本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、TCRの一部を形成する、表面発現されたCD3タンパク質に結合することによって細胞傷害性T細胞と結合する。特定の細胞の表面上で発現されたCD3及びPSMAへの様々なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質の同時結合は、T細胞活性化を引き起こし、特定のPSMA発現細胞の後の溶解を媒介する。故に、PSMA標的化三重特異性タンパク質は強力で、特異的で、且つ効率的な標的細胞死滅を表示するように企図される。幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、病原性細胞(例えばPSMAを発現する腫瘍細胞)を排除するために細胞傷害性T細胞により死滅する標的細胞を刺激する。そのような実施形態の幾つかにおいて、細胞は選択的に排除され、それにより毒性の副作用の可能性が減少する。
本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、従来のモノクローナル抗体及び他の小さな二重特異性の分子を上回る、更なる治療上の利点を与える。一般に、組換えタンパク質医薬品の有効性は、タンパク質自体の内因性の薬物動態学に極度に依存する。こうした利点の一つは、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質が、HSAに特異的なドメインなどの半減期拡張ドメインを持っていることにより、薬物動態学的消失半減期を延長させたことである。この点で、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、幾つかの実施形態において、約2、3、約5、約7、約10、又は約14日の延長された血清消失半減期を有する。このことは、消失半減期が比較的非常に短いBiTE又はDARTの分子などの他の結合タンパク質とは対照的である。例えば、BiTEのCD19×CD3二重特異性scFv−scFv融合分子は、消失半減期が短いため持続点滴(静脈内)による薬物送達を必要とする。PSMA標的化三重特異性タンパク質のより長い内因性の半減時間は、この問題を解決し、それにより低用量の医薬製剤、定期的な投与の減少、及び/又は新規な医薬組成物などの治療可能性を増加させる。
本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質はまた、組織への浸透と組織への分布を強化するための最適なサイズを有する。サイズが大きければ、標的組織中でのタンパク質の浸透又は分布が制限されるか或いは妨げられる。本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、組織への浸透と分布を増強する小さなサイズを有することによりこれを回避する。従って、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、幾つかの実施形態において、約50kD−約80kD、約50kD−約75kD、約50kD−約70kD、又は約50kD−約65kDのサイズを有する。故に、PSMA標的化三重特異性タンパク質のサイズは、約150kDであるIgG抗体よりも、及び、約55kDであるが延長された半減期ではなく、且つ故に腎臓で即座に排除されるBiTE及びDART二重特異性抗体分子よりも、都合が良い。
更なる実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、増強された組織への浸透と分布に最適なサイズを有する。これら実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質は可能な限り小さくなるように構築され、その一方で、その標的に対する特異性を保持する。従って、これら実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、約20kD−約40kD、約25kD−約35kD、約40kDまで、約45kDまで、約50kDまで、約55kDまで、約60kDまで、約65kDまでのサイズを有する。幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、約50kD、49kD、48kD、47kD、46kD、45kD、44kD、43kD、42kD、41kD、40kD、約39kD、約38kD、約37kD、約36kD、約35kD、約34kD、約33kD、約32kD、約31kD、約30kD、約29kD、約28kD、約27kD、約26kD、約25kD、約24kD、約23kD、約22kD、約21kD、又は約20kDのサイズを有する。小さなサイズに対する典型的な手法は、ドメインの各々について単一ドメイン抗体(sdAb)フラグメントを使用することによる。例えば、特定のPSMA三重特異性抗原結合タンパク質は、PSMAに対して抗CD3 sdAb、抗HSA sdAb、及びsdAbを有する。これは、40kD未満までに典型的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質のサイズを減少させる。故に、幾つかの実施形態において、PSMA標的化三重特異性タンパク質のドメインは全て単一ドメイン抗体(sdAb)フラグメントである。他の実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、HSA及び/又はPSMAのための小分子実体(SME)バインダーを含む。SMEバインダーは、平均して約500〜2000Daのサイズの小分子であり、ソルターゼ連結反応或いは共役などの既知の方法によってPSMA標的化三重特異性タンパク質に結合される。これらの例において、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質のドメインの1つは、ソルターゼ認識配列、例えば、LPETG(SEQ ID NO:57)である。ソルターゼ認識配列を備えたPSMA三重特異性抗原結合タンパク質にSMEバインダーを結合させるために、タンパク質はソルターゼとSMEバインダーでインキュベートされ、それによってソルターゼがSMEバインダーを認識配列に結合させる。既知のSMEバインダーは、前立腺特異的膜抗原(PSMA)に結合するMIP−1072とMIP−1095を含む。また他の実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質のPSMAに結合するドメインは、PSMAに結合するためのノッチンペプチドを含む。ノッチンは、システインノット足場を備えたジスルフィド安定化ペプチドであり、約3.5kDの平均サイズを有する。ノッチンは、PSMAなどの特定の腫瘍分子への結合について企図されてきた。更なる実施形態において、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質のPSMAに結合するドメインは、天然PSMAリガンドを含む。
本明細書に記載される三PSMA標的化三重特異性タンパク質の別の特徴は、それらがドメインの適合性の結合を備えた単一のポリペプチドの設計であるということである。これにより、PSMA標的化三重特異性タンパク質の容易な産生と製造が可能になる。なぜなら、これらはベクターに容易に組み入れられる単一のcDNA分子によってコード可能であるためである。更に、本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質が単量体の単一のポリペプチド鎖であるので、鎖の対形成の問題がなく、二量体化のための要件もない。本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質は、Fc−γ免疫グロブリンドメインを備えた二重特異性タンパク質などの他の報告されている分子とは異なり、凝集する傾向が低下している。
本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質において、ドメインは内部リンカーL1とL2によって結合され、ここで、L1は、PSMA標的化三重特異性タンパク質の第1と第2のドメインに結合し、L2はPSMA標的化三重特異性タンパク質の第2と第3のドメインに結合する。リンカーL1とL2は最適化された長さ及び/又はアミノ酸組成を有する。幾つかの実施形態において、リンカーL1とL2は同じ長さとアミノ酸組成を有する。他の実施形態において、L1とL2は異なる。特定の実施形態において、内部リンカーL1及び/又はL2は「短い」、つまり、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或いは12のアミノ酸残基からなる。故に、特定の例において、内部リンカーは約12以下のアミノ酸残基からなる。0のアミノ酸残基の場合、内部リンカーはペプチド結合である。特定の実施形態において、内部リンカーL1及び/又はL2は「長い」、つまり、15、20、或いは25のアミノ酸残基からなる。幾つかの実施形態において、これら内部リンカーは約3〜約15まで、例えば、8、9、或いは10の連続したアミノ酸残基からなる。内部リンカーL1とL2のアミノ酸組成に関して、ペプチドは、PSMA標的化三重特異性タンパク質に対して適合性を与え、結合ドメインに干渉せず、同様にプロテアーゼからの切断に抵抗しない特性と共に選択される。例えば、グリシンとセリンの残基は一般にプロテアーゼ抵抗性を与える。PSMA標的化三重特異性タンパク質中のドメインの結合に適切な内部リンカーの例としては、限定されないが、(GS)(SEQ ID NO:157)、(GGS)(SEQ ID NO:158)、(GGGS)(SEQ ID NO:159)、(GGSG)(SEQ ID NO:160)、(GGSGG)(SEQ ID NO:161)、或いは(GGGGS)(SEQ ID NO:162)が挙げられ、ここでnは1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。1つの実施形態において、内部リンカーL1及び/又はL2は、(GGGGS)(SEQ ID NO:163)、或いは(GGGGS)(SEQ ID NO:164)である。
PSMA結合タンパク質修飾
本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質は、(i)アミノ酸が遺伝子コードによってコードされるものではないアミノ酸残基で置換され、(ii)成熟ポリペプチドがポリエチレングリコールなどの別の化合物と融合され、又は、(iii)追加のアミノ酸が、リーダー配列、分泌配列、或いは免疫原ドメインを遮断するための及び/又はタンパク質の精製のための配列などのタンパク質に融合される、誘導体又はアナログを包含する。
典型的な修飾は、限定されないが、アセチル化、アシル化、ADP−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質又は脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合の架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ガンマカルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリスチル化、酸化、タンパク質分解性の加工、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化(selenoylation)、硫酸化、アルギニル化(arginylation)などのアミノ酸のタンパク質への転移RNA媒介性の付加、及びユビキチン化を含む。
修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、及びアミノ又はカルボキシル終端を含む、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質のあらゆる場所で行われる。PSMA結合タンパク質の修飾に役立つ特定の共通したペプチド修飾は、グルタミン酸残基のグリコシル化、脂質結合、硫酸化、ガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル化、共有結合修飾によるポリペプチド中のアミノ基又はカルボキシル基の遮断、或いはその両方、及びADPリボシル化を含む。
PSMA結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド分子も提供される。幾つかの実施形態において、ポリヌクレオチド分子はDNA構築物として提供される。他の実施形態において、ポリヌクレオチド分子はメッセンジャーRNA転写物として提供される。
ポリヌクレオチド分子は、適切なプロモーターに動作可能に結合される抗PSMA結合タンパク質をコードする遺伝子及び随意に適切な転写ターミネーターを組み合わせること、及び、細菌又は例えばCHO細胞などの他の適切な発現系にそれを発現させることなど、既知の方法によって構築される。
幾つかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、更なる実施形態を表すベクター、好ましくは発現ベクターに挿入される。この組換えベクターは既知の方法によって構築可能である。特定の望ましいベクターは、プラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、ウイルス(例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスなど)、及びコスミドを含んでいる。
様々な発現ベクター/宿主系は、記載されたPSMA結合タンパク質のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、且つそれを発現するために利用されてもよい。E.coli中での発現のための発現ベクターの例は、pSKK(Le Gall et al., J Immunol Methods.(2004) 285(1):111−27)、哺乳動物細胞中の発現用のpcDNA5(Invitrogen)、PICHIAPINK(商標)酵母発現系(Invitrogen)、BACUVANCE(商標)バキュロウィルス発現系(GenScript)である。
故に、本明細書に記載されるようなPSMAアルブミン結合タンパク質は、幾つかの実施形態において、上記のようなタンパク質をコードするベクターを宿主細胞へ導入し、且つ、タンパク質ドメインが発現し、単離され、随意に更に精製され得る条件下で上記宿主細胞を培養することにより、生成される。
PSMA結合タンパク質の産生
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質の産生のプロセスが本明細書に開示される。幾つかの実施形態において、上記プロセスは、PSMA結合タンパク質をコードする核酸配列を含むベクターで形質転換又はトランスフェクトされた宿主を、PSMA結合タンパク質の発現を可能にする条件下で培養すること、及び培養物から生成されたタンパク質を回収且つ精製することを含む。
更なる実施形態において、基準結合化合物と比較して、PSMA結合タンパク質、及び/又は本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質の、1つ以上の特性、例えば親和性、安定性、耐熱性、交差反応性などを改善することを対象とされたプロセスが提供される。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質又は基準結合化合物の異なるドメイン又はアミノ酸セグメントに対応する複数の単置換ライブラリが提供され、それにより単置換ライブラリの各メンバーが、その対応するドメイン又はアミノ酸セグメントにおける単一のアミノ酸変化のみをコードする。典型的には、これにより、大きなタンパク質又はタンパク結合部位の起こり得る全ての置換を、少数の小さなライブラリで探索することが可能となる。幾つかの実施形態において、複数のドメインは、PSMA結合タンパク質又は基準結合化合物のアミノ酸のコンティグ配列を形成する或いは網羅する。様々な単置換ライブラリのヌクレオチド配列は、少なくとも1つの他の単置換ライブラリのヌクレオチド配列と重複する。幾つかの実施形態において、全てのメンバーが隣接するドメインをコードするそれぞれの単置換ライブラリの全てのメンバーに重複するように、複数の単置換ライブラリが設計される。
こうした単置換ライブラリから発現された結合化合物は、各ライブラリ中で変異体の部分集合を得るために別々に選択され、該変異体は、基準結合化合物と少なくとも同じぐらい優れた特性を有し、且つ結果として生じたライブラリはサイズが減少している。一般的に、結合化合物の選択されたセットをコードする核酸の数は、元々の単置換ライブラリのメンバーをコードする核酸の数よりも少ない。こうした特性としては、限定されないが、標的化合物への親和性、熱、高い又は低いpH、酵素分解、他のタンパク質に対する交差反応性など、様々な条件に対する安定性が挙げられる。それぞれの単置換ライブラリから選択された化合物は、「前候補化合物」又は「前候補タンパク質」と本明細書では互換的に呼ばれている。別々の単置換ライブラリからの前候補化合物をコードする核酸配列は、PCRベースの遺伝子シャッフリング技術を使用してPCR中でシャッフルされることで、シャッフルされたライブラリを生成する。
スクリーニングプロセスの典型的なワークフローが本明細書に記載される。前候補化合物のライブラリは単置換ライブラリから生成され、標的タンパク質への結合のために選択され、その後、前候補ライブラリはシャッフルされることで候補化合物をコードする核酸のライブラリを生成し、これは次に、ファージミド発現系などの便利な発現ベクターへとクローン化される。その後、ファージ発現候補化合物は、標的分子への結合親和性などの望ましい特性を改善するために1ラウンド以上の選択を受ける。標的分子は吸着されることもあれば、そうでなければウェル又は他の反応容器の表面へ付けられることもあり、或いは、標的分子はビオチンなどの結合部分で誘導体化されてもよく、これは、候補結合化合物でのインキュベーション後、洗浄のために、磁気ビーズなどのビーズに結合されたストレプトアビジンなどの相補的部分で捕えられることもある。典型的な選択レジメンにおいて、標的分子からの非常に低い解離速度の候補化合物だけが選択されるように、候補結合化合物は洗浄工程を受ける。そのような実施形態に対して典型的な洗浄時間は、約10分、約15分、約20分、約20分、約30分、約35分、約40分、約45分、約50分、約55分、約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間;又は他の実施形態において約24時間;又は他の実施形態において約48時間;又は他の実施形態において約72時間である。選択後の単離されたクローンは、増幅され、及び選択の追加のサイクルにさらされ、或いは、例えば配列決定によって、及び、例えばELISA、表面プラズモン共鳴結合(SPR)、バイオ層干渉法(例えば、OCTETR system, Pall Life Sciences, ForteBio, Menlo Park, CA)などにより結合親和性の比較測定を行うことによって、分析される。
幾つかの実施形態において、上記プロセスは、基準PSMA結合タンパク質と比較して、結合親和性が改善され且つ結合タンパク質の選択されたセットに対する交差反応性が改善された1つ以上のPSMA結合タンパク質を同定するために実施される。幾つかの実施形態において、基準結合タンパク質は、SEQ ID NO:4で述べられるアミノ酸配列を持つタンパク質である。幾つかの実施形態において、基準結合タンパク質は、SEQ ID NO:19で述べられるアミノ酸配列を持つタンパク質である。特定の実施形態において、単置換ライブラリは、フレームワーク領域とCDR中にコドンを含む、基準PSMA結合タンパク質のVH領域中のコドンを変えることにより調製される。別の実施形態において、コドンが変えられる位置は、基準PSMA結合タンパク質の重鎖のCDR、或いは、単独でCDR1、単独でCDR2、単独でCDR3、又はそれらの対などのCDRのサブセットを含む。別の実施形態において、コドンが変えられる位置は、単にフレームワーク領域で生じる。幾つかの実施形態において、ライブラリは、10〜111の範囲で番号付けられるVHのフレームワーク領域単独における、基準PSMA結合タンパク質からの単一のコドン変化のみを含む。別の実施形態において、コドンが変えられる位置は、基準PSMA結合タンパク質の重鎖のCDR3、或いはそのようなCDR3のサブセットを含む。別の実施形態において、VHコード領域のコドンが変えられる位置の数は、最大80の位置がフレームワーク領域にあるように、10〜111の範囲にある。単置換ライブラリの調製後、上に概説されるように、以下の工程が行われる:(a)前候補タンパク質として個々の単置換ライブラリの各メンバーを別々に発現する工程;(b)元々の結合標的[例えば、望ましい交差反応標的]とは異なる、又は異ならないこともある結合パートナーに結合する前候補タンパク質をコードする、個々の単置換ライブラリのメンバーを選択する工程;(c)シャッフルされた組み合わせライブラリを生成するためにPCRで選択されたライブラリのメンバーをシャッフルする工程;(d)候補PSMA結合タンパク質としてシャッフルされたライブラリのメンバーを発現する工程;及び(e)元々の結合パートナーと結合する候補PSMA結合タンパク質についてシャッフルされたライブラリのメンバーを1回以上選択する工程、及び可能であれば(f)望ましい交差反応標的と結合するために候補タンパク質を更に選択する工程であって、それにより、元々のリガンドに対する親和性を失うことなく基準PSMA結合タンパク質に対する1つ以上の物質の交差反応性を増強した、核酸でコードされたPSMA結合タンパク質を提供する工程。追加の実施形態において、前記方法は、工程(f)を、望ましくない交差反応性化合物に結合する候補PSMA結合タンパク質のサブセットから候補結合化合物を1回以上枯渇させる工程と置き換えることにより、選択された交差反応性物質又は化合物或いはエピトープに対する反応性が減少した、PSMA結合タンパク質を得るために実施され得る。
医薬組成物
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質、PSMA結合タンパク質のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクター、或いはこのベクター及び少なくとも1つの薬学的に許容可能な担体によって形質転換された宿主細胞を含む、医薬組成物も提供される。用語「薬学的に許容可能な担体」としては、限定されないが、成分の生物学的活性の有効性に干渉せず、かつ、投与される患者にとって毒性ではない任意の担体が挙げられる。適切な医薬担体の例は当該技術分野で周知であり、リン酸緩衝生理食塩水、水、油/水エマルジョンなどのエマルジョン、様々なタイプの湿潤剤、無菌液などを含む。こうした担体は、従来の方法によって製剤することができ、適切な投与量で被験体に投与可能である。好ましくは、組成物は無菌である。これらの組成物は、保存剤、乳化剤、及び分散剤などのアジュバントを更に含み得る。微生物の作用の予防は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤の包含によって保証され得る。
医薬組成物の幾つかの実施形態において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質はナノ粒子に封入される。幾つかの実施形態において、ナノ粒子は、フラーレン、液晶、リポソーム、量子ドット、超常磁性ナノ粒子、デンドリマー、又はナノロッドである。医薬組成物の他の実施形態において、PSMA結合タンパク質はリポソームに結合する。幾つかの例において、PSMA結合タンパク質はリポソームの表面に共役される。幾つかの例において、PSMA結合タンパク質は、リポソームのシェル内に封入される。幾つかの例において、リポソームはカチオン性リポソームである。
本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質は、薬物としての使用のために企図されている。投与は、様々な方法、例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、局所、又は皮内の投与によって達成される。幾つかの実施形態において、投与経路は、治療の種類と、医薬組成物に含まれる化合物の種類に依存する。投与レジメンは主治医と他の臨床的因子によって決定される。任意の1人の患者のための用量は、患者のサイズ、体表面積、年齢、性別、投与される特定の化合物、投与時間と投与経路、治療の種類、健康状態、及び同時に投与されている他の薬物を含む多くの因子に依存する。「有効量」は、こうした病状の減少又は緩解をもたらす、疾患の経過と重症度に影響を与えるのに十分な有効成分の量を指し、既知の方法を使用して決定されることもある。
処置の方法
幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質、又は本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質の投与を含む、必要とする個体の免疫系を刺激するための方法及び使用も提供される。幾つかの例において、本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質の投与は、標的抗原を発現する細胞への細胞毒性を引き起こす、及び/又は持続させる。幾つかの例において、細胞は、癌細胞、ウイルス感染細胞、細菌感染細胞、自己反応性のT又はB細胞、損傷を受けた赤血球、動脈プラーク、或いは繊維症の組織である。
PSMA結合タンパク質、又は本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質を個体に投与する工程を含む、標的抗原に関連する疾患、障害、又は疾病の処置のための方法と使用も、本明細書で提供される。標的抗原に関連する疾患、障害、又は疾病としては、限定されないが、ウイルス感染、細菌感染、自己免疫性疾患、移植拒絶反応、アテローム性動脈硬化症、又は線維症が挙げられる。他の実施形態において、標的抗原に関連する疾患、障害、又は疾病は、増殖性疾患、腫瘍性疾患、炎症性疾患、免疫障害、自己免疫性疾患、感染症、ウイルス性疾患、アレルギー反応、寄生虫性反応、移植片対宿主疾患、又は宿主対移植片疾患である。1つの実施形態において、標的抗原に関連する疾患、障害、又は疾病は癌である。1つの例において、癌は血液の癌である。別の例において、癌は前立腺癌である。
幾つかの実施形態において、前立腺癌は、進行した段階の前立腺癌である。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、薬物耐性がある。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、抗アンドロゲン薬物に耐性がある。幾つかの実施形態において、前立腺癌は転移性である。幾つかの実施形態において、前立腺癌は転移性であり、薬剤耐性がある(例えば抗アンドロゲン薬物耐性)。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、去勢抵抗性である。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、転移性且つ去勢抵抗性である。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、エンザルタミドに耐性がある。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、エンザルタミド及びアビラテロンに耐性がある。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、エンザルタミド、アビラテロン、及びビカルタミドに耐性がある。幾つかの実施形態において、前立腺癌は、ドセタキセルに耐性がある。これら実施形態の幾つかにおいて、前立腺癌は、エンザルタミド、アビラテロン、ビカルタミド、及びドセタキセルに耐性がある。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質の投与は、前立腺癌細胞増殖を阻害し;前立腺癌細胞移動を阻害し;前立腺癌細胞侵入を阻害し;前立腺癌の症状を改善し;前立腺癌腫瘍のサイズを減少し;前立腺癌腫瘍の数を減少し;前立腺癌細胞の数を減少し;前立腺癌細胞の壊死、突出(pyroptosis)、腫瘍症、アポトーシス、自食作用、又は他の細胞死を誘導し;又は、エンザルタミド、アビラテロン、ドセタキセル、ビカルタミド、及びそれらの組み合わせから成る群から選択される化合物の治療効果を向上させる。
幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌細胞増殖を阻害する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌細胞移動を阻害する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌細胞侵入を阻害する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌の症状を改善する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌腫瘍のサイズを減少する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌腫瘍の数を減少する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌細胞の数を減少する工程を含む。幾つかの実施形態において、前記方法は、本明細書に記載される抗PSMAの単一ドメイン抗体又は本明細書に記載されるPSMA標的化三重特異性タンパク質を投与することにより前立腺癌細胞の壊死、突出、腫瘍症、アポトーシス、自食作用、又は他の細胞死を誘導する工程を含む。
本明細書で使用されるように、幾つかの実施形態において、「処置」、「処置すること」、或いは「処置された」とは、望ましくない生理的な疾病、障害、又は疾患を遅らせる(減らす)こと、或いは、有益な又は望ましい臨床結果を得ることを目的とする治療的処置を指す。本明細書に記載される目的のために、有益な又は望ましい臨床結果としては、限定されないが、症状の緩和;疾病、障害、又は疾患の程度の減少;疾病、障害、又は疾患の状態の安定化(つまり、悪化しないこと);疾病、障害、又は疾患の発症を遅らせること、又は進行を遅らせること;疾病、障害、又は疾患の状態の改善;及び、検出可能であれ検出不可能であれ、或いは疾病、障害、又は疾患の亢進であれ改善であれ、緩解(部分的でも全体でも)が挙げられる。処置は、過剰なレベルの副作用のない臨床的に有意な反応を誘発することを含む。処置は更に、処置を受けない場合の予想される生存時間と比較して、生存時間を延ばすことを含む。他の実施形態において、「処置」、「処置すること」、又は「処置された」とは、予防的な処置を指し、その目的は、例えば、疾患の素因のある人(例えば、乳癌などの疾患のための遺伝子マーカーをつけた個体)など、望ましくない生理的な疾病、障害、又は疾患の発症を遅らせるか、或いはその重症度を低下させることである。
本明細書に記載される方法の幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質、又は本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質は、特定の疾患、障害、又は疾病を処置するための薬剤と組み合わせて投与される。薬剤としては、限定されないが、抗体、小分子(例えば、化学療法剤)、ホルモン(ステロイド、ペプチドなど)、放射線療法(γ線、X線、及び/又は、放射性同位体、マイクロ波、UV放射などの指示された送達)、遺伝子治療(例えば、アンチセンス、レトロウイルス治療など)、及び他の免疫療法に関する治療が挙げられる。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質、又は本明細書に記載されるPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質は、下痢止め薬、制吐剤、鎮痛剤、オピオイド、及び/又は非ステロイド性抗炎症薬と組み合わせて投与される。幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質、又は本明細書に記載されるようなPSMA結合タンパク質を含む多特異性結合タンパク質は、手術の前、間、又は後に投与される。本発明の別の実施形態に従い、診断、予後、又はモニタリングのために前立腺癌を検出するためのキットが提供される。キットは、前述のPSMA結合タンパク質(例えば、標識された抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合フラグメント)、及び標識を検出するための1つ以上の化合物を含む。幾つかの実施形態において、標識は、蛍光標識、酵素標識、放射性標識、核磁気共鳴活性標識、発光標識、及び発色団標識から成る群から選択される。
更なる実施形態は、凍結乾燥形態で包装される、或いは水性媒体に包装される、抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合性フラグメントなどの上記結合タンパク質の1つ以上を提供する。本開示の他の態様において、サンプル中のPSMA、又はPSMAを発現する細胞を検出するための方法が提供される。そのような方法は、抗体又はその抗原結合フラグメントとPSMAとの間の複合体形成を可能にするのに十分な時間にわたって、PSMAの細胞外のドメインに特異的に結合する前述のPSMA結合タンパク質(抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合フラグメントなど)の何れかにサンプルを接触させる工程、及びPSMA抗体複合体又はPSMA抗原結合フラグメント複合体を検出する工程を含む。幾つかの実施形態において、サンプル中の複合体の存在は、PSMAのサンプル又はPSMAを発現する細胞中の存在を示す。他の態様において、本開示は、被験体におけるPSMA媒介性疾患を診断するための他の方法を提供する。そのような方法は、前立腺に特異的な膜抗原の細胞外ドメインに特異的に結合するある量の前述のPSMA結合タンパク質(抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合フラグメントなど)の何れかを、PSMA媒介性疾患を抱える疑いのある或いは以前にそのように診断された被験体に投与する工程を含む。前記方法はまた、抗体又はその抗原結合フラグメントとPSMAとの間の複合体の形成を可能にする工程、及び、標的エピトープに対するPSMA抗体複合体又はPSMA抗原結合フラグメント抗体複合体の形成を検出する工程を含む。前立腺癌を抱える疑いのある或いは以前にそのように診断された被験体における複合体の存在は、PSMA媒介性疾患の存在を示す。
前記方法の特定の実施形態において、PSMA媒介性疾患は前立腺癌である。他の実施形態において、PSMA媒介性疾患は、移行上皮癌を含む膀胱癌;膵管癌腫を含む膵臓癌;非小細胞肺癌を含む肺癌;従来の腎細胞癌を含む腎臓癌;軟部組織肉腫を含む肉腫;乳房細胞腫を含む乳癌;多形神経膠芽腫を含む脳癌;神経内分泌膵癌;結腸癌腫を含む結腸癌;睾丸胎生期腫瘍を含む精巣癌;及び悪性黒色腫を含む黒色腫から成る群から選択されるものなどの、非前立腺癌である。
前記方法の幾つかの実施形態において、PSMA結合タンパク質(抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合フラグメントなど)は、標識される前記方法の他の実施形態において、二次抗体は、一次抗体又はその抗原結合フラグメントを検出するために投与される。本開示の更なる態様において、PSMA媒介性疾患を有する被験体の予後を評価するための方法が提供される。そのような方法は、有効な量の前述のPSMA結合タンパク質(抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合性フラグメントなど)の何れかを、PSMA媒介性疾患を抱える疑いのある又は以前にそのように診断された被験体に投与する工程、抗体又はその抗原結合フラグメントとPSMAとの間の複合体の形成を可能にする工程、及び標的エピトープに対する複合体の形成を検出する工程を含む。PSMA媒介性疾患を抱える疑いのある又は以前にそのように診断された被験体における複合体の量は、予後を示す。
本開示の別の態様において、PSMA媒介性疾患を有する被験体の処置の有効性を評価するための方法が提供される。そのような方法は、有効な量の前述のPSMA結合タンパク質、例えば抗PSMA単一ドメイン抗体又はその抗原結合性フラグメントなどの何れかを、PSMA媒介性疾患を抱える又は以前にそのように診断された被験体に投与する工程、抗体又はその抗原結合フラグメントとPSMAとの間の複合体の形成を可能にする工程、及び標的エピトープに対する複合体の形成を検出する工程を含む。PSMA媒介性疾患を抱える疑いのある又は以前にそのように診断された被験体における複合体の量は、処置の有効性を示す。前記の特定の実施形態において、PSMA媒介性疾患は前立腺癌である。他の実施形態において、PSMA媒介性疾患は非前立腺癌である。それらの実施形態において、非前立腺癌は好ましくは、移行上皮癌を含む膀胱癌;膵管癌腫を含む膵臓癌;非小細胞肺癌を含む肺癌;従来の腎細胞癌を含む腎臓癌;軟部組織肉腫を含む肉腫;乳房細胞腫を含む乳癌;多形神経膠芽腫を含む脳癌;神経内分泌膵癌;結腸癌腫を含む結腸癌;睾丸胎生期腫瘍を含む精巣癌;及び悪性黒色腫を含む黒色腫から成る群から選択される。また別の実施形態において、抗体又はその抗原結合性フラグメントは標識される。更なる実施形態において、二次抗体は、一次抗体又はその抗原結合フラグメントを検出するために投与される。
本開示のまた別の態様に従い、PSMAを発現する細胞の増殖を阻害するための方法が提供される。そのような方法は、PSMAを発現する細胞を、PSMAを発現する細胞の増殖を阻害するのに有効なPSMAの細胞外ドメインに特異的に結合するある量の前述の抗体又はその抗原結合フラグメントの少なくとも1つと接触させる工程を含む。
下記の実施例は、本発明の範囲を限定することなく、記載された実施形態を更に例示する。
実施例1:親の抗PSMA単一ドメイン抗体と同等の又は改善された結合特性を有する、抗PSMA単一ドメイン抗体変異体の生成
親の抗PSMAファージの特徴づけ
PSMA抗原への親の抗PSMAファージの特異的結合を判定した(表1)。
cyno PSMA上で選択された単置換PSMA sdAbファージライブラリ
3つのCDRドメインの各々に対して単置換ライブラリを提供した。単置換ライブラリをカニクイザルPSMAに結合し、その後、30分間バッファー中で洗浄した。0分及び30分で結合されたファージを取り出し、計数した。バッファー中で30分間の洗浄を用いて選択されたファージを使用して、2つの独立した組み合わせのファージライブラリを作成した。
組み合わせの抗PSMAライブラリ
カニクイザルPSMAを、3回の選択の選択標的として使用した。3回の選択のための2つの独立したライブラリからの組み合わせのファージの結合の後、ウェルを2〜4時間洗浄した。3回目の選択からのInserts PCRedを、p34発現ベクターへとサブクローン化した。96個のクローンを選び、DNAを精製し、配列決定し、Expi293細胞へとトランスフェクトした。
huPSMA上で選択された単置換PSMA sdAbファージライブラリ
3つのCDRドメインの各々に対して単置換ライブラリを提供した。単置換ライブラリをヒトPSMAに結合し、その後、30μg/mlのh PSMA−Fcを含むバッファー中で24時間洗浄した。0時間及び24時間で結合されたファージを取り出し、計数した。24時間の競合的な洗浄を用いて選択されたファージを使用して、組み合わせのファージライブラリを作成した。
組み合わせの抗PSMAライブラリ
ヒトPSMAを、3回の選択の選択標的として使用した。3回の結合のための組み合わせのファージの結合の後、30μg/ml〜850μg/mlのヒトPSMA−Fcを含むバッファー中でウェルを洗浄した。3回目の選択からのInserts PCRedを、p34発現ベクターへとサブクローン化した。96個のクローンを選び、DNAを精製し、配列決定し、Expi293細胞へとトランスフェクトした。
結合親和性の測定
上清を使用し、OCTET(登録商標)システムを用いてヒト及びカニクイザルのPSMAに対するKd、kon、及びkoff(又はkdis)を評価した。様々なクローンを、親のsdAbと同様に強健な産生、凝集、及び安定性プロファイルと比較して、その結合親和性、及びヒトPSMAとの相互作用に対する会合及び解離速度定数に基づいて、更なる特徴づけ(表1)のために選択した。親のsdAbを表1の抗PSMA wt sdAb.6hisとして列挙する。
実施例2:例示的なPSMA標的化三重特異性抗原結合分子の結合活性と細胞毒性活性を評価する方法
タンパク質産生
三重特異性分子の配列を、リーダー配列が先行し、6xヒスチジンタグ(Histidine Tag)(SEQ ID NO:33)が後続する、哺乳動物発現ベクターpCDNA 3.4(Invitrogen)へとクローン化した。Expi293F細胞(Life Technologies A14527)を、Expi293培地中の0.2−8x1e6細胞/mlでOptimum Growth Flasks(Thomson)中の懸濁液において維持した。精製されたプラスミドDNAを、Expi293 Expression System Kit(Life Technologies A14635)プロトコルに従って、Expi293細胞へトランスフェクトし、トランスフェクション後4−6日間維持した。調整培地を、親和性及び脱塩クロマトグラフィーによって部分的に精製した。続いて、三重特異性タンパク質を、イオン交換によって磨き、又は代替的に、Amicon Ultraの遠心濾過ユニット(EMD Millipore)で濃縮し、Superdex 200のサイズ排除培地(GE Healthcare)に適用し、賦形剤を含有している中性バッファー中に溶解した。フラクションプール(Fraction pooling)及び最終的な純度を、SDS−PAGE及び分析的なSECによって評価した。
親和性測定
全ての結合ドメイン分子の親和性を、Octetの機器を使用したバイオレイヤー干渉法によって測定した。
PSMA親和性を、120秒間ヒトPSMA−Fcタンパク質(100nM)を抗ヒトIgG Fcバイオセンサ上に充填することによって測定し、続いて、60秒のベースラインで測定し、その後、180秒間三重特異性分子の希釈系列においてセンサー先端部をインキュベートすることによって会合を測定し、続いて、50秒間解離した。EGFR及びCD3の親和性を、120秒間、ヒトEGFR−Fcタンパク質又はヒトCD3−Flag−Fcタンパク質をそれぞれ(100nM)、抗ヒトIgG Fcバイオセンサ上に充填することによって測定し、続いて、60秒のベースラインで測定し、その後、180秒間三重特異性分子の希釈系列においてセンサー先端部をインキュベートすることによって会合を測定し、続いて、300秒間解離した。ヒト血清アルブミン(HSA)に対する親和性を、ビオチン化アルブミンをストレプトアビジンバイオセンサ上に充填することによって測定し、その後、CD3親和性測定と同じ動態パラメーターに従って測定した。全ての工程を、リン酸緩衝食塩水中の0.25%のカゼインにおいて30℃で実行した。
細胞毒性アッセイ
ヒトT細胞依存性細胞毒性(TDCC)アッセイを使用して、腫瘍細胞を死滅させるようT細胞を導く三重特異性分子を含むT細胞エンゲージャー(engagers)の能力を測定した(Nazarian et al. 2015. J Biomol Screen. 20:519−27)。このアッセイにおいて、T細胞及び標的癌細胞株の細胞を、384ウェルのプレートにおいて10:1の比率で一緒に混合し、様々な量のT細胞エンゲージャーを加える。48時間後、T細胞を洗浄し、T細胞によって死滅されなかったプレート標的細胞に結合されたままにする。残りの生細胞を定量化するために、CellTiter−Glo(登録商標)Luminescent Cell Viability Assay(Promega)を使用する。場合によっては、標的細胞を操作してルシフェラーゼを発現させる。これらの場合、標的細胞の生存率を、STEADYGLO(登録商標)試薬(Promega)を用いた発光ルシフェラーゼアッセイの実行により評価し、ここで生存率はルシフェラーゼ活性の量に直接比例する。
安定性アッセイ
三重特異性結合タンパク質の安定性を、非ヒト霊長類血清の存在下において低濃度で評価した。TriTACを、カニクイザル血清(BioReclamationIVT)中で33μg/mlに希釈し、37℃で2時間インキュベートするか、或いは5回の凍結/解凍サイクルにさらした。処置の後、サンプルを、細胞毒性(TDCC)アッセイで評価し、それらの残存活性を未処置の貯蔵液と比較した。
異種移植片アッセイ
三重特異性結合タンパク質のインビボの効果を、異種移植片実験(Crown Bioscience, Taicang)で評価した。一般的なガンマ鎖を欠くNOD/SCIDマウス(NCG, Model Animal Research Center of Nanjing University)を、5e6 22Rv1ヒト前立腺癌細胞と、健康なヒトドナーから単離された5e6の休止ヒトT細胞との混合物で0日目に播種した。マウスを3つの群へと無作為化し、ビヒクル、0.5mg/kgのPSMA TriTAC C324、又は0.5mg/kgのPSMA BiTEにより処置した。静脈内のボーラス注入を介して10日間毎日、処置を施した。病的状態及び死亡率について動物を毎日確認した。カリパスを用いて腫瘍体積を週に2回判定した。研究を30日後に終了した。
PKアッセイ
この研究の目的は、静脈内注射後の三重特異性結合タンパク質の単回投与の薬物動態学を評価することであった。1つの群につき2匹の実験的にナイーブなカニクイザル(オス1匹とメス2匹)に、およそ1分間にわたる遅いIVボーラス注入を介して化合物を投与した。投与後、ケージ側面観察を毎日1回行い、体重を毎週記録した。血液サンプルを集め、投与後21日間にわたり薬物動態学的分析のための血清へと処理した。
被験物質の濃度を、エレクトロルミネセンスの読み出し(Meso Scale Diagnostics, Rockville)によりサル血清から判定した。固定された組換え型CD3を含む96ウェルプレートを使用して分析物を捉えた。製造者の指示に従い、MSDリーダー上でスルホタグを付けた(sulfo−tagged)組換え型PSMAにより検出を行った。
実施例3:例示的なPSMA標的化三重特異性分子の特性に対するCD3親和性の影響の評価
異なるCD3結合ドメインを有するPSMA標的化三重特異性分子を調べて、CD3親和性を変える効果を実証した。例示的なPSMA標的化三重特異性分子を図1に示す。表2は、3つの結合パートナー(PSMA、CD3、HSA)に対する各分子の親和性を列挙する。Octet器機(Pall Forte Bio)を使用したバイオ層インターフェロメトリーによって親和性を測定した。CD3親和性の減少は、T細胞媒介性細胞毒性の観点で効力の損失に繋がる(図2A−C)。これら三重特異性分子の薬物動態学的特性をカニクイザルにおいて評価した。CD3様のTriTAC C236に対して高親和性を有する分子には、およそ90時間の末端半減期がある(図3)。T細胞上でCD3に結合する能力の改変にもかかわらず、図4に示される異なるCD3親和性を有する2つの分子の末端半減期は、非常に類似している。しかし、CD3親和性の減少は、より大きな体積の分布に繋がると考えられ、これはT細胞による三重特異性分子の隔離の減少と一貫している。研究期間中に、有害な臨床観察、又は注記された体重変化はなかった。
実施例4:例示的なPSMA標的化三重特異性分子の特性に対するPSMA親和性の影響の評価
異なるPSMA結合ドメインを有するPSMA標的化三重特異性分子を調べて、PSMA親和性を変える効果を実証した。表3は、3つの結合パートナー(PSMA、CD3、HSA)に対する各分子の親和性を列挙する。PSMA親和性の減少は、T細胞媒介性細胞毒性の観点で効力の損失に繋がる(図5A−C)。
実施例5:例示的なPSMA標的化三重特異性分子のインビボの効果
例示的なPSMA標的化三重特異性分子C324を、マウスにおける腫瘍の増殖を阻害する能力について評価した。この実験のために、ヒトT細胞で再構成された免疫無防備状態のマウスの皮下に、PSMA発現ヒト前立腺腫瘍細胞(22Rv1)を播種し、0.5mg/kgのPSMA標的化BiTE又はTriTAC分子の何れかを静脈内投与することで10日間毎日処置した。腫瘍増殖を30の間測定した。実験期間にわたり、三重特異性分子は、BiTE分子に匹敵する効果を持つ腫瘍増殖を阻害することができた(図6)。
実施例6:例示的なPSMA標的化三重特異性分子の特異性
PSMA標的化TriTAC分子の特異性を評価するために、腫瘍細胞を死滅させるためにT細胞を誘導するそれらの能力を、PSMAに対して陰性である腫瘍細胞で試験した(図7A)。EGFR標的化TriTAC分子は陽性対照として機能し、GFP標的化TriTAC分子は陰性対照として機能した。異なるPSMA結合ドメインを有する3つ全てのTriTACは、PSMA陽性細胞株LNCaPに対して予想された活性を示したが(図7B)、PSMA陰性腫瘍細胞株KMS12BM及びOVCAR8のEC50には到達しなかった(図7C及び7D)。EC50を表4にまとめる。非常に高いTriTAC濃度(>1nM)において、幾つかの制限されたオフターゲット細胞死滅をTriTACs C362及びC363に対して観察できたが、C364は試験条件の何れかにおいて有意な細胞死滅を示さなかった。
実施例7:ストレステスト及びタンパク質安定性
4つのPSMA標的化三重特異性分子を、低濃度(33.3μg/ml)でカニクイザル血清において48時間インキュベートするか、或いは、カニクイザル血清において5回の凍結と解凍のサイクルにさらした。処置後、TriTAC分子の生物活性を、細胞死滅アッセイにおいて分析し、未処置のサンプル(「陽性対照」、図8A−D)と比較した。全ての分子は、それらの細胞死滅活性の大部分を維持した。TriTAC C362には最もストレス耐性があり、ここで試験した条件下で活性を損失しないと考えられた。
実施例8:異種移植片腫瘍モデル
例示的なPSMA標的化三重特異性タンパク質を異種移植片モデルにおいて評価する。
オスの免疫欠損NCGマウスの右背中側の側腹部の皮下に、5×10 22Rv1細胞を播種する。腫瘍が100〜200mmに達すると、動物を3つの処置群へと割り当てる。群2と3(各々8匹の動物)に、1.5×10の活性化したヒトT細胞を腹腔内注入する。3日後、群3の動物を引き続き、50μgの本開示の例示的なPSMA標的化三重特異性抗原結合タンパク質(qdx9d)の合計9回の静脈内投与で処置する。群1と2をビヒクルのみで処置する。体重と腫瘍体積を30日間測定する。PSMA三重特異性抗原結合タンパク質で処置されたマウスにおける腫瘍増殖が、それぞれのビヒクルで処置した対照群における腫瘍増殖と比較して大幅に減少することが予想される。
実施例9:前立腺癌患者への例示的なPSMA三重特異性抗原結合性のタンパク質の投与に対する概念実証臨床試験プロトコル
これは、前立腺癌に対する処置としての実施例1のPSMA標的化抗原結合タンパク質を試験するための第I/II相臨床試験である。
試験転帰:
第1:以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質の最大耐量
第2:以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質のインビボでの反応が臨床反応に関連するかどうかを判定すること。
第I相
最大耐用量(MTD)は、試験の第I相のセクションで判定される。
1.1 最大耐用量(MTD)は、試験の第I相のセクションで判定される。
1.2 適格基準を満たす患者は、以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質の試験にエントリーする。
1.3 目標は、参加者の重度の又は対処不可能な副作用なしに安全に投与可能な以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質の最大投与量を同定することである。与えられる投与量は、先の試験に登録された参加者の数及び投与量に対してどれほど十分に耐性があるかに依存する。全ての参加者が同じ投与量を受けるとは限らない。
第II相
2.1 続く第II相のセクションでは、以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質の治療薬による治療の結果が少なくとも20%の反応率となるかどうかを判定することを目標として、MTDにて処置が行われる。
第II相に対する一次転帰 −−− 以前の実施例のPSMA標的化三重特異性タンパク質の治療の結果、患者の少なくとも20%が、臨床反応(爆発的な反応、わずかな反応、部分的な反応、又は完全な反応)を達成するかどうかを判定する
適格性:
2001年〜2007年までの、現行のWorld Health Organisation Classificationに従い組織学的に確認された、新たに診断された侵襲性の前立腺癌。
疾患のあらゆる段階。
ドセタセル及びプレドニゾンでの処置(+/−手術)。
年齢≧18歳
カルノフスキーパフォーマンス状況≧50%又はECOGパフォーマンスステータス0−2
平均寿命≧6週間
実施例10:PSMA発現細胞株及び異なるドナーのT細胞を使用する再指示されたT細胞死滅アッセイにおける例示的なPSMA抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)の活性
この研究を行い、例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質の活性がLNCaP細胞又は単細胞ドナーに限定されないことを実証した。
再指示されたT細胞死滅アッセイを、4つの異なるドナーのT細胞、及びヒトPSMA発現前立腺癌細胞株VCaP、LNCaP、MDAPCa2b、及び22Rv1を使用して実行した。1つの例外を除いて、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質は、表5に示されるように、0.2〜1.5pMのEC50値を持つ全てのドナーのT細胞からのT細胞を使用して、これら癌細胞株の死滅を導くことができた。前立腺癌細胞株22 Rv1及びドナー24では、死滅はほとんど又は全く観察されなかった(図示せず)。ドナー24はまた、MDAPCa2b細胞株のおよそ50%の死滅しか結果としてもたらさなかった一方、他の3つのドナーからのT細胞は結果としてこの細胞株ほぼ完全な死滅をもたらした(図示せず)。対照アッセイは、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質による死滅がPSMA特異性であったことを実証した。PSMA発現細胞をPSMAの代わりに対照の三重特異性タンパク質標的化緑色蛍光タンパク質(GFP)で処置した時、死滅は観察されなかった(図示せず)。同様に、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質は、表5にも示されるPSMA発現、NCI−1563、及びHCT116を欠く細胞株により不活性であった。
実施例11:再指示されたT細胞死滅アッセイにおける例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)によるサイトカイン発現の刺激
この研究を行い、活性化T細胞によるアッセイ培地へのサイトカインの分泌を測定することにより、再指示されたT細胞死滅アッセイ中に、例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質によるT細胞の活性化を実証した。
実施例9で上述されるような、再指示されたT細胞死滅アッセイから集めた条件培地を、サイトカインTNFα及びIFNγの発現について分析した。AlphaLISAアッセイ(Perkin−Elmer)を使用してサイトカインを測定した。PSMA抗原結合タンパク質の滴定を、4つの異なるドナー及び4つのPSMA発現細胞株、LNCaP、VCaP、MDAPCa2b、及び22Rv1からのT細胞に加えた結果、TNFαのレベルが増加した。条件培地におけるTNFα発現及びIFNγ発現のレベルに対する結果を、表6と7それぞれに示す。これらサイトカインのPSMA抗原結合タンパク質により誘導された発現に対するEC50値は、3〜15pMの範囲に及んだ。サイトカインレベルの増加は、GFPを標的とする対照の三重特異性タンパク質では観察されなかった。同様に、PSMA発現、HCT116、及びNCI−H1563を欠く2つの細胞株でアッセイを行ったとき、PSMA HTS TriTACはTNFα又はIFNγの発現も増大させなかった。
実施例12:カニクイザルからのT細胞を使用する再指示されたT細胞死滅アッセイ(TDCC)の例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC)の活性
この研究を行い、PSMA発現細胞株を死滅させるようカニクイザルのT細胞を導く例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質の能力を試験した。
TDCCアッセイを、カニクイザルの末梢血単核球(PBMC)を使用してセットアップした。Cyno PBMCを10:1の比率でLNCaP細胞に加えた。PSMA三重特異性抗原結合タンパク質は、11pMのEC50値を有するcyno PBMCによりLNCaPの死滅を再び導いたことが観察された。結果を図9Aに示す。これらの結果を確かめるために、第2の細胞株を使用し、MDAPCa2b、及び第2のカニクイザルドナーからのPBMCを試験した。標的細胞の再指示された死滅を、2.2pMのEC50値で観察した。結果を図9Bに示す。死滅は、GFPを標的とする陰性対照の三重特異性タンパク質では観察されなかったため、PSMA三重特異性抗原結合タンパク質の抗PSMA群に特異的であった。これらのデータは、PSMA抗原結合三重特異性タンパク質が、カニクイザルT細胞にヒトPSMAを発現する標的細胞を死滅させるよう導くことができることを実証する。
実施例13:例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)による再指示されたT細胞死滅アッセイにおけるT細胞活性化のマーカーの発現
この研究を行い、例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質がT細胞に標的細胞を死滅させるよう導いたときにT細胞が活性化されたかどうかを評価した。
上記実施例に記載される再指示されたT細胞死滅アッセイに対する条件を使用してアッセイをセットアップした。フローサイトメトリーを使用してT細胞の表面上のCD25及びCD69の発現を測定することによりT細胞活性化を評価した。PSMA三重特異性抗原結合タンパク質を、精製されたヒトT細胞及び前立腺癌細胞株VCaPの10:1混合物に加えた。増大する量のPSMA三重特異性抗原結合タンパク質の添加後、図10に示されるように、CD69の発現及びCD25の発現の増加を観察した。EC50値は、CD69では0.3pM、及びCD25では0.2pMであった。GFPを標的とする三重特異性タンパク質を、陰性対照としてこれらのアッセイに含めて、図10に示されるように、GFP標的化三重特異性タンパク質ではCD69又はCD25の発現の増加はほとんど又は全く観察されなかった。
実施例14:PSMA発現標的細胞の存在下における例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子)によるT細胞増殖の刺激
この研究を追加の方法として使用し、T細胞が標的細胞を死滅させるよう再び導かれたときに例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質はT細胞を活性化することができたことを実証した。
上述のようにLNCaP標的細胞を使用した再指示されたT細胞死滅アッセイの条件を使用し、72時間で存在するT細胞の数を測定して、T細胞増殖アッセイをセットアップした。例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質は、0.5pMのEC50値での増殖を刺激した。陰性対照として、GFPを標的とする三重特異性タンパク質をこのアッセイに含め、このタンパク質では増殖の増加は観察されなかった。T細胞増殖アッセイに対する結果を図11に示す。
実施例15:例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質(PSMA標的化TriTAC分子Z2)によるLNCaP細胞の再指示されたT細胞死滅。
この研究を行い、T細胞にLNCaP細胞株を死滅させるよう再び導く、SEQ ID No:156で述べられるような配列を持つ例示的なPSMA三重特異性抗原結合タンパク質の能力を試験した。
TDCCアッセイを上記実施例に記載されるようにセットアップして、図12に示されるように、PSMA Z2 TriTAC(SEQ ID NO:156)タンパク質は0.8pMのEC50値により死滅を導いた。

Claims (8)

  1. SEQ ID NO:20を含む前立腺特異的膜抗原(PSMA)ポリペプチドに特異的に結合することができる単離された単一ドメイン抗体であって、
    ここで、前記単一ドメイン抗体は、以下の相補性決定領域(CDR):
    (i)SEQ ID NO:5の配列を含むCDR1、
    (ii)SEQ ID NO:17の配列を含むCDR2、および
    (iii)SEQ ID NO:15の配列を含むCDR3
    を含む、
    単離された単一ドメイン抗体。
  2. 前記単一ドメイン抗体はSEQ ID NO:32のアミノ酸配列を有する、請求項1に記載の単離された単一ドメイン抗体。
  3. 前記単一ドメイン抗体は三重特異性タンパク質の一部である、請求項2に記載の単離された単一ドメイン抗体。
  4. 前記三重特異性タンパク質はSEQ ID NO:153のアミノ酸配列を有する、請求項3に記載の単離された単一ドメイン抗体。
  5. 請求項1に記載の前記単一ドメイン抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド。
  6. 請求項5に記載の前記ポリヌクレオチドを含む単離されたベクター。
  7. 請求項6に記載の前記ベクターで形質転換された、単離された宿主細胞。
  8. (i)請求項1に記載の前記単一ドメイン抗体および(ii)薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
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