JP6622214B2 - Ｓｏｄ−１発現を調節するための組成物 - Google Patents

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Description

配列表
本願は、電子形式の配列表とともに出願されている。この配列表は、２０１５年３月３０日に作成されたサイズ３２０ＫｂのＢＩＯＬ０２４０ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｐｄｆという名称のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
発明の分野
動物における可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）ｍＲＮＡ及び同タンパク質の発現を低減するための組成物及び方法を提供する。そのような方法は、動物におけるＳＯＤ−１の発現を阻害することによって筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む神経変性疾患を処置し、防止し、または改善するのに有用である。
可溶性ＳＯＤ−１酵素（Ｃｕ／Ｚｎスーパーオキシドジスムターゼとしても知られている）は、スーパーオキシドの過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）への不均化を触媒することによって生体分子の酸化的損傷からの防御を提供するスーパーオキシドジスムターゼの一つである（Ｆｒｉｄｏｖｉｃｈ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，６４，９７−１１２）。スーパーオキシドアニオン（Ｏ２−）は、主にミトコンドリアにおける酸化的リン酸化のエラーによって生産される潜在的に有害な細胞副生成物である（Ｔｕｒｒｅｎｓ，Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２００３，５５２，３３５−３４４）。
ＳＯＤ−１遺伝子中の変異は、上位運動ニューロン及び下位運動ニューロンの選択的変性を特徴とする障害である優性遺伝型の筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ、別名ルー・ゲーリック病）に関連する（Ｒｏｗｌａｎｄ，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．２００１，３４４，１６８８−１７００）。家族性ＡＬＳとＳＯＤ１遺伝子中のミスセンス変異との間には強い遺伝的連鎖がある（Ｒｏｓｅｎ，Ｎａｔｕｒｅ，１９９３，３６２，５９−６２）。変異型ＳＯＤ１の毒性は、初期のミスフォールディング（機能の獲得）によって活性酵素からの核保護が低減すること（核における機能の喪失）に起因しており、これが、ＡＬＳ病理発生過程に関与し得る過程であると考えられる（Ｓａｕ，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２００７，１６，１６０４−１６１８）。
ＡＬＳは常時３０，０００人ものアメリカ人を冒している破滅的な進行性神経変性疾患である。ＡＬＳにおける運動ニューロンの進行性の変性は最終的にはそれら運動ニューロンの死につながる。運動ニューロンが死ぬと、筋運動を開始し制御する脳の能力が失われる。随意筋活動が次第に冒されることで、この疾患の後期にある患者は全身不随状態になり得る。
このような神経変性疾患を処置するための許容できる選択肢は現在のところ存在しない。したがって、このような疾患を処置するための方法を提供することが、本発明における目的である。
本発明では、可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）ｍＲＮＡ及び同タンパク質の発現を調節するための方法、化合物、及び組成物が提供される。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ及び同タンパク質の発現を調節するのに有用な化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態において、前記アンチセンス化合物は修飾オリゴヌクレオチドである。
ある特定の実施形態では、調節を、細胞または組織中で行うことができる。ある特定の実施形態において、前記細胞または組織は動物中にある。ある特定の実施形態において、前記動物はヒトである。ある特定の実施形態では、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルが低減される。ある特定の実施形態では、ＳＯＤ−１タンパク質レベルが低減される。そのような低減は、時間依存的または用量依存的に起こり得る。
疾患、障害、及び状態を防止、処置、及び改善するのに有用な方法、化合物、及び組成物も提供される。ある特定の実施形態において、上述のＳＯＤ−１に関連する疾患、障害、及び状態は神経変性疾患である。ある特定の実施形態において、上述の神経変性性の疾患、障害、及び状態には、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）が含まれる。
上述の疾患、障害、及び状態は、共通して、１つ以上のリスク因子、原因、または転帰を有し得る。ＡＬＳの発症に関する一定のリスク因子及び原因には、加齢、個人歴若しくは家族歴、または遺伝的素因が含まれる。しかしＡＬＳ症例の大半は孤発性であり、既知のリスク因子は知られていない。ＡＬＳの発症に関連する一定の症状及び転帰には、筋線維束性収縮、痙攣、硬くこわばった筋（痙縮）、腕または脚を冒す筋力低下、不明瞭発語及び鼻声、歩行困難、咀嚼困難または嚥下困難（嚥下障害）、発話困難または構音困難（構音障害）、虚弱または萎縮、痙縮、過大反射（反射亢進）、及びバビンスキー徴候の存在などがあるが、これらに限定されない。ＡＬＳが進行すると、症状及び転帰には、おそらくは単収縮、筋痙攣、及び過大でより迅速な反射を伴う他の肢の衰弱；咀嚼、嚥下、及び呼吸に伴う問題が含まれ、流涎が起こり得るようになり、最終的には麻痺及び死亡に至る。
ある特定の実施形態において、処置の方法は、ＳＯＤ−１アンチセンス化合物を、それを必要とする個体に投与することを含む。ある特定の実施形態において、処置の方法は、ＳＯＤ−１修飾オリゴヌクレオチドを、それを必要とする個体に投与することを含む。
上述の概要及び以下の詳細な説明はどちらも例示的及び説明的な記述に過ぎず、特許請求されている発明を限定するものではないと理解すべきである。本明細書において、別段の明記がある場合を除き、単数形の使用は複数を含む。本明細書における「ｏｒ」の使用は、別段の言明がある場合を除き、「ａｎｄ／ｏｒ」を意味する。加えて、本明細書における「ａｎｄ」の使用は、別段の言明がある場合を除き、「ａｎｄ／ｏｒ」を意味する。さらに、用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ」、ならびに「ｉｎｃｌｕｄｅｓ」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ」などの他の形態の使用は、限定ではない。また、「要素」または「成分」などの用語は、別段の明記がある場合を除き、１つのユニットを含む要素及び成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。また、本明細書に記載する配列は全て、別段の言明がある場合を除き、５’から３’に向かって記載される。
本明細書において使用する項目見出しは構成のみを目的とし、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本開示において引用する文書または文書の一部、例えば限定するわけではないが、特許、特許出願、特許出願公開、論文、書籍、条約、ならびにＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号及び国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）などのデータベースから取得することができる関連配列情報、ならびに本明細書の開示の全体にわたって言及する他のデータは、本明細書において議論する部分ならびにその全体が、本明細書に明示的に組み込まれる。
定義
特別な定義を提供する場合を除き、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学及び薬化学ならびにその手法及び技法に関連して使用する専門用語は、当技術分野において周知であり、かつよく使用されているものである。化学合成及び化学分析には、標準的技法を使用してよい。
別段の表示がある場合を除き、以下の用語は下記の意味を有する。
「２’−デオキシヌクレオシド」（２’−デオキシリボヌクレオシドともいう）は、天然に存在するデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）に見いだされる２’−Ｈフラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態において、２’−デオキシヌクレオシドは修飾核酸塩基を含むか、またはＲＮＡ核酸塩基（例えばウラシル）を含み得る。
「２’−デオキシリボース糖」とは、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見いだされる２’−Ｈフラノシル糖部分を意味する。
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥ及び２’−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＯＣＨ３及びＭＯＥ及び２’−Ｏ−メトキシエチルリボースともいう）は、フラノース環の２’位のＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖は修飾糖である。
「２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシド」（２’−ＭＯＥヌクレオシドともいう）は、２’−ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「２’−置換ヌクレオシド」とは、フラノース環の２’位にＨまたはＯＨ以外の置換基を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態において、２’置換ヌクレオシドは、二環式糖修飾を持つヌクレオシドを含む。
「５−メチルシトシン」とは、５位に取り付けられたメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５−メチルシトシンは修飾核酸塩基である。
「約」とは、ある値の±１０％以内を意味する。例えば「ＳＯＤ−１の少なくとも約５０％阻害を達成する化合物」という場合、それはＳＯＤ−１レベルが４５％〜５５％の範囲内で阻害されることを含意する。「並行して投与」とは、両方の薬理学的効果が同時に患者に現れるような任意の方法で２つの医薬剤を共投与することを指す。並行投与は、両方の医薬剤が単一の医薬組成物または同じ剤形で投与されることも、同じ投与経路によって投与されることも必要としない。両方の医薬剤の効果が同時に現れる必要はない。効果は、ある期間にわたって重複するだけでよく、時間的に同じ広がりを持つ必要はない。
「投与する」とは、動物に医薬剤を与えることを意味し、これには、医療従事者による投与及び自己投与が含まれるが、これらに限定されない。
「改善」とは、ある状態または疾患の重症度の少なくとも１つの指標の軽減、減速、停止、または反転を指す。指標の重症度は、当業者に知られる主観的または客観的尺度によって決定してよい。
「動物」とは、ヒトまたはヒト以外の動物、例えば限定するわけではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、及び非ヒト霊長類、例えば限定するわけではないが、サル及びチンパンジーを指す。
「抗体」とは、抗原と何らかの形で特異的に反応することを特徴とする分子を指し、抗体と抗原はそれぞれ他方との関連において定義される。抗体は、完全な抗体分子、またはその任意のフラグメント若しくは領域、例えば重鎖、軽鎖、Ｆａｂ領域、及びＦｃ領域を指し得る。
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物によるその標的核酸へのハイブリダイゼーションに帰することができる任意の検出可能なまたは測定可能な活性を意味する。ある特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的核酸またはそのような標的核酸がコードするタンパク質の量または発現の減少である。
「アンチセンス化合物」とは、水素結合による標的核酸へのハイブリダイゼーションを起こす能力を有するオリゴマー化合物を意味する。アンチセンス化合物の例として、一本鎖及び二本鎖化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、及び占有に基づく（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」とは、アンチセンス化合物が存在しない場合の標的核酸レベルとの比較で、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
「アンチセンス機序」とは、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを伴う全ての機序をいい、ここで前記ハイブリダイゼーションの結果または効果は、標的の分解または標的の占有であり、それに付随して、例えば転写またはスプライシングに関わる細胞機構の停止が起こる。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸の対応するセグメントへのハイブリダイゼーションを可能にする核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。
「塩基相補性」とは、オリゴヌクレオチドの核酸塩基が標的核酸中の対応する核酸塩基と正確な塩基対合（すなわちハイブリダイゼーション）を起こす能力を指し、これは、対応する核酸塩基間のワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型水素結合によって媒介される。
「二環式糖」とは、２つの原子を架橋することによって修飾されたフラノース環を意味する。二環式糖は修飾糖である。
「二環式核酸」または「ＢＮＡ」とは、ヌクレオシドまたはヌクレオチドのフラノース部分が、フラノース環上の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含み、それによって二環式環系を形成している、ヌクレオシドまたはヌクレオチドを指す。
「キャップ構造」または「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のどちらかの末端に組み込まれた化学修飾を意味する。
「ｃＥｔ」または「拘束エチル」または「ｃＥｔ修飾糖」とは、４’−炭素と２’−炭素とをつなぐ、式：４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’の架橋を含む糖部分を有する二環式ヌクレオシドを意味する。ｃＥｔ修飾糖は修飾糖である。
「ｃＥｔ修飾ヌクレオシド」とは、４’−炭素と２’−炭素とをつなぐ、式：４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’の架橋を含む糖部分を有する二環式ヌクレオシドを意味する。ｃＥｔ修飾糖は修飾糖である。
「化学的に異なる領域」とは、同じアンチセンス化合物の別の領域とは何らかの形で化学的に異なっているアンチセンス化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を持たないヌクレオシドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」とは、少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味し、各位置は複数のサブユニットを有する。
「共投与」とは、ある個体への２つ以上の医薬剤の投与を意味する。前記２つ以上の医薬剤は単一の医薬組成物に入っていてもよいし、別々の医薬組成物に入っていてもよい。前記２つ以上の医薬剤のそれぞれは、同じ投与経路で投与されても、異なる投与経路で投与されてもよい。共投与は同時投与または逐次的投与を包含する。
「相補性」とは、第１核酸と第２核酸の核酸塩基間で対合する能力を意味する。
「ｃｏｍｐｒｉｓｅ」、「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」及び「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」は、言明したステップ若しくは要素またはステップ群若しくは要素群の包含を含意するが、他の任意のステップ若しくは要素またはステップ群若しくは要素群の排除は含意しないと理解されるであろう。
「連続する核酸塩基」とは、互いに直接隣り合っている核酸塩基を意味する。
「設計」または「するように設計された」とは、選ばれた核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計するプロセスを指す。
「希釈剤」とは、薬理学的活性は持たないが薬理学的に必要または望ましい、組成物中の成分を意味する。例えば注射される薬物では、希釈剤は液体、例えば生理食塩水であり得る。
「用量」とは、１回の投与で与えられる、または指定された期間中に与えられる、医薬剤の指定された量を意味する。ある特定の実施形態では、用量を、１、２、若しくはそれ以上のボーラス、錠剤、または注射として投与することができる。例えば、皮下投与が望まれるある特定の実施形態では、所望の用量は、１回の注射で対応することが容易でない体積が必要となるため、所望の用量を達成するために２回以上の注射を用いてもよい。ある特定の実施形態では、医薬剤は、長期間にわたる注入または持続注入によって投与される。用量は、１時間、１日、１週間、または１ヶ月あたりの医薬剤の量として言明することができる。
活性の調節またはある状態の処置若しくは防止との関連において「有効量」とは、そのような調節、処置、または予防を必要とする対象への、単回投与としての、または一連の投与の一部としての、当該効果の調節に有効な、または当該状態の処置若しくは予防若しくは改善に有効な量の医薬剤の投与を意味する。有効量は、処置される個体の健康状態及び身体状態、処置される個体の分類群、組成物の製剤、個体の医学的状態の評価、及び他の関連因子に依存して個体間で変動し得る。
「効力」とは、所望の効果を生じさせる能力を意味する。
「発現」には、遺伝子にコードされている情報を、細胞中に存在し細胞中で作動する構造物へと変換する機能の全てが含まれる。そのような構造物として、転写産物及び翻訳産物が挙げられるが、これらに限定されない。
「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、第１核酸の各核酸塩基が第２核酸中に相補的核酸塩基を有することを意味する。ある特定の実施形態では、第１核酸がアンチセンス化合物であり、標的核酸が第２核酸である。
「ギャップマー」とは、キメラアンチセンス化合物であって、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内側領域が、１つ以上のヌクレオシドを有する外側領域の間に配置されており、内側領域を構成するヌクレオシドが、外側領域を構成する１つまたは複数のヌクレオシドと化学的に異なっているものを意味する。前記内側領域を「ギャップ」と呼び、前記外側領域を「ウイング」と呼ぶことができる。
「ギャップ狭小型（ｇａｐ−ｎａｒｒｏｗｅｄ）」とは、１〜６個のヌクレオシドを有する５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、かつそれらに直接隣接している、９個以下の連続する２’−デオキシリボヌクレオシドであるギャップセグメントを有する、キメラアンチセンス化合物を意味する。
「ギャップ拡大型（ｇａｐ−ｗｉｄｅｎｅｄ）」とは、１〜６個のヌクレオシドを有する５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、かつそれらに直接隣接している、１２個以上の連続する２’−デオキシリボヌクレオシドであるギャップセグメントを有する、キメラアンチセンス化合物を意味する。
「ハイブリダイゼーション」とは、相補的核酸分子のアニーリングを意味する。ある特定の実施形態では、相補的核酸分子として、アンチセンス化合物と標的核酸が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、相補的核酸分子としてオリゴヌクレオチドと核酸標的が挙げられるが、これらに限定されない。
「ＳＯＤ−１関連疾患を有する動物を特定する」とは、ＳＯＤ−１関連疾患と診断された動物またはＳＯＤ−１関連疾患を発症する素因がある動物を特定することを意味する。ＳＯＤ−１関連疾患を発症する素因がある個体としては、加齢、個人歴若しくは家族歴または１つ以上のＳＯＤ−１関連疾患の遺伝的素因を有することなどといった、ＳＯＤ−１関連疾患の発症に関するリスク因子を１つ以上有する個体が挙げられる。そのような特定は、個体の病歴を評価すること、及び標準的な臨床検査または臨床評価、例えば遺伝子検査などといった、任意の方法で達成することができる。
「直接隣接している」とは、直接隣接している要素間に介在要素が存在しないことを意味する。
「個体」とは、処置または治療のために選択されたヒトまたはヒト以外の動物を意味する。
「ＳＯＤ−１を阻害する」とは、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ及び／または同タンパク質のレベルまたは発現を低減することを意味する。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ及び／または同タンパク質のレベルは、ＳＯＤ−１を標的とする修飾オリゴヌクレオチドなどといったＳＯＤ−１を標的とするアンチセンス化合物の存在下では、修飾オリゴヌクレオチドなどのＳＯＤ−１アンチセンス化合物の非存在下におけるＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの発現及び／または同タンパク質のレベルと比較して阻害される。
「発現または活性を阻害する」とは、発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すわけではない。
「ヌクレオシド間結合（ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｌｉｎｋａｇｅ）」とは、ヌクレオシド間の化学結合（ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｏｎｄ）を指す。
「連結されたヌクレオシド」とは、ヌクレオシド間結合によって一つに連結された隣接ヌクレオシドを意味する。
「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」とは、第１核酸の核酸塩基が第２核酸または標的核酸の対応する核酸塩基と対合することができない場合を指す。
「混成バックボーン」とは、少なくとも２つの異なるヌクレオシド間結合を含むヌクレオシド間結合のパターンを意味する。例えば混成バックボーンを持つオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホジエステル結合と少なくとも１つのホスホロチオエート結合とを含み得る。
「修飾ヌクレオシド間結合（ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｌｉｎｋａｇｅ）」とは、天然に存在するヌクレオシド間結合（ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｂｏｎｄ）（すなわちホスホジエステルヌクレオシド間結合（ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｂｏｎｄ））からの置換または何らかの改変を指す。
「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を意味する。「無修飾核酸塩基」とは、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を意味する。
「修飾ヌクレオシド」とは、修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。
「修飾ヌクレオチド」とは、修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合、及び／または修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオチドを意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、及び／または修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「修飾糖」とは、天然糖部分からの置換及び／または何らかの改変を意味する。
「モノマー」とはオリゴマーの一単位を指す。モノマーとしては、天然に存在するものか修飾体かを問わず、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における無修飾ヌクレオシドと修飾ヌクレオシドのパターンを意味する。
「天然糖部分」とは、ＤＮＡ（２’−Ｈ）またはＲＮＡ（２’−ＯＨ）に見いだされる糖部分を意味する。
「天然に存在するヌクレオシド間結合」とは、３’→５’ホスホジエステル結合を意味する。
「非相補的核酸塩基」とは、互いに水素結合を形成せず、他のいかなる形でもハイブリダイゼーションを支持することのない、一対の核酸塩基を指す。
「核酸」とは、モノマー型ヌクレオチドで構成された分子を指す。核酸には、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、二本鎖核酸、低分子干渉リボ核酸（ｓｉＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）などがあるが、これらに限定されない。
「核酸塩基」とは、もう一つの核酸の塩基と対合することができる複素環式部分を意味する。
「核酸塩基相補性」とは、もう一つの核酸塩基と塩基対合することができる核酸塩基を指す。例えばＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）と相補的である。例えばＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）と相補的である。ある特定の実施形態において、相補的核酸塩基とは、アンチセンス化合物の核酸塩基であって、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるものを指す。例えば、あるアンチセンス化合物の一定の位置にある核酸塩基が標的核酸の一定の位置にある核酸塩基と水素結合することができるなら、前記オリゴヌクレオチドと前記標的核酸との間の水素結合の位置は、当該核酸塩基対において相補的であるとみなされる。
「核酸塩基配列」とは、連続する核酸塩基の順序を意味し、糖、結合（ｌｉｎｋａｇｅ）、及び／または核酸塩基修飾には依存しない。
「ヌクレオシド」とは、糖に連結された核酸塩基を意味する。
「ヌクレオシド模倣物」には、例えばモルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、ビシクロまたはトリシクロ糖模倣物、例えば非フラノース糖単位を有するヌクレオシド模倣物などといった、オリゴマー化合物の１つ以上の位置において糖または糖及び塩基を置き換えるため（結合（ｌｉｎｋａｇｅ）は必ずしも置き換えられるわけではない）に使用される構造が含まれる。ヌクレオチド模倣物には、例えばペプチド核酸またはモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−または他の非ホスホジエステル結合によって連結されたモルホリノ）などといった、オリゴマー化合物の１つ以上の位置においてヌクレオシド及び結合（ｌｉｎｋａｇｅ）を置き換えるために使用される構造が含まれる。糖代用物は、わずかに広い意味を持つ用語であるヌクレオシド模倣物と一部重複するが、糖単位（フラノース環）のみの置き換えを示すことが意図される。ここに提供するテトラヒドロピラニル環は、フラノース糖基がテトラヒドロピラニル環系で置き換えられた糖代用物の一例を例示するものである。「模倣物」とは、糖、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合の代わりに使用される基を指す。一般的には、模倣物は、糖または糖−ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、核酸塩基は、選ばれたターゲットへのハイブリダイゼーションのために維持される。
「ヌクレオチド」は、ヌクレオシドの糖部分にリン酸基が共有結合で連結されているヌクレオシドを意味する。
「オフターゲット効果」とは、意図した標的核酸以外の遺伝子のＲＮＡ発現またはタンパク質発現の調節に関連する、望まれていないまたは有害な、生物学的効果を指す。
「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」とは、連結されたモノマー型サブユニットのポリマーであって、核酸分子の少なくとも一領域にハイブリダイズすることができるものを意味する。
「オリゴヌクレオチド」とは、連結されたヌクレオシドのポリマーを意味し、ヌクレオシドのそれぞれは互いに依存することなく修飾されていてもよいし、無修飾であってもよい。
「非経口投与」とは、注射（例えばボーラス注射）または注入による投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば髄腔内投与若しくは脳室内投与が含まれる。
「ペプチド」とは、少なくとも２つのアミノ酸をアミド結合で連結することによって形成される分子を意味する。限定するわけではないが、本明細書にいうペプチドは、ポリペプチド及びタンパク質を指す。
「医薬剤」とは、個体に投与した場合に治療上の利益をもたらす物質を意味する。例えばある特定の実施形態では、ＳＯＤ−１を標的とする修飾オリゴヌクレオチドが医薬剤である。
「医薬組成物」とは、対象への投与に適した物質の混合物を意味する。例えば医薬組成物は修飾オリゴヌクレオチドと滅菌水溶液とを含み得る。
「薬理学的に許容される誘導体」は、本明細書に記載する化合物の薬理学的に許容される塩、コンジュゲート、プロドラッグまたは異性体を包含する。
「薬理学的に許容される塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的かつ医薬的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの望ましい生物学的活性を保持しており、しかも望ましくない毒性効果をそこに付与しない塩を意味する。
「ホスホロチオエート結合（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅ）」とは、非架橋酸素原子の１つを硫黄原子で置き換えることによってホスホジエステル結合（ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒ ｂｏｎｄ）が修飾されている、ヌクレオシド間の結合（ｌｉｎｋａｇｅ）を意味する。ホスホロチオエート結合は修飾ヌクレオシド間結合である。
「部分」とは、核酸の所定の数の連続する（すなわち連結された）核酸塩基を意味する。ある特定の実施形態において、部分は、標的核酸の、所定の数の連続する核酸塩基である。ある特定の実施形態において、部分は、アンチセンス化合物の、所定の数の連続する核酸塩基である。
「防止する」または「防止」とは、数分〜数日の期間、数週間〜数ヶ月の期間、または無期限に、疾患、障害、または状態の開始または発症を遅延させまたは未然に防ぐことを指す。
「プロドラッグ」とは、不活性な形態で調製された治療剤であって、体内またはその細胞内で内在性酵素若しくは他の化学物質の作用及び／または条件によって活性型（すなわち薬物）へと転化されるものを意味する。
「予防有効量」とは、動物に予防的利益または防止的利益を与える医薬剤の量を指す。
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部分と定義される。
「リボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位にヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドはさまざまな置換基のいずれでも修飾することができる。
「塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的及び医薬的に許容される塩、すなわち親オリゴヌクレオチドの望ましい生物学的活性を保持しており、しかも望ましくない毒性効果をそこに付与しない塩を意味する。
「セグメント」は、標的核酸内の領域の、さらに小さな一部分または下位部分と定義される。
本明細書におけるオリゴヌクレオチドＳＯＤ−１ｇｈｔの「短縮」型または「切断」型では、１つ、２つまたはそれ以上のヌクレオシドが欠失している。
「副作用」とは、所望の効果以外の、処置に起因する生理学的反応を意味する。ある特定の実施形態において、副作用には、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、及びミオパシーが含まれるが、これらに限定されない。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書にいう「部位」は、標的核酸内の固有な核酸塩基位置と定義される。
「進行を減速する」とは、当該疾患の進行の減少を意味する。
「ＳＯＤ−１」とは、哺乳動物遺伝子である可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）を意味し、ヒト遺伝子である可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）を含む。
「ＳＯＤ−１関連疾患」とは、任意のＳＯＤ−１核酸またはその発現産物に関連する任意の疾患を意味する。そのような疾患は神経変性疾患を含み得る。そのような神経変性疾患は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含み得る。
「ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ」とは、ＳＯＤ−１をコードするＤＮＡ配列の任意のメッセンジャーＲＮＡ発現産物を意味する。
「ＳＯＤ−１核酸」とは、ＳＯＤ−１をコードする任意の核酸を意味する。例えばある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸として、ＳＯＤ−１をコードするＤＮＡ配列、ＳＯＤ−１をコードするＤＮＡ（イントロンとエクソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されたＲＮＡ配列、及びＳＯＤ−１をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられる。「ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ」とはＳＯＤ−１タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
「ＳＯＤ−１タンパク質」とはＳＯＤ−１核酸のポリペプチド発現産物を意味する。
「特異的にハイブリダイズ可能」とは、特異的結合が望まれる条件下で、すなわち生体内アッセイや治療的処置の場合には生理的条件下で、所望の効果を誘導すると共に非標的核酸には最小限の効果しか呈さないかまたは効果を全く呈さない、十分な程度の相補性を、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間に有する、アンチセンス化合物を指す。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」または「ストリンジェントな条件」とは、オリゴマー化合物がその標的配列にはハイブリダイズするが、他の配列にはごくわずかな数の配列にしかハイブリダイズしないような条件を指す。
「対象」とは、処置または治療のために選択されたヒトまたはヒト以外の動物を意味する。
「糖化学モチーフ」とは、少なくとも２つの異なる糖修飾を含む糖修飾のパターンを意味する。例えば、混成バックボーンを持つオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、及び／または１つのｃＥｔ修飾ヌクレオシド、及び／または１つの２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。
「標的」とは、調節することが望まれるタンパク質を指す。
「標的遺伝子」とは、標的をコードする遺伝子を指す。
「ターゲティング」または「ターゲティングされる」とは、標的核酸に特異的にハイブリダイズして所望の効果を誘導するアンチセンス化合物を設計及び選択するプロセスを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、及び「標的ＲＮＡ転写産物」及び「核酸標的」は全て、アンチセンス核酸の標的となり得る核酸を意味する。
「標的領域」とは、標的核酸のうち、１つ以上のアンチセンス核酸の標的となる部分を意味する。
「標的セグメント」とは、標的核酸のうち、アンチセンス化合物の標的となるヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」とは標的セグメントの最も５’側にあるヌクレオチドを指す。「３’標的部位」とは標的セグメントの最も３’側にあるヌクレオチドを指す。
「治療有効量」とは、個体に治療的利益を与える医薬剤の量を意味する。
「処置する」または「処置すること」または「処置」とは、当該疾患または状態の改変または改善を達成するために組成物を投与することを指す。
「無修飾核酸塩基」とは、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を意味する。
「無修飾ヌクレオチド」とは、天然に存在する核酸塩基、糖部分及びヌクレオシド間結合で構成されるヌクレオチドを意味する。ある特定の実施形態において、無修飾ヌクレオチドはＲＮＡヌクレオチド（すなわちβ−Ｄ−リボヌクレオシド）またはＤＮＡヌクレオチド（すなわちβ−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド）である。
「ウイングセグメント」とは、高い阻害活性、標的核酸に対する増大した結合親和性、または生体内ヌクレアーゼによる分解に対する耐性などの特性をオリゴヌクレオチドに付与するために修飾された複数のヌクレオシドを意味する。
ある特定の実施形態
ある特定の実施形態は、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ及び同タンパク質の発現を阻害する方法、化合物、及び組成物を提供する。ある特定の実施形態は、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ及び同タンパク質のレベルを減少させるための方法、化合物、及び組成物を提供する。
ある特定の実施形態は、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物を提供する。ある特定の実施形態において、当該ＳＯＤ−１核酸は、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４に示す配列（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０に示す配列（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオチド２２５８０００からヌクレオチド２２７１０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＷ＿００１１１４１６８．１に示す配列（配列番号３として本明細書に組み込まれる）である。
ある特定の実施形態は、ＳＯＤ−１に関連する疾患、障害、及び状態の処置、防止、または改善を必要とする個体において、ＳＯＤ−１に関連する疾患、障害、及び状態を処置、防止、または改善するための方法を提供する。ＳＯＤ−１に関連する疾患、障害、または状態を処置、防止、または改善するための医薬品を調製するための方法も企図される。ＳＯＤ−１に関連する疾患、障害、及び状態には神経変性疾患が含まれる。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１関連疾患には筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）が含まれる
実施形態１．１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１１８〜１４６１の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物。
実施形態２．１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１５、２１、２３、４７、５４、及び６７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物であって、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、前記化合物。
実施形態３．前記修飾オリゴヌクレオチドが混成バックボーンを有する、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態４．前記混成バックボーンモチーフが以下のいずれかである、実施形態３に記載の化合物：
ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓ、
ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｏｓ、及び
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、
ここで、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、および
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５．前記修飾オリゴヌクレオチドが以下のいずれかの糖化学モチーフを有する、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物：
ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅ、
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅ、
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ、
ｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ、
ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ、
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ、及び
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ、
ここで、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖。
実施形態６．前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１または配列番号２に対して少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態７．一本鎖修飾オリゴヌクレオチドからなる先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態８．少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態９．少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態８に記載の化合物。
実施形態１０．各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態９に記載の化合物。
実施形態１１．少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態１２．少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、かつ少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態１３．少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態１４．前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、実施形態１３に記載の化合物。
実施形態１５．前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態１６．前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、実施形態１５に記載の化合物。
実施形態１７．前記二環式糖が、糖の２’位と４’位の間に化学的連結４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋（式中、Ｒは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）を含む、実施形態１６に記載の化合物。
実施形態１８．前記二環式糖が、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋（式中、Ｒは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）を含む、実施形態１７に記載の化合物。
実施形態１９．少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む、実施形態１５に記載の化合物。
実施形態２０．前記修飾糖が２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３基を含む、実施形態１５に記載の化合物。
実施形態２１．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２２．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
９個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２３．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２４．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
４個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２５．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
７個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２６．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
６個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
６個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２７．前記修飾オリゴヌクレオチドが、
９個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
６個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２８．前記修飾オリゴヌクレオチドが１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連結されたヌクレオシドからなる、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物。
実施形態２９．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３０．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３２．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３３．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３４．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３５．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３６．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
実施形態３７．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態３８．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｔｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｋｏ Ｇｋｏ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態３９．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４０．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４２．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｋｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４３．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４４．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ａｅｓ Ｇｅｏ Ｔｋｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４５．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４６．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４７．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４８．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態４９．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｓ ｍＣｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５０．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５２．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５３．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５４．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｓ ｍＣｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
実施形態５５．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Ｇｅｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ｔｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ、
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、及び
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合。
実施形態５６．先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物またはその塩と少なくとも１つの薬理学的に許容される担体または希釈剤とを含む組成物。
実施形態５７．先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物または組成物を動物に投与することを含む方法。
実施形態５８．前記動物がヒトである、実施形態５７に記載の方法。
実施形態５９．前記化合物の投与が、ＳＯＤ−１関連疾患を防止し、処置し、改善し、またはその進行を減速する、実施形態５７に記載の方法。
実施形態６０．前記ＳＯＤ−１関連疾患が神経変性疾患である、実施形態５９に記載の方法。
実施形態６１．前記ＳＯＤ−１関連疾患がＡＬＳである、実施形態６０に記載の方法。
実施形態６２．神経変性障害処置用の医薬品を製造するための、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物または組成物の使用。
実施形態６３．ＡＬＳ処置用の医薬品を製造するための、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物または組成物の使用。
実施形態６４．前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号２１の核酸塩基配列を有さない、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物または組成物。
実施形態６５．前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号２１〜１１８のどの核酸塩基配列も有さない、先行実施形態のいずれか１つに記載の化合物または組成物。
実施形態６６．１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１のヌクレオチド６６５〜６８４のうちの等しい数の核酸塩基に相補的な、少なくとも１２個の連続する核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号１に対して少なくとも８０％相補的である、前記化合物。
実施形態６７．前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号１に対して１００％相補的である、実施形態６６に記載の化合物。
実施形態６８．前記修飾オリゴヌクレオチドが一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態６６に記載の化合物。
実施形態６９．少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態６６〜６８に記載の化合物。
実施形態７０．少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態６９に記載の化合物。
実施形態７１．各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態７０に記載の化合物。
実施形態７２．少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態６６〜６９に記載の化合物。
実施形態７３．少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、かつ少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、実施形態６６〜７１及び７２〜７３に記載の化合物。
実施形態７４．少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、実施形態６６〜７３に記載の化合物。
実施形態７５．前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、実施形態７４に記載の化合物。
実施形態７６．前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、実施形態６６〜７５に記載の化合物。
実施形態７７．前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、実施形態７６に記載の化合物。
実施形態７８．前記二環式糖が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋（式中、Ｒは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）を含む、実施形態７７に記載の化合物。
実施形態７９．Ｒがメチルである、実施形態７８に記載の化合物。
実施形態８０．ＲがＨである、実施形態７８に記載の化合物。
実施形態８１．前記少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む、実施形態７６に記載の化合物。
アンチセンス化合物
オリゴマー化合物としては、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴヌクレオチド模倣物、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、修飾オリゴヌクレオチド、及びｓｉＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴマー化合物は標的核酸に対して「アンチセンス」であることができ、これはそのオリゴマー化合物が水素結合による標的核酸へのハイブリダイゼーションを起こし得ることを意味する。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’→３’方向に書いた場合に、そのアンチセンス化合物が標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、５’→３’方向に書いた場合に、そのオリゴヌクレオチドが標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１２〜３０サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１２〜２５サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１２〜２２サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１４〜２０サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１５〜２５サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１８〜２２サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１９〜２１サブユニット長である。ある特定の実施形態において、前記アンチセンス化合物は８〜８０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜３０、１８〜５０、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０個の連結されたサブユニットの長さを有する。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１２サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１３サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１４サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１５サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１６サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１７サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１８サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は１９サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２０サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２１サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２２サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２３サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２４サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２５サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２６サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２７サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２８サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は２９サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は３０サブユニット長である。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とする前記アンチセンス化合物は、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０個の連結されたサブユニットの長さを有するか、または上記の値のいずれか２つによって画定される範囲にある。ある特定の実施形態において、前記アンチセンス化合物は修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ前記連結サブユニットはヌクレオシドである。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするオリゴヌクレオチドは、短縮型または切断型であってもよい。例えば、１つのサブユニットが５’端から（５’切断）、あるいは３’端から（３’切断）、欠失していてもよい。ＳＯＤ−１核酸を標的とする短縮型または切断型アンチセンス化合物では、アンチセンス化合物の５’端から２つのサブユニットが欠失していてもよく、あるいは、アンチセンス化合物の３’端から２つのサブユニットが欠失していてもよい。あるいは、例えばあるアンチセンス化合物では、１つのヌクレオシドが５’端から欠失しており、かつ１つのヌクレオシドが３’端から欠失しているなどというように、欠失ヌクレオシドはアンチセンス化合物の全体に散在していてもよい。
延長されたアンチセンス化合物中に１つの追加サブユニットが存在する場合、前記追加サブユニットはアンチセンス化合物の５’端にあっても、３’端にあってもよい。２つ以上の追加サブユニットが存在する場合、例えばあるアンチセンス化合物では、２つのサブユニットがアンチセンス化合物の５’端に付加されているか（５’付加）、あるいは３’端に付加されている（３’付加）などというように、追加されたサブユニットは互い隣接していてもよい。あるいは、例えばあるアンチセンス化合物では、１つのサブユニットが５’端に付加され、１つのサブユニットが３’端に付加されているなどというように、付加されたサブユニットはアンチセンス化合物全体に散在していてもよい。
修飾オリゴヌクレオチドなどのアンチセンス化合物の長さの増減、及び／またはミスマッチ塩基の導入は、活性を排除することなく行うことができる。例えばＷｏｏｌｆら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５−７３０９，１９９２）では、１３〜２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験された。オリゴヌクレオチドの末端近くに８個または１１個のミスマッチ塩基を持つ２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含有しないオリゴヌクレオチドほどではなかったものの、標的ｍＲＮＡの特異的切断を指示することができた。同様に、標的特異的切断は、１３核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド（１つまたは３つのミスマッチを持つものを含む）を使って達成された。
Ｇａｕｔｓｃｈｉら（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ−２ ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ−ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、生体外及び生体内でｂｃｌ−２とｂｃｌ−ｘＬの発現をどちらも低減できることを実証した。さらにまた、このオリゴヌクレオチドは生体内で強力な抗腫瘍活性を示した。
ＭａｈｅｒとＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれ２つまたは３つの前記タンデムオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８核酸塩基オリゴヌクレオチド及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドを、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させるその能力について、ウサギ網状赤血球アッセイで試験した。３つの１４核酸塩基オリゴヌクレオチドは、それぞれ単独で、２８核酸塩基オリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
アンチセンス化合物モチーフ
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は、高い阻害活性、標的核酸に対する高い結合親和性、または生体内ヌクレアーゼによる分解に対する耐性などといった性質が前記アンチセンス化合物に付与されるようなパターンまたはモチーフで配された化学修飾サブユニットを有する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的には、ヌクレアーゼ分解に対する高い耐性、より多くの細胞取り込み、標的核酸に対する高い結合親和性、及び／または高い阻害活性が付与されるように修飾された領域を、少なくとも１つは含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、場合によっては、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅ Ｈの基質として役立ち得る。
ギャップマーモチーフを有するアンチセンス化合物はキメラアンチセンス化合物とみなされる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内側領域が、その内側領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外側領域の間に位置する。ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの場合、ギャップセグメントは一般にエンドヌクレアーゼ切断の基質として役立ち、一方、ウイングセグメントは修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、ギャップマーの領域は、個々の異なる領域を構成する糖部分のタイプによって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分のタイプとして、いくつかの実施形態では、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドとして、中でも、２’−ＭＯＥや２’−Ｏ−ＣＨ３を挙げることができる）、及び二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドとして４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎ＝１またはｎ＝２）及び４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’を有するものを挙げることができる）を挙げることができる。ある特定の実施形態において、ウイングはいくつかの修飾糖部分を含むことができ、これには例えば２’−ＭＯＥが含まれる。ある特定の実施形態において、ウイングはいくつかの修飾糖部分と非修飾糖部分とを含み得る。ある特定の実施形態において、ウイングは、２’−ＭＯＥヌクレオシド及び２’−デオキシヌクレオシドのさまざまな組み合わせを含み得る。
異なる領域は、それぞれ一様な糖部分を含むか、異なる糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。ウイング−ギャップ−ウイングモチーフは、しばしば「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載されるが、この場合、「Ｘ」は５’−ウイングの長さを表し、「Ｙ」はギャップの長さを表し、「Ｚ」は３’−ウイングの長さを表す。「Ｘ」と「Ｚ」は、一様な糖部分を含むか、異なる糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。ある特定の実施形態において、「Ｘ」と「Ｙ」は、１つ以上の２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。「Ｙ」は２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。本明細書において、「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記述されるギャップマーは、ギャップが５’−ウイング及び３’−ウイングのそれぞれと直接隣接して配置されるような構成を有する。したがって、５’−ウイングとギャップの間にも、ギャップと３’−ウイングの間にも、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載するアンチセンス化合物はいずれもギャップマーモチーフを有することができる。ある特定の実施形態では、「Ｘ」と「Ｚ」が同じであり、別の実施形態では、「Ｘ」と「Ｚ」が異なる。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば５−１０−５のモチーフを有する２０マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば５−９−５のモチーフを有する１９マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば５−８−５のモチーフを有する１８マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば４−８−５のモチーフを有する１８マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば５−８−７のモチーフを有する１８マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば６−８−６のモチーフを有する１８マーを含む。
ある特定の実施形態において、ここに提供するギャップマーは、例えば６−８−５のモチーフを有する１８マーを含む。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、少なくとも１つのｃＥｔ修飾ヌクレオシド、及び少なくとも１つの２’−デオキシヌクレオシドを含有する。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、以下のいずれかの糖化学モチーフを有する：
ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅ
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋ
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ
ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅ
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ
ｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ
ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ
ここで、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
ＳＯＤ−１をコードするヌクレオチド配列には、限定するわけではないが、以下に挙げるものが含まれる：ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオチド２２５８０００からヌクレオチド２２７１０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＷ＿００１１１４１６８．１の相補鎖（配列番号３として本明細書に組み込まれる）。
本明細書に掲載する実施例において各配列番号に示す配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基へのいかなる修飾にも依存しないと理解される。したがって、配列番号によって定義されるアンチセンス化合物は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に、独立して、１つ以上の修飾を含み得る。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ）によって記載するアンチセンス化合物は、核酸塩基配列とモチーフの組み合わせを示す。
ある特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に画定された領域である。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エクソン／イントロン接合部、コード領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の明確な核酸領域を包含し得る。ＳＯＤ−１の場合、構造的に画定された領域は、ＮＣＢＩなどの配列データベースからアクセション番号によって入手することができ、そのような情報は参照により本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内のある標的セグメントの５’標的部位から、標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を包含し得る。
ターゲティングは、所望の効果が生じるように、アンチセンス化合物をハイブリダイズさせる標的セグメントを少なくとも１つを決定することを含む。ある特定の実施形態において、前記所望の効果はｍＲＮＡ標的核酸レベルの低減である。ある特定の実施形態において、前記所望の効果は、標的核酸がコードしているタンパク質のレベルの低減または標的核酸と関連する表現型変化の低減である。
標的領域は１つ以上の標的セグメントを含有し得る。標的領域内の複数の標的セグメントはオーバーラップしていてもよい。あるいは、複数の標的セグメントはオーバーラップしていなくてもよい。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは約３００個以下のヌクレオチドによって隔てられている。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個のヌクレオチドであるか、およそその個数のヌクレオチドであるか、その個数以下のヌクレオチドであるか、およそその個数以下のヌクレオチドであるか、前述の値のいずれか２つによって画定される範囲にある、いくつかのヌクレオチドによって隔てられている。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の５個以下、または約５個以下のヌクレオチドによって隔てられている。ある特定の実施形態において、標的セグメントは連続している。本明細書に列挙する５’標的部位または３’標的部位のいずれかである開始核酸を有する範囲によって画定される標的領域が企図される。
好適な標的セグメントは、５’ＵＴＲ、コード領域、３’ＵＴＲ、イントロン、エクソン、またはエクソン／イントロン接合部のいずれかの内部に見いだされ得る。開始コドンまたは終止コドンを含有する標的セグメントも好適な標的セグメントである。好適な標的セグメントは、開始コドンまたは終止コドンなどの構造的に明確な一定の領域を特に除外し得る。
好適な標的セグメントの決定は、標的核酸配列とゲノム全体の他の配列との比較を含み得る。例えば、さまざまな核酸の中から類似する領域を特定するために、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用し得る。この比較によって、選択した標的核酸以外の配列（すなわち非標的配列またはオフターゲット配列）に非特異的にハイブリダイズし得るアンチセンス化合物配列の選択を防ぐことができる。
活性標的領域内ではアンチセンス化合物の活性（例えば標的核酸レベルの低減パーセントで定義されるもの）にばらつきが存在し得る。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルの低減はＳＯＤ−１タンパク質発現の阻害を示す。ＳＯＤ−１タンパク質のレベルの低減も、標的ｍＲＮＡ発現の阻害を示す。表現型変化はＳＯＤ−１発現の阻害を示す。神経学的機能の改善はＳＯＤ−１発現の阻害を示す。運動機能の改善はＳＯＤ−１発現の阻害を示す。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションが、本明細書に開示するアンチセンス化合物とＳＯＤ−１核酸との間で起こる。最も一般的なハイブリダイゼーションの機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合（例えばワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型水素結合）を伴う。
ハイブリダイゼーションはさまざまな条件下で起こり得る。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質及び組成によって決定される。
配列が標的核酸と特異的にハイブリダイズできるかどうかを決定する方法は、当技術分野で周知である。ある特定の実施形態において、ここに提供するアンチセンス化合物は、ＳＯＤ−１核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
相補性
アンチセンス化合物の十分な数の核酸塩基が、所望の効果（例えばＳＯＤ−１核酸などの標的核酸のアンチセンス阻害）を生じるような形で、標的核酸の対応する核酸塩基と水素結合することができる場合、そのアンチセンス化合物と標的核酸とは、互いに相補的である。
アンチセンス化合物とＳＯＤ−１核酸との間の非相補的核酸塩基は、そのアンチセンス化合物が依然として標的核酸に特異的にハイブリダイズすることができるのであれば、許容し得る。さらに、アンチセンス化合物は、介在セグメントまたは隣接セグメントが当該ハイブリダイゼーション事象に関与しないような形で（例えばループ構造、ミスマッチまたはヘアピン構造）、ＳＯＤ−１核酸の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい。
ある特定の実施形態において、ここに提供するアンチセンス化合物、またはその指定部分は、ＳＯＤ−１核酸、標的領域、標的セグメント、またはその指定部分に対して７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的であるか、少なくとも７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相同的である。アンチセンス化合物と標的核酸とのパーセント相補性は、常法を使って決定することができる。
例えば、アンチセンス化合物の２０個の核酸塩基のうち１８個が標的領域に相補的であり、それゆえに特異的にハイブリダイズするであろうアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性に相当するであろう。この例では、残りの非相補的核酸塩基はクラスター化しているか、またはその中に相補的核酸塩基が散在していてもよく、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基に連続している必要もない。したがって、標的核酸と完全に相補的な２つの領域に挟まれた４つの非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有し、したがって本発明の範囲に包含されるであろう。標的核酸の一領域に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、当技術分野において知られているＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を使って、日常的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えばＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２ ４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）により、デフォルト設定を使って、決定することができる。
ある特定の実施形態において、ここに提供するアンチセンス化合物またはその指定部分は、標的核酸またはその指定部分に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えば、アンチセンス化合物は、ＳＯＤ−１核酸、またはその標的領域、または標的セグメント若しくは標的配列に、完全に相補的であり得る。本明細書において「完全に相補的」とは、アンチセンス化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合する能力を有することを意味する。例えば、２０核酸塩基のアンチセンス化合物は、そのアンチセンス化合物に完全に相補的な対応する２０核酸塩基部分が標的核酸中に存在するのであれば、４００核酸塩基長である標的配列に対して、完全に相補的である。第１核酸及び／または第２核酸の指定部分に関して完全に相補的という表現を使用することもできる。例えば、３０核酸塩基のアンチセンス化合物のうちの２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長である標的配列に対して「完全に相補的」であることができる。３０核酸塩基のオリゴヌクレオチドのうちの２０核酸塩基部分は、標的配列が対応する２０核酸塩基部分（各核酸塩基がアンチセンス化合物の前記２０核酸塩基部分に相補的であるもの）を有するのであれば、その標的配列に対して完全に相補的である。同時に、上記３０核酸塩基アンチセンス化合物全体は、アンチセンス化合物の残りの１０核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに依存して、標的配列に対して完全に相補的である場合も、完全には相補的でない場合もある。
非相補的核酸塩基の位置は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端であってよい。あるいは、１つまたは複数の非相補的核酸塩基は、アンチセンス化合物の内部位置にあってもよい。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続して（すなわち連結されて）いてもよいし、不連続であってもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基はギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメント内に位置する。
ある特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０核酸塩基長または最大で１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０核酸塩基長であるアンチセンス化合物は、ＳＯＤ−１核酸、またはその指定部分などの標的核酸に対して、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０核酸塩基長または最大で１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０核酸塩基長であるアンチセンス化合物は、ＳＯＤ−１核酸、またはその指定部分などの標的核酸に対して、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
ここに提供するアンチセンス化合物には、標的核酸の一部分に相補的であるものも含まれる。本明細書において「一部分」とは、標的核酸の一領域または一セグメント内の所定の数の連続する（すなわち連結された）核酸塩基を指す。「一部分」は、アンチセンス化合物の、所定の数の連続する核酸塩基も指すことができる。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも８核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも９核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１０核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１１核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１２核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１３核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１４核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ある標的セグメントのうちの少なくとも１５核酸塩基部分に相補的である。ある標的セグメントのうちの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０核酸塩基若しくはそれ以上の核酸塩基部分、またはこれらの値のいずれか２つによって画定される範囲に相補的なアンチセンス化合物も企図される。
同一性
ここに提供するアンチセンス化合物は、ある特定ヌクレオチド配列、配列番号、若しくは具体的Ｉｓｉｓ番号によって表される化合物、またはその一部分に対して、所定の同一性パーセントも有し得る。本明細書において、アンチセンス化合物は、それが同じ核酸塩基対合能を有するのであれば、本明細書に開示する配列と同一である。例えば、ウラシルとチミジンはどちらもアデニンと対合するので、開示したＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、前記ＤＮＡ配列と同一であるとみなされるであろう。本明細書に記載するアンチセンス化合物の短縮型及び延長型、ならびにここに提供するアンチセンス化合物と比較して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接していてもよいし、アンチセンス化合物全体に散在していてもよい。アンチセンス化合物のパーセント同一性は、比較対象である配列との比較で同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはその一部分は、本明細書に開示するアンチセンス化合物若しくは配列番号またはそれらの一部分の１つ以上と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である。
ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の一部分を、標的核酸のうちの長さが等しい部分と比較する。ある特定の実施形態では、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸のうちの長さが等しい部分と比較する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部分を、標的核酸のうちの長さが等しい部分と比較する。ある特定の実施形態では、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸のうちの長さが等しい部分と比較する。
修飾
ヌクレオシドは塩基−糖の組み合わせである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基ともいう）部分は、通常、複素環式塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合で連結されたリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合は、前記リン酸基を、糖の２’、３’または５’ヒドロキシル部分に連結することができる。オリゴヌクレオチドは、互いに隣接するヌクレオシドを共有結合で連結して、線状ポリマーであるオリゴヌクレオチドを形成させることによって形成される。オリゴヌクレオチド構造内では、前記リン酸基は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合を形成していると、一般に言われる。
アンチセンス化合物の修飾には、ヌクレオシド間結合、糖部分、または核酸塩基の置換または改変が包含される。修飾アンチセンス化合物は、例えば高められた細胞取り込み、核酸標的に対するより高い親和性、ヌクレアーゼ存在下での増加した安定性、または増加した阻害活性などといった望ましい特性ゆえに、天然型より好ましいことが多い。
化学修飾ヌクレオシドは、短縮型または切断型オリゴヌクレオチドの、その標的核酸に対する結合親和性を増加させるために使用することもできる。結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有する短いアンチセンス化合物で、匹敵する結果を得ることができる場合が多い。
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’→５’ホスホジエステル結合である。１つ以上の修飾（すなわち天然に存在しない）ヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物は、例えば高められた細胞取り込み、核酸標的に対するより高い親和性、及びヌクレアーゼの存在下での増加した安定性などといった望ましい特性ゆえに、しばしば、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物に優先して選択される。
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドには、リン原子が保たれているヌクレオシド間結合と、リン原子を有さないヌクレオシド間結合とが含まれる。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。リン含有結合（ｌｉｎｋａｇｅ）及び非リン含有結合（ｌｉｎｋａｇｅ）を調製する方法は、よく知られている。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、アンチセンス化合物全体に点在している。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上のホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合と少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合とを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、以下の混成バックボーンモチーフを有する：
ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓ、
ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｏｓ、及び
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、
ここで、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
修飾糖部分
本発明のアンチセンス化合物は、場合によっては、糖基が修飾されているヌクレオシドを１つ以上含有することができる。そのような糖修飾ヌクレオシドは、優れたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、または他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。ある特定の実施形態において、ヌクレオシドは化学修飾リボフラノース環部分を含む。化学修飾リボフラノース環の例には、置換基の付加（５’置換基、２’置換基、非ジェミナル環原子の架橋による二環式核酸（ＢＮＡ）の形成、リボシル環酸素原子のＳ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）による置換（Ｒ、Ｒ１及びＲ２は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルまたは保護基である）、及びそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。化学修飾糖の例としては、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（開示されている他の５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００８／１０１１５７（公開日２００８年８月２１日）を参照のこと）、またはリボシル環酸素原子のＳによる置換と２’位におけるさらなる置換（米国特許出願公開ＵＳ２００５−０１３０９２３（公開日２００５年６月１６日）を参照のこと）、または別法としてＢＮＡの５’−置換（ＬＮＡが、例えば５’−メチル基または５’−ビニル基で置換されている、ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１（公開日２００７年１１月２２日）を参照のこと）などがある。
修飾糖部分を有するヌクレオシドの例には、５’−ビニル、５’−メチル（ＲまたはＳ）、４’−Ｓ、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。２’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｌ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択することもでき、その場合、各Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換若しくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。
本明細書において「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾ヌクレオシドを指す。二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）の例には、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子の間に架橋を含むヌクレオシドが含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、ここに提供するアンチセンス化合物は、ＢＮＡヌクレオシドを１つ以上含み、その場合、架橋は次式の１つを含む：４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）；４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’；４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）；４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びそれらの類似体；２００８年７月１５日発行の米国特許第７，３９９，８４５号を参照のこと）；４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体；２００９年１月８日にＷＯ／２００９／００６４７８として公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体；２００８年１２月１１日にＷＯ／２００８／１５０７２９として公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（２００４年９月２日公開の米国特許出願公開ＵＳ２００４−０１７１５７０を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（ここでＲはＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）（２００８年９月２３日発行の米国特許第７，４２７，６７２号を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照のこと）；及び４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体；２００８年１２月８日にＷＯ２００８／１５４４０１として公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４を参照のこと）。
さらなる二環式ヌクレオシドが公表されている文献に報告されている（例えばＳｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６）８３６２−８３７９；Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２；Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７；Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；米国特許第７，３９９，８４５号；同第７，０５３，２０７号；同第７，０３４，１３３号；同第６，７９４，４９９号；同第６，７７０，７４８号；同第６，６７０，４６１号；同第６，５２５，１９１号；同第６，２６８，４９０号；米国特許公開番号ＵＳ２００８−００３９６１８；ＵＳ２００７−０２８７８３１；ＵＳ２００４−０１７１５７０；米国特許出願第１２／１２９，１５４；同第６１／０９９，８４４号；同第６１／０９７，７８７号；同第６１／０８６，２３１号；同第６１／０５６，５６４号；同第６１／０２６，９９８号；同第６１／０２６，９９５号；同第６０／９８９，５７４号；国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１；同ＷＯ２００５／０２１５７０；同ＷＯ２００４／１０６３５６；同ＷＯ９４／１４２２６；ならびにＰＣＴ国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２号；同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４号；及び同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１号を参照のこと）。上述の二環式ヌクレオシドはそれぞれ、例えば、α−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノースなどといった１つ以上の立体化学的糖構造を有するものを調製することができる（１９９９年３月２５日にＷＯ９９／１４２２６として公開されたＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３を参照のこと）。
本明細書において、「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分ではない修飾糖部分を含むヌクレオシドを指す。ある特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体は、どの位置で修飾または置換されていてもよい。
本明細書において「４’−２’二環式ヌクレオシド」または「４’→２’二環式ヌクレオシド」とは、フラノース環の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含むフラノース環を含み、前記架橋が糖環の２’炭素原子と４’炭素原子をつなぐ、二環式ヌクレオシドを指す。
ある特定の実施形態において、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分として、限定するわけではないが、ペントフラノシル糖部分の４’位と２’位の炭素原子間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が挙げられ、架橋は、限定するわけではないが、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１つの基または連結された１〜４つの基を含み、ここで、ｘは０、１、または２であり、ｎは１、２、３、または４であり、各Ｒａ及びＲｂは、互いに独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、かつ、各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキルまたは保護基である。
ある特定の実施形態において、二環式糖部分の架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−または−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−である。ある特定の実施形態において、架橋は４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’−であり、ここで、各Ｒは、互いに独立して、Ｈ、保護基またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、さらに異性立体配置によって定義される。例えば、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’架橋を含むヌクレオシドは、α−Ｌ立体配置またはβ−Ｄ立体配置をとってよい。これまでに、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、アンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれており、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドはアンチセンス活性を示した（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドには、４’→２’架橋を有するものが含まれ、そのような架橋としては、限定するわけではないが、α−Ｌ−４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’、β−Ｄ−４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’、及び４’−（ＣＨ２）３−２’が挙げられ、ここで、ＲはＨ、保護基またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
−Ｑａ−Ｑｂ−Ｑｃ−は、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒｃ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−または−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−ＣＨ２であり、
Ｒｃは、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル保護基またはアミノ保護基であり、かつ
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合である］を有する。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｚａは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオールまたは置換チオールである］を有する。
一実施形態では、置換基はそれぞれ、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ、及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄから独立して選択される置換基で一置換または多置換され、ここで、各Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、または置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、かつＸはＯまたはＮＪｃである。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｚｂは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルまたは置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）−）である］を有する。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
を有し、
式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｒｄは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり、
各ｑａ、ｑｂ、ｑｃ及びｑｄは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルコキシル、アシル、置換アシル、Ｃ１〜Ｃ６アミノアルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ６アミノアルキルである］を有する。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ｑａ、ｑｂ、ｑｅ及びｑｆは、それぞれ独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであるか、
または、ｑｅ及びｑｆは一緒になって＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、
ｑｇ及びｑｈは、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである］を有する。
４’−ＣＨ２−Ｏ−２’架橋を有する、アデニン、シトシン、グアニン、５−メチルシトシン、チミン及びウラシルの二環式ヌクレオシドの合成及び調製については、そのオリゴマー形成、及び核酸認識特性と共に記載がある（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。二環式ヌクレオシドの合成もまた、ＷＯ９８／３９３５２及びＷＯ９９／１４２２６に記載されている。
４’−ＣＨ２−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ２−Ｓ−２’などの４’→２’架橋基を有するさまざまな二環式ヌクレオシドの類似体が調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖の調製も既に記載されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらにまた、コンフォメーションが制限された新規の高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’−アミノ−ＢＮＡの合成も当技術分野で既に記載されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。その上、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＢＮＡも調製されており、これらと、相補的なＲＮＡ鎖及びＤＮＡ鎖との二重鎖の熱安定性が、これまでに報告されている。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
各ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ及びｑｌは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシル、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、かつ
ｑｉとｑｊまたはｑｌとｑｋは一緒になって＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、ここで、ｑｇ及びｑｈは、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである］を有する。
４’−（ＣＨ２）３−２’架橋及びアルケニル類似体架橋４’−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−２’を有する炭素環式二環式ヌクレオシドの一つは既に記載がある（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製物も、それらのオリゴマー形成及び生化学的研究と共に記載がある（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９）。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドとしては、以下に図示する（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｆ）メチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ（拘束エチルまたはｃＥｔともいう）、（Ｇ）メチレン−チオ（４’−ＣＨ２−Ｓ−２’）ＢＮＡ、（Ｈ）メチレン−アミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｉ）メチル炭素環式（４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’）ＢＮＡ、（Ｊ）プロピレン炭素環式（４’−（ＣＨ２）３−２’）ＢＮＡ、及び（Ｋ）ビニルＢＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 0006622214
式中、Ｂｘは塩基部分であり、Ｒは、独立して、Ｈ、保護基、Ｃ１〜Ｃ６アルキルまたはＣ１〜Ｃ６アルコキシである。
本明細書において、用語「修飾テトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾ＴＨＰヌクレオシド」とは、通常のヌクレオシド中のペントフラノシル残基が六員テトラヒドロピラン「糖」で置換されているヌクレオシドを意味し、これは糖代用物ということもできる。修飾ＴＨＰヌクレオシドとしては、当技術分野においてヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール（ａｎｉｔｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、マニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）核酸（ＭＮＡ）（Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照のこと）またはフルオロＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）と呼ばれ、以下に図解するテトラヒドロピラン環系を有するものが挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 0006622214
ある特定の実施形態では、式
Figure 0006622214
［式中、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であるか、または、Ｔ３及びＴ４の一方が、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物若しくはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方がＨ、ヒドロキシル保護基、連結された共役基または５’若しくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり、かつ
Ｒ１及びＲ２の一方は水素であり、もう一方は、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮから選択され、ここで、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１であり、かつ、各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである］を有する糖代用物が選択される。
ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は各々Ｈである。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外である。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。ある特定の実施形態において、Ｒ１及びＲ２の一方がＦであるＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある特定の実施形態において、Ｒ１はフルオロかつＲ２はＨであり、Ｒ１はメトキシかつＲ２はＨであり、またＲ１はメトキシエトキシかつＲ２はＨである。
ある特定の実施形態において、糖代用物は、６つ以上の原子及び２つ以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴマー化合物におけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０；及び米国特許第５，６９８，６８５号；同第５，１６６，３１５号；同第５，１８５，４４４号；及び同第５，０３４，５０６号を参照のこと）。ここで使用する用語「モルホリノ」とは、以下の式
Figure 0006622214
を有する糖代用物を意味する。
ある特定の実施形態では、例えば、上記モルホリノ構造にさまざまな置換基を付加するか、上記モルホリノ構造のさまざまな置換基を改変することによって、モルホリノを修飾してもよい。そのような糖代用物を本明細書では「修飾モルホリノ」という。
修飾の組み合わせ、例えば限定するわけではないが、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（開示されている他の５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについてはＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００８／１０１１５７号（公開日２００８年８月２１日）を参照のこと）、及びリボシル環酸素原子のＳによる置換と２’位におけるさらなる置換（米国特許出願公開ＵＳ２００５−０１３０９２３（公開日２００５年６月１６日）を参照のこと）、あるいは二環式核酸の５’−置換（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’二環式ヌクレオシドの５’位が５’−メチル基または５’−ビニル基でさらに置換されているＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号（公開日２００７年１１月２２日）を参照のこと）なども提供される。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製物も、それらのオリゴマー形成及び生化学的研究と共に記載されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９を参照のこと）。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、天然に存在するヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに、六員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを１つ以上含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとして、当技術分野に記載されているものが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、同一譲受人による、ＰＣＴ出願公開ＷＯ２０１０／０３６６９６（公開日２０１０年４月１０日）；Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０（６），１９７９−１９８４；Ｈｏｒｖａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００７，４８，３６２１−３６２３；Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（３０），９３４０−９３４８；Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００５，２４（５−７），９９３−９９８；Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５，３３（８），２４５２−２４６３；Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ，Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｆ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ，２００５，Ｆ６１（６），５８５−５８６；Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，２００４，６０（９），２１１１−２１２３；Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，２００３，１３（６），４７９−４８９；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００３，６８，４４９９−４５０５；Ｖｅｒｂｅｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，２９（２４），４９４１−４９４７；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００１，６６，８４７８−８２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００１，２０（４−７），７８５−７８８；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．，２０００，１２２，８５９５−８６０２；ＰＣＴ出願公開ＷＯ０６／０４７８４２；及びＰＣＴ出願公開ＷＯ０１／０４９６８７を参照のこと。なお、各々の本文は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。ある特定の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは式Ｘを有する。
Figure 0006622214
［式中、上記少なくとも１つの式Ｘのシクロヘキセニルヌクレオシド類似体のそれぞれについて、独立して、
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、シクロヘキセニルヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４の一方が、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方はＨ、ヒドロキシル保護基、連結された共役基、または５’末端基若しくは３’末端基であり、かつ
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、ｑ７、ｑ８及びｑ９は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルまたは他の糖置換基である］。
他にも多数の単環式、二環式及び三環式の環系が当技術分野で公知であり、それらは、本明細書で提供されるオリゴマー化合物への組込み用ヌクレオシドの修飾に使用できる糖代用物として好適である（例えば、総説：Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｊ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照のこと）。そのような環系には、活性をさらに高めるために、さまざまな追加の置換を行うことができる。
本明細書において「２’−修飾糖」とは、２’位が修飾されたフラノシル糖を意味する。ある特定の実施形態において、そのような修飾には、ハロゲン化物、例えば、限定するわけではないが、置換及び非置換アルコキシ、置換及び非置換チオアルキル、置換及び非置換アミノアルキル、置換及び非置換アルキル、置換及び非置換アリル、ならびに置換及び非置換アルキニルから選択される置換基が挙げられる。ある特定の実施形態において、２’修飾は、限定するわけではないが、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２などといった置換基（式中、ｎ及びｍは１〜約１０である）から選択される。他の２’−置換基は、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリールまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、Ｆ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリ−アルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、アンチセンス化合物の薬物動態特性を改善するための基または薬力学的特性を改善するための基、及び類似の特性を有する他の置換基から選択することもできる。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥ側鎖を含む（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，１１９４４−１２０００）。そのような２’−ＭＯＥ置換は、非修飾ヌクレオシド及び他の修飾ヌクレオシド、例えば２’−Ｏ−メチル、Ｏ−プロピル、及びＯ−アミノプロピルと比較して、改善された結合親和性を有すると記述されている。２’−ＭＯＥ置換基を有するオリゴヌクレオチドは、生体内での用途に有望な特徴を持つ遺伝子発現のアンチセンス阻害剤であることも示されている（Ｍａｒｔｉｎ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４；Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｉｍｉａ，１９９６，５０，１６８−１７６；Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．，１９９６，２４，６３０−６３７；及びＡｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９７，１６，９１７−９２６）。
本明細書において「２’−修飾」または「２’−置換」とは、２’位にＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。２’−修飾ヌクレオシドには、糖環の２つの炭素原子をつなぐ架橋が糖環の２’炭素ともう一つの炭素とをつないでいる二環式ヌクレオシド、及び非架橋２’置換基、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）［式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換若しくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである］を有するヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。２’−修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／または核酸塩基において、他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書において「２’−Ｆ」とは、糖環の２’位にフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
「２’−ＯＭｅ」または「２’−ＯＣＨ３」、「２’−Ｏ−メチル」または「２’−メトキシ」は、各々、糖環の２’位に−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書において「ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」とは、それぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
修飾糖の調製方法は当業者に周知である。そのような修飾糖の調製を教示する代表的米国特許の一部として、限定することなく、Ｕ．Ｓ．：４，９８１，９５７、５，１１８，８００、５，３１９，０８０、５，３５９，０４４、５，３９３，８７８、５，４４６，１３７、５，４６６，７８６、５，５１４，７８５、５，５１９，１３４、５，５６７，８１１、５，５７６，４２７、５，５９１，７２２、５，５９７，９０９、５，６１０，３００、５，６２７，０５３、５，６３９，８７３、５，６４６，２６５、５，６７０，６３３、５，７００，９２０、５，７９２，８４７及び６，６００，０３２ならびに２００５年１２月２２日にＷＯ２００５／１２１３７１として公開された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（出願日２００５年６月２日）が挙げられ、これらは各々が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書において、「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結されたヌクレオシドを含む化合物を指す。ある特定の実施形態では、複数のヌクレオシドの１つ以上が修飾される。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、修飾糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は２’−ＭＯＥである。ある特定の実施形態において、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドは、ギャップマーモチーフで配置される。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）架橋基を有する二環式ヌクレオシドである。ある特定の実施形態において、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）修飾ヌクレオシドは、ギャップマーモチーフのウイング全体にわたって配置される。
組成物及び医薬組成物の製剤化方法
オリゴヌクレオチドは、医薬組成物または製剤を調製するために、薬理学的に許容される活性物質または不活性物質と混合してよい。組成物及び医薬組成物の製剤化方法は、いくつかの基準に依存し、それには投与経路、疾患の程度、または投与すべき用量などが含まれるが、これらに限定されない。
ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物を好適な薬理学的に許容される希釈剤または担体と組み合わせることにより医薬組成物に利用することができる。薬理学的に許容される希釈剤として、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。ＰＢＳは非経口的に送達される組成物での使用に好適な希釈剤である。したがって、一実施形態では、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物と薬理学的に許容される希釈剤とを含む医薬組成物が、本明細書に記載の方法において使用される。ある特定の実施形態では、薬理学的に許容される希釈剤がＰＢＳである。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物が修飾オリゴヌクレオチドである。
アンチセンス化合物を含む医薬組成物は、あらゆる薬理学的に許容される塩、エステル、若しくはそのようなエステルの塩、または、ヒトを含む動物に投与した場合に生物学的に活性な代謝物またはその残基を（直接的または間接的に）与えることができる他のあらゆるオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示はまた、アンチセンス化合物の薬理学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬理学的に許容される塩、及び他の生物学的同等物に関する。好適な薬理学的に許容される塩として、ナトリウム塩及びカリウム塩が挙げられるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、アンチセンス化合物の一端または両端に別のヌクレオシドの組込みを含むことができ、それらのヌクレオシドは体内で内在性ヌクレアーゼにより切断され、活性アンチセンス化合物を形成する。
共役アンチセンス化合物
アンチセンス化合物は、結果として得られるオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞取り込みを増強する１つ以上の部分若しくは共役体と共有結合で連結され得る。典型的な共役基としては、コレステロール部分及び脂質部分が挙げられる。さらなる共役基としては、炭水化物、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、及び染料が挙げられる。
また、アンチセンス化合物を修飾して、一般にアンチセンス化合物の一端または両端に結合される安定化基を１つ以上持たせることで、例えばヌクレアーゼ安定性などの特性を増強することもできる。安定化基としてキャップ構造が挙げられる。これらの末端修飾は、末端核酸を有するアンチセンス化合物をエクソヌクレアーゼ分解から保護し、また細胞内での送達及び／または局在化に役立ち得る。キャップは５’末端（５’キャップ）または３’末端（３’キャップ）に存在し得るか、または両端に存在し得る。キャップ構造は当技術分野において周知であり、例えば、反転デオキシ脱塩基キャップ（ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｄｅｏｘｙ ａｂａｓｉｃ ｃａｐ）が挙げられる。アンチセンス化合物の一端または両端にキャップをすることでヌクレアーゼ安定性を付与するために使用できる、さらなる３’安定化基及び５’安定化基には、ＷＯ０３／００４６０２（公開日２００３年１月１６日）に記載のものが含まれる。
細胞培養及びアンチセンス化合物処理
アンチセンス化合物がＳＯＤ−１核酸の濃度、活性、または発現に与える効果は、さまざまな細胞タイプにおいて生体外で試験することができる。そのような解析に使用される細胞タイプは、商業的供給業者（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓｕｓ，ＶＡ； Ｚｅｎ−Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｒｉａｎｇｌｅ Ｐａｒｋ，ＮＣ； Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から入手可能であり、供給業者の指示書に従い市販の試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて培養される。例示的な細胞タイプには、ＨｅｐＧ２細胞、Ｈｅｐ３Ｂ細胞、初代肝細胞、Ａ４３１細胞、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
オリゴヌクレオチドの生体外試験
本明細書には、細胞をオリゴヌクレオチドで処理するための方法を記載するが、この方法には、他のアンチセンス化合物で処理するために適宜変更を加えることができる。
細胞は、細胞が培養中で約６０〜８０％コンフルエントな状態に達した時に、オリゴヌクレオチドで処理することができる。
培養細胞にオリゴヌクレオチドを導入するためによく使用される試薬の一つに、カチオン性脂質トランスフェクション試薬ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）がある。オリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中でＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮと混合することで、オリゴヌクレオチドの所望の最終濃度と、オリゴヌクレオチド１００ｎＭあたり２〜１２ｕｇ／ｍＬの範囲に及び得るＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ濃度とを達成することができる。
培養細胞へのオリゴヌクレオチド導入に使用される別の試薬に、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）がある。オリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ１低血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中でＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥと混合することで、所望のオリゴヌクレオチド濃度と、オリゴヌクレオチド１００ｎＭあたり２〜１２ｕｇ／ｍＬの範囲に及び得るＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ濃度とを達成する。
培養細胞へのオリゴヌクレオチド導入に使用される別の技法に、電気穿孔法がある。
細胞は、常法によりオリゴヌクレオチドで処理される。細胞を、オリゴヌクレオチド処理から１６〜２４時間後に回収し得、その時、標的核酸のＲＮＡ濃度またはタンパク質レベルを当技術分野で公知の、そして本明細書に記載の方法により測定する。一般に、複数の複製試料に処理を行う場合は、それら複製試料処理の平均としてデータを表す。
使用するオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞株ごとに異なる。ある特定の細胞株について最適なオリゴヌクレオチド濃度を決定するための方法は、当技術分野では周知である。ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥを用いてトランスフェクションする場合、オリゴヌクレオチドは、典型的には、１ｎＭ〜３００ｎＭの濃度範囲で使用される。電気穿孔法によるトランスフェクションの場合は、それより高い６２５ｎＭから２０，０００ｎＭの濃度範囲でオリゴヌクレオチドを使用する。
ＲＮＡの単離
ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで実施可能である。ＲＮＡの単離方法は、当技術分野において周知である。ＲＮＡは、当技術分野において周知の方法を使用して、例えばＴＲＩＺＯＬ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を製造者が推奨するプロトコルに従って使用して、調製される。
標的のレベルまたは発現の阻害に関する分析
ＳＯＤ−１核酸の濃度または発現の阻害については、当技術分野で公知の多種多様な方法でアッセイすることができる。例えば、標的核酸濃度は、例えばノーザンブロット分析、競合ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、または定量リアルタイムＰＣＲで定量できる。ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで実施可能である。ＲＮＡの単離方法は、当技術分野において周知である。ノーザンブロット分析もまた、当技術分野で常法である。定量リアルタイムＰＣＲは、ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡから入手でき製造者の指示書に従い使用される市販のＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍを用いて好都合に実現することができる。
標的ＲＮＡレベルの定量リアルタイムＰＣＲ分析
標的ＲＮＡレベルの定量は、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を製造者の指示書に従って使用して、定量リアルタイムＰＣＲにより実現し得る。定量リアルタイムＰＣＲの方法は当技術分野において周知である。
リアルタイムＰＣＲに先立ち、単離されたＲＮＡを逆転写酵素（ＲＴ）反応に供する。これにより相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）が生成され、これが、次にリアルタイムＰＣＲ増幅用の基質として使用される。ＲＴ反応及びリアルタイムＰＣＲ反応を同じ試料ウェルにて順次実施する。ＲＴ試薬及びリアルタイムＰＣＲ試薬はＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手し得る。ＲＴリアルタイムＰＣＲ反応は、当業者に公知の方法で行われる。
リアルタイムＰＣＲにより得られた遺伝子（またはＲＮＡ）標的量は、発現が一定である遺伝子、例えばシクロフィリンＡの発現レベルを用いて、またはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（Ｉｎｖｉｔｏｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用した全ＲＮＡの定量化により正規化される。シクロフィリンＡの発現は、リアルタイムＰＣＲにより、標的と同時に、多重化して、または別々に実施することによって定量される。全ＲＮＡは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ ＲＮＡ定量試薬（Ｉｎｖｅｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を使って定量される。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮでＲＮＡを定量する方法は、Ｊｏｎｅｓ，Ｌ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ，（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９８，２６５，３６８−３７４）中のＳＯＤ−１ｇｈｔである。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ蛍光の測定には、ＣＹＴＯＦＬＵＯＲ４０００装置（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）が使用される。
プローブ及びプライマーはＳＯＤ−１核酸にハイブリダイズするように設計される。リアルタイムＰＣＲ用のプローブ及びプライマーを設計する方法は当技術分野で周知であり、ＰＲＩＭＥＲ ＥＸＰＲＥＳＳ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）などのソフトウェアの使用が含まれ得る。
タンパク質レベルの分析
ＳＯＤ−１核酸のアンチセンス阻害は、ＳＯＤ−１タンパク質レベルを測定することにより評価することができる。ＳＯＤ−１のタンパク質レベルは、当技術分野で周知のさまざまな手法、例えば免疫沈降法、ウエスタンブロット分析（免疫ブロット法）、酵素免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、定量的タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えばカスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学、免疫細胞化学、または蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）などで評価し、または定量することが可能である。標的に対する抗体は、抗体のＭＳＲＳカタログ（Ａｅｒｉｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ、ＭＩ）などのさまざまな供給源により同定及び入手可能であり、または、当技術分野で周知である従来のモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体生成方法により調製することができる。ある特定の実施形態において、本明細書の化合物は、タンパク質レベルの低減に改良をもたらす。
アンチセンス化合物の生体内試験
アンチセンス化合物、例えば、修飾オリゴヌクレオチドがＳＯＤ−１の発現を阻害し、運動機能の改善などの表現型変化を生じさせる能力を評価するため、これらの化合物を動物で試験する。ある特定の実施形態において、運動機能は、動物における歩行開始動作の分析、ロータロッド、握力、棒のぼり、オープンフィールド行動、平均台、後肢フットプリント試験によって測定される。試験は、正常動物で、または実験用疾患モデルで実施され得る。動物への投与用に、オリゴヌクレオチドを、リン酸緩衝生理食塩水などの薬理学的に許容される希釈剤に配合する。投与としては、腹腔内投与、静脈内投与、及び皮下投与などの非経口投与経路が挙げられる。オリゴヌクレオチドの投薬量及び投与頻度は、例えば限定するわけではないが、投与経路及び動物の体重などといった複数の因子に依存する。オリゴヌクレオチドを用いた処置期間後、ＲＮＡをＣＮＳ組織またはＣＳＦから単離して、ＳＯＤ−１核酸発現の変化を測定する。
ある特定の適応
ある特定の実施形態では、本明細書に記載する１つ以上の医薬組成物を投与することを含む、個体を処置する方法、化合物、及び組成物を、ここに提供する。ある特定の実施形態において、前記個体は神経変性疾患を有する。ある特定の実施形態において、前記個体には、限定するわけではないが筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む、神経変性疾患を発症するリスクがある。ある特定の実施形態において、前記個体は、ＳＯＤ−１関連疾患を有すると特定されている。ある特定の実施形態では、ある個体におけるＳＯＤ−１発現を予防的に低減する方法を、ここに提供する。ある特定の実施形態は、治療有効量の、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物を、個体に投与することによって、処置を必要とする個体を処置することを含む。
一実施形態において、治療有効量の、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物の投与は、アンチセンス化合物の投与に対する個体の応答を決定するために、個体におけるＳＯＤ−１レベルをモニタリングすることをともなう。医師はアンチセンス化合物の投与に対する個体の応答を使って、治療的介入の量及び継続時間を決定することができる。
ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物の投与は、ＳＯＤ−１発現の少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％の低減、またはこれらの値のいずれか２つによって画定される範囲の低減をもたらす。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１核酸を標的とするアンチセンス化合物の投与は、動物における運動機能の改善をもたらす。ある特定の実施形態において、ＳＯＤ−１アンチセンス化合物の投与は、運動機能を、少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％、またはこれらの値のいずれか２つによって画定される範囲で改善する。
ある特定の実施形態では、ＳＯＤ−１を標的とするアンチセンス化合物を含む医薬組成物が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含む神経変性疾患を患っているまたはそのような神経変性疾患に罹りやすい患者を処置するための医薬品の調製に使用される。
ある特定の比較用組成物
ヒトＳＯＤ−１を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、以前の刊行物に記載されている（参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ２００５／０４０１８０を参照されたい）。本明細書に記載する新しいアンチセンス化合物の選択スクリーニングでは、その全体を通して、前記刊行物に記載されているいくつかのオリゴヌクレオチド（ＩＳＩＳ３３３６１１、ＩＳＩＳ１４６１４４、ＩＳＩＳ１４６１４５、ＩＳＩＳ１５０４３７、ＩＳＩＳ１５０４４１、ＩＳＩＳ１５０４４３、ＩＳＩＳ１５０４４４、ＩＳＩＳ１５０４４５、ＩＳＩＳ１５０４４６、ＩＳＩＳ１５０４４７、ＩＳＩＳ１５０４４８、ＩＳＩＳ１５０４４９、ＩＳＩＳ１５０４５２、ＩＳＩＳ１５０４５４、ＩＳＩＳ１５０４５８、ＩＳＩＳ１５０４６０、ＩＳＩＳ１５０４６２〜１５０４６７、ＩＳＩＳ１５０４７０、ＩＳＩＳ１５０４７２、ＩＳＩＳ１５０４７４、ＩＳＩＳ１５０４７５、ＩＳＩＳ１５０４７６、ＩＳＩＳ１５０４７９〜１５０４８３、ＩＳＩＳ１５０４８８、ＩＳＩＳ１５０４８９、ＩＳＩＳ１５０４９０、ＩＳＩＳ１５０４９１〜１５０４９３、ＩＳＩＳ１５０４９５〜１５０４９８、ＩＳＩＳ１５０５１１、ＩＳＩＳ３３３６０５、ＩＳＩＳ３３３６０６、ＩＳＩＳ３３３６０９〜３３３６１７、ＩＳＩＳ３３３６１９、ＩＳＩＳ３３３６２０〜３３３６３６、ＩＳＩＳ３３３６３８、及びＩＳＩＳ３３３６４０）を、比較用化合物として使用した。
ある特定の実施形態では、（５’から３’に向かって）ＣＣＧＴＣＧＣＣＣＴＴＣＡＧＣＡＣＧＣＡ（配列番号２１として本明細書に組み込まれる）という配列を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーであって、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、かつ（５’から３’に向かって）ヌクレオシド１〜５及びヌクレオシド１６〜２０のそれぞれが２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含むＩＳＩＳ３３３６１１を、比較用化合物として使用した。ＩＳＩＳ３３３６１１は、ＷＯ２００５／０４０１８０に記載されているとおり、さまざまな研究において高レベルの用量依存的阻害を呈するので、これを比較用化合物として選択した。加えて、ＩＳＩＳ３３３６１１を使った第１相ヒト臨床試験が完了している。ＭＩＬＬＥＲ ｅｔ ａｌ．「Ａｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｇａｉｎｓｔ ＳＯＤ１ ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌｌｙ ｆｏｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＳＯＤ１ ｆａｍｉｌｉａｌ ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ： ａ ｐｈａｓｅ １，ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ，ｆｉｒｓｔ−ｉｎ−ｍａｎ ｓｔｕｄｙ」Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ．（２０１３）１２（５）：４３５−４４２を参照されたい。したがってＩＳＩＳ３３３６１１は効力が高くかつ強力な化合物であり、安全性プロファイルも許容できる（ヒト患者で試験されたほどである）とみなされた。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載する化合物は、ＷＯ ２００５／０４０１８０に記載のアンチセンス化合物と比較して１つ以上の改良された特性による恩恵を受ける。それら改良された特性のいくつかは、ここに提供する実施例で実証する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載する化合物の方が、さまざまな生体外及び生体内試験において、ＩＳＩＳ３３３６１１を含む本明細書に記載の比較用化合物よりも効力が高く、強力であり、かつ／または忍容性が高い。ある特定の実施形態では、ＩＳＩＳ６６６８５３、ＩＳＩＳ６６６８５９、ＩＳＩＳ６６６９１９、ＩＳＩＳ６６６９２１、ＩＳＩＳ６６６９２２、ＩＳＩＳ６６６８６９、ＩＳＩＳ６６６８７０、及びＩＳＩＳ６６６８６７の方が、さまざまな生体外及び生体内試験において、ＩＳＩＳ３３３６１１を含む本明細書に記載の比較用化合物よりも、効力が高く、かつ／または強力である。ある特定の実施形態では、ＩＳＩＳ６６６８５３、ＩＳＩＳ６６６８５９、ＩＳＩＳ６６６９１９、ＩＳＩＳ６６６９２１、ＩＳＩＳ６６６９２２、ＩＳＩＳ６６６８６９、ＩＳＩＳ６６６８７０、及びＩＳＩＳ６６６８６７の方が、動物での１つ以上の忍容性アッセイにおいて、ＩＳＩＳ３３３６１１を含む本明細書に記載の比較用化合物よりも忍容性が高い。これは、３３３６１１がヒト臨床試験に進めるほど十分に高い忍容性を持つにもかかわらず、そうである。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載する特定の化合物は、ヒト細胞で試験した場合に、例えばＨｅｐＧ２ Ａ４３１またはＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞株で試験した場合に、生体外ＩＣ５０が２μＭ未満、１．９μＭ未満、１．８μＭ未満、１．７μＭ未満、１．６μＭ未満、１．５μＭ未満、１．４μＭ未満、１．３μＭ未満、１．２μＭ未満、１．１μＭ未満、１μＭ未満、０．９μＭ未満、０．８μＭ未満、０．７μＭ未満、０．６μＭ未満、または ０．５μＭ未満、０．４μＭ未満、０．３μＭ未満、０．２μＭ未満、０．１μＭ未満であるため、比較用化合物よりも効力が高い（例えば実施例６〜１１参照）。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載するある特定の化合物は、生体内でのＳＯＤ−１発現を阻害するその能力ゆえに、比較用化合物より効力が高い。ある特定の実施形態において、それらの化合物は、例えばトランスジェニック動物モデルにおいて、腰髄及び頸髄中のＳＯＤ−１を、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％または少なくとも９５％阻害する。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載するある特定の化合物は、ラット、マウス、及び／またはサルにおける低減したミクログリアマーカーレベル（例えばＩＢＡ１）、低減したアストロサイトマーカーレベル（例えばＧＦＡＰ）、及び／またはＦＯＢスコアからすると、比較用化合物より忍容性が高い。例えば実施例１４、１５、１８、及び１９を参照されたい。
ＩＳＩＳ６６６８５３
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６８５３では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において８１％の阻害が、また頸髄において７４％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１４（下記）で述べるように、スプレーグ・ドーリーラットにおいて、３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後に、ＩＳＩＳ６６６８５３では、０のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１が達成したＦＯＢスコアは４であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６８５３処置ラットでは、ＩＳＩＳ３３３６１１処置ラットと比較して低減した。
例えば実施例１５（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または３０００μｇのオリゴヌクレオチドで髄腔内処置した場合、ＩＳＩＳ６６６８５３では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットの腰部組織及び頸部組織において（それぞれ）８１．３及び２４２．６のＥＤ５０が達成された。ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したトランスジェニックラットでは、試験した最高濃度（３０００μｇ）でも５５〜６５％を上回るヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害が得られなかったので、腰部組織及び頸部組織におけるＥＤ５０を算出することができなかった。
例えば実施例１６（下記）で述べるように、ＩＳＩＳ６６６８５３では、１ｍｇ及び３ｍｇの用量で、（それぞれ）０．０及び０．５の３時間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）３．０及び４．９であった。１ｍｇ及び３ｍｇの用量で、ＩＳＩＳ６６６８５３では、（それぞれ）０．０及び０．０の８週間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）０．０及び１．２であった。
例えば実施例１７（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または７００μｇのオリゴヌクレオチドの脳室内ボーラスで処置した場合、ＳＯＤ−１トランスジェニックマウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８５３では、腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）１３６及び１８８のＥＤ５０が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＥＤ５０は腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）４０１及び７８６であった。
例えば実施例１８（下記）で述べるように、７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後のＣ５７ｂｌ６マウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８５３では１．２５のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは６．５であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６８５３で処置したマウスでは、ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したマウスと比較して低減していた。
ＩＳＩＳ６６６８５９
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６８５９では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において７９％の阻害が、また頸髄において６４％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１４（下記）で述べるように、スプレーグ・ドーリーラットにおいて、３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後に、ＩＳＩＳ６６６８５９では、１のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１が達成したＦＯＢスコアは４であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６８５９処置ラットでは、ＩＳＩＳ３３３６１１処置ラットと比較して低減した。
例えば実施例１５（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または３０００μｇのオリゴヌクレオチドで髄腔内処置した場合、ＩＳＩＳ６６６８５９では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットの腰部組織及び頸部組織において（それぞれ）７４．０及び３５８．８のＥＤ５０が達成された。ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したトランスジェニックラットでは、試験した最高濃度（３０００μｇ）でも５５〜６５％を上回るヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害が得られなかったので、腰部組織及び頸部組織におけるＥＤ５０を算出することができなかった。
例えば実施例１６（下記）で述べるように、ＩＳＩＳ６６６８５９では、１ｍｇ及び３ｍｇの用量で、（それぞれ）０．０及び２．１の３時間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）３．０及び４．９であった。１ｍｇ及び３ｍｇの用量で、ＩＳＩＳ６６６８５９では、（それぞれ）０．０及び０．３の８週間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）０．０及び１．２であった。
例えば実施例１７（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または７００μｇのオリゴヌクレオチドの脳室内ボーラスで処置した場合、ＳＯＤ−１トランスジェニックマウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８５９では、腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）１０６及び２０６のＥＤ５０が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＥＤ５０は腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）４０１及び７８６であった。
例えば実施例１８（下記）で述べるように、７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後のＣ５７ｂｌ６マウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８５９では１．７５のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは６．５であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６８５９で処置したマウスでは、ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したマウスと比較して低減していた。
ＩＳＩＳ６６６９１９
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６９１９では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において７６％の阻害が、また頸髄において６８％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１４（下記）で述べるように、スプレーグ・ドーリーラットにおいて、３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後に、ＩＳＩＳ６６６９１９では、２のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１が達成したＦＯＢスコアは４であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６９１９処置ラットでは、ＩＳＩＳ３３３６１１処置ラットと比較して低減した。
例えば実施例１５（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または３０００μｇのオリゴヌクレオチドで髄腔内処置した場合、ＩＳＩＳ６６６９１９では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットの腰部組織及び頸部組織において（それぞれ）１０４．１及び６１３．５のＥＤ５０が達成された。ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したトランスジェニックラットでは、試験した最高濃度（３０００μｇ）でも５５〜６５％を上回るヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害が得られなかったので、腰部組織及び頸部組織におけるＥＤ５０を算出することができなかった。
例えば実施例１６（下記）で述べるように、ＩＳＩＳ６６６９１９では、１ｍｇ及び３ｍｇの用量で（それぞれ）１．３及び３．５の３時間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）３．０及び４．９であった。１ｍｇ及び３ｍｇの用量で、ＩＳＩＳ６６６９１９では、（それぞれ）０．０及び０．１の８週間ＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは（それぞれ）０．０及び１．２であった。
例えば実施例１７（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または７００μｇのオリゴヌクレオチドの脳室内ボーラスで処置した場合、ＳＯＤ−１トランスジェニックマウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６９１９では、腰部組織において１６８のＥＤ５０が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された腰部組織におけるＥＤ５０は４０１であった。
例えば実施例１８（下記）で述べるように、７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後のＣ５７ｂｌ６マウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６９１９では０．０のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは６．５であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６９１９で処置したマウスでは、ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したマウスと比較して低減していた。
ＩＳＩＳ６６６９２１
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６２１では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において７１％の阻害が、また頸髄において６５％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１４（下記）で述べるように、スプレーグ・ドーリーラットにおいて、３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後に、ＩＳＩＳ６６６９２１では、２のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１が達成したＦＯＢスコアは４であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６９１９処置ラットでは、ＩＳＩＳ３３３６１１処置ラットと比較して低減した。
ＩＳＩＳ６６６９２２
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６９２２では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において６７％の阻害が、また頸髄において６２％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１４（下記）で述べるように、スプレーグ・ドーリーラットにおいて、３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後に、ＩＳＩＳ６６６９２２では、３のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１が達成したＦＯＢスコアは４であった。ミクログリアマーカー（ＩＢＡ１）レベル及びアストロサイトマーカー（ＧＦＡＰ）レベルも、ＩＳＩＳ６６６９１９処置ラットでは、ＩＳＩＳ３３３６１１処置ラットと比較して低減した。
ＩＳＩＳ６６６８６９
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６８６９は、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において８２％の阻害が、また頸髄において８１％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
ＩＳＩＳ６６６８７０
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６８７０では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において７６％の阻害が、また頸髄において６８％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
例えば実施例１５（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または３０００μｇのオリゴヌクレオチドで髄腔内処置した場合、ＩＳＩＳ６６６８７０では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットの腰部組織及び頸部組織において（それぞれ）１３９．４及び１１１１のＥＤ５０が達成された。ＩＳＩＳ３３３６１１で処置したトランスジェニックラットでは、試験した最高濃度（３０００μｇ）でも５５〜６５％を上回るヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害が得られなかったので、腰部組織及び頸部組織におけるＥＤ５０を算出することができなかった。
例えば実施例１７（下記）で述べるように、１０、３０、１００、３００、または７００μｇのオリゴヌクレオチドの脳室内ボーラスで処置した場合、ＳＯＤ−１トランスジェニックマウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８７０では、腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）１４８及び４０９のＥＤ５０が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＥＤ５０は、腰部組織及び皮質組織において（それぞれ）４０１及び７８６であった。
例えば実施例１８（下記）で述べるように、７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後のＣ５７ｂｌ６マウスにおいて、ＩＳＩＳ６６６８７０では４．７５のＦＯＢスコアが達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成されたＦＯＢスコアは６．５であった。
ＩＳＩＳ６６６８６７
例えば実施例１２（下記）で述べるように、ＰＢＳに希釈した１６．６７ｍｇ／ｍｌのオリゴヌクレオチド溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）を投与した場合、ＩＳＩＳ６６６８６７では、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデルの腰髄において５９％の阻害が、また頸髄において４８％の阻害が達成されたのに対し、ＩＳＩＳ３３３６１１で達成された阻害は、腰髄において５１％、頸髄において４７％であった。
ある特定の組成物
１．ＩＳＩＳ６６６８５３
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５３は、（５’から３’に向かって）ＣＡＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＡＧＣＴの配列（配列番号７２５として本明細書に組み込まれる）を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１〜５及びヌクレオシド１６〜２０のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド６〜１５のそれぞれは２’−デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、４〜５、１６〜１７、及び１８〜１９間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、３〜４、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１４〜１５、１５〜１６、１７〜１８、及び１９〜２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５３は以下の化学表記によって記述される：
ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５３は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
２．ＩＳＩＳ６６６８５９
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５９は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＴＴＡＡＴＧＴＴＴＡＴＣＡＧＧＡＴ（配列番号１３５１として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１〜４及びヌクレオシド１５〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボースヌクレオシドであり、ヌクレオシド１３及び１４のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５９は以下の化学表記によって記述される：
Ｔｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｋｏ Ｇｋｏ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８５９は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
３．ＩＳＩＳ６６６９１９
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９１９は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＡＧＣ（配列番号１３４２として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１〜４及びヌクレオシド１６〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド１４及び１５のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１３のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、４〜５、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９１９は以下の化学表記によって記述される：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９１９は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
４．ＩＳＩＳ６６６９２１
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２１は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＡＧＣ（配列番号１３４２として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１〜５及びヌクレオシド１６〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド１４〜１５のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド６〜１３のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、４〜５、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２１は以下の化学表記によって記述される：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２１は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
５．ＩＳＩＳ６６６９２２
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２２は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＡＧＣ（配列番号１３４２として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１〜４及びヌクレオシド１５〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５及び１４のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド６〜１３のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、４〜５、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２２は以下の化学表記によって記述される：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６９２２は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
６．ＩＳＩＳ６６６８６９
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６９は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＡＧＴＧＴＴＴＡＡＴＧＴＴＴＡＴＣ（配列番号１１７３として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１、３、１４、及び１６〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド２、４、１３、及び１５のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６９は以下の化学表記によって記述される：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｋｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６９は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
７．ＩＳＩＳ６６６８７０
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８７０は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＡＧＴＧＴＴＴＡＡＴＧＴＴＴＡＴＣ（配列番号１１７３として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１、３、１３〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド２及び４のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８７０は以下の化学表記によって記述される：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８７０は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
８．ＩＳＩＳ６６６８６７
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６７は、１７個のヌクレオシドからなる核酸塩基配列（５’から３’に向かって）ＡＧＴＧＴＴＴＡＡＴＧＴＴＴＡＴＣ（配列番号１１７３として本明細書に組み込まれる）を有する修飾オリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド１〜２及びヌクレオシド１３〜１７のそれぞれは２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド３及び４のそれぞれはｃＥｔ修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２のそれぞれは２’−デオキシリボヌクレオシドであり、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、及び１４〜１５間のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１５〜１６、及び１６〜１７間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、かつ各シトシンは５’−メチルシトシンであると特徴づけられる。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６７は以下の化学表記によって記述される：
Ａｅｓ Ｇｅｏ Ｔｋｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ；
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合。
ある特定の実施形態において、ＩＳＩＳ６６６８６７は以下の化学構造によって記述される：
Figure 0006622214
非限定的開示及び参照による組込み
本明細書に記載するある特定の化合物、組成物、及び方法を、ある特定の実施形態に従って具体的に説明したが、以下の実施例には本明細書に記載する化合物を例示する役割しかなく、以下の実施例は本明細書に記載する化合物を限定しようとするものではない。本願において言及する参考文献はそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
実施例１：ＭＯＥギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒト可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）の阻害
可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡに対するそれらの効果を生体外で試験した。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示されたＩＳＩＳ１４６１４４、ＩＳＩＳ１４６１４５、ＩＳＩＳ１５０４３７、ＩＳＩＳ１５０４４１、ＩＳＩＳ１５０４４３、ＩＳＩＳ１５０４４４、ＩＳＩＳ１５０４４５、ＩＳＩＳ１５０４４６、ＩＳＩＳ１５０４４７、ＩＳＩＳ１５０４４８、ＩＳＩＳ１５０４４９、ＩＳＩＳ１５０４５２、ＩＳＩＳ１５０４５４、ＩＳＩＳ１５０４５８、ＩＳＩＳ１５０４６０、ＩＳＩＳ１５０４６２〜１５０４６７、ＩＳＩＳ１５０４７０、ＩＳＩＳ１５０４７２、ＩＳＩＳ１５０４７４、ＩＳＩＳ１５０４７５、ＩＳＩＳ１５０４７６、ＩＳＩＳ１５０４７９〜１５０４８３、ＩＳＩＳ１５０４８８、ＩＳＩＳ１５０４８９、ＩＳＩＳ１５０４９０、ＩＳＩＳ１５０４９１〜１５０４９３、ＩＳＩＳ１５０４９５〜１５０４９８、ＩＳＩＳ１５０５１１、ＩＳＩＳ３３３６０５、ＩＳＩＳ３３３６０６、ＩＳＩＳ３３３６０９〜３３３６１７、ＩＳＩＳ３３３６１９、ＩＳＩＳ３３３６２０〜３３３６３６、ＩＳＩＳ３３３６３８、及びＩＳＩＳ３３３６４０も、このアッセイに含めた。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示されているＩＳＩＳ３３３６１１も、基準または比較用オリゴヌクレオチドとして選定した。ＩＳＩＳ３３３６１１は、最近、ヒト臨床試験で試験された。ＭＩＬＬＥＲ ｅｔ ａｌ．「Ａｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｇａｉｎｓｔ ＳＯＤ１ ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌｌｙ ｆｏｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＳＯＤ１ ｆａｍｉｌｉａｌ ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ： ａ ｐｈａｓｅ １，ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ，ｆｉｒｓｔ−ｉｎ−ｍａｎ ｓｔｕｄｙ」Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ．（２０１３）１２（５）：４３５−４４２を参照されたい。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度の培養ＨｅｐＧ２細胞に、電気穿孔法を使って、７，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクションを行った。約２４時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８（フォワード配列ＣＴＣＴＣＡＧＧＡＧＡＣＣＡＴＴＧＣＡＴＣＡ、本明細書では配列番号１１と呼ぶ；リバース配列ＴＣＣＴＧＴＣＴＴＴＧＴＡＣＴＴＴＣＴＴＣＡＴＴＴＣＣ；本明細書では配列番号１２と呼ぶ；プローブ配列ＣＣＧＣＡＣＡＣＴＧＧＴＧＧＴＣＣＡＴＧＡＡＡＡ、本明細書では配列番号１３と呼ぶ）を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコンとオーバーラップしている場合は、代替プライマープローブセットＨＴＳ９０（フォワード配列ＣＧＴＧＧＣＣＴＡＧＣＧＡＧＴＴＡＴＧＧ、本明細書では配列番号１４と呼ぶ；リバース配列ＧＡＡＡＴＴＧＡＴＧＡＴＧＣＣＣＴＧＣＡ；本明細書では配列番号１５と呼ぶ；プローブ配列ＡＣＧＡＡＧＧＣＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＣＴＧＸ、本明細書では配列番号１６と呼ぶ）を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。「ｎ．ｄ．」は、阻害レベルが当該プライマープローブセットを使って測定されなかったことを示す。
以下の表における新設計修飾オリゴヌクレオチドは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計された。これらの５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。各ギャップマーの全体にわたってヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。各ギャップマーの全体にわたってシトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。「ｎ／ａ」は、その修飾オリゴヌクレオチドが当該遺伝子配列を１００％の相補性では標的としていないことを示している。
Figure 0006622214
Figure 0006622214
Figure 0006622214
Figure 0006622214
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Figure 0006622214
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Figure 0006622214
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実施例２：ＭＯＥギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＳＯＤ−１の阻害
可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡに対するそれらの効果を生体外で試験した。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示されたＩＳＩＳ１４６１４３、ＩＳＩＳ１５０４３８〜１５０４４０、ＩＳＩＳ１５０４４２、ＩＳＩＳ１５０４５０、ＩＳＩＳ１５０４５５〜１５０４５７、ＩＳＩＳ１５０４５９、ＩＳＩＳ１５０４６１、ＩＳＩＳ１５０４６９、ＩＳＩＳ１５０４７３、ＩＳＩＳ１５０４７８、ＩＳＩＳ１５０４８４、ＩＳＩＳ１５０４８６、ＩＳＩＳ１５０４９４、ＩＳＩＳ１５０５０８〜１５０５１０、ＩＳＩＳ３３３６０７、ＩＳＩＳ３３３６０８、ＩＳＩＳ３３３６１１、ＩＳＩＳ３３３６１８も、このアッセイに含めた。類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度の培養ＨｅｐＧ２細胞に、電気穿孔法を使って、５，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクションを行った。約２４時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコンとオーバーラップしている場合は、代替プライマープローブセットＨＴＳ９０を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。「ｎ．ｄ．」は、阻害レベルが当該プライマープローブセットを使って測定されなかったことを示す。
以下の表における新設計修飾オリゴヌクレオチドは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計された。これらの５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。各ギャップマーの全体にわたって、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。「ｎ／ａ」は、その修飾オリゴヌクレオチドが当該遺伝子配列を１００％の相補性では標的としていないことを示している。
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実施例３：デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＳＯＤ−１の阻害
可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡに対するそれらの効果を生体外で試験した。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に記載されたＩＳＩＳ３３３６１１を基準として含めた。上記実施例１に記載した５−１０−５ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ５９００６７、ＩＳＩＳ５９００７４、ＩＳＩＳ５９００８２、ＩＳＩＳ５９０１３０、ＩＳＩＳ５９０１３８、及びＩＳＩＳ５９０１４６も、このアッセイに含めた。ＩＳＩＳ３３３６１１と類似する配列を有するが、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔ糖修飾を持つＩＳＩＳ５９０５１２も、この試験に含めた。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度の培養ＨｅｐＧ２細胞に、電気穿孔法を使って、３，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクションを行った。約２４時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。「ｎ．ｄ．」は、阻害レベルが測定されなかったことを示す。
以下の表における新設計修飾オリゴヌクレオチドは、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔギャップマーとして設計された。これらのギャップマーは、各ヌクレオシドがＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する１７ヌクレオシド長である。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄に示すように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体にわたって、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。「ｎ／ａ」は、その修飾オリゴヌクレオチドが当該遺伝子配列を１００％の相補性では標的としていないことを示している。
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実施例４：デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＳＯＤ−１の阻害
可溶性スーパーオキシドジスムターゼ１（ＳＯＤ−１）核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡに対するそれらの効果を生体外で試験した。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に記載された５−１０−５ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ３３３６１１を基準として含めた。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度の培養ＨｅｐＧ２細胞に、電気穿孔法を使って、４，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクションを行った。約２４時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。「ｎ．ｄ．」は、阻害レベルが測定されなかったことを示す。
以下の表における新設計修飾オリゴヌクレオチドは、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔギャップマーまたは５−１０−５ギャップマーとして設計された。これらの５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。前記デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔ オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシドがＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する１７ヌクレオシド長である。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄に示すように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体にわたって、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。「ｎ／ａ」は、その修飾オリゴヌクレオチドが当該遺伝子配列を１００％の相補性では標的としていないことを示している。
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実施例５：デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＳＯＤ−１の阻害
ＳＯＤ−１核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡに対するそれらの効果を生体外で試験した。以前にＷＯ２００５／０４０１８０に記載された５−１０−５ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ３３３６１１を基準として含めた。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度の培養ＨｅｐＧ２細胞に、電気穿孔法を使って、５，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドでトランスフェクションを行った。約２４時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。「ｎ．ｄ．」は、阻害レベルが測定されなかったことを示す。
以下の表における新設計修飾オリゴヌクレオチドは、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔギャップマーとして設計された。これらのギャップマーは、各ヌクレオシドがＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する１７ヌクレオシド長である。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄に示すように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体にわたって、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。「ｎ／ａ」は、その修飾オリゴヌクレオチドが当該遺伝子配列を１００％の相補性では標的としていないことを示している。
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実施例６：ＨｅｐＧ２細胞における修飾オリゴヌクレオチドによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上記の研究からＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの有意な生体外阻害を呈するギャップマーを選択し、ＨｅｐＧ２細胞においてさまざまな用量で試験した。基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１と、以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示された、ＩＳＩＳ１４６１４４、１４６１４５、１５０４４５、１５０４４６、１５０４４７、１５０４５４、１５０４６３、１５０４６５、３３３６０６、３３３６０９、及び３３３６１１を含む他の化合物も試験した。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、下記の表に指定するように０．８１３μＭ、１．６２５μＭ、３．２５０μＭ、６．５００μＭ、及び１３．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度でトランスフェクションを行った。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。修飾オリゴヌクレオチド処理細胞ではＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に低減した。
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実施例７：ＨｅｐＧ２細胞における修飾オリゴヌクレオチドによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上記の研究からＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの有意な生体外阻害を呈するギャップマーを選択し、ＨｅｐＧ２細胞においてさまざまな用量で試験した。基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１とＩＳＩＳ３３３６２５（これらは、どちらも以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示されている）も試験した。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、下記の表に指定するように０．１４８μＭ、０．４４４μＭ、１．３３０μＭ、４．０００μＭ、及び１２．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度でトランスフェクションを行った。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８またはＨＴＳ９０を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。修飾オリゴヌクレオチド処理細胞ではＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に低減した。
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実施例８：ＨｅｐＧ２細胞における修飾オリゴヌクレオチドによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上記の研究からＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの有意な生体外阻害を呈するギャップマーを選択し、ＨｅｐＧ２細胞においてさまざまな用量で試験した。基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１、及び以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示された、ＩＳＩＳ１４６１４３、１５０４４２、１９５７５３、３３３６０７、及び３３３６０８を含む追加化合物も試験した。
類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、下記の表に指定するように０．１８７５μＭ、０．７５００μＭ、３．００００μＭ、及び１２．００００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度でトランスフェクションを行った。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。修飾オリゴヌクレオチド処理細胞ではＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に低減した。
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実施例９：混成バックボーン化学を持つギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上述の研究において開示したオリゴヌクレオチドの配列に基づいて、さらなるギャップマーを設計した。これらのオリゴヌクレオチドは５−１０−５ＭＯＥ、５−８−５ＭＯＥ、ならびにデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計された。５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５−８−５ＭＯＥギャップマーは１８ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは８個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドは１６ヌクレオシド長または１７ヌクレオシド長であり、各ヌクレオシドはＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄のように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体を通してヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合またはホスホロチオエート結合のいずれかである。各オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は「バックボーン化学」欄に表され、ここでは「ｏ」がホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオエート結合を表す。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。
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新たに設計したオリゴヌクレオチドをＨｅｐＧ２細胞においてさまざまな用量で試験した。類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、以下の表に指定するように０．２２２μＭ、０．６６７μＭ、２．０００μＭ、及び６．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度でトランスフェクションを行った。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。修飾オリゴヌクレオチド処理細胞ではＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に低減した。
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実施例１０：混成バックボーン化学を持つギャップマーによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上述の研究において開示したオリゴヌクレオチドの配列に基づいて、さらなるギャップマーを設計した。これらのオリゴヌクレオチドはデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計した。これらのデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドは１６ヌクレオシド長または１７ヌクレオシド長であって、各ヌクレオシドはＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄のように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体を通してヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合またはホスホロチオエート結合のいずれかである。各オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は「バックボーン化学」欄に表され、ここでは「ｏ」がホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオエート結合を示す。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。
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Figure 0006622214
新たに設計したオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞においてさまざまな用量で試験した。類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり５，０００細胞の密度で細胞をプレーティングし、以下の表に指定するように０．１２μＭ、０．６０μＭ、３．００μＭ、及び１５．００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度で修飾オリゴヌクレオチドを培地に加えて、細胞に自然取り込みさせた。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
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実施例１１：混成バックボーン化学を持つギャップマーによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上述の研究において開示したオリゴヌクレオチドの配列に基づいて、さらなるギャップマーを設計した。これらのオリゴヌクレオチドは５−１０−５ＭＯＥギャップマー、４−８−５ＭＯＥギャップマー、５−８−５ＭＯＥギャップマー、５−８−７ＭＯＥギャップマー、６−８−６ＭＯＥギャップマー、６−９−５ＭＯＥギャップマー、またはデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計された。
５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。４−８−５ＭＯＥギャップマーは１７ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは８個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ４個及び５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５−８−５ＭＯＥギャップマーは１８ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは８個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５−８−７ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは８個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５個及び７個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。６−８−６ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは８個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ６個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。６−９−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは９個の２’−デオキシヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ６個及び５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。
デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドは１７ヌクレオシド長であり、各ヌクレオシドはＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を含む。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄のように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。
各ギャップマーの全体を通して、ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合またはホスホロチオエート結合のどちらかである。各オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は「バックボーン化学」欄に示され、ここでは「ｏ」がホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオエート結合を示す。各ギャップマーの全体にわたって、シトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的としている。
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新たに設計したオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞においてさまざまな用量で試験した。類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。１ウェルあたり５，０００細胞の密度で細胞をプレーティングし、以下の表に指定するように０．０６２μＭ、０．１８５μＭ、０．５５６μＭ、１．６６７μＭ、５．０００μＭ、及び１５．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度で修飾オリゴヌクレオチドを培地に加え、細胞に自然取り込みさせた。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
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新たに設計したオリゴヌクレオチドをＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞でもさまざまな用量で試験した。類似する培養条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、以下の表に指定するように０．０６２μＭ、０．１８５μＭ、０．５５６μＭ、１．６６７μＭ、５．０００μＭ、及び１５．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度で修飾オリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして示す。
Figure 0006622214
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実施例１２：トランスジェニックラットモデルにおけるヒトＳＯＤ−１の阻害
上述の研究からのギャップマーを、以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示された基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデル（Ｔａｃｏｎｉｃ，カタログ番号２１４８−Ｆ及び２１４８−Ｍ）において試験した。これらのヘミ接合ラットは脊髄において変異型ヒトＳＯＤ−１を発現する。
上述の研究において開示したオリゴヌクレオチドの配列に基づいて、さらなるギャップマーを設計した。これらのオリゴヌクレオチドは５−９−５ＭＯＥギャップマー、５−１０−５ＭＯＥギャップマーまたはデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計された。５−９−５ＭＯＥギャップマーは１９ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは９個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５−１０−５ＭＯＥギャップマーは２０ヌクレオシド長であり、中央のギャップセグメントは１０個の２’−デオキシリボヌクレオシドで構成されていて、それが、５’側及び３’側にあるそれぞれ５つのヌクレオシドを含むウイングセグメントに挟まれている。５’ウイングセグメント中の各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメント中の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥ修飾を有する。デオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドは１７ヌクレオシド長であり、各ヌクレオシドはＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシ部分を有する。各オリゴヌクレオチドの糖化学は「化学」欄のように表され、ここでは「ｋ」がｃＥｔ修飾糖を示し、「ｄ」が２’−デオキシリボースを示し、かつ「ｅ」が２’−ＭＯＥ修飾糖を示す。各ギャップマーの全体を通してヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合またはホスホロチオエート結合のどちらかである。各オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は「バックボーン化学」欄に表され、ここでは「ｏ」がホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオエート結合を示す。各オリゴヌクレオチドの全体を通してシトシン残基は全て５−メチルシトシンである。「開始部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」とは、ヒト遺伝子配列中で当該ギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列挙する各ギャップマーは、本明細書において配列番号１と呼ぶヒトＳＯＤ−１ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０００４５４．４）または本明細書において配列番号２と呼ぶヒトＳＯＤ−１ゲノム配列（ヌクレオチド１８６９３０００からヌクレオチド１８７０４０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０１１５１２．１０）のどちらかを標的とする。
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類似する条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。各実験の結果を以下に示す個別の表に掲載する。ＰＢＳに希釈した修飾オリゴヌクレオチドの１６．６７ｍｇ／ｍｌ溶液３０μＬ（最終用量５００μｇ）をラットに髄腔内注射した。対照ラット群にはＰＢＳを髄腔内注射した。腰髄、胸髄及び頸髄におけるＳＯＤ−１の阻害レベルを評価した。データを以下に提示する。このデータは、いくつかの修飾オリゴヌクレオチドがこのモデルにおいてヒトＳＯＤ−１レベルを阻害したことを示している。
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実施例１３：ＬＬＣ−ＭＫ２細胞における修飾オリゴヌクレオチドによるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上述の研究から、基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、ＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの有意な生体外阻害を呈したギャップマーを選択し、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞においてさまざまな用量で試験した。この研究で試験したヒト修飾オリゴヌクレオチドのアカゲザルゲノム配列（ヌクレオチド２２５８０００からヌクレオチド２２７１０００までが切断されたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＷ＿００１１１４１６８．１の相補鎖、本明細書では配列番号３と呼ぶ）との交差反応性を以下の表に示す。
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細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、電気穿孔法を使って、以下の表に指定するように０．０７８μＭ、０．１５６μＭ、０．３１３μＭ、０．６２５μＭ、１．２５μＭ、２．５０μＭ、５．００μＭ、及び１０．０００μＭの修飾オリゴヌクレオチド濃度でトランスフェクションを行った。約１６時間の処理期間後に、細胞からＲＮＡを単離し、定量リアルタイムＰＣＲによってＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを測定した。プライマープローブセットＲＴＳ３１２１（フォワード配列ＴＧＧＡＧＡＴＡＡＴＡＣＡＣＡＡＧＧＣＴＧＴＡＣＣＡ、本明細書では配列番号１７と呼ぶ；リバース配列ＣＡＡＣＡＴＧＣＣＴＣＴＣＴＴＣＡＴＣＣＴＴＴ、本明細書では配列番号１８と呼ぶ；プローブ配列ＡＴＣＣＴＣＴＡＴＣＣＡＧＡＣＡＡＣＡＣＧＧＴＧＧＧＣ、本明細書では配列番号１９と呼ぶ）を使ってｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される全ＲＮＡ含量に応じてＳＯＤ−１ ｍＲＮＡレベルを調節した。結果を無処理対照細胞と比較したＳＯＤ−１の阻害パーセントとして提示する。各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。表に提示するとおり、新たに設計されたオリゴヌクレオチドのいくつかは、基準ＩＳＩＳ３３６６１１より強力であった。
Figure 0006622214
実施例１４：ラットモデルにおけるＳＯＤ−１修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
上述の研究からのギャップマーを、以前にＷＯ２００５／０４０１８０に開示された基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、スプレーグ・ドーリーラットにおける忍容性について試験した。
類似する条件を有する一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。３ｍｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドをラットに単回、髄腔内注射した。対照ラット群にはＰＢＳを髄腔内注射した。急性忍容性は機能観察総合評価（ＦＯＢ）を使って投与の３時間後に評価した。化合物の急性忍容性の評価はこのスコアを使って行い、スコアが低いほど忍容性の高い化合物であることを表す。対照動物のスコアは通常「０」または「１」である。注射の３時間後に、各ラットをケージの上に載せ、一定の機能を評価することによって、ラットを観察した。この評価では、各機能について、ラットが関心領域において正常な機能を呈する（０）か否か（１）に応じて「０」または「１」の数字を割り当て、次に全てのスコアを加える。尾、後足、後脚、後端、前面姿勢、前足、及び頭部を含む７つの領域を評価する。スコア化の結果を以下の表に提示する。表に提示するように、新しく設計されたオリゴヌクレオチドのいくつかは、基準ＩＳＩＳ３３３６１１と比較して高い急性忍容性を示した。
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腰髄領域におけるミクログリアマーカーＩＢＡ１及びアストロサイトマーカーＧＦＡＰのレベルを測定することにより、投与の８週間後にも忍容性を評価した。ＩＢＡ１とＧＦＡＰはどちらもＣＮＳ炎症のマーカーであるから（Ｆｒａｎｋ，ＭＧ，Ｂｒａｉｎ Ｂｅｈａｖ．Ｉｍｍｕｎ．２００７，２１，４７−５９）、このラットモデルでは、どちらのマーカーもそのレベルが高いほど、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性は低いとみなされる。
ＩＢＡ１ ｍＲＮＡレベルはプライマープローブセットｒＡＩＦ１＿ＬＴＳ００２１９（フォワード配列ＡＧＧＡＧＡＡＡＡＡＣＡＡＡＧＡＡＣＡＣＣＡＧＡＡ、本明細書では配列番号５と呼ぶ；リバース配列ＣＡＡＴＴＡＧＧＧＣＡＡＣＴＣＡＧＡＡＡＴＡＧＣＴ、本明細書では配列番号６と呼ぶ；プローブ配列ＣＣＡＡＣＴＧＧＴＣＣＣＣＣＡＧＣＣＡＡＧＡ、本明細書では配列番号７と呼ぶ）で測定した。ＧＦＡＰ ｍＲＮＡレベルはプライマープローブセットｍＧＦＡＰ＿ＬＴＳ００３７０（フォワード配列ＧＡＡＡＣＣＡＧＣＣＴＧＧＡＣＡＣＣＡＡ、本明細書では配列番号８と呼ぶ；リバース配列ＴＣＣＡＣＡＧＴＣＴＴＴＡＣＣＡＣＧＡＴＧＴＴＣ、本明細書では配列番号９と呼ぶ；プローブ配列ＴＣＣＧＴＧＴＣＡＧＡＡＧＧＣＣＡＣＣＴＣＡＡＧＡ、本明細書では配列番号１０と呼ぶ）で測定した。
結果を以下の表に提示する。表に提示するように、新しく設計されたオリゴヌクレオチドのいくつかは、基準ＩＳＩＳ３３３６１１と比較して忍容性が高かった。
Figure 0006622214
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実施例１５：トランスジェニックラットモデルにおけるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
上述の研究からのギャップマーを、基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、ＳＯＤ−１トランスジェニックラットモデル（Ｔａｃｏｎｉｃ，カタログ番号２１４８−Ｆ及び２１４８−Ｍ）において試験した。これらのヘミ接合ラットは脊髄、多くの脳領域、及び末梢器官において変異型ヒトＳＯＤ−１を発現する。
１０、３０、１００、３００、１０００、または３０００μｇの、以下の表に列挙するギャップマー、またはＰＢＳのみを、ラットに髄腔内注射した。２週間後に動物を屠殺した。実施例１で述べたプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を用いるＲＴ−ＰＣＲによって、腰髄、頸髄、吻側皮質、及び尾側皮質におけるＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害を評価した。データをＥＤ５０値として以下に提示する。このデータは、これらのオリゴヌクレオチドが複数のＣＮＳ組織においてＩｓｉｓ３３３６１１より強力にＳＯＤ１ ｍＲＮＡを阻害したことを示している。事実、Ｉｓｉｓ番号３３３６１１のＥＤ５０値は、「ｎ／ａ」という記載事項によって示されるとおり、試験した最高濃度（３０００μｇ）でも５５〜６５％を上回るＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害を起こさなかったので算出さえできなかった。「ｎ．ｄ．」は、表示の試料についてはデータがないことを示している。
Figure 0006622214
実施例１６：ラットにおけるＳＯＤ−１修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
上述の研究からのギャップマーを、基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、スプレーグ・ドーリーラットにおける忍容性について試験した。４〜６匹のラット群に、１ｍｇまたは３ｍｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを単回、髄腔内注射した。対照ラット群にはＰＢＳを髄腔内注射した。急性忍容性は投与の３時間後に実施例１４で述べたように評価した。１ｍｇ用量に関する結果は、１回の実験後の各群についての平均である。３ｍｇ用量に関する結果は、２回の反復実験での各群についての平均である。以下の表に提示するこの研究の結果は、新しく設計されたオリゴヌクレオチドのいくつかの忍容性が基準ＩＳＩＳ３３３６１１より高いことを示している。
Figure 0006622214
実施例１７：トランスジェニックマウスモデルにおけるヒトＳＯＤ−１の用量依存的阻害
トランスジェニックラットで得られた結果を別の種で確認するために、トランスジェニックラット（実施例１２及び１５）が発現するものと同じＧ９３Ａヒト変異型ＳＯＤ１遺伝子を発現するＳＯＤ−１トランスジェニックマウスモデルにおいて、上述の研究からのギャップマーを試験した。
１０、３０、１００、３００、または７００μｇの、以下の表に列挙するギャップマー、またはＰＢＳの脳室内ボーラス（ＩＣＶＢ）を、マウスに与えた。２週間後に動物を屠殺した。腰髄及び皮質におけるＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害を、実施例１で述べたプライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使用して、ＲＴ−ＰＣＲによって評価した。データを以下にＥＤ５０値として提示する。このデータは、オリゴヌクレオチドがラットでもマウスでもＩｓｉｓ３３３６１１より強力にＳＯＤ１ ｍＲＮＡを阻害したことを示している。
Figure 0006622214
実施例１８：マウスにおけるＳＯＤ−１修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
上述の研究からのギャップマーを、基準化合物ＩＳＩＳ３３３６１１を含めて、Ｃ５７ｂｌ６マウスにおける忍容性について試験した。７００ｕｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドをマウスの脳室内に、単回、定位的に注射した。対照マウス群にはＰＢＳを脳室内に注射した。急性忍容性は、ラットに使用したものとは異なる機能観察総合評価（ＦＯＢ）を使って、注射の３時間後に評価した。各マウスを７つの異なる評価基準に従って評価した。この７つの評価基準は、（１）マウスは快活で、覚醒していて、敏感であった；（２）マウスは刺激なしで静止しているか背を丸めていた；（３）マウスは刺激なしで何らかの運動を示す；（４）マウスは持ち上げられた後に前進運動を示す；（５）マウスは持ち上げられた後に何らかの運動を示す；（６）マウスはテールピンチに応答する；（７）規則正しい呼吸、である。これら７つの異なる評価基準のそれぞれについて、マウスに、評価基準を満たせば０、満たさなければ１というサブスコアを与えた。これら７つの評価基準を評価した後、サブスコアを各マウスについて合計し、次に各群について平均した。例えばもし、あるマウスが７００μｇ ＩＣＶ投与の３時間後に快活で、覚醒していて、敏感であり、かつ他の全ての評価基準を満たしていたとすれば、その合計スコアは０になるだろう。もし、別のマウスが７００μｇ ＩＣＶ投与の３時間後に快活ではなく、覚醒しておらず、敏感でもなかったが、他の全ての評価基準を満たしていたとすれば、１というスコアが与えられるだろう。食塩水処置マウスは一般に０というスコアが与えられる。範囲の上端にあるスコアは急性毒性を示唆するものであるだろう。
この研究の全体を通して体重を測定した。その体重をベースラインに対する８週時点の変化パーセントとして以下に報告する。長期忍容性は、投与の８週間後に、実施例１４で述べたようにＩＢＡ１及びＧＦＡＰのレベルを測定することによって評価した。ＩＢＡ１及びＧＦＡＰのｍＲＮＡレベルを、ＰＢＳ処置動物との対比で報告する。以下に提示するこの研究の結果は、新しく設計されたオリゴヌクレオチドのいくつかは、ラット及びマウスにおける忍容性が、基準ＩＳＩＳ３３３６１１より高かったことを示している。
Figure 0006622214
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実施例１９：カニクイザルにおけるサルＳＯＤ−１の用量依存的阻害
Ｉｓｉｓ番号６６６８５３をカニクイザルにおいて試験した。Ｉｓｉｓ番号６６６８５３とカニクイザルＳＯＤ−１との間にはミスマッチが１つあり、カニクイザルＳＯＤ−１に１００％相補的な１７個の連続塩基がＩｓｉｓ番号６６６８５３中にある。
研究の１、１４、２８、５６、及び８４日目に、６〜１０匹の雄及び雌サルの群に、ＰＢＳまたは４、１２、若しくは３５ｍｇのＩｓｉｓ番号６６６８５３の髄腔内腰部ボーラスを与えた。各群には５回全ての投与日に同じ用量を与えた。９１日目に動物を屠殺した。腰髄、胸髄、及び頸髄ならびに前頭皮質、運動皮質、海馬、脳橋、及び小脳におけるＳＯＤ−１ ｍＲＮＡの阻害を、プライマープローブセットＲＴＳ３８９８を使用して、ＲＴ−ＰＣＲによって評価した。データを、ＰＢＳ処置群に対する各処置群の平均阻害パーセントとして、以下に提示する。これらの結果は、Ｉｓｉｓ番号６６６８５３がカニクイザルにおいて複数の標的組織中のＳＯＤ−１ ｍＲＮＡを阻害したことを示している。
６６６８５３による処置は１３週間の研究継続期間中は忍容性が高く、サルにおける有害反応の臨床観察事実はなかった。
Figure 0006622214
 ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１１８〜１４６１の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物。
［態様２］１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１５、２１、２３、４７、５４、及び６７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物であって、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、前記化合物。
［態様３］前記修飾オリゴヌクレオチドが混成バックボーンを有する、態様１に記載の化合物。
［態様４］前記混成バックボーンモチーフが以下から選択される、態様３に記載の化合物：
ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、
ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓ、
ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、
ｓｏｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｏｓ、及び
ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ
（ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５］前記修飾オリゴヌクレオチドが以下のいずれかの糖化学モチーフを有する、先行態様のいずれか１つに記載の化合物：
ａｂｄｄｄｄｄｄｄｄａｂａｂａａ、
ｂａｂａｄｄｄｄｄｄｄｄａｂａｂ、
ａａａａｄｄｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａ、
ａａａａｄｄｄｄｄｄｄｄａｂａｂａ、
ａａａａｄｄｄｄｄｄｄｄｂａｂａａ、
ａａａａｄｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａａ、
ａａａａａｄｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａ、
ａａａａｂｄｄｄｄｄｄｄｄｂａａａ、
ａａａａｂｄｄｄｄｄｄｄｂａａａａ、
ａａａｂｄｄｄｄｄｄｄｄｂａａａａ、
ａａａｂｂｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａａ、
ａａｂｂｄｄｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａ、
ａａｂｂｄｄｄｄｄｄｄｄａａａａａ、
ａａｂｂｄｄｄｄｄｄｄｄｂｂａａａ、
ａｂａｂｄｄｄｄｄｄｄｄａａａａａ、
ａｂａｂｄｄｄｄｄｄｄｄｂａｂａａ、及び
ｂａｂａｄｄｄｄｄｄｄｄａａａａａ
（ｅ＝任意の２’非二環式修飾糖、
ｂ＝任意の二環式修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖）。
［態様６］前記修飾オリゴヌクレオチドが以下のいずれかの糖化学モチーフを有する、態様５に記載の化合物：
ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅ、
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ、
ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅ、
ｅｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ、
ｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅ、
ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ、
ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ、
ｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅ、及び
ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅ
（ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖）。
［態様７］前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１または配列番号２に対して少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、先行態様のいずれか一に記載の化合物。
［態様８］前記修飾オリゴヌクレオチドが一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである、先行態様のいずれか一に記載の化合物。
［態様９］少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、態様１、２、及び５〜８のいずれか一に記載の化合物。
［態様１０］少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様９に記載の化合物。
［態様１１］各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１０に記載の化合物。
［態様１２］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、態様１、２、及び５〜９のいずれか一に記載の化合物。
［態様１３］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、かつ少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、態様１、２、及び５〜８のいずれか一に記載の化合物。
［態様１４］少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、先行態様のいずれか一に記載の化合物。
［態様１５］前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、態様１４に記載の化合物。
［態様１６］前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、
態様１〜４及び７〜１５のいずれか一に記載の化合物。
［態様１７］前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、態様１６に記載の化合物。
［態様１８］前記二環式糖が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋（式中、Ｒは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）を含む、態様１７に記載の化合物。
［態様１９］Ｒがメチルである、態様１８に記載の化合物。
［態様２０］ＲがＨである、態様１８に記載の化合物。
［態様２１］前記少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む、態様１６に記載の化合物。
［態様２２］前記修飾オリゴヌクレオチドが
８〜１０個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
４〜６個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５〜７個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様１〜４及び７〜２１のいずれか一に記載の化合物。
［態様２３］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２４］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
９個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２５］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２６］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
４個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２７］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
５個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
７個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２８］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
６個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
６個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様２９］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
９個の連結されたデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
６個の連結されたヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
５個の連結されたヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；
を含み、前記ギャップセグメントは前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントの間に位置し、かつ各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、態様２２に記載の化合物。
［態様３０］前記修飾オリゴヌクレオチドが１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連結されたヌクレオシドからなる、態様１〜３及び７〜２１のいずれか一に記載の化合物。
［態様３１］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３２］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３３］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３４］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３５］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３６］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３７］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３８］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物：
Figure 0006622214
 ［態様３９］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４０］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｔｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｋｏ Ｇｋｏ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４１］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４２］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｋｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４３］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｋｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４４］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｋｏ Ｔｅｏ Ａｋｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４５］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ａｅｓ Ｇｋｏ Ｔｅｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４６］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ａｅｓ Ｇｅｏ Ｔｋｏ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｋ＝ｃＥｔ修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４７］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４８］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様４９］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５０］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｓ Ａｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５１］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５２］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５３］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５４］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５５］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５６］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｓ ｍＣｅ
（Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。
［態様５７］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物：
Ｇｅｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ｔｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ
ここで、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシリボース糖、及び
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合。
［態様５８］先行態様のいずれか一に記載の化合物またはその塩と少なくとも１つの薬理学的に許容される担体または希釈剤とを含む組成物。
［態様５９］先行態様のいずれか一に記載の化合物または組成物を動物に投与することを含む方法。
［態様６０］前記動物がヒトである、態様５９に記載の方法。
［態様６１］前記化合物の投与が、ＳＯＤ−１関連疾患を防止し、処置し、改善し、またはその進行を減速させる、態様５９に記載の方法。
［態様６２］前記ＳＯＤ−１関連疾患が神経変性疾患である、態様５９に記載の方法。
［態様６３］前記ＳＯＤ−１関連疾患がＡＬＳである、態様６２に記載の方法。
［態様６４］神経変性障害処置用の医薬品を製造するための、先行態様のいずれか一に記載の化合物または組成物の使用。
［態様６５］ＡＬＳ処置用の医薬品を製造するための、先行態様のいずれか一に記載の化合物または組成物の使用。
［態様６６］前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号２１の核酸塩基配列を有さない、先行態様のいずれか一に記載の化合物または組成物。
［態様６７］前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号２１〜１１８のどの核酸塩基配列も有さない、先行態様のいずれか一に記載の化合物または組成物。
［態様６８］１２個〜３０個の連結されたヌクレオシドからなりかつ配列番号１のヌクレオチド６６５〜６８４のうちの等しい数の核酸塩基に相補的な、少なくとも１２個の連続する核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチド、を含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号１に対して少なくとも８０％相補的である、前記化合物。
［態様６９］前記修飾オリゴヌクレオチドが配列番号１に対して１００％相補的である、態様６８に記載の化合物。
［態様７０］前記修飾オリゴヌクレオチドが一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである、態様６８に記載の化合物。
［態様７１］少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、態様６８〜７０のいずれか一に記載の化合物。
［態様７２］少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様７１に記載の化合物。
［態様７３］各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様７２に記載の化合物。
［態様７４］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、態様６８〜７１のいずれか一に記載の化合物。
［態様７５］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、かつ少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、態様６８〜７３及び７４〜７５のいずれか一に記載の化合物。
［態様７６］少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、態様６８〜７５のいずれか一に記載の化合物。
［態様７７］前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、態様７６に記載の化合物。
［態様７８］前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、態様６８〜７７のいずれか一に記載の化合物。
［態様７９］前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、態様７８に記載の化合物。
［態様８０］前記二環式糖が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋（式中、Ｒは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）を含む、態様７９に記載の化合物。
［態様８１］Ｒがメチルである、態様８０に記載の化合物。
［態様８２］ＲがＨである、態様８０に記載の化合物。
［態様８３］前記少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む、態様７８に記載の化合物。

Claims (13)

  1. アンチセンス化合物の塩であって、当該アンチセンス化合物のアニオンが、以下の式：
    Figure 0006622214
     を有する、前記アンチセンス化合物の塩。
  2. 塩が、ナトリウム塩である、請求項１に記載のアンチセンス化合物の塩。
  3. アンチセンス化合物またはその薬理学的に許容される塩であって、当該アンチセンス化合物は以下の式：
    ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅ （配列番号７２５の核酸塩基配列）
    を有し、式中、
    Ａ＝アデニン、
    ｍＣ＝５−メチルシトシン、
    Ｇ＝グアニン、
    Ｔ＝チミン、
    ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾糖、
    ｄ＝２’−デオキシリボース糖
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合、
    である、前記アンチセンス化合物またはその薬理学的に許容される塩。
  4. アンチセンス化合物またはその薬理学的に許容される塩であって、当該アンチセンス化合物は以下の式：
    Figure 0006622214
     を有する、前記アンチセンス化合物またはその薬理学的に許容される塩。
  5. 請求項３または４に記載のアンチセンス化合物。
  6. 請求項３または４に記載のアンチセンス化合物の薬理学的に許容される塩。
  7. 医薬組成物であって、請求項１または２に記載のアンチセンス化合物の塩、請求項３または４に記載のアンチセンス化合物または薬理学的に許容される塩、請求項５に記載のアンチセンス化合物、または、請求項６に記載の薬理学的に許容される塩、および、少なくとも１つの薬理学的に許容される単体または希釈剤を含む、医薬組成物。
  8. 薬理学的に許容される希釈剤が、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）である、請求項７に記載の医薬組成物。
  9. 髄腔内投与のために製剤化されている、請求項７または８に記載の医薬組成物。
  10. ＳＯＤ−１に関連する神経変性疾患を処置または防止するための医薬組成物であって、請求項１または２に記載のアンチセンス化合物の塩、請求項３または４に記載のアンチセンス化合物または薬理学的に許容される塩、請求項５に記載のアンチセンス化合物、請求項６に記載の薬理学的に許容される塩、または、請求項７〜９のいずれか１項に記載の医薬組成物、を含む、前記医薬組成物。
  11. ＳＯＤ−１に関連する筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を処置するための医薬組成物であって、請求項１または２に記載のアンチセンス化合物の塩、請求項３または４に記載のアンチセンス化合物または薬理学的に許容される塩、請求項５に記載のアンチセンス化合物、請求項６に記載の薬理学的に許容される塩、または、請求項７〜９のいずれか１項に記載の医薬組成物、を含む、前記医薬組成物。
  12. ＳＯＤ−１に関連するＡＬＳを防止するための医薬組成物であって、請求項１または２に記載のアンチセンス化合物の塩、請求項３または４に記載のアンチセンス化合物または薬理学的に許容される塩、請求項５に記載のアンチセンス化合物、請求項６に記載の薬理学的に許容される塩、または、請求項７〜９のいずれか１項に記載の医薬組成物、を含む、前記医薬組成物。
  13. 髄腔内投与される、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の医薬組成物。
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