JP6679476B2 - Ｃ９ｏｒｆ７２発現を調節するための組成物 - Google Patents

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Description

配列表
本出願は、電子フォーマットの配列表とともに出願されている。配列表は、２０１４年１０月１１日に作成され、サイズが４４４ｋｂでＢＩＯＬ０２３５ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと名付けられたファイルとして、提供される。配列表の電子フォーマットの情報は、その全体が本明細書に参照により組み込まれる。
分野
動物におけるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を低減させる組成物及びタンパク質を提供する。そのような方法は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）などの神経変性疾患の治療、予防、または改善に有用である。
筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）は、概して発症後２〜３年以内に呼吸不全から死に到る進行性麻痺によって臨床的に特徴づけられる致命的な神経変性疾患である（Ｒｏｗｌａｎｄ ａｎｄ Ｓｈｎｅｉｄｅｒ， Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，２００１，３４４，１６８８−１７００）。ＡＬＳは西洋世界では最も一般的な神経変性疾患（Ｈｉｒｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００７，６８，３２６−３３７）であり、現在のところ有効な治療法はない。症例の約１０％は家族性の性質であるが、患者が集団の全体を通じてランダムに起こるようなので、疾患と診断される大半の患者は散発性であると分類される（Ｃｈｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ、２００８、７０、５３３−５３７）。臨床学的、遺伝学的、及び疫学的データに基づいて、ＡＬＳ及び前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）が、中枢神経系全体を通じてＴＤＰ−４３陽性封入体の存在によって、病理学的に特徴づけられる疾患の重なり合う連続体を示すという、認識が高まっている（Ｌｉｌｌｏ ａｎｄ Ｈｏｄｇｅｓ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，２００９，１６，１１３１−１１３５；Ｎｅｕｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００６，３１４，１３０−１３３）。
現在までに、いくつかの遺伝子、例えばＳＯＤ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＦＵＳ、ＯＰＴＮ、及びＶＣＰが古典的家族性ＡＬＳの原因となることが発見されている（Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１０，６８，８５７−８６４；Ｋｗｉａｔｋｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００９，３２３，１２０５−１２０８；Ｍａｒｕｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１０，４６５，２２３−２２６；Ｒｏｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９３，３６２，５９−６２；Ｓｒｅｅｄｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００８，３１９，１６６８−１６７２；Ｖａｎｃｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ，２００９，１２９，８６８−８７６）。近年では、ＡＬＳ、ＦＴＤ、及びＡＬＳ−ＦＴＤの複数の例を含む家系の連鎖解析によって、疾患に関する重要な遺伝子座が第９染色体の短腕上にあることが示唆された（Ｂｏｘｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｎｅｕｒｏｌ． Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ． Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，２０１１，８２，１９６−２０３；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００６，６６，８３９−８４４；Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ． Ｊ． Ｎｅｒｏｌ．，２０１１，２５８，６４７−６５５；Ｖａｎｃｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ，２００６，１２９，８６８−８７６）。Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子における変異は、ＡＬＳとＦＴＤとで最も一般的な遺伝学的原因である。ＡＬＳ−ＦＴＤを引き起こす突然変異は、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の第１のイントロンにおける大きなヘキサヌクレオチド（ＧＧＧＧＣＣ）反復配列の伸張である（Ｒｅｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２５７−２６８；ＤｅＪｅｓｕｓ−Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２４５−２５６）。Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子をカバーする創設者ハプロタイプが、この領域に関係している大多数の症例で存在している（Ｒｅｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２５７−２６８）。染色体９ｐ２１上にあるこの遺伝子座は、４０５人のフィンランド人患者の同齢集団における家族性ＡＬＳのほぼ半分と、すべてのＡＬＳ症例のほぼ４分の１の原因を説明する（Ｌａａｋｓｏｖｉｒｔａ ｅｔ ａｌ， Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ．， ２０１０， ９， ９７８−９８５）。
創設者ハプロタイプが、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子をカバーして、この領域に関連づけられるされる大多数の症例に存在する。
そのような神経変性疾患を治療する有効な治療法は、現在のところ存在しない。したがって、そのような神経変性疾患を治療するための組成物及び方法を提供することを、目的とする。
本明細書で提供するのは、細胞、組織、及び動物においてＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質のレベルを修飾する組成物及び方法である。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤は、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を修飾する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤は、核酸、タンパク質、または小分子である。
ある特定の実施形態において、修飾が細胞または組織に起こり得る。ある特定の実施形態において、細胞または組織は動物である。ある特定の実施形態において、動物はヒトである。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは低下する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質レベルは低下する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連した反復関連非ＡＴＧ翻訳（ＲＡＮ翻訳）生成物が減る。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）ある。ある特定の実施形態において、特定のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ異型は、優先して低下する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体は、イントロン１を含むｍＲＮＡ前駆体から作られる変異体である。ある特定の実施形態において、イントロン１はヘキサヌクレオチド反復伸張を含む。ある特定の実施形態において、優先的に減少するＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体は、病原性Ｃ９ＯＲＦ７２であるｍＲＮＡ変異体を関連させる。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体は、ＮＭ＿００１２５６０５４．１（配列番号１）である。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸張は、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を伴う。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸張は、Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸張関連疾患に関連している。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸張は、少なくとも２４個のＧＧＧＧＣＣ反復を有する。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸張は核内フォーカスと関連している。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物は、核内フォーカスと関連している。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物はポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）ある。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物及び方法は、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベル、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質レベル、Ｃ９ＯＲＦ７２ＲＡＮ翻訳産物、及び核内フォーカスを減少させることに有用である。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物及び方法は、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に減少させることに有用である。そのような減少は、時間依存的または用量依存的に起こり得る。
Ｃ９ＯＲＦ７２に関連した疾患、障害、及び病態の予防、処置、及び治療に有用な方法も提供する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連した疾患、障害、及び病態は、神経変性疾患である。ある特定の実施形態において、神経変性疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である。
そのような疾患、障害、及び病態には、共通して１つ以上の危険因子、原因、または結果があり得る。神経変性疾患、より詳しくはＡＬＳ及びＦＴＤの発症の危険因子及び原因には、遺伝素因及び高齢が含まれる。
ある特定の実施形態において、処置方法は、必要に応じて個体にＣ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤を投与することを含む。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤は、核酸である。ある特定の実施形態において、核酸はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態において、アンチセンス合成物は、一本鎖のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、一本鎖のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸と相補的である。
前述の概略的な説明と以下の詳細な説明との両方が例示的かつ説明的なものにすぎず、クレームされる本発明を限定するものではないことを理解するべきである。特に説明のない限り、本明細書中での単数形の使用は複数形も包含する。本明細書では、「または」の使用は、特に明記しない限り、「及び／または」を意味する。さらに、本明細書では、「及び」の使用は、特に明記しない限り、「及び／または」を意味する。さらに、「含む」という用語も「含んで」及び「含んだ」等の他の形態も限定するものではない。また、「要素」または「構成要素」等の用語は、特に具体的に明記しない限り、１つのユニット含む要素及び構成要素と複数のサブユニットを含む要素及び構成要素との両方を包含する。
本明細書中で使用される節の見出しは、構成上の目的のためであり、記載する主題を限定するものとして解釈されるべきではない。この開示に引用されたすべての文献または該文献の一部には、限定されるものではないが、特許、特許出願、公開特許出願、論説、書籍、論文、ならびに、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）等のデータベースを通じて入手可能なＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号及び関連配列情報、及び、本明細書中の開示全体にわたって言及される他のデータが含まれ、これらは、本明細書中に論じられる文書の部分のための参照として、また全体として、本明細書中に明示的に組み込まれる。
定義
具体的な定義が提供されない限り、本明細書中で説明する分析化学、有機合成化学、ならびに医薬品化学及び製薬化学に関連して使用される命名法ならびにそれらの方法及び技術は、当技術分野で周知であり、一般的に使用されている。化学合成及び化学分析には標準的な技術を用いることが可能である。
特に明記しない限り、以下の用語は、以下の意味を持つ。
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥ及び２’−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＯＣＨ３及びＭＯＥともいう）は、フラノース環の２’位のＯ−メトキシ−エチル修飾のことをいう。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’−ＭＯＥヌクレオシド」（２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドともいう）は、ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「２’置換ヌクレオシド」は、ＨまたはＯＨ以外のフラノース環の２’−位に置換基を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態において、２’置換ヌクレオシドは、二環式糖修飾を有するヌクレオシドを含む。
「５‐メチルシトシン」は、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５‐メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。
「約」は、値の±７％範囲内を意味する。例えば、「化合物はＣ９ＯＲＦ７２の少なくとも約７０阻害％に影響を与えた」と述べられている場合、Ｃ９ＯＲＦ７２レベルが６３％と７７％との範囲内で阻害されることを意味している。
「同時に投与」とは、２つの薬剤の薬理学的効果が患者体内で同時に現れる任意の方法によって、両方を同時投与することをいう。同時投与は、両方の薬剤が同じ投与形態または同じ投与経路で、単一の医薬組成物として投与されることを必要としない。両方の医薬品の作用が、同時に現れる必要があるというわけではない。効果は、一定時間にわたって重複しなければならいが、同一の広がりをもつ必要はない。
「投与する」とは、医薬品を動物に与えることを意味し、医療従事者による投与と自己投与とを含むが、これらに限定されるものではない。
「緩和」とは、状態または疾患の重症度の少なくとも１つの指標を弱めること、阻止すること、または覆すことをいう。指標の重症度は、当業者によって知られている主観的または客観的な手段によって決定することが可能である。
「動物」とは、ヒトまたはヒト以外の動物のことをいい、動物として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ならびに、限定されるものではないが、サル及びチンパンジーなどのヒト以外の霊長類が挙げられる。
「抗体」とは、何らかの方法で抗原と特異的に反応することで特徴付けられる分子のことをいい、抗体及び抗原が各々他方に対して定義される。抗体は、完全抗体分子、または、重鎖、軽鎖、Ｆａｂ領域、及びＦｃ領域などの、その任意のフラグメントもしくは領域のことに、言及する場合もある。
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物とその標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因する検出可能または測定可能な任意の活性を意味する。ある特定の実施形態において、アンチセンス活性とは、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現が減少することである。
「アンチセンス化合物」は、水素結合を介して標的核酸とのハイブリダイゼーションが可能なオリゴマー化合物を意味する。アンチセンス化合物の例として、一本鎖及び二本鎖の化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、及び占有系の化合物（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ）が挙げられる。
「アンチセンス阻害」とは、標的核酸に対して相補的なアンチセンス化合物の存在下における標的核酸レベルが、標的核酸レベルまたはアンチセンス化合物不在化の場合と比較して、減少することを意味する。
「アンチセンス作用」とは、核酸と標的核酸とのハイブリダイゼーションを伴うアンチセンス作用すべてであり、そのハイブリダイゼーションの成果または結果が、標的減衰または標的占拠のいずれかであり、それと伴って転写またはスプライシング等を含む細胞機構の失速が起こる。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸の対応部分に対するハイブリダイゼーションを可能にする核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。
「塩基相補性」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸と標的核酸の対応核酸塩基との間での正確な塩基対形成（すなわち、ハイブリダイゼーション）についての能力のことをいい、対応する核酸塩基間のワトソン−クリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型の水素結合が関わる。
「二環式糖」とは、２つの原子が架橋を形成することによって修飾されたフラノース環を意味する。二環式糖は、修飾糖である。
「二環式ヌクレオシド」（また、ＢＮＡ）とは、糖環の２つの炭素原子を接続する架橋を含むことで二環式環構造を形成している糖部分を有する、ヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態において、架橋は糖環の４’炭素と２’炭素とを接続する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患」とは、任意のＣ９ＯＲＦ７２核酸またはその発現産物に関連した任意の疾患を意味する。そのような疾患には、神経変性疾患が含まれ得る。そのような神経変性疾患には、ＡＬＳ及びＦＴＤが含まれ得る。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物」とは、ＲＡＮ翻訳（すなわち、反復関連の、非ＡＴＧ依存的な翻訳）を通して翻訳される異常ペプチドまたはジペプチドポリマーを意味する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物はポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである。
「Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸張関連疾患」とは、ヘキサヌクレオチド反復伸張を含んでいるＣ９ＯＲＦ７２核酸と関連した任意の疾患を意味する。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸張は、少なくとも２４回反復されるＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣまたはＧＧＧＧＣＧを含んでもよい。そのような疾患には、神経変性疾患が含まれ得る。そのような神経変性疾患には、ＡＬＳ及びＦＴＤが含まれ得る。
「Ｃ９ＯＲＦ７２核酸」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２をコードしている任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸は、Ｃ９ＯＲＦ７２をコードしているＤＮＡの塩基配列、イントロン及びエキソンから構成されるゲノムＤＮＡを含むＣ９ＯＲＦ７２をコードしているＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列（すなわち、ｍＲＮＡ前駆体）、ならびにＣ９ＯＲＦ７２をコードしているｍＲＮＡ配列を含む。「Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質をコードしているｍＲＮＡを意味する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」とは、ヘキサヌクレオチド反復を含んでいるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセッシングされたＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体を意味する。Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエキソン１Ａの開始部位からエキソン１Ｂの開始部位までの領域で開始されるヘキサヌクレオチド反復を含むもので、この領域は、例えば、ゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０である（配列番号２、ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを測定して、サンプル中のヘキサヌクレオチド反復を含有するＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体のレベルを決定する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤」は、分子レベルでＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはＣ９ＯＲＦ７２タンパク質の発現を特異的に阻害することができる任意の薬剤のことをいう。例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤として、核酸（アンチセンス化合物を含む）、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、抗体、ペプチド、小分子、ならびに、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはＣ９ＯＲＦ７２タンパク質の発現を阻害することができる他の薬剤が挙げられる。同様に、ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤は、動物における他の分子プロセスに影響を及ぼす可能性がある。
「キャップ構造」または「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のいずれの末端にも組み込まれている化学修飾を意味する。
「ｃＥｔ」または「拘束エチル（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）」とは、４’炭素と２’炭素とを接続する架橋を含む糖部分を有する二環式ヌクレオシドを意味し、ここで、架橋は式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する。
「拘束エチルヌクレオシド」（同様にｃＥｔヌクレオシド）とは、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「化学的に異なる領域」とは、同じアンチセンス化合物の別の領域とは何らかの点で化学的に異なる、アンチセンス化合物の領域のことをいう。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を伴わないヌクレオシドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」とは、各々が複数のサブユニットを持つ少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「同時投与」とは、２つ以上の薬剤を個体に投与することを意味する。２つ以上の薬剤は、単一の医薬組成物に含まれてもよく、または別々の医薬組成物であってもよい。２つ以上の薬剤の各々は、同一の投与経路または異なる投与経路を通して、投与可能である。同時投与は、並行投与または順次投与を包含する。
「相補性」とは、第１の核酸の核酸塩基と第２の核酸の核酸塩基との間の対合能力を意味する。
「含む」（“ｃｏｍｐｒｉｓｅ”、“ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ”、及び“ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ”）は、明示された１つのステップまたは要素あるいは複数のステップまたは要素からなる群の包含を意味するが、他のステップまたは要素あるいは他の複数のステップまたは要素からなる群の除外を意味するものではないと理解される。
「隣接する核酸塩基」とは、互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
「設計」または「設計されている」とは、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計するプロセスのことに言及する。
「希釈剤」とは、組成物中の成分であって、薬理活性を欠くけれども薬学的に必要または望ましい成分のことを意味する。例えば、注射される薬物では、希釈剤が液体、例えば生理食塩液であってもよい。
「用量」とは、単回投与または指定期間内に投与される薬剤の指定された量を意味する。ある特定の実施形態において、用量は、１、２、またはそれ以上のボーラス、錠剤、または注射液の状態で投与されてもよい。例えば、皮下投与が望まれるある特定の実施形態において、所望の用量は、単回注射では容易に対処できない量を必要とすることから、所望の用量を達成するには注射を２回以上おこなう場合がある。ある特定の実施形態において、長期間または連続的注入によって、薬剤が投与される。用量を、１時間、１日、１週間、または１ヶ月あたりの薬剤の量として、示すことが可能である。
活性の調整または状態の処置もしくは予防という場面での「有効量」とは、そのような調整、処置、または予防を必要とする対象に対して、そのような効果の調節または上記状態の処置もしくは予防もしくは改善に有効である一回量または連続の一部のいずれかで、その薬剤量を投与することを意味する。有効量は、処置される個体の健康及び身体状態、処置される個体の分類群、組成物の配合、個体の病状の評価、及び他の関連要因に応じて、個体間で変えることが可能である。
「有効性」とは、所望の効果を発生する能力を意味する。
「発現」は、遺伝子のコード化情報が細胞内に存在して作用している構造に変換されるすべての機能を含む。そのような構造は転写及び翻訳生成物を含むが、これに限定されるものではない。
「フォーカス」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２転写産物を含む核内フォーカスを意味する。ある特定の実施形態において、フォーカスは少なくとも１つのＣ９ＯＲＦ７２転写産物を含む。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２フォーカスは、以下のヘキサヌクレオチド反復のいずれかを含む：ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、及び／またはＧＧＧＧＣＧ。
「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、第１の核酸のそれぞれの核酸塩基が、第２の核酸の中に相補的な核酸塩基を有することを意味する。ある特定の実施形態において、第１の核酸はアンチセンス化合物であり、標的核酸が第２の核酸である。
「ギャップマー」は、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、１つまたは複数のヌクレオシドを有する外部領域間に位置付けられる、キメラアンチセンス化合物を意味し、ここで、内部領域を有するヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシド（複数可）とは化学的に異なる。内部領域は「ギャップ」と称される場合があり、外部領域は「ウイング」と称される場合がある。
「ギャップ縮小」とは、１〜６個のヌクレオシドを有する５’及び３’ウイングセグメントの間に、かつそれらに直接隣接して位置付けられる、９個以下の連続する２’−デオキシリボヌクレオシドのギャップセグメントを有するキメラアンチセンス化合物を意味する。
「ギャップ拡張」とは、１〜６個のヌクレオシドを有する５’及び３’ウイングセグメントの間に、かつそれらに直接隣接して位置付けられる、１２個以上の連続する２’−デオキシリボヌクレオシドのギャップセグメントを有するキメラアンチセンス化合物を意味する。
「ヘキサヌクレオチド反復伸長」とは、少なくとも２回繰り返される、一連の６個の塩基（例えば、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧ、またはＧＧＧＧＧＣ）を意味する。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長はＣ９ＯＲＦ７２核酸のイントロン１に位置してもよい。ある特定の実施形態において、病因となるヘキサヌクレオチド反復伸長としては、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸中の少なくとも２４回のＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧまたはＧＧＧＧＧＣの反復が挙げられ、これが、疾患と関連する。ある特定の実施形態において、反復は連続的である。ある特定の実施形態において、反復は１つまたは複数の核酸塩基によって中断される。ある特定の実施形態において、野生型ヘキサヌクレオチド反復伸長には、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸中の２３回以下のＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧ、またはＧＧＧＧＧＣの反復が含まれる。ある特定の実施形態において、反復は連続的である。ある特定の実施形態において、反復は１つまたは複数の核酸塩基によって中断される。
「ハイブリダイゼーション」は、相補的核酸分子のアニーリングを意味する。ある特定の実施形態において、相補核酸分子は、アンチセンス化合物と目標核酸を含むが、これに限定されるものではない。ある特定の実施形態において、相補的核酸分子はアンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸とを含むが、これに限定されるものではない。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を有する動物を識別する」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患と診断されている動物またはＣ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症しやすい動物を識別することを意味する。Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症しやすい個体として、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症する１つまたは複数の危険因子を持つ個体が挙げられ、そのような個体には１つまたは複数のＣ９ＯＲＦ７２関連疾患の個人歴もしくは家族歴または遺伝的素因を持つ個体が含まれる。そのような識別は、個体の病歴を評価すること、及び標準的な臨床試験もしくは評価、例えば遺伝子検査を含む任意の方法によって、達成することができる。
「直接隣接する」は、直接隣接する要素間に、介在要素が存在しないことを意味する。
「個体」とは、治療または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２を阻害する」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質の発現のレベルの低減を意味する。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス化合物の不在下におけるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質の発現のレベルと比較して、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンス化合物の存在下、阻害される。
「発現または活性を阻害する」とは、発現または活性の減少または遮断のことをいい、発現または活性の完全な排除を必ずしも示すというわけではない。
「ヌクレオシド間結合」とは、ヌクレオシド間の化学結合のことをいう。
「結合したヌクレオシド」とは、ヌクレオシド間結合によって一緒に結合した隣接するヌクレオチドを意味する。
「ロックされた核酸」または「ＬＮＡ」もしくは「ＬＮＡヌクレオシド」とは、ヌクレオシド糖単位の４’位と２’位との間の２つの炭素原子を連結している架橋を持つことで、二環式糖を形成する核酸単量体を意味する。そのような二環式糖の例として、限定されるものではないが、以下に示すように、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ，（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＬＮＡ、及び（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＬＮＡが挙げられる。
本明細書では、ＬＮＡ化合物として、限定されるものではないが、糖の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が挙げられ、各々の架橋は、独立して、［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及びＮ（Ｒ１）−から独立して選択される１個または２〜４個の結合基を含み、式中、ｘは、０、１、または２であり、ｎは、１、２、３、または４であり、各Ｒ１及びＲ２は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
ＬＮＡの定義内に包含される４’−２’架橋基の例として、限定されるものではないが、式［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−、または−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−の１つが挙げられる。さらに、ＬＮＡの定義内に包含される他の架橋基は、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’、及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−架橋であり、式中、Ｒ１及びＲ２の各々は、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
本発明に係るＬＮＡの定義内に包含されるものには、リボシル糖環の２’−ヒドロキシ基が糖環の４’炭素原子に結合し、それによってメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）架橋を形成して二環式糖部分を形成する、ＬＮＡも含まれ、それによって、二環式糖部分を形成するために、メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）架橋を形成する。架橋を、２’酸素原子と４’炭素原子とを結合するメチレン（−ＣＨ２−）基にすることもでき、それに対してメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡという用語が用いられる。さらに、この位置にエチレン架橋基を持つ二環式糖部分の場合、エチレンオキシ（４’−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡという用語が用いられる。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡの異性体であるα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）もまた、本明細書では、ＬＮＡの定義内に包含される。
「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」とは、第１の核酸の核酸塩基が、第２または標的核酸の対応する核酸塩基と対合することができない場合のことをいう。
「修飾ヌクレオシド間結合」とは、天然に存在するヌクレオシド間結合（すなわち、ホスホジエステルヌクレオシド間結合）からの置換または任意の変化のことをいう。
「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基のことをいう。「非修飾核酸塩基」とは、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）を意味する。
「修飾ヌクレオシド」とは、独立して、修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。
「修飾ヌクレオチド」とは、独立して、修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合、及び／または修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、及び／または修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「修飾糖」とは、天然糖部分の置換またはなんらかの変化を意味する。
「モノマー」とは、オリゴマーの１つの単位を意味する。モノマーとして、限定されるものではないが、天然に存在するか、または修正されるかにかかわらず、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられる。
「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における未修飾及び修飾されたヌクレオシドのパターンを意味する。
「天然糖部分」とは、ＤＮＡ（２’−Ｈ）またはＲＮＡ（２’−ＯＨ）に見られる糖を意味する。
「天然に存在するヌクレオシド間結合」とは、３’から５’のホスホジエステル結合を意味する。
「非相補的核酸塩基」とは、互いで水素結合を形成せず、別様にもハイブリダイゼーションをサポートしない一対の核酸塩基のことをいう。
「核酸」とは、モノマーのヌクレオチドから構成される分子のことをいう。核酸には、限定されるものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、二本鎖核酸、低分子干渉リボ核酸（ｓｉＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）が含まれる。
「核酸塩基」とは、別の核酸の塩基と対合することができる複素環式部分を意味する。
「核酸塩基相補性」とは、別の核酸塩基と塩基対合ができる核酸塩基のことをいう。例えば、ＤＮＡでは、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）と相補的である。例えば、ＲＮＡでは、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）と相補的である。ある特定の実施形態において、相補的核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基の対合ができる、アンチセンス化合物の核酸塩基のことをいう。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置にある核酸塩基が標的核酸の特定の位置にある核酸塩基と水素結合ができる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置をその核酸塩基対で相補的であると考えられる。
「核酸塩基配列」とは、いずれの糖、結合、及び／または核酸塩基修飾とも独立した連続する核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」は、糖に結合した核酸塩基を意味する。
「ヌクレオシド模倣体」は、オリゴマー化合物の１つまたは複数の位置において、糖または糖及び塩基を置換するために使用され、必ずしも結合ではない構造を含み、例えば、モルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、二環、または三環糖模倣体（例として、非フラノース糖単位）を有するヌクレオシド模倣体等である。ヌクレオチド模倣体は、例えば、ペプチド核酸またはモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−または他の非ホスホジエステル結合によって結合されるモルホリノ）等のオリゴマー化合物の１つまたは複数の位置において、ヌクレオシド及び結合を置き換えるために使用される構造を含む。糖代替物は、わずかに広義であるヌクレオシド模倣体という用語と重なるが、糖単位（フラノース環）のみの置き換えを指すことを意図する。本明細書に提供されるテトラヒドロピラニル環は、糖代替物の例を示すものであり、フラノース糖基が、テトラヒドロピラニル環系で置き換えられている。「模倣体」とは、糖、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合と置換される基のことをいう。通常、模倣体が糖または糖ヌクレオシド間結合の組合せの代わりに使われる、そして、核酸塩基は選択された目標にハイブリダイゼーションのために維持される。
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分にリン酸基が共有結合したヌクレオシドを意味する。
「オフターゲット効果」は、意図された標的核酸以外のＲＮＡまたは遺伝子のタンパク質発現の調節を伴う、不必要または有害な生物学的影響のことをいう。
「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」とは、核酸分子の少なくとも一領域とハイブリダイズすることができる、結合したモノマーサブユニットのポリマーを意味する。
「オリゴヌクレオチド」とは、各々が互いに独立して修飾または非修飾され得る結合したヌクレオシドの、ポリマーを意味する。
「非経口投与」は、注射（例えば、大量瞬時投与）または注入を通しての投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、髄腔内もしくは脳室内投与が含まれる。
「ペプチド」とは、アミド結合によって少なくとも２つのアミノ酸を結合することによって形成される分子を意味する。本明細書では、限定されることなく、ペプチドとはポリペプチド及びタンパク質のことを指す。
「薬剤」とは、個体に投与された場合に治療効果を個体にもたらす物質を意味する。
例えば、ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、薬剤である。
「薬学的組成物」は、個体に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、薬学的組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び滅菌水溶液を含んでもよい。
「薬学的に許容される誘導体」は、本明細書中で述べられる化合物の薬学的に許容される塩類、複合体、プロドラッグ、または異性体を含む。
「薬学的に許容される塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの所望される生物学的活性を保持し、それに望ましくない毒性作用を付与しない塩を意味する。
「ホスホロチオエート結合」とは、ホスホジエステル結合が、非架橋酸素原子のうちの１つを硫黄原子と置き換えることによって修飾される。ホスホロチオエート結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「部分（ｐｏｒｔｉｏｎ）」とは、核酸の一定数の連続する（すなわち、結合した）核酸塩基を意味する。ある特定の実施形態において、部分は、標的核酸の一定数の連続する核酸塩基である。ある特定の実施形態において、部分は、アンチセンス化合物の一定数の連続する核酸塩基である。
「予防する（“ｐｒｅｖｅｎｔ”または“ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ”）」とは、数分から数日、数週間から数ヶ月、または不確定の期間の間、疾患、障害、または状態の発症または発現を遅らせる、または、未然に防ぐことをいう。
「プロドラッグ」とは、不活性型で調製され、体内またはその細胞内で、内在性酵素または他の化学物質の作用あるいは条件によって、活性形態に変換される治療剤を意味する。
「予防的有効量」は、予防または防止上の利点を動物に付与する薬剤の量のことをいう。
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部分として定義される。
「リボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位にヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドは、様々な置換基のいずれかによって修飾されてもよい。
「塩」は、アンチセンス化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの所望される生物学的活性を保持するとともに、それに対して望ましくない毒性作用を付与しない塩を意味する。
「セグメント」は、標的核酸内にある領域のより小さな部分または下位部分である。
本明細書に教示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの「短縮」または「トランケート」バージョンは、１つまたは２つ以上のヌクレオシドが欠失されたものである。
「副作用」とは、所望の効果以外の治療に起因する生理学的応答を意味する。ある特定の実施形態において、副作用には、限定されるものではないが、注射部位の反応、肝機能試験異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、及びミオパシーが含まれる。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で用いられる「部位」とは、目標核酸の範囲内の固有の核酸塩基位置と定義される。
「進行を遅らせる」は、疾患の発症を低下させることを意味する
「特異的にハイブリダイズ可能」とは、所望の効果を誘導するのに十分な程度の相補性をアンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸との間に有するとともに、特異的結合が所望される条件下、すなわち、インビボアッセイ及び治療的処置の場合には生理学的条件下で、非標的核酸に対する効果を最小限に示すかまたは全く示さない、アンチセンス化合物のことをいう。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」または「ストリンジェントな条件」は、オリゴマー化合物がその標的配列にハイブリダイズするが、他の配列に対しては最小数である条件のことをいう。
「対象」とは、処置または治療のために選択されるヒトまたはヒト以外の動物を意味する。
「標的」とは、調節が求められるタンパク質のことをいう。
「標的遺伝子」とは、標的をコードしている遺伝子のことをいう。
「標的にする」または「標的にされる」とは、標的核酸に特異的にハイブリダイズして所望の効果を誘導する、アンチセンス化合物の設計及び選択の過程を意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、ならびに「標的ＲＮＡ転写産物」及び「核酸標的」とは、すべて、アンチセンス化合物によって標的とされ得る核酸のことをいう。
「標的領域」とは、１つまたは複数のアンチセンス化合物が標的にされる標的核酸の一部分を意味する。
「標的セグメント」とは、アンチセンス化合物が標的にする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」とは、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドのことをいう。「３’標的部位」とは、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドのことをいう。
「治療有効量」とは、個体に治療効果をもたらす薬剤の量を意味する。
「処置する（ｔｒｅａｔまたはｔｒｅａｔｉｎｇ）」あるいは「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」とは、疾患または状態の変更または改善を達成するために、組成物を投与することを意味する。
「非修飾核酸塩基」とは、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基である（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）を意味する。
「非修飾ヌクレオチド」とは、天然に生ずる核酸塩基、糖部分、及びヌクレオシド間結合から構成されるヌクレオチドを意味する。ある特定の実施形態において、非修飾ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−リボヌクレオシド）またはＤＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド）である。
「ウイングセグメント」とは、高阻害活性、標的核酸に対する高結合親和性、またはインビボヌクレアーゼによる分解に対する耐性等の特性を、オリゴヌクレオシドに与えるべく修飾される、複数のヌクレオシドを意味する。
［発明を実施するための形態］
ある特定の実施形態は、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を減少させるための組成物及び方法を提供する。
ある特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を減少させるための組成物及び方法を提供する。
ある特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２と関連する疾患、障害、及び状態の治療、予防、または緩和を、それを必要とする個体に行うための方法を提供する。Ｃ９ＯＲＦ７２と関連する疾患、障害、または状態の治療、予防、または緩和のための薬物の調製のための方法もまた、企図される。Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患、障害、及び状態には、神経変性疾患が含まれる。ある特定の実施形態において、神経変性疾患は、ＡＬＳまたはＦＴＤであり得る。ある特定の実施形態において、神経変性疾患は、家系性または孤発性であってもよい。
ある特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸長関連疾患を治療、予防、または緩和するためのＣ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤の使用を提供する。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、またはＧＧＧＧＣＧを含んでももよい。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２０〜４０１及び４４１〜１５４５の核酸塩基配列のいずれかの、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１１０７〜１５２０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１１１１〜１２００の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１２１１〜１３１８の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３２６〜１５４０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３３１〜１３７５の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３６８〜１３９１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３９８〜１４２４の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１４１１〜１４４０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１４２９〜１４８１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１５０２〜１５３９の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１５０８〜１５３９の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基７８６０〜７９０６の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基７９０７〜９７４４の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基７９８９〜８０３８の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基８０２０〜８１３５の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基８１３６〜８１６１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基８１７４〜８２１１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
本明細書で、１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基８２１３〜８３２５の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む化合物が提供される。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの核塩基配列は、配列番号１に対して、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖の修飾オリゴヌクレオチドである。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態において、各修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオネート結合であり、かつ、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合である。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態において、修飾核酸塩基は５‐メチルシトシンである。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、二環式糖である。
ある特定の実施形態において、二環式糖は、Ｒが、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である、糖４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋の２’及び４’位の間の化学結合を含む。
ある特定の実施形態において、二環式糖は、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋を含み、式中、Ｒが、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である。
ある特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、２’−Ｏ−メトオキシエチル基を含む。
ある特定の実施形態において、修飾糖は２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、５つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントが５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、８個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、５つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントが５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅｅ、ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、及びｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅのいずれかのパターンで、糖の修飾を含み、式中、ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、及びｋ＝ｃＥｔ ヌクレオシドである。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓのいずれかのパターンで、ヌクレオシド間結合を含み、式中、ｓ＝ホスホロチオネート結合、及びｏ＝ホスホジエステル結合である。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは２０個の結合ヌクレオシドからなる。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは１９個の結合ヌクレオシドからなる。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは１８個の結合ヌクレオシドからなる。
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは１７個の結合ヌクレオシドからなる。
本明細書で提供される組成物は、先行クレームのいずれかに係る化合物またはその塩と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む。
本明細書で提供される方法は、先行クレームのいずれかに係る化合物または組成物を動物に投与することを含む。
ある特定の実施形態において、動物はヒトである。
ある特定の実施形態において、化合物の投与は、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連する疾患、障害、または状態を予防し、治療し、緩和し、または進行を遅らせる。
ある特定の実施形態において、化合物の投与は、Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸長に関連する疾患、障害、または状態を予防し、治療し、緩和し、または進行を遅らせる。
ある特定の実施形態において、上記疾患、障害、または状態は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である。
ある特定の実施形態において、上記投与は核内フォーカスを低下させる。
ある特定の実施形態において、上記投与はＣ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳生成物の発現を減らす。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物はポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである。
神経変性障害を処置する薬物の製造のためのものｍ先行クレームのいずれかの化合物または組成物の使用を本明細書で提供する。
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体のエクソン１Ａの開始部位から始まってエクソン１Ｂの開始部位までを標的にするアンチセンス化合物を投与することによって、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に阻害する方法を本明細書で提供する。
アンチセンス化合物
オリゴマー化合物には、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴヌクレオチド模倣体、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及びｓｉＲＮＡが含まれるが、これらに限定されない。オリゴマー化合物は、標的核酸に対して「アンチセンス」であってもよく、これは、水素結合を介して標的核酸へのハイブリダイゼーションを受けることができることを意味する。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’から３’の方向に書かれると、それが標的とする、標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む、核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’から３’の方向に書かれると、それが標的とする、標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む、核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、長さが１２から３０サブユニットである。言い換えれば、そのようなアンチセンス化合物は、１２〜３０個のサブユニットが結合したものである。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８〜８０、１２〜５０、１５〜３０、１８〜２４、１９〜２２、または２０個のサブユニットが結合したものである。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０個の結合したサブユニットであるか、または上述の値のうちのいずれか２つによって定義される範囲である。いくつかの実施形態において、アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、結合したサブユニットは、ヌクレオシドである。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、短縮またはトランケートされてもよい。例えば、単一のサブユニットが、５’末端から欠失してもよく（５’トランケーション）、またはそれに代わるものとして、３’末端から欠失してもよい（３’トランケーション）。Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とする短縮またはトランケートされたアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物の２つのサブユニットが５’末端から欠失していてもよく、またはそれに代わるものとして、２つのサブユニットが、３’末端から欠失していてもよい。あるいは、欠失したヌクレオシドは、アンチセンス化合物全体に分散していてもよく、例えば、あるアンチセンス化合物では、１つのヌクレオシドが５’末端から欠失しており、１つのヌクレオシドが３’末端から欠失している。
延長されたアンチセンス化合物に単一の付加サブユニットが存在する場合、付加サブユニットは、アンチセンス化合物の５’または３’末端に位置してもよい。２つ以上の付加サブユニットが存在する場合、付加されたサブユニットは、互いに隣接してもよく、例えば、あるアンチセンス化合物では、２つのサブユニットが、アンチセンス化合物の５’末端に付加（５’付加）、またはその代わりとして、３’末端に付加（３’付加）されている。あるいは、付加されたサブユニットは、アンチセンス化合物の全体を通じて（例えば、５’末端に加えられる１つのサブユニットと３’末端に加えられる１つのサブユニットとがあるアンチセンス化合物において）、分散してもよい。
活性を増加または減少させることなく、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のアンチセンス化合物の長さを増加もしくは減少させること、及び／またはミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５−７３０９，１９９２）では、卵母細胞注射モデルにおいて、長さが１３〜２５核酸塩基の一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドに対して、標的ＲＮＡの切断を誘導する能力についての試験が行われた。アンチセンスオリゴヌクレオチドの末端付近に８または１１個のミスマッチ塩基を有する、長さが２５核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含有しないアンチセンスオリゴヌクレオチドより低い程度であったが、標的ｍＲＮＡの特異的な切断を導くことが可能であった。同様に、１または３つのミスマッチを有するものを含む、１３核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して、標的特異的切断が達成された。
Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ−２ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、ｂｃｌ−ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、インビトロ及びインビボでｂｃｌ−２及びｂｃｌ−ｘＬの両方の発現を低減させる能力を実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドは、インビボで強力な抗腫瘍活性を示した。
Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびに、このタンデムアンチセンスオリゴヌクレオチドのうちの２または３つの配列から構成される、それぞれ２８及び４２核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドに、ウサギ網状赤血球アッセイにおいてそれらがヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させる能力について、試験を行った。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは、２８または４２核酸塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドよりも控えめなレベルであるものの、単独で、翻訳を阻害することができた。
アンチセンス化合物モチーフ
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス化合物は、パターンまたはモチーフに配置された化学修飾サブユニットを有し、アンチセンス化合物に対して、特性、例えば、阻害活性の強化、標的核酸に対する結合親和性の増加、またはインビボでのヌクレアーゼによる分解に対する耐性を、付与する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的に、ヌクレアーゼ分解に対する耐性の増加、細胞取り込みの増加、標的核酸に対する結合親和性の増加、及び／または阻害活性の増加を付与することができるように修飾された、少なくとも１つの領域を含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅＨの基質として、任意に機能することが可能である。
ギャップマーモチーフを有するアンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物と見なされる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内部領域は、内部領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外部領域の間に位置付けられる。ギャップマーモチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの場合、ウイングセグメントが修飾ヌクレオシドを含むのに対し、ギャップセグメントは、概して、エンドヌクレアーゼ切断のための基質として機能する。ある特定の実施形態において、ギャップマーの領域は、それぞれの異なる領域を含む糖部分の種類によって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分の種類としては、ある特定の実施形態において、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドには、とりわけ、２’−ＭＯＥ、及び２’−Ｏ−ＣＨ３が含まれ得る）、ならびに二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドには、４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎ＝１またはｎ＝２である）及び４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’を有するものが含まれ得る）を挙げることができる。好ましくは、それぞれの異なる領域が、一様な糖部分を含む。ウイング−ギャップ−ウイングのモチーフは、多くの場合、「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載され、ここで、「Ｘ」は、５’ウイング領域の長さを表し、「Ｙ」は、ギャップ領域の長さを表し、「Ｚ」は、３’ウイング領域の長さを表す。本明細書に使用される際、「Ｘ−Ｙ−Ｚ」として記載されるギャップマーは、ギャップセグメントが、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントのそれぞれに直接隣接して位置付けられるような構成を有する。したがって、５’ウイングセグメントとギャップセグメントとの間、またはギャップセグメントと３’ウイングセグメントとの間に、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載されるアンチセンス化合物のいずれも、ギャップマーモチーフを有し得る。一部の実施形態では、Ｘ及びＺは同じであり、他の実施形態では、異なる。好ましい実施形態では、Ｙは、８から１５個のヌクレオチドである。Ｘ、Ｙ、またはＺは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、またはそれ以上のヌクレオチドのいずれかであり得る。したがって、本明細書に記載されるギャップマーとして、限定されるものではないが、例えば、５−１０−５、５−１０−４、４−１０−４、４−１０−３、３−１０−３、２−１０−２、５−９−５、５−９−４、４−９−５、５−８−５、５−８−４、４−８−５、５−７−５、４−７−５、５−７−４、または４−７−４が挙げられる。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ウイング−ギャップまたはギャップ−ウイング構成、すなわち、ギャップマー構成に関して上に記載される、Ｘ−ＹまたはＹ−Ｚ構成を有する、「ウイングマー（ｗｉｎｇｍｅｒ）」モチーフを有する。したがって、本明細書に記載されるウイングマー構成として、限定されるものではないが、例えば、５−１０、８−４、４−１２、１２−４、３−１４、１６−２、１８−１、１０−３、２−１０、１−１０、８−２、２−１３、５−１３、５−８、または６−８が挙げられる。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、５−１０−５ギャップマーモチーフを有する。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、５−８−５ギャップマーモチーフを有する。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス化合物は、ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅｅ、ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、及びｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅのいずれかのパターンで、糖の修飾を有する。式中、ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、及びｋ＝ｃＥｔヌクレオシドである。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ギャップ縮小モチーフを有する。Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするギャップ縮小アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５、４、３、２、または１個の化学修飾ヌクレオシドのウイングセグメントに直接隣接して、かつそれらの間に位置付けられる、９、８、７、または６個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントを有する。ある特定の実施形態において、化学修飾は二環式糖を含む。ある特定の実施形態において、二環式糖は、４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎは１または２である）及び４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’から選択される、４’〜２’架橋を含む。ある特定の実施形態において、二環式糖は、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む。ある特定の実施形態において、化学修飾は、非二環式２’−修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態において、非二環式２’−修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチルエチル基または２’−Ｏ−メチル基を含む。
標的核酸、標的領域、及びヌクレオチド配列
Ｃ９ＯＲＦ７２をコードするヌクレオチド配列として、限定されるものではないが、以下のものが挙げられる。すなわち、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１の補体（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、核酸塩基２７５３５０００〜２７５６５０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＴ＿００８４１３．１８（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＢＱ０６８１０８．１（配列番号３として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿０１８３２５．３（配列番号４として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＤＮ９９３５２２．１（配列番号５として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿１４５００５．５（配列番号６として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＤＢ０７９３７５．１（配列番号７として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＢＵ１９４５９１．１（配列番号８として本明細書に組み込まれる）、配列識別子４１４１＿０１４＿Ａ（配列番号９として本明細書に組み込まれる）、配列識別子４００８＿７３＿Ａ（配列番号１０として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオシド８５２２０００〜８５５２０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＷ＿００１１０１６６２．１（配列番号１９として本明細書に組み込まれる）。
本明細書に含まれる実施例において、各配列番号に記載される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対するいずれの修飾とも独立していることを理解されたい。したがって、配列番号によって定義されるアンチセンス化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する１つ以上の修飾を含んでもよい。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ）によって記載されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列及びモチーフの組み合わせを示す。
ある特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に定義された領域である。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エクソン／イントロンジャンクション、コード領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の定義された核酸領域を包含してもよい。Ｃ９ＯＲＦ７２の構造的に定義された領域は、ＮＣＢＩ等の配列データベースからの受託番号により得ることができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の１つの標的セグメントの５’標的部位から、同じ標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を包含し得る。
標的にすることには、所望の効果が生じるように、アンチセンス化合物がハイブリダイズする少なくとも１つの標的セグメントを決定することが含まれる。ある特定の実施形態において、所望の効果は、ｍＲＮＡ標的核酸レベルの低減である。ある特定の実施形態において、所望の効果は、標的核酸によってコードされるタンパク質のレベルの低減、または標的核酸と関連する表現型の変化である。
標的部位は、１つまたは複数の標的セグメントを含んでもよい。標的領域内の複数の標的セグメントは、重複してもよい。あるいは、それらは重複しなくてもよい。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、約３００個を超えないヌクレオチドによって分離される。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上のいくつかのヌクレオチド、すなわち、約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個のヌクレオチド、このような個数を超えないヌクレオチド、おおよそこれらの数値を超えないヌクレオチド、または前述の値のうちの任意の２つによって定義される範囲のヌクレオチドによって、分離される。ある特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の５個を超えない、または約５個を超えないヌクレオチドによって分離される。ある特定の実施形態において、標的セグメントは、連続している。本明細書に列挙される５’標的部位または３’標的部位のいずれかである開始核酸を有する範囲によって定義される標的領域が、企図される。
適切な標的セグメントを、５’ＵＴＲ、コード領域、３’ＵＴＲ、イントロン、エクソン、またはエクソン／イントロンジャンクション内に見出すことが可能である。開始コドンまたは終止コドンを含有する標的セグメントもまた、適切な標的セグメントである。適切な標的セグメントは、開始コドンまたは終止コドン等、ある特定の構造的に定義される領域を特異的に排除してもよい。
適切な標的セグメントの決定には、ゲノム全体にわたって標的核酸の配列と他の配列とを比較することが含まれ得る。例えば、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して、異なる核酸間の類似領域を識別することが可能である。この比較により、非特異的な様式で選択された標的核酸以外の配列（すなわち、非標的または標的外配列）にハイブリダイズ可能なアンチセンス化合物配列の選択を防止することができる。
標的領域内でのアンチセンス化合物の活性（例えば、標的核酸レベルの低減率によって定義される）は、変動する場合がある。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの低減は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の抑制を示す。Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質のレベルの低減もまた、標的ｍＲＮＡ発現の抑制を示す。伸長Ｃ９ＯＲＦ７２ ＲＮＡフォーカスの存在の低減は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害を示す。さらに、表現型の変化は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害を示す。例えば、運動機能及び呼吸の改善は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害を示し得る。
ハイブリダイゼーション
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーションが、本明細書に開示されるアンチセンス化合物とＣ９ＯＲＦ７２核酸との間に生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な作用は、核酸分子の相補的核酸塩基間での水素結合（例えば、ワトソンクリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合）を伴う。
ハイブリダイゼーションは、多様な条件下で生じ得る。ストリンジェント条件は、配列依存性であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質及び組成によって決定される。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能かどうかを判定する方法は、当該技術分野で周知である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
相補性
アンチセンス化合物及び標的核酸は、アンチセンス化合物の十分な数の核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と水素結合しることができ、所望の効果（例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸等の標的核酸のアンチセンス阻害）が生じるようになる場合、互いに相補的である。
アンチセンス化合物が標的核酸に特異的にハイブリダイズした状態を保つことができるならば、アンチセンス化合物とＣ９ＯＲＦ７２核酸の間で非相補的核酸塩基が許容される場合がある。さらに、アンチセンス化合物は、介在または隣接セグメント（例えば、ループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）が、ハイブリダイゼーションイベントに関与しないように、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物またはその特定の部分は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸、標的領域、標的セグメント、またはその特定の部分に対して、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的であるか、または少なくともこれらの割合で相補的である。アンチセンス化合物と標的核酸との相補性パーセントは、日常的な方法を使用して決定され得る。
例えば、アンチセンス化合物の２０個の核酸塩基中１８個が標的領域に相補的であり、したがって、特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を表すであろう。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、密集していても、相補的核酸塩基とともに分散されてもよく、互いにまたは相補的核酸塩基に、連続している必要はない。したがって、長さが１８核酸塩基であり、標的核酸と完全に相補性の２つの領域が隣接する４（４つの）非相補的核酸塩基を有するアンチセンス化合物は、標的核酸と７７．８％の全体的な相補性を有し、そのため、本発明の範囲内に含まれるであろう。アンチセンス化合物と標的核酸の領域とのパーセント相補性は、当該技術分野で既知のＢＬＡＳＴプログラム（基本的なローカルアライメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラムを使用して、日常的に決定され得る（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， １９９０， ２１５， ４０３ ４１０； Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９９７， ７， ６４９ ６５６）。パーセント相同性、配列同一性、または相補性は、例えば、初期設定を使用して、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ． Ａｐｐｌ． Ｍａｔｈ．， １９８１， ２， ４８２ ４８９）を用いるＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ， Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ， Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ）によって判定することができる。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物またはその特定の部分は、標的核酸またはその特定の部分に完全に相補的（すなわち、１００％相補的）である。例えば、アンチセンス化合物は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸、またはその標的領域、または標的セグメント、または標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書に使用される際、「完全に相補的」とは、アンチセンス化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合できることを意味する。例えば、２０核酸塩基のアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物に完全に相補的な標的核酸の対応する２０核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長である標的配列に完全に相補的である。完全に相補的とは、第１及び／または第２の核酸の特定の部分を参照して使用することもできる。例えば、３０核酸塩基のアンチセンス化合物の２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長の標的配列に「完全に相補的」であり得る。３０核酸塩基のオリゴヌクレオチドの２０核酸塩基部分は、標的配列が対応する２０核酸塩基部分を有する場合、標的配列に完全に相補的であり、ここで、各核酸塩基は、アンチセンス化合物の２０核酸塩基部分に相補的である。同時に、３０核酸塩基のアンチセンス化合物全体は、アンチセンス化合物の残りの１０核酸塩基もまた標的配列に相補的かどうかに応じて、標的配列に完全に相補的であり得るか、またはそうでない場合もある。
非相補的核酸塩基の位置は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端であってもよい。あるいは、非相補的核酸塩基（複数可）は、アンチセンス化合物の内部位置にあってもよい。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは、連続（すなわち、結合）または非連続であってもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドのウイングセグメントに位置する。
ある特定の実施形態において、長さが１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０核酸塩基、または最大でこれらの数の核酸塩基であるアンチセンス化合物は、標的核酸、例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸またはその特定の部分に対して、４個を超えない、３個を超えない、２個を超えない、または１個を超えない非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
ある特定の実施形態において、長さが１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基であるか、または最大でこれらの数の核酸塩基であるアンチセンス化合物は、標的核酸、例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸、またはその特定の部分に対して、６個を超えない、５個を超えない、４個を超えない、３個を超えない、２個を超えない、または１個を超えない非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
本明細書に提供されるアンチセンス化合物には、標的核酸の一部分に相補的なものも含まれる。本明細書に使用される際、「部分」とは、標的核酸の領域またはセグメント内の一定数の連続する（すなわち、結合した）核酸塩基を指す。「部分」はまた、アンチセンス化合物の一定数の連続する核酸塩基も指し得る。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも８核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも９核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１０核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１１核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１２核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１３核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１４核酸塩基部分に相補的である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、標的セグメントの少なくとも１５核酸塩基部分に相補的である。標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、もしくはそれ以上、またはこれらの値のうちの任意の２つによって定義される範囲の核酸塩基部分に相補的である、アンチセンス化合物もまた企図される。
同一性
本明細書に提供されるアンチセンス化合物はまた、特定のヌクレオチド配列、配列番号、または特定のＩｓｉｓ番号によって表される化合物もしくはその部分に対して、一定の同一性パーセントを有し得る。本明細書に使用される際、アンチセンス化合物は、同じ核酸塩基対合能力を有する場合、本明細書に開示される配列と同一である。例えば、開示されるＤＮＡ配列において、チミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、ウラシルとチミジンのいずれもアデニンと対合するため、このＤＮＡ配列に同一であると見なされる。本明細書に記載されるアンチセンス化合物の短縮または延長されたバージョン、ならびに本明細書に提供されるアンチセンス化合物に対して非同一塩基を有する化合物もまた、企図される。非同一塩基は、互いに隣接していてもよく、またはアンチセンス化合物全体に分散していてもよい。アンチセンス化合物の同一性パーセントは、比較される配列に対して同一の塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはその部分は、本明細書に開示されるアンチセンス化合物もしくは配列番号、またはそれらの部分のうちの１つ以上に、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の一部分を、標的核酸の等長部分と比較する。ある特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸の等長部分と比較する。
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドの一部分を、標的核酸の等長部分と比較する。ある特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸の等長部分と比較する。
修飾
ヌクレオシドは、塩基−糖の組み合わせである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基としても知られる）部分は、通常、複素環式塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合したリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドについては、リン酸基は、糖の２’、３’、または５’ヒドロキシル部分に結合し得る。オリゴヌクレオチドは、互いに隣接するヌクレオシドの共有結合を通じて形成され、線状のポリマーオリゴヌクレオチドを形成する。オリゴヌクレオチド構造内で、リン酸基は、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合を形成すると称される。
アンチセンス化合物に対する修飾は、ヌクレオシド間結合、糖部分、または核酸塩基に対する置換または変化を包含する。修飾アンチセンス化合物は、多くの場合、例えば、細胞取り込みの強化、核酸標的に対する親和性の強化、ヌクレアーゼの存在下での安定性の増加、または阻害活性の増加といった、望ましい特性のため、天然の形態よりも好ましい。
化学修飾ヌクレオシドはまた、短縮または切除されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの、その標的核酸に対する結合親和性を増加させるために用いられてもよい。その結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有するより短いアンチセンス化合物では、多くの場合、同等の結果を得ることができる。
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’から５’のホスホジエステル結合である。１つまたは複数の修飾された、すなわち、天然に存在しない、ヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物は、多くの場合、例えば、細胞取り込みの強化、標的核酸に対する親和性の強化、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増加といった所望の特性のため、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物よりも優先して、選択される。
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合、ならびにリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は、周知である。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、アンチセンス化合物全体にわたって分散される。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、少なくとも１つのホスホジエステル結合と少なくとも１つのホスホロチオネート結合とを含む。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、及びｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ（式中、ｓ＝ホスホロチオネート結合、及びｏ＝ホスホジエステル結合である）のパターンのいずれかで、ヌクレオシド間結合を所有する。
修飾糖部分
アンチセンス化合物は、任意で、糖基が修飾されている１つまたは複数のヌクレオシドを含有し得る。そのような糖修飾ヌクレオシドは、ヌクレアーゼ安定性の強化、結合親和性の増加、または何らかの他の有益な生物学的特性を、アンチセンス化合物に付与し得る。ある特定の実施形態において、ヌクレオシドは、化学修飾リボフラノース環部分を含む。化学修飾リボフラノース環の例として、限定されるものではないが、置換基の付加（５’及び２’置換基を含む、二環式核酸（ＢＮＡ）を形成するための非ジェミナル環原子の架橋、リボシル環酸素原子のＳ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）との置き換え（Ｒ、Ｒ１、及びＲ２は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）、ならびにこれらの組み合わせが挙げられる。化学修飾糖の例としては、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（他の開示された５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、２００８年８月２１日公開のＰＣＴ国際出願ＷＯ２００８／１０１１５７号を参照されたい）、またはリボシル環酸素原子とＳとの置き換えと２’位でのさらなる置換（２００５年６月１６日公開のＵ．Ｓ．特許出願ＵＳ２００５−０１３０９２３号を参照されたい）、または代替として、ＢＮＡの５’置換（２００７年１１月２２日公開のＰＣＴ国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１号を参照されたく、ここで、ＬＮＡは、例えば５’−メチルまたは５’−ビニル基で置換される）が挙げられる。
修飾糖部分を有するヌクレオシドの例としては、限定されるものではないが、５’−ビニル、５’−メチル（ＲまたはＳ）、４’−Ｓ、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ、及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。２’位での置換基はまた、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｌ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され得、ここで、各Ｒｌ、Ｒｍ、及びＲｎは、独立して、Ｈであるか、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。
本明細書に使用される際、「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾ヌクレオシドのことをいう。そのような二環式ヌクレオシドの例として、限定されるものではないが、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子との間の架橋が挙げられる。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるアンチセンス化合物は、４’−２’架橋を含む１つまたは複数の二環式ヌクレオシドを含む。そのような４’−２’架橋二環式ヌクレオシドの例として、限定されるものではないが、次の式のうちの１つが挙げられる。４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）、４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’、及び４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びそれらの類似体、２００８年７月１５日に発行されたＵＳ７，３９９，８４５を参照されたい）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００９年１月８日に公開された公開国際出願ＷＯ／２００９／００６４７８を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体、２００８年１２月１１日に公開された公開国際出願ＷＯ／２００８／１５０７２９を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（２００４年９月２日に公開されたＵ．Ｓ．特許公開ＵＳ２００４−０１７１５７０を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（式中、Ｒは、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である）（２００８年９月２３日に発行されたＵ．Ｓ．特許出願ＵＳ７，４２７，６７２を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４）、及び４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体、２００８年１２月８日に公開された公開国際出願ＷＯ２００８／１５４４０１を参照されたい）。
二環式ヌクレオシドに関連するさらなる報告は、公開文献にも見出すことができる（例えば、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６） ８３６２−８３７９、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７、及びＯｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３、Ｕ．Ｓ．特許第６，２６８，４９０号、ＵＳ６，５２５，１９１、ＵＳ６，６７０，４６１、ＵＳ６，７７０，７４８、ＵＳ６，７９４，４９９、ＵＳ７，０３４，１３３、ＵＳ７，０５３，２０７、ＵＳ７，３９９，８４５、ＵＳ７，５４７，６８４、及びＵＳ７，６９６，３４５、Ｕ．Ｓ．特許公開番号ＵＳ２００８−００３９６１８、ＵＳ２００９−００１２２８１、Ｕ．Ｓ．特許出願一連番号６０／９８９，５７４、６１／０２６，９９５、６１／０２６，９９８、６１／０５６，５６４、６１／０８６，２３１、６１／０９７，７８７、及び６１／０９９，８４４、公開ＰＣＴ国際出願ＷＯ１９９４／０１４２２６、ＷＯ２００４／１０６３５６、ＷＯ２００５／０２１５７０、ＷＯ２００７／１３４１８１、ＷＯ２００８／１５０７２９、ＷＯ２００８／１５４４０１、及びＷＯ２００９／００６４７８を参照されたい）。前述の二環式ヌクレオシドのそれぞれは、例えば、α−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノースを含む、１つまたは複数の立体化学糖構成を有するように調製することができる（ＷＯ９９／１４２２６として、１９９９年３月２５日公開のＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３号を参照されたい）。
ある特定の実施形態において、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分は、限定されるものではないが、ペントフラノシル糖部分の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物を含む。ここで、そのような架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１個または２−４個の結合基を含み、式中、ｘは、０、１、または２であり、ｎは、１、２、３、または４であり、各Ｒａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
ある特定の実施形態において、二環式糖部分の架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−、または−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−である。ある特定の実施形態において、架橋は、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’−であり、式中、各Ｒは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、異性体構成によってさらに、定義される。例えば、４’−２’メチレン−オキシ架橋を含むヌクレオシドは、α−Ｌ構成またはβ−Ｄ構成にあってもよい。以前に、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、アンチセンス活性を示すアンチセンスオリゴヌクレオチド中に組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
ある特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドとして、限定されるものではないが、下に示されるような、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、及び（Ｆ）メチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｇ）メチレン−チオ（４’−ＣＨ２−Ｓ−２’）ＢＮＡ、（Ｈ）メチレン−アミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｉ）メチル炭素環式（４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’）ＢＮＡ、及び（Ｊ）プロピレン炭素環式（４’−（ＣＨ２）３−２’）ＢＮＡが挙げられる。
式中、Ｂｘは、塩基部分であり、Ｒは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
ある特定の実施形態において、式Ｉ：
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、−Ｑａ−Ｑｂ−Ｑｃ−は、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒｃ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−、または−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−ＣＨ２であり、Ｒｃは、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルまたはアミノ保護基であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合である。
ある特定の実施形態において、式ＩＩ：
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合であり、Ｚａは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオール、または置換チオである。
一実施形態において、置換された基のそれぞれは、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ、及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄから独立して選択される置換基で一置換または多置換され、式中、各Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅは、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、または置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、Ｘは、ＯまたはＮＪｃである。
ある特定の実施形態において、式ＩＩＩ
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合であり、Ｚｂは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）−）である。
ある特定の実施形態において、式ＩＶ：
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合であり、Ｒｄは、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり、各ｑａ、ｑｂ、ｑｃ、及びｑｄは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、もしくは置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アシル、置換アシル、Ｃ１−Ｃ６アミノアルキル、または置換Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルである。
ある特定の実施形態において、式Ｖ：
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合であり、ｑａ、ｑｂ、ｑｅ、及びｑｆはそれぞれ、独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、またはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであるか、あるいはｑｅ及びｑｆは一緒に、＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである。
メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡモノマーアデニン、シトシン、グアニン、５−メチルーシトシン、チミン、及びウラシルの合成及び調製と、それらのオリゴマー形成及び核酸認識特性については、記述されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。ＢＮＡ及びそれらの調製もまた、ＷＯ９８／３９３５２及びＷＯ９９／１４２２６に記載される。
メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ及び２’−チオ−ＢＮＡの類似体もまた、調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼのための基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖を含む、固定されたヌクレオシド類似体の調製もまた、記載されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらに、新規の立体配座的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’−アミノ−ＢＮＡの合成が、当該技術分野において記載されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。加えて、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＢＮＡが調製されており、相補的ＲＮＡ及びＤＮＡ鎖によるそれらの二重鎖の熱安定性が以前に報告されている。
ある特定の実施形態において、式ＶＩ：
を有する二環式ヌクレオシドが提供され、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、複合基、反応リン基、リン部分、または支持媒体への共有結合であり、各ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ、及びｑｌは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルコキシル、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、またはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、ｑｉ及びｑｊまたはｑｌ及びｑｋは一緒に、＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、式中、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである。
４’−（ＣＨ２）３−２’架橋及びアルケニル類似体架橋４’−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−２’を有する１つの炭素環式二環式ヌクレオシドが記載されている（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０）。また、炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製が、それらのオリゴマー化ならびに生化学的研究とともに、記載されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９）。
本明細書では、「４’−２’二環式ヌクレオシド」または「４’−２’二環式ヌクレオシド」とは、糖環の２’炭素原子と４’炭素原子とを接続するフラノース環の２個の炭素原子を接続する架橋を含むフラノース環を含む二環式ヌクレオシドのことをいう。
本明細書では、「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分ではない修飾された糖部分を含むヌクレオシドのことをいう。ある特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体は、任意の位置において修飾または置換されてもよい。ある特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体は、任意の位置において、修飾または置換されてもよい。
本明細書では、「２’修飾糖」とは、２’位において修飾されたフラノシル糖を意味する。ある特定の実施形態において、そのような修飾は、置換及び非置換アルコキシ、置換及び非置換チオアルキル、置換及び非置換アミノアルキル、置換及び非置換アルキル、置換及び非置換アリル、ならびに置換及び非置換アルキニルを含むが、これらに限定されないハロゲン化物から選択される置換基を含む。ある特定の実施形態において、２’修飾は、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２を含むが、これらに限定されない置換基から選択され、式中、ｎ及びｍは、１〜約１０である。他の２’置換基はまた、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリル、もしくはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、Ｆ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、薬物動態特性を改善するための基、またはアンチセンス化合物の薬力学的特性を改善するための基、及び類似した特性を有する他の置換基からも選択することができる。ある特定の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥ側鎖を含む（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，１１９４４−１２０００）。そのような２’−ＭＯＥ置換は、非修飾ヌクレオシド、ならびに２’−Ｏ−メチル、Ｏ−プロピル、及びＯ−アミノプロピル等の他の修飾ヌクレオシドと比較して、改善された結合親和性を有することが記載されている。２’−ＭＯＥ置換基を有するオリゴヌクレオチドもまた、インビボでの使用に有望な特徴を有する、遺伝子発現のアンチセンス阻害物質であることが示されている（Ｍａｒｔｉｎ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｉｍｉａ，１９９６，５０，１６８−１７６、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．，１９９６，２４，６３０−６３７、及びＡｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９７，１６，９１７−９２６）。
本明細書では、「修飾されたテトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾されたＴＨＰヌクレオシド」とは、通常のヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基の代わりに置換された６員テトラヒドロピラン「糖」を有するヌクレオシドを意味する（糖代替物）。修飾されたＴＨＰヌクレオシドは、当該技術分野でヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール（ａｎｉｔｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、マンニトール核酸（ｍａｎｉｔｏｌ）（ＭＮＡ）（Ｌｅｕｍａｎｎ， Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０：８４１−８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）と称されるもの、または式ＶＩＩ：
を有する化合物が含まれるが、これらに限定されず、式中、式ＶＩＩの当該少なくとも１つのテトラヒドロピランヌクレオシド類似体のそれぞれについて、独立して、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分であり、Ｔａ及びＴｂはそれぞれ、独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に結合するヌクレオシド間結合基であるか、あるいはＴａ及びＴｂのうちの１つが、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体とアンチセンス化合物とを結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔａ及びＴｂのうちのもう１つが、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合複合基、または５’もしくは３’末端基であり、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、水素、ヒドロキシル、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮから選択され、式中、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである。
ある特定の実施形態において、式ＶＩＩの修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、式中、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、それぞれ、Ｈである。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外のものである。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態において、式ＶＩＩのＴＨＰヌクレオシドが提供され、式中、Ｒ１及びＲ２のいずれか１つは、フルオロである。ある特定の実施形態において、Ｒ１はフルオロであり、Ｒ２はＨである、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨ水素である、及びＲ１はＨであり、Ｒ２はメトキシエトキシである。
本明細書では、「２’修飾」または「２’置換」とは、２’位において、ＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を含むヌクレオシドのことをいう。２’修飾ヌクレオシドは、その中で糖環の２個の炭素原子を結合する架橋が２’炭素及び糖環の別の炭素を結合する、二環式ヌクレオシド、ならびにアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）等の非架橋２’置換基を有するヌクレオシドを含むが、これらに限定されず、式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。２’修飾ヌクレオシドは、例えば、糖の他の位置における及び／または核酸塩基における、他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書では、「２’−Ｆ」とは、２’位においてフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドのことをいう。
本明細書では、「２’−ＯＭｅ」または「２’−ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メチル」はそれぞれ、糖環の２’位において−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドのことをいう。
本明細書では、「ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」はそれぞれ、糖環の２’位において−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドのことをいう。
本明細書では、「オリゴヌクレオチド」とは、複数の結合したヌクレオシドを含む化合物のことをいう。ある特定の実施形態において、複数のヌクレオシドのうちの１つ以上が修飾される。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
アンチセンス化合物への組み込み用にヌクレオシドを修飾するために使用され得る、多くの他の二環及び三環糖代用環系も、当該技術分野において既知である（例えば、総説：Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）。そのような環系は、活性を強化するために、種々の追加の置換を受け得る。
修飾糖の調製方法は、当業者に周知である。
修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾、またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、修飾糖部分を有する、１つまたは複数のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は、２’−ＭＯＥである。ある特定の実施形態において、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドは、ギャップマーモチーフで配置される。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）架橋基を有する二環式ヌクレオシドである。ある特定の実施形態において、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）修飾ヌクレオシドは、ギャップマーモチーフのウイング全体に配置される。
組成物及び薬学的組成物を製剤化するための方法
薬学的組成物または製剤を調製するために、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、薬学的に許容される活性または不活性物質と混合しもよい。薬学的組成物を製剤化するための組成物及び方法は、限定するものではないが、投与経路、疾患の範囲、及び投与される用量を含む、いくつかの基準に依存する。
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物と、適切な薬学的に許容される希釈剤または担体とを組み合わせることによって、薬学的組成物において用いることができる。薬学的に許容される希釈剤は、リン酸塩緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。ＰＢＳは、非経口的に送達される組成物の使用に適している希釈剤である。したがって、一実施形態では、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物と、薬学的に許容される希釈剤とを含む薬学的組成物が、本明細書に記載の方法に利用される。ある特定の実施形態において、薬学的に許容される希釈剤は、ＰＢＳである。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
アンチセンス化合物を含む薬学的組成物は、任意の薬学的に許容される塩、エステル、もしくはそのようなエステルの塩、またはヒトを含む動物に投与した際に、生物学的に活性な代謝物もしくはその残基を（直接的または間接的に）提供することができる任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示はまた、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的同等物に向けられる。適切な薬学的に許容される塩として、限定されるものではないが、ナトリウムとカリウム塩とが挙げられる。
プロドラッグは、活性のあるアンチセンス化合物を形成するべく、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断されるアンチセンス化合物の一方または両方の端部の付加的なヌクレオシドの取り込みを含むことができる。
コンジュゲート型アンチセンス化合物
アンチセンス化合物は、結果として得られるアンチセンスオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞取り込みを強化する、１つまたは複数の部分またはコンジュゲートに共有結合されてもよい。典型的なコンジュゲート基には、コレステロール部分及び脂質部分が含まれる。追加のコンジュゲート基には、炭水化物、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、及び色素が含まれる。
アンチセンス化合物はまた、例えば、ヌクレアーゼ安定性等の特性を強化するために、一般的にはアンチセンス化合物の一端または両端に付着する、１つまたは複数の安定化基を有するように修飾することができる。安定化基にはキャップ構造が含まれる。これらの終末の変異は終末の核酸があるアンチセンス化合物をエキソヌクレアーゼ低下から保護して、細胞の中での送達及び／または局在化を支援することができる。キャップは、５’末端（５’キャップ）もしくは３’末端（３’キャップ）に存在し得るか、または両方の末端に存在し得る。キャップ構造は、当技術分野において周知であり、例えば、逆位デオキシ脱塩基キャップが含まれる。ヌクレアーゼ安定性を付与するためにアンチセンス化合物の一端または両端をキャップするのに使用することができるさらなる３’及び５’安定化基には、第ＷＯ０３／００４６０２（２００３年１月１６日公開）に開示されるものが含まれる。
細胞培養及びアンチセンス化合物処理
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のレベル、活性、または発現に対するアンチセンス化合物の効果は、多様な細胞種において、インビトロで試験することができる。そのような分析に使用される細胞種は、市販の供給業者（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓｕｓ，ＶＡ、Ｚｅｎ−Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｒｉａｎｇｌｅ Ｐａｒｋ，ＮＣ、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から入手可能であり、供給業者の説明書に従って、市販入手可能な試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して培養される。例示的な細胞種としては、ＨｅｐＧ２細胞、Ｈｅｐ３Ｂ細胞、及び初代肝細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのインビトロ試験
アンチセンスオリゴヌクレオチドでの細胞の処理のための方法が本明細書に記載され、これは、他のアンチセンス化合物での処理のために適宜修正することができる。
一般に、細胞が培養液中おおよそ６０〜８０％の密集度に達したときに、細胞をアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞中に導入するのに一般的に使用される１つの試薬には、カチオン性脂質トランスフェクション試薬のＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）が挙げられる。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、ＯＰＴＩ−ＭＥＭ１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮと混合して、アンチセンスオリゴヌクレオチドの所望の最終濃度、及び典型的には１００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチド当たり２〜１２μｇ／ｍＬの範囲に及ぶＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の試薬として、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）が挙げられる。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、ＯＰＴＩ−ＭＥＭ１低濃度血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥと混合して、アンチセンスオリゴヌクレオチドの所望の最終濃度、及び典型的には１００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドあたり２〜１２μｇ／ｍＬの範囲に及ぶＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の技術として、エレクトロポレーションが挙げられる。
細胞を、日常的な方法によってアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理する。典型的には、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理の１６〜２４時間後に細胞を採取し、この時点で、標的核酸のＲＮＡまたはタンパク質レベルを、当該技術分野で既知及び本明細書に記載される方法によって、測定する。一般に、処理を複数の繰り返しで実施する場合、データは、その繰り返し処理の平均として提示される。
使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞系ごとに変動する。
特定の細胞系に最適なアンチセンスオリゴヌクレオチド濃度を決定する方法は、当該技術分野で周知である。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的に、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥを用いてトランスフェクトする場合、１ｎＭ〜３００ｎＭの範囲の濃度で使用される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、エレクトロポレーションを用いてトランスフェクトする場合、６２５〜２０，０００ｎＭの範囲のより高い濃度で使用される。
ＲＮＡ単離
ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで実施することができる。ＲＮＡ単離の方法は、当該技術分野において周知である。ＲＮＡは、当該技術分野で周知の方法を使用して、例えば、製造業者の推奨プロトコルに従って、ＴＲＩＺＯＬ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて調製される。
標的レベルまたは発現の阻害の分析
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のレベルまたは発現の阻害は、当該技術分野で既知の様々な手段でアッセイすることができる。例えば、標的核酸レベルは、例えば、ノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、または定量的リアルタイムＰＣＲによって、定量化することができる。ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで実施することができる。ＲＮＡ単離の方法は、当該技術分野において周知である。ノーザンブロット分析もまた、当該技術分野では日常的である。定量的リアルタイムＰＣＲは、簡便には、市販入手可能なＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ，ＣＡより入手可能）を使用して、製造業者の説明書に従って使用して達成することができる。
標的ＲＮＡレベルの定量的リアルタイムＰＣＲ分析
標的ＲＮＡレベルの定量化は、ＡＢＩＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ，ＣＡ）を製造業者の説明書に従って使用する、定量的リアルタイムＰＣＲによって達成することができる。定量的リアルタイムＰＣＲの方法は、当該技術分野において周知である。
リアルタイムＰＣＲに先立って、単離したＲＮＡを逆転写酵素（ＲＴ）反応に供し、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を生成した後に、これをリアルタイムＰＣＲ増幅の基質として使用する。ＲＴ反応及びリアルタイムＰＣＲ反応は 、同じ試料ウェルにおいて逐次的に実施する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲの試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）より入手される。ＲＴリアルタイムＰＣＲ反応は、当業者に周知の方法によって行う。
リアルタイムＰＣＲによって得られる遺伝子（またはＲＮＡ）標的の量は、シクロフィリンＡ等、その発現が一定である遺伝子の発現レベルを使用して、またはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて全ＲＮＡを定量化することによって、正規化される。シクロフィリンＡの発現は、標的と同時に実施するリアルタイムＰＣＲによって、多重化することによって、または別々に定量化される。全ＲＮＡは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ ＲＮＡ定量試薬（Ｉｎｖｅｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて定量化される。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮによるＲＮＡ定量化の方法は、Ｊｏｎｅｓ，Ｌ．Ｊ．ら（ＡｎａｌｙｔｉｃａｌＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９８，２６５，３６８−３７４）に教示されている。ＣＹＴＯＦＬＵＯＲ ４０００機器（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ蛍光を測定する。
プローブ及びプライマーは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸とハイブリダイズするように設計される。リアルタイムＰＣＲのプローブ及びプライマーを設計する方法には、当該技術分野で周知であり、ＰＲＩＭＥＲ ＥＸＰＲＥＳＳソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ，ＣＡ）等のソフトウェアの使用が含まれ得る。
タンパク質レベルの分析
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のアンチセンス阻害は、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質レベルを測定することによって評価することができる。Ｃ９ＯＲＦ７２のタンパク質レベルは、免疫沈降、ウエスタンブロット分析（免疫ブロット法）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、定量的タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えば、カスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学、免疫細胞化学、または蛍光活性化細胞分類法（ＦＡＣＳ）といった、当該技術分野で周知の多様な手段で評価または定量化することができる。標的を対象とする抗体は、抗体のＭＳＲＳカタログ（Ａｅｒｉｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，ＢｉＲｍｉｎｇｈａｍ，ＭＩ）等の多様な供給源から特定及び入手することができるか、または当該技術分野で周知の従来的なモノクローナルもしくはポリクローナル抗体生成方法によって調製することができる。マウス、ラット、サル、及びヒトＣ９ＯＲＦ７２の検出に有用な抗体は、市販入手可能である。
アンチセンス化合物のインビボ試験
アンチセンス化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、それらがＣ９ＯＲＦ７２の発現を阻害し、表現型の変化、例えば運動機能及び呼吸の改善をもたらす能力を評価するために、動物において試験する。ある特定の実施形態において、運動機能は、動物においてロータロッド、握力、棒登り、オープンフィールド行動、バランスビーム、後肢足跡試験によって測定される。ある特定の実施形態において、呼吸は、動物において全身プレチスモグラフ、侵襲的抵抗（ｉｎｖａｓｉｖｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）、及びコンプライアンス測定によって、測定される。試験は、正常な動物において、または実験的な疾患モデルにおいて実施され得る。動物への投与のために、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）または人工脳脊髄液（ａＣＳＦ）等の薬学的に許容される希釈剤中に製剤化される。投与は、腹腔内、静脈内、及び皮下といった非経口の投与経路と、脳室内または髄腔内といった中枢投与経路とを含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドの投薬量及び投与頻度の計算は、当業者の能力の範囲内であり、投与経路及び動物の体重といった要因に依存する。アンチセンスオリゴヌクレオチドでの処理期間の後、ＲＮＡを、ＣＮＳ組織またはＣＳＦから単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸発現における変化を測定する。
Ｃ９ＯＲＦ７２の標的化
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡプロセシングの任意の段階においてＣ９ＯＲＦ７２核酸とハイブリダイズし得る。例えば、ｍＲＮＡ前駆体または成熟ｍＲＮＡに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書に記載される。さらに、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸の任意の要素とハイブリダイズし得る。例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のエクソン、イントロン、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、反復領域、ヘキサヌクレオチド反復伸長、スプライスジャンクション、エクソン：エクソンスプライスジャンクション、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソン１ａ、エクソン１ｂ、エクソン１ｃ、エクソン１ｄ、エクソン１ｅ、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、イントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、またはイントロン１０に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書に記載される。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体とハイブリダイズする。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のある特定の変異体と選択的にハイブリダイズする。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２の変異体と選択的にハイブリダイズする。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復を含有するｍＲＮＡ前駆体変異体と選択的にハイブリダイズする。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２のｍＲＮＡ前駆体変異体には、配列番号１〜３及び６〜１０が含まれる。ある特定の実施形態において、そのようなヘキサヌクレオチド反復伸長は、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、またはＧＧＧＧＣＧのいずれかの少なくとも２４回の反復を含む。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体の発現を阻害する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体の発現を同等に阻害する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２の１つまたは複数の変異体の発現を選択的に阻害する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２の変異体の発現を選択的に阻害する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体の発現を選択的に阻害する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の発現を本明細書に記載される選択的に阻害する。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２のｍＲＮＡ前駆体変異体には、配列番号１〜３及び６〜１０が含まれる。ある特定の実施形態において、そのようなヘキサヌクレオチド反復伸長は、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、またはＧＧＧＧＣＧのいずれかの少なくとも２４回の反復を含む。ある特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、核内フォーカスを形成する。ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、核内フォーカスを低減させるのに有用である。核内フォーカスは、フォーカスを有する細胞のパーセント、ならびに細胞１つあたりのフォーカスの数に関して、低減され得る。
いくつかの病原性関連変異体の選択的阻害
本明細書中のいくつかの例において、プライマープローブセットＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセッシングされたｍＲＮＡ変異体（例えばＮＭ＿００１２５６０５４．１）を検出する。ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体からプロセッシングされたｍＲＮＡ変異体（すなわち、「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」）。ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエキソン１Ａの開始部位からエキソン１Ｂの開始部位までの領域で開始される場合にヘキサヌクレオチド反復を含むもので、この領域は、例えば、ゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０である（配列番号２、ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）。ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体を選択的に標的にするために、この領域でオリゴヌクレオチドを設計した。ＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体のｍＲＮＡ産物（すなわちＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体）を測定し、従って、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体の低減を測定する。
Ｃ９ＯＲＦ７２の特徴
本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の任意の要素内の、任意のプロセッシング状態の、任意のＣ９ＯＲＦ７２変異体にハイブリダイズすることが可能である。例えば、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エクソン、イントロン、５’ ＵＴＲ、３’ ＵＴＲ、反復領域、ヘキサヌクレオチド反復伸張、スプライス部位、エクソン：エクソンスプライス部位、エクソンのスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、エクソンのスプライシングサイレンサー（ＥＳＥ）、エクソン１ａ、エクソン１ｂ、エクソン１ｃ、エクソン１ｄ、エクソン１ｅ、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、イントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、またはイントロン１０にハイブリダイズすることが可能である。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、様々なＣ９ＯＲＦ７２変異体について、以下に特徴づけられた表１〜５エクソンのいずれかを標的にすることが可能である。本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドもまた、以下に特徴づけられていない標的変異体を標的にすることが可能であり、そのような変異体はＧＥＮＢＡＮＫにおいて特徴づけられる。さらに、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エクソン以外の要素を標的にすることも可能であり、そのような要素はＧＥＮＢＡＮＫにおいて特徴づけられる。
表１
ＮＭ＿００１２５６０５４．１（配列番号１）の機能セグメント
表２
ＮＭ＿０１８３２５．３（配列番号４）の機能セグメント
表３
ＮＭ＿１４５００５．５（配列番号６）の機能セグメント
表４
ＤＢ０７９３７５．１（配列番号７）の機能セグメント
表５
ＢＵ１９４５９１．１（配列番号８）の機能セグメント
ある特定の指標
生成物を投与することを含む、個体を処置する方法が提供される。ある特定の実施形態において、個体は神経変性疾患を有する。ある特定の実施形態において、個体は、神経変性疾患（限定されるものではないがＡＬＳまたはＦＴＤを含む）を発症する危険性がある。ある特定の実施形態において、個体はＣ９ＯＲＦ７２関連疾患を有すると確認されている。ある特定の実施形態において、個体はＣ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸張関連疾患を有するものとして、特定されている。ある特定の実施形態において、個体でのＣ９ＯＲＦ７２発現を予防的に減少させる方法である。ある特定の実施形態は、個々にＣ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物の治療有効量を個体に投与することによって、それを必要とする個体を処置することを含む。
１つの実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物の治療有効量の投与は、アンチセンス合成物の投与に対する個人の応答を決定するべく個体におけるＣ９ＯＲＦ７２レベルのモニタリングを伴う。アンチセンス化合物の投与に対する個体の応答は、治療的介入の量及び持続時間を決定するために、医師によって使用されてもよい。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス合成物の投与は、少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９％、あるいは、これらの値のいずれか２つによって定義される範囲まで、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の減少をもたらす。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス合成物の投与は、動物における運動機能及び呼吸の改善をもたらす。ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス合成物の投与は、運動機能及び呼吸を少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、あるいは、これらの値のいずれか２つによって定義される範囲まで、改善する。
ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンス合成物を含む医薬品組成物は、ＡＬＳ及びＦＴＤを含む神経変性疾患に罹っているまたはかかりやすい患者を処置するための薬剤の調製に使用される。
いくつかの併用療法
ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、１つまたは複数の他の薬剤と同時投与される。ある特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の薬剤は、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と同様の疾患、障害、または病態を処置するように、設計されている。ある特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の薬剤は、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と異なる疾患、障害、または病態を処置するように、設計されている。ある特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の薬剤は、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物の望ましくない副作用を処置するように設計されている。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、その他の薬剤の望ましくない効果を処置するために、別の薬剤と同時投与される。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、併用効果を得るために、別の薬剤と同時投与される。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、相乗効果を得るために、別の薬剤と同時投与される。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と１つまたは複数の他の薬剤は、同じ時間に投与される。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、１つまたは複数の他の薬剤と異なる時間に投与される。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と１つまたは複数の他の薬剤とが一緒に、単一の剤形に調製される。ある特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と１つまたは複数の他の薬剤とが別々に調製される。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物で同時投与可能な薬剤として、リルゾール（Ｒｉｌｕｔｅｋ）、リオレサール（Ｌｉｏｒｅｓａｌ）、及びデクスプラミペキソールが挙げられる。
ある特定の実施形態において、本明細書に記載されるＣ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤と同時投与可能な薬剤として、限定されるものではないが、別のＣ９ＯＲＦ７２阻害剤が挙げられる。ある特定の実施形態において、同時投与される薬剤は、本明細書に記載される医薬組成物の投与の前に投与される。ある特定の実施形態において、同時投与される薬剤は、本明細書に記載される医薬組成物の投与の後、投与される。ある特定の実施形態において、同時投与される薬剤は、本明細書に記載される医薬組成物として、同じ時間に投与される。ある特定の実施形態において、同時投与される薬剤の用量は、同時投与される薬剤が単独で投与される場合に投与され得る用量と、同じである。ある特定の実施形態において、同時投与される薬剤の用量は、同時投与される薬剤が単独で投与された場合に投与され得る用量よりも、低い。ある特定の実施形態において、同時投与された薬剤の服用量は、共同投与された薬剤が単独で投与される場合、投与されるだろう用量より大きい。
ある特定の実施形態において、第２の化合物の同時投与は第１の化合物の効果を高め、そのことは、これらの化合物の同時投与が第１の化合物を単独で投与した場合の効果よりも大きい効果が得られる。他の実施形態において、同時投与は、単独で投与した場合のそれらの化合物の効果を相加した効果をもたらす。ある特定の実施形態において、同時投与は、単独で投与された場合のそれらの化合物の効果の相乗効果をもたらす。ある特定の実施形態において、第１の化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態において、第２の化合物は、アンチセンス化合物である。
ある特定のアンプリコン領域
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットのアンプリコン領域を標的にすることが可能である。別のアッセイを用いて、これらの化合物の効力と有効性とを測定してもよい。
ヒトに対するいくつかの療法
明細書に記載されるヒトＣ９ＯＲＦ７２アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトに対する可能性のある療法としてここで評価されている。効力、有効性、及び／または耐容性の様々なパラメータが調べられている。そのようなパラメータとして、全Ｃ９ＯＲＦ７２ＲＮＡ発現のインビトロ阻害、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ＲＮＡ変異体発現のインビトロ阻害、インビトロ用量反応（ＩＣ５０）、関連組織（例えば、脳及び／または脊髄）内にヒトＣ９ＯＲＦ７２導入遺伝子を含むトランスジェニック動物の全または病原性ＲＮＡ及び／またはタンパク質のインビボ阻害、マウスにおける耐容性、ラットにおける耐容性、ならびに／あるいは霊長類における耐容性が挙げられる。測定することができる耐用性マーカーには、血液及び血清の化学パラメータ、ＣＳＦ化学パラメータ、体及び臓器重量、一般的観察及び／または行動試験で測定可能な耐容性マーカー、ならびに／あるいはＧＦＡＰ及び／またはＡＩＦ１等の生化学マーカーが挙げられる。急性または長期の耐容性を測定することができる。
ある特定のホットスポット領域
１．配列番号２の核酸塩基１１０７〜１５２０
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１１０７〜１５２０を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０はホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０はアンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが１７、１８または、２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ ＭＯＥギャップマーまたは５−８−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１７−ｍｅｒ Ｄｅｏｘｙ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルとのヌクレオチド間結合によって連結される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、「混合主鎖（ｍｉｘｅｄ ｂａｃｋｂｏｎｅ）」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０は、ＩＳＩＳ番号６１９０４２〜６１９３３３、６７２５８１〜６７２７１４、６７２７３５〜６７２８６５、６７２８８５〜６７３０１５、６７３０３５〜６７３１６５、６７３１８５〜６７３３１５、及び６７３３３５〜６７３４６５によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０は、配列番号２１〜３１、３３〜５０、５２、５４〜１３４、１３８〜２４８、２５１〜３１９、３２５、７４４〜８７７、及び８９８〜１０２８によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０は、ＩＳＩＳ番号６１９０４２〜６１９３３３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０は、配列番号２１〜３１、３３〜５０、５２、５４〜１３４、１３８〜２４８、２５１〜３１９、及び３２５によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビボ及び／またはインビトロにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の減少を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１０７〜１５２０を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
２．配列番号２の核酸塩基１１１１〜１２００
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１１１１〜１２００を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは、５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００は、ＩＳＩＳ番号６１９０４２〜６１９０９５によって、標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００は、配列番号２１、２６〜３１、３３〜５０、５２、５４〜６０、７５、８１、及び８７〜９６によって、標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％，２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１１１１〜１２００を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
３．配列番号２の核酸塩基１２１１〜１３１８
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１２１１〜１３１８を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８は、ＩＳＩＳ番号６１９０９６〜６１９１７２によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８は、以下の配列番号、すなわち２２〜２５、７０〜７４、７６〜８０、８２〜８６、９９〜１３４、及び１３８〜１５９によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１２１１〜１３１８を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
４．配列番号２の核酸塩基１３２６〜１５４０
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１３２６〜１５４０を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドの長さは、１７、１８、または２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーまたは５−８−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは１７−ｍｅｒデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥtオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、ＩＳＩＳ番号６１９１７３〜６１９３５４、及び６７２５８１〜６７３４８４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、以下の配列番号、９７、９８、１６０〜２４８、２５１〜３２２、３２５〜３４３、及び７４４〜１０４７によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、ＩＳＩＳ番号６１９１７３〜６１９３５４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０は、配列番号９７、９８、１６０〜２４８、２５１〜３２２、及び３２５〜３４３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸配列１３２６〜１５４０を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３２６〜１５４０を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
５．配列番号２の核酸塩基１３３１〜１３７５
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１３３１〜１３７５を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３３１〜１３７５は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３３１〜１３７５は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３３１〜１３７５は、ＩＳＩＳ番号６１９１７８〜６１９２０３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３３１〜１３７５は、配列番号１６５〜１９０によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３３１〜１３７５によって標的にされるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
６．配列番号２の核酸塩基１３６８〜１３９１
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１３６８〜１３９１を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３６８〜１３９１は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３６８〜１３９１、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３６８〜１３９１は、ＩＳＩＳ番号６１９２１５〜６１９２１９によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３６８〜１３９１は、配列番号２０２〜２０６によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３６８〜１３９１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
７．配列番号２の核酸塩基１３９８〜１４２４
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１３９８〜１４２４を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１３９８〜１４２４は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、酸塩基１３９８〜１４２４は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３９８〜１４２４は、ＩＳＩＳ番号６１９２４５〜６１９２５２によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３９８〜１４２４は、配列番号２３２〜２３９によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１３９８〜１４２４を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
８．配列番号２の核酸塩基１４１１〜１４４０
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１４１１〜１４４０を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１４１１〜１４４０は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１４１１〜１４４０は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４１１〜１４４０は、ＩＳＩＳ番号６１９２５８〜６１９２６８によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４１１〜１４４０は、配列番号２４４〜２４８、２５１〜２５５、及び３２５によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４１１〜１４４０を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
９．配列番号２の核酸塩基１４２９〜１４８１
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１４２９〜１４８１を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１４２９〜１４８１は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１４２９〜１４８１は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４２９〜１４８１は、ＩＳＩＳ番号６１９２７６〜６１９３０３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４２９〜１４８１は、配列番号９８及び２６３〜２８９によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１４２９〜１４８１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
１０．配列番号２の核酸塩基１５０２〜１５３９
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１５０２〜１５３９を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０２〜１５３９は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０２〜１５３９は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０２〜１５３９は、ＩＳＩＳ番号６１９３３５〜６１９３５３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０２〜１５３９は、配列番号３２１、３２２、及び３２６〜３４２によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０２〜１５３９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
１１．配列番号２の核酸塩基１５０８〜１５３９
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基１５０８〜１５３９を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０８〜１５３９は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０８〜１５３９は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオチド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の糖の修飾パターン、すなわちｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを含む。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０８〜１５３９は、ＩＳＩＳ番号６１９３４１〜６１９３５３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０８〜１５３９は、配列番号３３０〜３４２によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基１５０８〜１５３９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
１２．配列番号２の核酸塩基７８６０〜７９０６
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基７８６０〜７９０６を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基７８６０〜７９０６は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基７８６０〜７９０６は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７８６０〜７９０６は、ＩＳＩＳ番号６５５１３５〜６５５１４４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７８６０〜７９０６は、配列番号４４５〜４５４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７８６０〜７９０６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、または少なくとも８９％の低減を達成する。
１３．配列番号２の核酸塩基７９０７〜７９４４
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基７９０７〜７９４４を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基７９０７〜７９４４は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基７９０７〜７９４４は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９０７〜７９４４は、ＩＳＩＳ番号６５５１５０〜６５５１５６によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９０７〜７９４４は、配列番号４６０〜４６７によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９０７〜７９４４を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、または少なくとも９１％の低減を達成する。
１４．配列番号２の核酸塩基７９８９〜８０３８
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）核酸塩基７９８９〜８０３８を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８は、ＩＳＩＳ番号６１９４１１、６１９４１２、６１９４２０、６２５１８３、６２７８３３、及び６５５１７３〜６５５１８０によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８は、配列番号２０、５１、５３、及び４８４〜４９３によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、または少なくとも７６％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基７９８９〜８０３８を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも ８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％を低減する。
１５．配列番号２の核酸塩基８０２０〜８１３５
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基８０２０〜８１３５を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５は、ＩＳＩＳ番号６１９４１３、６１９４１４、６２５２５５、６２７８３４、６５５１８１〜６５５２０８によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５は、配列番号１３５、１３６、４９４〜５１１、及び５１７〜５２８によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、または少なくとも５４％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８０２０〜８１３５を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
１６．配列番号２の核酸塩基８１３６〜８１６１
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基８１３６〜８１６１を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１は、ＩＳＩＳ番号６５５２１５〜６５５２１７によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１は、配列番号５３５〜５３７によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、または少なくとも４１％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１３６〜８１６１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、または少なくとも９５％の低減を達成する。
１７．配列番号２の核酸塩基８１７４〜８２１１
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基８１７４〜８２１１を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１は、ＩＳＩＳ番号６５５２２８〜６５５２３４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１は、配列番号５４８〜５５４によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、または少なくとも６３％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８１７４〜８２１１を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の低減を達成する。
１８．配列番号２の核酸塩基８２１３〜８３２５
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）の核酸塩基８２１３〜８３２５を標的にするように、設計されている。ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５は、ホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５は、アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的にされる。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが２０核酸塩基である。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態において、ギャップマーは５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル間結合によって結合される。ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオネートとホスホジエステルヌクレオシド間結合によって結合される（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは「混合主鎖」を持つ）。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５は、ＩＳＩＳ番号６５５２３５〜６５５２７０によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５は、配列番号５５５〜５９０によって標的にされる。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいて全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルの、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、または少なくとも５１％の低減を達成する。
ある特定の実施形態において、核酸塩基８２１３〜８３２５を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、インビトロ及び／またはインビボにおいてＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、少なくとも５０％、少なくとも５１％、少なくとも５２％、少なくとも５３％、少なくとも５４％、少なくとも５５％、少なくとも５６％、少なくとも５７％、少なくとも５８％、少なくとも５９％、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、または少なくとも９８％の低減を達成する。
非限定的な開示及び参照による組み込み
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が、ある特定の実施形態に従って特定的に記載されたが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証するのみの役割を果たしており、それらを限定するようには意図されない。本出願に列挙される参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
実施例１：ＭＯＥギャップマーによる、ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体のアンチセンス阻害
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでそれらがＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡに及ぼす効果について試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。ＩＳＩＳ５７６８１６は、全体にわたってホスホロチオネート結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して４，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５（本明細書に配列番号１３として指定される順方向プライマー配列ＧＧＧＴＣＴＡＧＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＴＧ、本明細書に配列番号１４として指定される逆方向プライマー配列ＧＴＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＧＣＴＧＧＡＧＡＴ、本明細書に配列番号１５として指定されるプローブ配列ＴＧＡＴＧＴＣＧＡＣＴＣＴＴＴＧＣＣＣＡＣＣＧＣ、−ＴＡＱ−ｍａｎプライマープローブセット）を使用した。プライマープローブセットＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセッシングされたｍＲＮＡ変異体（例えばＮＭ＿００１２５６０５４．１）を検出する。ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体からプロセッシングされたｍＲＮＡ変異体は、本明細書では、「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」である。ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエクソン１Ａの開始部位からエクソン１Ｂの開始部位までの領域で始まる場合、ヘキサヌクレオチド反復を含む（概ね、配列番号２のゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０、ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）。したがって、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体を選択的に標的にするために、この領域でオリゴヌクレオチドを設計した。ＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体のｍＲＮＡ産物（すなわちＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体）を測定し、それにより、ヘキサヌクレオチドを含むｍＲＮＡ前駆体変異体の低減を測定する。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。アスタリスク（＊）が記されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットの単位複製配列領域を標的にする。別のアッセイを用いて、これらのオリゴヌクレオチドの効力と有効性とを測定してもよい。
下記の表のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計した。ギャップマーは、長さが２０個のヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２'−ＭＯＥ基を有する。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合とホスホジエステル結合とが混ざっている。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、『ｓ』はホスホロチオネートを示す。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も５'側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も３'側のヌクレオシドを示す。下記の表に列挙されている各アンチセンスオレゴヌクレオチドは、本明細書に配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列もしくは本明細書に配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列のいずれか、またはその両方を標的にする。『ｎ／ａ』は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、その特定の遺伝子配列を標的としなかったことを示す。
表６
配列番号１及び２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
実施例２：ＭＯＥギャップマーによる、ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体のアンチセンス阻害
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にする別のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでそれらがＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡに及ぼす効果について試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を、以下の別々の表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して１，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。アスタリスク（＊）が記されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットの領域を標的にする。別のアッセイを用いて、これらのオリゴヌクレオチドの効力と有効性とを測定してもよい。『ｎ．ｄ．』は、その特定のオリゴヌクレオチドのアッセイにおける信号読み取りがなかったことを示す。
下記の表のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計した。ギャップマーは、長さが２０個のヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥ基を有する。各オリゴヌクレオチド全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合とホスホジエステル結合とが混ざっている。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、『ｓ』はホスホロチオネートを示す。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も５'側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も３'側のヌクレオシドを示す。下記の表に列挙されているギャップマーは、本明細書に配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列もしくは本明細書に配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列のいずれか、またはその両方を標的にする。表１０のギャップマーのいくつかは、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿１４５００５．５（配列番号３として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＤＢ０７９３７５．１（配列番号４として本明細書に組み込まれる）、またはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＢＵ１９４５９１．１（配列番号５として本明細書に組み込まれる）を標的にする。『ｎ／ａ』は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、その特定の遺伝子配列を標的としなかったことを示す。
表７
配列番号１及び２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表８
配列番号１及び２をアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表９
配列番号１及び２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表１０
配列番号１〜５を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
実施例３：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体の用量依存性アンチセンス阻害
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示した上述の試験からアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択し、ＨｅｐＧ２細胞において種々の用量で試験した。２０１２年１０月１５日に出願された米国特許出願第６１／７１４，１３２号で既に試験されたＩＳＩＳ５７６８１６及びＩＳＩＳ５７７０６１を、ベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。ＩＳＩＳ５７６８１６及びＩＳＩＳ５７７０６１は、全体にわたってホスホロチオネート結合を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーである。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を、以下の別々の表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、７８．１ｎＭ、３１２．５ｎＭ、１，２５０．０ｎＭ、及び５，０００．０ｎＭの濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＣ９ＯＲＦ７２プライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して調整した。結果を、未処理の対照細胞に対する変異体Ｃ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。『ｎ．ｄ．』は、データが無いことを意味する。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）もまた、以下の表に提示する。図示のように、Ｃ９ＯＲＦ７２病原体関連ｍＲＮＡ変異体のレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した細胞のうちの一部で、用量依存的に減少した。
表１１
Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の用量依存的阻害
表１２
Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の用量依存的阻害
表１３
Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の用量依存的阻害
表１４
Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の用量依存的阻害
表１５
Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の用量依存的阻害
表１６
さらなる分析のために選択されたギャップマー
実施例４：ＬＬＣ−ＭＫ２細胞におけるヒトアカゲザル交差反応性アンチセンスオリゴヌクレオチドによるＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害
ヒトＣ９ＯＲＦ７２核酸を標的とし、かつアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２核酸と完全に交差反応し得るアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでそれらがアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡに及ぼす効果について試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を、以下の表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞密度のアカゲザルＬＬＣ−ＭＫ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して４，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３７５０（配列番号１６として本明細書に示される順方向配列ＴＧＴＧＡＣＡＧＴＴＧＧＡＡＴＧＣＡＧＴＧＡ、配列番号１７として本明細書に示される逆方向配列ＧＣＣＡＣＴＴＡＡＡＧＣＡＡＴＣＴＣＴＧＴＣＴＴＧ、配列番号１８として本明細書に示されるプローブ配列ＴＣＧＡＣＴＣＴＴＴＧＣＣＣＡＣＣＧＣＣＡ、ＴＡＱ ｍａｎプライマープローブセット）を使用して全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＴＳ３７５０は、ｍＲＮＡ転写産物のエキソン２を標的にすることで、全ｍＲＮＡ転写産物を測定する。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。アスタリスク（＊）が記されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットの単位複製配列領域を標的にする。別のアッセイを用いて、これらのオリゴヌクレオチドの効力と有効性とを測定してもよい。「ｎ．ｄ．」は、その特定のオリゴヌクレオチドのアッセイにおける信号読み取りがなかったことを示す。また、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で、ＨｅｐＧ２細胞において試験した。各実験の結果もまた、以下に示される表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して４，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。『ｎ．ｄ．』は、データが無いことを意味する。
下記の表のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計した。ギャップマーは、長さが２０個のヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥ基を有する。各オリゴヌクレオチド全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合とホスホジエステル結合とが混ざっている。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、『ｓ』はホスホロチオネートを示す。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も５'側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も３'側のヌクレオシドを示す。下記の表に列挙されている各アンチセンスオレゴヌクレオチドは、本明細書に配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列、本明細書に配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿０１８３２５．３（本明細書に配列番号６として組み込まれる）、またはそれら３つを標的にする。『ｎ／ａ』は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、その特定の遺伝子配列を標的としなかったことを示す。
表１７
配列番号１、２，及び６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のヒトＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセント
表１８
配列番号１、２，及び６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のヒトＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセント
表１９
配列番号１、２、及び６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のヒトＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセント
表２０
配列番号１、２，及び６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のヒトＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセント
実施例５：ＬＬＣ−ＭＫ２におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの用量依存的アンチセンス阻害
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示した上述の試験からのアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択し、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞において種々の用量で試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、０．３３μＭ、１．００μＭ、３．００μＭ、または９．００μＭ濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをこれらの細胞にトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＣ９ＯＲＦ７２プライマープローブセットＲＴＳ３７５０を用いて、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。
表２１に示すように、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞で、用量依存的に低下した。
表２１
ＬＬＣ−ＭＫ２細胞における全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ転写産物レベルの用量依存的阻害
アンチセンスオリゴヌクレオチドもまた、ＨｅｐＧ２細胞において、様々な用量で選択して試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、０．１１μＭ、０．３３μＭ、１．００μＭ、または３．００μＭ濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをこれらの細胞にトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＣ９ＯＲＦ７２プライマープローブセットＲＴＳ３７５０を用いて、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。
表２２に示すように、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞で、用量依存的に低下した。
表２２
ＨｅｐＧ２細胞における全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ転写産物レベルの用量依存的阻害
実施例６：ヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的にする、５−８−５ＭＯＥギャップマーならびにデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチドの混合主鎖
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にする別のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計した。下記の表のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−８−５ＭＯＥギャップマー、５−１０−５ＭＯＥギャップマー、またはデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔギャップマーとして、設計した。
５−８−５ＭＯＥギャップマーは、長さが１８ヌクレオシドであり、中心のギャップセグメントは８個の２'-−デオキシヌクレオシドから構成され、各々５個のヌクレオシドから構成される５'方向及び３'方向のウイングセグメントによって、フランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２'−ＭＯＥ修飾を有する。ヌクレオシド間の結合については、結合の縦列に説明されている。『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、また『ｓ』はホスホロチオネート結合を示す。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。
５−１０−５ＭＯＥギャップマーは、長さが２０ヌクレオシドであり、ここで、中央のギャップセグメントは、１０個の２'−デオキシヌクレオシドを含み、５'末端及び３'末端の両方を、それぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントがフランキングする。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２'−ＭＯＥ基を有する。ヌクレオシド間の結合については、結合の縦列に説明されている。『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、また『ｓ』はホスホロチオネート結合を示す。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。
デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチドは、長さが１７ヌクレオシドであり、ヌクレオシドがＭＯＥ糖修飾、ｃＥｔ糖修飾、またはデオキシリボース糖を有する。『化学』の縦列で各オリゴヌクレオチドの糖の修飾を説明する。『ｋ』は、ｃＥｔヌクレオシドを示す。『ｄ』はデオキシリボヌクレオシドを示し、数字はデオキシリボヌクレオシドの数を示す。さらに、『ｅ』は２’−ＭＯＥヌクレオシドを示す。各ギャップマー全体わたってヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合またはホスホジエステル結合である。ヌクレオシド間の結合については、結合の縦列に説明されている。『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、また『ｓ』はホスホロチオネート結合を示す。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてアンチセンスオリゴヌクレオチドが標的とする、最も５'側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト遺伝子配列においてアンチセンスオリゴヌクレオチドが標的とする、最も３'側のヌクレオシドを示す。下記の表２３〜２９に列挙されている各アンチセンスオレゴヌクレオチドは、本明細書に配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列を標的にする。表３０は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１）であるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列を標的にする５−１０−５ギャップマーを示す。
表２３
配列番号２を標的にする５−８−５ＭＯＥギャップマー
表２４
配列番号２を標的にするデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチド
表２５
配列番号２を標的にするデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチド
表２６
配列番号２を標的にするデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチド
表２７
配列番号２を標的にするデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチド
表２８
配列番号２を標的にするデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔオリゴヌクレオチド
表２９
配列番号２を標的にする５−１０−５ＭＯＥギャップマー
表３０
配列番号１を標的にする５−１０−５ＭＯＥギャップマー
実施例７：Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンスオリゴヌクレオチド処置によるインビボ齧歯動物阻害及び耐容性
インビボにおけるＣ９ＯＲＦ７２発現の阻害の耐容性を評価するために、マウスのＣ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、マウス及びラットモデルで評価した。
ＩＳＩＳ５７１８８３は、長さが２０ヌクレオチドである５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計され、その中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５’ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ＭＯＥ修飾を有する。ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合である。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ＩＳＩＳ５７１８８３は、マウスＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列上にヌクレオシド３３７０４の標的開始部位を持ち、これは本明細書で配列番号１１（ヌクレオシド３５８７０００〜３６２５０００がトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿１６６２８９．１の相補鎖）として指定される。
ＩＳＩ６０３５３８は、長さが２０ヌクレオシドである５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計され、その中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ＭＯＥ修飾を有する。ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合またはリン酸エステル結合である（ＧｓＡｏＣｏＣｏＧｓＣｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＴｓＴｓＴｓＧｓＣｏＣｏＡｏＣｓＡ、式中、『ｓ』は、ホスホロチオネートヌクレオシド間結合を示し、『ｏ』は、リン酸エステル結合を示し、Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔは関連したヌクレオシドを示す）。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ＩＳＩＳ６０３５３８は、ラットＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列上にヌクレオシド２８７２の標的開始部位を持ち、これが本明細書で配列番号１２（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１００７７０２．１）として指定される。
マウス実験１
Ｃ５７ＢＬ／６マウス４匹からなる複数の群の各々に対して、５０μｇ、１００μｇ、３００μｇ、５００μｇ、または７００μｇのＩＳＩＳ５７１８８３を脳室内大量瞬時投与により投与した。Ｃ５７／ＢＬ６マウス４匹からなる複数の対照群に対しても、ＰＢＳによる同様の処置を施した。動物を３％イソフランで麻酔し、定位フレームに入れた。手術部位を滅菌した後、各マウスに対して、ブレグマから前後方向−０．２ｍｍかつブレグマから背腹側３ｍｍに、Ｈａｍｉｌｔｏｎシリンジを用いて、上記用量のＩＳＩＳ５７１８８３を注射した。切開部分を縫合して閉じた。ラットを１４日間にわたり回復させ、その後、動物を、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された人道的なプロトコルに従って安楽死させた。脳及び脊髄組織を回収し、液体窒素で瞬間凍結した。凍結前に、マウス用 ブレインマトリックスを用いて、脳組織を横断方向に切断して５つの切片にした。
ＲＮＡ分析
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡを分析するために、ＲＮＡを、注射部位の後ろの２〜３ｍｍ脳切片から、脳前頭皮質から、及び脊髄組織の腰椎部から、抽出した。９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの発現を、ＲＴ−ＰＣＲによって測定した。データを表３１に示す。結果は、ＩＳＩＳ５７１８８３の用量増加による処置によってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡが用量依存的に阻害されたことを示している。
ＣＮＳ毒性の尺度として小膠細胞マーカーＡＩＦ−１の誘導も評価した。データを表３２に示す。結果は、ＩＳＩＳ５７１８８３の用量増加による処置ではＡＩＦ−１ｍＲＮＡ発現の有意な増加に至らなかったことを示している。したがって、このモデルではＩＳＩＳ５７１８８３の注射に対して耐容性があると判断した。
表３１
ＰＢＳ対照と比較したＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ発現の阻害パーセント
表３２
ＰＢＳ対照と比較したＡＩＦ−１ｍＲＮＡのパーセント発現
マウス実験２
上記のものと類似の手順により、Ｃ５７ＢＬ／６マウス４匹からなる複数の群の各々に対して、５００μｇのＩＳＩＳ５７１８８３を脳室内大量瞬時投与により投与した。Ｃ５７／ＢＬ６マウス４匹からなる複数の対照群に対しても、ＰＢＳによる同様の処置を施した。マウスをＩＣＶ投与後の一定間隔の時点で試験した。
行動分析
運動行動を評価する２つの標準アッセイ、すなわちロータロッド検定と握力検定とを用いた。ロータロッドアッセイの場合、落下するまでの時間を測定した。このアッセイのデータを表３３及び３４に示す。結果は、ＩＳＩＳ５７１８８３のアンチセンス阻害の結果として、または、ＩＣＶ注射の結果として、運動行動の有意な結果は見られなかったことを示す。したがって、このモデルではＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害に対して耐容性があると判断した。
表３３
ロータロッドアッセイにおける落下するまでの時間（秒）
表３４
握力アッセイの平均後肢握力（ｇ）
ラット実験
Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラット４匹からなる複数の群の各々に対して、７００μｇ、１，０００μｇ、または３，０００μｇのＩＳＩＳ６０３５３８を髄腔内大量瞬時投与により投与した。Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙマウス４匹からなる複数の対照群に対して、ＰＢＳによる同様の処置を施した。動物を３％イソフランで麻酔し、定位フレームに入れた。手術部位を滅菌した後に、５０μＬのフラッシュとともに、脊柱管内２ｃｍに８ｃｍ髄腔内カテーテルを介する投与により、３０μＬのＡＳＯ溶液を注射した。ラットを４日間にわたり回復させ、その後、動物を、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された人道的なプロトコルに従って安楽死させた。
ＲＮＡ分析
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡを分析するために、ＲＮＡを、注射部位の後ろの２〜３ｍｍ脳切片から、脳前頭皮質から、及び脊髄組織の頸椎部及び腰椎部から、抽出した。Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの発現を、ＲＴ−ＰＣＲによって測定した。データを表３５に示す。結果は、ＩＳＩＳ６０３５３８の用量増加による処置によってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡが用量依存的に阻害されたことを示している。
ＣＮＳ毒性の尺度として小膠細胞マーカーＡＩＦ−１の誘導も評価した。データを表３６に示す。結果は、ＩＳＩＳ６０３５３８の用量増加による処置ではＡＩＦ−１ｍＲＮＡ発現の有意な増加に至らなかったことを示している。したがって、このモデルではＩＳＩＳ６０３５３８の注射に対して耐容性があると判断した。
表３５
ＰＢＳ対照と比較したＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ発現の阻害パーセント
表３６
ＰＢＳ対照と比較したＡＩＦ−１ｍＲＮＡ発現の阻害パーセント
体重分析
ラットの体重を一定の時間間隔ごとに測定した。データを表３７に示す。結果は、ＩＳＩＳ６０３５３８の用量増加による処置ではラットの体重になんら有意な増加はなかったことを示している。
表３７
ラットの体重（初期体重の％）
実施例８：混合主鎖を有する５-８-５ＭＯＥギャップマーならびに混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによるＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害
本明細書で既に示した実施例６に記載されたアンチセンスオリゴヌクレオチド（本明細書で既に示した表２３及び表２４を参照）を、類似の培養条件を有する一連の実験で、ＨｅｐＧ２細胞において試験した。ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６５０７３（２０１２年１０月１５日出願の米国特許出願第６１／７１４，１３２号の優先権を主張）で既に試験したＩＳＩＳ５７６８１６を、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる試験のためのベンチマークオリゴヌクレオチドとして、使用した。各実験の結果を、以下に示される表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して５００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。
表３８
配列番号２を標的にする混合主鎖を有する５-８-５ＭＯＥギャップマーによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表３９
配列番号２を標的にする混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
実施例９：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの用量依存的アンチセンス阻害
本明細書で既に示された実施例８に記載した試験から、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示すアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択し、ＨｅｐＧ２細胞において種々の用量で試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６は、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６５０７３（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）で既に試験されたもので、これをベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、０．１１μＭ、０．３３μＭ、１．００μＭ、または３．００μＭ濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをこれらの細胞にトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。
表３９及び４０に示すように、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞の一部で、用量依存的に低下した。
表３９
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表４０
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
実施例１０：混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによるＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害
本明細書で既に示した実施例６に記載された混合主鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド（本明細書で既に示した表２５〜２８を参照）を、類似の培養条件を有する一連の実験で、ＨｅｐＧ２細胞において試験した。ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６５０７３（２０１２年１０月１５日出願の米国特許出願第６１／７１４，１３２号の優先権を主張）で既に試験したＩＳＩＳ５７６８１６を、デオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる試験のためのベンチマークオリゴヌクレオチドとして、使用した。各実験の結果を、以下に示される表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して７００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２の阻害パーセントとして提示する。
表４１
配列番号２を標的にする混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表４２
配列番号２を標的にする混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表４３
配列番号２を標的にする混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
表４４
配列番号２を標的にする混合主鎖を有するデオキシ、ＭＯＥ、及びｃＥｔアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の阻害パーセント
実施例１１：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの用量依存的アンチセンス阻害
本明細書で既に示された実施例１０に記載した試験から、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示すアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択し、ＨｅｐＧ２細胞において種々の用量で試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６は、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６５０７３（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）で既に試験されたもので、これをベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、０．１８５μＭ、０．５６μＭ、１．６７μＭ、または５．００μＭ濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをこれらの細胞にトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５を用いて、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体の産物であるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。
表４５〜５２に示すように、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞の一部で、用量依存的に低下した。
表４５
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表４６
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表４７
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表４８
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表４９
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表５０
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表５１
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
表５２
ＨｅｐＧ２細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体転写産物レベルの用量依存的阻害
実施例１２：混合主鎖５-８-５ＭＯＥ及び５-１０-５ＭＯＥギャップマーによる、ＬＬＣ−ＭＫ２細胞におけるヒトアカゲザル交差反応性アンチセンスオリゴヌクレオチドによるＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害
ヒトＣ９ＯＲＦ７２核酸を標的とし、かつアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２核酸と交差反応するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでそれらがアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡに及ぼす効果について試験した。ＩＳＩＳ５７６８１６（以前、２０１２年１０月１５日に出願のＵ．Ｓ．特許出願第６１／７１４，１３２号で試験済み）をベンチマークオリゴヌクレオチドとして用いた。本明細書で既に示された実施例２に記載されるＩＳＩＳ５７６８１６の混合主鎖バージョンであるＩＳＩＳ６１９４２０もまた試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を、以下の別々の表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞密度の培養ＬＬＣ−ＭＫ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して３，５００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクトした。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３７５０（ＴＡＱ−ｍａｎプライマープローブセット）を用いて、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＴＳ３７５０は、ｍＲＮＡ転写産物のエキソン２を標的にすることで、全ｍＲＮＡ転写産物を測定する。オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットＲＴＳ３７５０（表５３参照）の単位複製配列に重なる場合、ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３７６０＿ＭＧＢ（本明細書に配列番号１５４６として指定される順方向配列ＴＴＣＣＡＡＴＧＣＴＴＡＣＴＧＧＡＧＡＡＧＴＧＡ、配列番号１５４７として本明細書に示される逆方向配列ＧＧＡＡＣＡＣＴＧＴＧＴＧＡＴＴＴＣＡＴＡＧＡＴＧＡ、配列番号１５４８（ＴＡＣＱ−ｍａｎプライマープローブセット）として本明細書に示されるプローブ配列ＴＣＣＴＧＴＡＡＴＧＧＡＡＣＴＧＣを、全ｍＲＮＡ転写産物の測定に用いた。Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡのレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化した。結果を、未処理の対照細胞に対するアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ発現の阻害パーセントとして提示する。アスタリスク（＊）が記されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットの単位複製配列領域を標的にする。別のアッセイを用いて、これらのオリゴヌクレオチドの効力と有効性とを測定してもよい。『ｎ．ｄ．』は、その特定のオリゴヌクレオチドのアッセイにおける信号読み取りがなかったことを示す。
下記の表の新たに設計されたキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−８−５ＭＯＥギャップマー及び５−１０−５ＭＯＥギャップマーとして設計した。
５−８−５ＭＯＥギャップマーは、長さが１８ヌクレオシドであり、ここで、中央のギャップセグメントは、８個の２'−デオキシヌクレオシドを含み、５'末端及び３'末端の両方を、それぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントがフランキングする。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２'−ＭＯＥ基を有する。各ギャップマー全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合とホスホジエステル結合とが混ざっている。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、『ｓ』はホスホロチオネートを示す。
５−１０−５ＭＯＥギャップマーは、長さが２０個のヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントが１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、５’末端及び３’末端の両方がそれぞれ５個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによってフランキングされている。５'ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３'ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、２'−ＭＯＥ基を有する。各オリゴヌクレオチド全体にわたってシトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオネート結合とホスホジエステル結合とが混ざっている。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、『ｏ』はホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオネートを示す。
「開始部位」は、遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も５'側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、最も３'側のヌクレオシドを示す。下記の表に列挙されている各ギャップマーは、本明細書に配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ配列、本明細書に配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００から２７５６５０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿００８４１３．１８の相補鎖）として指定されるヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列、本明細書に配列番号１９（ヌクレオシド８５２２０００から８５５２０００までがトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＷ＿００１１０１６６２．１）として指定されるアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列の、１つまたは複数を標的にする。「不一致」の縦列は、ヒトアンチセンスオリゴヌクレオチドが有する、アカゲザルゲノム配列との不一致の数を示す。アカゲザルの配列の縦列において、『ｎ／ａ』はアカゲザルのゲノム配列と３を上回る数の不一致がヒトオリゴヌクレオチドにあることを示す。「不一致」の縦列が表に設けられていない場合には、表のヒトオリゴヌクレオチドがアカゲザルゲノム配列と完全に、相互に反応を起こし得るものと理解される。
表５３
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５４
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５５
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５６
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５７
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５８
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表５９
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
表６０
配列番号１、２、及び１９を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドによる、ＰＢＳ対照と比較した場合のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの阻害パーセント
実施例１３：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの用量依存的アンチセンス阻害
Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示した上述の試験からのアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択し、ＨｅｐＧ２細胞において種々の用量で試験した。本明細書で先に実施例２で述べられたＩＳＩＳ６１９４２０も、試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を、以下の別々の表に示す。１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で細胞を播種し、エレクトロポレーションを使用して、０．３３μＭ、１．００μＭ、３．００μＭ、または９．００μＭ濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドをこれらの細胞にトランスフェクトした。約１６時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３７５０を用いて、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定されるように、全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処理の対照細胞に対するＣ９ＯＲＦ７２レベルの阻害パーセントとして提示する。
各オリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）もまた、以下の表に提示する。以下の表に示すように、全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞の一部で、用量依存的に低下した。
表６１
ＨｅｐＧ２細胞における全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの用量依存的阻害
表６２
ＨｅｐＧ２細胞における全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの用量依存的阻害
表６３
ＨｅｐＧ２細胞における全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルの用量依存的阻害
実施例１４：マウスにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
上記実施例のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、標準マウスモデルで試験することで、オリゴヌクレオチドに対する耐容性を評価した。齧歯動物を、標準ＦＯＢアッセイとＧＦＡＰ及び／またはＡＩＦ発現レベルの測定とによって、評価した。
複数のマウス群に対して、用量７００μｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドをＩＣＶ単回投与した。
マウスＦＯＢアッセイ
注射後３時間目、１週目、２週目、４週目、６週目、及び８週目に、各マウスを７種類の基準に従って評価した。７つの基準とは、（１）マウスは、利口で警戒心があり、敏感であったこと、（２）マウスは、刺激無しで、立位または円背位であったこと、（３）マウスは、刺激無しで、なんらかの動作を示したこと、（４）マウスは、持ち上げられた後に前進動作を示したこと、（５）マウスは、持ち上げられた後に何らかの動作を示したこと、（６）マウスは、尾部つねりに応答したこと、（７）通常呼吸であること、である。７つの異なる基準の各々について、各マウスに対して、基準に合致した場合には０、基準に合致しない場合には１のサブスコアを与えた。７つの基準すべてについて評価をおこなった後、各マウスについてサブスコアを合計し、各群の平均値を求めた。例えば、７００μｇＩＣＶ投与後３時間、マウスが利口で警戒心があり、敏感であり、さらに他のすべての基準を満たした場合、合計されたスコアは０となる。別のマウスが、７００μｇＩＣＶ投与後３時間、利口でもなく、警戒心があるわけでもなく、敏感でもないが、ほかの基準はすべて満たしていた場合、スコア１を与えられる。
結果を、各群のマウスごとの個々のスコアとして示す。マウスの胸髄におけるＧＦＡＰ及びＡＩＦ１の発現レベルを、８週後にｑＲＴ−ＰＣＲによって、評価した。
ｃＥｔオリゴヌクレオチドによる試験１
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表６４
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表６５
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ｃＥｔオリゴヌクレオチドによる試験２
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表６６
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表６７
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ｃＥｔオリゴヌクレオチドによる試験３
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表６８
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表６９
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ｃＥｔオリゴヌクレオチドによる試験４
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表７０
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表７１
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験１
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表７２
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表７３
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験２
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表７４
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表７５
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験３
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表７６
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表７７
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験４
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表７８
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表７９
Ｃ５７／Ｂl６マウスにおけるＦＯＢスコア
実施例１５：ラットにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
上記実施例のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、標準ラットモデルで試験することで、オリゴヌクレオチドに対する耐容性を評価した。齧歯動物を、標準ＦＯＢアッセイとＧＦＡＰ及び／またはＡＩＦ発現レベルの測定とによって、評価した。ＳＤラットの複数の群に対して、以下の表に特定されるように２，０００μｇまたは３，０００μｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを髄腔内投与した。
ラットＦＯＢアッセイ
注射後３時間目、１週目、２週目、４週目、６週目、及び８週目に、各ラットを、７つの異なる体部位の動きについて、評価した。体の７つの部位とは、（１）ラットの尾部、（２）ラットの後姿勢、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前肢、（６）ラットの前姿勢、及び（７）ラットの頭部である。７つの異なる体部位の各々について、各ラットに対して、体部位が動いている場合には０、体の部位が麻痺している場合には１のサブスコアを与えた。７つの体部位すべてについて評価をおこなった後、各マウスについてサブスコアを合計し、各群の平均値を求めた。塩類処理ラットには、概ね、０のスコアを与える。
３，０００μｇの５−１０−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験１
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表８０
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表８１
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
３，０００μｇの５−１０−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験２
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表８２
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表８３
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
３，０００μｇの５−８−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験３
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表８４
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表８５
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
３，０００μｇの５−８−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験４
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアを以下に示す。
表８６
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表８７
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
３，０００μｇの５−１０−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験５
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアは、以下のとおりであり、このモデルではいくつかのオリゴヌクレオチドに対して耐容性があることが示された。
表８８
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表８９
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
２，０００μｇの５−８−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験６
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアは、以下のとおりであり、このモデルではいくつかのオリゴヌクレオチドに対して耐容性があることが示された。
表９０
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表９１
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
２，０００μｇの５−８−５及び５−１０−５ＭＯＥオリゴヌクレオチドによる試験７
本試験で調べられたオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。ＦＯＢスコアは、以下のとおりであり、このモデルではいくつかのオリゴヌクレオチドに対して耐容性があることが示された。
表９２
配列番号２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチド
表９３
Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるＦＯＢスコア
実施例１６：ＷＯ２０１４／０６２６９１のオリゴヌクレオチドの急性耐容性
ＷＯ２０１４／０６２６９１に記載のオリゴヌクレオチドを、マウスにける耐容性の検討で試験した。試験したオリゴヌクレオチドには、完全ホスホロチオネート主鎖を有する５−１０−５ＭＯＥギャップマーであり、かつ各シトシンが５'−メチルトキシンである、ＩＳＩＳ５７６８１６、ＩＳＩＳ５７６９７４、ＩＳＩＳ５７７０６１、ＩＳＩＳ５７７０６５、及びＩＳＩＳ５７７０８３が含まれる。配列を以下の表に示す。マウスを３匹または４匹からなる複数の群に分けた。各々のマウス群の各マウスに対して、用量７００μｇのオリゴヌクレオチドをＩＣＶ単回投与した。注射後３時間で、７種類の基準に従って各マウスを評価した。７つの基準とは、（１）マウスは、利口で警戒心があり、敏感であったこと、（２）マウスは、刺激無しで、立位または円背位であったこと、（３）マウスは、刺激無しで、なんらかの動作を示すこと、（４）マウスは、持ち上げられた後に、前進動作を示すこと、（５）マウスは、持ち上げられた後に何らかの動作を示すこと、（７）マウスは、尾部つねりに応答すること、（７）通常呼吸であること、である。７つの異なる基準の各々について、各マウスに対して、基準に合致した場合には０、基準に合致しない場合には１のサブスコアを与えた。７つの基準すべてについて評価をおこなった後、各マウスについてサブスコアを合計し、各群の平均値を求めた。例えば、ＩＣＶ投与後３時間、マウスが利口で警戒心があり、敏感であり、さらに他のすべての基準を満たした場合、合計されたスコアは０となる。別のマウスが、ＩＣＶ投与後３時間、利口でもなく、警戒心があるわけでもなく、敏感でもないが、ほかの基準はすべて満たしていた場合、スコア１を与えられる。塩類処理ラットには、概ね、０のスコアを与える。以下の表において、各々の処置群についての平均スコアとして、結果を示す。これらの結果は、ＩＳＩＳ５７６８１６、ＩＳＩＳ５７６９７４、ＩＳＩＳ５７７０６１、ＩＳＩＳ５７７０６５、及びＩＳＩＳ５７７０８３に対する耐容性が不十分であることを示している。
表９４
ＷＯ２０１４／０６２６９１のアンチセンスオリゴヌクレオチド
表９５
マウスにおけるＦＯＢスコア
ＷＯ２０１４／０６２６９１に既に開示されたＩＳＩＳ５７６８１６、ＩＳＩＳ５７６９７４、ＩＳＩＳ５７７０６１、ＩＳＩＳ５７７０６５、及びＩＳＩＳ５７７０８３を含む上記の試験のギャップマーを、Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットにおける耐容性について、試験した。ラットに対して、注射により、ＩＳＩＳオリゴヌクレオチド３ｍｇの髄腔内単回投与をおこなった。ラットの対照群に対しては、髄腔内にＰＢＳを注射した。機能観察バッテリー（ＦＯＢ）を使用して、投与３時間後の急性忍容性を評価する。このスコアは、より良好な耐容性を示した化合物を示すスコアの低い化合物の急性耐容性を評価するために、用いられる。対照動物は、通常、「０」または「１」のスコアを有する。注射後３時間で、ラットをケージの最上部に置き、いくつかの機能について評価することで、ラットの観察をおこない、「０」または「１」の数を、ラットが目的の領域で正常な機能を示す場合（０）または示さない場合（１）に応じて、割り当て、その後、スコア全体を加算した。尾部、後足、後肢、尻、前姿勢、及び頭部を含む７つの領域を評価した。
マウスにおいて急性耐容性が劣ることは、概ね、ラットの急性耐容性も劣っていることを予想させる。例えば、ＩＳＩＳ６１９１８５（本明細書で先に示された実施例１４を参照）は、マウスの急性耐容性スコアが７、６、６、６（動物４匹）であり、ラットの急性耐容性スコアが７、７、６（動物３匹）であった（本明細書で先に示した実施例１５を参照）。ＩＳＩＳ６１９３４２（本明細書で先に示された実施例１４を参照は、例えば、ＩＳＩＳ６１９３４２（本明細書で先に示された実施例１４を参照）は、マウスの急性耐容性スコアが６、６、６、６（動物４匹）であり、ラットの急性耐容性スコアが６、６、６（動物３匹）であった（本明細書で先に示した実施例１５を参照）。両化合物に対する急性耐容性が劣ると考えられる。したがって、ＷＯ２０１４／０６２６９１に前に開示された化合物ＩＳＩＳ５７６８１６、ＩＳＩＳ５７６９７４、ＩＳＩＳ５７７０６１、ＩＳＩＳ５７７０６５、及びＩＳＩＳ５７７０８３は、マウスで見られたように、ラットでも高いＦＯＢスコアが示されると思われる。したがって、化合物は、マウスで見られたように、ラットでも高いＦＯＢスコアが示されると思われる。
ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２０〜４０１及び４４１〜１５４５の核酸塩基配列のいずれかの、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物。
［態様２］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１１０７〜１５２０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様３］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１１１１〜１２００の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様４］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１２１１〜１３１８の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様５］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３２６〜１５４０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む塩基核酸配列を含む、
化合物。
［態様６］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３３１〜１３７５の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様７］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３６８〜１３９１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様８］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１３９８〜１４２４の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様９］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１４１１〜１４４０の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様１０］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１４２９〜１４８１の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様１１］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１５０２〜１５３９の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、
化合物。
［態様１２］１２〜３０の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２の核酸塩基１５０８〜１５３９の等しい長さの部分と相補的な、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を含む、前記化合物。
［態様１３］前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１に対して、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補性を有する、態様２〜５に記載の前記化合物。
［態様１４］一本鎖の修飾オリゴヌクレオチドからなる、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様１５］少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様１６］少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオネートヌクレオシド間結合である、態様８に記載の前記化合物。
［態様１７］各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオネートヌクレオシド間結合である、態様８に記載の前記化合物。
［態様１８］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様１９］少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオネート結合であり、かつ少１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステル結合である、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様２０］少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様２１］前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、態様１３に記載の前記化合物。
［態様２２］前記修飾オリゴヌクレオチド化合物の少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様２３］前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、態様１５に記載の前記化合物。
［態様２４］前記二環式糖が、糖４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋の２'及び４'位の間に化学結合を含み、式中、Ｒが独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である態様１６に記載の前記化合物。
［態様２５］前記二環式糖が、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’架橋を含み、式中、Ｒが独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または保護基である態様１６に記載の前記化合物。
［態様２６］少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトオキシエチル基を含む、態様１５に記載の前記化合物。
［態様２７］前記修飾糖が２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３基を含む、態様１５に記載の前記化合物。
［態様２８］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
５つの結合ヌクレオシドからなる５'ウイングセグメントと、
５つの結合ヌクレオシドからなる３'ウイングセグメントとを含み、
前記ギャップセグメントが前記５'ウイングセグメントと前記３'ウイングセグメントとの間に位置し、
各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様２９］前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
５つの結合ヌクレオシドからなる５'ウイングセグメントと、
５つの結合ヌクレオシドからなる３'ウイングセグメントとを含み、
前記ギャップセグメントが前記５'ウイングセグメントと前記３'ウイングセグメントとの間に位置し、
各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３０］前記修飾オリゴヌクレオチドが、ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅｅ、ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、及びｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅのいずれかのパターンで、糖の修飾を含み、式中、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、及び
ｋ＝ｃＥｔヌクレオシドである、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３１］前記修飾オリゴヌクレオチドが、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、及びｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓのいずれかのパターンで、ヌクレオシド間結合を含み、式中、
ｓ＝ホスホロチオネート結合、及び
ｏ＝ホスホジエステル結合である、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３２］前記修飾オリゴヌクレオチドが２０個の結合ヌクレオシドからなる、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３３］前記修飾オリゴヌクレオチドが１９個の結合ヌクレオシドからなる、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３４］前記修飾オリゴヌクレオチドが１８個の結合ヌクレオシドからなる、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３５］前記修飾オリゴヌクレオチドが１７個の結合ヌクレオシドからなる、前記いずれかの態様に記載の前記化合物。
［態様３６］前記いずれかの態様に記載の前記化合物またはその塩と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、組成物。
［態様３７］前記いずれかの態様に記載の前記化合物または組成物を動物に投与することを含む、方法。
［態様３８］前記動物がヒトである、態様３７に記載の前記方法。
［態様３９］前記化合物の投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連する疾患、障害、または状態を予防し、治療し、緩和し、または進行を遅らせる、態様３８に記載の方法。
［態様４０］前記化合物の投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸長に関連する疾患、障害、または状態を予防し、治療し、緩和し、または進行を遅らせる、態様３８に記載の方法。
［態様４１］前記疾患、障害、または状態が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である、態様３９または４０に記載の方法。
［態様４２］前記投与が核内フォーカスを減少させる、態様３７に記載の方法。
［態様４３］前記投与がＣ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳生成物の発現を減少させる、態様３７に記載の方法。
［態様４４］前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳生成物が、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、態様４３に記載の方法。
［態様４５］神経変性障害を処置する薬物の製造のために、前記いずれかの態様に記載の前記化合物または組成物の使用。
［態様４６］Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体のエクソン１Ａの開始部位から始まってエクソン１Ｂの開始部位までを標的にするアンチセンス化合物を投与することによって、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に阻害する、方法。

Claims (36)

  1. １８〜３０の結合ヌクレオシドからなり、配列番号９８、２６３〜２８９、８３０、８３３〜８３５、８３７〜８４６、８５０、８５１、及び８５６の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１８の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、一本鎖修飾オリゴヌクレオチドであって、
    該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列はＣ９ＯＲＦ７２核酸の等しい長さの部分に対して１００％相補的であり、該修飾オリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質レベルの発現を低減させることができる、
    上記一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  2. 修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号９８、２６３〜２８９、８３０、８３３〜８３５、８３７〜８４６、８５０、８５１、及び８５６の核酸塩基配列のいずれかを含む核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  3. 修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号８４４の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  4. 修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  5. 修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項４に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  6. 修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、請求項４に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  7. 修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合である、請求項６に記載の化合物。
  8. 修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  9. 修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの核酸塩基が修飾核酸塩基を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  10. 修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、請求項９に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  11. 修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  12. 修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  13. 修飾糖が二環式糖である、請求項１１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  14. 各二環式糖が、糖の４’及び２’位の間に化学架橋を含み、各化学架橋は４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’及び４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’より独立して選択され、式中、Ｒは独立してＨ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、及びＣ１−Ｃ６アルコキシより選択される、請求項１３に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  15. 少なくとも１つの化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒがメチルである、請求項１４に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  16. 少なくとも１つの化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、ＲがＨである、請求項１４に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  17. 少なくとも１つの化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒが−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３である、請求項１４に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  18. 少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む、請求項１１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  19. 少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メチル基を含む、請求項１１に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  20. 各修飾糖が２’−Ｏ−メトキシエチル基又は２’−Ｏ−メチル基を含む、請求項１２に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  21. 修飾オリゴヌクレオチドがギャップマーである、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  22. 修飾オリゴヌクレオチドが、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ５つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントが前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、
    各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  23. 修飾オリゴヌクレオチドが、
    ８個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ５つの結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ５つの結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントが前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、
    各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  24. 修飾オリゴヌクレオチドが、ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅｅ、ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、及びｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅのいずれかのパターンで、糖の修飾を含み、式中、
    ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
    ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、及び
    ｋ＝ｃＥｔヌクレオシドである、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  25. 修飾オリゴヌクレオチドが、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、及びｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓのいずれかのパターンで、ヌクレオシド間結合を含み、式中、
    ｓ＝ホスホロチオネート結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステル結合である、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  26. 修飾オリゴヌクレオチドが２０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  27. 修飾オリゴヌクレオチドが１９個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  28. 修飾オリゴヌクレオチドが１８個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  29. 修飾オリゴヌクレオチドが、ヘキサヌクレオチド反復伸長以外でＣ９ＯＲＦ７２の領域に相補的な核酸塩基配列を有し、該ヘキサヌクレオチド反復伸長が、ＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧ、及びＧＧＧＧＧＣのいずれかを含む、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  30. １８の結合ヌクレオシドからなり、配列番号８４４の核酸塩基配列を有する、一本鎖修飾オリゴヌクレオチドであって、
    該修飾オリゴヌクレオチドが、
    ８個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ４個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ６個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントが前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５−メチルシトシンである、上記一本鎖修飾オリゴヌクレオチド。
  31. 請求項１〜３０のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチドを含む、コンジュゲート型アンチセンス化合物。
  32. 請求項１〜３０のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド、または請求項３１に記載のコンジュゲート型アンチセンス化合物と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、組成物。
  33. 薬学的に許容される希釈剤がリン酸塩緩衝食塩水（ＰＢＳ）である、請求項３２に記載の組成物。
  34. 修飾オリゴヌクレオチドがナトリウム塩である、請求項３２又は３３に記載の組成物。
  35. 請求項１〜３０のいずれか１項に記載の一本鎖修飾オリゴヌクレオチド、または請求項３１に記載のコンジュゲート型アンチセンス化合物を含む、神経変性障害を処置するための医薬組成物。
  36. 請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の組成物を含む、神経変性障害を処置するための医薬組成物。
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