JP6526143B2 - 抗葉酸受容体アルファ抗体およびその使用 - Google Patents

抗葉酸受容体アルファ抗体およびその使用 Download PDF

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Description

関連出願の参照
本出願は、２０１１年７月１５日出願の米国仮出願番号６１／５０８，４４４、２０１２年２月２８日出願の米国仮出願番号６１／６０４，４１２、および、２０１２年２月２９日出願の米国仮出願番号６１／６０４，９５４の利益を主張し、これらの出願の各々は、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書において提供する主題は、葉酸受容体アルファ（ＦＲα）に特異的な抗体、ならびに、前記抗体の生産および使用の方法に関する。
ヒトにおいて、葉酸に対して親和性の高い受容体は、アルファ、ベータ、ガンマおよびデルタの４つのアイソフォームで現れる。アルファ、ベータおよびデルタの型は、一般に、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーによって、細胞の膜に結合している。これらは、細胞外区画と細胞内区画との間で循環し、葉酸を細胞内に輸送することができる。葉酸受容体の可溶型は、膜に固定された葉酸受容体に対するプロテアーゼまたはホスホリパーゼの作用によってもたらされるかも知れない。
葉酸受容体アルファ（ＦＲα、ＦＲアルファ、ＦＯＬＲ−１またはＦＯＬＲ１ともいう）は、脈絡叢、肺、甲状腺、腎臓、子宮、乳房、卵管、精巣上体、および唾液腺の上皮組織を含む種々の上皮組織において発現する。Ｗｅｉｔｍａｎ，ＳＤ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５２：３３９６−３４０１（１９９２）；Ｗｅｉｔｍａｎ ＳＤ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５２：６７０８−６７１１（１９９２）。ＦＲαの過剰発現が、肺癌（たとえば、カルチノイド腫瘍、および、腺癌などの非小細胞肺癌）；中皮腫；卵巣癌；腎臓癌；脳腫瘍（たとえば、未分化の上衣腫、脳若年性毛様細胞性星細胞腫、および、脳転移）；子宮頸癌；上咽頭癌；中胚葉由来腫瘍；頭部および頸部の扁平上皮癌；子宮内膜癌；卵巣の乳頭状漿液性および類子宮内膜腺癌、卵巣の漿液性嚢胞腺癌、乳癌；膀胱癌；膵臓癌；骨肉腫（たとえば、高悪性度骨肉腫）；下垂体癌（たとえば、下垂体腺種）；結腸直腸癌および甲状腺髄様癌を含む、種々の癌で観察されている。たとえば、米国特許第ＵＳ７，７５４，６９８号；米国特許出願第ＵＳ２００５／０２３２９１９号；国際公報第ＷＯ２００９／１３２０８１号；Ｂｕｅｎｏ Ｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ ａｎｄ Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ Ｓｕｒｇｅｒｙ，１２１（２）：２２５−２３３（２００１）；Ｅｌｋａｎａｔ Ｈ ＆ Ｒａｔｎａｍ Ｍ． Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，１１，５０６−５１９（２００６）；Ｂａｓａｌ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，４（７）：６２９２（２００９）；Ｆｉｓｈｅｒ ＲＥ Ｊ Ｎｕｃｌ Ｍｅｄ，４９：８９９−９０６（２００８）；Ｆｒａｎｋｌｉｎ，ＷＡ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，Ｓｕｐｐｌ ８：８９−９５（１９９４）；Ｈａｒｔｍａｎｎ ＬＣ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ １２１：９３８−９４２（２００７）；Ｉｗａｋｉｒｉ Ｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｓｕｒｇｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，１５（３）：８８９−８９９（２００８）；欧州特許公報第ＥＰ２１９９７９６号，Ｐａｒｋｅｒ Ｎ． ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３３８：２８４−２９３（２００５）；Ｗｅｉｔｍａｎ，ＳＤ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５２：３３９６−３４０１（１９９２）；Ｓａｂａ ＮＦ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅａｄ Ｎｅｃｋ，３１（４）：４７５−４８１（２００９）；Ｙａｎｇ Ｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３：２５５７−２５６７（２００７）、を参照。ある種の癌（たとえば、頭部および頸部の扁平上皮癌）において、ＦＲαの高濃度の発現は不良予後に関連し、一方、他の種の癌（たとえば、非小細胞肺癌）においては、ＦＲαの高濃度の発現は、より好ましい予後に関連する。たとえば、Ｉｗａｋｉｒｉ Ｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｓｕｒｇｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，１５（３）：８８９−８９９；Ｓａｂａ ＮＦ ｅｔ ａｌ．Ｈｅａｄ Ｎｅｃｋ，３１（４）：４７５−４８１（２００９）を参照。
癌の早期発見は、生存率および生活の質を向上させる。早期の発見および治療の可能性を向上させるために、ＦＲαを発現する癌を診断するための、および、既存のＦＲαを発現する癌を監視するための、非侵襲的方法に対する差し迫った必要性が存在する。
本明細書において提供するものは、ＦＲαに特異的に結合する抗体である。提供される抗体をコードし得る関連ポリヌクレオチド、提供される抗体を発現する細胞の他、関連ベクターおよび検出可能な抗体標識も記載する。さらに、提供される抗体を使用する方法を記載する。たとえば、提供される抗体は、癌を診断すること、癌の進行、退行、または安定を監視すること、対象者における癌の診断を開発すること、患者を癌について治療すべきか否かを判断すること、または、対象者がＦＲα発現癌を患っており、したがって、ＦＲα特異的抗癌療法での治療に適するかも知れないか否かを判断すること、に使用されてよい。
葉酸受容体アルファ（ＦＲα）特異的抗体
本明細書に記載するものは、単離した抗体、および、ＦＲαに特異的に結合する抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態において、抗体および抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号４と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号７と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号８と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖を含んでよく、また、配列番号６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を有してよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号３７と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４１と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、天然型または非還元型のＦＲαに結合することが可能な、９Ｆ３．Ｈ９．Ｈ３．Ｈ３．Ｂ５．Ｇ２（９Ｆ３）抗体またはその抗原結合フラグメントが提供される。
いくつかの実施形態において、前記９Ｆ３抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８７の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、記載した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の、軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の、軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
天然型または還元型のＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードする単離ポリヌクレオチドも記載する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３５を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号４と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３６を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３８を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号７と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３９を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号８と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４０を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１配列、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２配列、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３配列、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号３４、たとえば配列番号３５、および、たとえば配列番号３６を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号３８、たとえば配列番号３９、および、たとえば配列番号４０を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１；配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号３４、たとえば配列番号３５、および、たとえば配列番号３６、ならびに、たとえば配列番号３８、たとえば配列番号３９、および、たとえば配列番号４０を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号３７を含む。いくつかの実施形態において、記載した単離ポリヌクレオチドは、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号４１を含む。いくつかの実施形態において、記載した単離ポリヌクレオチドは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてもよく、たとえば配列番号３７、および、たとえば配列番号４１を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能な前記単離ポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。本明細書に記載のポリヌクレオチドは、天然型または還元型のＦＲαに結合することが可能な、９Ｆ３抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい。
本明細書には、天然型または還元型のＦＲαに特異的に結合する単離抗体および抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、前記抗体または抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。前記抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化された、またはキメラのものであってよいが、本明細書に例示する抗体または抗原結合フラグメントは、マウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１５と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号１４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４５と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４９と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαのいずれかに結合することが可能な１９Ｄ４．Ｂ７（１９Ｄ４）抗体またはその抗原結合フラグメントが、提供される。
いくつかの実施形態において、１９Ｄ４抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８４の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαのいずれかに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードする、単離ポリヌクレオチドも開示する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１１と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４３を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４６を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１５と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４７を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４８を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４２、たとえば配列番号４３、および、たとえば配列番号４４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する重鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４６、たとえば配列番号４７、および、たとえば配列番号４８を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４２、たとえば配列番号４３、および、たとえば配列番号４４、ならびに、たとえば配列番号４６、たとえば配列番号４７、および、たとえば配列番号４８を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４５を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４９を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４５、および、たとえば配列番号４９を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能な前記ポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。本明細書に記載のポリヌクレオチドは、天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαに結合することが可能な１９Ｄ４抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい。
本明細書には、天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαに結合することが可能な、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、前記抗体または抗原結合フラグメントはマウスのＩｇＧまたはその誘導体である。前記抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化された、またはキメラのものであってよいが、本明細書に例示する抗体または抗原結合フラグメントは、マウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１９と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２３と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する軽鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する重鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号２２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号５３と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号５７と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαのいずれかに結合することが可能な、２４Ｆ１２．Ｂ１（２４Ｆ１２）抗体またはその抗原結合フラグメントが提供される。
いくつかの実施形態において、２４Ｆ１２抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８６の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドも記載する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５０を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１９と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５１を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２３と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５５を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５６を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５０、たとえば配列番号５１、および、たとえば配列番号５２を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５４、たとえば配列番号５５、および、たとえば配列番号５６を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５０、たとえば配列番号５１、および、たとえば配列番号５２、ならびに、たとえば配列番号５４、たとえば配列番号５５、および、たとえば配列番号５６を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５３を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５７を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５３、および、たとえば配列番号５７を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードする前記ポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。本明細書に記載のポリヌクレオチドは、天然型ＦＲαまたは還元型ＦＲαのいずれかに結合することが可能な２４Ｆ１２抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい。
本明細書には、天然型、非還元型、又は化学的に保存されている型のいずれかの、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、前記抗体または抗原結合フラグメントはマウスのＩｇＧまたはその誘導体である。前記抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化された、またはキメラのものであってよいが、本明細書に例示する抗体または抗原結合フラグメントは、マウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２７と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３１と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する軽鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する重鎖を含んでよい。前記抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列、を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号３０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号６１と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号６５と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、天然型、非還元型、又は化学的に保存されている型のＦＲαに結合することが可能な、２６Ｂ３．Ｆ２（２６Ｂ３）抗体またはその抗原結合フラグメントが提供される。
いくつかの実施形態において、２６Ｂ３抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８５の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
天然型、非還元型、又は化学的に保存されている型のＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドも開示する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５８を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２７と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５９を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６０を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３１と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６３を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５８、たとえば配列番号５９、および、たとえば配列番号６０を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい、たとえば配列番号６２、たとえば配列番号６３、および、たとえば配列番号６４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい、たとえば配列番号５８、たとえば配列番号５９、および、たとえば配列番号６０、ならびに、たとえば配列番号６２、たとえば配列番号６３、および、たとえば配列番号６４を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６１を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６５を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６１、および、たとえば配列番号６５を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能な前記ポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。本明細書に記載のポリヌクレオチドは、天然型、非還元型、又は化学的に保存された型のＦＲαに結合することが可能な、２６Ｂ３抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよい。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントを発現する細胞と共に、抗体をコードする、または、抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。記載したベクターを発現することが可能な細胞も提供する。これらの細胞は、哺乳類細胞（ＣＨＯ−Ｋ１細胞など）、昆虫細胞（Ｓｆ７細胞など）、酵母細胞、植物細胞、または細菌細胞（Ｅ．ｃｏｌｉなど）であってよい。記載した抗体は、また、本明細書に記載のハイブリドーマ細胞によっても産生される。
癌を診断するためのモデル
本明細書では、対象者における上皮性起源の乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、卵管癌、卵巣癌または肺癌を診断する方法を提供する。いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在するＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを対照試料中のＦＲαのレベルと比較することによって、前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルと、対照試料中のＦＲαのレベルとの差が、前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っているか否かの目安になる。
いくつかの実施形態において、前記対照試料は、ＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来してよい。いくつかの実施形態において、前記対照試料は、ＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来してよい。前記対照試料がＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来するいくつかの実施形態において、前記試料に存在するＦＲαの量が、対照試料について観察される量に対して、増加していることが観察されるということは、評価される前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。前記対照試料がＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来するいくつかの実施形態において、前記試料に存在するＦＲαの量が、対照試料について観察される量に対して、減少していることまたは類似していることが観察されるということは、評価される前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていないことの目安になる。前記対照試料がＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来するいくつかの実施形態において、前記試料に存在するＦＲαの量が、対照試料について観察される量に対して、類似していることが観察されるということは、評価される前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。前記対照試料がＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来するいくつかの実施形態において、前記試料に存在するＦＲαの量が、対照試料について観察される量に対して、減少していることが観察されるということは、評価される前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていないことの目安になる。
いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。対象者がＦＲα産生の増加に関連しない癌を患っているかを判断するために、類似の方法を使用してよい。ＦＲαの存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどに由来してよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在する細胞または組織に関連するＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを対照試料中のＦＲαのレベルと比較することによって、対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルと、対照試料中のＦＲαのレベルとの差が、前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価される試料は、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどであってよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在する細胞または組織に関連しないＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを対照試料中のＦＲαのレベルと比較することによって、前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルと、対照試料中のＦＲαのレベルとの差が、前記対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、組織プレパラートなどであってよい。
記載した方法の様々な実施形態において、前記癌はＦＲαを発現する癌であってよい。特定の実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、卵巣癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、子宮内膜癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、結腸直腸癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、乳癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、卵管癌である。他の実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、腺癌などの非小細胞肺癌である。上記に代えて、記載した方法は、扁平上皮癌などの、ＦＲαを発現しない癌を特定するために使用されてよい。たとえば、記載した方法は、腺癌などのＦＲαを発現する肺癌と、扁平上皮癌などのＦＲαを発現しない肺癌とを、識別するのに使用することができるであろう。記載した方法は、線維腺腫などのＦＲαを発現する乳癌と、嚢肉腫などのＦＲαを発現しない乳癌とを、識別するのに使用することができるであろう。さらに、記載した方法は、乳頭癌などのＦＲαを発現する甲状腺癌と、髄様癌などのＦＲαを発現しない甲状腺癌とを、識別するのに使用することができるであろう。本明細書に記載のいくつかの実施形態において、対象者におけるＦＲαを発現する癌細胞の検出は、前記対象者がＦＲαに対する治療薬で治療されてよいことを判断するために使用されてよい。いくつかの実施形態において、ＦＲαに対する前記治療薬は、ファーレツズマブなどの抗体であってよい。
様々な側面において、ＦＲαのレベルは、前記試料をＦＲαに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させることによって、決定される。いくつかの実施形態において、前記試料は、ＦＲαに結合する２種以上の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。いくつかの実施形態において、前記試料は、ＦＲαに結合する第１の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、ＦＲαに結合する第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。本明細書に記載のものなどの抗体を、このために使用してよい。たとえば、前記抗体は、
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、重鎖ＣＤＲもしくは軽鎖ＣＤＲを含む抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｄ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖可変領域区分および軽鎖可変領域区分を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；または
（ｅ）ＡＴＣＣに寄託され、ＰＴＡ−１１８８７、ＰＴＡ−１１８８４、ＰＴＡ−１１８８６、もしくはＰＴＡ−１１８８５の受託番号を有する細胞株のいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、もしくはその抗原結合フラグメント
で構成される群から選択される。
特定の実施形態において、ＦＲαのレベルは、ウエスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、またはＥＬＩＳＡによって決定される。
本発明の前述の特徴の様々な実施形態において、対照試料は、健康な対象者のＦＲαの標準対照レベルである。他の実施形態において、対照試料は、既知の濃度のＦＲαタンパク（たとえば、遺伝子組み換えまたは精製ＦＲαタンパク試料）であってよい。いくつかの実施形態において、試験される対象者の観察されたＦＲαレベルは、ＦＲαを発現する癌を有することが知られている対象者に由来する試料において観察されるＦＲαレベル、または、ＦＲαの既知の濃度と比較されてよい。
癌を監視する方法
本明細書では、対象者におけるＦＲαを発現する癌を監視する方法を提供する。記載した方法は、癌の治療の前、癌の治療の後、または、癌の治療の前と後の両方に、使用してよい。いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試験試料に存在するＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを、より前の時点での前記対象者の試験試料におけるＦＲαのレベルと比較することによって、ＦＲαを発現する癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、前記試験試料と、より前の試料とのＦＲαのレベルの差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安となる。その際、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察されたレベルに対して、試験試料のＦＲαのレベルに有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどに由来してよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試験試料に存在する細胞または組織に関連するＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを、同様に、より前の時点に前記対象者から得た試料におけるＦＲαのレベルと比較することによって、ＦＲαを発現する癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、試験試料と、より前の試料とのＦＲαのレベルの差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安を提供する。その際、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察されたレベルに対して、試験試料のＦＲαのレベルに有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどであってよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試験試料に存在する細胞または組織に関連しないＦＲαのレベルを決定すること；および、観察されたＦＲαのレベルを、同様に、より前の時点に前記対象者から得た試料におけるＦＲαのレベルと比較することによって、ＦＲαを発現する癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、試験試料と、より前の試料とのＦＲαのレベルの差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安を提供する。その際、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαのレベルが、より前の試料について観察されたレベルに対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察されたレベルに対して、試験試料のＦＲαのレベルに有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、前記対象者に由来する試料におけるＦＲαのレベルは、前記試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、組織プレパラートなどであってよい。
記載した方法の様々な実施形態において、前記癌は、ＦＲαを発現する癌であってよい。特定の実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、卵巣癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、子宮内膜癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、結腸直腸癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、乳癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、卵管癌である。他の実施形態において、前記ＦＲαを発現する癌は、腺癌などの非小細胞肺癌である。
様々な側面において、ＦＲαのレベルは、前記試料をＦＲαに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させることによって、決定される。いくつかの実施形態において、前記試料は、ＦＲαに結合する２種以上の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。いくつかの実施形態において、前記試料は、ＦＲαに結合する第１の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、ＦＲαに結合する第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。本明細書に記載のものなどの抗体を、このために使用してよい。たとえば、前記抗体は、
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、重鎖ＣＤＲもしくは軽鎖ＣＤＲを含む抗体もしくはその抗原結合フラグメント
で構成される群から選択される。
特定の実施形態において、ＦＲαのレベルは、ウエスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、またはＥＬＩＳＡによって検出される。
要約した主題の追加の特徴は、発明の詳細な説明および提供した実施例ならびに関連する図面において、より詳しく説明する。
非還元的条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによるＦＲαの移動パターンを示す図である。ＦＲαは、天然（レーン２）型または還元もしくはアルキル化（レーン３）型のいずれかで評価した。
水素／重水素交換質量分析およびドッキング法によって予測される、モノクローナル抗体９Ｆ３，２４Ｆ１２，および２６Ｂ３に対するエピトープ（網掛け領域）を含むＦＲαのアミノ酸残基（配列番号１）を示す図である。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで行った、ＦＲαまたはＦＲホモログＦＲβ，ＦＲΓもしくはＦＲΔを発現するＣＨＯ細胞に由来する、精製遺伝子組み換え溶解物（Ａ）および全細胞溶解物（Ｂ）の４つのウエスタンブロットを示す図である。タンパクは、還元剤を含むまたは含まない試料緩衝液中で調製した。パネルＡ、レーン１は分子量マーカーであり、レーン２〜５は、それぞれ、０．５μｇの還元ＦＲα，ＦＲβ，ＦＲΓ，およびＦＲΔであり、レーン６はブランクであり、レーン７〜１０は、それぞれ、０．５μｇの非還元ＦＲα，ＦＲβ，ＦＲΓ，およびＦＲΔである。陽性のバンドは、各レーンにおける反応性種のみを表し、約３８ｋＤａの分子量に相当する。パネルＢ、レーン１は分子量マーカーであり、レーン２は、還元剤を含まない試料緩衝液中で調製しＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで分画したＣＨＯ−ＦＲα全細胞溶解物であり、レーン３は、還元剤を含まない試料緩衝液中で調製しＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで分画したＣＨＯ−ＦＲβ全細胞溶解物であり、レーン４は、還元剤を含まない試料緩衝液中で調製しＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで分画したＣＨＯ−ＦＲΔ全細胞溶解物である。各パネルは、右に記した抗ＦＲα ｍＡｂで調べた。ＦＲの分子量は、ＦＲαは約３８ｋＤＡ、ＦＲβは約３０ｋＤａ、ＦＲΓは約２８ｋＤａ、ＦＲΔは約２６ｋＤａである。変性された条件、および、還元されていないまたは還元された条件で、それぞれ、ＦＲαを認識するＬＫ２６抗体およびＢＮ３．２抗体を、陽性対照として使用した。
モノクローナル抗体２６Ｂ３でＦＲαの存在を調べた、ホルマリン固定したパラフィン包埋の乳頭状漿液性卵巣癌の組織試料を示す図である。
正常組織におけるＦＲαの発現を示す図である。抗体２６Ｂ３で染色した正常な肺（Ａ）および腎臓（Ｂ）の試料は、ＦＲαの発現が上皮細胞に強く限定され、主に頂端部に分布することを示す（画像は倍率２０倍）。
抗体２６Ｂ３または抗体ＢＮ３．２を用いて生成した肺腺癌のＭスコアを比較するグラフ表示である。
非小細胞肺癌の組織学的サブタイプのＦＲα染色を示す図であり、（Ａ）は２０倍での肺腺癌、（Ｂ）は４０倍での肺腺癌、（Ｃ）は２０倍での肺腺扁平上皮癌、および、（Ｄ）は４０倍での肺扁平上皮癌である。
抗体２６Ｂ３で染色した肺腺癌の重複試料（コア）のＭスコアを比較するグラフ表示である。
肺腺癌および肺扁平上皮癌のＦＲα分布のＭスコアを示す図である。平均Ｍスコアは、それぞれ、１９．８４（±１８．６４）および１．３９（±５．５４）であった（ｐ＜０．０００１）。
３つの肺腺癌細針吸引試料（Ａ）、（Ｂ）および（Ｃ）におけるＦＲαの発現を示す図である。リンパ節ＦＮＡからの細胞ブロック材料の抗体２６Ｂ３での染色は、発現が上皮細胞に限定され、頂端部に分布する、ＦＲαの成功裏の染色を示す。
抗体２６Ｂ３を用いる組織試料の免疫組織化学分析でＦＲα陽性またはＦＲα陰性と判断された、肺腺癌を有する対象者の生存時間関数（死亡または打ち切り(censor)）を示す図である。
抗体２６Ｂ３を用いて染色した、倍率２０倍または４０倍のいずれかでの、代表的な組織マイクロアッセイ（ＴＭＡ）画像であり、（Ａ）はインサイチュの浸潤性腺管癌、（Ｂ）〜（Ｄ）は侵襲的腺管癌である。
２６Ｂ３での染色で決定した、乳癌試料の分子サブタイプ（ｈｅｒ−２（＋）およびｈｅｒ−２（−））に対するＭスコア分布のグラフ表現である。
（Ａ）〜（Ｄ）は、倍率２０倍または４０倍のいずれかでの、抗体２６Ｂ３で染色したステージＩＶ、ｈｅｒ２陰性乳癌に由来する、代表的な組織学的試料を示す図である。
抗体２６Ｂ３で染色した、細針吸引によって得た転移性乳癌試料の代表的な画像である。
漿液性卵巣癌におけるＦＲα発現を示す図である。（Ａ）は、３＋の強い（右部分）、および２＋の中程度の（上左部分）膜染色を見ることができる。（Ｂ）は、３＋の強い周辺の膜の濃い染色を確認する、倍率２０倍での同じ範囲（右部分）である。２＋の中程度の膜染色（上左部分）は、３＋よりもより弱い、薄い染色を有し、周辺的であるか，または内腔境界に局在している。（Ｃ）は、１＋の弱い膜染色が内腔境界に局在しており、視覚化するために４０倍の倍率を要することを示す。（Ｄ）は、卵巣表面上皮細胞および下層の皮質間質細胞が、全体的に陰性であることを示す（倍率２０倍）。
（Ａ）は、ＦＲα発現が、倍率４０倍で、弱い１＋および中程度の２＋の強度を有する正常な子宮内膜の内腔境界に限定されることを示す図である。（Ｂ）は、倍率２０倍で、強い（＋３）膜染色が、非定形複雑型増殖症の内腔境界に観察され得ることを示す図である。
（Ａ）は、第１等級の子宮内膜腺癌の内腔境界上の強い（＋３）ＦＲα膜染色を示す図である。さらに、多くの癌細胞が２＋または３＋の細胞質染色を有する（倍率２０倍）。（Ｂ）は、ＦＲα膜染色（２＋および３＋）が、第２等級の子宮内膜腺癌の内腔境界上に存在し、細胞質染色が弱いことを示す図である（倍率２０倍）。（Ｃ）は、倍率４０倍で、第３等級の子宮内膜腺癌の癌細胞の約５０％が３＋の強い周辺膜染色を示し、細胞質染色は弱いことを示す図である。
（Ａ）は、倍率２０倍で、約８０％の扁平上皮化生細胞が２＋および３＋のＦＲα膜染色ならびに１＋および２＋ＦＲαの細胞質染色を有する、扁平上皮化生を有する腺癌を示す図である。子宮内膜癌細胞の明瞭な細胞癌は、大きな不規則な核、顕著な仁、および多数の明瞭な細胞質を有する。（Ｂ）は、倍率４０倍で、これらの癌細胞の大部分が、２＋または３＋のＦＲα膜染色を有することを示す図である。
（Ａ）は、正常な卵管の繊毛細胞および非繊毛細胞が、内腔境界および外側細胞境界に、３＋のＦＲα膜染色を有することを示す図である。細胞質染色も明瞭である（倍率２０倍）。（Ｂ）は、ストローマに多数のリンパ球および血漿細胞を有する慢性卵管炎を示す図である。粘膜細胞は、内腔境界上の３＋のＦＲα染色を維持している（倍率２０倍）。（Ｃ）は、第２等級の管漿液性腺癌細胞が、複合乳頭状突起を形成し、内腔境界および外側細胞境界に３＋のＦＲα膜染色を示し、細胞質染色も明瞭であること（倍率２０倍）を示す図である。
卵巣の皮質漿液／卵管嚢胞を示す図である。表層細胞は３＋の強い膜染色および細胞質染色を示す（倍率２０倍）。
以下の説明は、ＦＲαに特異的に結合する抗体およびその抗原結合フラグメントの特徴を、明らかにする。また、これらの抗体および抗原結合フラグメントをコードすることが可能な関連ポリヌクレオチド、前記抗体および抗原結合フラグメントを発現する細胞の他、関連ベクター、および、検出可能な抗体標識、を記述する。さらに、前記抗体および抗原結合フラグメントを使用する方法を記載する。たとえば、提供する抗体および抗原結合フラグメントは、卵巣癌、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵管癌、もしくは肺癌を診断するため、卵巣癌、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵管癌、もしくは肺癌の進行、退行、もしくは安定を監視するために、または、患者が癌の治療を受けるべきか否かを決定するため、もしくは、対象者が、ＦＲαを発現する癌を患っており、したがって、ＦＲα特異的抗癌療法での治療に適しているか否かを決定するために、使用してよい。
定義
説明の特徴に関連する様々な用語を、本明細書および特許請求の範囲の全体にわたって使用する。これらの用語は、他に示さない限り、当技術分野におけるそれらの普通の意味を有する。他の特別に定義する用語は、本明細書において提供する定義と整合するように、解釈すべきである。
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用する単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、内容がそうではないと明確に述べていない限り、複数の指示対象も含む。したがって、たとえば、「細胞(a cell)」の表現は、２つ以上の細胞の組み合わせなどを含む。
本明細書において使用する「約」の用語は、量、期間などの測定可能な値を指すときは、特定された値からの±１０％までの変動を含むことを意味し、これは、そのような変動が開示した方法を実施するのに適しているからである。他に示さない限り、本明細書および特許請求の範囲で使用する、含有物の量、分子量などの特性、反応条件などのすべての数字は、すべての例において、「約」という用語で修飾される、と理解すべきである。したがって、逆であると示されない限り、本明細書および添付の特許請求の範囲において示される数値パラメータは、本発明によって得ようとする所望の特性に基づいて変動し得る近似値である。最低限でも、また、特許請求の範囲への均等論の適用を制限しようとするのではなく、各数値パラメータは、少なくとも、記載した有効桁数に照らして、かつ、通常の四捨五入によって、解釈すべきである。
本発明の広い範囲を説明する数値範囲およびパラメータは近似値ではあるが、具体的な実施例において説明する数値は、可能な限り正確に記載する。ただし、いかなる数値も、それぞれの試験方法に見られる標準偏差に必然的に起因する何らかの誤差を、本来的に含む。
「単離」は、生物学的要素（核酸、ペプチドまたはタンパクなど）が、その要素が天然に生じる有機体の他の生物学的要素から、すなわち、染色体上および染色体外の他のＤＮＡおよびＲＮＡならびにタンパクから、実質的に分離され、離れて産生され、または、精製されることを意味する。「単離」されている核酸、ペプチドおよびタンパクは、したがって、標準の精製法によって精製された核酸およびタンパクを含む。「単離」された核酸、ペプチドおよびタンパクは、組成物の一部となり得、そのような組成物が、その核酸、ペプチドまたはタンパクの天然環境の一部でない場合、依然として単離されたままであり得る。この用語は、また、ホスト細胞における遺伝子組み換え発現によって調製された核酸、ペプチドおよびタンパク、ならびに、化学的に合成された核酸も包含する。
同義的に「核酸分子」または「核酸」とも呼ばれる「ポリヌクレオチド」は、あらゆるポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシヌクレオチドを指し、これらは、非修飾のＲＮＡもしくはＤＮＡまたは修飾したＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい。「ポリヌクレオチド」には、一本鎖および二本鎖のＤＮＡ、一本鎖領域と二本鎖領域とが混在するＤＮＡ、一本鎖および二本鎖のＲＮＡ、一本鎖領域と二本鎖領域とが混在するＲＮＡ、ならびに、一本鎖の、または、より一般には、二本鎖のもしくは一本鎖領域と二本鎖領域とが混在するＤＮＡおよびＲＮＡを含む混成分子、が含まれるが、これらに限られるわけではない。さらに、「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。ポリヌクレオチドの用語には、また、１つ以上の修飾塩基を含有するＤＮＡまたはＲＮＡ、および、安定性その他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも含まれる。「修飾」塩基には、たとえば、トリチル化された塩基およびイノシンなどの、普通ではない塩基が含まれる。ＤＮＡおよびＲＮＡには様々な修飾を施してよく、したがって、「ポリヌクレオチド」は、化学的、酵素的または代謝的に修飾されたポリヌクレオチドの、一般に天然に見られる型の他、ウイルスおよび細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学型、を包含する。「ポリヌクレオチド」は、また、しばしばオリゴヌクレオチドと呼ばれる、比較的短い核酸鎖も包含する。
「実質的に同じ」の意味は、その用語が使用される文脈に応じて、相違し得る。重鎖および軽鎖ならびにそれらをコードする遺伝子においては、天然配列の変動が存在し易いので、アミノ酸配列または本明細書に記載した抗体もしくは抗原結合フラグメントをコードする遺伝子に、それらの結合特性（たとえば、特異性および親和性）にほとんどあるいは全く影響することなく、ある程度の変動が生じることが予想されるであろう。このような予想は、部分的には遺伝子コードの縮退により、また、コードされるタンパクの性質を認め得るほどには変化させない、保存的なアミノ酸配列変動という進化の成功にもよる。したがって、核酸配列の文脈において、「実質的に同じ」は、２つ以上の配列間の、少なくとも６５％の同一性を意味する。好ましくは、この用語は、２つ以上の配列間の、少なくとも７０％の同一性、より好ましくは、少なくとも７５％の同一性、より好ましくは、少なくとも８０％の同一性、より好ましくは、少なくとも８５％の同一性、より好ましくは、少なくとも９０％の同一性、より好ましくは、少なくとも９１％の同一性、より好ましくは、少なくとも９２％の同一性、より好ましくは、少なくとも９３％の同一性、より好ましくは、少なくとも９４％の同一性、より好ましくは、少なくとも９５％の同一性、より好ましくは、少なくとも９６％の同一性、より好ましくは、少なくとも９７％の同一性、より好ましくは、少なくとも９８％の同一性、より好ましくは、少なくとも９９％の同一性、または、より高い同一性を指す。このような同一性は、ｎＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９０） Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：２２６４−８；Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：５８７３−７）を使用して決定することができる。
タンパクのアミノ酸配列において生じ得る、タンパク機能に大きく影響しない変動の程度は、核酸配列のそれよりもはるかに低く、これは、同じ縮退原理がアミノ酸配列には当てはまらないからである。したがって、抗体または抗原結合フラグメントの文脈において、「実質的に同じ」は、記載した抗体または抗原結合フラグメントに対する、９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，または９９％の同一性を有する抗体または抗原結合フラグメントを意味する。他の実施形態は、本明細書に記載の抗体もしくは抗原結合フラグメントと有意な同一性を共有しない、骨格、骨組、もしくは他の非結合領域を有するが、結合を生じさせるために必要な、本明細書に記載のそのような配列に対して９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，もしくは９９％の同一性を有する、１つ以上のＣＤＲもしくは他の配列を取り込んでいるＦＲα特異的抗体または抗原結合フラグメントを含む。
「ベクター」は、他の核酸断片を操作可能に挿入して、その断片の複製または発現を生じさせることが可能な、プラスミド、ファージ、コスミドまたはウイルスなどのレプリコンである。
細胞は、外因性のまたは異種のＤＮＡなどの核酸が、細胞内に導入されているときに、「形質転換」されている。形質転換ＤＮＡは、細胞のゲノムに統合（共有結合）されても、されなくてもよい。たとえば、原核生物、酵母および哺乳動物細胞において、形質転換ＤＮＡは、プラスミドなどのエピソーム要素上に保持されてよい。真核細胞に関しては、安定に形質転換された細胞すなわち「安定細胞」は、その形質転換ＤＮＡを含有する娘細胞の集団を含む細胞株、またはクローンを確立するその真核細胞の能力によって、証明される。「クローン」は、単一細胞または有糸分裂による、共通の祖先に由来する細胞の集団である。「細胞株」は、何代にもわたるインビトロでの安定した成長が可能な、初代細胞のクローンである。本明細書において提供するいくつかの実施形態において、細胞はＤＮＡの遺伝子導入によって形質転換される。
「発現」または「産生」の用語は、本明細書において同義に使用され、遺伝子産物の生合成を指す。これらの用語は、ＲＮＡへの遺伝子の転写を包含する。これらの用語は、１つ以上のポリペプチドへのＲＮＡの翻訳も包含し、さらに、天然に産する転写後または翻訳後の修飾も包含する。抗体またはその抗原結合フラグメントの発現または産生は、細胞の細胞質内において、または、細胞培養の成長培地などの細胞外環境に対して、なされてよい。
「処理」または「治療」の用語は、あらゆる客観的または主観的パラメータを含む、症状の軽減、緩和、減少などの、損傷、病状もしくは疾病の緩解もしくは改善のあらゆる成功または成功の証を指し、その疾病を患者にとって耐え易いものにすること、悪化もしくは減退の速度を遅くすること、悪化の終点をより消耗的でないものにすること、対象者の身体的もしくは精神的な幸福を改善すること、または、生存の期間を引き延ばすことを含む。治療は、身体的検査、神経学的検査、または精神医学的評価を含む客観的または主観的なパラメータによって、評価されてよい。
「抗体」は、別に指定しない限り、各アイソタイプの種々の単量体型または多量体型を含む、免疫グロブリンのすべてのアイソタイプ（ＩｇＧ，ＩｇＡ，ＩｇＥ，ＩｇＭ，ＩｇＤ，およびＩｇＹ）を指す。
抗原結合フラグメントは、特定の抗原に結合親和性を示すかも知れない、あらゆるタンパク様構造である。いくつかの抗原結合フラグメントは、完全抗体の一部であって、親抗体分子の抗原結合特異性を維持する一部から成る。たとえば、抗原結合フラグメントは、少なくとも１つの可変領域（重鎖可変領域もしくは軽鎖可変領域のいずれか）、または、特定の抗原に結合することが知られている抗体の１つ以上のＣＤＲを含んでよい。好適な抗原結合フラグメントの例には、二重特異性抗体および一本鎖分子の他に、Ｆａｂ，Ｆ（ａｂ’）２，Ｆｃ，Ｆａｂｃ，およびＦｖ分子および一本鎖（Ｓｃ）抗体、個々の抗体軽鎖、個々の抗体重鎖、抗体鎖またはＣＤＲと他のタンパクとのキメラ融合、タンパクの骨組、重鎖単量体または二量体、軽鎖単量体または二量体、１つの重鎖および１つの軽鎖で構成される二量体などが含まれるが、これらに限られるわけではない。すべての抗体アイソタイプは、抗原結合フラグメントを産生するために使用されてよい。さらに、抗原結合フラグメントは、注目の所与の抗原に対する親和性をもたらす向きで、ポリペプチド断片を首尾よく組み込むことが可能な非抗体タンパク様骨格、たとえば、タンパクの骨組、を含んでよい。抗原結合フラグメントは、遺伝子組み換えで生成してもよいし、完全抗体の酵素的または化学的な開裂によって生成してもよい。「抗体またはその抗原結合フラグメント」の表現は、所与の抗原結合フラグメントがその表現で述べる抗体の１つ以上のアミノ酸区分を組み込んでいることを表すために、使用されてよい。
抗体または抗体フラグメントに関連して用いるときの「特異的結合」は、免疫グロブリン遺伝子または免疫グロブリン遺伝子のフラグメントによってコードされるドメインを介した、注目のタンパクの１以上のエピトープへの結合を表すが、これは、抗原分子の混合群を含有する試料において他の分子を実質的に認識し結合する、ということではない。一般に、抗体は、表面プラズモン共鳴アッセイまたは細胞結合アッセイで測定して、約１ｘ１０−８Ｍ未満のＫｄで、同種抗原に結合する。
「対象者」の用語は、ヒト、ならびに、すべての脊椎動物、たとえば、非ヒト霊長類、マウス、ウサギ、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などの、哺乳類および非哺乳類を含む非ヒト動物を指す。記載した方法の多くの実施形態において、対象者はヒトである。
本明細書において使用する「葉酸受容体アルファ」（ＦＲα、ＦＲアルファ、ＦＯＬＲ−１またはＦＯＬＲ１ともいう）の用語は、葉酸に対する高親和性受容体のアルファアイソフォームを指す。膜結合ＦＲαは、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーによって、細胞表面に付着する。可溶型のＦＲαは、膜固定葉酸受容体に対するプロテアーゼまたはホスホリパーゼの作用によってもたらされてよい。ヒトＦＲαのアミノ酸配列は、本明細書において、配列番号１として示される。変異体、たとえば、天然に産する対立遺伝子多型または少なくとも１つのアミノ酸置換を含有する配列は、本明細書において使用するこの用語に包含される。当技術分野における熟練者には理解されるように、ヒトＦＲαの細胞結合型および非細胞結合型は、配列番号１の変異型を包含してよい。
本明細書において使用する「試料」の用語は、対象者から分離した類似の液体、細胞または組織（たとえば、手術摘出した癌細胞、細針吸引生検を含む生検）の他、対象者内の液体、細胞または組織、の集合を指す。いくつかの実施形態において、試料は生体液である。生体液は、一般に生理的温度で液体であり、対象者に存在する、対象者から抜き取った、対象者から搾り出した、または他の方法で対象者から抽出した、天然液体を含んでよい。特定の組織、器官または局所領域に由来する一定の生体液、および他の生体液は、対象者または生物学的起源においてより全体的または全身的に位置してよい。生体液の例には、血液、血清および漿膜液、血漿、リンパ液、尿、唾液、嚢胞液、涙、糞便、痰、分泌性の組織または器官の粘膜分泌物、膣分泌物、非固形癌に関連するものなどの腹水、ならびに、気管支洗浄などによって採取される、胸膜、心膜、腹膜、腹部および他の体腔の液が、含まれる。
生体液には、また、対象者または生物学的起源に接触した溶液、たとえば、細胞または器官培養の培地、細胞または器官馴化培地、洗浄液など、も含まれてよい。本明細書において使用する「試料」の用語は、対象者から除去した物質、または対象者に存在する物質を包含する。
ＦＲαを発現する癌の進行に関連して使用する「進行」の用語は、癌がより軽度の状態からより重度の状態に変化することを含む。これは、癌の数または重度、転移の程度、癌が成長するまたは広がる速度などの上昇を含み得る。たとえば、「卵巣癌の進行」は、そのような癌がより軽度の状態からより重度の状態に進行すること、たとえば、ステージＩからステージＩＩへ、ステージＩＩからステージＩＩＩへなどの進行、を含む。
ＦＲαを発現する癌の退行に関連して使用する「退行」の用語は、癌がより重度の状態からより軽度の状態に変化することを含む。これは、癌の数または重度、転移の程度、癌が成長するまたは広がる速度などの低下を含み得る。たとえば、「卵巣癌の退行」は、そのような癌がより重度の状態からより軽度の状態に退行すること、たとえば、ステージＩＩＩからステージＩＩへ、ステージＩＩからステージＩへなどの退行、を含む。
ＦＲαを発現する安定した癌に関連して使用する「安定」の用語は、臨床的に関連する期間にわたって、進行癌または退行癌と認定するに足るほど大きく変化しない、または変化しなかった病状を表すことを意図している。
本明細書において記載する実施形態は、当然ながら変動し得る、特定の方法、試薬、化合物、組成物または生物系に限定されない。
ＦＲα特異的抗体および抗原結合フラグメント
本明細書では、単離モノクローナル抗体、および、ＦＲαに特異的に結合する抗原結合フラグメントを記載する。抗体分子の一般的な構造は、重鎖および軽鎖を含む抗原結合ドメイン、ならびに、補体結合および抗体受容体との結合を含む様々な機能を奏するＦｃドメイン、を含む。
記載した抗体または抗原結合フラグメントには、すべてのアイソタイプ、ＩｇＡ，ＩｇＤ，ＩｇＥ，ＩｇＧおよびＩｇＭ、ならびに、四本鎖免疫グロブリン構造の合成多量体が含まれる。記載した抗体または抗原結合フラグメントには、また、一般に雌ニワトリまたはシチメンチョウの血清および雌ニワトリまたはシチメンチョウの卵黄に見られる、ＩｇＹアイソタイプも含まれる。
実施例の欄に開示した抗体または抗原結合フラグメントは、マウス由来である。類似の抗体は、遺伝子組み換え手段によって得られる種に由来してもよい。たとえば、抗体または抗原結合フラグメントは、キメララット、ヤギ、ウマ、ブタ、ウシ、ニワトリ、ロバ、ヒトなどのものであってよい。ヒトへの投与で使用するために、非ヒト由来の抗体または抗原結合フラグメントは、ヒト患者への投与に際してより低抗原性になるように、遺伝子的または構造的に変えられてよい。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、キメラである。本明細書において使用される「キメラ」は、非ヒト哺乳類、齧歯類または爬虫類の抗体アミノ酸配列に由来する少なくとも１つの可変領域の少なくとも何らかの部分を有しながら、抗体またはその抗原結合フラグメントの残余の部分がヒトに由来する、抗体またはその抗原結合フラグメントを指す。たとえば、キメラ抗体は、ヒトＦｃを有するマウス抗原結合ドメイン、または他のそのような構造のドメインを含んでよい。
いくつかの実施形態において、抗体はヒト化抗体である。ヒト化抗体は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、または、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含有するそのフラグメント（たとえば、Ｆｖ，Ｆａｂ，Ｆａｂ’，Ｆ（ａｂ’）２もしくは抗体の他の抗原結合サブ配列）であってよい。大部分については、ヒト化抗体は、受容側の相補性決定領域（ＣＤＲ）に由来する残基が、所望の特異性、親和性および容量を有する、マウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト種（供与側抗体）のＣＤＲに由来する残基で置換された、ヒト免疫グロブリン（受容側抗体）である。一般に、ヒト化抗体は、ＣＤＲ領域のすべてまたはほとんどすべてが非ヒト免疫グロブリンのものに相当し、フレームワーク領域のすべてまたはほとんどすべてがヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくも１つの、そして一般には２つの、可変領域のほとんどすべてを含むであろう。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、通常は、ヒト免疫グロブリンの少なくとも一部、を含んでよい。
本明細書に記載する抗体または抗原結合フラグメントは、様々な形態で存在することができるが、表１に示した抗体可変領域区分またはＣＤＲの１つ以上を含むであろう。表１に記載した抗体のアイソタイプは、保存された配列を有することが知られている各抗体の定常領域を記載するために、括弧内に示されている。
本明細書では、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを詳細に説明する。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化した、またはキメラのものであってよいが、本明細書において例示する抗体または抗原結合フラグメントはマウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号４と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号７と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号８と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号３７と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４１と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８７の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードする単離ポリヌクレオチドも開示する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３５を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号４と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３６を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３８を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号７と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号３９を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号８と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４０を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号３４、たとえば配列番号３５、および、たとえば配列番号３６を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号３８、たとえば配列番号３９、および、たとえば配列番号４０を含む。前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号３４、たとえば配列番号３５、および、たとえば配列番号３６、ならびに、たとえば配列番号３８、たとえば配列番号３９、および、たとえば配列番号４０を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書において記載したポリヌクレオチドは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号３７を含む。いくつかの実施形態において、記載した単離ポリヌクレオチドは、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４１を含む。いくつかの実施形態において、記載した単離ポリヌクレオチドは、配列番号５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号３７、および、たとえば配列番号４１を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能な前記単離ポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。
本明細書では、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化した、またはキメラのものであってよいが、本明細書において例示する抗体または抗原結合フラグメントはマウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１５と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号１４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４５と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号４９と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８４の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードする単離ポリヌクレオチドも開示する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１１と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４３を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１２と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４６を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１５と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４７を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１６と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号４８を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４２、たとえば配列番号４３、および、たとえば配列番号４４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４６、たとえば配列番号４７、および、たとえば配列番号４８を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号１４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号１５と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号１６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４２、たとえば配列番号４３、および、たとえば配列番号４４、ならびに、たとえば配列番号４６、たとえば配列番号４７、および、たとえば配列番号４８を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４５を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４９を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号１３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号１７と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号４５、および、たとえば配列番号４９を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能なポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。
本明細書では、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化した、またはキメラのものであってよいが、本明細書において例示する抗体または抗原結合フラグメントはマウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１９と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２３と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号２２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号５３と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号５７と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８６の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドも記載する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５０を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号１９と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５１を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２０と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５４を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２３と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５５を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２４と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５６を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５０、たとえば配列番号５１、および、たとえば配列番号５２を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５４、たとえば配列番号５５、および、たとえば配列番号５６を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号１８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号１９と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号２２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号２３と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２４と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５０、たとえば配列番号５１、および、たとえば配列番号５２、ならびに、たとえば配列番号５４、たとえば配列番号５５、および、たとえば配列番号５６を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５３を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５７を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２１と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号２５と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５３、および、たとえば配列番号５７を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能なポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。
本明細書では、ＦＲαに特異的に結合する単離抗体または抗原結合フラグメントを記載する。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、マウスＩｇＧまたはその誘導体である。抗体または抗原結合フラグメントは、ヒトの、ヒト化した、またはキメラのものであってよいが、本明細書において例示する抗体または抗原結合フラグメントはマウスのものである。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２７と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３１と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでよい。いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する軽鎖、ならびに、さらに、配列番号３０と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２アミノ酸配列、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３アミノ酸配列を有する重鎖を含んでよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号６１と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この軽鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。いくつかの実施形態において、配列番号６５と実質的に同じまたは同一の配列を含む単離ポリヌクレオチドが、この重鎖可変領域アミノ酸配列をコードしてよい。記載した抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含んでよい。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ． Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９）に寄託され、ＰＴＡ−１１８８５の受託番号を割り当てられた抗体産生細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＦＲαに結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示した抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖ＣＤＲおよび重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、前記寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖可変領域および重鎖可変領域を含む。
ＦＲαに特異的に結合する抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドも記載する。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５８を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２７と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号５９を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号２８と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６０を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６２を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３１と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ２を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６３を含む。いくつかの実施形態において、前記単離ポリヌクレオチドは、配列番号３２と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ３を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードし、たとえば配列番号６４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ１、配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する軽鎖を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５８、たとえば配列番号５９、および、たとえば配列番号６０を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６２、たとえば配列番号６３、および、たとえば配列番号６４を含む。前記ポリヌクレオチドは、配列番号２６と実質的に同じまたは同一の軽鎖ＣＤＲ１、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２７と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、ヌクレオチド配列によるコーディングが配列番号２８と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、ならびに、配列番号３０と実質的に同じまたは同一の重鎖ＣＤＲ１、配列番号３１と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ２、および、配列番号３２と実質的に同じまたは同一のＣＤＲ３、を有する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号５８、たとえば配列番号５９、および、たとえば配列番号６０、ならびに、たとえば配列番号６２、たとえば配列番号６３、および、たとえば配列番号６４を含む。ＣＤＲの抗原結合配置は、また、抗体様タンパクをＣＤＲの骨組として使用して設計してもよい。このように設計された抗原結合タンパクは、本開示の範囲内である。
本明細書に記載のポリヌクレオチドは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６１を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６５を含む。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチドは、配列番号２９と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域区分、および、配列番号３３と実質的に同じまたは同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域区分、を有する抗体または抗原結合フラグメントをコードしてよく、たとえば配列番号６１、および、たとえば配列番号６５を含む。本明細書において提供する可変領域区分をコードすることが可能なポリヌクレオチドは、抗体または抗原結合フラグメントを産生するために、同じまたは異なるベクターに含まれてよい。
設計した抗原結合タンパクをコードするポリヌクレオチドも、本開示の範囲内である。いくつかの実施形態において、記載したポリヌクレオチド（および、それらがコードするペプチド）は、リーダー配列を含む。当技術分野において公知のあらゆるリーダー配列を採用してよい。リーダー配列は、制限部位または翻訳開始部位を含んでよいが、これらに限られない。
本明細書に記載の抗体または抗原結合フラグメントは、記載した抗体または抗原結合フラグメントの生物学的特性（たとえば、結合親和性または免疫エフェクター活性）を維持する、単数または複数のアミノ酸置換、削除または追加を有する変異体を含む。熟練者は、単数または複数のアミノ酸置換、削除または追加を有する変異体を生産するかも知れない。これらの変異体には、（ａ）１個以上のアミノ酸残基が、保存的または非保存的アミノ酸で置換された変異体、（ｂ）１個以上のアミノ酸がペプチドに追加され、またはペプチドから削除された変異体、（ｃ）１個以上のアミノ酸が置換基を含む変異体、および、（ｄ）ポリペプチドが、たとえば、抗体へのエピトープ、ポリヒスチジン配列、ビオチン部位などの、そのペプチドに有用な特性をもたらす、融合相手、タンパクタグ、もしくは他の化学部位などの、他のペプチドまたはポリペプチドに融合した変異体、が含まれてよい。本明細書に記載した抗体または抗原結合フラグメントは、保存的位置または非保存的位置のいずれかにおいて、１つの種に由来するアミノ酸残基が他の種の対応残基に代わる変異体を含んでよい。他の実施形態において、非保存的位置のアミノ酸残基が保存的または非保存的残基で置換される。遺伝子的（抑圧、削除、変異など）、化学的、および酵素的な技術を含む、これらの変異体を得る技術は、当技術分野において通常の技術を有する者にとって公知である。
本明細書に記載の抗体または抗原結合フラグメントは、ＩｇＭ，ＩｇＤ，ＩｇＧ，ＩｇＡおよびＩｇＥなどの、他のいくつかの抗体アイソタイプを含んでよい。抗体またはその抗原結合フラグメントの特異性は、アミノ酸配列、およびＣＤＲの配置によって大きく決定される。したがって、１つのアイソタイプのＣＤＲは、抗原特異性を変化させることなく、他のアイソタイプに移転されてよい。これに代えて、抗原特異性を変化させることなく、ハイブリドーマを１つの抗体アイソタイプから他へと切り換える（同型転換）技術が確立されている。したがって、このような抗体アイソタイプは、記載した抗体または抗原結合フラグメントの範囲内である。
本明細書に記載の抗体または抗原結合フラグメントは、約１ｘ１０−８Ｍ未満の解離定数（ＫＤ）を含む、ＦＲαに対する結合親和性（Ｍで表す）を有する。１つの実施形態において、抗体９Ｆ３は、ＦＲαに、７．１５ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体１９Ｄ４は、ＦＲαに、５．６７ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体２４Ｆ１２は、ＦＲαに、１．０２ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体２６Ｂ３は、ＦＲαに、２．７３ｘ１０−１１Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体９Ｆ３は、ＦＲαに、約６．５ｘ１０−１０Ｍ〜約８ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体１９Ｄ４は、ＦＲαに、約５ｘ１０−１０Ｍ〜約６．５ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体２４Ｆ１２は、ＦＲαに、約０．５ｘ１０−１０Ｍ〜約２ｘ１０−１０Ｍの親和性を有する。１つの実施形態において、抗体２６Ｂ３は、ＦＲαに、約１ｘ１０−１１Ｍ〜約３．５ｘ１０−１１Ｍの親和性を有する。
本明細書に記載のポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。前記ベクターは、発現ベクターであり得る。したがって、注目のポリペプチドをコードする配列を有する遺伝子組み換え発現ベクターは、本開示の範囲内であると考えられる。発現ベクターは、次のものに限定されないが、制御配列（たとえば、プロモーター、エンハンサー）、選択マーカー、ポリアデニル化シグナルなどの、１つ以上の追加の配列を含有してよい。多種多様なホスト細胞を形質転換するためのベクターが公知であり、これには、プラスミド、ファージミド、コスミド、バキュロウイルス、バクミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）の他、細菌、酵母およびウイルスのベクターが含まれるが、これらに限られない。
本明細書記載の範囲内である遺伝子組み換え発現ベクターには、適する制御要素に操作可能に結合されてよい、少なくとも１つの遺伝子組み換えタンパクをコードする、合成の、ゲノムの、またはｃＤＮＡ由来の核酸フラグメントが含まれる。このような制御要素には、転写プロモーター、適するｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに、転写および翻訳を制御する配列が含まれてよい。発現ベクター、特に哺乳類の発現ベクターには、複製起点、発現させる遺伝子に結合した好適なプロモーターおよびエンハンサー、他の５’もしくは３’隣接非転写配列、５’もしくは３’非翻訳配列（必要なリボソーム結合部位など）、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位、または転写終結配列などの、１つ以上の非転写要素も含まれてよい。ホストに複製の能力をもたらす複製起点もまた、組み込まれてよい。
脊椎動物細胞の形質転換に使用される発現ベクターにおける転写および翻訳の制御配列は、ウイルス源によって提供されてよい。例示的ベクターは、Ｏｋａｙａｍａ ａｎｄ Ｂｅｒｇ，３ Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２８０（１９８３）に記載されているように、構築されてよい。
いくつかの実施形態において、抗体または抗原結合フラグメントをコードする配列は、次の遺伝子のプロモーターなどの、強力な構成的プロモーターの制御下に置かれる：ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）、アデノシンデアミナーゼ、ピルビン酸キナーゼ、ベータアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋クレアチンなど。さらに、多くのウイルスプロモーターが、真核細胞において構造的に機能し、記載した実施形態との使用に適している。このようなウイルスプロモーターには、限定するわけではないが、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）前初期プロモーター、ＳＶ４０の前期および後期プロモーター、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、モロニー白血病ウイルスの長い末端反復、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、エプスタイン・バー・ウイルス（ＥＢＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、および、他のレトロウイルス、ならびに、単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼプロモーター、が含まれる。１つの実施形態において抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする配列は、メタロチオネインプロモーター、テトラサイクリン誘導性プロモーター、ドキシサイクリン誘導性プロモーター、Ｒ ２’、５’−オリゴアデニル酸シンセターゼ、Ｍｘ遺伝子、ＡＤＡＲＩなどの、１つ以上のインターフェロン刺激応答要素（ＩＳＲＥ）を含むプロモーターなどの、誘導性プロモーターの制御下に置かれる。
本明細書に記載したベクターは、１つ以上の配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含有してよい。融合ベクターへのＩＲＥＳ配列の含有は、いくつかのタンパクの発現を増進させるために有益であるかも知れない。いくつかの実施形態において、ベクターシステムは、前述の核酸配列のいずれかの上流または下流に位置してよい、１つ以上のポリアデニル化部位（たとえば、ＳＶ４０）を含むであろう。ベクター成分は、遺伝子産物の発現に最適の間隔を提供する（つまり、ＯＲＦ間の「スペーサ−」ヌクレオチドの導入による）態様で、連続的に連結または配列されて、または、別の様式で配置されてよい。ＩＲＥＳモチーフなどの調節要素も、また、発現に最適の間隔を提供するように配置されてよい。
前記ベクターは、当技術分野で周知の選択マーカーを含んでよい。選択マーカーには、ポジティブ選択マーカーおよびネガティブ選択マーカーが含まれ、たとえば、抗生物質抵抗性遺伝子（たとえば、ネオマイシン抵抗性遺伝子、ハイグロマイシン抵抗性遺伝子、カナマイシン抵抗性遺伝子、テトラサイクリン抵抗性遺伝子、ペニシリン抵抗性遺伝子）、グルタメートシンターゼ遺伝子、ガンシクロビル選択のためのＨＳＶ−ＴＫ，ＨＳＶ−ＴＫ誘導体、または、６−メチルプリン選択のための細菌プリンヌクレオシドホスホリラーゼ遺伝子（Ｇａｄｉ ｅｔ ａｌ．，７ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７３８−１７４３（２０００））がある。選択マーカーまたはクローニング部位をコードする核酸配列は、注目のポリペプチドまたはクローニング部位をコードする核酸配列の、上流または下流に位置してよい。
本明細書に記載のベクターは、記載した抗体または抗原結合フラグメントをコードする遺伝子で、種々の細胞を形質転換するのに使用されてよい。たとえば、ベクターは、抗体または抗原結合フラグメントを産生する細胞を生産するのに使用されてよい。したがって、他の側面は、本明細書で記載および例示した抗体または抗原結合フラグメントなどの、ＦＲαに特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする、核酸配列を含むベクターで形質転換されたホスト細胞を、特徴とする。
外来遺伝子を細胞に導入する数多くの技術が、当技術分野において知られており、本明細書で記載および例示した様々な実施形態に従って、記載した方法を実施するための遺伝子組み換え細胞を構築するのに使用してよい。使用される技術は、異種遺伝子配列が子孫細胞により引き継ぎ可能かつ発現可能であり、受容細胞の必要な発育および生理的機能が妨害されないように、ホスト細胞への異種遺伝子配列の安定した導入を提供すべきである。使用されるかも知れない技術には、限定するわけではないが、染色体導入（たとえば、細胞融合、染色体媒介遺伝子導入、微小細胞媒介遺伝子導入）、物理的方法（たとえば、トランスフェクション、スフェロプラスト融合、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポソームキャリア）、ウイルスベクター導入（たとえば、遺伝子組み換えＤＮＡウイルス、遺伝子組み換えＲＮＡウイルス）など（Ｃｌｉｎｅ，２９ Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．６９−９２（１９８５）に記載）が含まれるが、これらに限られない。リン酸カルシウム沈降、および、細菌プロトプラストの哺乳類細胞でのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）誘導融合も、また、細胞を形質変換するのに使用してよい。
本明細書に記載した抗体または抗原結合フラグメントの発現に適する細胞は、好ましくは真核細胞、より好ましくは植物、齧歯類またはヒト起原の細胞であり、たとえば、とりわけ、ＮＳＯ，ＣＨＯ，ＣＨＯＫ１，ｐｅｒＣ．６，Ｔｋ−ｔｓ１３，ＢＨＫ，ＨＥＫ２９３細胞，ＣＯＳ−７，Ｔ９８Ｇ，ＣＶ−１／ＥＢＮＡ，Ｌ細胞，Ｃ１２７，３Ｔ３，ＨｅＬａ，ＮＳ１，Ｓｐ２／０骨髄腫細胞，および、ＢＨＫ細胞株、などであるが、これらに限られない。さらに、抗体の発現は、ハイブリドーマ細胞を用いて行ってもよい。ハイブリドーマを生産する方法は、当技術分野において確立されている。
本明細書に記載した発現ベクターで形質転換した細胞は、本明細書に記載した抗体または抗原結合フラグメントの遺伝子組み換え発現について、選択またはスクリーニングされてよい。遺伝子組み換え陽性細胞は、増殖され、高レベル発現、増強成長特性、または、たとえば、タンパク修飾もしくは変更した翻訳後修飾による、所望の生化学的特性を有するタンパクを産生する能力などの、所望の表現型を発現するサブクローンについて、スクリーニングされる。これらの表現型は、所与のサブクローンの本来的な特性によるかも知れず、あるいは、突然変異によるかも知れない。突然変異は、化学物質、ＵＶの波長の光、放射、ウイルス、挿入突然変異原、ＤＮＡ不整合修復の阻害、または、これらの方法の組み合わせ、によって達成することができる。
本明細書では、試料を本明細書に記載した抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させることによって、試料中のＦＲαを検出する方法を提供する。本明細書に記載したように、試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどに由来してよい。いくつかの実施形態において、記載した方法は、試料を以下のものに接触させることによって、試料中のＦＲαを検出することを含む：
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｄ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖可変領域区分および軽鎖可変領域区分を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；または
（ｅ）ＡＴＣＣに寄託され、ＰＴＡ−１１８８７、ＰＴＡ−１１８８４、ＰＴＡ−１１８８６、もしくはＰＴＡ−１１８８５の受託番号を有する細胞株のいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、もしくはその抗原結合フラグメント。
いくつかの実施形態において、試料は本明細書に記載した１つ以上の抗体または抗原結合フラグメントに接触させてよい。たとえば、試料は、第１の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、その後、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよく、ここで、第１の抗体または抗原結合フラグメントと、第２の抗体または抗原結合フラグメントは、同じ抗体または抗原結合フラグメントではない。いくつかの実施形態において、第１の抗体またはその抗原結合フラグメントは、試料に接触させる前に、マルチウェルプレート、クリップまたは類似の基板などの、表面に貼付してよい。他の実施形態において、第1の抗体またはその抗原結合フラグメントは、試料に接触させる前に、何物にも貼付または付着させなくてよい。
抗体またはその抗原結合フラグメントの種々の組み合わせを、試料中のＦＲαを検出するために使用してよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１，ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体９Ｆ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体２４Ｆ１２の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、抗体２６Ｂ３の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、抗体１９Ｄ４の重鎖可変領域区分アミノ酸配列および軽鎖可変領域区分アミノ酸配列（図１に示す）を含む、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受
託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８４を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８５を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。１つの実施形態において、試料は、まず、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８６を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、別個に、ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１１８８７を有する細胞株によって産生される抗体と同じエピトープに結合することが可能な、第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、検出可能に標識してよい。いくつかの実施形態において、標識した抗体または抗原結合フラグメントは、本明細書に記載した方法でＦＲαを検出するのを容易にするかも知れない。多くのこのような標識が、当技術分野における熟練者にはすぐに判る。たとえば、好適な標識には、放射性標識、蛍光標識（ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）６４９など）、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、または酵素が含まれるが、これらに限られると理解すべきではない。より具体的には、記載した標識には、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミン５酢酸（ＤＴＰＡ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼおよびベータガラクトシダーゼ、ポリヒスチジン（ＨＩＳタグ）、アクリジン染料、シアニン染料、フルオロン染料、オキサジン染料、フェナントリジン染料、ローダミン染料、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ（登録商標）染料などが含まれる。
記載した抗体または抗原結合フラグメントは、試料中のＦＲαを検出する種々のアッセイで使用してよい。いくつかの好適なアッセイには、ウエスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、またはＥＬＩＳＡアッセイが含まれるが、これらに限られると理解すべきではない。
本明細書に記載したいくつかの実施形態において、対象者におけるＦＲαを発現する癌の検出は、対象者がＦＲαに向けられた治療剤で治療されてよいことを決定するために、使用してよい。いくつかの実施形態において、ＦＲαに向けられた治療剤は、ファーレツズマブなどの抗体であってよい。
癌を診断する方法
本明細書では、対象者における上皮性起源の、卵巣癌、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵管癌、または肺癌を診断する方法を提供する。いくつかの実施形態において、上述のように、組織学的試料、細針吸引生検試料、摘出癌組織、循環細胞、循環癌細胞などの試料中のＦＲαを検出することは、試料を取得した対象者における癌を診断する能力を提供する。いくつかの実施形態において、試料を採取した対象者が癌を有することが既に知られているかも知れないが、対象者が患っている癌の種類は未だ診断されていないかも知れず、または、予備的診断が不明瞭であるかも知れず、したがって、対象者から取得した試料におけるＦＲαを検出することは、癌の診断を可能とし、または明瞭化することを可能にする。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在するＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαの量を対照試料中のＦＲαの量と比較することによって、対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、対象者に由来する試料中のＦＲαの量と対照試料中のＦＲαの量との差が、対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料中のＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載した抗体などのＦＲαに結合する抗体に接触させることによって、評価される。対象者が高いＦＲα産生に関連しない癌を患っているかを決定するために、類似の方法を使用してもよい。ＦＲαの存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどに由来してよい。いくつかの実施形態において、対象者はヒトである。
いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌を診断する方法は、対象者の生体試料をＦＲαに特異的な抗体またはその抗原結合フラグメント（表１に示した抗体およびフラグメントに由来するものなど）に接触させ、抗体またはその抗原結合フラグメントが結合した試料中に存在するＦＲαの量を定量し、試料中に存在するＦＲαの量を既知の標準と比較し、対象者のＦＲαレベルが癌に関連するＦＲαのレベルの範囲に入るかを判断すること、を含むであろう。追加の実施形態において、診断方法には、癌に特異的な治療を施すまたは処方する追加の過程が続き得る。いくつかの実施形態において、癌に特異的な治療は、ファーレツズマブなどの、ＦＲαを発現する癌に向けられるものでよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法には、対象者に由来する試料に存在する細胞または組織に関連するＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαの量を対照試料中のＦＲαの量と比較することによって、対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、対象者に由来する試料中のＦＲαの量と対照試料中のＦＲαの量との差が、対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。
いくつかの実施形態において、対照試料は、ＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来してよい。いくつかの実施形態において、対照試料は、ＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来してよい。対照試料がＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来するいくつかの実施形態において、試料に存在するＦＲαの量が対照試料について観察される量に対して高いことが観察されるということは、評価される対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。対照試料がＦＲαを発現する癌を患っていない対象者に由来するいくつかの実施形態において、試料に存在するＦＲαの量が対照試料について観察される量に対して低いまたは同程度であることが観察されるということは、評価される対象者がＦＲαを発現する癌を患っていないことの目安にとなる。対照試料がＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来するいくつかの実施形態において、試験試料に存在するＦＲαの量が対照試料について観察される量に対して同程度であることが観察されるということは、評価される対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安にとなる。対照試料がＦＲαを発現する癌を患っている対象者に由来するいくつかの実施形態において、試験試料に存在するＦＲαの量が対照試料について観察される量に対して低いことが観察されるということは、評価される対象者がＦＲαを発現する癌を患っていないことの目安になる。
いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料におけるＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載した抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価される試料は、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどでよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在する細胞または組織に関連しないＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαの量を対照試料中のＦＲαの量と比較することによって、対象者がＦＲαを発現する癌を患っているかを評価することを含み、ここで、対象者に由来する試料中のＦＲαの量と対照試料中のＦＲαの量との差が、対象者がＦＲαを発現する癌を患っていることの目安になる。いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料に存在中のＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載した抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、組織プレパラートなどでよい。
記載した方法の様々な実施形態において、癌は、ＦＲαを発現する癌であってよい。特定の実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、卵巣癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、子宮内膜癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、結腸直腸癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、乳癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、卵管癌である。他の実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、腺癌などの非小細胞肺癌である。上記に代えて、記載した方法は、扁平上皮癌などの、ＦＲαを発現しない癌を診断するために使用されてよい。
様々な側面において、ＦＲαの量は、試料を、ＦＲαに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させることによって、決定される。いくつかの実施形態において、試料は、ＦＲαに結合する２種以上の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。いくつかの実施形態において、試料は、ＦＲαに結合する第１の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、ＦＲαに結合する第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。本明細書に記載のものなどの抗体を、このために使用してよい。たとえば、抗体は、
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｄ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖可変領域区分および軽鎖可変領域区分を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；または
（ｅ）ＡＴＣＣに寄託され、ＰＴＡ−１１８８７、ＰＴＡ−１１８８４、ＰＴＡ−１１８８６、もしくはＰＴＡ−１１８８５の受託番号を有する細胞株のいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、もしくはその抗原結合フラグメント
で構成される群から選択される。
（ａ）〜（ｅ）に記載した抗体または抗原結合フラグメントの様々な組み合わせは、検出方法を記載した総説部において詳述したように、記載した診断方法を実行するために、「第１」および「第２」の抗体または抗原結合フラグメントを提供するのに使用してよい。
一定の実施形態において、ＦＲαの量は、ウエスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、またはＥＬＩＳＡアッセイ、によって決定される。
記載した診断方法の様々な実施形態において、対照試料が使用される。対照試料は、使用する方法が適切に機能することを確実にする、陽性または陰性の対照であってよく、たとえば、この種のアッセイ対照は、免疫組織化学アッセイに普通に使用されるかも知れない。これに代えて、対照試料は、健康な対象者におけるＦＲαの量の標準対照であってよい。いくつかの実施形態において、試験対象者の観察されたＦＲαレベルは、ＦＲαを発現する癌を有することが知られている対照対象者に由来する試料において観察されたＦＲαレベルと比較してよい。いくつかの実施形態において、対照対象者のＦＲαを発現する癌は、腺癌などの、卵巣癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、乳癌、甲状腺癌、卵管癌、または肺癌である。いくつかの実施形態において、対照対象者は、ステージＩの卵巣癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、乳癌、甲状腺癌、卵管癌、または肺癌（たとえば、腺癌）などの、ＦＲαを発現する早期ステージの癌を有することが知られている。いくつかの実施形態において、対照対象者は、ステージＩＩの卵巣癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、乳癌、甲状腺癌、卵管癌、または肺癌（たとえば、腺癌）などの、ＦＲαを発現する中期ステージの癌を有することが知られている。いくつかの実施形態において、対照対象者は、ステージＩＩＩまたはステージＩＶの卵巣癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、乳癌、甲状腺癌、卵管癌、または肺癌（たとえば、腺癌）などの、ＦＲαを発現する後期ステージの癌を有することが知られている。
本明細書で提供する診断方法は、また、対象者が診断後に５年生存する可能性が比較的高いか低かを予測することを可能にするかも知れない、基準も提供する。いくつかの実施形態において、記載した方法は、腺癌を有する対象者にとっての良好な転帰を予測するのに使用してよく、ここで、良好な転帰とは、５年生存率が高くなることであると定義される。本明細書で提供するデータが示すように、ＦＲαを発現しないステージＩまたはステージＩＩの腺癌を有すると判断された対象者は、ＦＲαを発現するステージＩまたはステージＩＩの腺癌を有すると判断された対象者よりも、２倍以上５年以内に死亡し易い。したがって、本明細書に記載した診断方法は、この知見と組み合わせて、癌を有すると判断された対象者の５年生存可能性を予測する方法を可能にしてよい。いくつかの実施形態において、この方法は、腺癌を有すると判断された対象者の５年生存可能性を予測するのに使用される。
いくつかの実施形態において、記載した診断方法は、対象者の生体試料を、ＦＲαに特異的な抗体またはその抗原結合フラグメント（表１に示した抗体およびフラグメントに由来するものなど）に接触させ、抗体またはその抗原結合フラグメントが結合した試料中に存在するＦＲαの量を定量し、試料中に存在するＦＲαの量を既知の標準と比較し、対象者のＦＲαレベルがＦＲαを発現する癌の存在を示すかを決定し、これによって、癌であると診断された後に対象者が５年生存する可能性の予測を可能にすることを含む。いくつかの実施形態において、対象者は、腺癌を有することが知られており、または、腺癌を有すると判断されている。いくつかの実施形態において、対象者はヒトである。
癌を監視する方法
本明細書では、対象者における上皮性起源の癌を監視する方法を提供する。いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試験試料に存在するＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαのレベルを、より前の時点に対象者から得た試料におけるＦＲαの量と比較することによって、ＦＲαを発現する癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、試験試料と、より前の試料とのＦＲαの量の差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安となる。その際、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察された量に対して、試験試料のＦＲαの量に有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料におけるＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載した抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどに由来してよい。いくつかの実施形態において、対象者はヒトである。
いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌を監視する方法は、対象者の生体試料をＦＲαに特異的な抗体またはその抗原結合フラグメント（表１に示した抗体およびフラグメントに由来するものなど）に接触させ、抗体またはその抗原結合フラグメントが結合した試料中に存在するＦＲαの量を定量し、試料中に存在するＦＲαの量を、より前の時点の同じ対象者に由来する試料におけるＦＲαの量であると決定されたＦＲαの量と比較し、対象者のＦＲαレベルが経時的に変化しているかを判断すること、を含むであろう。試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察された量に対して、試験試料のＦＲαの量に有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、試料のＦＲαのレベルは、既知の標準のみと、または、既知の標準およびより前の時点に評価した試料について観察されたＦＲαのレベルと、比較してよい。いくつかの実施形態において、既知の標準は、既知の濃度のＦＲαタンパク（たとえば、遺伝子組み換えしたまたは精製したＦＲαタンパク試料）でよい。追加の実施形態において、診断方法には、癌に特異的な治療を施す追加の過程が続き得る。いくつかの実施形態において、癌に特異的な治療は、ファーレツズマブなどの、ＦＲαを発現する癌に向けられるものでよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試験試料に存在する細胞または組織に関連するＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαの量を、同様に、より前の時点に対象者から得た試料におけるＦＲαの量と比較することによって、ＦＲαを発現する癌が、進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、試験試料と、より前の試料とのＦＲαの量の差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安を提供する。その際、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察された量に対して、試験試料のＦＲαの量に有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料におけるＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞（つまり、遊離細胞）、組織（たとえば、手術摘出癌組織、細針吸引生検を含む生検）、組織プレパラートなどでよい。
いくつかの実施形態において、記載した方法は、対象者に由来する試料に存在する細胞または組織に関連しないＦＲαの量を決定し、観察されたＦＲαの量を、同様に、より前の時点に対象者から得た試料におけるＦＲαの量と比較することによって、ＦＲαを発現する癌が、進行しているか、退行しているか、または安定を保っているかを評価することを含み、ここで、試験試料と、より前の試料とのＦＲαの量の差が、癌が進行しているか、退行しているか、または安定を保っているか、の目安を提供する。その際、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、上昇することは、ＦＲαを発現する癌の進行を示すかも知れない。逆に、試験試料のＦＲαの量が、より前の試料について観察された量に対して、減少することは、ＦＲαを発現する癌の退行を示すかも知れない。したがって、より前の試料について観察された量に対して、試験試料のＦＲαの量に有意な差がないことは、ＦＲαを発現する癌について、安定の状態を示すかも知れない。いくつかの実施形態において、対象者に由来する試料におけるＦＲαの量は、試料を、本明細書に記載の抗体などの、ＦＲαに結合する抗体に接触させることによって評価される。ＦＲαの存在について評価する試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、組織プレパラートなどでよい。
記載した方法の様々な実施形態において、癌は、ＦＲαを発現する癌であってよい。特定の実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、卵巣癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、子宮内膜癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、結腸直腸癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、乳癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、甲状腺癌である。いくつかの実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、卵管癌である。他の実施形態において、ＦＲαを発現する癌は、腺癌などの非小細胞肺癌である。
様々な側面において、ＦＲαの量は、試料を、ＦＲαに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させることによって、決定される。いくつかの実施形態において、試料は、ＦＲαに結合する２種以上の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。いくつかの実施形態において、試料は、ＦＲαに結合する第１の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させ、次いで、ＦＲαに結合する第２の抗体またはその抗原結合フラグメントに接触させてよい。本明細書に記載のものなどの抗体を、このために使用してよい。たとえば、抗体は、
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｄ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖可変領域区分および軽鎖可変領域区分を含む、抗体ならびにその抗原結合フラグメント；または
（ｅ）ＡＴＣＣに寄託され、ＰＴＡ−１１８８７、ＰＴＡ−１１８８４、ＰＴＡ−１１８８６、もしくはＰＴＡ−１１８８５の受託番号を有する細胞株のいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、もしくはその抗原結合フラグメント
で構成される群から選択される。
（ａ）〜（ｅ）に記載した抗体または抗原結合フラグメントの様々な組み合わせは、検出方法を記載した総説部において詳述したように、記載した監視方法を実行するために、「第１」および「第２」の抗体または抗原結合フラグメントを提供するのに使用してよい。
特定の実施形態において、ＦＲαのレベルは、ウエスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、免疫蛍光、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、またはＥＬＩＳＡアッセイによって決定される。
要約した主題の追加の特徴は、発明の詳細な説明および提供した実施例ならびに関連する図面において、より詳しく説明する。
ＦＲαを検出するためのキット
本明細書では、試料におけるＦＲαを検出するためのキットを提供する。これらのキットには、１つ以上の、本明細書に記載したＦＲαに特異的な抗体または抗原結合フラグメント、および、キットを使用するための指示が含まれる。いくつかの実施形態において、記載したキットで提供される抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ａ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つと同じエピトープに結合する、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｂ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つ、もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列ならびに軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体もしくはその抗原結合フラグメント；
（ｄ）抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２、もしくは抗体２６Ｂ３のいずれか１つの、表１に記載の、重鎖可変領域区分および軽鎖可変領域区分を含む、抗体ならびにその抗原結合フラグメント；または
（ｅ）ＡＴＣＣに寄託され、ＰＴＡ−１１８８７、ＰＴＡ−１１８８４、ＰＴＡ−１１８８６、もしくはＰＴＡ−１１８８５の受託番号を有する細胞株のいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、もしくはその抗原結合フラグメント
の１つ以上であってよい。
提供される抗体または抗原結合フラグメントは、溶液；凍結乾燥；基板、担体もしくはプレートへの貼付；または、検出可能な標識への結合、の形態であってよい。
記載したキットは、また、本明細書に記載した方法を実施するのに有用な、追加の要素も含んでよい。例として、キットは、対象者から試料を得るための手段、対照試料、たとえば、徐々に進行している癌を有する対象者および／もしくは癌を有しない対象者から得た試料、１つ以上の試料区画、ならびに／または、本発明の方法の性能および組織固有の対照／基準を記載した指示教材、を含んでよい。
ＦＲαのレベルを決定する方法は、さらに、たとえば、ＦＲαのレベルを決定するためのアッセイで使用する緩衝液または他の試薬、を含み得る。指示は、たとえば、アッセイを実施するための、印刷した指示、および／または、ＦＲαの発現のレベルを評価するための指示、であり得る。
記載したキットは、また、対象者から試料を単離するための手段も含んでよい。これらの手段は、対象者から液体または組織を得るために使用することが可能な、１つ以上の器具または試薬、を含み得る。対象者から試料を得るための手段は、また、血清などの血液成分を血液試料から単離するための手段も含んでよい。好ましくは、キットは、ヒトの対象者について使用するように設計される。
記載したキットは、また、一次抗体または二次抗体の非特異的結合を減少させるために試料に適用することが可能な、ブロッキング剤も含んでよい。ブロッキング剤の例にはウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）があり、これは使用の前に緩衝液で希釈してもよい。Ｂｌｏｃｋ ＡｃｅおよびＥＬＩＳＡ Ｓｙｎｂｌｏｃｋ（ＡｂＤ ｓｅｒｏｔｅｃ）、Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ Ｐｕｎｉｓｈｅｒ（ＢＩＯＣＡＲＥ ＭＥＤＩＣＡＬ）、ならびに、ＳｔａｒｔｉｎｇＢｌｏｃｋ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）などの、他の市販のブロッキング剤が、当技術分野で知られている。記載したキットは、また、抗体に基づく検出アッセイにおいて陽性の結果を生じるに足るほどにはＦＲαに結合しない、陰性対照一次抗体を含んでよい。さらに、記載したキットは、抗体９Ｆ３、抗体１９Ｄ４、抗体２４Ｆ１２または抗体２６Ｂ３ＦＲαなどの、一次抗体に結合することが可能な二次抗体を含んでよい。いくつかの実施形態において、試料に結合した一次抗体の検出を可能にするために、二次抗体は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）またはフルオロフォアなどの、検出可能な標識に結合されてよい。記載したキットは、結合した二次抗体の存在が試料上で検出されることを可能にする、比色分析または化学発光法の基質も含んでよい。いくつかの実施形態において、比色分析または化学発光法の基質は、２，２’−アジノ−ビス（３−エチルベンゾチアゾリン−６−スルホン酸）（ＡＢＴＳ）；３，３’、５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）；３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）;ＥＬＣ試薬Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、または、当技術分野で通常の技術を有する者に公知の、他のそのような試薬であってよい。
以下の実施例は、先の開示を補足し、本明細書に記載した主題のよりよい理解を提供するものである。これらの実施例は、記載した主題を限定するものと考えるべきではない。本明細書に記載した実施例および実施形態は、例示を目的とするのみであり、それらを考慮した種々の修飾または変更は、当技術分野における熟練者には明白であり、本発明の真の範囲に含まれ、本発明の真の範囲から逸脱することなく実施することが可能である、と理解すべきである。
実施例１ − 遺伝子組み換えヒトＦＲαの発現および精製
本明細書に記載した研究に関連する実験を行うために、いくつかの葉酸受容体アルファ（ＦＲα）を発現する細胞系または細胞株を生成して、ＦＲαを発現する細胞基質を産生させ、または精製遺伝子組み換えヒトＦＲαタンパクを産生させた。使用した１つの発現系は、バキュロウイルスを介して遺伝子組み換えヒトＦＲαを発現したＳｆ９昆虫細胞株であった。この系は、昆虫細胞発現に最適化したリーダー配列、Ｎ末端６ｘヒスチジン（６ｘｈｉｓ）エピトープタグ、および完全な天然ＧＰＩ付着部位、を含有するヒトＦＲα配列を用いて調製した。次いで、この細胞を１Ｌの振とうフラスコ中で培養し、Ｓｆ９の対数期培養物を、１未満の感染多重度（ＭＯＩ）にて、遺伝子組み換えバキュロウイルスに感染させた。３０Ｌの培養物からの細胞を収穫し、溶解させ、１０ｍＭの３−［（３−コールアミドプロピル)ジメチルアンモニオ］−１−プロパンスルホン酸（ＣＨＡＰＳ）を含有する１Ｘリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で、２回抽出した。ＮａＣｌ濃度を３００ｍＭに調節し、０．２μｍ膜でろ過した。清澄な上清を、２Ｍ ＮａＣｌ，１ｍＭ ＣＨＡＰＳを有するｐＨ７．４の１Ｘ ＰＢＳを洗浄緩衝液として用い、これに続いて、１０ｍＭ ３−（Ｎ−モルホリノ）プロパンスルホン酸（ＭＯＰＳ）、３Ｍ ＭｇＣｌ２，１ｍＭ ＣＨＡＰＳ，ｐＨ６．８で溶出する、アフィニティクロマトグラフィーで精製した。ピーク画分を、１Ｘ ＰＢＳ，ｐＨ７．４に対して繰り返し透析し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで純度分析し、ビシンコニン酸アッセイ（ＢＣＡ）で定量し、等分して−８０℃にて保存した。
ヒトＦＲαを安定して発現し分泌するチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株を、ヒト免疫グロブリンカッパリーダー配列、および、ＧＰＩ付着部位に代わるＣ末端６ｘｈｉｓエピトープタグを含有する、ヒト葉酸受容体アルファ（ＦＲα）配列を用いて生成した。生成後、ＦＲα発現ＣＨＯ細胞を、２５Ｌスケールで、ウエーブバッグ内で培養した。分泌されたＦＲαタンパクを精製するために、深層ろ過により細胞上清から細胞残屑を除去し、次いで、細胞上清を、タンジェント流ろ過で１０倍に濃縮し、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭイミダゾール、ｐＨ８.０にて、透析ろ過した。これを、ＦＰＬＣを用いるプレパックＴａｌｏｎ（登録商標）ＩＭＡＣカラムに担持させた。結合しなかった物質を、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ ＮａＣｌ、５ｍＭイミダゾール、ｐＨ８．０を用いて洗い流し、結合したタンパクを、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ８．０中の直線勾配の５ｍＭ〜１００ｍＭのイミダゾール、を用いて溶出した。ピーク画分を、１Ｘ ＰＢＳ，ｐＨ７．４に対して繰り返し透析し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで純度分析し、ＢＣＡアッセイで定量し、等分して−８０℃にて保存した。
ヒト葉酸受容体ベータ（ＦＲβ）、ヒト葉酸受容体ガンマ（ＦＲγ）、および、ヒト葉酸受容体デルタ（ＦＲδ）についても、類似の細胞系を生成した。簡潔に述べると、ヒト免疫グロブリンカッパリーダー配列、および、ＧＰＩ付着部位に代わるＣ末端６ｘｈｉｓエピトープタグを含有する、ＦＲβ、ＦＲγまたはＦＲデルタのいずれかの構築物を、２９３Ｆ細胞の１Ｌ培養物を一次的に形質転換するのに、使用した。遺伝子組み換えＦＲタンパクを、ヒトＦＲαについて上述したように精製した。
メソテリンは多くの調査において陰性対照として機能するので、ヒト免疫グロブリンカッパリーダー配列、および、ＧＰＩ付着部位に代わるＣ末端６ｘｈｉｓエピトープタグを含有する、ヒトメソテリン配列を安定して発現し分泌するチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株も生成した。ヒトメソテリンを発現するＣＨＯ細胞を、２５Ｌスケールで、ウエーブバッグ内で培養した。ヒトメソテリンタンパクを精製するために、中空糸ろ過により細胞上清から残屑を除去し、次いで、清澄にした上清を、タンジェント流ろ過で１０倍に濃縮した。上清ＮａＣｌ濃度を、３００ｍＭ ＮａＣｌおよび０．５ｍＭイミダゾールに調節した。これを、ＦＰＬＣを用いるプレパックＴａｌｏｎ（登録商標）ＩＭＡＣカラムに担持させた。結合しなかった物質を、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭイミダゾール、ｐＨ８．０、を用いて洗い流し、結合したタンパクを、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ ＮａＣｌ、１５０ｍＭイミダゾール、ｐＨ８．０、を用いて溶出した。ピーク画分を、５０ｍＭリン酸カリウム、ｐＨ７．５に対して繰り返し透析した。硫酸アンモニウムを加えて１Ｍの最終濃度とし、その後、５０ｍＭリン酸カリウム、ｐＨ７.５中の１Ｍ〜０Ｍ硫酸アンモニウムの段階勾配を用いて、フェニルセファロースカラムで最後の精製を行った。ピーク画分を、１Ｘ ＰＢＳ、ｐＨ７．４に対して繰り返し透析し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで純度分析し、ＢＣＡアッセイで定量し、等分して−８０℃にて保存した。
実施例２ − 精製した還元、アルキル化ＦＲαの生成
ＦＲαの還元しアルキル化した抗原型を生成すべく試みた。タンパクを還元するために、精製したＦＲαを、遠心ろ過機（Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ，３ｋＤ ＭＷ ｌｉｍｉｔ）を用いて、リン酸緩衝生理食塩水（ｐＨ７．４）中２ｍｇ／ｍＬまで濃縮した。タンパク濃度は、ＢＣＡアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて決定した。得られたＦＲαを、８Ｍ尿素／ＰＢＳ中で１：１に希釈して、４Ｍ尿素含有ＰＢＳ中１ｍｇ／ｍＬというＦＲαの最終濃度とした。ジチオスレイトール溶液（ＰＢＳ中５００ｍＭ）を、１０ｍＭの最終濃度まで加えた。溶液を６５℃にて１時間インキュベートし、室温まで冷却した。
次いで、リン酸緩衝生理食塩水中の１Ｍのヨードアセタミド溶液を、還元した葉酸受容体溶液に、１０ｍＭの最終濃度まで加え、反応を、室温にて３０分間、暗所に保った。タンパクはこれらの条件下で、可溶のままであった。免疫付与に用いる最終の還元ＦＲαは、４Ｍの尿素、１０ｍＭのＤＴＴおよび１０ｍＭのヨードアセタミドを含有するリン酸緩衝生理食塩水中で保存した。
図１に、非還元的条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した、天然ＦＲαタンパクとそのタンパクの還元、アルキル化型との、移動の差を示す。
実施例３ − ＦＲαを用いるハイブリドーマの生産
８週齢の雌Ｂａｌｂ／ｃマウスを、ヘキサヒスチジンタグを付したＦＲαタンパク（ｎ＝５）、または、還元、アルキル化ＦＲαタンパク（ｎ＝５）で、免疫処理した。第０日に行った初期の腹腔内免疫処理には、完全フロイントアジュバント（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ Ｄ６１４−００５０）と１：１（ｖ：ｖ）で混合したそれぞれの免疫原の５０μｇを含めた。次いで、マウスに、１４日後およびその後２１日毎に、完全フロイントアジュバント（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ Ｄ６１５−００５０）と１：１（ｖ：ｖ）で混合した５０μｇ免疫原を、追加投与した。初期の免疫処理後２４日およびその後２１日毎に、免疫処理したマウスから血液試料を収集した。
収集した血液試料を、直接酵素結合免疫測定法（ＥＩＡ）によって、ＦＲαに対して分析した。プレートをＦＲαタンパク（ＰＢＳ、０．０２Ｍリン酸カリウム、０．１５Ｍ塩化ナトリウム中の１ｍｇ／ｍＬ溶液、ｐＨ７．２、の１００ｍｌ）で被覆し、４℃にてインキュベートし、０．２％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）−２０（ＰＢＳＴ；Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ ＭＢ−０７５−１０００）を含有するＰＢＳで洗浄し、３％フィッシュゲル（Ｓｉｇｍａ）で、室温にて１時間ブロックした。個々のマウス血清試料の３倍希釈系列を、室温にて１時間結合させ、次いで、プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、続いて、プレートを、ＨＲＰ結合ウサギ抗マウス抗体（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃６１０−４３２０）で、３７℃にて３０分、１：２５００にて、調べた。ＴＭＢ基質（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ ＴＭＢＥ−１００）を加え、３０分後に、１Ｍ ＨＣＬを加えることによって、反応を停止させ、その後、４５０ｎｍでの吸光度読み取り（Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ “Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ”；Ｂｉｏｒａｄ）を行った。すべての試料を、陰性対照としてのヘキサヒスチジンタグ遺伝子組み換えメソテリン（メソテリン−Ｈｉｓ６）タンパクに対して、カウンタースクリーニングした。
最も高い抗原特異的滴定値を示したマウスから脾臓を採取し、脾細胞とＳｐ２／０ Ａｇ１４骨髄腫細胞（ＡＴＴＣ ＣＲＬ１５８１）との電気融合（Ｈｙｂｒｉｍｕｎｅ（商標） Ｍｏｄｅｌ ＣＥＥＦ−５０Ｂ Ｗａｖｅｆｏｒｍ Ｇｅｎｅｒａｔｏｒ；Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ，Ｒｏｍａｉｎｖｉｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）によって、ハイブリドーマを調製した。その後、ハイブリドーマ上清を、ＥＬＩＳＡによって、ＦＲαおよび上述の遺伝子組み換えメソテリン−Ｈｉｓ６に対してスクリーニングし、陽性の親の融合細胞株を選択した。
遺伝子組み換えヒトＦＲα（ｒｈＦＲα）に反応する抗体を産生すると判断して選択した親細胞株を、限界希釈法でサブクローニングした。次いで、これらの細胞によって産生された抗体を、ＦＲα結合について再試験し、Ｃｌｏｎｅｔｙｐｉｎｇ（商標） Ｓｙｓｔｅｍ（ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｉｏｔｅｃｈ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）を用いてアイソタイプ分類した。これらのクローンからの上清を、さらに、ＥＬＩＳＡによって、ヒト葉酸受容体の３つの追加のアイソフォーム（ＦＲβ，ＦＲγおよびＦＲδ）に対してスクリーニングし、受容体特異性を決定した。プレートを、それぞれのＦＲαアイソフォームの１μｇ／ｍＬ溶液で、４℃にて被覆し、０．２％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）−２０（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ ＭＢ−０７５−１０００）を含有するＰＢＳで洗浄し、３％フィッシュゲル（Ｓｉｇｍａ）でブロックした。培養液上清の３倍希釈系列を、室温にて１時間結合させ、その後、プレートを洗浄し、上述のように、ＨＲＰ結合抗マウス抗体で調べた。ＦＲβ，ＦＲγおよびＦＲδに反応する抗体を産生するクローンは、さらなる分析のために選択しなかった。
選択した４つのハイブリドーマクローン、１９Ｄ４．Ｂ７，２６Ｂ３．Ｆ２，２４Ｆ１２．Ｂ１，および９Ｆ３．Ｈ９．Ｈ３．Ｈ３．Ｂ５．Ｇ２を、２０１１年５月１９日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションに寄託したところ、これらは、ＰＴＡ−１１８８４，ＰＴＡ−１１８８５，ＰＴＡ−１１８８６，およびＰＴＡ−１１８８７の受託番号を、それぞれ割り当てられた。
実施例４ − ＦＲαに対する精製モノクローナル抗体の生成
選択した細胞株を、マイコプラズマ試験キット（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ ＭＡＢ−０１２）を用いて、マイコプラズマについて試験し、その後、無血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｔ＃１２０４５−０７６）および５％低ＩｇＧ ＦＢＳ（０．１μｇ／ｍｌ）（Ｇｉｂｃｏ，Ｃａｔ＃ １６２５０−０７８）を収容した１Ｌローラーボトルに、０．５ｘ１０５細胞／ｍＬにて播種した。培養物を、３７℃にて１４日または２１日のいずれかにわたって生育させ、その後、上清を収穫し、５０ｋＤａろ過膜（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｌａｂｓ，Ｒａｎｃｈｏ Ｄｏｍｉｎｇｕｅｚ ＣＡ）を通して、約１０倍に濃縮し、次いで、タンパクＡクロマトグラフィー（Ｒｏｃｋｌａｎｄ，Ｃａｔ＃ ＰＡ５０−００−００２５）を用いて精製した。結合した抗体を、０．１Ｍクエン酸ナトリウム、抗体アイソタイプに応じてｐＨ３．５／４．５で溶出し、緩衝液を、１２〜１４ｋＤａ膜チュービング(membranous tubing)（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｌａｂｓ，Ｒａｎｃｈｏ Ｄｏｍｉｎｇｕｅｚ ＣＡ）を用いる透析によって、ＰＢＳに対して交換した。精製した抗体を、０．２２μｍ Ｅｘｐｒｅｓｓ（商標） ＰＬＵＳ Ｓｔｅｒｉｃｕｐｓ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ ＭＡ）を用いて除菌ろ過し、さらなる試験のために４℃にて貯蔵した。
選択した４つのハイブリドーマクローン（９Ｆ３−Ｈ９，１９Ｄ４−Ｂ７，２４Ｆ１２−Ｂ１，および２６Ｂ３−Ｆ２）の重鎖および軽鎖の配列を決定すべく試みた。まず、ＲＮＡｑｕｅｏｕｓ（登録商標）キット（Ａｍｂｉｏｎ）を用い、製造者のプロトコルに従って、各ハイブリドーマ細胞株から全ＲＮＡを単離した（各１ｘ１０３〜１ｘ１０５の細胞ペレット）。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）８０００分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて、ＲＮＡを定量した。
次いで、単離したＲＮＡを、Ｍａｓｔｅｒｃｙｃｌｅｒ（登録商標） ＥＰ Ｇｒａｄｉｅｎｔ Ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｅｒ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）で、各ハイブリドーマについて３重に行ったマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲを介して、増幅した。まず、各ハイブリドーマについて、２つの別個の遺伝子特異的ｃＤＮＡ増幅（１μｇ ＲＮＡ／反応）を行って、Ｉｇ再構成の間、どのＩｇの重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子が使用されるかを決定した。各カクテルは、潜在的マウスＩｇ Ｖ 遺伝子ファミリー（ＩｇＨｖ，ＩｇＫｖ）およびＩｇ定常領域遺伝子（ＩｇＨｃＧａｍｍａ，ＩｇＫｃ）のいずれかにアニールするように設計した、独特のファミリー特異的プライマーで構成した。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標） ＩＩＩ Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ ｗｉｔｈを用いて、Ｐｌａｔｉｎｕｍ（登録商標） Ｔａｑ Ｈｉｇｈ Ｆｉｄｅｌｉｔｙ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で、５５ｏＣ、３０分および９５ｏＣ、２分の後、９５ｏＣ、１分，５５ｏＣ、１分，６８ｏＣ、１分の４０サイクル、および、最後に６８ｏＣ、１０分の終了ステップという条件にて、ｃＤＮＡの生成および増幅を行った。ＤＮＡ産物を２％アガロースゲルで電気泳動した。適当なバンドを切除し、ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標） Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて、製造者のプロトコルに従って、ゲル精製した。精製したＤＮＡを、配列決定（ＧＥＮＥＷＩＺ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，ＮＪ）に付して、各ハイブリドーマによって発現される生殖細胞系列遺伝子区分を決定した。
次いで、各ハイブリドーマについて同定した特定の遺伝子に適するさらなるＲＴ−ＰＣＲ分析を、上記と同じＲＮＡ源および（マルチプレックスＲＴ−ＰＣＲ混合物で用いたファミリー特異的プライマーとは対照的な）遺伝子特異的プライマー、を用いて行った。クローニングを容易にするために、増幅したＩｇ ｃＤＮＡをフュージョン(In-Fusion)（ＩＦ）発現ベクターに入れ、また、各遺伝子特異的プライマーに、相同クロスオーバーを可能にするであろうベクター適合リンカー配列を包含させた。他のすべての試薬およびサーモサイクラ−条件は、上述のマルチプレックスＲＴ−ＰＣＲ実験に用いたものと同じである。
実施例５： ＦＲαへの抗体結合の特性評価
ＦＲαに対する精製モノクローナル抗体の結合特性を、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）実験によって決定した。すべてのＳＰＲ実験は、ＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ１００を用い、研究等級ＣＭ５チップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で、製造者の指示どおりに、２５℃にて行った。始めに、マウス抗体捕捉キット（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）において提供された抗マウスＩｇＧを、ＣＭ５センサーチップにアミド結合させることによって、固定した。第４のフローセルを対照として用いながら、マウス抗ＦＲαモノクローナル抗体（２６Ｂ３，２４Ｆ１２，１９Ｄ４または９Ｆ３）を、結合サイクルごとに個々のフローセル上で捕捉した。結合実験は、ＨＢＳ−Ｐ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を泳動用バッファーとして、３０μＬ／分の流量で行った。各モノクローナル抗体試料（０．５μｇ／ｍＬ）を、３分にわたって注射して抗体を捕捉した。様々な濃度の精製遺伝子組み換えヒトＦＲα（ｒｈ−ＦＲα）（１ｎＭ〜３０ｎＭ）を、ＦＲα特異的表面および対照表面に３分にわたって注射し、シングルサイクルカイネティクス法を用いて、結合センサーグラム(sensogram)を記録した。解離プロファイルを２５分間監視した。結合と結合との間に、表面を１０ｍＭグリシン（ｐＨ１．７）の３０μｌ注射で再生した。センサーグラムを処理し、ＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ１００評価ソフトウエア（バージョン２．０．１）を用いて、１：１ラングミュア結合モデルに当てはめた。抗体２６Ｂ３，２４Ｆ１２，１９Ｄ４，および９Ｆ３の結合特性のいくつかを表２に示す。
実施例６： 選択したＦＲα特異的抗体のエピトープマッピング
ＦＲα特異的抗体２６Ｂ３，２４Ｆ１２，および９Ｆ３を、Ｏｃｔｅｔ ＱＫを用いるエピトープ結合調査において、さらに評価した。結果は、精製ヒトＦＲαに高い親和性を有する２６Ｂ３および２４Ｆ１２が、ＦＲαへの結合について、互いに競合することを示した。したがって、これらの抗体は、同じエピトープを共有するか、または、相互にすぐ近くのエピトープを有するかも知れない。結果は、また、９Ｆ３抗体は、ＦＲαへの結合について、他のＦＲα特異的抗体と競合しないので、９Ｆ３が独自のエピトープを有することを示す。
追加のエピトープマッピング調査を、水素／重水素交換質量分析を用いるＥｘＳＡＲ（商標）およびドッキング法によって行った。抗体９Ｆ３，２４Ｆ１２および２６Ｂ３についてのこれらの調査の結果を、図２に示す。抗体２６Ｂ３のエピトープについては、これらのデータは、フローサイトメトリーによる天然ＦＲαを認識する２６Ｂ３の能力を考えると、エピトープが天然、膜アンカー構造で到達可能であることを示唆している。さらに、これらのデータは、ＭＡｂ ２６Ｂ３によって認識されるエピトープのコンホメーション制約が、還元ウエスタンブロット上でタンパクを検出することができないことによって明らかにされるように、システイン１１１とジスルフィド架橋を形成するＦＲαタンパクの位置１８５のシステインに、関連していることも示唆している。
実施例７： 変性型および化学保存型のＦＲαの認識
上記ＦＲα特異的抗体のいずれかが変性型のＦＲαを認識し得るかを判断するために、実験を行った。これらの分析のために、ＧＰＩ結合ヒトＦＲα,βまたはΔを安定して発現するＣＨＯＫ１細胞を、Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｍｉｎｉ Ｐｒｏｔｅａｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｃｏｃｋｔａｉｌ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）およびＰＭＳＦ（１００ｎＭ）で補完した１．１％ ＯＢＧ緩衝液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，ｐＨ７．５，１５０ｍＭ ＮａＣｌ，１．１％ ＯＢＧ）に溶解し、氷上に１５分置いた。溶解物を、１３，０００ｒｐｍでの１５分間の遠心分離によって事前清澄して、残屑を除去した。還元試料および変性試料について、同量（２０μｇ）のタンパクを、５％メルカプトエタノールと４０ｍＭ ＤＴＴを含有する、ＮｕＰＡＧＥ（登録商標） ＬＤＳ試料緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で１０分間沸騰させた。タンパクを、４−１２％ビス−トリスゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上のＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）を用いて分離し、ＰＶＤＦ膜に移した。膜を、５％脱脂乳を加えたＰＢＳＴで、室温にて１時間ブロックし、その後、膜をＰＢＳＴで２回洗浄した。ＦＲαに特異的な精製マウスモノクローナル抗体９Ｆ３，１９Ｄ４，２４Ｆ１２または２６Ｂ３（１μｇ／ｍＬ）を用いて、免疫ブロッティングを行い、前記抗体をヤギ抗マウスＨＲＰ結合抗体で検出し、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ Ｗｅｓｔ Ｐｉｃｏ化学発光基質（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）を用いて可視化した。発光は、Ｏｍｅｇａ １２ｉＣ分子画像化システム（Ｕｌｔｒａ−Ｌｕｍ，Ｃｌａｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）を用い、ＵｌｔｒａＱｕａｎｔ（商標） ６．０ソフトウエア（Ｕｌｔｒａ−Ｌｕｍ）で、可視化した。
精製した葉酸受容体調製物を用いて、ウエスタンブロット分析も行った。これらの実験のために、実施例１で記載したように生成した、０．５μｇの精製ヒトＦＲα，β，ΓまたはΔを、２０ｍＭ ＤＴＴを有するまたは有しない１Ｘ ＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料ローディング緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中でインキュベートし、１０分間沸騰させ、４〜１２％勾配ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルで電気泳動した。タンパクをＰＶＤＦ膜に移し、ブロットを上述のように調べた。ゲルを、Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ（商標）プレステインドプロティンラダー（Ｎｏｖｅｘ（登録商標））を用いて、泳動させた。精製遺伝子組み換えＦＲタンパクを使用するゲルも、銀染色を介して可視化して、同量のタンパクが担持されたことを確認した。
ウエスタンブロット分析から、抗体１９Ｄ４，９Ｆ３，２４Ｆ１２および２６Ｂ３は、非還元ＦＲαを認識するが、還元試料および変性試料への結合は、これらの抗体のいずれについても検出されないことが示される（図３（Ａ）および（Ｂ））。
これらの抗体のいずれかが、ホルマリン固定パラフィン包埋漿液性乳頭状卵巣癌試料に結合し得るかを判断するために、免疫組織化学（ＩＨＣ）調査も行った。ＭＡＣＨ４（商標） Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＨＲＰ−Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ （Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ）を用いて、ＦＲαについて間接ＩＨＣ試験を行った。ホルマリン固定パラフィン包埋標本を、正に荷電したガラススライド上で、５ミクロンにて切片とし、６０℃にて約６０分加熱した。スライドを、各３分のキシレンの３連続浴中で脱パラフィンして、各３分の１００％アルコールの３連続浴に移し、その後、各３分の９５％アルコールの３連続浴に移し、次いで、脱イオン（ＤＩ）水で５分すすいだ。次いで、調製した試料を、ＤＩ水で１：１０に希釈したＤｉｖａ熱誘導エピトープ賦活緩衝液（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ）で前処理し、５００ｍｌのＤＩ水で満たしておいた加圧脱被覆室の内部に置いた。試料を脱被覆室内で１５分インキュベートし、その際、加圧インキュベーションを、１６ＰＳＩにて１２５℃の最高温度に３０秒間到達させ、その後、１５分冷却して９５℃に下げた。次いで、スライドを室温にて１５分冷却した。冷却後、スライドを、各３分のＴｒｉｓ緩衝生理食塩水／０．１％ Ｔｗｅｅｎ−２０（登録商標）洗浄緩衝液（ＴＢＳＴ）の３連続浴で洗浄した。後続の緩衝液洗浄も、すべてこの方法で行った。次いで、スライドを、ペルオキシダーゼ−１（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ）ブロッキング溶液中で、室温にて５分ブロックし、ＴＢＳＴで洗浄し、次いで、Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ Ｓｎｉｐｅｒ（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ）無血清ユニバーサルブロッキング試薬を、室温にて１０分適用した。試料をブロックした後、スライドを、Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ − マウス使用準備済陰性対照抗体（Ｄａｋｏ，陰性アイソタイプ組織用）又はＡｎｔｉｂｏｄｙ Ｄｉｌｕｅｎｔ（Ｄａｋｏ）で希釈した２６Ｂ３抗体を２．５μｇ／ｍｌ用いて、室温にて６０分インキュベートした。次いで、スライドをＴＢＳＴで洗浄し、ＭＡＣＨ４（商標） Ｍｏｕｓｅ Ｐｒｏｂｅ Ｐｒｉｍａｒｙ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｈａｎｃｅｒ（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ ＭＡＣＨ４（商標）キットで提供）と、室温にて１５分インキュベートした。次いで、スライドをＴＢＳＴで再び洗浄し、Ｐｏｌｙｍｅｒ−ＨＲＰ試薬（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ ＭＡＣＨ４キットで提供）と、室温にて２０分インキュベートした。インキュベーション後、スライドをＴＢＳＴで洗浄し、３，３’−ジアミノベンジジン４塩酸塩（ＤＡＢ）溶液（Ｄａｋｏ）と、室温にて５分インキュベートした。次いで、スライドを、ＤＩ水で３回、各３０〜６０秒間徹底的にすすぎ、ヘマトキシリン（Ｄａｋｏ）で２分、対比染色し、ＴＢＳＴで洗浄し、各３０秒の９５％および１００％アルコールの３連続浴で脱水し、各３０秒のキシレンの３連続浴で清浄にした。最後に、分析に先立ち、カバースリップをスライドに適用した。
抗原は、組織の破壊的性質の固定により、三次構造を欠いているので、ホルマリン固定パラフィン包埋組織の免疫組織化学を有効にするためには、抗体は、注目の抗原の直線状エピトープを認識しなければならない、と一般に考えられている。したがって、抗体２６Ｂ３がこのアッセイにおいてＦＲαを認識し得た（図４）ということは、この抗体は、ウエスタンブロットで還元ＦＲαおよび変性ＦＲαを認識しないので、驚くべきことであった。さらに、正常の組織について観察される、抗体２６Ｂ３でのＦＲα染色のパターンは、様々な程度の発現を示す膵臓、甲状腺、肺、唾液腺、腎臓、下垂体、頸部および乳房（表３）での、他の種々の抗体および技術を用いた先に発行されている文献に合致している。図５に示すように、正常の肺切片（Ａ）および正常の腎臓切片（Ｂ）によって例示される正常の組織における染色パターンは、上皮細胞に非常に制限され、一般に尖頂的(apical)な性質である。
実施例８： 天然型ＦＲαの認識
フローサイメトリ調査を行って、選択したＦＲα特異的抗体の天然タンパクに結合する能力を評価した。これらの調査のために、ＦＲαを発現するチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を採取し、洗浄し、氷冷増殖培地（１０％ ＦＢＳで補完したＲＰＭＩ）に再懸濁した。細胞を、氷上で１時間、９Ｆ３，１９Ｄ４，２４Ｆ１２または２６Ｂ３（１μｇ／ｍＬ）とインキュベートし、洗浄し、次いで、ＦＩＴＣ結合二次抗体［１：１００希釈］（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）とインキュベートした。分析に先立ち、成長できない細胞を排除するために、細胞を、７−アミノ−アクチノマイシンＤ（７−ＡＤＤ）（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ，ＮＪ）で標識した。ＦＲαを発現しないＣＨＯ細胞も、また、陰性対照として、同じ実験手順に付した。細胞を、ＥａｓｙＣｙｔｅ（商標） Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ（Ｇｕａｖａ（登録商標） Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）で分析した。表４に示したデータは、４つの抗体すべてが、天然ＦＲαに結合し得ることを示す。
実施例９： 卵巣癌を有することが知られている対象者の血清におけるＦＲαの検出
本明細書に記載したＦＲαに特異的な抗体が、卵巣癌を有することが知られている患者の血清におけるＦＲαを検出し得るかを判断するために、電気化学発光調査を行った。これらの実験のために、ＭＡｂ ２６Ｂ３を捕捉ＭＡｂとして使用し、７５μｇ／ｍＬの濃度でＥＣＬプレートに加えた。プレートを洗浄し、５０μＬの試料血清を各ウェルに加えて、２時間インキュベートした。血清試料は、健康な女性（陰性対照）および卵巣癌患者から得た。試料をＰＢＳＴ（０．０１％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０を含有するリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４）で、１：４に希釈した。インキュベーションの後、試料をＰＢＳＴで洗浄し、約１３標識／ＩｇＧ分子の割合にてＲｕで標識した２５μＬ／ウェルのＭＡｂ １９Ｄ４（１μｇ／ｍＬ）を、結合試料を検出するために各ウェルに加えた。２時間のインキュベーション期間の後、プレートをＰＢＳＴで洗浄し、２Ｘ ＭＳＤ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔで読み取った。表５に示した結果は、血清中のＦＲαは、モノクローナル抗体２６Ｂ３および１９Ｄ４を用いて、捕捉し検出することができることを示している。
実施例１０： 卵巣癌を有することが知られている対象者の血清および尿におけるＦＲαの検出
次に、本明細書に記載したＦＲαに特異的な抗体が、卵巣癌を有することが知られている患者の血清および尿におけるＦＲαを検出し得るかを判断するために、電気化学発光調査を行った。これらの実験のために、ＭＡｂ ２６Ｂ３を捕捉ＭＡｂとして使用し、７５μｇ／ｍＬの濃度でＥＣＬプレートに加えた。プレートを洗浄し、５０μＬの試料血清を各ウェルに加えて、２時間インキュベートした。対応する血清試料および尿試料は、健康な女性（陰性対照）および卵巣癌患者から得た。試料（血清または尿）をＰＢＳＴ（０．０１％ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０を含有するリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４）で、１：４に希釈した。インキュベーションの後、試料をＰＢＳＴで洗浄し、約１３標識／ＩｇＧ分子の割合にてＲｕで標識した２５μＬ／ウェルのＭＡｂ １９Ｄ４（１μｇ／ｍＬ）を、結合試料を検出するために各ウェルに加えた。２時間のインキュベーション期間の後、プレートをＰＢＳＴで洗浄し、２Ｘ ＭＳＤ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔで読み取った。表６に示した結果は、血清および尿中のＦＲαは、モノクローナル抗体２６Ｂ３および１９Ｄ４を用いて、捕捉し検出することができることを示している。
実施例１１： 免疫組織化学の結果の計量としてのＭスコア
各試料の染色（Ｍスコア）の計量基準を開発したが、これは次のように表すことができる。
この等式において、ｘｉｊは、患者ｉについて強度ｊで染色された癌の百分率であり、ｗｊは強度の絶対値（０〜３＋の範囲）である。計量基準は、０（陽性染色なし）から５０（１００％の細胞が３＋の強度で染色）までの論理的範囲を有する。したがって、Ｍスコアは、ＦＲα陽性細胞の割合および染色強度の両者を捉えた、ＦＲα ＩＨＣ癌細胞膜染色の加重スコアである。各患者のＭスコアは、適切な場合、多組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）試料について平均化した。試料が０という結果になる場合、すなわち、癌または壊死組織が存在しない場合、Ｍスコアには非０を割り当てた。
上記等式の具体的な適用を次に示す。
ここで、ｘは強度３＋で染色された癌の百分率であり、ｙは強度２＋で染色された癌の百分率であり、ｚは強度１＋で染色された癌の百分率である。
所与の組織構造内でのＦＲα発現の陽性率は、陽性結果（全癌細胞染色の５％以上）の定義に従って陽性に染色された試料の割合として計算した。厳密な二項信頼区間は、確立されている方法（Ｃｌｏｐｐｅｒ Ｃ．Ｊ．ａｎｄ Ｐｅａｒｓｏｎ Ｒ．Ｃ．，Ｂｉｏｍｅｔｒｉｋａ．２６：４０４−１３（１９３４））を用いて決定した。すべてのデモグラフィック変数についての、および、Ｍスコアについての要約統計量を本明細書に示す。平均値の差は、一元配置ＡＮＯＶＡを用い、すべての第一種過誤について規制する事後検定をして、決定した。平均値の差は、検定に関連するｐ値が、ボンフェローニ補正したその検定の第一種過誤（最大第一種過誤＝０．０５）よりも小さい場合に、統計的に相違した。
実施例１２： 抗体２６Ｂ３および抗体ＢＮ３．２での肺癌細胞の比較染色
ＩＨＣで判断したＦＲαを発現する種々の癌の割合に関して、文献にはかなりの変動があり、これは、ほとんどが市販されていない様々な抗体を使用していることに、部分的に起因している。市販されており、ＩＨＣによってＦＦＰＥ切片上のＦＲαを検出することが明らかにされている１つのＦＲα特異的ＭＡｂは、抗体ＢＮ３．２である（Ｌｅｉｃａ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｂｕｆｆａｌｏ Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）。したがって、ＦＲαの検出の特異性および感受性の双方について、抗体ＢＮ３．２を抗体２６Ｂ３と比較するために、種々の組織型の肺癌を含有する市販のＴＭＡを用いて調査を行った。両抗体は、他の組織サブタイプ、特に扁平上皮癌と比べて、腺癌に対する特異性が高かった。ただし、抗体２６Ｂ３はＢＮ３．２よりも感受性が有意に高く、両者は、それぞれ、２６／３６（７２％；Ｍスコア平均±ＳＤ＝１９．８４±１８．６４）および２２／３６（６１％；Ｍスコア平均±ＳＤ＝１１．３８±１４．２５）の腺癌試料を確認した（ｐ＜０．０００１）。これらのデータは、抗体ＢＮ３．２は、ＦＦＰＥ組織試料上のＦＲα発現の検出に関して、抗体２６Ｂ３よりも感受性が有意に低く、図６に示すように、肺腺癌試料について観察されたこれら２つの抗体のＭスコアの関係は、直線ではない。
実施例１３： 肺の腺癌を有することが知られている対象者におけるＦＲαの検出
抗体２６Ｂ３で検出されるＦＲα陽性組織構造の存在が、特定の型の肺癌に関連しているかを判断するために、実験を行った。正常試料ならびにステージＩ、ステージＩＩ、ステージＩＩＩおよびステージＩＶの肺癌標本の癌試料を重複して有する組織マイクロアレイを、実施例７において記載したように、抗体２６Ｂ３を用いるＩＨＣ染色を介して、ＦＲα発現について評価した。表６のデータに見られるように、ＦＲαは、扁平上皮癌よりも腺癌に関連しており、このことは、陽性染色が限定されていることを示した。
組織マイクロアッセイ内の８９の組織試料について、さらなる分析を行ったところ、３６（４０％）が腺癌、３２（３６％）が扁平上皮癌、２（２％）が腺扁平上皮癌、および、残余の１９（２１％）が様々な組織構造であった（図８）。ＦＲα陽性の全体的割合は、組織サブタイプごとに、大きく異なった。腺癌のかなり大きな割合は、扁平上皮癌と比べたとき、ＦＲαについて陽性であった（７２％対１３％、ｐ＜０．０００１）。４つの陽性扁平上皮癌試料のうち、１つのみが、両試料について３＋染色を示し、１つが、両試料について中程度（２＋）の染色を有し、他の２つは、１つの試料において弱く陽性であった（５〜１０％の癌細胞が１＋）。さらに、腺扁平上皮癌試料も、また、ＦＲαについて陽性を示し、染色はこれらの試料の腺癌部分のみに限られていた（図７）。
重複腺癌組織構造試料のＭスコア分析は、抗体２６Ｂ３による染色において変動をほとんど示さず（図８）、抗体２６Ｂ３染色の頑健性を反映していた。また、腺癌組織サブタイプ内でのステージおよび悪性度によるＭスコアの検査は、疾病のステージまたは悪性度のいずれも、Ｍスコアによって定義される染色の程度と関連していないことを示した（データ不図示）。
肺腺癌および扁平上皮癌の試料のＦＲα染色についてのＭスコア分布を、図９に示す。抗体２６Ｂ３で染色した腺癌および扁平上皮癌の試料の平均（±ＳＤ）Ｍスコアは、それぞれ、１９．８４（±１８．６４）および１．３９（±５．５４）であった（ｐ＜０．０００１）。腺癌のＭスコアは、また、他のすべての肺癌組織タイプと比べたとき、有意に高かった。さらに、癌の組織構造が腺癌であることの見込み(odds)を判断するために、木解析を行った。２１．７を超えるＭスコアは、１６というオッズ比（ＯＲ）となり、ＦＲαが、主として腺癌組織において発現することを立証した（解析不図示）。
ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織ブロックは、後期肺癌においては外科的切除が普通行われないので、後期肺癌と診断された患者からはめったに得られない。したがって、細針吸引（ＦＮＡ）標本がＦＲα ＩＨＣに適するかを判断するために、後期肺癌は小生検または細胞材料を介して診断されることが最も多いので、ＭＡｂ ２６Ｂ３を用いて調査を行った。これらの調査のために、胸部リンパ節吸引物の細胞学的評価によって診断され（図１０）、ＦＲα陽性の割合（６３％）が、肺癌ＴＭＡに基づいて評価された組織学的標本に見られるＦＲα陽性の割合に、匹敵することが明らかにされた、９人の後期腺癌患者から試料を得た。小さい試料サイズにすぎないが、これらのデータは、細胞標本が、後期腺癌患者におけるＦＲα発現を判断するために、適する組織源であるかも知れないことを示唆している。
実施例１４ − ＦＲαは、ＣＫ＋／ＣＤ４５−細胞によって発現されるが、非小細胞肺癌を有することが知られている患者の血液から単離されたＣＫ−／ＣＤ４５＋細胞によっては発現されない
非小細胞肺癌を有することが知られている患者の、循環癌細胞（ＣＴＣ）上でのＦＲαの発現プロファイルを決定するために、調査を行った。これらの調査のために、血液試料を１５人の健康な提供者および５人のステージＩＶ肺癌患者から得て、ＡｐｏＣｅｌｌ’ｓ ＡｐｏＳｔｅａｍ（商標）システムを用いて、ＣＴＣを濃縮にした。濃縮の後、各試料を、サイトケラチン（ＣＫ）、ＣＤ４５（タンパクチロシンホスファターゼタイプＣ）、核およびＦＲαについて、染色した。ＦＲα染色は、一次抗体として抗体２６Ｂ３を用いて行い、これを、次に、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）６４９に結合させたマウス特異的二次抗体で、検出した。表９に示すように、ＦＲαの発現は、ＣＫ＋／ＣＤ４５−ＣＴＣによって観察されたが、ＣＫ−／ＣＤ４５＋ＣＴＣでは観察されなかった。
実施例１５： ＦＲαを発現する肺腺癌を有するおよび有しない対象者の５年生存
抗体２６Ｂ３によって検出されたＦＲα陽性組織構造の存在が、５年生存の改善または低減のいずれに関連し得るかを判断するために、実験を行った。正常および癌ステージＩまたはステージＩＩ腺癌の肺組織標本を、実施例７に記載したように、ＩＨＣ染色に付し、次いで、読み取った。３＋，２＋，１＋および０の強度の癌上の染色の百分率を記録した。患者の複製または三重複製と解釈される１７７のスライドが存在した。評価可能な臨床および組織学的データと組み合わせたとき、５３の評価可能な症例が特定された。分析は、人口、臨床、および非小細胞肺腺癌という診断後５年での生存状態、に関連するデータに鑑みて行った。
Ｍスコアの最適なカットポイントを決定するために、受信者動作特性（ＲＯＣ）分析を行った。診断の正確性は、この分析において重要でないが、陰性試験の診断尤度比に対する陽性試験の診断尤度比の比は、重要であった。これらの比は、Ｐｅｐｅ ＭＳ，Ｔｈｅ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｄｉｃａｌ ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ（２００３）に記載されているように定義される。１０というカットポイントにおいて、尤度比は最大値６．６２に達した。Ｍのこの値を、染色したスライドを陽性と判定するのに選択した。
カプラン・マイヤー生存関数を、予後因子として、ＦＲαに関連して生成した。ログランク検定は、ＦＲαに陽性であることが非致死性事象にとって有益である（Ｃｈｉ−ｓｑ＝７．３４，ｄｆ＝１，ｐ＝０．００７）ことを示した。図１１は、２６Ｂ３検出によりＦＲα陽性およびＦＲα陰性と判断された、ステージＩおよびステージＩＩ腺癌の群についての生存関数を表す。５年では危険率は２．４２である。これは、ＦＲαについて陰性（Ｍ＜１０）である癌を有する対象者が、ＦＲα陽性（Ｍ≧０）の癌を有する対象者よりも、２．５倍、５年以内に死亡し易い、ことを示している。
実施例１６： 葉酸受容体アルファの発現はトリプルネガティブ型の乳癌に関連する
乳癌組織試料によるＦＲαの発現を評価するために、調査を行った。分析は、実施例７で記載したように、抗体２６Ｂ３で染色した組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）試料、および、実施例７で記載したように、調製し、抗体２６Ｂ３で染色したＦＦＰＥ組織構造試料を用いて行った。
乳癌ＴＭＡ（Ｕ．Ｓ．ＢｉｏＭＡＸ ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＢＲ１５０３ａ；７２症例、重複コア）上に存在する組織構造の分布を図１０に示すが、表した症例の大部分は、浸潤性腺管癌（ＩＤＣ）と識別されている。ＴＭＡには、２つの正常な乳房試料が含まれており、これらは、ＭＡｂ ２６Ｂ３によりＦＲα発現について陽性と判断された。正常な乳房における染色は、導管細胞に限定し、管腔染色および膜染色した。３つの線維腺腫症例のうちの２つ（６７％）、嚢肉腫症例の０／２（０％）、および、インサイチュ腺管癌症例の１／６（１７％）は、ＦＲαについて陽性であった。単一の浸潤性小葉癌（ＩＬＣ）は、ＦＲα染色に陰性であった。５９のＩＤＣ試料のうち、１８（３１％）は、ＦＲαに陽性であった（図１２）。このＴＭＡについては陽性の場合が少ないので、ステージまたは悪性度に対するＦＲα発現の有効な分析は可能ではないが、試料の大部分がＴ１またはＴ２のいずれかであることに注目すべきである。ＦＲα発現は、ＥＲ／ＰＲ陽性癌よりもＥＲ／ＰＲ陰性癌に関連し（ｐ＝０．０１２）、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）に関連する（ＥＲ／ＰＲ＋またはＨｅｒ２＋対ＥＲ／ＰＲ／Ｈｅｒ２−，ｐ＜０．０００１）。
１８のＦＲα陽性ＩＤＣ症例のうち、２つ（１１％）のみがＨｅｒ２陽性であり、大多数（８９％）がＨｅｒ２陰性であることを意味した。これらのデータは、ＦＲα陽性が、Ｈｅｒ２陰性をより厳密に追跡することを示唆している。さらに、１８のＦＲα陽性ＩＤＣ症例のうち、３つはエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性であり、４つはプロゲステロン受容体（ＰＲ）陽性であるが、すべてのＥＲ／ＰＲ陽性／ＦＲα陽性症例は、Ｈｅｒ２陰性であった。ＦＲα陽性ＩＤＣ症例のうち、１２／１８（６７％）は、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）であり、ＦＲαは、非常に弱い予後ＴＮＢＣ分子サブタイプについて、マーカーおよび標的となるかも知れないことを示唆している。ＴＭＡを全体として見ると、すべてのＨｅｒ２陽性症例のうち、２／１３（１５％）のみがＦＲαについても陽性であるのに対し、Ｈｅｒ２陰性症例の１６／４６（３５％）は、ＦＲα陽性でもあり、ＦＲαの発現がＨｅｒ２の発現と負に相関するという示唆を支持していた。このＴＭＡについての、分子サブタイプ（ｈｅｒ−２（＋）およびｈｅｒ−２（−））に対するＭスコアの分布の表現を、図１３に示す。
上述のＴＭＡは、主として、初期乳癌、ステージＩ、６／６０（１０％）；ステージＩＩ，４４／６０（７３％）；ステージＩＩＩ，１０／６０（１７％）から成る。したがって、このＴＭＡに基づいて得られた結果を確認し拡張するために、０〜１００％にわたる既知のＥＲ／ＰＲ発現を有する、ステージＩＶ（Ｔ４）Ｈｅｒ２陰性乳癌に由来する６１のＦＦＰＥ組織ブロックを、評価した（ＦＦＰＥ組織ブロックは、Ｇｅｎｚｙｍｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓの保存記録から得た）。全６１のこれらの試料は、原発癌ではなく、転移に由来する。この調査の結果を表１１に要約する。
ＦＲαの発現（図１４）がこれらの患者の２２／６１（３６％）で見られ、疾病の早期ステージで判断されたＦＲα陽性標本／癌の患者の百分率が、Ｈｅｒ２陰性集団の後期ステージの転移疾病において維持される（ＴＭＡ陽性＝３５％；ステージＩＶ転移疾病＝３６％）ことを、示している。２２人のＦＲα陽性ステージＩＶ転移患者のうち、３人（１４％）のみがＥＲ／ＰＲに何らかの陽性を示し、そのような陽性は低い範囲（３０％まで）内であった。したがって、１９／２２（８６％）のＦＲα陽性患者は、トリプルネガティブ分子サブタイプであった。再び、これらのデータは、全ＦＲα陽性患者の６７％がトリプルネガティブサブタイプであるＴＭＡ上の早期ステージ疾病において得られたデータに匹敵する。
さらに、ステージＩＶ転移疾病に由来する試料を、リンパ節、骨、皮膚、肝臓を含むいくつかの転移部位のほか、主として胸膜および穿刺から得た生体液ならびに細針吸引（ＦＮＡ）試料、から得た。これらの「生体液生検」のいくつかは、ＦＲαについて陽性に染色され（図１５）、記載したＩＨＣ方法論が多数の試料タイプに一般的に適用できることを示唆している。
実施例１７： 葉酸受容体アルファの発現についての組織婦人科癌試料の評価
卵巣、子宮内膜および卵管を含む婦人科悪性腫瘍におけるＦＲαの発現を評価するために、免疫組織化学調査を行った。分析は、実施例７で記載したように、抗体２６Ｂ３で染色した組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）試料、および、実施例７で記載したように、調製し、抗体２６Ｂ３で染色したＦＦＰＥ組織構造試料を用いて行った。市販の組織マイクロアレイを、卵巣癌（ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＯＶ１９２１；９６症例、重複コア）、子宮内膜癌（ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＥＭＣ１０２１；１０２症例、単一コア）、卵管癌（ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＵＴＥ６０１；３０症例、重複コア）について、ＵＳ Ｂｉｏｍａｘ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から得た。
試料は、膜染色について陽性の癌細胞の割合が、あらゆる強度において５％以上である場合に、ＦＲα発現について陽性であると考えた。試料が、完全に欠けている、または、成長できる細胞の数が評価には不十分な壊死組織から成る、のいずれかであると婦人科病理学者が判断した場合は、試料を拒絶して分析に含めなかった。子宮内膜試料のうち、６つは、腺癌のない非定形複雑型増殖症のみを含有していた。細胞タイプおよび悪性度の組織学的分類は、ＷＨＯの乳房および女性生殖器の分類(Classification of Breast and Female Genital Organs)（Ｔａｖａｓｓｏｌｉ ａｎｄ Ｄｅｖｉｌｅｅ）に基づいて行った。ＦＩＧＯおよびＴＮＭシステムに基づく臨床ステージはＴＭＡの製造者（ＵＳ Ｂｉｏｍａｘ）によって提供された。
所与の癌タイプ内でのＦＲαの発現の陽性率を、陽性結果の定義（±５％癌細胞膜染色）に従って陽性に染色された癌の割合として、計算した。組織構造、ステージまたは悪性度などの群間での、ＦＲα陽性についての差を、２ｘ２分割表およびフィッシャーの正確確率検定を用いて評価した。平均値の差は、検定に関連するｐ値が、その検定についてのボンフェローニ補正第１種過誤（最大第１種過誤＝０．０５）よりも小さい場合に、有意に差があるとした。
膜および細胞質の染色強度は、０、染色なし；１＋、弱い；２＋、中程度；および３＋、強い、とスコア付けした。試料における各強度の細胞の割合も決定した。組織は、４ｘ，１０ｘ，２０ｘおよび４０ｘの対物レンズ下で分析した。強い膜染色（３＋）は、４ｘで容易に可視化され、１０ｘで確認した。中程度の膜染色（２＋）は、１０ｘで可視可能であり、２０ｘで確認した。弱い染色（１＋）は、２０ｘまたは４０ｘを必要とした（図１６）。３＋染色の存在において、膜は、頂端部および外側の細胞境界において、濃かった。接線方向断面において、完全な周パターンが明瞭であった（図１６（Ａ）および（Ｂ））。２＋膜染色は、強度が弱くて３＋よりも薄く、通常は頂端内腔境界に、たまには外側細胞境界に、局在した。１＋の弱い膜は、一般に、内腔境界に限られた。付随の細胞質染色は、癌のタイプに依存して、変動した。
卵巣癌ＴＭＡ上の９４の評価可能な試料のうち、７０（７４％）は漿液タイプ、１０（１１％）は粘液性、４（４％）は類内膜性、３（３％）は澄明細胞タイプ、残余の７（８％）は混合型希少癌であった。卵巣癌の８７試料のうち、各細胞タイプのＦＲα陽性率は、漿液タイプでは１００％（７０／７０）、粘液性では８０％（８／１０）、類内膜性では７５％（３／４）、および、澄明細胞タイプでは６７％（２／３）であった。漿液タイプと粘液性タイプの差は、フィッシャーの正確確率検定で、ｐ値０．０１４で、有意である（図１２）。ＦＲα状態は、組織学的悪性度または臨床ステージについて、有意ではなかった。共存する細胞質染色は、漿液タイプにおいては、通常２＋または３＋であり、他の癌タイプにおいては、より弱く、より低い頻度であった。
子宮内膜試料において、正常では８０％（４／５）が（図１７（Ａ））、非定形複雑型増殖症では１００％（６／６）が（図１７（Ｂ））、８８の類内膜型および１つの澄明細胞型を含む（図１８および図１９）腺癌では８９％（８０／９０）が、ＦＲαを発現した。８つの類内膜腺癌は、扁平上皮化生の領域を包含していた。正常な子宮内膜において、膜染色は、弱く、頂部内腔境界に限られていた（図１７（Ａ））。非定形複雑型増殖症および癌において、染色は主に内腔に位置し、いくつかの症例では、外側細胞境界に追加の染色があった（図１７（Ｂ））。３＋の膜染色の存在において、細胞質染色は、強度が、強い（図１８（Ａ））から弱い（図１８（Ｂ）および（Ｃ））まで変動した。１＋または２＋の膜染色を有する癌は、細胞質染色をめったに表さなかった。扁平上皮化生細胞および澄明細胞の大部分は、中程度から強い膜染色を示した（図１９（Ａ）および（Ｂ））。
悪性度１の癌の１００％、悪性度２の癌の９６％、および悪性度３の癌の９６％において、ＦＲαの発現は陽性であった（悪性度１対悪性度３、ｐ値＝０．００２９；悪性度２対悪性度３、ｐ値＝０．０３４）。ＦＲα状態は、Ｔ１対Ｔ２／３およびステージＩ対ステージＩＩ／ＩＩＩに関して、有意ではなかった。
正常な卵管の１７のコア、慢性卵管炎の１６の試料、および、２０の卵管漿液癌は、膜染色および細胞質染色に強く陽性であった（図２０（Ａ）〜（Ｃ））。
実施例１８： 葉酸受容体アルファの発現についての組織学的結腸直腸試料の評価
結腸直腸組織試料におけるＦＲαの発現を評価するために、免疫組織化学調査を行った。分析は、ＵＳ Ｂｉｏｍａｘ（ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＢＣ０５１１１１）から得た組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）試料を用いて行った。ＴＭＡは、結腸直腸癌を有することが知れられている対象者に由来する９０の重複試料、および、１０の正常な結腸直腸癌試料を包含していた。試料を、実施例７で記載したように、抗体２６Ｂ３で染色した。結腸直腸癌を有することが知れられている対象者に由来する９０の試料のうち、１８（２０％）がＦＲα発現について陽性であったのに対し、正常試料はどれも陽性ではなかった。さらに、陽性の染色は、一般に、中程度ないし弱く、疾病のステージへの明らかな関連は、認められなかった。
実施例１９： 葉酸受容体アルファの発現についての組織学的甲状腺試料の評価
甲状腺組織試料におけるＦＲαの発現を評価するために、免疫組織化学調査を行った。分析は、ＵＳ Ｂｉｏｍａｘ（ｃａｔａｌｏｇ ＃ ＴＨ８０２ａ）から得た組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）試料を用いて行った。試料を、実施例７で記載したように、抗体２６Ｂ３で染色した。甲状腺乳頭癌は、ＦＲα膜発現について強く陽性であり（２６／２８，９３％）、５つの試料すべてがＦＲα染色に陰性の髄様癌から識別可能で、先の報告に合致していた。興味深いことに、濾胞状腺種は、大濾胞型および小濾胞型に分けることが可能であり、これらは、それぞれ、３／１３（２３％）および１８／２２（８２％）がＦＲα発現について陽性を示した。ある程度の陽性が、ＴＭＡ上の少数のヒュルトレ細胞癌試料においても（２／３，６７％）、濾胞腺癌試料においても（３／７，４３％）見られた。結果の概要を、表１３に示す。

Claims (34)

  1. a. 配列番号: 10のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR1、配列番号: 11のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR2、配列番号: 12のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR3、配列番号: 14のアミノ酸配列を有する重鎖CDR1、配列番号: 15のアミノ酸配列を有する重鎖CDR2、及び、配列番号: 16のアミノ酸配列を有する重鎖CDR3、又は
    b. 配列番号: 18のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR1、配列番号: 19のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR2、配列番号: 20のアミノ酸配列を有する軽鎖CDR3、配列番号: 22のアミノ酸配列を有する重鎖CDR1、配列番号: 23のアミノ酸配列を有する重鎖CDR2、及び、配列番号: 24のアミノ酸配列を有する重鎖CDR3、
    を含むことを特徴とする、葉酸受容体アルファ(FRα)に特異的な、単離抗体。
  2. 前記抗体は、マウス抗体、キメラ抗体又はヒト化抗体であることを特徴とする請求項1に記載の単離抗体。
  3. 前記選択肢aの単離抗体であって、
    配列番号: 13のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域及び配列番号: 17のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含むことを特徴とする請求項1に記載の単離抗体。
  4. 前記選択肢bの単離抗体であって、
    配列番号:21のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域及び配列番号:25のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含むことを特徴とする請求項1の単離抗体。
  5. 葉酸受容体アルファ(FRα)特異的な抗体をコードする単離ポリヌクレオチドであって、前記単離ポリヌクレオチドは、
    a. 前記抗体の軽鎖CDR1が、配列番号: 10のアミノ酸配列を含み、前記抗体の軽鎖CDR2が、配列番号: 11のアミノ酸配列を含み、前記抗体の軽鎖CDR3が、配列番号: 12のアミノ酸配列を含み、前記抗体の重鎖CDR1が、配列番号: 14のアミノ酸配列を含み、前記抗体の重鎖CDR2が、配列番号: 15のアミノ酸配列を含み、及び、前記抗体の重鎖CDR3が、配列番号: 16のアミノ酸配列を含む、又は、
    b. 前記抗体の軽鎖CDR1が、配列番号: 18のアミノ酸配列を含み、前記抗体の軽鎖CDR2が、配列番号: 19のアミノ酸配列を含み、前記抗体の軽鎖CDR3が、配列番号: 20のアミノ酸配列を含み、前記抗体の重鎖CDR1が、配列番号: 22のアミノ酸配列を含み、前記抗体の重鎖CDR2が、配列番号: 23のアミノ酸配列を含み、及び、前記抗体の重鎖CDR3が、配列番号: 24のアミノ酸配列を含む、
    ことを特徴とする、単離ポリヌクレオチド。
  6. 前記選択肢aの単離ポリヌクレオチドであって、
    配列番号: 45及び49の塩基配列を含むことを特徴とする請求項5に記載の単離ポリヌクレオチド。
  7. 前記選択肢aの単離ポリヌクレオチドであって、
    配列番号: 42、配列番号: 43、配列番号: 44、配列番号: 46、配列番号: 47及び配列番号: 48の塩基配列を含むことを特徴とする請求項5に記載の単離ポリヌクレオチド。
  8. 前記選択肢bの単離ポリヌクレオチドであって、
    配列番号: 53及び57の塩基配列を含むことを特徴とする請求項5に記載の単離ポリヌクレオチド。
  9. 前記選択肢bの単離ポリヌクレオチドであって、
    配列番号: 50、配列番号: 51、配列番号: 52、配列番号: 54、配列番号: 55及び配列番号: 56の塩基配列を含むことを特徴とする請求項5に記載の単離ポリヌクレオチド。
  10. 請求項5から9のいずれか１項に記載の単離ポリヌクレオチドを含むことを特徴とするベクター。
  11. 請求項10に記載のベクターを含むことを特徴とする遺伝子組み換え細胞。
  12. 前記細胞は真核細胞、植物細胞又は細菌であることを特徴とする請求項11に記載の組み換え細胞。
  13. ＡＴＣＣに寄託され受託番号PTA-11884又はPTA-11886を有する細胞株によって生産されることを特徴とする、葉酸受容体アルファ(FRα)に特異的な単離抗体。
  14. 生体試料中の葉酸受容体アルファ（ＦＲα）又はＦＲαを発現する癌細胞を検出する方法であって、請求項１から４若しくは１３のいずれか１項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに前記試料を曝して、ＦＲαを検出することを特徴とする方法。
  15. 前記生体試料は、ヒト、齧歯類、非ヒト霊長類、ウサギ又は犬に由来することを特徴とする請求項14に記載の方法。
  16. 対象者における葉酸受容体アルファ(FRα)を発現する癌を発見する方法であって、
    a. 前記対象者から抽出した生体試料を請求項1から４又は13のいずれか１項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝すこと;
    b. 前記試料に存在するFRαの量を定量化すること;
    及び、
    c. 前記試料に存在するFRαの量を基準と比較すること、を含み、
    癌に関連するFRαのレベルの範囲に入るFRαレベルは、FRαを発現する癌を示すことを特徴とする方法。
  17. 前記FRαを発現する癌は、肺腺癌であり、
    前記対象者の肺腺癌細胞がFRαを発現することが認められることは、前記肺腺癌細胞が葉酸受容体アルファを発現しない場合に比べて、前記対象者の５年生存率が改善された可能性が高いことを示すことを特徴とする請求項16に記載の方法。
  18. 前記生体試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環癌細胞、組織に関連しない細胞、組織、手術摘出癌組織、生検、細針吸引試料、又は、組織プレパラートに由来することを特徴とする請求項14から17のいずれか１項に記載の方法。
  19. 前記癌は、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵管癌又は卵巣癌であることを特徴とする請求項16に記載の方法。
  20. 前記癌は肺癌であることを特徴とする請求項16に記載の方法。
  21. 前記肺癌は腺癌であることを特徴とする請求項20に記載の方法。
  22. 前記基準は、
    a. 癌がないと確認された対象者に由来する葉酸受容体アルファ（ＦＲα）レベル、又は、既知の濃度の葉酸受容体アルファタンパクの調製物、
    b. 早期ステージにある葉酸受容体アルファを発現する癌を有すると確認された対象者に由来するＦＲαレベル、
    c. 中期ステージにある葉酸受容体アルファを発現する癌を有すると確認された対象者に由来するＦＲαレベル、
    又は、
    d. 後期ステージにある葉酸受容体アルファを発現する癌を有すると確認された対象者に由来するＦＲαレベル
    を含むことを特徴とする請求項16に記載の方法。
  23. 前記癌は、乳癌、甲状腺癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、卵管癌、卵巣癌、又は肺癌であることを特徴とする請求項22に記載の方法。
  24. 前記曝される葉酸受容体アルファ（ＦＲα）は細胞に結合している、又は結合していないことを特徴とする請求項14から23のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記試料における葉酸受容体アルファ（ＦＲα）の存在は、ウエスタンブロット、免疫組織化学、フローサイトメトリー、ラジオイムノアッセイ、免疫沈降、電気化学発光免疫アッセイ（ＥＣＬＩＡ）又はＥＬＩＳＡを使用して検出されることを特徴とする請求項14から23のいずれか１項に記載の方法。
  26. 生体試料における葉酸受容体アルファ(FRα)の存在を検出するためのキットであって、
    請求項1から4又は13のいずれか１項に記載の少なくとも1つの抗体又はその抗原結合フラグメント、
    及び
    使用しないときに前記抗体を収容するための容器、並びに、前記抗体の使用の指示
    を含むことを特徴とするキット。
  27. 生体試料における葉酸受容体アルファ(FRα)の存在を検出するためのキットであって、
    請求項1から4又は13のいずれか１項に記載の少なくとも1つの抗体又はその抗原結合フラグメントを含み、
    前記含まれる抗体又はその抗原結合フラグメントが、固体支持体に貼付されていることを特徴とするキット。
  28. 生体試料における葉酸受容体アルファ(FRα)の存在を検出するためのキットであって、
    請求項1から4又は13のいずれか１項に記載の少なくとも1つの抗体又はその抗原結合フラグメントを含み、
    前記含まれる抗体又はその抗原結合フラグメントが、検出可能に標識されていることを特徴とするキット。
  29. 前記生体試料は、肺癌組織であり、
    前記対象者の葉酸受容体アルファ(FRα)のレベルは、FRαを発現する肺癌と、FRαを発現しない肺癌とを識別することを特徴とする請求項14又は15に記載の方法。
  30. 前記FRαを発現する肺癌は、肺腺癌であり、
    前記FRαを発現しない肺癌は、肺扁平上皮であることを特徴とする請求項29に記載の方法。
  31. 前記抗体は検出可能な標識を含むことを特徴とする請求項1から4又は13のいずれか１項に記載の単離抗体。
  32. 前記識別可能な標識は、放射性標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識又は酵素であることを特徴とする請求項31に記載の抗体。
  33. 前記標識は、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミン５酢酸（ＤＴＰＡ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ及びベータガラクトシダーゼ又はポリヒスチジンであることを特徴とする請求項32に記載の抗体。
  34. 前記抗体又は抗原結合フラグメントは、固体支持体に貼付されていることを特徴とする請求項14から23のいずれか１項に記載の方法。
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