JP5637849B2 - 2本鎖ポリヌクレオチド - Google Patents

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Description

本発明はRNA分解酵素に対して安定でかつ、RNA干渉作用を有する新規2本鎖ポリヌクレオチド、該2本鎖ポリヌクレオチドの使用、該2本鎖ポリヌクレオチドを用いた遺伝子発現抑制方法、該2本鎖ポリヌクレオチドを含有する医薬等に関する。
細胞、組織、あるいは個体内の標的遺伝子の発現を阻害する方法として、当該細胞、組織、あるいは個体内に2本鎖RNAを導入する手法がある。2本鎖RNAの導入によって、その配列に相同性を持つmRNAが分解され、標的遺伝子の発現が阻害される。この効果は「RNA干渉」または「RNAi」と呼ばれている。RNA干渉は最初に線虫で報告され(例えば、非特許文献1参照。)、その後に植物でも報告されている(例えば、非特許文献2参照。)。
3’末端に2ヌクレオチドのオーバーハングを有する、センス鎖、アンチセンス鎖それぞれ21ヌクレオチドからなる2本鎖RNA(small interfering RNA:siRNA)は、脊椎動物の培養細胞において、RNA干渉作用を有することが報告されている(例えば、非特許文献3参照。)。
siRNAは遺伝子機能の同定、有用物質生産に適した細胞株のスクリーニング、疾患に関与する遺伝子の制御等に有用であるが、RNA分解酵素によって容易に分解されるという欠点を有する(例えば、非特許文献4参照。)。RNA合成は、DNA合成に比較して困難であるために、合成コストが5〜10倍高いと言われている(例えば、非特許文献5参照。)。その理由として、2’−水酸基の保護基の必要性、その保護基の脱保護の必要性、及び保護基の立体障害に由来する縮合収率の低下によるRNA合成収率の悪さが挙げられている(例えば、非特許文献6参照。)。
したがって、RNA分解酵素に対する安定性が高く、安価に製造できる、RNAi活性を保持したポリヌクレオチドの開発が望まれていた。
RNA分解酵素に対して安定性を有するsiRNAを取得するために、siRNAを構成するRNAの全部又は一部を2’−デオキシリボヌクレオチド(DNA)に置換する方法が検討されている(例えば、特許文献1、非特許文献7,8、9、10、11参照。)。しかしながら、RNA分解酵素に対する安定性と天然型のsiRNAと同等のRNA干渉作用の両方を有するsiRNAは得られていない。
オリゴヌクレオチド中のリン酸ジエステル結合のリン酸基の非架橋酸素原子を硫黄原子に置き換えたホスホロチオエート(PS)結合は、ヌクレアーゼに耐性になることが知られている(例えば、非特許文献12参照。)。siRNAの中のリン酸ジエステル結合をPS結合に置き換えた場合、未修飾siRNAと同程度のRNA干渉を示すことが報告されている(例えば、非特許文献9、13、14参照。)。しかしながら、オリゴヌクレオチド中のPS結合の数を増やすと2本鎖RNAの熱力学的不安定化及び非特異的なタンパク質との結合が起きるので好ましくないと考えられている(例えば、非特許文献15参照。)。
天然型のRNAを修飾RNAに置換することによって安定なsiRNAを取得する試みもなされている。RNaseの分解反応にはRNAの2’−OH基が必須であるので、この2’−OH基をアルキル化しRNaseの基質にならないようにした2’−O−アルキルヌクレオシドとした数多くの誘導体が報告されている。2’−O−メチルヌクレオチドはtRNAの中にも見られる天然に存在する修飾ヌクレオチドで、アンチセンス研究の初期の頃から研究されている(例えば、非特許文献16参照。)。
siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖の一方、または両方を2’−O−メチルヌクレオチドで置換するとRNAiが完全に失われるとの報告(例えば、非特許文献7、非特許文献17、18参照。)や、siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖のすべてのリボヌクレオチドを2’−O−メチルヌクレオチドに置換した場合のみ弱いRNAiが観察されて、両鎖を置換した場合はRNAiが完全に失われるとの報告がある(例えば、非特許文献9参照。)。
なお、センス鎖の全てのRNAを2’−O−メチルヌクレオチドで置換した場合、未修飾のsiRNAと比較して、同程度のRNAiが得られるとの報告があるが、これは当該実験で用いられたsiRNAの配列の影響を受ける(例えば、非特許文献19参照。)。
siRNAの末端に4つの2’−O−メチルヌクレオチドを導入した場合、RNAiを保持すること(例えば、非特許文献14参照。)及び、2’−O−メチルヌクレオチドを1つおきにsiRNAのセンス鎖及びアンチセンス鎖の両鎖に導入した場合に未修飾siRNAと比較して同程度のRNAiが得られること(例えば、非特許文献18参照。)が報告されている。また、2’−O−メチルヌクレオチドを3つ連続して導入するとセンス鎖への導入では活性低下が見られないが、アンチセンス鎖への導入では、活性低下が認められて、特にセンス鎖の5’末端に導入した場合に著しく活性が低下することが報告されている(例えば、非特許文献20参照。)。
また、センス鎖の3’,5’−末端付近を2’−デオキシリボヌクレオチド、中央部を2’−O−メチルヌクレオチドとしたsiRNAが報告されているが、未修飾siRNAとのRNAi活性の比較はなされていない(例えば、非特許文献21参照。)。
人工的に合成された修飾RNAである、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド(2’−F)を有するオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドと同じN型配座を優先して形成し、RNAとの親和性も高くなる(例えば、非特許文献22参照。)。しかしながら、リン酸ジエステル結合からなるものはヌクレアーゼ抵抗性がないので、ホスホロチオエート結合とし、ヌクレアーゼ抵抗性を持たせる必要がある(例えば、非特許文献22参照。)。
siRNA中のピリミジンヌクレオチドを2’−Fに置き換えた場合、未修飾siRNAと同程度のRNAiを示すことが報告されている(例えば、非特許文献9、14参照。)。2’−Fを3つ連続して導入することとした場合、アンチセンス鎖への導入であまり活性低下が見られていない。(例えば、非特許文献20参照。)。また、センス鎖のピリミジンヌクレオチドまたはプリンヌクレオチドのいずれか一方、アンチセンス鎖のピリミジンヌクレオチドまたはプリンヌクレオチドのいずれか一方を2’−Fに置き換えた場合、さらに修飾された両鎖の組み合わせにおいて、未修飾siRNAと同程度のRNAiを示すことが報告されている(例えば、非特許文献23参照。)。
しかしながら、これらの中でRNA干渉作用を示したものは、リボヌクレオチドを含んでおり、RNA分解酵素によって分解される。siRNA中のピリミジンヌクレオチドを2’−Fに置き換えた場合、動物モデルにおいてRNAiの増強や効果の延長は認められなかったとの報告がある(例えば、非特許文献24参照。)。また、非天然ヌクレオシドである、2’−デオキシ−2’−フルオロシチジン及び2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンは、ラット、Woodchuckに投与した場合、毒性は示さないとされているものの、細胞内でトリリン酸化され、DNAポリメラーゼやRNAポリメラーゼの基質となり、様々の臓器のDNA、RNA及びミトコンドリアDNA内に取り込まれることが報告されている(例えば、非特許文献25、26参照)。2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオシドのトリリン酸体は、DNAポリメラーゼα、γの基質になり、DNAに取り込まれるが、2’−O−メチルヌクレオシドトリリン酸体は、DNAポリメラーゼα、γの基質にならないことが、試験管内で確かめられており(例えば、非特許文献27参照。)、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオシドの遺伝的な毒性が懸念されている(例えば、非特許文献28参照。)。
siRNAのヌクレオチドをすべて2’−Fに置換した場合、未修飾siRNAと比較して僅かにRNAiが低下する程度にすぎないとの報告や、RNA分解酵素に耐性があるとの報告がある(例えば、非特許文献29参照。)。
2’−O−メチルヌクレオチドと2’−Fを1つおきにsiRNAのセンス鎖、アンチセンス鎖に導入し、未修飾siRNAと比較して同程度以上のRNAiが得られ、血清中での比較的安定に保たれることが報告されている(例えば、非特許文献30参照。)が、非天然核酸が数多く導入された場合には、細胞毒性や副作用が生じると懸念されている。
ENA(2’−O,4’−C−ethylene−bridged nucleic acids)は、ヌクレアーゼに対する安定性を有している修飾核酸である(例えば、非特許文献31、32参照。)が、siRNAのセンス鎖、アンチセンス鎖の一方または両方の3’末端のオーバーハング部位の2ヌクレオチドにENAを導入した場合、RNAi活性が低下することが報告されている(例えば、非特許文献33参照。)。
化学合成したsiRNAを細胞内へ導入すると、センス鎖とアンチセンス鎖の両方の5’末端がリン酸化されることが報告されている(例えば、非特許文献34参照。)。ヒトの細胞においては、RNAキナーゼ hClp1がsiRNAの5’−リン酸化を担っていることが報告されている(例えば、非特許文献35参照。)。5’末端をリン酸化したsiRNAと、5’末端をリン酸化していないsiRNAを細胞内に導入しRNAi活性を比較すると、両者の活性に差が見られなかったことから、5’末端非リン酸化siRNAは細胞内で容易にリン酸化を受けると考えられている(例えば、非特許文献14参照。)。
RNAi活性に関与することが知られているArgonauteタンパク質(Ago)とアンチセンス鎖の複合体X線解析から、アンチセンス鎖の5’末端のリン酸基及びその近傍のヌクレオチドがAgoのPIWIドメインに強く結合していることが示されている(例えば、非特許文献36参照。)。
siRNAの鎖長は、3’末端に2ヌクレオチドのオーバーハングを有するセンス鎖及びアンチセンス鎖としてそれぞれ21ヌクレオチドが汎用的に用いられている。アンチセンス鎖を21ヌクレオチドとし、センス鎖の3’末端または5’末端から鎖長を変えた場合、センス鎖が21ヌクレオチドの場合が最もRNAi活性が強いことが示されている(例えば、非特許文献7、37参照。)また、センス鎖の3’末端から鎖長を短くし17または18ヌクレオチドとした場合、センス鎖が21ヌクレオチドである場合と同等のRNAi活性を示すと報告している(例えば、非特許文献38参照。)。
21ヌクレオチドからなるsiRNAの3’末端オーバーハングの長さが2ヌクレオチドである場合に、最もRNAi活性が強いことが示されている(例えば、非特許文献7参照。)。配列として、AA、CC,GG,UU,UG(野生型)、TdG、TT(T、dGは、2’−デオキシリボヌクレオチド)を持つsiRNAを用いてRNAi活性を調べたところ、いずれの配列でもRNAi活性を有していたことが報告されている(例えば、非特許文献7参照。)。また、siRNAの3’末端オーバーハングとしてTT配列を有したsiRNAよりもUU配列を有したsiRNAの方が高いRNAi活性を示すことが報告されている(例えば、非特許文献10参照。)
polyI:polyCなどの2本鎖RNAは古くからインターフェロン誘導剤として知られており、そのメカニズムにはTLR3(Toll−like receptor 3)が関与している。siRNAもTLR3及びそのサブセットのTLR7、TLR8に認識され、インターフェロンやサイトカインを誘導することが知られている。特にGU配列、UGUGU配列、GUCCUUCAA配列を有するsiRNAに免疫応答が起こりやすいという報告がある(例えば、非特許文献39、40、41参照。)。また、DNAや2’−OMeRNAなどの化学修飾ヌクレオチドをsiRNAに導入するにより、これらの免疫応答を抑制できることが示されている(例えば、非特許文献41、42、43、43参照。)。



本発明者らは、RNA分解酵素に安定でしかも安価に合成可能なRNA干渉作用を有するポリヌクレオチドを取得すべく、鋭意研究を行ったところ、DNAと2’−O−メチルRNAを交互に組み合わせたオリゴヌクレオチドユニットを含む2本鎖ポリヌクレオチドが上記課題を解決できることを見出し、本発明を完成させた。
国際公開第2003/044188号パンフレット 米国特許公開公報第US2007/0265220号
Nature、1998年、第391巻、p.806−811 Science、1999年、第286巻、p.950−952 Nature、2001年、第411巻、p.494−498 Clinical Chemistry、2002年、第48巻、p.1647−1653 関根光雄、多比良和誠編、「RNAi法とアンチセンス法」、講談社、2005年6月20日発行、2.4章 RNAi療法―siRNAのがん治療薬への応用、p.76−87 Current Opinion in Drug Discovery & Development、2008年、第11巻、p.203−216 EMBO Journal、2001年、第20巻、p.6877−6888 Nucleic Acids Research、2002年、第30巻、p.1757−1766 RNA、第9巻、2003年、p.1034−1048 FEBS Letters、2002年、第521巻、p.195−199 Nucleic Acids Research、2008年、第36巻、p.2136−2151 Nucleic Acid Drug Development、2000年、第10巻、p.117−121 Nucleic Acids Research、2003年、第31巻、p.589−595 Antisense Nucleic Acid Drug Development、2003年、第13巻、p.83−105 Antisense Nucleic Acid Drug Development、 2000年、第10巻、p.117−121 Nucleic Acids Research、1987年、第15巻、p.6131−6148 Biochemistry、2003年、第42巻、p.7967−7975 Nucleic Acids Research、2003年、第31巻、p.2705−2716 RNA、2006年、第12巻、p.163−176 Journal of Medical Chemistry、2005年、第48巻、p.4247−4253 Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids、2006年、第25巻、p.889−907 Journal of Medical Chemistry、1993年、第36巻、 p.831−841 Chemistry & Biodiversity、2007年、第4巻、p.858−873 RNA、2004年、第10巻、p.766−771 Toxicologic Pathology、1999年、第27巻、p.607−617 Chemical Research in Toxicology、2002年、第15巻、p.922−926 Biochemical Pharmacology、2000年、第59巻、p.1045−1052 Oligonucleotides、2006年、第16巻、p.337−351 Chemical Biology & Drug Design、2007年、第70巻、p.113−122 Journal of Medicinal Chemistry.、2005年、第48巻、p.901−904 Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters.、2002年、第12巻、p.73−76 Bioorganic & medicinal chemistry、2003年、第11巻、p.2211−2226 Antisense and Nucleic Acid Drug Development、2002年、 第12巻、p.301−309 Cell、2001年、第107巻、p.309−321 Nature、2007年、第447巻、p.222−226 Nature,2005年、第434巻、p.663−666 RNA、2008年、第14巻、p.1714−1719 Nucleic Acids Research、2008年、第36巻、p.5812−5821 Science、2003年、第303巻、p.1526−1529 Nature Biotechnology、2005年、第23巻、p.457−462 Nature Medicine、2005年、第11巻、p.263−270 Journal of Molecular Biology、2005年、第348巻、p.1079−1090 Nature Biotechnology、2005年、第23巻、p.1002−1007
本発明の一つの課題は、RNA分解酵素に安定なRNA干渉作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することである。
本発明の他の一つの課題は上記2本鎖ポリヌクレオチドによって遺伝子発現を抑制する方法を提供することである。
本発明の他の一つの課題は上記2本鎖ポリヌクレオチドを含有する医薬品を提供することである。
すなわち、本発明は、
(1)
以下の(a)乃至(d)からなる特徴を有する、式(I)に示されるポリヌクレオチド及び式(II)に示されるポリヌクレオチドからなる、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−X−(α−β)−α−λ−3’(I)
5’−δ−(α−β)−Y−υ−3’(II)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNAを示し、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNAを示し、υは同一又は異なってDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示し、X及びYはDNA、RNA及び修飾核酸から選択される同一又は異なる種類のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。qは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とXの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。rは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とYの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。
(c)式(I)で示されるポリヌクレオチドのうち、X−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(I)におけるX−(α−β)と式(II)における(α−β)−Yは互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(2)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(3)
式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが3で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、β−(α−β)−α、及び(α−β)−α(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)又は(2)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(4)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが3で、(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが3で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、及び(α−β)−α(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)又は(2)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(5)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(6)
式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが4で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、(γーβ)−α、(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α及び(α−β)−α(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)又は(5)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(7)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが4で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、(γーβ)−α、(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、及び(α−β)−α(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(8)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(9)
式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが5で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、及び(α−β)−α、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)又は(8)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(10)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが5で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、及び(α−β)−α(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(11)
以下の(a)乃至(d)からなる特徴を有する、式(I)及び式(III)に示されるポリヌクレオチドからなる、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−X−(α−β)−α−λ−3’(I)
5’−δ−(β−α)−Y−υ−3’(III)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示し、X及びYはDNA、RNA及び修飾核酸から選択される同一又は異なる種類のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。qは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とXの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。rは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とYの合計ヌクレオチド数は17乃至18である;
(c)式(I)で示されるポリヌクレオチドのうち、X−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(I)におけるX−(α−β)と式(III)における(β−α)−Yは互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(12)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(13)
式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが3で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−β(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(14)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが3で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−β(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(15)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(16)
式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが4で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β及び(β−α)−β(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(17)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが4で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β及び(β−α)−β(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(18)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(19)
式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが5で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(γーβ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−β、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(20)
式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであり、式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、rが5で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(γーβ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−β、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする、(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(21)
式(I)、(II)及び(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて、qが9で、Xのヌクレオチド数が0であり、p及びmが0、rが9でYのヌクレオチド数が0であることを特徴とする、(1)又は(11)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(22)
以下の式(a)乃至(d)からなる特徴を有する、式(IV)及び式(V)に示されるポリヌクレオチドからなる、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
5’−δ−(α−β)−υ−3’(V)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(23)
以下の式(a)乃至(d)からなる特徴を有する、式(VI)及び式(VII)に示されるポリヌクレオチドからなる、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−β−(α−β)−α−λ−3’(VI)
5’−δ−(α−β)−(α―β)−υ−3’(VII)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す;
(c)式(VI)で示されるポリヌクレオチドのうち、β−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(VI)における(α−β)と式(VII)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(24)
αがDNA、βが2’−OMeRNAであることを特徴とする、(1)乃至(23)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(25)
λ及びυが同一又は異なってチミン塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有するDNA、又は、ウラシル塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有する2’−OMeRNAのいずれかであることを特徴とする、(1)乃至(24)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(26)
mが0、nが2であることを特徴とする、(1)乃至(25)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(27)
p及びmが0、sが1、nが2であることを特徴とする、(1)乃至(26)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(28)
2’−OMeRNAの任意の1〜4残基がENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、(1)乃至(27)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(29)
DNAの任意の1〜4残基がRNA、ENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、(1)乃至(28)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(30)
各ヌクレオチドがリン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合で結合していることを特徴とする、(1)乃至(29)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(31)
少なくともいずれか一つのポリヌクレオチドの5’末端にリン酸基が付加されていることを特徴とする、(1)乃至(30)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(32)
アンチセンス鎖の5’末端にリン酸基が付加されている、(1)乃至(31)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(33)
(1)乃至(32)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を有効成分として含有する医薬、
(34)
(1)乃至(33)から選択される2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を哺乳動物に投与することによる、標的遺伝子の発現抑制方法、
からなる。
本発明により、RNA分解酵素に対して安定なRNA干渉作用を有する新規2本鎖ポリヌクレオチドが提供された。該ポリヌクレオチドを用いて各種遺伝子の機能解析が可能になり、また、該2本鎖ポリヌクレオチドを含む医薬品が提供される。
ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。(以下、各図中、センス鎖、アンチセンス鎖の実施例のポリヌクレオチドの組み合わせを示す。シンボルのうち、白四角(□)はRNA、黒丸(●)はDNA、白丸(○)は2’−O−メチルRNA、白ダイヤモンド(◇)はENA、黒ダイヤモンド(◆)は、2’,4’−BNA/LNAを示す。図中のsはホスホロチオエート結合、pはリン酸基、矢印はArgonaute2による予想切断部位を示す。以下の図でも同じである。) ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。図中で「CT001/CT005」と表記されているのは「CT−001/CT−005」を意味し、このように2本鎖ポリヌクレオチドの表記において、「ハイフン:−」を省略することがある。以下の図においても同様である。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性のウエスタンブロット解析の結果を示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性のウエスタンブロット解析の結果を示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 RNase分解反応に用いたヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 2本鎖ポリヌクレオチドのRNase分解反応のポリアクリルアミド電気泳動による解析結果を示す図。矢印は2本鎖ポリヌクレオチドのバンドの位置を示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 トランスフェクション試薬を用いない場合の、2本鎖ポリヌクレオチド投与によるIFN−α産生量の変化を示す図。縦軸は、Toll−like receptor (TLR)に作用することが知られている試薬または2本鎖ポリヌクレオチド添加によるIFN−α産生量を示す。コントロールは、Toll−like receptor (TLR)に作用することが知られている試薬または2本鎖ポリヌクレオチドを添加していない場合のIFN−α産生量を示す。図中で「TLR3」はToll−like receptor 3を示し、TLR7はToll−like receptor 7を示し、TLR8はToll−like receptor 8を示し、TLR9はToll−like receptor 9を示す。図49でも同様である。 トランスフェクション試薬を用いた場合の、2本鎖ポリヌクレオチド投与によるIFN−α産生量の変化を示す図。縦軸は、Toll−like receptor (TLR)に作用することが知られている試薬または2本鎖ポリヌクレオチド添加によるIFN−α産生量を示す。メディウムコントロールは、Toll−like receptor (TLR)に作用することが知られている試薬または2本鎖ポリヌクレオチドを添加していない場合のIFN−α産生量を示す。トランスフェクションコントロールは、トランスフェクション試薬のみを添加した場合のIFN−α産生量を示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 DDX3(DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp) box polypeptide 3, X−linked)遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 DD−016/DD−017(図中016/01;以下同じ。)、DD−022/DD−017(022/017)、DD−022/DD−023(022/023)及びDD−022/DD−024(022/024)及び2本鎖天然型ポリヌクレオチドDDX3 siRNA#5(#5)のDDX3遺伝子発現抑制活性の強さを示す図。リポフェクション試薬のみで処理した細胞の場合をコントロールとして用い、図中「non」として示す。
1.用語の説明
本明細書において、「標的遺伝子」とは、これを導入する細胞、組織、あるいは固体(以下これを「被導入体」と称することがある。)においてmRNA及び/又はタンパク質を産生するように翻訳され得るものであれば特に制限されない。具体的には、導入する被導入体に内在性のものでも、遺伝子導入等の手法によって導入される外来性のものでもよい。また、染色体上に存在する遺伝子でも、染色体外のものでもよい。外来性の遺伝子としては、例えば、被導入体に感染可能なウイルス、バクテリア、真菌または原生動物由来のものが挙げられるがこれらに制限されない。遺伝子の機能については既知のものでも未知のものでもよい。
そのような標的遺伝子の例としては、ヒトβ−カテニン遺伝子、DDX3(DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp) box polypeptide 3, X−linked)遺伝子を挙げることが出来るがこれらに限定されない。
本明細書において、「天然型のヌクレオシド」とは、2’−デオキシアデノシン、2’−デオキシグアノシン、2’−デオキシシチジン、2’−デオキシ−5−メチルシチジン、チミジン等の2’−デオキシヌクレオシド、アデノシン、グアノシン、シチジン、5−メチルシチジン、ウリジン等のリボヌクレオシドをいう。また、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分がリン酸とエステルを形成している化合物から構成されるオリゴヌクレオチドのことをいう。
本明細書においては2’−デオキシアデノシンをA、2’−デオキシグアノシンをG、2’−デオキシシチジンをC、2’−デオキシ−5−メチルシチジンを5meC、チミジンをT、2’−デオキシウリジンをU、アデノシンをArt、グアノシンをArt、シチジンをCrt、5−メチルシチジンを5meCrt、ウリジンをUrtと表すこともある。また、本明細書中においては、2’−デオキシアデノシンヌクレオチドをA、2’−デオキシグアノシンヌクレオチドをG、2’−デオキシシチジンヌクレオチドをC、2’−デオキシ−5−メチルシチジンヌクレオチドを5meC、チミジンヌクレオチドをT、2’−デオキシウリジンヌクレオチドをU、アデノシンヌクレオチドをArp、グアノシンヌクレオチドをGrp、シチジンヌクレオチドをCrp、5−メチルシチジンヌクレオチドを5meCrp、ウラシルヌクレオチドをUrpと表すこともある。
本明細書においてはヌクレオチドのリン酸エステルの代わりにホスホロチオエートエステルとなっているホスホロチオエートエステルについて、Aに対応するものとしてA、Gに対応するものとしてG、Cに対応するものとしてC、5meCに対応するものとして5meC、Tに対応するものとしてT、Uに対応するものとしてU、Arpに対応するものとしてArs、Grpに対応するものとしてGrs、Crpに対応するものとしてCrs、5meCrpに対応するものとして5meCrs、Urpに対応するものとしてUrsと表すこともある。
本明細書における、「糖修飾ヌクレオシド」とは、ヌクレオシドの糖部分が修飾されているヌクレオシドをいう。
このうち、2’−O−メチル修飾の例としては、Artに対応するものとしてAm1t、Grtに対応するものとしてGm1t、Crtに対応するものとしてCm1t、5meCrtに対応するものとして5meCm1t、Urtに対応するものとしてUm1t、Arpに対応するものとしてAm1p、Grpに対応するものとしてGm1p、Crpに対応するものとしてCm1p、5meCrpに対応するものとして5meCm1p、Urpに対応するものとしてUm1p、Arsに対応するものとしてAm1s、Grsに対応するものとしてGm1s、Crsに対応するものとしてCm1s、5meCに対応するものとして5meCm1s、Ursに対応するものとしてUm1sと表すこともある。
本明細書において2’−O,4’−C−エチレンヌクレオチド ユニット及び「ENAユニット」とは上記の各ヌクレオシド、各ヌクレオチドにおいてENAを有するものをいい、Aに対応するものとしてA2t、Aに対応するものとしてAe2p、Aに対してはAe2s、Gに対応するものとしてG2t、Gに対応するものとしてGe2p、Gに対してはGe2s、5meCに対応するものとしてC2t、5meCに対応するものとしてCe2p、5meCに対してはCe2s、Tに対応するものとしてT2t、Tに対応するものとしてTe2p、Tに対してはTe2sというようにENAユニットを有するヌクレオシド及びヌクレオチドを表わすこともある。
本明細書において2’−O,4’−C−メチレンヌクレオチド ユニット及び「2’、4’−BNA/LNAユニット」とは上記の各ヌクレオシド、各ヌクレオチドにおいて2’、4’−BNA/LNAを有するものをいい、Aに対応するものとしてA1t、Aに対応するものとしてAe1p、Aに対してはAe1s、Gに対応するものとしてG1t、Gに対応するものとしてGe1p、Gに対してはGe1s、5meCに対応するものとしてC1t、5meCに対応するものとしてCe1p、5meCに対してはCe1s、Tに対応するものとしてT1t、Tに対応するものとしてTe1p、Tに対してはTe1sというように2’、4’−BNA/LNAユニットを有するヌクレオシド及びヌクレオチドを表わすこともある。
以下に各ヌクレオチドの構造式を示す。
本明細書中における、「相補的なヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの塩基部分が相補するヌクレオチドのことをいい、具体的には、塩基部分がアデニンとチミン、グアニンとシトシン、グアニンと5−メチルシトシン及びアデニンとウラシルであるヌクレオチドが互いに相補的なヌクレオチドである。
本明細書中における、「相補的なヌクレオチド配列」とは、対照となるヌクレオチド配列に対して、全てが相補的なヌクレオチドからなるヌクレオチド配列に加え、1又は数個のヌクレオチドが相補的なヌクレオチドではないが、オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチド同士が塩基対を形成するヌクレオチド配列も含む。
本明細書中における、「2本鎖ポリヌクレオチド」は、相補的なヌクレオチド同士がワトソン−クリック塩基対を形成し、2本鎖となっているポリヌクレオチドであるが、、全てのポリヌクレオチドがワトソン−クリック塩基対を形成していなくてもよい。
本明細書中では、2本鎖ポリヌクレオチドのうち、標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列を含むものをパッセンジャー鎖(passenger strand)又はセンス鎖と呼び、標的遺伝子と相補的なヌクレオチド配列を含むものをガイド鎖(guide strand)又はアンチセンス鎖と呼ぶ。
本明細書中において、「標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる」とは、標的遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド配列と同一の配列からなることをいうが、完全に同一の配列に加え、RNA干渉作用を有する限りにおいて、実質的に同一な配列も含む。また、標的遺伝子にSNPs等が知られている場合、それらの変異を有する配列も同一のヌクレオチド配列に含まれる。
標的遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド配列と同一又は実質的に同一な配列を有するポリヌクレオチドとは、標的遺伝子のヌクレオチド配列のうち、いずれの部分でもよい18ヌクレオチド以上の配列と同一又は実質的に同一な配列からなるポリヌクレオチドである。ここで、「実質的に同一な配列」とは、標的遺伝子のヌクレオチド配列と70%以上、好ましくは80%以上さらに好ましくは90%以上の相同性を有する配列のことをいう。ヌクレオチド配列の相同性はBLAST(登録商標)等の公知の遺伝子解析ソフトウエアを用いて計算することが出来る。
本明細書に添付する配列表において、各配列の<223>の項目中で“cm”は2’−O−メチルシチジン(2’−O−Methylcytidine)を示し、“um”は2’−O−メチルウリジン(2’−O−Methyluridine)を示し、“gm”は2’−O−メチルグアノシン(2’−O−Methylguanosine)を示す。
2.2本鎖ポリヌクレオチド
本発明における2本鎖ポリヌクレオチドの鎖長は、RNA干渉作用を有する限り、18ヌクレオチドから、標的遺伝子のオープンリーディングフレーム(ORF)の全長までのいかなる長さでもよい。センス鎖としては、18〜21の鎖長のものが好ましく、18〜19の鎖長のものが更に好ましい。アンチセンス鎖としては、19〜21の鎖長のものが好ましく、21鎖長のものが更に好ましい。2本鎖ポリヌクレオチドはその全体が2本鎖である必要はなく5’及び/又は3’末端が一部突出したものも含み、その突出末端は1〜5ヌクレオチド、好ましくは1〜3ヌクレオチド、さらに好ましくは2ヌクレオチドである。また、最も好ましい例としては、アンチセンス鎖のポリヌクレオチドの3’末端が2ヌクレオチド突出している(オーバーハング構造)構造を有するものが挙げられる。
2−1.
2本鎖ポリヌクレオチドの一例としては、以下の式(I)に示されるポリヌクレオチドからなるセンス鎖及び式(II)に示されるポリヌクレオチドからなるアンチセンス鎖からなる、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−X−(α−β)−α−λ−3’(I)
5’−δ−(α−β)−Y−υ−3’(II)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNAを示し、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNAを示し、υは同一又は異なって、DNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示し、X及びYはDNA、RNA及び修飾核酸から選択される同一又は異なる種類のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数、qは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とXの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。rは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とYの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。nは0〜5のいずれかの整数である。mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数である;
(c)式(I)で示されるポリヌクレオチドのうち、X−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(I)におけるX−(α−β)と式(II)における(α−β)−Yは互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
なお、p、q、r、s、m、nはヌクレオチドの数を示す数字であり、例えば、(α−β)は(α−β)−(α−β)を意味し、αにおいて、pが0のときは当該ヌクレオチドがないことを意味し、pが1のときはα、pが2のときはα−αを示す。
2−2.上記式(I)及び式(II)に示される2本鎖ポリヌクレオチドの一例としては、q及びrがいずれも9であり、X及びYのヌクレオチド数が0である、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2−3.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、センス鎖が式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて:
qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチドであり、
アンチセンス鎖が式(II)に示されるポリヌクレオチドにおいて:
rが3で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、β−(α−β)−α、及び(α−β)−αからなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;rが4で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、(γーβ)−α、(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α及び(α−β)−αからなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;rが5で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、(γーβ)−α、(γ−β)−(α−β)−α、(γ−β)−(α−β)−α、α、α−(α−β)−α、α−(α−β)−α、及び(α−β)−αからなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド(γはRNAを示す。)、からなる2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2−4.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、以下の式(I)に示されるポリヌクレオチドからなるセンス鎖及び式(III)に示されるポリヌクレオチドからなるアンチセンス鎖からなる、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−X−(α−β)−α−λ−3’(I)
5’−δ−(β−α)−Y−υ−3’(III)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチド、X及びYはDNA、RNA及び修飾核酸から選択される同一又は異なる種類のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。qは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とXの合計ヌクレオチド数は17乃至18である。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。rは3〜9のいずれかの整数を示し、(α−β)とYの合計ヌクレオチド数は17乃至18である;
(c)式(III)で示されるポリヌクレオチドのうち、X−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(III)におけるX−(α−β)と式(IV)における(β−α)−Yは互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
2−5.上記式(I)及び式(II)に示される2本鎖ポリヌクレオチドの一例としては、q及びrがいずれも9であり、X及びYのヌクレオチド数が0である、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2−6.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、センス鎖が、式(I)に示されるポリヌクレオチドにおいて;
qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β12、(α−β)−β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β11、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β10、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)、からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチド;qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)、β、(α−β)−β、(α−β)−β、(α−β)−β、β−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β−(α−β)−(γ−β)、β、β−(α−β)−β、β−(α−β)−β、及びβ−(α−β)(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つであるポリヌクレオチドであり、
アンチセンス鎖が式(III)に示されるポリヌクレオチドにおいて:
rが3で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−βからなる群から選択されるいずれか一つのポリヌクレオチド;rが4で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(β−γ)−β、(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(γ−β)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β及び(β−α)−βからなる群から選択されるいずれか一つのポリヌクレオチド;rが5で、Yが(β−γ)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)、(β−γ)−(β−α)(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、β−(β−α)、(γーβ)−β、(β−γ)−(β−α)−β、(β−γ)−(β−α)−β、β、β−(β−α)−β、β−(β−α)−β、及び(β−α)−β、(γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つのポリヌクレオチド、からなる2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2−7.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、以下の式(IV)に示されるポリヌクレオチドからなるセンス鎖及び式(V)に示されるポリヌクレオチドからなるアンチセンス鎖からなる、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
5’−δ−(α−β)−υ−3’(V)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
2−8.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、以下の式(VI)に示されるポリヌクレオチドからなるセンス鎖及び式(VII)に示されるポリヌクレオチドからなるアンチセンス鎖からなる、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−β−(α−β)−α−λ−3’(VI)
5’−δ−(α−β)−(α―β)−υ−3’(VII)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数、nは同一又は異なって、0〜5のいずれかの整数である。mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数である;
(c)式(VI)で示されるポリヌクレオチドのうち、β−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(VI)における(α−β)と式(VII)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
2−9.
2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては以下の式(VIII)及び式(IX)に示される2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−X−(α−β)−α−α−3’(VIII)
5’−β−(α−β)−Y−α−3’(IX)
(a)αはDNA、βは2’−OMeRNA、X及びYはDNA、RNA、修飾核酸から選択される同一又は異なる種類のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドを示す;
(b)qは3〜9の任意の整数を示し、(α−β)とXの合計ヌクレオチド数は18である。rは3〜9の任意の整数を示し、(α−β)とYの合計ヌクレオチド数は18である。n及びmは同一又は異なって、0〜5の整数である;
(c)式(VIII)で示されるポリヌクレオチドのうち、X−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(VIII)におけるX−(α−β)−αと式(IX)におけるβ−(α−β)−Yは互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
上記式(VIII)及び式(IX)に示されるポリヌクレオチドにおいて、好ましいn及びmの数としては2である
また、α及びαのαの好ましいヌクレオチドとしては、いずれもチミジンであるものを挙げることができる。
式(VIII)及び式(IX)に示される2本鎖ポリヌクレオチドの一例としては、q及びrがいずれも9であり、X及びYのヌクレオチド数が0である、2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(VIII)において、qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−β(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(IX)において、rが3で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、及びα−(α−β)(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(VIII)において、qが3で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−βからなる群から選択されるいずれか一つであり、式(IX)においてrが3で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、及びα−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)。
2本鎖ポリヌクレオチド他の例としては、式(VIII)において、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−β(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(IX)において、rが4で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、α−(α−β)、α−(α−β)、及びα−(α−β)(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(VIII)において、qが4で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−βからなる群から選択されるいずれか一つであり、式(IX)において、rが4で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、β−(α−β)、β−(α−β)、及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(VIII)において、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−β、(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つの2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(IX)において、rが5で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)3、α−(α−β)、α−(α−β)、及びα−(α−β)(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドの他の例としては、式(VIII)において、qが5で、Xが(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、(α−β)−(γ−β)、及び(α−β)−(γ−β)(α−β)−β、(α−β)−β、及び(α−β)−βからなる群から選択されるいずれか一つであり、式(IX)において、rが5で、Yが(γ−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)、(γ−β)−(α−β)3、β−(α−β)、β−(α−β)及びβ−(α−β)からなる群から選択されるいずれか一つである2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる(ここで、αはDNA、βは2’−OMeRNA、γはRNAを示す。)。
糖修飾ヌクレオチドには、本発明の属する技術分野で知られている糖修飾の全ての様式を含む。糖修飾ヌクレオチドは、あらゆる複素環塩基部位及びインターヌクレオシド結合を保持することができ、さらに前記糖修飾とは独立したグループを含む。糖修飾ヌクレオチドのグループは、2’−修飾ヌクレオシド、4’−チオ修飾ヌクレオシド、4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシド及び二環式糖修飾ヌクレオシドを含む。
2’−修飾ヌクレオチドの例としては、ハロ、アリル、アミノ、アジド、O−アリル、O−C−C10アルキル、OCF、O−(CH−O−CH、2’−O(CHSCH、O−(CH−O−N(R)(R)、またはO−CH−C(=O)−N(R)(R)であり、各RとRが個別にH、アミノ保護基、または置換あるいは非置換C−C10アルキルである。好ましい2’−修飾は−F、−OCH、又は−O−(CH−O−CHである。さらに好ましくは−OCHである。
4’−チオ修飾ヌクレオシドの例としては、4’−酸素原子が硫黄原子で置換されたβ−D−リボヌクレオシドを挙げることができる(Hoshika,S. et al. FEBS Lett.579,p.3115−3118,(2005); Dande, P. et al. J.Med.Chem.49, p.1624−1634(2006);Hoshika, S. et al. ChemBioChem. 8, p.2133−2138,(2007))。
4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシドの例としては、2’−H、または、2’−O−メチルを保持する4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシドを挙げることができ(Matsugami, et al. Nucleic Acids Res. 36, 1805 (2008))。
二環式糖修飾ヌクレオシドの例としては、リボース環の2原子を架橋することによって形成された第二の環を保持するヌクレオシドを挙げることができ、そのようなヌクレオシドの例としては、2’−酸素原子と4’−炭素原子をメチレン鎖で架橋した2’,4’−BNA/LNA(bridged nucleic acids/locked nucleic acids)(Obika, S. et al. Tetrahedron Lett., 38, p.8735− (1997).; Obika, S. et al.,Tetrahedron Lett., 39, p.5401− (1998).; A. A. Koshkin, A.A. et al.Tetrahedron, 54, p.3607(1998).; Obika, S. Bioorg. Med. Chem., 9,p.1001(2001).)、2’,4’−BNA/LNAのメチレン鎖を一炭素延ばしたエチレン鎖で架橋したENA(2’−O,4’−C−ethylene−bridged nucleic acids)を挙げることができる(Morita, K. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett., 12, p.73(2002).; Morita, K. et al. Bioorg. Med. Chem., 11,p.2211(2003).)。
2本鎖ポリヌクレオチド中の2’−OMeRNAの任意の1〜4残基が糖修飾ヌクレオチドで置換されている場合に、より好ましい糖修飾ヌクレオチドは上記の糖修飾ヌクレオチドのうち、同一又は異なってENA又は2’,4’−BNA/LNAである。
2本鎖ポリヌクレオチドには、ポリヌクレオチド中のDNAの1〜4残基が同一又は異なって、RNA、ENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されている2本鎖ポリヌクレオチドも含まれる。
2本鎖ポリヌクレオチドには、上記式(II)、(III)、(V)、(VII)、(IX)で示されるアンチセンス鎖の5’末端に更にリン酸基が付加しているものも含まれる。
2本鎖ポリヌクレオチドはその一部のリン酸エステル結合の代わりに、ホスホロチオエート結合を有するものも含まれ、ホスホロチオエート結合の数は好ましくは0〜5個である。また、ホスホロチオエート結合の位置は好ましくは各ポリヌクレオチドの5’末端及び3’末端付近である。
2本鎖ポリヌクレオチドを構成する各ポリヌクレオチドの調製方法としては特に制限はないが、既知の化学合成法(リン酸トリエステル法、ホスホロアミダイト法、又は、H−ホスホネート法等)を用いることができる。例えば、市販の核酸合成機を用いて、市販のDNA/RNA合成に使われる試薬を用いて合成することが出来る。
5’端にリン酸基が付加しているポリヌクレオチドの合成も既知の合成法で合成することができるが、例えば、フォスファリンク(ABI製)を用いることにより合成できる。
化学合成は相補性を有する1本鎖ポリヌクレオチドを別個に合成し、これを適当な方法で会合させることにより2本鎖とすることが出来る。会合の方法としては具体的には例えば、合成した1本鎖ポリヌクレオチドを好ましくは少なくとも約3:7のモル比で、より好ましくは約4:6のモル比で、最も好ましくは等モル量(5:5のモル比)で混合し、2本鎖が解離する温度にまで加熱し、その後徐々に冷却する方法等が挙げられる。会合した2本鎖ポリヌクレオチドは、必要に応じてそれ自体公知の通常用いられる方法により精製される。精製方法としては、例えばアガロースゲル等を用いて会合を確認し、残存する1本鎖ポリヌクレオチドを適当な酵素により分解する等して除去する方法を用いることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドには、2本鎖ポリヌクレオチドにコレステロールユニット、脂質ユニットまたは、ビタミンEユニットを導入したもの(例えば、Lorenz, C. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett.,14,p.4975−4977(2004);Soutschek, J., et al. Nature,432,p.173−178, (2004); Wolfrum, C. et al. Nature Biotech. 25,p.1149−1157,(2007))Kubo, T. et al. Oligonucleotides, 17, p.1−20,(2007); Kubo, T., et al. Biochem. Biophys. Res. Comm. 365,p.54−61,(2008); Nishina, K., et al., Mol. Ther. 16,p.734−740,(2008)参照。)、及び2本鎖ポリヌクレオチドの末端に、タンパク質に結合する核酸分子であるアプタマー(aptamer)を結合したものも含む。
2本鎖ポリヌクレオチドには、2本鎖ポリヌクレオチドとモノクローナル抗体(又はその適切な結合部分)や、タンパク質(又はその適切なオリゴペプチドフラグメント)が結合したものも含む(例えば、Song, et al. Nature Biotech. 23,p.709−717(2005); Xia et al. Pharm. Res. 24,p.2309−2316(2007)、Kumar, et al. Nature,448,p.39−43(2007)参照。)。
また、2本鎖ポリヌクレオチドには、2本鎖ポリヌクレオチドにカチオニックポリマーを加えることで、正電荷を帯びた複合体としたものも含む(臓器及び細胞への分布を達成することができた例として、Leng et al. J. Gen. Med. 7,p.977−986(2005),Baigude et al.2,p.237−241, ACS Chem. Biol.(2007),Yadava et al. Oligonucleotide 17,p.213−222(2007)参照)。
2本鎖ポリヌクレオチドには、上記2本鎖ポリヌクレオチドのあらゆる薬学的に許容可能な塩類、エステル、またはそのようなエステルの塩類を含む。
2本鎖ポリヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩類としては、好適にはナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩のようなアルカリ金属塩、カルシウム塩、マグネシウム塩のようなアルカリ土類金属塩、アルミニウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、ニッケル塩、コバルト塩等の金属塩;アンモニウム塩のような無機塩、t−オクチルアミン塩、ジベンジルアミン塩、モルホリン塩、グルコサミン塩、フェニルグリシンアルキルエステル塩、エチレンジアミン塩、N−メチルグルカミン塩、グアニジン塩、ジエチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、N,N’−ジベンジルエチレンジアミン塩、クロロプロカイン塩、プロカイン塩、ジエタノールアミン塩、N−ベンジル−フェネチルアミン塩、ピペラジン塩、テトラメチルアンモニウム塩、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン塩のような有機塩等のアミン塩;弗化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩のようなハロゲン原子化水素酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、硫酸塩、リン酸塩等の無機酸塩;メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩のような低級アルカンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩のようなアリ−ルスルホン酸塩、酢酸塩、リンゴ酸塩、フマ−ル酸塩、コハク酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、蓚酸塩、マレイン酸塩等の有機酸塩;及び、グリシン塩、リジン塩、アルギニン塩、オルニチン塩、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩のようなアミノ酸塩を挙げることができる。
2本鎖ポリヌクレオチドを含有する組成物は、例えばリポソーム、受容体標的分子、経口、直腸、局所的または取り込み、分配および/または吸収を補助するための他の処方として、他の分子、分子構造または化合物の混合物と混合される、封入される、共役される。
2本鎖ポリヌクレオチドを、疾患の予防薬又は治療薬として使用する場合には、前記ポリヌクレオチド、又は、その薬理学上許容される塩を、それ自体あるいは適宜の薬理学的に許容される、賦形剤、希釈剤等と混合し、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、散剤若しくはシロップ剤等により経口的に、又は、注射剤、坐剤、貼付剤、若しくは、外用剤等により非経口的に投与することができる。
これらの製剤は、賦形剤(例えば、乳糖、白糖、葡萄糖、マンニトール、ソルビトールのような糖誘導体;トウモロコシデンプン、バレイショデンプン、α澱粉、デキストリンのような澱粉誘導体;結晶セルロースのようなセルロース誘導体;アラビアゴム;デキストラン;プルランのような有機系賦形剤;及び、軽質無水珪酸、合成珪酸アルミニウム、珪酸カルシウム、メタ珪酸アルミン酸マグネシウムのような珪酸塩誘導体;燐酸水素カルシウムのような燐酸塩;炭酸カルシウムのような炭酸塩;硫酸カルシウムのような硫酸塩等の無機系賦形剤を挙げることができる。)、滑沢剤(例えば、ステアリン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウムのようなステアリン酸金属塩;タルク;コロイドシリカ;ビーズワックス、ゲイ蝋のようなワックス類;硼酸;アジピン酸;硫酸ナトリウムのような硫酸塩;グリコール;フマル酸;安息香酸ナトリウム;DLロイシン;ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウムのようなラウリル硫酸塩;無水珪酸、珪酸水和物のような珪酸類;及び、上記澱粉誘導体を挙げることができる。)、結合剤(例えば、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、マクロゴール、及び、前記賦形剤と同様の化合物を挙げることができる。)、崩壊剤(例えば、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、内部架橋カルボキシメチルセルロースナトリウムのようなセルロース誘導体;カルボキシメチルスターチ、カルボキシメチルスターチナトリウム、架橋ポリビニルピロリドンのような化学修飾されたデンプン・セルロース類を挙げることができる。)、乳化剤(例えば、ベントナイト、ビーガムのようなコロイド性粘土;水酸化マグネシウム、水酸化アルミニウムのような金属水酸化物;ラウリル硫酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウムのような陰イオン界面活性剤;塩化ベンザルコニウムのような陽イオン界面活性剤;及び、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ショ糖脂肪酸エステルのような非イオン界面活性剤を挙げることができる。)、安定剤(メチルパラベン、プロピルパラベンのようなパラオキシ安息香酸エステル類;クロロブタノール、ベンジルアルコール、フェニルエチルアルコールのようなアルコール類;塩化ベンザルコニウム;フェノール、クレゾールのようなフェノール類;チメロサール;デヒドロ酢酸;及び、ソルビン酸を挙げることができる。)、矯味矯臭剤(例えば、通常使用される、甘味料、酸味料、香料等を挙げることができる。)、希釈剤等の添加剤を用いて周知の方法で製造される。
3.2本鎖ポリヌクレオチドの細胞、組織あるいは個体への導入、及び標的遺伝子の発現調節
上記のように調製された2本鎖ポリヌクレオチドを導入する被導入体としては、標的遺伝子がその細胞内でRNAに転写、またはタンパク質に翻訳され得るものであれば、特に制限されない。被導入体としては細胞、組織、あるいは個体を意味する。
2本鎖ポリヌクレオチドが用いられる細胞としては、生殖系列細胞、体性細胞、分化全能性細胞、多分化能細胞、分割細胞、非分割細胞、実質組織細胞、上皮細胞、不滅化細胞、形質転換細胞、神経細胞又は免疫細胞のいずれのものであってもよい。
組織としては単一細胞胚または構成性細胞、または多重細胞胚、胎児組織等を含む。また、上記分化細胞としては、例えば、脂肪細胞、線維芽細胞、筋細胞、心筋細胞、内皮細胞、神経細胞、グリア、血液細胞、巨核球、リンパ球、マクロファージ、好中球、好酸球、効塩基球、マスト細胞、白血球、顆粒球、ケラチン生成細胞、軟骨細胞、骨芽細胞、破骨細胞、肝細胞および内分泌線または外分泌腺の細胞等が挙げられる。このような細胞の例としては、CHO−K1細胞(RIKEN Cell bank)、ショウジョウバエS2細胞(Schneider, l. et al., J. Embryol. Exp. Morph., 27,p.353−365(1972)、ヒトHeLa細胞(ATCC:CCL−2)、あるいは、ヒトHEK293細胞(ATCC:CRL−1573)等が好ましく用いられる。
さらに2本鎖ポリヌクレオチドの被導入体として用いられる個体として、具体的には、植物、動物、原生動物、ウイルス、バクテリア、または真菌類に属するもの等が挙げられる。植物は単子葉植物、双子葉植物または裸子植物であってよく、動物は、脊椎動物または無脊椎動物であってもよい。脊椎動物としてはマウス、ラット、サル、イヌ及びヒトを含む哺乳類が好ましい。
被導入体への2本鎖ポリヌクレオチドの導入方法としては、被導入体が細胞、あるいは組織の場合は、カルシウムフォスフェート法、エレクトロポレーション法、リポフェクション法、ウイルス感染、2本鎖ポリヌクレオチド溶液への浸漬、あるいは形質転換法等が用いられる。また、胚に導入する方法としては、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション法、あるいはウイルス感染等が挙げられる。被導入体が植物の場合には植物体の体腔または間質細胞等への注入または灌流、あるいは噴霧による方法が用いられる。また、動物個体の場合には、経口、局所、皮下、筋肉内及び静脈内投与、非経口、経膣、経直腸、経鼻、経眼、経膜内投与等によって全身的に導入する方法、あるいはエレクトロポレーション法やウイルス感染等が用いられる。経口導入の方法としては、2本鎖ポリヌクレオチドを生物の食物と直接混合する方法を使うこともできる。
2本鎖ポリヌクレオチドを患者へ導入する方法については、上記に加えてコロイド分散系を用いることができる。
コロイド分散系は化合物の生体内の安定性を高める効果や、特定の臓器、組織又は細胞へ化合物を効率的に輸送する効果が期待される。
コロイド分散系は、通常用いられるものであれば限定しないが、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油系の乳化剤、ミセル、混合ミセル及びリポソームを包含する脂質をベースとする分散系を挙げる事ができ、好ましくは、特定の臓器、組織又は細胞へ化合物を効率的に輸送する効果のある、複数のリポソーム、人工膜の小胞である(Mannino et al.,Biotechniques,1988,6,p.682−;Blume and Cevc,Biochem.et Biophys.Acta,1990,1029,p.91−;Lappalainen et al.,Antiviral Res.,1994,23,p.119−;Chonn and Cullis,Current Op.Biotech.,1995,6,p.698−)。
0.2−0.4μmのサイズ範囲をとる単膜リポソームは、巨大分子を含有する水性緩衝液のかなりの割合を被包化し得、化合物はこの水性内膜に被胞化され、生物学的に活性な形態で脳細胞へ輸送される(Fraley et al.,Trends Biochem.Sci.,1981,6,p.77−)。
リポソームの組成は、通常、脂質、特にリン脂質、とりわけ相転移温度の高いリン脂質を1種又はそれ以上のステロイド、特にコレステロールと通常複合したものである。
リポソーム生産に有用な脂質の例は、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、スフィンゴ脂質、ホスファチジルエタノールアミン、セレブロシド及びガングリオシドのようなホスファチジル化合物を包含する。
特に有用なのはジアシルホスファチジルグリセロールであり、ここでは脂質部分が14−18の炭素原子、特に16−18の炭素原子を含有し、飽和している(14−18の炭素原子鎖の内部に二重結合を欠いている)。
代表的なリン脂質は、ホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリン及びジステアロイルホスファチジルコリンを包含する。
リポソームを包含するコロイド分散系の標的化は、受動的又は能動的のいずれかであってもよい。
受動的な標的化は、洞様毛細血管を含有する臓器の網内系細胞へ分布しようとするリポソーム本来の傾向を利用することによって達成される。
一方、能動的な標的化は、例えば、ウイルスのタンパク質コート(Morishita et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.),1993,90,p.8474−)、モノクローナル抗体(又はその適切な結合部分)、糖、糖脂質又はタンパク質(又はその適切なオリゴペプチドフラグメント)のような特定のリガンドをリポソームへ結合させること、又は天然に存在する局在部位以外の臓器及び細胞型への分布を達成するためにリポソームの組成を変えることによってリポソームを修飾する手法等を挙げることができる。
標的化されたコロイド分散系の表面は様々なやり方で修飾され得る。
リポソームで標的したデリバリーシステムでは、脂質二重層との緊密な会合において標的リガンドを維持するために、リポソームの脂質二重層へ脂質基が取込まれ得る。
脂質鎖を標的リガンドと結びつけるために様々な連結基が使用され得る。
2本鎖ポリヌクレオチドのデリバリーが所望される細胞の上に支配的に見出される特定の細胞表面分子に結合する標的リガンドは、例えば、(1)デリバリーが所望される細胞によって支配的に発現される特定の細胞受容体と結合している、ホルモン、成長因子又はその適切なオリゴペプチドフラグメント、又は(2)標的細胞上で支配的に見出される抗原性エピトープと特異的に結合する、ポリクローナル又はモノクローナル抗体、又はその適切なフラグメント(例えば、Fab;F(ab’)2)、であり得る。
2種又はそれ以上の生物活性剤は、単一のリポソーム内部で複合し、投与することもできる。
内容物の細胞内安定性及び/又は標的化を高める薬剤をコロイド分散系へ追加することも可能である。
2本鎖ポリヌクレオチド又はその薬理学上許容される塩の使用量は症状、年齢等により異なるが、経口投与の場合には、1回当り下限1mg(好適には、30mg)、上限2000mg(好適には、1500mg)を、静脈内投与の場合には、1回当り下限0.5mg(好適には、5mg)、上限500mg(好適には、250mg)を成人に対して、1日当り1乃至6回症状に応じて投与することが望ましい。
局所的投与に対する薬学的組成物および処方は、経皮的パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、飴、坐薬、スプレー、液体および粉末を含む。
以下、実施例、参考例及び試験例にて本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。なお、下記実施例において、遺伝子操作に関する各操作は特に明示がない限り、「モレキュラークローニング(Molecular Cloning)」[Sambrook, J.,Fritsch, E.F.およびManiatis, T. 著、Cold Spring Harbor Laboratory Pressより1989年に発刊]に記載の方法により行うか、または、市販の試薬やキットを用いる場合には市販品の指示書に従って使用した。
(実施例1)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号1)(CT−095)の合成
核酸自動合成機(パーキンエルマー社製 ABI model 394 DNA/RNA synthesizer)を用い、0.2μmolスケールのRNA合成プログラムに従って行った。各合成サイクルにおける溶媒、試薬、ホスホロアミダイトの濃度は天然オリゴデオキシヌクレオチド合成の場合と同じものを用いた。
デオキシヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチルチミジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをProligo社より購入し適宜調整し用いた。
2’−O−メチルヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−O−メチルアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−イソブチリル−2’−O−メチルグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−アセチル−2’−O−メチルシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−メチルウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをGlen Researchより購入し適宜調製し用いた。
リボヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)アデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−ジメチルホルムアミジン−2’ −O−(tert−ブチルジメチルシリル)グアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−アセチル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)シチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをProligo社より購入し適宜調製し用いた。
2’−O,4’−C−エチレンヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、特許3420984号の実施例14(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−6−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例27(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−2−N−イソブチリルグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例22(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−4−N−ベンゾイル−5−メチルシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例9(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−5−メチルウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、の化合物を適宜調製し用いた。
ホスホロアミダイトは、適宜核酸自動合成機に取り付け、所望の配列を有するポリヌクレオチドを合成した。固相担体として、所望のヌクレオシドが結合したCPG(コントロールド ポア グラス;アプライドバイオシステム製、または、Glen Research製)0.5μmolを用い、表記のポリヌクレオチドを合成した。
目的配列を有する保護されたポリヌクレオチド類縁体をアンモニア水:エタノール溶液(3:1v/v)2 mLで55℃、16時間処理することによってオリゴマーを支持体から切り出すとともに、リン酸基の保護基のシアノエチル基と核酸塩基上の保護基をはずした。CPGをろ過して除き、エタノールで洗浄し、ろ液と洗液と合わせて、溶媒を減圧下留去した。残った残渣に、Triethylamine trihydrofluorideを0.3mL加え、室温で19時間放置した。HO 60μL、n−ブタノール3mLを加え、−20℃で1時間放置後、遠心して沈殿を回収した。得られた沈殿を200μLのHOに溶解し、7M尿素を含む20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動(1x TBE,600V,4時間)で精製した。電気泳動後、UVランプを用いてバンドを可視化し、ナイフを使ってバンドを切り出し、1mLの0.2M NaCl、10mM EDTA(pH7.2)の溶液を加えて、一晩放置し、ポリヌクレオチドをゲル片から溶出させた。エタノールを加え、オリゴヌクレオチドを沈殿させ、遠心し回収した。本ポリヌクレオチドの分子量は、負イオンESI質量分析により同定した(計算値:6721.46、測定値:6721.14)。
本ポリヌクレオチドの塩基配列は、ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含むものである。ヒトβ−カテニン遺伝子のヌクレオチド配列は配列表の配列番号2にも示されており、そのアミノ酸配列は配列表の配列番号3に示されている。
(実施例2)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号4)(CT−096)の合成
実施例1と同様にCT−096を合成した。
分子量 計算値:6632.29、測定値:6632.17
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例3)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−Grp−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号5)(CT−097)の合成
実施例1と同様にCT−097を合成し、分子量を測定した。
分子量:計算値:6737.46、測定値:6737.38
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例4)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号6)(CT−098)の合成
実施例1と同様にCT−098を合成した。
分子量:計算値:6634.26、測定値:6634.90
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例5)
HO−Grp−Cm1p−Arp−Cm1p−Arp−Am1p−Grp−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号7)(CT−099)の合成
実施例1と同様にCT−099を合成した。
分子量:計算値:6785.46、測定値:6785.12
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例6)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−Grp−Um1p−Grp−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号8)(CT−100)の合成
実施例1と同様にCT−100を合成した。
分子量:計算値:6666.26、測定値:6665.71
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例7) HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号9)(CT−112)の合成
実施例1と同様にCT−112を合成した。核酸自動合成機の最終工程で、酸処理をしなかった(ジメトキシトリチル基がオリゴヌクレオチド上に結合している)。本ポリヌクレオチドにおいては、アンモニア水:エタノール溶液(3:1v/v)で処理した後、逆相HPLC(島津製作所製LC−10VP、カラム(Merck, Chromolith Performance RP−18e (4.6×100mm))、A溶液:5%アセトニトリル、0.1M 酢酸トリエチルアミン水溶液(TEAA), pH7.0、B溶液:アセトニトリル、B%:10%→60%(10min, linear gradient);60℃;2ml/min;260nm)にて精製し、ジメトキシトリチル基を有する目的物のピークを集めた。水を加え、減圧下留去することで、TEAAを除いた。80%酢酸水溶液(2mL)を加え、20分放置することで、ジメトキシトリチル基の脱保護を行った。溶媒を留去したのち、残渣を500μlの水に溶解し、酢酸エチルで洗浄し、凍結乾燥後、目的とするオリゴヌクレオチドを得た。
分子量:計算値:6715.50、測定値:6714.92
:塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例8)HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−Ae2p−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号10)(CT−113)の合成
実施例7と同様にCT−113を合成した。
分子量:計算値:6731.50、測定値:6732.22
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例9)HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Ae2p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号11)(CT−114)の合成
実施例7と同様にCT−114を合成した。
分子量:計算値:6701.47、測定値:6701.06
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例10)
HO−G−Cm1p−A−Ce2p−A−Am1p−G−Ae2p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号12)(CT−115)の合成
実施例7と同様にCT−115を合成した。
分子量:計算値:6727.51、測定値:6728.07
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例11)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Ae2p−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号13)(CT−116)の合成
実施例7と同様にCT−116を合成した。
分子量:計算値:6656.35、測定値:6655.97
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例12)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Te2p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号14)(CT−117)の合成
実施例7と同様にCT−117を合成した。
分子量:計算値:6640.35、測定値:6640.88
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例13)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Te2p−T−Cm1p−T−Te2p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号15)(CT−118)の合成
実施例7と同様にCT−118を合成した。
分子量:計算値:6666.39、測定値:6666.04
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例14)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号16)(CT−091)の合成
実施例7と同様にCT−091を合成した。
分子量:計算値:6689.46、測定値:6689.81
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例15)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号17)(CT−092)の合成
実施例7のと同様にCT−092を合成した。
分子量:計算値:6614.31、測定値:6614.80
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例16)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−Am1p−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号18)(CT−101)の合成
実施例7と同様にCT−101を合成した。
分子量:計算値:6719.49、測定値:6719.67
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例17)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−Arp−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号19)(CT−102)の合成
実施例1と同様にCT−102を合成した。
分子量:計算値:6705.46、測定値:6705.58
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例18)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Am1p−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号20)(CT−107)の合成
実施例7と同様にCT−107を合成した。
分子量:計算値:6644.34、測定値:6644.47
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例19)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Arp−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号21)(CT−108)の合成
実施例1と同様にCT−108を合成した。
分子量:計算値:6630.31、測定値:6630.48
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例20)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−H(配列表の配列番号22)(CT−103)の合成
実施例7と同様にCT−103を合成した。
分子量:計算値:6081.07、測定値:6081.08
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例21)
HO−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1t−H(配列表の配列番号23)(CT−109)の合成
実施例7と同様にCT−109を合成した。
分子量:計算値:6005.92、測定値:6005.89
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例22)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−Am1p−Um1p−Gm1p−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号24)(CT−127)の合成
実施例7と同様にCT−127を合成した。
分子量:計算値:6749.52、測定値:6749.26
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例23)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−Gm1p−Am1p−Am1p−Um1p−Gm1p−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号25)(CT−128)の合成
実施例7と同様にCT−128を合成した。
分子量:計算値:6779.54、測定値:6779.31
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例24)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−Am1p−Am1p−Gm1p−Am1p−Am1p−Um1p−Gm1p−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号26)(CT−129)の合成
実施例7と同様にCT−129を合成した。
分子量:計算値:6809.57、測定値:6809.23
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例25)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−Gm1p−Am1p−Am1p−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号27)(CT−130)の合成
実施例7と同様にCT−130を合成した。
分子量:計算値:6749.52、測定値:6749.21
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例26)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−Am1p−Am1p−Gm1p−Am1p−Am1p−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号28)(CT−131)の合成
実施例7と同様にCT−131を合成した。
分子量:計算値:6779.54、測定値:6779.17
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例27)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Ae2p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号29)(CT−132)の合成
実施例7と同様にCT−132を合成した。
分子量:計算値:6727.51、測定値:6728.00
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例28)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Ae2p−G−Ae2p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号30)(CT−133)の合成
実施例7と同様にCT−133を合成した。
分子量:計算値:6713.48、測定値:6713.77
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例29)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Ae2p−G−Am1p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号31)(CT−134)の合成
実施例7と同様にCT−134を合成した。
分子量:計算値:6727.51、測定値:6728.04
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例30)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Ae2p−G−Ae2p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号32)(CT−135)の合成
実施例7と同様にCT−135を合成した。
分子量:計算値:6739.52、測定値:6740.48
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例31)
HO−G−Cm1p−A−Ce2p−A−Am1p−G−Ae2p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号33)(CT−137)の合成
実施例7と同様にCT−137を合成した。
分子量:計算値:6753.55、測定値:6754.15
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例32)
HO−G−Cm1p−A−Ce2p−A−Ae2p−G−Ae2p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号34)(CT−136)の合成
実施例7と同様にCT−136を合成した。
分子量:計算値:6739.52、測定値:6739.51
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例33)
HO−G−Cm1p−A−Ce2p−A−Ae2p−G−Ae2p−A−Te2p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号35)(CT−138)の合成
実施例7と同様にCT−138を合成した。
分子量:計算値:6765.56、測定値:6765.76
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例34)
HO−Gm1p−C−Am1p−C−Am1p−A−Gm1p−A−Am1p−T−Gm1p−G−Am1p−T−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−T−T−H(配列表の配列番号36)(CT−119)の合成
実施例7と同様にCT−119を合成した。
分子量:計算値:6747.54、測定値:6747.39
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例35)
HO−T−Um1p−G−Um1p−G−Am1p−T−Cm1p−C−Am1p−T−Um1p−C−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−C−T−T−H(配列表の配列番号37)(CT−120)の合成
実施例7と同様にCT−120を合成した。
分子量:計算値:6598.32、測定値:6598.26
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例36)
HO−G−Cm1s−A−Cm1p−A−Am1p−Grp−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1s−A−T−T−H(配列表の配列番号38)(CT−097S)の合成
実施例1と同様にCT−097Sを合成する。但し、ホスホスホロチオエート結合を有する部分は、よう素/テトラヒドロフラン/ピリジン/HO溶液で酸化する代わりに、0.2 M フェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液で3分間処理することにより合成できる(Ravikumar, V.T. et al. Bioorg.Med. Chem. Lett.(2006)16,p.2513−2517)。CT−097S、負イオン質量分析により同定する。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例37)
HO−Um1s−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−G−Um1p−G−Cm1s−T−T−H(配列表の配列番号39)(CT−098S)の合成
実施例36と同様にCT−098Sを合成する。CT−098Sは、負イオン質量分析により同定する。
塩基配列:(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例38) HO−G−Cm1s−A−Cm1p−A−Am1p−G−Ae2p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1s−A−T−T−H(配列表の配列番号40)(CT−139)の合成
実施例7と同様にCT−139を合成した。但し、ホスホスホロチオエート結合を有する部分は、よう素/テトラヒドロフラン/ピリジン/HO溶液で酸化する代わりに、0.2M フェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液で3分間処理した(Ravikumar, V.T. et al. Bioorg.Med.Chem.Lett.(2006) 16,p.2513−2517)。CT−139は、負イオンESI質量分析により同定した。
分子量:計算値:6781.78、測定値:6781.89
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例39)
HO−Um1s−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1s−T−T−H(配列表の配列番号41)(CT−141)の合成
実施例38と同様にCT−141を合成した。
分子量:計算値:6829.82、測定値:6830.13
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例40)
HO−G−Cm1s−A−Cm1p−A−Am1p−Gm1p−Am1p−Am1p−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1s−A−T−T−H(配列表の配列番号42)(CT−140)の合成
実施例38と同様にCT−140を合成した。
分子量:計算値:6694.62、測定値:6694.71
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例41)HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Ae1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−T−T−H(配列表の配列番号43)(CT−114L)の合成
実施例7と同様にCT−114Lを合成する。但し、2’,4’−BNA/LNA部分は、文献(A. A. Koshkin, A.A. et al.Tetrahedron, 54, p.3607−(1998))記載の5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−メチレン−6−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトを用いることにより合成する。CT−114Lは、負イオンESI質量分析により同定する。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例42)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号17)(CT−149)の合成
実施例7と同様にCT−149を合成した。但し、5’−末端のリン酸基部分は、フォスファリンク(ABI製)を用いた。
分子量:計算値:6694.28、測定値:6694.55
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例43)
HO−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Urp−T−H(配列表の配列番号52)(CT−155)の合成
実施例42と同様にCT−155を合成した。
分子量:計算値:6696.27、測定値:6696.44
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例44)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Um1p−T−H(配列表の配列番号53)(CT−156)の合成
実施例42と同様にCT−156を合成した。
分子量:計算値:6710.29、測定値:6710.13
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例45)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号54)(CT−157)の合成
実施例42と同様にCT−157を合成した。‘
分子量:計算値:6710.29、測定値:6710.39
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例46)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Urp−Um1t−H(配列表の配列番号55)(CT−158)の合成
実施例42と同様にCT−158を合成した。
分子量:計算値:6712.27、測定値:6712.50
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例47)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Um1p−Um1t−H(配列表の配列番号56)(CT−159)の合成
実施例42と同様にCT−159を合成した。
分子量:計算値:6726.29、測定値:6726.40
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例48)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Urt−H(配列表の配列番号57)(CT−160)の合成
実施例42とCT−160を合成した。
分子量:計算値:6696.27、測定値:6696.26
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例49)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Urp−Urt−H(配列表の配列番号58)(CT−161)の合成
実施例42と同様にCT−161を合成した。
分子量:計算値:6698.24、測定値:6698.34
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例50)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−Um1p−Urt−H(配列表の配列番号59)(CT−162)の合成
実施例42と同様にCT−162を合成した。
分子量:計算値:6712.27、測定値:6712.30
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例51)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1t−H(配列表の配列番号60)(CT−169)の合成
実施例7と同様にCT−169を合成した。
分子量:計算値:5767.86、測定値:5767.78
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含む。
(実施例52)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−Cpt−H(配列表の配列番号61)(CT−170)の合成
実施例7と同様にCT−170を合成した。
分子量:計算値:5424.62、測定値:5424.47
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3155の配列を含む。
(実施例53)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1t−H(配列表の配列番号62)(CT−171)の合成
実施例7と同様にCT−171を合成した。
分子量:計算値:5135.44、測定値:5134.53
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3154の配列を含む。
(実施例54)
HO−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−H(配列表の配列番号63)(CT−172)の合成
実施例7と同様にCT−172を合成した。
分子量:計算値:5751.86、測定値:5751.80
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3140−3157の配列を含む。
(実施例55)
HO−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−H(配列表の配列番号64)(CT−173)の合成
実施例7と同様にCT−173を合成した。
分子量:計算値:5432.65、測定値:5432.62
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3141−3157の配列を含む。
(実施例56)
HO−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1p−A−H(配列表の配列番号65)(CT−174)の合成
実施例7と同様にCT−174を合成した。
分子量:計算値:5119.44、測定値:5119.39
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3142−3157の配列を含む。
(実施例57)
HO−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1t−H(配列表の配列番号66)(CT−175)の合成
実施例7と同様にCT−175を合成した。
分子量:計算値:5438.65、測定値:5438.55
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3140−3156の配列を含む。
(実施例58)
HO−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−Cpt−H(配列表の配列番号67)(CT−176)の合成
実施例7と同様にCT−176を合成した。
分子量:計算値:5095.42、測定値:5095.25
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3140−3155の配列を含む。
(実施例59)
HO−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1t−H(配列表の配列番号68)(CT−177)の合成
実施例7と同様にCT−177を合成した。
分子量:計算値:5119.44、測定値:5119.33
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3141−3156の配列を含む。
(実施例60)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−A−Um1t−H(配列表の配列番号69)(CT−204)の合成
実施例42と同様にCT−204を合成した。
分子量:計算値:6719.31、測定値:6719.99
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例61)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Um1t−H(配列表の配列番号70)(CT−205)の合成
実施例42と同様にCT−205を合成した。
分子量:計算値:6735.31、測定値:6735.79
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例62)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−C−Um1t−H(配列表の配列番号71)(CT−206)の合成
実施例42と同様にCT−206を合成した。
分子量:計算値:6695.28、測定値:6696.00
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例63)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Am1t−H(配列表の配列番号72)(CT−207)の合成
実施例42と同様にCT−207を合成した。
分子量:計算値:6733.33、測定値:6733.98
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例64)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Gm1t−H(配列表の配列番号73)(CT−208)の合成
実施例42と同様にCT−208を合成した。
分子量:計算値:6749.33、測定値:6750.11
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例65)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Cm1t−H(配列表の配列番号74)(CT−209)の合成
実施例42と同様にCT−209を合成した。
分子量:計算値:6709.31、測定値:6709.81
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例66)
HO−P(=O)(OH) −O−Am1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号75)(CT−221)の合成
実施例42と同様にCT−221を合成した。
分子量:計算値:6733.23、測定値:6733.00
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例67)
HO−P(=O)(OH) −O−Gm1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号76)(CT−222)の合成
実施例42と同様にCT−222を合成した。
分子量:計算値:6749.33、測定値:6749.06
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例68)
HO−P(=O)(OH) −O−Cm1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号77)(CT−223)の合成
実施例42と同様にCT−223を合成した。
分子量:計算値:6709.31、測定値:6709.00
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例69)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−T−Um1t−H(配列表の配列番号78)(CT−202)の合成
実施例42と同様にCT−202を合成した。
分子量:計算値:6391.06、測定値:6391.70
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3140−3157に相補的な配列を含む。
(実施例70)
HO−P(=O)(OH) −O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号79)(CT−203)の合成
実施例42と同様にCT−203を合成した。
分子量:計算値:6390.10、測定値:6390.72
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例71)
HO−P(=O)(OH) −O−Gm1p−C−Am1p−C−Am1p−A−Gm1p−A−Am1p−T−Gm1p−G−Am1p−T−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号80)(CT−210)の合成
実施例42と同様にCT−210を合成した。
分子量:計算値:6843.52、測定値:6844.23
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(実施例72)
HO−T−Um1p−G−Um1p−G−Am1p−T−Cm1p−C−Am1p−T−Um1p−C−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−C−H(配列表の配列番号81)(CT−211)の合成
実施例42と同様にCT−211を合成した。
分子量:計算値:5989.92、測定値:5990.31
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例73)
HO−T−Um1p−G−Um1p−G−Am1p−T−Cm1p−C−Am1p−T−Um1p−C−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1t−H(配列表の配列番号82)(CT−212)の合成
実施例7と同様にCT−212を合成した。
分子量:計算値:5700.74、測定値:5701.15
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3140−3157に相補的な配列を含む。
(実施例74)
HO−P(=O)(OH) −O−A−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号83)(CT−243)の合成
実施例42と同様にCT−243を合成した。
分子量:計算値:6703.31、測定値:6703.35
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例75)
HO−P(=O)(OH) −O−G−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号84)(CT−244)の合成
実施例42と同様にCT−244を合成した。
分子量:計算値:6719.13、測定値:6719.46
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例76)
HO−P(=O)(OH) −O−C−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号85)(CT−245)の合成
実施例42と同様にCT−245を合成した。
分子量:計算値:6679.28、測定値:6679.43
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例77)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号86)(CT−246)の合成
実施例42と同様にCT−246を合成した。
分子量:計算値:6694.29、測定値:6694.49
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例78)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Am1t−H(配列表の配列番号87)(CT−247)の合成
実施例42と同様にCT−247を合成した。
分子量:計算値:6758.35、測定値:6758.46
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例79)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Gm1t−H(配列表の配列番号88)(CT−248)の合成
実施例42と同様にCT−248を合成した。
分子量:計算値:6774.35、測定値:6774.55
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例80)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Cm1t−H(配列表の配列番号89)(CT−249)の合成
実施例42と同様にCT−249を合成した。
分子量:計算値:6734.32、測定値:6734.35
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例81)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Um1t−H(配列表の配列番号90)(CT−253)の合成
実施例42とCT−253を合成した。
分子量:計算値:6719.31、測定値:6719.44
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例82)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Am1t−H(配列表の配列番号91)(CT−254)の合成
実施例42と同様にCT−254を合成した。
分子量:計算値:6742.35、測定値:6742.45
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例83)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Gm1t−H(配列表の配列番号92)(CT−255)の合成
実施例42と同様に目CT−255を合成した。
分子量:計算値:6758.35、測定値:6758.66
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例84)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Cm1t−H(配列表の配列番号93)(CT−256)の合成
実施例42と同様にCT−256を合成した。
分子量:計算値:6718.32、測定値:6718.59
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例85)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−A−Am1t−H(配列表の配列番号94)(CT−257)の合成
実施例42と同様にCT−257を合成した。
分子量:計算値:6726.35、測定値:6726.52
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例86)
HO−P(=O)(OH) −O−T−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−A−Gm1t−H(配列表の配列番号95)(CT−258)の合成
実施例42と同様にCT−258を合成した。
分子量:計算値:6742.35、測定値:6742.54
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例87)
HO−P(=O)(OH) −O−U−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号96)(CT−264)の合成
実施例42と同様にCT−264を合成した。但し、U部分は、DMT−deoxyuridine−β−cyanoethylphosphoramidite(DMT−dUridine Amidite, Sigma Aldrich製)を用いた。
分子量:計算値:6680.27、測定値:6680.29
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例88)
HO−P(=O)(OH) −O−5meC−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号97)(CT−265)の合成
実施例42と同様にCT−265を合成した。但し、5MeC部分は、DMT−5−methyl−deoxycytidine(ac)−β−cyanoethylphosphoramidite(5−Methyl−dC(ac) Amidite, Sigma Aldrich製)を用いた。
分子量:計算値:6693.31、測定値:6693.23
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例89)
HO−P(=O)(OH) −O−C−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Gm1t−H(配列表の配列番号98)(CT−266)の合成
実施例42と同様にCT−266を合成した。
分子量:計算値:6743.34、測定値:6743.78
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例90)
HO−P(=O)(OH) −O−5meC−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−G−Gm1t−H(配列表の配列番号99)(CT−267)の合成
実施例88と同様にCT−267を合成した。
分子量:計算値:6757.36、測定値:6757.52
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例91)
HO−Gm1p−C−Am1p−C−Am1p−A−Gm1p−A−Am1p−T−Gm1p−G−Am1p−T−Cm1p−A−Cm1p−A−H(配列表の配列番号102)(CT−288)の合成
実施例7と同様にCT−288を合成した。
分子量:計算値:5795.91、測定値:5795.76
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含む。
(実施例92)
HO−P(=O)(OH)−O−T−Um1p−G−Um1p−G−Am1p−T−Cm1p−C−Am1p−T−Um1p−C−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−C−T−Um1t−H(配列表の配列番号103)(CT−289)の合成
実施例42と同様にCT−289を合成した。
分子量:計算値:6694.29、測定値:6694.09
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例93)
HO−G−Gm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Gm1p−A−Am1p−G−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Am1t−H(配列表の配列番号104)(CT−278)の合成
実施例7と同様にCT−278を合成した。
分子量:計算値:5876.95、測定値:5877.25
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2154の配列を含む。
(実施例94)
HO−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Cm1p−T−Um1p−C−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−C−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号105)(CT−279)の合成
実施例42と同様にCT−279を合成した。
分子量:計算値:6645.26、測定値:6645.44
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(実施例95)
HO−P(=O)(OH)−O−T−T−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Cm1p−T−Um1p−C−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−C−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号106)(CT−280)の合成
実施例42と同様にCT−280を合成した。
分子量:計算値:6629.26、測定値:6629.51
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(実施例96)
HO−P(=O)(OH)−O−T−T−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Cm1p−T−Um1p−C−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−C−Cm1p−A−Gm1t−H(配列表の配列番号107)(CT−281)の合成
実施例42と同様にCT−281を合成した。
分子量:計算値:6677.31、測定値:6677.65
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(実施例97)
HO−G−Cm1p−C−Um1p−C−Am1p−G−Am1p−T−Um1p−C−Gm1p−T−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−A−H(配列表の配列番号108)(DD−016)の合成
実施例7と同様にDD−016を合成した。
分子量:計算値:6040.00、測定値:6040.44
塩基配列:DDX3(DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp) box polypeptide 3, X−linked)遺伝子(GenBank accession No.NM_001356.3)のヌクレオチド番号1929−1947の配列を含む。
(実施例98)
HO−P(=O)(OH)−O−Um1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Am1p−C−Gm1p−A−Am1p−T−Cm1p−T−Gm1p−A−Gm1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号109)(DD−017)の合成
実施例7と同様にDD−017を合成した。
分子量:計算値:6779.41、測定値:6780.29
塩基配列:DDX3遺伝子(GenBank accession No.NM_001356.3)のヌクレオチド番号1929−1947に相補的な配列を含む。
(実施例99)
HO−G−Cm1p−C−Um1p−C−Am1p−G−Am1p−T−Um1p−C−Gm1p−T−Am1p−G−Am1p−A−Um1t−H(配列表の配列番号110)(DD−022)の合成
実施例7と同様にDD−022を合成した。
分子量:計算値:5726.79、測定値:5726.89
塩基配列:DDX3遺伝子(GenBank accession No.NM_001356.3)のヌクレオチド番号1929−1946の配列を含む。
(実施例100)
HO−P(=O)(OH)−O−T−A−Um1p−T−Cm1p−T−Am1p−C−Gm1p−A−Am1p−T−Cm1p−T−Gm1p−A−Gm1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号111)(DD−023)の合成
実施例42と同様にDD−023を合成した。
分子量:計算値:6763.42、測定値:6763.69
塩基配列:DDX3遺伝子(GenBank accession No.NM_001356.3)のヌクレオチド番号1929−1947に相補的な配列を含む。
(実施例101)
HO−P(=O)(OH)−O−T−A−Um1p−T−Cm1p−T−Am1p−C−Gm1p−A−Am1p−T−Cm1p−T−Gm1p−A−Gm1p−G−Cm1p−A−Gm1t−H(配列表の配列番号112)(DD−024)の合成
実施例42と同様にDD−024を合成した。
分子量:計算値:6811.47、測定値:6811.66
塩基配列:DDX3遺伝子(GenBank accession No.NM_001356.3)のヌクレオチド番号1929−1947に相補的な配列を含む。
(実施例102)
HO−G−Cm1s−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号113)(CT−169S)の合成
実施例36と同様にCT−169Sを合成する。CT−169Sは、負イオン質量分析により同定する。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含むものである。
(実施例103)
HO−P(=O)(OH) −O−Um1s−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1s−T−Um1t−H(配列表の配列番号114)(CT−157S)の合成
実施例42と同様にCT−157Sを合成する。但し、ホスホスホロチオエート結合を有する部分は、ヨウ素/テトラヒドロフラン/ピリジン/HO溶液で酸化する代わりに、0.2M フェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液で3分間処理する(Ravikumar, V.T. et al. Bioorg.Med.Chem.Lett.(2006) 16, p.2513−2517)。CT−157Sは、負イオン質量分析により同定する。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例1)
HO−Grp−Cm1p−Arp−Cm1p−Arp−Am1p−Grp−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−Arp−Um1p−Crp−Am1p−Crp−Am1p−Arp−T−T−H(配列表の配列番号44)(CT−001)の合成
実施例1と同様にCT−001を合成した。
分子量:計算値:6849.46、測定値:6850.8
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例2)
HO−Um1p−Urp−Gm1p−Urp−Gm1p−Arp−Um1p−Crp−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−Grp−Um1p−Grp−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号45)(CT−005)の合成
実施例1と同様にCT−005を合成した。
分子量:計算値:6702.20、測定値:6702.2
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例3)
HO−Grp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Arp−Arp−Urp−Grp−Grp−Arp−Urp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Urp−Urt−H(配列表の配列番号46)(CT−106)の合成
実施例1と同様にCT−106を合成した。
分子量:計算値:6727.16、測定値:6726.73
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例4)
HO−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Arp−Urp−Crp−Crp−Arp−Urp−Urp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Crp−Urp−Urt−H(配列表の配列番号47)(CT−041)の合成
実施例1と同様にCT−041を合成した。
分子量:計算値:6565.88、測定値:6565.34
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例5)
HO−Grp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Arp−Arp−Urp−Grp−G−A−T−C−A−C−A−A−T−T−H(配列表の配列番号48)(CT−104)の合成
実施例1と同様に目CT−104を合成した。
分子量:計算値:6609.25、測定値:6608.98
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例6)
HO−T−T−G−T−G−A−T−C−Crp−Arp−Urp−Urp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Crp−T−T−H(配列表の配列番号49)(CT−110)の合成
実施例1と同様にCT−110を合成した。
分子量:計算値:6490.05、測定値:6489.61
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例7)
HO−G−C−A−C−A−A−G−A−A−T−G−G−A−T−C−A−C−A−A−T−T−H(配列表の配列番号50)(CT−105)の合成
実施例7と同様にCT−105を合成した。
分子量:計算値:6447.28、測定値:6447.58
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例8)
HO−T−T−G−T−G−A−T−C−C−A−T−T−C−T−T−G−T−G−C−T−T−H(配列表の配列番号51)(CT−111)の合成
実施例7と同様にCT−111を合成した。
分子量:計算値:6384.19、測定値:6384.05
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例9)
HO−Grp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Arp−Arp−Urp−Grp−Grp−Arp−Urp−Crp−Arp−Crp−Arp−Art−H(配列表の配列番号100)(CT−125)の合成
実施例1と同様にCT−125を合成した。
分子量:計算値:6114.82、測定値:6114.59
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例10)
HO−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Arp−Urp−Crp−Crp−Arp−Urp−Urp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Crt−H(配列表の配列番号101)(CT−126)の合成
実施例1と同様にCT−126を合成した。
分子量:計算値:5953.54、測定値:5953.38)。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例11)
HO−Grp−Grp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Grp−Arp−Arp−Grp−Crp−Urp−Grp−Crp−Arp−Grp−Arp−Arp−T−T−H(配列表の配列番号115)(CT−165)の合成
実施例1と同様にCT−165を合成した。
分子量:計算値:6818.28、測定値:6818.27
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155の配列を含む。
(参考例12)
HO−Urp−Urp−Crp−Urp−Grp−Crp−Arp−Grp−Crp−Urp−Urp−Crp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Crp−Crp−T−T−H(配列表の配列番号116)(CT−166)の合成
実施例1と同様にCT−166を合成した。
分子量:計算値:6496.90、測定値:6496.99
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(実施例104)2本鎖ポリヌクレオチド形成のためのアニーリング
上記、実施例及び参考例において合成したポリヌクレオチドを表1及び表2に示す組み合わせで、センス鎖及びアンチセンス鎖を300pmolずつ1つのチューブに入れて、減圧下乾燥し、30μLのsiRNA suspension buffer(QIAGEN)を加え、65℃、1分間加温した後、室温に5分間放置し、センス鎖及びアンチセンス鎖をアニーリングさせ、10μMの2本鎖ポリヌクレオチド溶液を得た。
(参考例13)Ambion社 Silencer Pre−designed siRNA, Gene Symbol: DDX3X, Locus ID: 1654 [Ambion] siRNA ID # 145804 より2本鎖RNAを購入して、使用した。以後DDX3 siRNA#5と呼ぶ。

(試験例1)
(1)トランスフェクション
ヒト大腸癌SW480細胞株(ヒト大腸腺癌由来)を、10% Fetal bovine serumを含むRPMI1640培地(Invitrogen)で培養した。100000cells/wellの濃度になるように、SW480の培養液を12穴プレートに播種し、一晩培養した。次に各ウェルにリポフェクション試薬HiPerFect Transfection Reagent(QIAGEN)を最終濃度0.5%、2本鎖ポリヌクレオチド溶液を最終濃度が、30、3、0.3、および0.03nM(または、30、3、1、0.3、0.1、および0.03nM)となるよう添加して、更に3日間培養を継続した。その後、培地を除いてPBS(Phosphate buffered saline)で細胞を洗浄後、5% 2−メルカプトエタノール含有Laemmli Sample Buffer 100μLを直接添加して細胞を溶解させた。細胞溶解液をチューブに回収後、100℃で5分間加熱して蛋白質を変性させた。2本鎖ポリヌクレオチドの構造及びそのヌクレオチド配列は図1、図2、図4、図6、図7、図8、図9、図13、図14、図16、図18、図20、図21に示している。
(2)ウエスタンブロット解析
各サンプル(蛋白質量として1μg分)をポリアクリルアミドゲル電気泳動(5−20% グラジエントゲル)によって分離し、ニトロセルロース膜に電気的に転写した。5%スキムミルク液でブロッキング後、一次抗体としてウサギ抗β−カテニン抗体(Cell Signaling)を二次抗体としてHRP標識抗ウサギIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いてβ−カテニン蛋白質を検出した。陰性対象としてβ−アクチン蛋白質を抗β−アクチンモノクローナル抗体(GE Healthcare Life Sciences)およびHRP標識抗マウスIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いて検出した。各蛋白質の検出は、Western Lightning(PerkinElmer Life Sciences)を基質として使用した時に生じた化学発光によってHigh Performance Chemiluminescence Film(GE Healthcare Life Sciences)を感光させることで可視化して実施した。
(3)ウエスタンブロット解析結果
(a)参考例として合成した2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性
2本鎖ポリヌクレオチドの全てのヌクレオチドがRNAからなるCT−106/CT−041の組み合わせからなる2本鎖ポリヌクレオチド(以下、2本鎖ポリヌクレオチドは、センス鎖、アンチセンス鎖の組み合わせのみで表すこともある。すなわち、例えば、CT−106/CT−041の組み合わせからなる2本鎖ポリヌクレオチドは、単に、「CT−106/CT−041」とも表す。)及び、2本鎖ポリヌクレオチドを構成するRNAの一部又は全てをDNAに置換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−104/CT−110、CT−105/CT−111、CT−105/CT−041、CT−106/CT−111について実験を行った。これらの2本鎖ポリヌクレオチドの構造は図1に示している。
図3に示すように、CT−106/CT−041は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。一方、CT−104/CT−110、CT−105/CT−111, CT−105/CT−041、CT−106/CT−111は、β−カテニン遺伝子の発現を抑制しないか、わずかに抑制していた。これらのことから、2本鎖ポリヌクレオチドのセンス鎖あるいはアンチセンス鎖の一方の鎖、両方の鎖、センス鎖の3’側あるいはアンチセンス鎖の5’側をDNAに置き換えると、遺伝子の発現を強く抑制する作用が失われることが明らかとなった。この結果は、既に報告されている結果(EMBO J., 20,p.6877−6888(2001)、Nucleic Acids Res. 30, p.1757−1766(2002)、RNA,9,p.1034−1048,(2003))とほぼ一致していた。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析1
RNAを1つおきに2’−O−メチルRNAに置き換え、overhang部分はDNAとしたCT−001/CT−005(図2参照。)は、全てのヌクレオチドがRNAからなるCT−106/CT−041と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制していた(図3)。以後の実験では、CT−001/CT−005を、対照として利用した。
CT−001/CT−005のRNAを末端から部分的にまたはすべてDNAに置き換えた2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092、CT−095/CT−096、CT−097/CT−098及び、CT−099/CT−100(構造は図4参照。)の遺伝子発現抑制活性を調べた。
図5に示すように、CT−091/CT−092、CT−095/CT−096、CT−097/CT−098、CT−099/CT−100は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。特にCT−095/CT−096、CT−097/CT−098、CT−099/CT−100は、CT−001/CT−005と同程度に遺伝子の発現を抑制していた。このことは、2’−O−メチルRNAまたはDNAを1つおきに配置し、RNAを部分的に有している(またはRNAを有していない場合もある)2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(c)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析2
2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092、CT−097/CT−092とCT−091/CT−098(図6参照。)についての実験結果を図10に示す。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−097/CT−092とCT−091/CT−098は、ともにβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。特にCT−097/CT−092は、2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−098よりも強く遺伝子の発現を抑制し、CT−001/CT−005に匹敵した。これらのことから、CT−097/CT−092に見られるように、2本鎖ポリヌクレオチドのセンス鎖の中央部以外を、2’−O−メチルRNAまたはDNAに置き換えても強い遺伝子発現抑制活性を保持することができることが明らかになった。
(d)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析3
2本鎖ポリヌクレオチドのセンス鎖の中央部以外は、2’−O−メチルRNAまたはDNAであり、センス鎖の中央部を2’−O−メチルRNAに置き換えた2本鎖ポリヌクレオチド、CT−127/CT−092、CT−128/CT−092、CT−129/CT−092、CT−101/CT−092、CT−130/CT−092、CT−131/CT−092(図7参照。)についての結果を図10、11に示す。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−127/CT−092、CT−128/CT−092、CT−129/CT−092、CT−101/CT−092、CT−130/CT−092及びCT−131/CT−092は、β−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。特にCT−130/CT−092は、2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092よりも強い遺伝子発現抑制活性を示し、CT−001/CT−005に匹敵する活性であった。
(e)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析4
2本鎖ポリヌクレオチドのセンス鎖の中央部以外は、2’−O−メチルRNAまたはDNAであって、さらにセンス鎖の中央部にENAを導入した2本鎖ポリヌクレオチド、CT−112/CT−092、CT−114/CT−092、CT−132/CT−092、CT−133/CT−092、CT−134/CT−092、CT−115/CT−092、CT−135/CT−092、CT−137/CT−092(図8参照。)、CT−136/CT−092及びCT−138/CT−092(図16参照。)についての結果を図11、図12、及び図17に示す。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−114/CT−092、CT−132/CT−092、CT−133/CT−092、CT−134/CT−092、CT−115/CT−092、CT−135/CT−092、CT−137/CT−092、CT−136/CT−092、CT−138/CT−092は、β−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。特にCT−114/CT−092は、図10記載の2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092よりも強く、β−カテニン遺伝子の発現を抑制し、図10記載の2本鎖ポリヌクレオチドCT−001/CT−005に匹敵した。
(f)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析5
2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092内の一部分をRNA、ENAまたは2’−O−メチルRNAに置き換えた2本鎖ポリヌクレオチドCT−102/CT−092、CT−091/CT−107、CT−091/CT−108(図2参照。)、CT−091/CT−116、CT−091/CT−117、CT−091/CT−118(図13参照。)、CT−113/CT−092、CT−115/CT−118(図14参照)のヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の解析結果を図3及び図15に示す。全ての2本鎖ポリヌクレオチドがCT−091/CT−092と同程度のヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性を示した。
(g)2本鎖ポリヌクレオチドのoverhang部分の有無による活性の比較
2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092及びそのoverhang部分を有していない2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−109(図2参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。図3に示すように、overhang部分を有しているCT−091/CT−092の方がoverhang持たないCT−103/CT−109よりもヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。このことは、2本鎖ポリヌクレオチドの設計においてoverhangが重要であることを示している。
(h)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析6
2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092、DNA及び2’−O−メチルRNAの配列の順番を変えたCT−119/CT−120、さらに、CT−091/CT−092及びCT−119/CT−120のセンス鎖、アンチセンス鎖を組み替えたCT−119/CT−092、CT−091/CT−120(図9参照。)のヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性を図12に示す。CT−119/CT−120、CT−119/CT−092及びCT−091/CT−120は、β−カテニン遺伝子の発現を抑制したが、CT−091/CT−092(図10参照。)の方がより強く遺伝子の発現を抑制していた。
(試験例2)
試験例1と同様の方法で、以下のように2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(a)2本鎖ポリヌクレオチドのoverhang部分及び5’−リン酸基の有無による活性の比較
試験例1と同様の方法で2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092、両鎖の3’末端にoverhang部分を有していない2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−109、アンチセンス鎖のみ3’末端にoverhang部分を有するCT−103/CT−092、センス鎖のみ3’末端にoverhang部分を有するCT−091/CT−109、両鎖にoverhang部分を有しアンチセンス鎖5’末端にリン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−149、及び、アンチセンス鎖の3’末端にoverhang部分を有しさらに5’末端リン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−149(図22参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図23に示すように、アンチセンス鎖の3’末端にoverhang部分を有しているCT−091/CT−092、及び、CT−103/CT−092の方がアンチセンス鎖の3’末端にoverhang持たないCT−103/CT−109、及び、CT−091/CT−109よりもヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。また、アンチセンス鎖5’末端にリン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−149は、5’末端リン酸基を有していない2本鎖ポリヌクレオチドCT−091/CT−092よりもヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。アンチセンス鎖の5’末端にリン酸基を有するCT−103/CT−149は、5’末端リン酸基を有していない2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−092よりもヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。このことは、2本鎖ポリヌクレオチドの設計においてアンチセンス鎖の5’末端リン酸基、及び、アンチセンス鎖の3’末端のoverhangが重要であることを示している。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖3’−overhang部分のヌクレオチドの違いによる活性の比較
アンチセンス鎖の5’末端リン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−149は、アンチセンス鎖(CT−149)3’−overhang部分にDNAのTT2量体の配列を有する。アンチセンス鎖(CT−149)3’−overhang部分のDNAチミジン2量体を、ウリジン、チミジン、または2’−O−メチルウリジンで組み合わせうる2量体に変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−155、CT−103/CT−156、CT−103/CT−157、CT−103/CT−158、CT−103/CT−159、CT−103/CT−160、CT−103/CT−161、及び、CT−103/CT−162(図24参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図25及び26に示すように、CT−103/CT−155、CT−103/CT−156、CT−103/CT−157、CT−103/CT−158、CT−103/CT−159、CT−103/CT−160、CT−103/CT−161、及び、CT−103/CT−162は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。特に3’末端がウリジン、または2’−O−メチルウリジンであるCT−103/CT−157、CT−103/CT−158、CT−103/CT−159、CT−103/CT−160、CT−103/CT−161、及び、CT−103/CT−162は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現をより強く抑制していた。
(c)センス鎖の3’−または、5’−末端から短くした2本鎖ポリヌクレオチドの活性の比較
2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−149のセンス鎖の3’−末端から1乃至3ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−149、CT−170/CT−149、及びCT−171/CT−149(図27参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。図29に示すように、センス鎖の3’−末端から1ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−149は、CT−103/CT−149と同様にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。しかしながら、センス鎖の3’−末端から2乃至3ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−170/CT−149、及びCT−171/CT−149は、CT−103/CT−149と比較してヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が低下した。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−149のセンス鎖の5’−末端から1乃至3ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−172/CT−149、CT−173/CT−149、及びCT−174/CT−149(図27参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。図29、30に示すように、センス鎖の5’−末端から1ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−172/CT−149は、CT−103/CT−149と同様にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。しかしながら、センス鎖の5’−末端から2乃至3ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−173/CT−149、及びCT−174/CT−149は、CT−103/CT−149と比較してヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が低下した。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−149のセンス鎖の3’−末端及び5’−末端から1または2ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−175/CT−149、CT−176/CT−149、及びCT−177/CT−149(図28参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。図29,30に示すように、センス鎖の3’−末端及び5’−末端から1ヌクレオチドずつを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−175/CT−149は、CT−103/CT−149と同様にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。しかしながら、センス鎖の3’−末端及び5’−末端から1または2ヌクレオチドを欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−176/CT−149、及びCT−177/CT−149は、CT−103/CT−149と比較してヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が低下した。
このことから、2本鎖ポリヌクレオチドの設計においてセンス鎖の3’−末端または5’−末端のいずれかから1ヌクレオチド、または両末端から1ヌクレオチドずつを欠損させた18または17塩基対であっても遺伝子発現抑制活性を示すことが明らかになった。
(d)2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖3’−overhang部分のヌクレオチド配列の違いによる活性の比較
アンチセンス鎖の5’末端リン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157は、アンチセンス鎖(CT−157)の3’−overhang部分にチミジン、及び2’−O−メチルウリジンからなる2量体の配列を有する。アンチセンス鎖(CT−157)の3’−overhang部分2量体の配列を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−204、CT−103/CT−205、CT−103/CT−206、CT−103/CT−207、CT−103/CT−208、及び、CT−103/CT−209(図31参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図32及び33に示すように、CT−103/CT−204、CT−103/CT−205、CT−103/CT−206、CT−103/CT−207、CT−103/CT−208、及び、CT−103/CT−209は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
(e)2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖5’−末端のヌクレオチド配列の違いによる活性の比較
2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157は、アンチセンス鎖(CT−157)の5’末端に2’−O−メチルウリジンを有する。アンチセンス鎖(CT−157)5’末端の2’−O−メチルウリジンの塩基部を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−221、CT−103/CT−222、及び、CT−103/CT−223(図34参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図35に示すように、CT−103/CT−221、CT−103/CT−222、及び、CT−103/CT−223は、CT−103/CT−157と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
さらに、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157のセンス鎖の3’末端の1ヌクレオチドを欠損したCT−169/CT−157(図34参照。)は、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた(図35参照。)。2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖(CT−157)5’末端の2’−O−メチルウリジンの塩基部を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−221、CT−169/CT−222、及び、CT−169/CT−223(図34参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図35に示すように、CT−169/CT−221、CT−169/CT−222、及び、CT−169/CT−223は、CT−169/CT−157と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
(f)18塩基対からなる2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性
アンチセンス鎖の5’末端リン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157は、19塩基対の2本鎖構造を有する。センス鎖の5’末端及びアンチセンス3’末端から1塩基対を欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−172/CT−202、及び、センス鎖の3’末端及びアンチセンス鎖の5’末端から1塩基対を欠損させた2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−203(図36参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図37に示すように、CT−172/CT−202、及び、CT−169/CT−203は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
(g)非対称2本鎖ポリヌクレオチドのoff−target回避
アンチセンス鎖の5’末端リン酸基を有する2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157は、末端の構造に着目すると、センス鎖−アンチセンス鎖が非対称になっている。即ち、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/CT−157の場合、アンチセンス鎖は、5’末端にリン酸基を有し、3’末端overhang構造を有しているが、センス鎖では、5’末端にリン酸基を有さず、3’末端はoverhang構造を有さない。そこで、センス鎖に5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を有するようにし、アンチセンス鎖に5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持たないようにした2本鎖ポリヌクレオチドCT−210/CT−211を合成し(図38参照。)、5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持たないアンチセンス配列による遺伝子発現抑制活性を調べた。図39に示すように、CT−210/CT−211は、CT−103/CT−157の場合と比較して若干の活性低下にとどまった。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157の場合、アンチセンス鎖は、5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を有しているが、センス鎖には、それらを持たない。さらに、センス鎖(CT−169)の3’末端から1ヌクレオチド欠損しているために18塩基対になっている。CT−103/CT−157の場合と同様に、センス鎖に5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を有するようにし、アンチセンス鎖に5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持たないようにした2本鎖ポリヌクレオチドCT−210/CT−212を合成し(図38参照。)、5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持たないアンチセンス配列による遺伝子発現抑制活性をCT−169/CT−157と比較した。
図39に示すように、CT−210/CT−212は、CT−169/CT−157の場合と比較して著しく活性低下した。このことは、一方の鎖のみが5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持ち、他方の鎖は1ヌクレオチドを短くした、18塩基対からなる2本鎖ポリヌクレオチドのうち、5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を有するポリヌクレオチド鎖による遺伝子発現抑制活性が認められるが、5’末端にリン酸基、及び、3’末端overhang構造を持たないポリヌクレオチド鎖による遺伝子発現抑制活性が認められないことを示している。
(h)非対称2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖5’−末端ヌクレオチドをDNAに置換した場合の活性の比較
非対称2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157は、アンチセンス鎖(CT−157)の5’末端に2’−O−メチルウリジンを有する。アンチセンス鎖(CT−157)5’末端の2’−O−メチルウリジンをDNAに変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−243、CT−169/CT−244、CT−169/CT−245、及び、CT−169/CT−226(図40参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図41に示すように、CT−169/CT−243、CT−169/CT−244、及び、CT−169/CT−245は、CT−169/CT−157、及び、CT−001/CT−005と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。また、CT−169/CT−246は、CT−169/CT−157、及び、CT−001/CT−005よりも強くヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制していた。
(i)非対称2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖3’−overhang部分のヌクレオチド配列の違いによる活性の比較
非対称2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157は、アンチセンス鎖の3’−overhang部分にチミジン、及び2’−O−メチルウリジンからなる2量体の配列を有する。アンチセンス鎖(CT−157)3’−overhang部分2量体の配列を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−205、CT−169/CT−247、CT−169/CT−248、及び、CT−169/CT−249(図42参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図43に示すように、CT−169/CT−205、CT−169/CT−247、及び、CT−169/CT−249は、CT−169/CT−157、及び、CT−001/CT−005と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。また、CT−169/CT−248は、CT−169/CT−157、及び、CT−001/CT−005よりも強くヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制していた。
(j)非対称2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖5’−末端ヌクレオチドをDNAに置換し、3’−overhang部分のヌクレオチド配列の違いによる活性の比較
非対称2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−246は、アンチセンス鎖(CT−246)の5’末端にチミジンを有する。アンチセンス鎖(CT−246)3’−overhang部分2量体の配列を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−253、CT−169/CT−254、CT−169/CT−255、CT−169/CT−256、CT−169/CT−257、及び、CT−169/CT−258(図44参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図45に示すように、CT−169/CT−253、CT−169/CT−254、CT−169/CT−255、CT−169/CT−256、CT−169/CT−257、及び、CT−169/CT−258は、CT−001/CT−005と同程度またはそれ以上にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
また、アンチセンス鎖(CT−246)の5’−末端ヌクレオチドをDNAを2’−deoxyuridine、2’−deoxycytidine、或いは、5−methyl−2’−deoxycytidineに置換し、3’−overhang部分2量体の配列を変換した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−264、CT−169/CT−265、CT−169/CT−266、及び、CT−169/CT−267(図46参照。)の遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
図47に示すように、CT−169/CT−264、CT−169/CT−265、CT−169/CT−266、及び、CT−169/CT−267は、CT−001/CT−005と同程度またはそれ以上にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制していた。
(試験例3)末梢血単核球に対するsiRNAによるIFN−α産生試験
(a)トランスフェクション試薬を用いない場合
健常人の末梢血単核球をFicoll−Paque密度勾配遠心分離により調製した。調製したヒト末梢血単核球(2×10 cells/well)は96穴プレートを用いて2本鎖ポリヌクレオチド存在下で24時間培養し、回収した上清中のIFN−αをELISA kit(Human IFN−α ELISA Kit、Pestka Biomedical Laboratories, Inc.)で測定した。各種2本鎖ポリヌクレオチドは、PolyI:C(Sigma−Aldrich):2μg/ml、imiquimod(Invivogen):10−5M、ssRNA40(Invivogen):2μg/ml、ssRNA41(Invivogen):2μg/ml、ODN 2336(Invivogen):10−5 M、ODN 2336 control(Invivogen):10−5 M、未修飾siRNA CT−106/041、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/157、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/157:10−7−10−5 Mの溶液を用いた。
図48に示すように、未修飾siRNAであるCT−106/041は、10−5 MにおいてIFN−α産生が認められたが、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/157、及びCT−169/157は、IFN−α産生が認められなかった。この結果は2本鎖ポリヌクレオチドが、IFN−α産生を低減し、より副作用の少ないポリヌクレオチドを提供できることを示している。
(b)トランスフェクション試薬を用いた場合
健常人の末梢血単核球をFicoll−Paque密度勾配遠心分離により調製した。調製したヒト末梢血単核球(1.1×10 cells/well)は24穴プレートを用いて2本鎖ポリヌクレオチド存在下で24時間培養し、回収した上清中のIFN−αをELISA kit(Human IFN−α ELISA Kit、Pestka Biomedical Laboratories, Inc.)で測定した。トランスフェクション試薬を用いる場合は、実施例及び参考例に記載の2本鎖ポリヌクレオチド(CT−103/157及びCT−169/157)及び(CT−106/041)を予めLipofectamine 2000(Invitrogen Corporation)と混和したものを細胞培養液に添加した。標準化合物は、PolyI:C(Sigma−Aldrich):2μg/ml、imiquimod(Invivogen):10−5M、ssRNA40(Invivogen):2μg/ml、ssRNA41(Invivogen):2μg/ml、ODN 2336(Invivogen):10−5M、ODN 2336 control(Invivogen):10−5Mの溶液を、トランスフェクション試薬を用いずに使用した。未修飾siRNA CT−106/041・2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/157・2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/157:10−7Mの溶液としてトランスフェクション試薬を用いて試験を行った。
図49に示すように、未修飾siRNAであるCT−106/041は、明らかなIFN−α産生が認められたが、2本鎖ポリヌクレオチドCT−103/157、及びCT−169/157は、IFN−α産生が認められなかった。本実施例のポリヌクレオチドは、IFN−α産生を低減し、より副作用の少ないポリヌクレオチドを提供できる可能性を示している。
(試験例4)RNaseに対する安定性試験
2本鎖ポリヌクレオチド、CT−106/CT−041、CT−105/CT−111、CT−001/CT−005、CT−091/CT−092、CT−095/CT−096、CT−097/CT−098、CT−099/CT−100、CT−001/CT−092及びCT−104/CT−110(図18参照。)のそれぞれ50pmolをRNase One buffer (10mM Tris−HCl pH7.5, 5mM EDTA, 200mM DTT, 200mM sodium acetate,プロメガ)で総容量を14.5μLとし、5U RNase One(0.5μL、プロメガ)を加え、37℃で処理した。
3時間及び20時間経過後に反応液より4μLを取り、loading solution (50% glycerol, 1mM EDTA pH8.0, 0.25% bromophenol blue, 0.25% xylene cyanol FF) 1.0μLを加え、分析するまで−20℃に保存した。
RNase Oneによる2本鎖ポリヌクレオチドの分解反応の解析は、20%ポリアクリルアミド電気泳動(1x Tris−Borate−EDTA, 200V、2時間)を用い、SYBR Gold(インビトロジェン)で染色した。2本鎖核酸のサイズを示すマーカーは、タカラバイオ社製siRNA Ladder Markersを用いた。染色したゲルはMolecular Imager FX Fluorescent Imager system (Bio−Rad製)を用いて可視化した。
2本鎖ポリヌクレオチドを構成するヌクレオチドが全てDNAからなるCT−105/ CT−111は、RNaseに全く分解されなかった(図19)。しかしながら、CT−105/ CT−111は試験例1に示したようにβ−カテニンの発現を抑制しない。
試験例1でβ−カテニンの発現抑制を示した、2本鎖ポリヌクレオチドを構成するヌクレオチドの全てがRNAからなるCT−106/CT−041及び2本鎖領域がRNAまたは2’−O−メチルRNAからなるCT−001/005は、RNaseで容易に分解された(図19参照)。
一方、WO2003/044188で用いられている修飾方法である、センス鎖の3’末端付近及びアンチセンス鎖の5’末端付近がDNAである2本鎖RNA(CT−104/CT−110)も、RNaseで簡単に分解された。更に、WO2004/044136で用いられている2本鎖領域の修飾方法である、センス鎖がRNAまたは2’−O−メチルRNAで構成され、アンチセンス鎖がDNAまたは2’−O−メチルRNAで構成される2本鎖核酸(CT−001/CT−092)も、RNaseで簡単に分解された。
それらと比較して、CT−001/CT−005のRNAを部分的にDNAに置き換えたものに相当するCT−099/CT−100は、わずかにRNaseに分解されたに過ぎず、さらにDNAに置き換えたCT−095/CT−096, CT−097/CT−098、及び完全にRNAをDNAに置き換えたCT−091/CT−092は、RNaseに全く分解されなかった。
(試験例5)
試験例1と同様の方法で、以下のように2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(a)DNA及び2’−O−メチルRNA修飾位置の異なる非対称2本鎖ポリヌクレオチドによる活性の比較
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157、DNA及び2’−O−メチルRNA修飾の順番を変えたCT−288/CT−289、さらに、CT−169/CT−157及びCT−288/CT−289のセンス鎖、アンチセンス鎖を組み替えたCT−288/CT−157、CT−169/CT−289(図50参照。)のヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性を図51に示す。CT−288/CT−289及びCT−169/CT−289よりも、CT−169/CT−157及びCT−288/CT−157の方がより強く遺伝子の発現を抑制していた。
(b)ヒトβ−カテニン遺伝子の別の配列を標的とした2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性
試験例1及び2で用いた標的配列とは異なる配列をヒトβ−カテニン遺伝子内から選択し、2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性を検討した。3’末端のoverhang部分がTTであって、残り全てのヌクレオチドがRNAからなるCT−165/CT−166(図52参照。)は、図53に示すように、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制していた。2本鎖ポリヌクレオチドを2’−O−メチルRNAまたはDNAとしたCT−278/CT−279、CT−278/CT−280及びCT−278/CT−281は、CT−165/CT−166と同様にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制した。
(試験例6)
以下のように2本鎖ポリヌクレオチドによるDDX3遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(1)トランスフェクション
ヒト肺癌NCI−H322細胞株(ヒト細気管支肺胞上皮癌由来)を、10% Fetal bovine serumを含むRPMI1640培地(Invitrogen社製)中に200000cells/mLの濃度に調製した。そして、96穴平底プレート(Corning社製)に100μLずつ播種し、37℃、5.0%炭酸ガス下で1日間培養した。リポフェクション試薬Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen社製)を0.3μL、2本鎖ポリヌクレオチド溶液を最終濃度が、5nMとなるようにRPMI1640培地中で混合し、20分室温で静置した。各ウェルに混合液を添加して、さらに3日間培養を継続した。
(2)リアルタイムPCR
トランスフェクション後、ウェルより培養上清を除いて、RNeasy Micro kit(QIAGEN社製)でmRNAを抽出した。リアルタイムPCRのためにDDX3に対するTaqManプローブ(Applied Biosystems社製)と、内部標準として、β―アクチンに対するTaqManプローブ(Applied Biosystems社製)、それからPCRに必要な薬剤を含むリアルタイムPCRキット(QIAGEN社製)を用いて次のようにmRNAの定量を行った。96穴PCRプレート(Applied Biosystems社製)1ウェルあたり、リアルタイムPCRキットに含まれるQuantiTect Probe RT−PCR Master Mixを10μL、RNase―Free Waterを4.8μL、QuantiTect RT Mixを0.2μL注入した。さらにTaqManプローブを1μL、抽出したmRNA溶液を4μL添加して総量を20μLとし、Mx3000P(STRATAGENE社製)にセットし、以下の条件でPCRを実施した。
逆転写反応 50℃、30分間
PCR初期活性化 95℃、15分間
PCR 94℃、15秒間
60℃、1分間
このPCRサイクルは48回繰り返した。検量線は、リポフェクション試薬のみで処理した細胞から抽出したmRNAをUV定量したもので作製した。検量線を元に、各トランスフェクタントのDDX3とβ―アクチンを定量し、DDX3量をβ―アクチン量で割った商をグラフにプロットした。リアルタイムPCRはN=3で実施し、グラフにはSEを示した(2本鎖ポリヌクレオチドの構造及びそのヌクレオチド配列は図1、図2、図4、図6、図7、図8、図9、図13、図14、図16、図18、図20、図21に示している。)
(3)リアルタイムPCR解析結果
ヒトDDX3遺伝子に対する2本鎖天然型ポリヌクレオチド(DDX3 siRNA#5)2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトDDX3遺伝子の発現抑制活性をリアルタイムPCRにより検討した。2本鎖ポリヌクレオチドを2’−O−メチルRNAまたはDNAとしたDD−016/DD−017、DD−022/DD−017、DD−022/DD−023及びDD−022/DD−024(図54参照。)は、図56に示すように、2本鎖天然型ポリヌクレオチド(DDX3 siRNA#5)と同程度にヒトDDX3遺伝子の発現を抑制した。
本発明により、RNA分解酵素に対して安定で、しかも安価な遺伝子干渉作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することができた。
該2本鎖ポリヌクレオチドは遺伝子の機能解析、医薬品等に利用することが可能であるが、本2本鎖ポリヌクレオチドが利用できる限りにおいてその産業分野は制限されない。

Claims (11)

  1. 以下の式(a)乃至(d)からなる特徴を有する、式(IV)及び式(V)に示されるポリヌクレオチドからなる、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
    5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
    5’−δ−(α−β)−υ−3’(V)
    (a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
    (b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
    (c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
    (d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
  2. αがDNA、βが2’−OMeRNAであることを特徴とする、請求項1に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  3. λ及びυが同一又は異なってチミン塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有するDNA、又は、ウラシル塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有する2’−OMeRNAのいずれかであることを特徴とする、請求項1又は2に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  4. mが0、nが2であることを特徴とする、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  5. p及びmが0、sが1、nが2であることを特徴とする、請求項1乃至4のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  6. 2’−OMeRNAの任意の1〜4残基がENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、請求項1乃至5のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  7. DNAの任意の1〜4残基がENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、請求項1乃至6のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  8. 各ヌクレオチドがリン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合で結合していることを特徴とする、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  9. 少なくともいずれか一つのポリヌクレオチドの5’末端にリン酸基が付加されていることを特徴とする、請求項1乃至8のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  10. アンチセンス鎖の5’末端にリン酸基が付加されている、請求項1乃至9のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  11. 請求項1乃至10のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を有効成分として含有する医薬。
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