JP2024026778A - Pnpla3発現のモジュレーター - Google Patents
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Abstract
【課題】PNPLA3発現を阻害するのに有用な方法、化合物及び組成物の提供。【解決手段】本実施形態は、PNPLA3発現を阻害するのに有用な方法、化合物及び組成物であって、PNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物及び組成物。【選択図】なし
Description
配列表
本出願は、電子形式の配列表と共に出願されている。配列表は、2018年9月13日に作成された、480kbサイズのBIOL0317WOSEQ_ST25.txtという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本出願は、電子形式の配列表と共に出願されている。配列表は、2018年9月13日に作成された、480kbサイズのBIOL0317WOSEQ_ST25.txtという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本実施形態は、PNPLA3(パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有3;仮定タンパク質dJ796I17.1;アディポヌトリン;DJ796I17.1)発現を阻害するのに有用であり、且つ特定の場合に細胞又は動物におけるPNPLA3タンパク質の量を減少させるのに有用である方法、化合物及び組成物であって、PNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物及び組成物を提供する。
非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)は、脂肪肝から非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)及び硬変に至る多様な肝疾患を包含する。NAFLDは、有意なアルコール消費、脂肪生成薬又は遺伝性障害の非存在下での肝臓における5重量%を超える脂肪蓄積として定義される(非特許文献1)。
非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)は、炎症及び肝損傷の徴候を有するNAFLDである。NASHは、大滴性脂肪肝、肝細胞風船化及び小葉の炎症性浸潤により組織学的に定義されている(非特許文献2)。NASHは、一般集団の2~3%が発症すると推定されている。肥満症又は糖尿病等の他の病態の存在下では、推定有病率は、それぞれ7%及び62%に増大する(非特許文献3)。
PNPLA3は、ER中及び脂質液滴上に発現するパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有ファミリーの481アミノ酸メンバーである。ヒトでは、PNPLA3は、肝臓内で高く発現するが、脂肪組織発現は、5分の1である(非特許文献4)。
Kotronen et al,Arterioscler Thromb.Vasc.Biol.2008,28:27-38
Sanyal,Hepatol.Res.2011.41:670-4
Hashimoto et al,J.Gastroenterol.2011.46(1):63-69
Huang et al,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 2010.107:7892-7
本明細書に提供される特定の実施形態は、細胞又は動物におけるPNPLA3 mRNAの量又は活性を低下させるための、また特定の実施形態ではPNPLA3タンパク質の量を減少させるための化合物及び方法である。特定の実施形態では、動物は、肝疾患を有する。特定の実施形態では、疾患は、NASHである。特定の実施形態では、疾患は、NAFLDである。特定の実施形態では、疾患は、脂肪肝である。特定の実施形態では、疾患は、肝硬変である。特定の実施形態では、疾患は、肝細胞癌である。特定の実施形態では、疾患は、アルコール性肝疾患である。特定の実施形態では、疾患は、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)である。特定の実施形態では、疾患は、HCV肝炎である。特定の実施形態では、疾患は、慢性肝炎である。特定の実施形態では、疾患は、遺伝性ヘモクロマトーシスである。特定の実施形態では、疾患は、原発性硬化性胆管炎である。本明細書に提供される特定の化合物は、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させる化合物及び組成物に関する。
本明細書に提供される特定の実施形態は、肝疾患を処置するか、予防するか、寛解させるか、又はその進行を緩徐化するのに有用であり得る、PNPLA3発現を阻害するのに有用な強力且つ忍容可能な化合物及び組成物に関する。本明細書に提供される特定の実施形態は、公開された化合物よりも強力であり又はより治療的価値が高い化合物及び組成物に関する。
前述した概要及び以下の詳細な説明の両方は、単なる例示及び説明であり、特許請求される実施形態を限定するものではないことを理解するべきである。本明細書において、単数の使用は、別途記述されない限り複数を含む。本明細書において使用される「又は」の使用は、別途記述されない限り「及び/又は」を意味する。さらに、用語「含んでいる」並びに「含む」及び「含まれる」等の他の形態の使用は、限定するものではない。
本明細書において使用されるセクションの見出しは、構成目的のものにすぎず、記載される主題を限定するものと解釈すべきではない。本出願において引用される全ての文献又は文献の一部、例として、限定されるものではないが、特許、特許出願、論説、書籍、論文並びにGenBank及びNCBIリファレンス配列記録は、参照により、本明細書において考察される文献の一部について及び全体として本明細書に明示的に組み込まれる。
本明細書に含まれる例の各配列番号に示す配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合又は核酸塩基に対する任意の修飾とは独立していることが理解される。従って、配列番号により規定される化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合又は核酸塩基に対する1つ以上の修飾を含み得る。ION番号により記述される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾及びモチーフの組み合わせを示す。
定義
別途示さない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
別途示さない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「2’-デオキシヌクレオシド」は、天然存在のデオキシリボ核酸(DNA)中に見出される、2’-H(H)フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、2’-デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得るか、又はRNA核酸塩基(ウラシル)を含み得る。
「2’-O-メトキシエチル」(また2’-MOE)は、リボシル環の2’-OH基の代わりの2’-O(CH2)2-OCH3)を指す。2’-O-メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「2’-MOEヌクレオシド」(2’-O-メトキシエチルヌクレオシドとも称される)は、2’-MOE修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「2’-置換ヌクレオシド」又は「2-修飾ヌクレオシド」は、2’-置換又は2’-修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される糖部分に関する「2’-置換」又は「2-修飾」は、H又はOH以外の少なくとも1つの2’-置換基を含む糖部分を意味する。
「3’標的部位」は、特定の化合物の最も3’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「5’標的部位」は、特定の化合物の最も5’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「5-メチルシトシン」は、5位に付着しているメチル基を有するシトシンを意味する。
「約」は、値の±10%以内を意味する。例えば、「化合物がPNPLA3の70%の阻害をもたらした」と記述される場合、PNPLA3レベルが60%及び80%の範囲内で阻害されることが意味される。
「投与」又は「投与すること」は、本明細書に提供される化合物又は組成物を個体に導入してその目的の機能を実施する経路を指す。使用することができる投与経路の一例としては、限定されるものではないが、非経口投与、例えば皮下、静脈内又は筋肉内注射又は注入が挙げられる。
「同時に投与される」又は「共投与」は、両方の薬理学的効果が患者内で現れる、2つ以上の化合物の任意の方法での投与を意味する。同時投与は、両方の化合物が単一の医薬組成物中において、同じ剤形において、同じ投与経路により又は同時に投与されることを必要としない。両方の化合物の効果は、同時に現れる必要はない。効果は、ある期間重なる必要があるのみであり、同一の広がりを有する必要はない。同時投与又は共投与は、並行又は順次の投与を包含する。
「寛解」は、関連する疾患、障害又は状態の少なくとも1つの指標、徴候又は症状の改善又は減少を指す。特定の実施形態では、寛解は、状態又は疾患の1つ以上の指標の進行又は重症度における遅延又は緩徐化を含む。指標の進行又は重症度は、当業者に既知の客観的又は主観的尺度により決定され得る。
「動物」は、ヒト又は非ヒト動物、例として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ及び非ヒト霊長類、例として、限定されるものではないが、サル及びチンパンジーを指す。
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び/又は計測可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的に対するアンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベル又は標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸又はそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量又は発現の減少である。
「アンチセンス化合物」は、オリゴヌクレオチド及び任意選択的に1つ以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、一本鎖及び二本鎖化合物、例えばオリゴヌクレオチド、リボザイム、siRNA、shRNA、ssRNA及び占有を基礎とする化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」は、アンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
「アンチセンス機序」は、ハイブリダイゼーションのアウトカム又は効果が、例えば、転写又はスプライシングを含む細胞機構が付随的に失速する標的分解又は標的占有のいずれかである、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを含む全ての機序である。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに特異的にハイブリダイズ可能である。
「二環式ヌクレオシド」又は「BNA」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「二環式糖」又は「二環式糖部分」は、2つの環を含む修飾糖部分(第2の環が、第1の環中の原子の2つを連結する架橋を介して形成されており、それにより、二環構造を形成している)を意味する。特定の実施形態において、二環式糖部分の第1の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
「分枝鎖基」は、少なくとも3つの基への共有結合を形成し得る少なくとも3つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態において、分枝鎖基は、コンジュゲートリンカー及び/又は開裂可能部分を介してテザー化リガンドをオリゴヌクレオチドに連結するための複数の反応性部位を提供する。
「細胞標的化部分」は、1つ又は複数の特定の細胞タイプに結合し得るコンジュゲート基又はコンジュゲート基の一部を意味する。
「cEt」又は「拘束エチル」は、二環式糖の第2の環が、4’-炭素と2’-炭素とを連結する架橋により形成され、架橋は、式:4-CH(CH3)-O-2’を有し、架橋のメチル基は、S立体配置にある、リボシル二環式糖部分を意味する。
「cEtヌクレオシド」は、cEt修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
化合物中の「化学修飾」は、その化合物中の単位のいずれかの、そのような単位の元々の状態に対する、化学反応を介する置換又は変化を説明する。「修飾ヌクレオシド」は、修飾糖部分及び/又は修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖及び/又は修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「化学的に区別される領域」は、ある意味で同一の化合物の別の領域と化学的に異なる化合物の領域を指す。例えば、2’-O-メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、2’-O-メトキシエチル修飾を有さないヌクレオチドを有する領域と化学的に区別される。
「キメラアンチセンス化合物」は、それぞれの位置が複数の下位単位を有する少なくとも2つの化学的に区別される領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「開裂可能結合」は、分割され得る任意の化学結合を意味する。特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方又は両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、ジスルフィド又はペプチドの中から選択される。
「開裂可能部分」は、生理学的条件下において、例えば細胞、動物又はヒト内部で開裂される結合又は原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関する「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチド又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列に、これら2つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチすることを意味する。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対:アデニン(A)及びチミン(T)、アデニン(A)及びウラシル(U)、シトシン(C)及びグアニン(G)並びに5-メチルシトシン(mC)及びグアニン(G)に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び/又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有することを必要とせず、1つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。対照的に、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」又は「100%相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有することを意味する。
「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドに付着している原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに付着させるコンジュゲートリンカーとを含む。
「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも1つの結合を含む原子団を意味する。
「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着した原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関連して、「連続」は、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分又はヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」は、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
「設計すること」又は「~ために設計する」は、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズする化合物を設計するプロセスを指す。
「希釈剤」は、薬理活性を欠くが、薬学的に必要であるか又は所望される組成物中の成分を意味する。例えば、注射される組成物中の希釈剤は、液体、例えば生理食塩水溶液であり得る。
「示差的に修飾されている」は、修飾の不存在を含む、互いに異なる化学修飾又は化学置換基を意味する。従って、例えば、MOEヌクレオシド及び非修飾DNAヌクレオシドは、DNAヌクレオシドが非修飾であっても、「示差的に修飾されている」。同様に、DNA及びRNAは、両方が天然存在の非修飾ヌクレオシドであっても、「示差的に修飾されている」。異なる核酸塩基を含むことを除いて同一であるヌクレオシドは、示差的に修飾されていない。例えば、2’-OMe修飾糖及び非修飾アデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、2’-OMe修飾糖及び非修飾チミン核酸塩基を含むヌクレオシドとは、示差的に修飾されていない。
「用量」は、単回投与で又は特定の期間内に提供される化合物又は医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態では、用量は、2つ以上のボーラス、錠剤又は注射で投与され得る。例えば、皮下投与が所望される特定の実施形態では、所望の用量は、単回注射では容易に対応できない容積を必要とし得る。そのような実施形態では、2回以上の注射を用いて所望の用量を達成し得る。特定の実施形態では、用量は、個体における注射部位反応を最小限にするために2回以上の注射で投与され得る。別の実施形態では、化合物又は医薬品は、長期間にわたる注入により又は持続的に投与される。用量は、1時間、1日、1週間又は1か月当たりの医薬品の量として示され得る。
「投与レジメン」は、1つ以上の所望の効果を達成するために設計された用量の組み合わせである。
「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二本鎖を形成する2つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物であって、前記2つのオリゴマー化合物の一方は、オリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を意味する。
「有効量」は、化合物を必要とする個体における所望の生理学的転帰を実現するのに十分な化合物の量を意味する。有効量は、処置される個体の健康及び体調、処置される個体の分類学的グループ、組成物の配合、個体の医学的状態の評価並びに他の関連因子に応じて個体間で変動し得る。
「有効性」は、所望の効果を生じる能力を意味する。
「発現」は、遺伝子のコード情報が、細胞中に存在し、細胞中で作動する構造に変換される全ての機能を含む。このような構造としては、限定されるものではないが、転写及び翻訳の産物が挙げられる。
「ギャップマー」は、1つ以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置する、RNアーゼH開裂を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシド又はヌクレオチドと化学的に区別される。内部領域は、「ギャップ」と称することができ、外部領域は、「ウイング」と称することができる。
「ハイブリダイゼーション」は、オリゴヌクレオチド及び/又は核酸のアニーリングを意味する。特定の機構に限定するものではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機構は、相補的な核酸塩基間のワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合を含む。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンス化合物及び核酸標的が挙げられる。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド及び核酸標的が挙げられる。
「直接隣接する」は、同じ種類の直接隣接する要素間において、介在する要素が存在しない(例えば、直接隣接する核酸塩基間において、介在する核酸塩基が存在しない)ことを意味する。
「個体」は、処置又は治療のために選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
「発現又は活性を阻害すること」は、未処理又は対照サンプルにおける活性の発現に対する発現又は活性の低下又は妨害を指し、必ずしも発現又は活性の完全な排除を示すものではない。
「ヌクレオチド間結合」は、オリゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオシド間の共有結合を形成する基又は結合を意味する。「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然存在のホスフェートヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非ホスフェート結合は、本明細書では修飾ヌクレオシド間結合と称される。
「延長オリゴヌクレオチド」は、本開示のオリゴヌクレオチド、例えば親オリゴヌクレオチドに対して1つ以上の追加のヌクレオシドを有するものである。
「結合ヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合により一緒に結合している隣接ヌクレオシドを意味する。
「リンカー-ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に結合するヌクレオシドを意味する。リンカー-ヌクレオシドは、化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカー-ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドと連続していても、化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部と見なされない。
「ミスマッチ」又は「非相補的」は、第1及び第2のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第2のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でない第1のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、核酸塩基、例として、限定されるものではないが、ユニバーサル核酸塩基、イノシン及びヒポキサンチンは、少なくとも1つの核酸塩基とハイブリダイズし得るが、それがハイブリダイズした核酸塩基に対して依然としてミスマッチ又は非相補的である。別の例として、第1及び第2のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第2のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基にハイブリダイズし得ない第1のオリゴヌクレオチドの核酸塩基は、ミスマッチ又は非相補的核酸塩基である。
「モジュレートすること」は、細胞、組織、臓器又は生物における特徴を変化させるか又は調整することを指す。例えば、PNPLA3 RNAをモジュレートすることは、細胞、組織、臓器又は生物中のPNPLA3 RNA及び/又はPNPLA3タンパク質のレベルを増加又は減少させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、臓器又は生物中の変化をもたらす。例えば、PNPLA3化合物は、細胞、組織、臓器又は生物中のPNPLA3 RNA及び/又はPNPLA3タンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
「MOE」は、メトキシエチルを意味する。
「モノマー」は、オリゴマーの単一単位を指す。モノマーとしては、限定されるものではないが、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられる。
「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾及び/若しくは修飾糖部分、核酸塩基並びに/又はヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
「天然」又は「天然存在」は、天然で見出されるものを意味する。
「非二環式修飾糖」又は「非二環式修飾糖部分」は、糖の2つの原子を架橋して第2の環を形成しない、置換基等の修飾を含む修飾糖部分を意味する。
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成される分子を指す。核酸としては、限定されるものではないが、リボ核酸(RNA)、デオキシリボ核酸(DNA)、一本鎖核酸及び二本鎖核酸が挙げられる。
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対合し得る複素環式部分を意味する。本明細書において使用される「天然存在の核酸塩基」は、アデニン(A)、チミン(T)、シトシン(C)、ウラシル(U)及びグアニン(G)である。「修飾核酸塩基」は、化学的に修飾された天然存在の核酸塩基である。「ユニバーサル塩基」又は「ユニバーサル核酸塩基」は、天然存在の核酸塩基及び修飾核酸塩基以外の核酸塩基であり、任意の核酸塩基と対合することができる。
「核酸塩基配列」は、いかなる糖又はヌクレオシド間結合からも独立した核酸又はオリゴヌクレオチドにおける連続核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して、非修飾であるか又は修飾されている。「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基及び/又は修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドは、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドを含む。
「オリゴマー化合物」は、単一オリゴヌクレオチド及び任意選択的に1つ以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。
「オリゴヌクレオチド」は、互いに独立してそれぞれ修飾又は非修飾であり得る結合ヌクレオシドのポリマーを意味する。別途示されない限り、オリゴヌクレオチドは、8~80個の結合ヌクレオシドからなる。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも1つの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。「非修飾オリゴヌクレオチド」は、いずれの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
「親オリゴヌクレオチド」は、配列が、異なる長さ、モチーフ及び/又は化学構造を除いて類似する配列のより多くのオリゴヌクレオチドのための設計の基礎として使用されるオリゴヌクレオチドを意味する。新たに設計されるオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドと同一の又は重複する配列を有し得る。
「非経口投与」は、注射又は注入を介した投与を意味する。非経口投与は、皮下投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、腹腔内投与又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内又は脳室内投与を含む。
「薬学的に許容され得る担体又は希釈剤」は、個体への投与に使用するのに好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容され得る担体は、PBS又は注射用蒸留水等の無菌水溶液であり得る。
「薬学的に許容され得る塩」は、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチド等の化合物の生理学的及び薬学的に許容され得る塩、すなわち親化合物の所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性学的効果を親化合物に与えない塩を意味する。
「医薬品」は、個体に投与された際に治療的利益を提供する化合物を意味する。
「医薬組成物」は、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、1つ以上の化合物又はその塩及び無菌水溶液を含み得る。
「ホスホロチオエート結合」は、非架橋酸素原子の1つが硫黄原子で置き換えられた修飾ホスフェート結合を意味する。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態において、リン部分は、モノ、ジ若しくはトリホスフェート又はホスホロチオエートを含む。
「部分」は、規定数の核酸の連続(すなわち結合)核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、規定数の標的核酸の連続核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、規定数のオリゴマー化合物の連続核酸塩基である。
「予防する」は、数分~無制限の期間、疾患、障害又は状態の開始、発生又は進行を遅延させるか又は未然に防ぐことを指す。
「プロドラッグ」は、個体に投与された際に身体又はその細胞内で別の形態に代謝される、身体外の形態の化合物を意味する。特定の実施形態では、代謝された形態は、化合物(例えば、薬物)の活性な又はより活性な形態である。典型的には、体内でのプロドラッグの変換は、細胞若しくは組織内に存在する酵素(例えば、内因性若しくはウイルス酵素)若しくは化学物質の作用及び/又は生理学的状態により促進される。
「減少させる」は、より小さい程度、サイズ、量又は数にすることを意味する。
「RefSeq No.」は、配列が特定の標的転写産物(例えば、標的遺伝子)に関するものであることを示すために配列に割り当てられる、文字と数字との一意の組み合わせである。標的遺伝子に関するそのような配列及び情報(集合的に遺伝子記録)は、遺伝子配列データベースに見出すことができる。遺伝子配列データベースは、NCBI参照配列データベース、ジェンバンク、欧州ヌクレオチドアーカイブ及び日本DNAデータバンク(後者の3つは、国際塩基配列データベース協力体制(International Nucleotide Sequence Database Collaboration)、すなわちINSDCを形成する)を含む。
「領域」は、少なくとも1つの識別可能な構造、機能又は特性を有する標的核酸の部分として定義される。
「RNAi化合物」は、少なくとも部分的に、RISC又はAgo2を介するが、RNアーゼHを介さずに作用して標的核酸及び/又は標的核酸によりコードされるタンパク質をモジュレートするアンチセンス化合物を意味する。RNAi化合物としては、限定されるものではないが、二本鎖siRNA、一本鎖RNA(ssRNA)及びマイクロRNA、例として、マイクロRNA模倣体が挙げられる。
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さい又は下位の一部として定義される。
「副作用」は、処置に起因する、所望の効果以外の生理学的疾患及び/又は状態を意味する。特定の実施形態では、副作用は、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパチー及び倦怠感を含む。例えば、血清中の増加したアミノトランスフェラーゼレベルは、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。例えば、増加したビリルビンは、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。
化合物に関する「一本鎖」は、化合物が1本のオリゴヌクレオチドのみを有することを意味する。「自己相補的」は、少なくとも部分的にそれ自体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。1つのオリゴヌクレオチドからなり、オリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖化合物は、相補的化合物に結合して二本鎖を形成し得る。
「部位」は、標的核酸内のユニークな核酸塩基位置と定義される。
「特異的にハイブリダイズ可能」は、非標的核酸に対して最小限の効果を示すか又は全く示さずに、所望の効果を誘導するのに十分なオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の相補性の程度を有するオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態において、特異的ハイブリダイゼーションは、生理学的条件下で生じる。
標的核酸を参照した「特異的に阻害する」は、非標的核酸に対してより少ない又は最小限の効果を示すか又は全く示さずに、標的核酸の発現を低減又は遮断することを意味する。低減は、必ずしも標的核酸の発現の完全な排除を示すわけではない。
「標準的な細胞アッセイ」は、実施例に記載されるアッセイ及びその妥当なバリエーションを意味する。
「標準的なインビボ実験」は、実施例に記載される手順及びその妥当なバリエーションを意味する。
同一の分子式の分子の集団に関連して、「立体無作為性キラル中心」は、無作為の立体化学配置を有するキラル中心を意味する。例えば、立体無作為性キラル中心を含む分子の集団において、(S)立体配置の立体無作為性キラル中心を有する分子の数は、(R)立体配置の立体無作為性キラル中心を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じではない。キラル中心の立体化学配置は、立体化学配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合、無作為であると考えられる。特定の実施形態では、立体無作為性キラル中心は、立体無作為性ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
「糖部分」は、非修飾糖部分又は修飾糖部分を意味する。「非修飾糖部分」又は「非修飾糖」は、RNAに見られる2’-OH(H)リボシル部分(「非修飾RNA糖部分」)又はDNAに見られる2’-H(H)部分(「非修飾DNA糖部分」)を意味する。「修飾糖部分」又は「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分又は糖代替物を意味する。「修飾されたフラノシル糖部分」は、非修飾糖部分の少なくとも1つの水素又はヒドロキシルの代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、修飾フラノシル糖部分は、2’-置換糖部分である。このような修飾フラノシル糖部分としては、二環式糖及び非二環式糖が挙げられる。
「糖代替物」は、核酸塩基をオリゴヌクレオチド内の別の基、例えばヌクレオシド間結合、コンジュゲート基又は末端基に結合させ得るフラノシル部分以外のものを有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の1つ以上の位置に取り込むことができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的な化合物又は核酸にハイブリダイズし得る。
「相乗作用」又は「相乗する」は、同じ用量の各構成成分の単独の効果の相加よりも大きい組み合わせの効果を指す。
「PNPLA3」は、PNPLA3の任意の核酸又はタンパク質を意味する。「PNPLA3核酸」は、PNPLA3をコードする任意の核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、PNPLA3核酸は、PNPLA3をコードするDNA配列、PNPLA3をコードするDNA(イントロン及びエクソンを含むゲノムDNAを含む)から転写されたRNA配列及びPNPLA3をコードするmRNA配列を含む。「PNPLA3 mRNA」は、PNPLA3タンパク質をコードするmRNAを意味する。標的は、大文字又は小文字のいずれかで参照され得る。
「PNPLA3特異的阻害剤」は、PNPLA3 RNA及び/又はPNPLA3タンパク質の発現又は活性を分子レベルで特異的に阻害することが可能な任意の薬剤を指す。例えば、PNPLA3特異的阻害剤は、PNPLA3 RNA及び/又はPNPLA3タンパク質の発現を阻害することが可能な核酸(アンチセンス化合物を含む)、ペプチド、抗体、小分子及び他の薬剤を含む。
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
「標的化すること」は、所望の効果を誘導するための、標的核酸に対する化合物の特異的なハイブリダイゼーションを意味する。
「標的核酸」、「標的RNA」、「標的RNA転写産物」及び「核酸標的」は、全て本明細書に記載される化合物が標的とし得る核酸を意味する。
「標的領域」は、1つ以上の化合物が標的とする標的核酸の部分を意味する。
「標的セグメント」は、化合物が標的化される標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「5’標的部位」は、標的セグメントの最も5’側のヌクレオチドを指す。「3’標的部位」は、標的セグメントの最も3’側のヌクレオチドを指す。
「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合している化学基又は原子団を意味する。
「治療的有効量」は、治療的利益を個体に提供する化合物、医薬品又は組成物の量を意味する。
「処置する」は、動物における疾患、障害又は状態の変化又は改善を達成するために化合物又は医薬組成物を動物に投与することを指す。
特定の実施形態
特定の実施形態は、PNPLA3(PNPLA3)発現を阻害するための方法、化合物及び組成物を提供する。
特定の実施形態は、PNPLA3(PNPLA3)発現を阻害するための方法、化合物及び組成物を提供する。
特定の実施形態は、PNPLA3核酸を標的とする化合物を提供する。特定の実施形態では、PNPLA3核酸は、RefSeq又はジェンバンクアクセッションナンバーNM_025225.2(参照により組み込まれる、配列番号1として本明細書に開示);ヌクレオチド43921001~43954500から切断されたNC_000022.11(参照により組み込まれる、配列番号2として本明細書に開示);AK123806.1(参照により組み込まれる、配列番号3として本明細書に開示);BQ686328.1(参照により組み込まれる、配列番号4として本明細書に開示);BF762711.1(参照により組み込まれる、配列番号5として本明細書に開示);DA290491.1(参照により組み込まれる、配列番号6として本明細書に開示);並びに配列番号7、8、9及び10としてリストされる配列に示される配列を有する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態では、化合物は、16個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。
特定の実施形態は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号2の核酸塩基5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620、13697~13733、20553~20676、20664~20824、20553~20824及び25844~25912内に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3核酸のヌクレオチド5567~5620を標的化する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号2の核酸塩基配列を有するPNPLA3核酸のヌクレオチド5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620内を標的化する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号2の核酸塩基配列を有するPNPLA3核酸のヌクレオチド5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620内の等長部分に相補的な少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15又は16個の連続核酸塩基部分を有する。特定の実施形態では、これらの化合物は、アンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つの少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15又は16個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、PNPLA3を標的とする化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。下記の実施例セクションに記載されるようにスクリーニングされた2,384を超える化合物のうち、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736及び975612は、トップリード化合物として浮上した。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも1つの修飾糖及び/又は少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも1つの修飾糖を含む。特定の実施形態では、少なくとも1つの修飾糖は、2’-O-メトキシエチル基を含む。特定の実施形態では、少なくとも1つの修飾糖は、4’-CH(CH3)-O-2’基、4’-CH2-O-2’基又は4’-(CH2)2-O-2’基等の二環式糖である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、例えばホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも1つの修飾核酸塩基、例えば5-メチルシトシンを含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列からなる核酸塩基配列を有する。
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列からなる核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する、12~30個の結合核酸塩基の長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドからなる。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンである。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンであり;コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に位置し、且つ
である。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンであり;コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に位置し、且つ
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物又はオリゴヌクレオチドは、PNPLA3をコードする核酸に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%又は100%相補的であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。特定の実施形態では、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり、且つリボヌクレオチドを含む。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、8~80、10~30、12~50、13~30、13~50、14~30、14~50、15~30、15~50、16~30、16~50、17~30、17~50、18~22、18~24、18~30、18~50、19~22、19~30、19~50又は20~30個の結合ヌクレオシドの長さであり得る。特定の実施形態では、化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも1つのN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、少なくとも2つのN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)又は少なくとも3個のN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)を含む。
特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物又は組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの薬学的に許容され得る塩を含む。特定の実施形態では、塩は、ナトリウム塩である。特定の実施形態では、塩は、カリウム塩である。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、2μM未満、1.5μM未満、1μM未満、0.9μM未満、0.8μM未満、0.7μM未満、0.6μM未満、0.5μM未満、0.4μM未満、0.3μM未満、0.2μM未満、0.1μM未満、0.05μM未満、0.04μM未満、0.03μM未満、0.02μM未満又は0.01μM未満の少なくとも1つのインビトロIC50を有するために活性である。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物に対して4倍、3倍若しくは2倍以下のアラニントランスアミナーゼ(ALT)若しくはアスパラギン酸トランスアミナーゼ(AST)値の上昇又は対照動物と比較して30%、20%、15%、12%、10%、5%若しくは2%以下の肝臓、脾臓若しくは腎臓重量の増加の少なくとも一方を有することにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較してALT又はASTの上昇がないことにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較して肝臓、脾臓又は腎臓重量の増加がないことにより示されるように忍容性が高い。
特定の実施形態は、前述した実施形態のいずれかの化合物又はその薬学的に許容され得る任意の塩及び薬学的に許容され得る担体又は希釈剤の少なくとも一方を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は、約40センチポアズ(cP)未満、約30センチポアズ(cP)未満、約20センチポアズ(cP)未満、約15センチポアズ(cP)未満又は約10センチポアズ(cP)未満の粘度を有する。特定の実施形態では、前述した粘度のいずれかを有する組成物は、約100mg/mL、約125mg/mL、約150mg/mL、約175mg/mL、約200mg/mL、約225mg/mL、約250mg/mL、約275mg/mL又は約300mg/mLの濃度の本明細書に提供される化合物を含む。特定の実施形態では、前述した粘度及び/又は化合物濃度のいずれかを有する組成物は、室温又は約20℃、約21℃、約22℃、約23℃、約24℃、約25℃、約26℃、約27℃、約28℃、約29℃若しくは約30℃の温度を有する。
特定の適応症
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるPNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る、標的PNPLA3を標的とする化合物の投与によってPNPLA3発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドであり得る。
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるPNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る、標的PNPLA3を標的とする化合物の投与によってPNPLA3発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドであり得る。
本明細書に提供される方法を用いて処置可能、予防可能及び/又は寛解可能である、PNPLA3に関連した疾患の例としては、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎が挙げられる。本明細書に提供される特定の化合物は、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させる化合物及び組成物に関する。
特定の実施形態では、個体におけるPNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法は、個体に、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む。特定の実施形態では、個体は、PNPLA3に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、硬変、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。
特定の実施形態では、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法は、個体に、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。特定の実施形態では、個体は、PNPLA3に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。
特定の実施形態では、PNPLA3に関連した疾患を有するか又は有するリスクがある個体におけるPNPLA3の発現を阻害する方法は、個体に、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより個体におけるPNPLA3の発現を阻害することを含む。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝臓におけるPNPLA3の発現を阻害する。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、個体は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、個体は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。
特定の実施形態では、細胞におけるPNPLA3の発現を阻害する方法は、細胞を、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物と接触させ、それにより細胞におけるPNPLA3の発現を阻害することを含む。特定の実施形態では、細胞は、肝細胞である。特定の実施形態では、細胞は、肝臓におけるものである。特定の実施形態では、細胞は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を有するか又は有するリスクがある個体の肝臓におけるものである。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態では、PNPLA3に関連した疾患を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害する方法は、個体に、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害することを含む。特定の実施形態では、個体は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、個体は、PNPLA3に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。
特定の実施形態は、PNPLA3に関連した疾患の処置における使用のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。
特定の実施形態は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積の減少又は阻害における使用のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、PNPLA3に関連した疾患の処置のための医薬の製造又は調製のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態は、PNPLA3に関連した疾患の処置のための医薬の調製のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、疾患は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、PNPLA3に関連した肝疾患を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害するための医薬の製造又は調製のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態では、肝疾患は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態は、PNPLA3に関連した疾患の処置のための医薬の調製のための、PNPLA3特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、PNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、12~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する16~30個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ION 975616、994284、975605、994282、975613、975617、975735、975736又は975612である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、PNPLA3を標的とし得る。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば8~80個の結合ヌクレオシドの長さ、10~30個の結合ヌクレオシドの長さ、12~30個の結合ヌクレオシドの長さ又は20個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1~10に列挙された核酸塩基配列のいずれかに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも1つの修飾糖及び/又は少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖又は2’-O-メトキシエチル修飾糖であり、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメント及び3’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の実施形態のいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、12~30、15~30、15~25、15~24、16~24、17~24、18~24、19~24、20~24、19~22、20~22、16~20又は16若しくは20個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1~10に列挙した核酸塩基配列のいずれかに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、16~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
結合2’デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
結合2’デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する16個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、5’ウイングセグメントと3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、非経口的に投与され得る。例えば、特定の実施形態では、化合物は、注射又は注入を介して投与され得る。非経口投与は、皮下投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、腹腔内投与又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内又は脳室内投与を含む。
特定の化合物
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、化合物又はアンチセンス化合物は、一本鎖である。そのような一本鎖化合物又はアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、そのようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基を含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的な核酸塩基配列を含む。
特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第1の修飾オリゴヌクレオチドと、第1の修飾オリゴヌクレオチドに相補的な領域を有する第2の修飾オリゴヌクレオチドとを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、RNAオリゴヌクレオチドである。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド中のチミン核酸塩基は、ウラシル核酸塩基で置き換えられている。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの1つは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの両方は、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第1の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第2の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第1の修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さであり、第2の修飾オリゴヌクレオチドは、16~30個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの1つは、配列番号17~2169のいずれかの少なくとも8個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第1のオリゴマー化合物と、第1のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第2のオリゴマー化合物とを含む。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第1のオリゴマー化合物は、一般に修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基を含むか又はそれらからなる。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第2のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾又は非修飾であり得る。二本鎖アンチセンス化合物のいずれか又は両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含むことができる。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、非相補的なオーバーハンギングヌクレオシドを含むことができる。
一本鎖及び二本鎖化合物の例としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド、siRNAs、オリゴヌクレオチドを標的とするマイクロRNA及び一本鎖RNAi化合物、例えば小ヘアピンRNAs(shRNAs)、一本鎖siRNAs(ssRNAs)及びマイクロRNA模倣物が挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、5’から3’の方向に記述された場合、標的化される標的核酸の標的セグメントの逆相補配列を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、12~30個の結合サブユニットの長さのオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、12~22結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、14~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、14~20結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、15~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、15~20結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、16~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、16~20結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、17~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、17~20結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、18~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、18~20個の結合サブユニットの長さのオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、20~30結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。換言すれば、そのようなオリゴヌクレオチドは、それぞれ12~30結合サブユニット、14~30結合サブユニット、14~20サブユニット、15~30サブユニット、15~20サブユニット、16~30サブユニット、16~20サブユニット、17~30サブユニット、17~20サブユニット、18~30サブユニット、18~20サブユニット又は20~30サブユニット長である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、14結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、16結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、17結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、18結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、19結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、20結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。別の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、8~80、12~50、13~30、13~50、14~30、14~50、15~30、15~50、16~30、16~50、17~30、17~50、18~22、18~24、18~30、18~50、19~22、19~30、19~50又は20~30結合サブユニットのオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、本明細書に記載される化合物は、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30又は上記の値の任意の2つにより規定される範囲の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、結合サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド又は核酸塩基である。
特定の実施形態において、化合物は、オリゴヌクレオチドに付着した、コンジュゲート基等の追加の特徴部又は要素をさらに含むことができる。特定の実施形態において、そのような化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、そのような化合物は、オリゴマー化合物である。コンジュゲート基がヌクレオシド(すなわちコンジュゲート基をオリゴヌクレオチドに結合するヌクレオシド)を含む実施形態では、コンジュゲート基のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに数えられない。
特定の実施形態において、化合物は、短縮又はトランケートされ得る。例えば、単一サブユニットは、5’末端から(5’トランケーション)又は代替的に3’末端から(3’トランケーション)欠失し得る。PNPLA3核酸を標的とする短縮又はトランケート化合物は、化合物の5’末端から2つのサブユニットを欠失し得るか、又は代替的に3’末端から2つのサブユニッを欠失し得る。代替的に、欠失されるヌクレオシドは、化合物全体にわたり分散し得る。
単一の追加のサブユニットが延長化合物中に存在する場合、追加のサブユニットは、化合物の5’又は3’末端に位置することができる。2つ以上の追加のサブユニットが存在する場合、追加されたサブユニットは、互いに隣接し、例えば化合物中で2つのサブユニットが化合物の5’末端に加えられる(5’付加)か、又は代替的に3’末端に加えられ得る(3’付加)。代替的に、追加されたサブユニットは、化合物全体に分散され得る。
活性を排除せずに、オリゴヌクレオチド等の化合物の長さを増加若しくは減少させ、且つ/又はミスマッチ塩基を導入することが可能である(Woolf et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1992,89:7305-7309;Gautschi et al.J.Natl.Cancer Inst.March 2001,93:463-471;Maher and Dolnick Nuc.Acid.Res.1988,16:3341-3358)。しかしながら、オリゴヌクレオチド配列、化学構造及びモチーフの一見小さい変化が、臨床開発に要求される多くの特性の1つ以上の大きい差異をもたらし得る(Seth et al.J.Med.Chem.2009,52,10;Egli et al.J.Am.Chem.Soc.2011,133,16642)。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、干渉RNA化合物(RNAi)であり、それとしては二本鎖RNA化合物(短鎖干渉RNA又はsiRNAとも称される)及び一本鎖RNAi化合物(又はssRNA)が挙げられる。このような化合物は、少なくとも部分的にRISC経路を介して機能して標的核酸を分解及び/又は封鎖する(従って、マイクロRNA/マイクロRNA模倣化合物が挙げられる)。本明細書において使用されるsiRNAという用語は、配列特異的RNAiを媒介し得る核酸分子、例えば短鎖干渉RNA(siRNA)、二本鎖RNA(dsRNA)、マイクロRNA(miRNA)、短鎖ヘアピンRNA(shRNA)、短鎖干渉オリゴヌクレオチド、短鎖干渉核酸、短鎖干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾siRNA、転写後遺伝子サイレンシングRNA(ptgsRNA)などを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。さらに、本明細書において使用される「RNAi」という用語は、配列特異的RNA干渉、例えば転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害又はエピジェネティクスを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるPNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり得る。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15又は16個の連続核酸塩基部分を含む第1の鎖及び第2の鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む第1の鎖及び第2の鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、第1の鎖が配列番号17~2169の任意の1つにおいてチミン(T)の代わりにウラシル(U)を有するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、(i)配列番号17~2169のいずれかが標的とするPNPLA3上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第1の鎖と、(ii)第2の鎖とを含む。特定の実施形態では、化合物は、糖の2’位がハロゲン(フッ素基等;2’-F)を含むか、又はアルコキシ基(メトキシ基等;2’-OMe)を含む1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、少なくとも1つの2’-F糖修飾及び少なくとも1つの2’-OMe糖修飾を含む。特定の実施形態では、少なくとも1つの2’-F糖修飾及び少なくとも1つの2’-OMe糖修飾は、dsRNA化合物の鎖に沿って少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の連続核酸塩基において交互パターンに配置されている。特定の実施形態では、化合物は、隣接するヌクレオチド間に天然存在のホスホジエステル結合以外の1つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第6,673,661号明細書に教示されているような化学的に修飾された核酸分子でもあり得る。別の実施形態では、化合物は、例えば、2000年4月19日出願の国際公開第00/63364号パンフレットにより開示されているような1つ又は2つのキャップされた鎖を含む。
特定の実施形態において、化合物の第1の鎖は、siRNAガイド鎖であり、化合物の第2の鎖は、siRNAパッセンジャー鎖である。特定の実施形態において、化合物の第2の鎖は、第1の鎖に相補的である。特定の実施形態において、化合物の各鎖は、16、17、18、19、20、21、22又は23個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態において、化合物の第1又は第2の鎖は、コンジュゲート基を含むことができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるPNPLA3を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、そのような化合物は、一本鎖RNAi(ssRNAi)化合物である。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15又は16個の連続核酸塩基部分を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169の任意の1つにおいてウラシル(U)がチミン(T)の代わりであるリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号17~2169のいずれかが標的とするPNPLA3上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。特定の実施形態では、化合物は、糖の2’位がハロゲン(フッ素基等;2’-F)を含むか、又はアルコキシ基(メトキシ基等;2’-OMe)を含む、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、少なくとも1つの2’-F糖修飾及び少なくとも1つの2’-OMe糖修飾を含む。特定の実施形態では、少なくとも1つの2’-F糖修飾及び少なくとも1つの2’-OMe糖修飾は、化合物の鎖に沿って少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の連続核酸塩基において交互パターンに配置されている。特定の実施形態では、化合物は、隣接するヌクレオチド間に天然存在のホスホジエステル結合以外の1つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第6,673,661号明細書に教示されているような化学的に修飾された核酸分子でもあり得る。別の実施形態では、化合物は、例えば、2000年4月19日出願の国際公開第00/63364号パンフレットにより開示されているようなキャップされた鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、16、17、18、19、20、21、22又は23個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、化合物は、コンジュゲート基を含み得る。
特定の機構
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸にハイブリダイズして、少なくとも1つのアンチセンス活性をもたらすことが可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、1つ以上の標的核酸に選択的に影響する。そのような化合物は、1つ以上の標的核酸にハイブリダイズして、1つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、且つ1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、又は望ましくない有意なアンチセンス活性をもたらすような方法で1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない、核酸塩基配列を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸にハイブリダイズして、少なくとも1つのアンチセンス活性をもたらすことが可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、1つ以上の標的核酸に選択的に影響する。そのような化合物は、1つ以上の標的核酸にハイブリダイズして、1つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、且つ1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、又は望ましくない有意なアンチセンス活性をもたらすような方法で1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない、核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載される化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらす。例えば、特定の本明細書に記載される化合物は、標的核酸のRNアーゼH媒介開裂をもたらす。RNアーゼHは、RNA:DNA二重鎖のRNA鎖を開裂させる細胞エンドヌクレアーゼである。このようなRNA:DNA二重鎖におけるDNAは、非修飾DNAである必要はない。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、RNアーゼH活性を誘発するために十分に「DNA様」である。さらに、特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ中1つ以上の非DNA様ヌクレオシドは、忍容される。
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載される化合物又は化合物の一部は、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)中に積まれ、最終的に標的核酸の開裂をもたらす。例えば、特定の本明細書に記載される化合物は、Argonauteによる標的核酸の開裂をもたらす。RISC中に積まれる化合物は、RNAi化合物である。RNAi化合物は、二本鎖(siRNA)又は一本鎖(ssRNA)であり得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂するタンパク質のリクルートメントをもたらさない。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変動をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質又は他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変動をもたらす。
アンチセンス活性は、直接又は間接的に観察することができる。特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察又は検出は、標的核酸若しくはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸若しくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化及び/又は細胞若しくは動物における表現型変化の観察又は検出を含む。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内因性RNA分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エクソン及び非翻訳領域を含むmRNA及びプレmRNAから選択される。特定の実施形態では、標的RNAは、mRNAである。特定の実施形態では、標的核酸は、プレmRNAである。特定のそのような実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン/エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内に少なくとも50%存在する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内因性RNA分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エクソン及び非翻訳領域を含むmRNA及びプレmRNAから選択される。特定の実施形態では、標的RNAは、mRNAである。特定の実施形態では、標的核酸は、プレmRNAである。特定のそのような実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン/エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内に少なくとも50%存在する。
PNPLA3をコードするヌクレオチド配列は、限定されるものではないが、以下を含む:RefSeq又はジェンバンクアクセッションナンバーNM_025225.2(参照により組み込まれる、配列番号1として本明細書に開示);ヌクレオチド43921001~43954500から切断されたジェンバンクアクセッションナンバーNC_000022.11(参照により組み込まれる、配列番号2として本明細書に開示);AK123806.1(参照により組み込まれる、配列番号3として本明細書に開示);BQ686328.1(参照により組み込まれる、配列番号4として本明細書に開示);BF762711.1(参照により組み込まれる、配列番号5として本明細書に開示);DA290491.1(参照により組み込まれる、配列番号6として本明細書に開示);並びに配列番号7、8、9及び10としてリストされる配列。
ハイブリダイゼーション
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示の化合物と、PNPLA3核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合(例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン型水素結合)を含む。
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示の化合物と、PNPLA3核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合(例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン型水素結合)を含む。
ハイブリダイゼーションは、変動条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存的であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質及び組成により決定される。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズするか否かを決定する方法は、当技術分野において周知である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物は、PNPLA3核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
相補性
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチド又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列に、この2つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対:アデニン(A)及びチミン(T)、アデニン(A)及びウラシル(U)、シトシン(C)及びグアニン(G)並びに5-メチルシトシン(mC)及びグアニン(G)に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び/又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、1つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的又は100%相補的である。
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチド又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその1つ以上の領域の核酸塩基配列に、この2つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対:アデニン(A)及びチミン(T)、アデニン(A)及びウラシル(U)、シトシン(C)及びグアニン(G)並びに5-メチルシトシン(mC)及びグアニン(G)に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び/又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、1つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的又は100%相補的である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。化合物とPNPLA3核酸との間の非相補的核酸塩基は、標的核酸に特異的にハイブリダイズできる状態のままである場合、忍容され得る。さらに、化合物は、PNPLA3核酸の1つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得るため、介在又は隣接セグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関与しない(例えば、ループ構造、ミスマッチ又はヘアピン構造)。
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物又はその特定の部分は、少なくとも70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは100%又はこれらまで、PNPLA3核酸、標的領域、標的セグメント又はその特定の部分に相補的である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物又はその特定の部分は、70%~75%、75%~80%、80%~85%、85%~90%、90%~95%、95%~100%又はこれらの範囲の任意の数、PNPLA3核酸、標的領域、標的セグメント又はその特定の部分に相補的である。標的核酸との化合物の相補性のパーセントは、日常的な方法を用いて決定することができる。
例えば、化合物の20核酸塩基のうちの18が標的領域に相補的であり、従って特異的にハイブリダイズする化合物は、90パーセント相補性を表すであろう。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、相補的な核酸塩基間にクラスター化又は散在し得、互いに又は相補的な核酸塩基に連続する必要はない。従って、標的核酸と完全に相補的な2つの領域に隣接する4つの非相補的核酸塩基を有する18核酸塩基長の化合物は、標的核酸と77.8%の全体的な相補性を有するであろう。標的核酸の領域との化合物のパーセント相補性は、当技術分野で既知のBLASTプログラム(ベーシックローカルアラインメント検索ツール)及びPowerBLASTプログラム(Altschul et al.,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410;Zhang and Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)を使用して定型的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセント又は相補性パーセントは、例えば、Smith及びWatermanのアルゴリズム(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)を使用するGapプログラム(Wisconsin Sequence Analysis Package,Version 8 for Unix,Genetics Computer Group,University Research Park,Madison Wis.)のデフォルト設定を使用して決定することができる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその特定の部分は、標的核酸又はその特定の部分に完全に相補的(すなわち100%相補的)である。例えば、化合物は、PNPLA3核酸又はその標的領域、若しくは標的セグメント、若しくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書において使用される「完全に相補的」は、化合物の各核酸塩基が標的核酸の対応する核酸塩基に相補的であることを意味する。例えば、20核酸塩基化合物は、その化合物に完全に相補的である、標的核酸の20核酸塩基部分が存在する限り、400核酸塩基長である標的配列に完全に相補的である。「完全に相補的な」は、第1及び/又は第2の核酸の特定の部分に関連して使用することもできる。例えば、30核酸塩基化合物の20核酸塩基部分は、400核酸塩基長である標的配列に「完全に相補的」であり得る。30核酸塩基化合物の20核酸塩基部分は、標的配列が、各核酸塩基が化合物の20核酸塩基部分に相補的な対応する20核酸塩基部分を有する場合、標的配列に完全に相補的である。同時に、30核酸塩基化合物の全体は、化合物の残りの10核酸塩基が標的配列に相補的であるか否かに応じて、標的配列に完全に相補的であってもなくてもよい。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に対してミスマッチされた1つ以上の核酸塩基を含む。特定のこのような実施形態において、標的に対するアンチセンス活性は、そのようなミスマッチにより低減されるが、非標的に対する活性の方がより低減される。従って、特定のこのような実施形態において、化合物の選択性が改善される。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の5’末端から1、2、3、4、5、6、7又は8位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の3’末端から9、8、7、6、5、4、3、2、1位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の5’末端から1、2、3又は4位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の3’末端から4、3、2又は1位に存在する。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有さないオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの5’末端から1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11又は12位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの3’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11又は12位に存在する。
非相補的核酸塩基の局在は、化合物の5’末端又は3’末端におけるものであり得る。代替的に、1つ又は複数の非相補的核酸塩基は、化合物の内部位置に存在し得る。2つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続的(すなわち結合している)又は非連続的であり得る。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメント中に局在する。
特定の実施形態において、11、12、13、14、15、16、17、18、19若しくは20個の核酸塩基長であるか、又は最大11、12、13、14、15、16、17、18、19若しくは20個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えばPNPLA3核酸又はその規定の一部に対して4つ以下、3つ以下、2つ以下又は1つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30個の核酸塩基長であるか、又は最大11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えばPNPLA3核酸又はその規定の一部に対して6つ以下、5つ以下、4つ以下、3つ以下、2つ以下又は1つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物としては、標的核酸の一部に相補的なものも挙げられる。本明細書において使用される「一部」は、標的核酸の領域又はセグメント内の定義された数の連続(すなわち結合している)核酸塩基を指す。「一部」は、化合物の定義された数の連続核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも8個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも9個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも10個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも11個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも12個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも13個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも14個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも15個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも16個の核酸塩基の一部に相補的である。標的セグメントの少なくとも9、10、17、18、19、20個若しくはそれより多い核酸塩基の一部又はそれらの値の任意の2つにより定義される範囲に相補的な化合物も企図される。
同一性
本明細書に提供される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号又は特定のION番号で表される化合物又はその一部に対して、規定されたパーセント同一性も有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書において使用される化合物は、同一の核酸塩基対合能力を有する場合、本明細書に開示した配列と同一である。例えば、開示されたDNA配列においてチミジンの代わりにウラシルを含むRNAは、ウラシル及びチミジンが両方ともアデニンと対合するため、DNA配列と同一であると見なされるであろう。本明細書に記載される化合物のより短い及び長い型並びに本明細書に提供される化合物に対して非同一の塩基を有する化合物も想定される。非同一塩基は、互いに隣接するか又は化合物全体に分散され得る。化合物のパーセント同一性は、それが比較される配列と同一の塩基対を有する塩基の数に従って計算される。
本明細書に提供される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号又は特定のION番号で表される化合物又はその一部に対して、規定されたパーセント同一性も有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書において使用される化合物は、同一の核酸塩基対合能力を有する場合、本明細書に開示した配列と同一である。例えば、開示されたDNA配列においてチミジンの代わりにウラシルを含むRNAは、ウラシル及びチミジンが両方ともアデニンと対合するため、DNA配列と同一であると見なされるであろう。本明細書に記載される化合物のより短い及び長い型並びに本明細書に提供される化合物に対して非同一の塩基を有する化合物も想定される。非同一塩基は、互いに隣接するか又は化合物全体に分散され得る。化合物のパーセント同一性は、それが比較される配列と同一の塩基対を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその部分は、本明細書に開示した化合物若しくは配列番号又はその部分の1つ以上に対して70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは100%同一であるか又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは100%同一である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号又は特定のION番号で表される化合物或いはその部分に対して約70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%又はそれらの値間の任意の百分率だけ同一であり、化合物は、1つ以上のミスマッチ核酸塩基を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの5’末端から1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11又は12位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの3’末端から2、3、4、5、6、7、8、9、10、11又は12位に存在する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の部分は、標的核酸の等長部分と比較される。特定の実施形態において、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの部分は、標的核酸の等長部分と比較される。特定の実施形態において、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
特定の修飾化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド(RNA又はDNA)又は修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾RNA又はDNAに対して少なくとも1つの修飾(すなわち少なくとも1つの修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/又は修飾核酸塩基を含む)及び/又は少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合)を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド(RNA又はDNA)又は修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾RNA又はDNAに対して少なくとも1つの修飾(すなわち少なくとも1つの修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/又は修飾核酸塩基を含む)及び/又は少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合)を含む。
A.修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分若しくは修飾核酸塩基又は修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分若しくは修飾核酸塩基又は修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
1.修飾糖部分
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式の修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他のタイプの修飾糖部分の置換に対応する1つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式の修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他のタイプの修飾糖部分の置換に対応する1つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、1つ以上の非環式置換基を含む非二環式修飾フラノシル糖部分を含み、その非環式置換基は、限定されるものではないが、2’、4’及び/又は5’位における置換基を含む。特定の実施形態では、フラノシル糖部分は、リボシル糖部分である。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の1つ以上の非環式置換基は、分枝鎖である。非二環式修飾糖部分に好適な2’-置換基の例としては、限定されるものではないが、2’-F、2’-OCH3(「OMe」又は「O-メチル」)及び2’-O(CH2)2OCH3(「MOE」)が挙げられる。特定の実施形態において、2’-置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1~C10アルコキシ、O-C1~C10置換アルコキシ、O-C1~C10アルキル、O-C1~C10置換アルキル、S-アルキル、N(Rm)-アルキル、O-アルケニル、S-アルケニル、N(Rm)-アルケニル、O-アルキニル、S-アルキニル、N(Rm)-アルキニル、O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリール、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)又はOCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)の中から選択され、式中、各Rm及びRnは、独立して、H、アミノ保護基又は置換若しくは非置換C1~C10アルキル及びCookらの米国特許第6,531,584号明細書;Cookらの米国特許第5,859,221号明細書;及びCookらの米国特許第6,005,087号明細書に記載されている2’-置換基である。これらの2’-置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ(NO2)、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中から独立して選択される1つ以上の置換基でさらに置換され得る。直鎖非二環式修飾糖部分に好適な4’-置換基の例としては、限定されるものではないが、アルコキシ(例えば、メトキシ)、アルキル及びManoharanらの国際公開第2015/106128号パンフレットに記載されているものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に好適な5’-置換基の例としては、限定されるものではないが、5’-メチル(R又はS)、5’-ビニル及び5’-メトキシが挙げられる。特定の実施形態において、非二環式修飾糖は、2つ以上の非架橋糖置換基、例えば2’-F-5’-メチル糖部分並びにMigawaらの国際公開第2008/101157号パンフレット及びRajeevらの米国特許出願公開第2013/0203836号明細書に記載されている修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、2’-置換ヌクレオシド又は2’-非二環式修飾ヌクレオシドは、F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH=CH2、OCH2CH=CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2及びN-置換アセトアミド(OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn))から選択される直鎖2’-置換基を含む糖部分を含み、それぞれのRm及びRnは、独立して、H、アミノ保護基又は置換若しくは非置換C1~C10アルキルである。
特定の実施形態において、2’-置換ヌクレオシド又は2’-非二環式修飾ヌクレオシドは、F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N-(CH3)2及びOCH2C(=O)-N(H)CH3(「NMA」)から選択される直鎖2’-置換基を含む糖部分を含む。
特定の実施形態において、2’-置換ヌクレオシド又は2’-非二環式修飾ヌクレオシドは、F、OCH3及びOCH2CH2OCH3から選択される直鎖2’-置換基を含む糖部分を含む。
修飾糖部分、例えば非二環式修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分上の置換の位置により称される。例えば、2’-置換又は2-修飾糖部分を含むヌクレオシドは、2’-置換ヌクレオシド又は2-修飾ヌクレオシドと称される。
特定の修飾糖部分は、第2の環を形成して二環式糖部分をもたらす架橋糖置換基を含む。特定のこのような実施形態において、二環式糖部分は、4’及び2’フラノース環原子間の架橋を含む。特定のそのような実施形態では、フラノース環は、リボース環である。そのような4’から2’の架橋糖置換基の例としては、限定されるものではないが、4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’(「LNA」)、4’-CH2-S-2’、4’-(CH2)2-O-2’(「ENA」)、4’-CH(CH3)-O-2’(S配置の場合、「束縛エチル」又は「cEt」と称される)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(「束縛MOE」又は「cMOE」)及びその類似体(例えば、Sethらの米国特許第7,399,845号明細書、Bhatらの米国特許第7,569,686号明細書、Swayzeらの米国特許第7,741,457号明細書及びSwayzeらの米国特許第8,022,193号明細書を参照されたい)、4’-C(CH3)(CH3)-O-2’及びその類似体(例えば、Sethらの米国特許第8,278,283号明細書を参照されたい)、4’-CH2-N(OCH3)-2’及びその類似体(例えば、Prakashらの米国特許第8,278,425号明細書を参照されたい)、4’-CH2-O-N(CH3)-2’(例えば、Allersonらの米国特許第7,696,345号明細書及びAllersonらの米国特許第8,124,745号明細書を参照されたい)、4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(例えば、Zhou,et al.、J.Org.Chem.,2009、74、118-134を参照されたい)、4’-CH2-C(=CH2)-2’及びその類似体(例えば、Sethらの米国特許第8,278,426号明細書を参照されたい)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’及び4’-CH2-N(R)-O-2’(式中、各R、Ra及びRbは、独立して、H、保護基又はC1~C12アルキルである)(例えば、Imanishiらの米国特許第7,427,672号明細書を参照されたい)が挙げられる。
特定の実施形態において、このような4’から2’への架橋は、独立して、-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-及び-N(Ra)-から独立して選択される1~4つの結合基を含み、式中、
xは、0、1又は2であり;
nは、1、2、3又は4であり;
それぞれのRa及びRbは、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C5~C20アリール、置換C5~C20アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5~C7脂環式基、置換C5~C7脂環式基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)又はスルホキシル(S(=O)-J1)であり;
それぞれのJ1及びJ2は、独立して、H、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C5~C20アリール、置換C5~C20アリール、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1~C12アミノアルキル、置換C1~C12アミノアルキル又は保護基である。
xは、0、1又は2であり;
nは、1、2、3又は4であり;
それぞれのRa及びRbは、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C5~C20アリール、置換C5~C20アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5~C7脂環式基、置換C5~C7脂環式基、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)又はスルホキシル(S(=O)-J1)であり;
それぞれのJ1及びJ2は、独立して、H、C1~C12アルキル、置換C1~C12アルキル、C2~C12アルケニル、置換C2~C12アルケニル、C2~C12アルキニル、置換C2~C12アルキニル、C5~C20アリール、置換C5~C20アリール、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環基、置換複素環基、C1~C12アミノアルキル、置換C1~C12アミノアルキル又は保護基である。
さらなる二環式糖部分は、当技術分野で既知であり、例えばFreier et al.,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443、Albaek et al.,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740、Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039;Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129,8362-8379;Elayadi et al.,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561;Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1-7;Orum et al.,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243;Wengelらの米国特許第7,053,207号明細書、Imanishiらの米国特許第6,268,490号明細書、Imanishiらの米国特許第6,770,748号明細書、Imanishiらの米国再発行特許第44,779号明細書;Wengelらの米国特許第6,794,499号明細書、Wengelらの米国特許第6,670,461号明細書;Wengelらの米国特許第7,034,133号明細書、Wengelらの米国特許第8,080,644号明細書;Wengelらの米国特許第8,034,909号明細書;Wengelらの米国特許第8,153,365号明細書;Wengelらの米国特許第7,572,582号明細書;及びRamasamyらの米国特許第6,525,191号明細書、Torstenらの国際公開第2004/106356号パンフレット、Wengelらの国際公開第1999/014226号パンフレット;Sethらの国際公開第2007/134181号パンフレット;Sethらの米国特許第7,547,684号明細書;Sethらの米国特許第7,666,854号明細書;Sethらの米国特許第8,088,746号明細書;Sethらの米国特許第7,750,131号明細書;Sethらの米国特許第8,030,467号明細書;Sethらの米国特許第8,268,980号明細書;Sethらの米国特許第8,546,556号明細書;Sethらの米国特許第8,530,640号明細書;Migawaらの米国特許第9,012,421号明細書;Sethらの米国特許第8,501,805号明細書;及びAllersonらの米国特許出願公開第2008/0039618号明細書及びMigawaらの米国特許出願公開第2015/0191727号明細書を参照されたい。
特定の実施形態において、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を取り込むヌクレオシドは、異性体立体配置によりさらに定義される。例えば、(本明細書に記載される)LNAヌクレオシドは、α-L立体配置又はβ-D立体配置であり得る。
α-L-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)又はα-L-LNA二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている(Frieden et al.,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な記載には、両方の異性体立体配置が含まれる。本明細書の例示的な実施形態において、特定の二環式ヌクレオシド(例えば、LNA又はcEt)の位置が特定される場合、それらは、別途明記しない限りβ-D立体配置にある。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、1つ以上の非架橋糖置換基及び1つ以上の架橋糖置換基(例えば、5’-置換及び4’-2’架橋糖)を含む。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のこのような実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素又は窒素原子で置き換えられている。特定のこのような実施形態において、そのような修飾糖部分は、本明細書に記載された架橋及び/又は非架橋置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、4’-硫黄原子及び2’-位(例えば、Bhatらの米国特許第7,875,733号明細書及びBhatらの米国特許第7,939,677号明細書を参照されたい)及び/又は5’位の置換を含む。
特定の実施形態において、糖代替物は、5つ以外の原子を有する環を含む。例えば、特定の実施形態において、糖代替物は、6員テトラヒドロピラン(「THP」)を含む。このようなテトラヒドロピランは、さらに修飾又は置換され得る。このような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、限定されるものではないが、ヘキシトール核酸(「HNA」)、アニトール核酸(「ANA」)、マニトール核酸(「MNA」)(例えば、Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854を参照されたい)、フルオロHNA:
(「F-HNA」、例えばSwayzeらの米国特許第8,088,904号明細書;Swayzeらの米国特許第8,440,803号明細書;及びSwayzeらの米国特許第9,005,906号明細書を参照されたい)。F-HNAは、F-THP又は3’-フルオロテトラヒドロピランとも称され得、及び式:
(式中、前記修飾THPヌクレオシドのそれぞれに関して独立して、
Bxは、核酸塩基部分であり;
T3及びT4は、それぞれ独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であるか、又はT3及びT4の一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部を結合するヌクレオシド間結合基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基又は5’若しくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7は、それぞれ独立して、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
R1及びR2のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及びCNの中から独立して選択され、Xは、O、S又はNJ1であり、それぞれのJ1、J2及びJ3は、独立して、H又はC1~C6アルキルである)
を有する追加の修飾THP化合物を含むヌクレオシドが挙げられる。
Bxは、核酸塩基部分であり;
T3及びT4は、それぞれ独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であるか、又はT3及びT4の一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部を結合するヌクレオシド間結合基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基又は5’若しくは3’-末端基であり;
q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7は、それぞれ独立して、H、C1~C6アルキル、置換C1~C6アルキル、C2~C6アルケニル、置換C2~C6アルケニル、C2~C6アルキニル又は置換C2~C6アルキニルであり;
R1及びR2のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2及びCNの中から独立して選択され、Xは、O、S又はNJ1であり、それぞれのJ1、J2及びJ3は、独立して、H又はC1~C6アルキルである)
を有する追加の修飾THP化合物を含むヌクレオシドが挙げられる。
特定の実施形態において、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7がそれぞれHである、修飾THPヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つは、H以外である。特定の実施形態において、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つは、メチルである。特定の実施形態において、R1及びR2の一方がFである修飾THPヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、R1はFであり、R2はHであり、特定の実施形態において、R1は、メトキシであり、R2は、Hであり、特定の実施形態において、R1は、メトキシエトキシであり、R2は、Hである。
特定の実施形態において、糖代替物は、6つ以上の原子及び2つ以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド中でのその使用が報告されている(例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510並びにSummertonらの米国特許第5,698,685号明細書;Summertonらの米国特許第5,166,315号明細書;Summertonらの米国特許第5,185,444号明細書;及びSummertonらの米国特許第5,034,506号明細書を参照されたい)。本明細書において使用される用語「モルホリノ」は、以下の構造:
を有する糖代替物を意味する。特定の実施形態において、モルホリノは、例えば、上記モルホリノ構造から置換基を付加するか、又は変動させることにより修飾することができる。このような糖代替物は、本明細書において「修飾モルホリノ」と称される。
特定の実施形態において、糖代替物は、非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、ペプチド核酸(「PNA」)、非環式ブチル核酸(例えば、Kumar et al.,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865を参照されたい)並びにManoharanらの国際公開第2013/130378号パンフレットに記載されているヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシド中に使用され得る、多数の他の二環式及び三環式の糖及び糖代替物環系が当技術分野で既知である。
修飾核酸塩基
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基及び修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又は他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
核酸塩基(又は塩基)の修飾又は置換は、天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基及び修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又は他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない1つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン並びにN-2、N-6及びO-6置換プリンから選択される。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、2-アミノプロピルアデニン、5-ヒドロキシメチルシトシン、5-メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、6-N-メチルグアニン、6-N-メチルアデニン、2-プロピルアデニン、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-プロピニル(C≡C-CH3)ウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、5-リボシルウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオールアルキル、8-ヒドロキシル、8-アザ並びに他の8-置換プリン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-ハロウラシル及び5-ハロシトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、2-N-イソブチリルグアニン、4-N-ベンゾイルシトシン、4-N-ベンゾイルウラシル、5-メチル4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチル4-N-ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、広域塩基、サイズ拡張塩基及びフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン、1,3-ジアザフェノチアジン-2-オン及び9-(2-アミノエトキシ)-1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン(G-クランプ)が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環により置き換えられているもの、例えば7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン及び2-ピリドンを挙げることもできる。さらなる核酸塩基としては、Meriganらの米国特許第3,687,808号明細書に開示されているもの、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley&Sons,1990,858-859;Englisch et al.,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613;Sanghvi,Y.S.,Chapter 15,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273-288に開示されているもの;及びChapters 6 and 15,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.,Ed.,CRC Press,2008,163-166 and 442-443に開示されているものが挙げられる。
上記の修飾核酸塩基の特定のもの及び他の修飾核酸塩基の調製を教示する刊行物としては、限定されるものではないが、Manoharanらの米国特許出願公開第2003/0158403号明細書、Manoharanらの米国特許出願公開第2003/0175906号明細書;Dinhらの米国特許第4,845,205号明細書;Spielvogelらの米国特許第5,130,302号明細書;Rogersらの米国特許第5,134,066号明細書;Bischofbergerらの米国特許第5,175,273号明細書;Urdeaらの米国特許第5,367,066号明細書;Bennerらの米国特許第5,432,272号明細書;Matteucciらの米国特許第5,434,257号明細書;Gmeinerらの米国特許第5,457,187号明細書;Cookらの米国特許第5,459,255号明細書;Froehlerらの米国特許第5,484,908号明細書;Matteucciらの米国特許第5,502,177号明細書;Hawkinsらの米国特許第5,525,711号明細書;Haralambidisらの米国特許第5,552,540号明細書;Cookらの米国特許第5,587,469号明細書;Froehlerらの米国特許第5,594,121号明細書;Switzerらの米国特許第5,596,091号明細書;Cookらの米国特許第5,614,617号明細書;Froehlerらの米国特許第5,645,985号明細書;Cookらの米国特許第5,681,941号明細書;Cookらの米国特許第5,811,534号明細書;Cookらの米国特許第5,750,692号明細書;Cookらの米国特許第5,948,903号明細書;Cookらの米国特許第5,587,470号明細書;Cookらの米国特許第5,457,191号明細書;Matteucciらの米国特許第5,763,588号明細書;Froehlerらの米国特許第5,830,653号明細書;Cookらの米国特許第5,808,027号明細書;Cookらの米国特許第6,166,199号明細書;及びMatteucciらの米国特許第6,005,096号明細書が挙げられる。
特定の実施形態において、PNPLA3核酸を標的とする化合物は、1つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシンである。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは、5-メチルシトシンである。
修飾ヌクレオチド間結合
RNA及びDNAの天然存在ヌクレオシド間結合は、3’から5’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、1つ以上の修飾(すなわち非天然存在)ヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載される化合物は、例えば、向上された細胞取り込み、標的核酸に対する向上された親和性及びヌクレアーゼ存在下での増大された安定性等の所望の特性に起因して、多くの場合に天然存在ヌクレオシド間結合を有する化合物に優先して選択される。
RNA及びDNAの天然存在ヌクレオシド間結合は、3’から5’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、1つ以上の修飾(すなわち非天然存在)ヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載される化合物は、例えば、向上された細胞取り込み、標的核酸に対する向上された親和性及びヌクレアーゼ存在下での増大された安定性等の所望の特性に起因して、多くの場合に天然存在ヌクレオシド間結合を有する化合物に優先して選択される。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、立体無作為性ヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として又は特定の立体化学配置にあるホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが立体無作為性であるホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学配置の無作為選択をもたらす合成方法を用いて生成され得る。それにもかかわらず、当業者によく理解されるように、個々の各オリゴヌクレオチド分子の個々の各ホスホロチオエートは、規定の立体配置を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の、独立して選択された立体化学配置にある1つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも65%に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも70%に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも80%に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも90%に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも99%に存在する。そのようなキラル的に富んだ修飾オリゴヌクレオチドの集団は、当技術分野で既知の合成方法、例えばOka et al.,JACS 125,8307(2003)、Wan et al.Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)及び国際公開第2017/015555号パンフレットに記載されている方法を用いて生成することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Sp)立体配置にある少なくとも1つの示されたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Rp)立体配置にある少なくとも1つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、(Rp)及び/又は(Sp)ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式の1つ以上を含み、「B」は、核酸塩基を示す。
別途示さない限り、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、立体無作為性であるか又は特定の立体化学配置にあり得る。
特定の実施形態において、PNPLA3核酸を標的とする化合物は、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子及びリン原子を有さないヌクレオシド間結合を保持するヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して互いに結合され得る。ヌクレオシド間結合基の2つの主なクラスは、リン原子の存在又は非存在により規定される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル結合(「P=O」)を含有するホスフェート(非修飾又は天然存在結合とも称される)、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエート(「P=S」)、及びホスホロジチオエート(「HS-P=S」)が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、チオジエステル、チオノカルバメート(-O-C(=O)(NH)-S-);シロキサン(-O-SiH2-O-);及びN,N’-ジメチルヒドラジン(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)が挙げられる。天然存在ホスフェート結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変動させ、一般に増大させるために使用することができる。特定の実施形態において、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として又は別個のエナンチオマーとして調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
中性ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、MMI(3’-CH2-N(CH3)-O-5’)、アミド-3(3’-CH2-C(=O)-N(H)-5’)、アミド-4(3’-CH2-N(H)-C(=O)-5’)、ホルムアセタール(3’-O-CH2-O-5’)、メトキシプロピル及びチオホルムアセタール(3’-S-CH2-O-5’)が挙げられる。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン(ジアルキルシロキサン)、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル及びアミドを含む非イオン性結合が挙げられる(例えば、Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Y.S.Sanghvi and P.D.Cook,Eds.,ACS Symposium Series 580;Chapters 3 and 4,40-65を参照されたい)。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、混合N、O、S及びCH2構成成分部分を含む非イオン性結合が挙げられる。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又は修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合は、ギャップ化モチーフで配置される。そのような実施形態では、2つのウイング領域のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ギャップ領域中のヌクレオシド間結合と異なる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルであり、ギャップ中のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。ヌクレオシドモチーフは独立して選択されるため、ギャップヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップヌクレオシドモチーフを有しても有さなくてもよく、ギャップヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング長及びギャップ長は、同一であっても同一でなくてもよい。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一修飾ヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合により均一に結合している領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートにより均一に結合している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも1つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも1つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも1つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの12個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくともブロックを含む。特定のこのような実施形態において、少なくとも1つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端に位置する。特定のこのような実施形態において、少なくとも1つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端から3ヌクレオチド以内に位置する。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のメチルホスホネート結合を含む。特定の実施形態において、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、1つ又は2つのメチルホスホネート結合を除く全てのホスホロチオエート結合を含む結合モチーフを含む。特定の実施形態において、1つのメチルホスホネートは、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ中に存在する。
特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数及び位置並びにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数及び位置は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させ得、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させ得る。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることが望ましい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ活性を保持したまま、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることが望ましい。
3.特定のモチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば非修飾及び/若しくは修飾糖部分、核酸塩基並びに/又はヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾及び示差的修飾糖部分、核酸塩基並びに/又はヌクレオシド間結合がパターン又はモチーフを規定する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び/又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる(本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する)。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば非修飾及び/若しくは修飾糖部分、核酸塩基並びに/又はヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾及び示差的修飾糖部分、核酸塩基並びに/又はヌクレオシド間結合がパターン又はモチーフを規定する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び/又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる(本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する)。
a.特定の糖モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又は糖モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された1つ以上のタイプの修飾糖及び/又は非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又は糖モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された1つ以上のタイプの修飾糖及び/又は非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、2つの外部領域又は「ウイング」及び中央又は内部領域又は「ギャップ」を含むギャップマーモチーフを有する領域を含むか又はそれからなる。ギャップマーモチーフの3つの領域(5’-ウイング、ギャップ及び3’-ウイング)は、ヌクレオシドの連続配列を形成し、ウイングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なる。具体的には、ギャップに最も近いそれぞれのウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分(5’-ウイングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウイングの最も5’側のヌクレオシド)は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分と異なり、従ってウイングとギャップとの間の境界(すなわちウイング/ギャップジャンクション)を定義する。特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態において、ギャップは、ギャップの1つ以上の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する1つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、2つのウイングの糖モチーフは、互いに同一である(対称ギャップマー)。特定の実施形態において、5’-ウイングの糖モチーフは、3’-ウイングの糖モチーフと異なる(非対称ギャップマー)。
特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、1~5つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、2~5つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、3~5つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのヌクレオシドは、全て修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、7~12個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、7~10個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、8~10個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、10個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾2’-デオキシヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。このような実施形態において、それぞれのウイング/ギャップジャンクションのギャップ側上のヌクレオシドは非修飾2’-デオキシヌクレオシドであり、それぞれのウイング/ギャップジャンクションのウイング側上のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、ギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾2’-デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、それぞれのウイングのそれぞれのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有し、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、領域の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、完全修飾領域内の各ヌクレオシドは、本明細書において均一修飾糖モチーフと称される同一の修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、均一修飾の各ヌクレオシドは、同一の2’-修飾を含む。
b.特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、各核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、各プリン又は各ピリミジンは、修飾されている。特定の実施形態において、各アデニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各グアニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各チミンは、修飾されている。特定の実施形態において、各ウラシルは、修飾されている。特定の実施形態において、各シトシンは、修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のいくつか又は全部は、5-メチルシトシンである。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、各核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、各プリン又は各ピリミジンは、修飾されている。特定の実施形態において、各アデニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各グアニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各チミンは、修飾されている。特定の実施形態において、各ウラシルは、修飾されている。特定の実施形態において、各シトシンは、修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のいくつか又は全部は、5-メチルシトシンである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のこのような実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端の3ヌクレオシド以内に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの5’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの5’末端の3ヌクレオシド以内に存在する。
特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のこのような実施形態において、修飾核酸塩基を含む1つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップに存在する。特定のこのような実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、2’-デオキシリボシル部分である。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、2-チオピリミジン及び5-プロピンピリミジンから選択される。
c.特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、各ヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合(P=O)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート(P=S)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合のいくつか又は全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも1つのウイングにおける少なくとも1つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、この少なくとも1つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、ホスホロチオエート結合の全ては、立体無作為性である。特定の実施形態では、ウイングにおけるホスホロチオエート結合の全ては、(Sp)ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも1つのSp、Sp、Rpモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び/又は非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、各ヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合(P=O)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート(P=S)である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合のいくつか又は全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも1つのウイングにおける少なくとも1つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、この少なくとも1つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、ホスホロチオエート結合の全ては、立体無作為性である。特定の実施形態では、ウイングにおけるホスホロチオエート結合の全ては、(Sp)ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも1つのSp、Sp、Rpモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。
4.特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記の修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ及び全長によって特徴付けられる。特定の実施形態において、そのようなパラメーターは、それぞれ互いに独立している。従って、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾又は非修飾であり得、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であるか又は異なり得、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であるか又は異なり得る。同様に、そのようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した1つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の例において、オリゴヌクレオチドは、全長又は範囲により及び2つ以上の領域(例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域)の長さ又は長さ範囲により説明される。そのような場合、特定の範囲に含まれない全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらす各範囲の数を選択することが可能であり得る。そのような場合、両方の要素を満たす必要がある。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、15~20個の結合ヌクレオシドからなり、3つの領域A、B及びCからなる糖モチーフを有し、領域Aは、特定の糖モチーフを有する2~6個の結合ヌクレオシドからなり、領域Bは、特定の糖モチーフを有する6~10個の結合ヌクレオシドからなり、領域Cは、特定の糖モチーフを有する2~6個の結合ヌクレオシドからなる。そのような実施形態は、A及びCがそれぞれ6個の結合ヌクレオシドからなり、Bが10個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含まない(ヌクレオシドのこれらの数字は、A、B及びCに関する必要条件の範囲で可能ではあるが)。これは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が22となり、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限(20)を超えるからである。本明細書では、オリゴヌクレオチドの説明が1つ以上のパラメーターに関して記載されない場合、それらのパラメーターは限定されない。従って、さらなる記載を有さずにギャップマー糖モチーフを有するとのみ記載される修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ及び核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは独立している。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記の修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ及び全長によって特徴付けられる。特定の実施形態において、そのようなパラメーターは、それぞれ互いに独立している。従って、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾又は非修飾であり得、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であるか又は異なり得、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であるか又は異なり得る。同様に、そのようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した1つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の例において、オリゴヌクレオチドは、全長又は範囲により及び2つ以上の領域(例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域)の長さ又は長さ範囲により説明される。そのような場合、特定の範囲に含まれない全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらす各範囲の数を選択することが可能であり得る。そのような場合、両方の要素を満たす必要がある。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、15~20個の結合ヌクレオシドからなり、3つの領域A、B及びCからなる糖モチーフを有し、領域Aは、特定の糖モチーフを有する2~6個の結合ヌクレオシドからなり、領域Bは、特定の糖モチーフを有する6~10個の結合ヌクレオシドからなり、領域Cは、特定の糖モチーフを有する2~6個の結合ヌクレオシドからなる。そのような実施形態は、A及びCがそれぞれ6個の結合ヌクレオシドからなり、Bが10個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含まない(ヌクレオシドのこれらの数字は、A、B及びCに関する必要条件の範囲で可能ではあるが)。これは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が22となり、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限(20)を超えるからである。本明細書では、オリゴヌクレオチドの説明が1つ以上のパラメーターに関して記載されない場合、それらのパラメーターは限定されない。従って、さらなる記載を有さずにギャップマー糖モチーフを有するとのみ記載される修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ及び核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは独立している。
特定のコンジュゲート化化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド(修飾又は非修飾)及び任意選択的に1つ以上のコンジュゲート基及び/又は末端基を含むか又はそれらからなる。コンジュゲート基は、1つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端及び/又は任意の内部位置に付着し得る。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に付着している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端に付着しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの3’及び/又は5’末端に付着している。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に付着している。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド(修飾又は非修飾)及び任意選択的に1つ以上のコンジュゲート基及び/又は末端基を含むか又はそれらからなる。コンジュゲート基は、1つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端及び/又は任意の内部位置に付着し得る。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に付着している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端に付着しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの3’及び/又は5’末端に付着している。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基(又は末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に付着している。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態では、化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、メッセンジャーRNA(mRNA)に相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プレmRNAに相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、センス転写産物に相補的である。
末端基の例としては、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾又は非修飾ヌクレオシド及び独立して修飾されているか又は修飾されていない2つ以上のヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。
A.特定のコンジュゲート基
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、付着したオリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を改変する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、付着したオリゴヌクレオチドに対して新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォア又はレポーター基を付与する。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、付着したオリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を改変する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、付着したオリゴヌクレオチドに対して新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォア又はレポーター基を付与する。
特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分、例えばコレステロール部分(Letsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、コール酸(Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)、チオエーテル、例えばヘキシル-S-トリチルチオール(Manoharan et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309;Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,Nucl.Acids Res.,1992,20,533-538)、脂肪族鎖、例えばドデカンジオール若しくはウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al.,EMBO J.,1991,10,1111-1118;Kabanov et al.,FEBS Lett.,1990,259,327-330;Svinarchuk et al.,Biochimie,1993,75,49-54)、リン脂質、例えばジ-ヘキサデシル-rac-グリセロール若しくはトリエチル-アンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-ホスホネート(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654;Shea et al.,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、ポリアミン若しくはポリエチレングリコール鎖(Manoharan et al.,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)又はアダマンタン酢酸、パルミチル部分(Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)、オクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分(Crooke et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,i,923-937)、トコフェロール基(Nishina et al.,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220;doi:10.1038/mtna.2014.72 and Nishina et al.,Molecular Therapy,2008,16,734-740)又はGalNAcクラスター(例えば、国際公開第2014/179620号パンフレット)は、以前に記載されている。
1.コンジュゲート部分
コンジュゲート部分は、限定されるものではないが、介入物、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア及び色素を含む。
コンジュゲート部分は、限定されるものではないが、介入物、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア及び色素を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性原薬、例えばアスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、(S)-(+)-プラノプロフェン、カープロフェン、ダンシルサルコシン、2,3,5-トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナミン酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌薬又は抗生物質を含む。
2.コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、単一化学結合である(すなわちコンジュゲート部分は、単結合によりコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される)。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖等の鎖構造又はエチレングリコール、ヌクレオシド若しくはアミノ酸単位等の反復単位のオリゴマーを含む。
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、単一化学結合である(すなわちコンジュゲート部分は、単結合によりコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される)。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖等の鎖構造又はエチレングリコール、ヌクレオシド若しくはアミノ酸単位等の反復単位のオリゴマーを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシルアミノから選択される1つ以上の基を含む。特定のこのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つのリン部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つのホスフェート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つの中性結合基を含む。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカー、例として、上記コンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば親化合物、例えば本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドへのコンジュゲート基の付着に有用であることが当技術分野において公知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも2つの官能基を含む。官能基のあるものは、化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分中に使用される官能基の例としては、限定されるものではないが、求核基と反応するための求電子剤及び求電子基と反応するための求核剤が挙げられる。特定の実施形態において、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル及びアルキニルから選択される1つ以上の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例としては、限定されるものではないが、ピロリジン、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4-(N-メレイミドメチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(SMCC)及び6-アミノヘキサン酸(AHEX又はAHA)が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、限定されるものではないが、置換若しくは非置換C1~C10アルキル、置換若しくは非置換C2~C10アルケニル又は置換若しくは非置換C2~C10アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的列記としては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルが挙げられる。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、1~10個のリンカー-ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、そのようなリンカー-ヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、そのようなリンカー-ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、リンカー-ヌクレオシドは、非修飾である。特定の実施形態において、リンカー-ヌクレオシドは、任意選択的に、プリン、置換プリン、ピリミジン又は置換ピリミジンから選択される保護された複素環式塩基を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチルシトシン、4-N-ベンゾイル-5-メチルシトシン、アデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、グアニン及び2-N-イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。一般に、リンカー-ヌクレオシドは、標的組織に到達した後、化合物から開裂されることが望ましい。従って、リンカー-ヌクレオシドは、一般に開裂可能結合を介して互いに結合し、且つ化合物の残りの部分に結合する。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカー-ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部として見なされない。従って、化合物が特定の数若しくは範囲の結合ヌクレオシドからなり、且つ/又は参照核酸に対する特定のパーセント相補性のオリゴヌクレオチドを含み、且つ化合物がリンカー-ヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む実施形態では、そのリンカー-ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに向かって計数されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドのパーセント相補性の決定に使用されない。例えば、化合物は、(1)8~30個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドと、(2)修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続する1~10個のリンカー-ヌクレオシドを含むコンジュゲート基とを含み得る。このような化合物の連続的な結合ヌクレオシドの総数は、30個を超える。代替的に、化合物は、8~30個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、コンジュゲート基を含まない場合がある。このような化合物の連続的な結合ヌクレオシドの総数は、30個以下である。別途示されない限り、コンジュゲートリンカーは、10個以下のリンカー-ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、5個以下のリンカー-ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、3個以下のリンカー-ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、2個以下のリンカー-ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、1個以下のリンカー-ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから開裂されることが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含む化合物は、特定の細胞タイプにより吸収される方がよいが、化合物が吸収されると、コンジュゲート基が開裂されて非コンジュゲート化又は親オリゴヌクレオチドを解放することが望ましい。従って、特定のコンジュゲートは、一般にコンジュゲートリンカー内に1つ以上の開裂可能部分を含み得る。特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、少なくとも1つの開裂可能結合を含む原子団である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、1つ、2つ、3つ、4つ又は5つ以上の開裂可能結合を有する原子団を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、細胞内又はリソソーム等の細胞内コンパートメント内で選択的に開裂される。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ヌクレアーゼ等の内因性酵素によって選択的に開裂される。
特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方又は両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート又はジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態において、開裂可能結合は、ホスホジエステルのエステルの一方又は両方である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェート又はホスホジエステルを含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分又はコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
特定の実施形態において、開裂可能部分は、1つ以上のリンカー-ヌクレオシドを含むか又はそれからなる。特定のこのような実施形態において、1つ以上のリンカー-ヌクレオシドは、互いに結合し、且つ/又は開裂可能結合を介して化合物の残りの部分に結合している。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの3’又は5’-末端ヌクレオシドのいずれかに付着し、且つホスフェート又はホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカー又はコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合した2’-デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、開裂可能部分は、2’-デオキシアデノシンである。
3.特定の細胞標的化コンジュゲート部分
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、一般式:
(式中、nは、1~約3であり、nが1である場合、mは、0であり、nが2以上である場合、mは、1であり、jは、1又は0であり、kは、1又は0である)
を有する。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、一般式:
を有する。
特定の実施形態では、nは、1であり、jは、1であり、kは、0である。特定の実施形態では、nは、1であり、jは、0であり、kは、1である。特定の実施形態では、nは、1であり、jは、1であり、kは、1である。特定の実施形態では、nは、2であり、jは、1であり、kは、0である。特定の実施形態では、nは、2であり、jは、0であり、kは、1である。特定の実施形態では、nは、2であり、jは、1であり、kは、1である。特定の実施形態では、nは、3であり、jは、1であり、kは、0である。特定の実施形態では、nは、3であり、jは、0であり、kは、1である。特定の実施形態では、nは、3であり、jは、1であり、kは、1である。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも1つのテザー化リガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した2つのテザー化リガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した3つのテザー化リガンドを含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシアミノ基から選択される1つ以上の基を含む分枝鎖基を含む。特定の実施形態では、分枝鎖基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシアミノ基から選択される基を含む分枝鎖脂肪族基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、分枝鎖基は、単環式又は多環式環系を含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各テザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル及びポリエチレングリコールから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド及びポリエチレングリコールから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ及びアミドから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ及びアミドから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、アミノ及びオキソから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル及びオキソから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル及びホスホジエステルから選択される1つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、少なくとも1つのリン結合基又は中性結合基を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約6~約20個の原子の長さの鎖を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約10~約18個の原子の長さの鎖を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約10個の原子の鎖長を含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上の少なくとも1つのタイプの受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、哺乳動物肝臓細胞上の少なくとも1つのタイプの受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、肝臓のアシアロ糖タンパク質受容体(ASGP-R)に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、炭水化物である。特定の実施形態では、各リガンドは、独立してガラクトース、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、マンノース、ブドウ糖、グルコサミン及びフコースから選択される。特定の実施形態では、各リガンドは、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)である。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、3個のGalNAcリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、2個のGalNAcリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、1個のGalNAcリガンドを含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖又は多糖誘導体である。特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基は、炭水化物クラスターを含む(例えば、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれるMaier et al.,“Synthesis of Antisense Oligonucleotides Conjugated to a Multivalent Carbohydrate Cluster for Cellular Targeting,”Bioconjugate Chemistry,2003,14,18-29又はRensen et al.,“Design and Synthesis of Novel N-Acetylgalactosamine-Terminated Glycolipids for Targeting of Lipoproteins to the Hepatic Asiaglycoprotein Receptor,”J.Med.Chem.2004,47,5798-5808を参照されたい)。特定のそのような実施形態では、各リガンドは、アミノ糖又はチオ糖である。例えば、アミノ糖は、シアル酸、α-D-ガラクトサミン、β-ムラミン酸、2-デオキシ-2-メチルアミノ-L-グルコピラノース、4,6-ジデオキシ-4-ホルムアミド-2,3-ジ-O-メチル-D-マンノピラノース、2-デオキシ-2-スルホアミノ-D-グルコピラノース及びN-スルホ-D-グルコサミン並びにN-グリコリル-α-ノイラミン酸等、当技術分野で既知の任意の数の化合物から選択され得る。例えば、チオ糖は、5-チオ-β-D-グルコピラノース、メチル2,3,4-トリ-O-アセチル-1-チオ-6-O-トリチル-α-D-グルコピラノシド、4-チオ-β-D-ガラクトピラノース及びエチル3,4,6,7-テトラ-O-アセチル-2-デオキシ-1,5-ジチオ-α-D-グルコ-ヘプトピラノシドから選択され得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に「LICA-1」として記載されるコンジュゲート基を含む。LICA-1は、コンジュゲートリンカーの末端における任意選択的な切断可能部分なしで下記に示される。
上記のコンジュゲート基及びコンジュゲート基を含む化合物、テザー、コンジュゲートリンカー、分枝鎖基、リガンド、切断可能部分並びに他の修飾の特定のものの調製を教示する代表的な刊行物には、限定されるものではないが、それぞれその全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,994,517号明細書、米国特許第6,300,319号明細書、米国特許第6,660,720号明細書、米国特許第6,906,182号明細書、米国特許第7,262,177号明細書、米国特許第7,491,805号明細書、米国特許第8,106,022号明細書、米国特許第7,723,509号明細書、米国特許第9,127,276号明細書、米国特許出願公開第2006/0148740号明細書、米国特許出願公開第2011/0123520号明細書、国際公開第2013/033230号パンフレット及び国際公開第2012/037254号パンフレット、Biessen et al.,J.Med.Chem.1995,38,1846-1852,Lee et al.,Bioorganic&Medicinal Chemistry 2011,19,2494-2500,Rensen et al.,J.Biol.Chem.2001,276,37577-37584,Rensen et al.,J.Med.Chem.2004,47,5798-5808,Sliedregt et al.,J.Med.Chem.1999,42,609-618,及びValentijn et al.,Tetrahedron,1997,53,759-770が含まれる。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ギャップマー又は完全修飾モチーフと、少なくとも1、2又は3個のGalNAcリガンドを含むコンジュゲート基とを含む修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、以下の参考文献のいずれかに見出されるコンジュゲート基を含む:それぞれその全体が参照により組み込まれるLee,Carbohydr Res,1978,67,509-514;Connolly et al.,J Biol Chem,1982,257,939-945;Pavia et al.,Int J Pep Protein Res,1983,22,539-548;Lee et al.,Biochem,1984,23,4255-4261;Lee et al.,Glycoconjugate J,1987,4,317-328;Toyokuni et al.,Tetrahedron Lett,1990,31,2673-2676;Biessen et al.,J Med Chem,1995,38,1538-1546;Valentijn et al.,Tetrahedron,1997,53,759-770;Kim et al.,Tetrahedron Lett,1997,38,3487-3490;Lee et al.,Bioconjug Chem,1997,8,762-765;Kato et al.,Glycobiol,2001,11,821-829;Rensen et al.,J Biol Chem,2001,276,37577-37584;Lee et al.,Methods Enzymol,2003,362,38-43;Westerlind et al.,Glycoconj J,2004,21,227-241;Lee et al.,Bioorg Med Chem Lett,2006,16(19),5132-5135;Maierhofer et al.,Bioorg Med Chem,2007,15,7661-7676;Khorev et al.,Bioorg Med Chem,2008,16,5216-5231;Lee et al.,Bioorg Med Chem,2011,19,2494-2500;Kornilova et al.,Analyt Biochem,2012,425,43-46;Pujol et al.,Angew Chemie Int Ed Engl,2012,51,7445-7448;Biessen et al.,J Med Chem,1995,38,1846-1852;Sliedregt et al.,J Med Chem,1999,42,609-618;Rensen et al.,J Med Chem,2004,47,5798-5808;Rensen et al.,Arterioscler Thromb Vasc Biol,2006,26,169-175;van Rossenberg et al.,Gene Ther,2004,11,457-464;Sato et al.,J Am Chem Soc,2004,126,14013-14022;Lee et al.,J Org Chem,2012,77,7564-7571;Biessen et al.,FASEB J,2000,14,1784-1792;Rajur et al.,Bioconjug Chem,1997,8,935-940;Duff et al.,Methods Enzymol,2000,313,297-321;Maier et al.,Bioconjug Chem,2003,14,18-29;Jayaprakash et al.,Org Lett,2010,12,5410-5413;Manoharan,Antisense Nucleic Acid Drug Dev,2002,12,103-128;Merwin et al.,Bioconjug Chem,1994,5,612-620;Tomiya et al.,Bioorg Med Chem,2013,21,5275-5281;国際出願の国際公開第1998/013381号パンフレット;国際公開第2011/038356号パンフレット;国際公開第1997/046098号パンフレット;国際公開第2008/098788号パンフレット;国際公開第2004/101619号パンフレット;国際公開第2012/037254号パンフレット;国際公開第2011/120053号パンフレット;国際公開第2011/100131号パンフレット;国際公開第2011/163121号パンフレット;国際公開第2012/177947号パンフレット;国際公開第2013/033230号パンフレット;国際公開第2013/075035号パンフレット;国際公開第2012/083185号パンフレット;国際公開第2012/083046号パンフレット;国際公開第2009/082607号パンフレット;国際公開第2009/134487号パンフレット;国際公開第2010/144740号パンフレット;国際公開第2010/148013号パンフレット;国際公開第1997/020563号パンフレット;国際公開第2010/088537号パンフレット;国際公開第2002/043771号パンフレット;国際公開第2010/129709号パンフレット;国際公開第2012/068187号パンフレット;国際公開第2009/126933号パンフレット;国際公開第2004/024757号パンフレット;国際公開第2010/054406号パンフレット;国際公開第2012/089352号パンフレット;国際公開第2012/089602号パンフレット;国際公開第2013/166121号パンフレット;国際公開第2013/165816号パンフレット;米国特許第4,751,219号明細書;同第8,552,163号明細書;同第6,908,903号明細書;同第7,262,177号明細書;同第5,994,517号明細書;同第6,300,319号明細書;同第8,106,022号明細書;同第7,491,805号明細書;同第7,491,805号明細書;同第7,582,744号明細書;同第8,137,695号明細書;同第6,383,812号明細書;同第6,525,031号明細書;同第6,660,720号明細書;同第7,723,509号明細書;同第8,541,548号明細書;同第8,344,125号明細書;同第8,313,772号明細書;同第8,349,308号明細書;同第8,450,467号明細書;同第8,501,930号明細書;同第8,158,601号明細書;同第7,262,177号明細書;同第6,906,182号明細書;同第6,620,916号明細書;同第8,435,491号明細書;同第8,404,862号明細書;同第7,851,615号明細書;公開された米国特許出願公開第2011/0097264号明細書;同第2011/0097265号明細書;同第2013/0004427号明細書;同第2005/0164235号明細書;同第2006/0148740号明細書;同第2008/0281044号明細書;同第2010/0240730号明細書;同第2003/0119724号明細書;同第2006/0183886号明細書;同第2008/0206869号明細書;同第2011/0269814号明細書;同第2009/0286973号明細書;同第2011/0207799号明細書;同第2012/0136042号明細書;同第2012/0165393号明細書;同第2008/0281041号明細書;同第2009/0203135号明細書;同第2012/0035115号明細書;同第2012/0095075号明細書;同第2012/0101148号明細書;同第2012/0128760号明細書;同第2012/0157509号明細書;同第2012/0230938号明細書;同第2013/0109817号明細書;同第2013/0121954号明細書;同第2013/0178512号明細書;同第2013/0236968号明細書;同第2011/0123520号明細書;同第2003/0077829号明細書;同第2008/0108801号明細書;及び同第2009/0203132号明細書。
組成物及び医薬組成物を配合する方法
本明細書に記載される化合物は、医薬組成物又は配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性又は不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度又は投与される用量に依存的である。
本明細書に記載される化合物は、医薬組成物又は配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性又は不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度又は投与される用量に依存的である。
特定の実施形態は、1つ以上の化合物又はその塩を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容され得る好適な希釈剤又は担体を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、無菌生理食塩水溶液と、1つ以上の化合物とを含む。特定の実施形態において、そのような医薬組成物は、無菌生理食塩水溶液と、1つ以上の化合物とからなる。特定の実施形態において、無菌生理食塩水は、医薬等級生理食塩水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、1つ以上の化合物と、無菌水とを含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、1つの化合物と、無菌水とからなる。特定の実施形態において、無菌水は、医薬等級水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、1つ以上の化合物と、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)とを含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、1つ以上の化合物と、無菌PBSとからなる。特定の実施形態において、無菌PBSは、医薬等級PBSである。医薬組成物の配合のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含むが、これらに限定されない複数の基準に依存する。
PNPLA3核酸を標的とする本明細書に記載される化合物は、化合物を薬学的に許容され得る好適な希釈剤又は担体と組み合わせることにより医薬組成物中で利用され得る。特定の実施形態では、薬学的に許容され得る希釈剤は、注射に好適な無菌水等の水である。従って、一実施形態では、PNPLA3核酸を標的とする化合物と、薬学的に許容され得る希釈剤とを含む医薬組成物は、本明細書に記載される方法に使用される。特定の実施形態では、薬学的に許容され得る希釈剤は、水である。特定の実施形態では、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物に投与されると、生物学的に活性な代謝産物又はその残基を(直接又は間接的に)提供することが可能な薬学的に許容され得る任意の塩、エステル若しくはそのようなエステルの塩又は任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。従って、例えば、本開示は、化合物の薬学的に許容され得る塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容され得る塩及び他の生物学的均等物にも向けられる。薬学的に許容され得る好適な塩には、ナトリウム及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、体内の内因性ヌクレアーゼにより切断されて活性化合物を形成する追加のヌクレオシドを化合物の一端又は両端に組み込むことを含み得る。
特定の実施形態では、化合物又は組成物は、薬学的に許容され得る担体又は希釈剤をさらに含む。
特定の選択化合物
約2,384の、新たに設計された様々な長さ、化学的構造及びモチーフの化合物を、いくつかの細胞タイプにおいて、ヒトPNPLA3 mRNAに対するそれらの効果についてインビトロで試験した(実施例1)。インビトロで単回用量において効能について試験した2,384化合物のうち、400を超える選択化合物がA431細胞における用量依存性阻害について試験された(実施例2)。用量応答アッセイによって試験した400を超える化合物のうち、化合物は、BALB/cマウスモデルにおける高用量忍容性についてさらにスクリーニングされ、87のオリゴヌクレオチドがPNPLA3遺伝子導入マウスモデルにおけるインビボ有効性について選択された。
約2,384の、新たに設計された様々な長さ、化学的構造及びモチーフの化合物を、いくつかの細胞タイプにおいて、ヒトPNPLA3 mRNAに対するそれらの効果についてインビトロで試験した(実施例1)。インビトロで単回用量において効能について試験した2,384化合物のうち、400を超える選択化合物がA431細胞における用量依存性阻害について試験された(実施例2)。用量応答アッセイによって試験した400を超える化合物のうち、化合物は、BALB/cマウスモデルにおける高用量忍容性についてさらにスクリーニングされ、87のオリゴヌクレオチドがPNPLA3遺伝子導入マウスモデルにおけるインビボ有効性について選択された。
遺伝子導入マウスモデルで試験された87のオリゴヌクレオチドのうち、23のオリゴヌクレオチドが前臨床げっ歯類モデルにおいて忍容性に関してさらに試験するように選択された。インビボでのげっ歯類忍容性モデルでは、体重及び臓器重量、肝機能マーカー(アラニントランスアミナーゼ、アスパラギン酸塩トランスアミナーゼ及びビリルビン等)並びに腎機能マーカー(BUN及びクレアチニン等)を測定した。CD1マウスモデル及びSprague-Dawleyラットモデルでは、ION 975591、975605、975612、975613、975616、975617、975735、975736、994282及び994284は、忍容可能であることが見出された(実施例5及び6)。
これらの化合物をPNPLA3遺伝子導入マウスにおいて複数用量アッセイで有効性に関してさらに試験した(実施例7)。
ION 994284、97605、975616、994282、975613、975617、975735、975736及び975612をカニクイザルにおいて忍容性に関して試験した(実施例8)。化合物を用いた処置は、サルにおいて十分忍容された。
従って、改善された特性の任意の1つ以上を有する化合物が本明細書に提供される。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、強力且つ忍容可能である。
以下の実施例は、PNPLA3を標的とするリード化合物を特定するスクリーニングプロセスを記載する。ION 994284、97605、975616、994282、975613、975617、975735、975736及び975612は、高い効能及び忍容性をもたらした。
参照による非限定的な開示及び組み込み
本出願に不随する配列リストは、必要に応じて「RNA」又は「DNA」のいずれかとして各配列を特定するが、実際には、これらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを記述する「RNA」又は「DNA」のような指定が特定の場合に任意であることを容易に認識するであろう。例えば、2’-OH糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖を有するDNA(DNAの天然の2’-Hについて2’-OH)又は修飾塩基を有するRNA(RNAの天然のウラシルついてチミン(メチル化ウラシル))として記述され得る。
本出願に不随する配列リストは、必要に応じて「RNA」又は「DNA」のいずれかとして各配列を特定するが、実際には、これらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを記述する「RNA」又は「DNA」のような指定が特定の場合に任意であることを容易に認識するであろう。例えば、2’-OH糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖を有するDNA(DNAの天然の2’-Hについて2’-OH)又は修飾塩基を有するRNA(RNAの天然のウラシルついてチミン(メチル化ウラシル))として記述され得る。
従って、限定されるものではないが、配列リストに含まれるものを含む、本明細書に提供される核酸配列は、限定されるものではないが、そのような修飾核酸塩基を有する核酸を含む、天然又は修飾されたRNA及び/又はDNAの任意の組み合わせを含む核酸を包含することが意図される。さらなる実施例として、また限定されるものではないが、核酸塩基配列「ATCGATCG」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾又は非修飾であるかに関わらず、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマーヌクレオチドを包含し、そのオリゴマー化合物としては、限定されるものではないが、配列「AUCGAUCG」を有するもの等のRNA塩基を含む化合物、並びに「AUCGATCG」等のいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基を含む化合物、並びに「ATmCGAUCG」(ここで、mCは、5位にメチル基を含むシトシン塩基を示す)等の他の修飾核酸塩基を有する化合物が挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物(例えば、修飾オリゴヌクレオチド)は、1つ以上の不斉中心を有し、従ってエナンチオマー、ジアステレオマー及び他の立体異性の立体配置(絶対立体化学の観点から(R)又は(S)として規定され、例えば糖アノマーの場合、α若しくはβとして規定されるか、又はアミノ酸の場合、(D)若しくは(L)として規定され得る等)を生じさせる。特定の立体異性の立体配置を有するとして向けられるか又は記載される本明細書に提供する化合物は、示された化合物のみを含む。未規定の立体化学を有する、向けられるか又は記載される本明細書に提供する化合物は、それらの立体無作為性及び光学的に純粋な形態を含む全てのそのような可能な異性体を含む。同様に、別途示さない限り、本明細書に提供する化合物の全ての互変異性型が含まれる。別途示さない限り、本明細書に記載されるオリゴマー化合物及び修飾オリゴヌクレオチドは、対応する塩形態を含むことが意図される。
本明細書に記載される化合物は、1つ以上の原子が、示される元素の非放射性同位体又は放射性同位体で置き換えられたバリエーションを含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、各1H水素原子の全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物により包含される同位体置換としては、限定されるものではないが、1Hの代わりに2H又は3H、12Cの代わりに13C又は14C、14Nの代わりに15N、16Oの代わりに17O又は18O及び32Sの代わりに33S、34S、35S又は36Sが挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物、組成物及び方法は、特定の実施形態に従った特異性と共に記載されてきたが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を説明する役割のみを果たし、限定することを意図するものではない。本出願に引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例1:A431細胞におけるヒトPNPLA3のアンチセンス阻害
PNPLA3核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、PNPLA3 mRNAに対するそれらの効果についてインビトロで試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。
PNPLA3核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、PNPLA3 mRNAに対するそれらの効果についてインビトロで試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。
下記の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを3-10-3cEtギャップマーとして設計した。ギャップマーは、16ヌクレオシドの長さであり、中央ギャップセグメントは、10個の2’デオキシヌクレオシドを含み、3個のヌクレオシドを含むウイングセグメントが5’方向及び3’方向で隣接している。5’ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び3’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖修飾を有する。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(P=S)結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、5-メチルシトシンである。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする最も5’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする最も3’側のヌクレオシドを示す。下記の表にリストする各ギャップマーは、配列番号1(ジェンバンクアクセッションナンバーNM_025225.2)と本明細書で指定されるヒトPNPLA3 mRNA又は配列番号2(ヌクレオチド43921001~43954500から切断されたジェンバンクアクセッションナンバーNC_000022.11)と本明細書で指定されるヒトPNPLA3ゲノム配列のいずれかを標的とする。「n/a」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが100%相補性で特定の遺伝子配列を標的化しないことを示す。
研究1
培養した密度20,000細胞/ウェルのA431細胞を4,000nMアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約24時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070(配列番号11と本明細書で指定されるフォワード配列CCTTGGTATGTTCCTGCTTCA;配列番号12と本明細書で指定されるリバース配列GTTGTCACTCACTCCTCCATC;配列番号13と本明細書で指定されるプローブ配列TGGCCTTATCCCTCCTTCCTTCAGA)を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
培養した密度20,000細胞/ウェルのA431細胞を4,000nMアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約24時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070(配列番号11と本明細書で指定されるフォワード配列CCTTGGTATGTTCCTGCTTCA;配列番号12と本明細書で指定されるリバース配列GTTGTCACTCACTCCTCCATC;配列番号13と本明細書で指定されるプローブ配列TGGCCTTATCCCTCCTTCCTTCAGA)を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
ヒトプライマープローブセットRTS36075(フォワード配列TGAGGCTGGAGGGAGATG、本明細書で配列番号14と指定;リバース配列GCTCATGTATCCACCTTTGTCT、本明細書で配列番号15と指定;プローブ配列CTAGACCACCTGCGTCTCAGCATC、本明細書で配列番号16と指定)も使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルは、RIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整された。結果は、未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示される。
研究2
培養した密度5,000細胞/ウェルのA431細胞を1,000nMアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約24時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
培養した密度5,000細胞/ウェルのA431細胞を1,000nMアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約24時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
実施例2:A431細胞におけるヒトPNPLA3の用量依存性アンチセンス阻害
PNPLA3 mRNAの有意なインビトロ阻害を示す実施例1からのギャップマーを選択し、A431細胞において様々な用量で試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。細胞を密度10,000細胞/ウェルで播種し、下記の表に詳細するように、異なる濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約16時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
PNPLA3 mRNAの有意なインビトロ阻害を示す実施例1からのギャップマーを選択し、A431細胞において様々な用量で試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。細胞を密度10,000細胞/ウェルで播種し、下記の表に詳細するように、異なる濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約16時間の処理期間後、RNAを細胞から単離し、PNPLA3 mRNAレベルを定量的リアルタイムPCRにより測定した。ヒトプライマープローブセットRTS36070を使用してmRNAレベルを測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するPNPLA3のパーセント阻害として提示する。
各オリゴヌクレオチドの半最大阻害濃度(IC50)も提示する。PNPLA3 mRNAレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞において用量依存的に有意に減少した。
実施例3:BALB/cマウスにおけるヒトPNPLA3を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
BALB/cマウスは、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上述した研究から選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
BALB/cマウスは、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上述した研究から選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
上記の研究から選択されたIonisオリゴヌクレオチドを3’-THA-C6-GalNAc3-(3R,5S)-5-(ヒドロキシメチル)ピロリジン-3-オールリン酸エンドキャップ(以降では3’-THAと称する)とコンジュゲートした。
処置
6~7週齢の雄マウスのグループに200mg/kgの修飾オリゴヌクレオチドを1回、皮下注射した。雄BALB/cマウスの1グループにPBSを注射した。マウスを単回投与から72~96時間後に安楽死させ、さらなる分析のために血漿を回収した。
6~7週齢の雄マウスのグループに200mg/kgの修飾オリゴヌクレオチドを1回、皮下注射した。雄BALB/cマウスの1グループにPBSを注射した。マウスを単回投与から72~96時間後に安楽死させ、さらなる分析のために血漿を回収した。
肝機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、トランスアミナーゼのレベルの変化を生じさせた修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。この研究で忍容可能と見なされ、さらなる評価に選択されたオリゴヌクレオチドを下記の表に提示する。「親オリゴ」は、この研究で3’-THAとコンジュゲートされ試験された、上記の研究に記載されたIonisオリゴヌクレオチドを示す。
実施例4:遺伝子導入マウスモデルにおけるPNPLA3のアンチセンス阻害の効果
University of California、Irvineにより生成された野生型C57BL/6からのPNPLA3遺伝子導入マウスモデルを使用した。マウスモデルは、University of Washingtonにより寛大に提供されたPNPLA3遺伝子フォスミド全体を含むゲノム構築物を含む。Ionisオリゴヌクレオチドの有効性をこのモデルにおいて評価した。
University of California、Irvineにより生成された野生型C57BL/6からのPNPLA3遺伝子導入マウスモデルを使用した。マウスモデルは、University of Washingtonにより寛大に提供されたPNPLA3遺伝子フォスミド全体を含むゲノム構築物を含む。Ionisオリゴヌクレオチドの有効性をこのモデルにおいて評価した。
処置
遺伝子導入マウスを12時間の明暗サイクルで維持し、通常のPurinaマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも7日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を緩衝生理食塩水(PBS)中で調製し、0.2ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために0.9%PBSに溶解した。
遺伝子導入マウスを12時間の明暗サイクルで維持し、通常のPurinaマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも7日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を緩衝生理食塩水(PBS)中で調製し、0.2ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために0.9%PBSに溶解した。
hPNPLA3 Tgマウスを各2匹のマウスのグループに分割した。グループは、1及び8日目に用量2.5mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。4匹のマウスの1グループは、1及び8日目にPBSの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
RNA分析
10日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な減少をもたらした。「0」は、オリゴヌクレオチドがmRNA発現を阻害しなかったことを示す。
10日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な減少をもたらした。「0」は、オリゴヌクレオチドがmRNA発現を阻害しなかったことを示す。
実施例5:CD1マウスにおけるヒトPNPLA3を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
CD1(登録商標)マウス(Charles River、MA)は、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上記の研究から選択されたIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
CD1(登録商標)マウス(Charles River、MA)は、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上記の研究から選択されたIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
上記の研究から選択されたIonisオリゴヌクレオチドを5’-トリスヘキシルアミノ-(THA)-C6GalNAC3エンドキャップ(以降では5’-THAと称する)とコンジュゲートした。試験したIonisオリゴヌクレオチドを下記の表に提示する。「非コンジュゲート化親ION No.」は、同じ配列を有する、上記のインビトロ研究に記載したIonisオリゴヌクレオチドを指す。「3’-THA対応物ION No.」は、同じ配列を有する、上記のマウス研究で評価された3’-THAコンジュゲート化オリゴヌクレオチドを指す。
処置
各4匹のCD1マウスのグループに15mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを毎週、6週間皮下注射し、4日目に1回の負荷用量(総8用量)を有した。雄CD1マウスの1グループにPBSを6週間皮下注射した。マウスを最終投与から48時間後に安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
各4匹のCD1マウスのグループに15mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを毎週、6週間皮下注射し、4日目に1回の負荷用量(総8用量)を有した。雄CD1マウスの1グループにPBSを6週間皮下注射した。マウスを最終投与から48時間後に安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝臓及び腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、トランスアミナーゼ(ALT及びAST)、アルブミン、総ビリルビン及びクレアチニンの血漿レベルを3週目に測定した。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝臓又は腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
肝臓及び腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、トランスアミナーゼ(ALT及びAST)、アルブミン、総ビリルビン及びクレアチニンの血漿レベルを3週目に測定した。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝臓又は腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
血液学アッセイ
6週目に、選択マウスグループから得られた血液を血小板数の測定のためにIDEXX BioResearchに送った。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、血小板数の変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
6週目に、選択マウスグループから得られた血液を血小板数の測定のためにIDEXX BioResearchに送った。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、血小板数の変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
実施例6:Sprague-DawleyラットにおけるヒトPNPLA3を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
Sprague-Dawleyラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。上記の実施例に記載した研究からのIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてラットを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
Sprague-Dawleyラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。上記の実施例に記載した研究からのIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてラットを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
処置
雄Sprague-Dawleyラットを12時間の明暗サイクルで維持し、Purinaの通常のラット固形飼料、diet5001を自由摂取させた。各4匹のSprague-Dawleyラットのグループに15mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを毎週、6週間皮下注射し、4日目に1回の負荷用量(総8用量)を有した。最終投与から48時間後、ラットを安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
雄Sprague-Dawleyラットを12時間の明暗サイクルで維持し、Purinaの通常のラット固形飼料、diet5001を自由摂取させた。各4匹のSprague-Dawleyラットのグループに15mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを毎週、6週間皮下注射し、4日目に1回の負荷用量(総8用量)を有した。最終投与から48時間後、ラットを安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、トランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。ALT(アラニントランスアミナーゼ)及びAST(アスパラギン酸トランスアミナーゼ)の血漿レベルを測定し、結果をIU/Lで表して下記の表に提示する。ビリルビン、クレアチニン、アルブミン及びBUNの血漿レベルも同じ臨床化学分析装置を使用して測定し、その結果もmg/dLで表して下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能の任意のマーカーのレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
肝機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、トランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。ALT(アラニントランスアミナーゼ)及びAST(アスパラギン酸トランスアミナーゼ)の血漿レベルを測定し、結果をIU/Lで表して下記の表に提示する。ビリルビン、クレアチニン、アルブミン及びBUNの血漿レベルも同じ臨床化学分析装置を使用して測定し、その結果もmg/dLで表して下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能の任意のマーカーのレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
腎機能
腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、タンパク質及びクレアチニンの尿中レベルを測定した。クレアチニンに対する総タンパク質の比率を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、比率のレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置(Beckman Coulter AU480、Brea、CA)を使用して、タンパク質及びクレアチニンの尿中レベルを測定した。クレアチニンに対する総タンパク質の比率を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、比率のレベルの変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
臓器重量
肝臓、心臓、脾臓及び腎臓重量を研究の終了時に測定し、下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、臓器重量の任意の変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
肝臓、心臓、脾臓及び腎臓重量を研究の終了時に測定し、下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、臓器重量の任意の変化を生じさせたIonisオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
実施例7:遺伝子導入マウスモデルにおけるPNPLA3のアンチセンス阻害の効果
IonisオリゴヌクレオチドをhPNPLA3 Tgモデルにおける複数用量アッセイにおいて試験した。
IonisオリゴヌクレオチドをhPNPLA3 Tgモデルにおける複数用量アッセイにおいて試験した。
処置
遺伝子導入マウスを12時間の明暗サイクルで維持し、通常のPurinaマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも7日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を緩衝生理食塩水(PBS)中で調製し、0.2ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために0.9%PBSに溶解した。
遺伝子導入マウスを12時間の明暗サイクルで維持し、通常のPurinaマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも7日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を緩衝生理食塩水(PBS)中で調製し、0.2ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために0.9%PBSに溶解した。
研究1
hPNPLA3 Tgマウスを各4匹のマウスのグループに分割した。グループは1、5、8、15及び23日目に投与される5mg/kg、1mg/kg又は0.25mg/kgの週用量でIonisオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。4匹のマウスの1グループは、1、5、8、15及び23日目にPBSの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
hPNPLA3 Tgマウスを各4匹のマウスのグループに分割した。グループは1、5、8、15及び23日目に投与される5mg/kg、1mg/kg又は0.25mg/kgの週用量でIonisオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。4匹のマウスの1グループは、1、5、8、15及び23日目にPBSの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
RNA分析
26日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な用量依存性減少をもたらした。
26日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な用量依存性減少をもたらした。
研究2
hPNPLA3 Tgマウスを各4匹のマウスのグループに分割した。グループは1、5、8、15及び23日目に投与される5mg/kg、2.5mg/kg、1mg/kg、0.5mg/kg又は0.25mg/kgの週用量でIonisオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。4匹のマウスの1グループは、1、5、8、15及び23日目にPBSの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
hPNPLA3 Tgマウスを各4匹のマウスのグループに分割した。グループは1、5、8、15及び23日目に投与される5mg/kg、2.5mg/kg、1mg/kg、0.5mg/kg又は0.25mg/kgの週用量でIonisオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。4匹のマウスの1グループは、1、5、8、15及び23日目にPBSの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
RNA分析
26日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な用量依存性減少をもたらした。
26日目に、PNPLA3のmRNA発現の測定のリアルタイムPCR分析のために、RNAを肝臓から抽出した。プライマープローブセットRTS36070及びRTS36075の両方を使用してPNPLA3 mRNAレベルを測定した。結果を、RIBOGREEN(登録商標)により正規化した、PBS対照に対するmRNAのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ionisアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、PBS対照と比較してPNPLA3 mRNAの有意な用量依存性減少をもたらした。
実施例8:カニクイザルにおけるヒトPNPLA3を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの効果
上記の実施例に記載した研究から選択されたIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてカニクイザルを処置した。アンチセンスオリゴヌクレオチド忍容性を評価した。
上記の実施例に記載した研究から選択されたIonisアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてカニクイザルを処置した。アンチセンスオリゴヌクレオチド忍容性を評価した。
処置
研究前にサルを隔離して保ち、その間、動物を全体的な健康に関して毎日観察した。サルは、2~4歳であり、体重2~4kgであった。5匹の無作為に割り当てた雄カニクイザルの9グループのそれぞれは、背部の4つの異なる部位間にIonisオリゴヌクレオチド又はPBSを時計回りで皮下注射された。サルは、10mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを最初の2週間、週に2回(1、5、9及び14日目)投与された後、続いて週に1回、10週間、21、28、35、42、49、56、63、70、77及び84日目に投与された。5匹のカニクイザルの対照グループは、同様の方法でPBSを注射され、対照グループとして機能した。
研究前にサルを隔離して保ち、その間、動物を全体的な健康に関して毎日観察した。サルは、2~4歳であり、体重2~4kgであった。5匹の無作為に割り当てた雄カニクイザルの9グループのそれぞれは、背部の4つの異なる部位間にIonisオリゴヌクレオチド又はPBSを時計回りで皮下注射された。サルは、10mg/kgのIonisオリゴヌクレオチドを最初の2週間、週に2回(1、5、9及び14日目)投与された後、続いて週に1回、10週間、21、28、35、42、49、56、63、70、77及び84日目に投与された。5匹のカニクイザルの対照グループは、同様の方法でPBSを注射され、対照グループとして機能した。
研究期間中、サルは、疾病又は苦痛の徴候に関して1日2回観察された。処置、損傷又は疾病に起因する一時的又は軽度を超える疼痛又は苦痛を経験している任意の動物は、研究ディレクターとの協議後、獣医スタッフにより、承認された鎮痛薬又は疼痛を緩和する薬剤を用いて処置した。健康が不十分な又は瀕死状態の可能性のあるの任意の動物をさらなるモニタリング及び安楽死の可能性について特定した。動物の予定された安楽死は、最終投与から約48時間後の86日目に深麻酔下にある間に瀉血により行った。実施例に記載したプロトコルは、Institutional Animal Care and Use Committee(IACUC)により承認された。
体重及び臓器重量測定
動物の全体的な健康に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために体重及び臓器重量を測定した。体重及び臓器重量は、86日目に測定した。データを下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた処置の体重及び臓器重量に対する効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想された範囲内であったことを示す。詳細には、ION 945616を用いた処置は、サルの体重及び臓器重量の観点から十分忍容された。
動物の全体的な健康に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために体重及び臓器重量を測定した。体重及び臓器重量は、86日目に測定した。データを下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた処置の体重及び臓器重量に対する効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想された範囲内であったことを示す。詳細には、ION 945616を用いた処置は、サルの体重及び臓器重量の観点から十分忍容された。
肝機能
肝機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、86日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小90分間保った後、3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。様々な肝機能マーカーのレベルを、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。ALT及びASTの血漿レベルを測定した。結果をIU/Lで表して下記の表に提示する。ビリルビン、肝機能マーカーを同様に測定し、mg/dLで表して下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能に対する効果を有さなかったことを示す。
肝機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、86日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小90分間保った後、3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。様々な肝機能マーカーのレベルを、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。ALT及びASTの血漿レベルを測定した。結果をIU/Lで表して下記の表に提示する。ビリルビン、肝機能マーカーを同様に測定し、mg/dLで表して下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能に対する効果を有さなかったことを示す。
腎機能
腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、86日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小90分間保った後、室温で3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。BUN及びクレアチニンのレベルを、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。結果をmg/dLで表して下記の表に提示する。
腎機能に対するIonisオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、86日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小90分間保った後、室温で3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。BUN及びクレアチニンのレベルを、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。結果をmg/dLで表して下記の表に提示する。
血漿化学データは、殆どのIonisオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、腎機能に対するいずれの効果も有さなかったことを示す。
血液学
カニクイザルにおける血液学的パラメーターに対するIonisオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するために、約0.5mLの血液の血液サンプルを、入手可能な研究動物のそれぞれから86日目に収集した。K2-EDTAを含むチューブ内にサンプルを収集した。ADVIA2120i血液分析装置(Siemens、USA)を使用して、サンプルを赤血球(RBC)数、白血球(WBC)数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球の数及び血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットに関して分析した。
カニクイザルにおける血液学的パラメーターに対するIonisオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するために、約0.5mLの血液の血液サンプルを、入手可能な研究動物のそれぞれから86日目に収集した。K2-EDTAを含むチューブ内にサンプルを収集した。ADVIA2120i血液分析装置(Siemens、USA)を使用して、サンプルを赤血球(RBC)数、白血球(WBC)数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球の数及び血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットに関して分析した。
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量において、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、血液学的パラメーターのいずれの変化も生じさせなかったことを示す。
プロ炎症性タンパク質分析
カニクイザルにおけるIonisオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するために、血液サンプルを分析のために採取した。血液収集前にサルを一晩断食させた。約1.5mLの血液を各動物から収集し、血清分離のために抗凝血薬のないチューブに入れた。チューブを室温で最小90分間保った後、室温で3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。肝臓内で合成され、炎症のマーカーとして機能するC反応性タンパク質(CRP)及び補体C3を、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。
カニクイザルにおけるIonisオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するために、血液サンプルを分析のために採取した。血液収集前にサルを一晩断食させた。約1.5mLの血液を各動物から収集し、血清分離のために抗凝血薬のないチューブに入れた。チューブを室温で最小90分間保った後、室温で3,000rpmで10分間遠心分離して血清を得た。肝臓内で合成され、炎症のマーカーとして機能するC反応性タンパク質(CRP)及び補体C3を、Toshiba 200FR NEO化学分析装置(Toshiba Co.、Japan)を使用して測定した。
実施例9:ヒトPNPLA3を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度の測定
上述した研究からの選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を、40センチポアズ(cP)を超える粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドをスクリーニングアウトする目的で測定した。40cPを超える粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適粘度に満たないであろう。
上述した研究からの選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を、40センチポアズ(cP)を超える粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドをスクリーニングアウトする目的で測定した。40cPを超える粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適粘度に満たないであろう。
オリゴヌクレオチド(32~35mg)をガラスバイアル内に秤量し、120μLの水を加え、バイアルを50℃に加熱することにより、アンチセンスオリゴヌクレオチドを溶解して溶液とした。一部(75μL)の予熱サンプルをピペットでマイクロ粘度計(Cambridge)に移した。マイクロ粘度計の温度を25℃に設定し、サンプルの粘度を測定した。260nM、85℃でのUV読み取りのために(Cary UV機器)、別の一部(20μL)の予熱サンプルをピペットで10mLの水中に移した。結果を下記の表に提示し、各アンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は200mg/mlであり、殆どのアンチセンスオリゴヌクレオチド溶液は、上述した基準の下で、それらの粘度が最適であったことを示す。
実施例10:ION 975616の部位におけるオリゴヌクレオチドの設計
ION 916333の標的部位が重なる、PNPLA3核酸を標的化する追加のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、これは、ION 975616の非コンジュゲート化バージョンであり、異なる化学修飾及びモチーフを有する。
ION 916333の標的部位が重なる、PNPLA3核酸を標的化する追加のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、これは、ION 975616の非コンジュゲート化バージョンであり、異なる化学修飾及びモチーフを有する。
下記の表の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドは、3-10-3cEtギャップマー又はデオキシ、MOE及びcEtオリゴヌクレオチドとして設計された。3-10-3cEtギャップマーは、16ヌクレオシドの長さであり、中央ギャップセグメントは、10個の2’デオキシヌクレオシドを含み、3個のヌクレオシドを含むウイングセグメントが5’方向及び3’方向で隣接している。5’ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び3’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖修飾を有する。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(P=S)結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、5-メチルシトシンである。デオキシ、MOE及び(S)-cEtオリゴヌクレオチドは、16ヌクレオシドの長さであり、ヌクレオシドは、MOE糖修飾、(S)-cEt糖修飾又はデオキシ修飾のいずれかを有する。「化学的構造」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を記載する。「k」は、(S)-cEt糖修飾を示し;「d」は、デオキシリボースを示し;「d」の後の数字は、デオキシリボースの数を示し;「e」は、MOE修飾を示す。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート(P=S)結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、5-メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列(配列番号2)においてギャップマーが標的とする最も5’側のヌクレオシドを示す。
オリゴヌクレオチドを一連の実験で試験した。培養した密度10,000細胞/ウェルのA-431細胞を、異なる濃度に希釈した修飾オリゴヌクレオチドによる自由取り込みを用いて処理した。約48時間の処理期間後、PNPLA3 mRNAレベルを、ヒトPNPLA3プライマー-プローブセットRTS36070を使用して、以前に記載したように測定した。PNPLA3 mRNAレベルをRIBOGREEN(登録商標)により測定して、総RNA含有量に従って調整した。アッセイのIC50比を下記の表に提示し、これは、オリゴヌクレオチドのIC50に対する基準オリゴヌクレオチドのIC50の比である。従って、より大きい比の値は、オリゴヌクレオチドが基準よりも活性であることを示す。
Claims (62)
- 配列番号17~2169の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11又は少なくとも12個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 8~80個のヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号17~2169の任意の1つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 配列番号17~2169の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2の核酸塩基5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620、13697~13733、20553~20676、20664~20824、20553~20824及び25844~25912の等長部分に100%相補的な少なくとも8個の連続核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号2に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である、化合物。
- 8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2の核酸塩基5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620、13697~13733、20553~20676、20664~20824、20553~20824及び25844~25912内に相補的な核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である、化合物。
- 8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2の核酸塩基配列を有するPNPLA3核酸の核酸塩基5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620、13697~13733、20553~20676、20664~20824、20553~20824及び25844~25912の等長部分に相補的な少なくとも8個の連続核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号2に相補的である、化合物。
- 8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号2の核酸塩基5567~5642、5644~5731、5567~5731、5567~5620、13697~13733、20553~20676、20664~20824、20553~20824及び25844~25912の等長部分に相補的な16個の核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する、化合物。
- 8~80個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有する、化合物。
- 配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
- 前記オリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチドの全長にわたって配列番号2に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%又は100%相補的である、請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも1つの修飾糖及び少なくとも1つの修飾核酸塩基から選択される少なくとも1つの修飾を含む、請求項1~10のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項11に記載の化合物。
- 前記修飾糖は、二環式糖である、請求項11又は12に記載の化合物。
- 前記二環式糖は、4’-(CH2)-O-2’(LNA);4’-(CH2)2-O-2’(ENA);及び4’-CH(CH3)-O-2’(cEt)からなる群から選択される、請求項13に記載の化合物。
- 前記修飾糖は、2’-O-メトキシエチルである、請求項11又は12に記載の化合物。
- 前記修飾核酸塩基は、5-メチルシトシンである、請求項11~15のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメント及び前記3’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項1~16のいずれか一項に記載の化合物。 - 一本鎖である、請求項1~17のいずれか一項に記載の化合物。
- 二本鎖である、請求項1~17のいずれか一項に記載の化合物。
- リボヌクレオチドを含む、請求項1~19のいずれか一項に記載の化合物。
- デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項1~19のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、10~30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、12~30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドは、15~30個の結合ヌクレオシドからなる、請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物。
- 16個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つを含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、化合物。 - 配列番号1089、1757、141、1982、330、1665、408、830及び899の任意の1つからなる核酸塩基配列を有する、16個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し;前記5’ウイングセグメント及び前記3’ウイングセグメントは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンである、化合物。 - コンジュゲート化部分及びコンジュゲートリンカーを含む、請求項1~26のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記コンジュゲート基は、1~3個のGalNAcリガンドを含むGalNAcクラスターを含む、請求項27に記載の化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーは、単結合からなる、請求項27又は28に記載の化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーは、切断可能である、請求項29に記載の化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーは、1~3個のリンカー-ヌクレオシドを含む、請求項29に記載の化合物。
- 前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの5’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項27~31のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの3’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項27~31のいずれか一項に記載の化合物。
- 修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、16個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号1089の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
10個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント;
3個の結合ヌクレオシドからなる5’ウイングセグメント;及び
3個の結合ヌクレオシドからなる3’ウイングセグメント
を含み、前記ギャップセグメントは、前記5’ウイングセグメントと前記3’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、cEt糖を含み;各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり;各シトシンは、5-メチルシトシンであり;前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に位置し、且つ
- 修飾オリゴヌクレオチドの前記化合物は、薬学的に許容され得る塩形態である、請求項1~36のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
- 薬学的に許容され得る塩は、ナトリウム塩である、請求項37に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
- 薬学的に許容され得る塩は、カリウム塩である、請求項37に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
- 請求項1~39のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容され得る担体とを含む組成物。
- 治療に使用するための、請求項1~40のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物。
- 個体におけるPNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法であって、前記個体に、PNPLA3を標的とする化合物を投与し、それにより前記疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む方法。
- 請求項1~39のいずれか一項に記載の化合物又は請求項40若しくは41に記載の組成物を個体に投与する方法。
- 前記化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物である、請求項42に記載の方法。
- 前記疾患は、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項42又は43に記載の方法。
- 前記化合物を投与することは、前記個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を阻害するか、又は減少させるか、又は改善する、請求項42~45のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞におけるPNPLA3の発現を阻害する方法であって、細胞を、PNPLA3を標的とする化合物と接触させ、それにより前記細胞におけるPNPLA3の発現を阻害することを含む方法。
- 前記細胞は、個体の肝臓におけるものである、請求項47に記載の方法。
- 前記個体は、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある、請求項48に記載の方法。
- 個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害する方法であって、前記個体に、PNPLA3を標的とする化合物を投与し、それにより前記個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害することを含む方法。
- 前記個体は、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある、請求項50に記載の方法。
- 前記化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物である、請求項47~51のいずれか一項に記載の方法。
- 請前記化合物は、請求項1~39のいずれか一項に記載の化合物又は請求項40若しくは41に記載の組成物である、請求項47~51のいずれか一項に記載の方法。
- 前記化合物又は組成物は、非経口的に投与される、請求項50又は51に記載の方法。
- PNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるための、PNPLA3を標的とする化合物の使用。
- 前記疾患は、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項55に記載の使用。
- 前記化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物である、請求項55又は56に記載の使用。
- 前記化合物は、請求項1~39のいずれか一項に記載の化合物又は請求項40若しくは41に記載の組成物である、請求項55~57のいずれか一項に記載の使用。
- PNPLA3に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるための医薬の製造における、PNPLA3を標的とする化合物の使用。
- 前記疾患は、肝疾患、NAFLD、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎(ASH)、HCV肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項59に記載の使用。
- 前記化合物は、PNPLA3を標的とするアンチセンス化合物である、請求項59又は60に記載の使用。
- 前記化合物は、請求項1~39のいずれか一項に記載の化合物又は請求項40若しくは41に記載の組成物である、請求項59~61のいずれか一項に記載の使用。
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