JP2022552249A - Ｐｎｐｌａ３発現のモジュレーター - Google Patents

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Abstract

本実施形態は、ＰＮＰＬＡ３発現を阻害するのに有用な方法、化合物、及び組成物であって、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物、及び組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本方法、化合物、及び組成物は、Ｉ１４８Ｍ変異を有するＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用である。

Description

配列表
本出願は、電子形式の配列表と共に出願されている。配列表は、２０１８年９月１３に作成した４８０ｋｂのサイズのＢＩＯＬ０３１７ＵＳＬＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本実施形態は、ＰＮＰＬＡ３（パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有３；仮定タンパク質ｄＪ７９６Ｉ１７．１；アディポヌトリン；ＤＪ７９６Ｉ１７．１）発現を阻害するのに有用であり、且つ特定の場合に細胞又は動物におけるＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるのに有用である方法、化合物及び組成物であって、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物及び組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本方法、化合物、及び組成物は、Ｉ１４８Ｍ変異を有するＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用である。
非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）は、脂肪症から非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）及び肝硬変に至る多様な肝疾患を包含する。ＮＡＦＬＤは、著しいアルコール摂取、脂肪合成薬物療法（ｓｔｅａｔｏｇｅｎｉｃ ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎ）、又は遺伝性疾患がない状態で、肝臓に５重量％超の脂肪が蓄積されるものとして定義されている（非特許文献１）。
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、炎症及び肝障害の徴候がある、ＮＡＦＬＤのアグレッシブな亜型である。ＮＡＳＨは、大滴性脂肪症、肝細胞の風船様腫大、及び小葉の炎症性浸潤によって組織学的に定義されている（非特許文献２）。ＮＡＳＨは、一般的な集団の２～３％に影響を及ぼすものと推定されている。肥満症又は糖尿病などの他の症状がある場合、推定罹患率はそれぞれ７％及び６２％に増大する（非特許文献３）。
ＰＮＰＬＡ３は、ＥＲ中及び脂質滴に発現するパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有ファミリーの４８１アミノ酸メンバーである。ＰＮＰＬＡ３は、ヒトにおいて肝臓内に高発現するが、脂肪組織での発現は５分の１である（非特許文献４）。
Ｋｏｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ．Ｖａｓｃ．Ｂｉｏｌ．２００８，２８；２７－３８ Ｓａｎｙａｌ，Ｈｅｐａｔｏｌ．Ｒｅｓ．２０１１．４１；６７０－４ Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２０１１．４６（１）；６３－６９ Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ２０１０．１０７；７８９２－７
本明細書に提供される特定の実施形態は、細胞又は動物におけるＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの量又は活性を低下させるための、また特定の実施形態においてＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるための化合物及び方法である。特定の実施形態において、動物は、肝疾患を患っている。特定の実施形態において、疾患はＮＡＳＨである。特定の実施形態において、疾患はＮＡＦＬＤである。特定の実施形態において、疾患は脂肪肝である。特定の実施形態において、疾患は肝硬変である。特定の実施形態において、疾患は、肝細胞癌である。特定の実施形態において、疾患はアルコール性肝疾患である。特定の実施形態において、疾患はアルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）である。特定の実施形態において、疾患はＨＣＶ肝炎である。特定の実施形態において、疾患は慢性肝炎である。特定の実施形態において、疾患は遺伝性ヘモクロマトーシスである。特定の実施形態において、疾患は原発性硬化性胆管炎である。本明細書に提供される特定の化合物は、肝損傷、脂肪症、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇、又は肝脂肪の蓄積を動物において低減させる化合物及び組成物に関する。
本明細書に提供される特定の実施形態は、肝疾患を処置するか、予防するか、寛解させるか、又はその進行を緩徐にするのに有用であり得る、ＰＮＰＬＡ３発現を阻害するのに有用な強力且つ忍容可能な化合物及び組成物に関する。本明細書に提供される特定の実施形態は、公開されている化合物よりも強力であり、又はより治療的価値が高い化合物及び組成物に関する。
いくつかの実施形態において、本開示は、肝疾患を患っているか又は患うリスクがある個体を処置する方法であって、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、個体の肝損傷、脂肪肝、肝炎、肝線維症、及び肝臓の脂肪合成の１つ以上を低減させる方法であって、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、個体のハプトグロビン、ＭＣＰ１、及びＴＩＭＰ２の１つ以上のタンパク質レベルを低下させる方法であって、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態において、肝疾患は、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎から選択される。いくつかの実施形態において、疾患は、脂肪肝である。
いくつかの実施形態において、方法は、肝炎又は肝線維症を低減又は防止する。いくつかの実施形態において、肝炎の低減又は防止には、肝臓のマクロファージレベルを低減させることが含まれる。いくつかの実施形態において、肝臓のマクロファージレベルが、個体の肝切片を免疫組織化学染色することによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して少なくとも２０％低減する。
いくつかの実施形態において、ハプトグロビンのタンパク質レベルが、個体の血清又は血漿を比色分析アッセイすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して少なくとも２０％低減する。いくつかの実施形態において、ＭＣＰ１のタンパク質レベルが、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して少なくとも２０％低減する。いくつかの実施形態において、ＴＩＭＰ２のタンパク質レベルが、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して少なくとも２０％低減する。
いくつかの実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３にホモ接合性Ｉ１４８Ｍ変異を有する。いくつかの実施形態において、個体とは、ヒト個体である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である。いくつかの実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である。いくつかの実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個又は少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個のヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２内で相補的な核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含み、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２に相補的である。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な１６個の核酸塩基部分を含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列の全長にわたって、配列番号２に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である核酸塩基配列を有する。
いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、及び少なくとも１つの修飾核酸塩基から選択される少なくとも１つの修飾を含む。いくつかの実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
いくつかの実施形態において、修飾糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態において、二環式糖は、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）；４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）；及び４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、修飾糖は、２’－Ｏ－メトキシエチルである。いくつかの実施形態において、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。
いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、一本鎖である。いくつかの実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、二本鎖である。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、リボヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の結合ヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０個の結合ヌクレオシドからなる。いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１５～３０個の結合ヌクレオシドからなる。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドは、１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含む。いくつかの実施形態において、コンジュゲート基は、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む。
いくつかの実施形態において、コンジュゲートリンカーは、単結合からなる。いくつかの実施形態において、コンジュゲートリンカーは、開裂可能である。いくつかの実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。いくつかの実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、以下の式又はその塩：
Figure 2022552249000001
 を含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基を含み、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000002
 である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、以下の式又はその塩：
Figure 2022552249000003
 を有する。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、薬学的に許容可能な塩の形態の修飾オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態において、薬学的に許容可能な塩は、カリウム塩である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物と、薬学的に許容可能なキャリアとを含む組成物として個体に投与される。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、非経口的に個体に投与される。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５と少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号２１７０～２１７２のいずれか１つと少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、コンジュゲート基を更に含み、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000004
 である。
図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ａ～１Ｃの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを示す。 図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ａ～１Ｃの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。オイルレッドＯ（ＯＲＯ）の染色面積を示す。 図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ａ～１Ｃの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。ＯＲＯの染色画像を示す。 図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ｄ～１Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ｓｉＲＮＡ又はＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを示す。 図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ｄ～１Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ｓｉＲＮＡ又はＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。オイルレッドＯ（ＯＲＯ）の染色面積を示す。 図１Ａ～１Ｆは、実施例１１に関する。図１Ｄ～１Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ｓｉＲＮＡ又はＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡのいずれかに供されたヒトＨｅｐＧ２細胞に関するものである。ＯＲＯの染色画像を示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置前後の体重増加を示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置前後のカロリー摂取量を示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ｑＰＣＲによって測定され、リボソームタンパク質ラージＰＯ（ＲｐｌｐＯ）に正規化された肝臓のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡレベルを示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ウエスタンブロットによって測定された、肝臓脂質滴内のＰｎｐｌａ３タンパク質レベルを示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置から８週間後のＯＲＯで染色された肝切片の代表的な画像を示す（黒色のスケールバーは１００μｍを表す）。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置から６週間後、ＭＲＩによって評価したＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓脂質レベルをそれぞれ示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。生化学的アッセイによって測定されたＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓及び血漿トリグリセリドレベルをそれぞれ示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置から８週間後のＯＲＯで染色された肝切片の代表的な画像を示す（黒色のスケールバーは１００μｍを表す）。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置から６週間後、ＭＲＩによって評価したＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓脂質レベルをそれぞれ示す。 図２Ａ～２Ｊは、実施例１３に関する。図２Ａ～２Ｊの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。生化学的アッセイによって測定されたＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓及び血漿トリグリセリドレベルをそれぞれ示す。 図３Ａ～３Ｆは、実施例１４に関する。図３Ａ～３Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。実験の全体にわたって測定された体重を示す。 図３Ａ～３Ｆは、実施例１４に関する。図３Ａ～３Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＡＳＯによる処置前後に測定されたカロリー摂取量を示す。 図３Ａ～３Ｆは、実施例１４に関する。図３Ａ～３Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ｑＰＣＲによって測定され、リボソームタンパク質ラージＰＯ（ＲｐｌｐＯ）に正規化された肝臓のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡレベルを示す。 図３Ａ～３Ｆは、実施例１４に関する。図３Ａ～３Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ウエスタンブロットによって測定された、肝臓脂質滴内のＰｎｐｌａ３タンパク質レベルを示す。 図３Ａ～３Ｆは、実施例１４に関する。図３Ａ～３Ｆの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの血漿ＡＬＴ、ＡＳＴ、及びトリグリセリドのレベル、並びにトリグリセリド含有量をそれぞれ示す。 図４Ａ～４Ｂは、実施例１４に関する。図４Ａ～４Ｂの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの脂肪肝スコア、小葉炎症スコア、ＮＡＦＬＤ活性スコア（ＮＡＳ）、及び線維症ステージをそれぞれ示す。 図５Ａ～５Ｅは、実施例１５に関する。図５Ａ～３Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。オイルレッドＯで染色された肝切片の代表的な画像を示す（黒色のスケールバーは１００μｍを表す）。 図５Ａ～５Ｅは、実施例１５に関する。図５Ａ～３Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスにおける肝臓のＡｃｃ１及びＳｃｄ１のｍＲＮＡ発現レベルをそれぞれ示す。 図５Ａ～５Ｅは、実施例１５に関する。図５Ａ～３Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓脂質滴の脂肪酸組成をそれぞれ示す。 図６は、実施例１５に関する。図６の結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。一価不飽和脂肪酸（ＭＵＦＡ）、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）、及び飽和脂肪酸（ＳＦＡ）を含む、ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの更なる肝臓脂質滴の脂肪酸組成を示す。 図７Ａ～７Ｈは、実施例１６に関する。図７Ａ～７Ｈの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの血漿ハプトグロビンレベル及び肝臓のマクロファージ含有量（Ｍａｃ２染色によって測定される）をそれぞれ示す。 図７Ａ～７Ｈは、実施例１６に関する。図７Ａ～７Ｈの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。Ｍａｃ２で染色された肝切片の代表的な画像を示す（黒色のスケールバーは１００μｍを表す）。 図７Ａ～７Ｈは、実施例１６に関する。図７Ａ～７Ｈの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスのＭｃｐ１（図７Ｄ）、Ｉｌ１β（図７Ｅ）、Ｉｌ６（図７Ｆ）、Ｔｎｆα（図７Ｇ）、及びαＳｍａ（図７Ｈ）の肝臓タンパク質レベルを示す。 図８Ａ～８Ｅは、実施例１６に関する。図８Ａ～８Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスにおける肝臓のＣｏｌ１ａ１ ｍＲＮＡ及びタンパク質（免疫組織化学的検査）レベルをそれぞれ示す。 図８Ａ～８Ｅは、実施例１６に関する。図８Ａ～８Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。肝切片におけるコラーゲンの免疫組織化学的検査の代表的な画像を示す（黒色のスケールバーは１００μｍを表す）。 図８Ａ～８Ｅは、実施例１６に関する。図８Ａ～８Ｅの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスの肝臓のヒドロキシプロリンレベルをそれぞれ示す。 図９Ａ～９Ｄは、実施例１６に関する。図９Ａ～９Ｄの結果は、本明細書の実施形態に記載される対照ＡＳＯ又はＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯのいずれかに供された野生型マウス及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異ノックインマウスに関するものである。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異マウス及び野生型マウスのウエスタンブロット分析によって測定されたＴｉｍｐ２（図９Ａ）、Ｍｍｐ２（図９Ｂ）、Ｔｉｍｐ１（図９Ｃ）、及びＴｇｆβｒ２（図９Ｄ）の肝臓タンパク質を示す。
前述した一般的な説明及び以下の詳細な説明は、いずれも例示的及び説明的なものに過ぎず、特許請求されるような実施形態を限定するものではないことを理解するべきである。本明細書において、単数の使用は、特に記述されない限り、複数を含む。本明細書で使用する場合、「又は」の使用は、別途記述されない限り、「及び／又は」を意味する。更に、「含んでいる」という用語の使用は、「含む」及び「含まれる」などの他の形態と同様に限定的なものではない。
本明細書で使用する項目の見出しは、構成上の目的のためにのみ使用されるものであり、説明される主題を限定するものとして解釈すべきでない。本出願において引用される全ての文献又は文献の一部、例として、限定されるものではないが、特許、特許出願、論説、書籍、論文、並びにジェンバンク及びＮＣＢＩの参照配列記録は、本明細書において考察される文献の一部、及びそれらの全体が参照によって本明細書に明示的に組み込まれる。
本明細書に収載される例において各配列番号に記載される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、又は核酸塩基へのいかなる修飾からも独立していることが理解される。従って、配列番号によって定義される化合物は、糖部分、ヌクレオシド間結合、又は核酸塩基への１つ以上の修飾を独立して含み得る。ＩＯＮ番号によって記載される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾、及びモチーフの組み合わせを示す。
定義
別途指示しない限り、下記の用語は下記の意味を有する。
「２’－デオキシヌクレオシド」は、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られるような、２’－Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、２’－デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含んでもよく、又はＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含んでもよい。
「２’－Ｏ－メトキシエチル」（２’－ＭＯＥとも称される）は、リボシル環の２’－ＯＨ基の代わりの２’－Ｏ（ＣＨ２）２－ＯＣＨ３を指す。２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’－ＭＯＥヌクレオシド」（２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシドとも称される）は、２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「２’－置換ヌクレオシド」又は「２－修飾ヌクレオシド」は、２’－置換糖部分又は２’－修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用する場合、糖部分に関する「２’－置換」又は「２－修飾」は、Ｈ又はＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
「３’標的部位」は、特定の化合物の最も３’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５’標的部位」は、特定の化合物の最も５’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５－メチルシトシン」は、メチル基が５位に結合したシトシンを意味する。
「約」は、値の±１０％以内を意味する。例えば「化合物がＰＮＰＬＡ３の阻害に約７０％の影響を及ぼした」と述べられている場合、ＰＮＰＬＡ３レベルが６０％～８０％の範囲内で阻害されたことを意味する。
「投与」又は「投与すること」は、本明細書で提供される化合物又は組成物を、その意図される機能を実行するために個体に導入する経路を指す。使用することができる投与経路の一例としては、限定されるものではないが、非経口投与、例えば、皮下、静脈内、又は筋肉内注射又は注入が挙げられる。
「同時に投与する」又は「共投与」は、２つ以上の化合物を、患者に両方の薬理学的効果が現れる任意の様式で投与することを意味する。同時投与は、両化合物を、単一の医薬組成物中で、同一の剤形で、同一の投与経路によって投与すること、又は同時に投与することを必要とするわけではない。両化合物の効果は、同時に現れる必要はない。効果は、ある期間の間に重複している必要があるだけで、同一時間にわたる必要はない。同時投与又は共投与は、並行投与又は順次投与を包含する。
「寛解」は、関連する疾患、障害、又は症状の少なくとも１つの指標、徴候、又は病症の改善又は軽減を指す。特定の実施形態において、寛解には、症状又は疾患の１つ以上の指標の進行又は重症度を遅延又は緩徐にすることが含まれる。指標の進行又は重症度は、当業者に公知の客観的又は主観的尺度によって判断してもよい。
「動物」は、ヒト又は非ヒト動物、例として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、及び非ヒト霊長類、例として、限定されるものではないが、サル及びチンパンジーを指す。
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物の、その標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因するあらゆる検出可能な活性及び／又は計測可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的核酸、又はそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量又は発現が、アンチセンス化合物不在下の標的に対する標的核酸レベル又は標的タンパク質レベルと比較して減少する。
「アンチセンス化合物」は、オリゴヌクレオチド、及び任意選択により１つ以上の追加の機構、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、一本鎖及び二本鎖化合物、例えば、オリゴヌクレオチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、及び占有をベースとする（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ－ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」は、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物存在下における標的核酸レベルが、アンチセンス化合物不在下における標的核酸レベルと比較して低下することを意味する。
「アンチセンス機序」は、化合物の標的核酸とのハイブリダイゼーションに関わる全ての機序であり、このハイブリダイゼーションの結果又は効果は、例えば、転写又はスプライシングに関わる細胞機構を付随的に失速させる標的分解又は標的占有のいずれかとなる。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに特異的にハイブリダイズすることができる。
「二環式ヌクレオシド」又は「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「二環式糖」又は「二環式糖部分」は、２つの環からなる修飾糖部分を意味し、第１の環における２つの原子を連結する架橋を介して第２の環が形成されており、それによって二環構造を形成している。特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
「分枝鎖基」は、少なくとも３つの基への共有結合を形成することができる、少なくとも３つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態において、分枝鎖基は、コンジュゲートリンカー及び／又は開裂可能部分を介してテザーリガンドをオリゴヌクレオチドに連結するための複数の反応部位を提供する。
「細胞標的化部分」は、特定の細胞型に結合することができるコンジュゲート基又はコンジュゲート基の一部を意味する。
「ｃＥｔ」又は「拘束エチル」は、二環式糖の第２の環が４’－炭素及び２’－炭素を連結する架橋を介して形成されており、架橋が式：４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、架橋のメチル基がＳ立体配置である、リボシル二環式糖部分を意味する。
「ｃＥｔヌクレオシド」は、ｃＥｔ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
化合物における「化学修飾」は、化合物中の単位の元の状態と比較した、任意のそのような単位の化学反応による置換又は変化について説明するものである。「修飾ヌクレオシド」は、修飾糖部分及び／又は修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、及び／又は修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「化学的に異なる領域」は、同一の化合物の別の領域と何らかの形で化学的に異なる化合物の領域を指す。例えば、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’－Ｏ－メトキシエチル修飾のないヌクレオチドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」は、少なくとも２つの化学的に異なる領域を有し、各位置が複数のサブユニットを有するアンチセンス化合物を意味する。
「開裂可能な結合」は、分割することができる任意の化学結合を意味する。特定の実施形態において、開裂可能な結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方若しくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、ジスルフィド、又はペプチドから選択される。
「開裂可能部分」は、生理学的条件下で、例えば、細胞、動物、又はヒトの内部で開裂する結合又は原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関する「相補的な」は、そのようなオリゴヌクレオチド又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチド若しくは核酸又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、これら２つの核酸塩基配列を対向方向にアラインした場合に一致することを意味する。本明細書に記載されるような核酸塩基の一致、即ち相補的核酸塩基は、別途明記しない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、並びに５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／又は核酸は、各ヌクレオシドで核酸塩基の相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基のミスマッチを含んでもよい。対照的に、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」又は「１００％相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドが、いかなる核酸塩基のミスマッチもない状態で、核酸塩基が各ヌクレオシドで一致していることを意味する。
「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドに結合する原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分、及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合させるコンジュゲートリンカーを含む。
「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合する原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドの文脈における「連続する」は、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」は、配列中で互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
「設計すること」又は「～ように設計される」は、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズする化合物を設計するプロセスを指す。
「希釈剤」は、薬理学的活性を欠くが、薬学的に必要であるか、又は薬学的に所望される組成物中の成分を意味する。例えば、注射用組成物中の希釈剤は、液体、例えば生理食塩水溶液であり得る。
「異なって修飾されている」は、修飾がない場合を含む、互いに異なる化学修飾又は化学置換基を意味する。従って、例えば、ＭＯＥヌクレオシドと非修飾ＤＮＡヌクレオシドとは、ＤＮＡヌクレオシドが非修飾であっても「異なって修飾されている」。同様に、ＤＮＡとＲＮＡは、両方が天然に存在する非修飾ヌクレオシドであっても「異なって修飾されている」。同一でも異なる核酸塩基を含むヌクレオシドは、異なって修飾されていない。例えば、２’－ＯＭｅ修飾糖及び非修飾アデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、２’－ＯＭｅ修飾糖及び非修飾チミン核酸塩基を含むヌクレオシドは、異なって修飾されていない。
「用量」は、単回投与又は特定の期間に提供される化合物又は医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態において、用量は、２回以上のボーラス、錠剤、又は注射で投与されてもよい。例えば、皮下投与が所望される特定の実施形態において、所望の用量は、単回注射では容易に収容されない容量が必要となる場合がある。そのような実施形態では、所望の用量を達成するために、２回以上の注射を用いることができる。特定の実施形態において、個体における注射部位反応を最小限に抑えるために、用量を２回以上の注射で投与してもよい。他の実施形態では、化合物又は医薬品は、長期間にわたって、又は持続的に、注入によって投与される。用量は、１時間、１日、１週間、又は１か月当たりの医薬品の量として示され得る。
「投与計画」は、１つ以上の所望の効果を達成するために設計された用量の組み合わせである。
「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二重鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物を意味し、前記２つのオリゴマー化合物の一方は、オリゴヌクレオチドを含む。
「有効量」は、化合物を必要とする個体における所望の生理学的結果を実現するのに十分な化合物の量を意味する。有効量は、処置を受ける個体の健康状態及び身体的状態、処置を受ける個体の分類群、組成物の配合、個体の医学的症状の評価、並びに他の関連因子に応じて、個体間で変動し得る。
「有効性」は、所望の効果をもたらす能力を意味する。
「発現」は、遺伝子のコード化された情報が、細胞内に存在し作動する構造体に変換される全ての機能を含む。そのような構造体としては、限定されるものではないが、転写及び翻訳の産物が挙げられる。
「ギャップマー」は、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置する、ＲＮアーゼＨ開裂を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」と称することができ、外部領域は、「ウイング」と称することができる。
「ハイブリダイゼーション」は、オリゴヌクレオチド及び／又は核酸のアニーリングを意味する。特定の機序に限定するものではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は水素結合を含み、相補的な核酸塩基間におけるワトソン・クリック、フーグスティーン、又は逆フーグスティーン型の水素結合であってよい。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンス化合物及び核酸標的が挙げられる。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド及び核酸標的が挙げられる。
「直接隣接する」は、直接隣接する同じ種類の要素間に介在する要素が存在しない（例えば、直接隣接する核酸塩基間に介在する核酸塩基が存在しない）ことを意味する。
「個体」は、処置又は治療のために選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
「発現又は活性を阻害すること」は、非処置試料又は対照試料における活性の発現と比較して、発現又は活性が低減又は阻害されることを指し、必ずしも発現又は活性を完全に排除することを示すものではない。
「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間の共有結合を形成する基又は結合を意味する。「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するホスフェートヌクレオシド間結合以外のあらゆるヌクレオシド間結合を意味する。非ホスフェート結合は、本明細書において修飾ヌクレオシド間結合と称される。
「延長オリゴヌクレオチド」は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチド、例えば親オリゴヌクレオチドに対して１つ以上の追加のヌクレオシドを有するものである。
「結合ヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合によって共に結合された隣接するヌクレオシドを意味する。
「リンカーヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドに連続している場合でも、化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とみなされない。
「ミスマッチ」又は「非相補的」は、第１及び第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、限定されるものではないが、ユニバーサル核酸塩基、イノシン、及びヒポキサンチンが挙げられる核酸塩基は、少なくとも１つの核酸塩基とハイブリダイズすることができるが、ハイブリダイズした核酸塩基に対して依然としてミスマッチであるか又は非相補的である。別の例として、第１及び第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合に、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基にハイブリダイズすることができない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基が、ミスマッチ核酸塩基又は非相補的核酸塩基である。
「モジュレートすること」は、細胞、組織、器官、又は生物における機構を変化させる、又は調整することを指す。例えば、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡをモジュレートすることは、細胞、組織、臓器又は生物中のＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質のレベルを増加又は減少させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、器官、又は生物に変化をもたらすものである。例えば、ＰＮＰＬＡ３化合物は、細胞、組織、臓器又は生物中のＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
「ＭＯＥ」は、メトキシエチルを意味する。
「モノマー」は、オリゴマーの単一単位を指す。モノマーとしては、限定されるものではないが、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられる。
「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾及び／若しくは修飾糖部分、核酸塩基、並びに／又はヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
「天然の」又は「天然に存在する」は、天然に見られるものを意味する。
「非二環式修飾糖」又は「非二環式修飾糖部分」は、糖の２つの原子間に架橋を形成して第２の環を形成しない、置換基などの修飾を含む修飾糖部分を意味する。
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成される分子を指す。核酸としては、限定されるものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、及び二本鎖核酸が挙げられる。
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対合することができる複素環部分を意味する。本明細書で使用する場合、「天然に存在する核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。「修飾核酸塩基」は、化学修飾されている天然に存在する核酸塩基である。「ユニバーサル塩基」又は「ユニバーサル核酸塩基」は、天然に存在する核酸塩基及び修飾核酸塩基以外の核酸塩基であり、あらゆる核酸塩基と対合することができる。
「核酸塩基配列」は、いかなる糖又はヌクレオシド間結合からも独立した、核酸又はオリゴヌクレオチドにおける連続核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して、非修飾であるか、又は修飾されている。「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基及び／又は修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドとしては、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドが挙げられる。
「オリゴマー化合物」は、単一オリゴヌクレオチド、及び任意選択により１つ以上の追加の機構、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。
「オリゴヌクレオチド」は、結合ヌクレオシドのポリマーを意味し、各結合ヌクレオシドは互いに独立して修飾されていてもよく、又は非修飾であってもよい。別途指示しない限り、オリゴヌクレオチドは、８～８０個の結合ヌクレオシドからなる。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの糖、核酸塩基、又はヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。「非修飾オリゴヌクレオチド」は、いかなる糖修飾も、核酸塩基修飾も、ヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
「親オリゴヌクレオチド」は、その配列が、類似してはいるが、長さ、モチーフ、及び／又は化学構造が異なる配列の、更なるオリゴヌクレオチドを設計するためのベースとして使用されるオリゴヌクレオチドを意味する。新たに設計されるオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドと同一か、又は重複する配列を有してもよい。
「非経口投与」は、注射又は注入を介した投与を意味する。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内投与又は脳室内投与が挙げられる。
「パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有３」は、ＰＮＰＬＡ３と省略されており、アディポヌトリン（ＡＤＰＮ）、アシルグリセロールＯ－アシルトランスフェラーゼ、カルシウム非依存性ホスホリパーゼＡ２イプシロン（ｉＰＬＡ２－イプシロン）、仮定タンパク質ｄＪ７９６Ｉ１７．１、又はＤＪ７９６Ｉ１７．１とも称され、Ｐｎｐｌａ３遺伝子によってコードされる４８１アミノ酸タンパク質である。ＰＮＰＬＡ３は、トリグリセリド及びレチニルエステルに対する加水分解酵素活性を有し、肝細胞及び肝星細胞において脂質滴の再構築を促進する。本明細書で記載されるように、ＰＮＰＬＡ３は、ＥＲ中及び脂質滴に発現するパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有ファミリーのアミノ酸メンバーである。ＰＮＰＬＡ３は、ヒトでは肝臓内に高発現する。本明細書で使用する場合、「ＰＮＰＬＡ３」は、ＰＮＰＬＡ３の任意の核酸又はタンパク質を意味し得る。「ＰＮＰＬＡ３核酸」は、ＰＮＰＬＡ３をコードする任意の核酸を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸には、ＰＮＰＬＡ３をコードするＤＮＡ配列、ＰＮＰＬＡ３をコードするＤＮＡ（イントロン及びエクソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されたＲＮＡ配列、及びＰＮＰＬＡ３をコードするｍＲＮＡ配列が含まれる。「ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡ」は、ＰＮＰＬＡ３タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。標的は、大文字又は小文字のいずれかで言及され得る。
「ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤」は、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の発現又は活性を分子レベルで特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。例えば、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤としては、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の発現を阻害することができる核酸（アンチセンス化合物を含む）、ペプチド、抗体、及び他の薬剤が挙げられる。
「薬学的に許容可能なキャリア又は希釈剤」は、個体への投与に使用するのに好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容可能なキャリアは、ＰＢＳ又は注射用水などの滅菌水溶液であってよい。
「薬学的に許容可能な塩」は、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドなどの化合物の生理学的及び薬学的に許容可能な塩、即ち親化合物の所望の生物活性を保持し、好ましくない毒性学的影響を付与しない塩を意味する。
「医薬品」は、個体に投与された際に治療的利益をもたらす化合物を意味する。
「医薬組成物」は、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の化合物又はその塩及び滅菌水溶液を含み得る。
「ホスホロチオエート結合」は、非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置換されている修飾ホスフェート結合を意味する。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態において、リン部分は、モノ、ジ、若しくはトリホスフェート、又はホスホロチオエートを含む。
「部分」は、核酸の規定数の連続（即ち結合）した核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、標的核酸の規定数の連続核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、オリゴマー化合物の規定数の連続核酸塩基である。
「予防する」は、数分から無制限の期間、疾患、障害、又は症状の発症、発展、又は進行を遅延させたり、又は未然に防止したりすることを指す。
「プロドラッグ」は、身体外の形態での化合物を意味し、個体に投与された際に、身体又はその細胞内で別の形態に代謝される化合物である。特定の実施形態において、代謝された形態は、化合物（例えば薬物）の活性な形態であるか、又はより活性な形態である。典型的には、身体内でのプロドラッグの転化は、細胞若しくは組織内に存在する酵素（例えば、内因性酵素若しくはウイルス酵素）若しくは化学物質の作用によって、且つ／又は生理学的条件によって促進される。
「低減する」は、より小さい程度、サイズ、量、又は数に減少させることを意味する。
「ＲｅｆＳｅｑ番号」は、配列が特定の標的転写産物（例えば、標的遺伝子）に関するものであることを示すために配列に割り当てられる、文字と数字との一意の組み合わせである。標的遺伝子に関するそのような配列及び情報（まとめて遺伝子記録）は、遺伝子配列データベース内に見出すことができる。遺伝子配列データベースとしては、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅデータベース、ジェンバンク、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ａｒｃｈｉｖｅ、及び日本ＤＮＡデータバンクが挙げられる（後者の３つは、国際塩基配列データベース協力体制（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ）、即ちＩＮＳＤＣを組織している）。
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能、又は特性を有する標的核酸の部分として定義される。
「ＲＮＡｉ化合物」は、標的核酸及び／又は標的核酸によってコードされるタンパク質をモジュレートするために、少なくとも部分的にＲＩＳＣ又はＡｇｏ２を介するが、ＲＮアーゼＨを介さずに作用するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、限定されるものではないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ模倣体を含むマイクロＲＮＡが挙げられる。
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さい、又は下位の部分として定義される。
「副作用」は、処置に起因する、所望の効果以外の生理学的疾患及び／又は症状を意味する。特定の実施形態において、副作用としては、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパチー、及び倦怠感が挙げられる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの増大は、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増大は、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。
化合物に関する「一本鎖」は、化合物が１つのオリゴヌクレオチドのみを有することを意味する。「自己相補的」は、少なくとも部分的にオリゴヌクレオチドそれ自体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１つのオリゴヌクレオチドからなり、オリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖化合物が相補的化合物に結合して、二重鎖を形成することができる。
「部位」は、標的核酸内の特有の核酸塩基位置と定義される。
「特異的にハイブリダイズ可能」は、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間に所望の効果を誘導するのに十分な相補性の程度を有するが、非標的核酸に対して最小限の効果を示すか、又は効果を示さないオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態において、特異的ハイブリダイゼーションは生理学的条件下で生じる。
標的核酸に関して「特異的に阻害する」は、標的核酸の発現を低減又は阻害するが、非標的核酸に対してより低い効果を示すか、最小限の効果を示すか、又は効果を示さない。低減は、必ずしも標的核酸の発現の完全な排除を示すものではない。
「標準的細胞アッセイ」は、実施例に記載のアッセイ及びその妥当な変法を意味する。
「標準的インビボ実験」は、実施例に記載の手順及びその妥当な変法を意味する。
同一分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダムなキラル中心」は、ランダムな立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムなキラル中心を含む分子の集団において、ステレオランダムな中心の（Ｓ）立体配置を有する分子の数は、ステレオランダムなキラル中心の（Ｒ）立体配置を有する分子の数と同じであってよいが、必ずしもそうである必要はない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成方法によって生じた場合に、ランダムであると見なされる。特定の実施形態において、ステレオランダムなキラル中心は、ステレオランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
「糖部分」は、非修飾糖部分又は修飾糖部分を意味する。「非修飾糖部分」又は「非修飾糖」は、ＲＮＡに見られるような２’－ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）、又はＤＮＡに見られるような２’－Ｈ（Ｈ）部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。「修飾糖部分」又は「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分又は糖代替物を意味する。「修飾フラノシル糖部分」は、非修飾糖部分の少なくとも１つの水素又は水酸基の代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、修飾フラノシル糖部分は、２’－置換糖部分である。そのような修飾フラノシル糖部分としては、二環式糖及び非二環式糖が挙げられる。
「糖代替物」は、核酸塩基をオリゴヌクレオチド内の別の基、例えばヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、又は末端基に結合させることができるフラノシル部分以外のものを有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に組み込むことができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的な化合物又は核酸にハイブリダイズすることができる。
「相乗作用」又は「相乗する」は、同じ用量での各構成成分単体の効果を加えたものも大きい組み合わせの効果を指す。
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
「標的化すること」は、所望の効果を誘導するような、標的核酸への化合物の特異的ハイブリダイゼーションを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写産物」、及び「核酸標的」は全て、本明細書に記載される化合物が標的とすることができる核酸を意味する。
「標的領域」は、１つ以上の化合物が標的とする標的核酸の部分を意味する。
「標的セグメント」は、化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドを指す。
「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合している化学基又は原子団を意味する。
「治療的有効量」は、治療的利益を個体にもたらす化合物、医薬品、又は組成物の量を意味する。
「処置する」は、動物における疾患、障害又は病状の変化又は改善を達成するために、化合物又は医薬組成物を動物に投与することを指す。
特定の実施形態
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３（ＰＮＰＬＡ３）発現を阻害するための方法、化合物及び組成物を提供する。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物を提供する。特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸は、ＲｅｆＳｅｑ番号又はジェンバンクアクセッション番号ＮＭ＿０２５２２５．２（参照により組み込まれる、配列番号１として本明細書に開示）；ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００からトランケートされたＮＣ＿００００２２．１１（参照により組み込まれる、配列番号２として本明細書に開示）；ＡＫ１２３８０６．１（参照により組み込まれる、配列番号３として本明細書に開示）；ＢＱ６８６３２８．１（参照により組み込まれる、配列番号４として本明細書に開示）；ＢＦ７６２７１１．１（参照により組み込まれる、配列番号５として本明細書に開示）；ＤＡ２９０４９１．１（参照により組み込まれる、配列番号６として本明細書に開示）；並びに配列番号７、８、９及び１０としてリストされる配列に示される配列を有する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態において、化合物は、１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。
特定の実施形態は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。
特定の実施形態は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２内に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。
特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６２０を標的化する。特定の実施形態において、化合物は、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０内を標的化する。特定の実施形態において、化合物は、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０内の等しい長さの部分に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を有する。特定の実施形態において、これらの化合物は、アンチセンス化合物、オリゴマー化合物、又はオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。
特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。下記の実施例の項に記載されるように、スクリーニングされた２，３８４を超える化合物のうち、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２が、上位リード化合物として浮上した。
特定の実施形態において、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖及び／又は少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾糖を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、２’－Ｏ－メトキシエチル基を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’基、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’基、又は４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’基などの二環式糖である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、例えばホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。
特定の実施形態において、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾核酸塩基、例えば５－メチルシトシンを含む。
特定の実施形態において、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれもが、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つに列挙された配列からなる核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０、及び８９９のいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１２～３０個の核酸塩基長を含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000005
 である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５と少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号２１７０～２１７２のいずれか１つと少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、コンジュゲート基を更に含み、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000006
 である。
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６３３３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000007
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１６又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000008
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１６のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000009
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000010
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000011
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000012
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000013
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000014
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000015
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000016
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000017
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物又はオリゴヌクレオチドは、ＰＮＰＬＡ３をコードする核酸と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％相補的であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。特定の実施形態において、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖であり、且つリボヌクレオチドを含む。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、８～８０、１０～３０、１２～５０、１３～３０、１３～５０、１４～３０、１４～５０、１５～３０、１５～５０、１６～３０、１６～５０、１７～３０、１７～５０、１８～２２、１８～２４、１８～３０、１８～５０、１９～２２、１９～３０、１９～５０、又は２０～３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
特定の実施形態において、化合物は、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチド、及びコンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１つのＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、少なくとも２つのＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、又は少なくとも３つのＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を含む。
特定の実施形態において、本明細書で提供される化合物又は組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩を含む。特定の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。特定の実施形態において、塩は、カリウム塩である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又は組成物は、２μＭ未満、１．５μＭ未満、１μＭ未満、０．９μＭ未満、０．８μＭ未満、０．７μＭ未満、０．６μＭ未満、０．５μＭ未満、０．４μＭ未満、０．３μＭ未満、０．２μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０４μＭ未満、０．０３μＭ未満、０．０２μＭ未満又は０．０１μＭ未満の少なくとも１つのインビトロＩＣ５０を有することにより活性である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較して４倍、３倍若しくは２倍以下のアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）若しくはアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）値の上昇、又は対照動物と比較して３０％、２０％、１５％、１２％、１０％、５％若しくは２％以下の肝臓、脾臓若しくは腎臓重量の増加の少なくとも一方を有することにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較してＡＬＴ又はＡＳＴの上昇がないことにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較して肝臓、脾臓又は腎臓重量の増加がないことにより示されるように忍容性が高い。
特定の実施形態は、前述した実施形態のいずれかの化合物、又はその薬学的に許容可能なあらゆる塩、及び薬学的に許容可能なキャリア若しくは希釈剤の少なくとも１つを含む組成物を提供する。特定の実施形態において、組成物は、約４０センチポアズ（ｃＰ）未満、約３０センチポアズ（ｃＰ）未満、約２０センチポアズ（ｃＰ）未満、約１５センチポアズ（ｃＰ）未満又は約１０センチポアズ（ｃＰ）未満の粘度を有する。特定の実施形態において、前述した粘度のいずれかを有する組成物は、約１００ｍｇ／ｍＬ、約１２５ｍｇ／ｍＬ、約１５０ｍｇ／ｍＬ、約１７５ｍｇ／ｍＬ、約２００ｍｇ／ｍＬ、約２２５ｍｇ／ｍＬ、約２５０ｍｇ／ｍＬ、約２７５ｍｇ／ｍＬ又は約３００ｍｇ／ｍＬの濃度の本明細書に提供される化合物を含む。特定の実施形態において、前述した粘度及び／又は化合物濃度のいずれかを有する組成物は、室温又は約２０℃、約２１℃、約２２℃、約２３℃、約２４℃、約２５℃、約２６℃、約２７℃、約２８℃、約２９℃若しくは約３０℃の温度を有する。
特定の指標
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物の投与によってＰＮＰＬＡ３発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドであり得る。
本明細書に提供される方法を用いて処置可能、予防可能及び／又は寛解可能である、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患の例としては、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎が挙げられる。本明細書に提供される特定の化合物は、肝損傷、脂肪症、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇、又は肝脂肪の蓄積を動物において低減させる化合物及び組成物に関する。
特定の実施形態において、個体におけるＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置、予防、又は寛解する方法は、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を処置、予防、又は寛解することを含む。特定の実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を患っているか又は患うリスクがあるものと特定される。特定の実施形態において、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することで、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝硬変、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積が改善、保護、又は予防される。
特定の実施形態において、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法は、個体にＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することで、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積が改善、保護、又は予防される。特定の実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を患っているか又は患うリスクがあるものと特定される。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を患うか又は患うリスクがある個体におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する方法は、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより個体におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、化合物を投与することで、肝臓におけるＰＮＰＬＡ３の発現が阻害される。特定の実施形態において、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態において、個体は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎を患うか又は患うリスクがある。特定の実施形態において、個体は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を患うか又は患うリスクがある。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することで、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積が改善、保護、又は予防される。
特定の実施形態において、細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する方法は、細胞を、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物と接触させることによって、細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、細胞は、肝細胞である。特定の実施形態において、細胞は、肝臓内のものである。特定の実施形態において、細胞は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を患うか又は患うリスクがある個体の肝臓におけるものである。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を患うか又は患うリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を低減させるか又は阻害する方法は、個体にＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を低減させるか又は阻害することを含む。特定の実施形態において、個体は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎を患うか又は患うリスクがある。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を患っているか又は患うリスクがあるものと特定される。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するのに使用されるＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を対象とする。特定の実施形態において、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口的に投与される。
特定の実施形態は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎を患うか又は患うリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積の低減又は阻害するのに使用される、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を対象とするものである。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するために医薬を製造又は調製するための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するために医薬を調製するための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態において、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連する肝疾患を患うか又は患うリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは肝硬変、肝不全、肝腫大、トランスアミナーゼの上昇又は肝脂肪の蓄積を低減又は阻害するために医薬を製造又は調製するための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、肝疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を処置するために医薬を調製するためのＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５と少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号２１７０～２１７２のいずれか１つと少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、コンジュゲート基を更に含み、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000018
 である。
特定のＰＮＰＬＡ３変異体
本開示の更なる実施形態は、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）に特定の変異体を有する個体に関する。ＰＮＰＬＡ３タンパク質（本明細書においては「ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ」、「Ｉ１４８Ｍ」、「１４８Ｉ対立遺伝子変異体」、又は「ＰＮＰＬＡ３ ｒｓ７３８４０９遺伝子多形」と称する；アミノ酸残基はヒトＰＮＰＬＡ３に対して番号付けされる）の１４８位におけるイソロイシンからメチオニンへの変異は、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）の強力な遺伝的決定因子であり得る。ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異タンパク質は、酵素活性の低減を示す。特定の処置、例えば本明細書に記載される化合物は、個体、例えばＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有するヒト患者における肝疾患の予想以上の有効な処置となる可能性があることが判明した。本明細書で使用する場合、個体がＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を「有する」又は「含む」とは、個体が、ＰＮＰＬＡ３をコードする遺伝子のヌクレオチド配列内に、ＰＮＰＬＡ３タンパク質の１４８位におけるイソロイシンからメチオニンへの置換に相当する変異を有することを意味する。
いくつかの実施形態において、本開示は、肝疾患を患っているか又は患うリスクがある個体を処置する方法であって、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態において、肝疾患を患う個体を処置することは、疾患の進行を緩徐にしたり、又は停止させたりすることを意味する。いくつかの実施形態において、肝疾患を患う個体を処置することは、例えば、肝臓脂質及び／若しくは瘢痕組織の量、並びに／又は健康な個体と比較した肝機能の量により測定した場合に、個体の肝臓が疾患のある状態から正常で健康な状態に戻ることを意味する。いくつかの実施形態において、個体がＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有し、肝疾患を患っている場合、個体の肝臓脂質が実質的に増加しない方法によって処置する。いくつかの実施形態において、方法は、個体の肝臓脂質を、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％、又は約１００％低減させる。肝臓脂質の量を測定する方法は当業者に公知であり、例えば、肝生検のオイルレッドＯ染色、磁気共鳴分光法（ＭＲＳ）、及びリポタンパク質亜画分アッセイが挙げられる。
いくつかの実施形態において、個体がＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有し、肝疾患を患っている場合、個体の肝臓の瘢痕組織が実質的に増加しない方法によって処置する。肝臓の瘢痕組織の量を測定する方法は、当業者に公知である。いくつかの実施形態において、方法は、個体の肝臓の瘢痕組織を、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％、又は約１００％低減させる。瘢痕組織の量を測定する方法は当業者に公知であり、例として、例えば、超音波検査、コンピューター断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、超音波エラストグラフィー、磁気共鳴エラストグラフィー、及び／又は音響放射力インパルス画像法などの画像検査；血液検査；及び肝生検が挙げられる。
いくつかの実施形態において、個体がＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有し、肝疾患を患っている場合、個体の肝機能が実質的に低下しない方法によって処置する。いくつかの実施形態では、本方法で処置した後に、個体の肝機能が増大する。いくつかの実施形態において、本方法で処置した後に、個体の肝機能が、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％、又は約１００％増大する。いくつかの実施形態において、本方法で処置した後に、個体の肝機能が、健康な個体の肝機能の約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、又は約９９％超となる。肝機能を測定する方法は当業者に公知であり、例えば、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）、アルブミン、及びビリルビンのうちの１つ以上のレベルを測定することが挙げられる。
いくつかの実施形態において、肝疾患を患うリスクのある個体を処置することは、例えば、肝臓脂質及び／若しくは瘢痕組織、又は肝疾患の発症を引き起こすか又は悪化させる可能性のある任意の他の化合物、例えば、タンパク質、ポリヌクレオチドを低減させることによって、個体が疾患を発症する可能性を予防又は低減させることを意味する。
例えば、ＰＮＰＬＡ３に関連する疾患を含む肝疾患の例が、本明細書に記載される。いくつかの実施形態において、肝疾患は、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎から選択される。いくつかの実施形態において、肝疾患は脂肪肝である。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に投与した場合に、肝疾患、例えば脂肪肝に有効性の高い処置を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、個体の肝損傷、脂肪肝、肝炎、肝線維症、及び肝臓の脂肪合成の１つ以上を低減させる方法であって、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、肝炎を低減又は阻害する。いくつかの実施形態において、方法は、肝線維症を低減又は阻害する。
いくつかの実施形態において、個体の肝疾患を処置することは、肝損傷、脂肪肝、肝炎、肝線維症、及び肝臓の脂肪合成のうちの１つ以上を低減させることを含む。肝疾患の例は、本明細書に記載されている。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体における肝損傷、脂肪肝、肝炎、肝線維症、及び肝臓の脂肪合成の１つ以上を低減するのに非常に有効的である。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体における脂肪肝、肝炎、及び肝線維症の１つ以上を低減するのに非常に有効的である。
いくつかの実施形態において、肝炎の低減又は防止には、肝臓のマクロファージレベルを低減させることが含まれる。肝臓のマクロファージレベルは、例えば、炎症性マクロファージの表面に発現するマクロファージ抗原２（Ｍａｃ２）を免疫組織化学染色することによって定量することができる。いくつかの実施形態において、肝臓のマクロファージレベルは、例えば、個体の肝切片のＭａｃ２を免疫組織化学染色することによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％低減する。
いくつかの実施形態において、肝臓のマクロファージレベルを低減することは、肝臓、例えば肝細胞内の単球走化性タンパク質（ＭＣＰ１）の量が低減することを含む。ＭＣＰ１は、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２（ＣＣＬ２）及び低分子誘導性ケモカインＡ２としても知られており、そのレセプターであるＣ－Ｃケモカイン受容体２（ＣＣＲ２）は、単球、樹状細胞、及びマクロファージを肝臓内の炎症部位にリクルートする役割を果たしている。いくつかの実施形態において、肝臓でＭＣＰ１の発現が低減すると、肝臓のマクロファージレベルが低減する。いくつかの実施形態において、肝臓でＭＣＰ１の発現が低減すると、肝炎が低減する。いくつかの実施形態において、肝臓のマクロファージレベルが低減すると、肝臓、例えば肝細胞内のハプトグロビンの量が低減することを含む。ハプトグロビンは、典型的に、炎症、感染症、及び／又は組織傷害に応答して肝臓及び脂肪組織で生成される急性期タンパク質である。ハプトグロビンは、本明細書に記載されるＣＣＲ２との相互作用を通じて、単球及びマクロファージを部分的に誘引することができる。いくつかの実施形態において、肝臓でハプトグロビンの発現が低減すると、肝炎が低減する。
いくつかの実施形態において、本開示は、個体のハプトグロビン、ＭＣＰ１、及びＴＩＭＰ２の１つ以上のタンパク質レベルを低減させる方法であって、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む方法を提供する。
ハプトグロビン及びその肝炎における役割は、本明細書に記載されている。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるハプトグロビンのタンパク質レベルを低減する。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるハプトグロビンの発現を低減する。いくつかの実施形態において、ハプトグロビンのタンパク質レベルは、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％低減する。試料内のハプトグロビンレベルを測定する方法は当業者に公知であり、例えば、分光測光法、イムノアッセイ、電気泳動等を挙げることができる。いくつかの実施形態において、個体、例えばＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍを有する個体由来の試料内のハプトグロビンレベルは、例えば、ＡＢＸ Ｐｅｎｔｒａ機器を使用する比濁アッセイによって測定する。いくつかの実施形態において、個体、例えばＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍを有する個体由来の試料内のハプトグロビンのタンパク質レベルは、比色分析アッセイ、例えば、ＰＨＡＳＥ（商標）Ｒａｎｇｅハプトグロビン比色分析アッセイによって測定する。
ＭＣＰ１及びその肝炎における役割は、本明細書に記載されている。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるＭＣＰ１のタンパク質レベルを低減する。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるＭＣＰ１の発現を低減する。いくつかの実施形態において、ＭＣＰ１のタンパク質レベルは、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％低減する。試料内のＭＣＰ１レベルを測定する方法は当業者に公知であり、例えば、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫ブロット、電気泳動、クロマトグラフィー等を挙げることができる。いくつかの実施形態において、個体、例えばＰＮＰＬＡ Ｉ１４８Ｍを有する個体由来の試料内のＭＣＰ１のタンパク質レベルは、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定する。
いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるＴＩＭＰ２のタンパク質レベルを低減する。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体におけるＴＩＭＰ２の発現を低減する。組織メタロプロテアーゼ阻害物質２（ＴＩＭＰ２）は、一般的に、細胞外マトリックスの分解に関与するペプチダーゼのマトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）グループの天然の阻害物質である、ＴＩＭＰファミリーのメンバーである。ＴＩＭＰ２の発現は、活性化したヒト肝星細胞及び線維性のラット肝臓で上昇することが分かっている（例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ ５４（１）：１４２－１５１，２００５；及びＰｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐ Ｂｉｏｌ Ｍｅｄ ２３８（６）：６６８－６７７，２０１３を参照されたい）。更に、ＴＩＭＰ２は、肝線維症の実験モデル及び慢性肝疾患を有するヒトにおいて増大する、マトリックスメタロプロテアーゼ２（ＭＭＰ２）のコラーゲン分解活性を阻害することができる（例えば、Ｌｉｎｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｍｅｔａｂ ２２：４９－６１，２０１９を参照されたい）。いくつかの実施形態において、ＴＩＭＰ２がＭＭＰ２を阻害すると、肝線維症が低減する。いくつかの実施形態において、ＴＩＭＰ２のタンパク質レベルは、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与しなかった個体と比較して、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％低減する。試料内のＴＩＭＰ２レベルを測定する方法は当業者に公知であり、例えば、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫ブロット、電気泳動、クロマトグラフィー等を挙げることができる。いくつかの実施形態において、個体、例えばＰＮＰＬＡ Ｉ１４８Ｍを有する個体由来の試料内のＴＩＭＰ２のタンパク質レベルは、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定する。
いくつかの実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３にヘテロ接合性Ｉ１４８Ｍ変異を有する。本明細書で使用する場合、「ヘテロ接合性」変異は、一方の対立遺伝子が変異していることを意味する（他方の対立遺伝子は非変異型、即ち野生型である）。いくつかの実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３にホモ接合性Ｉ１４８Ｍ変異を有する。本明細書で使用する場合、「ホモ接合性」変異は、２つの対立遺伝子が同一の変異であることを意味する。いくつかの実施形態において、個体は、ＰＮＰＬＡ３の１４８位に複合ヘテロ接合性変異を有する。本明細書で使用する場合、「複合ヘテロ接合性」変異は、２つの対立遺伝子のそれぞれに、異なる変異があることを意味する。例えば、ＰＮＰＬＡ３の１４８位における複合ヘテロ接合性変異は、一方の対立遺伝子にＩ１４８Ｍ変異を含み、且つ他方の対立遺伝子に異なる変異を含み得る。いくつかの実施形態において、一方の対立遺伝子がＩ１４８Ｍである、ＰＮＰＬＡ３の１４８位における複合ヘテロ接合性変異は、ＰＮＰＬＡ３のホモ接合性Ｉ１４８Ｍ変異と同一の表現型を有する。いくつかの実施形態において、一方の対立遺伝子がＩ１４８Ｍである、ＰＮＰＬＡ３の１４８位における複合ヘテロ接合性変異は、ＰＮＰＬＡ３のホモ接合性Ｉ１４８Ｍ変異又はヘテロ接合性Ｉ１４８Ｍ変異のいずれかと異なる表現型を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも一方の対立遺伝子にＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体は、肝疾患のリスクが上昇する。いくつかの実施形態において、ホモ接合性ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体は、肝疾患のリスクが上昇する。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、少なくとも一方の対立遺伝子にＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体において、予想以上に有効性の高い肝疾患の処置を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法は、ホモ接合性ＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体において、予想以上に有効性の高い肝疾患の処置を提供する。
いくつかの実施形態において、個体は、ヒト個体である。いくつかの実施形態において、個体は、動物、例えばウシ、ウマ、イヌ、ネコ、ラット、又はマウスである。個体がヒトでない実施形態においては、ＰＮＰＬＡ３のアミノ酸残基数がヒトＰＮＰＬＡ３と同一でない可能性があることが、当業者であれば理解されよう。当業者は、当技術分野で公知の配列アライメント法、例えば、ＢＬＡＳＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ、ＨＭＭＥＲ等を使用することによって、ヒトＰＮＰＬＡ３の残基１４８に対応する残基を決定することができる。
いくつかの実施形態において、本明細書における方法は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与することを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である。アンチセンス化合物は、本明細書に記載されている。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物は、
５’－ＧＧＵＣＣＵＣＵＣＡＧＡＵＣＵＵＧＵＧｔｔ－３’（配列番号２１７０）、
５’－ＧＧＡＧＵＧＡＧＵＧＡＣＡＡＣＧＵＡＣｔｔ－３’（配列番号２１７１）、又は
５’－ＧＧＵＵＣＵＵＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＧＧｔｔ－３’（配列番号２１７２）のいずれかを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号２１７０～２１７２のいずれかと約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約１００％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）である。ＡＳＯは、本明細書に記載されている。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個又は少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。いくつかの実施形態において、化合物は、配列番号１１５と約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約１００％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。いくつかの実施形態において、化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２内で相補的な核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。
いくつかの実施形態において、化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２に相補的である。いくつかの実施形態において、化合物は、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な１６個の核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する。いくつかの実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列の全長にわたって、配列番号２に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である核酸塩基配列を有する。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とし得る。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、８～８０個の結合ヌクレオシド長、１０～３０個の結合ヌクレオシド長、１２～３０個の結合ヌクレオシド長、又は２０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１～１０に列挙された核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖及び／又は少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖又は２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖であり、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
上述の実施形態のいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０、１５～３０、１５～２５、１５～２４、１６～２４、１７～２４、１８～２４、１９～２４、２０～２４、１９～２２、２０～２２、１６～２０、又は１６若しくは２０個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１～１０に列挙される核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である。
上述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、１６～３０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１７～２１６９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
結合２’－デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０、及び８９９のいずれか１つに列挙される配列を含む核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５と少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号２１７０～２１７２のいずれか１つと少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、配列番号１１５の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。いくつかの実施形態において、Ｉ１４８Ｍ変異を有する個体における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、コンジュゲート基を更に含み、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
Figure 2022552249000019
 である。
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６３３３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000020
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１６又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000021
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１６のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000022
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000023
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000024
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000025
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000026
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000027
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000028
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000029
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2022552249000030
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、非経口的に投与され得る。例えば、特定の実施形態において、化合物は、注射又は注入を介して投与され得る。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内投与又は脳室内投与が挙げられる。
特定の化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、化合物又はアンチセンス化合物は、一本鎖である。そのような一本鎖化合物又はアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、そのようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチド、及び任意選択によりコンジュゲート基を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的な核酸塩基配列を含む。
特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１の修飾オリゴヌクレオチド、及び第１の修飾オリゴヌクレオチドに相補的な領域を有する第２の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドである。そのような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のチミン核酸塩基は、ウラシル核酸塩基によって置換されている。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの一方がコンジュゲートされている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの両方がコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドがコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第２の修飾オリゴヌクレオチドがコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長であり、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの一方は、配列番号１７～２１６９のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第１のオリゴマー化合物は、典型的に、修飾オリゴヌクレオチド、及び任意選択によりコンジュゲート基を含むか又はそれからなる。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第２のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾されていても非修飾であってもよい。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物のいずれか又は両方が、コンジュゲート基を含み得る。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、非相補的重複ヌクレオシドを含み得る。
一本鎖化合物及び二本鎖化合物の例としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ標的化オリゴヌクレオチド、及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物、例えば低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、５’から３’方向に記述する場合、標的となる標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１２～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１２～２２個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４～２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１５～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１５～２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６～２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７～２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１８～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１８～２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、２０～３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。換言すれば、そのようなオリゴヌクレオチドは、それぞれ、１２～３０個の結合サブユニット、１４～３０個の結合サブユニット、１４～２０個のサブユニット、１５～３０個のサブユニット、１５～２０個のサブユニット、１６～３０個のサブユニット、１６～２０個のサブユニット、１７～３０個のサブユニット、１７～２０個のサブユニット、１８～３０個のサブユニット、１８～２０個のサブユニット、又は２０～３０個のサブユニット長である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１８個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１９個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。他の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、８～８０、１２～５０、１３～３０、１３～５０、１４～３０、１４～５０、１５～３０、１５～５０、１６～３０、１６～５０、１７～３０、１７～５０、１８～２２、１８～２４、１８～３０、１８～５０、１９～２２、１９～３０、１９～５０、又は２０～３０個の結合サブユニットのオリゴヌクレオチドを含む。特定のそのような実施形態において、本明細書に記載される化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０、又は上記の値のいずれか２つによって定義される範囲の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、結合サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド、又は核酸塩基である。
特定の実施形態において、化合物は更に、オリゴヌクレオチドに結合した追加の機構又は要素、例えばコンジュゲート基を含み得る。特定の実施形態において、そのような化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、そのような化合物は、オリゴマー化合物である。コンジュゲート基がヌクレオシド（即ち、コンジュゲート基をオリゴヌクレオチドに結合させるヌクレオシド）を含む実施形態において、コンジュゲート基のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされない。
特定の実施形態において、化合物は、短縮又はトランケートされていてもよい。例えば、単一のサブユニットが、５’末端から欠失していてもよく（５’トランケーション）、或いは３’末端から欠失していてもよい（３’トランケーション）。ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする短縮又はトランケートされた化合物は、化合物の５’末端から２個のサブユニットが欠失していてもよく、或いは化合物の３’末端から２個のサブユニットが欠失していてもよい。或いは、欠失したヌクレオシドが、化合物の全体にわたって分散していてもよい。
延長された化合物に単一の追加のサブユニットが存在する場合、この追加のサブユニットは、化合物の５’末端又は３’末端に位置していてもよい。追加のサブユニットが２個以上存在する場合、この追加されたサブユニットは、例えば、化合物の５’末端（５’付加）、或いは３’末端（３’付加）に付加される２個のサブユニットを有する化合物において互いに隣接していてもよい。或いは、追加されたサブユニットが、化合物の全体にわたって分散していてもよい。
活性を消失させることなく、化合物、例えばオリゴヌクレオチドの長さを増大若しくは短縮するか、且つ／又はミスマッチ塩基を導入することは可能である（Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １９９２，８９：７３０５－７３０９；Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．Ｍａｒｃｈ ２００１，９３：４６３－４７１；Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１９９８，１６：３３４１－３３５８）。しかしながら、オリゴヌクレオチド配列、化学特性、及びモチーフ中の一見小さな変化が、臨床開発に必要とされる多くの特性の１つ以上に大きな差異をもたらす可能性がある（Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、二本鎖ＲＮＡ化合物（小分子干渉ＲＮＡ又はｓｉＲＮＡとも称される）、及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物（又はｓｓＲＮＡ）が挙げられる。そのような化合物は、少なくとも部分的にＲＩＳＣ経路を介して機能し、標的核酸を分解及び／又は捕捉する（従って、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物が含まれる）。本明細書で使用する場合、ｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介することができる核酸分子、例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉オリゴヌクレオチド、低分子干渉核酸、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）等について説明するのに用いられる他の用語と同等であることを意味する。また、本明細書で使用する場合、「ＲＮＡｉ」という用語は、配列特異的ＲＮＡ干渉、例えば転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、又はエピジェネティクスについて説明するのに用いられる他の用語と同等であることを意味する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖であり得る。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む第１の鎖、及び第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む第１の鎖、及び第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、第１の鎖が配列番号１７～２１６９のいずれか１つにおいて、チミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、（ｉ）配列番号１７～２１６９のいずれかを標的とする、ＰＮＰＬＡ３上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第１の鎖、及び（ｉｉ）第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、糖の２’位がハロゲンを含有する（例えばフッ素基；２’－Ｆ）、又はアルコキシ基を含有する（例えばメトキシ基；２’－ＯＭｅ）１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個の連続核酸塩基に対して交互に配置されている。特定の実施形態において、化合物は、隣接するヌクレオチド間に、天然に存在するホスホジエステル結合以外の１つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド結合、ホスホロチオエート結合、及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物はまた、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示されているような、化学的に修飾された核酸分子であってもよい。別の実施形態において、化合物は、例えば、２０００年４月１９日出願の国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されているような１つ又は２つのキャップされた鎖を含む。
特定の実施形態において、化合物の第１の鎖はｓｉＲＮＡガイド鎖であり、化合物の第２の鎖はｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。特定の実施形態において、化合物の第２の鎖は、第１の鎖に相補的である。特定の実施形態において、化合物の各鎖は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、化合物の第１の鎖又は第２の鎖は、コンジュゲート基を含み得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、そのような化合物は、一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物である。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つの核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれか１つにおいて、ウラシル（Ｕ）がチミン（Ｔ）の代わりであるリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれかを標的とする、ＰＮＰＬＡ３上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、化合物は、糖の２’位がハロゲンを含有する（例えばフッ素基；２’－Ｆ）又はアルコキシ基を含有する（例えばメトキシ基；２’－ＯＭｅ）１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾は、化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個の連続核酸塩基に対して交互に配置されている。特定の実施形態において、化合物は、隣接するヌクレオチド間に、天然に存在するホスホジエステル結合以外の１つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド結合、ホスホロチオエート結合、及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物はまた、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示されているような、化学的に修飾された核酸分子であってもよい。別の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日出願の国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されているようなキャップされた鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含み得る。
特定の機序
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸にハイブリダイズして、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらすことができる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１つ以上の標的核酸に選択的に影響を及ぼす。そのような化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか又は有意な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような方法で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性において、標的核酸への本明細書に記載される化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらす。例えば、本明細書に記載される特定の化合物は、標的核酸のＲＮアーゼＨ媒介開裂をもたらす。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を開裂させる細胞エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖におけるＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、ＲＮアーゼＨ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」である。更に、特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ内に、１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが許容される。
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載される化合物又は化合物の一部は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）にロードされ、最終的に標的核酸の開裂をもたらす。例えば、本明細書に記載される特定の化合物は、アルゴノートによる標的核酸の開裂をもたらす。ＲＩＳＣにロードされる化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）であってもよく、又は一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であってもよい。
特定の実施形態において、標的核酸への本明細書に記載される化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂するタンパク質のリクルートメントをもたらさない。特定のそのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの改変をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質又は他の核酸との結合相互作用の阻害をもたらす。特定のそのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の改変をもたらす。
アンチセンス活性は、直接的又は間接的に観察することができる。特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察又は検出は、標的核酸若しくはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸若しくはタンパク質のスプライスバリアントの割合の変化、及び／又は細胞若しくは動物における表現型の変化の観察又は検出を含む。
標的核酸、標的領域、及びヌクレオチド配列
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態において、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態において、標的核酸は、イントロン、エクソン、及び非翻訳領域を含むｍＲＮＡ及びｍＲＮＡ前駆体から選択される。特定の実施形態において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。特定の実施形態において、標的核酸は、ｍＲＮＡ前駆体である。特定のそのような実施形態において、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションにまたがっている。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン内に少なくとも５０％存在する。
ＰＮＰＬＡ３をコードするヌクレオチド配列としては、限定されるものではないが、以下を含む：ＲｅｆＳｅｑ番号又はジェンバンクアクセッション番号ＮＭ＿０２５２２５．２（参照により組み込まれる、配列番号１として本明細書に開示）；ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００からトランケートされたジェンバンクアクセッション番号ＮＣ＿００００２２．１１（参照により組み込まれる、配列番号２として本明細書に開示）；ＡＫ１２３８０６．１（参照により組み込まれる、配列番号３として本明細書に開示）；ＢＱ６８６３２８．１（参照により組み込まれる、配列番号４として本明細書に開示）；ＢＦ７６２７１１．１（参照により組み込まれる、配列番号５として本明細書に開示）；ＤＡ２９０４９１．１（参照により組み込まれる、配列番号６として本明細書に開示）；並びに配列番号７、８、９及び１０としてリストされる配列。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態において、本明細書で開示される化合物とＰＮＰＬＡ３核酸との間でハイブリダイゼーションが生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン、又は逆フーグスティーン型水素結合）を含む。
ハイブリダイゼーションは、様々な条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存的であり、ハイブリダイズする核酸分子の性質及び組成により決定される。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能かどうかを判断する方法は、当技術分野において公知である。特定の実施形態において、本明細書で提供される化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
相補性
オリゴヌクレオチドは、当該オリゴヌクレオチド又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチド若しくは核酸又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、これらの２つの核酸塩基配列を対向方向にアラインした場合に一致する場合、別の核酸に相補的であると言われる。本明細書に記載される核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途明記しない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、並びに５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／又は核酸は、各ヌクレオシドに核酸塩基相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基ミスマッチを含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも無い状態で各ヌクレオシドに核酸塩基マッチを有する場合、完全に相補的又は１００％相補的である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。化合物とＰＮＰＬＡ３核酸との間の非相補的核酸塩基は、化合物が標的核酸に特異的にハイブリダイズしたままであることが可能であれば許容され得る。更に、化合物は、介在するセグメント又は隣接するセグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないように、ＰＮＰＬＡ３核酸の１つ以上のセグメント上にハイブリダイズしてもよい（例えば、ループ構造、ミスマッチ、又はヘアピン構造）。
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物又はその特定の部分は、ＰＮＰＬＡ３核酸、標的領域、標的セグメント、又はそれらの特定の部分に少なくとも７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％、又は最大７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％相補的である。特定の実施形態において、本明細書で提供される化合物又はその特定の部分は、ＰＮＰＬＡ３核酸、標的領域、標的セグメント、又はそれらの特定の部分に７０％～７５％、７５％～８０％、８０％～８５％、８５％～９０％、９０％～９５％、９５％～１００％、又はそれらの範囲の間のあらゆる数値で相補的である。化合物の標的核酸との相補性パーセントは、常法を用いて求めることができる。
例えば、化合物の２０個の核酸塩基のうちの１８個が標的領域に相補的であり、これによって特異的にハイブリダイズする化合物は、９０パーセントの相補性を示すことになる。この例では、残りの非相補的核酸塩基は密集していてもよく、又は相補的核酸塩基と共に分散していてもよく、互いに又は相補的核酸塩基と連続している必要はない。従って、標的核酸と完全に相補的な２つの領域に挟まれた、４個の非相補的核酸塩基を有する１８個の核酸塩基長の化合物は、標的核酸と全体的に７７．８％の相補性を有することとなる。化合物の標的核酸の領域との相補性パーセントを、当技術分野において公知のＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を用いてルーチン的に求めることができる。相同性パーセント、配列同一性、又は相補性は、例えば、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２ ４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）によって、デフォルト設定を用いて求めることができる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその特定の部分は、標的核酸又はその特定の部分に完全に相補的（即ち１００％相補的）である。例えば、化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸、又は標的領域、若しくは標的セグメント又はその標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書で使用する場合、「完全に相補的」は、化合物のそれぞれの核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基に相補的であることを意味する。例えば、２０個の核酸塩基の化合物は、その化合物に完全に相補的な標的核酸のうちの対応する２０個の核酸塩基部分が存在する限り、４００個の核酸塩基長の標的配列に完全に相補的である。また、「完全に相補的」は、第１の核酸及び／又は第２の核酸の特定の部分に対して使用することもできる。例えば、３０個の核酸塩基の化合物のうちの２０個の核酸塩基部分は、４００個の核酸塩基長の標的配列に「完全に相補的」であり得る。３０個の核酸塩基の化合物のうちの２０個の核酸塩基部分は、それぞれの核酸塩基が化合物の２０個の核酸塩基部分に相補的である、対応する２０個の核酸塩基部分を標的配列が有する場合、標的配列に完全に相補的である。同時に、３０個の核酸塩基化合物の全体は、標的配列に完全に相補的であってもなくてもよく、このことは、化合物の残りの１０個の核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに依存する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に対して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定のそのような実施形態において、そのようなミスマッチによって、標的に対するアンチセンス活性が低減するが、非標的に対する活性は、更に大きく低減する。従って、特定のそのような実施形態において、化合物の選択性が向上する。特定の実施形態において、ミスマッチは、特に、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に位置する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、又は８位に存在する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１位に存在する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３、又は４位に存在する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２、又は１位に存在する。特定の実施形態において、ミスマッチは、特に、ギャップマーモチーフがないオリゴヌクレオチド内に位置する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２位に存在する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２位に存在する。
非相補的核酸塩基の位置は、化合物の５’末端に存在してもよく、又は３’末端に存在してもよい。或いは、複数の非相補的核酸塩基が、化合物の内部位置に存在してもよい。２個以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続（即ち、結合）していてもよく、又は連続していなくてもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメントに位置する。
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０個の核酸塩基長であり、又は最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えば、ＰＮＰＬＡ３核酸、又はその特定の部分に対して４個以下、３個以下、２個以下、又は１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０個の核酸塩基長であり、又は最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えば、ＰＮＰＬＡ３核酸、又はその特定の部分に対して６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、又は１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物としてはまた、標的核酸の一部分と相補的である化合物が挙げられる。本明細書で使用する場合、「部分」は、標的核酸の領域又はセグメント内の規定数の連続（即ち、結合している）核酸塩基を指す。「部分」はまた、化合物の規定数の連続核酸塩基を指すことができる。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも８個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも９個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１０個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１１個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１２個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１３個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１４個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１５個の核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１６個の核酸塩基部分に相補的である。また、標的セグメントの少なくとも９、１０、１７、１８、１９、２０個、若しくはそれ以上の核酸塩基部分、又はこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲に相補的な化合物も想定される。
同一性
本明細書に提供される化合物はまた、特定のヌクレオチド配列、配列番号、若しくは特定のＩＯＮ番号で表される化合物、又はそれらの一部に対して定義された同一性パーセントを有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書で使用する場合、化合物は、同一の核酸塩基対合成能力を有する場合、本明細書で開示される配列と同一である。例えば、開示されるＤＮＡ配列においてチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、ウラシル及びチミジンが両方ともアデニンと対合するため、ＤＮＡ配列と同一であるとみなされることとなる。本明細書に記載される化合物の短縮バージョン及び延長バージョン、並びに本明細書で提供される化合物と比較して非同一塩基を有する化合物も想定される。非同一塩基は、互いに隣接していてもよく、又は化合物の全体にわたって分散されていてもよい。化合物の同一性パーセントは、比較する配列に対して同一の塩基対合を有する塩基の数に従って算出される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその一部は、本明細書に開示される化合物若しくは配列番号、又はそれらの一部の１つ以上と７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくは１００％同一であり、又は少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくは１００％同一である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号、若しくは特定のＩＯＮ番号によって表される化合物、又はその部分と約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるか、又はそのような値の間のあらゆるパーセンテージで同一であり、当該化合物は、１つ以上のミスマッチ核酸塩基を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２位に存在する。特定のそのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２位に存在する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の一部を、標的核酸の等しい長さの部分と比較する。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個の核酸塩基部分を、標的核酸の等しい長さの部分と比較する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの一部を、標的核酸の等しい長さの部分と比較する。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個の核酸塩基部分を、標的核酸の等しい長さの部分と比較する。
特定の修飾化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡ又はＤＮＡ）であってもよく、又は修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾ＲＮＡ又はＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む（即ち、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／若しくは修飾核酸塩基を含む）並びに／又は少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む）。
修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分若しくは修飾核酸塩基、又は修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
１．修飾糖部分
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式糖部分又は三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他の種類の修飾糖部分の置換に相当する１つ以上の置換を含んでもよい。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非環式置換基（限定されるものではないが、２’、４’、及び／又は５’位の置換基が挙げられる）を含む非二環式修飾フラノシル糖部分である。特定の実施形態において、フラノシル糖部分は、リボシル糖部分である。特定の実施形態において、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非環式置換基は、分枝鎖である。非二環式修飾糖部分に好適な２’－置換基の例としては、限定されるものではないが、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」又は「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。特定の実施形態において、２’－置換基は、以下から選択される：ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ－アルカリル、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）であって、Ｒｍ及びＲｎは、それぞれ独立して、Ｈ、アミノ保護基、又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、並びにＣｏｏｋらの米国特許第６，５３１，５８４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８５９，２２１号明細書；及びＣｏｏｋらの米国特許第６，００５，０８７号明細書に記載されている２’－置換基である。これらの２’－置換基の特定の実施形態は更に、以下から独立して選択される１つ以上の置換基で置換されていてもよい：ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニル。直鎖非二環式修飾糖部分に好適な４’－置換基の例としては、限定されるものではないが、アルコキシ（例えばメトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎらの国際公開第２０１５／１０６１２８号パンフレットに記載されるものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に好適な５’－置換基の例としては、限定されるものではないが、５’－メチル（Ｒ又はＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシが挙げられる。特定の実施形態において、非二環式修飾糖は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分、並びにＭｉｇａｗａらの国際公開第２００８／１０１１５７号パンフレット及びＲａｊｅｅｖらの米国特許出願公開第２０１３／０２０３８３６号明細書に記載される修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、以下から選択される直鎖状の２’－置換基を含む糖部分を含む：Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））であって、Ｒｍ及びＲｎは、それぞれ独立して、Ｈ、アミノ保護基、又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、以下から選択される直鎖状の２’－置換基を含む糖部分を含む：Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、以下から選択される直鎖状の２’－置換基を含む糖部分を含む：Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３。
修飾糖部分、例えば、非二環式修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分における置換の位置に従って称される。例えば、２’－置換糖部分又は２－修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’－置換ヌクレオシド又は２’－修飾ヌクレオシドと称される。
特定の修飾糖部分は、第２の環を形成して二環式糖部分をもたらす架橋糖置換基を含む。特定のそのような実施形態において、二環式糖部分は、４’フラノース環原子と２’フラノース環原子間の架橋を含む。特定のそのような実施形態において、フラノース環は、リボース環である。そのような４’～２’架橋糖置換基の例としては、限定されるものではないが、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（Ｓ立体配置である場合、「拘束エチル」又は「ｃＥｔ」と称される）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束ＭＯＥ」又は「ｃＭＯＥ」）、及びそれらの類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第７，３９９，８４５号明細書、Ｂｈａｔらの米国特許第７，５６９，６８６号明細書、Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第７，７４１，４５７号明細書、及びＳｗａｙｚｅらの米国特許第８，０２２，１９３号明細書を参照されたい）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，２８３号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈらの米国特許第８，２７８，４２５号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第７，６９６，３４５号明細書及びＡｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第８，１２４，７４５号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’、及びそれらの類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，４２６号明細書を参照されたい）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’であって、Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは、それぞれ独立して、Ｈ、保護基、又はＣ１～Ｃ１２アルキルである（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第７，４２７，６７２号明細書を参照されたい）が挙げられる。
特定の実施形態において、そのような４’～２’架橋は、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１～４個の結合基を独立して含み；
式中、
ｘは、０、１、又は２であり；
ｎは、１、２、３、又は４であり；
Ｒａ及びＲｂは、それぞれ独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環式ラジカル、置換複素環式ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり；並びにＪ１及びＪ２は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環式ラジカル、置換複素環式ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、又は保護基である。
更なる二環式糖部分が、当技術分野において公知であり、例えば、以下を参照されたい：Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３，Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０，Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１－７；Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０５３，２０７号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，２６８，４９０号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，７７０，７４８号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国再発行特許第４４，７７９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，７９４，４９９号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，６７０，４６１号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０３４，１３３号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０８０，６４４号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０３４，９０９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，１５３，３６５号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，５７２，５８２号明細書；及びＲａｍａｓａｍｙらの米国特許第６，５２５，１９１号明細書、Ｔｏｒｓｔｅｎらの国際公開第２００４／１０６３５６号パンフレット、Ｗｅｎｇｅｌらの国際公開第１９９９／０１４２２６号パンフレット；Ｓｅｔｈらの国際公開第２００７／１３４１８１号パンフレット；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，５４７，６８４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，６６６，８５４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０８８，７４６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，７５０，１３１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０３０，４６７号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２６８，９８０号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５４６，５５６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５３０，６４０号明細書；Ｍｉｇａｗａらの米国特許第９，０１２，４２１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５０１，８０５号明細書；Ａｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許出願公開第２００８／００３９６１８号明細書；及びＭｉｇａｗａらの米国特許出願公開第２０１５／０１９１７２７号明細書。
特定の実施形態において、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を組み込んだヌクレオシドは更に、異性体立体配置によって定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α－Ｌ立体配置又はβ－Ｄ立体配置であり得る。
Figure 2022552249000031
 α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）又はα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示すオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な説明には、両方の異性体立体配置が含まれる。本明細書の例示的な実施形態において、特定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡ又はｃＥｔ）の配置が特定される場合、それらの配置は、別途明記しない限りβ－Ｄ立体配置である。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のそのような実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄原子、炭素原子、又は窒素原子で置換されている。特定のそのような実施形態において、そのような修飾糖部分はまた、本明細書に記載されるような架橋及び／又は非架橋置換基を含む。例えば、特定の糖代替物は、４’硫黄原子、並びに２’位（例えば、Ｂｈａｔらの米国特許第７，８７５，７３３号明細書及びＢｈａｔらの米国特許第７，９３９，６７７号明細書を参照されたい）及び／又は５’位における置換を含む。
特定の実施形態において、糖代替物は、５原子以外の環を含む。例えば、特定の実施形態において、糖代替物は、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランは、更に修飾又は置換されていてもよい。そのような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、限定されるものではないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アルトリトール核酸（「ＡＮＡ」）、マンニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１－８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
Figure 2022552249000032
 （「Ｆ－ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第８，０８８，９０４号明細書；Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第８，４４０，８０３号明細書；及びＳｗａｙｚｅらの米国特許第９，００５，９０６号明細書を参照されたい）であって、Ｆ－ＨＮＡはＦ－ＴＨＰ又は３’－フルオロテトラヒドロピランと称することも可能であり、及び以下の式：
Figure 2022552249000033
 を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシド
［式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれにつき、独立して、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり；
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合させるヌクレオシド間結合基であり、或いはＴ３及びＴ４の一方が、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合させるヌクレオシド間結合基であり、且つＴ３及びＴ４の他方が、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、又は５’若しくは３’末端基であり；ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり；並びに、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、独立して以下から選択される：水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）Ｎ１Ｊ２、及びＣＮであって、式中、Ｘは、Ｏ、Ｓ、又はＮＪ１であり、Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は、それぞれ独立して、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルである］が挙げられる。
特定の実施形態において、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７は、それぞれＨである。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態において、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供され、Ｒ１及びＲ２の一方はＦである。特定の実施形態において、Ｒ１はＦであり、且つＲ２はＨであり、特定の実施形態において、Ｒ１はメトキシであり、且つＲ２はＨであり、並びに、特定の実施形態において、Ｒ１はメトキシエトキシであり、且つＲ２はＨである。
特定の実施形態において、糖代替物は、６つ以上の原子及び２つ以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，６９８，６８５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１６６，３１５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１８５，４４４号明細書；及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，０３４，５０６号明細書を参照されたい）。本明細書で使用する場合、「モルホリノ」という用語は、以下の構造：
Figure 2022552249000034
 を有する糖代替物を意味する。
特定の実施形態において、モルホリノは、例えば、種々の置換基を上記のモルホリノ構造に付加するか、又は上記のモルホリノ構造から変更することによって修飾されていてもよい。そのような糖代替物は、本明細書において、「修飾モルホリノ」と称される。
特定の実施形態において、糖代替物は、非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照されたい）、並びにＭａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２０１３／１３０３７８号明細書に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシドに使用することができる多くの他の二環式糖及び三環式糖並びに糖代替物環系は、当技術分野において公知である。
２．修飾核酸塩基
核酸塩基（又は塩基）の修飾又は置換は、天然に存在する核酸塩基又は合成非修飾核酸塩基と構造的に識別可能であるが、天然に存在する核酸塩基又は合成非修飾核酸塩基と機能的に交換可能である。天然核酸塩基及び修飾核酸塩基は両方とも、水素結合に関与することができる。そのような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性、又は他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、並びにＮ－２、Ｎ－６、及びＯ－６置換プリンから選択される。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、５－メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオールアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ｂａｓｅ）、サイズ拡張塩基（ｓｉｚｅ－ｅｘｐａｎｄｅｄ ｂａｓｅ）、及びフッ素化塩基から選択される。更なる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば、１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン、及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇクランプ）が挙げられる。また、修飾核酸塩基としては、プリン塩基又はピリミジン塩基が他の複素環で置換されているもの、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、及び２－ピリドンを挙げることもできる。更なる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎらの米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されているもの；及びＣｈａｐｔｅｒｓ ６ ａｎｄ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６ ａｎｄ ４４２－４４３に開示されているものが挙げられる。
上述の特定の修飾核酸塩基、及び他の修飾核酸塩基の調製について教示する刊行物として、限定されるものではないが、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１５８４０３号明細書、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１７５９０６号明細書；Ｄｉｎｈらの米国特許第４，８４５，２０５号明細書；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌらの米国特許第５，１３０，３０２号明細書；Ｒｏｇｅｒｓらの米国特許第５，１３４，０６６号明細書；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒらの米国特許第５，１７５，２７３号明細書；Ｕｒｄｅａらの米国特許第５，３６７，０６６号明細書；Ｂｅｎｎｅｒらの米国特許第５，４３２，２７２号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，４３４，２５７号明細書；Ｇｍｅｉｎｅｒらの米国特許第５，４５７，１８７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５９，２５５号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，４８４，９０８号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，５０２，１７７号明細書；Ｈａｗｋｉｎｓらの米国特許第５，５２５，７１１号明細書；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓらの米国特許第５，５５２，５４０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４６９号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，５９４，１２１号明細書；Ｓｗｉｔｚｅｒらの米国特許第５，５９６，０９１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６１４，６１７号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，６４５，９８５号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６８１，９４１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８１１，５３４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，７５０，６９２号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，９４８，９０３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４７０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５７，１９１号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，７６３，５８８号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，８３０，６５３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８０８，０２７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第６，１６６，１９９号明細書；及びＭａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第６，００５，０９６号明細書が挙げられる。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。特定の実施形態において、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
３．修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’－５’ホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、１つ以上の修飾、即ち天然に存在しないヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載される化合物は、望ましい特性、例えば、細胞取り込みが増強され、標的核酸に対する親和性が増強され、及びヌクレアーゼの存在下において安定性が増大するなどの理由で、天然に存在するヌクレオシド間結合を有する化合物よりも選択されることが多い。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられる。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、又は特定の立体化学的配置のホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製することができる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は全てステレオランダムである。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学的配置にランダムな選択をもたらす合成方法を使用して生成することができる。それでもなお、当業者によって十分理解されるように、個々のオリゴヌクレオチド分子の個々のホスホロチオエートは、規定の立体配置を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の独立して選択される立体化学的配置の１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態において、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団中の分子の少なくとも６５％に存在する。特定の実施形態において、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団中の分子の少なくとも７０％に存在する。特定の実施形態において、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団中の分子の少なくとも８０％に存在する。特定の実施形態において、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団中の分子の少なくとも９０％に存在する。特定の実施形態において、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団中の分子の少なくとも９９％に存在する。修飾オリゴヌクレオチドのそのようなキラルに富む集団は、当技術分野において公知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及び国際公開第２０１７／０１５５５５号パンフレットに記載される方法を用いて生成することができる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）立体配置で示される少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）立体配置に少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態において、（Ｒｐ）及び／又は（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式の１つ以上を含み、式中、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
Figure 2022552249000035
別途指示しない限り、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムであってもよく、又は特定の立体化学的配置であってもよい。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合、及びリン原子のないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミダート、及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有結合及び非リン含有結合の調製方法は、よく知られている。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を用いて共に結合されていてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主な分類は、リン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）を含有するホスフェート（非修飾結合又は天然に存在する結合とも称される）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミダート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基として、限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）；シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）；及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が挙げられる。天然に存在するホスフェート結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変更するのに、典型的には増大させるのに用いることができる。特定の実施形態において、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、又は別個のエナンチオマーとして調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合を調製する方法は、当業者によく知られている。
中性ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が挙げられる。更なる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル、及びアミドを含む非イオン結合が挙げられる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４，４０－６５を参照されたい）。更なる中性ヌクレオシド間結合としては、混合Ｎ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２構成成分部分を含む非イオン結合が挙げられる。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を、規定されたパターン又は修飾ヌクレオシド間結合モチーフ内に含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合は、ギャップモチーフ内に配置される。そのような実施形態において、２つのウイング領域のそれぞれにおけるヌクレオシド間結合は、ギャップ領域内のヌクレオシド間結合と異なる。特定の実施形態において、ウイング内のヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合であり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。ヌクレオシドモチーフは独立して選択されるため、ギャップヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップヌクレオシドモチーフを有していても有していなくてもよく、ギャップヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング長及びギャップ長は、同一であっても同一でなくてもよい。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互にヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、一様に修飾されたヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって一様に結合された領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートにより一様に結合されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置する。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に位置する。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のメチルホスホネート結合を含む。特定の実施形態において、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１つ又は２つのメチルホスホネート結合を除き、全てホスホロチオエート結合を含む結合モチーフを含む。特定の実施形態において、１つのメチルホスホネート結合は、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ内に存在する。
特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数及び位置、並びにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数及び位置は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らしてもよく、又はホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やしてもよい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らしてもよく、且つホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やしてもよい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らすことが望ましい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やすことが望ましい。
４．特定のモチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば、非修飾糖部分及び／若しくは修飾糖部分、核酸塩基、並びに／又はヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分、非修飾糖部分、及び異なって修飾されている糖部分、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合によって、パターン又はモチーフが定義される。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／又はヌクレオシド間結合モチーフによって説明することができる（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフとは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾について説明するものである）。
ａ．特定の糖モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された１つ以上の種類の修飾糖及び／又は非修飾糖部分を、規定されたパターン又は糖モチーフ内に含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書に記載される糖修飾のいずれかが挙げられる。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部領域、即ち「ウイング」と、中央又は内部領域、即ち「ギャップ」とを含むギャップマーモチーフを有する領域を含むか又はそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’－ウイング、ギャップ、及び３’－ウイング）は、各ウイングのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部が、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なるヌクレオシドの連続配列を形成する。具体的には、ギャップに最も近い各ウイングのヌクレオシド（５’－ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’－ウイングの最も５’側のヌクレオシド）の少なくとも糖部分とは、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なっており、これによってウイングとギャップとの間の境界（即ち、ウイング／ギャップジャンクション）が規定される。特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態において、ギャップは、１つ以上のヌクレオシドを含むが、当該ヌクレオシドは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する。特定の実施形態において、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同一である（対称ギャップマー）。特定の実施形態において、５’－ウイングの糖モチーフは、３’－ウイングの糖モチーフと異なる（非対称ギャップマー）。
特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、１～５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、２～５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、３～５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのヌクレオシドは、全て修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７～１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７～１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、８～１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。そのような実施形態において、各ウイング／ギャップジャンクションのギャップ側のヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップジャンクションのウイング側のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定のそのような実施形態において、ギャップの各ヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態において、各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有し、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、当該領域の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、完全に修飾された領域内の各ヌクレオシドは、本明細書では一様に修飾された糖モチーフと称される、同一の修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは、一様に修飾されたオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、一様に修飾された各ヌクレオシドは、同一の２’－修飾を含む。
ｂ．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾核酸塩基及び／又は非修飾核酸塩基を、規定されたパターン又はモチーフ内に含む。特定の実施形態において、各核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、各プリン又は各ピリミジンが修飾されている。特定の実施形態において、各アデニンが修飾されている。特定の実施形態において、各グアニンが修飾されている。特定の実施形態において、各チミンが修飾されている。特定の実施形態において、各ウラシルが修飾されている。特定の実施形態において、各シトシンが修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基の一部又は全てが５－メチルシトシンである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のそのような実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。
特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態において、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ内に存在する。特定のそのような実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’－デオキシリボシル部分である。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
ｃ．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合及び／又は非修飾ヌクレオシド間結合を、規定されたパターン又はモチーフ内に含む。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合基は、基本的にホスフェートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て修飾されている。特定のそのような実施形態において、ウイング内のヌクレオシド間結合の一部又は全てが、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態において、末端のヌクレオシド間結合が修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、且つヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウイング内に少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合は末端のヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態において、ホスホロチオエート結合が全てステレオランダムである。特定の実施形態において、ウイング内のホスホロチオエート結合が全て（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。
５．特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）が、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、及び全長によって特徴付けられる。特定の実施形態において、そのようなパラメータは、それぞれ互いに独立している。従って、別途指示しない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても非修飾であってもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じであっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じであっても異なっていてもよい。同様に、そのようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。更に、特定の場合において、オリゴヌクレオチドは、全長又は範囲によって、及び２つ以上の領域（例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さ又は長さ範囲によって記載される。そのような状況において、特定の範囲外となる全長のオリゴヌクレオチドをもたらす数を、各範囲に選択することが可能であり得る。そのような状況においては、両方の要素が満たされる必要がある。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドが１５～２０個の結合ヌクレオシドからなり、３つの領域Ａ、Ｂ、及びＣからなる糖モチーフを有し、ここで、領域Ａは特定の糖モチーフを有する２～６個の結合ヌクレオシドからなり、領域Ｂは特定の糖モチーフを有する６～１０個の結合ヌクレオシドからなり、及び領域Ｃは特定の糖モチーフを有する２～６個の結合ヌクレオシドからなっている。そのような実施形態では、Ａ及びＣがそれぞれ６個の結合ヌクレオシドからなり、Ｂが１０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを（例えそれらのヌクレオシドの数がＡ、Ｂ、及びＣの必要量の範囲内に許容されていたとしても）含まない。なぜなら、そのようなオリゴヌクレオチドの全長は２２であり、これは修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限（２０）を超過するためである。本明細書において、オリゴヌクレオチドの記載で、１つ以上のパラメータに関して言及していない場合は、そのようなパラメータは限定されていない。従って、ギャップマー糖モチーフを有するとしか記載されておらず、更なる記載がない修飾オリゴヌクレオチドは、あらゆる長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、及び核酸塩基モチーフを有し得る。別途指示しない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列と独立している。
特定のコンジュゲート化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾又は非修飾）、並びに任意選択により１つ以上のコンジュゲート基及び／又は末端基を含むか又はそれらからなる。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分、及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれか若しくは両方の末端、及び／又は任意の内部位置に結合していてもよい。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端に結合しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のそのような実施形態において、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの３’末端及び／又は５’末端に結合している。特定のそのような実施形態において、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合している。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは修飾されている。特定の実施形態において、化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的である。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体に相補的である。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、センス転写産物に相補的である。
末端基の例としては、限定されるものではないが、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾ヌクレオシド又は非修飾ヌクレオシド、及び独立して修飾される又は非修飾の２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
特定のコンジュゲート基
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基と共有結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、限定されるものではないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合性、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含む、結合したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を改変する。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドに対して新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォア又はリポーター基を付与する。
特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分は以前に記載されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪鎖、例えば、ドデカンジオール若しくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール又はトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミン若しくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、又はアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，ｉ，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、又はＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号パンフレット）がある。
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、限定されるものではないが、インターカレーター、リポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が挙げられる。
特定の実施形態において、コンジュゲート部分は、活性薬物物質、例えばアスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾサイアジアザイド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン（ｉｎｄｏ－ｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツール酸塩、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌薬又は抗生物質を含む。
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合する。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、単一化学結合である（即ちコンジュゲート部分は、単結合によりコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される）。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、又はエチレングリコール、ヌクレオシド、若しくはアミノ酸単位などの繰返し単位のオリゴマーを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のそのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン酸基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
特定の実施形態において、上記に記載されるコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば、コンジュゲート基を本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合させるのに有用であることが当技術分野において公知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能基を含む。官能基の一方が化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方がコンジュゲート基に結合するように選択されている。二官能性結合部分に用いられる官能基の例としては、限定されるものではないが、求核基と反応する求電子剤、及び求電子基と反応する求核剤が挙げられる。特定の実施形態において、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例としては、限定されるものではないが、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシラート（ＳＭＣＣ）、及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸ又はＡＨＡ）が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、限定されるものではないが、置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルケニル、又は置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的なリストとしては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが挙げられる。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、リンカーヌクレオシドは、修飾されていない。特定の実施形態において、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、又は置換ピリミジンから選択される、任意選択により保護されている複素環塩基を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。典型的には、リンカーヌクレオシドは、標的組織に到達した後に化合物から開裂することが望ましい。従って、リンカーヌクレオシドは、典型的に、開裂可能結合を介して互いに且つ化合物の残部に結合されている。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとみなされない。従って、化合物が特定の数若しくは範囲の結合ヌクレオシド、及び／又は参照核酸に対して特定の相補性パーセントの結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含み、また、化合物がリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む実施形態において、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされず、且つ参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントの判定に用いられない。例えば、化合物は、（１）８～３０個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド、及び（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続した１～１０個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含んでもよい。そのような化合物中の連続結合ヌクレオシドの総数は、３０超である。或いは、化合物は、８～３０個のヌクレオシドからなり、且つコンジュゲート基のない修飾オリゴヌクレオチドを含んでもよい。そのような化合物中の連続結合ヌクレオシドの総数は、３０以下である。別途指示しない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲート基が、オリゴヌクレオチドから開裂することが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含む化合物は、特定の細胞型により良好に取り込まれるが、化合物が取り込まれると、コンジュゲート基が開裂して非コンジュゲートオリゴヌクレオチド又は親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。従って、特定のコンジュゲートは、典型的にはコンジュゲートリンカー内に１つ以上の開裂可能部分を含み得る。特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、少なくとも１つの開裂可能結合を含む原子団である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、１、２、３、４つ又は４つ以上の開裂可能結合を有する原子団を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、細胞内、又はリソソームなどの細胞内コンパートメント内で選択的に開裂する。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ヌクレアーゼ等の内因性酵素によって選択的に開裂する。
特定の実施形態において、開裂可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方若しくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、又はジスルフィドから選択される。特定の実施形態において、開裂可能結合は、ホスホジエステルの一方又は両方のエステルである。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェート又はホスホジエステルを含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分又はコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
特定の実施形態において、開裂可能部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか又はそれからなる。特定のそのような実施形態において、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、開裂可能結合を介して互いに且つ／又は化合物の残部に結合されている。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’末端又は５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合し、且つホスフェート結合又はホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカー又はコンジュゲート部分の残部に共有結合されている２’－デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態において、開裂可能部分は２’－デオキシアデノシンである。
３．特定の細胞標的化コンジュゲート部分
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、一般式：
Figure 2022552249000036
 （式中、ｎは、１～約３であり、ｎが１である場合、ｍは０であり、ｎが２以上である場合、ｍは１であり、ｊは、１又は０であり、ｋは、１又は０である）を有する。
特定の実施形態において、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態において、ｎは１であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態において、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは１である。特定の実施形態において、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態において、ｎは２であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態において、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは１である。特定の実施形態において、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態において、ｎは３であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態において、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは１である。
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した２つのテザーリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した３つのテザーリガンドを含む。
特定の実施形態において、細胞標的化部分は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、ジスルフィド基、ポリエチレングリコール基、エーテル基、チオエーテル基及びヒドロキシアミノ基から選択される１つ以上の基を含む分枝鎖基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、ジスルフィド基、ポリエチレングリコール基、エーテル基、チオエーテル基及びヒドロキシアミノ基から選択される基を含む分枝鎖脂肪族基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル基、アミノ基及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、単環式又は多環式環系を含む。
特定の実施形態において、細胞標的化部分の各テザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル、及びポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、及びポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ、及びアミドから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ及びアミドから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル、アミノ、及びオキソから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル及びオキソから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、アルキル及びホスホジエステルから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、各テザーは、少なくとも１つのリン結合基又は中性結合基を含む。特定の実施形態において、各テザーは、約６～約２０個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、各テザーは、約１０～約１８個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、各テザーは、約１０個の原子鎖長を含む。
特定の実施形態において、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上の少なくとも１つの種類の受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態において、各リガンドは、哺乳動物肝細胞の表面上の少なくとも１つの種類の受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態において、各リガンドは、肝臓のアシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ－Ｒ）に対する親和性を有する。特定の実施形態において、各リガンドは、炭水化物である。特定の実施形態において、各リガンドは、ガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、マンノース、ブドウ糖、グルコサミン及びフコースから独立して選択される。特定の実施形態において、各リガンドは、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）である。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、２個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、１個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。
特定の実施形態において、細胞標的化部分の各リガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖、又は多糖誘導体である。特定のそのような実施形態において、コンジュゲート基は、炭水化物クラスターを含む（例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｔｏ ａ Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ”，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１４，１８－２９、又はＲｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ－Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ－Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８－５８０８を参照されたい）。特定のそのような実施形態において、各リガンドは、アミノ糖又はチオ糖である。例えば、アミノ糖は、シアル酸、α－Ｄ－ガラクトサミン、β－ムラミン酸、２－デオキシ－２－メチルアミノ－Ｌ－グルコピラノース、４，６－ジデオキシ－４－ホルムアミド－２，３－ジ－Ｏ－メチル－Ｄ－マンノピラノース、２－デオキシ－２－スルホアミノ－Ｄ－グルコピラノース及びＮ－スルホ－Ｄ－グルコサミン、及びＮ－グリコリル－α－ノイラミン酸などの、当技術分野において公知の任意の数の化合物から選択され得る。例えば、チオ糖は、５－チオ－β－Ｄ－グルコピラノース、メチル２，３，４－トリ－Ｏ－アセチル－１－チオ－６－Ｏ－トリチル－α－Ｄ－グルコピラノシド、４－チオ－β－Ｄ－ガラクトピラノース、及びエチル３，４，６，７－テトラ－Ｏ－アセチル－２－デオキシ－１，５－ジチオ－α－Ｄ－グルコ－ヘプトピラノシドから選択され得る。
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
Figure 2022552249000037
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
Figure 2022552249000038
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
Figure 2022552249000039
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、本明細書に「ＬＩＣＡ－１」として記載されるコンジュゲート基を含む。ＬＩＣＡ－１は、コンジュゲートリンカーの末端に任意選択的な切断可能部分を含まずに、以下のように示される。
Figure 2022552249000040
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物はＬＩＣＡ－１を含み、コンジュゲートリンカー内の開裂可能部分は、式：
Figure 2022552249000041
 （式中、「オリゴ」は、オリゴヌクレオチドである）を有する。
上述の特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート基を含む化合物、テザー、コンジュゲートリンカー、分枝鎖基、リガンド、切断可能部分、並びに他の修飾の調製について教示する代表的な刊行物としては、限定されるものではないが、米国特許第５，９９４，５１７号明細書、米国特許第６，３００，３１９号明細書、米国特許第６，６６０，７２０号明細書、米国特許第６，９０６，１８２号明細書、米国特許第７，２６２，１７７号明細書、米国特許第７，４９１，８０５号明細書、米国特許第８，１０６，０２２号明細書、米国特許第７，７２３，５０９号明細書、米国特許第９，１２７，２７６号明細書、米国特許出願公開第２００６／０１４８７４０号明細書、米国特許出願公開第２０１１／０１２３５２０号明細書、国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット及び国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット、Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９５，３８，１８４６－１８５２、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１１，１９，２４９４－２５００、Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００１，２７６，３７５７７－３７５８４、Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８－５８０８、Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９９，４２，６０９－６１８、及びＶａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９－７７０が挙げられ、それらの各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、ギャップマー又は完全修飾モチーフと、少なくとも１、２又は３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むコンジュゲート基とを含む修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、以下の参考文献のいずれかにおいて見出されるコンジュゲート基を含む：Ｌｅｅ，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ Ｒｅｓ，１９７８，６７，５０９－５１４；Ｃｏｎｎｏｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９８２，２５７，９３９－９４５；Ｐａｖｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｅｐ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ，１９８３，２２，５３９－５４８；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８４，２３，４２５５－４２６１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｊ，１９８７，４，３１７－３２８；Ｔｏｙｏｋｕｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９０，３１，２６７３－２６７６；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１５３８－１５４６；Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９－７７０；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９７，３８，３４８７－３４９０；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，７６２－７６５；Ｋａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ，２００１，１１，８２１－８２９；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２００１，２７６，３７５７７－３７５８４；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２００３，３６２，３８－４３；Ｗｅｓｔｅｒｌｉｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ Ｊ，２００４，２１，２２７－２４１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ，２００６，１６（１９），５１３２－５１３５；Ｍａｉｅｒｈｏｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００７，１５，７６６１－７６７６；Ｋｈｏｒｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００８，１６，５２１６－５２３１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１１，１９，２４９４－２５００；Ｋｏｒｎｉｌｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｔ Ｂｉｏｃｈｅｍ，２０１２，４２５，４３－４６；Ｐｕｊｏｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ，２０１２，５１，７４４５－７４４８；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１８４６－１８５２；Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９９，４２，６０９－６１８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００４，４７，５７９８－５８０８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，２００６，２６，１６９－１７５；ｖａｎ Ｒｏｓｓｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ，２００４，１１，４５７－４６４；Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ，２００４，１２６，１４０１３－１４０２２；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｏｒｇ Ｃｈｅｍ，２０１２，７７，７５６４－７５７１；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ，２０００，１４，１７８４－１７９２；Ｒａｊｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，９３５－９４０；Ｄｕｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２０００，３１３，２９７－３２１；Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，２００３，１４，１８－２９；Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ Ｌｅｔｔ，２０１０，１２，５４１０－５４１３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ，２００２，１２，１０３－１２８；Ｍｅｒｗｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９４，５，６１２－６２０；Ｔｏｍｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１３，２１，５２７５－５２８１；国際公開第１９９８／０１３３８１号パンフレット；国際公開第２０１１／０３８３５６号パンフレット；国際公開第１９９７／０４６０９８号パンフレット；国際公開第２００８／０９８７８８号パンフレット；国際公開第２００４／１０１６１９号パンフレット；国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット；国際公開第２０１１／１２００５３号パンフレット；国際公開第２０１１／１００１３１号パンフレット；国際公開第２０１１／１６３１２１号パンフレット；国際公開第２０１２／１７７９４７号パンフレット；国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット；国際公開第２０１３／０７５０３５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３１８５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３０４６号パンフレット；国際公開第２００９／０８２６０７号パンフレット；国際公開第２００９／１３４４８７号パンフレット；国際公開第２０１０／１４４７４０号パンフレット；国際公開第２０１０／１４８０１３号パンフレット；国際公開第１９９７／０２０５６３号パンフレット；国際公開第２０１０／０８８５３７号パンフレット；国際公開第２００２／０４３７７１号パンフレット；国際公開第２０１０／１２９７０９号パンフレット；国際公開第２０１２／０６８１８７号パンフレット；国際公開第２００９／１２６９３３号パンフレット；国際公開第２００４／０２４７５７号パンフレット；国際公開第２０１０／０５４４０６号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９３５２号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９６０２号パンフレット；国際公開第２０１３／１６６１２１号パンフレット；国際公開第２０１３／１６５８１６号パンフレット；米国特許第４，７５１，２１９号明細書；米国特許第８，５５２，１６３号明細書；米国特許第６，９０８，９０３号明細書；米国特許第７，２６２，１７７号明細書；米国特許第５，９９４，５１７号明細書；米国特許第６，３００，３１９号明細書；米国特許第８，１０６，０２２号明細書；米国特許第７，４９１，８０５号明細書；米国特許第７，４９１，８０５号明細書；米国特許第７，５８２，７４４号明細書；米国特許第８，１３７，６９５号明細書；米国特許第６，３８３，８１２号明細書；米国特許第６，５２５，０３１号明細書；米国特許第６，６６０，７２０号明細書；米国特許第７，７２３，５０９号明細書；米国特許第８，５４１，５４８号明細書；米国特許第８，３４４，１２５号明細書；米国特許第８，３１３，７７２号明細書；米国特許第８，３４９，３０８号明細書；米国特許第８，４５０，４６７号明細書；米国特許第８，５０１，９３０号明細書；米国特許第８，１５８，６０１号明細書；米国特許第７，２６２，１７７号明細書；米国特許第６，９０６，１８２号明細書；米国特許第６，６２０，９１６号明細書；米国特許第８，４３５，４９１号明細書；米国特許第８，４０４，８６２号明細書；米国特許第７，８５１，６１５号明細書；米国特許出願公開第２０１１／００９７２６４号明細書；米国特許出願公開第２０１１／００９７２６５号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０００４４２７号明細書；米国特許出願公開第２００５／０１６４２３５号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１４８７４０号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４４号明細書；米国特許出願公開第２０１０／０２４０７３０号明細書；米国特許出願公開第２００３／０１１９７２４号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１８３８８６号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２０６８６９号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２６９８１４号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２８６９７３号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２０７７９９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１３６０４２号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１６５３９３号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４１号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２０３１３５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００３５１１５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００９５０７５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１０１１４８号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１２８７６０号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１５７５０９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０２３０９３８号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１０９８１７号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１２１９５４号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１７８５１２号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０２３６９６８号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０１２３５２０号明細書；米国特許出願公開第２００３／００７７８２９号明細書；米国特許出願公開第２００８／０１０８８０１号明細書；及び米国特許出願公開第２００９／０２０３１３２号明細書であり、これらの各々はその全体が参照により組み込まれる。
医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法
本明細書に記載される化合物は、医薬組成物又は配合物を調製するために、薬学的に許容可能な活性物質又は不活性物質と混合してもよい。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度、又は投与される用量が挙げられるが、これらに限定されないいくつかの基準によって決まる。
特定の実施形態は、１つ以上の化合物又はその塩を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定のそのような実施形態において、医薬組成物は、薬学的に許容可能な適切な希釈剤又はキャリアを含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液及び１つ以上の化合物を含む。特定の実施形態において、そのような医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液及び１つ以上の化合物からなる。特定の実施形態において、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物及び滅菌水を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つの化合物及び滅菌水からなる。特定の実施形態において、滅菌水は、医薬品グレードの水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物及び滅菌ＰＢＳからなる。特定の実施形態において、滅菌ＰＢＳは、医薬品グレードのＰＢＳである。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度、又は投与される用量が挙げられるが、これらに限定されないいくつかの基準によって決まる。
ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする本明細書に記載される化合物は、化合物を薬学的に許容可能な好適な希釈剤又はキャリアと組み合わせることによって、医薬組成物において利用することができる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、注射に好適な滅菌水などの水である。従って、一実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物と、薬学的に許容可能な希釈剤とを含む医薬組成物が、本明細書に記載される方法に使用される。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、水である。特定の実施形態において、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物に投与すると、生物学的に活性な代謝産物又はその残基を（直接又は間接的に）提供することができる、薬学的に許容可能な任意の塩、エステル、若しくはそのようなエステルの塩、又は任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。従って、例えば、本開示はまた、化合物の薬学的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、及び他の生物学的同等物を対象とする。好適な薬学的に許容可能な塩としては、ナトリウム塩及びカリウム塩が挙げられるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、体内の内因性ヌクレアーゼにより切断されて活性化合物を形成する追加のヌクレオシドを、化合物の一端又は両端に組み込むことを含み得る。
特定の実施形態において、化合物又は組成物は更に、薬学的に許容可能なキャリア又は希釈剤を含む。
特定の選択化合物
約２，３８４の新たに設計された、様々な長さ、化学的構造及びモチーフの化合物を、それらのヒトＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡに及ぼす効果について、いくつかの細胞型においてインビトロで試験した（実施例１）。インビトロにおける単回用量での有効性について試験した２，３８４個の化合物のうち、４００個を超える選択化合物を、Ａ４３１細胞における用量依存的阻害について試験した（実施例２）。用量応答アッセイによって試験した４００個を超える化合物のうち、化合物を更にＢＡＬＢ／ｃマウスモデルにおける高用量忍容性についてスクリーニングし、ＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスモデルにおけるインビボでの有効性のため、８７個のオリゴヌクレオチドを選択した。
遺伝子導入マウスモデルにおいて試験した８７個のオリゴヌクレオチドのうち、２３個のオリゴヌクレオチドを選択して、更に前臨床ロデル（ｒｏｄｅｌ）モデルにおける忍容性について試験した。インビボにおけるげっ歯類忍容性モデルでは、体重及び臓器重量、肝機能マーカー（アラニントランスアミナーゼ、アスパラギン酸トランスアミナーゼ及びビリルビンなど）、並びに腎機能マーカー（ＢＵＮ及びクレアチニンなど）を測定した。ＣＤ１マウスモデル及びＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットモデルでは、ＩＯＮ ９７５５９１、９７５６０５、９７５６１２、９７５６１３、９７５６１６、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６、９９４２８２及び９９４２８４は、忍容可能であることが見出された（実施例５及び６）。
これらの化合物を、更にＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスにおける複数用量アッセイにおいて有効性について試験した（実施例７）。
ＩＯＮ ９９４２８４、９７６０５、９７５６１６、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２を、カニクイザルにおける忍容性について試験した（実施例８）。化合物による処置は、サルにおいて忍容性が良好であった。
従って、改善した特性のいずれか１つ以上を有する化合物が本明細書に提供される。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、強力且つ忍容可能である。
以下の実施例により、ＰＮＰＬＡ３を標的とするリード化合物を特定するためのスクリーニングプロセスを説明する。ＩＯＮ ９９４２８４、９７６０５、９７５６１６、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２は、高い有効性及び忍容性をもたらした。
非限定的な開示及び参照による組み込み
本出願に添付した配列表は、必要に応じて「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列を特定しているが、実際には、これらの配列は、化学修飾のあらゆる組み合わせにより修飾されていてもよい。当業者であれば、修飾オリゴヌクレオチドを記述するための「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」のような指定は、場合によっては任意であることを容易に認識するであろう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの天然の２’－Ｈに対して２’－ＯＨである）を有するＤＮＡ、又は修飾塩基（ＲＮＡの天然ウラシルに対してチミン（メチル化ウラシル）である）を有するＲＮＡと記載することができる。
従って、配列表内の核酸配列が挙げられるがこれに限定されない、本明細書で提供される核酸配列は、天然又は修飾されたＲＮＡ及び／又はＤＮＡの任意の組み合わせを含有する核酸（修飾核酸塩基を有するそのような核酸が挙げられるがこれらに限定されない）を包含することが意図される。更なる例としては、限定されるものではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾されているか非修飾であるかに関わらず、そのような核酸塩基配列を有するあらゆるオリゴヌクレオチドを包含し、限定されるものではないが、ＲＮＡ塩基を含むそのような化合物、例えば、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの、いくつかのＤＮＡ塩基及びいくつかのＲＮＡ塩基、例えば「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」を有するもの、並びに他の修飾核酸塩基、例えば「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」（ｍＣは、５位にメチル基を含むシトシン塩基を示す）を有する化合物が挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を有し、これによって、絶対立体化学の点から、（Ｒ）若しくは（Ｓ）として、例えば、糖アノマーなどではα若しくはβとして、又はアミノ酸などでは（Ｄ）若しくは（Ｌ）等として定義され得る、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び他の立体異性配置が生じる。特定の立体異性配置を有するものとして描写又は記載される、本明細書で提供される化合物は、指示された化合物のみを含む。立体化学が定義されずに描写又は記載される、本明細書で提供される化合物は、そのステレオランダムな形態及び光学的に純粋な形態を含む、そのような考えられる異性体の全てを含む。同様に、別途指示しない限り、本明細書で提供される化合物の全ての互変異性形態が含まれる。別途指示しない限り、本明細書に記載されるオリゴマー化合物及び修飾オリゴヌクレオチドは、対応する塩形態を含むことが意図される。
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、指示された元素の非放射性同位体又は放射性同位体で置換されているバリエーションを含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して、考えられる全ての重水素置換を包含する。本明細書の化合物によって包含される同位体置換としては、以下に限定されるものではないが、１Ｈの代わりに２Ｈ又は３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃ又は１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏ又は１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、又は３６Ｓが挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物、組成物、及び方法を、特定の実施形態に従って特性と共に説明してきたが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を説明する役割を果たすものに過ぎず、これを限定することを意図するものではない。本出願において引用される参考文献の各々は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
実施例１：Ａ４３１細胞におけるヒトＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害
ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、それらのインビトロにおけるＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡに及ぼす効果について試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。それぞれの実験についての結果を、以下に示される別個の表に示す。
以下の表において新たに設計されたキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、３－１０－３ｃＥｔギャップマーとして設計した。ギャップマーは１６個のヌクレオシド長であり、その中央ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５’方向及び３’方向の３個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによって挟まれている。５’ウイングセグメント内の各ヌクレオシド、及び３’ウイングセグメント内の各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。各ギャップマーの全体に及ぶヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマーの全体に及ぶ全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的とするヒト遺伝子配列の最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、本明細書において配列番号１と指定されるヒトＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡ（ジェンバンクアクセッション番号ＮＭ＿０２５２２５．２）、又は本明細書において配列番号２と指定されるヒトＰＮＰＬＡ３ゲノム配列（ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００をトランケートしたジェンバンクアクセッション番号ＮＣ＿００００２２．１１）のいずれかを標的とする。「ｎ／ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
試験１
１ウェル当たり２０，０００個の細胞密度で培養したＡ４３１細胞を、４，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによって形質移入した。処理期間の約２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０（本明細書では配列番号１１と指定される、順方向配列ＣＣＴＴＧＧＴＡＴＧＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡ；本明細書では配列番号１２と指定される、逆方向配列ＧＴＴＧＴＣＡＣＴＣＡＣＴＣＣＴＣＣＡＴＣ；本明細書では配列番号１３と指定される、プローブ配列ＴＧＧＣＣＴＴＡＴＣＣＣＴＣＣＴＴＣＣＴＴＣＡＧＡ）を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定された総ＲＮＡ含有量に従って、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３の阻害率として示す。
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ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７５（本明細書では配列番号１４と指定される、順方向配列ＴＧＡＧＧＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＡＴＧ；本明細書では配列番号１５と指定される、逆方向配列ＧＣＴＣＡＴＧＴＡＴＣＣＡＣＣＴＴＴＧＴＣＴ；本明細書では配列番号１６と指定される、プローブ配列ＣＴＡＧＡＣＣＡＣＣＴＧＣＧＴＣＴＣＡＧＣＡＴＣ）を同様に使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定された総ＲＮＡ含有量に従って、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３の阻害率として示す。
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試験２
１ウェル当たり５，０００個の細胞密度で培養したＡ４３１細胞を、１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによって形質移入した。処理期間の約２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定された総ＲＮＡ含有量に従って、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３の阻害率として示す。
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実施例２：Ａ４３１細胞におけるヒトＰＮＰＬＡ３の用量依存的アンチセンス阻害
ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示す実施例１からのギャップマーを選択し、Ａ４３１細胞において様々な用量で試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。それぞれの実験についての結果を、以下に示される別個の表に示す。細胞を１ウェル当たり１０，０００個の細胞密度で播種し、下記の表に明示されるように、異なる濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによって形質移入した。処理期間の約１６時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０を用いて、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定された総ＲＮＡ含有量に従って、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３の阻害率として示す。
また、それぞれのオリゴヌクレオチドの半数最大阻害濃度（ＩＣ５０）を示す。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処置した細胞において用量依存的に有意に減少した。
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実施例３：ＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
ＢＡＬＢ／ｃマウスは、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上述した試験から選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。
上記の試験より選択されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、３’－ＴＨＡ－Ｃ６－ＧａｌＮＡｃ３－（３Ｒ，５Ｓ）－５－（ヒドロキシメチル）ピロリジン－３－オールリン酸エンドキャップ（以降、３’－ＴＨＡと称する）とコンジュゲートした。
処置
６～７週齢雄マウスの群に、２００ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを単回で皮下注射した。雄ＢＡＬＢ／ｃマウスの１群にＰＢＳを注射した。マウスを単回投与から７２～９６時間後に安楽死させ、更なる分析のために血漿を回収した。
肝機能に及ぼす修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０，Ｂｒｅａ，ＣＡ）を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外のトランスアミナーゼのレベルの変化を引き起こした修飾オリゴヌクレオチドは、更なる試験において除外した。本試験で忍容可能とみなされ、更なる評価のために選択されたオリゴヌクレオチドを、下記の表に示す。「親オリゴ」は、上記試験に記載され、且つ本試験において３’－ＴＨＡにコンジュゲートして試験したＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを示す。
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実施例４：遺伝子導入マウスモデルにおけるＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害の効果
カリフォルニア大学（Ｉｒｖｉｎｅ）により生成された野生型Ｃ５７ＢＬ／６に由来するＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスモデルを使用した。マウスモデルは、ワシントン大学によって厚意から提供されたＰＮＰＬＡ３遺伝子のフォスミド全体を含むゲノム構築物を含む。このモデルにおいてＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの有効性を評価した。
処置
遺伝子導入マウスを１２時間の明暗サイクルで維持し、通常のＰｕｒｉｎａマウス固形試料を自由に与えた。実験の開始前に、動物を研究施設内で少なくとも７日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターに通して濾過することにより滅菌した。注射のため、オリゴヌクレオチドを０．９％のＰＢＳ中に溶解させた。
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各２匹のマウスの群に分割した。１日目及び８日目に、群に用量２．５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けさせた。４匹のマウスの１群に、１日目及び８日目にＰＢＳの皮下注射を受けさせた。生理食塩水を注射された群は、オリゴヌクレオチド処置群を比較するための対照群として機能した。
ＲＮＡ分析
１０日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現を測定するリアルタイムＰＣＲ分析のため、肝臓からＲＮＡを抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化率としての結果を示す。下記の表に示すように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な減少をもたらす結果となった。「０」は、オリゴヌクレオチドがｍＲＮＡ発現を阻害しなかったことを示している。
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Figure 2022552249000170
実施例５：ＣＤ１マウスにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ、ＭＡ）は、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上述した試験から選択されたＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。
上記の試験から選択されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、５’－トリスヘキシルアミノ－（ＴＨＡ）－Ｃ６ＧａｌＮＡＣ３エンドキャップ（以降、５’－ＴＨＡと称する）とコンジュゲートした。試験したＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを下記の表に示す。「非コンジュゲート型親ＩＯＮ番号」は、同一の配列を有する、上記のインビトロ試験に記載されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを指す。「３’－ＴＨＡカウンターパートＩＯＮ番号」は、同一の配列を有する、上記のマウス試験で評価された３’－ＴＨＡコンジュゲート型オリゴヌクレオチドを指す。
Figure 2022552249000171
処置
４匹のＣＤ１マウスの群のそれぞれに、毎週１５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、４日目に１回の負荷用量（合計で８用量）で６週間皮下注射した。雄ＣＤ１マウスの１群にＰＢＳを６週間皮下注射した。マウスを最終投与から４８時間後に安楽死させ、更なる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝臓及び腎機能に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、トランスアミナーゼ（ＡＬＴ及びＡＳＴ）、アルブミン、総ビリルビン及びクレアチニンの血漿レベルを３週目に測定した。結果を以下の表に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の任意の肝臓又は腎機能マーカーのレベルの変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、更なる試験において除外した。
Figure 2022552249000172
血液学アッセイ
６週目に、選択したマウス群から得られた血液を、血小板数の測定のためにＩＤＥＸＸ ＢｉｏＲｅｓｅａｒｃｈに送付した。結果を以下の表に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の血小板数の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、更なる試験において除外した。
Figure 2022552249000173
実施例６：Ｓｐｒａｇｕｅ－ＤａｗｌｅｙラットにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットは、安全性及び有効性の評価に使用される多目的モデルである。上記の実施例に記載した試験からのＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてラットを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。
処置
雄Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明暗サイクルで維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット固形飼料、ｄｉｅｔ５００１を自由に与えた。４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットの群のそれぞれに、毎週１５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、４日目に１回の負荷用量（合計で８用量）で６週間皮下注射した。最終投与から４８時間後、ラットを安楽死させ、更なる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝機能に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、トランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定し、ＩＵ／Ｌで表記した結果を以下の表に示す。また、ビリルビン、クレアチニン、アルブミン及びＢＵＮの血漿レベルを同一の臨床化学分析装置を使用して測定し、ｍｇ／ｄＬで表記した結果も同様に下記の表に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の任意の肝機能マーカーのレベルの変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、更なる試験において除外した。
Figure 2022552249000174
腎機能
腎機能に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、タンパク質及びクレアチニンの尿中レベルを測定した。クレアチニンに対する総タンパク質の比率を下記の表に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の比率のレベルの変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、更なる試験において除外した。
Figure 2022552249000175
臓器重量
肝臓、心臓、脾臓及び腎臓重量を試験終了時に測定し、これらを下記の表に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の臓器重量の任意の変化を引き起こしたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、更なる試験から除外した。
Figure 2022552249000176
実施例７：遺伝子導入マウスモデルにおけるＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害の効果
Ｉｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇモデルにおいて複数用量アッセイで試験した。
処置
遺伝子導入マウスを１２時間の明暗サイクルで維持し、通常のＰｕｒｉｎａマウス固形試料を自由に与えた。実験の開始前に、動物を研究施設内で少なくとも７日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターに通して濾過することにより滅菌した。注射のため、オリゴヌクレオチドを０．９％のＰＢＳ中に溶解させた。
試験１
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各４匹のマウスの群に分割した。群に、週に５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ又は０．２５ｍｇ／ｋｇの用量でＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けさせ、１、５、８、１５及び２３日目に投与した。４匹の１群のマウスに、ＰＢＳの皮下注射を１、５、８、１５及び２３日目に受けさせた。生理食塩水を注射された群は、オリゴヌクレオチド処置群を比較するための対照群として機能した。
ＲＮＡ分析
２６日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現を測定するリアルタイムＰＣＲ分析のため、肝臓からＲＮＡを抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化率としての結果を示す。下記の表に示すように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な用量依存的減少をもたらす結果となった。
Figure 2022552249000177
試験２
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各４匹のマウスの群に分割した。群に、週に５ｍｇ／ｋｇ、２．５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ又は０．２５ｍｇ／ｋｇの用量でＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けさせ、１、５、８、１５及び２３日目に投与した。４匹の１群のマウスに、ＰＢＳの皮下注射を１、５、８、１５及び２３日目に受けさせた。生理食塩水を注射された群は、オリゴヌクレオチド処置群を比較するための対照群として機能した。
ＲＮＡ分析
２６日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現を測定するリアルタイムＰＣＲ分析のため、肝臓からＲＮＡを抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化率としての結果を示す。下記の表に示すように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な用量依存的減少をもたらす結果となった。
Figure 2022552249000178
実施例８：カニクイザルにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの効果
上記の実施例に記載した試験から選択されたＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによってカニクイザルを処置した。アンチセンスオリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。
処置
試験の前にサルを隔離所に保管し、その間、この動物を全体的な健康状態について毎日観察した。サルは２～４歳齢であり、体重は２～４ｋｇであった。無作為に割り当てた５匹の雄カニクイザルの９群のそれぞれに、背部の４つの異なる部位間にＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチド又はＰＢＳを時計回りで皮下注射した。サルに、１０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを、最初の２週間は週に２回（１、５、９及び１４日目）投与し、続いてその後の１０週間は週に１回、２１、２８、３５、４２、４９、５６、６３、７０、７７及び８４日目で投与した。５匹のカニクイザルの対照群に同様の方法でＰＢＳを注射し、これらは対照群として機能した。
試験期間中、サルを疾病又は苦痛の徴候について１日２回観察した。処置、損傷又は疾病に起因する一時的又は軽度以上の疼痛又は苦痛を示すあらゆる動物は、試験責任者と協議した後、獣医スタッフにより疼痛を緩和するために承認済みの鎮痛薬又は薬剤で処置した。健康状態の悪い又は瀕死状態である可能性の高い任意の動物を、更なる経過観察及び安楽死の可能性のために特定した。最終投与から約４８時間後の８６日目に、指定された動物の安楽死を、深麻酔下にある間に失血させることによって行った。実施例に記載したプロトコルは、動物実験委員会（ＩＡＣＵＣ）により承認されているものであった。
体重及び臓器重量測定
動物の全体的な健康状態に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、体重及び臓器重量を測定した。８６日目に体重及び臓器重量を測定し、そのデータを下記の表に示す。結果は、体重及び臓器重量に及ぼすアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置の効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドに予測された範囲内であったことを示している。とりわけ、ＩＯＮ ９４５６１６を用いた処置は、サルの体重及び臓器重量の観点から忍容性が良好であった。
Figure 2022552249000179
肝機能
肝機能に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、８６日目に全ての試験群から血液試料を採取した。採血前にサルを一晩絶食させた。血清を分離させるため、抗凝血薬を含まないチューブで血液を採取した。チューブを少なくとも９０分間室温で保持し、続いて３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用して、肝機能マーカーの様々なレベルを測定した。ＡＬＴ及びＡＳＴの血漿レベルを測定し、ＩＵ／Ｌで表記した結果を下記の表に示す。ビリルビン、肝機能マーカーを同様に測定し、ｍｇ／ｄＬで表記したものを下記の表に示す。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドに予測される範囲外の肝機能に及ぼす効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドになかったことを示している。
Figure 2022552249000180
腎機能
腎機能に及ぼすＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、８６日目に全ての試験群から血液試料を採取した。採血前にサルを一晩絶食させた。血清を分離させるため、抗凝血薬を含まないチューブで血液を採取した。チューブを少なくとも９０分間室温で保持し、続いて３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用して、ＢＵＮ及びクレアチニンのレベルを測定した。ｍｇ／ｄＬで表記された結果を下記の表に示す。
血漿化学データは、Ｉｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの大部分で、アンチセンスオリゴヌクレオチドに予想される範囲外の腎機能に及ぼす任意の効果がなかったことを示している。
Figure 2022552249000181
血液学
血液パラメータに及ぼすカニクイザルにおけるＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するために、８６日目に、入手可能な試験動物の各々から約０．５ｍＬの血液からなる血液試料を採取した。Ｋ２－ＥＤＴＡを含むチューブに試料を採取した。ＡＤＶＩＡ２１２０ｉ血液分析装置（Ｓｉｅｍｅｎｓ、ＵＳＡ）を使用して、赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球の数、及び血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットについて試料を分析した。
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドに予測される範囲外の血液パラメータにいかなる変化も引き起こさなかったことを示している。
Figure 2022552249000182
Figure 2022552249000183
炎症促進性タンパク質分析
カニクイザルにおけるＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するために、分析のために血液試料を採取した。採血前にサルを一晩絶食させた。約１．５ｍＬの血液を各動物から採取し、血清を分離させるため、抗凝血薬を含まないチューブに入れた。チューブを少なくとも９０分間室温で保持し、続いて３，０００ｒｐｍで１０分間、室温で遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用して、肝臓内で合成され、炎症のマーカーとして機能するＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、及び補体Ｃ３を測定した。
実施例９：ヒトＰＮＰＬＡ３を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度の測定
４０センチポアズ（ｃＰ）超の粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドをスクリーニングして除くために、上述した試験から選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を測定した。４０ｃＰ超の粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適な粘度よりも低い粘度を有する。
オリゴヌクレオチド（３２～３５ｍｇ）をガラスバイアル内に秤量して１２０μＬの水を加え、このバイアルを５０℃で加熱することによってアンチセンスオリゴヌクレオチドを溶解させて溶液にした。予熱した試料の一部（７５μＬ）を、ピペットでマイクロ粘度計（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）に移した。マイクロ粘度計の温度を２５℃に設定して、試料の粘度を測定した。２６０ｎＭ、８５℃でのＵＶ読み取りのために（Ｃａｒｙ ＵＶ機器）、別の一部の予熱サンプル（２０μＬ）を、ピペットで１０ｍＬの水に移した。結果を下記の表に示し、各アンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度が２００ｍｇ／ｍｌであり、アンチセンスオリゴヌクレオチド溶液の大部分は、上述した基準下でそれらの粘度が最適であることを示している。
Figure 2022552249000184
実施例１０：ＩＯＮ ９７５６１６の部位におけるオリゴヌクレオチドの設計
ＩＯＮ ９１６３３３の標的部位が重なっている、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的化する追加のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計した。このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＩＯＮ ９７５６１６の非コンジュゲート型バージョンであり、異なる化学修飾及びモチーフを有する。
下記の表の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、３－１０－３ｃＥｔギャップマー又はデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計した。３－１０－３ｃＥｔギャップマーは１６個のヌクレオシド長であり、その中央ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５’方向及び３’方向の３個のヌクレオシドを含むウイングセグメントによって挟まれている。５’ウイングセグメント内の各ヌクレオシド、及び３’ウイングセグメント内の各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。各ギャップマーの全体に及ぶヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマーの全体に及ぶ全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。デオキシ、ＭＯＥ及び（Ｓ）－ｃＥｔオリゴヌクレオチドは、１６ヌクレオシド長であり、ヌクレオシドは、ＭＯＥ糖修飾、（Ｓ）－ｃＥｔ糖修飾又はデオキシ修飾のいずれかを有する。「化学構造」の欄には、各オリゴヌクレオチドの糖修飾が記載されている。「ｋ」は（Ｓ）－ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」はデオキシリボースを示し、「ｄ」の後の数字はデオキシリボースの数を示し、「ｅ」はＭＯＥ修飾を示している。各ギャップマーの全体に及ぶヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマーの全体に及ぶ全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列（配列番号２）中でギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。
Figure 2022552249000185
オリゴヌクレオチドを一連の実験で試験した。１ウェル当たり１０，０００個の細胞密度で培養したＡ－４３１細胞を、異なる濃度に希釈した修飾オリゴヌクレオチドによる自由取り込みによって処理した。処理期間の約４８時間後、ヒトＰＮＰＬＡ３プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０を使用して、これまでに記載したようにＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定された総ＲＮＡ含有量に従って、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを調整した。オリゴヌクレオチドのＩＣ５０に対する基準オリゴヌクレオチドのＩＣ５０比であるアッセイのＩＣ５０比を、下記の表に示す。従って、より大きな比率の値は、オリゴヌクレオチドが基準よりも活性があることを示している。
Figure 2022552249000186
実施例１１：ヒトＰＮＰＬＡ３に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドのスクリーニング及び選択
ヒトＰｎｐｌａ３遺伝子を標的化するＳ－拘束エチル（ｃＥＴ）修飾１６ｍｅｒアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）をスクリーニングし、これをエレクトロポレーションによって送達したヒトＨｅｐＧ２細胞における有効性について試験した。その後の全ての薬理学試験に、ヒトｃＥＴ ＡＳＯ（５’－ＧＡＧＴＴＡＡＧＴＧＣＴＧＧＡＣ－３’；配列番号１１５）を選択した。化学的に一致したスクランブル対照のＡＳＯ（５’－ＧＧＣＣＡＡＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ－３’；配列番号２１７３）を使用して、標的ノックダウンの特異性を実証した。
ＨｅｐＧ２細胞をＡＴＣＣ（登録商標）（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から購入した。解凍後、細胞をＴ－７５フラスコに播種し、１０％ ウシ胎児血清（ＦＢＳ）（ＨｙＣｌｏｎｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｌｏｇａｎ、ＵＴ）を含有する最小必須培地（ＭＥＭ）で増殖させた。
細胞をオイルレッドＯ（ＯＲＯ）染色用カバーガラスを備えた６ウェルプレート又は２４ウェルプレートに蒔いた。続いて、細胞をＭＥＭ（ＦＢＳ ２％）でインキュベートし、リポフェクタミン３０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）を使用して、製造業者の指示書に従って、対照若しくはＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯ（１μＭ）、又は対照ｓｉＲＮＡ若しくはＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡ（１０ｎＭ）で２４時間形質移入した。その後、細胞をＭＥＭ（ＦＢＳを含まない）で２４時間インキュベートし、新たに形質移入を行った。対照ｓｉＲＮＡは、２つの陰性対照のｓｉＲＮＡ分子（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ社製のＡｍｂｉｏｎ）を混合したものであった。ＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡは、３つのｓｉＲＮＡ分子（５’－ＧＧＵＣＣＵＣＵＣＡＧＡＵＣＵＵＧＵＧｔｔ－３’（配列番号２１７０）；５’－ＧＧＡＧＵＧＡＧＵＧＡＣＡＡＣＧＵＡＣｔｔ－３’（配列番号２１７１）；５’－ＧＧＵＵＣＵＵＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＧＧｔｔ－３’（配列番号２１７２）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ社製のＡｍｂｉｏｎ）を混合したものであった。
オイルレッドＯ（ＯＲＯ）染色のため、Ａｘｉｏ ＫＳ ４００ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ及びＡｘｉｏ Ｖｉｓｉｏｎ ４．８ Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｚｅｉｓｓ、Ｏｂｅｒｋｏｃｈｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、１００倍の倍率の画像を得た。ＢｉｏＰｉｘ ｉＱ ２．１．４ソフトウェア（ＢｉｏＰｉｘ ＡＢ、Ｇｏｔｈｅｎｂｕｒｇ、Ｓｗｅｄｅｎ）によって、ＯＲＯで染色した領域を定量した。
ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を使用して、トータルＲＮＡを細胞から単離した。逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を使用して、ファーストストランド相補的ＤＮＡをＲＮＡから合成した。対照ＡＳＯ、ＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯ、対照ｓｉＲＮＡ、又はＰＮＰＬＡ３ ｓｉＲＮＡで形質移入したＨｅｐＧ２細胞におけるＰＮＰＬＡ３及びβ－アクチンのｍＲＮＡ発現を、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって評価した。ＴａｑＭａｎプローブ（ＰＮＰＬＡ３プローブ：Ｈｓ００２２８７４７＿ｍ１；β－アクチンプローブ：Ｈｓ０１０６０６６５＿ｇ１）及びマスターミックス（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を製造業者のプロトコルに従って使用した。リアルタイム定量的ＰＣＲアッセイは、ＣＦＸ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）で実施した。
ＰＮＰＬＡ３ １４８Ｍ変異タンパク質のノックダウンが細胞内の中性脂肪含有量に影響を及ぼすかどうかを検証するために、本明細書で記載されるようなＡＳＯ及びｓｉＲＮＡを使用して、（ＰＮＰＬＡ３ １４８Ｍ／Ｍ異変がホモ接合性の）ＨｅｐＧ２細胞においてＰＮＰＬＡ３を抑制した。ＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯを使用することにより、内因性ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡ発現の約７０％の低減が達成された（図１Ａ）。ＯＲＯ染色によって細胞内の中性脂肪を検査すると、ＰＮＰＬＡ３ ＡＳＯによって細胞内の脂質含有量の４０％が低減することが観察された（図１Ｂ、Ｃ）。これらのデータを独立した手法によって確認するために、ｓｉＲＮＡを使用してこれらの細胞内でＰＮＰＬＡ３を抑制すると、一致した結果が観察された（図１Ｄ～Ｆ）。
実施例１２：野生型及びＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍノックインマウスのアンチセンスオリゴヌクレオチド処置
本明細書における実施例で使用した材料及び方法は、Ｌｉｎｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ２２：４９－６１，２０１９に更に記載されており、本明細書にその全体が参考として組み込まれる。
マウスＰｎｐｌａ３遺伝子を標的化するＳ－拘束エチル（ｃＥＴ）修飾１６ｍｅｒＡＳＯをスクリーニングし、自由取り込みによって初代マウス胎児皮質ニューロンにおける有効性について試験した。その後の全ての薬理学的試験に、強力なマウス（５’－ＴＡＴＴＴＴＴＧＧＴＧＴＡＴＣＣ－３’；配列番号２１７４）ｃＥＴ ＡＳＯリードを選択した。このマウスＰｎｐｌａ３ ＡＳＯは、皮下投与後のインビボにおける肝細胞の標的化を更に増強させるため、３分岐型Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ３）との５’－コンジュゲートによって修飾されたものである。化学的に一致したスクランブル対照のＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型ＡＳＯ（５’－ＧＧＣＣＡＡＴＡＣＧＣＣＧＴＣＡ－３’；配列番号２１７５）を使用して、標的ノックダウンの特異性を実証した。対照のＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型ＡＳＯは、ＮＡＳＨ誘導食（Ｄ０９１００３０１、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔｓ、Ｎｅｗ Ｂｒｕｎｓｗｉｃｋ、ＮＪ）を与えられたマウスに１０ｍｇ／ｋｇ／週で６週間投与した場合、生理食塩水ビヒクル対照と比較して、体重増加、肝臓重量、血漿のアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）又は肝臓トリグリセリド含有量に影響を及ぼさなかった。
全ての動物実験は、人道的保護のもとで実施され、スウェーデンのＧｏｔｈｅｎｂｕｒｇ Ｅｔｈｉｃｓ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｆｏｒ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ａｎｉｍａｌｓによって承認されたものである。保有設備は、実験動物ケア評価認証協会（ＡＡＡＬＡＣ）から完全な認可を受けている。
相同組み換えによってマウスＰｎｐｌａ３遺伝子のアミノ酸１４８位のイソロイシンコドンをメチオニンコドンと置き換えることで、ヒトＰＮＰＬＡ３ Ｉ１４８Ｍ変異をマウスＰｎｐｌａ３遺伝子に導入した。ファウンダーマウスをＣ５７ＢＬ／６Ｎ雌マウスと戻し交配し、ヘテロ接合性Ｐｎｐｌａ３ １４８Ｉ／Ｍマウスを生成した。配列が確認されているヘテロ接合性Ｐｎｐｌａ３ １４８Ｉ／Ｍマウスを交雑させ、実験用のホモ接合性Ｐｎｐｌａ３ １４８Ｍ／Ｍマウス、及び食餌チャレンジ及びＡＳＯ薬理学試験のための対照としての野生型同腹仔（Ｐｎｐｌａ３ １４８Ｉ／Ｉ）を生成した。試験を開始する前に、全ての実験動物が正確な遺伝子型を有していることをＰＣＲによって確認し、終了後に再度ＰＣＲによって確認した。また、ｃＤＮＡ配列決定によって数匹の実験動物を確認した。アスペン材チップを床敷材として使用した透明のＭａｋｒｏｌｏｎケージに全ての動物を収容し、保有設備の温度（２１±１℃）及び湿度（５０±１０％）を制御した。１２時間の昼夜サイクルで、マウスに水道水及び食餌を自由に与えた。
雌のＰｎｐｌａ３ １４８Ｍ／Ｍ（ｎ＝２１）及び野生型同腹仔（ｎ＝１９）（６～８週齢）に、高ショ糖食（７０％ショ糖食；ＴＤ９８０９０、Ｅｎｖｉｇｏ、Ｈｕｎｔｉｎｇｄｏｎ、ＵＫ）を１５週間与えた。雌の動物を自身の高ショ糖食実験で使用したＳｍａｇｒｉｓ ｅｔ ａｌ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ６１（１）：１０８－１１８，２０１５によって樹立されたモデルを複製するために、本実験では雌マウスを使用した。更に、パイロット実験において、この食餌を与えられた場合の雄マウスと比較して、雌マウスはより多くのトリグリセリドを肝臓に蓄積していた。更に、高ショ糖食を与えられた雌マウスは、（エネルギー百分率で）１２％の脂肪、６２％の炭水化物、及び２６％のタンパク質（３ｋｃａｌ／ｇの全エネルギー含有量（Ｒ３；Ｌａｃｔａｍｉｎ，Ｋｉｍｓｔａｄ，Ｓｗｅｄｅｎ））を含有する通常の固形試料食を与えられたマウスと比較して、より多くの肝臓トリグリセリドを蓄積していた。高ショ糖食を５週間与えた後、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）に由来するマーカー、プロトン密度脂肪率（ＰＤＦＦ）によって肝臓脂質レベルを評価した。続いて、処置を開始する前に、マウスを体重及び肝臓脂質含有量の無作為な層別化に基づいてＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型ＡＳＯ試験群（ｎ＝９～１２動物／群）に割り当てた。試験の最後の８週間で、マウスの群に対照ＡＳＯ又はＰｎｐｌａ３ ＡＳＯのいずれかを投与した（ビヒクルとして生理食塩水を用いた週に２回の皮下注射により、５ｍｇ／ｋｇ／週で投与した）。ＡＳＯを投与して６週間後、ＭＲＩを使用して肝臓脂質レベルを再度評価した。非絶食マウスを午前８：００～１０：００に安楽死させる前に、午前８：００～午後８：００まで食餌を抜き、続いて午後８：００～午前８：００まで再び食餌を自由に与えることにより、２４時間代謝を同期させた。マウスをイソフルラン（Ｆｏｒｅｎｅ、Ａｂｂｏｔ Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａ ＡＢ、Ｓｗｅｄｅｎ）で安楽死させ、血液を採取して血漿を分離し、組織学的検査のため、肝臓を採取して断片（全てのマウスで左側葉の同一の位置）をＰＢＳ中４％ホルムアルデヒドで固定するか、又は液体Ｎ２で急速凍結して－８０℃で保存した。
雄のＰｎｐｌａ３ １４８Ｍ／Ｍマウス（ｎ＝１７）及び野生型同腹仔（ｎ＝１７）（６～８週齢）に、高脂肪（４０％、１８％のトランス脂肪含有）、高炭水化物（４０％、２０％のフルクトース含有）、及び高コレステロール（２％）食（ＮＡＳＨ食；Ｄ０９１００３０１、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔｓ、Ｎｅｗ Ｂｒｕｎｓｗｉｃｋ、ＮＪ）を２６週間与えた。別の実験では、肝臓のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡ、トリグリセリド含有量、及び血漿のＡＬＴレベルが、通常の固形試料食を与えられているマウスと比較して、ＮＡＳＨ誘導食を与えられた野生型雄マウスで上昇していることが分かった。体重に基づいてマウスをＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型ＡＳＯ試験群（ｎ＝８～９マウス／群）に割り当て、最後の１４週間で、マウスに対照ＡＳＯ又はＰｎｐｌａ３ ＡＳＯのいずれかを投与した（ビヒクルとして生理食塩水を用いた週に２回の皮下注射により、５ｍｇ／ｋｇ／週で投与した）。上述したように、非絶食マウスを午前８：００～１０：００に安楽死させる前に、２４時間代謝を同期させた。マウスをイソフルラン（Ｆｏｒｅｎｅ、Ａｂｂｏｔ Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａ ＡＢ、Ｓｗｅｄｅｎ）で安楽死させ、血液を採取して血漿を分離し、組織学的検査のため、肝臓を採取して断片（全てのマウスで左側葉の同一の位置）をＰＢＳ中４％ホルムアルデヒドで固定するか、又は液体Ｎ２で急速凍結して－８０℃で保存した。
実施例１３：高ショ糖食を与えられた野生型及びＩ１４８Ｍマウスにおける脂肪肝に及ぼすＰｎｐｌａ３ ＡＳＯの効果
肝臓の脂肪合成を促進し、肝脂肪の蓄積に及ぼすＰｎｐｌａ３サイレンシングの影響を評価するために、実施例１１に記載されるように、ホモ接合性Ｐｎｐｌａ３ １４８Ｍ／Ｍ（変異）ノックイン雌マウス及び野生型同腹仔に高ショ糖食（７０％）を１５週間与えた。実験の最後の８週間、２つの遺伝子型のマウスをＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型Ｐｎｐｌａ３又はＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型対照ＡＳＯで処置した。体重増加、食物摂取量（図２Ａ及びＢ）、又は卵巣の白色脂肪組織重量に群間における差異は観察されなかった。更に、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置は、血漿のグルコース又はインスリンレベルに影響を与えなかった。対照ＡＳＯと比較して、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、肝臓のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡの発現が著しく低減し（９８％の低減、ｐ＜０．０００１）、且つＰｎｐｌａ３変異ノックインマウス及び野生型マウスの両方において脂質滴のＰＮＰＬＡ３タンパク質のレベルが著しく低減した（図２Ｃ及びＤ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置は、白色脂肪組織のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡレベルの発現に影響を与えなかった。
Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置を６週間行うことで、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスでは、ＭＲＩによって測定された肝臓脂質レベルが２０％低減した（図２Ｆ、ｐ＝０．０２５）。処置の８週間後、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯで処置したＰｎｐｌａ３変異ノックインマウスは、肝臓重量の低減、肝臓の中性脂質のオイルレッドＯ染色の低下（図２Ｅ）、生化学的解析によって測定された肝臓トリグリセリド含有量の２０％の低減（ｐ＝０．０３８）（図２Ｆ）を示したが、循環血液中の血漿トリグリセリドレベルにおける変化は観察されなかった（図２Ｇ）。興味深いことに、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置は、野生型マウスでは、肝臓重量、脂質レベル、又は肝臓トリグリセリド含有量に影響を与えなかった（図２Ｈ～Ｊ）。対照ＡＳＯで処置したＰｎｐｌａ３変異ノックインマウスは、対照ＡＳＯで処置した野生型マウスよりも肝臓トリグリセリド含有量が３０％高かった（Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウス＝肝臓１００ｇにつき５．７±０．４ｇ、野生型マウス＝肝臓１００ｇにつき４．４±０．５ｇ、ｐ＝０．０４６）。
実施例１４：ＮＡＳＨ誘導食を与えられた野生型及びＩ１４８Ｍマウスにおける肝炎及び肝線維症に及ぼすＰｎｐｌａ３ ＡＳＯの効果
実施例１１に記載されるように、雄のＰｎｐｌａ３変異ノックインマウス（ｎ＝１７）及び野生型同腹仔（ｎ＝１７）マウスにＮＡＳＨ誘導食を２６週間与えた。実験の最後の１４週間、両遺伝子型のマウスをＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型Ｐｎｐｌａ３又はＧａｌＮＡｃ３コンジュゲート型対照ＡＳＯで処置した。体重増加、食物摂取量（図３Ａ及びＢ）、又は精巣上体の白色脂肪組織重量に群間における差異は観察されなかった。更に、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置は、血漿のグルコース又はインスリンレベルに影響を与えなかった。対照ＡＳＯと比較して、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、肝臓のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡの発現が著しく低減し（９７％、ｐ＜０．０００１）、且つＰｎｐｌａ３変異ノックインマウス及び野生型マウスの両方における脂質滴のＰＮＰＬＡ３タンパク質のレベルが一様に低減した（図３Ｃ及びＤ）。ショ糖食試験よりも更に長い処置期間でＮＡＳＨ食を用いると（それぞれ８週間に対して１４週間）、Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、白色脂肪組織のＰｎｐｌａ３ ｍＲＮＡレベルの発現も低減した。
Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、両遺伝子型のマウスで血漿のＡＬＴレベルが低減した（Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウス ｐ＝０．０００６、野生型 ｐ＝０．０１８）が、血漿のＡＳＴは変化しなかった（図３Ｅ及びＦ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスのみで肝臓重量が低減し、トリグリセリド含有量はＰｎｐｌａ３変異ノックインマウス（ｐ＝０．００２）及び野生型マウス（ｐ＝０．００４）の両方で低減したが、循環血液中の血漿トリグリセリドレベルにおける変化は観察されなかった（図３及びＦ）。
Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスにおける脂肪肝スコア（ｐ＝０．００７）、小葉炎症スコア（ｐ＝０．０１８）、ＮＡＦＬＤ活性スコア（ＮＡＳ）（ｐ＝０．０００３）及び線維症ステージ（ｐ＝０．０３１）が改善された（図４Ａ）が、野生型マウスにおいては脂肪肝スコア（ｐ＝０．００３）及びＮＡＳ（ｐ＝０．０３６）のみが改善された（図４Ｂ）。いずれの肝臓にも肝細胞の風船様変性は見られなかった。
実施例１５：ＮＡＳＨ誘導食を与えられた野生型及びＩ１４８Ｍマウスにおける新たな皮脂生成及びパルミトレイン酸に及ぼすＰｎｐｌａ３ ＡＳＯの効果
Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置によって、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウス及び野生型マウスの両方で肝臓の中性脂質のオイルレッドＯ染色が低減した（図５Ａ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置によって、アセチルＣｏＡカルボキシラーゼ１（Ａｃｃ１）及びステアロイルＣｏＡ不飽和酵素１（Ｓｃｄ１）などの脂質生成遺伝子のｍＲＮＡ発現が両遺伝子型で低減した（図５Ｂ及びＣ）。このことは、肝臓の脂肪合成が低下したことを示唆している。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置によって、遺伝子型に関わらず、一価不飽和脂肪酸の相対量（ＭＵＦＡ、変異体及び野生型においてそれぞれｐ＝６．１×１０－５及び７．６×１０－６）が低減し、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ、変異体及び野生型においてそれぞれｐ＝１．２×１０－４及び１．３×１０－５）が増加した（図５Ｄ～Ｅ及び６）。具体的には、変異体及び野生型でそれぞれわずか２％（ｐ＝０．０３４）及び５％（ｐ＝０．００１）減少したオレイン酸と比較して、パルミトレイン酸（１６：１）が変異体及び野生型でそれぞれ３６％（ｐ＝２．４×１０－４）及び３０％（１．０×１０－９）低減したため、ＭＵＦＡの低減がより優勢となった。
実施例１６：ＮＡＳＨ誘導食を与えられた野生型及びＩ１４８Ｍマウスにおけるハプトグロビン、Ｍｃｐ１及びＴｉｍｐ２のタンパク質レベルに及ぼすＰｎｐｌａ３ ＡＳＯの効果
Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスでは血漿のハプトグロビンレベルが低減し（ｐ＝０．０００５）、肝臓のマクロファージ含有量が低減した（ｐ＝０．０４７）が、野生型同腹仔では低減しなかった（図７Ａ～Ｃ）。このことは、Ｐｎｐｌａ３の抑制によって変異マウスの肝炎が特異的に低減されたことを示唆している。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスにおいて肝臓のＭｃｐ１（図７Ｄ）タンパク質レベルが低減した。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置では、いずれの遺伝子型においても、Ｉｌ１β（図７Ｅ）、Ｉｌ６（図７Ｆ）、Ｔｎｆα（図７Ｇ）、又はαＳｍａ（図７Ｈ）の肝臓タンパク質発現レベルに変化はなかった。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置によって、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウス及び野生型マウスの両方で肝臓のコラーゲンＩ型α１（Ｃｏｌ１ａ１）のｍＲＮＡの発現が低減した（図８Ａ及びＢ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスにおいて免疫組織化学的検査によって測定された肝臓コラーゲンが低減した（ｐ＝０．０４）（図８Ａ～Ｃ）。ＡＳＯによる処置は、肝臓のヒドロキシプロリンレベルを低下させる傾向があったが、有意差は見られなかった（図８Ｄ及びＥ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置により、Ｐｎｐｌａ３変異ノックインマウスにおいて肝臓のＴｉｍｐ２タンパク質レベルが低減した（ｐ＝０．００７）（図９Ａ）。Ｐｎｐｌａ３ ＡＳＯによる処置では、いずれの遺伝子型においても、Ｍｍｐ２（図９Ｂ）、Ｔｉｍｐ１（図９Ｃ）、又はＴｇｆβｒ２（図９Ｄ）の肝臓タンパク質発現レベルに変化はなかった。

Claims (61)

  1. 肝疾患を患っているか又は患うリスクがある個体を処置する方法であって、前記個体にパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）を標的とする化合物を投与することを含み、
    前記個体は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する方法。
  2. 個体の肝損傷、脂肪肝、肝炎、肝線維症、及び肝臓の脂肪合成の１つ以上を低減させる方法であって、前記個体にパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）を標的とする化合物を投与することを含み、
    前記個体は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する方法。
  3. 個体のハプトグロビン、ＭＣＰ１、及びＴＩＭＰ２の１つ以上のタンパク質レベルを低減させる方法であって、前記個体にパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質３（ＰＮＰＬＡ３）を標的とする化合物を投与することを含み、
    前記個体は、ＰＮＰＬＡ３にＩ１４８Ｍ変異を有する方法。
  4. 前記肝疾患が、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス、又は原発性硬化性胆管炎から選択される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記肝疾患が脂肪肝である、請求項４に記載の方法。
  6. 前記方法が、肝炎又は肝線維症を低減又は防止する、請求項２に記載の方法。
  7. 肝炎を軽減又は防止することが、肝臓のマクロファージレベルを低減させることを含む、請求項２又は６に記載の方法。
  8. 前記肝臓のマクロファージレベルが、個体の肝切片を免疫組織化学染色することによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物を投与しなかった前記個体と比較して少なくとも２０％低減する、請求項７に記載の方法。
  9. 前記ハプトグロビンのタンパク質レベルが、個体の血清又は血漿を比色分析アッセイすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物を投与しなかった前記個体と比較して少なくとも２０％低減する、請求項３に記載の方法。
  10. 前記ＭＣＰ１のタンパク質レベルが、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物を投与しなかった前記個体と比較して少なくとも２０％低減する、請求項３に記載の方法。
  11. 前記ＴＩＭＰ２のタンパク質レベルが、個体の肝臓試料を免疫ブロットすることによって測定した場合に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物を投与しなかった前記個体と比較して少なくとも２０％低減する、請求項３に記載の方法。
  12. 前記個体が、ＰＮＰＬＡ３にホモ接合性Ｉ１４８Ｍ変異を有する、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記個体が、ヒト個体である、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記アンチセンス化合物が、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である、請求項１４に記載の方法。
  16. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記アンチセンス化合物が、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）である、請求項１４に記載の方法。
  17. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個又は少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１４に記載の方法。
  18. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個のヌクレオシド長であり、且つ配列番号１７～２１６９のいずれか１つの前記核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１４に記載の方法。
  19. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号１７～２１６９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１４に記載の方法。
  20. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である、請求項１４に記載の方法。
  21. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２内で相補的な核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は１００％相補的である、請求項１４に記載の方法。
  22. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号２の前記核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２に相補的である、請求項１４に記載の方法。
  23. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４、又は２５８４４～２５９１２の等しい長さの部分に相補的な１６個の核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する、請求項１４に記載の方法。
  24. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、８～８０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、請求項１４に記載の方法。
  25. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１４に記載の方法。
  26. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記核酸塩基配列の全長にわたって、配列番号２に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的な核酸塩基配列を有する、請求項１７～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記修飾ヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、及び少なくとも１つの修飾核酸塩基から選択される、少なくとも１つの修飾を含む、請求項１７～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記修飾糖が、二環式糖である、請求項２７又は２８に記載の方法。
  30. 前記二環式糖が、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）；４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）；及び４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記修飾糖が、２’－Ｏ－メトキシエチルである、請求項２７又は２８に記載の方法。
  32. 前記修飾核酸塩基が、５－メチルシトシンである、請求項２７～３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメント及び前記３’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１７～３２のいずれか一項に記載の方法。
  34. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、一本鎖である、請求項１７～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、二本鎖である、請求項１７～３３のいずれか一項に記載の方法。
  36. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、リボヌクレオチドを含む、請求項１７～３５のいずれか一項に記載の方法。
  37. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１７～２９のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１０～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１７～３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１７～３７のいずれか一項に記載の方法。
  40. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１５～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１７～３７のいずれか一項に記載の方法。
  41. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１４に記載の方法。
  42. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、１６個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、前記５’ウイングセグメント及び前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである、請求項１４に記載の方法。
  43. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含む、請求項１７～４２のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記コンジュゲート基が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、請求項４３又は４４に記載の方法。
  46. 前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項４５に記載の方法。
  48. 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項４３～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項４３～４７のいずれか一項に記載の方法。
  50. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、以下の式又はその塩：
    Figure 2022552249000187
     を含む、請求項１４に記載の方法。
  51. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、１６個の結合ヌクレオシド長であり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
    Figure 2022552249000188
     である、請求項１４に記載の方法。
  52. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、以下の式又はその塩：
    Figure 2022552249000189
     を有する、請求項１４に記載の方法。
  53. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、薬学的に許容可能な塩の形態の修飾オリゴヌクレオチドである、請求項５２に記載の方法。
  54. 前記薬学的に許容可能な塩が、ナトリウム塩である、請求項５３に記載の方法。
  55. 前記薬学的に許容可能な塩が、カリウム塩である、請求項５３に記載の方法。
  56. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物と、薬学的に許容可能なキャリアとを含む組成物として前記個体に投与される、請求項１～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、前記個体に非経口的に投与される、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号１１５と少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１～１４又は１６～５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号２１７０～２１７２のいずれか１つと少なくとも９０％同一の核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１～１５又は１７～５７のいずれか一項に記載の方法。
  60. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、配列番号１１５の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメントと、
    ３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントとを含み、
    前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、ｃＥｔ糖を含み、各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンが、５－メチルシトシンである、請求項１４に記載の方法。
  61. ＰＮＰＬＡ３を標的とする前記化合物が、コンジュゲート基を更に含み、前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、
    Figure 2022552249000190
     である、請求項６０に記載の方法。
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