JP2023512654A - Ｐｄ－１軸結合アンタゴニストおよびｒｎａワクチンを用いてネオエピトープ特異的ｔ細胞を誘導する方法 - Google Patents

Ｐｄ－１軸結合アンタゴニストおよびｒｎａワクチンを用いてネオエピトープ特異的ｔ細胞を誘導する方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、ＲＮＡワクチンを使用して、またはＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせてＲＮＡワクチンを使用して、個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法、または個体において腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法を提供する。ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を個体において誘導する方法において使用するための、またはネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の腫瘍への輸送を個体において誘導するための、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含むＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンも本明細書で提供される。【選択図】図７Ａ

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年６月１９日に出願された米国仮特許出願第６３／０４１，７０７号、および２０２０年１月３１日に出願された米国仮特許出願第６２／９６８，８１８号の利益を主張し、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
分野
本開示は、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的免疫応答を誘導する方法に関する。
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの配列表の提出
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの以下の提出内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる：コンピュータ可読形態（ｃｏｍｐｕｔｅｒ ｒｅａｄａｂｌｅ ｆｏｒｍ：ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：１４６３９２０５０１４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ、記録日：２０２１年１月２２日、サイズ：４１ＫＢ）。
背景
免疫阻害経路の調節は、がん治療における最近の大きなブレークスルーである。細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ－４、ＹＥＲＶＯＹ／イピリムマブ）およびプログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１、ＯＰＤＩＶＯ／ニボルマブまたはＫＥＹＴＲＵＤＡ／ペムブロリズマブ）、およびＰＤ－Ｌ１（アテゾリズマブ）を標的とするチェックポイント遮断抗体は、種々の腫瘍適応症の患者において許容される毒性、有望な臨床応答、永続的な疾患制御、および改善された生存を実証した。しかしながら、免疫チェックポイント遮断（ＩＣＢ）治療に対して永続的な応答を経験する患者はごく少数であり、残りの患者は一次耐性または二次耐性を示す。
腫瘍は、顕著な数の体細胞変異を特徴的に有する。次いで、変異を含むペプチドの発現は、適応免疫系によって非自己ネオエピトープとして認識し得る。非自己抗原を認識すると、細胞傷害性Ｔ細胞は免疫応答を誘発し、これは、非自己ネオエピトープを提示する細胞のアポトーシスをもたらす。したがって、免疫系を活性化するための免疫原性エピトープを標的とする治療ワクチンが開発されており、がん治療に使用するために研究されている。しかしながら、これまでのところ、治療ワクチンは、有望ではあるが、歴史的に期待を下回っている。潜在的な理由の１つは、がん特異的Ｔ細胞ががん細胞への慢性曝露中に機能的に疲弊することである。
したがって、２つ以上の標的化がん免疫療法（ＣＩＴ）剤、例えば免疫チェックポイント阻害剤および免疫原性エピトープを標的化する治療ワクチンを使用する併用治療レジメンは、宿主免疫系の抗腫瘍能に完全に関与するために必要とされ得る。
したがって、当技術分野において、宿主免疫系の抗腫瘍免疫応答を誘導する改善された方法が必要とされている。
特許出願、特許公報、およびＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号を含む、本明細書に引用される全ての参考文献は、各個々の参考文献が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されているかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
概要
がんを治療するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ１抗体または抗ＰＤ－Ｌ１抗体）およびＲＮＡワクチンを含む方法、キットおよび使用が本明細書で提供される。
一局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、方法が提供される。いくつかの実施形態において、末梢血試料は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的な約５％または約６％のＣＤ８＋Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって末梢血試料中で検出される。いくつかの実施形態において、個体へのＲＮＡワクチンの投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、個体の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である。いくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴ分析によって個体から得られた末梢血試料中で検出される。いくつかの実施形態において、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、複数の個体の少なくとも約７０％の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋ＴまたはＣＤ８＋細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって評価される。いくつかの実施形態において、個体へのＲＮＡワクチンの投与は、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血中の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇は、ＲＮＡワクチンの投与後約４～約６時間の間に個体の末梢血中に存在する。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２またはＩＬ－６から選択される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、方法が提供される。
前述の実施形態のいずれかと組み合わされ得るいくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、メモリー表現型を有する。いくつかの実施形態において、メモリー表現型を有するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である。いくつかの実施形態において、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）は、ＣＤ４５ＲＯポジティブおよびＣＣＲ７ネガティブである。いくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞はＰＤ－１＋である。
いくつかの実施形態において、個体は、低～中程度の突然変異負荷を有する腫瘍を有する。いくつかの実施形態において、個体は、低腫瘍負荷を有する。
先の実施形態のいずれかと組み合わされ得るいくつかの実施形態において、腫瘍は低い、またはネガティブなＰＤ－Ｌ１発現を有する。いくつかの実施形態において、腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞の５％未満がＰＤ－Ｌ１を発現する。いくつかの実施形態において、腫瘍から得られた試料中の免疫細胞の５％未満がＰＤ－Ｌ１を発現する。いくつかの実施形態において、腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞または免疫細胞の、ＰＤ－Ｌ１を発現するパーセンテージは、免疫組織化学を用いて決定される。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす。
先の実施形態のいずれかと組み合わせられ得るいくつかの実施形態において、個体は、局所進行性もしくは転移性固形腫瘍を有するか、または１つ以上の転移性再発を有する。いくつかの実施形態において、腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）腫瘍、膀胱腫瘍、腎腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、乳房腫瘍、黒色腫腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、胃腫瘍、肝臓腫瘍、尿路上皮腫瘍、結腸腫瘍、腎臓腫瘍、子宮頸部腫瘍、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）腫瘍、子宮内膜腫瘍、軟部組織肉腫腫瘍、食道腫瘍、食道胃接合部腫瘍、骨肉腫腫瘍、甲状腺腫瘍または結腸直腸腫瘍である。いくつかの実施形態において、乳癌腫瘍は、トリプルネガティブ乳癌（ｔｒｉｐｌｅ ｎｅｇａｔｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ：ＴＮＢＣ）腫瘍である。
いくつかの実施形態において、腫瘍は尿路上皮腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は腎腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約２２％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は黒色腫腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約３０％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍はＴＮＢＣ腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約４％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍はＮＳＣＬＣ腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす。
いくつかの実施形態において、腫瘍は以前にチェックポイント阻害剤で治療されていない尿路上皮腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は以前にチェックポイント阻害剤で治療されていない腎腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約２２％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は以前にチェックポイント阻害剤で治療されていない黒色腫腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約３０％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は以前にチェックポイント阻害剤で治療されていないＴＮＢＣ腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約４％において客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は以前にチェックポイント阻害剤で治療されていないＮＳＣＬＣ腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす。
いくつかの実施形態において、先行する実施形態のいずれかと組み合わせてもよいが、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は、１つまたは複数のがん治療または３つから５つのがん治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療で治療されていない。いくつかの実施形態において、前記ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は約１つから約１７個または約１つから約９個の全身がん治療で治療されている。
先の実施形態と組合せ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。
先の実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、リポプレックスナノ粒子またはリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態において、リポプレックスナノ粒子またはリポソームは、ＲＮＡワクチンのＲＮＡをカプセル化する多層構造を形成する１つ以上の脂質を含む。いくつかの実施形態において、１つ以上の脂質は、少なくとも１つのカチオン性脂質および少なくとも１つのヘルパー脂質を含む。いくつかの実施形態において、１つ以上の脂質は、（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）および１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．３：２（０．６５）である。
先の実施形態と組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、個体へ静脈内投与される。
先の実施形態と組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、７日間または１週間の間隔で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１４日または２週間の間隔で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１２日または８４週間の間隔で個体に投与される。
先の実施形態と組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンはサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル４の１日目に個体に投与される。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンはサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中で提供する方法は、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日ごとにＲＮＡワクチンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、前記ＲＮＡワクチンの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
先の実施形態のいずれかと組合せ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンは、サイクル２の１、８および１５日；サイクル３の１日目および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中で提供する方法は、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日ごとにＲＮＡワクチンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１または２週間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２４週間の間隔で維持段階中に個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、７または１４日間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１６８日間の間隔で維持段階中に個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、４回の２１日間のサイクルで誘導段階中に個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の第１、８、および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル４の１日目に誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、サイクル５の１日目の維持段階中およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、誘導段階は、ＲＮＡワクチンの最大９回の投与を含む。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２１日間のサイクルで誘導段階中に個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８、および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目に誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、サイクル１３の１日目の維持段階中およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、誘導段階は、ＲＮＡワクチンの最大９回の投与を含む。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２１日間のサイクルで個体に投与され、ここで、誘導段階中に、ＲＮＡワクチンは、サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目に個体に投与され、維持段階中、ＲＮＡワクチンは、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、誘導段階は、ＲＮＡワクチンの６回の投与を含む。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
先の実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、５’→３’方向に：（１）５’キャップ；（２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；（３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（４）腫瘍標本に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；（５）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（６）３’ＵＴＲであって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域またはその断片；および（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡまたはその断片を含む３’ＵＴＲ；ならびに（７）ポリ（Ａ）配列を含むＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列を含み、ここで、アミノ酸リンカーおよび１つ以上のネオエピトープの第１のエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態において、アミノ酸リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。いくつかの実施形態において、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、少なくとも１つの第２のリンカー－エピトープモジュールをさらに含み、ここで、少なくとも１つの第２のリンカー－エピトープモジュールは、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列と、ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列とを含み、ここで、第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にあり、ここで、第１のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープは、第２のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープとは異なる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は５つのリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、５つのリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は１０のリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、１０のリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は２０のリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、２０のリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列をさらに含み、ここで、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列は、３’方向において最も遠位にあるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、５’キャップは、構造：
Figure 2023512654000002
のＤ１ジアステレオ異性体を含む。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、５’ＵＴＲは、配列ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）を含む。いくつかの実施形態において、５’ＵＴＲは、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む。
先の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、分泌シグナルペプチドは、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。いくつかの実施形態において、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部は、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＡＥＳ ｍＲＮＡの３’非翻訳領域は、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む。いくつかの実施形態において、ミトコンドリアによりコードされる１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態において、３’ＵＴＲは、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む。いくつかの実施形態において、ポリ（Ａ）配列は１２０のアデニンヌクレオチドを含む。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；およびポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含む。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、本明細書において提供する方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体はニボルマブまたはペムブロリズマブである。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はアベルマブまたはデュルバルマブである。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、以下：（ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｈ１、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－２、およびＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、（ｂ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ１、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ２、およびＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ３を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）とを含む。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）とを含む。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、アテゾリズマブである。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、個体に静脈内投与される。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、個体に、約１２００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日または３週間の間隔で個体に投与される。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、アテゾリズマブであり、ここで、アテゾリズマブは、２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、アテゾリズマブは、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、および１２のそれぞれの１日目に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中で提供される方法は、サイクル１３の１日目およびその後３週間または２１日ごとにアテゾリズマブを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、アテゾリズマブの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
前述の実施形態のいずれかと組み合わせ得るいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、アテゾリズマブは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に２１日サイクルで個体に投与され、ここで、誘導段階中に、アテゾリズマブは、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目に投与され、誘導段階後維持段階中、アテゾリズマブは、サイクル１３の１日目およびその後３週間または２１日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
前述の実施形態のいずれかと組み合わされ得るいくつかの実施形態において、個体はヒトである。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＲＮＡワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＲＮＡワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＲＮＡワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって末梢血試料中で検出される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、末梢血試料が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である約５％または約６％のＣＤ８＋細胞を含む、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、個体の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、複数の個体の少なくとも約７０％の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって評価される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血における１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす、ＲＮＡワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２またはＩＬ－６から選択される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの投与が個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間のサイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、個体にサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目ならびに任意にサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間のサイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、維持段階中、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目ならびに維持段階中、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＲＮＡワクチンの投与が個体における完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＲＮＡワクチンが個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは、約１００μｇの用量で投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体において腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間のサイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、個体にサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目ならびに任意にサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間のサイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、誘導段階中、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目ならびに維持段階中、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
前述の局面のいずれかのいくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって末梢血試料中で検出される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、末梢血試料が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である約５％または約６％のＣＤ８＋細胞を含む、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、個体の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの複数の個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、複数の個体の少なくとも約７０％の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって評価される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血における１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２またはＩＬ－６から選択される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与が、個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが、２１日間または３週間の間隔で約１２００ｍｇの用量で個体に投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルにおいて約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは、約１００μｇの用量で投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および任意にサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および任意に、サイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、誘導段階および誘導段階後の維持段階中、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、誘導段階中、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および誘導段階後の維持段階中に、アテゾリズマブがサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、誘導段階中、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および維持段階中に、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＲＮＡワクチンの投与が個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが、２１日間または３週間の間隔で約１２００ｍｇの用量で個体に投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルにおいて約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは、約１００μｇの用量で投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および任意にサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および任意に、サイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、個体において腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、誘導段階および誘導段階後の維持段階中、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、誘導段階中、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および誘導段階後の維持段階中に、アテゾリズマブがサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、誘導段階中、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および維持段階中に、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって末梢血試料中で検出される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、個体の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、複数の個体の少なくとも約７０％の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって評価される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血における１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす、ＲＮＡワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２またはＩＬ－６から選択される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンの投与が個体において完全奏効果（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、個体にサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および任意にサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＲＮＡワクチンが個体に、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、維持段階中、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目ならびに維持段階中、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＲＮＡワクチンが提供される。
前述の局面のいずれかのいくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することをさらに含む。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって末梢血試料中で検出される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、個体の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの複数の個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、複数の個体の少なくとも約７０％の末梢血におけるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体解析によって評価される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの個体への投与が、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血における１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカインは、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２またはＩＬ－６から選択される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与が、個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効果（ＰＲ）をもたらす、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが、２１日間または３週間の間隔で約１２００ｍｇの用量で個体に投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルにおいて約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇ、または約１００μｇの用量で投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および任意にサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および任意に、サイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが提供される。
他の局面において、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞であり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがアテゾリズマブであり、アテゾリズマブが個体に、誘導段階および誘導段階後の維持段階中、２１日間サイクルにおいて約１２００ｍｇの用量で投与され、誘導段階中、アテゾリズマブがサイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目および誘導段階後の維持段階中に、アテゾリズマブがサイクル１３の１日目ならびにその後３週間または２１日ごとに投与され、ＲＮＡワクチンが、個体に約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で投与され、ＲＮＡワクチンが誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンが、２１日間サイクルで個体に投与され、誘導段階中、ＲＮＡワクチンが個体に、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目および維持段階中に、ＲＮＡワクチンがサイクル１３の１日目ならびにその後２４週間または１６８日ごとに投与される、アンタゴニストが提供される。
本明細書に記載の種々の実施形態の特性の１つ、いくつか、または全てを組み合わせて、本発明の他の実施形態を形成することができることを理解されたい。本発明のこれらおよび他の局面は、等技術分野の当業者には明らかであろう。本発明のこれらおよび他の実施形態は、以下の発明を実施するための形態によってさらに説明される。
本特許または出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれている。カラー図面を含む本特許または特許出願公開のコピーは、申請に応じて、必要な手数料を支払うことにより、特許庁から提供されることになる。
図１は、例示的ＲＮＡワクチン（すなわち、ポリネオエピトープＲＮＡ）の一般構造を示す。この図は、定常５’キャップ（β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１））、５’および３’非翻訳領域（それぞれｈＡｇ－コザックおよびＦＩ）、Ｎ末端およびＣ末端融合タグ（それぞれｓｅｃ２．０およびＭＩＴＤ）、ならびにポリ（Ａ）尾部（Ａ１２０）ならびに、ＧＳリッチリンカーによって融合されたネオエピトープ（ｎｅｏ１～１０）をコードする腫瘍特異的配列を有するＲＮＡ薬物物質の一般構造の概略図である。
図２は、例示的ＲＮＡワクチン（配列番号４２）の定常領域のリボヌクレオチド配列（５’→３’）である。最初の２つのＧ残基間の結合は、５’キャップ構造について表３に示すような異常な結合（５’→５’）－ｐｐｓｐ－である。患者のがん特異的配列の挿入部位は、Ｃ１３１残基とＡ１３２残基との間である（太字でマークされている）。「Ｎ」は、（任意のリンカーによって分離された）１つ以上の（例えば、１～２０の）ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列の位置を指す。
図３は、ＲＮＡ定常領域の５’末端で使用される５’－キャッピング構造β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７ ２’ ＯＧｐｐｓｐＧ）である。ステレオジェニックＰ中心は、「Ｄ１」異性体においてＲｐ配置である。注：β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）と基本的なキャップ構造ｍ７ＧｐｐｐＧとの相違を赤色で示し；構成要素ｍ７ＧのＣ２’位に－ＯＣＨ３基を有し、β－ホスフェートの非架橋酸素が硫黄で置換されている。ステレオジェニックＰ中心（＊で標識されている）の存在により、ホスホロチオエートキャップ類縁体β－Ｓ－ＡＲＣＡは２つのジアステレオマーとして存在する。逆相高速液体クロマトグラフィーにおける溶出順序に基づいて、これらを０１および０２と命名した。
図４は、実施例１～５に記載された試験の第Ｉａ／Ｉｂ相の設計の概略図である。第Ｉａ相用量漸増試験の対象には、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、７５μｇ、または１００μｇの用量で単剤療法としてＲＮＡワクチンを投与した。誘導段階の間、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与された（各サイクルは２１日間であった）。初期治療後の維持段階に、ＲＮＡワクチンをサイクル１３の１日目に投与し、その後、疾患進行（ＰＤ）（各サイクルは２１日間であった）まで８サイクルごと（すなわち、その後２４週間ごと、またはその後１６８日ごと）に投与した。第Ｉｂ相試験の対象には、１５μｇ（図示せず）、２５μｇ、３８μｇ、または５０μｇの用量のＲＮＡワクチンを、１２００ｍｇのアテゾリズマブと組み合わせて投与した。第Ｉｂ相試験には、ＲＮＡワクチンの用量漸増期と、示されたチェックポイント阻害剤未経験またはチェックポイント阻害剤を経験した腫瘍型を有する患者に、アテゾリズマブと組み合わせて１５μｇまたは２５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与する拡張期が含まれていた（第Ｉｂ相拡張期のさらなる腫瘍型は実施例１に示されている）。初期治療（誘導段階）の間、アテゾリズマブは、サイクル１～１２のそれぞれの１日目に投与され、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に投与された（各サイクルは２１日間であった）。初期治療後の維持段階中に、アテゾリズマブが疾患進行（ＰＤ）まで、３週間ごとに、サイクル１３の１日目に開始して投与し、ＲＮＡワクチンをサイクル１３の１日目およびその後、疾患進行（ＰＤ）まで８サイクルごと（すなわち、その後２４週間ごと、またはその後１６８日ごと）に投与した（各サイクルは２１日間であった）。
図５Ａ～図５Ｃは、単剤療法（第Ｉａ相）として、またはアテゾリズマブと組み合わせて（第Ｉｂ相）投与されたＲＮＡワクチンによって誘導された自然免疫応答を示す。図５Ａは、試験の第Ｉａ相において２５μｇのＲＮＡワクチンを投与された患者の血漿中のＩＦＮｇのレベル（ｐｇ／ｍｌ）を示す。各線は個々の患者を表す。「Ｃ」＝サイクル（すなわち、Ｃ１＝サイクル１；Ｃ２＝サイクル２等）。「Ｄ」＝日（すなわち、Ｄ１＝１日目、Ｄ８＝８日目等）。「ｈｒ」＝ＲＮＡワクチンの用量の投与後の時間。ＲＮＡワクチンを投与した日を実線の矢印で示す。図５Ｂは、ＲＮＡワクチンを示された用量で単剤療法として投与した患者（相Ｉａ；Ｐｈ１ａ）またはアテゾリズマブと組み合わせて投与した患者（相Ｉｂ；Ｐｈ１ｂ）におけるＲＮＡワクチンの各投与後４時間における血漿ＩＦＮｇレベルの中央値を示す。各円は、各個々の患者に対する全てのＲＮＡワクチン投与後４時間におけるＩＦＮｇレベルについての中央値を表す。図５Ｃは、ＲＮＡワクチンを示された用量で単剤療法として投与した患者（相Ｉａ；Ｐｈ１ａ）またはアテゾリズマブと組み合わせて投与した患者（相Ｉｂ；Ｐｈ１ｂ）におけるＲＮＡワクチンの各投与後４時間におけるＩＦＮａ血漿レベルの中央値を示す。各円は、各個々の患者に対する全てのＲＮＡワクチン投与後４時間におけるＩＦＮａレベルについての中央値を表す。
図６は、単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）またはアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）の投与後のネオ抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を評価するために使用されるエクスビボＥｌｉＳｐｏｔアッセイの図を提供する。
図７Ａ～図７Ｄは、単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）またはアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）の投与後のネオ抗原特異的免疫応答を評価したＥｌｉＳｐｏｔアッセイの結果を提供する。図７Ａは、サイクル４、１日目に単剤療法（第Ｉａ相）としてＲＮＡワクチンを投与された患者におけるネオ抗原特異的免疫応答を示す。図７Ｂは、サイクル４、１日目にアテゾリズマブと組み合わせて（第Ｉｂ相）ＲＮＡワクチンを投与された患者におけるネオ抗原特異的免疫応答を示す。アスタリスクは、ＲＮＡワクチンのサイクル１、１日目およびサイクル１、８日目の用量は３０μｇであり、続いて１５μｇの用量であったことを示す。図７Ａ～７Ｂにおいて、ｙ軸は、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイで試験したネオ抗原の数を示す。暗色のバーおよび対応する数字は、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイで同定されたポジティブなネオ抗原ヒットの数を表す。明色のバーは、ネガティブなネオ抗原ヒットの数を表す。ＲＮＡワクチン用量を示す。ＥｌｉＳｐｏｔ応答は、３０万細胞あたり１５超のスポットとして定義され、バックグラウンドウェルと統計的に異なっており（一般に１０未満のスポットである）；全てのネオ抗原を二連で試験した。ポジティブヒット（「＋ｖｅヒット」）は、サイクル４、１日目にＥｌｉＳｐｏｔアッセイ応答を有し、ベースラインでＥｌｉＳｐｏｔアッセイ応答を有さなかったネオ抗原を指す。ネガティブなヒット（「ヒットなし」）は、サイクル４、１日目にネガティブなＥｌｉＳｐｏｔアッセイ応答を有したネオ抗原を指す。図７Ｃは、示された用量でＲＮＡワクチンを投与した第Ｉｂ相試験における患者についてのＥｌｉＳｐｏｔアッセイによってポジティブなヒットとして同定された各ネオ抗原についてのＩＦＮｇ形成スポットの合計を示す。各色のボックスは、個々のネオ抗原に対するＩＦＮｇ形成スポットの数を表す。ＥｌｉＳｐｏｔ応答は、３０万細胞あたり１５超のスポットとして定義され、バックグラウンドウェルと統計的に異なっており（一般に１０未満のスポットである）；全てのネオ抗原を二連で試験した。図７Ｄは、ＲＮＡワクチンを示された用量で投与した第Ｉｂ相試験における患者におけるＩＦＮｇ形成スポットの平均数を示す。ボックスプロットの中央線は、ＩＦＮｇ形成スポットの中央数を示し、ボックスは四分位範囲を示し、エラーバーは最小値および最大値を示す。
図８は、単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）またはアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）の投与後のネオ抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を評価するために使用されるＭＨＣ多量体染色アッセイの図を示す。
図９Ａ～図９Ｇは、ＲＮＡワクチンを２５μｇの用量でアテゾリズマブ（相Ｉｂ；患者２２）と組み合わせて投与したＣＩＴ未経験トリプルネガティブ乳がん患者におけるネオ抗原特異的免疫応答を評価したＥｌｉＳｐｏｔアッセイおよびＭＨＣ多量体染色アッセイの結果を示す。図９Ａは、ベースラインおよびサイクル４、１日目に患者２２のネオ抗原特異的免疫応答を評価したバルクＰＢＭＣ ＥｌｉＳｐｏｔアッセイの結果を示す。試験したネオ抗原および対照はｘ軸上にあり、ｙ軸は、３０万個のＰＢＭＣ当たりのＩＦＮｇ形成スポットの数を示す。ネオ抗原Ｒ３およびＲ８をボックスに示す。水平の破線は、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイにおけるポジティブヒットを決定するための閾値を示す。ポジティブヒットは、３０万細胞あたり１５超のスポットとして定義され、バックグラウンドウェルと統計的に異なっていた（一般に的１０未満のスポットである）。ネオ抗原を２連で試験し；ＣＥＦＴ＝サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、インフルエンザウイルス、および破傷風毒素由来のエピトープ；ＣＥＦ＝サイトメガロウイルス、エプスタイン・バー・ウイルスおよびインフルエンザウイルス由来のエピトープ。図９Ｂは、ＭＨＣ多量体染色アッセイによって評価された、示された時間における患者２２におけるＲ８ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を示す。散布図は、ｘ軸およびｙ軸上の２つの異なる構成のＭＨＣ多量体で染色されたＣＤ８＋Ｔ細胞を示す。ダブルポジティブ細胞をネオ抗原特異的として標識した。ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントを、散布図の右上象限に示す。図９Ｃは、サイクル３、１日目における図９Ｂに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＣＤ４５ＲＯおよびＣＣＲ７発現の分析を示す。右側の凡例に示されるように、ＣＤ８＋ナイーブ細胞は、散布図の左上象限にあり、セントラルメモリーＴ細胞（Ｔｃｍ）は、散布図の右上象限にあり、ＣＤ４５ＲＡ＋エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ）は、散布図の左下象限にあり、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）は、散布図の右下象限にある。図９Ｄは、サイクル３、１日目における図９Ｂに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＰＤ－１発現の分析を示す。図９Ｅは、ＭＨＣ多量体染色アッセイによって評価された、示された時間における患者２２におけるＲ３ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を示す。散布図は、ｘ軸およびｙ軸上の２つの異なる構成のＭＨＣ多量体で染色されたＣＤ８＋Ｔ細胞を示す。ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントを、散布図の右上象限に示す。図９Ｆは、サイクル３、１日目における図９Ｅに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＣＤ４５ＲＯおよびＣＣＲ７発現の分析を示す。右側の凡例に示されるように、ＣＤ８＋ナイーブ細胞は、散布図の左上象限にあり、セントラルメモリーＴ細胞（Ｔｃｍ）は、散布図の右上象限にあり、ＣＤ４５ＲＡ＋エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ）は、散布図の左下象限にあり、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）は、散布図の右下象限にある。図９Ｇは、サイクル３、１日目における図９Ｅに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＰＤ－１発現の分析を示す。
図１０Ａ～図１０Ｂは、ＲＮＡワクチンの製造作業フローおよび提案された作用機序の概要を示す。図１０Ａは、ＲＮＡワクチンの製造プロセスを示す。製造中、血液試料および腫瘍試料（例えば、腫瘍生検）を患者から採取し、腫瘍ＤＮＡおよび非腫瘍ＤＮＡ（例えば、末梢血単核細胞ＤＮＡ）を配列決定（例えば、次世代シーケンシングおよび／または全エクソームシーケンシング）に供して、患者の腫瘍に特異的に存在する非同義体細胞変異を同定する。腫瘍試料からのＲＮＡをまた配列決定に供し、同定された非同義体細胞変異を有するタンパク質の発現を評価する。ネオ抗原は、それらの可能性のある免疫原性をランク付けするバイオインフォマティクスワークフローを使用して予測される。健常な組織におけるそれぞれの野生型遺伝子の発現レベルに関する包括的な情報を提供するデータベースは、好ましくないリスクプロファイルを有する標的候補を除去することによる個人向けリスク軽減戦略の開発に使用される。重要な器官における可能性のあるより高い自己免疫リスクを有するタンパク質に生じる変異は除外され、ワクチン産生のために考慮されない。個々の患者についてＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発すると予測される最大２０のネオ抗原が、ワクチンへの包含のために選択される。ＲＮＡワクチンは、５’キャップ、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、Ｎ末端融合タグ（例えば、ＳＥＣ）、各ネオ抗原間にリンカー配列を有する最大２０のネオ抗原（例えば、２つのデコープ）、Ｃ末端融合タグ（例えば、ＭＩＴＤ）、３’ＵＴＲ、およびポリ（Ａ）尾部を含む。ＲＮＡワクチンは、例えばリポプレックスに製剤化される。ＲＮＡワクチンは、患者への静脈内投与の前に保存され得る。図１０Ａに示すように、ＲＮＡワクチンは、自然免疫応答（例えば、内因性ＴＬＲ ７／８アゴニストとして作用することによって）を刺激し、ネオ抗原の発現およびその後の抗原提示細胞によるネオ抗原提示を刺激することによって機能すると考えられる。図１０Ｂは、ＲＮＡワクチンの提案された作用機序の詳細を示す。Ｋｒａｎｚら（２０１６）Ｎａｔｕｒｅ，１６；５３４（７６０７）：３９６－４０１）も参照されたい。
図１１は、ＲＮＡワクチン単剤療法の第Ｉａ相試験で１０％を超える患者に発生した有害事象の要約を提供する。全ての報告されたＡＥおよび試験治療に関連するＡＥの相対頻度を提供する。報告されたＡＥの重症度は、右側の凡例（グレード１～５）に示されている。ａ悪性腫瘍進行の重篤な有害事象（ＳＡＥ）が１６％の患者で報告された（データは示さない）。注入関連反応およびサイトカイン放出症候群の全身反応が示される。ｂＮａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＣＩ）Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）バージョン５．０に従う。
図１２Ａ～図１２Ｂは、２５μｇの用量での単剤療法（第Ｉａ相）としてＲＮＡワクチンを投与された患者の血漿中のＩＦＮγのレベルを示す。図１２Ａは、２５μｇの用量での単剤療法としてＲＮＡワクチンを投与された患者の血漿中のＩＦＮγのレベル（ｐｇ／ｍｌ）を示す。各線は個々の患者を表す。図１２Ｂは、２５μｇの用量での単剤療法としてＲＮＡワクチンを投与された９人の患者の血漿中のＩＦＮγのレベル（ｐｇ／ｍｌ）の代表的なパターンを示す。ＲＮＡワクチン投与レジメンを図１２Ｂのプロットの下に示す。各矢印はＲＮＡワクチン用量の投与を表す。「Ｃ」＝サイクル（すなわち、Ｃ１＝サイクル１；Ｃ２＝サイクル２等）；「Ｄ」＝日（すなわち、Ｄ１＝１日目、Ｄ８＝８日目等）；「ＨＲ」＝ある用量のＲＮＡワクチン投与後の時間。
図１３は、示された時間における２５μｇの用量での単剤療法としてＲＮＡワクチンを投与された患者の血漿中のＩＬ－６およびＩＦＮαのレベル（ｐｇ／ｍｌ）を示す。各線は個々の患者を表す。「Ｃ」＝サイクル（すなわち、Ｃ１＝サイクル１；Ｃ２＝サイクル２等）；「Ｄ」＝日（すなわち、Ｄ１＝１日目、Ｄ８＝８日目等）；「ＨＲ」＝ある用量のＲＮＡワクチン投与後の時間。
図１４Ａ～図１４Ｂは、１４人の患者における単剤療法（第Ｉａ相）としてのＲＮＡワクチンの投与によって誘導されたネオ抗原特異的免疫応答の概要を示す。図１４Ａは、ＥｌｉＳｐｏｔおよび／またはＭＨＣ多量体染色アッセイによって決定された少なくとも１つのネオ抗原特異的免疫応答を有した第Ｉａ相試験の患者の数を示す。図１４Ｂは、示された患者におけるエクスビボＥｌｉＳｐｏｔアッセイによってネオ抗原免疫応答を示したネオ抗原の数を示す。
図１５は、７５μｇの用量での単剤療法としてＲＮＡワクチンで治療した前立腺がん患者の腫瘍におけるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列決定実験の結果を示す。ｙ軸は、ＲＮＡワクチンの投与前（ベースライン）の腫瘍におけるＴＣＲ（Ｌｏｇ１０）の頻度を示す。ｘ軸は、ＲＮＡワクチンによる治療後の腫瘍におけるＴＣＲ（Ｌｏｇ１０）の頻度を示す。ＲＮＡワクチン特異的ＴＣＲを網掛け円で示し、他のＴＣＲを白丸で示す。
図１６Ａ～図１６Ｃは、３８μｇの用量での単剤療法としてＲＮＡワクチンで治療した前立腺がん患者におけるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を評価したＭＨＣ多量体染色アッセイの結果を示す。図１６Ａは、示された時間におけるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を示す。散布図は、ｘ軸およびｙ軸上の２つの異なる構成のＭＨＣ多量体で染色されたＣＤ８＋Ｔ細胞を示す。ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセントを、散布図の右上象限に示す。「Ｃ」＝サイクル（すなわち、Ｃ１＝サイクル１；Ｃ２＝サイクル２等）；「Ｄ」＝日（すなわち、Ｄ１＝１日目、Ｄ８＝８日目等）。図１６Ｂは、サイクル４、１日目における図１６Ａに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＣＤ４５ＲＯおよびＣＣＲ７発現の分析を示す。ＣＤ８＋ナイーブ細胞は、散布図の左上象限にあり（Ｔｎ）、セントラルメモリーＴ細胞（Ｔｃｍ）は、散布図の右上象限にあり、エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）は、散布図の右下象限にある。Ｔｅｍ細胞のパーセンテージを示す。図１６Ｃは、サイクル４、１日目における図１６Ａに示されるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＰＤ－１発現の分析を示す。ＰＤ－１＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
図１７は、単剤療法としてＲＮＡワクチンで治療された患者で観察された臨床応答の要約を示す。各バーは個々の患者を表し、各患者の腫瘍型はｘ軸上に示されている。ｙ軸は、各患者について観察された標的病変の最長径の和（ＳＬＤ）の最良の変化を示す。各患者に投与されるＲＮＡワクチンの用量は、右側の凡例および各バーの上に示されている。ＳＰ１４２ Ｖｅｎｔａｎａアッセイによって分析された腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）または腫瘍細胞（ＴＣ）上のベースラインＰＤ－Ｌ１発現を、各患者のグラフの下に示す（Ｎ＝なし；Ｙ＝はい）。試験中の各患者についての最良総合効果（ＢＯＲ）をグラフの下に示す（ＰＤ＝疾患進行；ＳＤ＝安定疾患；ＣＲ＝完全奏効）。さらに、各患者がチェックポイント阻害剤による事前の治療を受けたかどうか（「ＣＰＩ経験あり」）をグラフの下に示す（Ｎ＝なし；Ｙ＝はい）。ＨＮＣ＝頭頸部がん；ＳＴＳ＝軟部組織肉腫；ＥＧＪ＝食道胃接合部。水平の破線は、固形腫瘍応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）基準（すなわち、ベースラインからのＳＬＤの２０％以上の増加＝疾患進行（ＰＤ）；およびベースラインからのＳＬＤの３０％以上の減少＝部分奏効（ＰＲ））による疾患進行および部分奏効の閾値を示す。
図１８は、５０μｇの用量での単剤療法としてのＲＮＡワクチンによる治療後に完全奏効（ＣＲ）を示した１人の胃がん患者におけるベースラインおよびサイクル４、１日目でのＥｌｉＳｐｏｔアッセイによって測定されたネオ抗原特異的免疫応答を示す。個々のネオ抗原および対照をｘ軸に示す。ｙ軸は、３０万個の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）あたりのＩＦＮγ形成スポットを示す。水平の破線は、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイにおけるポジティブヒットを決定するための閾値を示す。ＥｌｉＳｐｏｔポジティブヒットは、３０万細胞あたり１５超のスポットとして定義され、バックグラウンドウェルと統計的に異なっており（一般に１０未満のスポットである）；全てのネオ抗原を二連で試験した。ａ悪性腫瘍進行の重篤なＡＥ（ＳＡＥ）が１４％の患者で報告された（データは示さない）。
図１９は、アテゾリズマブと組み合わせて投与したＲＮＡワクチンの第Ｉｂ相試験で１０％を超えて患者に発生した有害事象の要約を示す。全ての報告されたＡＥおよび試験治療に関連するＡＥの相対頻度を提供する。報告されたＡＥの重症度は、右側の凡例（グレード１～５）に示されている。注入関連反応およびサイトカイン放出症候群およびインフルエンザ様疾患の全身反応が示される。
図２０は、ＥｌｉＳｐｏｔおよび／またはＭＨＣ多量体染色アッセイによって決定された少なくとも１つのネオ抗原特異的免疫応答を有した第Ｉｂ相試験の患者の数を示す。
図２１は、アテゾリズマブおよび３８μｇの用量のＲＮＡワクチン治療した直腸がん患者の腫瘍におけるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列決定実験の結果を示す。ｙ軸は、アテゾリズマブおよびＲＮＡワクチンの投与前（ベースライン）の腫瘍におけるＴＣＲ（Ｌｏｇ１０）の頻度を示す。ｘ軸は、アテゾリズマブおよびＲＮＡワクチンによる治療後の腫瘍におけるＴＣＲ（Ｌｏｇ１０）の頻度を示す。ＲＮＡワクチン特異的ＴＣＲを網掛け円で示し、他のＴＣＲを白丸で示す。
図２２は、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンで治療された患者で観察された臨床応答の要約を示す。各バーは個々の患者を表し、各患者の腫瘍型はｘ軸上に示されている。ｙ軸は、各患者について観察された最長径の合計（ＳＬＤ）の最良の変化を示す。各患者に投与されるＲＮＡワクチンの用量は、右側の凡例および各バーの上に示されている。ａ各患者のＳＰ１４２ Ｖｅｎｔａｎａアッセイによって分析された腫瘍浸潤免疫細胞（ＩＣ）または腫瘍細胞（ＴＣ）上のベースラインＰＤ－Ｌ１発現を、グラフの下に示す（Ｎ＝なし；Ｙ＝はい）。試験中の各患者についての最良総合効果（ＢＯＲ）をグラフの下に示す（ＰＤ＝疾患進行；ＳＤ＝安定疾患；ＰＲ＝部分奏効；ＣＲ＝完全奏効）。さらに、各患者がチェックポイント阻害剤による事前の治療を受けたかどうか（「ＣＰＩ経験あり」）をグラフの下に示す（Ｎ＝なし；Ｙ＝はい）。ＨＮＣ＝頭頸部がん；ＳＴＳ＝軟部組織肉腫；ＮＳＣＬＣ＝非小細胞肺がん；ＭＣＣ＝メルケル細胞癌腫。ボックスは、アテゾリズマブと組み合わせて３８μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与されたトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を有するＣＰＩ経験患者を示す。水平の破線は、固形腫瘍応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）基準（すなわち、ベースラインからのＳＬＤの２０％以上の増加＝疾患進行（ＰＤ）；およびベースラインからのＳＬＤの３０％以上の減少＝部分奏効（ＰＲ））による疾患進行および部分奏効の閾値を示す。
図２３Ａ～図２３Ｂは、ＲＮＡワクチンをアテゾリズマブと組み合わせて３８μｇの用量で投与したトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者で観察された腫瘍およびネオ抗原特異的免疫応答を示す（図２２のボックスで示されている）。図２２に示すように、このＴＮＢＣ患者は、治療に対して部分応答を示し、５％以上の腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞でベースラインＰＤ－Ｌ１発現を有し（ＳＰ１４２ Ｖｅｎｔａｎａアッセイによって評価）、チェックポイント阻害剤で以前に治療されていた（ＣＰＩ経験）。図２３Ａに提供されるコンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャン画像は、患者がスクリーニング時に転移性疾患に関連するいくつかの腫瘍塊を有していたこと、および治療のサイクル４で腫瘍が減少したことを示している（腫瘍は矢印で示されている）。図２３Ｂは、患者がスクリーニング時にネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞についてネガティブであること（０．０１％；バックグラウンドレベル）、およびネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルが治療のサイクル４で２．２％に増加したことを示す（ＭＨＣ多量体染色によって評価）。散布図は、ｘ軸およびｙ軸上の２つの異なる構成のＭＨＣ多量体で染色されたＣＤ８＋Ｔ細胞を示す。
図２４Ａ～図２４Ｅは、本明細書中に記載される第Ｉｂ相試験の適応症特異的拡大期におけるチェックポイント阻害剤未経験患者についての最長直径（ＳＬＤ）および客観的奏効率（ＯＲＲ）の合計の経時的変化を示す。図２４Ａは、チェックポイント阻害剤未経験尿路上皮癌腫（ＵＣ）患者についてのＳＬＤおよびＯＲＲの経時的変化を示す。図２４Ｂは、チェックポイント阻害剤未経験腎細胞癌腫（ＲＣＣ）患者についてのＳＬＤおよびＯＲＲの経時的変化を示す。図２４Ｃは、チェックポイント阻害剤未経験黒色腫患者についてのＳＬＤおよびＯＲＲの経時的変化を示す。図２４Ｄは、チェックポイント阻害剤未経験トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者についてのＳＬＤおよびＯＲＲの経時的変化を示す。図２４Ｅは、チェックポイント阻害剤未経験非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者についてのＳＬＤおよびＯＲＲの経時的変化を示す。矢印は、積極的治療を継続する患者を示す。図２４Ａ～２４Ｅにおいて、水平の破線は、固形腫瘍応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）基準（すなわち、ベースラインからのＳＬＤの２０％以上の増加＝疾患進行（ＰＤ）；およびベースラインからのＳＬＤの３０％以上の減少＝部分奏効（ＰＲ））による疾患進行および部分奏効の閾値を示す。
Ｉ．定義
本発明を詳細に説明する前に、本発明が特定の組成物または生物学的系に限定されず、これらは言うまでもなく変動し得ることを理解されたい。本明細書で使用される専門用語が特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定するようには意図されていないことも理解されたい。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、別途内容が明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「分子」への言及は、２つ以上のかかる分子等の組合せを任意に含む。
本明細書で使用される「約」という用語は、この技術分野の当業者であれば容易に理解する、それぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつ説明する）。
本明細書に記載の本発明の局面および実施形態が、局面および実施形態「を含む」、「からなる」、および「から本質的になる」を含むことが理解される。
「ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１シグナル伝達軸上のシグナル伝達に起因するＴ細胞機能障害を除去するようにＰＤ－１軸結合パートナーとその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上との相互作用を阻害し、結果として、Ｔ細胞機能（例えば、増殖、サイトカイン産生、標的細胞死滅）復元または増強する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、およびＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストを含む。
「ＰＤ－１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１とその結合パートナーのうちの１つ以上、例えば、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子を指す。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のその結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する分子である。特定の局面において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１および／またはＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。例えば、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、ならびにＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１および／またはＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子を含む。一実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球で発現された細胞表面タンパク質によってまたはそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害Ｔ細胞の機能障害性を軽減する（例えば、抗原認識へのエフェクタ応答を増強する）。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。ＰＤ－１結合アンタゴニストの具体的な例を以下に提示する。
「ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－Ｌ１とその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上、例えば、ＰＤ－１、Ｂ７－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子を指す。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１の、その結合パートナーへの結合を阻害する分子である。具体的な実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１および／またはＢ７－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、およびＰＤ－Ｌ１とその結合パートナーの１つ以上、例えば、ＰＤ－１、Ｂ７－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子を含む。一実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球上で発現された細胞表面タンパク質によって、またはそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能不全のＴ細胞の機能不全状態を軽減する（例えば、抗原認識へのエフェクタ応答を増強する）。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストの具体的な例を以下に提示する。
用語「ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニスト」は、ＰＤ－Ｌ２と１つ以上の結合パートナーのいずれか、例えばＰＤ－１との相互作用の結果として生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑制または妨害する分子を指す。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のその結合パートナーの１つ以上への結合を阻害する分子である。具体的な一局面において、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のＰＤ－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ２アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ２抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、およびＰＤ－Ｌ２とその結合パートナーの１つ以上のいずれか、例えば、ＰＤ－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子を含む。一実施形態において、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球で発現された細胞表面タンパク質によって、またはそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害Ｔ細胞の機能障害性を軽減する（例えば、抗原認識へのエフェクタ応答を増強する）。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、イムノアドヘシンである。
「持続応答」は、治療の休止後に腫瘍成長を低減させることに対する持続的効果を指す。例えば、腫瘍サイズは、投与期の開始時のサイズと比較して同じままであるか、またはより小さくなり得る。いくつかの実施形態において、持続応答は、治療期間と少なくとも同じ期間、治療期間の少なくとも１．５倍、２．０倍、２．５倍または３．０倍の期間を有する。
「薬学的製剤」という用語は、活性成分の生物学的活性が有効になるような形態であり、かつ製剤が投与される対象に許容できないほどに有毒なさらなる成分を含有しない調製物を指す。かかる製剤は、滅菌である。「薬学的に許容され得る」賦形剤（ビヒクル、添加物）は、対象哺乳動物に適度に投与されて、用いられる有効用量の活性成分を提供することができるものである。
本明細書で使用されるとき、「治療」という用語は、臨床的病変の経過中に治療される個体または細胞の自然経過を変化させるように設計された臨床的介入を指す。治療の望ましい効果としては、疾患進行速度の低減、疾患状態の回復または緩和、および予後の寛解または改善が挙げられる。例えば、個体は、がん性細胞の増殖の低減（もしくは破壊）、疾患に起因する症状の軽減、疾患に罹患している者の生活の質の向上、疾患の治療に必要な他の薬剤の用量の低減、および／または個体の生存期間の延長を含むが、これらに限定されない、がんに関連する１つ以上の症状が軽減または排除された場合、「治療」に成功している。
本明細書で使用されるとき、「疾患の進行を遅延させる」とは、疾患（がん等）の発症を延期、妨害、減速、遅らせ、安定させ、および／または延期することを意味する。この遅延は、病歴および／または治療される個体に応じて様々な期間であり得る。当業者に明らかであるように、十分または著しい遅延は、個体が疾患を発症しないという点で、予防を事実上包含し得る。例えば、転移の発症等の末期がんを遅延させることができる
「有効量」は、特定の障害の測定可能な改善または予防の達成に必要な少なくとも最小の量である。本明細書における有効量は、患者の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに個体における所望の応答を誘発する抗体の能力等の要因に応じて異なり得る。有効量は、治療上の有益な効果が治療の任意の毒性作用または有害作用を上回るものでもある。予防的使用の場合、有益なまたは所望の結果としては、疾患の生化学的、組織学的、および／または挙動的症状、その合併症、ならびに疾患の発症中に現れる中間病理学的表現型を含む、疾患のリスクの排除または低減、疾患の重症度の軽減、または疾患の発生の遅延等の結果が挙げられる。治療的使用の場合、有益なまたは所望の結果としては、疾患に起因する１つ以上の症状の軽減、疾患に罹患している者の生活の質の向上、疾患の治療に必要な他の薬剤の用量の低減、別の薬剤の効果の増強（例えば、標的による）、疾患の進行の遅延、および／または生存期間の延長等の臨床結果が挙げられる。がんまたは腫瘍の場合、有効量の薬物は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍サイズを低減させ、がん細胞の末梢器官への浸潤を阻害し（すなわち、ある程度遅らせるか、または望ましくは停止し）、腫瘍転移を阻害し（すなわち、ある程度遅らせるか、または望ましくは停止し）、腫瘍成長をある程度阻害し、かつ／または障害に関連する症状のうちの１つ以上をある程度軽減する効果を有し得る。有効量は、１回の投与でも、複数回の投与でもよい。本発明の目的のためには、薬物、化合物、または医薬組成物の有効量は、予防的または治療的治療を直接または間接的に達成するのに十分な量である。臨床分野において理解されるように、薬物、化合物、または医薬組成物の有効量は、別の薬物、化合物、または医薬組成物と併せて達成されてもされなくてもよい。したがって、「有効量」は、１つ以上の治療剤の投与との関連で考慮することができ、単剤は、１つ以上の他の薬剤と併せて、望ましい結果が達成され得るか、または達成される場合、有効量で与えられると見ることができる。
本明細書において使用される「と併せて」または「と組み合わせて」は、他の治療様式に追加された、１つの治療様式の投与を表す。したがって、「と併せた」または「と組み合わせた」とは、個体への１つの治療様式の適用前、適用中、または施行後の別の治療様式の適用を指す。
「障害」は、哺乳動物を問題の障害に罹患させる病態を含む、慢性および急性の障害または疾患を含むがこれらに限定されない、治療から利益を得るであろういずれかの状態である。
「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。一実施形態において、細胞増殖性障害は、がんである。一実施形態において、細胞増殖性障害は、腫瘍である。
「腫瘍」は、本明細書で使用される場合、悪性か良性かを問わず、全ての腫瘍性細胞の成長および増殖、ならびに全ての前がん性およびがん性細胞および組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるとき、相互排他的ではない。
治療の目的のための「対象」または「個体」は、哺乳類に分類される任意の動物を指し、ヒト、家畜および農場動物、および動物園、スポーツ、またはペット動物、例えば犬、馬、猫、牛などを含む。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、具体的には、それらが所望の生物学的活性を呈する限り、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体等）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および抗体断片を包含する。
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から同定および分離され、かつ／または回収された抗体である。その自然環境の夾雑物成分は、抗体の試験的、診断的、または治療的使用を妨害するであろう物質であり、それらとしては、酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が挙げられる。いくつかの実施形態において、抗体は、（１）例えば、ローリー法によって決定される、９５ｗｔ％超、いくつかの実施形態において、９９ｗｔ％超になるまで、（２）例えば、スピニング・カップ・シークエネーターを使用して、Ｎ末端または内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで、または（３）例えば、クマシーブルーまたは銀染色を使用して、還元または非還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥによって均質性が得られるまで精製される。単離された抗体は、抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイチュ抗体を含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製工程によって調製される。
「天然抗体」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖および２つの同一の重（Ｈ）鎖から構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖が１つのジスルフィド共有結合により重鎖に連結される一方で、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で異なる。各重鎖および軽鎖はまた、規則的に離間した鎖間ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後いくつかの定常ドメインが続く。各軽鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、その他方の端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列する。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている。
「定常ドメイン」という用語は、抗原結合部位を含有する可変ドメインである免疫グロブリンの他の部分と比較して、より保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメイン（集合的に、ＣＨ）、ならびに軽鎖のＣＨＬ（またはＣＬ）ドメインを含有する。
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と称され得る。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と称され得る。これらのドメインは、一般的に、抗体の最も可変性の高い部分であり、抗原結合部位を含む。
「可変」という用語は、可変ドメインの特定の部分の配列が抗体間で広く異なり、かつ各特定の抗体の特定の抗原に対する結合および特異性において使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたって均等に分布していない。これは、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインの両方における超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖および軽鎖の可変ドメインは各々、ベータ－シート構造を接続し、かついくつかの場合では、ベータ－シート構造の一部を形成するループを形成する３つのＨＶＲによって接続されたベータシート立体配置を大いに採用する４つのＦＲ領域を含む。各鎖内のＨＶＲは、ＦＲ領域によって近接して互いに保持され、他方の鎖からのＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）を参照されたい）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与していないが、抗体の抗体依存性細胞毒性への関与等の様々なエフェクター機能を呈する。
任意の哺乳動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、定常ドメインのアミノ酸配列に基づき、カッパ（「κ」）およびラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明らかに異なる種類のうちの一方に割り当てられ得る。
本明細書で使用されるＩｇＧ「アイソタイプ」又は「サブクラス」という用語は、それらの定常領域の化学的および抗原的特性によって定義される免疫グロブリンのサブクラスのうちのいずれかを意味する。
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は、異なるクラスに割り当てられ得る。免疫グロブリンには５つの主なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭが存在し、これらのうちのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２にさらに分けられる場合がある。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、γ、ε、γ、およびμと呼ばれる。様々なクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造及び三次元構成が周知であり、例えば、Ａｂｂａｓら、Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．，２０００）に一般的に記載されている。抗体は、抗体と一または複数の他のタンパク質またはペプチドとの共有または非共有会合によって形成されるより大きい融合分子の一部であり得る。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、および「全抗体」という用語は、以下に記載の抗体断片ではない、その実質的にインタクトな形態の抗体を指すために本明細書で同義に使用される。これらの用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
本明細書における目的のための「裸抗体」は、細胞傷害性部分または放射標識にコンジュゲートされていない抗体である。
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、インタクトな抗体の一部を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の抗体断片は、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成された多特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化により、各々単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と、容易に結晶化するその能力を反映して命名された残りの「Ｆｃ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片が産生される。ペプシン治療は、Ｆ（ａｂ’）２断片をもたらし、これは、２つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができる。
「Ｆｖ」とは、完全な抗原結合部位を含有する最小の抗体断片である。一実施形態において、二本鎖Ｆｖ種は、密接に非共有会合した１つの重鎖可変ドメインおよび１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種において、１つの重鎖可変ドメインおよび１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖および重鎖が二本鎖Ｆｖ種における構造に類似の「二量体」構造で会合し得るように、可動性ペプチドリンカーによって共有結合し得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用してＶＨ－ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を定義するのは、この立体配置においてである。集合的に、６つのＨＶＲが抗体に抗原結合特異性を与える。しかしながら、全結合部位よりも低い親和性であるが、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的なＨＶＲを３つしか含まないＦｖの半分）でさえも、抗原を認識し、それに結合する能力を有する。
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含有し、軽鎖定常ドメインおよび第１の重鎖定常ドメイン（ＣＨ１）も含有する。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されているという点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離チオール基を持つＦａｂ’の本明細書における名称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元々、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片のペアとして産生されたものであった。抗体フラグメントの他の化学的カップリングも知られている。
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨおよびＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖中に存在する。一般的に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、これにより、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成することが可能になる。ｓｃＦｖに関する概説については、例えば、ＰｌｕｃｋｔｈｕｎのＴｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４），ｐｐ．２６９－３１５を参照されたい。
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖内の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）（ＶＨ－ＶＬ）を含む。同一鎖上の２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することにより、これらのドメインは、他の鎖の相補的ドメインと対合させられ、２つの抗原結合部位を作製する。ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４，０９７号、国際公開第１９９３／０１１６１号、Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）、およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）に、より完全に記載されている。トリアボディおよびテトラボディはまた、Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）にも記載されている。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、例えば、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る可能な変異、例えば、天然に存在する変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、別個の抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。特定の実施形態において、このようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を含むプロセスによって得られたものである。例えば、この選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、または組み換えＤＮＡクローンのプール等の複数のクローンからの特有のクローンの選択であり得る。選択された標的結合配列が、例えば、標的への親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養におけるその産生を改善し、インビボでのその免疫原性を低減し、多重特異性抗体を作製するようにさら改変されてもよく、かつ改変された標的結合配列を含む抗体が本発明のモノクローナル抗体でもあることを理解されたい。典型的には異なる決定基（エピトープ）に対して指向する異なる抗体を含むポリクローナル抗体製剤とは対照的に、モノクローナル抗体製剤のそれぞれのモノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向する。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、典型的には他の免疫グロブリンによる混入がないという点で有利である。
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体集団から得られるという抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５－９７（１９７５）；Ｈｏｎｇｏら、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，１４（３）：２５３－２６０（１９９５），Ｈａｒｌｏｗら、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）；ＨａｍｍｅｒｌｉｎｇらＭｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３－６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１）におけるもの）、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０（２００４）；Ｌｅｅら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）；およびＬｅｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２（２００４）を参照されたい）、およびヒト免疫グロブリン遺伝子座またはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子の一部または全てを有する動物において、ヒトまたはヒト様抗体を産生するための技術（例えば、国際公開第１９９８／２４８９３号、国際公開第１９９６／３４０９６号、国際公開第１９９６／３３７３５号、国際公開第１９９１／１０７４１号、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３６２：２５５－２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎら、Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、および同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９－７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら、Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６－８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２－８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５－８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）；およびＬｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５－９３（１９９５）を参照されたい）によって作製され得る。
本明細書におけるモノクローナル抗体には、具体的には、重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体内の対応する配列と同一または相同である一方で、鎖（複数可）の残りが、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体内の対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびにそれらが所望の生物学的活性を呈する限り、そのような抗体の断片を含む（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号およびＭｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６８５１－６８５５（１９８４）を参照されたい）。キメラ抗体にとしては、ＰＲＩＭＡＴＴＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられ、この抗体の抗原結合領域は、例えば、マカクザルを目的とする抗原で免疫化することによって産生された抗体に由来する。
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小限の配列を含有するキメラ抗体である。一実施形態において、ヒト化抗体は、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性、および／または能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類等の非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基により置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの例において、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基によって置き換えられる。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含んでいてもよい。これらの修飾を加えて、抗体の性能をさらに洗練させることができる。一般的に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には、２つの可変ドメインのうちの実質的に全てを含み、超可変ループのうちの全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、ＦＲのうちの全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のＦＲである。ヒト化抗体は、任意に、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的には、ヒト免疫グロブリンのＦｃの少なくとも一部も含む。さらなる詳細については、例えば、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２－５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３－５９６（１９９２）を参照されたい。また、例えば、Ｖａｓｗａｎｉ ａｎｄ Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５－１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ２３：１０３５－１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ ａｎｄ Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８－４３３（１９９４）、ならびに米国特許第６，９８２，３２１号および同第７，０８７，４０９号も参照されたい。
「ヒト抗体」とは、ヒトによって産生され、かつ／または本明細書に開示されるヒト抗体を作製するための技法のうちのいずれかを使用して作製された抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有する抗体である。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリを含む、当技術分野で既知の様々な技法を使用して生成することができる。Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１）．Ｃｏｌｅら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）、Ｂｏｅｒｎｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（１）：８６－９５（１９９１）に記載される方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に使用可能である。ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，５：３６８－７４（２００１）もまた、参照されたい。ヒト抗体は、抗原投与に応答してこのような抗体を産生するよう改変されているが、その内在性遺伝子座は無能になっているトランスジェニック動物、例えば、免疫化ゼノマウスに抗原を投与することによって調製することが可能である（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関する米国特許第６，０７５，１８１号および同第６，１５０，５８４号を参照されたい）。また、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により産生されるヒト抗体については、例えば、Ｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）を参照されたい。
「種依存性抗体」は、第２の哺乳類種由来の抗原の相同体に対する結合親和性よりも強い第１の哺乳類種由来の抗原に対する結合親和性を有する抗体である。通常、種依存性抗体は、ヒト抗原に「特異的に」結合する（例えば、約１×１０－７Ｍ以下、好ましくは約１×１０－８Ｍ以下、好ましくは約１×１０－９Ｍ以下の結合親和性（Ｋｄ）値を有する）が、ヒト抗原に対する結合親和性よりも少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い、第２の非ヒト哺乳動物種由来の抗原のホモログに対する結合親和性を有する。種依存性抗体は、上で定義される様々な種類の抗体のうちのいずれかであり得るが、好ましくは、ヒト化抗体またはヒト抗体である。
本明細書で使用されるとき、「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、配列が超可変性であり、かつ／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般的に、抗体は、ＶＨに３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）およびＶＬに３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の、６つのＨＶＲを含む。天然抗体では、Ｈ３およびＬ３が、６つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を示し、特にＨ３が抗体に優れた特異性を与える上で特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕら、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７－４５（２０００）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｗｕ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１－２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）を参照されたい。実際に、重鎖のみからなる、天然に存在するラクダ抗体は、軽鎖の非存在下で機能的であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ－Ｃａｓｔｅｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６－４４８（１９９３）；Ｓｈｅｒｉｆｆら、Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３－７３６（１９９６）を参照されたい。
いくつかのＨＶＲ描写が本明細書で使用され、本明細書に包含されている。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づくものであり、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。代わりに、Ｃｈｏｔｈｉａは、構造的ループの位置を指す（ＣｈｏｔｈｉａおよびＬｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１～９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＨＶＲは、Ｋａｂａｔ ＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａ構造的ループとの間の妥協案を示し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用される。「接触」ＨＶＲは、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらＨＶＲの各々に由来する残基が、以下に示される。
Figure 2023512654000003
ＨＶＲは、以下の「伸長ＨＶＲ」を含み得る：ＶＬにおける、２４～３６または２４～３４（Ｌ１）、４６～５６または５０～５６（Ｌ２）、および８９～９７または８９～９６（Ｌ３）、ならびにＶＨにおける、２６～３５（Ｈ１）、５０～６５または４９～６５（Ｈ２）、および９３～１０２、９４～１０２、または９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔら（上記参照）に従って番号付けされる。
ＨＶＲは、以下の「伸長ＨＶＲ」を含み得る：ＶＬにおいて、２４～３６または２４～３４（Ｌ１）、４６～５６または５０～５６（Ｌ２）、および８９～９７又は８９～９６（Ｌ３）、ならびにＶＨにおいて、２６～３５（Ｈ１）、５０～６５又は４９～６５（Ｈ２）、および９３～１０２、９４～１０２、又は９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔら（上記参照）に従って番号付けされる。
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
「Ｋａｂａｔにあるような可変ドメイン残基ナンバリング」または「Ｋａｂａｔにあるようなアミノ酸位置ナンバリング」という用語、およびそれらの変形は、Ｋａｂａｔら（上記参照）における抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用されるナンバリングシステムを指す。このナンバリングシステムを使用して、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲもしくはＨＶＲの短縮、またはそれへの挿入に対応する、より少ないアミノ酸または追加のアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従う残基５２ａ）を含み、重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従う残基８２ａ、８２ｂ、および８２ｃ等）を含み得る。残基のＫａｂａｔナンバリングは、所与の抗体に対して、抗体の配列と「標準の」Ｋａｂａｔによってナンバリングされた配列との相同領域での整列によって決定され得る。
Ｋａｂａｔナンバリングシステムは一般的に、可変ドメイン（およそ軽鎖の残基１～１０７および重鎖の残基１～１１３）内の残基に言及するときに使用される（例えば、ＫａｂａｔらＳｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）。「ＥＵナンバリングシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般的に、免疫グロブリン重鎖定常領域における残基について言及する際に使用される（例えば、Ｋａｂａｔら（上記参照）で報告されるＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔにおけるようなＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
「直鎖状抗体」という表現は、Ｚａｐａｔａら（１９９５ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ，８（１０）：１０５７－１０６２）に記載されている抗体を指す。簡潔には、これらの抗体は、相補的軽鎖ポリペプチドと一緒になって一対の抗原結合領域を形成する一対のタンデムＦｄセグメント（ＶＨ－ＣＨ１－ＶＨ－ＣＨ１）を含む。直鎖状抗体は、二重特異性または単一特異性であり得る。
本明細書で使用されるとき、「結合する」、「特異的に結合する」、または「特異的な」という用語は、生物学的分子等の異種分子集団の存在下で標的の存在を決定する標的と抗体との間の結合等の測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的（エピトープであり得る）に結合するか、またはそれに特異的に結合する抗体は、この標的に、他の標的に結合するよりも高い親和性で、結合力で、より容易に、かつ／またはより長期間結合する抗体である。一実施形態において、抗体が無関係の標的に結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される、抗体の標的への結合の約１０％未満である。特定の実施形態において、標的に特異的に結合する抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、または０．１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。特定の実施形態において、抗体は、異なる種由来のタンパク質間で保存されるタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態において、特異的結合は、排他的結合を含むことができるが、必須ではない。
本明細書で使用される「試料」という用語は、例えば、物理的、生化学的、化学的、および／または生理学的特性に基づいて、特徴づけおよび／または特定される細胞および／または他の分子の実体を含有する、目的とする対象および／もしくは個体から得られるか、またはそれ由来の組成物を指す。例えば、「疾患試料」という句およびその変形は、特徴づけられるべき細胞および／または分子実体を含有することが期待されるかまたは含有することが知られている、目的の対象から得られた任意の試料を指す。試料としては、初代または培養細胞または細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、および組織培養培地、組織抽出物、例えば、均質化組織、腫瘍組織、細胞抽出物、ならびにそれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、試料は、腫瘍細胞および任意に腫瘍浸潤免疫細胞を含む個体のがんから得られた試料（例えば、腫瘍試料）である。例えば、試料は、パラフィンブロックに包埋された腫瘍標本、または新たに切断された連続非染色切片を含む腫瘍標本であり得る。いくつかの実施形態において、試料は生検からのものであり、５０以上の生存腫瘍細胞（例えば、コアニードル生検によるものであり、任意にパラフィンブロックに埋め込まれる；切除生検、切開生検、パンチ生検または鉗子生検；または腫瘍組織切除によるものである）を含む。
「組織試料」、「組織生検」または「細胞試料」は、対象または個体の組織、例えば腫瘍から得られた同様の細胞の集合を意味する。組織または細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結した、および／または保存された器官、組織試料、生検、および／または吸引液から等の固形組織（例えば腫瘍）；血漿等の血液または任意の血液構成物；脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液等の体液；対象の妊娠または発育における任意の時期の細胞であってもよい。組織試料は、初代または培養細胞または細胞株であってもよい。任意に、組織または細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養剤、または抗生物質等の天然の組織と天然では混合しない化合物を含有し得る。
本明細書で使用される場合、「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、または「対照組織」とは、比較目的のために使用される試料、細胞、組織、標準物、またはレベルを指す。一実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、同じ対象または個体の身体の健常なおよび／または罹患していない部分（例えば、組織または細胞）から得られる。例えば、罹患細胞または組織に隣接する健康なおよび／または罹患していない細胞または組織（例えば、腫瘍に隣接する細胞または組織）。他の実施形態において、参照試料は、同じ対象または個体の身体の未治療の組織および／または細胞から得られる。さらに別の実施形態において、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象または個体ではない個体の身体の健常なおよび／または罹患していない部分（例えば、組織または細胞）から得られる。さらに別の実施形態において、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、対象または個体ではない個体の身体の未治療の組織および／または細胞から得られる。
薬品を用いた治療に対する患者の「有効な応答」または患者の「応答性」および類似の単語は、がん等の疾患もしくは障害の危険性があるか、またはそれを患う患者に付与される臨床的または治療的有益性を指す。一実施形態において、そのような利益としては、生存期間（全生存期間および無増悪生存期間を含む）を延長すること、客観的奏効（完全奏効もしくは部分奏効を含む）をもたらすこと、またはがんの徴候もしくは症状を改善することのいずれか１つ以上が挙げられる。
治療に「有効な応答を示さない」患者とは、生存期間（全体的な生存および無増悪生存期間を含む）が延長すること、客観的奏効（完全奏効もしくは部分奏効を含む）がもたらされること、またはがんの兆候または症状が改善されることのうちのいずれも有しない患者を指す。
「機能的Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｃ１ｑ結合；ＣＤＣ；Ｆｃ受容体結合；ＡＤＣＣ；食作用；細胞表面受容体（例：Ｂ細胞受容体；ＢＣＲ）等のダウンレギュレーションが含まれる。そのようなエフェクター機能は、一般的に、Ｆｃ領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と結合することを必要とし、そして、例えば、本明細書の定義に開示されているように、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「ヒトエフェクター細胞を有する」がんまたは生体試料は、診断試験において、試料中に存在するヒトエフェクター細胞（例えば、浸潤性ヒトエフェクター細胞）を有するものである。
「ＦｃＲ発現細胞を有する」がんまたは生体試料は、診断試験において、試料中に存在するＦｃＲ発現（例えば、浸潤性ＦｃＲ発現細胞）を有するものである。いくつかの実施形態において、ＦｃＲはＦｃγＲである。いくつかの実施形態において、ＦｃＲは、活性化ＦｃγＲである。
ＩＩ．ネオエピトープ特異的免疫応答を誘導する方法
腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法が本明細書で提供される。特定の実施形態において、方法は、個体に有効量のＲＮＡワクチンを投与する皇帝を含み、ワクチンは、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも１％（例えば、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、またはそれ以上）が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％（例えば約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、または約６％のいずれか）が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の約５％または約６％を含む。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約０．１％（例えば、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２７％、少なくとも約０．２９％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．８７％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約１．２５％、少なくとも約１．５％、少なくとも約１．７５％、少なくとも約２％、少なくとも約２．２５％、少なくとも約２．５％、少なくとも約２．５％、少なくとも約２．７５％、少なくとも約３％、少なくとも約３．２５％、少なくとも約３．５％、少なくとも約３．７５％、少なくとも約４％、少なくとも約４．２５％、少なくとも約４．５％、少なくとも約４．７５％、少なくとも約５％、少なくとも約５．２５％、少なくとも約５．５％、少なくとも約５．６７％以上）はＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約０．２７％（例えば、少なくとも約０．２７％、少なくとも約０．２９％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．８７％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約１．２５％、少なくとも約１．５％、少なくとも約１．７５％、少なくとも約２％、少なくとも約２．２５％、少なくとも約２．５％、少なくとも約２．５％、少なくとも約２．７５％、少なくとも約３％、少なくとも約３．２５％、少なくとも約３．５％、少なくとも約３．７５％、少なくとも約４％、少なくとも約４．２５％、少なくとも約４．５％、少なくとも約４．７５％、少なくとも約５％、少なくとも約５．２５％、少なくとも約５．５％、少なくとも約５．６７％以上）はＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約０．１％～約５．６７％（例えば、約０．１％、約０．１８％、約０．２％、約０．２７％、約０．２９％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．８７％、約０．９％、約１％、約１．２５％、約１．５％、約１．７５％、約２％、約２．２５％、約２．５％、約２．７５％、約３％、約３．２５％、約３．５％、約３．７５％、約４％、約４．２５％、約４．５％、約４．７５％、約５％、約５．２５％、約５．５％、または約５．６７％のいずれか）が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約０．２７％～約５．６７％（例えば、約０．２７％、約０．２９％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．８７％、約０．９％、約１％、約１．２５％、約１．５％、約１．７５％、約２％、約２．２５％、約２．５％、約２．７５％、約３％、約３．２５％、約３．５％、約３．７５％、約４％、約４．２５％、約４．５％、約４．７５％、約５％、約５．２５％、約５．５％、または約５．６７％のいずれか）が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約０．１８％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約０．２７％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約０．２９％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約０．８７％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１．８９％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約３．１％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約５．６７％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１．９５％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約２．４９％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約４．７％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約２．２％は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中で、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析等の当技術分野で公知の任意の方法によって検出し得る。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のいずれかに特異的である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３または１～２のいずれかに特異的である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの約２．６または約３に特異的である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％またはそれ以上）のいずれかに特異的である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの約５％～約７０％（例えば約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、または約７０％のいずれか）のいずれかに特異的である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られた末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの約５％～約３５％（例えば約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、または約３５％のいずれか）のいずれかに特異的である。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法による個体へのＲＮＡワクチンの投与が、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導（例えば増加）をもたらす。いくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、個体の末梢血試料中で検出される。いくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、個体から得られた末梢血試料中で検出される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のいずれかに特異的である。いくつかの実施形態において、個体から得られた末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴ分析によって検出される。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法に従って個体にＲＮＡワクチンを投与すると、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．２倍、少なくとも約１．３倍、少なくとも約１．４倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９倍、少なくとも約９．５倍、少なくとも約１０倍以上のいずれかのＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）がもたらされる。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される方法に従って個体にＲＮＡワクチンを投与すると、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約６０倍、少なくとも約７０倍、少なくとも約８０倍、少なくとも約９０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約１１０倍、少なくとも約１２０倍、少なくとも約１３０倍、少なくとも約１４０倍、少なくとも約１５０倍、少なくとも約１６０倍、少なくとも約１７０倍、少なくとも約１８０倍、少なくとも約１９０倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約２１０倍、少なくとも約２２０倍、少なくとも約２３０倍、少なくとも約２４０倍、少なくとも約２５０倍、少なくとも約２６０倍、少なくとも約２７０倍、少なくとも約２８０倍、少なくとも約２９０倍、少なくとも約３００倍以上のいずれかのＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的であるネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）がもたらされる。特定の実施形態において、本明細書に提供される方法に従った、ＲＮＡワクチンの個体への投与により、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１３０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１５０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１７０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１９０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２１０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２３０％、少なくとも約２４０％、少なくとも約２５０％、少なくとも約２６０％、少なくとも約２７０％、少なくとも約２８０％、少なくとも約２９０％、少なくとも３００％以上のいずれかのＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導（例えば増加）がもたらされる。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約７０％、例えば、複数の個体の少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、または１００％のいずれかの末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約７３％の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約８６％の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）をもたらす。いくつかの実施形態において、末梢血試料中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞は、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって検出される。いくつかの実施形態において、末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導（例えば、増加）は、ＲＮＡワクチン投与前と比較して、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．２倍、少なくとも約１．３倍、少なくとも約１．４倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９倍、少なくとも約９．５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約６０倍、少なくとも約７０倍、少なくとも約８０倍、少なくとも約９０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約１１０倍、少なくとも約１２０倍、少なくとも約１３０倍、少なくとも約１４０倍、少なくとも約１５０倍、少なくとも約１６０倍、少なくとも約１７０倍、少なくとも約１８０倍、少なくとも約１９０倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約２１０倍、少なくとも約２２０倍、少なくとも約２３０倍、少なくとも約２４０倍、少なくとも約２５０倍、少なくとも約２６０倍、少なくとも約２７０倍、少なくとも約２８０倍、少なくとも約２９０倍、少なくとも約３００倍以上のいずれかのＲＮＡワクチンの投与後のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増加を含む。いくつかの実施形態において、末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導（例えば増加）は、ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１３０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１５０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１７０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１９０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２１０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２３０％、少なくとも約２４０％、少なくとも約２５０％、少なくとも約２６０％、少なくとも約２７０％、少なくとも約２８０％、少なくとも約２９０％、少なくとも３００％以上のいずれかのＲＮＡワクチンの投与後の個体の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増加をもたらす。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの投与は、１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす。炎症性サイトカインの例としては、ＩＦＮγ（すなわち、ＩＦＮｇ）、ＩＦＮα（すなわち、ＩＦＮａ）、ＩＬ－１２またはＩＬ－６が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法による個体へのＲＮＡワクチンの投与は、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、個体の末梢血（例えば血漿）中の１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２および／またはＩＬ－６）のレベルの上昇をもたらす。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後の、１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２および／またはＩＬ－６）のレベルの上昇は、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２および／またはＩＬ－６）のレベルと比較して、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９倍、少なくとも約９．５倍、少なくとも約１０倍以上のいずれかの上昇である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを投与した後の、１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２、および／またはＩＬ－６）のレベルの上昇は、ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２、および／またはＩＬ－６）の上昇と比較して、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約６０倍、少なくとも約７０倍、少なくとも約８０倍、少なくとも約９０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約１１０倍、少なくとも約１２０倍、少なくとも約１３０倍、少なくとも約１４０倍、少なくとも約１５０倍、少なくとも約１６０倍、少なくとも約１７０倍、少なくとも約１８０倍、少なくとも約１９０倍、少なくとも約２００倍、少なくとも約２１０倍、少なくとも約２２０倍、少なくとも約２３０倍、少なくとも約２４０倍、少なくとも約２５０倍、少なくとも約２６０倍、少なくとも約２７０倍、少なくとも約２８０倍、少なくとも約２９０倍、少なくとも約３００倍以上のいずれかの上昇である。いくつかの実施形態において、１つ以上の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２、および／またはＩＬ－６）のレベルの上昇は、ＲＮＡワクチンの投与後約４時間、約５じかん、または約６時間以上いずれかにおいて個体の末梢血（例えば血漿）中に存在する。末梢血（例えば、血漿）中の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２および／またはＩＬ－６）のレベルは、ＥＬＩＳＡ、アプタマーベースのアッセイ、ウェスタンブロッティング、および質量分析等のイムノアッセイを含む、当技術分野で公知の任意の適切な方法を使用して定量することができる。いくつかの実施形態において、末梢血（例えば、血漿）中における炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２および／またはＩＬ－６）のレベルが、ＥＬＩＳＡアッセイを使用して定量される。
個体における腫瘍にネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法も本明細書で提供される。特定の実施形態において、方法は、個体に有効量のＲＮＡワクチンを投与する皇帝を含み、ここで、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されたネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のいずれかに特異的である。ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の個体における腫瘍への輸送は、例えば、Ｃｏｗｅｌｌ ＬＧ（２０１９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，１４５７．２０１９に記載されているように、当技術分野で公知の任意の方法によって測定され得る。例えば、腫瘍から採取した試料中のＴ細胞受容体を配列決定して、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的なＴ細胞受容体の頻度を同定および測定することができる。
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、メモリー表現型（例えば、ネオエピトープ特異的Ｔ細胞はＣＤ８＋メモリーＴ細胞である）を有する。いくつかの実施形態において、メモリー表現型を有するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＣＤ４５ＲＯポジティブおよびＣＣＲ７ネガティブである。特定の実施形態において、メモリー表現型を有するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、エフェクターメモリーＴ細胞（すなわちＴｅｍ）である。特定の実施形態において、ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー表現型は、当技術分野で公知の任意のマーカーを使用して決定し得る。メモリー表現型（例えば、ＣＤ４５ＲＯポジティブおよびＣＣＲ７ネガティブ）は、免疫組織化学、蛍光活性化細胞選別およびフローサイトメトリー等の当技術分野で公知の任意の方法を使用して決定され得る。
いくつかの本明細書に提供する方法の実施形態において、個体は、低～中程度の突然変異負荷を有する腫瘍を有する。特定の実施形態において、腫瘍の変異負荷は、腫瘍における体細胞変異を定量することによって決定される。特定の実施形態において、個体は、３００以下の体細胞変異（例えば、３００以下、２５０以下、２００以下、１５０以下、１００以下、５０以下、２５以下、１０以下、５以下または１つの体細胞変異のいずれか）を有する腫瘍を有する。特定の実施形態において、個体は、少なくとも約１００（例えば、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、またはそれ以上のいずれか）の体細胞変異を有する腫瘍を有する。特定の実施形態において、個体は、最大１０００の体細胞変異（例えば、１以上、１０以上、２０以上、４０以上、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、６００以上、７００以上、８００以上、９００以上、または１０００以上のいずれかの体細胞変異）を有する腫瘍を有する。特定の実施形態において、個体は約１００～約２０００（例えば、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、約１０００、約１１００、約１２００、約１３００、約１４００、約１５００、約１６００、約１７００、約１８００、約１９００は約２０００のいずれか）の体細胞変異を有する腫瘍を有する。特定の実施形態において、個体は、約３００～約１０００個の体細胞変異を有する腫瘍を有する。腫瘍の変異負荷は、全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）等の当技術分野で公知の任意の方法を使用して決定することができる。
本明細書に提供される方法のいくつかの実施形態において、個体は、低い腫瘍負荷を有する。特定の実施形態において、個体は、その個体における腫瘍と同じ型の腫瘍またはがんを有する個体についての腫瘍負荷の中央値の２５％以下（例えば、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、２．５％以下、１％以下のいずれか）である腫瘍負荷を有する。特定の実施形態において、個体は、その個体における腫瘍と同じ型の腫瘍またはがんを有する個体についての腫瘍負荷の中央値の５０％以下（例えば、５０％以下、４５％以下、４０％以下、３５％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、２．５％以下または１％以下のいずれか）である腫瘍負荷を有する。個体における腫瘍量は、当技術分野で公知の任意の方法、例えば、Ｃａｉら（２０１８）Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，４（１）：１８－２８；Ｎｉｓｈｉｎｏ Ｍ（２０１８）ＡＳＣＯ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｂｏｏｋ，２８：１０１９－２９およびＡｋｂａｒら、（２０１９）Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ，９：１４０９９．に記載されているような方法を用いて測定され得る。例えば、腫瘍負荷は、腫瘍直径（例えば、最大腫瘍直径および／または組み合わせ腫瘍直径）を定量化し、腫瘍体積を定量化し、転移の数を定量化することによって測定し得る。特定の実施形態において、個体における腫瘍負荷は、手動で（例えば、臨床医および／または放射線科医によって）または自動で（例えば、計算手法を用いて）測定される。本明細書で使用される場合、個体における腫瘍負荷はまた、個体における腫瘍負荷を指す。
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、腫瘍はＰＤ－Ｌ１発現が低いかまたはネガティブである。一定の実施形態において、腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞の約５％未満（例えば、約５％未満、約４．５％未満、約４％未満、約３．５％未満、約３％未満、約２．５％未満、約２％未満、約１．５％未満、約１％未満、約０．５％未満、または約０．２５％未満のいずれか）はＰＤ－Ｌ１を発現する。一定の実施形態において、腫瘍から得られた試料中の免疫細胞の約５％未満（例えば、約５％未満、約４．５％未満、約４％未満、約３．５％未満、約３％未満、約２．５％未満、約２％未満、約１．５％未満、約１％未満、約０．５％未満、または約０．２５％未満のいずれか）はＰＤ－Ｌ１を発現する。ＰＤ－Ｌ１を発現する腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞および／または免疫細胞のパーセンテージは、免疫組織化学、蛍光活性化細胞選別またはフローサイトメトリー等の当技術分野で公知の任意の方法に従って決定することができる。特定の実施形態において、腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞または免疫細胞の、ＰＤ－Ｌ１を発現するパーセンテージは、免疫組織化学を用いて決定される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１を発現する腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞および／または免疫細胞のパーセンテージは、免疫組織化学または当技術分野で公知の任意の方法に従ってＰＤ－Ｌ１の膜染色のレベルを定量することによって決定することができる。いくつかの実施形態において、腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞および／または免疫細胞の、ＰＤ－Ｌ１を発現するパーセンテージは、Ｖｅｎｔａｎａ ＳＰ１４２アッセイを用いて決定される。
ＲＮＡワクチンおよびＰＤ－１軸アンタゴニストの投与
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、約１５μｇ～約１００μｇ（例えば、約１５μｇ、約２０μｇ、約２５μｇ、約３０μｇ、約３５μｇ、約４０μｇ、約４５μｇ、約５０μｇ、約５５μｇ、約６０μｇ、約６５μｇ、約７０μｇ、約７５μｇ、約８０μｇ、約８５μｇ、約９０μｇ、約９５μｇまたは約１００μｇのいずれか）の用量で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、個体へ静脈内投与される。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、７日または１週間の間隔で個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１４日または２週間の間隔で個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１２週間は８４日間の間隔で個体に投与される。
本明細書で提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは４回の２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンがサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル４の１日目に個体に投与される。
本明細書で提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは２１日間サイクルで個体に投与され、ＲＮＡワクチンがサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書中で提供する方法は、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日ごとにＲＮＡワクチンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、２１日間サイクルで個体に投与し、ＲＮＡワクチンは、サイクル２の１、８および１５日目ならびにサイクル３の１および１５日目ならびにサイクル７の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態において、本明細書中で提供する方法は、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日ごとにＲＮＡワクチンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１または２週間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２４週間の間隔で維持段階中に個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、７または１４日間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１６８日間の間隔で維持段階中に個体に投与される。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、４回の２１日間サイクルで誘導段階中に個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の第１、８、および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル４の１日目に誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、維持段階中にサイクル５の１日目のおよびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、誘導段階中に、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８、および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目に個体に投与され、維持段階中、ＲＮＡワクチンは、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、誘導段階は、ＲＮＡワクチンの最大９回の投与を含む。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、誘導段階中に、ＲＮＡワクチンは、サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル７の１日目に個体に投与され、維持段階中、ＲＮＡワクチンは、サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態において、誘導段階は、最大９回のＲＮＡワクチンの投与を含む。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
特定の実施形態において、維持段階は、個体による疾患進行または治療からの離脱まで継続される。
特定の実施形態において、個体は、少なくとも３用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、個体は、少なくとも６用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、個体は、少なくとも９用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、個体は、約３用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、個体は、約６用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、個体は、約９用量のＲＮＡワクチンが投与される。特定の実施形態において、誘導段階は、最大９回のＲＮＡワクチンの投与を含む。特定の実施形態において、個体は、９回未満のＲＮＡワクチンが投与される。
本明細書で提供する方法のいずれかのいくつかの実施形態において、方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、個体に静脈内投与する。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。特定の実施形態において、抗ＰＤ－１抗体はニボルマブまたはペムブロリズマブである。
本明細書で提供する方法の特定の実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。特定の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。特定の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はアベルマブまたはデュルバルマブである。特定の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、以下を含む：（ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｈ１、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－２、およびＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、（ｂ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ１、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ２、およびＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ３を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む。特定の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。特定の実施形態にお知恵、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、アテゾリズマブである。特定の実施形態において、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、個体に、約１２００ｍｇの用量で投与される。
特定の実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日間または３週間の間隔で（例えば２１日サイクルの１日目に）個体に投与する。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、アテゾリズマブであり、ここで、アテゾリズマブは、２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、アテゾリズマブは、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、および１２のそれぞれの１日目に投与される。いくつかの実施形態において、アテゾリズマブは、サイクル１３の１日目およびその後３週間または２１日ごとにさらに投与される。いくつかの実施形態において、アテゾリズマブの投与は、個体における疾患進行の発生まで継続される。
本明細書に提供する方法いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、アテゾリズマブは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に２１日サイクルで個体に投与され、ここで、誘導段階中に、アテゾリズマブは、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれ１日目に投与され、誘導段階後の維持段階中、アテゾリズマブは、サイクル１３の１日目およびその後３週間または２１日に１回、投与される。いくつかの実施形態において、維持段階は、個体における腫瘍進行の発生まで継続される。
いくつかの実施形態において、疾患進行が、固形腫瘍応答評価基準バージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１）に従って評価される。
投与に対する応答
腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法、個体において腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法、および／または本明細書で提供される治療方法（例えば、下記の第ＶＩＩ節を参照されたい）のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体において完全奏効（ＣＲ）をもたらす。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、個体において完全奏効（ＣＲ）をもたらす。特定の実施形態において、完全奏効または部分奏効は、固形腫瘍応答評価基準バージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１）または免疫改変ＲＥＣＩＳＴに従って評価される。特定の実施形態において、完全または部分応答は、ベースラインからＲＮＡワクチンの最後の投与、別の全身性抗がん治療の開始、疾患進行、または死亡まで評価される。
本明細書に提供する方法の特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、少なくとも約４％（例えば、少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも９０％またはそれ以上のいずれか）の複数の個体における完全奏効または部分奏効をもたらす。
特定の実施形態において、完全奏効または部分奏効が約６ヶ月以上持続する（例えば、約６ヶ月以上、約７ヶ月以上、約８ヶ月以上、約９ヶ月以上、約１０ヶ月以上、約１１ヶ月以上、約１２ヶ月以上、約１４ヶ月以上、約１５ヶ月以上、約２０ヶ月以上、約２４ヶ月以上、約３０ヶ月以上、約３６ヶ月以上、約４２ヶ月以上、約４８ヶ月以上、約５４ヶ月以上、または約６０ヶ月以上のいずれか）。特定の実施形態において、完全奏効が約１０ヶ月以上持続する。
特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、少なくとも約２０％（例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％）の複数の個体における安定疾患をもたらす。特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約４２％が安定した疾患を有することをもたらす。特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、複数の個体の少なくとも約４９％が安定疾患を有することをもたらす。
いくつかの実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、個体の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも６０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のいずれか）が、ＲＮＡ－ワクチン誘導性ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答（例えば、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的な少なくとも約１％（例えば、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、またはそれ以上）のＣＤ８＋Ｔ細胞を含有する、または、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されるネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である）を有することをもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、個体の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも６１％、少なくとも６２％、少なくとも６３％、少なくとも６４％、少なくとも６５％、少なくとも６６％、少なくとも６７％、少なくとも６８％、少なくとも６９％、少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のいずれか）が、ＲＮＡ－ワクチン誘導性ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答（例えば、ＲＮＡワクチンの投与後に個体から得られる末梢血試料が、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的な少なくとも約１％～約６％のＣＤ８＋Ｔ細胞を含むか、または、ＲＮＡワクチンの投与後に腫瘍に輸送されるネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＲＮＡワクチンの１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされるネオエピトープの少なくとも１つに特異的である）を有することをもたらす。特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、個体の約７７％がＲＮＡワクチン誘導ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を有する安定疾患を有することをもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、個体の約８７％がＲＮＡワクチン誘導ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を有することをもたらす。ＲＮＡ－ワクチン誘導性ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、例えば、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ、Ｔ細胞受容体配列決定またはＭＨＣ多量体分析を使用してアッセイすることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約７０％、例えば、複数の個体の少なくとも７０％、少なくとも７１％、少なくとも７２％、少なくとも７３％、少なくとも７４％、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のいずれかの末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約７３％の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約８６％の末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらす。ＲＮＡ－ワクチン誘導性ネオ抗原特異的ＣＤ８＋および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、例えば、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ、Ｔ細胞受容体配列決定またはＭＨＣ多量体分析を使用してアッセイすることができる。いくつかの実施形態において、末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞は、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって検出される。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与は、投与されたＲＮＡワクチンの各用量で炎症促進性サイトカインの放出をもたらす。
いくつかの実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、ＲＮＡワクチンを投与されていない腫瘍を有する複数の個体と比較して、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加（例えば、ＰＦＳの平均値または中央値の増加）をもたらす。いくつかの実施形態において、ＰＦＳは、日、週、月、または年単位で測定される。特定の実施形態において、ＰＦＳは、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って決定される。特定の実施形態において、腫瘍を有する複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与は、ＲＮＡワクチンを投与されていない腫瘍を有する複数の個体と比較して、全生存の増加（例えば、ＯＳの平均値または中央値の増加）をもたらす。特定の実施形態において、全生存は、日、週、月、または年単位で測定される。特定の実施形態において、全生存は、ＲＮＡワクチンの投与後の特定の時点、例えば数日、数週間、数ヶ月または数年で生存している個体のパーセンテージを指す。
特定の実施形態において、治療は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む治療と比較して、個体の無増悪生存（ＰＦＳ）および／または全生存（ＯＳ）を延長する。いくつかの実施形態において、治療は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む治療と比較して全奏効率（ＯＲＲ）を改善する。いくつかの実施形態において、ＯＲＲは、完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）を伴う患者の割合を指す。いくつかの実施形態において、治療は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む治療と比較して、個体における応答期間（ＤＯＲ）を延長する。いくつかの実施形態において、治療は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む治療と比較して、個体における健康に関連した生活の質（ＨＲＱｏＬ）スコアを改善する。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法によるＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約２％（例えば、複数の個体の少なくとも約２％、少なくとも約３％、少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約６％、少なくとも約７％、少なくとも約８％、少なくとも約９％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は尿路上皮腫瘍（例えばチェックポイント阻害剤で以前に治療されていない）であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約１０％（例えば、複数の個体の少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は腎腫瘍（例えばチェックポイント阻害剤で以前に治療されていない）であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約２２％（例えば、複数の個体の少なくとも約２２％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍は黒色腫腫瘍（例えばチェックポイント阻害剤で以前に治療されていない）であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約３０％（例えば、複数の個体の少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍はＴＮＢＣ腫瘍（例えばチェックポイント阻害剤で以前に治療されていない）であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約４％（例えば、複数の個体の少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約６％、少なくとも約７％、少なくとも約８％、少なくとも約９％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。いくつかの実施形態において、腫瘍はＮＳＣＬＣ腫瘍（例えばチェックポイント阻害剤で以前に治療されていない）であり、ＲＮＡワクチンの複数の個体への投与は、複数の個体の少なくとも約１０％（例えば、複数の個体の少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％または１００％のいずれか）における客観的奏効をもたらす。客観的奏効は、Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ）ｖ１．１評価基準による、個体における完全奏効または部分奏効の発生を指す（例えば、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら（２００９）Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，４５：２２８－４７．を参照のこと）。
腫瘍を有する個体
本明細書に提供される方法の特定の実施形態において、個体は、ヒトである。
本明細書において提供する方法のいくつかの実施形態において、個体は局所進行性、再発性または転移性の不治悪性腫瘍を有する。いくつかの実施形態において、個体は、局所進行性もしくは転移性の固形腫瘍を有するか、または１つ以上の転移性再発を有する。特定の実施形態において、腫瘍または悪性腫瘍は、ＲＮＡワクチンの投与前の少なくとも１つの標準治療後に進行している。特定の実施形態において、標準治療は、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体にとって無効、忍容できない、または不適切であることが証明されている。特定の実施形態において、個体は、ＲＮＡワクチンの投与前に、０、または１の米国東海岸癌臨床試験グループ（ＥＣＯＧ：Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ）パフォーマンスステータスを有する。特定の実施形態において、個体は、ＲＮＡワクチンの投与前にＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による測定可能な疾患を有する。
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）腫瘍、膀胱腫瘍、腎腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、乳房腫瘍、黒色腫腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、胃腫瘍、肝臓腫瘍、または結腸直腸腫瘍である。いくつかの実施形態において、腫瘍は乳癌腫瘍であり、乳癌腫瘍は、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）腫瘍である。本明細書において提供する方法のいくつかの実施形態において、腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）腫瘍、膀胱腫瘍、腎腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、乳房腫瘍、黒色腫腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、胃腫瘍、肝臓腫瘍、尿路上皮腫瘍、結腸腫瘍、腎臓腫瘍、子宮頸部腫瘍、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）腫瘍、子宮内膜腫瘍、軟部組織肉腫腫瘍、食道腫瘍、食道胃接合部、骨肉腫腫瘍、甲状腺腫瘍または結腸直腸腫瘍である。
本明細書において提供する方法のいくつかの実施形態において、前記ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は１つ以上のがん治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は１つ以上のがん治療または３～５のがん治療で治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は約１～約２０（例えば、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０以上）のがん治療により治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は少なくとも１つのがん治療で治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は少なくとも約３つのがん治療で治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は少なくとも約５つのがん治療で治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は少なくとも３つから５つのがん治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は約１～約１７の間（例えば、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７のいずれか）または約１～約９の間（例えば、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９のいずれか）のがん治療により治療されている。全身がん療法の例としては、化学療法、ホルモン治療、放射線治療、標的治療、免疫療法、または例えばＰａｌｕｍｂｏら（２０１３）Ｆｒｏｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，４：５７に記載されているような他の治療が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書において提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は免疫療法で治療されている。本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１治療、抗ＰＤ－１治療、抗ＣＴＬＡ４治療、またはそれらの任意の組合せ）で治療されている。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１治療、抗ＰＤ－１治療、抗ＣＴＬＡ４治療、またはそれらの任意の組合せ）で治療されている。
本明細書において提供する方法のいくつかの実施形態において、腫瘍はＮＳＣＬＣ腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されている。特定の実施形態において、腫瘍はＮＳＣＬＣ腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。
特定の実施形態において、腫瘍はＴＮＢＣ腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されている。特定の実施形態において、腫瘍はＴＮＢＣ腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。本明細書で使用される場合、ＴＮＢＣ腫瘍は、乳房のエストロゲン受容体（ＥＲ）ネガティブ、プロゲステロン受容体ネガティブ、およびヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）ネガティブ腺癌を指す。
特定の実施形態において、腫瘍は結腸直腸がん腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されている。特定の実施形態において、腫瘍は結腸直腸がん腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。
特定の実施形態において、腫瘍は頭頸部扁平上皮癌腫であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されている。特定の実施形態において、腫瘍は頭頸部扁平上皮癌腫であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。
特定の実施形態において、腫瘍は尿路上皮癌腫腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されていない。特定の実施形態において、腫瘍は尿路上皮癌腫腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。
特定の実施形態において、腫瘍は腎細胞癌腫であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されてい内。特定の実施形態において、腫瘍は腎細胞癌腫であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で治療されている。
特定の実施形態において、腫瘍は黒色種腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されていない。特定の実施形態において、腫瘍は黒色種腫瘍であり、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されている。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は免疫調節剤、例えばトール様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）／トリプトファン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）の阻害剤、またはＯＸ４０のアゴニストが投与されている。
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態において、個体は、臨床的に有意な肝疾患を有さない。特定の実施形態において、個体は、ＲＮＡワクチンの投与前に脾臓摘出を受けていない。特定の実施形態において、個体は、原発性免疫不全、細胞性免疫不全（例えば、ＤｉＧｅｏｒｇｅ症候群、Ｔ－ネガティブ重症複合免疫不全症［ＳＣＩＤ］）またはＴ－細胞およびＢ－細胞の複合免疫不全（例えば、Ｔ－およびＢ－ネガティブＳＣＩＤ、Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ症候群、毛細血管拡張性運動失調症、一般的可変免疫不全）を有さない。一定の実施形態において、個体は、原発性中枢神経系（ＣＮＳ）悪性腫瘍、未治療ＣＮＳ転移または活動性ＣＮＳ転移を有さない。特定の実施形態において、個体は、軟膜疾患を有さない。特定の実施形態において、個体は、自己免疫疾患を有さない。特定の実施形態において、個体は、特発性肺線維症、肺臓炎、器質化肺炎、または胸部コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンのスクリーニングでの活動性肺臓炎の証拠；ヒト免疫不全ウイルス感染；活動性Ｂ型肝炎またはＣ型肝炎；活動性または潜伏性結核感染；または重度の感染症を有さない。特定の実施形態において、個体は、同種骨髄移植または固形臓器移植を受けたことがない。
ＩＩＩ．ＲＮＡワクチン
本開示の特定の局面は、個別化がんワクチン（ＰＣＶ）に関する。いくつかの実施形態において、ＰＣＶはＲＮＡワクチンである。例示的なＲＮＡワクチンの特徴を以下に記載する。いくつかの実施形態において、本開示は、以下に記載される１種以上のＲＮＡワクチンの特徴／配列を含むＲＮＡポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡポリヌクレオチドは一本鎖ｍＲＮＡポリヌクレオチドである。他の実施形態において、本開示は、以下に記載される１つ以上のＲＮＡワクチンの特徴／配列を含むＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを提供する。
個別化がんワクチンは、潜在的な免疫刺激活性を有すると同定された個別化ネオ抗原（すなわち、患者のがんにおいて特異的に発現される腫瘍関連抗原（ＴＡＡ））を含む。本明細書に記載の実施形態において、ＰＣＶは核酸、例えばメッセンジャーＲＮＡである。したがって、理論に拘束されることを望むものではないが、投与されると、個別化がんワクチンは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって取り込まれ、翻訳され、発現されたタンパク質は、ＡＰＣの表面上の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子を介して提示されると考えられる。これは、ＴＡＡを発現するがん細胞に対する細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）およびメモリーＴ細胞依存性免疫応答の両方の誘導をもたらす。
ＰＣＶは、典型的には、複数のネオ抗原エピトープ（「ネオエピトープ」）、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２８、２９もしくは３０のネオエピトープまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２８、２９、または３０のネオエピトープを含み、任意に個々のネオエピトープ間にリンカー配列を有する。いくつかの実施形態において、本明細書で使用されるネオエピトープは、患者のがんに特異的であるが、患者の正常細胞には見られない新規エピトープを指す。いくつかの実施形態において、ネオエピトープは、ＭＨＣに結合した場合にＴ細胞に提示される。いくつかの実施形態において、ＰＣＶは、５’ｍＲＮＡキャップ類縁体、５’ＵＴＲ、シグナル配列、抗原発現を促進するドメイン、３’ＵＴＲ、および／またはポリＡ尾部も含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する少なくとも５のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する５～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する５～１０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、本開示のＲＮＡワクチンの製造は多段階プロセスであり、それによって患者の腫瘍における体細胞変異が次世代シーケンシング（ＮＧＳ）によって同定され、免疫原性ネオ抗原エピトープ（または「ネオエピトープ」）が予測される。選択されたネオエピトープを標的とするＲＮＡがんワクチンは、患者ごとに製造される。いくつかの実施形態において、ワクチンは、患者の腫瘍に特異的な最大１０個のネオエピトープ（合計で最大２０個のネオエピトープ）をそれぞれコードする最大２個のメッセンジャーＲＮＡ分子からなるＲＮＡベースのがんワクチンである。
いくつかの実施形態において、発現された非同義変異は、腫瘍ＤＮＡおよび末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）ＤＮＡの全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）（患者由来の健康な組織の供給源として）ならびに腫瘍ＲＮＡシーケンシング（発現を評価するため）によって同定される。得られた変異タンパク質のリストから、個々の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対する予測エピトープの結合親和性、および関連ＲＮＡの発現レベルを含む複数の因子に基づいて、それらの可能性のある免疫原性をランク付けするバイオインフォマティクスワークフローを使用して、潜在的ネオ抗原を予測する。突然変異の発見、優先順位付け、および確認プロセスは、健康な組織におけるそれぞれの野生型遺伝子の発現レベルに関する包括的な情報を提供するデータベースによって補完される。この情報は、好ましくないリスクプロファイルを有する対象候補を除去することによって、個人向けリスク軽減戦略の開発を可能にする。重要な器官における可能性のあるより高い自己免疫リスクを有するタンパク質に生じる変異は除外され、ワクチン産生のために考慮されない。いくつかの実施形態において、個々の患者についてそれぞれＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発すると予測される最大２０のＭＨＣＩおよびＭＨＣＩＩネオエピトープが、ワクチンへの包含のために選択される。複数のネオエピトープに対するワクチン接種は、ＰＣＶに対する全体的な免疫応答の幅および規模を増加させると予想され、腫瘍が有効な免疫応答の選択圧に曝露された場合に起こり得る免疫回避のリスクを軽減するのに役立ち得る（Ｔｒａｎ Ｅ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｌｕ ＹＣらＮ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１６；３７５：２２５５－６２；Ｖｅｒｄｅｇａａｌ ＥＭ，ｄｅ Ｍｉｒａｎｄａ ＮＦ，Ｖｉｓｓｅｒ ＭらＮａｔｕｒｅ ２０１６；５３６：９１－５）。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、アミノ酸リンカーをコードする１種以上のポリヌクレオチド配列を含む。例えば、アミノ酸リンカーは、２つの腫瘍特異的ネオエピトープ配列の間、腫瘍特異的ネオエピトープ配列と融合タンパク質タグ（例えば、ＭＨＣ複合体ポリペプチドに由来する配列を含む）の間、または分泌シグナルペプチドと腫瘍特異的ネオエピトープ配列の間で使用することができる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは複数のリンカーをコードする。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する５～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含み、各エピトープをコードするポリヌクレオチドは、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドによって分離されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する５～１０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含み、各エピトープをコードするポリヌクレオチドは、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドによって分離されている。幾つかの実施形態において、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドはまた、Ｎ末端融合タグ（例えば、分泌シグナルペプチド）をコードするポリヌクレオチドとネオエピトープのうちの１つをコードするポリヌクレオチドとの間、および／またはネオエピトープのうちの１つをコードするポリヌクレオチドとＣ末端融合タグ（例えば、ＭＨＣポリペプチドの一部を含む）をコードするポリヌクレオチドとの間に存在する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンによってコードされる２つ以上のリンカーは、異なる配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、複数のリンカーをコードし、その全てが同じアミノ酸配列を共有する。
様々なリンカー配列が当技術分野で公知である。いくつかの実施形態において、リンカーは可動性リンカーである。いくつかの実施形態において、リンカーは、Ｇ、Ｓ、Ａおよび／またはＴ残基を含む。いくつかの実施形態において、リンカーはグリシン残基およびセリン残基からなる。いくつかの実施形態において、リンカーは、約５～約２０アミノ酸長または約５～約１２アミノ酸長、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９または約２０アミノ酸長である。いくつかの実施形態において、リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンのリンカーは、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンのリンカーは、配列ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３８）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは５’キャップを含む。基本的なｍＲＮＡキャップ構造は、２つのヌクレオシド（例えば、２つのグアニン）と遠位グアニン上の７－メチル基、すなわち、ｍ７ＧｐｐｐＧとの間に５’－５’三リン酸結合を含むことが知られている。例示的なキャップ構造は、例えば、米国特許第８，１５３，７７３号および同第９，２９５，７１７号、ならびにＫｕｈｎ，Ａ．Ｎ．ら（２０１０）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７：９６１－９７１に見ることができる。いくつかの実施形態において、５’キャップは、構造ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐｓｐＧを有する。いくつかの実施形態において、５’キャップはベータ－Ｓ－ＡＲＣＡキャップである。Ｓ－ＡＲＣＡキャップ構造は、（例えば、ｍ７ＧのＣ２’位に）２’－Ｏメチル置換およびリン酸基の１種以上にＳ置換を含む。いくつかの実施形態において、５’キャップは、以下：
Figure 2023512654000004
の構造を含む。
いくつかの実施形態において、５’キャップは、β－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ１ジアステレオ異性体（例えば、米国特許第９，２９５，７１７号を参照）である。上記構造中の＊は、２つのジアステレオ異性体（Ｄ１およびＤ２と命名）中に存在することができるステレオジェニックＰ中心を示す。ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡまたはベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ１ジアステレオマー（Ｄ１）は、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ２ジアステレオマー（ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ２））と比較してＨＰＬＣカラムで最初に溶出し、したがってより短い保持時間を示すβ－Ｓ－ＡＲＣＡのジアステレオマーである。ＨＰＬＣは、好ましくは分析ＨＰＬＣである。一実施形態において、好ましくは以下のフォーマット：５μｍ、４．６×２５０ｍｍのフォーマットのＳｕｐｅｌｃｏｓｉｌ ＬＣ－１８－Ｔ ＲＰカラムを用いることにより、流速１．３ｍｌ／分を適用することができる。一実施形態において、１５分以内の酢酸アンモニウム中のメタノールの勾配、例えば０．０５Ｍ酢酸アンモニウム中のメタノールの０～２５％の直線勾配（ｐＨ＝５．９）が使用される。ＵＶ検出（ＶＷＤ）は２６０ｎｍで行うことができ、蛍光検出（ＦＬＤ）は２８０ｎｍでの励起および３３７ｎｍの検出で行うことができる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは５’ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡ中のタンパク質コード配列に対して５’に見出される特定の非翻訳配列は、翻訳効率を高めることが示されている。例えばＫｏｚａｋ，Ｍ．（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９４７－９５０を参照されたい。いくつかの実施形態において、５’ＵＴＲは、ヒトアルファグロビンｍＲＮＡからの配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）の５’ＵＴＲ配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲ配列は、配列ＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２４）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲは、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲ配列は、配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２２）を含むＤＮＡによってコードされる。
本明細書において提供される方法のいくつかの実施形態において、例示的ＲＮＡワクチンの定常領域は、配列番号４２のリボヌクレオチド配列（５’→３’）を含む。最初の２つのＧ残基間の結合は、５’キャップ構造について表１および図３に示されるような異常な結合（５’→５’）－ｐｐｓｐ－である。「Ｎ」は、（任意のリンカーによって分離された）１つ以上の（例えば、１～２０の）ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列の位置を指す。腫瘍特異的配列（Ｃ１３１～Ａ１３２；太字テキストでマークする）の挿入部位を太字で示す。例示的なＲＮＡ配列中の修飾塩基および一般的でない連結については表１を参照されたい。
Figure 2023512654000005
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む。当技術分野で公知のように、分泌シグナルペプチドは、翻訳時にポリペプチドを小胞体から分泌経路に輸送するように指示するアミノ酸配列である。いくつかの実施形態において、シグナルペプチドは、ＭＨＣポリペプチド等のヒトポリペプチドに由来する。例えば、ヒト樹状細胞におけるＭＨＣクラスＩおよびＩＩエピトープのプロセシングおよび提示を改善する例示的な分泌シグナルペプチドを記載するＫｒｅｉｔｅｒ，Ｓ．ら（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８０：３０９－３１８を参照されたい。いくつかの実施形態において、翻訳時に、シグナルペプチドは、ＲＮＡワクチンによってコードされる１種以上のネオエピトープ配列（複数可）に対してＮ末端にある。いくつかの実施形態において、分泌シグナルペプチドは、配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの分泌シグナルペプチドは、ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの分泌シグナルペプチドは、配列ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２６）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、膜貫通ドメインおよび／または細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、膜貫通ドメインおよび／または細胞質ドメインは、ＭＨＣ分子の膜貫通／細胞質ドメインに由来する。「主要組織適合遺伝子複合体」という用語および略語「ＭＨＣ」は、全ての脊椎動物で生じる遺伝子の複合体に関する。正常な免疫応答におけるリンパ球と抗原提示細胞との間のシグナル伝達におけるＭＨＣタンパク質または分子の機能は、それらがペプチドに結合し、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による可能な認識のためにそれらを提示することを含む。ＭＨＣ分子は、細胞内プロセシング区画内のペプチドに結合し、抗原提示細胞の表面上のこれらのペプチドをＴ細胞に提示する。ＨＬＡとも呼ばれるヒトＭＨＣ領域は、６番染色体上に位置し、クラスＩ領域およびクラスＩＩ領域を含む。クラスＩアルファ鎖は、約４４ｋＤａの分子量を有する糖タンパク質である。ポリペプチド鎖は、３５０アミノ酸残基を幾分超える長さを有する。これは、３つの機能的領域、すなわち外部、膜貫通および細胞質領域に分けることができる。外部領域は、２８３アミノ酸残基の長さを有し、アルファ１、アルファ２およびアルファ３の３つのドメインに分けられる。ドメインおよび領域は、通常、クラスＩ遺伝子の別個のエクソンによってコードされる。膜貫通領域は、原形質膜の脂質二重層に及ぶ。これは、通常、アルファヘリックスに配置された２３個の疎水性アミノ酸残基からなる。細胞質領域、すなわち細胞質に面し、膜貫通領域に接続している部分は、典型的には３２アミノ酸残基の長さを有し、細胞骨格の要素と相互作用することができる。アルファ鎖は、ベータ２－ミクログロブリンと相互作用し、したがって、細胞表面上にアルファ－ベータ２二量体を形成する。「ＭＨＣクラスＩＩ」または「クラスＩＩ」という用語は、主要組織適合遺伝子複合体クラスＩＩタンパク質または遺伝子に関する。ヒトＭＨＣクラスＩＩ領域内には、クラスＩＩα鎖遺伝子およびβ鎖遺伝子のＤＰ、ＤＱおよびＤＲサブ領域がある（すなわち、ＤＰα、ＤＰβ、ＤＱα、ＤＱβ、ＤＲαおよびＤＲβ）。クラスＩＩ分子は、それぞれアルファ鎖およびベータ鎖からなるヘテロ二量体である。両方の鎖は、３１～３４ｋＤａ（ａ）または２６～２９ｋＤＡ（ベータ）の分子量を有する糖タンパク質である。アルファ鎖の全長は２２９～２３３アミノ酸残基まで変動し、ベータ鎖の全長は２２５～２３８残基まで変動する。アルファ鎖およびベータ鎖はいずれも、外部領域、接続ペプチド、膜貫通領域および細胞質尾部からなる。外部領域は、２つのドメイン、アルファ１およびアルファ２、またはベータ１およびベータ２からなる。接続ペプチドは、それぞれアルファ鎖およびベータ鎖の９残基長である。これは、アルファ鎖およびベータ鎖の両方において２３アミノ酸残基からなる膜貫通領域に二つのドメインを接続する。細胞質領域、すなわち細胞質に面し、膜貫通領域に接続している部分の長さは、アルファ鎖では３～１６残基、ベータ鎖では８～２０残基で変化する。例示的な膜貫通／細胞質ドメイン配列は、米国特許第８，１７８，６５３号および同第８，６３７，００６号に記載されている。いくつかの実施形態において、翻訳時に、膜貫通および／または細胞質ドメインは、ＲＮＡワクチンによってコードされる１種以上のネオエピトープ配列（複数可）のＣ末端にある。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンによってコードされるＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび／または細胞質ドメインは、配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通および／または細胞質ドメインは、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通および／または細胞質ドメインは、配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２９）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１種以上のネオエピトープ配列に対してＮ末端である分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、１種以上ネオエピトープ配列（複数可）に対してＣ末端である膜貫通ドメインおよび／または細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチド配列の両方を含む。そのような配列を組み合わせることにより、ヒト樹状細胞におけるＭＨＣクラスＩおよびＩＩエピトープのプロセシングおよび提示が改善されることが示されている。例えば、Ｋｒｅｉｔｅｒ，Ｓ．ら（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８０：３０９－３１８を参照されたい。
骨髄ＤＣでは、ＲＮＡは再王室に放出され、ポリ－ネオエピトープペプチドに翻訳される。ポリペプチドは、抗原提示を増強するための追加の配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドのＮ－末端のＭＨＣＩ重鎖からのシグナル配列（ｓｅｃ）を使用して、新生分子を小胞体に標的化し、これはＭＨＣＩ提示効率を高めることが示されている。理論に拘束されることを望むものではないが、ＭＨＣＩ重鎖の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインは、ＭＨＣＩＩ提示を改善することが示されたエンドソーム／リソソーム区画にポリペプチドを誘導すると考えられる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは３’ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡ中の３’対タンパク質コード配列に見られる特定の非翻訳配列は、ＲＮＡ安定性、翻訳、およびタンパク質発現を改善することが示されている。３’ＵＴＲとしての使用に適したポリヌクレオチド配列は、例えば、ＰＧ公開番号、米国特許出願公開第２０１９００７１６８２号に記載されている。いくつかの実施形態において、３’ＵＴＲは、ＡＥＳの３’非翻訳領域もしくはその断片および／またはミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡを含む。「ＡＥＳ」というは、スプリットのアミノ末端エンハンサー（Ａｍｉｎｏ－Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｅｎｈａｎｃｅｒ Ｏｆ Ｓｐｌｉｔ）に関し、ＡＥＳ遺伝子を含む（例えば、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：１６６を参照）。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、タンパク質のｇｒｏｕｃｈｏ／ＴＬＥファミリーに属し、ホモオリゴマーとして、または他のファミリーメンバーと共にヘテロオロジマーとして機能して、他のファミリーメンバー遺伝子の発現を優位に抑制することができる。例示的なＡＥＳ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＮＭ＿１９８９６９で提供される。「ＭＴ＿ＲＮＲ１」という用語は、ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡに関し、ＭＴ＿ＲＮＲ１遺伝子（例えば、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：４５４９を参照）を含む。このＲＮＡ遺伝子はＭｔ＿ｒＲＮＡクラスに属する。ＭＴ－ＲＮＲ１に関連する疾患には、拘束性心筋症および聴覚神経障害が含まれる。その関連経路の中には、真核生物におけるリボソーム生合成およびＣＦＴＲ翻訳忠実度（クラスＩ変異）がある。例示的なＭＴ＿ＲＮＲ１ＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＮＣ＿０１２９２０の配列内に存在する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）および配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ（配列番号３４）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ配列番号３４）の配列およびＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）の配列を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号３２）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、その３’末端にポリ（Ａ）尾部を含む。いくつかの実施形態において、ポリ（Ａ）尾部は、５０個超または１００個超のアデニンヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ポリ（Ａ）尾部は１２０個のアデニンヌクレオチドを含む。このポリ（Ａ）尾部は、ＲＮＡ安定性および翻訳効率を高めることが実証されている（Ｈｏｌｔｋａｍｐ，Ｓら（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０８：４００９－４０１７）。いくつかの実施形態において、ポリ（Ａ）尾部を含むＲＮＡは、少なくとも５０、１００または１２０のアデニン連続ヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド配列およびＩＩＳ型制限エンドヌクレアーゼに対する認識配列を転写の５’→３’方向に含むＤＮＡ分子を転写することによって生成される。翻訳を改善する例示的なポリ（Ａ）尾部および３’ＵＴＲ配列は、例えば、米国特許第９，４７６，０５５号に見られる。
いくつかの実施形態において、本開示のＲＮＡワクチンまたは分子は、以下の一般構造（５’→３’方向）を含む：（１）５’キャップ；（２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；（３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（４）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（５）３’ＵＴＲであって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域またはその断片；および（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡまたはその断片を含む３’ＵＴＲ；ならびに（６）ポリ（Ａ）配列。いくつかの実施形態において、本開示のＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；およびポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含む。有利には、構造または配列のこの組合せおよび配向を含むＲＮＡワクチンは、ＲＮＡ安定性の改善、翻訳効率の向上、抗原提示および／またはプロセシングの改善（例えば、ＤＣによる）、ならびにタンパク質発現の増加のうちの１つ以上を特徴とする。
いくつかの実施形態において、本開示のＲＮＡワクチンまたは分子は、配列番号４２の配列（５’→３’方向）を含む。例えば、図２を参照されたい。いくつかの実施形態において、Ｎは、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１つ、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、または３０のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態において、Ｎは、１つ以上のリンカー－エピトープモジュール（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、または３０の異なるリンカー－エピトープモジュール）をコードするポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態において、Ｎは、１つ以上のリンカー－エピトープモジュール（例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、または３０の異なるリンカー－エピトープモジュール）および３’末端に追加のアミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列を指す。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列をさら含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個または２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンまたは分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、およびネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、アミノ酸リンカーおよびネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、リンカー－ネオエピトープモジュール（例えば、同じオープンリーディングフレーム内の５’→３’方向の連続配列）を形成する。いくつかの実施形態において、リンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間、または配列番号１９の配列と配列番号２０の配列との間にある。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２８個、２９個、または３０個のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態において、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個または２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個または２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンまたはＲＮＡ分子は、５個、１０個、または２０個のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態において、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、リンカー－エピトープモジュールは、同じオープンリーディングフレーム内で５’→３’方向に連続配列を形成する。いくつかの実施形態において、第１のリンカー－エピトープモジュールのリンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の３’である。いくつかの実施形態において、最後のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列の５’である。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、少なくとも８００ヌクレオチド、少なくとも１０００ヌクレオチド、または少なくとも１２００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは２０００ヌクレオチド未満の長さである。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、少なくとも８００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１０００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１２００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１４００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも８００ヌクレオチドであるが１４００ヌクレオチド未満の長さ、または少なくとも８００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さである。例えば、上記の要素を含むＲＮＡワクチンの定常領域は、およそ８００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、５つの腫瘍特異的ネオエピトープ（例えば、それぞれが２７個のアミノ酸をコードする）を含むＲＮＡワクチンは、１３００ヌクレオチド長を超える。いくつかの実施形態において、１０の腫瘍特異的ネオエピトープ（例えば、それぞれが２７のアミノ酸をコードする）を含むＲＮＡワクチンは、１８００ヌクレオチド長を超える。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子またはリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ（ＲＮＡ－リポプレックス）のためのリポプレックスナノ粒子製剤を使用して、本開示のＲＮＡワクチンのＩＶ送達を可能にする。いくつかの実施形態において、合成カチオン性脂質（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）およびリン脂質１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含むＲＮＡがんワクチン用のリポプレックスナノ粒子製剤を、例えばＩＶ送達を可能にするために使用する。ＤＯＴＭＡ／ＤＯＰＥリポソーム含有物は、脾臓および他のリンパ器官における抗原提示細胞のＩＶ送達および標的化のために最適化されている。
一実施形態において、ナノ粒子は少なくとも１種の脂質を含む。一実施形態において、ナノ粒子は、少なくとも１種のカチオン性脂質を含む。カチオン性脂質は、モノカチオン性またはポリカチオン性であり得る。任意のカチオン性両親媒性分子、例えば、少なくとも１つの親水性および親油性部分を含む分子は、本発明の意味の範囲内のカチオン性脂質である。一実施形態において、正電荷は少なくとも１種のカチオン性脂質によって占められ、負電荷はＲＮＡによって占められる。一実施形態において、ナノ粒子は、少なくとも１種のヘルパー脂質を含む。ヘルパー脂質は、中性またはアニオン性脂質であり得る。ヘルパー脂質は、天然脂質、例えばリン脂質もしくは天然脂質の類縁体、または完全合成脂質、または天然脂質と類似性のない脂質様分子であり得る。一実施形態において、カチオン性脂質および／またはヘルパー脂質は、二重層形成脂質である。
一実施形態において、少なくとも１種のカチオン性脂質は、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）またはその類縁体もしくは誘導体、および／または１，２－ジオレオイル－３－トリメチルアンモニウム－プロパン（ＤＯＴＡＰ）またはその類縁体もしくは誘導体を含む。
一実施形態において、少なくとも１種のヘルパー脂質は、１，２－ジ－（９Ｚ－オクタデセノイル）－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）またはその類縁体もしくは誘導体、コレステロール（Ｃｈｏｌ）またはその類縁体もしくは誘導体、および／または１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）またはその類縁体もしくは誘導体を含む。
一実施形態において、少なくとも１種のカチオン性脂質対少なくとも１種のヘルパー脂質のモル比は、１０：０～３：７、好ましくは９：１～３：７、４：１～１：２、４：１～２：３、７：３～１：１、または２：１～１：１、好ましくは約１：１である。一実施形態において、この比において、カチオン性脂質のモル量は、カチオン性脂質のモル量にカチオン性脂質の正電荷の数を乗じたものから生じる。
一実施形態において、脂質は、当該ＲＮＡをカプセル化する小胞に含まれる。小胞は、多層小胞、単層小胞、またはそれらの混合物であり得る。小胞は、リポソームであってもよい。
本明細書に記載のナノ粒子またはリポソームを、ＲＮＡに対するカチオン性脂質の（＋／－）電荷比に応じて正電荷対負電荷を調整し、ＲＮＡとカチオン性脂質を混合することによって形成することができる。本明細書に記載のナノ粒子中のＲＮＡに対するカチオン性脂質の＋／－電荷比を、以下の式によって計算することができる。（＋／－電荷比）＝［（カチオン性脂質量（ｍｏｌ））＊（カチオン性脂質中の正電荷の総数）］：［（ＲＮＡ量（ｍｏｌ））＊（ＲＮＡ中の負電荷の総数）］。ＲＮＡ量およびカチオン性脂質量は、ナノ粒子の調製時の負荷量を考慮して当業者が容易に決定することができる。例示的なナノ粒子のさらなる説明については、例えば、ＰＧの米国特許出願公開第２０１５００８６６１２号を参照されたい。
一実施形態において、ナノ粒子またはリポソーム中の正電荷対負電荷の全電荷比（例えば、生理学的ｐＨで）は、１．４：１～１：８、好ましくは１．２：１～１：４、例えば１：１～１：３、例えば１：１．２～１：２、１：１．２～１：１．８、１：１．３～１：１．７、特に１：１．４～１：１．６、例えば約１：１．５である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子の正電荷対負電荷の全電荷比は、
Figure 2023512654000006
である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子またはリポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は、１．６：２（０．８）～１：２（０．５）または１．６：２（０．８）～１．１：２（０．５５）である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子またはリポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．３：２（０．６５）である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．０：２．０以上である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．９：２．０以下である。いくつかの実施形態において、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は、１．０：２．０以上１．９：２．０以下である。
一実施形態において、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＭＡおよびＤＯＰＥを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、さらにより好ましくは１．４：２～１．１：２、さらにより好ましくは約１．２：２である。一実施形態において、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＭＡおよびコレステロールを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、さらにより好ましくは１．４：２～１．１：２、さらにより好ましくは約１．２：２である。一実施形態において、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＡＰおよびＤＯＰＥを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、さらにより好ましくは１．４：２～１．１：２、さらにより好ましくは約１．２：２である。一実施形態において、ナノ粒子は、ＤＯＴＭＡとＤＯＰＥとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。一実施形態において、ナノ粒子は、ＤＯＴＭＡとコレステロールとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。一実施形態において、ナノ粒子は、ＤＯＴＡＰとＤＯＰＥとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＡＰ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。
一実施形態において、ナノ粒子またはリポソームのゼータ電位は、－５以下、－１０以下、－１５以下、－２０以下または－２５以下である。様々な実施形態において、ナノ粒子またはリポソームのゼータ電位は、－３５以上、－３０以上または－２５以上である。一実施形態において、ナノ粒子またはリポソームは、０ｍＶ～－５０ｍＶ、好ましくは０ｍＶ～－４０ｍＶまたは－１０ｍＶ～－３０ｍＶのゼータ電位を有する。
いくつかの実施形態において、ナノ粒子またはリポソームの多分散指数は、動的光散乱によって測定される場合、０．５以下、０．４以下、または０．３以下である。
いくつかの実施形態において、ナノ粒子またはリポソームは、動的光散乱によって測定される場合、約５０ｎｍ～約１０００ｎｍ、約１００ｎｍ～約８００ｎｍ、約２００ｎｍ～約６００ｎｍ、約２５０ｎｍ～約７００ｎｍ、または約２５０ｎｍ～約５５０ｎｍの範囲の平均径を有する。
いくつかの実施形態において、ＰＣＶを、例えばリポソーム製剤中で、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、または１００μｇの用量で静脈内投与する。いくつかの実施形態において、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇまたは１００μｇのＲＮＡが、用量あたりで送達される（すなわち、用量重量は投与されたＲＮＡの重量を反映し、投与された製剤またはリポプレックスの総重量を反映しない）。１種を超えるＰＣＶを対象に投与してもよく、例えば、対象に、ネオエピトープの組合せを有する１種のＰＣＶを投与し、ネオエピトープの異なる組合せを有する別個のＰＣＶも投与する。いくつかの実施形態において、１０個のネオエピトープを有する第１のＰＣＶを、１０個の代替エピトープを有する第２のＰＣＶと組み合わせて投与する。
いくつかの実施形態において、ＰＣＶを、脾臓に送達されるように投与する。例えば、１つ以上の抗原（例えば、腫瘍特異的ネオ抗原）が抗原提示細胞（例えば、脾臓において）に送達されるように、ＰＣＶを投与することができる。
本開示のＰＣＶまたはＲＮＡワクチンのいずれも、本明細書に記載の方法において用途を見出すことができる。例えば、いくつかの実施形態において、本開示のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、個別化がんワクチン（ＰＣＶ）、例えば上記のＲＮＡワクチンと組み合わせて投与する。
本開示のＲＮＡワクチンのいずれかをコードするＤＮＡ分子を、本明細書中にさら提供する。例えば、いくつかの実施形態において、本開示のＤＮＡ分子は、以下の一般構造（５’→３’方向）を含む：（１）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）をコードするポリヌクレオチド配列；（２）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（３）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（４）３’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド配列であって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーまたはその断片の３’非翻訳領域；および（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡまたはその断片の非コードＲＮＡを含む３’ＵＴＲ；ならびに（５）ポリ（Ａ）配列をコードするポリヌクレオチド。いくつかの実施形態において、本開示のＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号４０）およびポリヌクレオチド配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号４１）を含む。
いくつかの実施形態において、ＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、およびネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、アミノ酸リンカーおよびネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、リンカー－ネオエピトープモジュール（例えば、同じオープンリーディングフレーム内の５’→３’方向の連続配列）を形成する。いくつかの実施形態において、リンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間、または配列番号４０の配列と配列番号４１の配列との間にある。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ分子は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２８、２９、または３０のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ分子は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＤＮＡ分子は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または２０の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ分子は、５、１０、または２０のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態において、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態において、リンカー－エピトープモジュールは、同じオープンリーディングフレーム内で５’→３’方向に連続配列を形成する。いくつかの実施形態において、第１のリンカー－エピトープモジュールのリンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の３’である。いくつかの実施形態において、最後のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列の５’である。
本開示のＤＮＡ分子を転写すること（例えば、直鎖状の二本鎖ＤＮＡまたはプラスミドＤＮＡの転写によって、例えばｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって）を含む、本開示のＲＮＡワクチンのいずれかを製造する方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、該方法は、転写されたＲＮＡ分子をＤＮＡ分子から単離および／または精製する工程をさらに含む。
いくつかの実施形態において、本開示のＲＮＡまたはＤＮＡ分子は、５’ＲＮＡポリメラーゼプロモーターの制御下でＲＮＡが転写されることを可能にし、ポリアデニルカセット（ポリ（Ａ）配列）を含むＩＩＳ型制限切断部位を含み、認識配列はポリ（Ａ）配列の３’側に位置するが、切断部位は上流側に位置し、したがってポリ（Ａ）配列内に位置する。ＩＩＳ型制限切断部位での制限切断は、米国特許第９，４７６，０５５号および同第１０，１０６，８００号に記載されるように、プラスミドをポリ（Ａ）配列内で線状化することを可能にする。次いで、線状化プラスミドをｉｎ ｖｉｔｒｏ転写のための鋳型として使用することができ、得られた転写物はマスクされていないポリ（Ａ）配列で終わる。米国特許第９，４７６，０５５号および同第１０，１０６，８００号に記載されているＩＩＳ型制限切断部位のいずれかを用いてもよい。
本明細書で提供する方法のいくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０（１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のいずれか）のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子またはリポソームに製剤化される。特定の実施形態において、リポプレックスナノ粒子またはリポソームは、ＲＮＡワクチンのＲＮＡをカプセル化する多層構造を形成する１つ以上の脂質を含む。特定の実施形態において、１つ以上の脂質は、少なくとも１つのカチオン性脂質および少なくとも１つのヘルパー脂質を含む。特定の実施形態において、１つ以上の脂質は、（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）および１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む。特定の実施形態において、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．３：２（０．６５）である。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、５’→３’方向に、（１）５’キャップ；（２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；（３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（４）腫瘍標本に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；（５）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（６）３’ＵＴＲであって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域またはその断片；および（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡまたはその断片を含む３’ＵＴＲ；ならびに（７）ポリ（Ａ）配列を含むＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列を含み、ここで、アミノ酸リンカーおよび１つ以上のネオエピトープの第１のエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。特定の実施形態において、アミノ酸リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。特定の実施形態において、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む。
特定の実施形態において、ＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールをさら含み、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールは、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列と、ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列とを含み、第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にあり、第１のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープは、第２のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープとは異なる。特定の実施形態において、ＲＮＡ分子は５つのリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、５つのリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。特定の実施形態において、ＲＮＡ分子は１０のリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、１０のリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。特定の実施形態において、ＲＮＡ分子は２０のリンカー－エピトープモジュールを含み、ここで、２０のリンカー－エピトープモジュールはそれぞれ異なるネオエピトープをコードする。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列をさらに含み、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列は、３’方向において最も遠位にあるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。
特定の実施形態において、５’キャップは、以下：
Figure 2023512654000007
の構造のＤ１ジアステレオ異性体を含む。
特定の実施形態において、５’ＵＴＲは、配列ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）を含む。特定の実施形態において、５’ＵＴＲは、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む。
特定の実施形態において、分泌シグナルペプチドは、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。特定の実施形態において、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む。
特定の実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部は、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。特定の実施形態において、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む。
特定の実施形態において、ＡＥＳ ｍＲＮＡの３’非翻訳領域は、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む。特定の実施形態において、ミトコンドリアにコードされる１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。特定の実施形態において、３’ＵＴＲは、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む。
特定の実施形態において、ポリ（Ａ）配列は１２０のアデニンヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；およびポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含むＲＮＡ分子を含む。
ＩＶ．ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト
いくつかの実施形態において、本開示のＰＣＶ（例えば、ＲＮＡワクチン）を、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて投与する。
例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとしては、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤＬ１結合アンタゴニスト、およびＰＤＬ２結合アンタゴニストが挙げられる。「ＰＤ－１」の代替名としては、ＣＤ２７９およびＳＬＥＢ２が挙げられる。「ＰＤＬ１」の代替名には、Ｂ７－Ｈ１、Ｂ７－４、ＣＤ２７４、およびＢ７－Ｈが含まれる。「ＰＤＬ２」の別名には、Ｂ７－ＤＣ、Ｂｔｄｃ、およびＣＤ２７３が含まれる。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１、ＰＤＬ１、およびＰＤＬ２は、ヒトＰＤ－１、ＰＤＬ１、およびＰＤＬ２である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。具体的な一局面において、ＰＤ－１のリガンド結合パートナーは、ＰＤＬ１および／またはＰＤＬ２である。他の実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。具体的な一局面では、ＰＤＬ１の結合パートナーは、ＰＤ－１および／またはＢ７－１である。他の実施形態において、ＰＤＬ２結合アンタゴニストは、ＰＤＬ２のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。具体的な一局面において、ＰＤＬ２の結合パートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号９４６４１４－９４－４）である。ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ／Ｏｎｏ）、別名、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＭＤＸ－１１０６、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、およびＯＰＤＩＶＯ（登録商標）は、国際公開第２００６／１２１１６８号に記載の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖は、アミノ酸配列：ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹ ＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１１）を含み、および
（ｂ）軽鎖は、アミノ酸配列：ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴ ＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１１および配列番号１２からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１１の３つの重鎖ＨＶＲおよび配列番号１２の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１１からの重鎖可変ドメインおよび配列番号１２からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体はペムブロリズマブ（ＣＡＳ登録番号：１３７４８５３－９１－４）である。ペムブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、別名、ＭＫ－３４７５、Ｍｅｒｃｋ ３４７５、ランブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、およびＳＣＨ－９００４７５は、国際公開第２００９／１１４３３５号に記載の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖は、アミノ酸配列：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＶＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＹＭＹＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧ ＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮＥＫＦＫＮＲＶＴＬＴＴＤＳＳＴＴＴＡＹＭＥＬＫＳＬＱＦＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹＷ ＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶ ＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰ ＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫ ＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫ ＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮ ＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１３）を含み、および
（ｂ）軽鎖は、アミノ酸配列：
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴ ＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＬＡＳＹＬＥＳ ＧＶＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＨＳＲＤＬＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦ ＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱ ＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１４）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１３および配列番号１４からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１３の３つの重鎖ＨＶＲおよび配列番号１４の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１３からの重鎖可変ドメインおよび配列番号１４からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）である。ＭＥＤＩ－０６８０はヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ－１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤＲ００１（ＣＡＳ登録番号１８５９０７２－５３－９；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）である。ＰＤＲ００１は、ＰＤ－１へのＰＤＬ１およびＰＤＬ２の結合をブロックする、ヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ－１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＲＥＧＮ２８１０（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）である。ＲＥＧＮ２８１０は、ＬＩＢＴＡＹＯ（登録商標）およびセミプリマブ－ｒｗｌｃとしても知られるヒト抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－１０８（ＢｅｉＧｅｎｅ）である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＪＳ－００１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ）である。ＪＳ－００１はヒト化抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＳＴＩ－Ａ１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）である。ＳＴＩ－Ａ１１１０はヒト抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）である。ＩＮＣＳＨＲ－１２１０は、ヒトＩｇＧ４抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＰＦ－０６８０１５９１（Ｐｆｉｚｅｒ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＴＳＲ－０４２（ＡＮＢ０１１としても知られている、Ｔｅｓａｒｏ／ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＡＭ０００１（ＡＲＭＯ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）である。ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８は、ＰＤＬ１のＰＤ－１に対する結合をブロックすることなく、ＰＤ－１の機能を阻害する抗ＰＤ－１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ－１抗体は、ＥＮＵＭ ３８８Ｄ４（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）である。ＥＮＵＭ ３８８Ｄ４は、ＰＤＬ１のＰＤ－１に対する結合を競合的に阻害する抗ＰＤ－１抗体である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１抗体は、国際公開第２０１５／１１２８００号（出願人：Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、国際公開第２０１５／１１２８０５号（出願人：Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、国際公開第２０１５／１１２９００号（出願人：Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、米国特許出願公開第２０１５０２１０７６９号（Ｎｏｖａｒｔｉｓに譲渡）、国際公開第２０１６／０８９８７３号（出願人：Ｃｅｌｇｅｎｅ）、国際公開第２０１５／０３５６０６号（出願人：Ｂｅｉｇｅｎｅ）、国際公開第２０１５／０８５８４７号（出願人：Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ／Ｊｉａｎｇｓｕ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）、国際公開第２０１４／２０６１０７号（出願人：Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｊｕｎｍｅｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、国際公開第２０１２／１４５４９３号（出願人：Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、米国特許第９２０５１４８号（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅに譲渡）、国際公開第２０１５／１１９９３０号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１５／１１９９２３号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１６／０３２９２７号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１４／１７９６６４号（出願人：ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、国際公開第２０１６／１０６１６０号（出願人：Ｅｎｕｍｅｒａｌ）、および国際公開第２０１４／１９４３０２号（出願人：Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）に記載されるＰＤ－１抗体由来の６つのＨＶＲ配列（例えば、３つの重鎖ＨＶＲおよび３つの軽鎖ＨＶＲ）および／または重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域に融合したＰＤＬ１またはＰＤＬ２の細胞外またはＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストはＡＭＰ－２２４である。Ｂ７－ＤＣＩｇとしても知られるＡＭＰ－２２４（ＣＡＳ登録番号１４２２１８４－００－６；ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）は、国際公開第２０１０／０２７８２７号および同第２０１１／０６６３４２号に記載されているＰＤＬ２－Ｆｃ融合可溶性受容体である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ペプチドまたは低分子化合物である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＵＮＰ－１２（ＰｉｅｒｒｅＦａｂｒｅ／Ａｕｒｉｇｅｎｅ）である。例えば、国際公開第２０１２／１６８９４４号、同第２０１５／０３６９２７号、同第２０１５／０４４９００号、同第２０１５／０３３３０３号、同第２０１３／１４４７０４号、同第２０１３／１３２３１７号および同第２０１１／１６１６９９を参照。
いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を阻害する低分子である。いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１を阻害する低分子である。いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１およびＶＩＳＴＡを阻害する低分子である。いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＣＡ－１７０（ＡＵＰＭ－１７０としても知られている）である。いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１およびＴＩＭ３を阻害する低分子である。いくつかの実施形態において、低分子は、国際公開第２０１５／０３３３０１号および同第２０１５／０３３２９９号に記載されている化合物である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、抗ＰＤＬ１抗体である。本明細書では、様々な抗ＰＤＬ１抗体が企図され、記載されている。本明細書における任意の実施形態において、単離された抗ＰＤＬ１抗体は、ヒトＰＤＬ１、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤＬ１、またはそのバリアントに結合することができる。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ＰＤＬ１とＰＤ－１との間の結合および／またはＰＤＬ１とＢ７－１との間の結合を阻害することができる。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖおよび（Ｆａｂ’）２断片からなる群より選択される抗体断片である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ヒト抗体である。本発明の方法に有用な抗ＰＤＬ１抗体の例、およびそれらの作製方法は、ＰＣＴ特許出願第２０１０／０７７６３４号Ａ１および米国特許第８，２１７，１４９号に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖可変領域配列および軽鎖可変領域配列を含み、
（ａ）重鎖可変領域は、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）、およびＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）の、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、およびＨＶＲ－Ｈ３配列をそれぞれ含み、そして、
（ｂ）軽鎖可変領域は、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号４）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号５）、およびＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号６）の、ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２、およびＨＶＲ－Ｌ３配列をそれぞれ含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ＷＨＯ Ｄｒｕｇ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｎｏｎｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ Ｎａｍｅｓ ｆｏｒ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ）、提案ＩＮＮ：リスト１１２、Ｖｏｌ．２８，Ｎｏ．４、２０１５年１月１６日出版に記載されている（４８５頁参照）、アテゾリズマブおよびＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）（ＣＡＳ登録番号：１４２２１８５－０６－５）としても知られているＭＰＤＬ ３２８０Ａである。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖可変領域配列は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号７）を含み、および
（ｂ）軽鎖可変領域配列は、アミノ酸配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ ＳＡＳＦ ＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号８）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号９）を含み、および
（ｂ）軽鎖は、アミノ酸配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１０）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体はアベルマブ（ＣＡＳ登録番号：１５３７０３２－８２－８）である。ＭＳＢ００１０７１８Ｃとしても知られるアベルマブは、ヒトモノクローナルＩｇＧ１抗ＰＤＬ１抗体（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ、Ｐｆｉｚｅｒ）である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＩＭＭＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号１５）を含み、および
（ｂ）軽鎖は、アミノ酸配列：ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹＤＶＳＮＲＰＳＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号１６）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１５および配列番号１６からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１５の３つの重鎖ＨＶＲおよび配列番号１６の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１５からの重鎖可変ドメインおよび配列番号１６からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、デュルバルマブ（ＣＡＳ登録番号：１４２８９３５－６０－７）ＭＥＤＩ４７３６としても知られるデュルバルマブは、国際公開第２０１１／０６６３８９号および米国特許出願公開第２０１３／０３４５５９号に記載されている、Ｆｃ最適化ヒトモノクローナルＩｇＧ１カッパ抗ＰＤＬ１抗体（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖および軽鎖配列を含み、
（ａ）重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＦＥＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号１７）を含み、および
（ｂ）軽鎖は、アミノ酸配列：ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＬＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１８）を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１７および配列番号１８からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１７の３つの重鎖ＨＶＲおよび配列番号１８の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１７からの重鎖可変ドメインおよび配列番号１８からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ＭＤＸ－１１０５（Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）である。ＢＭＳ－９３６５５９としても知られるＭＤＸ－１１０５は、国際公開第２００７／００５８７４号に記載の抗ＰＤＬ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ＬＹ３３０００５４（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、ＳＴＩ－Ａ１０１４（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）である。ＳＴＩ－Ａ１０１４はヒト抗ＰＤＬ１抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体はＫＮ０３５（Ｓｕｚｈｏｕ Ａｌｐｈａｍａｂ）である。ＫＮ０３５は、ラクダファージディスプレイライブラリーから生成されたシングルドメイン抗体（ｄＡＢ）である。
いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体は、（例えば、腫瘍微小環境中のプロテアーゼによって）切断されると、抗体抗原結合ドメインを活性化して、例えば、非結合性立体部位を除去することによって、その抗原を結合させることができるようにする、切断可能な部位またはリンカーから構成される。いくつかの実施形態において、抗ＰＤＬ１抗体はＣＸ－０７２（ＣｙｔｏｍＸ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）である。
いくつかの実施形態において、ＰＤＬ１抗体は、６つのＨＶＲ配列（例えば、３つの重鎖ＨＶＲおよび３つの軽鎖ＨＶＲ）、ならびに／または米国特許出願公開第２０１６０１０８１２３号（Ｎｏｖａｒｔｉｓに譲渡）、国際公開第２０１６／０００６１９号（出願人：Ｂｅｉｇｅｎｅ）、同第２０１２／１４５４９３号（出願人：Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、米国特許第９２０５１４８号（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅに譲渡）、国際公開第２０１３／１８１６３４号（出願人：Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、および同第２０１６／０６１１４２号（出願人：Ｎｏｖａｒｔｉｓ）に記載されたＰＤＬ１抗体からの重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含む。
さらに特定の局面において、抗体は、ヒトまたはマウスの定常領域をさらに含む。なおさらなる一局面において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。さらに特定の局面において、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。なおさらなる一局面において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。なおさらなる一局面において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。
さらに特定の局面において、抗体は、低下したまたは最小のエフェクター機能を有する。さらなる具体的な一局面において、最小のエフェクタ機能は、「エフェクタのないＦｃ突然変異」またはグリコシル化突然変異から生じる。なおさらなる一実施形態において、エフェクタなしのＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。いくつかの実施形態において、単離された抗ＰＤＬ１抗体は、アグリコシル化される。抗体のグリコシル化は、典型的には、Ｎ結合型またはＯ結合型のいずれかである。Ｎ結合型とは、炭水化物部分のアスパラギン残基の側鎖への結合を指す。トリペプチド配列であるアスパラギン－Ｘ－セリンおよびアスパラギン－Ｘ－トレオニン（式中、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分のアスパラギン側鎖への酵素結合の認識配列である。したがって、ポリペプチド内でのこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在により、潜在的なグリコシル化部位が作製される。Ｏ結合型グリコシル化とは、糖類、Ｎ－アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの１つのヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはトレオニンへの結合を指すが、５－ヒドロキシプロリンまたは５－ヒドロキシリジンも使用され得る。抗体からのグリコシル化部位の除去は、（Ｎ結合型グリコシル化部位について）上述のトリペプチド配列のうちの１種が除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって好都合に達成される。この改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、またはトレオニン残基の別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニンまたは保存的置換）との置換によって行われ得る。
なおさらなる一実施形態において、本開示は、上述の抗ＰＤＬ１抗体のうちのいずれかと少なくとも１つの薬学的に許容可能な担体とを組み合わせて含む組成物を提供する。
なおさらなる一実施形態において、本開示は、本明細書に提供される抗ＰＤＬ１、抗ＰＤ－１、もしくは抗ＰＤＬ２抗体、またはその抗原結合断片と、少なくとも１つの薬学的に許容可能な担体とを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、個体に投与される抗ＰＤＬ１、抗ＰＤ－１、もしくは抗ＰＤＬ２抗体、またはその抗原結合断片は、１つ以上の薬学的に許容される担体を含む組成物である。本明細書に記載のまたは当該技術分野で既知の薬学的に許容可能な担体のいずれかが使用され得る。
Ｖ．抗体の調製
本明細書に記載の抗体は、抗体を生成するための当該技術分野で利用可能な技法を使用して調製され、その例示的な方法は、以下の節により詳細に記載される。
抗体は、目的の抗原（例えば、ヒトのＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１等のＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１）を対象とする。好ましくは、抗原は、生物学的に重要なポリペプチドであり、障害に罹患している哺乳動物への本抗体の投与により、その哺乳動物に治療的利点がもたらされ得る。
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体が、１μＭ以下、１５０ｎＭ以下、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下または０．００１ｎＭ以下（例えば１０－８Ｍ以下、例えば１０－８Ｍ～１０－１３Ｍ、例えば１０－９Ｍ～１０－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一実施形態において、Ｋｄは、以下のアッセイにより説明されるように、目的とする抗体のＦａｂバージョンおよびその抗原を用いて行われる放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定系の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原によりＦａｂを平衡化し、次いで、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することにより測定する（例えばＣｈｅｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５～８８１（１９９９）参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍＬの捕捉用抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後、ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンで２～５時間にわたって室温（およそ２３℃）で遮断する。非吸着性プレート（Ｎｕｎｃ番号２６９６２０）内で、１００ｐＭまたは２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、目的とするＦａｂの段階希釈液と混合する。次いで、目的のＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションをより長い期間（例えば、約６５時間）続けて、平衡に達することを保証してもよい。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために混合物を捕捉プレートに移す。次に、溶液を除去し、プレートを、ＰＢＳ中０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μＬ／ウェルのシンチラント（ｓｃｉｎｔｉｌｌａｎｔ）（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ－２０ＴＭ、Ｐａｃｋａｒｄ）を付加し、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）上で１０分間、計数する。最大結合の２０％以下をもたらす各Ｆａｂの濃度を、競合結合アッセイにおける使用のために選択する。
他の実施形態において、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を使用した表面プラズモン共鳴アッセイを使用して、２５℃で、約１０の応答ユニット（ＲＵ）で固定化抗原ＣＭ５チップを用いて測定される。簡潔には、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、供給業者の指示に従って、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）およびＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原を、ｐＨ４．８の１０ｍＭの酢酸ナトリウムによって、５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈した後、５μｌ／分の流速でインジェクトし、カップリングされたタンパク質のおよそ１０応答ユニット（ＲＵ）を達成する。抗原の注入後、１Ｍのエタノールアミンを注入して、未反応基をブロックする。動態測定のため、Ｆａｂの２倍段階希釈液（０．７８ｎＭ～５００ｎＭ）を、およそ２５μＬ／分の流量にて２５℃で０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（商標））界面活性剤（ＰＢＳＴ）を有するＰＢＳ中に注射する。会合速度（ｋｏｎ）および解離速度（ｋｏｆｆ）を、単純な１対１Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ第３．２版）を使用して、会合センサグラムおよび解離センサグラムを同時に適合することによって、算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、ｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として計算される。例えば、ＣｈｅｎらＪ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照されたい。上述の表面プラズモン共鳴アッセイによりオン速度が１０６Ｍ－１ ｓ－１を超える場合、オン速度を、ストップフローを装備した分光測色計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを有する８０００シリーズＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光測色計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）等の分光計で測定される抗原の増加した濃度の存在下でＰＢＳ（ｐＨ７．２）中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ形態）の２５℃での蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加または減少を測定する蛍光クエンチ技法を使用することによって決定することができる。
キメラ抗体、ヒト化抗体、およびヒト抗体
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、およびＭｏｒｒｉｓｏｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来の可変領域）、およびヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のそれから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
特定の実施形態において、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減する一方で、親非ヒト抗体の特異性および親和性は保持するようにヒト化される。通常、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（またはその一部）が非ヒト抗体に由来する１つ以上の可変ドメインを含み、ＦＲ（またはその一部）はヒト抗体配列に由来する。ヒト化抗体はまた、任意に、ヒト定常領域の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体の特異性または親和性を回復するか、または向上させるために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
ヒト化抗体およびそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）でレビューされ、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３（１９８９）、米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、および同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）グラフトの記載）、Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（１９９１）（「ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ」の記載）、Ｄａｌｌ’ＡｃｑｕａらＭｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（２００５）（「ＦＲシャッフリング」の記載）、ならびにＯｓｂｏｕｒｎらＭｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８（２００５）およびＫｌｉｍｋａらＢｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（２０００）（ＦＲシャッフリングの「ガイド付き選択」アプローチの記載）にさら記載されている。
ヒト化のために使用され得るヒトフレームワーク領域としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：「ベストフィット」法を用いて選択されたフレームワーク領域（例えば、、ＳｉｍｓらＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照）；軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、ＣａｒｔｅｒらＰｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）；およびＰｒｅｓｔａらＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３）を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）を参照）；ならびにＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、ＢａｃａらＪ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４（１９９７）、およびＲｏｓｏｋらＪ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１－２２６１８（１９９６）を参照）。
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技法を使用して作製され得る。ヒト抗体は一般的に、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－７４（２００１）およびＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９（２００８）に記載されている。
ヒト抗体は、免疫原を、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に投与することによって調製されてもよい。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座に取って代わるか、または染色体外に存在するか、もしくは動物の染色体にランダムに組み込まれるヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部分を含む。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７－１１２５（２００５）を参照されたい。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６，０７５，１８１号および同第６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載する米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７，０４１，８７０号；および、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい。かかる動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによってさら修飾され得る。
ヒト抗体はまた、ハイブリドーマベースの方法によって作製することができる。ヒトモノクローナル抗体を産生するためのヒト骨髄腫およびマウス－ヒト異種骨髄腫細胞株が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）；およびＢｏｅｒｎｅｒら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照されたい）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体もまた、Ｌｉら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）に記載されている。さらなる方法としては、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載する）、およびＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５－２６８（２００６）（ヒト－ヒトハイブリドーマを記載する）が挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７－９３７（２００５）およびＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５－９１（２００５）にも記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても作製され得る。次いで、そのような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせられてもよい。抗体ライブラリからヒト抗体を選択する技法は以下に記載されている。
抗体断片
抗体断片は、酵素消化等の伝統的な手段または組換え技法によって生成され得る。特定の状況下では、全抗体ではなく抗体断片を使用する利点がある。より小さいサイズの断片により、迅速なクリアランスが可能になり、固形腫瘍へのアクセスの改善がもたらされ得る。特定の抗体断片に関する概説については、Ｈｕｄｓｏｎら（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４を参照されたい。
抗体断片を産生するために種々の技法が開発されている。従来、これらの断片は、インタクトな抗体のタンパク分解を介して得られていた（例えば、ＭｏｒｉｍｏｔｏらＪｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ２４：１０７～１１７（１９９２）、およびＢｒｅｎｎａｎらＳｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照）。しかしながら、これらの断片は、現在、組換え宿主細胞から直接産生することができる。Ｆａｂ、Ｆｖ、およびＳｃＦｖ抗体断片は全て、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）で発現され、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）から分泌され得るため、これらの断片の容易な大量産生が可能になる。抗体断片は、上述の抗体ファージライブラリから単離することができる。代替的に、Ｆａｂ’－ＳＨ断片は、大腸菌から直接回収され、化学的にカップリングして、Ｆ（ａｂ’）２断片を形成することができる（ＣａｒｔｅｒらＢｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１０：１６３－１６７（１９９２））。別のアプローチに従って、Ｆ（ａｂ’）２断片は、組換え宿主細胞培養物から直接単離することができる。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含む、インビボ半減期が増加したＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２断片については、米国特許第５，８６９，０４６号明細書に記載されている。抗体断片を産生するための他の技法は、当業者に明らかである。特定の実施形態において、抗体は、一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）である。国際公開第９３／１６１８５号、米国特許第５，５７１，８９４号、および同第５，５８７，４５８号を参照されたい。ＦｖおよびｓｃＦｖは、定常領域を欠くインタクトな結合部位を有する唯一の種であるため、それらは、インビボ使用中の非特異的結合の低減に適し得る。ｓｃＦｖ融合タンパク質は、ｓｃＦｖのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかでエフェクタータンパク質の融合をもたらすように構築され得る。上記のＡｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｅｄ．Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋを参照されたい。抗体断片はまた、例えば、米国特許第５，６４１，８７０号に記載されているように、「直鎖状抗体」であり得る。かかる直鎖状抗体は、単一特異性または二重特異性であり得る。
単一ドメイン抗体
いくつかの実施形態において、本開示の抗体は単一ドメイン抗体である。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む単一のポリペプチド鎖である。ある特定の実施形態において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、Ｍａｓｓ．、例えば、米国特許第６，２４８，５１６ Ｂ１号を参照されたい）。一実施形態において、単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てまたは一部からなる。
抗体バリアント
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の抗体のアミノ酸配列修飾（複数可）が企図される。例えば、抗体の結合親和性および／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。本抗体のアミノ酸配列変異体は、本抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な変化を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。かかる改変としては、例えば、本抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、および／またはそれへの挿入、および／またはその置換が挙げられる。欠失、挿入、および置換の任意の組み合わせにより、最終構築物に到達することができるが、但し、最終構築物が所望の特性を有することを条件とする。主題の抗体のアミノ酸配列が作製されるときにアミノ酸改変がその配列に導入されてもよい。
置換、挿入、および欠失バリアント
特定の実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換による突然変異誘発に関して目的の部位には、ＨＶＲおよびＦＲが含まれる。保存的置換を表２に示す。より実質的な変化は、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下に記載される。目的の抗体中にアミノ酸置換を導入することができ、その産物を、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについてスクリーニングする。
Figure 2023512654000008
アミノ酸は共通の側鎖特性に従ってグループ化することができる。
ａ．疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
ｂ．中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
ｃ．酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
ｄ．塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
ｅ．影響する残基
鎖配向：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
ｆ．芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うであろう。
一種の置換バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化抗体またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基の置換を伴う。一般に、さらなる研究のために選択される、得られた変異体（複数可）は、親抗体と比較して、ある特定の生物学的特性（例えば、増加した親和性、低減した免疫原性）における修飾（例えば、改善）を有し、かつ／または実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有することになる。例示的な置換変異体は、親和性成熟した抗体であり、例えば、本明細書に記載のファージディスプレイに基づく親和性成熟技法等を使用して、簡便に作成されてもよい。簡潔には、１つ以上のＨＶＲ残基が突然変異され、バリアント抗体がファージ上に提示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
変更（例えば、置換）は、抗体親和性を改善するために、例えば、ＨＶＲにおいて行われてもよい。このような改変は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセスの間に高頻度で変異が起こるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９～１９６（２００８）を参照）、および／またはＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）において行われてもよく、得られた変異体ＶＨまたはＶＬが、結合親和性について試験される。二次ライブラリの構築およびそこからの再選択による親和性成熟は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ１７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎら編、Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，（２００１））に記載されている。親和性成熟のいくつかの実施形態において、多様な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異導入）のいずれかによって、成熟のために選択される可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作製される。次いで、このライブラリをスクリーニングして、所望の親和性を有する抗体バリアントを同定する。多様性を導入するための別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４～６個の残基）をランダム化する、ＨＶＲ指向性アプローチを含む。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異導入またはモデリングを使用して、具体的に同定され得る。特にＣＤＲ－Ｈ３およびＣＤＲ－Ｌ３が標的とされることが多い。
特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、このような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、１つ以上のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書で提供される保存的置換）が、ＨＶＲ中になされてもよい。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」またはＳＤＲ外であり得る。上に提供されるバリアントＶＨおよびＶＬ配列の特定の実施形態において、各ＨＶＲは、変化していないか、または１つ、２つもしくは３つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
突然変異導入の標的となり得る抗体の残基または領域を同定するための有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１－１０８５に記載されているように「アラニンスキャニング突然変異導入」と呼ばれる。この方法では、一残基または一群の標的残基（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、およびｇｌｕ等の荷電残基）が同定され、中性または負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）によって置き換えられて、抗体の抗原との相互作用が影響を受けたかどうかが判定される。さらなる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入され得る。あるいは、または加えて、抗体と抗原との間の接点を特定するための抗原－抗体複合体の結晶構造。このような接触残基および隣接残基は、置換の候補として標的にしても排除してもよい。バリアントを、所望の特性を有するか否かを判定するためにスクリーニングしてもよい。
アミノ酸配列挿入には、長さが１残基から１００個以上の残基を含むポリペプチドに及ぶアミノ末端融合および／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入型変異体としては、（例えば、ＡＤＥＰＴのために）抗体の血清半減期を増加させる酵素またはポリペプチドへの抗体のＮ末端またはＣ末端の融合が挙げられる。
グリコシル化バリアント
特定の実施形態において、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化されている程度を増加または減少させるように変化する。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つまたは複数のグリコシル化部位が作り出されるか、または除去されるようにアミノ酸配列を改変させることにより好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに付着した炭水化物が改変され得る。哺乳動物細胞によって産生された天然抗体は、典型的には、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に付着される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む。例えば、ＷｒｉｇｈｔらＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖は、種々の炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮａｃ）、ガラクトース、およびシアル酸、ならびにバイアンテナリーオリゴ糖構造の「ステム」のＧｌｃＮａｃに付着したフコースを含んでもよい。いくつかの実施形態において、ある特定の特性が改善された抗体変異体を作製するために、本開示の抗体におけるオリゴ糖の修飾が行われ得る。
一実施形態において、Ｆｃ領域を含む抗体変異体が提供され、Ｆｃ領域に結合した炭水化物構造は、フコースが減少しているか、またはフコースを欠き、これによりＡＤＣＣ機能が改善され得る。具体的には、野生型ＣＨＯ細胞で産生される同じ抗体のフコースの量と比較してフコースが減少した抗体が本明細書で企図される。すなわち、それらは、それらが天然ＣＨＯ細胞（例えば、天然ＦＵＴ８遺伝子を含有するＣＨＯ細胞等の天然グリコシル化パターンを産生するＣＨＯ細胞）によって産生された場合にさもなければ有するであろう量よりも少ない量のフコースを有することを特徴とする。特定の実施形態において、抗体は、そのＮ結合型グリカンの約５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、または５％未満がフコースを含む抗体である。例えば、かかる抗体中のフコースの量は、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％、または２０％～４０％であり得る。ある特定の実施形態において、本抗体は、そのＮ結合型グリカンのいずれもフコースを含まない抗体であり、すなわち、本抗体は、フコースを全く有しないか、またはフコースを有しないか、またはアフコシル化されている。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されるように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析法によって測定する場合、Ａｓｎ２９７に付着した全ての糖鎖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、および高マンノース構造）の合計と比較した、Ａｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を算出することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７はまた、抗体におけるマイナーな配列変異に起因して、２９７位から約±３アミノ酸の上流または下流、すなわち、２９４～３００位の間に位置してもよい。このようなフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；同第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照されたい。「脱フコシル化」または「フコース欠乏」抗体バリアントに関する刊行物の例としては：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；同第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；同第２００２／０１６４３２８号；同第２００４／００９３６２１号；同第２００４／０１３２１４０号；同第２００４／０１１０７０４号；同第２００４／０１１０２８２号；同第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；同第２００３／０８４５７０号；同第２００５／０３５５８６号；同第２００５／０３５７７８号；同第２００５／０５３７４２号；同第２００２／０３１１４０号；ＯｋａｚａｋｉらＪ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－ＯｈｎｕｋｉらＢｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。脱フコシル化抗体を生成可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化で欠失したＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（ＲｉｐｋａらＡｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５（１９８６）；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；および国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Ａｄａｍｓら特に実施例１１において）、ならびにα－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞等のノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ－ＯｈｎｕｋｉらＢｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）；Ｋａｎｄａ，Ｙら，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ，９４（４）：６８０－６８８（２００６）；および国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が挙げられる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を有する抗体変異体がさら提供される。そのような抗体バリアントは、低減されたフコシル化および／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。このような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ－Ｍａｉｒｅｔら）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａら）；米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａら）、およびＦｅｒｒａｒａら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，９３（５）：８５１－８６１（２００６）に記載されている。Ｆｃ領域に付着したオリゴ糖中に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体バリアントも提供される。このような抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有しうる。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌら）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）、および国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載される。
特定の実施形態において、本明細書に記載のＦｃ領域を有する抗体変異体は、ＦｃγＲＩＩＩに結合することができる。特定の実施形態において、本明細書に記載のＦｃ領域を含む抗体変異体は、ヒトエフェクター細胞の存在下でＡＤＣＣ活性を有するか、またはヒトエフェクター細胞の存在下でヒト野生型ＩｇＧ１Ｆｃ領域を有するという点以外は同じ抗体と比較して増加したＡＤＣＣ活性を有する。
Ｆｃ領域バリアント
特定の実施形態において、１つ以上のアミノ酸改変が本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それにより、Ｆｃ領域変異体が生成され得る。Ｆｃ領域バリアントは、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸改変（例えば、置換）を含む、ヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。
特定の実施形態において、本開示は、全てではないが一部のエフェクター機能を有し、それによりインビボでの抗体の半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能（例えば、補体およびＡＤＣＣ等）が不要または有害である用途にとって望ましい候補となる、抗体バリアントを企図する。ＣＤＣおよび／またはＡＤＣＣ活性の低下／消失を確認するために、インビトロおよび／またはインビボの細胞毒性アッセイを実施することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行して、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（そのため、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確認することができる。ＡＤＣＣを媒介するための主要な細胞であるＮＫ細胞は、Ｆｃ（ＲＩＩＩのみを発現するが、一方で単球は、Ｆｃ（ＲＩ、Ｆｃ（ＲＩＩ、およびＦｃ（ＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現については、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７－４９２（１９９１）の４６４頁の表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，ＩらＰｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：７０５９－７０６３（１９８６）を参照されたい）、およびＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２：１４９９～１５０２（１９８５）；５，８２１，３３７（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，ＭらＪ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１－１３６１（１９８７）を参照されたい）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を使用してもよい（例えば、フローサイトメトリー（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ）のためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ、およびＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ））。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。代替的または追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、インビボ、例えば、ＣｌｙｎｅｓらＰｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されているような動物モデルで評価することができる。また、抗体がＣ１ｑに結合することができず、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実施してもよい。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号および同第２００５／１００４０２号における、Ｃ１ｑおよびＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行うことができる（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）；Ｃｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．らＢｌｏｏｄ １０１：１０４５－１０５２（２００３）；およびＣｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ａｎｄ Ｍ．Ｊ．Ｇｌｅｎｎｉｅ，Ｂｌｏｏｄ １０３：２７３８－２７４３（２００４）を参照されたい）、ＦｃＲｎ結合およびインビボクリアランス／半減期の決定はまた、当技術分野で知られている方法を用いて行うことができる（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，Ｓ．ＢらＩｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）参照）。
エフェクタ機能が低下した抗体としては、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７および３２９において１つ以上の置換を含むものが挙げられる（米国特許第６，７３７，０５６号）。そのようなＦｃ変異体には、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７および３２７のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体が挙げられ、残基２６５および２９７がアラニンに置換されている、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。
ＦｃＲに対する結合が改善または減少したある特定の抗体バリアントが記載される。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号およびＳｈｉｅｌｄｓらＪ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）を参照）
特定の実施形態において、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８、３３３、および／または３３４位（残基のＥＵナンバリング）での置換を有するＦｃ領域を含む。例示的な一実施形態において、抗体は、そのＦｃ領域に以下のアミノ酸置換：Ｓ２９８Ａ、Ｅ３３３Ａ、およびＫ３３４Ａを含む。
いくつかの実施形態において、Ｆｃ領域内で改変を行い、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、およびＩｄｕｓｏｇｉｅらＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）に記載されているように、Ｃ１ｑ結合および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）の変化（すなわち向上または減少のいずれか）をもたらす。
母体ＩｇＧの胎児への移入の原因である、増加した半減期および新生児型Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への改善された結合を有する抗体（ＧｕｙｅｒらＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）ａｎｄ ＫｉｍらＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））は、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎら）に記載される。それらの抗体は、Ｆｃ領域とＦｃＲｎとの結合を改善する１つ以上の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃバリアントは、Ｆｃ領域残基の１つ以上：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４または４３４のうち１つ以上における置換、例えばＦｃ領域残基４３４における置換を伴うもの（米国特許第７，３７１，８２６号明細書）が挙げられる。Ｆｃ領域バリアントの他の例に関しては、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、および国際公開第９４／２９３５１号も参照されたい。
ＶＩ．薬学的組成物および製剤
例えば、がんの治療のための、または本明細書に記載の方法に従ってネオエピトープ特異的免疫応答を誘導するための医薬組成物および製剤も本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、医薬組成物および製剤は、薬学的に許容可能な担体をさらに含む。
目的の抗体を調製した後（例えば、本明細書に開示されているように製剤化することができる抗体を製造するための技術は、本明細書に精巧に記載されており、当技術分野で知られている）、それを構成する医薬製剤を調製する。ある特定の実施形態において、製剤化される抗体は、事前凍結乾燥に供されておらず、本明細書における目的とする製剤は、水性製剤である。特定の実施形態において、抗体は、完全長抗体である。一実施形態において、製剤中の抗体はＦ（ａｂ’）２などの抗体断片であり、この場合、完全長抗体には起こりえない問題（例えば、抗体のＦａｂへのクリッピング）に対応する必要が生じうる。製剤中に存在する抗体の治療有効量は、例えば、所望の用量体積および投与様式（複数可）を考慮することによって決定される。約２５ｍｇ／ｍＬ～約１５０ｍｇ／ｍＬ、または約３０ｍｇ／ｍＬ～約１４０ｍｇ／ｍＬ、または約３５ｍｇ／ｍＬ～約１３０ｍｇ／ｍＬ、または約４０ｍｇ／ｍＬ～約１２０ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約１３０ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約１２５ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約１２０ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約１１０ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約１００ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約９０ｍｇ／ｍＬ、または約５０ｍｇ／ｍＬ～約８０ｍｇ／ｍＬ、または約５４ｍｇ／ｍＬ～約６６ｍｇ／ｍＬは、例示的な製剤中の抗体濃度である。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の抗ＰＤＬ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）を、約１２００ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗ＰＤ１抗体（ペムブロリズマブ等）を、約２００ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗ＰＤ１抗体（ニボルマブ等）を、約２４０ｍｇ（例えば、２週間ごと）または４８０ｍｇ（例えば、４週間ごと）の用量で投与する。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のＲＮＡワクチンを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、または約１００μｇの用量で投与する。
本明細書に記載の医薬組成物および製剤は、所望の純度を有する活性成分（抗体またはポリペプチド等）を１つ以上の任意の薬学的に許容可能な担体（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））と混合することにより、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製され得る。薬学的に許容され得る担体は一般的に、用いられる投薬量および濃度でレシピエントに対して非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸等の緩衝剤、アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化物質、防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベン等のアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３－ペンタノール、およびｍ－クレゾール等）、低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質、ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸、単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物、ＥＤＴＡ等のキレート剤、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖類、ナトリウム等の塩形成対イオン、金属複合体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）、ならびに／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含むが、これらに限定されない。本明細書における例示的な薬学的に許容され得る担体には、可溶性の中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）などのヒト可溶性ＰＨ－２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質などの介在性薬物分散剤がさらに含まれる。ｒＨｕＰＨ２０を含む、特定の例示的なｓＨＡＳＥＧＰおよび使用方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号および同第２００６／０１０４９６８号に記載される。一局面において、ｓＨＡＳＥＧＰを、１つ以上の追加のグリコサミノグリカナーゼ（例えば、コンドロイチナーゼ）と組み合わせる。
例示的な凍結乾燥抗体製剤は、米国特許第６，２６７，９５８号に記載されている。水性抗体製剤としては、米国特許第６，１７１，５８６号および国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されるものが挙げられ、後者の製剤は、酢酸ヒスチジンバッファーを含む。
本明細書における組成物および製剤は、治療される特定の適応症に必要な１つより多くの活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含有し得る。そのような有効成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて好適に存在する。
有効成分は、例えば、コアセルベーション技術によって、または界面重合によって調製されたマイクロカプセル中に封入されてもよく（例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセル）、コロイド状薬物送達システム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子およびナノカプセル）またはマクロエマルションに封入されてもよい。そのような技術が、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性調製物の好適な例としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスが含まれ、これらのマトリクスは、成形物品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態である。インビボ投与に使用される製剤は一般に、滅菌される。滅菌性は、例えば、滅菌濾過膜によりフィルタにかけることによって、容易に達成され得る。
アテゾリズマブおよびペムブロリズマブの医薬製剤は市販されている。例えば、アテゾリズマブは、（本明細書の他の箇所に記載されるような）ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）の商品名で知られている。ペムブロリズマブは、（本明細書の他の箇所に記載されているように）ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）の商品名で知られている。いくつかの実施形態において、アテゾリズマブおよびＲＮＡワクチン、またはペムブロリズマブおよびＲＮＡワクチンは、別々の容器で提供される。いくつかの実施形態において、アテゾリズマブおよびペムブロリズマブは、市販製品と共に入手可能な処方情報に記載されているように、個体への投与のために使用および／または調製される。
ＶＩＩ．治療方法
個体におけるがんを（例えば、本明細書中に提供される方法に従ってネオエピトープ特異的免疫応答を誘導することによって）治療するためまたはがんの進行を遅延させる方法であって、前記個体に、有効量のＲＮＡワクチンを単剤として、またはＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて投与することを含む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、個体は、ヒトである。
本開示のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンのいずれも、本明細書中に記載の治療方法において使用が見出され得る。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する５～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子またはリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ（ＲＮＡ－リポプレックス）のためのリポプレックスナノ粒子製剤を使用して、本開示のＲＮＡワクチンのＩＶ送達を可能にする。いくつかの実施形態において、ＰＣＶを、例えばリポソーム製剤中で、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、または１００μｇの用量で静脈内投与する。いくつかの実施形態において、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇまたは１００μｇのＲＮＡが、用量あたりで送達される（すなわち、用量重量は投与されたＲＮＡの重量を反映し、投与された製剤またはリポプレックスの総重量を反映しない）。２種以上のＰＣＶを対象に投与してもよく、例えば、対象に、ネオエピトープの組合せを有する１種のＰＣＶを投与し、ネオエピトープの異なる組合せを有する別個のＰＣＶも投与する。いくつかの実施形態において、１０個のネオエピトープを有する第１のＰＣＶを、１０個の代替エピトープを有する第２のＰＣＶと組み合わせて投与する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、限定されないが、ペムブロリズマブを含む抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、限定されないが、アテゾリズマブを含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日または３週間の間隔で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日または３週間の間隔で、例えば約２００ｍｇの用量で個体に投与される抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、ペムブロリズマブ）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日または３週間の間隔で、例えば約３５０ｍｇの用量で個体に投与される抗ＰＤ－１抗体（例えば、セミプリマブ－ｒｗｌｃ）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日または３週間の間隔で、例えば約１２００ｍｇの用量で個体に投与される抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）である。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、１４日または２８日の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２週間または４週間の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日間、２週間、２８日間もしくは４週間の間隔で、例えば１４日間もしくは２週間の間隔で約２４０ｍｇの用量で、または２８日間もしくは４週間の間隔で約４８０ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日間または３週間の間隔で、例えば、１、２、３、または４回の用量で約１ｍｇ／ｋｇの用量で、任意に、抗ＣＴＬＡ－４抗体（例えば、イピリムマブ）と組み合わせて個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）であり、任意に、続いて、１４日間、２週間、２８日間、または４週間の間隔で単独で、例えば１４日間または２週間の間隔で約２４０ｍｇの用量で、または２８日間または４週間の間隔で約４８０ｍｇの用量で、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）を投与する。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日または２週間の間隔で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日または２週間の間隔で、例えば約１０ｍｇ／ｋｇの用量で（任意に、６０分間にわたる静脈内注入によって）個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、デュルバルマブ）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日または２週間の間隔で、例えば約１０ｍｇ／ｋｇの用量で（任意に、６０分間にわたる静脈内注入によって）個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アベルマブ）である。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、２１日または３週間の間隔で個体に投与する。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８、および１５日目、ならびにサイクル３～７の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８および１５日目ならびにサイクル３～７の１日目に個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、サイクル８の後に個体にさら投与される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、１７回の追加の２１日間のサイクルで個体にさら投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１３～２９の１日目に個体に投与し、および／またはＲＮＡワクチンを、サイクル１３、２１、および２９の１日目に個体に投与する。
特定の実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペムブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、および１５日目、ならびにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。特定の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約１２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、および１５日目、ならびにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に約２５μｇ、サイクル２の８日目に約２５μｇ、サイクル２の１５日目に約２５μｇ、およびサイクル３～７のそれぞれの１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する（すなわち、合計約７５μｇのワクチンを、サイクル２の間に３回の用量にわたって個体に投与する）。いくつかの実施形態において、合計約７５μｇのワクチンを、ＲＮＡワクチンを投与するサイクル１の間に３回にわたって個体に投与する。
特定の実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペムブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、および１５日目、ならびにサイクル３～７の１日目に２５μｇの用量で個体に投与する。特定の実施形態において、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に１２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、および１５日目、ならびにサイクル３～７の１日目に２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に２５μｇ、サイクル２の８日目に２５μｇ、サイクル２の１５日目に２５μｇ、およびサイクル３～７のそれぞれの１日目に２５μｇの用量で個体に投与する（すなわち、合計７５μｇのワクチンを、サイクル２の間に３回の用量にわたって個体に投与する）。いくつかの実施形態において、合計７５μｇのワクチンを、ＲＮＡワクチンを投与するサイクル１の間に３回にわたって個体に投与する。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、約１５μｇ～約１００μｇの間（例えば、約１５μｇ、約２０μｇ、約２５μｇ、約３０μｇ、約３５μｇ、約４０μｇ、約４５μｇ、約５０μｇ、約５５μｇ、約６０μｇ、約６５μｇ、約７０μｇ、約７５μｇ、約８０μｇ、約８５μｇ、約９０μｇ、約９５μｇまたは約１００μｇのいずれか）の用量で個体に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、個体へ静脈内投与される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、７日間または１週間の間隔で個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１４日または２週間の間隔で個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、１２週間個体に投与される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは４回の２１日間サイクルで個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンはサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル４の１日目に個体に投与される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１または２週間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、２４週間の間隔で維持段階中に個体に投与される。特定の実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、７または１４日間の間隔で誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、１６８日間の間隔で維持段階中に個体に投与される。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、誘導段階および誘導段階後の維持段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、４回の２１日間のサイクルで誘導段階中に個体に投与され、ここで、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の第１、８、および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；およびサイクル４の１日目に誘導段階中に個体に投与され、ＲＮＡワクチンは、サイクル５の１日目の維持段階中およびその後２４週間または１６８日に１回、個体に投与される。
ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、任意の順序で投与され得る。例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、連続して（異なる時点で）または同時に（同じ時点で）投与され得る。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとＲＮＡワクチンは別々の組成物中にある。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとＲＮＡワクチンは同じ組成物中にある。
いくつかの実施形態において、がんは、黒色腫、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、および頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、がんは、局所進行性または転移性黒色種、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、または頭頸部がんである。いくつかの実施形態において、がんは、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、および頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、がんは、局所進行性または転移性の、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、または頭頸部がんである。
いくつかの実施形態において、がんは、黒色腫である。いくつかの実施形態において、黒色腫は、皮膚黒色腫または粘膜黒色腫ではない。いくつかの実施形態において、黒色腫は、皮膚、粘膜または末端黒色腫である。いくつかの実施形態において黒色腫は、眼または先端黒色腫ではない。いくつかの実施形態において、黒色腫は、転移性または局所進行性黒色腫である。いくつかの実施形態において、黒色腫は、ステージＩＶ黒色腫である。いくつかの実施形態において、黒色腫は、ステージＩＩＩＣまたはステージＩＩＩＤの黒色腫である。特定の実施形態において、黒色腫は、切除不能または転移性黒色腫である。いくつかの実施形態において、方法は、黒色腫のアジュバント治療を提供する。
いくつかの実施形態において、がん（例えば、黒色腫）は、以前に治療されていない。いくつかの実施形態において、がんは、以前に治療された進行性黒色腫である。
いくつかの実施形態において、腫瘍は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）腫瘍、膀胱腫瘍、腎腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、乳房腫瘍、黒色腫腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、胃腫瘍、肝臓腫瘍、または結腸直腸腫瘍である。いくつかの実施形態において、乳癌腫瘍は、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）腫瘍である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体は１つ以上のがん治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療で治療されている。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンの投与前に、個体はチェックポイント阻害剤治療で治療されていない。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法のいずれかによるＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンによる治療の前に、個体は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストに基づく単剤療法、例えばＲＮＡワクチンの不在下でのペムブロリズマブによる治療による治療後に進行しているか、または治療に十分に応答しなかった。
ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、同じ投与経路によって、または異なる投与経路によって投与され得る。いくつかの実施形態において、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、静脈内に、筋肉内に、皮下に、局所的に、経口的に、経皮的に、腹腔内に、眼窩内に、移植により、吸入により、髄腔内に、脳室内に、または鼻腔内に投与される。いくつかの実施形態において、ＲＮＡワクチンは、（例えばリププレックス粒子またはリポソームで）静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植により、吸入により、髄腔内、脳室内、または鼻腔内に投与される。いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを、静脈内注入を介して投与する。有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、疾患の予防または治療のために投与され得る。
いくつかの実施形態において、これらの方法は、追加の治療をさら含み得る。追加の治療は、放射線治療、手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術および乳房切除術）、化学療法、遺伝子治療、ＤＮＡ治療、ウイルス治療、ＲＮＡ治療、免疫療法、骨髄移植、ナノ治療、モノクローナル抗体治療または前記の組合せであり得る。追加の治療は、アジュバント治療またはネオアジュバント治療の形態であり得る。いくつかの実施形態において、追加の治療は、小分子酵素阻害剤または抗転移薬の投与である。いくつかの実施形態において、追加の治療は、副作用制限剤（例えば、治療の副作用の発生および／または重症度を軽減するように意図された薬剤、例えば、制嘔吐剤等）の投与である。いくつかの実施形態において、追加の治療は放射線治療である。いくつかの実施形態において、追加の治療は手術である。いくつかの実施形態において、追加の治療は放射線治療と手術の組合せである。いくつかの実施形態において、追加の治療はγ線照射である。
ＶＩＩＩ．製品またはキット
本開示のＲＮＡワクチンを含む製造品またはキットを、本明細書中にさらに提供する。ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブまたはペムブロリズマブ）を含む製造品またはキットを本明細書中にさら提供する。いくつかの実施形態において、製品またはキットは、ＲＮＡワクチンおよび／またはＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、ＲＮＡワクチンと組み合わせて）を使用して、個体においてがんを治療するかまたはがんの進行を遅延させる、がんを有する個体の免疫機能を増強する、腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的Ｔ細胞を誘導する、および／または個体においてネオエピトープ特異的Ｔ細胞の腫瘍への輸送を誘導するための説明書を含む添付文書をさらに含む。ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブまたはペムブロリズマブ）およびＲＮＡワクチンを含む製品またはキットも本明細書で提供される。
いくつかの実施形態において、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンは、同じ容器内または別々の容器内にある。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、袋、およびシリンジが挙げられる。容器は、ガラス、プラスチック（ポリ塩化ビニルもしくはポリオレフィン等）、または金属合金（ステンレス鋼もしくはハステロイ等）等の様々な材料から形成され得る。いくつかの実施形態において、容器は、製剤を保持し、容器上のラベルまたは容器に関連するラベルは、使用上の指示を示し得る。製品またはキットは、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、シリンジ、および使用上の指示を有する添付文書等の商業的視点および使用者の視点から望ましい他の材料をさら含み得る。いくつかの実施形態において、製品は、別の薬剤（例えば、化学療法剤および抗腫瘍薬）のうちの１つ以上をさらに含む。１つ以上の薬剤に好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、袋、およびシリンジが挙げられる。
本明細書は、当業者が本発明を実践することを可能にするのに充分なものであるとみなされる。本明細書に示されて説明される修正に加えて、本発明の様々な修正は、前述の説明から当業者に明らかになり、それらは添付の特許請求の範囲内のものである。本明細書で引用される全ての公報、特許、および特許出願は、あらゆる目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本開示は、以下の実施例を参照することによってより完全に理解されることになる。しかしながら、本実施例は、本発明の範囲を制限するものとして解釈されるべきではない。本明細書に記載の実施例および実施形態が例示のみを目的とするものであり、それを考慮に入れたさまざまな改変または変化が当業者に提案され、本出願精神および範囲ならびに添付の特許請求の範囲内に含まれるべきであることは理解されよう。
実施例１：局所進行性または転移性腫瘍を有する患者における単剤としてのおよびアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの試験
本実施例は、単剤としての、および抗ＰＤ－Ｌ１抗体アテゾリズマブと組み合わせたネオ抗原特異的ＲＮＡワクチンの安全性、忍容性、免疫応答および薬物動態を評価するように設計された第１ａ／１ｂ相非盲検多施設グローバル用量漸増試験を記載する。
試験目的
本試験の目的は、単剤としてのおよびアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの安全性、忍容性、免疫応答および薬物動態を評価することである。
試験設計
第１ａ相
この試験の第１ａ相用量漸増コホートでは、患者に２１日間サイクルで漸増用量で静脈内（ＩＶ）注入によってＲＮＡワクチンを投与する。
第１ｂ相
本試験の第１ｂ相には、用量漸増コホート、探索コホート、拡大コホート、および連続生検を伴う拡大コホートが含まれる。
本試験の第１ｂ相用量漸増コホートでは、患者に２１日間サイクルで漸増用量で静脈内（ＩＶ）注入によってＲＮＡワクチンが投与される。患者はまた、２１日サイクルの１日目に１２００ｍｇのアテゾリズマブの固定用量を投与される。
本試験の第１ｂ相探索コホートでは、がん免疫療法（ＣＩＴ）で以前に治療されている非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）または黒色腫の患者に、２１日間サイクルでＩＶ注入によって最大耐量（ＭＴＤ）よりも低い用量でＲＮＡワクチンを投与する。患者はまた、２１日サイクルの１日目に１２００ｍｇのアテゾリズマブの固定用量を投与される。
本試験の第１ｂ相拡大コホートでは、以下の試験包含基準に記載されている適応症を有する患者に、２１日間サイクルでのＩＶ注入によってＭＴＤよりも低い複数の用量レベルでＲＮＡワクチンを投与する。患者はまた、２１日サイクルの１日目に１２００ｍｇのアテゾリズマブの固定用量を投与される。
本試験の連続的な生検を伴う第１ｂ相拡大コホートでは、以下の試験包含基準に記載されている腫瘍型を有するＣＩＴ未経験患者に、２１日間サイクルでのＩＶ注入によってＭＴＤよりも低い複数の用量レベルでＲＮＡワクチンを投与する。患者はまた、２１日サイクルの１日目に１２００ｍｇのアテゾリズマブの固定用量を投与される。
試験参加者
選択基準
以下の基準を満たす患者がこの試験に含まれる。
● ０、または１の、米国東海岸癌臨床試験グループ（ＥＣＯＧ）性能ステータス
● 少なくとも１つの利用可能な標準治療後に進行した、局所進行性、再発性、または転移性の不治の悪性腫瘍または標準的治療が、無効または容認されない、または不適切と考えられる悪性腫瘍の組織学的記録
● 固形腫瘍の応答評価基準バージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１）によって測定可能な疾患。
さらに、以下の適応症特異的基準を満たす患者が、本試験の第１ｂ相の探索または拡大コホートに含まれる。
● 非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療されていない、組織学的に確認された不治進行型ＮＳＣＬＣ患者。
● ＮＳＣＬＣコホート（ＣＩＴ治療）：抗ＣＴＬＡ－４治療を用いる、または用いない抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で以前に治療されている、組織学的に確認された不治進行型性ＮＳＣＬＣ患者。
● トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療されていない、組織学的に確認された不治進行型エストロゲン受容体（ＥＲ）ネガティブ、プロゲステロン受容体ネガティブ、およびヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）ネガティブの乳房腺癌（トリプルネガティブ）を有する患者。
● 結腸直腸がん（ＣＲＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療されていない、組織学的に確認された不治進行型の結腸または直腸の腺癌を有する患者。
● 頭頸部扁平上皮癌腫（ＨＮＳＣＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：組織学的に確認された手術不能の、局所進行型または転移性の、再発性または持続性のＨＮＳＣＣ（口腔、中咽頭、下咽頭、または喉頭）であって、治癒的治療に適しておらず、抗ＰＤＬ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療されていない患者。
● 尿路上皮癌腫（ＵＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で以前に治療されていない、腎盂、尿管、膀胱、および尿道を含む尿路上皮の組織学的に確認された不治の進行型移行細胞癌腫を有する患者。
● ＵＣコホート（ＣＩＴ治療）：抗ＣＴＬＡ－４治療を用いて、または用いずに抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療で以前に治療されている、腎盂、尿管、膀胱、および尿道を含む尿路上皮の組織学的に確認された不治の進行型移行細胞癌腫を有する患者。
● 腎細胞癌腫（ＲＣＣ）コホート（ＣＩＴ未経験）：以前に抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で治療されていない明細胞組織学の成分および／または肉腫様組織学の成分を有する組織学的に確認された不治の進行型ＲＣＣを有する患者。
● 黒色腫コホート（転移状況でＣＩＴ未経験）：転移性条件において抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療されていない、組織学的に確認された不治の進行型ＮＳＣＬＣを有する患者。
● 黒色腫コホート（ＣＩＴ治療）：抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１および／または抗ＣＴＬＡ－４治療で以前に治療された、組織学的に確認された不治の進行型ＮＳＣＬＣを有する患者。
さらに、以下の適応症特異的基準を満たす患者が、本試験の第１ｂ相の連続生検拡大コホートに含まれる。
● 患者は、上記の試験選択基準で指定された局所進行型または転移性固形腫瘍型の１つを有する。
● 患者は、重大な手技上の合併症の許容できないリスクなしに、合計２～３回の生検（治療前および治療中）または１回の生検（治療前の生検の代わりに保管組織が利用可能である場合、治療中）を可能にするアクセス可能な病変を有する。ＲＥＣＩＳＴ病変は生検されない。
除外基準
以下の基準を満たす患者がこの試験から除外される。
● 臨床的に重要な肝疾患。
● 以前の脾臓摘出。
● 既知の原発性免疫不全、細胞性免疫不全（例えば、ＤｉＧｅｏｒｇｅ症候群、Ｔ－ネガティブ重症複合免疫不全症［ＳＣＩＤ］）またはＴ－細胞およびＢ－細胞の複合免疫不全（例えば、Ｔ－およびＢ－ネガティブＳＣＩＤ、Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ症候群、毛細血管拡張性運動失調症、一般的可変免疫不全）のいずれか。
● 特に断らない限り、試験治療の開始前３週間以内の化学治療、ホルモン治療、または放射線治療を含む任意の抗がん治療：
● 特に断らない限り、事前のネオ抗原特異的または全腫瘍がんワクチン。
● サイトカインによる事前の治療は、この試験の最後の投与とサイクル１の１日目との間に、少なくとも６週間または薬剤の５半減期のいずれか短い方が経過したことを条件として許容される。
● 免疫チェックポイント阻害剤、免疫調節モノクローナル抗体（ｍＡｂ）および／またはｍＡｂ由来治療による事前の治療は、特に断らない限り、本試験の最後の投与とサイクル１の１日目との間に少なくとも６週間（第１ａ相）または３週間（第１ｂ相）が経過していることを条件として許容される。
● 第Ｉｂ相のＣＩＴ未経験拡大コホートでは、抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療および／または抗ＣＴＬＡ－４治療による事前の治療は許可されない。
● 第Ｉｂ相の黒色腫ＣＩＴ未経験拡大コホートでは、転移性条件における抗ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１治療および／または抗ＣＴＬＡ－４治療による事前の治療は許可されない。
● 特に断らない限り、事前治療の最後の投与と本試験のサイクル１の１日目との間に少なくとも薬物の５半減期または最低３週間が経過しているならば、トール様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）／トリプトファン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）の阻害剤、またはＯＸ４０のアゴニストを含む免疫調節剤による事前治療が可能である。
● 以前のＣＩＴに起因する免疫関連グレード４有害事象の任意の病歴（補充治療で管理される内分泌不全症または血清アミラーゼもしくはリパーゼの無症候性上昇以外）
● 以前の免疫療法剤の永続的な中断をもたらした、および／または本試験のサイクル１の１日目の６ヶ月以内に発生した、以前のＣＩＴ（補充治療で管理された甲状腺機能低下症以外）に起因する免疫関連グレード３有害事象の病歴。
● 脱毛症、白斑、または補充治療で管理された内分泌障害を除いて、グレード１以下に回復していない以前の抗がん治療からの有害事象。
● ベースラインまで完全に回復していなければならない以前のＣＩＴ（補充治療で管理された内分泌不全症または安定白斑以外）に関連する全ての免疫関連有害事象。
● 原発性中枢神経系（ＣＮＳ）悪性腫瘍、未治療ＣＮＳ転移または活性ＣＮＳ転移（進行しているか、または症状管理のためのコルチコステロイドを必要としている）：
● 本試験のサイクル１の１日目より前の５年以内に試験中の疾患以外の悪性腫瘍（転移または死亡のリスクが無視できるものを除く）。
● 髄膜疾患。
● 患者はまた、疾患がスクリーニング前に２週間超にわたって臨床的に安定しているという証拠なしに、手術および／または放射線で確定的に治療されていない、または以前に診断および治療された脊髄圧迫を有していてはならない。
● 制御されない高カルシウム血症、胸水、心膜滲出液、または再発性排液処置を必要とする腹水、または腫瘍関連疼痛。
● 特に断らない限り、自己免疫疾患の病歴。
● 本試験のサイクル１、１日目の前の３週間以内のモノアミンオキシダーゼ阻害剤（ＭＡＯＩ）による治療
● 本試験のサイクル１、１日目の前の２週間以内の全身性の免疫抑制薬剤による治療
● スクリーニング用胸部コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンでの特発性肺線維症、肺臓炎、器質化肺炎の病歴、または活動性肺臓炎の証拠；ヒト免疫不全ウイルス感染の陽性試験；活動性Ｂ型肝炎またはＣ型肝炎；活動性または潜伏結核感染；または本試験のサイクル１の１日前の４週間以内の重度の感染症。
● 事前の同種骨髄移植または事前の固形臓器移植
試験結果の測定
本試験の主要結果の尺度には以下が含まれる。
● 用量制限毒性（ＤＬＴ）を有する患者のパーセンテージを、本試験の第１ａ相の１～１４日目および本試験の第１ｂ相の１～２１日目から評価した。
● ＲＮＡワクチンの最大耐量（ＭＴＤ）および推奨される第２相用量（ＲＰ２Ｄ）を、本試験の第１ａ相の１～１４日目および本試験の第１ｂ相の１～２１日目から評価した。
● ベースラインから本試験の終了まで評価した有害事象（ＡＥ）を有する患者のパーセンテージ。ＡＥの重症度は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＣＩ）Ｃｏｍｍｏｎ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ａｄｖｅｒｓｅ Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）バージョン５．０に従って評価する。
● ベースラインから本試験の終了まで評価した免疫媒介有害事象（ｉｍＡＥ）（ＮＣＩ ＣＴＣＡＥバージョン５．０）を有する患者のパーセンテージ。
● 患者が受けた治療サイクルの数を、ベースラインから試験終了まで評価した。
● ＲＮＡワクチンの用量強度を、ベースラインから本試験終了まで評価した。
● ベースラインから本試験終了まで評価したバイタルサイン、臨床検査結果およびＥＣＧのベースラインからの変化。
本試験の二次結果の尺度には以下が含まれる：
● （Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパナミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）の血漿濃度を注入前から治療中止まで評価した。
● リボ核酸（ＲＮＡ）の血漿濃度を注入前から治療中止まで評価した。
● アテゾリズマブの血漿濃度を注入前から治療中止２ヶ月後まで評価した。
● 注入前から治療中止まで評価した、末梢血中の抗原特異的Ｔ細胞応答の誘導を有する患者のパーセンテージ。
● 免疫関連サイトカインのレベルを、事前注入から治療中止まで評価した。
● ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）の客観的奏効を有する患者のパーセンテージを、ベースラインから試験治療の最後の投与の９０日後または他の全身性抗がん治療の開始のいずれか早い方まで評価した。
● ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による奏効期間（ＤｏＲ）が実証されたＣＲまたはＰＲの最初の発生から、任意の原因による疾患進行または死亡まで、どちらが先に発生するかにかかわらず評価される。
● 免疫改変ＲＥＣＩＳＴによるＣＲまたはＰＲの客観的奏効を有する患者のパーセンテージを、ベースラインから試験治療の最後の投与の９０日後または他の全身性抗がん治療の開始のいずれか早い方まで評価した。
● 免疫改変ＲＥＣＩＳＴによるＤｏＲを、実証されたＣＲまたはＰＲの最初の発生から、任意の原因による疾患進行または死亡まで、どちらが先に発生するかにかかわらず評価する。
● ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による無増悪生存（ＰＦＳ）を、ベースラインから試験治療の最後の投与の９０日後または他の全身性抗がん治療の開始のいずれか早い方まで評価した。
● 全生存（ＯＳ）を、ベースラインから試験治療の最後の投与の９０日後または他の全身性抗がん治療の開始のいずれか早い方まで評価した。
● アテゾリズマブに対する抗薬物抗体（ＡＤＡ）を有する患者の割合事前注入から治療中止後２ヶ月まで評価した。
実施例２：局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者における単剤としてのおよびアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの第Ｉａ／Ｉｂ試験
体細胞変異から生じたネオ抗原は、免疫系によって異物として認識され得るので、がん免疫治療の魅力的な標的である。ＲＮＡリポプレックスワクチンを、ネオ抗原に対するＴ細胞応答を刺激するように設計した。実施例１に記載されるように、ＲＮＡワクチンのファーストインヒト第Ｉａ相試験を、局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者において行った。
ＲＮＡワクチンは、患者ごとに製造され、最大２０の腫瘍特異的ネオエピトープを含有していた。ＲＮＡワクチンの９つの用量を、１２サイクル誘導段階中および、維持段階中２４週間ごとに毎週、または２週間に１回、全身静脈内投与した。特に、ＲＮＡワクチンは、４回の２１日サイクルで、誘導段階中：サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に投与される。誘導段階後の維持段階中、ＲＮＡワクチンは、サイクル１３の１日目、およびその後２４週間または１６８日ごとに１回、投与された。追加の詳細については、実施例１を参照されたい。
第Ｉａ相試験では、２９人の患者が２５～１００μｇの範囲の用量でコホートに登録した。最も一般的な腫瘍型は、ＨＲ＋／ＨＥＲ２＋乳がん、前立腺がんおよび卵巣がんであった。以前の治療の数の中央値は５（範囲１～１７）であった。患者の３４％が事前の免疫治療を受けた。殆どの患者はＰＤ－Ｌ１発現が低かった（腫瘍細胞上で５％未満のＰＤ－Ｌ１発現を有する９７％の患者、免疫細胞上で５％未満の発現を有する９３％の患者）。受けたＲＮＡワクチンの投与回数の中央値は６回であり；患者の２８％は、６週間の治療を完了する前にＰＤのために中断した。有害事象（ＡＥ）の大部分はグレード１～２であった。患者の２０％以上に生じるＡＥには、注入関連反応（ＩＲＲ）／サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、疲労、悪心および下痢が含まれた。ＩＲＲ／ＣＲＳは一過性および可逆的であり、主にグレード１～２の悪寒および発熱として示された。グレード３のＣＲＳの単一のＤＬＴが１００μｇ用量レベルで生じた。ＡＥが原因でＲＮＡワクチンを中止した患者はいなかった。
ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの自然免疫アゴニスト活性と一致して、各用量で炎症促進性サイトカインのパルス放出を誘導した。ＲＮＡワクチン誘導性ネオ抗原特異的Ｔ細胞応答が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって１６人の患者のうち１４人（８７％）の末梢血で観察された。ＭＨＣ多量体分析は、末梢血中のメモリー表現型を有する最大５％のネオエピトープ特異的ＣＤ８Ｔ細胞の誘導を示した。
治療後の腫瘍生検において、複数のネオ抗原に対するＲＮＡワクチン誘導性Ｔ細胞が検出された。少なくとも１つの腫瘍評価を受けた２６人の患者のうち、胃がんを有する１人の患者（４％）は１０ヶ月以上継続してＣＲの応答を有し、１１人の患者（４２％）はＳＤを有していた。
ＲＮＡワクチンは、臨床的に関連するターンアラウンド時間を有する個々の患者のために製造することができる。本試験では、ＲＮＡワクチンは、その作用機序と一致する管理可能な安全性プロファイルを有し、低および中程度の変異負荷腫瘍型を有する患者において強いネオ抗原特異的免疫応答を誘導した。
実施例１にさらに記載されるように、ＲＮＡワクチンのファーストインヒト第Ｉｂ相試験を、抗ＰＤ－Ｌ１抗体アテゾリズマブと組合わせて、局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者において行った。
ＲＮＡワクチンを上記のように投与した。アテゾリズマブを各２１日間の投与サイクルの１日目に投与した。追加の詳細については、実施例１を参照されたい。
１３２人の患者を、１２００ｍｇのアテゾリズマブと組み合わせた１５μｇ～５０μｇのＲＮＡワクチンの範囲の用量でコホートに登録した。最も一般的な腫瘍型は、ＮＳＣＬＣ、ＴＮＢＣ、黒色腫および結腸直腸がん（ＣＲＣ）であった。以前の治療の数の中央値は３（範囲１～１１）であった。患者の３９％は事前の免疫治療を受けた。殆どの患者はＰＤ－Ｌ１発現のレベルが低かった（腫瘍細胞上で５％未満のＰＤ－Ｌ１発現を有する９３％の患者、免疫細胞上で５％未満のＰＤ－Ｌ１発現を有する７９％の患者）。受けたＲＮＡワクチンの投与回数の中央値は８であり；患者の１６％は、６週間の治療を完了する前にＰＤのために中止した。有害事象（ＡＥ）の大部分はグレード１～２であった。患者の１５％以上に生じるＡＥには、注入関連反応（ＩＲＲ）／サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、疲労、悪心および下痢が含まれた。ＩＲＲ／ＣＲＳは一過性および可逆的であり、主にグレード１～２の悪寒および発熱として示された。ＤＬＴはなかった。７人の患者（５％）は、試験薬物に関連するＡＥのために治療を中止した。
ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの自然免疫アゴニスト活性と一致して、各用量で炎症促進性サイトカインのパルス性放出を誘導した。ＲＮＡワクチン誘導性ネオ抗原特異的Ｔ細胞応答が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって４９人の患者のうち３７人（７７％）の末梢血で観察された。メモリー表現型を有する最大６％のＭＨＣ多量体染色ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が末梢血において観察された。治療後の腫瘍生検において、複数のネオ抗原に対するＲＮＡワクチン誘導性Ｔ細胞が検出された。少なくとも１回の腫瘍評価を受けた１０８名の患者のうち、９名が応答し（ＯＲＲ８％、１のＣＲを含む）、５３名の患者がＳＤを有した（４９％）。
アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンは、試験薬物の作用機序と一致する管理可能な安全性プロファイルを有し、有意なレベルのネオ抗原特異的免疫応答を誘導した。
要約すると、本明細書に記載の第Ｉａ相および第Ｉｂ相試験は、黒色腫、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、ＴＮＢＣ、腎がん、頭頸部がん、肉腫の患者を含む非登録シグナルを求める試験であった。実施例１に示すように、試験は、事前チェックポイント阻害剤レジメンありおよびなしの両方の患者を登録するように設計された。本試験の主な目的は、安全性（用量制限毒性を含む）を評価することであり、さらなる目的には、免疫原性の評価および抗腫瘍活性の予備評価が含まれた。試験には、第１ａ相（単独治療）用量漸増、第１ｂ相（組合せ）用量漸増、および複数の第１ｂ相拡大コホートが含まれた。患者は、ＲＮＡワクチンの９つの用量を、誘導段階中に毎週、および２週間に１回、および維持段階中に８サイクルごとに全身静脈内投与した。試験の第１ｂ相部分では、アテゾリズマブを各２１日間サイクルの１日目に投与した。
ＲＮＡワクチンは、がん突然変異プロファイルのインハウス決定、ネオ抗原の計算予測、およびリポソームに製剤化されたＲＮＡ（ＲＮＡ－ＬＰＸ）に基づくワクチンの設計および製造を含んで患者ごとに製造した。各ワクチンは、最大２０の腫瘍特異的ネオエピトープを含有していた。重要なことに、臨床診療に適合するターンアラウンド時間内での個々の患者のためのワクチンの製造は、低いまたは中程度の腫瘍変異負荷を有するものを含む範囲の腫瘍型にわたって臨床生検または日常的な臨床検体を使用して実行可能であることが示された。
予備的な臨床結果を、第１ａ相試験の２９名の患者および第１ｂ相試験の１３２名の患者から評価した。第１ａ相患者は中央値５の事前治療（範囲１～１７）を受けており、第１ｂ相患者は中央値３の事前治療（範囲１～１１）を受けていた。ＲＮＡワクチンは、アテゾリズマブの有無にかかわらず、発熱および悪寒として現れる注入関連反応／サイトカイン放出症候群などの主に一過性および可逆性のグレード１およびグレード２の有害事象を伴う管理可能な安全性プロファイルを有していた。相補的定量的イムノアッセイによる分析は、アテゾリズマブの有無にかかわらず、ＲＮＡワクチンが、低および中程度の変異負荷の腫瘍を有する患者を含めて、強いネオエピトープ特異的免疫応答を誘導することを示した。ワクチン誘導性ネオ抗原特異的Ｔ細胞をワクチン後生検で検出した。以前のチェックポイント阻害剤レジメンありおよびなしの両方の患者を含む限られた数の患者における客観的奏効を含めて、安定疾患の最良応答がＲＮＡワクチン治療患者のほぼ半分で観察された。これは、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの臨床活性のレベルを示すが、チェックポイント阻害剤に加えてＲＮＡワクチンの個々の寄与を評価するためにはランダム化データが必要である。
さらに、転移性黒色腫を有する患者における手術の補助としてのＲＮＡワクチンの以前の試験に基づいて、理論に拘束されることを望まないが、ＲＮＡワクチンは、より低い腫瘍負荷を有する患者における転移性再発を制御するために潜在的に十分に適していると考えられる。
実施例３：局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者における単剤としてのおよびアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの免疫応答
実施例１および２に記載されるように、単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）およびアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）のファーストインヒト第Ｉａ相試験および第Ｉｂ相試験を、局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者において行った（図４）。ＲＮＡワクチンは、患者ごとに製造され、最大２０の腫瘍特異的ネオエピトープ（例えば、図１０ＡおよびＴｕｒｅｃｉら（２０１６）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃ Ｒｅｓ，２２（８）：１８８５－９６；Ｖｏｒｍｅｈｒら（２０１９）、Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｍｅｄ，７０：３９５～４０７；およびＳａｈｉｎら（２０１８）Ｓｃｉｅｎｃｅ，３５９（６３８２）：１３５５－１３６０参照）を含有していた。本実施例は、ＲＮＡワクチン単独およびアテゾリズマブと組み合わせて誘導された自然およびネオ抗原特異的免疫応答を評価する試験の結果を記載する。
材料および方法
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
バルク末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）または分離したＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＲＮＡワクチンにおける最大２０の個々のネオ抗原標的に対応する重複ペプチドによってインビトロで刺激した。一晩刺激した後、ＥＬＩＳＰＯＴ法を使用してＩＦＮｇ産生を評価した。このアッセイにおけるスポットの数は、ＰＢＭＣ中または分離したＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞中のネオ抗原特異的Ｔ細胞の頻度に対応する。各ネオ抗原標的を二重ウェルで試験した。ネオ抗原ペプチドを含まない内部対照を使用して、アッセイにおけるポジティブな染色を定義した。具体的には、試験ウェル中のスポットの平均数が１５を超え、対照ウェルと統計学的に有意に差がある場合、ポジティブな反応と指定した。ＲＮＡワクチン特異的応答を定義するために、ＲＮＡワクチンでの治療後に得られた試料からのスポットの数を、同じネオ抗原についてベースライン試料（ＲＮＡワクチン治療前）と比較した。ポジティブヒットを、治療後試料におけるポジティブな反応およびベースライン試料におけるネガティブな反応、またはベースライン試料もポジティブであった場合の治療後試料におけるベースラインスポット数の２倍の増加と定義した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ法の図を図６に示す。
ｐＭＨＣ多量体アッセイ
個々のｐＭＨＣ多量体を、患者のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に基づき、ＲＮＡワクチンで使用されるネオ抗原標的中の予測エピトープに由来するペプチドを使用して、各患者に対して設計した。凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）染色に使用した。各試料を、ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の表現型を定義するための複数のｐＭＨＣ多量体および追加の抗体で染色した。ＦＡＣＳパネルは、（染色の特異性を高めるために）各ネオ抗原が２つの異なるフルオロフォアで標識された２つのｐＭＨＣ多量体を有するように設計した。ＣＤ８＋Ｔ細胞をＰＢＭＣ間でゲートし、各ネオ抗原について２つの異なるフルオロフォアで標識された２つのｐＭＨＣ多量体による染色について分析した。任意の所与のＣＤ８＋Ｔ細胞がポジティブな染色（すなわち、ネオ抗原特異的）と呼ばれるためには、２つの異なるフルオロフォアで標識されたｐＭＨＣ多量体の両方についてポジティブに染色され、ＦＡＣＳヒストグラムの右上象限に入る必要があった。ｐＭＨＣ多量体染色アッセイ法の図を図８に示す。
結果
自然免疫応答
単剤療法（第Ｉａ相）として、またはアテゾリズマブと組み合わせら（第Ｉｂ相）、ＲＮＡワクチンによって誘導された自然免疫応答をＲＮＡワクチンおよびアテゾリズマブの治療開始前および投与後の複数の時点で酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）分析を使用して血漿中のサイトカイン（例えば、ＩＦＮｇまたはＩＦＮａ）のレベルを測定することによって評価した。
第Ｉａ相試験について図５Ａに示されるように、第Ｉａ相試験において２５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者は、血漿ＩＦＮｇレベルにおけるパルス状の上昇を示した（５名の患者からの結果が示される）。加えて、ＲＮＡワクチンの各投与後４時間での血漿ＩＦＮｇレベルは用量依存的様式で増加した（図５Ｂ）。ＲＮＡワクチンの各投与後４時間でのＩＦＮａレベルは用量依存的様式で増加した（図５Ｃ）。５０μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与した数人の患者はステロイドを受け、２５μｇへとの用量が低下した。
第Ｉｂ相試験の患者におけるＲＮＡワクチンの各投与の４時間後にサイトカインレベルも評価した。加えて、図５Ｂ～５Ｃに示すように、ＲＮＡワクチンの各投与後４時間での血漿ＩＦＮｇレベルおよびＩＦＮａレベルは用量依存的様式で増加した。
全体として、これらの結果は、ＲＮＡワクチンを単剤療法として、またはアテゾリズマブと組み合わせて投与すると、ＴＬＲ７／８アゴニズムを介した自然免疫刺激薬としてのＲＮＡワクチンの提案された機能と一致して、堅牢で用量依存的な自然免疫活性化がもたらされることを示した（例えば、図１０Ａ～１０Ｂを参照されたい。）。さらに、自然免疫応答は、ＲＮＡワクチン単剤療法と比較して、ＲＮＡワクチンとアテゾリズマブの組み合わせによって増強された（図５Ｂ～５Ｃ）。この効果は、２５μｇ ＲＮＡワクチン用量で最も顕著であった。ＩＬ－６およびＩＬ－１２を含む他のサイトカインについても同様の結果が観察された（データは示さない）。
ネオ抗原特異的免疫応答
単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）またはアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）の投与後のネオ抗原特異的免疫応答を、エクスビボＥｌｉｓｐｏｔアッセイ（図６）およびＭＨＣ多量体染色アッセイ（図８）を用いて評価した。
ＥＬＩＳｐｏｔアッセイ
単剤療法としてのＲＮＡワクチン（第Ｉａ相）またはアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチン（第Ｉｂ相）の投与後のネオ抗原特異的免疫応答を、サイクル４、１日目においてエクスビボＩＦＮｇ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイ（図６）を用いて最初に評価した。
図７Ａに示すように、ＲＮＡワクチンを単剤療法として投与した患者（第Ｉａ相）は、幅（すなわち、免疫応答を誘導した抗原の数）が様々なネオ抗原特異的免疫応答を示した。例えば、１００μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者１は、１０の抗原のうちの１つ（１０％）に対してネオ抗原特異的免疫応答を示した。他の実施例において、７５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者２は、２０の抗原のうちの４つ（２０％）に対してネオ抗原特異的免疫応答を示した。
ＲＮＡワクチンをアテゾリズマブと組み合わせて投与した患者（第Ｉｂ相）もまた、幅（すなわち、免疫応答を誘導した抗原の数）が様々なネオ抗原特異的免疫応答を示した。例えば、図７Ｂに示すように５０μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者１１は、２０の抗原のうちの１つ（５％）に対してネオ抗原特異的免疫応答を示した。他の実施例において、２５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者２０は、２０の抗原のうちの７つ（３５％）に対してネオ抗原特異的免疫応答を示した。
観察されたネオ抗原特異的免疫応答の規模も、第Ｉｂ相試験の患者について決定した。図７Ｃに示されるように、免疫応答を誘導した各ネオ抗原に対するＩＦＮｇ形成スポットの数は変動した。患者２７は、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイによるいかなるポジティブなネオ抗原ヒットも有さなかったが、ｐＭＨＣ多量体染色アッセイによる１つのポジティブなネオ抗原ヒットを示した（下記参照）。図７Ｃの患者２０および１４について示されているデータは、各ネオ抗原ヒットに対するＣＤ４スポットおよびＣＤ８スポットの両方を含む。患者１２のデータはＣＤ４＋Ｔ細胞応答を示す。さらに、図７Ｄおよび表３に示すように、観察された免疫応答の中央値の規模は、ＲＮＡワクチン用量内およびＲＮＡワクチン用量間で患者間で変動した。
Figure 2023512654000009
一例において、ＲＮＡワクチンを２５μｇの用量でアテゾリズマブと組み合わせて投与したＣＩＴ未経験トリプルネガティブ乳がん患者から得られたバルクＰＢＭＣに対して実施したＩＦＮｇ ＥｌｉＳｐｏｔアッセイ（第Ｉｂ相；患者２２）は、抗原Ｒ６およびＲ８がサイクル４、１日目にネオ抗原特異的免疫応答をもたらしたことを示した（図９Ａ）。対照的に、ネオ抗原Ｒ３はポジティブヒットとして検出されなかった。
ｐＭＨＣ多量体アッセイ
患者２２（図９Ａ参照）におけるネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答もまた、完全定量的ペプチドＭＨＣ（ｐＭＨＣ）多量体染色アッセイを使用して評価した（図８）。
図９Ｂに示すように、図９Ａに示すバルクＰＢＭＣ ＥｌｉＳｐｏｔアッセイと一致して、ｐＭＨＣ多量体染色アッセイを使用して、ネオ抗原Ｒ８に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞応答を検出した。ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答の動態は、ピーク応答（すなわち、約５．６７％のネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞）が約３～約６ワクチン用量で発生し、免疫応答がＣ７Ｄ１の用量によって増強されることを示唆した（図９ＢのＣ８Ｄ１参照）。サイクル３、１日目のネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって発現されたマーカーの分析は、集団がＣＤ４５＋ＲＡ＋エフェクターメモリー細胞（ＴＥＭＲＡ；１．１８％）、セントラルメモリー細胞（Ｔｃｍ；１．２８％）およびエフェクターメモリー細胞（Ｔｅｍ；９３．１０％）を含むことを示した（図９Ｃ）。さらに、ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の９９．１％がＰＤ－１＋であった（図９Ｄ）。
ネオ抗原Ｒ８で観察された結果とは対照的に、図９Ａに示すバルクＰＢＭＣ ＥｌｉＳｐｏｔアッセイではネオ抗原Ｒ３をポジティブヒットとして検出することができなかったが、ｐＭＨＣ多量体アッセイを使用してネオ抗原Ｒ３に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞応答を検出した（図９Ｅ）。ネオ抗原Ｒ３に対するネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答の動態は、ピーク応答（すなわち、約０．２７％のネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞）が約３～約６ワクチン用量で発生すれることを示唆した。サイクル３、１日目のネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって発現されたマーカーの分析は、集団がＣＤ４５＋ＲＡ＋エフェクターメモリー細胞（ＴＥＭＲＡ；１．０８％）、およびエフェクターメモリー細胞（Ｔｅｍ；９５．７％）を含むことを示した（図９Ｆ）。さらに、ネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の１００．００％がＰＤ－１＋であった（図９Ｇ）。
全体として、これらの結果は、ネオ抗原特異的Ｔ細胞応答が、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの投与後にＥｌｉＳｐｏｔアッセイならびにｐＭＨＣ多量体アッセイで検出されたこと、およびＲＮＡワクチンによって誘導されたＣＤ８＋Ｔ細胞の規模が末梢血において５％超に達し得ることを示した（例えば、最大約６％）。さらに、結果は、ｐＭＨＣ多量体アッセイがＥｌｉＳｐｏｔアッセイと比較してより高い感度を有することを示唆した。さらに、ＲＮＡワクチンによって誘導されたネオ抗原特異的免疫応答には、ＰＤ－１（すなわち、ＰＤ－１＋）の高発現を有し、主にエフェクターメモリー表現型を有するＣＤ８＋Ｔ細胞が含まれた。これらの結果は、ＲＮＡワクチンが長時間持続するネオ抗原特異的免疫応答をもたらすことを示唆した。
考察
本実施例に示された結果は、ＲＮＡワクチンの単剤療法またはアテゾリズマブとの組み合わせのいずれかとしての投与が、強い自然免疫活性化ならびにネオ抗原特異的免疫応答をもたらしたことを示した。これらの結果は、ＲＮＡワクチンの提案された作用機序と一致しており、これは、図１０Ａ～１０Ｂに示されるように、自然免疫刺激（例えば、内因性ＴＬＲ７／８アゴニズム）を介して、ならびに樹状細胞によるネオ抗原の提示後にネオ抗原特異的Ｔ細胞応答（例えば、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答）を刺激することの両方によって作用すると考えられている（例えば、Ｋｒａｎｚら（２０１６）、Ｎａｔｕｒｅ、１６；５３４（７６０７）：３９６－４０１）を参照のこと。
実施例４：局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者における単剤としてのＲＮＡワクチンの第Ｉａ試験からのさらなる結果
本実施例は、実施例１～３に記載の局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者における単剤療法としてのＲＮＡワクチンの第Ｉａ相試験の追加の安全性および有効性の結果を提供する。
図４に示すように、第Ｉａ相用量漸増試験の患者には、２５μｇ～１００μｇ（２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、７５μｇ、および１００μｇ）の範囲の用量でＲＮＡワクチンを投与した。初期治療（誘導段階）中、ＲＮＡワクチンを２１日間サイクルで投与した。誘導段階（開始段階）の間、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与された。初期治療後の維持段階に、ＲＮＡワクチンをサイクル１３の１日目に投与し、その後、疾患進行まで８サイクルごと（すなわち、その後２４週間ごと、またはその後１６８日ごと）に投与した。
患者の人口統計および疾患の特徴
表４に示すように、本試験における患者の年齢の中央値は５９歳であり、殆どの患者は女性（６５％）であった。患者の５５％が１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有し、患者の４５％が０のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有した。最も一般的な腫瘍型は、乳がん（ＨＥＲ２＋またはＨＲ＋）、前立腺がん、卵巣がん、骨肉腫、子宮内膜がん、胃がんおよび軟部組織肉腫であった。患者は、転移性疾患のための５つの事前全身治療の中央値を受けており、患者の３２％は、チェックポイント阻害剤による事前治療を受けていた。さらに、９０％の患者が、５％未満の腫瘍浸潤免疫細胞および腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有し、１０％の患者が、５％以上の腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有していた。
Figure 2023512654000010
露光および配置
表５に示すように、第Ｉａ相の全患者の治療期間の中央値は４３日であった。治療中、１００μｇ ＲＮＡワクチン用量で一用量制限毒性（ＤＬＴ）が観察された（グレード３サイトカイン放出症候群）。ＲＮＡワクチンの用量減少は、３８μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された一人の患者で生じた。全体として、２９人の患者が治療を中止しており、１２人が第Ｉｂ相への交差のため、１１人が疾患進行のため、５人が試験中止のためである。研究中の８人の患者は、６週間の治療を完了する前に疾患進行のために治療を中断した。
Figure 2023512654000011
安全性
図１１は、患者の１０％超で発生する最も一般的なＡＥの要約を提供する。患者の１０％超に生じる最も一般的な試験治療関連ＡＥは、注入関連反応およびサイトカイン放出症候群を含む全身反応であった。患者の１０％超に生じる他のＡＥには、疲労、下痢、嘔吐、悪心、筋痛、呼吸困難、脱水、四肢痛、食欲不振、便秘および腹痛が含まれた。悪性腫瘍進行の重篤な有害事象（ＳＡＥ）が１６％の患者で報告された（データは示さない）。
殆どの全身反応は、ＲＮＡワクチンの注入後約２～４時間以内に起こり、約１～２時間以内に消散した。表６は、５％以上の患者で起こる全身反応の個々の徴候および症状の概要を提供する。低血圧症および低酸素症の殆どの事象は、グレード３の低血圧症およびグレード３の低酸素症の症状を有するＤＬＴ事象を除いて、グレード２であった。
Figure 2023512654000012
全体として、安全性の結果は、ＲＮＡワクチンが一般的に忍容性が良好であり、治療関連ＡＥは、低悪性度サイトカイン放出症候群、注入関連反応、またはインフルエンザ様症状として現れる主に一過性の全身反応であることを示した。全身反応は一過性であり、一般的に外来条件で管理可能であった。最大耐量（ＭＴＤ）に達しなかった。
自然免疫応答
単剤療法としてのＲＮＡワクチンによる治療は、各ＲＮＡワクチン用量で血漿中で測定された炎症促進性サイトカインのパルス放出を誘導した。例えば、図１２Ａ～図１２Ｂに示すように、２５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与された患者は、各ＲＮＡワクチン投与後にＩＦＮγのパルス状放出を示した。２５μｇの用量でＲＮＡワクチンを投与した患者におけるＩＬ－６およびＩＦＮαのパルス状放出の同様のパターンも観察された（図１３）。観察される炎症促進性サイトカインのＲＮＡワクチン誘導性パルス状放出は、ＲＮＡワクチンの提案される自然免疫アゴニスト活性と一致していた。
ネオ抗原特異的免疫応答
エクスビボでのネオ抗原特異的Ｔ細胞応答を、評価した患者の８６％において、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイ（例えば、図６を参照されたい。）およびＭＨＣ多量体染色アッセイ（例えば、図８を参照されたい）によって検出した（図１４Ａ）。患者におけるネオ抗原特異的応答の数の中央値は２（１～５の範囲）であった（図１４Ｂ）。
７５μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療した前立腺がん患者の腫瘍におけるＴ細胞受容体配列決定によるＴ細胞受容体の分析は、ＲＮＡワクチンでの治療後にのみ腫瘍にネオ抗原特異的Ｔ細胞が存在することを示した（図１５）。これらの結果は、ＲＮＡワクチンが、ＲＮＡワクチンによって刺激されたＴ細胞の腫瘍への浸潤を誘導することを示唆した。
３８μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療された前立腺がん患者のネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を、完全定量的ペプチドＭＨＣ（ｐＭＨＣ）多量体染色アッセイを使用して末梢血で経時的に分析した（図８）。図１６Ａに示すように、末梢血中のＣＤ８＋ネオ抗原特異的Ｔ細胞は経時的に増加し、サイクル４、１日目に４．７％に達した。サイクル４、１日目においてネオ抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞集団によって発現されたマーカーの分析により、それらの細胞の８７．７％がエフェクターメモリーＴ細胞表現型（Ｔｅｍ；図１６Ｂ）を有し、細胞の９９．６％がＰＤ－１＋（図１６Ｃ）であることが明らかになった。
観察されたＲＮＡワクチン誘導性ネオ抗原特異的免疫応答は、ネオ抗原提示の刺激因子としてのＲＮＡワクチンの提案された機能と一致していた。
臨床活性
図１７は、単剤療法としてＲＮＡワクチンで治療された患者で観察された臨床応答の要約およびベースラインからの最長直径の合計（ＳＬＤ）の最良変化率を示す。５０μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療した胃がんを有する一人の患者は完全奏効（ＣＲ）を示した。この患者は、ＲＮＡワクチンを投与する前に３つの事前の治療（チェックポイント阻害剤を含まない）を受けており、ＲＮＡワクチン治療を継続して１．５年間追跡調査されている。図１８に示すように、この患者は、試験のサイクル４、１日目に、抗原Ｒ４、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１２およびＲ１５に対するＩＦＮγ ＥｌｉＳｐｏｔアッセイによって測定されたネオ抗原特異的免疫応答を示した。
考察
本実施例に記載される結果は、２５μｇ～１００μｇの範囲の用量で単剤療法として投与されたＲＮＡワクチンが一般に忍容性が高いことを示した。治療中の免疫モニタリングは、ＲＮＡワクチンが、投与された各用量での炎症促進性サイトカインのパルス性放出、ネオ抗原特異的Ｔ細胞免疫応答、および１人の患者の腫瘍への刺激Ｔ細胞の浸潤を誘導することを示した。さらに、臨床的有効性の結果は、ＲＮＡワクチンが１名の患者において完全奏効をもたらしたことを示した。全体として、これらの結果は、自然免疫応答およびネオ抗原提示の刺激因子としてのＲＮＡワクチンの提案された二重の作用機序と一致している（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照されたい）。
実施例５：局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者におけるアテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの第Ｉｂ試験からのさらなる結果
本実施例は、実施例１～３に記載の局所進行型または転移性固形腫瘍を有する患者におけるアテゾリズマブと組み合わせて投与されたＲＮＡワクチンの第Ｉｂ相試験のさらなる安全性および有効性の結果を提供する。
図４に示すように、第Ｉｂ相試験において、患者は１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、または５０μｇの用量のＲＮＡワクチンを、１２００ｍｇのアテゾリズマブと組み合わせて投与された。第Ｉｂ相試験には、ＲＮＡワクチン用量の用量漸増段階と、表示されたチェックポイント阻害剤未経験または経験した腫瘍型を有する患者にアテゾリズマブと組み合わせてＲＮＡワクチンを投与する拡大段階とを含んでいた。誘導段階（開始段階）の間、ＲＮＡワクチンは、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に個体に投与された。初期治療後の維持段階に、ＲＮＡワクチンをサイクル１３の１日目に投与し、その後、疾患進行まで８サイクルごと（すなわち、その後２４週間ごと、またはその後１６８日ごと）に投与した。アテゾリズマブは、疾患進行（図４参照）まで、サイクル１～１２のそれぞれの１日目、サイクル１３の１日目、およびその後３週間ごと（すなわち、その後２１日ごと）に投与した。各サイクルは２１日間であった。
患者の人口統計および疾患の特徴
表７に示すように、用量漸増期では、患者の年齢の中央値は５７．５歳であり、患者の５６．６％は男性であった。患者の５０％が０のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有し、患者の５０％が１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有した。用量漸増段階における最も一般的な腫瘍型は、結腸がん（３０％）、直腸がん（１６．７％）、腎がん（１０％）およびトリプルネガティブ乳がん（１０％）であった。転移性疾患に対する以前の全身治療の数の中央値は４（範囲：１～９）であり、患者の４３．３％がチェックポイント阻害剤による事前の治療を受けていた。８０％の患者が、５％未満の腫瘍浸潤免疫細胞および腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有し、１６．７％の患者が、５％以上の腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有していた。
Figure 2023512654000013
表８に示すように、拡大期において、年齢の中央値は、チェックポイント阻害剤で以前に治療された患者（ＣＰＩ経験）については６１．５歳、ＣＰＩ未経験患者については５７．５歳であった。ＣＰＩ経験患者の５９．５％およびＣＰＩ未経験患者の４３．１％は男性であった。ＣＰＩ経験患者の４５．２％およびＣＰＩ未経験患者の５２．８％が０のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有し、ＣＰＩ経験患者の５４．８％およびＣＰＩ未経験患者の４７．２％が１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有していた。ＣＰＩ経験患者における最も一般的な腫瘍型は、非小細胞肺がん（７１．４％）および黒色腫（１９％）であった。ＣＰＩ未経験患者における最も一般的な腫瘍型は、非小細胞肺がん（１３．９％）、黒色腫（１２．５％）、腎細胞がん（３３．３％）および尿路上皮がん（１３．９％）であった。ＣＰＩを経験した患者は、転移性疾患のために中央値３回の事前全身治療を受けていたが、ＣＰＩ未経験の患者は、転移性疾患のために中央値２回の事前全身治療を受けていた。５０％のＣＰＩ経験患者が、５％未満の腫瘍浸潤免疫細胞および腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有し、２８．６％の患者が、５％以上の腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有していた。７５％のＣＰＩ未経験患者が、５％未満の腫瘍浸潤免疫細胞および腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有し、１３．９％の患者が、５％以上の腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞においてＰＤ－Ｌ１発現を有していた。
Figure 2023512654000014
暴露および配置
表９は、第Ｉｂ相試験における患者の治療曝露および患者の配置の概要を提供する。ＲＮＡワクチンによる治療期間の中央値は５７日であり、アテゾリズマブによる治療期間の中央値は６６日であった。合計６回のＲＮＡワクチン用量減少および１回のＲＮＡワクチン中止が発生した。患者の７６．８％は両方の試験治療を中止しており、患者の２３．２％は治療を継続している。ＲＮＡワクチンの中断の６３．４％が疾患進行に起因して起こり、３．５％が死亡に起因して起こり、５．６％が有害事象に起因して起こり、１．４％が対象による中止に起因した。患者の１６．９％は、６週間の治療を完了する前に疾患進行のために試験治療を中断した。
Figure 2023512654000015
安全性
図１９は、第Ｉｂ試験において患者の１０％超で発生する最も一般的なＡＥの要約を示す。患者の１０％超に発生する治療関連有害事象は、主に全身性反応、例えば注入関連反応、サイトカイン放出症候群およびインフルエンザ様疾患であった。患者の１０％超に生じる他のＡＥには、疲労、悪心、発熱、下痢、食欲不振、嘔吐、頭痛、咳、呼吸困難、関節痛、便秘および貧血が含まれた。悪性腫瘍進行の重篤な有害事象が１４％の患者で報告された（データは示さない）。実施例１～４に記載の第Ｉａ相試験では、単剤療法としてＲＮＡワクチンを投与した患者と比較して、免疫媒介性有害事象の増加は観察されなかった（データは示さない）。
表１０に示されるように、全身性反応の発症時間の中央値は、１５μｇのＲＮＡワクチン投与患者では５．７時間、２５μｇのＲＮＡワクチン投与患者では４．０時間、３８μｇのＲＮＡワクチン投与患者では４．１時間、および５０μｇのＲＮＡワクチン投与患者では３．２時間であった。全身性反応は、中央値１．８時間以下の時間内に解消した。
Figure 2023512654000016
表１１は、５％以上の患者で起こる全身性反応の個々の徴候および症状の概要を提供する。
Figure 2023512654000017
用量制限毒性は観察されず、最大耐量に達しなかった。さらに、治療関連ＡＥは、主に、低悪性度サイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）、注入関連反応（ＩＲＲ）、またはインフルエンザ様症状として現れる全身性反応であった。全体的に、全身性反応は一過性、可逆的であり、外来条件で管理可能であった。
自然免疫応答
試験中の血漿中のサイトカインの分析は、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの投与が、例えば実施例４に記載されているように、第Ｉａ相試験で患者について観察されたものと同様の様式で炎症促進性サイトカインのパルス性放出を誘導することを示した（データは示さない）。
ネオ抗原特異的免疫応答
エクスビボでのネオ抗原特異的Ｔ細胞応答を、評価した患者（ｎ＝６３）の７３％において、ＥｌｉＳｐｏｔアッセイ（例えば、図６を参照されたい。）およびＭＨＣ多量体染色アッセイ（例えば、図８を参照されたい）によって検出した（図２０）。患者におけるネオ抗原特異的応答の数の中央値は２．６であった（範囲１～９）。さらに、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答の両方が試験患者（ｎ＝１４）で検出された（データは示さない）。
１２００ｍｇアテゾリズマブおよび３８μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療した結腸がん患者の腫瘍におけるＴ細胞受容体配列決定によるＴ細胞受容体の分析は、ＲＮＡワクチンでの治療後にのみ腫瘍にネオ抗原特異的Ｔ細胞が存在することを示した（図２１）。これらの結果は、ＲＮＡワクチンが、ＲＮＡワクチンによって刺激されたＴ細胞の腫瘍への浸潤を誘導することを示唆した。
全体として、これらの結果は、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンが、治療患者の大部分においてネオ抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導したことを示した。
臨床活性
図２２に、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンで治療された患者で観察された臨床応答の要約を示す。
３８μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療した直腸がんを有する一人の患者は完全奏効（ＣＲ）を示した。この患者は、チェックポイント阻害剤で以前に治療されておらず、ＳＰ１４２ Ｖｅｎｔａｎａアッセイによって評価した場合、腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞の５％以上においてＰＤ－Ｌ１を発現していなかった。
３８μｇの用量のＲＮＡワクチンで治療されたトリプルネガティブ乳がん（図２２のボックスで示されている）の別の患者は、部分奏効（ＰＲ）を示した。この患者は、チェックポイント阻害剤で以前に治療されており（ＣＰＩ経験）、ＳＰ１４２ Ｖｅｎｔａｎａアッセイによって評価した場合、腫瘍浸潤免疫細胞または腫瘍細胞の５％以上においてＰＤ－Ｌ１を発現していた。図２３Ａ～２３Ｂに示すように、ベースラインで、この患者は、転移性疾患に関連するいくつかの目に見える腫瘍塊を有し、ＣＤ８＋ネオ抗原特異的Ｔ細胞についてネガティブであった（０．０１％；バックグラウンドレベル）。サイクル４では、腫瘍のサイズが減少し、患者は２．２％のＣＤ８＋ネオ抗原特異的Ｔ細胞を有していた。
指標特異的拡大段階における臨床活性
実施例１に記載されるように、および、図４に示されるように、第Ｉｂ相試験は、特定の腫瘍型（チェックポイント阻害剤未経験または経験のいずれか）を有する患者が、アテゾリズマブ（１２００ｍｇ）と組み合わせて１５μｇまたは２５μｇの用量でＲＮＡワクチンにより治療される適応症特異的拡大期を含んでいた。第Ｉｂ相試験の適応症特異的チェックポイント阻害剤未経験拡大段階に含まれる患者のベースライン患者および疾患特性の要約を表１２に示す。
Figure 2023512654000018
図２４Ａ～２４Ｅは、尿路上皮癌腫（図２４Ａ）、腎細胞癌腫（図２４Ｂ）、黒色腫（図２４Ｃ）、トリプルネガティブ乳がん（図２４Ｄ）および非小細胞肺がん（図２４Ｅ）を有するチェックポイント阻害剤未経験患者についての最長直径（ＳＬＤ）および奏効率（ＯＲＲ）の合計の経時的変化を提供する。尿路上皮癌腫患者は１０％のＯＲＲを有し、腎細胞癌腫患者は２２％のＯＲＲを有し、黒色腫患者は３０％のＯＲＲを有し、トリプルネガティブ乳がん患者は４％のＯＲＲを有し、非小細胞肺がん患者は１０％のＯＲＲを有していた。
考察
この実施例に記載された結果は、アテゾリズマブと組み合わせて投与されたＲＮＡワクチンが一般的に忍容性が高いことを示した。用量制限毒性は観察されず、最大耐量に達しなかった。治療中の免疫モニタリングは、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの投与が、炎症促進性サイトカインの放出、大部分の患者における末梢Ｔ細胞応答、および１人の患者の腫瘍へのＲＮＡワクチン誘導性Ｔ細胞の浸潤を誘導することを示した。さらに、アテゾリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンによる治療後の完全奏効が１名の患者で観察され、様々な腫瘍型を有するいくつかの患者で客観的奏効が観察された。全体として、これらの結果は、自然免疫応答およびネオ抗原提示の刺激因子としてのＲＮＡワクチンの提案された二重の作用機序と一致している（例えば、図１０Ａ～図１０Ｂを参照されたい）。
配列
全てのポリヌクレオチド配列を５’→３方向に示す。全てのポリペプチド配列をＮ末端からＣ末端方向に示す。
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ１配列（配列番号１）
ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ２配列（配列番号２）
ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ３配列（配列番号３）
ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ１配列（配列番号４）
ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ２配列（配列番号５）
ＳＡＳＦＬＹＳ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ３配列（配列番号６）
ＱＱＹＬＹＨＰＡＴ
抗ＰＤＬ１抗体ＶＨ配列（配列番号７）
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
抗ＰＤＬ１抗体ＶＬ配列（配列番号８）
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ ＳＡＳＦ ＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ
抗ＰＤＬ１抗体重鎖配列（配列番号９）
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抗ＰＤＬ１抗体軽鎖配列（配列番号１０）
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ニボルマブ重鎖配列（配列番号１１）
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ニボルマブ軽鎖配列（配列番号１２）
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ペムブロリズマブ重鎖配列（配列番号１３）
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ペムブロリズマブ軽鎖配列（配列番号１４）
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アベルマブ重鎖配列（配列番号１５）
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アベルマブ軽鎖配列（配列番号１６）
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デュルバルマブ重鎖配列（配列番号１７）
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＦＥＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ
デュルバルマブ軽鎖配列（配列番号１８）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＬＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
完全ＰＣＶ ＲＮＡ５’定常配列（配列番号１９）
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完全ＰＣＶ ＲＮＡ３’定常配列（配列番号２０）
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完全ＰＣＶコザックＲＮＡ（配列番号２１）
ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
完全ＰＣＶコザックＤＮＡ（配列番号２２）
ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
短コザックＲＮＡ（配列番号２３）
ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
短コザックＤＮＡ（配列番号２４）
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ｓｅｃ ＲＮＡ（配列番号２５）
ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
ｓｅｃ ＤＮＡ（配列番号２６）
ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
ｓｅｃタンパク質（配列番号２７）
ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ
ＭＩＴＤ ＲＮＡ（配列番号２８）
ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ
ＭＩＴＤ ＤＮＡ（配列番号２９）
ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ
ＭＩＴＤタンパク質（配列番号３０）
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完全ＰＣＶ ＦＩ ＲＮＡ（配列番号３１）
ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ
完全ＰＣＶ ＦＩ ＤＮＡ（配列番号３２）
ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ
ＦエレメントＲＮＡ（配列番号３３）
ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ
ＦエレメントＤＮＡ（配列番号３４）
ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ
ＩエレメントＲＮＡ（配列番号３５）
ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ
ＩエレメントＤＮＡ（配列番号３６）
ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ
リンカーＲＮＡ（配列番号３７）
ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ
リンカーＤＮＡ（配列番号３８）
ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ
リンカータンパク質（配列番号３９）
ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ
完全ＰＣＶ ＤＮＡ ５’定常配列（配列番号４０）
ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
完全ＰＣＶ ＤＮＡ ３’定常配列（配列番号４１）
ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ
キャップ由来の５’ＧＧを有する完全ＰＣＶ ＲＮＡ（配列番号４２）
ＧＧＧＧＣＧＡＡＣＵ ＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣ ＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣ ＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧ ＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣ
ＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧ ＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣ ＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧ ＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣ ＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣ
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ＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵ ＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣ ＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡ ＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧ ＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵ
ＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵ ＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵ ＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧ ＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣ ＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣ
ＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣ ＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣ ＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧ ＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡ ＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣ
ＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣ ＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡ ＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧ ＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣ ＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡ
ＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧ ＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡ ＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵ ＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣ ＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡ
ＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵ ＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧ ＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡ ＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵ ＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵ
ＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧ ＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵ ＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣ ＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡ ＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧ
ＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣ ＣＧＣＧＵＣＧＣＵＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ
ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ
ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡ

Claims (100)

  1. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、方法。
  2. 前記末梢血試料が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的な約５％または約６％のＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって前記末梢血試料中で検出される、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、前記個体の前記末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、前記ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴ分析によって前記個体から得られた末梢血試料中で検出される、請求項４に記載の方法。
  6. 複数の個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記ＲＮＡワクチンの投与前と比較して、前記複数の個体の少なくとも約７０％の前記末梢血中のネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらし、前記ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的であり、ネオエピトープ特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞の前記誘導が、エクスビボＥＬＩＳＰＯＴまたはＭＨＣ多量体分析によって評価される、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記ＲＮＡワクチンの投与前の１つ以上の炎症性サイトカインのレベルと比較して、前記個体の前記末梢血中の前記１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの上昇をもたらす、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記１つ以上の炎症性サイトカインのレベルの前記上昇が、前記ＲＮＡワクチンの投与後約４～約６時間の間に前記個体の前記末梢血中に存在する、請求項７に記載の方法。
  9. 前記１つ以上の炎症性サイトカインが、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＬ－１２およびＩＬ－６からなる群から選択される、請求項７または請求項８に記載の方法。
  10. 個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記腫瘍に輸送された前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、方法。
  11. 前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がメモリー表現型を有する、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. メモリー表現型を有する前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）である、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記エフェクターメモリーＴ細胞（Ｔｅｍ）がＣＤ４５ＲＯポジティブおよびＣＣＲ７ネガティブである、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がＰＤ－１＋である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記個体が、低～中程度の変異負荷を有する腫瘍を有する、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記個体が低い腫瘍負荷を有する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記腫瘍がＰＤ－Ｌ１発現が低いかまたはネガティブである、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞の５％未満がＰＤ－Ｌ１を発現する、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記腫瘍から得られた試料中の免疫細胞の５％未満がＰＤ－Ｌ１を発現する、請求項１７に記載の方法。
  20. 前記腫瘍から得られた試料中の腫瘍細胞または免疫細胞の、ＰＤ－Ｌ１を発現するパーセンテージが、免疫組織化学を用いて決定される、請求項１８または請求項１９に記載の方法。
  21. 前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記個体において完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）をもたらす、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記個体が、局所進行型もしくは転移性の固形腫瘍を有するか、または１つ以上の転移性再発を有する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記腫瘍が、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腫瘍、膀胱腫瘍、腎腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、乳房腫瘍、黒色腫腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、胃腫瘍、肝臓腫瘍、尿路上皮腫瘍、結腸腫瘍、腎臓腫瘍、子宮頸部腫瘍、メルケル細胞癌（ＭＣＣ）腫瘍、子宮内膜腫瘍、軟部組織肉腫腫瘍、食道腫瘍、食道胃接合部腫瘍、骨肉腫腫瘍、甲状腺腫瘍または結腸直腸腫瘍である、請求項１～２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記乳房腫瘍がトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）腫瘍である、請求項２３に記載の方法。
  25. 前記腫瘍が尿路上皮腫瘍であり、複数の個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす、請求項２３に記載の方法。
  26. 前記腫瘍が腎腫瘍であり、複数の個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記複数の個体の少なくとも約２２％において客観的奏効をもたらす、請求項２３に記載の方法。
  27. 前記腫瘍が黒色腫腫瘍であり、複数の個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記複数の個体の少なくとも約３０％において客観的奏効をもたらす、請求項２３に記載の方法。
  28. 前記腫瘍がＴＮＢＣ腫瘍であり、複数の個体への前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記複数の個体の少なくとも約４％において客観的奏効をもたらす、請求項２４に記載の方法。
  29. 前記腫瘍がＮＳＣＬＣ腫瘍であり、複数の個体へのＲＮＡワクチンの投与が、前記複数の個体の少なくとも約１０％において客観的奏効をもたらす、請求項２３に記載の方法。
  30. 前記ＲＮＡワクチンの投与前に、前記個体が１つ以上のがん治療または３つから５つのがん治療で治療されている、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記ＲＮＡワクチンの投与前に、前記個体が約１つから約１７個、または約１つから約９個の事前全身がん治療で治療されている、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記ＲＮＡワクチンの投与前に、前記個体がチェックポイント阻害剤治療で治療されている、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記ＲＮＡワクチンの投与前に、前記個体がチェックポイント阻害剤治療で治療されていない、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記ＲＮＡワクチンが、前記腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含む、請求項１～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記ＲＮＡワクチンが、リポプレックスナノ粒子またはリポソームに製剤化されている、請求項１～３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記リポプレックスナノ粒子またはリポソームが、前記ＲＮＡワクチンのＲＮＡをカプセル化する多層構造を形成する１つ以上の脂質を含む、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記１つ以上の脂質が、少なくとも１つのカチオン性脂質および少なくとも１つのヘルパー脂質を含む、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記１つ以上の脂質が、（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）および１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む、請求項３６に記載の方法。
  39. 生理学的ｐＨにおいて、前記リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比が１．３：２（０．６５）である、請求項３８に記載のリポソーム。
  40. 前記ＲＮＡワクチンが、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、約７５μｇまたは約１００μｇの用量で前記個体に投与される、請求項１～３９のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記ＲＮＡワクチンが前記個体に静脈内投与される、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記ＲＮＡワクチンが、７日間または１週間の間隔で前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  43. 前記ＲＮＡワクチンが、１４日間または２週間の間隔で前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記ＲＮＡワクチンが、１２週間または８４日間、前記個体に投与される、請求項４２または４３に記載の方法。
  45. 前記ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルで前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンがサイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  46. サイクル１３の１日目およびその後２４週間または１６８日ごとに前記ＲＮＡワクチンを投与することをさらに含む、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記ＲＮＡワクチンの投与が、前記個体における疾患進行の発生まで継続される、請求項４６に記載の方法。
  48. 前記ＲＮＡワクチンが、誘導段階および前記誘導段階後の維持段階中に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、１または２週間の間隔で前記誘導段階中に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、２４週間の間隔で前記維持段階中に前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記ＲＮＡワクチンが、誘導段階および前記誘導段階後の維持段階中に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、７または１４日間の間隔で前記誘導段階中に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、１６８日間の間隔で前記維持段階中に前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記ＲＮＡワクチンが誘導段階および前記誘導段階後の維持段階中に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが２１日間サイクルで前記個体に投与され；
    前記誘導段階中、前記ＲＮＡワクチンが、サイクル１の１、８および１５日目；サイクル２の１、８、および１５日目；サイクル３の１および１５日目；ならびにサイクル７の１日目に前記個体に投与され；かつ
    前記維持段階の間、前記ＲＮＡワクチンが、サイクル１３の１日目、およびその後２４週間または１６８日ごとに１回、前記個体に投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記誘導段階が、前記ＲＮＡワクチンの最大９回の投与を含む、請求項４８または請求項４９に記載の方法。
  52. 前記維持段階が、前記個体における疾患進行の発生まで継続される、請求項４８～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 前記ＲＮＡワクチンが、５’→３’方向に、
    （１）５’キャップ；
    （２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；
    （３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；
    （４）前記腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する前記１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；
    （５）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；
    （６）３’ＵＴＲであって、
    （ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域またはその断片；および
    （ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡまたはその断片、を含む
    ３’ＵＴＲ；ならびに
    （７）ポリ（Ａ）配列
    を含むＲＮＡ分子を含む、請求項１～５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記ＲＮＡ分子が、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列をさらに含み、前記アミノ酸リンカーおよび前記１つ以上のネオエピトープの第１のエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメインおよび前記細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項５３に記載の方法。
  55. 前記アミノ酸リンカーが、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む、請求項５４に記載の方法。
  56. 前記アミノ酸リンカーをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む、請求項５４に記載の方法。
  57. 前記ＲＮＡ分子が、５’→３’方向に、少なくとも１つの第２のリンカー－エピトープモジュールをさらに含み、前記少なくとも１つの第２のリンカー－エピトープモジュールが、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列と、ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列とを含み、前記第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールの前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメインおよび前記細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にあり、かつ前記第１のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープが、前記第２のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープとは異なる、請求項５４～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 前記ＲＮＡ分子が５つのリンカー－エピトープモジュールを含み、前記５つのリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記ＲＮＡ分子が１０のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記１０のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項５７に記載の方法。
  60. 前記ＲＮＡ分子が２０のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記２０のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項５７に記載の方法。
  61. 前記ＲＮＡ分子が、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列をさらに含み、前記アミノ酸リンカーをコードする前記第２のポリヌクレオチド配列が、３’方向に、最も遠位にあるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメインおよび前記細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項５３～６０のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  62. 前記５’キャップが、以下の構造：
    Figure 2023512654000019
    のＤ１ジアステレオマーを含む、請求項５３～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記５’ＵＴＲが配列ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）を含む、請求項５３～６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記５’ＵＴＲが配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む、請求項５３～６２のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記分泌シグナルペプチドが、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む、請求項５３～６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列が配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む、請求項５３～６４のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメインおよび前記細胞質ドメインの前記少なくとも一部が、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む、請求項５３～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメインおよび前記細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む、請求項５３～６６のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記ＡＥＳ ｍＲＮＡの前記３’非翻訳領域が配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む、請求項５３～６８のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの前記非コードＲＮＡが配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む、請求項５３～６９のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記３’ＵＴＲが配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む、請求項５３～７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記ポリ（Ａ）配列が１２０のアデニンヌクレオチドを含む、請求項５３～７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記ＲＮＡワクチンが、５’→３’方向に、
    ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；
    前記腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する前記１つ以上のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列；
    ポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含むＲＮＡ分子を含む、請求項１～５２のいずれか一項に記載の方法。
  74. ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを前記個体に投与することをさらに含む、請求項１～７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがＰＤ－１結合アンタゴニストである、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記ＰＤ－１結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記抗ＰＤ－１抗体が、ニボルマブまたはペムブロリズマブである、請求項７６に記載の方法。
  78. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである、請求項７４に記載の方法。
  79. 前記ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストが抗ＰＤ－Ｌ１抗体である、請求項７８に記載の方法。
  80. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、アベルマブまたはデュルバルマブである、請求項７９に記載の方法。
  81. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、
    （ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｈ１、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－２、およびアミノ酸ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ－３を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）と、
    （ｂ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号４）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ１、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号５）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ２、およびＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号６）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ３を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む、請求項７９に記載の方法。
  82. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）とを含む、請求項７９に記載の方法。
  83. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体がアテゾリズマブである、請求項７９に記載の方法。
  84. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、個体に静脈内投与される、請求項７４～８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、前記個体に、約１２００ｍｇの用量で投与される、請求項７９～８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、２１日間または３週間の間隔で前記個体に投与される、請求項７４～８５のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記アテゾリズマブが、２１日間サイクルで前記個体に投与され、アテゾリズマブが、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、および１２のそれぞれの１日目に投与される、請求項８３～８６のいずれか一項に記載の方法。
  88. サイクル１３の１日目およびその後３週間または２１日ごとにアテゾリズマブを投与することをさらに含む、請求項８７に記載の方法。
  89. アテゾリマブの投与が、前記個体における疾患進行の発生まで継続される、請求項８８に記載の方法。
  90. 前記アテゾリマブが誘導段階および前記誘導段階後の維持段階中に２１日サイクルで前記個体に投与され、
    前記誘導段階中、アテゾリズマブが、サイクル１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１および１２のそれぞれの１日目に投与され、かつ
    前記誘導段階後の前記維持段階中、アテゾリマブが、サイクル１３の１日目、およびその後３週間または２１日ごとに投与される、請求項８３～８６のいずれか一項に記載の方法。
  91. 前記維持段階が、前記個体における疾患進行の発生まで継続される、請求項９０に記載の方法。
  92. 前記個体がヒトである、請求項１～９１のいずれか一項に記載の方法。
  93. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量の前記ＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＲＮＡワクチン。
  94. 個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量の前記ＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記腫瘍に輸送された前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＲＮＡワクチン。
  95. 前記方法が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを前記個体に投与することをさらに含む、請求項９３または請求項９４に記載の使用のためのＲＮＡワクチン。
  96. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量の前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよび前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の約１％～約６％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト。
  97. 個体における腫瘍へのネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の輸送を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量の前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよび前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記腫瘍に輸送された前記ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト。
  98. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法であって、有効量のＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、方法。
  99. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、有効量の前記ＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＲＮＡワクチン。
  100. 腫瘍を有する個体においてネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する方法において使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、有効量の前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよびＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１つ以上のネオエピトープをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを含み、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストおよび前記ＲＮＡワクチンの投与後に前記個体から得られた末梢血試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞の少なくとも約１％が、前記ＲＮＡワクチンの前記１つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる前記ネオエピトープの少なくとも１つに特異的なネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞である、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト。
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