KR20220136378A - Pd-1 축 결합 길항제 및 rna 백신을 이용하여 네오에피토프-특이적 t 세포를 유도하는 방법 - Google Patents

Pd-1 축 결합 길항제 및 rna 백신을 이용하여 네오에피토프-특이적 t 세포를 유도하는 방법 Download PDF

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KR20220136378A
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neoepitope
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라즈 뮐러
라헬 루봉 사바도
마헤쉬 야다브
징빈 장
우구르 샤힌
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제넨테크, 인크.
비온테크 에스이
에프. 호프만-라 로슈 아게
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Abstract

본원 발명은 RNA 백신을 이용하여, 또는 PD-1 축 결합 길항제와 병용으로 RNA 백신을 이용하여, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하기 위한 방법 또는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하기 위한 방법을 제공한다. 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법 또는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하기 위한 방법에 사용하기 위한, 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 RNA 백신 및 PD-1 축 결합 길항제 역시 본원에서 제공된다.

Description

PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신을 이용하여 네오에피토프-특이적 T 세포를 유도하는 방법
관련된 출원에 대한 교차 참조
본 출원은 2020년 6월 19일 자 제출된 U.S. 가출원 63/041,707 및 2020년 1월 31일 자 제출된 U.S. 가출원 62/968,818에 우선권을 주장하고, 이들은 각각 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
분야
본원 발명은 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 면역 반응을 유도하기 위한 방법에 관계한다.
ASCII 텍스트 파일 형태에서 서열 목록의 제출
ASCII 텍스트 파일 형태로 제출된 다음의 내용물은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다: 서열 목록 (파일 명칭: 146392050140SEQLIST.TXT, 기록된 일자: 2021년 1월 22일, 크기: 41 KB)의 컴퓨터 판독가능 형태 (CRF).
배경
면역 저해 경로를 조정하는 것은 최근 암 치료에서 주요한 돌파구이었다. 세포독성 T-림프구 항원 4 (CTLA-4, 예르보이/이필리무맙), 프로그래밍된 세포 사멸 단백질 1 (PD-1, 옵디보/니볼루맙 또는 키트루다/펨블로리주맙), 그리고 PD-L1 (아테졸리주맙)을 표적으로 하는 관문 차단 항체는 다양한 종양 적응증의 환자에서 허용되는 독성, 유망한 임상적 반응, 오래가는 질병 관리, 그리고 향상된 생존을 나타냈다. 하지만, 단지 소수의 환자만 면역 관문 차단 (ICB) 요법에 대한 지속적 반응을 경험하고, 그리고 나머지 환자는 일차 또는 이차 내성을 나타낸다.
종양은 주목할 만한 숫자의 체성 돌연변이를 특징적으로 보유한다. 차례로, 돌연변이를 내포하는 펩티드의 발현이 적응성 면역계에 의해 비자기 네오에피토프로서 인식될 수 있다. 비자기항원의 인식 시에, 세포독성 T 세포가 비자기 네오에피토프를 나타내는 세포의 아폽토시스를 야기하는 면역 반응을 촉발할 것이다. 따라서, 면역계를 활성화하기 위해 면역원성 에피토프를 표적으로 하는 치료용 백신이 암 요법에서 이용을 위해 개발 및 조사 중에 있다. 하지만, 지금까지, 치료용 백신은 유망하긴 하지만, 역사적으로 기대에 못 미쳤다. 잠재적인 이유 중에서 한 가지는 암 특이적 T 세포가 암 세포에 대한 장기 노출 동안 기능적으로 고갈된다는 점이다.
따라서, 숙주 면역계의 항종양 잠재력을 완전히 포용하기 위해, 2가지 또는 그 이상의 표적화된 암 면역요법 (CIT) 작용제, 예를 들면, 면역 관문 저해제 및 면역원성 에피토프를 표적으로 하는 치료용 백신을 이용하는 병용 요법 섭생이 필요할 수 있다.
따라서, 숙주 면역계의 항종양 면역 반응을 유도하는 향상된 방법이 당해 분야에서 요구된다.
특허 출원, 특허 공보, 그리고 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁 번호를 비롯한, 본원에서 인용된 모든 참고문헌은 마치 각 개별 참고문헌이 참조로서 편입되는 것으로 구체적으로 및 개별적으로 표시되는 것처럼 전체적으로 본원에서 참조로서 편입된다.
요약
암을 치료하기 위한, PD-1 축 결합 길항제 (예를 들면, 항-PD1 또는 항-PD-L1 항체) 및 RNA 백신을 수반하는 방법, 키트 및 용도가 본원에서 제공된다.
한 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일부 구체예에서, 말초혈 샘플은 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 5% 또는 약 6% CD8+ T 세포를 포함한다. 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출된다. 일부 구체예에서, 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다. 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 탈체 ELISPOT 분석에 의해 개체로부터 획득된 말초혈 샘플에서 검출된다. 일부 구체예에서, 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다. 일부 구체예에서, 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가는 RNA 백신의 투여 후 약 4 내지 약 6 시간 사이에 개체의 말초혈에 존재한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12, 또는 IL-6에서 선택된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 기억 표현형을 갖는다. 일부 구체예에서, 기억 표현형을 갖는 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 효과 기억 T 세포 (Tem)이다. 일부 구체예에서, 효과 기억 T 세포 (Tem)는 CD45RO 양성 및 CCR7 음성이다. 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 PD-1+이다.
일부 구체예에서, 개체는 낮은 내지 중간 돌연변이 부담을 갖는 종양을 앓는다. 일부 구체예에서, 개체는 낮은 종양 부담을 갖는다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 종양은 낮은 또는 음성 PD-L1 발현을 갖는다. 일부 구체예에서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 중 5% 미만이 PD-L1을 발현한다. 일부 구체예에서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 면역 세포 중 5% 미만이 PD-L1을 발현한다. 일부 구체예에서, PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 또는 면역 세포의 백분율은 면역조직화학을 이용하여 결정된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 개체는 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓거나, 또는 하나 이상의 전이성 재발을 겪는다. 일부 구체예에서, 종양은 비소세포 폐 (NSCLC), 방광, 신장(renal), 두경부, 육종, 유방, 흑색종, 전립선, 난소, 위, 간, 요로상피, 결장, 신장의(kidney), 자궁경부, 메르켈 세포 (MCC), 자궁내막, 연조직 육종, 식도, 식도위 접합부, 골육종, 갑상선, 또는 결장직장 종양이다. 일부 구체예에서, 유방 종양은 삼중 음성 유방 (TNBC) 종양이다.
일부 구체예에서, 종양은 요로상피 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 신장 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 22%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 흑색종 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 30%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 TNBC 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 4%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 NSCLC 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기한다.
일부 구체예에서, 종양은 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은 요로상피 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은 신장 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 22%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은 흑색종 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 30%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은 TNBC 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 4%에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은 NSCLC 종양이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 1가지 이상의 암 요법 또는 3가지 내지 5가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받지 않았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 1가지 내지 약 17가지 또는 약 1가지 내지 약 9가지의 선행 전신 암 요법으로 치료를 받았다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 10-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜 내 조제된다. 일부 구체예에서, 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜은 RNA 백신의 RNA를 캡슐화하는 다층판 구조를 형성하는 하나 이상의 지질을 포함한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 지질은 적어도 하나의 양이온성 지질 및 적어도 하나의 보조 지질을 포함한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 지질은 (R)-N,N,N-트리메틸-2,3-디올레일옥시-1-프로판아미늄 염화물 (DOTMA) 및 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민 (DOPE)을 포함한다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.3:2 (0.65)이다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 개체에게 정맥내 투여된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 7 일 또는 1 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 12 주 또는 84 일 동안 개체에게 투여된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 RNA 백신을 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 RNA 백신을 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 24 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 7 또는 14 일의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 168 일의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 5차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 최대 9회 투여를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 최대 9회 투여를 포함한다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 6회 용량을 포함한다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 5'→3' 방향으로: (1) 5' 캡; (2) 5' 비번역 영역 (UTR); (3) 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (4) 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (5) 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (6) (a) 스플릿의 아미노 말단 인핸서 (AES) mRNA의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편; 및 (b) 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA 또는 이의 단편을 포함하는 3' UTR; 그리고 (7) 폴리(A) 서열을 포함하는 RNA 분자를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고; 여기서 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 하나 이상의 네오에피토프 중에서 첫 번째 네오에피토프는 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하고; 그리고 여기서 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있다. 일부 구체예에서, 아미노산 링커는 서열 GGSGGGGSGG (서열 번호: 39)를 포함한다. 일부 구체예에서, 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC (서열 번호: 37)를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 분자는 5'→3' 방향으로: 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈을 더 포함하고, 여기서 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈은 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하고; 여기서 두 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있고; 그리고 여기서 첫 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프는 두 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프와 상이하다. 일부 구체예에서, RNA 분자는 5개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 여기서 5개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, RNA 분자는 10개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 여기서 10개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, RNA 분자는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 여기서 20개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고, 여기서 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열은 3' 방향으로 가장 원위인 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 5' 캡은 하기 구조의 D1 부분입체이성질체를 포함한다:
Figure pct00001
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 5' UTR은 서열 UUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 23)를 포함한다. 일부 구체예에서, 5' UTR은 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 21)를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 분비 신호 펩티드는 아미노산 서열 MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS (서열 번호: 27)를 포함한다. 일부 구체예에서, 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 25)를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부는 아미노산 서열 IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKSSGGKGGSYSQAASSDSAQGSDVSLTA (서열 번호: 30)를 포함한다. 일부 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC (서열 번호: 28)를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, AES mRNA의 3' 비번역 영역은 서열 CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCC (서열 번호: 33)를 포함한다. 일부 구체예에서, 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA는 서열 CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG (서열 번호: 35)를 포함한다. 일부 구체예에서, 3' UTR은 서열 CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 31)를 포함한다. 일부 구체예에서, 폴리(A) 서열은 120개의 아데닌 뉴클레오티드를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, RNA 백신은 5'→3' 방향으로: 폴리뉴클레오티드 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 19); 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; 및 폴리뉴클레오티드 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCCUAGUAACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 20)를 포함하는 RNA 분자를 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 또는 펨블로리주맙이다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙 또는 더발루맙이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 (a) GFTFSDSWIH (서열 번호: 1)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H1, AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호: 2)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-2 및 아미노산 RHWPGGFDY (서열 번호: 3)를 포함하는 HVR-3을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH), 그리고 (b) RASQDVSTAVA (서열 번호: 4)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L1, SASFLYS (서열 번호: 5)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L2 및 QQYLYHPAT (서열 번호: 6)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L3을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 서열 번호: 8의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 개체에게 정맥내 투여된다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고, 그리고 여기서 아테졸리주맙은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 아테졸리주맙을 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구체예에서, 아테졸리주맙의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고, 그리고 아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고; 그리고 여기서, 유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여된다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
임의의 선행하는 구체예와 조합될 수 있는 일부 구체예에서, 개체는 인간이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 말초혈 샘플이 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 5% 또는 약 6% CD8+ T 세포를 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 복수의 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12, 또는 IL-6에서 선택된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
임의의 선행하는 양상의 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 말초혈 샘플이 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 5% 또는 약 6% CD8+ T 세포를 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 복수의 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12, 또는 IL-6에서 선택된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 상기 RNA 백신이 21-일 주기로 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서, 유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 여기서, 유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 상기 RNA 백신이 21-일 주기로 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서, 유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 여기서, 유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 복수의 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12, 또는 IL-6에서 선택된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1% RNA가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
임의의 선행하는 양상의 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 복수의 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고, 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고, 그리고 여기서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 개체에게 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12, 또는 IL-6에서 선택된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 효과 기억 T 세포 (Tem)이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가 PD-1+이다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 그리고 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여가 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 상기 RNA 백신이 21-일 주기로 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 임의적으로, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 개체에게 투여된다.
다른 양상에서, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제가 본원에서 제공되는데, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이고, 상기 PD-1 축 결합 길항제가 아테졸리주맙이고, 여기서 아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서, 유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고, 그리고 여기서, 유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여되고; 그리고 상기 RNA 백신이 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 상기 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 상기 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, 상기 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
본원에서 설명된 다양한 구체예의 특성 중에서 한 가지, 일부 또는 전부가 조합되어 본원 발명의 다른 구체예를 형성할 수 있는 것으로 이해된다. 본원 발명의 이런 저런 양상은 당업자에게 명백해질 것이다. 본원 발명의 이런 저런 구체예는 다음의 상세한 설명에 의해 더욱 설명된다.
도면의 간단한 설명
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도 1은 예시적인 RNA 백신 (다시 말하면, 폴리-네오에피토프 RNA)의 일반적인 구조를 도시한다. 이러한 도면은 일정한 5'-캡 (베타-S-ARCA (D1)), 5'- 및 3'-비번역 영역 (각각, hAg-코자크 및 FI), N 및 C 말단 융합 태그 (각각, sec2.0 및 MITD), 그리고 폴리(A)-꼬리 (A120)뿐만 아니라 GS-풍부한 링커에 의해 융합된 네오에피토프 (neo1 내지 10)를 인코딩하는 종양 특이적 서열을 갖는 RNA 원료의약품의 일반적인 구조의 개략적 도해이다.
도 2는 예시적인 RNA 백신의 불변 영역의 리보뉴클레오티드 서열 (5'→3') (서열 번호: 42)이다. 첫 2개의 G 잔기 사이의 연쇄는 5' 캡핑 구조에 대해 도 3에서 도시된 바와 같은 특이한 결합 (5'→5')-ppsp-이다. 환자 암 특이적 서열에 대한 삽입 부위는 C131 및 A132 잔기 사이에 있다 (굵은 글씨체로 표시됨). "N"은 1개 또는 그 이상 (예를 들면, 1-20개)의 네오에피토프 (임의적 링커에 의해 분리됨)를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열(들)의 위치를 지칭한다.
도 3은 RNA 불변 영역의 5' 단부에서 이용되는 5'- 캡핑 구조 베타-S-ARCA(D1) (m2 7·2'·O GppspG)이다. 입체발생 P 중심은 "D1" 이성질체에서 Rp-설정된다. 주의: 베타-S-ARCA(D1) 및 기본 캡 구조 m7GpppG 사이의 차이점; 빌딩 블록 m7G의 C2' 위치에서 n -OCH3 기 및 황에 의한 베타-인산염에서 비가교 산소의 치환은 적색으로 표시된다. 입체발생 P 중심 (*로 표지화됨)의 존재 때문에, 포스포로티오에이트 캡 유사체 베타-S-ARCA는 2개의 부분입체이성질체로서 존재한다. 역상 고성능 액체 크로마토그래피에서 용리 순서에 근거하여, 이들은 01 및 02로서 지정되었다.
도 4는 실시예 1-5에서 설명된 임상 1a상/1b상 단계 연구의 설계의 다이어그램이다. 임상 1a상 단계 용량 증량 연구에서 개체는 단일요법으로서 25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 75 ㎍, 또는 100 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여되었다. 초기 치료 (유도기) 동안, RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자에, 2차 주기의 1, 8 및 15일 자에, 3차 주기의 1 및 15일 자에, 그리고 7차 주기의 1일 자에 투여되었다 (각 주기는 21 일이었다). 초기 치료 후 유지기 동안, RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후, 질환 진행 (PD) 때까지 8회 주기마다 (다시 말하면, 그 후 24 주마다, 또는 그 후 168 일마다) 투여되었다 (각 주기는 21 일이었다). 임상 1b상 단계 연구에서 개체는 1200 mg 아테졸리주맙과 병용으로 15 ㎍ (도시되지 않음), 25 ㎍, 38 ㎍, 또는 50 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여되었다. 임상 1b상 단계 연구는 RNA 백신에 대한 용량 증량기 및 표시된 관문 저해제 미경험 또는 관문 저해제 경험 종양 유형을 앓는 환자에게 아테졸리주맙과 병용으로 15 ㎍ 또는 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여되는 확장기 (임상 1b상 단계 확장기에서 추가 종양 유형은 실시예 1에서 제공된다)를 포함하였다. 초기 치료 (유도기) 동안, 아테졸리주맙은 1-12차 주기 각각의 1일 자에 투여되었고; 그리고 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자에, 2차 주기의 1, 8 및 15일 자에, 3차 주기의 1 및 15일 자에, 그리고 7차 주기의 1일 자에 투여되었다 (각 주기는 21 일이었다). 초기 치료 후 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에 시작하여, 질환 진행 (PD) 때까지 3 주마다 투여되었고; 그리고 RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 질환 진행 (PD) 때까지 8회 주기마다 (다시 말하면, 그 후 24 주마다, 또는 그 후 168 일마다) 투여되었다 (각 주기는 21 일이었다).
도 5a-5c는 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 투여된 RNA 백신에 의해 유도된 선천성 면역 반응을 도시한다. 도 5a는 연구의 임상 1a상 단계에서 25 ㎍의 RNA 백신이 투여된 환자의 혈장에서 IFNg의 수준 (pg/ml)을 도시한다. 각 선은 단일 환자를 나타낸다. "C" = 주기 (다시 말하면, C1 = 1차 주기; C2 = 2차 주기 등). "D" = 일자 (다시 말하면, D1 = 1일 자, D8 = 8일 자 등). "시간" = 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 시간. RNA 백신이 투여된 일자는 속이 찬 화살표에 의해 표시된다. 도 5b는 단일요법 (임상 1a상 단계; Ph1a)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계; Ph1b)으로 표시된 용량에서 RNA 백신이 투여된 환자에서 RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 중위 혈장 IFNg 수준을 도시한다. 각 원은 각 개별 환자에 대한 모든 RNA 백신 투약 이후에 4 시간째에 IFNg 수준에 대한 중앙값을 나타낸다. 도 5c는 단일요법 (임상 1a상 단계; Ph1a)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계; Ph1b)으로 표시된 용량에서 RNA 백신이 투여된 환자에서 RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 IFNa 혈장 수준에 대한 중앙값을 도시한다. 각 원은 각 개별 환자에 대한 모든 RNA 백신 투약 이후에 4 시간째에 IFNa 수준에 대한 중앙값을 나타낸다.
도 6은 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 투여 이후에 신항원 특이적 CD4+ 및 CD8+ T 세포 면역 반응을 평가하는 데 이용되는 탈체 EliSpot 검정의 다이어그램을 제공한다.
도 7a-7d는 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 투여 이후에, 신항원 특이적 면역 반응을 평가한 EliSpot 검정의 결과를 도시한다. 도 7a는 4차 주기, 1일 자에 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 RNA 백신이 투여된 환자에서 신항원 특이적 면역 반응을 도시한다. 도 7b는 4차 주기, 1일 자에 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신이 투여된 환자에서 신항원 특이적 면역 반응을 도시한다. 별표는 RNA 백신의 1차 주기, 1일 자 및 1차 주기, 8일 자 용량이 30 ㎍, 그 이후에 15 ㎍이라는 것을 표시한다. 도 7a-7b에서, y 축은 EliSpot 검정에서 검사된 신항원의 개수를 도시한다. 어두운 색 막대 및 상응하는 숫자는 EliSpot 검정에서 확인된 양성 신항원 히트의 개수를 나타낸다. 밝은 색 막대는 음성 신항원 히트의 개수를 나타낸다. RNA 백신 용량이 표시된다. EliSpot 반응은 300,000개 세포당 > 15개의 스팟으로서 규정되고 배경 웰 (이들은 일반적으로 <10개의 스팟이다)과 통계학적으로 상이하였다; 모든 신항원은 이중으로 검사되었다. 양성 히트 ("+ve 히트")는 4차 주기, 1일 자에 EliSpot 검정 반응 및 기준선에서 EliSpot 검정 반응 없음을 나타낸 신항원을 지칭한다. 음성 히트 ("히트 없음")는 4차 주기, 1일 자에 음성 EliSpot 검정 반응을 나타낸 신항원을 지칭한다. 도 7c는 표시된 용량에서 RNA 백신이 투여되는 임상 1b상 단계 연구에서 환자에 대한 EliSpot 검정에 의해 양성 히트로서 확인된 각 신항원에 대한 IFNg 형성 스팟의 합계를 도시한다. 각 유색 상자는 개별 신항원에 대한 IFNg 형성 스팟의 개수를 나타낸다. EliSpot 반응은 300,000개 세포당 > 15개의 스팟으로서 규정되고 배경 웰 (이들은 일반적으로 <10개의 스팟이다)과 통계학적으로 상이하였다; 모든 신항원은 이중으로 검사되었다. 도 7d는 표시된 용량에서 RNA 백신이 투여되는 임상 1b상 단계 연구에서 환자에서 IFNg 형성 스팟의 평균 개수를 제공한다. 상자 플롯에서 중간선은 IFNg 형성 스팟의 중위수를 표시하고; 이들 상자는 사분위수간 범위를 보여주고; 오차 막대는 최솟값과 최댓값을 보여준다.
도 8은 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 투여 이후에 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응을 평가하는 데 이용되는 MHC 다합체 염색 검정의 다이어그램을 제공한다.
도 9a-9g는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계; 환자 22)으로 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 CIT-미경험, 삼중 음성 유방암 환자에서 신항원 특이적 면역 반응을 평가한 EliSpot 검정 및 MHC 다합체 염색 검정의 결과를 도시한다. 도 9a는 기준선에서 및 4차 주기, 1일 자에 환자 22에서 신항원 특이적 면역 반응을 평가한 벌크 PBMC EliSpot 검정의 결과를 도시한다. 검사된 신항원 및 대조는 x 축에 도시되고; y 축은 300,000개 PBMC당 IFNg 형성 스팟의 개수를 도시한다. 신항원 R3 및 R8은 상자에서 표시된다. 수평 파선은 EliSpot 검정에서 양성 히트를 결정하기 위한 역치를 표시한다. 양성 히트는 300,000개 세포당 > 15개의 스팟으로서 규정되고 배경 웰 (이들은 일반적으로 <10개의 스팟이다)와 통계학적으로 상이하였다. 신항원은 이중으로 검사되었다; CEFT = 시토메갈로바이러스, 엡스타인 바르 바이러스, 인플루엔자 바이러스 및 파상풍 독소로부터 에피토프; CEF = 시토메갈로바이러스, 엡스타인 바르 바이러스 및 인플루엔자 바이러스로부터 에피토프. 도 9b는 MHC 다합체 염색 검정에 의해 사정된, 표시된 시점에서 환자 22에서 R8 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응을 도시한다. 산점도는 2가지 상이한 환경 설정에서 MHC 다합체로 염색된 CD8+ T 세포를 x 축 및 y 축 상에 도시한다. 이중 양성 세포는 신항원 특이적으로서 표지화되었다. 신항원 특이적 CD8+ T 세포의 퍼센트는 산점도의 오른쪽 위 사분면에 도시된다. 도 9c는 3차 주기, 1일 자에 도 9b에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 CD45RO 및 CCR7 발현의 분석을 도시한다. 오른쪽 범례에서 표시된 바와 같이, CD8+ 미경험 세포는 산점도의 왼쪽 위 사분면에 있고; 중심 기억 T 세포 (Tcm)는 산점도의 오른쪽 위 사분면에 있고; CD45RA+ 효과 기억 T 세포 (TEMRA)는 산점도의 왼쪽 아래 사분면에 있고; 그리고 효과 기억 T 세포 (Tem)는 산점도의 오른쪽 아래 사분면에 있다. 도 9d는 3차 주기, 1일 자에 도 9b에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 PD-1 발현의 분석을 도시한다. 도 9e는 MHC 다합체 염색 검정에 의해 사정된, 표시된 시점에서 환자 22에서 R3 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응을 도시한다. 산점도는 2가지 상이한 환경 설정에서 MHC 다합체로 염색된 CD8+ T 세포를 x 축 및 y 축 상에 도시한다. 신항원 특이적 CD8+ T 세포의 퍼센트는 산점도의 오른쪽 위 사분면에 도시된다. 도 9f는 3차 주기, 1일 자에 도 9e에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 CD45RO 및 CCR7 발현의 분석을 도시한다. 오른쪽 범례에서 표시된 바와 같이, CD8+ 미경험 세포는 산점도의 왼쪽 위 사분면에 있고; 중심 기억 T 세포 (Tcm)는 산점도의 오른쪽 위 사분면에 있고; CD45RA+ 효과 기억 T 세포 (TEMRA)는 산점도의 왼쪽 아래 사분면에 있고; 그리고 효과 기억 T 세포 (Tem)는 산점도의 오른쪽 아래 사분면에 있다. 도 9g는 3차 주기, 1일 자에 도 9e에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 PD-1 발현의 분석을 도시한다.
도 10a-10b는 RNA 백신에 대한 제조 작업 흐름 및 제안된 작용 기전의 개요를 제공한다. 도 10a는 RNA 백신의 제조 공정을 묘사한다. 제조 동안, 혈액 샘플 및 종양 샘플 (예를 들면, 종양 생검)이 환자로부터 수집되고, 그리고 환자의 종양 내에 특이적으로 존재하는 비유의한 체성 돌연변이를 확인하기 위한 염기서열분석 (예를 들면, 차세대 염기서열분석 및/또는 전장 엑솜 염기서열분석)이 종양 DNA 및 비종양 DNA (예를 들면, 말초혈 단핵 세포 DNA)에 진행된다. 확인된 비유의한 체성 돌연변이를 갖는 단백질의 발현을 사정하기 위해, 종양 샘플로부터 획득된 RNA에 염기서열분석이 또한 진행된다. 예상 면역원성을 순위 평가하는 생물정보학 작업 흐름을 이용하여 신항원이 예측된다. 건강한 조직에서 개별 야생형 유전자의 발현 수준에 관한 포괄적인 정보를 제공하는 데이터베이스가 불리한 위험 프로필을 갖는 표적 후보를 제거함으로써, 개인맞춤된 위험 완화 전략의 개발에 이용된다. 예를 들면, 결정 장기에서 가능한 더 높은 자가면역 위험을 갖는 단백질에서 발생하는 돌연변이는 걸러지고 백신 생산에 고려되지 않는다. 개별 환자에 대해 각각, CD8+ T-세포 및/또는 CD4+ T-세포 반응을 이끌어 낼 것으로 예측되는 20개까지의 신항원이 백신 내로 포함을 위해 선택된다. RNA 백신은 5' 캡, 5' 비번역 영역 (UTR), N 말단 융합 태그 (예를 들면, SEC), 20개까지의 신항원 (예를 들면, 2개의 데카토프) (각 신항원 사이에 링커 서열이 있음), C 말단 융합 태그 (예를 들면, MITD), 3' UTR, 그리고 폴리(A) 꼬리를 포함한다. RNA 백신은 예를 들면, 리포플렉스에서 조제된다. RNA 백신은 환자에게 정맥내 투여에 앞서 보관될 수 있다. 도 10a에서 묘사된 바와 같이, RNA 백신은 선천성 면역 반응을 자극함으로써 (예를 들면, 내재성 TLR7/8 효현제로서 행동함으로써), 그리고 신항원의 발현 및 항원 제시 세포에 의한 후속 신항원 제시를 자극함으로써 기능하는 것으로 생각된다. 도 10b는 RNA 백신의 제안된 작용 기전의 상세를 묘사한다. 또한, Kranz et al (2016) Nature, 16;534(7607):396-401)를 참조한다.
도 11은 RNA 백신 단일요법의 임상 1a상 단계 연구에서 10% 이상의 환자에서 발생한 부작용의 요약을 제공한다. 모든 보고된 AE 및 연구 치료에 관련된 AE의 상대 빈도가 제공된다. 보고된 AE의 중증도는 오른쪽 범례에서 표시된다 (1-5 등급). a악성 신생물 진행의 심각한 부작용 (SAE)이 16%의 환자에서 보고되었다 (데이터 제시되지 않음). 주입 관련 반응의 전신 반응 및 사이토킨 방출 증후군이 표시된다. b국립 암 연구소 (NCI) 이상 반응 공통 용어 기준 (CTCAE) 버전 5.0에 따름.
도 12a-12b는 RNA 백신이 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 25 ㎍의 용량으로 투여된 환자의 혈장에서 IFNγ의 수준을 도시한다. 도 12a는 RNA 백신이 표시된 시점에서 단일요법으로서 25 ㎍의 용량으로 투여된 환자의 혈장에서 IFNγ (pg/ml)의 수준을 도시한다. 각 선은 단일 환자를 나타낸다. 도 12b는 RNA 백신이 표시된 시점에서 단일요법으로서 25 ㎍의 용량으로 투여된 9명 환자의 혈장에서 IFNγ (pg/ml)의 수준의 대표적인 패턴을 제공한다. RNA 백신 투약 섭생은 도 12b에서 플롯 아래에 도시된다. 각 화살표는 RNA 백신 용량의 투여를 나타낸다. "C" = 주기 (다시 말하면, C1 = 1차 주기; C2 = 2차 주기 등); "D" = 일자 (다시 말하면, D1 = 1일 자, D8 = 8일 자 등); "HR" = 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 시간.
도 13은 RNA 백신이 표시된 시점에서 단일요법으로서 25 ㎍의 용량으로 투여된 환자의 혈장에서 IL-6 및 IFNα (pg/ml)의 수준을 도시한다. 각 선은 단일 환자를 나타낸다. "C" = 주기 (다시 말하면, C1 = 1차 주기; C2 = 2차 주기 등); "D" = 일자 (다시 말하면, D1 = 1일 자, D8 = 8일 자 등); "HR" = 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 시간.
도 14a-14b는 14명의 환자에서 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 RNA 백신의 투여에 의해 유도된 신항원 특이적 면역 반응의 개요를 제공한다. 도 14a는 EliSpot 및/또는 MHC 다합체 염색 검정에 의해 결정된 적어도 하나의 신항원 특이적 면역 반응을 겪은, 임상 1a상 단계 연구에서 환자의 수를 도시한다. 도 14b는 표시된 환자에서 탈체 EliSpot 검정에 의해 신항원 면역 반응을 나타낸 신항원의 개수를 도시한다.
도 15는 단일요법으로서 75 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 전립선암 환자의 종양에서 T 세포 수용체 (TCR) 염기서열분석 실험의 결과를 도시한다. y 축은 RNA 백신의 투여에 앞서 (기준선) 종양에서 TCR의 빈도 (Log10)를 도시한다. x 축은 RNA 백신을 이용한 치료 후 종양에서 TCR의 빈도 (Log10)를 도시한다. RNA 백신 특이적 TCR은 음영된 원으로 표시되고, 그리고 다른 TCR은 속이 빈 원에 의해 표시된다.
도 16a-16c는 단일요법으로서 38 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 전립선암 환자에서 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응을 평가한 MHC 다합체 염색 검정의 결과를 도시한다. 도 16a는 표시된 시점에서 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응을 도시한다. 산점도는 2가지 상이한 환경 설정에서 MHC 다합체로 염색된 CD8+ T 세포를 x 축 및 y 축 상에 도시한다. 신항원 특이적 CD8+ T 세포의 퍼센트는 산점도의 오른쪽 위 사분면에서 도시된다. "C" = 주기 (다시 말하면, C1 = 1차 주기; C2 = 2차 주기 등); "D" = 일자 (다시 말하면, D1 = 1일 자, D8 = 8일 자 등). 도 16b는 4차 주기, 1일 자에 도 16a에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 CD45RO 및 CCR7 발현의 분석을 도시한다. CD8+ 미경험 세포는 산점도의 왼쪽 위 사분면에 있고 (Tn); 중심 기억 T 세포 (Tcm)는 산점도의 오른쪽 위 사분면에 있고; 그리고 효과 기억 T 세포 (Tem)는 산점도의 오른쪽 아래 사분면에 있다. Tem 세포의 백분율이 표시된다. 도 16c는 4차 주기, 1일 자에 도 16a에서 도시된 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에서 PD-1 발현의 분석을 도시한다. PD-1+ CD8+ T 세포의 백분율이 표시된다.
도 17은 단일요법으로서 RNA 백신으로 치료를 받은 환자에서 관찰된 임상적 반응의 요약을 제공한다. 각 막대는 개별 환자를 나타내는데, 각 환자에 대한 종양 유형이 x 축 상에 제공된다. y 축은 각 환자에 대해 관찰된 표적 병변의 가장 긴 직경의 합계 (SLD)에서 최고 변화를 표시한다. 각 환자에게 투여되는 RNA 백신의 용량은 오른쪽 범례에서 및 각 막대 위에 표시된다. SP142 Ventana 검정에 의해 분석된 종양 침윤 면역 세포 (IC) 또는 종양 세포 (TC)에서 기준선 PD-L1 발현은 각 환자에 대해 그래프 아래에 표시된다 (N = 아니요; Y = 예). 연구 동안 각 환자에 대한 최고 전체 반응 (BOR)은 그래프 아래에 표시된다 (PD = 질환 진행; SD = 안정적 질환; CR = 완전 반응). 이에 더하여, 각 환자가 관문 저해제를 이용한 선행 치료를 제공받았는지의 여부 ("CPI 경험")가 그래프 아래에 표시된다 (N = 아니요; Y = 예). HNC = 두경부암; STS = 연조직 육종; EGJ = 식도위 접합부. 수평 파선은 고형 종양에서 응답 평가 기준 (RECIST)에 따른 질환 진행 및 부분 반응에 대한 역치 (다시 말하면, SLD에서 기준선으로부터 ≥20% 증가 = 질환 진행 (PD); 및 SLD에서 기준선으로부터 ≥30% 감소 = 부분 반응 (PR))를 표시한다.
도 18은 단일요법으로서 50 ㎍의 용량에서 RNA 백신을 이용한 치료 후 완전 반응 (CR)을 나타낸 1명의 위암 환자에서 기준선에서 및 4차 주기, 1일 자에 EliSpot 검정에 의해 계측된 신항원 특이적 면역 반응을 도시한다. 개별 신항원 및 대조는 x 축 상에 표시된다. y 축은 300,000개의 말초혈 단핵 세포 (PBMC)당 IFNγ 형성 스팟을 보여준다. 수평 파선은 EliSpot 검정에서 양성 히트를 결정하기 위한 역치를 표시한다. EliSpot 양성 히트는 300,000개 세포당 > 15개의 스팟으로서 규정되고 배경 웰 (이들은 일반적으로 <10개의 스팟이다)과 통계학적으로 상이하였다; 모든 신항원은 이중으로 검사되었다. a악성 신생물 진행의 심각한 AE (SAE)가 14%의 환자에서 보고되었다 (데이터 제시되지 않음).
도 19는 아테졸리주맙과 병용으로 투여된 RNA 백신의 임상 1b상 단계 연구에서 10% 이상의 환자에서 발생한 부작용의 요약을 제공한다. 모든 보고된 AE 및 연구 치료에 관련된 AE의 상대 빈도가 제공된다. 보고된 AE의 중증도는 오른쪽 범례에서 표시된다 (1-5 등급). 주입 관련 반응의 전신 반응, 사이토킨 방출 증후군, 그리고 인플루엔자 유사 질병이 표시된다.
도 20은 EliSpot 및/또는 MHC 다합체 염색 검정에 의해 결정된 적어도 하나의 신항원 특이적 면역 반응을 겪은, 임상 1b상 단계 연구에서 환자의 수를 도시한다.
도 21은 38 ㎍의 용량에서 아테졸리주맙 및 RNA 백신으로 치료를 받은 직장암 환자의 종양에서 T 세포 수용체 (TCR) 염기서열분석 실험의 결과를 도시한다. y 축은 아테졸리주맙 및 RNA 백신의 투여에 앞서 (기준선) 종양에서 TCR의 빈도 (Log10)를 도시한다. x 축은 아테졸리주맙 및 RNA 백신을 이용한 치료 후 종양에서 TCR의 빈도 (Log10)를 도시한다. RNA 백신 특이적 TCR은 음영된 원으로 표시되고, 그리고 다른 TCR은 속이 빈 원에 의해 표시된다.
도 22는 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신으로 치료를 받은 환자에서 관찰된 임상적 반응의 요약을 제공한다. 각 막대는 개별 환자를 나타내는데, 각 환자에 대한 종양 유형이 x 축 상에 제공된다. y 축은 각 환자에 대해 관찰된 가장 긴 직경의 합계 (SLD)에서 최고 변화를 표시한다. 각 환자에게 투여되는 RNA 백신의 용량은 오른쪽 범례에서 및 각 막대 위에 표시된다. a각 환자에 대해 SP142 Ventana 검정에 의해 분석된 종양 침윤 면역 세포 (IC) 또는 종양 세포 (TC)에서 기준선 PD-L1 발현은 그래프 아래에 표시된다 (N = 아니요; Y = 예). 연구 동안 각 환자에 대한 최고 전체 반응 (BOR)은 그래프 아래에 표시된다 (PD = 질환 진행; SD = 안정적 질환; PR = 부분 반응; CR = 완전 반응). 이에 더하여, 각 환자가 관문 저해제를 이용한 선행 치료를 제공받았는지의 여부 ("CPI 경험")가 그래프 아래에 표시된다 (N = 아니요; Y = 예). HNC = 두경부암; STS = 연조직 육종; NSCLC = 비소세포 폐암; MCC = 메르켈 세포 암종. 상자는 아테졸리주맙과 병용으로 38 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 삼중 음성 유방암 (TNBC)을 앓는 CPI-경험 환자를 표시한다. 수평 파선은 고형 종양에서 응답 평가 기준 (RECIST)에 따른 질환 진행 및 부분 반응에 대한 역치 (다시 말하면, SLD에서 기준선으로부터 ≥20% 증가 = 질환 진행 (PD); 및 SLD에서 기준선으로부터 ≥30% 감소 = 부분 반응 (PR))를 표시한다.
도 23a-23b는 아테졸리주맙과 병용으로 38 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 삼중 음성 유방암 (TNBC) 환자 (도 22에서 상자에 의해 표시됨)에서 관찰된 종양 및 신항원 특이적 면역 반응을 도시한다. 도 22에서 도시된 바와 같이, 치료에 대한 부분 반응을 나타낸 이 TNBC 환자는 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 기준선 PD-L1 발현을 겪었고 (SP142 Ventana 검정에 의해 사정됨), 그리고 관문 저해제로 이전에 치료를 받았다 (CPI 경험). 도 23a에서 제공된 전산화 단층촬영술 (CT) 스캔 이미지는 상기 환자가 선별검사에서 전이성 질환과 연관된 여러 종양 덩어리를 가졌고, 그리고 이들 종양이 치료의 4차 주기에서 감소되었다는 것을 보여준다 (종양은 화살표에 의해 표시된다). 도 23b는 상기 환자가 선별검사에서 신항원 특이적 CD8+ T 세포에 대해 음성이었고 (0.01%; 배경 수준), 그리고 신항원 특이적 CD8+ T 세포의 수준이 치료의 4차 주기에서 2.2%로 증가되었다는 것을 도시한다 (MHC 다합체 염색에 의해 사정될 때). 산점도는 2가지 상이한 환경 설정에서 MHC 다합체로 염색된 CD8+ T 세포를 x 축 및 y 축 상에 도시한다.
도 24a-24e는 본원에서 설명된 임상 1b상 단계 연구의 적응증 특이적 확장기에서 관문 저해제 미경험 환자에 대한 가장 긴 직경 (SLD) 및 객관적인 반응률 (ORR)의 합계에서 시간의 추이에서 변화를 제공한다. 도 24a는 관문 저해제 미경험 요로상피세포 암종 (UC) 환자에 대한 SLD 및 ORR에서 시간의 추이에서 변화를 도시한다. 도 24b는 관문 저해제 미경험 신장 세포 암종 (RCC) 환자에 대한 SLD 및 ORR에서 시간의 추이에서 변화를 도시한다. 도 24c는 관문 저해제 미경험 흑색종 환자에 대한 SLD 및 ORR에서 시간의 추이에서 변화를 도시한다. 도 24d는 관문 저해제 미경험 삼중 음성 유방암 (TNBC) 환자에 대한 SLD 및 ORR에서 시간의 추이에서 변화를 도시한다. 도 24e는 관문 저해제 미경험 비소세포 폐암 (NSCLC) 환자에 대한 SLD 및 ORR에서 시간의 추이에서 변화를 도시한다. 화살표는 적극 치료를 계속하는 환자를 표시한다. 도 24a-24e에서, 수평 파선은 고형 종양에서 응답 평가 기준 (RECIST)에 따른 질환 진행 및 부분 반응에 대한 역치 (다시 말하면, SLD에서 기준선으로부터 ≥20% 증가 = 질환 진행 (PD); 및 SLD에서 기준선으로부터 ≥30% 감소 = 부분 반응 (PR))를 표시한다.
상세한 설명
I. 정의
본원 발명을 상세하게 설명하기 전, 본원 발명은 특정 조성물 또는 생물학적 시스템에 한정되지 않으며, 이들은 당연히, 달라질 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 또한, 본원에서 이용된 용어는 단지 특정한 구체예를 설명하기 위한 것이고, 그리고 한정하는 것으로 의도되지 않는 것으로 이해된다.
본 명세서 및 첨부된 특허청구범위에서 이용된 바와 같이, 단수 형태 ("a", "an" 및 "the")는 문맥에서 별도로 명시되지 않으면, 복수 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들면, "분자"에 대한 언급은 두 개 또는 그 이상의 이런 분자의 조합 등을 임의적으로 포함한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "약"은 당업자에게 쉽게 공지된 개별 값에 대한 통상의 오차 범위를 지칭한다. 본원에서 값 또는 파라미터에서 "약"에 대한 언급은 상기 값 또는 파라미터 그 자체에 관계하는 구체예를 포함한다 (및 설명한다).
본원에서 설명된 발명의 양상과 구체예는 "포함하는", "구성되는" 및 "본질적으로 구성되는" 양상과 구체예를 포함하는 것으로 이해된다.
용어 "PD-1 축 결합 길항제"는 PD-1 신호전달 축에서 신호전달로부터 발생하는 T-세포 기능장애를 제거하기 위해 - 결과적으로 T-세포 기능 (예를 들면, 증식, 사이토킨 생산, 표적 세포 사멸)을 복원하거나 또는 증강하기 위해, PD-1 축 결합 파트너의 이의 결합 파트너 중 어느 하나 이상과의 상호작용을 저해하는 분자를 지칭한다. 본원에서 이용된 바와 같이, PD-1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제 및 PD-L2 결합 길항제를 포함한다.
용어 "PD-1 결합 길항제"는 PD-1의 이의 결합 파트너 중 하나 이상, 예컨대 PD-L1, PD-L2와의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 분자를 지칭한다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 결합 파트너 중 하나 이상에 대한 PD-1의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 저해한다. 예를 들면, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및/또는 PD-L2와의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 항-PD-1 항체, 이들의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩티드 및 기타 분자를 포함한다. 한 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 기능장애성 T-세포를 더 적게 기능장애성이 되도록 만들기 위해 (예를 들면, 항원 인식에 대한 효과 반응을 증강하기 위해), PD-1을 통한 T 림프구 매개된 신호전달에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이것을 통해 매개되는 음성 동시자극성 신호를 감소시킨다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. PD-1 결합 길항제의 특정한 실례는 아래에 제공된다.
용어 "PD-L1 결합 길항제"는 PD-L1의 이의 결합 파트너 중 하나 이상, 예컨대 PD-1, B7-1과의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 분자를 지칭한다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 결합 파트너에 대한 PD-L1의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및/또는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 저해한다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 결합 파트너 중 하나 이상, 예컨대 PD-1, B7-1과의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 항-PD-L1 항체, 이들의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩티드 및 기타 분자를 포함한다. 한 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 기능장애성 T-세포를 더 적게 기능장애성이 되도록 만들기 위해 (예를 들면, 항원 인식에 대한 효과 반응을 증강하기 위해), PD-L1을 통한 T 림프구 매개된 신호전달에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이들을 통해 매개되는 음성 동시자극성 신호를 감소시킨다. 일부 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. PD-L1 결합 길항제의 특정한 실례는 아래에 제공된다.
용어 "PD-L2 결합 길항제"는 PD-L2의 이의 결합 파트너 중 하나 이상, 예컨대 PD-1과의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 분자를 지칭한다. 일부 구체예에서, PD-L2 결합 길항제는 결합 파트너 중 하나 이상에 대한 PD-L2의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PD-L2 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L2의 결합을 저해한다. 일부 구체예에서, PD-L2 길항제는 PD-L2의 이의 결합 파트너 중 하나 이상, 예컨대 PD-1과의 상호작용으로부터 발생하는 신호 전달을 감소시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 제거하거나 또는 간섭하는 항-PD-L2 항체, 이들의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩티드 및 기타 분자를 포함한다. 한 구체예에서, PD-L2 결합 길항제는 기능장애성 T-세포를 더 적게 기능장애성이 되도록 만들기 위해 (예를 들면, 항원 인식에 대한 효과 반응을 증강하기 위해), PD-L2를 통한 T 림프구 매개된 신호전달에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이것을 통해 매개되는 음성 동시자극성 신호를 감소시킨다. 일부 구체예에서, PD-L2 결합 길항제는 면역부착소이다.
"지속된 반응"은 치료의 휴지 후 종양 성장을 감소시키는 것에 대한 지속된 효과를 지칭한다. 예를 들면, 종양 크기가 투여 시기의 시작 시점에서 크기와 비교하여 동일하거나 또는 더 작게 남아있을 수 있다. 일부 구체예에서, 지속된 반응은 치료 지속 기간과 적어도 동일하거나, 치료 지속 기간의 적어도 1.5X, 2.0X, 2.5X, 또는 3.0X 길이인 지속 기간을 갖는다.
용어 "제약학적 제제"는 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 허용하는 그런 형태이고, 그리고 이러한 제제가 투여될 개체에게 받아들이기 어려울 정도로 독성인 추가 성분을 내포하지 않는 제조물을 지칭한다. 이런 제제는 무균이다. "제약학적으로 허용되는" 부형제 (운반제, 첨가제)는 이용되는 활성 성분의 유효 용량을 제공하기 위해 대상 포유동물에 합리적으로 투여될 수 있는 것들이다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "치료"는 임상 병리학의 코스 동안 치료되는 개체 또는 세포의 자연적인 코스를 변경하도록 설계된 임상적 개입을 지칭한다. 바람직한 치료 효과는 질환 진행의 속도 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 그리고 관해 또는 향상된 예후를 포함한다. 예를 들면, 만약 암성 세포의 증식을 감소시키고 (또는 이들 세포를 파괴하고), 질환으로부터 발생하는 증상을 감소시키고, 질환을 겪는 개체의 삶의 질을 증가시키고, 질환을 치료하는 데 필요한 다른 약제의 용량을 감소시키고 및/또는 개체의 생존을 연장하는 것을 포함하지만 이들에 한정되지 않는, 암과 연관된 한 가지 또는 그 이상의 증상이 경감되거나 또는 제거되면, 개체는 성공적으로 "치료"된다.
본원에서 이용된 바와 같이, "질환의 진행을 지연시키는" 것은 상기 질환 (예컨대 암)의 발달을 미루고, 방해하고, 늦추고, 지연시키고, 안정시키고 및/또는 연기시키는 것을 의미한다. 이러한 지연은 질환의 이력 및/또는 치료되는 개체에 따라 시간 길이가 변할 수 있다. 당업자에게 명백한 바와 같이, 충분한 또는 유의미한 지연은 개체에서 질환이 발달하지 않는다는 점에서, 실제로 예방을 포괄할 수 있다. 예를 들면, 후기 단계 암, 예컨대 전이의 발달이 지연될 수 있다.
"효과량"은 특정 장애의 계측 가능한 향상 또는 예방을 달성하는 데 필요한 적어도 최소량이다. 본원에서 효과량은 인자, 예컨대 환자의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중, 그리고 개체에서 원하는 반응을 이끌어 내는 항체의 능력에 따라서 변할 수 있다. 효과량은 또한, 치료의 임의의 독성 또는 유해한 효과보다 치료적으로 유익한 효과가 우위에 있는 것이다. 예방적 용도의 경우에, 유익한 또는 원하는 결과는 위험을 제거하거나 또는 감소시키고, 심각도를 줄이고, 또는 질환의 생화학적, 조직학적 및/또는 행동 증상, 이의 합병증 및 상기 질환의 발달 동안 나타나는 중간 병리학적 표현형을 비롯하여 상기 질환의 개시를 지연시키는 것과 같은 결과를 포함한다. 치료적 용도의 경우에, 유익한 또는 원하는 결과는 질환으로부터 발생하는 한 가지 또는 그 이상의 증상을 감소시키고, 질환으로 고통받는 개체의 삶의 질을 증가시키고, 질환을 치료하는 데 필요한 다른 약제의 용량을 감소시키고, 예컨대 표적화를 통해 다른 약제의 효과를 증강하고, 질환의 진행을 지연시키고 및/또는 생존을 연장하는 것과 같은 임상적 결과를 포함한다. 암 또는 종양의 경우에, 약물의 효과량은 암 세포의 숫자를 감소시키고; 종양 크기를 감소시키고; 주변 장기 내로 암 세포 침윤을 저해하고 (다시 말하면, 얼마간 늦추거나 또는 바람직하게는 중단시키고); 종양 전이를 저해하고 (다시 말하면, 얼마간 늦추고 바람직하게는 중단시키고); 종양 성장을 얼마간 저해하고; 및/또는 장애와 연관된 증상 중에서 한 가지 또는 그 이상을 얼마간 완화하는 데 효과를 가질 수 있다. 효과량은 1회 또는 그 이상의 투여에서 투여될 수 있다. 본원 발명을 위해, 약물, 화합물 또는 제약학적 조성물의 효과량은 예방적 또는 치료적 처치를 직접적으로 또는 간접적으로 달성하는 데 충분한 양이다. 임상적 맥락에서 이해되는 바와 같이, 약물, 화합물 또는 제약학적 조성물의 효과량은 다른 약물, 화합물 또는 제약학적 조성물과 함께 달성되거나 또는 달성되지 않을 수 있다. 따라서, "효과량"은 한 가지 또는 그 이상의 치료적 작용제를 투여하는 맥락에서 고려될 수 있고, 그리고 단일 작용제는 한 가지 또는 그 이상의 다른 작용제와 함께, 바람직한 결과가 달성될 수 있거나 또는 달성되면, 효과량으로 제공된 것으로 고려될 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, "함께" 또는 "병용으로"는 다른 치료 양상에 더하여 한 가지 치료 양상의 투여를 지칭한다. 따라서, "함께" 또는 "병용으로"는 개체에게 다른 치료 양상의 투여 이전, 동안 또는 이후, 한 가지 치료 양상의 투여를 지칭한다.
"장애"는 포유동물을 문제되는 장애에 취약하게 만드는 병리학적 상태를 비롯한 만성과 급성 장애 또는 질환을 포함하지만 이들에 한정되지 않는, 치료로부터 유익성을 얻을 임의의 상태이다.
용어 "세포 증식성 장애" 및 "증식성 장애"는 어느 정도의 비정상 세포 증식과 연관되는 장애를 지칭한다. 한 구체예에서, 세포 증식성 장애는 암이다. 한 구체예에서, 세포 증식성 장애는 종양이다.
본원에서 이용된 바와 같이, "종양"은 악성 또는 양성인지에 상관없이 모든 신생물 세포 성장과 증식, 그리고 모든 전암성과 암성 세포와 조직을 지칭한다. 용어 "암", "암성", "세포 증식성 장애", "증식성 장애" 및 "종양"은 본원에서 상호간에 배타적으로 지칭되지 않는다.
치료의 목적으로 "피험자" 또는 "개체"는 인간, 사육 및 경작용 동물, 그리고 동물원, 스포츠, 또는 애완 동물을 비롯한, 포유동물로서 분류된 임의의 동물, 예컨대 개, 말, 고양이, 소 등을 지칭한다. 바람직하게는, 포유동물은 인간이다.
용어 "항체"는 본원에서 가장 넓은 의미에서 이용되고, 그리고 단일클론 항체 (전장 단일클론 항체 포함), 다중클론 항체, 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체), 그리고 항체 단편 (이들이 원하는 생물학적 활성을 나타내기만 하면)을 특정적으로 커버한다.
"단리된" 항체는 자연 환경의 성분으로부터 확인되고, 분리되고 및/또는 회수된 것이다. 자연 환경의 오염체 성분은 상기 항체에 대한 연구적, 진단적 또는 치료적 이용을 간섭하는 물질이고, 그리고 효소, 호르몬, 그리고 다른 단백질성 또는 비단백질성 용질을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 항체는 (1) 예를 들면, 로리법에 의해 결정될 때 항체의 중량으로 95%보다 크게, 그리고 일부 구체예에서, 중량으로 99%보다 크게; (2) 예를 들면, 스피닝 컵 서열분석기의 이용에 의해 N 말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15개 잔기를 획득하는 데 충분한 정도까지, 또는 (3) 예를 들면, 쿠마시 블루 또는 은 염색을 이용하여 환원 또는 비환원 조건하에 SDS-PAGE에 의해 균질성까지 정제된다. 단리된 항체는 재조합 세포 내에서 원지에서 항체를 포함하는데, 그 이유는 항체의 자연 환경의 적어도 한 가지 성분이 존재하지 않을 것이기 때문이다. 하지만, 통상적으로, 단리된 항체는 적어도 하나의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.
"선천적 항체"는 통상적으로, 2개의 동일한 경쇄 (L) 및 2개의 동일한 중쇄 (H)로 구성되는 약 150,000 달톤의 이종사합체성 당단백질이다. 각 경쇄는 하나의 공유 이황화 결합에 의해 중쇄에 연결되고, 반면 이황화 연쇄의 숫자는 상이한 면역글로불린 아이소타입의 중쇄 사이에서 서로 다르다. 각 중쇄와 경쇄는 또한, 규칙적으로 이격된 사슬내 이황화 다리를 갖는다. 각 중쇄는 한쪽 단부에서 가변 도메인 (VH), 그 이후에 다수의 불변 도메인을 갖는다. 각 경쇄는 한쪽 단부에서 가변 도메인 (VL) 및 다른 단부에서 불변 도메인을 갖는다; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 첫 번째 불변 도메인과 함께 정렬되고, 그리고 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인과 함께 정렬된다. 특정 아미노산 잔기는 경쇄와 중쇄 가변 도메인 사이에 인터페이스를 형성하는 것으로 생각된다.
용어 "불변 도메인"은 항원 결합 부위를 내포하는 면역글로불린의 다른 부분인 가변 도메인에 비하여 더 보존된 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 분자의 부분을 지칭한다. 불변 도메인은 중쇄의 CH1, CH2 및 CH3 도메인 (집합적으로, CH) 및 경쇄의 CHL (또는 CL) 도메인을 내포한다.
항체의 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체의 중쇄 또는 경쇄의 아미노 말단 도메인을 지칭한다. 중쇄의 가변 도메인은 "VH"로서 지칭될 수 있다. 경쇄의 가변 도메인은 "VL"로서 지칭될 수 있다. 이들 도메인은 일반적으로, 항체의 최대 가변 부분이고 항원 결합 부위를 내포한다.
용어 "가변"은 가변 도메인의 일정한 부분이 항체 사이에서 서열에서 광범위하게 상이하고, 그리고 특정 항원에 대한 각 특정 항체의 결합과 특이성에 이용된다는 사실을 지칭한다. 하지만, 가변성은 항체의 가변 도메인의 전역에서 균등하게 분포되지 않는다. 이것은 경쇄와 중쇄 가변 도메인 둘 모두에서 초가변 영역 (HVR)으로 불리는 3개의 분절에서 농축된다. 가변 도메인의 더 고도로 보존된 부분은 프레임워크 영역 (FR)으로 불린다. 선천적 중쇄와 경쇄의 가변 도메인은 각각, 3개의 HVR에 의해 연결된, 베타-시트 입체형상을 주로 채택하는 4개의 FR 영역을 포함하고, 이들은 루프 연결을 형성하고, 그리고 일부 경우에, 베타-시트 구조의 일부를 형성한다. 각 사슬에서 HVR은 FR 영역에 의해 매우 근접하여 묶여지고, 그리고 다른 사슬로부터 HVR과 함께, 항체의 항원 결합 부위의 형성에 기여한다 (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, Md. (1991)을 참조한다). 불변 도메인은 항체를 항원에 결합시키는 데 직접적으로 관련되지 않지만, 다양한 효과기 기능, 예컨대 항체 의존성 세포 독성에서 항체의 참여를 나타낸다.
임의의 포유류 종으로부터 항체 (면역글로불린)의 "경쇄"는 그들의 불변 도메인의 아미노산 서열에 근거하여, 카파("κ")와 람다("λ")로 불리는 2가지 명확하게 상이한 유형 중에서 한 가지에 배정될 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 IgG "아이소타입" 또는 "하위부류"는 그들의 불변 영역의 화학적 및 항원성 특징에 의해 규정되는 면역글로불린의 임의의 하위부류인 것으로 의미된다.
중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라서, 항체 (면역글로불린)는 상이한 부류에 배정될 수 있다. 면역글로불린의 5가지 주요 부류: IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM이 있고, 그리고 이들 중에서 몇몇은 하위부류 (아이소타입), 예를 들면, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2로 더욱 세분될 수 있다. 면역글로불린의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각, α, γ, ε, γ 및 μ로 불린다. 면역글로불린의 상이한 부류의 이들 아단위 구조 및 3차원 입체형상은 널리 알려져 있고, 그리고 예를 들면, Abbas et al. Cellular and Mol. Immunology, 4th ed. (W.B. Saunders, Co., 2000)에서 전반적으로 설명된다. 항체는 항체 및 하나 이상의 다른 단백질 또는 펩티드의 공유 또는 비공유 연관에 의해 형성되는, 더 큰 융합 분자의 부분일 수 있다.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 아래에 규정된 바와 같은 항체 단편이 아닌, 실제적으로 무손상 형태에서 항체를 지칭하기 위해 본원에서 교체가능하게 이용된다. 이들 용어는 특히, Fc 영역을 내포하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭한다.
본원에서 목적을 위해 "나신 항체"는 세포독성 모이어티 또는 방사성 표지에 접합되지 않는 항체이다.
"항체 단편"은 무손상 항체의 부분을 포함한다, 바람직하게는 이의 항원 결합 영역을 포함한다. 일부 구체예에서, 본원에서 설명된 항체 단편은 항원 결합 단편이다. 항체 단편의 실례는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체; 단일 사슬 항체 분자; 그리고 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체의 파파인 소화는 "Fab" 단편으로 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편을 생산하고, 이들은 각각 단일 항원 결합 부위를 갖고, 그리고 쉽게 결정화하는 능력을 반영하는 명칭인 잔여 "Fc" 단편을 생산한다. 펩신 처리는 F(ab')2 단편을 산출하는데, 이것은 2개의 항원 결합 부위를 갖고 항원을 여전히 교차연결할 수 있다.
"Fv"는 완전 항원 결합 부위를 내포하는 최소 항체 단편이다. 한 구체예에서, 2-사슬 Fv 종류는 단단한, 비공유 연관에서 하나의 중쇄와 하나의 경쇄 가변 도메인의 이합체로 구성된다. 단일 사슬 Fv (scFv) 종류에서, 하나의 중쇄와 하나의 경쇄 가변 도메인은 이러한 경쇄와 중쇄가 2-사슬 Fv 종류에서와 유사한 "이합체성" 구조로 연관할 수 있도록 유연한 펩티드 링커에 의해 공유 연결될 수 있다. 이러한 입체형상에서 각 가변 도메인의 3개의 HVR은 상호작용하여 VH-VL 이합체의 표면상에서 항원 결합 부위를 규정한다. 집합적으로, 6개 HVR은 항체에 항원 결합 특이성을 부여한다. 하지만, 심지어 단일 가변 도메인 (또는 항원에 특이적인 단지 3개의 HVR만을 포함하는 Fv의 절반)도 비록 전체 결합 부위보다 친화성이 낮긴 하지만, 항원을 인식하고 이에 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄와 경쇄 가변 도메인을 내포하고, 그리고 또한, 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 첫 번째 불변 도메인 (CH1)을 내포한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복시 말단에서 소수 잔기의 부가에 의해 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 본원에서, 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 자유 티올 기를 보유하는 Fab'에 대한 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 Fab' 단편의 쌍으로서 최초 생산되었는데, 이들은 그들 사이에 힌지 시스테인을 갖는다. 항체 단편의 다른 화학적 연계 역시 알려져 있다.
"단일 사슬 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH와 VL 도메인을 포함하는데, 여기서 이들 도메인은 단일 폴리펩티드 사슬에서 존재한다. 일반적으로, scFv 폴리펩티드는 VH와 VL 도메인 사이에 폴리펩티드 링커를 더 포함하는데, 이것은 scFv가 항원 결합을 위한 원하는 구조를 형성할 수 있게 한다. scFv에 관한 검토를 위해, 예를 들면, Pluckth
Figure pct00002
n, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315를 참조한다.
용어 "디아바디"는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 항체 단편을 지칭하는데, 이들 단편은 동일한 폴리펩티드 사슬 (VH-VL) 내에서 경쇄 가변 도메인 (VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인 (VH)을 포함한다. 너무 짧아 동일한 사슬 상에서 두 도메인 사이에 대합을 허용하지 않는 링커를 이용함으로써, 이들 도메인은 다른 사슬의 상보성 도메인과 대합을 이루고 2개의 항원 결합 부위를 창출하도록 강제된다. 디아바디는 이가 또는 이중특이적일 수 있다. 디아바디는 예를 들면, EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 그리고 Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)에서 더 충분히 설명된다. 트리아바디 및 테트라바디 역시 Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)에서 설명된다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "단일클론 항체"는 실제적으로 균질한 항체의 모집단으로부터 획득된 항체를 지칭한다, 예를 들면, 상기 모집단을 구성하는 개별 항체는 소량으로 존재할 수 있는 가능한 돌연변이, 예를 들면, 자연 발생 돌연변이를 제외하고 동일하다. 따라서, 수식어 "단일클론"은 구별된 항체의 혼합물이 아니라는, 항체의 특징을 표시한다. 일정한 구체예에서, 이런 단일클론 항체는 전형적으로, 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체를 포함하는데, 여기서 표적-결합 폴리펩티드 서열은 복수의 폴리펩티드 서열로부터 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선택을 포함하는 과정에 의해 획득되었다. 예를 들면, 선택 과정은 복수의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파지 클론, 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터 고유한 클론의 선별일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열은 예를 들면, 표적에 대한 친화성을 향상시키고, 표적 결합 서열을 인간화하고, 세포 배양 동안 이의 생산을 향상시키고, 생체내에서 이의 면역원을 감소시키고, 다중특이적 항체를 창출하고, 기타 등등을 위해 더욱 변경될 수 있고, 그리고 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체 역시 본원 발명의 단일클론 항체인 것으로 이해되어야 한다. 상이한 결정인자 (에피토프)에 대해 지향된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 다중클론 항체 제조물과 대조적으로, 단일클론 항체 제조물의 각 단일클론 항체는 항원 상에서 단일 결정인자에 대해 지향된다. 단일클론 항체 제조물은 그들의 특이성에 더하여, 전형적으로 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 유리하다.
수식어 "단일클론"은 항체의 실제적으로 균질한 모집단으로부터 획득되는 것으로서 항체의 특징을 표시하고, 그리고 임의의 특정 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되지 않는다. 예를 들면, 본원 발명에 따라서 이용되는 단일클론 항체는 예를 들면, 하이브리도마 방법 (예를 들면, Kohler and Milstein., Nature, 256:495-97 (1975); Hongo et al., Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995), Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988); Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)), 재조합 DNA 방법 (예를 들면, U.S. 특허 번호 4,816,567을 참조한다), 파지 전시 기술 (예를 들면, Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)를 참조한다), 그리고 인간 면역글로불린 서열을 인코딩하는 인간 면역글로불린 좌위 또는 유전자 중에서 일부 또는 전부를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생산하기 위한 기술 (예를 들면, WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993); U.S. 특허 번호 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 및 5,661,016; Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994); Morrison, Nature 368: 812-813 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996); Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996); 그리고 Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)를 참조한다)를 비롯한 다양한 기술에 의해 만들어질 수 있다.
본원에서 단일클론 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정 종으로부터 유래되거나 또는 특정 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 또는 이들 서열에 상동하고, 반면 사슬(들)의 나머지 부분이 다른 종으로부터 유래되거나 또는 다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 또는 이들 서열에 상동한 "키메라" 항체뿐만 아니라 원하는 생물학적 활성을 나타내기만 하면, 이런 항체의 단편을 특정적으로 포함한다 (예를 들면, U.S. 특허 번호 4,816,567; 및 Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)를 참조한다). 키메라 항체는 PRIMATTZFD® 항체를 포함하는데, 여기서 상기 항체의 항원 결합 영역은 예를 들면, 마카크 원숭이를 관심되는 항원으로 면역화함으로써 생산된 항체로부터 유래된다.
비인간 (예를 들면, 뮤린) 항체의 "인간화" 형태는 비인간 면역글로불린으로부터 유래된 최소 서열을 내포하는 키메라 항체이다. 한 구체예에서, 인간화 항체는 수용자의 HVR로부터 잔기가 원하는 특이성, 친화성 및/또는 수용력을 갖는, 비인간 종 (공여자 항체), 예컨대 생쥐, 쥐, 토끼 또는 비인간 영장류의 HVR로부터 잔기에 의해 대체되는 인간 면역글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 경우에, 인간 면역글로불린의 FR 잔기가 상응하는 비인간 잔기에 의해 대체된다. 게다가, 인간화 항체는 수용자 항체에서 또는 공여자 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이들 변형은 항체 성능을 더욱 정밀화하기 위해 만들어질 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 적어도 1개, 그리고 전형적으로 2개의 가변 도메인을 실제적으로 모두 포함할 것인데, 여기서 초가변 루프의 전부 또는 실제적으로 전부가 비인간 면역글로불린의 것들에 상응하고, 그리고 FR의 전부 또는 실제적으로 전부가 인간 면역글로불린 서열의 것들이다. 인간화 항체는 임의적으로 또한, 전형적으로 인간 면역글로불린의 면역글로불린 불변 영역 (Fc)의 적어도 일부를 포함할 것이다. 추가 상세를 위해, 예를 들면, Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); 및 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)을 참조한다. 또한, 예를 들면 Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998); Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995); Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994); 그리고 U.S. 특허 번호 6,982,321 및 7,087,409를 참조한다.
"인간 항체"는 인간에 의해 생산된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 소유하고 및/또는 본원에서 개시된 바와 같은 인간 항체를 만들기 위한 임의의 기술을 이용하여 만들어진 항체이다. 인간 항체의 이러한 정의는 비인간 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 특정적으로 배제한다. 인간 항체는 파지 전시 라이브러리를 비롯한, 당해 분야에서 공지된 다양한 기술을 이용하여 생산될 수 있다. Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991). 인간 단일클론 항체의 제조를 위해 Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985); Boerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95 (1991)에서 설명된 방법이 또한 가용하다. 또한, van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74 (2001)를 참조한다. 인간 항체는 항원 공격에 대한 응답으로 이런 항체를 생산하도록 변형되지만, 내인성 좌위에 장애가 있는 유전자도입 동물, 예컨대 면역화된 제노마우스에 항원을 투여함으로써 제조될 수 있다 (예를 들면, XENOMOUSE 기술에 관하여 U.S. 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584를 참조한다). 또한, 인간 B-세포 하이브리도마 기법을 통해 산출된 인간 항체에 관하여, 예를 들면, Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)를 참조한다.
"종-의존성 항체"는 이것이 두 번째 포유류 종으로부터 유래된 항원의 동족체에 대해 갖는 것보다, 첫 번째 포유류 종으로부터 항원에 대해 더 강한 결합 친화성을 갖는 것이다. 통상적으로, 종-의존성 항체는 인간 항원에 "특이적으로 결합하지만" (예를 들면, 약 1x10-7 M 이내, 바람직하게는 약 1x10-8 M 이내, 그리고 바람직하게는 약 1x10-9 M 이내의 결합 친화성 (Kd) 값을 갖지만), 두 번째 비인간 포유류 종으로부터 유래된 항원의 동족체에 대해, 인간 항원에 대한 이의 결합 친화성보다 적어도 약 50배, 또는 적어도 약 500배, 또는 적어도 약 1000배 약한 결합 친화성을 갖는다. 종-의존성 항체는 앞서 규정된 바와 같은 다양한 유형의 항체 중 어느 것일 수 있지만, 바람직하게는 인간화 또는 인간 항체이다.
본원에서 이용될 때, 용어 "초가변 영역", "HVR" 또는 "HV"는 서열에서 초가변성이고 및/또는 구조적으로 규정된 루프를 형성하는 항체 가변 도메인의 영역을 지칭한다. 일반적으로, 항체는 6개의 HVR; VH에서 3개 (H1, H2, H3), 그리고 VL에서 3개 (L1, L2, L3)를 포함한다. 선천적 항체에서, H3 및 L3은 6개 HVR 중에서 최대 다양성을 나타내고, 그리고 H3은 특히, 항체에 뛰어난 특이성을 부여하는 데 고유한 역할을 수행하는 것으로 생각된다. 참조: 예를 들면, Xu et al., Immunity 13:37-45 (2000); Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). 실제로, 중쇄 단독으로 구성되는 자연 발생 낙타과 항체는 경쇄의 부재에서도 기능적이고 안정적이다. 참조: 예를 들면, Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993); Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996).
다수의 HVR 묘사가 본원에서 이용되고 포괄된다. Kabat 상보성 결정 영역 (CDR)은 서열 가변성에 근거되고, 그리고 가장 흔히 이용되는 것이다 (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). Chothia는 그 대신에, 구조적 루프의 위치를 지칭한다 (Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). AbM HVR은 Kabat HVR 및 Chothia 구조적 루프 사이에 타협을 나타내고, 그리고 Oxford Molecular의 AbM 항체 모형화 소프트웨어에 의해 이용된다. "접촉" HVR은 가용한 복합 결정 구조의 분석에 근거된다. 이들 HVR 각각으로부터 잔기는 아래에서 제시된다.
루프 Kabat AbM Chothia 접촉
L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36
L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55
L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96
H1 H31-H35B H26-H35B H26-H32 H30-H35B (Kabat 넘버링)
H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35 (Chothia 넘버링)
H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58
H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
HVR은 아래와 같은 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다: VL에서 24-36 또는 24-34 (L1), 46-56 또는 50-56 (L2) 및 89-97 또는 89-96 (L3), 그리고 VH에서 26-35 (H1), 50-65 또는 49-65 (H2) 및 93-102, 94-102 또는 95-102 (H3). 가변 도메인 잔기는 이들 정의 각각에 대해 Kabat et al., 위와 같음에 따라 넘버링된다.
HVR은 아래와 같은 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다: VL에서 24-36 또는 24-34 (L1), 46-56 또는 50-56 (L2) 및 89-97 또는 89-96 (L3), 그리고 VH에서 26-35 (H1), 50-65 또는 49-65 (H2) 및 93-102, 94-102 또는 95-102 (H3). 가변 도메인 잔기는 이들 정의 각각에 대해 Kabat et al., 위와 같음에 따라 넘버링된다.
"프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 본원에서 규정된 바와 같은 HVR 잔기 이외에 가변 도메인 잔기이다.
용어 "Kabat의 경우에서와 같은 가변 도메인 잔기 넘버링" 또는 "Kabat의 경우에서와 같은 아미노산 위치 넘버링", 그리고 이들의 변이는 Kabat et al., 위와 같음에서 항체의 편집의 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 이용되는 넘버링 시스템을 지칭한다. 이러한 넘버링 시스템을 이용하여, 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 HVR의 단축, 또는 이것 내로 삽입에 상응하는 더 적은 또는 추가 아미노산을 내포할 수 있다. 예를 들면, 중쇄 가변 도메인은 H2의 잔기 52 뒤에 단일 아미노산 삽입물 (Kabat에 따라 잔기 52a), 그리고 중쇄 FR 잔기 82 뒤에 삽입된 잔기 (예를 들면, Kabat에 따라 잔기 82a, 82b 및 82c 등)를 포함할 수 있다. 잔기의 Kabat 넘버링은 항체의 서열 및 "표준" Kabat 넘버링된 서열의 상동성의 영역에서 정렬에 의해 소정의 항체에 대해 결정될 수 있다.
가변 도메인 내에 잔기 (대략, 경쇄의 잔기 1-107 및 중쇄의 잔기 1-113)를 지칭할 때, Kabat 넘버링 시스템이 일반적으로 이용된다 (예를 들면, Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). "EU 넘버링 시스템" 또는 "EU 색인"은 일반적으로, 면역글로불린 중쇄 불변 영역에서 잔기를 지칭할 때 이용된다 (예를 들면, Kabat et al., 위와 같음에서 보고된 EU 색인). "Kabat의 경우에서와 같은 EU 색인"은 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다.
표현 "선형 항체"는 Zapata et al. (1995 Protein Eng, 8(10):1057-1062)에서 설명된 항체를 지칭한다. 간단히 말하면, 이들 항체는 한 쌍의 탠덤 Fd 분절 (VH-CH1-VH-CH1)을 포함하는데, 이들은 상보성 경쇄 폴리펩티드와 함께, 한 쌍의 항원 결합 영역을 형성한다. 선형 항체는 이중특이적 또는 단일특이적일 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "결합한다", "특이적으로 결합한다" 또는 "특이적이다"는 계측 가능하고 재현 가능한 상호작용, 예컨대 표적 및 항체 사이의 결합을 지칭하는데, 이것은 생물학적 분자를 비롯한 분자의 이질성 모집단의 존재에서 표적의 존재를 결정한다. 예를 들면, 표적 (이것은 에피토프일 수 있다)에 결합하거나 또는 특이적으로 결합하는 항체는 이것이 다른 표적에 결합하는 것보다 더 큰 친화성으로, 결합능으로, 더 쉽게 및/또는 더 큰 지속 기간에서 이러한 표적에 결합하는 항체이다. 한 구체예에서, 관련 없는 표적에 항체의 결합의 정도는 예를 들면, 방사면역검정 (RIA)에 의해 계측될 때 표적에 대한 상기 항체의 결합의 약 10%보다 적다. 일정한 구체예에서, 표적에 특이적으로 결합하는 항체는 ≤ 1 μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, 또는 ≤ 0.1 nM의 해리 상수 (Kd)를 갖는다. 일정한 구체예에서, 항체는 상이한 종으로부터 단백질 사이에서 보존되는 단백질 상에 에피토프에 특이적으로 결합한다. 다른 구체예에서, 특이적 결합은 배타적 결합을 포함할 수 있지만, 이를 필요로 하지는 않는다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "샘플"은 예를 들면, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특징에 근거하여 특징화되고 및/또는 확인되는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 내포하는 관심 피험자 및/또는 개체로부터 획득되거나 또는 유래되는 조성물을 지칭한다. 예를 들면, 관용구 "질환 샘플" 및 이의 변이는 특징화되는 세포 및/또는 분자 실체를 내포할 것으로 예상되거나 또는 내포하는 것으로 알려져 있는 관심 대상으로부터 획득된 임의의 샘플을 지칭한다. 샘플은 일차 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상층액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 유리체액, 림프액, 윤활액, 여포액, 정액, 양수, 유액, 전혈, 혈액-유래된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 객담, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 그리고 조직 배양 배지, 조직 추출물, 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포 추출물, 그리고 이들의 조합을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다. 일부 구체예에서, 샘플은 종양 세포 및 임의적으로, 종양 침윤 면역 세포를 포함하는, 개체의 암으로부터 획득된 샘플 (예를 들면, 종양 샘플)이다. 예를 들면, 샘플은 파라핀 블록에서 포매되거나, 또는 막 절단된, 일련의 염색되지 않은 섹션을 포함하는 종양 검체일 수 있다. 일부 구체예에서, 샘플은 생검으로부터 유래되고, 그리고 50개 또는 그 이상의 생존가능 종양 세포 (예를 들면, 중심 바늘 생검으로부터 획득되고, 그리고 임의적으로 파라핀 블록에서 포매됨; 절제, 절개, 펀치, 또는 집게 생검; 또는 종양 조직 적출)를 포함한다.
"조직 샘플", "조직 검체" 또는 "세포 샘플"은 개체 또는 피험자의 조직, 예를 들면, 종양으로부터 획득된 유사한 세포의 수집물인 것으로 의미된다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결된 및/또는 보존된 장기, 조직 샘플, 생검 및/또는 흡인물로부터 고형 조직 (예를 들면, 종양); 혈액 또는 임의의 혈액 성분, 예컨대 혈장; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액, 또는 사이질액; 개체의 임신 또는 발달에서 임의의 시점으로부터 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한, 일차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의적으로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 획득된다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충액, 고정제, 영양소, 항생제, 또는 기타 유사한 것을 내포할 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조 샘플", "대조 세포", 또는 "대조 조직"은 비교 목적으로 이용되는 샘플, 세포, 조직, 표준, 또는 수준을 지칭한다. 한 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 동일한 개체 또는 피험자의 건강한 및/또는 비-병든 신체 부위 (예를 들면, 조직 또는 세포)로부터 획득된다. 예를 들면, 병든 세포 또는 조직에 인접한 건강한 및/또는 비-병든 세포 또는 조직 (예를 들면, 종양에 인접한 세포 또는 조직). 다른 구체예에서, 참조 샘플은 동일한 대상체 또는 피험자의 신체의 치료되지 않은 조직 및/또는 세포로부터 획득된다. 또 다른 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 피험자가 아닌 개체의 건강한 및/또는 비-병든 신체 부위 (예를 들면, 조직 또는 세포)로부터 획득된다. 또 다른 구체예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 피험자가 아닌 개체의 신체의 치료되지 않은 조직 및/또는 세포로부터 획득된다.
환자의 "효과적인 반응" 또는 약제를 이용한 치료에 대한 환자의 "반응성" 및 유사한 자구는 질환 또는 장애, 예컨대 암의 위험에 처해 있거나, 또는 이것을 앓는 환자에게 부여된 임상적 또는 치료적 유익성을 지칭한다. 한 구체예에서, 이런 유익성은 생존 (전체 생존 및 진행 없는 생존 포함) 연장; 객관적인 반응 (완전 반응 또는 부분 반응 포함) 유발; 또는 암의 징후 또는 증상 향상 중에서 한 가지 또는 그 이상을 포함한다.
치료에 대한 "효과적인 반응을 갖지 않는" 환자는 생존 (전체 생존 및 진행 없는 생존 포함) 연장; 객관적인 반응 (완전 반응 또는 부분 반응 포함) 유발; 또는 암의 징후 또는 증상 향상 중 어느 것도 갖지 않는 환자를 지칭한다.
"기능적 Fc 영역"은 선천적 서열 Fc 영역의 "효과 기능"을 소유한다. 예시적인 "효과 기능"은 C1q 결합; CDC; Fc 수용체 결합; ADCC; 식균작용; 세포 표면 수용체 (예를 들면, B 세포 수용체; BCR)의 하향조절 등을 포함한다. 이런 효과기 기능은 일반적으로, Fc 영역이 결합 도메인 (예를 들면, 항체 가변 도메인)과 조합되는 것을 필요로 하고, 그리고 예를 들면, 본원의 정의에서 개시된 바와 같은 다양한 검정을 이용하여 사정될 수 있다.
"인간 효과기 세포"를 갖는 암 또는 생물학적 샘플은 진단 검사에서, 샘플 내 존재하는 인간 효과기 세포 (예를 들면, 침윤하는 인간 효과기 세포)를 갖는 것이다.
"FcR-발현 세포"를 갖는 암 또는 생물학적 샘플은 진단 검사에서, 샘플 내 존재하는 FcR-발현 세포 (예를 들면, 침윤하는 FcR-발현 세포)를 갖는 것이다. 일부 구체예에서, FcR은 FcγR이다. 일부 구체예에서, FcR은 활성화 FcγR이다.
II. 네오에피토프-특이적 면역 반응을 유도하는 방법
종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하기 위한 방법이 본원에서 제공된다. 일정한 구체예에서, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1% (예를 들면, 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4%, 약 5%, 약 6%, 약 7%, 약 8%, 약 9%, 약 10%, 약 11%, 약 12%, 약 13%, 약 14%, 약 15%, 약 16%, 약 17%, 약 18%, 약 19%, 약 20%, 또는 그 이상)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6% (예를 들면, 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4%, 약 5%, 또는 약 6%)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플은 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 5% 또는 약 6% CD8+ T 세포를 내포한다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 0.1% (예를 들면, 적어도 약 0.1%, 적어도 약 0.18%, 적어도 약 0.2%, 적어도 약 0.27%, 적어도 약 0.29%, 적어도 약 0.3%, 적어도 약 0.4%, 적어도 약 0.5%, 적어도 약 0.6%, 적어도 약 0.7%, 적어도 약 0.8%, 적어도 약 0.87%, 적어도 약 0.9%, 적어도 약 1%, 적어도 약 1.25%, 적어도 약 1.5%, 적어도 약 1.75%, 적어도 약 2%, 적어도 약 2.25%, 적어도 약 2.5%, 적어도 약 2.5%, 적어도 약 2.75%, 적어도 약 3%, 적어도 약 3.25%, 적어도 약 3.5%, 적어도 약 3.75%, 적어도 약 4%, 적어도 약 4.25%, 적어도 약 4.5%, 적어도 약 4.75%, 적어도 약 5%, 적어도 약 5.25%, 적어도 약 5.5%, 적어도 약 5.67%, 또는 그 이상)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 0.27% (예를 들면, 적어도 약 0.27%, 적어도 약 0.29%, 적어도 약 0.3%, 적어도 약 0.4%, 적어도 약 0.5%, 적어도 약 0.6%, 적어도 약 0.7%, 적어도 약 0.8%, 적어도 약 0.87%, 적어도 약 0.9%, 적어도 약 1%, 적어도 약 1.25%, 적어도 약 1.5%, 적어도 약 1.75%, 적어도 약 2%, 적어도 약 2.25%, 적어도 약 2.5%, 적어도 약 2.5%, 적어도 약 2.75%, 적어도 약 3%, 적어도 약 3.25%, 적어도 약 3.5%, 적어도 약 3.75%, 적어도 약 4%, 적어도 약 4.25%, 적어도 약 4.5%, 적어도 약 4.75%, 적어도 약 5%, 적어도 약 5.25%, 적어도 약 5.5%, 적어도 약 5.67%, 또는 그 이상)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.1% 내지 약 5.67% (예를 들면, 약 0.1%, 약 0.18%, 약 0.2%, 약 0.27%, 약 0.29%, 약 0.3%, 약 0.4%, 약 0.5%, 약 0.6%, 약 0.7%, 약 0.8%, 약 0.87%, 약 0.9%, 약 1%, 약 1.25%, 약 1.5%, 약 1.75%, 약 2%, 약 2.25%, 약 2.5%, 약 2.75%, 약 3%, 약 3.25%, 약 3.5%, 약 3.75%, 약 4%, 약 4.25%, 약 4.5%, 약 4.75%, 약 5%, 약 5.25%, 약 5.5%, 또는 약 5.67%)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.27% 내지 약 5.67% (예를 들면, 약 0.27%, 약 0.29%, 약 0.3%, 약 0.4%, 약 0.5%, 약 0.6%, 약 0.7%, 약 0.8%, 약 0.87%, 약 0.9%, 약 1%, 약 1.25%, 약 1.5%, 약 1.75%, 약 2%, 약 2.25%, 약 2.5%, 약 2.75%, 약 3%, 약 3.25%, 약 3.5%, 약 3.75%, 약 4%, 약 4.25%, 약 4.5%, 약 4.75%, 약 5%, 약 5.25%, 약 5.5%, 또는 약 5.67%)는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.18%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.27%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.29%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 0.87%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1.89%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 3.1%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 5.67%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1.95%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 2.49%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 4.7%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 2.2%는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포이다.
네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 당해 분야에서 공지된 임의의 방법, 예컨대 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플에서 검출될 수 있다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개에 대해 특이적이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 1개 내지 9개, 1개 내지 8개, 1개 내지 7개, 1개 내지 6개, 1개 내지 5개, 1개 내지 4개, 1개 내지 3개, 또는 1개 내지 2개에 대해 특이적이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 약 2.6개 또는 약 3개에 대해 특이적이다.
일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 또는 그 이상에 대해 특이적이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 약 5 내지 약 70% (예를 들면, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 또는 약 70%)에 대해 특이적이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 약 5 내지 약 35% (예를 들면, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 또는 약 35%)에 대해 특이적이다.
일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 개체의 말초혈에서 검출된다. 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 개체로부터 획득된 말초혈 샘플에서 검출된다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개에 대해 특이적이다. 일부 구체예에서, 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 탈체 ELISPOT 분석에 의해 검출된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.2배, 적어도 약 1.3배, 적어도 약 1.4배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 4.5배, 적어도 약 5배, 적어도 약 5.5배, 적어도 약 6배, 적어도 약 6.5배, 적어도 약 7배, 적어도 약 7.5배, 적어도 약 8배, 적어도 약 8.5배, 적어도 약 9배, 적어도 약 9.5배, 적어도 약 10배, 또는 그 이상의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 적어도 약 10배, 적어도 약 20배, 적어도 약 30배, 적어도 약 40배, 적어도 약 50배, 적어도 약 60배, 적어도 약 70배, 적어도 약 80배, 적어도 약 90배, 적어도 약 100배, 적어도 약 110배, 적어도 약 120배, 적어도 약 130배, 적어도 약 140배, 적어도 약 150배, 적어도 약 160배, 적어도 약 170배, 적어도 약 180배, 적어도 약 190배, 적어도 약 200배, 적어도 약 210배, 적어도 약 220배, 적어도 약 230배, 적어도 약 240배, 적어도 약 250배, 적어도 약 260배, 적어도 약 270배, 적어도 약 280배, 적어도 약 290배, 적어도 약 300배, 또는 그 이상의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 적어도 약 1%, 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 100%, 적어도 약 110%, 적어도 약 120%, 적어도 약 130%, 적어도 약 140%, 적어도 약 150%, 적어도 약 160%, 적어도 약 170%, 적어도 약 180%, 적어도 약 190%, 적어도 약 200%, 적어도 약 210%, 적어도 약 220%, 적어도 약 230%, 적어도 약 240%, 적어도 약 250%, 적어도 약 260%, 적어도 약 270%, 적어도 약 280%, 적어도 약 290%, 적어도 약 300%, 또는 그 이상의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다.
일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 70%, 예를 들면, 복수의 개체의 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 73%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 86%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)를 야기한다. 일부 구체예에서, 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다. 일부 구체예에서, 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)는 RNA 백신의 투여 전과 비교하여, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 적어도 약 1.1배, 적어도 약 1.2배, 적어도 약 1.3배, 적어도 약 1.4배, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 4.5배, 적어도 약 5배, 적어도 약 5.5배, 적어도 약 6배, 적어도 약 6.5배, 적어도 약 7배, 적어도 약 7.5배, 적어도 약 8배, 적어도 약 8.5배, 적어도 약 9배, 적어도 약 9.5배, 적어도 약 10배, 적어도 약 20배, 적어도 약 30배, 적어도 약 40배, 적어도 약 50배, 적어도 약 60배, 적어도 약 70배, 적어도 약 80 배, 적어도 약 90배, 적어도 약 100배, 적어도 약 110배, 적어도 약 120배, 적어도 약 130배, 적어도 약 140배, 적어도 약 150배, 적어도 약 160배, 적어도 약 170배, 적어도 약 180배, 적어도 약 190배, 적어도 약 200배, 적어도 약 210배, 적어도 약 220배, 적어도 약 230배, 적어도 약 240배, 적어도 약 250배, 적어도 약 260배, 적어도 약 270배, 적어도 약 280배, 적어도 약 290배, 적어도 약 300배, 또는 그 이상의 증가를 포함한다. 일부 구체예에서, 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도 (예를 들면, 증가)는 RNA 백신의 투여 전과 비교하여, 상기 RNA 백신의 투여 후 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 100%, 적어도 약 110%, 적어도 약 120%, 적어도 약 130%, 적어도 약 140%, 적어도 약 150%, 적어도 약 160%, 적어도 약 170%, 적어도 약 180%, 적어도 약 190%, 적어도 약 200%, 적어도 약 210%, 적어도 약 220%, 적어도 약 230%, 적어도 약 240%, 적어도 약 250%, 적어도 약 260%, 적어도 약 270%, 적어도 약 280%, 적어도 약 290%, 적어도 약 300%, 또는 그 이상의 증가를 포함한다.
일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 RNA 백신의 투여는 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 염증성 사이토킨의 실례는 제한 없이, IFNγ (다시 말하면, IFNg), IFNα (다시 말하면, IFNa), IL-12, 또는 IL-6을 포함한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여에 앞서 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 (예를 들면, 혈장에서) 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서 증가를 야기한다. 일부 구체예에서, 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준에서 증가는 1회 용량의 RNA 백신의 투여 전 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준과 비교하여, 적어도 약 1.5배, 적어도 약 2배, 적어도 약 2.5배, 적어도 약 3배, 적어도 약 3.5배, 적어도 약 4배, 적어도 약 4.5배, 적어도 약 5배, 적어도 약 5.5배, 적어도 약 6배, 적어도 약 6.5배, 적어도 약 7배, 적어도 약 7.5배, 적어도 약 8배, 적어도 약 8.5배, 적어도 약 9배, 적어도 약 9.5배, 적어도 약 10배, 또는 그 이상의 증가이다 일부 구체예에서, 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준에서 증가는 1회 용량의 RNA 백신의 투여 전 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준과 비교하여, 적어도 약 10배, 적어도 약 20배, 적어도 약 30배, 적어도 약 40배, 적어도 약 50배, 적어도 약 60배, 적어도 약 70배, 적어도 약 80 배, 적어도 약 90배, 적어도 약 100배, 적어도 약 110배, 적어도 약 120배, 적어도 약 130배, 적어도 약 140배, 적어도 약 150배, 적어도 약 160배, 적어도 약 170배, 적어도 약 180배, 적어도 약 190배, 적어도 약 200배, 적어도 약 210배, 적어도 약 220배, 적어도 약 230배, 적어도 약 240배, 적어도 약 250배, 적어도 약 260배, 적어도 약 270배, 적어도 약 280배, 적어도 약 290배, 적어도 약 300배, 또는 그 이상의 증가이다 일부 구체예에서, 하나 이상의 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준에서 증가는 1회 용량의 RNA 백신의 투여 후 약 4 시간, 약 5 시간, 약 6 시간, 또는 그 이상에서 개체의 말초혈에서 (예를 들면, 혈장에서) 존재한다. 말초혈에서 (예를 들면, 혈장에서) 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준은 면역검정 예컨대 ELISA, 앱타머-기반 검정, 웨스턴 블롯팅 및 질량 분광분석을 비롯한, 당해 분야에서 공지된 임의의 적합한 방법을 이용하여 정량될 수 있다. 일부 구체예에서, 말초혈에서 (예를 들면, 혈장에서) 염증성 사이토킨 (예를 들면, IFNγ, IFNα, IL-12 및/또는 IL-6)의 수준은 ELISA 검정을 이용하여 정량된다.
개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하기 위한 방법 역시 본원에서 제공된다. 일정한 구체예에서, 상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 RNA 백신이 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개에 대해 특이적이다. 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹은 예를 들면 Cowell LG (2019) Cancer Res, 1457.2019에서 설명된 바와 같은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법에 의해 계측될 수 있다. 예를 들면, 종양으로부터 채취된 샘플 내 T-세포 수용체는 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 T-세포 수용체를 확인하고 이들의 빈도를 계측하기 위해 염기서열분석될 수 있다
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 기억 표현형을 갖는다 (예를 들면, 네오에피토프-특이적 T 세포는 CD8+ 기억 T 세포이다). 일정한 구체예에서, 기억 표현형을 갖는 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 CD45RO 양성 및 CCR7 음성이다. 일정한 구체예에서, 기억 표현형을 갖는 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 효과 기억 T 세포 (다시 말하면, Tem)이다. 일정한 구체예에서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 기억 표현형은 당해 분야에서 공지된 임의의 마커를 이용하여 결정될 수 있다. 기억 표현형 (예를 들면, CD45RO 양성 및 CCR7 음성)은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법, 예컨대 면역조직화학, 형광 활성화 세포 분류 및 유세포분석을 이용하여 결정될 수 있다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 개체는 낮은 내지 중간 돌연변이 부담을 갖는 종양을 앓는다. 일정한 구체예에서, 종양의 돌연변이 부담은 종양에서 체성 돌연변이를 정량함으로써 결정된다. 일정한 구체예에서, 개체는 300개 또는 그 이하의 체성 돌연변이 (예를 들면, 300개 또는 그 이하, 250개 또는 그 이하, 200개 또는 그 이하, 150개 또는 그 이하, 100개 또는 그 이하, 50개 또는 그 이하, 25개 또는 그 이하, 10개 또는 그 이하, 5개 또는 그 이하, 또는 1개의 체성 돌연변이)을 갖는 종양을 앓는다. 일정한 구체예에서, 개체는 적어도 약 100개 (예를 들면, 적어도 약 100개, 적어도 약 200개, 적어도 약 300개, 적어도 약 400개, 적어도 약 500개, 적어도 약 600개, 적어도 약 700개, 적어도 약 800개, 적어도 약 900개, 적어도 약 1000개, 또는 그 이상)의 체성 돌연변이를 갖는 종양을 앓는다. 일정한 구체예에서, 개체는 1000개까지의 체성 돌연변이 (예를 들면, 1개 또는 그 이상, 10개 또는 그 이상, 20개 또는 그 이상, 40개 또는 그 이상, 50개 또는 그 이상, 100개 또는 그 이상, 150개 또는 그 이상, 200개 또는 그 이상, 300개 또는 그 이상, 400개 또는 그 이상, 500개 또는 그 이상, 600개 또는 그 이상, 700개 또는 그 이상, 800개 또는 그 이상, 900개 또는 그 이상, 또는 1000개의 체성 돌연변이)를 갖는 종양을 앓는다. 일정한 구체예에서, 개체는 약 100개 내지 약 2000개 (예를 들면, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 약 600, 약 700, 약 800, 약 900, 약 1000, 약 1100, 약 1200, 약 1300, 약 1400, 약 1500, 약 1600, 약 1700, 약 1800, 약 1900, 또는 약 2000개)의 체성 돌연변이를 갖는 종양을 앓는다. 일정한 구체예에서, 개체는 약 300개 내지 약 1000개의 체성 돌연변이를 갖는 종양을 앓는다. 종양의 돌연변이 부담은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법, 예컨대 전장 엑솜 염기서열분석 (WES)을 이용하여 결정될 수 있다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 개체는 낮은 종양 부담을 갖는다. 일정한 구체예에서, 개체는 상기 개체에서 종양과 동일한 유형의 종양 또는 암을 앓는 개체에 대한 중위 종양 부담의 25% 또는 그 이하 (예를 들면, 25% 또는 그 이하, 20% 또는 그 이하, 15% 또는 그 이하, 10% 또는 그 이하, 5% 또는 그 이하, 2.5% 또는 그 이하, 또는 1% 또는 그 이하)인 종양 부담을 갖는다. 일정한 구체예에서, 개체는 상기 개체에서 종양과 동일한 유형의 종양 또는 암을 앓는 개체에 대한 중위 종양 부담보다 50% 또는 그 이하 (예를 들면, 50% 또는 그 이하, 45% 또는 그 이하, 40% 또는 그 이하, 35% 또는 그 이하, 30% 또는 그 이하, 25% 또는 그 이하, 20% 또는 그 이하, 15% 또는 그 이하, 10% 또는 그 이하, 5% 또는 그 이하, 2.5% 또는 그 이하, 또는 1% 또는 그 이하)인 종양 부담을 갖는다. 개체에서 종양 부담은 예를 들면, Cai et al., (2018) Chronic Diseases and Translational Medicine, 4(1):18-28; Nishino M (2018) ASCO Educational Book, 28:1019-29; 및 Akbar et al., (2019) Scientific Reports, 9:14099에서 설명된 바와 같은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법을 이용하여 계측될 수 있다. 예를 들면, 종양 부담은 종양 직경 (예를 들면, 가장 큰 종양 직경 및/또는 통합 종양 직경)을 정량하고, 종양 용적을 정량하고, 그리고 전이의 개수를 정량함으로써 계측될 수 있다. 일정한 구체예에서, 개체에서 종양 부담은 수동으로 (예를 들면, 임상의 및/또는 방사선과의사에 의해) 또는 자동적으로 (예를 들면, 계산적 접근법을 이용하여) 계측된다. 본원에서 이용된 바와 같이, 개체에서 종양 부담은 또한, 개체에서 종양 부하를 지칭한다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 종양은 낮은 또는 음성 PD-L1 발현을 갖는다. 일정한 구체예에서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 중 약 5% 이하 (예를 들면, 약 5% 이하, 약 4.5% 이하, 약 4% 이하, 약 3.5% 이하, 약 3% 이하, 약 2.5% 이하, 약 2% 이하, 약 1.5% 이하, 약 1% 이하, 약 0.5% 이하, 또는 약 0.25% 이하)가 PD-L1을 발현한다. 일정한 구체예에서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 면역 세포 중 약 5% 이하 (예를 들면, 약 5% 이하, 약 4.5% 이하, 약 4% 이하, 약 3.5% 이하, 약 3% 이하, 약 2.5% 이하, 약 2% 이하, 약 1.5% 이하, 약 1% 이하, 약 0.5% 이하, 또는 약 0.25% 이하)가 PD-L1을 발현한다. PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 및/또는 면역 세포의 백분율은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법, 예컨대 면역조직화학, 형광 활성화 세포 분류, 또는 유세포분석에 따라서 결정될 수 있다. 일정한 구체예에서, PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 또는 면역 세포의 백분율은 면역조직화학을 이용하여 결정된다. 일부 구체예에서, PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 및/또는 면역 세포의 백분율은 면역조직화학 또는 당해 분야에서 공지된 임의의 방법에 의해 PD-L1의 막 염색의 수준을 정량함으로써 결정될 수 있다. 일부 구체예에서, PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 및/또는 면역 세포의 백분율은 Ventana SP142 검정을 이용하여 결정된다.
RNA 백신 & PD-1 축 길항제의 투여
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 약 15 ㎍ 내지 약 100 ㎍ (예를 들면, 약 15 ㎍, 약 20 ㎍, 약 25 ㎍, 약 30 ㎍, 약 35 ㎍, 약 40 ㎍, 약 45 ㎍, 약 50 ㎍, 약 55 ㎍, 약 60 ㎍, 약 65 ㎍, 약 70 ㎍, 약 75 ㎍, 약 80 ㎍, 약 85 ㎍, 약 90 ㎍, 약 95 ㎍, 또는 약 100 ㎍)의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 개체에게 정맥내 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 7 일 또는 1 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 12 주 또는 84 일 동안 개체에게 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 RNA 백신을 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법은 RNA 백신을 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 24 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 7 일 또는 14 일의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 168 일의 간격을 두고 개체에게 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 5차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 9회까지의 용량을 포함한다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서, 유지기 동안, RNA 백신은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 9회까지의 용량을 포함한다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
일정한 구체예에서, 유지기는 질환 진행 또는 개체에 의한 치료로부터 참여중단 때까지 지속된다.
일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 적어도 3회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 적어도 6회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 적어도 9회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 약 3회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 약 6회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 약 9회 용량이 투여된다. 일정한 구체예에서, 유도기는 RNA 백신의 9회까지의 용량을 포함한다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 9회 이하의 용량이 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함한다. 일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 개체에게 정맥내 투여된다.
일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일정한 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 일정한 구체예에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 또는 펨블로리주맙이다.
본원에서 제공된 방법의 일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일정한 구체예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 일정한 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙 또는 더발루맙이다. 일정한 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 (a) GFTFSDSWIH (서열 번호: 1)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H1, AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호: 2)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-2 및 아미노산 RHWPGGFDY (서열 번호: 3)를 포함하는 HVR-3을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH), 그리고 (b) RASQDVSTAVA (서열 번호: 4)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L1, SASFLYS (서열 번호: 5)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L2 및 QQYLYHPAT (서열 번호: 6)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L3을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함한다. 일정한 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 서열 번호: 8의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함한다. 일정한 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다. 일정한 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여된다.
일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 (예를 들면, 각 21-일 주기의 1일 자에) 개체에게 투여된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고, 그리고 아테졸리주맙은 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여된다. 일부 구체예에서, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 더욱 투여된다. 일부 구체예에서, 아테졸리주맙의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고, 그리고 아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 개체에게 투여되고; 여기서, 유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고; 그리고 여기서, 유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 3 주 또는 21 일마다 투여된다. 일부 구체예에서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속된다.
일부 구체예에서, 질환 진행은 고형 종양에 대한 응답 평가 기준 버전 1.1 (RECIST v1.1)에 따라서 사정된다.
투여에 대한 반응
종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하기 위한 방법, 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하기 위한 방법 및/또는 본원에서 제공된 치료 방법 (참조: 예를 들면, 아래의 섹션 VII)의 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기한다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 완전 반응 (CR)을 야기한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여는 개체에서 부분 반응 (PR)을 야기한다. 일정한 구체예에서, 완전 또는 부분 반응은 고형 종양에 대한 응답 평가 기준 버전 1.1 (RECIST v1.1) 또는 면역-변형된 RECIST에 따라서 사정된다. 일정한 구체예에서, 완전 또는 부분 반응은 기준선부터 RNA 백신의 최종 투약, 다른 전신 항암 요법의 개시, 질환 진행, 또는 사망 때까지 사정된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체 중 완전 반응 또는 부분 반응을 겪는 적어도 약 4% (예를 들면, 적어도 약 4%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 또는 그 이상)의 개체를 야기한다.
일정한 구체예에서, 완전 반응 또는 부분 반응은 약 6 개월 또는 그 이상 (예를 들면, 약 6 개월 또는 그 이상, 약 7 개월 또는 그 이상, 약 8 개월 또는 그 이상, 약 9 개월 또는 그 이상, 약 10 개월 또는 그 이상, 약 11 개월 또는 그 이상, 약 12 개월 또는 그 이상, 약 14 개월 또는 그 이상, 약 15 개월 또는 그 이상, 약 20 개월 또는 그 이상, 약 24 개월 또는 그 이상, 약 30 개월 또는 그 이상, 약 36 개월 또는 그 이상, 약 42 개월 또는 그 이상, 약 48 개월 또는 그 이상, 약 54 개월 또는 그 이상, 또는 약 60 개월 또는 그 이상) 동안 지속된다. 일정한 구체예에서, 완전 반응은 약 10 개월 또는 그 이상 동안 지속된다.
일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체 중 안정적 질환을 갖는 적어도 약 20% (예를 들면, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체를 야기한다. 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체 중 안정적 질환을 갖는 적어도 약 42%의 개체를 야기한다. 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체 중 안정적 질환을 갖는 적어도 약 49%의 개체를 야기한다.
일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 개체 중 RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응을 겪는 적어도 60% (예를 들면, 적어도 60%, 적어도 61%, 적어도 62%, 적어도 63%, 적어도 64%, 적어도 65%, 적어도 66%, 적어도 67%, 적어도 68%, 적어도 69%, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%)의 개체를 야기한다 (예를 들면 여기서 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플은 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 적어도 약 1% (예를 들면, 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4%, 약 5%, 약 6%, 약 7%, 약 8%, 약 9%, 약 10%, 약 11%, 약 12%, 약 13%, 약 14%, 약 15%, 약 16%, 약 17%, 약 18%, 약 19%, 약 20%, 또는 그 이상) CD8+ T 세포를 내포하거나; 또는 여기서 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다). 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 개체 중 RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응을 겪는 적어도 60% (예를 들면, 적어도 60%, 적어도 61%, 적어도 62%, 적어도 63%, 적어도 64%, 적어도 65%, 적어도 66%, 적어도 67%, 적어도 68%, 적어도 69%, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%)의 개체를 야기한다 (예를 들면 여기서 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플은 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 1% 내지 약 6% CD8+ T 세포를 내포하거나; 또는 여기서 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이다). 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 개체 중 RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응을 겪는 약 77%의 개체를 야기한다. 일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 개체 중 RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응을 겪는 약 87%의 개체를 야기한다. RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법을 이용하여, 예를 들면 ELISPOT 검정, T 세포 수용체 염기서열분석, 또는 MHC 다합체 분석을 이용하여 검정될 수 있다.
일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 70%, 예를 들면, 적어도 70%, 적어도 71%, 적어도 72%, 적어도 73%, 적어도 74%, 적어도 75%, 적어도 76%, 적어도 77%, 적어도 78%, 적어도 79%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100%의 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 73%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기한다. 일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 86%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기한다. RNA-백신 유도 신항원 특이적 CD8+ 및/또는 CD4+ T 세포 반응은 당해 분야에서 공지된 임의의 방법을 이용하여, 예를 들면 ELISPOT 검정, T 세포 수용체 염기서열분석, 또는 MHC 다합체 분석을 이용하여 검정될 수 있다. 일부 구체예에서, 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정된다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여는 투여된 RNA 백신의 각 투약에서 친염증성 사이토킨의 방출을 야기한다.
일부 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신이 투여되지 않은 종양을 앓는 복수의 개체와 비교하여, 진행 없는 생존 (PFS)에서 증가 (예를 들면, 평균 또는 중위 PFS에서 증가)를 야기한다. 일정한 구체예에서, PFS는 수일, 수 주, 수개월, 또는 수년 동안 계측된다. 일정한 구체예에서, PFS는 RECIST v1.1에 따라서 결정된다. 일정한 구체예에서, 종양을 앓는 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신이 투여되지 않은 종양을 앓는 복수의 개체와 비교하여, 전체 생존에서 증가 (예를 들면, 평균 또는 중위 OS에서 증가)를 야기한다. 일정한 구체예에서, 전체 생존은 수일, 수 주, 수개월, 또는 수년 동안 계측된다. 일정한 구체예에서, 전체 생존은 RNA 백신의 투여 후 특정된 시점에서, 예를 들면, 수일, 수 주, 수개월, 또는 수년째에 살아있는 개체의 백분율을 지칭한다.
일부 구체예에서, 치료는 RNA 백신의 부재에서 PD-1 축 결합 길항제의 투여를 포함하는 치료와 비교하여, 개체의 진행 없는 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 연장한다. 일부 구체예에서, 치료는 RNA 백신의 부재에서 PD-1 축 결합 길항제의 투여를 포함하는 치료와 비교하여, 전체 반응률 (ORR)을 향상시킨다. 일부 구체예에서, ORR은 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 겪는 환자의 비율을 지칭한다. 일부 구체예에서, 치료는 RNA 백신의 부재에서 PD-1 축 결합 길항제의 투여를 포함하는 치료와 비교하여, 개체에서 반응 지속 기간 (DOR)을 연장한다. 일부 구체예에서, 치료는 RNA 백신의 부재에서 PD-1 축 결합 길항제의 투여를 포함하는 치료와 비교하여, 개체에서 건강 관련 삶의 질 (HRQoL) 점수를 향상시킨다.
일부 구체예에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 2% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 2%, 적어도 약 3%, 적어도 약 4%, 적어도 약 5%, 적어도 약 6%, 적어도 약 7%, 적어도 약 8%, 적어도 약 9%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 요로상피 종양 (예를 들면, 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은)이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 10% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 신장 종양 (예를 들면, 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은)이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 22% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 22%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 흑색종 종양 (예를 들면, 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은)이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 30% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 TNBC 종양 (예를 들면, 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은)이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 4% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 4%, 적어도 약 5%, 적어도 약 6%, 적어도 약 7%, 적어도 약 8%, 적어도 약 9%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 일부 구체예에서, 종양은 NSCLC 종양 (예를 들면, 관문 저해제로 이전에 치료되지 않은)이고, 그리고 복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 이들 복수의 개체의 적어도 약 10% (예를 들면, 이들 복수의 개체의 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 100%)의 개체에서 객관적인 반응을 야기한다. 객관적인 반응은 고형 종양 반응 평가 기준 (RECIST) v1.1 사정 기준에 따라서, 개체에서 완전 반응 또는 부분 반응의 발생을 지칭한다, 예를 들면, Eisenhauer et al (2009) Eur J Cancer, 45:228-47을 참조한다.
종양을 앓는 개체
본원에서 제공된 방법의 일정한 구체예에서, 개체는 인간이다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 개체는 국소 진행성, 재발성, 또는 전이성 불치성 악성종양을 앓는다. 일부 구체예에서, 개체는 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓거나, 또는 하나 이상의 전이성 재발을 겪는다. 일정한 구체예에서, 종양은 또는 악성종양은 RNA 백신의 투여에 앞서 적어도 1가지 표준 요법 후 진행되었다. 일정한 구체예에서 표준 요법은 RNA 백신의 투여에 앞서 개체에게 무효하거나, 견딜 수 없거나, 또는 부적절한 것으로 증명되었다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 투여에 앞서 0 또는 1의 동부 종양학 협력 그룹 (ECOG) 수행 상태를 갖는다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 투여에 앞서 RECIST v1.1에 따른 계측가능 질환을 앓는다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 종양은 비소세포 폐 (NSCLC), 방광, 신장(renal), 두경부, 육종, 유방, 흑색종, 전립선, 난소, 위, 간, 또는 결장직장 종양이다. 일부 구체예에서, 종양은 유방 종양이고, 그리고 유방 종양은 삼중 음성 유방 (TNBC) 종양이다. 본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 종양은 비소세포 폐 (NSCLC), 방광, 신장(renal), 두경부, 육종, 유방, 흑색종, 전립선, 난소, 위, 간, 요로상피, 결장, 신장의(kidney), 자궁경부, 메르켈 세포 (MCC), 자궁내막, 연조직 육종, 식도, 식도위 접합부, 골육종, 갑상선, 또는 결장직장 종양이다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 1가지 이상의 암 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 1가지 이상의 암 요법 또는 3가지 내지 5가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 1가지 내지 약 20가지 (예를 들면, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20가지, 또는 그 이상)의 암 요법으로 치료를 받았다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 적어도 1가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 3가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 5가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 3가지 내지 5가지의 암 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 1가지 내지 약 17가지 (예를 들면, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 또는 약 17가지), 또는 약 1가지 내지 약 9가지 (예를 들면, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 또는 약 9가지)의 선행 전신 암 요법으로 치료를 받았다. 전신 암 요법의 실례는 제한 없이, 화학요법, 호르몬 요법, 방사선요법, 표적화된 요법, 면역요법, 또는 예를 들면 Palumbo et al (2013) Front Pharmacol, 4:57에서 설명된 바와 같은 기타 치료를 포함한다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 면역요법으로 치료를 받았다. 본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법 (예를 들면, 항-PD-L1 요법, 항-PD-1 요법, 항-CTLA4 요법, 또는 이들의 임의의 병용)으로 치료를 받았다. 일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법 (예를 들면, 항-PD-L1 요법, 항-PD-1 요법, 항-CTLA4 요법, 또는 이들의 임의의 병용)으로 치료를 받지 않았다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 종양은 NSCLC 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 NSCLC 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, 종양은 TNBC 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 TNBC 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받았다. 본원에서 이용된 바와 같이, TNBC 종양은 유방의 에스트로겐 수용체 (ER)-음성, 프로게스테론 수용체-음성, 그리고 인간 표피 성장 인자 수용체 2 (HER2)-음성 선암종을 지칭한다.
일정한 구체예에서, 종양은 결장직장암 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 결장직장암 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, 종양은 두경부 편평상피 세포 암종이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PDL1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 두경부 편평상피 세포 암종이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, 종양은 요로상피세포 암종 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 요로상피세포 암종 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, 종양은 신장 세포 암종이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 신장 세포 암종이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, 종양은 흑색종 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 종양은 흑색종 종양이고, 그리고 RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받았다.
일정한 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 면역조절제, 예컨대 톨 유사 수용체 (TLR) 효현제, 인돌아민 2,3-디옥시게나아제 (IDO)/트립토판-2,3-디옥시게나아제 (TDO)의 저해제, 또는 OX40의 효현제가 투여되었다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 개체는 임상적으로 유의미한 간 질환을 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 RNA 백신의 투여에 앞서 비장절제술을 받지 않았다. 일정한 구체예에서, 개체는 원발성 면역결핍, 세포성 면역결핍 (예를 들면, DiGeorge 증후군, T-음성 중증 복합형 면역결핍 [SCID]) 또는 통합 T 세포와 B 세포 면역결핍 (예를 들면, T-와 B-음성 SCID, 비스코트 올드리치 증후군, 모세혈관확장성 운동실조증, 공통 가변성 면역결핍)을 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 원발성 중추신경계 (CNS) 악성종양, 치료되지 않은 CNS 전이, 또는 활동성 CNS 전이를 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 연수막 질환을 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 자가면역 질환을 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 특발성 폐섬유증, 폐렴, 기질화 폐렴, 또는 선별검사 흉부 전산화 단층촬영술 (CT) 스캔에서 활동성 폐렴의 증거; 인간 면역결핍 바이러스 감염; 활동성 B형 또는 C형 간염; 활동성 또는 잠복성 결핵 감염; 또는 중증 감염을 앓지 않는다. 일정한 구체예에서, 개체는 동종이계 골수 이식 또는 고형 장기 이식을 받지 않았다.
III. RNA 백신
본원 발명의 일정한 양상은 개인맞춤된 암 백신 (PCV)에 관계한다. 일부 구체예에서, PCV는 RNA 백신이다. 예시적인 RNA 백신의 특질은 아래에 설명된다. 일부 구체예에서, 본원 발명은 아래에 설명된 RNA 백신의 특질/서열 중에서 하나 이상을 포함하는 RNA 폴리뉴클레오티드를 제공한다. 일부 구체예에서, RNA 폴리뉴클레오티드는 단일 가닥 mRNA 폴리뉴클레오티드이다. 다른 구체예에서, 본원 발명은 아래에 설명된 RNA 백신의 특질/서열 중에서 하나 이상을 포함하는 RNA를 인코딩하는 DNA 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
개인맞춤된 암 백신은 잠재적인 면역자극 활성을 갖는 것으로 확인된 개별화된 신항원 (다시 말하면, 환자의 암에서 특이적으로 발현되는 종양 관련 항원 (TAA))을 포함한다. 본원에서 설명된 구체예에서, PCV는 핵산, 예를 들면, 전령 RNA이다. 따라서, 이론에 한정됨 없이, 투여 시에, 개인맞춤된 암 백신 (예를 들면, 본원 발명의 RNA 백신)은 항원 제시 세포 (APC)에 의해 흡수되고 번역되며, 그리고 발현된 단백질이 APC의 표면 상에서 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자를 통해 제시되는 것으로 생각된다. 이것은 TAA(들)를 발현하는 암 세포에 대한 세포독성 T-림프구 (CTL)- 및 기억 T-세포-의존성 면역 반응 둘 모두의 유도를 야기한다.
PCV (예를 들면, RNA 백신)는 임의적으로 개별 네오에피토프 사이의 링커 서열과 함께, 복수의 신항원 에피토프 ("네오에피토프"), 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 28, 29 또는 30개의 네오에피토프, 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 28, 29 또는 30개의 네오에피토프를 전형적으로 포함한다. 일부 구체예에서, 본원에서 이용된 바와 같이, 네오에피토프는 환자의 암에 대해 특이적이지만, 환자의 정상 세포에서는 발견되지 않는 신규한 에피토프를 지칭한다. 일부 구체예에서, 네오에피토프는 MHC에 결합될 때 T 세포에 제시된다. 일부 구체예에서, PCV는 또한, 5' mRNA 캡 유사체, 5' UTR, 신호 서열, 항원 발현을 용이하게 하기 위한 도메인, 3' UTR 및/또는 폴리A 꼬리를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 10-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 적어도 5개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 5-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 5-10개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구체예에서, 본원 발명의 RNA 백신의 제조는 다단계 과정인데, 여기서 환자의 종양에서 체성 돌연변이가 차세대 염기서열분석 (NGS)에 의해 확인되고 면역원성 신항원 에피토프 (또는 "네오에피토프")가 예측된다. 선택된 네오에피토프를 표적으로 하는 RNA 암 백신이 전체 환자에 대해 제조된다. 일부 구체예에서, 백신은 환자의 종양에 특이적인 10개까지의 네오에피토프를 각각 인코딩하는 2개까지의 전령 RNA 분자 (총 20개까지의 네오에피토프에 대한)로 구성되는 RNA-기반 암 백신이다.
일부 구체예에서, 발현된 비유의한 돌연변이는 종양 DNA 및 말초혈 단핵 세포 (PBMC) DNA (환자로부터 건강한 조직의 공급원으로서)의 전장 엑솜 염기서열분석 (WES)뿐만 아니라 종양 RNA 염기서열분석 (발현을 사정하기 위한)에 의해 확인된다. 돌연변이체 단백질의 결과의 목록으로부터, 개별 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자에 대한 예측된 에피토프의 결합 친화성 및 연관된 RNA의 발현 수준을 비롯한 복수의 인자에 기초하여 그들의 예상 면역원성을 순위 평가하는 생물정보학 작업 흐름을 이용하여, 잠재적인 신항원이 예측된다. 돌연변이 발견, 우선순위 결정, 그리고 확증 과정은 건강한 조직에서 개별 야생형 유전자의 발현 수준에 관한 포괄적인 정보를 제공하는 데이터베이스에 의해 보완된다. 이러한 정보는 불리한 위험 프로필을 갖는 표적 후보를 제거함으로써, 개인맞춤된 위험 완화 전략의 개발을 가능하게 한다. 결정 장기에서 가능한 더 높은 자가면역 위험을 갖는 단백질에서 발생하는 돌연변이는 걸러지고 백신 생산에 고려되지 않는다. 일부 구체예에서, 개별 환자에 대해 각각, CD8+ T-세포 및/또는 CD4+ T-세포 반응을 이끌어 낼 것으로 예측되는 20개까지의 MHCI 및 MHCII 네오에피토프가 백신 내로 포함을 위해 선택된다. 복수의 네오에피토프에 대항하여 예방접종하는 것은 PCV에 대한 전체 면역 반응의 너비와 등급을 증가시킬 것으로 예상되고, 그리고 종양이 효과적인 면역 반응의 선택 압력에 노출될 때 발생할 수 있는 면역 도피의 위험을 경감하는 데 도움을 줄 수 있다 (Tran E, Robbins PF, Lu YC, et al. N Engl J Med 2016;375:2255-62; Verdegaal EM, de Miranda NF, Visser M, et al. Nature 2016;536:91-5).
일부 구체예에서, RNA 백신은 아미노산 링커를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 예를 들면, 아미노산 링커는 2개의 종양 특이적 네오에피토프 서열 사이에, 종양 특이적 네오에피토프 서열 및 융합 단백질 태그 (예를 들면, MHC 복합체 폴리펩티드로부터 유래된 서열을 포함) 사이에, 또는 분비 신호 펩티드 및 종양 특이적 네오에피토프 서열 사이에 이용될 수 있다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 복수의 링커를 인코딩한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 5-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 각 에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드는 링커 서열을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드에 의해 분리된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 5-10개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 각 에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드는 링커 서열을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드에 의해 분리된다. 일부 구체예에서, 링커 서열을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드는 또한, N 말단 융합 태그 (예를 들면, 분비 신호 펩티드)를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 및 네오에피토프 중에서 하나를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 사이에 및/또는 네오에피토프 중에서 하나를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 및 C 말단 융합 태그 (예를 들면, MHC 폴리펩티드의 부분을 포함)를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 사이에 존재한다. 일부 구체예에서, RNA 백신에 의해 인코딩되는 두 개 또는 그 이상의 링커는 상이한 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 복수의 링커를 인코딩하고, 이들 모두 동일한 아미노산 서열을 공유한다.
다양한 링커 서열이 당해 분야에서 알려져 있다. 일부 구체예에서, 링커는 유연한 링커이다. 일부 구체예에서, 링커는 G, S, A 및/또는 T 잔기를 포함한다. 일부 구체예에서, 링커는 글리신 및 세린 잔기로 구성된다. 일부 구체예에서, 링커는 길이에서 약 5개 내지 약 20개의 아미노산 또는 약 5개 내지 약 12개의 아미노산, 예를 들면, 길이에서 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 또는 약 20개의 아미노산이다. 일부 구체예에서, 링커는 서열 GGSGGGGSGG (서열 번호: 39)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 링커는 서열 GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC (서열 번호: 37)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 링커는 서열 GGCGGCTCTGGAGGAGGCGGCTCCGGAGGC (서열 번호: 38)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 5' 캡을 포함한다. 기본 mRNA 캡 구조는 2개의 뉴클레오시드 (예를 들면, 2개의 구아닌) 사이에 5'-5' 삼인산염 연쇄 및 원위 구아닌 상에서 7-메틸 기, 다시 말하면, m7GpppG를 내포하는 것으로 알려져 있다. 예시적인 캡 구조는 예를 들면 U.S. 특허 번호 8,153,773 및 9,295,717, 그리고 Kuhn, A.N. et al. (2010) Gene Ther. 17:961-971에서 발견될 수 있다. 일부 구체예에서, 5' 캡은 구조 m2 7,2'-OGppspG를 갖는다. 일부 구체예에서, 5' 캡은 베타-S-ARCA 캡이다. S-ARCA 캡 구조는 2'-O 메틸 치환 (예를 들면, m7G의 C2' 위치에서) 및 하나 이상의 인산염 기에서 S-치환을 포함한다. 일부 구체예에서, 5' 캡은 하기 구조를 포함한다:
Figure pct00003
일부 구체예에서, 5' 캡은 베타-S-ARCA의 D1 부분입체이성질체이다 (참조: 예를 들면, U.S. 특허 번호 9,295,717). 상기 구조에서 *는 입체발생 P 중심을 표시하는데, 이것은 2개의 부분입체이성질체 (D1 및 D2로서 지정됨) 내 존재할 수 있다. 베타-S-ARCA의 D1 부분입체이성질체 또는 베타-S-ARCA(D1)는 베타-S-ARCA의 D2 부분입체이성질체 (베타-S-ARCA(D2))와 비교하여 HPLC 칼럼 상에서 먼저 용리하고, 따라서 더 짧은 체류 시간을 나타내는 베타-S-ARCA의 부분입체이성질체이다. HPLC는 바람직하게는 분석용 HPLC이다. 한 구체예에서, Supelcosil LC-18-T RP 칼럼, 바람직하게는 형식: 5 μm, 4.6x250 mm의 것이 분리에 이용되는데, 여기서 1.3 ml/분의 유동률이 적용될 수 있다. 한 구체예에서, 아세트산암모늄에서 메탄올의 구배, 예를 들면, 15 분 이내에 0.05 M 아세트산암모늄, pH=5.9에서 메탄올의 0-25% 선형 구배가 이용된다. UV-검출 (VWD)이 260 nm에서 수행될 수 있고, 그리고 형광 검출 (FLD)이 280 nm에서 여기 및 337 nm에서 검출로 수행될 수 있다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 5' UTR을 포함한다. mRNA에서 단백질-코딩 서열의 5'에서 발견되는 일정한 비번역 서열이 번역 효율을 증가시키는 것으로 밝혀졌다. 참조: 예를 들면, Kozak, M. (1987) J. Mol. Biol. 196:947-950. 일부 구체예에서, 5' UTR은 인간 알파 글로빈 mRNA로부터 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 UUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 23)의 5' UTR 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 5' UTR 서열은 서열 TTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 24)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 5' UTR 서열은 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 21)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 5' UTR 서열은 서열 GGCGAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 22)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, 예시적인 RNA 백신의 불변 영역은 서열 번호: 42의 리보뉴클레오티드 서열 (5'→3')을 포함한다. 첫 2개의 G 잔기 사이의 연쇄는 예를 들면, 5' 캡핑 구조에 대해 표 1에서 및 도 3에서 도시된 바와 같은 특이한 결합 (5'→5')-ppsp-이다. "N"은 1개 또는 그 이상 (예를 들면, 1-20개)의 네오에피토프 (임의적 링커에 의해 분리됨)를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열(들)의 위치를 지칭한다. 종양 특이적 서열에 대한 삽입 부위 (C131-A132; 굵은 글씨체로 표시됨)는 굵은 글씨체로 묘사된다. 예시적인 RNA 서열에서 변형된 염기 및 비공통 링크에 대해 표 1을 참조한다.
표 1
유형 위치 설명
변형된 염기 G1 m2 7·2'·O G
비공통 링크 G1-G2 (5'→5')-ppsp-
비공통 링크 C131-A132 종양 특이적 서열에 대한 삽입 부위
일부 구체예에서, RNA 백신은 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 당해 분야에서 공지된 바와 같이, 분비 신호 펩티드는 번역 시에, 폴리펩티드가 소포체로부터 및 분비 경로 내로 트래피킹되도록 하는 아미노산 서열이다. 일부 구체예에서, 신호 펩티드는 인간 폴리펩티드, 예컨대 MHC 폴리펩티드로부터 유래된다. 예를 들면, Kreiter, S. et al. (2008) J. Immunol. 180:309-318을 참조하는데, 이것은 인간 수지상 세포에서 MHC 클래스 I 및 II 에피토프의 가공과 제시를 향상시키는 예시적인 분비 신호 펩티드를 설명한다. 일부 구체예에서, 번역 시에, 신호 펩티드는 RNA 백신에 의해 인코딩된 하나 이상의 네오에피토프 서열(들)의 N 말단이다. 일부 구체예에서, 분비 신호 펩티드는 서열 MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS (서열 번호: 27)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 분비 신호 펩티드는 서열 AUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 25)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 분비 신호 펩티드는 서열 ATGAGAGTGATGGCCCCCAGAACCCTGATCCTGCTGCTGTCTGGCGCCCTGGCCCTGACAGAGACATGGGCCGGAAGC (서열 번호: 26)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 막경유 및/또는 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, 막경유 및/또는 세포질 도메인은 MHC 분자의 막경유/세포질 도메인으로부터 유래된다. 용어 "주요 조직적합성 복합체" 및 약어 "MHC"는 모든 척추동물에서 발생하는 유전자의 복합체에 관계한다. 정상적인 면역 반응에서 림프구 및 항원 제시 세포 사이의 신호전달에서 MHC 단백질 또는 분자의 기능은 이들이 펩티드에 결합하고 T-세포 수용체 (TCR)에 의한 가능한 인식을 위해 이들을 제시하는 것을 수반한다. MHC 분자는 세포내 처리 구획에서 펩티드에 결합하고 항원 제시 세포의 표면 상에서 이들 펩티드를 T 세포에 제시한다. HLA로서 또한 지칭되는 인간 MHC 영역은 염색체 6에 위치되고 클래스 I 영역 및 클래스 II 영역을 포함한다. 클래스 I 알파 사슬은 약 44 kDa의 분자량을 갖는 당단백질이다. 상기 폴리펩티드 사슬은 350개보다 다소간 더 많은 아미노산 잔기의 길이를 갖는다. 이것은 3개의 기능적 영역: 외부, 막경유 및 세포질 영역으로 분할될 수 있다. 외부 영역은 283개의 아미노산 잔기의 길이를 갖고 3개의 도메인, 알파1, 알파2 및 알파3으로 분할된다. 이들 도메인과 영역은 통상적으로, 클래스 I 유전자의 별개의 엑손에 의해 인코딩된다. 막경유 영역은 원형질막의 지질 이중층에 걸쳐 있다. 이것은 알파 나선에서 배열되는 23개의 통상적으로 소수성 아미노산 잔기로 구성된다. 세포질 영역, 다시 말하면 세포질을 마주보고 막경유 영역에 연결되는 부분은 전형적으로 32개의 아미노산 잔기의 길이를 갖고 세포골격의 요소와 상호작용할 수 있다. 알파 사슬은 베타2-마이크로글로불린과 상호작용하고, 따라서 세포 표면 상에서 알파-베타2 이합체를 형성한다. 용어 "MHC 클래스 II" 또는 "클래스 II"는 주요 조직적합성 복합체 클래스 II 단백질 또는 유전자에 관계한다. 인간 MHC 클래스 II 영역 내에는 클래스 II 알파 사슬 유전자 및 베타 사슬 유전자에 대한 DP, DQ 및 DR 하위영역 (다시 말하면 DP알파, DP베타, DQ알파, DQ베타, DR알파 및 DR베타)이 있다. 클래스 II 분자는 각각, 알파 사슬 및 베타 사슬로 구성되는 이종이합체이다. 양쪽 사슬은 31-34 kDa (a) 또는 26-29 kDA (베타)의 분자량을 갖는 당단백질이다. 알파 사슬의 전체 길이는 229개에서 233개까지의 아미노산 잔기에서 변하고, 그리고 베타 사슬의 전체 길이는 225개에서 238개까지의 잔기에서 변한다. 알파와 베타 사슬 둘 모두 외부 영역, 연결 펩티드, 막경유 영역 및 세포질 꼬리로 구성된다. 외부 영역은 2개의 도메인, 알파1 및 알파2 또는 베타1 및 베타2로 구성된다. 연결 펩티드는 각각 베타이고 알파와 베타 사슬에서 9개의 잔기 길이이다. 이것은 2개의 도메인을, 알파 사슬 및 베타 사슬 둘 모두에서 23개의 아미노산 잔기로 구성되는 막경유 영역에 연결한다. 세포질 영역, 다시 말하면 세포질을 마주보고 막경유 영역에 연결되는 부분의 길이는 알파 사슬에서는 3개에서 16개까지의 잔기에서 변하고 베타 사슬에서는 8개에서 20개까지의 잔기에서 변한다. 예시적인 막경유/세포질 도메인 서열은 U.S. 특허 번호 8,178,653 및 8,637,006에서 설명된다. 일부 구체예에서, 번역 시에, 막경유 및/또는 세포질 도메인은 RNA 백신에 의해 인코딩된 하나 이상의 네오에피토프 서열(들)의 C 말단이다. 일부 구체예에서, RNA 백신에 의해 인코딩된 MHC 분자의 막경유 및/또는 세포질 도메인은 서열 IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKSSGGKGGSYSQAASSDSAQGSDVSLTA (서열 번호: 30)를 포함한다. 일부 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및/또는 세포질 도메인은 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC (서열 번호: 28)를 포함한다. 일부 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및/또는 세포질 도메인은 서열 ATCGTGGGAATTGTGGCAGGACTGGCAGTGCTGGCCGTGGTGGTGATCGGAGCCGTGGTGGCTACCGTGATGTGCAGACGGAAGTCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCTACAGCCAGGCCGCCAGCTCTGATAGCGCCCAGGGCAGCGACGTGTCACTGACAGCC (서열 번호: 29)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 하나 이상의 네오에피토프 서열(들)의 N 말단인 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 하나 이상의 네오에피토프 서열(들)의 C 말단인 막경유 및/또는 세포질 도메인을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 둘 모두를 포함한다. 이런 서열을 조합하는 것은 인간 수지상 세포에서 MHC 클래스 I 및 II 에피토프의 가공과 제시를 향상시키는 것으로 밝혀졌다. 참조: 예를 들면, Kreiter, S. et al. (2008) J. Immunol. 180:309-318.
골수성 DC에서, RNA가 시토졸 내로 방출되고 다중네오에피토프성 펩티드로 번역된다. 폴리펩티드는 항원 제시를 증강하기 위한 추가 서열을 내포한다. 일부 구체예에서, 폴리펩티드의 N 말단에서 MHCI 중쇄로부터 신호 서열 (sec)이 미성숙 분자를 소포체로 표적화하는 데 이용되는데, 이것은 MHCI 제시 효율을 증강하는 것으로 밝혀졌다. 이론에 한정됨 없이, MHCI 중쇄의 막경유 및 세포질 도메인은 폴리펩티드를, MHCII 제시를 향상시키는 것으로 밝혀진 엔도솜/리소좀 구획으로 안내하는 것으로 생각된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 3'UTR을 포함한다. mRNA에서 단백질-코딩 서열의 3'에서 발견되는 일정한 비번역 서열이 RNA 안정성, 번역 및 단백질 발현을 향상시키는 것으로 밝혀졌다. 3' UTR로서 이용에 적합한 폴리뉴클레오티드 서열은 예를 들면 PG 공개 번호 US20190071682에서 설명된다. 일부 구체예에서, 3' UTR은 AES의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편 및/또는 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA를 포함한다. 용어 "AES"는 스플릿의 아미노 말단 인핸서에 관계하고 AES 유전자를 포함한다 (참조: 예를 들면, NCBI Gene ID:166). 이러한 유전자에 의해 인코딩된 단백질은 단백질의 groucho/TLE 패밀리에 속하고, 동종소중합체로서 또는 다른 패밀리 구성원 유전자의 발현을 우세하게 억제하기 위한 다른 패밀리 구성원과의 이종소중합체로서 기능할 수 있다. 예시적인 AES mRNA 서열은 NCBI 참조 서열 수탁 번호 NM_198969에서 제공된다. 용어 "MT_RNR1"은 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA에 관계하고 MT_RNR1 유전자를 포함한다 (참조: 예를 들면, NCBI 유전자 ID:4549). 이러한 RNA 유전자는 Mt_rRNA 부류에 속한다. MT-RNR1과 연관된 질환은 제한 심근병증 및 청각 신경병증을 포함한다. 이의 관련된 경로 중에는 진핵생물에서 리보솜 생물발생 및 CFTR 번역 충실도 (클래스 I 돌연변이)가 있다. 예시적인 MT_RNR1 RNA 서열은 NCBI 참조 서열 수탁 번호 NC_012920의 서열 내 존재한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCC (서열 번호: 33)을 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG (서열 번호: 35)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCC (서열 번호: 33) 및 서열 CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG (서열 번호: 35)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 31)를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCC (서열 번호: 34)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCG (서열 번호: 36)을 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCC (서열 번호: 34) 및 서열 CAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCG (서열 번호: 36)을 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 3' UTR은 서열 CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCGAGACCTGGTCCAGAGTCGCTAGCCGCGTCGCT (서열 번호: 32)를 포함하는 DNA에 의해 인코딩된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 3' 단부에서 폴리(A) 꼬리를 포함한다. 일부 구체예에서, 폴리(A) 꼬리는 50개 이상 또는 100개 이상의 아데닌 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들면, 일부 구체예에서, 폴리(A) 꼬리는 120개의 아데닌 뉴클레오티드를 포함한다. 이러한 폴리(A) 꼬리는 RNA 안정성 및 번역 효율을 증강하는 것으로 증명되었다 (Holtkamp, S. et al. (2006) Blood 108:4009-4017). 일부 구체예에서, 폴리(A) 꼬리를 포함하는 RNA는 적어도 50, 100 또는 120개의 아데닌 연속 뉴클레오티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 유형 IIS 제한 엔도뉴클레아제에 대한 인식 서열을 포함하는 DNA 분자를 5'→ 3' 전사 방향으로 전사함으로써 산출된다. 번역을 향상시키는 예시적인 폴리(A) 꼬리 및 3' UTR 서열은 예를 들면 U.S. 특허 번호 9,476,055에서 발견된다.
일부 구체예에서, 본원 발명의 RNA 백신 또는 분자는 일반적인 구조 (5'→3' 방향으로): (1) 5' 캡; (2) 5' 비번역 영역 (UTR); (3) 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (4) 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (5) (a) 스플릿의 아미노 말단 인핸서 (AES) mRNA의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편; 및 (b) 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA 또는 이의 단편을 포함하는 3' UTR; 그리고 (6) 폴리(A) 서열을 포함한다. 일부 구체예에서 본원 발명의 RNA 백신 또는 분자는 5'→3' 방향으로: 폴리뉴클레오티드 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 19); 및 폴리뉴클레오티드 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCCUAGUAACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 20)을 포함한다. 유리하게는, 구조 또는 서열의 이러한 조합과 배향정위를 포함하는 RNA 백신은 향상된 RNA 안정성, 증강된 번역 효율, 향상된 항원 제시 및/또는 가공 (예를 들면, DC에 의한), 그리고 증가된 단백질 발현 중에서 한 가지 또는 그 이상에 의해 특징화된다.
일부 구체예에서, 본원 발명의 RNA 백신 또는 분자는 서열 번호: 42의 서열을 포함한다 (5'→3' 방향으로). 예를 들면, 도 2를 참조한다. 일부 구체예에서, N은 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 또는 30개의 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 지칭한다. 일부 구체예에서, N은 1개 또는 그 이상의 링커-에피토프 모듈 (예를 들면, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 또는 30개의 상이한 링커-에피토프 모듈)을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 지칭한다. 일부 구체예에서, N은 1개 또는 그 이상의 링커-에피토프 모듈 (예를 들면, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25, 적어도 26, 적어도 27, 적어도 28, 적어도 29, 또는 30개의 상이한 링커-에피토프 모듈) 및 3' 단부에서 추가 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 지칭한다.
일부 구체예에서, RNA 백신 또는 분자는 적어도 하나의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고; 여기서 적어도 하나의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있다. 일부 구체예에서, RNA 분자는 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 20개의 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, RNA 백신 또는 분자는 5'→3' 방향으로: 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함한다. 일부 구체예에서, 아미노산 링커 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 링커-네오에피토프 모듈 (예를 들면, 동일한 개방 해독틀에서 5'→3' 방향으로 연속 서열)을 형성한다. 일부 구체예에서, 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에, 또는 서열 번호: 19 및 서열 번호: 20의 서열 사이에 있다. 일부 구체예에서, RNA 백신 또는 분자는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 28, 29, 또는 30개의 링커-에피토프 모듈을 포함한다. 일부 구체예에서, 각각의 링커-에피토프 모듈은 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, RNA 백신 또는 분자는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 RNA 백신 또는 분자는 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 20개의 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신 또는 분자는 5, 10, 또는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함한다. 일부 구체예에서, 각각의 링커-에피토프 모듈은 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, 링커-에피토프 모듈은 동일한 개방 해독틀에서 5'→3' 방향으로 연속 서열을 형성한다. 일부 구체예에서, 첫 번째 링커-에피토프 모듈의 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열의 3'이다. 일부 구체예에서, 마지막 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열의 5'이다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 길이에서 적어도 800개의 뉴클레오티드, 적어도 1000개의 뉴클레오티드, 또는 적어도 1200개의 뉴클레오티드이다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 길이에서 2000개 이하의 뉴클레오티드이다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 길이에서 적어도 800개의 뉴클레오티드이지만 2000개 이하의 뉴클레오티드, 길이에서 적어도 1000개의 뉴클레오티드이지만 2000개 이하의 뉴클레오티드, 길이에서 적어도 1200개의 뉴클레오티드이지만 2000개 이하의 뉴클레오티드, 길이에서 적어도 1400개의 뉴클레오티드이지만 2000개 이하의 뉴클레오티드, 길이에서 적어도 800개의 뉴클레오티드이지만 1400개 이하의 뉴클레오티드, 또는 길이에서 적어도 800개의 뉴클레오티드이지만 2000개 이하의 뉴클레오티드이다. 예를 들면, 전술된 요소를 포함하는 RNA 백신의 불변 영역은 길이에서 대략 800개의 뉴클레오티드이다. 일부 구체예에서, 5개의 종양 특이적 네오에피토프 (예를 들면, 각각 27개의 아미노산을 인코딩)를 포함하는 RNA 백신은 길이에서 1300개 이상의 뉴클레오티드이다. 일부 구체예에서, 10개의 종양 특이적 네오에피토프 (예를 들면, 각각 27개의 아미노산을 인코딩)를 포함하는 RNA 백신은 길이에서 1800개 이상의 뉴클레오티드이다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜 내 조제된다. 일부 구체예에서, RNA에 대한 리포플렉스 나노입자 제제 (RNA-리포플렉스)는 본원 발명의 RNA 백신의 IV 전달을 가능하게 하는 데 이용된다. 일부 구체예에서, 합성 양이온성 지질 (R)-N,N,N-트리메틸-2,3-디올레일옥시-1-프로판아미늄 염화물 (DOTMA) 및 인지질 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민 (DOPE)을 포함하는 RNA 암 백신에 대한 리포플렉스 나노입자 제제가 예를 들면, IV 전달을 가능하게 하는 데 이용된다. DOTMA/DOPE 리포솜 성분이 비장 및 다른 림프성 장기에서 항원 제시 세포의 IV 전달 및 표적화를 위해 최적화되었다.
한 구체예에서, 나노입자는 적어도 하나의 지질을 포함한다. 한 구체예에서, 나노입자는 적어도 하나의 양이온성 지질을 포함한다. 양이온성 지질은 단일양이온성 또는 다가양이온성이다. 임의의 양이온성 양친매성 분자, 예를 들면, 적어도 하나의 친수성 및 친유성 모이어티를 포함하는 분자는 본원 발명의 의미 내에서 양이온성 지질이다. 한 구체예에서, 양전하는 적어도 하나의 양이온성 지질에 의해 기여되고, 그리고 음전하는 RNA에 의해 기여된다. 한 구체예에서, 나노입자는 적어도 하나의 보조 지질을 포함한다. 보조 지질은 중성 또는 음이온성 지질일 수 있다. 보조 지질은 천연 지질, 예컨대 인지질 또는 천연 지질의 유사체, 또는 완전히 합성 지질, 또는 천연 지질과 유사성이 없는 지질-유사 분자일 수 있다. 한 구체예에서, 양이온성 지질 및/또는 보조 지질은 이중층 형성 지질이다.
한 구체예에서, 적어도 하나의 양이온성 지질은 1,2-디-O-옥타데세닐-3-트리메틸암모늄 프로판 (DOTMA) 또는 이의 유사체 또는 유도체 및/또는 1,2-디올레오일-3-트리메틸암모늄-프로판 (DOTAP) 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다.
한 구체예에서, 적어도 하나의 보조 지질은 1,2-디-(9Z-옥타데세노일)-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민 (DOPE) 또는 이의 유사체 또는 유도체, 콜레스테롤 (Chol) 또는 이의 유사체 또는 유도체 및/또는 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포콜린 (DOPC) 또는 이의 유사체 또는 유도체를 포함한다.
한 구체예에서, 적어도 하나의 양이온성 지질 대 적어도 하나의 보조 지질의 몰 비율은 10:0 내지 3:7, 바람직하게는 9:1 내지 3:7, 4:1 내지 1:2, 4:1 내지 2:3, 7:3 내지 1:1, 또는 2:1 내지 1:1, 바람직하게는 약 1:1이다. 한 구체예에서, 이러한 비율에서, 양이온성 지질의 몰량은 양이온성 지질 내 양전하의 개수에 의해 곱셈된 양이온성 지질의 몰량으로부터 결과이다.
한 구체예에서, 지질은 상기 RNA를 캡슐화하는 소포 내에 포함된다. 소포는 다층판 소포, 단층판 소포, 또는 이들의 혼합물일 수 있다. 소포는 리포솜일 수 있다.
본원에서 설명된 나노입자 또는 리포솜은 양이온성 지질 대 RNA의 (+/-) 전하 비율에 따라서, 양전하 대 음전하를 조정하고, 그리고 RNA 및 양이온성 지질을 혼합함으로써 형성될 수 있다. 본원에서 설명된 나노입자에서 양이온성 지질 대 RNA의 +/- 전하 비율은 하기 공식에 의해 계산될 수 있다. (+/- 전하 비율)=[(양이온성 지질량 (mol))*(양이온성 지질에서 양전하의 총수)]:[(RNA 양 (mol))*(RNA에서 음전하의 총수)]. RNA 양 및 양이온성 지질량은 나노입자의 제조 시에 부하량에 비추어 당업자에 의해 쉽게 결정될 수 있다. 예시적인 나노입자에 관한 추가 설명을 위해, 예를 들면, PG 공개 번호 US20150086612를 참조한다.
한 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜에서 (예를 들면, 생리학적 pH에서) 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.4:1 내지 1:8, 바람직하게는 1.2:1 내지 1:4, 예를 들면 1:1 내지 1:3 예컨대 1:1.2 내지 1:2, 1:1.2 내지 1:1.8, 1:1.3 내지 1:1.7, 특히 1:1.4 내지 1:1.6, 예컨대 약 1:1.5이다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 나노입자의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1:1.2 (0.83) 내지 1:2 (0.5)이다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 나노입자 또는 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.6:2 (0.8) 내지 1:2 (0.5) 또는 1.6:2 (0.8) 내지 1.1:2 (0.55)이다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 나노입자 또는 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.3:2 (0.65)이다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.0:2.0보다 낮지 않다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.9:2.0보다 높지 않다. 일부 구체예에서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.0:2.0보다 낮지 않고 1.9:2.0보다 높지 않다.
한 구체예에서, 나노입자는 10:0 내지 1:9, 바람직하게는 8:2 내지 3:7, 더 바람직하게는 7:3 내지 5:5의 몰 비율에서 DOTMA 및 DOPE를 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTMA에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.8:2 내지 0.8:2, 더 바람직하게는 1.6:2 내지 1:2, 이보다 더 바람직하게는 1.4:2 내지 1.1:2, 이보다 더 바람직하게는 약 1.2:2이다. 한 구체예에서, 나노입자는 10:0 내지 1:9, 바람직하게는 8:2 내지 3:7, 더 바람직하게는 7:3 내지 5:5의 몰 비율에서 DOTMA 및 콜레스테롤을 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTMA에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.8:2 내지 0.8:2, 더 바람직하게는 1.6:2 내지 1:2, 이보다 더 바람직하게는 1.4:2 내지 1.1:2, 이보다 더 바람직하게는 약 1.2:2이다. 한 구체예에서, 나노입자는 10:0 내지 1:9, 바람직하게는 8:2 내지 3:7, 더 바람직하게는 7:3 내지 5:5의 몰 비율에서 DOTAP 및 DOPE를 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTMA에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.8:2 내지 0.8:2, 더 바람직하게는 1.6:2 내지 1:2, 이보다 더 바람직하게는 1.4:2 내지 1.1:2, 이보다 더 바람직하게는 약 1.2:2이다. 한 구체예에서, 나노입자는 2:1 내지 1:2, 바람직하게는 2:1 내지 1:1의 몰 비율에서 DOTMA 및 DOPE를 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTMA에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.4:1 또는 그 이하이다. 한 구체예에서, 나노입자는 2:1 내지 1:2, 바람직하게는 2:1 내지 1:1의 몰 비율에서 DOTMA 및 콜레스테롤을 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTMA에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.4:1 또는 그 이하이다. 한 구체예에서, 나노입자는 2:1 내지 1:2, 바람직하게는 2:1 내지 1:1의 몰 비율에서 DOTAP 및 DOPE를 포함하는 리포플렉스이고, 그리고 여기서 DOTAP에서 양전하 대 RNA에서 음전하의 전하 비율은 1.4:1 또는 그 이하이다.
한 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜의 제타 전위는 -5 또는 그 이하, -10 또는 그 이하, -15 또는 그 이하, -20 또는 그 이하, 또는 -25 또는 그 이하이다. 다양한 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜의 제타 전위는 -35 또는 그 이상, -30 또는 그 이상, 또는 -25 또는 그 이상이다. 한 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜은 0 mV 내지 -50 mV, 바람직하게는 0 mV 내지 -40 mV, 또는 -10 mV 내지 -30 mV의 제타 전위를 갖는다.
일부 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜의 다분산성 지수는 동적 광 산란에 의해 계측될 때, 0.5 또는 그 이하, 0.4 또는 그 이하, 또는 0.3 또는 그 이하이다.
일부 구체예에서, 나노입자 또는 리포솜은 동적 광 산란에 의해 계측될 때, 약 50 nm 내지 약 1000 nm, 약 100 nm 내지 약 800 nm, 약 200 nm 내지 약 600 nm, 약 250 nm 내지 약 700 nm, 또는 약 250 nm 내지 약 550 nm의 범위 안에 평균 직경을 갖는다.
일부 구체예에서, PCV는 예를 들면, 리포솜 제제에서, 15 ㎍, 25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 또는 100 ㎍의 용량으로 정맥내 투여된다. 일부 구체예에서, 15 ㎍, 25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 또는 100 ㎍의 RNA가 투약마다 전달된다 (다시 말하면, 용량 중량은 투여된 제제 또는 리포플렉스의 총 중량이 아닌, 투여된 RNA의 중량을 반영한다). 하나 이상의 PCV가 개체에게 투여될 수 있다, 예를 들면, 네오에피토프의 조합을 갖는 하나의 PCV가 개체에게 투여되고, 그리고 또한 네오에피토프의 상이한 조합을 갖는 별개의 PCV가 투여된다. 일부 구체예에서, 10개의 네오에피토프를 갖는 첫 번째 PCV가 10개의 대안적 에피토프를 갖는 두 번째 PCV와 병용으로 투여된다.
일부 구체예에서, PCV는 비장으로 전달되도록 투여된다. 예를 들면, PCV는 하나 이상의 항원(들) (예를 들면, 종양 특이적 신항원)이 항원 제시 세포 (예를 들면, 비장에서)로 전달되도록 투여될 수 있다.
본원 발명의 임의의 PCV 또는 RNA 백신은 본원에서 설명된 방법에서 용도를 발견할 수 있다. 예를 들면, 일부 구체예에서, 본원 발명의 PD-1 축 결합 길항제는 개인맞춤된 암 백신 (PCV), 예를 들면, 본원에서 설명된 RNA 백신과 병용으로 투여된다.
본원 발명의 임의의 RNA 백신을 인코딩하는 DNA 분자가 본원에서 더욱 제공된다. 예를 들면, 일부 구체예에서, 본원 발명의 DNA 분자는 일반적인 구조 (5'→3' 방향으로): (1) 5' 비번역 영역 (UTR)을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (2) 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (3) 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (4) (a) 스플릿의 아미노 말단 인핸서 (AES) mRNA의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편; 및 (b) 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA 또는 이의 단편을 포함하는 3' UTR을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; 그리고 (5) 폴리(A) 서열을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, 본원 발명의 DNA 분자는 5'→3' 방향으로: 폴리뉴클레오티드 서열 GGCGAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGAGAGTGATGGCCCCCAGAACCCTGATCCTGCTGCTGTCTGGCGCCCTGGCCCTGACAGAGACATGGGCCGGAAGC (서열 번호: 40); 및 폴리뉴클레오티드 서열 ATCGTGGGAATTGTGGCAGGACTGGCAGTGCTGGCCGTGGTGGTGATCGGAGCCGTGGTGGCTACCGTGATGTGCAGACGGAAGTCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCTACAGCCAGGCCGCCAGCTCTGATAGCGCCCAGGGCAGCGACGTGTCACTGACAGCCTAGTAACTCGAGCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCGAGACCTGGTCCAGAGTCGCTAGCCGCGTCGCT (서열 번호: 41)을 포함한다.
일부 구체예에서, DNA 분자는 5'→3' 방향으로: 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함한다. 일부 구체예에서, 아미노산 링커 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 링커-네오에피토프 모듈 (예를 들면, 동일한 개방 해독틀에서 5'→3' 방향으로 연속 서열)을 형성한다. 일부 구체예에서, 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에, 또는 서열 번호: 40 및 서열 번호: 41의 서열 사이에 있다. 일부 구체예에서, DNA 분자는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 28, 29, 또는 30개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 각각의 링커-에피토프 모듈은 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, DNA 분자는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 그리고 DNA 분자는 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 또는 20개의 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, DNA 분자는 5, 10, 또는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함한다. 일부 구체예에서, 각각의 링커-에피토프 모듈은 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일부 구체예에서, 링커-에피토프 모듈은 동일한 개방 해독틀에서 5'→3' 방향으로 연속 서열을 형성한다. 일부 구체예에서, 첫 번째 링커-에피토프 모듈의 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열의 3'이다. 일부 구체예에서, 마지막 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열의 5'이다.
본원 발명의 DNA 분자를 전사하는 (예를 들면, 선형, 이중 가닥 DNA 또는 플라스미드 DNA의 전사에 의해, 예컨대 시험관내 전사에 의해) 단계를 포함하는, 본원 발명의 임의의 RNA 백신을 생산하는 방법 역시 본원에서 제공된다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 전사된 RNA 분자를 DNA 분자로부터 단리하는 및/또는 정제하는 단계를 더 포함한다.
일부 구체예에서, 본원 발명의 RNA 또는 DNA 분자는 RNA가 5′ RNA 중합효소 프로모터의 제어하에 전사되도록 허용하고 폴리아데닐 카세트 (폴리(A) 서열)을 내포하는 유형 IIS 제한 개열 부위를 포함하는데, 여기서 인식 서열은 폴리(A) 서열의 3′에 위치되고, 반면 개열 부위는 폴리(A) 서열의 상류에, 따라서 내에 위치된다. 유형 IIS 제한 개열 부위에서 제한 개열은 U.S. 특허 번호 9,476,055 및 10,106,800에서 설명된 바와 같이, 플라스미드가 폴리(A) 서열 내에서 선형화될 수 있도록 한다. 선형화된 플라스미드는 이후, 시험관내 전사를 위한 주형으로서 이용될 수 있고, 결과의 전사체는 드러난 폴리(A) 서열로 끝난다. U.S. 특허 번호 9,476,055 및 10,106,800에서 설명된 임의의 유형 IIS 제한 개열 부위가 이용될 수 있다.
본원에서 제공된 방법의 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 10-20개 (예를 들면, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개)의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜 내 조제된다. 일정한 구체예에서, 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜은 RNA 백신의 RNA를 캡슐화하는 다층판 구조를 형성하는 하나 이상의 지질을 포함한다. 일정한 구체예에서, 하나 이상의 지질은 적어도 하나의 양이온성 지질 및 적어도 하나의 보조 지질을 포함한다. 일정한 구체예에서, 하나 이상의 지질은 (R)-N,N,N-트리메틸-2,3-디올레일옥시-1-프로판아미늄 염화물 (DOTMA) 및 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민 (DOPE)을 포함한다. 일정한 구체예에서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.3:2 (0.65)이다.
일정한 구체예에서, RNA 백신은 5'→3' 방향으로: (1) 5' 캡; (2) 5' 비번역 영역 (UTR); (3) 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (4) 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (5) 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; (6) (a) 스플릿의 아미노 말단 인핸서 (AES) mRNA의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편; 및 (b) 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA 또는 이의 단편을 포함하는 3' UTR; 그리고 (7) 폴리(A) 서열을 포함하는 RNA 분자를 포함한다.
일정한 구체예에서, RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고; 여기서 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 하나 이상의 네오에피토프 중에서 첫 번째 네오에피토프는 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하고; 그리고 여기서 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있다. 일정한 구체예에서, 아미노산 링커는 서열 GGSGGGGSGG (서열 번호: 39)를 포함한다. 일정한 구체예에서, 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC (서열 번호: 37)를 포함한다.
일정한 구체예에서, RNA 분자는 5'→3' 방향으로: 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈을 더 포함하고, 여기서 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈은 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하고; 여기서 두 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있고; 그리고 여기서 첫 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프는 두 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프와 상이하다. 일정한 구체예에서, RNA 분자는 5개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 여기서 5개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일정한 구체예에서, RNA 분자는 10개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 여기서 10개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다. 일정한 구체예에서, RNA 분자는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고, 여기서 20개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩한다.
일정한 구체예에서, RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고, 여기서 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열은 3' 방향으로 가장 원위인 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있다.
일정한 구체예에서, 5' 캡은 하기 구조의 D1 부분입체이성질체를 포함한다:
Figure pct00004
일정한 구체예에서, 5' UTR은 서열 UUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 23)를 포함한다. 일정한 구체예에서, 5' UTR은 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 21)를 포함한다.
일정한 구체예에서, 분비 신호 펩티드는 아미노산 서열 MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS (서열 번호: 27)를 포함한다. 일정한 구체예에서, 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 25)를 포함한다.
일정한 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부는 아미노산 서열 IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKSSGGKGGSYSQAASSDSAQGSDVSLTA (서열 번호: 30)를 포함한다. 일정한 구체예에서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC (서열 번호: 28)를 포함한다.
일정한 구체예에서, AES mRNA의 3' 비번역 영역은 서열 CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCC (서열 번호: 33)를 포함한다. 일정한 구체예에서, 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA는 서열 CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG (서열 번호: 35)를 포함한다. 일정한 구체예에서, 3' UTR은 서열 CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 31)를 포함한다.
일정한 구체예에서, 폴리(A) 서열은 120개의 아데닌 뉴클레오티드를 포함한다.
일정한 구체예에서, RNA 백신은 5'→3' 방향으로: 폴리뉴클레오티드 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 19); 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열; 및 폴리뉴클레오티드 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCCUAGUAACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 20)를 포함하는 RNA 분자를 포함한다.
IV. PD-1 축 결합 길항제
일부 구체예에서, 본원 발명의 PCV (예를 들면, RNA 백신)는 PD-1 축 결합 길항제와 병용으로 투여된다.
예를 들면, PD-1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PDL1 결합 길항제 및 PDL2 결합 길항제를 포함한다. "PD-1"에 대한 대안적 명칭은 CD279 및 SLEB2를 포함한다. "PD-L1"에 대한 대안적 명칭은 B7-H1, B7-4, CD274 및 B7-H를 포함한다. "PDL2"에 대한 대안적 명칭은 B7-DC, Btdc 및 CD273을 포함한다. 일부 구체예에서, PD-1, PDL1 및 PDL2는 인간 PD-1, PDL1 및 PDL2이다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 리간드 결합 파트너(들)에 대한 PD-1의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PD-1 리간드 결합 파트너는 PDL1 및/또는 PDL2이다. 다른 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 결합 파트너(들)에 대한 PDL1의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PDL1 결합 파트너(들)는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 다른 구체예에서, PDL2 결합 길항제는 결합 파트너(들)에 대한 PDL2의 결합을 저해하는 분자이다. 특정한 양상에서, PDL2 결합 파트너는 PD-1이다. 길항제는 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 또는 올리고펩티드일 수 있다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 (CAS 등록 번호: 946414-94-4)이다. MDX-1106-04, MDX-1106, ONO-4538, BMS-936558 및 OPDIVO®로서 또한 알려져 있는 니볼루맙 (Bristol-Myers Squibb/Ono)은 WO2006/121168에서 설명된 항-PD-1 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWY DGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLG (서열 번호: 11)을 포함하고, 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열: EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRAT GIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 12)를 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 11 및 서열 번호: 12로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 서열 번호: 11로부터 3개의 중쇄 HVR 및 서열 번호: 12로부터 3개의 경쇄 HVR)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 11로부터 중쇄 가변 도메인 및 서열 번호: 12로부터 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 펨블로리주맙 (CAS 등록 번호: 1374853-91-4)이다. MK-3475, Merck 3475, 람브롤리주맙, KEYTRUDA® 및 SCH-900475로서 또한 알려져 있는 펨블로리주맙 (Merck)은 WO2009/114335에서 설명된 항-PD-1 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 하기 아미노산 서열:
QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGG INPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYW GQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGV HTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCP APEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTK PREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAK GQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENN YKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLG (서열 번호: 13)을 포함하고, 그리고
(b) 경쇄는 하기 아미노산 서열:
EIVLTQSPAT LSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLES GVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVF IFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQ DSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 14)를 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 13 및 서열 번호: 14로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 서열 번호: 13으로부터 3개의 중쇄 HVR 및 서열 번호: 14로부터 3개의 경쇄 HVR)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 서열 번호: 13으로부터 중쇄 가변 도메인 및 서열 번호: 14로부터 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 MEDI-0680 (AMP-514; AstraZeneca)이다. MEDI-0680은 인간화 IgG4 항-PD-1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 PDR001 (CAS 등록 번호 1859072-53-9; Novartis)이다. PDR001은 PD-1에 대한 PDL1 및 PDL2의 결합을 차단하는 인간화 IgG4 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 REGN2810 (Regeneron)이다. REGN2810은 LIBTAYO® 및 세미플리맙-rwlc로서 또한 알려져 있는 인간 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 BGB-108 (BeiGene)이다. 일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 BGB-A317 (BeiGene)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 JS-001 (Shanghai Junshi)이다. JS-001은 인간화 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 STI-A1110 (Sorrento)이다. STI-A1110은 인간 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 INCSHR-1210 (Incyte)이다. INCSHR-1210은 인간 IgG4 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 PF-06801591 (Pfizer)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 TSR-042 (ANB011로서 또한 알려져 있음; Tesaro/AnaptysBio)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 AM0001 (ARMO Biosciences)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 ENUM 244C8 (Enumeral Biomedical Holdings)이다. ENUM 244C8은 PD-1에 대한 PDL1의 결합을 차단하지 않으면서 PD-1 기능을 저해하는 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-1 항체는 ENUM 388D4 (Enumeral Biomedical Holdings)이다. ENUM 388D4는 PD-1에 대한 PDL1의 결합을 경쟁적으로 저해하는 항-PD1 항체이다.
일부 구체예에서, PD-1 항체는 WO2015/112800 (출원인: Regeneron), WO2015/112805 (출원인: Regeneron), WO2015/112900 (출원인: Novartis), US20150210769 (Novartis에게 양도됨), WO2016/089873 (출원인: Celgene), WO2015/035606 (출원인: Beigene), WO2015/085847 (출원인: Shanghai Hengrui Pharmaceutical/Jiangsu Hengrui Medicine), WO2014/206107 (출원인: Shanghai Junshi Biosciences/Junmeng Biosciences), WO2012/145493 (출원인: Amplimmune), US9205148 (MedImmune에게 양도됨), WO2015/119930 (출원인: Pfizer/Merck), WO2015/119923 (출원인: Pfizer/Merck), WO2016/032927 (출원인: Pfizer/Merck), WO2014/179664 (출원인: AnaptysBio), WO2016/106160 (출원인: Enumeral), 및 WO2014/194302 (출원인: Sorrento)에서 설명된 PD-1 항체로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 3개의 중쇄 HVR 및 3개의 경쇄 HVR) 및/또는 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 불변 영역 (예를 들면, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 면역부착소 (예를 들면, PDL1 또는 PDL2의 세포외 또는 PD-1 결합 부분을 포함하는 면역부착소이다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다. B7-DCIg로서 또한 알려져 있는 AMP-224 (CAS 등록 번호 1422184-00-6; GlaxoSmithKline/MedImmune)는 WO2010/027827 및 WO2011/066342에서 설명된 PDL2-Fc 융합 가용성 수용체이다.
일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 펩티드 또는 소형 분자 화합물이다. 일부 구체예에서, PD-1 결합 길항제는 AUNP-12 (PierreFabre/Aurigene)이다. 참조: 예를 들면, WO2012/168944, WO2015/036927, WO2015/044900, WO2015/033303, WO2013/144704, WO2013/132317, 그리고 WO2011/161699.
일부 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 PD-1을 저해하는 소형 분자이다. 일부 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 PDL1을 저해하는 소형 분자이다. 일부 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 PDL1 및 VISTA를 저해하는 소형 분자이다. 일부 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 CA-170 (AUPM-170으로서 또한 알려져 있음)이다. 일부 구체예에서, PDL1 결합 길항제는 PDL1 및 TIM3을 저해하는 소형 분자이다. 일부 구체예에서, 소형 분자는 WO2015/033301 및 WO2015/033299에서 설명된 화합물이다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 항-PDL1 항체이다. 다양한 항-PDL1 항체가 본원에서 예기되고 설명된다. 본원에서 임의의 구체예에서, 단리된 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1, 예를 들면, UniProtKB/Swiss-Prot 수탁 번호 Q9NZQ7.1에서 도시된 바와 같은 인간 PD-L1, 또는 이의 변이체에 결합할 수 있다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 PD-L1 및 PD-1 사이의 및/또는 PD-L1 및 B7-1 사이의 결합을 저해할 수 있다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 단일클론 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv 및 (Fab')2 단편으로 구성된 군에서 선택되는 항체 단편이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다. 본원 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체의 실례, 그리고 이들을 만들기 위한 방법은 본원에서 참조로서 편입되는 PCT 특허 출원 WO 2010/077634 A1 및 US 특허 번호 8,217,149에서 설명된다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄 가변 영역은 각각, GFTFSDSWIH (서열 번호: 1), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호: 2) 및 RHWPGGFDY (서열 번호: 3)의 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 포함하고, 그리고
(b) 경쇄 가변 영역은 각각, RASQDVSTAVA (서열 번호: 4), SASFLYS (서열 번호: 5) 및 QQYLYHPAT (서열 번호: 6)의 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PDL1 항체는 아테졸리주맙 및 TECENTRIQ® (CAS 등록 번호: 1422185-06-5)로서 또한 알려져 있는 MPDL3280A인데, WHO 약물 정보 (International Nonproprietary Names for Pharmaceutical Substances), 제안된 INN: List 112, Vol. 28, No. 4, 2015년 1월 16일 공개됨 (페이지 485 참조)이 그 안에 설명된다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄 가변 영역 서열은 아미노산 서열: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열 번호: 7)를 포함하고, 그리고
(b) 경쇄 가변 영역 서열은 아미노산 서열: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIY SASF LYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열 번호: 8)을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열 번호: 9)를 포함하고, 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 10)를 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙 (CAS 등록 번호: 1537032-82-8)이다. MSB0010718C로서 또한 알려져 있는 아벨루맙은 인간 단일클론 IgG1 항-PD-L1 항체 (Merck KGaA, Pfizer)이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열: EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYIMMWVRQAPGKGLEWVSSIYPSGGITFYADTVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARIKLGTVTTVDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열 번호: 15)를 포함하고, 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열: QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTRVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (서열 번호: 16)를 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 15 및 서열 번호: 16으로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 서열 번호: 15로부터 3개의 중쇄 HVR 및 서열 번호: 16으로부터 3개의 경쇄 HVR)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 15로부터 중쇄 가변 도메인 및 서열 번호: 16으로부터 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 더발루맙 (CAS 등록 번호: 1428935-60-7)이다. MEDI4736으로서 또한 알려져 있는 더발루맙은 WO2011/066389 및 US2013/034559에서 설명된 Fc 최적화된 인간 단일클론 IgG1 카파 항-PD-L1 항체 (MedImmune, AstraZeneca)이다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 중쇄와 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGWFGELAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열 번호: 17)를 포함하고, 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열: EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQRVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSLPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열 번호: 18)를 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 17 및 서열 번호: 18로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 서열 번호: 17로부터 3개의 중쇄 HVR 및 서열 번호: 18로부터 3개의 경쇄 HVR)을 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 서열 번호: 17로부터 중쇄 가변 도메인 및 서열 번호: 18로부터 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 MDX-1105 (Bristol Myers Squibb)이다. BMS-936559로서 또한 알려져 있는 MDX-1105는 WO2007/005874에서 설명된 항-PD-L1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 LY3300054 (Eli Lilly)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 STI-A1014 (Sorrento)이다. STI-A1014는 인간 항-PD-L1 항체이다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 KN035 (Suzhou Alphamab)이다. KN035는 낙타 파지 전시 라이브러리로부터 산출된 단일 도메인 항체 (dAB)이다.
일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 개열될 때 (예를 들면, 종양 미세환경에서 프로테아제에 의해), 항체 항원 결합 도메인을 활성화하여, 예를 들면, 비결합 입체 모이어티를 제거함으로써 이것이 항원에 결합할 수 있도록 하는 개열가능 모이어티 또는 링커를 포함한다. 일부 구체예에서, 항-PD-L1 항체는 CX-072 (CytomX Therapeutics)이다.
일부 구체예에서, PD-L1 항체는 US20160108123 (Novartis에게 양도됨), WO2016/000619 (출원인: Beigene), WO2012/145493 (출원인: Amplimmune), US9205148 (MedImmune에게 양도됨), WO2013/181634 (출원인: Sorrento), 그리고 WO2016/061142 (출원인: Novartis)에서 설명된 PD-L1 항체로부터 6개의 HVR 서열 (예를 들면, 3개의 중쇄 HVR 및 3개의 경쇄 HVR) 및/또는 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
다른 추가의 특정한 양상에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 더 포함한다. 다른 추가의 양상에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, IgG4로 구성된 군에서 선택된다. 다른 추가의 특정한 양상에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 다른 추가의 양상에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, IgG3으로 구성된 군에서 선택된다. 다른 추가의 양상에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다.
다른 추가의 특정한 양상에서, 항체는 감소되거나 또는 최소 효과기 기능을 갖는다. 다른 추가의 특정한 양상에서, 최소 효과기 기능은 "효과기-없는 Fc 돌연변이" 또는 비글리코실화 돌연변이로부터 발생한다. 또 다른 추가의 구체예에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다. 일부 구체예에서, 단리된 항-PD-L1 항체는 비글리코실화된다. 항체의 글리코실화는 전형적으로, N-연결되거나 또는 O-연결된다. "N-연결된"은 아스파라긴 잔기의 측쇄에 탄수화물 모이어티의 부착을 지칭한다. 삼중펩티드 서열 아스파라긴-X-세린 및 아스파라긴-X-트레오닌 (여기서 X는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산이다)은 아스파라긴 측쇄에 탄수화물 모이어티의 효소적 부착을 위한 인식 서열이다. 따라서, 폴리펩티드 내에 이들 삼중펩티드 서열 중 어느 하나의 존재는 잠재적 글리코실화 부위를 창출한다. O-연결된 글리코실화는 비록 5-히드록시프롤린 또는 5-히드록시리신 또한 이용될 수 있긴 하지만, 히드록시아미노산, 가장 흔하게는 세린 또는 트레오닌에 당 N-아세틸갈락토사민, 갈락토오스, 또는 자일로오스 중에서 한 가지의 부착을 지칭한다. 항체로부터 글리코실화 부위의 제거는 전술된 트리펩티드 서열 (N-연결된 글리코실화 부위의 경우) 중에서 한 가지가 제거되도록, 아미노산 서열을 변경함으로써 편의하게 달성된다. 변경은 글리코실화 부위 내에 아스파라긴, 세린 또는 트레오닌 잔기의 다른 아미노산 잔기로의 치환 (예를 들면, 글리신, 알라닌 또는 보존성 치환)에 의해 만들어질 수 있다.
또 다른 구체예에서, 본원 발명은 적어도 하나의 제약학적으로 허용되는 운반체와 조합으로 임의의 전술된 항-PD-L1 항체를 포함하는 조성물을 제공한다.
또 다른 구체예에서, 본원 발명은 본원에서 제시된 바와 같은 항-PDL1, 항-PD-1 또는 항-PDL2 항체, 또는 이들의 항원 결합 단편 및 적어도 하나의 제약학적으로 허용되는 운반체를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 구체예에서, 개체에게 투여되는 항-PDL1, 항-PD-1 또는 항-PDL2 항체, 또는 이들의 항원 결합 단편은 하나 이상의 제약학적으로 허용되는 운반체를 포함하는 조성물이다. 본원에서 설명되거나 또는 당해 분야에서 알려진 임의의 제약학적으로 허용되는 운반체가 이용될 수 있다.
V. 항체 제조
본원에서 설명된 항체는 항체를 산출하기 위한 당해 분야에서 가용한 기술을 이용하여 제조되고, 이들의 예시적인 방법은 하기 섹션에서 더 상세하게 설명된다.
항체는 관심되는 항원 (예를 들면, PD-1 또는 PD-L1, 예컨대 인간 PD-1 또는 PD-L1)에 대해 지향된다. 바람직하게는, 항원은 생물학적으로 중요한 폴리펩티드이고, 그리고 장애를 앓는 포유동물에게 항체의 투여는 상기 포유동물에서 치료적 유익성을 유발할 수 있다.
일정한 구체예에서, 본원에서 제공된 항체는 ≤ 1μM, ≤ 150 nM, ≤ 100 nM, ≤ 50 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM, 또는 ≤ 0.001 nM (예를 들면, 10-8 M 또는 그 이하, 예를 들면 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들면 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다.
한 구체예에서, Kd는 하기 검정에 의해 설명된 바와 같이, 관심되는 항체의 Fab 이형 및 이의 항원으로 수행된 방사성표지화된 항원 결합 검정 (RIA)에 의해 계측된다. 항원에 대한 Fabs의 용해 결합 친화성은 표지화되지 않은 항원의 적정 연속의 존재에서 Fab를 최소 농도의 (125I)-표지된 항원과 평형시키고, 이후 결합된 항원을 항-Fab 항체-코팅된 평판으로 포획함으로써 계측된다 (참조: 예를 들면, Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)). 검정을 위한 조건을 확립하기 위해, MICROTITER® 다중웰 평판 (Thermo Scientific)이 50 mM 탄산나트륨 (pH 9.6)에서 5 ㎍/ml의 포획 항-Fab 항체 (Cappel Labs)로 하룻밤 동안 코팅되고, 그리고 차후에, 실온 (대략 23℃)에서 2 내지 5 시간 동안 PBS에서 2% (w/v) 소 혈청 알부민으로 차단된다. 비흡착성 평판 (Nunc #269620)에서, 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원이 관심되는 Fab의 연속 희석액과 혼합된다. 관심되는 Fab는 이후, 하룻밤 동안 항온처리된다; 하지만, 항온처리는 평형이 도달되도록 담보하기 위해 더 긴 기간 (예를 들면, 약 65 시간) 동안 계속될 수도 있다. 그 후에, 혼합물이 실온에서 항온처리를 위해 포획 평판으로 이전된다 (예를 들면, 1 시간 동안). 용액은 이후, 제거되고, 그리고 평판이 PBS에서 0.1% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20®)으로 8회 세척된다. 평판이 건조될 때, 150 μl/웰의 신틸란트 (MICROSCINT-20 TM; Packard)가 첨가되고, 그리고 이들 평판은 TOPCOUNT TM 감마 계수기 (Packard)에서 10 분 동안 계수된다. 최대 결합의 20% 이하이거나 또는 이와 동등한 결합을 제공하는 각 Fab의 농도가 경쟁적 결합 검정에서 이용을 위해 선택된다.
다른 구체예에 따라서, Kd는 ~10 반응 단위 (RU)에서 고정된 항원 CM5 칩으로 25℃에서 BIACORE®-2000 또는 BIACORE ®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)을 이용한 표면 플라스몬 공명 검정을 이용하여 계측된다. 간단히 말하면, 카르복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, BIACORE, Inc.)은 공급업체의 사용설명서에 따라서 N-에틸-N'- (3-디메틸아미노프로필)-카르보디이미드 염산염 (EDC) 및 N-히드록시숙신이미드 (NHS)로 활성화된다. 항원은 거의 10 반응 단위 (RU)의 연계된 단백질을 달성하기 위해, 5 μl/분의 유속에서 주입 전에 10 mM 아세트산나트륨, pH 4.8로 5 ㎍/ml (~0.2 μM)까지 희석된다. 항원의 주입 이후에, 반응하지 않은 기를 차단하기 위해 1 M 에탄올아민이 주입된다. 동역학 계측을 위해, Fab의 2배 연속 희석액 (0.78 nM 내지 500 nM)이 거의 25 μl/분의 유속에서 25℃에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20™) 계면활성제를 포함하는 PBS (PBST)에 주입된다. 연관 속도 (k온) 및 해리 속도 (k오프)는 연관과 해리 센서그램을 동시에 적합시킴으로써 단순한 1 대 1 랭뮤어 결합 모형 (BIACORE ® 평가 소프트웨어 버전 3.2)을 이용하여 계산된다. 평형 해리 상수 (Kd)는 비율 k오프/k온으로서 계산된다. 참조: 예를 들면, Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999). 온 레이트가 상기 표면 플라스몬 공명 검정에 의해 106 M-1 s-1를 초과하면, 온 레이트는 분광계, 예컨대 정지-유동 구비된 분광광도계 (Aviv Instruments) 또는 교반 큐벳이 달린 8000-시리즈 SLM-AMINCO TM 분광광도계 (ThermoSpectronic)에서 계측될 때 증가하는 농도의 항원의 존재에서 PBS, pH 7.2에서, 20 nM 항-항원 항체 (Fab 형태)의 25℃에서 형광 방출 강도 (여기 = 295 nm; 방출 = 340 nm, 16 nm 대역)의 증가 또는 감소를 계측하는 형광 퀀칭 기술을 이용함으로써 결정될 수 있다.
키메라, 인간화 및 인간 항체
일정한 구체예에서, 본원에서 제공된 항체는 키메라 항체이다. 일정한 키메라 항체는 예를 들면, U.S. 특허 번호 4,816,567; 및 Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))에서 설명된다. 한 가지 실례에서, 키메라 항체는 비인간 가변 영역 (예를 들면, 생쥐, 쥐, 햄스터, 토끼, 또는 비인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 실례에서, 키메라 항체는 "부류 전환된" 항체인데, 여기서 부류 또는 하위부류가 부모 항체의 것으로부터 변화되었다. 키메라 항체는 이들의 항원 결합 단편을 포함한다.
일정한 구체예에서, 키메라 항체는 인간화 항체이다. 전형적으로, 비인간 항체는 부모 비인간 항체의 특이성 및 친화성을 유지하면서, 인간에 대한 면역원성을 감소시키기 위해 인간화된다. 일반적으로, 인간화 항체는 HVR, 예를 들면, CDR (또는 이들의 부분)이 비인간 항체로부터 유래되고, 그리고 FR (또는 이들의 부분)이 인간 항체 서열로부터 유래되는 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 임의적으로, 인간 불변 영역의 적어도 일부를 또한 포함할 것이다. 일부 구체예에서, 인간화 항체에서 일부 FR 잔기는 예를 들면, 항체 특이성 또는 친화성을 복원하거나 또는 향상시키기 위해, 비인간 항체 (예를 들면, HVR 잔기가 유래되는 항체)로부터 상응하는 잔기로 치환된다.
인간화 항체 및 이들을 만드는 방법은 예를 들면, Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)에서 검토되고, 그리고 예를 들면, Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989); US 특허 번호 5, 821,337, 7,527,791, 6,982,321 및 7,087,409; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) (SDR (a-CDR) 합체를 설명); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) ("표면치환"을 설명); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) ("FR 셔플링"을 설명); 그리고 Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) (FR 셔플링에 대한 "보도된 선택" 접근법을 설명)에서 더욱 설명된다.
인간화에 이용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 다음을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다: "최고 적합" 방법을 이용하여 선택된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위군의 인간 항체의 공통 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)); 인간 성숙 (체성으로 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)); 그리고 선별검사 FR 라이브러리로부터 유래된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 및 Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)).
일정한 구체예에서, 본원에서 제공된 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 당해 분야에서 공지된 다양한 기술을 이용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)에서 전반적으로 설명된다.
인간 항체는 항원 공격에 대한 응답으로 무손상 인간 항체 또는 인간 가변 영역을 포함하는 무손상 항체를 생산하도록 변형된 유전자도입 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이런 동물은 전형적으로, 내인성 면역글로불린 좌위를 대체하거나, 또는 염색체외로 존재하거나 또는 동물의 염색체 내로 무작위로 통합되는 인간 면역글로불린 좌위 중에서 전부 또는 일부를 내포한다. 이런 유전자도입 생쥐에서, 내인성 면역글로불린 좌위는 일반적으로 비활성화된다. 유전자도입 동물로부터 인간 항체를 획득하기 위한 방법에 관한 검토를 위해, Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)를 참조한다. 또한, 예를 들면, XENOMOUSETM 기술을 설명하는 U.S. 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584; HuMab® 기술을 설명하는 U.S. 특허 번호 5,770,429; K-M MOUSE® 기술을 설명하는 U.S. 특허 번호 7,041,870, 그리고 VelociMouse® 기술을 설명하는 U.S. 특허 출원 공개 번호 US 2007/0061900을 참조한다. 이런 동물에 의해 산출된 무손상 항체로부터 인간 가변 영역은 예를 들면, 상이한 인간 불변 영역과 조합함으로써 더욱 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한, 하이브리도마-기초된 방법에 의해 만들어질 수 있다. 인간 단일클론 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 생쥐-인간 헤테로골수종 세포주가 설명되었다. (참조: 예를 들면, Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991).) 인간 B-세포 하이브리도마 기법을 통해 산출된 인간 항체 역시 Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)에서 설명된다. 추가 방법은 예를 들면, U.S. 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단일클론 인간 IgM 항체의 생산을 설명) 및 Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) (인간-인간 하이브리도마를 설명)에서 설명된 것들을 포함한다. 인간 하이브리도마 기법 (트리오마 기술) 역시 Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)에서 설명된다.
인간 항체는 또한, 인간-유래된 파지 전시 라이브러리에서 선택되는 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리함으로써 산출될 수 있다. 이런 가변 도메인 서열은 이후, 원하는 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하기 위한 기술은 아래에 설명된다.
항체 단편
항체 단편은 전통적인 수단, 예컨대 효소적 소화에 의해, 또는 재조합 기술에 의해 산출될 수 있다. 일정한 환경에서는 전체 항체보다 항체 단편을 이용하는 것이 이점이 있다. 단편의 더 작은 크기는 신속한 청소를 허용하고, 그리고 고형 종양에 대한 향상된 접근을 야기할 수 있다. 일정한 항체 단편에 관한 검토를 위해, Hudson et al. (2003) Nat. Med. 9:129-134를 참조한다.
항체 단편의 생산을 위한 다양한 기술이 개발되었다. 전통적으로, 이들 단편은 무손상 항체의 단백질분해성 소화를 통해 도출되었다 (예를 들면, Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992); 및 Brennan et al., Science, 229:81 (1985)을 참조한다). 하지만, 이들 단편은 현재, 재조합 숙주 세포에 의해 직접적으로 생산될 수 있다. Fab, Fv 및 scFv 항체 단편은 모두 대장균 (E. coli)에서 발현되고 이들로부터 분비될 수 있고, 따라서 이들 단편의 손쉬운 대량 생산을 허용한다. 항체 단편은 상기 논의된 항체 파지 라이브러리로부터 단리될 수 있다. 대안으로, Fab'-SH 단편은 대장균 (E. coli)으로부터 직접적으로 회수되고 화학적으로 연계되어 F(ab')2 단편을 형성할 수 있다 (Carter et al., Bio/Technology 10:163-167 (1992)). 다른 접근법에 따라서, F(ab')2 단편은 재조합 숙주 세포 배양액으로부터 직접적으로 단리될 수 있다. 구제 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하는, 생체내에서 증가된 반감기를 갖는 Fab와 F(ab')2 단편은 U.S. 특허 번호 5,869,046에서 설명된다. 항체 단편의 생산을 위한 다른 기술은 당업자에게 명백할 것이다. 일정한 구체예에서, 항체는 단일 사슬 Fv 단편 (scFv)이다. 참조: WO 93/16185; U.S. 특허 번호 5,571,894; 및 5,587,458. Fv 및 scFv는 불변 영역을 결여하는 무손상 조합 부위를 갖는 유일한 종류들이다; 따라서, 이들은 생체내 이용 동안 감소된 비특이적 결합에 적합할 수 있다. scFv 융합 단백질은 scFv의 아미노 또는 카르복시 말단 중 어느 한 가지에서 효과기 단백질의 융합을 산출하기 위해 작제될 수 있다. 참조: Antibody Engineering, ed. Borrebaeck, 위와 같음. 항체 단편은 또한, 예를 들면, U.S. 특허 번호 5,641,870에서 설명된 바와 같은 "선형 항체"일 수 있다. 이런 선형 항체는 단일특이적 또는 이중특이적일 수 있다.
단일 도메인 항체
일부 구체예에서, 본원 발명의 항체는 단일 도메인 항체이다. 단일 도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인 중에서 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인 중에서 전부 또는 일부를 포함하는 단일 폴리펩티드 사슬이다. 일정한 구체예에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다 (Domantis, Inc., Waltham, Mass.; 예를 들면, U.S. 특허 번호 6,248,516 B1을 참조한다). 한 구체예에서, 단일 도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인 중에서 전부 또는 일부로 구성된다.
항체 변이체
일부 구체예에서, 본원에서 설명된 항체의 아미노산 서열 변형(들)이 예기된다. 예를 들면, 항체의 결합 친화성 및/또는 다른 생물학적 특성을 향상시키는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 상기 항체를 인코딩하는 뉴클레오티드 서열 내로 적절한 변화를 도입함으로써, 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이런 변형은 예를 들면, 항체의 아미노산 서열로부터 결실 및/또는 이들 서열 내로 삽입 및/또는 이들 서열 내에 잔기의 치환을 포함한다. 최종 작제물이 원하는 특징을 소유한다면, 최종 작제물에 도달하기 위해 결실, 삽입 및 치환의 임의의 조합이 만들어질 수 있다. 아미노산 변경은 서열이 만들어지는 시점에 요지 항체 아미노산 서열에서 도입될 수 있다.
치환, 삽입 및 결실 변이체
일정한 구체예에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환적 돌연변이유발을 위한 관심되는 부위는 HVR 및 FR을 포함한다. 보존성 치환은 표 2 에서 도시된다. 더 실제적인 변화는 아미노산 측쇄 부류에 관하여 아래에서 설명된다. 아미노산 치환은 관심되는 항체 내로 도입될 수 있고, 그리고 산물은 원하는 활성, 예를 들면, 유지된/향상된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 향상된 ADCC 또는 CDC에 대해 선별검사될 수 있다.
표 2. 보존성 치환.
본래 잔기 예시적인 치환 바람직한 치환
Ala (A) Val; Leu; Ile Val
Arg (R) Lys; Gln; Asn Lys
Asn (N) Gln; His; Asp, Lys; Arg Gln
Asp (D) Glu; Asn Glu
Cys (C) Ser; Ala Ser
Gln (Q) Asn; Glu Asn
Glu (E) Asp; Gln Asp
Gly (G) Ala Ala
His (H) Asn; Gln; Lys; Arg Arg
Ile (I) Leu; Val; Met; Ala; Phe; 노르류신 Leu
Leu (L) 노르류신; Ile; Val; Met; Ala; Phe Ile
Lys (K) Arg; Gln; Asn Arg
Met (M) Leu; Phe; Ile Leu
Phe (F) Trp; Leu; Val; Ile; Ala; Tyr Tyr
Pro (P) Ala Ala
Ser (S) Thr Thr
Thr (T) Val; Ser Ser
Trp (W) Tyr; Phe Tyr
Tyr (Y) Trp; Phe; Thr; Ser Phe
Val (V) Ile; Leu; Met; Phe; Ala; 노르류신 Leu
아미노산은 공통 측쇄 특성에 따라 군화될 수 있다:
a. 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
b. 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
c. 산성: Asp, Glu;
d. 염기성: His, Lys, Arg;
e. 사슬 배향정위에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
f. 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존성 치환은 이들 부류 중에서 한 가지의 구성원을 다른 부류로 교체하는 것을 수반할 것이다.
치환 변이체의 한 가지 유형은 부모 항체의 하나 이상의 초가변 영역 잔기를 치환하는 것을 수반한다 (예를 들면, 인간화 또는 인간 항체). 일반적으로, 추가 연구를 위해 선택되는 결과의 변이체(들)는 부모 항체에 비하여 일정한 생물학적 특성에서 변형 (예를 들면, 향상) (예를 들면, 증가된 친화성, 감소된 면역원성)을 가질 것이고 및/또는 부모 항체의 실제적으로 유지된 일정한 생물학적 특성을 가질 것이다. 예시적인 치환 변이체는 친화성 성숙된 항체인데, 이것은 예를 들면, 파지 전시-기초된 친화성 성숙 기술, 예컨대 본원에서 설명된 것들을 이용하여 편의하게 산출될 수 있다. 간단히 말하면, 하나 이상의 HVR 잔기가 돌연변이되고, 그리고 변이체 항체가 파지에서 전시되고 특정 생물학적 활성 (예를 들면, 결합 친화성)에 대해 선별검사된다.
예를 들면, 항체 친화성을 향상시키기 위해 HVR에서 변경 (예를 들면, 치환)이 만들어질 수 있다. 이런 변경은 HVR "핫스팟", 다시 말하면, 체성 성숙 과정 동안 높은 빈도로 돌연변이를 겪는 코돈에 의해 인코딩된 잔기 (참조: 예를 들면, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)) 및/또는 SDR (a-CDR)에서 만들어질 수 있고, 결과의 변이체 VH 또는 VL은 결합 친화성에 대해 검사된다. 이차 라이브러리를 구축하고 이들로부터 재선별함에 의한 친화성 성숙은 예를 들면, Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001).)에서 설명되었다. 친화성 성숙의 일부 구체예에서, 다양성이 임의의 다양한 방법 (예를 들면, 오류 가능성 PCR, 사슬 셔플링, 또는 올리고뉴클레오티드-유도 돌연변이)에 의해, 성숙을 위해 선택된 가변적 유전자 내로 도입된다. 이차 라이브러리가 이후 창출된다. 상기 라이브러리는 이후, 원하는 친화성을 갖는 임의의 항체 변이체를 확인하기 위해 선별검사된다. 다양성을 도입하기 위한 다른 방법은 HVR-지향된 접근법을 수반하는데, 여기서 여러 HVR 잔기 (예를 들면, 한 번에 4-6개 잔기)가 무작위화된다. 항원 결합에 관련된 HVR 잔기는 예를 들면, 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모형화를 이용하여 특이적으로 확인될 수 있다. 특히, CDR-H3 및 CDR-L3이 종종 표적화된다.
일정한 구체예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 이런 변경이 항원에 결합하는 항체의 능력을 실제적으로 감소시키지 않으면, 하나 이상의 HVR 내에서 일어날 수 있다. 예를 들면, 결합 친화성을 실제적으로 감소시키지 않는 보존성 변경 (예를 들면, 본원에서 제시된 바와 같은 보존성 치환)이 HVR에서 만들어질 수 있다. 이런 변경은 HVR "핫스팟" 또는 SDR의 외측일 수 있다. 앞서 제공된 변이체 VH와 VL 서열의 일정한 구체예에서, 각 HVR은 변경되지 않거나, 또는 단지 1개, 2개 또는 3개의 아미노산 치환을 내포한다.
돌연변이유발을 위해 표적화될 수 있는 항체의 잔기 또는 영역의 확인을 위한 유용한 방법은 Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085에 의해 설명된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"로 불린다. 이러한 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기의 군 (예를 들면, 하전된 잔기, 예컨대 arg, asp, his, lys 및 glu)이 확인되고, 그리고 항체의 항원과의 상호작용이 영향을 받는지를 결정하기 위해 중성 또는 음성으로 하전된 아미노산 (예를 들면, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 대체된다. 추가 치환은 초기 치환에 기능적 감수성을 나타내는 아미노산 위치에서 도입될 수 있다. 대안으로 또는 부가적으로, 항체 및 항원 사이의 접촉 포인트를 확인하기 위한 항원 항체 복합체의 결정 구조. 이런 접촉 잔기 및 인접한 잔기는 치환을 위한 후보로서 표적화되거나 또는 제거될 수 있다. 변이체는 그들이 원하는 특성을 내포하는지를 결정하기 위해 선별검사될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 1개 잔기로부터 100개 또는 그 이상의 잔기를 내포하는 폴리펩티드까지의 길이 범위에서 변하는 아미노 및/또는 카르복실 말단 융합뿐만 아니라 단일 또는 복수 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 실례는 N 말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 효소 (예를 들면, ADEPT의 경우) 또는 폴리펩티드에 대한 항체의 N 또는 C 말단에 융합을 포함한다.
글리코실화 변이체
일정한 구체예에서, 본원에서 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도가 증가하거나 또는 감소하도록 변형된다. 항체에 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 창출되거나 또는 제거되도록 아미노산 서열을 변형함으로써 편의하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우에, 거기에 부착된 탄수화물은 변형될 수 있다. 포유류 세포에 의해 생산된 선천적 항체는 전형적으로, Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 N-연쇄에 의해 일반적으로 부착되는 분지된, 바이안테나리 올리고당류를 포함한다. 참조: 예를 들면, Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997). 올리고당류는 다양한 탄수화물, 예를 들면, 만노오스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토오스 및 시알산뿐만 아니라 바이안테나리 올리고당류 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코오스를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 본원 발명의 항체에서 올리고당류의 변형은 일정한 향상된 특성을 갖는 항체 변이체를 창출하기 위해 만들어질 수 있다.
한 구체예에서, ADCC 기능을 향상시킬 수 있는, Fc 영역에 부착된 탄수화물 구조가 감소된 푸코오스를 갖거나 또는 푸코오스를 결여하는 Fc 영역을 포함하는 항체 변이체가 제공된다. 구체적으로, 야생형 CHO 세포에서 생산된 동일한 항체 상에서 푸코오스의 양에 비하여 감소된 푸코오스를 갖는 항체가 본원에서 예기된다. 다시 말하면, 이들은 만약 그들이 선천적 CHO 세포 (예를 들면, 선천적 글리코실화 패턴을 산출하는 CHO 세포, 예컨대, 선천적 FUT8 유전자를 내포하는 CHO 세포)에 의해 생산되면 가졌을 양보다 더 적은 양의 푸코오스를 갖는 것에 의해 특징화된다. 일정한 구체예에서, 상기 항체는 그 위에서 N-연결된 글리칸 중에서 약 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 또는 5% 이하가 푸코오스를 포함하는 것이다. 예를 들면, 이런 항체에서 푸코오스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 일정한 구체예에서, 상기 항체는 그 위에서 N-연결된 글리칸 중 어느 것도 푸코오스를 포함하지 않는 것이다, 다시 말하면, 상기 항체는 푸코오스가 완전히 없거나, 또는 푸코오스를 갖지 않거나 또는 비푸코실화된다. 푸코오스의 양은 예를 들면, WO 2008/077546에서 설명된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분광분석법에 의해 계측될 때, Asn 297에 부착된 모든 당구조의 총합 (예를 들면, 복합체, 하이브리드 및 높은 만노오스 구조)에 비하여, Asn297에서 당 사슬 내에 푸코오스의 평균량을 계산함으로써 결정된다. Asn297은 Fc 영역 내에 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에서 위치된 아스파라긴 잔기를 지칭한다; 하지만, Asn297은 또한, 항체에서 경미한 서열 변이로 인해, 위치 297의 대략 ± 3개 아미노산 상류 또는 하류에, 다시 말하면, 위치 294 및 300 사이에 위치될 수 있다. 이런 푸코실화 변이체는 향상된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 참조: 예를 들면, US 특허 공개 번호 US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd). "탈푸코실화된" 또는 "푸코오스-결함성" 항체 변이체에 관련된 간행물의 실례는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈푸코실화된 항체를 생산할 수 있는 세포주의 실례는 단백질 푸코실화에서 결함성인 Lec13 CHO 세포 (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); US 특허 출원 번호 US 2003/0157108 A1, Presta, L; 및 WO 2004/056312 A1, Adams et al., 특히 실시예 11), 그리고 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전달효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (참조: 예를 들면, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 및 WO2003/085107)를 포함한다.
항체 변이체는 양분된 올리고당류가 더욱 제공되는데, 예를 들면, 여기서 항체의 Fc 영역에 부착된 바이안테나리 올리고당류는 GlcNAc에 의해 양분된다. 이런 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 향상된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 이런 항체 변이체의 실례는 예를 들면, WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); US 특허 번호 6,602,684 (Umana et al.); US 2005/0123546 (Umana et al.), 그리고 Ferrara et al., Biotechnology and Bioengineering, 93(5): 851-861 (2006)에서 설명된다. 올리고당류 내에 적어도 하나의 갈락토오스 잔기가 Fc 영역에 부착되는 항체 변이체 역시 제공된다. 이런 항체 변이체는 향상된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이런 항체 변이체는 예를 들면, WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S.); 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에서 설명된다.
일정한 구체예에서, 본원에서 설명된 Fc 영역을 포함하는 항체 변이체는 FcγRIII에 결합할 수 있다. 일정한 구체예에서, 본원에서 설명된 Fc 영역을 포함하는 항체 변이체는 인간 야생형 IgG1Fc 영역을 포함하는, 다른 모든 면에서 동일한 항체와 비교하여, 인간 효과기 세포의 존재에서 ADCC 활성을 갖거나 또는 인간 효과기 세포의 존재에서 증가된 ADCC 활성을 갖는다.
Fc 영역 변이체
일정한 구체예에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에서 제공된 항체의 Fc 영역 내로 도입되어, Fc 영역 변이체가 산출될 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (예를 들면, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들면, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
일정한 구체예에서, 본원 발명은 전부는 아니지만 일부 효과기 기능을 소유하는 항체 변이체를 예기하는데, 이들 기능으로 인해 이것은 생체내에서 항체의 반감기가 중요하고, 반면 일정한 효과기 기능 (예를 들면, 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 또는 유해한 적용을 위한 바람직한 후보가 된다. CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확증하기 위해 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정이 수행될 수 있다. 예를 들면, 항체가 FcγR 결합을 결여 (따라서, ADCC 활성을 아마도 결여)하지만, FcRn 결합 능력을 유지하도록 담보하기 위해, Fc 수용체 (FcR) 결합 검정이 수행될 수 있다. ADCC를 매개하기 위한 일차 세포인 NK 세포는 Fc(RIII만을 발현하고, 반면 단핵구는 Fc(RI, Fc(RII 및 Fc(RIII을 발현한다. 조혈 세포 상에서 FcR 발현은 Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)의 464 페이지의 표 3에서 요약된다. 관심되는 분자의 ADCC 활성을 사정하기 위한 시험관내 검정의 무제한적 실례는 U.S. 특허 번호 5,500,362 (예를 들면, Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)을 참조한다) 및 Hellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985); 5,821,337 (Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)을 참조한다)에서 설명된다. 대안으로, 비방사성 검정 방법이 이용될 수 있다 (예를 들면, 유세포분석법의 경우에 ACTI™ 비방사성 세포독성 검정 (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA; 및 CytoTox 96® 비방사성 세포독성 검정 (Promega, Madison, WI)을 참조한다. 이런 검정을 위한 유용한 효과기 세포는 말초혈 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 킬러 (NK) 세포를 포함한다. 대안으로 또는 부가적으로, 관심되는 분자의 ADCC 활성은 생체내에서, 예를 들면, 동물 모형, 예컨대 Clynes et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)에서 개시된 것에서 사정될 수 있다. 항체가 C1q에 결합할 수 없고, 따라서 CDC 활성을 결여한다는 것을 확증하기 위해, C1q 결합 검정 또한 실행될 수 있다. 참조: 예를 들면, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402에서 C1q와 C3c 결합 ELISA. 보체 활성화를 사정하기 위해, CDC 검정이 수행될 수 있다 (참조: 예를 들면, Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003); 및 Cragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)). FcRn 결합 및 생체내 소실/반감기 결정이 또한, 당해 분야에서 공지된 방법을 이용하여 수행될 수 있다 (참조: 예를 들면, Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)).
감소된 효과기 기능을 갖는 항체는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중에서 하나 이상의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (U.S. 특허 번호 6,737,056). 이런 Fc 돌연변이체는 잔기 265 및 297의 알라닌으로의 치환을 갖는 이른바 "DANA" Fc 돌연변이체를 비롯하여, 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 두 개 또는 그 이상에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (US 특허 번호 7,332,581).
FcR에 향상된 또는 축소된 결합을 갖는 일정한 항체 변이체가 설명된다. (참조: 예를 들면, U.S. 특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 그리고 Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001).)
일정한 구체예에서, 항체 변이체는 ADCC를 향상시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면 Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 예시적인 구체예에서, Fc 영역에서 하기의 아미노산 치환: S298A, E333A 및 K334A을 포함하는 항체.
일부 구체예에서, 예를 들면, US 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642 및 Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)에서 설명된 바와 같이, 변경된 (다시 말하면, 향상된 또는 축소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 유발하는, Fc 영역에서 변경이 만들어진다.
증가된 반감기, 그리고 태아에 모계 IgGs의 전달을 책임지는 신생아 Fc 수용체 (FcRn)에 향상된 결합을 갖는 항체 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))는 US2005/0014934A1 (Hinton et al.))에서 설명된다. 이들 항체는 FcRn에 Fc 영역의 결합을 향상시키는, 그 안에 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이런 Fc 변이체는 다음의 Fc 영역 잔기: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 하나 이상에서 치환, 예를 들면, Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (US 특허 번호 7,371,826). Fc 영역 변이체의 다른 실례와 관련하여, Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); U.S. 특허 번호 5,648,260; U.S. 특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351을 또한 참조한다.
VI. 제약학적 조성물과 제제
본원에서 설명된 방법에 따라서, 예를 들면, 암의 치료를 위한, 또는 네오에피토프-특이적 면역 반응을 유도하기 위한 제약학적 조성물과 제제 역시 본원에서 제공된다. 일부 구체예에서, 제약학적 조성물과 제제는 제약학적으로 허용되는 운반체를 더 포함한다.
관심되는 항체의 제조 후 (예를 들면, 본원에서 개시된 바와 같이 조제될 수 있는 항체를 생산하기 위한 기술은 본원에서 상술되고 당해 분야에서 공지된다), 이것을 포함하는 제약학적 제제가 제조된다. 일정한 구체예에서, 조제되는 항체는 사전 동결 건조가 실행되지 않았고, 그리고 본원에서 관심되는 제제는 수성 제제이다. 일정한 구체예에서, 항체는 전장 항체이다. 한 구체예에서, 제제에서 항체는 항체 단편, 예컨대 F(ab')2이고, 이러한 사례에서 전장 항체에 대해 발생할 수 없는 문제 (예컨대, Fab에 대한 상기 항체의 클리핑)가 다뤄질 필요가 있을 수 있다. 제제 내 존재하는 항체의 치료 효과량은 예를 들면, 투여의 원하는 용량 용적 및 양식(들)을 고려함으로써 결정된다. 약 25 mg/mL 내지 약 150 mg/mL, 또는 약 30 mg/mL 내지 약 140 mg/mL, 또는 약 35 mg/mL 내지 약 130 mg/mL, 또는 약 40 mg/mL 내지 약 120 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 130 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 125 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 120 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 110 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 100 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 90 mg/mL, 또는 약 50 mg/mL 내지 약 80 mg/mL, 또는 약 54 mg/mL 내지 약 66 mg/mL이 제제에서 예시적인 항체 농도이다. 일부 구체예에서, 본원에서 설명된 항-PD-L1 항체 (예컨대 아테졸리주맙)는 약 1200mg의 용량으로 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 설명된 항-PD1 항체 (예컨대 펨블로리주맙)는 약 200mg의 용량으로 투여된다. 일부 구체예에서, 본원에서 설명된 항-PD1 항체 (예컨대 니볼루맙)는 약 240mg (예를 들면, 2 주마다) 또는 480mg (예를 들면, 4 주마다)의 용량으로 투여된다.
일부 구체예에서, 본원에서 설명된 RNA 백신은 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 투여된다.
본원에서 설명된 바와 같은 제약학적 조성물과 제제는 동결 건조된 제제 또는 수성 용액의 형태에서, 원하는 정도의 순도를 갖는 활성 성분 (예컨대 항체 또는 폴리펩티드)를 하나 이상의 임의적 제약학적으로 허용되는 운반체 (Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980))와 혼합함으로써 제조될 수 있다. 제약학적으로 허용되는 운반체는 일반적으로, 이용된 용량과 농도에서 수용자에게 비독성이고, 그리고 다음을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다: 완충액, 예컨대 인산염, 구연산염, 그리고 다른 유기 산; 아스코르빈산 및 메티오닌을 비롯한 항산화제; 보존제 (예컨대 옥타데실디메틸벤질 염화암모늄; 염화헥사메토늄; 염화벤잘코늄; 염화벤제토늄; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤, 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레소르시놀; 시클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량 (약 10개 이하의 잔기) 폴리펩티드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린; 친수성 중합체, 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신; 글루코오스, 만노오스 또는 덱스트린을 비롯한 단당류, 이당류 및 다른 탄수화물; 킬레이트화제, 예컨대 EDTA; 당, 예컨대 수크로오스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염-형성 반대 이온, 예컨대 나트륨; 금속 착물 (예를 들면, Zn-단백질 복합체); 및/또는 비이온성 계면활성제, 예컨대 폴리에틸렌 글리콜 (PEG). 본원에서 예시적인 제약학적으로 허용되는 운반체는 틈새 약물 분산 작용제, 예컨대 가용성 중성 활성 히알루론산분해효소 당단백질 (sHASEGP), 예를 들면, 인간 가용성 PH-20 히알루론산분해효소 당단백질, 예컨대 rHuPH20 (HYLENEX®, Baxter International, Inc.)을 더 포함한다. rHuPH20을 포함하는 일정한 예시적인 sHASEGP 및 이용 방법은 US 특허 공개 번호 2005/0260186 및 2006/0104968에서 설명된다. 한 양상에서, sHASEGP는 한 가지 또는 그 이상의 추가 글리코사미노글리카나아제, 예컨대 콘드로이티나아제와 조합된다.
예시적인 동결 건조된 항체 제제는 US 특허 번호 6,267,958에서 설명된다. 수성 항체 제제는 US 특허 번호 6,171,586 및 WO2006/044908에서 설명된 것들을 포함하는데, 후자 제제는 히스티딘-아세트산염 완충액을 포함한다.
본원에서 조성물과 제제는 또한, 치료되는 특정 징후에 대해 필요에 따라 한 가지 이상의 활성 화합물, 바람직하게는 서로에 부정적으로 영향을 주지 않는 상보성 활성을 갖는 것들을 내포할 수 있다. 이런 활성 성분은 적절하게는, 의도된 목적에 효과적인 양에서 조합으로 존재한다.
활성 성분은 예를 들면, 액적형성 기술에 의해 또는 계면 중합화에 의해 제조된 마이크로캡슐, 예를 들면 각각, 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들면, 리포솜, 알부민 마이크로스피어, 마이크로유제, 나노입자 및 나노캡슐)에서 또는 마크로유제에서 히드록시메틸셀룰로오스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타크릴레이트) 마이크로캡슐 내에 포획될 수 있다. 이런 기술은 Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)에서 개시된다.
지속된 방출 제조물이 제조될 수 있다. 지속된 방출 제조물의 적합한 실례는 항체를 내포하는 고체 소수성 중합체의 반투성 매트릭스를 포함하는데, 이들 매트릭스는 성형된 물품, 예를 들면, 필름 또는 마이크로캡슐의 형태이다. 생체내 투여에 이용되는 제제는 일반적으로 무균이다. 무균은 예를 들면, 무균 여과 막을 통한 여과에 의해 쉽게 달성될 수 있다.
아테졸리주맙 및 펨블로리주맙의 제약학적 제제는 상업적으로 가용하다. 예를 들면, 아테졸리주맙은 상품명 (본원의 다른 곳에서 설명된 바와 같이) TECENTRIQ®로 알려져 있다. 펨블로리주맙은 상품명 (본원의 다른 곳에서 설명된 바와 같이) KEYTRUDA®로 알려져 있다. 일부 구체예에서, 아테졸리주맙 및 RNA 백신, 또는 펨블로리주맙 및 RNA 백신은 별개의 용기에서 제공된다. 일부 구체예에서, 아테졸리주맙 및 펨블로리주맙은 상업적으로 가용한 산물에서 가용한 처방 정보에서 설명된 바와 같이, 개체에게 투여용으로 이용되고 및/또는 제조된다.
VII. 치료 방법
개체에서 암을 치료하거나 또는 암의 진행을 지연시키기 위한 방법 (예를 들면, 본원에서 제공된 방법에 따라서 네오에피토프-특이적 면역 반응을 유도함으로써)이 본원에서 제공되는데, 이들 방법은 단일 작용제로서 또는 PD-1 축 결합 길항제와 병용으로 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구체예에서, 개체는 인간이다.
본원 발명의 임의의 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 본원에서 설명된 치료 방법에서 용도를 발견할 수 있다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 10-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암 특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 5-20개의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜 내 조제된다. 일부 구체예에서, RNA에 대한 리포플렉스 나노입자 제제 (RNA-리포플렉스)는 본원 발명의 RNA 백신의 IV 전달을 가능하게 하는 데 이용된다. 일부 구체예에서, PCV는 예를 들면, 15 ㎍, 25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 또는 100 ㎍의 용량으로, 리포솜 제제에서 정맥내 투여된다. 일부 구체예에서, 15 ㎍, 25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 또는 100 ㎍의 RNA가 투약마다 전달된다 (다시 말하면, 용량 중량은 투여된 제제 또는 리포플렉스의 총 중량이 아닌, 투여된 RNA의 중량을 반영한다). 하나 이상의 PCV가 개체에게 투여될 수 있다, 예를 들면, 네오에피토프의 조합을 갖는 하나의 PCV가 개체에게 투여되고, 그리고 또한 네오에피토프의 상이한 조합을 갖는 별개의 PCV가 투여된다. 일부 구체예에서, 10개의 네오에피토프를 갖는 첫 번째 PCV가 10개의 대안적 에피토프를 갖는 두 번째 PCV와 병용으로 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 펨블로리주맙을 제한 없이 포함하는 항-PD-1 항체이다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙을 제한 없이 포함하는 항-PD-L1 항체이다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 예를 들면, 약 200 mg의 용량으로 개체에게 투여되는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 펨블로리주맙)이다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 예를 들면, 약 350 mg의 용량으로 개체에게 투여되는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 세미플리맙-rwlc)이다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 예를 들면, 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되는 항-PD-L1 항체 (예를 들면, 아테졸리주맙)이다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 14 일 또는 28 일의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 2 주 또는 4 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 14 일, 2 주, 28 일, 또는 4 주의 간격을 두고, 예를 들면, 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 약 240 mg의 용량으로, 또는 28 일 또는 4 주의 간격을 두고 약 480 mg의 용량으로 개체에게 투여되는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 니볼루맙)이다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고, 예를 들면, 임의적으로 항-CTLA-4 항체 (예를 들면, 이필리무맙)와 병용으로 1, 2, 3, 또는 4회 투약을 위해 약 1mg/kg의 용량으로 개체에게 투여되는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 니볼루맙), 그리고 임의적으로 그 이후에, 14 일, 2 주, 28 일, 또는 4 주의 간격을 두고, 예를 들면, 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 약 240 mg의 용량으로, 또는 28 일 또는 4 주의 간격을 두고 약 480 mg의 용량으로 단독으로 투여되는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 니볼루맙)이다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 14 일 또는 2 주의 간격을 두고, 예를 들면 약 10 mg/kg의 용량으로 개체에게 투여되는 (임의적으로 60 분에 걸쳐 정맥내 주입에 의해) 항-PD-L1 항체 (예를 들면, 더발루맙)이다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 14 일 또는 2 주의 간격을 두고, 예를 들면 약 10 mg/kg의 용량으로 개체에게 투여되는 (임의적으로 60 분에 걸쳐 정맥내 주입에 의해) 항-PD-L1 항체 (예를 들면, 아벨루맙)이다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8번의 21-일 주기로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 1-8차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고, 그리고 PD-1 축 결합 길항제는 1-8차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8차 주기 후 개체에게 더욱 투여된다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 17번의 추가 21-일 주기로 개체에게 더욱 투여되고, 여기서 PD-1 축 결합 길항제는 13-29차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고 및/또는 여기서 RNA 백신은 13, 21 및 29차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다.
일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 PD-1 축 결합 길항제는 펨블로리주맙이고 1-8차 주기의 1일 자에 약 200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 약 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 PD-L1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고 1-8차 주기의 1일 자에 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 약 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 2차 주기의 1일 자에 약 25 ㎍, 2차 주기의 8일 자에 약 25 ㎍, 2차 주기의 15일 자에 약 25 ㎍, 그리고 3-7차 주기 각각의 1일 자에 약 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다 (다시 말하면, 총 약 75 ㎍의 백신이 2차 주기 동안 3회 투약에 걸쳐 개체에게 투여된다). 일부 구체예에서, RNA 백신이 투여되는 일차 주기 동안 총 약 75 ㎍의 백신이 3회 투약에 걸쳐 개체에게 투여된다.
일정한 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 PD-1 축 결합 길항제는 펨블로리주맙이고 1-8차 주기의 1일 자에 200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, PD-L1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 8번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 PD-L1 축 결합 길항제는 아테졸리주맙이고 1-8차 주기의 1일 자에 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 2차 주기의 1, 8 및 15일 자, 그리고 3-7차 주기의 1일 자에 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 2차 주기의 1일 자에 25 ㎍, 2차 주기의 8일 자에 25 ㎍, 2차 주기의 15일 자에 25 ㎍, 그리고 3-7차 주기 각각의 1일 자에 25 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다 (다시 말하면, 총 75 ㎍의 백신이 2차 주기 동안 3회 투약에 걸쳐 개체에게 투여된다). 일부 구체예에서, RNA 백신이 투여되는 일차 주기 동안 총 75 ㎍의 백신이 3회 투약에 걸쳐 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 약 15 ㎍ 내지 약 100 ㎍ (예를 들면, 약 15 ㎍, 약 20 ㎍, 약 25 ㎍, 약 30 ㎍, 약 35 ㎍, 약 40 ㎍, 약 45 ㎍, 약 50 ㎍, 약 55 ㎍, 약 60 ㎍, 약 65 ㎍, 약 70 ㎍, 약 75 ㎍, 약 80 ㎍, 약 85 ㎍, 약 90 ㎍, 약 95 ㎍, 또는 약 100 ㎍)의 용량으로 개체에게 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 개체에게 정맥내 투여된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 7 일 또는 1 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 12 주 동안 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 24 주의 간격을 두고 개체에게 투여된다. 일정한 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 7 일 또는 14 일의 간격을 두고 개체에게 투여되고, 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 168 일의 간격을 두고 개체에게 투여된다.
일부 구체예에서, RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 4번의 21-일 주기로 개체에게 투여되고, 여기서 RNA 백신은 유도기 동안 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 4차 주기의 1일 자에 개체에게 투여되고; 그리고 여기서 RNA 백신은 유지기 동안 5차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 개체에게 투여된다.
PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 임의의 순서로 투여될 수 있다. 예를 들면, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 순차적으로 (상이한 시점에서) 또는 동시에 (동시에) 투여될 수 있다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 별개의 조성물 내에 있다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 동일한 조성물 내에 있다.
일부 구체예에서, 암은 흑색종, 비소세포 폐암, 방광암, 결장직장암, 삼중 음성 유방암, 신장암 및 두경부암으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구체예에서, 암은 국소 진행성 또는 전이성 흑색종, 비소세포 폐암, 방광암, 결장직장암, 삼중 음성 유방암, 신장암, 또는 두경부암이다. 일부 구체예에서, 암은 비소세포 폐암, 방광암, 결장직장암, 삼중 음성 유방암, 신장암 및 두경부암으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구체예에서, 암은 국소 진행성 또는 전이성 비소세포 폐암, 방광암, 결장직장암, 삼중 음성 유방암, 신장암, 또는 두경부암이다.
일부 구체예에서, 암은 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 피부 또는 점막 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 피부, 점막, 또는 말단 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 안구 또는 말단 흑색종이 아니다. 일부 구체예에서, 흑색종은 전이성 또는 절제 불가능한 국소 진행성 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 IV 기 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 IIIC 기 또는 IIID 기 흑색종이다. 일부 구체예에서, 흑색종은 절제 불가능한 또는 전이성 흑색종이다. 일부 구체예에서, 상기 방법은 흑색종의 보조 치료를 제공한다.
일부 구체예에서, 암 (예를 들면, 흑색종)은 이전에 치료되지 않는다. 일부 구체예에서, 암은 이전에 치료되지 않은 진행성 흑색종이다.
일부 구체예에서, 종양은 비소세포 폐 (NSCLC), 방광, 신장(renal), 두경부, 육종, 유방, 흑색종, 전립선, 난소, 위, 간, 또는 결장직장 종양이다. 일부 구체예에서, 유방 종양은 삼중 음성 유방 (TNBC) 종양이다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 1가지 이상의 암 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받았다. 일부 구체예에서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받지 않았다.
일부 구체예에서, 본원에서 설명된 임의의 방법에 따른 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신으로 치료에 앞서, 개체는 PD-1 축 결합 길항제-기반 단일요법을 이용한 치료, 예를 들면, RNA 백신의 부재에서 펨블로리주맙을 이용한 치료 후 진행되거나 또는 이러한 치료에 적절하게 반응하는 데 실패하였다.
PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 동일한 투여 루트에 의해 또는 상이한 투여 루트에 의해 투여될 수 있다. 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 정맥내, 근육내, 피하, 국소, 경구, 경피, 복막내, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 척수강내, 심실내, 또는 비내 투여된다. 일부 구체예에서, RNA 백신은 정맥내, 근육내, 피하, 국소, 경구, 경피, 복막내, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 척수강내, 심실내, 또는 비내 투여된다 (예를 들면, 리포플렉스 입자 또는 리포솜에서). 일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신은 정맥내 주입을 통해 투여된다. PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량이 질환의 예방 또는 치료를 위해 투여될 수 있다.
일부 구체예에서, 이들 방법은 추가 요법을 더 포함할 수 있다. 추가 요법은 방사선요법, 수술 (예를 들면, 덩이절제술 및 유방절제술), 화학요법, 유전자 요법, DNA 요법, 바이러스 요법, RNA 요법, 면역요법, 골수 이식, 나노요법, 단일클론 항체 요법, 또는 전술된 것들의 병용일 수 있다. 추가 요법은 보조 또는 신보조 요법의 형태일 수 있다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 소형 분자 효소 저해제 또는 항전이 작용제의 투여이다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 부작용 제한 작용제 (예를 들면, 치료의 부작용의 발생 및/또는 심각도를 줄이도록 의도된 작용제, 예컨대 항메스꺼움 작용제 등)의 투여이다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 방사선요법이다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 수술이다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 방사선요법 및 수술의 병용이다. 일부 구체예에서, 추가 요법은 감마선 조사이다.
VIII. 제조 물품 또는 키트
본원 발명의 RNA 백신을 포함하는 제조 물품 또는 키트가 본원에서 더욱 제공된다. PD-1 축 결합 길항제 (예컨대 아테졸리주맙 또는 펨블로리주맙)를 포함하는 제조 물품 또는 키트가 본원에서 더욱 제공된다. 일부 구체예에서, 제조 물품 또는 키트는 개체에서 암을 치료하거나 또는 암의 진행을 지연시키기 위한, 암을 앓는 개체의 면역 기능을 증강하기 위한, 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 T 세포를 유도하기 위한 및/또는 개체에서 네오에피토프-특이적 T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하기 위한 RNA 백신 및/또는 PD-1 축 결합 길항제 (예를 들면, RNA 백신과 함께)의 사용법을 포함하는 포장 삽입물을 더 포함한다. PD-1 축 결합 길항제 (예컨대 아테졸리주맙 또는 펨블로리주맙) 및 RNA 백신을 포함하는 제조 물품 또는 키트 역시 본원에서 제공된다.
일부 구체예에서, PD-1 축 결합 길항제는 및 RNA 백신은 동일한 용기 또는 별개의 용기 내에 있다. 적합한 용기는 예를 들면, 병, 바이알, 백 및 주사기를 포함한다. 용기는 다양한 재료, 예컨대 유리, 플라스틱 (예컨대, 폴리염화비닐 또는 폴리올레핀), 또는 금속 합금 (예컨대, 스테인리스강 또는 하스텔로이)으로부터 형성될 수 있다. 일부 구체예에서, 용기는 제제를 유지하고, 그리고 용기 상에 또는 이와 결부된 라벨은 사용법을 표시할 수 있다. 제조 물품 또는 키트는 다른 완충액, 희석제, 필터, 바늘, 주사기, 그리고 사용설명서를 포함하는 포장 삽입물을 비롯하여, 상업적 관점 및 이용자 관점으로부터 바람직한 다른 물질을 더 포함할 수도 있다. 일부 구체예에서, 제조 물품은 다른 작용제 (예를 들면, 화학요법제 및 항신생물제) 중에서 한 가지 또는 그 이상을 더 포함한다. 한 가지 또는 그 이상의 작용제에 대한 적합한 용기는 예를 들면, 병, 바이알, 백 및 주사기를 포함한다.
본 명세서는 당업자가 본원 발명을 실시할 수 있게 하는 데 충분한 것으로 고려된다. 본 명세서에서 도시되고 설명된 것들 이외에, 본원 발명의 다양한 변형이 상기 상세한 설명으로부터 당업자에게 명백할 것이고, 그리고 첨부된 청구항의 범위 안에 들어간다. 본원에서 인용된 모든 간행물, 특허 및 특허 출원은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
실시예
본원 발명은 하기 실시예를 참조하면 더 완전하게 이해될 것이다. 하지만, 이들은 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 본원에서 설명된 실시예와 구체예는 단지 예시적인 목적을 위한 것이고, 그리고 이에 비추어 다양한 변형 또는 변화가 당업자에게 제시되고 본원의 기술적 사상과 이해범위 및 첨부된 청구항의 범위 내에 포함되는 것으로 이해된다.
실시예 1: 국소 진행성 또는 전이성 종양을 앓는 환자에서 단일 작용제로서 및 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 연구
본 실시예는 단일 작용제로서 및 항-PD-L1 항체 아테졸리주맙과 병용으로 신항원 특이적 RNA 백신의 안전성, 내약성, 면역 반응 및 약물동력학을 평가하도록 설계된 임상 1a상/1b상 단계, 개방 표지, 다중심, 전역, 용량 증량 연구를 설명한다.
연구 목표
본 연구의 목표는 단일 작용제로서 및 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 안전성, 내약성, 면역 반응 및 약물동력학을 평가하는 것이다.
연구 설계
임상 1a상 단계
본 연구의 임상 1a상 단계 용량 증량 코호트에서, 환자는 21-일 주기로 단계적 확대 용량으로 정맥내 (IV) 주입에 의해 RNA 백신이 투여된다.
임상 1b상 단계
본 연구의 임상 1b상 단계는 용량 증량 코호트, 탐색 코호트, 확대 코호트, 그리고 연속 생검을 받는 확대 코호트를 포함한다.
본 연구의 임상 1b상 단계 용량 증량 코호트에서, 환자는 21-일 주기로 단계적 확대 용량으로 IV 주입에 의해 RNA 백신이 투여된다. 환자는 또한, 매 21-일 주기의 1일 자에 1200 mg 아테졸리주맙의 고정된 용량이 투여된다.
본 연구의 임상 1b상 단계 탐색 코호트에서, 암 면역요법 (CIT)으로 이전에 치료를 받은 비소세포 폐암 (NSCLC) 또는 흑색종을 앓는 환자는 21-일 주기로 IV 주입에 의해 최대 내성 용량 (MTD)보다 낮은 용량으로 RNA 백신이 투여된다. 환자는 또한, 매 21-일 주기의 1일 자에 1200 mg 아테졸리주맙의 고정된 용량이 투여된다.
본 연구의 임상 1b상 단계 확대 코호트에서, 아래의 연구 포함 기준에서 설명된 적응증을 앓는 환자는 21-일 주기로 IV 주입에 의해 MTD보다 낮은 복수의 용량 수준에서 RNA 백신이 투여된다. 환자는 또한, 매 21-일 주기의 1일 자에 1200 mg 아테졸리주맙의 고정된 용량이 투여된다.
본 연구의 연속 생검을 받는 임상 1b상 단계 확대 코호트에서, 아래의 연구 포함 기준에서 설명된 종양 유형을 앓는 CIT-미경험 환자는 21-일 주기로 IV 주입에 의해 MTD보다 낮은 복수의 용량 수준에서 RNA 백신이 투여된다. 환자는 또한, 매 21-일 주기의 1일 자에 1200 mg 아테졸리주맙의 고정된 용량이 투여된다.
연구 참가자
포함 기준
하기 기준에 부합하는 환자는 본 연구에 포함된다:
ㆍ 0 또는 1의 동부 종양학 협력 그룹 (ECOG) 수행 상태.
ㆍ 적어도 한 가지의 가용한 표준 요법 후 진행되었거나; 또는 표준 요법이 무효하거나 또는 견딜 수 없는 것으로 입증되었거나, 또는 부적절한 것으로 고려되는 국소 진행성, 재발성, 또는 전이성 불치 악성종양의 조직학적 문서화.
ㆍ 고형 종양에 대한 응답 평가 기준 버전 1.1 (RECIST v1.1)에 따른 계측가능 질환.
이에 더하여, 하기 적응증 특이적 기준에 부합하는 환자는 본 연구의 임상 1b상 단계의 탐색 또는 확대 코호트에 포함된다:
ㆍ 비소세포 폐암 (NSCLC) 코호트 (CIT-미경험): 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 NSCLC을 앓는 환자.
ㆍ NSCLC 코호트 (CIT-치료됨): 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받은 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 NSCLC를 앓는 환자.
ㆍ 삼중 음성 유방암 (TNBC) 코호트 (CIT-미경험): 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 유방의 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 에스트로겐 수용체 (ER)-음성, 프로게스테론 수용체-음성, 그리고 인간 표피 성장 인자 수용체 2 (HER2)-음성 선암종 (삼중 음성)을 앓는 환자.
ㆍ 결장직장암 (CRC) 코호트 (CIT-미경험): 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 결장 또는 직장의 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 선암종을 앓는 환자.
ㆍ 두경부 편평상피 세포 암종 (HNSCC) 코호트 (CIT-미경험): 치유 요법에 순응하지 않고 항-PDL1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 조직학적으로 확증된 수술불가능, 국소 진행성 또는 전이성, 재발성, 또는 지속성 HNSCC (구강, 인두중앙부, 하인두, 또는 후두)를 앓는 환자.
ㆍ 요로상피세포 암종 (UC) 코호트 (CIT-미경험): 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받지 않은, 신우, 요관, 방광 및 요도를 비롯한 요로상피의 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 이행 세포 암종을 앓는 환자.
ㆍ UC 코호트 (CIT-치료됨): 항-CTLA-4 요법과 함께 또는 이것 없이 항-PD-L1/PD-1 요법으로 이전에 치료를 받은 요로상피 (신우, 요관, 방광 및 요도 포함)의 조직학적으로 확증된 불치성 진행된 이행 세포 암종을 앓는 환자.
ㆍ 신장 세포 암종 (RCC) 코호트 (CIT-미경험): 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 투명 세포 조직학의 구성요소 및/또는 육종성 조직학의 구성요소를 갖는 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 RCC를 앓는 환자.
ㆍ 흑색종 코호트 (전이 세팅에서 CIT-미경험): 전이 세팅에서 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받지 않은 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 흑색종을 앓는 환자.
ㆍ 흑색종 코호트 (CIT-치료됨): 항-PD-L1/PD-1 및/또는 항-CTLA-4 요법으로 이전에 치료를 받은 조직학적으로 확증된 불치성, 진행된 흑색종을 앓는 환자.
이에 더하여, 하기 적응증 특이적 기준에 부합하는 환자는 본 연구의 임상 1b상 단계의 연속-생검 확대 코호트에 포함된다:
ㆍ 환자가 상기 연구 포함 기준에서 특정된 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양 유형 중에서 한 가지를 갖는다.
ㆍ 환자가 유의미한 시술후 합병증의 받아들일 수 없는 위험 없이, 총 2번 내지 3번의 생검 (치료전 및 치료 중) 또는 1번의 생검 (치료 중, 만약 치료전 생검 대신에 기록 조직이 가용하면)을 허용하는 접근가능 병변을 갖는다. RECIST 병변은 생검되지 않는다.
배제 기준
하기 기준에 부합하는 환자는 본 연구로부터 배제된다:
ㆍ 임상적으로 유의미한 간 질환.
ㆍ 선행 비장절제술.
ㆍ 원발성 면역결핍, 세포성 면역결핍 (예를 들면, DiGeorge 증후군, T-음성 중증 복합형 면역결핍 [SCID]), 또는 복합형 T-와 B-세포 면역결핍 (예를 들면, T-와 B-음성 SCID, 비스코트 올드리치 증후군, 모세혈관확장성 운동실조증, 공통 가변성 면역결핍).
ㆍ 별도로 명시되지 않으면, 연구 치료의 개시에 앞서 3 주 이내에, 화학요법, 호르몬 요법 및/또는 방사선요법을 비롯한 임의의 항암 요법.
ㆍ 별도로 명시되지 않으면, 선행 신항원 특이적 또는 전체 종양 암 백신.
ㆍ 마지막 투약 및 본 연구의 1차 주기의 1일 자 사이에 적어도 6 주 또는 약물의 5회 반감기 (어느 쪽이든 더 짧은 것)가 경과하였다면, 사이토킨을 이용한 선행 치료는 허용된다.
ㆍ 별도로 명시되지 않으면, 마지막 투약 및 본 연구의 1차 주기의 1일 자 사이에 적어도 6 주 (임상 1a상 단계) 또는 3 주 (임상 1b상 단계)가 경과하였다면, 면역 관문 저해제, 면역조절 단일클론 항체 (mAb) 및/또는 mAb-유래된 요법을 이용한 선행 치료는 허용된다.
ㆍ 임상 1b상 단계에서 CIT-미경험 확대 코호트에서, 항-PD-L1/PD-1 요법 및/또는 항-CTLA-4 요법을 이용한 선행 치료가 허용되지 않는다.
ㆍ 임상 1b상 단계에서 흑색종 CIT-미경험 확대 코호트에서, 전이 세팅에서 항-PD-L1/PD-1 요법 및/또는 항-CTLA-4 요법을 이용한 선행 치료가 허용되지 않는다.
ㆍ 별도로 명시되지 않으면, 선행 치료의 최종 투약 및 본 연구의 1차 주기의 1일 자 사이에 약물의 적어도 5회 반감기 또는 최소한 3 주가 경과하였다면, 톨 유사 수용체 (TLR) 효현제, 인돌아민 2,3-디옥시게나아제 (IDO)/트립토판-2,3-디옥시게나아제 (TDO)의 저해제, 또는 OX40의 효현제를 비롯한, 면역조절제를 이용한 선행 치료는 허용된다.
ㆍ 선행 CIT에 기인한 면역 관련 4 등급 부작용 (대체 요법으로 관리되는 내분비병증, 또는 혈청 아밀라아제 또는 리파아제의 무증상성 상승 이외에)의 임의의 이력.
ㆍ 선행 면역치료제의 영구적인 중단을 야기했거나 및/또는 본 연구의 1차 주기의 1일 자보다 6 개월 이하로 또는 이와 동등하게 앞서 발생한 선행 CIT에 기인한 면역 관련 3 등급 부작용 (대체 요법으로 관리되는 갑상선기능저하증 이외에)의 임의의 이력.
ㆍ 대체 요법으로 관리되는 탈모증, 백반증, 또는 내분비병증을 제외하고, 1 등급 이하로 또는 이와 동등하게 해결되지 않은 선행 항암 요법으로부터 부작용.
ㆍ 선행 CIT에 관련된 모든 면역 관련 부작용 (대체 요법으로 관리되는 내분비병증 또는 안정된 백반증 이외에)이 기준선까지 완전히 해결되었어야 한다.
ㆍ 원발성 중추신경계 (CNS) 악성종양, 치료되지 않은 CNS 전이, 또는 활동성 CNS 전이 (진행하거나 또는 증상 통제를 위해 코르티코스테로이드를 필요로 함).
ㆍ 전이 또는 사망의 위험이 미미한 것들을 제외하고, 본 연구의 1차 주기의 1일 자에 앞서 5 년 이내에 연구 중인 질환 이외의 악성종양.
ㆍ 연수막 질환.
ㆍ 수술 및/또는 방사선으로 확정적으로 치료를 받지 않은 척수 압박, 또는 선별검사에 앞서 2 주 이상 동안 또는 이와 동등하게 임상적으로 안정되었다는 증거가 없는, 이전에 진단되고 치료된 척수 압박.
ㆍ 반복적 배수 절차를 필요로 하는 통제되지 않는 고칼슘혈증, 흉막 삼출, 심낭 삼출, 또는 복수액, 또는 종양 관련 통증.
ㆍ 별도로 명시되지 않으면, 자가면역 질환의 이력.
ㆍ 본 연구의 1차 주기의 1일 자에 앞서 3 주 이내에 모노아민 옥시다아제 저해제 (MAOI)를 이용한 치료.
ㆍ 본 연구의 1차 주기의 1일 자에 앞서 2 주 이내에 전신 면역억제성 약제를 이용한 치료.
ㆍ 특발성 폐섬유증, 폐렴, 기질화 폐렴의 이력, 또는 선별검사 흉부 전산화 단층촬영술 (CT) 스캔에서 활동성 폐렴의 증거; 인간 면역결핍 바이러스 감염에 대한 양성 검사; 활동성 B형 또는 C형 간염; 활동성 또는 잠복성 결핵 감염; 또는 본 연구의 1차 주기의 1일 자에 앞서 4 주 이내에 중증 감염.
ㆍ 선행 동종이계 골수 이식 또는 선행 고형 장기 이식.
연구 결과 척도
본 연구의 일차 결과 척도는 하기를 포함한다:
ㆍ 본 연구의 임상 1a상 단계에서 1일 자부터 14일 자까지 및 본 연구의 임상 1b상 단계에서 1일 자부터 21일 자까지 사정된, 용량 제한 독성 (DLT)을 겪는 환자의 백분율.
ㆍ 본 연구의 임상 1a상 단계에서 1일 자부터 14일 자까지 및 본 연구의 임상 1b상 단계에서 1일 자부터 21일 자까지 사정된, RNA 백신에 대한 최대 내성 용량 (MTD) 및 권고된 임상 2상 단계 용량 (RP2D).
ㆍ 기준선부터 연구의 종료 때까지 사정된, 부작용 (AE)을 겪는 환자의 백분율. AE의 중증도는 국립 암 연구소 (NCI) 이상 반응 공통 용어 기준 (CTCAE) 버전 5.0에 따라서 사정된다.
ㆍ 기준선부터 연구의 종료 때까지 사정된, 면역 매개 부작용 (imAEs) (NCI CTCAE 버전 5.0)을 겪는 환자의 백분율.
ㆍ 기준선부터 연구의 종료 때까지 사정된, 환자가 받은 치료 주기의 횟수.
ㆍ 기준선부터 연구의 종료 때까지 사정된, RNA 백신의 용량 강도.
ㆍ 기준선부터 연구의 종료 때까지 사정된, 활력 징후, 임상 실험실 검사 결과 및 ECG에서 기준선으로부터 변화.
본 연구의 이차 결과 척도는 하기를 포함한다:
ㆍ 주입전부터 치료 중단 때까지 사정된, (R)-N,N,N-트리메틸-2,3-디올레일옥시-1-프로판아미늄 염화물 (DOTMA)의 혈장 농도.
ㆍ 주입전부터 치료 중단 때까지 사정된, 리보핵산 (RNA)의 혈장 농도.
ㆍ 주입전부터 치료 중단 후 2 개월 때까지 사정된, 아테졸리주맙의 혈청 농도.
ㆍ 주입전부터 치료 중단 때까지 사정된, 말초혈에서 항원 특이적 T-세포 반응의 유도를 겪는 환자의 백분율.
ㆍ 주입전부터 치료 중단 때까지 사정된, 면역 관련 사이토킨 수준.
ㆍ 기준선부터 연구 치료의 최종 투약 후 90 일 또는 다른 전신 항암 요법의 개시 (어느 쪽이든 먼저 발생하는 것) 때까지 사정된, RECIST v1.1에 따른 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)의 객관적인 반응을 겪는 환자의 백분율.
ㆍ 문서화된 CR 또는 PR의 첫 번째 발생부터 질환 진행 또는 관련 없는 원인으로 인한 사망 (어느 쪽이든 먼저 발생하는 것) 때까지 사정된, RECIST v1.1에 따른 반응 지속 기간 (DoR).
ㆍ 기준선부터 연구 치료의 최종 투약 후 90 일 또는 다른 전신 항암 요법의 개시 (어느 쪽이든 먼저 발생하는 것) 때까지 사정된, 면역-변형된 RECIST에 따른 CR 또는 PR의 객관적인 반응을 겪는 환자의 백분율.
ㆍ 문서화된 CR 또는 PR의 첫 번째 발생부터 질환 진행 또는 관련 없는 원인으로 인한 사망 (어느 쪽이든 먼저 발생하는 것) 때까지 사정된, 면역-변형된 RECIST에 따른 DoR.
ㆍ 기준선부터 연구 치료의 최종 투약 후 90 일 또는 다른 전신 항암 요법의 개시 (어느 쪽이든 먼저 발생하는 것) 때까지 사정된, RECIST v1.1에 따른 진행 없는 생존 (PFS).
ㆍ 기준선부터 연구 치료의 최종 투약 후 90 일 또는 다른 전신 항암 요법의 개시 때까지 사정된, 전체 생존 (OS).
ㆍ 주입전부터 치료 중단 후 2 개월까지 사정된, 아테졸리주맙에 대한 항약물 항체 (ADA)를 갖는 환자의 백분율.
실시예 2: 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 단일 작용제로서 및 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 임상 1a상/1b상 단계 연구
체성 돌연변이로부터 발생하는 신항원은 암 면역요법을 위한 매력적인 표적인데, 그 이유는 이들이 면역계에 의해 이물로서 인식될 수 있기 때문이다. RNA 리포플렉스 백신은 신항원에 대하여 T 세포 반응을 자극하도록 설계되었다. 실시예 1에서 설명된 바와 같이, RNA 백신의 인체 대상 첫 임상 1a상 단계 연구가 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 수행되었다.
RNA 백신은 전체 환자에 대해 제조되었고 20개까지의 종양 특이적 네오에피토프를 내포하였다. 9회 용량의 RNA 백신이 12-주기 유도기 동안 주 1회 및 격주 간격으로, 그리고 유지기 동안 24 주마다 전신적으로 i.v. 투여되었다. 구체적으로, RNA 백신이 유도기 동안 4번의 21-일 주기에서: 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 투여되었다. 유도기 후의 유지기 동안, RNA 백신이 13차 주기의 1일 자에, 그리고 그 후 24 주 또는 168 일마다 1회 투여되었다. 추가 상세를 위해 실시예 1을 참조한다.
임상 1a상 단계 연구에서, 29명의 환자가 25-100 ㎍의 범위 안에 있는 용량을 갖는 코호트에 등록하였다. 가장 흔한 종양 유형은 HR+/HER2+ 유방암, 전립선암 및 난소암이었다. 선행 요법의 중위수는 5 (범위 1-17)이었다. 환자 중 34%가 선행 면역요법을 제공받았다. 대부분의 환자가 낮은 PD-L1 발현을 나타냈다 (종양 세포에서 <5% PD-L1 발현을 나타내는 97% 환자, 면역 세포에서 <5% 발현을 나타내는 93% 환자). 제공받은 RNA 백신 투약의 중위수는 6이었다; 환자 중 28%가 6 주의 요법을 완료하기에 앞서 PD로 인해 중단하였다. 대부분의 부작용 (AE)은 1-2 등급이었다. ≥ 20%의 환자에서 발생하는 AE는 주입 관련 반응 (IRR)/사이토킨 방출 증후군 (CRS), 피로, 메스꺼움 및 설사를 포함하였다. IRR/CRS는 일시적이고, 가역적이며, 주로 1-2 등급 오한 및 열병으로서 나타났다. 3 등급 CRS의 단일 DLT가 100 ㎍ 용량 수준에서 발생하였다. 어떤 환자도 AE로 인해 RNA 백신을 중단하지 않았다.
RNA 백신은 RNA의 선천성 면역 효현제 활성과 일관하게, 각 투약에서 친염증성 사이토킨의 박동성 방출을 유도하였다. RNA 백신 유도 신항원 특이적 T 세포 반응이 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 16명의 환자 중 14명 (87%)의 말초혈에서 관찰되었다. MHC 다합체 분석은 말초혈에서 기억 표현형을 갖는 5 %까지의 네오에피토프-특이적 CD8 T-세포의 유도를 보여주었다.
복수의 신항원에 대한 RNA 백신 유도 T 세포가 치료후 종양 생검에서 검출되었다. 적어도 1번의 종양 사정을 받은 26명의 환자 중에서, 위암을 앓는 1명의 환자 (4%)가 ≥10 개월 동안 진행 중인 CR의 반응을 겪었고, 그리고 11명의 환자 (42%)가 SD를 겪었다.
RNA 백신은 임상적으로 유관한 반환 시간에서 개별 환자에 대해 제조될 수 있다. 본 연구에서, RNA 백신은 자체의 작용 기전과 일치하는 관리 가능한 안전성 프로필을 가졌고, 그리고 낮은 및 중간 돌연변이 부하 종양 유형을 앓는 환자에서 강한 신항원 특이적 면역 반응을 유도하였다.
실시예 1에서 더욱 설명된 바와 같이, 항-PD-L1 항체 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 인체 대상 첫 임상 1b상 단계 연구가 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 또한 수행되었다.
RNA 백신은 전술된 바와 같이 투여되었다. 아테졸리주맙이 각 21-일 주기의 1일 자에 투여되었다. 추가 상세를 위해 실시예 1을 참조한다.
132명의 환자가 1200 mg 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 15 ㎍ 내지 50 ㎍의 범위 안에 있는 용량을 갖는 코호트에 등록되었다. 가장 흔한 종양 유형은 NSCLC, TNBC, 흑색종 및 결장직장암 (CRC)이었다. 선행 요법의 중위수는 3 (범위 1-11)이었다. 환자 중 39%가 선행 면역요법을 제공받았다. 대부분의 환자가 낮은 수준의 PD-L1 발현을 나타냈다 (종양 세포에서 <5% PD-L1 발현을 나타내는 93% 환자, 면역 세포에서 <5% PD-L1 발현을 나타내는 79% 환자). 제공받은 RNA 백신 투약의 중위수는 8이었다; 환자 중 16%는 6 주의 요법을 완료하기에 앞서 PD로 인해 중단하였다. 대부분의 부작용 (AE)은 1-2 등급이었다. ≥ 15%의 환자에서 발생하는 AE는 주입 관련 반응 (IRR)/사이토킨 방출 증후군 (CRS), 피로, 메스꺼움 및 설사를 포함하였다. IRR/CRS는 일시적이고, 가역적이며, 주로 1-2 등급 오한 및 열병으로서 나타났다. DLT는 없었다. 7명의 환자 (5%)가 연구 약물에 관련된 AE로 인해 치료를 중단하였다.
RNA 백신은 RNA의 선천성 면역 효현제 활성과 일관하게, 각 투약에서 친염증성 사이토킨의 박동성 방출을 유도하였다. RNA 백신 유도 신항원 특이적 T 세포 반응이 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 49명의 환자 중 37명 (77%)의 말초혈에서 관찰되었다. 기억 표현형을 갖는 6%까지의 MHC 다합체-염색된 CD8+ T-세포의 유도가 말초혈에서 관찰되었다. 복수의 신항원에 대한 RNA 백신 유도 T 세포가 치료후 종양 생검에서 검출되었다. 적어도 1번의 종양 사정을 받은 108명의 환자 중에서, 9명이 반응하였고 (ORR 8%, 1번의 CR 포함), 그리고 53명의 환자가 SD를 겪었다 (49%).
아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신은 연구 약물의 작용 기전과 일치하는 관리 가능한 안전성 프로필을 가졌고, 그리고 유의미한 수준의 신항원 특이적 면역 반응을 유도하였다.
요약하면, 본원에서 설명된 임상 1a상 단계 및 1b상 단계 시험은 흑색종, 비소세포 폐암, 방광암, 결장직장암, TNBC, 신장암, 두경부암, 육종을 앓는 환자를 포함하는 비등록 신호 탐색 연구이었다. 실시예 1에서 볼 수 있듯이, 이들 연구는 선행 관문 저해제 섭생이 있는 경우 및 없는 경우의 환자 둘 모드를 등록하도록 설계되었다. 연구의 일차 목표는 안전성 (용량 제한 독성 포함)을 사정하는 것이었고, 그리고 추가 목표는 면역원성의 평가 및 항종양 활성의 예비적 사정을 포함하였다. 시험은 임상 1a상 단계 (단일요법) 용량 증량, 임상 1b상 단계 (병용) 용량 증량, 그리고 복수의 임상 1b상 단계 확대 코호트를 포함하였다. 환자는 유도기 동안 주 1회 및 격주 간격으로, 그리고 유지기 동안 8회 주기마다 i.v. 투여된 RNA 백신의 9회 용량을 제공받았다. 시험의 임상 1b상 단계 부분에서, 아테졸리주맙이 각 21-일 주기의 1일 자에 투여되었다.
RNA 백신은 암 돌연변이 프로필의 인하우스 결정, 신항원의 계산적 예측, 설계, 그리고 리포솜 내 조제된 RNA (RNA-LPX)에 기초된 백신의 제조를 포함하여, 전체 환자에 대해 제조되었다. 각 백신은 20개까지의 종양 특이적 네오에피토프를 내포하였다. 중요하게는, 임상 실무 양립성 반환 시간 내에 개별 환자에 대한 백신의 제조가, 낮은 또는 중간 종양 돌연변이 부담을 갖는 것들을 비롯한 종양 유형의 범위의 전역에서 임상적 생검 또는 일과적인 임상적 검체를 이용하여 실현 가능한 것으로 밝혀졌다.
임상 1a상 단계에서 29명의 환자 및 임상 1b상 단계에서 132명의 환자로부터 예비적 임상 결과가 사정되었다. 임상 1a상 단계 환자는 5 중앙값의 선행 요법 (범위 1-17)을 제공받았고, 그리고 임상 1b상 단계 환자는 3 중앙값의 선행 요법 (범위 1-11)을 제공받았다. 아테졸리주맙이 있는 경우 및 없는 경우 둘 모두에서 RNA 백신은 대부분 일시적이고 가역적인 1 등급 및 2 등급 부작용 예컨대 열병 및 오한으로서 현성하는 주입 관련 반응/사이토킨 방출 증후군을 나타내는 관리 가능한 안전성 프로필을 가졌다. 상보성 정량적 면역검정을 이용한 분석은 아테졸리주맙이 있는 경우 및 없는 경우 둘 모두에서 RNA 백신이 낮은 및 중간 돌연변이 부담의 종양을 앓는 환자에서를 비롯하여, 강한 네오에피토프-특이적 면역 반응을 유도한다는 것을 보여주었다. 백신 유도 신항원 특이적 T 세포가 백신후 생검에서 검출되었다. 선행 관문 저해제 섭생이 있는 경우 및 없는 경우의 환자 둘 모드를 비롯한, 한정된 숫자의 환자에서 객관적인 반응을 비롯한, 안정적 질환의 최고 반응이 RNA 백신 치료된 환자 중 거의 절반에서 관찰되었다. 이것은 아테졸리주맙과 병용되는 RNA 백신에 대한 임상적 활동의 수준을 표시하지만, 관문 저해제 이외에 RNA 백신의 개별 기여를 사정하기 위해 무작위 데이터가 요구된다.
게다가, 전이성 흑색종을 앓는 환자에서 수술에 대한 보조약으로서 RNA 백신의 선행 연구에 근거하여, 그리고 이론에 한정됨 없이, RNA 백신은 더 낮은 종양 부담을 갖는 환자에서 전이성 재발을 제어하는 데 잠재적으로 충분히 적합한 것으로 생각된다.
실시예 3: 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 단일 작용제로서 및 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신에 의해 유도된 면역 반응.
실시예 1 및 2에서 설명된 바와 같이, 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 및 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 인체 대상 첫 임상 1a상 단계 및 임상 1b상 단계 연구가 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 수행되었다 (도 4). RNA 백신은 전체 환자에 대해 제조되었고 20개까지의 종양 특이적 네오에피토프를 내포하였다 (참조: 예를 들면, 도 10a 및 T
Figure pct00005
reci et al (2016) Clin Canc Res, 22(8):1885-96; Vormehr et al (2019) Ann Rev Med, 70:395-407; 및 Sahin et al (2018) Science, 359(6382):1355-1360). 본 실시예는 단독으로 및 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신에 의해 유도된 선천성 및 신항원 특이적 면역 반응을 평가하는 실험의 결과를 설명한다.
재료와 방법
ELISPOT 검정
벌크 말초혈 단핵 세포 (PBMC), 또는 분리된 CD8+ T 세포 및 CD4+ T 세포가 RNA 백신에서 20개까지의 개별 신항원 표적에 상응하는 중첩 펩티드로 시험관내에서 자극되었다. 하룻밤 자극 후, ELISPOT 방법을 이용하여 IFNg 생산이 사정되었다. 이러한 검정에서 스팟의 개수는 PBMC에서 또는 분리된 CD8+ T 세포 및 CD4+ T 세포에서 신항원 특이적 T 세포의 빈도에 상응한다. 각 신항원 표적이 이중 웰에서 검사되었다. 신항원 펩티드가 없는 내부 대조가 검정에서 양성 염색을 규정하는 데 이용되었다. 구체적으로, 만약 검사 웰에서 스팟의 평균 개수가 15개를 초과하고 대조 웰과 통계학적으로 유의한 차이가 있으면, 양성 반응이 지정되었다. RNA 백신 특이적 반응을 규정하기 위해, RNA 백신을 이용한 치료 후 획득된 샘플로부터 스팟의 개수가 동일한 신항원에 대한 기준선 샘플 (RNA 백신 치료 전)과 비교되었다; 양성 히트는 치료후 샘플에서 양성 반응 및 기준선 샘플에서 음성 반응, 또는 만약 기준선 샘플 또한 양성이면, 치료후 샘플에서 기준선 스팟 수치에 비하여 2배 증가로서 규정되었다. ELISPOT 검정 방법의 다이어그램은 도 6에서 제공된다.
pMHC 다합체 검정
환자의 HLA 클래스 I 대립유전자에 근거하여, 그리고 RNA 백신에서 이용된 신항원 표적에서 예측된 에피토프로부터 유래된 펩티드를 이용하여, 각 환자에 대한 개별 pMHC 다합체가 설계되었다. 동결된 말초혈 단핵 세포 (PBMC)가 형광 활성화된 세포 분류 (FACS) 염색에 이용되었다. 각 샘플이 신항원 특이적 CD8+ T 세포의 표현형을 규정하기 위해 복수의 pMHC 다합체 및 추가 항체로 염색되었다. 각 신항원이 2가지 상이한 형광단 (염색의 특이성을 증가시키기 위해)으로 표지화된 2개의 pMHC 다합체를 갖도록 FACS 패널이 설계되었다. CD8+ T 세포가 PBMC 사이에 게이팅되었고, 그리고 각 신항원에 대해 2가지 상이한 형광단으로 표지화된 2개의 pMHC 다합체로 염색에 대해 분석되었다. 소정의 CD8+ T 세포가 양성으로 염색되는 (다시 말하면, 신항원 특이적)으로 불리기 위해서는, 이것은 2가지 상이한 형광단으로 표지화된 양쪽 pMHC 다합체 모두에 대해 양성으로 염색되고 FACS 히스토그램에서 오른쪽 위 사분면의 범위 안에 들어가야 했다. pMHC 다합체 염색 검정 방법의 다이어그램은 도 8에서 제공된다.
결과
선천성 면역 반응
단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신에 의해 유도된 선천성 면역 반응은 치료의 시작 전 및 RNA 백신 및 아테졸리주맙의 투여 후 복수의 시점에서 효소 결합 면역흡착 검정 (ELISA) 분석을 이용하여 혈장에서 사이토킨 (예를 들면, IFNg 또는 IFNa)의 수준을 계측함으로써 평가되었다.
임상 1a상 단계 연구에 대해 도 5a에서 도시된 바와 같이, 임상 1a상 단계 연구에서 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자는 혈장 IFNg 수준에서 박동성 상승을 나타냈다 (5명의 환자로부터 결과가 도시된다). 이에 더하여, RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 혈장 IFNg 수준이 용량 의존성 방식으로 증가하였다 (도 5b). RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 IFNa의 수준 또한 용량 의존성 방식으로 증가하였다 (도 5c). 50 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 여러 환자는 스테로이드를 제공받았고 용량이 25 ㎍으로 감소하였다.
사이토킨 수준은 또한, 임상 1b상 단계 연구에서 환자에서 RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 평가되었다. 도 5b-5c에서 도시된 바와 같이, RNA 백신의 각 투여 후 4 시간째에 혈장 IFNg 및 IFNa 수준이 용량 의존성 방식으로 증가하였다.
전반적으로, 이들 결과는 단일요법으로서 또는 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 투여가 TLR7/8 효현작용을 통한 선천성 면역 자극기로서 RNA 백신의 제안된 기능과 일관하게, 견실한 용량 의존성 선천성 면역 활성화를 야기한다는 것을 증명하였다 (참조: 예를 들면, 도 10a-10b). 이에 더하여, 선천성 면역 반응이 RNA 백신 단일요법과 비교하여, RNA 백신 및 아테졸리주맙 병용에 의해 증강되었다 (도 5b-5c). 이러한 효과는 25 ㎍ RNA 백신 용량에서 가장 확연하였다. IL-6 및 IL-12를 비롯한, 다른 사이토킨에 대해 유사한 결과가 관찰되었다 (데이터 제시되지 않음).
신항원 특이적 면역 반응
단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 투여 이후에 신항원 특이적 면역 반응이 탈체 EliSpot 검정 (도 6) 및 MHC 다합체 염색 검정 (도 8)을 이용하여 사정되었다.
EliSpot 검정
단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 또는 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신의 투여 이후에 신항원 특이적 면역 반응은 먼저, 4차 주기, 1일 자에 탈체 IFNg EliSpot 검정을 이용하여 사정되었다 (도 6).
도 7a에서 도시된 바와 같이, 단일요법 (임상 1a상 단계)으로서 RNA 백신이 투여된 환자는 너비 (다시 말하면, 면역 반응을 유도한 항원의 개수)에서 서로 다른 신항원 특이적 면역 반응을 나타냈다. 예를 들면, 100 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자 1은 10개의 항원 중 1개 (10%)에 대한 신항원 특이적 면역 반응을 보여주었다. 다른 실례에서, 75 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자 2는 20개의 항원 중 4개 (20%)에 대한 신항원 특이적 면역 반응을 보여주었다.
아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계)으로 RNA 백신이 투여된 환자 또한, 너비 (다시 말하면, 면역 반응을 유도한 항원의 개수)에서 서로 다른 신항원 특이적 면역 반응을 나타냈다. 예를 들면, 도 7b에서 도시된 바와 같이, 50 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자 11은 20개의 항원 중 1개 (5%)에 대한 신항원 특이적 면역 반응을 보여주었다. 다른 실례에서, 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자 20은 20개의 항원 중 7개 (35%)에 대한 신항원 특이적 면역 반응을 보여주었다.
관찰된 신항원 특이적 면역 반응의 등급은 또한, 임상 1b상 단계 연구에서 환자에 대해 결정되었다. 도 7c에서 도시된 바와 같이, 면역 반응을 유도한 각 신항원에 대한 IFNg 형성 스팟의 개수는 서로 달랐다. 환자 27은 EliSpot 검정에서는 어떤 양성 신항원 히트도 나타내지 않았지만, pMHC 다합체 염색 검정에서는 1개의 양성 신항원 히트를 나타냈다 (하기를 참조한다). 도 7c에서 환자 20 및 14에 대해 도시된 데이터는 각 신항원 히트에 대한 CD4 및 CD8 스팟 둘 모두를 포함한다. 환자 12에 대한 데이터는 CD4+ T 세포 반응을 증명한다. 이에 더하여, 관찰된 면역 반응의 중간 등급이 도 7d 및 표 3에서 도시된 바와 같이, RNA 백신 용량 내에서 및 전체에 대하여 환자 사이에서 서로 달랐다.
표 3. 임상 1b상 단계 연구에서 환자에서 관찰된 신항원 특이적 면역 반응의 등급.
RNA 백신 용량: 50 ㎍ 38 ㎍ 25 ㎍ 15 ㎍
환자 수 2 6 7 5
IFNg 형성 스팟의 중위수 29 127.2 81.5 88.71
IFNg 형성 스팟의 평균 개수 29 152.4 101.7 78.89
한 가지 실례에서, 아테졸리주맙과 병용 (임상 1b상 단계; 환자 22)으로 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 CIT-미경험 삼중 음성 유방암 환자로부터 획득된 벌크 PBMC에서 수행된 IFNg EliSpot 검정은 항원 R6 및 R8이 4차 주기, 1일 자에 신항원 특이적 면역 반응을 야기한다는 것을 보여주었다 (도 9a). 대조적으로, 신항원 R3은 양성 히트로서 검출되지 않았다.
pMHC 다합체 검정
환자 22에서 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응 (도 9a 참조) 또한, 완전히 정량적 펩티드 MHC (pMHC) 다합체 염색 검정 (도 8)을 이용하여 평가되었다.
도 9b에서 도시된 바와 같이, 도 9a에서 도시된 벌크 PBMC EliSpot 검정과 합치하게, pMHC 다합체 염색 검정을 이용하여 신항원 R8에 대해 특이적인 CD8+ T 세포 반응이 검출되었다. 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응의 동역학은 피크 반응 (다시 말하면, 약 5.67% 신항원 특이적 CD8+ T 세포)이 약 3회 내지 약 6회 백신 용량 사이에서 발생하고, 그리고 면역 반응이 C7D1에서 1회 용량에 의해 부양된다는 것을 암시하였다 (참조: 도 9b에서 C8D1). 3차 주기, 1일 자에 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에 의해 발현된 마커의 분석은 이러한 모집단이 CD45+RA+ 효과 기억 세포 (TEMRA; 1.18%), 중심 기억 세포 (Tcm; 1.28%) 및 효과 기억 세포 (Tem; 93.10%)를 포함한다는 것을 보여주었다 (도 9c). 이에 더하여, 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단 중 99.1%는 PD-1+이었다 (도 9d).
신항원 R8로 관찰된 결과와는 대조적으로, 도 9a에서 도시된 벌크 PBMC EliSpot 검정은 신항원 R3을 양성 히트로서 검출하는 데 실패하는 반면, pMHC 다합체 검정을 이용하면 신항원 R3에 대해 특이적인 CD8+ T 세포 반응이 검출되었다 (도 9e). 신항원 R3에 대한 신항원 특이적 CD8+ T 세포 면역 반응의 동역학은 피크 반응 (다시 말하면, 약 0.27% 신항원 특이적 CD8+ T 세포)이 약 3회 내지 약 6회 백신 용량 사이에서 또한 발생한다는 것을 암시하였다. 3차 주기, 1일 자에 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에 의해 발현된 마커의 분석은 이러한 모집단이 CD45+RA+ 효과 기억 세포 (TEMRA; 1.08%) 및 효과 기억 세포 (Tem; 95.7%)를 포함한다는 것을 보여주었다 (도 9f). 이에 더하여, 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단 중 100.00%가 PD-1+이었다 (도 9g).
전반적으로, 이들 결과는 신항원 특이적 T 세포 반응이 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 투여 이후에 EliSpot 검정뿐만 아니라 pMHC 다합체 검정으로 검출되고, 그리고 RNA 백신에 의해 유도된 CD8+ T 세포의 등급이 말초혈에서 >5%까지 (예를 들면, 약 6%까지) 도달할 수 있다는 것을 증명하였다. 이에 더하여, 이들 결과는 pMHC 다합체 검정이 EliSpot 검정과 비교하여 더 큰 민감도를 갖는다는 것을 암시하였다. 게다가, RNA 백신에 의해 유도된 신항원 특이적 면역 반응은 PD-1의 높은 발현을 갖는 CD8+ T 세포 (다시 말하면, PD-1+)를 포함하였고 일차적으로 효과 기억 표현형을 나타냈다. 이들 결과는 RNA 백신이 오래 지속되는 신항원 특이적 면역 반응을 야기한다는 것을 암시하였다.
논의
본 실시예에서 제시된 결과는 단일요법으로서 또는 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 투여가 견실한 선천성 면역 활성화뿐만 아니라 신항원 특이적 면역 반응을 야기한다는 것을 증명하였다. 이들 결과는 RNA 백신의 제안된 작용 기전과 일치하는데, 이것은 도 10a-10b에서 도시된 바와 같이, 선천성 면역 자극 (예를 들면, 내재성 TLR7/8 효현작용)뿐만 아니라 수지상 세포에 의한 신항원의 제시 이후에 신항원 특이적 T 세포 반응 (예를 들면, CD4+ 및 CD8+ T 세포 반응)을 자극함으로써 작용하는 것으로 생각된다 (참조: 예를 들면, Kranz et al (2016) Nature, 16;534(7607):396-401).
실시예 4: 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 단일 작용제로서 RNA 백신의 임상 1a상 단계 연구로부터 추가 결과.
본 실시예는 실시예 1-3에서 설명된 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 단일요법으로서 RNA 백신의 임상 1a상 단계 연구의 추가 안전성과 효능 결과를 제공한다.
도 4에서 도시된 바와 같이, 임상 1a상 단계 용량 증량 연구에서 환자는 25 ㎍ 내지 100 ㎍ (25 ㎍, 38 ㎍, 50 ㎍, 75 ㎍ 및 100 ㎍)의 범위 안에 있는 용량으로 RNA 백신이 투여되었다. 초기 치료 (유도기) 동안, RNA 백신이 21-일 주기로 투여되었다. 초기 치료 (유도기) 동안, RNA 백신이 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 투여되었다. 초기 치료 후 유지기 동안, RNA 백신이 13차 주기의 1일 자에, 그리고 질환 진행 때까지, 그 후 8회 주기마다 (다시 말하면, 그 후 24 주마다 1회 또는 그 후 168 일마다 1회) 투여되었다.
환자 인구통계 및 질환 특징
표 4에서 도시된 바와 같이, 본 연구에서 환자의 중위 연령은 59세이었고, 그리고 대부분의 환자는 여성 (65%)이었다. 환자 중 55%는 1의 ECOG 수행 상태를 가졌고, 그리고 환자 중 45%는 0의 ECOG 수행 상태를 가졌다. 가장 흔한 종양 유형은 유방암 (HER2+ 또는 HR+), 전립선암, 난소암, 골육종, 자궁내막암, 위암, 그리고 연조직 육종이었다. 환자는 전이성 질환에 대한 5 중위수의 선행 전신 요법을 제공받았고, 그리고 환자 중 32%는 관문 저해제를 이용한 선행 치료를 제공받았다. 이에 더하여, 환자 중 90%는 <5%의 종양 침윤 면역 세포 및 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈고, 그리고 환자 중 10%는 ≥5% 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈다.
표 4. 환자 인구통계 및 질환 특징.
용량 증량 (N = 31)
중위 (범위) 연령, 세 59 (21 - 77)
여성, n (%) 20 (65)
ECOG PS, n (%)
0
1		 14 (45)
17 (55)
가장 흔한 종양 유형, n (%)
유방암 (HER2+ 또는 HR+)
전립선암
난소암
골육종
자궁내막암
위암
연조직 육종
6 (19)
5 (16)
4 (13)
4 (13)
2 (7)
2 (7)
2 (7)
전이성 질환에 대한 선행 전신 요법의 중위수 (범위), n 5 (1 - 17)
선행 관문 저해제, n (%) 10 (32)
PD-L1 (Ventana SP142), n (%)
<5% IC 및 TC
≥5% IC 또는 TC		 28 (90)
3 (10)
IC = 종양 침윤 면역 세포; TC = 종양 세포; ECOG PS = 동부 종양학 협력 그룹 수행 상태; HER = 인간 표피 성장 인자 수용체; HR = 호르몬 수용체; PD-L1 = 예정된 사멸-리간드 1.
노출 및 성향
표 5에서 도시된 바와 같이, 임상 1a상 단계에서 모든 환자에 대한 치료의 중위 지속 기간은 43 일이었다. 치료 동안, 한 가지 용량 제한 독성 (DLT)이 100 ㎍ RNA 백신 용량에서 관찰되었다 (3 등급 사이토킨 방출 증후군). RNA 백신 용량 감소가 38 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 1명의 환자에서 발생하였다. 전체적으로, 29명의 환자가 치료를 중단하였는데, 12명은 임상 1b상 단계로의 교차로 인해, 11명은 질환 진행으로 인해, 그리고 5명은 연구 포기로 인해 치료를 중단하였다. 상기 연구에서 8명의 환자는 6 주의 요법을 완료하기에 앞서 질환 진행으로 인해 치료를 중단하였다.
표 5. 치료 동안 환자 노출 및 성향.
RNA 백신 IV 용량
25 ㎍
(n = 13)		 38 ㎍
(n = 5)		 50 ㎍
(n = 4)		 75 ㎍
(n = 8)		 100 ㎍ (n = 1) 총합
(N = 31)
DLT, n (%) 0 0 0 0 1 (100)a 1 (3)
RNA 백신 용량 감소, n (%) 0 1 (20) 0 0 0 1 (3)
중위 (범위) 치료 지속 기간, 일 43
(1 - 123)		 42
(15 - 128)		 40
(15 - 254)		 40
(9 - 69)		 56
(56 - 56)		 43
(1 - 254)
치료 계속, n (%) 0 1 (20) 1 (25) 0 0 2 (7)
중단된 연구 치료, n (%) 13 (100) 4 (80) 3 (75) 8 (100) 1 (100) 29 (94)
치료 중단의 원인, n (%)
질환 진행 4 (31) 1 (20) 1 (25) 5 (62) 1 (100) 12 (39)
교차b 5 (38) 2 (40) 2 (50) 2 (25) 0 11 (35)
사망 0 0 0 0 0 0
AE 0 0 0 0 0 0
개체에 의한 포기
 4 (31) 1 (20) 0 0 0 5 (16)
기타 0 0 0 1 (12) 0 1 (3)
6 주의 요법을 완료하기에 앞서 질환 진행에 기인한 치료 중단, n (%) 4 (31) 0 2 (50) 2 (25) 0 8 (26)
a DLT 사건은 3 등급 사이토킨 방출 증후군 (CTCAE v5.0)이었다; b 질환 진행 또는 임상적 유익성의 상실을 겪는 임상 1a상 단계 환자는 임상 1b상 단계에서 병용 요법으로 교차할 수 있다; AE = 부작용; DLT = 용량 제한 독성.
안전성
도 11은 > 10%의 환자에서 발생하는 가장 흔한 AE의 요약을 제공한다. > 10%의 환자에서 발생하는 가장 흔한 연구 치료 관련 AE는 주입 관련 반응 및 사이토킨 방출 증후군을 비롯한, 전신 반응이다. > 10%의 환자에서 발생하는 다른 AE는 피로, 설사, 구토, 메스꺼움, 근육통, 호흡곤란, 탈수, 사지 통증, 식욕 감소, 변비 및 복통을 포함하였다. 악성 신생물 진행의 심각한 부작용 (SAE)이 16%의 환자에서 보고되었다 (데이터 제시되지 않음).
대부분의 전신 반응은 RNA 백신의 주입후 약 2-4 시간 이내에 발생하였고 약 1-2 시간 이내에 해결되었다. 표 6은 ≥ 5%의 환자에서 발생하는 전신 반응의 개별 징후와 증상의 개요를 제공한다. 3 등급 저혈압 및 3 등급 저산소증의 증상을 나타낸 DLT 사건을 제외하고, 대부분의 저혈압 및 저산소증 사건은 2 등급이었다.
표 6. ≥ 5%의 환자에서 전신 반응 (CRS/IRR/ILI)의 개별 징후와 증상.
RNA 백신 용량
n (%) 25 ㎍ (n = 13) 38 ㎍ (n = 5) 50 ㎍ (n = 4) 75 ㎍
(n = 8)		 100 ㎍
(n = 1)		 모든 환자(N=31)
오한 8 (62) 4 (80) 4 (100) 8 (100) 1 (100) 25 (81)
열병 6 (46) 2 (40) 3 (75) 5 (63) 1 (100) 17 (55)
메스꺼움 3 (23) 2 (40) 4 (100) 3 (38) 0 12 (39)
두통 3 (23) 1 (20) 1 (25) 1 (13) 0 6 (19)
구토 3 (23) 1 (20) 1 (25) 0 0 5 (16)
저혈압 0 1 (20) 0 2 (25) 1 (100) 4 (13)
저산소증 0 1 (20) 0 1 (13) 1 (100) 3 (10)
근육통 2 (15) 0 0 1 (13) 0 3 (10)
빈맥 0 0 1 (25) 2 (25) 0 3 (10)
목 통증 1 (8) 1 (20) 0 0 0 2 (7)
동성 빈맥 1 (8) 1 (20) 0 0 0 2 (7)
진전 0 1 (20) 1 (25) 0 0 2 (7)
CRS = 사이토킨 방출 증후군 (CTCAE v.5); IRR = 주입 관련 반응; ILI = 인플루엔자 유사 질병.
전체적으로, 안전성 결과는 RNA 백신이 일반적으로 충분히 내약성이라는 것을 증명하였는데, 치료 관련 AE가 일차적으로, 낮은 등급 사이토킨 방출 증후군, 주입 관련 반응, 또는 독감 같은 증상으로서 현성하는 일시적인 전신 반응이었다. 전신 반응은 일시적이고, 그리고 일반적으로 외래 세팅에서 관리 가능하였다. 최대 내성 용량 (MTD)은 도달되지 않았다.
선천성 면역 반응
단일요법으로서 RNA 백신을 이용한 치료는 각 RNA 백신 용량으로, 혈장에서 계측된 친염증성 사이토킨의 박동성 방출을 유도하였다. 예를 들면, 도 12a-12b에서 도시된 바와 같이, 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자는 각 RNA 백신 투약 후 IFNγ의 박동성 방출을 나타냈다. 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자에서 IL-6 및 IFNα의 유사한 패턴의 박동성 방출이 또한 관찰되었다 (도 13). 친염증성 사이토킨의 관찰된 RNA 백신 유도 박동성 방출은 RNA 백신의 제안된 선천성 면역 효현제 활성과 일치하였다.
신항원 특이적 면역 반응
평가된 환자 중 86%에서 EliSpot 검정 (참조: 예를 들면, 도 6) 및 MHC 다합체 염색 검정 (참조: 예를 들면, 도 8)에 의해, 탈체 신항원 특이적 T 세포 반응이 검출되었다 (도 14a). 환자에서 신항원 특이적 반응의 중위수는 2 (1-5의 범위)이었다 (도 14b).
75 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 전립선암 환자의 종양에서 T 세포 수용체 염기서열분석에 의한 T 세포 수용체의 분석은 신항원 특이적 T 세포가 RNA 백신을 이용한 치료 이후에만 종양 내 존재한다는 것을 보여주었다 (도 15). 이들 결과는 RNA 백신이 RNA 백신에 의해 자극된 T 세포의 종양 내로의 침윤을 유도한다는 것을 암시하였다.
38 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 전립선암 환자에서 신항원 특이적 CD8+ T 세포 반응이 완전히 정량적 펩티드 MHC (pMHC) 다합체 염색 검정 (도 8)을 이용하여 말초혈에서 시간의 추이에서 분석되었다. 도 16a에서 도시된 바와 같이, 말초혈에서 CD8+ 신항원 특이적 T 세포는 시간의 추이에서 증가하여, 4차 주기, 1일 자에 4.7%에 도달하였다. 4차 주기, 1일 자에 신항원 특이적 CD8+ T 세포 모집단에 의해 발현된 마커의 분석은 이들 세포 중 87.7%가 효과 기억 T 세포 표현형 (Tem; 도 16b)을 나타내고, 그리고 이들 세포 중 99.6%가 PD-1+ (도 16c)이라는 것을 드러냈다.
관찰된 RNA 백신 유도 신항원 특이적 면역 반응은 신항원 제시의 자극기로서 RNA 백신의 제안된 기능과 일치하였다.
임상적 활동
도 17은 단일요법으로서 RNA 백신으로 치료를 받은 환자에서 관찰된 임상적 반응 및 기준선으로부터 가장 긴 직경 (SLD)의 합계에서 최고 변화 퍼센트의 요약을 제공한다. 50 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 위암을 앓는 1명의 환자는 완전 반응 (CR)을 나타냈다. 이 환자는 RNA 백신이 투여되기 전 3가지 선행 요법 라인 (관문 저해제를 포함하지 않음)을 제공받았고, 그리고 RNA 백신 치료를 계속하면서 1.5 년 동안 추적 조사되었다. 도 18에서 도시된 바와 같이, 이 환자는 연구의 4차 주기, 1일 자에 항원 R4, R8, R9, R12 및 R15에 대한, IFNγ EliSpot 검정에 의해 계측된 신항원 특이적 면역 반응을 나타냈다.
논의
본 실시예에서 설명된 결과는 25 ㎍ -100 ㎍의 범위 안에 있는 용량으로 단일요법으로서 투여된 RNA 백신이 일반적으로 충분히 내약성이라는 것을 증명하였다. 치료 동안 면역 모니터링은 투여된 각 용량에서 RNA 백신이 친염증성 사이토킨의 박동성 방출, 신항원 특이적 T 세포 면역 반응, 그리고 1명의 환자의 종양 내로 자극된 T 세포의 침윤을 유도한다는 것을 보여주었다. 이에 더하여, 임상 효능 결과는 RNA 백신이 1명의 환자에서 완전 반응을 야기한다는 것을 증명하였다. 전반적으로, 이들 결과는 선천성 면역 반응 및 신항원 제시의 자극기로서 RNA 백신의 제안된 이중 작용 기전과 일치한다 (참조: 예를 들면, 도 10a-10b).
실시예 5: 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 임상 1b상 단계 연구로부터 추가 결과.
본 실시예는 실시예 1-3에서 설명된 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓는 환자에서 아테졸리주맙과 병용으로 투여된 RNA 백신의 임상 1b상 단계 연구의 추가 안전성과 효능 결과를 제공한다.
도 4에서 도시된 바와 같이, 임상 1b상 단계 연구에서 환자는 1200 mg 아테졸리주맙과 병용으로 15 ㎍, 25 ㎍, 38 ㎍, 또는 50 ㎍의 용량에서 RNA 백신이 투여되었다. 임상 1b상 단계 연구는 RNA 백신 용량에 대한 용량 증량기 및 표시된 관문 저해제 미경험 또는 경험 종양 유형을 앓는 환자에게 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신이 투여되는 확장기를 포함하였다. 초기 치료 (유도기) 동안, RNA 백신이 1차 주기의 1, 8 및 15일 자; 2차 주기의 1, 8 및 15일 자; 3차 주기의 1 및 15일 자; 그리고 7차 주기의 1일 자에 투여되었다. 초기 치료 후 유지기 동안, RNA 백신이 13차 주기의 1일 자에, 그리고 질환 진행 때까지, 그 후 8회 주기마다 (다시 말하면, 그 후 24 주마다 1회 또는 그 후 168 일마다 1회) 투여되었다. 아테졸리주맙이 1-12차 주기 각각의 1일 자에, 13차 주기의 1일 자에, 그리고 질환 진행 때까지, 그 후 3 주마다 (다시 말하면, 그 후 21 일마다) 투여되었다 (참조: 도 4). 각 주기는 21 일이었다.
환자 인구통계 및 질환 특징
표 7에서 도시된 바와 같이, 용량 증량기에서, 환자의 중위 연령은 57.5세이었고, 그리고 환자 중 56.6%는 남성이었다. 환자 중 50%는 0의 ECOG 수행 상태를 가졌고, 그리고 환자 중 50%는 1의 ECOG 수행 상태를 가졌다. 용량 증량기에서 가장 흔한 종양 유형은 결장암 (30%), 직장암 (16.7%), 신장 세포 암 (10%) 및 삼중 음성 유방암 (10%)이었다. 전이성 질환에 대한 선행 전신 요법의 중위수는 4 (범위: 1-9)이었고, 환자 중 43.3%는 관문 저해제를 이용한 선행 요법을 제공받았다. 환자 중 80%는 < 5%의 종양 침윤 면역 세포 및 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈고, 그리고 환자 중 16.7%는 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈다.
표 7. 용량 증량기에서 환자 인구통계 및 질환 특징.
용량 증량
총합
(n = 30)
중위 연령 (범위), 세 57.5 (35 - 77)
남성, n (%) 17 (56.6)
ECOG PS, n (%)
0
1
15 (50)
15 (50)
가장 흔한 종양 유형, n (%)
결장암
NSCLC
흑색종
직장암
RCC
TNBC
UC
9 (30.0)
-
5 (16.7)
3 (10.0)
3 (10.0)
-
전이성 질환에 대한 선행 전신 요법의 중위수 (범위), n 4 (1 - 9)
선행 관문 저해제, n (%) 13 (43.3)
PD-L1 (Ventana SP142), n (%)
< 5% IC 및 TC
≥ 5% IC 또는 TC
결측
24 (80.0)
5 (16.7)
1 (3.3)
NSCLC = 비소세포 폐암; RCC = 신장 세포 암; TNBC = 삼중 음성 유방암; UC = 요로상피세포암; CPI = 관문 저해제; IC = 종양 침윤 면역 세포; TC = 종양 세포.
표 8에서 도시된 바와 같이, 확장기에서, 관문 저해제로 이전에 치료를 받은 환자 (CPI-경험)에 대한 중위 연령은 61.5세이었고, 그리고 CPI-미경험 환자에 대한 중위 연령은 57.5세이었다. CPI-경험 환자 중 59.5% 및 CPI-미경험 환자 중 43.1%는 남성이었다. CPI-경험 환자 중 45.2% 및 CPI-미경험 환자 중 52.8%는 0의 ECOG 수행 상태를 가졌고, 그리고 CPI-경험 환자 중 54.8% 및 CPI-미경험 환자 중 47.2%는 1의 ECOG 수행 상태를 가졌다. CPI-경험 환자에서 가장 흔한 종양 유형은 비소세포 폐암 (71.4%) 및 흑색종 (19%)이었다. CPI-미경험 환자에서 가장 흔한 종양 유형은 비소세포 폐암 (13.9%), 흑색종 (12.5%), 신장 세포 암 (33.3%) 및 요로상피세포암 (13.9%)이었다. CPI-경험 환자는 전이성 질환에 대한 3 중위수의 선행 전신 요법을 제공받았고, 반면 CPI-미경험 환자는 전이성 질환에 대한 2 중위수의 선행 전신 요법을 제공받았다. CPI-경험 환자 중 50%는 < 5%의 종양 침윤 면역 세포 및 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈고, 그리고 환자 중 28.6%는 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈다. CPI-미경험 환자 중 75%는 < 5%의 종양 침윤 면역 세포 및 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈고, 그리고 환자 중 13.9%는 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈다.
표 8. 확장기에서 환자 인구통계 및 질환 특징.
확장
CPI 경험
(n = 42)		 CPI 미경험
(n = 72)
중위 연령 (범위), 세 61.5 (36 - 82) 57.5 (29 - 79)
남성, n (%) 25 (59.5) 31 (43.1)
ECOG PS, n (%)
0
1
19 (45.2)
23 (54.8)
38 (52.8)
34 (47.2)
가장 흔한 종양 유형, n (%)
결장암
NSCLC
흑색종
직장암
RCC
TNBC
UC
-
30 (71.4)
8 (19.0)
-
-
-
-
-
10 (13.9)
9 (12.5)
-
9 (12.5)
24 (33.3)
10 (13.9)
전이성 질환에 대한 선행 전신 요법의 중위수 (범위), n 3 (1 - 10) 2 (1 - 11)
선행 관문 저해제, n (%) 42 (100) 0
PD-L1 (Ventana SP142), n (%)
< 5% IC 및 TC
≥ 5% IC 또는 TC
결측
21 (50.0)
12 (28.6)
9 (21.4)
54 (75.0)
10 (13.9)
8 (11.1)
NSCLC = 비소세포 폐암; RCC = 신장 세포 암; TNBC = 삼중 음성 유방암; UC = 요로상피세포암; CPI = 관문 저해제; IC = 종양 침윤 면역 세포; TC = 종양 세포.
노출 및 성향
표 9는 임상 1b상 단계 연구에서 환자에 대한 치료 노출 및 환자 성향의 요약을 제공한다. RNA 백신을 이용한 치료의 중위 지속 기간은 57 일이었고, 그리고 아테졸리주맙을 이용한 치료의 중위 지속 기간은 66 일이었다. 총 6번의 RNA 백신 용량 감소 및 1번의 RNA 백신 중단이 발생하였다. 환자 중 76.8%는 양쪽 연구 치료를 중단하였고, 그리고 환자 중 23.2%는 치료를 계속하고 있다. RNA 백신 중단 중 63.4%는 질환 진행으로 인해 발생하였고, 3.5%는 사망으로 인해 발생하였고, 5.6%는 부작용으로 인해 발생하였고, 그리고 1.4%는 개체에 의한 포기로 인해 발생하였다. 환자 중 16.9%는 6 주의 요법을 완료하기에 앞서 질환 진행으로 인해 연구 치료를 중단하였다.
표 9. 환자 노출 및 성향.
RNA 백신 IV 용량 + 아테졸리주맙 1200mg IV q3w
15 ㎍
(n = 27)		 25 ㎍
(n = 95)		 38 ㎍
(n = 11)		 50 ㎍
(n = 9)		 총합
(N=142)
DLT, n (%) 0 0 0 0 0
RNA 백신 용량 감소, n (%) 1 (3.7) 2 (2.1) 1 (9.1) 2 (22.2) 6 (4.2)
RNA 백신을 이용한 중위 (범위) 치료 지속 기간, 일 65
(8-253)		 57
(1-400)		 64
(35-441)		 36
(1-253)		 57
(1-441)
아테졸리주맙을 이용한 중위 (범위) 치료 지속 기간, 일 104
(1-316)		 64
(1-462)		 106 (21-504) 22
(1-296)		 66
(1 - 504)
치료 계속, n (%) 9 (33.3) 22 (23.2) 2 (18.3) 0 33 (23.2)
RNA 백신만 중단, n (%) 0 1 (1.1)a 0 0 1 (0.7)
양쪽 연구 치료 중단, n (%) 18 (66.7) 72 (75.8) 9 (81.8) 9 (100) 109 (76.8)
RNA 백신 중단의 원인, n (%)
질환 진행
사망b
AE
개체에 의한 포기
기타

15 (55.6)
1 (3.7)
0
1 (3.7)
1 (3.7)

61 (64.2)
4 (4.2)
5 (5.3)
1 (1.1)
2 (2.1)

8 (72.7)
0
1 (9.1)
0
0

6 (66.7)
0
2 (22.2)
0
1 (11.1)

90 (63.4)
5 (3.5)
8 (5.6)
2 (1.4)
4 (2.8)
6 주의 요법을 완료하기에 앞서 질환 진행으로 인한 치료 중단, n (%) 2 (7.4) 19 (20.0) 1 (9.1) 2 (22.2) 24 (16.9)
a 환자는 RNA 백신과 동시에 아테졸리주맙을 중단하였다. 하지만, 아테졸리주맙 중단 정보는 가용하지 않다.
b 4명의 사망은 악성 신생물 진행에 기인하였다. 1명의 사망은 심낭 삼출액 악성에 기인하였다. 이들 사망 중 어느 것도 연구 치료에 관련되지 않았다.
안전성
도 19는 임상 1b상 단계 연구에서 > 10%의 환자에서 발생하는 가장 흔한 AE의 요약을 제공한다. > 10%의 환자에서 발생하는 치료 관련 부작용은 일차적으로 전신 반응, 예컨대 주입 관련 반응, 사이토킨 방출 증후군 및 인플루엔자 유사 질병이었다. > 10%의 환자에서 발생하는 다른 AE는 피로, 메스꺼움, 열병, 설사, 식욕 감소, 구토, 두통, 기침, 호흡곤란, 관절통, 변비 및 빈혈을 포함하였다. 악성 신생물 진행의 심각한 부작용이 14%의 환자에서 보고되었다 (데이터 제시되지 않음). 실시예 1-4에서 설명된 임상 1a상 단계 연구에서 단일요법으로서 RNA 백신이 투여된 환자에 비하여, 면역 매개 부작용에서 증가가 관찰되지 않았다 (데이터 제시되지 않음).
표 10에서 도시된 바와 같이, 전신 반응에 대한 중위 개시 시간은 15 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자의 경우 5.7 시간, 25 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자의 경우 4.0 시간, 38 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자의 경우 4.1 시간, 그리고 50 ㎍의 용량으로 RNA 백신이 투여된 환자의 경우 3.2 시간이었다. 전신 반응은 1.8 시간 또는 그 이하의 중위 시간 내에 해결되었다.
표 10. 전신 반응의 개시 및 해결까지 중위 시간.
RNA 백신 IV 용량 + 아테졸리주맙 1200mg IV 중위 (범위) 개시 시간, 시간
(n = 70)		 중위 (범위) 해결 시간, 시간
(n = 57)
15 ㎍ 5.7 (1.1 - 11.8) 1.8 (0.3 - 5.1)
25 ㎍ 4.0 (0.7 - 9.7) 1.8 (0.1 - 20.1)
38 ㎍ 4.1 (2.1 - 6.1) 1.5 (0.4 - 3.3)
50 ㎍ 3.2 (2.4 - 5.9) 1.4 (0.4 - 1.7)
표 11은 ≥ 5%의 환자에서 발생하는 전신 반응의 개별 징후와 증상의 개요를 제공한다.
표 11. ≥ 5 환자에서 전신 반응 (CRS/IRR/ILI)의 개별 징후와 증상.
RNA 백신 IV 용량 + 아테졸리주맙 1200mg IV
n (%) 15 ㎍
(n = 27)		 25 ㎍
(n = 95)		 38 ㎍
(n = 11)		 50 ㎍
(n = 9)		 모든 환자(N = 142)
열병 10 (37.0) 60 (63.2) 10 (90.9) 6 (66.7) 86 (60.6)
오한 11 (40.7) 58 (61.1) 8 (72.7) 7 (77.8) 84 (59.2)
메스꺼움 2 (7.4) 14 (14.7) 2 (18.2) 2 (22.2) 20 (14.1)
빈맥 1 (3.7) 8 (8.4) 2 (18.2) 3 (33.3) 14 (9.9)
두통 3 (11.1) 7 (7.4) 2 (18.2) 0 12 (8.5)
구토 1 (3.7) 9 (9.5) 2 (18.2) 0 12 (8.5)
고혈압 1 (3.7) 5 (5.3) 0 2 (22.2) 8 (5.6)
저혈압 3 (11.1) 3 (3.2) 1 (9.1) 0 7 (4.9)
근육통 2 (7.4) 4 (4.2) 1 (9.1) 0 7 (4.9)
요통 0 4 (4.2) 1 (9.1) 1 (11.1) 6 (4.2)
피로 1 (3.7) 4 (4.2) 0 0 5 (3.5)
저산소증 0 3 (3.2) 1 (9.1) 1 (11.1) 5 (3.5)
CRS = 사이토킨 방출 증후군 (CTCAE v.5); IRR = 주입 관련 반응; ILI = 인플루엔자 유사 질병.
용량 제한 독성은 관찰되지 않았고, 그리고 최대 내성 용량은 도달되지 않았다. 이에 더하여, 치료 관련 AE는 일차적으로, 낮은 등급 사이토킨 방출 증후군 (CRS), 주입 관련 반응 (IRR), 또는 독감 같은 증상으로서 현성하는 전신 반응이었다. 전반적으로, 전신 반응은 일시적이고, 가역적이며, 외래 세팅에서 관리 가능하였다.
선천성 면역 반응
연구 동안 혈장에서 사이토킨의 분석은 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 투여가 예를 들면 실시예 4에서 설명된 바와 같이, 임상 1a상 단계 연구에서 환자에 대해 관찰된 것과 유사한 방식으로, 친염증성 사이토킨의 박동성 방출을 유도한다는 것을 보여주었다 (데이터 제시되지 않음).
신항원 특이적 면역 반응
평가된 환자 중 약 73% (n=63)에서 EliSpot 검정 (참조: 예를 들면, 도 6) 및 MHC 다합체 염색 검정 (참조: 예를 들면, 도 8)에 의해, 탈체 신항원 특이적 T 세포 반응이 검출되었다 (도 20). 환자에서 신항원 특이적 반응의 중위수는 2.6 (1-9의 범위)이었다. 게다가, 검사된 환자 (n = 14)에서 CD4+ 및 CD8+ T 세포 반응 둘 모두가 검출되었다 (데이터 제시되지 않음).
1200 mg 아테졸리주맙 및 38 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 직장암 환자의 종양에서 T 세포 수용체 염기서열분석에 의한 T 세포 수용체의 분석은 신항원 특이적 T 세포가 RNA 백신을 이용한 치료 이후에만 종양 내 존재한다는 것을 보여주었다 (도 21). 이들 결과는 RNA 백신이 RNA 백신에 의해 자극된 T 세포의 종양 내로의 침윤을 유도한다는 것을 암시하였다.
전체적으로, 이들 결과는 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신이 대다수의 치료된 환자에서 신항원 특이적 T 세포 반응을 유도한다는 것을 증명하였다.
임상적 활동
아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신으로 치료를 받은 환자에서 관찰된 임상적 반응의 요약은 도 22에서 제공된다.
38 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 직장암을 앓는 1명의 환자는 완전 반응 (CR)을 나타냈다. 이 환자는 관문 저해제로 이전에 치료를 받지 않았고, 그리고 SP142 Ventana 검정에 의해 사정될 때 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타내지 않았다.
38 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료를 받은 삼중 음성 유방암을 앓는 다른 환자 (도 22에서 상자에 의해 표시됨)는 부분 반응 (PR)을 나타냈다. 이 환자는 관문 저해제로 이전에 치료를 받았고 (CPI-경험), 그리고 SP142 Ventana 검정에 의해 사정될 때 ≥ 5%의 종양 침윤 면역 세포 또는 종양 세포에서 PD-L1 발현을 나타냈다. 도 23a-23b에서 도시된 바와 같이, 기준선에서, 이 환자는 전이성 질환과 연관된 여러 종양 덩어리가 보였고 CD8+ 신항원 특이적 T 세포에 대해 음성이었다 (0.01%; 배경 수준). 4차 주기에서, 종양의 크기가 감소하였고, 그리고 상기 환자는 2.2% CD8+ 신항원 특이적 T 세포를 가졌다.
적응증 특이적 확장기에서 임상적 활동
실시예 1에서 설명되고 도 4에서 도시된 바와 같이, 임상 1b상 단계 연구는 특이적 종양 유형을 앓는 환자 (관문 저해제 미경험 또는 경험 중 어느 하나)가 아테졸리주맙 (1200 mg)과 병용으로 15 ㎍ 또는 25 ㎍의 용량에서 RNA 백신으로 치료되는 적응증 특이적 확장기를 포함하였다. 임상 1b상 단계 연구의 적응증 특이적, 관문 저해제 미경험 확장기에 포함되는 환자에 대한 기준선 환자 및 질환 특징의 요약은 표 12에서 제공된다.
표 12. 적응증 특이적 확장기에서 기준선 환자 특징.

코호트
중위 (범위) 선행 요법, n 		PD-L1 발현, n (%) a
< 5% ≥ 5% 결측
UC (n = 10) 1 (1-3) 7 (70) 3 (30) 0
NSCLC (n = 10) 1.5 (1-5) 8 (100) 0 2
TNBC (n = 22) 3.5 (1-11) 16 (80) 4 (20) 2
RCC (n = 9) 1 (1-1) 7 (77.7) 2 (22.2) 0
흑색종 (n = 10) 1 (1-2) 9 (90.0) 0 1
모든 환자는 관문 저해제 미경험이었다; aSP142 Ventana 검정에 의해 분석된 IC/TC에서 PD-L1 발현. UC = 요로상피세포 암종; NSCLC = 비소세포 폐암; TNBC= 삼중 음성 유방암; RCC = 신장 세포 암.
도 24a-24e는 요로상피세포 암종 (도 24a), 신장 세포 암종 (도 24b), 흑색종 (도 24c), 삼중 음성 유방암 (도 24d), 그리고 비소세포 폐암 (도 24e)을 앓는 관문 저해제 미경험 환자에 대한 가장 긴 직경 (SLD) 및 객관적인 반응률 (ORR)의 합계에서 시간의 추이에서 변화를 제공한다. 요로상피세포 암종 환자는 10%의 ORR을 가졌고, 신장 세포 암종 환자는 22%의 ORR을 가졌고, 흑색종 환자는 30%의 ORR을 가졌고, 삼중 음성 유방암 환자는 4%의 ORR을 가졌고, 그리고 비소세포 폐암 환자는 10%의 ORR을 가졌다.
논의
본 실시예에서 설명된 결과는 아테졸리주맙과 병용으로 투여된 RNA 백신이 일반적으로 충분히 내약성이라는 것을 증명하였다. 용량 제한 독성은 관찰되지 않았고, 그리고 최대 내성 용량은 도달되지 않았다. 치료 동안 면역 모니터링은 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신의 투여가 친염증성 사이토킨의 방출, 대다수의 환자에서 말초 T-세포 반응, 그리고 1명의 환자의 종양 내로 RNA 백신 유도 T 세포의 침윤을 유도한다는 것을 보여주었다. 이에 더하여, 아테졸리주맙과 병용으로 RNA 백신을 이용한 치료 이후에 완전 반응이 1명의 환자에서 관찰되었고, 그리고 객관적인 반응이 다양한 종양 유형을 앓는 여러 환자에서 관찰되었다. 전반적으로, 이들 결과는 선천성 면역 반응 및 신항원 제시의 자극기로서 RNA 백신의 제안된 이중 작용 기전과 일치한다 (참조: 예를 들면, 도 10a-10b).
서열
모든 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 묘사된다. 모든 폴리펩티드 서열은 N 말단에서 C 말단 방향으로 묘사된다.
항-PDL1 항체 HVR-H1 서열 (서열 번호: 1)
GFTFSDSWIH
항-PDL1 항체 HVR-H2 서열 (서열 번호: 2)
AWISPYGGSTYYADSVKG
항-PDL1 항체 HVR-H3 서열 (서열 번호: 3)
RHWPGGFDY
항-PDL1 항체 HVR-L1 서열 (서열 번호: 4)
RASQDVSTAVA
항-PDL1 항체 HVR-L2 서열 (서열 번호: 5)
SASFLYS
항-PDL1 항체 HVR-L3 서열 (서열 번호: 6)
QQYLYHPAT
항-PDL1 항체 VH 서열 (서열 번호: 7)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYA
DSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS
항-PDL1 항체 VL 서열 (서열 번호: 8)
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIY SASF
LYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR
항-PDL1 항체 중쇄 서열 (서열 번호: 9)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYA
DSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSAST
KGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLS
SVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKP
KDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTV
LHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVK
GFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEAL
HNHYTQKSLSLSPG
항-PDL1 항체 경쇄 서열 (서열 번호: 10)
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFS
GSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKS
GTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEK
HKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
니볼루맙 중쇄 서열 (서열 번호: 11)
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWY
DGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSS
ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLY
SLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKP
KDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTV
LHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVK
GFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEAL
HNHYTQKSLSLSLG
니볼루맙 경쇄 서열 (서열 번호: 12)
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRAT
GIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPS
DEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSK
ADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
펨블로리주맙 중쇄 서열 (서열 번호: 13)
QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGG
INPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYW
GQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGV
HTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCP
APEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTK
PREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAK
GQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENN
YKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLG
펨블로리주맙 경쇄 서열 (서열 번호: 14)
EIVLTQSPAT LSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLES
GVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVF
IFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQ
DSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
아벨루맙 중쇄 서열 (서열 번호: 15)
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYIMMWVRQAPGKGLEWVSSIYPSGGITFYAD
TVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARIKLGTVTTVDYWGQGTLVTVSSAST
KGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLS
SVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKP
KDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTV
LHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVK
GFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEAL
HNHYTQKSLSLSPG
아벨루맙 경쇄 서열 (서열 번호: 16)
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSN
RFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTRVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSS
EELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQ
WKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS
더발루맙 중쇄 서열 (서열 번호: 17)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYY
VDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGWFGELAFDYWGQGTLVTVS
SASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGL
YSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLF
PPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVS
VLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLT
CLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSV
MHEALHNHYTQKSLSLSPG
더발루맙 경쇄 서열 (서열 번호: 18)
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQRVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASSRATGIPDRFS
GSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSLPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKS
GTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEK
HKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
전체 PCV RNA 5' 불변 서열 (서열 번호: 19)
GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGAGAG
UGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGAC
AUGGGCCGGAAGC
전체 PCV RNA 3' 불변 서열 (서열 번호: 20)
AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUG
GUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGC
CAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCCUAGUAAC
UCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCC
GAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCA
CCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGC
CUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUU
AACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUG
GUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU
전체 PCV 코자크 RNA (서열 번호: 21)
GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC
전체 PCV 코자크 DNA (서열 번호: 22)
GGCGAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC
짧은 코자크 RNA (서열 번호: 23)
UUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC
짧은 코자크 DNA (서열 번호: 24)
TTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC
sec RNA (서열 번호: 25)
AUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGA
CAGAGACAUGGGCCGGAAGC
sec DNA (서열 번호: 26)
ATGAGAGTGATGGCCCCCAGAACCCTGATCCTGCTGCTGTCTGGCGCCCTGGCCCTGACA
GAGACATGGGCCGGAAGC
sec 단백질 (서열 번호: 27)
MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS
MITD RNA (서열 번호: 28)
AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUG
GUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGC
CAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC
MITD DNA (서열 번호: 29)
ATCGTGGGAATTGTGGCAGGACTGGCAGTGCTGGCCGTGGTGGTGATCGGAGCCGTGGT
GGCTACCGTGATGTGCAGACGGAAGTCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCTACAGCCAG
GCCGCCAGCTCTGATAGCGCCCAGGGCAGCGACGTGTCACTGACAGCC
MITD 단백질 (서열 번호: 30)
IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKSSGGKGGSYSQAASSDSAQGSDVSLTA
전체 PCV FI RNA (서열 번호: 31)
CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCC
CGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACC
ACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAG
CCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUU
UAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCU
GGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU
전체 PCV FI DNA (서열 번호: 32)
CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTC
CCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCT
AGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACA
CCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTA
TACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCGAGACCTGGTCCAGAGTCGC
TAGCCGCGTCGCT
F 요소 RNA (서열 번호: 33)
CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUC
UCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCU
GCUAGUUCCAGACACCUCC
F 요소 DNA (서열 번호: 34)
CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTC
CCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCT
AGTTCCAGACACCTCC
I 요소 RNA (서열 번호: 35)
CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACA
GCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGG
GUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG
I 요소 DNA (서열 번호: 36)
CAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAG
CAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTG
GTCAATTTCGTGCCAGCCACACCG
링커 RNA (서열 번호: 37)
GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC
링커 DNA (서열 번호: 38)
GGCGGCTCTGGAGGAGGCGGCTCCGGAGGC
링커 단백질 (서열 번호: 39)
GGSGGGGSGG
전체 PCV DNA 5' 불변 서열 (서열 번호: 40)
GGCGAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGAGAGT
GATGGCCCCCAGAACCCTGATCCTGCTGCTGTCTGGCGCCCTGGCCCTGACAGAGACATG
GGCCGGAAGC
전체 PCV DNA 3' 불변 서열 (서열 번호: 41)
ATCGTGGGAATTGTGGCAGGACTGGCAGTGCTGGCCGTGGTGGTGATCGGAGCCGTGGT
GGCTACCGTGATGTGCAGACGGAAGTCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCTACAGCCAG
GCCGCCAGCTCTGATAGCGCCCAGGGCAGCGACGTGTCACTGACAGCCTAGTAACTCGA
GCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCT
CCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCT
AGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACA
CCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTA
TACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCGAGACCTGGTCCAGAGTCGC
TAGCCGCGTCGCT
캡으로부터 5' GG를 포함하는 전체 PCV RNA (서열 번호: 42)
GGGGCGAACU AGUAUUCUUC UGGUCCCCAC AGACUCAGAG AGAACCCGCC
ACCAUGAGAG UGAUGGCCCC CAGAACCCUG AUCCUGCUGC UGUCUGGCGC
CCUGGCCCUG ACAGAGACAU GGGCCGGAAG CNAUCGUGGGA AUUGUGGCAG
GACUGGCAGU GCUGGCCGUG GUGGUGAUCG GAGCCGUGGU GGCUACCGUG
AUGUGCAGAC GGAAGUCCAG CGGAGGCAAG GGCGGCAGCU ACAGCCAGGC
CGCCAGCUCU GAUAGCGCCC AGGGCAGCGA CGUGUCACUG ACAGCCUAGU
AACUCGAGCU GGUACUGCAU GCACGCAAUG CUAGCUGCCC CUUUCCCGUC
CUGGGUACCC CGAGUCUCCC CCGACCUCGG GUCCCAGGUA UGCUCCCACC
UCCACCUGCC CCACUCACCA CCUCUGCUAG UUCCAGACAC CUCCCAAGCA
CGCAGCAAUG CAGCUCAAAA CGCUUAGCCU AGCCACACCC CCACGGGAAA
CAGCAGUGAU UAACCUUUAG CAAUAAACGA AAGUUUAACU AAGCUAUACU
AACCCCAGGG UUGGUCAAUU UCGUGCCAGC CACACCGAGA CCUGGUCCAG
AGUCGCUAGC CGCGUCGCUA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA
SEQUENCE LISTING <110> Genentech, Inc. BioNTech SE F. Hoffmann-La Roche AG Hoffmann-La Roche Inc. <120> METHODS OF INDUCING NEOEPITOPE-SPECIFIC T CELLS WITH A PD-1 AXIS BINDING ANTAGONIST AND AN RNA VACCINE <130> 14639-20501.40 <140> Not Yet Assigned <141> Concurrently Herewith <150> US 63/041,707 <151> 2020-06-19 <150> US 62/968,818 <151> 2020-01-31 <160> 42 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 1 Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His 1 5 10 <210> 2 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 2 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 1 5 10 15 Lys Gly <210> 3 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 3 Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr 1 5 <210> 4 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 4 Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala 1 5 10 <210> 5 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 5 Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser 1 5 <210> 6 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 6 Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr 1 5 <210> 7 <211> 118 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 7 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser 20 25 30 Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Leu Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 8 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 8 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 9 <211> 447 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 9 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser 20 25 30 Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro 115 120 125 Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly 130 135 140 Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn 145 150 155 160 Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln 165 170 175 Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser 180 185 190 Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser 195 200 205 Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr 210 215 220 His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser 225 230 235 240 Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg 245 250 255 Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro 260 265 270 Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala 275 280 285 Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val 290 295 300 Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr 305 310 315 320 Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr 325 330 335 Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu 340 345 350 Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys 355 360 365 Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser 370 375 380 Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp 385 390 395 400 Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser 405 410 415 Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala 420 425 430 Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly 435 440 445 <210> 10 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 10 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 <210> 11 <211> 439 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 11 Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser 100 105 110 Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser 115 120 125 Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp 130 135 140 Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr 145 150 155 160 Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr 165 170 175 Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys 180 185 190 Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp 195 200 205 Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala 210 215 220 Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro 225 230 235 240 Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val 245 250 255 Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val 260 265 270 Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln 275 280 285 Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln 290 295 300 Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly 305 310 315 320 Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro 325 330 335 Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr 340 345 350 Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser 355 360 365 Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr 370 375 380 Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr 385 390 395 400 Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe 405 410 415 Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys 420 425 430 Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly 435 <210> 12 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> 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Ser Val Val Thr Val Pro 180 185 190 Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys 195 200 205 Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro 210 215 220 Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val 225 230 235 240 Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr 245 250 255 Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu 260 265 270 Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys 275 280 285 Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser 290 295 300 Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys 305 310 315 320 Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile 325 330 335 Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro 340 345 350 Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu 355 360 365 Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn 370 375 380 Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser 385 390 395 400 Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg 405 410 415 Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu 420 425 430 His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly 435 440 445 <210> 14 <211> 218 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 14 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser 20 25 30 Gly Tyr Ser Tyr Leu His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro 35 40 45 Arg Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser Gly Val Pro Ala 50 55 60 Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser 65 70 75 80 Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln His Ser Arg 85 90 95 Asp Leu Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg 100 105 110 Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln 115 120 125 Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr 130 135 140 Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser 145 150 155 160 Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr 165 170 175 Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys 180 185 190 His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro 195 200 205 Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 215 <210> 15 <211> 449 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 15 Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Ile Met Met Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ser Ser Ile Tyr Pro Ser Gly Gly Ile Thr Phe Tyr Ala Asp Thr Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Ile Lys Leu Gly Thr Val Thr Thr Val Asp Tyr Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val 115 120 125 Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala 130 135 140 Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser 145 150 155 160 Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val 165 170 175 Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro 180 185 190 Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys 195 200 205 Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp 210 215 220 Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly 225 230 235 240 Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile 245 250 255 Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu 260 265 270 Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His 275 280 285 Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg 290 295 300 Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys 305 310 315 320 Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu 325 330 335 Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr 340 345 350 Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu 355 360 365 Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp 370 375 380 Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val 385 390 395 400 Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp 405 410 415 Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His 420 425 430 Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro 435 440 445 Gly <210> 16 <211> 216 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 16 Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln 1 5 10 15 Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr 20 25 30 Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu 35 40 45 Met Ile Tyr Asp Val Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe 50 55 60 Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu 65 70 75 80 Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser 85 90 95 Ser Thr Arg Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu Gly Gln 100 105 110 Pro Lys Ala Asn Pro Thr Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr 130 135 140 Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro Val Lys 145 150 155 160 Ala Gly Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr 165 170 175 Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His 180 185 190 Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys 195 200 205 Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser 210 215 <210> 17 <211> 450 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 17 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr 20 25 30 Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Glu Gly Gly Trp Phe Gly Glu Leu Ala Phe Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser 115 120 125 Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala 130 135 140 Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val 145 150 155 160 Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala 165 170 175 Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val 180 185 190 Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His 195 200 205 Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys 210 215 220 Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Glu Gly 225 230 235 240 Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met 245 250 255 Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His 260 265 270 Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val 275 280 285 His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr 290 295 300 Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly 305 310 315 320 Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Ser Ile 325 330 335 Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val 340 345 350 Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser 355 360 365 Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu 370 375 380 Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro 385 390 395 400 Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val 405 410 415 Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met 420 425 430 His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser 435 440 445 Pro Gly 450 <210> 18 <211> 215 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 18 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Arg Val Ser Ser Ser 20 25 30 Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu 35 40 45 Ile Tyr Asp Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser 50 55 60 Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu 65 70 75 80 Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Leu Pro 85 90 95 Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala 100 105 110 Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser 115 120 125 Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu 130 135 140 Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser 145 150 155 160 Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu 165 170 175 Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val 180 185 190 Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys 195 200 205 Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 215 <210> 19 <211> 129 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 19 ggcgaacuag uauucuucug guccccacag acucagagag aacccgccac caugagagug 60 auggccccca gaacccugau ccugcugcug ucuggcgccc uggcccugac agagacaugg 120 gccggaagc 129 <210> 20 <211> 488 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 20 aucgugggaa uuguggcagg acuggcagug cuggccgugg uggugaucgg agccguggug 60 gcuaccguga ugugcagacg gaaguccagc ggaggcaagg gcggcagcua cagccaggcc 120 gccagcucug auagcgccca gggcagcgac gugucacuga cagccuagua acucgagcug 180 guacugcaug cacgcaaugc uagcugcccc uuucccgucc uggguacccc gagucucccc 240 cgaccucggg ucccagguau gcucccaccu ccaccugccc cacucaccac cucugcuagu 300 uccagacacc ucccaagcac gcagcaaugc agcucaaaac gcuuagccua gccacacccc 360 cacgggaaac agcagugauu aaccuuuagc aauaaacgaa aguuuaacua agcuauacua 420 accccagggu uggucaauuu cgugccagcc acaccgagac cugguccaga gucgcuagcc 480 gcgucgcu 488 <210> 21 <211> 51 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 21 ggcgaacuag uauucuucug guccccacag acucagagag aacccgccac c 51 <210> 22 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 22 ggcgaactag tattcttctg gtccccacag actcagagag aacccgccac c 51 <210> 23 <211> 39 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 23 uucuucuggu ccccacagac ucagagagaa cccgccacc 39 <210> 24 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 24 ttcttctggt ccccacagac tcagagagaa cccgccacc 39 <210> 25 <211> 78 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 25 augagaguga uggcccccag aacccugauc cugcugcugu cuggcgcccu ggcccugaca 60 gagacauggg ccggaagc 78 <210> 26 <211> 78 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 26 atgagagtga tggcccccag aaccctgatc ctgctgctgt ctggcgccct ggccctgaca 60 gagacatggg ccggaagc 78 <210> 27 <211> 26 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 27 Met Arg Val Met Ala Pro Arg Thr Leu Ile Leu Leu Leu Ser Gly Ala 1 5 10 15 Leu Ala Leu Thr Glu Thr Trp Ala Gly Ser 20 25 <210> 28 <211> 165 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 28 aucgugggaa uuguggcagg acuggcagug cuggccgugg uggugaucgg agccguggug 60 gcuaccguga ugugcagacg gaaguccagc ggaggcaagg gcggcagcua cagccaggcc 120 gccagcucug auagcgccca gggcagcgac gugucacuga cagcc 165 <210> 29 <211> 165 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 29 atcgtgggaa ttgtggcagg actggcagtg ctggccgtgg tggtgatcgg agccgtggtg 60 gctaccgtga tgtgcagacg gaagtccagc ggaggcaagg gcggcagcta cagccaggcc 120 gccagctctg atagcgccca gggcagcgac gtgtcactga cagcc 165 <210> 30 <211> 55 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 30 Ile Val Gly Ile Val Ala Gly Leu Ala Val Leu Ala Val Val Val Ile 1 5 10 15 Gly Ala Val Val Ala Thr Val Met Cys Arg Arg Lys Ser Ser Gly Gly 20 25 30 Lys Gly Gly Ser Tyr Ser Gln Ala Ala Ser Ser Asp Ser Ala Gln Gly 35 40 45 Ser Asp Val Ser Leu Thr Ala 50 55 <210> 31 <211> 317 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 31 cucgagcugg uacugcaugc acgcaaugcu agcugccccu uucccguccu ggguaccccg 60 agucuccccc gaccucgggu cccagguaug cucccaccuc caccugcccc acucaccacc 120 ucugcuaguu ccagacaccu cccaagcacg cagcaaugca gcucaaaacg cuuagccuag 180 ccacaccccc acgggaaaca gcagugauua accuuuagca auaaacgaaa guuuaacuaa 240 gcuauacuaa ccccaggguu ggucaauuuc gugccagcca caccgagacc ugguccagag 300 ucgcuagccg cgucgcu 317 <210> 32 <211> 311 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 32 ctggtactgc atgcacgcaa tgctagctgc ccctttcccg tcctgggtac cccgagtctc 60 ccccgacctc gggtcccagg tatgctccca cctccacctg ccccactcac cacctctgct 120 agttccagac acctcccaag cacgcagcaa tgcagctcaa aacgcttagc ctagccacac 180 ccccacggga aacagcagtg attaaccttt agcaataaac gaaagtttaa ctaagctata 240 ctaaccccag ggttggtcaa tttcgtgcca gccacaccga gacctggtcc agagtcgcta 300 gccgcgtcgc t 311 <210> 33 <211> 136 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 33 cugguacugc augcacgcaa ugcuagcugc cccuuucccg uccuggguac cccgagucuc 60 ccccgaccuc gggucccagg uaugcuccca ccuccaccug ccccacucac caccucugcu 120 aguuccagac accucc 136 <210> 34 <211> 136 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 34 ctggtactgc atgcacgcaa tgctagctgc ccctttcccg tcctgggtac cccgagtctc 60 ccccgacctc gggtcccagg tatgctccca cctccacctg ccccactcac cacctctgct 120 agttccagac acctcc 136 <210> 35 <211> 143 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 35 caagcacgca gcaaugcagc ucaaaacgcu uagccuagcc acacccccac gggaaacagc 60 agugauuaac cuuuagcaau aaacgaaagu uuaacuaagc uauacuaacc ccaggguugg 120 ucaauuucgu gccagccaca ccg 143 <210> 36 <211> 143 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 36 caagcacgca gcaatgcagc tcaaaacgct tagcctagcc acacccccac gggaaacagc 60 agtgattaac ctttagcaat aaacgaaagt ttaactaagc tatactaacc ccagggttgg 120 tcaatttcgt gccagccaca ccg 143 <210> 37 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 37 ggcggcucug gaggaggcgg cuccggaggc 30 <210> 38 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 38 ggcggctctg gaggaggcgg ctccggaggc 30 <210> 39 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 39 Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly 1 5 10 <210> 40 <211> 129 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 40 ggcgaactag tattcttctg gtccccacag actcagagag aacccgccac catgagagtg 60 atggccccca gaaccctgat cctgctgctg tctggcgccc tggccctgac agagacatgg 120 gccggaagc 129 <210> 41 <211> 488 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 41 atcgtgggaa ttgtggcagg actggcagtg ctggccgtgg tggtgatcgg agccgtggtg 60 gctaccgtga tgtgcagacg gaagtccagc ggaggcaagg gcggcagcta cagccaggcc 120 gccagctctg atagcgccca gggcagcgac gtgtcactga cagcctagta actcgagctg 180 gtactgcatg cacgcaatgc tagctgcccc tttcccgtcc tgggtacccc gagtctcccc 240 cgacctcggg tcccaggtat gctcccacct ccacctgccc cactcaccac ctctgctagt 300 tccagacacc tcccaagcac gcagcaatgc agctcaaaac gcttagccta gccacacccc 360 cacgggaaac agcagtgatt aacctttagc aataaacgaa agtttaacta agctatacta 420 accccagggt tggtcaattt cgtgccagcc acaccgagac ctggtccaga gtcgctagcc 480 gcgtcgct 488 <210> 42 <211> 740 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <220> <221> misc_feature <222> 1,2 <223> Linkage between the first two G residues is the unusual bond (5'->5')-pp(s)p-, e.g., as shown in Table 1 and in FIG. 3 of the specification <220> <221> misc_feature <222> 132 <223> n = A,T,C, G or U <220> <221> misc_feature <222> 132 <223> Exists as polynucleotide sequence(s) as defined in the specification and may encode neoepitopes, optionally separated by linkers, as defined in the specification (e.g., FIGS. 1-2) <400> 42 ggggcgaacu aguauucuuc ugguccccac agacucagag agaacccgcc accaugagag 60 ugauggcccc cagaacccug auccugcugc ugucuggcgc ccuggcccug acagagacau 120 gggccggaag cnaucguggg aauuguggca ggacuggcag ugcuggccgu gguggugauc 180 ggagccgugg uggcuaccgu gaugugcaga cggaagucca gcggaggcaa gggcggcagc 240 uacagccagg ccgccagcuc ugauagcgcc cagggcagcg acgugucacu gacagccuag 300 uaacucgagc ugguacugca ugcacgcaau gcuagcugcc ccuuucccgu ccuggguacc 360 ccgagucucc cccgaccucg ggucccaggu augcucccac cuccaccugc cccacucacc 420 accucugcua guuccagaca ccucccaagc acgcagcaau gcagcucaaa acgcuuagcc 480 uagccacacc cccacgggaa acagcaguga uuaaccuuua gcaauaaacg aaaguuuaac 540 uaagcuauac uaaccccagg guuggucaau uucgugccag ccacaccgag accuggucca 600 gagucgcuag ccgcgucgcu aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 660 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 720 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 740

Claims (100)

  1. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법이며, RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 방법.
  2. 제1항에 있어서, 말초혈 샘플은 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 약 5% 또는 약 6% CD8+ T 세포를 포함하는 것인 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 탈체(ex vivo) ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 말초혈 샘플에서 검출되는 것인 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
    개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 개체의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포의 유도를 야기하고,
    네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 것인 방법.
  5. 제4항에 있어서, 네오에피토프-특이적 CD4+ T 세포는 탈체 ELISPOT 분석에 의해 개체로부터 획득된 말초혈 샘플에서 검출되는 것인 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 전과 비교하여 복수의 개체의 적어도 약 70%의 말초혈에서 네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도를 야기하고,
    네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포는 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적이고,
    네오에피토프-특이적 CD4+ 또는 CD8+ T 세포의 유도는 탈체 ELISPOT 또는 MHC 다합체 분석에 의해 사정(assess)되는 것인 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 RNA 백신의 투여 이전의 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준과 비교하여 개체의 말초혈에서 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서의 증가를 야기하는 것인 방법.
  8. 제7항에 있어서, 하나 이상의 염증성 사이토킨 수준에서의 증가는 RNA 백신의 투여 후 약 4 내지 약 6 시간 사이에 개체의 말초혈에 존재하는 것인 방법.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 하나 이상의 염증성 사이토킨은 IFNγ, IFNα, IL-12 및 IL-6으로 구성된 군에서 선택되는 것인 방법.
  10. 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹(trafficking)을 유도하는 방법이며, RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 것인 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 기억 표현형을 갖는 것인 방법.
  12. 제11항에 있어서, 기억 표현형을 갖는 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 효과 기억 T 세포 (Tem)인 방법.
  13. 제12항에 있어서, 효과 기억 T 세포 (Tem)는 CD45RO 양성 및 CCR7 음성인 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포는 PD-1+인 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 낮은 내지 중간 돌연변이 부담(burden)을 갖는 종양을 앓는 것인 방법.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 낮은 종양 부담을 갖는 것인 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 종양은 낮은 또는 음성 PD-L1 발현을 갖는 것인 방법.
  18. 제17항에 있어서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 중 5% 미만이 PD-L1을 발현하는 것인 방법.
  19. 제17항에 있어서, 종양으로부터 획득된 샘플 내 면역 세포 중 5% 미만이 PD-L1을 발현하는 것인 방법.
  20. 제18항 또는 제19항에 있어서, PD-L1을 발현하는 종양으로부터 획득된 샘플 내 종양 세포 또는 면역 세포의 백분율은 면역조직화학을 이용하여 결정되는 것인 방법.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신의 투여는 개체에서 완전 반응 (CR) 또는 부분 반응 (PR)을 야기하는 것인 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 국소 진행성 또는 전이성 고형 종양을 앓거나, 또는 하나 이상의 전이성 재발을 겪는 것인 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 종양은 비소세포 폐 (NSCLC), 방광, 신장(renal), 두경부, 육종, 유방, 흑색종, 전립선, 난소, 위, 간, 요로상피, 결장, 신장의(kidney), 자궁경부, 메르켈 세포 (MCC), 자궁내막, 연조직 육종, 식도, 식도위 접합부, 골육종, 갑상선, 또는 결장직장 종양인 방법.
  24. 제23항에 있어서, 유방 종양은 삼중 음성 유방 (TNBC) 종양인 방법.
  25. 제23항에 있어서,
    종양은 요로상피 종양이고,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기하는 것인 방법.
  26. 제23항에 있어서,
    종양은 신장(renal) 종양이고,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 22%에서 객관적인 반응을 야기하는 것인 방법.
  27. 제23항에 있어서,
    종양은 흑색종 종양이고,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 30%에서 객관적인 반응을 야기하는 것인 방법.
  28. 제24항에 있어서,
    종양은 TNBC 종양이고,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 4%에서 객관적인 반응을 야기하는 것인 방법.
  29. 제23항에 있어서,
    종양은 NSCLC 종양이고,
    복수의 개체에게 RNA 백신을 투여하는 것은 복수의 개체의 적어도 약 10%에서 객관적인 반응을 야기하는 것인 방법.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 1가지 이상의 암 요법 또는 3가지 내지 5가지의 암 요법으로 치료를 받았던 것인 방법.
  31. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 약 1가지 내지 약 17가지 또는 약 1가지 내지 약 9가지의 선행 전신 암 요법으로 치료를 받았던 것인 방법.
  32. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받았던 것인 방법.
  33. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신의 투여에 앞서, 개체는 관문 저해제 요법으로 치료를 받지 않았던 것인 방법.
  34. 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 10종 내지 20종의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜 내 조제되는 것인 방법.
  36. 제35항에 있어서, 리포플렉스 나노입자 또는 리포솜은 RNA 백신의 RNA를 캡슐화하는 다층판 구조를 형성하는 하나 이상의 지질을 포함하는 것인 방법.
  37. 제36항에 있어서, 하나 이상의 지질은 적어도 하나의 양이온성 지질 및 적어도 하나의 보조 지질을 포함하는 것인 방법.
  38. 제36항에 있어서, 하나 이상의 지질은 (R)-N,N,N-트리메틸-2,3-디올레일옥시-1-프로판아미늄 염화물 (DOTMA) 및 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민 (DOPE)을 포함하는 것인 방법.
  39. 제38항에 있어서, 생리학적 pH에서 리포솜의 양전하 대 음전하의 전체 전하 비율은 1.3:2 (0.65)인 방법.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 약 15 ㎍, 약 25 ㎍, 약 38 ㎍, 약 50 ㎍, 약 75 ㎍, 또는 약 100 ㎍의 용량으로 개체에게 투여되는 것인 방법.
  41. 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 개체에게 정맥내 투여되는 것인 방법.
  42. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 7 일 또는 1 주의 간격을 두고 개체에게 투여되는 것인 방법.
  43. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 14 일 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여되는 것인 방법.
  44. 제42항 또는 제43항에 있어서, RNA 백신은 12 주 또는 84 일 동안 개체에게 투여되는 것인 방법.
  45. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은
    1차 주기의 1, 8 및 15일 자,
    2차 주기의 1, 8 및 15일 자,
    3차 주기의 1 및 15일 자,
    7차 주기의 1일 자
    에 개체에게 투여되는 것인 방법.
  46. 제45항에 있어서,
    RNA 백신을
    13차 주기의 1일 자에,
    그 후 24 주 또는 168 일마다
    투여하는 단계
    를 더 포함하는 방법.
  47. 제46항에 있어서, RNA 백신의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속되는 것인 방법.
  48. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은 유도기 동안 1 또는 2 주의 간격을 두고 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은 유지기 동안 24 주의 간격을 두고 개체에게 투여되는 것인 방법.
  49. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은 유도기 동안 7 또는 14 일의 간격을 두고 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은 유지기 동안 168 일의 간격을 두고 개체에게 투여되는 것인 방법.
  50. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 백신은 유도기 및 유도기 후의 유지기에 개체에게 투여되고,
    RNA 백신은 21-일 주기로 개체에게 투여되고,
    유도기 동안, RNA 백신은
    1차 주기의 1, 8 및 15일 자,
    2차 주기의 1, 8 및 15일 자,
    3차 주기의 1 및 15일 자,
    7차 주기의 1일 자
    에 개체에게 투여되고,
    유지기 동안, RNA 백신은
    13차 주기의 1일 자에,
    그 후 24 주 또는 168 일마다 1회
    개체에게 투여되는 것인 방법.
  51. 제48항 또는 제49항에 있어서, 유도기는 RNA 백신의 최대 9회 투여를 포함하는 것인 방법.
  52. 제48항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속되는 것인 방법.
  53. 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 백신은 5'→3' 방향으로
    (1) 5' 캡,
    (2) 5' 비번역 영역 (UTR),
    (3) 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열,
    (4) 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열,
    (5) 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열,
    (6) (a) 스플릿의 아미노 말단 인핸서 (AES) mRNA의 3' 비번역 영역 또는 이의 단편, 및
    (b) 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA 또는 이의 단편
    을 포함하는 3' UTR, 및
    (7) 폴리(A) 서열
    을 포함하는 RNA 분자를 포함하는 것인 방법.
  54. 제53항에 있어서,
    RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고,
    상기 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 하나 이상의 네오에피토프 중 첫 번째 네오에피토프는 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하고,
    상기 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있는 것인 방법.
  55. 제54항에 있어서, 아미노산 링커는 서열 GGSGGGGSGG (서열 번호: 39)를 포함하는 것인 방법.
  56. 제54항에 있어서, 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC (서열 번호: 37)를 포함하는 것인 방법.
  57. 제54항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 분자는 5'→3' 방향으로 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈을 더 포함하고,
    상기 적어도 두 번째 링커-에피토프 모듈은 아미노산 링커를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하고,
    상기 두 번째 링커-네오에피토프 모듈을 형성하는 폴리뉴클레오티드 서열은 5'→3' 방향으로 첫 번째 링커-네오에피토프 모듈의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있고,
    상기 첫 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프는 두 번째 링커-에피토프 모듈의 네오에피토프와 상이한 것인 방법.
  58. 제57항에 있어서,
    RNA 분자는 5개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고,
    상기 5개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 것인 방법.
  59. 제57항에 있어서,
    RNA 분자는 10개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고,
    상기 10개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 것인 방법.
  60. 제57항에 있어서,
    RNA 분자는 20개의 링커-에피토프 모듈을 포함하고,
    상기 20개의 링커-에피토프 모듈은 각각 상이한 네오에피토프를 인코딩하는 것인 방법.
  61. 제53항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서,
    RNA 분자는 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열을 더 포함하고,
    상기 아미노산 링커를 인코딩하는 두 번째 폴리뉴클레오티드 서열은 3' 방향으로 가장 원위인 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 및 MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열 사이에 있는 것인 방법.
  62. 제53항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, 5' 캡은 하기 구조의 D1 부분입체이성질체를 포함하는 것인 방법:
    Figure pct00006
    .
  63. 제53항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 5' UTR은 서열 UUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 23)를 포함하는 것인 방법.
  64. 제53항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 5' UTR은 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (서열 번호: 21)를 포함하는 것인 방법.
  65. 제53항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 분비 신호 펩티드는 아미노산 서열 MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS (서열 번호: 27)를 포함하는 것인 방법.
  66. 제53항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 분비 신호 펩티드를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 25)를 포함하는 것인 방법.
  67. 제53항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부는 아미노산 서열 IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKSSGGKGGSYSQAASSDSAQGSDVSLTA (서열 번호: 30)를 포함하는 것인 방법.
  68. 제53항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 분자의 막경유 및 세포질 도메인의 적어도 일부를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열은 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC (서열 번호: 28)를 포함하는 것인 방법.
  69. 제53항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, AES mRNA의 3' 비번역 영역은 서열 CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCC (서열 번호: 33)를 포함하는 것인 방법.
  70. 제53항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 미토콘드리아에서 인코딩된 12S RNA의 비코딩 RNA는 서열 CAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCG (서열 번호: 35)를 포함하는 것인 방법.
  71. 제53항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 3' UTR은 서열 CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 31)를 포함하는 것인 방법.
  72. 제53항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리(A) 서열은 120개의 아데닌 뉴클레오티드를 포함하는 것인 방법.
  73. 제1항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 백신은 5'→3' 방향으로
    폴리뉴클레오티드 서열 GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGAGAGUGAUGGCCCCCAGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUGACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (서열 번호: 19),
    종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 서열, 및
    폴리뉴클레오티드 서열 AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGACUGGCAGUGCUGGCCGUGGUGGUGAUCGGAGCCGUGGUGGCUACCGUGAUGUGCAGACGGAAGUCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAGCUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUGAUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCCUAGUAACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (서열 번호: 20)
    를 포함하는 RNA 분자를 포함하는 것인 방법.
  74. 제1항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서,
    PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계
    를 더 포함하는 방법.
  75. 제74항에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제인 방법.
  76. 제75항에 있어서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체인 방법.
  77. 제76항에 있어서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 또는 펨블로리주맙인 방법.
  78. 제74항에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제인 방법.
  79. 제78항에 있어서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체인 방법.
  80. 제79항에 있어서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙 또는 더발루맙인 방법.
  81. 제79항에 있어서, 항-PD-L1 항체는
    (a) GFTFSDSWIH (서열 번호: 1)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H1,
    AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호: 2)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-2 및
    RHWPGGFDY (서열 번호: 3)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-3
    을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH),
    (b) RASQDVSTAVA (서열 번호: 4)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L1,
    SASFLYS (서열 번호: 5)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L2 및
    QQYLYHPAT (서열 번호: 6)의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L3
    을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)
    을 포함하는 것인 방법.
  82. 제79항에 있어서, 항-PD-L1 항체는
    서열 번호: 7의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH) 및
    서열 번호: 8의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL)
    을 포함하는 것인 방법.
  83. 제79항에 있어서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙인 방법.
  84. 제74항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 개체에게 정맥내 투여되는 것인 방법.
  85. 제79항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 항-PD-L1 항체는 약 1200 mg의 용량으로 개체에게 투여되는 것인 방법.
  86. 제74항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, PD-1 축 결합 길항제는 21 일 또는 3 주의 간격을 두고 개체에게 투여되는 것인 방법.
  87. 제83항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서,
    아테졸리주맙은 21-일 주기로 개체에게 투여되고,
    아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되는 것인 방법.
  88. 제87항에 있어서,
    아테졸리주맙을
    13차 주기의 1일 자에,
    그 후 3 주 또는 21 일마다
    투여하는 단계
    를 더 포함하는 방법.
  89. 제88항에 있어서, 아테졸리주맙의 투여는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속되는 것인 방법.
  90. 제83항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서,
    아테졸리주맙은 유도기 동안 및 유도기 후의 유지기 동안 21-일 주기로 개체에게 투여되고,
    유도기 동안, 아테졸리주맙은 1차, 2차, 3차, 4차, 5차, 6차, 7차, 8차, 9차, 10차, 11차 및 12차 주기 각각의 1일 자에 투여되고,
    유도기 후의 유지기 동안, 아테졸리주맙은
    13차 주기의 1일 자에,
    그 후 3 주 또는 21 일마다
    투여되는 것인 방법.
  91. 제90항에 있어서, 유지기는 개체에서 질환 진행의 발생 때까지 계속되는 것인 방법.
  92. 제1항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 개체는 인간인 방법.
  93. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이며,
    상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 RNA 백신.
  94. 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이며,
    상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 것인 RNA 백신.
  95. 제93항 또는 제94항에 있어서, 상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제를 개체에게 투여하는 단계를 더 포함하는 것인 RNA 백신.
  96. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제이며,
    상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 약 1% 내지 약 6%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 PD-1 축 결합 길항제.
  97. 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포의 종양으로의 트래피킹을 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제이며,
    상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 종양으로 트래피킹된 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 것인 PD-1 축 결합 길항제.
  98. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법이며, RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 방법.
  99. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 RNA 백신이며,
    상기 방법은 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 RNA 백신.
  100. 종양을 앓는 개체에서 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포를 유도하는 방법에 사용하기 위한 PD-1 축 결합 길항제이며,
    상기 방법은 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 효과량을 개체에게 투여하는 단계를 포함하고,
    상기 RNA 백신은 개체로부터 획득된 종양 검체 내 존재하는 암-특이적 체성 돌연변이로부터 발생하는 하나 이상의 네오에피토프를 인코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
    상기 PD-1 축 결합 길항제 및 RNA 백신의 투여 후 개체로부터 획득된 말초혈 샘플 내 CD8+ T 세포 중 적어도 약 1%가, 상기 RNA 백신의 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에 의해 인코딩된 네오에피토프 중 적어도 하나에 특이적인 네오에피토프-특이적 CD8+ T 세포인 PD-1 축 결합 길항제.
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