JP2021512629A - 修飾化合物及びその使用 - Google Patents

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Abstract

本開示は、1つまたは複数の修飾を含む中央領域を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、治療指数の改善または最大忍容量の増加を生じさせるオリゴマー化合物を提供する。
【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、電子書式の配列表と共に出願されている。配列表は、2019年2月8日に作成された368kbのサイズのCORE0148WOSEQ_ST25.txtという名称のファイルとして提供される。電子書式の配列表の情報は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
本開示は、1つまたは複数の修飾を含む中央領域を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、治療指数の改善または最大忍容量の増加を生じさせるオリゴマー化合物を提供する。
アンチセンス技術の根底をなす原理は、アンチセンス化合物が標的核酸にハイブリダイゼーションし、標的核酸の量、活性、及び/または機能を調節することである。例えば、ある特定の場合では、アンチセンス化合物は、標的の転写または翻訳を変化させる。そのような発現調節は、例えば、標的RNAの分解または占有に基づく抑制によって達成され得る。分解によってRNA標的の機能が調節される例は、DNA様アンチセンス化合物によるハイブリダイゼーションを受けると標的RNAがRNaseHによって分解されることである。標的の分解によって遺伝子発現が調節される別の例は、RNA干渉(RNAi)である。RNAiは、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)を利用する機序を介するアンチセンス介在性の遺伝子サイレンシングを指す。RNA標的の機能調節の追加例は、占有に基づく機序(マイクロRNAによって天然に利用されるものなど)によるものである。マイクロRNAは、タンパク質コードRNAの発現を制御する小さな非コードRNAである。アンチセンス化合物がマイクロRNAに結合すると、マイクロRNAによる、そのメッセンジャーRNA標的への結合が阻止され、これによって、マイクロRNAの機能が妨害される。マイクロRNA模倣体は、天然のマイクロRNA機能を増強することができる。ある特定のアンチセンス化合物は、pre−mRNAのスプライシングを変化させる。いずれにしても、特定の機序にかかわらず、配列特異性を有するということが、標的の検証及び遺伝子の機能化のためのツール、ならびに疾患の病態形成に関与する遺伝子の発現を選択的に調節するための治療剤として、アンチセンス化合物を魅力的なものにしている。
アンチセンス技術は、1つまたは複数の特定の遺伝子産物の発現を調節する上で有効な手段であり、それ故に、多くの治療用途、診断用途、及び研究用途において比類なく有用であることが明らかになり得るものである。化学的に修飾されたヌクレオシドをアンチセンス化合物に組み込むことで、1つまたは複数の特性(ヌクレアーゼ抵抗性、薬物動態、または標的核酸に対する親和性など)が増強され得る。
本開示は、オリゴマー化合物及びオリゴマー化合物の使用方法を提供し、当該オリゴマー化合物は、14〜23個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、5’領域、中央領域、及び3’領域からなるギャップマーを含み、
5’領域は、2〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、5’領域のヌクレオシドはそれぞれ、2’−修飾フラノシル糖部分を含み、
3’領域は、1〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、3’領域のヌクレオシドはそれぞれ、2’−修飾フラノシル糖部分を含み、
中央領域は、7〜10個のヌクレオシドからなり、中央領域のヌクレオシドはそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分及び修飾糖部分から選択される糖部分を含み、
中央領域の最も3’側のヌクレオシド及び最も5’側のヌクレオシドはそれぞれ、2’−デオキシフラノシル糖部分または糖代替物から独立して選択される糖部分を含み、
中央領域は、
ホスホロチオエート以外の修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基、及び/または修飾糖部分、を含む少なくとも1つの改変ヌクレオチドと、
非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含む少なくとも6つのヌクレオシドと、
を含む。
ある特定の実施形態では、5’末端に連結された単一の複合基を含むオリゴマー化合物が提供される。ある特定の実施形態では、3’末端に連結された単一の複合基を含むオリゴマー化合物が提供される。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴマー化合物は、動物に投与されると、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物と比較して最大忍容量を増加させる。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴマー化合物は、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物と比較して治療指数を増加させる。
ある特定の実施形態では、標的RNAの抑制方法が提供され、当該方法は、1つもしくは複数の細胞、1つの組織、または1つの動物を、本明細書で提供されるオリゴマー化合物と接触させることを含み、当該オリゴマー化合物は、標的RNAに相補的である。
ある特定の実施形態では、細胞は、ヒトの中に存在する。ある特定の実施形態では、標的RNAは、ヒトのRNAである。ある特定の実施形態では、標的は、ヒトのmRNAである。ある特定の実施形態では、標的RNAは切断され、それによってその機能が抑制される。
ある特定の実施形態では、遺伝子発現のインビトロの抑制方法が提供され、当該方法は、1つもしくは複数の細胞、または1つの組織を、本明細書で提供されるオリゴマー化合物と接触させることを含む。
ある特定の実施形態では、遺伝子発現のインビボの抑制方法において使用するためのオリゴマー化合物が提供され、当該方法は、1つもしくは複数の細胞、1つの組織、または1つの動物を、本明細書で提供されるオリゴマー化合物と接触させることを含む。
ある特定の実施形態では、医学的治療において使用するためのオリゴマー化合物が提供される。
ビオチンを用いた捕捉実験において、非標識化修飾オリゴヌクレオチドである508031、895154、895155、及び895156の濃度を増加させて溶出させたタンパク質を示すSDS−PAGEゲルである。 ビオチンを用いた捕捉実験において、非標識化修飾オリゴヌクレオチドである464917、465977、483706、及び820685の濃度を減少させて溶出させたタンパク質を示すSDS−PAGEゲルである。図2Bは、464917、465977、483706、及び820685の溶出濃度を減少させたときのさまざまなタンパク質に対するウエスタンブロットを並べたものを示す。 ビオチンを用いた捕捉実験において、非標識化修飾オリゴヌクレオチドである464917、465178、464932、及び465131の濃度を減少させて溶出させたタンパク質を示すSDS−PAGEゲルである。 ビオチンを用いた捕捉実験において、MOP結合を中央領域に2つ含む非標識化修飾オリゴヌクレオチドで溶出させたタンパク質を示すSDS−PAGEゲルである。 図5Aは、ビオチンを用いた捕捉実験において、非標識化修飾オリゴヌクレオチドである464917及び549148で溶出させたタンパク質を示すSDS−PAGEゲルである。図5Bは、464917及び549148の溶出濃度を増加させたときのさまざまなタンパク質に対するウエスタンブロットを並べたものを示す。
前述の一般的な説明及び下記の詳細な説明は共に、例示的かつ説明的なものにすぎず、請求されるように、実施形態を限定するものではないことが理解されよう。本明細書では、単数形の使用は、別に具体的に記載されない限り、複数を含む。本明細書で使用されるように、「または」の使用は、別段の記載がない限り、「及び/または」を意味する。さらに、「含む(including)」という用語ならびに他の形態(「含む(includes)」及び「含まれる(included)」など)の使用は、限定ではない。
本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成を目的とするものにすぎず、記載対象を限定するものと解釈してはならない。限定されないが、特許、特許出願、文献、書籍、論文、ならびにGenBank及びNCBIの参照配列記録を含めて、本出願において引用される文書または文書の一部はすべて、本明細書で論じられる文書の一部ならびにその全体が、参照によって本明細書に明確に組み込まれる。
本明細書に含まれるそれぞれの配列番号で示される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対するいずれの修飾とも無関係であると理解される。したがって、配列番号によって規定される化合物は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する1つまたは複数の修飾を独立して含み得る。本出願に添付される配列表は、必要に応じてそれぞれの配列を「RNA」または「DNA」のいずれかとして特定するものであるが、実際には、そうした配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。修飾オリゴヌクレオチドを説明するためになされる「RNA」または「DNA」としてのそのような指定は、ある特定の場合では、任意であることを当業者なら容易に理解するであろう。例えば、2’−OH(H)糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖(DNAの2’−Hの1つの代わりに2’−OHが存在する)を有するDNA、または修飾塩基(RNAのウラシルの代わりにチミンが存在する(ウラシルがメチル化されている))を有するRNAとして説明され得る。したがって、本明細書で提供される核酸配列は、限定されないが、配列表に記載のものを含めて、天然のRNA及び/またはDNAあるいは修飾されたRNA及び/またはDNAを任意の組み合わせで含む核酸(限定されないが、修飾核酸塩基を有するそのような核酸を含む)を包含することが意図される。限定されないが、追加例として、「ATCGATCG」という核酸塩基配列を有するオリゴマー化合物は、修飾の有無にかかわらず、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含し、こうしたオリゴマー化合物には、限定されないが、RNA塩基を含むそのような化合物(「AUCGAUCG」という配列を有するものなど)、ならびにいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基を有するもの(「AUCGATCG」など)、ならびに他の修飾核酸塩基を有するオリゴマー化合物(「ATCG
AUCG」(Cは、5位にメチル基を含むシトシン塩基を示す)など)が含まれる。
本明細書で使用される「2’−デオキシフラノシル糖部分」または「2’−デオキシフラノシル糖」は、2’位に2つの水素を有するフラノシル糖部分を意味する。2’−デオキシフラノシル糖部分は、修飾されないことも修飾されることもあり得、2’位以外の位置が置換されるか、または非置換であり得る。オリゴヌクレオチドとの関連では、β−D−2’−デオキシリボシル糖部分または2’−β−D−デオキシリボシル糖部分は、非置換の非修飾2’−デオキシフラノシルであり、天然起源のデオキシリボ核酸(DNA)に見られるものである。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「2’−修飾」は、フラノシル糖部分がHまたはOH以外の置換基をフラノシル糖部分の2’位に含むことを意味する。2’−修飾フラノシル糖部分には、非二環式及び二環式の糖部分が含まれ、2’−修飾フラノシル糖部分は、フラノシル糖部分の他の位置に追加の置換基を含み得るが、追加の置換基を含むことが必要なわけではない。
本明細書で使用される「2’−リボ−F」は、2’−フルオロリボースを示す。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「2’−置換」は、フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドが、HまたはOH以外の置換基を2’位に含み、非二環式フラノシル糖部分であることを意味する。2’−置換フラノシル糖部分は、オリゴヌクレオチドと関連するとき、核酸塩基及び/またはヌクレオシド間結合(複数可)を除いて、追加の置換基をフラノシル糖部分の他の位置に含まない。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「4’−修飾」は、フラノシル糖部分がH以外の置換基をフラノシル糖部分の4’位に含むことを意味する。4’−修飾フラノシル糖部分には、非二環式及び二環式の糖部分が含まれ、4’−修飾フラノシル糖部分は、フラノシル糖部分の他の位置に追加の置換基を含み得るが、追加の置換基を含むことが必要なわけではない。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「4’−置換」は、フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドが、H以外の置換基を4’位に含み、非二環式フラノシル糖部分であることを意味する。4’−置換フラノシル糖部分は、オリゴヌクレオチドと関連するとき、核酸塩基及び/またはヌクレオシド間結合(複数可)を除いて、追加の置換基をフラノシル糖部分の他の位置に含まない。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「5’−修飾」は、フラノシル糖部分がH以外の置換基をフラノシル糖部分の5’位に含むことを意味する。5’−修飾フラノシル糖部分は、フラノシル糖部分の他の位置に追加の置換基を含み得るが、追加の置換基を含むことが必要なわけではない。
フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドに関して本明細書で使用される「5’−置換」は、フラノシル糖部分またはフラノシル糖部分を含むヌクレオシドが、H以外の置換基を5’位に含み、非二環式フラノシル糖部分であることを意味する。5’−置換フラノシル糖部分は、オリゴヌクレオチドと関連するとき、核酸塩基及び/またはヌクレオシド間結合(複数可)を除いて、追加の置換基をフラノシル糖部分の他の位置に含まない。
本明細書で使用される「投与(administration)」または「投与(administering)」は、本明細書で提供される化合物または組成物を、その意図する機能を発揮させるために対象に導入する経路を指す。使用することができる投与経路の例としては、限定されないが、吸入による投与、皮下注射、くも膜下腔内注射、及び経口投与が挙げられる。
本明細書で使用される「同時投与(administered concomitantly)」または「同時投与(co−administration)」は、2つ以上の化合物を、両方の薬理作用が患者に現れる任意の様式で投与することを意味する。同時投与では、両方の化合物が、単一の医薬組成物において、同じ剤形において、同じ投与経路によって、または同じ時間に、投与される必要はない。両方の化合物の作用は、同じ時間に自ずと現れる必要はない。作用の必要重複期間は、ある一定の期間のみであり、作用の時間的な広がりが同じである必要はない。同時投与(concomitant administration)または同時投与(co−administration)は、並行して投与すること、連続して投与すること、別々に投与すること、または同時に投与すること(simultaneous administration)を包含する。
本明細書で使用される「ALT」は、アラニンアミノトランスフェラーゼを意味する。本明細書で使用される「AST」は、アスパラギン酸トランスアミナーゼを意味する。ある特定の実施形態では、対象におけるALT及びASTの血漿中レベルは、リットル当たりの単位で測定される。血漿中ALTレベルまたは血漿中ASTレベルと関連して本明細書で使用される「リットル当たりの単位」は、リットル当たりの国際単位(医学分野の当業者によって使用される血漿中ALTレベルまたは血漿中ASTレベルの測定のための標準単位)を意味する。
本明細書で使用される「動物」は、限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ならびに非ヒト霊長類(限定されないが、サル及びチンパンジーを含む)を含めて、ヒトまたは非ヒト動物を指す。
本明細書で使用される「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物がその標的核酸にハイブリダイゼーションすることに起因し得る任意の検出可能及び/または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の非存在下での標的核酸のレベルまたは標的タンパク質のレベルと比較したときの、標的核酸、またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質、の量または発現の減少である。
本明細書で使用される「アンチセンス化合物」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドと、任意選択の1つまたは複数の追加の特徴(複合基または末端基など)と、を含む化合物を意味する。
本明細書で使用される「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、少なくとも部分的に標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。
治療に関して本明細書で使用される「軽快する」は、治療を行わない場合の同じ症状と比較して少なくとも1つの症状が改善することを意味する。ある特定の実施形態では、軽快は、症状の重症度もしくは頻度の軽減、または症状の重症度もしくは頻度における発症遅延もしくは進行鈍化である。
本明細書で使用される「二環式ヌクレオシド」または「BNA」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される「二環式糖」または「二環式糖部分」
は、2つの環を含む修飾糖部分を意味し、第1の環における原子のうちの2つを連結する架橋を介して第2の環が形成され、それによって二環式構造が形成される。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第1の環は、フラノシル部分であり、二環式糖部分は、修飾フラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
本明細書で使用される「中枢神経系標的」は、中枢神経系において発現する標的RNAである。
本明細書で使用される「cEt」または「拘束エチル」は、二環式糖部分を意味し、二環式糖部分の第1の環は、リボシル糖部分であり、二環式糖の第2の環は、4’−炭素と2’−炭素とを連結する架橋を介して形成され、架橋は、4’−CH(CH)−O−2’という式を有し、架橋のメチル基は、S配置を有する。cEt二環式糖部分は、β−D配置を有する。
本明細書で使用される「cEtヌクレオシド」または「cEtヌクレオチド」は、cEtを含むヌクレオシドまたはヌクレオチドである。
オリゴヌクレオチドに関して本明細書で使用される「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその1つもしくは複数の領域の核酸塩基の少なくとも70%と、別の核酸またはその1つもしくは複数の領域の核酸塩基とが、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列ともう一方の核酸とが反対方向に並ぶと、互いに水素結合を形成することが可能であることを意味する。相補的核酸塩基は、互いに水素結合を形成する能力を有する核酸塩基対である。相補的核酸塩基対には、アデニン(A)とチミン(T)、アデニン(A)とウラシル(U)、シトシン(C)とグアニン(G)、5−メチルシトシン(C)とグアニン(G)が含まれる。相補的オリゴヌクレオチド及び/または相補的核酸は、それぞれのヌクレオシドにおいて核酸塩基相補性を有する必要はなく、むしろ、いくつかのミスマッチは許容される。オリゴヌクレオチドに関して本明細書で使用される「完全に相補的」または「100%相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドのヌクレオシドのそれぞれにおいて別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に相補的であることを意味する。
本明細書で使用される「複合基」は、オリゴヌクレオチドに直接的または間接的に付加される原子団を意味する。複合基は、複合部分と、複合部分をオリゴヌクレオチドに付加する複合リンカーと、を含み得る。
本明細書で使用される「複合リンカー」は、複合部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも1つの結合を含む原子団を意味する。
本明細書で使用される「複合部分」は、複合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに付加される原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドと関連して本明細書で使用される「近接」または「隣接」は、ヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合が、オリゴヌクレオチドのその他の部分は別として、互いに直接隣接することを指す。例えば、「近接核酸塩基」は、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。「直接連結された」部分は、互いに直接隣接しており、いずれの他の型の部分によっても分断されていない。
培養細胞に対するオリゴマー化合物または親オリゴマー化合物の作用と関連して本明細書で使用される「細胞毒性(cytotoxic)」または「細胞毒性(cytotox
icity)」は、オリゴマー化合物または親オリゴマー化合物を10μM以下で培養細胞に投与した後、同じ条件下で培養されるが、オリゴマー化合物または親オリゴマー化合物が投与されない細胞と比較してカスパーゼ活性化が少なくとも2倍増加することを意味する。ある特定の実施形態では、細胞毒性は、標準的なインビトロ細胞毒性アッセイを使用して測定される。
本明細書で使用される「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二本鎖を形成する2つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物を意味し、2つの当該オリゴマー化合物のうちの1つは、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。
本明細書で使用される「有効量」は、化合物を必要とする対象において所望の生理学的転帰を生じさせる上で十分な化合物の量を意味する。有効量は、治療すべき対象の健康及び身体状態、治療すべき対象の分類群、組成物の製剤、対象の医学的状態の評価、ならびに他の関連因子に応じて対象間で異なり得る。
本明細書で使用される「効力」は、所望の作用を生じさせる能力を意味する。
本明細書で使用される「発現」は、細胞に存在し、細胞において機能する構造へと、遺伝子がコードする情報が変換されるすべての機能を含む。そのような構造には、限定されないが、転写産物及び翻訳産物が含まれる。本明細書で使用される「発現の調節」は、遺伝子の転写産物または翻訳産物の量または活性の任意の変化を意味する。そのような変化は、調節前の発現レベルと比較したときの任意の量の増加または減少であり得る。
本明細書で使用される「ギャップマー」は、5’領域と3’領域との間に位置し、RNaseHによる切断を支援する複数のヌクレオシドを含む中央領域を有するオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書では、5’領域及び3’領域のヌクレオシドはそれぞれ、2’−修飾フラノシル糖部分を含み、中央領域の最も3’側のヌクレオシド及び最も5’側のヌクレオシドはそれぞれ、2’−デオキシフラノシル糖部分または糖代替物から独立して選択される糖部分を含む。中央領域の位置は、中央領域のヌクレオシドが何番目に存在するかを指し、中央領域の5’末端から数え始められる。したがって、中央領域の最も5’側のヌクレオシドは、中央領域の位置1に存在する。「中央領域」は、「ギャップ」と称され得、「5’領域」及び「3’領域」は、「ウィング」と称され得る。
マウスと関連して本明細書で使用される「肝毒性」は、リットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを意味する。マウスに投与されるオリゴマー化合物または親オリゴマー化合物の肝毒性は、化合物を1〜150mg/kg用量で少なくとも1回投与してから24時間〜2週間後にマウスの血漿中ALTレベルを測定することによって決定される。
ヒトと関連して本明細書で使用される「肝毒性」は、リットル当たり150単位超の血漿中ALTレベルを意味する。ヒトに投与されるオリゴマー化合物または親オリゴマー化合物の肝毒性は、化合物を10〜300mg用量で少なくとも1回投与してから24時間〜2週間後にヒトの血漿中ALTレベルを測定することによって決定される。
本明細書で使用される「ハイブリダイゼーション」は、相補的オリゴヌクレオチド及び/または相補的核酸の対形成またはアニーリングを意味する。特定の機序に限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、相補的核酸塩基の間に水素結合(ワトソン・クリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型の水素結合であり得る)を含むものである。
本明細書で使用される「発現または活性の抑制」は、非処理試料または対照試料におけ
る発現または活性と比較したときの発現または活性の低減または遮断を指すが、必ずしも発現または活性の完全な除去は示さない。
本明細書で使用される「ヌクレオシド間結合」という用語は、オリゴヌクレオチドにおいて隣接ヌクレオシドの間に共有結合を形成する基または結合を意味する。本明細書で使用される「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然起源のホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエート結合」は、ホスホジエステルの非架橋酸素原子のうちの1つが硫黄原子で置き換えられた修飾ヌクレオシド間結合を意味する。修飾ヌクレオシド間結合は、リン原子を含むことも含まないこともあり得る。「中性ヌクレオシド間結合」は、pH=7.0の緩衝水溶液において負に荷電したリン酸を有さない修飾ヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される「塩基脱落ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物における、核酸塩基に直接連結されていない糖部分を意味する。ある特定の実施形態では、塩基脱落ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドにおける1つまたは2つのヌクレオシドに隣接する。
本明細書で使用される「LICA−1」は、式:
Figure 2021512629

によって示される複合基である。
本明細書で使用される「リンカー−ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドを複合部分に直接的または間接的に連結するヌクレオシドを意味する。リンカー−ヌクレオシドは、オリゴマー化合物の複合リンカー中に位置する。リンカー−ヌクレオシドは、それがオリゴヌクレオチドと近接していたとしても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とは見なされない。
本明細書で使用される「非二環式糖」または「非二環式糖部分」は、環の含有数が2に満たない糖部分を意味する。修飾された非二環式糖部分の置換基は、糖部分の2つの原子の間に架橋を形成して第2の環を形成することはない。
本明細書で使用される「連結ヌクレオシド」は、連続配列において連結されたヌクレオシドである(すなわち、連結されたヌクレオシドの間には追加のヌクレオシドは存在しない)。
本明細書で使用される「肝臓標的」は、肝臓において発現する標的RNAであり、肝臓における標的RNAの発現を調節することが、治療効果を得る上で望まれる。ある特定の実施形態では、肝臓標的は、肝臓だけでなく、肝臓以外の組織でも発現する。本明細書で使用されるように、肝臓ではない組織において「肝臓標的ではない」標的RNAの発現を調節することが、治療効果を得る上で望まれる。ある特定の実施形態では、肝臓標的では
ない標的RNAは、肝臓において発現し、治療においてオリゴマー化合物によって調節される。
本明細書で使用される「ミスマッチ」または「非相補的」は、第1のオリゴマー化合物と第2のオリゴマー化合物とのアライメントがとられたときに、第1のオリゴヌクレオチドの核酸塩基が、第2のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応核酸塩基と相補的ではないことを意味する。
本明細書で使用される「調節」は、細胞、組織、臓器、または生物における特徴の変更または調整を指す。
本明細書で使用される「MOE」は、メトキシエチルを意味する。「2’−MOE」または「2’−O−メトキシエチル」は、フラノシル環の2’位に存在する2’−OCHCHOCH基を意味する。ある特定の実施形態では、2’−OCHCHOCH基は、リボシル環の2’−OH基の代わりに存在するか、または2’−デオキシリボシル環の2’−Hの代わりに存在する。
本明細書で使用される「MOP」または「メトキシプロピルヌクレオシド間結合」は、以下に示されるアルキルホスホネートヌクレオシド間結合を意味する:
Figure 2021512629
本明細書で使用される「モチーフ」は、オリゴヌクレオチドにおける糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合の非修飾及び/または修飾のパターンを意味する。
本明細書で使用される「天然起源」は、天然に見られることを意味する。
本明細書で使用される「核酸塩基」は、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書で使用される「非修飾核酸塩基」は、アデニン(A)、チミン(T)、シトシン(C)、ウラシル(U)、またはグアニン(G)である。本明細書で使用される修飾核酸塩基は、少なくとも1つの非修飾核酸塩基と対を形成する能力を有する原子団である。ユニバーサル塩基は、5つの非修飾核酸塩基のいずれの1つとも対を形成できる核酸塩基である。5−メチルシトシン(C)は、修飾核酸塩基の一例である。
本明細書で使用される「核酸塩基配列」は、いずれの糖部分修飾またはヌクレオシド間
結合修飾とも無関係に、核酸またはオリゴヌクレオチドにおける近接核酸塩基の順序を意味する。
本明細書で使用される「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む部分を意味する。核酸塩基及び糖部分はそれぞれ、独立して、修飾されるか、または修飾されない。本明細書で使用される「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される「オリゴマー化合物」は、オリゴヌクレオチドと、任意選択の1つまたは複数の追加の特徴(複合基または末端基など)と、からなる化合物を意味する。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオシド間結合を介して連結された連結ヌクレオシドの鎖を意味し、ヌクレオシド及びヌクレオシド間結合はそれぞれ、修飾されることも修飾されないこともあり得る。別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチドは、8〜50個の連結ヌクレオシドからなる。本明細書で使用される「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも1つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されたオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用される「非修飾オリゴヌクレオチド」は、いずれのヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
ホスホロチオエートまたは5−メチルシトシン以外に少なくとも1つの修飾を中央領域に含むオリゴマー化合物と関連して本明細書で使用される「親オリゴマー化合物」は、ホスホロチオエート以外の少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を親オリゴマー化合物が含まないこと以外は、少なくとも1つの修飾を中央領域に含むオリゴマー化合物と同一であるオリゴマー化合物を意味する。親オリゴマー化合物と、少なくとも1つの修飾を中央領域に含むその対応オリゴマー化合物とは、同一の核酸塩基配列を有するか、または少なくとも1つの修飾を中央領域に含むオリゴマー化合物に5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基が含まれることのみが異なる核酸塩基配列を有する。
本明細書で使用される「医薬的に許容可能な担体または希釈剤」は、動物への投与における使用に適した任意の物質を意味する。ある特定のそのような担体は、例えば、対象による吸入向けにエアロゾル化またはその他の形での分散を行うことが可能な液体、粉末、または懸濁物として医薬組成物を製剤化することを可能にする。ある特定の実施形態では、医薬的に許容可能な担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、または滅菌緩衝液である。
本明細書で使用される「医薬的に許容可能な塩」は、化合物(オリゴマー化合物など)の生理学的かつ医薬的に許容可能な塩を意味し、すなわち、化合物の所望の生物学的活性を保持し、望ましくない毒性学的作用を化合物に付与しない塩を意味する。
本明細書で使用される「医薬組成物」は、対象に投与する上で適した物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、アンチセンス化合物及び水溶液を含み得る。
本明細書で使用される「RNAi化合物」は、少なくとも部分的にはRISCまたはAgo2を介して作用することで、標的核酸及び/または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス化合物を意味する。RNAi化合物には、限定されないが、二本鎖siRNA、一本鎖RNA(ssRNA)、及びマイクロRNA(マイクロRNA模倣体を含む)が含まれる。ある特定の実施形態では、RNAi化合物は、標的核酸
の量、活性、及び/またはスプライシングを調節する。RNAi化合物という用語からは、RNaseHを介して作用するアンチセンスオリゴヌクレオチドは除外される。
アンチセンス化合物に関して本明細書で使用される「一本鎖」という用語は、第2のオリゴマー化合物と対となって二本鎖を形成していない1つのオリゴマー化合物からなる化合物を意味する。オリゴヌクレオチドに関する「自己相補的」は、オリゴヌクレオチドが、それ自体に対して少なくとも部分的にハイブリダイゼーションすることを意味する。構成オリゴヌクレオチドが自己相補的である1つのオリゴマー化合物からなる化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖アンチセンス化合物または一本鎖オリゴマー化合物は、相補的オリゴマー化合物に結合して二本鎖を形成する能力を有し得、この場合、当該化合物はもはや一本鎖ではないことになる。
本明細書で使用される「標準的な細胞アッセイ」は、実施例1〜9に記載のアッセイ及びその合理的な変法のいずれかを意味する。
本明細書で使用される「標準的なインビトロ活性アッセイ」は、本明細書の実施例1に記載のような手順を意味し、この手順では、標的RNAを発現する培養細胞にオリゴマー化合物が投与された後、当該培養細胞における発現がRT−PCRによって測定される。
本明細書で使用される「標準的なインビトロ細胞毒性アッセイ」は、本明細書の実施例8に記載のような手順を意味し、この手順では、培養3T3−L1細胞にオリゴマー化合物が投与された後、当該細胞におけるカスパーゼ3及びカスパーゼ7の活性化が測定される。
本明細書で使用される「標準的なインビボ実験」は、実施例10に記載の手順及びその合理的な変法を意味する。
キラル中心を含む化合物または部分と関連して本明細書で使用される「立体ランダム」は、キラル中心が有する立体化学的配置がランダムであることを意味する。例えば、立体ランダムなキラル中心を含む同一式の分子の集団では、立体ランダムなキラル中心の配置が(S)である分子の数は、立体ランダムなキラル中心の配置が(R)である分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じである必要はない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されない合成方法の結果であるとき、ランダムであると見なされる。
本明細書で使用される「対象」は、治療(treatment)または治療(therapy)のために選択されるヒトまたは非ヒト動物を意味する。
本明細書で使用される「糖部分」は、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用される「非修飾糖部分」は、天然起源のRNAに見られるβ−D−リボシル部分、または天然起源のDNAに見られるβ−D−2’−デオキシリボシル糖部分を意味する。本明細書で使用される「修飾糖部分」または「修飾糖」は、β−D−リボシルまたはβ−D−2’−デオキシリボシル以外の糖代替物またはフラノシル糖部分を意味する。修飾フラノシル糖部分は、糖部分のある特定の位置(複数可)が修飾もしくは置換されているか、または非置換であり得、β−D−リボシル以外の立体配置を有することも有さないこともあり得る。修飾フラノシル糖部分には、二環式糖及び非二環式糖が含まれる。本明細書で使用される「糖代替物」は、フラノシル環またはテトラヒドロフラニル環を含まない(「フラノシル糖部分」ではない)修飾糖部分であって、オリゴヌクレオチドにおける別の基(ヌクレオシド間結合、複合基、または末端基など)に核酸塩基を連結できる修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドを、オリゴヌクレオチド中の1つま
たは複数の位置へと組み込むことができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または核酸にハイブリダイゼーションする能力を有する。
疾患、障害、状態、または症状(変性、損傷、またはアポトーシスの増加など)と関連して本明細書で使用される「感受性(susceptible)」は、疾患、障害、状態、または症状に対する一般集団の平均リスクと比較して高いリスクを対象が有することを意味する。
本明細書で使用される「標的核酸」、「標的RNA」、「標的RNA転写物」、及び「核酸標的」は、オリゴマー化合物(アンチセンス化合物など)が設計されて影響が及ぶ対象となる核酸を意味する。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、複数のRNAに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含み、当該複数のRNAのうちの1つのみがオリゴマー化合物の標的RNAである。ある特定の実施形態では、標的RNAは、オリゴマー化合物が投与される種に存在するRNAである。本明細書で使用される「肝臓標的」は、肝臓において発現する標的RNAであり、肝臓における当該標的RNAの発現を調節することで治療効果が得られる。本明細書で使用される「中枢神経系標的」は、中枢神経系において発現する標的RNAであり、中枢神経系における当該標的RNAの発現を調節することで治療効果が得られる。
本開示は、ある特定の個々の細胞標的、組織標的、または臓器標的を提供する。例えば、「マクロファージ標的」または「肝臓標的」である。それぞれのそのような個々の標的について、個々の細胞標的、組織標的、または臓器標的における標的RNAの発現を調節することが、治療効果を得る上で望まれる。ある特定の実施形態では、個々の細胞標的、組織標的、または臓器標的における標的RNAを調節することで治療効果が得られる。ある特定の実施形態では、細胞標的、組織標的、または臓器標的は、特定の型の細胞、組織、または臓器において発現するだけでなく、特定の型の細胞、組織、または臓器以外の組織においても発現する。例えば、ある特定の標的RNAは、マクロファージにおいても肝細胞においても発現し得る。
本明細書で使用される「治療的に有効な量」は、対象に治療効果を与える、化合物、医薬物質、または組成物の量を意味する。
本明細書で使用される「治療する」は、動物における疾患、障害、または状態の改変または改善を生じさせるために、動物に化合物または医薬組成物を投与することを指す。
本明細書で使用される「最大忍容量」は、許容不可能な副作用を引き起こさない、化合物の最高用量を意味する。ある特定の実施形態では、最大忍容量は、標準アッセイ(例えば、実施例12または実施例1に記載のアッセイ)によって測定したときに、ALTを正常の上限値の3倍に上昇させない、修飾オリゴヌクレオチドの最高用量である。ある特定の実施形態では、最大忍容量は、標準アッセイ(例えば、実施例13、実施例8、または実施例4に記載のアッセイ)によって測定したときに、RLUが30,000を超えるまでカスパーゼを上昇させない、修飾オリゴヌクレオチドの最高用量である。
本明細書で使用される「DNA異性体」は、β−D−2’−デオキシリボシルの立体異性体である修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される「DNA異性体」は、β−D−2’−デオキシリボシルヌクレオシドを含まない。2’−β−D−デオキシリボシルのそのような異性体は7つ存在する:2’−β−D−デオキシキシロシル(β−D−XNA)、2’−α−D−デオキシリボシル(α−D−DNA)、2’−α−L−デオキシリボシル(α−L−DNA)、2’−β−L−デオキシリボシル(β−L−DNA)、2’−α−D−デオキシキシロシル(α−L−XNA)、l,2’−α−L−
デオキシキシロシル(α−L−XNA)、2’−β−L−デオキシキシロシル(β−L−XNA)。ある特定の実施形態では、DNA異性体は、2’−α−D−デオキシリボシル糖部分、2’−α−L−デオキシリボシル糖部分、2’−β−L−デオキシリボシル糖部分、または2’−β−D−デオキシキシロシル糖部分である。本明細書で使用される「DNA異性体」は、いずれの非フラノシル糖部分も含まない。
本明細書で使用される「DNAヌクレオシド」は、天然起源のDNAに見られる2’−H(H)β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「DNAヌクレオシド」は、修飾核酸塩基またはウラシル核酸塩基を含み得る。DNAヌクレオシドは、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合または修飾ヌクレオシド間結合を介して隣接ヌクレオシドに連結され得る。
本明細書で使用される「2’−修飾DNA異性体」は、2’−β−D−デオキシキシロシル(β−D−XNA)、2’−α−D−デオキシリボシル(α−D−DNA)、2’−α−L−デオキシリボシル(α−L−DNA)、2’−β−L−デオキシリボシル(β−L−DNA)、2’−α−D−デオキシキシロシル(α−L−XNA)、l,2’−α−L−デオキシキシロシル(α−L−XNA)、2’−β−L−デオキシキシロシル(β−L−XNA)から選択される修飾糖部分を含むと共に、2’−置換基をさらに含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、2’−置換基は、フルオロ、アルコキシ、またはC−C10アルキルである。
本明細書で使用される「DNA模倣体」は、DNAヌクレオシド以外のヌクレオシドを意味し、核酸塩基は、環内の第2の炭素原子に結合した環炭素原子に直接連結され、第2の炭素原子は、少なくとも1つの水素原子への結合を含み、核酸塩基と少なくとも1つの水素原子とは、上記2つの炭素原子の間の結合に対して互いにトランスの配置を有する。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、
Figure 2021512629

という式によって示される構造を含み、式中、Bxは、ヘテロ環式塩基部分であり、環は、5〜7員を含み、ヒドロキシル、リン酸、ヌクレオシド間連結基、または複合リンカーに対して、環が2つの位置で付加される。
本明細書で使用される「標準的なRNaseH切断アッセイ」は、修飾オリゴヌクレオチドと非修飾RNAの相補鎖とを互いにインキュベートしてヘテロ二本鎖を形成させた後、二本鎖を形成したそれらの鎖を、規定の時点に向けてRNaseH1と共にインキュベートしてから、ポリアクリルアミドゲル上で分析するアッセイである。
本明細書で使用されるように、修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドに組み込まれると、標準的なRNaseH切断アッセイにおいてRNaseHによる相補的RNAの切断が当該修飾ヌクレオシドから2核酸塩基以内で観測されるのであれば、「RNaseHによる切断を支援する」。
本明細書で使用される「治療指数」は、治療効果を生じさせる化合物量と、毒性を生じさせる量と、を比較したものを意味する。高い治療指数を有する化合物は、効力が強く、毒性が低い。ある特定の実施形態では、化合物の治療指数が大きくなるほど、安全に投与
できる化合物量が増加する。ある特定の実施形態では、治療指数は、ALTの上昇に対する、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸を調節する量の比であり、ALTの上昇は、標準アッセイ(例えば、実施例12または実施例1に記載のアッセイ)によって測定される。ある特定の実施形態では、治療指数は、カスパーゼの上昇に対する、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸を調節する量の比であり、カスパーゼの上昇は、標準アッセイ(例えば、実施例13、実施例8、または実施例4に記載のアッセイ)によって測定される。
本明細書で使用される「改変ヌクレオチド」は、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と、アデニン(A)、チミン(T)、シトシン(C)、5−メチルシトシン(C)、ウラシル(U)、またはグアニン(G)から選択される核酸塩基と、ホスホジエステルまたは立体ランダムなホスホロチオエートから選択される5’→3’ヌクレオシド間結合と、を含むヌクレオチドに比較して、1つまたは複数の修飾を含むヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、改変ヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合またはホスホジエステルヌクレオシド間結合に改変ヌクレオシドが付加されたものである。ある特定の実施形態では、改変ヌクレオチドは、2’−修飾糖部分を含むか、または「2’−改変ヌクレオチド」である。ある特定の実施形態では、改変ヌクレオチドは、修飾されたヌクレオシド間連結基を含み、「結合改変ヌクレオチド」である。本明細書では、結合改変ヌクレオチドは、糖部分の3’炭素または糖代替物の同等位置に付加された、ホスホジエステルまたはホスホロチオエート以外のヌクレオシド間連結基を含む。ホスホジエステルまたはホスホロチオエート以外のヌクレオシド間連結基の5’末端上のヌクレオチドは、本明細書で使用される「改変ヌクレオチド」ではない。
以下の付番された実施形態において、ある特定の実施形態が記載される:
実施形態1
14〜23個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、5’領域、中央領域、及び3’領域からなるギャップマーを含み、
前記5’領域が、2〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾フラノシル糖部分を含み、
前記3’領域が、1〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾フラノシル糖部分を含み、
前記中央領域が、7〜10個のヌクレオシドからなり、前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分及び修飾糖部分から選択される糖部分を含み、
前記中央領域の最も3’側のヌクレオシド及び最も5’側のヌクレオシドがそれぞれ、2’−デオキシフラノシル糖部分または糖代替物から独立して選択される糖部分を含み、
前記中央領域が、
ホスホロチオエート以外の少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオシドと、
非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含む少なくとも6つのヌクレオシドと、
を含む前記オリゴマー化合物。
実施形態2
前記5’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態3
前記5’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1に記載のオリゴマー化
合物。
実施形態4
前記5’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態5
前記5’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態6
前記5’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態7
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態1〜6のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態8
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1〜7のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態9
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1〜8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態10
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態1〜8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態11
前記5’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態10に記載のオリゴマー化合物。
実施形態12
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態1〜7または実施形態10〜11のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態13
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態12に記載のオリゴマー化合物。
実施形態14
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式糖部分、2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1〜7のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態15
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態8〜11または実施形態14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態16
前記5’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態10〜14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態17
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1〜16のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態18
前記5’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態1〜17のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態19
前記5’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから選択される、実施形態1〜18のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態20
前記3’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態21
前記3’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態22
前記3’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態23
前記3’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態24
前記3’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態25
前記3’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜19のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態26
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態1〜25のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態27
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実
施形態1〜26のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態28
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1〜27のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態29
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態1〜27のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態30
前記3’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態29に記載のオリゴマー化合物。
実施形態31
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態1〜26または実施形態29〜30のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態32
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態31に記載のオリゴマー化合物。
実施形態33
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式糖部分、2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1〜26のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態34
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態27〜30または実施形態33のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態35
前記3’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態29〜33のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態36
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1〜35のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態37
前記3’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態1〜36のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態38
前記3’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから選択される、実施形態1〜37のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態39
前記中央領域が、7つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態40
前記中央領域が、8つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態41
前記中央領域が、9つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態42
前記中央領域が、10個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態1〜38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態43
前記中央領域を前記5’領域及び3’領域に連結する2つのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態1〜42のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態44
前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記ギャップマーからなる、実施形態1〜43のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態45
複合基を含む、実施形態1〜43のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態46
前記修飾オリゴヌクレオチドが、1〜3つのリンカーヌクレオシドを含む、実施形態1〜43または実施形態45のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態47
前記リンカーヌクレオシドが、前記ギャップマーの5’末端または3’末端に連結される、実施形態46に記載のオリゴマー化合物。
実施形態48
前記複合基が、GalNAcを含む、実施形態45〜47のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態49
LICA−1を含む、実施形態45〜47のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態50
前記中央領域が、修飾糖部分を1つのみ含む、実施形態1〜49のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態51
前記中央領域内のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結
合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから選択される、実施形態50に記載のオリゴマー化合物。
実施形態52
前記中央領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態50〜51のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態53
前記中央領域が、ホスホロチオエート以外の修飾ヌクレオシド間結合を1つのみ含む、実施形態1〜50または実施形態52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態54
ホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合が、リンを含む、実施形態53に記載のオリゴマー化合物。
実施形態55
ホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態53〜54のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態56
前記中央領域が、ホスホロチオエート以外の修飾ヌクレオシド間結合を2つのみ含む、実施形態1〜50または実施形態52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態57
ホスホロチオエート以外の前記2つの修飾ヌクレオシド間結合がそれぞれ、リンを含む、実施形態56に記載のオリゴマー化合物。
実施形態58
ホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態56〜57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態59
ホスホロチオエート以外の前記2つの修飾ヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態56〜57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態60
前記中央領域が、5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基を1つのみ含む、実施形態1〜51または実施形態53〜59のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態61
前記中央領域の非修飾糖部分がそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分である、実施形態1〜60のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態62
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2〜9の1つに存在する、実施形態50〜61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態63
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1〜6の1つに存在する
、実施形態50〜61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態64
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1〜4の1つに存在する、実施形態50〜61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態65
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2〜4の1つに存在する、実施形態50〜61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態66
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3〜4の1つに存在する、実施形態50〜61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態67
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、糖代替物、二環式フラノシル糖部分、非二環式2’−修飾フラノシル糖部分、非二環式4’−修飾フラノシル糖部分、非二環式5’−修飾フラノシル糖部分、または修飾2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜66のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態68
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、二環式リボシル糖部分、非二環式2’−修飾リボシル糖部分、非二環式4’−修飾2’−デオキシリボシル糖部分、非二環式5’−修飾2’−デオキシリボシル糖部分、または修飾2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態67に記載のオリゴマー化合物。
実施形態69
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、二環式リボシル糖部分、非二環式2’−置換リボシル糖部分、非二環式4’−置換2’−デオキシリボシル糖部分、非二環式5’−置換2’−デオキシリボシル糖部分、または修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態68に記載のオリゴマー化合物。
実施形態70
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態71
前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−F置換糖部分、2’−MOE置換糖部分、または2’−O−メチル置換糖部分である、実施形態70に記載のオリゴマー化合物。
実施形態72
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、4’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態73
前記4’−アルキル置換リボシル糖部分が、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態72に記載のオリゴマー化合物。
実施形態74
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル
糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態75
前記5’−アルキル置換リボシル糖部分が、5’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、または5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態74に記載のオリゴマー化合物。
実施形態76
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態77
前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、非置換のα−D−2’−デオキシリボシル糖部分、α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、またはβ−D−2’−デオキシキシロシル糖部分である、実施形態76に記載のオリゴマー化合物。
実施形態78
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、二環式リボシル糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態79
前記二環式リボシル糖部分が、cEt、LNA、またはENAである、実施形態78に記載のオリゴマー化合物。
実施形態80
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、モルホリノ糖部分、cEt糖部分、2’−F糖部分、2’−O−メチル糖部分、2’−MOE糖部分、4’−メチル糖部分、5’−メチル糖部分、5’−アリル糖部分、5’−エチル糖部分、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、β−D−2’−デオキシキシロシル糖部分、またはα−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態81
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態62に記載のオリゴマー化合物。
実施形態82
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態81に記載のオリゴマー化合物。
実施形態83
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、モルホリノ糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態63に記載のオリゴマー化合物。
実施形態84
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、モルホリノ糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態64に記載のオリゴマー化合物。
実施形態85
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、またはcEt二環式糖部分である、実施形態65に記載のオリゴマー化合物。
実施形態86
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、または5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態85に記載のオリゴマー化合物。
実施形態87
前記5’−アリル置換リボシル糖部分が、前記修飾糖部分の5’位が立体ランダムなものである、実施形態85または実施形態86に記載のオリゴマー化合物。
実施形態88
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態66に記載のオリゴマー化合物。
実施形態89
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態88に記載のオリゴマー化合物。
実施形態90
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態91
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、モルホリノ糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態90に記載のオリゴマー化合物。
実施形態92
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、モルホリノ糖部分または非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態90に記載のオリゴマー化合物。
実施形態93
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態94
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、またはcEt糖部分である、実施形態93に記載のオリゴマー化合物。
実施形態95
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態93に記載のオリゴマー化合物。
実施形態96
前記5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、前記修飾糖部分の5’位が立体ランダムなものである、実施形態94または実施形態95に記載のオリゴマー化合物。
実施形態97
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態98
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−D−2’−デオキシキシロシル糖部分、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態97に記載のオリゴマー化合物。
実施形態99
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’
−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−D−2’−デオキシキシロシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態97に記載のオリゴマー化合物。
実施形態100
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態101
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態100に記載のオリゴマー化合物。
実施形態102
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−F置換リボシル糖部分、2’−MOE置換リボシル糖部分、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、cEt糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態100に記載のオリゴマー化合物。
実施形態103
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置5に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態104
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態103に記載のオリゴマー化合物。
実施形態105
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態103に記載のオリゴマー化合物。
実施形態106
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置6に存在する、実施形態
50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態107
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、またはモルホリノ糖部分である、実施形態106に記載のオリゴマー化合物。
実施形態108
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置7に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態109
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態108に記載のオリゴマー化合物。
実施形態110
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置8に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態111
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、または非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態110に記載のオリゴマー化合物。
実施形態112
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置9に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態113
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、2’−O−メチル置換リボシル糖部分または非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態112に記載のオリゴマー化合物。
実施形態114
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置10に存在する、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態115
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1に存在するモルホリノ修飾糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態116
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態117
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1に存在する非置換β−
L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態116に記載のオリゴマー化合物。
実施形態118
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態116に記載のオリゴマー化合物。
実施形態119
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する2’−置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態120
前記中央領域の位置2に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−Fリボシル糖部分である、実施形態119に記載のオリゴマー化合物。
実施形態121
前記中央領域の位置2に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−MOEリボシル糖部分である、実施形態119に記載のオリゴマー化合物。
実施形態122
前記中央領域の位置2に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−O−メチルリボシル糖部分である、実施形態119に記載のオリゴマー化合物。
実施形態123
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態124
前記中央領域の位置2に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)Me2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態123に記載のオリゴマー化合物。
実施形態125
前記中央領域の位置2に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態123に記載のオリゴマー化合物。
実施形態126
前記5’−アリル2’−デオキシリボシル糖部分が、前記5’−アリル2’−デオキシリボシル糖部分の5’位が立体ランダムなものである、実施形態125に記載のオリゴマー化合物。
実施形態127
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態128
前記中央領域の位置2に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部
分が、α−D−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態127に記載のオリゴマー化合物。
実施形態129
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在するcEt糖部分またはLNA糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態130
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する2’−置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態131
前記中央領域の位置3に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−Fリボシル糖部分である、実施形態130に記載のオリゴマー化合物。
実施形態132
前記中央領域の位置3に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−MOEリボシル糖部分である、実施形態130に記載のオリゴマー化合物。
実施形態133
前記中央領域の位置3に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−O−メチルリボシル糖部分である、実施形態130に記載のオリゴマー化合物。
実施形態134
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する4’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態135
前記中央領域の位置3に存在する前記4’−置換2’−デオキシリボシル糖部分が、4’−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態134に記載のオリゴマー化合物。
実施形態136
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態137
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態138
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態139
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態140
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態141
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態142
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態143
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態144
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態145
前記中央領域の位置3に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態136に記載のオリゴマー化合物。
実施形態146
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態147
前記中央領域の位置3に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−D−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態146に記載のオリゴマー化合物。
実施形態148
前記中央領域の位置3に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−L−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態146に記載のオリゴマー化合物。
実施形態149
前記中央領域の位置3に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態146に記載のオリゴマー化合物。
実施形態150
前記中央領域の位置3に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−D−2’−デオキシキシロシル修飾糖部分である、実施形態146に記載のオリゴマー化合物。
実施形態151
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在する二環式リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態152
前記中央領域の位置3に存在する前記二環式リボシル糖部分が、cEt糖部分またはLNA糖部分である、実施形態151に記載のオリゴマー化合物。
実施形態153
前記中央領域の位置3に存在する前記二環式リボシル糖部分が、cEt糖部分である、実施形態151に記載のオリゴマー化合物。
実施形態154
前記中央領域の位置3に存在する前記二環式リボシル糖部分が、LNA糖部分である、実施形態151に記載のオリゴマー化合物。
実施形態155
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3に存在するモルホリノ糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態156
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する2’−置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態157
前記中央領域の位置4に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−Fリボシル糖部分である、実施形態156に記載のオリゴマー化合物。
実施形態158
前記中央領域の位置4に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−MOEリボシル糖部分である、実施形態156に記載のオリゴマー化合物。
実施形態159
前記中央領域の位置4に存在する前記2’−置換リボシル糖部分が、2’−O−メチルリボシル糖部分である、実施形態156に記載のオリゴマー化合物。
実施形態160
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する4’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態161
前記中央領域の位置4に存在する前記4’−置換2’−デオキシリボシル糖部分が、4’−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態160に記載のオリゴマー化合物。
実施形態162
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態163
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態164
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態165
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−メチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態166
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態167
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態168
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−エチル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態169
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(R)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態170
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(S)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態171
前記中央領域の位置4に存在する前記5’−アルキル置換2’−デオキシリボシル糖部分が、5’−(立体ランダム)−アリル2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態162に記載のオリゴマー化合物。
実施形態172
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態173
前記中央領域の位置4に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−D−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態172に記載のオリゴマー化合物。
実施形態174
前記中央領域の位置4に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−L−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態172に記載のオリゴマー化合物。
実施形態175
前記中央領域の位置4に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル修飾糖部分である、実施形態172に記載のオリゴマー化合物。
実施形態176
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在する二環式リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態177
前記中央領域の位置4に存在する前記二環式リボシル糖部分が、cEt糖部分またはLNA糖部分である、実施形態176に記載のオリゴマー化合物。
実施形態178
前記中央領域の位置4に存在する前記二環式リボシル糖部分が、cEt糖部分である、実施形態176に記載のオリゴマー化合物。
実施形態179
前記中央領域の位置4に存在する前記二環式リボシル糖部分が、LNA糖部分である、実施形態176に記載のオリゴマー化合物。
実施形態180
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置4に存在するモルホリノ糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態181
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置5に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態182
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置5に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態183
前記中央領域の位置5に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態182に記載のオリゴマー化合物。
実施形態184
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置6に存在するモルホリノ糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態185
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置6に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態186
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置6に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態187
前記中央領域の位置6に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態186に記載のオリゴマー化合物。
実施形態188
前記中央領域の位置6に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態186に記載のオリゴマー化合物。
実施形態189
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置7に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態190
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置7に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態191
前記中央領域の位置7に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態190に記載のオリゴマー化合物。
実施形態192
前記中央領域の位置7に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態190に記載のオリゴマー化合物。
実施形態193
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置8に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態194
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置8に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態195
前記中央領域の位置8に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態194に記載のオリゴマー化合物。
実施形態196
前記中央領域の位置8に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態194に記載のオリゴマー化合物。
実施形態197
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置9に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態198
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置9に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態199
前記中央領域の位置9に存在する前記修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分が、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態198に記載のオリゴマー化合物。
実施形態200
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、または位置9に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴ
マー化合物。
実施形態201
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、位置4、位置8、または位置9に存在する2’−O−メチル置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態202
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在する2’−F置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態203
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する2’−F置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態204
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在する2’−MOE置換リボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態205
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する4’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態206
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する5’−(R)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態207
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在する5’−(S)−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態208
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する5’−(R)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態209
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する5’−(S)−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態210
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する5’−(R)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61
または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態211
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在する5’−(S)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態212
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在する5’−(立体ランダム)−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態213
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在するcEtリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態214
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在するcEtリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態215
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在するLNAリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態216
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3または位置4に存在するLNAリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態217
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置3、位置4、または位置6に存在するモルホリノ糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態218
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置3、または位置4に存在するモルホリノ糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態219
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態220
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、または位置9に存在する修飾された非置換2’
−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態221
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、または位置9に存在する修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態222
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態223
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置2、位置3、位置4、位置6、または位置8に存在する非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態224
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置2、または位置4に存在する非置換α−D−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態225
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態226
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3、位置4、または位置7に存在する非置換α−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態227
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態228
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置1、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、または位置9に存在する非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態229
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、前記中央領域の位置3、位置4、位置5、または位置9に存在する非置換β−L−2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態230
前記中央領域の前記1つの修飾糖部分が、非置換β−D−2’−デオキシキシロシル糖部分である、実施形態50〜61または実施形態67〜69のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態231
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合またはホスホトリエステルヌクレオシド間結合である、実施形態53〜55または実施形態60〜230のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態232
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、アルキルホスホネートヌクレオシド間結合またはアルコキシホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態231に記載のオリゴマー化合物。
実施形態233
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態232に記載のオリゴマー化合物。
実施形態234
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、メチルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態232に記載のオリゴマー化合物。
実施形態235
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、イソプロピルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態232に記載のオリゴマー化合物。
実施形態236
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、イソブチルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態232に記載のオリゴマー化合物。
実施形態237
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホノアセテートヌクレオシド間結合である、実施形態231に記載のオリゴマー化合物。
実施形態238
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、イソプロピルホスホトリエステルヌクレオシド間結合である、実施形態231に記載のオリゴマー化合物。
実施形態239
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、テトラヒドロピランホスホトリエステルヌクレオシド間結合である、実施形態231に
記載のオリゴマー化合物。
実施形態240
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホルムアセタールヌクレオシド間結合である、実施形態53、実施形態55、または実施形態60〜230のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態241
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、アセトアミドヌクレオシド間結合である、実施形態53、実施形態55、または実施形態60〜230のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態242
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、チオアセトアミドヌクレオシド間結合である、実施形態53、実施形態55、または実施形態60〜230のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態243
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、前記中央領域の位置1のヌクレオシドと位置2のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態231〜242のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態244
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、前記中央領域の位置2のヌクレオシドと位置3のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態231〜242のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態245
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、前記中央領域の位置3のヌクレオシドと位置4のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態231〜242のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態246
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、前記中央領域の位置4のヌクレオシドと位置5のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態231〜242のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態247
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記1つの修飾ヌクレオシド間結合が、修飾糖部分を含むヌクレオシドに直接連結される、実施形態231〜246のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態248
前記中央領域の前記2つの中性ヌクレオシド間結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合、ホスホトリエステルヌクレオシド間結合、及びリンを含まない中性ヌクレオシド間結合から独立して選択される、実施形態56〜230のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態249
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なく
とも1つが、アルキルホスホネートヌクレオシド間結合またはアルコキシホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態250
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態251
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、メチルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態252
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、イソプロピルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態253
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、イソブチルホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態254
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、ホスホノアセテートヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態255
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、イソプロピルホスホトリエステルヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態256
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、テトラヒドロピランホスホトリエステルヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態257
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、ホルムアセタールヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態258
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、アセトアミドヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態259
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の少なく
とも1つが、チオアセトアミドヌクレオシド間結合である、実施形態248に記載のオリゴマー化合物。
実施形態260
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記2つの修飾ヌクレオシド間結合が、互いに隣接する、実施形態248〜259のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態261
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記2つの修飾ヌクレオシド間結合が、互いに同じである、請求項248〜260のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態262
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の1つが、前記中央領域の位置1のヌクレオシドと位置2のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態248〜261のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態263
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の1つが、前記中央領域の位置2のヌクレオシドと位置3のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態248〜261のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態264
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の1つが、前記中央領域の位置3のヌクレオシドと位置4のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態248〜261のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態265
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の1つが、前記中央領域の位置4のヌクレオシドと位置5のヌクレオシドとの間に存在する、実施形態248〜261のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態266
前記中央領域におけるホスホロチオエート以外の前記修飾ヌクレオシド間結合の1つが、修飾糖部分を含むヌクレオシドに直接連結される、実施形態248〜261のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態267
前記中央領域における5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、2−チオチミン、6−メチルアデニン、イノシン、またはシュードウラシルである、実施形態60〜266のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態268
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置1、位置2、位置3、または位置4に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態269
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置2、位置3、または位置4に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態270
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置1に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態271
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態272
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置3に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態273
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、前記中央領域の位置4に存在する、実施形態267に記載のオリゴマー化合物。
実施形態274
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、2−チオチミンである、実施形態267または実施形態270のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態275
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、6−メチルアデニンである、実施形態267または実施形態271のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態276
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、イノシンである、実施形態267または実施形態271のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態277
5−メチルシトシン以外の前記1つの修飾核酸塩基が、シュードウラシルである、実施形態267〜273のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態278
前記シュードウラシル核酸塩基を含むヌクレオシドが、非修飾リボシル糖部分を含む、実施形態277に記載のオリゴマー化合物。
実施形態279
前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態1〜52、実施形態60〜230、または実施形態267〜278のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態280
前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態279に記載のオリゴマー化合物。
実施形態281
前記中央領域が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を全く含まない、実施形態1〜279のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態282
前記オリゴマー化合物のホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、立体ランダムである、実施形態1〜281のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態283
前記オリゴマー化合物のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、Rp配置を有する、実施形態1〜281のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態284
前記オリゴマー化合物のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも1つが、Sp配置を有する、実施形態1〜281のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態285
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、標的RNAに相補的である、実施形態1〜284のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態286
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも75%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態287
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも80%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態288
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも85%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態289
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも90%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態290
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも95%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態291
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態285に記載のオリゴマー化合物。
実施形態292
前記標的RNAが、標的mRNAまたは標的pre−mRNAである、実施形態285〜291のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態293
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのPTENのRNAではない、実施形態292に記載のオリゴマー化合物。
実施形態294
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのSRB−1のRNAではない、実施形態292または実施形態293に記載のオリゴマ
ー化合物。
実施形態295
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのMYD88のRNAではない、実施形態292〜294のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態296
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのHTTのRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのSOD1のRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのアルファ−シヌクレインのRNAではない、実施形態292〜295のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態297
前記標的RNAが、ヒトのRNAである、実施形態285〜296のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態298
前記標的RNAが、肝臓において発現する、実施形態285〜297のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態299
前記標的RNAが、肝臓標的である、実施形態285〜298のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態300
前記標的RNAが、肝臓において発現しない、実施形態285〜297のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態301
前記標的RNAが、肝臓標的ではない、実施形態285〜298または実施形態300のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態302
肝臓における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態285〜299のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態303
前記障害または状態が、肝臓の障害または状態である、実施形態302に記載のオリゴマー化合物。
実施形態304
前記標的RNAが、中枢神経系において発現する、実施形態285〜303のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態305
前記標的RNAが、中枢神経系において発現しない、実施形態285〜303のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態306
前記標的RNAが、中枢神経系標的である、実施形態285〜298、実施形態300、実施形態301、または実施形態304のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態307
前記標的RNAが、中枢神経系標的ではない、実施形態285〜305のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態308
前記標的RNAが、MeCP2のRNA、DUX4のRNA、HDAC2のRNA、APPのRNA、アタキシン1のRNA、アタキシン2のRNA、アタキシン3のRNA、アタキシン6のRNA、アタキシン7のRNA、C9ORF72のRNA、UBE3AのRNA、プリオンのRNA、PMP22のRNA、タウのRNA、LRRK2のRNA、LINGO2のRNA、GYS1のRNA、KCNT1のRNA、IRF8のRNA、プログラニュリンのRNA、またはGFAPのRNAである、実施形態285〜298、実施形態300〜301、実施形態304、または実施形態306のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態309
前記標的RNAが、HTTのRNAである、実施形態285〜297、実施形態300〜301、実施形態304、または306のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態310
前記標的RNAが、MeCP2のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態311
前記標的RNAが、DUX4のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態312
前記標的RNAが、HDAC2のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態313
前記標的RNAが、アタキシン1のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態314
前記標的RNAが、アタキシン2のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態315
前記標的RNAが、アタキシン3のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態316
前記標的RNAが、アタキシン6のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態317
前記標的RNAが、アタキシン7のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態318
前記標的RNAが、C9ORF72のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態319
前記標的RNAが、アルファ−シヌクレインのRNAである、実施形態285〜297、実施形態300〜301、実施形態304、または実施形態306に記載のオリゴマー化合物。
実施形態320
前記標的RNAが、UBE3AのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態321
前記標的RNAが、SOD1のRNAである、実施形態285〜297、実施形態300〜301、実施形態304、または実施形態306に記載のオリゴマー化合物。
実施形態322
前記標的RNAが、プリオンのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態323
前記標的RNAが、PMP22のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態324
前記標的RNAが、タウのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態325
前記標的RNAが、LRRK2のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態326
前記標的RNAが、APPのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態327
前記標的RNAが、LINGO2のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態328
前記標的RNAが、GYS1のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態329
前記標的RNAが、KCNT1のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態330
前記標的RNAが、IRF8のRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態331
前記標的RNAが、プログラニュリンのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態332
前記標的RNAが、GFAPのRNAである、実施形態308に記載のオリゴマー化合物。
実施形態333
中枢神経系における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態304、実施形態306、または実施形態308〜332のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態334
前記障害または状態が、神経学的な障害または状態である、実施形態333に記載のオリゴマー化合物。
実施形態335
前記障害または状態が、感覚ニューロンまたは運動ニューロンの機能を変化させる、実施形態333または実施形態334に記載のオリゴマー化合物。
実施形態336
前記障害または状態が、感覚ニューロンの機能を変化させる、実施形態333〜335のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態337
前記障害または状態が、運動ニューロンの機能を変化させる、実施形態333〜336のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態338
前記障害または状態が、グリア細胞の機能を変化させる、実施形態333〜337のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態339
前記障害または状態が、アストロサイトの機能を変化させる、実施形態338に記載のオリゴマー化合物。
実施形態340
前記障害または状態が、オリゴデンドロサイトの機能を変化させる、実施形態338に記載のオリゴマー化合物。
実施形態341
前記障害または状態が、ミクログリアの機能を変化させる、実施形態338に記載のオリゴマー化合物。
実施形態342
前記障害または状態が、上衣細胞の機能を変化させる、実施形態338に記載のオリゴマー化合物。
実施形態343
前記障害または状態が、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、脊髄小脳失調症、アンジェルマン症候群、アレキサンダー病、ラフォラ病、シャルコー・マリー・トゥース病、プリオン病、認知症、神経変性、MeCP2重複症候群、脳症、神経炎症、または多発性硬化症である、実施形態333〜342のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態344
前記障害または状態が、アルツハイマー病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態345
前記障害または状態が、筋萎縮性側索硬化症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態346
前記障害または状態が、パーキンソン病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態347
前記障害または状態が、脊髄小脳失調症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態348
前記障害または状態が、アンジェルマン症候群である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態349
前記障害または状態が、アレキサンダー病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態350
前記障害または状態が、ラフォラ病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態351
前記障害または状態が、シャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態352
前記障害または状態が、プリオン病である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態353
前記障害または状態が、認知症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態354
前記障害または状態が、神経変性である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態355
前記障害または状態が、MeCP2重複症候群である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態356
前記障害または状態が、脳症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態357
前記障害または状態が、神経炎症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態358
前記障害または状態が、多発性硬化症である、実施形態343に記載のオリゴマー化合物。
実施形態359
実施形態1〜358のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、インビトロで細胞毒性を有する、実施形態1〜358のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態360
前記親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ細胞毒性アッセイにおいて細胞毒性を有する、実施形態359に記載のオリゴマー化合物。
実施形態361
実施形態1〜360のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物がマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じる、実施形態1〜360のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態362
前記マウスに対する前記親オリゴマー化合物の前記投与が、全身投与である、実施形態361に記載のオリゴマー化合物。
実施形態363
前記全身投与が、皮下投与である、実施形態362に記載のオリゴマー化合物。
実施形態364
前記マウスが、CD−1マウスである、実施形態361〜363のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態365
前記マウスが、C57BL/6マウスである、実施形態361〜363のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態366
前記マウスが、BALB/cマウスである、実施形態361〜363のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態367
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態361〜366のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態368
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態361〜366のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態369
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態361〜366のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態370
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態361〜366のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態371
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態372
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態373
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から3日後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態374
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から5日後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態375
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から7日後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態376
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から10日後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態377
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から14日後に測定される、実施形態361〜370のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態378
前記親オリゴマー化合物が、1〜10mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態
361〜377のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態379
前記親オリゴマー化合物が、10〜25mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態361〜377のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態380
前記親オリゴマー化合物が、25〜50mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態361〜377のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態381
前記親オリゴマー化合物が、50〜100mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態361〜377のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態382
前記親オリゴマー化合物が、100〜150mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態361〜377のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態383
前記マウスが、BALB/cマウスであり、前記親オリゴマー化合物が、150mg/kgで前記マウスに投与され、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態361〜363、実施形態366〜370、実施形態372、または実施形態382のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態384
実施形態1〜383のいずれかに記載のオリゴマー化合物が50mg/kgでマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じない、実施形態1〜383のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態385
実施形態384に記載のオリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり100単位未満である、実施形態384に記載のオリゴマー化合物。
実施形態386
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、実施形態384または実施形態385に記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が投与されたマウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも10倍低く、実施形態384または実施形態385のオリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、前記親オリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、同じ方法で完結される、実施形態384または実施形態385に記載のオリゴマー化合物。
実施形態387
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも100倍低い、実施形態386に記載のオリゴマー化合物。
実施形態388
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記
マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも500倍低い、実施形態386に記載のオリゴマー化合物。
実施形態389
実施形態359〜388のいずれかに記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して増加している、実施形態359〜388のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態390
実施形態365に記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して少なくとも2倍高い、実施形態389に記載のオリゴマー化合物。
実施形態391
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物が、マウスへの投与後に肝毒性を生じさせ、
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と、チミン、ウラシル、アデニン、グアニン、シトシン、及び5−メチルシトシンから選択される核酸塩基と、からなる中央領域を有する、実施形態1〜390のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態392
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含み、前記修飾糖部分が、2’−O−メチル修飾糖部分である、実施形態391に記載のオリゴマー化合物。
実施形態393
前記2’−O−メチル修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態392に記載のオリゴマー化合物。
実施形態394
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、2’−O−メチル修飾糖部分を含まず、前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、前記2’−O−メチル修飾糖部分の代わりに非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態392または実施形態393に記載のオリゴマー化合物。
実施形態395
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態391〜394のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態396
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、実施形態391〜395のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物である、実施形態391〜395のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態397
前記オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満の
IC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態285〜396のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態398
実施形態285〜397のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態285〜397のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態399
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が4倍未満である、実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態400
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が3倍未満である、実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態401
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が2倍未満である、実施形態285〜398のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態402
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態359〜390または実施形態396〜401のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態403
前記親オリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態359〜390または実施形態396〜402のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態404
10〜50mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1〜403のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態405
50〜100mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1〜403のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態406
100〜300mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1〜403のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態407
前記投与が、全身投与である、実施形態404〜406のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態408
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物と、第2のオリゴマー化合物と、を含む組成物であって、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物に相補的である前記組成物。
実施形態409
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物に少なくとも90%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態408に記載の組成物。
実施形態410
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物に100%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態408に記載の組成物。
実施形態411
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む医薬組成物、または実施形態408〜410のいずれかに記載の組成物であって、前記医薬組成物または組成物が、医薬的に許容可能な担体または希釈剤を含む前記医薬組成物または組成物。
実施形態412
実施形態1〜411のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む方法。
実施形態413
実施形態1〜411のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む、疾患または障害の治療方法。
実施形態414
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態1〜411のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態415
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態1〜411のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態416
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態413または実施形態415に記載の方法。
実施形態417
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態413または実施形態415に記載の方
法。
実施形態418
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態413または実施形態415〜417のいずれかに記載の方法。
実施形態419
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態412〜418のいずれかに記載の方法。
実施形態420
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態412〜418のいずれかに記載の方法。
実施形態421
前記ヒト対象が、肝損傷に感受性である、実施形態412〜416または実施形態418〜420のいずれかに記載の方法。
実施形態422
前記ヒト対象が、肝変性に感受性である、実施形態412〜416または実施形態418〜420のいずれかに記載の方法。
実施形態423
前記ヒト対象が、肝臓におけるアポトーシスの上昇に感受性である、実施形態412〜416または実施形態418〜420のいずれかに記載の方法。
実施形態424
前記ヒト対象が、肝疾患を有する、実施形態412〜416または実施形態418〜423のいずれかに記載の方法。
実施形態425
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物をマウスに投与することを含む、実施形態412〜424のいずれかに記載の方法。
実施形態426
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物と細胞を接触させることを含む、実施形態412〜424のいずれかに記載の方法。
実施形態427
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態425または実施形態426に記載の方法。
実施形態428
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を出発物質とすること、及び実施形態1〜407のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物に至るように前記化合物の設計を変更すること、を含む前記方法。
実施形態429
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を同定すること、及び第2のオリゴマー化合物に至るように前記親オリゴマー化合物の設計を変更すること、を含み、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1〜407のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物である前記方法。
実施形態430
オリゴマー化合物の肝毒性の改善方法であって、前記方法が、(i)マウスにおいてリットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを有する親オリゴマー化合物を同定するステップと、(ii)実施形態1〜407のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物を提供するステップと、を含む前記方法。
実施形態431
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して治療指数が改善したオリゴマー化合物が設計される、実施形態428に記載の方法。
実施形態432
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して肝毒性が低下したオリゴマー化合物が設計される、実施形態428または実施形態431に記載の方法。
実施形態433
前記第2のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物と比較して改善される、実施形態429に記載の方法。
実施形態434
マウスにおける前記第2のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態429または実施形態433に記載の方法。
実施形態435
実施形態1〜407のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態430に記載の方法。
実施形態436
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物をマウスに投与すること、及び実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物を第2のマウスに別に投与すること、を含む方法であって、実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して改善される前記方法。
実施形態437
前記マウス、前記細胞、及び/または前記ヒト対象においてp21のRNAのレベルが測定される、実施形態412〜436のいずれかに記載の方法。
実施形態438
オリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態439
実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態440
前記対象が、マウスである、実施形態438または実施形態439に記載の方法。
実施形態441
前記対象が、ヒトである、実施形態438または実施形態439に記載の方法。
実施形態442
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24時間以内に測定される、実施形態437〜441のいずれかに記載の方法。
実施形態443
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態437〜441のいずれかに記載の方法。
実施形態444
医学的治療において使用するための、実施形態1〜411のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物または組成物。
実施形態445
細胞をオリゴマー化合物と接触させること、及び前記細胞におけるp54nrbタンパク質の細胞局在を検出すること、を含む方法。
実施形態446
核小体におけるp54nrbタンパク質の相対量を、異なるオリゴマー化合物と接触させた他の細胞と比較して決定することを含む、実施形態445に記載の方法。
実施形態447
核小体におけるp54nrbの相対量を、前記細胞のその他の部分におけるp54nrbの量と比較して決定することを含む、実施形態445または実施形態446に記載の方法。
実施形態448
前記細胞が、少なくとも96個のウェルを含むプレート中のものである、実施形態445〜447のいずれかに記載の方法。
実施形態449
p54nrbの細胞局在の前記検出が、前記細胞をp54nrb抗体と接触させることを含む、実施形態445〜448のいずれかに記載の方法。
実施形態450
実施形態445〜449に記載の方法のいずれかを含む、忍容可能なオリゴマー化合物のスクリーニング方法。
実施形態451
前記オリゴマー化合物が、実施形態1〜407のいずれかに記載のオリゴマー化合物である、実施形態445〜450のいずれかに記載の方法。
実施形態452
12〜23個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化
合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、5’領域、中央領域、及び3’領域を含み、
前記5’領域が、1〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、
前記3’領域が、1〜5つの連結修飾ヌクレオシドからなり、
前記中央領域が、7〜11個の連結ヌクレオシドからなり、式:
(Nd1)(N)(N)(N)(N
を有し、式中、N、N、及びNの1つが、安全性増強ヌクレオシドであり、
、N、及びNのその他の2つが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル、DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、
d1、及びそれぞれのNが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル、DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、
qが、2〜7である前記オリゴマー化合物。
実施形態453
前記安全性増強ヌクレオシドが、NまたはNである、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態454
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nである、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態455
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nである、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態456
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nである、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態457
前記安全性増強ヌクレオシドが、糖代替物、二環式フラノシル糖部分、非二環式2’−修飾フラノシル糖部分、非二環式4’−修飾フラノシル糖部分、または非二環式5’−修飾フラノシル糖部分のうちから選択される糖部分を有する、実施形態452〜456のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態458
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、2’−O−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分、cEt二環式糖部分、LNA糖部分、ENA糖部分、5’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分、及び2’−β−L−デオキシキシロシル糖部分のうちから選択される糖部分を有する、実施形態452〜457のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態459
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−O−メチル−修飾糖部分及び5’−修飾糖部分のうちから選択される糖部分を有する、実施形態452〜458のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態460
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−O−メチル置換リボシル糖部分を有する、実施形態459に記載のオリゴマー化合物。
実施形態461
前記安全性増強ヌクレオシドが、糖代替物である、実施形態452〜457のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態462
前記糖代替物が、モルホリノ、修飾モルホリノ、及びF−HNAのうちから選択される、実施形態461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態463
d1が、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分である、実施形態452〜462のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態464
d1が、DNA異性体である、実施形態452〜462のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態465
d1が、DNA模倣体である、実施形態452〜462のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態466
2’−β−D−デオキシリボシル以外の糖部分を含む前記中央領域ヌクレオシドの数が3を超えない、実施形態452〜465のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態467
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから独立して選択される糖部分を有する、実施形態452〜466のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態468
DNA模倣体がそれぞれ、5’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル及び5’−エチル−2’−β−D−デオキシリボシルのうちから独立して選択される糖部分を有する、実施形態452〜467のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態469
前記中央領域における前記安全性増強ヌクレオシド以外のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を有する、実施形態452〜463のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態470
少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、452〜469のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態471
少なくとも4つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、実施形態452〜470のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態472
少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態4
52〜471のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態473
少なくとも1つの中性ヌクレオシド間結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態452〜472のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態474
少なくとも1つの中性ヌクレオシド間結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態452〜474のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態475
ヌクレオシド間Nd1−Nx、ヌクレオシド間Nx−Ny、ヌクレオシド間Ny−Nz、またはヌクレオシド間Nz−隣接Ndのうちから選択される、前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態452〜475のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態476
前記修飾オリゴヌクレオチドが、1つの中性結合を含み、その他のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから独立して選択される、
実施形態475に記載のオリゴマー化合物。
実施形態477
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nであり、2’O−メチル−置換ヌクレオシドである、実施形態542〜454または実施形態457〜476のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態478
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nであり、2’O−メチル−置換ヌクレオシドである、実施形態2〜453、実施形態455、または実施形態457〜476のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態479
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nであり、5’−置換2’−デオキシリボシル糖部分を有する、実施形態452〜453、実施形態455、または実施形態457〜476のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態480
前記安全性増強ヌクレオシドが、Nであり、5’−置換2’−デオキシリボシル糖部分を有する、実施形態452または実施形態457〜476のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態481
前記5’−置換リボシル糖部分が、5’−メチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、5’−エチル置換2’−デオキシリボシル糖部分、または5’−アリル置換2’−デオキシリボシル糖部分である、実施形態479または実施形態480に記載のオリゴマー化合物。
実施形態482
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態477〜481に記載のオリゴマー化合物。
実施形態483
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態477〜482のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態484
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態482または実施形態483のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態485
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態452〜482または実施形態484のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態486
前記5’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態485に記載のオリゴマー化合物。
実施形態487
前記5’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態485〜487のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態488
前記5’領域が、2’−MOE修飾ヌクレオシド及びLNA修飾ヌクレオシドを含む、実施形態477〜480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態489
前記5’領域が、2’−MOE修飾ヌクレオシド及びcEt修飾ヌクレオシドを含む、実施形態477〜480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態490
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態477〜489に記載のオリゴマー化合物。
実施形態491
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態477〜490のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態492
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態490または実施形態491のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態493
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態490または実施形態492のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態494
前記3’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態493に記載のオリゴマー化合物。
実施形態495
前記3’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態490または実施形492〜494のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態496
前記3’領域が、2’−MOE修飾ヌクレオシド及びLNA修飾ヌクレオシドを含む、実施形態477〜490または実施形態492〜495のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態497
前記3’領域が、2’−MOE修飾ヌクレオシド及びcEt修飾ヌクレオシドを含む、実施形態477〜490または実施形態492〜495のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態498
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含み、前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態477〜480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態499
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、LNA糖部分を含み、前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’MOE糖部分を含む、実施形態477〜480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態500
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、cEt糖部分を含み、前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’MOE糖部分を含む、実施形態477〜480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態501
前記修飾オリゴヌクレオチドが、標的RNAに相補的な核酸塩基配列を有し、前記標的RNAが、mRNAまたはpre−mRNAである、実施形態452〜500のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態502
前記標的RNAが、肝臓において発現するタンパク質をコードする、実施形態501に記載のオリゴマー化合物。
実施形態503
前記標的RNAが、CNSにおいて発現するタンパク質をコードする、実施形態502に記載のオリゴマー化合物。
実施形態504
前記オリゴマー化合物が、毒性を有さない、実施形態452〜503のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態505
対照化合物が毒性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化
合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態452〜504のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態506
前記オリゴマー化合物がある用量で動物に投与されると生じる循環ALTレベルが、少なくとも1回の適合用量について前記対照化合物が同じ用量で動物に投与されると生じる前記ALTレベルと比較して少なくとも3倍低い、実施形態505に記載のオリゴマー化合物。
実施形態507
リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記オリゴマー化合物の最低用量が、リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記対照化合物の最低用量と比較して少なくとも3倍高い、実施形態505または実施形態506に記載のオリゴマー化合物。
実施形態508
前記オリゴマー化合物が、細胞における前記標的RNAを低減する能力を有する、実施形態502〜507のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態509
前記オリゴマー化合物が、対照化合物と同等のRNA低減活性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態508に記載のオリゴマー化合物。
実施形態510
前記対照化合物のRNA低減活性と比較して前記RNA低減活性の低下度合いが2倍を超えないである、実施形態509に記載のオリゴマー化合物。
実施形態511
12〜23個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、5’領域、中央領域、及び3’領域を含み、
前記5’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、少なくとも1つの5’領域ヌクレオシドが修飾され、
前記3’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、少なくとも1つの3’領域ヌクレオシドが修飾され、
前記中央領域が、7〜11個の連結ヌクレオシドからなり、式:
(Nd1L1(Nd2L2(Nd3L3(Nd4L4(N
を有し、式中、Nd1、Nd2、Nd3、Nd4、及びそれぞれのNが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシド、DNA異性体糖部分を含むヌクレオシド、またはDNA模倣体糖部分を含むヌクレオシド、のうちから独立して選択され、L1、L2、L3、及びL4がそれぞれ、ヌクレオシド間結合であり、
L1、L2、L3、及びL4の少なくとも1つが、中性ヌクレオシド間結合である前記オリゴマー化合物。
実施形態512
L1が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態511に記載のオリゴマー化合物。
実施形態513
L2が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態511に記載のオリゴマー化合物。
実施形態514
L3が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態511に記載のオリゴマー化合物。
実施形態515
前記中性結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態511〜514のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態516
前記中性結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態511〜515のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態517
残りのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態511〜516のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態518
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む方法。
実施形態519
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む、疾患または障害の治療方法。
実施形態520
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態521
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態522
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態520または実施形態521に記載の方法。
実施形態523
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態520または実施形態521に記載の方法。
実施形態524
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態519〜523のいず
れかに記載の方法。
実施形態525
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態518〜524のいずれかに記載の方法。
実施形態526
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態518〜525のいずれかに記載の方法。
実施形態527
前記ヒト対象が、肝損傷に感受性である、実施形態518〜526のいずれかに記載の方法。
実施形態528
前記ヒト対象が、肝変性に感受性である、実施形態518〜527のいずれかに記載の方法。
実施形態529
前記ヒト対象が、肝臓におけるアポトーシスの上昇に感受性である、実施形態518〜528のいずれかに記載の方法。
実施形態530
前記ヒト対象が、肝疾患を有する、実施形態518〜529のいずれかに記載の方法。
実施形態531
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物をマウスに投与することを含む、実施形態518〜530のいずれかに記載の方法。
実施形態532
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物と細胞を接触させることを含む、実施形態518〜531のいずれかに記載の方法。
実施形態533
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態518〜532に記載の方法。
実施形態534
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を出発物質とすること、及び実施形態452〜517のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物に至るように前記化合物の設計を変更すること、を含む前記方法。
実施形態535
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を同定すること、及び第2のオリゴマー化合物に至るように前記親オリゴマー化合物の設計を変更すること、を含み、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態452〜517のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物である前記方法。
実施形態536
オリゴマー化合物の肝毒性の改善方法であって、前記方法が、(i)マウスにおいてリットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを有する親オリゴマー化合物を同定するステップと、(ii)実施形態452〜517のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物を提供するステップと、を含む前記方法。
実施形態537
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して治療指数が改善したオリゴマー化合物が設計される、実施形態536に記載の方法。
実施形態538
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して肝毒性が低下したオリゴマー化合物が設計される、実施形態534〜537に記載の方法。
実施形態539
前記第2のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物と比較して改善される、実施形態535〜538に記載の方法。
実施形態540
マウスにおける前記第2のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態535〜539に記載の方法。
実施形態541
実施形態452〜517のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態540に記載の方法。
実施形態542
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物をマウスに投与すること、及び実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物を第2のマウスに別に投与すること、を含む方法であって、実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して改善される前記方法。
実施形態543
前記マウス、前記細胞、及び/または前記ヒト対象においてp21のRNAのレベルが測定される、実施形態518〜542のいずれかに記載の方法。
実施形態544
実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態545
前記対象が、マウスである、実施形態543または実施形態544に記載の方法。
実施形態546
前記対象が、ヒトである、実施形態543または実施形態544に記載の方法。
実施形態547
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24時間以内に測定される、実施形態543〜546のいずれかに記載の方法。
実施形態548
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態437〜441のいずれかに記載の方法。
実施形態549
医学的治療において使用するための、実施形態452〜517のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物または組成物。
実施形態550
前記オリゴマー化合物が、実施形態452〜517のいずれかに記載のオリゴマー化合物である、実施形態445〜449のいずれかに記載の方法。
実施形態551
12〜21個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、A−B−Cという式を有し、式中、Aが、5’領域であり、Bが、中央領域であり、Cが、3’領域であり、
前記5’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記3’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記中央領域が、7〜11個の連結ヌクレオシドからなり、
前記中央領域の最も5’側の部分が、下記の式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb
を有し、式中、N、N、及びNの1つが、安全性増強ヌクレオシドであり、
、N、及びNのその他の2つが、DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、
da及びNdbがそれぞれ、DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択される前記オリゴマー化合物。
実施形態552
前記5’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態553
前記5’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態554
前記5’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態555
前記5’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態556
前記5’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態557
前記5’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態558
前記5’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551に記載のオリゴマー化合物。
実施形態559
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜558のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態560
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜559のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態561
前記5’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態551〜560のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態562
前記5’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜560のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態563
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態551〜562のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態564
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜563のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態565
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜564のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態566
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態551〜565のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態567
前記5’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態566に記載のオリゴマー化合物。
実施形態568
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態551〜567のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態569
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形
態568に記載のオリゴマー化合物。
実施形態570
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜569のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態571
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態551〜570のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態572
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態551〜571のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態573
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態551〜572のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態574
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態551〜573のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態575
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態551〜574のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態576
前記5’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態551〜575のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態577
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜576のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態578
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜577のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態579
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜578のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態580
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態551〜579のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態581
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態551〜
580のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態582
前記5’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態551〜581のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態583
前記5’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから選択される、実施形態551〜582のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態584
前記3’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態585
前記3’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態586
前記3’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態587
前記3’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態588
前記3’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態589
前記3’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態590
前記3’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜583のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態591
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜590のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態592
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜591のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態593
前記3’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態551〜5
92のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態594
前記3’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜592のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態595
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態551〜594のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態596
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜595のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態597
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜596のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態598
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態551〜597のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態599
前記3’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態598に記載のオリゴマー化合物。
実施形態600
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態551〜599のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態601
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態600に記載のオリゴマー化合物。
実施形態602
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜601のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態603
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態551〜602のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態604
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態551〜602のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態605
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態551〜603のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態606
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態551〜605のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態607
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態551〜606のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態608
前記3’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態551〜607のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態609
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜608のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態610
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜609のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態611
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態551〜610のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態612
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態551〜611のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態613
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態551〜612のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態614
前記3’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態551〜613のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態615
前記3’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから選択される、実施形態551〜614のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態616
前記5’領域の前記修飾ヌクレオシドが、前記3’領域の前記修飾ヌクレオシドの修飾と同じ修飾を有する、実施形態551〜615のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態617
前記5’領域の少なくとも1つの修飾ヌクレオシドと、前記3’領域の1つの修飾ヌク
レオシドとが、互いに異なる修飾を含む、実施形態551〜615のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態618
前記5’領域及び前記3’領域が共に、少なくとも1つの非二環式2’−置換修飾ヌクレオシド及び少なくとも1つの二環式ヌクレオシドを含む、実施形態551〜617のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態619
前記二環式ヌクレオシドが、cEtヌクレオシドである、実施形態618のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態620
前記二環式ヌクレオシドが、LNAヌクレオシドである、実施形態618に記載のオリゴマー化合物。
実施形態621
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−MOEヌクレオシドである、実施形態618〜620のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態622
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−OMeヌクレオシドである、実施形態618〜620のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態623
前記5’領域または前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非修飾DNAヌクレオシドである、実施形態618〜622のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態624
前記中央領域が、式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb)(Ndc
を有し、式中、Ndcがそれぞれ、非修飾DNAヌクレオシド、DNA異性体、2’−修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、qが、2〜6である、実施形態551〜623のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態625
前記中央領域が、7つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜624のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態626
前記中央領域が、8つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜624のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態627
前記中央領域が、9つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜624のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態628
前記中央領域が、10個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜624のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態629
前記中央領域が、11個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態551〜624のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態630
Nxが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態551〜629のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態631
Nyが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態551〜629のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態632
Nzが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態551〜629のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態633
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、もしくは非二環式修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜632のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態634
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、非二環式2’−修飾フラノシル糖部分、非二環式3’−修飾フラノシル糖部分、非二環式4’−修飾フラノシル糖部分、もしくは非二環式5’−修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む、実施形態551〜33のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態635
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、修飾シクロヘキセニル、または修飾テトラヒドロピランから選択される糖代替物を含む、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態636
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、CeNA、F−CeNA、HNA、OMe−HNA、またはF−HNAから選択される糖代替物を含む、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態637
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含むDNA異性体である、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態638
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を
含むDNA異性体である、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態639
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態640
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態641
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態642
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む修飾DNA異性体であり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態643
前記安全性増強ヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態644
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、LNA、α−L−LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態645
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態646
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、
O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態645に記載のオリゴマー化合物。
実施形態647
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態645に記載のオリゴマー化合物。
実施形態648
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、フルオロ、OMe、MOE、NMAから選択される2’置換基を有する、実施形態645に記載のオリゴマー化合物。
実施形態649
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeまたは2’−MOEを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜648のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態650
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜649のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態651
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMe修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態551〜650のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態652
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、CF、OCF、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、N(R)−アルケニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、またはアラルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態653
前記安全性増強ヌクレオシドが、C−C10アルキルまたはC−C10置換アルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態652のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態654
前記安全性増強ヌクレオシドが、3’−メチルフラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態652〜653のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態655
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される4’置換基を有する4’−修飾フラノシル糖部分を含み、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態656
前記安全性増強ヌクレオシドが、4’−メチルを有する4’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態655のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態657
前記安全性増強ヌクレオシドが、以下に示される構造を有し、式中、Rが、任意選択の2’置換基を示し、Bxが、ヘテロ環式塩基部分である、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
Figure 2021512629
実施形態658
Rが、H、OH、OMe、F、またはMOEのうちから選択される、実施形態657に記載のオリゴマー化合物。
実施形態659
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含み、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態551〜634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態660
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−メチル、5’−エチル、または5’−アリルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜
634または実施形態659のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態661
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−または5’−(R)−エチルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態659〜660のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態662
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態659〜661のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態663
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態551〜634または実施形態659〜662のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態664
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−F修飾糖部分を含まない、実施形態551〜663のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態665
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt修飾糖部分を含まない、実施形態551〜664のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態666
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−MOE修飾糖部分を含まない、実施形態551〜665のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態667
前記安全性増強ヌクレオシドが、ヒポキサンチン核酸塩基を含む、実施形態551〜666のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態668
前記安全性増強ヌクレオシドが、A、T、G、C、C、及びUのうちから選択される核酸塩基を含む、実施形態551〜667のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態669
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、MOE、LNA、またはFANA以外の修飾ヌクレオシドである、実施形態551〜668のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態670
Ndがそれぞれ、DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから独立して選択される、実施形態551〜669のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態671
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L
−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態672
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態671に記載のオリゴマー化合物。
実施形態673
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C1−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態674
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態673に記載のオリゴマー化合物。
実施形態675
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態674に記載のオリゴマー化合物。
実施形態676
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択され、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態675に記載のオリゴマー化合物。
実施形態677
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xが、OまたはSであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示す、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態678
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、式中、Xが、OまたはSであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、R1が、H、OH、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(Rm)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(Rm)−アルケニル、O−アルキニル、
S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCH2C(=O)−N(R)(R)のうちから選択され、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態679
R1が、H、OH、OMe、またはFである、実施形態678に記載のオリゴマー化合物。
実施形態680
R1が、Fではない、実施形態678に記載のオリゴマー化合物。
実施形態681
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

によって示される構造を含み、
式中、Xが、Oであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、R1が、Hである、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態682
DNA模倣体が、5’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル、5’−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル、及び5’−アリル−2’−β−D−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を有する、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態683
DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含む、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態684
前記DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含まない、実施形態670に記載のオリゴマー化合物。
実施形態685
Ndがそれぞれ、DNAヌクレオシドである、実施形態551〜684のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態686
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される4つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態551〜685のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態687
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される3つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態551〜685のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態688
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される2つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態551〜685のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態689
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される1つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態551〜685のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態690
前記中央領域が、安全性増強ヌクレオシドを厳密に1つ含み、前記中央領域における残りのヌクレオシドが、DNAヌクレオシドである、実施形態551〜689のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態691
ヌクレオシド間Nda−Nx、ヌクレオシド間Nx−Ny、ヌクレオシド間Ny−Nz、またはヌクレオシド間Nz−隣接Ndbのうちから選択される、前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態551〜690のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態692
前記中性結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態691に記載のオリゴマー化合物。
実施形態693
前記中性結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態691に記載のオリゴマー化合物。
実施形態694
残りのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態691に記載のオリゴマー化合物。
実施形態695
実施形態551〜690のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル富化集団であって、前記中央領域が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する前記キラル富化集団。
実施形態696
前記中央領域が、(Sp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態697
中央領域が、(Rp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態698
前記中央領域が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に対して独立に選択される特定の立体化学的配置を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態699
前記中央領域の前記それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合が、(Sp)配置を有する、実施形態698に記載のキラル富化集団。
実施形態700
前記中央領域が、(Rp)配置を有する1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(Sp)配置を有する、実施形態698に記載のキラル富化集団。
実施形態701
前記中央領域が、(Sp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態702
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態703
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(Sp)配置を有する、実施形態695に記載のキラル富化集団。
実施形態704
(Rp)配置または(Sp)配置を有さないホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、立体ランダムである、実施形態696、実施形態697、実施形態701、または実施形態702のいずれかに記載のキラル富化集団。
実施形態705
複合基を含む、実施形態551〜704のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態706
前記複合基が、前記複合基の残部を前記修飾オリゴヌクレオチドに付加する連結基を含み、前記連結基が、1〜5つのヌクレオシドを含む、実施形態705に記載のオリゴマー化合物。
実施形態707
前記オリゴマー化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド以外には追加のヌクレオシドを含まない、実施形態1〜705のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態708
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、標的RNAに相補的である、実施形態551〜707のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態709
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも85%相補的である、実施形態708に記載のオリゴマー化合物。
実施形態710
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも90%相補的である、実施形態708に記載のオリゴマー化合物。
実施形態711
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも95%相補的である、実施形態708に記載のオリゴマー化合物。
実施形態712
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態711に記載のオリゴマー化合物。
実施形態713
前記標的RNAが、標的mRNAまたは標的pre−mRNAである、実施形態708〜712のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態714
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのPTENのRNAではない、実施形態713に記載のオリゴマー化合物。
実施形態715
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのSRB−1のRNAではない、実施形態713または実施形態714に記載のオリゴマー化合物。
実施形態716
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのMYD88のRNAではない、実施形態713〜715のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態717
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのHTTのRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのSOD1のRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのアルファ−シヌクレインのRNAではない、実施形態713〜716のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態718
前記標的RNAが、ヒトのRNAである、実施形態708〜717のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態719
前記標的RNAが、肝臓において発現する、実施形態708〜718のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態720
前記標的RNAが、肝臓標的である、実施形態708〜719のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態721
前記標的RNAが、肝臓において発現しない、実施形態708〜718のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態722
前記標的RNAが、肝臓標的ではない、実施形態708〜718または実施形態721のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態723
肝臓における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態708〜722のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態724
前記障害または状態が、肝臓の障害または状態である、実施形態723に記載のオリゴマー化合物。
実施形態725
前記標的RNAが、中枢神経系において発現する、実施形態708〜724のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態726
前記標的RNAが、中枢神経系において発現しない、実施形態708〜724のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態727
前記標的RNAが、中枢神経系標的である、実施形態708〜725のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態728
前記標的RNAが、中枢神経系標的ではない、実施形態708〜726のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態729
前記標的RNAが、MeCP2のRNA、DUX4のRNA、HDAC2のRNA、APPのRNA、アタキシン1のRNA、アタキシン2のRNA、アタキシン3のRNA、アタキシン6のRNA、アタキシン7のRNA、C9ORF72のRNA、UBE3AのRNA、プリオンのRNA、PMP22のRNA、タウのRNA、LRRK2のRNA、LINGO2のRNA、GYS1のRNA、KCNT1のRNA、IRF8のRNA、プログラニュリンのRNA、またはGFAPのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態730
前記標的RNAが、HTTのRNAである、実施形態708〜729のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態731
前記標的RNAが、MeCP2のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化
合物。
実施形態732
前記標的RNAが、DUX4のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態733
前記標的RNAが、HDAC2のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態734
前記標的RNAが、アタキシン1のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態735
前記標的RNAが、アタキシン2のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態736
前記標的RNAが、アタキシン3のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態737
前記標的RNAが、アタキシン6のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態738
前記標的RNAが、アタキシン7のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態739
前記標的RNAが、C9ORF72のRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態740
前記標的RNAが、アルファ−シヌクレインのRNAである、実施形態708〜727に記載のオリゴマー化合物。
実施形態741
前記標的RNAが、UBE3AのRNAである、実施形態729に記載のオリゴマー化合物。
実施形態742
前記標的RNAが、SOD1のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態743
前記標的RNAが、プリオンのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態744
前記標的RNAが、PMP22のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態745
前記標的RNAが、タウのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態746
前記標的RNAが、LRRK2のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態747
前記標的RNAが、APPのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態748
前記標的RNAが、LINGO2のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態749
前記標的RNAが、GYS1のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態750
前記標的RNAが、KCNT1のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態751
前記標的RNAが、IRF8のRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態752
前記標的RNAが、プログラニュリンのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態753
前記標的RNAが、GFAPのRNAである、実施形態708〜727のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態754
中枢神経系における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態725〜753のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態755
前記障害または状態が、神経学的な障害または状態である、実施形態754に記載のオリゴマー化合物。
実施形態756
前記障害または状態が、感覚ニューロンまたは運動ニューロンの機能を変化させる、実
施形態754〜755に記載のオリゴマー化合物。
実施形態757
前記障害または状態が、感覚ニューロンの機能を変化させる、実施形態754〜756のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態758
前記障害または状態が、運動ニューロンの機能を変化させる、実施形態754〜757のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態759
前記障害または状態が、グリア細胞の機能を変化させる、実施形態754〜758のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態760
前記障害または状態が、アストロサイトの機能を変化させる、実施形態754〜759のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態761
前記障害または状態が、オリゴデンドロサイトの機能を変化させる、実施形態754〜760のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態762
前記障害または状態が、ミクログリアの機能を変化させる、実施形態754〜761のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態763
前記障害または状態が、上衣細胞の機能を変化させる、実施形態754〜762のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態764
前記障害または状態が、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、脊髄小脳失調症、アンジェルマン症候群、アレキサンダー病、ラフォラ病、シャルコー・マリー・トゥース病、プリオン病、認知症、神経変性、MeCP2重複症候群、脳症、神経炎症、または多発性硬化症である、実施形態754〜763のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態765
前記障害または状態が、アルツハイマー病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態766
前記障害または状態が、筋萎縮性側索硬化症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態767
前記障害または状態が、パーキンソン病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態768
前記障害または状態が、脊髄小脳失調症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態769
前記障害または状態が、アンジェルマン症候群である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態770
前記障害または状態が、アレキサンダー病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態771
前記障害または状態が、ラフォラ病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態772
前記障害または状態が、シャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態773
前記障害または状態が、プリオン病である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態774
前記障害または状態が、認知症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態775
前記障害または状態が、神経変性である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態776
前記障害または状態が、MeCP2重複症候群である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態777
前記障害または状態が、脳症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態778
前記障害または状態が、神経炎症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態779
前記障害または状態が、多発性硬化症である、実施形態764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態780
実施形態551〜779のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、インビトロで細胞毒性を有する、実施形態551〜779のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態781
前記親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ細胞毒性アッセイにおいて細胞毒性を
有する、実施形態780に記載のオリゴマー化合物。
実施形態782
実施形態551〜781のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物がマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じる、実施形態551〜781のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態783
前記マウスに対する前記親オリゴマー化合物の前記投与が、全身投与である、実施形態782に記載のオリゴマー化合物。
実施形態784
前記全身投与が、皮下投与である、実施形態783に記載のオリゴマー化合物。
実施形態785
前記マウスが、CD−1マウスである、実施形態782〜784のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態786
前記マウスが、C57BL/6マウスである、実施形態782〜784のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態787
前記マウスが、BALB/cマウスである、実施形態782〜784のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態788
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態782〜784のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態789
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態782〜788のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態790
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態782〜789のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態791
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態782〜790のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態792
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態793
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態794
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から3日後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態795
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から5日後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態796
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から7日後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態797
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から10日後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態798
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から14日後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態799
前記親オリゴマー化合物が、1〜10mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態800
前記親オリゴマー化合物が、10〜25mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態801
前記親オリゴマー化合物が、25〜50mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態802
前記親オリゴマー化合物が、50〜100mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態803
前記親オリゴマー化合物が、100〜150mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態804
前記マウスが、BALB/cマウスであり、前記親オリゴマー化合物が、150mg/kgで前記マウスに投与され、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態782〜791のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態805
実施形態551〜804のいずれかに記載のオリゴマー化合物が50mg/kgでマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じない、実施形態551〜804のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態806
実施形態805に記載のオリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり100単位未満である、実施形態805に記載のオリゴマー化合物。
実施形態807
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、実施形態384または実施形態385に記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が投与されたマウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも10倍低く、実施形態384または実施形態385のオリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、前記親オリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、同じ方法で完結される、実施形態805または実施形態806に記載のオリゴマー化合物。
実施形態808
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも100倍低い、実施形態807に記載のオリゴマー化合物。
実施形態809
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも500倍低い、実施形態807に記載のオリゴマー化合物。
実施形態810
実施形態782〜809のいずれかに記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して増加している、実施形態782〜809のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態811
実施形態365に記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して少なくとも2倍高い、実施形態810に記載のオリゴマー化合物。
実施形態812
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物が、マウスへの投与後に肝毒性を生じさせ、
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と、チミン、ウラシル、アデニン、グアニン、シトシン、及び5−メチルシトシンから選択される核酸塩基と、からなる中央領域を有する、実施形態551〜811のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態813
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/また
は5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含み、前記修飾糖部分が、2’−O−メチル修飾糖部分である、実施形態812に記載のオリゴマー化合物。
実施形態814
前記2’−O−メチル修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態813に記載のオリゴマー化合物。
実施形態815
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、2’−O−メチル修飾糖部分を含まず、前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、前記2’−O−メチル修飾糖部分の代わりに非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態812〜814に記載のオリゴマー化合物。
実施形態816
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態812〜815のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態817
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、実施形態812〜816のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物である、実施形態812〜816のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態818
前記オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態708〜817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態819
実施形態708〜818のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態708〜818のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態820
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態708〜819のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が4倍未満である、実施形態708〜819のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態821
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態708〜820のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が3倍未満である、実施形態708〜820のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態822
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態708〜821のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が2倍未満である、実施形態708〜821のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態823
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態708〜822のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態824
前記親オリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態708〜823のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態825
10〜50mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態551〜824のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態826
50〜100mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態551〜824のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態827
100〜300mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態551〜824のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態828
前記投与が、全身投与である、実施形態825〜827のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態829
実施形態551〜828のいずれかに記載のオリゴマー化合物と、第2のオリゴマー化合物と、を含む組成物であって、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態551〜828のいずれかに記載のオリゴマー化合物に相補的である前記組成物。
実施形態830
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態551〜828のいずれかに記載のオリゴマー化合物に少なくとも90%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態829に記載の組成物。
実施形態831
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態551〜828のいずれかに記載のオリゴマー化合物に100%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態830に記載の組成物。
実施形態832
実施形態551〜828のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む医薬組成物、または実施形態829〜831のいずれかに記載の組成物であって、前記医薬組成物または組成物が、医薬的に許容可能な担体または希釈剤を含む前記医薬組成物または組成物。
実施形態833
実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む方法。
実施形態834
実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む、疾患または障害の治療方法。
実施形態835
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態836
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態837
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態835〜836に記載の方法。
実施形態838
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態835〜837に記載の方法。
実施形態839
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態834〜838のいずれかに記載の方法。
実施形態840
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態834〜839のいずれかに記載の方法。
実施形態841
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態834〜840のいずれかに記載の方法。
実施形態842
前記ヒト対象が、肝損傷に感受性である、実施形態834〜841のいずれかに記載の方法。
実施形態843
前記ヒト対象が、肝変性に感受性である、実施形態834〜842のいずれかに記載の方法。
実施形態844
前記ヒト対象が、肝臓におけるアポトーシスの上昇に感受性である、実施形態834〜843のいずれかに記載の方法。
実施形態845
前記ヒト対象が、肝疾患を有する、実施形態834〜844のいずれかに記載の方法。
実施形態846
実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物をマウスに投与することを含む、実施形態834〜841のいずれかに記載の方法。
実施形態847
実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物と細胞を接触させることを含む、実施形態833〜846のいずれかに記載の方法。
実施形態848
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態846〜847に記載の方法。
実施形態849
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を出発物質とすること、及び実施形態551〜833のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物に至るように前記化合物の設計を変更すること、を含む前記方法。
実施形態850
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を同定すること、及び第2のオリゴマー化合物に至るように前記親オリゴマー化合物の設計を変更すること、を含み、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態551〜833のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物である前記方法。
実施形態851
オリゴマー化合物の肝毒性の改善方法であって、前記方法が、(i)マウスにおいてリットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを有する親オリゴマー化合物を同定するステップと、(ii)実施形態551〜833のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物を提供するステップと、を含む前記方法。
実施形態852
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して治療指数が改善したオリゴマー化合物が設計される、実施形態851に記載の方法。
実施形態853
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して肝毒性が低下したオリゴマー化合物が設計される、実施形態851〜852に記載の方法。
実施形態854
前記第2のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物と比較して改善される、実施形態853に記載の方法。
実施形態855
マウスにおける前記第2のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態851〜852に記載の方法。
実施形態856
実施形態551〜833のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態855に記載の方法。
実施形態857
実施形態551〜833のいずれかに記載のオリゴマー化合物をマウスに投与すること、及び実施形態551〜833のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物を第2のマウスに別に投与すること、を含む方法であって、実施形態551〜833のいずれかに記載のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して改善される前記方法。
実施形態858
前記マウス、前記細胞、及び/または前記ヒト対象においてp21のRNAのレベルが測定される、実施形態833〜857のいずれかに記載の方法。
実施形態859
実施形態551〜833のいずれかに記載のオリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態860
前記対象が、マウスである、実施形態858または実施形態859に記載の方法。
実施形態861
前記対象が、ヒトである、実施形態858または実施形態859に記載の方法。
実施形態862
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24時間以内に測定される、実施形態858〜861のいずれかに記載の方法。
実施形態863
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態858〜862のいずれかに記載の方法。
実施形態864
医学的治療において使用するための、実施形態551〜832のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物または組成物。
実施形態865
前記オリゴマー化合物が、毒性を有さない、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態866
対照化合物が毒性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態867
前記オリゴマー化合物がある用量で動物に投与されると生じる循環ALTレベルが、少なくとも1回の適合用量について前記対照化合物が同じ用量で動物に投与されると生じる
前記ALTレベルと比較して少なくとも3倍低い、実施形態866に記載のオリゴマー化合物。
実施形態868
リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記オリゴマー化合物の最低用量が、リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記対照化合物の最低用量と比較して少なくとも3倍高い、実施形態866または実施形態867に記載のオリゴマー化合物。
実施形態869
前記オリゴマー化合物が、細胞における前記標的RNAを低減する能力を有する、実施形態865〜868のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態870
前記オリゴマー化合物が、対照化合物と同等のRNA低減活性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態869に記載のオリゴマー化合物。
実施形態871
前記対照化合物のRNA低減活性と比較して前記RNA低減活性の低下度合いが2倍を超えない、実施形態870に記載のオリゴマー化合物。
実施形態872
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態873
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態551〜832のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態874
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態872〜873に記載の方法。
実施形態875
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態872〜873に記載の方法。
実施形態876
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態872〜874のいずれかに記載の方法。
実施形態877
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して
3倍を超えない、実施形態872〜876のいずれかに記載の方法。
実施形態878
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態872〜877のいずれかに記載の方法。
実施形態879
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態1〜410、実施形態452〜518、実施形態551〜828、または実施形態864〜871のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態880
前記疾患または障害が、CNSの疾患または障害ではない、実施形態879に記載の方法。
実施形態881
前記疾患または障害が、筋肉の疾患または障害である、実施形態879に記載の方法。
実施形態882
前記疾患または障害が、肺の疾患または障害である、実施形態879に記載の方法。
実施形態883
前記疾患または障害が、腎臓の疾患または障害である、実施形態879に記載の方法。
実施形態884
前記疾患または障害が、眼の疾患または障害である、実施形態879に記載の方法。
実施形態885
前記疾患または障害が、膵臓の疾患または障害である、実施形態879に記載の方法。
実施形態886
標的RNAに対する活性についてオリゴマー化合物のライブラリーをスクリーニングする方法であって、オリゴマー化合物の前記ライブラリーが、実施形態1〜410、実施形態452〜218、実施形態551〜831、または実施形態864〜871のいずれかに記載のオリゴマー化合物を複数含む前記方法。
実施形態887
12〜21個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、A−B−Cという式を有し、式中、Aが、5’領域であり、Bが、中央領域であり、Cが、3’領域であり、
前記5’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記3’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記中央領域が、7〜11個の連結ヌクレオシドからなり、
前記中央領域の最も5’側の部分が、下記の式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb
を有し、式中、N、N、及びNの1つが、安全性増強ヌクレオシドであり、
、N、及びNのその他の2つが、DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、
da及びNdbがそれぞれ、DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択される前記オリゴマー化合物。
実施形態888
前記5’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態889
前記5’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態890
前記5’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態891
前記5’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態892
前記5’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態893
前記5’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態894
前記5’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887に記載のオリゴマー化合物。
実施形態895
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜894のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態896
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜895のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態897
前記5’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態887〜896のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態898
前記5’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜896のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態899
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態887〜898のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態900
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜899のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態901
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜900のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態902
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態887〜900のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態903
前記5’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態902に記載のオリゴマー化合物。
実施形態904
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態887〜889または実施形態902〜903のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態905
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態904に記載のオリゴマー化合物。
実施形態906
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜905のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態907
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態887〜901または実施形態906のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態908
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態887〜889または実施形態902〜906のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態909
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態887〜903または実施形態906〜907のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態910
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態887〜903または実施形態906〜909のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態911
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態887〜903または実施形態906〜907または実施形態909のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態912
前記5’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態887〜900、実施形態902〜906、または実施形態908〜911のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態913
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜912のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態914
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜913のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態915
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜914のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態916
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態887〜915のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態917
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態887〜916のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態918
前記5’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態887〜917のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態919
前記5’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態887〜918のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態920
前記3’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態921
前記3’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態922
前記3’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のい
ずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態923
前記3’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態924
前記3’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態925
前記3’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態926
前記3’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜919のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態927
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜926のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態928
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜927のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態929
前記3’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態887〜928のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態930
前記3’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜928のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態931
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態887〜930のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態932
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜931のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態933
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜932のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態934
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態887〜933のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態935
前記3’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態934に記載のオリゴマー化合物。
実施形態936
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態887〜935のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態937
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態936に記載のオリゴマー化合物。
実施形態938
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜937のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態939
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態887〜935または実施形態938のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態940
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態887〜932または実施形態934〜938のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態941
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態887〜935または実施形態938〜939のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態942
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態887〜935、実施形態938〜939、または実施形態941のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態943
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態887〜935、実施形態938〜939、または実施形態941のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態944
前記3’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態887〜932、実施形態934〜938、または実施形態940のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態945
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜944のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態946
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜945のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態947
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態887〜946のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態948
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態887〜947のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態949
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態887〜948のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態950
前記3’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態887〜949のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態951
前記3’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態887〜950のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態952
前記5’領域の前記修飾ヌクレオシドが、前記3’領域の前記修飾ヌクレオシドの修飾と同じ修飾を有する、実施形態887〜951のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態953
前記5’領域の少なくとも1つの修飾ヌクレオシドと、前記3’領域の1つの修飾ヌクレオシドとが、互いに異なる修飾を含む、実施形態887〜951のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態954
前記5’領域及び前記3’領域が共に、少なくとも1つの非二環式2’−置換修飾ヌクレオシド及び少なくとも1つの二環式ヌクレオシドを含む、実施形態887〜898実施形態900、実施形態902〜903、実施形態906、実施形態909〜932、実施形態934〜935、実施形態938、実施形態941〜953のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態955
前記二環式ヌクレオシドが、cEtヌクレオシドである、実施形態954に記載のオリゴマー化合物。
実施形態956
前記二環式ヌクレオシドが、LNAヌクレオシドである、実施形態954に記載のオリゴマー化合物。
実施形態957
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−MOEヌクレオシドである、実施形態954〜956のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態958
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−OMeヌクレオシドである、実施形態954〜956のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態959
前記5’領域または前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非修飾DNAヌクレオシドである、実施形態954〜958のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態960
前記中央領域が、式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb)(Ndc
を有し、式中、Ndcがそれぞれ、非修飾DNAヌクレオシド、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、qが、2〜6である、実施形態887〜959のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態961
前記中央領域が、7つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜960のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態962
前記中央領域が、8つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜960のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態963
前記中央領域が、9つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜960のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態964
前記中央領域が、10個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜960のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態965
前記中央領域が、11個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態887〜960のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態966
Nxが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態887〜965のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態967
Nyが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態887〜965のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態968
Nzが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態887〜965のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態969
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、もしくは非二環式修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜968のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態970
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、非二環式2’−修飾フラノシル糖部分、非二環式3’−修飾フラノシル糖部分、非二環式4’−修飾フラノシル糖部分、もしくは非二環式5’−修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む、実施形態887〜969のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態971
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、修飾シクロヘキセニル、または修飾テトラヒドロピランから選択される糖代替物を含む、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態972
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、CeNA、F−CeNA、HNA、OMe−HNA、またはF−HNAから選択される糖代替物を含む、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態973
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含むDNA異性体である、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態974
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含むDNA異性体である、実施形態887〜970または実施形態973のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態975
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態976
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、
1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態887〜970または実施形態975のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態977
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態887〜970または実施形態975〜976のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態978
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む修飾DNA異性体であり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態887〜970または実施形態975〜977のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態979
前記安全性増強ヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態980
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、LNA、α−L−LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態981
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態982
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態981に記載のオリゴマー化合物。
実施形態983
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしく
は非置換のC−C10アルキルである、実施形態981に記載のオリゴマー化合物。
実施形態984
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、フルオロ、OMe、MOE、NMAから選択される2’置換基を有する、実施形態981に記載のオリゴマー化合物。
実施形態985
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeまたは2’−MOEを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜978または実施形態981〜984のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態986
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜978または実施形態981〜986のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態987
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMe修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態887〜978または実施形態981〜986のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態988
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、CF、OCF、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、N(R)−アルケニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、またはアラルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態989
前記安全性増強ヌクレオシドが、C−C10アルキルまたはC−C10置換アルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態988のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態990
前記安全性増強ヌクレオシドが、3’−メチルフラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態988〜989のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態991
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される4’置換基を有する4’−修飾フラノシル糖部分を含み、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態992
前記安全性増強ヌクレオシドが、4’−メチルを有する4’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態991のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態993
前記安全性増強ヌクレオシドが、以下に示される構造を有し、式中、Rが、任意選択の2’置換基を示し、Bxが、ヘテロ環式塩基部分である、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
Figure 2021512629
実施形態994
Rが、H、OH、OMe、F、またはMOEのうちから選択される、実施形態993に記載のオリゴマー化合物。
実施形態995
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含み、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態887〜970のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態996
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−メチル、5’−エチル、または5’−アリルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態995のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態997
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−または5’−(R)−エチルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態995〜996のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態998
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態995〜997のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態999
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態887〜970または実施形態995〜998のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1000
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−F修飾糖部分を含まない、実施形態887〜999のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1001
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt修飾糖部分を含まない、実施形態887〜1000のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1002
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−MOE修飾糖部分を含まない、実施形態887〜1001のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1003
前記安全性増強ヌクレオシドが、ヒポキサンチン核酸塩基を含む、実施形態887〜1002のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1004
前記安全性増強ヌクレオシドが、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから選択される核酸塩基を含む、実施形態887〜1003のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1005
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、MOE、LNA、またはFANA以外の修飾ヌクレオシドである、実施形態887〜1004のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1006
Ndがそれぞれ、DNAヌクレオシド、DNA異性体、2’−修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから独立して選択される、実施形態887〜1005のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1007
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1008
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態1007に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1009
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−
L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1010
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1009に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1011
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1010に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1012
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択され、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1011に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1013
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xが、OまたはSであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示す、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1014
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xが、OまたはSであり、
Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、
が、H、OH、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCH2C(=O)−N(R)(R)(R及びRはそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである)のうちから選択され、
前記DNA模倣体が、
Figure 2021512629

という構造を含むのであれば、Rが、H以外である、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1015
が、H、OH、OMe、またはFである、実施形態1014に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1016
が、Fではない、実施形態1014に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1017
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

によって示される構造を含み、
式中、Xが、Sであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、Rが、Hである、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1018
前記DNA模倣体が、5’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル、5’−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル、及び5’−アリル−2’−β−D−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を有する、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1019
前記DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含む、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1020
前記DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含まない、実施形態1006に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1021
がそれぞれ、DNAヌクレオシドである、実施形態887〜1020のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1022
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される4つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態887〜1021のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1023
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される3つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態887〜1021のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1024
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される2つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態887〜1021のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1025
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される1つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態887〜1021のいずれかに記載
のオリゴマー化合物。
実施形態1026
前記中央領域が、安全性増強ヌクレオシドを厳密に1つ含み、前記中央領域における残りのヌクレオシドが、DNAヌクレオシドである、実施形態887〜1025のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1027
ヌクレオシド間Nda−Nx、ヌクレオシド間Nx−Ny、ヌクレオシド間Ny−Nz、またはヌクレオシド間Nz−隣接Ndbのうちから選択される、前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態887〜1026のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1028
前記中性結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態1027に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1029
前記中性結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態1027に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1030
残りのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1027に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1031
実施形態887〜1026のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル富化集団であって、前記中央領域が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する前記キラル富化集団。
実施形態1032
前記中央領域が、(Sp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1033
中央領域が、(Rp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1034
前記中央領域が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に対して独立に選択される特定の立体化学的配置を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1035
前記中央領域の前記それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合が、(Sp)配置を有する、実施形態1034に記載のキラル富化集団。
実施形態1036
前記中央領域が、(Rp)配置を有する1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(S
p)配置を有する、実施形態1034に記載のキラル富化集団。
実施形態1037
前記中央領域が、(Sp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1038
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1039
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(Sp)配置を有する、実施形態1031に記載のキラル富化集団。
実施形態1040
(Rp)配置または(Sp)配置を有さないホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、立体ランダムである、実施形態1032、実施形態1033、実施形態1037、または実施形態1038のいずれかに記載のキラル富化集団。
実施形態1041
複合基を含む、実施形態887〜1040のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1042
前記複合基が、前記複合基の残部を前記修飾オリゴヌクレオチドに付加する連結基を含み、前記連結基が、1〜5つのヌクレオシドを含む、実施形態1041に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1043
前記オリゴマー化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド以外には追加のヌクレオシドを含まない、実施形態887〜1041のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1044
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、標的RNAに相補的である、実施形態887〜1043のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1045
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも85%相補的である、実施形態1044に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1046
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも90%相補的である、実施形態1044に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1047
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも95%相
補的である、実施形態1044に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1048
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1047に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1049
前記標的RNAが、標的mRNAまたは標的pre−mRNAである、実施形態1044〜1048のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1050
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのPTENのRNAではない、実施形態1049に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1051
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのSRB−1のRNAではない、実施形態1049または実施形態1050に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1052
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのMYD88のRNAではない、実施形態1049〜1051のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1053
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのHTTのRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのSOD1のRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのアルファ−シヌクレインのRNAではない、実施形態1049〜1052のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1054
前記標的RNAが、ヒトのRNAである、実施形態1044〜1053のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1055
前記標的RNAが、肝臓において発現する、実施形態1044〜1054のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1056
前記標的RNAが、肝臓標的である、実施形態1044〜1055のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1057
前記標的RNAが、肝臓において発現しない、実施形態1044〜1054のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1058
前記標的RNAが、肝臓標的ではない、実施形態1044〜1054または実施形態1057のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1059
肝臓における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態1044〜1056のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1060
前記障害または状態が、肝臓の障害または状態である、実施形態1059に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1061
前記標的RNAが、中枢神経系において発現する、実施形態1044〜1060のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1062
前記標的RNAが、中枢神経系において発現しない、実施形態1044〜1060のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1063
前記標的RNAが、中枢神経系標的である、実施形態1044〜1061のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1064
前記標的RNAが、中枢神経系標的ではない、実施形態1044〜1062のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1065
前記標的RNAが、白色脂肪細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1066
前記標的RNAが、褐色脂肪細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1067
前記標的RNAが、脂肪細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1068
前記標的RNAが、マクロファージにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1069
前記標的RNAが、がん細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1070
前記標的RNAが、腫瘍細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1071
前記標的RNAが、平滑筋細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいず
れかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1072
前記標的RNAが、リンパ球において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1073
前記標的RNAが、肺細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1074
前記標的RNAが、心筋細胞(heart muscle cell)において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1075
前記標的RNAが、心筋細胞(cardiomyocyte)において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1076
前記標的RNAが、内皮細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1077
前記標的RNAが、線維芽細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1078
前記標的RNAが、グリア細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1079
前記標的RNAが、シュワン細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1080
前記標的RNAが、膵細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1081
前記標的RNAが、腎細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1082
前記標的RNAが、ベータ細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1083
前記標的RNAが、非実質細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1084
前記標的RNAが、肝細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1085
前記標的RNAが、オリゴデンドロサイトにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1086
前記標的RNAが、アストロサイトにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1087
前記標的RNAが、ミクログリアにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1088
前記標的RNAが、上衣細胞において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1089
前記標的RNAが、感覚ニューロンにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1090
前記標的RNAが、運動ニューロンにおいて発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1091
前記標的RNAが、骨格筋において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1092
前記標的RNAが、心筋において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1093
前記標的RNAが、平滑筋において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1094
前記標的RNAが、脂肪組織において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1095
前記標的RNAが、白色脂肪組織において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1096
前記標的RNAが、脾臓において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに
記載のオリゴマー化合物。
実施形態1097
前記標的RNAが、骨において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1098
前記標的RNAが、骨髄において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1099
前記標的RNAが、腸において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1100
前記標的RNAが、副腎において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1101
前記標的RNAが、精巣において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1102
前記標的RNAが、卵巣において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1103
前記標的RNAが、膵臓において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1104
前記標的RNAが、下垂体において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1105
前記標的RNAが、前立腺において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1106
前記標的RNAが、皮膚において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1107
前記標的RNAが、表皮において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1108
前記標的RNAが、子宮において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1109
前記標的RNAが、膀胱において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1110
前記標的RNAが、脳において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1111
前記標的RNAが、糸球体において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1112
前記標的RNAが、遠位尿細管上皮において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1113
前記標的RNAが、乳房組織において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1114
前記標的RNAが、肺において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1115
前記標的RNAが、心臓において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1116
前記標的RNAが、腎臓において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1117
前記標的RNAが、神経節において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1118
前記標的RNAが、前頭皮質において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1119
前記標的RNAが、脊髄において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1120
前記標的RNAが、三叉神経節において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1121
前記標的RNAが、坐骨神経において発現する、実施形態1044〜1064のいずれ
かに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1122
前記標的RNAが、後根神経節において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1123
前記標的RNAが、精巣上体脂肪において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1124
前記標的RNAが、横隔膜において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1125
前記標的RNAが、結腸において発現する、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1126
前記標的RNAが、白色脂肪細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1127
前記標的RNAが、褐色脂肪細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1128
前記標的RNAが、脂肪細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1129
前記標的RNAが、マクロファージ標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1130
前記標的RNAが、がん細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1131
前記標的RNAが、腫瘍細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1132
前記標的RNAが、平滑筋細胞標的である、実施形態158〜178のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1133
前記標的RNAが、リンパ球標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1134
前記標的RNAが、肺細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1135
前記標的RNAが、心筋細胞(heart muscle cell)標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1136
前記標的RNAが、心筋細胞(cardiomyocyte)標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1137
前記標的RNAが、内皮細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1138
前記標的RNAが、線維芽細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1139
前記標的RNAが、グリア細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1140
前記標的RNAが、シュワン細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1141
前記標的RNAが、膵細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1142
前記標的RNAが、腎細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1143
前記標的RNAが、ベータ細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1144
前記標的RNAが、非実質細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1145
前記標的RNAが、肝細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1146
前記標的RNAが、オリゴデンドロサイト標的である、実施形態1044〜1064の
いずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1147
前記標的RNAが、アストロサイト標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1148
前記標的RNAが、ミクログリア標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1149
前記標的RNAが、上衣細胞標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1150
前記標的RNAが、感覚ニューロン標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1151
前記標的RNAが、運動ニューロン標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1152
前記標的RNAが、骨格筋標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1153
前記標的RNAが、心筋標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1154
前記標的RNAが、平滑筋標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1155
前記標的RNAが、脂肪組織標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1156
前記標的RNAが、白色脂肪組織標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1157
前記標的RNAが、脾臓標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1158
前記標的RNAが、骨標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1159
前記標的RNAが、骨髄標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1160
前記標的RNAが、腸標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1161
前記標的RNAが、副腎標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1162
前記標的RNAが、精巣標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1163
前記標的RNAが、卵巣標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1164
前記標的RNAが、膵臓標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1165
前記標的RNAが、下垂体標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1166
前記標的RNAが、前立腺標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1167
前記標的RNAが、皮膚標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1168
前記標的RNAが、表皮標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1169
前記標的RNAが、子宮標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1170
前記標的RNAが、膀胱標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1171
前記標的RNAが、脳標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオ
リゴマー化合物。
実施形態1172
前記標的RNAが、糸球体標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1173
前記標的RNAが、遠位尿細管上皮標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1174
前記標的RNAが、乳房組織標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1175
前記標的RNAが、肺標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1176
前記標的RNAが、心臓標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1177
前記標的RNAが、腎臓標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1178
前記標的RNAが、神経節標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1179
前記標的RNAが、前頭皮質標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1180
前記標的RNAが、脊髄標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1181
前記標的RNAが、三叉神経節標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1182
前記標的RNAが、坐骨神経標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1183
前記標的RNAが、後根神経節標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1184
前記標的RNAが、精巣上体脂肪標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1185
前記標的RNAが、横隔膜標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1186
前記標的RNAが、結腸標的である、実施形態1044〜1064のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1187
前記標的RNAが、MeCP2のRNA、DUX4のRNA、HDAC2のRNA、APPのRNA、アタキシン1のRNA、アタキシン2のRNA、アタキシン3のRNA、アタキシン6のRNA、アタキシン7のRNA、C9ORF72のRNA、UBE3AのRNA、プリオンのRNA、PMP22のRNA、タウのRNA、LRRK2のRNA、LINGO2のRNA、GYS1のRNA、KCNT1のRNA、IRF8のRNA、プログラニュリンのRNA、またはGFAPのRNAである、実施形態1044〜1186のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1188
前記標的RNAが、HTTのRNAである、実施形態1044〜1186のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1189
前記標的RNAが、MeCP2のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1190
前記標的RNAが、DUX4のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1191
前記標的RNAが、HDAC2のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1192
前記標的RNAが、アタキシン1のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1193
前記標的RNAが、アタキシン2のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1194
前記標的RNAが、アタキシン3のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1195
前記標的RNAが、アタキシン6のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1196
前記標的RNAが、アタキシン7のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1197
前記標的RNAが、C9ORF72のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1198
前記標的RNAが、アルファ−シヌクレインのRNAである、実施形態1044〜1186に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1199
前記標的RNAが、UBE3AのRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1200
前記標的RNAが、SOD1のRNAである、実施形態1044〜1186のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1201
前記標的RNAが、プリオンのRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1202
前記標的RNAが、PMP22のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1203
前記標的RNAが、タウのRNAである、実施形態1044〜1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1204
前記標的RNAが、LRRK2のRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1205
前記標的RNAが、APPのRNAである、実施形態1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1206
前記標的RNAが、LINGO2のRNAである、1187に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1207
前記標的RNAが、GYS1のRNAである、実施形態1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1208
前記標的RNAが、KCNT1のRNAである、実施形態1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1209
前記標的RNAが、IRF8のRNAである、実施形態1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1210
前記標的RNAが、プログラニュリンのRNAである、実施形態1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1211
前記標的RNAが、GFAPのRNAである、実施形態1187のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1212
前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態1044〜1211のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1213
前記障害または状態が、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、脊髄小脳失調症、アンジェルマン症候群、アレキサンダー病、ラフォラ病、シャルコー・マリー・トゥース病、プリオン病、認知症、神経変性、MeCP2重複症候群、脳症、神経炎症、または多発性硬化症である、実施形態1212のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1214
前記障害または状態が、アルツハイマー病である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1215
前記障害または状態が、筋萎縮性側索硬化症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1216
前記障害または状態が、パーキンソン病である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1217
前記障害または状態が、脊髄小脳失調症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1218
前記障害または状態が、アンジェルマン症候群である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1219
前記障害または状態が、アレキサンダー病である、実施形態1212に記載のオリゴマ
ー化合物。
実施形態1220
前記障害または状態が、ラフォラ病である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1221
前記障害または状態が、シャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1222
前記障害または状態が、プリオン病である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1223
前記障害または状態が、認知症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1224
前記障害または状態が、神経変性である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1225
前記障害または状態が、MeCP2重複症候群である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1226
前記障害または状態が、脳症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1227
前記障害または状態が、神経炎症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1228
前記障害または状態が、多発性硬化症である、実施形態1212に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1229
実施形態887〜1228のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、インビトロで細胞毒性を有する、実施形態887〜1228のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1230
前記親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ細胞毒性アッセイにおいて細胞毒性を有する、実施形態1228に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1231
実施形態887〜1229のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物がマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じる、実施形態887〜1229のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1232
前記マウスに対する前記親オリゴマー化合物の前記投与が、全身投与である、実施形態1230に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1233
前記全身投与が、皮下投与である、実施形態1230に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1234
前記マウスが、CD−1マウスである、実施形態1230〜1232のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1235
前記マウスが、C57BL/6マウスである、実施形態1230〜1232のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1236
前記マウスが、BALB/cマウスである、実施形態1230〜1232のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1237
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態1230〜1236のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1238
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態1230〜1237のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1239
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態1230〜1238のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1240
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態1230〜1239のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1241
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態1230〜1240のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1242
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1243
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から3日後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1244
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から5日後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1245
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から7日後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1246
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から10日後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1247
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から14日後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1248
前記親オリゴマー化合物が、1〜10mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1249
前記親オリゴマー化合物が、10〜25mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1250
前記親オリゴマー化合物が、25〜50mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1251
前記親オリゴマー化合物が、50〜100mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1252
前記親オリゴマー化合物が、100〜150mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1253
前記マウスが、BALB/cマウスであり、前記親オリゴマー化合物が、150mg/kgで前記マウスに投与され、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態1230〜1241のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1254
実施形態887〜1253のいずれかに記載のオリゴマー化合物が50mg/kgでマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じない、実施形態887〜1253のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1255
実施形態1254に記載のオリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血
漿中ALTレベルが、リットル当たり100単位未満である、実施形態1254に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1256
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、実施形態1254または実施形態1255に記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が投与されたマウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも10倍低く、実施形態1254または実施形態1255のオリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、前記親オリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、同じ方法で完結される、実施形態1254または実施形態1255に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1257
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも100倍低い、実施形態1256に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1258
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも500倍低い、実施形態1256に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1259
実施形態1230〜1258のいずれかに記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して増加している、実施形態1230〜1258のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1260
実施形態1259に記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して少なくとも2倍高い、実施形態1259に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1261
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物が、マウスへの投与後に肝毒性を生じさせ、
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と、チミン、ウラシル、アデニン、グアニン、シトシン、及び5−メチルシトシンから選択される核酸塩基と、からなる中央領域を有する、実施形態887〜1229のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1262
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含み、前記修飾糖部分が、2’−O−メチル修飾糖部分である、実施形態1261に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1263
前記2’−O−メチル修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態1262に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1264
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、2’−O−メチル修飾糖部分を含まず、前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、前記2’−O−メチル修飾糖部分の代わりに非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態1261〜1263に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1265
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1261〜1264のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1266
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、実施形態1202〜1206のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物である、実施形態1261〜1265のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1267
前記オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態1044〜1266のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1268
実施形態1044〜1266のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態1044〜1266のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1269
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が4倍未満である、実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1270
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が3倍未満である、実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1271
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が2倍未満である、実施形態1044〜1268のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1272
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1044〜1271のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1273
前記親オリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1044〜1272のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1274
10〜50mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態887〜1273のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1275
50〜100mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態887〜1273のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1276
100〜300mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態887〜1273のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1277
前記投与が、全身投与である、実施形態1274〜1276のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1278
実施形態887〜1277のいずれかに記載のオリゴマー化合物と、第2のオリゴマー化合物と、を含む組成物であって、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態887〜1277のいずれかに記載のオリゴマー化合物に相補的である前記組成物。
実施形態1279
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態887〜1277のいずれかに記載のオリゴマー化合物に少なくとも90%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態1278に記載の組成物。
実施形態1280
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態887〜1277のいずれかに記載のオリゴマー化合物に100%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態1278に記載の組成物。
実施形態1281
実施形態887〜1277のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む医薬組成物、または実施形態1278〜1280のいずれかに記載の組成物であって、前記医薬組成物または組成物が、医薬的に許容可能な担体または希釈剤を含む前記医薬組成物または組成物。
実施形態1282
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む方法。
実施形態1283
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む、疾患または障害の治療方法。
実施形態1284
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態1285
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1286
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1287
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1288
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態1284〜1287のいずれかに記載の方法。
実施形態1289
前記オリゴマー化合物が、白色脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1290
前記オリゴマー化合物が、褐色脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1291
前記オリゴマー化合物が、脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1292
前記オリゴマー化合物が、マクロファージ標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1293
前記オリゴマー化合物が、がん細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1294
前記オリゴマー化合物が、腫瘍細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1295
前記オリゴマー化合物が、平滑筋細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1296
前記オリゴマー化合物が、リンパ球標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1297
前記オリゴマー化合物が、肺細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1298
前記オリゴマー化合物が、心筋細胞(heart muscle cell)標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1299
前記オリゴマー化合物が、心筋細胞(cardiomyocyte)標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1300
前記オリゴマー化合物が、内皮細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1301
前記オリゴマー化合物が、線維芽細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1302
前記オリゴマー化合物が、グリア細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1303
前記オリゴマー化合物が、シュワン細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1304
前記オリゴマー化合物が、膵細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1305
前記オリゴマー化合物が、腎細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1306
前記オリゴマー化合物が、ベータ細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1307
前記オリゴマー化合物が、非実質細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1308
前記オリゴマー化合物が、肝細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1309
前記オリゴマー化合物が、オリゴデンドロサイト標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1310
前記オリゴマー化合物が、アストロサイト標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1311
前記オリゴマー化合物が、ミクログリア標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1312
前記オリゴマー化合物が、上衣細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1313
前記オリゴマー化合物が、感覚ニューロン標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1314
前記オリゴマー化合物が、運動ニューロン標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1315
前記オリゴマー化合物が、骨格筋標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1316
前記オリゴマー化合物が、心筋標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1317
前記オリゴマー化合物が、平滑筋標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1318
前記オリゴマー化合物が、脂肪組織標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1319
前記オリゴマー化合物が、白色脂肪組織標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1320
前記オリゴマー化合物が、脾臓標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1321
前記オリゴマー化合物が、骨標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1322
前記オリゴマー化合物が、骨髄標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1323
前記オリゴマー化合物が、腸標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1324
前記オリゴマー化合物が、副腎標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1325
前記オリゴマー化合物が、精巣標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1326
前記オリゴマー化合物が、卵巣標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1327
前記オリゴマー化合物が、膵臓標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1328
前記オリゴマー化合物が、下垂体標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1329
前記オリゴマー化合物が、前立腺標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1330
前記オリゴマー化合物が、皮膚標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1331
前記オリゴマー化合物が、表皮標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1332
前記オリゴマー化合物が、子宮標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1333
前記オリゴマー化合物が、膀胱標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1334
前記オリゴマー化合物が、脳標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1335
前記オリゴマー化合物が、糸球体標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1336
前記オリゴマー化合物が、遠位尿細管上皮標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1337
前記オリゴマー化合物が、乳房組織標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1338
前記オリゴマー化合物が、肺標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1339
前記オリゴマー化合物が、心臓標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1340
前記オリゴマー化合物が、腎臓標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1341
前記オリゴマー化合物が、神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1342
前記オリゴマー化合物が、前頭皮質標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1343
前記オリゴマー化合物が、脊髄標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1344
前記オリゴマー化合物が、三叉神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1345
前記オリゴマー化合物が、坐骨神経標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1346
前記オリゴマー化合物が、後根神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1347
前記オリゴマー化合物が、精巣上体脂肪標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1348
前記オリゴマー化合物が、横隔膜標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1349
前記オリゴマー化合物が、結腸標的の量または活性を調節する、実施形態1284または実施形態1285に記載の方法。
実施形態1350
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態1282〜1349のいずれかに記載の方法。
実施形態1351
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態1282〜1350のいずれかに記載の方法。
実施形態1352
前記ヒト対象が、肝損傷に感受性である、実施形態1282〜1351のいずれかに記載の方法。
実施形態1353
前記ヒト対象が、肝変性に感受性である、実施形態1282〜1352のいずれかに記載の方法。
実施形態1354
前記ヒト対象が、肝臓におけるアポトーシスの上昇に感受性である、実施形態1282〜1353のいずれかに記載の方法。
実施形態1355
前記ヒト対象が、肝疾患を有する、実施形態1282〜1354のいずれかに記載の方法。
実施形態1356
前記ヒト対象が、腎疾患を有する、実施形態1282〜1355のいずれかに記載の方法。
実施形態1357
前記ヒト対象が、腎臓損傷に感受性である、実施形態1282〜1356のいずれかに記載の方法。
実施形態1358
前記ヒト対象が、心疾患を有する、実施形態1282〜1357のいずれかに記載の方法。
実施形態1359
前記ヒト対象が、心臓損傷に感受性である、実施形態1282〜1358のいずれかに記載の方法。
実施形態1360
前記ヒト対象が、膵炎を有する、実施形態1282〜1359のいずれかに記載の方法。
実施形態1361
前記ヒト対象が、膵損傷に感受性である、実施形態1282〜1360のいずれかに記載の方法。
実施形態1362
前記ヒト対象が、神経学的疾患を有する、実施形態1282〜1361のいずれかに記載の方法。
実施形態1363
前記ヒト対象が、神経学的損傷に感受性である、実施形態1282〜1362のいずれかに記載の方法。
実施形態1364
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物をマウスに投与することを含む、実施形態1282〜1363のいずれかに記載の方法。
実施形態1365
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物と細胞を接触させることを含む、実施形態1282〜1363のいずれかに記載の方法。
実施形態1366
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1364または実施形態1365に記載の方法。
実施形態1367
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を出発物質とすること、及び実施形態887〜1281のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物に至るように前記化合物の設計を変更すること、を含む前記方法。
実施形態1368
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を同定すること、及び第2のオリゴマー化合物に至るように前記親オリゴマー化合物の設計を変更すること、を含み、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態887〜1281のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物である前記方法。
実施形態1369
オリゴマー化合物の肝毒性の改善方法であって、前記方法が、(i)マウスにおいてリットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを有する親オリゴマー化合物を同定するステップと、(ii)実施形態887〜1281のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物を提供するステップと、を含む前記方法。
実施形態1370
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して治療指数が改善したオリゴマー化合物が設計される、実施形態1368または実施形態1369に記載の方法。
実施形態1371
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して肝毒性が低下したオリゴマー化合物が設計される、実施形態1368または実施形態1369に記載の方法。
実施形態1372
前記第2のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物と比較して改善される、実施形態1368に記載の方法。
実施形態1373
マウスにおける前記第2のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態1368または実施形態1369に記載の方法。
実施形態1374
実施形態887〜1281のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態1368に記載の方法。
実施形態1375
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物をマウスに投与すること、及び実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物を第2のマウスに別に投与すること、を含む方法であって、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して改善される前記方法。
実施形態1376
前記マウス、前記細胞、及び/または前記ヒト対象においてp21のRNAのレベルが測定される、実施形態1282〜1375のいずれかに記載の方法。
実施形態1377
実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態1378
前記対象が、マウスである、実施形態1377に記載の方法。
実施形態1379
前記対象が、ヒトである、実施形態1377に記載の方法。
実施形態1380
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24時間以内に測定される、実施形態1377〜1379のいずれかに記載の方法。
実施形態1381
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態1377〜1380のいずれかに記載の方法。
実施形態1382
医学的治療において使用するための、実施形態887〜1281のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物または組成物。
実施形態1383
前記オリゴマー化合物が、毒性を有さない、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1384
対照化合物が毒性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1385
前記オリゴマー化合物がある用量で動物に投与されると生じる循環ALTレベルが、少なくとも1回の適合用量について前記対照化合物が同じ用量で動物に投与されると生じる前記ALTレベルと比較して少なくとも3倍低い、実施形態1384に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1386
リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記オリゴマー化合物の最低用量が、リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記対照化合物の最低用量と比較して少なくとも3倍高い、実施形態1384または実施形態1385に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1387
前記オリゴマー化合物が、細胞における前記標的RNAを低減する能力を有する、実施形態1384〜1386のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1388
前記オリゴマー化合物が、対照化合物と同等のRNA低減活性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態1387に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1389
前記対照化合物のRNA低減活性と比較して前記RNA低減活性の低下度合いが2倍を超えない、実施形態1388に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1390
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態1391
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1392
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1390または実施形態1391に記載の方法。
実施形態1393
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1390または実施形態1391に記載の方法。
実施形態1394
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態1390〜1393のいずれかに記載の方法。
実施形態1395
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態1390〜1394のいずれかに記載の方法。
実施形態1396
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態1390〜1395のいずれかに記載の方法。
実施形態1397
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1398
前記疾患または障害が、CNSの疾患または障害ではない、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1399
前記疾患または障害が、白色脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1400
前記疾患または障害が、褐色脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1401
前記疾患または障害が、脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1402
前記疾患または障害が、マクロファージの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1403
前記疾患または障害が、がん細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1404
前記疾患または障害が、腫瘍細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1405
前記疾患または障害が、平滑筋細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1406
前記疾患または障害が、リンパ球の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1407
前記疾患または障害が、肺細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1408
前記疾患または障害が、心筋細胞(heart muscle cell)の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1409
前記疾患または障害が、心筋細胞(cardiomyocyte)の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1410
前記疾患または障害が、内皮細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1411
前記疾患または障害が、線維芽細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1412
前記疾患または障害が、グリア細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1413
前記疾患または障害が、シュワン細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1414
前記疾患または障害が、膵細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1415
前記疾患または障害が、腎細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1416
前記疾患または障害が、ベータ細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1417
前記疾患または障害が、非実質細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1418
前記疾患または障害が、肝細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1419
前記疾患または障害が、オリゴデンドロサイトの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1420
前記疾患または障害が、アストロサイトの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1421
前記疾患または障害が、ミクログリアの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1422
前記疾患または障害が、上衣細胞の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1423
前記疾患または障害が、感覚ニューロンの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1424
前記疾患または障害が、運動ニューロンの疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1425
前記疾患または障害が、骨格筋の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1426
前記疾患または障害が、心筋の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1427
前記疾患または障害が、平滑筋の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1428
前記疾患または障害が、脂肪組織の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1429
前記疾患または障害が、白色脂肪組織の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1430
前記疾患または障害が、脾臓の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1431
前記疾患または障害が、骨の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1432
前記疾患または障害が、骨髄の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1433
前記疾患または障害が、腸の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1434
前記疾患または障害が、副腎の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1435
前記疾患または障害が、精巣の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1436
前記疾患または障害が、卵巣の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1437
前記疾患または障害が、膵臓の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1438
前記疾患または障害が、下垂体の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1439
前記疾患または障害が、前立腺の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1440
前記疾患または障害が、皮膚の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1441
前記疾患または障害が、表皮の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1442
前記疾患または障害が、子宮の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1443
前記疾患または障害が、膀胱の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1444
前記疾患または障害が、脳の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1445
前記疾患または障害が、糸球体の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1446
前記疾患または障害が、遠位尿細管上皮の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1447
前記疾患または障害が、乳房組織の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1448
前記疾患または障害が、肺の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1449
前記疾患または障害が、心臓の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1450
前記疾患または障害が、腎臓の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1451
前記疾患または障害が、神経節の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1452
前記疾患または障害が、前頭皮質の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1453
前記疾患または障害が、脊髄の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1454
前記疾患または障害が、三叉神経節の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1455
前記疾患または障害が、坐骨神経の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1456
前記疾患または障害が、後根神経節の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1457
前記疾患または障害が、精巣上体脂肪の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1458
前記疾患または障害が、横隔膜の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1459
前記疾患または障害が、結腸の疾患または障害である、実施形態1397に記載の方法。
実施形態1460
標的RNAに対する活性についてオリゴマー化合物のライブラリーをスクリーニングする方法であって、オリゴマー化合物の前記ライブラリーが、実施形態887〜1281のいずれかに記載のオリゴマー化合物を複数含む前記方法。
実施形態1461
12〜21個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、A−B−Cという式を有し、式中、Aが、5’領域であり、Bが、中央領域であり、Cが、3’領域であり、
前記5’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記3’領域が、1〜5つの連結ヌクレオシドからなり、前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドであり、
前記中央領域が、7〜11個の連結ヌクレオシドからなり、
前記中央領域の最も5’側の部分が、下記の式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb
を有し、式中、N、N、及びNの1つが、安全性増強ヌクレオシドであり、
、N、及びNのその他の2つが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、Nda及びNdbがそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択される前記オリゴマー化合物。
実施形態1462
前記5’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1463
前記5’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1464
前記5’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1465
前記5’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1466
前記5’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1467
前記5’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1468
前記5’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1469
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1468のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1470
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1469のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1471
前記5’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態1461〜1470のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1472
前記5’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1470のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1473
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1472のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1474
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1473のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1475
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1474のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1476
前記5’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1474のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1477
前記5’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態1476に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1478
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1474または実施形態1476〜1477のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1479
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態1478に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1480
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1474または実施形態1476〜1477のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1481
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1477または実施形態1480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1482
前記5’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1474または実施形態1476〜1480のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1483
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態1461〜1477または実施形態1480〜1481のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1484
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態1461〜1477または実施形態1480〜1481のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1485
前記5’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態1461〜1477または実施形態1480〜1481のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1486
前記5’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態1461〜1474、実施形態1476〜1480、または実施形態1482〜1485のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1487
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1486のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1488
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1487のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1489
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1488のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1490
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態1461〜1489のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1491
前記5’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態1461〜1490のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1492
前記5’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態1461〜1491のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1493
前記5’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態1461〜1492のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1494
前記3’領域が、1つのヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1495
前記3’領域が、2〜5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1496
前記3’領域が、2〜4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1497
前記3’領域が、2つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のい
ずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1498
前記3’領域が、3つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1499
前記3’領域が、4つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1500
前記3’領域が、5つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1493のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1501
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1500のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1502
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1501のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1503
前記3’領域の修飾ヌクレオシドがそれぞれ、同じ修飾を有する、実施形態1461〜1502のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1504
前記3’領域の少なくとも2つのヌクレオシドが、異なる修飾を有する修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1502のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1505
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−修飾リボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1504のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1506
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1505のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1507
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1506のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1508
前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1506のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1509
前記3’領域の前記少なくとも1つのヌクレオシドの前記非二環式糖部分が、2’−置換リボシル糖部分である、実施形態1508に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1510
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1509のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1511
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態1510に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1512
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分及び非二環式2’−置換リボシル糖部分から独立して選択される2’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1511のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1513
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、二環式糖部分を含む、実施形態1461〜1512のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1514
前記3’領域のヌクレオシドがそれぞれ、非二環式2’−置換リボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1512のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1515
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態1461〜1509または実施形態1512〜1513のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1516
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、cEt糖部分である、実施形態1461〜1509、実施形態1512〜1513、または実施形態1515のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1517
前記3’領域の二環式糖部分がそれぞれ、LNA糖部分である、実施形態1461〜1509、実施形態1512〜1513、または実施形態1515のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1518
前記3’領域の非二環式糖部分がそれぞれ、2’−MOE、2’−OMe、及び2’−NMAのうちから選択される2’−置換基を有する、実施形態1461〜1506、実施形態1508〜1512、または実施形態1514のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1519
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−F置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1518のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1520
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−MOE置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1519のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1521
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、2’−OMe置換基を有する糖部分を含まない、実施形態1461〜1520のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1522
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、cEt糖部分を含まない、実施形態1461〜1521のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1523
前記3’領域のヌクレオシドがいずれも、LNA糖部分を含まない、実施形態1461〜1522のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1524
前記3’領域の核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、実施形態1461〜1523のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1525
前記3’領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、実施形態1461〜1524のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1526
前記5’領域の前記修飾ヌクレオシドが、前記3’領域の前記修飾ヌクレオシドの修飾と同じ修飾を有する、実施形態1461〜1525のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1527
前記5’領域の少なくとも1つの修飾ヌクレオシドと、前記3’領域の1つの修飾ヌクレオシドとが、互いに異なる修飾を含む、実施形態1461〜1525のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1528
前記5’領域及び前記3’領域が共に、少なくとも1つの非二環式2’−置換修飾ヌクレオシド及び少なくとも1つの二環式ヌクレオシドを含む、実施形態1461〜1474、実施形態1476〜1477、実施形態1480、実施形態1483〜1506、実施形態1508〜1509、実施形態1512、実施形態1515〜1527のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1529
前記二環式ヌクレオシドが、cEtヌクレオシドである、実施形態1528のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1530
前記二環式ヌクレオシドが、LNAヌクレオシドである、実施形態1528に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1531
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−MOEヌクレオシドである、実施形態1528〜1530のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1532
前記非二環式2’−修飾ヌクレオシドが、2’−OMeヌクレオシドである、実施形態1528〜1530のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1533
前記5’領域または前記3’領域の少なくとも1つのヌクレオシドが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分である、実施形態1528〜1532のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1534
前記中央領域が、式:
(Nda)(N)(N)(N)(Ndb)(Ndc
を有し、
式中、Ndcがそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体から独立して選択され、qが、2〜6である、実施形態1461〜1533のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1535
前記中央領域が、7つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1534のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1536
前記中央領域が、8つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1534のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1537
前記中央領域が、9つの連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1534のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1538
前記中央領域が、10個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1534のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1539
前記中央領域が、11個の連結ヌクレオシドからなる、実施形態1461〜1534のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1540
Nxが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態1461〜1539のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1541
Nyが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態1461〜1539のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1542
Nzが、前記安全性増強ヌクレオシドである、実施形態1461〜1539のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1543
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、もしくは非二環式修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1542のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1544
前記安全性増強ヌクレオシドが、DNA異性体もしくは修飾DNA異性体であるか、または糖代替物、二環式フラノシル糖部分、非二環式2’−修飾フラノシル糖部分、非二環式3’−修飾フラノシル糖部分、非二環式4’−修飾フラノシル糖部分、もしくは非二環式5’−修飾フラノシル糖部分のいずれかを含む、実施形態1461〜1543のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1545
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、修飾シクロヘキセニル、または修飾テトラヒドロピランから選択される糖代替物を含む、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1546
前記安全性増強ヌクレオシドが、モルホリノ、修飾モルホリノ、2’−フルオロアラビノース、2’−フルオロリボース、CeNA、F−CeNA、HNA、OMe−HNA、またはF−HNAから選択される糖代替物を含む、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1547
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含むDNA異性体である、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1548
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含むDNA異性体である、実施形態1461〜1544または実施形態1547のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1549
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1550
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、
1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1461〜1544または実施形態1549のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1551
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−修飾糖部分を含む修飾DNA異性体であり、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1461〜1544または実施形態1549〜1550のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1552
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む修飾DNA異性体であり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1461〜1544または実施形態1549〜1551のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1553
前記安全性増強ヌクレオシドが、二環式フラノシル糖部分を含む修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1554
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、LNA、α−L−LNA、及びENAのうちから選択される、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1555
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1556
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態1555に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1557
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、ハロ、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される2’置換基を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしく
は非置換のC−C10アルキルである、実施形態1555に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1558
前記安全性増強ヌクレオシドの前記2’−置換フラノシル糖部分が、フルオロ、OMe、MOE、NMAから選択される2’置換基を有する、実施形態1555に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1559
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeまたは2’−MOEを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1558のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1560
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMeを含む2’−置換フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1559のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1561
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−OMe修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1560のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1562
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、CF、OCF、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、N(R)−アルケニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、またはアラルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1563
前記安全性増強ヌクレオシドが、C−C10アルキルまたはC−C10置換アルキルから選択される3’置換基を有する3’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1562のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1564
前記安全性増強ヌクレオシドが、3’−メチルフラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1562〜1563のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1565
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される4’置換基を有する4’−修飾フラノシル糖部分を有し、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1566
前記安全性増強ヌクレオシドが、4’−メチルを有する4’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1565のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1567
前記安全性増強ヌクレオシドが、以下に示される構造を有し、式中、Rが、任意選択の2’置換基を示し、Bxが、ヘテロ環式塩基部分である、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
Figure 2021512629
実施形態1568
Rが、H、OH、OMe、F、またはMOEのうちから選択される、実施形態1567に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1569
前記安全性増強ヌクレオシドが、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)から選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含み、式中、R及びRがそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである、実施形態1461〜1544のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1570
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−メチル、5’−エチル、または5’−アリルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1569のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1571
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−または5’−(R)−エチルから選択される5’置換基を有する5’−修飾フラノシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1569〜1570のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1572
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態1461〜1544または実施形態1569〜1571のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1573
前記安全性増強ヌクレオシドが、5’−(R)−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態1461〜154または実施形態1569〜1572のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1574
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−F修飾糖部分を含まない、実施形態1461〜1573のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1575
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt修飾糖部分を含まない、実施形態1461〜1574のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1576
前記安全性増強ヌクレオシドが、2’−MOE修飾糖部分を含まない、実施形態1461〜1575のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1577
前記安全性増強ヌクレオシドが、ヒポキサンチン核酸塩基を含む、実施形態1461〜1576のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1578
前記安全性増強ヌクレオシドが、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから選択される核酸塩基を含む、実施形態1461〜1577のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1579
前記安全性増強ヌクレオシドが、cEt、MOE、LNA、またはFANA以外の修飾ヌクレオシドである、実施形態1461〜1578のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1580
Ndがそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分、DNA異性体、2’−修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから独立して選択される、実施形態1461〜1579のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1581
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、2’−α−D−デオキシリボシル、2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1582
DNA異性体がそれぞれ、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を含む、実施形態1581に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1583
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−
L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはO−C−C10アルコキシ置換基でさらに置換される、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1584
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1583に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1585
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が有する立体構造が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、2’−β−L−デオキシリボシル、2’−α−D−デオキシキシロシル、1,2’−α−L−デオキシキシロシル、及び2’−β−L−デオキシキシロシルであり、2’位が、フルオロ置換基またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1584に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1586
修飾DNA異性体がそれぞれ、2’−修飾糖部分を含み、前記糖部分が、2’−β−D−デオキシキシロシル、2’−α−L−デオキシリボシル、及び2’−β−L−デオキシリボシルのうちから選択され、2’位が、ヒドロキシル置換基、フルオロ置換基、またはOMe置換基でさらに置換される、実施形態1585に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1587
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xが、OまたはSであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示す、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1588
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xが、OまたはSであり、
Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、
が、H、OH、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCH2C(=O)−N(R)(R)(R及びRはそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである)のうちから選択され、
前記DNA模倣体が、
Figure 2021512629

という構造を含むのであれば、Rが、H以外である、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1589
が、H、OH、OMe、またはFである、実施形態1588に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1590
が、Fではない、実施形態1588に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1591
DNA模倣体がそれぞれ、以下の式:
Figure 2021512629

によって示される構造を含み、
式中、Xが、Sであり、Bxが、ヘテロ環式塩基部分を示し、Rが、Hである、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1592
前記DNA模倣体が、5’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル、5’−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル、及び5’−アリル−2’−β−D−デオキシリボシルのうちから選択される糖部分を有する、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1593
前記DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含む、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1594
前記DNA模倣体が、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシル糖部分を含まない、実施形態1580に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1595
がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分である、実施形態1461〜1594のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1596
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される4つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態1461〜1595のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1597
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される3つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態1461〜1595のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1598
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される2つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態1461〜1595のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1599
前記中央領域が、DNA異性体、修飾DNA異性体、及びDNA模倣体のうちから選択される1つを超えないヌクレオシドを含む、実施形態1461〜1595のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1600
前記中央領域が、安全性増強ヌクレオシドを厳密に1つ含み、前記中央領域における残りのヌクレオシドが、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分である、実施形態1461〜1599のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1601
ヌクレオシド間Nda−Nx、ヌクレオシド間Nx−Ny、ヌクレオシド間Ny−Nz、またはヌクレオシド間Nz−隣接Ndbのうちから選択される、前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、中性ヌクレオシド間結合である、実施形態1461〜1600のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1602
前記中性結合が、ホスホネートヌクレオシド間結合である、実施形態1601に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1603
前記中性結合が、メトキシプロピルヌクレオシド間結合である、実施形態1601に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1604
残りのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1601に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1605
前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、2’−5’ヌクレオシド間結合である、実施形態1461〜1600のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1606
前記中央領域のヌクレオシド間結合の厳密に1つが、2’−5’ヌクレオシド間結合である、実施形態1461〜1600のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1607
ヌクレオシド間Nda−Nx、ヌクレオシド間Nx−Ny、ヌクレオシド間Ny−Nz、またはヌクレオシド間Nz−隣接Ndbのうちから選択される、前記中央領域の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、2’−5’ヌクレオシド間結合である、実施形態1461〜1600のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1608
実施形態1461〜1607のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル富化集団であって、前記中央領域が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する前記キラル富化集団。
実施形態1609
前記中央領域が、(Sp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1610
中央領域が、(Rp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド
間結合を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1611
前記中央領域が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に対して独立に選択される特定の立体化学的配置を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1612
前記中央領域の前記それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合が、(Sp)配置を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1613
前記中央領域が、(Rp)配置を有する1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(Sp)配置を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1614
前記中央領域が、(Sp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1615
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1616
前記中央領域が、第2の(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合に隣接する(Rp)ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有し、前記中央領域の残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、(Sp)配置を有する、実施形態1608に記載のキラル富化集団。
実施形態1617
(Rp)配置または(Sp)配置を有さないホスホロチオエートヌクレオシド間結合がそれぞれ、立体ランダムである、実施形態1609、実施形態1610、実施形態1614、または実施形態1615のいずれかに記載のキラル富化集団。
実施形態1618
複合基を含む、実施形態1461〜1617のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1619
前記複合基が、前記複合基の残部を前記修飾オリゴヌクレオチドに付加する連結基を含み、前記連結基が、1〜5つのヌクレオシドを含む、実施形態1618に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1620
前記オリゴマー化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド以外には追加のヌクレオシドを含まない、実施形態1461〜1618のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1621
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、標的RNAに相補的である、実施形態1461〜1620のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1622
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも85%相補的である、実施形態1621に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1623
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも90%相補的である、実施形態1621に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1624
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに少なくとも95%相補的である、実施形態1621に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1625
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1621に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1626
前記標的RNAが、標的mRNAまたは標的pre−mRNAである、実施形態1621〜1625のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1627
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのPTENのRNAではない、実施形態1626に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1628
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのSRB−1のRNAではない、実施形態1626または実施形態1627に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1629
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのMYD88のRNAではない、実施形態1626〜1628のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1630
前記標的mRNAまたは標的pre−mRNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのHTTのRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのSOD1のRNAではなく、マウス、ラット、サル、またはヒトのアルファ−シヌクレインのRNAではない、実施形態1626〜1629のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1631
前記標的RNAが、ヒトのRNAである、実施形態1621〜1630のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1632
前記標的RNAが、肝臓において発現する、実施形態1621〜1631のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1633
前記標的RNAが、肝臓標的である、実施形態1621〜1632のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1634
前記標的RNAが、肝臓において発現しない、実施形態1621〜1631のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1635
前記標的RNAが、肝臓標的ではない、実施形態1621〜1631または実施形態1634のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1636
肝臓における前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態1621〜1635のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1637
前記障害または状態が、肝臓の障害または状態である、実施形態1636に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1638
前記標的RNAが、中枢神経系において発現する、実施形態1621〜1637のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1639
前記標的RNAが、中枢神経系において発現しない、実施形態1621〜1637のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1640
前記標的RNAが、中枢神経系標的である、実施形態1621〜1638のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1641
前記標的RNAが、中枢神経系標的ではない、実施形態1621〜1639のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1642
前記標的RNAが、白色脂肪細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1643
前記標的RNAが、褐色脂肪細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1644
前記標的RNAが、脂肪細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1645
前記標的RNAが、マクロファージにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1646
前記標的RNAが、がん細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1647
前記標的RNAが、腫瘍細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1648
前記標的RNAが、平滑筋細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1649
前記標的RNAが、リンパ球において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1650
前記標的RNAが、肺細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1651
前記標的RNAが、心筋細胞(heart muscle cell)において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1652
前記標的RNAが、心筋細胞(cardiomyocyte)において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1653
前記標的RNAが、内皮細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1654
前記標的RNAが、線維芽細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1655
前記標的RNAが、グリア細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1656
前記標的RNAが、シュワン細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1657
前記標的RNAが、膵細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1658
前記標的RNAが、腎細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1659
前記標的RNAが、ベータ細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1660
前記標的RNAが、非実質細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1661
前記標的RNAが、肝細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1662
前記標的RNAが、オリゴデンドロサイトにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1663
前記標的RNAが、アストロサイトにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1664
前記標的RNAが、ミクログリアにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1665
前記標的RNAが、上衣細胞において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1666
前記標的RNAが、感覚ニューロンにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1667
前記標的RNAが、運動ニューロンにおいて発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1668
前記標的RNAが、骨格筋において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1669
前記標的RNAが、心筋において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1670
前記標的RNAが、平滑筋において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1671
前記標的RNAが、脂肪組織において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1672
前記標的RNAが、白色脂肪組織において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1673
前記標的RNAが、脾臓において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1674
前記標的RNAが、骨において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1675
前記標的RNAが、骨髄において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1676
前記標的RNAが、腸において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1677
前記標的RNAが、副腎において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1678
前記標的RNAが、精巣において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1679
前記標的RNAが、卵巣において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1680
前記標的RNAが、膵臓において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1681
前記標的RNAが、下垂体において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1682
前記標的RNAが、前立腺において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1683
前記標的RNAが、皮膚において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1684
前記標的RNAが、表皮において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1685
前記標的RNAが、子宮において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1686
前記標的RNAが、膀胱において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1687
前記標的RNAが、脳において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1688
前記標的RNAが、糸球体において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1689
前記標的RNAが、遠位尿細管上皮において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1690
前記標的RNAが、乳房組織において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1691
前記標的RNAが、肺において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1692
前記標的RNAが、心臓において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1693
前記標的RNAが、腎臓において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1694
前記標的RNAが、神経節において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1695
前記標的RNAが、前頭皮質において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1696
前記標的RNAが、脊髄において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1697
前記標的RNAが、三叉神経節において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1698
前記標的RNAが、坐骨神経において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1699
前記標的RNAが、後根神経節において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1700
前記標的RNAが、精巣上体脂肪において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1701
前記標的RNAが、横隔膜において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1702
前記標的RNAが、結腸において発現する、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1703
前記標的RNAが、白色脂肪細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1704
前記標的RNAが、褐色脂肪細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1705
前記標的RNAが、脂肪細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1706
前記標的RNAが、マクロファージ標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1707
前記標的RNAが、がん細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1708
前記標的RNAが、腫瘍細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1709
前記標的RNAが、平滑筋細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1710
前記標的RNAが、リンパ球標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1711
前記標的RNAが、肺細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1712
前記標的RNAが、心筋細胞(heart muscle cell)標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1713
前記標的RNAが、心筋細胞(cardiomyocyte)標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1714
前記標的RNAが、内皮細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1715
前記標的RNAが、線維芽細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1716
前記標的RNAが、グリア細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1717
前記標的RNAが、シュワン細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1718
前記標的RNAが、膵細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1719
前記標的RNAが、腎細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1720
前記標的RNAが、ベータ細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1721
前記標的RNAが、非実質細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1722
前記標的RNAが、肝細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1723
前記標的RNAが、オリゴデンドロサイト標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1724
前記標的RNAが、アストロサイト標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1725
前記標的RNAが、ミクログリア標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1726
前記標的RNAが、上衣細胞標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1727
前記標的RNAが、感覚ニューロン標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1728
前記標的RNAが、運動ニューロン標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1729
前記標的RNAが、骨格筋標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1730
前記標的RNAが、心筋標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1731
前記標的RNAが、平滑筋標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1732
前記標的RNAが、脂肪組織標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1733
前記標的RNAが、白色脂肪組織標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1734
前記標的RNAが、脾臓標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1735
前記標的RNAが、骨標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1736
前記標的RNAが、骨髄標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1737
前記標的RNAが、腸標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1738
前記標的RNAが、副腎標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1739
前記標的RNAが、精巣標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1740
前記標的RNAが、卵巣標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1741
前記標的RNAが、膵臓標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1742
前記標的RNAが、下垂体標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1743
前記標的RNAが、前立腺標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1744
前記標的RNAが、皮膚標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1745
前記標的RNAが、表皮標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1746
前記標的RNAが、子宮標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1747
前記標的RNAが、膀胱標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1748
前記標的RNAが、脳標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1749
前記標的RNAが、糸球体標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1750
前記標的RNAが、遠位尿細管上皮標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1751
前記標的RNAが、乳房組織標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1752
前記標的RNAが、肺標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1753
前記標的RNAが、心臓標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1754
前記標的RNAが、腎臓標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1755
前記標的RNAが、神経節標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1756
前記標的RNAが、前頭皮質標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1757
前記標的RNAが、脊髄標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1758
前記標的RNAが、三叉神経節標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1759
前記標的RNAが、坐骨神経標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1760
前記標的RNAが、後根神経節標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1761
前記標的RNAが、精巣上体脂肪標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1762
前記標的RNAが、横隔膜標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1763
前記標的RNAが、結腸標的である、実施形態1621〜1641のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1764
前記標的RNAが、MeCP2のRNA、DUX4のRNA、HDAC2のRNA、APPのRNA、アタキシン1のRNA、アタキシン2のRNA、アタキシン3のRNA、アタキシン6のRNA、アタキシン7のRNA、C9ORF72のRNA、UBE3AのRNA、プリオンのRNA、PMP22のRNA、タウのRNA、LRRK2のRNA、LINGO2のRNA、GYS1のRNA、KCNT1のRNA、IRF8のRNA、プログラニュリンのRNA、またはGFAPのRNAである、実施形態1621〜1763のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1765
前記標的RNAが、HTTのRNAである、実施形態1621〜1763のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1766
前記標的RNAが、MeCP2のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1767
前記標的RNAが、DUX4のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1768
前記標的RNAが、HDAC2のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1769
前記標的RNAが、アタキシン1のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1770
前記標的RNAが、アタキシン2のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1771
前記標的RNAが、アタキシン3のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1772
前記標的RNAが、アタキシン6のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1773
前記標的RNAが、アタキシン7のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1774
前記標的RNAが、C9ORF72のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1775
前記標的RNAが、アルファ−シヌクレインのRNAである、実施形態1621〜1763に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1776
前記標的RNAが、UBE3AのRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1777
前記標的RNAが、SOD1のRNAである、実施形態1621〜1763のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1778
前記標的RNAが、プリオンのRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1779
前記標的RNAが、PMP22のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1780
前記標的RNAが、タウのRNAである、実施形態1621〜1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1781
前記標的RNAが、LRRK2のRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー
化合物。
実施形態1782
前記標的RNAが、APPのRNAである、実施形態1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1783
前記標的RNAが、LINGO2のRNAである、1764に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1784
前記標的RNAが、GYS1のRNAである、実施形態1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1785
前記標的RNAが、KCNT1のRNAである、実施形態1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1786
前記標的RNAが、IRF8のRNAである、実施形態1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1787
前記標的RNAが、プログラニュリンのRNAである、実施形態1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1788
前記標的RNAが、GFAPのRNAである、実施形態1764のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1789
前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、実施形態1621〜1788のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1790
前記障害または状態が、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、脊髄小脳失調症、アンジェルマン症候群、アレキサンダー病、ラフォラ病、シャルコー・マリー・トゥース病、プリオン病、認知症、神経変性、MeCP2重複症候群、脳症、神経炎症、または多発性硬化症である、実施形態1789に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1791
前記障害または状態が、アルツハイマー病である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1792
前記障害または状態が、筋萎縮性側索硬化症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1793
前記障害または状態が、パーキンソン病である、実施形態1790に記載のオリゴマー
化合物。
実施形態1794
前記障害または状態が、脊髄小脳失調症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1795
前記障害または状態が、アンジェルマン症候群である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1796
前記障害または状態が、アレキサンダー病である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1797
前記障害または状態が、ラフォラ病である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1798
前記障害または状態が、シャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1799
前記障害または状態が、プリオン病である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1800
前記障害または状態が、認知症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1801
前記障害または状態が、神経変性である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1802
前記障害または状態が、MeCP2重複症候群である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1803
前記障害または状態が、脳症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1804
前記障害または状態が、神経炎症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1805
前記障害または状態が、多発性硬化症である、実施形態1790に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1806
実施形態1461〜1805のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合
物が、インビトロで細胞毒性を有する、実施形態1461〜1805のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1807
前記親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ細胞毒性アッセイにおいて細胞毒性を有する、実施形態1806に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1808
実施形態1461〜1805のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物がマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じる、実施形態1461〜1805のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1809
前記マウスに対する前記親オリゴマー化合物の前記投与が、全身投与である、実施形態1808に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1810
前記全身投与が、皮下投与である、実施形態1809に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1811
前記マウスが、CD−1マウスである、実施形態1808〜1810のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1812
前記マウスが、C57BL/6マウスである、実施形態1808〜1810のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1813
前記マウスが、BALB/cマウスである、実施形態1808〜1810のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1814
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態1807〜1813のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1815
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり500単位超である、実施形態1807〜1814のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1816
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態1807〜1815のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1817
前記親オリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ASTレベルが、リットル当たり1000単位超である、実施形態1807〜1816のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1818
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1819
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1820
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から3日後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1821
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から5日後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1822
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から7日後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1823
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から10日後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1824
前記肝毒性が、前記親オリゴマー化合物の前記投与から14日後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1825
前記親オリゴマー化合物が、1〜10mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1826
前記親オリゴマー化合物が、10〜25mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1827
前記親オリゴマー化合物が、25〜50mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1828
前記親オリゴマー化合物が、50〜100mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1829
前記親オリゴマー化合物が、100〜150mg/kgで前記マウスに投与される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1830
前記マウスが、BALB/cマウスであり、前記親オリゴマー化合物が、150mg/kgで前記マウスに投与され、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物の前記投与から72時間後に測定される、実施形態1807〜1817のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1831
実施形態1461〜1830のいずれかに記載のオリゴマー化合物が50mg/kgでマウスに投与されると、前記マウスに肝毒性が生じない、実施形態1461〜1830のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1832
実施形態1831に記載のオリゴマー化合物の前記投与の後に、前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、リットル当たり100単位未満である、実施形態1831に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1833
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、実施形態1831または実施形態1832に記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が投与されたマウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも10倍低く、実施形態1831または実施形態1832のオリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、前記親オリゴマー化合物の前記投与及び血漿中ALT測定も、同じ方法で完結される、実施形態1831または実施形態1832に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1834
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも100倍低い、実施形態1833に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1835
前記マウスにおける血漿中ALTレベルが、前記親オリゴマー化合物が投与された前記マウスにおける血漿中ALTレベルと比較して少なくとも500倍低い、実施形態1833に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1836
実施形態1807〜1835のいずれかに記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して増加している、実施形態1807〜1835のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1837
実施形態1836に記載のオリゴマー化合物の、マウスにおける治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して少なくとも2倍高い、実施形態1836に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1838
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含まないこと以外は同一のオリゴマー化合物が、マウスへの投与後に肝毒性を生じさせ、
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合と、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と、チミン、ウラシル、アデニン、
グアニン、シトシン、及び5−メチルシトシンから選択される核酸塩基と、からなる中央領域を有する、実施形態1461〜1805のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1839
ホスホロチオエート以外の前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合、及び/または5−メチルシトシン以外の修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含む前記少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、を前記中央領域に含み、前記修飾糖部分が、2’−O−メチル修飾糖部分である、実施形態1838に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1840
前記2’−O−メチル修飾糖部分が、前記中央領域の位置2に存在する、実施形態1839に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1841
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、2’−O−メチル修飾糖部分を含まず、前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、前記2’−O−メチル修飾糖部分の代わりに非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態1838〜1840に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1842
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1838〜1841のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1843
前記そのこと以外は同一のオリゴマー化合物が、実施形態1838〜1842のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物である、実施形態1838〜1842のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1844
前記オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態1621〜1843のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1845
実施形態1621〜1843のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物が、標準的なインビトロ活性アッセイにおいて100nM未満のIC50で前記標的RNAを抑制する、実施形態1621〜1843のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1846
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が4倍未満である、実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1847
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が3倍未満である、実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1848
標準的なインビトロ活性アッセイで測定された前記親オリゴマー化合物のIC50と、標準的なインビトロ活性アッセイで測定された実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物のIC50と、の間の差異が2倍未満である、実施形態1621〜1845のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1849
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1621〜1848のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1850
前記親オリゴマー化合物の核酸塩基配列が、前記標的RNAに100%相補的である、実施形態1621〜1849のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1851
10〜50mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1461〜1850のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1852
50〜100mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1461〜1850のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1853
100〜300mgの前記オリゴマー化合物がヒトに投与されると、前記ヒトに肝毒性が生じない、実施形態1461〜1850のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1854
前記投与が、全身投与である、実施形態1851〜1853のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1855
実施形態1461〜1854のいずれかに記載のオリゴマー化合物と、第2のオリゴマー化合物と、を含む組成物であって、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1461〜1854のいずれかに記載のオリゴマー化合物に相補的である前記組成物。
実施形態1856
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1851〜1853のいずれかに記載のオリゴマー化合物に少なくとも90%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態1855に記載の組成物。
実施形態1857
前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1461〜1854のいずれかに記載のオリゴマー化合物に100%相補的な少なくとも14個の近接する連結ヌクレオシドを含む、実施形態1855に記載の組成物。
実施形態1858
実施形態1461〜1854のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む医薬組成物、または実施形態1855〜1857のいずれかに記載の組成物であって、前記医薬組成物
または組成物が、医薬的に許容可能な担体または希釈剤を含む前記医薬組成物または組成物。
実施形態1859
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む方法。
実施形態1860
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物をヒト対象に投与することを含む、疾患または障害の治療方法。
実施形態1861
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態1862
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1863
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1864
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1865
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態1861〜1864のいずれかに記載の方法。
実施形態1866
前記オリゴマー化合物が、白色脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1867
前記オリゴマー化合物が、褐色脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1868
前記オリゴマー化合物が、脂肪細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1869
前記オリゴマー化合物が、マクロファージ標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1870
前記オリゴマー化合物が、がん細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1871
前記オリゴマー化合物が、腫瘍細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1872
前記オリゴマー化合物が、平滑筋細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1873
前記オリゴマー化合物が、リンパ球標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1874
前記オリゴマー化合物が、肺細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1875
前記オリゴマー化合物が、心筋細胞(heart muscle cell)標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1876
前記オリゴマー化合物が、心筋細胞(cardiomyocyte)標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1877
前記オリゴマー化合物が、内皮細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1878
前記オリゴマー化合物が、線維芽細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1879
前記オリゴマー化合物が、グリア細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1880
前記オリゴマー化合物が、シュワン細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1881
前記オリゴマー化合物が、膵細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1882
前記オリゴマー化合物が、腎細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1883
前記オリゴマー化合物が、ベータ細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1884
前記オリゴマー化合物が、非実質細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1885
前記オリゴマー化合物が、肝細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1886
前記オリゴマー化合物が、オリゴデンドロサイト標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1887
前記オリゴマー化合物が、アストロサイト標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1888
前記オリゴマー化合物が、ミクログリア標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1889
前記オリゴマー化合物が、上衣細胞標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1890
前記オリゴマー化合物が、感覚ニューロン標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1891
前記オリゴマー化合物が、運動ニューロン標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1892
前記オリゴマー化合物が、骨格筋標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1893
前記オリゴマー化合物が、心筋標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1894
前記オリゴマー化合物が、平滑筋標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1895
前記オリゴマー化合物が、脂肪組織標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1896
前記オリゴマー化合物が、白色脂肪組織標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1897
前記オリゴマー化合物が、脾臓標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1898
前記オリゴマー化合物が、骨標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1899
前記オリゴマー化合物が、骨髄標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1900
前記オリゴマー化合物が、腸標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1901
前記オリゴマー化合物が、副腎標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1902
前記オリゴマー化合物が、精巣標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1903
前記オリゴマー化合物が、卵巣標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1904
前記オリゴマー化合物が、膵臓標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1905
前記オリゴマー化合物が、下垂体標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1906
前記オリゴマー化合物が、前立腺標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1907
前記オリゴマー化合物が、皮膚標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1908
前記オリゴマー化合物が、表皮標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1909
前記オリゴマー化合物が、子宮標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1910
前記オリゴマー化合物が、膀胱標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1911
前記オリゴマー化合物が、脳標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1912
前記オリゴマー化合物が、糸球体標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1913
前記オリゴマー化合物が、遠位尿細管上皮標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1914
前記オリゴマー化合物が、乳房組織標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1915
前記オリゴマー化合物が、肺標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1916
前記オリゴマー化合物が、心臓標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1917
前記オリゴマー化合物が、腎臓標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1918
前記オリゴマー化合物が、神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1919
前記オリゴマー化合物が、前頭皮質標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1920
前記オリゴマー化合物が、脊髄標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1921
前記オリゴマー化合物が、三叉神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1922
前記オリゴマー化合物が、坐骨神経標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1923
前記オリゴマー化合物が、後根神経節標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1924
前記オリゴマー化合物が、精巣上体脂肪標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1925
前記オリゴマー化合物が、横隔膜標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1926
前記オリゴマー化合物が、結腸標的の量または活性を調節する、実施形態1861または実施形態1862に記載の方法。
実施形態1927
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態1802〜1926のいずれかに記載の方法。
実施形態1928
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態1802〜1926のいずれかに記載の方法。
実施形態1929
前記ヒト対象が、肝損傷に感受性である、実施形態1802〜1928のいずれかに記載の方法。
実施形態1930
前記ヒト対象が、肝変性に感受性である、実施形態1802〜1928のいずれかに記載の方法。
実施形態1931
前記ヒト対象が、肝臓におけるアポトーシスの上昇に感受性である、実施形態1802〜1930のいずれかに記載の方法。
実施形態1932
前記ヒト対象が、肝疾患を有する、実施形態1802〜1931のいずれかに記載の方法。
実施形態1933
前記ヒト対象が、腎疾患を有する、実施形態1802〜1932のいずれかに記載の方法。
実施形態1934
前記ヒト対象が、腎臓損傷に感受性である、実施形態1802〜1933のいずれかに記載の方法。
実施形態1935
前記ヒト対象が、心疾患を有する、実施形態1802〜1934のいずれかに記載の方法。
実施形態1936
前記ヒト対象が、心臓損傷に感受性である、実施形態1802〜1935のいずれかに記載の方法。
実施形態1937
前記ヒト対象が、膵炎を有する、実施形態1802〜1936のいずれかに記載の方法。
実施形態1938
前記ヒト対象が、膵損傷に感受性である、実施形態1802〜1937のいずれかに記載の方法。
実施形態1939
前記ヒト対象が、神経学的疾患を有する、実施形態1802〜1938のいずれかに記載の方法。
実施形態1940
前記ヒト対象が、神経学的損傷に感受性である、実施形態1802〜1939のいずれかに記載の方法。
実施形態1941
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物をマウスに投与することを含む、実施形態1859〜1940のいずれかに記載の方法。
実施形態1942
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物と細胞を接触させることを含む、実施形態1859〜1940のいずれかに記載の方法。
実施形態1943
前記親オリゴマー化合物の前記中央領域の糖部分がそれぞれ、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分であり、前記親オリゴマー化合物の前記中央領域のヌクレオシド間
結合がそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1941または実施形態1942に記載の方法。
実施形態1944
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を出発物質とすること、及び実施形態1461〜1858のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物に至るように前記化合物の設計を変更すること、を含む前記方法。
実施形態1945
オリゴマー化合物の設計方法であって、前記方法が、親オリゴマー化合物を同定すること、及び第2のオリゴマー化合物に至るように前記親オリゴマー化合物の設計を変更すること、を含み、前記第2のオリゴマー化合物が、実施形態1461〜1858のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物である前記方法。
実施形態1946
オリゴマー化合物の肝毒性の改善方法であって、前記方法が、(i)マウスにおいてリットル当たり300単位超の血漿中ALTレベルを有する親オリゴマー化合物を同定するステップと、(ii)実施形態1461〜1858のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物を提供するステップと、を含む前記方法。
実施形態1947
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して治療指数が改善したオリゴマー化合物が設計される、実施形態1945または実施形態1946に記載の方法。
実施形態1948
前記方法によって、前記親オリゴマー化合物と比較して肝毒性が低下したオリゴマー化合物が設計される、実施形態1945または実施形態1946に記載の方法。
実施形態1949
前記第2のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物と比較して改善される、実施形態1945に記載の方法。
実施形態1950
マウスにおける前記第2のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態1945または実施形態1946に記載の方法。
実施形態1951
実施形態1461〜1858のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物の肝毒性が、前記親オリゴマー化合物と比較して低減される、実施形態1945に記載の方法。
実施形態1952
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物をマウスに投与すること、及び実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物の親オリゴマー化合物を第2のマウスに別に投与すること、を含む方法であって、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物の治療指数が、前記親オリゴマー化合物の治療指数と比較して改善される前記方法。
実施形態1953
前記マウス、前記細胞、及び/または前記ヒト対象においてp21のRNAのレベルが測定される、実施形態1859〜1952のいずれかに記載の方法。
実施形態1954
実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物を対象に投与すること、及び前記対象におけるp21のRNAのレベルを測定すること、を含む方法。
実施形態1955
前記対象が、マウスである、実施形態1954に記載の方法。
実施形態1956
前記対象が、ヒトである、実施形態1954に記載の方法。
実施形態1957
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24時間以内に測定される、実施形態1954〜1956のいずれかに記載の方法。
実施形態1958
前記p21のRNAのレベルが、前記投与から24〜48時間後に測定される、実施形態1954〜1956のいずれかに記載の方法。
実施形態1959
医学的治療において使用するための、実施形態1461〜1858のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物または組成物。
実施形態1960
前記オリゴマー化合物が、毒性を有さない、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1961
対照化合物が毒性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1962
前記オリゴマー化合物がある用量で動物に投与されると生じる循環ALTレベルが、少なくとも1回の適合用量について前記対照化合物が同じ用量で動物に投与されると生じる前記ALTレベルと比較して少なくとも3倍低い、実施形態1961に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1963
リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記オリゴマー化合物の最低用量が、リットル当たり300単位超に循環ALTを上昇させる前記対照化合物の最低用量と比較して少なくとも3倍高い、実施形態1961または実施形態1962に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1964
前記オリゴマー化合物が、細胞における前記標的RNAを低減する能力を有する、実施形態1961〜1963のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態1965
前記オリゴマー化合物が、対照化合物と同等のRNA低減活性を有し、前記対照化合物の前記中央領域のヌクレオシドがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであること以外は前記対照化合物が前記オリゴマー化合物と同一である、実施形態1964に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1966
前記対照化合物のRNA低減活性と比較して前記RNA低減活性の低下度合いが2倍を超えない、実施形態1965に記載のオリゴマー化合物。
実施形態1967
ヒト対象における標的RNAの量または活性の調節方法であって、前記方法が、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記標的RNAの量または活性を調節すること、を含む前記方法。
実施形態1968
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1969
前記疾患または障害が、肝疾患であり、前記オリゴマー化合物が、肝臓標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1967または実施形態1968に記載の方法。
実施形態1970
前記疾患または障害が、中枢神経系疾患であり、前記オリゴマー化合物が、中枢神経系標的RNAの量または活性を調節する、実施形態1967または実施形態1968に記載の方法。
実施形態1971
前記疾患または障害が、がん、神経変性疾患、循環器疾患、免疫疾患、遺伝性疾患、反復配列伸長疾患、筋肉消耗疾患、または代謝疾患である、実施形態1967〜1970のいずれかに記載の方法。
実施形態1972
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、前記投与の前のものと比較して3倍を超えない、実施形態1967〜1971のいずれかに記載の方法。
実施形態1973
前記投与の後の前記ヒト対象の血漿中ALTレベルが、リットル当たり150単位を超えない、実施形態1967〜1972のいずれかに記載の方法。
実施形態1974
ヒト対象における疾患または障害の治療方法であって、前記方法が、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物または組成物を、前記疾患または障害を有する前記ヒト対象に投与すること、及びそれによって前記ヒト対象における前記疾患または障害を治療すること、を含む前記方法。
実施形態1975
前記疾患または障害が、CNSの疾患または障害ではない、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1976
前記疾患または障害が、白色脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1977
前記疾患または障害が、褐色脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1978
前記疾患または障害が、脂肪細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1979
前記疾患または障害が、マクロファージの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1980
前記疾患または障害が、がん細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1981
前記疾患または障害が、腫瘍細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1982
前記疾患または障害が、平滑筋細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1983
前記疾患または障害が、リンパ球の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1984
前記疾患または障害が、肺細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1985
前記疾患または障害が、心筋細胞(heart muscle cell)の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1986
前記疾患または障害が、心筋細胞(cardiomyocyte)の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1987
前記疾患または障害が、内皮細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1988
前記疾患または障害が、線維芽細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1989
前記疾患または障害が、グリア細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1990
前記疾患または障害が、シュワン細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1991
前記疾患または障害が、膵細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1992
前記疾患または障害が、腎細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1993
前記疾患または障害が、ベータ細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1994
前記疾患または障害が、非実質細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1995
前記疾患または障害が、肝細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1996
前記疾患または障害が、オリゴデンドロサイトの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1997
前記疾患または障害が、アストロサイトの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1998
前記疾患または障害が、ミクログリアの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態1999
前記疾患または障害が、上衣細胞の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2000
前記疾患または障害が、感覚ニューロンの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2001
前記疾患または障害が、運動ニューロンの疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2002
前記疾患または障害が、骨格筋の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2003
前記疾患または障害が、心筋の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2004
前記疾患または障害が、平滑筋の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2005
前記疾患または障害が、脂肪組織の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2006
前記疾患または障害が、白色脂肪組織の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2007
前記疾患または障害が、脾臓の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2008
前記疾患または障害が、骨の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2009
前記疾患または障害が、骨髄の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2010
前記疾患または障害が、腸の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2011
前記疾患または障害が、副腎の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2012
前記疾患または障害が、精巣の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2013
前記疾患または障害が、卵巣の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2014
前記疾患または障害が、膵臓の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2015
前記疾患または障害が、下垂体の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2016
前記疾患または障害が、前立腺の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2017
前記疾患または障害が、皮膚の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2018
前記疾患または障害が、表皮の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2019
前記疾患または障害が、子宮の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2020
前記疾患または障害が、膀胱の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2021
前記疾患または障害が、脳の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2022
前記疾患または障害が、糸球体の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2023
前記疾患または障害が、遠位尿細管上皮の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2024
前記疾患または障害が、乳房組織の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2025
前記疾患または障害が、肺の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2026
前記疾患または障害が、心臓の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2027
前記疾患または障害が、腎臓の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2028
前記疾患または障害が、神経節の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2029
前記疾患または障害が、前頭皮質の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2030
前記疾患または障害が、脊髄の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2031
前記疾患または障害が、三叉神経節の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2032
前記疾患または障害が、坐骨神経の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2033
前記疾患または障害が、後根神経節の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2034
前記疾患または障害が、精巣上体脂肪の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2035
前記疾患または障害が、横隔膜の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2036
前記疾患または障害が、結腸の疾患または障害である、実施形態1974に記載の方法。
実施形態2037
標的RNAに対する活性についてオリゴマー化合物のライブラリーをスクリーニングする方法であって、オリゴマー化合物の前記ライブラリーが、実施形態1461〜1858のいずれかに記載のオリゴマー化合物を複数含む前記方法。
ある特定の化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、連結ヌクレオシドからなるオリ
ゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であるか、または連結ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドからなるオリゴマー化合物である。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチドであり得るか、または修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチドと比較して少なくとも1つの修飾を含む(すなわち、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/または修飾核酸塩基を含む)及び/または少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合)を含む。
I.修飾
A.修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分、修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基との両方を含む。
1.ある特定の修飾糖部分
ある特定の実施形態では、糖部分は、非二環式修飾フラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、二環式または三環式のフラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他の型の修飾糖部分の置換に対応する置換を1つまたは複数含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、1つまたは複数の非環式置換基(限定されないが、2’位、3’位、4’位、及び/または5’位の置換基を含む)を含む非二環式修飾フラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、フラノシル糖部分は、リボシル糖部分である。ある特定の実施形態では、フラノシル糖部分は、β−D−リボフラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の非環式置換基の1つまたは複数は、分岐したものである。非二環式修飾糖部分に適した2’−置換基の例としては、限定されないが、2’−F、2’−OCH(「2’−OMe」または「2’−O−メチル」)、及び2’−O(CHOCH(「2’−MOE」)が挙げられる。ある特定の実施形態では、2’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF、OCF、O−C−C10アルコキシ、O−C−C10置換アルコキシ、C−C10アルキル、C−C10置換アルキル、S−アルキル、N(R)−アルキル、O−アルケニル、S−アルケニル、N(R)−アルケニル、O−アルキニル、S−アルキニル、N(R)−アルキニル、O−アルキレニル−O−アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O−アルカリル、O−アラルキル、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、またはOCHC(=O)−N(R)(R)、(R及びRはそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである)、ならびにCook et al.,U.S.6,531,584、Cook et al.,U.S.5,859,221、及びCook et al.,U.S.6,005,087に記載の2’−置換基のうちから選択される。こうした2’−置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ(NO)、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルのうちから独立して選択される1つまたは複数の置換基でさらに置換され得る。3’−置換基の例としては、3’−メチルが挙げられる(Frier,et al.,The ups and downs of nucleic acid duplex stability:structure−stability studies on chemically−modified DNA:RNA duplexes.Nucleic Acids
Res.,25,4429−4443,1997を参照のこと)。非二環式修飾糖部分に適した4’−置換基の例としては、限定されないが、アルコキシ(例えば、メトキシ)、アルキル、及びManoharan et al.,WO2015/106128に記載のものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に適した5’−置換基の例としては、限定されないが、5’−メチル(RまたはS)、5’−アリル、5’−エチル、5’−ビニル、
及び5’−メトキシが挙げられる。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖は、複数の非架橋糖置換基を含み、例えば、2’−F−5’−メチル糖部分、ならびにMigawa
et al.,WO2008/101157 and Rajeev et al.,US2013/0203836に記載の修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドである。Martinez−Montero,et al.,Rigid 2’,4’−difluororibonucleosides:synthesis,conformational analysis,and incorporation into nascent RNA by HCV polymerase.J.Org.Chem.,2014,79:5627−5635では、2’,4’−ジフルオロ修飾糖部分について記載されている。2’−修飾(OMeまたはF)及び4’−修飾(OMeまたはF)を含む修飾糖部分は、Malek−Adamian,et al.,J.Org.Chem,2018,83:9839−9849にも記載されている。
ある特定の実施形態では、2’−置換ヌクレオシドまたは非二環式2’−修飾ヌクレオシドは、F、NH、N、OCF3、OCH、O(CHNH、CHCH=CH、OCHCH=CH、OCHCHOCH、O(CHSCH、O(CHON(R)(R)、O(CHO(CHN(CH、及びN−置換アセトアミド(OCHC(=O)−N(R)(R))から選択される非架橋2’−置換基を含む糖部分を含み、式中、R及びRはそれぞれ、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC−C10アルキルである。
ある特定の実施形態では、2’−置換ヌクレオシドまたは非二環式2’−修飾ヌクレオシドは、F、OCF3、OCH、OCHCHOCH、O(CHSCH、O(CHON(CH、O(CHO(CHN(CH、及びOCHC(=O)−N(H)CH(「NMA」)から選択される非架橋2’−置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、2’−置換ヌクレオシドまたは非二環式2’−修飾ヌクレオシドは、F、OCH、及びOCHCHOCHから選択される非架橋2’−置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、2’−デオキシリボースの4’OをSで置き換えて4’−チオDNAを得ることができる(Takahashi,et al.,Nucleic Acids Research 2009,37:1353−1362を参照のこと)。この修飾は、本明細書に詳述される他の修飾と組み合わせることができる。ある特定のそのような実施形態では、糖部分は、2’位がさらに修飾される。ある特定の実施形態では、糖部分は、2’−フルオロを含む。この糖部分を有するチミジンについては、Watts,et al.,J.Org.Chem.2006,71(3):921−925に記載されている(4’−S−フルオロ5−メチルアラウリジンまたはFAMU)。
ある特定の修飾糖部分は、二環式糖部分が生じる第2の環を形成する架橋糖置換基を含む。ある特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子との間の架橋を含む。ある特定のそのような実施形態では、フラノース環は、リボース環である。そのような4’−2’架橋糖置換基を含む糖部分の例としては、限定されないが、4’−CH−2’、4’−(CH−2’、4’−(CH−2’、4’−CH−O−2’(「LNA」)、4’−CH−S−2’、4’−(CH−O−2’(「ENA」)、4’−CH(CH)−O−2’(S配置を有するとき、「拘束エチル」または「cEt」と称される)、4’−CH−O−CH−2’、4’−CH−N(R)−2’、4’−CH(CHOCH)−O−2’(「拘束MOE」または「cMOE」)、及びその類似体(例えば、Seth et al.,U
.S.7,399,845、Bhat et al.,U.S.7,569,686、Swayze et al.,U.S.7,741,457、及びSwayze et al.,U.S.8,022,193を参照のこと)、4’−C(CH)(CH)−O−2’及びその類似体(例えば、Seth et al.,U.S.8,278,283を参照のこと)、4’−CH−N(OCH)−2’及びその類似体(例えば、Prakash et al.,U.S.8,278,425を参照のこと)、4’−CH−O−N(CH)−2’(例えば、Allerson et al.,U.S.7,696,345、及びAllerson et al.,U.S.8,124,745を参照のこと)、4’−CH−C(H)(CH)−2’(例えば、Zhou,et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118−134を参照のこと)、4’−CH−C(=CH)−2’及びその類似体(例えば、Seth et al.,U.S.8,278,426を参照のこと)、4’C(R)−N(R)−O−2’、4’−C(R)−O−N(R)−2’、4’−CH−O−N(R)−2’、及び4’−CH−N(R)−O−2’(R、R、及びRはそれぞれ、独立して、H、保護基、またはC−C12アルキルである)(例えば、Imanishi et al.,U.S.7,427,672を参照のこと)、4’−C(=O)−N(CH−2’、4’−C(=O)−N(R)−2’、4’−C(=S)−N(R)−2’、及びその類似体(例えば、Obika et al.,WO2011052436A1,Yusuke,WO2017018360A1を参照のこと)、を含む二環式糖が挙げられる。
ある特定の実施形態では、そのような4’−2’架橋は、−[C(R)(R)]−、−[C(R)(R)]−O−、−C(R)=C(R)−、−C(R)=N−、−C(=NR)−、−C(=O)−、−C(=S)−、−O−、−Si(R−、−S(=O)−、及び−N(R)−から独立して選択される1〜4つの連結基を独立して含み、
式中:
xは、0、1、または2であり、
nは、1、2、3、または4であり、
及びRはそれぞれ、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C−C12アルキル、置換C−C12アルキル、C−C12アルケニル、置換C−C12アルケニル、C−C12アルキニル、置換C−C12アルキニル、C−C20アリール、置換C−C20アリール、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C−C脂環式ラジカル、置換C−C脂環式ラジカル、ハロゲン、OJ、NJ、SJ、N、COOJ、アシル(C(=O)−H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)−J)、またはスルホキシル(S(=O)−J)であり、
及びJはそれぞれ、独立して、H、C−C12アルキル、置換C−C12アルキル、C−C12アルケニル、置換C−C12アルケニル、C−C12アルキニル、置換C−C12アルキニル、C−C20アリール、置換C−C20アリール、アシル(C(=O)−H)、置換アシル、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、C−C12アミノアルキル、置換C−C12アミノアルキル、または保護基である。
二環式糖部分は、当該技術分野において他にも知られており、例えば、Freier et al.,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429−4443、Albaek et al.,J.Org.Chem.,2006,71,7731−7740、Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455−456、Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607−3630、Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219−2222、Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035−10039、S
rivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.,2017,129,8362−8379、Elayadi et al.,、Christiansen,et al.,J.Am.Chem.Soc.1998,120,5458−5463、Wengel et a.,U.S.7,053,207、Imanishi et al.,U.S.6,268,490、Imanishi et al.U.S.6,770,748、Imanishi et al.,U.S.RE44,779、Wengel et al.,U.S.6,794,499、Wengel et al.,U.S.6,670,461、Wengel et al.,U.S.7,034,133、Wengel et al.,U.S.8,080,644、Wengel et al.,U.S.8,034,909、Wengel et al.,U.S.8,153,365、Wengel et al.,U.S.7,572,582、及びRamasamy et al.,U.S.6,525,191、Torsten et al.,WO2004/106356、Wengel et al.,WO1999/014226、Seth et al.,WO2007/134181、Seth et al.,U.S.7,547,684、Seth et al.,U.S.7,666,854、Seth et al.,U.S.8,088,746、Seth et al.,U.S.7,750,131、Seth et al.,U.S.8,030,467、Seth
et al.,U.S.8,268,980、Seth et al.,U.S.8,546,556、Seth et al.,U.S.8,530,640、Migawa
et al.,U.S.9,012,421、Seth et al.,U.S.8,501,805、ならびにAllerson et al.,米国特許公開第US2008/0039618号、及びMigawa et al.,同第US2015/0191727号を参照のこと。
ある特定の実施形態では、二環式糖部分、及びそのような二環式糖部分が組み込まれたヌクレオシドは、異性配置によってさらに規定される。例えば、LNAヌクレオシド(本明細書に記載のもの)は、α−L配置またはβ−D配置を有し得る。
Figure 2021512629

α−L−メチレンオキシ(4’−CH−O−2’)二環式ヌクレオシドまたはα−L−LNA二環式ヌクレオシドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれており、こうしたアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンス活性を示した(Frieden
et al.,Nucleic Acids Research,2003,21,6365−6372)。本明細書では、二環式ヌクレオシドの一般的な説明は、両方の異性配置を含む。本明細書に例示される実施形態において特定の二環式ヌクレオシド(例えば、LNA)の位置が特定されるとき、当該二環式ヌクレオシドは、別段の指定がない限り、β−D配置を有する。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、1つまたは複数の非架橋糖置換基、及び1つまたは複数の架橋糖置換基を含む(例えば、5’−置換され、かつ4’−2’架橋を有する糖)。
修飾フラノシル糖部分を含むヌクレオシド、及び修飾フラノシル糖部分は、ヌクレオシドの糖部分に対する置換(複数可)の位置(複数可)によって称され得る。フラノシル環
の位置に続く「修飾」という用語(「2’−修飾」など)は、糖部分が、指定の修飾を2’位に含み、追加の修飾及び/または置換基を含み得ることを示す。4’−2’架橋糖部分は、2’−修飾され、かつ4’−修飾されているか、または代替的に表現すると、「2’,4’−修飾」されている。フラノシル環の位置に続く「置換」という用語(「2’−置換」または「2’−4’−置換」など)は、オリゴヌクレオチドにおける非修飾糖部分に見られるもの以外に置換基を有するのは当該位置(複数可)のみであることを示す。したがって、下記の糖部分は、下記の式によって示される。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、非二環式修飾フラノシル糖部分は、式I:
Figure 2021512629

によって示され、
式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。R基のうちで、R3−7の少なくとも1つは、Hではなく、及び/またはR及びRの少なくとも1つは、HまたはOHではない。2’−修飾フラノシル糖部分では、R及びRの少なくとも1つは、HまたはOHではなく、R3−7はそれぞれ、HまたはH以外の置換基から独立して選択される。4’−修飾フラノシル糖部分では、Rは、Hではなく、R1−4,6,7はそれぞれ、H及びH以外の置換基から独立して選択され、フラノシル環のそれぞれの位置についても同様である。立体化学は、別段の記載がない限り、規定されない。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、非二環式の修飾された置換フラノシル糖部分は、式Iによって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。R基のうちで、R3−7のいずれか1つ(1つを超えない)は、H以外の置換基であり、またはRもしくはRの1つは、HまたはOH以外の置換基である。立体化学は、別段の記載がない限り、規定されない。非二環式の修飾された置換フラノシル糖部分の例としては、2’−置換リボシル糖部分、4’−置換リボシル糖部分、及び5’−置換リボシル糖部分、ならびに置換2’−デオキシフラノシル糖部分(4’−置換2’−デオキシリボシル糖部分及び5’−置換2’−デオキシリボシル糖部分など)が挙げられる。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、2’−置換リボシル糖部分は、式II:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。Rは、HまたはOH以外の置換基である。立体化学は、示されるように規定される。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、4’−置換リボシル糖部分は、式III:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。Rは、H以外の置換基である。立体化学は、示されるように規定される。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、5’−置換リボシル糖部分は、式IV:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。RまたはRは、H以外の置換基である。立体化学は、示されるように規定される。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、2’−デオキシフラノシル糖部分は、式V:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。R1−5はそれぞれ、H及びH以外の置換基から独立して選択される。R1−5のすべてがそれぞれHである
ならば、糖部分は、非置換2’−デオキシフラノシル糖部分である。立体化学は、別段の記載がない限り、規定されない。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、4’−置換2’−デオキシリボシル糖部分は、式VI:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。Rは、H以外の置換基である。立体化学は、示されるように規定される。
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、5’−置換2’−デオキシリボシル糖部分は、式VII:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。RまたはRは、H以外の置換基である。立体化学は、示されるように規定される。
非置換2’−デオキシフラノシル糖部分は、修飾されないか(β−D−2’−デオキシリボシル)、または修飾され得る。修飾された非置換2’−デオキシフラノシル糖部分の例としては、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分、α−L−2’−デオキシリボシル糖部分、α−D−2’−デオキシリボシル糖部分、及びβ−D−キシロシル糖部分が挙げられる。例えば、ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、β−L−2’−デオキシリボシル糖部分は、式VIII:
Figure 2021512629

によって示され、式中、Bは、核酸塩基であり、L及びLはそれぞれ、独立して、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基である。立体化学は、示されるように規定される。α−L−リボシルヌクレオチド及びβ−D−キシロシルヌクレオチドの合成は、Gaubert,et al.,Tetehedron 2006,62:2278−2294によって記載されている。DNAヌクレオシド及びRNAヌクレオシドの追加の異性体は、Vester,et.al.,“Chemically modified oligonucleotides with efficient RNase H response,”Bioorg.Med.Chem.Letters,2008,18:2296−2300によって記載されている。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。ある特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄原子、炭素原子、または窒素原子で置き換えられる。ある特定のそのような実施形態では、そのような修飾糖部分は、本明細書に記載の架橋置換基及び/または非架橋置換基も含み得る。例えば、ある特定の糖代替物は、4’−硫黄原子を含むと共に、2’位(例えば、Bhat et al.,U.S.7,875,733、及びBhat et al.,U.S.7,939,677を参照のこと)及び/または5’位に置換を含む。
ある特定の実施形態では、糖代替物は、原子の含有数が5以外の環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖代替物は、6員のテトラヒドロピラン(「THP」)を含む。そのようなテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換され得る。そのような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドには、限定されないが、ヘキシトール核酸(「HNA」)、アルトリトール核酸(「ANA」)、マンニトール核酸(「MNA」)(例えば、Leumann,CJ.Bioorg.& Med.Chem.2002,10,841−854を参照のこと)、フルオロHNA(「F−HNA」、例えば、Swayze et al.,U.S.8,088,904、Swayze et al.,U.S.8,440,803、Swayze et al.,U.S.8,796,437、及びSwayze et al.,U.S.9,005,906を参照のこと(F−HNAは、F−THPまたは3’−フルオロテトラヒドロピランとも称され得る))、F−CeNA、ならびに3’−アラ−HNA(以下の式を有する)が含まれ、以下の式中、L及びLはそれぞれ、独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、あるいはL及びLの一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、L及びLのもう一方は、H、ヒドロキシル保護基、連結された複合基、または5’末端基もしくは3’末端基である。
Figure 2021512629

追加の糖代替物は、式:
Figure 2021512629

を有するTHP化合物を含むものであり、
式中、上記修飾THPヌクレオシドのそれぞれについて独立して、
Bxは、核酸塩基部分であり、
及びTはそれぞれ、独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、あるいはT及びTの一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、T及びTのもう一方は、H、ヒドロキシル保護基、連結された複合基、または5’末端基もしくは3’末端基であり、
、q、q、q、q、q、及びqはそれぞれ、独立して、H、C−Cアルキル、置換C−Cアルキル、C−Cアルケニル、置換C−Cアルケニル、C−Cアルキニル、または置換C−Cアルキニルであり、
及びRはそれぞれ、水素、ハロゲン、置換または非置換のアルコキシ、NJ、SJ、N、OC(=X)J、OC(=X)NJ、NJC(=X)NJ、及びCN(Xは、O、S、またはNJであり、J、J、及びJはそれぞれ、独立して、HまたはC−Cアルキルである)のうちから独立して選択される。
ある特定の実施形態では、修飾THPヌクレオシドが提供され、q、q、q、q、q、q、及びqはそれぞれ、Hである。ある特定の実施形態では、q、q、q、q、q、q、及びqの少なくとも1つは、H以外のものである。ある特定の実施形態では、q、q、q、q、q、q、及びqの少なくとも1つは、メチルである。ある特定の実施形態では、修飾THPヌクレオシドが提供され、R及びRの1つは、Fである。ある特定の実施形態では、Rは、Fであり、Rは、Hであり、ある特定の実施形態では、Rは、メトキシであり、Rは、Hであり、ある特定の実施形態では、Rは、メトキシエトキシであり、Rは、Hである。
ある特定の実施形態では、糖代替物は、ヘテロ原子を有さない環を含む。例えば、ビシクロ[3.1.0]−ヘキサンを含むヌクレオシドについて記載されている(例えば、Marquez,et al.,J.Med.Chem.1996,39:3739−3749を参照のこと)。
ある特定の実施形態では、環糖代替物は、原子を6つ以上有する環であって、ヘテロ原子を複数含む環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴヌクレオチドにおけるその使用について報告されている(例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503−4510及びSummerton et al.,U.S.5,698,685、Summerton et al.,U.S.5,166,315、Summerton et al.,U.S.5,185,444、ならびにSummerton et al.,U.S.5,034,506を参照のこと)。本明細書で使用される「モルホリノ」という用語は、下記の構造:
Figure 2021512629

を含む糖代替物を意味する。ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造にさまざまな置換基を付加するか、または上記のモルホリノ構造からさまざまな置換基を改変することによって、修飾され得る。そのような糖代替物は、「修飾モルホリノ」と本明細書で称される。ある特定の実施形態では、ヌクレオシド間結合を含めて、全ヌクレオチドがモルホリノ残基によって置き換えられ、当該モルホリノ残基は、以下に示される構造を有し、式中、Bxは、ヘテロ環式塩基部分である。
Figure 2021512629
ある特定の実施形態では、糖代替物は、非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、限定されないが、ペプチド核酸(「PNA」)、非環式ブチル核酸(例えば、Kumar et al.,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853−5865を参照のこと)、グリコール核酸(「GNA」、Schlegel,et al.,J.Am.Chem.Soc.2017,139:8537−8546を参照のこと)、ならびにManoharan
et al.,WO2011/133876に記載のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシドにおいて使用できる二環式及び三環式の糖環系及び糖代替物環系は、当該技術分野において他にも多く知られている。ある特定のそのような環系は、Hanessian,et al.,J.Org.Chem.,2013,78:9051−9063に記載されており、当該環系には、bcDNA及びtcDNAが含まれる。bcDNA及びtcDNAに対する修飾(6’−フルオロなど)についても記載されている(Dogovic and Leumann,J.Org.Chem.,2014,79:1271−1279)。
ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、DNA模倣体である。「DNA模倣体」は、DNAヌクレオシド以外のヌクレオシドを意味し、核酸塩基は、環内の第2の炭素原子に結合した環の炭素原子に直接連結され、第2の炭素原子は、少なくとも1つの水素原子への結合を含み、核酸塩基と少なくとも1つの水素原子とは、上記2つの炭素原子の間の結合に対して互いにトランスの配置を有する。
ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、以下の式:
Figure 2021512629

によって示される構造を含み、
式中、Bxは、ヘテロ環式塩基部分を示す。
ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、以下の式:
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

の1つによって示される構造を含み、
式中、Xは、OまたはSであり、Bxは、ヘテロ環式塩基部分を示す。
ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、糖代替物である。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、シクロヘキセニル核酸またはヘキシトール核酸である。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、Vester,et.al.,“Chemically modified oligonucleotides with efficient
RNase H response,”Bioorg.Med.Chem.Letters,2008,18:2296−2300の図1に記載のものであり、当該文献は、参照によって本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態では、DNA模倣体ヌクレオシドは、
Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

Figure 2021512629

から選択される式を有し、
式中、Bxは、ヘテロ環式塩基部分であり、L及びLはそれぞれ、独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、あるいはL及びLの一方は、修飾ヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に連結するヌクレオシド間結合であり、L及びLのもう一方は、H、ヒドロキシル保護基、連結された複合基、または5’末端基もしくは3’末端基である。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、α,β−拘束核酸(CAN)、2’,4’−炭素環式−LNA、または2’,4’−炭素環式−ENAである。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、4’−C−ヒドロキシメチル−2’−デオキシリボシル、3’−C−ヒドロキシメチル−2’−デオキシリボシル、3’−C−ヒドロキシメチル−アラビノシル、3’−C−2’−O−アラビノシル、3’−C−メチレン−延長型−キシロシル、3’−C−2’−O−ピペラジノ−アラビノシルのうちから選択される糖部分を有する。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、2’−メチルリボシル、2’−S−メチルリボシル、2’−アミノリボシル、2’−NH(CH)−リボシル、2’−NH(CH−リボシル、2’−CH2−F−リボシル、2’−CHF2−リボシル、2’−CF3−リボシル、2’=CF2リボシル、2’−エチルリボシル、2’−アルケニルリボシル、2’−アルキニルリボシル、2’−O−4’−C−メチレンリボシル、2’−シアノアラビノシル、2’−クロロアラビノシル、2’−フルオロアラビノシル、2’−ブロモアラビノシル、2’−アジドアラビノシル、2’−メトキシアラビノシル、及び2’−アラビノシルのうちから選択される糖部分を有する。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、4’−メチル−修飾デオキシフラノシル、4’−F−デオキシフラノシル、4’−OMe−デオキシフラノシルから選択される糖部分を有する。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、5’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル、5’−エチル−2’−β−D−デオキシリボシル、5’−アリル−2’−β−D−デオキシリボシル、2’−フルオロ−β−D−アラビノフラノシルのうちから選択される糖部分を有する。ある特定の実施形態では、DNA模倣体は、B型ヌクレオチドとしてPCT/US00/267929の32〜33ページに列挙されており、当該文献は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
2.修飾核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5−置換ピリミジン、6−アザピリミジン、アルキル置換ピリミジンまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにN−2置換プリン、N−6置換プリン、及びO−6置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、2−アミノプロピルアデニン、5−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2−アミノアデニン、6−N−メチルグアニン、6−N−メチルアデニン、2−プロピルアデニン、2−チオウラシル、2−チオチミン、及び2−チオシトシン、5−プロピニル(−C≡C−CH)ウラシル、5−プロピニルシトシン、6−アゾウラシル、6−アゾシトシン、6−アゾチミン、5−リボシルウラシル(シュードウラシル)、4−チオウラシル、8−ハロプリン、8−アミノプリン、8−チオールプリン、8−チオアルキルプリン、8−ヒドロキシルプリン、8−アザプリン、及び他の8−置換プリン、5−ハロ、具体的には、5−ブロモ、5−トリフルオロメチル、5−ハロウラシル、及び5−ハロシトシン、7−メチルグアニン、7−メチルアデニン、2−F−アデニン、2−アミノアデニン、7−デアザグアニン、7−デアザアデニン、3−デアザグアニン、3−デアザアデニン、6−N−ベンゾイルアデニン、2−N−イソブチリルグアニン、4−N−ベンゾイルシトシン、4−N−ベンゾイルウラシル、5−メチル4−N−ベンゾイルシトシン、5−メチル4−N−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、多様な対形成が可能な塩基(promiscuous base)、サイズ拡張型塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。追加の修飾核酸塩基には、三環式ピリミジンが含まれ、こうした三環式ピリミジンは、1,3−ジアザフェノキサジン−2−オン、1,3−ジアザフェノチアジン−2−オン、及び9−(2−アミノエトキシ)−1,3−ジアザフェノキサジン−2−オン(G−クランプ)などである。修飾核酸塩基には、プリン塩基またはピリミジン塩基が他のヘテロ環(例えば、7−デアザ−アデニン、7−デアザグアノシン、2−アミノピリジン、及び2−ピリドン)で置き換えられたものも含まれ得る。追加の核酸塩基には、Merigan et al.,U.S.3,687,808に開示のもの、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley & Sons,1990,858−859に開示のもの、Englisch et al.,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613に開示のもの、Sanghvi,Y.S.,Chapter 15,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273−288に開示のもの、及びChapters 6 and 15,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.,Ed.,CRC Press,2008,163−166 and 442−443に開示のものが含まれる。ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、2つの核酸塩基を有する双頭型ヌクレオシドを含む。そのような化合物は、Sorinaset al.,J.Org.Chem,2014 79:8020−8030に詳述されている。
上記の修飾核酸塩基ならびに他の修飾核酸塩基のある特定のものの調製を教示する刊行物には、限定されないが、Manoharan et al.,US2003/0158403、Manoharan et al.,US2003/0175906、Dinh
et al.,U.S.4,845,205、Spielvogel et al.,U.S.5,130,302、Rogers et al.,U.S.5,134,066、Bischofberger et al.,U.S.5,175,273、Urdea et al.,U.S.5,367,066、Benner et al.,U.S.5,432,272、Matteucci et al.,U.S.5,434,257、Gmeiner et al.,U.S.5,457,187、Cook et
al.,U.S.5,459,255、Froehler et al.,U.S.5,484,908、Matteucci et al.,U.S.5,502,177、Hawkins et al.,U.S.5,525,711、Haralambidis
et al.,U.S.5,552,540、Cook et al.,U.S.5,587,469、Froehler et al.,U.S.5,594,121、Switzer et al.,U.S.5,596,091、Cook et al.,U.S.5,614,617、Froehler et al.,U.S.5,645,985、Cook et al.,U.S.5,681,941、Cook et al.,U.S.5,811,534、Cook et al.,U.S.5,750,692、Cook et al.,U.S.5,948,903、Cook et al.,U.S.5,587,470、Cook et al.,U.S.5,457,191、Matteucci et al.,U.S.5,763,588、Froehler et al.,U.S.5,830,653、Cook et al.,U.S.5,808,027、Cook et al.,6,166,199、及びMatteucci et al.,U.S.6,005,096が含まれる。
ある特定の実施形態では、化合物は、1つまたは複数の修飾核酸塩基を含む、標的核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または当該修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、シトシンはそれぞれ、5−メチルシトシンである。
B.修飾ヌクレオシド間結合
ある特定の実施形態では、1つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載の化合物は、望ましい特性(例えば、細胞内への取り込みの増進、標的核酸に対する親和性の増進、及びヌクレアーゼ存在下での安定性の向上など)を有するため、ホスホジエステルヌクレオシド間結合のみを有する化合物に勝って選択される。
ある特定の実施形態では、化合物は、1つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む、標的核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または当該修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物のヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して共に連結され得る。リン原子の存在の有無によって2つの主なクラスのヌクレオシド間結合が定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合、修飾ホスホトリエステル(THPホスホトリエステル及びイソプロピルホスホトリエステルなど)、ホスホネート(メチルホスホネート、イソプロピルホスホネート、イソブチルホスホネート、及びホスホノアセテートなど)、ホスホロアミデート、ホスホロチオエート、ならびにホスホロジチオエート(「HS−P=S」)が含まれる。代表的なリン非含有ヌクレオシド間結合には、限定されないが、メチレンメチルイミノ(−CH−N(CH)−O−CH−)、チオジエステル、チオノカルバメート(−O−C(=O)(NH)−S−)、シロキサン(−O−SiH−O−)、ホルムアセタール、チオアセトアミド(TANA)、alt−チオホルムアセタール、グリシンアミド、及びN,N’−ジメチルヒドラジン(−CH−N(CH)−N(CH)−)が含まれる。修飾ヌクレオシド間結合は、天然起源のリン酸結合と比較すると、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ抵抗性の改変(典型的には、向上)に使用することができる。リン含有ヌクレオシド間結合及びリン非含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者によく知られている。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合には、限定されないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが含まれる。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、立体ランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製するか、または特定の立体化学的配置を有するホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製することができる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合はすべて、立体ランダムである。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれのホスホロチオエート結合の立体化学的配置がランダムに選択される合成方法を使用して生成させることができる。本明細書に記載のホスホロチオエート結合はすべて、別段の指定がない限り、立体ランダムである。しかしながら、当業者はよく理解していることであるが、それぞれの個々のオリゴヌクレオチド分子の個々のホスホロチオエートはそれぞれ、規定の立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、独立して選択された特定の立体化学的配置を有する1つまたは複数の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化される。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団内の分子の少なくとも65%に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団内の分子の少なくとも70%に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団内の分子の少なくとも80%に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団内の分子の少なくとも90%に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団内の分子の少なくとも99%に存在する。修飾オリゴヌクレオチドのそのようなキラル富化集団は、当該技術分野において知られる合成方法を使用して生成させることができ、こうした方法は、例えば、Oka et al.,JACS 125,8307(2003)、Wan et al.Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)、及びWO2017/015555に記載の方法である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Sp)配置を有する少なくとも1つの指定のホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドが富化される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Rp)配置を有する少なくとも1つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドが富化される。ある特定の実施形態では、(Rp)ホスホロチオエート及び/または(Sp)ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ下記の式のものを1つまたは複数含み、式中「B」は、核酸塩基を示す:
Figure 2021512629

別段の指定がない限り、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、立体ランダムであるか、または特定の立体化学的配置を有し得る。
中性ヌクレオシド間結合には、限定されないが、ホスホトリエステル、ホスホネート、MMI(3’−CH−N(CH)−O−5’)、アミド−3(3’−CH−C(=O)−N(H)−5’)、アミド−4(3’−CH−N(H)−C(=O)−5’)、ホルムアセタール(3’−O−CH−O−5’)、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール(3’−S−CH−O−5’)が含まれる。追加の中性ヌクレオシド間結合
には、シロキサン(ジアルキルシロキサン)、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル、及びスルホン酸アミド、を含む非イオン性結合が含まれる(例えば、Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Y.S.Sanghvi and P.D.Cook,Eds.,ACS Symposium Series 580;Chapters 3
and 4,40−65を参照のこと)。追加の中性ヌクレオシド間結合には、N構成要素部分、O構成要素部分、S構成要素部分、及びCH2構成要素部分の組み合わせを含む非イオン性結合が含まれる。
ある特定の実施形態では、核酸は、標準的な3’−5’結合ではなく、2’−5’結合を有し得る。そのような結合は、以下に示されるものである。
Figure 2021512629
ヌクレオシド及び/またはオリゴヌクレオチドとの関連では、非二環式の2’−連結修飾フラノシル糖部分は、式IX:
Figure 2021512629

によって示され、
式中、Bは、核酸塩基であり、Lは、ヌクレオシド間結合、末端基、複合基、またはヒドロキシル基であり、Lは、ヌクレオシド間結合である。立体化学は、別段の記載がない限り、規定されない。
ある特定の実施形態では、ヌクレオシドは、隣接する2’,3’−ホスホジエステル結合によって連結され得る。ある特定のそのような実施形態では、ヌクレオシドは、トレオフラノシルヌクレオシドである(TNA;Bala,et al.,J Org.Chem.2017,82:5910−5916を参照のこと)。TNA結合は、以下に示される。
Figure 2021512629

トレオース核酸
(TNA)
追加の修飾結合には、α,β−D−CNA型の結合及び関連する立体配座的に拘束された結合(以下に示されるもの)が含まれる。そのような分子の合成は、以前に報告されている(Dupouy,et al.,Angew.Chem.Int.Ed.Engl.,2014,45:3623−3627、Borsting,et al.Tetahedron,2004,60:10955−10966、Ostergaard,et al.,ACS Chem.Biol.2014,9:1975−1979、Dupouy,et al.,Eur.J.Org.Chem..,2008,1285−1294、Martinez,et al.,PLoS One,2011,6:e25510、Dupouy,et al.,Eur.J.Org.Chem.,2007,5256−5264、Boissonnet,et al.,New J.Chem.,2011,35:1528−1533を参照のこと)。
Figure 2021512629
II.ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはオリゴヌクレオチドからなる。オリゴヌクレオチドは、モチーフを有し得、こうしたモチーフは、例えば、糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合の非修飾及び/または修飾のパターンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む1つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合の修飾、非修飾、及び修飾差異によってパターンまたはモチーフが規定される。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンまたはモチーフはそれぞれ、互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び/またはヌクレオシド間結合モチーフによって説明され得る(本明細書で使用されるように、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係に核酸塩基に対する修飾を説明するものである)。
A.ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたは糖モチーフ
で配置された1つまたは複数の型の修飾糖部分及び/または非修飾糖部分を含む。ある特定の場合では、そのような糖モチーフは、限定されないが、本明細書で論じられる糖修飾のいずれかを含む。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーを含むか、またはギャップマーからなる。ギャップマーの糖モチーフは、ギャップマーの領域(5’領域、中央領域、及び3’領域)を規定する。それぞれの領域内のヌクレオシドの位置は、それぞれの領域の5’末端から数え始められる。ギャップマーの領域はそれぞれ、それぞれの領域内のヌクレオシドが連結されるのと同様に、ヌクレオシド間結合によって連結される。5’領域のそれぞれのヌクレオシド、及び3’領域のそれぞれのヌクレオシドは、2’−修飾フラノシル糖部分を含む。中央領域の最初の位置(位置1)のヌクレオシド、及び中央領域の最後の位置のヌクレオシドは、それぞれ5’領域及び3’領域に隣接し、2’−デオキシフラノシル糖部分または糖代替物から独立して選択される糖部分をそれぞれが含む。中央領域の最初の位置及び最後の位置のヌクレオシドとは異なり、中央領域内のその他の位置のヌクレオシドは、2’−修飾フラノシル糖部分を含み得る。ある特定の実施形態では、5’領域及び3’領域における2’−修飾フラノシル糖部分は、4’−2’−二環式糖部分である。ある特定の実施形態では、5’領域及び3’領域における2’−修飾フラノシル糖部分は、cEtである。ある特定の実施形態では、2’−修飾フラノシル糖部分は、2’−MOEフラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、ギャップ内のヌクレオシドはそれぞれ、RNaseHによる切断を支援する。ある特定の実施形態では、ギャップ内の複数のヌクレオシドは、RNaseHによる切断を支援する。ある特定の実施形態では、5’領域及び3’領域に隣接する、中央領域の最初の位置及び最後の位置のヌクレオシドは、DNAヌクレオシドである。
本明細書では、ギャップマーの3つの領域の長さ(ヌクレオシドの数)は、[5’ウィングにおけるヌクレオシドの数]−[ギャップにおけるヌクレオシドの数]−[3’ウィングにおけるヌクレオシドの数]という表記を使用して提供され得る。したがって、3−10−3ギャップマーは、それぞれのウィングにおける3つの連結ヌクレオシドと、ギャップにおける10個の連結ヌクレオシドと、からなる。そのような命名法の後に特定の修飾が付随する場合、その修飾は、それぞれのウィングのそれぞれの糖部分の修飾であり、ギャップヌクレオシドは、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む。したがって、5−10−5MOEギャップマーは、5’ウィングにおける2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を含む5つの連結ヌクレオシドと、ギャップにおける2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む10個の連結ヌクレオシドと、3’ウィングにおける2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を含む5つの連結ヌクレオシドと、からなる。3−10−3cEtギャップマーは、5’ウィングにおけるcEtを含む3つの連結ヌクレオシドと、ギャップにおける2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含む10個の連結ヌクレオシドと、3’ウィングにおけるcEtを含む3つの連結ヌクレオシドと、からなる。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5−10−5MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、3−10−3BNAギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、3−10−3cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、3−10−3LNAギャップマーである。
3−10−3cEtギャップマーの糖モチーフは、kkk−d(10)−kkkという表記によっても示され得、表記中、「k」はそれぞれ、cEtを示し、「d」はそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。この糖モチーフは、核酸塩基配列、ヌクレオシド間結合モチーフ、及びいずれの核酸塩基修飾とも無関係である。5−10−5
MOEギャップマーは、eeeee−d(10)−eeeeeまたはe(5)−d(10)−e(5)という表記によって示され得、表記中、「e」はそれぞれ、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示し、「d」はそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。
B.ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾核酸塩基及び/または非修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、核酸塩基はそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、核酸塩基はいずれも、修飾されない。ある特定の実施形態では、プリンまたはピリミジンはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、アデニンはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、グアニンはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、チミンはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、ウラシルはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、シトシンはそれぞれ、修飾される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドにおけるシトシン核酸塩基のいくつかまたはすべてが、5−メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。ある特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端に存在する。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端から3ヌクレオシド以内に存在する。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの5’末端に存在する。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの5’末端から3ヌクレオシド以内に存在する。
ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドが、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域に1つ存在する。ある特定のそのような実施形態では、当該ヌクレオシドの糖部分は、2’−β−D−デオキシリボシル部分である。ある特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基は、5−メチルシトシン、2−チオピリミジン、2−チオチミン、6−メチルアデニン、イノシン、シュードウラシル、または5−プロピンピリミジンから選択される。
C.ある特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾ヌクレオシド間結合及び/または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合(P=O)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合(P=S)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合はそれぞれ、立体ランダムなホスホロチオエート、(Sp)ホスホロチオエート、及び(Rp)ホスホロチオエートから独立して選択される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域内のヌクレオシド間結合はすべて、修飾される。ある特定のそのような実施形態では、5’領域及び3’領域におけるヌクレオシド間結合のいくつかまたはすべてが、非修飾リン酸結合である。ある特定の実施形態では、末端のヌクレオシド間結合は、修飾される。ある特定の実施形態では、ヌクレオシド間結合モチーフは、5’領域及び3’領域の少なくとも1つに少なくとも1つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み
、当該少なくとも1つのホスホジエステル結合は、末端のヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定のそのような実施形態では、ホスホロチオエート結合はすべて、立体ランダムである。ある特定の実施形態では、5’領域及び3’領域におけるホスホロチオエート結合はすべて、(Sp)ホスホロチオエートであり、中央領域は、少なくとも1つのSp,Sp,Rpモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドが富化される。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、交互に並ぶヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合が一様に修飾された領域を含む。ある特定のそのような実施形態では、ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はすべて、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルまたはホスフェート及びホスホロチオエートから選択される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルまたはホスフェート及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも6つの連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも1つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも8つの連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも1つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも10個の連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも1つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも12個の連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも1つ含む。ある特定のそのような実施形態では、少なくとも1つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端に位置する。ある特定のそのような実施形態では、少なくとも1つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの3’末端から3ヌクレオシド以内に位置する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つまたは複数のメチルホスホネート結合を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、メチルホスホネート結合を1つまたは2つ含むこと除けば、含むすべてがホスホロチオエート結合である結合モチーフを含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの中央領域にメチルホスホネート結合が1つ存在する。
ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を調整してヌクレアーゼ抵抗性を維持することが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数及び位置、ならびにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数及び位置を調整してヌクレアーゼ抵抗性を維持することが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らすことができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やすことができる。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ抵抗性を依然として維持しながら、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らすことができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やすことができる。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ抵抗性を保持
しながらホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減らすことが望ましい。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ抵抗性を保持しながらホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増やすことが望ましい。
III.ある特定の修飾オリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、上記の修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、そのようなパラメーターはそれぞれ、互いに独立している。したがって、別段の指定がない限り、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はそれぞれ、修飾されることも修飾されないこともあり得、糖部分の修飾パターンに従うことも従わないこともあり得る。同様に、そのような修飾オリゴヌクレオチドは、糖修飾のパターンとは無関係に1つまたは複数の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、ある特定の場合では、修飾オリゴヌクレオチドは、全長または全範囲と、2つ以上の領域(例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域)の長さまたは長さ範囲と、によって説明され、そのような状況では、特定の範囲を逸脱する全長を有するオリゴヌクレオチドが結果的に生じる数をそれぞれの範囲には選択することが可能であり得る。そのような状況では、両方の要素が満たされなくてはならない。例えば、ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、15〜20個の連結ヌクレオシドからなり、A、B、及びCという3つの領域またはセグメントからなる糖モチーフを有し、領域AまたはセグメントAは、特定の糖部分を有する2〜6つの連結ヌクレオシドからなり、領域BまたはセグメントBは、特定の糖部分を有する6〜10個の連結ヌクレオシドからなり、領域CまたはセグメントCは、特定の糖部分を有する2〜6つの連結ヌクレオシドからなる。そのような実施形態には、A及びCがそれぞれ、6つの連結ヌクレオシドからなり、Bが、10個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドは含まれない。この理由は、(ヌクレオシドのこうした数は、A、B、及びCに対する要件には収まるものとして許容されるものの)そのようなオリゴヌクレオチドの全長は22であり、この22という数は、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限である20を超えていることによるものである。別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチド配列では修飾核酸塩基である5−メチルシトシンが必然的に「C」であること以外は、修飾はすべて、核酸塩基配列とは無関係である。ある特定の実施形態では、DNA配列におけるTを含むDNAヌクレオシドまたはDNA様ヌクレオシドが、2’−OMe修飾糖部分を含むヌクレオシドを含めて、RNA様ヌクレオシドで置き換えられるとき、核酸塩基Tは、核酸塩基Uで置き換えられる。こうした化合物はそれぞれ、同一のRNAを標的とする。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、X〜Y個の連結ヌクレオシドからなり、Xは、範囲内の最小ヌクレオシド数を示し、Yは、範囲内の最大ヌクレオシド数を示す。ある特定のそのような実施形態では、X及びYはそれぞれ、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、及び50から独立して選択されるが、但し、X≦Yであることが条件である。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、12〜13個、12〜14個、12〜15個、12〜16個、12〜17個、12〜18個、12〜19個、12〜20個、12〜21個、12〜22個、12〜23個、12〜24個、12〜25個、12〜26個、12〜27個、12〜28個、12〜29個、12〜30個、13〜14個、13〜15個、13〜16個、13〜17個、13〜18個、13〜19個、13〜20個、13〜21個、13〜22個、13〜23個、13〜24個、13〜25個、13〜26個、13〜27個、13〜28個、13〜29個、13〜30個、14〜15個、14〜16個、14〜17個
、14〜18個、14〜19個、14〜20個、14〜21個、14〜22個、14〜23個、14〜24個、14〜25個、14〜26個、14〜27個、14〜28個、14〜29個、14〜30個、15〜16個、15〜17個、15〜18個、15〜19個、15〜20個、15〜21個、15〜22個、15〜23個、15〜24個、15〜25個、15〜26個、15〜27個、15〜28個、15〜29個、15〜30個、16〜17個、16〜18個、16〜19個、16〜20個、16〜21個、16〜22個、16〜23個、16〜24個、16〜25個、16〜26個、16〜27個、16〜28個、16〜29個、16〜30個、17〜18個、17〜19個、17〜20個、17〜21個、17〜22個、17〜23個、17〜24個、17〜25個、17〜26個、17〜27個、17〜28個、17〜29個、17〜30個、18〜19個、18〜20個、18〜21個、18〜22個、18〜23個、18〜24個、18〜25個、18〜26個、18〜27個、18〜28個、18〜29個、18〜30個、19〜20個、19〜21個、19〜22個、19〜23個、19〜24個、19〜25個、19〜26個、19〜29個、19〜28個、19〜29個、19〜30個、20〜21個、20〜22個、20〜23個、20〜24個、20〜25個、20〜26個、20〜27個、20〜28個、20〜29個、20〜30個、21〜22個、21〜23個、21〜24個、21〜25個、21〜26個、21〜27個、21〜28個、21〜29個、21〜30個、22〜23個、22〜24個、22〜25個、22〜26個、22〜27個、22〜28個、22〜29個、22〜30個、23〜24個、23〜25個、23〜26個、23〜27個、23〜28個、23〜29個、23〜30個、24〜25個、24〜26個、24〜27個、24〜28個、24〜29個、24〜30個、25〜26個、25〜27個、25〜28個、25〜29個、25〜30個、26〜27個、26〜28個、26〜29個、26〜30個、27〜28個、27〜29個、27〜30個、28〜29個、28〜30個、または29〜30個の連結ヌクレオシドからなる。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第2のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸(標的核酸など)に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第2のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸(標的核酸など)に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第2のオリゴヌクレオチドまたは核酸(標的核酸など)に対して少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
IV.ある特定の複合化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチド(修飾を有するか、または修飾を有さないもの)と、任意選択の1つまたは複数の複合基及び/または末端基と、を含むか、あるいはこれらからなる。複合基は、1つまたは複数の複合部分と、複合部分をオリゴヌクレオチドに連結する複合リンカーと、からなる。複合基は、オリゴヌクレオチドのいずれかの末端もしくは両末端、及び/または任意の内部位置に対して付加され得る。ある特定の実施形態では、複合基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に付加される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれかの末端または両末端に付加される複合基は、末端基である。ある特定のそのような実施形態では、複合基または末端基は、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/または5’末端に付加される。ある特定のそのような実施形態では、複合基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に付加される。ある特定の実施形態では、複合基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に付加される。ある特定の実施形態では、複合基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に付加される。ある特定の実施形態では、複合基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に付加される。
末端基の例としては、限定されないが、複合基、キャッピング基、リン酸部分、保護基
、修飾ヌクレオシドまたは非修飾ヌクレオシド、及び独立して修飾されるか、または修飾されない2つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
A.ある特定の複合基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の複合基に共有結合で付加される。ある特定の実施形態では、複合基は、付加対象のオリゴヌクレオチドの1つまたは複数の特性を改変し、こうした特性には、限定されないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織内分布、細胞内分布、細胞内への取り込み、電荷、及びクリアランスが含まれる。ある特定の実施形態では、複合基は、付加対象のオリゴヌクレオチドに対して新たな特性を付与し、こうした複合基は、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基である。
ある特定の複合基及び複合部分は、これまでに報告されており、こうした複合基及び複合部分は、例えば、コレステロール部分(Letsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553−6556)、コール酸(Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053−1060)、チオエーテル(例えば、ヘキシル−S−トリチルチオール)(Manoharan et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306−309、Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765−2770)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,Nucl.Acids Res.,1992,20,533−538)、脂肪族鎖(例えば、ド−デカン−ジオールまたはウンデシル残基)(Saison−Behmoaras et al.,EMBO J.,1991,10,1111−1118、Kabanov et al.,FEBS Lett.,1990,259,327−330、Svinarchuk et al.,Biochimie,1993,75,49−54)、リン脂質(例えば、ジ−ヘキサデシル−rac−グリセロールまたはトリエチル−アンモニウム1,2−ジ−O−ヘキサデシル−rac−グリセロ−3−H−ホスホネート)(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651−3654、Shea et al.,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777−3783)、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖(Manoharan et al.,Nucleosides & Nucleotides,1995,14,969−973)、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分(Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229−237)、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分(Crooke et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,i,923−937)、トコフェロール基(Nishina et al.,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220;doi:10.1038/mtna.2014.72、及びNishina et al.,Molecular Therapy,2008,16,734−740)、あるいはGalNAcクラスター(例えば、WO2014/179620)である。
1.複合部分
複合部分には、限定されないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、糖質(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれる。
ある特定の実施形態では、複合部分は、活性薬剤物質を含み、こうした活性薬剤物質は、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェン−ブフェン、ケトプロフェン、(S)−(+)−プラノプロフェン、カプロフェン、ダンシルサルコシン、2,3,5−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾサイアジアザイド、クロロチアジド、ジアゼピン、インド−メチシン、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病剤、抗菌剤、または抗生物質である。
2.複合リンカー
複合部分は、複合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに付加される。ある特定のオリゴマー化合物では、複合リンカーは、単一化学結合である(すなわち、複合部分は、単結合を通じて複合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに付加される)。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、鎖構造(ヒドロカルビル鎖など)、または反復単位(エチレングリコール単位、ヌクレオシド単位、もしくはアミノ酸単位など)のオリゴマーを含む。
ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される1つまたは複数の基を含む。ある特定のそのような実施形態では、複合リンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも1つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも1つのリン酸基を含む。ある特定の実施形態では、複合リンカーは、少なくとも1つの中性連結基を含む。
ある特定の実施形態では、複合リンカーは、上記の複合リンカーを含めて、二官能性連結部分であり、こうした二官能性連結部分は、例えば、オリゴマー化合物(本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドなど)への複合基の付加に有用であることが当該技術分野において知られるものである。一般に、二官能性連結部分は、少なくとも2つの官能基を含む。官能基の一方は、オリゴマー化合物上の特定部位に結合するように選択され、もう一方は、複合基に結合するように選択される。二官能性連結部分において使用される官能基の例としては、限定されないが、求核基と反応させるための求電子基、及び求電子基と反応させるための求核基が挙げられる。ある特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される1つまたは複数の基を含む。
複合リンカーの例としては、限定されないが、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート(SMCC)、及び6−アミノヘキサン酸(AHEXまたはAHA)が挙げられる。他の複合リンカーには、限定されないが、置換もしくは非置換のC−C10アルキル、置換もしくは非置換のC−C10アルケニル、または置換もしくは非置換のC−C10アルキニルが含まれ、好ましい置換基としては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、複合リンカーは、1〜10個のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、そのようなリンカー−ヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、そのようなリンカー−ヌクレオシドは、修飾糖部分を
含む。ある特定の実施形態では、リンカー−ヌクレオシドは、修飾されない。ある特定の実施形態では、リンカー−ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択される任意選択で保護されるヘテロ環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、4−N−ベンゾイルシトシン、5−メチルシトシン、4−N−ベンゾイル−5−メチルシトシン、アデニン、6−N−ベンゾイルアデニン、グアニン、及び2−N−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカー−ヌクレオシドは、標的組織に到達後にオリゴマー化合物から切断されることが典型的には望ましい。したがって、リンカー−ヌクレオシドは、典型的には、互いに連結され、切断可能な結合を介してオリゴマー化合物の残部に連結される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書では、リンカー−ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部とは見なされない。したがって、特定の数または範囲の連結ヌクレオシドからなり、及び/または参照核酸に対する特定の相補性パーセントを有するオリゴヌクレオチドをオリゴマー化合物が含み、リンカー−ヌクレオシドを含む複合リンカーを含む複合基もオリゴマー化合物が含む実施形態では、そうしたリンカー−ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さを数える上では加味されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントの決定において使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、(1)8〜30個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドと、(2)修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと近接する1〜10個のリンカー−ヌクレオシドを含む複合基と、を含み得る。そのような化合物における近接する連結ヌクレオシドの総数は、30超である。あるいは、オリゴマー化合物は、8〜30個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、複合基を含み得ない。そのような化合物における近接する連結ヌクレオシドの総数は、30を超えない。別段の指定がない限り、複合リンカーが含むリンカー−ヌクレオシドの数は、10を超えない。ある特定の実施形態では、複合リンカーが含むリンカー−ヌクレオシドの数は、5を超えない。ある特定の実施形態では、複合リンカーが含むリンカー−ヌクレオシドの数は、3を超えない。ある特定の実施形態では、複合リンカーが含むリンカー−ヌクレオシドの数は、2を超えない。ある特定の実施形態では、複合リンカーが含むリンカー−ヌクレオシドの数は、1を超えない。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドから複合基が切断されることが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定の複合部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型によって取り込まれることがより好ましいが、化合物が取り込まれた時点で複合基が切断されて非複合オリゴヌクレオチドが遊離することが望ましい。したがって、ある特定の複合体は、1つまたは複数の切断可能部分を、典型的には複合リンカー内に含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、切断可能な結合を少なくとも1つ含む原子団である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、切断可能な結合を1つ、2つ、3つ、4つ、または4つを超えて有する原子団を含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、細胞内または細胞内コンパートメント(リソソームなど)で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、内在性酵素(ヌクレアーゼなど)によって選択的に切断される。
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルのエステルの一方もしくは両方、リン酸エステル、カルバメート、またはジスルフィドのうちから選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルのエステルの一方または両方である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドと複合部分または複合基との間のホスフェート結合またはホスホジエステル結合である。
ある特定の実施形態では、切断可能部分は、1つもしくは複数のリンカー−ヌクレオシドを含むか、または1つもしくは複数のリンカー−ヌクレオシドからなる。ある特定のそのような実施形態では、1つまたは複数のリンカー−ヌクレオシドは、切断可能な結合を介して、互いに連結され、及び/またはオリゴマー化合物の残部に連結される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、2’−デオキシフラノシルを含むヌクレオシドであり、当該ヌクレオシドは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの3’末端ヌクレオシドまたは5’末端ヌクレオシドに付加されると共に、ホスホジエステル結合またはホスホロチオエート結合によって複合リンカーまたは複合部分の残部に共有結合で付加される。ある特定のそのような実施形態では、切断可能部分は、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、切断可能部分は、2’−デオキシアデノシンである。
3.ある特定の細胞標的化複合部分
ある特定の実施形態では、複合基は、細胞標的化複合部分を含む。ある特定の実施形態では、複合基は、一般式:
Figure 2021512629

を有し、
式中、nは、1〜約3であり、nが1であるとき、mは0であり、nが2以上であるときmは1であり、jは、1または0であり、kは、1または0である。
ある特定の実施形態では、nは、1であり、jは、1であり、kは、0である。ある特定の実施形態では、nは、1であり、jは、0であり、kは、1である。ある特定の実施形態では、nは、1であり、jは、1であり、kは、1である。ある特定の実施形態では、nは、2であり、jは、1であり、kは、0である。ある特定の実施形態では、nは、2であり、jは、0であり、kは、1である。ある特定の実施形態では、nは、2であり、jは、1であり、kは、1である。ある特定の実施形態では、nは、3であり、jは、1であり、kは、0である。ある特定の実施形態では、nは、3であり、jは、0であり、kは、1である。ある特定の実施形態では、nは、3であり、jは、1であり、kは、1である。
ある特定の実施形態では、複合基は、少なくとも1つのテザー連結型リガンドを有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合で付加された2つのテザー連結型リガンドを含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合で付加された3つのテザー連結型リガンドを含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、ジスルフィド基、ポリエチレングリコール基、エーテル基、チオエーテル基、及びヒドロキシルアミノ基から選択される1つまたは複数の基を含む分岐基を含む。ある特定の実施形態では、分岐基は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、ジスルフィド基、ポリエチレングリコール基、エーテル基、チオエーテル基、及びヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む分岐鎖脂肪族基を含む。ある特定のそのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定のそのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキル基、アミノ基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定のそのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、分岐基は、単環式環系または多環式環系を含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分のテザーはそれぞれ、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル、及びポリエチレングリコールから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、及びポリエチレングリコールから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ、及びアミドから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ、及びアミドから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル、アミノ、及びオキソから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル及びオキソから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、アルキル及びホスホジエステルから選択される1つまたは複数の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、少なくとも1つのリン連結基または中性連結基を含む。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、原子数が約6〜約20の長さの鎖を含む。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、原子数が約10〜約18の長さの鎖を含む。ある特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、原子数が約10の長さの鎖を含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分のリガンドはそれぞれ、標的細胞上の少なくとも1つの型の受容体に対する親和性を有する。ある特定の実施形態では、リガンドはそれぞれ、哺乳類の肺細胞の表面上の少なくとも1つの型の受容体に対する親和性を有する。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分のリガンドはそれぞれ、糖質、糖質誘導体、修飾糖質、多糖、修飾多糖、または多糖誘導体である。ある特定のそのような実施形態では、複合基は、糖質クラスターを含む(例えば、Maier et al.,“Synthesis of Antisense Oligonucleotides Conjugated to a Multivalent Carbohydrate Cluster for Cellular Targeting,”Bioconjugate Chemistry,2003,14,18−29、またはRensen et al.,“Design and Synthesis of Novel N−Acetylgalactosamine−Terminated Glycolipids for Targeting of Lipoproteins to the Hepatic Asiaglycoprotein Receptor,”J.Med.Chem.2004,47,5798−5808を参照のこと(これらの文献は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる))。ある特定のそのような実施形態では、リガンドはそれぞれ、アミノ糖またはチオ糖である。例えば、当業者に知られる任意の数の化合物からアミノ糖を選択することができ、こうした化合物は、シアル酸、α−D−ガラクトサミン、β−ムラミン酸、2−デオキシ−2−メチルアミノ−L−グルコピラノース、4,6−ジデオキシ−4−ホルムアミド−2,3−ジ−O−メチル−D−マンノピラノース、2−デオキシ−2−スルホアミノ−D−グルコピラノース及びN−スルホ−D−グルコサミン、ならびにN−グリコリル−α−ノイラミン酸などである。例えば、チオ糖は、5−チオ−β−D−グルコピラノース、メチル2,3,4−トリ−O−アセチル−1−チオ−6−O−トリチル−α−D−グルコピラノシド、4−チオ−β−D−ガラクトピラノース、及びエチル3,4,6,7−テトラ−O−アセチル−2−デオキシ−1,5−ジチオ−α−D−グルコ−ヘプトピラノシドから選択され得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、下記の参考文献のいずれかに見られる複合基を含む:Lee,Carbohydr Res,1978,67,509−514、Connolly et al.,J Biol Chem,1982,257,939−945、Pavia et al.,Int J Pep Protein Res,1983,22,539−548、Lee et al.,Biochem,1984,23,4255−4261、Lee et al.,Glycoconjugate J,1987,4,317−328、Toyokuni et al.,Tetrahedron Lett,1990,31,2673−2676、Biessen et al.,J Med Chem,1995,38,1538−1546、Valentijn et al.,Tetrahedron,1997,53,759−770、Kim et al.,Tetrahedron Lett,1997,38,3487−3490、Lee et al.,Bioconjug Chem,1997,8,762−765、Kato et al.,Glycobiol,2001,11,821−829、Rensen et al.,J Biol Chem,2001,276,37577−37584、Lee et al.,Methods Enzymol,2003,362,38−43、Westerlind et al.,Glycoconj J,2004,21,227−241、Lee et al.,Bioorg Med Chem Lett,2006,16(19),5132−5135、Maierhofer et al.,Bioorg Med Chem,2007,15,7661−7676、Khorev et al.,Bioorg Med Chem,2008,16,5216−5231、Lee et al.,Bioorg Med
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/068187、同WO2009/126933、同WO2004/024757、同WO2010/054406、同WO2012/089352、同WO2012/089602、同WO2013/166121、同WO2013/165816、米国特許4,751,219、同8,552,163、同6,908,903、同7,262,177、同5,994,517、同6,300,319、同8,106,022、同7,491,805、同7,491,805、同7,582,744、同8,137,695、同6,383,812、同6,525,031、同6,660,720、同7,723,509、同8,541,548、同8,344,125、同8,313,772、同8,349,308、同8,450,467、同8,501,930、同8,158,601、同7,262,177、同6,906,182、同6,620,916、同8,435,491、同8,404,862、同7,851,615、公開された米国特許出願公開US2011/0097264、同US2011/0097265、同US2013/0004427、同US2005/0164235、同US2006/0148740、同US2008/0281044、同US2010/0240730、同US2003/0119724、同US2006/0183886、同US2008/0206869、同US2011/0269814、同US2009/0286973、同US2011/0207799、同US2012/0136042、同US2012/0165393、同US2008/0281041、同US2009/0203135、同US2012/0035115、同US2012/0095075、同US2012/0101148、同US2012/0128760、同US2012/0157509、同US2012/0230938、同US2013/0109817、同US2013/0121954、同US2013/0178512、同US2013/0236968、同US2011/0123520、同US2003/0077829、同US2008/0108801、及び同US2009/0203132。
医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法
本明細書に記載のオリゴマー化合物は、医薬組成物を調製するための医薬的に許容可能な活性物質または不活性物質と混合され得る。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、いくつかの基準に依存するものであり、こうした基準には、限定されないが、投与経路、疾患の程度、または投与用量が含まれる。
ある特定の実施形態からは、1つまたは複数のオリゴマー化合物またはその塩を含む医薬組成物が得られる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、適切な医薬的に許容可能な希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び1つまたは複数のオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、そのような医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び1つまたは複数のオリゴマー化合物からなる。ある特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬グレードの生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つまたは複数のオリゴマー化合物、及び滅菌水を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つのオリゴマー化合物、及び滅菌水からなる。ある特定の実施形態では、滅菌水は、医薬グレードの水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つもしくは複数のオリゴマー化合物、及びリン酸緩衝生理食塩水(PBS)を含むか、またはこれらからなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つまたは複数のオリゴマー化合物、及び滅菌PBSからなる。ある特定の実施形態では、滅菌PBSは、医薬グレードのPBSである。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、いくつかの基準に依存するものであり、こうした基準には、限定されないが、投与経路、疾患の程度、または投与用量が含まれる。
標的核酸に相補的な本明細書に記載のオリゴマー化合物は、適切な医薬的に許容可能な
希釈剤もしくは担体及び/または医薬組成物が注射に適するようになる追加成分、とオリゴマー化合物を組み合わせることによって医薬組成物において利用できる。ある特定の実施形態では、医薬的に許容可能な希釈剤は、リン酸緩衝生理食塩水である。したがって、1つの実施形態では、標的核酸に相補的なオリゴマー化合物及び医薬的に許容可能な希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に記載の方法において利用される。ある特定の実施形態では、医薬的に許容可能な希釈剤は、リン酸緩衝生理食塩水である。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、本明細書で提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または本明細書で提供される修飾オリゴヌクレオチドからなる。
本明細書で提供されるオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、任意の医薬的に許容可能な塩、エステル、もしくはそのようなエステルの塩、または動物(ヒトを含む)に投与されると生物学的に活性な代謝物もしくはその残存物を(直接的もしくは間接的に)生じさせる能力を有する任意の他のオリゴヌクレオチド、を含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または修飾オリゴヌクレオチドからなる。したがって、例えば、本開示は、化合物の医薬的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの医薬的に許容可能な塩、及び他の生物学的同等物も対象とする。適切な医薬的に許容可能な塩には、限定されないが、ナトリウム塩及びカリウム塩が含まれる。
ある特定の機序
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、または修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定のそのような実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物は、標的核酸にハイブリダイゼーションする能力を有することで、少なくとも1つのアンチセンス活性を生じさせる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、1つまたは複数の標的核酸に選択的に影響を与える。そのような化合物は、1つまたは複数の標的核酸にハイブリダイゼーションすることで、1つまたは複数の所望のアンチセンス活性を生じさせる核酸塩基配列であって、1つもしくは複数の非標的核酸にハイブリダイゼーションしないか、または望ましくないアンチセンス活性を顕著に生じさせる様式では1つもしくは複数の非標的核酸にハイブリダイゼーションしない核酸塩基配列を含む。
ある特定のアンチセンス活性では、本明細書に記載の化合物が標的核酸にハイブリダイゼーションすると、標的核酸を切断するタンパク質がリクルートされる。例えば、本明細書に記載のある特定の化合物は、RNaseH介在性の標的核酸の切断を生じさせる。RNaseHは、RNA:DNA二本鎖のRNA鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。そのようなRNA:DNA二本鎖におけるDNAは、非修飾DNAである必要はない。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、RNaseH活性を誘発する上で十分に「DNA様」である。RNaseH活性を誘発する上で十分に「DNA様」であるヌクレオシドは、本明細書ではDNA模倣体と称される。さらに、ある特定の実施形態では、RNA:DNA二本鎖における1つまたは複数の非DNA様ヌクレオシドは許容される。
ある特定のアンチセンス活性では、本明細書に記載の化合物または当該化合物の一部は、RNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)に組み込まれ、最終的に標的核酸の切断を生じさせる。例えば、本明細書に記載のある特定の化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断を生じさせる。RISCに組み込まれる化合物は、RNAi化合物である。RNAi化合物は、二本鎖(siRNA)または一本鎖(ssRNA)であり得る。
アンチセンス活性は、直接的にまたは間接的に観測され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観測または検出では、標的核酸またはそのような標的核酸によって
コードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化、及び/または細胞もしくは動物の表現型変化、が観測または検出される。
ある特定の毒性
化合物が使用可能な治療剤となるためには、治療的に適切な用量において当該化合物が安全でなくてはならない。いくつかの機序の1つまたは複数に起因してオリゴヌクレオチドの毒性が生じ得ることが明らかになっている。例えば、オリゴヌクレオチドによっては、意図されないRNA(または「オフターゲットRNA」)にハイブリダイゼーションにすることで、当該オフターゲットRNA及び当該オフターゲットRNAによってコードされるタンパク質を減少させる。そのような意図されないタンパク質減少は、結果として毒性を招き得る。本明細書に開示のデータは、ある特定のタンパク質にオリゴヌクレオチドが結合した後、オリゴヌクレオチド/タンパク質複合体が細胞内に局在化することで毒性が生じ得ることを実証するものである。他の毒性機序が寄与する可能性もある。当然ながら、オリゴヌクレオチドが治療における使用に適した薬物となるためには、毒性の形態または機序はすべて、許容可能なように低くなくてはならない。
毒性は複数の機序から生じ得るため、特定の化合物について観測される毒性は、典型的には、最も毒性が強い機序によるものであるか、またはその特定の化合物の最低用量での毒性(「用量制限毒性」)を生じさせる機序によるものであるということになる。用量制限毒性を低減する改変を化合物に加えることで、毒性プロファイルが観測可能に改善した化合物が得られる。用量制限毒性ではない毒性の形態を低減する改変は、毒性を観測可能に改善しない可能性があり、この理由は、こうした改善が用量制限毒性によって隠れてしまう可能性があることによるものである。しかしながら、そのような場合でも、非用量制限毒性の改善は意味を有し得る。例えば、化合物に追加の改変を加えるか、または用量もしくは用量頻度を変更するか、または用量制限毒性を軽減する別の治療を使用することによって用量制限毒性が制御される可能性があり、そうなった時点で、それまでは隠れていた毒性が制限的になることになる。あるいは、ある特定の状況では、(例えば、用量制限毒性による影響を受けない特定の組織への薬物送達が意図されるか、または化合物が重篤もしくは生命を脅かす徴候を治療するためのものであり、ある特定度合いの用量制限毒性が許容可能であり得るのであれば)用量制限毒性の重要性は低くあり得る。そのような場合、非用量制限毒性を改善することは顕著な利点を有し得る。さらに、毒性のさまざまな形態及び機序は、特に時間が経つにつれて、累積的な作用を有し得る。したがって、特定の毒性機序に対する改善の有利な効果は、別の機序が用量制限毒性である早期時点では隠れている可能性があるが、そのような隠れた毒性は、時間が経つにつれて、安全性プロファイル全体に寄与するか、または優勢にすらなり得る。
ある特定の実施形態では、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を有するヌクレオシドのみを含むギャップを有し、核酸塩基配列が同じである標準的なギャップマー化合物と比較して改善した毒性プロファイルを、本発明のオリゴマー化合物は有する。標準的なギャップマーによっては、治療剤として適切であることに留意されたい。毒性は、部分的には核酸塩基配列によって誘導される(化学修飾パターンは同一であるが、配列が異なるオリゴヌクレオチドは、大きく異なる安全性プロファイルを有し得る)。特定の標的RNAを調節しようとする試みがなされるとき、治療用量において許容可能な安全性プロファイルを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドが見出される可能性はある。しかしながら、そうでない場合、最も活性/強力なオリゴヌクレオチドは、許容不可能な毒性を有する。そのような場合、そのような化合物をその毒性が低減されるように修飾することが望ましく、その際、活性/効力が減少しないか、またはその減少がわずかなものにとどまることが理想的である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の修飾モチーフは、活性/効力をほとんどまたは全く減少させることなく、毒性を低減する。
いずれの特定の機序にも限定されないが、本明細書に記載のある特定の修飾モチーフは、オリゴマー化合物とある特定のタンパク質との間の相互作用を低減し得ると考えられる。ある特定の実施形態では、そのような相互作用は、用量制限毒性を生じさせるものであり、したがって、こうした相互作用を妨害することで、毒性プロファイルが観測可能に改善される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載のモチーフは、オフターゲット切断を改変し得る。ある特定の実施形態では、開示のモチーフは、未定義の機序を介する毒性を改善する。ある特定の実施形態では、モチーフは、複数の機序を介する毒性を改善し得、こうした機序には、限定されないが、本明細書に記載のものが含まれる。
他のギャップマーと比較して毒性が著しく高いある特定のギャップマーオリゴヌクレオチドが比較用として本明細書に開示される。こうした毒性ギャップマーオリゴヌクレオチドは、p54nrbを含む、パラスペックルタンパク質を核小体へと急速に非局在化させるものであり、この原因は、こうした毒性オリゴヌクレオチドがp54nrbタンパク質及び/または他のパラスペックルタンパク質に結合することによるものであると考えられ得る。ある特定のそのような毒性オリゴヌクレオチドは、その非毒性(または低毒性)対応物と比較して、全体的なタンパク質結合性も高く(図1〜5)、p54nrbを含む、重要なパラスペックルタンパク質及びRNaseH1に対する結合親和性も高い(すなわち、Kd値が低い)。ある特定のそのような毒性オリゴヌクレオチドは、パラスペックルタンパク質であるPSF、PSPC1、及びFUSも核小体に局在化させるが、この局在化は、非毒性(または低毒性)オリゴヌクレオチドによって生じることはなく、こうしたことは、いつかのマウス細胞型及びヒト細胞型にわたって観測される。ある特定の場合では、核小体へのパラスペックルタンパク質の非局在化は、RNaseH1によって媒介される。重要なことは、場合によっては、化学修飾パターン(ギャップマーモチーフ)が同じ非毒性(または低毒性)修飾オリゴヌクレオチドは、配列が異なっても、核小体へのp54nrbの非局在化を生じさせないということである。この初期事象は、インビトロ(いくつかの哺乳類細胞型にわたって)でもインビボ(マウスにおいて)でも、核小体ストレス、p53の活性化、及びアポトーシス細胞死を引き起こす。こうした結果は、LNA、cEt、及び2’−MOEを含めて、修飾オリゴヌクレオチドの一般的に使用される異なる化学修飾をいくつか含む毒性配列含有ギャップマーに一貫して生じるものであった。
ある特定の実施形態では、本発明は、観測される毒性を軽減することが可能な化学修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを対象とする。ある特定の実施形態では、そのような毒性は、タンパク質と結合すること、及び結果的にタンパク質(上記のパラスペックルタンパク質など)が核小体に誤って局在化すること、と関連する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域(または「ギャップ」)の位置2、位置3、または位置4に安全性増強ヌクレオシドを組み込むことで、全体的なタンパク質結合性と関連毒性との両方を低減することができる。ある特定の実施形態では、安全性増強ヌクレオシドは、2’−OMeβ−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであり、当該ヌクレオシドは、中央領域の位置2に存在する。毒性を有する3−10−3cEtギャップマー、3−10−4cEtギャップマー、4−10−3cEtギャップマー、3−10−3LNAギャップマー、5−10−5MOEギャップマー、またはいくつかのcEt/MOE混在型ウィングギャップマーにおける中央領域の位置2に対して、2’−OMe−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを組み込むと、多様な配列にわたって、インビトロでは細胞毒性及びアポトーシスが減少し、インビボでは肝毒性が減少した一方で、アンチセンス活性に対する影響は、生じるとすれば、わずかなものにすぎなかった。ある特定の実施形態では、2’−OMe−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを中央領域の位置2に組み込むと遅発性神経毒性も減少し、このことは、遅発性神経毒性及び肝毒性の機序が共通することを示唆している。ある特定の実施形態では、安全性増強ヌクレオシドは、5’−アルキル修飾β−D−デオキシリボシル糖部分または5’−アリル修飾β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであり、当該ヌクレオシ
ドは、中央領域の位置3または位置4に存在する。ある特定の場合では、3−10−3cEtギャップマーの中央領域の位置3または位置4に対して、5’−アルキルβ−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを組み込むと、さまざまな配列にわたって、インビトロでは細胞毒性及びアポトーシスが減少し、インビボでは肝毒性が減少する一方で、アンチセンス活性に対する影響は、生じるとすれば、穏やかなものである。ある特定の実施形態では、中央領域の位置2〜3または位置3〜4のヌクレオシド間に安全性増強ヌクレオシド間結合を組み込むと、毒性を低減することができる。ある特定の実施形態では、中央領域の位置2〜4のヌクレオシドを連結する安全性増強結合の1つまたは複数は、中性結合である。ある特定の実施形態では、中央領域の位置2〜4のヌクレオシドを連結する安全性増強結合の1つまたは複数は、2’−5’ヌクレオシド間結合である。本発明は、ヌクレオシドに対する修飾及びヌクレオシド間結合に対する修飾を含めて、中央領域の位置2、位置3、または位置4に導入される任意の化学修飾に及ぶものである。ある特定の実施形態では、そのような修飾は、カスパーゼ3/7アッセイによって測定すると、インビトロの毒性を低減し(中央領域の位置2、位置3、もしくは位置4に安全性増強ヌクレオシドを含まない修飾オリゴヌクレオチドとの比較、もしくは中央領域の位置2〜3もしくは位置3〜4の間に安全性増強ヌクレオシド間結合を含まない修飾オリゴヌクレオチドとの比較)、及び/またはALTもしくはASTによって測定すると、インビボの肝毒性を低減し、及び/またはFOBスコアによって測定するか、もしくはグリア炎症のマーカー(Aif1及びGFAP)の蓄積によって測定すると、インビボの神経毒性を低減する。
ある特定の実施形態では、中央領域の位置2、位置3、または位置4に化学修飾を導入すると、毒性を顕著に低減することができ、これに伴う効力の減少は、生じるとすれば、わずかなものにすぎない。このことは、所与の標的配列の治療指数の改善につながる。ある特定の場合、治療指数のそのような改善は、これまでは毒性が生じていた(しかし、得られる効力は強い)配列を標的とする化合物に基づくさらなる薬物開発を可能にする上で十分に大きなものである。
標的核酸、標的領域、及びヌクレオチド配列
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、または当該オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内在性RNA分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン領域、エクソン領域、及び非翻訳領域を含めて、mRNA及びpre−mRNAから選択される。ある特定の実施形態では、標的RNAは、mRNAである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、pre−mRNAである。ある特定の実施形態では、pre−mRNA及び対応mRNAは共に、単一化合物の標的核酸である。ある特定のそのような実施形態では、標的領域は、その全体が標的pre−mRNAのイントロン内に含まれる。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン/エクソン接合部にまたがる。ある特定の実施形態では、標的領域の少なくとも50%が、イントロン内に含まれる。
中央領域に修飾を有するある特定の化合物
ある特定の実施形態では、本明細書のオリゴマー化合物は、ギャップマーの中央領域に1つまたは複数の改変ヌクレオチドを含むギャップマーを含む。そのようなオリゴマー化合物はそれぞれ、1つまたは複数の改変ヌクレオチドをギャップマーの中央領域に含まないこと以外は第1のオリゴマー化合物と同一である対応親オリゴマー化合物を有する。そのような親オリゴマー化合物の例、及び改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一のその対応オリゴマー化合物の例は、実施例1の表1及び表2、ならびに実施例セクションを通じて見られる。実施例1では、558807は、親オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、親オリゴマー化合物の中央領域は、ホスホジエステルヌクレオシド間
結合及び/またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合、非修飾核酸塩基及び/または5−メチルシトシン、ならびに非修飾2’β−D−デオキシリボシル糖部分、のみを含む。
ある特定の実施形態では、本開示は、ギャップマーの中央領域に1つまたは複数の改変ヌクレオチドを含むギャップマーを含み、対応親オリゴマー化合物と比較して治療指数が向上し、及び/または忍容性が向上したオリゴマー化合物を提供する。ある特定のそのような実施形態では、治療指数が向上し、及び/または忍容性が向上したオリゴマー化合物の中央領域の修飾(複数可)は、効力を顕著に変えることなく毒性が低減されたオリゴマー化合物を提供する上で特に有用である。本明細書に記載の中央領域における修飾は、中央領域の任意の位置に存在し得、そのような位置に修飾を含む実施形態の例は、付番された実施形態及び実施例に開示される。ある特定の実施形態では、改変ヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合またはホスホジエステルヌクレオシド間結合に付加された改変ヌクレオシドである。好ましい実施形態では、改変ヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域の位置1〜4に存在する。別の好ましい実施形態では、改変ヌクレオチドは、2’−修飾糖部分を含むヌクレオシドを含み、当該ヌクレオシドは、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域の位置2に存在する。別の好ましい実施形態では、改変ヌクレオチドは、5’−修飾糖部分を含むヌクレオシドを含み、当該ヌクレオシドは、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域の位置3または位置4に存在する。別の好ましい実施形態では、改変ヌクレオチドは、中性ヌクレオシド間結合を含み、当該中性ヌクレオシド間結合は、修飾オリゴヌクレオチドの中央領域の位置2〜3の間または位置3〜4の間に存在する。
本明細書に記載のある特定の化合物(例えば、修飾オリゴヌクレオチド)は、1つまたは複数の不斉中心を有し、それ故に、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び(R)もしくは(S)、αもしくはβ(糖アノマーに対するものなど)、または(D)もしくは(L)(アミノ酸に対するものなど)などとして絶対立体化学に関して規定され得る他の立体異性配置を生じる。ある特定の立体異性配置を有すると示されるか、または記載される本明細書で提供される化合物には、指定の化合物のみが含まれる。規定されない立体化学を有すると示されるか、または記載される本明細書で提供される化合物には、その立体ランダムな形態及び光学的に純粋な形態を含めて、そのような可能な異性体がすべて含まれる。本明細書で提供される化合物の互変異性形態はすべて、別段の指定がない限り、含まれる。
本明細書に記載の化合物には、指定の元素の非放射性同位体または放射性同位体で1つまたは複数の原子が置き換えられた改変形態が含まれる。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、H水素原子のそれぞれに対する可能な重水素置換をすべて包含する。本明細書の化合物によって包含される同位体置換には、限定されないが、HをHまたはHで置き換えるもの、12Cを13Cまたは14Cで置き換えるもの、14Nを15Nで置き換えるもの、16Oを17Oまたは18Oで置き換えるもの、及び32Sを33S、34S、35S、または36Sで置き換えるものが含まれる。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換を行うことで、治療ツールまたは研究ツールとしての使用に有利な新たな特性がオリゴマー化合物に付与され得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換を行うことで、化合物が研究目的または診断目的(画像化など)に適したものとなり得る。
非限定的な開示及び参照による組み込み
本出願に添付される配列表は、必要に応じてそれぞれの配列を「RNA」または「DNA」のいずれかとして特定するものであるが、実際には、そうした配列は、化学修飾の任
意の組み合わせで修飾され得る。修飾オリゴヌクレオチドを説明するためになされる「RNA」または「DNA」としてのそのような指定は、ある特定の場合では、任意であることを当業者なら容易に理解するであろう。例えば、2’−OH糖部分及びチミン核酸塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、RNA糖を有するDNA、またはDNA核酸塩基を有するRNAとして説明され得る。
したがって、本明細書で提供される核酸配列は、限定されないが、配列表に記載のものを含めて、修飾されていないRNA及び/またはDNAあるいは修飾されたRNA及び/またはDNAを任意の組み合わせで含む核酸(限定されないが、修飾核酸塩基を有するそのような核酸を含む)を包含することが意図される。限定されないが、追加例として、「ATCGATCG」という核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、修飾の有無にかかわらず、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含し、こうしたオリゴヌクレオチドには、限定されないが、RNA塩基を含むそのような化合物(「AUCGAUCG」という配列を有するものなど)、ならびにいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基を有するもの(「AUCGATCG」など)、ならびに他の修飾核酸塩基を有する化合物(「ATCGAUCG」(Cは、5位にメチル基を含むシトシン塩基を示す)など)が含まれる。ある特定の場合、ウリジン核酸塩基及び2’−OMe糖部分を含む化合物は、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分と共にチミジン核酸塩基を同じ位置に含む化合物と比較される。こうした化合物は、異なる配列番号を有するが、明確に異なる配列とは見なされず、こうした化合物の標的RNAは、同一である。ある特定の場合、シトシン核酸塩基及び2’−OMe糖部分を含む化合物は、5−メチルシトシン核酸塩基及び2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を同じ位置に含む化合物と比較される。
以下の実施例では、修飾オリゴヌクレオチドは、Bslsl という形式の化学表記(常に、5’→3’の向きで示される)によって示され、当該表記中、「B」または「B」は、核酸塩基を示し、「B」の前の「m」という上付き文字は、5−メチル修飾を示し、「s」の位置の下付き文字は、糖部分を示し、「l」の位置の下付き文字は、5’→3’ヌクレオシド間結合を示す。
本明細書に記載のある特定の化合物、組成物、及び方法は、ある特定の実施形態に従う具体性を伴って記載されているが、下記の実施例は、本明細書に記載の化合物の例示の役割を果たすものにすぎず、本明細書に記載の化合物の限定は意図されない。本出願において引用される参考文献はそれぞれ、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
実施例1
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
修飾オリゴヌクレオチドを合成し、それぞれkkk−x−d(9)−kkk、kkk−d−x−d(8)−kkk、kkk−dd−x−d(7)−kkk、またはkkk−d(3)−x−d(6)−kkkという糖モチーフを持たせた。これらの式中、「x」は、以下の表に示される修飾を有する糖部分を示し、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを有し、中央領域に10個のDNAヌクレオシドを有する3−10−3cEtギャップマー)と比較した。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートである。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビトロの活性試験については、0、27nM、82nM、247nM、740nM、2,220nM、6,660nM、または20,000nMのアンチセンスオリゴヌク
レオチドを用いて約20,000個のマウス3T3−L1細胞の電気穿孔を実施した。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。CXCL12のmRNAは、プライマープローブセットRTS2605(フォワード配列CCAGAGCCAACGTCAAGCAT(配列番号9)、リバース配列:CAGCCGTGCAACAATCTGAA(配列番号10)、プローブ配列:TGAAAATCCTCAACACTCCAAACTGTGCC(配列番号11))を用いて検出し、RAPTORのmRNAは、プライマープローブセットRTS3420(フォワード配列GCCCTCAGAAAGCTCTGGAA(配列番号12)、リバース配列:TAGGGTCGAGGCTCTGCTTGT(配列番号13)、プローブ配列:CCATCGGTGCAAACCTACAGAAGCAGTATG(配列番号14))を用いて検出した。RAPTORは、毒性の指標となり得るセンチネル遺伝子であり、このことは、US20160160280に記載されており、当該文献は、参照によって本明細書に組み込まれる。
インビボの急性毒性試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。対照として生理食塩水を3匹のマウスに注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
**558807での処理を16.7mg/kgで行うと、この実験ではALTは586IU/Lとなり、558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理から72時間が経過する前に死亡する。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、RT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。Gadd45aのレベルは、プライマープローブセットMm00432802_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。P21のレベルは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いてb.END細胞の電気穿孔を実施し、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用してRT−qPCRによってP21のレベルを測定した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹または3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、または16.7mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。化合物558807は、1.8mg/kg、5.5mg/kg、または16.7mg/kgで投与し、化合物828911、化合物936052、及び化合物936053は、1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、及び50mg/kgで投与し、化合物1061315及び化合物1070041は、1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与した。組織を収集し、mRNAを単離し、上記のプライマープローブセットRTS2605を用いてRT−qPCRによってCXCL12のレベルを測定した。Gadd45aのレベルは、プライマープローブセットMm00432802_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。P21のレベルは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。Tnfrsf10bのレベルは、プライマープローブセットMm00457866_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理したマウスにおけるレベルに対して示される。
Figure 2021512629
**558807での処理を16.7mg/kgで行うと、ALTは586IU/Lとなり、558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理から72時間が経過する前に死亡する。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して、以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって3.37mg/kg、11mg/kg、33mg/kg、または100mg/kgの用量で投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。肝臓のmRNAを単離し、上記のようにRT−PCRによって分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用
いて正規化してあり、PBSで処理した対照マウスに対して示される。
Figure 2021512629
実施例2
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な5’−修飾の効果。
5’−メチル修飾、5’−アリル修飾、及び5’−エチル修飾をさまざまな位置に含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。5’−メチル類似体及び5’−アリル類似体の合成手順は、WO2013022967に詳述されている。5’−エチル類似体の合成手順は、実施例39において本明細書で以下に詳述される。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6
877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「[μ]」という下付き文字は、5’−(R,S)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−μ]」という下付き文字は、5’−(R)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−μ]」という下付き文字は、5’−(S)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[γ]」という下付き文字は、5’−(R,S)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−γ]」という下付き文字は、5’−(R)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−γ]」という下付き文字は、5’−(S)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[ε]」という下付き文字は、5’−(R,S)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−ε]」という下付き文字は、5’−(R)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−ε]」という下付き文字は、5’−(S)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。
実験の手順及び結果
インビトロの活性試験ならびにインビボの活性試験及び毒性試験は、実施例1に記載のものと本質的に同様に実施した。インビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり1匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50m
g/kgの用量で皮下投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。558807については、用量を高めると急性毒性が生じたため、1.8mg/kg、5.5mg/kg、及び16.7mg/kgの用量のみで用量反応の試験を実施した。組織を収集し、肝臓のmRNAを単離し、上記のプライマープローブセットRTS2605を用いてRT−qPCRによってCXCL12のレベルを測定した。
Figure 2021512629
**この実験では試験していない。558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理から72時間が経過する前に死亡する。
以下の表に報告されるインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを5mg/kgまたは150mg/kgで皮下投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。ALTの血漿中レベルを測定し、標的の低減について肝臓のmRNAを上の実施例1に記載のように分析した。
Figure 2021512629
**この実験では試験していない。558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理から72時間が経過する前に死亡する。
以下の表中の結果については、実施例1に記載のものと本質的に同様にインビボの活性試験及び毒性試験を実施した。インビボの毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって50mg/kgまたは150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。
以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して、以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgの用量で投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。558807については、用量を高めると急性毒性が生じたため、1.8mg/kg、5.5mg/kg、及び16.7mg/kgの用量のみで用量反応の試験を実施した。肝臓のmRNAを単離し、上の実施例1に記載のようにRT−PCRによって分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した対照マウスに対して示される。
Figure 2021512629
化合物558807ついては、1.8mg/kg、5.5mg/kg、及び16.7mg/kgの用量のみを投与した。
**この実験では試験していない。558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理後72時間以内に死亡する。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例3
第XI因子に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
改変ヌクレオチドを中央領域の位置1〜3に含む修飾オリゴヌクレオチドを、以下の表に示されるように合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含む3−10−3cEtギャップマー)と比較した。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物は、マウスの第XI因子(GENBANK NT_039460.6の6086000〜6111000の区間の配列)の相補配列(配列番号2)に対して位置11699〜11714において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
実験の手順及び結果
インビトロの毒性試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、実施例1に記載のようにRT−qPCRによってRaptorのレベルを測定した。
インビボの毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって100mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
464917に対するALTは、50mg/kg用量でのものである。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、RT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。Gadd45aのレベルは、プライマープローブセットMm00432802_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。P21のレベルは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いてb.END細胞の電気穿孔を実施し、RT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。Gadd45aのレベルは、プライマープローブセットMm00432802_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。P21のレベルは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して、以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって3.37mg/kg、11mg/kg、33mg/kg、または100mg/kgの用量で投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。肝臓のmRNAを単離し、上の実施例1に記載のようにRT−PCRによって分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した対照マウスに対して示される。
Figure 2021512629
実施例4
第XI因子に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビボの活性及び肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾及び5’−修飾の効果
以下の表に示されるように2’修飾または5’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスの第XI因子(GENBANK NT_039460.6の6086000〜6111000の区間の配列の相補配列)(配列番号2)に対して位置11699〜11714において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「[μ]」という下付き文字は、5’−(R,S)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−μ]」という下付き文字は、5’−(R)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−μ]」という下付き文字は、5’−(S)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[γ]」という下付き文字は、5’−(R,S)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−γ]」という下付き文字は、5’−(R)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−γ]」という下付き文字は、5’−(S)−アリル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[ε]」という下付き文字は、5’−(R,S)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−ε]」という下付き文字は、5’−(R)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(S)−ε]」という下付き文字は、5’−(S)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。
実験の手順及び結果
以下のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して、修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって33mg/kgまたは100mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。FXIの発現レベルは、プライマープローブセットRTS2898(フォワード配列:ACATGACAGGCGCGATCTCT(配列番号78)、リバース配列:TCTAGGTTCACGTACACATCTTTGC(配列番号79)、プローブ配列:TTCCTTCAAGCAATGCCCTCAGCAAT(配列番号80))を使用してRT−qPCRによって測定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの
上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
2匹のマウスのうち1匹が死亡した。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。カスパーゼ−3及びカスパーゼ−7の活性化は、Caspase−Glo(登録商標)3/7アッセイ系(G8090,Promega)を使用して測定した。カスパーゼ活性化のレベルは、アポトーシス細胞死と相関するものである。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボ試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを11mg/kgまたは33mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。
Figure 2021512629
実施例5
PTENに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
以下の表に示されるように2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのPTEN(GENBANK NC_000085.6の32755001〜32829000の区間の配列)(配列番号3)に対して位置2635〜2650において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を播種し、16nM、80nM、400nM、2,000nM、及び10,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。PTENのmRNA及びRAPTORのmRNAを検出した。
インビボの毒性試験については、群当たり2〜4匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって200mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、実施例1に記載のようにRT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。
Figure 2021512629
実施例6
SOD1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
以下の表に示されるように2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのSOD1(GENBANK NT_039625.7の24924000〜24933000の区間の配列)(配列番号4)に対して位置5685〜5880において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、16nM、80nM、400nM、2,000nM、及び10,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。SOD1のmRNAは、プライマープローブセットRTS3025(フォワード配列:TTTTTTGCGCGGTCCTTTC(配列番号119)、リバース配列:GAGGGACCAGAGAGAGCAAGAC(配列番号120)、プローブ配列:CGCCTTCCGTCCGTCGGCT(配列番号121))を使用して検出し、RAPTORのmRNAは、上の実施例1に記載のように検出した。
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用し
て測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、30nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。P21及びGadd45aのmRNAは、上の実施例1に記載のように分析し、カスパーゼ活性化は、上の実施例4に記載のように測定した。結果は、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、非処理対照細胞の平均に対して示される。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって100mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALT及びASTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALT及びASTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
以下の表中のインビボ試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを33mg/kgまたは100mg/kgで投与し、24時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボ試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを33mg/kgまたは100mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。
Figure 2021512629
3匹中2匹の動物は死亡した。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。カスパーゼ−3及びカスパーゼ−7の活性化は、Caspase−Glo(登録商標)3/7アッセイ系(G8090,Promega)を使用して測定した。カスパーゼ活性化のレベルは、アポトーシス細胞死と相関するものである。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの用量反応試験については、群当たり3匹のBALB/Cマウスに対して、508031を3.7mg/kg、11.1mg/kg、33mg/kg、もしくは100mg/kgで皮下注射によって投与するか、または895155を3.7mg/kg、11.1mg/kg、33mg/kg、100mg/kg、もしくは300mg/kgで皮下注射によって投与し、当該BALB/Cマウスを屠殺した。Gadd45a、P21、及びTnfrsf1bのmRNAのレベルは、実施例1に記載のようにRT−PCRによって測定した。
Figure 2021512629
実施例7
SRB1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
以下の表に示されるように2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートである。以下の表中の化合物は、マウスSRB1(GENBANK NT_039313.7の566000〜632000の区間の配列)の相補配列(配列番号5)に対して位置64840〜64855において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、実施例1に記載のようにRT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。
Figure 2021512629
実施例8
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの及び第XI因子に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対するイノシン置換の効果
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、ヌクレオシドが非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むことを示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。Iは、イノシンを示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。CXCL12のmRNA及びP21のmRNAは、実施例1に記載のように分析した。
カスパーゼ−3及びカスパーゼ−7の活性化は、Caspase−Glo(登録商標)3/7アッセイ系(G8090,Promega)を使用して測定した。カスパーゼ活性化のレベルは、アポトーシス細胞死と相関するものである。結果は、修飾オリゴヌクレオチドで処理していない対照細胞におけるカスパーゼ活性化に対して示される。
以下の表中のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
以下の表中の試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。558807については、用量を高めると急性毒性が生じたため、1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kgで投与を実施した。Gadd45a、Tnfrsf10b、及びP21のmRNAの発現レベルは、実施例1に記載のように測定した。558807のデータは、実施例2の表6b〜6dにも示した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって33mg/kgまたは100mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。4匹のマウスには、対照として生理食塩水を注射投与した。FXIのmRNA発現は、実施例3に記載のようにRT−qPCRによって測定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
実施例9
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝
毒性に対する位置特異的な核酸塩基置換の効果
さまざまな位置に核酸塩基修飾を含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK
NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
核酸塩基修飾:
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「r」という下付き文字は、非修飾β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。核酸塩基を示す文字の前の「m」という上付き文字は、当該核酸塩基が5−メチル基を有することを示す(メチルシトシン、メチルアデノシン、またはメチルグアノシンなど)。「m6」という上付き文字が前に付くAは、6−メチルアデノシンを示す。Ψは、シュードウリジン核酸塩基を示す。Tは、2−チオチミジン核酸塩基を示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、10nM、30nM、250nM、740nM、2,220nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。CXCL12及びRAPTORのmRNAは、実施例1に記載のように分析した。インビトロのカスパーゼアッセイは、実施例4に記載のように実施した。
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって50mg/kgまたは150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。化合物は、0.6mg/kg、1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与した。組織を収集し、mRNAを単離し、上記のプライマープローブセットRTS2605を用いてRT−qPCRによってCXCL12のレベルを測定した。Gadd45aのレベルは、プライマープローブセットMm00432802_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。P21のレベルは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。Tnfrsf10bのレベルは、プライマープローブセットMm00457866_m1(ThermoFisher)を使用して分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理したマウスにおけるレベルに対して示される。
Figure 2021512629
実施例10
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的なモルホリノの効果
さまざまな位置にモルホリノを含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNA核酸塩基を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。モルホリノ残基は、ヌクレオシド間結合を含めて全ヌクレオチドを置き換えるものであり、以下に示される構造を有する。
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、ヌクレオシドが非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むことを示す。「r」という下付き文字は、ヌクレオシドが非修飾β−D−リボフラノシル糖部分を含むことを示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。(MP )は、ホスフェートチミジンモルホリノを示し、(MP )は、ホスホロチオエートチミジンモルホリノを示す。
Figure 2021512629
実施例11
CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチド、第XI因子に相補的な修飾オリゴヌクレオチド、PTENに相補的な修飾オリゴヌクレオチド、及びSOD−1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの毒性に対する位置特異的なMOPの効果
ホスホロチオエート結合の代わりにMOP中性骨格結合を特定の位置に有する修飾オリ
ゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含み、全体を通じてホスホロチオエート結合を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、上記の配列を有するマウスのCXCL12、第XI因子、PTEN、またはSOD−1に100%相補的である。
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k
」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合またはメトキシプロピルヌクレオシド間結合を示す。ヌクレオシド間結合の位置は、当該結合の5’末端上のヌクレオシドの位置として指定される。
CXCL12に相補的な化合物のインビトロの活性試験については、b.END細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、0、27nM、82nM、247nM、740nM、2,220nM、6,660nM、または20,000nMのアンチセンスオリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該b.END細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。CXCL12及びraptorのmRNAは、上の実施例に記載のように分析した。
第XI因子、PTEN、またはSOD1に相補的な化合物のインビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、0、27nM、82nM、247nM、740nM、2,220nM、6,660nM、または20,000nMのアンチセンスオリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。相補的mRNA及びraptorのmRNAは、上の実施例に記載のように分析した。
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり1匹または2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
以下の表中のインビボの活性試験については、投与群当たり2〜4匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって投与し、24時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。マウスへの化合物558807の投与または化合物766676〜766685の投与は、1.9mg/kg、5.6mg/kg、16.7mg/kg、50mg/k、または150mg/kgで実施した。化合物965605及び化合物965606については、6.25mg/kg、12.5mg/kg、25mg/kg、50mg/kg、または100mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスへの投与を実施した。464917については、6.25mg/kg、12.5mg/kg、25mg/kg、または100mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスへの投与を実施した。482050については、6.25mg/kg、12.5mg/kg、25mg/kg、または150mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスへの投与を実施した。985299及び985303については、6.25mg/kg、12.5mg/kg、25mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスへの投与を実施した。508031、985307、及び985311については、12.5mg/kg、25mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスへの投与を実施した。2匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。
Figure 2021512629
CXCL12オリゴヌクレオチドについては150mg/kgでのALT、第XI因子オリゴヌクレオチドについては100mg/kgでのALT、PTENオリゴヌクレオチド985299及びPTENオリゴヌクレオチド985303については200mg/kgでのALT、PTENオリゴヌクレオチド482050については100mg/kgでのALT、ならびにSOD1オリゴヌクレオチド985307及びSOD1オリゴヌクレオチド985311については150mg/kgでのALT、ならびにSOD1オリゴヌクレオチド508031については100mg/kgでのALT。
**値は、2回の独立した実験の平均値を示す。
3T3−L1細胞における相対的なカスパーゼ活性化は、実施例4に記載のように決定した。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌ
クレオチドを用いてb.END細胞の電気穿孔を実施し、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を使用してRT−qPCRによってP21のレベルを測定した。
HeLa細胞に対する上記の選択された修飾ヌクレオチドの効果を顕微鏡法によって試験した。lipofectamine2000によって200nMの修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞に2時間トランスフェクトした後、mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。核小体にp54nrbが存在する細胞の数、及び細胞の総数を画像中で数えた。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの毒性試験については、投与群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。マウスへの修飾オリゴヌクレオチドの投与は、化合物464917、化合物965605、及び化合物965606については、10mg/kg、33mg/kg、または100mg/kgで実施し、化合物482050、化合物985299、及び化合物985303については、10mg/kg、100mg/kg、または200mg/kgで実施した。2匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。治療指数は、最大非毒性用量(MNTD)/ED50比として計算し、ED50は、上の表に報告されるインビボの活性試験によって決定した。
Figure 2021512629
実施例12
2’−修飾と組み合わせたときの位置特異的なMOPの効果
2’−FANA修飾糖部分または2’−OMe修飾糖部分と組み合わせて、ホスホロチオエート結合の代わりにMOP中性骨格結合を特定の位置に有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に修飾ヌクレオシドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含み、全体を通じてホスホロチオエート結合を含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。以下の表中の化合物は、上記の配列を有するマウスのCXCL12またはSOD1に100%相補的である。
3’−HPPO−GalNAcは、以下の構造を指し、式中、リン酸基は、3’ヌクレオシドの3’−酸素原子に付加される:
Figure 2021512629

Figure 2021512629
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「f」という下付き文字は、2’−F−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「(FANA)」という下付き文字は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、0、27nM、82nM、247nM、740nM、2,220nM、6,660nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。X時間後、mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。標的及びraptorのmRNAは、上記の実施形態に記載のように分析した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり3匹の雄性BALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって0.2mg/kg、0.6mg/kg、1.8mg/kg、または50mg/kgで投与し、72時間後に当該雄性BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり複数匹の雄性BALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって5mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与し、72時間後に当該雄性BALB
/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。カスパーゼアッセイは、実施例8に記載のようにインビトロで実施した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例13
さまざまな配列を有する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及び毒性に対する位置特異的な2’−OMeの効果
以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(10)−kkkまたはkkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にCを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、5−Me基を有さない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹の雄性BALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該雄性BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
化合物の一部については、オンターゲット活性を肝臓において測定した。肝臓からRNAを単離し、以下の表30に記載のプライマープローブセットを使用してRT−qPCRによって測定した。結果は、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した動物に正規化したものが報告される。
Gadd45a、P21、及びTnfrsf10bのmRNAレベルは、修飾オリゴヌクレオチドを150mg/kgで投与したマウスについて、実施例1に記載のように分析した。結果は、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した対照動物に対して示される。
カスパーゼアッセイは、実施例8に記載のようにインビトロで実施した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例14
さまざまな配列を有する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロ及びインビボの活性及び毒性に対する位置特異的な2’−OMeの用量反応
インビボのオンターゲット活性及び毒性を、上の実施例13に記載の化合物の一部について測定した。群当たり2匹の雄性BALB/cマウスに対して、以下の表に示されるように、修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.85mg/kg、5.55mg/kg、16.67mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで1回投与した。1週間後にマウスを屠殺し、肝臓からmRNAを単離し、上の表30に記載のプライマープローブセットを使用してRT−qPCRによって測定した。Gadd45a、P21、及びTnfrsf10bのmRNAレベルは、実施例1に記載のように分析した。結果は、Ribogreenを用いて正規化してあり、PBSで処理した動物に正規化したものが報告される。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。治療指数は、インビボED50によって最大非毒性用量を割った比として計算した。最大非毒性用量は、PBSで処理したマウスと比較したときのALT値の上昇が5x(典型的には150IU/L)未満にとどまる最高用量である。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例15
核小体へのp54nrbの局在化に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果
HeLa細胞に対する上記の選択された修飾ヌクレオチドの効果を顕微鏡法によって試験した。lipofectamine2000によって200nMの修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞に2時間トランスフェクトした後、mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。核小体にp54nrbが存在する細胞の数、及び細胞の総数を画像中で数えた。ALTのデータは、上の実施例13に上記のように示した。
Figure 2021512629
実施例16
さまざまな配列を有する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及び毒性に対する位置特異的な2’−OMeの効果
lll−d(10)−lll及びlll−d−m−d(8)−lllという糖モチーフを有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの式中、「l」は、β−D−架橋型核酸(β−D−LNA)を示し、「d」は、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。親オリゴヌクレオチドlll−d(10)−lllの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、lll−d−m−d(8)−lllは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。親オリゴヌクレオチドlll−d(10)−lllの位置5(5’末端から数えた位置)にCを有する配列については、lll−d−m−d(8)−lllは、5−Me基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。
Figure 2021512629
上記の化合物について、インビボの毒性及びインビボのオンターゲット活性を測定した。群当たり2匹の雄性balb/cマウスに対して、以下の表に示されるように、修飾オリゴヌクレオチドを16.67mg/kgまたは150mg/kgで皮下注射によって1回投与した。72時間後にマウスを屠殺し、肝臓からmRNAを単離し、上の表30に記載のプライマープローブセットを使用してRT−qPCRによって測定した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルは、実施例1に記載のように分析した。結果は、Ribogreenを用いて正規化してあり、PBSで処理した動物に正規化したものが報告される。
Figure 2021512629
実施例17
CPT1Aに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及びインビボの肝毒性に対する位置特異的な2’−修飾の効果
以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分をそれぞれが含む5つのヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含む5−10−5MOE修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物は、マウスのCPT1A(GENBANK NC_000085.6の3319001〜3389000の区間の配列)(配列番号6)に対して位置49870〜49889において100%相補的である。ある特定の場合では、位置5にTを含む修飾オリゴヌクレオチドは、位置5に2’−OMeUを含む修飾オリゴヌクレオチドと比較される。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。「(FANA)」という下付き文字は、ヌクレオシドがアラ2’−F修飾糖部分を含むことを示す。
以下の表中のインビボの毒性試験及び活性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり複数匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって200mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。肝臓mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。Cpt1aのmRNAは、プライマープロー
ブセットRTS40014(フォワード配列:AGATCAATCGGACCCTAGACA(配列番号75)、リバース配列:CAGCACCTTCAGCGAGTA(配列番号76)、プローブ配列:AAGAGGACGCCACTCACGATGTTC(配列番号77))を使用して検出し、P21及びTnfrsf10bのmRNAは、実施例1に記載のように検出した。
Figure 2021512629
以下の表中のインビボの活性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり3匹のBALB/Cマウスに対して147420または994950を皮下注射によって2.5mg/kg、7.4mg/kg、22.2mg/kg、66.7mg/kg、200mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。Cpt1aのmRNAは、上記のようにRT−qPCRを使用して検出した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例18
第XI因子に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにおける2’−OMe修飾の効果
以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(10)−kkk(「親」)またはkkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−リボフラノシル糖部分を示す。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にCを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、5−Me基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
以下の表中のインビトロの活性試験については、雄性balb/cマウスから初代マウス肝細胞を単離し、0.9nM、2.7nM、8.2nM、24.7nM、74.0nM、222nM、667nM、または2,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを当該初代マウス肝細胞にトランスフェクトした。24時間後、mRNAを収集し、上記のようにFXI及びRAPTORについて分析した。
以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹の雄性BALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって150mg/kgで投与し、72時間後に当該雄性BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
化合物の一部については、オンターゲット活性を肝臓において測定した。肝臓からRNAを単離し、上の実施例4に記載のプライマープローブセットRTS2898を使用してRT−qPCRによって測定した。結果は、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した動物に正規化したものが報告される。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
2匹中1匹の動物は死亡した。
実施例19
HDAC2に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの毒性に対する2’−OMeの組み込みの効果
以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(10)−kkk(「親」)またはkkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にmCを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、5−Me基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
以下の表中のインビトロの活性試験については、雄性balb/cマウスから初代マウス肝細胞を単離し、0.9nM、2.7nM、8.2nM、24.7nM、74.0nM、222nM、667nM、または2,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを当該初代マウス肝細胞にトランスフェクトした。24時間後、mRNAを収集し、上記のようにHDAC2及びRAPTORについて分析した。以下の表中のインビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチド当たり2匹の雄性BALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって10mg/kgまたは150mg/kgで投与し、72時間後に当該雄性BALB/Cマウスを屠殺した。1匹の動物には、対照として生理食塩水を注射投与した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
化合物の一部については、オンターゲット活性を肝臓において測定した。肝臓からRNAを単離し、実施例13に上記のプライマープローブセットRTS3500を使用してRT−qPCRによって測定した。結果は、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した動物に正規化したものが報告される。
Figure 2021512629
表47 HDAC2に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及び毒性
Figure 2021512629
表48 HDAC2に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビボの活性及び毒性
Figure 2021512629
以下の表に報告されるFOBスコアについては、群当たり複数匹のマウスに対して100μgの修飾オリゴヌクレオチドを脳室内(ICV)注射によって投与した。注射から3時間後及び2週間後の時点で、7つの異なる基準に従ってマウスを評価した。これらの基準は、(1)マウスが活動性、警戒性、及び反応性を有したか、(2)刺激を与えずともマウスが起立またはかがみ込みを行ったか、(3)刺激を与えずともマウスがなんらかの動作を示したか、(4)マウスが持ち上げられた後に前方に向かう動作を示したか、(5)マウスが持ち上げられた後になんらかの動作を示したか、(6)尾部の圧迫にマウスが反応したか、(7)呼吸が規則的であったか、である。これら7つの基準のそれぞれについて、基準を満たす場合は0のサブスコアをマウスに与え、基準を見たさない場合は1のサブスコアをマウスに与えた。7つの基準をすべて評価した後、それぞれのマウスについてFOBスコアを合計し、それぞれの処理群内で平均化した。結果は、以下の表に示される。
修飾オリゴヌクレオチドの注射から2週間後、マウスを屠殺し、大脳皮質及び脊髄におけるHDAC、p21、及びAif1のレベルを上記のようにRT−PCRによって測定した。Aif1は、炎症のマーカーである。結果は、以下に、対照動物に対して示される。
表48b HDAC2に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのインビボの活性及び毒性
Figure 2021512629
実施例20
さまざまな位置への2’−OMeの組み込み
修飾オリゴヌクレオチドを合成し、それぞれkkk−m−d(9)−kkk、kkk−d−m−d(8)−kkk、kkk−dd−m−d(7)−kkk、またはkkk−d(3)−m−d(6)−kkkという糖モチーフを持たせた。これらの式中、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示し、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。ある特定の場合では、2’−デオキシTは、2’−OMeUによって置き換えられる。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを含み、中央領域に10個の非修飾DNAヌクレオシドを含む3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチド)と比較した。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
以下の表中の結果については、実施例1に記載のものと本質的に同様にインビトロの活性試験及び毒性試験を実施した。インビトロの活性試験及び毒性試験については、27n
M、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってp21のレベルを測定した。カスパーゼアッセイは、3T3−L1細胞において上の実施例8に記載のように実施した。HeLa細胞におけるp54nrbの局在化は、実施例15に記載のように定量化した。
Figure 2021512629
実施例21
ヌクレオシドの立体化学的異性体
2’−デオキシフラノシル糖の1’位、3’位、及び5’位における立体化学的配置がさまざまな修飾ヌクレオチドを含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。β−L−DNA含有ヌクレオチドを合成するためのアミダイトは市販されており(ChemGenes)、α−L dTホスホロアミダイトの合成とβ−L dTホスホロアミダイトの合成との両方が報告されている(Morvan,Biochem and Biophys Research Comm,172(2):537−543,1990)。改変ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの中央領域内に含めた。
これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(上の実施例1の表1に記載の558807)と比較した。表51における化合物はそれぞれ、3つの連結cEtヌクレオシドからそれぞれがなる5’ウィング及び3’ウィングと、改変ヌクレオチドの他に、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含むヌクレオシドを示されるように含む中央領域と、を含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629

Bは、任意の核酸塩基であり、L及びLは、ヌクレオシド間結合である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。[β−Lds]は、2’−デオキシリボシル部分、ホスホロチオエート結合、及び塩基Bを有する修飾β−L−DNAヌクレオチドを示す。[α−Lds]は、2’−デオキシリボシル糖部分、ホスホロチオエート結合、及び塩基Bを有する修飾a−L DNAヌクレオチドを示す。
以下の表中の結果については、実施例1に記載のものと本質的に同様にインビトロの活性試験及び毒性試験を実施した。インビトロの活性試験及び毒性試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、P21及びGadd45a及びTnfrsf10bのレベルを、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによって測定した。カスパーゼアッセイは、3T3−L1細胞において上の実施例8に記載のように実施した。
以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり2匹のBALB/Cマウスに対して、以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgの用量で投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。558807については、用量を高めると急性毒性が生じたため、1.8mg/kg、5.5mg/kg、及び16.7mg/kgの用量のみで用量反応の試験を実施した。肝臓のmRNAを単離し、上の実施例1に記載のようにRT−PCRによって分析した。発現レベルは、Ribogreen(登録商標)を用いて正規化してあり、PBSで処理した対照マウスに対して示される。
Figure 2021512629
**558807での処理を16.7mg/kgで行うと、ALTは586IU/Lとなり、558807での処理が150mg/kgで行われるマウスは、典型的には、処理から72時間が経過する前に死亡する。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例22
ヌクレオシドの立体化学的異性体
さまざまな位置にβ−L−DNAヌクレオチド(上の実施例21に記載のもの)を含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、上の実施例1の表1に記載の化合物558807と比較した。化合物558807は、すべてのシトシンヌクレオシドが5−メチルシトシンを含んでおり、以下の表に記載の化合物1215458〜1215460も同様である。表54における化合物はそれぞれ、3つの連結cEtヌクレオシドからそれぞれがなる5’ウィング及び3’ウィングと、改変ヌクレオチドの他に、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含むヌクレオシドを示されるように含む中央領域と、を含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物1244441〜1244447は、当該化合物の中央領域に非メチル化シトシンを含む。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、ヌクレオシドが非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むことを示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。[β−Lds]は、2’−デオキシリボシル糖部分、ホスホロチオエート結合、及び塩基Bを有する修飾β−L−DNAヌクレオチドを示す。
以下の表中の結果については、実施例1に記載のものと本質的に同様にインビトロの活性試験及び毒性試験を実施した。インビトロの活性試験及び毒性試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、P21及びGadd45a及びTnfrsf10bのレベルを、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによって測定した。カスパーゼアッセイは、3T3−L1細胞において上の実施例8に記載のように実施した。HeLa細胞におけるp54nrbの局在化は、実施例15に記載のように定量化した。
Figure 2021512629
実施例23
ヌクレオシドの立体化学的異性体
さまざまな位置にα−D−DNAヌクレオチド(以下を参照のこと)を含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、中央領域に改変ヌクレオチドを含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチドと比較した。表54における化合物はそれぞれ、3つの連結cEtヌクレオシドからそれぞれがなる5’ウィング及び3’ウィングと、改変ヌクレオチドの他に、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含むヌクレオシドを示されるように含む中央領域と、を含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、ヌクレオシドが非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むことを示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。[α−D−ds]は、2’−デオキシリボシル糖部分、ホスホロチオエート結合、及び塩基Bを有する修飾α−D−DNAヌクレオチドを示す。
以下の表中の結果については、実施例1に記載のものと本質的に同様にインビトロの活性試験及び毒性試験を実施した。インビトロの活性試験及び毒性試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって3T3−L1細胞にトランスフェクトし、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってp21のレベルを測定した。カスパーゼアッセイは、3T3−L1細胞において上の実施例8に記載のように実施した。HeLa細胞におけるp54nrbの局在化は、実施例15に記載のように定量化した。
Figure 2021512629
実施例24
4’−メチル及びキシロDNA
4’−メチル修飾糖部分または2’−デオキシ−β−D−キシロフラノシル(2’デオキシ−β−D−XNA)糖部分を有する改変ヌクレオチドをさまざまな位置に含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した(以下の表58を参照のこと)。2’デオキシ−β−D−XNAヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドの合成は、以前に報告されている(Wang,et.al.,Biochemistry,56(29):3725−3732,2017)。4’−メチル修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドの合成は、以前に報告されている(例えば、Detmer et.al.,European J.Org.Chem,1837−1846,2003)。表58における化合物はそれぞれ、3つの連結cEtヌクレオシドからそれぞれがなる5’ウィング及び3’ウィングと、改変ヌクレオチドの他に、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分をそれぞれが含むヌクレオシドを示されるように含む中央領域と、を含む。ヌクレオシド間結合はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。これらの化合物を、中央領域の位置2に2’−OMe修飾糖部分を含む化合物(上の実施例1に記載の936053)と比較した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字は、5−メチルシトシンを示す。「[4m]」という下付き文字は、4’−メチル−2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。[β−D−xs]は、2’−デオキシキシロシル糖部分、ホスホロチオエート結合、及び塩基Bを有する修飾β−D−XNA(キシロ)ヌクレオチドを示す。
インビボの活性試験及び毒性試験については、群当たり3匹のBALB/cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって10mg/kgまたは150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/cマウスを屠殺した。4匹の動物には、生理食塩水を投与して対照とした。実施例1に記載のようにRT−PCRを実施することで、CXCL12、P21、Tnfrsf10b、及びGadd45aのmRNAレベルを決定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
Figure 2021512629
実施例25
顕微鏡法
HeLa細胞に対する上の実施例に記載の選択された修飾ヌクレオチドの効果を顕微鏡法によって試験した。lipofectamine2000によって200nMの修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞に2時間トランスフェクトした後、mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。
以下の表に報告される実験については、核小体にp54nrbが存在する細胞の数、及び細胞の総数を画像中で数え、p54nrbが誤って局在化した細胞の割合を計算した。同じ化合物が複数の表にある場合、これらの表は、独立した実験から得られた結果を示す。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
以下の表に報告される実験については、選択した画像を定性的に解析し、(−)のスコア(核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されなかったことを示す)、または(+)のスコア(いくつかの細胞では核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)、または(++)(ほとんどもしくはすべての細胞において核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)を割り当てた。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
上の実施例に示されるデータ。最大投与用量は、CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドについては150mg/kgであり、SOD1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドについては100mg/kgであり、FXIに相補的な化合物については33mg/kgであるが、例外として、820685に対するALTは、100mg/kgでのものである。
**820685は、464917と同じ配列を有し、kkk−m(10)−kkkという糖モチーフを有する。
実施例26
蛍光標識化修飾オリゴヌクレオチドでの核小体へのp54nrbの誤った局在化
上の表に記載の修飾オリゴヌクレオチドを、ホスホロチオエートリンカーを介して3’末端または5’末端でCy3またはFAMに結合させることで、フルオロフォアを含む複合基を含む化合物を生成させ、蛍光標識化修飾オリゴヌクレオチドを得た。200nMの蛍光標識化修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞と共に2時間インキュベートし、蛍光顕微鏡法によって細胞を画像化した。mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。以下の表に報告される実験については、画像を定性的に解析し、(−)のスコア(核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されなかったことを示す)、または(+)のスコア(いくつかの細胞では核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)、または(++)(ほとんどもしくはすべての細胞において核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)を割り当てた。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビボの最大忍容量については、群当たり2〜4匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって3.7mg/kg、11mg/kg、33mg/kg、100mg/kg、または300mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。最大忍容量は、ALTが、PBSで処理した対照マウスの5×未満または約150IU/Lとなる最高用量である。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例27
LNA含有修飾オリゴヌクレオチドのインビボ及びインビトロの毒性
以下の表中の修飾オリゴヌクレオチドは、5’末端及び3’末端にLNAヌクレオシドを有し、中央領域にDNAヌクレオシドを有する3−10−3糖モチーフを有する。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「l」という下付き文字は、β−D−LNA糖部分を示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
3T3細胞に対する3−10−3 lll−d(10)−lllという糖モチーフを有する修飾ヌクレオチドの効果を顕微鏡法によって試験した。lipofectamine2000によって200nMの修飾オリゴヌクレオチドを3T3細胞に2時間トランスフェクトした後、mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。以下の表に報告される実験については、画像を定性的に解析し、(−)のスコア(核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されなかったことを示す)、または(+)の尺度(いくつかの細胞では核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)、または(++)(ほとんどもしくはすべての細胞において核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)を割り当てた。3−10−3 lll−d(10)−lllまたは3−10−3 kkk−d(10)−kkkという糖モチーフを有する修飾ヌクレオチドをインビボで試験した。インビボの毒性データについては、2〜4匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって以下の表に示される用量で投与した。72時間後にマウスを屠殺し、mRNAを単離し、上の実施例1に記載のように分析した。血漿中のALT値は、臨床化学分析装置を使用して取得した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってP21及びGadd45aのレベルを測定した。カスパーゼ−3及びカスパーゼ−7の活性化は、Caspase−Glo(登録商標)3/7アッセイ系(G8090,Promega)を使用して測定した。カスパーゼ活性化のレベルは、アポトーシス細胞死と相関するものである。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例28
SOD1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの全体的なタンパク質結合性
HeLaの核可溶化液における全体的なタンパク質結合性について、上の実施例に記載の修飾オリゴヌクレオチドを評価した。ビオチン結合型修飾オリゴヌクレオチド791136(5’−ビオチン−TEG、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフ、及び464917と同じ配列(GTCTGTGCATCTCTCC(配列番号22))を有する)を用いて細胞タンパク質を捕捉し、上の実施例6に記載の508031、895154、895155、及び895156の濃度を増加させて溶出させた。溶出したタンパク質をSDS−PAGEのゲル上で泳動させた。図1を参照のこと。化合物508031及び化合物895154について、化合物895155及び化合物895156と比較して全体的なタンパク質結合性の増加が観測された。
実施例29
FXIに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの全体的なタンパク質結合性
HeLaの核可溶化液における全体的なタンパク質結合性について、上の実施例に記載の修飾オリゴヌクレオチドを評価した。ビオチン結合型修飾オリゴヌクレオチド791136(5’−ビオチン−TEG、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフ、及び464917と同じ配列(GTCTGTGCATCTCTCC(配列番号22))を有する)を用いて細胞タンパク質を捕捉し、上の実施例4及び実施例25に記載の464917、465977、483706、及び820685の濃度を増加させて溶出させた。溶出したタンパク質をSDS−PAGEのゲル上で泳動させた。図2Aを参照のこと。化合物464917及び化合物465977について、化合物483706及び化合物820685と比較して全体的なタンパク質結合性の増加が観測された。一連のウエスタンブロットを実施することで、SSBP1、NCL1、PCNA、p54nrb、RNaseH1、及びPSFを検出した。結果は、図2Bに示される。
独立した実験では、791136を用いて細胞タンパク質を捕捉し、464917、465178、464392、及び465131の濃度を増加させて溶出させた。図3を参照のこと。化合物464917について、465178、464932、及び465131と比較して全体的なタンパク質結合性の増加が観測された。
実施例30
MOP結合と関連する全体的なタンパク質結合性、活性、及び毒性
細胞における全体的なタンパク質結合性について修飾オリゴヌクレオチドを評価した。ビオチン結合型修飾オリゴヌクレオチド592590(5’−ビオチン−TEG、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフ、及びGCTAGCCTCTGGATTTという配列(配列番号115)を有する)を用いて細胞タンパク質を捕捉し、以下の表に記載の修飾オリゴヌクレオチドで溶出させた。溶出したタンパク質をSDS−PAGEのゲル上で泳動させ、可視化した。毒性が減少した化合物について、558807と比較してタンパク質結合性の減少が観測され、このことは、特に、化合物766654、化合物766655、及び化合物766666について観測された。図4を参照のこと。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
インビトロの活性試験ならびにインビボの活性試験及び毒性試験は、実施例1に記載のものと本質的に同様に実施した。インビボの毒性試験については、修飾オリゴヌクレオチドの用量当たり1匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。自動臨床化学分析装置を使用してALTのレベルを測定した。以下の表中のインビボの活性試験については、群当たり1匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgで皮下投与し、24時間後に当該BALB/Cマウスを屠殺した。
Figure 2021512629
実施例31 CXCL12に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの自己構造
上の実施例に記載の修飾オリゴヌクレオチドの自己構造についてTmを決定した。以下の表中の化合物は、CXCL12に相補的であり、配列番号18〜21に対応する配列を有する。GAUAAUGUGAGAACAUGCCUという配列(配列番号116)を有する20マーのRNAと上の実施例に記載の修飾オリゴヌクレオチドとが複合体を形成した二本鎖についてもTmを決定した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例32
修飾オリゴヌクレオチドの5’領域及び3’領域における2’−修飾
さまざまな糖修飾モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドを以下の表に示されるように合成した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892(16マー)または位置6875〜6894(20マー)において100%相補的である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。
以下の表に報告されるインビトロ試験については、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを用いて3T3−L1細胞の電気穿孔を実施し、上の実施例1に記載のようにRT−qPCRによってCXCL12のレベルを測定した。カスパーゼ活性化は、上の実施例4に記載のように測定した。結果は、修飾オリゴヌクレオチドで処理していない対照細胞におけるカスパーゼ活性化に対して示される。p54nrbの誤った局在化は、上の実施例15に記載のように分析した。以下の表に報告される実験については、選択した画像を定性的に解析し、(−)のスコア(核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されなかったことを示す)、または(+)のスコア(いくつかの細胞では核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)、または(++)(ほとんどもしくはすべての細胞において核小体へのp54nrbの誤った局在化が観測されたことを示す)を割り当てた。ある特定の修飾オリゴヌクレオチドでHeLa細胞を処理すると、細胞におけるp54nrbの外観が糸状(filamentous)となった。このことは、以下の表中で「f」で示される。
Figure 2021512629
実施例33
修飾オリゴヌクレオチドでのb.END細胞の処理の効果
以下の表に報告されるインビトロ試験については、3.125nM、6.25nM、12.5nM、25nM、または50nMの修飾オリゴヌクレオチド464917(肝毒性)または修飾オリゴヌクレオチド549148(非毒性)を用いてb.END.3細胞の電気穿孔を実施した。549148は、GGCTACTACGCCGTCAという配列(配列番号118)を有する3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチドであり、この配列は、既知のマウス遺伝子のいずれにも相補的ではない。p21及びGadd45aのmRNAの発現レベルは、0時間後、1時間後、2時間後、4時間後、及び6時間後に、実施例1に記載のようにRT−qPCRによって測定した。
Figure 2021512629
実施例34
さまざまな細胞株における核小体へのp54nrbの非局在化
細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、Lipofectamine2,000を用いて60nMの修飾オリゴヌクレオチド791143(3’末端にCy3標識を有する化合物464917)を当該細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトから6時間後に細胞を可視化した。
Figure 2021512629
細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、以下の表に示される修飾オリゴヌクレオチド791143を自然取り込みによって当該細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトから5時間後に細胞を可視化した。
Figure 2021512629
細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、1400V、20m秒、2パルスの条件でNEONを使用する電気穿孔によって60nMの修飾オリゴヌクレオチド813223(5’末端にCy3標識を有する化合物464917)を当該細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトから5時間後に細胞を可視化した。
Figure 2021512629
60nMの修飾オリゴヌクレオチド813223または化合物813225を細胞にトランスフェクトした。化合物813225は、5’末端にCy3標識を有する上記の対照オリゴヌクレオチド549148である。トランスフェクトから4時間後に細胞を可視化した。
Figure 2021512629
実施例35
修飾オリゴヌクレオチドの毒性に対するRNaseH1の枯渇の効果
HeLa細胞を150,000個細胞/ウェルで播種し、ルシフェラーゼを標的とする対照siRNA、またはRNaseH1を標的とするsiRNA(ThermoFish
erから供給されるs48357もしくはs48358)を、Lipofectamine RNAiMAXを使用して最終濃度3nMで当該HeLa細胞に48時間トランスフェクトした。修飾オリゴヌクレオチド464917及び修飾オリゴヌクレオチド549148を自然取り込みによって細胞に導入した。549148は、GGCTACTACGCCGTCAという配列(配列番号118)を有する3−10−3cEt修飾オリゴヌクレオチドであり、この配列は、既知のマウス遺伝子のいずれにも相補的ではない。共焦点顕微鏡法を使用することで、上の実施例15に記載のようにp54nrbの局在化を可視化した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例36
修飾オリゴヌクレオチドのタンパク質結合性
細胞におけるタンパク質結合性について、上の実施例に記載の修飾オリゴヌクレオチドを評価した。ビオチン結合型修飾オリゴヌクレオチド791136を用いて細胞タンパク質を捕捉した。791136は、5’−ビオチン−TEG、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフ、完全なホスホロチオエート骨格、及び464917と同じ配列(GTCTGTGCATCTCTCC(配列番号22))を有する。タンパク質は、464917または549148の濃度を増加させて溶出させた。溶出したタンパク質をSDS−PAGEのゲル上で泳動させ、p54nrb、FUS、RNaseH1、SSBP1、Ku70、PSPC1、SND1、FUBP、NCL1、及びKu80についてウエスタンブ
ロットによって分析した。以下の表には、バンド強度が示される:−(バンドなし)、+(バンド強度が低い)、++(バンド強度が中程度である)、+++(バンド強度が高い)。図5Aを参照のこと。
Figure 2021512629
ビオチン−464917またはビオチン−549148を使用して細胞タンパク質を捕捉することで、464917及び549418に対する全体的なタンパク質結合性を試験した。その後、当該捕捉タンパク質を、464917または549148の濃度を増加させて溶出させた。肝毒性化合物464917は、549148と比較して全体的なタンパク質結合性が高いことを示している。図5Bを参照のこと。
実施例37
修飾ヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドのインビトロの活性及び毒性
本明細書の実施例1に記載の対照オリゴヌクレオチド558807に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計し、標準的な手順を使用して当該修飾オリゴヌクレオチドを合成した。修飾ヌクレオシド間結合(1つまたは2つ)を、以下に示されるようにオリゴヌクレオチドの中央領域内のさまざまな位置に配置した。得られた修飾オリゴヌクレオチドがCXCL12(ケモカインリガンド12)及びRaptorの発現レベルを抑制する能力を試験した。修飾オリゴヌクレオチドの効力を評価し、対照オリゴヌクレオチドと比較した。
修飾オリゴヌクレオチドは、電気穿孔によってマウスb.END細胞においてインビトロで試験した。以下に記載のオリゴヌクレオチドのそれぞれを、電気穿孔を使用して0.027uM、0.082uM、0.25uM、0.74uM、2.22uM、6.67uM、及び20uMの濃度で20,000個細胞/ウェルの密度の細胞にトランスフェクトした。約24時間の処理時間の後、細胞からRNAを単離し、定量的リアルタイムPCRによってmRNAレベルを測定し、総RNA含量に応じてCXCL12及びRaptorのmRNAレベルを調整した。これらの測定は、RIBOGREEN(登録商標)によって実施した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、「結合修飾x」列に示される修飾ヌクレオシド間結合を示す。これらの結合は、以下に示される。
Figure 2021512629
上記のそれぞれのオリゴヌクレオチドの50%抑制濃度(IC50)は、それぞれの濃
度で達成されるCXCL12またはRaptorのmRNA発現抑制パーセントに対してオリゴヌクレオチドの濃度をプロットすることによって計算した。IC50は、対照と比較したときにCXCL12のmRNA発現の50%抑制が達成されるオリゴヌクレオチド濃度を示す。結果は、以下の表に示される。
Figure 2021512629
実施例38
558807に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、以下に示されるように、(5’ウィングにおける3つのcEt修飾ヌクレオシドを含めずに)5’−ギャップ接合部から数えて3番目のヌクレオシドと4番目のヌクレオシドとの間に配置された修飾ヌクレオシド間結合を有する。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、以下に示されるように、3’末端でHPPO−GalNAc複合基と結合している。インビボのCXCL12(ケモカインリガンド12)のmRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.2mg/kg、0.6mg/kg、1.8mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。化合物855156については、0.21mg/kg、0.6
2mg/kg、1.85mg/kg、または5.56mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスに注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシ
ンを示す。「x」という下付き文字は、「結合修飾x」列に示される修飾ヌクレオシド間結合を示す。これらの結合は、上及び以下に示される。
Figure 2021512629
試験した修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、オリゴマー化合物の3’−酸素に付加された3’−HPPO−GalNAc複合基を含む。3’−HPPO−GalNAc複合基は、以下に示され、式中、リン酸基は、3’−酸素原子に付加される:
Figure 2021512629
肝臓組織をホモジナイズした後、リアルタイムPCRを使用してmRNAレベルを定量化し、本明細書に記載のようにRIBOGREENに正規化した。血漿化学マーカー(肝臓トランスアミナーゼレベル(血清中アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT))など)は、生理食塩水を注射したマウスに対して測定した。
ED50値は、それぞれの濃度で達成されるCXCL12のmRNA発現抑制パーセントに対して使用したオリゴヌクレオチド濃度をプロットすることによって計算した。ED50値は、対照と比較したときにCXCL12のmRNA発現の50%抑制が達成されたオリゴヌクレオチド濃度を示す。
Figure 2021512629
上の表25に記載される。
**独立した実験において決定された値であり、当該値は、比較のために示される。ALTは、修飾オリゴヌクレオチドを5.56mg/kgとしたときのものである。
Figure 2021512629
実施例39 5’−(R)−エチルホスホロアミダイト及び5’−(S)−エチルホスホロアミダイトの合成
Figure 2021512629
5’−(R)−エチルホスホロジアミダイト及び5’−(S)−エチルホスホロジアミダイトは、上に示されるスキームに従って調製した。
実施例40 HeLa細胞における修飾オリゴヌクレオチドによる経時変化
以下の表に記載の修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトの0時間後、0.5時間後、1時間後、2時間後、4時間後、及び6時間後の時点で、細胞を溶解し、mRNAを単離し、RT−qPCRによって分析した。プライマープローブセットHTS3934(フォワード配列:TGGAGACTCTCAGGGTCGAAA(配列番号122)、リバース配列:GGCGTTTGGAGTGGTAGAAATC(配列番号123)、プローブ配列:CGGCGGCAGACCAGCATGAC(配列番号124))を使用してヒトのp21のmRNAを検出すると共に、プライマープローブセットHS00169255_m1(ThermoFisher))を使用してヒトのGadd45aのmRNAを検出した。結果は、非処理細胞に正規化されたものである。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
以下の表に示される修飾オリゴヌクレオチドをさまざまな濃度でHeLa細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトから0時間後、1時間後、2時間後、4時間後、6時間後、及び8時間後の時点で、細胞を溶解し、mRNAを単離し、上記のようにRT−qPCRによって分析した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例41
修飾オリゴヌクレオチド464917のインビボの毒性の経時変化
投与群当たり9匹のBALB/Cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチド464917を11mg/kg、33mg/kg、または100mg/kgで皮下投与した。それぞれの群に由来するマウスを、投与後24時間時点で3匹屠殺し、投与後48時間時点で3匹屠殺し、投与後72時間の時点で最後の3匹を屠殺した。mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。血漿中のALT値は、臨床化学分析装置を使用して取得した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例42
インビボの核小体へのp54nrbの非局在化
化合物959265は、5’末端でCy3に結合し、3’末端でHPPO−GalNAcに結合した化合物464917である。Balb/cマウスに対して959265を皮下注射によって15mg/kgで投与した。修飾オリゴヌクレオチドの投与から40時間後に肝細胞を単離及び精製し、共焦点ディッシュに播種し、6〜7時間保持した。6〜7時間後、ホルムアルデヒドで細胞を固定化し、p54nrbに対する免疫蛍光染色を実施してp54nrbを染色した。上記のようにRT−qPCRによってFXI及びp21のレベルを検出した。
15mg/kgでの959265の単回用量では、FXIが対照値の10.6%に減少した。p21のmRNAレベルは、1,046%上方制御された。単離した肝細胞は、核小体に局在化したp54nrbを含むか、または検出可能なp54nrbを含まないことが観測された。
実施例43 インビボの核小体へのp54nrbの非局在化
Balb/cマウスに対して464917または549148を皮下注射によって100mg/kgで投与した。修飾オリゴヌクレオチドの投与から16時間後に肝細胞を単離及び精製し、共焦点ディッシュに播種し、1〜2時間保持した。1〜2時間後、ホルムアルデヒドで細胞を固定化し、p54nrbに対する免疫蛍光染色を実施してp54nrbを染色した。
化合物464917については肝細胞の核小体へのp54nrbの局在化が観測されたが、化合物549148についてはこの局在化は観測されなかった。
実施例44
MOP中性結合を含む化合物のインビボの活性及び毒性
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.2mg/kg、0.6mg/kg、1.8mg/kg、5.4mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。化合物855156については、0.2mg/kg、0.6mg/kg、1.8mg/kg、5.4mg/kg、または15mg/kgの修飾オリゴヌクレオチド用量でマウスに注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
肝臓組織をホモジナイズした後、リアルタイムPCRを使用してmRNAレベルを定量化し、本明細書に記載のようにRIBOGREENに正規化した。血漿化学マーカー(肝臓トランスアミナーゼレベル(血清中アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT))など)は、生理食塩水を注射したマウス対して測定した。
ED50値は、それぞれの濃度で達成されるCXCL12のmRNA発現抑制パーセントに対して使用されたオリゴヌクレオチド濃度をプロットすることによって計算した。ED50値は、対照と比較したときにCXCL12のmRNA発現の50%抑制が達成されたオリゴヌクレオチド濃度を示す。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例45
Balb/cマウスにおけるインビボの毒性について修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEt修飾糖部分を示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビボの毒性試験については、群当たり3匹のBALB/cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって指定用量で投与し、72時間後に当該BALB/cマウスを屠殺した。4匹の動物には、生理食塩水を投与して対照とした。実施例1に記載のようにRT−PCRを実施することで、CXCL12、P21、Tnfrsf10b、及びGadd45aのmRNAレベルを決定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
以下の表中のインビトロの毒性試験については、3T3−L1細胞において実施例8に記載のものと本質的に同様にカスパーゼアッセイを実施した。カスパーゼアッセイは、HeLa細胞では2μMの修飾オリゴヌクレオチドの自然取り込みによって実施し、b.END3細胞では50μMの修飾オリゴヌクレオチドの自然取り込みによって実施した。
Figure 2021512629
実施例46
修飾オリゴヌクレオチド464932または修飾オリゴヌクレオチド464917のインビボの毒性及び活性の経時変化
上の実施例45に記載の修飾オリゴヌクレオチド464932、または上の実施例4に記載の修飾オリゴヌクレオチド464917を33mg/kgでBALB/Cマウスに皮下投与した。それぞれの投与群に由来するマウスを、それぞれの指定時点で3匹屠殺し、mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。血漿中のALT値は、臨床化学分析装置を使用して取得し、生理食塩水で処理した動物に正規化した。
Figure 2021512629
実施例47
修飾オリゴヌクレオチド558807または修飾オリゴヌクレオチド558765のインビボの毒性及び活性の経時変化
修飾オリゴヌクレオチド558765は、完全なホスホロチオエート骨格、及びACATCTTCAGATCATTという配列(配列番号144)を有する3−10−3cEtギャップマーである。修飾オリゴヌクレオチド558807または修飾オリゴヌクレオチド558765を51mg/kgでBALB/Cマウスに皮下投与した。それぞれの投与群に由来するマウスを、それぞれの指定時点で3匹屠殺し、mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。血漿中のALT値は、臨床化学分析装置を使用して取得し、生理食塩水で処理した動物に正規化した。
Figure 2021512629
実施例48
2’−OMe修飾ヌクレオシドを中央領域に組み込むことによるインビボの毒性の改善
BALB/cマウスに対して、558807を1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、もしくは50mg/kgで投与するか、または936053を1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、100mg/
kg、200mg/kg、もしくは300mg/kgで投与し、72時間後に当該BALB/cマウスを屠殺した。臨床化学分析装置を用いてALTの血漿中レベルを測定すると共に、mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。治療指数(TI)は、ED50によって最大非毒性用量を割ったものとして計算した。化合物936053は、化合物の5’末端から数えると位置5または中央領域の位置2に2’−OMe基が存在することのみが化合物558807と異なる。
Figure 2021512629
実施例49
FXIを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの毒性の改善
修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgでBALB/cマウスに投与した。それぞれの群には3匹のマウスを含めた。4匹のマウスの群には、対照としてPBSを投与した。臨床化学分析装置を用いてALTの血漿中レベルを測定すると共に、mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。修飾オリゴヌクレオチドは、実施例18に記載のものである。化合物のペアはそれぞれ、以下の表において互いに隣り合わせで示されており、kkk−d(10)−kkkというモチーフを有する化合物(464xxx)と、kkk−d−m−d(8)−kkkというモチーフを有する同じ配列の化合物(1133xxx)と、を示す。元の配列の位置5がTの場合、このヌクレオシドは、kkk−d−m−d(8)−kkk配列では2’−OMeUである。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例50
HDAC2を標的とする修飾オリゴヌクレオチドの毒性の改善
修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、または150mg/kgでBALB/cマウスに投与した。それぞれの群には3匹のマウスを含めた。4匹のマウスの群には、対照としてPBSを投与した。臨床化学分析装置を用いてALTの血漿中レベルを測定すると共に、mRNAを単離し、実施例1に記載のように分析した。修飾オリゴヌクレオチドは、実施例19に記載のものである。化合物のペアはそれぞれ、以下の表において互いに隣り合わせで示されており、kkk−d(10)−kkkというモチーフを有する化合物(546xxx)と、kkk−d−m−d(8)−kkkというモチーフを有する同じ配列の化合物(1133xxx)と、を示す。元の配列の位置5がTの場合、このヌクレオシドは、kkk−d−m−d(8)−kkk配列では2’−OMeUである。
Figure 2021512629
実施例51
修飾オリゴヌクレオチドの毒性の改善
Balb/cマウスにおけるインビボの毒性について修飾オリゴヌクレオチドを試験した。化合物865060は、kkk−d(10)−kkkkというモチーフを有し、化合物865061は、kkkk−d(10)−kkkというモチーフを有する。化合物1269430及び化合物1269431は、中央領域の2番目の位置に2’−OMe修飾糖部分を含むこと以外は、それぞれ865060及び865061と同一の化合物である。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
インビボの毒性試験については、群当たり3匹のBALB/cマウスに対して修飾オリゴヌクレオチドを皮下注射によって指定用量で投与し、72時間後に当該BALB/cマウスを屠殺した。4匹の動物には、生理食塩水を投与して対照とした。実施例1に記載のようにRT−PCRを実施することで、CXCL12、P21、Tnfrsf10b、及びGadd45aのmRNAレベルを決定した。ALTの血漿中レベルは、自動臨床化学分析装置を使用して測定した。ALTの上昇は、急性肝毒性の指標である。
以下の表中のインビトロの毒性試験については、3T3−L1細胞において実施例8に記載のものと本質的に同様にカスパーゼアッセイを実施し、実施例11に記載のように核小体のp54nrbのパーセントを可視化し、実施例11に記載のようにp21のmRNAレベルを決定した。
Figure 2021512629
実施例52
修飾オリゴヌクレオチドの長期毒性の改善
Balb/cマウスにおけるインビボの毒性について修飾オリゴヌクレオチドを試験した。修飾オリゴヌクレオチドを1週間に1回の投与頻度で50mg/kgでマウスに6週間投与し、自動臨床化学分析装置を使用してALTを測定した。以下の表中の化合物は、実施例13に記載のものである。化合物のペアはそれぞれ、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフを有するオリゴヌクレオチド(上)と、kkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有する同じ配列のオリゴヌクレオチド(下)と、を示す。
Figure 2021512629
実施例53
546118に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、3’末端でTHA−GalNAc複合基と結合している。THA−GalNacは、以下の構造:
Figure 2021512629

を指し、式中、リン酸基は、3’ヌクレオシドの3’−酸素原子に付加される。
インビボのHDAC2のmRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルも測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.023mg/kg、0.067mg/kg、0.2mg/kg、0.6mg/kg、1.8mg/kg、5.4mg/kg、15mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
実施例54
上の実施例19に記載の546110に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、上の実施例53に記載のように、3’末端でTHA−GalNAc複合基と結合している。インビボのHDAC2のmRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルも測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下
に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.016mg/kg、0.08mg/kg、0.40mg/kg、2.0mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
実施例55
上の実施例13に記載のように、747149に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、上の実施例53に記載のように、3’末端でTHA−GalNAc複合基と結合している。インビボのFBO1AのmRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルも測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.025mg/kg、0.10mg/kg、0.40mg/kg、1.6mg/kg、6.4mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。
Figure 2021512629
実施例56
上の実施例18に記載のように、464924に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、上の実施例53に記載のように、3’末端でTHA−GalNAc複合基と結合している。インビボのFXIのmRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルも測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを0.025mg/kg、0.10mg/kg、0.40mg/kg、1.6mg/kg、6.4mg/kg、もしくは50mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
実施例57
5’−アルキル修飾のインビボの導入
中央領域に5’−アルキル修飾ヌクレオシドを含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。
インビボの標的mRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)を測定した。
以下の表中のインビトロの毒性試験については、Hepa1−6細胞において実施例8に記載のものと本質的に同様にカスパーゼアッセイを実施した。
以下の表中のインビボの毒性試験及び活性試験については、6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、もしくは150mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「[(R)−μ]」という下付き文字は、5’−(R)−Me−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。「[(R)−ε]」という下付き文字は、5’−(R)−エチル−β−D−2’−デオキシリボシル糖部分を示す。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例58
キラルホスホロチオエート結合を有するヌクレオシド
キラル制御されたホスホロチオエート結合を中央領域に含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。化合物はそれぞれ、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」はそれぞれ、2’−拘束エチル修飾糖部分を示し、「d」はそれぞれ、2’−デオキシ糖部分を示す。ヌクレオシド間結合1、ヌクレオシド間結合2、ヌクレオシド間結合3、ヌクレオシド間結合14、及びヌクレオシド間結合15は、立体ランダムなホスホロチオエート結合である。ヌクレオシド間結合4〜13は、以下の表に示される立体化学を有し、式中、「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629

Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有する
ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。
インビトロの活性試験については、3T3−L1細胞を20,000個細胞/ウェルで播種し、27nM、80nM、250nM、740nM、2,222nM、6,667nM、または20,000nMの修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔によって当該3T3−L1細胞にトランスフェクトした。mRNAを収集し、RT−qPCRによって分析した。CXCL12のmRNAは、プライマープローブセットRTS2605(フォワード配列CCAGAGCCAACGTCAAGCAT(配列番号9)、リバース配列:CAGCCGTGCAACAATCTGAA(配列番号10)、プローブ配列:TGAAAATCCTCAACACTCCAAACTGTGCC(配列番号11))を用いて検出し、P21のmRNAは、プライマープローブセットMm04207341_m1(ThermoFisher)を用いて検出した。
カスパーゼ−3及びカスパーゼ−7の活性化は、Caspase−Glo(登録商標)3/7アッセイ系(G8090,Promega)を使用して測定した。カスパーゼ活性化のレベルは、アポトーシス細胞死と相関するものである。結果は、修飾オリゴヌクレオチドで処理していない対照細胞におけるカスパーゼ活性化に対して示される。HeLa細胞におけるp54nrbの局在化は、共焦点顕微鏡法を用いて可視化した。lipofectamine2000によって200nMの修飾オリゴヌクレオチドをHeLa細胞に2時間トランスフェクトした後、mP54抗体(Santa Cruz Biotech,sc−376865)によって細胞タンパク質p54nrbを染色し、細胞の核の染色にはDAPIを使用した。核小体にp54nrbが存在する細胞の数、及び細胞の総数を画像中で数えた。それぞれの化合物の自己構造のTmを決定した。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
実施例59
キラルホスホロチオエート結合及び3’−GalNAcを有するヌクレオシド
キラル制御されたホスホロチオエート結合を中央領域に含むと共に、3’−THA−GalNAcを含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。化合物はそれぞれ、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」はそれぞれ、2’−拘束エチル修飾糖部分を示し、「d」はそれぞれ、2’−デオキシ糖部分を示す。ヌクレオシド間結合1、ヌクレオシド間結合2、ヌクレオシド間結合3、ヌクレオシド間結合14、及びヌクレオシド間結合15は、立体ランダムなホスホロチオエート結合である。ヌクレオシド間結合4〜13は、以下の表に示される立体化学を有し、式中、「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。
THA−GalNAcは、分子の3’末端に存在する以下の構造:
Figure 2021512629

を指し、式中、リン酸基は、3’ヌクレオシドの3’−酸素原子に付加される。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という上付き文字は、5−メチルシトシンを示す。「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。
Figure 2021512629
実施例60
含有するヌクレオシド間結合の2つがキラルリン酸結合であり、その他は立体ランダムなホスホロチオエートであるオリゴヌクレオチド
キラル制御されたホスホロチオエート結合を中央領域の2つの位置に含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK
NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。1273959〜1273967の範囲の識別子を有する化合物はそれぞれ、kkk−d(10)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」はそれぞれ、2’−拘束エチル修飾糖部分を示し、「d」はそれぞれ、2’−デオキシ糖部分を示す。1276491〜1276497の範囲の識別子を有する化合物はそれぞれ、kkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」はそれぞれ、cEtを示し、「d」はそれぞれ、ヌクレオシドが非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むことを示し、「m」はそれぞれ、ヌクレオシドが2’−Oメチル修飾糖部分を含むことを示す。ヌクレオシド間結合は、以下の表に示されるとおりであり、式中、「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。化合物はそれぞれ、「Rp/Sp」単位を含み、この「Rp/Sp」単位は、5’→3’の向きで、(Rp)配置を有するヌクレオシド間結合の後に、(Sp)配置を有するヌクレオシド間結合を含む。
上の実施例1に記載のように、化合物によるカスパーゼ活性化を3T3−L1細胞において試験した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「s」という下付き文字は、立体ランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「r」という下付き文字は、(Rp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「q」という下付き文字は、(Sp)配置を有するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という下付き文字は、2’−Oメチル修飾糖部分を示す。
Figure 2021512629
実施例61
化合物546108、化合物546118、化合物465178、及び化合物694804(それぞれ実施例18、実施例18、実施例19、及び実施例13に記載のもの)に基づいて修飾オリゴヌクレオチドを設計した。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にmCを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、5−メチル基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、3’末端でTHA−GalNAc複合基と結合している。単回用量での72時間後のインビボの毒性についてオリゴヌクレオチドを評価した。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを50mg/kgで1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。
Figure 2021512629
実施例62
HDAC2に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの遅発性毒性に対する2’−OMe組み込みの効果
以下の表に示されるように2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(10)−kkk(「親」)またはkkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にTを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。親オリゴヌクレオチドkkk−d(10)−kkkの位置5(5’末端から数えた位置)にCを有する配列については、kkk−d−m−d(8)−kkkは、5−メチル基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。以下の表中の修飾オリゴヌクレオチドは、表中の化学表記によって示されるように、soossssssssssosまたはsoosossssssssosという混在型骨格モチーフを有し、式中、「s」はそれぞれ、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、「o」はそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を示す。
以下の表中のインビボの毒性試験については、群当たり4匹の雌性C57/Bl6マウスに対して脳室内(ICV)注射によって300μgの修飾オリゴヌクレオチドを投与した。注射から8週間後の時点で、7つの異なる基準に従ってマウスを評価した。これらの基準は、(1)マウスが活動性、警戒性、及び反応性を有したか、(2)刺激を与えずともマウスが起立またはかがみ込みを行ったか、(3)刺激を与えずともマウスがなんらかの動作を示したか、(4)マウスが持ち上げられた後に前方に向かう動作を示したか、(
5)マウスが持ち上げられた後になんらかの動作を示したか、(6)尾部の圧迫にマウスが反応したか、(7)呼吸が規則的であったか、である。これら7つの基準のそれぞれについて、基準を満たす場合は0のサブスコアをマウスに与え、基準を見たさない場合は1のサブスコアをマウスに与えた。7つの基準をすべて評価した後、それぞれのマウスについてFOBスコアを合計し、それぞれの処理群内で平均化した。結果は、以下の表に示される。
Figure 2021512629
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。「x」という下付き文字は、MOPヌクレオシド間結合を示す。
実施例63
さまざまな位置への2’−OMeの組み込みの効果
以下の表に示されるように、2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d−m−d(8)−kkk、kkk−d(8)−m−d−kkk、またはkkk−mm−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。親配列が2’−OMe−修飾位置にTを有するものについては、修飾配列は、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。親配列が2’−OMe−修飾位置にmCを有するものについては、修飾配列は、5−メチル基を含まない2’−OMe修飾Cを当該位置に含む。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを1.8mg/kg、5.5mg/kg、16.7mg/kg、50mg/kg、もしくは150mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。インビボの標的mRNA発現レベルの低減についてオリゴヌクレオチドを評価した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルも測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
Figure 2021512629
実施例63
中央領域に11個のヌクレオシドを有する修飾オリゴヌクレオチドへの2’−OMeの組み込みの効果
以下の表に示されるように、2’修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(11)−kkk、kkk−d−m−d(9)−kkk、またはkkk−dd−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル修飾糖部分を示す。親配列が2’−OMe−修飾位置にTを有するものについては、修飾配列は、当該位置に2’−OMe修飾Uを含む。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを
示す。
6週齢のBALB/Cマウス(Charles Riverから購入)に対して、以下の表に示される修飾オリゴヌクレオチドを50mg/kgもしくは150mg/kgの用量で1回皮下注射するか、または対照として生理食塩水を1回皮下注射した。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。P21及びTnfrsf10bのmRNAレベルを測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
Figure 2021512629
実施例65
腎毒性に対する修飾オリゴヌクレオチドへの2’−OMeの組み込みの効果
以下の表に示されるように修飾オリゴヌクレオチドを合成した。これらの化合物は、kkk−d(10)−kkkまたはkkk−d−m−d(8)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「m」は、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。
Figure 2021512629
「d」という下付き文字は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示す。「e」という下付き文字は、2’−MOE−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「m」という下付き文字は、2’−O−メチル−β−D−リボフラノシル糖部分を示す。「k」という下付き文字は、cEtを示す。「s」という下付き文字は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。「m」という上付き文字が前に付くCは、5−メチルシトシンを示す。
8〜10週齢のSprague Dawley系ラットに対して、以下に示される修飾オリゴヌクレオチドを50mg/kg/週の用量で皮下注射するか、または対照として生理食塩水を皮下注射し、この投与を2週間継続した(総注射回数3)。それぞれの処理群は、3匹の動物からなる群とした。投与から72時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析に向けて臓器及び血漿を収集した。KIM−1、NGAL、P21、及びTnfrsf10bのmRNAレベルを測定した。プライマープローブセットrHAVCR1(フォワード配列:GGGATTACAGAGATCGTGACTGATT(配列番号148)、リバース配列:TGCAGCTGGAAGAACCAAAA(配列番号149)、プローブ配列CAGAGTAAAATACCCATTCCAGCTCCTGGG(配列番号150))を使用してKIM−1を測定し、プライマープローブセットRTS4389(フォワード配列:GATTCGTCAGCTTTGCCAAGT(配列番号151)、リバース配列:CGTCTGTTCAGTTGTCAATGCA(配列番号152)、プローブ配列TCTGGGCCTCAAGGATAACAACATCGTTT(配列番号153))を使用してNGALを測定した。それぞれの用量に対するトランスアミナーゼレベル(ALT及びAST)も測定した。
Figure 2021512629
実施例66
中央領域の位置2及び位置3の化学がさまざまなヌクレオシド
中央領域の位置2に改変ヌクレオチドを含む修飾オリゴヌクレオチドを合成した。以下の表中の化合物は、マウスのFXIに100%相補的である。オリゴヌクレオチドの配列は、以下の表に示されるように、GTTATTGTGGTTGGCG(配列番号81)、GTTAUTGTGGTTGGCG(配列番号133)、またはGTTATUGTGGTTGGCG(配列番号154)である。これらの化合物は、kkk−d−Z−d(8)−kkkまたはkkk−dd−Z−d(7)−kkkという糖モチーフを有し、式中、「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「Z」は、ヌクレオチドが以下の表139に示されるように修飾を含むこと示す。
上の実施例1に記載のものと本質的に同様に、化合物によるカスパーゼ活性化を3T3−L1細胞において試験した。
Figure 2021512629
「cEt」は、本明細書に示される意味を有する。「2’−MOE」は、本明細書に示される意味を有する。「2’−OMe」は、本明細書に示される意味を有する。「2’−FANA」は、2’−F−β−D−アラビノフラノシル修飾糖部分を示す。「F−HNA」は、本明細書に示される意味を有する。「2’−リボ−F」は、2’−フルオロリボースを示す。「LNA」は、本明細書に示される意味を有する。「α−L−LNA」は、本明細書に示される意味を有する。「ENA」は、本明細書に示される意味を有する。
実施例67
中央領域の位置2及び位置3の化学特性がさまざまなヌクレオシド
中央領域に2’−5’ヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドを、以下の表に示されるように合成した。「k」は、cEtを示し、「d」は、非修飾2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を示し、「25s」は、2’−5’ヌクレオシド間結合を示す。2’−5’ヌクレオシド間結合の例は、以下に示される:
Figure 2021512629
これらの修飾オリゴヌクレオチドを、改変ヌクレオシド間結合を含むヌクレオチドを中央領域に含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチド(5’領域及び3’領域のそれぞれに3つのcEtヌクレオシドを有し、中央領域に10個のDNAヌクレオシドを有する3−10−3cEtギャップマー)(化合物558807)と比較した。修飾オリゴヌクレオチドは、中央領域の位置2に2’OMeを有する修飾オリゴヌクレオチド(化合物936053)とも比較した。カスパーゼ活性によって示されるように、中央領域のある特定の位置に2’−5’ヌクレオシド間結合を配置すると、改変ヌクレオシド間結合を含まないこと以外は同一の修飾オリゴヌクレオチドと比較してカスパーゼ活性が減少する。以下の表中の化合物は、マウスのCXCL12(GENBANK NT_039353.7の69430515〜69445350の区間の配列)(配列番号1)に対して位置6877〜6892において100%相補的である。
上の実施例1に記載のものと本質的に同様に、化合物によるカスパーゼ活性化をHepa1−6細胞において試験した。結果は、以下の表に示される。
Figure 2021512629

Claims (18)

  1. 14〜16個の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、5’領域、中央領域、及び3’領域を有し、
    前記5’領域が、4’−2’架橋型の二環式糖部分をそれぞれが含む1〜3つの連結ヌクレオシドからなり、
    前記3’領域が、4’−2’架橋型の二環式糖部分をそれぞれが含む1〜3つの連結ヌクレオシドからなり、
    前記中央領域が、9〜10個の連結ヌクレオシドからなり、前記中央領域が、下記の式:
    (N)(N)(N
    を有し、式中、Nが、2’−OMe−β−D−リボフラノシル糖部分を含むヌクレオシドであり、Nがそれぞれ、2’−β−D−デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドであり、
    nが、7または8である前記オリゴマー化合物。
  2. 前記5’領域が、3つのヌクレオシドからなる、請求項1に記載のオリゴマー化合物。
  3. 前記3’領域が、3つのヌクレオシドからなる、請求項1または請求項2に記載のオリゴマー化合物。
  4. 前記5’領域のそれぞれのヌクレオシドの4’−2’架橋型の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAから独立して選択される、請求項1〜3のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  5. 前記3’領域のそれぞれのヌクレオシドの4’−2’架橋型の二環式糖部分がそれぞれ、cEt、LNA、及びENAから独立して選択される、請求項1〜4のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  6. 前記3’領域及び前記5’領域のそれぞれのヌクレオシドの2’−4’二環式糖部分がそれぞれ、cEtである、請求項1〜5のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  7. 前記修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドの核酸塩基がそれぞれ、チミン、ウラシル、グアニン、シトシン、5−メチルシトシン、及びアデニンのうちから独立して選択される、請求項1〜6のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  8. ヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、請求項1〜7のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  9. 前記中央領域内のヌクレオシド間結合の1つが、メトキシプロピルヌクレオシド間結合であり、前記修飾オリゴヌクレオチドにおける残りのヌクレオシド間結合がそれぞれ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合のうちから独立して選択される、請求項1〜8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  10. 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、標的RNAに対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である、請求項1〜9のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  11. 前記標的RNAが、標的mRNAまたは標的pre−mRNAである、請求項10に記載のオリゴマー化合物。
  12. 前記標的RNAが、マウス、ラット、サル、またはヒトのPTEN、SRB−1、MYD11、HTT、SOD1、またはアルファ−シヌクレインのmRNAではない、請求項10に記載のオリゴマー化合物。
  13. 前記標的RNAが、肝臓において発現する、請求項1〜12のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  14. 前記標的RNAが、中枢神経系において発現する、請求項1〜13のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  15. 前記標的RNAが、がん細胞において発現する、請求項1〜14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  16. 前記標的RNAが、筋細胞において発現する、請求項1〜15のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  17. 前記標的RNAが、MeCP2のRNA、DUX4のRNA、HDAC2のRNA、APPのRNA、アタキシン1のRNA、アタキシン2のRNA、アタキシン3のRNA、アタキシン6のRNA、アタキシン7のRNA、C9ORF72のRNA、UBE3AのRNA、プリオンのRNA、PMP22のRNA、タウのRNA、LRRK2のRNA、LINGO2のRNA、GYS1のRNA、KCNT1のRNA、IRF8のRNA、プログラニュリンのRNA、またはGFAPのRNAから選択される、請求項1〜15のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  18. 前記標的RNAの発現を調節することが、障害または状態の治療と関連する、請求項1〜17のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
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