JP2024038076A - Ａｔｘｎ２発現を低減するための化合物及び方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】ＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量または活性を低減するオリゴマー化合物、疾患を治療するための方法、及び薬学的組成物を提供する。【解決手段】一態様として、１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、該修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ２核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、該修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、オリゴマー化合物である。そのような化合物、方法、及び薬学的組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。そのような症状及び特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成を含む。そのような神経変性疾患は、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムを含む。【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、電子形式で配列表と共に出願されている。配列表は、サイズが８４７ＫＢである、２０１９年７月１１日に作成されたＢＩＯＬ０３２１ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔのファイル名で提供される。配列表の電子形式での情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
細胞または動物におけるＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量または活性を低減するため、そしてある特定の例では、細胞または動物におけるアタキシン－２タンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び薬学的組成物が提供される。そのような化合物、方法、及び薬学的組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。そのような症状及び特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成を含む。そのような神経変性疾患は、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムを含む。
脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）は、小脳、脳幹、及び脊髄の神経細胞の進行性機能及び細胞損失によって特徴付けられる常染色体優性神経変性疾患である。ＳＣＡ２の原因は、アタキシン－２タンパク質においてポリグルタミン（ｐｏｌｙＱ）伸長をもたらすＡＴＸＮ２遺伝子におけるＣＡＧ伸長である。ＳＣＡ２を有する患者は、進行性小脳失調症、遅い衝動性眼球運動、及び神経障害などの他の神経学的特徴によって特徴付けられる（Ｐｕｌｓｔ，Ｓ．Ｍ．（ｅｄ．），Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｍｏｖｅｍｅｎｔ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ．Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｉｎｃ．，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，２００３，ｐｐ．１９－３４．）。ＡＴＸＮ２遺伝子における中程度のＣＡＧ伸長はまた、特発性形態のこれらの疾患と区別がつかないパーキンソニズムまたは筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）と関連する（Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｎｅｕｒｏｌ．，２００７，６４：１５１０－１５１８、Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，２０：３２０７－３２１２、Ｃｏｒｒａｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，２０１１，１３０：５７５－５８０、Ｅｌｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１０，４６６：１０６９－１０７５、Ｖａｎ Ｄａｍｍｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２０１１，７６：２０６６－２０７２）。
ｐｏｌｙＱ伸長と共に生じるｐｏｌｙＱ疾患タンパク質の病原性機能は、核内封入体の発達または可溶性毒性オリゴマーと関連する毒性の獲得に起因し得る（Ｌａｊｏｉｅ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，２０１１，５：ｅ１５２４５）。ＳＣＡ２患者の脳は、プルキンエ細胞の損失によって特徴付けられるが、一方、ＳＣＡ２プルキンエ細胞は、封入体を欠乏し、封入体形成とは関連のないｐｏｌｙＱ－伸長アタキシン－２が毒性を引き起こし得ることを示す（Ｈｕｙｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．，１９９９，４５：２３２－２４１）。ｐｏｌｙＱ－伸長アタキシン－２で得られる機能は、ゴルジ体の異常な蓄積（Ｈｕｙｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２００３，１２：１４８５－１４９６）、正常機能獲得（Ｄｕｖｉｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒ
ｏｎ，２０１０，６７：９２９－９３５）、ならびに他のｐｏｌｙＱタンパク質などの転写因子（ＴＦ）及びグリセルアルデヒド－３－ホスフェートデヒドロゲナーゼの隔離（Ｙａｍａｎａｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１０：６４８，２１５－２２９、Ｋｏｓｈｙ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，１９９６，５：１３１１－１３１８、Ｂｕｒｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，１９９６，２：３４７－３５０）を含み得る。アタキシン－２のいくつかの正常な機能が特徴付けられている。アタキシン－２は、ストレス顆粒及びＰボディ中に存在し、ｍＲＮＡを隔離すること及びストレス中のタンパク質翻訳調節における機能を提案する（Ｎｏｎｈｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ，２００７，１８：１３８５－１３９６）。アタキシン－２の過剰発現は、Ｐボディアセンブリに干渉したが、一方で、過小発現は、ストレス顆粒アセンブリに干渉した（Ｎｏｎｈｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ，２００７，１８：１３８５－１３９６）。ｐｏｌｙＡ－結合タンパク質１、ＲＮＡスプライシング因子Ａ２ＢＰ１／Ｆｏｘ１、及びポリリボソームとの相互作用は、ＲＮＡ代謝におけるアタキシン－２の役割をさらに支持する（Ｓｈｉｂａｔａ ｅｔ
ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２０００，９：１３０３－１３１３、Ｃｉｏｓｋ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，２００４，１３１：４８３１－４８４１、Ｓａｔｔｅｒｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２００６，１５：２５２３－２５３２）。アタキシン－２は、ＥＧＦ受容体の内部移行ならびにＳＲＣキナーゼ及びエンドサイトーシスタンパク質ＣＩＮ８５とのその相互作用によるシグナル伝達のレギュレーターである。（Ｎｏｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌ．，２００８，２０：１７２５－１７３９）。アタキシン－２はまた、ＲＮＡ依存性様式でＡＬＳ関連タンパク質ＴＤＰ－４３と相互作用し、家族性及び散発性ＡＬＳは、長い正常ＣＡＧ繰り返し伸長ＡＴＸＮ２の発生と関連する（Ｅｌｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１０，４６６：１０６９－１０７５；Ｖａｎ Ｄａｍｍｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２０１１，７６：２０６６－２０７２）。
現在、そのような神経変性疾患を治療するための許容される選択肢が不足している。したがって、そのような疾患の治療のための方法を提供することが本明細書の目標である。
ＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量または活性を低減するため、ある特定の実施形態では、細胞または動物におけるアタキシン－２タンパク質の量を低減するための化合物、方法、及び薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、動物は、神経変性疾患を有する。ある特定の実施形態では、動物は、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムを有する。ある特定の実施形態では、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡの発現を低減するのに有用な化合物は、オリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。
神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用な方法もまた提供される。ある特定の実施形態では、神経変性疾患は、ＳＣＡ２、ＡＬＳ、またはパーキンソニズムである。ある特定の実施形態では、症状及び特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成を含む。ある特定の実施形態では、これらの症状の改善は、改善された運動機能、低減された神経障害、及び凝集体の数の低減をもたらす。
前述の概要及び以下の詳細な説明は共に、例示的かつ説明的であるに過ぎず、制限するものではないことを理解されたい。本明細書において、単数の使用は、特に明記されない限り、複数を含む。本明細書で使用される場合、「または（ｏｒ）」の使用は、特に明記されない限り、「及び／または」を意味する。さらに、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語、ならびに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ
）」などの他の形態の使用は、制限するものではない。また、「要素」または「構成要素」などの用語は、特に別段の定めのない限り、１つのユニットを含む要素及び構成要素、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び構成要素の両方を包含する。
本明細書で使用される項の見出しは、構造的目的のためのみであり、記載される主題を限定するものとして解釈されるべきではない。これらに限定されないが、特許、特許出願、論説、書物、及び論文を含む、この出願に列挙される全ての書類、または書類の一部は、本明細書で考察される書類の一部、ならびにそれらの全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる。
定義
特定の定義が提供されない限り、本明細書に記載される分析化学、有機合成化学、ならびに医薬的及び薬学的化学に関連して使用される用語法、ならびにそれらの手順及び技法は、当該技術分野で周知のものであり、一般的に使用される。許される場合、本開示全体において参照される全ての特許、出願、公開された出願、ならびに他の出版物及び他のデータは、それらの全体が本明細書において参照により組み込まれる。
別段の指示がない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
本明細書で使用される場合、「２’－デオキシヌクレオシド」とは、天然型のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出されるような、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、修飾された核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用される場合、「２’－置換ヌクレオシド」とは、２’－置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される場合、糖部分に関する「２’－置換」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「５－メチルシトシン」とは、５位置に結合されたメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは、修飾された核酸塩基である。
本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、薬学的剤を動物に提供することを意味する。
本明細書で使用される場合、「動物」とは、ヒトまたは非ヒト動物を意味する。
本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因し得る任意の検出可能な及び／または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の不在下で標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
本明細書で使用される場合、「アンチセンス化合物」とは、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することができるオリゴマー化合物を意味する。
本明細書で使用される場合、治療に関連する「改善する」とは、治療の不在下で同じ症状に対する少なくとも１つの症状における改善を意味する。ある特定の実施形態では、改善は、症状の重症度もしくは頻度の低減、または症状の発症の遅延、または症状の重症度もしくは頻度の進行の遅延である。ある特定の実施形態では、症状または特徴は、運動失調、神経障害、及び凝集体形成である。ある特定の実施形態では、これらの症状の改善は
、改善された運動機能、低減された神経障害、または凝集体の数の低減をもたらす。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾された糖部分を意味し、第２の環は、第１の環において原子のうち２つを接続する架橋を介して形成され、それにより二環式構造を形成する。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
本明細書で使用される場合、「切断可能な部分」とは、生理学的条件下、例えば、細胞、動物、またはヒト内で切断される原子の結合または群を意味する。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関連する「相補的」とは、オリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基及び別の核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基の少なくとも７０％は、オリゴヌクレオチド及び他方の核酸の核酸塩基配列が反対の方向に整列されている場合に、互いに水素結合することができることを意味する。相補的核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的核酸塩基対は、アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）を含む。相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸は、各ヌクレオシドで核酸塩基相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかの不適合が耐容される。本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関連する「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドで別のオリゴヌクレオチドまたは核酸と相補的であることを意味する。
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート基（conjugate group）」とは、オリゴ
ヌクレオチドに直接的に結合される原子の群を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーを含む。
本明細書で使用される場合、「コンジュゲートリンカー」とは、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに接続する少なくとも１つの結合を含む原子の単結合または群を意味する。
本明細書で使用される場合、「コンジュゲート部分」とは、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される原子の群を意味する。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドの文脈における「隣接する」とは、ヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、または互いにすぐに隣接するヌクレオシド間結合を指す。例えば、「隣接する核酸塩基」とは、配列において互いにすぐに隣接する核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」または「ｃＥｔ修飾された糖」とは、β－Ｄリボシル二環式糖部分を意味し、二環式糖の第２の環は、４’－炭素及びβ－Ｄリボシル糖部分の２’－炭素を接続する架橋を介して形成され、架橋は、式４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、架橋のメチル基は、Ｓ配置にある。
本明細書で使用される場合、「ｃＥｔヌクレオシド」とは、ｃＥｔ修飾された糖を含む
ヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「キラル的に濃縮された集団」とは、同一の分子式の複数の分子を意味し、特定のキラル中心で特定の立体化学的配置を含む集団内の分子の数または割合は、特定のキラル中心がステレオランダムであった場合に、集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学的配置を含むと予期される分子の数または割合よりも大きい。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル的に濃縮された集団は、１つ以上のステレオランダムキラル中心を含み得る。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物である。
本明細書で使用される場合、「ギャップマー」とは、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置するＲＮａｓｅ Ｈ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含む修飾されたオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドまたは外部領域を含むヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」と称されてもよく、外部領域は、「ウイング」と称されてもよい。別段の指示がない限り、「ギャップマー」は、糖モチーフを指す。別段の指示がない限り、ギャップマーのギャップのヌクレオシドの糖部分は、修飾されていない２’－デオキシリボシルである。したがって、「ＭＯＥギャップマー」は、ウイング及び２’－デオキシヌクレオシドのギャップの両方において２’－ＭＯＥヌクレオシドの糖モチーフを有するギャップマーを示す。別段の指示がない限り、ＭＯＥギャップマーは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合及び／または修飾された核酸塩基を含み得、そのような修飾は、必ずしも糖修飾のギャップマーのパターンに従うわけではない。
本明細書で使用される場合、「ホットスポット領域」は、標的核酸の量または活性のオリゴマー化合物媒介低減に適合する標的核酸の核酸塩基の範囲である。
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴヌクレオチド及び／または核酸の対合またはアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般定なメカニズムは、相補的核酸塩基の間の、Ｗａｔｓｏｎ－Ｃｒｉｃｋ、Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎまたは逆Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎ水素結合であり得る水素結合に関与する。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」という用語は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間の共有結合である。本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子のうちの１つが硫黄原子で置き換えられる修飾されたヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される場合、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接または間接的のいずれかで結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に配置される。リンカーヌクレオシドは、たとえそれらがオリゴヌクレオチドと隣接していても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部と考えられていない。
本明細書で使用される場合、「非二環式の修飾された糖部分」とは、糖の２つの原子間に架橋を形成せず第２の環を形成する、置換などの修飾を含む修飾された糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「不適合」または「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴヌクレオチドが整列されている場合に、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される場合、「ＭＯＥ」とは、メトキシエチルを意味する。「２’－ＭＯＥ」または「２’－ＭＯＥ修飾された糖」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりに２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」とは、２’－ＭＯＥ修飾された糖を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「モチーフ」は、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び／または修飾された糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用される場合、「神経変性疾患」とは、運動機能の損失及び神経細胞の死を含む機能または構造の進行性損失を特徴とする条件を意味する。ある特定の実施形態では、神経変性疾患は、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムである。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基」は、修飾されていない核酸塩基または修飾された核酸塩基を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていない核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、またはグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用される場合、修飾された核酸塩基は、少なくとも１つの修飾されていない核酸塩基と対合することができる修飾されていないＡ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子の群である。「５－メチルシトシン」は、修飾された核酸塩基である。一般的な塩基は、５つの修飾されていない核酸塩基のうちのいずれか１つと対になることがきる修飾された核酸塩基である。本明細書で使用される場合、「核酸塩基配列」は、任意の糖またはヌクレオシド間結合修飾とは無関係の核酸またはオリゴヌクレオチドにおける隣接する核酸塩基の順番を意味する。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分はそれぞれ独立して、修飾されていないか、または修飾されている。本明細書で使用される場合、「修飾されたヌクレオシド」は、修飾された核酸塩基及び／または修飾された糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾されたヌクレオシドは、核酸塩基を欠乏する脱塩基ヌクレオシドを含む。「結合されたヌクレオシド」は、連続する配列において接続されている（すなわち、追加のヌクレオシドが結合されているものの間に存在しない）ヌクレオシドである。
本明細書で使用される場合、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び任意に、コンジュゲート基または末端基などの１つ以上の追加の特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物と相補的な第２のオリゴマー化合物と対になっていてもよく、または対になっていなくてもよい。「一本鎖オリゴマー化合物」は、不対オリゴマー化合物である。用語「オリゴマー二本鎖」とは、相補的核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成される二本鎖を意味する。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物は、「二本鎖オリゴマー化合物」と称され得る。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介して接続される結合されたヌクレオシドの鎖を意味し、各ヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は、修飾されているか、または修飾されていない。特に指示がない限り、オリゴヌクレオチドは、８～５０個の結合されたヌクレオシドからなる。本明細書で使用される場合、「修飾されたオリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドを意味し、少なくとも１
つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合は、修飾されている。本明細書で使用される場合、「修飾されていないオリゴヌクレオチド」とは、任意のヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾を含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体または希釈剤」とは、動物に投与することにおいて使用するのに好適な任意の物質を意味する。ある特定のそのような担体は、薬学的組成物が、例えば、対象による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ剤、スラリー、懸濁剤、及びトローチ剤として製剤化されることを可能にする。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、減菌食塩水、減菌緩衝溶液、または減菌人工脳脊髄液である。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩を意味する。薬学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、所望でないそれに対する毒物学的効果を与えない。
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」とは、対象に投与するのに好適な物質の混合物を意味する。例えば、薬学的組成物は、オリゴマー化合物及び減菌水溶液を含み得る。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、ある特定の細胞株において自由取り込みアッセイで活性を示す。
本明細書で使用される場合、「プロドラッグ」とは、動物またはその細胞内の異なる形態に変換される体外の形態である治療剤を意味する。典型的には、動物内のプロドラッグの変換は、酵素（例えば、内因性またはウイルス性酵素）または細胞もしくは組織中に存在する化学物質の作用によって及び／または生理的状態によって促進される。
本明細書で使用される場合、「量または活性を低減または阻害する」は、治療されていないまたは対照試料における転写発現または活性に対する転写発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも転写発現または活性の全排除を示すわけではない。
本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ化合物」とは、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して作用し、標的核酸及び／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物は、これらに限定されないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣物を含むｍｉｃｒｏＲＮＡを含む。ある特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語は、ＲＮａｓｅ Ｈを介して作用するアンチセンス化合物を除外する。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドに関連する「自己相補的」とは、それ自体に少なくとも部分的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「標準細胞アッセイ」とは、実施例３に記載されるアッセイ及びその合理的な変形を意味する。
本明細書で使用される場合、「標準インビボアッセイ」とは、実施例１５に記載される実験、及びその合理的な変形を意味する。
本明細書で使用される場合、同一の分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダムキラル中心」とは、ランダム立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムキラル中心を含む分子の集団において、ステレオランダムキラル中心の（Ｓ）配置を有する分子の数は、ステレオランダムキラル中心の（Ｒ）配置を有する分
子の数と同じであり得るが、必ずしも同じであるとは限らない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合に、ランダムと考えられる。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、ステレオランダムホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される場合、「糖部分」とは、修飾されていない糖部分または修飾された糖部分を意味する。本明細書で使用される場合、「修飾されていない糖部分」とは、ＲＮＡ（「修飾されていないＲＮＡ糖部分」）中に見出されるような２’－ＯＨ（Ｈ）リボシル部分、またはＤＮＡ（「修飾されていないＤＮＡ糖部分」）中に見出されるような２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル部分を意味する。修飾されていない糖部分は、１’、３’、及び４’位置の各々で１つの水素、３’位置で酸素、及び５’位置で２つの水素を有する。本明細書で使用される場合、「修飾された糖部分」または「修飾された糖」とは、修飾されたフラノシル糖部分または糖サロゲートを意味する。
本明細書で使用される場合、「糖サロゲート」とは、核酸塩基を、オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基などの別の基に結合し得るフラノシル部分以外を有する修飾された糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾されたヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内で１つ以上の位置に抱合され得、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的オリゴマー化合物または標的核酸にハイブリダイズすることができる。
本明細書で使用される場合、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」とは、アンチセンス化合物が影響するように設計されている核酸を意味する。
本明細書で使用される場合、「標的領域」とは、オリゴマー化合物がハイブリダイズするように設計されている標的核酸の部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合された化学基または原子の群を意味する。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」とは、動物に治療効果を提供する薬学的剤の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患の症状を改善する。
ある特定の実施形態
本開示は、以下の非限定的な番号付きの実施形態を提供する。
実施形態１．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ２核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖、糖サロゲート、及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
実施形態２．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号３０～３３１９の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
実施形態３．１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少な
くとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３の等長部分、または
配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６の等長部分と相補的である、前記オリゴマー化合物。
実施形態４．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１または配列番号２の核酸塩基配列のいずれかと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、実施形態１～３のいずれか１つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態５．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１～４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態６．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態７．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態８．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、実施形態７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５～８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１０．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－ＭＯＥ修飾された糖または２’－ＯＭｅ修飾された糖を含む非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態９に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１１．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態５～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１２．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、実施形態１１に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１３．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１～５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域、
６～１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
１～５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、修飾されていない２’－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１４．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１５．前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、実施形態１４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１６．少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態１４または１５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１７．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、実施形態１４または１６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１８．各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、実施形態１４、１６、または１７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１９．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、実施形態１～１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２０．前記修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシンである、実施形態１９
に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２１．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１～２０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２２．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２３．前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、実施形態１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２４．コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２５．前記コンジュゲート基が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、実施形態２４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２６．前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、実施形態２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２７．前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、実施形態２５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２８．前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態２７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２９．前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、実施形態２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３０．前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、実施形態２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３１．末端基を含む、実施形態１～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３２．前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３３．前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、実施形態１～２７または２９～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３４．実施形態１～３１または３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二本鎖。
実施形態３５．実施形態１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３４に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
実施形態３６．実施形態１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３４に記載のオリゴマー二本鎖、及び薬学的に許容される担体または希釈剤を含む薬学的組成物。
実施形態３７．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１７１４）
またはその塩。
実施形態３８．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１２５５）
またはその塩。
実施形態３９．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１１８５）
またはその塩。
実施形態４０．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号３２３５）
またはその塩。
実施形態４１．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１５８）
またはその塩。
実施形態４２．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号２５４４）
またはその塩。
実施形態４３．前記式のナトリウム塩である、実施形態３７～４２のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
実施形態４４．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１７１４）。
実施形態４５．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１２５５）。
実施形態４６．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１１８５）。
実施形態４７．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号３２３５）。
実施形態４８．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号１５８）。
実施形態４９．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド（配列番号２５４４）。
実施形態５０．実施形態３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
実施形態５１．前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５２．前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５０または５１に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５３．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の、独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５４．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５
３に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５５．前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５６．前記集団が、５’から３’の方向で、Ｓｐ－Ｓｐ－Ｒｐ配置における少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態５０または実施形態５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
実施形態５７．実施形態３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの集団。
実施形態５８．実施形態３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容される希釈剤または担体を含む薬学的組成物。
実施形態５９．前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態５８に記載の薬学的組成物。
実施形態６０．前記薬学的組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、実施形態５９に記載の薬学的組成物。
実施形態６１．実施形態３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を動物に投与することを含む方法。
実施形態６２．ＡＴＸＮ２に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ２に関連する疾患を有するかまたはそれを発症する危険性のある個体に、治療有効量の、実施形態３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を投与し、それによりＡＴＸＮ２に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
実施形態６３．ＡＴＸＮ２に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４．前記神経変性疾患が、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムのうちのいずれかである、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６５．前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が、改善される、実施形態６４に記載の方法。
実施形態６６．前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成のうちのいずれかである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、
Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ
ｍＣｅ（配列番号１７１４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態６８．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ
Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号１２５５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態６９．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ
ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１１８５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７０．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ（配列番号３２３５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７１．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であ
って、ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ
Ｇｅｓ Ｇｅ（配列番号１５８）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７２．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ
Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号２５４４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７３．前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ＲＮＡｉ化合物である、実施形態３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態７４．前記ＲＮＡｉ化合物が、ｓｓＲＮＡまたはｓｉＲＮＡである、実施形態７３に記載のオリゴマー化合物。
Ｉ．ある特定のオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物が本明細書に提供される。オリゴヌクレオチドは、修飾されていないオリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、または修飾されたオリゴヌクレオチドであり得る。修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていないＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド（修飾された糖部分及び／または修飾された核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む。
Ａ．ある特定の修飾されたヌクレオシド
修飾されたヌクレオシドは、修飾された糖部分または修飾された核酸塩基または修飾された糖部分及び修飾された核酸塩基の両方を含む。
１．ある特定の糖部分
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、非二環式の修飾された糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。そのような糖サロゲートは、修飾された糖部分の他の種類のものに対応する１つ以上の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、そのいずれもフラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しない１つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式の修飾された糖部分である。そのような非架橋置換基は、これらに限定されないが、２’、４’、及び／または５’位置を含むフラノシルの任意の位置にあり得る。ある特定の実施形態では、非二環式の修飾された糖部分の１つ以上の非架橋置換基は、分岐である。非二環式の修飾された糖部分に好適な２’－置換基群の例には、これらに限定されないが、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。ある特定の実施形態では、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、各Ｒｍ及びＲｎは独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１－Ｃ１０アルキルであり、２’－置換基は、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載されている。これらの２’－置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基でさらに置換され得る。非二環式の修飾された糖部分に好適な４’－置換基の例には、これらに限定されないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載されるものが挙げられる。非二環式の修飾された糖部分に好適な５’－置換基群の例には、これらに限定されないが、５－メチル（ＲまたはＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシが挙げられる。ある特定の実施形態では、非二環式の修飾された糖部分は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾された糖部分及び修飾されたヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、２’－置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ－置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含み、各Ｒｍ及びＲｎは独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１－Ｃ１０アルキルである。
ある特定の実施形態では、２’－置換ヌクレオシド非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、２’－置換非二環式の修飾されたヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の修飾された糖部分は、フラノシル環の２つの原子を架橋して第２の環を形成する置換基を含み、二環式糖部分をもたらす。ある特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、４’及び２’フラノース環原子の間に架橋を含む。そのような４’～２’架橋糖置換基の例には、これらに限定されないが、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ
ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、ならびに４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’が挙げられ、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１－Ｃ１２アルキルである（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照）。
ある特定の実施形態では、そのような４’～２’架橋は独立して、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１～４個の結合された基を含み、
式中、
ｘは、０、１、または２であり、
ｎは、１、２、３、または４であり、
各Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
追加の二環式糖部分は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４
２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ
ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ
ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、ならびに米国特許公開Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，第ＵＳ２００８／００３９６１８号及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，同第ＵＳ２０１５／０１９１７２７号を参照されたい。
ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を抱合するヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載される）は、α－Ｌ配置またはβ－Ｄ配置にあり得る。
α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）またはα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに抱合されている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な説明は、両方の異性体配置を含む。特定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書に例示される実施形態で特定される場合、別段の定めがない限り、それらはβ－Ｄ配置にある。
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以
上の架橋糖置換基（例えば、５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
ある特定の実施形態では、修飾された糖部分は、糖サロゲートである。ある特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子で置き換えられる。ある特定のそのような実施形態では、そのような修飾された糖部分はまた、本明細書に記載されるように、架橋及び／または非架橋置換基を含む。例えば、ある特定の糖サロゲートは、４’－硫黄原子ならびに２’－位置（例えば、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照）及び／または５’位置での置換を含む。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランは、さらに修飾されているか、または置換されていてもよい。そのような修飾されたテトラヒドロピランを含むヌクレオシドは、これらに限定されないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マンニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１－８５４を参照）、フルオロＨＮＡ：
（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照；Ｆ－ＨＮＡはまた、Ｆ－ＴＨＰまたは３’－フルオロテトラヒドロピランとも称され得る）、及び以下の式を有する追加の修飾されたＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドを含み、
式中、独立して、当該修飾されたＴＨＰヌクレオシドの各々について、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は各々独立して、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはＴ３及びＴ４の一方は、修飾されたＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であ
り、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合されたコンジュゲート基、または５’もしくは３’－末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ６アルキル、置換Ｃ１－Ｃ６アルキル、Ｃ２－Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ６アルケニル、Ｃ２－Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２－Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２のそれぞれは独立して、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から選択され、Ｘは、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立して、ＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである。
ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７はそれぞれ、Ｈである。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外である。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態では、修飾されたＴＨＰヌクレオシドが提供され、Ｒ１及びＲ２のうちの１つは、Ｆである。ある特定の実施形態では、Ｒ１は、Ｆであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、５個を超える原子及び２個以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２、４１，４５０３－４５１０及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．、Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照）。本明細書で使用されるように、「モルホリノ」とは、以下の構造を有する糖サロゲートを意味する。
ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加または改変することによって修飾され得る。そのような糖サロゲートは、本明細書で「修飾されたモルホリノ」と称される。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、非環式部分を含む。そのような非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、これらに限定されないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
多くの他の二環式及び三環式糖ならびに糖サロゲート環系は、修飾されたヌクレオシドで使用され得る当該技術分野で既知である。
２．ある特定の修飾された核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾されていない核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ－２、Ｎ－６、及びＯ－６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、一般的な塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡張された塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらに修飾された核酸塩基は、１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン、及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇクランプ）などの三環式ピリミジンを含む。修飾された核酸塩基はまた、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、及び２－ピリドンで置き換えられるものを含み得る。さらなる核酸塩基は、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されるもの、及びＣｈａｐｔｅｒｓ ６ ａｎｄ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６ ａｎｄ ４４２－４４３に開示されるものを含む。
確実な上記の修飾された核酸塩基、ならびに他の修飾された核酸塩基の調製を教示する出版物は、限定することなく、Ｍａｎｏｈａｒａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒ
ｄｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ
ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６を含む。
３．ある特定の修飾されたヌクレオシド間結合
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合されてもよい。ヌクレオシド間結合基の２つの主な分類は、リン原子の存在または不在下によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（修飾されていないまたは天然型結合とも称される）を含むホスフェート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）を含む。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基には、これらに限定されないが、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が含まれる。修飾されたヌクレオシド間結合は、天然型ホスフェート結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変、典型的には増加するために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物、または別個のエナンチオマーとして調製され得る。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合は、これらに限定されないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートを含む。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、特定の立体化学的配置において、ステレオランダムヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドとして、またはホスホロチオエート結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムである。そのような修飾されたオリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学的配置のランダム選択をもたらす合成方法を使用して生成され得る。それにもかかわらず、当業者によって十分に理解されるように、各個々のオリゴヌクレオチド分子の各個々のホスホロチオエートは、定義される立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、特定の、独立して選択される立体化学的配置において１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合
の特定の配置は、集団中の少なくとも６５％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも７０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも８０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９０％の分子に存在する。ある特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の少なくとも９９％の分子に存在する。修飾されたオリゴヌクレオチドのそのようなキラル的に濃縮された集団は、当該技術分野で既知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を使用して生成され得る。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置において少なくとも１つの示されるホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置において少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている。ある特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾されたオリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式のうちの１つ以上を含み、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
特に指示がない限り、本明細書に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムであり得るか、または特定の立体化学的配置にあり得る。
中性ヌクレオシド間結合には、限定することなく、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が含まれる。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル、及びアミドを含む非イオン結合が含まれる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ． Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４，４０－６５を参照）。さらなる中性ヌクレオシド間結合は、混合Ｎ
、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２構成要素部分を含む非イオン結合を含む。
Ｂ．ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された糖部分を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む１つ以上の修飾されたヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾された、修飾されていない、及び異なって修飾された糖部分、核酸塩基、及び／または修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、パターンまたはモチーフを定義する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、修飾されたオリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって説明され得る（本明細書で使用される場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係である核酸塩基に対する修飾を説明する）。
１．ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたは糖モチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される１つ以上の種類の修飾された糖及び／または修飾されていない糖部分を含む。ある特定の例では、そのような糖モチーフは、これらに限定されないが、本明細書に記載される糖修飾うちのいずれかを含む。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２つの外部領域または「ウイング」及び中心もしくは内部領域または「ギャップ」によって定義されるギャップマーモチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’－ウイング、ギャップ、及び３’－ウイング）は、ヌクレオシドの連続する配列を形成し、ウイングの各々のヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部とは異なる。具体的には、ギャップに最も隣接する各ウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’－ウイングの３’モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）及び３’－ウイングの５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ））は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがって、ウイングとギャップとの間の境界を画定する（すなわち、ウイング／ギャップジャンクション）。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。ある特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである（対称ギャップマー）。ある特定の実施形態では、５’－ウイングの糖モチーフは、３’－ウイングの糖モチーフとは異なる（非対称ギャップマー）。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、１～５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも２つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも３つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも４つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、７～１２個のヌクレオシドを含
む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’－デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
ある特定の実施形態では、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。ある特定の実施形態では、各ウイング／ギャップジャンクションのギャップ側のヌクレオシドは、修飾されていない２’－デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップジャンクションのウイング側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは、修飾されていない２’－デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなる。そのような実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの完全に修飾された領域の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むか、またはそれからなり、完全に修飾された領域内の各ヌクレオシドは、本明細書で均一に修飾された糖モチーフと称される同じ修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、均一に修飾されたものの各ヌクレオシドは、同じ２’－修飾を含む。
本明細書において、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、表記法［５’－ウイングにおけるヌクレオシドの番号］－［ギャップにおけるヌクレオシドの番号］－［３’－ウイングにおけるヌクレオシドの番号］を使用して提供され得る。したがって、５－１０－５ギャップマーは、各ウイングにおける５個の結合されたヌクレオシド及びギャップにおける１０個の結合されたヌクレオシドからなる。そのような用語法の後に特定の修飾が続く場合、その修飾は、各ウイングの各糖部分における修飾であり、ギャップヌクレオシドは、修飾されていないデオキシヌクレオシド糖を含む。したがって、５－１０－５ＭＯＥギャップマーは、５’－ウイングにおける５個の結合されたＭＯＥ修飾されたヌクレオシド、ギャップにおける１０個のデオキシヌクレオシド、及び３’－ウイングにおける５個の結合されたＭＯＥヌクレオシドからなる。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３－１０－３ＢＮＡギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３－１０－３ｃＥｔギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、３－１０－３ＬＮＡギャップマーである。
２．ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていない核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基は、修飾されている。ある特定の実施形態では、核酸塩基のうちのいずれも修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルは、修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンは、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドにおけるシトシン核
酸塩基のいくつかまたは全ては、５－メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、シトシン核酸塩基の全ては、５－メチルシトシンであり、修飾されたオリゴヌクレオチドの他の核酸塩基の全ては、修飾されていない核酸塩基である。
ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基のブロックを含む。ある特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’－末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’－末端の３ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’－末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’－末端の３ヌクレオシド以内にある。
ある特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。ある特定のそのような実施形態では、修飾された核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中心ギャップにある。ある特定のそのような実施形態では、当該ヌクレオシドの糖部分は、２’－デオキシリボシル部分である。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
３．ある特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されるパターンまたはモチーフにおいてオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配列される修飾された及び／または修飾されていないヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は独立して、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから選択される。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は全て、修飾されている。ある特定のそのような実施形態では、ウイングにおけるヌクレオシド間結合のうちのいくつかまたは全ては、修飾されていないホスホジエステルヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウイングにおいて少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定のそのような実施形態では、ホスホロチオエート結合の全ては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、ウイングにおける全てのホスホロチオエート結合は、（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾されたオリゴヌクレオチドが濃縮されている。
Ｃ．ある特定の長さ
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加または減少させることが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５－７３０９，１９９２）において、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注射モデルにおいて標的ＲＮＡの切断を誘発するそれらの能力について試験された。オリゴヌクレオチドの末端付近に８または１１個の不適
合塩基を有する２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、不適合を含まないオリゴヌクレオチドよりも少ない程度ではあるが、標的ｍＲＮＡの特異的切断を指示することができた。同様に、標的特異的切断は、１または３つの不適合を有するものを含む１３個の核酸塩基オリゴヌクレオチドを使用して達成された。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されたオリゴヌクレオチドを含む）は、様々な長さの範囲のいずれかを有し得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘが、範囲内でヌクレオシドの最も少ない数を表し、Ｙが、範囲内でヌクレオシドの最も大きい数を表す、Ｘ～Ｙの結合されたヌクレオシドからなる。ある特定のそのような実施形態では、Ｘ及びＹは各々独立して、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から選択され、但し、Ｘ≦Ｙを条件とする。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２～１３、１２～１４、１２～１５、１２～１６、１２～１７、１２～１８、１２～１９、１２～２０、１２～２１、１２～２２、１２～２３、１２～２４、１２～２５、１２～２６、１２～２７、１２～２８、１２～２９、１２～３０、１３～１４、１３～１５、１３～１６、１３～１７、１３～１８、１３～１９、１３～２０、１３～２１、１３～２２、１３～２３、１３～２４、１３～２５、１３～２６、１３～２７、１３～２８、１３～２９、１３～３０、１４～１５、１４～１６、１４～１７、１４～１８、１４～１９、１４～２０、１４～２１、１４～２２、１４～２３、１４～２４、１４～２５、１４～２６、１４～２７、１４～２８、１４～２９、１４～３０、１５～１６、１５～１７、１５～１８、１５～１９、１５～２０、１５～２１、１５～２２、１５～２３、１５～２４、１５～２５、１５～２６、１５～２７、１５～２８、１５～２９、１５～３０、１６～１７、１６～１８、１６～１９、１６～２０、１６～２１、１６～２２、１６～２３、１６～２４、１６～２５、１６～２６、１６～２７、１６～２８、１６～２９、１６～３０、１７～１８、１７～１９、１７～２０、１７～２１、１７～２２、１７～２３、１７～２４、１７～２５、１７～２６、１７～２７、１７～２８、１７～２９、１７～３０、１８～１９、１８～２０、１８～２１、１８～２２、１８～２３、１８～２４、１８～２５、１８～２６、１８～２７、１８～２８、１８～２９、１８～３０、１９～２０、１９～２１、１９～２２、１９～２３、１９～２４、１９～２５、１９～２６、１９～２９、１９～２８、１９～２９、１９～３０、２０～２１、２０～２２、２０～２３、２０～２４、２０～２５、２０～２６、２０～２７、２０～２８、２０～２９、２０～３０、２１～２２、２１～２３、２１～２４、２１～２５、２１～２６、２１～２７、２１～２８、２１～２９、２１～３０、２２～２３、２２～２４、２２～２５、２２～２６、２２～２７、２２～２８、２２～２９、２２～３０、２３～２４、２３～２５、２３～２６、２３～２７、２３～２８、２３～２９、２３～３０、２４～２５、２４～２６、２４～２７、２４～２８、２４～２９、２４～３０、２５～２６、２５～２７、２５～２８、２５～２９、２５～３０、２６～２７、２６～２８、２６～２９、２６～３０、２７～２８、２７～２９、２７～３０、２８～２９、２８～３０、または２９～３０個の結合されたヌクレオシドからなる。
Ｄ．ある特定の修飾されたオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾されたオリゴヌクレオチドに抱合される。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、それらの修飾、モチーフ、及び全体の長さによって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、そのようなパラメータはそれぞれ、互いに無関係である。したがって、特に指示がない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っていても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング
領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じであっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じであっても異なっていてもよい。同様に、そのような糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係の１つ以上の修飾された核酸塩基を含み得る。別段の指示がない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは無関係である。
Ｅ．修飾されたオリゴヌクレオチドのある特定の集団
集団の修飾されたオリゴヌクレオチドの全てが同じ分子式を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団またはキラル的に濃縮された集団であり得る。修飾されたオリゴヌクレオチドの全てのキラル中心の全ては、ステレオランダム集団においてステレオランダムである。キラル的に濃縮された集団において、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾されたオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分が濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全ては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル的に濃縮された集団の修飾されたオリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分、及び特定の立体化学的配置にある少なくとも１つの、特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方が濃縮されている。
Ｆ．核酸塩基配列
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されていないまたは修飾されたオリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに説明される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定された参照核酸と相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定された参照核酸と相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全体の長さの核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの核酸と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
ＩＩ．ある特定のオリゴマー化合物
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾されたまたは修飾されていない）、ならびに任意に１つ以上のコンジュゲート基及び／または末端基からなるオリゴマー化合物が本明細書に提供される。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分、及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に、及び／または任意の内部位置で結合され得る。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’－位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に結合されるコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／または５’－末端で結合される。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’－末端で結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’－末端に近接して結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’－末端で結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’－末端に近接して結合される。
末端基の例には、これらに限定されないが、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾されたまたは修飾されていないヌクレオシド、及び独立して
修飾されたまたは修飾されていない２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
Ａ．ある特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、これらに限定されないが、薬力学、薬物動態学、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷、及びクリアランスを含む、結合されたオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を修飾する。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合されたオリゴヌクレオチド、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基に新しい特性を与える。ある特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分は、以前に説明されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド－デカン－ジオールもしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールもしくはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、またはアダマンタン酢酸パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ
ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分には、限定することなく、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれる。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性薬原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシ
ン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、または抗生物質を含む。
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーによってオリゴヌクレオチドに結合される。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、単結合によってオリゴヌクレオチドに直接的に結合される）。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのホスフェート基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
ある特定の実施形態では、上に記載されるコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば、コンジュゲート基を本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合するのに有用であることが当該技術分野で既知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能性基を含む。官能性基のうちの一方は、親化合物の特定の部位と反応するように選択され、他方は、コンジュゲート基と反応するように選択される。二官能性結合部分で使用される官能性基の例には、これらに限定されないが、求核基と反応させるための求電子剤及び求電子基と反応させるための求核剤が含まれる。ある特定の実施形態では、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例には、これらに限定されないが、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれる。他のコンジュゲートリンカーには、これらに限定されないが、置換もしくは非置換Ｃ１－Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２－Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換Ｃ２－Ｃ１０アルキニルが含まれ、好ましい置換基の非限定的一覧には、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが含まれる。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２～５個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、正確に３個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ＴＣＡモチーフを含む。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオ
シドは、修飾された糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、修飾されていない。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換されているプリン、ピリミジン、または置換されているピリミジンから選択される任意に保護された複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドが、標的組織に到達した後にオリゴマー化合物から切断されることが典型的には望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは、典型的には、互いに及び切断可能な結合によってオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとは考えられていない。したがって、オリゴマー化合物が、特定の数または範囲の結合されたヌクレオシド及び／または参照核酸との特定のパーセントの相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、オリゴマー化合物もまた、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに計算されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性パーセントを決定することにおいて使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８～３０個のヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドと、（２）修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシドと隣接する１～１０個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基とを含み得る。そのようなオリゴマー化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの合計数は、３０個を超える。代替的には、オリゴマー化合物は、８～３０個のヌクレオシドからなりかつコンジュゲート基は存在しない修飾されたオリゴヌクレオチドを含み得る。そのようなオリゴマー化合物における隣接する結合されたヌクレオシドの合計数は、３０個以下である。特に指示がない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基を、オリゴヌクレオチドから切断させることが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型によってよく取り込まれるが、一旦オリゴマー化合物が取り込まれると、コンジュゲート基が切断されて非コンジュゲート体化または親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。したがって、ある特定のコンジュゲートリンカーは、１つ以上の切断可能な部分を含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子の群である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１、２、３、４、または５個以上の切断可能な結合を有する原子の群を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソームなど細胞または細胞内コンパートメントの内側で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ヌクレアーゼなどの内因性酵素によって選択的に切断される。
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、ホスフェートエステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方または両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能な
部分は、オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート部分またはコンジュゲート基の間のホスフェート結合である。
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。ある特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、互いに及び／または切断可能な結合によってオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、修飾されていないホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’または５’－末端ヌクレオシドのいずれかに結合され、ホスフェートまたはホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残りに共有結合される２’－デオキシヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は、２’－デオキシアデノシンである。
Ｂ．ある特定の末端基
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１つ以上の末端基を含む。ある特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－ホフェート（５’－ｐｈｏｐｈａｔｅ）を含む。安定化された５’－ホスフェートには、これらに限定されないが、５’－ビニルホスホネートを含むがこれらに限定されない５’－ホスファネート（５’－ｐｈｏｓｐｈａｎａｔｅ）が含まれる。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’－結合ヌクレオシドを含む。ある特定のそのような実施形態では、２’－結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
ＩＩＩ．オリゴマー二本鎖
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸の配列と相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、第２のオリゴマー化合物と対合して、オリゴマー二本鎖を形成する。そのようなオリゴマー二本鎖は、標的核酸と相補的な領域を有する第１の第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物と相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー二本鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾されたまたは修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意にコンジュゲート基と、（２）第２の修飾されたまたは修飾されていないオリゴヌクレオチド及び任意にコンジュゲート基とを含むか、またはそれらからなる。オリゴマー二本鎖のオリゴマー化合物のいずれかまたは両方は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的突出ヌクレオシドを含み得る。
ＩＶ．アンチセンス活性
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらし、そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、それらが標準細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上低減または阻害する場合に、アンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、選択的に１つ以上の標的核酸に影響を与える。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、重要な所望でないアンチセンス活性をもたらすような方法で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、または１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
ある特定のアンチセンス活性では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼ
ーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、標的核酸のＲＮａｓｅ Ｈ媒介切断をもたらす。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＤＮＡは、修飾されていないＤＮＡである必要はない。ある特定の実施形態では、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物が本明細書に記載される。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップにおける１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、耐容される。
ある特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の部分は、ＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に取り込まれ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、Ａｒｇｏｎａｕｔｅによって標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣに取り込まれたアンチセンス化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの改変をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の改変をもたらす。
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、及び／または細胞もしくは動物の表現型変化の観察または検出を含む。
Ｖ．ある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含む成熟ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、成熟ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。ある特定のそのような実施形態では、標的領域は、全体的にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エキソンジャンクションにわたる。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内で少なくとも５０％である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、レトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。ある特定の実施形態では、標的核酸は、非コードＲＮＡである。ある特定のそのような実施形態では、標的非コードＲＮＡは、長い非コードＲＮＡ、短い非コードＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
Ａ．標的核酸との相補性／不適合
不適合塩基を、活性を排除することなく導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ－２ ｍＲＮＡとの１００％相補性を有し、ｂｃｌ－ｘＬ ｍＲＮＡとの３つの不適合を有し、インビトロ及びインビボでｂｃｌ－２及びｂｃｌ－ｘＬの両方の発現を低減するオリゴヌクレオチドの能力を示した。さらに、このオリゴヌクレオチドは、インビボで強力な抗腫瘍活性を示した。Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉ
ｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１－３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基オリゴヌクレオチドを試験し、２８及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドは、ウサギ網赤血球アッセイにおいてヒトＤＨＦＲの翻訳を停止するそれらの能力として、それぞれタンデムオリゴヌクレオチドのうちの２または３個の配列を含んだ。３個の１４核酸塩基オリゴヌクレオチドの各々は単独で、２８または４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも適度なレベルではあるが、翻訳を阻害することができた。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって標的核酸と相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって標的核酸と少なくとも８０％相補的であり、標的核酸と１００％または完全に相補的な領域を含む。ある特定の実施形態では、完全な相補性の領域は、６～２０、１０～１８、または１８～２０核酸塩基長である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して１つ以上の不適合核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、標的に対するアンチセンス活性は、そのような不適合によって低減されるが、非標的に対する活性は、より大きな量によって低減される。したがって、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの選択性が改善される。ある特定の実施形態では、不適合は、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。ある特定の実施形態では、不適合は、ギャップ領域の５’－末端からの位置１、２、３、４、５、６、７、または８にある。ある特定の実施形態では、不適合は、ギャップ領域の３’－末端からの位置９、８、７、６、５、４、３、２、１にある。ある特定の実施形態では、不適合は、ウイング領域の５’－末端からの位置１、２、３、または４にある。ある特定の実施形態では、不適合は、ウイング領域の３’－末端からの位置４、３、２、または１にある。
Ｂ．ＡＴＸＮ２
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、標的核酸は、ＡＴＸＮ２である。ある特定の実施形態では、ＡＴＸＮ２核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００２９７３．３）及び配列番号２（ヌクレオチド２４６５０００～２６１６０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＴ＿００９７７５．１７の相補体）に示される配列を有する。
ある特定の実施形態では、細胞を配列番号１または配列番号２と相補的なオリゴマー化合物と接触させることは、ＡＴＸＮ２ ｍＲＮＡの量を低減し、ある特定の実施形態では、アタキシン－２タンパク質の量を低減する。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、細胞を配列番号１または配列番号２と相補的なオリゴマー化合物と接触させることは、神経変性疾患の１つ以上の症状または特徴を改善する。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、症状または特徴は、運動失調、神経障害、または凝集体形成である。ある特定の実施形態では、細胞を配列番号１または配列番号２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドと接触させることは、改善された運動機能、低減された神経障害、及び凝集体の数の低減をもたらす。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。
Ｃ．ある特定の組織中のある特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸と相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、標的核酸は、薬理学的に関連する組織中に
発現される。ある特定の実施形態では、薬理学的関連する組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）を含む細胞及び組織である。そのような組織には、皮質、脊髄、海馬、橋、小脳、黒質、赤核、髄質、視床、及び後根神経節などの脳組織が含まれる。
ＶＩ．ある特定の薬学的組成物
ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物を含む薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物はそれぞれ、修飾されたオリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、薬学的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、減菌食塩水溶液及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、減菌食塩水は、薬学的等級の生理食塩水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び減菌水を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、減菌水は、薬学的等級の水である。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、減菌ＰＢＳは、薬学的等級のＰＢＳを含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むか、またはそれらからなる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、薬学的等級である。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる。ある特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、薬学的等級である。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。ある特定の実施形態では、賦形剤は、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、薬学的組成物または配合物の調製のために薬学的に許容される活性及び／または不活性物質と混合されてもよい。薬学的組成物の製剤化のための組成物及び方法は、これらに限定されないが、投与の経路、疾患の程度、または投与される用量を含む、いくつかの基準に依存する。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む薬学的組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはそのようなエステルの塩を包含する。ある特定の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む薬学的組成物は、ヒトを含む動物への投与の際に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を提供する（直接または間接的に）ことができる。したがって、例えば、本開示はまた、オリゴマー化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的同等性にも注目する。好適な薬学的に許容される塩には、これらに限定されないが、ナトリウム及びカリウム塩が含まれる。ある特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合された１つ以上のコンジュゲート基を含み、コンジュゲート基は、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断される。
脂質部分は、様々な方法で核酸療法において使用されている。ある特定のそのような方法では、オリゴマー化合物などの核酸は、予め形成されたリポソームまたはカチオン性脂
質及び中性脂質の混合物で作成されたリポプレックスに導入される。ある特定の方法では、モノ－またはポリ－カチオン性脂質とのＤＮＡ錯体は、中性脂質の存在なしで形成される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織に対する薬学的剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織に対する薬学的剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織に対する薬学的剤の分布を増加させるように選択される。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、送達系を含む。送達系の例には、これらに限定されないが、リポソーム及びエマルジョンが含まれる。ある特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含むある特定の薬学的組成物を調製するのに有用である。ある特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどのある特定の有機溶媒が使用される。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、特定の組織または細胞型に本発明の１つ以上の薬学的剤を送達するように設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、共溶媒系を含む。ある特定のそのような共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水性相を含む。ある特定の実施形態では、そのような共溶媒系は、疎水性化合物に使用される。そのような共溶媒系の非限定的な例は、ＶＰＤ共溶媒系であり、それは、３％ｗ／ｖベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性剤Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０（商標）、及び６５％ｗ／ｖポリエチレングリコール３００を含む無水エタノールの溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解性及び毒性特性を著しく改変することなく、かなり変化し得る。さらに、共溶媒構成成分の同一性は、変化してもよく、例えば、他の界面活性剤は、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ８０（商標）の代わりに使用されてもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズは変化してもよく、他の生体適合性ポリマーは、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンを置き換えてもよく、他の糖または多糖類は、デキストロースを置換してもよい。
ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、経口投与のために調製される。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、頬側投与のために調製される。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）など）による投与のために調製される。ある特定のそのような実施形態では、薬学的組成物は、担体を含み、水などの水溶液中、またはハンクス溶液、リンガー溶液、もしくは生理食塩水緩衝剤などの生理学的に適合する緩衝剤で製剤化される。ある特定の実施形態では、他の成分が含まれる（例えば、溶解性を補助するかまたは防腐剤として役立つ成分）。ある特定の実施形態では、注射可能な懸濁剤は、適切な液体担体、懸濁剤などを使用して調製される。注射のためのある特定の薬学的組成物は、単位剤形、例えば、アンプルまたは複数回投与容器内にある。注射のためのある特定の薬学的組成物は、油性または水性ビヒクルにおいて懸濁剤、溶液、またはエマルジョンであり、懸濁剤、安定化剤、及び／または分散剤などの処方剤を含み得る。注射のための薬学的組成物での使用に好適なある特定の溶媒は、これらに限定されないが、ゴマ油などの親油性溶媒及び脂肪油、オレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、ならびにリポソームを含む。
ある特定の条件下で、本明細書に開示されるある特定の化合物は、酸として作用する。そのような化合物は、プロトン化（遊離酸）形態、イオン化（アニオン）形態、またはイオン化及びカチオン（塩）と関連する形態で、描かれるかまたは説明され得るが、そのような化合物の水溶液は、そのような形態の中でも均衡状態で存在する。例えば、水溶液中
のオリゴヌクレオチドのホスフェート結合は、遊離酸、アニオン、及び塩形態の中でも均衡状態で存在する。別段の指示がない限り、本明細書に開示される化合物は、全てのそのような形態を含むことが意図される。さらに、ある特定のオリゴヌクレオチドは、いくつかのそのような結合を有し、その各々は均衡状態にある。したがって、溶液中のオリゴヌクレオチドは、全て均衡状態で複数の位置でアンサンブルの形態で存在する。「オリゴヌクレオチド」という用語は、全てのそのような形態を含むことが意図される。描かれた構造は、必ず単一の形態を示す。それにもかかわらず、特に指示がない限り、そのような図は、同様に対応する形態を含むことが意図される。本明細書では、「またはその塩」という用語が後に続く化合物の遊離酸を示す構造は、完全または部分的にプロトン化／脱プロトン化／カチオンと関連し得る全てのそのような形態を明らかに含む。ある特定の例では、１つ以上の特定のカチオンが特定される。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示されるオリゴマー化合物は、ナトリウムを含む水溶液中にある。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、カリウムを含む水溶性中にある。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、人工ＣＳＦ中である。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、ＰＢＳ中にある。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、水中にある。ある特定のそのような実施形態では、溶液のｐＨは、ＮａＯＨ及び／またはＨＣｌで調節され、所望のｐＨを達成する。
ＶＩＩ．ある特定の組成物
１．化合物番号８７４２１８
化合物番号８７４２１８は、ＧＴＡＣＴＴＴＴＣＴＣＡＴＧＴＧＣＧＧＣ（配列番号１７１４として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド６～１５の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号７８０２４１は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特徴
付けられ得、Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号８７４２１８は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号８７４２１８のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
２．化合物番号１００８８５４
化合物番号１００８８５４は、ＣＴＧＣＴＡＡＣＴＧＧＴＴＴＧＣＣＣＴＴ（配列番号１２５５として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する４－１０－６ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～４及び１５～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド５～１４の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、１５～１６、１６～１７、１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号１００８８５４は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特
徴付けられ得、ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号１００８８５４は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号１００８８５４のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
３．化合物番号１００８８６２
化合物番号１００８８６２は、ＴＧＴＡＣＴＴＣＡＣＡＴＴＴＧＧＡＧＣＣ（配列番号１１８５として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する６－１０－４ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～６及び１７～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド７～１６の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号１００８８６２は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特
徴付けられ得、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ
Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号１００８８６２は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号１００８８６２のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
４．化合物番号１００８８７０
化合物番号１００８８７０は、ＴＧＧＡＴＴＣＴＧＴＡＣＴＴＴＴＣＴＣＡ（配列番号３２３５として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する６－１０－４ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～６及び１７～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド７～１６の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号１００８８７０は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特
徴付けられ得、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号１００８８７０は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号１００８８７０のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
５．化合物番号１００８８７４
化合物番号１００８８７４は、ＣＣＴＡＴＣＡＴＣＡＴＴＴＴＣＣＡＧＧＧ（配列番号１５８として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する６－１０－４ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～６及び１７～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド７～１６の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号１００８８７４は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特
徴付けられ得、ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ
Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅ、式中
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号１００８８７４は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号１００８８７４のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
６．化合物番号１００８９１０
化合物番号１００８９１０は、ＴＣＴＧＴＡＣＴＴＴＴＣＴＣＡＴＧＴＧＣ（配列番号２５４４として本明細書に組み込まれる）の配列（５’～３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられてもよく、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々（５’～３’）は、２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシド６～１５の各々は、２’－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。
化合物番号１００８９１０は、以下の式（化学表記法：chemical notion）によって特
徴付けられ得、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ
Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ
ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
化合物番号１００８９１０は、以下の化学構造によって表され得る。
ある特定の実施形態では、化合物番号１００８９１０のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表され得る。
ＶＩＩＩ．ある特定のコンパレータ組成物
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ ｅｔ
ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４４（７６５０）：３６２－３６６（それらの両方が参照により本明細書に組み込まれる）に記載された化合物番号５６４１２２は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１２２は、ＴＧＣＡＴＡＧＡＴＴＣＣＡＴＣＡＡＡＡＧ（配列番号６７として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４１２７は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１２７は、ＣＴＣＴＣＣＡＴＴＡＴＴＴＣＴＴＣＡＣＧ（配列番号３３として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４１３３は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１３３は、ＧＣＴＡＡＣＴＧＧＴＴＴＧＣＣＣＴＴＧＣ（配列番号３２として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４１４３は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１４３は、ＧＧＡＧＣＴＧＧＡＧＡＡＣＣＡＴＧＡＧＣ（配列番号１８８として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４１５０は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１５０は、ＣＴＧＧＴＡＣＡＧＴＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴ（配列番号３３０として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４１８８は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４１８８は、ＣＣＣＡＡＡＧＧＧＴＴＡＡＴＴＡＧＧＡＴ（配列番号２９０１として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４２１０は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４２１０は、ＣＣＣＡＴＡＣＧＣＧＧＴＧＡＡＴＴＣＴＧ（配列番号１１２として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、以前にＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載された化合物５６４２１６は、コンパレータ化合物である。化合物番号５６４２１６は、ＧＴＧＧＧＡＴＡＣＡＡＡＴＴＣＴＡＧＧＣ（配列番号１９０として本明細書に組み込まれる）からの配列（５’から３’）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは、５－メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～５及び１６～２０の各々は、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、それらが１つ以上の改善さ
れた特性を示すため、ＷＯ２０１５／１４３２４６及びＳｃｏｌｅｓ，２０１７に記載される化合物に比べて優れている。
化合物８７４２１８
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物８７４２１８は、野生型マウスにおいて１．００の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物８７４２１８は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
化合物１００８８５４
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物１００８８５４は、野生型マウスにおいて１．００の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物１００８８５４は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
化合物１００８８６２
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物１００８８６２は、野生型マウスにおいて２．５０の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物１００８８６２は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
化合物１００８８７０
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物１００８８７０は、野生型マウスにおいて１．００の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物１００８８７０は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
化合物１００８８７４
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物１００８８７４は、野生型マウスにおいて１．２５の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物１００８８７４は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
化合物１００８９１０
例えば、実施例１３（以下）に提供されるように、化合物１００８９１０は、野生型マ
ウスにおいて０．００の機能観察総合評価（ＦＯＢ）スコアを示したが、コンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々は、７．００のＦＯＢスコアを示した。したがって、化合物１００８９１０は、このアッセイにおいてコンパレータ化合物番号５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、及び５６４２１６の各々よりも明らかに耐容性である。
ＩＸ．ある特定のホットスポット領域
１．配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２８６、２８７、１１１３、１１８８、１２６０、１３３６、１４１２、２３９１、２４６８、及び３００２の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６７％の低減を達成する。
２．配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１９４５、２０２０、２３１６、２３９２、２４６９、２５４６、２６２３、２６９７、２９２６、３００３、３０８０、及び３１５７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６４％の低減を達成する。
３．配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７は、ホットス
ポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２２４７、２３１７、２３９３、２４７０、２９２７、及び３００４の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６８％の低減を達成する。
４．配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１９４８、２３１９、２５４９、２６２５、２７０１、２７７７、２８５３、２９２９、３００６、３０８３、及び３１６０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも７９％の低減を達成する。
５．配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２１７５、２６２６、２７０２、２７７８、及び３１６１の核酸塩基配列は、
配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも７０％の低減を達成する。
６．配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２１７７、２３９９、２４７６、２５５３、２６２９、２７０５、３０１０、３０８７、及び３１６４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６２％の低減を達成する。
７．配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２３２３、２４００、２４７７、２９３３、及び３０１１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも８７％の低減を達成する。
８．配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では
、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号９７３、２４７９、２５５６、２６３２、２７０８、２７８４、２８６０、２９３６、３０１３、３０９０、及び３１６７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６８％の低減を達成する。
９．配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２２５６、２５５７、３０１４、及び３０９１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６５％の低減を達成する。
１０．配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１８０５、２６３５、２７１１、２７８７、２８６３、２９３９、及び３１７０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６４％の低減を達成する。
１１．配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２２５９、２３３１、２７１３、２７８９、２８６５、及び２９４１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６２％の低減を達成する。
１２．配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号６６９、７４６、２５６２、２６３８、２７１４、２７９０、２８６６、３０１９、３０９６、及び３１７３の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６７％の低減を達成する。
１３．配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾
されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号９７７、２４８６、２５６３、２６３９、２７１５、２７９１、３０２０、３０９７、及び３１７４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも７５％の低減を達成する。
１４．配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２１０９、２３３４、２４１１、２４８８、２５６５、及び３０２２の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６６％の低減を達成する。
１５．配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号９０２、２３３５、２４１２、２４８９、２５６６、２８６９、２９４５、３０２３、３１００、及び３１７７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも７２％の低減を達成する。
１６．配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号９７９、２３３６、２４１３、２４９０、２５６７、２６４３、２８７０、２９４６、３０２４、３１０１、及び３１７８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６０％の低減を達成する。
１７．配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１２８０、２３３８、２４１５、２６４４、２７２０、２７９６、２８７２、及び２９４８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６９％の低減を達成する。
１８．配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホ
スホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２０３５、２３３９、２６４５、２７２１、２７９７、２８７３、２９４９、３１０３、及び３１８０の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６３％の低減を達成する。
１９．配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１４３９、２５７５、２６５１、２７２７、２８０３、３０３２、３１０９、及び３１８６の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６９％の低減を達成する。
２０．配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２０４５、２１２１、２４２６、２５０３、２５８０、３０３７、及び３１１４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも４９％の低減を達成する。
２１．配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１９８２、２３５９、２４３６、２５１３、２５９０、２９６９、３０４７、及び３１２４の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも５７％の低減を達成する。
２２．配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号８４９、２３６１、２４３８、２５１５、２５９２、２６６８、２７４４、２９７１、３０４９、３１２６、及び３２０３の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも７６％の低減を達成する。
２３．配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホ
スホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２２１０、２４４１、２５１８、２５９５、２６７１、２７４７、２８２３、２８９９、２９７５、３０５２、３１２９、及び３２０６の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも５８％の低減を達成する。
２４．配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号５４２、２２８６、２６７２、２７４８、２８２４、２９００、３１３０、及び３２０７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも６９％の低減を達成する。
２５．配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号７７３、８５０、２６７３、２７４９、２８２５、３１３１、及び３２０８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも５７％の低減を達成する。
２６．配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１８３９、２３７０、２４４７、２５２４、２９０４、２９８０、及び３０５８の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２
ＲＮＡの少なくとも７２％の低減を達成する。
２７．配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号２０７２、２６０６、２６８２、２７５８、２８３４、３１４０、及び３２１７の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６９％の低減を達成する。
２８．配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態で
は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号１９２７、２００２、２３８１、２４５８、２７６３、２８３９、２９１５、及び２９９１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも７８％の低減を達成する。
２９．配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号７９５、８７２、２５４０、２６１７、３０７４、及び３１５１の核酸塩基配列は、配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡの少なくとも６１％の低減を達成する。
３０．配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６と相補的である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、２０核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、ギャップマーは、６－１０－４ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態では、修飾されたオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’の順に配列される。ある特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’：ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓの順に配列される。
配列番号３３、１４８５、１５６１、１６３７、１７１４、１７８８、１８６１、１９３６、２０１３、２０８８、２１６４、２４６７、２５４４、３００１、３２３２、３２３３、３２３４、３２３５、３２３７、３２３８、３２３９、３２９８、３２９９、３３
００、及び３３０１の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６と相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ２ ｍＲＮＡの少なくとも４９％の低減を達成する。
参照による非限定的開示及び組み込み
本明細書に列挙される文献及び特許公開の各々は、その全体が参照により組み込まれる。
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法は、ある特定の実施形態に従って、特異性と共に説明されている一方で、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を説明するためだけに役立ち、それを限定することは意図されていない。本出願に列挙される参考文献の各々、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号などは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
この出願に添付している配列表は、必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列、実際には、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る配列を同定する。当業者は、修飾されたオリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」としての指定は、ある特定の例では、恣意的であることを容易に理解するであろう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾された糖（ＤＮＡの１つの２’－Ｈの代わりの２’－ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾された塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりのチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記載され得る。したがって、本明細書に提供される核酸配列は、これらに限定されないが、配列表にあるものを含め、これらに限定されないが修飾された核酸塩基を有するそのような核酸を含む、天然もしくは修飾されたＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含することが意図される。さらなる例として、限定することなく、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、修飾されているかまたは修飾されていないかにかかわらず、これらに限定されないが、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するものならびにいくつかのＤＮＡ塩基及び「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＲＮＡ塩基を有するものなどのＲＮＡ塩基を含むそのような化合物と、「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などの他の修飾された核酸塩基を有するオリゴマー化合物とを含む、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含し、ｍＣは、５－位置でメチル基を含むシトシン塩基を示す。
本明細書に記載されるある特定の化合物（例えば、修飾されたオリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を有し、したがってエナンチオマー、ジアステレオマー、及び（Ｒ）または（Ｓ）として、糖アノマーなどのαもしくはβとして、またはアミノ酸などの（Ｄ）もしくは（Ｌ）として、絶対立体化学に関して定義され得る他の立体異性体配置を生じさせる。ある特定の立体異性体配置を有するとして注目または記載される本明細書に提供される化合物は、示される化合物のみを含む。定義されていない立体化学と共に注目されるかまたは記載される本明細書に記載される化合物は、別段の定めがない限り、それらのステレオランダム及び任意に純粋な形態を含む、全てのそのような可能な異性体を含む。同様に、本明細書の化合物の全ての互変異性型はまた、特に指示がない限り含まれる。別段の指示がない限り、本明細書に開示される化合物は、対応する塩形態を含むことが意図される。
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示される要素の非放射性アイソトープまたは放射性アイソトープで置き換えられる変形を含む。例えば、水素原子を含む本
明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物によって包含される同位体置換は、これらに限定されないが、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓを含む。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療または研究ツールとしての使用に有益なオリゴマー化合物に新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を、画像化などの研究または診断目的に好適にし得る。
出願時の請求の範囲
〔項１〕
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ２核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
〔項２〕
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号３０～３３１９の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
〔項３〕
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３の等長部分、または
配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６の等長部分と相補的である、前記オリゴマー化合物。
〔項４〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１または配列番号２の核酸塩基配列と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、請求項１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項５〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１～４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項６〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５に記載のオリゴマー化合物。
〔項７〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
〔項８〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ ２ －及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ ３ ）－から選択される、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
〔項９〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５～８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項１０〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－ＭＯＥ修飾された糖または２’－ＯＭｅ修飾された糖を含む非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項９に記載のオリゴマー化合物。
〔項１１〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項１２〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１１に記載のオリゴマー化合物。
〔項１３〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１～５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域、
６～１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
１～５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された
糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、修飾されていない２’－デオキシリボシル糖部分を含む、請求項１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項１４〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、請求項１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項１５〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
〔項１６〕
少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１４または１５に記載のオリゴマー化合物。
〔項１７〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、請求項１４または１６に記載のオリゴマー化合物。
〔項１８〕
各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１４、１６、または１７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項１９〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、請求項１～１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項２０〕
前記修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシンである、請求項１９に記載のオリゴマー化合物。
〔項２１〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１～２０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項２２〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項２３〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項２４〕
コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項２５〕
前記コンジュゲート基が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２４に記載のオリゴマー化合物。
〔項２６〕
前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、請求項２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
〔項２７〕
前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、請求項２５に記載のオリゴマー化合物。
〔項２８〕
前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項２７に記載のオリゴマー化合物。
〔項２９〕
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項３０〕
前記コンジュゲート基が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
末端基を含む、請求項１～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項３２〕
前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項３３〕
前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、請求項１～２７または２９～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
〔項３４〕
請求項１～３１または３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二本鎖。
〔項３５〕
請求項１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３４に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
〔項３６〕
請求項１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３４に記載のオリゴマー二本鎖、及び薬学的に許容される担体または希釈剤を含む薬学的組成物。
〔項３７〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項３８〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項３９〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項４０〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項４１〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項４２〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
〔項４３〕
前記式のナトリウム塩である、請求項３７～４２のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４４〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４５〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４６〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４７〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４８〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項４９〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
〔項５０〕
請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
〔項５１〕
前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５２〕
前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０または５１に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５３〕
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の、独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５４〕
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｓｐ）配置を有
する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５５〕
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５６〕
前記集団が、５’から３’の方向で、Ｓｐ－Ｓｐ－Ｒｐ配置における少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０または請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
〔項５７〕
請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの集団。
〔項５８〕
請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容される希釈剤または担体を含む薬学的組成物。
〔項５９〕
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、請求項３６または５８に記載の薬学的組成物。
〔項６０〕
前記薬学的組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、請求項５９に記載の薬学的組成物。
〔項６１〕
請求項３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を動物に投与することを含む方法。
〔項６２〕
ＡＴＸＮ２に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ２に関連する疾患を有するかまたはそれを発症する危険性のある個体に、治療有効量の、請求項３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を投与し、それによりＡＴＸＮ２に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
〔項６３〕
ＡＴＸＮ２に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、請求項６２に記載の方法。
〔項６４〕
前記神経変性疾患が、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムのうちのいずれかである、請求項６３に記載の方法。
〔項６５〕
前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が、改善される、請求項６４に記載の方法。
〔項６６〕
前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成のうちのいずれかである、請求項６５に記載の方法。
〔項６７〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、
Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号１７１４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項６８〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号１２５５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項６９〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１１８５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項７０〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ
ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ（配列番号３２３５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項７１〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅ（配列番号１５８）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項７２〕
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号２５４４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
〔項７３〕
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ＲＮＡｉ化合物である、請求項３に記載のオリゴマー化合物。
〔項７４〕
前記ＲＮＡｉ化合物が、ｓｓＲＮＡまたはｓｉＲＮＡである、請求項７３に記載のオリゴマー化合物。
以下の実施例は、本開示のある特定の実施形態を示し、限定するものではない。さらに、特定の実施形態が提供される場合、発明者らは、それらの特定の実施形態の一般的応用を企図した。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、同じまたは類似のモチーフを有する追加のオリゴヌクレオチドに対する合理的な支持を提供する。さらに、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置で現れる場合、同じ位置での他の高親和性修飾は、特に指示がない限り、好適であると考えられる。
実施例１：インビトロ、単回投与でのヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡへの混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーの効果
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、ＳＣＡ２－０４細胞中でＡＴＸＮ２ ＲＮＡへのそれらの効果について試験した。ＳＣＡ２－０４は、３４のＣＡＧ繰り返しを有する患者線維芽細胞株である。修飾されたオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有した一連の実験で試験した。
１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で培養したＳＣＡ２－０４細胞を、未処理の対照に対して、以下の表に示されるように、２，０００ｎＭまたは７，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットｈＡｔａｘｉｎ＿ＬＴＳ０１３２１（配列番号１０として本明細書で指定されるフォワード配列ＡＴＡＴＧＧＡＣＴＣＣＡＧＴＴＡＴＧＣＡＡＡＡＡＧＡ、配列番号
１１として本明細書で指定されるリバース配列ＴＣＧＣＣＡＴＴＣＡＣＴＴＴＡＧＣＡＣＴＧＡ、配列番号１２として本明細書で指定されるプローブ配列ＡＴＧＣＴＴＴＴＡＣＴＧＡＣＴＣＴＧＣ）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に結果を表す。
アスタリスク（＊）で印付けられた修飾されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットのアンプリコン領域を標的とする。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域を標的とするオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定してもよい。
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表す。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’）ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＡＴＸＮ２の核酸塩基配列と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量を低減した。
Figure 2024038076000042
Figure 2024038076000043
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実施例２：インビトロ、単回投与でのヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現への混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーの効果
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で培養したＡ４３１細胞を、未処理の対照に対して５，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで自由取り込みを介してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ５０４９（配列番号１３として本明細書で指定されるフォワード配列ＣＴＡＣＡＧＴＣＣＴＣＡＧＣＡＧＴＴＣＣ、配列番号１４として本明細書で指定されるリバース配列ＧＣＣＡＴＣＡＴＴＣＴＡＧＣＡＴＴＡＣＣＣＴ、配列番号１５として本明細書で指定されるプローブ配列ＡＴＣＡＧＣＣＣＣＴＴＧＴＴＣＡＧＣＡＴＧＴＧ）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対する対照ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に結果を表す。
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表す。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステル及びホスホロチオエート結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’）ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡの核酸塩基配列と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドは、ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量を低減した。
Figure 2024038076000089
Figure 2024038076000090
Figure 2024038076000091
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実施例３：インビトロ、単回投与でのヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現への混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーの効果
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでＡＴＸＮ２ ＲＮＡへのそれらの効果について試験した。
１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で培養したＡ４３１細胞を、未処理の対照に対して６，０００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドでまたは修飾されたオリゴヌクレオチドなしで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、実施例２に記載されるように定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルパーセントとして以下の表に結果を表す。アスタリスク（＊）で印付けられた修飾されたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットのアンプリコン領域を標的とする。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域を標的とするオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定してもよい。
以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、１０個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表す。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステル及びホスホロチオエート結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’）ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。以下に示されるように、ヒトＡＴＸＮ２の核酸塩基配列と相補的な修飾されたオリゴヌ
クレオチドは、ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡの量を低減した。
Figure 2024038076000107
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実施例４：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現への混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＳＣＡ２－０４細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で播種し、３１．２５ｎＭ、１２５．００ｎＭ、５００．００ｎＭ、及び２，０００．００ｎＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２
ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットｈＡｔａｘｉｎ＿ＬＴＳ０１３２１（上述の実施例１に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式で低減された。ＩＣ５０を、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000342
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実施例５：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現への混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、Ａ４３１細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ、及び１２．００μＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットＲＴＳ５０４９（上述の実施例２に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２
ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式で低減された。ＩＣ５０を、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ
Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000345
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実施例６：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ２への混合されたヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ ＭＯＥギャップマーの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、Ａ４３１細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１０，０００個の細胞の密度で播種し、０．０９４、０．３７５、１．５００、及び６，０００μＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットＲＴＳ５０４９（上述の実施例２に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式で低減された。ＩＣ５０を、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000354
Figure 2024038076000355
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実施例７：ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な混合されたヌクレオシド間結合を有するギャップマーの設計
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計した。以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ギャップマーは、２’－デオキシヌクレオシドを含む中心ギャップセグメントを有し、２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステルヌクレオシド間結合及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。配列及び化学表記法の列は、５－メチルシトシン、糖化学、及びヌクレオシド間結合化学を含む配列を明記し、下付き文字「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、下付き文字「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表し、下付き文字「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、下付き文字「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、シトシン残基の前の「ｍ」の下付き文字は、５－メチルシトシンを示す。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。
Figure 2024038076000360
Figure 2024038076000361
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実施例８：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ２への混合されたヌクレオシド間結合を有するＭＯＥギャップマーの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、Ａ４３１細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり１１，０００個の細胞の密度で播種し、０．０２３、０．０９４、０．３７５、１．５００、または６，０００μＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約４８時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットＲＴＳ５０５１（配列番号１６として本明細書で指定されるフォワード配列ＴＣＣＡ
ＧＴＡＧＣＡＡＧＧＡＣＣＡＧＴ、配列番号１７として本明細書で指定されるリバース配列ＣＡＡＴＡＣＴＧＴＴＣＴＧＴＣＴＧＧＧＡＧＡ、配列番号１８として本明細書で指定されるプローブ配列ＡＣＴＧＡＣＣＡＣＴＧＡＴＧＡＣＣＡＣＧＴＴＣＣ）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式で低減された。ＩＣ５０を、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000369
実施例９：インビトロ、複数回投与でのヒトＡＴＸＮ２への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞中様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり３５，０００個の細胞の密度で播種し、０．０２３、０．０９４、０．３７５、１．５００、または６，０００μＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットＲＴＳ５０５１（本明細書の実施例８に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡパーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式
で低減された。ＩＣ５０を、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000370
Figure 2024038076000371
実施例１０：インビトロ、複数回投与でのアカゲザルＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現への修飾されたオリゴヌクレオチドの効果
アカゲザルＡＴＸＮ２と相補的でもある、上の実施例から選択された修飾されたオリゴヌクレオチドを、ＬＬＣ－ＭＫ２サル細胞において様々な用量で試験した。以下の表に指定されるように、細胞を１ウェルあたり２０，０００個の細胞の密度で播種し、０．０２３、０．０９４、０．３７５、１．５００、または６，０００μＭ濃度の修飾されたオリゴヌクレオチドで自由取り込みによってトランスフェクトした。約２４時間の治療期間後、全ＲＮＡを、細胞から単離し、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ２プライマープローブセットＲＴＳ５０５１（本明細書の実施例８に記載される）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、全ＲＮＡ含量に従ってＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルを調節した。処置されていない対照細胞に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして以下の表に結果を表す。以下の表に示されるように、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡレベルは、修飾されたオリゴヌクレオチド治療細胞において用量依存的様式で低減された。ＩＣ５０を
、ｌｏｇ（阻害剤）対応答－可変スロープ（４パラメータ）」式ｕ ｓｉｎｇ Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して計算した。
Figure 2024038076000372
Figure 2024038076000373
実施例１１：ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な混合されたヌクレオシド間結合を有する５－８－５ＭＯＥギャップマーの設計
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計した。以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、５－８－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、１８核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、８個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表す。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホジエステル及びホスホロチオエート結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を
表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。
Figure 2024038076000374
Figure 2024038076000375
Figure 2024038076000376
実施例１２：ヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な混合されたヌクレオシド間結合を有する４－１０－６ＭＯＥギャップマーの設計
ヒトＡＴＸＮ２核酸と相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドを設計した。以下の表の修飾されたオリゴヌクレオチドは、４－１０－６ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは、２０核酸塩基長であり、中心ギャップセグメントは、８個の２’－デオキシヌクレオシドを含み、５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントに隣接している。ギャップマーの糖モチーフは、（５’から３’）ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅｅであり、「ｄ」は、２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は、２’－ＭＯＥ修飾された糖を表す。ヌクレオシド間結合は、混合ホスホ
ジエステル及びホスホロチオエート結合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは、（５’から３’）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓであり、「ｏ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である５’－モストヌクレオシド（５’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。「停止部位」は、ギャップマーがヒト核酸配列で相補的である３’－モストヌクレオシド（３’－ｍｏｓｔ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ）を示す。
以下の表に列挙される各修飾されたオリゴヌクレオチドは、示されるように、ヒトＡＴＸＮ２核酸配列の配列番号１または配列番号２と相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾されたオリゴヌクレオチドが、１００％の相補性でその特定の核酸と相補的でないことを示す。
Figure 2024038076000377
実施例１３：野生型マウス、３時間のＦＯＢ評価においてヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを野生型マウスで試験して、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。本明細書に上述及びＷＯ２０１５／１４３２４６に記載されるコンパレータオリゴヌクレオチド５６４１２２、５６４１２７、５６４１３３、５６４１４３、５６４１５０、５６４１８８、５６４２１０、５６４２１６もまた試験した。野生型Ｃ５７／Ｂｌ６マウスは各々、以下の表に列挙される７００μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶ投与を受けた。各治療群は、４匹のマウスから構成された。
３匹のマウスの群は、各実験につき陰性対照としてＰＢＳを受けた（以下の別個の表に特定される）。注射後３時間で、マウスを７つの異なる基準に従って評価した。基準は、（１）マウスは、明るく、警戒し、反応性があった、（２）マウスは、刺激なしで起立または背を丸めていた、（３）マウスは、刺激なしで任意の動きを示した、（４）マウスは、持ち上げられた後に前方への動きを示した、（５）マウスは、持ち上げられた後に任意の動きを示した、（６）マウスは、尾部をつまむことに対して反応した、（７）正常な呼吸、である。７つ基準の各々について、マウスに、基準が満たされた場合０、満たされなかった場合１のサブスコアを与えた（機能観察総合評価スコアまたはＦＯＢ）。全ての７つの基準を評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各治療群内で平均化した。以下の表に各治療群の平均スコアとして結果を表す。
Figure 2024038076000378
Figure 2024038076000379
Figure 2024038076000380
Figure 2024038076000381
Figure 2024038076000382
Figure 2024038076000383
Figure 2024038076000384
Figure 2024038076000385
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Figure 2024038076000390
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Figure 2024038076000393
Figure 2024038076000394
Figure 2024038076000395
実施例１４：野生型ラット、ＦＯＢ評価においてヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの耐容性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドをＳｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットで試験して、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットは各々、以下の表に列挙される３ｍｇのオリゴヌクレオチドの単回髄腔内（ＩＴ）投与を受けた。各治療群は、４匹のラットから構成された。４匹のラットの群は、各実験につき陰性対照としてＰＢＳを受けた（以下の別個の表に特定される）。注射後３時間で、各ラットについて体の７つの異なる部分の動きを評価した。７つの体の部分は、（１）ラットの尾部、（２）ラットの後方姿勢、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前足、（６）ラットの前方姿勢、（７）ラットの頭部である。７つの異なる体の部分の各々について、各ラットに、体の部分が動いていた場合に０、または体の部分が動いていなかった場合に１のサブスコアを与えた（機能観察総合評価スコアまたはＦＯＢ）。全ての７つの基準を評価した後、スコアを各ラットについて合計し、各治療群内で平均化した。以下の表に結果を表す。
Figure 2024038076000396
Figure 2024038076000397
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Figure 2024038076000400
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実施例１５：トランスジェニックマウスにおいてヒトＡＴＸＮ２ ＲＮＡと相補的な修飾されたオリゴヌクレオチドの活性
上に記載される修飾されたオリゴヌクレオチドを、１６９ｋｂのヒトＢＡＣ（細菌人工染色体）、コード配列において２２のＣＡＧ繰り返しを有する１５０ｋｂのヒトＡＴＸＮ２ローカス全体を含んだＲＰ１１－７９８Ｌ５、１６ｋｂの５’隣接ゲノム配列、及び３ｋｂの３’隣接ゲノム配列を使用することによって生成されたＢＡＣ－ＡＴＸＮ２－Ｑ２２トランスジェニックマウスモデルにおいて試験した（Ｄａｎｓｉｔｈｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１５）。
ｈＡＴＸＮ２マウスを、それぞれ３～４匹のマウスの群に分割した。２つの群を各化合物で試験した。ｈＡＴＸＮ２マウスは各々、３５０μｇの修飾されたオリゴヌクレオチドの単回脳室内（ＩＣＶ）投与を受けた。対照群として機能したＰＢＳ注射群を、オリゴヌクレオチド治療群と比較した。２週間後、マウスを屠殺し、上の実施例１に記載されるプライマープローブセットｈＡｔａｘｉｎ＿ＬＴＳ０１３２１を使用して、ヒトＡＴＸＮ２のＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡを皮質脳組織及び脊髄から抽出した。ＧＡＤＰＨに正規化された、ＰＢＳ対照に対するＡＴＸＮ２ ＲＮＡ発現パーセントとして結果を表す。以下の表に示されるように、修飾されたオリゴヌクレオチドでの治療は、ＰＢＳ対照と比較して、ＡＴＸＮ２ ＲＮＡの意味をもたらした。
Figure 2024038076000406
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Figure 2024038076000413
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実施形態６７．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、
Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ
ｍＣｅ（配列番号１７１４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態６８．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ
Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号１２５５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態６９．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ
ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１１８５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７０．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ（配列番号３２３５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７１．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ
Ｇｅｓ Ｇｅ（配列番号１５８）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
実施形態７２．以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ
Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号２５４４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
化合物番号８７４２１８は、以下の化学表記法によって特徴付けられ得、Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ
Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示される要素の非放射性アイソトープまたは放射性アイソトープで置き換えられる変形を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々に対して全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物によって包含される同位体置換は、これらに限定されないが、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、
１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓを含む。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療または研究ツールとしての使用に有益なオリゴマー化合物に新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を、画像化などの研究または診断目的に好適にし得る。
本発明は、非限定的に、以下の態様を含む。
［態様１］
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ２核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
［態様２］
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号３０～３３１９の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
［態様３］
１２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４の等長部分、
配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９の等長部分、
配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６の等長部分、
配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５の等長部分、
配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３の等長部分、または
配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６の等長部分と相補的である、前記オリゴ
マー化合物。
［態様４］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１または配列番号２の核酸塩基配列と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、態様１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様５］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様１～４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様６］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様５に記載のオリゴマー化合物。
［態様７］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様６に記載のオリゴマー化合物。
［態様８］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、態様７に記載のオリゴマー化合物。
［態様９］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様５～８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１０］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－ＭＯＥ修飾された糖または２’－ＯＭｅ修飾された糖を含む非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様９に記載のオリゴマー化合物。
［態様１１］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様５～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１２］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、態様１１に記載のオリゴマー化合物。
［態様１３］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
１～５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域、
６～１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
１～５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、修飾されていない２’－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１４］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、態様１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１５］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、態様１４に記載のオリゴマー化合物。
［態様１６］
少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１４または１５に記載のオリゴマー化合物。
［態様１７］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、態様１４または１６に記載のオリゴマー化合物。
［態様１８］
各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、態様１４、１６、または１７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１９］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、態様１～１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２０］
前記修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシンである、態様１９に記載のオリゴマー化合物。
［態様２１］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、態様１～２０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２２］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、態様１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２３］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、態様１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２４］
複合部分及び複合リンカーを含む複合群を含む、態様１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２５］
前記複合群が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、態様２４に記載のオリゴマー化合物。
［態様２６］
前記複合リンカーが、単結合からなる、態様２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
［態様２７］
前記複合リンカーが、切断可能である、態様２５に記載のオリゴマー化合物。
［態様２８］
前記複合リンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、態様２７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２９］
前記複合群が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、態様２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３０］
前記複合群が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、態様２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３１］
末端基を含む、態様１～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３２］
前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、態様１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３３］
前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、態様１～２７または２９～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３４］
態様１～３１または３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二本鎖。
［態様３５］
態様１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様３４に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
［態様３６］
態様１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様３４に記載のオリゴマー二本鎖、及び薬学的に許容される担体または希釈剤を含む薬学的組成物。
［態様３７］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様３８］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様３９］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様４０］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様４１］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様４２］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
またはその塩。
［態様４３］
前記式のナトリウム塩である、態様３７～４２のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４４］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４５］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４６］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４７］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４８］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様４９］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
［態様５０］
態様３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
［態様５１］
前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５２］
前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５０または５１に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５３］
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の、独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５４］
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５５］
前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５６］
前記集団が、５’から３’の方向で、Ｓｐ－Ｓｐ－Ｒｐ配置における少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様５０または態様５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
［態様５７］
態様３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの集団。
［態様５８］
態様３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容される希釈剤または担体を含む薬学的組成物。
［態様５９］
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、態様３６または５８に記載の薬学的組成物。
［態様６０］
前記薬学的組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、態様５９に記載の薬学的組成物。
［態様６１］
態様３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を動物に投与することを含む方法。
［態様６２］
ＡＴＸＮ２に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ２に関連する疾患を有するかまたはそれを発症する危険性のある個体に、治療有効量の、態様３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を投与し、それによりＡＴＸＮ２に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
［態様６３］
ＡＴＸＮ２に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、態様６２に記載の方法。
［態様６４］
前記神経変性疾患が、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムのうちのいずれかである、態様６３に記載の方法。
［態様６５］
前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が、改善される、態様６４に記載の方法。
［態様６６］
前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成のうちのいずれかである、態様６５に記載の方法。
［態様６７］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、
Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号１７１４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様６８］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号１２５５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様６９］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１１８５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様７０］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ
ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ（配列番号３２３５）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様７１］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅ（配列番号１５８）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様７２］
以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号２５４４）、式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
［態様７３］
前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ＲＮＡｉ化合物である、態様３に記載のオリゴマー化合物。
［態様７４］
前記ＲＮＡｉ化合物が、ｓｓＲＮＡまたはｓｉＲＮＡである、態様７３に記載のオリゴマー化合物。

Claims (74)

  1. １２～５０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＡＴＸＮ２核酸の等長部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖及び修飾されたヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
  2. １２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号３０～３３１９の核酸塩基配列のうちのいずれかの少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
  3. １２～５０個の結合されたヌクレオシドからなり、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記部分が、
    配列番号１の核酸塩基２，４５５～２，４８３の等長部分、
    配列番号１の核酸塩基４，３９３～４，４２４の等長部分、
    配列番号１の核酸塩基４，４１３～４，４３７の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基４，５２５～４，５５４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基４，７４８～４，７７１の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基９，９２７～９，９５４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１０，３４５～１０，３６８の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１７，１５３～１７，１８２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１８，６８０～１８，７０２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基２３，２５１～２３，２７６の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基２８，０８１～２８，１０５の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基２８，４９１～２８，５２６の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基２８，８８５～２８，９１２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基３２，３２８～３２，３５２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基３２，７９６～３２，８２４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基３２，８０９～３２，８３８の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基３６，３０８～３６，３３４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基３６，８４５～３６，８７２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基４９，１４７～４９，１７３の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基５７，４６９～５７，４９４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基８２，８４８～８２，８７４の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基８３，７８４～８３，８１３の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基８４，７４３～８４，７８２の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基８４，８１３～８４，８３９の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基８５，０５１～８５，０７６の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基９７，６１８～９７，６４３の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１１９，０２３～１１９，０４８の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１３２，１６１～１３２，１９５の等長部分、
    配列番号２の核酸塩基１３９，２７１～１３９，３０３の等長部分、または
    配列番号１の核酸塩基１，０７５～１，１４６の等長部分と相補的である、前記オリゴ
    マー化合物。
  4. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、配列番号１または配列番号２の核酸塩基配列と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、請求項１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  5. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１～４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  6. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５に記載のオリゴマー化合物。
  7. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
  8. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
  9. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５～８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  10. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、２’－ＭＯＥ修飾された糖または２’－ＯＭｅ修飾された糖を含む非二環式の修飾された糖部分を含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項９に記載のオリゴマー化合物。
  11. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項５～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  12. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１１に記載のオリゴマー化合物。
  13. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、
    １～５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域、
    ６～１０個の結合された中心領域ヌクレオシドからなる中心領域、及び
    １～５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域を含む糖モチーフを有し、
    前記５’領域ヌクレオシドの各々及び前記３’領域ヌクレオシドの各々が、修飾された糖部分を含み、前記中心領域ヌクレオシドの各々が、修飾されていない２’－デオキシリボシル糖部分を含む、請求項１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  14. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾されたヌクレオシド間結合を含む、請求項１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  15. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾されたヌクレオシド間結合である、請求項１４に記載のオリゴマー化合物。
  16. 少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１４または１５に記載のオリゴマー化合物。
  17. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、請求項１４または１６に記載のオリゴマー化合物。
  18. 各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１４、１６、または１７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  19. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾された核酸塩基を含む、請求項１～１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  20. 前記修飾された核酸塩基が、５－メチルシトシンである、請求項１９に記載のオリゴマー化合物。
  21. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１～２０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  22. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、１８または２０個の結合されたヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  23. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドからなる、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  24. 複合部分及び複合リンカーを含む複合群を含む、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  25. 前記複合群が、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２４に記載のオリゴマー化合物。
  26. 前記複合リンカーが、単結合からなる、請求項２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
  27. 前記複合リンカーが、切断可能である、請求項２５に記載のオリゴマー化合物。
  28. 前記複合リンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項２７に記載のオリゴマー化合物。
  29. 前記複合群が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  30. 前記複合群が、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾されたオリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２４～２８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  31. 末端基を含む、請求項１～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  32. 前記オリゴマー化合物が、一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  33. 前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、請求項１～２７または２９～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  34. 請求項１～３１または３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二本鎖。
  35. 請求項１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３４に記載のオリゴマー二本鎖を含むか、またはそれらからなるアンチセンス化合物。
  36. 請求項１～３３のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３４に記載のオリゴマー二本鎖、及び薬学的に許容される担体または希釈剤を含む薬学的組成物。
  37. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000417
     またはその塩。
  38. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000418
     またはその塩。
  39. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000419
     またはその塩。
  40. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000420
     またはその塩。
  41. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000421
     またはその塩。
  42. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド、
    Figure 2024038076000422
     またはその塩。
  43. 前記式のナトリウム塩である、請求項３７～４２のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド。
  44. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000423
  45. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000424
  46. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000425
  47. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000426
  48. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000427
  49. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチド。
    Figure 2024038076000428
  50. 請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドのキラル的に濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル的に濃縮された集団。
  51. 前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
  52. 前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０または５１に記載のキラル的に濃縮された集団。
  53. 前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の、独立して選択される立体化学的配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０に記載のキラル的に濃縮された集団。
  54. 前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｓｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
  55. 前記集団が、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において前記（Ｒｐ）配置を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
  56. 前記集団が、５’から３’の方向で、Ｓｐ－Ｓｐ－Ｒｐ配置における少なくとも３個の隣接するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾されたオリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項５０または請求項５３に記載のキラル的に濃縮された集団。
  57. 請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが、ステレオランダムである、前記修飾されたオリゴヌクレオチドの集団。
  58. 請求項３７～４９のいずれかに記載の修飾されたオリゴヌクレオチド及び薬学的に許容される希釈剤または担体を含む薬学的組成物。
  59. 前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、請求項３６または５８に記載の薬学的組成物。
  60. 前記薬学的組成物が、前記修飾されたオリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる、請求項５９に記載の薬学的組成物。
  61. 請求項３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を動物に投与することを含む方法。
  62. ＡＴＸＮ２に関連する疾患を治療する方法であって、ＡＴＸＮ２に関連する疾患を有するかまたはそれを発症する危険性のある個体に、治療有効量の、請求項３６または５８～６０のいずれかに記載の薬学的組成物を投与し、それによりＡＴＸＮ２に関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
  63. ＡＴＸＮ２に関連する前記疾患が、神経変性疾患である、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記神経変性疾患が、脊髄小脳失調症２型（ＳＣＡ２）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、及びパーキンソニズムのうちのいずれかである、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が、改善される、請求項６４に記載の方法。
  66. 前記症状または特徴が、運動失調、神経障害、及び凝集体形成のうちのいずれかである、請求項６５に記載の方法。
  67. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、
    Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号１７１４）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  68. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
    Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号１２５５）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  69. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１１８５）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  70. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ
    ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ａｅ（配列番号３２３５）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  71. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、ｍＣｅｓ
    ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｏ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｏ Ｇｅｓ Ｇｅｓ Ｇｅ（配列番号１５８）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  72. 以下の式の修飾されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、Ｔｅｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ Ｔｅｓ Ｇｅｓ ｍＣｅ（配列番号２５４４）、式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾された糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、前記オリゴマー化合物。
  73. 前記修飾されたオリゴヌクレオチドが、ＲＮＡｉ化合物である、請求項３に記載のオリゴマー化合物。
  74. 前記ＲＮＡｉ化合物が、ｓｓＲＮＡまたはｓｉＲＮＡである、請求項７３に記載のオリゴマー化合物。
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