JP2021511072A - Ｄｎｍ２発現のモジュレーター - Google Patents
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Abstract
本実施形態は、ＤＮＭ２発現の阻害に有用であり、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、方法、化合物、および組成物を提供する。【選択図】なし
Description
（配列表）
本願は、配列表とともに電子形式で出願されているものである。配列表は、２０１９年１月１０日に作成され、大きさが７８４ｋｂのＢＩＯＬ０３２２ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題するファイルとして提供される。電子形式の配列表の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、配列表とともに電子形式で出願されているものである。配列表は、２０１９年１月１０日に作成され、大きさが７８４ｋｂのＢＩＯＬ０３２２ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題するファイルとして提供される。電子形式の配列表の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
（分野）
本発明の諸実施形態は、ＤＮＭ２発現を阻害するのに有用であり、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、方法、化合物、および組成物を提供する。
本発明の諸実施形態は、ＤＮＭ２発現を阻害するのに有用であり、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、方法、化合物、および組成物を提供する。
ダイナミン２（ＤＮＭ２）は、膜輸送および微小管動態に関与する大型のＧＴＰアーゼである（例えば、Ｄｕｒｉｅｕｘ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｍｏｌ Ｍｅｄ，８８，３３９（２０１０）を参照されたい）。ＤＮＭ２の変異は、中心核ミオパチー（ＣＮＭ）およびシャルコー・マリー・トゥース病を含めた複数の疾患の原因となる。ＤＮＭ２はまた、デュシェンヌ筋ジストロフィーの原因となる（例えば、国際公開第２０１５／０５５８５９号および国際公開第２０１６／１７０１６２号を参照されたい）。ＣＮＭおよびＣＮＭ様ミオパチーはまた、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、ＲＹＲ１、ＴＴＮ、ＣＣＤＣ７８、およびＭＴＭＲ１４の変異が原因である。
本明細書に提供される特定の実施形態は、ＤＮＭ２発現の阻害に有用であり、中心核ミオパチー（ＣＮＭ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、およびデュシェンヌ筋ジストロフィー（ＤＭＤ）などの疾患の治療、予防、改善、または進行の遅延に有用であり得る、強力で耐容性のある化合物、および組成物に関する。本明細書に提供される特定の実施形態は、動物のＤＮＭ２発現を強力に低下させる、ＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む。
本発明の１つの目的は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド９〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも９個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１０〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１１〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１１個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、または少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内で相補的である、修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３の等しい長さの部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基８３，５７３〜８７，２８７または８７，３５９〜９０，９１５内で相補的である、修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１３に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡまたはヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡのエクソン１０に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡまたはヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡの３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれかを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。本発明のまた別の目的は、配列番号２８７９を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物である。
本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれかを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドが、
８〜１２個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む、化合物である。
８〜１２個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む、化合物である。
本発明のまた別の目的は、長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２で記載される配列よりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖部分を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである、化合物である。
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖部分を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである、化合物である。
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、３、または３１３５のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的である。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。一実施形態では、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの二環式糖を含む。一実施形態では、少なくとも１つの二環式糖は、ＬＮＡ、ＥＮＡ、およびｃＥｔからなる群より選択される。一実施形態では、少なくとも１つの二環式糖部分は、ｃＥｔ糖部分である。
一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む。
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む。
一実施形態では、化合物は一本鎖である。一実施形態では、化合物は二本鎖である。
一実施形態では、化合物は、少なくとも１つの未修飾リボシル糖部分を含む。一実施形態では、化合物は、少なくとも１つの未修飾２’−デオキシリボシル糖部分を含む。
一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１５〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜２０個の連結ヌクレオシドよりなる。
本発明のまた別の目的は、以下の式：Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋによる修飾オリゴヌクレオチドを含み；式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ糖部分、
ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、および
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合
である、化合物である。
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ糖部分、
ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、および
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合
である、化合物である。
一実施形態では、本発明の化合物は、コンジュゲート基を含む。一実施形態では、本発明の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドとコンジュゲート基とからなる。
本発明のまた別の目的は、以下の式：
［配列番号２８７９］による化合物またはその塩である。
［配列番号２８７９］による化合物またはその塩である。
一実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドよりなる。
本発明はさらに、薬学的に許容される塩の形態の本明細書に記載されるいずれか１つの化合物よりなる、化合物に関する。一実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。一実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。
本発明はまた、本明細書に記載される化合物と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、医薬組成物に関する。
本発明はさらに、特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、本明細書に記載される化合物のキラル富化集団に関する。一実施形態では、集団は、（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に特定の独立に選択された立体化学的配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有し、残りの各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する、修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、集団は、５’から３’に向かってＳｐ、Ｓｐ、およびＲｐ立体配置の少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する、修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。一実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの全部のホスホロチオアートヌクレオシド間結合が、ステレオランダムなものである。
本発明はさらに、本明細書に記載される化合物の集団と、少なくとも１つの薬学的に許容される希釈剤または担体とを含む、医薬組成物に関する。
本発明はさらに、治療法に使用する、本明細書に記載される化合物、前記化合物と少なくとも１つの薬学的に許容される担体もしくは希釈剤とを含む、医薬組成物、または本明細書に記載される化合物の集団と少なくとも１つの薬学的に許容される担体もしくは希釈剤とを含む、医薬組成物に関する。
本発明はさらに、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病の治療、予防、または改善に使用する、本明細書に記載される化合物、前記化合物と少なくとも１つの薬学的に許容される担体もしくは希釈剤とを含む、医薬組成物、または本明細書に記載される化合物の集団と少なくとも１つの薬学的に許容される担体もしくは希釈剤とを含む、医薬組成物に関する。
本発明はまた、個体のＤＮＭ２に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法であって、本明細書に記載される化合物または組成物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む、方法に関する。
本発明はまた、個体のＤＮＭ２に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法であって、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む、方法に関する。
一実施形態では、疾患は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である。一実施形態では、化合物は一本鎖である。一実施形態では、ＤＮＭ２核酸転写物はプレｍＲＮＡである。一実施形態では、疾患は、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーである。一実施形態では、個体は、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子に少なくとも１つの変異を有する。一実施形態では、投与することが、体重または筋力を増大させる。
本発明はさらに、細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害する方法であって、細胞と、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖とを接触させ、それにより細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害することを含む、方法に関する。一実施形態では、この方法はｉｎ ｖｉｔｒｏの方法である。一実施形態では、細胞は個体の筋肉内にある。一実施形態では、個体は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病を有するか、有するリスクがある。
本発明はさらに、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクのある個体の体重または筋力を増大させる方法であって、ＤＮＭ２核酸転写物に１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物を個体に投与し、それにより個体の体重または筋力を増大させることを含む、方法に関する。一実施形態では、個体は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病を有するか、有するリスクがある。
一実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。一実施形態では、化合物は、本明細書に記載されるキラル富化集団のメンバーである。一実施形態では、化合物は、本明細書に記載される医薬組成物の成分である。
一実施形態では、化合物を皮下注射により個体に投与する。一実施形態では、化合物を筋肉内注射により個体に投与する。一実施形態では、化合物を静脈内注射により個体に投与する。
本発明はさらに、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善への使用に関する。一実施形態では、疾患は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である。
本発明はさらに、本明細書に記載される化合物または本明細書に記載される組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善への使用に関する。
本発明はさらに、本明細書に記載される化合物または本明細書に記載される組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善のための薬剤製造への使用に関する。
一実施形態では、疾患は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である。一実施形態では、疾患は、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーである。一実施形態では、疾患は、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異に関連するものである。
本発明はさらに、本明細書に記載される化合物または本明細書に記載される組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善のための薬剤調製への使用に関する。一実施形態では、疾患は、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である。一実施形態では、疾患は、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーである。一実施形態では、疾患は、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異に関連するものである。
（詳細な説明）
上記の全般的説明および以下の詳細な説明はともに、単に例示的かつ説明的なものであり、特許請求される実施形態を限定するものではないことを理解するべきである。本明細書では、単数形の使用は、別途具体的に記載されない限り、複数形を含む。本明細書で使用される「または」の使用は、別途記載されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」ならびに他の形態、例えば「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（含む）」および「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」などの使用は、限定するものではない。
上記の全般的説明および以下の詳細な説明はともに、単に例示的かつ説明的なものであり、特許請求される実施形態を限定するものではないことを理解するべきである。本明細書では、単数形の使用は、別途具体的に記載されない限り、複数形を含む。本明細書で使用される「または」の使用は、別途記載されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」ならびに他の形態、例えば「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（含む）」および「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」などの使用は、限定するものではない。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成を目的とするものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本願で引用される、特に限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍、論文、ならびにＧｅｎＢａｎｋおよびＮＣＢＩの参照配列記録を含めた文献または文献の一部分は、本明細書で考察される文献の一部分およびその全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
本明細書に含まれる各配列番号に記載される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対するいかなる修飾とも独立したものであることが理解される。したがって、配列番号によって定められる化合物は独立に、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する１つまたは複数の修飾を含み得る。
本明細書で使用される「２’−デオキシヌクレオシド」は、天然のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）にみられる２’−Ｈ（Ｈ）リボシル糖部分を含む、ヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、「２’−デオキシヌクレオシド」は、修飾核酸塩基を含み得るか、ＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用される「２’−置換ヌクレオシド」または「２−修飾ヌクレオシド」は、２’−置換または２’−修飾された糖部分を含む、ヌクレオシドを意味する。本明細書でフラノシル糖部分に関して使用される「２’−置換」または「２−修飾」は、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’−置換基を含む、糖部分を意味する。
本明細書で使用される「投与」または「投与すること」は、本明細書に提供される化合物または組成物の目的とする機能を発揮させるためにそれを個体に導入する経路を指す。使用できる投与経路の例としては、特に限定されないが、吸入による投与が挙げられる。
本明細書で使用される「同時に投与する」または「共投与」は、２つ以上の化合物を患者に両者の薬理効果が現れる任意の方法で投与することを意味する。同時投与は、両化合物を単一の医薬組成物として投与することも、同じ剤形として投与することも、同じ投与経路によって投与することも、同間に投与することも必要としない。両化合物の効果は、同時に現れる必要はない。効果は一定時間にわたって重複しさえすればよく、同一期間に得られるものである必要はない。同時投与または共投与は、並行して投与すること、または逐次的に投与することを包含する。
本明細書で使用される「動物」は、特に限定されないが、ヒトまたはマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ならびに特に限定されないが、サルおよびチンパンジーを含めた非ヒト霊長類を含めた非ヒト動物を指す。
本明細書で使用される「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物とその標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能な、かつ／または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性とは、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現が、アンチセンス化合物不在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較して減少することである。
本明細書で使用される「アンチセンス化合物」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドと、任意選択でコンジュゲート基または末端基などの１つまたは複数の追加の特徴とを含む、化合物を意味する。
本明細書で使用される「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、少なくとも一部が標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する、オリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で治療に関して使用される「改善する」は、少なくとも１つの症状が、治療不在下での同じ症状と比較して改善することを意味する。ある特定の実施形態では、改善とは、症状の重症度もしくは頻度の軽減、または症状の重症度もしくは頻度の発症遅延もしくは進行速度低下のことである。
本明細書で使用される「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される「二環式糖」または「二環式糖部分」は、２つの環を含み、第一の環の原子のうちの２個の原子をつなぐ架橋を介して第二の環が形成され、それにより二環式構造を形成している、修飾糖部分を意味する。ある特定の実施形態では、二環式糖部分の第一の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、二環式糖部分はフラノシル部分を含まない。
本明細書で使用される「ｃＥｔ」または「拘束エチル」は、二環式糖部分であって、二環式糖部分の第一の環がリボシル糖部分であり、二環式糖の第二の環が、４’−炭素と２’−炭素とをつなぐ架橋を介して形成され、架橋が式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有し、架橋のメチル基がＳ立体配置である、二環式糖部分を意味する。ｃＥｔ二環式糖部分はβ−Ｄ立体配置である。
本明細書で使用される「キラル富化集団」は、分子式が同一であり、特定のキラル中心に特定の立体化学的配置をもつ集団内の分子の数または割合が、特定のキラル中心がステレオランダムなものであるとした場合に同じ特定のキラル中心に同じ特定の立体化学的配置をもつと予想される分子の数または割合よりも大きい、複数の分子を意味する。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル富化集団は、１つまたは複数のステロランダム（ｓｔｅｒｏｒａｎｄｏｍ）なキラル中心を有し得る。ある特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、分子は、修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。
本明細書でオリゴヌクレオチドに関して使用される「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１つもしくは複数の領域の核酸塩基と、別の核酸またはその１つもしくは複数の領域の核酸塩基の少なくとも７０％が、そのオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と他方の核酸を反対方向に整列させたときに互いに水素結合が可能であることを意味する。相補的な核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することが可能な核酸塩基対のことである。相補的な核酸塩基対としては、アデニン（Ａ）とチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）、５−メチルシトシン（ｍＣ）とグアニン（Ｇ）が挙げられる。相補的なオリゴヌクレオチドおよび／または核酸は、各ヌクレオシドに核酸塩基の相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。本明細書でオリゴヌクレオチドに関して使用される「完全に相補的」または「１００％相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドが、そのオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドにおいて別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に相補的であることを意味する。
本明細書で使用される「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドと直接的または間接的に結合している原子団を意味する。コンジュゲート基としては、コンジュゲート部分およびコンジュゲート部分とオリゴヌクレオチドとを結合させるコンジュゲートリンカーが挙げられる。
本明細書で使用される「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分とオリゴヌクレオチドとを連結する結合を少なくとも１つ含む原子団を意味する。
本明細書で使用される「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドと結合している原子団を意味する。
本明細書でオリゴヌクレオチドと関連して使用される「連続する」は、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続する核酸塩基」は、配列内で互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含み、２つの前記オリゴマー化合物の一方がアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、アンチセンス化合物を意味する。
本明細書で使用される「有効量」は、化合物を必要とする個体に所望の生理学的転帰をもたらすのに十分な化合物の量を意味する。有効量は、治療する個体の健康および身体の状態、治療する個体の分類群、組成物の製剤化、個体の医学的状態の評価、およびその他の関連する因子によって個体ごとに異なり得る。
本明細書で使用される「有効性」は、所望の効果をもたらす能力を意味する。
本明細書で使用される「ＤＮＭ２」は、任意のダイナミン２核酸またはタンパク質を意味する。「ＤＮＭ２核酸」は、ＤＮＭ２をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２核酸としては、ＤＮＭ２をコードするＤＮＡ染色体領域、ＤＮＭ２をコードするＤＮＡから転写されるＲＮＡ（例えば、プレｍＲＮＡ転写物）、およびＤＮＭ２をコードするｍＲＮＡ転写物が挙げられる。
本明細書で使用される「発現」は、コードされている遺伝子情報が細胞内で、存在する構造物に変換されて作動する、あらゆる機能を含む。このような構造物としては、特に限定されないが、転写および翻訳の産物が挙げられる。発現レベル（転写レベルまたは翻訳レベルなど）を測定する方法は当該分野で周知であり、特に限定されないが、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ノーザンブロット、ハイブリダイゼーション技術、例えばマイクロアレイの使用など、およびその組合せが挙げられ、特に限定されないが、ＲＴ−ＰＣＲによって得たアンプリコンのハイブリダイゼーション、シーケンシング、例えば次世代ＤＮＡシーケンシング（ＮＧＳ）またはＲＮＡ−ｓｅｑ（「全トランスクリプトームショットガンシーケンシング」としても知られる）など、免疫組織化学、Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ法（Ｌｕｍｉｎｅｘ）、ウエスタンブロット、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、サンドイッチＥＬＩＳＡ、多重ＥＬＩＳＡ、電気化学発光（ＥＣＬ）（Ｅｌｅｃｓｙｓ（登録商標）、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ社）、酵素結合蛍光アッセイ（ＥＬＦＡ）（ＶＩＤＡＳ（登録商標）、Ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ社など）、蛍光結合免疫測定法（ＦＬＩＳＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）、免疫クロマトグラフィーアッセイ（ＩＣＡ）（ＮＥＸＵＳ ＩＢ１０、Ｓｐｈｉｎｇｏｔｅｃｈ社など）、および質量分析ベースの方法がこれに含まれる。
本明細書で使用される「ギャップマー」は、ＲＮアーゼＨ切断を補助し、それぞれが１つまたは複数のヌクレオシドを有する外部セグメントの間に位置する、複数のヌクレオシドを有し、内部セグメントを構成するヌクレオシドが、外部セグメントを構成し直接隣接するヌクレオシドまたはヌクレオシドとは化学的に異なるものである、アンチセンスオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドを意味する。内部セグメントは、「ギャップ」または「ギャップセグメント」と呼ばれることがあり、外部セグメントは、「ウィング」または「ウィングセグメント」と呼ばれることがある。
本明細書で使用される「ハイブリダイゼーション」は、相補的なオリゴヌクレオチドおよび／または核酸の対形成またはアニーリングを意味する。特定の機序に限定するわけではないが、最も一般的なハイブリダイゼーション機序は、水素結合を含むものであり、水素結合は、例えば、相補的な核酸塩基間のワトソン・クリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合であり得る。
本明細書で使用される「個体」は、治療または治療法に対して選択されるヒトまたは非ヒト動物を意味する。
本明細書で使用される「発現または活性の阻害」は、発現または活性が未処置または対照試料での発現または活性と比較して低下する、または遮断されることを指し、必ずしも発現または活性が完全に消失することを表すわけではない。一実施形態では、発現または活性の阻害は、発現または活性が、未処置または対照試料での発現または活性と比較して、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％低下する、または遮断されることを指す。一実施形態では、発現または活性の阻害は、発現または活性が、未処置または対照試料での発現または活性と比較して、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低下する、または遮断されることを指す。
本明細書で数値の前に使用される「約」という用語は、前記数値のプラスマイナス１０％を意味する。
本明細書で使用される「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間で共重結合を形成する基または結合を意味する。本明細書で使用される「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然のリン酸ヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非リン酸結合を本明細書では修飾ヌクレオシド間結合と呼ぶ。「ホスホロチオアート結合」は、非架橋酸素原子のうちの１つが硫黄原子に置き換えられた修飾リン酸結合を意味する。ホスホロチオアートヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である。修飾ヌクレオシド間結合は、脱塩基ヌクレオシドを含む結合を含む。本明細書で使用される「脱塩基ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物内にあり、核酸塩基と直接連結されていない糖部分を意味する。ある特定の実施形態では、脱塩基ヌクレオシドがオリゴヌクレオチド内の１つまたは２つのヌクレオシドに隣接している。
本明細書で使用される「リンカー−ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分とを直接的または間接的に結合するヌクレオシドを意味する。リンカー−ヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置している。リンカー−ヌクレオシドは、それがオリゴヌクレオチドと連続している場合でも、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドの一部とされることはない。
本明細書で使用される「非二環式修飾糖」または「非二環式修飾糖部分」は、置換基などの修飾を含み、糖の２つの原子の間で架橋を形成して第二の環を形成しない修飾糖部分を意味する。
本明細書で使用される「連結ヌクレオシド」とは、途切れのない配列の形で連結されている（すなわち、連結されているヌクレオシドの間に追加のヌクレオシドが存在しない）ヌクレオシドのことである。
本明細書で使用される「ミスマッチ」または「非相補的」は、第一のオリゴマー化合物と第二のオリゴマー化合物を整列させたとき、第二のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でなない、第一のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される「調節すること」は、細胞，組織，器官、または生物体の特徴を変化させる、または調整することを指す。例えば、ＤＮＭ２発現を調節することは、細胞、組織、器官、または生物体のＤＮＭ２ ＲＮＡおよび／またはＤＮＭ２タンパク質のレベルを上昇または低下させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、器官、または生物体に変化をもたらすものである。例えば、ＤＮＭ２発現を調節する化合物は、細胞、組織、器官、または生物体のＤＮＭ２ ＲＮＡおよび／またはＤＮＭ２タンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
本明細書で使用される「ＭＯＥ」はメトキシエチルを意味する。「２’−ＭＯＥ」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」は、リボシル環の２’−ＯＨ基の代わりに２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。
本明細書で使用される「モチーフ」は、オリゴヌクレオチドの未修飾の、および／または修飾された糖部分、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用される「天然の」は、自然界にみられることを意味する。
本明細書で使用される「核酸塩基」は、未修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書で使用される「未修飾核酸塩基」とは、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、およびグアニン（Ｇ）のことである。本明細書で使用される修飾核酸塩基とは、少なくとも１つの未修飾核酸塩基と対形成することが可能な原子団のことである。ユニバーサル塩基とは、５種類の未修飾核酸塩基のうちのいずれか１種類と対形成することが可能な核酸塩基のことである。
本明細書で使用される「核酸塩基配列」は、いかなる糖修飾ともヌクレオシド間結合修飾とも無関係な核酸またはオリゴヌクレオチド内の連続する核酸塩基の順序を意味する。
本明細書で使用される「ヌクレオシド」は、核酸塩基と糖部分とを含む部分を意味する。核酸塩基と糖部分はそれぞれ独立に、未修飾であるか、修飾されている。本明細書で使用される「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基および／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される「オリゴマー化合物」は、オリゴヌクレオチドと、任意選択でコンジュゲート基または末端基などの１つまたは複数の追加の特徴とからなる、化合物を意味する。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオシド間結合を介して連結されており、各ヌクレオシドおよびヌクレオシド間結合が修飾されていても未修飾であってもよい、連結ヌクレオシドの鎖を意味する。特に明記されない限り、オリゴヌクレオチドは８〜５０個の連結ヌクレオシドよりなる。本明細書で使用される「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用される「未修飾オリゴヌクレオチド」は、いかなるヌクレオシド修飾もヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される「薬学的に許容される担体または希釈剤」は、動物に投与する際に使用するのに適した任意の物質を意味する。特定のこのような担体は、医薬組成物を例えば、対象によって吸入されるようにエアロゾル化する、またはその他の方法で分散させることができる液剤、散剤、または懸濁剤として製剤化することを可能にする。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水；滅菌生理食塩水；または滅菌緩衝液である。一実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、動物、好ましくはヒトに投与しても、有害な反応もアレルギー反応もその他の有害反応も引き起こさない。ありとあらゆる溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などがこれに含まれる。ヒトへの投与には、調製物は、規制当局、例えばＦＤＡ局またはＥＭＡなどが求める無菌性、発熱原性、全般的安全性、および純度の基準を満たすべきである。
本明細書で使用される「薬学的に許容される塩」は、オリゴマー化合物などの化合物の生理学的および薬学的に許容される塩、すなわち、親化合物の所望の生物活性を保持し、親化合物に望ましくない毒性作用を付与しない塩を意味する。
本明細書で使用される「医薬組成物」は、対象に投与するのに適した物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、アンチセンス化合物と水溶液とを含み得る。
本明細書で使用される「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。ある特定の実施形態では、リン部分は、一リン酸塩、二リン酸塩、三リン酸塩、またはホスホロチオアートを含む。
本明細書で使用される「プロドラッグ」は、体外での形態が、体内または体の細胞内で異なる形態に変換される形態である、治療剤を意味する。体内でのプロドラッグの変換は通常、細胞もしくは組織内に存在する酵素（例えば、内在酵素もしくはウイルス酵素）もしくは化学物質の作用によって、および／または生理的条件によって促進される。
本明細書で使用される「ＲＮＡｉ化合物」は、少なくとも一部がＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して、標的核酸および／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するよう作用する、アンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、特に限定されないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、およびマイクロＲＮＡ模倣物を含めたマイクロＲＮＡが挙げられる。ある特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、および／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語には、ＲＮアーゼＨを介して作用するアンチセンスオリゴヌクレオチドは含まれない。
本明細書でアンチセンス化合物に関して使用される「一本鎖」という用語は、第二のオリゴマー化合物と対形成して二本鎖を形成しない１つのオリゴマー化合物よりなるアンチセンス化合物を意味する。オリゴヌクレオチドに関する「自己相補的」は、少なくとも一部が自身とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１つのオリゴマー化合物からなり、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖アンチセンスまたはオリゴマー化合物は、相補的なオリゴマー化合物と結合して二本鎖を形成することが可能なものであり得、その場合、化合物は一本鎖ではなくなる。
本明細書で使用される「標準的細胞アッセイ」は、実施例１〜９に記載されるいずれかのアッセイおよびその妥当な変形形態を意味する。
本明細書で使用される「標準的ｉｎ ｖｉｖｏ実験」は、実施例１０に記載される手順およびその妥当な変形形態を意味する。
本明細書で分子式が同一の分子集団と関連して使用される「ステレオランダムなキラル中心」は、ランダムな立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムなキラル中心を含む分子の集団内では、（Ｓ）立体配置のステレオランダムなキラル中心を有する分子の数が、必ずというわけではないが、（Ｒ）立体配置のステレオランダムなキラル中心を有する分子の数と同じであり得る。キラル中心の立体化学的配置は、それが立体化学的配置を制御するよう設計されていない合成方法の結果である場合、ランダムであるとされる。ある特定の実施形態では、ステレオランダムなキラル中心は、ステレオランダムなホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される「糖部分」は、未修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用される「未修飾糖部分」は、ＲＮＡにみられる２’−ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「未修飾ＲＮＡ糖部分」）またはＤＮＡにみられる２’−Ｈ（Ｈ）部分（「未修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。本明細書で使用される「修飾糖部分」または「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分または糖代替物を意味する。本明細書で使用される修飾フラノシル糖部分は、未修飾糖部分の少なくとも１つの水素の代わりに非水素置換基を含む、フラノシル糖を意味する。ある特定の実施形態では、修飾フラノシル糖部分は２’−置換糖部分である。このような修飾フラノシル糖部分には、二環式糖および非二環式糖が含まれる。本明細書で使用される「糖代替物」は、フラノシル部分以外の部分を有し、核酸塩基とオリゴヌクレオチド内の別の基、例えばヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基などとを連結できる、修飾糖部分を意味する。オリゴヌクレオチド内の１つまたは複数の位置に糖代替物を含む修飾ヌクレオシドが組み込まれていてよく、このようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または核酸とハイブリダイズすることが可能である。
本明細書で使用される「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写物」、および「核酸標的」は、アンチセンス化合物が影響を及ぼすよう設計されている核酸を意味する。
本明細書で使用される「標的領域」は、アンチセンス化合物がハイブリダイズするよう設計されている標的核酸の一部分を意味する。
本明細書で使用される「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端と共有結合している化学基または原子団を意味する。
本明細書で使用される「末端ウィングヌクレオシド」は、ギャップマーのウィングセグメントの末端に位置しているヌクレオシドを意味する。少なくとも２つのヌクレオシドを含むか、これよりなるウィングセグメントはいずれも、２つの末端、すなわち、ギャップセグメントと直接隣接する末端；およびギャップセグメントの反対側の端にある末端を有する。したがって、少なくとも２つのヌクレオシドを含むか、これよりなるウィングセグメントはいずれも、末端ヌクレオシドを各末端に１つずつ、２つ有する。
本明細書で使用される「治療有効量」は、個体に治療利益をもたらす化合物、医薬品、または組成物の量を意味する。ある特定の実施形態では、治療有効量は、ＤＮＭ２に関連する疾患の症状を治療または改善する、化合物のレベルまたは量を指す。ある特定の実施形態では、治療有効量をＤＮＭ２に関連する疾患の発症前に投与し得るか、またはＤＮＭ２に関連する疾患の惹起後に投与し得る。
本明細書で使用される「治療する」は、動物の疾患、障害、または病態に変化または改善をもたらすため、動物に化合物または医薬組成物を投与することを指す。一実施形態では、治療有効量の本発明による化合物を投与した後、対象にＤＮＭ２に関連する特定の疾患に関連する１つまたは複数の症状の観察可能かつ／または測定可能な軽減または緩和、例えば、特に限定されないが、罹病率および死亡率の低下、生活の質の改善、体重増加、筋力の維持または増大、床から立ち上がるのにかかる時間の短縮、９メートル歩行時間の短縮、階段を４段の昇るのにかかる時間の短縮、ウェイトを持ち上げる能力の増大、６分間歩行の距離の増大、下肢機能グレードの増大、肺機能および／または心機能の向上などがある程度みられる場合、対象の治療が成功を収めたことになる。疾患の治療および改善の成功を評価するパラメータは、医師がよく知るルーチンの手順によって容易に測定できる。
特定の実施形態
特定の実施形態は、ＤＮＭ２発現を阻害する方法、化合物、および組成物を提供する。
特定の実施形態は、ＤＮＭ２発現を阻害する方法、化合物、および組成物を提供する。
特定の実施形態は、未処置または対照試料と比較してＤＮＭ２発現を阻害する方法、化合物、および組成物を提供する。一実施形態では、前記阻害は、ＤＮＭ２発現の少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％の阻害である。一実施形態では、発現または活性の阻害は、未処置または対照試料での発現または活性と比較した発現または活性が、未処置または対照試料と比較して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％低下する、または遮断されることを指す。
特定の実施形態は、ＤＮＭ２核酸に相補的なオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる化合物を提供する。ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２核酸は、ヌクレオシド１０７１５００１〜１０８３５０００から切断されたＲｅｆＳｅｑまたはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００００１９．１０（本明細書に配列番号１として開示される）、ＮＭ＿００４９４５．３（本明細書に配列番号２として開示される）、ＮＭ＿００１００５３６１．２（本明細書に配列番号３として開示される）、またはＮＭ＿００１００５３６０．２（本明細書に配列番号３１３５として開示される）に記載されている配列を有する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４の核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性を有する任意の配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。
本明細書で使用される「同一性」という用語は、２つの核酸分子、例えば２つのＤＮＡ分子または２つのＲＮＡ分子の間のサブユニット配列同一性を指す。２つの分子両方のサブユニットの位置が、同じ単量体サブユニットによって占められている場合；例えば、２つのＤＮＡ分子それぞれのある位置がアデニンによって占められている場合、両分子はその位置で同一（または相同）である。２つの配列の間の相同性は、マッチする位置または相同な位置の数の一次関数であり；例えば、２つの配列の位置の半数（例えば、長さ１０サブユニットのポリマーの５つの位置）が相同である場合、その２つの配列は５０％相同であり；位置の９０％（例えば、１０個のうち９個）がマッチする、または相同である場合、その２つの配列は９０％相同である。したがって、２つ以上の核酸分子の配列間の関係で使用される「相同」または「同一」という用語は、２つ以上のヌクレオチド残基の鎖の間のマッチ数によって求められる、核酸分子間の配列類似度を指す。「同一性」は、特定の数学モデルまたはコンピュータプログラム（すなわち、「アルゴリズム」）によって扱われる、ギャップアライメント（存在する場合）を有する２つ以上の配列のうち短い方の間の同一マッチのパーセントを測定するものである。関連するポリペプチドの同一性は、既知の方法によって容易に算出できる。このような方法としては、特に限定されないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ １，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ．Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；およびＣａｒｉｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，ＳＩＡＭ Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．４８，１０７３（１９８８）に記載されているものが挙げられる。同一性を求めるのに好ましい方法は、被験配列の間で最大のマッチが得られるよう設計されているものである。同一性を求める方法が、公開されているコンピュータプログラムに記載されている。２つの配列間の同一性を求めるのに好ましいコンピュータプログラム法としては、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．＼２，３８７（１９８４）；Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、ウィスコンシン大学、マディソン、ウィスコンシン州）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．ＭｏＩ．Ｂｉｏｌ．２１５，４０３−４１０（１９９０））を含めたＧＣＧプログラムパッケージが挙げられる。ＢＬＡＳＴＸプログラムは、米国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）およびその他の入手源（ＢＬＡＳＴ Ｍａｎｕａｌ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．ＮＮＣＢ／ＮＬＭ／ＮＩＨ Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．２０８９４；Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，上記）に公開されている。周知のＳｍｉｔｈ Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを用いて同一性を求めてもよい。
ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも７０％の同一性を有する配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２８７９または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号３０５６または配列番号３０５６と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１２３または配列番号２１２３と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１８９または配列番号２１８９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２４５３または配列番号２４５３と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１６０または配列番号２１６０と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２２３２または配列番号２２３２と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号７〜３１３４のいずれか、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性などを有する任意の配列の少なくとも１２個の連続する核酸塩基を含む、核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド１０〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性などを有する任意の配列の少なくとも１０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド１１〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性などを有する任意の配列の少なくとも１１個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１１〜３０個である。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性などを有する任意の配列の少なくとも１２個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１２〜３０個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６個の修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。
特定の実施形態は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個の修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７〜３１３４のいずれか１つ、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性を有する任意の配列の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜３０個である。
特定の実施形態は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つ、または配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７０％の同一性、例えば、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列と少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上の同一性などを有する任意の配列の核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。
ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロンに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、イントロン９−１０ａ、イントロン１０、イントロン１０ａ−１１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、イントロン１５、イントロン１６、イントロン１７、イントロン１８、イントロン１９、またはイントロン１９−２０ａに相補的である。特定のこのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３４０４〜４４，７３７；４４，８１２〜５７，４７８；５７，６２９〜６０，７０２；６０，９０７〜６２，１１７；６２，２１７〜６７，９５９；６８，１２１〜７１，５６３；７１，７０７〜７８，７１９；７８，８５６〜８０，３７１；８０，４４０〜８１，０６０；８０，４４０〜８２，３７９；８１，２００〜８３，４８５；８２，５１９〜８３，４８５；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；１０５，０９０〜１０８，７８７；１０８，９９０〜１１０，０５６；１１０，２２２〜１１４，０３５；１１４，２６９〜１１５，１２６；１１５，３７９〜１１５，９７７；または１１５，３７９〜１１５，９８０内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、イントロン９−１０ａ、イントロン１０、イントロン１０ａ−１１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、イントロン１５、イントロン１６、イントロン１７、イントロン１８、イントロン１９、またはイントロン１９−２０ａの等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有するオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３４０４〜４４，７３７；４４，８１２〜５７，４７８；５７，６２９〜６０，７０２；６０，９０７〜６２，１１７；６２，２１７〜６７，９５９；６８，１２１〜７１，５６３；７１，７０７〜７８，７１９；７８，８５６〜８０，３７１；８０，４４０〜８１，０６０；８０，４４０〜８２，３７９；８１，２００〜８３，４８５；８２，５１９〜８３，４８５；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；１０５，０９０〜１０８，７８７；１０８，９９０〜１１０，０５６；１１０，２２２〜１１４，０３５；１１４，２６９〜１１５，１２６；１１５，３７９〜１１５，９７７；または１１５，３７９〜１１５，９８０内の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有する。ある特定の実施形態では、これらの化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ＤＮＭ２核酸転写物の特定のイントロン、例えば、ＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物は一般に、特に強力で、耐容性がある。したがって、このような特定のイントロンは、ＤＮＭ２核酸転写物を標的とするためのホットスポット領域であると考えられる。
ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’〜ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’〜ＵＴＲの等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有するオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有する。ある特定の実施形態では、これらの化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有するオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、このようなオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有する。ある特定の実施形態では、これらの化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の等しい長さの一部分に相補的な少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１のヌクレオチド８９，７２２〜８９，７３７；８３，８８０〜８３，８９５；９０，０８１〜９０，０９６；９４，４５０〜９４，４６５；１１，９６０〜１１，９７５；９３，３２２〜９３，３３７；または９７，８５５〜９７，８７０内に相補的である、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２（配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２）のいずれか１つの核酸塩基配列の少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１６個の連続する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２８７９または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号３０５６または配列番号３０５６と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１２３または配列番号２１２３と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１８９または配列番号２１８９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２４５３または配列番号２４５３の少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２１６０または配列番号２１６０と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号２２３２または配列番号２２３２と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含むか、これよりなる。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２（配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２）のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２（配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２）のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、化合物番号９５１７９９（配列番号２８７９）の核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。
ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる化合物は、化合物番号９５１７９９である。のちの実施例の節に記載されているようにスクリーニングした３，０００を超える化合物のうち、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、および９５０１３２が上位のリード化合物として浮上した。特に、化合物番号９５１７９９は、３，０００を超える化合物のうち、効力および耐容性の点で最も優れた特性の組合せを示した。
ある特定の実施形態では、上記のいずれかのオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖、および／または少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、修飾オリゴヌクレオチドである。
ある特定の実施形態では、上記のいずれかの修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾糖を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾糖は、ｃＥｔ二環式糖、ＬＮＡ二環式糖、またはＥＮＡ二環式糖などの二環式糖である。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合などの少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。
ある特定の実施形態では、上記のいずれかの修飾オリゴヌクレオチドは、５−メチルシトシンなどの少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態では、上記のいずれかの修飾オリゴヌクレオチドは、
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列よりなる核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列よりなる核酸塩基配列を有する。
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列よりなる核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９に記載される配列または配列番号２８７９と少なくとも７０％の同一性を有する配列よりなる核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結核酸塩基２０〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つに記載される配列、または配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、もしくは２２３２のいずれか１つと少なくとも７０％の同一性を有する配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなり、修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；５’ウィングセグメントのヌクレオシドがそれぞれｃＥｔ二環式糖を含み；３’ウィングセグメントのヌクレオシドがそれぞれｃＥｔ二環式糖を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜８０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜３０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個である。
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；５’ウィングセグメントのヌクレオシドがそれぞれｃＥｔ二環式糖を含み；３’ウィングセグメントのヌクレオシドがそれぞれｃＥｔ二環式糖を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜８０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６〜３０個である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１６個である。
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の式のうちの１つ：
Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋ（配列番号２８７９）；
Ｇｋｓ Ｇｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ａｋ（配列番号３０５６）；
Ｇｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋ（配列番号２１２３）；
Ｇｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｋｓ Ｔｋｓ ｍＣｋ（配列番号２１８９）；
Ｇｋｓ Ｇｋｓ Ｔｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｋ（配列番号２４５３）；
Ａｋｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｋｓ Ｇｋｓ ｍＣｋ（配列番号２１６０）；または
Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ａｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋ（配列番号２２３２）
による修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなり、式中、Ａ＝アデニン、ｍＣ＝５−メチルシトシン、Ｇ＝グアニン、Ｔ＝チミン、ｋ＝ｃＥｔ糖部分、ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、およびｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋ（配列番号２８７９）；
Ｇｋｓ Ｇｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ａｋ（配列番号３０５６）；
Ｇｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋ（配列番号２１２３）；
Ｇｋｓ ｍＣｋｓ Ａｋｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｋｓ Ｔｋｓ ｍＣｋ（配列番号２１８９）；
Ｇｋｓ Ｇｋｓ Ｔｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｋｓ ｍＣｋｓ Ｔｋ（配列番号２４５３）；
Ａｋｓ Ｔｋｓ Ｇｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｋｓ Ｇｋｓ ｍＣｋ（配列番号２１６０）；または
Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ａｋｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋ（配列番号２２３２）
による修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなり、式中、Ａ＝アデニン、ｍＣ＝５−メチルシトシン、Ｇ＝グアニン、Ｔ＝チミン、ｋ＝ｃＥｔ糖部分、ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、およびｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造：
［配列番号２８７９］
を有する修飾オリゴヌクレオチドである化合物９５１７９９またはその塩を含むか、これよりなる。
［配列番号２８７９］
を有する修飾オリゴヌクレオチドである化合物９５１７９９またはその塩を含むか、これよりなる。
ある特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造：
［配列番号２８７９］
を有する化合物９５１７９９のナトリウム塩を含むか、これよりなる。
［配列番号２８７９］
を有する化合物９５１７９９のナトリウム塩を含むか、これよりなる。
上記のいずれかの実施形態では、化合物またはオリゴヌクレオチドは、ＤＮＭ２をコードする核酸に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的なものであり得る。
上記のいずれかの実施形態では、化合物は一本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は２’−デオキシリボヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖である。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖であり、リボヌクレオシドを含む。上記のいずれかの実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
上記のいずれかの実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜８０個、１０〜３０個、１２〜５０個、１３〜３０個、１３〜５０個、１４〜３０個、１４〜５０個、１５〜３０個、１５〜５０個、１６〜３０個、１６〜５０個、１７〜３０個、１７〜５０個、１８〜２２個、１８〜２４個、１８〜３０個、１８〜５０個、１９〜２２個、１９〜３０個、１９〜５０個、または２０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物はオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。
したがって、本発明は、上に記載したＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、修飾オリゴヌクレオチドまたは化合物に関する。
ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドとコンジュゲート基とを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で修飾オリゴヌクレオチドと連結している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で修飾オリゴヌクレオチドと連結している。
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物または組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの塩を含む。ある特定の実施形態では、塩はナトリウム塩である。ある特定の実施形態では、塩はカリウム塩である。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、標準的細胞アッセイで３００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、８０ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、または３０ｎＭ未満のうちの少なくとも１つのｉｎ ｖｉｔｒｏＩＣ５０を示すことによって活性があるとする。標準的細胞アッセイについては実施例に記載する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、生理食塩水処置動物の４倍以下、３以下、２以下、もしくは１．５以下のうちの少なくとも１つのアラニンアミノ基転移酵素（ＡＬＴ）もしくはアスパラギン酸アミノ基転移酵素（ＡＳＴ）値の増大、または対照処置動物の３０％以下、２０％以下、１５％以下、１２％以下、１０％以下、５％以下、もしくは２％以下の肝臓、脾臓、もしくは腎臓重量の増大を示すことによって明らかにされる、極めて耐容性に優れたものである。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、ＡＬＴもＡＳＴも対照処置動物より増大しないことによって明らかにされる、極めて耐容性に優れたものである。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物または組成物は、肝臓重量も脾臓重量も腎臓重量も対照処置動物より増大しないことによって明らかにされる、極めて耐容性に優れたものである。
特定の実施形態は、上記のいずれかの実施形態の化合物またはその塩を含むか、実質的にこれよりなる、組成物を提供する。
特定の実施形態は、上記のいずれかの実施形態の化合物またはその塩と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含むか、実質的にこれよりなる、組成物を提供する。したがって、一実施形態では、本発明の組成物は医薬組成物である。
特定の実施形態は、上記のいずれかの実施形態の化合物またはその塩を含むか、これよりなる、薬物を提供する。したがって、一実施形態では、本発明の組成物は薬物である。
本明細書で組成物、医薬組成物、または薬物に関して使用される「実質的に〜よりなる」という用語は、本発明の化合物が、前記医薬組成物または薬物内で唯一の生物学的活性を有する有効成分、治療剤、または薬剤であることを意味する。
ある特定の実施形態では、組成物は、粘度が約４０センチポアズ（約０．０４Ｐａ・ｓ）（ｃＰ）未満、約３０ｃＰ（約０．０３Ｐａ・ｓ）未満、約２０ｃＰ（約０．０２Ｐａ・ｓ）未満、約１５ｃＰ（約０．０１５Ｐａ・ｓ）未満、約１０ｃＰ（約０．０１Ｐａ・ｓ）未満、約５ｃＰ（×約０．００５Ｐａ・ｓ）未満、または約３ｃＰ（約０．００３Ｐａ・ｓ）未満、または約１．５ｃＰ（×０．００１Ｐａ・ｓ）未満である。ある特定の実施形態では、上記のいずれかの粘度を有する組成物は、本明細書に提供される化合物を約１５ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ、２５ｍｇ／ｍＬ、５０ｍｇ／ｍＬ、１００ｍｇ／ｍＬ、１５０ｍｇ／ｍＬ、または約２００ｍｇ／ｍＬの濃度で含む。ある特定の実施形態では、上記のいずれかの粘度および／または化合物濃度を有する組成物は、温度が室温、または約２０℃、約２１℃、約２２℃、約２３℃、約２４℃、約２５℃、約２６℃、約２７℃、約２８℃、約２９℃、もしくは約３０℃である。
実施形態１．長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態２．長さが連結ヌクレオシド９〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも９個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態３．長さが連結ヌクレオシド１０〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１０個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態４．長さが連結ヌクレオシド１１〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１１個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態５．長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、または少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態６．長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７．配列番号７〜３１３４のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態８．長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３に相補的である、修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
実施形態９．長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３の等しい長さの一部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
実施形態１０．長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号１の核酸塩基８３，５７３〜８７，２８７または８７，３５９〜９０，９１５内に相補的である、修飾オリゴヌクレオチドを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１に少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
実施形態１１．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１２．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１３．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１４．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１３に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１５．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡのイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１６．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡまたはヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡのエクソン１０に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１７．ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡまたはヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡの３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１８．長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれかを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態１９．配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態２０．配列番号２８７９を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態２１．長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれかを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドが、
８〜１２個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む、化合物。
８〜１２個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
１〜７個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む、化合物。
実施形態２２．長さが連結ヌクレオシド１６個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２に記載される配列よりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含み、修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖部分を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである、化合物。
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し；各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖部分を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり；各シトシンが５−メチルシトシンである、化合物。
実施形態２３．オリゴヌクレオチドが、配列番号１、２、３、または３１３５のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、実施形態１〜２２のいずれか１つの化合物。
実施形態２４．修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１〜２３のいずれか１つの化合物。
実施形態２５．少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、実施形態２４の化合物。
実施形態２６．修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの二環式糖を含む、実施形態１〜２１または２３〜２５のいずれか１つの化合物。
実施形態２７．少なくとも１つの二環式糖が、ＬＮＡ、ＥＮＡ、およびｃＥｔからなる群より選択される、実施形態２６の化合物。
実施形態２８．少なくとも１つの二環式糖部分がｃＥｔ糖部分である、実施形態２７の化合物。
実施形態２９．修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、実施形態１〜２８のいずれか１つの化合物。
実施形態３０．修飾オリゴヌクレオチドが、
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、実施形態１〜２９のいずれか１つの化合物。
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、実施形態１〜２９のいずれか１つの化合物。
実施形態３１．一本鎖である、実施形態１〜３０のいずれか１つの化合物。
実施形態３２．二本鎖である、実施形態１〜３０のいずれか１つの化合物。
実施形態３３．少なくとも１つの未修飾リボシル糖部分を含む、実施形態１〜３２のいずれか１つの化合物。
実施形態３４．少なくとも１つの未修飾２’−デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１〜３３のいずれか１つの化合物。
実施形態３５．修飾オリゴヌクレオチドが、１０〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる、実施形態１〜３４のいずれか１つの化合物。
実施形態３６．修飾オリゴヌクレオチドが、１２〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる、実施形態１〜３４のいずれか１つの化合物。
実施形態３７．修飾オリゴヌクレオチドが、１５〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる、実施形態１〜３４のいずれか１つの化合物。
実施形態３８．修飾オリゴヌクレオチドが、１６〜２０個の連結ヌクレオシドよりなる、実施形態１〜３４のいずれか１つの化合物。
実施形態３９．以下の式：Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋによる修飾オリゴヌクレオチドを含み；式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ糖部分、
ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、および
ｓ＝スホロチオアートヌクレオシド間結合
である、化合物。
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ糖部分、
ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、および
ｓ＝スホロチオアートヌクレオシド間結合
である、化合物。
実施形態４０．コンジュゲート基を含む、実施形態１〜３９のいずれか１つの化合物。
実施形態４１．修飾オリゴヌクレオチドとコンジュゲート基とからなる、実施形態４０の化合物。
実施形態４２．以下の式：
［配列番号２８７９］
による化合物またはその塩。
［配列番号２８７９］
による化合物またはその塩。
実施形態４３．修飾オリゴヌクレオチドよりなる、実施形態１〜３９または４２のいずれか１つの化合物。
実施形態４４．薬学的に許容される塩の形態の実施形態１〜４３のいずれか１つの化合物よりなる、化合物。
実施形態４５．薬学的に許容される塩がナトリウム塩である、実施形態４４の化合物。
実施形態４６．薬学的に許容される塩がカリウム塩である、実施形態４４の化合物。
実施形態４７．実施形態１〜４４のいずれか１つの化合物と、少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、医薬組成物。
実施形態４８．特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物のキラル富化集団。
実施形態４９．（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態４８のキラル富化集団。
実施形態５０．（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態４８のキラル富化集団。
実施形態５１．各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に特定の独立に選択された立体化学的配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態４８のキラル富化集団。
実施形態５２．各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態５１のキラル富化集団。
実施形態５３．各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態５１のキラル富化集団。
実施形態５４．１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有し、残りの各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する、修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態５１のキラル富化集団。
実施形態５５．５’から３’に向かってＳｐ、Ｓｐ、およびＲｐ立体配置の少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する、修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、実施形態４８または実施形態５１のキラル富化集団。
実施形態５６．修飾オリゴヌクレオチドの全ホスホロチオアートヌクレオシド間結合が、ステレオランダムなものである、実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物のキラル富化集団。
実施形態５７．実施形態４８〜５６のいずれか１つの化合物の集団と、少なくとも１つの薬学的に許容される希釈剤または担体とを含む、医薬組成物。
実施形態５８．治療法に使用する、実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物、実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物と少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、医薬組成物、または実施形態４８〜５６のいずれか１つの化合物の集団と少なくとも１つの薬学的に許容される担体または希釈剤とを含む、医薬組成物。
実施形態５９．中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病の治療、予防、または改善に使用する、実施形態５８の化合物または組成物。
実施形態６０．個体のＤＮＭ２に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法であって、実施形態１〜５９のいずれかの化合物または組成物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む、方法。
実施形態６１．個体のＤＮＭ２に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法であって、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む、方法。
実施形態６２．疾患が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態６０または６１の方法。
実施形態６３．化合物が一本鎖である、実施形態６０〜６２のいずれか１つの方法。
実施形態６４．ＤＮＭ２核酸転写物がプレｍＲＮＡである、実施形態６０〜６３のいずれか１つの方法。
実施形態６５．疾患が、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチー実施形態６０〜６４のいずれか１つの方法。
実施形態６６．個体が、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子に少なくとも１つの変異を有する、実施形態６５の方法。
実施形態６７．投与することが、体重または筋力を増大させる、実施形態６０〜６６のいずれか１つの方法。
実施形態６８．細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害する方法であって、細胞と、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物とを接触させ、それにより細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害することを含む、方法。
実施形態６９．細胞が個体の筋肉内にある、実施形態６８の方法。
実施形態７０．個体が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病を有するか、有するリスクがある、実施形態６９の方法。
実施形態７１．ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがある個体の体重または筋力を増大させる方法であって、ＤＮＭ２核酸転写物に１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物を個体に投与し、それにより個体の体重または筋力を増大させることを含む、方法。
実施形態７２．個体が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病を有するか、有するリスクがある実施形態７１の方法。
実施形態７３．化合物が、実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物である、実施形態６０〜７２のいずれか１つの方法。
実施形態７４．化合物が、実施形態４８〜５６のいずれか１つのキラル富化集団のメンバーである、実施形態６０〜７２のいずれか１つの方法。
実施形態７５．化合物が、実施形態５７の医薬組成物の成分である、実施形態６０〜７２のいずれか１つの方法。
実施形態７６．化合物を皮下注射により個体に投与する、実施形態６０〜６７または６９〜７５のいずれか１つの方法。
実施形態７７．化合物を筋肉内注射により個体に投与する、実施形態６０〜６７または６９〜７５のいずれか１つの方法。
実施形態７８．化合物を静脈内注射により個体に投与する、実施形態６０〜６７または６９〜７７のいずれか１つの方法。
実施形態７９．ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０，イントロン１，イントロン１１，イントロン１２，イントロン１３，イントロン１４，または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善への使用。
実施形態８０．疾患が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態７９の使用。
実施形態８１．実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物または実施形態５７の組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善への使用。
実施形態８２．実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物または実施形態５７の組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善のための薬物製造への使用。
実施形態８３．疾患が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態８１または８２の使用。
実施形態８４．疾患が、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーである、実施形態８０または８３の使用。
実施形態８５．疾患が、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異に関連するものである、実施形態８４の使用。
実施形態８６．実施形態１〜４６のいずれか１つの化合物または実施形態５７の組成物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善のための薬物調製への使用。
実施形態８７．疾患が、中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病である、実施形態８６の使用。
実施形態８８．疾患が、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーである、実施形態８７の使用。
実施形態８９．疾患が、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異に関連するものである、実施形態８８の使用。
特定の適応症
本明細書に提供される特定の実施形態は、ＤＮＭ２を標的とする化合物、例えば本明細書に記載される化合物などの投与によってＤＮＭ２発現を阻害する方法であって、個体のＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、方法に関する。ＤＮＭ２に関連する特定の疾患では、その疾患を治療、予防、または改善するのに中程度または部分的にＤＮＭ２発現を阻害すれば十分である（例えば、Ｃｏｗｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２４，１３５０−１３６３（２０１４）およびＴａｓｆａｏｕｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．Ｊｕｎ ７；８：１５６６１（２０１７）を参照されたい）。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２に相補的なアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチド、例えば本明細書に記載されるものなどであり得る。
本明細書に提供される特定の実施形態は、ＤＮＭ２を標的とする化合物、例えば本明細書に記載される化合物などの投与によってＤＮＭ２発現を阻害する方法であって、個体のＤＮＭ２に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、方法に関する。ＤＮＭ２に関連する特定の疾患では、その疾患を治療、予防、または改善するのに中程度または部分的にＤＮＭ２発現を阻害すれば十分である（例えば、Ｃｏｗｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２４，１３５０−１３６３（２０１４）およびＴａｓｆａｏｕｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．Ｊｕｎ ７；８：１５６６１（２０１７）を参照されたい）。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２に相補的なアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチド、例えば本明細書に記載されるものなどであり得る。
本明細書に提供される方法で治療でき、予防でき、かつ／または改善できる、ＤＮＭ２に関連する疾患の例としては、中心核ミオパチー（ＣＮＭ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、およびデュシェンヌ筋ジストロフィー（ＤＭＤ）が挙げられる。中心核ミオパチーとしては、Ｘ連鎖ＣＮＭ（ＸＬＣＮＭ）、常染色体優性ＣＮＭ（ＡＤＣＮＭ）、および常染色体劣性ＣＮＭ（ＡＲＣＮＭ）が挙げられる。ＣＮＭには、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２を含めた複数の遺伝子の変異が関連している。その他の遺伝子、具体的にはリアノジン受容体をコードするＲＹＲ１、タイチンをコードするＴＴＮ、ＣＣＤＣ７８（ＯＭＩＭ６１４８０７）、およびホスホイノシチドホスファターゼＭＴＭＲ１４（ｈＪＵＭＰＹ；ＯＭＩＭ１６０１５０と呼ばれる）がＣＮＭ様ミオパチーと関係があるとされている。
ある特定の実施形態では、個体のＤＮＭ２に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、個体の皮下に、皮内に、節内に、髄内に、筋肉内に、胸骨内に、静脈内（ｉ．ｖ．）注射により、注入技術により、または腹腔内に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を皮下注射により個体に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を投与することが、体重または筋力を増大させる、または維持する。
ある特定の実施形態では、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを治療、予防、または改善する方法は、ＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を個体に投与し、それによりＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを治療、予防、または改善することを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物を個体の皮下に、皮内に、腫瘍内に、節内に、髄内、筋肉内に、胸骨内に、静脈内（ｉ．ｖ．）注射により、注入技術により、または腹腔内に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を個体に例えば、皮下または筋肉内注射により、全身投与する。ある特定の実施形態では、化合物を投与することが、体重または筋力を増大させる、または維持する。特定のこのような実施形態では、床から立ち上がるのにかかる時間、９メートル歩行時間、または階段を４段の昇るのにかかる時間が短縮される。ある特定の実施形態では、ウェイトを持ち上げる能力、６分間歩行の距離、または下肢機能グレードが増大する。ある特定の実施形態では、肺機能または心機能が向上する。ある特定の実施形態では、個体は、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがあることが確認される。ＤＮＭ２に関連する疾患を有するリスクの因子の例としては、特に限定されないが、遺伝的素因、例えば、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異などが挙げられる。
ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがある個体のＤＮＭ２発現を阻害する方法は、ＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を個体に投与し、それにより個体のＤＮＭ２発現を阻害することを含む。ある特定の実施形態では、化合物を投与することが、骨格筋でのＤＮＭ２発現を阻害する。ある特定の実施形態では、個体は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを有するか、有するリスクがある。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個である。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物を個体の皮下に、皮内に、節内に、髄内、筋肉内に、胸骨内に、静脈内（ｉ．ｖ．）注射により、注入技術により、または腹腔内に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を個体に例えば、皮下または筋肉内注射により、全身投与する。ある特定の実施形態では、化合物を投与することが、体重または筋力を増大させる、または維持する。ある特定の実施形態では、個体は、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがあることが確認される。
ある特定の実施形態では、細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害する方法は、細胞と、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物とを接触させ、それにより細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害することを含む。一実施形態では、ＤＮＭ２発現が、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％阻害される。一実施形態では、ＤＮＭ２発現が、未処置または対照試料と比較して少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％阻害される。一実施形態では、この方法はｉｎ ｖｉｔｒｏの方法である。ある特定の実施形態では、細胞は筋細胞である。ある特定の実施形態では、細胞は骨格筋細胞である。ある特定の実施形態では、筋細胞は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを有するか、有するリスクがある個体の中にある。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがある個体の体重または筋力を増大させる、または維持する方法は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物を個体に投与し、個体の体重または筋力を増大させる、または維持することを含む。特定のこのような実施形態では、床から立ち上がるのにかかる時間、９メートル歩行時間、または階段を４段の昇るのにかかる時間が短縮される。ある特定の実施形態では、ウェイトを持ち上げる能力、６分間歩行の距離、または下肢機能グレードが増大する。ある特定の実施形態では、肺機能または心機能が向上する。ある特定の実施形態では、個体は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを有するか、有するリスクがある。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物を個体の皮下に、皮内に、節内に、髄内に、筋肉内に、胸骨内に、静脈内（ｉ．ｖ．）注射により、注入技術により、または腹腔内に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を個体に例えば、皮下または筋肉内注射により、全身投与する。ある特定の実施形態では、個体は、ＤＮＭ２に関連する疾患を有するか、有するリスクがあることが確認される。
特定の実施形態は、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療に使用する、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物に関する。ある特定の実施形態では、疾患は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴである。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。ある特定の実施形態では、化合物を個体の皮下に、皮内に、節内に、髄内に、筋肉内に、胸骨内に、静脈内（ｉ．ｖ．）注射により、注入技術により、または腹腔内に投与する。ある特定の実施形態では、化合物を個体に例えば、皮下または筋肉内注射により、全身投与する。
特定の実施形態は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを有する、有するリスクがある個体の体重または筋力の増大させる、または維持するのに使用する、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物に関する。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療のための薬物製造または調製への使用に関する。特定の実施形態は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物の、ＤＮＭ２に関連する疾患の治療のための薬物調製への使用に関する。ある特定の実施形態では、疾患は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴである。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＤＮＭ２を標的とするアンチセンス化合物を含む化合物の、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴを有する、有するリスクがある個体の体重または筋力の増大または維持のための薬物製造または調製への使用に関する。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、イントロン１４、エクソン１０、または３’−ＵＴＲに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物のイントロン１、イントロン１１、イントロン１２、イントロン１３、またはイントロン１４に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１のヌクレオチド３，４０４〜４４，７３７；８３，５７３〜８７，２８７；８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；または９７，３７８〜１０４，９７９内の配列に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１２〜５０個であり、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列よりなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、化合物番号９５１７９９、９４９９３５、９５００２３、９５００８９、９５１３７２、９５００６０、または９５０１３２である。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記のいずれかの実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
上記のいずれかの方法または使用では、化合物は、ＤＮＭ２核酸転写物を標的とするものであり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、長さが連結ヌクレオシド８〜５０個、長さが連結ヌクレオシド１０〜３０個、長さが連結ヌクレオシド１２〜３０個、または長さが連結ヌクレオシド２０個である修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、３、または３１３５に記載されるいずれかの核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合と、少なくとも１つの修飾糖と、少なくとも１つの修飾核酸塩基とを含む。特定のこのような実施形態では、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、少なくとも１つの修飾糖は二環式糖であり、少なくとも１つの修飾核酸塩基は５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメントを含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む。
上記のいずれかの実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１２〜３０個、１５〜３０個、１５〜２５個、１５〜２４個、１６〜２４個、１７〜２４個、１８〜２４個、１９〜２４個、２０〜２４個、１９〜２２個、２０〜２２個、１６〜２０個、または１７個、または２０個であり得る。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、３、または３１３５に記載されるいずれかの核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合と、少なくとも１つの修飾糖と、少なくとも１つの修飾核酸塩基とを含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、少なくとも１つの修飾糖は二環式糖であり、少なくとも１つの修飾核酸塩基は５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメントを含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントおよび３’ウィングセグメントと直接隣接してその間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む。
上記のいずれかの方法または使用では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜３０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなるものであり得、修飾オリゴヌクレオチドが、
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む。
上記のいずれかの方法または使用では、化合物は、長さが連結ヌクレオシド１６〜３０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなるものであり得、修飾オリゴヌクレオチドが、
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む。
連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む。
上記のいずれかの方法または使用では、化合物は、長さが連結核酸塩基１６〜５０個であり、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つに記載される配列を含むか、これよりなる核酸塩基配列有する、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなるものであり得、修飾オリゴヌクレオチドが、
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり、各シトシンが５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドよりなる。
１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメント；
３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメント；および
３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメント
を含み、ギャップセグメントが、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置し、各ウィングセグメントの各ヌクレオシドがｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアート結合であり、各シトシンが５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の連結ヌクレオシドよりなる。
一実施形態では、上記のいずれかの方法または使用において、化合物は、以下の化学構造：
［配列番号２８７９］
を有する。
［配列番号２８７９］
を有する。
一実施形態では、上記のいずれかの方法または使用において、化合物を全身投与し得る。ある特定の実施形態では、上記のいずれかの方法または使用の化合物を注射または注入により投与し得る。ある特定の実施形態では、上記のいずれかの方法または使用の化合物を皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、髄腔内または脳室内投与により投与し得る。ある特定の実施形態では、化合物を個体の皮内、節内に、髄内、または胸骨内に投与する。ある特定の実施形態では、上記のいずれかの方法または使用の化合物を経口投与し得る。
特定の組合せおよび併用療法
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物を含む第一の薬剤を１つまたは複数の第二の薬剤と共投与する。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、本明細書に記載される第一の薬剤と同じ疾患、障害、または病態を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、本明細書に記載される第一の薬剤と異なる疾患、障害、または病態を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第一の薬剤は、第二の薬剤の望ましくない副作用を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して、第一の薬剤の望ましくない効果を治療する。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、１つまたは複数の本明細書に記載される医薬組成物の望ましくない副作用を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して併用効果をもたらす。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して相乗効果をもたらす。ある特定の実施形態では、第一の薬剤と第二の薬剤の共投与により、薬剤を独立した治療法として投与した場合に治療効果または予防効果を得るのに必要とされるより低い用量の使用が可能になる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物を含む第一の薬剤を１つまたは複数の第二の薬剤と共投与する。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、本明細書に記載される第一の薬剤と同じ疾患、障害、または病態を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、本明細書に記載される第一の薬剤と異なる疾患、障害、または病態を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第一の薬剤は、第二の薬剤の望ましくない副作用を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して、第一の薬剤の望ましくない効果を治療する。ある特定の実施形態では、このような第二の薬剤は、１つまたは複数の本明細書に記載される医薬組成物の望ましくない副作用を治療するよう設計されている。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して併用効果をもたらす。ある特定の実施形態では、第二の薬剤を第一の薬剤と共投与して相乗効果をもたらす。ある特定の実施形態では、第一の薬剤と第二の薬剤の共投与により、薬剤を独立した治療法として投与した場合に治療効果または予防効果を得るのに必要とされるより低い用量の使用が可能になる。
ある特定の実施形態では、１つまたは複数の本明細書に提供される化合物または組成物を１つまたは複数の第二の薬剤と共投与する。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の本明細書に提供される化合物または組成物と１つまたは複数の第二の薬剤を異なる時間に投与する。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の本明細書に提供される化合物または組成物と１つまたは複数の第二の薬剤を一緒に単一の製剤に調製する。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の本明細書に提供される化合物または組成物と１つまたは複数の第二の薬剤を別個に調製する。
特定の実施形態は、本明細書に記載されるＤＮＭ２核酸転写物に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物と第二の薬剤との併用に関する。特定の実施形態では、このような使用は、ＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴに罹患している患者を治療する方法への使用、またはＣＮＭ、ＤＭＤ、またはＣＭＴの治療のための薬物調製または製造への使用である。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるＤＮＭ２核酸転写物に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物と第二の薬剤を、２つの薬剤を同時に、別個に、または逐次的に投与することによって併用治療に使用する。ある特定の実施形態では、２つの薬剤を固定用量配合剤として製剤化する。他の実施形態では、２つの薬剤を別個の単位として患者に提供し、次いで、これが同時に、または連続的に（逐次的に）服用され得る。
特定の化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物であり得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸のものに相補的な核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物であり得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸のものに相補的な核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸のものに相補的な核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態では、化合物またはアンチセンス化合物は一本鎖である。このような一本鎖化合物またはアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、このようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドおよび任意選択でコンジュゲート基を含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは修飾されている。ある特定の実施形態では、一本鎖アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的な核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態では、化合物またはアンチセンス化合物は二本鎖である。このような二本鎖化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第一の修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる第一のオリゴマー化合物と、第一の修飾オリゴヌクレオチドに相補的な領域を有する第二のオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる第二のオリゴマー化合物とを含む。ある特定の実施形態では、第一のオリゴヌクレオチドは、第二のオリゴヌクレオチドに１００％相補的である。ある特定の実施形態では、第一のオリゴヌクレオチドおよび第二のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出したヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、第一の修飾オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡにみられる未修飾リボシル糖部分を含む。このような実施形態では、第一のオリゴヌクレオチドおよび／または第二のオリゴヌクレオチドのチミン核酸塩基がウラシル核酸塩基に置き換えられている。ある特定の実施形態では、第一のオリゴマー化合物および／または第二のオリゴマー化合物はコンジュゲート基を含む。ある特定の実施形態では、第一の修飾オリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１２〜３０個であり、第二のオリゴヌクレオチドは、長さが連結ヌクレオシド１２〜３０個である。ある特定の実施形態では、第二のオリゴヌクレオチドは修飾されている。ある特定の実施形態では、第一の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号７〜３１３４のいずれかの少なくとも８個の連続する核酸塩基を含む、核酸塩基配列を有する。
一本鎖および二本鎖化合物の例としては、特に限定されないが、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、オリゴヌクレオチドを標的とするマイクロＲＮＡ、および一本鎖ＲＮＡｉ化合物、例えば低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡｓ）、およびマイクロＲＮＡ模倣物が挙げられる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、５’から３’に向かって書いたとき、標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む、核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１０〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１２〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１２〜２２個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１４〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１４〜２０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１５〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１５〜２０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１６〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１６〜２０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１７〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１７〜２０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１８〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１８〜２１個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１８〜２０個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット２０〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。換言すれば、このようなオリゴヌクレオチドは、長さがそれぞれ、連結サブユニット１２〜３０個、連結サブユニット１４〜３０個、サブユニット１４〜２０個、サブユニット１５〜３０個、サブユニット１５〜２０個、サブユニット１６〜３０個、サブユニット１６〜２０個、サブユニット１７〜３０個、サブユニット１７〜２０個、サブユニット１８〜３０個、サブユニット１８〜２０個、サブユニット１８〜２１個、サブユニット２０〜３０個、または連結サブユニット１２〜２２個である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１４個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１６個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１７個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１８個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット１９個のオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが連結サブユニット２０個のオリゴヌクレオチドを含む。他の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、連結サブユニット８〜８０個、１２〜５０個、１３〜３０個、１３〜５０個、１４〜３０個、１４〜５０個、１５〜３０個、１５〜５０個、１６〜３０個、１６〜５０個、１７〜３０個、１７〜５０個、１８〜２２個、１８〜２４個、１８〜３０個、１８〜５０個、１９〜２２個、１９〜３０個、１９〜５０個、または２０〜３０個のオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態では、本明細書に記載される化合物は、長さが、連結サブユニット８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、もしくは５０個、または上記のいずれか２つの値によって定められる範囲のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、連結サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド、または核酸塩基である。
ある特定の実施形態では、化合物は、オリゴヌクレオチドと結合しているコンジュゲート基などの追加の特徴または要素をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、このような化合物はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、このような化合物はオリゴマー化合物である。コンジュゲート基がヌクレオシド（すなわち、コンジュゲート基とオリゴヌクレオチドとをつなぐヌクレオシド）を含むこのような実施形態では、コンジュゲート基のヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの長さに含めない。
ある特定の実施形態では、化合物は短縮型または切断型であり得る。例えば、５’末端から（５’切断）、あるいは３’末端から（３’短縮）単一サブユニットが欠失していてよい。ＤＮＭ２核酸を標的とする短縮型または切断型化合物は、化合物の５’末端から２つのサブユニットが欠失しているものであり得るか、あるいは化合物の３’末端から２つのサブユニットが欠失しているものであり得る。あるいは、ヌクレオシド欠失が化合物全体に分散していてもよい。
伸長した化合物中に単一の追加のサブユニットが存在する場合、その追加のサブユニットは、化合物の５’末端または３’末端に位置し得る。２つ以上の追加のサブユニットが存在する場合、付加されたサブユニットは、例えば、化合物の５’末端（５’付加）あるいは３’末端（３’付加）に２つのサブユニットが付加された化合物中では、互いに隣接し得る。あるいは、付加されたサブユニットが化合物全体に分散していてもよい。
オリゴヌクレオチドなどの化合物の長さを増加もしくは減少させ、かつ／または活性を失わせずにミスマッチ塩基を導入することが可能である（Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １９９２，８９：７３０５−７３０９；Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．Ｍａｒｃｈ ２００１，９３：４６３−４７１；Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１９９８，１６：３３４１−３３５８）。ただし、オリゴヌクレオチドの配列、化学的性質、およびモチーフに一見わずかな変化があっても、臨床開発に必要とされる多数の特性のうちの１つまたは複数のものに大きな差をもたらすことがある（Ｓｅｔｈら Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、二本鎖ＲＮＡ化合物（短鎖干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとも呼ばれる）および一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）がこれに含まれる。このような化合物は、少なくとも一部はＲＩＳＣ経路を介して作用して、標的核酸を分解および／または隔離する（したがって、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物を含む）。本明細書で使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介することが可能な核酸分子、例えば、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉オリゴヌクレオチド、短鎖干渉核酸、短鎖干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）、およびその他のものを表すのに使用される他の用語と同義であるものとする。さらに、本明細書で使用される「ＲＮＡｉ」という用語は、配列特異的ＲＮＡ干渉、例えば転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクスなどを表すのに使用される他の用語と同義であるものとする。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＤＮＭ２核酸転写物を標的とするオリゴヌクレオチド配列のうちのいずれかを含み得る。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つの少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は二本鎖であり得る。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９の少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つの核酸塩基配列を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９の核酸塩基配列を含む第一の鎖と、第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、第一の鎖が、配列番号７〜３１３４のいずれか１つのチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有する、リボヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、（ｉ）配列番号７〜３１３４のいずれかが相補的であるＤＮＭ２核酸上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第一の鎖と、（ｉｉ）第二の鎖とを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、糖の２’位にハロゲン（フッ素基；２’−Ｆなど）を含む、またはアルコキシ基（メトキシ基；２’−ＯＭｅなど）を含む、１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾と、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾とを含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾と少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基にわたって、交互のパターンで配置されている。ある特定の実施形態では、化合物は、天然のホスホジエステル結合以外に、隣接するヌクレオチド間に１つまたは複数の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオアート、およびホスホロジチオアート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されるように化学修飾されていてもよい。他の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号に開示されるように、キャッピングされた鎖を１つまたは２つ含む。
ある特定の実施形態では、化合物の第一の鎖はｓｉＲＮＡガイド鎖であり、化合物の第二の鎖はｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。ある特定の実施形態では、化合物の第二の鎖は、第一の鎖に相補的なものである。ある特定の実施形態では、化合物の各鎖は、長さが連結ヌクレオシド１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、または２３個である。ある特定の実施形態では、化合物の第一または第二の鎖は、コンジュゲート基を含み得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＤＮＭ２核酸を標的とするオリゴヌクレオチド配列のうちのいずれかを含み得る。ある特定の実施形態では、化合物は一本鎖である。ある特定の実施形態では、このような化合物は一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つの少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９の少なくとも８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基の部分を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９、３０５６、２１２３、２１８９、２４５３、２１６０、または２２３２のいずれか１つの核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号２８７９の核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれか１つのウラシル（Ｕ）の代わりにチミン（Ｔ）であるリボヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、配列番号７〜３１３４のいずれかが標的とするＤＮＭ２上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、糖の２’位がハロゲン（フッ素基；２’−Ｆなど）を含む、またはアルコキシ基（メトキシ基；２’−ＯＭｅなど）を含む、１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾と、少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾とを含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの２’−Ｆ糖修飾と少なくとも１つの２’−ＯＭｅ糖修飾は、化合物の鎖に沿って、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、または２０個の連続する核酸塩基にわたって、交互のパターンで配置されている。ある特定の実施形態では、化合物は、天然のホスホジエステル結合以外に、隣接するヌクレオチド間に１つまたは複数の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオアート、およびホスホロジチオアート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されるように化学修飾されていてもよい。他の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号に開示されるように、キャッピングされた鎖を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、または２３個の連結ヌクレオシドよりなる。ある特定の実施形態では、化合物はコンジュゲート基を含み得る。
本明細書に記載される特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は、１つまたは複数の不斉中心を有し、したがって、絶対立体化学の観点から、（Ｒ）もしくは（Ｓ）として、糖アノマーなどではαもしくはβとして、またはアミノ酸などでは（Ｄ）もしくは（Ｌ）などと定義され得る、鏡像異性体、ジアステレオマー、およびその他の立体異性配置を生じる。本明細書に提供され、特定の立体異性配置を有するものとして図示または記載される化合物は、その示される化合物だけを含む。本明細書に提供され、定められていない立体化学で図示または記載されている化合物は、そのステレオランダムな形態および光学的に純粋な形態を含め、そのようなあらゆる可能な異性体を含む。特に明示されない限り、本明細書に提供される化合物の全互変異性型が含まれる。
本明細書に記載される化合物は、１つまたは複数の原子が、示される元素の非放射性同位体または放射性同位体に置き換えられている、変形形態を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子それぞれに対して可能なあらゆる重水素置換を包含する。本明細書の化合物に包含される同位体置換としては、特に限定されないが、１Ｈに代わる２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃに代わる１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎに代わる１５Ｎ、１６Ｏに代わる１７Ｏまたは１８Ｏ、および３２Ｓに代わる３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓが挙げられる。ある特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、オリゴマー化合物に治療または研究ツールとして使用するのに有益な新たな特性を付与し得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を撮像などの研究または診断目的に適したものにし得る。
特定の機序
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物はオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ＤＮＭ２標的核酸とハイブリダイズして、少なくとも１つのアンチセンス活性を生じることが可能である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１つまたは複数の標的核酸に選択的に影響を及ぼす。このような化合物は、１つまたは複数の標的核酸とハイブリダイズして、１つまたは複数の所望のアンチセンス活性を生じ、１つまたは複数の非標的核酸とはハイブリダイズしないか、顕著な望ましくないアンチセンス活性を生じるように１つまたは複数の非標的核酸とハイブリダイズすることがない、核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物はオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ＤＮＭ２標的核酸とハイブリダイズして、少なくとも１つのアンチセンス活性を生じることが可能である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１つまたは複数の標的核酸に選択的に影響を及ぼす。このような化合物は、１つまたは複数の標的核酸とハイブリダイズして、１つまたは複数の所望のアンチセンス活性を生じ、１つまたは複数の非標的核酸とはハイブリダイズしないか、顕著な望ましくないアンチセンス活性を生じるように１つまたは複数の非標的核酸とハイブリダイズすることがない、核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性では、本明細書に記載される化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸を切断するタンパク質が動員される。例えば、本明細書に記載される特定の化合物は、ＲＮアーゼＨを介する標的核酸の切断を生じる。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞内エンドヌクレアーゼである。このようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖内のＤＮＡは、未修飾ＤＮＡでなくてよい。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ＲＮアーゼＨ活性を誘発できる程度に「ＤＮＡ様」である。さらに、ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップ内の１つまたは複数の非ＤＮＡ様ヌクレオシドには耐性がある。
特定のアンチセンス活性では、本明細書に記載される化合物または化合物の一部分がＲＮＡ誘導型サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）の中に搭載されており、最終的に標的核酸の切断を生じる。例えば、本明細書に記載される特定の化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断を生じる。ＲＩＳＣの中に搭載される化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
アンチセンス活性は、直接的または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、そのような標的核酸によってコードされる標的核酸もしくはタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、および／または細胞もしくは動物の表現型変化の観察または検出を含む。
標的核酸、標的領域、およびヌクレオチド配列
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は内在性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸はタンパク質をコードする。特定のこのような実施形態では、標的核酸は、イントロン領域、エクソン領域、および非翻訳領域を含めたｍＲＮＡおよびプレｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸はプレｍＲＮＡである。ある特定の実施形態ではプレｍＲＮＡおよび対応するｍＲＮＡはともに、単一の化合物の標的核酸である。特定のこのような実施形態では、標的領域は、全体が標的プレｍＲＮＡのイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソン接合部に及ぶ。ある特定の実施形態では、標的領域は、少なくとも５０％がイントロン内にある。ＤＮＭ２をコードする標的核酸配列としては、特に限定されないが、以下のものを含む：ヌクレオシド１０７１５００１〜１０８３５０００から切断されたＲｅｆＳｅｑまたはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００００１９．１０、ＮＭ＿００４９４５．３、ＮＭ＿００１００５３６１．２、またはＮＭ＿００１００５３６０．２（それぞれ配列番号１、２、３および３１３５）。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、標的核酸は内在性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態では、標的核酸はタンパク質をコードする。特定のこのような実施形態では、標的核酸は、イントロン領域、エクソン領域、および非翻訳領域を含めたｍＲＮＡおよびプレｍＲＮＡから選択される。ある特定の実施形態では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。ある特定の実施形態では、標的核酸はプレｍＲＮＡである。ある特定の実施形態ではプレｍＲＮＡおよび対応するｍＲＮＡはともに、単一の化合物の標的核酸である。特定のこのような実施形態では、標的領域は、全体が標的プレｍＲＮＡのイントロン内にある。ある特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソン接合部に及ぶ。ある特定の実施形態では、標的領域は、少なくとも５０％がイントロン内にある。ＤＮＭ２をコードする標的核酸配列としては、特に限定されないが、以下のものを含む：ヌクレオシド１０７１５００１〜１０８３５０００から切断されたＲｅｆＳｅｑまたはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００００１９．１０、ＮＭ＿００４９４５．３、ＮＭ＿００１００５３６１．２、またはＮＭ＿００１００５３６０．２（それぞれ配列番号１、２、３および３１３５）。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示される化合物とＤＮＭ２核酸との間で起こる。最も一般的なハイブリダイゼーション機序は、核酸分子の相補的な核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合）を含む。
いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示される化合物とＤＮＭ２核酸との間で起こる。最も一般的なハイブリダイゼーション機序は、核酸分子の相補的な核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合）を含む。
ハイブリダイゼーションは、様々な条件下で実施し得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列に依存するものであり、ハイブリダイズさせる核酸分子の性質および組成によって決まる。
ある配列がある標的核酸と特異的にハイブリダイズするかどうかを判定する方法は当該技術分野で周知である。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物は、ＤＮＭ２核酸と特異的にハイブリダイズする。
相補性
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物はオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２核酸に相補的なオリゴヌクレオチドは、ＤＮＭ２核酸に非相補的な核酸塩基を含むが、標的核酸と特異的にハイブリダイズできるものであり続ける限り、許容され得る。さらに、ある化合物は、介在する、または隣接するセグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないにＤＮＭ２核酸の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズし得る（例えば、ループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、化合物はオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態では、ＤＮＭ２核酸に相補的なオリゴヌクレオチドは、ＤＮＭ２核酸に非相補的な核酸塩基を含むが、標的核酸と特異的にハイブリダイズできるものであり続ける限り、許容され得る。さらに、ある化合物は、介在する、または隣接するセグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないにＤＮＭ２核酸の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズし得る（例えば、ループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物またはその特定の部分は、ＤＮＭ２核酸、その標的領域、標的セグメント、または特定の部分に７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％、少なくともその程度、または最大でその程度、相補的である。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物またはその特定の部分は、ＤＮＭ２核酸、その標的領域、標的セグメント、または特定の部分に７０％〜７５％、７５％〜８０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、９０％〜９５％、９５％〜１００％、または上記の範囲の間の任意の数値の％、相補的である。ある化合物の標的核酸とのパーセント相補性は、ルーチンの方法を用いて求めることができる。
例えば、化合物の２０個の核酸塩基のうち１８個が標的領域に相補的であり、したがって、特異的にハイブリダイズし得る化合物は、９０パーセントの相補性を示し得る。この例では、残りの非相補的な核酸塩基は、クラスターを形成していても、相補的な核酸塩基が散在していてもよく、互いに、または相補的な核酸塩基と連続していなくてよい。したがって、長さが核酸塩基１８個であり、標的核酸と完全に相補的な２つの領域と隣接する４つの非相補的な核酸塩基を有する化合物であれば、標的核酸との相補性は全体で７７．８％となる。ある化合物と標的核酸のある領域とのパーセント相補性は、当該技術分野で公知のＢＬＡＳＴプログラム（基本的なローカルアライメント検索ツール）およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラムを用いて日常的に求めることができる（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３−４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９−６５６）。パーセント相同性、配列同一性、または相補性は、例えば、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２−４８９）を用いるＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、大学リサーチパーク、マディソン、ウィスコンシン州）により、初期設定を用いて求めることができる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物またはその特定の部分は、標的核酸またはその特定の部分に完全に相補的（すなわち、１００％相補的）である。例えば、化合物は、ＤＮＭ２核酸、またはその標的領域、もしくは標的セグメント、もしくは標的配列に１００％相補的であり得る。本明細書で使用される「完全に相補的」は、化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基に相補的であることを意味する。例えば、核酸塩基２０個の化合物は、長さが核酸塩基４００個の標的配列にその化合物に完全に相補的な対応する核酸塩基２０個の部分が存在する場合、標的配列に完全に相補的である。完全に相補的はまた、第一および／または第二の核酸の特定の部分に関して使用され得る。例えば、核酸塩基３０個の化合物の核酸塩基２０個の部分は、長さが核酸塩基４００個の標的配列に「完全に相補的」であり得る。核酸塩基３０個の化合物の核酸塩基２０個の部分は、標的配列が、対応する核酸塩基２０個の部分を有し、各核酸塩基が、化合物の核酸塩基２０個の部分に相補的である場合、その標的配列に完全に相補的である。同時に、核酸塩基３０個の化合物全体は、化合物の残りの１０個の核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに応じて、標的配列に完全に相補的であることも、そうでないこともある。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に対して１つまたは複数のミスマッチ核酸塩基を含む。特定のこのような実施形態では、そのようなミスマッチによって標的に対するアンチセンス活性が低下するが、非標的に対する活性はそれよりも大きく低下する。したがって、特定のこのような実施形態では、化合物の選択性が向上する。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内の特定の位置にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、ギャップセグメントの５’末端から１位、２位、３位、４位、５位、６位、７位、または８位にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、ギャップセグメントの３’末端から９位、８位、７位、６位、５位、４位、３位、２位、１位にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、ウィングセグメントの５’末端から１位、２位、３位、または４位にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、ウィングセグメントの３’末端から４位、３位、２位、または１位にある。ある特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内の特定の位置にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１位、２位、３位、４位、５位、６位、７位、８位、９位、１０位、１１位、または１２位にある。特定のこのような実施形態では、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から１位、２位、３位、４位、５位、６位、７位、８位、９位、１０位、１１位、または１２位にある。
非相補的な核酸塩基の位置は、化合物の５’末端または３’末端に存在し得る。あるいは、非相補的な１つまたは複数の核酸塩基は、化合物の内部の位置に存在し得る。２つ以上の非相補的な核酸塩基が存在する場合、それらは、連続的であって（すなわち、連結していて）も、非連続的であってもよい。一実施形態では、非相補的な核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウィングセグメントに位置している。
ある特定の実施形態では、長さが核酸塩基１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、もしくは２０個である、またはそれ以下である本明細書に記載される化合物は、ＤＮＭ２核酸などの標的核酸またはその特定の部分に対して非相補的な核酸塩基を４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下含む。
ある特定の実施形態では、長さが核酸塩基１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、もしくは３０個である、またはそれ以下である本明細書に記載される化合物は、ＤＮＭ２核酸などの標的核酸またはその特定の部分に対して非相補的な核酸塩基を６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物はまた、標的核酸の一部分（ある領域またはセグメント内にある所定数の連続する核酸塩基）に相補的な化合物を含む。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基８個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基９個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１０個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１１個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１２個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１３個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１４個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１５個の部分に相補的である。ある特定の実施形態では、化合物は、標的セグメントの少なくとも核酸塩基１６個の部分に相補的である。また、標的セグメントの少なくとも核酸塩基９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、もしくはそれ以上、または上記の任意の２つの値によって定められる範囲の部分に相補的な化合物が企図される。
特定の化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、連結ヌクレオシドよりなるオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。オリゴヌクレオチドは、未修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、未修飾ＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む（すなわち、少なくとも１つの（修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を含む）修飾ヌクレオシドおよび／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む）。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、連結ヌクレオシドよりなるオリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。オリゴヌクレオチドは、未修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、未修飾ＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む（すなわち、少なくとも１つの（修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を含む）修飾ヌクレオシドおよび／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む）。
Ｉ．修飾
Ａ．修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基の両方を含む。
Ａ．修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基の両方を含む。
１．修飾糖部分
ある特定の実施形態では、糖部分は非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。このような糖代替物は、他のタイプの修飾糖部分のものに対応する１つまたは複数の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、糖部分は非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。このような糖代替物は、他のタイプの修飾糖部分のものに対応する１つまたは複数の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、特に限定されないが、２’位、４’位、および／または５’位の置換基を含めた１つまたは複数の非環状置換基を含む、非二環式修飾フラノシル糖部分である。ある特定の実施形態では、フラノシル糖部分はリボシル糖部分である。ある特定の実施形態では、非二環式修飾部分の１つまたは複数の非環状置換基は分岐している。非二環式修飾部分に適した２’−置換基の例としては、特に限定されないが、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）および２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。ある特定の実施形態では、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、ＲｍおよびＲｎが独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルであるＯ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、ならびにＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，５３１，５８４号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，８５９，２２１号；およびＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，００５，０８７号に記載されている２’−置換基のなかから選択される。これらの２’−置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、およびアルキニルのなかから独立に選択される１つまたは複数の置換基でさらに置換されていてよい。非二環式修飾部分に適した４’−置換基の例としては、特に限定されないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、および国際公開第２０１５／１０６１２８号に記載されているものが挙げられる。非二環式修飾部分に適した５’−置換基の例としては、特に限定されないが、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、および５’−メトキシが挙げられる。ある特定の実施形態では、非二環式修飾は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば、２’−Ｆ−５’−メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，国際公開第２００８／１０１１５７号およびＲａｊｅｅｖ ｅｔ ａｌ．，米国特許出願第２０１３／０２０３８３６号）に記載されている修飾糖部分および修飾ヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、Ｎ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択され、ＲｍおよびＲｎがそれぞれ独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである、非架橋２’−置換基を含む、糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ−（ＣＨ３）２、およびＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’−置換基を含む、糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、およびＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’−置換基を含む、糖部分を含む。
非二環式修飾部分などの修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分上の置換（１つまたは複数）の位置（１つまたは複数）によって呼ばれることがある。例えば、２’−置換または２−修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’−置換ヌクレオシドまたは２−修飾ヌクレオシドと呼ばれる。
特定の修飾糖部分は、第二の環を形成して二環式糖部分を生じる架橋糖置換基を含む。特定のこのような実施形態では、二環式糖部分は、４’フラノース環原子と２’フラノース環原子との間に架橋を含む。特定のこのような実施形態では、フラノース環はリボース環である。このような４’と２’の架橋糖置換基としては、特に限定されないが、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（Ｓ立体配置である場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と呼ばれる）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−Ｃ−Ｈ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）およびその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，３９９，８４５号、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，５６９，６８６号、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，７４１，４５７号、およびＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０２２，１９３号を参照されたい）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’およびその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，２７８，２８３号を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’およびその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，２７８，４２５号を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，６９６，３４５号およびＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，１２４，７４５号を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ−（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ−（＝ＣＨ２）−２’およびその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，２７８，４２６号を参照されたい）、Ｒ、Ｒａ、ならびにＲｂがそれぞれ独立に、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，４２７，６７２号を参照されたい）が挙げられる。
ある特定の実施形態では、このような４’と２’の架橋は独立に、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、 Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、およびＮ（Ｒａ）−から独立に選択される１〜４個の連結された基を含み；
式中、
ｘは、０、１、または２であり；
ｎは、１、２、３、または４であり；
ＲａおよびＲｂはそれぞれ独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；
Ｊ１およびＪ２は独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
式中、
ｘは、０、１、または２であり；
ｎは、１、２、３、または４であり；
ＲａおよびＲｂはそれぞれ独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；
Ｊ１およびＪ２は独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
ほかの二環式糖部分については当該技術分野で公知であり、例えば：Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３，Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０，Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９，８３６２−８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａ．，米国特許第７，０５３，２０７号；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，２６８，４９０；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａ．，米国特許第６，７７０，７４８号；Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，米国再発行特許ＲＥ４４，７７９号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，７９４，４９９号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，６７０，４６１号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，０３４，１３３号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０８０，６４４号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０３４，９０９号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，１５３，３６５号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，５７２，５８２号；およびＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，５２５，１９１号；；Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，国際公開第２００４／１０６３５６号；Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，国際公開第１９９９／０１４２２６号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，国際公開第２００７／１３４１８１号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，５４７，６８４号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，６６６，８５４号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０８８，７４６号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，７５０，１３１号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０３０，４６７号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，２６８，９８０号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，５４６，５５６号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，５３０，６４０号；Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，米国特許第９，０１２，４２１号；Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，５０１，８０５号；ならびにＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許公開第２００８／００３９６１８号およびＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，米国特許公開第２０１５／０１９１７２７号を参照されたい。
ある特定の実施形態では、二環式糖部分およびこのような二環式糖部分が組み込まれているヌクレオシドはさらに、異性体立体配置によって定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載されるもの）は、α−Ｌ立体配置またはβ−Ｄ立体配置であり得る。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、１つまたは複数の非架橋糖置換基と１つまたは複数の架橋糖置換基（例えば、５’置換糖と４’−２’架橋糖）とを含む。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。特定のこのような実施形態では、糖部分の酸素原子が、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子に置き換えられている。特定のこのような実施形態では、そのような修飾糖部分はまた、本明細書に記載される架橋および／または非架橋置換基を含む。例えば、特定の糖代替物は、４’−硫黄原子と２’位（例えば、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，８７５，７３３号およびＢｈａｔ ｅｔ ａｌ．，米国特許第７，９３９，６７７号を参照されたい）および／または５’位の置換とを含む。
ある特定の実施形態では、糖代替物は、原子の数が５以外の環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖代替物は６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。このようなテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換されていてよい。このような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、特に限定されないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０８８，９０４号；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，４４０，８０３号；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，７９６，４３７号；およびＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第９，００５，９０６号を参照されたい；Ｆ−ＨＮＡはＦ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランと呼ばれることもある）、および追加の修飾ＴＨＰ化合物を含み、式：
を有するヌクレオシド
（式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドそれぞれについて独立に：
Ｂｘが核酸塩基部分であり；
Ｔ３およびＴ４がそれぞれ独立に、修飾ＴＨＰヌクレオシドと残りのオリゴヌクレオチドとを連続するヌクレオシド間連結基であるか、Ｔ３およびＴ４のうちの一方が、修飾ＴＨＰヌクレオシドと残りのオリゴヌクレオチドとを連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３およびＴ４のうちの他方が、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結コンジュゲート基、または５’もしくは３’−末端基であり；
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、およびｑ７がそれぞれ独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり；
Ｒ１およびＲ２がそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、およびＣＮの中から選択され、式中、Ｘが、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、Ｊ１、Ｊ２、およびＪ３がそれぞれ独立に、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）
が挙げられる。
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，０８８，９０４号；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，４４０，８０３号；Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第８，７９６，４３７号；およびＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，米国特許第９，００５，９０６号を参照されたい；Ｆ−ＨＮＡはＦ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランと呼ばれることもある）、および追加の修飾ＴＨＰ化合物を含み、式：
（式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドそれぞれについて独立に：
Ｂｘが核酸塩基部分であり；
Ｔ３およびＴ４がそれぞれ独立に、修飾ＴＨＰヌクレオシドと残りのオリゴヌクレオチドとを連続するヌクレオシド間連結基であるか、Ｔ３およびＴ４のうちの一方が、修飾ＴＨＰヌクレオシドと残りのオリゴヌクレオチドとを連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３およびＴ４のうちの他方が、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結コンジュゲート基、または５’もしくは３’−末端基であり；
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、およびｑ７がそれぞれ独立に、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり；
Ｒ１およびＲ２がそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、およびＣＮの中から選択され、式中、Ｘが、Ｏ、Ｓ、またはＮＪ１であり、Ｊ１、Ｊ２、およびＪ３がそれぞれ独立に、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）
が挙げられる。
ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、およびｑ７がそれぞれＨである、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、およびｑ７のうちの少なくとも１つがＨ以外のものである。ある特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、およびｑ７のうちの少なくとも１つがメチルである。ある特定の実施形態では、Ｒ１およびＲ２のうちの一方がＦである、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある特定の実施形態では、Ｒ１がＦであり、Ｒ２がＨであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１がメトキシであり、Ｒ２がＨであり、ある特定の実施形態では、Ｒ１がメトキシエトキシであり、Ｒ２がＨである。
ある特定の実施形態では、糖代替物は、５つ以上の原子と、２つ以上のヘテロ原子とを有する、環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドへのその使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０およびＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，６９８，６８５号；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４；ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，０３４，５０６号を参照されたい）。本明細書で使用される「モルホリノ」という用語は、以下の構造：
を有する糖代替物を意味する。ある特定の実施形態では、例えば、上のモルホリノ構造の様々な置換基を付加する、または変化させることによって、モルホリノが修飾されていてよい。このような糖代替物を本明細書では「修飾モルホリノ」と呼ぶ。
ある特定の実施形態では、糖代替物は非環状部分を含む。このような非環状糖代替物を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドの例としては、特に限定されないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環状ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照されたい）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，国際公開第２０１１／１３３８７６号に記載されているヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシドに使用できる多数のその他の二環式および三環式糖および糖代替物環系が当該技術分野で公知である。
２．修飾核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６、およびＯ−６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−プロピニル（Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（プソイドウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザおよびその他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシルおよび５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別な塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ｂａｓｅ）、サイズを拡大した塩基（ｓｉｚｅ−ｅｘｐａｎｄｅｄ ｂａｓｅ）、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン、および９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としてはまた、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環に置き換えられたもの、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジンおよび２−ピリドンが挙げられる。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第３，６８７，８０８号に開示されているもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されているもの；ならびにＣｈａｐｔｅｒ ６および１５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６および４４２−４４３に開示されているものが挙げられる。
ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６、およびＯ−６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−プロピニル（Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（プソイドウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザおよびその他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシルおよび５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別な塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ｂａｓｅ）、サイズを拡大した塩基（ｓｉｚｅ−ｅｘｐａｎｄｅｄ ｂａｓｅ）、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン、および９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としてはまた、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環に置き換えられたもの、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジンおよび２−ピリドンが挙げられる。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許第３，６８７，８０８号に開示されているもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されているもの；ならびにＣｈａｐｔｅｒ ６および１５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６および４４２−４４３に開示されているものが挙げられる。
上記の特定の修飾核酸塩基およびその他の修飾核酸塩基の調製を教示している刊行物としては、特に限定されないが、Ｍａｎｏｈａｒａ ｅｔ ａｌ．，米国特許出願第２００３／０１５８４０３号；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，米国特許出願第２００３／０１７５９０６号；号；Ｄｉｎｈ ｅｔ ａｌ．，米国特許第４，８４５，２０５号；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１３０，３０２号；Ｒｏｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１３４，０６６号；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１７５，２７３号；Ｕｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，３６７，０６６号；Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４３２，２７２号；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４３４，２５７号；Ｇｍｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４５７，１８７号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４５９，２５５号；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４８４，９０８号；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５０２，１７７号；Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５２５，７１１号；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５５２，５４０号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５８７，４６９号；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５９４，１２１号；Ｓｗｉｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５９６，０９１号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，６１４，６１７号；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，６４５，９８５号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，６８１，９４１号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，８１１，５３４号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，７５０，６９２号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，９４８，９０３号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，５８７，４７０号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，４５７，１９１号；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，７６３，５８８号；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，８３０，６５３号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，８０８，０２７号；Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，６，１６６，１９９号；およびＭａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，００５，０９６号が挙げられる。
ある特定の実施形態では、化合物は、１つまたは複数の修飾核酸塩基を含むα−ＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、各シトシンが５−メチルシトシンである。
Ｂ．修飾ヌクレオシド間結合
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を有する化合物は、所望の特性、例えば、細胞内取込みの増大、標的核酸に対する親和性の増大、およびヌクレアーゼ存在下での安定性増大などを理由にホスホジエステルヌクレオシド間結合だけを有する化合物から選択される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を有する化合物は、所望の特性、例えば、細胞内取込みの増大、標的核酸に対する親和性の増大、およびヌクレアーゼ存在下での安定性増大などを理由にホスホジエステルヌクレオシド間結合だけを有する化合物から選択される。
ある特定の実施形態では、化合物は、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含むＤＮＭ２核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオアート結合である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を用いて互いに連結されていてよい。ヌクレオシド間連結基の主な２つの種類は、リン原子の有無によって定められる。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、特に限定されないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（未修飾または天然の結合とも呼ぶ）を含むリン酸エステル、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ホスホラミダートおよびホスホロチオアート（「Ｐ＝Ｓ」）、ならびにホスホロジチオアート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間連結基としては、特に限定されないが、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバマート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）；およびＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が挙げられる。修飾ヌクレオシド間結合は天然のリン酸結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変化させる、通常、増大させるのに使用できる。リン含有および非リン含有ヌクレオシド間結合を調製する方法は当業者に周知である。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、特に限定されないが、アルキルホスホナートおよびホスホロチオアートが挙げられる。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、または特定の立体化学的配置のホスホロチオアート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製できる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含み、いずれのホスホロチオアートヌクレオシド間結合もステレオランダムなものである。このような修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオアート結合の立体化学的配置がランダムに選択される合成方法を用いて作製できる。それでも、当業者によって十分に理解されるように、それぞれの個々のオリゴヌクレオチド分子のそれぞれの個々のホスホロチオアートは定められた立体配置を有する。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、独立に選択される特定の立体化学的配置の特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を１つまたは複数含む、修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。ある特定の実施形態では、集団内の少なくとも６５％の分子に特定のホスホロチオアート結合の特定の立体配置が存在する。ある特定の実施形態では、集団内の少なくとも７０％の分子に特定のホスホロチオアート結合の特定の立体配置が存在する。ある特定の実施形態では、集団内の少なくとも８０％の分子に特定のホスホロチオアート結合の特定の立体配置が存在する。ある特定の実施形態では、集団内の少なくとも９０％の分子に特定のホスホロチオアート結合の特定の立体配置が存在する。ある特定の実施形態では、集団内の少なくとも９９％の分子に特定のホスホロチオアート結合の特定の立体配置が存在する。このような修飾オリゴヌクレオチドのキラル富化集団は、当該技術分野で公知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、および国際公開第２０１７／０１５５５５号に記載されている方法を用いて作製できる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、示される（Ｓｐ）立体配置のホスホロチオアートを少なくとも１つ有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）立体配置のホスホロチオアートを少なくとも１つ有する修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。ある特定の実施形態では、（Ｒｐ）および／または（Ｓｐ）ホスホロチオアートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式のうちの１つまたは複数のもの：
を含み、式中、「Ｂ」は核酸塩基を示す。特に明示されない限り、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムなもの、または特定の立体化学的配置のものであり得る。
中性ヌクレオシド間結合としては、特に限定されないが、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、およびチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が挙げられる。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル、およびアミドを含む非イオン性結合が挙げられる（例えば：Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒ ３および４，４０−６５を参照されたい）。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、Ｎ、Ｏ、Ｓ、およびＣＨ２の混合構成要素部分を含む非イオン性結合が挙げられる。
ＩＩ．特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば、あるパターンの未修飾および／または修飾糖部分、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合を有し得る。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドを１つまたは複数含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つまたは複数含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む。このような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分、未修飾糖部分、異なる形で修飾された糖部分、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合によってパターンまたはモチーフが定まる。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、およびヌクレオシド間結合パターンまたはモチーフは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、および／またはヌクレオシド間結合モチーフ（本明細書で使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係の核酸塩基に対する修飾を表す）によって表され得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば、あるパターンの未修飾および／または修飾糖部分、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合を有し得る。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドを１つまたは複数含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つまたは複数含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む。このような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分、未修飾糖部分、異なる形で修飾された糖部分、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合によってパターンまたはモチーフが定まる。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、およびヌクレオシド間結合パターンまたはモチーフは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、および／またはヌクレオシド間結合モチーフ（本明細書で使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係の核酸塩基に対する修飾を表す）によって表され得る。
Ａ．特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたは糖モチーフで配列された１つまたは複数のタイプの修飾糖および／または未修飾糖部分を含む。特定の場合には、このような糖モチーフとしては、特に限定されないが、本明細書で考察されるいずれかの糖修飾が挙げられる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたは糖モチーフで配列された１つまたは複数のタイプの修飾糖および／または未修飾糖部分を含む。特定の場合には、このような糖モチーフとしては、特に限定されないが、本明細書で考察されるいずれかの糖修飾が挙げられる。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部セグメントまたは「ウィング」と、中央もしくは内部セグメントまたは「ギャップ」とを含む、ギャップマーモチーフを有する領域を含むか、これよりなる。ギャップマーモチーフの３つのセグメント（５’−ウィング、ギャップ、および３’−ウィング）は、ヌクレオシドの連続する配列を形成し、各ウィングのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部が、ギャップのヌクレオシドの少なくとも一部の糖部分と異なっている。具体的には、ギャップに直接隣接する各ウィングのヌクレオシド（５’−ウィングの３’−末端側ウィングヌクレオシドおよび３’−ウィングの５’−末端側ウィングヌクレオシド）の少なくとも糖部分が、隣接するギャップヌクレオシドと異なっている。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は互いに同じものである。ある特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１つまたは複数の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する、１つまたは複数のヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのウィングはそれぞれ、１〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのウィングはそれぞれ、２〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのウィングはそれぞれ、３〜５個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのウィングのヌクレオシドがいずれも修飾ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態では、ギャップマーのウィングの糖部分がいずれも修飾糖部分である。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは７〜１２個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは７〜１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは８〜１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは１０個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは２’−デオキシヌクレオシドである。
ある特定の実施形態では、ギャップマーはデオキシギャップマーである。このような実施形態では、各ウィング／ギャップ結合のギャップ側のヌクレオシドは２’−デオキシヌクレオシドであり、ギャップに直接隣接する末端側ウィングヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定のこのような実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態では、各ウィングの各ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾糖モチーフを有し、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかこれよりなり、領域の各ヌクレオシドが修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかこれよりなり、完全修飾領域内の各ヌクレオシドが同じ修飾糖部分を含み、本明細書では、これを均一修飾糖モチーフと呼ぶ。ある特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは均一修飾オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、均一修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは同じ２’−修飾を含む。
Ｂ．特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたはモチーフで配置された修飾および／または未修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基が修飾されている。ある特定の実施形態では、いずれの核酸塩基も修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルが修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンが修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド内のシトシン核酸塩基の一部または全部が５−メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたはモチーフで配置された修飾および／または未修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基が修飾されている。ある特定の実施形態では、いずれの核酸塩基も修飾されていない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各アデニンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各グアニンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各チミンが修飾されている。ある特定の実施形態では、各ウラシルが修飾されている。ある特定の実施形態では、各シトシンが修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド内のシトシン核酸塩基の一部または全部が５−メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のこのような実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端にある。ある特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内にある。
ある特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のこのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドが、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドのギャップ内にある。特定のこのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は２’−デオキシリボシル部分である。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２−チオピリミジンおよび５−プロピンピリミジンから選択される。
Ｃ．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたはモチーフで配置された修飾および／または未修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間連結基はホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結基はホスホロチオアートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は独立に、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合およびホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合は独立に、ステレオランダムなホスホロチオアート、（Ｓｐ）ホスホロチオアート、および（Ｒｐ）ホスホロチオアートから選択される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はいずれも修飾されている。特定のこのような実施形態では、ウィング内のヌクレオシド間結合の一部または全部が未修飾リン酸結合である。ある特定の実施形態では、末端側のヌクレオシド間結合が修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウィング内に少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合が末端側のヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合がホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。特定のこのような実施形態では、ホスホロチオアート結合がいずれもステレオランダムなものである。ある特定の実施形態では、ウィング内のホスホロチオアート結合がいずれも（Ｓｐ）ホスホロチオアーであり、ギャップが、少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、このようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って、定められたパターンまたはモチーフで配置された修飾および／または未修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間連結基はホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結基はホスホロチオアートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は独立に、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合およびホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合は独立に、ステレオランダムなホスホロチオアート、（Ｓｐ）ホスホロチオアート、および（Ｒｐ）ホスホロチオアートから選択される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はいずれも修飾されている。特定のこのような実施形態では、ウィング内のヌクレオシド間結合の一部または全部が未修飾リン酸結合である。ある特定の実施形態では、末端側のヌクレオシド間結合が修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウィング内に少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、少なくとも１つのホスホジエステル結合が末端側のヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合がホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。特定のこのような実施形態では、ホスホロチオアート結合がいずれもステレオランダムなものである。ある特定の実施形態では、ウィング内のホスホロチオアート結合がいずれも（Ｓｐ）ホスホロチオアーであり、ギャップが、少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、このようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、均一修飾ヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のこのような実施形態では、ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はいずれもホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルまたはリン酸エステル、およびホスホロチオアートから選択される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルまたはリン酸エステル、およびホスホロチオアートから選択され、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートである。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも１つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも１つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも１つ含む。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２個の連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合のブロックを少なくとも１つ含む。特定のこのような実施形態では、少なくとも１つのこのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置している。特定のこのような実施形態では、少なくとも１つのこのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に位置している。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のメチルホスポナート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１つまたは２つのメチルホスポナート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を除いて、全ホスホロチオアート結合を含む、結合モチーフを含む。ある特定の実施形態では、１つのメチルホスポナート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合は、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドのギャップ内にある。
ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ耐性が維持されるようホスホロチオアートヌクレオシド間結合およびホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を設定するのが望ましい。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼ耐性が維持されるようホスホロチオアートヌクレオシド間結合の数と位置、およびホスホジエステルヌクレオシド間結合の数と位置を設定するのが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合の数を減じ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させ得る。ある特定の実施形態では、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合を減じ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を増加させると同時に、なおもヌクレアーゼ耐性を維持し得る。ある特定の実施形態では、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合の数を減じると同時に、ヌクレアーゼ耐性を維持するのが望ましい。ある特定の実施形態では、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させると同時に、ヌクレアーゼ耐性を維持するのが望ましい。
ＩＩＩ．特定の修飾オリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、上の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、および全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、このようなパラメータは、それぞれ互いに独立している。したがって、特に明示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても、未修飾であってもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従うものであっても、そうでなくてもよい。同様に、このようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１つまたは複数の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の場合には、オリゴヌクレオチドは、全長または範囲、および２つ以上の領域（例えば、指定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さまたは長さの範囲によって表され、このような場合、全長が指定の範囲外にあるオリゴヌクレオチドが得られる各範囲の数値を選択することが可能であり得る。このような場合、両方の要素を満たさなければならない。例えば、ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１５〜２０個の連結ヌクレオシドよりなり、３つの領域またはセグメント、Ａ、Ｂ、およびＣよりなる糖モチーフを有し、領域またはセグメントＡが、指定の糖モチーフを有する２〜６個の連結ヌクレオシドよりなり、領域またはセグメントＢが、指定の糖モチーフを有する６〜１０個の連結ヌクレオシドよりなり、領域またはセグメントＣが、指定の糖モチーフを有する２〜６個の連結ヌクレオシドよりなる。このような実施形態には、ＡおよびＣがそれぞれ６個の連結ヌクレオシドよりなり、Ｂが１０個の連結ヌクレオシドよりなる修飾オリゴヌクレオチドは（これらのヌクレオシド数がＡ、Ｂ、およびＣの要件の範囲内で許容されるものの）含まれず、それは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長は２２であり、この数値は修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限２０を超えることが理由である。特に明示されない限り、修飾核酸塩基５−メチルシトシンがオリゴヌクレオチド配列内では必ず「Ｃ」であることを除いて、いずれの修飾も核酸塩基配列とは無関係である。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、上の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、および全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、このようなパラメータは、それぞれ互いに独立している。したがって、特に明示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても、未修飾であってもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従うものであっても、そうでなくてもよい。同様に、このようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１つまたは複数の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の場合には、オリゴヌクレオチドは、全長または範囲、および２つ以上の領域（例えば、指定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さまたは長さの範囲によって表され、このような場合、全長が指定の範囲外にあるオリゴヌクレオチドが得られる各範囲の数値を選択することが可能であり得る。このような場合、両方の要素を満たさなければならない。例えば、ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１５〜２０個の連結ヌクレオシドよりなり、３つの領域またはセグメント、Ａ、Ｂ、およびＣよりなる糖モチーフを有し、領域またはセグメントＡが、指定の糖モチーフを有する２〜６個の連結ヌクレオシドよりなり、領域またはセグメントＢが、指定の糖モチーフを有する６〜１０個の連結ヌクレオシドよりなり、領域またはセグメントＣが、指定の糖モチーフを有する２〜６個の連結ヌクレオシドよりなる。このような実施形態には、ＡおよびＣがそれぞれ６個の連結ヌクレオシドよりなり、Ｂが１０個の連結ヌクレオシドよりなる修飾オリゴヌクレオチドは（これらのヌクレオシド数がＡ、Ｂ、およびＣの要件の範囲内で許容されるものの）含まれず、それは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長は２２であり、この数値は修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限２０を超えることが理由である。特に明示されない限り、修飾核酸塩基５−メチルシトシンがオリゴヌクレオチド配列内では必ず「Ｃ」であることを除いて、いずれの修飾も核酸塩基配列とは無関係である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘ〜Ｙ個の連結ヌクレオシドよりなり、Ｘは、範囲内でのヌクレオシドの最小数を表し、Ｙは、範囲内でのヌクレオシドの最大数を表す。特定のこのような実施形態では、ＸおよびＹはそれぞれ独立に、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、および５０から選択され；ただし、Ｘ≦Ｙである。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２〜１３個、１２〜１４個、１２〜１５個、１２〜１６個、１２〜１７個、１２〜１８個、１２〜１９個、１２〜２０個、１２〜２１個、１２〜２２個、１２〜２３個、１２〜２４個、１２〜２５個、１２〜２６個、１２〜２７個、１２〜２８個、１２〜２９個、１２〜３０個、１３〜１４個、１３〜１５個、１３〜１６個、１３〜１７個、１３〜１８個、１３〜１９個、１３〜２０個、１３〜２１個、１３〜２２個、１３〜２３個、１３〜２４個、１３〜２５個、１３〜２６個、１３〜２７個、１３〜２８個、１３〜２９個、１３〜３０個、１４〜１５個、１４〜１６個、１４〜１７個、１４〜１８個、１４〜１９個、１４〜２０個、１４〜２１個、１４〜２２個、１４〜２３個、１４〜２４個、１４〜２５個、１４〜２６個、１４〜２７個、１４〜２８個、１４〜２９個、１４〜３０個、１５〜１６個、１５〜１７個、１５〜１８個、１５〜１９個、１５〜２０個、１５〜２１個、１５〜２２個、１５〜２３個、１５〜２４個、１５〜２５個、１５〜２６個、１５〜２７個、１５〜２８個、１５〜２９個、１５〜３０個、１６〜１７個、１６〜１８個、１６〜１９個、１６〜２０個、１６〜２１個、１６〜２２個、１６〜２３個、１６〜２４個、１６〜２５個、１６〜２６個、１６〜２７個、１６〜２８個、１６〜２９個、１６〜３０個、１７〜１８個、１７〜１９個、１７〜２０個、１７〜２１個、１７〜２２個、１７〜２３個、１７〜２４個、１７〜２５個、１７〜２６個、１７〜２７個、１７〜２８個、１７〜２９個、１７〜３０個、１８〜１９個、１８〜２０個、１８〜２１個、１８〜２２個、１８〜２３個、１８〜２４個、１８〜２５個、１８〜２６個、１８〜２７個、１８〜２８個、１８〜２９個、１８〜３０個、１９〜２０個、１９〜２１個、１９〜２２個、１９〜２３個、１９〜２４個、１９〜２５個、１９〜２６個、１９〜２９個、１９〜２８個、１９〜２９個、１９〜３０個、２０〜２１個、２０〜２２個、２０〜２３個、２０〜２４個、２０〜２５個、２０〜２６個、２０〜２７個、２０〜２８個、２０〜２９個、２０〜３０個、２１〜２２個、２１〜２３個、２１〜２４個、２１〜２５個、２１〜２６個、２１〜２７個、２１〜２８個、２１〜２９個、２１〜３０個、２２〜２３個、２２〜２４個、２２〜２５個、２２〜２６個、２２〜２７個、２２〜２８個、２２〜２９個、２２〜３０個、２３〜２４個、２３〜２５個、２３〜２６個、２３〜２７個、２３〜２８個、２３〜２９個、２３〜３０個、２４〜２５個、２４〜２６個、２４〜２７個、２４〜２８個、２４〜２９個、２４〜３０個、２５〜２６個、２５〜２７個、２５〜２８個、２５〜２９個、２５〜３０個、２６〜２７個、２６〜２８個、２６〜２９個、２６〜３０個、２７〜２８個、２７〜２９個、２７〜３０個、２８〜２９個、２８〜３０個、または２９〜３０個の連結ヌクレオシドよりなる。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第二のオリゴヌクレオチドまたは特定の参照核酸、例えば標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのある領域は、第二のオリゴヌクレオチドまたは特定の核酸、例えば標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのある領域または全長の核酸塩基配列は、第二のオリゴヌクレオチドまたは核酸、例えば標的核酸などに少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
ＩＶ．特定のコンジュゲート化合物
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾または未修飾）と、任意選択で１つまたは複数のコンジュゲート基および／または末端基とを含むか、これよりなる。コンジュゲート基は１つまたは複数のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分とオリゴヌクレオチドとを連結するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの一方もしくは両方の末端、および／または任意の内部の位置に結合していてよい。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合している。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一方または両方の末端に結合しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’および／または５’末端に結合している。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合している。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾または未修飾）と、任意選択で１つまたは複数のコンジュゲート基および／または末端基とを含むか、これよりなる。コンジュゲート基は１つまたは複数のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分とオリゴヌクレオチドとを連結するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの一方もしくは両方の末端、および／または任意の内部の位置に結合していてよい。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合している。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一方または両方の末端に結合しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’および／または５’末端に結合している。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合している。
末端基の例としては、特に限定されないが、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾または未修飾ヌクレオシド、および独立に修飾されている、または未修飾の２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
Ａ．特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のコンジュゲート基と共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、特に限定されないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織内分布、細胞内分布、細胞内取込み、電荷、およびクリアランスを含めた、結合しているオリゴヌクレオチドの１つまたは複数の特性を修正する。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基は、結合しているオリゴヌクレオチドに新たな特性を付与する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のコンジュゲート基と共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、特に限定されないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織内分布、細胞内分布、細胞内取込み、電荷、およびクリアランスを含めた、結合しているオリゴヌクレオチドの１つまたは複数の特性を修正する。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基は、結合しているオリゴヌクレオチドに新たな特性を付与する。
特定のコンジュゲート基およびコンジュゲート部分が既に記載されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールまたはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホナート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，ｉ，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２およびＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号）がある。
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、特に限定されないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、および色素が挙げられる。
コンジュゲート部分としては、特に限定されないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、および色素が挙げられる。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン、バルビツラート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬、または抗生物質を含む。
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。特定の化合物では、コンジュゲート基は、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分がコンジュゲートリンカーを介して、単結合によりオリゴヌクレオチドに結合している）。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位などの反復単位のオリゴマーを含む。
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。特定の化合物では、コンジュゲート基は、単一の化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分がコンジュゲートリンカーを介して、単結合によりオリゴヌクレオチドに結合している）。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖などの鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位などの反復単位のオリゴマーを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノから選択される１つまたは複数の基を含む。特定のこのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、およびエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン酸基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性連結基を含む。
ある特定の実施形態では、上記のコンジュゲートリンカーを含めたコンジュゲートリンカーは、二官能性連結部分、例えば、本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドなどの親化合物にコンジュゲート基を結合させるのに有用であることが当該技術分野で公知である二官能性連結部分である。二官能性連結部分は一般に、少なくとも２つの官能基を含む。官能基のうち一方は、特定の部位を化合物に結合するよう選択され、他方はコンジュゲート基に結合するよう選択される。二官能性連結部分に使用される官能基の例としては、特に限定されないが、求核基と反応するための求電子剤、および求電子基と反応するための求核剤が挙げられる。ある特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、およびアルキニルから選択される１つまたは複数の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例としては、特に限定されないが、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシラート（ＳＭＣＣ）、および６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。その他のコンジュゲートリンカーとしては、特に限定されないが、置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的なリストとしては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、およびアルキニルが挙げられる。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１〜１０個のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、このようなリンカー−ヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、このようなリンカー−ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカー−ヌクレオシドは未修飾である。ある特定の実施形態では、リンカー−ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択され、任意選択で保護されている、複素環塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン、および２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。通常、リンカー−ヌクレオシドが標的組織に到達し後、それが化合物から切断されるのが望ましい。したがって、リンカー−ヌクレオシドは通常、切断可能な結合を介して、互いに、および化合物の残りの部分と連結されている。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合はホスホジエステル結合である。
本明細書では、リンカー−ヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの一部であるとは見なさない。したがって、化合物が、指定の数もしくは範囲の連結ヌクレオシドよりなるオリゴヌクレオチド、および／または参照核酸に対する指定のパーセント相補性を含み、化合物がまた、リンカー−ヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態では、これらのリンカー−ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに加算せず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドのパーセントの相補性の決定に用いることはない。例えば、化合物は、（１）８〜３０個のヌクレオシドよりなる修飾オリゴヌクレオチドと、（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続する１〜１０個のリンカー−ヌクレオシドを含む、コンジュゲート基とを含み得る。このような化合物中の連続する連結ヌクレオシドの総数は、３０個を上回る。あるいは、化合物は、８〜３０個のヌクレオシドよりなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、コンジュゲート基は含まないものであり得る。このような化合物中の連続する連結ヌクレオシドの総数は、３０個以下である。特に明示されない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから切断されるのが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定のコンジュゲート部分を含む化合物が特定の細胞型によって取り込まれやすいが、その化合物が取り込まれた後、コンジュゲート基が切断されて、非コンジュゲートまたは親オリゴヌクレオチドが解離するのが望ましい。したがって、特定のコンサートは、通常、コンジュゲートリンカー内に、１つまたは複数の切断可能部分を含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能部分は切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、切断可能な結合を１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ以上有する原子団を含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、細胞またはリソソームなどの細胞内区画の内側で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、ヌクレアーゼなどの内在酵素によって選択的に切断される。
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバミン酸エステル、またはジスルフィドのなかから選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方または両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、リンエステルまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のリン酸結合である。
ある特定の実施形態では、切断可能部分は、１つまたは複数のリンカー−ヌクレオシドを含むか、これよりなる。特定のこのような実施形態では、１つまたは複数のリンカー−ヌクレオシドは、切断可能な結合を介して、互いに、および／または化合物の残りの部分と連結されている。ある特定の実施形態では、このような切断可能な結合は、未修飾ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能部分は、リン酸ヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’末端または５’−末端ヌクレオシドと結合し、リン酸結合またはホスホロチオアート結合によってコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残りの部分と共有結合している、２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態では、切断可能部分は２’−デオキシアデノシンである。
３．特定の細胞標的化コンジュゲート部分
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は細胞標的化コンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は一般式：
を有し、式中、ｎは１〜約３であり、ｎが１である場合、ｍは０であり、ｎが２以上である場合、ｍは１であり、ｊは１または０であり、ｋは１または０である。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は細胞標的化コンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は一般式：
ある特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは０である。ある特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは０であり、ｋは１である。ある特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは１である。ある特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは０である。ある特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは０であり、ｋは１である。ある特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは１である。ある特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは０である。ある特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは０であり、ｋは１である。ある特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは１である。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザーリガンドを有する、細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基と共有結合している、２つのテザーリガンドを含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基と共有結合している、３つのテザーリガンドを含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノ基から選択される１つまたは複数の基を含む、分岐基を含む。ある特定の実施形態では、分岐基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む、分岐鎖脂肪族基を含む。特定のこのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、およびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、およびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態では、分岐鎖脂肪族基は、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、分岐基は、単環式または多環式環系を含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分の各テザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル、およびポリエチレングリコールから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、およびポリエチレングリコールから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ，およびアミドから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ、およびアミドから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、アミノ、およびオキソから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキルおよびオキソから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、アルキルおよびホスホジエステルから選択される１つまたは複数の基を任意の組合せで含む、直鎖脂肪族基である。ある特定の実施形態では、各テザーは、少なくとも１つのリン連結基または中性連結基を含む。ある特定の実施形態では、各テザーは、長さが約６〜約２０原子の鎖を含む。ある特定の実施形態では、各テザーは、長さが約１０〜約１８原子の鎖を含む。ある特定の実施形態では、各テザーは、鎖長に約１０個の原子を含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上にある少なくとも１つのタイプの受容体に対する親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、哺乳動物の肺細胞表面上にある．少なくとも１つのタイプの受容体に対する親和性を有する。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖、または多糖誘導体である。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基は炭水化物クラスターを含む（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｔｏ ａ Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ，” Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１４，１８−２９、またはＲｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ，” Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７、５７９８−５８０８を参照されたい）。特定のこのような実施形態では、各リガンドはアミノ糖またはチオ糖である。例えば、アミノ糖は、当該技術分野で公知の任意の数の化合物、例えばシアル酸、α−Ｄ−ガラクトサミン、β−ムラミン酸、２−デオキシ−２−メチルアミノ−Ｌ−グルコピラノース、４，６−ジデオキシ−４−ホルムアミド−２，３−ジ−Ｏ−メチル−Ｄ−マンノピラノース、２−デオキシ−２−スルホアミノ−Ｄ−グルコピラノースおよびＮ−スルホ−Ｄ−グルコサミン、およびＮ−グリコロイル−α−ノイラミン酸などから選択され得る。例えば、チオ糖は、５−チオ−β−Ｄ−グルコピラノース、メチル２，３，４−トリ−Ｏ−アセチル−１−チオ−６−Ｏ−トリチル−α−Ｄ−グルコピラノシド、４−チオ−β−Ｄ−ガラクトピラノース、およびエチル３，４，６，７−テトラ−Ｏ−アセチル−２−デオキシ−１，５−ジチオ−α−Ｄ−グルコ−ヘプトピラノシドから選択され得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、以下のいずれかの参考文献：Ｌｅｅ，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ Ｒｅｓ，１９７８，６７，５０９−５１４；Ｃｏｎｎｏｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９８２，２５７，９３９−９４５；Ｐａｖｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｅｐ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ，１９８３，２２，５３９−５４８；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８４，２３，４２５５−４２６１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｊ，１９８７，４，３１７−３２８；Ｔｏｙｏｋｕｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９０，３１，２６７３−２６７６；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１５３８−１５４６；Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９−７７０；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９７，３８，３４８７−３４９０；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，７６２−７６５；Ｋａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ，２００１，１１，８２１−８２９；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２００１，２７６，３７５７７−３７５８４；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２００３，３６２，３８−４３；Ｗｅｓｔｅｒｌｉｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ Ｊ，２００４，２１，２２７−２４１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ，２００６，１６（１９），５１３２−５１３５；Ｍａｉｅｒｈｏｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００７，１５，７６６１−７６７６；Ｋｈｏｒｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００８，１６，５２１６−５２３１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１１，１９，２４９４−２５００；Ｋｏｒｎｉｌｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｔ Ｂｉｏｃｈｅｍ，２０１２，４２５，４３−４６；Ｐｕｊｏｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ，２０１２，５１，７４４５−７４４８；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１８４６−１８５２；Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９９，４２，６０９−６１８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００４，４７，５７９８−５８０８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，２００６，２６，１６９−１７５；ｖａｎ Ｒｏｓｓｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ，２００４，１１，４５７−４６４；Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ，２００４，１２６，１４０１３−１４０２２；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｏｒｇ Ｃｈｅｍ，２０１２，７７，７５６４−７５７１；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ，２０００，１４，１７８４−１７９２；Ｒａｊｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，９３５−９４０；Ｄｕｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２０００，３１３，２９７−３２１；Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，２００３，１４，１８−２９；Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ Ｌｅｔｔ，２０１０，１２，５４１０−５４１３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ，２００２，１２，１０３−１２８；Ｍｅｒｗｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９４，５，６１２−６２０；Ｔｏｍｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１３，２１，５２７５−５２８１；国際公開第１９９８／０１３３８１号；同第２０１１／０３８３５６号；同第１９９７／０４６０９８号；同第２００８／０９８７８８号；同第２００４／１０１６１９号；同第２０１２／０３７２５４号；同第２０１１／１２００５３号；同第２０１１／１００１３１号；同第２０１１／１６３１２１号；同第２０１２／１７７９４７号；同第２０１３／０３３２３０号；同第２０１３／０７５０３５号；同第２０１２／０８３１８５号；同第２０１２／０８３０４６号；同第２００９／０８２６０７号；同第２００９／１３４４８７号；同第２０１０／１４４７４０号；同第２０１０／１４８０１３号；同第１９９７／０２０５６３号；同第２０１０／０８８５３７号；同第２００２／０４３７７１号；同第２０１０／１２９７０９号；同第２０１２／０６８１８７号；同第２００９／１２６９３３号；同第２００４／０２４７５７号；同第２０１０／０５４４０６号；同第２０１２／０８９３５２号；同第２０１２／０８９６０２号；同第２０１３／１６６１２１号；同第２０１３／１６５８１６号；米国特許第４，７５１，２１９号；同第８，５５２，１６３号；同第６，９０８，９０３号；同第７，２６２，１７７号；同第５，９９４，５１７号；同第６，３００，３１９号；同第８，１０６，０２２号；同第７，４９１，８０５号；同第７，４９１，８０５号；同第７，５８２，７４４号；同第８，１３７，６９５号；同第６，３８３，８１２号；同第６，５２５，０３１号；同第６，６６０，７２０号；同第７，７２３，５０９号；同第８，５４１，５４８号；同第８，３４４，１２５号；同第８，３１３，７７２号；同第８，３４９，３０８号；同第８，４５０，４６７号；同第８，５０１，９３０号；同第８，１５８，６０１号；同第７，２６２，１７７号；同第６，９０６，１８２号；同第６，６２０，９１６号；同第８，４３５，４９１号；同第８，４０４，８６２号；同第７，８５１，６１５号；米国特許出願公開第２０１１／００９７２６４号；同第２０１１／００９７２６５号；同第２０１３／０００４４２７号；同第２００５／０１６４２３５号；同第２００６／０１４８７４０号；同第２００８／０２８１０４４号；同第２０１０／０２４０７３０号；同第２００３／０１１９７２４号；同第２００６／０１８３８８６号；同第２００８／０２０６８６９号；同第２０１１／０２６９８１４号；同第２００９／０２８６９７３号；同第２０１１／０２０７７９９号；同第２０１２／０１３６０４２号；同第２０１２／０１６５３９３号；同第２００８／０２８１０４１号；同第２００９／０２０３１３５号；同第２０１２／００３５１１５号；同第２０１２／００９５０７５号；同第２０１２／０１０１１４８号；同第２０１２／０１２８７６０号；同第２０１２／０１５７５０９号；同第２０１２／０２３０９３８号；同第２０１３／０１０９８１７号；同第２０１３／０１２１９５４号；同第２０１３／０１７８５１２号；同第２０１３／０２３６９６８号；同第２０１１／０１２３５２０号；同第２００３／００７７８２９号；同第２００８／０１０８８０１；および同第２００９／０２０３１３２号にみられるコンジュゲート基を含む。
医薬組成物製剤化のための組成物および方法
本明細書に記載される化合物を薬学的に許容される活性または不活性物質と混合して医薬組成物を調製し得る。医薬組成物製剤化のための組成物および方法は、特に限定されないが、投与経路、疾患の程度、または投与する用量を含めた多数の基準によって決まる。
本明細書に記載される化合物を薬学的に許容される活性または不活性物質と混合して医薬組成物を調製し得る。医薬組成物製剤化のための組成物および方法は、特に限定されないが、投与経路、疾患の程度、または投与する用量を含めた多数の基準によって決まる。
特定の実施形態は、１つまたは複数の化合物またはその塩を含む、医薬組成物を提供する。特定の実施形態は、１つまたは複数の本明細書に記載される化合物またはその塩を含む、医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。特定のこのような実施形態では、医薬組成物は、適切な薬学的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水と、１つまたは複数の化合物とを含む。ある特定の実施形態では、このような医薬組成物は、滅菌生理食塩水と、１つまたは複数の化合物とからなる。ある特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は医薬品等級の生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つまたは複数の化合物と、滅菌水とを含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つの化合物と、滅菌水とからなる。ある特定の実施形態では、滅菌水は医薬品等級の水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つまたは複数の化合物と、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）とを含むか、これよりなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、１つまたは複数の化合物と、滅菌ＰＢＳとからなる。ある特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品等級のＰＢＳである。医薬組成物製剤化のための組成物および方法は、特に限定されないが、投与経路、疾患の程度、または投与する用量を含めた多数の基準によって決まる。
本明細書に記載されるＤＮＭ２核酸に相補的な化合物は、医薬組成物が注射に適するように、化合物を適切な薬学的に許容される希釈剤もしくは担体、および／または追加の成分と組み合わせることによって、医薬組成物に用いることができる。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤はリン酸緩衝生理食塩水である。したがって、一実施形態では、本明細書に記載される方法には、ＤＮＭ２核酸に相補的な化合物と、薬学的に許容される希釈剤とを含む、医薬組成物を用いる。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤はリン酸緩衝生理食塩水である。ある特定の実施形態では、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含めた動物に投与したとき、その生物学的に活性な代謝産物または残基を（直接的または間接的に）生じさせることが可能な任意の薬学的に許容される塩、エステルもしくはそのようなエステルの塩、または任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。ある特定の実施形態では、化合物はアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか、これよりなる。したがって、例えば、本開示はまた、化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、およびその他の生物学的同等物に関する。適切な薬学的に許容される塩としては、特に限定されないが、ナトリウムおよびカリウム塩が挙げられる。
プロドラッグは、化合物の一方または両方の末端に、体内で内在ヌクレアーゼによって切断されて活性化合物を形成する、追加のヌクレオシドの組込みを含み得る。
ある特定の実施形態では、化合物または組成物は、薬学的に許容される担体または希釈剤をさらに含む。
（実施例）
以下の実施例には、ＤＮＭ２を標的とするリード化合物を特定するのに用いたスクリーニング工程を記載する。スクリーニングした３，０００を超えるオリゴヌクレオチドのうち、強力で耐容性のあるオリゴヌクレオチドが多数特定され、化合物９５１７９９，９４９９３５，９５００２３，９５００８９，９５１３７２，９５００６０，および９５０１３２が上位のリード化合物として浮上した。特に化合物９５１７９９は、効力および耐容性の点で最も優れた特性の組合せを示した。
以下の実施例には、ＤＮＭ２を標的とするリード化合物を特定するのに用いたスクリーニング工程を記載する。スクリーニングした３，０００を超えるオリゴヌクレオチドのうち、強力で耐容性のあるオリゴヌクレオチドが多数特定され、化合物９５１７９９，９４９９３５，９５００２３，９５００８９，９５１３７２，９５００６０，および９５０１３２が上位のリード化合物として浮上した。特に化合物９５１７９９は、効力および耐容性の点で最も優れた特性の組合せを示した。
非限定的な開示および参照による組込み
本願に添付する配列表では、各配列が必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」として特定されるが、実際には、これらの配列が化学修飾の任意の組合せで修飾されていてもよい。当業者には、修飾オリゴヌクレオチドを記載するこのような「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」という名称は、特定の場合には任意のものであることが容易に理解されよう。例えば、２’−ＯＨ糖部分とチミン核酸塩基とを含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ糖を有するＤＮＡまたはＤＮＡ核酸塩基を有するＲＮＡと記載され得る。
本願に添付する配列表では、各配列が必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」として特定されるが、実際には、これらの配列が化学修飾の任意の組合せで修飾されていてもよい。当業者には、修飾オリゴヌクレオチドを記載するこのような「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」という名称は、特定の場合には任意のものであることが容易に理解されよう。例えば、２’−ＯＨ糖部分とチミン核酸塩基とを含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ糖を有するＤＮＡまたはＤＮＡ核酸塩基を有するＲＮＡと記載され得る。
したがって、特に限定されないが配列表のものを含めた本明細書に提供される核酸配列は、未修飾の、または修飾されたＲＮＡおよび／またはＤＮＡの任意の組合せを含む核酸を包含し、特に限定されないが、修飾核酸塩基を有するこのような核酸がこれに含まれるものとする。さらなる例として、特に限定されないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾または未修飾であるかを問わず、このような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含し、特に限定されないが、ＲＮＡ塩基を含むこのような化合物、例えば、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有する化合物および「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」などのいくつかのＤＮＡ塩基といくつかのＲＮＡ塩基とを有する化合物など、ならびに他の修飾核酸塩基を有する化合物、例えば、ｍＣが５位にメチル基を含むシトシン塩基を表す「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などがこれに含まれる。
ここまで、本明細書に記載される特定の化合物、組成物、および方法について、特定の実施形態に従い具体的に記載してきたが、以下の実施例は、単に本明細書に記載される化合物を説明する役割を果たすものであり、それに限定することを意図するものではない。本願に引用される参考文献はそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果
１つまたは複数のダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡの発現に対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１つまたは複数のダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡの発現に対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
Ａ４３１細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、４，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで自由取込みにより処置するか、未処置対照には修飾オリゴヌクレオチドによる処置を実施しなかった。約２４時間後、細胞からＲＮＡを単離し、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（本明細書で配列番号４と命名される順方向配列ＧＡＣＣＴＣＡＴＧＣＣＡＡＡＧＡＣＣＡＴ；本明細書で配列番号５と命名される逆方向配列ＧＴＣＴＧＣＣＧＡＧＧＡＧＴＡＴＡＧＧＴＡ；本明細書で配列番号６と命名されるプローブ配列ＣＣＴＴＣＡＴＣＣＡＣＣＡＣＧＡＧＣＴＧＣＴ）を用いてｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）による測定で、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡレベルを総ＲＮＡ含有量に正規化した。結果を未処置対照細胞と比較した正規化ＤＮＭ２ ｍＲＮＡレベルとして下の表に示す。
下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、３−１０−３ｃＥｔギャップマーモチーフを有し、中央のギャップセグメントには、２’−デオキシヌクレオシドが１０個含まれており、それぞれがｃＥｔヌクレオシドを３個含む、３’および５’末端上のウィングセグメントが隣接している。各修飾オリゴヌクレオチド全体を通して、シトシン残基はいずれも５−メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はいずれもホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、１０７１５００１〜１０８３５００から切断されたヒトＤＮＭ２核酸配列、ＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＣ＿００００１９．１０（本明細書で配列番号１と命名される）および／またはＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＭ＿００４９４５．３（本明細書で配列番号２と命名される）に１００％相補的である。「開始部位」は、オリゴヌクレオチドが相補的なＤＮＭ２核酸の最も５’側のヌクレオシドを表す。「停止部位」は、オリゴヌクレオチドが相補的なＤＮＭ２核酸の最も３’側のヌクレオシドを表す。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが特定の核酸に１００％は相補的でないことを表す。下の表に示すように、複数のオリゴヌクレオチドが核酸上の２つ以上の部位にマッチする。下に示すように、ヒトＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによりヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が阻害された。
下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドは、ヒトＤＮＭ２核酸配列、ＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＭ＿００１００５３６１．２（本明細書で配列番号３と命名される）に１００％相補的である。「開始部位」は、オリゴヌクレオチドが相補的な配列番号３の最も５’側のヌクレオシドを表す。「停止部位」は、オリゴヌクレオチドが相補的な配列番号３の最も３’側のヌクレオシドを表す。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが特定の核酸に１００％は相補的でないことを表す。下に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによりヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が低下した。
実施例２：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ効果
ダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡに対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
ダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡに対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養したＡ４３１細胞を２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで自由取込みにより処置するか、未処置対照には修飾オリゴヌクレオチドによる処置を実施しなかった。約２４時間後、実施例１に記載した通りに、細胞からＲＮＡを単離し、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。
下の表の修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、３−１０−３ｃＥｔギャップマーモチーフを有し、中央のギャップセグメントには、２’−デオキシヌクレオシドが１０個含まれており、それぞれがｃＥｔヌクレオシドを３個含む、３’および５’末端上のウィングセグメントが隣接している。各修飾オリゴヌクレトイド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｔｏｉｄｅ）全体を通して、シトシン残基はいずれも５−メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はいずれもホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、１０７１５００１〜１０８３５００から切断されたヒトＤＮＭ２核酸配列、ＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＣ＿００００１９．１０（配列番号１）および／またはＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＭ＿００４９４５．３（配列番号２）に１００％相補的である。下に示すように、ヒトＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドがヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現を阻害した。
下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、ヒトＤＮＭ２核酸配列、ＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＭ＿００１００５３６１．２．（配列番号３）に１００％相補的である。下に示すように、ヒトＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによりヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が阻害された。
実施例３：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの効果
ダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡに対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏ効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
ダイナミン２（ＤＮＭ２）核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、ダイナミン２ ｍＲＮＡに対するそのｉｎ ｖｉｔｒｏ効果を試験した。培養条件がほぼ同じである一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養したＡ４３１細胞を、５００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで自由取込みにより処置するか、未処置対照には修飾オリゴヌクレオチドによる処置を実施しなかった。約２４時間後、実施例１に記載した通りに、細胞からＲＮＡを単離し、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。
下の表に記載する修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、３−１０−３ｃＥｔギャップマーモチーフを有し、中央のギャップセグメントには、２’−デオキシヌクレオシドが１０個含まれており、それぞれがｃＥｔヌクレオシドを３個含む、３’および５’末端上のウィングセグメントが隣接している。下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、１０７１５００１〜１０８３５００から切断されたヒトＤＮＭ２核酸配列、ＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＣ＿００００１９．１０（配列番号１）および／またはＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＭ＿００４９４５．３（配列番号２）に１００％相補的である。下に示すように、ヒトＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによりヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が阻害された。
実施例４：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、または４，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間にわたる処置の後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が用量依存性に阻害された。
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、６２．５ｎＭ、２５０ｎＭ、１，０００ｎＭ、または４，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間にわたる処置の後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が用量依存性に阻害された。
実施例５：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答 上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が用量依存性に阻害された。
実施例６：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、または１，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ＧＡＤＰＨで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が用量依存性に阻害された。
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、８ｎＭ、４０ｎＭ、２００ｎＭ、または１，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ＧＡＤＰＨで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２ ｍＲＮＡ発現が用量依存性に阻害された。
実施例７：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ＧＡＤＰＨで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞で、自由取込みにより様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞１０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドで処置した。約４８時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ＧＡＤＰＨで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
実施例８：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＨＳＭＭ細胞（ヒト筋芽細胞、Ｌｏｎｚａ ＣＣ−２５８０）で、様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞２０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドをエレクトロポレーションによりトランスフェクトした。約１６時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＨＳＭＭ細胞（ヒト筋芽細胞、Ｌｏｎｚａ ＣＣ−２５８０）で、様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞２０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドをエレクトロポレーションによりトランスフェクトした。約１６時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
実施例９：ダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏの用量応答
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＳｋＭＣ細胞（ヒト骨格筋、Ｌｏｎｚａ ＣＣ−２５６１）で、様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞２０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドをエレクトロポレーションによりトランスフェクトした。約１６時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
上の実施例に挙げた選択されたオリゴヌクレオチドをＳｋＭＣ細胞（ヒト骨格筋、Ｌｏｎｚａ ＣＣ−２５６１）で、様々な用量で試験した。細胞を１ウェル当たり細胞２０，０００個の密度で培養し、下の表に明記するように、７．８ｎＭ、３１．２５ｎＭ、１２５ｎＭ、５００ｎＭ、または２，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドをエレクトロポレーションによりトランスフェクトした。約１６時間後、全ＲＮＡを単離し、プライマープローブセットＲＴＳ３６０２７（実施例１に記載したもの）を用いてＲＴ−ＰＣＲにより解析し、ｒｉｂｏｇｒｅｅｎで正規化した。下の表に示すように、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドによって、ＤＮＭ２発現が用量依存性に阻害された。
実施例１０：ヒトダイナミン２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドのＣＤ１マウスへの投与
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ社、マサチューセッツ州）を上の実施例から選択した修飾オリゴヌクレオチドで処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。６週齢の雄ＣＤ１マウスのグループに週１回、下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドを５０ｍｇ／ｋｇで６週間皮下注射した（用量５０ｍｇ／（ｋｇ・週））。各グループにはマウス４匹を含めた。１つの雄ＣＤ１マウス対照群には、ＰＢＳを週１回、６週間皮下投与した。最後の投与から４８時間後、マウスを屠殺し、のちの解析に臓器および血漿を回収した。
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ社、マサチューセッツ州）を上の実施例から選択した修飾オリゴヌクレオチドで処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。６週齢の雄ＣＤ１マウスのグループに週１回、下の表に挙げる修飾オリゴヌクレオチドを５０ｍｇ／ｋｇで６週間皮下注射した（用量５０ｍｇ／（ｋｇ・週））。各グループにはマウス４匹を含めた。１つの雄ＣＤ１マウス対照群には、ＰＢＳを週１回、６週間皮下投与した。最後の投与から４８時間後、マウスを屠殺し、のちの解析に臓器および血漿を回収した。
自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、メルビル、ニューヨーク州）を用いて、トランスアミナーゼ、アルブミン、ＢＵＮ、およびビリルビンのレベルを測定した。また、腎臓、肝臓、および脾臓の重量を測定した。下の表に示す結果から、ＤＮＭ２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの多くが、ｉｎ ｖｉｖｏで耐容性に優れていることがわかる。
Claims (19)
- 長さが連結ヌクレオシド１４〜３０個であり、
ｉ）配列番号２８７９の少なくとも１４個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列；
ｉｉ）配列番号１の核酸塩基８７，３５９〜９０，９１５；９０，９６８〜９７，２６３；８３，５７３〜８７，２８７；３，４０４〜４４，７３７；９７，３７８〜１０４，９７９；８１，０６１〜８１，１９９；または１１６，０４８〜１１６，９０３の等しい長さの部分に１００％相補的な少なくとも１４個の連続する核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列、
ｉｉｉ）ヒトＤＮＭ２プレｍＲＮＡもしくはヒトＤＮＭ２ ｍＲＮＡのイントロン１２、イントロン１３、イントロン１１、イントロン１、イントロン１４、エクソン１０、もしくは３’−ＵＴＲに相補的な核酸塩基配列、または
ｉｖ）配列番号７〜３１３４のいずれか１つの核酸塩基配列の少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、もしくは少なくとも１５個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列
を有する修飾オリゴヌクレオチド
を含む、化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号２８７９、２１２３、２１８９、２１６０、３０５６、２４５３、または２２３２のいずれか１つよりなる核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
８〜１２個の連結２’−デオキシヌクレオシド、好ましくは１０個の連結２’−デオキシヌクレオシドよりなるギャップセグメントと、
１〜７個の連結ヌクレオシド、好ましくは３個の連結ヌクレオシドよりなる５’ウィングセグメントと、
１〜７個の連結ヌクレオシド、好ましくは３個の連結ヌクレオシドよりなる３’ウィングセグメントと
を含み、前記ギャップセグメントが、前記５’ウィングセグメントと前記３’ウィングセグメントとの間に位置し、各末端ウィングヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１または２に記載の化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１、２、３、または３１３５のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、請求項１に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、好ましくはホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、好ましくはＬＮＡ、ＥＮＡ、およびｃＥｔからなる群より選択される、少なくとも１つの二環式糖を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの５−メチルシトシンを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の化合物。
- 一本鎖である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の化合物。
- 二本鎖である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが１６〜２０個の連結ヌクレオシドよりなる、請求項１〜９のいずれか１項に記載の化合物。
- 以下の式：Ｇｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｋｓ Ｔｋｓ Ｔｋによる修飾オリゴヌクレオチドを含み、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ糖部分、
ｄ＝２’−デオキシリボシル糖部分、および
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合
である、化合物。 - コンジュゲート基を含み、好ましくは、前記修飾オリゴヌクレオチドと前記コンジュゲート基とからなる、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の化合物。
- 以下の式：
- 薬学的に許容される塩の形態の請求項１〜１３のいずれか１項に記載の化合物よりなり、好ましくは、前記薬学的に許容される塩が、ナトリウム塩またはカリウム塩である、化合物。
- 特定の立体化学的配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが富化されている、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物のキラル富化集団。
- 請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物、または請求項１５に記載の化合物の集団と、少なくとも１つの薬学的に許容される希釈剤もしくは担体とを含む、医薬組成物。
- 治療法に使用する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物、請求項１５に記載の化合物の集団、または請求項１６に記載の医薬組成物。
- 中心核ミオパチー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはシャルコー・マリー・トゥース病の治療、予防、または改善に使用し、好ましくは、前記疾患が、Ｘ連鎖筋細管ミオパチー、常染色体劣性中心核ミオパチー、または常染色体優性中心核ミオパチーであり、より好ましくは、前記疾患が、ＭＴＭ１、ＢＩＮ１、およびＤＮＭ２のなかから選択される少なくとも１つの遺伝子の変異に関連するものである、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の化合物、請求項１５に記載の集団、または請求項１６に記載の医薬組成物。
- 細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害するｉｎ ｖｉｔｒｏの方法であって、前記細胞と、ＤＮＭ２核酸転写物のエクソン１０、イントロン、または３’−ＵＴＲに１００％相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む一本鎖化合物とを接触させ、それにより前記細胞内でのＤＮＭ２発現を阻害することを含む、方法。
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