JP2021508313A5 - - Google Patents

Claims (17)

1. 腫瘍関連抗原エピトープ配列の微生物叢配列変異体の同定のための方法であって、以下の工程：
   （ｉ）目的の腫瘍関連抗原の選択、
   （ｉｉ）工程（ｉ）で選択した前記腫瘍関連抗原に含まれる少なくとも１つのエピトープの同定とその配列の決定、及び
   （ｉｉｉ）工程（ｉｉ）で同定された前記エピトープ配列の少なくとも１つの微生物叢配列変異体の同定
   を含むことを特徴とする方法。
2. 工程（ｉｉｉ）が、
   − 工程（ｉｉ）で選択した前記エピトープ配列を１つ以上の微生物叢配列と比較すること、及び
   − 前記１つ以上の微生物叢配列が、前記エピトープ配列の１つ以上の微生物叢配列変異体を含むかどうかを特定すること
   を含む請求項１に記載の方法。
3. 前記微生物叢配列変異体が、ヒト微生物叢配列変異体であり、前記腫瘍関連抗原が、ヒト腫瘍関連抗原である請求項１から２のいずれかに記載の方法。
4. 前記微生物叢配列変異体が、腸の微生物叢の配列変異体であり、好ましくは、前記微生物叢配列変異体が、腸内細菌配列変異体である請求項１から３のいずれかに記載の方法。
5. 前記微生物叢配列変異体が、ペプチドであり、好ましくは前記ペプチドが、８個〜１２個のアミノ酸、より好ましくは８個〜１０個のアミノ酸、最も好ましくは９個又は１０個のアミノ酸の長さを有する請求項１から４のいずれかに記載の方法。
6. 前記微生物叢配列変異体が、前記腫瘍関連抗原エピトープ配列と少なくとも７０％、好ましくは少なくとも７５％の配列同一性を共有する請求項１から５のいずれかに記載の方法。
7. 前記微生物叢配列変異体のコア配列が、前記腫瘍関連抗原エピトープ配列のコア配列と同一であり、前記コア配列が、３個の最もＮ末端側及び３個の最もＣ末端側のアミノ酸以外のすべてのアミノ酸からなる請求項１から６のいずれかに記載の方法。
8. 工程（ｉｉ）で同定された前記腫瘍関連抗原エピトープが、ＭＨＣ Ｉに結合できる請求項１から７のいずれかに記載の方法。
9. 工程（ｉｉｉ）が、以下のサブ工程：
   （ｉｉｉ−ａ）任意に、単一又は複数の個体のサンプル（ａ）から微生物叢のタンパク質配列又は核酸配列を同定すること、好ましくは前記サンプルが糞便サンプルであり、
   （ｉｉｉ−ｂ）単一又は複数の個体の微生物叢のタンパク質配列又は核酸配列を含むデータベースを編集すること、
   （ｉｉｉ−ｃ）工程（ｉｉｉ−ｂ）で編集されたデータベース内で、工程（ｉｉ）で同定された前記エピトープ配列の少なくとも１つの微生物叢配列変異体を同定すること、
   を含む請求項１から８のいずれかに記載の方法。
10. 以下の工程：
    （ｉｖ）前記少なくとも１つの微生物叢配列変異体のＭＨＣ分子、特にＭＨＣ Ｉ分子への結合を試験し、結合親和性を得る工程
    を更に含む請求項１から９のいずれかに記載の方法。
11. 工程（ｉｖ）が、ＭＨＣ分子、特に、ＭＨＣ Ｉ分子に対する（それぞれの参照）エピトープの結合を試験し、結合親和性を得ることを更に含み、好ましくは、工程（ｉｖ）が、前記微生物叢配列変異体及び前記それぞれの参照エピトープについて得られた前記結合親和性の比較と、ＭＨＣに対してそれぞれの参照エピトープよりも高い結合親和性を有する微生物叢配列変異体の選択とを更に含む請求項１０に記載の方法。
12. 以下の工程：
    （ｖ）前記微生物叢配列変異体を含む微生物叢タンパク質の細胞局在を決定する工程
    を更に含む請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
13. 工程（ｖ）が、好ましくは細胞局在を決定する前に、微生物叢配列変異体を含む微生物叢タンパク質の配列を特定することを更に含む請求項１２に記載の方法。
14. 工程（ｉｖ）及び工程（ｖ）を含み、好ましくは前記工程（ｖ）が前記工程（ｉｖ）の後に行われるか又は前記工程（ｉｖ）が前記工程（ｖ）の後に行われる請求項１０から１３のいずれかに記載の方法。
15. 以下の工程：
    （ｖｉ）前記微生物叢配列変異体の免疫原性を試験する工程
    を更に含む請求項１から１４のいずれかに記載の方法。
16. 以下の工程：
    （ｖｉｉ）前記微生物叢配列変異体の細胞傷害性を試験する工程
    を更に含む請求項１から１５のいずれかに記載の方法。
17. 前記腫瘍関連抗原エピトープ配列が、配列番号１〜５、５５〜６５、及び１２６〜１３１のいずれか１つに示される配列であり、好ましくは前記腫瘍関連抗原エピトープ配列が、配列番号１に示される配列である請求項１から１６のいずれかに記載の方法。