JP2021191270A - 胆道がんの検出キット又はデバイス及び検出方法 - Google Patents
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Abstract
Description
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)胆道がんマーカーである、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、胆道がんの検出用キット。
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(8)又は(9)に記載のデバイス。
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバイス。
(15)前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、(14)に記載のデバイス。
(16)前記デバイスが、(8)又は(9)に記載のすべての胆道がんマーカーから選択される少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つ以上の核酸を含む、(8)〜(15)のいずれかに記載のデバイス。
(18)前記被験体が、ヒトである、(17)に記載の方法。
(19)前記検体が、血液、血清又は血漿である、(17)又は(18)に記載の方法。
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
1.胆道がんの標的核酸
本発明の上記定義の胆道がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、胆道がん又は胆道がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、胆道がんマーカーとしての主要な標的核酸には、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−4516、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−760、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−3178、hsa−miR−940、hsa−miR−4271、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−4508、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−3131、及び、hsa−miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAを用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の胆道がんマーカー、すなわち、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648及びhsa−miR−6780b−5pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
本発明においては、上記の胆道がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核酸を、胆道がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとして用いることができる。
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
本発明はまた、胆道がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片、又は誘導体を含みうる。;以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある)の1つ又は複数を含む胆道がん検出用キット又はデバイスを提供する。
miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3p。
(1)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号4、5、12、76(マーカー:miR−4476、miR−4294、miR−6836−3p、miR−6085)の組み合わせ
(3)配列番号4、5、12、115(マーカー:miR−4476、miR−4294、miR−6836−3p、miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号4、12、15、474(マーカー:miR−4476、miR−6836−3p、miR−6075、miR−4508)の組み合わせ
(5)配列番号4、15、29、115(マーカー:miR−4476、miR−6075、miR−6799−5p、miR−1202)の組み合わせ
(2)配列番号5、76、54、115(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−6085、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−1202)の組み合わせ
(3)配列番号5、23、12、115(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−4530、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、91(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1202、hsa−miR−4665−3p)の組み合わせ
(5)配列番号5、1、23、4(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−4476)の組み合わせ
(2)配列番号12、15、23、115(マーカー:miR−6836−3p、miR−6075、miR−4530、miR−1202)の組み合わせ
(3)配列番号5、12、115、469(マーカー:miR−4294、miR−6836−3p、miR−3162−5p、miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、472(マーカー:miR−4294、miR−6836−3p、miR−1202、miR−4271)の組み合わせ
(5)配列番号5、12、76、115(マーカー:miR−4294、miR−6085、miR−1202、miR−6836−3p)の組み合わせ
(2)配列番号15、12、11、143(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−575、hsa−miR−1203)の組み合わせ
(3)配列番号15、76、121、39(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6085、hsa−miR−6132、hsa−miR−1238−5p)の組み合わせ
(4)配列番号15、76、54、121(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6085、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−6132)の組み合わせ
(5)配列番号15、40、1、23(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−4530)の組み合わせ
(2)配列番号12、23、40、466(マーカー:miR−6836−3p、miR−4530、miR−6880−5p、miR−4516)の組み合わせ
(3)配列番号12、23、40、134(マーカー:miR−6836−3p、miR−4530、miR−6880−5p、miR−6076)の組み合わせ
(4)配列番号15、40、121、134(マーカー:miR−6075、miR−6880−5p、miR−6132、miR−6076)の組み合わせ
(5)配列番号15、40、54、76(マーカー:miR−6075、miR−6880−5p、miR−6821−5p、miR−6085)の組み合わせ
本発明はさらに、上記3.で説明した本発明のキット又はデバイス(本発明で使用可能な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以下の群:miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787及びmiR−6779−5pから選択される胆道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群:miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648、miR−6780b−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pから選択される胆道がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される胆道がん由来の遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、胆道がんの罹患が疑われる被験体と、健常体(非胆道がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば両発現量を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に統計学的に有意に差がある場合、被験体が、胆道がんに罹患していると評価することを含む、胆道がんの検出方法を提供する。
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の胆道がん(細胞)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成されたcDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーションによって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT−PCRによって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、胆道がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
(a)胆道がん患者由来の胆道がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の胆道がん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1〜3、5及び6の判別式を作成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した判別式に測定値を代入して、得られた結果に基づいて検体が胆道がん由来の標的遺伝子を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1〜3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片等を測定することによって得られる値を含み、具体的には本発明の胆道がん患者と健常体を判別するための説明変数は、例えば下記の(1)〜(2)より選択される遺伝子発現量である。
(1)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
<胆道がん患者と健常体の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た健常体100人と胆道以外に原発がんが認められていない胆道がん患者67人(ステージIAが1例、ステージIBが8例、ステージIIが8例、ステージIIAが3例、ステージIIBが5例、ステージIIIが14例、ステージIIIBが2例、ステージIVaが1例、ステージIVbが25例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と胆道以外に原発がんが認められていない胆道がん患者33人(ステージ0が1例、ステージIが2例、ステージIAが1例、ステージIBが2例、ステージIIが2例、ステージIIAが5例、ステージIIBが4例、ステージIIIが5例、ステージIVが1例、ステージIVaが1例、ステージIVbが9例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者100人の合計250人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D−Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従ってtotal RNAを得た。
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者100人の合計250人の血清から得たtotal RNAに対して、3D−Gene(登録商標) miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチップとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で、2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D−Gene(登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA中のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D−Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D−Gene(登録商標)Extraction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。その結果、胆道がん患者100人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なmiRNAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, URL http://www.R−project.org/.)及びMASSパッケージ7.3−30(Venables, W. N. & Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York. ISBN 0−387−95457−0)を用いて実施した。
<他のがんと良性疾患の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない大腸がん患者35人、胃がん患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者13人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者67人(ステージ0が1例、ステージIが2例、ステージIAが1例、ステージIBが4例、ステージIIが8例、ステージIIAが4例、ステージIIBが6例、ステージIIIが14例、ステージIIIBが1例、ステージIVが25例、ステージIVaが1例)と健常体93人とを合わせて学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない大腸がん患者15人、胃がん患者13人、食道がん患者18人、肝がん患者12人及び膵胆道良性疾患患者8人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者33人(ステージIAが1例、ステージIBが6例、ステージIIが2例、ステージIIAが4例、ステージIIBが3例、ステージIIIが5例、ステージIIIBが1例、ステージIVが11例)、健常体57人と合わせてテスト検体群とした。以降のtotalRNAの抽出並びに遺伝子発現量の測定及び解析は参考例1と同様に行った。
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の遺伝子マーカーの胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から胆道がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーについてそれぞれ単独での胆道がん判別性能を評価する方法を検討した。
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて胆道がん判別性能を評価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のうちいずれか2個の組み合わせ7,750通りについてフィッシャーの判別分析を行い、胆道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した。上記7,750通りのポリヌクレオチドの発現量測定値の組合せを用いてテスト検体群の胆道がん判別を実施したところ、例えば、配列番号2と配列番号4で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値を用いて、テスト検体中の健常体(50人)と胆道がん患者(33人)で比較した場合、学習検体群では健常体群と胆道がん患者群の発現量測定値が有意に分離する散布図が得られ(図3左参照)、更にこの結果はテスト検体群でも再現ができた(図3右参照)。同様に、新規に見出された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の他の組み合わせにおいても、健常体群と胆道がん患者群の発現量測定値を有意に分離する散布図が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。また、例えばこの配列番号2と配列番号4で示される塩基配列に関し、学習検体群で設定した両群を判別する関数(0=5.16x+y+48.11)を用いて胆道がん検出の的中率を算出したところ、真陽性33例、真陰性48例、偽陽性2例、偽陰性0例であり、これらの値から検出性能として精度98%、感度100%、特異度96%が得られた。このようにして、新規に見出された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせ全通りの検出性能を算出した。このうち例として、配列番号1で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと他の配列番号で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせ124通りとその検出性能について表6に記載した。例えば配列番号1及び配列番号7、配列番号1及び配列番号9、配列番号1及び配列番号25、配列番号1及び配列番号66、で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値の組み合わせについても全て、テスト検体群において感度100%を示した。このように既存マーカーであるCA19−9の感度(表5より75.8%)を上回るポリヌクレオチドの発現量測定値の組み合わせはテスト検体群で6,316通り得られ、この組み合わせには実施例1で得られた表2に記載の塩基配列1〜125の全てが少なくとも1回は使用された。すなわち、テスト検体群において、配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせは、CA19−9を上回る感度で胆道がんを判別することが証明できた。
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定及びその胆道がん判別性能評価を行った。
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん特異的な判別性能の評価方法>
本実施例では、参考例2に記載した検体群の学習検体群を対象として、実施例1に記載の方法と同様の方法で、胆道がん患者と健康人、大腸がん患者、胃がん患者、食道がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子発現量の比較を行い、追加の診断用遺伝子マーカーを選択した。その結果選択された、追加の診断用遺伝子マーカー(配列番号466〜478;表1参照)と実施例1で選定された遺伝子マーカーを組み合わせた群から選ばれる1個又は2個以上のマーカーを用いて胆道がん特異的な判別性能を評価した。
<既存血中腫瘍マーカーの胆道がん判別性能>
上記の参考例1で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の腫瘍マーカーCEA及びCA19−9の血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献2に記載される基準値(CEAは5ng/mL、CA19−9は37U/mL)よりも血中濃度が高いとがんの疑いがあるとされる。従って、各検体毎にCEA及びCA19−9の血中濃度が基準値を超えているか否かを確認し、その結果が胆道がん患者をがんと判定しているか見定め、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した。この結果を表5に示した。学習検体群においてはCEAの感度は31.3%、CA19−9の感度は68.2%、テスト検体群においてはCEAの感度は33.3%、CA19−9の感度は59.4%しかなく、いずれのマーカーも胆道がんの検出には有用でないことが分かった(表5)。
Claims (19)
- 胆道がんマーカーであるmiR−665又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用キット。
- miR−665がhsa−miR−665である、請求項1に記載のキット。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)〜(c)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項1又は2に記載のキット:
(a)(1)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(2)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(3)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(4)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(1)〜(3)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(b)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(c)以下の(5)〜(8)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(5)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(6)(5)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(7)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(5)又は(6)のポリヌクレオチド又はその断片、
(8)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。 - 前記キットが、別の胆道がんマーカーである、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3p;並びに/又は、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載のキット。
- miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−6075がhsa−miR−6075であり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−6877−5pがhsa−miR−6877−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−4530がhsa−miR−4530であり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−6799−5pがhsa−miR−6799−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−4732−5pがhsa−miR−4732−5pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−7114−5pがhsa−miR−7114−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−6821−5pがhsa−miR−6821−5pであり、miR−5100がhsa−miR−5100であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−6805−5pがhsa−miR−6805−5pであり、miR−8089がhsa−miR−8089であり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−1246がhsa−miR−1246であり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−4638−5pがhsa−miR−4638−5pであり、miR−6085がhsa−miR−6085であり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−5585−3pがhsa−miR−5585−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−197−5pがhsa−miR−197−5pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−4446−3pがhsa−miR−4446−3pであり、miR−619−5pがhsa−miR−619−5pであり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−6778−5pがhsa−miR−6778−5pであり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pであり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6768−5pがhsa−miR−6768−5pであり、miR−1290がhsa−miR−1290であり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−6858−5pがhsa−miR−6858−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3665がhsa−miR−3665であり、miR−4736がhsa−miR−4736であり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−6132がhsa−miR−6132であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−7111−5pがhsa−miR−7111−5pであり、miR−5787がhsa−miR−5787であり、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pであり、miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−6774−5pがhsa−miR−6774−5pであり、miR−4656がhsa−miR−4656であり、miR−6806−5pがhsa−miR−6806−5pであり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−328−5pがhsa−miR−328−5pであり、miR−4674がhsa−miR−4674であり、miR−2110がhsa−miR−2110であり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−638がhsa−miR−638であり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−211−3pがhsa−miR−211−3pであり、miR−1273g−3pがhsa−miR−1273g−3pであり、miR−1203がhsa−miR−1203であり、miR−122−5pがhsa−miR−122−5pであり、miR−4258がhsa−miR−4258であり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、及び、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pである、請求項4に記載のキット。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(d)〜(f)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項4又は5に記載のキット:
(d)(9)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(10)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(11)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(12)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(9)〜(11)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(e)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(f)以下の(13)〜(16)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(13)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(14)(13)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(15)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(13)又は(14)のポリヌクレオチド又はその断片、又は
(16)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。 - 胆道がんマーカーであるmiR−665又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用デバイス。
- miR−665がhsa−miR−665である、請求項7に記載のデバイス。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)〜(c)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項7又は8に記載のデバイス:(a)(1)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(2)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(3)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(4)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(1)〜(3)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(b)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(c)以下の(5)〜(8)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(5)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(6)(5)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(7)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(5)又は(6)のポリヌクレオチド又はその断片、
(8)配列番号66で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。 - 前記デバイスが、別の胆道がんマーカーである、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3p;並びに/又は、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項7〜9のいずれか一項に記載のデバイス。
- miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−6075がhsa−miR−6075であり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−6877−5pがhsa−miR−6877−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−4530がhsa−miR−4530であり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−6799−5pがhsa−miR−6799−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−4732−5pがhsa−miR−4732−5pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−7114−5pがhsa−miR−7114−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−6821−5pがhsa−miR−6821−5pであり、miR−5100がhsa−miR−5100であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−6805−5pがhsa−miR−6805−5pであり、miR−8089がhsa−miR−8089であり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−1246がhsa−miR−1246であり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−4638−5pがhsa−miR−4638−5pであり、miR−6085がhsa−miR−6085であり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−5585−3pがhsa−miR−5585−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−197−5pがhsa−miR−197−5pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−4446−3pがhsa−miR−4446−3pであり、miR−619−5pがhsa−miR−619−5pであり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−6778−5pがhsa−miR−6778−5pであり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pであり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6768−5pがhsa−miR−6768−5pであり、miR−1290がhsa−miR−1290であり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−6858−5pがhsa−miR−6858−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3665がhsa−miR−3665であり、miR−4736がhsa−miR−4736であり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−6132がhsa−miR−6132であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−7111−5pがhsa−miR−7111−5pであり、miR−5787がhsa−miR−5787であり、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pであり、miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−6774−5pがhsa−miR−6774−5pであり、miR−4656がhsa−miR−4656であり、miR−6806−5pがhsa−miR−6806−5pであり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−328−5pがhsa−miR−328−5pであり、miR−4674がhsa−miR−4674であり、miR−2110がhsa−miR−2110であり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−638がhsa−miR−638であり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−211−3pがhsa−miR−211−3pであり、miR−1273g−3pがhsa−miR−1273g−3pであり、miR−1203がhsa−miR−1203であり、miR−122−5pがhsa−miR−122−5pであり、miR−4258がhsa−miR−4258であり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、及び、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pである、請求項10に記載のデバイス。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(d)〜(f)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項10又は11に記載のデバイス:
(d)(9)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(10)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(11)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(12)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(9)〜(11)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(e)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(f)以下の(13)〜(16)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(13)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(14)(13)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(15)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(13)又は(14)のポリヌクレオチド又はその断片、又は
(16)配列番号1、2、4〜11、13〜65、67〜125、126〜148、及び466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。 - 前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項7〜12のいずれか一項に記載のデバイス。
- 前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項13に記載のデバイス。
- 請求項1〜6のいずれか一項に記載のキット又は請求項7〜14のいずれか一項に記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて、被験体が胆道がんに罹患していること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、胆道がんの有無を評価する方法。
- 前記被験体が、ヒトである、請求項15に記載の方法。
- 前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項15又は16に記載の方法。
- miR−665、その前駆体又はそのisomiRのポリヌクレオチドの、胆道がんの有無を評価するための胆道がんマーカーとしての使用。
- 前記のmiR−665、その前駆体又はそのisomiRのポリヌクレオチドが、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3p;並びに/又は、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5p;並びに/又はそれらの前駆体又はそれらのisomiRからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと組み合わせて、胆道がんの有無を評価するための胆道がんマーカーとして使用される、請求項18に記載の使用。
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