本発明の課題は、新規な胆道がん腫瘍マーカーを見出し、当該マーカーに特異的に結合可能な核酸を用いて胆道がんを効果的に検出できる方法を提供することである。非特許文献1に記載されるように、胆道がんの最初の診断には、一般に、低侵襲的な血液生化学検査、腫瘍マーカー検査及び腹部超音波検査が用いられる。腹部超音波検査による胆道がんの腫瘍描出率(画像によりがんが発見できる確率)は21〜90%(非特許文献1)と幅があり、特にがん占拠部位が下部胆管の場合は描出率が低下してしまう。血液生化学検査では、例えば肝機能障害で上昇するアルカリフォスファターゼ、γ−GTP、ビリルビンなどが胆道がん検出にも用いられるが、これらの血液生化学検査は胆道がんを特異的に検出するわけではない。また、胆道がん検出用の腫瘍マーカーとして、例えば、CEA、CA19−9、DUPAN−2、CA195、CA242、IL−6などが知られている。このうち、CEAは胆道がん患者の40〜70%で上昇すること、CA19−9は50〜79%の胆道がん患者で上昇することが知られているが(非特許文献1)、胆道がんに特異的ではなく、また非特許文献1において早期診断に用いることは困難であると記載されている。また、DUPAN−2、CA195、CA242、IL−6については、非特許文献1において、その臨床的有用性がはっきりしていないと記載されている。そのため、従来の腫瘍マーカーを用いた場合には、他のがん、及び/又は胆道及び/又は胆道周辺臓器の良性腫瘍及び/又は良性疾患などを誤検出する可能性も考えられる。
また研究段階ではあるが血液をはじめとする生体サンプル中のタンパク質や遺伝子の発現量を用いて胆道がんを検出するという報告が下記のようにあるが、いずれも実用化に至ってはいない。
特許文献1では、胆道組織中のタンパク質の発現量を用いて胆道がんを検出する方法が記載されている。しかしながら、本検出方法では検体入手のために外科手術による組織切除が必須であり、この工程は患者に与える肉体的負担が重いため、検査方法としては好ましくない。また特許文献1には、本検出方法に関して、胆道がんを判別する具体的な精度、感度、特異度などの検出性能についての記載が無く、産業的実用性に乏しい。
特許文献2では、血液中の細胞(単核球など)から抽出されたmRNA遺伝子を用いて胆道がんを含む消化器がんを診断する方法が記載されている。しかしながら、本検出方法は数十個から数百個のmRNAを組み合わせて使用する必要があり、実際に検査として開発した場合には検査費用の増大と判別アルゴリズムの複雑性が懸念される。また、mRNAは血液中では分解し易く不安定であるとされることから、検査対象としては好ましくない。
このように、胆道がんの検出において、既存の腫瘍マーカーはその性能が低いか、また研究段階のマーカーについては性能や検出の方法が具体的に示されていないため、これらを利用した場合には、健常体を胆道がん患者と誤検出することによる無駄な追加検査の実施や、胆道がん患者を見落とすことによる治療機会の逸失がおこる可能性がある。また、数十個〜数百個からなる遺伝子を測定することは検査費用を増大させるため、健康診断のような大規模なスクリーニングには使用しづらい。また、腫瘍マーカーを測定するために胆道組織を採取することは患者に与える侵襲性が高く好ましくないため、低侵襲に採取できる血液からの検出が可能で、胆道がん患者を胆道がん患者と、健常体を健常体と正しく判別できる、精度の高い胆道がんマーカーが求められる。特に、胆道がんは早期発見による切除が唯一の根治治療となるため、感度の高い胆道がんマーカーが切望されている。
本発明者らは上記課題を解決すべく鋭意検討の結果、低侵襲に採取できる血液から胆道がんの検出マーカーに使用可能な数個の遺伝子を見出し、これに特異的に結合可能な核酸を用いることにより、胆道がんを有意に検出できることを見いだし、本発明を完成するに至った。
<発明の概要>
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)胆道がんマーカーである、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、胆道がんの検出用キット。
(2)miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−204−3pがhsa−miR−204−3pであり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−6075がhsa−miR−6075であり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−6877−5pがhsa−miR−6877−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−4530がhsa−miR−4530であり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−6799−5pがhsa−miR−6799−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−4732−5pがhsa−miR−4732−5pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−7114−5pがhsa−miR−7114−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−6821−5pがhsa−miR−6821−5pであり、miR−5100がhsa−miR−5100であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−6805−5pがhsa−miR−6805−5pであり、miR−8089がhsa−miR−8089であり、miR−665がhsa−miR−665であり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−1246がhsa−miR−1246であり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−4638−5pがhsa−miR−4638−5pであり、miR−6085がhsa−miR−6085であり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−5585−3pがhsa−miR−5585−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−197−5pがhsa−miR−197−5pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−4446−3pがhsa−miR−4446−3pであり、miR−619−5pがhsa−miR−619−5pであり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−6778−5pがhsa−miR−6778−5pであり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pであり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6768−5pがhsa−miR−6768−5pであり、miR−1290がhsa−miR−1290であり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−6858−5pがhsa−miR−6858−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3665がhsa−miR−3665であり、miR−4736がhsa−miR−4736であり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−6132がhsa−miR−6132であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−7111−5pがhsa−miR−7111−5pであり、miR−5787がhsa−miR−5787であり、及び、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、及び、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pである、(1)に記載のキット。
(3)前記核酸が、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(4)前記キットが、別の胆道がんマーカーである、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(1)〜(3)のいずれかに記載のキット。
(5)miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−6774−5pがhsa−miR−6774−5pであり、miR−4656がhsa−miR−4656であり、miR−6806−5pがhsa−miR−6806−5pであり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−328−5pがhsa−miR−328−5pであり、miR−4674がhsa−miR−4674であり、miR−2110がhsa−miR−2110であり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−638がhsa−miR−638であり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−211−3pがhsa−miR−211−3pであり、miR−1273g−3pがhsa−miR−1273g−3pであり、miR−1203がhsa−miR−1203であり、miR−122−5pがhsa−miR−122−5pであり、miR−4258がhsa−miR−4258であり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、及び、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pである、(4)に記載のキット。
(6)前記核酸が、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
(7)前記キットが、(1)又は(2)に記載のすべての胆道がんマーカーから選択される少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つ以上の核酸を含む、(1)〜(6)のいずれかに記載のキット。
(8)胆道がんマーカーである、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、胆道がんの検出用デバイス。
(9)miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−204−3pがhsa−miR−204−3pであり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−6075がhsa−miR−6075であり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−6877−5pがhsa−miR−6877−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−4530がhsa−miR−4530であり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−6799−5pがhsa−miR−6799−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−4732−5pがhsa−miR−4732−5pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−7114−5pがhsa−miR−7114−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−6821−5pがhsa−miR−6821−5pであり、miR−5100がhsa−miR−5100であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−6805−5pがhsa−miR−6805−5pであり、miR−8089がhsa−miR−8089であり、miR−665がhsa−miR−665であり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−1246がhsa−miR−1246であり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−4638−5pがhsa−miR−4638−5pであり、miR−6085がhsa−miR−6085であり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−5585−3pがhsa−miR−5585−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−197−5pがhsa−miR−197−5pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−4446−3pがhsa−miR−4446−3pであり、miR−619−5pがhsa−miR−619−5pであり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−6778−5pがhsa−miR−6778−5pであり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pであり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6768−5pがhsa−miR−6768−5pであり、miR−1290がhsa−miR−1290であり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−6858−5pがhsa−miR−6858−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3665がhsa−miR−3665であり、miR−4736がhsa−miR−4736であり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−6132がhsa−miR−6132であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−7111−5pがhsa−miR−7111−5pであり、miR−5787がhsa−miR−5787であり、及び、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、及び、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pである、(8)に記載のデバイス。
(10)前記核酸が、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(8)又は(9)に記載のデバイス。
(11)前記デバイスが、別の胆道がんマーカーである、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(8)〜(10)のいずれかに記載のデバイス。
(12)miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−6774−5pがhsa−miR−6774−5pであり、miR−4656がhsa−miR−4656であり、miR−6806−5pがhsa−miR−6806−5pであり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−328−5pがhsa−miR−328−5pであり、miR−4674がhsa−miR−4674であり、miR−2110がhsa−miR−2110であり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−638がhsa−miR−638であり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−211−3pがhsa−miR−211−3pであり、miR−1273g−3pがhsa−miR−1273g−3pであり、miR−1203がhsa−miR−1203であり、miR−122−5pがhsa−miR−122−5pであり、miR−4258がhsa−miR−4258であり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、及び、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pである、(11)に記載のデバイス。
(13)前記核酸が、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバイス。
(14)前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、(8)〜(13)のいずれかに記載のデバイス。
(15)前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、(14)に記載のデバイス。
(16)前記デバイスが、(8)又は(9)に記載のすべての胆道がんマーカーから選択される少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つ以上の核酸を含む、(8)〜(15)のいずれかに記載のデバイス。
(17)(1)〜(7)のいずれかに記載のキット又は(8)〜(16)のいずれかに記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて、被験体が胆道がんに罹患していること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、胆道がんの検出方法。
(18)前記被験体が、ヒトである、(17)に記載の方法。
(19)前記検体が、血液、血清又は血漿である、(17)又は(18)に記載の方法。
<用語の定義>
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
本明細書において「胆道がん」とは、胆道において形成される全ての悪性腫瘍をいう。具体的には、肝外胆管がん、胆嚢がん、乳頭部がん、十二指腸乳頭部がん、及び肝内胆管がんなどが含まれる。
本明細書において「胆道及び/又は胆道周辺臓器の良性腫瘍及び/又は良性疾患」とは、胆道、肝臓、膵臓に関する非悪性腫瘍の疾患をいう。
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、DNA、RNAなどの略号による表示は、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(日本国特許庁編)及び当技術分野における慣用に従うものとする。
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、RNA、DNA、及びRNA/DNA(キメラ)のいずれも包含する核酸に対して用いられる。なお、上記DNAには、cDNA、ゲノムDNA、及び合成DNAのいずれもが含まれる。また上記RNAには、total RNA、mRNA、rRNA、miRNA、siRNA、snoRNA、snRNA、非コーディング(non−coding)RNA及び合成RNAのいずれもが含まれる。本明細書において「合成DNA」及び「合成RNA」は、所定の塩基配列(天然型配列又は非天然型配列のいずれでもよい。)に基づいて、例えば自動核酸合成機を用いて、人工的に作製されたDNA及びRNAをいう。本明細書において「非天然型配列」は、広義の意味に用いることを意図しており、天然型配列と異なる、例えば1以上のヌクレオチドの置換、欠失、挿入及び/又は付加を含む配列(すなわち、変異配列)、1以上の修飾ヌクレオチドを含む配列(すなわち、修飾配列)、などを包含する。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
本明細書において「断片」とは、ポリヌクレオチドの連続した一部分の塩基配列を有するポリヌクレオチドであり、15塩基以上、好ましくは17塩基以上、より好ましくは19塩基以上の長さを有することが望ましい。
本明細書において「遺伝子」とは、RNA、及び2本鎖DNAのみならず、それを構成する正鎖(又はセンス鎖)又は相補鎖(又はアンチセンス鎖)などの各1本鎖DNAを包含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。
従って、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムDNAを含む2本鎖DNA、1本鎖DNA(正鎖)、当該正鎖と相補的な配列を有する1本鎖DNA(相補鎖。cDNAを含む。)、マイクロRNA(miRNA)、及びこれらの断片、並びに転写産物のいずれも含む。また当該「遺伝子」は特定の塩基配列(又は配列番号)で表される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるRNAと生物学的機能が同等であるRNA、例えば同族体(すなわち、ホモログもしくはオーソログ)、遺伝子多型などの変異体、及び誘導体をコードする「核酸」を包含する。かかる同族体、変異体又は誘導体をコードする「核酸」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、配列番号1〜509のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「核酸」を挙げることができる。なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。また、「遺伝子」は細胞に含まれていてもよく、細胞外に放出されて単独で存在していてもよく、またエキソソームと呼ばれる小胞に内包された状態にあってもよい。
本明細書において「エキソソーム」(別称「エクソソーム」)とは、細胞から分泌される脂質二重膜に包まれた小胞である。エキソソームは多胞エンドソームに由来し、細胞外環境に放出される際にRNA、DNA等の「遺伝子」やタンパク質などの生体物質を内部に含むことがある。エキソソームは血液、血清、血漿、リンパ液等の体液に含まれることが知られている。
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のDNA配列を鋳型にして合成されたRNAのことをいう。RNAポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位に結合し、DNAの塩基配列に相補的になるように3’末端にリボヌクレオチドを結合させていく形でRNAが合成される。このRNAには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリA配列の末端にいたるまでの全配列が含まれる。
また、本明細書において「マイクロRNA(miRNA)」は、特に言及しない限り、ヘアピン様構造のRNA前駆体として転写され、RNase III切断活性を有するdsRNA切断酵素により切断され、RISCと称するタンパク質複合体に取り込まれ、mRNAの翻訳抑制に関与する15〜25塩基の非コーディングRNAを意図して用いられる。また本明細書で使用する「miRNA」は特定の塩基配列(又は配列番号)で表される「miRNA」だけではなく、当該「miRNA」の前駆体(pre−miRNA、pri−miRNA)、及びこれらと生物学的機能が同等であるmiRNA、例えば同族体(すなわち、ホモログもしくはオーソログ)、遺伝子多型などの変異体、及び誘導体も包含する。かかる前駆体、同族体、変異体又は誘導体としては、具体的には、miRBase release 20(http://www.mirbase.org/)により同定することができ、後に記載したストリンジェントな条件下で、配列番号1〜509のいずれかで表されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「miRNA」を挙げることができる。さらにまた、本明細書で使用する「miRNA」は、miR遺伝子の遺伝子産物であってもよく、そのような遺伝子産物は、成熟miRNA(例えば、上記のようなmRNAの翻訳抑制に関与する15〜25塩基、又は19〜25塩基、の非コーディングRNA)又はmiRNA前駆体(例えば、前記のようなpre−miRNA又はpri−miRNA)を包含する。
本明細書において「プローブ」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に検出するために使用されるポリヌクレオチド及び/又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅するポリヌクレオチド及び/又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
ここで相補的なポリヌクレオチド(相補鎖、逆鎖)とは、配列番号1〜509のいずれかによって定義される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその部分配列、(ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ)に対してA:T(U)、G:Cといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、核酸プローブが他の配列に対するよりも大きな程度(例えばバックグラウンド測定値の平均+バックグラウンド測定値の標準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によって異なる。ハイブリダイゼーション及び/又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御することにより、核酸プローブに対して100%相補的である標的配列が同定され得る。「ストリンジェントな条件」の具体例は、後述する。
本明細書において「Tm値」とは、ポリヌクレオチドの二本鎖部分が一本鎖へと変性し、二本鎖と一本鎖が1:1の比で存在する温度を意味する。
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異などに起因した天然の変異体、あるいは配列番号1〜509のいずれかの塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、又はその部分配列において1又は2以上の塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは当該塩基配列の各々又はその部分配列と約90%以上、約95%以上、約97%以上、約98%以上、約99%以上の%同一性を示す変異体、あるいは当該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味する。
本明細書において「数個」とは、約10、9、8、7、6、5、4、3又は2個の整数を意味する。
本明細書において、変異体は、部位特異的突然変異誘発法、PCR法を利用した突然変異導入法などの周知の技術を用いて作製可能である。
本明細書において「%同一性」は、上記のBLASTやFASTAによるタンパク質又は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、又はギャップを導入しないで、決定することができる(Zheng Zhangら、2000年、J. Comput. Biol.、7巻、p203−214;Altschul,S.F.ら、1990年、Journal of Molecular Biology、第215巻、p403−410;Pearson,W.R.ら、1988年、Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.、第85巻、p2444−2448)。
本明細書において「誘導体」とは、修飾核酸、非限定的に例えば、蛍光団などによるラベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチド及び塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドなど)を含む誘導体、PNA(peptide nucleic acid; Nielsen,P.E.ら、1991年、Science、254巻、p1497−500)、LNA(locked nucleic acid; Obika,S.ら,1998年、Tetrahedron Lett.、39巻、p5401−5404)などを含むことを意味する。
本明細書において、上記の胆道がんマーカーであるmiRNAの群から選択されるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な「核酸」は、合成又は調製された核酸であり、具体的には「核酸プローブ」又は「プライマー」を含み、被験体中の胆道がんの存在の有無を検出するために、又は胆道がんの罹患の有無、罹患の程度、胆道がんの改善の有無や改善の程度、胆道がんの治療に対する感受性を診断するために、あるいは胆道がんの予防、改善又は治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用される。これらには胆道がんの罹患に関連して生体内、特に血液、尿等の体液等の検体において配列番号1〜509のいずれかで表される転写産物又はそのcDNA合成核酸を特異的に認識し結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドを包含する。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。
本明細書で使用する「検出」という用語は、検査、測定、検出又は、判定支援という用語で置換しうる。また、本明細書において「評価」という用語は、検査結果又は測定結果に基づいて診断又は評価を支援することを含む意味で使用される。
本明細書で使用される「被験体」は、ヒト、チンパンジーを含む霊長類、イヌ、ネコなどのペット動物、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギなどの家畜動物、マウス、ラットなどの齧歯類などの哺乳動物を意味する。また、「健常体」もまた、このような哺乳動物であって、検出しようとするがんに罹患していない動物を意味する。
本明細書で使用される「P」又は「P値」とは、統計学的検定において、帰無仮説の下で実際にデータから計算された統計量よりも極端な統計量が観測される確率を示す。したがって「P」又は「P値」が小さいほど、比較対象間に有意差があるとみなせる。
本明細書において、「感度」は、(真陽性の数)/(真陽性の数+偽陰性の数)の値を意味する。感度が高ければ胆道がんを早期に発見することが可能となり、完全ながん部の切除や再発率の低下につながる。
本明細書において、「特異度」は、(真陰性の数)/(真陰性の数+偽陽性の数)を意味する。特異度が高ければ健常体を胆道がん患者と誤判別することによる無駄な追加検査の実施を防ぎ、患者の負担の軽減や医療費の削減につながる。
本明細書において、「精度」は(真陽性の数+真陰性の数)/(全症例数)の値を意味する。精度は全検体に対しての判別結果が正しかった割合を示しており、検出性能を評価する第一の指標となる。
本明細書において判定、検出又は診断の対象となる「検体」とは、胆道がんの発生、胆道がんの進行、及び胆道がんに対する治療効果の発揮にともない本発明の遺伝子が発現変化する組織及び生体材料を指す。具体的には胆道組織及びその周辺の脈管、リンパ節及び臓器、また転移が疑われる臓器、皮膚、及び血液、尿、唾液、汗、組織浸出液などの体液、血液から調製された血清、血漿、その他、便、毛髪などを指す。更にこれらから抽出された生体試料、具体的にはRNAやmiRNAなどの遺伝子を指す。
本明細書で使用される「hsa−miR−125a−3p遺伝子」又は「hsa−miR−125a−3p」という用語は、配列番号1に記載のhsa−miR−125a−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004602)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−125a−3p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12巻、p735−739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−125a−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−125a」(miRBase Accession No.MI0000469、配列番号149)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6893−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6893−5p」という用語は、配列番号2に記載のhsa−miR−6893−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027686)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6893−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6893−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6893」(miRBase Accession No.MI0022740、配列番号150)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−204−3p遺伝子」又は「hsa−miR−204−3p」という用語は、配列番号3に記載のhsa−miR−204−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022693)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−204−3p遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−204−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−204」(miRBase Accession No.MI0000284、配列番号151)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4476遺伝子」又は「hsa−miR−4476」という用語は、配列番号4に記載のhsa−miR−4476遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019003)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4476遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4476」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4476」(miRBase Accession No.MI0016828、配列番号152)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4294遺伝子」又は「hsa−miR−4294」という用語は、配列番号5に記載のhsa−miR−4294遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016849)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4294遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4294」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4294」(miRBase Accession No.MI0015827、配列番号153)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−150−3p遺伝子」又は「hsa−miR−150−3p」という用語は、配列番号6に記載のhsa−miR−150−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004610)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−150−3p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12巻、p735−739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−150−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−150」(miRBase Accession No.MI0000479、配列番号154)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6729−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6729−5p」という用語は、配列番号7に記載のhsa−miR−6729−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027359)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6729−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6729−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6729」(miRBase Accession No.MI0022574、配列番号155)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7641遺伝子」又は「hsa−miR−7641」という用語は、配列番号8に記載のhsa−miR−7641遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0029782)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7641遺伝子は、Yoo JKら、2013年、Arch Pharm Res、36巻、p353−358に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7641」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7641−1」、「hsa−mir−7641−2」(miRBase Accession No.MI0024975、MI0024976、配列番号156、157)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6765−3p遺伝子」又は「hsa−miR−6765−3p」という用語は、配列番号9に記載のhsa−miR−6765−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027431)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6765−3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6765−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6765」(miRBase Accession No.MI0022610、配列番号158)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6820−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6820−5p」という用語は、配列番号10に記載のhsa−miR−6820−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027540)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6820−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6820−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6820」(miRBase Accession No.MI0022665、配列番号159)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−575遺伝子」又は「hsa−miR−575」という用語は、配列番号11に記載のhsa−miR−575遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003240)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−575遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−575」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−575」(miRBase Accession No.MI0003582、配列番号160)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6836−3p遺伝子」又は「hsa−miR−6836−3p」という用語は、配列番号12に記載のhsa−miR−6836−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027575)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6836−3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6836−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6836」(miRBase Accession No.MI0022682、配列番号161)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1469遺伝子」又は「hsa−miR−1469」という用語は、配列番号13に記載のhsa−miR−1469遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007347)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1469遺伝子は、Kawaji Hら、2008年、BMC Genomics、9巻、p157に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1469」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1469」(miRBase Accession No.MI0007074、配列番号162)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−663a遺伝子」又は「hsa−miR−663a」という用語は、配列番号14に記載のhsa−miR−663a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003326)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−663a遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−663a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−663a」(miRBase Accession No.MI0003672、配列番号163)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6075遺伝子」又は「hsa−miR−6075」という用語は、配列番号15に記載のhsa−miR−6075遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023700)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6075遺伝子は、Voellenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472−484に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6075」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6075」(miRBase Accession No.MI0020352、配列番号164)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4634遺伝子」又は「hsa−miR−4634」という用語は、配列番号16に記載のhsa−miR−4634遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019691)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4634遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4634」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4634」(miRBase Accession No.MI0017261、配列番号165)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−423−5p遺伝子」又は「hsa−miR−423−5p」という用語は、配列番号17に記載のhsa−miR−423−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004748)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−423−5p遺伝子は、Kasashima Kら、2004年、Biochem Biophys Res Commun、322巻、p403−410に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−423−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−423」(miRBase Accession No.MI0001445、配列番号166)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4454遺伝子」又は「hsa−miR−4454」という用語は、配列番号18に記載のhsa−miR−4454遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018976)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4454遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4454」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4454」(miRBase Accession No.MI0016800、配列番号167)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7109−5p遺伝子」又は「hsa−miR−7109−5p」という用語は、配列番号19に記載のhsa−miR−7109−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028115)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7109−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7109−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7109」(miRBase Accession No.MI0022960、配列番号168)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6789−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6789−5p」という用語は、配列番号20に記載のhsa−miR−6789−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027478)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6789−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6789−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6789」(miRBase Accession No.MI0022634、配列番号169)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6877−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6877−5p」という用語は、配列番号21に記載のhsa−miR−6877−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027654)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6877−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6877−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6877」(miRBase Accession No.MI0022724、配列番号170)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4792遺伝子」又は「hsa−miR−4792」という用語は、配列番号22に記載のhsa−miR−4792遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019964)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4792遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4792」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4792」(miRBase Accession No.MI0017439、配列番号171)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4530遺伝子」又は「hsa−miR−4530」という用語は、配列番号23に記載のhsa−miR−4530遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019069)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4530遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4530」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4530」(miRBase Accession No.MI0016897、配列番号172)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7975遺伝子」又は「hsa−miR−7975」という用語は、配列番号24に記載のhsa−miR−7975遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031178)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7975遺伝子は、Velthut−Meikas Aら、2013年、Mol Endocrinol、オンライン版に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7975」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7975」(miRBase Accession No.MI0025751、配列番号173)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6724−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6724−5p」という用語は、配列番号25に記載のhsa−miR−6724−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025856)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6724−5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p330−335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6724−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6724」(miRBase Accession No.MI0022559、配列番号174)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−8073遺伝子」又は「hsa−miR−8073」という用語は、配列番号26に記載のhsa−miR−8073遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031000)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−8073遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480−487に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−8073」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−8073」(miRBase Accession No.MI0025909、配列番号175)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7977遺伝子」又は「hsa−miR−7977」という用語は、配列番号27に記載のhsa−miR−7977遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031180)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7977遺伝子は、Velthut−Meikas Aら、2013年、Mol Endocrinol、オンライン版に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7977」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7977」(miRBase Accession No.MI0025753、配列番号176)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1231遺伝子」又は「hsa−miR−1231」という用語は、配列番号28に記載のhsa−miR−1231遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005586)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1231遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328−336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1231」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1231」(miRBase Accession No.MI0006321、配列番号177)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6799−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6799−5p」という用語は、配列番号29に記載のhsa−miR−6799−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027498)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6799−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6799−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6799」(miRBase Accession No.MI0022644、配列番号178)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−615−5p遺伝子」又は「hsa−miR−615−5p」という用語は、配列番号30に記載のhsa−miR−615−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004804)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−615−5p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−615−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−615」(miRBase Accession No.MI0003628、配列番号179)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4450遺伝子」又は「hsa−miR−4450」という用語は、配列番号31に記載のhsa−miR−4450遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018971)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4450遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4450」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4450」(miRBase Accession No.MI0016795、配列番号180)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6726−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6726−5p」という用語は、配列番号32に記載のhsa−miR−6726−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027353)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6726−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6726−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6726」(miRBase Accession No.MI0022571、配列番号181)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6875−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6875−5p」という用語は、配列番号33に記載のhsa−miR−6875−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027650)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6875−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6875−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6875」(miRBase Accession No.MI0022722、配列番号182)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4734遺伝子」又は「hsa−miR−4734」という用語は、配列番号34に記載のhsa−miR−4734遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019859)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4734遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4734」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4734」(miRBase Accession No.MI0017371、配列番号183)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−16−5p遺伝子」又は「hsa−miR−16−5p」という用語は、配列番号35に記載のhsa−miR−16−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000069)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−16−5p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2001年、Science、294巻、p853−858に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−16−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−16−1」、「hsa−mir−16−2」(miRBase Accession No.MI0000070、MI0000115、配列番号184、185)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−602遺伝子」又は「hsa−miR−602」という用語は、配列番号36に記載のhsa−miR−602遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003270)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−602遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−602」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−602」(miRBase Accession No.MI0003615、配列番号186)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4651遺伝子」又は「hsa−miR−4651」という用語は、配列番号37に記載のhsa−miR−4651遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019715)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4651遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4651」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4651」(miRBase Accession No.MI0017279、配列番号187)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−8069遺伝子」又は「hsa−miR−8069」という用語は、配列番号38に記載のhsa−miR−8069遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030996)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−8069遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480−487に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−8069」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−8069」(miRBase Accession No.MI0025905、配列番号188)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1238−5p遺伝子」又は「hsa−miR−1238−5p」という用語は、配列番号39に記載のhsa−miR−1238−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022947)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1238−5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328−336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1238−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1238」(miRBase Accession No.MI0006328、配列番号189)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6880−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6880−5p」という用語は、配列番号40に記載のhsa−miR−6880−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027660)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6880−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6880−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6880」(miRBase Accession No.MI0022727、配列番号190)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−8072遺伝子」又は「hsa−miR−8072」という用語は、配列番号41に記載のhsa−miR−8072遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030999)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−8072遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480−487に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−8072」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−8072」(miRBase Accession No.MI0025908、配列番号191)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4723−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4723−5p」という用語は、配列番号42に記載のhsa−miR−4723−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019838)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4723−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4723−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4723」(miRBase Accession No.MI0017359、配列番号192)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4732−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4732−5p」という用語は、配列番号43に記載のhsa−miR−4732−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019855)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4732−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4732−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4732」(miRBase Accession No.MI0017369、配列番号193)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6125遺伝子」又は「hsa−miR−6125」という用語は、配列番号44に記載のhsa−miR−6125遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0024598)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6125遺伝子は、Smith JLら、2012年、J Virol、86巻、p5278−5287に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6125」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6125」(miRBase Accession No.MI0021259、配列番号194)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6090遺伝子」又は「hsa−miR−6090」という用語は、配列番号45に記載のhsa−miR−6090遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023715)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6090遺伝子は、Yoo JKら、2012年、Stem Cells Dev、21巻、p2049−2057に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6090」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6090」(miRBase Accession No.MI0020367、配列番号195)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7114−5p遺伝子」又は「hsa−miR−7114−5p」という用語は、配列番号46に記載のhsa−miR−7114−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028125)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7114−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7114−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7114」(miRBase Accession No.MI0022965、配列番号196)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−564遺伝子」又は「hsa−miR−564」という用語は、配列番号47に記載のhsa−miR−564遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003228)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−564遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−564」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−564」(miRBase Accession No.MI0003570、配列番号197)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−451a遺伝子」又は「hsa−miR−451a」という用語は、配列番号48に記載のhsa−miR−451a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0001631)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−451a遺伝子は、Altuvia Yら、2005年、Nucleic Acids Res、33巻、p2697−2706に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−451a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−451a」(miRBase Accession No.MI0001729、配列番号198)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3135b遺伝子」又は「hsa−miR−3135b」という用語は、配列番号49に記載のhsa−miR−3135b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018985)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3135b遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3135b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3135b」(miRBase Accession No.MI0016809、配列番号199)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4497遺伝子」又は「hsa−miR−4497」という用語は、配列番号50に記載のhsa−miR−4497遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019032)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4497遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4497」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4497」(miRBase Accession No.MI0016859、配列番号200)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4665−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4665−5p」という用語は、配列番号51に記載のhsa−miR−4665−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019739)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4665−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4665−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4665」(miRBase Accession No.MI0017295、配列番号201)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3622a−5p遺伝子」又は「hsa−miR−3622a−5p」という用語は、配列番号52に記載のhsa−miR−3622a−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018003)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3622a−5p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Biol、8巻、p58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3622a−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3622a」(miRBase Accession No.MI0016013、配列番号202)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6850−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6850−5p」という用語は、配列番号53に記載のhsa−miR−6850−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027600)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6850−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6850−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6850」(miRBase Accession No.MI0022696、配列番号203)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6821−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6821−5p」という用語は、配列番号54に記載のhsa−miR−6821−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027542)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6821−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6821−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6821」(miRBase Accession No.MI0022666、配列番号204)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−5100遺伝子」又は「hsa−miR−5100」という用語は、配列番号55に記載のhsa−miR−5100遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022259)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−5100遺伝子は、Tandon Mら、2012年、Oral Dis、18巻、p127−131に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−5100」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−5100」(miRBase Accession No.MI0019116、配列番号205)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6872−3p遺伝子」又は「hsa−miR−6872−3p」という用語は、配列番号56に記載のhsa−miR−6872−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027645)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6872−3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6872−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6872」(miRBase Accession No.MI0022719、配列番号206)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4433−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4433−3p」という用語は、配列番号57に記載のhsa−miR−4433−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018949)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4433−3p遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4433−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4433」(miRBase Accession No.MI0016773、配列番号207)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1227−5p遺伝子」又は「hsa−miR−1227−5p」という用語は、配列番号58に記載のhsa−miR−1227−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022941)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1227−5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328−336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1227−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1227」(miRBase Accession No.MI0006316、配列番号208)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3188遺伝子」又は「hsa−miR−3188」という用語は、配列番号59に記載のhsa−miR−3188遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015070)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3188遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3188」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3188」(miRBase Accession No.MI0014232、配列番号209)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7704遺伝子」又は「hsa−miR−7704」という用語は、配列番号60に記載のhsa−miR−7704遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030019)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7704遺伝子は、Swaminathan Sら、2013年、Biochem Biophys Res Commun、434巻、p228−234に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7704」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7704」(miRBase Accession No.MI0025240、配列番号210)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3185遺伝子」又は「hsa−miR−3185」という用語は、配列番号61に記載のhsa−miR−3185遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015065)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3185遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3185」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3185」(miRBase Accession No.MI0014227、配列番号211)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1908−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1908−3p」という用語は、配列番号62に記載のhsa−miR−1908−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026916)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1908−3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496−2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1908−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1908」(miRBase Accession No.MI0008329、配列番号212)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6781−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6781−5p」という用語は、配列番号63に記載のhsa−miR−6781−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027462)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6781−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6781−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6781」(miRBase Accession No.MI0022626、配列番号213)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6805−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6805−5p」という用語は、配列番号64に記載のhsa−miR−6805−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027510)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6805−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6805−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6805」(miRBase Accession No.MI0022650、配列番号214)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−8089遺伝子」又は「hsa−miR−8089」という用語は、配列番号65に記載のhsa−miR−8089遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031016)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−8089遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480−487に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−8089」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−8089」(miRBase Accession No.MI0025925、配列番号215)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−665遺伝子」又は「hsa−miR−665」という用語は、配列番号66に記載のhsa−miR−665遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004952)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−665遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome Res、16巻、p1289−1298に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−665」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−665」(miRBase Accession No.MI0005563、配列番号216)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4486遺伝子」又は「hsa−miR−4486」という用語は、配列番号67に記載のhsa−miR−4486遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019020)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4486遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4486」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4486」(miRBase Accession No.MI0016847、配列番号217)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6722−3p遺伝子」又は「hsa−miR−6722−3p」という用語は、配列番号68に記載のhsa−miR−6722−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025854)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6722−3p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p330−335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6722−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6722」(miRBase Accession No.MI0022557、配列番号218)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1260a遺伝子」又は「hsa−miR−1260a」という用語は、配列番号69に記載のhsa−miR−1260a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005911)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1260a遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610−621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1260a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1260a」(miRBase Accession No.MI0006394、配列番号219)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4707−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4707−5p」という用語は、配列番号70に記載のhsa−miR−4707−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019807)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4707−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4707−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4707」(miRBase Accession No.MI0017340、配列番号220)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6741−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6741−5p」という用語は、配列番号71に記載のhsa−miR−6741−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027383)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6741−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6741−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6741」(miRBase Accession No.MI0022586、配列番号221)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1260b遺伝子」又は「hsa−miR−1260b」という用語は、配列番号72に記載のhsa−miR−1260b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015041)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1260b遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1260b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1260b」(miRBase Accession No.MI0014197、配列番号222)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1246遺伝子」又は「hsa−miR−1246」という用語は、配列番号73に記載のhsa−miR−1246遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005898)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1246遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610−621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1246」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1246」(miRBase Accession No.MI0006381、配列番号223)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6845−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6845−5p」という用語は、配列番号74に記載のhsa−miR−6845−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027590)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6845−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6845−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6845」(miRBase Accession No.MI0022691、配列番号224)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4638−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4638−5p」という用語は、配列番号75に記載のhsa−miR−4638−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019695)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4638−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4638−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4638」(miRBase Accession No.MI0017265、配列番号225)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6085遺伝子」又は「hsa−miR−6085」という用語は、配列番号76に記載のhsa−miR−6085遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023710)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6085遺伝子は、Voellenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472−484に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6085」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6085」(miRBase Accession No.MI0020362、配列番号226)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1228−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1228−3p」という用語は、配列番号77に記載のhsa−miR−1228−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005583)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1228−3p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328−336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1228−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1228」(miRBase Accession No.MI0006318、配列番号227)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4534遺伝子」又は「hsa−miR−4534」という用語は、配列番号78に記載のhsa−miR−4534遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019073)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4534遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4534」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4534」(miRBase Accession No.MI0016901、配列番号228)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−5585−3p遺伝子」又は「hsa−miR−5585−3p」という用語は、配列番号79に記載のhsa−miR−5585−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022286)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−5585−3p遺伝子は、Friedlander MRら、2012年、Nucleic Acids Res、40巻、p37−52に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−5585−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−5585」(miRBase Accession No.MI0019142、配列番号229)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4741遺伝子」又は「hsa−miR−4741」という用語は、配列番号80に記載のhsa−miR−4741遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019871)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4741遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4741」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4741」(miRBase Accession No.MI0017379、配列番号230)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4433b−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4433b−3p」という用語は、配列番号81に記載のhsa−miR−4433b−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030414)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4433b−3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7巻、e50746に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4433b−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4433b」(miRBase Accession No.MI0025511、配列番号231)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−197−5p遺伝子」又は「hsa−miR−197−5p」という用語は、配列番号82に記載のhsa−miR−197−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022691)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−197−5p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2003年、RNA、9巻、p175−179に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−197−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−197」(miRBase Accession No.MI0000239、配列番号232)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−718遺伝子」又は「hsa−miR−718」という用語は、配列番号83に記載のhsa−miR−718遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0012735)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−718遺伝子は、Artzi Sら、2008年、BMC Bioinformatics、9巻、p39に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−718」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−718」(miRBase Accession No.MI0012489、配列番号233)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4513遺伝子」又は「hsa−miR−4513」という用語は、配列番号84に記載のhsa−miR−4513遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019050)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4513遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4513」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4513」(miRBase Accession No.MI0016879、配列番号234)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4446−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4446−3p」という用語は、配列番号85に記載のhsa−miR−4446−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018965)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4446−3p遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4446−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4446」(miRBase Accession No.MI0016789、配列番号235)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−619−5p遺伝子」又は「hsa−miR−619−5p」という用語は、配列番号86に記載のhsa−miR−619−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026622)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−619−5p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−619−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−619」(miRBase Accession No.MI0003633、配列番号236)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6816−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6816−5p」という用語は、配列番号87に記載のhsa−miR−6816−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027532)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6816−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6816−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6816」(miRBase Accession No.MI0022661、配列番号237)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6778−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6778−5p」という用語は、配列番号88に記載のhsa−miR−6778−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027456)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6778−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6778−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6778」(miRBase Accession No.MI0022623、配列番号238)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−24−3p遺伝子」又は「hsa−miR−24−3p」という用語は、配列番号89に記載のhsa−miR−24−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000080)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−24−3p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2001年、Science、294巻、p853−858に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−24−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−24−1」、「hsa−mir−24−2」(miRBase Accession No.MI0000080、MI0000081、配列番号239、240)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1915−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1915−3p」という用語は、配列番号90に記載のhsa−miR−1915−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007892)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1915−3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496−2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1915−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1915」(miRBase Accession No.MI0008336、配列番号241)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4665−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4665−3p」という用語は、配列番号91に記載のhsa−miR−4665−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019740)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4665−3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4665−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4665」(miRBase Accession No.MI0017295、配列番号201)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4449遺伝子」又は「hsa−miR−4449」という用語は、配列番号92に記載のhsa−miR−4449遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018968)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4449遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4449」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4449」(miRBase Accession No.MI0016792、配列番号242)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6889−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6889−5p」という用語は、配列番号93に記載のhsa−miR−6889−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027678)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6889−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6889−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6889」(miRBase Accession No.MI0022736、配列番号243)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−486−3p遺伝子」又は「hsa−miR−486−3p」という用語は、配列番号94に記載のhsa−miR−486−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004762)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−486−3p遺伝子は、Fu Hら、2005年、FEBS Lett、579巻、p3849−3854に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−486−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−486、hsa−mir−486−2」(miRBase Accession No.MI0002470、MI0023622、配列番号244、245)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7113−3p遺伝子」又は「hsa−miR−7113−3p」という用語は、配列番号95に記載のhsa−miR−7113−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028124)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7113−3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7113−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7113」(miRBase Accession No.MI0022964、配列番号246)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−642a−3p遺伝子」又は「hsa−miR−642a−3p」という用語は、配列番号96に記載のhsa−miR−642a−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0020924)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−642a−3p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−642a−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−642a」(miRBase Accession No.MI0003657、配列番号247)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7847−3p遺伝子」又は「hsa−miR−7847−3p」という用語は、配列番号97に記載のhsa−miR−7847−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030422)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7847−3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7巻、e50746に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7847−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7847」(miRBase Accession No.MI0025517、配列番号248)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6768−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6768−5p」という用語は、配列番号98に記載のhsa−miR−6768−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027436)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6768−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6768−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6768」(miRBase Accession No.MI0022613、配列番号249)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1290遺伝子」又は「hsa−miR−1290」という用語は、配列番号99に記載のhsa−miR−1290遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005880)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1290遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610−621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1290」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1290」(miRBase Accession No.MI0006352、配列番号250)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7108−5p遺伝子」又は「hsa−miR−7108−5p」という用語は、配列番号100に記載のhsa−miR−7108−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028113)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7108−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7108−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7108」(miRBase Accession No.MI0022959、配列番号251)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−92b−5p遺伝子」又は「hsa−miR−92b−5p」という用語は、配列番号101に記載のhsa−miR−92b−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004792)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−92b−5p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−92b−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−92b」(miRBase Accession No.MI0003560、配列番号252)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−663b遺伝子」又は「hsa−miR−663b」という用語は、配列番号102に記載のhsa−miR−663b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005867)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−663b遺伝子は、Takada Sら、2008年、Leukemia、22巻、p1274−1278に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−663b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−663b」(miRBase Accession No.MI0006336、配列番号253)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3940−5p遺伝子」又は「hsa−miR−3940−5p」という用語は、配列番号103に記載のhsa−miR−3940−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019229)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3940−5p遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS One、5巻、e10563に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3940−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3940」(miRBase Accession No.MI0016597、配列番号254)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4467遺伝子」又は「hsa−miR−4467」という用語は、配列番号104に記載のhsa−miR−4467遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018994)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4467遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4467」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4467」(miRBase Accession No.MI0016818、配列番号255)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6858−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6858−5p」という用語は、配列番号105に記載のhsa−miR−6858−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027616)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6858−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6858−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6858」(miRBase Accession No.MI0022704、配列番号256)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4417遺伝子」又は「hsa−miR−4417」という用語は、配列番号106に記載のhsa−miR−4417遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018929)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4417遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4417」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4417」(miRBase Accession No.MI0016753、配列番号257)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3665遺伝子」又は「hsa−miR−3665」という用語は、配列番号107に記載のhsa−miR−3665遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018087)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3665遺伝子は、Xie Xら、2005年、Nature、434巻、p338−345に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3665」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3665」(miRBase Accession No.MI0016066、配列番号258)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4736遺伝子」又は「hsa−miR−4736」という用語は、配列番号108に記載のhsa−miR−4736遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019862)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4736遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4736」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4736」(miRBase Accession No.MI0017373、配列番号259)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4687−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4687−3p」という用語は、配列番号109に記載のhsa−miR−4687−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019775)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4687−3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4687−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4687」(miRBase Accession No.MI0017319、配列番号260)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1908−5p遺伝子」又は「hsa−miR−1908−5p」という用語は、配列番号110に記載のhsa−miR−1908−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007881)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1908−5p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496−2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1908−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1908」(miRBase Accession No.MI0008329、配列番号212)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−5195−3p遺伝子」又は「hsa−miR−5195−3p」という用語は、配列番号111に記載のhsa−miR−5195−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0021127)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−5195−3p遺伝子は、Schotte Dら、2011年、Leukemia、25巻、p1389−1399に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−5195−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−5195」(miRBase Accession No.MI0018174、配列番号261)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4286遺伝子」又は「hsa−miR−4286」という用語は、配列番号112に記載のhsa−miR−4286遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016916)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4286遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4286」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4286」(miRBase Accession No.MI0015894、配列番号262)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3679−3p遺伝子」又は「hsa−miR−3679−3p」という用語は、配列番号113に記載のhsa−miR−3679−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018105)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3679−3p遺伝子は、Creighton CJら、2010年、PLoS One、5巻、e9637に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3679−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3679」(miRBase Accession No.MI0016080、配列番号263)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6791−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6791−5p」という用語は、配列番号114に記載のhsa−miR−6791−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027482)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6791−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6791−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6791」(miRBase Accession No.MI0022636、配列番号264)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1202遺伝子」又は「hsa−miR−1202」という用語は、配列番号115に記載のhsa−miR−1202遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005865)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1202遺伝子は、Marton Sら、2008年、Leukemia、22巻、p330−338に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1202」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1202」(miRBase Accession No.MI0006334、配列番号265)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3656遺伝子」又は「hsa−miR−3656」という用語は、配列番号116に記載のhsa−miR−3656遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018076)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3656遺伝子は、Meiri Eら、2010年、Nucleic Acids Res、38巻、p6234−6246に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3656」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3656」(miRBase Accession No.MI0016056、配列番号266)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4746−3p遺伝子」又は「hsa−miR−4746−3p」という用語は、配列番号117に記載のhsa−miR−4746−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019881)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4746−3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4746−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4746」(miRBase Accession No.MI0017385、配列番号267)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3184−5p遺伝子」又は「hsa−miR−3184−5p」という用語は、配列番号118に記載のhsa−miR−3184−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015064)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3184−5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3184−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3184」(miRBase Accession No.MI0014226、配列番号268)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3937遺伝子」又は「hsa−miR−3937」という用語は、配列番号119に記載のhsa−miR−3937遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018352)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3937遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS One、5巻、e10563に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3937」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3937」(miRBase Accession No.MI0016593、配列番号269)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6515−3p遺伝子」又は「hsa−miR−6515−3p」という用語は、配列番号120に記載のhsa−miR−6515−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025487)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6515−3p遺伝子は、Joyce CEら、2011年、Hum Mol Genet、20巻、p4025−4040に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6515−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6515」(miRBase Accession No.MI0022227、配列番号270)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6132遺伝子」又は「hsa−miR−6132」という用語は、配列番号121に記載のhsa−miR−6132遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0024616)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6132遺伝子は、Dannemann Mら、2012年、Genome Biol Evol、4巻、p552−564に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6132」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6132」(miRBase Accession No.MI0021277、配列番号271)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−187−5p遺伝子」又は「hsa−miR−187−5p」という用語は、配列番号122に記載のhsa−miR−187−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004561)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−187−5p遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−187−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−187」(miRBase Accession No.MI0000274、配列番号272)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−7111−5p遺伝子」又は「hsa−miR−7111−5p」という用語は、配列番号123に記載のhsa−miR−7111−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028119)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−7111−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−7111−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−7111」(miRBase Accession No.MI0022962、配列番号273)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−5787遺伝子」又は「hsa−miR−5787」という用語は、配列番号124に記載のhsa−miR−5787遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023252)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−5787遺伝子は、Yoo Hら、2011年、Biochem Biophys Res Commun、415巻、p567−572に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−5787」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−5787」(miRBase Accession No.MI0019797、配列番号274)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6779−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6779−5p」という用語は、配列番号125に記載のhsa−miR−6779−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027458)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6779−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6779−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6779」(miRBase Accession No.MI0022624、配列番号275)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6808−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6808−5p」という用語は、配列番号126に記載のhsa−miR−6808−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027516)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6808−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6808−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6808」(miRBase Accession No.MI0022653、配列番号276)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6774−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6774−5p」という用語は、配列番号127に記載のhsa−miR−6774−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027448)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6774−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6774−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6774」(miRBase Accession No.MI0022619、配列番号277)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4656遺伝子」又は「hsa−miR−4656」という用語は、配列番号128に記載のhsa−miR−4656遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019723)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4656遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4656」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4656」(miRBase Accession No.MI0017284、配列番号278)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6806−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6806−5p」という用語は、配列番号129に記載のhsa−miR−6806−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027512)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6806−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6806−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6806」(miRBase Accession No.MI0022651、配列番号279)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1233−5p遺伝子」又は「hsa−miR−1233−5p」という用語は、配列番号130に記載のhsa−miR−1233−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022943)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1233−5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328−336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1233−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1233−1」、「hsa−mir−1233−2」(miRBase Accession No.MI0006323、MI0015973、配列番号280、281)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−328−5p遺伝子」又は「hsa−miR−328−5p」という用語は、配列番号131に記載のhsa−miR−328−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026486)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−328−5p遺伝子は、Kim Jら、2004年、Proc Natl Acad Sci U S A、101巻、p360−365に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−328−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−328」(miRBase Accession No.MI0000804、配列番号282)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4674遺伝子」又は「hsa−miR−4674」という用語は、配列番号132に記載のhsa−miR−4674遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019756)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4674遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4674」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4674」(miRBase Accession No.MI0017305、配列番号283)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−2110遺伝子」又は「hsa−miR−2110」という用語は、配列番号133に記載のhsa−miR−2110遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0010133)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−2110遺伝子は、Zhu JYら、2009年、J Virol、83巻、p3333−3341に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−2110」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−2110」(miRBase Accession No.MI0010629、配列番号284)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6076遺伝子」又は「hsa−miR−6076」という用語は、配列番号134に記載のhsa−miR−6076遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023701)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6076遺伝子は、Voellenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472−484に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6076」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6076」(miRBase Accession No.MI0020353、配列番号285)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3619−3p遺伝子」又は「hsa−miR−3619−3p」という用語は、配列番号135に記載のhsa−miR−3619−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019219)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−3619−3p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Biol、8巻、p58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3619−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3619」(miRBase Accession No.MI0016009、配列番号286)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−92a−2−5p遺伝子」又は「hsa−miR−92a−2−5p」という用語は、配列番号136に記載のhsa−miR−92a−2−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004508)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−92a−2−5p遺伝子は、Mourelatos Zら、2002年、Genes Dev、16巻、p720−728に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−92a−2−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−92a−2」(miRBase Accession No.MI0000094、配列番号287)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−128−1−5p遺伝子」又は「hsa−miR−128−1−5p」という用語は、配列番号137に記載のhsa−miR−128−1−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026477)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−128−1−5p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12巻、p735−739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−128−1−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−128−1」(miRBase Accession No.MI0000447、配列番号288)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−638遺伝子」又は「hsa−miR−638」という用語は、配列番号138に記載のhsa−miR−638遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003308)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−638遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687−3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−638」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−638」(miRBase Accession No.MI0003653、配列番号289)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−2861遺伝子」又は「hsa−miR−2861」という用語は、配列番号139に記載のhsa−miR−2861遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0013802)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−2861遺伝子は、Li Hら、2009年、J Clin Invest、119巻、p3666−3677に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−2861」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−2861」(miRBase Accession No.MI0013006、配列番号290)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−371a−5p遺伝子」又は「hsa−miR−371a−5p」という用語は、配列番号140に記載のhsa−miR−371a−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004687)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−371a−5p遺伝子は、Suh MRら、2004年、Dev Biol、270巻、p488−498に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−371a−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−371a」(miRBase Accession No.MI0000779、配列番号291)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−211−3p遺伝子」又は「hsa−miR−211−3p」という用語は、配列番号141に記載のhsa−miR−211−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022694)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−211−3p遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−211−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−211」(miRBase Accession No.MI0000287、配列番号292)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1273g−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1273g−3p」という用語は、配列番号142に記載のhsa−miR−1273g−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022742)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1273g−3p遺伝子は、Reshmi Gら、2011年、Genomics、97巻、p333−340に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1273g−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1273g」(miRBase Accession No.MI0018003、配列番号293)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1203遺伝子」又は「hsa−miR−1203」という用語は、配列番号143に記載のhsa−miR−1203遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005866)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−1203遺伝子は、Marton Sら、2008年、Leukemia、22巻、p330−338に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1203」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1203」(miRBase Accession No.MI0006335、配列番号294)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−122−5p遺伝子」又は「hsa−miR−122−5p」という用語は、配列番号144に記載のhsa−miR−122−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000421)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−122−5p遺伝子は、Lagos−Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12巻、p735−739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−122−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−122」(miRBase Accession No.MI0000442、配列番号295)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4258遺伝子」又は「hsa−miR−4258」という用語は、配列番号145に記載のhsa−miR−4258遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016879)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4258遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4258」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4258」(miRBase Accession No.MI0015857、配列番号296)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4484遺伝子」又は「hsa−miR−4484」という用語は、配列番号146に記載のhsa−miR−4484遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019018)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4484遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4484」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4484」(miRBase Accession No.MI0016845、配列番号297)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4648遺伝子」又は「hsa−miR−4648」という用語は、配列番号147に記載のhsa−miR−4648遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019710)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−4648遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4648」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4648」(miRBase Accession No.MI0017275、配列番号298)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6780b−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6780b−5p」という用語は、配列番号148に記載のhsa−miR−6780b−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027572)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa−miR−6780b−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6780b−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6780b」(miRBase Accession No.MI0022681、配列番号299)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4516遺伝子」又は「hsa−miR−4516」という用語は、配列番号466に記載のhsa−miR−4516遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019053)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−4516遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood. 116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4516」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4516」(miRBase Accession No. MI0016882、配列番号479)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4649−5p遺伝子」又は「hsa−miR−4649−5p」という用語は、配列番号467に記載のhsa−miR−4649−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019711)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−4649−5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res.、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4649−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4649」(miRBase Accession No.MI0017276、配列番号480)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−760遺伝子」又は「hsa−miR−760」という用語は、配列番号468に記載のhsa−miR−760遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004957)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−760遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome Res.、16巻、p289−1298に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−760」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−760」(miRBase Accession No.MI0005567、配列番号481)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3162−5p遺伝子」又は「hsa−miR−3162−5p」という用語は、配列番号469に記載のhsa−miR−3162−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015036)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−3162−5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3162−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3162」(miRBase Accession No.MI0014192、配列番号482)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3178遺伝子」又は「hsa−miR−3178」という用語は、配列番号470に記載のhsa−miR−3178遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015055)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−3178遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3178」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3178」(miRBase Accession No.MI0014212、配列番号483)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−940遺伝子」又は「hsa−miR−940」という用語は、配列番号471に記載のhsa−miR−940遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004983)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−940遺伝子は、Lui WOら、2007年、Cancer Res.、67巻、p6031−6043に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−940」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−940」(miRBase Accession No.MI0005762、配列番号484)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4271遺伝子」又は「hsa−miR−4271」という用語は、配列番号472に記載のhsa−miR−4271遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016901)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−4271遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One.、4巻、e7192に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4271」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4271」(miRBase Accession No.MI0015879、配列番号485)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6769b−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6769b−5p」という用語は、配列番号473に記載のhsa−miR−6769b−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027620)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−6769b−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res.、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6769b−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6769b」(miRBase Accession No.MI0022706、配列番号486)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−4508遺伝子」又は「hsa−miR−4508」という用語は、配列番号474に記載のhsa−miR−4508遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019045)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−4508遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood.、116巻、e118−e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−4508」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−4508」(miRBase Accession No.MI0016872、配列番号487)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6826−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6826−5p」という用語は、配列番号475に記載のhsa−miR−6826−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027552)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−6826−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res.、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6826−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6826」(miRBase Accession No.MI0022671、配列番号488)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−6757−5p遺伝子」又は「hsa−miR−6757−5p」という用語は、配列番号476に記載のhsa−miR−6757−5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027414)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−6757−5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res.、22巻、p1634−1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−6757−5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−6757」(miRBase Accession No.MI0022602、配列番号489)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−3131遺伝子」又は「hsa−miR−3131」という用語は、配列番号477に記載のhsa−miR−3131遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0014996)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−3131遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−3131」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−3131」(miRBase Accession No.MI0014151、配列番号490)が知られている。
本明細書で使用される「hsa−miR−1343−3p遺伝子」又は「hsa−miR−1343−3p」という用語は、配列番号478に記載のhsa−miR−1343−3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019776)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa−miR−1343−3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res.、71巻、p78−86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa−miR−1343−3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa−mir−1343」(miRBase Accession No.MI0017320、配列番号491)が知られている。
また、成熟型のmiRNAは、ヘアピン様構造をとるRNA前駆体から成熟型miRNAとして切出されるときに、配列の前後1〜数塩基が短く、又は長く切出されることや、塩基の置換が生じて変異体となることがあり、isomiRと称される(Morin RD.ら、2008年、Genome Research、第18巻、p.610−621)。miRBase Release20では、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列のほかに、数々のisomiRと呼ばれる配列番号300〜465及び492〜509のいずれかで表される塩基配列の変異体及び断片も示されている。これらの変異体もまた、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列を有するmiRNAとして得ることができる。
すなわち、本発明の配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、23、24、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、49、50、51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72、73、75、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、94、96、99、101、102、103、104、106、107、109、110、111、112、113、115、116、120、121、122、124、130、131、132、133、136、137、138、139、140、141、142、144、146、147、466、467、468、469、470、471、474、477、及び、478で表される塩基配列もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、の変異体のうち、例えばmiRBase Release 20に登録されている最も長い変異体として、それぞれ配列番号300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、492、494、496、498、500、502、504、506、及び、508で表されるポリヌクレオチドが挙げられる。
また、本発明の配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、23、24、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、49、50、51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72、73、75、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、94、96、99、101、102、103、104、106、107、109、110、111、112、113、115、116、120、121、122、124、130、131、132、133、136、137、138、139、140、141、142、144、146、147、466、467、468、469、470、471、474、477、及び、478で表される塩基配列もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、の変異体のうち、例えばmiRBase Release 20に登録されている最も短い変異体として、それぞれ配列番号301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、493、495、497、499、501、503、505、507、及び、509で表される配列のポリヌクレオチドが挙げられる。また、これらの変異体及び断片以外にも、miRBaseに登録された、配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、23、24、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、49、50、51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72、73、75、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、94、96、99、101、102、103、104、106、107、109、110、111、112、113、115、116、120、121、122、124、130、131、132、133、136、137、138、139、140、141、142、144、146及び147の数々のisomiRであるポリヌクレオチドが挙げられる。さらに、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの例としては、それぞれ前駆体である配列番号149〜299及び479〜491のいずれかで表されるポリヌクレオチドが挙げられる。
配列番号1〜509で表される遺伝子の名称とmiRBase Accession No.(登録番号)を表1に記載した。
本明細書において「特異的に結合可能な」とは、本発明で使用する核酸プローブ又はプライマーが、特定の標的核酸と結合し、他の核酸と実質的に結合できないことを意味する。
本明細書は本願の優先権の基礎である日本国特許出願番号2014-120884号及び2014-185733号の明細書及び図面に記載される内容を包含する。
本発明により、胆道がんを容易にかつ高い精度で検出することが可能になった。例えば、低侵襲的に採取できる患者の血液、血清及び又は血漿中の数個のmiRNA測定値を指標とし、容易に患者が胆道がんであるか否かを検出することができる。
以下に本発明をさらに具体的に説明する
1.胆道がんの標的核酸
本発明の上記定義の胆道がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、胆道がん又は胆道がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、胆道がんマーカーとしての主要な標的核酸には、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−4516、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−760、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−3178、hsa−miR−940、hsa−miR−4271、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−4508、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−3131、及び、hsa−miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAを用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の胆道がんマーカー、すなわち、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648及びhsa−miR−6780b−5pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
上記のmiRNAには、例えば、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むヒト遺伝子(すなわち、それぞれ、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648、hsa−miR−6780b−5p、hsa−miR−4516、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−760、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−3178、hsa−miR−940、hsa−miR−4271、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−4508、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−3131、及び、hsa−miR−1343−3p)、その同族体、その転写産物、及びその変異体又は誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。
好ましい標的核酸は、配列番号1〜509のいずれかで表される塩基配列を含むヒト遺伝子、又はその転写産物であり、より好ましくは当該転写産物、すなわちmiRNA、その前駆体RNAであるpri−miRNA又はpre−miRNAである。
第1の標的遺伝子は、hsa−miR−125a−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第2の標的遺伝子は、hsa−miR−6893−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第3の標的遺伝子は、hsa−miR−204−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第4の標的遺伝子は、hsa−miR−4476遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第5の標的遺伝子は、hsa−miR−4294遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第6の標的遺伝子は、hsa−miR−150−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第7の標的遺伝子は、hsa−miR−6729−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第8の標的遺伝子は、hsa−miR−7641遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第9の標的遺伝子は、hsa−miR−6765−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第10の標的遺伝子は、hsa−miR−6820−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第11の標的遺伝子は、hsa−miR−575遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第12の標的遺伝子は、hsa−miR−6836−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第13の標的遺伝子は、hsa−miR−1469遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第14の標的遺伝子は、hsa−miR−663a遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第15の標的遺伝子は、hsa−miR−6075遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第16の標的遺伝子は、hsa−miR−4634遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第17の標的遺伝子は、hsa−miR−423−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第18の標的遺伝子は、hsa−miR−4454遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第19の標的遺伝子は、hsa−miR−7109−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第20の標的遺伝子は、hsa−miR−6789−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第21の標的遺伝子は、hsa−miR−6877−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第22の標的遺伝子は、hsa−miR−4792遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第23の標的遺伝子は、hsa−miR−4530遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第24の標的遺伝子は、hsa−miR−7975遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第25の標的遺伝子は、hsa−miR−6724−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第26の標的遺伝子は、hsa−miR−8073遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第27の標的遺伝子は、hsa−miR−7977遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第28の標的遺伝子は、hsa−miR−1231遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第29の標的遺伝子は、hsa−miR−6799−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第30の標的遺伝子は、hsa−miR−615−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第31の標的遺伝子は、hsa−miR−4450遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第32の標的遺伝子は、hsa−miR−6726−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第33の標的遺伝子は、hsa−miR−6875−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第34の標的遺伝子は、hsa−miR−4734遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第35の標的遺伝子は、hsa−miR−16−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第36の標的遺伝子は、hsa−miR−602遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第37の標的遺伝子は、hsa−miR−4651遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第38の標的遺伝子は、hsa−miR−8069遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第39の標的遺伝子は、hsa−miR−1238−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第40の標的遺伝子は、hsa−miR−6880−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第41の標的遺伝子は、hsa−miR−8072遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第42の標的遺伝子は、hsa−miR−4723−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第43の標的遺伝子は、hsa−miR−4732−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第44の標的遺伝子は、hsa−miR−6125遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第45の標的遺伝子は、hsa−miR−6090遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第46の標的遺伝子は、hsa−miR−7114−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第47の標的遺伝子は、hsa−miR−564遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第48の標的遺伝子は、hsa−miR−451a遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第49の標的遺伝子は、hsa−miR−3135b遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第50の標的遺伝子は、hsa−miR−4497遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第51の標的遺伝子は、hsa−miR−4665−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第52の標的遺伝子は、hsa−miR−3622a−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第53の標的遺伝子は、hsa−miR−6850−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第54の標的遺伝子は、hsa−miR−6821−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第55の標的遺伝子は、hsa−miR−5100遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第56の標的遺伝子は、hsa−miR−6872−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第57の標的遺伝子は、hsa−miR−4433−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第58の標的遺伝子は、hsa−miR−1227−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第59の標的遺伝子は、hsa−miR−3188遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第60の標的遺伝子は、hsa−miR−7704遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第61の標的遺伝子は、hsa−miR−3185遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第62の標的遺伝子は、hsa−miR−1908−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第63の標的遺伝子は、hsa−miR−6781−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第64の標的遺伝子は、hsa−miR−6805−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第65の標的遺伝子は、hsa−miR−8089遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第66の標的遺伝子は、hsa−miR−665遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第67の標的遺伝子は、hsa−miR−4486遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第68の標的遺伝子は、hsa−miR−6722−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第69の標的遺伝子は、hsa−miR−1260a遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第70の標的遺伝子は、hsa−miR−4707−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第71の標的遺伝子は、hsa−miR−6741−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第72の標的遺伝子は、hsa−miR−1260b遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第73の標的遺伝子は、hsa−miR−1246遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第74の標的遺伝子は、hsa−miR−6845−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第75の標的遺伝子は、hsa−miR−4638−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第76の標的遺伝子は、hsa−miR−6085遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第77の標的遺伝子は、hsa−miR−1228−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第78の標的遺伝子は、hsa−miR−4534遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第79の標的遺伝子は、hsa−miR−5585−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第80の標的遺伝子は、hsa−miR−4741遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第81の標的遺伝子は、hsa−miR−4433b−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第82の標的遺伝子は、hsa−miR−197−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第83の標的遺伝子は、hsa−miR−718遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第84の標的遺伝子は、hsa−miR−4513遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第85の標的遺伝子は、hsa−miR−4446−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第86の標的遺伝子は、hsa−miR−619−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第87の標的遺伝子は、hsa−miR−6816−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第88の標的遺伝子は、hsa−miR−6778−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第89の標的遺伝子は、hsa−miR−24−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第90の標的遺伝子は、hsa−miR−1915−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第91の標的遺伝子は、hsa−miR−4665−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第92の標的遺伝子は、hsa−miR−4449遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第93の標的遺伝子は、hsa−miR−6889−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第94の標的遺伝子は、hsa−miR−486−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第95の標的遺伝子は、hsa−miR−7113−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第96の標的遺伝子は、hsa−miR−642a−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第97の標的遺伝子は、hsa−miR−7847−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第98の標的遺伝子は、hsa−miR−6768−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第99の標的遺伝子は、hsa−miR−1290遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第100の標的遺伝子は、hsa−miR−7108−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第101の標的遺伝子は、hsa−miR−92b−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第102の標的遺伝子は、hsa−miR−663b遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第103の標的遺伝子は、hsa−miR−3940−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第104の標的遺伝子は、hsa−miR−4467遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第105の標的遺伝子は、hsa−miR−6858−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第106の標的遺伝子は、hsa−miR−4417遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第107の標的遺伝子は、hsa−miR−3665遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第108の標的遺伝子は、hsa−miR−4736遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第109の標的遺伝子は、hsa−miR−4687−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第110の標的遺伝子は、hsa−miR−1908−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第111の標的遺伝子は、hsa−miR−5195−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第112の標的遺伝子は、hsa−miR−4286遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第113の標的遺伝子は、hsa−miR−3679−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第114の標的遺伝子は、hsa−miR−6791−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第115の標的遺伝子は、hsa−miR−1202遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第116の標的遺伝子は、hsa−miR−3656遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第117の標的遺伝子は、hsa−miR−4746−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第118の標的遺伝子は、hsa−miR−3184−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第119の標的遺伝子は、hsa−miR−3937遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第120の標的遺伝子は、hsa−miR−6515−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第121の標的遺伝子は、hsa−miR−6132遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第122の標的遺伝子は、hsa−miR−187−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第123の標的遺伝子は、hsa−miR−7111−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第124の標的遺伝子は、hsa−miR−5787遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第125の標的遺伝子は、hsa−miR−6779−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第126の標的遺伝子は、hsa−miR−6808−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第127の標的遺伝子は、hsa−miR−6774−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第128の標的遺伝子は、hsa−miR−4656遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第129の標的遺伝子は、hsa−miR−6806−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第130の標的遺伝子は、hsa−miR−1233−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第131の標的遺伝子は、hsa−miR−328−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第132の標的遺伝子は、hsa−miR−4674遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第133の標的遺伝子は、hsa−miR−2110遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第134の標的遺伝子は、hsa−miR−6076遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第135の標的遺伝子は、hsa−miR−3619−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第136の標的遺伝子は、hsa−miR−92a−2−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第137の標的遺伝子は、hsa−miR−128−1−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第138の標的遺伝子は、hsa−miR−638遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第139の標的遺伝子は、hsa−miR−2861遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第140の標的遺伝子は、hsa−miR−371a−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第141の標的遺伝子は、hsa−miR−211−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第142の標的遺伝子は、hsa−miR−1273g−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第143の標的遺伝子は、hsa−miR−1203遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第144の標的遺伝子は、hsa−miR−122−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第145の標的遺伝子は、hsa−miR−4258遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第146の標的遺伝子は、hsa−miR−4484遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第147の標的遺伝子は、hsa−miR−4648遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第148の標的遺伝子は、hsa−miR−6780b−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第149の標的遺伝子は、hsa−miR−4516遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第150の標的遺伝子は、hsa−miR−4649−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第151の標的遺伝子は、hsa−miR−760遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第152の標的遺伝子は、hsa−miR−3162−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第153の標的遺伝子は、hsa−miR−3178遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第154の標的遺伝子は、hsa−miR−940遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第155の標的遺伝子は、hsa−miR−4271遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第156の標的遺伝子は、hsa−miR−6769b−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第157の標的遺伝子は、hsa−miR−4508遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第158の標的遺伝子は、hsa−miR−6826−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第159の標的遺伝子は、hsa−miR−6757−5p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第160の標的遺伝子は、hsa−miR−3131遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
第161の標的遺伝子は、hsa−miR−1343−3p遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
2.胆道がんの検出用の核酸プローブ又はプライマー
本発明においては、上記の胆道がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核酸を、胆道がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとして用いることができる。
本発明において、胆道がんを検出するための、あるいは胆道がんを診断するために使用可能な核酸プローブ又はプライマーは、上記の胆道がんマーカーとしての標的核酸、例えばヒト由来の、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−4516、hsa−miR−4649−5p、hsa−miR−760、hsa−miR−3162−5p、hsa−miR−3178、hsa−miR−940、hsa−miR−4271、hsa−miR−6769b−5p、hsa−miR−4508、hsa−miR−6826−5p、hsa−miR−6757−5p、hsa−miR−3131、若しくは、hsa−miR−1343−3p又はそれらの組み合わせ、又はそれらの同族体、それらの転写産物、それらの変異体若しくは誘導体、並びに、それらと場合により組み合わせることができる、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648若しくはhsa−miR−6780b−5p、又はそれらの組み合わせ、又はそれらの同族体、それらの転写産物、それらの変異体若しくは誘導体の、存在、発現量又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
上記の標的核酸は、健常体と比べて、胆道がんに罹患した被験体において、該標的核酸の種類に応じてそれらの発現量が増加するものもあれば、又は低下するものもある(以下、「増加/低下」と称する。)。それゆえ、本発明の核酸は、胆道がんの罹患が疑われる被験体(例えばヒト)由来の体液と健常体由来の体液について上記標的核酸の発現量を測定し、それらを比較して、胆道がんを検出するために有効に使用することができる。また、本発明の核酸は、胆道がんの罹患が疑われる被験体(例えばヒト)由来の体液と、大腸がん患者、胃がん患者、食道がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者由来の体液について上記標的核酸の発現量を測定し、それらを比較して、他のがんや良性疾患などから胆道がんを特異的に検出するために有効に使用することができる。
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1〜125(好ましくは配列番号1、2、4〜125)及び466〜478の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ、又は、配列番号1〜125、466〜478の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを増幅するためのプライマーである。
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、配列番号126〜148の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ、又は、配列番号126〜148の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを増幅するためのプライマーを含むことができる。
具体的には、上記の核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1〜509のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含むポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、当該塩基配列に相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件(後述)でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、並びにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において15以上、好ましくは17以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた1又は複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。これらのポリヌクレオチドは、標的核酸である上記胆道がんマーカーを検出するための核酸プローブ及びプライマーとして使用できる。
さらに具体的には、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーの例は、以下のポリヌクレオチド(a)〜(e)からなる群から選択される1又は複数のポリヌクレオチドである。
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、上記のポリヌクレオチド(a)〜(e)からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドの他に、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチドからなる群から選択されるポリヌクレオチドを含むことができる。
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
上記のポリヌクレオチドにおいて「15以上の連続した塩基を含むその断片」は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、17から配列の全塩基数未満、19から配列の全塩基数未満、などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもDNAでもよいしRNAでもよい。
本発明で使用可能な上記のポリヌクレオチドは、DNA組換え技術、PCR法、DNA/RNA自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
DNA組換え技術及びPCR法は、例えばAusubelら, Current Protocols in Molecular Biology, John Willey & Sons, US (1993); Sambrookら, Molecular Cloning A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, US (1989)などに記載される技術を使用することができる。
配列番号1〜148、466〜478で表されるヒト由来の、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787、hsa−miR−6779−5p、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648及びhsa−miR−6780b−5pは公知であり、前述のようにその取得方法も知られている。このため、この遺伝子をクローニングすることによって、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーとしてのポリヌクレオチドを作製することができる。
そのような核酸プローブ又はプライマーは、DNA自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約100塩基までの一本鎖DNAを自動合成することができる。DNA自動合成装置は、例えばPolygen社、ABI社、Applied BioSystems社などから市販されている。
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、cDNAクローニング法によって作製することもできる。cDNAクローニング技術は、例えばmicroRNA Cloning Kit Wakoなどを利用できる。
ここで、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを検出するための核酸プローブ及びプライマーの配列は、miRNA又はその前駆体としては生体内に存在していない。例えば、配列番号51及び配列番号91で表される塩基配列は、配列番号201で表される前駆体から生成されるが、この前駆体は図1に示すようなヘアピン様構造を有しており、配列番号51及び配列番号91で表される塩基配列は互いにミスマッチ配列を有している。このため、配列番号51又は配列番号91で表される塩基配列に対する、完全に相補的な塩基配列が生体内で自然に生成されることはない。同様に、配列番号1〜148、466〜478のいずれかで表される塩基配列を検出するための核酸プローブ及びプライマーは生体内に存在しない人工的な塩基配列を有することになる。
3.胆道がん検出用キット又はデバイス
本発明はまた、胆道がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片、又は誘導体を含みうる。;以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある)の1つ又は複数を含む胆道がん検出用キット又はデバイスを提供する。
本発明における胆道がんマーカーである標的核酸は、好ましくは、以下の群1から選択される:
miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3p。
場合により測定に使用しうる追加の標的核酸は、好ましくは、以下の群2から選択される:miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648及びmiR−6780b−5p。
本発明のキット又はデバイスは、上記の胆道がんマーカーである標的核酸と特異的に結合可能な核酸、好ましくは、上記2に記載の核酸プローブ又はプライマー、具体的には上記2に記載したポリヌクレオチド類から選択される1又は複数のポリヌクレオチド又はその変異体等を含む。
具体的には、本発明のキット又はデバイスは、配列番号1〜125及び466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続した塩基を含む変異体又は断片、を少なくとも1つ以上含むことができる。
本発明のキット又はデバイスはさらに、配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続した塩基を含む変異体又は断片、を1つ以上含むことができる。
本発明のキット又はデバイスに含むことができる断片は、例えば下記の(1)〜(2)からなる群より選択される1つ以上、好ましくは2つ以上のポリヌクレオチドである。
(1)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変異体である。
また、好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変異体である。
好ましい実施形態では、前記断片は、15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
本発明において、ポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、17から配列の全塩基数未満、19から配列の全塩基数未満などの範囲の塩基数である。
本発明のキット又はデバイスを構成する上記のポリヌクレオチドの組み合わせとしては、具体的には後述の表1に示される配列番号(表1中の、miRNAマーカーに対応する、配列番号1〜148及び466〜478)によって表される塩基配列又はその相補配列からなる上記のポリヌクレオチドの任意の組み合わせを挙げることができるが、それらはあくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
例えば、本発明において胆道がんと健常体を判別するためのキット又はデバイスを構成する上記の組み合わせとしては、表1に示される配列番号に表される塩基配列からなる上記のポリヌクレオチドを2個以上組み合わせることが望ましく、通常では2個の組み合わせで充分な性能を得ることができる。
具体的に胆道がんと健常体を判別するための塩基配列若しくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドの2個の組み合わせとして、配列番号1〜148及び466〜478に表される塩基配列からなる上記のポリヌクレオチドから選択される2個の組み合わせのうち、新規に見出された配列番号1〜125及び466〜478で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを少なくとも1つ以上含む組み合わせが好ましい。
また、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせとして、例えば、配列番号1、4、5、11、12、15、23、29、39、40、54、76、79、91、103、115、121、134、143、466、469、472、473、及び474によって表される塩基配列又はその相補配列からなるポリヌクレオチドからなる群(以降、本群を「がん種特異性ポリヌクレオチド群1」とする)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと、その他の配列番号のポリヌクレオチドとの複数個の組み合わせが好ましい。
更に、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせとして、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複数個のポリヌクレオチドの組み合わせがより好ましい。
更に、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせとして、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複数個のポリヌクレオチドの組み合わせのうち、がん種特異性ポリヌクレオチド群1に含まれる、配列番号4、5、12、15及び40によって表される塩基配列又はその相補配列からなるポリヌクレオチド、からなる群(以降、本群を「がん種特異性ポリヌクレオチド群2」とする)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む組み合わせがより好ましい。
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数の組み合わせが可能であるが、より好ましくは4個以上の組み合わせであり、通常では4個の組み合わせで充分な性能を得ることができる。
以下に、非限定的に、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを以下に例示する。
(1)配列番号4、15、54、115(マーカー:miR−4476、miR−6075、miR−6821−5p、miR−1202)の組み合わせ
(2)配列番号4、5、12、76(マーカー:miR−4476、miR−4294、miR−6836−3p、miR−6085)の組み合わせ
(3)配列番号4、5、12、115(マーカー:miR−4476、miR−4294、miR−6836−3p、miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号4、12、15、474(マーカー:miR−4476、miR−6836−3p、miR−6075、miR−4508)の組み合わせ
(5)配列番号4、15、29、115(マーカー:miR−4476、miR−6075、miR−6799−5p、miR−1202)の組み合わせ
以下に、非限定的に、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを以下に例示する。
(1)配列番号5、76、12、115(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−6085、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1202)の組み合わせ
(2)配列番号5、76、54、115(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−6085、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−1202)の組み合わせ
(3)配列番号5、23、12、115(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−4530、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、91(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1202、hsa−miR−4665−3p)の組み合わせ
(5)配列番号5、1、23、4(マーカー:hsa−miR−4294、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−4530、hsa−miR−4476)の組み合わせ
以下に、非限定的に、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを以下に例示する。
(1)配列番号5、12、29、115(マーカー:miR−4294、miR−6836−3p、miR−6799−5p、miR−1202)の組み合わせ
(2)配列番号12、15、23、115(マーカー:miR−6836−3p、miR−6075、miR−4530、miR−1202)の組み合わせ
(3)配列番号5、12、115、469(マーカー:miR−4294、miR−6836−3p、miR−3162−5p、miR−1202)の組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、472(マーカー:miR−4294、miR−6836−3p、miR−1202、miR−4271)の組み合わせ
(5)配列番号5、12、76、115(マーカー:miR−4294、miR−6085、miR−1202、miR−6836−3p)の組み合わせ
以下に、非限定的に、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを以下に例示する。
(1)配列番号15、29、1、12(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6836−3p)の組み合わせ
(2)配列番号15、12、11、143(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−575、hsa−miR−1203)の組み合わせ
(3)配列番号15、76、121、39(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6085、hsa−miR−6132、hsa−miR−1238−5p)の組み合わせ
(4)配列番号15、76、54、121(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6085、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−6132)の組み合わせ
(5)配列番号15、40、1、23(マーカー:hsa−miR−6075、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−4530)の組み合わせ
以下に、非限定的に、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせを以下に例示する。
(1)配列番号12、40、472、473(マーカー:miR−6836−3p、miR−6880−5p、miR−4271、miR−6769b−5p)の組み合わせ
(2)配列番号12、23、40、466(マーカー:miR−6836−3p、miR−4530、miR−6880−5p、miR−4516)の組み合わせ
(3)配列番号12、23、40、134(マーカー:miR−6836−3p、miR−4530、miR−6880−5p、miR−6076)の組み合わせ
(4)配列番号15、40、121、134(マーカー:miR−6075、miR−6880−5p、miR−6132、miR−6076)の組み合わせ
(5)配列番号15、40、54、76(マーカー:miR−6075、miR−6880−5p、miR−6821−5p、miR−6085)の組み合わせ
本発明のキット又はデバイスには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド(これには、変異体、断片又は誘導体を包含しうる。)に加えて、胆道がん検出を可能とする既知のポリヌクレオチド又は将来見出されるであろうポリヌクレオチドも含めることができる。
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドに加えて、CEA、CA19−9、SPan−1、DUPAN−2、CA50、CA195、IL−6、CA242、TAG−72、尿中フコース、POA、TPSなどの公知の胆道がん検査用マーカーを測定するための抗体も含めることができる。
本発明のキットに含まれる上記ポリヌクレオチドは、個別に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装されうる。
本発明のキットには、体液、細胞又は組織から核酸(例えばtotal RNA)を抽出するためのキット、標識用蛍光物質、核酸増幅用酵素及び培地、使用説明書、などを含めることができる。
本発明のデバイスは、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドなどの核酸が、例えば、固相に結合又は付着されたがんマーカー測定のためのデバイスである。固相の材質の例は、プラスチック、紙、ガラス、シリコン、などであり、加工のしやすさから、好ましい固相の材質はプラスチックである。固相の形状は、任意であり、例えば方形、丸形、短冊形、フィルム形などである。本発明のデバイスには、例えば、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスが含まれ、具体的にはブロッティングデバイス、核酸アレイ(例えばマイクロアレイ、DNAチップ、RNAチップなど)などが例示される。
核酸アレイ技術は、必要に応じてLリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官能基導入などの表面処理が施された固相の表面に、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いて核酸をスポットする方法、ノズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射するインクジェットを用いて核酸を固相に吹き付ける方法、固相上で順次ヌクレオチド合成を行う方法などの方法を用いて、上記の核酸を1つずつ結合又は付着させることによりチップなどのアレイを作製し、このアレイを用いてハイブリダイゼーションを利用して標的核酸を測定する技術である。
本発明のキット又はデバイスは、上記の群1の胆道がんマーカーであるmiRNAの少なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2つ以上、さらに好ましくは少なくとも3つ以上、最も好ましくは少なくとも5つ以上から全部のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な核酸を含む。本発明のキット又はデバイスはさらに、場合により、上記の群2の胆道がんマーカーであるmiRNAの少なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2つ以上、さらに好ましくは少なくとも3つ以上、最も好ましくは5つ全部のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な核酸を含むことができる。
本発明のキット又はデバイスは、下記4の胆道がんの検出のために使用することができる。
4.胆道がんの検出方法
本発明はさらに、上記3.で説明した本発明のキット又はデバイス(本発明で使用可能な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以下の群:miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787及びmiR−6779−5pから選択される胆道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群:miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648、miR−6780b−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pから選択される胆道がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される胆道がん由来の遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、胆道がんの罹患が疑われる被験体と、健常体(非胆道がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば両発現量を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に統計学的に有意に差がある場合、被験体が、胆道がんに罹患していると評価することを含む、胆道がんの検出方法を提供する。
本発明の上記方法は、低侵襲的に、感度及び特異度の高い、がんの早期診断を可能とし、これにより、早期の治療及び予後の改善をもたらし、さらに、疾病憎悪のモニターや外科的、放射線療法的、及び化学療法的な治療の有効性のモニターを可能にする。
本発明の血液、血清、血漿等の検体から胆道がん由来の遺伝子を抽出する方法では、3D−Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit (東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を加えて調製するのが特に好ましいが、一般的な酸性フェノール法(Acid Guanidinium−Phenol−Chloroform(AGPC)法)を用いてもよいし、Trizol(登録商標)(Life Technologies社)用いてもよいし、Trizol(life technologies社)やIsogen(ニッポンジーン社)などの酸性フェノールを含むRNA抽出用試薬を加えて調製してもよい。さらに、miRNeasy(登録商標)Mini Kit(Qiagen社)などのキットを利用できるが、これらの方法に限定されない。
本発明はまた、本発明のキット又はデバイスの、被験体由来の検体中の胆道がん由来のmiRNA遺伝子の発現産物のin vitroでの検出のための使用を提供する。
本発明の上記方法において、上記キット又はデバイスは、上で説明したような、本発明で使用可能なポリヌクレオチドを単一であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが使用される。
本発明の胆道がんの検出又は(遺伝子)診断において、本発明のキット又はデバイスに含まれるポリヌクレオチドは、プローブ又はプライマーとして用いることができる。プライマーとして用いる場合には、Life Technologies社のTaqMan(登録商標) MicroRNA Assays、Qiagen社のmiScript PCR Systemなどを利用できるが、これらの方法に限定されない。
本発明のキット又はデバイスに含まれるポリヌクレオチドは、ノーザンブロット法、サザンブロット法、in situ ハイブリダイゼーション法、ノーザンハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などのハイブリダイゼーション技術、定量RT−PCR法などの定量増幅技術などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法において、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象検体としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験体の血液、血清、血漿、尿等の体液を採取する。あるいは、そのような体液上記の方法によって調製したtotal RNAを用いてもよいし、さらに当該RNAをもとにして調製される、cDNAを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。
本発明のキット又はデバイスは、胆道がんの診断又は罹患の有無の検出のために有用である。具体的には、当該キット又はデバイスを使用した胆道がんの検出は、胆道がんの罹患が疑われる被験体から、血液、血清、血漿、尿等の検体を用いて、当該キット又はデバイスに含まれる核酸プローブ又はプライマーで検出される遺伝子の発現量をin vitroで検出することによって行うことができる。胆道がんの罹患が疑われる被験体の血液、血清、血漿、尿等の検体中の、配列番号1〜125、466〜478の少なくとも1つ以上で表される塩基配列若しくはその相補的配列、並びに場合により配列番号126〜148の1つ以上で表される塩基配列若しくはその相補的配列、からなるポリヌクレオチド(その変異体、断片又は誘導体を包含する)によって測定される標的miRNAマーカーの発現量が、健常体の血液、血清、又は血漿、尿等の検体中のそれらの発現量と比べて統計学的に有意に差がある場合、当該被験体は胆道がんに罹患していると評価することができる。
本発明の方法は、腹部超音波検査やCTスキャン、内視鏡的逆行性胆管膵管造影検査、超音波内視鏡検査などの画像診断法と組み合わせることができる。本発明の方法は、胆道がんを特異的に検出することが可能であり、胆道がん以外のがんから実質的に識別することができる。特に膵臓がんの場合には、胆道がんの場合と一部共通のmiRNAマーカーを使用することが可能であるが、しかし、判別式による判別境界のとり方によって胆道がんと膵臓がんを識別可能にすることができるし、あるいは、上記のような画像診断法などの他の診断法と組み合わせることによってこれらのがんを識別することができる。
本発明のキット又はデバイスを利用した検体中に胆道がん由来の遺伝子の発現産物が含まれないこと、又は胆道がん由来の遺伝子の発現産物が含まれること、の検出方法は、被験体の血液、血清、血漿、尿等の体液を採取して、そこに含まれる標的遺伝子の発現量を、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド(変異体、断片又は誘導体を包含する。)を用いて測定することにより、胆道がんの有無を評価する又は胆道がんを検出することを含む。また本発明の胆道がんの検出方法を用いて、例えば胆道がん患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における当該疾患の改善の有無又は改善の程度を評価又は診断することもできる。
本発明の方法は、例えば以下の(a)、(b)及び(c)のステップ:
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の胆道がん(細胞)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
具体的には、本発明は、miR−125a−3p、miR−6893−5p、miR−204−3p、miR−4476、miR−4294、miR−150−3p、miR−6729−5p、miR−7641、miR−6765−3p、miR−6820−5p、miR−575、miR−6836−3p、miR−1469、miR−663a、miR−6075、miR−4634、miR−423−5p、miR−4454、miR−7109−5p、miR−6789−5p、miR−6877−5p、miR−4792、miR−4530、miR−7975、miR−6724−5p、miR−8073、miR−7977、miR−1231、miR−6799−5p、miR−615−5p、miR−4450、miR−6726−5p、miR−6875−5p、miR−4734、miR−16−5p、miR−602、miR−4651、miR−8069、miR−1238−5p、miR−6880−5p、miR−8072、miR−4723−5p、miR−4732−5p、miR−6125、miR−6090、miR−7114−5p、miR−564、miR−451a、miR−3135b、miR−4497、miR−4665−5p、miR−3622a−5p、miR−6850−5p、miR−6821−5p、miR−5100、miR−6872−3p、miR−4433−3p、miR−1227−5p、miR−3188、miR−7704、miR−3185、miR−1908−3p、miR−6781−5p、miR−6805−5p、miR−8089、miR−665、miR−4486、miR−6722−3p、miR−1260a、miR−4707−5p、miR−6741−5p、miR−1260b、miR−1246、miR−6845−5p、miR−4638−5p、miR−6085、miR−1228−3p、miR−4534、miR−5585−3p、miR−4741、miR−4433b−3p、miR−197−5p、miR−718、miR−4513、miR−4446−3p、miR−619−5p、miR−6816−5p、miR−6778−5p、miR−24−3p、miR−1915−3p、miR−4665−3p、miR−4449、miR−6889−5p、miR−486−3p、miR−7113−3p、miR−642a−3p、miR−7847−3p、miR−6768−5p、miR−1290、miR−7108−5p、miR−92b−5p、miR−663b、miR−3940−5p、miR−4467、miR−6858−5p、miR−4417、miR−3665、miR−4736、miR−4687−3p、miR−1908−5p、miR−5195−3p、miR−4286、miR−3679−3p、miR−6791−5p、miR−1202、miR−3656、miR−4746−3p、miR−3184−5p、miR−3937、miR−6515−3p、miR−6132、miR−187−5p、miR−7111−5p、miR−5787、miR−6779−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて被験体が胆道がんに罹患していること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、胆道がんの検出方法を提供する。
本明細書において「評価」するとは、医師による判定ではなく、in vitroでの検査による結果に基づいた評価支援である。
上記のとおり、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、miR−125a−3pがhsa−miR−125a−3pであり、miR−6893−5pがhsa−miR−6893−5pであり、miR−204−3pがhsa−miR−204−3pであり、miR−4476がhsa−miR−4476であり、miR−4294がhsa−miR−4294であり、miR−150−3pがhsa−miR−150−3pであり、miR−6729−5pがhsa−miR−6729−5pであり、miR−7641がhsa−miR−7641であり、miR−6765−3pがhsa−miR−6765−3pであり、miR−6820−5pがhsa−miR−6820−5pであり、miR−575がhsa−miR−575であり、miR−6836−3pがhsa−miR−6836−3pであり、miR−1469がhsa−miR−1469であり、miR−663aがhsa−miR−663aであり、miR−6075がhsa−miR−6075であり、miR−4634がhsa−miR−4634であり、miR−423−5pがhsa−miR−423−5pであり、miR−4454がhsa−miR−4454であり、miR−7109−5pがhsa−miR−7109−5pであり、miR−6789−5pがhsa−miR−6789−5pであり、miR−6877−5pがhsa−miR−6877−5pであり、miR−4792がhsa−miR−4792であり、miR−4530がhsa−miR−4530であり、miR−7975がhsa−miR−7975であり、miR−6724−5pがhsa−miR−6724−5pであり、miR−8073がhsa−miR−8073であり、miR−7977がhsa−miR−7977であり、miR−1231がhsa−miR−1231であり、miR−6799−5pがhsa−miR−6799−5pであり、miR−615−5pがhsa−miR−615−5pであり、miR−4450がhsa−miR−4450であり、miR−6726−5pがhsa−miR−6726−5pであり、miR−6875−5pがhsa−miR−6875−5pであり、miR−4734がhsa−miR−4734であり、miR−16−5pがhsa−miR−16−5pであり、miR−602がhsa−miR−602であり、miR−4651がhsa−miR−4651であり、miR−8069がhsa−miR−8069であり、miR−1238−5pがhsa−miR−1238−5pであり、miR−6880−5pがhsa−miR−6880−5pであり、miR−8072がhsa−miR−8072であり、miR−4723−5pがhsa−miR−4723−5pであり、miR−4732−5pがhsa−miR−4732−5pであり、miR−6125がhsa−miR−6125であり、miR−6090がhsa−miR−6090であり、miR−7114−5pがhsa−miR−7114−5pであり、miR−564がhsa−miR−564であり、miR−451aがhsa−miR−451aであり、miR−3135bがhsa−miR−3135bであり、miR−4497がhsa−miR−4497であり、miR−4665−5pがhsa−miR−4665−5pであり、miR−3622a−5pがhsa−miR−3622a−5pであり、miR−6850−5pがhsa−miR−6850−5pであり、miR−6821−5pがhsa−miR−6821−5pであり、miR−5100がhsa−miR−5100であり、miR−6872−3pがhsa−miR−6872−3pであり、miR−4433−3pがhsa−miR−4433−3pであり、miR−1227−5pがhsa−miR−1227−5pであり、miR−3188がhsa−miR−3188であり、miR−7704がhsa−miR−7704であり、miR−3185がhsa−miR−3185であり、miR−1908−3pがhsa−miR−1908−3pであり、miR−6781−5pがhsa−miR−6781−5pであり、miR−6805−5pがhsa−miR−6805−5pであり、miR−8089がhsa−miR−8089であり、miR−665がhsa−miR−665であり、miR−4486がhsa−miR−4486であり、miR−6722−3pがhsa−miR−6722−3pであり、miR−1260aがhsa−miR−1260aであり、miR−4707−5pがhsa−miR−4707−5pであり、miR−6741−5pがhsa−miR−6741−5pであり、miR−1260bがhsa−miR−1260bであり、miR−1246がhsa−miR−1246であり、miR−6845−5pがhsa−miR−6845−5pであり、miR−4638−5pがhsa−miR−4638−5pであり、miR−6085がhsa−miR−6085であり、miR−1228−3pがhsa−miR−1228−3pであり、miR−4534がhsa−miR−4534であり、miR−5585−3pがhsa−miR−5585−3pであり、miR−4741がhsa−miR−4741であり、miR−4433b−3pがhsa−miR−4433b−3pであり、miR−197−5pがhsa−miR−197−5pであり、miR−718がhsa−miR−718であり、miR−4513がhsa−miR−4513であり、miR−4446−3pがhsa−miR−4446−3pであり、miR−619−5pがhsa−miR−619−5pであり、miR−6816−5pがhsa−miR−6816−5pであり、miR−6778−5pがhsa−miR−6778−5pであり、miR−24−3pがhsa−miR−24−3pであり、miR−1915−3pがhsa−miR−1915−3pであり、miR−4665−3pがhsa−miR−4665−3pであり、miR−4449がhsa−miR−4449であり、miR−6889−5pがhsa−miR−6889−5pであり、miR−486−3pがhsa−miR−486−3pであり、miR−7113−3pがhsa−miR−7113−3pであり、miR−642a−3pがhsa−miR−642a−3pであり、miR−7847−3pがhsa−miR−7847−3pであり、miR−6768−5pがhsa−miR−6768−5pであり、miR−1290がhsa−miR−1290であり、miR−7108−5pがhsa−miR−7108−5pであり、miR−92b−5pがhsa−miR−92b−5pであり、miR−663bがhsa−miR−663bであり、miR−3940−5pがhsa−miR−3940−5pであり、miR−4467がhsa−miR−4467であり、miR−6858−5pがhsa−miR−6858−5pであり、miR−4417がhsa−miR−4417であり、miR−3665がhsa−miR−3665であり、miR−4736がhsa−miR−4736であり、miR−4687−3pがhsa−miR−4687−3pであり、miR−1908−5pがhsa−miR−1908−5pであり、miR−5195−3pがhsa−miR−5195−3pであり、miR−4286がhsa−miR−4286であり、miR−3679−3pがhsa−miR−3679−3pであり、miR−6791−5pがhsa−miR−6791−5pであり、miR−1202がhsa−miR−1202であり、miR−3656がhsa−miR−3656であり、miR−4746−3pがhsa−miR−4746−3pであり、miR−3184−5pがhsa−miR−3184−5pであり、miR−3937がhsa−miR−3937であり、miR−6515−3pがhsa−miR−6515−3pであり、miR−6132がhsa−miR−6132であり、miR−187−5pがhsa−miR−187−5pであり、miR−7111−5pがhsa−miR−7111−5pであり、miR−5787がhsa−miR−5787であり、及び、miR−6779−5pがhsa−miR−6779−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、及び、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pである。
また、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、核酸(具体的には、プローブ又はプライマー)が、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)〜(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
本発明の方法ではさらに、miR−6808−5p、miR−6774−5p、miR−4656、miR−6806−5p、miR−1233−5p、miR−328−5p、miR−4674、miR−2110、miR−6076、miR−3619−3p、miR−92a−2−5p、miR−128−1−5p、miR−638、miR−2861、miR−371a−5p、miR−211−3p、miR−1273g−3p、miR−1203、miR−122−5p、miR−4258、miR−4484、miR−4648、miR−6780b−5p、miR−4516、miR−4649−5p、miR−760、miR−3162−5p、miR−3178、miR−940、miR−4271、miR−6769b−5p、miR−4508、miR−6826−5p、miR−6757−5p、miR−3131、及び、miR−1343−3pから選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を用いることができる。
好ましい実施形態では、そのような核酸は、具体的には、miR−6808−5pがhsa−miR−6808−5pであり、miR−6774−5pがhsa−miR−6774−5pであり、miR−4656がhsa−miR−4656であり、miR−6806−5pがhsa−miR−6806−5pであり、miR−1233−5pがhsa−miR−1233−5pであり、miR−328−5pがhsa−miR−328−5pであり、miR−4674がhsa−miR−4674であり、miR−2110がhsa−miR−2110であり、miR−6076がhsa−miR−6076であり、miR−3619−3pがhsa−miR−3619−3pであり、miR−92a−2−5pがhsa−miR−92a−2−5pであり、miR−128−1−5pがhsa−miR−128−1−5pであり、miR−638がhsa−miR−638であり、miR−2861がhsa−miR−2861であり、miR−371a−5pがhsa−miR−371a−5pであり、miR−211−3pがhsa−miR−211−3pであり、miR−1273g−3pがhsa−miR−1273g−3pであり、miR−1203がhsa−miR−1203であり、miR−122−5pがhsa−miR−122−5pであり、miR−4258がhsa−miR−4258であり、miR−4484がhsa−miR−4484であり、miR−4648がhsa−miR−4648であり、及び、miR−6780b−5pがhsa−miR−6780b−5pであり、miR−4516がhsa−miR−4516であり、miR−4649−5pがhsa−miR−4649−5pであり、miR−760がhsa−miR−760であり、miR−3162−5pがhsa−miR−3162−5pであり、miR−3178がhsa−miR−3178であり、miR−940がhsa−miR−940であり、miR−4271がhsa−miR−4271であり、miR−6769b−5pがhsa−miR−6769b−5pであり、miR−4508がhsa−miR−4508であり、miR−6826−5pがhsa−miR−6826−5pであり、miR−6757−5pがhsa−miR−6757−5pであり、miR−3131がhsa−miR−3131であり、及び、miR−1343−3pがhsa−miR−1343−3pである。
さらに、好ましい実施形態では、具体的には、そのような核酸は、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)〜(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
本発明方法で用いられる検体としては、被験体の生体組織(好ましくは、胆道組織)、血液、血清、血漿、尿等の体液など、から調製される検体を挙げることができる。具体的には、当該組織から調製されるRNA含有検体、それからさらに調製されるポリヌクレオチドを含む検体、血液、血清、血漿、尿等の体液、被験体の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、手術によって摘出した生体組織、などであり、これらから、測定のための検体を調製することができる。
本明細書で被験体とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し、好ましくはヒトである。
本発明の方法は、測定対象として用いる検体の種類に応じてステップを変更することができる。
測定対象物としてRNAを利用する場合、胆道がん(細胞)の検出は、例えば下記のステップ(a)、(b)及び(c):
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成されたcDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーションによって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT−PCRによって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、胆道がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
本発明によって胆道がん(由来の遺伝子の発現)をin vitroで検出、検査、評価又は診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる。このようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、RT−PCR法、DNAチップ解析法、in situハイブリダイゼーション法、ノーザンハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用することができる。
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明で使用可能な上記核酸プローブを用いることによって、RNA中の各遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができる。具体的には、核酸プローブ(相補鎖)を放射性同位元素(32P、33P、35Sなど)や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来のRNAとハイブリダイズさせたのち、形成されたDNA/RNA二重鎖の標識物(放射性同位元素又は蛍光物質)に由来するシグナルを放射線検出器(BAS−1800II(富士写真フィルム株式会社)、などを例示できる)又は蛍光検出器(STORM 865(GEヘルスケア社)、などを例示できる)で検出、測定する方法を例示することができる。
定量RT―PCR法を利用する場合には、本発明で使用可能な上記プライマーを用いることによって、RNA中の遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができる。具体的には、被検体の生体組織由来のRNAから常法にしたがってcDNAを調製して、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の1対のプライマー(上記cDNAに結合する正鎖と逆鎖からなる)をcDNAとハイブリダイズさせて常法によりPCR法を行い、得られた二本鎖DNAを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖DNAの検出法としては、上記PCRをあらかじめ放射性同位元素や蛍光物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、PCR産物をアガロースゲルで電気泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖DNAを染色して検出する方法、産生された二本鎖DNAを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせ、標識した核酸プローブとハイブリダイズさせて検出する方法を含むことができる。
核酸アレイ解析を利用する場合は、本発明の核酸プローブ(一本鎖又は二本鎖)を基板(固相)に貼り付けたRNAチップ又はDNAチップを用いる。核酸プローブを貼り付けた領域をプローブスポット、核酸プローブを貼り付けていない領域をブランクスポットと称する。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般に核酸チップ、核酸アレイ、マイクロアレイなどという名称があり、DNA又はRNAアレイには、DNA又はRNAマクロアレイとDNA又はRNAマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではチップといった場合、それら全てを包含するものとする。DNAチップとしては3D−Gene(登録商標)Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用いることができるが、これに限られない。
DNAチップの測定は、限定されないが、例えば核酸プローブの標識物に由来するシグナルを画像検出器(Typhoon 9410(GEヘルスケア社)、3D−Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)などを例示できる)で検出、測定する方法を例示することができる。
本明細書中で使用する「ストリンジェントな条件」とは、上述のように核酸プローブが他の配列に対するよりも大きな程度(例えばバックグラウンド測定値の平均+バックグラウンド測定値の標準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件である。
ストリンジェントな条件はハイブリダイゼーションとその後の洗浄の条件によって、規定される。そのハイブリダイゼーションの条件は、限定されないが、例えば30℃〜60℃で、SSC、界面活性剤、ホルムアミド、デキストラン硫酸塩、ブロッキング剤などを含む溶液中で1〜24時間の条件とする。ここで、1×SSCは、150mM塩化ナトリウム及び15mMクエン酸ナトリウムを含む水溶液(pH7.0)であり、界面活性剤はSDS(ドデシル硫酸ナトリウム)、Triton、又はTweenなどを含む。ハイブリダイゼーション条件としては、より好ましくは3〜10×SSC、0.1〜1% SDSを含む。ストリンジェントな条件を規定するもうひとつの条件である、ハイブリダイゼーション後の洗浄条件としては、例えば、30℃の0.5×SSCと0.1%SDSを含む溶液、及び30℃の0.2×SSCと0.1%SDSを含む溶液、及び30℃の0.05×SSC溶液による連続した洗浄などの条件を挙げることができる。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに当該鎖と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、より好ましくは少なくとも90%又は少なくとも95%、例えば少なくとも98%又は少なくとも99%の同一性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例については、例えばSambrook, J. & Russel, D. 著、Molecular Cloning, A LABORATORY MANUAL、Cold Spring Harbor Laboratory Press、2001年1月15日発行、の 第1巻7.42〜7.45、第2巻8.9〜8.17などに記載されており、本発明において利用できる。
本発明のキット中のポリヌクレオチド断片をプライマーとしてPCRを実施する際の条件の例としては、例えば10mM Tris−HCL(pH8.3)、50mM KCL、1〜2mM MgCl2などの組成のPCRバッファーを用い、当該プライマーの配列から計算されたTm値+5〜10℃において15秒から1分程度処理することなどが挙げられる。かかるTm値の計算方法としてTm値=2×(アデニン残基数+チミン残基数)+4×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
また、定量RT−PCR法を用いる場合には、TaqMan(登録商標) MicroRNA Assays(Life Technologies社):LNA(登録商標)−based MicroRNA PCR(Exiqon社):Ncode(登録商標) miRNA qRT−PCT キット(invitrogen社)などの、miRNAを定量的に測定するために特別に工夫された市販の測定用キットを用いてもよい。
遺伝子発現量の算出には、限定されないが、例えばStatistical analysis of gene expression microarray data(Speed T.著、Chapman and Hall/CRC)、及びA beginner’s guide Microarray gene expression data analysis(Causton H.C.ら著、Blackwell publishing)などに記載された統計学的処理を、本発明において利用できる。例えばDNAチップ上のブランクスポットの測定値の平均値に、ブランクスポットの測定値の標準偏差の2倍、好ましくは3倍、より好ましくは6倍を加算し、その値以上のシグナル値を有するプローブスポットを検出スポットとみなすことができる。さらに、ブランクスポットの測定値の平均値をバックグラウンドとみなし、プローブスポットの測定値から減算し、遺伝子発現量とすることができる。遺伝子発現量の欠損値については、解析対象から除外するか、好ましくは各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値で置換するか、より好ましくは遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値、で置換することができる。さらに、低シグナルの遺伝子を除去するために、測定サンプル数の20%以上、好ましくは50%以上、より好ましくは80%以上において2の6乗、好ましくは2の8乗、より好ましくは2の10乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを解析対象として選択することができる。遺伝子発現量の正規化(ノーマライゼーション)としては、限定されないが、例えばglobal normalizationやquantile normalization(Bolstad, B. M.ら、2003年、Bioinformatics、19巻、p185−193)、などが挙げられる。
本発明はまた、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例えばチップ)、又はそれらの組み合わせを用いて、被験体由来の検体中の標的遺伝子又は遺伝子の発現量を測定し、胆道がん患者由来の検体と健常体由来の検体の遺伝子発現量を教師サンプルとして判別式(判別関数)を作成し、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する方法を提供する。
すなわち、本発明はさらに、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例えばチップ)、又はそれらの組み合わせを用いて、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと又は胆道がん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価することが既知の複数の検体中の標的遺伝子(標的核酸)の発現量をin vitroで測定する第1のステップ、前記第1のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を教師サンプルとした判別式を作成する第2のステップ、被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を第1のステップと同様にin vitroで測定する第3のステップ、前記第2のステップで得られた判別式に第3のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を代入し、当該判別式から得られた結果に基づいて、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと又は胆道がん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価する第4のステップを含み、ここで、当該標的遺伝子が当該ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばチップ)に含まれる検出用ポリヌクレオチドによって検出可能なものである、方法を提供する。ここで、フィッシャーの判別分析、マハラノビス距離による非線形判別分析、ニューラルネットワーク、Support Vector Machine(SVM)などを用いて判別式を作成できるが、これらに限定されない。
線形判別分析は群分けの境界が直線あるいは超平面である場合、式1を判別式として用いて群の所属を判別する方法である。ここで、xは説明変数、wは説明変数の係数、w0は定数項とする。
判別式で得られた値を判別得点と呼び、新たに与えられたデータセットの測定値を説明変数として当該判別式に代入し、判別得点の符号で群分けを判別することができる。
線形判別分析の一種であるフィッシャーの判別分析はクラス判別を行うのに適した次元を選択するための次元削減法であり、合成変数の分散に着目して、同じラベルを持つデータの分散を最小化することで識別力の高い合成変数を構成する(Venables,W. N.ら著 Modern Applied Statistics with S. Fourth edition. Springer.、2002年)。フィッシャーの判別分析では式2を最大にするような射影方向wを求める。ここで、μは入力の平均、ngはクラスgに属するデータ数、μgはクラスgに属するデータの入力の平均とする。分子・分母はそれぞれデータをベクトルwの方向に射影したときのクラス間分散、クラス内分散となっており、この比を最大化することで判別式係数wiを求める。(金森敬文ら著、「パターン認識」、共立出版(2009年)、Richard O.ら著、Pattern Classification Second Edition.、Wiley−Interscience、2000年)。
マハラノビス距離はデータの相関を考慮した式3で算出され、各群からのマハラノビス距離の近い群を所属群として判別する非線形判別分析として用いることができる。ここで、μは各群の中心ベクトル、S−1はその群の分散共分散行列の逆行列である。中心ベクトルは説明変数xから算出され、平均ベクトルや中央値ベクトルなどを用いることができる。
SVMとはV.Vapnikが考案した判別分析法である(The Nature of Statistical Leaning Theory、Springer、1995年)。分類すべき群分けが既知のデータセットの特定のデータ項目を説明変数、分類すべき群分けを目的変数として、当該データセットを既知の群分けに正しく分類するための超平面と呼ばれる境界面を決定し、当該境界面を用いてデータを分類する判別式を決定する。そして当該判別式は、新たに与えられるデータセットの測定値を説明変数として当該判別式に代入することにより、群分けを判別することができる。また、このときの判別結果は分類すべき群でも良く、分類すべき群に分類されうる確率でも良く、超平面からの距離でも良い。SVMでは非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。非線形に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式のことをカーネルと呼び、カーネルの一例としてリニアカーネル、RBF(Radial Basis Function)カーネル、ガウシアンカーネルを挙げることができる。カーネルによって高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な判別式、すなわち判別式を構成することができる。(例えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア6「パターン認識と学習の統計学 新しい概念と手法」、岩波書店(2004年)、Nello Cristianiniら著、SVM入門、共立出版(2008年))。
SVM法の一種であるC−support vector classification(C−SVC)は、2群の説明変数で学習を行って超平面を作成し、未知のデータセットがどちらの群に分類されるかを判別する(C. Cortesら、1995年、Machine Learning、20巻、p273−297)。
本発明の方法で使用可能なC−SVCの判別式の算出例を以下に示す。まず全被験体を胆道がん患者と健常体の2群に群分けする。被験体が胆道がん患者である、又は健常体であると判断するには、例えば胆道組織検査を用いることができる。
次に、分けられた2群の血清由来の検体の網羅的遺伝子発現量からなるデータセット(以下、学習検体群)を用意し、当該2群の間で遺伝子発現量に明確な差が見られる遺伝子を説明変数、当該群分けを目的変数(例えば−1と+1)としたC−SVCによる判別式を決定する。式4は最適化する目的関数であり、ここで、eは全ての入力ベクトル、yは目的変数、aはLagrange未定乗数ベクトル、Qは正定値行列、Cは制約条件を調整するパラメータを表す。
式5は最終的に得られた判別式であり、判別式によって得られた値の符号で所属する群を決定できる。ここで、xはサポートベクトル、yは群の所属を示すラベル、aは対応する係数、bは定数項、Kはカーネル関数である。
カーネル関数としては例えば式6で定義されるRBFカーネルを用いることができる。ここで、xはサポートベクトル、γは超平面の複雑さを調整するカーネルパラメータを表す。
これらのほかにも被験体由来の検体が胆道がん由来の標的遺伝子の発現を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較し評価する、方法として、ニューラルネットワーク、k−近傍法、決定木、ロジスティック回帰分析などの手法を選択することができる。
本発明の方法は、例えば下記のステップ(a)、(b)及び(c):
(a)胆道がん患者由来の胆道がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の胆道がん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1〜3、5及び6の判別式を作成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した判別式に測定値を代入して、得られた結果に基づいて検体が胆道がん由来の標的遺伝子を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1〜3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片等を測定することによって得られる値を含み、具体的には本発明の胆道がん患者と健常体を判別するための説明変数は、例えば下記の(1)〜(2)より選択される遺伝子発現量である。
(1)配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
以上に示すように、被験体由来の検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する方法として、判別式の作成には、学習検体群から作成した判別式が必要であり、当該判別式の判別精度を上げるためには、学習検体群中の2群間に明確な差がある遺伝子を判別式に用いることが必要である。
また、判別式の説明変数に用いる遺伝子の決定は、次のように行うことが好ましい。まず、学習検体群である、胆道がん患者群の網羅的遺伝子発現量と健常体群の網羅的遺伝子発現量をデータセットとし、パラメトリック解析であるt検定のP値、ノンパラメトリック解析であるMann−WhitneyのU検定のP値、又はWilcoxon検定のP値などを利用して、当該2群間における各遺伝子の発現量の差の大きさを求める。
検定によって得られたP値の危険率(有意水準)が例えば5%、1%又は0.01%より小さい場合に統計学的に有意とみなすことができる。
検定を繰り返し行うことに起因する第一種の過誤の確率の増大を補正するために公知の方法、例えばボンフェローニ、ホルムなどの方法によって補正することができる(例えば、永田靖ら著、「統計的多重比較法の基礎」、サイエンティスト社(2007年))。ボンフェローニ補正を例示すると、例えば検定によって得られたP値を検定の繰り返し回数、即ち、解析に用いる遺伝子数で乗じ、所望の有意水準と比較することにより検定全体での第一種の過誤を生じる確率を抑制できる。
また、検定ではなく胆道がん患者群の遺伝子発現量と健常体群の遺伝子発現量の間で、各々の遺伝子発現量の中央値の発現比の絶対値(Fold change)を算出し、判別式の説明変数に用いる遺伝子を選択してもよい。また、胆道がん患者群と健常体群の遺伝子発現量を用いてROC曲線を作成し、AUROC値を基準にして判別式の説明変数に用いる遺伝子を選択してもよい。
次に、ここで求めた遺伝子発現量の差が大きい任意の数の遺伝子を用いて、上記の種々の方法で算出することができる判別式を作成する。最大の判別精度を得る判別式を構築する方法として、例えばP値の有意水準を満たした遺伝子のあらゆる組み合わせで判別式を構築する方法や、判別式を作成するために使用する遺伝子を、遺伝子発現量の差の大きい順に一つずつ増やしながら繰り返して評価する方法などがある(Furey TS.ら、2000年、Bioinformatics、16巻、p906−14)。この判別式に対し、別の独立の胆道がん患者もしくは健常体の遺伝子発現量を説明変数に代入して、この独立の胆道がん患者もしくは健常体について所属する群の判別結果を算出する。すなわち、見出した診断用遺伝子セット及び診断用遺伝子セットを用いて構築した判別式を、独立の検体群で評価することにより、より普遍的な胆道がんを検出することができる診断用遺伝子セット及び胆道がんを判別する方法を見出すことができる。
また、当該判別式の判別性能(汎化性)の評価には、Split−sample法を用いることが好ましい。すなわち、データセットを学習検体群とテスト検体群に分割し、学習検体群で統計学的検定による遺伝子の選択と判別式作成を行い、該判別式でテスト検体群を判別した結果とテスト検体群が所属する真の群を用いて精度・感度・特異度を算出し、判別性能を評価する。一方、データセットを分割せずに、全検体を用いて統計学的検定による遺伝子の選択と判別式作成を行い、新規に用意した検体を該判別式で判別して精度・感度・特異度を算出し、判別性能を評価することもできる。
本発明は、胆道がんの診断及び治療に有用な検出用又は疾患診断用ポリヌクレオチド、当該ポリヌクレオチドを用いた胆道がんの検出方法、並びに当該ポリヌクレオチドを含む胆道がんの検出キット及びデバイスを提供する。特に、既存の腫瘍マーカーCEA及びCA19−9による胆道がん診断法を超える精度を示す診断用遺伝子の選定と判別式の作成を実施するため、本発明の方法において、例えば、CEA及びCA19−9によって陰性と判断されたにもかかわらず、造影剤を用いたコンピュータ断層撮影等の精密検査によって最終的に胆道がんが存在することが明らかとなった患者由来の血清中の発現遺伝子と、胆道がんが存在しない患者由来の血清中の発現遺伝子を比較することによって、CEA及びCA19−9を超える精度を示す、診断用遺伝子セット及び判別式を構築できる。
例えば、上に記載したような配列番号1〜125、466〜478のいずれかで表される塩基配列、もしくはその相補的配列、に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、並びに場合により、配列番号126〜148のいずれかで表される塩基配列、もしくはその相補的配列、に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを診断用遺伝子セットとする。さらに、組織診断の診断結果がクラスIの胆道がん患者由来の検体と、クラスIIの健常体由来の検体における該診断用遺伝子セットの発現量を用いて判別式を構築する。その結果、未知の検体の該診断用遺伝子セットの発現量を測定することにより、未知の検体が胆道がん由来遺伝子を含むこと又は胆道がん由来遺伝子を含まないことを最高で100%の精度で見分けることができる。
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、この実施例によって制限されないものとする。
[参考例1]
<胆道がん患者と健常体の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た健常体100人と胆道以外に原発がんが認められていない胆道がん患者67人(ステージIAが1例、ステージIBが8例、ステージIIが8例、ステージIIAが3例、ステージIIBが5例、ステージIIIが14例、ステージIIIBが2例、ステージIVaが1例、ステージIVbが25例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と胆道以外に原発がんが認められていない胆道がん患者33人(ステージ0が1例、ステージIが2例、ステージIAが1例、ステージIBが2例、ステージIIが2例、ステージIIAが5例、ステージIIBが4例、ステージIIIが5例、ステージIVが1例、ステージIVaが1例、ステージIVbが9例)からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
<totalRNAの抽出>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者100人の合計250人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D−Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従ってtotal RNAを得た。
<遺伝子発現量の測定>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者100人の合計250人の血清から得たtotal RNAに対して、3D−Gene(登録商標) miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチップとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で、2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D−Gene(登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA中のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D−Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D−Gene(登録商標)Extraction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。その結果、胆道がん患者100人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なmiRNAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team (2013). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, URL http://www.R−project.org/.)及びMASSパッケージ7.3−30(Venables, W. N. & Ripley, B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York. ISBN 0−387−95457−0)を用いて実施した。
[参考例2]
<他のがんと良性疾患の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない大腸がん患者35人、胃がん患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者13人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者67人(ステージ0が1例、ステージIが2例、ステージIAが1例、ステージIBが4例、ステージIIが8例、ステージIIAが4例、ステージIIBが6例、ステージIIIが14例、ステージIIIBが1例、ステージIVが25例、ステージIVaが1例)と健常体93人とを合わせて学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない大腸がん患者15人、胃がん患者13人、食道がん患者18人、肝がん患者12人及び膵胆道良性疾患患者8人からベノジェクトII真空採血管VP−AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者33人(ステージIAが1例、ステージIBが6例、ステージIIが2例、ステージIIAが4例、ステージIIBが3例、ステージIIIが5例、ステージIIIBが1例、ステージIVが11例)、健常体57人と合わせてテスト検体群とした。以降のtotalRNAの抽出並びに遺伝子発現量の測定及び解析は参考例1と同様に行った。
[実施例1]
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の遺伝子マーカーの胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から胆道がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーについてそれぞれ単独での胆道がん判別性能を評価する方法を検討した。
具体的には、まず上記の参考例1で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量を合わせてquantile normalizationで正規化した。
次に、学習検体群を用いて診断用遺伝子の選定を行った。ここで、より信頼性の高い診断マーカーを獲得するため、学習検体群の胆道がん患者群又は学習検体群の健常体群のいずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを選択した。更に胆道がん患者群と健常体群を判別するための統計的有意性がある遺伝子として、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側t検定で得られたP値をボンフェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を、判別式の説明変数に用いる遺伝子マーカーとして獲得し、表2に記載した。
このようにして、配列番号1〜125で表される、hsa−miR−125a−3p、hsa−miR−6893−5p、hsa−miR−204−3p、hsa−miR−4476、hsa−miR−4294、hsa−miR−150−3p、hsa−miR−6729−5p、hsa−miR−7641、hsa−miR−6765−3p、hsa−miR−6820−5p、hsa−miR−575、hsa−miR−6836−3p、hsa−miR−1469、hsa−miR−663a、hsa−miR−6075、hsa−miR−4634、hsa−miR−423−5p、hsa−miR−4454、hsa−miR−7109−5p、hsa−miR−6789−5p、hsa−miR−6877−5p、hsa−miR−4792、hsa−miR−4530、hsa−miR−7975、hsa−miR−6724−5p、hsa−miR−8073、hsa−miR−7977、hsa−miR−1231、hsa−miR−6799−5p、hsa−miR−615−5p、hsa−miR−4450、hsa−miR−6726−5p、hsa−miR−6875−5p、hsa−miR−4734、hsa−miR−16−5p、hsa−miR−602、hsa−miR−4651、hsa−miR−8069、hsa−miR−1238−5p、hsa−miR−6880−5p、hsa−miR−8072、hsa−miR−4723−5p、hsa−miR−4732−5p、hsa−miR−6125、hsa−miR−6090、hsa−miR−7114−5p、hsa−miR−564、hsa−miR−451a、hsa−miR−3135b、hsa−miR−4497、hsa−miR−4665−5p、hsa−miR−3622a−5p、hsa−miR−6850−5p、hsa−miR−6821−5p、hsa−miR−5100、hsa−miR−6872−3p、hsa−miR−4433−3p、hsa−miR−1227−5p、hsa−miR−3188、hsa−miR−7704、hsa−miR−3185、hsa−miR−1908−3p、hsa−miR−6781−5p、hsa−miR−6805−5p、hsa−miR−8089、hsa−miR−665、hsa−miR−4486、hsa−miR−6722−3p、hsa−miR−1260a、hsa−miR−4707−5p、hsa−miR−6741−5p、hsa−miR−1260b、hsa−miR−1246、hsa−miR−6845−5p、hsa−miR−4638−5p、hsa−miR−6085、hsa−miR−1228−3p、hsa−miR−4534、hsa−miR−5585−3p、hsa−miR−4741、hsa−miR−4433b−3p、hsa−miR−197−5p、hsa−miR−718、hsa−miR−4513、hsa−miR−4446−3p、hsa−miR−619−5p、hsa−miR−6816−5p、hsa−miR−6778−5p、hsa−miR−24−3p、hsa−miR−1915−3p、hsa−miR−4665−3p、hsa−miR−4449、hsa−miR−6889−5p、hsa−miR−486−3p、hsa−miR−7113−3p、hsa−miR−642a−3p、hsa−miR−7847−3p、hsa−miR−6768−5p、hsa−miR−1290、hsa−miR−7108−5p、hsa−miR−92b−5p、hsa−miR−663b、hsa−miR−3940−5p、hsa−miR−4467、hsa−miR−6858−5p、hsa−miR−4417、hsa−miR−3665、hsa−miR−4736、hsa−miR−4687−3p、hsa−miR−1908−5p、hsa−miR−5195−3p、hsa−miR−4286、hsa−miR−3679−3p、hsa−miR−6791−5p、hsa−miR−1202、hsa−miR−3656、hsa−miR−4746−3p、hsa−miR−3184−5p、hsa−miR−3937、hsa−miR−6515−3p、hsa−miR−6132、hsa−miR−187−5p、hsa−miR−7111−5p、hsa−miR−5787及びhsa−miR−6779−5p遺伝子を、健常体に対する胆道がんマーカーとして見出した。
更に、これらの遺伝子の発現量を指標として、フィッシャーの判別分析により胆道がんの有無を判別する判別式を作成した。すなわち、学習検体群において選択された125種の遺伝子の中で、新規に見出された配列番号1〜125のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを式2に入力して判別式を作成し、算出した精度・感度・特異度を表3に示した。またそのときの判別式係数と定数項を表4に示した。
上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した(表3)。例えば、配列番号1で示される塩基配列の発現量測定値を学習検体群の健常体(100人)と胆道がん患者(67人)で比較した場合、健常体群に対し胆道がん患者群の遺伝子発現量測定値が有意に低いことが示され(図2左参照)、更にこの結果はテスト検体群の健常体(50人)と胆道がん患者(33人)でも再現できた(図2右参照)。同様に配列番号2〜125に示される他のポリヌクレオチドにおいても、健常体群に対し胆道がん患者群の遺伝子発現量測定値が有意に低い(−)又は高い(+)結果(表2)が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。また、例えばこの配列番号1で示される塩基配列に関し、学習検体群で設定した両群を判別する閾値(5.69)を用いて胆道がん検出の的中率を算出したところ、真陽性33例、真陰性49例、偽陽性1例、偽陰性0例であり、これらの値から検出性能として、精度99%、感度100%、特異度98%が得られた。このようにして配列番号1〜125に示される全てのポリヌクレオチドの検出性能を算出し表3に記載した。
表2に示す配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのうち、例えば配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、34、35、36、39、40、41、42、44、45、46、47、49、50、51、52、53、54、60、62、64、65、67、68、70、74、75、76、83、84、105、107で表される塩基配列からなる62個のポリヌクレオチドは、テスト検体群においてそれぞれ感度100%、97%、97%、100%、84.8%、90.9%、87.9%、90.9%、66.7%、87.9%、93.9%、75.8%、72.7%、72.7%、75.8%、63.6%、78.8%、75.8%、69.7%、72.7%、72.7%、69.7%、93.9%、66.7%、63.6%、69.7%、69.7%、78.8%、75.8%、72.7%、78.8%、81.8%、66.7%、60.6%、60.6%、72.7%、66.7%、60.6%、63.6%、81.8%、60.6%、69.7%、60.6%、78.8%、69.7%、63.6%、63.6%、60.6%、72.7%、63.6%、72.7%、72.7%、63.6%、66.7%、60.6%、60.6%、63.6%、63.6%、69.7%、63.6%、69.7%、60.6%、を示した(表3)。ここで、後述の比較例から、テスト検体群における既存マーカーCEAの感度は33.3%、CA19−9の感度は59.4%であったことから(表5)、テスト検体群において、例えば配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、34、35、36、39、40、41、42、44、45、46、47、49、50、51、52、53、54、60、62、64、65、67、68、70、74、75、76、83、84、105、107で表される塩基配列からなる62個のポリヌクレオチドは、単独で既存の血中腫瘍マーカーCA19−9を上回る感度で胆道がんを判別することが証明できた。
また、例えば配列番号1、2、3、4、10、11、12、23、64で表される塩基配列からなる9個のポリヌクレオチドは、テスト検体群に含まれていたステージ0及び1(IA、IB含む)の胆道がん6検体を全て正しく胆道がんと判別することができた。従ってこれらのポリヌクレオチドは、早期の胆道がんも検出することができ、胆道がんの早期診断に貢献する。
さらにこれらのポリヌクレオチドは、テスト検体群において胆道の肝外胆管、肝内胆管、胆嚢、乳頭部を占拠した腫瘍のいずれも正しく胆道がんと判別することができた。特に予後が悪いとされる胆管下部や乳頭部及び無症状のまま病気が進行し易い肝内胆管のがんも検出できた。
[実施例2]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて胆道がん判別性能を評価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のうちいずれか2個の組み合わせ7,750通りについてフィッシャーの判別分析を行い、胆道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した。上記7,750通りのポリヌクレオチドの発現量測定値の組合せを用いてテスト検体群の胆道がん判別を実施したところ、例えば、配列番号2と配列番号4で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値を用いて、テスト検体中の健常体(50人)と胆道がん患者(33人)で比較した場合、学習検体群では健常体群と胆道がん患者群の発現量測定値が有意に分離する散布図が得られ(図3左参照)、更にこの結果はテスト検体群でも再現ができた(図3右参照)。同様に、新規に見出された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の他の組み合わせにおいても、健常体群と胆道がん患者群の発現量測定値を有意に分離する散布図が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。また、例えばこの配列番号2と配列番号4で示される塩基配列に関し、学習検体群で設定した両群を判別する関数(0=5.16x+y+48.11)を用いて胆道がん検出の的中率を算出したところ、真陽性33例、真陰性48例、偽陽性2例、偽陰性0例であり、これらの値から検出性能として精度98%、感度100%、特異度96%が得られた。このようにして、新規に見出された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせ全通りの検出性能を算出した。このうち例として、配列番号1で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと他の配列番号で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとの組み合わせ124通りとその検出性能について表6に記載した。例えば配列番号1及び配列番号7、配列番号1及び配列番号9、配列番号1及び配列番号25、配列番号1及び配列番号66、で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値の組み合わせについても全て、テスト検体群において感度100%を示した。このように既存マーカーであるCA19−9の感度(表5より75.8%)を上回るポリヌクレオチドの発現量測定値の組み合わせはテスト検体群で6,316通り得られ、この組み合わせには実施例1で得られた表2に記載の塩基配列1〜125の全てが少なくとも1回は使用された。すなわち、テスト検体群において、配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせは、CA19−9を上回る感度で胆道がんを判別することが証明できた。
また、配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせ7,750通りのうち、テスト検体群に含まれていたステージ0及び1(IA、IB含む)の胆道がん6検体を全て正しく胆道がんと判別することができた2個の組み合わせは1,290通りであった。この1,290通り2個の組み合わせには、配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドが少なくとも1回は使用された。つまり、これらのポリヌクレオチドは、早期の胆道がんも検出することができ、胆道がんの早期診断に貢献する。
このようにして、配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値を3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数を組み合わせても、優れた感度で胆道がんを検出するマーカーが得られる。例えば、実施例1で選択された配列番号1〜125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドについて、統計的有意性を示すP値の降順に順位付けし、上位のmiRNAから1個ずつ加えた1個又は複数個のmiRNAの組み合わせを用いて検出性能を算出した。その結果、テスト検体群における感度は、1個のmiRNAで100%、2個のmiRNAで100%、3個のmiRNAで100%、5個のmiRNAで100%、10個のmiRNAで100%、20個のmiRNAで100%、50個のmiRNAで100%、100個のmiRNAで100%であった。これらの感度は既存の血中腫瘍マーカーの感度よりも高いことから、複数のmiRNAを組み合せても胆道がんを検出する優れたマーカーと成り得ることが示された。ここで、複数のmiRNAの組み合わせは、上記のように統計的有意差の順に加算する場合に限らず、どのような複数個のmiRNAの組み合わせも胆道がんの検出に用いることができる。
これらの結果から配列番号1〜125で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオチドは、胆道がんの優れた診断マーカーであるといえる。
表5では、CEAは5ng/ml以下を「−」、CA19−9は37U/ml以下を「−」、それらの値を超えると「+」とした。
[実施例3]
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定及びその胆道がん判別性能評価を行った。
具体的には、上記の参考例1で得た胆道がん患者100人の血清及び健常体150人の血清に対するmiRNA発現量について、quantile normalizationで正規化した。より信頼性の高い診断マーカーを獲得するため、遺伝子マーカーの選定では胆道がん患者群又は健常体群のいずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを選択した。更に胆道がん患者群と健常体群を判別するための統計的有意性を得るために、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側t検定で得られたP値をボンフェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を判別式の説明変数に用いる遺伝子マーカーとして選択し表7に記載した。このようにして、表2に記載した遺伝子に加え、配列番号126〜148で表される、hsa−miR−6808−5p、hsa−miR−6774−5p、hsa−miR−4656、hsa−miR−6806−5p、hsa−miR−1233−5p、hsa−miR−328−5p、hsa−miR−4674、hsa−miR−2110、hsa−miR−6076、hsa−miR−3619−3p、hsa−miR−92a−2−5p、hsa−miR−128−1−5p、hsa−miR−638、hsa−miR−2861、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−211−3p、hsa−miR−1273g−3p、hsa−miR−1203、hsa−miR−122−5p、hsa−miR−4258、hsa−miR−4484、hsa−miR−4648及びhsa−miR−6780b−5p遺伝子を、健常体に対する胆道がんマーカーとして見出した。配列番号1〜125に示されるポリヌクレオチドと同様に、配列番号126〜148に示されるポリヌクレオチドにおいても、健常体群に対し胆道がん患者群の発現量測定値が有意に低い(−)又は高い(+)結果(表7)が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。表7に記載した遺伝子の発現量測定値を単独又は表2に記載の遺伝子の発現量測定値と組合せて用いることにより、実施例1及び実施例2に記載した方法で新規に得た検体を判別することができる。
[実施例4]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん特異的な判別性能の評価方法>
本実施例では、参考例2に記載した検体群の学習検体群を対象として、実施例1に記載の方法と同様の方法で、胆道がん患者と健康人、大腸がん患者、胃がん患者、食道がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子発現量の比較を行い、追加の診断用遺伝子マーカーを選択した。その結果選択された、追加の診断用遺伝子マーカー(配列番号466〜478;表1参照)と実施例1で選定された遺伝子マーカーを組み合わせた群から選ばれる1個又は2個以上のマーカーを用いて胆道がん特異的な判別性能を評価した。
具体的には、まず上記の参考例2で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量を合わせてquantile normalizationで正規化した。次に、配列番号1〜148、466〜478で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのいずれかの発現量測定値を少なくとも1つ以上含む1〜4個の組み合わせについてフィッシャーの判別分析を行い、胆道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、胆道がん患者群を陽性検体群、健常体群、大腸がん患者群、胃がん患者群、食道がん患者群、肝がん患者群及び膵胆道良性疾患患者群を陰性検体群として、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した。
上記の配列番号(表1の、miRNAマーカーに対応する、配列番号1〜148及び466〜478)で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドの多くが胆道がんの存在の有無の判別において比較的高い精度、感度、特異度を提供することができる上に、胆道がんをその他のがんから特異的に識別可能であった。標的マーカーと特異的に結合可能なポリヌクレオチドとして挙げられる、例えば、配列番号1、4、5、11、12、15、23、29、39、40、54、76、79、91、103、115、121、134、143、466、469、472、473、及び474で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドからなる群(がん種特異性ポリヌクレオチド群1)から選択される複数個のポリヌクレオチドの組み合わせのうち、配列番号4、5、12、15及び40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドからなる群(がん種特異性ポリヌクレオチド群2)から選択されるポリヌクレオチドを少なくとも1つ含む組み合わせは、高精度に、胆道がんをその他のがんから特異的に識別可能であった。
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数の組み合わせが可能であるが、4個以上の組み合わせにおいて判別精度80%以上を示すことができた。
具体的に、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、学習検体群において精度81.9%、テスト検体群において精度76.9%を示した(表8)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.0%、テスト検体群において精度85.3%を示した(表9;表中の「配列番号」は使用した2個のポリヌクレオチドの配列番号の組み合わせを示す)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.5%、テスト検体群において精度90.4%を示した(表10;表中の「配列番号」は使用した3個のポリヌクレオチドの配列番号の組み合わせを示す)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度91.1%、テスト検体群において精度92.3%を示した(表11;表中の「配列番号」は使用した4個のポリヌクレオチドの配列番号の組み合わせを示す)。
具体的に、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、学習検体群において精度79.0%、テスト検体群において精度80.8%を示した(表8)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度81.9%、テスト検体群において精度86.5%を示した(表9)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度87.6%、テスト検体群において精度89.7%を示した(表10)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度91.0%を示した(表11)。
具体的に、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、学習検体群において精度80.6%、テスト検体群において精度76.9%を示した(表8)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.3%、テスト検体群において精度85.9%を示した(表9)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度90.2%、テスト検体群において精度91.7%を示した(表10)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度94.2%を示した(表11)。
具体的に、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、学習検体群において精度83.8%、テスト検体群において精度84.0%を示した(表8)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.5%、テスト検体群において精度89.1%を示した(表9)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度90.5%、テスト検体群において精度92.3%を示した(表10)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度94.2%を示した(表11)。
具体的に、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、学習検体群において精度80.0%、テスト検体群において精度76.9%を示した(表8)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度81.9%、テスト検体群において精度86.5%を示した(表9)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.7%、テスト検体群において精度89.7%を示した(表10)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度91.4%、テスト検体群において精度91.7%を示した(表11)。
さらにまた、配列番号15、5、4、12、40で示される塩基配列の発現量測定値を用いて、学習検体群の胆道がん患者67人、健常体93人、大腸がん患者35人、胃がん患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者13人で比較した場合、学習検体群では胆道がん患者群とその他の判別得点が有意に分離する散布図が得られ(図4上図参照)、更にこの結果はテスト検体群でも再現ができた(図4下図参照)。
[比較例1]
<既存血中腫瘍マーカーの胆道がん判別性能>
上記の参考例1で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の腫瘍マーカーCEA及びCA19−9の血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献2に記載される基準値(CEAは5ng/mL、CA19−9は37U/mL)よりも血中濃度が高いとがんの疑いがあるとされる。従って、各検体毎にCEA及びCA19−9の血中濃度が基準値を超えているか否かを確認し、その結果が胆道がん患者をがんと判定しているか見定め、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した。この結果を表5に示した。学習検体群においてはCEAの感度は31.3%、CA19−9の感度は68.2%、テスト検体群においてはCEAの感度は33.3%、CA19−9の感度は59.4%しかなく、いずれのマーカーも胆道がんの検出には有用でないことが分かった(表5)。
一方、上記の実施例1及び実施例2の表3及び表4に示したように、配列番号1〜125で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオチドは、既存の胆道がんマーカー以上の感度を示す1個、2個、又はそれ以上の複数個の組み合わせが存在し、優れた診断マーカーであるといえる。
以上の実施例、比較例に示すように、本発明のキット等及び方法によれば、既存の腫瘍マーカーよりも胆道がんを感度よく検出できるので、外科手術によるがん部の切除実施の早期判断が可能となり、その結果、5年生存率の向上や、再発率を低くすることが可能となる。