JP2020182472A - 神経筋障害の治療のための改善された特徴を有するｒｎａ調節オリゴヌクレオチド - Google Patents

神経筋障害の治療のための改善された特徴を有するｒｎａ調節オリゴヌクレオチド Download PDF

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Abstract

【課題】ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性神経筋障害又は神経変性障害を治療する、寛解させる、予防する、遅延させる及び／又は治療するための改善されたオリゴヌクレオチドの提供。【解決手段】２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含み、（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ及び（ＣＣＵＧ）ｎからなる群から選択される反復ヌクレオチド単位を反復ヌクレオチド単位として有する反復エレメントにハイブリダイズすることができる、アンチセンスオリゴヌクレオチド。【選択図】なし

Description

本発明は、ヒト遺伝学、より具体的には神経筋障害の分野に関する。本発明は、本明細書にさらに定義される臨床適用性を増強する改善された特徴を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）の使用に特に関する。
発明の背景
神経筋疾患は、筋肉又は神経病変（ミオパチー及びニューロパチー）のいずれかによる筋肉の機能障害によって特徴付けられる。ニューロパチーは、神経変性及び神経支配の障害によって特徴付けられ、運動、痙縮又は麻痺を伴う問題をもたらす。例は、ハンチントン病（ＨＤ）、いくつかの型の脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、フリードライヒ失調症（ＦＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）及び前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）を含む。ニューロパチーのサブセットはｃｉｓ−エレメントリピート不安定性によって生じる。例えば、ＨＤは、ＨＴＴ遺伝子のエクソン１中のトリプレット（ＣＡＧ）ｎリピート伸長によって生じる。これらのリピートの伸長は、３４８ｋＤａ細胞質性ハンチンチンタンパク質のＮ−末端でのグルタミンストレッチの伸長を生じる。ハンチンチンは、正常形態において６〜２９グルタミンアミノ酸残基の特徴的配列を有し、疾患を生じる変異型ハンチンチンは３８より多くの残基を有する。神経細胞における変異ハンチンチン分子の連続的発現は、最終的には細胞死をもたらす大きなタンパク質沈着の形成を、とりわけ前頭葉及び基底核において（主に尾状核において）生じる。疾患の重症度は、概して余分な残基の数に比例する。伸長ＣＡＧリピートを特異的に標的化するＡＯＮ（例えば、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡとしてのＰＳ５７（ＣＵＧ）７（配列番号１）（Ｅｖｅｒｓら））は、ＨＤ患者由来細胞において変異ハンチンチン転写物及び（毒性）タンパク質レベルを効果的に低減するために適用され得る。ニューロパチーの治療のためには、全身投与されたＡＯＮは血液脳関門を通過する必要がある。したがって、改善された脳送達を可能にする及び／又は示すオリゴケミストリーの最適化の必要性がある。
ミオパチーは、骨格筋、心筋及び／又は平滑筋の進行性の衰弱及び変性によって特徴付けられる遺伝性筋ジストロフィーを含む。ミオパチーの例は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）、１型筋緊張性ジストロフィー（ＤＭ１）及び２型筋緊張性ジストロフィー（ＤＭ２）である。ＤＭ１及びＤＭ２は両方ともｃｉｓ−エレメントリピート不安定性によって生じ、ＤＭ１は、ＤＭＰＫ遺伝子中のエクソン１５の３’非翻訳領域におけるトリヌクレオチド（ＣＴＧ）ｎリピート伸長により、ＤＭ２は、ＤＭ２／ＺＮＦ９遺伝子中のテトラヌクレオチド（ＣＣＴＧ）ｎリピート伸長による。また、伸長リピートを特異的に標的化するＡＯＮ（例えば、ＰＳ５８，（ＣＡＧ）７（ＤＭ１についての２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ）（Ｍｕｌｄｅｒｓら））は、（毒性）伸長リピート転写物の特異的分解を効率的に誘導することが示されている。遺伝子欠損がＡＯＮなどの小さな化合物についての筋肉繊維膜の透過性の増大と関連しているＤＭＤとは対照的に、大部分の他のミオパチーについては、筋肉組織へのＡＯＮ分布及び筋肉組織によるＡＯＮ取り込みの増強が、治療効果を得るために不可欠である。したがって、筋肉送達の改善を可能にする及び／又は示すオリゴケミストリーの最適化の必要性もある。
選択された化学の具体的な特徴は、標的転写物へのＡＯＮの送達に少なくとも部分的に影響を与える：投与経路、生体安定性、生体内分布、組織内分布並びに細胞取り込み及び輸送。また、オリゴヌクレオチド化学のさらなる最適化は、結合親和性及び安定性を増強し、活性を増強し、安全性を改善し、及び／又は長さを短縮させる又は合成及び／又は精製手順を改善することによって製品の経費を低減すると考えられている。複数の化学的修飾が研究団体に一般的及び／又は商業的に入手可能になった（例えば、２’−Ｏ−メチルＲＮＡ及び５置換ピリミジン及び２，６−ジアミノプリン）が、他の大部分は未だ得るのに多大な合成の努力を要する。特に、有望な予備的な結果が、ピリミジン及びプリン塩基に修飾を含有する本明細書に記載の２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを用いて得られている。
結論として、本明細書で例示されるヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を治療するためのＡＯＮの治療的適用性を増強するために、さらに改善された特徴を有するＡＯＮが必要とされている。
発明の記載
オリゴヌクレオチド：
第一の態様において、本発明は、ヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドであって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド、又はヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドであって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
本発明において、「骨格」は、核酸塩基が結合した、リボース環とヌクレオシド間連結とが交互に連なった鎖を示すために使用される。用語「連結」は、２つのリボース単位の間の接続（すなわち「ヌクレオシド間連結」）に対して使用され、一般にリン酸部分である。したがって、１０ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドは、リボース単位１０個を合わせて連結する９個の連結を有し得る。また、オリゴヌクレオチドの一方又は両方の側に存在し、１つのヌクレオチドにだけ接続する１つ又は複数の終末連結もあり得る。用語「連結」及び「ヌクレオシド間連結」はそのようなペンダント連結も示すものとする。本発明のオリゴヌレオチドの骨格における少なくとも１つの連結は、２つのリボース単位を連結しているホスホロチオエート部分からなる。したがって、ＲＮＡ中に存在する少なくとも１つの天然に存在する３’から５’へのリン酸ジエステル部分はホスホロチオエート部分によって置き換えられている。
本発明において、次の各表現における「ａ」は、「少なくとも１つの」を意味する：２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基、２’−Ｏ−メチルＲＮＡ残基、ホスホロチオエート部分、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ残基、５−メチルピリミジン塩基、５−メチルシトシン塩基、５−メチルウラシル塩基、チミン塩基、２，６−ジアミノプリン塩基。
好ましくは、本発明のオリゴヌクレオチドは、３７ヌクレオチド未満の長さを有するオリゴヌクレオチドである。前記オリゴヌクレオチドは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドを有し得る。そのようなオリゴヌクレオチドは、１２〜３６ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドとしても同定され得る。
したがって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有する本発明のオリゴヌクレオチドは、３７個未満のヌクレオチド（すなわち、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６個のヌクレオチドを含む）、及び５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む。
したがって、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、すべてのリン酸部分がホスホロチオエートによって置き換えられている骨格を有する本発明のオリゴヌクレオチドは、３４個未満のヌクレオチド（すなわち、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６個のヌクレオチドを含む）、及び５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基を含む、又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基からなる。そのようなオリゴヌクレオチドは、配列中の次のヌクレオチドにホスホロチオエート連結を通じて接続する２’−Ｏ−メチルＲＮＡ残基を含む。次のヌクレオチドは、別の２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基であってもよいが、必ずしもそうでなくてもよい。あるいは、そのようなオリゴヌクレオチドは、すべてのヌクレオチドが２’−Ｏ−メチル部分及びホスホロチオエート部分を含む２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基からなる。好ましくは、そのようなオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基からなる。そのような化学は当業者に知られている。本明細書全体を通じて、２’−Ｏ−メチルＲＮＡ残基及びホスホロチオエート連結を含むオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ残基を含むオリゴヌクレオチドによって置き換えられてもよい。本明細書全体を通じて、ホスホロチオエート連結によって連結された若しくは接続された２’−Ｏ−メチルＲＮＡ残基からなるオリゴヌクレオチド又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡヌクレオチド残基からなるオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなるオリゴヌクレオチドによって置き換えられてもよい。
また、本発明のオリゴヌクレオチドは、標的鎖への結合親和性を増加させる、及び／又は前記オリゴヌクレオチドとその標的から生じた二重鎖の融解温度を上昇させる、及び／又は免疫賦活効果を低減する、及び／又は生体安定性を増加させる、及び／又は生体内分布及び／又は組織内分布及び／又は細胞取り込み及び輸送を改善する少なくとも１つの塩基修飾を含む。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む。５−メチルピリミジン塩基は、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又はチミンから選択され、チミンは５−メチルウラシルと同一である。本発明のオリゴヌクレオチドが２つ以上のそのような塩基修飾を有する場合、前記塩基修飾は同一であり得、例えば、オリゴヌクレオチド中のすべてのそのような修飾塩基は５−メチルシトシンであり得る。あるいは、前記塩基修飾は種々の塩基修飾の組合せであり得、例えば、オリゴヌクレオチドは、１つ若しくは複数の５−メチルシトシン及び１つ若しくは複数の５−メチルウラシルを有し得る。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチド（すなわち、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド、又は２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチド）は、２’−デオキシ２’−フルオロヌクレオチド（すなわち２’−デオキシ２’−フルオロ−アデノシン、−グアノシン、−ウリジン及び／又は−シチジン）を含まないものである。２’−フルオロ（２’−Ｆ）ヌクレオチドを含むそのようなオリゴヌクレオチドは、インターロイキンエンハンサー結合因子２及び３（ＩＬＦ２／３）を動員でき、したがって標的化ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソンスキッピングを誘導できることが示されている（Ｒｉｇｏ Ｆら，国際公開第２０１１／０９７６１４号）。本発明において、使用されるオリゴヌクレオチドは好ましくはそのような因子を動員せず、及び／又は本発明のオリゴヌクレオチドは、ＩＬＦ２／３によって特異的に認識されるＲＮＡとヘテロ２本鎖を形成しない。本発明のオリゴヌクレオチドの作用機序は、２’−Ｆヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのものとは異なると推定され、本発明のオリゴヌクレオチドは、（毒性）伸長リピート転写物の特異的分解を主として誘導すると期待されている。
「チミン」及び「５−メチルウラシル」は本明細書全体を通じて互換的であり得る。同様に、２，６−ジアミノプリンは２−アミノアデニンと同一であり、これらの用語は本明細書全体を通じて互換的であり得る。
本明細書において、用語「塩基修飾」又は「修飾塩基」は、ＲＮＡ中に天然に存在する塩基（すなわちピリミジン若しくはプリン塩基）の修飾又は塩基のｄｅ ｎｏｖｏ合成を指す。このｄｅ ｎｏｖｏ合成塩基は、既存の塩基との比較により「修飾」と認定できる。
５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む本発明のオリゴヌクレオチドは、それぞれ、前記オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基の少なくとも１つがピリミジン環の５位のプロトンのメチル基での置換（すなわち５−メチルシトシン）によって修飾されている及び／又は前記オリゴヌクレオチドのウラシル核酸塩基の少なくとも１つがピリミジン環の５位のプロトンのメチル基での置換（すなわち５−メチルウラシル）によって修飾されている及び／又は前記オリゴヌクレオチドのアデニン核酸塩基の少なくとも１つが２位のプロトンのアミノ基での置換によって（すなわち２，６−ジアミノプリン）修飾されている。本発明において、表現「ピリミジン環の５位でのプロトンのメチル基での置換」は表現「ピリミジンの５−メチルピリミジンでの置換」によって置き換えられ、ピリミジンはウラシルだけ、シトシンだけ又は両方を指し得る。同様に、本発明において、表現「アデニンの２位でのプロトンのアミノ基での置換」は表現「アデニンの２，６−ジアミノプリンでの置換」に置き換えられ得る。前記オリゴヌクレオチドが、１、２、３、４、５、６、７、８、９個以上のシトシン、ウラシル及び／又はアデニンを含む場合、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９個以上のシトシン、ウラシル及び／又はアデニンはそれぞれこの方法で修飾される。好ましくは、すべてのシトシン、ウラシル及び／又はアデニンは、この方法で修飾され、又は、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンによってそれぞれ置き換えられている。本発明が、少なくとも１つのシトシン、ウラシル又はアデニンをそれらの配列中にそれぞれ含むオリゴヌクレオチドにだけ適用できることは言うまでもない。
本発明者らは、本発明のオリゴヌクレオチド中の５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンの存在が、前記オリゴヌクレオチドのパラメーターの少なくとも１つに好影響を有する又は少なくとも１つのパラメーターに改善のあることを発見した。ここで、パラメーターは、以下に説明するように、前記オリゴヌクレオチドの結合親和性及び／又は動態、サイレンシング活性、生体安定性、（組織内）分布、細胞取り込み及び／又は輸送、及び／又は免疫原性を含み得る。
結合親和性及び動態はＡＯＮの熱力学的特性に依存する。これらは、前記オリゴヌクレオチドの融解温度（Ｔｍ；１本鎖ＲＮＡについては基本Ｔｍ及び隣接モデルを用いて、例えばオリゴヌクレオチド特性計算（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｃ．ｅｄｕ／〜ｃａｉｌ／ｂｉｏｔｏｏｌ／ｏｌｉｇｏ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ又はｈｔｔｐ：／／ｅｕ．ｉｄｔｄｎａ．ｃｏｍ／ａｎａｌｙｚｅｒ／Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ＯｌｉｇｏＡｎａｌｙｚｅｒ／）で算出される。）によって、及び／又は（ＲＮＡストラクチャーバージョン４．５又はＲＮＡ ｍｆｏｌｄバージョン３．５を用いて）オリゴヌクレオチド標的エクソン複合体の自由エネルギーによって少なくとも部分的に決定される。Ｔｍが上昇する場合、エクソンスキッピング活性は典型的には増加するが、Ｔｍが高すぎる場合は、ＡＯＮはあまり配列−特異的でなくなると予測される。許容されるＴｍ及び自由エネルギーはオリゴヌクレオチドの配列に依存する。したがって、これらのパラメーターそれぞれについて好ましい範囲を示すのは困難である。
本発明のオリゴヌクレオチドの活性は、後述のように、患者の細胞において、患者の組織において及び／又は患者において、変異タンパク質の形成を阻害する、及び／又は伸長された若しくは不安定な数のリピートを含有する疾患関連の若しくは疾患を引き起こす若しくは変異体の転写物の量を発現抑制する若しくは低減する若しくは減少させることである。２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ並びに５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含む又はからなる本発明のオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなるが、５−メチルシトシンを含まず、５−メチルウラシルを含まず、かつ２，６−ジアミノプリン塩基を含まないオリゴヌクレオチドよりも、前記転写物の量をさらに効率的に発現抑制する又は低減する又は減少させることができるものと期待される。効率に関するこの差異は、少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％であり得る。低減又は減少は、（好ましくは実験パートで実施される）転写物レベルについてのノーザンブロッティング若しくは（半）定量的ＲＴ−ＰＣＲによって、又はタンパク質レベルについてのウエスタンブロッティングによって評価され得る。本発明のオリゴヌクレオチドは、実施例１に記載のように、まず患者由来線維芽細胞などの細胞系において試験され得る。
生体内分布及び生体安定性は、Ｙｕら，２００２出典の検証されたハイブリダイゼーションライゲーションアッセイによって好ましくは少なくとも部分的に決定される。一実施形態では、血漿又は均質化された組織試料は、特異的捕捉オリゴヌクレオチドプローブと共にインキュベートされる。分離後に、ＤＩＧ標識化オリゴヌクレオチドは複合体にライゲーションされ、抗ＤＩＧ抗体連結ペルオキシダーゼを用いる検出が行われる。非コンパートメント薬物動態分析が、ＷＩＮＮＯＮＬＩＮソフトウエアパッケージ（モデル２００，バージョン５．２，Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ，Ｍｏｕｎｔａｉｎｖｉｅｗ，ＣＡ）を用いて実施される。血漿１ｍＬ又は組織１ｍｇ当たりのＡＯＮ（ｕｇ）のレベルは、曲線下面積（ＡＵＣ）、ピーク濃度（Ｃｍａｘ）、ピーク濃度までの時間（Ｔｍａｘ）、終末相半減期及び吸収ラグ時間（ｔｌａｇ）を評価するために経時的にモニターされる。そのような好ましいアッセイは実験パートに開示されている。
ＡＯＮは、ＴＬＲ９及びＴＬＲ７を含むトール様受容体（ＴＬＲ）を活性化することによって自然免疫応答を刺激できる（Ｋｒｉｅｇら，１９９５）。ＴＬＲ９の活性化は、オリゴデオキシヌクレオド（ＯＤＮ）中に存在する非メチル化ＣＧ配列の存在により、ＴＬＲ９媒介サイトカイン放出を通じて自然免疫系を活性化する細菌性ＤＮＡを模倣することによって典型的には生じる。しかし、２’−Ｏ−メチル修飾は、そのような可能な影響を顕著に低減することが示唆されている。ＴＬＲ７は、ＲＮＡ中のウラシルリピートを認識することが記載されている（Ｄｉｅｂｏｌｄら，２００６）。
ＴＬＲ９及びＴＬＲ７の活性化は、自然免疫（マクロファージ、樹状細胞（ＤＣ）、ＮＫ細胞）を含む一連の調和免疫応答を生じる（Ｋｒｉｅｇら，１９９５；Ｋｒｉｅｇ，２０００）。ＩＰ−１０、ＴＮＦα、ＩＬ−６、ＭＣＰ−１及びＩＦＮαなどのいくつかのケモ−及びサイトカイン（Ｗａｇｎｅｒ，１９９９；Ｐｏｐｏｖｉｃら，２００６）がこのプロセスに関連している。炎症性サイトカインは、血液からＴ及びＢ細胞などの追加的防御細胞を誘引する。これらのサイトカインのレベルは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ検査によって調査できる。簡潔には、漸増濃度のＡＯＮと共にヒト全血はインキュベートされ、その後、サイトカインのレベルは標準的な商業的に入手できるＥＬＩＳＡキットによって決定される。免疫原性の低下は、少なくとも１つの５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル、及び／又は２，６−ジアミノプリンを含むオリゴヌクレオチドで処置した細胞でのアッセイにおける対応サイトカイン濃度の比較（５−メチルシトシン、５−メチルウラシル又は２，６−ジアミノプリンを有しない対応オリゴヌクレオチドで処置した細胞との比較）による、上記サイトカインのうちの少なくとも１つの濃度の検出可能な減少に好ましくは対応する。
したがって、本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンを含まない２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなる対応オリゴヌクレオチドと比較して許容される若しくは減少した免疫原性及び／又はよりよい生体内分布及び／又は許容される若しくは改善されたＲＮＡ結合動態及び／又は熱力学的特性などの改善されたパラメーターを有する。これらのパラメーターの各々は、当業者に知られている又は好ましくは本明細書に記載のアッセイを用いて評価され得る。
本発明のオリゴヌクレオチドの他の化学及び修飾は以下に定義される。これらの追加的化学及び修飾は、前記オリゴヌクレオチドについて既に定義されている化学、すなわち５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンの存在と２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなるオリゴヌクレオチドとの組合せで存在する場合もある。
本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ分子又は修飾ＲＮＡ分子を含む又はからなる。好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは１本鎖である。しかし、当業者は、１本鎖オリゴヌクレオチドが内部２本鎖構造を形成する可能性があることを理解するであろう。しかし、本発明において、このオリゴヌクレオチドはなお１本鎖オリゴヌクレオチドと称される。１本鎖オリゴヌクレオチドは、２本鎖ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドと比較していくつかの有利点を有する：（ｉ）その合成が２本の相補性ｓｉＲＮＡ鎖よりも簡単であると期待される；（ｉｉ）細胞での取り込み、より良い（生理学的）安定性を増強する及び潜在的な一般的有害作用を減少させることが可能な、より幅広い化学的修飾がある；（ｉｉｉ）ｓｉＲＮＡは非特異的作用（オフターゲット遺伝子を含む）及び過剰な薬理（例えば、治療計画又は用量による有効性及び選択性のコントロール可能性の低さ）のより高い可能性を有する、並びに（ｉｖ）ｓｉＲＮＡは核であまり作用せず、イントロンを対象とし得ない。
上述の修飾に加えて、本発明のオリゴヌクレオチドは、後述の種々の核酸ヌクレオチド残基又はヌクレオチドなどのさらなる修飾を含み得る。種々の核酸ヌクレオチド残基が、本発明のオリゴヌクレオチドを生成するために使用され得る。前記オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡに基づくオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも１つの骨格修飾（ヌクレオシド間連結及び／又は糖修飾）及び／又は少なくとも１つの塩基修飾を有し得る。
塩基修飾は、ヒポキサンチン（例えばイノシン）、オロト酸、アグマチジン、ライシジン、シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、２−チオピリミジン（例えば、２−チオウラシル、２−チオチミン）、Ｇ−クランプ及びその誘導体、５置換ピリミジン（例えば、５−ハロウラシル、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、５−アミノメチルウラシル、５−ヒドロキシメチルウラシル、５−アミノメチルシトシン、５−ヒドロキシメチルシトシン、スーパーＴ）、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、７−アザ−２，６−ジアミノプリン、８−アザ−７−デアザグアニン、８−アザ−７−デアザアデニン、８−アザ−７−デアザ−２，６−ジアミノプリン、スーパーＧ、スーパーＡ及びＮ４−エチルシトシン、又はこれらの誘導体；Ｎ２−シクロペンチルグアニン（ｃＰｅｎｔ−Ｇ）、Ｎ２−シクロペンチル−２−アミノプリン（ｃＰｅｎｔ−ＡＰ）及びＮ２−プロピル−２−アミノプリン（Ｐｒ−ＡＰ）、又はこれらの誘導体などの天然プリン及びピリミジン塩基（例えば、アデニン、ウラシル、グアニン、シトシン、チミン）の修飾バージョン；並びに２，６−ジフルオロトルエン又は脱塩基部位などの欠損塩基（例えば、１−デオキシリボース、１，２−ジデオキシリボース、１−デオキシ−２−Ｏ−メチルリボース；又は環酸素が窒素で置換されているピロリジン誘導体（アザリボース））などの縮重又はユニバーサル塩基を含む。スーパーＡ、スーパーＧ及びスーパーＴの誘導体の例は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第６６８３１７３号（Ｅｐｏｃｈ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に見出され得る。ｃＰｅｎｔ−Ｇ、ｃＰｅｎｔ−ＡＰ及びＰｒ−ＡＰは、ｓｉＲＮＡに組み込まれた場合に免疫賦活効果を低減することが示された（Ｐｅａｃｏｃｋ Ｈ．ら）。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは脱塩基部位又は脱塩基モノマーを含む。本発明において、そのようなモノマーは脱塩基部位又は脱塩基モノマーと称されることもある。脱塩基モノマー又は脱塩基部位は、核酸塩基を含む対応ヌクレオチド残基と比較して核酸塩基を欠失しているヌクレオチド残基又は構成要素である。したがって、本発明において、脱塩基モノマーは、オリゴヌクレオチドの（核酸塩基を欠失している）構成要素部分である。そのような脱塩基モノマーは、オリゴヌクレオチドの遊離末端に存在又は連結又は結合又はコンジュゲートし得る。
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは１〜１０個以上の脱塩基モノマーを含む。したがって、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個以上の脱塩基モノマーが本発明のオリゴヌクレオチド中に存在し得る。
脱塩基モノマーは、当業者に知られ想定可能ないかなるタイプのものであってもよい。その非限定的な例を以下に示す。
Figure 2020182472
式中、Ｒ１及びＲ２は独立にＨ、オリゴヌクレオチド又は他の脱塩基部位である（但し、Ｒ１及びＲ２の両方がＨである場合並びにＲ１及びＲ２の両方がオリゴヌクレオチドである場合を除く）。脱塩基モノマーは、先に規定されたオリゴヌクレオチドの末端の一方又は両方に結合できる。１つ又は２つの脱塩基部位又は脱塩基モノマーに結合したオリゴヌクレオチドが１２個未満のヌクレオチドを含み得ることに留意すべきである。この点に関して、本発明のオリゴヌクレオチドは少なくとも１２ヌクレオチドを含み得る（任意選択で、１つ又は複数の脱塩基部位又は脱塩基モノマーをその末端の一方又は両方に含み得る）。
配列表において、脱塩基モノマーを含む本発明のオリゴヌクレオチドはそのヌクレオチド又は塩基配列によって表され得る。脱塩基モノマーは、それがオリゴヌクレオチドの遊離末端に連結又は結合又はコンジュゲートしていると考えられることから表されない。配列番号１０７及び１０８の塩基配列の場合がそうである。表２に、配列番号１０７又は１０８を含む好ましいオリゴヌクレオチドの全長配列が提供されている。そのようなオリゴヌクレオチドは、配列番号１０７又は１０８と、配列番号１０７又は１０８の３’末端での脱塩基モノマー４個と、を含む。配列番号２２０及び２２１は、オリゴヌクレオチドの３’末端に追加的脱塩基モノマー４個をさらに含む配列番号１０７及び１０８に対応する。
オリゴヌクレオチドの塩基配列内に脱塩基モノマーが存在する場合、該脱塩基モノマーは、配列番号２１０及び２１３のように、該オリゴヌクレオチドの配列の一部として配列表に示される。
表１及び２では、脱塩基モノマーは文字Ｑを用いて示されている。
本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６個の塩基修飾を含み得る。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる塩基修飾を導入することも本発明に包含される。
「糖修飾」は、二環性糖、テトラヒドロピラン、モルホリノ、２’−修飾糖、４’−修飾糖、５’−修飾糖、及び４’−置換糖などの、ＲＮＡ中に天然に存在するリボシル部分（すなわちフラノシル部分）の修飾バージョンの存在を示す。好適な糖修飾の例は、これらに限定されないが、２’−Ｏ−アルキル又は２’−Ｏ−（置換）アルキル（例えば、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−（２−シアノエチル）、２’−Ｏ−（２−メトキシ）エチル（２’−ＭＯＥ）、２’−Ｏ−（２−チオメチル）エチル、２’−Ｏ−ブチリル、２’−Ｏ−プロパルギル、２’−Ｏ−アリル、２’−Ｏ−（２−アミノ）プロピル、２’−Ｏ−（２−（ジメチルアミノ）プロピル）、２’−Ｏ−（２−アミノ）エチル、２’−Ｏ−（２−（ジメチルアミノ）エチル））、２’−デオキシ（ＤＮＡ）、２’−Ｏ−（ハロアルコキシ）メチル（Ａｒａｉ Ｋ．ら）（例えば、２’−Ｏ−（２−クロロエトキシ）メチル（ＭＣＥＭ）、２’−Ｏ−（２，２−ジクロロエトキシ）メチル（ＤＣＥＭ））、２’−Ｏ−アルコキシカルボニル（例えば、２’−Ｏ−［２−（メトキシカルボニル）エチル］（ＭＯＣＥ）、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］（ＭＣＥ）、２’−Ｏ−［２−（Ｎ，Ｎ−ジメチルカルバモイル）エチル］（ＤＣＭＥ））、２’−ハロ（例えば、２’−Ｆ、ＦＡＮＡ（２’−Ｆアラビノシル核酸））などの２’−Ｏ−修飾ＲＮＡヌクレオチド残基；カルバ糖及びアザ糖修飾；３’−Ｏ−アルキル（例えば、３’−Ｏ−メチル、３’−Ｏ−ブチリル、３’−Ｏ−プロパルギル）；５’−アルキル（例えば５’−メチル）；及びそれらの誘導体を含む。
別の糖修飾は、「架橋」又は「二環」核酸（ＢＮＡ）、例えば、ロックド核酸（ＬＮＡ）、キシロ−ＬＮＡ、α−Ｌ−ＬＮＡ、β−Ｄ−ＬＮＡ、ｃＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ拘束（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）エチル）ＬＮＡ、ｃＭＯＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ拘束メトキシエチル）ＬＮＡ、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、ＢＮＡＮＣ［Ｎ−Ｍｅ］（参照によりその全体が組み入れられるＣｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．２００７， ３７６５に記載のもの）、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）、アンロックド核酸（ＵＮＡ）、５’−メチル置換ＢＮＡ（参照によりその全体が組み入れられる米国特許出願第１３／５３０２１８号に記載のもの）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、アリトリオール（ａｌｔｒｉｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、フッ化ＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）、ピラノシル−ＲＮＡ（ｐ−ＲＮＡ）、３’−デオキシピラノシル−ＤＮＡ（ｐ−ＤＮＡ）、モルホリノ（例えば、ＰＭＯ、ＰＭＯＰｌｕｓ、ＰＭＯ−Ｘ中のもの）、及びそれらの誘導体、好ましくは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ｘｙｌｏ−ＬＮＡ、α−Ｌ−ＬＮＡ、β−Ｄ−ＬＮＡ、ｃＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ拘束エチル）ＬＮＡ、ｃＭＯＥｔ（２’−Ｏ，４’−Ｃ拘束メトキシエチル）ＬＮＡ、エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、アルトリオール（ａｌｔｒｉｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、フッ化ＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）、ピラノシル−ＲＮＡ（ｐ−ＲＮＡ）、３’−デオキシピラノシル−ＤＮＡ（ｐ−ＤＮＡ）、モルホリノ（例えば、ＰＭＯ、ＰＭＯＰｌｕｓ、ＰＭＯ−Ｘ中のもの）、及びそれらの誘導体を含む。好ましいｔｃＤＮＡはｔｃ−ＰＳ−ＤＮＡ（ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を含むトリシクロＤＮＡ）である。本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６個の糖修飾を含み得る。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる糖修飾を導入することも本発明に包含される。一実施形態では、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドはＬＮＡ又はその誘導体を含む又はからなる。ＢＮＡ誘導体は、例えば、参照によりその全体が組み入れられる国際公開第２０１１／０９７６４１号に記載されている。さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは完全に２’−Ｏ−メチル修飾される。ＰＭＯ−Ｘの例は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる国際公開第２０１１１５０４０８号に記載されている。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌレオチドは、必須の２’−Ｏ−メチル糖修飾とは別に、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−（２−メトキシ）エチル、モルホリノ、架橋ヌクレオチド若しくはＢＮＡから選択される少なくとも１つの他の糖修飾を含む、又はオリゴヌクレオチドは架橋ヌクレオチド及び２’−デオキシ修飾ヌクレオチドの両方を含む（ＢＮＡ／ＤＮＡミクスマー（ｍｉｘｍｅｒ））。より好ましくは、本発明のオリゴヌレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−（２−メトキシ）エチル、モルホリノ、架橋核酸（ＢＮＡ）又はＢＮＡ／ＤＮＡミクスマーから選択される糖修飾でその全長にわたって修飾される。
より好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌレオチドは、完全に２’−Ｏ−メチル修飾、好ましくは完全に２’−Ｏ−メチルホスホロチオエート修飾されている。
「骨格修飾」は、上述のリボシル部分の修飾バージョン（「糖修飾」）の存在及び／又はＲＮＡ中に天然に存在するリン酸ジエステルの修飾バージョン（「ヌクレオシド間連結修飾」）の存在を示す。本発明に適合するヌクレオシド間連結修飾の例は、ホスホロチオエート（ＰＳ）、キラル的に純粋なホスホロチオエート、ホスホロジチオエート（ＰＳ２）、ホスホノ酢酸（ＰＡＣＥ）、ホスホノアセトアミド（ＰＡＣＡ）、チオホスホノ酢酸、チオホスホノアセトアミド、ホスホロチオエートプロドラッグ、Ｈ−ホスホネート、メチルホスホネート、メチルホスホノチオエート、メチルリン酸、メチルホスホロチオエート、エチルリン酸、エチルホスホロチオエート、ボラノリン酸、ボラノホスホロチオエート、メチルボラノリン酸、メチルボラノホスホロチオエート、メチルボラノホスホネート、メチルボラノホスホノチオエート、及びそれらの誘導体である。別の修飾は、ホスホラミダイト、ホスホラミデート、Ｎ３’→Ｐ５’ホスホラミデート、ホスホルジアミデート、ホスホロチオジアミデート、スルファミン酸、ジメチレンスルホキシド、スルホン酸、トリアゾール、オキサリル、カルバメート、メチレンイミノ（ＭＭＩ）、チオアセトアミド核酸（ＴＡＮＡ）、及びそれらの誘導体である。本発明のオリゴヌクレオチドは、その長さに応じて、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４又は３５個の骨格修飾を含み得る。前記オリゴヌクレオチド中に１つより多い異なる骨格修飾を導入することも本発明に包含される。
本発明のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホロチオエート修飾を含む。より好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは完全にホスホロチオエート修飾される。
本発明のオリゴヌクレオチドの他の化学的修飾は、ペプチドベース核酸（ＰＮＡ）、ホウ素クラスター修飾ＰＮＡ、ピロリジンベースオキシペプチド核酸（ＰＯＰＮＡ）、グリコール又はグリセロールベース核酸（ＧＮＡ）、トレオースベース核酸（ＴＮＡ）、非環式トレオニノールベース核酸（ａＴＮＡ）、モルホリノベースオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ、ＰＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ）、カチオニックモルホリノベースオリゴマー（ＰＭＯＰｌｕｓ）、統合塩基（ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｂａｓｅｓ）及び骨格を有するオリゴヌクレオチド（ＯＮＩＢ）、ピロリジンアミドオリゴヌクレオチド（ＰＯＭ）、及びそれらの誘導体を含む。
別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ペプチド核酸及び／又はモルホリノホスホロジアミデート、又はその誘導体を含む。
したがって、本発明の一態様に係る好ましいオリゴヌレオチドは、
（ａ）５−メチルピリミジン及び２，６−ジアミノプリンから選択される少なくとも１つの塩基修飾、及び／又は
（ｂ）２’−Ｏ−メチルである少なくとも１つの糖修飾、及び／又は
（ｃ）ホスホロチオエートである少なくとも１つの骨格修飾
を含む。
したがって、本発明の本態様に係る好ましいオリゴヌクレオチドは、塩基修飾（ａ）を含み、糖修飾（ｂ）を含まず、かつ骨格修飾（ｃ）を含まない。本発明の本態様に係る別の好ましいオリゴヌクレオチドは、糖修飾（ｂ）を含み、塩基修飾（ａ）を含まず、かつ骨格修飾（ｃ）を含まない。本発明の本態様に係る別の好ましいオリゴヌクレオチドは、骨格修飾（ｃ）を含み、塩基修飾（ａ）を含まず、かつ糖修飾（ｂ）を含まない。また、上記修飾のいずれをも有しないオリゴヌクレオチドが、上述の２つ（すなわち（ａ）及び（ｂ）、（ａ）及び（ｃ）、及び／又は（ｂ）及び（ｃ））又は修飾（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）の３つすべてを含むオリゴヌクレオチドと同様に本発明によって網羅されることは理解される。別の好ましい実施形態では、先のパラグラフに記載の任意のオリゴヌクレオチドは、
（ａ）２−チオウラシル、２−チオチミン、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル、チミン、２，６−ジアミノプリンから選択される少なくとも１つの（追加的）塩基修飾、及び／又は
（ｂ）２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−（２−メトキシ）エチル、２’−デオキシ（ＤＮＡ）、モルホリノ、架橋ヌクレオチド若しくはＢＮＡから選択される少なくとも１つの（追加的）糖修飾、又はオリゴヌクレオチドは架橋ヌクレオチド及び２’−デオキシ修飾ヌクレオチドの両方を含む（ＢＮＡ／ＤＮＡミクスマー）、及び／又は
（ｃ）（別の）ホスホロチオエート若しくはホスホロジアミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｄｉａｍｉｄａｔｅ）から選択される少なくとも１つの（追加的）骨格修飾
を含み得る。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴヌレオチドは、（ａ）塩基修飾の１つ、及び／又は（ｂ）糖修飾の１つ、及び／又は（ｃ）骨格修飾の１つから選択される１つ又は複数の同じ修飾でその全長にわたって修飾される。
核酸模倣技術の出現により、核酸それ自体と全体が同一である必要はなく、類似の、好ましくは同じハイブリダイゼーション特徴を有する分子を生成することが可能になった。そのような機能性等価物は、当然のことながら本発明における使用のためにも好適である。
当業者は、各糖、塩基及び／又は骨格が同様に修飾されない場合があることを理解している。いくつかの異なる修飾糖、塩基及び／又は骨格は、本発明の１つのオリゴヌクレオチド中に組み合わせられ得る。
当業者は、オリゴヌクレオチドの多数の合成誘導体があることも認識している。
ＲＮＡ／ＲＮＡ二重鎖が非常に安定であることから、前記オリゴヌクレオチドは好ましくはＲＮＡを含む。好ましくは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドは、例えば、エンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ及びＲＮａｓｅＨに対する耐性、追加的ハイブリダイゼーション強度、（例えば体液中での）安定性の増加、可動性の増加又は減少、活性の増加、毒性の低減、細胞内輸送の増加、組織特異性などの追加的特性を有するＲＮＡを提供する修飾を含む。また、本発明のオリゴヌクレオチドと複合体化したｍＲＮＡは、好ましくはＲＮａｓｅＨ切断に感受性ではない。好ましい修飾は上述の通りである。天然に存在するＤＮＡヌクレオチドを少なくとも部分的に含有するオリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅＨ活性（ＥＣ．３．１．２６．４）による細胞でのＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド分子の分解を誘導するために有用である。
天然に存在するＲＮＡリボヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを含むＲＮＡ様合成リボヌクレオチドは、本明細書に包含され、センス−アンチセンス鎖対合を通じた標的ＲＮＡ認識に続くＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）による標的ＲＮＡ分解に関与する、ＲＮＡ干渉又はサイレンシング（ＲＮＡｉ／ｓｉＲＮＡ）経路を通じた酵素依存アンチセンスとして作用する２本鎖ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドを形成する。
あるいは又はさらに、オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ転写物の標的配列に結合し、スプライスドナー又はスプライスアクセプター部位の翻訳又は遮断などのプロセスを妨げることによって、前駆体ＲＮＡ又はメッセンジャーＲＮＡのプロセシング又は発現（立体遮断（ｓｔｅｒｉｃ ｂｌｏｃｋｉｎｇ）、ＲＮａｓｅＨ非依存性プロセス）、特にＲＮＡスプライシング及びエクソンスキッピング（これらに限定されない。）に干渉することができる。さらに、オリゴヌクレオチドは、立体障害によってタンパク質、核因子等の結合を阻害し、及び／又は標的ＲＮＡの真正の空間フォールディングに干渉し、及び／又は標的ＲＮＡに本来結合するタンパク質に自身を結合させ、及び／又は標的ＲＮＡに対して他の効果を有し、それにより、標的ＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡ前駆体の不安定化に寄与し、及び／又は後述のＨＤ様疾患における疾患性又は毒性転写物及び／又はタンパク質の量の減少に寄与し得る。
本明細書において、オリゴヌクレオチドは、細胞内安定性を与える（ＲＮａｓｅＨ耐性）化学的置換をその５’又は３’末端の少なくとも１つに有するヌクレオチドを含み得、９個未満、より好ましくは６個未満の連続（ＲＮａｓｅＨ感受性）デオキシリボースヌクレオチドをその配列の他の部分に含む。配列の他の部分は、好ましくは配列の中央部である。そのようなオリゴヌクレオチドはギャップマーと称される。ギャップマーは、国際公開第２００７／０８９６１１号に広範に記載されている。ギャップマーは、ＲＮａｓｅＨの動員及び／又は活性化が可能となるように設計される。理論に制約されるものではないが、ＲＮａｓｅＨは、デオキシリボースでできているギャップマーの中央領域への結合を介して動員及び／又は活性化されると考えられている。ＲＮａｓｅＨに好ましくは実質的に非依存性である又は非依存性である本発明のオリゴヌクレオチドは、ＲＮａｓｅＨを動員及び／又は活性化することが実質的にできない又はそうすることができない中央領域を有するように設計される。好ましい実施形態では、前記オリゴヌクレオチドの配列の他の部分、より好ましくは、その中央部分は、デオキシリボースを９、８、７、６、５、４、３、２、１個未満含む又はデオキシリボースを含まない。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、好ましくは前述のように部分的ないし完全に置き換えられている。「部分的に置き換えられる」は、オリゴヌクレオチドが置き換えられている少なくともいくつかのヌクレオチドを含むことを意味し、好ましくは、そのヌクレオチドの少なくとも５０％が置き換えられている、又は少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％若しくは９５％が置き換えられている。ヌクレオチドの１００％置き換えは「完全に置き換えられる」に対応する。
したがって、本発明は、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡ残基を含む又は２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。このオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート骨格を通じて接続される２’−Ｏ−メチルＲＮＡ残基からなり、そのシトシンのすべて及び／又はそのウラシルのすべて及び／又はそのアデニンのすべてが、独立に５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンによってそれぞれ置き換えられていることが最も好ましい。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置き換えられているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置き換えられており、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置き換えられているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置き換えられており、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置き換えられているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのシトシンが５−メチルシトシンで置き換えられており、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置き換えられており、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置き換えられているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置き換えられているもの、
少なくとも１つ、好ましくはすべてのウラシルが５−メチルウラシルで置き換えられており、かつ少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置き換えられているもの、又は
少なくとも１つ、好ましくはすべてのアデニンが２，６−ジアミノプリンで置き換えられているもの
であり得る。
本発明のオリゴヌクレオチドは、好ましくは本明細書に例示されているヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を予防する、遅延させる及び／又は治療するための薬物としての使用のためである。本明細書において、ヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害は好ましくは神経筋障害である。好ましくは、前記オリゴヌクレオチドは治療用ＲＮＡ調節における使用のためである。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）として記載され得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性神経筋障害に関連する又は関与することが知られている遺伝子の転写物の特異的配列に、結合する（又は結合できる）、標的化する、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）及び／又は逆相補的であるオリゴヌクレオチドである。
本発明により、２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含む又はからなり、少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンの少なくとも１つをさらに含むアンチセンスオリゴヌクレオチドは、（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ又は（ＣＣＵＧ）ｎから選択される反復ヌクレオチド単位を反復ヌクレオチド単位として有するＲＮＡ転写物中の反復エレメントに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表される。前記オリゴヌクレオチドは、好ましくは１本鎖オリゴヌクレオチドである。
本発明のオリゴヌクレオチドが上述のＲＮＡ転写物中に存在する反復エレメントに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的であることは理解されているが、そのようなオリゴヌクレオチドが、このＲＮＡ転写物が由来する対応ＤＮＡに干渉する又は結合する（又は結合できる）又はハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）こともあり得ることは除外できない。
本明細書において、リピート又は反復エレメント又は反復配列又は反復ストレッチは、ヒト対象を含む対象のゲノム中の転写された遺伝子配列における、トリヌクレオチド反復単位又は４、５若しくは６ヌクレオチド反復単位を含む反復単位又は反復ヌクレオチド単位又はリピートヌクレオチド単位の少なくとも３、４、５、１０、１００、１０００回以上の反復（例えば、（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＵＧ）ｎ）と定義される。したがって、ｎは整数であり、少なくとも３、４、５、１０、１００、１０００以上であり得る。本発明は、例示された反復ヌクレオチド単位に限定されない。他の反復ヌクレオチド単位は、ｈｔｔｐ：／／ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌａｒ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｍｏｔｈｅｒ／ｄｎａｒｅｐ．ｈｔｍに見出され得る。大部分の患者では、上述の「純粋な」リピート又は反復エレメント又は反復配列又は反復ストレッチ（例えば、（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＵＧ）ｎ）が、患者のゲノム中の転写された遺伝子配列中に存在する。しかし、いくらかの患者では、例えば、上述のリピート又は反復エレメント又は反復配列又は反復ストレッチ中に、該リピート又は反復エレメント又は反復配列又は反復ストレッチのヌクレオチドに適合しない少なくとも１、２又は３ヌクレオチドが存在する場合があり、そのような場合、該リピート又は反復エレメント又は反復配列又は反復ストレッチは「純粋」とはされない又は「変異」とされる（Ｂｒａｉｄａ Ｃ．ら）が、このことも本発明に包含される。
したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、標的化リピートに１００％逆相補的である必要は必ずしもない。通常、本発明のオリゴヌクレオチドは、標的化リピートに少なくとも９０％、９５％、９７％、９９％又は１００％逆相補的であり得る。
一実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含み、転写物中の（ＣＡＧ）ｎトラクトに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ＨＴＴ（配列番号８０）、ＡＴＸＮ１（配列番号８１）、ＡＴＸＮ２（配列番号８２）、ＡＴＸＮ３（配列番号８３）、ＣＡＣＮＡ１Ａ（配列番号８４）、ＡＴＸＮ７（配列番号８５）、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ（配列番号８６）、ＴＢＰ（配列番号８７）、ＡＲ（配列番号８８）又はＡＴＮ１（配列番号８９）遺伝子の転写物中のＣＡＧリピート伸長によって生じるヒト遺伝性疾患ハンチントン病（ＨＤ）、１、２、３、６、７、１２若しくは１７型脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、Ｘ連鎖性球脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）及び／又は歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。本実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含み、上述の（ＣＡＧ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、反復ヌクレオチド単位として（ＣＵＧ）ｍを有する。（ＣＵＧ）ｍ中のｍは、好ましくは、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２である整数である。好ましい実施形態では、ｍは５又は６又は７又は８又は９又は１０又は１１又は１２である。
ＡＬＳ及びＦＴＤについて、少なくとも２つの異なる転写物中の少なくとも２つの異なるリピートが疾患に関与する、疾患の原因となる又は疾患に関連する可能性があることが知られていることに留意されたい。１つは、先のパラグラフにおいて同定されている（すなわち、ＡＴＸＮ２転写物中の（ＣＡＧ）ｎ）。別の１つは、Ｃ９ＯＲＦ７２転写物中の（ＧＧＧＧＣＣ）ｎリピート又はトラクトとして後に同定される。これは、これらの２つの疾患の各々に関して、本発明のこれらの２つの異なるオリゴヌクレオチドのいずれか１つを使用して、対応する（毒性）伸長リピート転写物の特異的分解を特異的に誘導することが想定され得ることを意味する。
本明細書全体を通じて、上述のリピートに逆相補的である、結合する（結合できる）、ハイブリダイズする（ハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定され、反復ヌクレオチド単位を有する又は含むオリゴヌクレオチドは、１２〜３６ヌクレオチドを含む任意の長さを有し得る。前記オリゴヌクレオチド内に含まれる反復ヌクレオチド単位としてＣＵＧを例に取ると、反復ヌクレオチド単位としてＵＧＣ又はＧＣＵを含む任意のオリゴヌクレオチドも本発明に包含される。前記オリゴヌクレオチドの長さ（例えば１２〜３６ヌクレオチド）によっては、所与の反復ヌクレオチド単位は前記オリゴヌクレオチドの５’及び／又は３’側で終結しなくてもよい。前記各オリゴヌクレオチドは本発明に包含される。
あるいは、反復ヌクレオチド単位としてＣＵＧを有するオリゴヌクレオチドを例に取ると、それはＨ−（Ｐ）ｐ−（ＣＵＧ）ｍ−（Ｑ）ｑ−Ｈ［式中、ｍは上で定義された整数である。］によって表され得る。Ｐ及びＱの各存在は、個別に、上述の脱塩基モノマー又はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｕ若しくはその類似体若しくは等価物などのヌクレオチドであり、ｐ及びｑはそれぞれ個別に整数、好ましくは０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０若しくは１００までの整数である。したがって、ｐ及びｑは、それぞれ個別に０〜１００の整数、好ましくは０〜２０の整数、より好ましくは０〜１０、より好ましくは０〜６の、さらに好ましくは０〜３の整数である。したがって、ｐが０である場合、Ｐは存在せず、ｑが０である場合Ｑは存在しない。当業者は、オリゴヌクレオチド中に存在するヌクレオチドの量及び性質に関わらず、オリゴヌクレオチドが常に水素原子（Ｈ）で開始し、終結することを理解する。
本明細書において、（ＣＵＧ）ｍは、本発明の範囲内の任意の反復ヌクレオチド単位によって置き換えられ得ることは理解される。したがって、本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、Ｈ−（Ｐ）ｐ−（Ｒ）ｒ−（Ｑ）ｑ−Ｈ［式中、（Ｒ）ｒは、本発明の範囲内の反復ヌクレオチド単位であり、Ｐ、Ｑ、ｐ及びｑは上で定義された通りである。］によって表され得る。
本発明において、ヌクレオチドの「類似体」又は「等価物」は、Ａ、Ｃ、Ｇ及びＵなどのＲＮＡ中に天然に存在するヌクレオチドに関して少なくとも１つの修飾を含むヌクレオチドとして理解される。そのような修飾は、上で説明及び例示されたように、ヌクレオシド間連結修飾及び／又は糖修飾及び／又は塩基修飾であり得る。
再び、反復ヌクレオチド単位としてＣＵＧを有するオリゴヌクレオチドを取る場合、反復配列がＣ、Ｕ又はＧのいずれかで開始できることは理解される。したがって、好ましい実施形態では、ｐは０ではなく、（Ｐ）ｐは、（Ｐ’）ｐ’ＵＧ又は（Ｐ’）ｐ”Ｇ［式中、Ｐ’は各々個別に脱塩基部位又はヌクレオチド（例えば、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、又はその類似体若しくは等価物）であり、ｐ’はｐ−２であり、ｐ”はｐ−１である。］によって表される。そのようなオリゴヌクレオチドは、
Ｈ−（Ｐ’）ｐ’ＵＧ−（ＣＵＧ）ｍ−（Ｑ）ｑ−Ｈ、又は
Ｈ−（Ｐ’）ｐ”Ｇ−（ＣＵＧ）ｍ−（Ｑ）ｑ−Ｈ
として表され得る。
同様に好ましい実施形態では、ｑは０ではなく、（Ｑ）ｑは、ＣＵ（Ｑ’）ｑ’又はＣ（Ｑ’）ｑ”［式中、Ｑ’は各々個別に脱塩基部位又はヌクレオチド（例えば、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、又はその類似体若しくは等価物）であり、ｑ’はｑ−２であり、ｑ”はｑ−１である。］によって表される。そのようなオリゴヌクレオチドは、
Ｈ−（Ｐ）ｐ−（ＣＵＧ）ｍ−ＣＵ（Ｑ’）ｑ’−Ｈ、又は
Ｈ−（Ｐ）ｐ−（ＣＵＧ）ｍ−Ｃ（Ｑ’）ｑ”−Ｈ
として表され得る。
別の好ましい実施形態では、ｐ及びｑの両方が０ではなく、（Ｐ）ｐ及び（Ｑ）ｑの両方が（Ｐ’）ｐ’ＵＧ又は（Ｐ’）ｐ”Ｇ及びＣＵ（Ｑ’）ｑ’又はＣ（Ｑ’）ｑ”［式中、Ｐ’、Ｑ’、ｐ’、ｐ”、ｑ’及びｑ”は上で定義された通りである。］でそれぞれ表される。そのようなオリゴヌクレオチドは、
Ｈ−（Ｐ’）ｐ’ＵＧ−（ＣＵＧ）ｍ−ＣＵ（Ｑ’）ｑ’−Ｈ、
Ｈ−（Ｐ’）ｐ”Ｇ−（ＣＵＧ）ｍ−ＣＵ（Ｑ’）ｑ’−Ｈ、
Ｈ−（Ｐ’）ｐ’ＵＧ−（ＣＵＧ）ｍ−Ｃ（Ｑ’）ｑ”−Ｈ、又は
Ｈ−（Ｐ’）ｐ”Ｇ−（ＣＵＧ）ｍ−Ｃ（Ｑ’）ｑ”−Ｈ
として表され得る。
ｐ’、ｐ”、ｑ’及びｑ”が負の整数でなくてもよいことは理解される。したがって、（Ｐ）ｐが（Ｐ’）ｐ’ＵＧ又は（Ｐ’）ｐ”Ｇによって表される場合、ｐは、それぞれ少なくとも１又は少なくとも２であり、（Ｑ）ｑがＣＵ（Ｑ’）ｑ’又はＣ（Ｑ’）ｑ”によって表される場合、ｑは、それぞれ少なくとも１又は少なくとも２である。
ＣＵＧリピート単位に関して本明細書で述べたすべてのことが本発明の範囲内の任意のリピート単位に拡張され得ることは理解される。
好ましい実施形態では、（ＣＡＧ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。ｍは整数である。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。本実施形態において、ｍは４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２であり得る。ｍの好ましい値は７である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。ｍは整数４〜１２の整数である。］（配列番号２〜１２）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｙは５−メチルウラシルである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号２〜１２）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）５、（ＸＹＧ）６又は（ＸＹＧ）７、（ＸＹＧ）８又は（ＸＹＧ）９［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。］を含む又はからなる。より好ましいのは、（ＸＹＧ）７［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。］（配列番号７）を含む又はからなるオリゴヌクレオチドである。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、各Ｙはウラシルである（配列番号２）、又は各Ｘはシトシン、各Ｙは５−メチルウラシルである（配列番号３）。］を含む又はからなる。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２又は３を含み、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ヌクレオチドの長さを有する。
反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号９０〜１１８として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号９０〜１０６の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９０〜１０６の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９０〜１０６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１０７又は１０８の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０７又は１０８の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０７又は１０８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０７又は１０８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有し、その末端の一方、好ましくは３’末端に脱塩基モノマー４個を追加的に含む。前記最も好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２２０又は２２１からなる塩基配列によって表される。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１０９又は１１０の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０９又は１１０の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１０９又は１１０の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１１１又は１１２の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１１又は１１２の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１１又は１１２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１１３又は１１４の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１３又は１１４の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１３又は１１４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１１５又は１１６の塩基配列の１つを含み、３３〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１５又は１１６の塩基配列の１つを含み、３３〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１５又は１１６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３３ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１１７又は１１８の塩基配列の１つを含み、３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり配列番号１１７又は１１８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３６ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシンを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドは、転写物中の（ＧＣＧ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ヒト遺伝性疾患：ＡＲＸ、ＣＢＦＡ１、ＦＯＸＬ２、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＤ１３、ＯＰＤＭ／ＰＡＢＰ２、ＴＣＦＢＲ１又はＺＩＣ２遺伝子におけるリピート伸長によって生じる、乳児痙攣症候群、鎖骨頭蓋異形成症（ｄｅｉｄｏｃｒａｎｉａｌ ｄｙｓｐｌａｓｉａ）、瞼裂狭小、手足生殖器病（ｈａｎｄ−ｆｏｏｔ−ｇｅｎｉｔａｌ ｄｉｓｅａｓｅ）、合多指症、眼咽頭型筋ジストロフィー及び／又は全前脳症の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＧＣＧ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。ｍは整数である。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。本実施形態において、ｍは４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２であり得る。ｍの好ましい値は７である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）ｍ［式中、少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号１３〜２１）を含む又はからなる。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号１３〜２１）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）７［式中、少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。］（配列番号１６）を含む又はからなる。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。］（配列番号１６）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＸＧＸ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１１９〜１３２として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１１９又は１２０の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１９又は１２０の塩基配列の１つを含み、１６〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１１９又は１２０の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１２１又は１２２の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号９０〜１０６の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２１又は１２２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１２３又は１２４の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２３又は１２４の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２３又は１２４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１２５又は１２６の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２５又は１２６の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２５又は１２６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１２７又は１２８の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２７又は１２８の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２７又は１２８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１２９又は１３０の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２９又は１３０の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１２９又は１３０の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１３１又は１３２の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３１又は１３２の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３１又は１３２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシンを含むオリゴヌクレオチドは、転写物中の（ＣＧＧ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、標的化する、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ＦＭＲ１遺伝子中のリピート伸長によって生じるヒト脆弱Ｘ症候群の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＣＧＧ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。
ｍは整数である。本実施形態において、ｍは４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２であり得る。ｍの好ましい値は７である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号２２〜３０）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号２２〜３０）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）７［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。］（配列番号２５）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。］（配列番号２５）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＸＸＧ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１３３〜１４６として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１３３又は１３４の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３３又は１３４の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３３又は１３４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１３５又は１３６の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３５又は１３６の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３５又は１３６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１３７又は１３８の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３７又は１３８の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３７又は１３８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１３９又は１４０の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３９又は１４０の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１３９又は１４０の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１４１又は１４２の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４１又は１４２の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４１又は１４２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１４３又は１４４の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４３又は１４４の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、塩基番号１４３又は１４４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１４５又は１４６の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４５又は１４６の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４５又は１４６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシルを含むオリゴヌクレオチドは、転写物中の（ＧＡＡ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、標的化する、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ヒト遺伝性障害フリードライヒ失調症の治療、遅延及び／又は予防のために特に有用である。
好ましい実施形態では、（ＧＡＡ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＹＹＸ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。
ｍは整数である。本実施形態において、ｍは４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２であり得る。ｍの好ましい値は７である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＹＹＸ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号３１〜３９）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＹＹＸ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｙは５−メチルウラシルである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号３１〜３９）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＹＹＸ）７［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである。］（配列番号３４）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＹＹＸ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｙは５−メチルウラシルである。］（配列番号３４）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１４７〜１６７として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１４７又は１４８の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４７又は１４８の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４７又は１４８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１４９又は１５０の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４９又は１５０の塩基配列の１つを含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１４９又は１５０の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１５１又は１５２の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５１又は１５２の塩基配列の１つを含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５１又は１５２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１５３〜１５７の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５３〜１５７の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５３〜１５７の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１５８又は１５９の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５８又は１５９の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１５８又は１５９の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６０又は１６１の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６０又は１６１の塩基配列の１つを含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６０又は１６１の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６２又は１６３の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６２又は１６３の塩基配列の１つを含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６２又は１６３の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６４又は１６５の塩基配列の１つを含み、３３〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６４又は１６５の塩基配列の１つを含み、３３〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６４又は１６５の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３３ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６６又は１６７の塩基配列の１つを含み、３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６６又は１６７の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３６ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシンを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドは転写物中の（ＣＣＧ）ｎ又は（ＧＣＣ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ＦＭＲ２遺伝子中のリピート伸長によって生じるヒト遺伝性障害脆弱ＸＥ精神遅滞の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＣＣＧ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）ｍ又は（ＧＧＸ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。ｍは整数である。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。本実施形態において、ｍは４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２であり得る。ｍの好ましい値は７である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）ｍ又は（ＧＧＸ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号４９〜５７又は配列番号４０〜４８）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）ｍ又は（ＧＧＸ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。ｍは４〜１２の整数である。］（配列番号４９〜５７又は配列番号４０〜４８）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）７又は（ＧＧＸ）７［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシンである。］（配列番号５２又は配列番号４３）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）７又は（ＧＧＸ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシンである。］（配列番号５２又は配列番号４３）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＧＧＸ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１６８〜１７７として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６８の塩基配列を含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６８の塩基配列を含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６８の塩基配列からなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１６９の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６９の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１６９の塩基配列からなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７０の塩基配列からなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７１〜１７４の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７１〜１７４の塩基配列の１つを含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７１〜１７４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７５の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７５の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７５の塩基配列からなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７６の塩基配列を含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７６の塩基配列を含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７６の塩基配列からなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７７の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７７の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７７の塩基配列からなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
反復ヌクレオチド単位（ＸＧＧ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１７８〜１８４として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７８の塩基配列を含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７８の塩基配列を含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７８の塩基配列からなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１７９の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７９の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１７９の塩基配列からなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８０の塩基配列からなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８１の塩基配列を含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８１の塩基配列を含み、２１〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８１の塩基配列からなる塩基配列を有し、２１ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８２の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８２の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８２の塩基配列からなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８３の塩基配列を含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８３の塩基配列を含み、２７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８３の塩基配列からなる塩基配列を有し、２７ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８４の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８４の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８４の塩基配列からなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は２，６−ジアミノプリンを含むオリゴヌクレオチドは、転写物中の（ＣＣＵＧ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ＤＭ２／ＺＮＦ９遺伝子中のリピート伸長によって生じるヒト遺伝性障害２型筋緊張性ジストロフィー（ＤＭ２）の治療、遅延及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＣＣＵＧ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＺは２，６−ジアミノプリンである。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。
ｍは整数である。本実施形態において、ｍは３、４、５、６、７、８、９であり得る。ｍの好ましい値は５である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＸは５メチル−シトシン、及び／又は少なくとも１つのＡは２，６−ジアミノプリンである。ｍは３〜９の整数である。］（配列番号６３〜６９）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）ｍ［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｚは２，６−ジアミノプリンである。ｍは３〜９の整数である。］（配列番号６３〜６９）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）５［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＺは２，６−ジアミノプリンである。］（配列番号６５）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）５［式中、各Ｘは５−メチル−シトシン、及び／又は各Ｚは２，６−ジアミノプリンである。］（配列番号６５）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＸＺＧＧ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１９３〜２０８として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９３又は１９４の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９３又は１９４の塩基配列の１つを含み、１２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９３又は１９４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９５又は１９６の塩基配列の１つを含み、１６〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９５又は１９６の塩基配列の１つを含み、１６〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９５又は１９６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１６ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９７〜２００の塩基配列の１つを含み、２０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９７〜２００の塩基配列の１つを含み、２０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９７〜２００の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２０ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２０１又は２０２の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０１又は２０２の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０１又は２０２の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２０３又は２０４の塩基配列の１つを含み、２８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０３又は２０４の塩基配列の１つを含み、２８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０３又は２０４の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２０５又は２０６の塩基配列の１つを含み、３２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０５又は２０６の塩基配列の１つを含み、３２〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０５又は２０６の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３２ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２０７又は２０８の塩基配列の１つを含み、３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０７又は２０８の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、３６ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含むオリゴヌクレオチドは、イントロン中の（ＡＵＵＣＵ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、１０型ヒト遺伝性障害脊髄小脳失調症（ＳＣＡ１０）の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。この遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＡＵＵＣＵ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）ｍ［式中、各ＹはＵ又は５−メチルウラシル、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＹは５−メチルウラシル、及び／又は少なくとも１つのＺは２，６−ジアミノプリンである。］を含む又はからなり、１２〜３６ヌクレオチドの長さを有する。
ｍは整数である。本実施形態において、ｍは３、４、５、６、７であり得る。ｍの好ましい値は４である。
したがって、より好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）ｍ［式中、各ＹはＵ又は５−メチルウラシル、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＹは５−メチルウラシル、及び／又は少なくとも１つのＺは２，６−ジアミノプリンである。ｍは３〜７の整数である。］（配列番号５８〜６２）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）ｍ［式中、各Ｙは５−メチルウラシル、及び／又は各Ｚは２，６−ジアミノプリンである。ｍは３〜７の整数である。］（配列番号５８〜６２）を含む又はからなる。
したがって、さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）４［式中、各ＹはＣ又は５−メチルウラシル、各ＺはＡ又は２，６−ジアミノプリンである。少なくとも１つのＹは５−メチルウラシル、及び／又は少なくとも１つのＺは２，６−ジアミノプリンである。］（配列番号５９）を含む又はからなる。
さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）４［式中、各Ｙは５−メチルウラシル、及び／又は各Ｚは２，６−ジアミノプリンである。］（配列番号５９）を含む又はからなる。
反復ヌクレオチド単位（ＺＧＺＺＹ）ｍを含む又はからなる最も好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号１８５〜１９２として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８５の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８５の塩基配列を含み、１５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８５の塩基配列からなる塩基配列を有し、１５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１８６〜１８９の塩基配列の１つを含み、２０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８６〜１８９の塩基配列の１つを含み、２０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１８６〜１８９の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２０ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９０の塩基配列を含み、２５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９０の塩基配列を含み、２５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９０の塩基配列からなる塩基配列を有し、２５ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９１の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９１の塩基配列を含み、３０〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９１の塩基配列からなる塩基配列を有し、３０ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号１９２の塩基配列を含み、３５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９２の塩基配列を含み、３５〜３６ヌクレオチド、より好ましくは３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号１９２の塩基配列からなる塩基配列を有し、３５ヌクレオチドの長さを有する。
別の実施形態では、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は脱塩基モノマー及び／又はイノシンを含むオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２ヒト転写物中に存在する（ＧＧＧＧＣＣ）ｎリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、ヒト遺伝性障害筋萎縮性側索硬化症（ａｍｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）（ＡＬＳ）又は前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）の治療、遅延、寛解及び／又は予防のために特に有用である。これらの遺伝子は好ましくはヒト由来である。
好ましい実施形態では、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎリピートに逆相補的である、結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）又は標的化するものと特定されるオリゴヌクレオチドは、反復ヌクレオチド単位（ＧＧＸＵＸＸ）ｍ、（ＧＧＸＱＸＸ）ｍ、（ＧＧＸＩＸＸ）ｍ又は（ＧＧＣＣＵＣ）ｍ［式中、各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各Ｑは脱塩基モノマー、各Ｉはイノシンである。少なくとも１つのＸは５−メチルシトシンである。ｍは整数である。］を含む又はからなり、１７〜３６ヌクレオチドの長さを有する。本実施形態において、ｍは３、４、５、６、７であり得る。ｍの好ましい値は３又は４である。
より好ましくは、前記オリゴヌクレオチドは、表１に記載の反復ヌクレオチド単位配列番号２１６〜２１９を含む又はからなる。反復ヌクレオチド単位（ＧＧＸＵＸＸ）ｍ、（ＧＧＸＱＸＸ）ｍ、（ＧＧＸＩＸＸ）ｍ又は（ＧＧＣＣＵＣ）ｍを含む又はからなるさらに好ましいオリゴヌクレオチド配列は、配列番号２０９〜２１５として表２に記載されている。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２０９又は２１１の塩基配列の１つを含み、１７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０９又は２１１の塩基配列の１つを含み、１７〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２０９又は２１１の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、１７又は１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２１０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１０の塩基配列を含み、１８〜３６ヌクレオチド、より好ましくは１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１０の塩基配列からなる塩基配列を有し、１８ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２１２又は２１５の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１２又は２１５の塩基配列の１つを含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１２又は２１５の塩基配列の１つからなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２１３の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１３の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１３の塩基配列からなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなる好ましいオリゴヌクレオチドは、配列番号２１４の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。さらに好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１４の塩基配列を含み、２４〜３６ヌクレオチド、より好ましくは２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドの長さを有する。最も好ましいオリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡからなり、配列番号２１４の塩基配列からなる塩基配列を有し、２４ヌクレオチドの長さを有する。
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを好ましくは含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリン塩基を含み、少なくとも１２〜３６連続ヌクレオチドを含む又はからなるヌクレオチド配列によって表され、該オリゴヌクレオチドは、前述のリピートを標的化する、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、結合する（又は結合できる）及び／又は逆相補的である。より好ましくは、前記ヌクレオチド配列は、少なくとも１２〜３６ヌクレオチド、さらに好ましくは１５〜２４、最も好ましくは２０若しくは２１ヌクレオチドを含む又はからなる。前記オリゴヌクレオチドの長さは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５又は３６ヌクレオチドであり得る。前記オリゴヌクレオチドは、転写物のコード領域中のリピートに、好ましくはポリグルタミン（ＣＡＧ）ｎコードトラクトに逆相補的である及び／又はハイブリダイズ可能である及び／又は標的化可能である及び／又は結合可能であり得る。また、前記オリゴヌクレオチドは、前駆体ＲＮＡ分子中に存在する非コード領域、例えば５’又は３’非翻訳領域又はイントロン配列に逆相補的である及び／又はハイブリダイズ可能である及び／又は標的化可能である及び／又は結合可能であり得る。
本発明において、表現「可能である」は「（することが）できる」に置き換えられ得る。
第二の態様において、本発明は、１つ又は複数の脱塩基部位を一方又は両方の末端に含むオリゴヌクレオチドに関する。好ましくは１〜１０個、より好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９又は１０個、最も好ましくは４個の脱塩基部位がオリゴヌクレオチドの末端の一方又は両方に存在する。１つ又は複数の脱塩基部位は、オリゴヌクレオチドの遊離末端（５’及び３’）の両方に又は一方のみに存在し得る。本発明の本態様に係るオリゴヌクレオチドは、上述の（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ又は（ＣＣＵＧ）ｎから選択されるＲＮＡ転写物中の反復エレメントに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である配列を含む又はからなるヌクレオチド又は塩基配列によって好ましくは表される。前記オリゴヌクレオチドは、好ましくは１本鎖オリゴヌクレオチドであり、場合により５−メチル−Ｃ、５−メチル−Ｕ、２，６−ジアミノプリン、２’−Ｏ−メチル、ホスホロチオエート及びそれらの組合せなどの１つ又は複数の塩基修飾、糖修飾及び／又は骨格修飾などの本明細書で議論した任意の修飾をさらに含み得る。本発明の本態様においてこれらの修飾が強制的ではないことは理解される。
一方又は両方の末端に１つ又は複数の脱塩基部位を含む本発明の本態様に係るオリゴヌクレオチドは、そのような脱塩基部位を含まないオリゴヌクレオチドよりも改善されたパラメーターを有する。ここで、第一の態様の本発明のオリゴヌクレオチドの改善されたパラメーターとの関連で本明細書中に先に説明したように、パラメーターは、前記オリゴヌクレオチドの結合親和性及び／又は動態、サイレンシング活性、対立形質選択性、生物学的安定性、（組織内）分布、細胞取り込み及び／又は輸送、及び／又は免疫原性を含み得る。第一の態様のオリゴヌクレオチドの改善されたパラメーターに関して本明細書で提供される各アッセイ及び定義は、第二の態様のオリゴヌクレオチドにも保持される。
以下、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＲＮＡを含む又はからなり、５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル塩基を含み、（ＣＵＧ）ｍを含むヌクレオチド又は塩基配列によって表され、したがって、（ＣＡＧ）ｎに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的であるオリゴヌクレオチドを例に取って本発明をさらに説明する。そのようなオリゴヌクレオチドに関して定義される同様のパラメーターは、本発明の範囲内に含まれ、本明細書に記載の他のリピートに結合する（又は結合できる）、ハイブリダイズする（又はハイブリダイズできる）、標的化する及び／又は逆相補的である他のオリゴヌクレオチドに関して当業者によって定義され得る。また、他の又は同様の症状は、本明細書に記載の他の疾患に関して当業者によって同定され得る。
好ましい実施形態では、本明細書で設計されるオリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがＨＴＴ、ＡＴＸＮ１、ＡＴＸＮ２、ＡＴＸＮ３、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＡＴＸＮ７、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ、ＴＢＰ、ＡＲ又はＡＴＮ１遺伝子の疾患性アレルの（毒性）転写物の量を患者の細胞中、患者の組織中及び／又は患者において低減する又は減少させることができる場合、ＨＴＴ（配列番号８０）、ＡＴＸＮ１（配列番号８１）、ＡＴＸＮ２（配列番号８２）、ＡＴＸＮ３（配列番８３）、ＣＡＣＮＡ１Ａ（配列番号８４）、ＡＴＸＮ７（配列番号８５）、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ（配列番号８６）、ＴＢＰ（配列番号８７）、ＡＲ（配列番号８８）、ＡＴＮ１（配列番号８９）遺伝子の転写物中のＣＡＧリピート伸長によって生じるハンチントン病（ＨＤ）、１、２、３、６、７、１２又は１７型脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、Ｘ連鎖性脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）及び／又は歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）のようなヒト遺伝性障害を遅延及び／又は治癒及び／又は治療及び／又は予防及び／又は寛解させ得る。一実施形態では、前記ＨＴＴ、ＡＴＸＮ１、ＡＴＸＮ２、ＡＴＸＮ３、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＡＴＸＮ７、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ、ＴＢＰ、ＡＲ又はＡＴＮ１遺伝子はヒト遺伝子である。
ＨＤの場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＨＴＴ遺伝子のエクソン１に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＨＴＴ遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む３８〜１８０反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ１の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＸＮ１遺伝子のエクソン８に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＸＮ１遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む４１〜８３反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ２の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＸＮ２遺伝子のエクソン１に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＸＮ２遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む３２〜２００反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ３の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＸＮ３遺伝子のエクソン８に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＸＮ３遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む５２〜８６反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ６の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＣＡＣＮＡ１Ａ遺伝子のエクソン４７に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＣＡＣＮＡ１Ａ遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む２０〜３３反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ７の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＸＮ７遺伝子のエクソン３に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＸＮ７遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む３６〜４６０反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ１２の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は、患者のゲノム中のＰＰＰ２Ｒ２Ｂ遺伝子の５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、イントロン又はオープンリーディングフレーム内に存在し得る。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む６６〜７８反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＣＡ１７の場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＴＢＰ遺伝子のエクソン３に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＴＢＰ遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む４５〜６６反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＡＬＳ又はＦＴＤの場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＸＮ２遺伝子のエクソン１に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＸＮ２遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む２７〜３３反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＡＬＳ又はＦＴＤの場合、伸長ＧＧＧＧＣＣリピート領域は、患者のゲノム中のＣ９ＯＲＦ７２遺伝子の第一イントロンに存在する。本明細書において、伸長ＧＧＧＧＣＣリピート領域は、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の転写配列においてＧＧＧＧＣＣヘキサヌクレオチドを含む３０超の反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＳＢＭＡの場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＲ遺伝子のエクソン１に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＲ遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む４０反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
ＤＲＰＬＡの場合、伸長ＣＡＧリピート領域は患者のゲノム中のＡＴＮ１遺伝子のエクソン５に存在する。本明細書において、伸長ＣＡＧリピート領域は、ＡＴＮ１遺伝子の転写配列において、ＣＡＧトリヌクレオチドを含む４９〜８８反復単位の連続反復を含むものと定義され得る。
本明細書全体を通じて、用語ＣＡＧリピートは（ＣＡＧ）ｎに置き換えられ、逆も同様であり、式中、ｎは、リピートが健常個体のＨＴＴ転写物のエクソン１に存在する場合は６〜２９、リピートが健常個体のＡＴＸＮ１遺伝子のエクソン８に存在する場合は６〜３９、リピートが健常個体のＡＴＸＮ２遺伝子のエクソン１に存在する場合は３１未満、リピートが健常個体のＡＴＸＮ３遺伝子のエクソン８に存在する場合は１２〜４０、リピートが健常個体のＣＡＣＮＡ１Ａ遺伝子のエクソン４７に存在する場合は１８未満、リピートが健常個体のＡＴＸＮ７遺伝子のエクソン３に存在する場合は４〜１７、リピートが健常個体のＰＰＰ２Ｒ２Ｂ遺伝子の５’ＵＴＲに存在する場合は７〜２８、リピートが健常個体のＴＢＰ遺伝子のエクソン３に存在する場合は２５〜４２、リピートが健常個体のＡＲ遺伝子のエクソン１に存在する場合は１３〜３１、リピートが健常個体のＡＴＸＮ３遺伝子のエクソン８に存在する場合は１２〜４０、又はリピートが健常個体のＡＴＮ１遺伝子のエクソン５に存在する場合は６〜３５であり得る整数である。
それは、本発明のオリゴヌクレオチドが、患者の細胞において、患者の組織において及び／又は患者において、伸長している又は不安定な数のＣＡＧリピートを含有する疾患関連の又は疾患を引き起こす又は変異体の転写物の検出可能な量を低減することを好ましくは意味する。あるいは又はさらに、前記オリゴヌクレオチドは、前記変異体転写物の翻訳及びしたがって変異（毒性）タンパク質の量を低減し得る。伸長ＣＡＧリピート転写物の量の低減又は減少は、治療前の伸長ＣＡＧリピート転写物の量と比較して少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％であり得る。別のパラメーターは、（ＣＡＧ）ｎ転写物又は前記変異体転写物の量の減少であり得る。これは、治療開始時に検出された前記転写物の量と比較して少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％であり得る。
低減又は減少は、（好ましくは実験パートで実施される）ノーザンブロッティング又はＱ−ＲＴ−ＰＣＲによって評価され得る。本発明のオリゴヌクレオチドは、実験パートの実施例１に記載のようにまず細胞系で試験され得る。
あるいは又は前述の好ましい実施形態と組み合わせられて、本明細書で設計されるオリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドが個体におけるハンチントン病（ＨＤ）、１、２、３、６、７、１２若しくは１７型脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、Ｘ連鎖性脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）及び／又は歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）に連結する又は関連する、１つ又は複数の症状及び／又は特徴を緩和できる、及び／又はパラメーターを改善できる場合に、ＨＴＴ、ＡＴＸＮ１、ＡＴＸＮ２、ＡＴＸＮ３、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＡＴＸＮ７、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ、ＴＢＰ、ＡＲ又はＡＴＮ１遺伝子の転写物におけるＣＡＧリピート伸長によって生じる、ハンチントン病（ＨＤ）、１、２、３、６、７、１２又は１７型脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、Ｘ連鎖性脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）及び／又は歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）のようなヒト遺伝性障害を遅延及び／又は治癒及び／又は治療及び／又は予防及び／又は寛解できる。本明細書に記載される本発明のオリゴヌクレオチドの用量を用いた少なくとも１週間、１か月、６か月、１年又はそれ以上の治療後にパラメーターが改善されたといえる又は症状若しくは特徴が低減されたといえる場合、該オリゴヌクレオチドは該パラメーターを改善できる又は該症状若しくは特徴を低減できる。
ここで、改善は、前記パラメーターが健常個体についての前記パラメーターの値に向けて及び／又は治療開始時の同じ個体における前記パラメーターの値と対応する前記パラメーターの値に向けて顕著に変化していることを意味し得る。
ここで、低減又は緩和は、前記症状又は特徴が健常個体に特徴的である前記症状若しくは特徴の不在に向けて及び／又は治療開始時の同じ個体の状態に対応する前記症状若しくは特徴の変化に向けて顕著に変化していることを意味し得る。
ここで、ハンチントン病についての症状は、舞踏病様運動、進行性認知症及び精神所見（鬱病、精神病など）である。舞踏病様運動は、顔面攣縮又はライジング及び遠位部位の攣縮を含む不随意性で、素早い、不規則の、痙攣様モーター動作及び後のより一般的な形態（歩行障害であり得る。）からなる（Ｒｏｐｐｅｒ及びＢｒｏｗｎ，２００５）。これらの各症状は、既知及び記載の方法を用いて医師によって評価され得る。好ましい方法は、全機能（ＴＦＣ）のモニタリング、実証された評価基準によって測定されたＨＤの３つの主な症状領域に関する実証された基準又は症状の進行である。これらの領域は、特にモーターサインの進行、精神神経系症状の進行及び認知機能低下の進行である。したがって、別の好ましい基準はＵｎｉｆｉｅｄ ＨＤ Ｒａｔｉｎｇ Ｓｃａｌｅ（ＵＨＤＲＳ；ハンチントン研究グループ（Ｋｉｅｂｕｒｔｚ Ｋ．ら，１９９６； １１： １３６〜１４２）である。
ハンチントン病（ＨＤ）、１、２、３、６、７又は１７型脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、Ｘ連鎖性脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）及び歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）は、遺伝子のコード領域におけるＣＡＧトリプレットリピート伸長によってすべて生じる。これらの疾患において疾患を引き起こすタンパク質は異なるが、それぞれの場合において生じるグルタミンの伸長ストレッチは、タンパク質の毒性の機能獲得を生じ、これが神経変性をもたらす。タンパク質凝集物が細胞の核及び細胞質において見られ、タンパク質ミスフォールディングがこれらの障害の共通の特質であることを示唆している。したがって、共通の好ましいパラメーターは、ウエスタンブロット分析（Ｅｖｅｒｓら）によって決定され得る（変異）タンパク質レベル、又はｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによってモニターされ得る核及び／又は細胞質におけるタンパク質凝集物の存在である。ＨＤパラメーターの改善は、タンパク質凝集物の量の検出における減少であり得る。そのような減少は、治療開始前のタンパク質凝集物の量に対して、少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％であり得る。
ＨＤに関しては、種々の他のタンパク質がｈｔｔ凝集物、すなわち、ＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、及びいくつかの分子シャペロンと共存していることが見出されている（Ｈｕａｎｇら；Ｍｕｃｈｏｗｓｋｉら；Ｒｏｏｎ−Ｍｏｍら；Ｓｔｅｆｆａｎら）。また、影響を受ける多数の細胞内プロセス（例えば、転写調節解除、ミトコンドリア機能障害、小胞輸送障害）がＨＤにおいて同定されており、それにより、ＨＤに関する代替的パラメーターが提供され得る（Ｂａｕｅｒら，２００９；Ｒｏｓｓら）。これらの可能な代替的ＨＤパラメーター（すなわち、ＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、及びいくつかの分子シャペロン）の各々の改善は、上述のタンパク質凝集物の改善とみなされ得る。
組成物：
第二の態様では、「オリゴヌクレオチド」という標題の先のセクションに記載されているオリゴヌクレオチドを含む組成物が提供される。この組成物は、好ましくは上記オリゴヌクレオチドを含む又はからなる又はから本質的になる。
ＡＬＳ及びＦＴＤに関して本発明の第一の態様において説明されているように、少なくとも２つの異なる転写物中の少なくとも２つの異なるリピートが疾患に関与する、疾患の原因となる又は疾患に関連する可能性があることは知られている。これらのオリゴヌクレオチドの各々に関連するすべての好ましい特質は、「オリゴヌクレオチド」と題するセクションに開示されている。
好ましい実施形態では、前記組成物は、医薬としての使用のためのものである。したがって、前記組成物は医薬組成物である。医薬組成物は通常、薬学的に許容される担体、希釈剤及び／又は賦形剤を含む。好ましい実施形態では、本発明の組成物は本明細書に記載の化合物を含み、任意選択で、薬学的に許容される製剤、充填剤、防腐剤、可溶化剤、担体、希釈剤、賦形剤、塩、アジュバント及び／又は溶媒をさらに含む。そのような薬学的に許容される担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、希釈剤、塩、アジュバント、溶媒及び／又は賦形剤は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，第２０版，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ：Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，２０００に見出され得る。本発明に記載されている化合物は少なくとも１つのイオン化基を有する。イオン化基は塩基又は酸であり得、電荷を帯びていても中性であってもよい。イオン化基は、反対の電荷を保有する適切な対イオンとのイオン対として存在してもよい。カチオン性対イオンの例は、ナトリウム、カリウム、セシウム、トリス、リチウム、カルシウム、マグネシウム、トリアルキルアンモニウム、トリエチルアンモニウム及びテトラアルキルアンモニウムである。アニオン性対イオンの例は、塩化物、臭化物、ヨウ化物、乳酸塩、メシル酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩及びクエン酸塩である。対イオンの例は記載されている［例えば、Ｋｕｍａｒ Ｌ．ら，２００８（これは、参照によりその全体が本明細書に組み入れられている）］。
医薬組成物は、前記化合物の安定性、溶解性、吸収性、生物学的利用能、薬物動態及び細胞取り込みを増強するのをさらに補助するようにさらに製剤化され得、特に、錯体、ナノ粒子、ミクロ粒子、ナノチューブ、ナノゲル、ヒドロゲル、ポロキサマー又はプルロニック、ポリマーソーム、コロイド、微小気泡、ベシクル、ミセル、リポプレックス及び／又はリポソームを形成できる賦形剤を含む製剤であり得る。ナノ粒子の例には、ポリマーナノ粒子、金ナノ粒子、磁性ナノ粒子、シリカナノ粒子、脂質ナノ粒子、糖粒子、タンパク質ナノ粒子及びペプチドナノ粒子が含まれる。
好ましい組成物は、筋肉及び／又は脳組織及び／又は神経組織及び／又は細胞に対する、及び／又はその中への、前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの標的化及び／又は送達を促進することをさらに補助し得る少なくとも１つの賦形剤を含む。細胞は筋肉又は神経細胞であり得る。
これらの賦形剤の多くは当技術分野において知られており（例えば、Ｂｒｕｎｏ，２０１１参照）、第１のタイプの賦形剤と分類され得る。第１のタイプの賦形剤の例には、ポリマー（例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、ポリプロピレンイミン（ＰＰＩ）、デキストラン誘導体、ブチルシアノアクリレート（ＰＢＣＡ）、ヘキシルシアノアクリレート（ＰＨＣＡ）、ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）、ポリアミン（例えば、スペルミン、スペルミジン、プトレシン、カダベリン）、キトサン、ポリ（アミドアミン）（ＰＡＭＡＭ）、ポリ（エステルアミン）、ポリビニルエーテル、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、シクロデキストリン、ヒアルロン酸、コロミン酸、及びそれらの誘導体）、デンドリマー（例えばポリ（アミドアミン））、脂質｛例えば、１，２−ジオレオイル−３−ジメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＤＡＰ）、ジオレオイルジメチルアンモニウムクロライド（ＤＯＤＡＣ）、ホスファチジルコリン誘導体［例えば１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＳＰＣ）］、リゾホスファチジルコリン誘導体［例えば１−ステアロイル−２−リゾ−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（Ｓ−ＬｙｓｏＰＣ）］、スフィンゴミエリン、２−｛３−［ビス−（３−アミノ−プロピル）−アミノ］−プロピルアミノ｝−Ｎ−ジテトラセジルカルバモイルメチルアセトアミド（ＲＰＲ２０９１２０）、ホスホグリセロール誘導体［例えば１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホグリセロールナトリウム塩（ＤＰＰＧ−Ｎａ）］、ホスファチジン酸誘導体［１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスファチジン酸 ナトリウム塩（ＤＳＰＡ）］、ホスファチジルエタノールアミン誘導体［例えば、ジオレオイル−ホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＳＰＥ）、２−ジフィタノイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＰｈｙＰＥ）］、Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム（ＤＯＴＡＰ）、Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム（ＤＯＴＭＡ）、１，３−ジ−オレオイルオキシ−２−（６−カルボキシ−スペルミル−プロピルアミド（ＤＯＳＰＥＲ）、（１，２−ジミリスチオールキシプロピル−３−ジメチルヒドロキシエチルアンモニウム（ＤＭＲＩＥ）、Ｎ１−コレステリルオキシカルボニル−３，７−ジアザノナン−１，９−ジアミン（ＣＤＡＮ）、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、１−パルミトイル−２−オレオイル−ｓｎ−グリセロール−３−ホスホコリン（ＰＯＰＣ）、ｂ−Ｌ−アルギニル−２，３−Ｌ−ジアミノプロピオン酸−Ｎ−パルミチル−Ｎ−オレリル−アミドトリヒドロクロライド（ＡｔｕＦＥＣＴ０１）、Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン誘導体［例えば、１，２−ジステアロイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アミノプロパン（ＤｏＤＭＡ）、１，２−ジリノレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノメチル［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ）］、ホスファチジルセリン誘導体［１，２−ジオレイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホ−Ｌ−セリン ナトリウム塩（ＤＯＰＳ）］、コレステロール｝、タンパク質（例えば、アルブミン、ゼラチン、アテロコラーゲン）、及びペプチド（例えば、プロタミン、ＰｅｐＦｅｃｔｓ、ＮｉｃｋＦｅｃｔｓ、ポリアルギニン、ポリリシン、ＣＡＤＹ、ＭＰＧ）が含まれる。
別の好ましい組成物は、第２のタイプの賦形剤と分類される少なくとも１つの賦形剤を含み得る。第２のタイプの賦形剤は、本発明の組成物及び／又はオリゴヌクレオチドの、例えば筋肉又は神経組織又は細胞などの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織及び／又は細胞内への標的化及び／又は送達を増強するために本明細書に記載されているコンジュゲート基を含む又は含み得る。いずれのタイプの賦形剤も、本明細書に記載の１つの単一組成物中に一緒に混合され得る。
当業者は、本発明に使用するための化合物を製剤化し、送達するために上記又は他の代替的な賦形剤及び送達系の１つ又は複数を選択、混合及び／又は適合できる。
本発明のそのような医薬組成物は、設定時間において有効濃度で動物、好ましくは哺乳動物に投与され得る。より好ましい哺乳動物はヒトである。本発明に従って使用するための本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物は、本明細書に記載の疾患又は状態を罹患している又は発症するリスクのある個体のｉｎ ｖｉｖｏでの細胞、組織及び／又は器官への直接投与に好適であり得、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｔｒｏで直接投与され得る。投与は、全身及び／又は非経口経路、例えば静脈内、皮下、脳室内、髄腔内、筋肉内、鼻腔内、腸内、硝子体内、大脳内、硬膜外又は経口経路経由であり得る。
好ましくは、本発明のそのような医薬組成物は、経口送達のためにエマルション、懸濁剤、丸薬、錠剤、カプセル剤若しくは軟質ゲルの形態で、又は気道及び肺に送達するためにエアロゾル若しくは乾燥粉末の形態でカプセル化され得る。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、前記疾患の治療に使用されることが既に知られている別の化合物と一緒に使用されてもよい。そのような他の化合物は、疾患の進行を遅らせるため、異常な行為若しくは運動を低減するため、筋肉組織炎症を低減するため、筋肉繊維及び／又は神経の機能、統合性及び／又は生存を改善するため、及び／又は心機能を改善、増大若しくは回復させるために使用され得る。例としては、これらに限定されないが、ステロイド、好ましくは（糖質）コルチコステロイド、ＡＣＥ阻害剤（好ましくはペリンドプリル）、１型アンジオテンシンＩＩ受容体遮断薬（好ましくはロサルタン）、腫瘍壊死因子−アルファ（ＴＮＦα）阻害剤、ＴＧＦβ阻害剤（好ましくはデコリン）、ヒト組換えビグリカン、ｍＩＧＦ−１源、ミオスタチン阻害剤、マンノース−６−リン酸、ダントロレン、ハロフジノン、酸化防止剤、イオンチャネル阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、ホスホジエステラーゼ阻害（好ましくはシルデナフィル若しくはタダラフィルなどのＰＤＥ５阻害剤、及び／又はＰＤＥ１０Ａ阻害剤及び／又はＭＰ−１０）、Ｌ−アルギニン、ドパミン遮断薬、アマンタジン、テトラベナジン、補酵素Ｑ１０、抗うつ剤、抗精神薬、抗てんかん薬、気分安定化薬（一般にオメガ３−脂肪酸）、クレアチン一水和物、ＣＨＤＩ２４６などのＫＭＯ阻害剤（キヌレニンモノオキシゲナーゼ）又はＰＢＴ２などのＨＤＡＣ４阻害剤。そのような組み合わされた使用は逐次使用であってもよく、各成分が別個の組成物で投与されてもよい。あるいは、各成分は単一組成物中で一緒に使用されてもよい。
使用：
さらなる態様では、医薬若しくは治療の一部として使用するための、先のセクションに記載されている組成物又はオリゴヌクレオチドの使用、又は前記オリゴヌクレオチドがその活性を細胞内に与える適用が提供される。
好ましくは、本発明のオリゴヌクレオチド又は組成物は、ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を予防する、遅延させる、治癒する、寛解させる及び／又は治療するための薬物又は療法の一部としての使用のためである。ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性障害は、好ましくは神経筋遺伝性障害であり、より好ましくは前述のものである。
方法：
さらなる態様では、個体、前記個体の細胞、組織又は器官における先のセクションに記載の状態又は疾患を予防、治療、治癒、寛解及び／又は遅延する方法が提供される。該方法は、本発明のオリゴヌクレオチド又は組成物を、それを必要とする前記個体又は対象に投与するステップを含む。
本発明に係る方法において、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物は、本明細書に記載の疾患のいずれかに罹患している又は発症するリスクのある個体のｉｎ ｖｉｖｏでの細胞、組織及び／又は器官への投与に好適であり得、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｔｒｏで投与され得る。必要とする個体又は対象は、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。
さらなる態様では、本発明のオリゴヌクレオチドが放射性標識又は蛍光標識と共に提供される、診断するための方法が提供される。本方法では本発明のオリゴヌクレオチドは、対象由来の試料中のフォーカス（リピート伸長から生じるＲＮＡ／タンパク質凝集物）を検出するためのｉｎ ｓｉｔｕプローブとして使用され得る。前記試料は前記対象由来の細胞を含む。
一実施形態では、本発明の方法において、オリゴヌクレオチド又は組成物の濃度は０．０１ｎＭ〜１μＭである。より好ましくは、使用される濃度は０．０５〜５００ｎＭ又は０．１〜５００ｎＭ又は０．０２〜５００ｎＭ又は０．０５〜５００ｎＭであり、さらに好ましくは１〜２００ｎＭである。
本発明に係るオリゴヌクレオチド又は組成物の用量範囲は、好ましくは、厳格なプロトコール要件が存在する臨床試験（ｉｎ ｖｉｖｏでの使用）における上昇用量研究に基づいて設計される。本明細書に記載のオリゴヌクレオチドは、０．０１〜２００ｍｇ／ｋｇ又は０．０５〜１００ｍｇ／ｋｇ又は０．１〜５０ｍｇ／ｋｇ又は０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、好ましくは０．５〜１０ｍｇ／ｋｇの範囲の用量で使用され得る。
本発明のオリゴヌクレオチド又は組成物の用量範囲は、
１００〜３００μｇ／週、合計８〜１２回の注射、又は
１５０〜２５０μｇ／週、合計９〜１１回の注射、又は
２００μｇ／週、合計１１回の注射、又は
１０〜３５０μｇ／日、２週間、又は
５０〜２５０μｇ／日、２週間、又は
１００〜２００μｇ／日、２週間、又は
２０〜８０μｇ／日、２週間、又は
２００〜３２０μｇ／日、２週間、又は
３２０μｇ／日、２週間、又は
３０μｇ／日、２週間
である用量でも使用され得る。
上述のオリゴヌクレオチド又は組成物の濃度又は用量の範囲は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｅｘ ｖｉｖｏでの使用に好ましい濃度又は用量である。当業者は、使用されるオリゴヌクレオチドの同一性に応じて、治療される標的細胞、遺伝子標的及びその発現レベル、使用される培地並びにトランスフェクション及びインキュベーション条件、使用されるオリゴヌクレオチドの濃度又は用量がさらに変更され得、さらに最適化される必要があり得ることを理解するであろう。
明細書において、「含む」という動詞及びその活用は、その非限定的な意味で、その用語に続く項目が含まれるが、特に述べられていない項目を排除しないことを意味するように使用される。動詞「を含む」は、特に断らない限り、動詞「有する（ｈａｖｅ）」と同義である。また、「からなる」という動詞は「から本質的になる」によって置き換えられ得、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物が、特に規定されているもの以外の追加成分を含んでもよく、該追加成分は本発明の固有の特徴を変化させないことを意味する。さらに、不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」による要素への言及は、１つ及び１つのみの要素が存在することが文脈上明らかでない限り、１つより多い要素が存在する可能性を排除しない。したがって、不定冠詞「１つの（ａ）」又は「１つの（ａｎ）」は通常「少なくとも１つ」を意味する。
本明細書に記載されている各実施形態は、特に断らない限り、一緒に組み合わされ得る。本明細書で引用されるすべての特許及び参考文献は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み入れられる。
定義：
本明細書全体を通じて、「結合する」、「標的する」、「ハイブリダイズする」という用語は、本明細書に記載のｍＲＮＡ前駆体の一部に対して逆相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドに関連して使用される場合、交換可能に使用され得る。本発明において、「ハイブダイズする」又は「結合する」は、特に断らない限り、細胞中、好ましくはヒト細胞中、生理的条件下で使用される。
本明細書において、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴマー化合物（例えば、アンチセンス化合物及びその標的核酸）の対合を指す。特定の機構に限定されないが、対合の最も一般的な機構は、相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の水素結合（ワトソン−クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る。）を伴う。例えば、天然塩基アデニンは、水素結合の形成により対になる天然核酸塩基チミン、５−メチルウラシル及びウラシルに対して相補的な核酸塩基である。天然塩基グアニンは天然塩基シトシン及び５−メチルシトシンに対して相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは種々の状況下で起こり得る。特に、本発明のオリゴヌクレオチドの標的化ｍＲＮＡ前駆体とのハイブリダイゼーションは種々の環境下で生じ得る。同様に、本発明のオリゴヌクレオチドの標的化ｍＲＮＡ前駆体への結合は種々の環境下で生じ得る。好ましくは、前記ハイブリダイゼーション又は前記結合は、細胞中、より好ましくはヒト細胞中、生理的条件下で評価される。本発明のオリゴヌクレオチドは、前記結合又はハイブリダイゼーションが細胞中、好ましくはヒト細胞中、生理的条件下で生じる場合に好ましくは結合できる、又は結合可能である、又はハイブリダイズできる、又はハイブリダイズ可能であると称される。
本明細書において、「ヌクレオチド」とは、修飾又は非修飾リン酸塩連結基又は非リン酸塩ヌクレオシド間連結をさらに含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「ヌクレオチド類似体」又は「ヌクレオチド等価物」は、Ａ、Ｃ、Ｇ及びＵなどのＲＮＡ中に天然に存在するヌクレオチドに関して少なくとも１つの修飾を含むヌクレオチドを指す。そのような修飾は、ヌクレオシド間連結修飾及び／又は糖修飾及び／又は塩基修飾であり得る。
本明細書において、「モノマー」は、オリゴマー又はポリマー化合物の合成における前駆体を指す。また、そのようなオリゴマー又はポリマー化合物中のモノマー単位又は残基は用語「モノマー」に包含される。したがって、「モノマー」及び「ヌクレオチド残基」は明細書全体を通じて互換的に使用され得る。本発明において、モノマーは好ましくはヌクレオチドである。本発明のオリゴヌクレオチドに組み込まれる好ましいモノマーは、２’−Ｏ−メチル置換、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結並びに５−メチルピリミジン及び／又は２，６−ジアミノプリン核酸塩基を含むヌクレオチドである。
本明細書において、「核酸塩基」とは、ヌクレオシドの複素環塩基部分を指す。核酸塩基は天然に存在するものであっても修飾されたものであってもよく、したがって、これらに限定されないが、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル、チミン、及びそれらの類似体（例えば５−メチル−シトシン）を含む。特定の実施形態では、核酸塩基は、任意の原子又は別の核酸の塩基に水素結合できる原子の基を含み得る。
本明細書において、「Ｔｍ」とは、２本鎖の核酸の２本の鎖が分離する温度である融解温度を意味する。Ｔｍはしばしば２本鎖の安定性又は相補的ＲＮＡ分子に対するアンチセンス化合物の結合親和性の尺度として使用される。
本明細書において、「２’修飾」又は「２’置換」とは、Ｈ又はＯＨ以外の２’位に置換基を含むペントース糖を含むヌクレオシドを指す。２’修飾ヌクレオシドには、これらに限定されないが、糖環の２つの炭素原子を接続する架橋が２’炭素及び糖環の別の炭素を接続する二環式ヌクレオシド、並びにアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）又はＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）［式中、Ｒｍ及びＲｎは各々独立して、Ｈ又は置換若しくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。］などの非架橋２’置換基を有するヌクレオシドが含まれる。２’修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／又は核酸塩基において他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書において、「２’−Ｏ−Ｍｅ」、「２’−ＯＭｅ」又は「２’−ＯＣＨ３」又は「２’−Ｏ−メチル」とは、各々、糖環の２’位にて−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「ＭＯＥ」又は「２’−ＭＯＥ」又は「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」又は「２’−Ｏ−メトキシエチル」とは、各々、糖環の２’位において−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書において、「アデニン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のチミン又はウラシルのいずれかと塩基対を形成できる化学的に修飾されたプリン核酸塩基を意味する。そのような塩基対は好ましくはワトソンクリック塩基対であるが、その類似体及びわずかな逸脱も本発明において許容可能であると考えられる。
本明細書において、「ウラシル類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のアデニンのいずれかと塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。そのような塩基対は好ましくはワトソンクリック塩基対であるが、その類似体及びわずかな逸脱も本発明において許容可能であると考えられる。
本明細書において、「チミン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のアデニンと塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。そのような塩基対は好ましくはワトソンクリック塩基対であるが、その類似体及びわずかな逸脱も本発明において許容可能であると考えられる。
本明細書において、「シトシン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のグアニンと塩基対を形成できる化学的に修飾されたピリミジン核酸塩基を意味する。例えば、シトシン類似体は５−メチルシトシンであり得る。そのような塩基対は好ましくはワトソンクリック塩基対であるが、その類似体及びわずかな逸脱も本発明において許容可能であると考えられる。
本明細書において、「グアニン類似体」という用語は、オリゴマー内に組み込まれる場合、ＲＮＡ又はＤＮＡの相補鎖のシトシンと塩基対を形成できる化学的に修飾されたプリン核酸塩基を意味する。そのような塩基対は好ましくはワトソンクリック塩基対であるが、その類似体及びわずかな逸脱も本発明において許容可能であると考えられる。
本明細書において、「グアノシン」という用語は、グアニン又はグアニン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「ウリジン」という用語は、ウラシル又はウラシル類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「チミジン」という用語は、チミン又はチミン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「シチジン」という用語は、シトシン又はシトシン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「アデノシン」という用語は、アデニン又はアデニン類似体核酸塩基を含むヌクレオシド又は糖修飾ヌクレオシドを指す。
本明細書において、「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結ヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態では、複数のヌクレオシドのうちの１つ又は複数が修飾される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１つ又は複数のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／又はデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
本明細書において、「ヌクレオシド間連結」とは、隣接するヌクレオシド間の共有結合を指す。ヌクレオシド間連結は、天然に存在するヌクレオシド間連結、すなわち３’から５’へのリン酸ジエステル連結、又は修飾ヌクレオシド間連結であり得る。
本明細書において、「修飾ヌクレオシド間連結」とは、天然に存在するヌクレオシド間連結以外の任意のヌクレオシド間連結を指す。
本明細書において、「骨格」は、オリゴヌクレオチドにおいて生じる糖部分とヌクレオシド間連結との交互性の鎖を指す。本発明のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロジチオエートヌクレオシド間連結を含むが、糖修飾及び／又はヌクレオシド間連結修飾などのさらなる骨格修飾が骨格中に存在し得ることは理解されるべきである。
本明細書において、「オリゴマー化合物」とは、２つ以上の基礎構造を含むポリマー構造を指す。特定の実施形態では、オリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は１本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は２本のオリゴヌクレオチドを含む２本鎖である。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は１つ又は複数のコンジュゲート基及び／又は末端基を含む１本鎖又は２本鎖オリゴヌクレオチドである。
本明細書において、「コンジュゲート」とは、オリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物に結合した原子又は原子の基を指す。一般に、コンジュゲート基は、これらに限定されないが、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含む、コンジュゲート基が結合する化合物の１つ又は複数の性質を修飾する。コンジュゲート基は化学分野において慣用的に使用され、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介して、オリゴマー化合物などの親化合物に連結される。特定の実施形態では、コンジュゲート基には、これらに限定されないが、挿入剤、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、及び色素が含まれる。特定の実施形態では、コンジュゲートは末端基である。特定の実施形態では、コンジュゲートは、３’若しくは５’末端ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの内部ヌクレオシドに結合される。
本明細書において、「コンジュゲート連結基」とは、コンジュゲートをオリゴヌクレオチド又はオリゴマー化合物に結合するために使用される任意の原子又は原子の基を指す。当技術分野で知られているものなどの連結基又は二官能性連結部分は本発明に従う。
本明細書において、「アンチセンス化合物」とは、オリゴマー化合物を指し、その少なくとも一部は、そのオリゴマー化合物がハイブリダイズする標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的であり又は少なくとも部分的に方向付けられて、前記標的核酸の活性、プロセシング又は発現を調節する。
本明細書において、「発現」とは、遺伝子が最終的にタンパク質を生じるプロセスを指す。発現には、これらに限定されないが、転写、スプライシング、転写後修飾及び翻訳が含まれる。
本明細書において、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドであるアンチセンス化合物を指す。
本明細書において、「アンチセンス活性」とは、その標的核酸に対するアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／又は測定可能な活性を指す。特定の実施形態では、そのような活性は核酸又はタンパク質の量の増加又は減少であり得る。特定の実施形態では、そのような活性は核酸又はタンパク質のスプライスバリアントの比の変化であり得る。アンチセンス活性の検出及び／又は測定は直接又は間接であり得る。特定の実施形態では、アンチセンス活性は細胞又は動物における表現型の変化を観察することによって評価される。
本明細書において、「標的核酸」とは、任意の核酸分子を指し、その発現、量又は活性はアンチセンス化合物によって調節できる。特定の実施形態では、標的核酸はＤＮＡ又はＲＮＡである。特定の実施形態では、標的ＲＮＡはｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ前駆体、非コードＲＮＡ又は天然アンチセンス転写産物である。例えば、標的核酸は細胞遺伝子（又は遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）であり得、その発現は特定の障害若しくは疾患状態に関連する。
本明細書において、「標的ｍＲＮＡ」とは、タンパク質をコードする予め選択されたＲＮＡ分子を指す。
本明細書において、「標的としている」又は「標的とする」とは、特定の標的核酸分子又は標的核酸分子内のヌクレオチドの特定の領域に対するアンチセンス化合物の会合を指す。アンチセンス化合物は、それが生理学的条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために標的核酸に対して十分に相補的である場合、標的核酸を標的とする。ここで、「十分な逆相補性」は、前記標的化核酸分子に少なくとも９０％、９５％、９７％、９９％又は１００％逆相補性であり得る。
本明細書において、「標的部位」とは、アンチセンス化合物が結合する標的核酸の領域を指す。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の３’非翻訳領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の５’非翻訳領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のコード領域内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のエクソン内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のイントロン内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子のｍｉＲＮＡ標的部位内にある。特定の実施形態では、標的部位は少なくとも部分的にＲＮＡ分子の反復領域内にある。
本明細書において、「標的タンパク質」とは、その発現がアンチセンス化合物によって調節される、タンパク質を指す。特定の実施形態では、標的タンパク質は標的核酸によってコードされる。特定の実施形態では、標的タンパク質の発現は別様で標的核酸による影響を受ける。
本明細書において、核酸塩基に関する「相補性」とは、別の核酸塩基と塩基対合できる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に対して相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に対して相補的である。特定の実施形態では、相補的核酸塩基とは、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合できるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物の特定の位置における核酸塩基が標的核酸の特定の位置において核酸塩基と水素結合できる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置はその核酸塩基対において相補的であると考えられる。特定の修飾を含む核酸塩基は、対応する核酸塩基と対になる能力を維持できるので、依然として核酸塩基相補性であり得る。
本明細書において、核酸塩基に関して「非相補的」とは、互いに水素結合を形成しない又はそうでなければハイブリダイゼーションを支持しない核酸塩基の対を指す。
本明細書において、連結ヌクレオシド、オリゴヌクレオチド又は核酸に関して「相補的」とは、核酸塩基相補性によって別のオリゴマー化合物又は核酸にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。特定の実施形態では、アンチセンス化合物及びその標的は、各分子内の十分な数の対応する位置がアンチセンス化合物と標的との間の安定な会合を可能にするために互いに結合できる核酸塩基により占められている場合、互いに相補的である。当業者は、ミスマッチの含有が、会合を維持するオリゴマー化合物の能力を除外せずに可能であることを認識している。したがって、ミスマッチしている（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに相補的な核酸塩基でない）最大約２０％のヌクレオチドを含み得るアンチセンス化合物が本明細書に記載されている。好ましくは、アンチセンス化合物は、約１５％以下、より好ましくは約１０％以下、最も好ましくは５％以下のミスマッチを含有する又はミスマッチを含有しない。残りの核酸塩基は相補的な核酸塩基である又はそうでなければハイブリダイゼーションを破壊しない核酸塩基（例えばユニバーサル塩基）である。当業者は、本明細書に提供されている化合物が、標的核酸に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％相補的又は逆相補的であると認識するであろう。
本明細書において、「調節」とは、調節前の機能又は活性と比較して機能又は活性の量又は質の撹乱を指す。例えば、調節は、遺伝子発現の変化、増加（刺激又は誘導）又は減少（阻害又は低下）のいずれかを含む。さらなる例として、発現の調節は、撹乱しなかった条件と比較して特定のスプライスバリアントの存在の量の変化を生じる、ｍＲＮＡ前駆体プロセシングのスプライス部位選択を撹乱することを含み得る。さらなる例として、調節はタンパク質の翻訳を撹乱することを含む。
本明細書において、「モチーフ」とは、オリゴマー化合物又はその領域における修飾のパターンを指す。モチーフはオリゴマー化合物の特定のヌクレオシド及び／又は特定の連結基における修飾により規定され得る。
本明細書において、「同じ修飾」とは、修飾の非存在を含む、互いに同じである天然に存在する分子に対する修飾を指す。したがって、例えば、２つの非修飾ＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドが修飾されていないとしても、「同じ修飾」を有する。
本明細書において、ヌクレオシド又はある「タイプ」のヌクレオシドに関する「修飾のタイプ」とは、ヌクレオシドの修飾を指し、修飾及び非修飾ヌクレオシドを含む。したがって、特に断らない限り、「第１のタイプの修飾を有するヌクレオシド」は非修飾ヌクレオシドであり得る。
本明細書において、「薬学的に許容される塩」とは、活性化合物の所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性効果をその塩に与えない活性化合物の塩を指す。
本明細書において、「独立して」という用語は、請求されるオリゴヌクレオチド内の繰り返し可変物の各存在が互いに独立して選択されることを意味する。例えば、各々の繰り返し可変物は、（ｉ）繰り返し可変物の各々が同じである、（ｉｉ）２つ以上が同じである、又は（ｉｉｉ）繰り返し可変物の各々が異なり得るように選択され得る。
一般化学の定義：
本明細書において、「アルキル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有する飽和直鎖又は分岐鎖炭化水素置換基又はラジカルを指す。アルキル基の例には、これらに限定されないが、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、ｎ−ヘキシル、オクチル、デシル、ドデシルなどが含まれる。アルキル基は、典型的には１〜２４個の炭素原子、より典型的には１〜１２個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ１２アルキル）を含み、１〜６個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ６アルキル）がより好ましい。本明細書において、「低級アルキル」という用語は、１〜６個の炭素原子（Ｃ１〜Ｃ６アルキル）を含む。本明細書において、アルキル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルケニル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する直鎖又は分岐鎖炭化水素鎖ラジカル又は置換基を指す。アルケニル基の例には、これらに限定されないが、エテニル、プロペニル、ブテニル、１−メチル−２−ブテン−１−イル、１，３−ブタジエニルなどのジエンが含まれる。アルケニル基は、典型的には２〜２４個の炭素原子、より典型的には２〜１２個の炭素原子を含み、２〜６個の炭素原子がより好ましい。本明細書において、アルケニル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルキニル」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する直鎖又は分岐鎖炭化水素ラジカル又は置換基を指す。アルキニル基の例には、これらに限定されないが、エチニル、１−プロピニル、１−ブチニルなどが含まれる。アルキニル基は、典型的には２〜２４個の炭素原子、より典型的には２〜１２個の炭素原子が含まれ、２〜６個の炭素原子がより好ましい。本明細書において、アルキニル基は任意選択で１つ又は複数のさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アミノアルキル」とは、アミノ置換アルキルラジカル又は置換基を指す。この用語は、任意の位置においてアミノ置換基を有し、アミノアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合されるＣ１〜Ｃ１２アルキル基を含むことを意味する。アミノアルキル基のアルキル及び／又はアミノ部分は任意選択でさらなる置換基によりさらに置換され得る。
本明細書において、「脂肪族」とは、典型的に２４個以下の炭素原子を含有し、任意の２つの炭素原子間の飽和が一重、二重又は三重結合である、直鎖又は分岐鎖炭化水素ラジカル又は置換基を指す。脂肪族基は、好ましくは１〜２４個の炭素原子、より典型的には１〜１２個の炭素原子を含有し、１〜６個の炭素原子がより好ましい。脂肪族基の直鎖又は分岐鎖は、窒素、酸素、硫黄及びリンを含む１つ又は複数のヘテロ原子が割り込んでもよい。ヘテロ原子が割り込むそのような脂肪族基には、これらに限定されないが、ポリアルキレングリコール、ポリアミン及びポリイミンなどのポリアルコキシが含まれる。本明細書において、脂肪族基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「脂環式」又は「アリシクリル」とは、環系が脂肪族である、環式ラジカル又は置換基を指す。環系は、少なくとも１つの環が脂肪族である１つ又は複数の環を含んでもよい。好ましい脂環式部分は環内に５〜９個の炭素原子を有する環を含む。本明細書において、脂環式基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アルコキシ」とは、アルコキシ基がその酸素原子を介して親分子に結合される、アルキル基及び酸素原子を含むラジカル又は置換基を指す。アルコキシ基の例には、これらに限定されないが、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ｎ−ブトキシ、ｓｅｃ−ブトキシ、ｔｅｒｔ−ブトキシ、ｎ−ペントキシ、ネオペントキシ、ｎ−ヘキソキシなどが含まれる。本明細書において、アルコキシ基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ハロ」、「ハロゲン化物」及び「ハロゲン」とは、フッ素、塩素、臭素及びヨウ素から選択される原子、ラジカル又は置換基を指す。
本明細書において、「アリール」及び「芳香族」とは、１つ又は複数の芳香環を有する単又は多環式炭素環系を含むラジカル又は置換基を指す。アリール基の例には、これらに限定されないが、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、イデニルなどが含まれる。好ましいアリール環系は１つ又は複数の環内に５〜２０個の炭素原子を有する。本明細書において、アリール基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「アラルキル」及び「アリールアルキル」とは、アラルキル又はアリールアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合されるアルキル基及びアリール基を含むラジカル又は置換基を指す。例には、これらに限定されないが、ベンジル、フェネチルなどが含まれる。本明細書において、アラルキル基は、任意選択で、ラジカル又は置換基を形成するアルキル部分、アリール部分又は両方の部分に結合されるさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロシクリル」とは、少なくとも１つのヘテロ原子を含み、不飽和、部分的に飽和又は完全に飽和された単又は多環式環系を含み、それによりヘテロアリール基を含む、ラジカル又は置換基を指す。ヘテロシクリルはまた、融合環の１つ若しくは複数が少なくとも１つのヘテロ原子を含有し、他の環が１つ若しくは複数のヘテロ原子を含有し得る又は任意選択でヘテロ原子を含有しない融合環系部分を含むことを意味する。複素環式基は典型的に、硫黄、窒素又は酸素から選択される少なくとも１つの原子を含む。複素環式基の例には、［１，３］ジオキソラン、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリルなどが含まれる。本明細書において、複素環式基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロアリール」及び「複素芳香環」とは、環の少なくとも１つが芳香族であり、１つ又は複数のヘテロ原子を含む、単又は多環芳香族環、環系又は融合環系を含むラジカル又は置換基を指す。ヘテロアリールはまた、融合環の１つ又は複数がヘテロ原子を含有しない系を含む融合環系を含むことを意味する。ヘテロアリール基は典型的に硫黄、窒素又は酸素から選択される１つの環原子を含む。ヘテロアリール基の例には、これらに限定されないが、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、キノリニル、イソキノリニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニル、などが含まれる。ヘテロアリールラジカル又は置換基は、親分子に直接又は脂肪族基若しくはヘテロ原子などの連結部分を介して結合されてもよい。本明細書において、ヘテロアリール基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「ヘテロアリールアルキル」とは、ヘテロアリールアルキル基がそのアルキル部分を介して親分子に結合される、ヘテロアリール基及びアルキル部分を含むラジカル又は置換基を指す。例には、これらに限定されないが、ピリジニルメチル、ピリミジニルエチル、ナフチリジニルプロピルなどが含まれる。本明細書において、ヘテロアリールアルキル基は、任意選択で、ヘテロアリール又はアルキル部分の１つ又は両方においてさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「単又は多環式」とは、融合又は連結される環を有する単環又は多環式系などの任意の環系を指し、脂肪族、脂環式、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アリールアルキル、複素環式、ヘテロアリール、複素芳香環及びヘテロアリールアルキルから個々に選択される単及び混合環系を包含することを意味する。そのような単及び多環式構造は、完全に飽和された、部分的に飽和された又は完全に不飽和の環を含む、均一又は種々の程度の飽和を有する環を含有し得る。各環は、複素環及びＣ環原子のみを含む環を生じさせるように、Ｃ、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される環原子を含み得る。複素環及びすべての炭素環は、融合環系の１つの環が炭素環原子のみを有し、他の環が２つの窒素原子を有する、例えばベンズイミダゾールなどの混合モチーフに存在し得る。単又は多環式構造は、例えば、環の１つに結合される２つのオキソ基（＝Ｏ）を有するフタルイミドなどの置換基によりさらに置換されてもよい。別の態様では、単又は多環式構造は、直接環原子を介して、置換基又は二官能性連結部分を介して親分子に結合され得る。
本明細書において、「アシル」とは、アシル基がそのカルボニル部分を介して親分子に結合されるカルボニル部分（Ｃ＝Ｏ又は−Ｃ（Ｏ）−）及びさらなる置換基Ｘを含むラジカル又は置換基を指す。このように、アシル基は有機酸からのヒドロキシル基の除去によって形式的に得られ、一般式−Ｃ（Ｏ）−Ｘ［式中、Ｘは典型的には脂肪族基、脂環式基又は芳香族基である。］を有する。また、「アシル」という用語は、一般式−Ｙ（Ｏ）ｎ−Ｘ［式中、Ｘは上で定義された通りであり、Ｙ（Ｏ）ｎは典型的にはスルホニル、スルフィニル又はリン酸塩である。］を有するヘテロアシルラジカル又は置換基を含むことを意味する。アシル基の例には、脂肪族カルボニル、芳香族カルボニル、脂肪族スルホニル、芳香族スルフィニル、脂肪族スルフィニル、芳香族リン酸塩、脂肪族リン酸塩などが含まれる。本明細書において、アシル基は任意選択でさらなる置換基を含み得る。
本明細書において、「置換基」は、所望の特性を増強するため又は所望の効果を与えるために典型的に他の置換基又は親化合物に付加される基を含む。置換基は保護されていても保護されていなくてもよく、親化合物内の１つの利用可能な部位又は多くの利用可能な部位に結合され得る。置換基はまた、他の置換基によりさらに置換されていてもよく、直接又はアルキル若しくはヒドロカルビル基などの連結基を介して親化合物に結合されていてもよい。本明細書において、「ヒドロカルビル」とは、Ｃ、Ｏ及びＨを含む任意の基を指す。任意の程度の飽和を有する直鎖、分岐鎖及び環状基が含まれる。そのようなヒドロカルビル基は、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１つ又は複数のヘテロ原子を含んでもよく、１つ又は複数の置換基によりさらに置換されてもよい。
特に断らない限り、「置換された」又は「任意選択で置換された」という用語は、以下の置換基のいずれかの（任意選択の）存在を指す：ハロゲン、ヒドロキシル、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル（−Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、カルボキシル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｒａａ）、脂肪族基、脂環式基、アルコキシ、置換されたオキソ（−Ｏ−Ｒａａ）、アリール、アラルキル、ヘテロ環、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、アミノ（−ＮＲｂｂＲｃｃ）、イミノ（＝ＮＲｂｂ）、アミド（−Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）Ｒａａ）、アジド（−Ｎ３）、ニトロ（−ＮＯ２）、シアノ（−ＣＮ）、カルバミド（−ＯＣ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＯＲａａ）、ウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｏ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、チオウレイド（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（Ｓ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、グアニジニル（−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ）、アミジニル（−Ｃ（＝ＮＲｂｂ）ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｃ（ＮＲｂｂ）Ｒａａ）、チオール（−ＳＲｂｂ）、スルフィニル（−Ｓ（Ｏ）Ｒｂｂ）、スルホニル（−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、スルホンアミジル（−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｂｂＲｃｃ又は−Ｎ（Ｒｂｂ）Ｓ（Ｏ）２Ｒｂｂ）、及びコンジュゲート基。本明細書において、Ｒａａ、Ｒｂｂ及びＲｃｃは各々独立して、Ｈ、任意選択で連結された化学官能基、又はさらなる置換基であり、好ましくは、これらに限定されないが、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、脂肪族基、アルコキシ、アシル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、脂環式基、複素環、及びヘテロアリールアルキルからなる群から選択される。本明細書に記載されている化合物内の選択された置換基は再帰的に存在する。
ここで、「再帰的な置換基」とは、置換基がそれ自体の別の例を挙げ得ることを意味する。そのような置換基の再帰的な性質のために、理論的には、任意の所与の請求項に多数が存在し得る。医薬品化学及び有機化学の分野の当業者は、そのような置換基の総数が、意図される化合物の所望の特性によって合理的に限定されることを理解している。そのような特性には、例えば、物理的特性（例えば、分子量、溶解度、ｌｏｇ Ｐ）、適用性（例えば、標的に対する活性）及び実用的な特性（例えば、合成の容易性）が含まれる。
再帰的な置換基は本発明の意図される態様である。医薬品及び有機化学の分野の当業者はそのような置換基の多様性を理解している。再帰的な置換基が本発明の請求項に存在する限度で、総数は上記のように決定される。
本明細書において、特定の単位の数を示す範囲においてゼロ（０）は、単位が存在し得ないことを意味する。例えば、特定のモチーフの０〜２個の領域を含むオリゴマー化合物は、オリゴマー化合物が特定のモチーフを有する１つ若しくは２つのそのような領域を含み得る又はオリゴマー化合物が特定のモチーフを有する領域を１つも有しなくてもよいことを意味する。分子の内部部分が非存在である場合、非存在部分に隣接する部分は互いに直接結合する。同様に、本明細書において、「なし」という用語は、特定の特徴が存在しないことを示す。
本明細書において、「類似体」又は「誘導体」とは、構造において類似であるが、化合物が作製される方法に関わらず、親化合物とは元素組成に対して異なる化合物又は部分のいずれかを意味する。例えば、類似体又は誘導体化合物は、化学的出発物質などの親化合物から作製されることを必要とされない。
以下の実施例は例示目的のためにのみ提供され、本発明の範囲を限定することを意図したものではない。
Ｆｉｇ．１： （ＸＹＧ）７［式中、Ｘ＝５−メチルシトシン、Ｙ＝Ｕである。］（ＰＳ６５９ 配列番号９０（配列番号２由来））及び（ＸＹＧ）７［式中、Ｘ＝Ｃであり、Ｙは５−メチルウラシルである。］（ＰＳ６６１ 配列番号９７（配列番号３由来））についてのｉｎ ｖｉｔｒｏ活性アッセイを示す。ＰＳ６５９（１ａ）及びＰＳ６６１（１ｂ）は、ＨＤ線維芽細胞（ＧＭ０４０２２）に漸増濃度（０．５〜２００ｎＭ）でトランスフェクトされた。有効性及び選択性はＲＴ−ＰＣＲ及びｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ分析で決定された。伸長（（ＣＡＧ）４４）及び健常（（ＣＡＧ）１８）ＨＴＴ転写物のサイレンシングは偽試料中の相対的ＨＴＴ転写物レベルと比較された。偽試料（ｎ＝３）を除くすべてのＡＯＮについてｎ＝２。 Ｆｉｇ．２： ＰＳ６５９（（ＸＹＧ）７［式中、Ｘ＝５−メチルシトシン、Ｙ＝Ｕである。］）（配列番号２）のトランスジェニックＨＤラットモデルにおけるｉｎ ｖｉｖｏ有効性を示す。トランスジェニックＨＤラット（（ＣＡＧ）５１リピート）は、１８週間の間に、ＰＳ６５９（配列番号２由来の配列番号９０）での脳室内注射を１回当たり２００μｇの最終用量で１５回受け、対照ＨＤラットはビヒクルのみを投与された。ラットは最終注射の１週間後に屠殺された。すべてのラットから組織が単離され、ＨＴＴレベルがＱ−ＲＴ−ＰＣＲ分析で決定された。対照と比較して、ＨＴＴ転写物のレベルの低下が、ＰＳ６５９処置後に（Ａ）皮質、（Ｂ）海馬、（Ｃ）嗅球、及び（Ｄ）視床において見出された。
表１： ＡＯＮの一般構造［Ｘ＝Ｃ又は５−メチルシトシン；Ｙ＝Ｕ又は５−メチルウラシル；Ｚ＝Ａ又は２，６−ジアミノプリン；Ｉ＝イノシン；Ｑ＝脱塩基モノマー］
配列番号４〜６９又は２１６〜２１９を含むすべてのＡＯＮは、５−メチルシトシン、５−メチルウラシル及び２，６−ジアミノプリンから選択される少なくとも１つの塩基修飾を含む。
Figure 2020182472
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表２： ＡＯＮの一般構造
すべてのＡＯＮは２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートＡＯＮであり、Ｃは５−メチルシトシン、Ｕは５−メチルウラシル、Ａは２，６−ジアミノプリン、Ｉはイノシン、Ｑは脱塩基モノマーである。
Figure 2020182472
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［実施例１］
イントロダクション：
選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）化学の具体的な特徴は、結合親和性及び安定性を少なくとも部分的に増強できる、活性を増強できる、安全性を改善できる、及び／又は長さを短縮させる又は合成及び／又は精製手順を改善することによって製品の経費を低減できることである。本実施例には、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＨＤ線維芽細胞中のＨＴＴ転写物の伸長（ＣＡＧ）ｎリピートを標的化するように設計されたＡＯＮの活性の比較分析が記載され、５−メチルシトシン（ＸＹＧ）７［式中、Ｘは５−メチルシトシンであり、Ｙ＝Ｕである。］（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）又は５−メチルウラシル（ＸＹＧ）７［式中、Ｘ＝Ｃ、Ｙ＝５−メチルウラシルである。］（配列番号９７（配列番号３由来）としても表される。）のいずれかを有するＡＯＮが含まれる。
材料及び方法：
細胞培養：
患者由来ＨＤ線維芽細胞（ＧＭ０４０２２）（Ｃｏｒｉｅｌｌ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｍｄｅｎ，ＵＳＡから購入）を、１５％熱不活化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＵＳＡ）、１％グルタマックス（Ｇｌｕｔａｍａｘ）（Ｇｉｂｃｏ）及び１００Ｕ／ｍｌペニシリン／ストレプトマイシン（Ｐ／Ｓ）（Ｇｉｂｃｏ）を含む最小必須培地（ＭＥＭ）（Ｇｉｂｃｏ Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＵＳＡ）中、３７℃、５％ＣＯ２で培養した。
オリゴヌクレオチド：
ＡＯＮは、完全に２’−Ｏ−メチルホスホロチオエート修飾されていた次のものであった。ＰＳ６５９，（ＸＹＧ）７［式中、Ｘは５−メチルシトシンであり、Ｙ＝Ｕである。］（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される）；及びＰＳ６６１，（ＸＹＧ）７［式中、Ｘ＝Ｃ、Ｙ＝５−メチルウラシルである。］（配列番号９７（配列番号３由来）としても表される）。
トランスフェクション：
細胞に、ＰＥＩ（０．１５Ｍ ＮａＣｌ中、ＡＯＮ１μｇ当たり２μＬ）と複合体化したＡＯＮをトランスフェクトした。ＡＯＮ−ＰＥＩ複合体を、５％ＦＢＳを含むＭＥＭ培地中、最終ＡＯＮ濃度が０．５〜２００ｎＭとなるように細胞に加えた。新鮮培地を４時間後に補充し、２４時間後にＲＮＡを単離した。
ＲＮＡ単離：
アウルムトータルＲＮＡミニキット（Ａｕｒｕｍ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｍｉｎｉ ｋｉｔ）（Ｂｉｏ−Ｒａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を製造者のプロトコールに従って使用してＲＮＡを培養細胞から単離した。
ＲＴ−ＰＣＲ及びＬａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ分析：
約２００ｎｇのＲＮＡを、合計容量２０μＬでＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ｆｉｒｓｔ−ｓｔｒａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いる無作為ヘキサマーでのｃＤＮＡ合成に供した。ＰＣＲを、ＨＴＴ（ＣＡＧリピートにわたる）及びβ−アクチンに対するプライマーで実施した。ＰＣＲプログラムは９５℃での４分間の初期変性で開始し、次いで９４℃、３０秒間の変性、６０℃、３０秒間のアニーリング、７２℃、４５秒間の伸長を３５サイクル行い、その後、最終伸長ステップを７２℃で７分間行った。Ｌａｂ−ｏｎ−ａ−Ｃｈｉｐを、アジレントＤＮＡ １０００キット（Ａｇｉｌｅｎｔ ＤＮＡ １０００ｋｉｔ）を用いてアジレント２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ）（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｗａｌｄｂｒｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で行った。発現レベルを、β−アクチンレベルに対して、及びトランスフェクションなしの転写物レベルに対して標準化した。下記プライマーを使用した。
ＨＴＴフォワード： ５’−ＡＴＧＧＣＧＡＣＣＣＴＧＧＡＡＡＡＧＣＴＧＡＴ−３’（配列番号７０）
ＨＴＴリバース： ５’−ＴＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴＧ−３’（配列番号７１）
β−アクチンフォワード： ５’−ＧＧＡＣＴＴＣＧＡＧＣＡＡＧＡＧＡＴＧＧ−３’（配列番号７２）
β−アクチンリバース： ５’−ＡＧＣＡＣＴＧＴＧＴＴＧＧＣＧＴＡＣＡＧ−３’（配列番号７３）
結果：
ＰＳ６５９（配列番号２由来の配列番号９０）及びＰＳ６６１（配列番号３由来の配列番号９７）の両方は極めて有効であり、ＨＤ線維芽細胞中のＨＴＴ転写物を用量依存的に減少させた（Ｆｉｇ．１ａ及び１ｂ）。両方のＡＯＮは、伸長ＣＡＧリピートを有するアレルに対する選択性も示した。ＰＳ６５９（配列番号２由来の配列番号９０）は、ＰＳ６６１（配列番号３由来の配列番号９７）（２０ｎＭで最も高い効果）（１ｂ）と比較して、より低い濃度（５ｎＭで最も高い効果）（１ａ）でより高い効果を示し、かつよりアレル特異的であった。
［実施例２］
イントロダクション：
ＰＳ６５９（ＸＹＧ）７［式中、Ｘは５−メチルシトシンであり、Ｙ＝Ｕである。］（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）を最も効率的かつ安全な候補としてｉｎ ｖｉｔｒｏ試験から選択した。本実施例には、一連の脳室内直接注射後のトランスジェニックＨＤラットモデルにおける活性が記載される。
材料及び方法：
動物：
トランスジェニックＨＤラットは、５１のＣＡＧリピートが天然のラットハンチントンプロモーターの制御下にある切断型ハンチントンｃＤＮＡ断片を保有する。発現した遺伝子産物は約７５ｋＤａであり、全長ハンチントンの２２％に対応し（ｃＤＮＡ位置３２４〜２３２１、アミノ酸位置１〜７０９／８２５（エクソン１〜１６に対応））、ラットハンチントンプロモーターの８８６ｂｐの制御下にある（ｖｏｎ Ｈｏｒｓｔｅｎ Ｓ．ら）。すべての動物実験は、ｔｈｅ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔによって承認されたものである。
オリゴヌクレオチド：
ＰＳ６５９（ＸＹＧ）７［式中、Ｘは５−メチルシトシンであり、Ｙ＝Ｕである。］（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）は、完全に２’−Ｏ−メチルホスホロチオエート修飾されたＡＯＮである。
ｉｎ ｖｉｖｏ処置：
トランスジェニックＨＤラットには、１８週間の間に、ＰＳ６５９（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）２００μｇの最終用量で脳室内注射を１５回行った。対照ＨＤラットにはビヒクルのみを投与した。ラットは最終注射の１週間後に屠殺した。
ＲＮＡ単離：
脳組織由来ＲＮＡをＲＮＡ−Ｂｅｅ試薬（Ｔｅｌ Ｔｅｓｔ，Ｉｎｃ）を用いて単離した。簡潔には、ＲＮＡ−Ｂｅｅ（ＲＮＡ−Ｂｅｅ１ｍＬ当たり組織５０ｍｇ）を加え、ＭａｇＮＡライザー装置（ＭａｇＮＡ Ｌｙｓｅｒ ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ）（Ｒｏｃｈｅ）を用いてホモジナイズすることによって、ＭａｇＮＡライザーグリーンビーズチューブ（ＭａｇＮＡ Ｌｙｓｅｒ ｇｒｅｅｎ ｂｅａｄ ｔｕｂｅ）（Ｒｏｃｈｅ）中で組織試料をホモジナイズした。ライセートを新たなチューブに移し、クロロホルム（ＳＩＧＭＡ）を加え（ＲＮＡ−Ｂｅｅ １ｍＬ当たり０．２ｍＬ）、混合し、氷上で５分間インキュベートし、１３０００ｒｐｍ、４℃で１５分間遠心分離した。上側水相を回収し、等容量のイソプロパノール（ＳＩＧＭＡ）を加え、４℃、１時間のインキュベーション及び遠心分離（１３０００ｒｐｍ、４℃、１５分間）を行った。ＲＮＡ沈殿物を７０％（ｖ／ｖ）エタノール（ＢｉｏＳｏｌｖｅ）で洗浄し、空気乾燥し、ＭｉｌｌｉＱに溶解した。
定量的ＲＴ−ＰＣＲ分析：
約２００ｎｇを、合計容量２０μＬでＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ｆｉｒｓｔ−ｓｔｒａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いる無作為ヘキサマーでのｃＤＮＡ合成に供した。次いで、ｃＤＮＡの１／４０希釈調製物３μＬを、ｉＱ（商標）ＳＹＢＲ（登録商標）グリーンスーパーミックス（Ｇｒｅｅｎ Ｓｕｐｅｒｍｉｘ）（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）の存在下で標準的手順による定量的ＰＣＲ分析に使用した。定量的ＰＣＲプライマーをＮＣＢＩデータベース配列情報に基づいて設計した。産物の同一性をＤＮＡ配列決定によって確認した。Ｒａｂ２及びＹＷＨＡＺに関するシグナルを標準化のために使用した。下記プライマーを使用した。
Ｒａｔ Ｈｔｔ−Ｆ： ５’−ＣＧＣＣＧＣＣＴＣＣＴＣＡＧＣＴＴＣ−３’（配列番号７４）
Ｒａｔ Ｈｔｔ−Ｒ： ５’−ＧＡＧＡＧＴＴＣＣＴＴＣＴＴＴＧＧＴＣＧＧＴＧＣ−３’（配列番号７５）
Ｒａｂ２−Ｆ： ５’−ＴＧＧＧＡＡＡＣＡＧＡＴＡＡＡＡＣＴＣＣＡＧＡ−３’（配列番号７６）
Ｒａｂ２−Ｒ： ５’−ＡＡＴＡＴＧＡＣＣＴＴＧＴＧＡＴＡＧＡＡＣＧＡＡＡＧ−３’（配列番号７７）
ＹＷＨＡＺ−Ｆ： ５’−ＡＡＡＴＧＡＧＣＴＧＧＴＧＣＡＧＡＡＧＧ−３’（配列番号７８）
ＹＷＨＡＺ−Ｒ： ５’−ＧＧＣＴＧＣＣＡＴＧＴＣＡＴＣＧＴＡＴ−３’（配列番号７９）
結果：
ＰＳ６５９（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）は、生理食塩水処置ラットと比較して、トランスジェニックＨｔｔ転写物レベルを皮質（Ｆｉｇ．２ａ）、海馬（Ｆｉｇ．２ｂ）、嗅球（Ｆｉｇ．２ｃ）及び視床（Ｆｉｇ．３ｄ）において低下させた。これらの結果は、ＰＳ６５９（配列番号９０（配列番号２由来）としても表される。）が脳室内直接注射後にｉｎ ｖｉｖｏで有効であることを示している。
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本明細書に記載されている各実施形態は、特に断らない限り、一緒に組み合わされ得る。本明細書で引用されるすべての特許及び参考文献は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み入れられる。
本発明の実施形態は例えば下記実施形態１〜１５を含む。
実施形態１：
ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を予防する、遅延させる及び／又は治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドであって、
２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、
少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、
１つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含み、
（ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ及び（ＣＣＵＧ）ｎからなる群から選択される反復ヌクレオチド単位を反復ヌクレオチド単位として有する反復エレメントにハイブリダイズすることができる、
オリゴヌクレオチド。
実施形態２：
２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、
すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有する、
実施形態１に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態３：
（ＣＡＧ）ｎリピートにハイブリダイズでき、
反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍを含む又はからなり、
ｍは４〜１２の整数であり、
各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルであり、
少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである、
実施形態１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態４：
各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｙは５−メチルウラシルである、実施形態３に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態５：
ｍは７であり、好ましくは、該オリゴヌクレオチドは反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、各Ｙはウラシルである（配列番号２）。あるいは、各Ｘはシトシン、各Ｙは５−メチルウラシルである（配列番号３）。］を含む又はからなる、実施形態３又は４に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態６：
該オリゴヌクレオチドの塩基配列は配列番号９０〜１１８の塩基配列のいずれかを含む又はからなる、実施形態５に記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態７：
２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、
すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、
配列番号９０からなる塩基配列を有する、
オリゴヌクレオチド。
実施形態８：
５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル塩基を含む、実施形態１〜６のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態９：
２，６−ジアミノプリン塩基を含む、実施形態１〜６及び８のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１０：
実施形態１〜６、８及び９のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドであって、
５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含まない対応オリゴヌクレオチドと比較して改善されたパラメーターを有し、
前記対応オリゴヌクレオチドは、
２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、
少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有する、
オリゴヌクレオチド。
実施形態１１：
長さが１２〜３６ヌクレオチドである、実施形態１〜６及び８〜１０のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１２：
１本鎖オリゴヌクレオチドである、実施形態１〜１１のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド。
実施形態１３：
実施形態１〜１２のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドを含む組成物。
実施形態１４：
前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織中及び／又は細胞中への標的化及び／又は送達を増強することをさらに補助し得る少なくとも１つの賦形剤を含む、実施形態１３に記載の組成物。
実施形態１５：
ヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害の予防、治療及び／又は遅延のための方法であって、予防、治療及び／又は遅延は、実施形態１〜１２のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド又は実施形態１３若しくは１４に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することによって行われる、方法。

Claims (15)

  1. ヒトｃｉｓエレメントリピート不安定性関連遺伝性障害を予防する、遅延させる及び／又は治療するための薬物としての使用のためのオリゴヌクレオチドであって、
    ２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、
    少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、
    １つ若しくは複数の５−メチルピリミジン及び／又は１つ若しくは複数の２，６−ジアミノプリン塩基を含み、
    （ＣＡＧ）ｎ、（ＧＣＧ）ｎ、（ＣＧＧ）ｎ、（ＧＡＡ）ｎ、（ＧＣＣ）ｎ、（ＣＣＧ）ｎ、（ＡＵＵＣＵ）ｎ、（ＧＧＧＧＣＣ）ｎ及び（ＣＣＵＧ）ｎからなる群から選択される反復ヌクレオチド単位を反復ヌクレオチド単位として有する反復エレメントにハイブリダイズすることができる、
    オリゴヌクレオチド。
  2. ２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、
    すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有する、
    請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  3. （ＣＡＧ）ｎリピートにハイブリダイズでき、
    反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）ｍを含む又はからなり、
    ｍは４〜１２の整数であり、
    各ＸはＣ又は５−メチルシトシン、各ＹはＵ又は５−メチルウラシルであり、
    少なくとも１つのＸは５−メチルシトシン、及び／又は少なくとも１つのＹは５−メチルウラシルである、
    請求項１又は２に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 各Ｘは５−メチルシトシン、及び／又は各Ｙは５−メチルウラシルである、請求項３に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. ｍは７であり、好ましくは、該オリゴヌクレオチドは反復ヌクレオチド単位（ＸＹＧ）７［式中、各Ｘは５−メチルシトシン、各Ｙはウラシルである（配列番号２）。あるいは、各Ｘはシトシン、各Ｙは５−メチルウラシルである（配列番号３）。］を含む又はからなる、請求項３又は４に記載のオリゴヌクレオチド。
  6. 該オリゴヌクレオチドの塩基配列は配列番号９０〜１１８の塩基配列のいずれかを含む又はからなる、請求項５に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. ２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基からなり、
    すべてのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有し、
    配列番号９０からなる塩基配列を有する、
    オリゴヌクレオチド。
  8. ５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル塩基を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. ２，６−ジアミノプリン塩基を含む、請求項１〜６及び８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 請求項１〜６、８及び９のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドであって、
    ５−メチルシトシン及び／又は５−メチルウラシル及び／又は２，６−ジアミノプリンを含まない対応オリゴヌクレオチドと比較して改善されたパラメーターを有し、
    前記対応オリゴヌクレオチドは、
    ２’−Ｏ−メチルＲＮＡヌクレオチド残基を含み、
    少なくとも１つのリン酸部分がホスホロチオエート部分によって置き換えられている骨格を有する、
    オリゴヌクレオチド。
  11. 長さが１２〜３６ヌクレオチドである、請求項１〜６及び８〜１０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. １本鎖オリゴヌクレオチドである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  13. 請求項１〜１２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを含む組成物。
  14. 前記組成物及び／又は前記オリゴヌクレオチドの組織及び／又は細胞に対する及び／又は組織中及び／又は細胞中への標的化及び／又は送達を増強することをさらに補助し得る少なくとも１つの賦形剤を含む、請求項１３に記載の組成物。
  15. ヒトｃｉｓ−エレメントリピート不安定性関連遺伝性障害の予防、治療及び／又は遅延のための方法であって、予防、治療及び／又は遅延は、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は請求項１３若しくは１４に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することによって行われる、方法。
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