JP2019522463A5 - - Google Patents

Claims (19)

1. サンプル中の少なくとも１つの標的核酸を検出する方法であって、次の工程：
   (1) 少なくとも１つの標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる少なくとも１つのプローブと前期サンプルとを接触させ、ここで前記少なくとも１つのプローブは標的結合ドメインとバーコードドメインを含み、
   前記標的結合ドメインは少なくとも４個のヌクレオチドを含みそして前記標的核酸の第一の特定領域を認識し結合することができ、前記標的結合ドメインは既知ヌクレオチド配列を含み；
   前記バーコードドメインは、第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子により結合可能である核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子により結合可能である核酸配列を含む少なくとも第二の結合領域とを含んでなるバーコードドメインを含み；
   前記第一の結合領域の配列は前記少なくとも第二の結合領域の配列と異なり；
   (2)第一の検出可能標識を含む第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を、前記第一の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記第一の結合領域と関連付け；
   (3) 前記第一の結合領域に関連付けられた前記第一の検出可能標識を検出し；
   (4) 前記第一の検出可能標識を除去し；
   (5)第二の検出可能標識を含む少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子を、前記少なくとも第二の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記少なくとも第二の結合領域に関連付け；そして
   (6) 前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識を検出し；
   ここで前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも１つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも１つの標的核酸を検出する
   を含む方法。
2. 前記バーコードドメインが、少なくとも第三のレポーター複合体により結合可能である核酸配列を含む少なくとも第三の結合領域を含んでなり；
   ここで前記少なくとも第三の結合領域の配列は他の結合領域の配列とは異なる、
   請求項１記載の方法。
3. 次の工程：
   (7) 前記第二の検出可能標識を除去し；
   (8)第三の検出可能標識を含む少なくとも第三のレポーター複合体の少なくとも第三の相補的核酸分子を、前記少なくとも第三の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記少なくとも第三の結合領域に関連付け；そして
   (9) 前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた第三の検出可能標識を検出し；
   ここで前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識および前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた第三の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも１つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも１つの標的核酸を検出する
   を更に含む、請求項２記載の方法。
4. 前記バーコードドメインが、少なくとも第四のレポーター複合体により結合可能である核酸配列を含む、少なくとも第四、少なくとも第五、少なくとも第六または少なくとも第七の結合領域を含み；
   ここで前記少なくとも第四の結合領域の配列が他の結合領域の配列とは異なる
   請求項２記載の方法。
5. (a) 各々の検出可能標識を除去し；
   (b) 各々の結合領域を、検出可能標識を含むレポーター複合体の相補的核酸分子に結合させ、それにより検出可能標識を前記各々の結合領域と関連付け；そして
   (c) 結合領域に関連付けられた各々の検出可能標識を検出する
   という工程を、前記バーコードドメイン中の各結合領域が検出可能標識を含むレポーター複合体の相補的核酸分子により連続的に結合され、そして連続的に結合された相補的核酸分子の検出可能標識が検出されるまで繰り返し；
   ここで前記各結合領域に関連付けられた検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも１つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも１つの標的核酸を検出することを特徴とする、請求項４記載の方法。
6. 前記工程(4)の第一の検出可能標識の除去または前記工程(7)の第二の検出可能標識の除去が、少なくとも第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を、第一の検出可能標識を遊離させるのに十分な力で前記第一の相補的核酸分子の一箇所に接触させることを含む、請求項１または３記載の方法。
7. 前記力が光である、請求項６記載の方法。
8. 前記検出可能標識が、それらの発光スペクトルにより各々同定することができる多重成分を含む、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
9. 前記検出可能標識が蛍光成分を含む、請求項８記載の方法。
10. 前記各成分の発光スペクトルが同一または異なる、請求項８記載の方法。
11. 少なくとも１つの成分の発光スペクトルが他の成分とは異なる、請求項８記載の方法。
12. 少なくとも前記標的核酸の第一の位置を、基板に選択的に結合する第一のアフィニティー結合試薬を含む第一の捕捉プローブと結合させた後、前記標的核酸が基板に固定化され、ここで前記第一の捕捉プローブは少なくとも１つのプローブが前記標的核酸に結合する位置とは異なる標的核酸上の位置で標的核酸を結合する、請求項１記載の方法。
13. 前記第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子、少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子、又は少なくとも第三のレポーター複合体の少なくとも第三の相補的核酸分子、の少なくとも一つが、少なくとも一つの開裂可能リンカーを含む、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
14. 前記検出可能標識を含む各レポーター複合体が、開裂可能リンカーを介して第一の核酸分子に間接的に連結された相補的核酸分子を含む、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
15. 各第一の核酸分子が少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つまたは少なくとも６つの第二の核酸分子にハイブリダイズされる、請求項１４記載の方法。
16. 各第二の核酸分子が独立に開裂可能リンカーを含む、請求項１５記載の方法。
17. 前記開裂可能リンカーが、光開裂可能、化学的開裂可能および酵素的開裂可能リンカーの群より独立に選択される、請求項１６記載の方法。
18. 前記１または複数の第二の核酸分子が少なくとも１つの検出可能標識を含む、請求項１５記載の方法。
19. 各第二の核酸分子が、少なくとも１つの検出可能標識を含む、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つまたは少なくとも７つの第三の核酸分子にハイブリダイズされる、請求項１５記載の方法。