JP2010517556A5

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Publication number: JP2010517556A5
Application number: JP2009548750A
Authority: JP
Filing date: 2008-02-08
Publication date: 2011-03-31
Anticipated expiration: 2028-02-08

Claims

試料中のヒトパピローマウイルス核酸をインビトロで検出する方法であって、
（ｉ）ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又は相補体の一部の増幅を促進するのに適した条件下で、前記試料を、前記ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合するフォワードオリゴヌクレオチドプライマー及びリバースオリゴヌクレオチドプライマーと接触させることによりアンプリコンを作製すること；
（ii）前記アンプリコンを、該アンプリコン内の標的部位に結合するプローブと接触させること；及び
（iii）前記プローブと前記アンプリコンとの結合を検出することを含み、
前記プローブが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、及び配列番号３４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含む方法。
試料中のヒトパピローマウイルス核酸をインビトロで検出する方法であって、
（ｉ）ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又は相補体の一部の増幅を促進するのに適した条件下で、前記試料を、前記ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合するフォワードオリゴヌクレオチドプライマー及びリバースオリゴヌクレオチドプライマーと接触させることによりアンプリコンを作製すること；
（ii）前記アンプリコンを、前記アンプリコン内の標的部位に結合するプローブと接触させること；及び
（iii）前記プローブと前記アンプリコンの結合を検出することを含み、
前記フォワードプライマーが配列番号３の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含み、
前記リバースプライマーが配列番号９の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、又は配列番号１４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含む方法。
プローブが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、及び配列番号３４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項２に記載の方法。
プローブが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、及び配列番号１８から選択される核酸配列からなる、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
プローブが、固体担体又はプラットホーム上、好ましくはビーズ又はマイクロスフェア上に固定化されている、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
アンプリコンを、該アンプリコン内の標的部位に結合し、それぞれが異なる核酸配列を含む少なくとも２つの異なるプローブと接触させることを含む、請求項１又は２に記載の方法。
プローブのそれぞれが、
（ａ）配列番号１５と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｂ）配列番号１６と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｃ）配列番号１７と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｄ）配列番号１８と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｅ）配列番号１９と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｆ）配列番号２０と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｇ）配列番号２１と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｈ）配列番号２２と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｉ）配列番号２３と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｊ）配列番号２４と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｋ）配列番号２５と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｌ）配列番号２６と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｍ）配列番号２７と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｎ）配列番号２８と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｏ）配列番号２９と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｐ）配列番号３０と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｑ）配列番号３１と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｒ）配列番号３２と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｓ）配列番号３３と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｔ）配列番号３４と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列
からなる群から選択される異なる核酸配列を含む、請求項６に記載の方法。
試料を、異なるプローブのうちの少なくとも４つと接触させることを含み、好ましくは前記プローブのそれぞれが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、及び配列番号１８から選択される異なる核酸配列からなる、請求項６又は７に記載の方法。
それぞれの異なるプローブが、異なる固体担体又はプラットホーム上に固定化されており、好ましくは前記異なる固体担体又はプラットホームが、一意的に同定可能なビーズ又はマイクロスフェアであり、より好ましくは、アンプリコンと異なる固定化されたプローブとの結合に続いて、ビーズ又はマイクロスフェアをその一意的同定に従ってソーティングすることをさらに含む、請求項６〜８のいずれかに記載の方法。
アンプリコンが少なくとも１７５ヌクレオチド長であり、最大２５０ヌクレオチド長である、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
試料を、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合する、少なくとも２つの異なるフォワードプライマー及び少なくとも２つの異なるリバースプライマーと接触させることを含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
フォワードプライマーのそれぞれが、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７又は配列番号８から選択される異なる核酸配列からなり、リバースプライマーのそれぞれが、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３又は配列番号１４から選択される異なる核酸配列からなる、請求項１１に記載の方法。
アンプリコンと、蛍光分子等の検出可能な分子を含み、且つ前記アンプリコンに結合するレポーター構築物とを接触させることを含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
フォワード及び／又はリバースプライマーが、蛍光分子等の検出可能な分子を含む標識又はビオチン等の第１の結合分子を含む標識を含み、増幅ステップが前記標識をアンプリコンに組み込むステップを含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法であって、
好ましくは、前記第１の結合分子と、該第１の結合分子に結合する第２の結合分子を含み、且つ蛍光分子等の検出可能な分子を含むレポーター構築物とを接触させることをさらに含む方法。
試料中のヒトパピローマウイルス核酸を検出するインビトロ方法であって、
（ｉ）前記試料を、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体内の標的部位に結合する少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと接触させること；及び
（ii）前記プローブと前記標的部位との結合を検出することを含み、
前記プローブが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、及び配列番号３４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含む方法。
プローブが、固体担体又はプラットホーム上、好ましくはビーズ又はマイクロスフェア上に固定化されている、請求項１５に記載の方法。
試料を、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体内の標的部位に結合し、それぞれが異なる核酸配列を含む少なくとも２つの異なるプローブと接触させること、及び前記プローブと前記標的部位との結合を検出することを含む、請求項１５又は１６に記載の方法。
試料を、異なるプローブのうちの少なくとも４つと接触させることを含み、好ましくは前記プローブのそれぞれが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、及び配列番号１８から選択される異なる核酸配列からなる、請求項１７に記載の方法。
それぞれの異なるプローブが、異なる固体担体又はプラットホーム上に固定化されており、好ましくは前記異なる固体担体又はプラットホームが、一意的に同定可能なビーズ又はマイクロスフェアであり、より好ましくは、プローブと標的部位との結合に続いて、前記ビーズ又はマイクロスフェアをその一意的同定に従ってソーティングすることをさらに含む、請求項１７又は１８に記載の方法。
プローブと標的部位の結合に続いて、結合したヒトパピローマウイルス核酸と、蛍光分子等の検出可能な分子を含み、且つ前記ヒトパピローマウイルス核酸に結合するレポーター構築物とを接触させることをさらに含む、請求項１５〜１９のいずれかに記載の方法。
結合したヒトパピローマウイルス核酸が標識化されており、標識が、蛍光分子等の検出可能な分子又はビオチン等の第１の結合分子を含む、請求項１５〜１９のいずれかに記載の方法であって、
好ましくは、前記第１の結合分子と、該第１の結合分子に結合する第２の結合分子を含み、且つ蛍光分子等の検出可能な分子を含むレポーター構築物とを接触させることを含む方法。
試料を少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと接触させる前に、ヒトパピローマウイルス核酸を増幅し、それによりヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体内のプローブの標的部位を含むアンプリコンを作製するステップをさらに含む、請求項１５〜２１のいずれかに記載の方法。
増幅ステップが、フォワードオリゴヌクレオチドプライマー及びリバースオリゴヌクレオチドプライマーを使用して実施され、
前記フォワードプライマーが、配列番号３の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含み、
前記リバースプライマーが、配列番号９の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、又は配列番号１４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項２２に記載の方法。
フォワードプライマー及び／又はリバースプライマーが標識、好ましくは蛍光分子等の検出可能な分子、又はビオチン等の結合分子を含む標識を含み、増幅ステップが前記標識をアンプリコンに組み込むステップを含む、請求項２２又は２３に記載の方法。
対象試料中のヒトパピローマウイルス病原体負荷をインビトロで定量する方法であって、
（ａ）前記対象試料に対して請求項１〜２４のいずれかに記載の方法を実施すること；及び
（ｂ）所定の既知のヒトパピローマウイルス病原体負荷の試験試料に対して請求項１〜２４のいずれかに記載の方法を実施すること；及び
（ｃ）対象試料から検出されるシグナルを試験試料から検出されるシグナルと比較することを含み、
それにより対象試料中のヒトパピローマウイルス病原体負荷を定量する方法。
薬物療法の期間の経過にわたって、ワクチン療法等の薬物の有効性をインビトロで判定する方法であって、
（ａ）薬物療法の期間内の又は先立つ最初の時点で得られる最初の試料に対して請求項１〜２４のいずれかに記載の方法を実施すること；
（ｂ）薬物療法の期間内の又は後の１又は複数の後の時点で得られる１又は複数の後期試料に対して請求項１〜２４のいずれかに記載の方法を実施すること；及び
（ｃ）最初の試料から検出されるシグナルを、前記１又は複数の後期試料から検出されるシグナルと比較することを含み、
それにより薬物療法の期間の経過にわたって薬物の有効性を判定する方法。
試料中のヒトパピローマウイルスをインビトロで分類する方法であって、
（ａ）試料に対して請求項１〜２４のいずれかに記載の方法を実施すること；及び
（ｂ）ヒトパピローマウイルス核酸に結合しているプローブ又は複数のプローブを同定すること
を含む方法。
請求項１〜２７のいずれかに記載の方法において使用するためのプローブであって、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体内の標的配列に結合し、
（ｉ）配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、及び配列番号３４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；又は
（ii）配列番号１５の核酸配列と少なくとも９６％の配列同一性を有する核酸配列
からなる群から選択される核酸配列を含むか、
又は配列番号１７の核酸配列からなるプローブ。
ビーズ若しくはマイクロスフェア等の固体担体又はプラットホーム上に固定化されている、請求項２８に記載のプローブ。
請求項１〜２７のいずれかに記載の方法において使用するための少なくとも２つの異なるプローブのセットであって、前記プローブがヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合し、前記プローブのそれぞれが、
（ａ）配列番号１５と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｂ）配列番号１６と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｃ）配列番号１７と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｄ）配列番号１８と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｅ）配列番号１９と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｆ）配列番号２０と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｇ）配列番号２１と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｈ）配列番号２２と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｉ）配列番号２３と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｊ）配列番号２４と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｋ）配列番号２５と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｌ）配列番号２６と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｍ）配列番号２７と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｎ）配列番号２８と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｏ）配列番号２９と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｐ）配列番号３０と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｑ）配列番号３１と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｒ）配列番号３２と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；
（ｓ）配列番号３３と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列；及び
（ｔ）配列番号３４と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列
から選択される異なる核酸配列を含む、
プローブのセット。
異なるプローブのうちの少なくとも４つを含み、前記プローブのそれぞれが、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、及び配列番号１８から選択される異なる核酸配列からなる、請求項３０に記載のプローブのセット。
それぞれの異なるプローブが、異なる固体担体又はプラットホーム上に固定化されており、好ましくは前記異なる固体担体又はプラットホームが、一意的に同定可能なビーズ又はマイクロスフェアである、請求項３０又は３１に記載のプローブのセット。
請求項１〜２７のいずれかに記載の方法において使用するためのプライマーセットであって、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合する少なくとも２つの異なるフォワードプライマー及び少なくとも２つの異なるリバースプライマーを含み、
前記フォワードプライマーのそれぞれが、配列番号３の配列を有する核酸配列、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７又は配列番号８と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列から選択される異なる核酸配列を含み、
前記リバースプライマーのそれぞれが、配列番号９の配列を有する核酸配列、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３又は配列番号１４と少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９７％、最も好ましくは１００％の配列同一性を有する核酸配列から選択される異なる核酸配列を含むプライマーセット。
請求項１〜２７のいずれかに記載の方法において使用するためのプライマーセットであって、ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合するフォワードプライマー及びリバースプライマーを含み、
前記フォワードプライマーが配列番号３の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含み、
前記リバースプライマーが、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、及び配列番号１４から選択される核酸配列からなるプライマーセット。
請求項２８若しくは２９に記載のプローブ又は請求項３０〜３２に記載のプローブセットを含む、請求項１〜２７のいずれかに記載の方法において使用するためのキット。
（ｉ）ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合し、配列番号３の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号８から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含むフォワードプライマー；及び／又は
（ii）ヒトパピローマウイルスＬ１遺伝子又はその相補体中の標的部位に結合し、配列番号９の配列を有する核酸配列を含むか、又は配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、又は配列番号１４から選択される核酸配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する核酸配列を含むリバースプライマーをさらに含む、請求項３５に記載のキット。