JP2022122964A - サンプル中の標的核酸を検出する方法 - Google Patents
サンプル中の標的核酸を検出する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022122964A JP2022122964A JP2022089840A JP2022089840A JP2022122964A JP 2022122964 A JP2022122964 A JP 2022122964A JP 2022089840 A JP2022089840 A JP 2022089840A JP 2022089840 A JP2022089840 A JP 2022089840A JP 2022122964 A JP2022122964 A JP 2022122964A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- detectable label
- acid molecule
- binding
- target
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 724
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 671
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 671
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 136
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 419
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 32
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 297
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 129
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 113
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 73
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 63
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 62
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 14
- 238000000295 emission spectrum Methods 0.000 claims description 11
- 238000005406 washing Methods 0.000 claims description 7
- 230000005499 meniscus Effects 0.000 claims description 4
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 claims description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 3
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 43
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 35
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 35
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 35
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 34
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 28
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 26
- 239000012099 Alexa Fluor family Substances 0.000 description 25
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 23
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 19
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 19
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 18
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 18
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 14
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 14
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 13
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 13
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 12
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 11
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 11
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 10
- 238000013461 design Methods 0.000 description 10
- -1 antibodies Substances 0.000 description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 9
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 9
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 8
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 8
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 8
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 8
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 8
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 8
- 101001007348 Arachis hypogaea Galactose-binding lectin Proteins 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 208000037065 Subacute sclerosing leukoencephalitis Diseases 0.000 description 6
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 6
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 6
- 108010054624 red fluorescent protein Proteins 0.000 description 6
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- JTBBWRKSUYCPFY-UHFFFAOYSA-N 2,3-dihydro-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound O=C1NCNC=C1 JTBBWRKSUYCPFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 4
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 4
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 4
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 4
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 4
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 4
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 4
- 108010082025 cyan fluorescent protein Proteins 0.000 description 4
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 4
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 4
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 4
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 4
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 4
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 108091005957 yellow fluorescent proteins Proteins 0.000 description 4
- 101150050530 Fat3 gene Proteins 0.000 description 3
- 101000819111 Homo sapiens Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Proteins 0.000 description 3
- 101150022636 MAFB gene Proteins 0.000 description 3
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 3
- 102100021386 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 Human genes 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 3
- 239000011536 extraction buffer Substances 0.000 description 3
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 3
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 3
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 3
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 3
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical compound [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 2
- VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 2',7'-difluorofluorescein Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(F)C(=O)C=C2OC2=CC(O)=C(F)C=C21 VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 5-bromodeoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 2
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 2
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 102000006943 Uracil-DNA Glycosidase Human genes 0.000 description 2
- 108010072685 Uracil-DNA Glycosidase Proteins 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- CZPLANDPABRVHX-UHFFFAOYSA-N cascade blue Chemical compound C=1C2=CC=CC=C2C(NCC)=CC=1C(C=1C=CC(=CC=1)N(CC)CC)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1 CZPLANDPABRVHX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 2
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 2
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 2
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 2
- 210000000416 exudates and transudate Anatomy 0.000 description 2
- 101150099765 fat-2 gene Proteins 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 2
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 2
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 2
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 2
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 239000003973 paint Substances 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000012552 review Methods 0.000 description 2
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PXFBZOLANLWPMH-UHFFFAOYSA-N 16-Epiaffinine Natural products C1C(C2=CC=CC=C2N2)=C2C(=O)CC2C(=CC)CN(C)C1C2CO PXFBZOLANLWPMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VGONTNSXDCQUGY-RRKCRQDMSA-N 2'-deoxyinosine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(N=CNC2=O)=C2N=C1 VGONTNSXDCQUGY-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- 150000003923 2,5-pyrrolediones Chemical class 0.000 description 1
- IOOMXAQUNPWDLL-UHFFFAOYSA-N 2-[6-(diethylamino)-3-(diethyliminiumyl)-3h-xanthen-9-yl]-5-sulfobenzene-1-sulfonate Chemical compound C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1S([O-])(=O)=O IOOMXAQUNPWDLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IOJFHZXQSLNAQJ-UHFFFAOYSA-N 4-azido-2,3,5,6-tetrafluorobenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=C(F)C(F)=C(N=[N+]=[N-])C(F)=C1F IOJFHZXQSLNAQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YELWNIMQOUETBV-UHFFFAOYSA-N 4-azido-2-hydroxy-n-[2-(pyridin-2-yldisulfanyl)ethyl]benzamide Chemical compound OC1=CC(N=[N+]=[N-])=CC=C1C(=O)NCCSSC1=CC=CC=N1 YELWNIMQOUETBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IFQUPKAISSPFTE-UHFFFAOYSA-N 4-benzoylbenzoic acid Chemical compound C1=CC(C(=O)O)=CC=C1C(=O)C1=CC=CC=C1 IFQUPKAISSPFTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YBJHBAHKTGYVGT-ZXFLCMHBSA-N 5-[(3ar,4r,6as)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid Chemical group N1C(=O)N[C@H]2[C@@H](CCCCC(=O)O)SC[C@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZXFLCMHBSA-N 0.000 description 1
- NJYVEMPWNAYQQN-UHFFFAOYSA-N 5-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C21OC(=O)C1=CC(C(=O)O)=CC=C21 NJYVEMPWNAYQQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100022289 60S ribosomal protein L13a Human genes 0.000 description 1
- CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 7-hydroxycoumarin Natural products O1C(=O)C=CC2=CC(O)=CC=C21 CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 101100257991 Arabidopsis thaliana S-ACP-DES6 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010053555 Arthritis bacterial Diseases 0.000 description 1
- WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N BROMODEOXYURIDINE Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C(Br)=C1 WOVKYSAHUYNSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 206010057248 Cell death Diseases 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- XPDXVDYUQZHFPV-UHFFFAOYSA-N Dansyl Chloride Chemical compound C1=CC=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1S(Cl)(=O)=O XPDXVDYUQZHFPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010011878 Deafness Diseases 0.000 description 1
- 101150029707 ERBB2 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 239000004593 Epoxy Substances 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- 108010034791 Heterochromatin Proteins 0.000 description 1
- 108010093488 His-His-His-His-His-His Proteins 0.000 description 1
- 101000681240 Homo sapiens 60S ribosomal protein L13a Proteins 0.000 description 1
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 description 1
- 208000004575 Infectious Arthritis Diseases 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 108091029795 Intergenic region Proteins 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- AWZJFZMWSUBJAJ-UHFFFAOYSA-N OG-514 dye Chemical compound OC(=O)CSC1=C(F)C(F)=C(C(O)=O)C(C2=C3C=C(F)C(=O)C=C3OC3=CC(O)=C(F)C=C32)=C1F AWZJFZMWSUBJAJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010053210 Phycocyanin Proteins 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 description 1
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 1
- GRRMZXFOOGQMFA-UHFFFAOYSA-J YoYo-1 Chemical compound [I-].[I-].[I-].[I-].C12=CC=CC=C2C(C=C2N(C3=CC=CC=C3O2)C)=CC=[N+]1CCC[N+](C)(C)CCC[N+](C)(C)CCC[N+](C1=CC=CC=C11)=CC=C1C=C1N(C)C2=CC=CC=C2O1 GRRMZXFOOGQMFA-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 206010000269 abscess Diseases 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- HAXFWIACAGNFHA-UHFFFAOYSA-N aldrithiol Chemical compound C=1C=CC=NC=1SSC1=CC=CC=N1 HAXFWIACAGNFHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000001745 anti-biotin effect Effects 0.000 description 1
- 210000001742 aqueous humor Anatomy 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000941 bile Anatomy 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 229950004398 broxuridine Drugs 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000007942 carboxylates Chemical class 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- VYXSBFYARXAAKO-WTKGSRSZSA-N chembl402140 Chemical compound Cl.C1=2C=C(C)C(NCC)=CC=2OC2=C\C(=N/CC)C(C)=CC2=C1C1=CC=CC=C1C(=O)OCC VYXSBFYARXAAKO-WTKGSRSZSA-N 0.000 description 1
- 210000003022 colostrum Anatomy 0.000 description 1
- 235000021277 colostrum Nutrition 0.000 description 1
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N desoxyinosine Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 125000002228 disulfide group Chemical group 0.000 description 1
- AFOSIXZFDONLBT-UHFFFAOYSA-N divinyl sulfone Chemical compound C=CS(=O)(=O)C=C AFOSIXZFDONLBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 238000005538 encapsulation Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 125000003700 epoxy group Chemical group 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 239000000446 fuel Substances 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000003365 glass fiber Substances 0.000 description 1
- 210000004458 heterochromatin Anatomy 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229940042795 hydrazides for tuberculosis treatment Drugs 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 238000005286 illumination Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 150000002463 imidates Chemical class 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 239000012948 isocyanate Substances 0.000 description 1
- 150000002513 isocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 150000002601 lanthanoid compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 229910044991 metal oxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000004706 metal oxides Chemical class 0.000 description 1
- 230000002438 mitochondrial effect Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BUFTYJOYPAXWBW-UHFFFAOYSA-N n-chlorotriazin-4-amine Chemical compound ClNC1=CC=NN=N1 BUFTYJOYPAXWBW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 229940127073 nucleoside analogue Drugs 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 238000010915 one-step procedure Methods 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 201000008482 osteoarthritis Diseases 0.000 description 1
- VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N pacific blue Chemical compound FC1=C(O)C(F)=C2OC(=O)C(C(=O)O)=CC2=C1 VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- RDBMUARQWLPMNW-UHFFFAOYSA-N phosphanylmethanol Chemical class OCP RDBMUARQWLPMNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- 230000002186 photoactivation Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 229920000647 polyepoxide Polymers 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 238000000275 quality assurance Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 206010039073 rheumatoid arthritis Diseases 0.000 description 1
- XFKVYXCRNATCOO-UHFFFAOYSA-M rhodamine 6G Chemical compound [Cl-].C=12C=C(C)C(NCC)=CC2=[O+]C=2C=C(NCC)C(C)=CC=2C=1C1=CC=CC=C1C(=O)OCC XFKVYXCRNATCOO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000001022 rhodamine dye Substances 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 201000001223 septic arthritis Diseases 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 1
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 1
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000011410 subtraction method Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 210000002435 tendon Anatomy 0.000 description 1
- WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine chloride Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Chemical compound C1=CC(=O)OC2=CC(O)=CC=C21 ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Natural products Cc1cc2C=CC(=O)Oc2cc1OCC=CC(C)(C)O HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 210000004127 vitreous body Anatomy 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6823—Release of bound markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6825—Nucleic acid detection involving sensors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
- C12Q2523/319—Photocleavage, photolysis, photoactivation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/113—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being electroactive, e.g. redox labels
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/185—Nucleic acid dedicated to use as a hidden marker/bar code, e.g. inclusion of nucleic acids to mark art objects or animals
Abstract
Description
本出願は、2016年5月16日出願の米国特許出願第62/337,074号と2017年5月1日出願の米国特許出願第62/492,889号の優先権およびその利益を主張する。その各出願の全内容が参考として援用される。
本出願は、EFS-Web経由でASCII形式で提出された配列表を含み、その全内容が参考として本明細書に組み込まれる。2017年5月16日に作成された前記ASCII複写物はNATE-032001WO_ST25.textという名称であり、ファイルサイズが22,780バイトである。
生物学的試料中の核酸を検出する方法は現在様々に存在するが、より改善された、正確で、迅速かつ高感度の標的核酸のマルチプレックス検出、同定および定量法のニーズが依然としてある。本発明はこのニーズに対処する。
当該方法は更に、(2) 第一の結合領域に、検出可能標識を含む第一の相補的核酸分子または検出可能標識を含む第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を結合させ、それにより検出可能標識を前記第一の結合領域に関連付ける工程;(3) 第一の結合領域に関連付けられた検出可能標識を検出する工程;(4) 第一の検出可能標識または第一の相補的核酸分子を除去する工程;(5)前記少なくとも第二の結合領域に、検出可能標識を含む少なくとも第二の相補的核酸分子または検出可能標識を含む少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子を結合させ、それにより検出可能標識を前記少なくとも第二の結合領域に関連付ける工程;および(6) 前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた検出可能標識を検出する工程を含み;ここで前記第一の結合領域に関連付けられた検出可能標識と前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出することを特徴とする。工程(4)と(5)は連続であっても同時であってもよい。
サンプル中の1または複数の核酸を検出するためのプローブ
キレート化ランタニド化合物、量子ドット等の別の観点では、スペクトル分割可能とはその発光極大波長が少なくとも10 nm離れていることを意味し、そして別の観点では、少なくとも15 nm離れていることを意味する。
核酸の検出方法
複数の核酸のマルチプレックス検出
定義:
実施例2:Hyb & Countに用いられるFFPE組織を処理するためのサンプル調製
実施例3:Hyb & Seqのための多色レポーター画像処理
Claims (47)
- サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する方法であって、次の工程:
(1) 少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる少なくとも1つのプローブと前記サンプルとを接触させ、ここで前記少なくとも1つのプローブは標的結合ドメインとバーコードドメインを含み、
前記標的結合ドメインは少なくとも4個のヌクレオチドを含み、そして前記標的核酸の第一の特定領域を認識し結合することができ、前記標的結合ドメインは既知ヌクレオチド配列を含み;
前記バーコードドメインは、第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子により結合された核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子により結合された少なくとも第二の結合領域とを含んでなるバーコードドメインを含み;
前記第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子は、第一の検出可能標識を含み、それにより検出可能標識を前記第一の結合領域と関連付け;
前記第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子は第二の検出可能標識を含み、それにより検出可能標識を前記第二の結合領域と関連付け;
前記第一の結合領域の配列は前記少なくとも第二の結合領域の配列とは異なり;
(2) 第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識とを検出し;
(3) 前記第一の検出可能標識を除去し;
(4) 前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識を検出し;
前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する
を含む方法。 - 前記工程(4)の検出が、工程(4)の前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識からのシグナルを、前記工程(2)の前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた少なくとも第二の検出可能標識からのシグナルから減算することを含む、請求項1記載の方法。
- 前記バーコードドメインが、第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子により結合された核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子により結合された少なくとも第二の結合領域と、少なくとも第三の相補的核酸分子または少なくとも第三のレポーター複合体の少なくとも第三の相補的核酸分子により結合された少なくとも第三の結合領域とを含む、バーコード領域を含み;
前記第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子は、第一の検出可能標識を含み、それにより検出可能標識を前記第一の結合領域と関連付け;
前記第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のレポーター複合体の第二の相補的核酸分子は第二の検出可能標識を含み、それにより検出可能標識を前記少なくとも第二の結合領域と関連付け;
前記第三の相補的核酸分子または少なくとも第三のレポーター複合体の第三の相補的核酸分子は第三の検出可能標識を含み、それにより検出可能標識を前記少なくとも第三の結合領域と関連付け;
前記第三の結合領域、少なくとも第二の結合領域および少なくとも第三の結合領域の配列は異なり;
(2) 前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識と、前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識を検出し;
(3) 前記第一の検出可能標識を除去し;
(4) 前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識と、前記第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識を検出し;
(5) 前記第二の検出可能標識を除去し;
(6) 前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた第三の検出可能標識を検出し;
前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識、および前記第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する
ことを含む、請求項1記載の方法。 - 前記工程(4)の検出が、工程(4)の前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識と前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識からのシグナルを、前記工程(2)の前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識および前記第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識からのシグナルから減算することを含む、請求項3記載の方法。
- 前記工程(6)の検出が、工程(6)の前記第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識からのシグナルを、前記工程(4)の前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識と前記第三の結合領域に関連付けられた少なくとも第三の検出可能標識からのシグナルから減算することを含む、請求項3記載の方法。
- サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する方法であって、次の工程:
(1) 少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる少なくとも1つのプローブと前期サンプルとを接触させ、ここで前記少なくとも1つのプローブは標的結合ドメインとバーコードドメインを含み、
前記標的結合ドメインは少なくとも4個のヌクレオチドを含みそして前記標的核酸の第一の特定領域を認識し結合することができ、前記標的結合ドメインは既知ヌクレオチド配列を含み;
前記バーコードドメインは、第一の相補的核酸分子、第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子または第一のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二の相補的核酸分子、少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む少なくとも第二の結合領域とを含んでなるバーコードドメインを含み;
前記第一の結合領域の配列は前記少なくとも第二の結合領域の配列と異なり;
(2) 第一の検出可能標識を含む第一の相補的核酸分子または第一の検出可能標識を含む第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を、前記第一の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記第一の結合領域と関連付け;
(3) 前記第一の結合領域に関連付けられた前記第一の検出可能標識を検出し;
(4) 前記第一の検出可能標識または第一の相補的核酸分子を除去し;
(5) 第二の検出可能標識を含む少なくとも第二の相補的核酸分子または第二の検出可能標識を含む少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子を、前記少なくとも第二の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記少なくとも第二の結合領域に関連付け;そして
(6) 前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識を検出し;
ここで前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識と前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する
を含む方法。 - 前記バーコードドメインが、少なくとも第三の相補的核酸分子、少なくとも第三のレポーター複合体または少なくとも第三のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む少なくとも第三の結合領域を含んでなり;
ここで前記少なくとも第三の結合領域の配列は他の結合領域の配列とは異なる、
請求項6記載の方法。 - 次の工程:
(7) 前記第二の検出可能標識または第二の相補的核酸分子を除去し;
(8) 第三の検出可能標識を含む少なくとも第三の相補的核酸分子または第三の検出可能標識を含む少なくとも第三のレポーター複合体の少なくとも第三の相補的核酸分子を、前記少なくとも第三の結合領域に結合させ、それにより検出可能標識を前記少なくとも第三の結合領域に関連付け;そして
(9) 前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた第三の検出可能標識を検出し;
ここで前記第一の結合領域に関連付けられた第一の検出可能標識、前記少なくとも第二の結合領域に関連付けられた第二の検出可能標識および前記少なくとも第三の結合領域に関連付けられた第三の検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出する
を更に含む、請求項6記載の方法。 - 前記工程(4)の第一の相補的核酸の除去または工程(7)の第二の相補的核酸分子の除去が、
(a) 第一の結合領域を、検出可能標識を持たない第一のハイブリダイジング核酸分子と接触させ、それにより前記第一の相補的核酸分子を未結合のままにし、そして検出可能標識を持たない第一のハイブリダイジング核酸分子を前記第一の結合領域に結合させ;または
(b) 前記第一の相補的核酸分子を除去するのに十分なpH、塩濃度および/または温度の変更を行う
ことを含む、請求項6または8記載の方法。 - 前記バーコードドメインが、少なくとも第四の相補的核酸分子、少なくとも第四のレポーター複合体または少なくとも第四のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む、少なくとも第四、少なくとも第五、少なくとも第六または少なくとも第七の結合領域を含み;
ここで前記少なくとも第四の結合領域の配列が他の結合領域の配列とは異なる
請求項7記載の方法。 - (a) 各々の検出可能標識または相補的核酸分子を除去し;
(b) 各々の結合領域を、検出可能標識を含む相補的核酸分子または検出可能標識を含むレポーター複合体の相補的核酸分子に結合させ、それにより検出可能標識を前記各々の結合領域と関連付け;そして
(c) 結合領域に関連付けられた各々の検出可能標識を検出する
という工程を、前記バーコードドメイン中の各結合領域が検出可能標識を含む相補的核酸分子により連続的に結合され、そして連続的に結合された相補的核酸分子の検出可能標識が検出されるまで繰り返し;
ここで前記各結合領域に関連付けられた検出可能標識の線形順序または順次が、前記少なくとも1つの標的分子の特定領域を同定し、それにより前記サンプル中の少なくとも1つの標的核酸を検出することを特徴とする、請求項10記載の方法。 - 前記検出可能標識を持たない第一のハイブリダイジング核酸分子が、前記第一の相補的核酸分子の核酸配列を少なくとも含む、請求項6記載の方法。
- 前記工程(3)の第一の検出可能標識の除去または前記工程(5)の第二の検出可能標識の除去が、第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を、第一の検出可能標識を遊離させるのに十分な力で前記第一の相補的核酸分子の一箇所に接触させることを含む、請求項1または3のいずれか一項記載の方法。
- 前記工程(4)の第一の検出可能標識の除去または前記工程(7)の第二の検出可能標識の除去が、第一の相補的核酸分子または少なくとも第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子を、第一の検出可能標識を遊離させるのに十分な力で前記第一の相補的核酸分子の一箇所に接触させることを含む、請求項6または8記載の方法。
- 前記第一の相補的核酸分子、第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子、少なくとも第二の相補的核酸分子、少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子、少なくとも第三の相補的核酸分子、少なくとも第三のレポーター複合体の少なくとも第三の相補的核酸分子の中の少なくとも1つが、少なくとも1つの開裂可能リンカーを含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記少なくとも1つの開裂可能リンカーが、光開裂可能、化学的開裂可能および酵素的開裂可能リンカーの群より独立に選択される、請求項15記載の方法。
- 前記力が光である、請求項13または14記載の方法。
- 少なくとも1つの標的核酸から前記プローブを洗浄することを更に含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記洗浄が、前記標的分子から前記プローブを除去するのに十分なpH、塩濃度および/または温度の変化を含む、請求項18記載の方法。
- 前記方法が
(i) 前記少なくとも1つの標的分子の第二の特定領域を認識し結合することができる少なくとも第二のプローブと前記サンプルとを接触させ、ここで前記第二の特定領域が前記少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域とは異なり;
(ii) 前記少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる第一のプローブの少なくとも第二のコピーと前記サンプルとを接触させ;または
(iii) 少なくとも第二の標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる少なくとも第三のプローブと前記サンプルとを接触させ、ここで前記少なくとも第二の標的分子は前記少なくとも1つの標的分子とは異なる
ことを更に含み;
ここで前記プローブは標的結合ドメインとバーコードドメインを含み、
前記標的結合ドメインは少なくとも4個のヌクレオチドを含み;そして
前記バーコードドメインは、第一の相補的核酸分子または第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子により結合された核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子により結合された少なくとも第二の結合領域とを含んでなるバーコードドメインを含む、請求項19記載の方法。 - 前記方法が
(i)前記少なくとも1つの標的分子の第二の特定領域を認識し結合することができる少なくとも第二のプローブと前記サンプルとを接触させ、ここで前記第二の特定領域が前記少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域とは異なり;
(ii) 前記少なくとも1つの標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる第一のプローブの少なくとも第二のコピーと前記サンプルとを接触させ;または
(iii) 少なくとも第二の標的分子の第一の特定領域を認識し結合することができる少なくとも第三のプローブと前記サンプルとを接触させ、ここで前記少なくとも第二の標的分子は前記少なくとも1つの標的分子とは異なる
ことを更に含み;
ここで前記プローブは標的結合ドメインとバーコードドメインを含み、
前記標的結合ドメインは少なくとも4個のヌクレオチドを含み;そして
前記バーコードドメインは第一の相補的核酸分子、第一のレポーター複合体の第一の相補的核酸分子または第一のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む第一の結合領域と、少なくとも第二の相補的核酸分子、少なくとも第二のレポーター複合体の少なくとも第二の相補的核酸分子または少なくとも第二のハイブリダイジング核酸分子により結合可能である核酸配列を含む少なくとも第二の結合領域とを含む、請求項19記載の方法。 - 請求項3の工程(1)~(6)を、少なくとも第二のプローブ、第一のプローブの少なくとも第二コピー、または少なくとも第三のプローブを使って繰り返すことを更に含む、請求項20記載の方法。
- 工程(1)~(9)を、少なくとも第二のプローブ、第一のプローブの少なくとも第二コピー、または少なくとも第三のプローブを使って繰り返すことを更に含む、請求項21記載の方法。
- 前記検出可能標識が、それらの発光スペクトルにより各々同定することができる多重成分を含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記検出可能標識が量子ドット、蛍光成分、比色成分またはそれらの組み合わせを含む、請求項24記載の方法。
- 前記検出可能標識が蛍光成分を含む、請求項24記載の方法。
- 前記各成分の発光スペクトルが同一または異なる、請求項24記載の方法。
- 少なくとも1つの成分の発光スペクトルが他の成分とは異なる、請求項24記載の方法。
- 前記シグナルが発光スペクトルである、請求項4または5記載の方法。
- 前記標的結合ドメインが修飾ヌクレオチドまたは核酸類似体である、請求項1または6記載の方法。
- 少なくとも1つの修飾ヌクレオチドまたは少なくとも1つの核酸類似体がロックド核酸(LNA)である、請求項30記載の方法。
- 少なくとも前記標的核酸の第一の位置を、基板に選択的に結合する第一のアフィニティー結合試薬を含む第一の捕捉プローブと結合させることにより、プローブとの接触より前に最初に前記標的核酸が基板に固定化され、ここで前記第一の捕捉プローブは少なくとも1つのプローブが前記標的核酸に結合する位置とは異なる標的核酸上の位置で標的核酸を結合する、請求項1または6記載の方法。
- 少なくとも前記標的核酸の第一の位置を、基板に選択的に結合する第一のアフィニティー結合試薬を含む第一の捕捉プローブと結合させた後、前記標的核酸が基板に固定化され、ここで前記第一の捕捉プローブは少なくとも1つのプローブが前記標的核酸に結合する位置とは異なる標的核酸上の位置で標的核酸を結合する、請求項1または6記載の方法。
- 前記標的核酸が、第一の位置で基板に固定化されている標的核酸を伸展するのに十分な力を適用することにより伸ばされる、請求項32記載の方法。
- 前記標的核酸が、第一の位置で基板に固定化されている標的核酸を伸展するのに十分な力を適用することにより伸ばされる、請求項33記載の方法。
- 前記力が重力、流体力、電磁力、フローストレッチング、後退メニスカス技術またはそれらの組み合わせである、請求項34記載の方法。
- 前記標的核酸の少なくとも第二の位置を、基板に選択的に結合する第二のアフィニティー結合試薬を含む少なくとも第二の捕捉プローブと結合させることにより、前記標的核酸が前記基板に更に固定化され、ここで前記第二の捕捉プローブは、前記少なくとも1つのプローブと第一の捕捉プローブが前記標的核酸に結合する位置とは異なる標的核酸上の位置で標的核酸を結合する、請求項36記載の方法。
- 前記検出可能標識を含む各レポーター複合体が、第一の核酸分子に直接連結された相補的核酸分子を含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記検出可能標識を含む各レポーター複合体が、核酸スペーサーを介して第一の核酸分子に間接的に連結された相補的核酸分子を含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記検出可能標識を含む各レポーター複合体が、開裂可能リンカーを介して第一の核酸分子に間接的に連結された相補的核酸分子を含む、請求項1~8のいずれか一項記載の方法。
- 前記開裂可能リンカーが、光開裂可能、化学的開裂可能および酵素的開裂可能リンカーの群より独立に選択される、請求項40記載の方法。
- 各第一の核酸分子が少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つまたは少なくとも6つの第二の核酸分子にハイブリダイズされる、請求項38記載の方法。
- 前記各第二の核酸分子が独立に開裂可能リンカーを含む、請求項42記載の方法。
- 前記開裂可能リンカーが、光開裂可能、化学的開裂可能および酵素的開裂可能リンカーの群より独立に選択される、請求項43記載の方法。
- 前記1または複数の第二の核酸分子が少なくとも1つの検出可能標識を含む、請求項42記載の方法。
- 各第二の核酸分子が、少なくとも1つの検出可能標識を含む、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つまたは少なくとも7つの第三の核酸分子にハイブリダイズされる、請求項42記載の方法。
- 請求項1~8のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬を含むキット。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662337074P | 2016-05-16 | 2016-05-16 | |
US62/337,074 | 2016-05-16 | ||
US201762492889P | 2017-05-01 | 2017-05-01 | |
US62/492,889 | 2017-05-01 | ||
JP2018560101A JP7457457B2 (ja) | 2016-05-16 | 2017-05-16 | サンプル中の標的核酸を検出する方法 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018560101A Division JP7457457B2 (ja) | 2016-05-16 | 2017-05-16 | サンプル中の標的核酸を検出する方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022122964A true JP2022122964A (ja) | 2022-08-23 |
Family
ID=58772988
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018560101A Active JP7457457B2 (ja) | 2016-05-16 | 2017-05-16 | サンプル中の標的核酸を検出する方法 |
JP2022089840A Pending JP2022122964A (ja) | 2016-05-16 | 2022-06-01 | サンプル中の標的核酸を検出する方法 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018560101A Active JP7457457B2 (ja) | 2016-05-16 | 2017-05-16 | サンプル中の標的核酸を検出する方法 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20170327876A1 (ja) |
EP (2) | EP3458601B1 (ja) |
JP (2) | JP7457457B2 (ja) |
KR (1) | KR102490693B1 (ja) |
CN (2) | CN109715825B (ja) |
AU (2) | AU2017268257B2 (ja) |
CA (1) | CA3023566A1 (ja) |
ES (1) | ES2956732T3 (ja) |
SG (1) | SG11201809913PA (ja) |
WO (1) | WO2017201073A1 (ja) |
Families Citing this family (42)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11021737B2 (en) | 2011-12-22 | 2021-06-01 | President And Fellows Of Harvard College | Compositions and methods for analyte detection |
CN106715768B (zh) | 2014-07-30 | 2020-06-16 | 哈佛学院院长及董事 | 用于测定核酸的系统和方法 |
DK3901281T3 (da) | 2015-04-10 | 2023-01-23 | Spatial Transcriptomics Ab | Rumligt adskilt, multipleks nukleinsyreanalyse af biologiske prøver |
WO2017189525A1 (en) | 2016-04-25 | 2017-11-02 | President And Fellows Of Harvard College | Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection |
WO2017222453A1 (en) | 2016-06-21 | 2017-12-28 | Hauling Thomas | Nucleic acid sequencing |
AU2017361521B2 (en) * | 2016-11-21 | 2020-08-27 | Nanostring Technologies, Inc. | Chemical compositions and methods of using same |
KR102145417B1 (ko) * | 2017-05-24 | 2020-08-19 | 지니너스 주식회사 | 무세포 핵산으로부터 수득된 서열 분석 데이터에 대한 배경 대립인자의 빈도 분포를 생성하는 방법 및 이를 이용하여 무세포 핵산으로부터 변이를 검출하는 방법 |
US11788123B2 (en) | 2017-05-26 | 2023-10-17 | President And Fellows Of Harvard College | Systems and methods for high-throughput image-based screening |
WO2019068880A1 (en) | 2017-10-06 | 2019-04-11 | Cartana Ab | RNA MATRIX LIGATION |
WO2019200326A1 (en) | 2018-04-13 | 2019-10-17 | Rarecyte, Inc. | Kits for labeling of biomarkers and methods of using the same |
SG11202011274YA (en) * | 2018-05-14 | 2020-12-30 | Nanostring Technologies Inc | Chemical compositions and methods of using same |
EP3821251A4 (en) * | 2018-07-09 | 2022-08-24 | Ultivue, Inc. | MULTIPLEX MULTICOLOR IMAGING PROCESSES |
AU2019364418A1 (en) * | 2018-10-25 | 2021-04-22 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes |
WO2020123320A2 (en) | 2018-12-10 | 2020-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Imaging system hardware |
US20220064697A1 (en) * | 2018-12-13 | 2022-03-03 | President And Fellows Of Harvard College | Amplification methods and systems for merfish and other applications |
US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
WO2020243579A1 (en) | 2019-05-30 | 2020-12-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
AU2020282024A1 (en) | 2019-05-31 | 2021-11-11 | 10X Genomics, Inc. | Method of detecting target nucleic acid molecules |
WO2020256378A1 (ko) * | 2019-06-17 | 2020-12-24 | 강릉원주대학교산학협력단 | 핵산 검출 방법 |
WO2020254672A1 (en) | 2019-06-19 | 2020-12-24 | Therycell Gmbh | Spatial characterisation of target structures in a sample |
WO2021066464A2 (ko) * | 2019-10-04 | 2021-04-08 | 프로지니어 주식회사 | 핵산 검출 시스템 |
EP4025711A2 (en) | 2019-11-08 | 2022-07-13 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
ES2946357T3 (es) | 2019-12-23 | 2023-07-17 | 10X Genomics Inc | Métodos para el análisis espacial usando ligación con molde de ARN |
US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
EP4242325A3 (en) | 2020-04-22 | 2023-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using targeted rna depletion |
WO2021237087A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
WO2021236929A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
WO2021263111A1 (en) | 2020-06-25 | 2021-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of dna methylation |
US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
EP4121555A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-01-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
WO2022216824A1 (en) * | 2021-04-06 | 2022-10-13 | Akoya Biosciences, Inc. | Detection of labeled analytes in biological samples |
WO2022250774A1 (en) * | 2021-05-24 | 2022-12-01 | California Institute Of Technology | Linked amplification tethered with exponential radiance |
US20230130371A1 (en) * | 2021-08-03 | 2023-04-27 | Akoya Biosciences, Inc. | RNA Detection by Selective Labeling and Amplification |
WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
Family Cites Families (57)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4230558A (en) | 1978-10-02 | 1980-10-28 | Coulter Electronics, Inc. | Single drop separator |
US4318846A (en) | 1979-09-07 | 1982-03-09 | Syva Company | Novel ether substituted fluorescein polyamino acid compounds as fluorescers and quenchers |
US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
US5091519A (en) | 1986-05-01 | 1992-02-25 | Amoco Corporation | Nucleotide compositions with linking groups |
US4811218A (en) | 1986-06-02 | 1989-03-07 | Applied Biosystems, Inc. | Real time scanning electrophoresis apparatus for DNA sequencing |
US5151507A (en) | 1986-07-02 | 1992-09-29 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Alkynylamino-nucleotides |
US5066580A (en) | 1988-08-31 | 1991-11-19 | Becton Dickinson And Company | Xanthene dyes that emit to the red of fluorescein |
US5366860A (en) | 1989-09-29 | 1994-11-22 | Applied Biosystems, Inc. | Spectrally resolvable rhodamine dyes for nucleic acid sequence determination |
US5188934A (en) | 1989-11-14 | 1993-02-23 | Applied Biosystems, Inc. | 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes |
US5654419A (en) | 1994-02-01 | 1997-08-05 | The Regents Of The University Of California | Fluorescent labels and their use in separations |
US5800996A (en) | 1996-05-03 | 1998-09-01 | The Perkin Elmer Corporation | Energy transfer dyes with enchanced fluorescence |
US5847162A (en) | 1996-06-27 | 1998-12-08 | The Perkin Elmer Corporation | 4, 7-Dichlororhodamine dyes |
US5853993A (en) * | 1996-10-21 | 1998-12-29 | Hewlett-Packard Company | Signal enhancement method and kit |
US6322901B1 (en) | 1997-11-13 | 2001-11-27 | Massachusetts Institute Of Technology | Highly luminescent color-selective nano-crystalline materials |
US6207392B1 (en) | 1997-11-25 | 2001-03-27 | The Regents Of The University Of California | Semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US5990479A (en) | 1997-11-25 | 1999-11-23 | Regents Of The University Of California | Organo Luminescent semiconductor nanocrystal probes for biological applications and process for making and using such probes |
US6251303B1 (en) | 1998-09-18 | 2001-06-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble fluorescent nanocrystals |
US6426513B1 (en) | 1998-09-18 | 2002-07-30 | Massachusetts Institute Of Technology | Water-soluble thiol-capped nanocrystals |
ES2310514T3 (es) * | 1999-03-10 | 2009-01-16 | Asm Scientific, Inc. | Un metodo para la secuenciacion directa de acido nucleico. |
US6649138B2 (en) | 2000-10-13 | 2003-11-18 | Quantum Dot Corporation | Surface-modified semiconductive and metallic nanoparticles having enhanced dispersibility in aqueous media |
US6576291B2 (en) | 2000-12-08 | 2003-06-10 | Massachusetts Institute Of Technology | Preparation of nanocrystallites |
US7473767B2 (en) | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
WO2003092043A2 (en) | 2001-07-20 | 2003-11-06 | Quantum Dot Corporation | Luminescent nanoparticles and methods for their preparation |
US7057026B2 (en) * | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
JP4761202B2 (ja) * | 2003-01-31 | 2011-08-31 | 学校法人慶應義塾 | 切断可能な対応付け分子およびそれを用いるスクリーニング方法 |
DK1620568T3 (da) * | 2003-04-24 | 2009-03-30 | Afshin Ahmadian | Analyse til allelspecifik mutationspåvisning |
WO2007061876A2 (en) | 2005-11-23 | 2007-05-31 | University Of Utah Research Foundation | Methods and compositions involving intrinsic genes |
EP1963851A4 (en) * | 2005-12-16 | 2009-07-29 | Applera Corp | METHOD AND SYSTEM FOR PHASE STARTER SEQUENCING |
WO2007076132A2 (en) | 2005-12-23 | 2007-07-05 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions comprising oriented, immobilized macromolecules and methods for their preparation |
JP5537034B2 (ja) | 2005-12-23 | 2014-07-02 | ナノストリング テクノロジーズ,インコーポレーテッド | ナノレポーターならびにその作製方法および使用方法 |
ES2620398T3 (es) | 2006-05-22 | 2017-06-28 | Nanostring Technologies, Inc. | Sistemas y métodos para analizar nanoindicadores |
US7745129B1 (en) * | 2006-07-12 | 2010-06-29 | Kenneth David Schatz | Methods for sequencing of a necleic acid |
WO2008069884A2 (en) * | 2006-12-01 | 2008-06-12 | Panomics, Inc. | Two-stage nucleic acid amplification using an amplification oligomer |
WO2008124847A2 (en) | 2007-04-10 | 2008-10-16 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods and computer systems for identifying target-specific sequences for use in nanoreporters |
WO2009046149A1 (en) * | 2007-10-01 | 2009-04-09 | Applied Biosystems Inc. | Chase ligation sequencing |
EP2227563B1 (en) * | 2007-12-05 | 2012-06-06 | Complete Genomics, Inc. | Efficient base determination in sequencing reactions |
US20090298709A1 (en) * | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Affymetrix, Inc. | Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number |
DK2297359T3 (en) | 2008-05-30 | 2014-02-24 | Univ Utah Res Found | Gene expression profiles to predict the outcome of breast cancer |
GB2461026B (en) * | 2008-06-16 | 2011-03-09 | Plc Diagnostics Inc | System and method for nucleic acids sequencing by phased synthesis |
CA2733609C (en) | 2008-08-14 | 2018-03-06 | Nanostring Technologies, Inc. | Stable nanoreporters |
CN102858995B (zh) * | 2009-09-10 | 2016-10-26 | 森特瑞隆技术控股公司 | 靶向测序方法 |
AU2010306862B2 (en) | 2009-10-13 | 2015-08-27 | Nanostring Technologies, Inc. | Protein detection via nanoreporters |
CA2785529C (en) | 2010-02-11 | 2019-01-08 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions and methods for the detection of small rnas |
WO2011106583A1 (en) * | 2010-02-26 | 2011-09-01 | Ventana Medical Systems, Inc. | Polytag probes |
EP2547795B1 (en) | 2010-03-16 | 2015-01-14 | Nanostring Technologies, Inc | Compositions and methods for the detection of genomic features |
US20120003648A1 (en) * | 2010-07-01 | 2012-01-05 | Affymetrix, Inc. | Signal Multiplexing and Signal Amplification |
JP5971769B2 (ja) | 2011-03-15 | 2016-08-17 | ザ ユニバーシティー オブ ノースカロライナ アット チャペル ヒル | アントラサイクリン療法を用いて乳癌を処置する方法 |
US9758834B2 (en) | 2011-03-28 | 2017-09-12 | Nanostring Technologies, Inc. | Compositions and methods for diagnosing cancer |
US20130017971A1 (en) | 2011-06-24 | 2013-01-17 | Nanostring Technologies, Inc. | Multivariate Diagnostic Assays and Methods for Using Same |
EP2766498B1 (en) * | 2011-10-14 | 2019-06-19 | President and Fellows of Harvard College | Sequencing by structure assembly |
EP2785873A4 (en) | 2011-11-30 | 2015-11-11 | Univ North Carolina | METHOD FOR THE TREATMENT OF BREAST CANCER WITH TAXAN THERAPY |
CN104704128A (zh) | 2012-05-22 | 2015-06-10 | 纳米线科技公司 | 预测乳腺癌结果的nano46基因和方法 |
CA2877378A1 (en) | 2012-06-29 | 2014-01-03 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods of treating breast cancer with gemcitabine therapy |
US20140154681A1 (en) | 2012-11-12 | 2014-06-05 | Nanostring Technologies, Inc. | Methods to Predict Breast Cancer Outcome |
WO2014182598A1 (en) * | 2013-05-06 | 2014-11-13 | Physicians Choice Laboratory Services, Llc | Diagnostic assay combining cellular and cell free nucleic acid |
JP2016521575A (ja) * | 2013-06-14 | 2016-07-25 | ナノストリング テクノロジーズ,インコーポレイティド | 多重化可能なタグベースのレポーターシステム |
KR102298387B1 (ko) * | 2014-11-21 | 2021-09-07 | 나노스트링 테크놀로지스, 인크. | 무효소 및 무증폭 시퀀싱 |
-
2017
- 2017-05-16 CA CA3023566A patent/CA3023566A1/en active Pending
- 2017-05-16 SG SG11201809913PA patent/SG11201809913PA/en unknown
- 2017-05-16 ES ES17726083T patent/ES2956732T3/es active Active
- 2017-05-16 US US15/597,055 patent/US20170327876A1/en not_active Abandoned
- 2017-05-16 KR KR1020187036460A patent/KR102490693B1/ko active IP Right Grant
- 2017-05-16 CN CN201780043954.2A patent/CN109715825B/zh active Active
- 2017-05-16 CN CN202211727492.5A patent/CN116200462A/zh active Pending
- 2017-05-16 EP EP17726083.3A patent/EP3458601B1/en active Active
- 2017-05-16 JP JP2018560101A patent/JP7457457B2/ja active Active
- 2017-05-16 WO PCT/US2017/032947 patent/WO2017201073A1/en unknown
- 2017-05-16 EP EP23183318.7A patent/EP4324929A1/en active Pending
- 2017-05-16 AU AU2017268257A patent/AU2017268257B2/en active Active
-
2019
- 2019-05-20 US US16/417,109 patent/US20190271028A1/en not_active Abandoned
-
2022
- 2022-03-07 US US17/688,174 patent/US20220282313A1/en active Pending
- 2022-06-01 JP JP2022089840A patent/JP2022122964A/ja active Pending
-
2023
- 2023-12-06 AU AU2023278046A patent/AU2023278046A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2017268257B2 (en) | 2023-09-07 |
AU2017268257A1 (en) | 2018-11-29 |
JP2019522463A (ja) | 2019-08-15 |
EP4324929A1 (en) | 2024-02-21 |
US20170327876A1 (en) | 2017-11-16 |
CN109715825B (zh) | 2023-01-06 |
KR20190012184A (ko) | 2019-02-08 |
CA3023566A1 (en) | 2017-11-23 |
US20190271028A1 (en) | 2019-09-05 |
EP3458601B1 (en) | 2023-07-05 |
WO2017201073A1 (en) | 2017-11-23 |
SG11201809913PA (en) | 2018-12-28 |
KR102490693B1 (ko) | 2023-01-19 |
CN116200462A (zh) | 2023-06-02 |
ES2956732T3 (es) | 2023-12-27 |
EP3458601A1 (en) | 2019-03-27 |
US20220282313A1 (en) | 2022-09-08 |
CN109715825A (zh) | 2019-05-03 |
AU2023278046A1 (en) | 2024-01-04 |
JP7457457B2 (ja) | 2024-03-28 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7457457B2 (ja) | サンプル中の標的核酸を検出する方法 | |
JP7137595B2 (ja) | 化学組成物とそれを利用する方法 | |
JP6674951B2 (ja) | 酵素不要及び増幅不要の配列決定 | |
CN112703255A (zh) | 化学组合物及其使用方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220627 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220627 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230725 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20231024 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240125 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20240423 |