JP2019520802A5 - - Google Patents
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Claims (16)
- METエキソン14欠失を検出する方法であって、
（a）個人からのRNAを含むサンプルを取得し；
（b）当該RNAに対して逆転写反応を実施してcDNAを生成させ；
（c）当該cDNAを、METエキソン13-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび標識されたプローブ（エキソン13-15プライマーセットおよび標識されたエキソン13-15プローブ）と接触させることを含む増幅反応を実施し；
（d）前記エキソン13-15プライマーセットおよび標識されたエキソン13-15プローブによって増幅産物が形成されて検出される場合にはMETエキソン14欠失の存在を検出することを含み、前記サンプルが、血漿またはホルマリン固定パラフィン包埋組織（FFPET）である、前記方法。 - 工程（b）と工程（c）を同じ容器内で実施する、請求項1に記載の方法。
- 工程（b）の前に、工程（a）からのサンプルを、RNAについて豊富にすることをさらに含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 工程（c）が、前記cDNAを、内部対照を特異的に増幅して検出するプライマーセットおよび標識されたプローブ（ICプライマーセットおよび標識されたICプローブ）と接触させることをさらに含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記個人が非小細胞肺がん（NSCLC）を有する、請求項１〜4のいずれか一項に記載の方法。
- がんを有する個人を同定する方法であって、
（a）当該個人からのRNAを含むサンプルを取得し；
（b）当該RNAに対して逆転写反応を実施してcDNAを生成させ；
（c）当該cDNAを、METエキソン13-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび標識されたプローブ（エキソン13-15プライマーセットおよび標識されたエキソン13-15プローブ）と接触させることを含む増幅反応を実施し；
（d）エキソン13-15プライマーセットおよび標識されたエキソン13-15プローブによって増幅産物が形成されて検出される場合にはMETエキソン14欠失の存在を検出することを含んでいて、
その個人のサンプル中にMETエキソン14欠失変異が存在することが、癌及びその個人がMET阻害剤化合物に対して感受性であることを示しており、ここで前記サンプルが、血漿またはホルマリン固定パラフィン包埋組織（FFPET）である、前記方法。 - 工程（b）と工程（c）を同じ容器内で実施する、請求項６に記載の方法。
- 工程（c）が、前記cDNAを、内部対照を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび標識されプローブ（ICプライマーセットおよび標識されたICプローブ）と接触させることをさらに含む、請求項1〜７のいずれか1項に記載の方法。
- （a）METエキソン13-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび標識されたプローブ（エキソン13-15プライマーセットおよび標識されたエキソン13-15プローブ）と、
（b）内部対照を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび標識されたプローブ（ICプライマーセットおよび標識されたICプローブ）と、
(c)逆転写酵素と熱安定DNAポリメラーゼ、又は両方の活性を有する酵素と
をさらに含む、キット。 - METエキソン14欠失を有する陽性対照をさらに含むか、又は
METエキソン14欠失が欠けた陰性対照をさらに含む、請求項９に記載のキット。 - METエキソン14欠失を検出する方法であって、
（a）個人からのRNAを含む血漿又はまたはホルマリン固定パラフィン包埋組織（FFPET）サンプルを取得し；
（b）そのRNAに対して逆転写反応を実施してcDNAを生成させ；
（c）そのcDNAを、（i）METエキソン13-14接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第1の標識で標識されたプローブ、（ii）METエキソン14-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第2の標識で標識されたプローブ、（iii）METエキソン13-15接合部を特異的に増幅して検出するための第3の標識で標識されたプライマーセットおよびプローブと接触させ；
（d）（iii）のプライマーセットおよびプローブによって増幅産物が形成されて検出される場合にはMETエキソン14欠失を検出すること
を含む方法。 - 工程（b）と工程（c）を同じ容器内で実施する、請求項11に記載の方法。
- 工程（c）が、前記cDNAを、（iv）内部対照を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第4の標識で標識されたプローブと接触させることをさらに含む、請求項1〜8、11及び12のいずれか1項に記載の方法。
- （a）METエキソン13-14接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第1の標識で標識されたプローブと；
（b）METエキソン14-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第2の標識で標識されたプローブと；
（c）METエキソン13-15接合部を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第3の標識で標識されたプローブ
を含むキット。 - （d）内部対照を特異的に増幅して検出するためのプライマーセットおよび第4の標識で標識されたプローブをさらに含む、請求項14に記載のキット。
- METエキソン14欠失を有する陽性対照をさらに含むか、又はMETエキソン14欠失が欠けた陰性対照をさらに含む、請求項14又は15に記載のキット。
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