JP2017516501A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017516501A5 JP2017516501A5 JP2017515878A JP2017515878A JP2017516501A5 JP 2017516501 A5 JP2017516501 A5 JP 2017516501A5 JP 2017515878 A JP2017515878 A JP 2017515878A JP 2017515878 A JP2017515878 A JP 2017515878A JP 2017516501 A5 JP2017516501 A5 JP 2017516501A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hybridization
- classifier biomarkers
- biomarkers
- classifier
- sample
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims description 94
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 36
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 33
- 230000000295 complement Effects 0.000 claims description 13
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 12
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 12
- 208000009956 Adenocarcinoma Diseases 0.000 claims description 9
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 claims description 9
- 206010041823 Squamous cell carcinoma Diseases 0.000 claims description 9
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims description 9
- 210000004072 Lung Anatomy 0.000 claims description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 8
- 208000002458 Carcinoid Tumor Diseases 0.000 claims description 7
- 208000000649 Small Cell Carcinoma Diseases 0.000 claims description 6
- 230000000955 neuroendocrine Effects 0.000 claims description 6
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 claims description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N formaldehyde Chemical group O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 claims 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims 1
- 239000004037 angiogenesis inhibitor Substances 0.000 claims 1
- 229940121369 angiogenesis inhibitors Drugs 0.000 claims 1
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 claims 1
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 claims 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 claims 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims 1
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000012520 frozen sample Substances 0.000 description 1
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 description 1
Description
一実施形態では、少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーは、約5〜約50、約10〜約50、約15〜約50、約20〜約50、または約25〜約50のバイオマーカーを含む。別の実施形態では、少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーは、約5〜約30、約10〜約30、約15〜約30、約20〜約30のクラシファイヤーバイオマーカーを含む。
一実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌(小細胞癌およびカルチノイドの両方を包含する)であるかどうかを評価する方法であって、
(a)該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
(i)該試料を、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること;
(ii)ハイブリダイゼーションが、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること;
(iii)該検出するステップに基づいて該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと;
(b)該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも1つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値(複数可)と比較するステップであって、該少なくとも1つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと;
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌サブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
(項目2)
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドであるかどうかを評価する方法であって、
(a)該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
(i)該試料を、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること;
(ii)ハイブリダイゼーションが、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること;
(iii)該検出するステップに基づいて該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと;
(b)該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも1つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値(複数可)と比較するステップであって、該少なくとも1つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照小細胞癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照カルチノイド試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと;
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドサブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
(項目3)
前記比較するステップが、前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、項目1または2に記載の方法。
(項目4)
前記比較するステップが、前記少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、該平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる該少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目1または2に記載の方法。
(項目5)
前記プローブするステップが、前記混合するステップの前に前記核酸またはその部分を単離することを含む、項目1から4のいずれか一項に記載の方法。
(項目6)
前記ハイブリダイゼーションが、cDNAプローブをcDNAバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項目7)
前記ハイブリダイゼーションが、cDNAプローブをmRNAバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
前記プローブするステップが、前記試料中の前記核酸を増幅することを含む、項目1から6のいずれか一項に記載の方法。
(項目9)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cの少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目10)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表4の6つのバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表5の6つのバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目15)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cの約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40クラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2の約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3の約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6の約5〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約50〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約30のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記試料が、パラフィンに包埋された肺細胞を含む、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記試料が、新鮮凍結試料である、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Aに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目27)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Bに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目28)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Cに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目29)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表14に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目1から8および23から25のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表15に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目1から8および23から25のいずれか一項に記載の方法。
一実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌(小細胞癌およびカルチノイドの両方を包含する)であるかどうかを評価する方法であって、
(a)該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
(i)該試料を、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること;
(ii)ハイブリダイゼーションが、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること;
(iii)該検出するステップに基づいて該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと;
(b)該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも1つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値(複数可)と比較するステップであって、該少なくとも1つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと;
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、または神経内分泌サブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
(項目2)
患者の肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドであるかどうかを評価する方法であって、
(a)該患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
(i)該試料を、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、または表6の該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズするのに適した条件下で混合すること;
(ii)ハイブリダイゼーションが、該5種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること;
(iii)該検出するステップに基づいて該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと;
(b)該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも1つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値(複数可)と比較するステップであって、該少なくとも1つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照小細胞癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照カルチノイド試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと;
該比較するステップの結果に基づいて該肺がん試料を腺癌、扁平上皮癌、小細胞癌、またはカルチノイドサブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
(項目3)
前記比較するステップが、前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、項目1または2に記載の方法。
(項目4)
前記比較するステップが、前記少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、該平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる該少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目1または2に記載の方法。
(項目5)
前記プローブするステップが、前記混合するステップの前に前記核酸またはその部分を単離することを含む、項目1から4のいずれか一項に記載の方法。
(項目6)
前記ハイブリダイゼーションが、cDNAプローブをcDNAバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項目7)
前記ハイブリダイゼーションが、cDNAプローブをmRNAバイオマーカーにハイブリダイズし、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項目8)
前記プローブするステップが、前記試料中の前記核酸を増幅することを含む、項目1から6のいずれか一項に記載の方法。
(項目9)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cの少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目10)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目11)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目12)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表4の6つのバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表5の6つのバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6の少なくとも10のバイオマーカー、少なくとも20のバイオマーカー、または少なくとも30のバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目15)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cの約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40クラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2の約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3の約5〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約40のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約40のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6の約5〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約10〜約30のクラシファイヤーバイオマーカー、約50〜約20のクラシファイヤーバイオマーカー、または約20〜約30のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、または表1Cに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表2に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表3に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目22)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表6に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目1から8のいずれか一項に記載の方法。
(項目23)
前記試料が、パラフィンに包埋された肺細胞を含む、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目24)
前記試料が、新鮮凍結試料である、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、項目1から22のいずれか一項に記載の方法。
(項目26)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Aに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目27)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Bに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目28)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1Cに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目19に記載の方法。
(項目29)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表14に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目1から8および23から25のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表15に示したクラシファイヤーバイオマーカーである、項目1から8および23から25のいずれか一項に記載の方法。
Claims (16)
- 患者の肺がんサブタイプを決定するためのキットであって、該患者から得られた肺組織試料において、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルを、増幅、ハイブリダイゼーションおよび/または配列決定アッセイを使用して検出するための試薬を含む、キット。
- 前記増幅アッセイがqRT−PCRである、請求項1に記載のキット。
- 前記バイオマーカーレベルの検出が、前記表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の少なくとも5種の各クラシファイヤーバイオマーカーあたり少なくとも1対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用することを含む、請求項2に記載のキット。
- 前記肺組織試料由来の前記表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルが、参照試料由来の前記表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのバイオマーカーレベルまたは参照値と比較され、該比較の結果に基づいて、前記肺がんサブタイプが分類されることを特徴とする、請求項3に記載のキット。
- 前記肺がんサブタイプが、腺癌、扁平上皮癌、神経内分泌、小細胞癌またはカルチノイドである、請求項4に記載のキット。
- 前記参照試料が、健康な個体由来の正常試料である、請求項4から5のいずれか一項に記載のキット。
- 前記参照試料が、肺がんサブタイプを有することが分かっている個体由来である、請求項4から5のいずれか一項に記載のキット。
- 前記ハイブリダイゼーションアッセイが、
(a)該患者から得られる肺組織試料において、核酸レベルで表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
(i)該試料を、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15の該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である5種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドと、該5種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドを、これらの相補体または実質的な相補体にハイブリダイズさせるのに適した条件下で混合すること;
(ii)ハイブリダイゼーションが、該5種またはそれより多くのオリゴヌクレオチドと、これらの相補体または実質的な相補体との間で起こるかどうかを検出すること;
(iii)該検出するステップに基づいて該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと;
(b)該少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値を、少なくとも1つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値(複数可)と比較するステップであって、該少なくとも1つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌試料からのハイブリダイゼーション値、参照小細胞癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照カルチノイド試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと;
(c)該比較するステップの結果に基づいて該肺がんサブタイプを腺癌、扁平上皮癌、、神経内分泌、小細胞癌またはカルチノイドサブタイプとして分類するステップと
を含む、請求項1に記載のキット。 - 前記比較するステップが、少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーの該ハイブリダイゼーション値と前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、請求項8に記載のキット。
- 前記比較するステップが、前記少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、該平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる該少なくとも5種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、請求項8に記載のキット。
- 前記肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、請求項1から10のいずれか一項に記載のキット。
- 前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15に示したクラシファイヤーバイオマーカーのすべてを含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のキット。
- 前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表6、表14または表15に示したクラシファイヤーバイオマーカーのうちの少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、または少なくとも50を含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のキット。
- 前記少なくとも5種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表1A、表1B、表1C、表2、表3、表4、表5、表6、表14または表15のいずれかのバイオマーカーのうちの約5〜約10、約5〜約15、約5〜約20、約5〜約25、約5〜約30、約5〜約35、約5〜約40、約5〜約45、または約5〜約50を含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のキット。
- 前記肺がんのサブタイプに基づいて、治療剤が前記患者に投与されることを特徴とし、ここで、該治療剤は、化学療法剤または血管新生阻害剤である、請求項1から14のいずれか一項に記載のキット。
- 前記試薬が、抗体、核酸プローブまたはプライマーを含む、請求項1から15のいずれか一項に記載のキット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201462005229P | 2014-05-30 | 2014-05-30 | |
US62/005,229 | 2014-05-30 | ||
PCT/US2015/033611 WO2015184461A1 (en) | 2014-05-30 | 2015-06-01 | Methods for typing of lung cancer |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017516501A JP2017516501A (ja) | 2017-06-22 |
JP2017516501A5 true JP2017516501A5 (ja) | 2018-07-12 |
Family
ID=54699976
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017515878A Pending JP2017516501A (ja) | 2014-05-30 | 2015-06-01 | 肺がんのタイピング法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10829819B2 (ja) |
EP (1) | EP3149209B1 (ja) |
JP (1) | JP2017516501A (ja) |
CN (1) | CN107208131A (ja) |
CA (1) | CA2950623A1 (ja) |
WO (1) | WO2015184461A1 (ja) |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016168446A1 (en) * | 2015-04-14 | 2016-10-20 | Genecentric Diagnostics, Inc. | Methods for typing of lung cancer |
CN116987790A (zh) | 2016-05-17 | 2023-11-03 | 基因中心治疗公司 | 对肺腺癌亚型分型的方法 |
CA3024744A1 (en) | 2016-05-17 | 2017-11-23 | Genecentric Therapeutics, Inc. | Methods for subtyping of lung squamous cell carcinoma |
EP3864165A4 (en) | 2018-10-09 | 2022-08-03 | Genecentric Therapeutics, Inc. | DETECTION OF AN ORIGINAL CANCER CELL |
CN112375826B (zh) * | 2020-12-03 | 2021-08-27 | 远见生物科技(上海)有限公司 | 一种鉴别非小细胞肺癌亚型的环状rna组合物标志物及其应用 |
CN113186287B (zh) * | 2021-05-10 | 2023-03-24 | 深圳康华君泰生物科技有限公司 | 用于非小细胞肺癌分型的生物标志物及其应用 |
CN115851927A (zh) * | 2022-08-09 | 2023-03-28 | 上海善准医疗科技有限公司 | 肺鳞癌分子分型及生存风险基因群及诊断产品和应用 |
Family Cites Families (29)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4843155A (en) | 1987-11-19 | 1989-06-27 | Piotr Chomczynski | Product and process for isolating RNA |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5744101A (en) | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
AU669489B2 (en) | 1991-09-18 | 1996-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Method of synthesizing diverse collections of oligomers |
DE69233331T3 (de) | 1991-11-22 | 2007-08-30 | Affymetrix, Inc., Santa Clara | Kombinatorische Strategien zur Polymersynthese |
US5384261A (en) | 1991-11-22 | 1995-01-24 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis using mechanically directed flow paths |
US5556752A (en) | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
US5856174A (en) | 1995-06-29 | 1999-01-05 | Affymetrix, Inc. | Integrated nucleic acid diagnostic device |
EP0880598A4 (en) | 1996-01-23 | 2005-02-23 | Affymetrix Inc | RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM |
WO1999023254A1 (en) | 1997-10-31 | 1999-05-14 | Affymetrix, Inc. | Expression profiles in adult and fetal organs |
US6020135A (en) | 1998-03-27 | 2000-02-01 | Affymetrix, Inc. | P53-regulated genes |
CA2432639A1 (en) * | 2000-11-16 | 2002-05-23 | Cemines, Llc | Profiling tumor specific markers for the diagnosis and treatment of neoplastic disease |
US7473767B2 (en) | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
EP1444361A4 (en) * | 2001-09-28 | 2006-12-27 | Whitehead Biomedical Inst | CLASSIFICATION OF LUNG CARCINOMAS BY GENE EXPRESSION ANALYSIS |
US7955800B2 (en) * | 2002-06-25 | 2011-06-07 | Advpharma Inc. | Metastasis-associated gene profiling for identification of tumor tissue, subtyping, and prediction of prognosis of patients |
TW200413725A (en) | 2002-09-30 | 2004-08-01 | Oncotherapy Science Inc | Method for diagnosing non-small cell lung cancers |
US20060024692A1 (en) | 2002-09-30 | 2006-02-02 | Oncotherapy Science, Inc. | Method for diagnosing non-small cell lung cancers |
US8450057B2 (en) * | 2006-08-14 | 2013-05-28 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Diagnostic tests using gene expression ratios |
US8822153B2 (en) * | 2007-06-01 | 2014-09-02 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Molecular diagnosis and typing of lung cancer variants |
CN101914542B (zh) * | 2009-04-28 | 2013-03-06 | 中国科学院化学研究所 | 用于不同亚型非小细胞肺癌分型的一种核酸适体及其筛选方法 |
JP2014509522A (ja) * | 2011-03-28 | 2014-04-21 | ロゼッタ ゲノミクス リミテッド | 肺癌を分類するための方法 |
WO2013172926A1 (en) | 2012-05-14 | 2013-11-21 | Yale University | Immune biomarkers and assays predictive of clinical response to immunotherapy for cancer |
WO2013190090A1 (en) * | 2012-06-21 | 2013-12-27 | Philip Morris Products S.A. | Gene signatures for classifying and grading lung cancer |
WO2016168446A1 (en) | 2015-04-14 | 2016-10-20 | Genecentric Diagnostics, Inc. | Methods for typing of lung cancer |
CA3024744A1 (en) | 2016-05-17 | 2017-11-23 | Genecentric Therapeutics, Inc. | Methods for subtyping of lung squamous cell carcinoma |
CN116987790A (zh) | 2016-05-17 | 2023-11-03 | 基因中心治疗公司 | 对肺腺癌亚型分型的方法 |
-
2015
- 2015-06-01 CA CA2950623A patent/CA2950623A1/en not_active Abandoned
- 2015-06-01 WO PCT/US2015/033611 patent/WO2015184461A1/en active Application Filing
- 2015-06-01 US US15/314,773 patent/US10829819B2/en active Active
- 2015-06-01 EP EP15800445.7A patent/EP3149209B1/en active Active
- 2015-06-01 CN CN201580039130.9A patent/CN107208131A/zh active Pending
- 2015-06-01 JP JP2017515878A patent/JP2017516501A/ja active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2017516501A5 (ja) | ||
US9125923B2 (en) | Use of MiR-26 family as a predictive marker for hepatocellular carcinoma and responsiveness to therapy | |
US8367345B2 (en) | Gene expression markers for colorectal cancer prognosis | |
JP2020530290A5 (ja) | ||
US20090305277A1 (en) | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy | |
US20090258795A1 (en) | Gene expression markers for prediction of patient response to chemotherapy | |
JP2018512160A5 (ja) | ||
WO2011130435A1 (en) | Biomarkers based on a multi-cancer invasion-associated mechanism | |
Carlsen et al. | Cell-free plasma microRNA in pancreatic ductal adenocarcinoma and disease controls | |
CN105899677B (zh) | 血细胞样品的emt-标志物水平差异用于诊断癌症、特别是结直肠(crc)和胰腺(pc)癌 | |
EP2619587A1 (en) | Biomarkers for recurrence prediction of colorectal cancer | |
Maxwell et al. | MicroRNAs in endometrial cancers from black and white patients | |
WO2015056195A1 (en) | Use of microrna markers for diagnosis of liver lesions | |
JP2010523134A (ja) | Egfr/csf−1/caix発現に基づき非小細胞肺癌の化学療法計画および生存余命を決定する方法 | |
EP3814533B1 (en) | Micro-rna signatures for the prediction of liver dysfunction | |
KR102229647B1 (ko) | 신장이식 환자의 급성거부반응 진단용 miRNA 바이오 마커 및 이의 용도 | |
JP6442169B2 (ja) | Cd8+t細胞の活性化状態の判定方法、cd4+t細胞数の増加予測方法、及びcd4+t細胞数の減少予測方法、並びにそれらのためのキット |