JP2019506625A5

JP2019506625A5 -

Info

Publication number: JP2019506625A5
Application number: JP2018559677A
Authority: JP
Filing date: 2017-02-01
Publication date: 2020-02-27

Description

本明細書中で引用された全ての刊行物及び特許、出願は、各々の個別の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別的に示されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。特許請求の範囲に記載の主題は様々な実施態様の観点から記載される一方、当業者であれば様々な改変、置換、省略、及び変化をその趣旨から逸脱することなく加えることができることを認識するであろう。従って、主題の範囲はその等価物を含む以下の特許請求の範囲の範囲によってのみ限定されることを意図するものとする。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
高分子による吸収を検出するための装置であって：
a. 0.1 nm〜250 nmの波長を有する放射線を送出するように構成された放射線源；
b. 任意に、該放射線を集束させることが可能な1以上の集束構成要素；
c. 該放射線の少なくとも一部を吸収するように構成された高分子；
d. 該高分子によって吸収された放射線を検出することが可能な検出器であって、高分子の配列を検出するために使用される、前記検出器を備える、前記装置。
（構成２）
前記放射線源が極端紫外線源（EUV）である、構成1記載の装置。
（構成３）
前記放射線源が軟X線源である、構成1記載の装置。
（構成４）
前記放射線を集束させることが可能な前記1以上の集束構成要素が存在し、かつ前記高分子に該放射線を集束させることが可能な1以上のミラー、レンズ、又は反射鏡、及びそれらの組合わせから選択される、構成1記載の装置。
（構成５）
前記高分子に前記放射線を集束させることが可能な1以上のミラーを備える、構成1記載の装置。
（構成６）
前記高分子を前記放射線の範囲内で接触させるように構成されたステージを備える、構成1記載の装置。
（構成７）
前記ステージが、前記高分子を前記放射線の範囲内で並進させるように構成されている、構成6記載の装置。
（構成８）
前記高分子が、ゲノム配列、DNA配列、RNA配列、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、塩基対、一塩基多型、突然変異、コピー数多型、リード、タンパク質配列、アミノ酸、ペプチド、塩基対配列、細菌、対立遺伝子、染色体、又は分子である、構成1〜7のいずれか1項記載の装置。
（構成９）
前記高分子がペプチド又はタンパク質である、構成1〜8のいずれか1項記載の装置。
（構成１０）
前記高分子が核酸である、構成1〜9のいずれか1項記載の装置。
（構成１１）
前記検出器からの吸収スペクトルを前記高分子の配列へと変換するように構成された、構成要素をさらに備える、構成8記載の装置。
（構成１２）
高分子の配列を検出するための、構成1〜11のいずれか1項記載の装置。
（構成１３）
高分子の配列を読み取るための、構成1〜12のいずれか1項記載の装置。
（構成１４）
高分子の配列を編集するための、構成1〜13のいずれか1項記載の装置。
（構成１５）
1以上の遺伝子配列を検出し、読み取り、同定し、かつ編集するための装置であって、
―0.1 nm〜250 nmの範囲の波長を有する光を送出するように構成された、EUV又は軟X線光源、
―光スポットサイズを集束させるためのミラー、レンズ、又は反射鏡、
―配列決定するべき生体物質、
―該配列を同定する吸収スペクトルを備える、前記装置。
（構成１６）
ゲノム配列、DNA配列、RNA配列、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、塩基対、一塩基多型、突然変異、コピー数多型、リード、タンパク質配列、アミノ酸、ペプチド、塩基対配列、細菌、対立遺伝子、染色体、分子からなる構成15記載の1以上の生体物質を検出し、読み取り、同定し、かつ編集するための装置。
（構成１７）
少なくとも6つの投影ミラー及びプラズマ光源を備える投影レンズ系を使用する、構成15記載の装置。
（構成１８）
遺伝子型判定に使用する、構成15記載の装置。
（構成１９）
ゲノム地図を作成するために使用する、構成15記載の装置。
（構成２０）
細胞内でゲノム配列を1以上の次元でマッピングするための、構成15記載の装置を使用する方法。
（構成２１）
DNA塩基、RNA塩基、タンパク質、既知の遺伝子配列、物理的座標（これらの任意の組合わせを含む）についての特性EUV又は軟X線吸収スペクトルのデータベース又はライブラリ。
（構成２２）
ゲノムの3Dマップを形成する、構成21記載のライブラリ。
（構成２３）
自己学習アルゴリズム又は予測的配列決定アルゴリズムのための参照を提供する、構成1記載のライブラリ。
（構成２４）
強く集束したEUV又は軟X線放射線を標的配列に送達して、該配列中の塩基を切り離す、配列編集機構。
（構成２５）
複数の固有の標的配列を編集する、構成23記載の方法。
（構成２６）
自己学習アルゴリズム又は予測的配列アルゴリズムを使用して、構成1記載の装置を使用することから導かれる遺伝子配列の同定。