JP2022119765A5 - - Google Patents

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Claims (24)

  1. 高分子による吸収を検出するための装置であって:
    i. 0.1 nm~250 nmの波長を有する放射線を送出するように構成された放射線源;
    ii. 該放射線を20 nm未満のスポットサイズへと集束させるように構成された1以上の集束構成要素;
    iii. 該放射線の少なくとも一部を吸収するように構成されたモノマーの配列を含む高分子;
    iv. 該高分子によって吸収された放射線を検出することが可能な検出器であって、ここで、該高分子中の各モノマーが、吸収スペクトルにおいて固有のシグネチャを有する、前記検出器;及び
    v. 該検出器からの吸収スペクトルを、該高分子のモノマーの同定された配列へと変換するように構成された分解装置であって、該モノマーが、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、及びウラシルからなる群から選択される、前記分解装置
    を備える、前記装置。
  2. 前記放射線源が極端紫外線源(EUV)である、請求項1記載の装置。
  3. 前記放射線源が軟X線源である、請求項1記載の装置。
  4. 前記放射線を集束させることが可能な前記1以上の集束構成要素が存在し、かつ前記高分子に該放射線を集束させることが可能な1以上のミラー、レンズ、又は反射鏡、及びそれらの組合わせから選択される、請求項1記載の装置。
  5. 前記放射線を20 nm未満のスポットサイズへと集束させるように構成された1以上のミラーを備える、請求項1記載の装置。
  6. 前記高分子を前記放射線の範囲内で接触させるように構成されたステージを備える、請求項1記載の装置。
  7. 前記ステージが、前記高分子を前記放射線の範囲内で並進させるように構成されている、請求項6記載の装置。
  8. 前記高分子が、ゲノム配列、DNA配列、RNA配列、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、塩基対、一塩基多型、突然変異、コピー数多型、塩基対配列、細菌、対立遺伝子、染色体、又は分子である、請求項1記載の装置。
  9. 前記高分子が核酸である、請求項1記載の装置。
  10. 高分子の配列を検出するための、請求項1記載の装置。
  11. 高分子の配列を読み取るための、請求項1記載の装置。
  12. 高分子の配列を編集するための、請求項1記載の装置。
  13. 請求項1記載の装置を動作させるステップ;該システムから高分子の配列を取得するステップ;及び、該配列から該高分子の遺伝子型を同定するステップを含む、遺伝子型判定のための方法。
  14. 自己学習アルゴリズム又は予測的配列アルゴリズムを使用して、請求項1記載の装置を使用することから導かれる遺伝子配列の同定。
  15. 1以上の遺伝子配列を検出し、読み取り、同定し、かつ編集するためのシステムであって、0.1 nm~250 nmの範囲の波長を有する光を送出するように構成された、EUV又は軟X線光源、光スポットサイズを集束させるためのミラー、レンズ、又は反射鏡、配列決定するべき生体物質、測定された吸収スペクトル又は透過スペクトル、及び、該測定された吸収又は透過スペクトルを、該生体物質のモノマーの同定された配列へと変換するように構成された分解装置を備え、該モノマーが、シトシン、グアニン、アデニン、チミン、及びウラシルからなる群から選択される、前記システム。
  16. 前記生体物質が、ゲノム配列、DNA配列、RNA配列、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、塩基対、一塩基多型、突然変異、 コピー数多型、塩基対配列、細菌、対立遺伝子、染色体、又は分子である、請求項15記載のシステム。
  17. 少なくとも6つの投影ミラー及びプラズマ光源を備える投影レンズ系をさらに備える、請求項15記載のシステム。
  18. 請求項15記載のシステムを動作させるステップ;該システムから高分子の配列を取得するステップ;及び、該配列からゲノム地図を作成するステップを含む、ゲノム地図を作成するための方法。
  19. 前記生体物質を、前記EUV又は軟X線光源からの光と接触させるステップ;前記吸収スペクトル又は透過スペクトルを取得するステップ;該吸収スペクトル又は透過スペクトルから該生体物質の複数の残基の配列を取得するステップを含む、請求項15記載のシステムを使用する方法。
  20. 前記生体物質が核酸であり、かつ、前記配列が核酸塩基の配列である、請求項19記載の方法。
  21. 前記生体物質が核酸であり、かつ、前記配列がゲノム地図である、請求項19記載の方法。
  22. 光スポットサイズを20 nm未満へと集束させるように構成された、複数のミラー、及び/又はレンズ、及び/又は反射鏡を備える、請求項15記載のシステム。
  23. 光スポットサイズを20 nm未満へと集束させるように構成された複数の投影ミラーを備える、請求項15記載のシステム。
  24. 本願明細書に実質的に記載された、新規な物、方法及び製造方法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US98102A (en) * 1869-12-21 Improvement in combined oyster-knife and ice-pick
US5107526A (en) * 1990-10-31 1992-04-21 The United State Of America As Represented By The Administrator Of The National Aeronautics And Space Administration Water window imaging x-ray microscope
GB9509410D0 (en) 1995-05-10 1995-07-05 Imperial College Molecular imaging
CA2201410A1 (en) * 1996-04-16 1997-10-16 Bogdan Kurtyka System for matching absorbance spectra employing a library stabilization algorithm
US6033079A (en) * 1999-03-15 2000-03-07 Hudyma; Russell High numerical aperture ring field projection system for extreme ultraviolet lithography
JP2005283929A (ja) * 2004-03-29 2005-10-13 Osamu Takai パターン形成方法及び装置
WO2005094318A2 (en) * 2004-03-29 2005-10-13 Jmar Research, Inc. Morphology and spectroscopy of nanoscale regions using x-rays generated by laser produced plasma
FR2893130B1 (fr) * 2005-11-08 2008-05-02 Thales Sa Dispositif d'imagerie pour biopuce, et biopuce associee
US8143600B2 (en) * 2008-02-18 2012-03-27 Visiongate, Inc. 3D imaging of live cells with ultraviolet radiation
JP2012021951A (ja) * 2010-07-16 2012-02-02 Saitama Medical Univ 軟x線顕微鏡
KR102176709B1 (ko) 2012-01-19 2020-11-10 수프리야 자이스왈 리소그래피 및 다른 적용분야에서 극자외 방사선을 이용하는 재료, 성분 및 사용을 위한 방법
US9091930B2 (en) 2012-04-02 2015-07-28 Taiwan Semiconductor Manufacturing Company, Ltd. Enhanced EUV lithography system
CN103365073B (zh) * 2012-04-10 2015-07-01 中国科学院微电子研究所 极紫外光刻掩模缺陷检测系统
US9116158B2 (en) * 2012-10-18 2015-08-25 Vuv Analytics, Inc. Vacuum ultraviolet absorption spectroscopy system and method
KR20180034453A (ko) 2015-06-30 2018-04-04 수프리야 자이스왈 극자외선 및 연질 x선 광학소자용의 코팅
US9583229B2 (en) * 2016-07-23 2017-02-28 Rising Star Pathway, a California Corporation X-ray laser microscopy system and method

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