JP2018503386A - Crisprハイブリッドdna/rnaポリヌクレオチドおよび使用方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、全てが参照によって本明細書に組み入れられている、2015年1月28日に出願した米国仮特許出願第62/108,931号および2015年11月5日に出願した米国仮特許出願第62/251548号の利益を主張する。
本出願は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられている、ASCIIフォーマットで電子的に提出した配列表を含有する。2016年1月26日に作成した上記ASCIIコピーは、0198470101PTWO_SL.txtと名付けられ、サイズが83,522バイトである。
ガイドRNA(例えば、sgRNAおよびtracrRNA)は、DNA配列の5’末端でT7プロモーターを組み込んでいる二本鎖DNA鋳型からのin vitro転写(例えば、T7 Quick High Yield RNA合成キット、New England Biolabs、イプスウィッチ、MA)によって産生した。
in vitroでのCas切断アッセイにおける使用のための標的二本鎖DNAを、ゲノムDNAからの標的領域のPCR増幅を使用して産生した。
この実施例は、選択したcrD(R)NA/tracrRNA/Cas9タンパク質複合体の切断パーセントを評価して、選択した二本鎖DNA標的配列に対して比較するための、in vitroでのCas9切断アッセイにおける本開示のcrD(R)NAの使用を示す。
示す)と表す。
この実施例は、特異的な配列を標的とするようにプログラムされた種々の空間を含むcrD(R)NAのin vitroでの生化学活性を実証する。
この実施例は、選択した二本鎖DNA標的配列に対して、crD(R)NAのin vivoでの切断パーセントを評価するためのT7E1アッセイの使用を示す。
AAVS−1ターゲティング配列を含むsgRNAおよびcrD(R)NA/tracrRNAを、Nucleofector(登録商標)96ウェルShuttle System(Lonza、アレンデール、NJ)および下記プロトコールを使用して、SpyCas9−GFP融合(HEK293−Cas9−GFP)を構成的に発現するHEK293細胞へトランスフェクトした。等モル量のガイドRNA構成成分は、アニーリング緩衝液(1.25mM HEPES、0.625mM MgCl2、9.375mM KCl、pH7.5にて)中で製造して、95℃で2分間インキュベートして、サーモサイクラーから取り出して、室温に平衡化させて、96ウェルプレートにおいて三連で、最終容量10μLで分配した。培養培地を、HEK293−Cas9−GFP細胞から吸引し、カルシウムおよびマグネシウムを含まないPBSで一度、細胞を洗浄して、続いて、TrypLE(Life Technologies、グランドアイランド、NY)の添加によってトリプシン処理した後、37℃で3〜5分間インキュベートした。トリプシン処理した細胞を、穏やかに上下にピペットで採取して、単一細胞懸濁液を形成し、10%のFBS(Fisher Scientific、ピッツバーグ、PA)を含有し、ペニシリンおよびストレプトマイシン(Life Technologies、グランドアイランド、NY)を補充したDMEM培養培地(Life Technologies、グランドアイランド、NY)で構成されるDMEM完全培養培地に添加した。
ウェル1つ当たりQuickExtract DNA Extraction溶液(Epicentre、マディソン、WI)50μLを使用して、Casポリヌクレオチド構成成分トランスフェクションの48時間後に、gDNAを、HEK−293−SpyCas9細胞から単離して、続いて37℃で10分間、65℃で6分間および95℃で3分間インキュベートして、反応を停止させた。次に、gDNAは、水150μL水で希釈して、サンプルを−80℃で保管した。
T7E1アッセイのためのPCR増幅した標的二本鎖DNAを、95℃で10分間変性させた後、サーマルサイクラーで−0.5℃/秒で25℃まで冷却することによって再アニーリングさせた。再アニーリングしたDNAを、総容量15mL中で1×NEBuffer2緩衝液中のT7エンドヌクレアーゼI(New England Biolabs、イプスウィッチ、MA)0.5mLとともに、37℃で25分間インキュベートした。T7E1反応は、Fragment Analyzer(商標)システム(Advanced Analytical Technologies,Inc.、エームズ、IA)およびDNF−910二本鎖DNA試薬キット(Advanced Analytical Technologies,Inc.、エームズ、IA)を使用して分析した。Fragment Analyzer(商標)システムは、各切断断片の、および切断後に残存する標的二本鎖DNAの濃度を提供する。
この実施例は、意図する標的部位(「オンターゲット」)および予測される最も近隣接(オフターゲットの)部位の標的の切断活性を評価するためのcrD(R)NAの使用を示す。オン/オフターゲットの部位の標的配列を、表7に示す:
この実施例は、選択した二本鎖DNA標的配列に対して、選択したsgD(R)NA/Cas9タンパク質複合体のin vivoでの切断パーセントを評価および比較するためのディープシーケンシング分析の使用を示す。
ヒトAAVS−1遺伝子座を標的とし、種々のDNA/RNA組成およびホスホロチオエート保護結合を含む6つのsgD(R)NA配列を、合成のために商業的な製造業者に供給した。これらの配列を、表10に示す。
Cas9タンパク質は、Jinekら(Science;337(6096):816〜21頁(2012年))に記載されている方法に従って、大腸菌(E. coli)(BL21(DE3))における細菌発現ベクターから発現させて、アフィニティーイオン交換およびサイズ排除クロマトグラフィーを使用して精製した。ストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)Cas9に関するコード配列は、C末端に2つの核局在配列(NLS)を含んでいた。リボ核タンパク質(RNP)複合体は、2つの濃度20pmolのCas9:60pmolのsgD(R)NAおよび200pmolのCas9:600pmolのsgD(R)NAで、三連で構築した。sgD(R)NA構成成分は、最終容量5μL中で望ましい濃度(60pmolまたは600pmol)になるように、アニーリング緩衝液(1.25mM HEPES、0.625mM MgCl2、9.375mM KCl、pH7.5にて)中で等モル量で混合して、95℃で2分間インキュベートして、サーモサイクラーから取り出して、室温に平衡化させた。Cas9タンパク質は、最終容量5μLになるように、結合緩衝液(20mM HEPES、100mM KCl、5mM MgCl2、1mM DTTおよび5%グリセリン、pH 7.4にて)中で適切な濃度へ希釈して、熱変性させたcrD(R)NA 5μLと混合して、続いて37℃で30分間インキュベートした。
Nucleofector(登録商標)96ウェルShuttle System(Lonza、アレンデール、NJ)および下記プロトコールを使用して、RNP複合体を、K562細胞(ATCC、マナッサス、VA)にトランスフェクトした。RNP複合体を、最終容量10μLで96ウェルプレートの個々のウェルに分配した。培地中に懸濁したK562細胞を、培養フラスコから50mLコニカルチューブへ移した。200×gで3分間の遠心分離によって、細胞をペレット化して、培養培地を吸引して、カルシウムおよびマグネシウムを含まないPBSで一度、細胞を洗浄した。続いて、200×gで3分間の遠心分離によって、K562細胞をペレット化して、PBSを吸引して、細胞ペレットを、カルシウムおよびマグネシウムを含まないPBS 10mL中に再懸濁させた。
ウェル1つ当たりQuickExtract DNA Extraction溶液(Epicentre、マディソン、WI)50μLを使用して、RNPトランスフェクションの48時間後に、gDNAを、K562細胞から単離して、続いて37℃で10分間、65℃で6分間および95℃で3分間インキュベートして、反応を停止させた。単離したgDNAは、水50μL水で希釈して、サンプルを−80℃で保管した。
PCR反応を、シーケンシング用のアンプリコンのSPRIselect(Beckman Coulter、パサデナ、CA)ビーズベースの浄化用の単一マイクロチューブにプールした。
アンプリコンライブラリーは、Nanodrop値およびアンプリコンのサイズから算出される場合に4nmolar濃度に標準化させた。ライブラリーは、MiSeq Sequencer(Illumina、サンディエゴ、CA)で、MiSeq試薬キットv2(Illumina、サンディエゴ、CA)を用いて、2つの151サイクルペアードエンドラン+2つの8サイクルインデックス読取りで300サイクルに関して分析した。
シーケンシングデータにおける産物の独自性は、PCRのバーコーディングラウンドにおいてアンプリコン上に適応させたインデックスバーコード配列に基づいて決定した。コンピュータースクリプトを使用して、下記タスクを実行することによってMiSeqデータを処理した:
この実施例は、ヒトゲノムDNA中に存在する標的を修飾して、それらの部位での切断活性のレベルを測定するための、本開示のcrD(R)NAの使用を示す。標的部位はまず、ゲノムDNAから選択することができ、次に、crD(R)NAを、それらの選択した配列を標的とするように設計することができる。続いて、測定を実行して、起こった標的切断のレベルを決定することができる。下記工程が全て、あらゆるスクリーニングに必要とされるわけでなく、また工程の順序が提示するようでなくてはならないわけでもなく、スクリーニングは、他の実験と連結させることができるか、またはより大規模な実験の一部を成すことができる。
選択したゲノム領域内の全てのPAM配列(例えば、「NGG」)を同定する。
crD(R)NA/tracrRNA系と関連付けられるin vitro切断の百分率および特異性を、例えば、下記の通りに、実施例3のCas切断アッセイを使用して比較する:
この実施例は、本開示のcrD(R)NA:tracrRNA複合体またはsgD(R)NAを使用して、RuvCヌクレアーゼの突出部を不活性にするD10A突然変異(Cas9〜D10A)を含有するS.ピオゲネス(S. pyogenes)Cas9と併せて、二本鎖DNA(dsDNA)プラスミド標的のニックを誘導してもよい方法を示す。下記工程が全て、必要とされるわけでなく、また工程の順序が提示するようでなくてはならないわけでもない。
この実施例は、CRISPR−Cas タイプII系のCRISPR RNA(crRNA)およびトランス活性化CRISPR RNA(tracrRNA)を同定し得る方法を示す。本明細書で提示する方法は、Chylinskiらの方法(RNA Biol;10(5):726〜37頁(2013年))を適合させたものである。下記工程の全てが必ずしもスクリーニングに必要でなはく、また示された工程の順序通りでなくてもよい。
Basic Local Alignment Search Tool(BLAST、blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)を使用して、様々な種のゲノムの検索を行って、Cas9またはCas9様のタンパク質を同定した。タイプII CRISPR−Cas9系は、細菌種の至るところで配列における高い多様性を示すが、Cas9オルソログは、中心的なHNHエンドヌクレアーゼドメインおよび分断RuvC/RNase Hドメインの保存ドメイン構造を示した。主要なBLAST結果は、同定された領域に関してフィルタリングされて、不完全な、または切断型配列を廃棄して、Cas9オルソログを同定した。
遺伝子座内で、crRNAは、外来DNAの断片によって間が空いているそれらの繰り返し配列の性質によって容易に同定可能であり、繰り返し−スペーサーアレイを作り上げる。繰り返し配列が、公知の種由来である場合、それは、CRISPRdbデータベース(crispr.u−psud.fr/crispr/)において同定されて、それから検索された。繰り返し配列が、種と関連付けられることが公知でない場合、繰り返し配列は、上述するように種に関するCRISPR−Cas タイプII遺伝子座と同定された配列を使用して、CRISPRfinderソフトウェア(crispr.u−psud.fr/Server/)を使用して予測された。
in silicoで同定された推定crRNAおよびtracrRNAは、RNAシーケンシング(RNAseq)を使用してさらに検証された。
cDNAライブラリーのシーケンシングの読取りは、下記方法を使用して処理することができる。
この実施例は、crD(R)NAおよびsgD(R)NAが、それぞれcrRNAおよびtracrRNAから設計される方法を示す。下記工程が全て、スクリーニングに必要とされるわけでなく、また工程の順序が提示するようでなくてはならないわけでもない。
以下の表14および15は、タイプV CRISPR系で使用するための例示的な二重ガイドcrD(R)NAsおよびsgD(R)NAsを提供する。例示的な図および配列番号への言及は、いかなる場合であっても限定的であるとは意図されず、表14、表15ならびに関連する配列番号および例示的な図における開示に基づいて、タイプV CRISPR系で使用するための二重ガイドcrD(R)NAおよびsgD(R)NAを、標的核酸内の任意の所望の配列を標的とするように設計することができることは、当業者によって理解されよう。
Cpf1オルソログは、PSI−BLAST、PHI−BLASTおよびHMMerなどの配列分析プログラムを使用して同定された。Cpf1オルソログがいったん同定されると、近くの配列が検索されて、関連CRISPRアレイを同定する。crRNA配列は、Zetscheら(Cell;163(3):759〜71頁(2015年))に記載されるように、CRISPRアレイ内に位置する繰り返し配列として同定された。タイプV crRNA配列は、ターゲティング領域配列に対して5’に位置する繰り返し配列内のステムループを含有した。ステムループは、5’要素および3’要素を含んでいた。crRNAの5’要素、3’要素の両方ならびにループの配列が同定された。これらのcrRNA要素の配列は、in silicoでDNAに逆転写された。リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドの混合物を含有する5’要素が設計された。5’要素の例を、図12、図13および表14に示す。リボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドの混合物を含有する3’要素が設計された。3’要素の例を、図12、図13および表14に示す。ターゲティング領域配列は、所定のDNA中のPAM配列に隣接するように選択されて、3’crRNA要素の3’末端に付加された。DNA、DNAおよびRNA、またはRNAヌクレオチドを含有するターゲティング領域配列が設計された。crD(R)NA 3’要素およびcrD(R)NA 5’要素を一緒に組み合わせて(表14、図12、図13)、二重ガイドタイプV crD(R)NAを形成することによって、Cpf1は、所定の標的核酸中の標的核酸配列を切断するよう誘導された。実験用のcrD(R)NAの一群は、crD(R)NA配列内の多数の異なる位置に置かれるリボヌクレオチドを用いて設計された。好ましくは、3’ステムおよび5’ステム内のデオキシリボヌクレオチドは、幾つかのcrD(R)NA配列におけるリボヌクレオチドと置換された。リボヌクレオチドは、幾つかのcrD(R)NA配列中のターゲティング領域配列の5’末端で置換された。
Cpf1 sgD(R)NAをCpf1と一緒に使用して、核酸配列を標的として、切断することができる。標的核酸は、RNA、ゲノムDNA、プラスミドDNA、または増幅DNAのいずれかであった。増幅標的DNAは、実施例2に記載するように製造することができる。標的DNA中に所定の配列を標的とするスペーサー配列を含有するsgD(R)NA配列が合成された。切断アッセイは、Zetscheら(2015年)に記載されるように実行して、実施例3に記載する方法を使用して分析した。要約すると、標的核酸を、Cpf1活性を支持するように選択される適切な緩衝液中でCpf1およびsgD(R)NA配列(単数または複数)とともにインキュベートした。核酸を分析して、実施例3に記載するように消化が起きたかどうか決定した。2つまたはそれ以上のCpf1/sgD(R)NA複合体を使用して、標的DNA由来のDNAの切片を切断することができる。DNAの切片は、オーバーハング末端を有し、それが親DNAから分離された後に、相補的な配列アダプターまたはベクターにライゲーションすることができる。
大腸菌(E. coli)発現ベクターは、Cpf1をコードするコドン最適化オープンリーディングフレームを合成すること、およびオープンリーディングフレームを発現プラスミド(例えば、pET27b)へクローニングすることによって構築された。コード配列は、タンパク質の精製用のアフィニティータグ、および真核細胞において核局在化を駆動させるためのC末端にあるNLS配列を含むことができる。Cpf1タンパク質を、大腸菌(E. coli)において発現ベクターから発現させることができ、アフィニティー、イオン交換およびサイズ排除クロマトグラフィーの組合せを使用して精製することができる。精製タンパク質を、10mg/mlまで濃縮して、sgD(R)NAと組み合わせて、リボ核タンパク複合体を作製した。200pmolのCpf1を、別々の反応チューブ中で、50pmol、100pmol、200pmol、400pmol、600pmol、800pmol、1000pmolのsgD(R)NAおよび反応緩衝液と組み合わせた。Cpf1−sgD(R)NA複合体は、実施例7に記載する方法に従って、反復でHEK293細胞に電気穿孔した。細胞を37℃で成長させて、ゲノムDNAを、4、8、16、24、48、および72時間後に各反応から収集した。ゲノムDNAをPCRおよびIlluminaシーケンシングを使用して分析して、実施例7に記載する方法に従って、ゲノムが編集されたことを決定した。
哺乳動物発現ベクターは、Cpf1をコードするコドン最適化オープンリーディングフレームを合成すること、およびオープンリーディングフレームを適切な哺乳動物発現プラスミド(例えば、pcDNA3.1)へクローニングすることによって構築することができる。コード配列は、タンパク質の精製または検出用のアフィニティータグ、および真核細胞において核局在化を駆動させるためのC末端にあるNLS配列を含むことができる。コード配列は、プラスミド中のCMVプロモーターに操作可能に連結させることができる。Cpf1発現プラスミドを、別々の反応チューブ中で、50pmol、100pmol、200pmol、400pmol、600pmol、800pmol、1000pmolのsgD(R)NAおよび反応緩衝液と組み合わせた。反応混合物は、実施例7に記載する方法に従って、反復でHEK293細胞に電気穿孔した。細胞を37℃で成長させて、ゲノムDNAを、4、8、16、24、48、および72時間後に各反応から収集した。ゲノムDNAをPCRおよびIlluminaシーケンシングを使用して分析して、実施例7に記載する方法に従って、ゲノムが編集されたことを決定した。
この実施例は、単一ガイドD(R)NAを使用して、トウモロコシ胚を修飾することができる方法を示す。本明細書に提示する方法は、Svitashevら(Plant Physiol;169(2):931〜945頁(2015年))から脚色される。下記工程が全て、スクリーニングに必要とされるわけでなく、また工程の順序が提示するようでなくてはならないわけでもない。
Claims (52)
- 単一ポリヌクレオチドであって、
デオキシリボ核酸(DNA)を含むターゲティング領域と;
リボ核酸(RNA)を含む前記ターゲティング領域に隣接した活性化領域と;
を含み、
ここで、前記単一ポリヌクレオチドは、クラス2 CRISPR系で使用するためのものである、前記単一ポリヌクレオチド。 - 活性化領域はDNAを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- ターゲティング領域は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- ターゲティング領域は、DNAおよびRNAの混合物を含み、活性化領域は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、前記ターゲティング領域の下流にある、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、下方ステム、バルジ、上方ステム、ネクサス、およびヘアピンからなる群から選択される構造を含む、請求項5に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、前記ターゲティング領域の上流にある、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、ステムループ構造を含む、請求項7に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、Cas9タンパク質と相互作用する、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 前記活性化領域は、Cpf1タンパク質と相互作用する、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- クラス2 CRISPR系であって、
デオキシリボ核酸(DNA)を含み、核酸における標的配列とハイブリダイズするように構成されるターゲティング領域を含む単一ポリヌクレオチドと;
リボ核酸(RNA)を含む前記ターゲティング領域に隣接した活性化領域と;
部位特異的ポリペプチドと
を含む、前記クラス2 CRISPR系。 - 前記活性化領域は、前記ターゲティング領域の下流にあり、前記部位特異的ポリペプチドは、Cas9を含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記活性化領域は、下方ステム、バルジ、上方ステム、ネクサス、およびヘアピンからなる群から選択される構造を含む、請求項12に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記活性化領域は、前記ターゲティング領域の上流にあり、前記部位特異的ポリペプチドは、Cpf1を含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記活性化領域は、ステムループ構造を含む、請求項14に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記部位特異的ポリペプチドは、前記活性化領域と相互作用する、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記ターゲティング領域は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記活性化領域は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記ターゲティング領域は、DNAおよびRNAの混合物を含み、前記活性化領域は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- ドナーポリヌクレオチドをさらに含む、請求項11に記載のクラス2 CRISPR系。
- クラス2 CRISPR系であって、
(i)デオキシリボ核酸(DNA)を含み、核酸における標的配列とハイブリダイズするように構成されるターゲティング領域および(ii)リボ核酸(RNA)を含む前記ターゲティング領域に隣接した活性化領域を含む第1のポリヌクレオチドと;
前記第1のポリヌクレオチドの前記活性化領域における配列に相補的な配列を含む第2のポリヌクレオチドと;
部位特異的ポリペプチドと
を含む、前記クラス2 CRISPR系。 - 前記活性化領域および前記第2のポリヌクレオチドは、下方ステム、バルジ、上方ステム、ネクサス、および二本鎖からなる群から選択される1つまたはそれ以上の構造を形成するようにハイブリダイズする、請求項21に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記部位特異的ポリペプチドは、Cas9およびCpf1からなる群から選択される、請求項21に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記部位特異的ポリペプチドは、前記活性化領域と相互作用する、請求項21に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記活性化領域は、DNAをさらに含む、請求項21に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記第2のポリヌクレオチドは、RNAを含む、請求項21に記載のクラス2 CRISPR系。
- 前記第2のポリヌクレオチドは、DNAをさらに含む、請求項26に記載のクラス2 CRISPR系。
- 2つのポリヌクレオチドであって、
(i)デオキシリボ核酸(DNA)を含み、核酸における標的配列とハイブリダイズするように構成されるターゲティング領域および(ii)リボ核酸(RNA)を含む前記ターゲティング領域に隣接した活性化領域を含む第1のポリヌクレオチドと;
前記第1のポリヌクレオチドの前記活性化領域における配列に相補的な配列を含む第2のポリヌクレオチドと
を含み、ここで、前記2つのポリヌクレオチドは、クラス2 CRISPR系で使用するためのものである、前記2つのポリヌクレオチド。 - 前記活性化領域および前記第2のポリヌクレオチドは、下方ステム、バルジ、上方ステム、ネクサス、および二本鎖からなる群から選択される1つまたはそれ以上の構造を形成するようにハイブリダイズする、請求項28に記載の2つのポリヌクレオチド。
- 前記ターゲティング領域は、DNAおよびRNAの混合物を含み、前記活性化領域は、DNAおよびRNAの混合物を含み、前記第2のポリヌクレオチドは、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項28に記載の2つのポリヌクレオチド。
- 標的核酸分子を修飾する方法であって、標的配列を有する前記標的核酸分子を、請求項11〜19または請求項21〜27のいずれか1項に記載のクラス2 CRISPR系と接触させることを含み、ここで、前記標的核酸分子が切断されるか、または前記標的核酸分子によりコードされる少なくとも1つの遺伝子の転写が調節される、前記方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAを含む、請求項31に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、RNAを含む、請求項31に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項31に記載の方法。
- ドナーポリヌクレオチドを供給することをさらに含む、請求項31に記載の方法。
- クラス2 CRISPR系を使用してオフターゲットの修飾を低減させる方法であって、標的配列を有する標的核酸分子を、請求項11〜19または請求項21〜27のいずれか1項に記載のクラス2 CRISPR系と接触させることを含み、ここで、前記標的核酸分子が、該標的核酸における他の配列よりも優先的に該標的配列で切断されるかまたは編集されて、それによりオフターゲットの修飾を低減させる、前記方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAを含む、請求項36に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、RNAを含む、請求項36に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項36に記載の方法。
- クラス2 CRISPR系で使用するためのポリヌクレオチドのターゲティング領域は、ウラシルを含まない、請求項36に記載の方法。
- ドナーポリヌクレオチドを供給することをさらに含む、請求項36に記載の方法。
- クラス2 CRISPR系を使用して標的特異的な修飾を増加させる方法であって、標的配列を有する標的核酸分子を、請求項11〜19または請求項21〜27のいずれか1項に記載のクラス2 CRISPR系と接触させることを含み、ここで、前記標的核酸分子が、該標的核酸における他の配列よりも優先的に該標的配列で切断されるかまたは編集されて、それにより標的特異的な修飾を増加させる、前記方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAを含む、請求項42に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、RNAを含む、請求項42に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項42に記載の方法。
- ドナーポリヌクレオチドを供給することをさらに含む、請求項42に記載の方法。
- クラス2 CRISPR系を使用して、ドナーポリヌクレオチドを細胞または生物のゲノムへ導入する方法であって、標的配列を有する標的核酸分子を、請求項11〜19または請求項21〜27のいずれか1項に記載のクラス2 CRISPR系と接触させることを含み、ここで、前記標的核酸分子が、該標的配列で、またはその付近で切断されて、また該切断部位で該細胞または生物の該ゲノムへ導入されるドナーポリヌクレオチドを供給することを含む前記方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAを含む、請求項47に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、RNAを含む、請求項47に記載の方法。
- 前記標的核酸分子は、DNAおよびRNAの混合物を含む、請求項47に記載の方法。
- ドナーポリヌクレオチドは、相同組換えによって核酸へ導入される、請求項47に記載の方法。
- ドナーポリヌクレオチドは、非相同末端結合によって核酸へ導入される、請求項47に記載の方法。
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