JP2017537645A - 細胞の選択された部分集団中の複数エピトープを識別するための方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2014年12月19日に出願された米国仮出願番号第62/094,917号;2014年12月19日に出願された米国仮出願番号第62/094,919号;および2014年12月19日に出願された米国仮出願番号第62/094,924号の利益を主張しており、これら出願のすべては、すべての目的のためにそれらの全体が参考として本明細書中に援用される。
ヒトの体内のすべての細胞は、同じ遺伝物質を含むが、それらの全細胞において同じ遺伝子セットが活性であるわけではない。遺伝子発現パターンの変化は、生物学的機能に重大な影響を及ぼし得る。遺伝子産物(タンパク質)の産生および制御のダイナミクスならびにそれらの相互作用の理解は、例えば、遺伝的障害および/または環境によって誘導される健康障害の根底にある機序の理解に不可欠であり、新しい診断標的および治療標的の発見の根拠を提供する可能性がある。ゆえに、遺伝子発現プロファイルをモニタリングするための手法、および個々の細胞において全タンパク質の特定のバリアント(例えば、スプライスバリアント、点変異、翻訳後修飾、および環境によって、または治療によって誘導される改変)を検出するための手法、およびそれらのレベルを経時的に定量するための手法が、新しい診断法および治療手順の開発に役立つ可能性がある。さらに、単一細胞においてただ1つの標的分子ではなく複数の標的分子に対してこれらの解析を同時に行うことはますます重要になってきている。
本開示は、単一細胞における複数の標的核酸配列を検出するための方法、組成物およびキットを記載する。開示される方法は、核酸標的分子全般の検出に適しており、特に、細胞の混合物中に存在する単一細胞におけるmRNA標的分子の検出にふさわしく、その個々の細胞起源情報が保持される。
本明細書中で述べられるすべての刊行物、特許および特許出願は、各々個々の刊行物、特許または特許出願が、参照により援用されているのと明確かつ個別に示されたのと同一程度に参照により本明細書中に援用される。
本発明の新規の特徴は、添付の請求項に特定して示されている。本発明の特徴および利点のさらなる理解は、本発明の原理を用いた例証的な実施形態を説明している以下の詳細な説明および添付の図面を参照することにより得られる:
本開示は、参照により本明細書中に援用される公開された特許出願PCT/US2012/023411およびPCT/US2013/054190において以前に説明された方法、組成物およびキットを発展させたものである。特に、本開示は、非特異的なハイブリダイゼーションおよびバックグラウンドシグナルの増幅を最小にするようにデザインされた近接プローブを用いて、単一細胞において複数の標的核酸配列を検出し、より詳細には、単一細胞において複数の標的mRNA配列を検出し、それによって、検出の感度および特異性を改善するための方法、組成物およびキットを記載する。いくつかの実施形態において、開示される方法は、細胞の複合混合物を含む生物学的サンプル中の選択された細胞部分集団内の複数の標的mRNA配列の検出に適用される。特に、本開示は、細胞の複合混合物を含む生物学的サンプル中の選択された細胞部分集団内の単一細胞において複数の標的分子を検出するための方法、組成物およびキットを記載する。
本明細書中で使用されるとき、句「ユニーク結合物質」(UBA)とは、開示される方法において使用するための種々の検出試薬のうちの1つのことを指す。各UBAは、単一種の標的分子に結合すること、またはハイブリダイズすることができる。この結合またはハイブリダイゼーションの特異性こそが、所与の個々の細胞における標的分子の検出を可能にする。
本開示の方法、組成物およびキットは、新規の検出試薬およびバーコード化試薬のセットを用いて、単一細胞(選択された細胞の部分集団を含む)において複数の標的分子を検出するための手段を提供する。開示される方法のいくつかの実施形態において、選択された細胞部分集団からの単一細胞における複数の標的分子の検出が可能になる。一般に、そのアプローチは、目的の標的分子を検出するためのユニーク結合物質(UBA)、UBAによって認識される標的分子の同一性をコードするエピトープ特異的バーコード(ESB)、および個々の細胞を識別するユニーク細胞起源バーコード(COB)を作製するためのアッセイ可能ポリマーサブユニット(APS)の使用を含み、それによって、特定のバイオマーカーのセットに基づいて、細胞の複合混合物を含むサンプル内の選択された細胞部分集団を定義することが可能になり、その後、1つまたはそれを超える標的分子の検出が、選択された細胞部分集団における個々の細胞との相関関係を示す。
A.ユニーク結合物質(UBA)
UBAは、少なくとも1つの標的分子またはその一部に結合するかまたはハイブリダイズするようにデザインされた分子または分子集合体であり、適切な条件下において、UBAおよび標的分子を含む分子複合体を形成することができる。標的分子の例としては、タンパク質、ペプチド、核酸、DNA、RNA、mRNA、脂質、炭水化物、有機小分子、薬物分子、有機モノマーおよびイオンが挙げられるがこれらに限定されない。便宜上、本明細書中に記載される方法、組成物およびキットの大部分が、標的タンパク質または標的mRNAに結合するUBAの文脈において説明される。しかしながら、これらの方法、組成物およびキットはまた、他の標的分子にも適用することができる。
5’−GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT NNNNNNNNN CGTCAGACAGGGAGC−3’
であり、ここで、NNNNNNNNN配列は、付着される抗体に特異的な9ヌクレオチドコードである。核酸を抗体に付着するための方法は、当該分野で周知であり、任意の好適なアプローチが、ここに開示されている方法、組成物およびキットに包含される。例えば、いくつかの実施形態において、抗体は、Gullbergら(2004),PNAS 101(22):228420−8424およびBoozerら(2004),Analytical Chemistry 76(23):6967−6972(この両方が参照により本明細書中に援用される)に記載されている方法を用いて核酸分子に付着され得る。いくつかの実施形態において、抗体は、遊離アミンへのランダムなカップリングによって核酸分子に付着され得る。いくつかの実施形態において、それらの抗体は、10対1の比の核酸と抗体を用いる遊離アミンへのランダムなカップリングによって核酸分子に付着され得る。いくつかの実施形態において、抗体は、参照により本明細書中に援用されるKozlovら(2004),Biopolymers 5:73(5):621−630に記載されている方法を用いて核酸分子に付着され得る。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒドラジン化学を用いて核酸分子に付着され得る。いくつかの実施形態において、抗体は、参照により本明細書中に援用されるNolan(2005),Nature Methods 2:11−12に記載されているような「タドポール(tadpoles)」を用いて核酸分子に付着され得る。一般に、抗体は、本明細書中に記載される方法を含む、操作された抗体を作製するための当該分野で公知の任意の好適な方法を用いて核酸分子に付着され得る。
本開示のエピトープ特異的バーコードは、特定の標的分子と会合するユニークなコードを提供する。ESBは、UBAまたはその一部に付着するかまたは結合するようにデザインされた分子または分子集合体であり、適切な条件下において、ESB、UBAおよび標的分子を含む分子複合体を形成することができる。
ここに開示されている方法、組成物およびキットは、細胞起源バーコードを作製するための手段をさらに提供し、ここで、各COBは、特定の起源細胞に関連し得るユニークなコードを提供する。いくつかの実施形態において、1つまたはそれを超える結合したUBA−ESB複合体へのCOBの付着(例えば、共通リンカーオリゴヌクレオチドを用いた付着)によって、UBA/ESB複合体が結合している標的分子に対する起源細胞が識別される。いくつかの実施形態において、本開示のCOBは、(i)UBA−ESB複合体と会合した共通リンカーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる共通リンカー配列、(ii)特定の起源細胞に関連するユニークなコード、および(iii)1つもしくはそれを超えるプライマー配列、またはそれらの組み合わせを含み得る分子実体(または集合体、複合体または結合体)である。
開示される方法、組成物およびキットのいくつかの実施形態では、個々の細胞における標的分子の検出および定量のために使用される配列決定反応の費用対効果および処理量を最適化するために、標的特異的プライマー、一般的プライマー、セミランダムプライマーまたはそれらの組み合わせを使用して、目的の標的に対するUBA−ESB−COB複合体が選択的に増幅される。
A.細胞とUBA−ESB複合体とのインキュベーション
開示される方法の多くの実施形態では、細胞懸濁液またはサンプルを、個々の細胞の表面上または個々の細胞内の特定の分子標的との結合またはハイブリダイゼーションに適した条件下において、1つまたはそれを超えるUBA−ESB複合体とともにインキュベートする。いくつかの実施形態において、1つまたはそれを超える目的の標的は、細胞内の標的であり得、それらの細胞は、当該分野で公知の任意の方法を用いて、例えば、冷メタノールを細胞サンプルに加え、短時間インキュベートした後、メタノールを吸引し、すすぎ、UBA−ESBとのインキュベーションの前にウシ血清アルブミンまたはカゼイン溶液でブロッキングすることによって、固定および透過処理され得る。
単一細胞をバーコード化し、会合した細胞起源バーコードを構築するための方法は、参照により本明細書中に援用される公開された特許出願PCT/US2012/023411およびPCT/US2013/054190にすでに記載されている。COBの構築または合成は、本明細書中に簡潔に記載される方法を含む当該分野で公知の任意の好適な方法によって行うことができる。いくつかの実施形態において、COBは、オリゴヌクレオチドを含むアッセイ可能ポリマーサブユニット(APS)の段階的な付加によって構築され得る。いくつかの実施形態において、COBは、共通リンカー(CL)を介してUBA−ESB複合体に付着され、その共通リンカーは、それ自体がオリゴヌクレオチドであり得、APS自体の一部または別個の分子構成要素であり得る。いくつかの実施形態において、ESB、APSおよびCLはすべて、オリゴヌクレオチド配列を含み得る。したがって、ESB、APSおよびCL上の相補的または実質的に相補的なアニーリング領域間のハイブリダイゼーションによる構築の後、構築されたオリゴヌクレオチドは、ライゲートされることにより、ESB−APS単位、隣接APS単位または隣接APS−CL単位の間に共有結合を形成し得る。アニーリング領域は、オリゴヌクレオチドESB、APSまたはCLの片端または両端に提供され得る。
エピトープ特異的バーコードおよび細胞起源バーコードを増幅および検出するための方法は、参照により本明細書中に援用される公開された特許出願PCT/US2012/023411およびPCT/US2013/054190に十分に記載されている。いくつかの実施形態において、構築されたUBA−ESB−COBまたはESB−COB産物を増幅し、必要に応じて、その結果を参照サンプル由来の類似の標的核酸の増幅と比較する。核酸増幅は、当該分野で公知の任意の手段によって行われ得る。いくつかの場合では、ライゲートされた産物をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅する。使用され得るPCRの手法の例としては、定量的PCR、定量的蛍光PCR(QF−PCR)、多重蛍光PCR(MF−PCR)、リアルタイムPCR(RT−PCR)、単一細胞PCR、制限酵素断片長多型PCR(PCR−RFLP)、リアルタイム制限酵素断片長多型PCR(RT−PCR−RFLP)、ホットスタートPCR、ネステッドPCR、インサイチュポロニー(in situ polonony)PCR、インサイチュローリングサークル増幅(RCA)、ブリッジPCR、ピコタイターPCRおよびエマルジョンPCRが挙げられるがこれらに限定されるわけではない。他の好適な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応(LCR)、転写増幅、自家持続配列複製法、標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅、コンセンサス配列プライム(consensus sequence primed)ポリメラーゼ連鎖反応(CP−PCR)、任意プライム(arbitrarily primed)ポリメラーゼ連鎖反応(AP−PCR)、縮重オリゴヌクレオチドプライムPCR(DOP−PCR)および核酸ベース配列増幅(nucleic acid based sequence amplification)(NABSA)が挙げられる。本明細書中で使用され得る他の増幅方法としては、米国特許第5,242,794号;同第5,494,810号;同第4,988,617号;および同第6,582,938号に記載されている方法が挙げられる。いくつかの実施形態において、増幅は、細胞内で行われる。
ある特定の実施形態において、検出方法は、多重アッセイにおいて行われ、ここで、複数の標的分子が、同じアッセイ(すなわち、単一の反応混合物)において検出される。いくつかの実施形態において、そのアッセイは、複数の標的分子が同時に検出される、ハイブリダイゼーションアッセイまたは親和性結合アッセイである。いくつかの実施形態において、そのアッセイは、複数の標的分子が単一細胞において同時に検出される、ハイブリダイゼーションアッセイまたは親和性結合アッセイである。ある特定の実施形態において、同じアッセイにおいて検出される複数の標的分子は、少なくとも2つの異なる標的分子、少なくとも5個の異なる標的分子、少なくとも10個の異なる標的分子、少なくとも20個の異なる標的分子、少なくとも50個の異なる標的分子、少なくとも75個の異なる標的分子、少なくとも100個の異なる標的分子、少なくとも200個の異なる標的分子、少なくとも500個の異なる標的分子、少なくとも750個の異なる標的分子または少なくとも1,000個の異なる標的分子である。他の実施形態において、同じアッセイにおいて検出される複数の標的分子は、最大5個の異なる標的分子、最大10個の異なる標的分子、最大20個の異なる標的分子、最大50個の異なる標的分子、最大100個の異なる標的分子、最大150個の異なる標的分子、最大200個の異なる標的分子、最大500個の異なる標的分子、最大750個の異なる標的分子、最大1,000個の異なる標的分子、最大2,000個の標的分子または最大5,000個の標的分子である。なおも他の実施形態では、検出される複数の標的分子は、前述の数の間の任意の範囲の異なる標的分子であり、例えば、20〜50個の異なる標的分子、50〜200個の異なる標的分子、100〜1000個の異なる標的分子、500〜5000個の異なる標的分子などであるがこれらに限定されない。
本開示のUBA−ESB−COB複合体およびそれに基づく分析技術によって提供される定性的な分析能力に加えて、いくつかの実施形態において、UBA−ESB−COBは、定量的解析を行うのにユニークに好適であり得る。UBA−ESB−COBとそれらに会合する標的分子との間に1対1の結合化学量論を提供することによって、例えば、UBA−ESB複合体が、各場合の標的分子をユニークにタグ化する短いランダムな配列(図10)を含む実施形態では、サンプル中に存在する標的分子の全部または代表的な一部が、識別され、カウントされ得る。様々な分子種のこの個々のカウントは、生物学的サンプル中の標的分子の絶対濃度または相対濃度を測定するための正確かつ直接的な方法を提供する。さらに、単一分子をアドレス指定およびカウントできると、アッセイの小型化の利点(高感度、最小のサンプル必要量、少量の液相の動態によってもたらされる速い反応速度および最終的には非常に低い試薬コストを含む)を高めることが可能になる。
特定のmRNA標的分子を検出するため、および各存在をユニーク細胞起源バーコードで標識するために使用されるプロセスの非限定的な例が、CD4 mRNAの検出について図9に図示されている。CD4逆方向プライマーを、固定および透過処理された細胞サンプルに加え、アニールさせた後、逆転写(RT)反応を行うことにより、CD4 mRNA分子の一部のcDNAコピーを作製する。mRNA分子を除去した後(例えば、RNase Hで処理することによって)、スプリントアダプターをそのcDNAにアニールさせる。そのスプリントアダプターは、スプリント分子をアニールさせるために使用され、次いでそれを用いて、SC領域を含む2つまたはそれを超えるAPS(コードSC1〜SC3を含む3つのAPSが図9に図示されている)をコンビナトリアル様式で構築することにより、ユニークCOBを作製する。いくつかの実施形態において、標的分子とハイブリダイズさせるために使用される逆方向プライマーは、標的核酸分子に特異的な配列認識領域を含む(図18)。いくつかの実施形態において、配列認識領域は、10〜20ヌクレオチド長の範囲である。いくつかの実施形態において、配列認識領域は、ヘキサマーである(図19)。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、例えば、ポリ−T配列認識領域を用いることによって、mRNA分子全般と非特異的にハイブリダイズするようにデザインされる(図17)。いくつかの実施形態において、スプリント分子は、1つまたはそれを超える増幅プライマーおよび/または配列決定プライマーを付加するためにも使用される。いくつかの実施形態において、アニールした分子複合体は、ライゲーションに供されることにより、増幅および配列決定され得る共有結合した分子集合体が形成される。
GCTCCCTGTCTGACG XXXXXXXXXXX
を用いてmRNA分子をバーコード化するための方法の非限定的な例を図示している。その配列特異的プライマーを細胞サンプルに加えた後、逆転写反応を行い、その後、「スプリント」オリゴヌクレオチドを、アニールさせ、コード領域SC1〜SC3を含むAPSを構築して、Illuminaプライマーを用いて増幅および配列決定され得るユニーク細胞起源バーコードにするために用いた。いくつかの実施形態において、Illuminaプライマーを用いる増幅および配列決定の前に、内部プライマーを用いて、1回またはそれを超えるラウンドのネステッドPCR増幅が行われ得る。いくつかの実施形態において、標的mRNA分子とハイブリダイズするために、ヘキサマープライマー、例えば、
GCTCCCTGTCTGACG NNNNNN
が用いられる。
細胞の複合混合物を含むサンプル中の個々の細胞において複数の標的分子を識別するためのアッセイを行うとき、死細胞、細胞片または細胞塊に対するデータが、その後の解析から排除されることによって、データの質が向上し得るように、全細胞と死細胞、細胞片または細胞塊とを区別することが所望され得る。各細胞が個別にバーコード化されている数百万個の細胞を含むサンプルが関わる研究において、細胞片、細胞対(cell doublets)またはより大きな細胞塊の存在は、有するはずのないマーカーを有する細胞の存在を示唆する誤ったデータの形の「ノイズ」の一因になり得る。したがって、本開示の方法、組成物およびキットは、目的の単一細胞と、サンプル中に存在する死細胞、細胞片または細胞塊とを区別するための手段を提供する。
細胞の複合混合物を含むサンプル中の個々の細胞において複数の標的分子を識別するためのアッセイを行うとき、その複合混合物内の特定の細胞部分集団を識別し、その部分集団についてのその後の解析に焦点を当て、それによって、データの特異性を向上させることが望ましいことが多い。各細胞が個別にバーコード化された数百万個の細胞を含むサンプルが関わる研究において、稀な細胞の存在は、全細胞集団のわずか0.01%しか構成しないことがある。したがって、本開示の方法、組成物およびキットは、目的の細胞のサブセットとサンプル中に存在する細胞の大部分とを区別するための手段を提供する。
細胞の複合混合物を含むサンプル中の個々の細胞において複数の標的分子を識別するためのアッセイを行うとき、その複合混合物内の特定の細胞部分集団を除外し、その後の解析を残りの細胞に集中させることによって、データの特異性を向上させることが望ましいことが多い。例えば、いくつかの用途では、細胞集団内の成熟B細胞を識別し(CD19、CD38、BCMAなどのような細胞表面マーカーに対して向けられた抗体を用いて)、それらをさらなる考慮すべき事柄から排除して、その後の解析が、存在する任意の幹細胞に集中し得ることが望ましいことがある。したがって、本開示の方法、組成物およびキットは、特定の細胞集団をさらなる解析から排除するための手段も提供する。いくつかの実施形態において、これは、複数のUBA(例えば、抗体セット)を同じESBで標識することによって達成され、その結果、アッセイの結合工程の後、特定のUBAセットに対するESB−COB結合体の選択的増幅および配列決定によって、さらなる解析から排除されるべき細胞のリストが提供される。選択的増幅および配列決定は、上に記載されたように行われ得る。
細胞の複合混合物を含むサンプル中の個々の細胞において複数の標的分子を識別するためのアッセイを行うとき、さらなる標的分子がまた、選択された部分集団内に存在するか否かを判定するために、バーコード化された細胞懸濁液をリサンプリングすることが望ましいことが多い。したがって、本開示の方法、組成物およびキットはまた、最初の細胞バーコード化手順を行った時点より後の時点において、1つまたはそれを超える目的の標的分子を検出するためにリサンプリングするための手段も提供する。いくつかの実施形態において、タンパク質に対して非特異的に向けられた1つまたはそれを超えるUBA(例えば、アミン反応性部分(例えば、スクシンイミジルエステル、スルホスクシンイミジルエステル、テトラフルオロフェニルエステル、スルホジクロロフェノールエステル、イソチオシアネートまたは塩化スルホニル)を含むがこれらに限定されない)を、最初の細胞バーコード化を行うために使用される元のUBAセットに含めることによって、バーコード化された細胞懸濁液の個々の細胞における1つまたはそれを超える目的の標的分子の検出が可能になる。選択された部分集団の細胞と会合した細胞起源バーコードのリストを得るために上に記載されたように行われた選択的増幅および配列決定の後、バーコード化された細胞懸濁液のアリコートを、溶解し、例えば、さらなる目的の標的分子のうちの1つに対して向けられた固定化された抗体、および所与のビーズ上に固定化された抗体を識別するためのコード配列をプライマー配列の下流に含む繋ぎ止められた二次プライマーを含むビーズ(図25)とともにインキュベートする。複数のビーズを使用してよいが、ここで、その複数のビーズは、例えば、複数の標的分子に対して向けられた固定化された抗体を、それらの対応する二次プライマーとともに含み、任意の単一のビーズは、単一タイプの固定化された抗体を含む。標的分子(例えば、標的タンパク質)の免疫沈殿の後、二次プライマーの伸長反応を、適切なポリメラーゼ、例えば、Taq DNAポリメラーゼ、Klenow DNAポリメラーゼIなどを用いて行った後、抗体コード配列および細胞起源バーコード配列を含む増幅産物を生成する増幅を行う。次いで、細胞起源バーコードと、選択された目的の部分集団について識別されたCOBのリストとを比較することによって、選択された部分集団におけるさらなる目的の標的分子の存在を個々の細胞ベースで識別および定量することが可能になる。
本開示はまた、分子および細胞をバーコード化するためのキットも記載し、ここで、そのキットは、上に記載された1つまたはそれを超える組成物を含む。いくつかの実施形態において、そのキットは、1つもしくはそれを超える標的特異的UBA−ESB複合体、またはユーザーによって供給されるUBAに予め合成されたESBを付着するための試薬を含み得る。いくつかの実施形態において、ここに開示されているキットのUBAは、会合した抗体の同一性をコードする付着されたESBをさらに含み得る1つまたはそれを超える抗体を含む。いくつかの実施形態において、ここに開示されているキットのUBAは、選択された核酸標的にハイブリダイズするようにデザインされ、会合した標的プローブの同一性をコードする付着したESBをさらに含み得る、1つまたはそれを超えるオリゴヌクレオチドプローブを含む。いくつかの実施形態において、開示されるキットは、APSのセットおよび細胞起源バーコードにそれらを構築するために必要とされ得る任意のさらなる酵素または試薬をさらにまたはスタンドアロンの製品として含み得る。いくつかの実施形態において、そのAPSのセットは、解析の配列決定工程においてエラーを検出し、かつ訂正することができるようにデザインされたサブコード領域のセットを含む。いくつかの実施形態において、開示されるキットは、選択された細胞部分集団に対するエピトープ特異的バーコードの選択的増幅のためのプライマーのセットをさらに、またはスタンドアロンの製品として含み得る。
本明細書中に開示される組成物、方法およびキットは、診断、予後診断、治療、患者の層別化、薬物の開発、処置の選択およびスクリーニングの目的のために使用され得る。開示される組成物、方法およびキットは、多くの異なる標的分子が、単一の生物学的サンプルから単一細胞レベルで一度に解析することができるという利点を提供する。このことにより、例えば、いくつかの診断検査を1つのサンプルにおいて行うことが可能になる。
エピトープ特異的バーコード−細胞起源バーコード結合体のセットに対して得られた配列決定データを解読およびグループ化するための解析能力を提供する非一時的コンピュータ可読媒体に格納されたコンピュータソフトウェアパッケージも本明細書中に開示される。そのようなソフトウェアパッケージによって提供される能力の例としては、配列アラインメントツールおよび配列比較ツール、階層クラスタリングツール、増幅および/または配列決定のエラーの検出および訂正のツール、データ可視化ツールなどが挙げられる。
Claims (20)
- 細胞の混合集団内の部分集団を識別するための方法であって、該方法は、
a)該細胞の混合集団を少なくとも1つのユニーク結合物質と接触させる工程であって、ここで、該少なくとも1つのユニーク結合物質は、該部分集団に存在する標的分子に結合するようにデザインされており、該少なくとも1つのユニーク結合物質は、該標的分子の同一性を代表するエピトープ特異的バーコードに付着されている、工程;
b)2つまたはそれを超えるアッセイ可能ポリマーサブユニットを該エピトープ特異的バーコードに連続的に付着させる工程であって、該少なくとも1つのユニーク結合物質が結合した個々の細胞の同一性を代表するユニーク細胞起源バーコードを作製する工程;ならびに
c)該エピトープ特異的バーコードおよび細胞起源バーコードを解読する工程であって、該細胞の混合集団内の部分集団を識別する工程
を含む、方法。 - 前記エピトープ特異的バーコードおよび前記アッセイ可能ポリマーサブユニットが、オリゴヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記2つまたはそれを超えるアッセイ可能ポリマーサブユニットが、スプリットプールコンビナトリアル合成法を用いて前記エピトープ特異的バーコードに付着される、請求項1に記載の方法。
- 前記エピトープ特異的バーコードおよび会合した細胞起源バーコードの前記2つまたはそれを超えるアッセイ可能ポリマーサブユニットの各存在が連結して、増幅および配列決定され得る結合体が形成される、請求項2に記載の方法。
- エピトープ特異的バーコード−細胞起源バーコード結合体を増幅する工程をさらに含む、請求項4に記載の方法。
- 前記解読する工程が、前記増幅されたエピトープ特異的バーコード−細胞起源バーコード結合体の全部または一部を配列決定することを含む、請求項5に記載の方法。
- 混合集団中の、前記部分集団と会合した細胞起源バーコードの数と細胞総数との比が、前記標的分子を含む該混合集団内の細胞の割合の尺度を提供する、請求項6に記載の方法。
- 2つまたはそれを超えるユニーク結合物質が、、前記部分集団を識別するために用いられる、請求項6に記載の方法。
- 2つまたはそれを超えるユニーク結合物質が、2つまたはそれを超える部分集団を識別するために用いられる、請求項6に記載の方法。
- 前記ユニーク結合物質の少なくとも1つが、DNA、ヒストンおよびハウスキーピングタンパク質からなる群より選択される標的分子に結合するようにデザインされている、請求項8に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのユニーク結合物質が、DNA、ヒストンおよびハウスキーピングタンパク質からなる群より選択される標的分子に対して向けられた抗体または抗体フラグメントである、請求項10に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのユニーク結合物質が、ベルベリン、エチジウムブロマイド、プロフラビン、ダウノマイシン、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、ダウノルビシンおよびサリドマイドからなる群より選択されるDNA挿入分子である、請求項10に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのユニーク結合物質が、スクシンイミジルエステル、スルホスクシンイミジルエステル、テトラフルオロフェニルエステル、スルホジクロロフェノールエステル、イソチオシアネートおよび塩化スルホニルからなる群より選択されるアミン反応性プローブを含む、請求項10に記載の方法。
- 細胞の部分集団中の1つまたはそれを超える標的分子を検出するための方法であって、該方法は、
a)細胞の複合混合物を含むサンプルを2つまたはそれを超えるユニーク結合物質と接触させる工程であって、ここで、該2つまたはそれを超えるユニーク結合物質は、異なる標的分子に結合するようにデザインされており、該2つまたはそれを超えるユニーク結合物質は、該標的分子の同一性を代表するエピトープ特異的バーコードに付着されている、工程;
b)2つまたはそれを超えるアッセイ可能ポリマーサブユニットを該エピトープ特異的バーコードに連続的に付着させる工程であって、1つまたはそれを超えるユニーク結合物質が結合した個々の細胞の同一性を代表するユニーク細胞起源バーコードを作製する工程;
c)少なくとも第1のユニーク結合物質と会合した該エピトープ特異的バーコードおよび細胞起源バーコードを選択的に増幅し、かつ配列決定する工程であって、細胞の部分集団を識別する工程;ならびに
d)工程(c)において識別されたものと一致する細胞起源バーコードに付着した少なくとも第2のユニーク結合物質と会合した該エピトープ特異的バーコードを選択的に増幅し、かつ配列決定する工程であって、特定の細胞の部分集団の個々の細胞における少なくとも第2の標的分子の存在を検出する工程
を含む、方法。 - 少なくとも1つのユニーク結合物質が、細胞内の核酸配列にハイブリダイズすることができる核酸配列を含む、請求項14に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのユニーク結合物質が、ウイルスゲノム核酸配列にハイブリダイズすることができる核酸配列を含む、請求項15に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのユニーク結合物質が、HIVウイルスゲノム核酸配列にハイブリダイズすることができる核酸配列を含む、請求項16に記載の方法。
- 少なくとも1つのユニーク結合物質が、細胞表面マーカーに対して向けられた抗体または抗体フラグメントを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記工程(d)の選択的増幅が、連続的な2回またはそれを超えるラウンドの多重化ネステッド増幅反応を行うことを含む、請求項14に記載の方法。
- 連続した各回の増幅が、工程(c)において識別された細胞起源バーコードを構成する2つまたはそれを超えるアッセイ可能ポリマーサブユニット位置の配列内の異なる位置に配置された前記アッセイ可能ポリマーサブユニットにハイブリダイズするようにデザインされたプライマーセットを使用する、請求項19に記載の方法。
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GB201622222D0 (en) * | 2016-12-23 | 2017-02-08 | Cs Genetics Ltd | Reagents and methods for molecular barcoding of nucleic acids of single cells |
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CN115066434A (zh) * | 2019-12-03 | 2022-09-16 | 阿拉玛生物科学公司 | 核酸连接的免疫-夹心测定(nulisa) |
WO2021146207A1 (en) | 2020-01-13 | 2021-07-22 | Becton, Dickinson And Company | Methods and compositions for quantitation of proteins and rna |
WO2021231779A1 (en) | 2020-05-14 | 2021-11-18 | Becton, Dickinson And Company | Primers for immune repertoire profiling |
WO2021249816A1 (en) * | 2020-06-08 | 2021-12-16 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Method of single-cell analysis of multiple samples |
US11932901B2 (en) | 2020-07-13 | 2024-03-19 | Becton, Dickinson And Company | Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq |
US11739443B2 (en) | 2020-11-20 | 2023-08-29 | Becton, Dickinson And Company | Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins |
AU2022227563A1 (en) | 2021-02-23 | 2023-08-24 | 10X Genomics, Inc. | Probe-based analysis of nucleic acids and proteins |
WO2023039433A1 (en) * | 2021-09-08 | 2023-03-16 | Becton, Dickinson And Company | Non-sequencing pcr-based method for detection of antibody-conjugated oligonucleotides |
Citations (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003524419A (ja) * | 2000-02-18 | 2003-08-19 | ウルフ・ランデグレン | 近接プロービング方法およびキット |
WO2005123963A2 (en) * | 2004-06-14 | 2005-12-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for use in analyte detection using proximity probes |
US20100203543A1 (en) * | 2007-08-10 | 2010-08-12 | Peter Oliver Krutzik | Biological encoding of large numbers of cells |
US20100240101A1 (en) * | 2009-03-19 | 2010-09-23 | Massachusetts Institute Of Technology | Parallel Proximity Ligation Event Analysis |
JP2012502625A (ja) * | 2008-09-16 | 2012-02-02 | ナチュラル エンヴァイロメント リサーチ カウンシル | 樹状細胞調節分子 |
WO2014026032A2 (en) * | 2012-08-08 | 2014-02-13 | Apprise Bio, Inc. | Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells |
JP2014507141A (ja) * | 2011-02-09 | 2014-03-27 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法 |
JP2014513916A (ja) * | 2011-01-31 | 2014-06-19 | アプライズ バイオ, インコーポレイテッド | 細胞において複数のエピトープを同定する方法 |
WO2014099744A1 (en) * | 2012-12-17 | 2014-06-26 | President And Fellows Of Harvard College | Rna-guided human genome engineering |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5242794A (en) | 1984-12-13 | 1993-09-07 | Applied Biosystems, Inc. | Detection of specific sequences in nucleic acids |
US4988617A (en) | 1988-03-25 | 1991-01-29 | California Institute Of Technology | Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids |
US5494810A (en) | 1990-05-03 | 1996-02-27 | Cornell Research Foundation, Inc. | Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease |
SE9400088D0 (sv) | 1994-01-14 | 1994-01-14 | Kabi Pharmacia Ab | Bacterial receptor structures |
US6582938B1 (en) | 2001-05-11 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Amplification of nucleic acids |
AU2001234779A1 (en) * | 2000-02-03 | 2001-08-14 | Nanoscale Combinatorial Synthesis, Inc. | Structure identification methods using mass measurements |
US7473767B2 (en) | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
CA2720587A1 (en) * | 2008-04-09 | 2009-10-15 | Francis Barany | Coferons and methods of making and using them |
-
2015
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-
2020
- 2020-04-10 US US16/845,664 patent/US20210002733A1/en not_active Abandoned
- 2020-11-09 JP JP2020186442A patent/JP7196143B2/ja active Active
-
2022
- 2022-09-22 US US17/934,517 patent/US20230049314A1/en active Pending
Patent Citations (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003524419A (ja) * | 2000-02-18 | 2003-08-19 | ウルフ・ランデグレン | 近接プロービング方法およびキット |
WO2005123963A2 (en) * | 2004-06-14 | 2005-12-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and compositions for use in analyte detection using proximity probes |
US20100203543A1 (en) * | 2007-08-10 | 2010-08-12 | Peter Oliver Krutzik | Biological encoding of large numbers of cells |
JP2012502625A (ja) * | 2008-09-16 | 2012-02-02 | ナチュラル エンヴァイロメント リサーチ カウンシル | 樹状細胞調節分子 |
US20100240101A1 (en) * | 2009-03-19 | 2010-09-23 | Massachusetts Institute Of Technology | Parallel Proximity Ligation Event Analysis |
JP2014513916A (ja) * | 2011-01-31 | 2014-06-19 | アプライズ バイオ, インコーポレイテッド | 細胞において複数のエピトープを同定する方法 |
JP2014507141A (ja) * | 2011-02-09 | 2014-03-27 | ナテラ, インコーポレイテッド | 非侵襲的出生前倍数性呼び出しのための方法 |
WO2014026032A2 (en) * | 2012-08-08 | 2014-02-13 | Apprise Bio, Inc. | Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells |
WO2014099744A1 (en) * | 2012-12-17 | 2014-06-26 | President And Fellows Of Harvard College | Rna-guided human genome engineering |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
NATURE BIOTECHNOLOGY, vol. 20, JPN6015053064, 2002, pages 473 - 477, ISSN: 0004132563 * |
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2005, VOL.33, NO.18 E162,P.1-7, JPN6019039275, ISSN: 0004298051 * |
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