JP2015534497A - 液状陽イオン交換体としての分枝鎖状脂肪酸 - Google Patents

液状陽イオン交換体としての分枝鎖状脂肪酸 Download PDF

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Abstract

本発明は、有機化合物を含有する水溶液および疎水性有機溶液を準備する工程、その際に後者の疎水性有機溶液は、液状疎水性陽イオン交換体を含み、前記水溶液と前記疎水性有機溶液とを接触させる工程、および前記疎水性有機溶液を前記水溶液から分離する工程を含み、その際に前記液状疎水性陽イオン交換体は、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、その際に前記有機化合物は、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、水溶液から有機化合物を除去する方法に関する。

Description

本発明は、有機化合物を含有する水溶液および疎水性有機溶液を準備する工程、その際に後者の疎水性有機溶液は、液状疎水性陽イオン交換体を含み、前記水溶液と前記疎水性有機溶液とを接触させる工程、および前記疎水性有機溶液を前記水溶液から分離する工程を含み、その際に前記液状疎水性陽イオン交換体は、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、その際に前記有機化合物は、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、水溶液から有機化合物を除去する方法に関する。
かつて化石燃料から合成されていた精製化学薬品を、再生原料から出発してバイオテクノロジー的に製造する際の根本的な問題は、典型的に大容量の水相中に存在する、一度得られた生成物が有機相へと移行することにある。この移行は、一方では、完成した中間生成物または最終生成物を濃縮するため、および任意に有機溶液への後続の反応工程における合成加工を可能にするために実施され、他方では、所望の生成物を取り除くことによって水相中での反応収量を改善するかまたは工業的に満足できる範囲内で反応の進行をそもそも最初に可能にするために実施される。しばしば低濃度で存在する生成物を大容量の水溶液からそのまま熱的に濃縮することは、ふつうは合理的ではない。
混合することのない、水性親水性相と疎水性有機相とを含む平衡状態での二相系における化合物の分布は、それぞれの化合物の物理化学的性質に決定的に依存する。非置換の炭化水素の高い割合または非置換の炭化水素だけからなる高い割合を有する化合物がとりわけ疎水性相中で増加する一方で、極性基、例えばヘテロ原子を含む官能基の高い割合を有する化合物およびとりわけ電荷を有する化合物は、主に水相中に存在するか、または実際に水相中にだけに存在し、このことは、有機相への移行を困難にする。
平衡状態の調節後の記載された二相系における化合物の分配は、しばしば、例えばネルンストの式
α=C相1/C相2
に従って、分配係数を用いて記載される。特殊な分配係数は、Kow、P値とも呼称される、であり、これは、オクタノール相と水相との間の化合物の分配平衡を特徴付ける:
ow=P=Cオクタノール/C
高い工業的需要があった、水溶液中で生理的pHで正電荷を有する有機化合物の例は、12−アミノラウリン酸(ALS)およびその誘導体、殊にそのメチルエステル(ALSME)である。ALSは、ポリマーを製造する際の重要な出発生成物である。従来、ALSは、化石原料から出発して、ブタジエンを三量体化し、引き続き水素化してシクロドデカンを形成させ、引き続き酸化してシクロドデカノンとし、ヒドロキシラウリンと反応させ、かつ引き続きベックマン転位により合成されるラウリンラクタムにより、低い収量を有するプロセスにおいて製造される。ALSまたはALSMEをバイオテクノロジーにより製造する、大いに期待される手段は、ドイツ連邦共和国特許第10200710060705号明細書中に記載されている。
前記技術水準は、物質代謝活性細胞を含む水性反応混合物と有機溶剤を含む有機相と接触させることによる、正電荷を有する化合物の取得を教示している。すなわち、例えばドイツ連邦共和国特許第10200710060705号明細書には、水性反応混合物から酢酸エチルエステルとともに振出することによって、生成物であるALSMEを取得することが記載されている。Asanoら(2008)は、ALS合成酵素を含む反応水溶液からトルエンとともにALSを抽出することを開示している(Asano,Y.,Fukuta,y.,Yoshida,Y.,and Komeda,H.(2008):The Screening,Characterisation,and Use of ω−Laurolactam Hydrolase:A New Enzymatic Synthesis of 12−Aminolauric Acid,Biosc.Biotechn.Biochem.,72(8),2141−2150)。
したがって、本発明は、正電荷を有する有機化合物、特に少なくとも1個の正電荷を有するω−アミノカルボン酸を、水性反応混合物から除去する方法を開発するという課題に基づくものであり、その際に反応混合物と抽出剤として使用される疎水性有機相との間の分配平衡の可能なかぎり有利な状態が望ましく、すなわち前記分配平衡は、可能なかぎり広く疎水性有機相の側に存在すべきである。
本発明の基礎となるさらなる課題は、少なくとも1個の正電荷を有する有機化合物、特にω−アミノカルボン酸を、物質代謝活性細胞を含む水溶液から、抽出剤としての疎水性有機相を使用して除去する方法を開発することにあり、この抽出剤の場合、前記分配平衡は、可能なかぎり広く疎水性有機相の側に存在する。
本発明の基礎となるさらなる課題は、少なくとも1個の正電荷を有する有機化合物、特にω−アミノカルボン酸を、水溶液から、抽出剤としての疎水性有機溶液であって、バイオテクノロジー的に該当する微生物、殊に大腸菌の成長を可能なかぎりほとんど損なわないかまたは遅くし、および/またはその際に、分配能を有する細胞および/または生存能を有する細胞および/または呼吸活性細胞および/または物質代謝活性細胞および合成活性細胞の数を可能なかぎりほとんど減少させない前記疎水性有機溶液を使用して除去する方法を開発することにある。
本発明の基礎となるさらなる課題は、少なくとも1個の正電荷を有する有機化合物、特にω−アミノカルボン酸を、水溶液から、抽出剤としての疎水性有機溶液を使用して除去する方法を開発することにあり、この抽出剤の場合、特に液状疎水性陽イオン交換体の不変の含量、または疎水性有機溶液の再取得後の陽イオン交換体の純度の点における、持続性および/または再取得可能性は、可能なかぎり良好である。
最後に、本発明の基礎となるさらなる課題は、少なくとも1個の正電荷を有する有機化合物、特にω−アミノカルボン酸を、物質代謝活性細胞を含む水溶液から、抽出剤としての疎水性有機相を使用して除去する方法を見出すことにあり、この抽出剤の場合、全収量またはより迅速な経過の点における、基礎となるバイオテクノロジー的合成方法の収量、全変換率および迅速な実施可能性にとって決定的な性質の全て、殊に物質代謝活性細胞に対する有機相の毒性および有機抽出剤中への化合物の吸収率が最適化されているか、または、連続的プロセスの場合、特に、少なくとも1個の正電荷を有する有機化合物が、物質代謝活性細胞の触媒活性に関与して合成される、合成方法の生成物または中間生成物である場合には、物質代謝活性細胞の可能なかぎり長い使用可能性が最適化されている。
前記課題およびさらなる課題は、本出願の対象によって解決され、および殊に従属請求項の対象によっても解決され、その際に実施態様は、従属請求項から判明する。
第1の視点において、本発明の基礎となる問題は、工程
a)有機化合物を含有する水溶液および疎水性有機溶液を準備する工程、その際に後者の疎水性有機溶液は、液状疎水性陽イオン交換体を含み、
b)前記水溶液と前記疎水性有機溶液とを接触させる工程、および
c)前記疎水性有機溶液を前記水溶液から分離する工程
を含み、
その際に前記液状疎水性陽イオン交換体は、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、
その際に前記有機化合物は、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、水溶液から有機化合物を除去する方法によって解決される。
第1の視点の第1の実施態様において、前記問題は、有機化合物が、式
NR23+−A−COOR1 (I)または
NR23+−A−NR45+ (II)
〔式中、R1は、水素、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルまたは負電荷であり、
Aは、有利に非置換でありかつ直鎖状である、少なくとも3個、有利に少なくとも6個、特に有利に8個の炭素原子を有するアルキレン基であり、および
2、R3、R4およびR5は、それぞれ、互いに独立して、水素、メチル、エチルおよびプロピルを含む群から選択されている〕の化合物である方法によって解決される。
第1の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第2の実施態様において、前記問題は、工程b)での水溶液中のpH値が6〜8、有利に6.2〜7.2である方法によって解決される。
第1ないし第2の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第3の実施態様において、前記問題は、工程b)での液状陽イオン交換体対有機化合物の物質量比率が少なくとも1である方法によって解決される。
第1ないし第3の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第4の実施態様において、前記問題は、有機溶液対水溶液の容量比が1:10〜10:1である方法によって解決される。
第1ないし第4の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第5の実施態様において、前記問題は、液状陽イオン交換体が式(H3C)2CH−(CH2n−COOHの分枝鎖状脂肪酸またはその非プロトン化された形であり、かつnが少なくとも4、有利に少なくとも8でありかつ最も有利には14である方法によって解決される。
第1ないし第5の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第6の実施態様において、前記問題は、液状陽イオン交換体が有利に全体で少なくとも12個の炭素原子を含む、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸である方法によって解決される。
第1ないし第6の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第7の実施態様において、前記問題は、前記水溶液がさらに物質代謝活性細胞を含む方法によって解決される。
第1ないし第7の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第8の実施態様において、前記問題は、前記有機化合物が細胞、有利に細菌細胞に対して毒性の化合物である方法によって解決される。
第1ないし第8の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第9の実施態様において、前記問題は、前記有機溶液が少なくとも1つの有機溶剤、有利に脂肪酸および/または脂肪酸エステルを含有する方法によって解決される。
第1ないし第9の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第1の視点の第10の実施態様において、前記問題は、前記疎水性有機溶液が液状疎水性陽イオン交換体を20〜80%、有利に25〜75%の容量割合で含有する方法によって解決される。
第1ないし第10の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第11の実施態様において、前記有機化合物は、ブタンジアミン、1,5−ペンタンジアミン、1,6−ヘキサンジアミン、1,8−オクタンジアミン、1,14−テトラデカンジアミン、1,18−オクタデカンジアミン、2−メチル−1,5−ジアミノペンタン、2,2−ジメチル−1,5−ジアミノペンタン、4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’−ジメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’,5,5’−テトラメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、m−キシリレンジアミンまたはp−キシリレンジアミン、2.2.4−トリメチルヘキサメチレンジアミンまたは2.4.4−トリメチルヘキサメチレンジアミン、1.4−ジアミノシクロヘキサン、4.4’−ジアミノジシクロヘキシルプロパン、イソホロンジアミン、メタキシリレンジアミンおよびパラキシリレンジアミンを含む群から選択されたジアミンである。
第1ないし第11の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第12の実施態様において、工程b)での温度は、28〜70℃、有利に30〜37℃である。
第2の視点において、本発明の基礎となる問題は、有機化合物を含有する水溶液と疎水性有機溶液とを含む反応混合物であって、
前記疎水性有機溶液が、液状疎水性陽イオン交換体を含み、
前記液状疎水性陽イオン交換体が、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、および
前記有機化合物が、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、前記反応混合物によって解決される。
第2の視点の第1の実施態様において、前記問題は、有機化合物が式
NR23+−A−COOR1 (I)または
NR23+−A−NR45+ (II)
〔式中、R1は、水素、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルまたは負電荷であり、
Aは、有利に非置換でありかつ直鎖状である、少なくとも3個、有利に少なくとも6個、特に有利に8個の炭素原子を有するアルキレン基であり、および
2、R3、R4およびR5は、それぞれ、互いに独立して、水素、メチル、エチルおよびプロピルを含む群から選択されている〕の化合物である、反応混合物によって解決される。
第1の視点の第1の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第2の実施態様において、前記問題は、前記液状疎水性陽イオン交換体が式(H3C)2CH−(CH2n−COOHの分枝鎖状脂肪酸またはその非プロトン化された形であり、かつnが少なくとも4、有利に少なくとも8でありかつ最も有利には14である反応混合物によって解決される。
第1の視点の第1ないし第2の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第3の実施態様において、前記液状陽イオン交換体は、有利に全体で少なくとも12個の炭素原子を含む、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸である。
第1の視点の第1ないし第3の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第4の実施態様において、前記水溶液は、さらに物質代謝活性細胞を含む。
第2の視点の第1ないし第4の実施態様の1つの実施態様にもかかわる、第2の視点の第5の実施態様において、前記有機化合物は、ブタンジアミン、1,5−ペンタンジアミン、1,6−ヘキサンジアミン、1,8−オクタンジアミン、1,14−テトラデカンジアミン、1,18−オクタデカンジアミン、2−メチル−1,5−ジアミノペンタン、2,2−ジメチル−1,5−ジアミノペンタン、4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’−ジメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’,5,5’−テトラメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、m−キシリレンジアミンまたはp−キシリレンジアミン、2.2.4−トリメチルヘキサメチレンジアミンまたは2.4.4−トリメチルヘキサメチレンジアミン、1.4−ジアミノシクロヘキサン、4.4’−ジアミノジシクロヘキシルプロパン、イソホロンジアミン、メタキシリレンジアミンおよびパラキシリレンジアミンを含む群から選択されたジアミンである。
第2の視点のさらなる実施態様は、本発明の第1の視点の全ての実施態様を含む。
本発明の発明者らは、正電荷を有する有機溶液が少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸である液状陽イオン交換体を含む場合に、正電荷を有する有機化合物を水溶液から疎水性有機溶液中へ除去する効率が意外にも上昇しうることを見出した。何らかの理論と関連させるつもりはなく、本発明の発明者らは、液状陽イオン交換体の単数の負電荷または複数の負電荷が有機化合物の単数の正電荷または複数の正電荷とイオン的に相互作用し、かつこの相互作用が有機相の可溶性を高める、少なくとも1個の正電荷のマスキングを生じるものと推測している。
本発明は、有利に疎水性有機溶液中に有機化合物を蓄積しながら、正電荷を有する有機化合物を水溶液から除去するための、液状疎水性陽イオン交換体としての少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸の使用に関するものでもあった。好ましい実施態様において、“少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸”の概念とは、アルキル鎖からの少なくとも1個の水素原子が式−(CH2m−Hのアルキル置換基と交換されている、式CH3−(CH2n−COOHのアルカン酸またはその非プロトン化された形であると解釈され、上記式中、nおよびmは、そのつど、互いに独立して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30であってよい。好ましい実施態様において、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸は、イソステアリン酸、イソパルミチン酸、イソミリスチン酸、フィタン酸、2−ヘキシルデカン酸、2−ブチルオクタン酸、15−メチルヘキサデカン酸、13−メチルテトラデカン酸を含む群からの化合物である。特に好ましい実施態様において、アルキル鎖中の終わりから2番目の炭素原子は、特に有利にメチル基で置換されている。本発明によれば、明らかに、少なくとも1個のアルキル置換基を有する、さまざまな飽和アルカン酸と任意に、構造的に後者とは異なる、さらなる液状疎水性陽イオン交換体との混合物も使用可能である。
好ましい実施態様において、液状陽イオン交換体は、環式置換基以外のものだけを含む分枝鎖状脂肪酸であり、すなわち、分子は、直鎖状であり、すなわち、環状構造を含まない。
本願においていかに全ての化合物とはいえ、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸は、好ましい実施態様において、同じ程度に、前記化合物の非プロトン化された形、部分的にプロトン化された形および全体的にプロトン化された形を含む。
本発明による教示は、正電荷および正の正味の電荷量またはゼロの正味の電荷量を有する、構造的に多種多様な有機化合物を水溶液から除去するために適している。好ましい実施態様において、有機化合物は、式
NR23+−A−COOR1 (I)または
NR23+−A−NR45+ (II)
〔式中、R1は、水素、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルまたは負電荷であり、
Aは、有利に非置換でありかつ直鎖状である、少なくとも3個、有利に少なくとも6個、特に有利に8個の炭素原子を有するアルキレン基である〕の化合物である。Aは、式(II)において記載された2個の置換基で少なくとも置換されている、分枝鎖状または非分枝鎖状の、直鎖状または環式のアルカンまたは芳香族化合物もしくはヘテロ芳香族化合物であることができる。特に好ましい実施態様において、有機化合物は、式IIの化合物であり、かつAは、式−(CH2n−のアルキレン鎖であり、上記式中、nは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39または40であり、さらに、特に好ましくは、R2=R3=R4=R5=R6=R7=Hであり、かつR2、R3、R4およびR5は、そのつど、互いに独立して、水素、メチル、エチルおよびプロピルを含む群から選択されている。好ましい実施態様において、前記有機化合物は、アミノラウリン酸またはそのエステル、好ましくは、そのメチルエステルである。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“液状陽イオン交換体”の概念は、室温で液状の疎水性有機溶剤中で可溶性の化合物を意味し、この化合物は、アルカン酸のカルボキシレート基上に少なくとも部分的に存在する負電荷のために、少なくとも一時的に少なくとも1個の陽イオンとのイオン間相互作用を構成する状態にある。
有機化合物が除去される水溶液は、水を含有する緩衝溶液であるか、または水をなお有利に優勢な溶剤として含有する水性培養媒体である。例えば、水溶液中での水の溶剤割合は、10容量%を上回り、20容量%を上回り、30容量%を上回り、40容量%を上回り、50容量%を上回り、60容量%を上回り、70容量%を上回り、80容量%を上回り、90容量%を上回り、95容量%を上回り、99容量%を上回り、または100容量%である。当業者には、細胞、殊にバイオテクノロジー的に重要な細胞の維持または培養に適している、数多くの水性緩衝液である培養培地が公知である。その中には、一定の完全培地、例えばLB培地、最少培地、例えばM9培地、複合体成分、例えば酵母エキスまたはペプトンを有する最少培地、前記培地ならびに選択的培地、例えば高い塩濃縮物を含み、したがって、好塩性微生物または少なくとも耐塩性の微生物の成長を可能にする当該培地からなる組合せが含まれる。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“水性培養培地”の概念とは、水性の反応培地であると解釈され、この反応培地は、全ての関連ファクター、殊にpH値、塩含量および温度に関して、その中に含まれる細胞、有利に微生物の生存能力を保持するかまたは促進させかつ水性培養媒体ならびに疎水性有機相を液状の形で存在させる性質を有する。さまざまなバイオテクノロジー的に重要な細胞の要求温度は、微生物学の教科書および分子生物学の教科書から確認されうる。例えば、Fuchs/Schlegel(2007)Allgemeine Mikrobiologie,2008,Georg Theime Verlag。好ましい実施態様において、接触時点での水性培養培地のpH値は、4〜9、有利に4.5〜8.5、最も有利に6.2〜7.2である。好ましい実施態様において、水性培養培地のpH値は、工程b)の際に、少なくとも0.5時間、有利に少なくとも2時間、さらに有利に少なくとも6時間、最も有利に少なくとも12時間、pH4〜9、有利に4.5〜8.5、最も有利に6.2〜7.2の範囲内に保持される。当業者には、水溶液のpH値、殊にまた、物質代謝活性細胞およびその培養に必要とされる培地を含む水溶液のpH値を、酸または塩基、例えば硫酸またはアンモニア水の添加によって、どのように調節かつ制御しうるかは、技術水準から公知である。さらなる好ましい実施態様において、温度は、0〜45℃、有利に15〜40℃、最も有利に20〜37℃である。
本発明の好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“接触”の概念は、二相が直接に、殊に物理的バリヤー、例えば膜の中間接続なしに、互いにさらされることであると解釈される。接触は、最も簡単な場合に、二相が同じ容器内に供給されかつ適当なやり方で、例えば攪拌によって互いに混合されることによって行なわれる。もちろん、確かなことは、本発明による教示の実施には、二相系が存在することは考えられうるが、しかし、全く不要であることである。むしろ、前記水溶液と疎水性有機溶液との全体を、例えば攪拌によって、良好に、できるだけ連続的に十分に混合し、有機溶液を水溶液から除去することが有利である。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“電荷を有する”の概念は、こうして特性決定された化合物がpH0〜14、有利に2〜12、2〜6、8〜12、3〜10、6〜8で、最も有利にpH7で水溶液中の適当な官能基に対して相応する電荷、例えばアンモニア基に対して正電荷を有することを意味する。好ましい実施態様において、前記電荷は、持続的に存在する電荷である。さらなる好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“電荷を有する”の概念は、相応する官能基または化合物の大部分、すなわち少なくとも50%、有利に90%、さらに有利に99%がpH7で相応する電荷をともなって存在することを意味する。例えば、エタノールアミンの分子は、pH0で電荷を有する。これは、プロトン化されたアンモニウム基である。これに反して、好ましい実施態様において、化合物の“全電荷”の概念は、pH0〜14、有利に2〜12、2〜6、8〜12、3〜10、6〜8、最も有利にpH7での化合物に対する全電荷の総和を意味する。例えば、水溶液中の化合物グリシンは、pH6で2個の電荷、すなわちカルボキシ官能基に対して負電荷およびプロトン化されたアミノ基に対して正電荷を有し、すなわち全体でゼロの正味の電荷量を有する。
本発明の好ましい実施態様において、“含有する(enthaltend)”の概念は、“含む(umfassend)”を意味し、すなわち最終的なことと解釈すべきではない。この意味において、Aを含有する混合物は、Aの他にさらなる成分を有することができる。“1個以上の電荷”の文言は、相応する性質の少なくとも1個の電荷を意味する。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“疎水性”の概念とは、水相の存在下で、かつ平衡状態で、すなわち殊に反作用する手段、例えば攪拌の不在下で、前記水相とは明らかに境界を定めた、固有の液相を形成する、液体の能力であると解釈される。後者の固有の液相は、関連のある液相であるかまたは乳濁液であることができる。さらなる好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“疎水性”の概念で、本質的に水中で溶解しないという、化合物の性質が理解される。最終的に、本明細書中で使用される、さらなる好ましい実施態様における概念は、このように示された化合物がP値(J.Sangster,Octanol−Water Partition Coefficients:Fundamentals and Physical Chemistry,Vol.2 of Wiley Series in Solution Chemistry,John Wiley & Sons,Chichester,1997)を示し、その十進法の対数が0を上回り、有利に0.5を上回り、さらに有利に1を上回り、最も有利に2を上回ることであると解釈される。好ましくは、有機溶剤が含まれるが、しかし、これは、室温で液状の置換および非置換のアルカン、シクロアルカン、シクロアルケン、アリール、脂肪酸、脂肪酸エステル、アルコール、ヘテロシクロアルカン、ヘテロシクロアルケンおよびヘテロアリールを含む群からの溶剤に制限されるものではない。前記疎水性有機溶液は、1つを上回る疎水性有機溶剤を含む混合物であってもよい。
本発明のさらなる実施態様において、液状イオン交換体は、物質代謝活性細胞、特にバイオテクノロジー的に該当する微生物に対して毒性ではないか、またはただ適度に毒性である、本明細書中で使用される、“毒性”の概念とは、本発明の好ましい実施態様において、相応する微生物と接触した際に該微生物の成長速度を低下させ、該微生物の物質代謝活性を低下させ、該微生物のエネルギー消費量を上昇させ、成長能を有する細胞の光学的密度または数を低下させ、バイオテクノロジー的物質代謝活性または生産性を減少させるかまたは抑制させ、および/または直接に死滅および崩壊をまねく、化合物の性質であると解釈される。好ましい実施態様において、毒性化合物の際の少なくとも1つの前記作用は、既に、僅かな濃度において、とりわけ1000mg/l、有利に100mg/l、さらに有利に50または25mg/l、最も有利に5mg/lの濃度で達成される。当業者には、数多くの日常的に使用可能な方法が公知であり、この方法を用いて、毒性は、検査されうる。このために、例えば、O2電極または排ガス分析による相応する微生物の呼吸の測定または微生物試料の比較平板培養および引き続く、コロニー形成単位(cfu)数の測定が挙げられる。好ましい実施態様において、“適度な毒性作用”とは、成長段階において存在する微生物が前記化合物の存在下でさらに成長し、および/または物質代謝活性であるが、しかし、同じ条件下で相応する化合物の不在下でインキュベートされる対照の場合よりも僅かに物質代謝活性であり、および/または延長された遅延期(Lag−Phase)を有する。
水溶液および有機溶液との接触は、適当な条件下で、殊に、水相から有機相への有機化合物の十分な移行にとって十分である時間に亘って行なわれるが、理想的には、むしろ、相応する平衡状態の調節のために行なわれる。前記時間および前記条件は、当業者によれば、日常的な実験の範囲内で定められうる。好ましい実施態様において、工程b)は、少なくとも0.25時間、0.5時間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは48時間または当該時間よりも長く継続される。本発明を実施するために考えられうる方法についてのさらなる記載は、欧州特許第11154707号明細書中に記載されている。
工程b)の場合の温度は、液状陽イオン交換体の性質に依存するだけでなく、殊に水溶液および有機溶液との接触が進行する反応の際に水相中で行なわれる場合には、水相中で行なわれる任意の反応の温度要件にも依存する。殊に、物質代謝活性細胞が水相中で触媒活性である場合には、温度は、前記活性を保持するために適していなければならない。好ましい実施態様において、工程b)での温度は、0〜100℃、有利に20〜80℃、28〜70℃、30〜37℃、35〜40℃である。
また、工程b)でのpH値は、任意に生じうる、同時に進行する反応の要件、液状イオン交換体の相への、溶解された有機化合物の物質移行の要件、反応体、生成物、中間生成物または薬剤の安定性の要件を考慮しなければならない。好ましい実施態様において、pH値は、3〜8、有利に6〜8、さらに有利に6.2〜7.2である。任意に、水溶液中でのpH値を一定に保持するか、または他の方法で制御もしくは調整し、ひいては調整剤(例えば、アンモニア水/アンモニアガス、硫酸等)を供給することは、必要なことである。
有機化合物を水相からできるだけ完全に有機相へ移行するために、十分な量の液状疎水性陽イオン交換体が必要とされる。本発明の好ましい実施態様において、液状陽イオン交換体対有機化合物の物質量比率は、前記反応の全経過にわたる連続的なプロセスをまとめた、少なくとも1つの工程で、少なくとも1であり、すなわち有機化合物の1分子当たり、液状疎水性陽イオン交換体の少なくとも1個の分子が使用される。さらに好ましい実施態様において、前記比率は、2を上回り、3を上回り、5を上回り、10を上回り、15を上回り、あるいは20を上回り、好ましくは、1,5〜3である。
有機溶液対水溶液の容量比は、陽イオン交換体/有機化合物の物質量比と一緒に、効率的な方法にとって重要である。特別な実施態様において、前記容量比は、100:1〜1:100、有利に20:1〜1:20、さらに有利に10:1〜1:10、4:1〜1:4、3:1〜1:3または最も有利に1:2〜2:1である。
さらに、液状疎水性陽イオン交換体とともに、前記疎水性有機相は、疎水性溶剤を含有することができる。このことは、疎水性相中での液状疎水性陽イオン交換体の吸収能力を高めかつ望ましくない挙動、例えば凝結を防止するために利用されうる。好ましい実施態様において、溶剤は、水溶液中で進行する反応の反応体であり、最も好ましくは、水溶液中で進行する酵素触媒反応の基質である。好ましい実施態様において、前記溶剤は、脂肪酸エステルである。特に好ましい実施態様において、溶剤は、脂肪酸エステルであり、好ましくは、液状疎水性陽イオン交換体として利用される脂肪酸の、脂肪酸メチルエステルである。1つを上回る溶剤と疎水性有機溶液としての、1つまたは1つを上回る液状疎水性陽イオン交換体との混合物が使用されもよい。
存在する限り、疎水性有機相に対する溶剤の割合は、好ましい実施態様において、1〜99容量%(Vol.-%)である。好ましい実施態様において、溶剤の割合は、10〜90容量%、さらに有利に20〜80容量%、最も有利に25〜75容量%である。
好ましい実施態様において、前記物質代謝活性細胞は、式(I)または(II)の化合物を製造するための酵素を備えておりかつその中の少なくとも1つ、有利に全てを過剰発現する組換え細胞である。式(I)または(II)の有機化合物の製造に使用されうる、適した酵素、殊にアルカンヒドロキシラーゼ、AlkL、トランスアミナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼおよびアラニンデヒドロゲナーゼは、技術水準において、例えばドイツ連邦共和国特許第10200710060705号明細書、欧州特許第11004029号明細書またはPCT/EP2011/053834中に記載されている。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“物質代謝活性細胞”の概念とは、物質代謝活性を有するリビング細胞、有利に興味を引く産生物のバイオテクノロジー的製造に関連する酵素を活性形で発現するかまたはさらに有利に過剰発現する細胞であると解釈される。前記細胞は、古細菌を含めて原核であるか、または真核生物であり、原核の場合には、有利にシュードモナス属(Pseudomonas)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium)および大腸菌属(Escherichia)を含む属の群からの細胞である。さらに好ましい実施態様において、前記細胞は、細菌細胞であり、さらに好ましくは、グラム陰性細菌細胞であり、最も好ましくは、大腸菌(E.coli)である。さらに好ましい実施態様において、前記細胞は、真核細胞であり、好ましくは、真菌類細胞であり、さらに好ましくは、酵母細胞であり、最も好ましくは、サッカロミケス属(Saccharomyces)またはカンジダ菌(Candida)、ピチア属(Pichia)、殊にカンジダ−トロピカリス(Candida tropicalis)である。好ましい実施態様において、分化された細胞を含む組織を有する多細胞生物の形でその生活の大部分を過ごす高級真核生物と対照的に、本明細書中で使用される、“低級真核生物”の概念は、その存在の全ての段階において単細胞真核生物である。“細胞”の概念は、特別な実施態様において、本願では“微生物”の概念と同じ意味をもちかつ交換して使用しうる。さらに、細胞は、孤立細胞、またはさまざまな細胞の混合物であることができる。
本方法は、脂肪酸またはそのエステルを最初に酸化し、かつ引き続きアミノ化する目的で使用されうる。そのために、例えば、国際特許出願WO 2009/077461中に記載されている酵素系が適している。この場合に、物質代謝活性細胞は、組換えアルカンヒドロキシラーゼおよびトランスアミナーゼ、有利にはさらにアルコールデヒドロゲナーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼおよびラクタムヒドロラーゼを含む群からの少なくとも1つの酵素を有する細胞である。
好ましい実施態様において、アルカンヒドロキシラーゼは、AlkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼである。AlkBは、そのヒドロキシラーゼ活性について知られているシュードモナス・プチダ(Pseudmonas putida)由来のAlkBGT系からの酸化還元酵素である。前記酸化還元酵素は、2つのさらなるポリペプチド、AlkGおよびAlkTに依存し、これらは、有利に共発現される。AlkTは、FAD依存性ルブレドキシン還元酵素として特徴付けられており、それは、電子をNADHからAlkGへと伝える。AlkGは、ルブレドキシンという含鉄のレドックスタンパク質であり、該タンパク質は、AlkBのために直接的な電子供与体として機能する。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”の概念とは、膜局在型のアルカンモノオキシダーゼであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”の同じ概念とは、シュードモナス・プチダ Gpo1(Pseudmonas putida Gpo1)(データーバンクコード:CAB54050.1)由来のAlkの配列に対して、有利に少なくとも75、80、85、90、92、94、96、98または99%増大する相同配列を有するポリペプチドであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、前記概念とは、チトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”5の概念とは、少なくとも1つのルブレドキシンまたはホモロゴン(Homologon)を電子供与体として使用するチトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈される。特に好ましい実施態様において、前記概念とは、電子供与体として少なくともAlkG(CAB54052.1)、有利にはAlkGとレダクターゼAlkT(CAB54063.1)との組合せを必要とする、シュードモナス・プチダ Gpo1(Pseudmonas putida Gpo1)由来のAlkBの配列に対して、有利に少なくとも60、70、80、80、85、90、92、94、96、98または99%増大する、膜局在型のチトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈され、その際に、alkGおよび/またはalkTは、それぞれのポリペプチドのホモロゴン(Homologon)であることができる。本明細書中に使用される、“配列”の概念は、ポリペプチドのアミノ酸配列および/またはそれをコードする核酸配列に関連しうる。さらなる好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”は、チトクローム非依存性酸化還元酵素、すなわちチトクロームを補因子として含まない酸化還元酵素である。本願において記載される全てのデーターバンクコードは、2012年8月1日付けのオンラインで直ちに使用可能なバージョンのNCBIデーターバンクのコードである。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“アルコールデヒドロゲナーゼ”の概念とは、アルデヒドまたはケトンを相応する第一級アルコールまたは第二級アルコールへと還元する酵素であると解釈される。例は、ラルストニア・ユートロファ(Ralstonia eutropha)(ACB78191.1)、馬の肝臓由来の、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)(YP_795183.1)、ラクトバチルス・ケフィリ(Lactobacillus kefiri)(ACF95832.1)、パラコックス・パントトロフス(Paracoccus pantotrophus)(ACB78182.1)およびスフィンゴビウム・ヤノイクヤエ(Sphingobium yanoikuyae)(EU427523.1)ならびにこれらのそれぞれの変種を含む。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“トランスアミナーゼ”の概念とは、受容体分子、有利にα−ケトカルボン酸への供与体、有利にアミノ酸のアミノ基の転移を触媒する酵素であると解釈される。例えば、クロモバクテリウム・ビオラセウム(Chromobacterium violaceum) ATCC 12472(データーバンクコードNP_901695)のトランスアミナーゼが使用されうる。
好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“アラニンデヒドロゲナーゼ”の概念とは、ピルバート、アンモニアおよびNADHへの水およびNAD+を使用するL−アラニンの変換を触媒する酵素であると解釈される。例えば、バチルス・ズブチリス(Bacillus subtilis)(データーバンクコード L20916)、リゾビウム・レグミノサルム(Rhizobium leguminosarum)(データーバンクコードCP001622)、ビブリオ・プロテオリチクス(Vibrio proteolytikus)(データーバンクコード AF070716)、マイコバクテリウム・ツベルクローシス(Mycobacterium tuberculosis)(データーバンクコード X63069)、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)(データーバンクコード AB013821)が使用されうる。
好ましい実施態様において、アルカンヒドロキシラーゼは、AlkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼである。AlkBは、そのヒドロキシラーゼ活性について知られているシュードモナス・プチダ(Pseudmonas putida)由来のAlkBGT系からの酸化還元酵素である。前記酸化還元酵素は、2つのさらなるポリペプチド、AlkGおよびAlkTに依存し、これらは、有利に共発現される。AlkTは、FAD依存性ルブレドキシン還元酵素として特徴付けられており、それは、電子をNADHからAlkGへと伝える。AlkGは、ルブレドキシンという含鉄のレドックスタンパク質であり、該タンパク質は、AlkBのために直接的な電子供与体として機能する。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”の概念とは、膜局在型のアルカンモノオキシダーゼであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”の同じ概念とは、シュードモナス・プチダ Gpo1(Pseudmonas putida Gpo1)(データーバンクコード:CAB54050.1)由来のAlkの配列に対して、有利に少なくとも75、80、85、90、92、94、96、98または99%増大する相同配列を有するポリペプチドであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、前記概念とは、チトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈される。さらなる好ましい実施態様において、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”5の概念とは、少なくとも1つのルブレドキシンまたはホモロゴン(Homologon)を電子供与体として使用するチトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈される。特に好ましい実施態様において、前記概念とは、電子供与体として少なくともAlkG(CAB54052.1)、有利にはAlkGとレダクターゼAlkT(CAB54063.1)との組合せを必要とする、シュードモナス・プチダ Gpo1(Pseudmonas putida Gpo1)由来のAlkBの配列に対して、有利に少なくとも60、70、80、80、85、90、92、94、96、98または99%増大する、膜局在型のチトクローム非依存性モノオキシゲナーゼであると解釈され、その際に、alkGおよび/またはalkTは、それぞれのポリペプチドのホモロゴン(Homologon)であることができる。本明細書中に使用される、“配列”の概念は、ポリペプチドのアミノ酸配列および/またはそれをコードする核酸配列に関連しうる。さらなる好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“alkBタイプのアルカンヒドロキシラーゼ”は、チトクローム非依存性酸化還元酵素、すなわちチトクロームを補因子として含まない酸化還元酵素である。
さらなる好ましい実施態様において、アルカンヒドロキシラーゼは、CYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼである。好ましい実施態様において、“CYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼ”の概念は、サイトゾルオキシダーゼであると解釈され、これは、3成分系の一部であり、この3成分系は、さらにフェレドキシンおよびフェレドキシンレダクターゼを含み、アルカン結合箇所およびアルカンをヒドロキシル化する能力を有する。特に好ましい実施態様においては、少なくとも80%、有利に90%、最も有利に95%または99%がアルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691921)からのCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼに対する相同配列を有する酵素にかかわることであるか、または少なくとも80%、有利に90%、最も有利に95%または99%がアルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691921)からのCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼに対する相同配列を有しかつさらにアルカンヒドロキシラーゼ活性を有するポリペプチド配列を含む酵素にかかわることである。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“アルカンヒドロキシラーゼ活性”の概念とは、少なくとも5個、有利に12個の炭素基を含む、アルカンまたは非置換直鎖状アルキル基のヒドロキシル化を触媒する能力であると解釈することができる。さらなる好ましい実施態様において、“CYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼ”の概念とは、アルカン、少なくとも5個、有利に12個の炭素基を含む非置換直鎖状アルキル基または1回ヒドロキシル化されたアルカンおよびこれらのモチーフがLL(I/L)(V/I)GGNDTTRNであるポリペプチド鎖のための結合箇所を含む、膜に結合していないオキシダーゼであると解釈される。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“CYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼ”は、アルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691921)からのCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼまたは有利にアルカンヒドロキシラーゼ活性を有する変異体である。
還元剤、有利にNADHからの電子をCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼに最適に供給するために、該モノオキシゲナーゼが当該モノオキシゲナーゼと機能的に相互作用するフェレドキシンレダクターゼおよび当該モノオキシゲナーゼと機能的に相互作用するフェレドキシンと一緒に使用されることは、好ましい。これは、隔離された細胞であるか、または物質代謝活性細胞の使用の際に共発現されたポリペプチドであるか、またはCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼと融合したN末端またはC末端ポリペプチドであることができる。フェレドキシンレダクターゼまたはフェレドキシンがCYP153ファミリーの所定のチトクロームP450モノオキシゲナーゼと互いに機能的に相互作用するかどうかは、還元剤が1つのアルカン基質および3つのポリペプチドの存在で酸化されることによって、当業者には簡単に確認することができる。それとは別に、機能的に相互作用するポリペプチドの場合に、反応速度の明らかな上昇を示す、Scheps,D.,Malca,H.,Hoffmann,B.,Nestl,B.M,およびHauer,B.(2011)Org.Biomol.Chem.,9,6727によって記載された酵素試験が使用されうる。特に好ましい実施態様において、CYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼとフェレドキシンとフェレドキシンレダクターゼとは、同じ有機体に由来する。特に好ましい実施態様においては、アルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691923)からのフェレドキシンレダクターゼまたはその変異体、アルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691920)からのフェレドキシンまたはその変異体およびアルカニボラックス・ボルクメンシス(Alcanivorax borkumensis) SK2(データーバンクコード YP_691921)からのCYP153ファミリーのチトクロームP450モノオキシゲナーゼまたはその変異体にかかわることである。
本発明の教示は、本明細書中に記載された生物学的巨大分子の正確なアミノ酸配列または核酸配列を使用して実施されるか、または例えばβ酸化の反応を触媒する酵素をコードする遺伝子のノックアウトによって、本明細書中に記載された生物学的巨大分子の正確なアミノ酸配列または核酸配列に対して、使用されうるだけでなく、1つ以上のアミノ酸または核酸の欠失、付加または置換によって得ることができる、この種の巨大分子の変異体を使用しても実施されるかまたは1つ以上のアミノ酸または核酸の欠失、付加または置換によって得ることができる、この種の巨大分子の変異体に対しても使用されうる。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、核酸配列またはアミノ酸配列の“変異体”、以下、“ホモロゴン(Homologon)”の概念と同じ意味でありかつその概念と交換可能であるものとする、の概念は、相応する元来の野生型の核酸配列またはアミノ酸配列に関連して、ここで同一性と同じ意味で使用される、70%、75%、80%、85%、90%、92%、94%、96%、98%、99%%のホモロジーを意味し、その際に、好ましくは、触媒活性中心を形成するアミノ酸以外のアミノ酸、または構造もしくは折り畳み(Faltung)に対して本質的なアミノ酸が欠失されているまたは置換されており、或いは、後者のアミノ酸は、単に療法的に置換されており、例えばアスパルタートではなくてグルタメートであるかまたはバリンではなくてロイシンである。技術水準には、2個の配列のホモロジーの範囲を計算するために、使用されうるアルゴリズムが記載されている。例えば、Arthur Lesk(2008),Introduction to bioinfomatics,第3版参照。本発明のさらなる好ましい実施態様において、アミノ酸配列または核酸配列の変異体は、好ましくは上記の配列ホモロジーに加えて、本質的に野生型分子の同じ酵素活性または元来の分子の同じ酵素活性を有する。例えば、プロテアーゼとして酵素活性のポリペプチドの変異体は、ポリペプチド酵素と同じタンパク分解活性または本質的に同じタンパク分解活性を有し、すなわちペプチド結合の加水分解を触媒する能力を有する。特別な実施態様において、“本質的に同じ酵素活性”の概念は、野生型ポリペプチドの基質に関連する活性を意味し、この活性は、明らかにバックグランド活性を上回るか、または/および3倍未満、有利に2倍、さらに有利に1倍程度の大きさで、同じ基質に関連して野生型ポリペプチドが有するKM値および/またはkcatと区別される。さらなる好ましい実施態様において、核酸配列またはアミノ酸配列の“変異体”の概念は、核酸配列またはアミノ酸配列の少なくとも1つの活性部分/または活性断片を含む。さらなる好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“活性部分”の概念は、アミノ酸配列の全長よりも短い長さを有するかまたはアミノ酸配列の全長よりも短い長さをコードする、アミノ酸配列または核酸配列を意味し、その際に野生型アミノ酸配列よりも短い長さを有する、アミノ酸配列またはコードしたアミノ酸配列は、本質的に野生型ポリペプチドまたはその変異体と同じ酵素活性を、例えば脂肪酸インポーターとして、エノイルCoAヒドラターゼもしくはFadEとして、またはアセチルCoAアシルトランスフェラーゼもしくはFadBとして有する。特別な実施態様において、核酸の“変異体”の概念は、その相補鎖が、有利にストリンジェントな条件下で、野生型核酸に結合する核酸を含む。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェントは、当業者により簡単に測定可能であり、かつ一般に、プローブの長さ、洗浄の際の温度および塩濃度に依存する。一般に、より長いプローブは、ハイブリダイゼーションのためにより高い温度を必要とし、他方、より短いプローブは、低い温度で十分である。ハイブリダイゼーションが行なわれるかどうかは、一般に、その周囲に、しかも溶融温度未満で存在する相補鎖にアネレートする、変性DNAの能力に依存する。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェントおよび相応する条件は、Ausubel et al.1995において詳細に記載されている。ハイブリダイゼーションによりDNA配列を同定するための手引きは、当業者にとって、とりわけ、Boehringer Mannheim GmbH社(Mannheim在、ドイツ国、1993)のマニュアル“The DIG System Users Guide for Filter Hybridization”およびLiebl et al.(Internationa Journal of Systematic Bacteriology 41:255−260(1991))中に見出せる。前記ハイブリダイゼーションは、好ましい実施態様において、ストリンジェントな条件下で行なわれ、すなわち、プローブおよび目的配列、すなわちプローブで処理されたポリヌクレオチドが少なくとも70%同定されているハイブリッドだけが形成される。洗浄工程を含めてハイブリダイゼーションのストリンジェントが緩衝液の組成、温度および塩濃度の変化によって影響を受けるかまたは定められることは、公知である。前記ハイブリダイゼーション反応は、一般に、洗浄工程に比べて比較的低ストリンジェントで実施される(Hybaid Hybridisation Guide,Hybaid Limited社,Teddington在,英国,1996)。前記ハイブリダイゼーション反応には、例えば5×SSC緩衝液に相応する緩衝液が約50℃〜68℃の温度で使用されうる。その際に、プローブは、70%未満がプローブの配列との同一性を有するポリヌクレオチドとハイブリダイゼーション反応されてもよい。当該ハイブリッドは、あまり安定性ではなく、かつストリンジェントな条件下での洗浄によって除去される。このことは、例えば塩濃度を2×SSCに減少させかつ任意に続けて0.5×SSCに減少させること(The DIG System User’s Guide for Filter Hybridisation,Boehringer Mannheim在,ドイツ国,1995)によって達成されることができ、その際に順を追うごとにますます好ましくなる温度は、約50℃〜68℃、約52℃〜68℃、約54℃〜68℃、約56℃〜68℃、約58℃〜68℃、約60℃〜68℃、約62℃〜68℃、約64℃〜68℃、約66℃〜68℃へと調節される。約64℃〜68℃または約66℃〜68℃の温度範囲は、好ましい。任意に、前記塩濃度を0.2×SSCまたは0.1×SSCに相応する濃度にまで減少させることができる。ハイブリダイゼーション温度を約1〜2℃の歩幅で50℃から68℃へと段階的に高めることにより、例えば順を追うごとにますます好ましくなる、使用された核酸分子の配列に対して、少なくとも70%または少なくとも80%または少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%または少なくとも99%の同一性を有するポリヌクレオチド断片が隔離されうる。ハイブリダイゼーションのためのさらなる手引きは、いわゆるキットの形で市場で入手可能である(例えば、Roche Diagnostics GmbH社,Mannheim在,ドイツ国,カタログNo.1603558のDIG Easy Hyb)。好ましい実施態様において、本明細書中で使用される、“変異体”の概念は、元来の核酸またはこのアミノ酸配列の変異体と同じアミノ酸配列を遺伝子コードの変性の範囲内でコードする任意の核酸配列を含む。
第2の工程の後に、疎水性有機溶液は、水性培養媒体から分離される。このことは、2つの相を形成するための前記系の固有の能力に基づいて、当業者にとって簡単に実施しうるプロセスであり、このプロセスは、容器の静置および相の引き続くデカンテーションによって簡単に行なうことができる。それとは別に、分離漏斗が使用されうる。さまざまな沸点の場合には、たいてい有機相である、より低い温度で沸騰する相を低圧への印加によって蒸留する方法がある。有機相中に残留する微少量の水は、無機乾燥剤、例えば水素化カルシウム、無水塩化カルシウム、シリカゲル、無水硫酸ナトリウム、水酸化ナトリウムまたは類似物を使用して除去されうる。
本発明を実施するためのさらなる手引きは、PCT/EP 2011/071491から確認することができ、その際にこの刊行物中に記載された脂肪酸は、本発明による脂肪酸によって置き換えることができる。

Claims (19)

  1. 水溶液から有機化合物を除去する方法であって、工程
    a)有機化合物を含有する水溶液および疎水性有機溶液を準備する工程、その際に後者の疎水性有機溶液は、液状疎水性陽イオン交換体を含み、
    b)前記水溶液と前記疎水性有機溶液とを接触させる工程、および
    c)前記疎水性有機溶液を前記水溶液から分離する工程
    を含み、
    その際に前記液状疎水性陽イオン交換体は、有利に少なくとも12個の炭素原子を含む、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、
    その際に前記有機化合物は、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、前記方法。
  2. 前記有機化合物は、式
    NR23+−A−COOR1 (I)または
    NR23+−A−NR45+ (II)
    〔式中、R1は、水素、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルまたは負電荷であり、
    Aは、有利に非置換でありかつ直鎖状である、少なくとも3個、有利に少なくとも6個、特に有利に8個の炭素原子を有するアルキレン基であり、および
    2、R3、R4およびR5は、それぞれ、互いに独立して、水素、メチル、エチルおよびプロピルを含む群から選択されている〕の化合物である、請求項1記載の方法。
  3. 工程b)での水溶液中のpH値は、6〜8、有利に6.2〜7.2である、請求項1または2記載の方法。
  4. 前記工程b)での液状陽イオン交換体対有機化合物の物質量比率は、少なくとも1である、請求項1から3までのいずれか1項に記載の方法。
  5. 有機溶液対水溶液の容量比は、1:10〜10:1である、請求項1から4までのいずれか1項に記載の方法。
  6. 液状陽イオン交換体は、式(H3C)2CH−(CH2n−COOHの分枝鎖状脂肪酸またはその非プロトン化された形であり、かつnは、少なくとも4、有利に少なくとも8でありかつ最も有利には14である、請求項1から5までのいずれか1項に記載の方法。
  7. 液状陽イオン交換体は、環式置換基以外のものだけを含む分枝鎖状脂肪酸である、請求項1から6までのいずれか1項に記載の方法。
  8. 前記水溶液は、さらに物質代謝活性細胞を含む、請求項1から7までのいずれか1項に記載の方法。
  9. 前記有機化合物は、細胞、有利に細菌細胞に対して毒性の化合物である、請求項8記載の方法。
  10. 前記有機溶剤は、さらに少なくとも1つの有機溶剤、有利に脂肪酸および/または脂肪酸エステルを含む、請求項1から9までのいずれか1項に記載の方法。
  11. 前記疎水性有機溶液は、液状疎水性陽イオン交換体を20〜80%、有利に25〜75%の容量割合で含有する、請求項10記載の方法。
  12. 前記有機化合物は、1,4−ブタンジアミン、1,5−ペンタンジアミン、1,6−ヘキサンジアミン、1,8−オクタンジアミン、1,14−テトラデカンジアミン、1,18−オクタデカンジアミン、2−メチル−1,5−ジアミノペンタン、2,2−ジメチル−1,5−ジアミノペンタン、4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’−ジメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’,5,5’−テトラメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、m−キシリレンジアミンまたはp−キシリレンジアミン、2.2.4−トリメチルヘキサメチレンジアミンまたは2.4.4−トリメチルヘキサメチレンジアミン、1.4−ジアミノシクロヘキサン、4.4’−ジアミノジシクロヘキシルプロパン、イソホロンジアミン、メタキシリレンジアミンおよびパラキシリレンジアミンを含む群からのジアミンである、請求項1から11までのいずれか1項に記載の方法。
  13. 前記工程b)での温度は、28〜70℃、有利に30〜37℃である、請求項1から12までのいずれか1項に記載の方法。
  14. 前記有機化合物を含有する水溶液と疎水性有機溶液とを含む反応混合物であって、
    前記疎水性有機溶液が、液状疎水性陽イオン交換体を含み、
    前記液状疎水性陽イオン交換体が、有利に少なくとも12個の炭素原子を含む、少なくとも1個のアルキル置換基を有する飽和アルカン酸であり、および
    前記有機化合物が、少なくとも1個の正電荷およびゼロの正味の電荷量または正の正味の電荷量を有する有機化合物である、前記反応混合物。
  15. 前記有機化合物が式
    NR23+−A−COOR1 (I)または
    NR23+−A−NR45+ (II)
    〔式中、R1は、水素、メチル、エチル、プロピル、イソプロピルまたは負電荷であり、
    Aは、有利に非置換でありかつ直鎖状である、少なくとも3個、有利に少なくとも6個、特に有利に8個の炭素原子を有するアルキレン基であり、および
    2、R3、R4およびR5は、それぞれ、互いに独立して、水素、メチル、エチルおよびプロピルを含む群から選択されている〕の化合物である、請求項14記載の反応混合物。
  16. 前記液状疎水性陽イオン交換体が式(H3C)2CH−(CH2n−COOHの分枝鎖状脂肪酸またはその非プロトン化された形であり、かつnが少なくとも4、有利に少なくとも8でありかつ最も有利には14である、請求項14または15記載の反応混合物。
  17. 前記液状陽イオン交換体が、環式置換基以外のものだけを含む分枝鎖状脂肪酸である、請求項14から16までのいずれか1項に記載の反応混合物。
  18. 前記水溶液が、さらに物質代謝活性細胞を含む、請求項14から17までのいずれか1項に記載の反応混合物。
  19. 前記有機化合物が、ブタンジアミン、1,5−ペンタンジアミン、1,6−ヘキサンジアミン、1,8−オクタンジアミン、1,14−テトラデカンジアミン、1,18−オクタデカンジアミン、2−メチル−1,5−ジアミノペンタン、2,2−ジメチル−1,5−ジアミノペンタン、4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’−ジメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、3,3’,5,5’−テトラメチル−4,4’−ジアミノジシクロヘキシルメタン、m−キシリレンジアミンまたはp−キシリレンジアミン、2.2.4−トリメチルヘキサメチレンジアミンまたは2.4.4−トリメチルヘキサメチレンジアミン、1.4−ジアミノシクロヘキサン、4.4’−ジアミノジシクロヘキシルプロパン、イソホロンジアミン、メタキシリレンジアミンおよびパラキシリレンジアミンを含む群からのジアミンである、請求項14から18までのいずれか1項に記載の反応混合物。
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