JP2014513916A5

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Publication number: JP2014513916A5
Application number: JP2013551435A
Authority: JP
Filing date: 2012-01-31
Publication date: 2015-03-19
Anticipated expiration: 2032-01-31

Description

いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書中に記載されるようなＵＢＡ、ＥＳＢおよび／またはＡＰＳの集団を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書中に記載されるようなＵＢＡ、ＥＳＢおよびＡＰＳの集団ならびにそれを使用するための指示書を備えるキットを提供する。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
複数の標的が複数の細胞に存在するか否かを同定するための方法であって、該方法は、該標的に複数のタグを結合する工程を包含し、タグは、
ａ）該標的の同一性、および
ｂ）タグが結合している該細胞の同一性
を表すコードを含む、方法。
（項目２）
個々の細胞の分離または単離が、前記結合する工程に不必要である、項目１に記載の方法。
（項目３）
標的に関連する単一細胞を同定するための方法であって、該方法は、該標的にタグを結合する工程を包含し、該タグは、
ａ）該標的、および
ｂ）該単一細胞
を表すコードを含み、該結合する工程中、該単一細胞は、細胞の集団から単離されず、かつ該単一細胞を表す該コードは、該結合する工程の前は未知である、方法。
（項目４）
前記コードを検出する工程をさらに包含し、個々の細胞の分離または単離は、該検出する工程に不必要である、項目１〜３に記載の方法。
（項目５）
各標的が、タンパク質または核酸である、項目１〜４に記載の方法。
（項目６）
前記タグが、核酸である、項目１〜５に記載の方法。
（項目７）
前記タグが、ＵＢＡを含む、項目１〜６に記載の方法。
（項目８）
前記ＵＢＡが、前記標的のうちの１つに特異的である、項目１〜７に記載の方法。
（項目９）
前記タグが、ＵＢＡを含む、項目１〜８に記載の方法。
（項目１０）
前記ＵＢＡが、抗体を含む、項目１〜９に記載の方法。
（項目１１）
前記タグが、ＥＳＢを含む、項目１〜１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ＥＳＢが、共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目１〜１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ＥＳＢが、該標的の同一性をコードする、項目１〜１２に記載の方法。
（項目１４）
前記ＥＳＢが、核酸を含む、項目１〜１３に記載の方法。
（項目１５）
前記タグが、ＡＰＳを含む、項目１〜１４に記載の方法。
（項目１６）
前記ＡＰＳが、検出可能な検出可能に異なるコードユニットである、項目１〜１５に記載の方法。
（項目１７）
前記結合する工程中に、複数個のＡＰＳが、分割プール合成の連続したラウンドにおいて順序づけられた様式で該タグに付加される、項目１〜１６に記載の方法。
（項目１８）
前記タグが、少なくとも１０個のＡＰＳを含む、項目１〜１７に記載の方法。
（項目１９）
前記ＡＰＳが、核酸を含む、項目１〜１８に記載の方法。
（項目２０）
前記タグが、ライゲーションによって連結された、複数個のＡＰＳ、ＥＳＢおよびＵＢＡを含む、項目１〜１９に記載の方法。
（項目２１）
複数個のＡＰＳ、前記ＥＳＢおよび／または前記ＵＢＡが、クリックケミストリーで連結されることが可能である、項目１〜２０に記載の方法。
（項目２２）
前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目１〜２１に記載の方法。
（項目２３）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、項目１〜２２に記載の方法。
（項目２４）
ａ）第１の標的分子、
ｂ）該第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
ｃ）第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、および
ｄ）複数の順序づけられたアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）
を含み、該ＡＰＳの順序は、検出可能である、組成物。
（項目２５）
前記標的分子が、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質、リンタンパク質、抗体、核酸、ペプチド核酸、合成小分子、二糖、三糖、オリゴ糖、多糖、脂質、ステロイドおよびリン脂質からなる群より選択される、項目２４に記載の組成物。
（項目２６）
粒子の集団を含む組成物であって、該粒子の各々は、少なくとも第１の標的分子を含み、該第１の標的分子は、
（ａ）該第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
（ｂ）第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、および
（ｃ）第１の複数の順序づけられたアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）
と関連しており、ここで、該集団中の第１の粒子の該第１の標的分子と関連している該複数の順序づけられたＡＰＳは、該集団中の第２の粒子の該第１の標的分子と関連している該複数の順序づけられたＡＰＳと検出可能に異なる、組成物。
（項目２７）
前記複数の順序づけられたＡＰＳは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個のＡＰＳを含む、項目２４〜２６に記載の組成物。
（項目２８）
前記複数の順序づけられたＡＰＳは、２０個より多いＡＰＳを含む、項目２４〜２７に記載の組成物。
（項目２９）
前記ＡＰＳは、鋳型になり得る、項目２４〜２８に記載の組成物。
（項目３０）
少なくとも１つの粒子が、細胞、リポソーム、細胞小器官、ミセル、液滴およびビーズからなる群より選択される、項目２６〜２９に記載の組成物。
（項目３１）
前記標的分子が、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質、リンタンパク質、抗体、核酸、ペプチド核酸、合成小分子、二糖、三糖、オリゴ糖、多糖、脂質、ステロイドおよびリン脂質からなる群より選択される、項目２６〜３０に記載の組成物。
（項目３２）
前記第１のＥＳＢが、第１の共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目２４〜３１に記載の組成物。
（項目３３）
前記第１の標的分子が、前記第１のＵＢＡに直接結合されており、前記第１のＥＳＢが、該第１のＵＢＡに直接結合されている、項目２４〜３２に記載の組成物。
（項目３４）
前記複数の順序づけられたＡＰＳが、別個のラウンドにおけるＡＰＳの段階的付加によって形成されている、項目２４〜３３に記載の組成物。
（項目３５）
各ラウンドにおいて付加された前記ＡＰＳが、第１の複合体に連結されている、３４に記載の組成物。
（項目３６）
前記連結が、ラウンドの順序においてされている、項目３４〜３５に記載の組成物。
（項目３７）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡの前記連結が、化学的方法を用いて行われている、項目２４〜３６に記載の組成物。
（項目３８）
前記化学的方法が、クリックケミストリーを含む、項目３７に記載の組成物。
（項目３９）
前記連結が、Ｃｕ ^Ｉの存在下で行われている、項目３５〜３８に記載の組成物。
（項目４０）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、核酸を含む、項目２４〜３９に記載の組成物。
（項目４１）
ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する第１および第２の相補的領域を含む第１の連結オリゴヌクレオチドをさらに含む、４０に記載の組成物。
（項目４２）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する前記第１および第２の相補的領域を含む連結オリゴヌクレオチドを用いて連結されている、項目４０〜４１に記載の組成物。
（項目４３）
ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する第３および第４の相補的領域を含む第２の連結オリゴヌクレオチドをさらに含む、項目４０〜４２に記載の組成物。
（項目４４）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する前記第３および第４の相補的領域を含む連結オリゴヌクレオチドを用いて連結されている、項目４０〜４３に記載の組成物。
（項目４５）
前記第２および第４の相補的領域が、同一である、項目４３〜４４に記載の組成物。
（項目４６）
前記第２および第４の相補的領域が、同一である、項目４３〜４５に記載の組成物。
（項目４７）
前記第１または第２の相補的領域が、前記複数のＡＰＳのうちの２つのＡＰＳ間で共有されている、項目４１〜４６に記載の組成物。
（項目４８）
前記連結が、ライゲーションによって行われている、項目４２〜４７に記載の組成物。
（項目４９）
前記連結オリゴヌクレオチドが、前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢの起源をコードするサブコードを含む、項目４１〜４８に記載の組成物。
（項目５０）
前記ＡＰＳが、該ＡＰＳの起源をコードするサブコードを有する、項目２４〜４９に記載の組成物。
（項目５１）
前記ＥＳＢが、該ＥＳＢの起源をコードするサブコードを有する、項目２４〜５０に記載の組成物。
（項目５２）
個別のＡＰＳ、ＥＳＢまたは連結オリゴヌクレオチド分子が、ユニークなカウンタータグを含む、項目２４〜５１に記載の組成物。
（項目５３）
前記ユニークなカウンタータグが、検出可能である、項目５２に記載の組成物。
（項目５４）
前記ＥＳＢが、前記連結オリゴヌクレオチドに共有結合的に連結されている、項目４１〜５３に記載の組成物。
（項目５５）
ＡＰＳまたはＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目２４〜５４に記載の組成物。
（項目５６）
前記ＡＰＳおよびＥＳＢが、連結される場合、二次産物をコードすることが可能である、項目２４〜５５に記載の組成物。
（項目５７）
前記二次産物が、ＲＮＡまたはペプチドである、項目５６に記載の組成物。
（項目５８）
前記ＡＰＳおよびＥＳＢが、連結される場合、ポリメラーゼ開始部位を含む、項目２４〜５７に記載の組成物。
（項目５９）
前記ペプチドが、親和性タグを含む、項目５７〜５８に記載の組成物。
（項目６０）
前記親和性タグが、Ｈｉｓタグである、項目５９に記載の組成物。
（項目６１）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、項目２４〜６０に記載の組成物。
（項目６２）
プローブをさらに含む、項目２４〜６１に記載の組成物。
（項目６３）
前記プローブが、表面に付着させられている、項目２４〜６２に記載の組成物。
（項目６４）
前記表面が、アレイを含む、項目２４〜６３に記載の組成物。
（項目６５）
前記表面が、ビーズを含む、項目２４〜６４に記載の組成物。
（項目６６）
前記ＵＢＡが、抗体、ペプチド、アプタマー、ペプトイドおよび核酸からなる群より選択される、項目２４〜６５に記載の組成物。
（項目６７）
前記ＥＳＢが、核酸、ビーズおよび化学サブユニットからなる群より選択される、項目２４〜６６に記載の組成物。
（項目６８）
前記ＡＰＳが、決定論的重量の核酸、小分子または組立可能な複合分子を含む、項目２４〜６７に記載の組成物。
（項目６９）
細胞の集団中の細胞の標的分子を細胞起源バーコードで標識するためのキットであって、
（ａ）ｍ個のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のｎ個のセットであって、各々は、異なる情報パッケージを含み；ここで、該情報パッケージは、順序づけられた形式で連結されることが可能である、セット；
（ｂ）標的分子特異的なユニーク結合物質（ＵＢＡ）
を備える、キット。
（項目７０）
細胞の集団中の細胞の標的分子を細胞起源バーコードで標識するためのキットであって、
（ａ）ｍ個のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のｎ個のセットであって、各々は、異なる情報パッケージを含み；ここで、該情報パッケージは、順序づけられた形式で連結されることが可能である、セット；
（ｂ）標的分子特異的な複数のユニーク結合物質（ＵＢＡ）であって、各々は、ＵＢＡ特異的なエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）と連結されている、標的分子特異的な複数のユニーク結合物質（ＵＢＡ）
を備える、キット。
（項目７１）
細胞の集団中の細胞の標的分子を細胞起源バーコードで標識するためのキットであって、
（ａ）ｍ個のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のｎ個のセットであって、各々は、異なる情報パッケージを含み；ここで、該情報パッケージは、順序づけられた形式で連結されることが可能である、セット；
（ｂ）標的分子特異的な複数のユニーク結合物質（ＵＢＡ）；
（ｃ）ＵＢＡ特異的な複数のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）であって、各ＥＳＢは、指定のＵＢＡと連結することが可能である、ＵＢＡ特異的な複数のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）
を備える、キット。
（項目７２）
ｎが、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である、項目６９〜７１に記載のキット。
（項目７３）
ｍが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である、項目６９〜７２に記載のキット。
（項目７４）
ｎが、１０より大きい、項目６９〜７３に記載のキット。
（項目７５）
ｍが、２０より大きい、項目６９〜７４に記載のキット。
（項目７６）
第１のＥＳＢが、第１の共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目７０〜７５に記載のキット。
（項目７７）
前記ＥＳＢが、前記ＵＢＡに直接結合することが可能である、項目７０〜７６に記載のキット。
（項目７８）
前記ＵＢＡが、前記標的分子に直接結合することが可能である、項目６９〜７７に記載のキット。
（項目７９）
前記アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットのうちの少なくとも２つが、同一である、項目６９〜７８に記載のキット。
（項目８０）
第１のセット中の前記ＡＰＳが、第２のセット中の前記ＡＰＳと連結可能である、項目６９〜７９に記載のキット。
（項目８１）
第１のセット中の前記ＡＰＳが、順序づけられた形式で第２のセット中の前記ＡＰＳとさらに連結可能である、項目８０に記載のキット。
（項目８２）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡが、化学的方法を用いて連結されることが可能である、項目７９〜８１に記載のキット。
（項目８３）
前記化学的方法が、クリックケミストリーを含む、項目８２に記載のキット。
（項目８４）
Ｃｕ ^Ｉの存在が、連結のために必要とされる、項目８２〜８３に記載のキット。
（項目８５）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、核酸を含む、項目６９〜８４に記載のキット。
（項目８６）
ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する第１および第２の相補的領域を含む第１の連結オリゴヌクレオチドをさらに備える、項目８５に記載のキット。
（項目８７）
ＵＢＡ、ＡＰＳおよびＥＳＢから選択される２つの構成要素に対する第３および第４の相補的領域を含む第２の連結オリゴヌクレオチドをさらに備える、項目８６に記載のキット。
（項目８８）
前記第１および第３の相補的領域が、同一である、項目８７に記載のキット。
（項目８９）
前記第２および第４の相補的領域が、同一である、項目８６〜８７に記載のキット。
（項目９０）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡが、ライゲーションによって連結されることが可能である、項目８５〜８９に記載のキット。
（項目９１）
前記連結オリゴヌクレオチドが、前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢの起源のセットをコードするサブコードを含む、項目８６〜９０に記載のキット。
（項目９２）
前記ＡＰＳが、該ＡＰＳの起源集団をコードするサブコードを有する、項目６９〜９１に記載のキット。
（項目９３）
前記ＥＳＢが、該ＥＳＢの起源集団をコードするサブコードを有する、項目６９〜９２に記載のキット。
（項目９４）
個々のＡＰＳ、ＥＳＢまたは連結オリゴヌクレオチド分子が、ユニークなカウンタータグを含む、項目６９〜９３に記載のキット。
（項目９５）
前記ユニークなカウンタータグが、検出可能である、項目９４に記載のキット。
（項目９６）
前記ＥＳＢが、前記連結オリゴヌクレオチドに共有結合的に連結される、項目８６〜９５に記載のキット。
（項目９７）
ＡＰＳまたはＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目６９〜９６に記載のキット。
（項目９８）
前記ＡＰＳおよびＥＳＢが、連結される場合、二次産物をコードすることが可能である、項目６９〜９７に記載のキット。
（項目９９）
前記二次産物が、ＲＮＡまたはペプチドである、項目９８に記載のキット。
（項目１００）
前記ＡＰＳおよびＥＳＢが、連結される場合、ポリメラーゼ開始部位を含む、項目６９〜９９に記載のキット。
（項目１０１）
前記ペプチドが、親和性タグを含む、項目９９〜１００に記載のキット。
（項目１０２）
前記親和性タグが、Ｈｉｓタグである、項目１０１に記載のキット。
（項目１０３）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、項目６９〜１０２に記載のキット。
（項目１０４）
プローブをさらに備える、項目６９〜１０３に記載のキット。
（項目１０５）
前記プローブが、表面に付着させられている、項目６９〜１０４に記載のキット。
（項目１０６）
前記表面が、アレイを含む、項目６９〜１０５に記載のキット。
（項目１０７）
前記表面が、ビーズを含む、項目６９〜１０６に記載のキット。
（項目１０８）
前記複数のＵＢＡが、２、３、４、５、１０、２０、３０、５０、１００、２００、３００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００個または１０００個より多いＵＢＡを含む、項目６９〜１０７に記載のキット。
（項目１０９）
前記複数のＵＢＡが、最大２０００個のＵＢＡを含む、項目６９〜１０８に記載のキット。
（項目１１０）
前記ＵＢＡが、抗体、ペプチド、アプタマー、ペプトイドおよび核酸からなる群より選択される、項目６９〜１０９に記載のキット。
（項目１１１）
前記ＥＳＢが、核酸、ビーズおよび化学サブユニットからなる群より選択される、項目６９〜１１０に記載のキット。
（項目１１２）
前記ＡＰＳが、決定論的重量の核酸、小分子または組立可能な複合分子を含む、項目６９〜１１１に記載のキット。
（項目１１３）
共通の粒子起源を共有している標的分子を同定するための方法であって、該方法は、
ｘ個の粒子の集団中の第１の粒子の第１の複数の標的を第１の起源バーコードで標識する工程；および
ｘ個の粒子の集団中の第２の粒子の第２の複数の標的を第２の起源バーコードで標識する工程；
を包含し、ここで、各起源バーコードは、ｎ個のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットを含み、ここで、該ＡＰＳの第１および第２のセット中の該ｎ個のＡＰＳの各々は、ｍ個の異なるＡＰＳを含む群から選択され、ここで、該第１および第２の起源バーコードは、ｃ＝１−［（１−１／ｘ）＾（ｍ ^ｎ）］の確実性で互いと検出可能に異なる、方法。
（項目１１４）
ｘが、１，０００，０００より大きい、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
ｃが、９９．９％より大きい、項目１１３〜１１４に記載の方法。
（項目１１６）
ｃが、９９．９９％より大きい、項目１１３〜１１５に記載の方法。
（項目１１７）
ｃが、９９．９９９％より大きい、項目１１３〜１１６に記載の方法。
（項目１１８）
ｃが、９９．９９９９％より大きい、項目１１３〜１１７に記載の方法。
（項目１１９）
ｃが、９９．９９９９９％より大きい、項目１１３〜１１８に記載の方法。
（項目１２０）
ｎが、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である、項目１１３〜１１９に記載の方法。
（項目１２１）
ｍが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である、項目１１３〜１２０に記載の方法。
（項目１２２）
ｎが、１０より大きい、項目１１３〜１２１に記載の方法。
（項目１２３）
ｍが、２０より大きい、項目１１３〜１２２に記載の方法。
（項目１２４）
少なくとも１つの別々の粒子が、細胞、リポソーム、細胞小器官、ミセル、液滴およびビーズからなる群より選択される、項目１１３〜１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記標的分子が、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質、リンタンパク質、抗体、核酸、ペプチド核酸、合成小分子、二糖、三糖、オリゴ糖、多糖、脂質、ステロイドおよびリン脂質からなる群より選択される、項目１１３〜１２４に記載の方法。
（項目１２６）
ｍ個の異なるＡＰＳを含む少なくとも２つの群が、同一である、項目１１３〜１２５に記載の方法。
（項目１２７）
前記ｎ個のＡＰＳが、別個のラウンドにおいて付加される、項目１１３〜１２６に記載の方法。
（項目１２８）
別個のラウンドの前記ＡＰＳが、連結される、項目１１３〜１２７に記載の方法。
（項目１２９）
前記連結が、ラウンドの順序においてされる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
粒子の集団の粒子の構成要素に粒子特異的コードを付与する方法であって、該方法は、アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）の第１の順序づけられたセットを粒子の集団の第１の粒子の第１の構成要素に連結する工程を包含し、ここで、該ＡＰＳの順序は、検出方法によって検出可能である、方法。
（項目１３１）
前記第１の構成要素と連結されたＡＰＳの前記第１の順序づけられたセットを検出することによって、該第１の構成要素の粒子の起源を決定する工程をさらに包含する、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）の第２の順序づけられたセットを粒子の集団の前記第１の粒子の第２の構成要素に連結する工程をさらに包含し、ここで、該ＡＰＳの順序は、検出可能である、項目１３０〜１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記第２の構成要素と連結されたＡＰＳの前記第２の順序づけられたセットを検出するこ
とによって、該第２の構成要素の粒子の起源を決定する工程をさらに包含する、項目１３２に記載の方法。
（項目１３４）
前記第１の粒子の前記第１および第２の構成要素と連結されたＡＰＳの前記第１および第２の順序づけられたセットが、同じである、項目１３０〜１３３に記載の方法。
（項目１３５）
アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）の第３の順序づけられたセットを粒子の集団の第２の粒子の第１の構成要素に連結する工程をさらに包含し、ここで、該ＡＰＳの順序は、検出可能である、項目１３０〜１３４に記載の方法。
（項目１３６）
前記第１の粒子の前記第１の構成要素と連結されたＡＰＳの前記第１の順序づけられたセットが、前記第２の粒子の前記第１の構成要素と連結されたアッセイ可能ポリマーサブユニットの前記第３の順序づけられたセットと異なる、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
構成要素特異的なエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）を前記第１の構成要素に連結する工程をさらに包含する、項目１３０〜１３６に記載の方法。
（項目１３８）
構成要素特異的なＥＳＢを前記第２の構成要素に連結する工程をさらに包含する、項目１３０〜１３７に記載の方法。
（項目１３９）
少なくとも前記粒子が、細胞、リポソーム、細胞小器官、ミセル、液滴およびビーズからなる群より選択される、項目１３０〜１３８に記載の方法。
（項目１４０）
少なくとも１つの標的分子が、前記第１のＵＢＡに直接結合され、前記ＥＳＢが、該ＵＢＡに直接結合される、項目１３０〜１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットのうちの少なくとも２つが、同一である、項目１３０〜１４０に記載の方法。
（項目１４２）
ＡＰＳの前記順序づけられたセットの各ＡＰＳが、第１の複合体に連結される、項目１３０〜１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記連結が、ラウンドの順序においてされる、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、二次産物をコードする、項目１３０〜１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記二次産物が、ＲＮＡまたはペプチドである、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、項目１３０〜１４５に記載の方法。
（項目１４７）
前記ＥＳＢが、ユニークなカウンタータグをさらに含む、項目１３７〜１４６に記載の方法。
（項目１４８）
分子の前記標的分子の量が、前記カウンタータグを用いて推定される、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
前記ＡＰＳが、ラウンド特異的サブコードをさらに含む、前述の項目１４３〜１４８のいずれかに記載の方法。
（項目１５０）
前記検出が、指定のラウンドのＡＰＳの存在の決定をさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
検出が、デジタルである、項目１３０〜１５０に記載の方法。
（項目１５２）
検出が、間接的である、項目１３０〜１５１に記載の方法。
（項目１５３）
検出が、質量分析を含む、項目１３０〜１５２に記載の方法。
（項目１５４）
検出が、核酸配列決定を含む、項目１３０〜１５３に記載の方法。
（項目１５５）
検出が、ペプチド配列決定を含む、項目１３０〜１５４に記載の方法。
（項目１５６）
検出が、大規模ゲル電気泳動を含む、項目１３０〜１５５に記載の方法。
（項目１５７）
検出が、ＨＰＬＣまたは他のクロマトグラフィー分離を含む、項目１３０〜１５６に記載の方法。
（項目１５８）
検出が、１つ以上の個々のＡＰＳに関連する１つ以上のシグナルの検出を含む、項目１３０〜１５７に記載の方法。
（項目１５９）
前記シグナルが、順序づけられている、項目１５８に記載の方法。
（項目１６０）
検出が、１つ以上のプローブの使用を含む、項目１３０〜１５９に記載の方法。
（項目１６１）
前記プローブが、表面に付着させられている、項目１６０に記載の方法。
（項目１６２）
前記表面が、アレイを含む、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
前記表面が、ビーズを含む、項目１６１に記載の方法。
（項目１６４）
検出が、分離を含む、項目１３０〜１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記分離が、多次元的である、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
前記分離が、第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）を第２の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）から分ける、項目１６４〜１６５に記載の方法。
（項目１６７）
３、４、５、１０、２０、３０、５０、１００、２００、３００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００個または１０００個より多い異なる標的分子が、検出される、項目１３０〜１６６に記載の方法。
（項目１６８）
最大２０００個の異なる標的分子が、検出される、項目１３０〜１６７に記載の方法。
（項目１６９）
前記ＵＢＡが、抗体、ペプチド、アプタマー、ペプトイドおよび核酸からなる群より選択される、項目１３０〜１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記ＥＳＢが、核酸、ビーズおよび化学サブユニットからなる群より選択される、項目
１３０〜１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記ＡＰＳが、決定論的重量の核酸、小分子または組立可能な複合分子を含む、項目１３０〜１７０に記載の方法。
（項目１７２）
前記ＡＰＳが、ライゲーションまたは重合を介した伸長によって連結される、項目１３０〜１７１に記載の方法。
（項目１７３）
細胞起源バーコード（ＣＯＢ）が、前記ＡＰＳの前記順序づけられたセットのＡＰＳを用いて生成される、項目１３０〜１７２に記載の方法。
（項目１７４）
複数の複合体内の各ＣＯＢが、該ＣＯＢと細胞の前記集団中の他のＣＯＢとを区別する検出可能なシグナルまたは配列を有する、項目１７３に記載の方法。
（項目１７５）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡが、化学的方法を用いて連結される、項目１３０〜１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記化学的方法が、クリックケミストリーを含む、項目１７５に記載の方法。
（項目１７７）
前記連結が、Ｃｕ ^Ｉの存在下で行われる、項目１７５〜１７６に記載の方法。
（項目１７８）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、核酸を含む、項目１３０〜１７７に記載の方法。
（項目１７９）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢの前記連結が、連結される２つの構成要素に対する第１および第２の相補的領域を含む連結オリゴヌクレオチドを用いて行われる、項目１７８に記載の方法。
（項目１８０）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの集団内のＡＰＳ間で共有されている、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの２つの異なるラウンド特異的セットに関して異なる、項目１７９〜１８０に記載の方法。
（項目１８２）
ライゲーションをさらに含む、項目１７９〜１８１に記載の方法。
（項目１８３）
前記標的分子が、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質、リンタンパク質、抗体、核酸、ペプチド核酸、合成小分子、二糖、三糖、オリゴ糖、多糖、脂質、ステロイドおよびリン脂質からなる群より選択される、項目１３０〜１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記第１のＥＳＢが、第１の共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目１３０〜１８３に記載の方法。
（項目１８５）
前記第１のＥＳＢが、第１の共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目１３０〜１８４に記載の方法。
（項目１８６）
個々のＡＰＳ、ＥＳＢまたは連結オリゴヌクレオチド分子が、ユニークなカウンタータグを含む、項目１３０〜１８５に記載の方法。
（項目１８７）
検出が、前記ユニークなカウンタータグの検出を含む、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
特定のＥＳＢと関連しているユニークなカウンタータグの数が決定される、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
検出されたユニークなカウンタータグの数が、前記特定のＥＳＢの初期量に関係する、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記ＥＳＢが、前記連結オリゴヌクレオチドに共有結合的に連結される、項目１７９〜１８９に記載の方法。
（項目１９１）
ＡＰＳまたはＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目１３０〜１９０に記載の方法。
（項目１９２）
ＣＯＢが、ペプチド配列をコードする、項目１７３〜１９１に記載の方法。
（項目１９３）
前記ＣＯＢが、ポリメラーゼ開始部位を含む、項目１７３〜１９２に記載の方法。
（項目１９４）
前記ペプチドが、親和性タグを含む、項目１９２〜１９３に記載の方法。
（項目１９５）
前記親和性タグが、Ｈｉｓタグである、項目１９４に記載の方法。
（項目１９６）
複数の別々の粒子を起源とする複数の特性を検出するための方法であって、該方法は、
ａ）
ｉ）少なくとも第１の標的分子を含む粒子の集団、
ｉｉ）該第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
ｉｉｉ）第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、
ｉｖ）ラウンド特異的な複数のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットであって、各セットは、互いに検出可能に異なる複数のＡＰＳを含む、セット
を提供する工程、
ｂ）該少なくとも第１の標的分子、該第１のＵＢＡプローブおよび該第１のＥＳＢを含む少なくとも第１の複合体を形成する工程、
ｃ）ｎラウンドの分割プール合成を行う工程であって、各ラウンドは、
ｉ）粒子の該集団をｍ個の反応体積に分割する工程、
ｉｉ）該ラウンドに特異的な該ＡＰＳのセットのＡＰＳと１つ以上の反応体積とを接触させる工程、
ｉｉｉ）２つ以上の反応体積をプールする工程
を含む、工程、
ｄ）粒子の該集団の少なくとも１つの粒子から複数の特性を検出する工程、
を包含し、ここで、該特性の少なくとも１つは、該粒子に関連する標的分子についての量または同一性に関係する、方法。
（項目１９７）
複数の別々の粒子を起源とする複数の特性を検出するための方法であって、該方法は、
ａ）
ｉ）少なくとも第１の標的分子を含む粒子の集団、
ｉｉ）該第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
ｉｉｉ）第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、および
ｉｖ）ラウンド特異的な複数のアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットであって、各セットは、互いに検出可能に異なる複数のＡＰＳを含む、セット
を提供する工程、
ｂ）該少なくとも第１の標的分子、該第１のＵＢＡプローブおよび該第１のＥＳＢを含
む少なくとも第１の複合体を形成する工程、
ｃ）ｎラウンドの分割プール合成を行う工程であって、各ラウンドは、
ｉ）粒子の該集団をｍ個の反応体積に分割する工程、
ｉｉ）該ラウンドに特異的な該ＡＰＳのセットのＡＰＳと１つ以上の反応体積とを接触させる工程、および
ｉｉｉ）２つ以上の反応体積をプールする工程
を含む、工程、
ｄ）工程ｃ）のｉ）およびｃ）のｉｉ）を含む分割プール合成の別のラウンドを行う工程、
ｅ）粒子の該集団の少なくとも１つの粒子から複数の特性を検出する工程、
を包含し、ここで、該特性の少なくとも１つは、該粒子に関連する標的分子についての量または同一性に関係する、方法。
（項目１９８）
ｎが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である、項目１９６〜１９７に記載の方法。
（項目１９９）
ｎが、２０より大きい、項目１９６〜１９８に記載の方法。
（項目２００）
ｍが、少なくとも２ラウンドの間で異なる、項目１９６〜１９９に記載の方法。
（項目２０１）
ｍが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である、項目１９６〜２００に記載の方法。
（項目２０２）
ｍが、２０より大きい、項目１９６〜２０１に記載の方法。
（項目２０３）
少なくとも１つの別々の粒子が、細胞、リポソーム、細胞小器官、ミセル、液滴およびビーズからなる群より選択される、項目１９６〜２０２に記載の方法。
（項目２０４）
前記標的分子が、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質、リンタンパク質、抗体、核酸、ペプチド核酸、合成小分子、二糖、三糖、オリゴ糖、多糖、脂質、ステロイドおよびリン脂質からなる群より選択される、項目１９６〜２０３に記載の方法。
（項目２０５）
前記第１のＥＳＢが、第１の共通リンカー（ＣＬ）を含む、項目１９６〜２０４に記載の方法。
（項目２０６）
前記少なくとも１つの標的分子が、前記第１のＵＢＡに直接結合され、前記ＥＳＢが、該ＵＢＡに直接結合される、項目１９６〜２０５に記載の方法。
（項目２０７）
前記アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）のセットのうちの少なくとも２つが、同一である、項目１９６〜２０６に記載の方法。
（項目２０８）
各ラウンドにおいて付加される前記ＡＰＳが、前記第１の複合体に連結される、項目１９６〜２０７に記載の方法。
（項目２０９）
前記連結が、ラウンドの順序においてされる、項目２０８に記載の方法。
（項目２１０）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、二次産物をコードする、項目１９６〜２０９に記載の方法。
（項目２１１）
前記二次産物が、ＲＮＡまたはペプチドである、項目２１０に記載の方法。
（項目２１２）
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、項目１９６〜２１１に記載の方法。
（項目２１３）
前記ＥＳＢが、ユニークなカウンタータグをさらに含む、項目１９６〜２１２に記載の方法。
（項目２１４）
分子の標的分子の量が、前記カウンタータグを用いて推定される、項目２１３に記載の方法。
（項目２１５）
前記ＡＰＳが、ラウンド特異的サブコードをさらに含む、項目１９６〜２１４に記載の方法。
（項目２１６）
前記検出が、指定のラウンドのＡＰＳの存在の決定をさらに含む、項目２１５に記載の方法。
（項目２１７）
検出が、デジタルである、項目１９６〜２１６に記載の方法。
（項目２１８）
検出が、間接的である、項目１９６〜２１７に記載の方法。
（項目２１９）
検出が、質量分析を含む、項目１９６〜２１８に記載の方法。
（項目２２０）
検出が、核酸配列決定を含む、項目１９６〜２１９に記載の方法。
（項目２２１）
検出が、ペプチド配列決定を含む、項目１９６〜２２０に記載の方法。
（項目２２２）
検出が、１つ以上の個々のＡＰＳに関連する１つ以上のシグナルの検出を含む、項目１９６〜２２１に記載の方法。
（項目２２３）
前記シグナルが、順序づけられている、項目２２２に記載の方法。
（項目２２４）
検出が、１つ以上のプローブの使用を含む、項目１９６〜２２３に記載の方法。
（項目２２５）
前記プローブが、表面に付着させられている、項目２２４に記載の方法。
（項目２２６）
前記表面が、アレイを含む、項目２２５に記載の方法。
（項目２２７）
前記表面が、ビーズを含む、項目２２５に記載の方法。
（項目２２８）
検出が、分離を含む、項目１９６〜２２７に記載の方法。
（項目２２９）
前記分離が、多次元的である、項目２２８に記載の方法。
（項目２３０）
前記分離が、前記第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）を第２の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）から分ける、項目２２８〜２２９に記載の方法。
（項目２３１）
３、４、５、１０、２０、３０、５０、１００、２００、３００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００個または１０００個より多い異なる標的分子が、検出される、項目１９６〜２３０に記載の方法。
（項目２３２）
最大２０００個の異なる標的分子が、検出される、項目１９６〜２３１に記載の方法。
（項目２３３）
前記ＵＢＡが、抗体、ペプチド、アプタマー、ペプトイドおよび核酸からなる群より選択される、項目１９６〜２３２に記載の方法。
（項目２３４）
前記ＥＳＢが、核酸、ビーズおよび化学サブユニットからなる群より選択される、項目１９６〜２３３に記載の方法。
（項目２３５）
前記ＡＰＳが、決定論的重量の核酸、小分子または組立可能な複合分子を含む、項目１９６〜２３４に記載の方法。
（項目２３６）
前記ＡＰＳが、ライゲーションまたは重合を介した伸長によって連結される、項目１９６〜２３５に記載の方法。
（項目２３７）
細胞起源バーコード（ＣＯＢ）が、ラウンド特異的なＡＰＳのセットのＡＰＳから生成される、項目１９６〜２３６に記載の方法。
（項目２３８）
複数の複合体内の各ＣＯＢが、該ＣＯＢと細胞の前記集団中の他のＣＯＢとを区別する検出可能なシグナルまたは配列を有する、項目２３７に記載の方法。
（項目２３９）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡが、化学的方法を用いて連結される、項目１９６〜２３８に記載の方法。
（項目２４０）
前記化学的方法が、クリックケミストリーを含む、項目２３９に記載の方法。
（項目２４１）
前記連結が、Ｃｕ ^Ｉの存在下で行われる、項目２３９〜２４０に記載の方法。
（項目２４２）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、核酸を含む、項目１９６〜２４１に記載の方法。
（項目２４３）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢの前記連結が、連結される２つの構成要素に対する第１および第２の相補的領域を含む連結オリゴヌクレオチドを用いて行われる、項目２４２に記載の方法。
（項目２４４）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの集団内のＡＰＳ間で共有される、項目２４３に記載の方法。
（項目２４５）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの２つの異なるラウンド特異的セットに関して異なる、項目２４３〜２４４に記載の方法。
（項目２４６）
ライゲーションをさらに含む、項目２４３〜２４５に記載の方法。
（項目２４７）
前記連結オリゴヌクレオチドが、前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢの起源集団をコードするサブコードを含む、項目２４３〜２４６に記載の方法。
（項目２４８）
前記ＡＰＳが、該ＡＰＳのラウンド特異的セットをコードするサブコードを有する、項目１９６〜２４７に記載の方法。
（項目２４９）
前記ＥＳＢが、該ＥＳＢの起源の存在をコードするサブコードを有する、項目１９６〜２４８に記載の方法。
（項目２５０）
個々のＡＰＳ、ＥＳＢまたは連結オリゴヌクレオチド分子が、ユニークなカウンタータグを含む、項目１９６〜２４９に記載の方法。
（項目２５１）
検出が、前記ユニークなカウンタータグの検出を含む、項目２５０に記載の方法。
（項目２５２）
特定のＥＳＢと関連しているユニークなカウンタータグの数が決定される、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
検出されたユニークなカウンタータグの数が、前記特定のＥＳＢの初期量に関係する、項目２５２に記載の方法。
（項目２５４）
前記ＥＳＢが、前記連結オリゴヌクレオチドに共有結合的に連結される、項目２４３〜２５３に記載の方法。
（項目２５５）
ＡＰＳまたはＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目１９６〜２５４に記載の方法。
（項目２５６）
ＣＯＢが、ペプチド配列をコードする、項目２３７〜２５５に記載の方法。
（項目２５７）
前記ＣＯＢが、ポリメラーゼ開始部位を含む、項目２３７〜２５６に記載の方法。
（項目２５８）
前記ペプチドが、親和性タグを含む、項目２５６〜２５７に記載の方法。
（項目２５９）
前記親和性タグが、Ｈｉｓタグである、項目２５８に記載の方法。
（項目２６０）
直前の分割によって作製された反応体積の各々に、前記ＡＰＳのセットの異なるＡＰＳを投入する、項目１９６〜２５９に記載の方法。
（項目２６１）
サンプル中の少なくとも１つの標的分子を検出するための方法であって、
（ａ）
（ｉ）少なくとも１つの標的分子を潜在的に含む細胞の集団、
（ｉｉ）第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
（ｉｉｉ）該第１のＵＢＡのある領域に特異的な第１のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）であって、ここで、該ＥＳＢは、第１の共通リンカー部分を含む、第１のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、および
（ｉｖ）アッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）の集団であって、ここで、該ＡＰＳは、第２の共通リンカー部分および第３の共通リンカー部分を含み、該第２のリンカー部分は、該第１のＥＳＢの該第１の共通リンカー部分と相補的である、集団
を提供する工程；
（ｂ）該少なくとも１つの標的分子、該第１のＵＢＡプローブおよび該第１のＥＳＢを含む少なくとも第１の複合体を形成する工程であって、ここで、該少なくとも１つの標的分子は、該第１のＵＢＡに結合され、該ＥＳＢは、該ＵＢＡに結合される、工程、
（ｃ）該集団を２つ以上のサンプルに分割する工程、
（ｄ）工程（ｃ）の該２つ以上のサンプルにＡＰＳの該集団のＡＰＳを１サンプルあたり１つ加える工程であって、ここで、該少なくとも１つの標的分子、該第１のＵＢＡプローブ、該第１のＥＳＢおよび第１のＡＰＳによって第２の複合体が形成され、該第１のＡＰＳの該第２の共通リンカー部分は、該第１のＥＳＢの該第１のリンカー部分に結合される、工程、
（ｅ）工程（ｃ）の該２つ以上のサンプルを１つのサンプルにプールする工程、
（ｆ）工程（ｅ）の該サンプルを２つ以上のサンプルに分割する工程、
（ｇ）工程（ｅ）の該２つ以上のサンプルにＡＰＳの該集団のＡＰＳを１サンプルあたり１つ加える工程であって、ここで、該少なくとも１つの標的分子、該第１のＵＢＡプローブ、該第１のＥＳＢ、該第１のＡＰＳおよび第２のＡＰＳによって第３の複合体が形成され、該第２のＡＰＳの該第２の共通リンカー部分は、該第１のＡＰＳの該第３のリンカー部分に結合され、該第１のＡＰＳおよび該第２のＡＰＳは、細胞起源バーコード（ＣＯＢ）を形成する、工程、および
（ｃ）該第３の複合体または該第３の複合体の少なくとも一部を検出する工程
を包含する、方法。
（項目２６２）
工程（ｅ）から（ｇ）を繰り返す工程をさらに包含する、項目２６１に記載の方法。
（項目２６３）
工程（ｂ）において複数の複合体を形成する工程を包含する方法によって複数の標的分子を検出する工程をさらに包含し、各複合体は、（ｉ）少なくとも１つの標的分子、（ｉｉ）第１のＵＢＡ、および（ｉｉｉ）該第１のＵＢＡのある領域に特異的な第１のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）を含み、ここで、該ＥＳＢは、第１の共通リンカー部分を含み、該少なくとも１つの標的分子は、該第１のＵＢＡに結合され、該ＥＳＢは、該ＵＢＡに結合される、項目２６１に記載の方法。
（項目２６４）
前記複数の複合体中の各ＣＯＢが、該ＣＯＢと細胞の前記集団中の他のＣＯＢとを区別する検出可能なシグナルまたは配列を有する、項目２６３に記載の方法。
（項目２６５）
前記複合体が、配列決定または質量分析によって検出される、項目２６１〜２６４に記載の方法。
（項目２６６）
前記第３の複合体が、該第３の複合体の１つ以上の分子の存在を個別に計数する工程を包含する方法によって検出され、ここで、該第３の複合体の該１つ以上の分子の存在は、細胞内の前記標的分子の濃度または存在を示す、項目２６１に記載の方法。
（項目２６７）
個別に検出する工程が、デジタルのシグナルを検出する工程をさらに包含する、項目２６６に記載の方法。
（項目２６８）
３、４、５、１０、２０、３０、５０、１００、２００、３００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００個または１０００個より多い異なる標的分子が、検出される、項目２６３に記載の方法。
（項目２６９）
最大２０００個の異なる標的分子が、検出される、項目２６３に記載の方法。
（項目２７０）
前記ＵＢＡが、抗体、ペプチド、アプタマー、ペプトイドおよび核酸または任意の組み合わせからなる群より選択される構造を含む、項目２６１に記載の方法。
（項目２７１）
前記ＥＳＢが、核酸、ビーズおよび化学サブユニットまたは任意の組み合わせからなる群より選択される構造を含む、項目２６１に記載の方法。
（項目２７２）
前記ＡＰＳが、決定論的重量の核酸、小分子または組立可能な複合分子を含む、項目２６１に記載の方法。
（項目２７３）
前記ＡＰＳが、検出可能な標識が付着させられている相補的なポリヌクレオチド配列にハイブリダイズされる一本鎖核酸を含む、項目２６１に記載の方法。
（項目２７４）
前記第１のＡＰＳが、ライゲーションまたは重合を介した伸長によって前記第１のＥＳＢに付着させられる、項目２６１に記載の方法。
（項目２７５）
前記第２のＡＰＳが、ライゲーションまたは重合を介した伸長によって前記第１のＡＰＳに付着させられる、項目２６１に記載の方法。
（項目２７６）
前記共通リンカー部分が、核酸である、項目２６１に記載の方法。
（項目２７７）
前記ＥＳＢが、前記ＵＳＢに付着させられる、項目２６１〜２７６に記載の方法。
（項目２７８）
サンプル中の少なくとも１つの標的分子を検出するための方法であって、
（ａ）
（ｉ）少なくとも１つの標的分子を潜在的に含む細胞の集団、
（ｉｉ）第１の標的分子に特異的な第１のＵＢＡ、
（ｉｉｉ）該第１のＵＢＡのある領域に特異的な第１のエピトープ特異的バーコードＥＳＢであって、ここで、該ＥＳＢは、第１の共通リンカー部分を含む、第１のエピトープ特異的バーコードＥＳＢ、および
（ｉｖ）ＣＯＢの集団であって、ＣＯＢの該集団は、第２の共通リンカー部分を含み、該第２のリンカー部分は、該第１のＥＳＢの該第１の共通リンカー部分と相補的である、集団
を提供する工程、
（ｂ）該少なくとも１つの標的分子、該第１のＵＢＡプローブおよび該第１のＥＳＢを含む少なくとも第１の複合体を形成する工程であって、ここで、該少なくとも１つの標的分子は、該第１のＵＢＡに結合され、該ＥＳＢは、該ＵＢＡに結合される、工程、
（ｃ）ＣＯＢの該集団を加える工程であって、ここで、該少なくとも１つの標的分子、該第１のＵＢＡプローブ、該第１のＥＳＢおよび第１のＣＯＢによって第２の複合体が形成され、該第１のＣＯＢの該第２の共通リンカー部分は、該第１のＥＳＢの該第１のリンカー部分に結合され、ＣＯＢの該集団の該ＣＯＢは、細胞の該集団の細胞に関連している、工程、および
（ｄ）該第２の複合体または第３の複合体の少なくとも一部を検出する工程
を包含する、方法。
（項目２７９）
前記第１のＣＯＢが、複数のＡＰＳを含む、項目２７８に記載の方法。
（項目２８０）
工程（ｂ）において複数の複合体を形成する工程を包含する方法によって複数の標的分子を検出する工程をさらに包含し、各複合体は、（ｉ）少なくとも１つの標的分子、（ｉｉ）第１のＵＢＡ、および（ｉｉｉ）該第１のＵＢＡのある領域に特異的な第１のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）を含み、ここで該ＥＳＢは、第１の共通リンカー部分を含み、該少なくとも１つの標的分子は、該第１のＵＢＡに関連させられ、該ＥＳＢは、該ＵＢＡに関連させられる、項目２７８に記載の方法。
（項目２８１）
前記複数の複合体内の各ＣＯＢが、該ＣＯＢと細胞の前記集団中の他のＣＯＢとを区別する検出可能なシグナルまたは配列を有する、項目２６３に記載の方法。
（項目２８２）
ＡＰＳ、ＥＳＢまたはＵＢＡの前記連結が、化学的方法を用いて行われる、項目２６１〜２８１に記載の方法。
（項目２８３）
前記化学的方法が、クリックケミストリーを含む、項目２８２に記載の方法。
（項目２８４）
前記連結が、Ｃｕ ^Ｉの存在下で行われる、項目２８２〜２８３に記載の方法。
（項目２８５）
ＡＢＳｍ、ＥＳＢまたはＵＢＡの連結が、結合親和性を用いて行われる、項目２６４〜２８４に記載の方法。
（項目２８６）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢが、核酸を含む、項目２６１〜２８５に記載の方法。
（項目２８７）
ＵＢＡ、ＡＰＳまたはＥＳＢの前記連結が、連結される２つの構成要素に対する第１および第２の相補的領域を含む連結オリゴヌクレオチドを用いて行われる、項目２８６に記載の方法。
（項目２８８）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの集団内のＡＰＳ間で共有される、項目２８７に記載の方法。
（項目２８９）
前記第１または第２の相補的領域が、ＡＰＳの異なる集団に関して異なる、項目２８７〜２８８に記載の方法。
（項目２９０）
ライゲーションをさらに含む、項目２８７〜２８９に記載の方法。
（項目２９１）
前記連結オリゴヌクレオチドが、前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢの起源集団をコードするサブコードを含む、項目２８７〜２９０に記載の方法。
（項目２９２）
前記ＡＰＳが、該ＡＰＳの起源集団をコードするサブコードを有する、項目２６１〜２９０に記載の方法。
（項目２９３）
前記ＥＳＢが、該ＥＳＢの起源集団をコードするサブコードを有する、項目２６１〜２９２に記載の方法。
（項目２９４）
個々のＡＰＳ、ＥＳＢまたは連結オリゴヌクレオチド分子が、ユニークタグを含む、項目２６１〜２９３に記載の方法。
（項目２９５）
検出が、前記ユニークタグの検出を含む、項目２９４に記載の方法。
（項目２９６）
特定のＥＳＢと関連しているユニークタグの数が決定される、項目２９５に記載の方法。
（項目２９７）
検出されたユニークタグの数が、前記特定のＥＳＢの初期量に関係する、項目２９６に記載の方法。
（項目２９８）
前記ＥＳＢが、前記連結オリゴヌクレオチドに共有結合的に連結される、項目２８７〜２９７に記載の方法。
（項目２９９）
ＡＰＳまたはＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、項目２６１〜２９８に記載の方法。
（項目３００）
ＣＯＢが、ペプチド配列をコードする、項目２６１〜２９９に記載の方法。
（項目３０１）
前記ＣＯＢが、ポリメラーゼ開始部位を含む、項目２６１〜３００に記載の方法。
（項目３０２）
前記ペプチドが、親和性タグを含む、項目３００〜３０１に記載の方法。
（項目３０３）
前記親和性タグが、Ｈｉｓタグである、項目３０２に記載の方法。
（項目３０４）
前記２つ以上のサンプルが、少なくとも５個のサンプルを含む、項目２６１に記載の方法。
（項目３０５）
前記２つ以上のサンプルが、少なくとも１０個のサンプルを含む、項目２６１に記載の方法。
（項目３０６）
前記２つ以上のサンプルが、少なくとも２０個のサンプルを含む、項目２６１に記載の方法。
（項目３０７）
直前の分割によって作製された前記サンプルの各々に、異なるＡＰＳを投入する、項目２６１に記載の方法。
（項目３０８）
細胞の集団中の細胞のＥＳＢに連結された標的分子を細胞起源バーコード（ＣＯＢ）で標識するための方法であって、
各細胞を個々の反応体積に分離する工程、および
化学的手段または親和性手段を介して該ＣＯＢを該ＥＳＢに付加する工程
を包含する、方法。
（項目３０９）
前記反応体積が、微小気泡、微小滴、ウェル、微小ウェルおよびマイクロ流体デバイス内の囲われた空間からなる群より選択される、項目３０８に記載の方法。
（項目３１０）
細胞を起源とする種々のタイプの構成要素を解離させる工程および該構成要素を粒子上に配置する工程を包含する方法であって、該構成要素は、該粒子上で標識される、方法。
（項目３１１）
前記標識する工程が、細胞の起源に従って標識することを包含する、項目３１０に記載の方法。
（項目３１２）
前記標識する工程が、構成要素のタイプに従って標識することを包含する、項目３１０〜３１１に記載の方法。

Claims

複数の標的が複数の細胞に存在するか否かを同定するための方法であって、該方法は、該標的に複数のタグを結合する工程であって、タグは、該標的の同一性を表すコードを含む核酸である、工程；および
複数個のＡＰＳを該タグに付加して、該タグが結合している該細胞の同一性を表す、工程を包含する、方法。
個々の細胞の分離または単離が、前記結合する工程に不必要である、請求項１に記載の方法。
前記結合する工程中、単一細胞は、複数の細胞から単離されず、かつ該単一細胞を表すコードは、該結合する工程の前は未知である、請求項１に記載の方法。
前記コードを検出する工程をさらに包含し、個々の細胞の分離または単離は、該検出する工程に不必要である、請求項１に記載の方法。
各標的が、タンパク質または核酸である、請求項１に記載の方法。
前記タグが、核酸である、請求項５に記載の方法。
前記タグが、ＵＢＡを含む、請求項１に記載の方法。
前記ＵＢＡが、前記標的のうちの１つに特異的である、請求項７に記載の方法。
前記ＵＢＡが、抗体を含む、請求項７に記載の方法。
前記タグが、ＥＳＢを含む、請求項１に記載の方法。
前記ＥＳＢが、共通リンカー（ＣＬ）を含む、請求項１０に記載の方法。
前記ＥＳＢが、前記標的の同一性をコードする、請求項１０に記載の方法。
前記ＥＳＢが、核酸を含む、請求項１０に記載の方法。
前記タグが、複数個のＡＰＳ、ＥＳＢおよびＵＢＡを含む、請求項１０に記載の方法。
前記ＡＰＳが、検出可能に異なるコードユニットである、請求項１４に記載の方法。
ＡＰＳが、分割プール合成の連続したラウンドにおいて順序づけられた様式で前記タグに付加される、請求項１４に記載の方法。
前記タグが、４〜１０００個（またはそれより多く）の個々に異なるコードのプールから各々に得られる少なくとも２個のＡＰＳを含む、請求項１４に記載の方法。
前記ＡＰＳが、核酸を含む、請求項１４に記載の方法。
前記複数個のＡＰＳ、前記ＥＳＢおよび前記ＵＢＡが、ライゲーションによって連結されている、請求項１４に記載の方法。
前記複数個のＡＰＳ、前記ＥＳＢおよび／または前記ＵＢＡが、クリックケミストリーによって連結されることが可能である、請求項１４に記載の方法。
前記ＡＰＳまたは前記ＥＳＢが、増幅プライマー結合領域を含む、請求項１４に記載の方法。
前記ＵＢＡ、ＥＳＢまたはＡＰＳが、鋳型になり得る、請求項１４に記載の方法。
ａ）第１の標的分子、
ｂ）該第１の標的分子に特異的な第１のユニーク結合物質（ＵＢＡ）、
ｃ）第１の連結可能なＵＢＡ依存性のエピトープ特異的バーコード（ＥＳＢ）、および
ｄ）複数の順序づけられたアッセイ可能ポリマーサブユニット（ＡＰＳ）
を含み、該ＡＰＳの順序は、検出可能である、組成物。
前記結合する工程中、単一細胞は、前記複数の細胞から単離されず、かつ該単一細胞を表すコードは、該結合する工程の前に予測可能である、請求項１に記載の方法。