JP2013540734A - Ｍｌｌ再構成白血病の治療法 - Google Patents

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Abstract

提供するのは、HDAC阻害剤を単独で又はDNA脱メチル化剤と組み合わせて患者に投与することによってMLL再構成ALLを治療するための方法である。提供するのはまた、MLL再構成乳児ALLを治療する方法である。これらの薬剤によって細胞を処理する方法も提供する。さらに、MLL再構成ALL、特にMLL再構成乳児ALLを治療することが可能な化合物をスクリーニングするための方法を開示する。
【選択図】図１A

Description

提供するのは、ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤を使用して、白血病を治療するための方法である。一実施態様では、白血病は、MLL再構成急性リンパ性白血病(ALL)である。提供するのはまた、HDAC阻害剤を使用して、MLL再構成ALL細胞株を処理する方法である。一実施態様では、この方法は、HDAC阻害剤と脱メチル化剤との組み合わせを使用することを含む。
MLL再構成乳児ALLは、適切な治療レジメンが未だにないことから、依然として、最も侵襲性の高いタイプの小児白血病である(Pietersらの文献、「Lancet」370(9583):240-250、2007;Puiらの文献、「Lancet」371(9617):1030-1043、2008)。MLL再構成を有しないALLを患う、より年上の子供を治療するために成功裏に使用されていた従来の組み合わせ化学療法は、乳児MLL再構成白血病症例の50%以上で成功しなかった。ALLを患う乳児(1歳未満の子供と定義される)についての治療手段を最適化しようとする最近の試みにもかかわらず、大多数のこれらの患者の予後は、依然として不良である。
MLL再構成乳児白血病は、染色体11q23上の混合型白血病(MLL)遺伝子の再構成を特徴とする白血球の悪性病変である。他の大多数の再現性のある転座とは異なり、MLL再構成は、急性骨髄性白血病(AML)及び急性リンパ性白血病(ALL)として分類される白血病にみられる。MLL再構成白血病は、骨髄とリンパの両方に関連する遺伝子を発現することが多い。ALLを患う乳児の約80%は、白血病特異的な転座を伴うMLL遺伝子を保有する。
MLL再構成白血病は、その特有のゲノム全体の遺伝子発現プロファイルと白血病特異的なヒストン修飾によって、他のタイプの白血病と識別可能である(Armstrongらの文献「Nat Genet」30(1):41-47、2002;Krivtsovらの文献「Cancer Cell」14(5):355-368、2008;Krivtsov & Armstrongの文献、「Nat Rev Cancer」7(11):823-833、2007;Stamらの文献、「Blood」115(14):2835-2844、2010)。野生型MLL遺伝子は通常、ヒストンメチル基転移酵素活性を介するエピジェネティックな制御因子として機能しているので、造血細胞におけるMLLの正常な機能が抑止されると、誤ったヒストン修飾が引き起こされる。どうやら、こうしたエピジェネティックな脱制御は、白血病発症を助長するようである(Guentherらの文献、「Genes Dev」22(24):3403-3408、2008)。最近、不適切なヒストン修飾以外に、MLL再構成乳児ALL細胞におけるエピジェネティックな景観が、多数の遺伝子プロモーターでの深刻で異常なDNAメチル化によってさらに変化することが示されている(Stumpelらの文献、「Blood」114(27):5490-5498、2009)。MLL再構成ALLを患う乳児の大多数、特に乳児ALL患者に最も一般的な型のMLL再構成を代表する転座t(4;11)を有する乳児は、極度に過剰メチル化された白血病を患っている。
メチル化のパターンは、近年、研究の重要なテーマとなっている。正常な組織では、ある遺伝子のメチル化は大抵、シトシン-リン酸-グアニン(CpG)が乏しいコード領域に局在化していることが、研究によって判明している。それに対して、その遺伝子のプロモーター領域は、その領域の高密度のCpGアイランドにもかかわらず、メチル化されない。
新形成は、ゲノム全体の低メチル化に、局所的な過剰メチル化と、DNAメチル基転移酵素の発現の増大とが伴われるような、「メチル化不均衡」を特徴とする(Chenらの文献、「Nature」395(6697):89-93、1998)。細胞における全体的なメチル化状態はまた、ゲノム全体の低メチル化が、染色体の不安定性及び突然変異率の増大をもたらす可能性があるという証拠によって示唆される通り、発癌の引き金となる要因である可能性がある(Baylinらの文献、「Adv. Cancer Res.」72:141-96、1998)。ある種の遺伝子のメチル化状態は、腫瘍形成のバイオマーカーとして使用することができる。例えば、パイクラスグルタチオンS-転移酵素遺伝子(GSTP1)の過剰メチル化は、前立腺癌の有望な診断指標でありそうである(Nakayamaらの文献、「J. Cell. Biochem.」91(3):540-52、2004)。
MLL再構成乳児ALLの治療は、依然として重要課題であり、この疾患の治療のための化合物及び方法の必要性が存在する。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、疾患を治療することが可能な化合物を、遺伝子発現データに基づいてスクリーニングするための方法である。一実施態様では、疾患の遺伝子発現シグネチャーに関する相関マッピング(connectivity mapping)が適用される。一実施態様では、該疾患は、造血器腫瘍である。一実施態様では、該造血器腫瘍は、MLL再構成ALLである。一実施態様では、該造血器腫瘍は、MLL再構成乳児ALLである。一実施態様では、遺伝子発現シグネチャーは、t(4:11)陽性の乳児ALL細胞において、最も著しく低メチル化された遺伝子に相当する。
本明細書で提供される方法によって治療される造血器腫瘍としては、リンパ腫、白血病、多発性骨髄腫、形質細胞由来の癌、再発性造血器腫瘍、及び難治性造血器腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができるリンパ腫としては、小リンパ球性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、B細胞リンパ芽球性リンパ腫、小型切れ込みB細胞リンパ腫、非切れ込みB細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、及び末梢T細胞リンパ腫(PTCL)が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができる白血病としては、急性リンパ性白血病(ALL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性骨髄性白血病(AML)、MLL再構成ALL、及びMLL再構成乳児ALLが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成ALLである。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成乳児ALLである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、患者の造血器腫瘍における低メチル化された癌原遺伝子を検出するための方法であって、患者の造血器腫瘍から生体試料を得ることと;1以上のレベルの低メチル化癌原遺伝子のmRNA発現を測定する、又は該低メチル化癌原遺伝子の存在を特定すること(例えば、ノーザンブロット、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、免疫化学(IHC)、又はウェスタンブロット)と;前記測定値を、低メチル化癌原遺伝子を有しない患者の造血器腫瘍からの対照測定値と比較することと(ここでは、mRNA発現の変化が、前記患者の造血器腫瘍における低メチル化癌原遺伝子の存在を示す)を含む前記方法である。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤療法に対して感受性である造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の可能性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤療法によって前記造血器腫瘍が治療される可能性を予測する)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との併用療法に対して感受性である造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の可能性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせによって前記造血器腫瘍が治療される可能性を予測する)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の、HDAC阻害剤を用いる治療の治療有効性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤療法を用いる治療の治療有効性を予測するものである)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせを用いる治療の治療有効性を予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせの治療有効性を予測するものである)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成ALLを治療するための方法であって、こうした治療を必要とする患者に、有効量のHDAC阻害剤を投与することを含む前記方法である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成乳児ALLを治療するための方法であって、こうした治療を必要とする患者に、有効量のHDAC阻害剤を投与することを含む前記方法である。本明細書で提供される方法に使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成ALLを治療する方法であって、こうした治療を必要とする患者に、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との有効量の組み合わせを投与することを含む前記方法である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成乳児ALLを治療する方法であって、こうした治療を必要とする患者に、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との有効量の組み合わせを投与することを含む前記方法である。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、HDAC阻害剤と相加的に作用する。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、HDAC阻害剤と相乗的に作用する。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。本明細書で提供される方法に使用するためのDNA脱メチル化剤としては、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成ALLを治療するための医薬組成物である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、MLL再構成乳児ALLを治療するための医薬組成物である。一実施態様では、該医薬組成物は、HDAC阻害剤と医薬として許容し得る担体とを含む。別の実施態様では、該医薬組成物は、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤とを含む。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞をHDAC阻害剤と接触させることによって、生体外で細胞を処理する方法である。これらの細胞は、細胞を死滅させるのに十分な濃度のHDAC阻害剤を用いて治療することができる。一実施態様では、十分な濃度のHDAC阻害剤が、細胞死を誘導するために使用される。一実施態様では、細胞は、新生細胞である。一実施態様では、細胞は、血液細胞である。一実施態様では、該方法は、ある種の条件(例えば、薬剤の濃度など)下で、HDAC阻害剤の細胞毒性を、癌細胞に到達させるのに有用である。一実施態様では、該方法は、HDAC阻害剤に対する対象の癌又は新生物の感受性を確認するために使用することができる。一実施態様では、細胞は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞である。本明細書で提供される方法で使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞を、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせと接触させることによって、生体外で細胞を処理する方法である。これらの細胞は、細胞を死滅させるのに十分な濃度の組み合わせを用いて治療することができる。一実施態様では、十分な濃度の組み合わせが、細胞死を誘導するために使用される。一実施態様では、細胞は、新生細胞である。一実施態様では、細胞は、血液細胞である。一実施態様では、該方法は、ある種の条件(例えば、薬剤の濃度など)下で、該組み合わせの細胞毒性を、癌細胞に到達させるのに有用である。一実施態様では、該方法は、該組み合わせに対する対象の癌又は新生物の感受性を確認するために使用することができる。一実施態様では、細胞は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞である。本明細書で提供される方法で使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。本明細書で提供される方法で使用するためのDNA脱メチル化剤としては、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞をHDAC阻害剤と接触させることによって、インビトロで細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は、新生細胞株から得られる。一実施態様では、新生細胞株は、血液細胞株である。これらの細胞株は、細胞を死滅させるのに十分な濃度のHDAC阻害剤を用いて治療することができる。一実施態様では、十分な濃度のHDAC阻害剤が、細胞死を誘導するために使用される。一実施態様では、該方法は、ある種の条件(例えば、薬剤の濃度、細胞株など)下で、HDAC阻害剤の細胞毒性を、癌細胞株に到達させるのに有用である。一実施態様では、該方法は、HDAC阻害剤に対する対象の癌株又は新生物の感受性を確認するために使用することができる。一実施態様では、細胞株は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞株である。特定の実施態様では、t(4;11)陽性乳児ALL細胞株は、SEM及びRS4;11である。本明細書で提供される方法で使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞を、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせと接触させることによって、インビトロで細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は、新生細胞株から得られる。一実施態様では、新生細胞株は、血液細胞株である。これらの細胞株は、細胞を死滅させるのに十分な濃度の該組み合わせを用いて治療することができる。一実施態様では、十分な濃度の該組み合わせが、細胞死を誘導するために使用される。一実施態様では、該方法は、ある種の条件(例えば、薬剤の濃度、細胞株など)下で、該組み合わせの細胞毒性を、癌細胞株に到達させるのに有用である。一実施態様では、該方法は、該組み合わせに対する対象の癌株又は新生物の感受性を確認するために使用することができる。一実施態様では、細胞株は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞株である。特定の実施態様では、t(4;11)陽性乳児ALL細胞株は、SEM及びRS4;11である。本明細書で提供される方法で使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。本明細書で提供される方法で使用するためのDNA脱メチル化剤としては、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤又はその医薬組成物と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者におけるMYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者におけるこれらの低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含むキットである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせ又はその医薬組成物と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者におけるMYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者におけるこれらの低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含むキットである。
本発明の実施態様は、非限定的な実施態様を例示することを目的とする詳細な説明及び実施例を参照することによって、より十分に理解することができる。
すべての正常骨髄試料における、ばらつきがなくメチル化された正常骨髄(n=7)と比べて最も著しく低メチル化された、t(4;11)陽性の乳児ALL(n=15)における36個の遺伝子を示す。縦列は、患者試料に相当し、横列は、遺伝子に相当する。相対的なDNAメチル化レベルが示される。遺伝子名を右側に列挙する。 DNAメチル化プロファイルを図Aに示したのと同じ患者及び同じ遺伝子についての遺伝子発現プロファイルを示すヒートマップを示す。相対的な遺伝子発現値が示される。 相関マップ(connectivity map)(cmap)の作成のために使用される以前のAffymetrix HU133Aプラットフォーム上に示されなかった6プローブの削除後の遺伝子発現プロファイルを示す。
DAVID遺伝子オントロジーデータベースから得られた結果を示す。
図3A、3B、3C、3D、3E、3F、3G及び3Hは、ハウスキーピング遺伝子B2Mに対する癌原遺伝子:DIAPH1のmRNA発現レベルを示す。mRNA発現レベルは、t(4;11)陽性細胞株SEM及びRS4;11、MLL-AF4患者(n=10)、正常骨髄試料(n=5)、並びにCD19+B細胞において決定した。P値[正常骨髄に対するt(4;11)陽性患者]は、Mann-Whitney U検定から得られた。
図4A、図4B、図4C、及び図4Dは、相関マップから得られる結果を示す。棒状図は、それぞれが、個々の治療-対照ペア(例)に相当する水平線から作成される。例は、t(4;11)陽性乳児ALLのクエリーシグネチャー(querysignature)における対応する濃縮度(enrichment)によって配列される。各HDAC阻害剤について、すべての例は、実線で示される。二重線は、クエリーされるシグネチャー(queriedsignature)との強い正の相関を示し、点線は、強い負の相関を示す。HDAC阻害剤TSA(4A)、SAHA(4B)、VPA(4C)、及びMS-275(4D)が示される。
図5A、5B、5C、及び5Dは、相関マップの結果を示す。各HDAC阻害剤について、相関マップによって、治療-対照ペア間の発現の相違の程度(幅)の計測値が推定された。これらのグラフでは、この幅は、Y軸上に示され、選択された癌原遺伝子は、X軸上に表される。A.TSA、B.SAHA、C.VPA、D.MS-275。
図6A、6B、6C、6D、及び6Eは、異なるHDAC阻害剤によってもたらされるt(4;11)陽性ALL細胞のインビトロ細胞毒性を示す。細胞株SEM、細胞株RS4;11、MLL-AF4患者(n=10)、及び正常骨髄(n=7)における、HDAC阻害剤に対する平均のインビトロ細胞毒性反応を示す、用量-反応曲線。A.TSA、B.SAHA、C.VPA、D.ロミデプシン、E.MS-275。エラーバーは、平均値の標準誤差(SEM)を表す。患者の細胞と正常骨髄細胞との間の平均の細胞毒性の差を、Mann-Whitney U検定を使用して統計的に分析し、この差は、p＜0.01で統計的に有意であると考えられた。
図7A及び7Bは、細胞生存数を示す。トリパンブルー排除によって測定される細胞生存率を、HDAC阻害剤:TSA(1mM)、SAHA(10μM)、VPA(10mM)、ロミデプシン(10ng/ml)、及びMS-275(10μM)への異なる曝露について、3つの時点で(6時間、24時間、及び48時間後に)示す。A.SEM細胞株、B.RS4;11細胞株。
図8A、8B、8C、8D、8E、8F、及び8Gは、SEM細胞株における、HDAC阻害剤への曝露後の相対的な癌原遺伝子mRNA発現を示す。図8AA、8BB、8CC、8DD、8EE、8FF、及び8GGは、RS4;11細胞株における、HDAC阻害剤への曝露後の相対的な癌原遺伝子mRNA発現を示す。ハウスキーピング遺伝子B2Mに対する、癌原遺伝子A.RAN、B.SET、C.MYC、D.RUNX1、E.HOXA9、F.PARK7、及びG.DIAPHIのmRNA発現レベル。mRNA発現レベルは、様々な濃度の6種のHDAC阻害剤:TSA(1mM)、SAHA(10μM)、VPA(10mM)、ロミデプシン(10ng/ml)、及びMS-275(10μM)に6時間曝露させたt(4;11)陽性細胞株SEM及びRS4;11において決定した。RUNX1、PARK7、DIAPH1、及びHOXA9については、24時間曝露後のデータも同様に示す(斜線塗りつぶし)。SEM又はRS4;11における発現レベルを、100%と設定した。
より多くの癌原遺伝子が高度に発現している場合の再発のリスクの増大を実証する。t(4;11)陽性乳児ALL患者(n=28)における再発のリスク。癌原遺伝子RAN、RUNXI、MYC、及びSETのそれぞれについて、RT-PCRの中央値に基づいて、患者を2つのグループに分けた。3又は4個の癌原遺伝子が高度に発現している患者(n=7)と、3個未満の癌原遺伝子が高度に発現している患者(n=21)について、再発のリスクを別々にコンピュータ算出した。Kaplan Meier推定量を用いてコンピュータ算出した再発率をY軸上に示し、経過観察の時間(年単位)をX軸上に示す。ログランク検定を使用して、別の患者グループ間の結果を比較した。生存統計のコンピュータ算出のために、SPSS 16.0統計ソフトウェア(SPSS社、Chicago,IL,USA)を使用した。
図10A、10B、10C、及び10Dは、患者が自身の癌原遺伝子mRNA発現レベルに従って2つのグループに分けられた場合の、t(4;11)陽性の乳児ALL患者(n=28)における再発のリスクを示す。癌原遺伝子RAN、RUNX1、MYC、及びSETの各々について、RT-PCRの中央値に基づいて、患者を2つのグループに分けた。再発率をY軸上に示し、経過観察の時間(年単位)をX軸上に示す。再発のリスクは、Kaplan Meier推定量を用いてコンピュータ算出した。ログランク検定を使用して、異なる患者グループ間の結果を比較した。生存統計のコンピュータ算出のために、SPSS 16.0統計ソフトウェア(SPSS社、Chicago,IL,USA)を使用した。A.RUNX1、B.RAN、C.MYC、及びD.SET。
(詳細な説明)
(定義)
前述の一般的説明及び以下の詳細な説明は、例示的かつ説明的に過ぎず、主張するいかなる目的物も制限しないことを理解されたい。本出願では、他に特別な記述のない限り、単数の使用は、複数を含む。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、文脈によってそうではないと明らかに決定付けられない限り、単数形「a」、「an」、及び「the」は、複数形の指示物を含むことに留意しなければならない。「又は」の使用は、他に特別な記述のない限り、「及び/又は」を意味することにも留意するべきである。さらに、用語「含むこと(including)」、並びに「含む(include)」及び「含まれる(included)」などの他の形の使用は、限定的ではない。
用語「治療すること」は、本明細書で使用する場合、障害又は疾患に伴う症状(例えば、癌又は腫瘍症候群)の完全又は部分的な軽減、或いはそれらの症状のさらなる進行又は悪化の遅延、又は停止を意味する。
用語「予防すること」は、本明細書で使用する場合、疾患又は障害(例えば癌)、或いはその症状の完全又は部分的な発症、再発、又は広がりの予防を意味する。
HDAC阻害剤と関連する用語「有効量」は、障害、例えば癌に伴う症状を完全又は部分的に軽減すること、或いはそれらの症状のさらなる進行又は悪化を遅延又は停止させること、或いは癌のリスクがある対象における癌を予防する、又は癌に対する予防法を提供することが可能な量を意味する。例えば医薬組成物中のHDAC阻害剤の有効量は、所望の効果を成すこととなるレベル;例えば、経口投与と非経口投与どちらのための単位投薬量中でも対象の体重1kgあたり約0.005mgから対象の体重1kgあたり約100mgであり得る。当業者には明らかである通り、本明細書に開示されるHDAC阻害剤の有効量は、治療される適応症の重さに応じて変動し得ることが予想されることとなる。
本明細書に記述する遺伝子及び/又はタンパク質は、対立遺伝子変異型アイソフォーム、合成の核酸及び/又はタンパク質、組織及び細胞から単離した核酸及び/又はタンパク質、並びにこれらの改変形を包含することが理解されよう。本明細書に記述する遺伝子及び/又はタンパク質はまた、変異型及び突然変異型を含めた様々な形で存在することが知られており、本明細書ではこれらも企図されることも理解されよう。本明細書に記述する遺伝子及び/又はタンパク質には、検出されることとなる遺伝子又はタンパク質と少なくとも65%の同一性を有する核酸配列及び/又はアミノ酸配列がさらに含まれ、これらも本明細書に記述する実施態様内に含まれる。
用語「生体試料」には、対象から分離された組織(限定はされないが組織生検試料を含めて)、細胞、生体液、及びこれらの単離物、並びに対象内に存在する組織、細胞、及び体液が含まれるものとする。
用語「造血器腫瘍」は、血液、骨髄、及びリンパ節に影響を与えるタイプの癌を意味する。
用語「白血病」とは、血液形成組織の悪性新生物をいう。白血病には、慢性リンパ球性白血病、(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、急性リンパ性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、及び急性骨髄芽球性白血病(AML)が含まれるが、これらに限定されない。白血病は、再発性、難治性、又は従来の療法に対して抵抗性である可能性がある。用語「再発する」とは、療法後に白血病の寛解を経験した患者の骨髄内に白血病細胞が戻り、正常な血液細胞が減少するような状態をいう。用語「難治性又は抵抗性」とは、集中治療後でも、患者の骨髄内に白血病細胞が残っているような状況をいう。
用語「急性白血病」は、悪性細胞へと変わる未成熟な血液細胞の数の急速な増加と、血液中に流出して体の他の器官へと広がる悪性細胞の急速な発達と蓄積とが特徴である疾患を意味する。
用語「慢性白血病」は、比較的成熟しているが正常ではない白血球の過剰構築が特徴である疾患を意味する。
用語「リンパ腫」は、免疫系のリンパ細胞において発生するタイプの癌を意味し、成熟B細胞リンパ腫、成熟T細胞及びナチュラルキラー細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、並びに免疫不全関連リンパ増殖異常症が含まれるがこれらに限定されない。
用語「立体異性体」とは、分子式や結合している原子の配列(構成)は同じであるが、空間における原子の三次元配向性のみが異なる異性体分子をいう。構造異性体は、同じ分子式を有するが、異なる原子/基の間の結合の接続及び/又はその順序が異なる。立体異性体では、構成原子の順序及び結合の接続は同じであるが、空間におけるその配向性が異なる。
用語「鏡像異性体」は、「重ね合わせが不可能」である(同一ではない)、互いに鏡像である2つの立体異性体のうちの1つである。不斉(キラル)炭素を含む有機化合物は通常、重ね合わせが不可能な2つの構造を有する。
用語「立体異性体的に(stereomerically)純粋な」は、ある化合物の1つの立体異性体を含み、かつ、この化合物の他の立体異性体を実質的に含まない組成物を意味する。例えば、1つのキラル中心を有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の相対する鏡像異性体を実質的に含まないこととなる。2つのキラル中心を有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の他のジアステレオ異性体を実質的に含まないこととなる。典型的な立体異性体的に純粋な組成物は、重量で約80%超の該化合物の一方の立体異性体と重量で約20%未満の該化合物の他方の立体異性体、より好ましくは重量で約90%超の該化合物の一方の立体異性体と重量で約10%未満の該化合物の他方の立体異性体、さらに好ましくは重量で約95%超の該化合物の一方の立体異性体と重量で約5%未満の該化合物の他方の立体異性体、最も好ましくは重量で約97%超の該化合物の一方の立体異性体と重量で約3%未満の該化合物の他方の立体異性体を含む。
用語「立体異性体的に濃縮された」は、重量で約60%超の、ある化合物の一方の立体異性体、好ましくは重量で約70%超の、より好ましくは重量で約80%超の、ある化合物の一方の立体異性体を含む組成物を意味する。本明細書で使用する場合、かつ他に特別な指示のない限り、用語「鏡像異性体的に純粋な」は、1つのキラル中心を有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物を意味する。同様に、用語「立体異性体的に濃縮された」は、1つのキラル中心を有する化合物の立体異性体的に濃縮された組成物を意味する。言い換えると、本発明は、該方法における免疫調節化合物のR又はS鏡像異性体の使用を包含する。
用語「動物」とは、動物界のいかなるメンバーもいう。いくつかの実施態様では、「動物」とは、発達のあらゆる段階のヒトをいう。いくつかの実施態様では、「動物」とは、発達のあらゆる段階の、ヒトでない動物をいう。
本明細書で使用する場合、用語「操作された」及び「組換え」細胞又は宿主細胞とは、あるタンパク質をコードするcDNA又は遺伝子などの外来のDNAセグメント又は遺伝子が導入されている細胞をいうものとする。したがって、操作された細胞は、組換えによって導入された外来のDNAセグメント又は遺伝子を含有しない天然に存在する細胞と区別できる。操作された細胞は、人の手によって導入された遺伝子(1又は複数)を有する細胞である。組換え細胞には、導入されたcDNA又はゲノム遺伝子を有する細胞が含まれ、また、導入された特定の遺伝子には天然には伴われないプロモーターの隣に位置する遺伝子も含まれる。
用語「医薬として許容し得る担体」は、本明細書で使用する場合、主題化合物を、ある器官の投与部位又は身体の部分から別の器官又は身体の部分に、或いはインビトロアッセイ系において、保持又は輸送するのに必要とされる、液体又は固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、又は封入材料などの、医薬として許容し得る材料、組成物、又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、かつ、その担体が投与される対象にとって有害ではないという意味で「許容し得る」ものでなければならない。また、許容し得る担体は、主題化合物の特定の活性を変化させてはならない。
用語「医薬として許容し得る」とは、ヒトに投与される場合に、生理学的に許容可能であり、かつ、急性胃蠕動、眩暈などのアレルギー反応又は同様の有害な反応を一般的に生じない、分子的実体及び組成物をいう。
治療用組成物に関して使用する場合、用語「単位用量」とは、ヒトのための単位投薬量として適した物理的に不連続な単位(各単位は、必要とされる希釈剤(すなわち担体又はビヒクル)と共に、所望の治療効果を生じるように算出されたあらかじめ決定された量の活性な材料を含有する)をいう。
用語「約」又は「およそ」は、当業者によって決定されるある特定の値に対する許容し得る誤差(これは、値が測定又は決定される方法に、ある程度依存する)を意味する。ある実施態様では、用語「約」又は「およそ」は、第1、第2、第3、又は第4標準偏差内を意味する。ある実施態様では、用語「約」又は「およそ」は、所与の値又は範囲の50%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、又は0.05%の範囲内を意味する。
用語「活性成分」及び「活性物質」とは、ある状態、障害、又は疾患の1以上の症状を治療する、予防する、又は寛解させるために、単独で、或いは医薬として許容し得る1種以上の賦形剤と組み合わせて対象に投与される化合物をいう。本明細書で使用する場合、「活性成分」及び「活性物質」は、本明細書に記述する化合物の光学活性異性体又は同位体的変形体であり得る。
用語「薬物」、「治療薬」、及び「化学療法薬」とは、ある状態、障害、又は疾患の1以上の症状を治療する、予防する、又は寛解させるために対象に投与される化合物又はその医薬組成物をいう。
(ロミデプシン)
ロミデプシンは、藤沢薬品工業株式会社によってクロモバクテリウムビオラセム(Chromobacterium violaceum)から単離された天然の産物である(日本公開特許出願第64872号、1990年12月11日発行の米国特許第4,977,138号、Uedaらの文献、「J.Antibiot」(Tokyo) 47:301-310、1994;Nakajimaらの文献、「Exp Cell Res」241:126-133、1998;及びWO 02/20817;これらをそれぞれ参照により本明細書に組み込む)。ロミデプシンは、4つのアミノ酸残基(D-バリン、D-システイン、デヒドロブチリン、及びL-バリン)と、アミド結合とエステル結合との両方を含有する新規の酸(3-ヒドロキシ-7-メルカプト-4-ヘプテン酸)とからなる二環式ペプチドである。ロミデプシンは、発酵を使用するC.ビオラセム(C.violaceum)からの産生の他に、合成又は半合成手段によって調製することもできる。Kahnらによって報告されたロミデプシンの全合成は、14ステップを必要とし、18%の全収率でロミデプシンがもたらされる(Kahnらの文献「J.Am.Chem.Soc.」118:7237-7238、1996)。
ロミデプシンの化学名は、(1S,4S,7Z,10S,16E,21R)-7-エチリデン-4,21-ビス(1-メチルエチル)-2-オキサ-12,13-ジチア-5,8,20,23-テトラザビシクロ[8.7.6]トリコス-16-エン-3,6,9,19,22-ペントンである。実験式は、C24H36N4O6S2である。分子量は、540.71である。室温では、ロミデプシンは、白色粉末である。
ロミデプシンの構造を、下に示す(式I)。
Figure 2013540734
ロミデプシンは、抗菌、免疫抑制、及び抗腫瘍活性を有することが示されている。ロミデプシンは、例えば、造血器腫瘍(例えば、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、多発性骨髄腫など)及び固形腫瘍(例えば、前立腺癌、膵臓癌など)をを患う患者の治療における使用について試験され、脱アセチル化酵素(例えば、ヒストン脱アセチル化酵素、チューブリン脱アセチル化酵素)を選択的に阻害することによって作用すると考えられており、したがって、新しい種類の抗癌療法の開発のための新しい標的となる見込みがある(Nakajimaらの文献、「Exp Cell Res」241:126-133、1998)。ロミデプシンの作用の一様式は、1以上のクラスのヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)の阻害を伴う。ロミデプシンの調製及び精製は、例えば米国特許第4,977,138号及び国際PCT出願公報WO 02/20817に記載されており、これらをそれぞれ、参照により本明細書に組み込む。
ロミデプシンの例示的な形には、所望の活性(例えば、脱アセチル化酵素阻害剤活性、攻撃的阻害(aggressive inhibition)、細胞毒性)を有する、塩、エステル、プロドラッグ、異性体、立体異性体(例えば、鏡像異性体、ジアステレオ異性体)、互変異性体、保護形、還元形、酸化形、誘導体、及びこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。ある実施態様では、ロミデプシンは、医薬等級の材料であり、米国薬局方、日本薬局方、又は欧州薬局方の基準を満たす。ある実施態様では、ロミデプシンは、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%、又は少なくとも99.95%純粋である。ある実施態様では、ロミデプシンは、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%、又は少なくとも99.95%が単量体である。ある実施態様では、ロミデプシン材料中には、不純物(例えば、酸化された材料、還元された材料、二量体化した又はオリゴマー化した材料、副産物など)は検出されない。ロミデプシンは通常、合計で1.0%未満、0.5%未満、0.2%未満、又は0.1%未満の他の未知物質を含む。ロミデプシンの純度は、外観、HPLC、比旋光度、NMR分光法、IR分光法、UV/可視分光法、粉末Ｘ線回折(XRPD)分析、元素分析、LC-質量分析、又は質量分析によって評価することができる。
一実施態様では、ロミデプシンは、式(II)のロミデプシンの誘導体、及びその医薬として許容し得る形である
Figure 2013540734
 (式中、
Nは、1、2、3、又は4であり;
Nは、0、1、2、又は3であり;
Pとqは独立に、1又は2であり;
Xは、0、NH、又はNR8であり;
R1、R2、及びR3は独立に、水素、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族;非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式のヘテロ脂肪族;非置換若しくは置換型のアリール;又は非置換若しくは置換型のヘテロアリールであり;R4、R5、R6、R7、及びR8は独立に、水素、又は置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族である)。
一実施態様では、mは1であり、nは1であり、pは1であり、qは1であり、Xは0であり、R1、R2、及びR3は、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない非環式の脂肪族である。一実施態様では、R4、R5、R6、及びR7は、すべて水素である。
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(III)のもの、及びその医薬として許容し得る形である
Figure 2013540734
 (式中:
mは、1、2、3、又は4であり;
nは、0、1、2、又は3であり;
qは、2又は3であり;
Xは、0、NH、又はNR8であり;
Yは、ORB、又はSR8であり;
R2とR3は独立に、水素、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式のヘテロ脂肪族、非置換若しくは置換型のアリール、又は非置換若しくは置換型のヘテロアリールであり;
R4、R5、R6、R7、及びR8は独立に、水素、又は置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族から選択される)。
一実施態様では、mは1であり、nは1であり、qは2であり、XはNHであり、R2及びR3は、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない非環式の脂肪族である。一実施態様では、R4、R5、R6及びR7は、すべて水素である。
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(IV)のもの、及びその医薬として許容し得る形である
Figure 2013540734
 (式中:
Aは、生理条件下で切断されてチオール基をもたらす部分であり、例えば、脂肪族若しくは芳香族のアシル部分(チオエステル結合を形成する)、脂肪族若しくは芳香族のチオキシ(ジスルフィド結合を形成する)などが挙げられる)。こうした脂肪族若しくは芳香族基としては、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族基、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基が含まれ得る。Aは、例えば、-COR1、-SC(=0)-0-R1、又は-SR2であり得;
R1は独立に、水素、置換若しくは非置換型のアミノ、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基である。一実施態様では、R1は、水素、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、ベンジル、又はブロモベンジルであり;
R2は、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族基、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基である。
一実施態様では、R2は、メチル、エチル、2-ヒドロキシエチル、イソブチル、脂肪酸、置換若しくは非置換型のベンジル、置換若しくは非置換型のアリール、システイン、ホモシステイン、又はグルタチオンである。
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(V)又は(V')のものである
Figure 2013540734
 (式中:
R1、R2、R3、及びR4はそれぞれ、同じ又は異なり、かつアミノ酸側鎖部分を表し;
各R6は、同じ又は異なり、かつ水素又は(C1〜C4)アルキルを表し;
Pr1とPr2は、同じ又は異なり、かつ水素又はチオール保護基を表す)。
一実施態様では、アミノ酸側鎖部分は、天然のアミノ酸から誘導されるものである。一実施態様では、アミノ酸側鎖部分は、非天然のアミノ酸から誘導されるものである。
一実施態様では、各アミノ酸側鎖は、水素、(C1〜C6)アルキル、(C2〜C6)アルケニル、-L-O-C(0)-R'、-L-C(0)-0-R''、-L-A、-L-NR''R''、-L-Het-C(0)-Het-R''、及び-L-Het-R''から選択される部分であり、ここでは、Lは、(C1〜C6)アルキレン基であり、Aは、フェニル又は5若しくは6員のヘテロアリール基であり、各R'は、同じ又は異なり、かつ(C1〜C4)アルキルを表し、各R''は、同じ又は異なり、かつH又は(C1〜C6)アルキルを表し、各-Het-は、同じ又は異なり、かつ-0-、-N(R''')-、及び-S-から選択されるヘテロ原子スペーサーであり、各R'''は、同じ又は異なり、かつ水素又は(C1〜C4)アルキルを表す。
一実施態様では、R6は、水素である。
一実施態様では、Pr1とPr2は、同じ又は異なり、かつ水素、並びに、(C1〜C6)アルコキシ、(C1〜C6)アシルオキシ、ヒドロキシ、ニトロ、ピコリル、ピコリル-N-オキシド、アントリルメチル、ジフェニルメチル、フェニル、t-ブチル、アダマンチル、(C1〜C6)アシルオキシメチル、(C1〜C6)アルコキシメチル、テトラヒドロピラニル、ベンジルチオメチル、フェニルチオメチル、チアゾリジン、アセトアミドメチル、ベンズアミドメチル、第三ブトキシカルボニル(BOC)、アセチル及びその誘導体、ベンゾイル及びその誘導体、カルバモイル、フェニルカルバモイル、並びに(C1〜C6)アルキルカルバモイルによって任意に置換されたベンジル基から選択される保護基から選択される。一実施態様では、Pr1とPr2は水素である。
参照により本明細書に組み込まれる2006年12月7日に公開されたPCT出願公報WO 2006/129105には、式(V)及び(V')の様々なロミデプシン誘導体が開示されている。
(DNA脱メチル化剤)
DNA脱メチル化剤は、以前に過剰メチル化された発現抑制された遺伝子の発現をもたらす、DNAメチル化を阻害することができる化合物である。本明細書で提供される方法に適したDNA脱メチル化剤としては、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限定されない。アザシチジン及びデシタビンは、米国では、食品医薬品局(Food and Drug Administration)(FDA)によって、骨髄異形成症候群(MDS)の治療において認可されており、それぞれVidaza及びDacogenとして販売されている。プロカインは、ヒト癌細胞における成長抑制効果を有するDNA-脱メチル化剤である(Villar-Gareaらの文献、「Cancer Research」63(16):49844989、2003)。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
(MLL再構成ALLを治療するための化合物をスクリーニングするための方法)
相関マップ(cmap)は、遺伝子発現データに基づいて疾患を治療することが可能な化合物の探索における有用な手段である。一実施態様では、ある疾患の遺伝子発現シグネチャーに関する相関マッピングが適用される。一実施態様では、疾患は、MLL再構成ALLである。一実施態様では、疾患は、MLL再構成乳児ALLである。
cmapは、様々な濃度の広く選択されたFDA認可化合物を用いて治療された、白血病細胞株HL60を含めた培養されたヒト細胞株からの遺伝子発現データの膨大な蓄積である(Lambらの文献、「Science」313(5795):1929-1935、2006)。一実施態様では、cmapは、1309種の生理活性のある化合物に相当する7056遺伝子発現プロファイルから構成され、6100対の治療-ビヒクルペア(又は例)をもたらすような相関マップbuild02(www.broadinstitute.org/cmap)である。パターン照合アルゴリズムを使用すると、cmapによって、共通の遺伝子発現変化という特徴を介して示される発現シグネチャーを逆転させることが潜在的に可能である治療薬の発見が可能になる(Lambらの文献、2006、上記;Lambの文献、「Nat Rev Cancer」7(1):54-60、2007)。一実施態様では、cmapは、t(4;11)陽性乳児ALL遺伝子発現シグネチャーとの類似性によって、個々の治療例をランク付けするための遺伝子セット濃縮度基準を使用する。出力は、割り当てられた遺伝子濃縮度基準:相関スコアを有する小分子化合物からなる。相関スコアは、対照と比較した場合の、クエリーシグネチャープロファイルと、処理された細胞株の遺伝子プロファイルとの間の相関を表す。相関スコアは、アップスコア(up-score)とダウンスコア(down-score)を含む。ダウンスコアは、-1と1の間の値である。ダウンスコアは、所与の化合物を用いる、調べられる遺伝子シグネチャー(gene signature)の絶対的濃縮度を表す。一実施態様では、高い負のダウンスコアを有する化合物は、クエリーシグネチャーの下方調節を引き起こす。一実施態様では、本明細書で提供される方法に適した化合物は、最も高い負のダウンスコアに基づいて選択される。
MLL再構成ALL細胞、特にMLL再構成乳児ALL細胞の、得られたDNAメチル化パターンの検討によって、膨大な量の過剰メチル化された遺伝子を除いて、多数の遺伝子が、白血病特異的に低メチル化されたことが明らかになった。一実施態様では、低メチル化遺伝子は、癌原遺伝子である。一実施態様では、癌原遺伝子としては、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、及びSETが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、これらの癌原遺伝子は、初期のt(4;11)陽性乳児ALL細胞において、高度に発現される。癌原遺伝子の高発現は、白血病の発症及び進行に寄与し、t(4;11)陽性の乳児ALLにおける癌原遺伝子の常軌を逸した低メチル化状態は、病的である。
一実施態様では、遺伝子発現シグネチャーは、t(4:11)陽性乳児ALL細胞において最も著しく低メチル化された遺伝子に相当する。図1は、治療的介入の潜在的な標的としての、癌原遺伝子を含めた、低メチル化されかつ高度に発現された遺伝子のリストを示す。一実施態様では、得られた低メチル化シグネチャー(図1A)とマッチングさせた遺伝子発現プロファイル(図1B)に関して適用される。一実施態様では、t(4:11)陽性乳児ALL細胞における36個の低メチル化されかつ高度に発現された遺伝子からなる遺伝子発現シグネチャー(図1C)が使用される。これらの遺伝子の特徴(Agilent社製及びAffymetrix社製プローブID、遺伝子記号及び説明、対数比(log-fold change)、並びに多重検定のために調整したp値(limma analyses in R))を、下の表1に列挙する。
Figure 2013540734
Figure 2013540734
Figure 2013540734
一実施態様では、選択された遺伝子の低メチル化された状態は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞における顕著な発現を可能にした。
一実施態様では、DAVID遺伝子オントロジーデータベース(Dennisらの文献、「Genome Biol」4(5):P3、2003;Huangらの文献、「Nat Protoc」4(1):44-57、2009)が用いられる。そのデータを図2に示す。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、患者の造血器腫瘍における低メチル化癌原遺伝子を検出するための方法であって、患者の造血器腫瘍から生体試料を得ることと;1以上のレベルの低メチル化癌原遺伝子のmRNA発現を測定する、又は該低メチル化癌原遺伝子の存在を特定すること(例えば、ノーザンブロット、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、免疫化学(IHC)、又はウェスタンブロット)と;前記測定値を、低メチル化癌原遺伝子を有しない患者の造血器腫瘍からの対照測定値と比較することと(ここでは、mRNA発現の変化が、前記患者の造血器腫瘍における低メチル化癌原遺伝子の存在を示す)を含む前記方法である。
一実施態様では、選択された癌原遺伝子の発現レベルは、定量的リアルタイムPCR分析を使用して検討される。一実施態様では、試験される癌原遺伝子としては、MYC、HOXA9、SET、RUNX1、RAN、PARK7、DIAPHI、及びSFMBTIが挙げられるが、これだけに限定されない。
cmap分析は、アップシグネチャー(up-signature)とダウンシグネチャー(down-signature)のどちらも提供される場合にのみ実施することができる。一実施態様では、MLL再構成乳児ALL23において特徴的に下方制御されることがあらかじめ実証された推定上の腫瘍抑制遺伝子FHITのためのプローブセットは、「アップシグネチャー」に相当する。cmap分析によると、低メチル化された遺伝子を下方制御する目的に適している可能性がある化合物が、様々なHDAC阻害剤を含むことが予測された。一実施態様では、試験は、TSA、SAHA、VPA、及びMS-275の繰り返しの登録を含んでいた(表2、図4)。選択された癌原遺伝子に対する被検HDAC阻害剤の効果は、遺伝子発現変化の実質的な負の振幅を示し、被検HDAC阻害剤がこれらの遺伝子を下方調節する予測された能力を反映していた(図5)。
Figure 2013540734
一実施態様では、低メチル化された遺伝子は、これらの被検HDAC阻害剤によって下方調節される。一実施態様では、被検HDAC阻害剤の影響下でのこれらの遺伝子の発現レベルは、t(4;11)陽性乳児ALL試料(n=10)では、小児の全正常骨髄(n=5)よりも高い(p＜0.01)。一実施態様では、これらの遺伝子は、健康なCD19+B細胞において下方調節される。これらの結果を図8に示す。
一実施態様では、被検癌原遺伝子の下方調節は、mRNAレベルで実証される。一実施態様では、mRNAレベルで実証される低メチル化された遺伝子は、RUNX1、MYC、SET、及びRANである。一実施態様では、下方調節は、タンパク質レベルで実証される。一実施態様では、タンパク質レベルで実証される低メチル化された遺伝子は、RUNX1及びMYCである。一実施態様では、下方調節は、mRNA及びタンパク質レベルで実証される。一実施態様では、下方調節されるタンパク質は、MLL-AF4融合タンパク質である。
一実施態様では、異常に活性化した癌原遺伝子のHDAC阻害剤による抑制は、細胞死の厳密かつ特異的な誘導を伴う(図6)。一実施態様では、細胞は、白血病性t(4;11)陽性乳児ALL細胞である。一実施態様では、活性化した癌原遺伝子としては、MYC、SET、RUNX1、及びRANが挙げられるが、これらに限定されない。
骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子相同体(MYC)は通常、細胞成長及び急速な細胞増殖に関連しており、転写の正の制御因子として記載されている(Meyerらの文献、「Nat Rev Cancer」8(12):976-990、2008)。
RAN遺伝子は、癌遺伝子のRASファミリーのメンバーに相当する。RAN発現の脱制御は、細胞の形質転換及び腫瘍の進行を促進する(Rensenらの文献、「Front Biosci」13:4097-4121、2008)。
SET核癌遺伝子(SET nuclear oncogene)は、クロマチン再構成因子として機能する癌原遺伝子に相当し、多くの腫瘍において過剰発現される(Cervoniらの文献、「J Biol Chem」277(28):25026-25031、2002)。SETとMLLのN-末端との相乗作用が記載されている(Shimoyamaらの文献、「FEBS LETT」579(3):757-752、2005)。MLLのN-末端は、t(4;11)転座から生じるMLL-AF4融合タンパク質において保持されるので、SETは、MLL融合介在性の転写に関与する又は必要とされる可能性がある。野生型MLLのC末端は、SETドメインを有するが、これは、MLL融合タンパク質では失われる。MLL-AF4融合タンパク質はSETを必要とする又は動員し、SETの高レベル発現は、白血病性形質転換に必要とされる。SETはまた、DNA脱メチル化の阻害剤としても示されている(Cervoniの文献、上記)。極度に過剰メチル化された表現型のt(4;11)陽性乳児ALLは、ある程度、SET癌原遺伝子の過剰発現が原因であり得る。
Runt関連転写制御因子1(RUNX1)の増幅は、小児前駆B細胞ALLにおける良くない予後をもたらす(Robinsonらの文献、「Leukemia」17(11):2249-2250、2003)。RUNX1は、発生において内皮細胞から造血細胞への変化中にのみ必要とされ、その後は必要とされない(Chenらの文献、「Nature」457(7231):887-891、2009)。したがって、RUNX1発現は、t(4;11)陽性乳児ALL細胞におけるリンパ球分化中には抑制されない可能性がある。RUNX遺伝子による十分な発癌性形質転換は、MYCなどの、細胞増殖を助ける遺伝子と密接に協同させてしか実現し得ない(Blythらの文献、「Nat Rev Cancer」5(5):376-387、2005)。t(4;11)陽性の乳児ALLにおけるMYCとRUNX1癌原遺伝子との協同の上方調節は、Weinbergによって記載されている「癌遺伝子協同」という現象を示唆している(Weinbergらの文献、「Prog Med Virol」32:115-128、1985)。潜在的に協同する癌原遺伝子の活性化は、より多くのこれらの低メチル化癌原遺伝子が高度に発現される場合に再発のリスクの増大に反映される(図9)、乳児におけるt(4;11)陽性白血病の攻撃性において重要な役割を果たすことができる。
(使用の方法)
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤療法に対して感受性である造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の可能性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤によって前記造血器腫瘍が治療される可能性を予測する)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の、HDAC阻害剤を用いる治療の治療有効性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤療法を用いる治療の治療有効性を予測するものである)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、提供されるのは、有効量のHDAC阻害剤を投与することによって、造血器腫瘍を患う患者を治療するための方法である。
本明細書で提供される方法によって治療される造血器腫瘍としては、リンパ腫、白血病、多発性骨髄腫、形質細胞由来の癌、再発性造血器腫瘍、及び難治性造血器腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができるリンパ腫としては、小リンパ球性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、B細胞リンパ芽球性リンパ腫、小型切れ込みB細胞リンパ腫、非切れ込みB細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、及び末梢T細胞リンパ腫(PTCL)が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができる白血病としては、急性リンパ性白血病(ALL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性骨髄性白血病(AML)、MLL再構成ALL、及びMLL再構成乳児ALLが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成ALLである。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成乳児ALLである。
本明細書で提供される方法に使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、HDAC阻害剤は、静脈内投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、3〜4時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、5〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、4時間かけて静脈内投与される。
一実施態様では、HDAC阻害剤は、0.5mg/m2から28mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、0.5mg/m2から5mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1mg/m2から25mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1mg/m2から20mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、2mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、2mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、4mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、6mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、8mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、8mg/m2から10mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約8mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約9mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約10mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約11mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約12mg/m2 の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約13mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約14mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、約15mg/m2の用量で投与される。
一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、ロミデプシンは、28日周期の第1、8、及び15日に、4時間かけて、静脈内注入で14mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、該周期は、28日毎に繰り返される。
一実施態様では、1周期の過程を通して、漸増用量のHDAC阻害剤が投与される。一実施態様では、1周期を通して、約8mg/m2の用量、続いて約10mg/m2の用量、続いて約12mg/m2の用量が投与される。
一実施態様では、HDAC阻害剤は、経口的に投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、10mg/m2から300mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、15mg/m2から250mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、20mg/m2から200mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、25mg/m2から150mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、25mg/m2から100mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、25mg/m2から75mg/m2の範囲の用量で投与される。
一実施態様では、HDAC阻害剤は、毎日、経口的に投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1日おきに、経口的に投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、2日、3日、4日、又は5日おきに、経口的に投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、週1回、経口的に投与される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、1週おきに、経口的に投与される。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞をHDAC阻害剤と接触させることによって、生体外で細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は、新生細胞である。一実施態様では、新生細胞は、血液細胞である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞の成長を弱める若しくは阻害する又は細胞を死滅させるための方法であって、該細胞を、該細胞の成長を弱める若しくは阻害する又は該細胞を死滅させるのに有効な量のHDAC阻害剤と接触させることを含む前記方法である。一実施態様では、細胞を死滅させるために、細胞毒性のある濃度のHDAC阻害剤が、細胞と接触される。一実施態様では、細胞を処理するために、細胞毒性のある濃度のHDAC阻害剤が使用される。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞をHDAC阻害剤と接触させることによって、インビトロで細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は新生細胞株である。一実施態様では、新生細胞株は、血液細胞株である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞の成長を弱める若しくは阻害する又は細胞を死滅させるための方法であって、該細胞株を、該細胞の成長を弱める、阻害する又は該細胞を死滅させるのに有効な量のHDAC阻害剤と接触させることを含む前記方法である。一実施態様では、細胞を死滅させるために、細胞毒性のある濃度のHDAC阻害剤が、細胞株と接触される。一実施態様では、細胞を処理するために、細胞毒性のある濃度のHDAC阻害剤が使用される。
一実施態様では、HDAC阻害剤の濃度は、0.01nMから500nMの範囲である。一実施態様では、HDAC阻害剤の濃度は、0.1nMから200nMの範囲である。一実施態様では、HDAC阻害剤の濃度は、1nMから100nMの範囲である。一実施態様では、HDAC阻害剤の濃度は、1nMから50nMの範囲である。一実施態様では、HDAC阻害剤の濃度は、1nMから5nMの範囲である。
いかなる型の細胞も、HDAC療法で治療又は死滅させることができる。細胞は、いかなる動物、植物、細菌、又は真菌原料からも得ることができる。細胞は、発達又は分化のあらゆる段階であり得る。一実施態様では、細胞は、動物細胞である。一実施態様では、細胞は、脊椎動物細胞である。一実施態様では、細胞は、哺乳類細胞である。一実施態様では、細胞は、ヒト細胞である。細胞は、発達のあらゆる段階のヒト男性又は女性から得ることができる。
細胞は、野生型又は突然変異細胞であり得る。細胞は、遺伝子操作されていてもよい。一実施態様では、細胞は、正常細胞である。一実施態様では、細胞は、血液細胞である。一実施態様では、細胞は、白血球である。一実施態様では、細胞は、白血球の前駆体(例えば、幹細胞、前駆細胞、芽細胞)である。一実施態様では、細胞は、新生細胞である。一実施態様では、細胞は、癌細胞である。一実施態様では、細胞は、造血器腫瘍から得られる。一実施態様では、細胞は、対象からの、又は骨髄生検からの血液試料から得られる。一実施態様では、細胞は、リンパ節生検から得られる。一実施態様では、こうした試験は、患者の応答が、ある特定の療法に対して陽性となるかどうかを判定するのに有用である。一実施態様では、こうした試験は、悪性病変を治療するのに必要な投薬量を決定するのに有用である。一実施態様では、患者の癌細胞のHDAC阻害剤に対する感受性の試験は、患者に対して効果を持たない薬物の不必要な投与を妨げる。
一実施態様では、細胞は、癌細胞株から得られる。一実施態様では、細胞は、造血器腫瘍から得られる。一実施態様では、造血器腫瘍は、ヒトMLL再構成ALLである。一実施態様では、造血器腫瘍は、ヒトMLL再構成乳児ALLである。一実施態様では、ヒトMLL再構成乳児ALL細胞株としては、SEM及びRS4:11が挙げられるが、これらに限定されない。
HDAC阻害剤を用いて処理される細胞において、様々なマーカーについて分析することができる。一実施態様では、アネキシンY(Annexin Y)というマーカーが、アポトーシスを受けている細胞を特定するために使用される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、細胞生存の割合によって明らかにされるような細胞死を誘導するために使用される。
癌原遺伝子は、HDAC阻害剤によって抑制されることが示されている。癌原遺伝子は、MYC、SET、RUNX1、及びRAN癌原遺伝子が含まれるように分析することができる。一実施態様では、細胞は、活性化された癌原遺伝子を抑制するのに有効な量のHDAC阻害剤を用いて治療される。一実施態様では、HDAC阻害剤は、細胞における活性化された癌原遺伝子発現を抑制するために使用される。
(併用療法)
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との併用療法に対して感受性である造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の可能性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせによって前記造血器腫瘍が治療される可能性を予測する)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、造血器腫瘍、例えばMLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL、を有する患者の、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせを用いる治療の治療有効性を予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいてスクリーニングする(ここでは、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせの治療有効性を予測するものである)ことを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
一実施態様では、提供されるのは、有効量のHDAC阻害剤と追加の治療薬とを投与することによって、造血器腫瘍を患う患者を治療するための方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、追加の治療薬は、DNA脱メチル化剤である。
本明細書で提供される方法によって治療される造血器腫瘍としては、リンパ腫、白血病、多発性骨髄腫、形質細胞由来の癌、再発性造血器腫瘍、及び難治性造血器腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができるリンパ腫としては、小リンパ球性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、B細胞リンパ芽球性リンパ腫、小型切れ込みB細胞リンパ腫、非切れ込みB細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、及び末梢T細胞リンパ腫(PTCL)が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、本明細書で提供される方法によって治療することができる白血病としては、急性リンパ性白血病(ALL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性骨髄性白血病(AML)、MLL再構成ALL、及びMLL再構成乳児ALLが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成ALLである。一実施態様では、造血器腫瘍は、MLL再構成乳児ALLである。
本明細書で提供される方法で使用するためのHDAC阻害剤としては、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275が挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
本明細書で提供される方法で使用するためのDNA脱メチル化剤としては、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、及びプロカインが挙げられるが、これらに限定されない。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。DNA脱メチル化剤は、HDAC阻害剤と同時に、HDAC阻害剤の後に、又はHDAC阻害剤の前に投与することができる。
一実施態様では、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせが、静脈内投与される。一実施態様では、該組み合わせが、1〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、該組み合わせが、3〜4時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、該組み合わせが、5〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、該組み合わせが、4時間かけて静脈内投与される。
一実施態様では、該組み合わせが、0.5mg/m2から28mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、0.5mg/m2から5mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、1mg/m2から25mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、1mg/m2から20mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、1mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、2mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、2mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、4mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、6mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、8mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせが、8mg/m2から10mg/m2の範囲の用量で投与される。
一実施態様では、1周期の過程を通して、漸増用量のHDAC阻害剤との組み合わせが投与される。一実施態様では、1周期を通して、約8mg/m2の用量、続いて約10mg/m2の用量、続いて約12mg/m2の用量のHDAC阻害剤が投与される。
一実施態様では、該組み合わせは、経口的に投与される。一実施態様では、該組み合わせは、10mg/m2から300mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせは、15mg/m2から250mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせは、20mg/m2から200mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせは、25mg/m2から150mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせは、25mg/m2から100mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、該組み合わせは、25mg/m2から75mg/m2の範囲の用量で投与される。
一実施態様では、該組み合わせは、毎日、経口的に投与される。一実施態様では、該組み合わせは、1日おきに、経口的に投与される。一実施態様では、該組み合わせは、2日、3日、4日、又は5日おきに、経口的に投与される。一実施態様では、該組み合わせは、週1回、経口的に投与される。一実施態様では、該組み合わせは、1週おきに、経口的に投与される。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞を、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせと接触させることによって、生体外で細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は、新生細胞である。一実施態様では、新生細胞は、血液細胞である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞の成長を弱める若しくは阻害する又は細胞を死滅させるための方法であって、該細胞を、該細胞の成長を弱める、阻害する又は該細胞を死滅させるのに有効な量の該組み合わせと接触させることを含む前記方法である。一実施態様では、細胞を死滅させるために、細胞毒性のある濃度の該組み合わせが、細胞と接触される。一実施態様では、細胞を処理するために、細胞毒性のある濃度の該組み合わせが使用される。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞をHDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせと接触させることによって、インビトロで細胞を処理する方法である。一実施態様では、細胞は新生細胞株である。一実施態様では、新生細胞株は、血液細胞株である。一実施態様では、本明細書で提供されるのは、細胞の成長を弱める若しくは阻害する又は細胞を死滅させるための方法であって、該細胞株を、該細胞の成長を弱める、阻害する又は該細胞を死滅させるのに有効な量の該組み合わせと接触させることを含む前記方法である。一実施態様では、細胞を死滅させるために、細胞毒性のある濃度の該組み合わせが、細胞株と接触される。一実施態様では、細胞を処理するために、細胞毒性のある濃度の該組み合わせが使用される。
一実施態様では、細胞を死滅させるために、薬剤の組み合わせが、相加的に作用する。一実施態様では、細胞を死滅させるために、薬剤の組み合わせが、相乗的に作用する。一実施態様では、細胞を死滅させるために、どちらかの薬剤が単独で使用される場合に必要とされるであろうよりも低い濃度の一方又は両方の薬剤が必要とされる。
一実施態様では、該組み合わせ中のHDAC阻害剤の濃度は、0.01nMから500nMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のHDAC阻害剤の濃度は、0.1nMから200nMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のHDAC阻害剤の濃度は、1nMから100nMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のHDAC阻害剤の濃度は、1nMから50nMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のHDAC阻害剤の濃度は、1nMから5nMの範囲である。
一実施態様では、該組み合わせ中のDNA脱メチル化剤の濃度は、1μMから500μMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のDNA脱メチル化剤の濃度は、10μMから400μMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のDNA脱メチル化剤の濃度は、50μMから300μMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のDNA脱メチル化剤の濃度は、100μMから250μMの範囲である。一実施態様では、該組み合わせ中のDNA脱メチル化剤の濃度は、150μMから200μMの範囲である。
一実施態様では、細胞は、癌細胞株から得られる。一実施態様では、細胞は、造血器腫瘍から得られる。一実施態様では、造血器腫瘍は、ヒトMLL再構成ALLである。一実施態様では、造血器腫瘍は、ヒトMLL再構成乳児ALLである。一実施態様では、ヒトMLL再構成乳児ALL細胞株としては、SEM及びRS4:11が挙げられるが、これらに限定されない。
一実施態様では、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせは、細胞生存の割合によって明らかにされるような細胞死を誘導するために使用される。一実施態様では、該組み合わせは、細胞における癌原遺伝子の発現を抑制するために使用される。一実施態様では、該組み合わせは、MLL-AF4融合タンパク質を分解するために使用される。該組み合わせによる細胞活性の調節は、研究又は臨床目的で使用することができる。
(組成物)
本明細書に記述する化合物はそれぞれ、許容し得る担体又は賦形剤と組み合わせる場合、組成物として使用される。こうした組成物は、本明細書で提供されるインビトロ方法において、又は対照へのインビボでの投与のために、又は本明細書で提供される生体外方法において、有用である。
本明細書で提供するのは、医薬として許容し得るビヒクル、担体、希釈剤、若しくは賦形剤、又はこれらの混合物と組み合わせて、活性成分としての本明細書で提供される化合物、例えば式I〜V'の化合物(その鏡像異性体、鏡像異性体の混合物、2種以上のジアステレオ異性体の混合物、互変異性体、2種以上の互変異性体の混合物、若しくはこれらの同位体的変形体を含めて);又は医薬として許容し得る塩、溶媒和化合物、水和物、又はプロドラッグを含む医薬組成物である。
適切な賦形剤は、当業者に周知であり、適切な賦形剤の非限定的な例は、本明細書に提供される。ある特定の賦形剤が、医薬組成物又は剤形への組み込みに適しているかどうかは、限定はされないが投与の方法を含めた、当分野で周知の様々な要因に依存する。例えば、錠剤などの経口用剤形は、非経口剤形における使用には適していない賦形剤を含有することができる。ある特定の賦形剤の適合性はまた、剤形中の具体的な活性成分にも依存する。例えば、ある種の活性成分の分解は、ラクトースなどのある種の賦形剤によって、又は水にさらされた場合に、速められる可能性がある。第一級又は第二級アミンを含む活性成分は特に、こうした分解の促進を受けやすい。したがって、本明細書で提供されるのは、存在するとしてもほんの少しのラクトース又は他の単糖若しくは二糖を含有する医薬組成物及び剤形である。本明細書で使用する場合、用語「ラクトースを含まない」は、存在するラクトースの量が、存在するとしても活性成分の分解速度を増大させるには実質的に不十分であることを意味する。一実施態様では、ラクトースを含まない組成物は、本明細書で提供される活性成分、結合剤/充填剤、及び滑沢剤を含む。別の実施態様では、ラクトースを含まない剤形は、活性成分、微結晶セルロース、アルファ化デンプン、及びステアリン酸マグネシウムを含む。
本明細書で提供される化合物は、単独で、又は本明細書で提供される1種以上の他の化合物と組み合わせて投与することができる。本明細書で提供される化合物、例えば、式I〜V'の化合物を含む医薬組成物は、経口及び非経口投与のための様々な剤形に製剤化することができる。
一実施態様では、医薬組成物は、本明細書で提供される化合物、例えば式I〜V'の化合物(鏡像異性体、鏡像異性体の混合物、2種以上のジアステレオ異性体の混合物、互変異性体、2種以上の互変異性体の混合物、若しくはこれらの同位体的変形体を含めて);又は医薬として許容し得る塩、溶媒和化合物、水和物、又はこれらのプロドラッグと、医薬として許容し得る1種以上の賦形剤又は担体とを含む、経口投与のための剤形で提供される。
別の実施態様では、医薬組成物は、本明細書で提供される化合物、例えば式I〜V'の化合物(その鏡像異性体、鏡像異性体の混合物、2種以上のジアステレオ異性体の混合物、互変異性体、2種以上の互変異性体の混合物、若しくはこれらの同位体的変形体を含めて);又は医薬として許容し得る塩、溶媒和化合物、水和物、又はこれらのプロドラッグと、医薬として許容し得る1種以上の賦形剤又は担体とを含む、非経口投与のための剤形で提供される。
本明細書で提供される医薬組成物は、単位剤形又は複数回剤形で提供することができる。単位剤形とは、本明細書で使用する場合、ヒト及び動物対象への投与に適しており、当分野で知られている通りに個々に梱包される、物理的に不連続な単位をいう。各単位用量は、必要とされる医薬担体又は賦形剤と共に、所望の治療効果を生じるのに十分な、あらかじめ決定された量の活性成分(1種又は複数)を含有する。単位剤形の例としては、アンプル、シリンジ、及び個々に梱包された錠剤及びカプセルが挙げられる。例えば、100mg単位用量は、梱包された錠剤又はカプセル中に約100mgの活性成分を含有する。単位剤形は、その分数又は倍数形で投与することができる。複数回剤形は、分離された単位剤形で投与されることとなる、単一の容器内に梱包された複数の同一の単位剤形である。複数回剤形の例としては、バイアル、錠剤若しくはカプセルのビン、又はパイント若しくはガロンのビンが挙げられる。
本明細書で提供される医薬組成物は、一度に、又は時間間隔をあけて複数回投与することができる。厳密な投薬量及び治療の期間は、治療される患者の年齢、体重、状態によって変動する可能性があり、公知の試験プロトコルを経験的に使用して、又はインビボ又はインビトロ試験又は診断データからの推測によって決定することができることが理解されよう。いかなる特定の個人についても、具体的な投薬レジメンを、個々の必要性、及び製剤を投与する又は製剤の投与を指導する人物の専門的判断に従って、時間と共に調節するべきであることがさらに理解されよう。
(A.経口投与)
経口投与のための、本明細書に提供される医薬組成物は、経口投与用の固体、半固体、又は液体剤形で提供することができる。本明細書で使用する場合、経口投与には、口腔内、舌上(lingual)、及び舌下投与も含まれる。適切な経口剤形としては、錠剤、ファストメルト(fastmelt)、咀嚼錠、カプセル、丸薬、ストリップ(strip)、トローチ、ロゼンジ、香錠、カシェ剤、ペレット、医薬用チューインガム、バルク粉末(bulk powder)、発泡性若しくは非発泡性の散剤若しくは顆粒剤、経口用噴霧剤、液剤、乳剤、懸濁剤、オブラート、微粒子剤(sprinkle)、エリキシル剤、及びシロップ剤が挙げられるが、これらに限定されない。活性成分(1種又は複数)に加えて、医薬組成物は、限定はされないが結合剤、充填剤、希釈剤、崩壊剤、湿潤剤、滑沢剤、滑剤、着色剤、移染阻害剤、甘味剤、着香料、乳化剤、懸濁及び分散剤、保存剤、溶媒、非水性の液体、有機酸、及び二酸化炭素源を含めた、1種以上の医薬として許容し得る担体又は賦形剤を含有することができる。
結合剤又は造粒剤(granulator)は、錠剤に凝集性を付与し、圧縮後も錠剤が損傷しないことを確実にする。適切な結合剤又は造粒剤としては、トウロモロコシデンプン、バレイショデンプン、及びアルファ化デンプン(例えば、STARCH 1500)などのデンプン;ゼラチン;スクロース、グルコース、デキストロース、糖蜜、及びラクトースなどの糖;アカシアゴム、アルギン酸、アルギナート、ヤハズツノマタの抽出物、パンワールガム(panwar gum)、ガッチゴム、オオバコ外皮(isabgol husk)の粘質物、カルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン(PVP)、Veegum、カラマツアラボガラクタン(larch arabogalactan)、粉末状のトラガカント、及びグアーガムなどの天然及び合成のゴム;エチルセルロース、酢酸セルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース(HEC)、ヒドロキシプロピルセルロース(HPC)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)などのセルロース;AVICEL-PH-101、AVICEL-PH-103、AVICEL RC-581、AVICEL-PH-105(FMC社、Marcus Hook, PA)などの微結晶セルロース;並びにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。適切な充填剤としては、タルク、炭酸カルシウム、微結晶セルロース、粉末状セルロース、デキストレート(dextrate)、カオリン、マンニトール、ケイ酸、ソルビトール、デンプン、アルファ化デンプン、及びそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で提供される医薬組成物中の結合剤又は充填剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。結合剤又は充填剤は、本明細書で提供される医薬組成物中に重量で約50から約99%存在することができる。
適切な希釈剤としては、リン酸二カルシウム、硫酸カルシウム、ラクトース、ソルビトール、スクロース、イノシトール、セルロース、カオリン、マンニトール、塩化ナトリウム、乾燥デンプン、及び粉糖が挙げられるが、これらに限定されない。マンニトール、ラクトース、ソルビトール、スクロース、及びイノシトールなどのある種の希釈剤は、十分な量で存在する場合、ある種の圧縮錠剤に、咀嚼による口内での崩壊を可能にするという特性を付与する。こうした圧縮錠剤は、咀嚼錠として使用することができる。本明細書で提供される医薬組成物中の希釈剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。
適切な崩壊剤としては、寒天;ベントナイト;メチルセルロース及びカルボキシメチルセルロースなどのセルロース;木材生成物;海綿;陽イオン交換樹脂;アルギン酸;グアーガム及びVeegum HVなどのゴム;柑橘類果肉;クロスカルメロースなどの架橋セルロース;クロスポビドンなどの架橋ポリマー;架橋デンプン;炭酸カルシウム;デンプングリコール酸ナトリウムなどの微結晶セルロース;ポラクリリン・カリウム;トウロモロコシデンプン、バレイショデンプン、タピオカデンプン、及びアルファ化デンプンなどのデンプン;粘土;アライン(align);並びにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で提供される医薬組成物中の崩壊剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。本明細書で提供される医薬組成物中の崩壊剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。本明細書で提供される医薬組成物は、重量で約0.5から約15%又は約1から約5%の崩壊剤を含有することができる。
適切な滑沢剤としては、ステアリン酸カルシウム;ステアリン酸マグネシウム;鉱油;軽油;グリセリン;ソルビトール;マンニトール;ベヘン酸グリセロール及びポリエチレングリコール(PEG)などのグリコール;ステアリン酸;ラウリル硫酸ナトリウム;タルク;ラッカセイ油、綿実油、ヒマワリ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及びダイズ油を含めた硬化植物油;ステアリン酸亜鉛;オレイン酸エチル;ラウリン酸エチル;寒天;デンプン;ライカポジウム;AEROSIL(登録商標)200(W.R.Grace社、Baltimore,MD)及びCAB-O-SIL(登録商標)(Boston,MAのCabot社)などのシリカ又はシリカゲル;及びこれらの混合物が挙げられるが、これだけに限定されない。本明細書で提供される医薬組成物は、重量で約0.1から約5%の滑沢剤を含有することができる。
適切な滑剤としては、コロイド状二酸化ケイ素、CAB-O-SIL(登録商標)(Boston,MAのCabot社)、及びアスベストを含まないタルクが挙げられるが、これらに限定されない。適切な着色剤としては、認可された、食用の水溶性FD&C染料、及びアルミナ水和物に懸濁させた非水溶性FD&C染料、及びレーキ顔料のいずれか、並びにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。レーキ顔料は、不溶性の形の染料をもたらす、水溶性染料の重金属水和酸化物への吸着による組み合わせである。適切な着香料としては、果実などの植物から抽出された天然のフレーバー、及び、ペパーミント及びサリチル酸メチルなどの心地よい味覚をもたらす化合物の合成混和物が挙げられるが、これらに限定されない。適切な甘味剤としては、スクロース、ラクトース、マンニトール、シロップ、グリセリン、並びにサッカリン及びアスパルテームなどの人工甘味料が挙げられるが、これらに限定されない。適切な乳化剤としては、ゼラチン、アカシアゴム、トラガカント、ベントナイト、並びにモノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン(TWEEN(登録商標)20)、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン80(TWEEN(登録商標)80)、及びオレイン酸トリエタノールアミンなどの界面活性剤が挙げられるが、これらに限定されない。適切な懸濁及び分散剤としては、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ペクチン、トラガカント、Veegum、アカシアゴム、ナトリウムカルボメチルセルロース(sodium carbomethylcellulose)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンが挙げられるが、これらに限定されない。
適切な保存剤としては、グリセリン、メチル及びプロピルパラベン、安息香酸、安息香酸ナトリウム、及びアルコールが挙げられるが、これらに限定されない。適切な湿潤剤としては、モノステアリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリン酸ジエチレングリコール、及びポリオキシエチレンラウリル エーテルが挙げられるが、これらに限定されない。適切な溶媒としては、グリセリン、ソルビトール、エチルアルコール、及びシロップが挙げられるが、これらに限定されない。乳剤に利用する適切な非水性の液体としては、鉱油及び綿実油が挙げられるが、これらに限定されない。適切な有機酸としては、クエン酸及び酒石酸が挙げられるが、これらに限定されない。適切な二酸化炭素源としては、炭酸水素ナトリウム及び炭酸ナトリウムが挙げられるが、これらに限定されない。
多くの担体及び賦形剤は、同じ製剤内にあっても、複数の機能を果たすことができることを理解するべきである。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、圧縮錠剤、湿製錠剤、咀嚼ロゼンジ、速溶性錠剤、多重圧縮錠剤、若しくは腸溶コーティング錠、糖衣、又はフィルムコーティング錠として提供することができる。腸溶コーティング錠は、胃酸の働きに耐えるが、腸内で溶解又は分解する物質でコーティングされ、それによって活性成分が胃の酸性環境から保護されるような圧縮錠剤である。腸溶コーティングとしては、脂肪酸、脂肪、サリチル酸フェニル、蝋、シェラック、アンモニア処理シェラック(ammoniated shellac)、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられるが、これらに限定されない。糖衣錠は、不快な味や臭いを隠すのに、また、錠剤を酸化から保護するのに有益であり得る糖衣で囲まれた圧縮錠剤である。フィルムコーティング錠は、水溶性材料の薄層又はフィルムで被覆された圧縮錠剤である。フィルムコーティングとしては、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリエチレングリコール4000、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられるが、これらに限定されない。フィルムコーティングは、糖衣と同様の一般特性を付与する。多重圧縮錠剤は、層状錠剤、及び圧縮コーティング(press-coated)又は乾燥コーティング(dry-coated)錠を含めた、2以上の圧縮サイクルによって製造される圧縮錠剤である。
錠剤剤形は、単独の、又は本明細書に記述した1以上の担体又は賦形剤(結合剤、崩壊剤、制御放出ポリマー、滑沢剤、希釈剤、及び/又は着色料を含めて)と組み合わせた、粉末状、結晶性、又は顆粒状の活性成分から調製することができる。咀嚼錠及びロゼンジの形成においては、着香料及び甘味剤が特に有用である。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、ゼラチン、メチルセルロース、デンプン、又はアルギン酸カルシウムから作られるソフト又はハードカプセルとして提供することができる。乾燥充填カプセル(DFC)としても知られているハードゼラチンカプセルは、2つの部分で構成されており、一方が他方をすっぽり覆うので、活性成分が完全に封入される。軟弾性カプセル(SEC)は、グリセリン、ソルビトール、又は同様のポリオールの添加によって可塑化された、ゼラチンシェルなどの柔らかい球状のシェルである。ソフトゼラチンシェルは、微生物の成長を妨げるための保存剤を含有することができる。適切な保存剤は、メチル-及びプロピル-パラベン、並びにソルビン酸を含めた、本明細書に記述する通りのものである。本明細書で提供される液体、半固体、及び固体剤形は、カプセルに封入することができる。適切な液体及び半固体剤形としては、炭酸プロピレン、植物油、及びトリグリセリド中の溶液及び懸濁液が挙げられる。こうした溶液を含有するカプセルは、米国特許第4,328,245号;第4,409,239号;及び第4,410,545号に記載されている通りに調製することができる。これらのカプセルは、活性成分の溶解を改変する又は持続させるために、当業者によって知られている通りにコーティングすることもできる。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、乳剤、液剤、懸濁剤、エリキシル剤、及びシロップ剤を含めた、液体及び半固体剤形で提供することができる。乳剤は二相系であり、一方の液体が、もう１つの液体の全体にわたって小球の形で分散されており、これは、水中油型又は油中水型であり得る。乳剤は、医薬として許容し得る非水性の液体又は溶媒、乳化剤、及び保存剤を含むことができる。懸濁剤は、医薬として許容し得る懸濁化剤及び保存剤を含むことができる。水性のアルコール性液剤は、低級アルキルアルデヒドのジ(低級アルキル)アセタールなどの医薬として許容し得るアセタール、例えば、アセトアルデヒドジエチルアセタール;並びに1以上のヒドロキシル基を有する水混和性の溶媒(プロピレングリコール及びエタノールなど);を含むことができる。エリキシル剤は、透明で甘味のある、水性アルコール性の液剤である。シロップ剤は、糖、例えばスクロースの濃縮された水溶液であり、かつ、保存剤を含有することもできる。液体剤形については、例えば、ポリエチレングリコール溶液を、好都合には投与のために計量することとなる、十分な量の医薬として許容し得る液体担体、例えば水で希釈することができる。
他の有用な液体及び半固体剤形としては、本明細書で提供される活性成分(1種又は複数)と、ジアルキル化モノ-又はポリ-アルキレングリコール(1,2-ジメトキシメタン、ジグリム、トリグリム、テトラグリム、ポリエチレングリコール-350-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-550-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-750-ジメチルエーテル(ここでは、350、550、及び750は、ポリエチレングリコールのおよその平均分子量を指すを含めて)とを含有するものが挙げられるが、これらに限定されない。これらの製剤は、ブチルヒドロキシトルエン(BHT)、ブチルヒドロキシアニソール(BHA)、没食子酸プロピル、ビタミンE、ヒドロキノン、ヒドロキシクマリン、エタノールアミン、レシチン、セファリン、アスコルビン酸、リンゴ酸、ソルビトール、リン酸、亜硫酸水素塩、メタ重亜硫酸ナトリウム、チオジプロピオン酸及びそのエステル、並びにジチオカルバミン酸塩などの、1種以上の酸化防止剤をさらに含むことができる。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、リポソーム、ミセル、ミクロスフェア、又はナノシステムの形で提供することもできる。ミセル剤形は、米国特許第6,350,458号に記載されている通りに調製することができる。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、液体形状に還元することになる非発泡性又は発泡性の顆粒剤及び散剤として提供することができる。非発泡性の顆粒剤又は散剤に使用される、医薬として許容し得る担体及び賦形剤としては、希釈剤、甘味料、及び湿潤剤を含めることができる。発泡性の顆粒剤又は散剤に使用される、医薬として許容し得る担体及び賦形剤としては、有機酸及び二酸化炭素源を含めることができる。
上述の剤形のすべてにおいて、着色料及び着香料を使用することができる。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、遅延型、持続型、パルス型、制御型、標的型、及びプログラム型の放出形を含めた、即効性又は改変型放出剤形として製剤化することができる。
(B.非経口投与)
本明細書で提供される医薬組成物は、局所的又は全身的投与のために、注射、注入、植込によって、非経口的に投与することができる。非経口投与には、本明細書で使用する場合、静脈内、動脈内、腹腔内、クモ膜下、脳室内、尿道内、胸骨内、頭蓋内、筋肉内、滑液包内、膀胱内、及び皮下投与が含まれる。
非経口投与のために、本明細書で提供される医薬組成物は、液剤、懸濁剤、乳剤、ミセル、リポソーム、ミクロスフェア、ナノシステム、及び注射前に液体中に溶解又は懸濁するのに適した固体形を含めた、非経口投与に適した任意の剤形に製剤化することができる。こうした剤形は、薬学分野の当業者に知られている従来の方法に従って調製することができる(Remingtonの文献:「薬学の技術及び実践(The Science and Practice of Pharmacy)」(上記)を参照のこと)。
非経口投与を目的とする医薬組成物は、限定はされないが水性ビヒクル、水混和性ビヒクル、非水性ビヒクル、微生物の成長に対する抗菌剤又は保存剤、安定剤、溶解性増強剤、等張剤、緩衝薬、酸化防止剤、局所麻酔薬、懸濁及び分散剤、湿潤又は乳化剤、錯化剤、金属イオン封鎖又はキレート剤、凍結防止剤、分散保護剤(lyoprotectant)、増粘剤、pH調整剤、及び不活性ガスを含めた、医薬として許容し得る1種以上の担体及び賦形剤を含むことができる。
適切な水性のビヒクルとしては、水、塩類溶液、生理食塩水又はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)、塩化ナトリウム注射剤、リンゲル注射剤、等張性デキストロース注射剤、滅菌水注射剤、デキストロース及び乳酸塩リンゲル注射剤が挙げられるが、これらに限定されない。適切な非水性ビヒクルとしては、野菜由来の不揮発性油、ヒマシ油、トウモロコシ油、綿実油、オリーブ油、ラッカセイ油、ペパーミント油、サフラワー油、ゴマ油、ダイズ油、硬化植物油、硬化ダイズ油、及びヤシ油の中鎖トリグリセリド、及びパーム核油が挙げられるが、これらに限定されない。適切な水混和性ビヒクルとしては、エタノール、1,3-ブタンジオール、液体ポリエチレングリコール(例えば、ポリエチレングリコール300及びポリエチレングリコール400)、プロピレングリコール、グリセリン、N-メチル-2-ピロリドン、N,N-ジメチルアセトアミド、並びにジメチルスルホキシドが挙げられるが、これらに限定されない。
適切な抗菌剤又は保存剤としては、フェノール、クレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、p-ヒドロキシ安息香酸メチル及びプロピル、チメロサール、塩化ベンザルコニウム(例えば塩化ベンゼトニウム)、メチル-及びプロピル-パラベン、並びにソルビン酸が挙げられるが、これらに限定されない。適切な等張剤としては、塩化ナトリウム、グリセリン、及びデキストロースが挙げられるが、これらに限定されない。適切な緩衝薬としては、リン酸塩及びクエン酸塩が挙げられるが、これらに限定されない。適切な酸化防止剤は、亜硫酸水素塩及びメタ重亜硫酸ナトリウムを含めた、本明細書に記述した通りのものである。適切な局所麻酔薬としては、塩酸プロカインが挙げられるが、これらに限定されない。適切な懸濁及び分散剤は、カルボキシメチルセルオースナトリウム(sodium carboxymethylcelluose)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンを含めた、本明細書に記述した通りのものである。適切な乳化剤は、モノラウリン酸ポリオキシエチレンソルビタン、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン80、及びオレイン酸トリエタノールアミンを含めた、本明細書に記述した通りのものである。適切な金属イオン封鎖又はキレート剤としては、EDTAが挙げられるが、これらに限定されない。適切なpH調整剤としては、水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸、及び乳酸が挙げられるが、これらに限定されない。適切な錯化剤としては、α-シクロデキストリン、β-シクロデキストリン、ヒドロキシプロピル-β-シクロデキストリン、スルホブチルエーテル-β-シクロデキストリン、及びスルホブチルエーテル7-β-シクロデキストリン(CAPTISOL(登録商標)、CyDex社、Lenexa,KS)を含めた、シクロデキストリンが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で提供される医薬組成物が、複数回投与のために製剤化される場合、複数回投薬用非経口製剤は、静菌又は静真菌濃度の抗菌剤を含有しなければならない。すべての非経口製剤は、当分野で知られているかつ実践されている通り、無菌でなければならない。
一実施態様では、非経口投与のための医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌溶液として提供される。別の実施態様では、該医薬組成物は、使用前にビヒクルを用いて還元することとなる凍結乾燥粉末及び皮下注射用錠剤を含めた、無菌の乾燥した可溶性生成物として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌懸濁液として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、使用前にビヒクルを用いて還元することとなる無菌の乾燥した不溶性生成物として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌乳濁液として提供される。
経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、遅延型、持続型、パルス型、制御型、標的型、及びプログラム型の放出形を含めた、即効性又は改変型放出剤形として製剤化することができる。
非経口投与のための、本明細書で提供される医薬組成物は、植込型デポー剤としての投与のための、懸濁液、固体、半固体、又は揺変性液体として製剤化することができる。一実施態様では、本明細書で提供される医薬組成物は、体液中では溶解しないが医薬組成物中の活性成分を膜を通して拡散させるような、外側の高分子膜に囲まれた内側の固体マトリックス中に分散される。
適切な内側マトリックスとしては、ポリメチルメタクリレート、ポリブチル-メタクリレート、可塑化又は非可塑化ポリ塩化ビニル、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン-酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーン・炭酸塩コポリマー、親水性ポリマー(アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのヒドロゲルなど)、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール、及び架橋された部分的に加水分解されたポリ酢酸ビニルが挙げられるが、これらに限定されない。
適切な外側の高分子膜としては、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン/プロピレンコポリマー、エチレン/アクリル酸エチルコポリマー、エチレン/酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、酢酸ビニルとの塩化ビニルコポリマー、塩化ビニリデン、エチレン及びプロピレン、アイオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴム、エピクロロヒドリンゴム、エチレン/ビニルアルコールコポリマー、エチレン/酢酸ビニル/ビニルアルコールターポリマー、及びエチレン/ビニルオキシエタノールコポリマーが挙げられるが、これらに限定されない。
(ロミデプシン製剤)
一実施態様では、ロミデプシンは、滅菌した凍結乾燥白色粉末として、注射のために製剤化され、10mgロミデプシンと20mgポビドン(USP)を含有する使い捨てバイアルで供給される。希釈剤は、滅菌した透明な溶液であり、2mlの送達可能量を含有する使い捨てバイアルで供給される。ロミデプシンのための希釈剤は、プロピレングリコール(USP)80%(v/v)、及び脱水アルコール(USP)20%(v/v)を含有する。ロミデプシンは、2つのバイアルを含有するキットとして供給される。
注射用のロミデプシンは、供給された希釈剤での還元後、及び0.9%塩化ナトリウム(USP)でのさらなる希釈後の、静脈内注入を意図している。
(キット)
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤又はその医薬組成物と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者における、又は癌細胞(ここでは、癌細胞は、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL癌細胞である)におけるMYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者における、又は癌細胞(ここでは、癌細胞は、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL癌細胞である)における、これらの低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含むキットである。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせ又はその医薬組成物と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者における、又は癌細胞(ここでは、癌細胞は、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL癌細胞である)におけるMYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、又はSETなどの低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALLを有する患者における、又は癌細胞(ここでは、癌細胞は、MLL再構成ALL又はMLL再構成乳児ALL癌細胞である)における、これらの低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含むキットである。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである。一実施態様では、DNA脱メチル化剤は、5-アザシチジンである。
(実施例１)
(患者試料)
国際共同INTERFANT-99治療プロトコルに登録された、15人の新たにt(4;11)陽性乳児ALLと診断された患者について研究を行った。患者の特徴を、表3に列挙する。７人の非白血病の子供(１人の乳児を含む)から得られた全正常骨髄試料を、対照として使用した。これらの研究に対する承認は、Erasmus MC Institutional Review Boardから得られ、また、ヘルシンキ宣言に従って両親又は法的保護者からインフォームドコンセントが得られた。白血病細胞単離、及び各試料中の90%を超える白血病芽細胞を実現するための濃縮、ならびにDNA及びRNA抽出を、Stam(Stamらの文献「Blood」106(7):2484-2490、2005)に記載されている通りに実施した。
Figure 2013540734
(実施例2)
(t(4;11)陽性ALL細胞株モデル)
t(4;11)陽性前駆B細胞ALL細胞株に相当する細胞株SEM及び及びRS4;11は、DSMZ社(Braunschweig、Germany)から購入した。SEM細胞株は、元々、再発中の5歳女子から得られたものであり(Pocockらの文献、「Br J Haematol」90(4):855-867、1995)、RS4;11細胞株は、32歳女性の骨髄から樹立されたものである(Strongらの文献、「Blood」65(1):21-31、1985)。これらの細胞株を、10% FCS(Integra社)、100IU/mlペニシリン、100pg/mlストレプトマイシン、及び0.125pg/mlファンギゾン(Invitrogen社)を追加した、L-アラニル-L-グルタミン(Invitrogen社)を含むRPMI 1640中の懸濁液培養物として、5% CO2を含有する加湿空気中で、37℃で維持した。
(実施例３)
(CpGアイランドマイクロアレイを使用するディファレンシャルメチル化ハイブリダイゼーション)
Stumpelらの文献(上記)に記載されている通りに、500ngのインプットDNAを使用して、メチル化感受性制限酵素に基づくディファレンシャルメチル化ハイブリダイゼーション(DMH)を実施した。すべての試料に対する共通の基準は、5人の健康な男性と5人の健康な女性から得られたゲノムDNAプール(Promega Benelux BV社、Leiden、the Netherlands)から市販品として入手した。市販品として入手できる第１の全ゲノムCpGアイランドマイクロアレイ(Agilent Technologies社、Santa Clara、USA)に対してDMHを適用した。これらの高解像度マイクロアレイは、遺伝子プロモーターの内部又は近くに位置する67.487 CpGアイランドプローブを含む、243.497 60merオリゴヌクレオチドプローブを含有している。解析は、これらのプロモーターに特異的なプローブに限られた。ゲノム全体のDNAメチル化の生データは、GEO Series受入番号GSE18400で、NCBI Gene Expression Omnibusに寄託している(Edgarらの文献、「Nucleic Acids Res」30(1):207-210、2002)。CpGアイランドマイクロアレイデータの標準化及び特異的にメチル化されたCpGアイランドの特定を、Stupmelらの文献(上記)に記載されている通りに実施した。Benjamini&Hochbergの偽陽性率(FDR)ステップアップ手順(Bennjaminiの文献、「J Roy Stat Soc B」57(1):289-300、1995)によって多重検定に対して補正したp値(＜0.01)は、有意であるとみなされた。これらの解析は、Bioconductorパッケージを使用する統計解析環境R(R Development Core Team、2007)で実施した。ヒートマップは、GenePattern version 3.1.2で作成した(Reichらの文献「Nat Genet」38(5):500-501、2006)。t(4;11)陽性乳児ALLにおいて最も著しく低メチル化された遺伝子について、Affymetrix遺伝子発現データにおける対応するプローブセットを収集した。
(実施例４)
(Affymetrix GeneChipを使用する遺伝子発現プロファイリング)
DNAメチル化プロファイルを作成したのと同じ試料を使用して、t(4;11)陽性 乳児ALL症例(n=15)及び健康な小児の骨髄試料(n=7)に関する遺伝子発現プロファイルを作成した。遺伝子発現の検討のために、高品質のRNAを、T7連結オリゴdTプライマーを使用して逆転写させ、得られたcDNAを、ビオチン標識したcRNAを合成するための鋳型として使用した。次いで、標識したcRNAを、断片化し、製造者のガイドラインに従って、HU133plus2.0 GeneChips(Affymetrix社、Santa Clara、CA、USA)とハイブリッド形成させた。この乳児ALL遺伝子発現データは、GEO Series受入番号GSE 19475で、NCBI Gene Expression Omnibusに寄託した。アレイ処理及び統計解析は、Stamらの文献、「Blood」115(4):2835-2844、2010、及びStumpleらの文献(上記)に記載されている通りに行った。
(実施例５)
(定量的リアルタイムPCR分析)
全RNAを逆転写させ、得られたcDNAを使用して、Stamらの文献、「Haematologica」92(11):1565-1568、2007に記載されている通りに定量的リアルタイムPCR分析を使用することによってmRNA発現を定量化した。すべてのオリゴヌクレオチドは、OLIGO 6.22ソフトウェア(Molecular Biology Insights社、Cascade、CA)を使用して設計した。選択された標的遺伝子、ならびにハウスキーピング基準遺伝子B2M(ヒトベータ-2-ミクログロブリンをコードする)の転写増幅のために使用されるプライマーの組み合わせを、表4に列挙する。製造者の勧告に従ってDyNAmo SYBR Green qPCRキット(Finnzymes社、Espoo、Finland)を使用して、増幅された転写物を検出するための蛍光体としてSYBR Greenを使用してPCR産物を増幅した。1実験につき試料を二重に解析し、また、すべての実験を2回行った。健康な小児の骨髄から抽出されたRNAとは別に、正常なCD19+B細胞由来の、市販品として入手できるRNA(Miltenyi Biotec社、Bergisch Gladbach、Germany)を、CD19+B-ALL細胞に対する追加の対照試料として使用した。
定量的リアルタイムPCR分析を使用して、MYC、HOXA9、SET、RUNX1、RAN、PARK7、DIAPHI、及びSFMBTIを含めた選択された癌原遺伝子の、基準遺伝子B2Mに対する発現レベルを決定した。すべてのこれらの遺伝子の発現は、t(4;11)陽性乳児ALL試料(n=10)では、小児の全正常骨髄(n=5)よりも有意に高かった(p＜0.01))(図8)。これらの遺伝子はまた、健康なCD19+B細胞では、下方調節された。SFMBTI遺伝子は、全骨髄試料における下方調節にもかかわらず正常なCD19+B細胞において高度に発現されるように見える(図8)。は、SFMBTIは、さらなる解析では除外した。
Figure 2013540734
(実施例６)
(ウェスタンブロッティング)
Stamらの文献(上記)に記載されている通りに、ウェスタンブロッティングを実施した。使用した抗体は、マウスモノクローナル抗c-MYC(Merck社、Darmstadt、Germany、#0P30)、ウサギポリクローナル抗RUNX1(Cell Signaling Technology社、Danvers、MA、#4334)、及びウサギポリクローナル抗RAN(Cell Signaling Technology社、Danvers、MA、#4462)であった。マウスモノクローナル抗SETは、Nagata教授(日本、つくば市)によって提供された。ローディングコントロールとして、抗ACTINマウスモノクローナル抗体(Sigma-Aldrich社、St.Louis、MO、#A2547)を使用した。25μgのタンパク質を含有する全細胞タンパク質ライセートを、4%濃縮用ゲルで頂部を覆った10%ポリアクリルアミドゲル上で分離させ、続いてニトロセルロース膜(Schleichler&Schuell社、Dassel、Germany)に転写した。これらの膜について、モノクローナル及びポリクローナルの一次抗体を用いて探索を行った。西洋ワサビペルオキシダーゼ(DAKO社、Glostrup、Denmark)と結合させた各々の二次抗体とのインキュベーション後、SuperSignal(登録商標)West Femto化学発光基質(Thermo Fisher Scientific社、Rockford、IL)を使用して、タンパク質を可視化した。
(実施例７)
(HDAC阻害剤を用いるインビトロ薬物細胞毒性分析)
様々なHDAC阻害剤のインビトロ細胞毒性を決定するために、4日MTT試験を使用して、異なる濃度のHDAC阻害剤の存在下でSEM及びRS4;11細胞株を培養した。使用した濃度は、相関マップを築くために最初に適用された濃度に相当していた:トリコスタチンA(TSA)(1μM)、ボリノスタット(SAHA)(10μM)、バルプロ酸(VPA)(10mM)、ロミデプシン(10ng/m1)、及びMS-275(10μM)。曝露の6、24、及び48時間後に細胞を採取し、トリパンブルー色素排除法を使用して細胞生存率を評価した。
結果(図6)によると、試験した濃度のHDAC阻害剤が、高い治療指数と、特にTSA、ロミデプシン、及びMS-275の場合には、標的とするt(4;11)陽性ALL細胞に対する好ましい特異性とを示すことが実証された。TSAは、健康な造血骨髄細胞にとって無害である濃度での全白血病細胞集団の一貫した根絶を示した。
(実施例８)
(HDAC阻害剤による、MLL再構成ALL細胞における活性化された癌原遺伝子発現の抑制)
MLL再構成ALLにおける誘導された白血病細胞死に関するHDAC阻害剤の作用機序を探索するために、t(4;11)陽性ALL細胞株SEM及びRS4;11を、様々な濃度のTSA、SAHA、VPA、MS-275、及びロミデプシンに6、24、又は48時間曝露した。これらの曝露の間、細胞生存率をトリパンブルー排除によって観察した(図7)。定量的リアルタイムPCRを使用して、異なるHDAC阻害剤への曝露中の、細胞株SEM及びRS4;11におけるMYC、SET、RUNXI、RAN、HOXA9、DIAPHI、及びPARK7のmRNA発現レベルを決定した。曝露の6時間後、この時点では、細胞毒性は認められず、遺伝子のうちのいくつかが、著しく下方調節されていた。RAN、SET、及びMYCの発現レベルは、正常なによって示されるのと同等のレベルまで容易に下方調節された。曝露の24時間後、RUNXIは、SEMとRS4;11との両方において実質的に下方調節されたのに対し、HOXA9とPARK7の発現は、大きくは影響を受けないままであった、又は増大したほどであった。DIAPH1は、RS4;11細胞ではなくSEMにおいて、すべてのHDAC阻害剤によって極度に下方調節された(図8)。cmap分析によって予測された通り、すべてのHDAC阻害剤TSA及びSAHAは、選択された癌原遺伝子の多くを一貫して抑制した。並べ替え検定は、TSA(p=0.00、特異度=0.73)、SAHA(p=0.04、特異度=0.71)、及びMS-275(p=0.04、特異度=0.19)について有意であった。
(実施例９)
(癌原遺伝子の高発現は、無再発生存率を低下させる)
選択したかつ異常に発現した癌原遺伝子の高レベル発現の臨床的関連性を調べるために、より大きなグループのt(4;11)陽性乳児ALL患者(n=28)における定量的RT-PCR分析から得られる相対的発現に基づく生存統計値をコンピュータ算出した(図9)。発現レベルの中央値を、患者を高い又は低い癌原遺伝子発現によって特徴付けられるグループに分けるためのカットオフ値として使用した。試験した遺伝子は、RAN、RUNX1、SET、及びMYC遺伝子であった。各遺伝子の発現の上昇は、単独では再発のリスクにほとんど影響を与えなかった(図10)。しかし、3又は4個の癌原遺伝子について高発現(RT-PCRによる中央値よりも上)を示した患者(n=7)は、再発リスクが有意に増大していた(図9)。
本明細書に挙げたすべての刊行物、特許、及び特許出願を、まるで、それぞれ個々の刊行物、特許、又は特許出願が、具体的かつ個々に参照によって組み込まれることが示されるかのような程度まで、参照によって本明細書に組み込む。
本開示を、例示的な実施態様に関して上に記述してきた。しかし、当業者がこの開示を読めば、本開示の範囲を逸脱せずに、この例示的な実施態様に対して変更及び改変を行うことができることを認識するであろう。この変更及び改変は、以下の特許請求の範囲で表される通りの本開示の範囲内に含まれるものとする。

Claims (70)

  1. MLL再構成急性リンパ性白血病(ALL)を治療又は予防する方法であって、HDAC阻害剤を投与することを含む、前記方法。
  2. 前記MLL再構成ALLが、MLL再構成乳児ALLである、請求項1記載の方法。
  3. 前記HDAC阻害剤が、トリコスタチンA(TSA)、ボリノスタット(SAHA)、バルプロ酸(VPA)、ロミデプシン、及びMS-275からなる群から選択される、請求項1記載の方法。
  4. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項1から3のいずれか1項記載の方法。
  5. ロミデプシンが、静脈内に投与される、請求項1から4のいずれか1項記載の方法。
  6. ロミデプシンが、約0.5mg/m2から約28mg/m2の範囲の用量で投与される、請求項1から5のいずれか1項記載の方法。
  7. ロミデプシンの用量が、約5mg/m2から約15mg/m2の範囲である、請求項1から6のいずれか1項記載の方法。
  8. ロミデプシンの用量が、約8mg/m2である、請求項1から7のいずれか1項記載の方法。
  9. ロミデプシンの用量が、約10mg/m2である、請求項1から7のいずれか1項記載の方法。
  10. ロミデプシンの用量が、約12mg/m2である、請求項1から7のいずれか1項記載の方法。
  11. ロミデプシンの用量が、約14mg/m2である、請求項1から7のいずれか1項記載の方法。
  12. ロミデプシンが、4時間かけて注入される、請求項1から11のいずれか1項記載の方法。
  13. ロミデプシンが、28日周期の第1、8、及び15日に投与される、請求項1から12のいずれか1項記載の方法。
  14. 前記周期が、28日毎に繰り返される、請求項1から13のいずれか1項記載の方法。
  15. ロミデプシンが、経口的に投与される、請求項4記載の方法。
  16. ロミデプシンが、約1mg/m2から約300mg/m2の範囲の用量で投与される、請求項15記載の方法。
  17. ロミデプシンが、約15mg/m2から約100mg/m2の範囲の用量で投与される、請求項15又は16記載の方法。
  18. ロミデプシンが、約25mg/m2から約75mg/m2の範囲の用量で投与される、請求項15から17のいずれか1項記載の方法。
  19. 追加の治療薬を投与することをさらに含む、請求項1記載の方法。
  20. 前記追加の治療薬が、DNA脱メチル化剤である、請求項19記載の方法。
  21. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジン(アザシチジン)、5-アザデオキシシチジン(デシタビン)、ゼブラリン、又はプロカインである、請求項19又は20記載の方法。
  22. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである、請求項19から21のいずれか1項記載の方法。
  23. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジンである、請求項19から22のいずれか1項記載の方法。
  24. 各薬剤の用量が、該各薬剤が単独で投与される場合の用量よりも低い、請求項19から23のいずれか1項記載の方法。
  25. 細胞を処理する方法であって、細胞をHDAC阻害剤と接触させる工程を含み、該HDAC阻害剤の濃度が、成長を阻害する又は細胞を死滅させるのに十分であり、該細胞が、MLL再構成ALL細胞である、前記方法。
  26. 前記細胞が、MLL再構成乳児ALL細胞である、請求項25記載の方法。
  27. 前記細胞が、MLL再構成乳児ALL細胞株である、請求項26記載の方法。
  28. 前記MLL再構成乳児ALL細胞株が、SEM又はRS4:11細胞株である、請求項27記載の方法。
  29. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項25から28のいずれか1項記載の方法。
  30. ロミデプシンの濃度が、約0.01nMから500nMの範囲である、請求項29記載の方法。
  31. ロミデプシンの濃度が、約0.1nMから100nMの範囲である、請求項30記載の方法。
  32. ロミデプシンの濃度が、約1nMから5nMの範囲である、請求項31記載の方法。
  33. 前記細胞を追加の治療薬と接触させることをさらに含む、請求項25記載の方法。
  34. 前記追加の治療薬が、DNA脱メチル化剤である、請求項33記載の方法。
  35. 前記DNA脱メチル化剤の濃度が、約1μMから約500μMである、請求項33又は34記載の方法。
  36. 前記DNA脱メチル化剤の濃度が、約50μMから300μMである、請求項33から35のいずれか1項記載の方法。
  37. 前記DNA脱メチル化剤の濃度が、約150μMから200μMである、請求項33から36のいずれか1項記載の方法。
  38. 前記薬剤の組み合わせが、前記細胞を死滅させるために相加的に作用する、請求項33から37のいずれか1項記載の方法。
  39. 前記薬剤の組み合わせが、前記細胞を死滅させるために相乗的に作用する、請求項33から38のいずれか1項記載の方法。
  40. HDAC阻害剤療法に対して感受性である造血器腫瘍を有する患者の可能性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を該低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングすることを含み、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、HDAC阻害剤療法によって前記造血器腫瘍が治療される可能性を予測する、前記方法。
  41. 造血器腫瘍を有する患者のHDAC阻害剤を用いる治療の治療有効性を、低メチル化癌原遺伝子の遺伝子発現シグネチャーに基づいて予測するための方法であって、前記患者の造血器腫瘍を低メチル化癌原遺伝子の存在についてスクリーニングすることを含み、該低メチル化癌原遺伝子の存在が、該治療の治療有効性を予測するものである、前記方法。
  42. 前記低メチル化癌原遺伝子が、MYC、RUNX1、RAN、SET、HOXA9、及びPARK7からなる群から選択される、請求項40又は41記載の方法。
  43. 前記癌原遺伝子が、MYC、RUNX1、又はSETである、請求項42記載の方法。
  44. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成ALLである、請求項40から43のいずれか1項記載の方法。
  45. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成乳児ALLである、請求項44記載の方法。
  46. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項40から45のいずれか1項記載の方法。
  47. 追加の治療薬を投与することをさらに含む、請求項40から46のいずれか1項記載の方法。
  48. 前記追加の治療薬が、DNA脱メチル化剤である、請求項47記載の方法。
  49. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである、請求項48記載の方法。
  50. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジンである、請求項49記載の方法。
  51. 造血器腫瘍を有する患者における低メチル化癌原遺伝子を検出するための方法であって、患者の造血器腫瘍から生体試料を得ることと;1以上のレベルの低メチル化癌原遺伝子mRNA発現を測定する、又は該低メチル化癌原遺伝子の存在を特定することと;前記測定値を、低メチル化癌原遺伝子を有しない患者の造血器腫瘍からの対照測定値と比較することとを含み、1以上の低メチル化癌原遺伝子のmRNA発現の変化が、前記患者の造血器腫瘍における低メチル化癌原遺伝子の存在を示す、前記方法。
  52. 前記低メチル化癌原遺伝子が、MYC、RUNX1、RAN、SET、HOXA9、及びPARK7からなる群から選択される、請求項51記載の方法。
  53. 前記癌原遺伝子が、MYC、RUNX1、又はSETである、請求項52記載の方法。
  54. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成ALLである、請求項51から53のいずれか1項記載の方法。
  55. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成乳児ALLである、請求項54の方法。
  56. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項51から55のいずれか1項記載の方法。
  57. MLL再構成乳児ALLを治療又は予防するための方法であって、こうした治療を必要とする患者に、28日周期の第1、8、及び15日に、4時間かけて、静脈内注入によって14mg/m2の用量でロミデプシンを投与することを含み、前記周期は、28日毎に繰り返される、前記方法。
  58. HDAC阻害剤と、医薬として許容し得る担体、賦形剤、又は希釈剤とを含む医薬組成物。
  59. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項58記載の医薬組成物。
  60. DNA脱メチル化剤をさらに含む、請求項58又は59記載の医薬組成物。
  61. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである、請求項60記載の医薬組成物。
  62. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジンである、請求項60又は61記載の医薬組成物。
  63. HDAC阻害剤又はその医薬組成物と、造血器腫瘍を有する患者における低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、該患者における低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含む、キット。
  64. HDAC阻害剤とDNA脱メチル化剤との組み合わせ又はその医薬組成物と、造血器腫瘍を有する患者における低メチル化癌原遺伝子を検出するための試薬と、該患者における低メチル化癌原遺伝子を検出するための説明書とが装入された1以上の容器を含む、キット。
  65. 前記低メチル化癌原遺伝子が、MYC、HOXA9、RUNX1、PARK7、RAN、及びSETからなる群から選択される、請求項63又は64記載のキット。
  66. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成ALLである、請求項65記載のキット。
  67. 前記造血器腫瘍が、MLL再構成乳児ALLである、請求項66記載のキット。
  68. 前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項63から67のいずれか1項記載のキット。
  69. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジン、デシタビン、又はゼブラリンである、請求項64から68のいずれか1項記載のキット。
  70. 前記DNA脱メチル化剤が、5-アザシチジンである、請求項69記載のキット。
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