JP2013533731A5 - - Google Patents

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さらなる実施形態は、表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）または表Ｅ２に記載されているＡＡＲＳタンパク質フラグメントまたはＡＲＲＳタンパク質フラグメントをコードする核酸の投与による、ｔＲＮＡ合成酵素の発現、活性または時空間的位置の調節不全により仲介される疾患または障害の治療法を含む。本実施形態の一態様では、疾患は、癌、神経障害、糖尿病および炎症性障害から選択される。
一実施形態において、例えば、以下の項目が提供される。
（項目１）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントを含み、前記タンパク質フラグメントの溶解度が少なくとも約５ｍｇ／ｍＬである組成物であって、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満であり、かつ実質的に無血清である、組成物。
（項目２）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１に記載の組成物。
（項目３）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが非カノニカルな生物活性を含む、項目１〜２のいずれかに記載の組成物。
（項目４）
前記非カノニカルな生物活性が、細胞外シグナル伝達の調節、細胞増殖の調節、細胞分化の調節、遺伝子転写の調節、サイトカイン産生または活性の調節、サイトカイン受容体活性の調節および炎症の調節から選択される、項目３に記載の組成物。
（項目５）
前記非カノニカルな生物活性が遺伝子転写の調節である、項目４に記載の組成物。
（項目６）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが異種ポリペプチドと融合している、項目１〜５のいずれかに記載の組成物。
（項目７）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を実質的に保持している、項目６に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目８）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を抑制する、項目６に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目９）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＮ末端に結合している、項目６に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目１０）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＣ末端に結合している、項目６に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目１１）
前記異種ポリペプチドが、精製タグ、エピトープタグ、標的化配列、シグナルペプチド、膜転位配列およびＰＫ調節物質からなる群より選択される、項目６に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目１２）
ＡＡＲＳタンパク質フラグメントを少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬの濃度で含む、項目１〜５のいずれかに記載の組成物。
（項目１３）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが少なくとも９０％の単分散である、項目１２に記載の組成物。
（項目１４）
約３％未満の高分子量凝集タンパク質を含む、項目１２または１３に記載の組成物。
（項目１５）
４℃で１週間、ＰＢＳ中で少なくとも１０ｍｇ／ｍＬの濃度で保管された場合に３％未満の凝集を示す、項目１２〜１４のいずれかに記載の組成物。
（項目１６）
約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の置換、削除および／または付加により、表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列とは異なる少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントを含み、前記改変タンパク質フラグメントが未改変の前記タンパク質の非カノニカルな活性を実質的に保持し、溶解度が少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬである組成物であって、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満であり、かつ実質的に血清が混入していない、組成物。
（項目１７）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと特異的に結合する単離抗体を含む組成物であって、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントに対する前記抗体の親和性が、対応する完全長ＡＡＲＳポリペプチドに対するその親和性よりも約１０倍強く、前記抗体が、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性に拮抗する、組成物。
（項目１８）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと特異的に結合する単離抗体を含む組成物であって、前記抗体が、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントに対する少なくとも約１０ｎＭの親和性と、対応する完全長ＡＡＲＳポリペプチドに対する少なくとも約１００ｎＭの親和性とを有する、組成物。
（項目１９）
前記抗体が、表１〜３（１つもしくは複数）もしくは表４〜６（１つもしくは複数）もしくは表７〜９（１つもしくは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳポリペプチド固有のスプライスジャンクション内にあるエピトープまたはこのスプライス部位のアミノ酸配列Ｃ末端と結合する、項目１７または１８のいずれかに記載の組成物。
（項目２０）
前記抗体が、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号１３５および配列番号１３７からなる群より選択される少なくとも５個の連続するアミノ酸を含むエピトープと結合する、項目１７または１８のいずれかに記載の組成物。
（項目２１）
前記ＡＡＲＳポリペプチドの非カノニカルな活性に拮抗する、項目１７または１８のいずれかに記載の組成物。
（項目２２）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の実質的に純粋なアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントと結合する結合パートナーとを含む、バイオアッセイ系。
（項目２３）
前記結合パートナーが、細胞表面受容体タンパク質、核酸、脂質膜、細胞調節タンパク質、酵素および転写因子からなる群より選択される、項目２２に記載のバイオアッセイ系。
（項目２４）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目２２に記載の組成物。
（項目２５）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、少なくとも１個の細胞が前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントをコードするポリヌクレオチドを含む操作された細胞集団とを含み、前記細胞が無血清培地で増殖することができる、細胞組成物。
（項目２６）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の実質的に純粋なアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、前記タンパク質フラグメントと結合する細胞表面受容体またはその細胞外部分を含む細胞と、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントと前記細胞外受容体との結合または相互作用を調節する約２０００ダルトン未満の分子または第二のポリペプチドとを含む、検出系。
（項目２７）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の実質的に純粋なアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、前記タンパク質フラグメントと特異的に結合する細胞表面受容体またはその細胞外部分を含む細胞とを含み、前記細胞が、前記細胞表面受容体またはその細胞外部分のレベルまたは活性の変化の検出を可能にする指示分子を含む、診断系。
（項目２８）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）に記載されているアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、少なくとも１個の細胞が前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントをコードするポリヌクレオチドを含む操作された細胞集団と、少なくとも約１０リットルの無血清増殖培地と、無菌容器とを含む、細胞増殖装置。
（項目２９）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数に）に記載のＡＡＲＳスプライスバリアント固有のスプライスジャンクションを標的とする配列を含む、アンチセンスまたはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）剤。
（項目３０）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントを含み、前記タンパク質フラグメントが、結合パートナー特異的と結合して生理作用を及ぼし、かつ少なくとも約５ｍｇ／ｍＬの溶解度を有する治療用組成物であって、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満である、治療用組成物。
（項目３１）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目２９に記載の治療用組成物。
（項目３２）
前記結合パートナーが、細胞表面受容体、核酸、脂質膜、調節タンパク質、酵素および転写因子からなる群より選択される、項目２９または３０に記載の治療用組成物。
（項目３３）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが異種ポリペプチドと融合している、項目２９または３０に記載の治療用組成物。
（項目３４）
前記ＡＡＲＳ融合タンパク質が、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を実質的に保持している、項目３２に記載の治療用組成物。
（項目３５）
前記ＡＡＲＳ融合タンパク質が、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を抑制する、項目３２に記載の治療用組成物。
（項目３６）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＮ末端に結合している、項目３２に記載の治療用組成物。
（項目３７）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＣ末端に結合している、項目３２に記載の治療用組成物。
（項目３８）
前記異種ポリペプチドが、精製タグ、エピトープタグ、標的化配列、シグナルペプチド、膜転位配列およびＰＫ調節物質からなる群より選択される、項目３２に記載の治療用組成物。
（項目３９）
ＡＡＲＳタンパク質フラグメントを少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬの濃度で含む、項目２９〜３０のいずれかに記載の治療用組成物。
（項目４０）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが少なくとも９０％の単分散である、項目２９〜３０のいずれかに記載の治療用組成物。
（項目４１）
約３％未満の高分子量凝集タンパク質を含む、項目３９に記載の治療用組成物。
（項目４２）
４℃で１週間、ＰＢＳ中で少なくとも１０ｍｇ／ｍＬの濃度で保管された場合に３％未満の凝集を示す、項目３９に記載の治療用組成物。
（項目４３）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％同一である少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントを含み、前記タンパク質フラグメントの溶解度が少なくとも約５ｍｇ／ｍＬである組成物であって、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満である、組成物。
（項目４４）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の実質的に純粋なアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと、それと共有結合または非共有結合している少なくとも１つの部分とを含む、組成物。
（項目４５）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目４２に記載の組成物。
（項目４６）
前記部分が検出可能な標識である、項目４２または４３に記載の組成物。
（項目４７）
前記部分が水溶性ポリマーである、項目４２または４３に記載の組成物。
（項目４８）
前記水溶性ポリマーがＰＥＧである、項目４２または４３に記載の組成物。
（項目４９）
前記部分が前記タンパク質フラグメントのＮ末端に結合している、項目４２または４３に記載の組成物。
（項目５０）
前記部分が前記タンパク質フラグメントのＣ末端に結合している、項目４２または４３に記載の組成物。
（項目５１）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと結合した固体基質を含み、前記タンパク質フラグメントの溶解度が少なくとも約５ｍｇ／ｍＬである組成物であって、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％である、組成物。
（項目５２）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質フラグメントと特異的に結合する結合物質を含み、前記結合物質が、前記タンパク質フラグメントに対して少なくとも約１ｎＭの親和性を有する、組成物。
（項目５３）
前記結合物質が、表１〜３（１つもしくは複数）もしくは表４〜６（１つもしくは複数）もしくは表７〜９（１つもしくは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳポリペプチド固有のスプライスジャンクション内にあるエピトープまたはこのスプライス部位のアミノ酸配列Ｃ末端と結合する、項目５２に記載の組成物。
（項目５４）
前記結合物質が、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号１３５および配列番号１３７からなる群より選択される少なくとも５個の連続するアミノ酸を含むエピトープと結合する、項目５２に記載の組成物。
（項目５５）
前記ＡＡＲＳポリペプチドの非カノニカルな活性に拮抗する、項目５２に記載の組成物。
（項目５６）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を含む、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目５７）
前記ＡＡＲＳポリペプチドが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、項目５６に記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目５８）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかの配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目５９）
前記ＡＡＲＳポリペプチドが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される、項目５８に記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目６０）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかの配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％同一であるアミノ酸配列から実質的になる、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目６１）
前記ＡＡＲＳポリペプチドが、配列番号３６、配列番号２４、配列番号３８、配列番号４０、配列番号２６および配列番号６７からなる群より選択される、項目６０に記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
（項目６２）
非カノニカルな生物活性を含む、項目６１に記載のポリペプチド。
（項目６３）
前記非カノニカルな生物活性が、細胞外シグナル伝達の調節、細胞増殖の調節、細胞分化の調節、遺伝子転写の調節、サイトカイン産生または活性の調節、サイトカイン受容体活性の調節および炎症の調節から選択される、項目６２に記載のポリペプチド。
（項目６４）
前記非カノニカルな生物活性が転写の調節である、項目６３に記載のポリペプチド。
（項目６５）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントが異種ポリペプチドと融合している、項目６２に記載のポリペプチド。
（項目６６）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を実質的に保持している、項目６５に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目６７）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの非カノニカルな活性を抑制する、項目６５に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目６８）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＮ末端に結合している、項目６５に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目６９）
前記異種ポリペプチドが、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントのＣ末端に結合している、項目６５に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目７０）
前記異種ポリペプチドが、精製タグ、エピトープタグ、標的化配列、シグナルペプチド、膜転位配列およびＰＫ調節物質からなる群より選択される、項目６５に記載のＡＡＲＳ融合タンパク質。
（項目７１）
ＡＡＲＳタンパク質フラグメントを少なくとも約１０ｍｇ／ｍＬの濃度で含む、項目６２に記載の組成物。
（項目７２）
少なくとも９０％の単分散であるＡＡＲＳタンパク質フラグメントを含む、項目６２に記載の組成物。
（項目７３）
約３％未満の高分子量凝集タンパク質を含む、項目６２に記載の組成物。
（項目７４）
４℃で１週間、ＰＢＳ中で少なくとも１０ｍｇ／ｍＬの濃度で保管された場合に３％未満の凝集を示す、項目６２に記載の組成物。
（項目７５）
項目６０に記載の単離ＡＡＲＳポリペプチド、前記ＡＡＲＳポリペプチドの結合パートナーまたはその両方に対する結合特異性を示し、前記ＡＡＲＳポリペプチドに対する親和性が、対応する完全長ＡＡＲＳポリペプチドに対するその親和性よりも約１０倍強い、抗体。
（項目７６）
表１〜３（１つもしくは複数）もしくは表４〜６（１つもしくは複数）もしくは表７〜９（１つもしくは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳポリペプチド固有のスプライスジャンクション内にあるエピトープまたはこのスプライス部位のアミノ酸配列Ｃ末端と結合する、項目７５に記載の抗体。
（項目７７）
配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号１３５および配列番号１３７からなる群より選択される少なくとも５個の連続するアミノ酸を含むエピトープと結合する、項目７５または７６のいずれかに記載の抗体。
（項目７８）
単離ＡＡＲＳポリペプチドとの結合に関して、項目７５〜７７のいずれかに記載の抗体と競合する抗体。
（項目７９）
項目６２に記載の単離ＡＡＲＳポリペプチドまたは前記ＡＡＲＳポリペプチドの結合パートナーに対して結合特異性を示す結合物質。
（項目８０）
ペプチド、可溶性受容体、アドネクチン、小分子およびアプタマーから選択される、項目７９に記載の結合物質。
（項目８１）
前記ＡＡＲＳポリペプチドの非カノニカルな活性に拮抗する、項目７５〜８０のいずれか１項に記載の抗体または結合物質。
（項目８２）
前記ＡＡＲＳポリペプチドの非カノニカルな活性を刺激する、項目７５〜８０のいずれか１項に記載の抗体または結合物質。
（項目８３）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳタンパク質フラグメントをコードするヌクレオチド配列、少なくとも８０％の配列同一性を有するそのバリアント、そのフラグメントまたは相補体を含む、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリヌクレオチド。
（項目８４）
前記ヌクレオチド配列が、配列番号３７、配列番号２５、配列番号３９、配列番号４１、配列番号２７および配列番号６８からなる群より選択される配列と少なくとも８０％同一である、項目８３に記載のポリヌクレオチド。
（項目８５）
前記ヌクレオチド配列が細菌発現に対してコドン最適化されている、項目８３に記載のポリヌクレオチド。
（項目８６）
配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３および配列番号１６３から選択される配列と少なくとも８０％同一である、項目８５に記載のポリヌクレオチド。
（項目８７）
項目８３に記載のポリヌクレオチドと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％同一であるヌクレオチド配列またはその相補体を含む、項目８３に記載のポリヌクレオチド。
（項目８８）
項目８３に記載のポリヌクレオチドと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％同一であるヌクレオチド配列またはその相補体から実質的になる、項目８３に記載のポリヌクレオチド。
（項目８９）
項目８３に記載のポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリヌクレオチド。
（項目９０）
プライマー、プローブおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択される、項目８９に記載のポリヌクレオチド。
（項目９１）
前記ＡＡＲＳポリヌクレオチドの固有のスプライスジャンクションと特異的にハイブリダイズする、項目９０に記載のポリヌクレオチド。
（項目９２）
試料中のＡＡＲＳタンパク質フラグメントの存在またはレベルを決定する方法であって、前記試料を、表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳタンパク質フラグメントと特異的に結合する１つ以上の結合物質と接触させることと、前記結合物質の有無を検出することと、これにより前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの存在またはレベルを決定することとを含む、方法。
（項目９３）
試料中のＡＡＲＳタンパク質フラグメントの存在またはレベルを決定する方法であって、表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のタンパク質フラグメントを特異的に同定することができる検出器で前記試料を解析することと、これにより前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの存在またはレベルを決定することとを含む、方法。
（項目９４）
前記検出器が、質量分析器（ＭＳ）、フローサイトメータ、タンパク質イメージング装置、酵素結合免疫吸着測定（ＥＬＩＳＡ）またはタンパク質マイクロアレイである、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
試料中のＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する方法であって、前記試料を、項目８３に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする１つ以上のオリゴヌクレオチドと接触させることと、前記試料中の前記オリゴヌクレオチドの有無を検出することと、これにより前記ＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定することとを含む、方法。
（項目９６）
試料中のＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する方法であって、前記試料を、項目８３に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチドを特異的に増幅する少なくとも２つのオリゴヌクレオチドと接触させることと、増幅反応を行うことと、増幅産物の有無を検出することと、これにより前記ＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在または有無を決定することとを含む、方法。
（項目９７）
前記オリゴヌクレオチド（１つまたは複数）が、ＡＡＲＳスプライスバリアントに固有のスプライスジャンクションと特異的にハイブリダイズするか、またはこれを特異的に増幅する、項目９５または９６に記載の方法。
（項目９８）
前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントまたはスプライスバリアントの存在またはレベルを、対照試料または所与の値と比較することをさらに含む、項目９５〜９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９９）
前記試料の状態を特徴付けて、それを前記対照と区別することをさらに含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記試料および対照が細胞または組織を含む項目９８に記載の方法であって、異なる種間の細胞もしくは組織、異なる組織もしくは器官の細胞、異なる細胞発生段階の細胞、異なる細胞分化段階の細胞、異なる生理状態の細胞、または健常細胞と疾患細胞を区別することを含む、方法。
（項目１０１）
表１〜３（１つもしくは複数）もしくは表４〜６（１つもしくは複数）もしくは表７〜９（１つもしくは複数）のいずれかに記載のアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチドまたはその１つ以上の細胞結合パートナーと特異的に結合する化合物を同定する方法であって、ａ）前記ＡＡＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーまたはその両方を適当な条件下で少なくとも１つの試験化合物と結合させることと、ｂ）前記ＡＡＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーまたはその両方と前記試験化合物との結合を検出することにより、前記ＡＡＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーまたはその両方と特異的に結合する化合物を同定することとを含む、方法。
（項目１０２）
前記試験化合物が、ポリペプチドもしくはペプチド、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、ペプチド模倣物または小分子である、項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記試験化合物が、前記ＡＡＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーの非カノニカルな生物活性を完全にまたは部分的に刺激する、項目１０１に記載の方法。
（項目１０４）
前記試験化合物が、前記ＡＡＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーの非カノニカルな生物活性に完全にまたは部分的に拮抗する、項目１０１に記載の方法。
（項目１０５）
項目１０１〜１０４のいずれか１項に記載の方法により同定される化合物。
（項目１０６）
項目５６〜７４のいずれか１項に記載のＡＡＲＳポリペプチド、項目７５〜８２のいずれか１項に記載の抗体もしくは結合物質、項目８３〜９１のいずれか１項に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチドまたは項目１０５に記載の化合物と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
（項目１０７）
対象における免疫応答で刺激を引き起こさない、項目１０６に記載の医薬組成物。
（項目１０８）
対象における免疫応答を刺激する少なくとも１つのアジュバントを含む、項目１０６に記載の医薬組成物。
（項目１０９）
細胞の細胞活性またはタンパク質を調節する方法であって、前記細胞またはタンパク質を、項目５６〜７４のいずれか１項に記載のＡＡＲＳポリペプチド、項目７５〜８２のいずれか１項に記載の抗体または結合物質、項目８３〜９１のいずれか１項に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチド、項目１０５に記載の化合物または項目１０８に記載の医薬組成物と接触させることを含む、方法。
（項目１１０）
前記細胞活性が、細胞増殖、細胞分化、細胞シグナル伝達、遺伝子転写、血管新生、細胞結合、代謝、サイトカイン産生または活性、サイトカイン受容体活性および炎症から選択される、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記細胞の型が、脂肪前駆細胞、骨髄、好中球、血液細胞、肝細胞、アストロサイト、間葉系幹細胞および骨格筋細胞からなる群より選択される、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記細胞が対象中に存在する、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記対象の治療を含み、前記対象が、腫瘍性疾患に関連した状態、免疫系の疾患もしくは状態、炎症性疾患、感染症、代謝性疾患、神経細胞／神経疾患、筋／心血管疾患、造血異常に関連した疾患、血管新生異常に関連した疾患または異常な細胞生存に関連した疾患を有する、項目１１２に記載の方法。
（項目１１４）
医薬化合物を製造する工程であって、
ａ）表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のアミノ酸配列を含む少なくとも９５アミノ酸のＡＡＲＳタンパク質フラグメントの存在下で、１つ以上の候補化合物のｉｎ ｖｉｔｒｏスクリーニングを行って、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントと特異的に結合する化合物を同定することと、
ｂ）段階ａ）で同定された化合物に関して細胞ベースのアッセイを行って、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの１つ以上の非カノニカルな活性を調節する化合物を同定することと、
ｃ）任意に、段階ｂ）で同定された化合物の構造活性相関（ＳＡＲ）を評価してその構造を前記非カノニカルな活性の調節と関連付け、任意に、前記化合物を誘導して前記非カノニカルな活性を調節するその能力を改変することと、
ｄ）ヒトでの使用に十分な量の段階ｂ）で同定された化合物または段階ｃ）で誘導体化された化合物を生産することにより、医薬化合物を製造することと
を含む、方法。
（項目１１５）
医薬化合物を製造する工程であって、
ａ）表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかのＡＡＲＳタンパク質フラグメントと特異的に結合する細胞表面受容体またはその細胞外部分の存在下で、１つ以上の候補化合物のｉｎ ｖｉｔｒｏスクリーニングを行って、前記細胞表面受容体またはその細胞外部分と特異的に結合する化合物を同定することと、
ｂ）段階ａ）で同定された化合物に関して細胞ベースのアッセイを行って、前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの１つ以上の非カノニカルな活性を調節する化合物を同定することと、
ｃ）任意に、段階ｂ）で同定された化合物の構造活性相関（ＳＡＲ）を評価してその構造を前記非カノニカルな活性の調節と関連付け、任意に、前記化合物を誘導して前記非カノニカルな活性を調節するその能力を改変することと、
ｄ）ヒトでの使用に十分な量の段階ｂ）で同定された化合物または段階ｃ）で誘導体化された化合物を生産することにより、医薬化合物を製造することと
を含む、方法。
（項目１１６）
少なくとも１個の細胞が、異種性完全長アスパラギニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、操作された細胞集団を含み、前記細胞が無血清培地中で増殖することができる、細胞組成物。
（項目１１７）
前記完全長アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質が、ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの精製を容易にする異種性の精製タグまたはエピトープタグを含む、項目１１６に記載の細胞組成物。
（項目１１８）
前記完全長アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質が、切断時の前記ＡＡＲＳタンパク質フラグメントの生成を可能にする異種性タンパク質分解部位を含む、項目１１６または１１７に記載の細胞組成物。
（項目１１９）
細胞内で項目５６〜７４に記載のＡＡＲＳポリペプチドをｉｎ ｓｉｔｕで作製する方法であって、ｉ）異種性完全長アスパラギニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質を細胞内で発現させることを含み、前記細胞が、前記異種性完全長アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質を切断して前記ＡＡＲＳポリペプチドを生成することができるプロテアーゼを含む、方法。
（項目１２０）
項目５６〜７４に記載のＡＡＲＳポリペプチドを作製する方法であって、単離完全長アスパラギニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質を、前記完全長アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質を切断してＡＡＲＳポリペプチドを生成することができるプロテアーゼと接触させることを含む、方法。
（項目１２１）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）のいずれかに記載のＡＡＲＳタンパク質フラグメントのタンパク質分解生成を可能にする異種性タンパク質分解部位を含む、操作された完全長アスパラギニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質。
（項目１２２）
単離完全長アスパラギニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素を含み、純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満であり、かつ実質的に無血清である、組成物。
（項目１２３）
前記完全長システイニルアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素が、少なくとも１０ｍｇ／ｍＬの濃度で存在し、かつ少なくとも９０％の単分散である、項目１２２に記載の組成物。
（項目１２４）
表１〜３（１つまたは複数）または表４〜６（１つまたは複数）または表７〜９（１つまたは複数）または表Ｅ２に記載のＡＡＲＳタンパク質フラグメントまたは前記ＡＲＲＳタンパク質フラグメントをコードする核酸の投与による、ｔＲＮＡ合成酵素の発現、活性または時空間的位置の調節不全により仲介される疾患または障害の治療法。
（項目１２５）
前記疾患が、癌、神経障害、糖尿病および炎症性障害から選択される、項目１２４に記載の方法。

Claims (24)

  1. 治療用組成物であって、
    前記治療用組成物は、配列番号３８または表１〜３（１つまたは複数）もしくは表４〜６（１つまたは複数）もしくは表７〜９（１つまたは複数）もしくは表Ｅ２もしくは表Ｅ７のいずれかに記載の配列の４０個以上の連続するアミノ酸と少なくとも９０％、９５％、９８％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、約４０〜約７５０個のアミノ酸長の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチドを含み、
    前記ポリペプチドは、結合パートナーと特異的に結合して、生理作用を及ぼし、かつ少なくとも約５ｍｇ／ｍＬの溶解度を有し、
    前記組成物の純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％であり、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満である、
    治療用組成物。
  2. 配列番号３８または表１〜３（１つまたは複数）もしくは表４〜６（１つまたは複数）もしくは表７〜９（１つまたは複数）もしくは表Ｅ２もしくは表Ｅ７のいずれかに記載の配列の４０個以上の連続するアミノ酸と少なくとも９０％、９５％、９８％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、約４０〜約７５０個のアミノ酸長の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド。
  3. 前記ポリペプチドが、少なくとも約５ｍｇ／ｍＬの溶解度を有し、前記組成物の純度がタンパク質ベースで少なくとも約９５％であり、エンドトキシンが約１０ＥＵ／ｍｇタンパク質未満である、請求項２に記載の単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチドを含む、組成物。
  4. 少なくとも１つの部分または固体基質が、前記ポリペプチドと共有結合または非共有結合している、請求項３に記載の組成物。
  5. 請求項２に記載の単離ＡＡＲＳポリペプチドに対する結合特異性を示す、結合物質。
  6. 前記結合物質は、前記ポリペプチドに対して少なくとも約１ｎＭの親和性を有する、請求項５に記載の結合物質を含む、組成物。
  7. 系であって、
    前記系は、請求項２に記載の実質的に純粋なアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチド、およびエレメントを含み、
    前記エレメントは、
    （ｉ）前記ＡＡＲＳポリペプチドと結合する結合パートナー、
    （ｉｉ）操作された細胞集団であって、少なくとも１個の細胞が前記ＡＡＲＳポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、前記細胞は無血清培地で増殖することができる、操作された細胞集団、
    （ｉｉｉ）細胞であって、前記ポリペプチドと結合する細胞表面受容体またはその細胞外部分と、前記ＡＡＲＳポリペプチドと前記細胞外受容体との間の結合または相互作用を調節する約２０００ダルトン未満の分子または第二のポリペプチドとを含む、細胞、
    （ｉｖ）細胞であって、前記ＡＡＲＳポリペプチドと特異的に結合する細胞表面受容体またはその細胞外部分を含み、前記細胞が前記細胞表面受容体またはその細胞外部分のレベルまたは活性の変化の検出を可能にする指示分子を含む、細胞、ならびに、
    （ｖ）操作された細胞集団であって、少なくとも１個の細胞が前記ＡＡＲＳポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む操作された細胞集団と、少なくとも約１０リットルの無血清細胞培地と、無菌容器
    からなる群より選択される、
    系。
  8. 単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリヌクレオチドであって、
    （ｉ）請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチドをコードするヌクレオチド配列もしくはその相補体、または
    （ｉｉ）（ｉ）のヌクレオチド配列と特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列、
    を含む、単離アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリヌクレオチド。
  9. 試料中のＡＡＲＳポリペプチドの存在またはレベルを決定するためのキットの製造における、請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチドに特異的に結合する１つ以上の抗体の使用。
  10. 試料中のＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定するためのキットの製造における、請求項８の（ｉ）に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする１つ以上のオリゴヌクレオチドの使用。
  11. 請求項２に記載のアミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）ポリペプチドと特異的に結合する化合物を同定する方法であって、
    前記方法は、
    ａ）適当な条件下で、前記ＡＡＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはその両方と少なくとも１つの試験化合物とを混合すること、および
    ｂ）前記ＡＡＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはその両方と前記試験化合物との結合を検出して、それにより前記ＡＡＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはその両方と特異的に結合する化合物を同定すること、
    を含む、方法。
  12. 請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチド、請求項５に記載の結合物質、または請求項８に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチド、および薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  13. 細胞の細胞活性またはタンパク質を調節するための医薬またはキットの製造における、請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチド、請求項５に記載の結合物質、または請求項８に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチド、または請求項１２に記載の医薬組成物の使用。
  14. 請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチドのタンパク質分解生成を可能にする異種性タンパク質分解部位を含む、操作された完全長アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素（ＡＡＲＳ）タンパク質。
  15. 前記ＡＡＲＳポリペプチドは異種ポリペプチドと融合している、請求項２に記載の単離ＡＡＲＳポリペプチド。
  16. 前記ＡＡＲＳポリペプチドは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個のアミノ酸の置換、削除および／または付加により、配列番号３８または表１〜３（１つまたは複数）もしくは表４〜６（１つまたは複数）もしくは表７〜９（１つまたは複数）もしくは表Ｅ２もしくは表Ｅ７のいずれかに記載のアミノ酸配列とは異なり、改変ＡＡＲＳポリペプチドは、未改変タンパク質の非カノニカルな活性を実質的に保持している、請求項３に記載の組成物。
  17. ｔＲＮＡ合成酵素の発現、活性または時空間的位置の調節不全により仲介される疾患または障害を治療するための医薬の製造における、請求項１もしくは１６に記載の治療用組成物、請求項２もしくは１５に記載のＡＡＲＳポリペプチド、または前記ＡＡＲＳポリペプチドをコードする核酸の使用。
  18. 前記結合物質が抗体であり、前記抗体の前記ＡＡＲＳポリペプチドに対する親和性は、対応する完全長ＡＡＲＳポリペプチドに対するその親和性よりも１０倍強い、請求項５に記載の結合物質。
  19. 前記結合物質は抗体であり、前記抗体は、前記ＡＡＲＳポリペプチドの非カノニカルな活性に拮抗する、請求項６に記載の組成物。
  20. 前記疾患は、癌、神経障害、糖尿病および炎症性障害から選択される、請求項１７に記載の使用。
  21. 請求項２に記載に記載のＡＡＲＳポリペプチドに特異的に結合する１つ以上の抗体を含む試料における、ＡＡＲＳポリペプチドの存在またはレベルを決定するためのキット。
  22. 請求項８の（ｉ）に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズする１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む試料における、ＡＡＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定するためのキット。
  23. 細胞の細胞活性またはタンパク質を調節するための医薬またはキットであって、請求項２に記載のＡＡＲＳポリペプチド、請求項５に記載の結合物質、または請求項８に記載のＡＡＲＳポリヌクレオチド、または請求項１２に記載の医薬組成物を含む、医薬またはキット。
  24. ｔＲＮＡ合成酵素の発現、活性または時空間的位置の調節不全により仲介される疾患または障害を治療するための医薬であって、請求項１もしくは１６に記載の治療用組成物、請求項２もしくは１５に記載のＡＡＲＳポリペプチド、または前記ＡＡＲＳポリペプチドをコードする核酸を含む、医薬。

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