JP2011501942A5 - - Google Patents

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インフルエンザポリメラーゼのPB1サブユニットに対する有望な結合部位と、従来技術により予測された有望なRNAキャップ結合部位とを有する全長PB2を例示する図である(Cap−N/Cap−Cは非特許文献13を参照されたい。Cap−C(Trp552)は非特許文献14を参照されたい。Cap−Mは非特許文献15を参照されたい)。加えて、様々なPB2断片が細菌発現に関して生成されたことが示される。これらの構築物の全てが、高レベルで発現され、且つ可溶性である。最上部から最下部までに、13種類の単離クローンによりコードされるPB2断片の長さを示す(これらにより7個の特有のPB2断片がコードされていた)。単離クローンは、配列番号25の、以下のヌクレオチドに及ぶ:クローン68:886〜1449、クローン16:871〜1452、クローン15:871〜1452、クローン57:844〜1449、クローン13:844〜1449、クローン10:832〜1443、クローン28:805〜1452、クローン23:805〜1452、クローン12:723〜1425、クローン4:706〜1491、クローン30:706〜1491、クローン07:706〜1491及びクローン05:706〜1491。Clone: クローンPB1 binding: PB1結合部位 図2Aは、Superdex75ゲル濾過カラムでのPB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の精製を示すグラフである。任意の単位での280nmでの吸光が、溶出時間及び画分番号に対してプロットされる。Absorption at 280nm in arbitrary unit: 任意の単位での280nmでの吸光Fractions : 画分100.0% Buffer B :100.0%緩衝液BHrs:min:sec : 時間:分:秒 図2Bは、ゲル濾過後の、PB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の画分24〜画分34の、クーマシー染色したSDS PAGEゲルを示す図である。分子量マーカーは、116kDa、66.2kDa、45kDa、35kDa、25kDa、18.4kDa及び14.4kDaのサイズを有する。 図3Aは、沈殿剤溶液1.6Mギ酸ナトリウム、0.1Mクエン酸(pH4.6)で形成したmGTP(5mM)との複合体での、PB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の未変性の(native)結晶を示す図である。 図3Bは、沈殿剤溶液1.6Mギ酸ナトリウム、0.1Mクエン酸(pH4.6)で形成したmGTP(5mM)との複合体での、部分的にセレノ−メチオニル化した(seleno-methionylated)PB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の結晶を示す図である。 European Synchrotron Radiation FacilityでのビームラインBM14で未変性の結晶に関して得られたX線回折パターンを示す図である。回折パターンは格子寸法a=92.2Å、b=94.4Å、c=220.4Åの、空間群C222での指標となる(indexes)。右上の挿入図は、分解能2.4Åに及ぶ回折を示す。右下の挿入図は、データ収集のために使用した凍結結晶を示し、該結晶のおよそのサイズは15×15×50μmである。Influenza polymerase PB2 subunit cap-binding domain(native protein BM14) : インフルエンザポリメラーゼPB2サブユニットキャップ結合ドメイン(未変性のタンパク質)BM142.4Å resolution : 2.4Å 分解能50 microns : 50ミクロン GTPとの複合体でのPB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の構造のリボン図である。二次構造要素を、DSSPにより算出した(Holm, L. and Sander, C., 1993)ように表示し、αヘリックスを濃い灰色で、β鎖(beta-strands)を薄い灰色で示す。GTPを、Phe323、Phe404及びHis357の側鎖と共に、球棒モデルとして示す。残基348及び残基420を中心とする重要なループを、構造において可視的なN末端及びC末端の残基(それぞれ、320及び483)と共に、表示する。420-loop : 420ループ348-loop : 348ループ 420ループが溶媒中に突き出ていることを明らかにする、mGTPとの複合体でのPB2ポリペプチド断片(アミノ酸位置318〜483)の構造の代替図である。420-loop : 420ループ348-loop : 348ループCommunication loop to PB1 : PB1に対するコミュニケーションループ PB2内のRNAキャップ結合ポケットを形成する幾つかのアミノ酸により取り囲まれるmGTPの立体構造及び不偏(unbiased)実験電子密度を示す図である。電子密度は、実験位相(phase)及び0.95シグマで作成した(contoured)非結晶学的対称平均化を使用して、RESOLVEにより得られたマップに対応する。 PB2内のRNAキャップ結合ポケットに埋め込まれたキャップ類似体mGTPを、有望な相互作用する原子と共に示す図である。推定水素結合を、点線により示す。 インフルエンザA(A/Victoria/3/1975株)及びインフルエンザB(B/Lee/40株)由来のPB2のRNAキャップ結合ドメインのアミノ酸配列アライメントを示す図である。A/Victoria/3/1975の二次構造(DSSPで算出した(Holm and Sander, 1993))を、配列アライメントの上に表示する。構造基準の配列アライメントをESPRIPT(http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi)でプロットした。背景がベタ塗りの黒色である残基は、2つの配列の間で同一である。三角形は、キャップ類似体mGTPと相互作用する主残基を示す。 インフルエンザA(A/Victoria/3/1975株)、インフルエンザB(B/Lee/40株)及びインフルエンザC(Ann Arbor/1/50株)由来のPB2のRNAキャップ結合ドメインのアミノ酸配列アライメントを示す図である。注釈は図9に関するものと同様である。 RNAキャップ類似体mGTPとPB2内のRNAキャップ結合ポケットとの間の相互作用を概略的に示す図である。キャップ類似体mGTP(M7Gと表示する)を濃い灰色の結合で、タンパク質残基を中位の灰色の結合で、水分子を薄い灰色の球で、描く。水素結合を、ドナーとアクセプタとの間における単位Åの距離を有する点線として示す。濃い灰色の球の斜線を付した部分は、リガンドとファンデルワールス接触状態にある残基を示す。図は、座標ファイルにおいて鎖記号(designation)Bを有する分子に対応する。非対称単位(鎖A、鎖B、鎖D及び鎖F)の4つの他の分子は、距離と水の位置とに微小な差異を有する同様の図をもたらす。図を、LIGPLOTを使用して作成した(Wallaceet al., 1995)。 4℃でmGTP Sepharose 4B樹脂と結合した後での、表示した野生型及び単一点突然変異体のPB2のキャップ結合ドメインの溶出の結果の、クーマシー染色したSDS PAGEゲルを示す図である。突然変異体E361A、F404A、H357A及びK376Aは、野生型タンパク質が結合する条件下でmGTP Sepharose 4B樹脂と結合することができなかったが、F323Aは弱い結合活性が残っており、F325Aは野生型とほぼ同様に樹脂と結合した。しかし、この結合活性は、37℃で劇的に低減する(表3を参照されたい)。H357W突然変異体も、インフルエンザB及びインフルエンザCがこの残基をこの位置に有するので、作製した。この突然変異体を、可溶性のものとして(solubly)精製し、野生型と比較してmGTP Sepharose 4B樹脂との結合がわずかに増強していることが見出された。突然変異体ΔVQが、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成され、キャップ結合活性を示す。L=Loaded fractions : L=装荷した画分E=Eluted fractions : E=溶出した画分 野生型又は突然変異体の組換えポリメラーゼ複合体のキャップ結合活性を示す図である。HEK293T細胞の培養物を、PB1及びPAを発現するプラスミドで同時トランスフェクトする(Φ)か、又はPB1、PB2−His若しくはその突然変異体及びPAを発現するプラスミドで同時トランスフェクトした。細胞抽出物を、4℃でmGTP−Sepharoseを用いるプルダウン法により分析した。mGTPで保持及び溶出したポリメラーゼ複合体を、PA特異的抗体を用いるウェスタンブロット法により明らかにした。IN及びEは、それぞれ、投入した細胞抽出物、及び溶出したタンパク質を示す。PA特異的バンドの位置を右に表示し、分子量マーカーの移動度を左に示す。突然変異体ΔVQは、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成された。 野生型又は突然変異体のポリメラーゼの複製活性を示すグラフである。野生型及び突然変異体mini−RNPをin vivoで再構築し、Ni2+−NTA−アガロースを用いるアフィニティクロマトグラフィにより精製した。子孫RNPの蓄積を、抗PA抗体及び抗NP抗体を使用するウェスタンブロット法により確定した。データは、野生型の値の百分率として示し、2つの実験の平均及び範囲である。突然変異体ΔVQは、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成された。RNP accumulation(% of WT value) : RNP蓄積(WTの値の%)Mutant : 突然変異体 プライマーとしてApGを使用する、精製した野生型又は突然変異体のRNPのin vitro転写活性を示すグラフである。示したデータは、2つの実験の平均及び範囲である。突然変異体ΔVQが、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成された。ApG-Dependent Transcription(% of WT value) : ApG依存性転写(WTの値の%)Mutant : 突然変異体 β−グロブリンのmRNAをプライマーとして使用する、精製した野生型又は突然変異体のRNPのin vitroでの転写活性を示すグラフである。示したデータは、2つの実験の平均及び範囲である。突然変異体ΔVQが、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成された。β-Globin-Dependent Transcription(% of WT value) : β−グロブリン依存性転写(WTの値の%)Mutant : 突然変異体 精製した野生型又は突然変異体のRNPのApG対β−グロブリンのmRNA依存性in vitro転写活性の比を示すグラフである。示したデータは、2つの実験の平均及び範囲である。突然変異体ΔVQが、残基Val421〜Gln426(420ループ)を3つのグリシンで置換することにより生成された。Ratio β-Globin/ApG-Dependent Transcription β−グロブリン依存性転写/ApG依存性転写の比Mutant : 突然変異体 Lys389を有する配列番号1のPB2ポリペプチド断片のアミノ酸318〜483に関する精密な原子構造座標のリストである。断片は、RNAキャップ類似体7−メチル−グアノシン三リン酸(mGTP)との複合体での配列番号11によるアミノ酸配列を有する。非対称単位に鎖A、鎖B、鎖D、鎖E、鎖Fを有する5つの分子が存在する。RNAキャップ類似体mGTPは、各鎖の残基番号1である。293個の水分子が存在する。ファイルヘッダは、構造精密化に関する情報を与える。「Atom」は、座標が測定される元素を表す。そのカラム中の最初の文字は、元素を規定する。それぞれのアミノ酸の3文字コードが与えられ、アミノ酸配列位置が与えられる。「Atom」のラインにおける最初の3つの値は、測定された元素の原子位置を規定する。4つ目の値は占有率に相当し、5つ目(最後)の値は温度因子(B因子)である。占有率因子は、各原子が座標により特定される位置を占有する分子の割合(fraction)を表す。値「1」は、各原子が結晶の全ての分子において同じ立体構造、すなわち同じ位置を有することを示す。Bは、その原子中心の周りの原子の動きの尺度となる熱的因子である。異方性温度因子は、「ANISOU」と記したラインにおいて与えられる。この命名は、PDBファイル形式に対応する。
好ましい一実施形態では、PB2ポリペプチド断片変異体は、インフルエンザCウイルスPB2の335位〜416位(配列番号3由来)のアミノ酸残基に対応するアミノ酸残基を少なくとも含むか、又はそれから成り、且つ配列番号3に示したアミノ酸配列と、断片の全長にわたり、少なくとも80%、より好ましくは85%、より好ましくは90%、最も好ましくは95%の配列類似性を有し、より好ましくはPB2ポリペプチド断片変異体は、インフルエンザCウイルスPB2の330位〜501位(配列番号3由来)のアミノ酸残基に対応するアミノ酸残基を少なくとも含み、且つ配列番号3に示したアミノ酸配列と、断片の全長にわたり、少なくとも70%、より好ましくは75%、より好ましくは80%、より好ましくは85%、最も好ましくは90%の配列類似性を有し、より好ましくはPB2ポリペプチド断片変異体は、インフルエンザCウイルスPB2の242位〜514位(配列番号3由来)のアミノ酸残基に対応するアミノ酸残基を少なくとも含み、且つ配列番号3に示したアミノ酸配列と、断片の全長にわたり、少なくとも60%、より好ましくは65%、より好ましくは70%、より好ましくは75%、より好ましくは80%、より好ましくは85%、最も好ましくは90%の配列類似性を有し、より好ましくはPB2ポリペプチド断片変異体は、インフルエンザCウイルスPB2の227位〜528位(配列番号3由来)のアミノ酸残基に対応するアミノ酸残基を少なくとも含み、且つ配列番号に示したアミノ酸配列と、断片の全長にわたり、少なくとも60%、より好ましくは65%、より好ましくは70%、より好ましくは75%、より好ましくは80%、より好ましくは85%、最も好ましくは90%の配列類似性を有する。好ましい実施形態では、本発明のインフルエンザCウイルスPB2ポリペプチド断片変異体は、配列番号3と比較して以下のアミノ酸残基:Leu311、Pro330及び/又はSer436の1つ又は複数における突然変異等の、突然変異、好ましくは天然の突然変異を含む。好ましい一実施形態では、上記断片変異体は、以下の突然変異:Leu311Pro、Pro330Gln及び/又はSer436Thrの1つ又は複数を含む。
別の好ましい実施形態では、
(i)上記ポリペプチド断片のN末端は、配列番号1によるPB2のアミノ酸配列の、アミノ酸位置220以上、例えば225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320若しくは323と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、例えば505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置220と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510、505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置225以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置230以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置235以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置240以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置245以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置250以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置255以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置260以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置265以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置270以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置275以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置280以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置280以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置285以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置290以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置295以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置300以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置305以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置310以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置315以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置320以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;又はより好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置323以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置510以下、特に505、500、495、490、489、488、487、486、485、484若しくは483と同一であるか若しくはそれに対応し;
(ii)上記ポリペプチド断片のN末端は、配列番号2によるPB2のアミノ酸配列の、アミノ酸位置222以上、例えば225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325と同一であるか若しくはそれに対応し(orresponds)、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置222以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに(to to)対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置225以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置230以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置235以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置240以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置245以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置250以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置255以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置260以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置265以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置270以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置275以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置280以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置285以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置290以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置295以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置300以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置305以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置310以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置315以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置320以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;又はより好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置325以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置511以下、例えば510、505、500、499、498、497、496、495、494、493、492、491、490、489、488、487、486、485若しくは484と同一であるか若しくはそれに対応し;又は
(iii)上記ポリペプチド断片のN末端は、配列番号3によるPB2のアミノ酸配列の、アミノ酸位置227以上、例えば230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325、330若しくは335と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置227以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置230以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置235以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置240以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置245以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置250以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置255以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置260以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置265以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置270以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置275以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置280以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置285以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置290以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置295以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置300以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置305以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置310以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置315以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置320以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置325以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;より好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置330以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応し;又はより好ましくは上記ポリペプチド断片のN末端は、アミノ酸位置335以上と同一であるか若しくはそれに対応し、C末端は、アミノ酸位置528以下、例えば525、520、519、518、517、516、515、514、513、512、511、510、509、508、507、506、505、504、503、502若しくは501と同一であるか若しくはそれに対応する。
結晶は、ハンギング−シッティングドロップ(hanging and sitting drop)法と、サンドイッチドロップ法と、透析法と、マイクロバッチ又はマイクロチューブバッチデバイスとを含む(がこれらに限定されない)当業者に既知の任意の方法により成長させることができる。単独での又は化合物との複合体での、本発明のPB2ポリペプチド断片又はその変異体の結晶を作製する他の結晶化条件を特定するために、上で開示した結晶化条件を変更することが、当業者には容易に明らかであろう。このような変更は、pH、タンパク質濃度及び/又は結晶化温度を調整すること、使用する塩及び/又は沈殿剤の特性又は濃度を変化させること、結晶化のための様々な方法を使用すること、又は結晶化に役立つ洗浄剤(例えば、TWEEN20(モノラウリル酸塩)、LDOA、Brij 30(4ラウリルエーテル:4はエーテル結合の数))、糖(例えば、グルコース、マルトース)、有機化合物(例えば、ジオキサン、ジメチルホルムアミド)、ランタニドイオン若しくは多価イオン性(poly-ionic)化合物等の添加剤を導入することを含むがこれらに限定されない。ハイスループット結晶化アッセイが、結晶化条件を見出すか、又は最適化するのを支援するために使用されることもある。
上で言及したPB2ポリペプチド断片及びその変異体をコードする単離ポリヌクレオチドを提供することは、本発明の別の態様である。このような単離ヌクレオチド断片を取得するために適用される分子生物学的方法は、概して当業者に既知である(標準的な分子生物学的方法に関しては、Sambrook et al., Eds., "Molecular Cloning: A LaboratoryManual", Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York(1989)(これは参照により本明細書に援用される)を参照されたい)。例えば、RNAを、インフルエンザウイルスに感染した細胞から単離することができ、ランダムプライマー(例えば、ランダムな六量体若しくは十量体)、又は対象の断片の生成に特異的なプライマーを使用する逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)を適用して、cDNAを生成することができる。その後対象の断片を、断片特異的プライマーを使用する標準的なPCRにより増幅することができる。

Claims (4)

  1. 該インフルエンザウイルスRNA依存性RNAポリメラーゼサブユニットPB2が、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス若しくはインフルエンザCウイルス由来である、請求項1又は2に記載のポリペプチド断片。
  2. (f)前記化合物、請求項1〜4のいずれか一項に記載のポリペプチド断片、又は請求項1に記載の組換え宿主細胞と、RNAキャップ又はその類似体とを接触させるさらなる工程であって、前記PB2ポリペプチド断片と前記RNAキャップ又はその類似体との間の結合を阻害する前記化合物の能力を確定する、接触させるさらなる工程を含む、請求項26に記載の方法。
  3. マイナスセンス一本鎖RNAウイルスでのウイルス感染により引き起こされる疾患状態を治療、改善又は予防する薬物の製造のための、請求項28、29、39若しくは40に記載の化合物、請求項3に記載の薬学的組成物、又は請求項41若しくは42に記載の抗体の使用。
  4. 前記疾患状態が、ボルナ病ウイルス、マールブルグウイルス、エボラウイルス、センダイウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス、ヒト呼吸器多核体ウイルス、七面鳥鼻気管炎ウイルス、水疱性口内炎インディアナウイルス、ニパーウイルス、ヘンダラウイルス、狂犬病ウイルス、ウシ流行熱ウイルス、伝染性造血器壊死症ウイルス、トゴトウイルス、インフルエンザAウイルス、インフルエンザBウイルス、インフルエンザCウイルス、ハンタンウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、リフトバレー熱ウイルス及びラクロスウイルスから成る群から選択されるウイルスにより引き起こされる、請求項43に記載の使用。
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Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2197901B1 (en) * 2007-10-09 2013-12-11 European Molecular Biology Laboratory (Embl) Soluble fragments of influenza virus pb2 protein capable of binding rna-cap
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SG10201703245SA (en) * 2010-03-16 2017-05-30 European Molecular Biology Lab Embl Fragments of the pa subunit of rna dependent rna polymerase from pandemic influenza virus a 2009 h1n1, and their use
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MX2015000789A (es) * 2012-07-19 2015-05-07 Zoetis Llc Composiciones de virus de la gripe bovina.
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RS59144B1 (sr) 2013-11-13 2019-09-30 Vertex Pharma Inhibitori replikacije virusa influence
CN105002149B (zh) * 2014-04-22 2018-04-06 中国科学院生物物理研究所 流感病毒rna聚合酶纯化或结晶的方法
CN105018441A (zh) * 2014-04-22 2015-11-04 中国科学院生物物理研究所 流感病毒rna聚合酶结晶的方法
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CN107286044B (zh) 2016-04-13 2021-07-13 香港神农有限公司 一种能够抑制流感病毒pb2蛋白与rna帽结合的化合物
CL2018003871A1 (es) * 2018-12-28 2021-01-15 Univ Pontificia Catolica Chile Anticuerpos monoclonales específicos para el antígeno pb2 del virus de la influenza humana (flu), secuencias nucleotídicas; método y kit de diagnóstico de infección producida por flu
WO2020239822A1 (en) 2019-05-27 2020-12-03 The European Molecular Biology Laboratory Nucleic acid construct binding to influenza polymerase pb1 rna synthesis active site
CN113337559A (zh) * 2020-08-20 2021-09-03 深圳市瑞吉生物科技有限公司 一种Cap2结构5′帽子类似物及其制备方法和应用
CN114741315B (zh) * 2022-04-28 2023-06-13 深圳市紫光同创电子有限公司 用例更新方法、装置、电子设备及存储介质

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5837852A (en) * 1993-10-14 1998-11-17 Bristol-Myers Squibb Company Capped nucleic acid oligomers that inhibit cap-dependent transcription of the influenza virus endonuclease
EP2197901B1 (en) 2007-10-09 2013-12-11 European Molecular Biology Laboratory (Embl) Soluble fragments of influenza virus pb2 protein capable of binding rna-cap
JP6614523B2 (ja) * 2014-03-28 2019-12-04 地方独立行政法人神奈川県立産業技術総合研究所 インフルエンザウイルスのrna依存性rnaポリメラーゼのpb2サブユニットに対するモノクローナル抗体

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