JP2011223957A - 乳癌の予後の検査方法 - Google Patents
乳癌の予後の検査方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011223957A JP2011223957A JP2010098935A JP2010098935A JP2011223957A JP 2011223957 A JP2011223957 A JP 2011223957A JP 2010098935 A JP2010098935 A JP 2010098935A JP 2010098935 A JP2010098935 A JP 2010098935A JP 2011223957 A JP2011223957 A JP 2011223957A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- prognosis
- expression level
- breast cancer
- gene
- nucleic acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 99
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 97
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 91
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 56
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 100
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 92
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 14
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 63
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 63
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 63
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 18
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 15
- 238000007417 hierarchical cluster analysis Methods 0.000 claims description 9
- 238000013077 scoring method Methods 0.000 claims description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 77
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 21
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 21
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 21
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 18
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 18
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 15
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 13
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 11
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 9
- 208000007433 Lymphatic Metastasis Diseases 0.000 description 8
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 7
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 7
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 6
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 6
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 6
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 238000003646 Spearman's rank correlation coefficient Methods 0.000 description 3
- 239000000328 estrogen antagonist Substances 0.000 description 3
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 3
- 230000011278 mitosis Effects 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 108091060211 Expressed sequence tag Proteins 0.000 description 2
- NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N Tamoxifen Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(/CC)=C(C=1C=CC(OCCN(C)C)=CC=1)/C1=CC=CC=C1 NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N 0.000 description 2
- 238000011226 adjuvant chemotherapy Methods 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 229940011871 estrogen Drugs 0.000 description 2
- 239000000262 estrogen Substances 0.000 description 2
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 238000001325 log-rank test Methods 0.000 description 2
- 230000009245 menopause Effects 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 108700040618 BRCA1 Genes Proteins 0.000 description 1
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000812677 Homo sapiens Nucleotide pyrophosphatase Proteins 0.000 description 1
- 101150033052 MAS5 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 description 1
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 description 1
- 101100353526 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) pca-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100039306 Nucleotide pyrophosphatase Human genes 0.000 description 1
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 1
- 101100344462 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YDJ1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 1
- 238000003066 decision tree Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 208000030776 invasive breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 1
- 238000009607 mammography Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 229960001603 tamoxifen Drugs 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 210000000779 thoracic wall Anatomy 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
- G16B40/20—Supervised data analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioethics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Public Health (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
【解決手段】乳癌の予後の検査方法において、(A)被験者から採取された検体からRNAを抽出する工程、(B)抽出されたRNAを用いて測定用試料を調製する工程、(C)得られた測定用試料を用いて、特定の遺伝子群の各遺伝子の発現量を測定する工程、(D)測定された前記各遺伝子の発現量を解析する工程、および(E)得られた解析結果に基づいて、乳癌の予後を検査する工程を行なう。
【選択図】図2
Description
したがって、リンパ節転移陰性・ER陽性の乳癌患者に対する治療においては、ERを標的とするホルモン療法は、重要な役割を果たしている。
しかしながら、前記患者の約20%において、乳癌が再発することがある。
したがって、高い再発リスクがある患者に対してのみアジュバント化学療法を施すために、前記リンパ節転移陰性・ER陽性乳癌患者の予後を予測することが重要であると考えられている。
〔1〕(A)乳癌に罹患した被験者から採取された検体からRNAを抽出する工程、
(B)前記工程(A)で抽出されたRNAを用いて測定用試料を調製する工程、
(C)前記工程(B)で得られた測定用試料を用いて、表1−1および表1−2に記載の遺伝子群の各遺伝子の発現量を測定する工程、
(D)前記工程(C)で測定された前記発現量を解析する工程、および
(E)前記工程(D)で得られた解析結果に基づいて、乳癌の予後を検査する工程
を含む、乳癌の予後の検査方法、
〔2〕前記工程(D)において、前記発現量を、クラス分け手法を用いて解析する、前記〔1〕に記載の乳癌の予後の検査方法、
〔3〕前記クラス分け手法が、Between−group analysisである、前記〔2〕に記載の乳癌の予後の検査方法、
〔4〕前記工程(D)において、前記発現量と、下記式(1):
に示される遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の標準化された発現量を示す。〕
により標準化され正規化された発現量を示し、Σiは各核酸に渡る総和を示す。}
で表される判別式とを用いて前記判別式の解Dを算出し、
前記工程(E)において、前記判別式の解Dが正の値であるとき、予後が不良であると予測され、解Dがゼロまたは負の値のとき、予後が良好であると予測される、前記〔1〕に記載の乳癌の予後の検査方法、
〔5〕前記工程(D)において、前記発現量を、階層的クラスター分析により解析する、前記〔1〕に記載の乳癌の予後の検査方法、
〔6〕前記工程(D)において、前記発現量を、スコア化手法により解析する、前記〔1〕に記載の乳癌の予後の検査方法、ならびに
〔7〕前記工程(C)において、前記発現量を、表1−1および表1−2に記載の核酸を少なくとも有するマイクロアレイを用いて測定する前記〔1〕〜〔6〕のいずれかに記載の乳癌の予後の検査方法
に関する。
(A)被験者から採取された検体からRNAを抽出する工程、
(B)前記工程(A)で抽出されたRNAを用いて測定用試料を調製する工程、
(C)前記工程(B)で得られた測定用試料を用いて、表1−1および表1−2に記載の遺伝子群の各遺伝子の発現量を測定する工程、
(D)前記工程(C)で測定された前記発現量を解析する工程、および
(E)前記工程(D)で得られた解析結果に基づいて、乳癌の予後を検査する工程
を含むことを特徴としている。
に示される遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の標準化された発現量を示す。〕
により標準化され正規化された発現量を示し、Σiは各核酸に渡る総和を示す。}
で表される判別式が挙げられる。かかる判別式を用いて発現量を解析する場合、前記判別式のxi(i=1,2,・・・,95)に、順に、当該検体における発現量の値を代入し、解Dを算出する。この場合、前記工程(E)においては、解Dが正の値のとき、予後が不良であると予測することができ、解Dがゼロまたは負の値のとき、予後が良好であると予測することができる。
(a)乳癌に罹患した被験者から採取された検体からRNAを抽出する工程、
(b)前記工程(a)で抽出されたRNAを用いて測定用試料を調製する工程、
(c)前記工程(b)で得られた測定用試料を用いて、表1−1および表1−2に記載の遺伝子群の各遺伝子の発現量を測定する工程、
(d)前記工程(c)で測定された前記発現量を解析する工程、および
(e)前記工程(d)で得られた解析結果に基づいて、被験者の乳癌の予後不良の可能性の指標または予後良好の可能性の指標を得る工程、
を含む。前記工程(a)〜工程(d)は、前記乳癌の予後の検査方法における工程(A)〜(D)と同様に行なうことができる。また、前記工程(e)において、被験者の乳癌の予後不良の可能性の指標または予後良好の可能性の指標は、前記乳癌の予後の検査方法における工程(E)で用いられる手法により得ることができる。
マイクロアレイ実験の遺伝子発現情報データベース〔NCBI Gene Expression Omnibus (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)〕のアクセッション番号:GSE2034、GSE2990、GSE4922、GSE6532、GSE7390およびGSE9195の6つのデータセットからリンパ節転移陰性・ER陽性の症例549症例のデータを抽出した。
に示される遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の標準化された発現量を示す。〕
により標準化され正規化された発現量を示し、Σiは各核酸に渡る総和を示す。}
で表される判別式である。
(1)核酸(プローブセット)の発現量のデータの取得
105人の乳癌患者それぞれの手術時に得られた腫瘍組織から、RNA抽出キット〔キアゲン・サイエンシーズ(QIAGEN Sciences)製、商品名:Qiagen RNeasy mini kit〕を用いてRNAを抽出した。
前記組織学的グレードは、核の異型度(1点:核多型性が低頻度、2点:核多型性が中頻度、3点:核多型性が高頻度)のスコア、組織構造の変化度(1点:<10%、2点:10〜75%、3点:>75%)のスコア、細胞分裂の頻度(1点:10高倍率視野(HPF)で細胞の有糸分裂数が0〜4、2点:10HPFで細胞の有糸分裂数が5〜10、3点:10高倍率視野(HPF)で細胞の有糸分裂数が11≦)のスコアの合計によって、1〜3の3段階で表される。ここで、従来、HG=1はスコア3〜5であり予後の良好な癌、HG=2はスコア6〜7であり、HG=3はスコア8〜9であり、最も予後の悪い癌を示すものとされていた。
前記ERの有無は、免疫染色法による結果に基づき、陽性および陰性で表される。従来、ER陰性である場合、一般に、予後が不良であり、ER陽性である場合、予後が良好であるとされていた。
前記PRの有無は、免疫染色法による結果に基づき、陽性および陰性で表される。従来、PR陰性である場合、一般に、予後が不良であり、PR陽性である場合、予後が良好であるとされていた。
前記HER2の有無は、免疫染色法による結果に基づき、陽性および陰性で表される。従来、HER2陽性である場合、一般に、予後が不良であり、HER2陰性である場合、予後が良好であるとされていた。
前記Ki67は、免疫染色法による結果に基づき、陽性および陰性で表わされる。従来、Ki67陽性である場合、一般に、予後が不良であり、Ki67陰性である場合、予後が良好であるとされていた。
つぎに、前記(1)で得られた正規化後のデータと、前記判別式とを用いて、全105例の乳癌患者が再発を起こすかどうかを予測した。そして、病理学的な観察結果を真値として、当該病理学的な観察結果と前記判別式による予測結果とを比較することによって、当該判別式の性能を評価した。実施例2において、105例の乳癌患者について、判別式による予測結果と、観察結果との関係を調べた結果を図2に示す。
前記95個の核酸を予後因子として用いる検査方法(実験番号1)、患者の閉経状態を予後因子として用いる検査方法(実験番号2)、腫瘍径を予後因子として用いる検査方法(実験番号3)、組織学的グレードを予後因子として用いる検査方法(実験番号4)、PRの有無を予後因子として用いる検査方法(実験番号5)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)の有無を予後因子として用いる検査方法(実験番号6)、全細胞中のKi67陽性細胞の割合が20%以上であるかどうかを予後因子として用いる検査方法(実験番号7)または前記95個の遺伝子とは異なる種類の97個の遺伝子を予後因子として用いるGenomic Grade Index(GGI)による検査方法(実験番号8)のそれぞれについて、統計解析用ソフトウェア「R」にて使用する追加パッケージ「survival v2.35−4」(http://cran.r−project.org/web/packages/survival/index.html)を用い、多変量COX回帰ハザード解析を行なった。なお、前記GGIは、クリストス・ソテリウ(Sotiriou Christos)らの文献〔ジャーナル・オブ・ザ・ナショナル・キャンサー・インスティチュート(Journal of the National Cancer Institute)、2006年、第98巻、第4号、p.262−272〕にしたがって求めた。
実施例2の(1)で得られた正規化後のデータについて、Spearman順位相関係数およびward法を用いて、階層的クラスター分析を行ない、樹形図を作成した。実施例3において、105例の乳癌患者それぞれにおける核酸(プローブセット)の発現量のデータの階層的クラスター分析を行なった結果を図4に示す。図4において、左側に、核酸(プローブセット)の発現量を表わすヒートマップを示し、右側に、観察結果による術後10年間に再発あり(図中、「再発」)および術後10年間に再発なし(図中、「非再発」)の判断結果を示す。
実施例2の(1)で得られた正規化後のデータについて、表1−1および表1−2に記載の遺伝子を用いて主成分分析を行い、各遺伝子の変換係数を算出し、第一および第二主成分スコアを算出した。実施例4において算出された変換係数を表5−1および表5−2に示す。また、実施例4において、105例の乳癌患者の発現量のデータに基づき算出した第一主成分スコアおよび第二主成分スコアの散布図を図5に示す。図5中、PCA1は、第一主成分スコアを示し、PCA2は、第二主成分スコアを示す。図中、白丸は、観察結果により術後10年間に「再発あり」と判断された乳癌患者、クロスは、観察結果により術後10年間に「再発なし」と判断された乳癌患者である。
Claims (7)
- (A)被験者から採取された検体からRNAを抽出する工程、
(B)前記工程(A)で抽出されたRNAを用いて測定用試料を調製する工程、
(C)前記工程(B)で得られた測定用試料を用いて、表1−1−1および表1−2−1に記載の遺伝子群の各遺伝子の発現量を測定する工程、
(D)前記工程(C)で測定された前記各遺伝子の発現量を解析する工程、および
(E)前記工程(D)で得られた解析結果に基づいて、乳癌の予後を検査する工程
を含む、乳癌の予後の検査方法。
- 前記工程(D)において、前記発現量を、クラス分け手法を用いて解析する、請求項1に記載の乳癌の予後の検査方法。
- 前記クラス分け手法が、Between−group analysisである、請求項2に記載の乳癌の予後の検査方法。
- 前記工程(D)において、前記発現量と、下記式(1):
{式(1)中、iは表1−1および表1−2に記載の核酸に付与された遺伝子番号を示し、wiは表1−1および表1−2に記載された遺伝子番号iの核酸に対応する重み係数を示し、Xiは下記式(2):
〔式(2)中、jは各検体に付与された検体番号を示し、yijは遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の検体番号jの検体での標準化された発現量を示し、minは括弧内の値の最小値を示し、roundは括弧内の値の小数点以下第一位を四捨五入した値を示し、absは括弧内の値の絶対値を示し、yiは、下記式(3):
(式(3)中、xiは遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の発現量を示し、uiは遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の発現量の検体に渡る平均値を示す。)
に示される遺伝子番号iの核酸に対応する遺伝子の標準化された発現量を示す。〕
により標準化され正規化された発現量を示し、Σiは各核酸に渡る総和を示す。}
で表される判別式とを用いて前記判別式の解Dを算出し、
前記工程(E)において、前記判別式の解Dが正の値であるとき、予後が不良であると予測され、解Dがゼロまたは負の値のとき、予後が良好であると予測される、請求項1に記載の乳癌の予後の検査方法。
- 前記工程(D)において、前記発現量を、階層的クラスター分析により解析する、請求項1に記載の乳癌の予後の検査方法。
- 前記工程(D)において、前記発現量を、スコア化手法により解析する、請求項1に記載の乳癌の予後の検査方法。
- 前記工程(C)において、前記発現量を、前記表1−1−1および表1−2−1に記載の核酸を少なくとも有するマイクロアレイを用いて測定する請求項1〜6のいずれかに記載の乳癌の予後の検査方法。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2010098935A JP5725274B2 (ja) | 2010-04-22 | 2010-04-22 | 乳癌の予後の検査方法 |
US13/091,716 US8855941B2 (en) | 2010-04-22 | 2011-04-21 | Method for examining prognosis of breast cancer |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2010098935A JP5725274B2 (ja) | 2010-04-22 | 2010-04-22 | 乳癌の予後の検査方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011223957A true JP2011223957A (ja) | 2011-11-10 |
JP5725274B2 JP5725274B2 (ja) | 2015-05-27 |
Family
ID=44816288
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010098935A Active JP5725274B2 (ja) | 2010-04-22 | 2010-04-22 | 乳癌の予後の検査方法 |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8855941B2 (ja) |
JP (1) | JP5725274B2 (ja) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2018038351A (ja) * | 2016-09-09 | 2018-03-15 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 乳癌の予後の診断補助方法、ならびに乳癌の予後の診断補助のためのキットおよび装置 |
JP2019020838A (ja) * | 2017-07-12 | 2019-02-07 | シスメックス株式会社 | データベースを構築する方法 |
WO2020059850A1 (ja) * | 2018-09-21 | 2020-03-26 | 国立大学法人東京大学 | がんの予後判定方法 |
WO2022101983A1 (ja) * | 2020-11-10 | 2022-05-19 | 株式会社パーキンエルマージャパン | 検体の分類方法 |
Families Citing this family (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10487365B2 (en) | 2016-09-20 | 2019-11-26 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Methods for detecting expression of lnc-FANCI-2 in cervical cells |
WO2018156822A1 (en) | 2017-02-23 | 2018-08-30 | H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. | A method of distinguishing lung squamous cell carcinoma from head and neck squamous cell carcinoma |
JP7199045B2 (ja) | 2018-04-13 | 2023-01-05 | 国立大学法人大阪大学 | 乳癌の予後に関する情報の取得方法、乳癌の予後の判定装置及びコンピュータプログラム |
CN111269981A (zh) * | 2020-02-17 | 2020-06-12 | 中国医科大学附属盛京医院 | Troap在制备检测经内分泌治疗的乳腺癌患者预后产品的用途 |
WO2023152163A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-17 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit drehlagereinrichtung mit widerlager |
DE202022101314U1 (de) | 2022-02-08 | 2022-06-20 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Schmutzfluid-Tank |
DE102022102937A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-10 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Schmutzfluid-Tank |
DE202022101312U1 (de) | 2022-02-08 | 2022-06-20 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Kassette |
DE202022101313U1 (de) | 2022-02-08 | 2022-06-20 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit beweglichem Abstreifelement |
DE102022102918A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-10 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Kassette |
DE102022102924A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-10 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit beweglichem Abstreifelement |
DE102022133009A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-10 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Drehlagereinrichtung mit Widerlager |
WO2023151833A1 (de) | 2022-02-08 | 2023-08-17 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit kehreinrichtung und verfahren zum betreiben eines bodenreinigungsgeräts |
DE102022124120A1 (de) | 2022-09-20 | 2024-03-21 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Becken und Verfahren zum Betreiben eines Bodenreinigungsgeräts |
DE102022133004A1 (de) | 2022-12-12 | 2024-06-13 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Bodenkopf mit Wandung |
DE102022133006A1 (de) | 2022-12-12 | 2024-06-13 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsgerät mit Schmutzfluid-Tank mit zwei Bereichen |
WO2024170089A1 (de) | 2023-02-16 | 2024-08-22 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Bodenreinigungsmaschine mit basismodul und reinigungsmodul |
DE102023104615A1 (de) | 2023-02-24 | 2024-08-29 | Alfred Kärcher SE & Co. KG | Flächenreinigungsmaschine mit Heißfluiderzeugungseinrichtung und Verfahren zum Betreiben einer Flächenreinigungsmaschine |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2002316251A1 (en) | 2001-06-18 | 2003-01-02 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | Diagnosis and prognosis of breast cancer patients |
EP1721159B1 (en) | 2004-02-20 | 2014-12-10 | Janssen Diagnostics, LLC | Breast cancer prognostics |
-
2010
- 2010-04-22 JP JP2010098935A patent/JP5725274B2/ja active Active
-
2011
- 2011-04-21 US US13/091,716 patent/US8855941B2/en active Active
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
JPN6014031473; Nature (2002) vol.415, no.6871, p.530-536 * |
JPN6014031474; 実験医学 (2007) vol.25, no.17, p.58-62 * |
JPN6014031475; がん研究に関わる特定領域研究研究報告書録 平成20年度 (2009) p.248 * |
JPN6014031478; Expert Opin. Biol. Ther. (2005) vol.5, no.8, p.1069-1083 * |
JPN7014002291; Bioinformatics (2002) vol.18, no.12, p.1600-1608 * |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2018038351A (ja) * | 2016-09-09 | 2018-03-15 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 乳癌の予後の診断補助方法、ならびに乳癌の予後の診断補助のためのキットおよび装置 |
JP2019020838A (ja) * | 2017-07-12 | 2019-02-07 | シスメックス株式会社 | データベースを構築する方法 |
JP7141029B2 (ja) | 2017-07-12 | 2022-09-22 | シスメックス株式会社 | データベースを構築する方法 |
JP2022180363A (ja) * | 2017-07-12 | 2022-12-06 | シスメックス株式会社 | データベースを構築する方法 |
JP7493208B2 (ja) | 2017-07-12 | 2024-05-31 | シスメックス株式会社 | データベースを構築する方法 |
WO2020059850A1 (ja) * | 2018-09-21 | 2020-03-26 | 国立大学法人東京大学 | がんの予後判定方法 |
WO2022101983A1 (ja) * | 2020-11-10 | 2022-05-19 | 株式会社パーキンエルマージャパン | 検体の分類方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20110263444A1 (en) | 2011-10-27 |
US8855941B2 (en) | 2014-10-07 |
JP5725274B2 (ja) | 2015-05-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5725274B2 (ja) | 乳癌の予後の検査方法 | |
US20230250484A1 (en) | Gene expression profiles to predict breast cancer outcomes | |
Riester et al. | Combination of a novel gene expression signature with a clinical nomogram improves the prediction of survival in high-risk bladder cancer | |
JP7228896B2 (ja) | 乳がん患者の予後の予測方法 | |
US8202968B2 (en) | Predicting lung cancer survival using gene expression | |
CN111910004B (zh) | cfDNA在早期乳腺癌无创诊断中的应用 | |
MX2013013746A (es) | Biomarcadores para cancer de pulmon. | |
US20170211155A1 (en) | Method for predicting risk of metastasis | |
CN111863250B (zh) | 一种早期乳腺癌的联合诊断模型及系统 | |
US20090192045A1 (en) | Molecular staging of stage ii and iii colon cancer and prognosis | |
WO2009074968A2 (en) | Method for predicting the efficacy of cancer therapy | |
JP2018504906A (ja) | Y染色体のメチル化部位を前立腺ガンの診断用マーカとする使用 | |
WO2012145607A2 (en) | Specific copy number aberrations as predictors of breast cancer | |
Grisaru et al. | Microarray expression identification of differentially expressed genes in serous epithelial ovarian cancer compared with bulk normal ovarian tissue and ovarian surface scrapings | |
KR20170032892A (ko) | 난소암의 예후 예측용 유전자 선별방법 | |
WO2011065533A1 (ja) | 乳癌術前化学療法に対する感受性の判定方法 | |
US20210079479A1 (en) | Compostions and methods for diagnosing lung cancers using gene expression profiles | |
CN113774135B (zh) | 一组用于预测高级别浆液性卵巢癌预后的标志物及其应用 | |
WO2017119510A1 (ja) | 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬 | |
KR20160086496A (ko) | 난소암의 예후 예측용 유전자 선별방법 | |
WO2024097838A2 (en) | Methods for processing breast tissue samples | |
JP2020167940A (ja) | 乳癌の晩期再発リスクを評価する方法及びキット | |
CN116194596A (zh) | 用于检测和预测3级宫颈上皮瘤变(cin3)和/或癌症的方法 | |
CN116926190A (zh) | 测量乳腺癌远端转移风险的预后标志物及其应用 | |
WO2012056033A1 (en) | Method for the analysis of a biological sample of a patient |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20130226 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20130226 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140729 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20150303 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20150317 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5725274 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |