JP2018504906A - Y染色体のメチル化部位を前立腺ガンの診断用マーカとする使用 - Google Patents
Y染色体のメチル化部位を前立腺ガンの診断用マーカとする使用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018504906A JP2018504906A JP2017538949A JP2017538949A JP2018504906A JP 2018504906 A JP2018504906 A JP 2018504906A JP 2017538949 A JP2017538949 A JP 2017538949A JP 2017538949 A JP2017538949 A JP 2017538949A JP 2018504906 A JP2018504906 A JP 2018504906A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- methylation
- chromosome
- prostate cancer
- site
- sample
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 89
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 89
- 210000002593 Y chromosome Anatomy 0.000 title claims abstract description 60
- 239000003550 marker Substances 0.000 title abstract description 17
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims abstract description 164
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims abstract description 164
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 57
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 35
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 35
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 31
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims abstract description 25
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims abstract description 4
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims description 56
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 46
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 42
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 39
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 37
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 claims description 32
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 23
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 claims description 20
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 17
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 15
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 13
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 12
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 11
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 11
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 11
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 8
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims description 8
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 8
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims description 7
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 claims description 7
- 108091029523 CpG island Proteins 0.000 claims description 6
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 claims description 6
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 6
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 6
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 5
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 3
- 238000004321 preservation Methods 0.000 claims description 3
- 210000003765 sex chromosome Anatomy 0.000 claims description 2
- 241000270295 Serpentes Species 0.000 claims 3
- 229940126585 therapeutic drug Drugs 0.000 claims 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 57
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 18
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 14
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 5
- 239000012830 cancer therapeutic Substances 0.000 description 5
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 3
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 2
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 description 1
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 description 1
- MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N S-adenosyl-L-methioninate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](C[S+](CC[C@H](N)C([O-])=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 229960001570 ademetionine Drugs 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000003560 cancer drug Substances 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000002124 endocrine Effects 0.000 description 1
- 230000004049 epigenetic modification Effects 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 210000003917 human chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000002969 morbid Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 230000006508 oncogene activation Effects 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012502 risk assessment Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6872—Methods for sequencing involving mass spectrometry
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Pathology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
Abstract
Description
いくつかの実施形態において、前記前立腺ガンと関連するY染色体のメチル化部位をスクリーニングするステップは、(1)前立腺ガン患者の疾患サンプルと正常サンプルとを取得するステップ、(2)疾患サンプルと正常サンプルとのY染色体メチル化情報を特定するステップ、(3)正常サンプルのY染色体メチル化情報に基づき、メチル化保存部位をスクリーニングするステップ、(4)疾患サンプル及び正常サンプルの染色体のメチル化情報に基づき、疾患サンプルのうち、正常サンプルと比較して、有意な差のあるメチル化部位をスクリーニングするステップ、及び、(5)ステップ(3)の結果とステップ(4)の結果とを組み合わせることで、有意な差のあるメチル化保存部位、即ち、前立腺ガンと関連する染色体のメチル化部位を取得することを含む。
F:GGAAAGGGGTGATTAAATATTTAGTTA(SEQ ID NO:1);
R:5’−BIOTIN−CAACCTAATAAAAAACTATACAAACACAT(SEQ ID NO:2);
S−primer:ATAAGTATGTTTAATTATTGTTTAAG(SEQ ID NO:3)である。
F:GGAATAGTTTAGTTAAAGAAAAAGGTTAAGAT(SEQ ID NO:4);
R:5’−BIOTIN−AATTTACCACAATACACAAAAAACTAACTACTTA(SEQ ID NO:5);
S−primer:AGATTTTAGTAGTTTTTTGTCGTTA(SEQ ID NO:6)である。
前立腺ガン患者の腫瘍切除手術から組織を採取し、経験の豊富な医者が、免疫組織化学法を用いて、ガン組織とガン近傍組織とを分けることで、採集を行った(サンプルは、上海長海医院より提供された)。
66例の前立腺ガン患者のガン近傍組織を取得し、当該組織からDNAを採取すると共に増幅させる(QIAamp DNA Mini Kit (Cat.No.51306))。DNAメチル化チップIllumina 450K(Infinium HumanMethylation450 BeadChip array)を用いて、66例のサンプルの全遺伝子配列のメチル化度を検出し、スキャンにより得られた初期データを、GenomeStudio ソフトを用いて、illuminaの公式メチル化解析アルゴリズムに基づいて、各サンプルの各部位のメチル化度、即ちRaw dataを生成する。次に、異なる蛍光、プローブ種により生じた偏差校正及び正規化、部位のフィルタリングを経て、フィルタリングされた部位のメチル化度、即ちNorm dataを算出し、各部位のメチル化度は、β値(0−1)で表示される。そのうちのY染色体のメチル化情報を用いて、分析対比を行い、サンプル間のメチル化度(β値)のSD値に基づき75つのメチル化保存部位(SD値≦0.25)をスクリーニングする。その結果は、図1に示される。
Illumina Methylation Analyzer (IMA)ソフトパッケージを用いて、66セットのガン組織とガン近傍組織との間におけるY染色体のDNAメチル化度(β値)を比較することで、ガン組織中の有意な変化を有する37つのDNAメチル化部位をスクリーニングし、当該部位は、即ち、Δβ≧0.2(即ち、ガン組織とガン近傍組織との間におけるβ値の差が≧0.2)、且つp値≦0.01の部位である。図2に示される。
実施例2及び実施例3の結果に基づき、両者の共通集合(即ち、ガン近傍組織において保存され且つガン組織において有意な変化を起こしたメチル化部位)をスクリーニングし、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833との6つの部位が得られる(図3及び図4)。この6つの部位の詳細情報は表1に示されている。
前立腺をマッサージし、前立腺ガン患者と正常者との尿液サンプルを採集し、採集された尿液サンプルからDNAを採集する。パイロシークエンスにより、部位cg05163709及びcg27539833のメチル化度を取得する。前立腺生体穿刺陰性及び陽性のサンプルの二つの部位が、尿液サンプルにおいてメチル化度の変化を対比して分析する。図7に示される。
cg05163709
F:GGAAAGGGGTGATTAAATATTTAGTTA(SEQ ID NO:1);
R:5’−BIOTIN−CAACCTAATAAAAAACTATACAAACACAT(SEQ ID NO:2);
S−primer:ATAAGTATGTTTAATTATTGTTTAAG(SEQ ID NO:3)。
cg27539833
F:GGAATAGTTTAGTTAAAGAAAAAGGTTAAGAT(SEQ ID NO:4);
R:5’−BIOTIN−AATTTACCACAATACACAAAAAACTAACTACTTA(SEQ ID NO:5);
S−primer:AGATTTTAGTAGTTTTTTGTCGTTA(SEQ ID NO:6)。
実施例5の実験結果に基づき、受検者の操作曲線(ROC)により、部位cg05163709及びcg27539833のメチル化を診断マーカとする場合の診断効率を分析する。部位cg27539833のROC曲線における面積AUC(0.729)がPSA(0.753)に対して有意な優位性が見出されていないものの、部位cg05163709のAUC(0.944)は、PSA(0.753)と比較して明らかな優位性を有し、前立腺ガン診断マーカとして、比較的高い感度(93.9%)及び特異性(83.3%)を有するといえる。
Claims (30)
- 受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する試薬の、試薬キットにおける使用であって、前記試薬キットは、前立腺ガンの診断、前立腺ガンの罹患リスクの評価、前立腺ガンの治療効果の評価、及び前立腺ガンの治療薬のスクリーニングからなる群から選択される一つ又は複数の用途に使用され、前記Y染色体のメチル化部位は、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数である、使用。
- 前記検出されるサンプルは、組織、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項1に記載の使用。
- 前記検出されるサンプルは、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項2に記載の使用。
- 前記Y染色体のメチル化部位は、cg05163709及びcg27539833から選択される、請求項3に記載の使用。
- 前記受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する方法は、パイロシーケンシング、バイサルファイト処理、定量及び/又は定性のメチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、サザンブロッティング法、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、CpGアイランドマイクロアレイ、単一ヌクレオチドプライマの伸張(SNUPE)、COBRA法(Combined Bisulfite Restriction Analysis)及び質量分析法から選択される、請求項1に記載の使用。
- 前記試薬は、オリゴヌクレオチドプライマであり、前記オリゴヌクレオチドプライマは、Y染色体のメチル化部位を含有するヌクレオチド配列を増幅するために使用される、請求項1に記載の使用。
- 受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する試薬を含む試薬キットであって、前立腺ガンの診断、前立腺ガンの罹患リスクの評価、前立腺ガンの治療効果の評価、及び前立腺ガンの治療薬のスクリーニングからなる群から選択される一つ又は複数の用途に使用され、前記Y染色体のメチル化部位は、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数である、試薬キット。
- 前記検出されるサンプルは、組織、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項7の試薬キット。
- 前記検出されるサンプルは、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項8に記載の試薬キット。
- 前記Y染色体のメチル化部位は、cg05163709及びcg27539833から選択される、請求項9に記載の試薬キット。
- 前記受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する方法は、パイロシーケンシング、バイサルファイト処理、定量及び/又は定性のメチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、サザンブロッティング法、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、CpGアイランドマイクロアレイ、単一ヌクレオチドプライマの伸張(SNUPE)、COBRA法(Combined Bisulfite Restriction Analysis)及び質量分析法から選択される、請求項7に記載の試薬キット。
- 前記試薬は、オリゴヌクレオチドプライマであり、前記オリゴヌクレオチドプライマは、Y染色体のメチル化部位を含有するヌクレオチド配列を増幅するために使用される、請求項7に記載の試薬キット。
- 前立腺ガンの診断、前立腺ガンの罹患リスクの評価、前立腺ガンの治療効果の評価及び前立腺ガンの治療薬のスクリーニングの方法であって、前記方法は、受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出するステップを含み、前記Y染色体のメチル化部位は、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数である、方法。
- 正常サンプル又は正常参照値と比較し、cg03052502、cg04462340、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数のメチル化部位のメチル化度が低下した場合に、受検者が前立腺ガンを罹患し、又は受検者が前立腺ガンを罹患するリスクが高いことが示され、正常サンプル又は正常参照値と比較し、メチル化部位cg05163709のメチル化度が増大した場合に、受検者が前立腺ガンを罹患し、又は受検者が前立腺ガンを罹患するリスクが高いことが示される、請求項13に記載の方法。
- 治療前又はスクリーニングされた薬剤の使用前と比較し、cg03052502、cg04462340、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数のメチル化部位のメチル化度が増大した場合に、受検者の治療が有効、又はスクリーニングに使用された薬剤が有効であることが示され、治療前又はスクリーニングされた薬剤の使用前と比較し、メチル化部位cg05163709のメチル化度が低下した場合に、受検者の治療が有効、又はスクリーニングに使用された薬剤が有効であることが示される、請求項13に記載の方法。
- 前記検出されるサンプルは、組織、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項13に記載の方法。
- 前記検出されるサンプルは、尿液(例えば、前立腺をマッサージした後の尿液)及び前立腺液から選択される、請求項13に記載の方法。
- 前記Y染色体のメチル化部位は、cg05163709及びcg27539833から選択される、請求項13に記載の方法。
- 前記受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する方法は、パイロシーケンシング、バイサルファイト処理、定量及び/又は定性のメチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応、サザンブロッティング法、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、CpGアイランドマイクロアレイ、単一ヌクレオチドプライマの伸張(SNUPE)、COBRA法(Combined Bisulfite Restriction Analysis)及び質量分析法から選択される、請求項13に記載の方法。
- 前記受検者の検出されるサンプルにおけるY染色体のメチル化部位のメチル化度を検出する方法は、オリゴヌクレオチドプライマを使用するステップを含み、前記オリゴヌクレオチドプライマがY染色体のメチル化部位を有するヌクレオチド配列を増幅するために使用される、請求項13に記載方法。
- Y染色体のメチル化部位をバイオマーカとして、前立腺ガンの診断、前立腺ガンの罹患リスクの評価、前立腺ガンの治療効果の評価及び前立腺ガンの治療薬のスクリーニングに使用される、使用であって、前記Y染色体のメチル化部位は、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数である、使用。
- 前立腺ガンの診断、前立腺ガンの罹患リスクの評価、前立腺ガンの治療効果の評価及び前立腺ガンの治療薬のスクリーニングに使用されるバイオマーカであって、前記バイオマーカは、Y染色体のメチル化部位であり、前記Y染色体のメチル化部位は、cg03052502、cg04462340、cg05163709、cg05544622、cg14466580及びcg27539833からなる群から選択される一つ又は複数である、バイオマーカ。
- 疾患に関連する染色体のメチル化部位をスクリーニングする方法であって、(1)患者の疾患サンプルと正常サンプルを取得するステップ、(2)疾患サンプルと正常サンプルとの染色体のメチル化情報を特定するステップ、(3)正常サンプルの染色体のメチル化情報に基づき、メチル化保存部位をスクリーニングするステップ、(4)疾患サンプル及び正常サンプルの染色体のメチル化情報に基づき、疾患サンプルのうち、正常サンプルと比較して、有意な差のあるメチル化部位をスクリーニングするステップ、及び、(5)ステップ(3)の結果とステップ(4)の結果とを組み合わせることで、有意な差のあるメチル化保存部位、即ち、疾患に関連する染色体のメチル化部位を得るステップを含む、方法。
- 前記疾患はガンであり、例えば前立腺ガンである、請求項23に記載の方法。
- 前記染色体は常染色体又は性染色体(例えばY染色体)である、請求項23に記載の方法。
- 前記サンプルは、組織(例えばガン組織)、血液、尿液、糞便又は組織液(例えば前立腺液)に由来する、請求項23に記載の方法。
- 前記メチル化保存部位は、正常サンプルにおけるメチル化度の標準偏差SD値が0.25以下であるメチル化部位である、請求項23に記載の方法。
- 前記有意な差のあるメチル化部位は、疾患サンプルと正常サンプルとを比較するとき、メチル化度の変化が0.2以上であり、且つp値及びq値がいずれも0.01以下である部位であり、前記変化は、増大又は低下である、請求項23に記載の方法。
- 前立腺ガンを診断する方法であって、前立腺ガンと関連するY染色体のメチル化部位をスクリーニングするステップを含む、方法。
- 前記前立腺ガンと関連するY染色体のメチル化部位をスクリーニングするステップは、請求項23から28のいずれか1項に記載の方法を含む、請求項29に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201510027708.0 | 2015-01-20 | ||
CN201510027708.0A CN104593500B (zh) | 2015-01-20 | 2015-01-20 | Y染色体中特异性甲基化位点作为癌症诊断标志物的应用 |
PCT/CN2015/099922 WO2016115967A1 (zh) | 2015-01-20 | 2015-12-30 | Y染色体甲基化位点作为前列腺癌诊断标志物的应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018504906A true JP2018504906A (ja) | 2018-02-22 |
JP6606554B2 JP6606554B2 (ja) | 2019-11-13 |
Family
ID=53119551
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017538949A Active JP6606554B2 (ja) | 2015-01-20 | 2015-12-30 | Y染色体のメチル化部位を前立腺ガンの診断用マーカとする使用 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10648039B2 (ja) |
EP (1) | EP3249051B1 (ja) |
JP (1) | JP6606554B2 (ja) |
KR (1) | KR102067607B1 (ja) |
CN (1) | CN104593500B (ja) |
WO (1) | WO2016115967A1 (ja) |
Families Citing this family (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107190076B (zh) * | 2017-06-28 | 2019-12-27 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 一种人肿瘤相关的甲基化位点及其筛选方法和用途 |
CN107604061B (zh) * | 2017-08-31 | 2021-02-02 | 中国科学院北京基因组研究所 | 线粒体-细胞核dna甲基化联合位点的筛选方法和应用 |
CN108531593A (zh) * | 2018-04-17 | 2018-09-14 | 中国科学院北京基因组研究所 | 特异甲基化位点作为乳腺癌复发诊断标志物的应用 |
CN108300787A (zh) * | 2018-04-17 | 2018-07-20 | 中国科学院北京基因组研究所 | 特异甲基化位点作为乳腺癌早期诊断标志物的应用 |
CN108676879A (zh) * | 2018-05-24 | 2018-10-19 | 中国科学院北京基因组研究所 | 特异甲基化位点作为乳腺癌分子分型诊断标志物的应用 |
CN108796062A (zh) * | 2018-06-06 | 2018-11-13 | 无锡正则精准医学检验有限公司 | 一种检测tgfbi基因多态性的试剂盒 |
CN112877419A (zh) * | 2021-01-20 | 2021-06-01 | 武汉大学 | 预测精神分裂症发生风险的dna甲基化标记物及筛选方法和应用 |
CN112779334B (zh) * | 2021-02-01 | 2022-05-27 | 杭州医学院 | 一种用于前列腺癌早期筛查的甲基化标志物组合及筛选方法 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014160829A2 (en) * | 2013-03-28 | 2014-10-02 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Unbiased dna methylation markers define an extensive field defect in histologically normal porstate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
IL186980A0 (en) * | 2006-10-31 | 2008-02-09 | Veridex Llc | Characterizing prostate cancer |
US20080254455A1 (en) * | 2007-04-12 | 2008-10-16 | Haiying Wang | Detecting prostate cancer |
US20140315192A1 (en) | 2013-03-06 | 2014-10-23 | Veridex, Llc | Characterizing Prostate Cancer |
-
2015
- 2015-01-20 CN CN201510027708.0A patent/CN104593500B/zh active Active
- 2015-12-30 JP JP2017538949A patent/JP6606554B2/ja active Active
- 2015-12-30 WO PCT/CN2015/099922 patent/WO2016115967A1/zh active Application Filing
- 2015-12-30 EP EP15878635.0A patent/EP3249051B1/en active Active
- 2015-12-30 US US15/544,735 patent/US10648039B2/en active Active
- 2015-12-30 KR KR1020177021536A patent/KR102067607B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014160829A2 (en) * | 2013-03-28 | 2014-10-02 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Unbiased dna methylation markers define an extensive field defect in histologically normal porstate tissues associated with prostate cancer: new biomarkers for men with prostate cancer |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
PATRA, A., ET AL.: "5-Aza-2'-deoxycytidine stress response and apoptosis in prostate cancer", CLIN EPIGENET, vol. 2, JPN6018028728, 2011, pages 339-348 * |
SLIEKER, RC, ET AL.: "Identification and systematic annotation of tissue-specific differentially methylated regions using", EPIGENETICS & CHROMATIN, vol. 6(26), JPN6018028731, 2013, pages 1-12 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20170362663A1 (en) | 2017-12-21 |
US10648039B2 (en) | 2020-05-12 |
WO2016115967A1 (zh) | 2016-07-28 |
JP6606554B2 (ja) | 2019-11-13 |
CN104593500B (zh) | 2017-02-22 |
KR20170100029A (ko) | 2017-09-01 |
EP3249051A1 (en) | 2017-11-29 |
EP3249051B1 (en) | 2021-01-13 |
CN104593500A (zh) | 2015-05-06 |
KR102067607B1 (ko) | 2020-01-20 |
EP3249051A4 (en) | 2018-09-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6606554B2 (ja) | Y染色体のメチル化部位を前立腺ガンの診断用マーカとする使用 | |
JP6369857B2 (ja) | 肝細胞癌に関する情報の取得方法、ならびに肝細胞癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
CN111910002B (zh) | 食道癌的检测试剂盒或装置以及检测方法 | |
EP2891720B1 (en) | Method for screening cancer | |
JP5209272B2 (ja) | 肝臓癌関連遺伝子、及び肝臓癌リスクの判定方法 | |
TWI730429B (zh) | Hoxa7甲基化檢測試劑 | |
JP6381020B2 (ja) | 大腸癌に関する情報の取得方法、ならびに大腸癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
JP6395131B2 (ja) | 肺癌に関する情報の取得方法、ならびに肺癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
EP3368684B1 (en) | Biomarker for breast cancer | |
JP6383541B2 (ja) | 胆管がんの検出キット及び検出方法 | |
BR112020012280A2 (pt) | composições e métodos para diagnosticar cânceres de pulmão usando perfis de expressão de gene | |
WO2017119510A1 (ja) | 乳がんの診断のための検査方法、遺伝子マーカー、および検査薬 | |
CN108424968A (zh) | 结直肠癌的dna甲基化标志物以及利用其检测结直肠癌的方法和试剂盒 | |
TWI789550B (zh) | Hoxa9甲基化檢測試劑 | |
JP6418594B2 (ja) | 子宮体癌に関する情報の取得方法、ならびに子宮体癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
TWI417546B (zh) | 肺腺癌預後之甲基化分子指標 | |
JP6636105B2 (ja) | 大腸癌に関する情報の取得方法、ならびに大腸癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
CN111363817B (zh) | 基于hoxd12基因的肺癌诊断剂及试剂盒 | |
JP5586164B2 (ja) | 潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定する方法 | |
JP6551656B2 (ja) | 卵巣癌に関する情報の取得方法、ならびに卵巣癌に関する情報を取得するためのマーカーおよび卵巣癌検出用キット | |
CN116814790A (zh) | Pitx2基因作为标志物在检测肺癌中的应用 | |
WO2018061143A1 (ja) | 孤発性大腸癌発症可能性の判定方法 | |
WO2021174262A1 (en) | Methods of evaluating breast cancer prognosis and treatment regimens based on methylation status of the ins-igf2 region | |
CN117965741A (zh) | 胰腺癌的检测试剂盒或装置以及检测方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170906 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170906 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20180712 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180731 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20181031 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190205 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190507 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190611 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190910 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20191001 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20191018 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6606554 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |