JP2010004878A - タラロマイセス属に属する菌類の検出方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】特定の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列で表される核酸を用いてタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
【選択図】なし
Description
本発明者等は、この問題を克服し特定の耐熱性菌類を特異的に検出・識別しうる新たなDNA領域を探索すべく、鋭意検討を行った。その結果、タラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子及び28S rDNA中に、他の菌類のものとは明確に区別しうる、特異的な塩基配列を有する領域(以下、「可変領域」ともいう)が存在することを見い出した。また、この可変領域をターゲットとすることで、上記タラロマイセス属に属する菌類を特異的かつ迅速に検出・識別できることを見い出した。本発明はこの知見に基づき完成するに至った。
(g)配列番号7に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(h)配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(i)配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
また、本発明は、前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、タラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチドに関するものである。
(a)配列番号1に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b)配列番号2に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明は、下記の(c)及び(d)で示されたタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対に関するものである。
(c)配列番号3に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d)配列番号4に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明は、下記の(e)及び(f)で示されたタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対に関するものである。
(e)配列番号5に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明は、下記の(f)及び(j)で示されたタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対に関するものである。
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j)配列番号10に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明は、下記の(k)及び(l)で示されたタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対に関するものである。
(k)配列番号11に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l)配列番号12に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明は、前述したオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド対を含むタラロマイセス属に属する菌類検出用のキットに関するものである。
本発明は、タラロマイセス属(Talaromyces)に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列及び/又は28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列、すなわちタラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子領域及び/又は28S rDNAのD1/D2領域中におけるタラロマイセス属に特異的な領域又は種特異的領域(可変領域)の塩基配列で表される核酸を用いてタラロマイセス属に属する菌類の同定を行い、タラロマイセス属に属する菌類を特異的に識別・検出する方法である。
本発明における「タラロマイセス属に属する菌類」とは、マユハキタケ科(Trichocomaceae)に属する不整子嚢菌類を意味する。タラロマイセス属に属する菌類は、75℃、30分間の加熱処理後であっても生存可能な耐熱性菌類である。タラロマイセス属に属する菌類の例として、タラロマイセス フラバス(Talaromyces flavus)、タラロマイセス ルテウス(Talaromyces luteus)、タラロマイセス トラキスペルムス(Talaromyces trachyspermus)、タラロマイセス ウォルトマンニー(Talaromyces wortmannii)、タラロマイセス バシリスポラス(Talaromyces bacillisporus)、タラロマイセス マクロスポラス(Talaromyces macrosporus)が挙げられる。
(g)配列番号7に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(h)配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(i)配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
発明者らは、タラロマイセス属に属する菌類及びタラロマイセス属に属する菌類に近縁な菌類から種々のβ−チューブリン遺伝子及び28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を同定し、タラロマイセス属と近縁な属とタラロマイセス属との間、及びタラロマイセス属内での遺伝的距離の解析を行った。さらに、決定した各種のβチューブリン遺伝子配列及び28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列の相同性解析をおこなった。その結果、当該配列中にタラロマイセス属に属する菌類に固有の塩基配列を有する可変領域を見出した。この可変領域において、タラロマイセス属に属する菌類は固有の塩基配列を有しているため、タラロマイセス属に属する菌類を識別・同定することが可能となる。本発明は、この可変領域及び可変領域に由来する核酸、オリゴヌクレオチドをターゲットとしたものである。
配列番号8に記載の塩基配列及びその相補配列は、タラロマイセス ルテウスから単離、同定されたβ−チューブリン遺伝子の可変領域の塩基配列である。当該配列はタラロマイセス属に属する菌類に特異的であり、被検体がこの塩基配列を有しているか否かを確認することで、タラロマイセス属に属する菌類を特異的に識別・同定することが可能である。また、配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列において、1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列で表される核酸を用いても、同様にタラロマイセス属に属する菌類を特異的に識別・同定することが可能である。これらの塩基配列で表される核酸は、タラロマイセス ルテウス、タラロマイセス バシリスポラス、タラロマイセス ウォルトマンニーを検出するために好適に用いられる。
配列番号9に記載の塩基配列及びその相補配列は、タラロマイセス ウォルトマンニーから単離、同定された28S rDNAのD1/D2領域中の可変領域の塩基配列である。当該配列はタラロマイセス属に属する菌類に特異的であり、被検体がこの塩基配列を有しているか否かを確認することで、タラロマイセス属に属する菌類を特異的に識別・同定することが可能である。また、配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列において、1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列で表される核酸を用いても、同様にタラロマイセス属に属する菌類を特異的に識別・同定することが可能である。これらの塩基配列で表される核酸は、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムス、タラロマイセス マクロスポラスを検出するために好適に用いられる。
以下、前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列をまとめて「本発明の可変領域の塩基配列」ともいう。
塩基配列を解析・決定する方法としては特に限定されず、通常行われているRNA又はDNAシークエンシングの手法を用いることができる。
具体的には、マクサム−ギルバート法、サンガー法等の電気泳動法、質量分析法、ハイブリダイゼーション法等が挙げられる。サンガー法においては、放射線標識法、蛍光標識法等により、プライマー又は、ターミネーターを標識する方法が挙げられる。
本発明の検出用オリゴヌクレオチドは、タラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できるものであればよい。すなわち、タラロマイセス属に属する菌類の検出のための核酸プライマーや核酸プローブとして使用できるものや、ストリンジェントな条件でタラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子又は28S rDNAのD1/D2領域の可変領域の塩基配列にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドであれば良い。なお、ここで、「ストリンジェントな条件」としては、例えば後述の条件が挙げられる。
上記(1)において「タラロマイセス属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が10塩基前後連続して現れる領域」とは、前記本発明のβ−チューブリン遺伝子又は28S rDNAのD1/D2領域の可変領域の中でも、異なる属間での塩基配列の保存性が特に低く(すなわち、タラロマイセス属に属する菌類の特異性が特に高く)、10塩基前後にわたってタラロマイセス属に属する菌類に固有の塩基配列が連続して現れる領域を意味する。
また、上記(3)において「オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い」とは、プライマーの塩基配列からプライマー同士が結合しないことが予想されることを言う。
本発明の検出用オリゴヌクレオチドの塩基数としては、特に限定されないが、13塩基〜30塩基であることが好ましく、18塩基〜23塩基であることがより好ましい。ハイブリダイズ時のオリゴヌクレオチドのTm値は、55℃〜65℃の範囲内であることが好ましく、59℃〜62℃の範囲内であることがより好ましい。オリゴヌクレオチドのGC含量は、30%〜80%が好ましく、45%〜65%がより好ましく、55%前後であることが最も好ましい。
(a)配列番号1に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b)配列番号2に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c)配列番号3に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d)配列番号4に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e)配列番号5に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j)配列番号10に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k)配列番号11に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l)配列番号12に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
また、本発明の検出用オリゴヌクレオチドには、タラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できるものであれば、配列番号1〜6及び10〜12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドに対して、塩基の欠失、挿入あるいは置換といった変異や、修飾が施されたオリゴヌクレオチドも包含される。配列番号1〜6及び10〜12に記載の塩基配列に対して、塩基の欠失、挿入あるいは置換といった変異や、修飾が施された塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドで、タラロマイセス属に属する菌類の検出のための核酸プライマーや核酸プローブとして耐熱性菌類(耐熱性カビ)の検出に使用できるものや、ストリンジェントな条件でタラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子又は28S rDNAのD1/D2領域の可変領域の塩基配列にハイブリダイズ可能な塩基配列でもよい。なお、ここで、「ストリンジェントな条件」としては、例えばMolecular Cloning−A LABORATORY MANUAL THIRD EDITION[Joseph Sambrook, David W. Russell., Cold Spring Harbor Laboratory Press]記載の方法が挙げられ、例えば、6×SSC(1×SSCの組成:0.15M塩化ナトリウム、0.015Mクエン酸ナトリウム、pH7.0)、0.5%SDS、5×デンハート及び100mg/mLニシン精子DNAを含む溶液にプローブとともに65℃で8〜16時間恒温し、ハイブリダイズさせる条件が挙げられる。そのような塩基の欠失、挿入あるいは置換といった変異や、修飾が施されたオリゴヌクレオチドとしては配列番号1〜6又は10〜12のいずれかに記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドにおいて1又は数個、好ましくは1から5個、より好ましくは1から4個、さらに好ましくは1から3個、よりさらに好ましくは1から2個、特に好ましくは1個の塩基の欠失、挿入あるいは置換といった変異や、修飾されたオリゴヌクレオチドも包含される。また、配列番号1〜6又は10〜12のいずれかに記載の塩基配列に、適当な塩基配列を付加してもよい。塩基配列の相同性については、Lipman−Pearson法(Science,227,1435,1985)等によって計算される。具体的には、遺伝情報処理ソフトウェアGenetyx−Win(ソフトウェア開発製)のホモロジー解析(Search homology)プログラムを用いて、パラメーターであるUnit size to compare(ktup)を2として解析を行うことにより算出することができる。
このうち、タラロマイセス フラバスのβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列の10位から40位までの領域及び、70位から100位までの領域はタラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムスと特に保存性が高い配列であり、他の真菌で類似する配列がない領域であることを本発明者らが見出した。さらに、タラロマイセス ルテウスのβ−チューブリン遺伝子の部分塩基配列の120位から160位までの領域、及び295位から325位までの領域はタラロマイセス ルテウス、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス バシリスポラスと保存性が高い配列であり、他の真菌で類似する配列がない領域であることを本発明者らが見い出した。
前記(a)及び(b)で示されたオリゴヌクレオチドは、配列番号7に記載の塩基配列のうち、それぞれ15位から34位まで、76位から98位までの領域に対応する。前記(c)〜(d)及び前記(k)〜(l)で示されたオリゴヌクレオチドは、配列番号8に記載の塩基配列のうち、それぞれ133位から153位まで、304位から325位までの領域に対応する。したがって、前記オリゴヌクレオチドをタラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子にハイブリダイズさせることによって、タラロマイセス属に属する菌類を検出することができる。
前記(e)〜(f)及び前記(j)で示されたオリゴヌクレオチドは、配列番号9に記載の塩基配列のうち、それぞれ326位から345位まで、460位から478位までの領域に対応する。したがって、前記オリゴヌクレオチドをタラロマイセス属に属する菌類の28S rDNAのD1/D2領域にハイブリダイズさせることによって、タラロマイセス属に属する菌類を検出することができる。
(a1)配列番号1に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b1)配列番号2に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c1)配列番号3に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d1)配列番号4に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e1)配列番号5に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f1)配列番号6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j1)配列番号10に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k1)配列番号11に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l1)配列番号12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
本発明において、前記(a)及び(b)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムスを特異的に検出することができる。また、前記(c)及び(d)で示されたオリゴヌクレオチド対又は前記(k)及び(l)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス ルテウス、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス バシリスポラスを特異的に検出することができる。さらに、前記(e)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス トラキスペルムス、タラロマイセス マクロスポラスを特異的に検出することができる。また、前記(j)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムス、タラロマイセス マクロスポラスを特異的に検出することができる。
本発明の上記検出用オリゴヌクレオチドの結合様式は、天然の核酸に存在するホスホジエステル結合だけでなく、例えばホスホロアミデート結合、ホスホロチオエート結合等であってもよい。
このようにして標識化された本発明の検出用オリゴヌクレオチドを、通常の方法により検査対象物から抽出された核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせた後、ハイブリダイズした検出用オリゴヌクレオチドの標識を測定することでタラロマイセス属に属する菌類を検出することができる。ここで、ストリンジェントな条件としては、前述した条件を挙げることができる。また、核酸とハイブリダイズした核酸プローブの標識を測定する方法としては、通常の方法(FISH法、ドットブロット法、サザンブロット法、ノーザンブロット法等)を用いることができる。
なかでも、前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸中の領域であって、(1)タラロマイセス属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が10塩基前後連続して現れる領域を含む、(2)オリゴヌクレオチドのGC含量がおよそ30%〜80%となる、(3)オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い、(4)オリゴヌクレオチドのTm値がおよそ55℃〜65℃となる、の4つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いることが好ましい。さらに、前記(a)〜(f)及び(j)〜(l)のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いるのが好ましく、前記(a1)〜(f1)及び(j1)〜(l1)のオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いるのがより好ましく、配列番号1〜6及び10〜12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドを核酸プライマーとして用いるのがさらに好ましい。また、本発明の検出用オリゴヌクレオチド対の少なくとも1つを核酸プライマー対として用いて遺伝子増幅処理を行い、遺伝子の増幅を確認することにより検出することが好ましく、前記(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対、前記(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対、前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対、前記(j)及び(f)のオリゴヌクレオチド対及び前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対のうちのいずれか1対以上を核酸プライマー対として用いることがより好ましく、前記(a1)及び(b1)のオリゴヌクレオチド対、前記(c1)及び(d1)のオリゴヌクレオチド対、前記(e1)及び(f1)のオリゴヌクレオチド対、前記(j1)及び(f1)のオリゴヌクレオチド対、及び前記(k1)及び(l1)のオリゴヌクレオチド対のうちのいずれか1対以上を核酸プライマー対として用いることがさらに好ましく、配列番号1及び配列番号2に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対、配列番号3及び配列番号4に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対、配列番号5及び配列番号6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対、配列番号10及び配列番号6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対、及び配列番号11及び配列番号12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対のうちのいずれか1対以上を核酸プライマー対として用いることが特に好ましい。
また、検出特異性及び検出感度の点からは、前記(j)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対、又は前記(k)及び(l)で示されたオリゴヌクレオチド対を核酸プライマー対として用いることが好ましく、前記(j1)及び(f1)で示されたオリゴヌクレオチド対、又は前記(k1)及び(l1)で示されたオリゴヌクレオチド対を核酸プライマー対として用いることがより好ましく、配列番号10及び配列番号6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対、又は配列番号11及び配列番号12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対を核酸プライマー対として用いることがさらに好ましい。
本発明の核酸プライマーは、前記検出用オリゴヌクレオチドをそのまま核酸プライマーとして用いることもできるし、前記オリゴヌクレオチドを標識物で標識化して核酸プライマーとして用いることができる。標識物及び標識方法の例としては、核酸プローブの場合と同様のものが挙げられる。
配列番号7に記載の塩基配列において、15位から98位までの塩基数は83塩基、配列番号8に記載の塩基配列において133位から325位までの塩基数は192塩基である。また、配列番号9に記載の塩基配列において、326位から478位までの塩基数は152塩基である。したがって、被検体にタラロマイセス フラバス及び/又はタラロマイセス トラキスペルムスが含まれる場合、前記(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対をプライマーセットとして使用してPCR反応を行い、得られたPCR反応産物について電気泳動を行うと、これらの菌類に特異的な約80bpのDNA断片の増幅が認められる。また、被検体にタラロマイセス ルテウス、タラロマイセス ウォルトマンニー及び/又はタラロマイセス バシリスポラスが含まれる場合、前記(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対又は前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対をプライマーセットとして使用してPCR反応を行い、得られたPCR反応産物について電気泳動を行うと、これらの菌類に特異的な約200bpのDNA断片の増幅が認められる。さらに、被検体にタラロマイセス マクロスポラス、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス フラバス及び/又はタラロマイセス トラキスペルムスが含まれる場合、前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対をプライマーセットとして使用してPCR反応を行い、得られたPCR反応産物について電気泳動を行うと、これらの菌類に特異的な約150bpのDNA断片の増幅が認められる。被検体にタラロマイセス マクロスポラス、タラロマイセス フラバス及び/又はタラロマイセス トラキスペルムスが含まれる場合、前記(j)及び(f)のオリゴヌクレオチド対をプライマーセットとして使用してPCR反応を行い、得られたPCR反応産物について電気泳動を行うと、これらの菌類に特異的な約150bpのDNA断片の増幅が認められる。この操作を行うことにより、タラロマイセス属に属する菌類を検出することができる。なお、被検体にタラロマイセス ウォルトマンニーが含まれる場合、前記(c)及び(d)、又は(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対及び前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対を同時に用いると、約200bpと約150bpの2本のバンドが確認される。
具体的には、上述したように前記(a)及び(b)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムスを特異的に検出することができる。また、前記(c)及び(d)又は前記(k)及び(l)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス ルテウス、タラロマイセス バシリスポラスを特異的に検出することができる。さらに、前記(e)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムス、タラロマイセス ウォルトマンニー、タラロマイセス マクロスポラスを特異的に検出することができる。またさらに、前記(j)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対を用いることで、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス トラキスペルムス、タラロマイセス マクロスポラスを特異的に検出することができる。したがって、前記(a)及び(b)、前記(e)及び(f)、又は前記(j)及び(f)で示されたオリゴヌクレオチド対と、前記(c)及び(d)、又は前記(k)及び(l)で示されたオリゴヌクレオチド対とを組み合わせて用いることにより、食品事故で特に問題となるタラロマイセス属に属する菌類を網羅的に検出することができる。
特に、検出感度の点からは、前記(j)及び(f)のオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法と、前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法とを組み合わせて用いることが好ましく、前記(j1)及び(f1)のオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法と前記(k1)及び(l1)のオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法とを組み合わせて用いることがより好ましく、配列番号10及び6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法と、配列番号11及び12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド対を用いた検出方法とを組合わせて用いることがさらに好ましい。
なお、本発明において、「同時に用いて遺伝子増幅処理工程を行う」とは、2つのオリゴヌクレオチド対を混合し、混合したものを1の反応系にプライマーとして添加して前述のような遺伝子増幅処理工程を行うことを意味する。2つのオリゴヌクレオチド対を同時に用いることで、タラロマイセス属に属する菌類をより迅速かつ網羅的に検出することができる。2つのオリゴヌクレオチド対の混合比は特に制限はないが、1:1〜1:2が好ましい。
被検体からDNAを調製する方法としては、耐熱性菌類の検出を行うのに十分な精製度及び量のDNAが得られるのであれば特に制限されず、通常の方法や市販の調製用キットを用いることができる。また、被検体中のRNAを逆転写して得られるDNAを用いることもできる。
1.タラロマイセス属に属する菌類に特異的な塩基配列の解析
下記の方法によりタラロマイセス属各種のβ−チューブリン遺伝子及び28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を決定した。ポテトデキストロース寒天斜面培地にて25℃、7日間、暗所培養したタラロマイセス属菌体からGenとるくんTM(タカラバイオ(株)社製)を使用し、DNAを抽出した。目的とする部位のPCR増幅は、PuRe TaqTM Ready-To-Go PCR Beads(GE Health Care UK LTD製)を用いて、プライマーとして、βチューブリンの部分長に関してはBt2a(5’-GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC-3’:配列番号13)、Bt2b(5’-ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC-3’:配列番号14)(Glass and Donaldson,Appl Environ Microbiol 61:1323−1330,1995)を使用し、28SrDNAのD1/D2領域はNL1(5’-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3’:配列番号15)とNL4(5’-GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3’:配列番号16)(The fungal homorph:Mitotic and plemorphic speciation in fungal systematics.,Wallingford:CAB international.)を用いた。増幅条件は、βチューブリン部分長は変性温度95℃、アニーリング温度59℃、伸長温度72℃、35サイクル、28S rDNAのD1/D2領域は編成温度95℃、アニーリング温度55℃、伸長温度72℃、35サイクルで実施した。PCR産物は、Auto SegTM G−50(Amersham Pharmacia Biotech社製)を使用し精製した。PCR産物は、BigDye terminator Ver. 1.1(商品名:Applied Biosystems社製)を使用してラベル化し、ABI PRISM 3130 Genetic Analyzer(Applied Biosystems社製)で電気泳動を実施した。電気泳動時の蛍光シグナルからの塩基配列の決定には、ソフトウエアー“ATGC Ver.4”(Genetyx社製)を使用した。
シークエンシング法により決定した各種菌類(タラロマイセス フラバス、タラロマイセス ルテウス、タラロマイセス ウォルトマンニー)のβ−チューブリン遺伝子及び28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列情報をもとに、DNA解析ソフトウエア(商品名:DNAsis pro、日立ソフトウエア社製)を用いてアライメント解析を行い、タラロマイセス属に属する菌類に特異的な塩基配列を含有するβ−チューブリン遺伝子及び28S rDNAのD1/D2領域の中の特定領域(配列番号7〜9)を決定した。
(1)プライマーの設計
上記で得られたタラロマイセス属に属する菌類に特異的な塩基配列領域(配列番号7〜9)のうち、3’末端側でタラロマイセス属に属する菌類の特異性が特に高い領域から、1)属固有の塩基配列が数塩基前後存在している、2)GC含量が概ね30%〜80%となる、3)自己アニールの可能性が低い、4)Tm値が概ね55〜65℃程度となる、の4つの条件を満たす部分領域の検討を行った。この塩基配列を基にしてβチューブリン遺伝子に関しては5組のプライマー対を、28S rDNAのD1/D2領域に関しては5組のプライマー対を設計し、各種菌体から抽出したDNAを鋳型として用いてPCR反応によるタラロマイセス属検出及び属同定の有効性を検討した。その結果、βチューブリン遺伝子のプライマーのうち5組中1組でタラロマイセス フラバス(Talaromyces flavus)及びタラロマイセス トラキスペルムス(Talaromyces trachyspermus)で特異的に、設計したプライマー対から予想されるサイズにDNA増幅が認められた。有効性が確認できたプライマー対は配列番号1及び2である。
続いて複数のプライマー対を組み合わせることによりタラロマイセス属の網羅的な検出、すなわちタラロマイセス属DNAを鋳型とした反応では設計したプライマー対から予想されるサイズにDNA増幅反応が認められ、その他のカビのゲノムDNAを鋳型とした反応では増幅産物が認められないことの検討を行った。その結果、βチューブリンのプライマー5組中2組のプライマー対と28S rDNAのD1/D2領域のプライマー5組中2組のプライマー対を混合して用いることによりタラロマイセス属の網羅的な検出、すなわちタラロマイセス属の属レベルでの同定が可能であることを確認した。有効性が確認できたプライマー対は、配列番号3、4、5、6、10、11及び12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマー対である。なお、使用したプライマーはシグマ アルドリッチ ジャパン社に合成依頼し(脱塩精製品、0.02μmolスケール)、購入した。
設計したプライマーの特異性の評価に用いる真菌類、すなわちタラロマイセス属とその他の耐熱性カビ及び一般カビとしては、表1に記載の菌を使用した。これらの菌類は千葉大学医学部真菌医学研究センターが保管し、IFMナンバーなどにより管理されているものを入手し、使用した。
各菌体を至適条件下で培養した。培養条件についてはポテトデキストロース培地(商品名:パールコア ポテトデキストロース寒天培地、栄研化学株式会社製)を用いて指摘温度、すなわち一般カビは25℃、耐熱性カビ及びアスペルギルス フミガタスは30℃で7日間培養した。
各菌体を寒天培地から白金耳を用いて回収した。
ゲノムDNA調製用キット(アプライドバイオシステムズ社製PrepMan ultra(商品名))を用いて、回収した菌体からゲノムDNA溶液を調製した。DNA溶液の濃度は50ng/μlに調製した。
DNAテンプレートとして、上記で調製したゲノムDNA溶液1μl、Pre Mix Taq(商品名、タカラバイオ社製)13μl、無菌蒸留水10μlを混合し、配列番号1に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μl及び配列番号2に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μlを加え、25μlのPCR反応液を調製した。
PCR反応液について、自動遺伝子増幅装置サーマルサイクラーDICE(タカラバイオ)を用いて遺伝子増幅処理を行った。PCR反応条件は、(i)95℃、1分間の熱変性反応、(ii)59℃、1分間のアニーリング反応、及び(iii)72℃、1分間の伸長反応を1サイクルとしたものを30サイクル行った。
PCR反応後、PCR反応液から10μlを分取し、2%アガロースゲルで電気泳動を行い、SYBR Safe DNA gel stain in 1×TAE(インビトロジェン)でDNAを染色後、増幅されたDNA断片の有無を確認した。アガロースゲルの電気泳動図を図1に示す。
その結果、タラロマイセス フラバス(Talaromyces flavus)及びタラロマイセス トラキスペルムス(Talaromyces trachyspermus)のゲノムDNAを含む試料(1レーン及び2レーン)では、80bp程度の遺伝子断片の増幅が確認された。一方、タラロマイセス属に属する菌のゲノムDNAを含まない試料では、遺伝子断片の増幅は確認されなかった。以上の結果から、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることによって、タラロマイセス属に属する菌類を特異的に検出することができる。
タラロマイセス属に属する菌類の検出及び属レベルでの同定
(1)プライマー
実施例1で設計した、配列番号3,4,5,6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを使用した。
タラロマイセス属に属する菌類としては、タラロマイセス フラバス(Talaromyces flavus)、タラロマイセス トラキスペルムス(Talaromyces trachyspermus)、タラロマイセス ウォルトマンニー(Talaromyces wortmannii)、及びタラロマイセス ルテウス(Talaromyces luteus)を使用した。前記(c)から(f)のオリゴヌクレオチドのタラロマイセス属に属する菌類のβ−チューブリン遺伝子に対する特異性を確かめるために、表2及び表3に示す菌類も使用した。これらの菌類は千葉大学医学部真菌医学研究センターが保管し、IFMナンバーなどにより管理されているものを入手し、使用した。
各菌体を至適条件下で培養した。培養条件についてはポテトデキストロース培地(商品名:パールコア ポテトデキストロース寒天培地、栄研化学株式会社製)を用いて30℃で7日間培養した。
各菌体を寒天培地から白金耳を用いて回収した。
ゲノムDNA調製用キット(商品名 PrepMan ultra、アプライドバイオシステムズ社製)を用いて、回収した菌体からゲノムDNA溶液を調製した。DNA溶液の濃度は50ng/μlに調製した。
DNAテンプレートとして、上記で調製したゲノムDNA溶液1μl、Pre Mix Taq(商品名、タカラバイオ社製)25μl、無菌蒸留水20μlを混合し、配列番号3に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)1.0μl、配列番号4に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)1.0μl、配列番号5に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)1.0μl、及び配列番号6に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)1.0μlを加え、50μlのPCR反応液を調製した。
PCR反応液について、自動遺伝子増幅装置サーマルサイクラーDICE(タカラバイオ)を用いて遺伝子増幅処理を行った。PCR反応条件は、(i)97℃、10秒間の熱変性反応、(ii)59℃、1分間のアニーリング反応、及び(iii)72℃、1分間の伸長反応を1サイクルとしたものを30サイクル行った。
PCR反応後、PCR反応液から2μlを分取し、2%アガロースゲルで電気泳動を行い、SYBR Safe DNA gel stain in 1×TAE(インビトロジェン)でDNAを染色後、増幅されたDNA断片の有無を確認した。アガロースゲルの電気泳動図を図2(a)、図2(b)及び図3に示す。なお、図2(a)は表2に示す菌類の試料についての電気泳動図を示し、図2(b)は表3に示す菌類の試料についての電気泳動図を示し、図中の番号は表記載の対応する試料番号の試料から抽出したDNAを用いて反応を行ったサンプルであることを示している。図3はタラロマイセス属に属する菌類の試料のみの電気泳動図を示す。
その結果、タラロマイセス属に属する菌類のうちタラロマイセス フラバス(Talaromyces flavus)、タラロマイセス トラキスペルムス(Talaromyces trachyspermus)又はタラロマイセス ウォルトマンニー(Talaromyces wortmannii)のゲノムDNAを含む試料(図2(a)の1〜2及び5〜8レーン、並びに図2(b)の1〜2及び5〜8レーン)では、150bp程度の遺伝子断片の増幅が確認された。この遺伝子断片は配列番号5及び配列番号6の塩基配列で表されるプライマーを用いたことで増幅されたものである。また、タラロマイセス ウォルトマンニー(Talaromyces wortmannii)又はタラロマイセス ルテウス(Talaromyces luteus)のゲノムDNAを含む試料(図2(a)の3〜4及び7〜8レーン、並びに図2(b)の3〜4及び7〜8レーン)では、200bp程度の遺伝子断片の増幅が確認された。この遺伝子断片は配列番号3及び配列番号4の塩基配列で表されるプライマーを用いたことで増幅されたものである。一方、タラロマイセス属に属する菌類のゲノムDNAを含まない試料では、遺伝子断片の増幅は確認されなかった。以上の結果から、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることによって、タラロマイセス属に属する菌類を特異的にかつ網羅的に検出することができる。
タラロマイセス属に属する菌類の検出及び属レベルでの同定
(1)プライマー
実施例1で設計した、配列番号6及び10に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを使用した。
前記(f)及び(j)のオリゴヌクレオチドの検出特異性を確かめるために、表4に示すタラロマイセス属に属する菌類及びその他の菌類を使用した。これらの菌類は独立行政法人製品評価技術基盤機構によりNBRC番号で管理されているもの及びThe Centraalbureau voor SchimmelculturesによりCBS番号で管理されているもの等、真菌の供託機関より分譲された株を入手し、使用した。
各菌体を至適条件下で培養した。培養条件についてはポテトデキストロース培地(商品名:パールコア ポテトデキストロース寒天培地、栄研化学株式会社製)を用いてタラロマイセス属を含む耐熱性カビ及びアスペルギルス フミガタスは30℃で7日間、その他の一般カビは25℃で7日間培養した。
各菌体を寒天培地から白金耳を用いて回収した。
ゲノムDNA調製用キット(アプライドバイオシステムズ社製PrepMan ultra(商品名))を用いて、回収した菌体からゲノムDNA溶液を調製した。DNA溶液の濃度は50ng/μlに調製した。
DNAテンプレートとして、上記で調製したゲノムDNA溶液1μl、Pre Mix Taq(商品名、タカラバイオ社製)13μl、無菌蒸留水10μlを混合し、配列番号6に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μl及び配列番号10に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μlを加え、25μlのPCR反応液を調製した。
PCR反応液について、自動遺伝子増幅装置サーマルサイクラーDICE(タカラバイオ)を用いて遺伝子増幅処理を行った。PCR反応条件は、(i)95℃、1分間の熱変性反応、(ii)59℃、1分間のアニーリング反応、及び(iii)72℃、1分間の伸長反応を1サイクルとしたものを30サイクル行った。
PCR反応後、PCR反応液から10μlを分取し、2%アガロースゲルで電気泳動を行い、SYBR Safe DNA gel stain in 1×TAE(インビトロジェン)でDNAを染色後、増幅されたDNA断片の有無を確認した。アガロースゲルの電気泳動図を図4に示す。図中の番号は表4記載の対応する試料番号の試料から抽出したDNAを用いて反応を行ったサンプルであることを示している。
その結果、タラロマイセス属に属する菌類のうち、タラロマイセス フラバス、タラロマイセス マクロスポラス及びタラロマイセス トラキスペルムスのゲノムDNAを含む試料(1〜3レーン)についてのみ、150bp程度の遺伝子断片の増幅が確認された。一方、タラロマイセス属に属する菌のゲノムDNAを含まない試料では、遺伝子断片の増幅は確認されなかった。以上の結果から、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることによって、タラロマイセス属に属する菌類のうち、特定の菌種のみを特異的に検出することができることがわかる。
タラロマイセス属に属する菌類の検出及び属レベルでの同定
(1)プライマー
実施例1で設計した、配列番号11及び12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを使用した。
前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチドの検出特異性を確かめるために、実施例3の表4と同様のタラロマイセス属に属する菌類及びその他の菌類を使用した。
各菌体を至適条件下で培養した。培養条件についてはポテトデキストロース培地(商品名:パールコア ポテトデキストロース寒天培地、栄研化学株式会社製)を用いてタラロマイセス属を含む耐熱性カビ及びアスペルギルス フミガタスは30℃で7日間、その他の一般カビは25℃で7日間培養した。
各菌体を寒天培地から白金耳を用いて回収した。
ゲノムDNA調製用キット(アプライドバイオシステムズ社製PrepMan ultra(商品名))を用いて、回収した菌体からゲノムDNA溶液を調製した。DNA溶液の濃度は50ng/μlに調製した。
DNAテンプレートとして、上記で調製したゲノムDNA溶液1μl、Pre Mix Taq(商品名、タカラバイオ社製)13μl、無菌蒸留水10μlを混合し、配列番号11に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μl及び配列番号12に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μlを加え、25μlのPCR反応液を調製した。
PCR反応液について、自動遺伝子増幅装置サーマルサイクラーDICE(タカラバイオ)を用いて遺伝子増幅処理を行った。PCR反応条件は、(i)95℃、1分間の熱変性反応、(ii)55℃、1分間のアニーリング反応、及び(iii)72℃、1分間の伸長反応を1サイクルとしたものを35サイクル行った。
PCR反応後、PCR反応液から10μlを分取し、2%アガロースゲルで電気泳動を行い、SYBR Safe DNA gel stain in 1×TAE(インビトロジェン)でDNAを染色後、増幅されたDNA断片の有無を確認した。アガロースゲルの電気泳動図を図5に示す。図中の番号は表4記載の対応する試料番号の試料から抽出したDNAを用いて反応を行ったサンプルであることを示している。
その結果、タラロマイセス属に属する菌類のうち、タラロマイセス バシリスポラス、タラロマイセス ウォルトマンニー及びタラロマイセス ルテウスのゲノムDNAを含む試料(4〜6レーン)についてのみ、200bp程度の遺伝子断片の増幅が確認された。一方、タラロマイセス属に属する菌のゲノムDNAを含まない試料では、遺伝子断片の増幅は確認されなかった。以上の結果から、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることによって、タラロマイセス属に属する菌類のうち、特定の菌種のみを特異的に検出することができることがわかる。
タラロマイセス属に属する菌類の検出
(1)プライマー
実施例1で設計した、配列番号5及び6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを使用した。
前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチドのタラロマイセス属に属する菌類に対する検出特異性を確かめるために、図6に示すタラロマイセス フラバスの各菌株及び図7に示すタラロマイセス マクロスポラスの各菌株を使用した。これらの菌類は独立行政法人製品製品評価技術基盤機構によりNBRC番号で管理されているもの及びThe Centraalbureau voor SchimmelculturesによりCBS番号で管理されているものを入手し、使用した。
各菌体を至適条件下で培養した。培養条件についてはポテトデキストロース培地(商品名:パールコア ポテトデキストロース寒天培地、栄研化学株式会社製)を用いて25℃で7日間培養した。
各菌体を寒天培地から白金耳を用いて回収した。 ゲノムDNA調製用キット(アプライドバイオシステムズ社製PrepMan ultra(商品名))を用いて、回収した菌体からゲノムDNA溶液を調製した。DNA溶液の濃度は50ng/μlに調製した。
DNAテンプレートとして、上記で調製したゲノムDNA溶液1μl、Pre Mix Taq(商品名、タカラバイオ社製)13μl、無菌蒸留水10μlを混合し、配列番号5に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μl及び配列番号6に記載の塩基配列で表されるプライマー(20pmol/μl)0.5μlを加え、25μlのPCR反応液を調製した。
PCR反応液について、自動遺伝子増幅装置サーマルサイクラーDICE(タカラバイオ)を用いて遺伝子増幅処理を行った。PCR反応条件は、(i)95℃、1分間の熱変性反応、(ii)61℃、1分間のアニーリング反応、及び(iii)72℃、1分間の伸長反応を1サイクルとしたものを35サイクル行った。
PCR反応後、PCR反応液から4μlを分取し、2%アガロースゲルで電気泳動を行い、SYBR Safe DNA gel stain in 1×TAE(インビトロジェン)でDNAを染色後、増幅されたDNA断片の有無を確認した。アガロースゲルの電気泳動図を図6及び図7に示す。
その結果、使用したタラロマイセス フラバス及びタラロマイセス マクロスポラスの全ての菌株において、特異的な増幅DNA断片が確認された。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドを用いることによって、菌株の種類に左右されることなくタラロマイセス属に属する菌類を高い精度で特異的に検出することができることがわかる。
Claims (18)
- 下記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸を用いてタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
(g)配列番号7に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(h)配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(i)配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列 - 同定を行うために、被検菌のβ‐チューブリン遺伝子領域又は28S rDNAのD1/D2領域の塩基配列を決定し、該領域の塩基配列中に前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列が含まれるか否かを確認することを特徴とする請求項1記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 同定を行うために、前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする検出用オリゴヌクレオチドを標識化し、得られた検出用オリゴヌクレオチドを検査対象物より抽出した核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせ、ハイブリダイズした検出用オリゴヌクレオチドの標識を測定することを特徴とする請求項1記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 同定を行うために、前記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸中の一部又は全部の領域からなる核酸を遺伝子増幅し、増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項1記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 前記増幅反応をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法によって行うことを特徴とする請求項4記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 前記(g)〜(i)のいずれかに記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の(1)〜(4)の4つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを、核酸プライマーとして用いて遺伝子増幅反応を行うことを特徴とする請求項5記載の検出方法。
(1)タラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が10塩基前後連続して現れる領域を含む
(2)オリゴヌクレオチドのGC含量が30%〜80%となる
(3)オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
(4)オリゴヌクレオチドのTm値が55℃〜65℃となる - 下記(a)〜(f)及び(j)〜(l)のオリゴヌクレオチドからなる群より選ばれる少なくとも1種を検出用オリゴヌクレオチドとして用いることを特徴とする請求項3〜6のいずれか1項記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
(a)配列番号1に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b)配列番号2に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c)配列番号3に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d)配列番号4に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e)配列番号5に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j)配列番号10に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k)配列番号11に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l)配列番号12に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド - 前記検出用オリゴヌクレオチドを核酸プローブ又は核酸プライマーとして用いることを特徴とする請求項7記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 前記(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対、前記(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対、前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対、前記(f)及び(j)のオリゴヌクレオチド対、並びに前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも1対を核酸プライマー対として用いることを特徴とする請求項7記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 前記(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対、前記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対又は前記(f)及び(j)のオリゴヌクレオチド対、並びに前記(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対又は前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対を同時に用いて遺伝子増幅処理工程を行うことを特徴とする、請求項7記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
- 下記(a’)及び(b’)のオリゴヌクレオチド対、下記(e’)及び(f’)のオリゴヌクレオチド対又は下記(f’)及び(j’)のオリゴヌクレオチド対、並びに下記(c’)及び(d’)のオリゴヌクレオチド対又は下記(k’)及び(l’)のオリゴヌクレオチド対を核酸プライマーとして同時に用いることを特徴とする、請求項10記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出方法。
(a’)配列番号1に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b’)配列番号2に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c’)配列番号3に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d’)配列番号4に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e’)配列番号5に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f’)配列番号6に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j’)配列番号10に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k’)配列番号11に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l’)配列番号12に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド - タラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出に用いるための、下記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表されるDNA。
(g)配列番号7に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(h)配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(i)配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列 - 下記(g)〜(i)のいずれかの塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、タラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
(g)配列番号7に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(h)配列番号8に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
(i)配列番号9に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列 - 前記検出用オリゴヌクレオチドが、前記(g)〜(i)のいずれかに記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の(1)〜(4)の4つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項13記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド。
(1)タラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が10塩基前後連続して現れる領域を含む
(2)オリゴヌクレオチドのGC含量が30%〜80%となる
(3)オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
(4)オリゴヌクレオチドのTm値が55℃〜65℃となる - 前記検出用オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜6又は10〜12のいずれかに記載の塩基配列若しくはその相補配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ核酸プローブ又は核酸プライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項13又は14記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
- 下記の(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対、下記の(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対、下記の(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対、下記の(f)及び(j)のオリゴヌクレオチド対、並びに下記の(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも1対で示されたタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対。
(a)配列番号1に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b)配列番号2に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c)配列番号3に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d)配列番号4に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e)配列番号5に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j)配列番号10に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k)配列番号11に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l)配列番号12に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド - 下記(a)及び(b)のオリゴヌクレオチド対、下記(c)及び(d)のオリゴヌクレオチド対、下記(e)及び(f)のオリゴヌクレオチド対、下記(f)及び(j)のオリゴヌクレオチド対、及び下記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも1対を核酸プライマー対として含むタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用キット。
(a)配列番号1に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(b)配列番号2に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(c)配列番号3に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(d)配列番号4に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(e)配列番号5に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(f)配列番号6に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(j)配列番号10に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(k)配列番号11に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
(l)配列番号12に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して70%以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド - 前記(f)及び(j)のオリゴヌクレオチド対及び/又は前記(k)及び(l)のオリゴヌクレオチド対を核酸プライマーとして含むことを特徴とする、請求項17記載のタラロマイセス(Talaromyces)属に属する菌類検出用キット。
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