JP2010004878A5 - - Google Patents

Claims (18)

1. 下記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列で表される核酸を用いてタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の同定を行うことを特徴とするタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
   （ｇ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
   （ｈ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
   （ｉ）配列番号９に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
2. 同定を行うために、前記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列で表される核酸中の一部又は全部の領域からなる核酸を遺伝子増幅し、増幅産物の有無を確認することを特徴とする請求項１記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
3. 前記増幅反応をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法によって行うことを特徴とする請求項２記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
4. 前記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかに記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを、核酸プライマーとして用いて遺伝子増幅反応を行うことを特徴とする請求項３記載の検出方法。
   （１）タラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
   （２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
   （３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
   （４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
5. 同定を行うために、前記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列で表される核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする検出用オリゴヌクレオチドを標識化し、得られた検出用オリゴヌクレオチドを検査対象物より抽出した核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせ、ハイブリダイズした検出用オリゴヌクレオチドの標識を測定することを特徴とする請求項１記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
6. 下記（ａ）〜（ｆ）及び（ｊ）〜（ｌ）のオリゴヌクレオチドからなる群より選ばれる少なくとも１種を検出用オリゴヌクレオチドとして用いることを特徴とする請求項２〜５のいずれか１項記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
   （ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｅ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｆ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｊ）配列番号１０に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｋ）配列番号１１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
   （ｌ）配列番号１２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
7. 前記検出用オリゴヌクレオチドを核酸プローブ又は核酸プライマーとして用いることを特徴とする請求項６記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
8. 前記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチド対、前記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド対、前記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチド対、前記（ｆ）及び（ｊ）のオリゴヌクレオチド対、並びに前記（ｋ）及び（ｌ）のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも１対を核酸プライマー対として用いることを特徴とする請求項６記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
9. 前記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチド対、前記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチド対又は前記（ｆ）及び（ｊ）のオリゴヌクレオチド対、並びに前記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド対又は前記（ｋ）及び（ｌ）のオリゴヌクレオチド対を同時に用いて遺伝子増幅処理工程を行うことを特徴とする、請求項６記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
10. 下記（ａ’）及び（ｂ’）のオリゴヌクレオチド対、下記（ｅ’）及び（ｆ’）のオリゴヌクレオチド対又は下記（ｆ’）及び（ｊ’）のオリゴヌクレオチド対、並びに下記（ｃ’）及び（ｄ’）のオリゴヌクレオチド対又は下記（ｋ’）及び（ｌ’）のオリゴヌクレオチド対を核酸プライマーとして同時に用いることを特徴とする、請求項９記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
    （ａ’）配列番号１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｂ’）配列番号２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｃ’）配列番号３に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｄ’）配列番号４に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｅ’）配列番号５に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｆ’）配列番号６に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｊ’）配列番号１０に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｋ’）配列番号１１に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｌ’）配列番号１２に記載の塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
11. 同定を行うために、被検菌のβ‐チューブリン遺伝子領域又は２８Ｓ ｒＤＮＡのＤ１／Ｄ２領域の塩基配列を決定し、該領域の塩基配列中に前記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列が含まれるか否かを確認することを特徴とする請求項１記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出方法。
12. タラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出に用いるための、下記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列で表されるＤＮＡ。
    （ｇ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
    （ｈ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
    （ｉ）配列番号９に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
13. 下記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかの塩基配列で表される核酸にハイブリダイズすることができ、タラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類を特異的に検出するための核酸プローブ又は核酸プライマーとして機能し得るタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
    （ｇ）配列番号７に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
    （ｈ）配列番号８に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
    （ｉ）配列番号９に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列において１若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加されておりかつタラロマイセス属に属する菌類の検出に使用できる塩基配列
14. 前記検出用オリゴヌクレオチドが、前記（ｇ）〜（ｉ）のいずれかに記載の塩基配列で表される核酸中の領域であって、下記の（１）〜（４）の４つの条件を満たす領域にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１３記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド。
    （１）タラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類に固有の遺伝子の塩基配列が１０塩基前後連続して現れる領域を含む
    （２）オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が３０％〜８０％となる
    （３）オリゴヌクレオチドの自己アニールの可能性が低い
    （４）オリゴヌクレオチドのＴｍ値が５５℃〜６５℃となる
15. 前記検出用オリゴヌクレオチドが、配列番号１〜６又は１０〜１２のいずれかに記載の塩基配列若しくはその相補配列で表されるオリゴヌクレオチド、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ核酸プローブ又は核酸プライマーとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１３又は１４記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類の検出用オリゴヌクレオチド。
16. 下記の（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチド対、下記の（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド対、下記の（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチド対、下記の（ｆ）及び（ｊ）のオリゴヌクレオチド対、並びに下記の（ｋ）及び（ｌ）のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも１対で示されたタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類検出用オリゴヌクレオチド対。
    （ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｅ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｆ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｊ）配列番号１０に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｋ）配列番号１１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｌ）配列番号１２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
17. 下記（ａ）及び（ｂ）のオリゴヌクレオチド対、下記（ｃ）及び（ｄ）のオリゴヌクレオチド対、下記（ｅ）及び（ｆ）のオリゴヌクレオチド対、下記（ｆ）及び（ｊ）のオリゴヌクレオチド対、及び下記（ｋ）及び（ｌ）のオリゴヌクレオチド対からなる群より選ばれる少なくとも１対を核酸プライマー対として含むタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類検出用キット。
    （ａ）配列番号１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｂ）配列番号２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｃ）配列番号３に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｄ）配列番号４に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｅ）配列番号５に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｆ）配列番号６に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｊ）配列番号１０に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｋ）配列番号１１に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
    （ｌ）配列番号１２に記載の塩基配列若しくはその相補配列、又は当該塩基配列若しくはその相補配列に対して７０％以上の相同性を有しかつ検出用オリゴヌクレオチドとして使用できる塩基配列で表されるオリゴヌクレオチド
18. 前記（ｆ）及び（ｊ）のオリゴヌクレオチド対及び／又は前記（ｋ）及び（ｌ）のオリゴヌクレオチド対を核酸プライマーとして含むことを特徴とする、請求項１７記載のタラロマイセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）属に属する菌類検出用キット。