JP2009523011A5 - - Google Patents

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本明細書で用いる「遺伝子発現」は、細胞内、組織内、生物体内、または対象内における遺伝子産物の量、例えば、DNA、RNA、もしくはタンパク質の量、DNA、RNA、もしくはタンパク質の修飾(スプライシング、リン酸化、アセチル化、もしくはメチル化など)の量、または所定の遺伝子と関連するDNA、RNA、もしくはタンパク質の活性の量を意味する。
次に遺伝子発現を、癌細胞の成長阻害と相関させる。数千種類の検討された化合物の任意の1つの存在下におけるNCI60細胞株の成長阻害データ(GI50)をNCIから得た。各細胞株における各遺伝子のロジット変換された発現レベルと、GI50(50%の成長阻害を生じる所定の化合物の濃度)の対数の間の相関は例えば、ピアソン相関係数、またはスピアマンの順位相関係数を用いて計算することができる。GI50を用いる代わりに、所定の化合物に対する患者の感受性の任意の他の尺度を、患者の遺伝子発現と相関させることができる。1つの遺伝子に関して複数の測定結果が存在する場合があるので、相関係数の最も正確な決定は、同じ遺伝子の発現を測定する全てのプローブに関して計算される相関係数の中央値であることが判明した。
医学的治療に対する患者の感受性もしくは抵抗性の推定
所定の化合物に関して、発現が化学感受性と相関することがわかっているバイオマーカー遺伝子を使用して、患者、例えば癌患者を、医学的治療、例えば化学療法剤または放射線の投与に感受性があると分類することができる。患者に由来する腫瘍試料または血液試料(例えば白血病もしくはリンパ腫の場合)を使用することで、治療薬剤の存在下における患者の細胞中におけるバイオマーカー遺伝子の発現が(例えば、RNA抽出キット、DNAマイクロアレイ、およびDNAマイクロアレイ用スキャナーを使用して)判定される。次に、遺伝子発現に関する測定結果が、上述の手順でロジット変換される。次に、マーカー遺伝子の発現に関する測定結果の和が、同じ腫瘍を有する患者のトレーニングセット集団に由来する和の中央値と比較される。仮に、患者における遺伝子発現の和が、トレーニングセットの生存構成員における発現の和の中央値に近い場合は、患者は、化合物または他の医学的治療に感受性を有すると推定される。仮に、患者における発現の和が、トレーニングセットの非生存構成員における発現の和の中央値に近い場合は、患者は化合物に抵抗性を有すると推定される。
実施例
実施例1：一般的な化学療法剤に対する化学感受性に関する遺伝子バイオマーカーの同定
NCI60データセットの60の癌細胞株を対象としたDNAチップによる測定結果をブロード研究所(Broad Institute)からダウンロードしてロジット基準化した。同じ細胞株に対する数千種類の化合物の成長阻害データは米国立癌研究所からダウンロードした。50%の成長阻害(GI50)に達する濃度の差が1 log未満の化合物は、得られる情報はないと見なして退けた。各細胞株における各遺伝子の発現は、所定の化合物の存在下で、細胞株における、その成長(-log(GI50))に相関していた。多数の発現に関する測定結果が所定の遺伝子に関して利用可能な場合には、ピアソン相関係数の中央値を使用し、および0.3を上回る相関係数の中央値を有する遺伝子が、所定の化合物用のバイオマーカーとして同定された。
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