CN111321228B - 抗pd-1治疗敏感性相关基因及其应用 - Google Patents

抗pd-1治疗敏感性相关基因及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了抗PD‑1治疗敏感性相关基因及其应用，同时还公开了用于预测抗PD‑1治疗敏感性的试剂、试剂盒。另外，本发明还公开了用于提高癌症患者对PD‑1治疗敏感性的方法和药物，上述研究成果为临床治疗癌症提供了新的策略和思路。

Description

抗PD-1治疗敏感性相关基因及其应用
技术领域
本发明涉及生物医药领域，具体地，涉及抗PD-1治疗敏感性相关基因及其应用，具体涉及UBASH3A或TMEM156基因在预测癌症患者对抗PD-1治疗敏感性方面的应用。
背景技术
癌症仍然是发达国家中成人的发病率和死亡率的一个显著原因。在一些情况下，癌症治疗的改善已经能够增加患者从诊断到死亡的存活时间。然而，癌症治疗的总体成功经常取决于疾病的早期检测，这允许治疗在原发性肿瘤扩展和/或转移性生长发生之前开始。因此，提供癌症的早期和/或更准确诊断的方法和测定是期望的，因为此类方法和测定可以允许早期治疗干预，并且可以改善患者后果(例如，生活质量，生存预期等)。
目前判断癌症预后的主要依据仍是肿瘤的TNM分期，但临床观察和随访发现相同分期的肿瘤，预后也会存在很大差别。即使行根治性切除的工期患者，5年随访仍有30-40％肿瘤复发。随访发现同为这一亚型的患者间预后差别也很大。
近年来，随着对恶性肿瘤分子机制的深入研究和分子生物、生物信息技术的快速发展，不同个体遗传差异对肿瘤发生、发展、预后及治疗敏感性等肿瘤生物学行为的影响被逐渐揭示。因此，寻找能够评估和预警癌症尤其是早期阶段术后复发和转移相关的临床病理乃至分子特征，成为目前癌症基础研究和临床实践共同的目标。
发明内容
本发明采用生物信息学筛选与子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性相关的候选基因，之后利用生存分析和ROC曲线分析获得了可作为预测子宫内膜癌、肺腺癌、黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的目的基因UBASH3A和TMEM156。根据本发明的上述研究成果，本发明保护了预测癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的产品以及方法，同时为开发提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的药物提供了候选靶标。
根据本发明一个方面，本发明提供了检测分子标志物的产品在制备预测癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的工具中的应用。
进一步，所述检测分子标志物的产品包括检测样品中分子标志物的表达量的产品。
更进一步，所述检测样品中分子标志物的表达量的产品包括能够定量样品中分子标志物mRNA的产品，和/或能够定量样品中分子标志物蛋白的产品。
本发明的定量样品中mRNA的产品可基于使用核酸分子的已知方法来发挥其功能：如PCR、如Southern杂交、Northern杂交、点杂交、荧光原位杂交(FISH)、DNA微阵列、ASO法、高通量测序平台等。使用该产品可以定性地、定量地、或半定量地实施分析。
包含在上述产品中的核酸可以通过化学合成来获得，或通过从生物材料制备含有期望核酸的基因，然后使用设计用于扩增期望核酸的引物扩增它来获得。
进一步，所述PCR方法为已知方法，例如，ARMS(Amplification RefractoryMutation System，扩增不应突变系统)法、RT-PCR(逆转录酶-PCR)法、嵌套PCR法等等。扩增的核酸可以通过使用点印迹杂交法、表面等离子共振法(SPR法)、PCR-RFLP法、原位RT-PCR法、PCR-SSO(序列特异性寡核苷酸)法、PCR-SSP法、AMPFLP(可扩增片段长度多态性)法、MVR-PCR法、和PCR-SSCP(单链构象多态性)法来检测。
所述能够定量样品中分子标志物mRNA的产品包括实时定量PCR中使用的特异扩增分子标志物基因的引物。
产品中包括的引物可以通过化学合成来制备，通过使用本领域技术人员知道的方法参考已知信息来适当地设计，并通过化学合成来制备。
如本文使用的，术语“引物”是指具有短的游离3′-末端羟基的核酸序列，其是短的核酸序列，可以与互补模板形成碱基对并用作模板链复制的起始点。在合适的缓冲液在合适的温度在存在用于聚合的试剂(例如，DNA聚合酶或反转录酶)和四种三磷酸核苷的情况下，引物可以起始DNA合成。PCR条件和有义和反义引物的长度可以根据本领域中已知技术适当选择。
上面所述的核酸还可包括探针，所述探针可以通过化学合成来制备，通过使用本领域技术人员知道的方法参考已知信息来恰当设计，并通过化学合成来制备，或者可以通过从生物材料制备含有期望核酸序列的基因，并使用设计用于扩增期望核酸序列的引物扩增它来制备。
在本文使用的术语“基因”指编码功能蛋白质、多肽或者肽的单元。如本领域的技术人员所理解的，这一功能性的术语包括两个基因组序列、cDNA序列或者其片段或组合，以及基因的产物，包括可以经人工改变的那些。经纯化的基因、核酸、蛋白质等等用于指从至少一种通常与其相关的污染核酸或者蛋白质中鉴定并分离出来的这些实体。术语“等位基因”或者“等位基因形式”指编码同样的功能性蛋白的基因的可选择的形式，但是含有与同一基因的其他形式相关的核苷酸序列上的差异。
如本文所使用的，“核酸”或者“核酸分子”指多核苷酸，如脱氧核糖核酸(DNA)或者核糖核酸(RNA)、寡核苷酸、由聚合酶链式反应(PCR)所产生的片段以及通过任意的连接、剪切、核酸内切酶和核酸外切酶活动产生的片段。核酸分子可以由天然产生的核苷酸的单体组成(例如DNA和RNA)，或者由天然产生的核苷酸的类似物组成(例如天然产生的核苷酸的α-对映体形式)，或者两者的组合组成。经修饰的核苷酸可以在糖部分和/或在嘧啶或者嘌呤碱基部分上有改变。糖的修饰包括，例如将一个或者多个羟基以卤素、烷基、胺和叠氮基团替代，或者可以将糖功能化成为醚或者酯。除此之外，整个的糖部分可以用空间上和电子上类似的结构替换，如阿扎糖以及碳环的糖类似物。在碱基部分上修饰的实例包括烷基化的嘌呤和嘧啶、酰化的嘌呤和嘧啶或者其他公知的杂环替代物。核酸单体可以通过磷酸二酯键或者该连接的类似物进行连接。磷酸二酯键的类似物包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯(phosphoroselenoate)、二硒代磷酸酯(phosphorodiselenoate)、phosphoroanilothioate、phosphoranilidate、氨基磷酸酯等等。术语“核酸分子”还包括所谓的“肽核酸”，其包括连接到聚酰胺骨架上的天然产生的或者经修饰的核酸碱基。核酸可以是单链的或者双链的。
本发明的定量样品中分子标志物蛋白通过抗原-抗体反应测量。更特别是，抗原-抗体反应可以根据本领域已知的定量或定性免疫测定方案进行。免疫测定形式可以包括，但不限于，酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射性免疫测定(RIA)、夹心测定、蛋白质印迹、免疫沉淀、免疫组织化学染色、流式细胞术、荧光辅助的细胞分选(FACS)、酶底物显色测定和抗原-抗体聚集。
本发明的定量样品中分子标志物蛋白的产品包括特异性结合分子标志物蛋白的抗体或其片段。可以使用任何结构、尺寸、免疫球蛋白类别、起源等的抗体或其片段，只要它结合靶蛋白质即可。本发明的检测产品中包括的抗体或其片段可以是单克隆的或多克隆的。抗体片段指保留抗体对抗原的结合活性的抗体一部分(部分片段)或含有抗体一部分的肽。抗体片段可以包括F(ab′)2、Fab′、Fab、单链Fv(scFv)、二硫化物键合的Fv(dsFv)或其聚合物、二聚化V区(双抗体)、或含有CDR的肽。本发明的定量样品中分子标志物蛋白的产品可以包括编码抗体或编码抗体片段的氨基酸序列的分离的核酸，包含该核酸的载体，和携带该载体的细胞。
抗体可以通过本领域技术人员公知的方法来获得。例如，制备保留整个或部分靶蛋白质的多肽或整合编码它们的多核苷酸的哺乳动物细胞表达载体作为抗原。使用抗原免疫动物后，从经过免疫的动物获得免疫细胞并融合骨髓瘤细胞以获得杂交瘤。然后从杂交瘤培养物收集抗体。最后可以通过使用被用作抗原的分子标志物蛋白或其部分对获得的抗体实施抗原特异性纯化来获得针对分子标志物蛋白的单克隆抗体。可以如下制备多克隆抗体：用与上文相同的抗原免疫动物，从经过免疫的动物收集血液样品，从血液中分离出血清，然后使用上述抗原对血清实施抗原特异性纯化。可以通过用酶处理获得的抗体或通过使用获得的抗体的序列信息来获得抗体片段。
标记物与抗体或其片段的结合可以通过本领域普遍知道的方法来实施。例如，可以如下荧光标记蛋白质或肽：用磷酸盐缓冲液清洗蛋白质或肽，添加用DMSO、缓冲剂、等准备的染料，然后混合溶液，再于室温放置10分钟。另外，标记可使用商品化的标记试剂盒，诸如生物素标记试剂盒，如生物素标记试剂盒-NH2、生物素标记试剂盒-SH(DojindoLaboratories)；碱性磷酸酶标记试剂盒诸如碱性磷酸酶标记试剂盒-NH2、碱性磷酸酶标记试剂盒-SH(Dojindo Laboratories)；过氧化物酶标记试剂盒诸如过氧化物酶标记试剂盒-NH2、过氧化物酶标记试剂盒-NH2(Dojindo Laboratories)；藻胆蛋白标记试剂盒诸如藻胆蛋白标记试剂盒-NH2、藻胆蛋白标记试剂盒-SH、B-藻红蛋白标记试剂盒-NH2，B-藻红蛋白标记试剂盒-SH、R-藻红蛋白标记试剂盒-NH2、R-藻红蛋白标记试剂盒SH(DojindoLaboratories)；荧光标记试剂盒诸如荧光素标记试剂盒-NH2、HiLyte Fluor(TM)555标记试剂盒-NH2、HiLyte Fluor(TM)647标记试剂盒-NH2(Dojindo Laboratories)；及DyLight 547和DyLight647(Techno Chemical Corp.)、Zenon(TM)、Alexa Fluor(TM)抗体标记试剂盒、Qdot(TM)抗体标记试剂盒(Invitrogen Corporation)和EZ-标记物蛋白质标记试剂盒(Funakoshi Corporation)。为了正确标记，可以使用适宜的仪器来检测经过标记的抗体或其片段。
作为依照本发明的检测产品的样品，可以使用例如自活检受试者获得的组织样品或流体。样品不受特别限制，只要它适于本发明的测定；例如，它可以包括组织、血液、血浆、血清、淋巴液、尿液、浆膜腔液、脊髓液、滑液、房水、泪液、唾液、或其级分或经过处理的材料。
术语“组织样品”(术语“组织”与术语“组织样品”可交换地使用)应该理解为包括由一个或者多个细胞所组成的任意材料，其是单独的或者与任意的基质复合，或者与任意的化学物质结合。该定义应包括任意的生物或有机材料，以及任意的细胞的亚部分，其产物或者副产物。“组织样品”的定义应该理解为包括但不限于精子、卵子、胚胎和血液的组分。为了本发明的目的，术语“组织”还包括的是特定的非细胞结构如皮肤的真皮层，该真皮层来自于细胞但是不再具有细胞的特征。
在本发明的具体实施方案中，所述样品来源于组织。
进一步，所述定量分子标志物基因或分子标志物蛋白的产品可以是检测分子标志物基因或分子标志物蛋白的试剂、也可以是包含所述试剂的试剂盒、芯片、试纸等，也可以是使用所述试剂的高通量测序平台。
本发明所述的分子标志物是UBASH3A或TMEM156。
根据本发明的另一个方面，本发明还提供了一种预测癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的试剂盒，包括检测生物样本中UBASH3A或TMEM156的试剂。
上述试剂盒可用于检测生物样本中UBASH3A或TMEM156的表达量。
在其中一个实施例中，生物样本包括：获取自检测对象的新鲜组织、福尔马林固定或石蜡包埋组织、血液、细胞中的至少一种。优先为新鲜组织、福尔马林固定或石蜡包埋组织。这些样品可为切片、涂片、悬液、溶液、RNA提取物等适用于本检测的多种形式存在。
在其中一个实施例中，该试剂盒包括免疫组化反应试剂。以免疫组化的方式检测UBASH3A或TMEM156，具有直观、准确的效果。
在其中一个实施例中，所述免疫组化反应试剂包括UBASH3A或TMEM156单克隆或多克隆抗体。
在其中一个实施例中，该试剂盒还包括对照样本，所述对照样本中含有预定量的UBASH3A或TMEM156，作为判断UBASH3A或TMEM156高表达或低表达的对照。
通过含有预定量的UBASH3A或TMEM156的对照样本的使用，便于病理学检视人员判断评估，区分UBASH3A或TMEM156的低表达和高表达；并且，根据不同的评估目的，所预设的对照样本中UBASH3或TMEM156A含量是不同的，需要根据对照目的和区分场景进行调整。
在其中一个实施例中，该试剂盒包括检测生物样本中UBASH3A或TMEM156编码mRNA试剂。这样的试剂盒可用于检测生物样本中mRNA的含量，该检测可以为定量检测、半定量检测或定性检测均可。
根据本发明的又一个方面，本发明提供了一种预测癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的方法，其特征在于：所述方法包括将UBASH3A或TMEM156作为检测的靶目标，当病人体内有UBASH3A或TMEM156高表达时，病人对抗PD-1治疗具有敏感性；当病人体内UBASH3A或TMEM156低表达时，病人表现出对抗PD-1治疗的耐药性。
根据本发明的又一个方面，本发明提供了一种提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的方法，其特征在于：所述方法包括将UBASH3A或TMEM156作为靶目标，诱导和/或提高UBASH3A或TMEM156表达，以提高治疗敏感性。
根据本发明的又一个方面，本发明提供了用于提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的药物，所述药物包括促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂。
促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂不受限制，只要是可以促进UBASH3A或TMEM156或涉及UBASH3A或TMEM156上游或下游途径的物质的表达，且能够提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的药物即可。
作为上述试剂的一个实例是：包含UBASH3A或TMEM156基因的载体或者宿主细胞。
本发明还提供了UBASH3A或TMEM156在制备用于提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的药物中的应用。
本发明还提供了前面所述的促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂在制备用于提高癌症患者对抗PD-1治疗敏感性的药物中的应用。
本发明的促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂可以通过本领域任何已知的方式配制药物组合物来使用。这种组合物包含活性成分，加上一种或多种药物可接受的载体、稀释剂、填充剂、结合剂及其它赋形剂，这依赖于给药方式及所设计的剂量形式。本领域枝术人员已知的治疗惰性的无机或有机的载体包括(但不限于)乳糖、玉米淀粉或其衍生物、滑石、植物油、蜡、脂肪、多羟基化合物例如聚乙二醇、水、蔗糖、乙醇、甘油，诸如此类，各种防腐剂、润滑剂、分散剂、矫味剂。保湿剐、抗氧化剂、甜味剂、着色剂、稳定剂、盐、缓冲液诸如此类也可加入其中，这些物质根据需要用于帮助配方的稳定性或有助于提高活性或它的生物有效性或在口服的情况下产生可接受的口感或气味，在这种组合物中可以使用的制剂可是其原始化合物本身的形式，或任选地使用其药物学可接受的盐的形式，本发明的促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂可以单独给药，或以各种组合给药，以及与其它治疗药剂一起结合形式给药。如此配制的组合物根据需要可选择本领域技术人员已知的任何适当的方式把促进UBASH3A或TMEM156表达的试剂进行给药。使用药物组合物时，是将安全有效量的本发明的抑制剂施用于人，其中口服安全有效量通常至少约100微克/千克体重。当然，具体剂量还应考虑给药途径、病人健康状况等因素，这些都是熟练医师技能范围之内的。
本发明的药物可根据需要制备成各种剂型。包括但不限于，经皮、粘膜、鼻、口颊、舌下或经口使用的片剂、溶液剂、颗粒剂、贴剂、膏剂、胶囊剂、气雾剂或栓剂。
本发明的药物的施用途径不受限制，包括但不限于静脉内，腹膜内，眼内，动脉内，肺内，口服，小泡内，肌肉内，气管内，皮下的，通过皮肤，通过胸膜，局部的，吸入，通过粘膜，皮肤，肠胃，关节内，心室内，直肠，阴道，颅骨内，尿道内，肝内，瘤内。在某些情况下，可以系统地给药。在某些情况下是局部地给药。
本发明的药物的剂量不受限制，只要获得期望的效果即可，可以依据症状、性别、年龄等来恰当的确定。
本发明中抗PD-1治疗使用的药物包括抗PD-1抗体和/或抗PD-L1抗体，抗体的实例如Nivolumab、Pembrolizumab、Atezolizumab、Avelumab、Durvalumab。
本发明的癌症的具体实例包括，但不限于：皮肤癌如黑色素瘤、淋巴结癌、乳腺癌、宫颈癌、子宫癌(包括子宫内膜癌)、胃肠道癌、肺癌(包括肺腺癌)、卵巢癌、前列腺癌、结肠癌、直肠癌、口腔癌、脑癌、头颈癌、咽喉癌、睾丸癌、肾癌、胰腺癌、骨癌、脾癌、肝癌、膀胱癌、喉癌、鼻道癌、甲状腺癌、成神经细胞瘤、脑膜瘤、血管外皮细胞瘤、成胶质细胞瘤、脑干胶质瘤、恶性胶质瘤、神经内分泌肿瘤、卡波济氏肉瘤、核型急性成髓细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、B细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、低级滤泡性淋巴瘤、转移性黑素瘤、恶性间皮瘤、恶性胸腔积液间皮瘤综合征、腹膜癌、乳头状浆液性癌、妇科肉瘤、软组织肉瘤、平滑肌肉瘤、切除性高危软组织肉瘤、Waldenstrom's巨球蛋白血症、郁积性骨髓瘤、无痛性骨髓瘤、输卵管癌、平滑肌瘤。
在本发明的具体实施方案中，所述癌症包括子宫内膜癌、肺腺癌、黑色素瘤。
附图说明
图1显示子宫内膜癌患者的生存期图，其中，A：UBASH3A，B：TMEM156；
图2显示利用UBASH3A基因预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的ROC曲线图；
图3显示利用TMEM156基因预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的ROC曲线图；
图4显示黑色素瘤患者的生存期图，其中，A：UBASH3A，B：TMEM156；
图5显示利用UBASH3A基因预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的ROC曲线图；
图6显示利用TMEM156基因预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的ROC曲线图；
图7显示肺腺癌患者的生存期图；
图8显示利用UBASH3A基因预测肺腺癌患者对抗PD-1治疗敏感性的ROC曲线图。
具体的实施方式
下面通过实施例对本发明进行具体的描述，有必要在此指出的是以下实施例只用于对本发明进行进一步说明，不能理解为对本发明保护范围的限制，该领域的技术人员可以根据上述本发明内容对本发明作出一些非本质的改进和调整。下述实施例中，若非特意表明，所用的试剂均为分析纯，所用试剂均可从商业渠道获得。文中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如J.萨姆布鲁克等编著的科学出版社2002年出版的《分子克隆实验指南》一书中所述的条件，或按照制造商所建议的条件。除非另行定义，文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外，任何与所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本发明中。
实施例1与子宫内膜癌抗PD-1治疗敏感性相关基因筛选
1、数据集
采用TCGA数据库中发表于nature的333例子宫内膜癌患者的测序数据作为分析数据集(Uterine Corpus Endometrial Carcinoma(TCGA,Nature 2013))。
2、分析方法
TCGA数据库中共有52例晚期(stageIII,IV)子宫内膜腺癌患者的mRNA表达水平数据，分组策略认为总生存大于5年的病例为高生存病例，共11例，认为总生存小于2年且已死亡的患者为低生存病例，共4例。采用相关R语言包(edgeR)求差异表达基因，获得子宫内膜腺癌晚期患者生存相关基因(与患者总生存期的皮尔森相关系数绝对值>0.3)。进一步缩小范围得到该基因集中与PDCD1及CD274表达共同相关的基因集(Pearson相关系数绝对值大于0.5)，即PD-1/PD-L1功能调控高度相关基因。在273例子宫内膜癌转录组测序数据集中对差异表达基因进行患者生存分析及ROC曲线分析，分析过程中以ROC曲线模型为准，即具有统计学差异且曲线下面积(AUC值)>0.7认为可作为判断患者对抗PD-1治疗敏感性的模型。
3、分析结果
利用作图软件，将UBASH3A或TMEM156基因表达量低的一组与UBASH3A或TMEM156基因表达量高的一组的随访得到的患者生存期(OS)作为横坐标，将生存率作为纵坐标进行作图，患者生存分析结果如图1所示，高表达UBASH3A或TMEM156基因的子宫内膜癌患者生存期长，表明这些患者对抗PD-1治疗更敏感；低表达UBASH3A或TMEM156基因的子宫内膜癌患者生存期短，表明这些患者对抗PD-1治疗不敏感，差异具有统计学意义(P＝0.0012；P＝0.0011)，即较高的UBASH3A或TMEM156基因表达量与患者对抗PD-1治疗的敏感性密切相关。ROC曲线分析结果图2-3和表1-2所示，利用UBASH3A基因预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的AUC值为0.700，表明UBASH3A基因可作为预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的分子标记物；利用TMEM156基因预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的AUC值为0.709，表明TMEM156基因可作为预测子宫内膜癌患者对抗PD-1治疗敏感性的分子标记物。
表1 UBASH3A基因ROC曲线分析结果
Figure BDA0002411304540000101
a.在非参数式假设下；b.空值设置：true区域＝0.5
表2 TMEM156基因ROC曲线分析结果
Figure BDA0002411304540000111
a.在非参数式假设下；b.空值设置：true区域＝0.5
实施例2UBASH3A基因与黑色素瘤患者和肺腺癌患者抗PD-1治疗敏感性相关性研究
1、数据集
采用皮肤黑色素瘤TCGA泛癌数据集(Skin Cutaneous Melanoma(TCGA,PanCancerAtlas))及肺腺癌TCGA泛癌数据集(Lung Adenocarcinoma(TCGA,PanCancer Atlas))进行分析。
2、分析方法
对筛选所得子宫内膜癌高低生存患者差异表达基因UBASH3A在黑色素瘤和肺腺癌患者中进行患者生存分析及ROC曲线分析，分析过程中以ROC曲线模型为准，即具有统计学差异且曲线下面积(AUC值)≥0.55认为可作为预测患者生存期长短的模型。
3、结果
(1)黑色素瘤
患者生存分析结果如图4所示，高表达UBASH3A基因的黑色素瘤患者生存期长，表明这些患者对抗PD-1治疗更敏感；低表达UBASH3A基因的黑色素瘤患者生存期短，表明这些患者对抗PD-1治疗不敏感，差异具有统计学意义(P<0.0001)，即较高的UBASH3A基因表达量与患者对抗PD-1治疗的敏感性密切相关。ROC曲线分析结果图5和表4所示，利用UBASH3A基因预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的AUC值为0.616，表明UBASH3A基因可作为预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的分子标记物。
表4 ROC曲线分析结果
Figure BDA0002411304540000121
a.在非参数式假设下；b.空值设置：true区域＝0.5
(2)肺腺癌
患者生存分析结果如图7所示，高表达UBASH3A基因的肺腺癌患者生存期长，表明这些患者对抗PD-1治疗更敏感；低表达UBASH3A基因的肺腺癌患者生存期短，表明这些患者对抗PD-1治疗不敏感，差异具有统计学意义(P＝0.0007)，即较高的UBASH3A基因表达量与患者对抗PD-1治疗的敏感性密切相关。ROC曲线分析结果图8和表5所示，利用UBASH3A基因预测肺腺癌患者对抗PD-1治疗敏感性的AUC值为0.579，表明UBASH3A基因可作为预测肺腺癌患者对抗PD-1治疗敏感性的分子标记物。
表5 ROC曲线分析结果
Figure BDA0002411304540000122
a.在非参数式假设下；b.空值设置：true区域＝0.5
实施例3 TMEM156基因与黑色素瘤患者抗PD-1治疗敏感性相关性研究
1、数据集
采用皮肤黑色素瘤TCGA泛癌数据集(Skin Cutaneous Melanoma(TCGA,PanCancerAtlas))进行分析。
2、分析方法
对筛选所得子宫内膜癌高低生存患者差异表达基因TMEM156在黑色素瘤患者中进行患者生存分析及ROC曲线分析，分析过程中以ROC曲线模型为准，即具有统计学差异且曲线下面积(AUC值)≥0.55认为可作为预测患者生存期长短的模型。
3、结果
患者生存分析结果如图4所示，高表达TMEM156基因的黑色素瘤患者生存期长，表明这些患者对抗PD-1治疗更敏感；低表达TMEM156基因的黑色素瘤患者生存期短，表明这些患者对抗PD-1治疗不敏感，差异具有统计学意义(P<0.0001)，即较高的TMEM156基因表达量与患者对抗PD-1治疗的敏感性密切相关。ROC曲线分析结果图6和表6所示，利用TMEM156基因预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的AUC值为0.604，表明TMEM156基因可作为预测黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的分子标记物。
表6 ROC曲线分析结果
Figure BDA0002411304540000131
a.在非参数式假设下；b.空值设置：true区域＝0.5
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (5)

1.一种应用，所述应用为以下任一项所述的应用：
1）检测分子标志物的产品在制备预测子宫内膜癌患者或黑色素瘤患者对抗PD-1治疗敏感性的工具中的应用，所述分子标志物是UBASH3A基因或TMEM156基因；
2）检测分子标志物的产品在制备预测肺腺癌患者对抗PD-1治疗敏感性的工具中的应用，所述分子标志物是UBASH3A基因。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括检测样品中UBASH3A基因或TMEM156基因的表达量的产品。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述检测样品中UBASH3A基因或TMEM156基因的表达量的产品包括能够定量样品中UBASH3A基因或TMEM156基因的mRNA表达水平的产品。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述能够定量样品中UBASH3A基因或TMEM156基因的mRNA表达水平的产品包括特异性扩增UBASH3A基因或TMEM156基因的引物。
5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述样品来源于组织。
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US20170298443A1 (en) * 2014-09-25 2017-10-19 Moffitt Genetics Corporation Prognostic tumor biomarkers
US11326211B2 (en) * 2015-04-17 2022-05-10 Merck Sharp & Dohme Corp. Blood-based biomarkers of tumor sensitivity to PD-1 antagonists

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