TW202307203A - 特定細胞的品質管理方法及製造特定細胞之方法 - Google Patents

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Abstract

本發明的課題為提供一種如能夠篩選具有藥效之細胞的、細胞的品質管理方法及利用了上述品質管理方法之製造細胞之方法。依據本發明,提供一種特定細胞的品質管理方法,該方法包括如下步驟:評價藉由測定在上述特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之上述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關關係,在上述相關關係為一定程度以上之情況下,判定為細胞能夠使用。

Description

特定細胞的品質管理方法及製造特定細胞之方法
本發明係有關一種用於治療或藥物開發的特定細胞的品質管理方法,該方法包括管理在特定細胞中特徵性相關基因組的表現行為之步驟。本發明還有關一種利用了上述品質管理方法之製造特定細胞之方法。
近年來,隨著再生醫學技術及細胞治療技術的進步,正在積極地實施使用了自體、同種或異種細胞之各種細胞治療或研究用細胞產品開發。例如,間葉系幹細胞(mesenchymal stem cell:MSC)有望作為有用的細胞治療的細胞源。關於間葉系幹細胞,報告有如下內容:能夠從各種身體組織採集,並且能夠從骨髓組織(非專利文獻1)、脂肪組織(非專利文獻2)、肌肉組織(非專利文獻3)、滑膜組織(非專利文獻4)或骨膜組織(非專利文獻5)等中單離。尤其,關於源自滑膜的間葉系幹細胞,報告有如下內容:與源自骨髓等各種間葉系組織的間葉系幹細胞相比,具有更高的增殖能力及軟骨形成能力(非專利文獻6)。
又,在專利文獻1及專利文獻2中,揭示有使用源自滑膜的間葉系幹細胞來治療關節軟骨損傷或半月板損傷之方法。
另一方面,已知在細胞產品的品質管理中,保證各批次的等效性和同一性係極其困難的。這主要係因為構成產品之細胞自身不是完全均勻的結構物,因此難以確定其特徵。因此,在管理產品的品質時,不僅對最終產品的品質試驗進行記錄並控制,而且還引入醫療設備中所應用之QMS概念,對製造原料、材料管理、製造步驟管理、步驟管理試驗進行記錄並控制,從而實施了整個製程的管理。然而,隨著科學技術的進步,鑑定並記述作為最終產品之細胞自身的特徵變得越來越重要。作為細胞的品質管理方法,例如報告有以幾種特定蛋白質表現為指標之方法(專利文獻3)等,但是至今還不夠令人滿意。
[非專利文獻1]Prockop, D.J., 1997, Science. 276:71-4 [非專利文獻2]Zuk, P.A. et al., 2002, Mol Biol Cell. 13:4279-95 [非專利文獻3]Cao et al., 2003, Nat Cell Biol. 5:640-6 [非專利文獻4]De Bari, C. et al., 2001, Arthritis Rheum. 44:1928-42 [非專利文獻5]Fukumoto, T. et al., 2003, OsteoarthritisCartilage. 11:55-64 [非專利文獻6]Sakaguchi, et al. , 2005, Arthritis Rhum. 52:2521-9
[專利文獻1]日本專利第5928961號公報 [專利文獻2]日本專利第5656183號公報 [專利文獻3]日本特開2018-117582號公報
以往,如專利文獻3中所記載,在細胞產品的品質管理中,揭示有管理幾種特定蛋白質表現量之方法。但是,上述方法作為鑑定管理細胞等粗製物質之方法係不充分的,作為結果,明確了無法完全管理細胞產品的等效性和同質性等課題。
本發明應解決的課題為提供一種如能夠篩選具有藥效之細胞的、細胞的品質管理方法及利用了上述品質管理方法之製造細胞之方法。
本發明人為了解決上述課題而苦心探討之結果,藉由進行在細胞群體中特徵性相關基因組表現行為模式的管理,成功地將類似之細胞群體分開管理的同時,篩選了細胞。本發明係依據上述發現而完成者。
亦即,依據本發明,提供一種以下發明。 <1>一種特定細胞的品質管理方法,該方法包括如下步驟: 評價藉由測定在上述特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之上述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關關係,在上述相關關係為一定程度以上之情況下,判定為細胞能夠使用。 <2>如<1>所述之方法,其中,評價藉由測定在上述特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之上述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關係數或決定係數、或者相關係數及決定係數,在上述相關係數或上述決定係數為一定值以上之情況下,判定為細胞能夠使用。 <3>如<1>或<2>所述之方法,其中,在上述特定細胞中特徵性相關基因組由10~2000個基因構成。 <4>如<1>至<3>之任一項所述之方法,其中,在上述特定細胞中特徵性相關基因組選自免疫相關基因組、炎症相關基因組、血管新生相關基因組、神經再生相關基因組、軟骨形成相關基因組、骨形成相關基因組、脂肪形成相關基因組、纖維化相關基因組、免疫原性相關基因組、遷移相關基因組、黏著相關基因組、老化相關基因組、間葉系幹細胞標記相關基因組、表面標記相關基因組、生長因子相關基因組及趨化激素或細胞激素相關基因組中的至少1個以上。 <5>如<1>至<4>之任一項所述之方法,其中,在評價上述相關係數或上述決定係數之情況下,藉由進行 (i)用測定下限值代替無法測定基因的表現量的缺損值、 (ii)用測定值中的最低值代替無法測定基因的表現量的缺損值、或 (iii)用以下式:各基因的引線計數+(1×基因長度/基因長度的平均)對無法測定基因的表現量的缺損值進行處理、 中的任一個來算出上述相關係數或上述決定係數。 <6>如<1>至<5>之任一項所述之方法,其中,上述細胞為選自包括體幹細胞、誘導性富潛能幹細胞、胚胎幹細胞、源自體幹細胞的分化細胞、源自誘導性富潛能幹細胞的分化細胞及胚胎幹細胞之組中的至少一種細胞。 <7>如<1>至<6>之任一項所述之方法,其中,上述特定細胞為間葉系幹細胞。 <8>如<1>至<7>之任一項所述之方法,其中,上述特定細胞為用作關節病治療藥物之細胞。 <9>如<1>至<8>之任一項所述之方法,其中,上述細胞為用作半月板治療藥物或骨關節炎治療藥物之細胞。 <10>如<1>至<7>之任一項所述之方法,其中,上述細胞為用於藥物開發的細胞。 <11>一種製造特定細胞之方法,其包括: 獲得包含特定細胞的候選之細胞群體之步驟;及 藉由<1>至<10>之任一項所述之方法,從上述細胞群體中篩選滿足基準之細胞之步驟。 [發明效果]
依據本發明,藉由能夠與類似細胞進行區分,能夠進行明確表示僅用藥效表現無法完全保證的細胞的等效性及同質性之品質管理。
以下,對本發明的內容進行詳細說明。再者,在本說明書中,“~”係以包含記載於其前後之數值作為下限值及上限值之含義來使用。
基於本發明之用於治療或藥物開發的細胞的品質管理方法為包括管理在特定細胞中特徵性相關基因組的表現行為之步驟之方法。
管理在細胞中特徵性相關基因組的表現行為之步驟為發現包含直接對細胞的藥效不一定必需的非作用機制分子之細胞群體中特有的基因表現模式,並藉由該模式從粗製群體中確定細胞之品質管理。
在本發明中,藉由上述品質管理,能夠管理細胞群體的等效性及同質性。在本發明中,能夠進行保證等效性及同質性之細胞的品質管理,從而能夠提供細胞治療產品。
<細胞> 作為細胞,並無特別限定,但是較佳為,能夠使用選自包括體幹細胞、誘導性富潛能幹細胞(iPS細胞)、胚胎幹細胞(ES細胞)、源自體幹細胞的分化細胞、源自誘導性富潛能幹細胞的分化細胞及源自胚胎幹細胞的分化細胞之組中的至少一種細胞。
作為體幹細胞,能夠使用存在於骨髓、血液、皮膚(表皮、真皮、皮下組織)、脂肪、毛囊、腦、神經、肝臟、胰腺、腎臟、肌肉或其他組織中之體幹細胞。作為體幹細胞,較佳為,能夠使用間葉系幹細胞。
已知間葉幹細胞存在於骨髓、滑膜、骨膜、脂肪組織、肌肉組織等中,並且已知具有分化為成骨細胞、軟骨細胞、脂肪細胞及筋細胞之能力。已知在上述間葉幹細胞中,源自滑膜的間葉幹細胞具有高的軟骨形成能力。
誘導性富潛能幹細胞(iPS細胞)為藉由導入初始化因子等而重新編程體細胞來製作之、具有多能性(Pluripotency)(多分化能)和增殖能力之細胞。iPS細胞的製作中所使用之體細胞並無特別限定,可以為分化之體細胞,亦可以為未分化的幹細胞。
iPS細胞的製作法的基本方法為利用病毒將作為轉錄因子之Oct3/4、Sox2、Klf4及c-Myc這4個因子導入到細胞中之方法。關於人類iPS細胞,有藉由導入Oct4、Sox2、Lin28及Nonog這4個因子來建立的報告。亦報告有藉由導入除了c-Myc以外的3個因子、Oct3/4及Klf4這2個因子或僅導入Oct3/4來建立iPS細胞。又,亦報告有將作為基因的表現產物之蛋白質導入到細胞中之方法。關於基因導入法,亦開發了利用反轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、質體、轉位子載體或轉位子載體之技術。
關於胚胎幹細胞(ES細胞),例如能夠藉由培養著床以前的早期胚胎、構成上述早期胚胎之內部細胞塊、單個分裂球等來建立。作為早期胚胎,可以使用藉由對體細胞的核進行核移植而製作之早期胚胎。作為早期胚胎,可以使用單性生殖胚胎。在ES細胞中,有能夠從保存機構獲得者或市售者。例如,關於人類ES細胞,能夠從日本國立成育醫療研究中心(National Center for Child Health and Development)(例如,SEES1~7)、京都大學再生醫科學研究所(Institute for Frontier Medical Sciences, Kyoto University)(例如KhES-1、KhES-2及KhES-3)、WiCellResearch Institute、ESI BIO等獲得。
細胞的來源並無特別限定,例如能夠使用人類、猴、小鼠、大鼠、豚鼠、兔、貓、狗、馬、牛、綿羊、山羊、豬等哺乳動物的細胞。
在將本發明的方法中所管理之細胞用於治療之情況下,細胞可以為自體的細胞,亦可以為異體的細胞,但是較佳為自體的細胞。
在本發明中,可以使用源自體幹細胞的分化細胞、源自誘導性富潛能幹細胞的分化細胞或源自胚胎幹細胞的分化細胞。 用於分化誘導而獲得分化細胞的培養方法的條件及操作在該技術領域中係公知的。
作為用於幹細胞的分化誘導的培養基,可以使用向包含幹細胞的生存及增殖所必要的成分(無機鹽、碳水化合物、激素、必需胺基酸、非必需胺基酸、維生素、脂肪酸)之基礎培養基、例如Dulbeco’s Modified Eagle Medium(杜爾貝科改良伊格爾培養基)(D-MEM)、Minimum Essential Medium(最低必需培養基)(MEM)、RPMI1640、Basal Medium Eagle(伊格爾基礎培養基)(BME)、Dulbeco’s Modified Eagle Medium:Nutrient Mixture F-12(杜爾貝科改良伊格爾培養基:營養混合物F-12)(D-MEM/F-12)、Glasgow Minimum Essential Medium(格拉斯哥最小必需培養基)(Glasgow MEM)、Hank's 液(漢克氏平衡鹽溶液)(Hank’s balanced salt solution)中添加至少1種與作為分化誘導的目標之細胞對應之分化誘導因子而獲得之培養基。作為脂肪細胞分化誘導因子,例如可以舉出地塞松(DEX)、3-異丁基-1-甲基黃嘌呤(IBMX)、吲哚美辛(Indometacin)(IDM)、胰島素(Ins)、曲格列酮、生物素等。作為成骨細胞分化誘導因子,例如可以舉出地塞松(DEX)、氫皮質酮、β-甘油磷酸、抗壞血酸、BMP4、BMP2等。作為軟骨細胞分化誘導因子,例如可以舉出TGF-β3、地塞松(DEX)、抗壞血酸二磷酸等。又,為了提高細胞的增殖速度,依據需要,亦可以向上述培養基中添加鹼性纖維母細胞生長因子(bFGF)、上皮細胞生長因子(EGF)等生長因子、腫瘤壞死因子(TNF)、維生素類、白細胞介素類、胰島素、運鐵蛋白、肝素、硫酸乙醯肝素(Heparan sulfate)、膠原蛋白、牛血清白蛋白(BSA)、纖維接合素(Fibronectin)、助孕酮(Progesterone)、亞硒酸鹽、B27-補充劑、N2-補充劑、ITS-補充劑等,並且亦可以添加抗生素(青黴素、鏈黴素等)等。培養基的各成分藉由各自適當之方法進行滅菌後使用。又,除了上述以外,以1~20%的含有率包含血清(例如,10%胎牛血清(FBS))為較佳。
添加了作為目標之細胞的分化誘導因子之分化誘導用培養基已市售,可以使用該等市售品的培養基。
用於幹細胞的增殖及分化誘導的培養溫度依據細胞的來源而不同,但是例如在源自人類的情況下,30℃~40℃為較佳,36~38℃為更佳。又,關於CO 2氣體濃度,例如約1~10%為較佳,約2~5%為更佳。
關於向作為目標之細胞的分化誘導的確認,能夠依據分化細胞的種類,並藉由公知的方法來進行。例如,關於向脂肪細胞的分化誘導的確認,能夠藉由用油紅O染色細胞之方法、測定細胞內的三酸甘油酯量之方法、測定細胞內的過氧化體增殖物活化受體-γ(PPARγ)基因的表現量之方法等來進行。關於向成骨細胞的分化誘導的確認,能夠藉由定量細胞的鈣沉積量之方法、用鹼性磷酸酶染色細胞之方法、測定細胞的鹼性磷酸酶活性之方法、測定細胞內的奧斯特(Osterix)的表現量之方法等來進行。關於向軟骨細胞的分化誘導的確認,能夠藉由定量細胞的醣胺聚醣量之方法、用艾爾遜藍(Alcian blue)染色細胞之方法、測定細胞內的膠原蛋白型II(Collagen type II)的表現量之方法等來進行。
<管理在特定細胞中特徵性相關基因組的表現行為之步驟> 在本發明中,管理在特定細胞中特徵性相關基因組的表現行為。 在特定細胞中特徵性相關基因組較佳為由10~5000個基因構成。更佳為由10~2000個基因構成。基因的數量的下限可以為20個以上、30個以上、40個以上、50個以上、100個以上、200個以上、300個以上或500個以上。基因的數量的上限可以為4000個以下、3000個以下、2000個以下、1500個以下。
作為在特定細胞中特徵性相關基因組,並無特別限定,能夠依據細胞的種類適當選擇。作為一例,在細胞為間葉系幹細胞的情況下,例如能夠從免疫相關基因組、炎症相關基因組、血管新生相關基因組、神經再生相關基因組、軟骨形成相關基因組、骨形成相關基因組、脂肪形成相關基因組、纖維化相關基因組、免疫原性相關基因組、遷移相關基因組、黏著相關基因組、老化相關基因組、間葉系幹細胞標記相關基因組、表面標記相關基因組、生長因子相關基因組及趨化激素或細胞激素相關基因組中的至少1個以上(例如可以為上述基因組中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16個的基因組)中選擇。
關於上述各種基因組,例如能夠使用市售的面板、文獻資訊、微陣列的資料、公知的資料庫(例如,本體資料庫(Ontology database)(http://www.informatics.jax.org/vocab/gene_ontology/)等)來收集。又,能夠從所收集之基因組中選出出現頻率高的基因來使用。
在本發明的細胞的品質管理中,評價藉由測定在特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之上述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關關係,在上述相關關係為一定程度以上之情況下,判定為細胞能夠使用。較佳為,評價藉由測定在特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之上述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關係數或決定係數、或者相關係數和決定係數,在上述相關係數或上述決定係數為一定值以上之情況下,能夠判定為細胞能夠使用。
表現狀態的測定方法並無特別限定,但是能夠測定mRNA量。關於mRNA量的測定,只要為能夠測定所期望的mRNA量之方法,則並無特別限定,能夠從公知的方法中適當選擇使用。例如,能夠使用RNA Sequencing法(RNA-Seq)、RT-PCR法、即時RT-PCR法等。
作為決定係數的算出方法,能夠採用各種方法,並無特別限定。作為一例,能夠使用利用Microsoft Excel(註冊商標)中所採用之RSQ函數之方法。利用RSQ函數,以使用了由第一個對象樣品中之某個基因的表現量y和第二個對象樣品中之同一基因的表現量x構成之、總基因組的(x、y)對之迴歸線為對象,藉由返回將r乘以2次而獲得之值(決定係數)的值,能夠設為兩個對象樣品之間的決定係數。
作為相關係數的算出方法,能夠採用各種方法,並無特別限定。作為一例,能夠使用利用Microsoft Excel(註冊商標)中所採用之CORREL函數之方法。利用CORREL函數,藉由返回相對於由第一個對象樣品中之某個基因的表現量y和第二個對象樣品中之同一基因的表現量x構成之、總基因組的(x、y)對之相關係數的值,能夠設為兩個對象樣品之間的相關係數。
在評價相關係數或決定係數之情況下,藉由進行 (i)用測定下限值代替無法測定基因的表現量的缺損值、 (ii)用測定值中的最低值代替無法測定基因的表現量的缺損值、或 (iii)用以下式:各基因的引線計數+(1×基因長度/基因長度的平均)對無法測定基因的表現量的缺損值進行處理、 中的任一個來算出上述相關係數或上述決定係數。
RNA Sequencing法(RNA-Seq)為利用了定序儀之基因表現量的定量方法之一。作為分析流程,(1)對從定序儀輸出之引線進行品質控制,(2)將引線映射到參考序列上,然後(3)統計在哪個基因區域映射了幾條引線。如此按每個基因區域統計之引線數量能夠視為該基因的相對表現量。亦即,各基因的引線計數為在基因表現分析中通常獲得之輸出結果,並且為按每個基因區域統計之值。
作為決定係數或相關係數的閾值,依據區分之細胞種類,例如能夠從0.70、0.71、0.72、0.73、0.74、0.75以上、0.76以上、0.77以上、0.78以上、0.79以上、0.80以上、0.81以上、0.82以上、0.83以上、0.84以上、0.85以上、0.86以上、0.87以上、0.88以上、0.89以上等中選擇。
<用於治療或藥物開發的細胞的製造方法及細胞的利用> 依據本發明,獲得包含用於治療或藥物開發的細胞的候選之細胞群體之後,藉由基於本發明之細胞的品質管理方法,從細胞群體中篩選滿足基準之特定細胞,從而能夠製造用於治療或藥物開發的細胞。
藉由本發明確認了品質之細胞能夠用於再生醫學或基礎研究(例如,藥物開發等)中。例如,藉由本發明確認了品質之細胞能夠用作以活組織的損傷或障礙的治療或美容為目的之移植材料。在本發明的一例中,細胞為用作關節病治療藥物之細胞。例如,細胞可以為用作半月板治療藥物或骨關節炎治療藥物之細胞。
作為一例,以下說明將源自滑膜的間葉系幹細胞用作關節病治療藥物(骨關節炎治療藥物等)或半月板治療藥物之情況。
滑膜組織能夠在麻醉下從關節採集。被切除之滑膜組織用膠原蛋白酶或胰蛋白酶等蛋白酶進行酵素處理,並使經酵素處理之細胞穿過篩網過濾器以進行過濾。能夠將藉由上述方法回收之有核細胞在本發明的方法中藉由品質管理進行篩選,並將所篩選之細胞用於治療中。
源自滑膜的間葉幹細胞能夠在ex vivo中培養並增殖而無需藉由分化培養基預先使其分化誘導。能夠將以上述方式增殖之未分化的源自滑膜的間葉幹細胞移植到患者體內。為了實現有效的治療,只要每10cm 2左右的大小的軟骨缺損部或半月板缺損部移植較佳為5×10 7個以上、更佳為1×10 8個以上的間葉系幹細胞即可。
在本發明的另一例中,細胞能夠用於藥物開發中。作為一例,能夠使用藉由本發明的方法管理了品質之細胞來評價候選藥物的藥效或毒性,並篩選候選藥物。例如,藉由將使候選藥物與細胞接觸時之細胞的特性和不使候選藥物與細胞接觸時進行比較,能夠評價候選藥物的藥效或毒性。
藉由以下實施例對本發明進行進一步具體的說明,但是本發明並不受實施例限定。 [實施例]
在以下實施例1~實施例5中,無論是否為藥效必需,藉由選擇表徵細胞群體之相關基因組表現,並使用它們的基因組表現模式,證實了將細胞群體從相關性進行區分管理。
實施例1:細胞調整和各細胞的mRNA樣品調整 實施例1-1:MSC細胞和其mRNA的調整 (1)細胞 準備了以下細胞。
滑膜MSC:滑膜幹細胞(市售)的調整(4Lot) 使用了從Articular Engineering, LLC購買之源自冷凍滑膜的幹細胞(Cryopreserved Synoviocytes(低溫保存的滑膜細胞),Normal(正常),P1型號:CDD-H-2910-N、批次:ST1414,ST1420,ST1434,ST1462)。
L骨髓MSC:源自骨髓的間葉系幹細胞(Lonza製)的調整(3Lot.) 使用了從LONZA公司購買之源自骨髓的間葉系幹細胞(Mesenchymal Stem cells cryo amp(間葉系幹細胞低溫培養)型號:PT-2501、批次:18TL241909,0000494678,19TL155677)。
J骨髓MSC:源自骨髓的間葉系幹細胞(J-TEC製)的調整(3Lot.) 使用了Japan Tissue Engineering Co., Ltd.(J-TEC)中所製作之源自骨髓的間葉系幹細胞(批次:BKXH)。
F骨髓MSC:源自骨髓的間葉系幹細胞(FF製)的調整(3Lot.) 使用了從Allcells公司購買之源自從骨髓液(Whole Bone Marrow(全骨髓),Fresh(新鮮),10mL、型號:ALL-ABM001、批次:3024624,3024625)單離而獲得之骨髓的間葉系幹細胞。
REC-MSC:源自骨髓的間葉系幹細胞(REC:PuREC製)的調整(3Lot.) 使用了從PUREC公司購買之超高純度人類間葉系幹細胞(REC)(型號:387-16591、批次:050780614,200370207,111090605)。
iPSC-MSC:源自iPSC的間葉系幹細胞(FCDI製)的調整(1Lot.) 使用了從FUJIFILM Cellular Dynamics, Inc.購買之iCell間葉系幹細胞(型號:R1098、批次:0004)。
L脂肪MSC:源自脂肪的間葉系幹細胞(Lonza製)的調整(3Lot.) 使用了從LONZA公司購買之源自脂肪的間葉系幹細胞(Adipose-Derived Stem cells(脂肪衍生幹細胞)(amp)型號:PT-5606、批次:18TL241909,0000494678,19TL155677)。
(2)培養基 向基礎培養基:MEMα(含有L-丙胺醯基(Alanyl)-L-麩醯胺酸、酚紅、丙酮酸鈉)(型號:289-33365、批次:SKH9471)中以使最終濃度成為15%(v/v)的方式添加作為抗生素的硫酸建它黴素(“TAKATA Pharmaceutical Co., Ltd. Gentamicin Injection(高田製藥建它黴素注60)”)20μg/mL及胎牛血清(Selborne公司型號:FBS-04),並進行了使用。以下,將上述培養基稱為培養基。
(3)來自骨髓液的源自骨髓的間葉系幹細胞的單離(源自Allcells公司骨髓液的間葉系幹細胞) 關於間葉系幹細胞的單離,將所購買之骨髓液(批次:3024624,3024625)以1000rpm進行10分鐘的離心,並向去除了血漿者中以成為血漿去除之前的10倍量的方式加入培養基,並以成為0.20mL/cm 2的方式將其播種到燒瓶中,在37℃、5%CO 2環境下的培養箱內進行了培養。每3天或4天更換培養基,播種後培養12天~13天之後,用0.05%胰蛋白酶-EDTA(乙二胺四乙酸)溶液(以下,胰蛋白酶、Life Technologies型號:25300)進行了剝離。剝離後,用等量的培養基進行胰蛋白酶的中和,並轉移到另外準備之試管中。將培養燒瓶進一步用等量的培養基進行清洗,加入上述試管中,並回收了剩餘的細胞。試管以200×g進行5分鐘的離心,並去除了其上清液。向剩餘的顆粒中加入適量的培養基,並使用血球計算板進行了細胞計數。以使最終濃度成為0.20~0.50×10 4細胞/cm 2的方式播種到燒瓶中,在37℃、5%CO 2環境下的培養箱內進行了培養。培養3天或4天,在細胞充滿了燒瓶底面的60%以上時,藉由與上述相同的操作反覆繼代,將在第2次繼代結束時的細胞進行離心,並用與培養基進行混合而獲得之冷凍液調整至成為100×10 4細胞/mL以使最終濃度成為10%(v/v)二甲基亞碸(SIGMA-ALDRICH型號:D2650)。
(4)間葉系幹細胞的培養及基因的提取 所準備之間葉系幹細胞(上述7種、共計17批次)的推薦培養基分別不同,但是為了減少培養基對基因分析之影響,使用上述(2)中所記載之培養基對每個細胞進行了培養。將各MSC的冷凍原種在37℃的水浴中進行解凍,以200×g進行5分鐘的離心,去除冷凍液,加入每個培養基,並以成為0.25~0.50×10 4細胞/cm 2的方式播種到燒瓶中,在37℃、5%CO 2環境下的培養箱內進行了3天或4天的培養。在細胞充滿了燒瓶底面的60%以上時,藉由上述方法進行了2次繼代。關於所回收之細胞,向QIAGEN RNeasy(QIAGEN,74104)RLT Buffer中加入添加了DTT(Wako,047-08973)之裂解緩衝液(Lysis buffer),並藉由移液進行攪拌,從而製作溶菌液(Lysate),並在-80℃下進行了保管。關於RNA提取,依據QIAGEN公司協議實施。所獲得之RNA水溶液測定核酸濃度,並依據需要進行了稀釋。
實施例1-2:非MSC細胞和其mRNA的調整 (1)細胞 準備了以下細胞。 LONZA公司 纖維母細胞(FB)CC-2509 ATCC 肺動脈內皮細胞(PAEC)PCS-100-022 Promocell公司 內臟脂肪細胞(WP)C-12732 Promocell公司 軟骨細胞(CH)C-12710 Promocell公司 造血前驅細胞(CD34細胞)C-12921 LONZA公司 T細胞(Tcell)2W-200 ATCC B細胞(Bcell)PCS-800-018 Promocell公司 單核球(CD14細胞)C-12909 周邊血液源自的iPSC細胞(iPSC)
(2)除了間葉系幹細胞以外的細胞的準備和基因提取 關於纖維母細胞、肺動脈內皮細胞、內臟脂肪細胞、軟骨細胞、造血前驅細胞、單核球,在37℃水浴中熔化冷凍小瓶,並緩慢添加到加溫之MEMα/15%FBS/20μg/mL建它黴素的培養基10mL中之後,進行了細胞計數。進行離心(300xG、5分鐘、室溫)之後,盡可能去除上清液,向QIAGEN RNeasy(QIAGEN,74104)RLT Buffer中加入添加了DTT(Wako,047-08973)之裂解緩衝液,並藉由移液進行了攪拌,從而製作了溶菌液。將溶菌液以350μL為單位轉移到1.5mL試管(tube)中,並用於RNA提取。
T細胞在37℃水浴中熔化,並轉移到50ml錐形管(conical tube)中。向其中緩慢添加了加溫之RPMI/NEAA/1mmol/L Sodium Pyruvate(丙酮酸鈉)/2mmol/L L-Alanine&L-Glutammine(L-丙胺醯基&L-麩醯胺酸)/10mmol/L HEPES/10%FBS/20U/mL DNaseI(1mL)。將加溫之上述培養基1mL加入空瓶中,並反覆將該沖洗液向50mL試管中加入幾滴之後輕輕攪拌,經1~2分鐘添加了全部。反覆向其中加入幾滴上述培養基之後輕輕攪拌,經幾分鐘添加直至最終容量成為50mL。細胞計數之後,進行離心(300xG、5分鐘、室溫),盡可能去除上清液,添加RLT/DTT+,並藉由移液(Pipetting)進行了攪拌。將溶菌液以350μL為單位轉移到1.5mL試管(tube)中,並用於RNA提取。
關於B細胞,在37℃水浴中熔化冷凍小瓶,並緩慢添加到加溫之HBSS/10&HSA(5mL)之後,進行了細胞計數。進行離心(300xG、5分鐘、室溫)之後,盡可能去除上清液,添加RLT/DTT+,並藉由移液進行了攪拌。將溶菌液以350μL為單位轉移到1.5mL試管(tube)中,並用於RNA提取。
iPS細胞在6well plate(孔板)上培養,去除上清液之後添加RLT/DTT+350μL/well,並藉由移液進行了溶解。將1well的溶菌液加入1個1.5mL試管中以用於RNA提取。
設成任一個細胞在1次RNA提取中所使用之細胞數均不超過4x10 6個。又,在溶菌液製作後不立即實施RNA提取的情況下,在-80℃下保存,在RNA提取實施當天在冰上熔化而用於RNA提取中。關於RNA提取,依據QIAGEN公司協議實施。所獲得之RNA水溶液測定核酸濃度,並依據需要進行了稀釋。
實施例2:基因表現模式面板的製作 (1)在MSC中特徵性基因組的選擇 Amplicon sequence(擴增子序列)只要為1200個基因以下,則能夠高精確度地測定。因此,將MSC的功能或狀態、用作標記之基因縮小到1200個基因,並構建高通量的評價系統。作為評價MSC的功能/狀態之項目,參考市售的基因表現分析的面板,選擇了16個項目作為與MSC相關之項目(表1)。
作為基因的選擇方法,針對16個項目的各項目,使用市售的面板(Thermo Fisher Scientific Inc.、Illumina公司、QIAGEN公司、Bio-Rad Laboratories)、文獻、微陣列的資料、本體資料庫(http://www.informatics.jax.org/vocab/gene_ontology/),選出出現頻率高的基因。
[表1] 表1:市售面板中之MSC相關項目和目標基因數
項目 基因數(陣列) 目標基因數
功能 1.免疫 1093 300
2.抗炎症 300
3.血管新生 169 100
4.神經再生 177 100
5.軟骨形成 (30) 100
6.骨形成 84 100
7.脂肪形成 84 100
8.纖維化抑制 84 100
狀態 9.免疫原性 - 100
10.遷移 84 100
11.黏著/植入 96 100
12.老化 163 100
其他 13.MSC 84 100
14.表面標記 84 100
15.生長因子 84 100
16.趨化激素/細胞激素 84 100
合計(包括重複) 2688 2000
合計(除了重複以外) 1677 (1200)
其結果,以市售面板26種、文獻294篇、本體資料庫、微陣列資料為基礎,依據其出現頻率設定優先順序而選出基因。整理了每個項目重複之基因之結果,能夠提取合計1107個基因。進而,從微陣列的資料中選出92個基因。作為剩餘的1個基因,選擇GAPDH作為持家(House keeping)基因,合計為1200個基因。以下示出每個項目的基因的選拔方法和所選拔之基因。
<1>骨形成相關基因的選拔 從QIAGEN公司 PAHS-049Z“Osteogenesis PCR Array(成骨PCR陣列)”中提取了84種、從本體資料庫(Osteogenesis(成骨))中提取了392種、從與MSC/Osteogenesis相關之文獻23篇中提取了92種,合計提取了477種基因。加入分化予測標記11種,並按出現頻率高的順序設定優先順序而選出96個基因。
<2>脂肪形成相關基因的選拔 從QIAGEN公司 PAHS-026Z“Adipogenesis PCR Array(脂肪生成PCR陣列)”中提取了84種、從本體資料庫(adipogenesis(脂肪生成))中提取了270種、從與MSC/Adipogenesis相關之文獻23篇中提取了97種,合計提取了354種基因。加入分化予測標記9種,並按出現頻率高的順設定優先順序而選出101個基因。
<3>軟骨形成相關基因的選拔 沒有與軟骨相關之市售的面板,因此依據本體資料庫、R&D systems的軟骨標記、文獻、軟骨基質進行了選擇。從本體資料庫(chondrogenesis(軟骨生成))中提取了214種、從R&D systems的網站(web site)中提取了30種、從與MSC/Chondrogenesis相關之論文(52篇)中提取了249種、從軟骨基質中提取了14種,合計提取了398種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出119個基因。
<4>免疫相關基因的選拔 從以下市售的3種面板中選拔之(QIAGEN公司 PAHS-052Z“Innate&Adaptive Immune Response PCR Array(先天&適應性免疫反應PCR陣列)”84種、Thermo Fisher Scientific Inc. #4414073 “TaqMan TMArray Human Immune Response(TaqMan TM陣列人體免疫反應)”96種、Illumina公司 #20019169“AmpliSeq for Illumina Immune Response Panel(Illumina免疫反應面板的AmpliSeq)”401種)、從與MSC/免疫相關之文獻15篇中提取了107種,合計提取了512種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出282個基因。
<5>炎症相關基因的選拔 從以下市售的6種面板中提取了798種(QIAGEN公司 PAHS-011Z “Inflammatory Cytokines&Receptors PCR Array(炎症細胞激素&受體PCR陣列)”、 QIAGEN公司 PAHS-3803Z“Inflammatory Response and Autoimmunity 384H(炎症反應和自體免疫384H)”、Thermo Fisher Scientific Inc. EPX200-12185-901 “Inflammation 20-Plex Human ProcartaPlex TMPanel(炎症20-Plex人體ProcartaPlex TM面板)”、Illumina公司 #20020496“AmpliSeq for Illumina RNA Inflammation Response Research Panel(Illumina RNA炎症反應研究組的AmpliSeq)”、Bio-Rad Laboratories #171AL001M “Bio-Plex Pro人類Inflammation分析套組(Bio-Plex Pro人類炎症分析套組)”及Bio-Rad Laboratories #12007283 “Bio-Plex Pro TM人類 細胞激素 篩選 48-Plex 面板”)、從本體資料庫(inflammatory response(炎症反應))中提取了715種、從與MSC/抗炎症相關之文獻29篇中提取了110種,合計提取了1257種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出303個基因。
<6>血管新生相關基因的選拔 從以下市售的3種面板中提取了166種(QIAGEN公司 PAHS-024Z “Angiogenesis PCR Array(血管生成PCR陣列)”、QIAGEN公司 PAHS-072Z“Angiogenic Growth Factors PCR Array(生成血管的生長因子PCR陣列)”及Thermo Fisher Scientific Inc. #4414071 “TaqMan TMArray Human Angiogenesis(TaqMan TM陣列人體血管生成)”)、從本體資料庫(angiogenesis:血管生成)中提取了531種、從與MSC/Angiogenesis相關之文獻15篇中提取了179種,合計提取了647種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出121個基因。
<7>神經再生相關基因的選拔 從以下市售的3種面板中提取了246種(QIAGEN公司 PAHS-404Z “Neurogenesis PCR Array(神經生成PCR陣列)”84種、QIAGEN公司 PAHS-031Z“Neurotrophin and Receptors PCR Array(神經促素和受體PCR陣列)”84種及Thermo Fisher Scientific Inc. #4414094 “TaqMan TMArray Human Neurotransmitters(TaqMan TM陣列人體神經傳遞物)”92種)、從本體資料庫(nerve development(神經發育))中提取了80種、從與MSC/神經再生相關之文獻16篇中提取了92種,合計提取了380種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出109個基因。
<8>纖維化相關基因的選拔 從QIAGEN公司 PAHS-026Z“Fibrosis PCR Array(纖維化PCR陣列)”中提取了84種、從本體資料庫;collagen metabolic process(膠原代謝過程)(GO:0032963)、fibroblast proliferation(纖維母細胞增殖)(GO:0048144)、connective tissue replacement(結締組織取代)(GO:0097709)、fibroblast migration(纖維母細胞遷移)(GO:0010761)中提取了268種、從與MSC/Fibrosis相關之文獻19篇中提取了59種,合計提取了346種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出112個基因。
<9>免疫原性相關基因的選拔 由於沒有與免疫原性相關之市售的面板,因此從文獻20篇中選出共計42個基因。
<10>遷移相關基因的選拔 從QIAGEN公司 PAHS-128Z“Cell Motility PCR Array(細胞運動PCR陣列)”中提取了84種、從本體資料庫;negative regulation of cell migration(細胞遷移的負向調節)(GO:0030336)、positive regulation of cell migration(細胞遷移的正向調節)(GO:0030335)、regulation of cell migration(細胞遷移的調節)(GO:0030334)、mesenchymal stem cell migration(間葉系幹細胞遷移)(GO:1905319)中提取了925種、從與MSC/遷移相關之文獻15篇中提取了137種,合計提取了199種基因。但是,由於本體的基因數較多,因此排除了僅在本體中出現之基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出137個基因。
<11>黏著相關基因的選拔 從Thermo Fisher Scientific Inc. #4418778“TaqMan TMArray, Human Extracellular Matrix & Adhesion Molecules(TaqMan TM陣列,人體細胞外基質&黏著分子)”中提取了92種、從本體資料庫;cell adhesion mediated by integrin(整合素媒介的細胞黏著)(GO:0033627)、negative regulation of cell adhesion(細胞黏著的負向調節)(GO:0007162)、positive regulation of cell adhesion(細胞黏著的正向調節)(GO:0045785)、regulation of cell adhesion(細胞黏著的調節)(GO:0030155)其他14項目中提取了952種、從與MSC/黏著/植入相關之文獻16篇中提取了78種、作為黏著分子提取了34種,合計提取了138種基因。但是,由於本體的基因數較多,因此排除了僅在本體中出現之基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出95個基因。
<12>老化相關基因的選拔 從以下市售的2種面板中提取了163種(QIAGEN公司 PAHS-178Z “Aging PCR Array(老化PCR陣列)”84種及QIAGEN公司 PAHS-050Z“Cellular Senescence PCR Array(細胞老化PCR陣列)”84種)、從本體資料庫;Cell aging(細胞老化)(GO:0007569)中提取了153種、從與MSC/老化相關之文獻20篇中提取了273種,合計提取了493種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出113個基因。
<13>、<14>生長因子、細胞激素相關基因的選拔 生長因子和細胞激素的項目內的基因類似,因此進行了綜合選拔。 從以下市售的2種面板中提取了144種(QIAGEN公司 PAHS-041Z “Growth Factor PCR Array(生長因子PCR陣列)”84種及QIAGEN公司 PAHS-150Z“Cytokines and Chemokines PCR Array(細胞激素和趨化激素PCR陣列)”84種)、從與MSC分泌之生長因子、細胞激素相關之文獻15篇中提取了205種、進而用R&D systems公司的Proteome Profiler Human XL Cytokine Array Kit(蛋白酶體Profiler人體XL細胞激素陣列試劑盒)(型號:ARY022)對藉由上述方法將J骨髓MSC、F骨髓MSC及iPSC-MSC繼代至P6而獲得之MSC的上清液進行如協議的操作,並藉由LAS-3000(通用電氣醫療集團)檢測之細胞激素提取了38種,合計提取了350種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出177個基因。
<15>MSC標記相關基因的選拔 從QIAGEN公司 PAHS-082Z“Mesenchymal Stem Cell PCR Array(間葉系幹細胞PCR陣列)”中提取了84種、從與MSC標記相關之文獻16篇中提取了165種,合計提取了212種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出110個基因。
<16>表面標記相關基因的選拔 依據從QIAGEN公司 PAHS-055Z“Cell Surface Markers PCR Array(細胞表面標記物PCR陣列)”中90種、從在MSC標記中沒有選擇之候選基因組中101種、進而用BD公司的Lyoplate TMHuman Cell Surface Marker Screening Panel(Lyoplate TM人體細胞表面標記物篩選面板)(型號:560747)對藉由上述方法將J骨髓MSC、F骨髓MSC及iPSC-MSC繼代至P6而獲得之MSC的242種表面標記進行全面分析而獲得之資料,從陽性率高者(50%以上)及樣品之間值的差異大者(50%以上)等這2個觀點設定了優先度。操作如協議實施,並用Thermo Fisher Scientific Inc.的Attune NxT進行了檢測。合計提取了348種基因。按出現頻率高的順設定優先順序而選出87個基因。
<所選擇之1200基因> ABCB1(ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 1A:ATP-結合匣,亞科B(MDR/TAP),成員1A)、Abl1(c-abl oncogene 1, non-receptor tyrosine kinase:c-abl致癌基因1,非受體酪胺酸激酶)、ACACB(acetyl-Coenzyme A carboxylase beta:乙醯輔酶Aβ脫羰酶)、Acan(aggrecan:聚集蛋白聚糖)、ACHE(acetylcholinesterase:乙醯膽鹼酯酶)、Ackr2(atypical chemokine receptor 2:非典型趨化激素受體2)、ackr3(atypical chemokine receptor 3:非典型趨化激素受體3)、ACLY(ATP citrate lyase:ATP檸檬酸裂解酶)、ACTA2(Actin, alpha 2, smooth muscle, aorta:肌動蛋白,α2,平滑肌,主動脈)、ACTB(actin, beta:肌動蛋白,β)、ACTG2(actin, gamma 2, smooth muscle, enteric:肌動蛋白,γ2,平滑肌,腸囊腫)、ACTN3(actinin alpha 3:輔肌動蛋白α3)、ACTR2(ARP2 actin-related protein 2:ARP2肌動蛋白相關蛋白2)、ACTR3(ARP3 actin-related protein 3:ARP3肌動蛋白相關蛋白3)、Acvr1(activin A receptor, type 1:活化素A受體,類型1)、Acvr2a(activin receptor IIA:活化素受體IIA)、Acvr2b(activin receptor IIB:活化素受體IIB)、ADAMTS1(a disintegrin-like and metallopeptidase(reprolysin type)with thrombospondin type 1 motif, 1:具有血小板反應蛋白1型模體的解整合素樣和金屬肽酶(重溶素型))、ADAMTS5(a disintegrin-like and metallopeptidase(reprolysin type)with thrombospondin type 1 motif, 5(aggrecanase-2):具有血小板反應蛋白1型模體的解整合素樣和金屬肽酶(重溶素型),5(聚蛋白多糖酶-2))、Adgrb1(adhesion G protein-coupled receptor B1:黏著G蛋白偶聯受體B1)、Adig(adipogenin:脂肪生成)、Adipoq(adiponectin, C1Q and collagen domain containing:脂聯素,含C1Q和膠原蛋白的結構域)、Adora1(adenosine A1 receptor:腺苷A1受體)、Adora2a(adenosine A2a receptor:腺苷A2a受體)、Adrb2(adrenergic receptor, beta 2:腎上腺素受體,β2)、Afap1l2(actin filament associated protein 1-like 2:肌動蛋白纖維相關蛋白1樣2)、Ager(advanced glycosylation end-product specific receptor:晚期醣基化終產物特異性受體)、AgRP(Agouti related protein:蹄鼠相關蛋白)、AGT(angiotensinogen(serpin peptidase inhibitor, clade A, member 8):血管緊縮素原(絲胺酸蛋白酶抑制劑,分支A,成員8))、Ahsg(alpha-2-HS-glycoprotein:α-2-HS-醣蛋白)、Aif1(allograft inflammatory factor1:同種異體移植物炎性症因子1)、Aimp1(aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein 1:胺醯tRNA合成酶複合物相互作用多功能蛋白1)、Akt1(thymoma viral proto-oncogene 1:胸腺瘤病毒原致癌基因1)、Akt3(thymoma viral proto-oncogene 3:胸腺瘤病毒原致癌基因3)、Alcam(activated leukocyte cell adhesion molecule:活化白細胞黏著分子)、Alox15(arachidonate 15-lipoxygenase:花生四烯酸鹽15-脂肪加氧酶)、Alox5(arachidonate 5-lipoxygenase:花生四烯酸鹽5-脂肪加氧酶)、Alox5ap(arachidonate 5-lipoxygenase activating protein:花生四烯酸鹽5-脂肪加氧酶活化蛋白)、Alpl(alkaline phosphatase, liver/bone/kidney:鹼性磷酸酶,肝/骨/腎)、AMOT(Angiomotin:血管動蛋白)、Ang(Angiogenin:血管生成素)、ANGEL2(angel homolog 2:天使同系物)、ANGPT1(angiopoietin 1:血管生成素1)、ANGPT2(angiopoietin 2:血管生成素2)、ANGPT4(angiopoietin 4:血管生成素4)、ANGPTL1(Angiopoietin-like 1:血管生成素樣1)、ANGPTL3(Angiopoietin-like 3:血管生成素樣3)、ANGPTL4(Angiopoietin-like 4:血管生成素樣4)、ANPEP(Alanyl(membrane)aminopeptidase:丙胺醯基(膜)胺肽酶)、Anxa1(annexin A1:膜聯蛋白A1)、ANXA3(annexin A3:膜聯蛋白A3)、ANXA5(annexin A5:膜聯蛋白A5)、Anxa6(annexin A6:膜聯蛋白A6)、Aoah(acyloxyacyl hydrolase:醯氧基醯基水解酶)、Aoc3(amine oxidase, copper containing 3:胺氧化酶,含銅3)、APAF1(apoptotic peptidase activating factor 1:凋亡肽酶活化因子1)、APBA1(amyloid beta (A4) precursor protein binding, family A, member 1:類澱粉β(A4)前驅蛋白結合,家族A,成員1)、APBA2(amyloid beta(A4)precursor protein-binding, family A, member 2:類澱粉β(A4)前驅蛋白結合,家族A,成員2)、Apoa1(apolipoprotein A-I:脂蛋白元A-I)、APOE(apolipoprotein E:脂蛋白元E)、Areg(Amphiregulin:雙調蛋白)、ARF6(ADP-ribosylation factor 6:ADP核糖基化因子6)、ARG1(arginase, liver:精胺酸酶,肝)、ARG2(arginase type II精胺酸酶,類型II)、Arhgap29(Rho GTPase activating protein 29:活化蛋白29)、ARHGAP35(Rho GTPase activating protein 35:活化蛋白35)、ARL6IP6(ADP-ribosylation factor-like 6 interacting protein 6:ADP核糖基化因子樣6相互作用蛋白6)、Artn(Artemin:青蒿琥酯)、Atm(ataxia telangiectasia mutated:毛細血管擴張性失調突變)、Atrn(attractin:吸引素)、AURKB(aurora kinase B:極光激酶B)、Axin1(axin 1:極光1)、Axl(AXL receptor tyrosine kinase:AXL受體酪胺酸激酶)、B2M(beta-2 microglobulin:β-2微球蛋白)、B3gat1(beta-1,3-glucuronyltransferase 1:β-1,3-醛糖酸轉化酶)、B4GALNT1(beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 1:β-1,4-N-乙醯基-半乳糖胺基轉移酶)、B4galt1(UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4-galactosyltransferase, polypeptide 1:UDP-Gal:β-GlcNAc-β-1,4-半乳糖基轉移酶,多肽1)、BAIAP2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2:腦特異性血管生成抑制劑1相關蛋白2)、BCAR1(breast cancer anti-estrogen resistance 1:乳癌抗雌激素抵抗1)、BCL2(B cell leukemia/lymphoma 2:B細胞白血病/淋巴瘤2)、Bcl6(B cell leukemia/lymphoma 6:B細胞白血病/淋巴瘤6)、Bdkrb1(bradykinin receptor, beta 1:緩激肽受體,β1)、Bdkrb2(bradykinin receptor, beta 2:緩激肽受體,β2)、BDNF(Brain-derived neurotrophic factor:腦衍生神經滋養因子)、Bglap(bone gamma carboxyglutamate protein:骨-γ-羧基麩胺酸蛋白)、BGN(biglycan:二聚糖)、BMI1(Bmi1 polycomb ring finger oncogene:BMI-1小組蛋白環指致癌基因)、Bmp1(bone morphogenetic protein 1:骨成形性蛋白1)、Bmp2(bone morphogenetic protein 2:骨成形性蛋白2)、Bmp3(bone morphogenetic protein 3:骨成形性蛋白3)、Bmp4(bone morphogenetic protein 4:骨成形性蛋白4)、Bmp5(bone morphogenetic protein 5:骨成形性蛋白5)、Bmp6(bone morphogenetic protein 6:骨成形性蛋白6)、Bmp7(bone morphogenetic protein 7:骨成形性蛋白7)、Bmpr1a(bone morphogenetic protein receptor, type 1A:骨成形性蛋白受體,類型1A)、Bmpr1b(bone morphogenetic protein receptor, type 1B:骨成形性蛋白受體,類型1B)、Bmpr2(bone morphogenetic protein receptor, type II(serine/threonine kinase):骨成形性蛋白受體,類型II(絲胺酸/蘇胺酸激酶))、Bsg(basigin:基礎)、BST1(bone marrow stromal cell antigen 1:骨髓基質細胞抗原1)、BTC(Betacellulin:乙胞素)、Btk(Bruton agammaglobulinemia tyrosine kinase:布魯頓無-γ-球蛋白血症酪胺酸激酶)、BTLA-(B and T lymphocyte associated:B和T淋巴細胞相關)、Btn2a2(butyrophilin, subfamily 2, member A2:嗜乳脂蛋白,亞科2,成員A2)、C1qa(complement component 1, q subcomponent, alpha polypeptide:補體成分1,q亞成分,α多肽)、C1QC(complement component 1, q subcomponent, C chain:補體成分1,q亞成分,C鏈)、C1R(complement component 1, r subcomponent A:補體成分1,r亞成分A)、C1S(complement component 1, s subcomponent 1:補體成分1,s亞成分1)、C2cd4a(C2 calcium-dependent domain containing 4A:含C2依鈣的結構域4A)、C3(complement component 3:補體成分3)、C3ar1(complement component 3a receptor 1:補體成分3a受體1)、Cadm1(cell adhesion molecule 1:細胞黏著分子1)、CALB1(calbindin 1:鈣結合蛋白1)、Calcr(calcitonin receptor:抑鈣素受體)Calr(calreticulin:鈣網伴護蛋白)、Camp(cathelicidin antimicrobial peptide:導管素抗菌肽)、CAPN2(calpain 2:鈣蛋白酶2)、Casp1(caspase 1:凋亡蛋白酶1)、CASP3(Caspase 3, apoptosis-related cysteine peptidase:凋亡蛋白酶3,凋亡相關半胱胺酸肽酶)、CAV1(caveolin 1:小窩蛋白1)、CBLN2(cerebellin 2 precursor protein:小腦蛋白2前驅蛋白)、CCL1(chemokine(C-C motif)ligand 1:趨化激素(C-C模體)配體1)、CCL11(chemokine(C-C motif)ligand 11:趨化激素(C-C模體)配體11)、CCL13(chemokine(C-C motif)ligand 13:趨化激素(C-C模體)配體13)、CCL15(chemokine(C-C motif)ligand 15:趨化激素(C-C模體)配體15)、CCL16(chemokine(C-C motif)ligand 16:趨化激素(C-C模體)配體16)、CCL17(chemokine(C-C motif)ligand 17:趨化激素(C-C模體)配體17)、CCL18(chemokine(C-C motif)ligand 18:趨化激素(C-C模體)配體18)、CCL19(chemokine(C-C motif)ligand 19:趨化激素(C-C模體)配體19)、CCL2(chemokine(C-C motif)ligand 2:趨化激素(C-C模體)配體2)、Ccl20(chemokine(C-C motif)ligand 20:趨化激素(C-C模體)配體20)、CCL21(chemokine(C-C motif)ligand 21:趨化激素(C-C模體)配體21)、CCL22(chemokine(C-C motif)ligand 22:趨化激素(C-C模體)配體22)、CCL23(chemokine(C-C motif)ligand 23:趨化激素(C-C模體)配體23)、CCL24(chemokine(C-C motif)ligand 24:趨化激素(C-C模體)配體24)、CCL25(chemokine(C-C motif)ligand 25:趨化激素(C-C模體)配體25)、CCL26(chemokine(C-C motif)ligand 26:趨化激素(C-C模體)配體26)、CCL27(chemokine(C-C motif)ligand 27:趨化激素(C-C模體)配體27)、CCL3(chemokine(C-C motif)ligand 3:趨化激素(C-C模體)配體3)、CCL4(chemokine(C-C motif)ligand 4:趨化激素(C-C模體)配體4)、CCL5(chemokine(C-C motif)ligand 5:趨化激素(C-C模體)配體5)、CCL7(chemokine(C-C motif)ligand 7:趨化激素(C-C模體)配體7)、CCL8(chemokine(C-C motif)ligand 8:趨化激素(C-C模體)配體8)、Ccn1(cellular communication network factor 1:細胞式通訊網路因子1)、Ccn2(cellular communication network factor 2:細胞式通訊網路因子2)、Ccn3(cellular communication network factor 3:細胞式通訊網路因子3)、Ccn4(cellular communication network factor 4:細胞式通訊網路因子4)、Ccnd1(cyclin D1:週期蛋白D1)、Ccr1(chemokine(C-C motif)receptor 1:趨化激素(C-C模體)受體1)、CCR10(chemokine(C-C motif)receptor 10:趨化激素(C-C模體)受體10)、CCR2(chemokine(C-C motif)receptor 2:趨化激素(C-C模體)受體2)、CCR3(chemokine(C-C motif)receptor 3:趨化激素(C-C模體)受體3)、CCR4(chemokine(C-C motif)receptor 4:趨化激素(C-C模體)受體4)、CCR5(chemokine(C-C motif)receptor 5:趨化激素(C-C模體)受體5)、CCR6(chemokine(C-C motif)receptor 6:趨化激素(C-C模體)受體6)、CCR7(chemokine(C-C motif)receptor 7:趨化激素(C-C模體)受體7)、CCR8(chemokine(C-C motif)receptor 8:趨化激素(C-C模體)受體8)、CCR9(chemokine(C-C motif)receptor 9:趨化激素(C-C模體)受體9)、Ccrl2(chemokine(C-C motif)receptor-like 2:趨化激素(C-C模體)受體樣2)、CD14(CD14 antigen:CD14抗原)、CD151(CD151 antigen:CD151抗原)、CD160(CD160 antigen:CD160抗原)、CD163(CD163 antigen:CD163抗原)、CD164(CD164 antigen:CD164抗原)、CD165(CD165 antigen:CD165抗原)、CD180(CD180 antigen:CD180抗原)、CD19(CD19 antigen:CD19抗原)、CD1B(CD1b molecule:CD1b分子)、CD1C(CD1c molecule:CD1c分子)、CD1D(CD1d molecule:CD1d分子)、CD2(CD2 antigen:CD2抗原)、CD200(CD200 antigen:CD200抗原)、CD209(CD209 molecule:CD209分子)、CD22(CD22 molecule:CD22分子)、CD226(CD226 molecule:CD226分子)、CD24(CD24 molecule:CD24分子)、CD244(CD244 molecule, natural killer cell receptor 2B4:CD244分子,自然殺手細胞受體2B4)、CD247(CD247 molecule:CD247分子)、CD248(CD248 antigen, endosialin:CD248抗原,內皮唾液酸蛋白)、CD27(CD27 molecule:CD27分子)、CD274(CD274 antigen:CD274抗原)、CD276(CD276 antigen:CD276抗原)、CD28(CD28 antigen:CD28抗原)、CD33(CD33 antigen:CD33抗原)、CD34(CD34 antigen:CD34抗原)、CD36(CD36 molecule:CD36分子)、CD37(CD37 molecule:CD37分子)、CD38(CD38 antigen:CD38抗原)、CD3D(CD3d molecule:CD3d分子)、CD3E(CD3 antigen, epsilon polypeptide:CD3抗原,ε多肽)、CD3G(CD3g molecule:CD3g分子)、CD4(CD4 antigen:CD4抗原)、CD40(CD40 antigen:CD40抗原)、CD40lg(CD40 ligand:CD40配體)、CD44(CD44 antigen:CD44抗原)、CD47(CD47 antigen (Rh-related antigen, integrin-associated signal transducer):CD47抗原(Rh相關抗原,整合素相關訊號轉導子))、CD48(CD48 antigen:CD48抗原)、CD52(CD52 molecule:CD52分子)、CD53(CD53 molecule:CD53分子)、CD55(CD55 molecule:CD55分子)、CD58(CD58 molecule:CD58分子)、CD59(CD59 molecule:CD59分子)、CD6(CD6 molecule:CD6分子)、CD63(CD63 molecule:CD63分子)、CD68(CD68 antigen:CD68抗原)、CD69(CD69 molecule:CD69分子)、CD70(CD70 antigen:CD70抗原)、CD74(CD74 antigen:CD74抗原)、CD79A(CD79a molecule, immunoglobulin-associated alpha:CD79a分子,免疫球蛋白相關α)、CD79B(CD79b molecule, immunoglobulin-associated beta:CD79b分子,免疫球蛋白相關β)、CD80(CD80 antigen:CD80抗原)、CD83(CD83 molecule:CD83分子)、CD86(CD86 antigen:CD86抗原)、CD8A(CD8 antigen, alpha chain:CD8抗原,α鏈)、CD8B(CD8b molecule:CD8b分子)、CD9(CD9 antigen:CD9抗原)、CD93(CD93 antigen:CD93抗原)、CD99(CD99 antigen:CD99抗原)、CDH1(cadherin 1:鈣黏蛋白1)、CDH11(cadherin 11:鈣黏蛋白11)、CDH2(cadherin 2:鈣黏蛋白2)、CDH3(cadherin 3:鈣黏蛋白3)、CDH4(cadherin 4:鈣黏蛋白4)、CDH5(Cadherin 5, type 2(vascular endothelium):鈣黏蛋白5,類型2(血管內皮))、CDK4(cyclin-dependent kinase 4:週期蛋白依賴型激酶4)、CDK6(cyclin-dependent kinase 6:週期蛋白依賴型激酶6)、CDKN1A(cyclin-dependent kinase inhibitor 1A(P21):週期蛋白依賴型激酶抑制劑1A(P21))、CDKN1B(cyclin-dependent kinase inhibitor 1B:週期蛋白依賴型激酶抑制劑1B)、CDKN1C(cyclin-dependent kinase inhibitor 1C(P57):週期蛋白依賴型激酶抑制劑1C(P57))、CDKN2a(cyclin dependent kinase inhibitor 2A:週期蛋白依賴型激酶抑制劑2A)、CDKN2b(cyclin dependent kinase inhibitor 2B:週期蛋白依賴型激酶抑制劑2B)、CDKN2D(cyclin dependent kinase inhibitor 2D:週期蛋白依賴型激酶抑制劑2D)、CEACAM1(carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1:癌胚抗原相關細胞黏著分子1)、CEACAM3(CEA cell adhesion molecule 3:CEA細胞黏著分子3)、CEACAM5(CEA cell adhesion molecule 5:CEA 細胞黏著分子5)、CEACAM6(CEA cell adhesion molecule 6:CEA細胞黏著分子6)、CEACAM8(CEA cell adhesion molecule 8:CEA細胞黏著分子8)、Cebpa(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP), alpha:CCAAT/增強結合蛋白(C/EBP),α)、Cebpb(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP), beta:CCAAT/增強結合蛋白(C/EBP),β)、Cebpd(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP), delta:CCAAT/增強結合蛋白(C/EBP),δ)、CFD(complement factor D(adipsin):補體因子D(脂肪素))、Cfh(complement component factor h:補體成分因子h)、CFI(complement component factor i:補體成分因子i)、CFL1(cofilin 1, non-muscle:肌動蛋白素1,非肌肉)、CHAD(chondroadherin:軟骨蛋白)、Chadl(chondroadherin-like:軟骨蛋白樣)、CHAT(choline acetyltransferase:膽鹼乙醯轉移酶)、CHEK1(checkpoint kinase 1:查核點激酶1)、Chek2(checkpoint kinase 2:查核點激酶2)、CHI3L1(chitinase 3 like 1:甲殼素酶3樣1)、Chrd(chordin:脊索發生素)、CHRM2(cholinergic receptor, muscarinic 2, cardiac:膽鹼能受體,蕈毒鹼2,心臟)、Chrna7(cholinergic receptor, nicotinic, alpha polypeptide 7:膽鹼能受體,菸鹼,α多肽7)、CHRNB2(cholinergic receptor, nicotinic, beta polypeptide 2 (neuronal):膽鹼能受體,菸鹼,β多肽2(神經元))、Chst11(carbohydrate sulfotransferase 11:碳水化合物轉磺酶11)、Chst4(carbohydrate sulfotransferase 4:碳水化合物轉磺酶4)、CIITA(class II transactivator:II類反式激活因子)、Clcf1(cardiotrophin-like cytokine factor 1:心肌營養蛋白樣細胞因子1)、CLEC11A(Stem cell growth factor:幹細胞生長因子)、CLSTN2(calsyntenin 2:鈣同線蛋白2)、Clu(clusterin:叢生蛋白)、Cmklr1(chemokine-like receptor 1:趨化激素樣受體1)、Cnmd(chondromodulin:軟骨調節素)、CNTF(Ciliary neurotrophic factor:睫狀神經滋養因子)、COL10A1(collagen, type X, alpha 1:膠原蛋白,類型X,α1)、COL11A1(collagen, type XI, alpha 1:膠原蛋白,類型XI,α1)、COL11A2(collagen, type XI, alpha 2:膠原蛋白,類型XI,α2)、COL12A1(collagen, type XII, alpha 1:膠原蛋白,類型XII,α1)、COL14A1(collagen, type XIV, alpha 1:膠原蛋白,類型XIV,α1)、COL15A1(collagen, type XV, alpha 1:膠原蛋白,類型XV,α1)、COL16A1(collagen, type XVI, alpha 1:膠原蛋白,類型XVI,α1)、COL18A1(Collagen, type XVIII, alpha 1:膠原蛋白,類型XVIII,α1)、COL1A1(collagen, type I, alpha 1:膠原蛋白,類型I,α1)、COL1A2(collagen, type I, alpha 2:膠原蛋白,類型I,α2)、COL2A1(collagen, type II, alpha 1:膠原蛋白,類型III,α1)、COL3A1(collagen, type III, alpha 1:膠原蛋白,類型III,α1)、COL4A2(collagen, type IV, alpha 2:膠原蛋白,類型IV,α2)、COL4A3(Collagen, type IV, alpha 3(Goodpasture antigen):膠原蛋白,類型IV,α3(古巴士德氏抗原))、COL4A6(collagen, type IV, alpha 6:膠原蛋白,類型IV,α6)、COL5A1(collagen, type V, alpha 1:膠原蛋白,類型V,α1)、COL6A1(collagen, type VI, alpha 1:膠原蛋白,類型VI,α1)、COL8A1(collagen, type VIII, alpha 1:膠原蛋白,類型VIII,α1)、COL9A1(collagen, type IX, alpha 1:膠原蛋白,類型IX,α1)、COL9A2(collagen, type IX, alpha 2:膠原蛋白,類型IX,α2)、COL9A3(collagen, type IX, alpha 3:膠原蛋白,類型IX,α3)、Comp(cartilage oligomeric matrix protein:軟骨寡聚基質蛋白)、Cr2(complement receptor 2:補體受體2)、Creb1(cAMP responsive element binding protein 1:環腺苷單磷酸反應結合蛋白1)、CRK(v-crk avian sarcoma virus CT10 oncogene homolog:v-crk禽肉瘤病毒CT10癌基因同系物)、Crp(C-reactive protein, pentraxin-related:C反應蛋白,五聚體蛋白相關)、Crppa(CDP-L-ribitol pyrophosphorylase A:CDP-L核糖醇焦磷酸化酶A)、CryAB(crystallin, alpha B:水晶體蛋白,αB)、CSF1(colony stimulating factor 1(macrophage):群落刺激因子1(巨噬細胞))、CSF2(colony stimulating factor 2(granulocyte-macrophage):群落刺激因子2(顆粒球巨噬細胞))、CSF3(colony stimulating factor 3(granulocyte):群落刺激因子3(顆粒球))、Cst3(Cystatin C:胱抑素C)、Ctbp1(C-terminal binding protein 1:C末端結合蛋白1)、Ctbp2(C-terminal binding protein 2:末端結合蛋白2)、CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4:細胞毒性T淋巴細胞相關蛋白4)、Ctnnal1(catenin (cadherin associated protein), alpha-like 1:鏈蛋白(鈣黏蛋白相關蛋白),α樣1)、CTNNB1(catenin(cadherin associated protein), beta 1:鏈蛋白(鈣黏蛋白相關蛋白),β1)、CTNND1(catenin(cadherin associated protein), delta 1:鏈蛋白(鈣黏蛋白相關蛋白),δ1)、CTTN(cortactin:皮層蛋白)、Cx3cl1(chemokine(C-X3-C motif)ligand 1:趨化激素(C-X3-C模體)配體1)、Cx3cr1(chemokine(C-X3-C motif)receptor 1:趨化激素(C-X3-C模體)受體1)、CXCL1(chemokine(C-X-C motif)ligand 1:趨化激素(C-X-C模體)配體1)、CXCL10(chemokine(C-X-C motif)ligand 10:趨化激素(C-X-C模體)配體10)、CXCL11(chemokine(C-X-C motif)ligand 11:趨化激素(C-X-C模體)配體11)、CXCL12(chemokine (C-X-C motif) ligand 12:趨化激素(C-X-C 模體) 配體 12)、CXCL13(chemokine (C-X-C motif)ligand 13:趨化激素(C-X-C模體)配體13)、CXCL16(chemokine(C-X-C motif)ligand 16:趨化激素(C-X-C模體)配體16)、CXCL2(chemokine(C-X-C motif)ligand 2:趨化激素(C-X-C模體)配體2)、CXCL3(chemokine(C-X-C motif)ligand 3:趨化激素(C-X-C模體)配體3)、CXCL5(chemokine(C-X-C motif)ligand 5:趨化激素(C-X-C模體)配體5)、CXCL6(Granulocyte chemotactic protein2:顆粒球趨化蛋白)、CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8:C-X-C模體趨化激素配體8)、CXCL9(chemokine(C-X-C motif)ligand 9:趨化激素(C-X-C模體)配體9)、CXCR1(chemokine(C-X-C motif)receptor 1:趨化激素(C-X-C模體)受體1)、CXCR2(chemokine(C-X-C motif)receptor 2:趨化激素(C-X-C模體)受體2)、CXCR3(chemokine(C-X-C motif)receptor 3:趨化激素(C-X-C模體)受體3)、CXCR4(chemokine(C-X-C motif)receptor 4:趨化激素(C-X-C模體)受體4)、CXCR5(chemokine(C-X-C motif)receptor 5:趨化激素(C-X-C模體)受體5)、CXCR6(chemokine(C-X-C motif)receptor 6:趨化激素(C-X-C模體)受體6)、Cybb(cytochrome b-245, beta polypeptide:細胞色素b-245,β多肽)、Cygb(cytoglobin)、Cyp26b1(cytochrome P450, family 26, subfamily b, polypeptide 1:細胞色素P450,家族26,亞科b,多肽1)、DAPK3(death-associated protein kinase 3:死亡相關蛋白激酶3)、DCN(decorin:核心蛋白聚糖 )、Ddit3(DNA-damage inducible transcript 3:DNA損傷誘導轉錄物3)、Ddr2(discoidin domain receptor tyrosine kinase 2:盤狀結構域受體酪胺酸激酶2)、DDX58(DEAD/H box helicase 58:DEAD/H盒解旋酶58)、DIAPH1(diaphanous related formin 1:透明相關六亞甲四胺1)、Dio2(deiodinase, iodothyronine, type II:去碘酶,碘甲狀腺胺酸,類型II)、Dkk1(dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 1:dickkopfWNT訊息傳遞路徑抑制劑1)、Dlk1(delta like non-canonical Notch ligand 1:δ樣非正準Notch配體1)、Dlx5(distal-less homeobox 5:同源匣轉錄因子5)、DLX6(distal-less homeobox 6:同源匣轉錄因子6)、DPF1(D4, zinc and double PHD fingers family 1:D4,鋅和雙PHD指家族1)、DPF3(D4, zinc and double PHD fingers, family 3:D4,鋅和雙PHD指,家族3)、DPP4(dipeptidylpeptidase 4:二肽基肽酶4)、Dpt(dermatopontin:皮連蛋白)、DRD2(dopamine receptor D2:多巴胺受體D2)、DSCAM(DS cell adhesion molecule:DS細胞黏著分子)、E2f1(E2F transcription factor 1:E2F轉錄因子1)、EBI3(Epstein-Barr virus induced gene 3:艾司坦-巴爾病毒誘導基因3)、EDIL3(EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3:EGF樣重複和盤狀I樣結構域)、EDN1(endothelin 1:1內皮素)、Efemp1(epidermal growth factor-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1:含表皮生長因子的纖維蛋白樣細胞外基質蛋白)、EFNB2(Ephrin-B2:肝配蛋白B2)、EGF(epidermal growth factor:表皮生長因子)、Egfr(epidermal growth factor receptor:表皮生長因子受體)、Egr2(early growth response 2:早期生長反應2)、Elane(elastase, neutrophil expressed:彈性蛋白酶,中性粒細胞表現)、Elf3(E74-like factor 3:E74樣因子3)、ENC1(ectodermal-neural cortex 1:外胚層神經皮層)、Eng(endoglin:內皮糖蛋白)、Enpp3(ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 3:外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶3)、ENTPD1(ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1:外核苷三磷酸二磷酸水解酶)、EP300(E1A binding protein p300:E1A結合蛋白p300)、EPAS1(endothelial PAS domain protein 1:內皮PAS結構域蛋白)、Epcam(epithelial cell adhesion molecule:上皮細胞黏著分子)、Epha2(Eph receptor A2:Eph受體A2)、Ephb2(Eph receptor B2:Eph受體B2)、Ephb3(Eph receptor B3:Eph受體B3)、Ephx2(epoxide hydrolase 2, cytoplasmic:環氧化物水解酶2,細胞質)、Epo(erythropoietin:紅血球生成素)、Epyc(epiphycan:骺蛋白聚糖)、ERBB2("V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2, neuro/glioblastoma derived oncogene homolog (avian)":V-erb-b2紅血球白血病病毒致癌基因2,神經/膠質母細胞瘤衍生致癌基因同系物(禽))、EXT1(exostosin glycosyltransferase 1:外生骨醣基轉移酶1)、EZR(ezrin:埃茲蛋白)、F2(coagulation factor II:凝血因子II)、F2r(coagulation factor II(thrombin)receptor:凝血因子II(凝血酵素)受體)、F2rl1(coagulation factor II(thrombin)receptor-like 1:凝血因子II(凝血酵素)受體樣1)、F3(coagulation factor IIIF8(coagulation factor VIII):凝血因子 IIIF8(凝血因子VIII))、Fabp4(fatty acid binding protein 4, adipocyte:脂肪酸結合蛋白4,脂肪細胞)、FAP(fibroblast activation protein:纖維母細胞活化蛋白)、FAS(Fas(TNF receptor superfamily member 6):Fas(TNF受體超家族成員6))、Fasl(Fas ligand(TNF superfamily, member 6):Fas配體(TNF超家族,成員6))、FASN(fatty acid synthase:脂肪酸合酶)、Fbxo5(F-box protein 5:F盒蛋白5)、Fcer1a(Fc receptor, IgE, high affinity I, alpha polypeptide:Fc受體,IgE,高親和力I,α多肽)、FCER1G(Fc receptor, IgE, high affinity I, gamma polypeptide:Fc受體,IgE,高親和力I,γ多肽)、Fcgr1a(Fc fragment of IgG receptor Ia:IgG受體Ia的Fc片段)、FCGR3B(Fc fragment of IgG receptor IIIa:IgG受體IIIa的Fc片段)、FGF1(fibroblast growth factor 1:纖維母細胞生長因子1)、FGF10(fibroblast growth factor 10:纖維母細胞生長因子10)、FGF19(Fibroblast growth factor 19:纖維母細胞生長因子19)、FGF2(fibroblast growth factor 2:纖維母細胞生長因子2)、FGF4(Fibroblast growth factor 4:纖維母細胞生長因子4)、FGF6(Fibroblast growth factor 6:纖維母細胞生長因子6)、FGF7(Fibroblast growth factor 7:纖維母細胞生長因子7)、FGF9(Fibroblast growth factor 9(glia-activating factor):纖維母細胞生長因子9(膠質活化因子))、FGFR1(fibroblast growth factor receptor 1:纖維母細胞生長因子受體1)、FGFR2(fibroblast growth factor receptor 2:纖維母細胞生長因子受體2)、FGFR3(fibroblast growth factor receptor 3:纖維母細胞生長因子受體3)、FGFR4(fibroblast growth factor receptor 4:纖維母細胞生長因子受體4)、FLRT3(fibronectin leucine rich transmembrane protein 3:富含白胺酸的纖維接合素的跨膜蛋白3)、FLT1(FMS-like tyrosine kinase 1:FMS樣酪胺酸激酶1)、FLT3LG(FMS-like tyrosine kinase 3 ligan:FMS樣酪胺酸激酶3配體)、FMOD(fibromodulin:纖維調節蛋白)、FN1(fibronectin 1:纖維接合素1)、FOXC2(forkhead box C2:叉頭盒C2)、FOXD1(forkhead box D1:叉頭盒D1)、FOXO1(forkhead box O1:叉頭盒O1)、FOXO3(forkhead box O3:叉頭盒O3)、FOXP3(forkhead box P3:叉頭盒P3)、Fpr1(formyl peptide receptor 1:甲醯肽受體1)、Fpr2(formyl peptide receptor 2:甲醯肽受體2)、Frzb(frizzled-related protein:捲曲相關蛋白)、FUT1(Fucosyltransferase 1(galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase, H blood group):巖藻糖基轉移酶1(半乳糖苷2-α-L-巖藻糖基轉移酶,H血型))、FUT4(fucosyltransferase 4:巖藻糖基轉移酶4)、FZD9(Frizzled family receptor 9:捲曲家族受體9)、GABRA5(gamma-aminobutyric acid(GABA)A receptor, subunit alpha 5:γ胺丁酸(GABA)A受體,次單元α5)、GABRB2(gamma-aminobutyric acid (GABA)A receptor, subunit beta 2:γ胺丁酸(GABA)A受體,次單元β2)、GABRB3(gamma-aminobutyric acid(GABA)A receptor, subunit beta 3:γ胺丁酸(GABA)A受體,次單元β3)、GAD1(glutamate decarboxylase 1:麩胺酸去羧酶1)、GADD45A(growth arrest and DNA-damage-inducible 45 alpha:生長停滯和DNA損傷誘導45α)、Gal(galanin and GMAP prepropeptide:甘丙胺素和GMAP前肽原)、GALNT5(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5:多肽N-乙醯胺基半乳糖轉移酶5)、GATA2(GATA binding protein 2:GATA結合蛋白2)、GATA3(GATA binding protein 3:GATA結合蛋白3)、GATA4(GATA binding protein 4:GATA結合蛋白4)、GBX2(gastrulation brain homeobox 2:原腸胚形成腦同源匣2)、Gdf10(growth differentiation factor 10:生長分化因子10)、GDF15(Growth differentiation factor 15:生長分化因子15)、GDF5(growth differentiation factor 5:生長分化因子5)、GDF6(growth differentiation factor 6:生長分化因子6)、GDF7(Growth differentiation factor 7:生長分化因子7)、GDNF(Glial cell derived neurotrophic factor:膠質細胞衍生神經滋養因子)、Ghsr(growth hormone secretagogue receptor:生長激素促分泌受體)、GLB1(galactosidase, beta 1:半乳糖苷酶,β1)、Gli1(GLI-Kruppel family member GLI1:GLI克魯佩爾家族成員GLI1)、GNLY(granulysin:顆粒溶解素)、GPC3(glypican3:磷脂醯肌醇蛋白聚糖3)、GPC4(glypican4:磷脂醯肌醇蛋白聚糖4)、GPI(Glucose-6-phosphate isomerase:葡萄糖-6-磷酸異構酶)、Gpm6b(glycoprotein m6b:醣蛋白m6b)、Gpr17(G protein-coupled receptor 17:G蛋白偶聯受體17)、Gpx4(glutathione peroxidase 4:麩胱甘肽過氧化物酶4)、Grem1(gremlin 1, DAN family BMP antagonist:格林姆林1,DAN家族BMP拮抗劑)、Grn(granulin:顆粒蛋白)、GTF3A(General transcription factor IIIA:通用轉錄因子IIIA)、GUSB(glucuronidase, beta:葡萄醣醛酸酶,β)、Gypa(glycophorin A:血型糖蛋白A)、GZMB(granzyme B:顆粒酶B)、H2ac21(H2A clustered histone 21:H2A聚集組蛋白21)、HAPLN1(hyaluronan and proteoglycan link protein 1:透明質酸和蛋白聚醣連接蛋白1)、HAS1(hyaluronan synthase 1:透明質酸合酶1)、HAT1(Histone acetyltransferase 1:組蛋白乙醯轉移酶1)、Havcr2(hepatitis A virus cellular receptor 2:A型肝炎病毒細胞受體2)、Hbegf(heparin-binding EGF-like growth factor:肝素-結合EGF樣生長因子)、Hck(hemopoietic cell kinase:造血細胞激酶)、HDAC1(Histone deacetylase 1:組蛋白去乙醯酶1)、Hdac5(histone deacetylase 5:組蛋白去乙醯酶5)、Hdac7(histone deacetylase 7:組蛋白去乙醯酶7)、Hdac9(histone deacetylase 9:組蛋白去乙醯酶9)、Hes1(hes family bHLH transcription factor 1:hes家族bHLH轉錄因子1)、Hgf(hepatocyte growth factor:肝細胞生長因子)、Hif1a(hypoxia inducible factor 1, alpha subunit:缺氧誘導因子1,α次單元)、HLA-A(major histocompatibility complex, class I, A:主要組織相容性複體,I類,A)、HLA-B(major histocompatibility complex, class I, B:主要組織相容性複體,I類,B)、HLA-C(major histocompatibility complex, class I, C:主要組織相容性複體,I類,C)、HLA-DMA(major histocompatibility complex, class II, DM alpha:主要組織相容性複體,II類,DMα)、HLA-DMB(major histocompatibility complex, class II, DM beta:主要組織相容性複體,II類,DMβ)、HLA-DOA(major histocompatibility complex, class II, DO alpha:主要組織相容性複體,II類,DOα)、HLA-DOB(major histocompatibility complex, class II, DO beta:主要組織相容性複體,II類,DOβ)、HLA-DPA1(major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1:主要組織相容性複體,II類,DPα1)、HLA-DPB1(major histocompatibility complex, class II, DP beta 1:主要組織相容性複體,II類,DPβ1)、HLA-DQA1(major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 1:主要組織相容性複體,II類,DQα1)、HLA-DQA2(major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 2:主要組織相容性複體,II類,DQα2)、HLA-DQB1(major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1:主要組織相容性複體,II類,DQβ1)、HLA-DQB2(major histocompatibility complex, class II, DQ bete 2:主要組織相容性複體,II類,DQβ2)、HLA-DRA1(major histocompatibility complex, class II, DR alpha:主要組織相容性複體,II類,DRα)、HLA-DRB1(major histocompatibility complex, class II, DR bete 1:主要組織相容性複體,II類,DRβ1)、HLA-DRB5(major histocompatibility complex, class II, DR beta 5:主要組織相容性複體,II類,DRβ5)、HLA-E(major histocompatibility complex, class I, E:主要組織相容性複體,I類,E)、HLA-F(major histocompatibility complex, class I, F:主要組織相容性複體,I類,F)、HLA-F-AS1(HLA-F antisense RNA 1:HLA-F反義RNA1)、HLA-G(major histocompatibility complex, class I, G:主要組織相容性複體,I類,G)、Hmga2(high mobility group AT-hook 2:高速泳動群AT-hook 2)、Hmox1(heme oxygenase 1:血基質加氧酶)、HNF1A(HNF1 homeobox A:HNF1同源匣A)、HPSE(Heparanase:乙醯肝素酶)、Hras(Harvey rat sarcoma virus oncogene:哈維大鼠肉瘤病毒致癌基因)、HSD11B1(hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 1:羥類固醇11-β去氫酶)、HSF1(heat shock factor 1:熱休克因子1)、HSPA9(heat shock protein 9:熱休克蛋白9)、Hspd1(heat shock protein 1(chaperonin):熱休克蛋白(陪伴蛋白))、Ibsp(integrin binding sialoprotein:整合素結合涎蛋白)、ICAM1(intercellular adhesion molecule 1:細胞間黏著分子1)、ICAM2(intercellular cell adhesion molecule:細胞間黏著分子)、ICAM5(intercellular adhesion molecule 5, telencephalin:細胞間黏著分子5,端腦蛋白)、ICOS(inducible T cell co-stimulator:誘導T細胞共同刺激分子)、ICOSLG(icos ligand:icos配體)、ID1(inhibitor of DNA binding 1, HLH protein:DNA結合抑制劑1,HLH蛋白)、ID2(inhibitor of DNA binding 2:DNA結合抑制劑2)、ID4(inhibitor of DNA binding 4:DNA結合抑制劑4)、IDO1(indoleamine 2,3-dioxygenase 1:吲哚胺2,3-二氧酶1)、IDO2(indoleamine 2,3-dioxygenase 2:吲哚胺2,3-二氧酶2)、IFI27(interferon, alpha-inducible protein 27:干擾素,α誘導蛋白27)、IFI35(interferon-induced protein 35:干擾素誘導蛋白35)、IFI44L(interferon-induced protein 44 like:干擾素誘導蛋白44樣)、IFI6(interferon alpha inducible protein 6:干擾素α誘導蛋白6)、IFIH1(interferon induced with helicase C domain 1:解旋酶C結構域1誘導的干擾素)、IFIT1(interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1:具有四肽重複序列1的干擾素誘導蛋白)、IFIT2(interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2:具有四肽重複序列2的干擾素誘導蛋白)、IFIT3(interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3:具有四肽重複序列3的干擾素誘導蛋白)、IFITM1(interferon induced transmembrane protein 1:干擾素誘導跨膜蛋白1)、IFITM2(interferon induced transmembrane protein 2:干擾素誘導跨膜蛋白2)、IFNA1(interferon alpha 1:干擾素α1)、IFNA17(interferon alpha 17:干擾素α17)、IFNA2(Interferon, alpha 2:干擾素,α2)、IFNAR1(interferon(alpha and beta)receptor 1:干擾素(α和β)受體1)、IFNB1(interferon beta 1, fibroblast:干擾素β1,纖維母細胞)、Ifng(interferon gamma:干擾素γ)、Ifngr1(interferon gamma receptor 1:干擾素γ受體1)、Ifngr2(interferon gamma receptor 2:干擾素γ受體2)、IGF1(insulin-like growth factor 1:胰島素樣生長因子1)、IGF1R(insulin-like growth factor I receptor:胰島素樣生長因子I受體)、IGF2(insulin-like growth factor 2:胰島素樣生長因子2)、IGF2R(insulin-like growth factor 2 receptor:胰島素樣生長因子2受體)、IGFBP1(insulin-like growth factor binding protein 1:胰島素樣生長因子結合蛋白1)、IGFBP2(insulin-like growth factor binding protein 2:胰島素樣生長因子結合蛋白2)、IGFBP3(insulin-like growth factor binding protein 3:胰島素樣生長因子結合蛋白3)、IGFBP4(insulin-like growth factor binding protein 4:胰島素樣生長因子結合蛋白4)、IGFBP5(insulin-like growth factor binding protein 5:胰島素樣生長因子結合蛋白5)、IGFBP6(insulin-like growth factor binding protein 6:胰島素樣生長因子結合蛋白6)、IGFBP7(insulin-like growth factor binding protein 7:胰島素樣生長因子結合蛋白7)、Igsf11(immunoglobulin superfamily, member 11:免疫球蛋白超家族,成員11)、Ihh(Indian hedgehog:印度刺蝟)、IL10(interleukin 10:介白素10)、IL10RA(interleukin 10 receptor, alpha:介白素10受體,α)、IL11(Interleukin 11:介白素11)、IL12A(interleukin 12a:介白素12a)、IL12B(interleukin 12b:介白素12b)、IL13(interleukin 13:介白素13)、IL13RA2(interleukin 13 receptor subunit alpha 2:介白素13受體次單元α2)、IL15(interleukin 15:介白素15)、IL16(interleukin 16:介白素16)、IL17a(interleukin 17A:介白素17A)、IL17b(interleukin 17B:介白素17B)、IL17c(interleukin 17C:介白素17C)、IL17d(interleukin 17D:介白素17D)、IL17f(interleukin 17F:介白素17F)、IL17ra(interleukin 17 receptor A:介白素17受體A)、IL17rb(interleukin 17 receptor B:介白素17受體B)、IL17rc(interleukin 17 receptor C:介白素17受體C)、IL17re(interleukin 17 receptor E:介白素17受體E)、IL18(interleukin 18:介白素18)、IL18r1(interleukin 18 receptor 1:介白素18受體1)、IL18rap(interleukin 18 receptor accessory protein:介白素18受體輔助蛋白)、IL1a(interleukin 1 alpha:介白素1α)、IL1b(interleukin 1 beta:介白素1β)、IL1f10(interleukin 1 family, member 10:介白素1家族,成員10)、IL1r1(interleukin 1 receptor, type I:介白素1受體,類型I)、IL1r2(interleukin 1 receptor, type II:介白素1受體,類型II)、IL1rap(interleukin 1 receptor accessory protein:介白素1受體輔助蛋白)、IL1rl1(interleukin 1 receptor-like 1:介白素1受體樣1)、IL1rl2(interleukin 1 receptor-like 2:介白素1受體樣2)、IL1rn(interleukin 1 receptor antagonist:介白素1受體拮抗劑)、IL2(interleukin 2:介白素2)、IL21(interleukin 21:介白素21)、IL22(interleukin 22:介白素22)、IL22ra2(interleukin 22 receptor, alpha 2:介白素22受體,α2)、IL23a(interleukin 23, alpha subunit p19:介白素23,α次單元p19)、IL23r(interleukin 23 receptor:介白素23受體)、IL24(Interleukin 24:介白素24)、IL25(interleukin 25:介白素25)、IL27(interleukin 27:介白素27)、IL2ra(interleukin 2 receptor, alpha chain:介白素2受體,α鏈)、IL2RB(interleukin 2 receptor, beta chain:介白素2受體,β鏈)、IL2RG(interleukin 2 receptor, gamma chain:介白素2受體,γ鏈)、IL3(interleukin 3:介白素3)、IL31ra(interleukin 31 receptor A:介白素31受體A)、IL33(interleukin 33:介白素33)、IL34(interleukin 34:介白素34)、IL3RA(interleukin 3 receptor, alpha chain:介白素3受體,α鏈)、IL4(interleukin 4:介白素4)、IL5(interleukin 5:介白素5)、IL5ra(interleukin 5 receptor, alpha:介白素5受體α)、IL6(interleukin 6:介白素6)、IL6R(interleukin 6 receptor, alpha:介白素6受體,α)、IL6ST(interleukin 6 signal transducer:介白素6訊號轉導子)、IL7(interleukin 7:介白素7)、IL7R(interleukin 7 receptor:介白素7受體)、IL9(interleukin 9:介白素9)、ILK(integrin linked kinase:整合素連接激酶)、INHBA(Inhibin, beta A:抑制素,βA)、INHBE(inhibin subunit beta E:抑制素次單元βE)、INS(Insulin:胰島素)、INSC(INSC spindle orientation adaptor protein:INSC紡錘體定向轉接蛋白)、INSR(insulin receptor:胰島素受體)、Irak2(interleukin-1 receptor-associated kinase 2:介白素-1受體相關激酶2)、IRF1(interferon regulatory factor 1:干擾素調節因子1)、IRF3(interferon regulatory factor 3:干擾素調節因子3)、IRF4(interferon regulatory factor 4:干擾素調節因子4)、IRF7(interferon regulatory factor 7:干擾素調節因子7)、IRF9(interferon regulatory factor 9:干擾素調節因子9)、IRS1(insulin receptor substrate 1:胰島素受體基質1)、IRS2(insulin receptor substrate 2:胰島素干擾素受體基質2)、ITGA1(integrin a1:整合素a1)、ITGA10(integrin, alpha 10:整合素,α10)、ITGA11(integrin alpha 11:整合素α11)、ITGA2(integrin alpha 2:整合素α2)、ITGA2b(integrin alpha 2b:整合素α2b)、ITGA3(integrin a3:整合素a3)、ITGA4(integrin alpha 4:整合素α4)、ITGA5(integrin alpha 5:整合素α5)、ITGA6(integrin alpha 6:整合素α6)、ITGA7(integrin alpha 7:整合素α7)、ITGA8(integrin alpha 8:整合素α8)、ITGA9(integrin alpha 9:整合素α9)、ITGAD(integrin, alpha D:整合素,αD)、ITGAE(integrin alpha E, epithelial-associated:整合素αE,上皮相關)、ITGAL(integrin alpha L:整合素αL)、ITGAM(integrin alpha M:整合素αM)、ITGAV(integrin alpha V:整合素αV)、ITGAX(integrin alpha X:整合素αX)、ITGB1(integrin beta 1(fibronectin receptor beta):整合素β1(纖維接合素受體β))、ITGB2(integrin beta 2:整合素β2)、ITGB3(integrin beta 3:整合素β3)、ITGB4(integrin beta 4:整合素β4)、ITGB5(integrin b5:整合素b5)、ITGB6(integrin beta 6:整合素β6)、ITGB7(integrin beta 7:整合素β7)、ITGB8(integrin subunit beta 8:整合素次單元β8)、Itih4(inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4:間-α胰蛋白酶抑制劑,重鏈4)、JAG1(jagged 1:尖突1)、JAG2(jagged 2:尖突2)、JAK1(Janus kinase 1:詹納斯激酶1)、JAK2(Janus kinase 2:詹納斯激酶2)、JAKMIP3(janus kinase and microtubule interacting protein 3:詹納斯激酶和微管相互作用蛋白3)、JCAD(junctional cadherin 5 associated:鈣黏蛋白5相關)、JUN(jun proto-oncogene:jun原致癌基因)、KAT2B(K(lysine)acetyltransferase 2B:K(離胺酸)乙醯轉移酶)、Kdr(kinase insert domain protein receptor:激酶插入結構域蛋白受體)、KIF20B(kinesin family member 20B:驅動蛋白家族成員20B)、KIRREL3(kirre like nephrin family adhesion molecule 3:kirre樣nephrin家族黏著分子3)、Kit(KIT proto-oncogene receptor tyrosine kinase:KIT原致癌基因受體酪胺酸激酶)、KITLG(kit ligand:套組配體)、KLF15(Kruppel-like factor 15:Kruppel樣因子15)、KLF2(Kruppel-like factor 2 (lung):Kruppel樣因子2(肺))、KLF3(Kruppel-like factor 3(basic):Kruppel樣因子3(鹼性))、KLF4(Kruppel-like factor 4(gut):Kruppel樣因子4(腸))、KLF5(Kruppel-like factor 5:Kruppel類因子5)、Klkb1(kallikrein B, plasma 1:激肽釋放素B,血漿1)、KLRG1(killer cell lectin-like receptor subfamily G, member 1:殺手細胞凝集素樣受體亞科G,成員1)、Kng1(kininogen 1:激肽原1)、KRT1(keratin 1:角蛋白1)、KRT18(keratin 18:角蛋白18)、KRT8(Keratin 8:角蛋白8)、L1CAM(L1 cell adhesion molecule:L1細胞黏著分子)、LAMA1(laminin, alpha 1:層連結蛋白,α1)、LAMA2(laminin, alpha 2:層連結蛋白,α2)、LAMA3(laminin, alpha 3:層連結蛋白,α3)、LAMA4(laminin, alpha 4:層連結蛋白,α4)、LAMB1(laminin B1:層連結蛋白B1)、Lamp1(lysosomal-associated membrane protein 1:溶酶體相關膜蛋白1)、Lamp2(lysosomal-associated membrane protein 2:溶酶體相關膜蛋白2)、Lamtor2(late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 2:晚期胞內體/溶酶體轉接子,MAPK和MTOR活化劑)、Lbp(lipopolysaccharide binding protein:脂多糖結合蛋白)、Lep(leptin:瘦素)、Lgals1(lectin, galactose binding, soluble 1:凝集素,半乳糖結合,可溶性1)、LGALS3(lectin, galactose binding, soluble 3:凝集素,半乳糖結合,可溶性3)、Lgals9(lectin, galactose binding, soluble 9:凝集素,半乳糖結合,可溶性9)、LIF(leukemia inhibitory factor:白血病抑制因子)、LIMK1(LIM-domain containing, protein kinase:含LIM的結構域,蛋白激酶)、LIPE(lipase, hormone sensitive:激素敏感脂酶)、Lmna(lamin A:核片層蛋白A)、LMNB1(lamin B1:核片層蛋白B1)、LMNB2(lamin B2:核片層蛋白B2)、LOX(lysyl oxidase:賴胺醯氧化酶)、Lpl(lipoprotein lipase:脂蛋白脂酶)、Lrp1(low density lipoprotein receptor-related protein 1:低密度脂蛋白受體相關蛋白1)、Lrp5(low density lipoprotein receptor-related protein 5:低密度脂蛋白受體相關蛋白5)、LRRTM2(leucine rich repeat transmembrane neuronal 2:富含白胺酸的重複跨膜神經元2)、LSAMP(limbic system-associated membrane protein:邊緣系統相關膜蛋白)、LSM5(LSM5 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated:LSM5同系物,U6核小RNA和mRNA降解相關)、Lta(lymphotoxin A:淋巴毒素A)、Ltbp1(latent transforming growth factor beta binding protein 1:潛伏轉化生長因子-β-結合蛋白1)、Ly86(lymphocyte antigen 86:淋巴細胞抗原86)、Ly96(lymphocyte antigen 96:淋巴細胞抗原96)、Lyn(LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase:LYN原致癌基因,Src家族酪胺酸激酶)、LYZ(lysozyme 1:溶菌酶1)、MAFK(v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family, protein K(avian):v-maf肌腱膜纖維肉瘤致癌基因家族,蛋白K(禽))、MAGEA1(melanoma antigen, family A, 1:黑色素瘤抗原,家族A,1)、MAGEA10(melanoma antigen family A, 10:黑色素瘤抗原家族A,10)、MAGEA12(MAGE family member A12:MAGE家族成員A12)、MAGEA3(melanoma antigen, family A, 3:黑色素瘤抗原,家族A,3)、MAGEA4(melanoma antigen, family A, 4:黑色素瘤抗原,家族A,4)、MAP2(microtubule-associated protein 2:微管相關蛋白2)、MAP2K1(mitogen-activated protein kinase kinase 1:分裂原活化蛋白激酶激酶1)、MAPK1(mitogen-activated protein kinase 1:分裂原活化蛋白激酶1)、MAPK14(mitogen-activated protein kinase 14:分裂原活化蛋白激酶14)、MAPK3(mitogen-activated protein kinase 3:分裂原活化蛋白激酶3)、MAPK8(mitogen-activated protein kinase 8:分裂原活化蛋白激酶8)、MAPKAPK2(MAP kinase-activated protein kinase 2:MAP激酶活化蛋白激酶2)、Matn1(matrilin 1, cartilage matrix protein:母系蛋白1,軟骨基質蛋白)、Matn3(matrilin 3:母系蛋白3)、Matn4(matrilin 4:母系蛋白4)、MBP(myelin basic protein:髓磷脂鹼性蛋白)、MCAM(melanoma cell adhesion molecule:黑色素瘤細胞黏著分子)、Mdk(midkine:中期因子)、MEF2C(myocyte enhancer factor 2C:肌細胞增強因子2C)、Mefv(Mediterranean fever:地中海熱)、MEG3(maternally expressed 3:母系表現3)、MET(met proto-oncogene:met原致癌基因)、Mgll(monoglyceride lipase:單甘油酯脂酶)、MICA(MHC class I polypeptide-related sequence A:MHCI類多肽相關序列A)、MICB(MHC class I polypeptide-related sequence B:MHCI類多肽相關序列B)、Mif(macrophage migration inhibitory factor:巨噬細胞遷移抑制因子)、Mir34a(microRNA 34a:微小RNA34a)、Mki67(antigen identified by monoclonal antibody Ki 67:單株抗體Ki 67鑑定的抗原)、Mme(membrane metallo endopeptidase:膜金屬內肽酶)、MMP1(matrix metallopeptidase 1:基質金屬肽酶1)、MMP12(matrix metallopeptidase 12:基質金屬肽酶12)、MMP13(matrix metallopeptidase 13:基質金屬肽酶13)、MMP14(matrix metallopeptidase 14(membrane-inserted):基質金屬肽酶14(插入膜))、MMP15(matrix metallopeptidase 15:基質金屬肽酶15)、MMP16(matrix metallopeptidase 16:基質金屬肽酶16)、MMP2(matrix metallopeptidase 2:基質金屬肽酶2)、MMP25(matrix metallopeptidase 25:基質金屬肽酶25)、MMP3(matrix metallopeptidase 3:基質金屬肽酶3)、MMP7(matrix metallopeptidase 7:基質金屬肽酶7)、MMP8(matrix metallopeptidase 8:基質金屬肽酶8)、MMP9(matrix metallopeptidase 9:基質金屬肽酶9)、Morc3(microrchidia 3:小睪丸3)、MPO(myeloperoxidase:髓過氧化酶)、Mrap(melanocortin 2 receptor accessory protein:黑皮質素2受體輔助蛋白)、MST1(macrophage stimulating 1:巨噬細胞刺激1)、MSTN(Myostatin:肌肉生長抑制素)、Msx1(msh homeobox 1:msh同源匣1)、Msx2(msh homeobox 2:msh同源匣2)、MX1(MX dynamin-like GTPase 1:MX發動蛋白樣GTPase1)、Myc(MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor:MYC原致癌基因,bHLH轉錄因子)、Myd88(myeloid differentiation primary response gene 88:髓樣分化初級反應基因88)、MYL9(myosin, light polypeptide 9, regulatory:肌凝蛋白,輕多肽9,調節)、MYLK(myosin, light polypeptide kinase:肌凝蛋白,輕多肽激酶)、Nampt(nicotinamide phosphoribosyltransferase:菸鹼醯胺磷酸核糖轉移酶)、Nanog(Nanog homeobox:Nanog同源匣)、NCAM(neural cell adhesion molecule 1:神經細胞黏著分子1)、NCOA2(nuclear receptor coactivator 2:核受體輔助活化物2)、Ncor2(nuclear receptor co-repressor 2:核受體輔抑制物)、NCR3LG1(natural killer cell cytotoxicity receptor 3 ligand 1:自然殺手細胞受體3配體1)、NDP(Norrie disease(pseudoglioma)(human):諾氏病(假神經膠質瘤)(人類))、Ndst1(N-deacetylase/N-sulfotransferase(heparan glucosaminyl)1:N-去乙醯酶/N-轉磺酶(乙醯肝素葡糖胺基)1)、NECTIN2(nectin cell adhesion molecule 2:連接蛋白細胞黏著分子2)、NES(Nestin:巢蛋白)、NETO1(neuropilin(NRP)and tolloid(TLL)-like 1:神經纖毛蛋白(NRP)和tolloid(TLL)樣1)、Neurog1(neurogenin 1:神經元素1)、NF1(neurofibromin 1:神經纖維瘤蛋白1)、Nfe2l1(nuclear factor, erythroid derived 2,-like 1:核因子,紅系衍生2,樣1)、Nfe2l2(nuclear factor, erythroid derived 2, like 2:核因子,紅系衍生2,樣1)、Nfkb1(nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells 1, p105:B細胞1中之κ輕多肽基因增強因子之核因子, p105)、Nfkbia(nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, alpha:B細胞抑制劑中之κ輕多肽基因增強因子之核因子,α)、Nfkbid(nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, delta:B細胞抑制劑中之κ輕多肽基因增強因子之核因子,δ)、NGF(Nerve growth factor(beta polypeptide):神經生長因子(β多肽))、NGFR(nerve growth factor receptor(TNFR superfamily, member 16):神經生長因子受體(TNFR超家族,成員16))、Ninj1(ninjurin 1:神經損傷誘導蛋白1)、Nlrp12(NLR family, pyrin domain containing 12:NLR家族,含膿素的結構域12)、Nlrp3(NLR family, pyrin domain containing 3:NLR家族,含膿素的結構域3)、NODAL(Nodal homolog(mouse):結節同系物(小鼠))、Nog(noggin:頭發生素)、NOS1(nitric oxide synthase 1, inducible:一氧化氮合酶1,誘導)、NOS2(nitric oxide synthase 2, inducible:一氧化氮合酶2,誘導)、NOS3(Nitric oxide synthase 3 (endothelial cell):一氧化氮合酶3(內皮細胞))、NOTCH1(Notch 1)、Nox4(NADPH oxidase 4:NADPH氧化酶4)、NR0B2(nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2:核受體亞科0,B組,成員2)、Nr1d1(nuclear receptor subfamily 1, group D, member 1:核受體亞科1,D組,成員1)、NR1H3(nuclear receptor subfamily 1, group H, member 3:核受體亞科1,H組,成員3)、NR3C1(nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1:核受體亞科3,C組,成員1)、NRF1(nuclear respiratory factor 1:核呼吸因子1)、NRG1(Neuregulin 1:神經調節蛋白1)、NRGN(neurogranin:神經顆粒素)、NRP1(neuropilin 1:神經纖毛蛋白)、NRP2(Neuropilin 2:神經纖毛蛋白2)、NT5E(5'nucleotidase, ecto:5'核苷酸酶,細胞外)、NTF3(Neurotrophin 3:神經促素)、NTF4(Neurotrophin 4:神經促素4)、NTN4(netrin 4:軸突導向因子)、Ntrk1(neurotrophic tyrosine kinase, receptor, type 1:神經滋養酪胺酸激酶,受體,類型1)、NUDT6(Nudix(nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 6:Nudix(核苷二磷酸連接部分X)類型模體6)、Ogn(osteoglycin:骨甘胺酸)、Olr1(oxidized low density lipoprotein(lectin-like)receptor 1:氧化低密度脂蛋白(凝集素樣)受體1)、Orm1(orosomucoid 1:血清類黏蛋白1)、Orm2(orosomucoid 2:血清類黏蛋白2)、Osm(oncostatin M:制瘤素M)、Otor(otoraplin)、OXTR(oxytocin receptor:催產素受體)、P2rx7(purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 7:嘌呤能受體P2X,配體門控離子通道,7)、Pak1(p21(RAC1)activated kinase 1:p21(RAC1)活化激酶1)、PAK4(p21(RAC1)activated kinase 4:p21(RAC1)活化激酶4)、PAM(peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase:肽基甘胺酸α-醯胺化單加氧酶)、Parp4(poly(ADP-ribose)polymerase family, member 4:聚(ADP核醣)聚合酶家族,成員4)、PCM1(pericentriolar material 1:中心粒外周物質1)、PCNA(proliferating cell nuclear antigen:增殖細胞核抗原)、PDCD1(programmed cell death 1:細胞程式死亡1)、Pdcd1lg2(programmed cell death 1 ligand 2:細胞程式死亡1配體2)、PDGFA(platelet derived growth factor, alpha:血小板衍生生長因子,α)、PDGFb(platelet derived growth factor, B polypeptide:血小板衍生生長因子,B多肽)、PDGFRA(platelet derived growth factor receptor, alpha polypeptide:血小板衍生生長因子受體,α多肽)、PDGFRB(platelet derived growth factor receptor, beta polypeptide:血小板衍生生長因子受體,β多肽)、PECAM1(platelet/endothelial cell adhesion molecule 1:血小板/內皮細胞黏著分子1)、PENK(preproenkephalin:前腦啡肽原)、PF4(Platelet factor 4:血小板因子4)、PGF(Placental growth factor:胎盤生長因子)、Pglyrp1(peptidoglycan recognition protein 1:肽聚醣辨識蛋白1)、Phex(phosphate regulating endopeptidase homolog, X-linked:磷酸鹽調節內肽酶同系物,X連接)、PHOX2A(paired-like homeobox 2a:成對樣同源匣2a)、PIGF(phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class F:磷脂酸肌醇聚醣錨定生物合成,F類)、PIGS(Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class S:磷脂酸肌醇聚醣錨定生物合成,S類)、PIK3CA(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha:磷脂酸肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元α)、Pik3cd(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta:磷脂酸肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元δ)、Pik3cg(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma:磷脂酸肌醇-4,5-雙磷酸3-激酶催化次單元γ)、Pknox1(Pbx/knotted 1 homeobox:Pbx/打結1個同源匣)、Pla2g2d(phospholipase A2, group IID:磷脂酶A2,IID組)、Pla2g5(phospholipase A2, group V:磷脂酶A2,V組)、Pla2g7(phospholipase A2, group VII(platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma):磷脂酶A2,VII組(血小板活化因子乙醯水解酶,血漿))、PLAT(plasminogen activator, tissue type:纖維蛋白溶酶原活化劑,組織類型)、PLAU(plasminogen activator, urokinase:纖維蛋白溶酶原活化劑,尿激酶)、PLAUR(plasminogen activator, urokinase receptor:纖維蛋白溶酶原活化劑,尿激酶受體)、PLCG1(phospholipase C, gamma 1:磷脂酶C,γ1)、PLD1(phospholipase D1:磷脂酶D1)、PLG(plasminogen:纖維蛋白溶酶原)、Plin1(perilipin 1:周脂素1)、Pml(PML nuclear body scaffold:PML核狀體支架)、POT1(protection of telomeres 1A:端粒保護1A)、Pou4f1(POU domain, class 4, transcription factor 1:POU結構域,4類,轉錄因子1)、POU5F1(POU class 5 homeobox 1:POU5類同源匣1)、PPARA(peroxisome proliferator activated receptor alpha:過氧化物酶體增殖物活化受體α)、Ppard(peroxisome proliferator activator receptor delta:過氧化物酶體增殖物活化劑受體δ)、Pparg(peroxisome proliferator activated receptor gamma:過氧化物酶體增殖物活化受體γ)、Ppargc1a(peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 alpha:過氧化物酶體增殖活化受體,γ,輔助活化物1α)、PPARGC1B(peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 beta:過氧化物酶體增殖活化受體,γ,輔助活化物1β)、Ppbp(pro-platelet basic protein:原血小板鹼性蛋白)、Prdm16(PR domain containing 16:含PR結構域16)、PRDX4(peroxiredoxin 4:過氧化物還原酶4)、PRF1(perforin 1(pore forming protein):穿孔蛋白1(孔形成蛋白))、Prg4(proteoglycan 4 (megakaryocyte stimulating factor, articular superficial zone protein):蛋白聚醣4(巨核細胞刺激因子,關節表面區蛋白))、Prkca(protein kinase C, alpha:蛋白激酶C,α)、Prkcd(protein kinase C, delta:蛋白激酶C,δ)、Prkcz(protein kinase C, zeta:蛋白激酶C,ζ)、PRL(Prolactin:泌乳素)、PROCR(protein C receptor, endothelial:蛋白C受體,內皮)、PROK1(Prokineticin 1:激動素1)、PROK2(Prokineticin 2:激動素2)、PROM1(Prominin 1)、Pspn(Persefin)、Ptafr(platelet-activating factor receptor:血小板活化因子受體)、PTEN(phosphatase and tensin homolog:磷酸酶和張力蛋白同系物)、PTGES(prostaglandin E synthase:前列腺素E合酶)、Ptgfr(prostaglandin F receptor:前列腺素F受體)、Ptgis(prostaglandin I2(prostacyclin)synthase:前列腺素I2(週期蛋白)合酶)、Ptgs1(prostaglandin-endoperoxide synthase 1:前列腺素內過氧化物合酶1)、Ptgs2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2:前列腺素內過氧化物合酶2)、Pthlh(parathyroid hormone-like peptide:副甲狀腺激素樣肽)、Ptk2(PTK2 protein tyrosine kinase 2:PTK2蛋白酪胺酸激酶2)、Ptn(pleiotrophin:多效蛋白)、PTPRC(protein tyrosine phosphatase, receptor type, C:蛋白酪胺酸磷酸酶,受體類型,C)、PTX3(pentraxin related gene:五聚體蛋白相關基因)、Pvr(poliovirus receptor:脊髓灰白質炎病毒受體)、pxn(paxillin:樁蛋白)、Pycard(PYD and CARD domain containing:含PYD和CARD的結構域)、RAB8A(RAB8A, member RAS oncogene family:RAB8A,RAS致癌基因家族成員)、RAC1(Rac family small GTPase 1:Rac家族小GTPase1)、Rara(retinoic acid receptor, alpha:視網酸受體,α)、RASA1(RAS p21 protein activator 1:RAS p21蛋白活化劑1)、RB1(RB transcriptional corepressor 1:RB轉錄輔抑制物1)、Rbl1(RB transcriptional corepressor like 1:RB轉錄輔抑制物樣1)、Reg3a(regenerating islet-derived 3 alpha:再生胰島衍生3α)、Reg3g(regenerating islet-derived 3 gamma:再生胰島衍生3γ)、Rel(reticuloendotheliosis oncogene:網狀內皮細胞增生症致癌基因)、Rela(v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian):v-rel網狀內皮細胞增生症病毒致癌基因同系物A(禽))、Retn(resistin:抵抗素)、RHO(rhodopsin:視紫素)、Rhoa(ras homolog family member A:ras同系物家族成員A)、RHOB(ras homolog family member B:ras同系物家族成員B)、RND3(Rho family GTPase 3:Rho家族GTPase3)、robo1(roundabout guidance receptor 1:迂迴指引受體1)、ROBO3(roundabout guidance receptor 3:迂迴指引受體3)、Rock1(Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1:Rho相關的含纏繞線圈的蛋白激酶1)、Rock2(Rho associated coiled-coil containing protein kinase 2:Rho相關的含纏繞線圈的蛋白激酶2)、Ror2(receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 2:受體酪胺酸激酶樣非病原性受體2)、RORC(RAR-related orphan receptor gamma:RAR相關非病原性受體γ)、ROS1(Ros1 proto-oncogene:Ros1原致癌基因)、Rpl13a(ribosomal protein L13A:核醣體蛋白L13A)、Runx1t1(RUNX1 translocation partner 1:RUNX1易位拍檔1)、Runx2(runt related transcription factor 2:矮小相關轉錄因子2)、RXRA(retinoid X receptor alpha:類視色素X受體α)、S100a8(S100 calcium binding protein A8(calgranulin A):S100鈣結合蛋白A8(鈣粒蛋白A))、S100a9(S100 calcium binding protein A9(calgranulin B):S100鈣結合蛋白A9(鈣粒蛋白B))、S1P3(sphingosine-1-phosphate receptor 3:神經鞘胺醇-1-磷酸受體3)、S1PR1(Sphingosine-1-phosphate receptor 1:神經鞘胺醇-1-磷酸受體1)、Saa4(serum amyloid A 4:血清澱粉樣蛋白A4)、Scgb1a1(secretoglobin, family 1A, member 1(uteroglobin):分泌素,家族1A,成員1(子宮珠蛋白))、SCN1B(sodium channel, voltage-gated, type I, beta:鈉通道,電位門控,類型I,β)、SCN3B(sodium channel, voltage-gated, type III, beta:鈉通道,電位門控,類型III,β)、SDC2(syndecan2:多配體蛋白聚糖2)、SDC3(syndecan3:多配體蛋白聚糖3)、Sele(selectin, endothelial cell:選擇素,內皮細胞)、SELL(selectin, lymphocyte:選擇素,淋巴細胞)、Selp(selectin, platelet:選擇素,血小板)、selplg(selectin, platelet(p-selectin)ligand:選擇素,血小板(p選擇素)配體)、SEMA3A(sema domain, immunoglobulin domain(Ig), short basic domain, secreted,(semaphorin)3A:sema結構域,免疫球蛋白結構域(Ig),短鹼性結構域,分泌物,(臂板蛋白)3A)、Sema7a(sema domain, immunoglobulin domain(Ig), and GPI membrane anchor,(semaphorin)7A:sema結構域,免疫球蛋白結構域(Ig)和GPI膜錨,(臂板蛋白)7A)、SERPINA1(serpin family A member 1:絲胺酸蛋白酶抑制劑家族A成員1)、SERPINB5(serpin family B member 5:絲胺酸蛋白酶抑制劑家族B成員5)、SERPINC1(Serpin peptidase inhibitor, clade C(antithrombin), member 1:絲胺酸蛋白酶抑制劑,分支C(抗凝血酶),成員1)、Serpine1(serine(or cysteine)peptidase inhibitor, clade E, member 1:絲胺酸(或半胱胺酸)肽酶抑制劑,分支E,成員1)、SERPINF1("Serpin peptidase inhibitor, clade F(alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1":“絲胺酸蛋白酶抑制劑,分支F(α-2抗血漿素,色素上皮衍生因子)成員1”)、Serpinf2(serine(or cysteine)peptidase inhibitor, clade F, member 2:絲胺酸(或半胱胺酸)肽酶抑制劑,分支F,成員2)、SERPINH1(serpin family H member 1:絲胺酸蛋白酶抑制劑家族H成員1)、Sfrp1(secreted frizzled-related protein 1:分泌型捲曲相關蛋白1)、SFRP5(secreted frizzled-related sequence protein 5:分泌型捲曲相關序列蛋白5)、SH2B2(SH2B adaptor protein 2:SH2B轉接蛋白2)、SH3PXD2A(SH3 and PX domains 2A:SH3和PX結構域2A)、SHB(src homology 2 domain-containing transforming protein B:src同系物2結構域的轉化蛋白B)、SHBG(sex hormone binding globulin:性激素結合球蛋白)、SHH(sonic hedgehog:音蝟因子)、Shox2(short stature homeobox 2:身材矮小的同源匣2)、Sigirr(single immunoglobulin and toll-interleukin 1 receptor(TIR)domain:單一免疫球蛋白和toll介白素1受體(TIR)結構域)、SIRT1(sirtuin 1:去乙醯化酶1)、SIRT2(sirtuin 2:去乙醯化酶2)、SIRT3(sirtuin 3:去乙醯化酶3)、SIRT6(sirtuin 6:去乙醯化酶6)、SLC17A5(Solute carrier family 17(anion/sugar transporter), member 5:溶質載體家族17(陰離子/糖轉運子)成員5)、SLC1A3(solute carrier family 1(glial high affinity glutamate transporter), member 3:溶質載體家族1(膠質高親和力麩胺酸轉運蛋白),成員3)、Slc2a4(solute carrier family 2(facilitated glucose transporter), member 4:溶質載體家族 2(促進葡萄糖轉運蛋白)成員4)、Slc3a2(solute carrier family 3(activators of dibasic and neutral amino acid transport), member 2:溶質載體家族3(二元酸和中性胺基酸運輸活化劑)成員2)、Slc7a5(solute carrier family 7 member 5:溶質載體家族7成員5)、SLC9A6(solute carrier family 9(sodium/hydrogen exchanger), member 6:溶質載體家族9(鈉/氫交換器)成員6)、SLIT3(slit guidance ligand 3:狹縫指引配體3)、Slitrk6(SLIT and NTRK-like family, member 6:SLIT和NTRK樣家族,成員6)、SMAD1(SMAD family member 1:SMAD家族成員1)、SMAD2(SMAD family member 2:SMAD家族成員2)、SMAD3(SMAD family member 3:SMAD家族成員3)、SMAD4(SMAD family member 4:SMAD家族成員4)、SMAD5(SMAD family member 5:SMAD家族成員5)、SMAD6(SMAD family member 6:SMAD家族成員6)、SMAD7(SMAD family member 7:SMAD家族成員7)、Smurf1(SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1:SMAD特異性E3泛素蛋白連接酶1)、SMURF2(SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2:SMAD特異性E3泛素蛋白連接酶2)、SNAI1(snail family transcriptional repressor 1:蝸牛家族轉錄抑制蛋白1)、Snai2(snail family zinc finger 2:蝸牛家族鋅指2)、SNCA(synuclein, alpha:突觸核蛋白,α)、Snx19(sorting nexin 19:分選連接蛋白19)、Socs3(suppressor of cytokine signaling 3:細胞激素訊息抑制劑3)、Socs5(suppressor of cytokine signaling 5:細胞激素訊息抑制劑5)、Sod1(superoxide dismutase 1, soluble:超氧化物歧化酶1,可溶性)、Sort1(sortilin 1:分揀蛋白1)、Sost(sclerostin:骨硬化素)、SOX2(SRY(sex determining region Y)-box 2:SRY(性別決定區Y)框2)、SOX4(SRY(sex determining region Y)-box 4:SRY(性別決定區Y)框4)、SOX5(SRY(sex determining region Y)-box 5:SRY(性別決定區Y)框5)、SOX6(SRY(sex determining region Y)-box 6:SRY(性別決定區Y)框6)、SOX9(SRY(sex determining region Y)-box 9:SRY(性別決定區Y)框9)、SP1(Sp1 transcription factor:Sp1轉錄因子)、Sp7(Sp7 transcription factor 7:Sp7轉錄因子7)、Sparc(secreted acidic cysteine rich glycoprotein:分泌型酸性富含半胱胺酸的醣蛋白)、SPG7(SPG7, paraplegin matrix AAA peptidase subunit:SPG7,截癱蛋白基質AAA,肽酶次單元)、SPHK1(Sphingosine kinase 1:神經鞘胺醇激酶1)、Spn(sialophorin:涎福林)、SPON2(spondin 2, extracellular matrix protein:脊椎蛋白2,細胞外基質蛋白)、Spp1(secreted phosphoprotein 1:分泌型磷蛋白)、SPTBN5(spectrin beta, non-erythrocytic 5:血影蛋白β,非紅細胞5)、SRC(Rous sarcoma oncogene:勞斯肉瘤致癌基因)、Srebf1(sterol regulatory element binding transcription factor 1:膽固醇調節組件結合轉錄因子1)、ST3GAL2(ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2:β-半乳糖苷,α-2,3-涎酸轉移酶2)、ST6GAL1(beta galactoside alpha 2,6 sialyltransferase 1:β半乳糖苷α-2,6-涎酸轉移酶1)、Stab1(stabilin 1:穩定素1)、STAT1(signal transducer and activator of transcription 1:訊號轉導子和轉錄活化因子1)、STAT3(signal transducer and activator of transcription 3:訊號轉導子和轉錄活化因子3)、STAT4(signal transducer and activator of transcription 4:訊號轉導子和轉錄活化因子4)、STAT5a(signal transducer and activator of transcription 5A:訊號轉導子和轉錄活化因子5A)、STAT5b(signal transducer and activator of transcription 5B:訊號轉導子和轉錄活化因子5B)、STAT6(signal transducer and activator of transcription 6:訊號轉導子和轉錄活化因子6)、STC1(stanniocalcin 1:斯鈣素1)、STMN3(stathmin-like 3:微管不穩定蛋白樣3)、HSPA8(heat shock protein 8:熱休克蛋白8)、SVIL(supervillin:超絨毛蛋白)、Syk(spleen tyrosine kinase:脾酪胺酸激酶)、SYNGR1(synaptogyrin 1:突觸循環蛋白1)、TAZ(tafazzin)、Tbx2(T-box 2:T盒2)、TBX21(T-box 21:T盒21)、Tbx3(T-box 3:T盒3)、TBX5(T-box 5:T盒5)、Tcf7l2(transcription factor 7 like 2, T cell specific, HMG box:轉錄因子7樣2,T細胞特異性,HMG盒)、Tek(TEK receptor tyrosine kinase:TEK受體酪胺酸激酶)、TENM2(teneurin transmembrane protein 2:teneurin跨膜蛋白2)、TERF1(telomeric repeat binding factor 1:端粒重複序列結合因子1)、Terf2(telomeric repeat binding factor 2:端粒重複序列結合因子2)、Tert(telomerase reverse transcriptase:端粒酶反轉錄酶)、TFAM(transcription factor A, mitochondrial:轉錄因子A,粒線體)、TFRC(transferrin receptor:運鐵蛋白受體)、TGFA(Transforming growth factor, alpha:轉化生長因子,α)、Tgfb1(transforming growth factor, beta 1:轉化生長因子,β1)、Tgfb2(transforming growth factor, beta 2:轉化生長因子,β2)、TGFb3(transforming growth factor, beta 3:轉化生長因子,β3)、TGFBR1(transforming growth factor, beta receptor I:轉化生長因子,β受體I)、TGFBR2(transforming growth factor, beta receptor II:轉化生長因子,β受體II)、TGFBR3(transforming growth factor, beta receptor III:轉化生長因子,β受體III)、TGIF1(TGFB induced factor homeobox 1:誘導因子同源匣1)、TGM2(transglutaminase 2, C polypeptide:轉麩醯胺酸酶2,C多肽)、Thbs1(thrombospondin 1:血小板反應蛋白1)、THBS2(thrombospondin 2:血小板反應蛋白2)、THPO(Thrombopoietin:血小板生成素)、THY1(Thy-1 cell surface antigen:Thy-1細胞表面抗原)、TIE1(Tyrosine kinase with immunoglobulin-like and EGF-like domains 1:具有免疫球蛋白樣和EGF樣結構域的酪胺酸激酶1)、TIGIT(T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains:具有Ig和ITIM結構域的T細胞免疫受體)、TIMP1(tissue inhibitor of metalloproteinase 1:金屬蛋白酶組織抑制劑1)、TIMP2(tissue inhibitor of metalloproteinase 2:金屬蛋白酶組織抑制劑2)、TIMP3(tissue inhibitor of metalloproteinase 3:金屬蛋白酶組織抑制劑3)、TIMP4(tissue inhibitor of metalloproteinase 4:金屬蛋白酶組織抑制劑4)、Tirap(toll-interleukin 1 receptor(TIR)domain-containing adaptor protein:含toll介白素1受體(TIR)結構域的轉接蛋白)、Tlr1(toll-like receptor 1:toll樣受體1)、Tlr2(toll-like receptor 2:toll樣受體2)、Tlr3(toll-like receptor 3:toll樣受體3)、Tlr4(toll-like receptor 4:toll樣受體4)、Tlr5(toll-like receptor 5:toll樣受體5)、Tlr6(toll-like receptor 6:toll樣受體6)、Tlr7(toll-like receptor 7:toll樣受體7)、Tlr8(toll-like receptor 8:toll樣受體8)、Tlr9(toll-like receptor 9:toll樣受體9)、TMEM33(transmembrane protein 33:跨膜蛋白33)、TMSB15A(thymosin beta 15a:胸腺素β15a)、TNC(tenascin C:肌腱蛋白C)、Tnf(tumor necrosis factor:腫瘤壞死因子)、Tnfaip3(tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3:腫瘤壞死因子,α誘導蛋白3)、Tnfaip6(tumor necrosis factor alpha induced protein 6:腫瘤壞死因子α誘導蛋白6)、TNFAIP8(tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8:腫瘤壞死因子,α誘導蛋白8)、TNFRSF10C(TNF receptor superfamily member 10c:TNF受體超家族成員10c)、TNFRSF10D(TNF receptor superfamily member 10c:TNF受體超家族成員10c)、Tnfrsf11b(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b:腫瘤壞死因子受體超家族,成員11b)、Tnfrsf14(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 14(herpesvirus entry mediator):腫瘤壞死因子受體超家族成員14(疱疹病毒侵入介質))、TNFRSF17(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 17:腫瘤壞死因子受體超家族,成員17)、TNFRSF18(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 18:腫瘤壞死因子受體超家族,成員18)、Tnfrsf1a(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1a:腫瘤壞死因子受體超家族,成員1a)、Tnfrsf1b(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1b:腫瘤壞死因子受體超家族,成員1b)、Tnfrsf4(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 4:腫瘤壞死因子受體超家族,成員4)、TNFRSF9(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9:腫瘤壞死因子受體超家族,成員9)、Tnfsf10(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 10:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員10)、Tnfsf11(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 11:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員11)、TNFSF13(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 13:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員13)、TNFSF13B(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 13b:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員13b)、Tnfsf14(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 14:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員14)、Tnfsf15(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 15:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員15)、Tnfsf18(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 18:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員18)、Tnfsf4(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 4:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員4)、Tnfsf8(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 8:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員8)、Tnfsf9(tumor necrosis factor(ligand)superfamily, member 9:腫瘤壞死因子(配體)超家族,成員9)、Tollip(toll interacting protein:toll相互作用蛋白)、TRA(T cell receptor alpha locus:T細胞受體α基因座)、Traf6(TNF receptor-associated factor 6:TNF受體相關因子6)、TRB(T cell receptor beta locus:T細胞受體β基因座)、Trem1(triggering receptor expressed on myeloid cells 1:在骨髓細胞上表現的觸發受體1)、Trem2(triggering receptor expressed on myeloid cells 2:在骨髓細胞上表現的觸發受體2)、TRIM3(tripartite motif-containing 3:含三模體3)、Trp53(transformation related protein 53:轉化相關蛋白53)、Trp53bp1(transformation related protein 53 binding protein 1:轉化相關蛋白53結合蛋白1)、Trpv1(transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 1:瞬態感受器電位陽離子通道,亞科V,成員1)、Tsc2(TSC complex subunit 2:TSC複合物次單元2)、TSC22D3(TSC22 domain family, member 3:TSC22結構域家族,成員3)、Tslp(thymic stromal lymphopoietin:胸腺基質淋巴生成素)、Twist1(twist basic helix-loop-helix transcription factor 1:扭轉鹼性螺旋-環-螺旋轉錄因子1)、Twist2(twist basic helix-loop-helix transcription factor 2:扭轉鹼性螺旋-環-螺旋轉錄因子2)、TXNIP(thioredoxin interacting protein:硫氧還原蛋白相互作用蛋白)、TYMP(Thymidine phosphorylase:胸苷磷酸化酶)、Ucp1(uncoupling protein 1(mitochondrial, proton carrier):解偶聯蛋白1(粒線體,質子載體))、Uts2(urotensin 2:尾體素2)、VASH1(vasohibin 1:血管抑制蛋白1)、VASP(vasodilator-stimulated phosphoprotein:血管擴張刺激磷蛋白)、VCAM1(vascular cell adhesion molecule 1:血管細胞黏著分子1)、Vcan(versican:蛋白聚糖)、vcl(vinculin:紐蛋白)、VDR(vitamin D(1,25-dihydroxyvitamin D3)receptor:維生素D(1,25-二羥維生素D3)受體)、Vegfa(vascular endothelial growth factor A:血管內皮生長因子A)、VEGFB(Vascular endothelial growth factor B:血管內皮生長因子B)、VEGFC(vascular endothelial growth factor C:血管內皮生長因子C)、VEGFD(vascular endothelial growth factor D:血管內皮生長因子D)、VIM(Vimentin:波形蛋白)、VPS13A(vacuolar protein sorting 13A:液泡蛋白分樣13A)、VPS13C(vacuolar protein sorting 13C:液泡蛋白分樣13C)、Vsir(V-set immunoregulatory receptor:V-set免疫調節受體)、Vtcn1(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1:含T細胞活化抑制劑1的V-set結構域)、VTN(vitronectin:玻璃黏連蛋白)、VWA5A(von Willebrand factor A domain containing 5A:含馮威里氏因子A的結構域5A)、VWF(Von Willebrand factor:馮威里氏因子)、WEE1(WEE 1 homolog 1 (S.pombe):WEE1同系物1(裂殖酵母))、WIPF1(WAS/WASL interacting protein family, member 1:WAS/WASL相互作用蛋白家族,成員1)、Wnt1(wingless-type MMTV integration site family, member 1:無翅型MMTV整合位點家族,成員1)、Wnt10b(wingless-type MMTV integration site family, member 10B:無翅型MMTV整合位點家族,成員10B)、Wnt3a(wingless-type MMTV integration site family, member 3A:無翅型MMTV整合位點家族,成員3A)、Wnt5a(wingless-type MMTV integration site family, member 5A:無翅型MMTV整合位點家族,成員5A)、Wnt5b(wingless-type MMTV integration site family, member 5B:無翅型MMTV整合位點家族,成員5B)、Wrn(Werner syndrome RecQ like helicase:維爾納氏症候群RecQ樣解旋酶)、Xcl1(chemokine(C motif)ligand 1:趨化激素(C模體)配體1)、Xcr1(chemokine(C motif)receptor 1:趨化激素(C模體)受體1)、Ywhaz(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide:酪氨酸3-單加氧酶/色胺酸5-單加氧酶活化蛋白,ζ多肽)、Zfp36(zinc finger protein 36:鋅指蛋白36)、ZFP42(Zinc finger protein 42 homolog(mouse):鋅指蛋白42同系物(小鼠))、Zhx3(zinc fingers and homeoboxes 3:鋅指和同源匣3)、Zmpste24(zinc metallopeptidase, STE24:鋅金屬肽酶,STE24)、ZNF25(zinc finger protein 25:鋅指蛋白25)、ACTC1(actin, alpha, cardiac muscle 1:肌動蛋白,α,心臟1)、AFF3(AF4/FMR2 family, member 3:AF4/FMR2家族,成員3)、AGMO(alkylglycerol monooxygenase:烷基甘油單加氧酶)、AHNAK2(AHNAK nucleoprotein 2:AHNAK核蛋白2)、AK4(adenylate kinase 4:腺苷酸激酶4)、AKR1C1(aldo-keto reductase family 1, member C1:醛酮還原酵素家族1,成員C1)、ANKRD1(ankyrin repeat domain 1(cardiac muscle):錨定蛋白重複結構域1(心臟))、ANXA10(annexin A10:膜聯蛋白A10)、B3GALT2(UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase 2:UDP-Gal:β-GlcNAc-β-1,3-半乳糖基轉移酶2)、BST2(bone marrow stromal cell antigen 2:骨髓基質細胞抗原2)、C1orf198(chromosome 1 open reading frame 198:染色體1可讀框架198)、C2orf88(chromosome 2 open reading frame 88:染色體2 可讀框架88)、CCND2(cyclin D2:週期蛋白)、CEMIP(cell migration inducing protein, hyaluronan binding:細胞遷移誘導蛋白,透明質酸結合)、CHAC1(ChaC glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 1:ChaC麩胱甘肽特異性γ-麩胺醯基環轉移酶1)、CHRNA1(cholinergic receptor, nicotinic alpha 1:膽鹼能受體,菸鹼α1)、CLDN1(claudin 1:密連蛋白1)、CLDN11(claudin 11:密連蛋白11)、CNIH3(cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3:cornichon家族AMPA受體輔助蛋白3)、CNN1(calponin 1, basic, smooth muscle:鈣調蛋白1,鹼性,平滑肌)、CSGALNACT1(chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1:硫酸軟骨素N-乙醯胺基半乳糖轉移酶1)、CTSS(cathepsin S:細胞自溶酵素S)、CYP1B1(cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1:細胞色素 P450,家族1,亞科B,多肽1)、DAPK1(death-associated protein kinase 1:死亡相關蛋白激酶1)、DDIT4(DNA damage inducible transcript 4:DNA損傷誘導轉錄物4)、DIRAS3(DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3:DIRAS 家族,GTP結合RAS樣3)、EBF2(early B-cell factor 2:早期B細胞因子2)、ELN(elastin:彈性蛋白)、ESM1(endothelial cell-specific molecule 1:內皮細胞特異性分子1)、ETV1(ets variant 1:ets變異1)、FABP3(fatty acid binding protein 3, muscle and heart:脂肪酸結合蛋白3,肌肉和心臟)、FHL1(four and a half LIM domains 1:四個半LIM結構域1)、FLG(filaggrin:絲聚合蛋白)、FOSB(FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog B:FBJ小鼠骨肉瘤病毒致癌基因同系物B)、GBP4(guanylate binding protein 4:鳥苷酸結合蛋白4)、GBP5(guanylate binding protein 5:鳥苷酸結合蛋白5)、GFRA1(GDNF family receptor alpha 1:GDNF家族受體α1)、HAS2(hyaluronan synthase 2:透明質酸合酶2)、HHIP(hedgehog interacting protein:刺蝟相互作用蛋白)、H2AC8(histone cluster 1, H2ae:組蛋白叢1,H2ae)、H2ac7(histone cluster 1, H2ad:組蛋白叢1,H2ad)、H3C4(histone cluster 1, H3d:組蛋白叢1,H3d)、H3C8(histone cluster 1, H3g:組蛋白叢1,H3g)、HSPB6(heat shock protein, alpha-crystallin-related, B6:熱休克蛋白,α水晶體蛋白相關,B6)、IL18BP(interleukin 18 binding protein:介白素18結合蛋白)、IL32(interleukin 32:介白素32)、Acod1(immunoresponsive 1 homolog(mouse):免疫反應1同系物(小鼠))、KCTD16(potassium channel tetramerization domain containing 16:含鉀通道四聚結構域16)、KLF10(Kruppel-like factor 10:Kruppel樣因子10)、KRT34(keratin 34, type I:角蛋白34,類型I)、KRTAP1-1(keratin associated protein 1-1:角蛋白相關蛋白1-1)、KRTAP1-5(keratin associated protein 1-5:角蛋白相關蛋白1-5)、LMOD1(leiomodin 1(smooth muscle):leiomodin1(平滑肌))、LRIG3(leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains 3:富含白胺酸的重複序列和免疫球蛋白樣結構域3)、LRRC15(leucine rich repeat containing 15:富含白胺酸的重複序列15)、LRRC17(leucine rich repeat containing 17:富含白胺酸的重複序列17)、LYPD6B(LY6/PLAUR domain containing 6B:含LY6/PLAUR結構域6B)、MALL(mal, T-cell differentiation protein-like:mal,T細胞分化蛋白樣)、MFAP4(microfibrillar associated protein 4:微纖維相關蛋白4)、MKX(mohawk homeobox:lmohawk同源匣)、MYCT1(myc target 1:myc目標1)、NEFM(neurofilament, medium polypeptide:神經元絲,中等多肽)、NFASC(neurofascin:編碼神經束蛋白)、NFATC2(nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 2:活化T細胞質的核因子,細胞質,鈣調神經磷酸酶依賴性2)、NTSR1(neurotensin receptor 1(high affinity):神經調壓素受體1(高親和力))、OAS1(2-5-oligoadenylate synthetase 1:2-5-寡腺苷醯合成酶1)、PHLDA1(pleckstrin homology-like domain, family A, member 1:PH樣結構域,家族A,成員1)、PITX2(paired-like homeodomain 2:成對樣同源域2)、PREX1(phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchange factor 1:磷脂酸肌醇-3,4,5-三磷酸依賴的Rac交換因子1)、PSAT1(phosphoserine aminotransferase 1:磷絲胺酸胺基轉移酶1)、PSG9(pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9:懷孕特異性β-1-醣蛋白9)、RAB27B(RAB27B, member RAS oncogene family:致癌基因成員)、RCAN2(regulator of calcineurin 2:鈣調神經磷酸酶調節劑2)、RDH5(retinol dehydrogenase 5(11-cis/9-cis):視黃醇去氫酶 5(11-cis/9-cis))、RGCC(regulator of cell cycle:細胞週期調節劑)、RIMS1(regulating synaptic membrane exocytosis 1:調節突觸膜胞吐作用1)、RORA(RAR-related orphan receptor A:RAR相關非病原性受體A)、RPL12(Zhang2013 ALT_ACCEPTOR, ALT_DONOR, coding, INTERNAL, intronic best transcript NM_000976:Zhang2013 ALT_受體,ALT_供體,編碼,INTERNAL,內含子最佳轉錄物NM_000976)、RSAD2(radical S-adenosyl methionine domain containing 2:含自由基-S-腺苷基甲硫胺酸結構域2)、SCRG1(stimulator of chondrogenesis 1:軟骨生成刺激劑1)、SERPINB2(serpin peptidase inhibitor, clade B(ovalbumin), member 2:絲胺酸蛋白酶抑制劑,分支B(卵白蛋白)成員2)、SLAMF8(SLAM family member 8:SLAM家族成員8)、SLC14A1(solute carrier family 14(urea transporter), member 1(Kidd blood group):溶質載體家族14(尿素轉移子),成員1(Kidd血型))、SLC38A1(solute carrier family 38, member 1:溶質載體家族38,成員1)、SYT1(synaptotagmin I:突觸結合蛋白I)、TFPI2(tissue factor pathway inhibitor 2:組織因子路徑抑制物2)、THBS4(thrombospondin 4:凝血酶敏感蛋白4)、TINAGL1(tubulointerstitial nephritis antigen-like 1:腎小管間質腎炎抗原樣1)、TMEM130(transmembrane protein 130:跨膜蛋白130)、TNMD(tenomodulin:腱調蛋白)、UBD(ubiquitin D:泛素D)、VIT(vitrin:玻璃體蛋白)、XG(Xg blood group;Xg pseudogene, Y-linked 2:Xg血型,Xg偽基因,Y連接2)、GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase:甘油醛-3-磷酸去氫酶)、CMRF-56
(2)特定基因的去除 在上述(1)中所選擇之基因中的CMRF-56由於為樹狀細胞標記而被去除。在從Illumina, Inc.中訂購Primer時,在Illumina, Inc.中沒有出售的基因具有18個基因,因此被去除。該18個基因如下。 HLA-DRB5、NTF4、UTS2、MIF、CD24、CD70、IL17D、C2ORF88、HLA-DQB1、CEMIP、CD165、TRA、TRB、XCL1、ACOD1、CCR10、CXCR3、MIR34A
(3)2種引子組(Primer set)的製作 製作了以下2種引子組。 ·包含高表現基因之引子組 ·排除了高表現基因之引子組
關於除了CMRF-56及上述18個基因以外的1181基因中的38個基因,為了高表現而探討了替換為另一個基因。在高表現基因包含於引子組中之情況下,擔心該等基因在引線計數中所佔之比率變多,製作了不包含高表現基因的引子組(1143個基因)和包含高表現基因之引子組(1181個基因)這2種。高表現基因38種如下。
ACTB、Ahsg、B2M、Bsg、C3、Calr、CD63、CFL1、Clu、COL6A1 CTNNB1、FASN、FN1、GPC3、GPI、HLA-A、HLA-B、Hspd1、IGFBP3、IGFBP4 IGFBP5、KRT18、KRT8、Lgals1、Mki67、Nfe2l1、SERPINA1、SERPINH1、Slc7a5、Sparc HSPA8、TFRC、THBS2、TIMP2、TNC、VIM、Ywhaz、GAPDH
實施例3:基因表現的測定 (1)反轉錄 使用了Ampliseq cDNA Synthesis for Illumina(Illumina的Ampliseq cDNA合成)(Illumina、20022654)。依據廠商協議,混合了AmpliSeq cDNA Reaction Mix(AmpliSeq cDNA反應混合物)、AmpliSeq RT Enzymer Mix(AmpliSeq RT酶混合物)及調整後的mRNA。將其安裝於熱循環儀中,並進行了RT反應。(在42℃、30分鐘的條件下進行1個循環,接著在85℃、5分鐘的條件下進行1個循環,之後維持在10℃,並完成)
(2)PCR反應(第1次) 使用了AmpliSeq for Illumina Custom RNA Panel(Illumina定制RNA面板的AmpliSeq)(Illumina、20020496)、AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)。依據廠商協議,混合AmpliSeq HiFi Mix、AmpliSeq Custom RNA Pane、cDNA,將其安裝於熱循環儀中,並進行了PCR反應。(在99℃、2分鐘的條件下進行1個循環,在99℃、15秒鐘、接著在60℃、8分鐘的條件下進行15循環,之後維持在10℃,並完成)
(3)擴增產物(Amplicon)的部分消化 使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)。向PCR反應液中添加FuPa Reagent並進行混合之後,將其安裝於熱循環儀中,並進行了反應。(在50℃、10分鐘、在55℃、10分鐘、在62℃、20分鐘的條件下各進行1個循環。之後維持在10℃,並完成)
(4)索引配接器的連接 使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)及AmpliSeq for Illumina CD Indexes Set A(Illumina CD索引集A的AmpliSeq)(Illumina、20029105)。在前步驟之後,迅速依序添加了Switch Solution、AmpliSeq CD indexs(AmpliSeq CD索引)、DNA Ligase(DNA連接酶)。在混合之後,將其安裝於熱循環儀中,並進行了連接反應。(在22℃、30分鐘、在68℃、5分鐘、在72℃、5分鐘的條件下各進行1個循環。之後維持在10℃,並完成)
(5)純化 使用了AMPure XP 450mL Kit(BECKMAN COULTER、A63882)。向連接反應液中添加AMPure XP珠並進行了攪拌之後,在室溫下靜置了5分鐘。將其安裝於磁架中,靜置2分鐘之後,去除了上清液。添加70%乙醇,靜置30秒鐘之後,去除了上清液。將其反覆進行了2次。風乾了10分鐘。
(6)PCR反應(第2次) 使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS。混合Lib Amp Mix、Library Amp Primers,將其添加到純化後樣品中,並進行了攪拌。將其安裝於熱循環儀中,並進行PCR反應,從而製作了資料庫。(在98℃、2分鐘的條件下進行1個循環,在98℃、15秒鐘、在64℃、1分鐘的條件下進行7個循環。之後維持在10℃,並完成)
(7)純化 使用AMPure XP 450 mL Kit進行了純化。向PCR反應液中添加AMPure XP珠並進行了攪拌之後,在室溫下靜置了5分鐘。將其安裝於磁架中,靜置5分鐘之後,去除了上清液。添加70%乙醇,靜置30秒鐘之後,去除了上清液。將其反覆進行了2次。將其風乾了5分鐘。將其從磁架卸下,添加Low TE,並進行了攪拌。將其安裝於磁架中,並靜置了5分鐘。回收上清液,並設為NGS資料庫。
(8)定量 使用了KAPA Library Quantification Kit(KAPA BIOSYSTEMS)。對NGS資料庫進行濃度調整,並與KAPA Master Mix進行混合。Standard亦同樣地與KAPA Master Mix進行混合。利用CFX96 Real-Time System(CFX96即時呈現系統)進行qPCR,並進行了定量。
(9)序列 使用了PhiX Control kit v3(Illumina TG-110-3001)。稀釋資料庫,並添加0.2N NaOH溶液以使其改質為ssDNA。向其中添加了HT1。使PhiX對照DNA亦同樣地改質。將該等添加到套組的試劑匣中,並利用MiSeq(Illumina)進行了序列。
實施例4:基因表現的資料處理 將引線資料導入QIAGEN公司CLC Genomics Workbench中。在導入時參照之序列資訊使用了Homo sapience sequence。引線資料按各鹼基具有錯誤的機率的值。若將引線資料導入CLC Genomics Workbench中,則其會轉換為Phred Score(phred分數)。Phred Score為取鹼基的錯誤確立的Log並乘以-10而分化者(下式)。
Phred Score=-10×log 10P err
使用Phred Score,實施了質量修整。將質量修整的順序示於以下中。首先,將Phred Score轉換為p值(下式)。
P err=10 -phredScore/10
接著,計算修整時所設定之Limit(0.05)與p值的差,並計算出差的累積和。此時,0以下值設為0。修整後的引線開始點設為累積和首次成為0以上之點,修整後的引線結束點設為累積和成為最大的點。 在質量修整後,按以下順序將引線數量轉換為表現量。首先,將引線序列對準在基因體上最類似之區域。接著,使用下式算出RPKM(Read Per Kilobase Million:每百萬總讀數每千鹼基之讀數)。
RPKM=映射到外顯子區域之引線數量÷[映射到其樣品之所有引線數量(百万單位)×外顯子的長度(kb)]
將RPKM除以RPKM之和而獲得之值計算為TPM(Transcript Per Million:每百萬說明書)。 在對TPM進行對數處理之情況下,藉由“各基因的引線計數+(1×gene length/average of gene length:1×基因長度/基因透鏡的平均值)”的式對缺損值進行處理,之後算出RPKM、TPM。
又,關於缺損值的處理,即使在使用被檢測之最小值之情況或插入檢測下限值之情況下,亦能夠獲得相同的分析結果。
實施例5:基因表現資料分析 使用對各基因表現資料的TPM值進行對數處理而獲得之值,計算出基於測定基因組之相關係數及決定係數。關於相關係數,使用在本說明書中上述之Microsoft Excel(註冊商標)中所採用之CORREL函數算出,關於決定係數,使用在本說明書中上述之Microsoft Excel(註冊商標)中所採用之RSQ函數算出。又,亦一併算出採用了各細胞群體的中央值之、滑膜MSC群體的中央值、L骨髓MSC群體的中央值、REC-MSC群體的中央值。將該決定係數的數值以與1Lot的細胞值進行比較之形式記載於以下表2中。
[表2]
      滑膜MSC 1Lot L骨髓MSC 1Lot L脂肪MSC 1Lot
MSC 細胞種類 源自活組織 相同細胞群體的批次不同的細胞 0.886 0.916 0.905
滑膜MSC群體的中央值 0.949 0.864 0.841
L骨髓MSC群體的中央值 0.821 0.961 0.823
REC-MSC群體的中央值 0.786 0.873 0.826
L脂肪MSC群體的中央值 0.821 0.833 0.960
源自人工產物 iPSC-MSC 0.663 0.755 0.711
非MSC細胞種類 FB 0.699 0.773 0.746
WP 0.720 0.699 0.719
PAEC 0.462 0.503 0.503
CD34細胞 0.165 0.189 0.186
CD14細胞 0.132 0.139 0.139
Tcell 0.100 0.122 0.126
Bcell 0.093 0.111 0.113
iPSC 0.330 0.356 0.370
其結果,針對每個MSC,能夠設定在品質管理時,與另一個MSC群體的邊界值且與非MSC群體的邊界值等者。
可知若為滑膜MSC,則作為滑膜MSC的另一批滑膜MSC具有0.886的決定係數,若為滑膜MSC群體的中央值,則具有0.949的決定係數。又,可知在與源自其他組織的MSC的比較中成為0.821、0.786、0.821、0.663,並且在MSC群體中規定滑膜MSC時,藉由採用0.83以上的決定係數作為閾值而能夠進行管理。又,亦可知在與非MSC細胞種類的比較中為0.093~0.720左右的決定係數,作為源自活組織的MSC的閾值管理能夠設定為0.75左右。
又,可知若為L骨髓MSC,則作為骨髓MSC的另一批滑膜MSC具有0.916的決定係數,若為骨髓MSC群體的中央值,則具有0.961的決定係數。又,可知在與源自其他組織的MSC的比較中成為0.864、0.873、0.833、0.755,並且在MSC群體中規定骨髓MSC時,藉由採用0.88以上的決定係數作為閾值而能夠進行管理。又,亦可知在與非MSC細胞種類的比較中為0.111~0.773左右的決定係數,作為源自活組織的MSC的閾值管理能夠設定為0.78左右。
又,可知若為L脂肪MSC,則作為脂肪MSC的另一批滑膜MSC具有0.905的決定係數,若為脂肪MSC群體的中央值,則具有0.960的決定係數。又,可知在與源自其他組織的MSC的比較中成為0.841、0.8230.826、0.711,並且在MSC群體中規定骨髓MSC時,藉由採用0.85以上的決定係數作為閾值而能夠進行管理。又,亦可知在與非MSC細胞種類的比較中為0.113~0.746左右的決定係數,作為源自活組織的MSC的閾值管理能夠設定為0.75左右。
又,亦可知在所有情況下,iPSC-MSC在MSC細胞種類中具有較低的決定係數,並且具有與源自活組織的MSC不同(與FB(纖維母細胞)無法區分的程度)之性質。若鑑於iPSC-MSC為藉由特殊的分化誘導而人工製作之細胞,並且製造步驟顯著不同,則認為這是非常合理的結果。
又,可知鑑於基於包含高表現基因之測定結果及之後對品質管理的影響,準備不包含高表現基因的引子組(1143個基因)和包含高表現基因之引子組(1181個基因)而實施,但是作為結果,使用任一個引子組均能夠相同,沒有任何差異。依據該等結果,可知在細胞的品質管理中,管理該細胞特有的多個基因表現組的模式之步驟在證明等效性和同質性之觀點上非常有用。
實施例6:所有基因表現分析 利用RIKEN GENESIS CO., LTD.對在實施例1中進行調整之各細胞的mRNA樣品實施了Human Transcriptome Sequencing(人類轉錄組測序)分析。藉由NovaSeq6000(Illumina、20012850)實施受檢體的序列分析之後,使用DRAGEN ver.3.7.5分析引線資料,從而算出所有基因(25,192)的基因表現水平作為TPM。將所有基因(25,192)的基因名稱記載於本實施例的最後。
關於上述所有25,192個基因的組合及從所有25,192個基因表現中隨機提取之1,143個基因的組合,進行了與實施例5相同的分析。再者,為了比較細胞的品質管理中之基因集的有用性,算出檢測力。 具體而言,首先算出各種細胞相對於每個基因集中之對象細胞群體的中央值之變動係數。然後,依據以下式,算出檢測力。
檢測力(針對無規1143個之篩選1143個)={“在實施例2中所篩選之排除了高表現基因之引子組的1143個基因表現”的變動係數}÷{“在實施例6中隨機提取之無規1143個基因表現”的變動係數}
檢測力(針對共計25192個之篩選1143個)={“在實施例2中所篩選之排除了高表現基因之引子組的1143個基因表現”的變動係數}÷{“在實施例6中所獲取之共計25192個基因表現”的變動係數}
將如上所述求出之變動係數和與實施例5同樣地求出之決定係數總結於表3、表4、表5中。
[表3]
         滑膜MSC
依據在實施例2中所篩選之“排除了高表現基因之引子組”的1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中隨機提取之無規1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中所獲取之共計25192個基因的表現算出之決定係數 變動係數 檢測力(針對無規1143個之篩選1143個) 檢測力(針對共計25192個之篩選1143個)
MSC細胞種類 源自活組織 相同細胞群體的批次不同的細胞 0.886 7% 0.950 3% 0.947 3% 2.29 2.07
滑膜MSC群體的中央值 0.949 0% 0.978 0% 0.978 0% N/A N/A
L骨髓MSC群體的中央值 0.821 14% 0.950 3% 0.928 5% 4.67 2.62
REC-MSC群體的中央值 0.786 17% 0.910 7% 0.912 7% 2.47 2.56
L脂肪MSC群體的中央值 0.821 13% 0.921 6% 0.919 6% 2.31 2.24
源自人工產物 iPSC-MSC 0.663 30% 0.857 12% 0.866 11% 2.44 2.63
非MSC細胞種類 FB 0.699 26% 0.867 11% 0.882 10% 2.32 2.67
WP 0.720 24% 0.896 8% 0.886 9% 2.90 2.58
PAEC 0.462 51% 0.809 17% 0.810 17% 2.97 2.99
CD14細胞 0.132 86% 0.582 41% 0.596 39% 2.12 2.20
Tcell 0.100 89% 0.541 45% 0.592 39% 2.00 2.27
iPSC 0.330 65% 0.642 34% 0.678 31% 1.90 2.12
[表4]
         L骨髓MSC
依據在實施例2中所篩選之“排除了高表現基因之引子組”的1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中隨機提取之無規1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中所獲取之共計25192個基因的表現算出之決定係數 變動係數 檢測力(針對無規1143個之篩選1143個) 檢測力(針對共計25192個之篩選1143個)
MSC細胞種類 源自活組織 相同細胞群體的批次不同的細胞 0.916 5% 0.953 2% 0.956 2% 1.91 2.00
滑膜MSC群體的中央值 0.864 10% 0.935 4% 0.944 4% 2.37 2.85
L骨髓MSC群體的中央值 0.961 0% 0.977 0% 0.979 0% N/A N/A
REC-MSC群體的中央值 0.873 9% 0.938 4% 0.949 3% 2.33 2.95
L脂肪MSC群體的中央值 0.833 13% 0.935 4% 0.935 5% 3.15 2.96
源自人工產物 iPSC-MSC 0.755 21% 0.886 9% 0.893 9% 2.32 2.46
非MSC細胞種類 FB 0.773 20% 0.898 8% 0.912 7% 2.43 2.89
WP 0.699 27% 0.910 7% 0.891 9% 4.00 3.03
PAEC 0.503 48% 0.851 13% 0.825 16% 3.71 3.04
CD14細胞 0.139 85% 0.589 40% 0.597 39% 2.15 2.19
Tcell 0.122 87% 0.549 44% 0.597 39% 1.99 2.24
iPSC 0.356 63% 0.653 33% 0.681 30% 1.90 2.07
[表5]
         L脂肪MSC
依據在實施例2中所篩選之“排除了高表現基因之引子組”的1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中隨機提取之無規1143個基因的表現算出之決定係數 變動係數 依據在實施例6中所獲取之共計25192個基因的表現算出之決定係數 變動係數 檢測力(針對無規1143個之篩選1143個) 檢測力(針對共計25192個之篩選1143個)
MSC細胞種類 源自活組織 相同細胞群體的批次不同的細胞 0.905 6% 0.947 3% 0.956 2% 1.70 2.40
滑膜MSC群體的中央值 0.841 12% 0.932 5% 0.938 4% 2.54 2.94
L骨髓MSC群體的中央值 0.823 14% 0.939 4% 0.938 4% 3.47 3.41
REC-MSC群體的中央值 0.826 14% 0.929 5% 0.933 5% 2.69 3.00
L脂肪MSC群體的中央值 0.960 0% 0.980 0% 0.979 0% N/A N/A
源自人工產物 iPSC-MSC 0.711 26% 0.876 11% 0.885 10% 2.45 2.70
非MSC細胞種類 FB 0.746 22% 0.899 8% 0.911 7% 2.72 3.22
WP 0.719 25% 0.904 8% 0.894 9% 3.24 2.91
PAEC 0.503 48% 0.826 16% 0.822 16% 3.04 2.97
CD14細胞 0.139 86% 0.583 41% 0.600 39% 2.11 2.21
Tcell 0.126 87% 0.535 45% 0.599 39% 1.92 2.24
iPSC 0.370 61% 0.671 31% 0.685 30% 1.95 2.04
其結果,可知無論使用所有25,192個基因集,還是使用隨機提取之1,143個基因集,針對每個MSC,均能夠設定在品質管理時,與另一個MSC群體的邊界值且與非MSC群體的邊界值。 例如,可知若為滑膜MSC,則作為滑膜MSC的另一批滑膜MSC在無規1,143個基因中具有0.950、在所有25,192個基因中具有0.947的決定係數,若為滑膜MSC群體的中央值,則在無規1,143個基因中具有0.978、在所有25,192個基因中具有0.978的決定係數。又,可知在與源自其他組織的MSC的比較中,在無規1,143個基因中成為0.950、0.910、0.921、在所有25,192個基因中成為0.928、0.912、0.919,並且在MSC群體中規定滑膜MSC時,藉由採用在無規1,143個基因中為0.96以上、在所有25,192個基因中為0.93以上的決定係數作為閾值而能夠進行管理。又,亦可知在與非MSC細胞種類的比較中,在無規1,143個基因中為0.541~0.896、在所有25,192個基因中為0.592~0.886左右的決定係數,作為源自活組織的MSC的閾值管理能夠設定為在無規1,143個基因中、在所有25,192個基因中均為0.90左右。可知在L骨髓MSC或L脂肪MSC中亦同樣地能夠進行閾值管理。
另一方面,可知若比較檢測力,則在實施例2中所篩選之1,143個基因集中,與使用了所有25,192個基因之情況相比,檢測力顯示2.07倍~2.99倍,與使用了無規1,143個基因之情況相比,亦顯示1.90倍~4.67倍,為能夠以高檢測力顯示與各種細胞的差異之基因集。 事實上,可知與使用了無規1,143個基因集或所有25,192個基因集之情況相比,與各細胞種類的決定係數亦顯著低,因此作為該細胞種類中之品質管理的基因集,為優異之基因集。因此,可知無論使用所有基因集,還是使用隨機提取之基因集,均能夠實現本發明的品質管理,並且證實了藉由篩選更敏感的基因集,能夠進行精度更高的品質管理。
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3、TRPC5、TRPC5OS、ZCCHC16、LHFPL1、AMOT、MIR4329、HTR2C、SNORA35、MIR764、MIR1912、MIR1264、MIR1298、MIR1911、MIR448、IL13RA2、LRCH2、RBMXL3、LUZP4、PLS3、AGTR2、SLC6A14、CXorf61、LOC100126447、KLHL13、WDR44、MIR1277、DOCK11、IL13RA1、ZCCHC12、LONRF3、KIAA1210、PGRMC1、SLC25A43、SLC25A5-AS1、SLC25A5、CXorf56、UBE2A、NKRF、SEPT6、MIR766、SOWAHD、RPL39、SNORA69、UPF3B、RNF113A、NDUFA1、AKAP14、NKAP、RHOXF2B、RHOXF1、RHOXF2、NKAPP1、ZBTB33、FAM70A、ATP1B4、LAMP2、CUL4B、MCTS1、C1GALT1C1、CT47B1、CT47A12、CT47A11、CT47A10、CT47A9、CT47A8、CT47A7、CT47A6、CT47A5、CT47A4、CT47A3、CT47A2、CT47A1、GLUD2、MIR3672、GRIA3、THOC2、XIAP、STAG2、SH2D1A、TENM1、LOC100129520、DCAF12L2、DCAF12L1、CXorf64、ACTRT1、SMARCA1、OCRL、APLN、XPNPEP2、SASH3、ZDHHC9、UTP14A、BCORL1、ELF4、AIFM1、RAB33A、ZNF280C、SLC25A14、GPR119、RBMX2、FAM45B、ENOX2、ARHGAP36、IGSF1、OR13H1、LOC286467、MST4、FRMD7、RAP2C、MBNL3、HS6ST2、HS6ST2-AS1、USP26、TFDP3、GPC4、GPC3、MIR363、MIR92A2、MIR19B2、MIR20B、MIR18B、MIR106A、CCDC160、PHF6、HPRT1、MIR450B、MIR450A1、MIR450A2、MIR542、MGC16121、MIR503、MIR424、LINC00629、PLAC1、FAM122B、FAM122C、MOSPD1、CXorf69、FAM127C、FAM127A、FAM127B、LINC00087、LINC00633、LOC100287728、CXorf48、ZNF75D、ZNF449、LOC100506790、LINC00086、DDX26B、CT45A1、CT45A2、CT45A3、CT45A4、CT45A5、CT45A6、SAGE1、MMGT1、SLC9A6、FHL1、MAP7D3、GPR112、BRS3、HTATSF1、VGLL1、MIR934、LOC100128420、CD40LG、ARHGEF6、RBMX、SNORD61、GPR101、LOC100996525、ZIC3、LOC158696、FGF13、MIR504、FGF13-AS1、SRD5A1P1、F9、MCF2、ATP11C、MIR505、CXorf66、LOC389895、SOX3、RP1-177G6.2、CDR1、MIR320D2、SPANXB2、SPANXB1、LDOC1、SPANXC、SPANXA2-OT1、SPANXA1、SPANXA2、LOC645188、SPANXD、MAGEC3、MAGEC1、MAGEC2、SPANXN4、SPANXN3、SLITRK4、SPANXN2、UBE2NL、SPANXN1、SLITRK2、CXorf1、MIR890、MIR888、MIR892A、MIR892B、MIR891B、MIR891A、CXorf51B、CXorf51A、MIR513C、MIR513B、MIR513A1、MIR513A2、MIR506、MIR507、MIR508、MIR514B、MIR509-2、MIR509-3、MIR509-1、MIR510、MIR514A1、MIR514A2、MIR514A3、FMR1-AS1、FMR1、FMR1NB、AFF2、IDS、LOC100131434、CXorf40A、MAGEA9B、HSFX2、TMEM185A、MAGEA11、HSFX1、MAGEA9、MAGEA8、CXorf40B、LOC100272228、MIR2114、MAMLD1、MTM1、MTMR1、CD99L2、HMGB3、MIR4330、GPR50、VMA21、PASD1、PRRG3、FATE1、CNGA2、LOC100507199、MAGEA4、GABRE、MIR224、MIR452、MAGEA5、MAGEA10-MAGEA5、MAGEA10、GABRA3、MIR105-1、MIR767、MIR105-2、GABRQ、MAGEA6、CSAG3、MAGEA2B、MAGEA12、CSAG1、MAGEA2、CSAG2、MAGEA3、CETN2、NSDHL、ZNF185、PNMA5、PNMA3、PNMA6C、PNMA6D、PNMA6A、PNMA6B、MAGEA1、ZNF275、LOC649238、ZFP92、TREX2、HAUS7、BGN、ATP2B3、FAM58A、DUSP9、PNCK、SLC6A8、BCAP31、ABCD1、PLXNB3、SRPK3、IDH3G、SSR4、PDZD4、L1CAM、LOC100996465、AVPR2、ARHGAP4、NAA10、RENBP、HCFC1、TMEM187、MIR3202-1、MIR3202-2、IRAK1、MIR718、MECP2、OPN1LW、OPN1MW、OPN1MW2、TEX28、TKTL1、FLNA、EMD、RPL10、SNORA70、DNASE1L1、TAZ、ATP6AP1、GDI1、FAM50A、PLXNA3、LAGE3、UBL4A、SLC10A3、FAM3A、G6PD、IKBKG、FAM223A、CTAG1A、CTAG1B、FAM223B、CTAG2、GAB3、DKC1、SNORA36A、MIR644B、SNORA56、MPP1、CXorf68、F8、H2AFB1、F8A1、MIR1184-1、FUNDC2、CMC4、MTCP1、BRCC3、VBP1、RAB39B、CLIC2、H2AFB2、F8A2、MIR1184-2、F8A3、MIR1184-3、H2AFB3、TMLHE-AS1、TMLHE、SPRY3、VAMP7、IL9R、XGPY2、SRY、RPS4Y1、ZFY、LINC00278、TGIF2LY、PCDH11Y、TTTY23B、TSPY2、FAM197Y9、TTTY1B、TTTY2B、TTTY21B、TTTY7、TTTY8B、AMELY、TBL1Y、PRKY、TTTY16、TTTY12、TTTY18、TTTY19、TTTY11、RBMY1A3P、TTTY20、TSPY4、FAM197Y8、TSPY8、FAM197Y7、FAM197Y6、TSPY3、FAM197Y5、TSPY1、FAM197Y4、FAM197Y3、FAM197Y2、TSPY10、FAM197Y1、RBMY3AP、TTTY8、TTTY7B、TTTY21、TTTY2、TTTY1、TTTY22、TTTY23、GYG2P1、TTTY15、USP9Y、DDX3Y、UTY、TMSB4Y、VCY、VCY1B、NLGN4Y、NLGN4Y-AS1、FAM41AY1、FAM224B、XKRY、CDY2B、CDY2A、XKRY2、FAM224A、FAM41AY2、HSFY1、TTTY9B、TTTY9A、HSFY2、NCRNA00185、TTTY14、BCORP1、TXLNG2P、KDM5D、TTTY10、EIF1AY、RPS4Y2、CYorf17、RBMY2EP、RBMY1B、RBMY1A1、TTTY13、RBMY1D、RBMY1E、PRY2、TTTY6B、RBMY1F、TTTY5、RBMY2FP、RBMY1J、TTTY6、PRY、TTTY17A、TTTY4、BPY2、DAZ1、DAZ2、TTTY3B、CDY1B、GOLGA2P2Y、TTTY17B、TTTY4B、BPY2B、DAZ3、DAZ4、BPY2C、TTTY4C、TTTY17C、GOLGA2P3Y、CSPG4P1Y、CDY1、TTTY3

Claims (11)

  1. 一種特定細胞的品質管理方法,該方法包括如下步驟: 評價藉由測定在前述特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之前述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關關係,在前述相關關係為一定程度以上之情況下,判定為細胞能夠使用。
  2. 如請求項1所述之方法,其中 評價藉由測定在前述特定細胞中特徵性相關基因組的表現狀態而獲得之前述基因組的表現模式與作為基準之表現模式的相關係數或決定係數、或者相關係數及決定係數,在前述相關係數或前述決定係數為一定值以上之情況下,判定為細胞能夠使用。
  3. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 在前述特定細胞中特徵性相關基因組由10~2000個基因構成。
  4. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 在前述特定細胞中特徵性相關基因組選自免疫相關基因組、炎症相關基因組、血管新生相關基因組、神經再生相關基因組、軟骨形成相關基因組、骨形成相關基因組、脂肪形成相關基因組、纖維化相關基因組、免疫原性相關基因組、遷移相關基因組、黏著相關基因組、老化相關基因組、間葉系幹細胞標記相關基因組、表面標記相關基因組、生長因子相關基因組及趨化激素或細胞激素相關基因組中的至少1個以上。
  5. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 在評價前述相關係數或前述決定係數之情況下,藉由進行 (i)用測定下限值代替無法測定基因的表現量的缺損值、 (ii)用測定值中的最低值代替無法測定基因的表現量的缺損值、或 (iii)用以下式:各基因的引線計數+(1×基因長度/基因長度的平均)對無法測定基因的表現量的缺損值進行處理、 中的任一個來算出前述相關係數或前述決定係數。
  6. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 前述細胞為選自包括體幹細胞、誘導性富潛能幹細胞、胚胎幹細胞、源自體幹細胞的分化細胞、源自誘導性富潛能幹細胞的分化細胞及胚胎幹細胞之組中的至少一種細胞。
  7. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 前述特定細胞為間葉系幹細胞。
  8. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 前述特定細胞為用作關節病治療藥物之細胞。
  9. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 前述細胞為用作半月板治療藥物或骨關節炎治療藥物之細胞。
  10. 如請求項1或請求項2所述之方法,其中 前述細胞為用於藥物開發的細胞。
  11. 一種製造特定細胞之方法,其包括: 獲得包含特定細胞的候選之細胞群體之步驟;及 藉由請求項1至請求項10之任一項所述之方法,從前述細胞群體中篩選滿足基準之細胞之步驟。
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