CN117677707A - 特定细胞的品质管理方法及制造特定细胞的方法 - Google Patents

Abstract

本发明的课题在于提供一种如能够筛选具有药效的细胞的细胞的品质管理方法及利用了上述品质管理方法的制造细胞的方法。根据本发明，提供一种特定细胞的品质管理方法，该方法包括如下步骤：评价通过测定上述特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的上述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关关系，在上述相关关系为一定程度以上的情况下，判定为细胞能够使用。

Description

特定细胞的品质管理方法及制造特定细胞的方法

技术领域

本发明是涉及一种用于治疗或药物开发的特定细胞的品质管理方法，该方法包括管理特定细胞特征性的相关基因组的表达行为的步骤。本发明还涉及一种利用了上述品质管理方法的制造特定细胞的方法。

背景技术

近年来，随着再生医学技术及细胞治疗技术的进步，正在积极地实施使用了自体、同种或异种细胞的各种细胞治疗或研究用细胞产品开发。例如，间充质干细胞(mesenchymal stem cell：MSC)有望作为有用的细胞治疗的细胞源。关于间充质干细胞，报告有如下内容：能够从各种身体组织采集，并且能够从骨髓组织(非专利文献1)、脂肪组织(非专利文献2)、肌肉组织(非专利文献3)、滑膜组织(非专利文献4)或骨膜组织(非专利文献5)等中单离。尤其，关于源自滑膜的间充质干细胞，报告有如下内容：与源自骨髓等各种间叶系组织的间充质干细胞相比，具有更高的增殖能力及软骨形成能力(非专利文献6)。

并且，在专利文献1及专利文献2中，公开有使用源自滑膜的间充质干细胞来治疗关节软骨损伤或半月板损伤的方法。

另一方面，已知在细胞产品的品质管理中，保证各批次的等效性和同一性是极其困难的。这主要是因为构成产品的细胞自身不是完全均匀的结构物，因此难以确定其特征。因此，在管理产品的品质时，不仅对最终产品的品质试验，还引入医疗设备中所应用的QMS概念，对制造原料、材料管理、制造工序管理、工序管理试验进行记录并控制，从而实施了整个过程的管理。然而，随着科学技术的进步，鉴定并记述作为最终产品的细胞自身的特征变得越来越重要。作为细胞的品质管理方法，例如报告有以几种特定蛋白质表达为指标的方法(专利文献3)等，但是至今还不够令人满意。

现有技术文献

非专利文献

非专利文献1：Prockop,D.J.,1997,Science.276:71-4

非专利文献2：Zuk,P.A et al.,2002,Mol Biol Cell.13:4279-95

非专利文献3：Cao et al.,2003,Nat Cell Biol.5:640-6

非专利文献4：De Bari,C.et al.,2001,Arthritis Rheum.44:1928-42

非专利文献5：Fukumoto,T.et al.,2003,OsteoarthritisCartilage.11:55-64

非专利文献6：Sakaguchi,et al.,2005,Arthritis Rheum.52:2521-9

专利文献

专利文献1：日本专利第5928961号公报

专利文献2：日本专利第5656183号公报

专利文献3：日本特开2018-117582号公报

发明内容

发明要解决的技术课题

以往，如专利文献3中所记载，在细胞产品的品质管理中，公开有管理几种特定蛋白质表达量的方法。但是，上述方法作为鉴定管理细胞等粗制物质的方法是不充分的，作为结果，明确了无法完全管理细胞产品的等效性和同质性等课题。

本发明应解决的课题为提供一种如能够筛选具有药效的细胞的细胞的品质管理方法及利用了上述品质管理方法的制造细胞的方法。

用于解决技术课题的手段

本发明人为了解决上述课题而苦心探讨的结果，通过进行在细胞群体中特征性相关基因组表达行为模式的管理，成功地将类似的细胞群体分开管理的同时，筛选了细胞。本发明根据上述发现而完成。

即，根据本发明，提供一种以下发明。

＜1＞一种特定细胞的品质管理方法，该方法包括如下步骤：

评价通过测定上述特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的上述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关关系，在上述相关关系为一定程度以上的情况下，判定为细胞能够使用。

＜2＞根据＜1＞所述的方法，其中，

评价通过测定上述特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的上述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关系数或决定系数、或者相关系数及决定系数，在上述相关系数或上述决定系数为一定值以上的情况下，判定为细胞能够使用。

＜3＞根据＜1＞或＜2＞所述的方法，其中，

上述特定细胞特征性的相关基因组由10～2000个基因构成。

＜4＞根据＜1＞至＜3＞的任一项所述的方法，其中，

上述特定细胞特征性的相关基因组选自免疫相关基因组、炎症相关基因组、血管新生相关基因组、神经再生相关基因组、软骨形成相关基因组、骨形成相关基因组、脂肪形成相关基因组、纤维化相关基因组、免疫原性相关基因组、迁移相关基因组、粘附相关基因组、老化相关基因组、间充质干细胞标记物相关基因组、表面标记物相关基因组、生长因子相关基因组及趋化因子或细胞因子相关基因组中的至少1个以上。

＜5＞根据＜1＞至＜4＞中任一项所述的方法，其中，

在评价上述相关系数或上述决定系数的情况下，通过进行

(i)用测定下限值代替无法测定基因的表达量的缺损值，

(ii)用测定值中的最低值代替无法测定基因的表达量的缺损值，或

(iii)用以下式：各基因的读取计数+(1×基因长度/基因长度的平均)对无法测定基因的表达量的缺损值进行处理、

中的任一个来计算上述相关系数或上述决定系数。

＜6＞根据＜1＞至＜5＞中任一项所述的方法，其中，

上述细胞为选自包括成体干细胞、诱导性多能干细胞、胚胎干细胞、源自成体干细胞的分化细胞、源自诱导性多能干细胞的分化细胞及胚胎干细胞的组中的至少一种细胞。

＜7＞根据＜1＞至＜6＞中任一项所述的方法，其中，

上述特定细胞为间充质干细胞。

＜8＞根据＜1＞至＜7＞中任一项所述的方法，其中，

上述特定细胞为用作关节病治疗药物的细胞。

＜9＞根据＜1＞至＜8＞中任一项所述的方法，其中，

上述细胞为用作半月板治疗药物或骨关节炎治疗药物的细胞。

＜10＞根据＜1＞至＜7＞中任一项所述的方法，其中，

上述细胞为用于药物开发的细胞。

＜11＞一种制造特定细胞的方法，其包括：

获得包含特定细胞的候选的细胞群体的步骤；及

通过＜1＞至＜10＞的任一项所述的方法，从上述细胞群体中筛选满足基准的细胞的步骤。

发明效果

根据本发明，通过能够与类似细胞进行区分，能够进行明确表示仅用药效表达无法完全保证的细胞的等效性及同质性的品质管理。

具体实施方式

以下，对本发明的内容进行详细说明。另外，在本说明书中，“～”是以包含记载于其前后的数值作为下限值及上限值的含义来使用。

基于本发明的用于治疗或药物开发的细胞的品质管理方法为包括管理特定细胞特征性的相关基因组的表达行为的步骤的方法。

管理在细胞中特征性相关基因组的表达行为的步骤为发现包含直接对细胞的药效不一定必需的非作用机制分子的细胞群体中特有的基因表达模式，并通过该模式从粗制群体中确定细胞的品质管理。

在本发明中，通过上述品质管理，能够管理细胞群体的等效性及同质性。在本发明中，能够进行保证等效性及同质性的细胞的品质管理，从而能够提供细胞治疗产品。

＜细胞＞

作为细胞，并无特别限定，但是优选为，能够使用选自包括成体干细胞、诱导性多能干细胞(iPS细胞)、胚胎干细胞(ES细胞)、源自成体干细胞的分化细胞、源自诱导性多能干细胞的分化细胞及源自胚胎干细胞的分化细胞的组中的至少一种细胞。

作为成体干细胞，能够使用存在于骨髓、血液、皮肤(表皮、真皮、皮下组织)、脂肪、毛囊、脑、神经、肝脏、胰腺、肾脏、肌肉或其他组织中的成体干细胞。作为成体干细胞，优选为，能够使用间充质干细胞。

已知间充质干细胞存在于骨髓、滑膜、骨膜、脂肪组织、肌肉组织等中，并且已知具有分化为成骨细胞、软骨细胞、脂肪细胞及筋细胞的能力。已知在上述间充质干细胞中，源自滑膜的间充质干细胞具有高的软骨形成能力。

诱导性多能干细胞(iPS细胞)为通过导入初始化因子等而重新编程体细胞来制作的、具有多能性(Pluripotency)(多分化能)和增殖能力的细胞。iPS细胞的制作中所使用的体细胞并无特别限定，可以为分化的体细胞，也可以为未分化的干细胞。

iPS细胞的制作法的基本方法为利用病毒将作为转录因子的Oct3/4、Sox2、Klf4及c-Myc这4个因子导入到细胞中的方法。关于人类iPS细胞，有通过导入Oct4、Sox2、Lin28及Nanog这4个因子来建立的报告。也报告有通过导入除了c-Myc以外的3个因子、Oct3/4及Klf4这2个因子或仅导入Oct3/4来建立iPS细胞。并且，也报告有将作为基因的表达产物的蛋白质导入到细胞中的方法。关于基因导入法，也开发了利用反转录病毒、慢病毒、腺病毒、质体、转位子载体或转位子载体的技术。

关于胚胎干细胞(ES细胞)，例如能够通过培养着床以前的早期胚胎、构成上述早期胚胎的内部细胞块、单个分裂球等来建立。作为早期胚胎，可以使用通过对体细胞的核进行核移植而制作的早期胚胎。作为早期胚胎，可以使用单性生殖胚胎。一些ES细胞可以从保存机构获得或在市场上销售。例如，关于人类ES细胞，能够从日本国立成育医疗研究中心(National Center for Child Health and Development)(例如，SEES1～7)、京都大学再生医科学研究所(Institute for Frontier Medical Sciences,Kyoto University)(例如KhES-1、KhES-2及KhES-3)、WiCellResearch Institute、ESI BIO等获得。

细胞的来源并无特别限定，例如能够使用人类、猴、小鼠、大鼠、豚鼠、兔、猫、狗、马、牛、绵羊、山羊、猪等哺乳动物的细胞。

在将本发明的方法中所管理的细胞用于治疗的情况下，细胞可以为自体的细胞，也可以为异体的细胞，但是优选为自体的细胞。

在本发明中，可以使用源自成体干细胞的分化细胞、源自诱导性多能干细胞的分化细胞或源自胚胎干细胞的分化细胞。

用于分化诱导而获得分化细胞的培养方法的条件及操作在该技术领域中是公知的。

作为用于干细胞的分化诱导的培养基，可以使用向包含干细胞的生存及增殖所必要的成分(无机盐、碳水化合物、激素、必需氨基酸、非必需氨基酸、维生素、脂肪酸)的基础培养基、例如Dulbecco’s Modified Eagle Medium(杜尔贝科改良伊格尔培养基)(D-MEM)、Minimum Essential Medium(最低必需培养基)(MEM)、RPMI1640、Basal Medium Eagle(伊格尔基础培养基)(BME)、Dulbecco’s Modified Eagle Medium：Nutrient Mixture F-12(杜尔贝科改良伊格尔培养基：营养混合物F-12)(D-MEM/F-12)、Glasgow MinimumEssential Medium(格拉斯哥最小必需培养基)(Glasgow MEM)、Hank's液(汉克斯平衡盐溶液)(Hank’s balanced salt solution)中添加至少1种与作为分化诱导的目标的细胞对应的分化诱导因子而获得的培养基。作为脂肪细胞分化诱导因子，例如可以举出地塞松(DEX)、3-异丁基-1-甲基黄嘌呤(IBMX)、吲哚美辛(Indometacin)(IDM)、胰岛素(Ins)、曲格列酮、生物素等。作为成骨细胞分化诱导因子，例如可以举出地塞松(DEX)、氢皮质酮、β-甘油磷酸、抗坏血酸、BMP4、BMP2等。作为软骨细胞分化诱导因子，例如可以举出TGF-β3、地塞米松(DEX)、抗坏血酸二磷酸等。并且，为了提高细胞的增殖速度，根据需要，也可以向上述培养基中添加碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)、上皮细胞生长因子(EGF)等生长因子、肿瘤坏死因子(TNF)、维生素类、白细胞介素类、胰岛素、转铁蛋白、肝素、硫酸乙酰肝素(Heparansulfate)、胶原蛋白、牛血清白蛋白(BSA)、纤连蛋白(Fibronectin)、黄体铜激素(Progesterone)、亚硒酸盐、B27-补充剂、N2-补充剂、ITS-补充剂等，并且也可以添加抗生素(青霉素、链霉素等)等。培养基的各成分通过各自适当的方法进行灭菌后使用。并且，除了上述以外，优选为以1～20％的含有率包含血清(例如，10％胎牛血清(FBS))。

添加了作为目标的细胞的分化诱导因子的分化诱导用培养基已在市面上销售，可以使用这些市售品的培养基。

用于干细胞的增殖及分化诱导的培养温度根据细胞的来源而不同，但是例如在源自人类的情况下，优选为30℃～40℃，更优选为36～38℃。并且，关于CO₂气体浓度，例如优选为约1～10％，更优选为约2～5％。

关于向作为目标的细胞的分化诱导的确认，能够根据分化细胞的种类，并通过公知的方法来进行。例如，关于向脂肪细胞的分化诱导的确认，能够通过用油红O染色细胞的方法、测定细胞内的三酸甘油酯量的方法、测定细胞内的过氧化体增殖物活化受体-γ(PPARγ)基因的表达量的方法等来进行。关于向成骨细胞的分化诱导的确认，能够通过定量细胞的钙沉积量的方法、用碱性磷酸酶染色细胞的方法、测定细胞的碱性磷酸酶活性的方法、测定细胞内的奥斯特里克斯(Osterix)的表达量的方法等来进行。关于向软骨细胞的分化诱导的确认，能够通过定量细胞的醣胺聚醣量的方法、用阿尔新蓝(Alcian blue)染色细胞的方法、测定细胞内的胶原蛋白型II(Collagen type II)的表达量的方法等来进行。

＜管理特定细胞特征性的相关基因组的表达行为的步骤＞

在本发明中，管理特定细胞特征性的相关基因组的表达行为。

特定细胞特征性的相关基因组优选为由10～5000个基因构成。更优选为由10～2000个基因构成。基因的数量的下限可以为20个以上、30个以上、40个以上、50个以上、100个以上、200个以上、300个以上或500个以上。基因的数量的上限可以为4000个以下、3000个以下、2000个以下、1500个以下。

作为特定细胞特征性的相关基因组，并无特别限定，能够根据细胞的种类适当选择。作为一例，在细胞为间充质干细胞的情况下，例如能够从免疫相关基因组、炎症相关基因组、血管新生相关基因组、神经再生相关基因组、软骨形成相关基因组、骨形成相关基因组、脂肪形成相关基因组、纤维化相关基因组、免疫原性相关基因组、迁移相关基因组、粘附相关基因组、老化相关基因组、间充质干细胞标记物相关基因组、表面标记物相关基因组、生长因子相关基因组及趋化因子或细胞因子相关基因组中的至少1个以上(例如可以为上述基因组中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个的基因组)中选择。

关于上述各种基因组，例如能够使用市面上销售的基因包、文献信息、微阵列的数据、公知的数据库(例如，本体数据库(Ontology database)(http://www.informatics.jax.org/vocab/gene_ontology/)等)来收集。并且，能够从所收集的基因组中选出出现频率高的基因来使用。

在本发明的细胞的品质管理中，评价通过测定特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的上述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关关系，在上述相关关系为一定程度以上的情况下，判定为细胞能够使用。优选为，评价通过测定特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的上述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关系数或决定系数、或者相关系数和决定系数，在上述相关系数或上述决定系数为一定值以上的情况下，能够判定为细胞能够使用。

表达状态的测定方法并无特别限定，但是能够测定mRNA量。关于mRNA量的测定，只要为能够测定所期望的mRNA量的方法，则并无特别限定，能够从公知的方法中适当选择使用。例如，能够使用RNASequencing法(RNA-Seq)、RT-PCR法、即时RT-PCR法等。

作为决定系数的计算方法，能够采用各种方法，并无特别限定。作为一例，能够使用利用Microsoft Excel(注册商标)中所采用的RSQ函数的方法。利用RSQ函数，以使用了由第一个对象样品中的某个基因的表达量y和第二个对象样品中的同一基因的表达量x构成的、总基因组的(x、y)对的回归线为对象，通过返回将r乘以2次而获得的值(决定系数)的值，能够设为两个对象样品之间的决定系数。

作为相关系数的计算方法，能够采用各种方法，并无特别限定。作为一例，能够使用利用Microsoft Excel(注册商标)中所采用的CORREL函数的方法。利用CORREL函数，通过返回相对于由第一个对象样品中的某个基因的表达量y和第二个对象样品中的同一基因的表达量x构成的、总基因组的(x、y)对的相关系数的值，能够设为两个对象样品之间的相关系数。

在评价相关系数或决定系数的情况下，通过进行

(i)用测定下限值代替无法测定基因的表达量的缺损值，

(ii)用测定值中的最低值代替无法测定基因的表达量的缺损值，或

(iii)用以下式：各基因的读取计数+(1×基因长度/基因长度的平均)对无法测定基因的表达量的缺损值进行处理、

中的任一个来计算上述相关系数或上述决定系数。

RNA Sequencing法(RNA-Seq)为利用了定序器的基因表达量的定量方法的一。作为分析流程，(1)对从定序器输出的引线进行品质控制，(2)将引线映射到参考序列上，然后(3)统计在哪个基因区域映射了几条引线。如此按每个基因区域统计的引线数量能够视为该基因的相对表达量。即，各基因的读取计数为在基因表达分析中通常获得的输出结果，并且为按每个基因区域统计的值。

作为决定系数或相关系数的阈值，根据区分的细胞种类，例如能够从0.70、0.71、0.72、0.73、0.74、0.75以上、0.76以上、0.77以上、0.78以上、0.79以上、0.80以上、0.81以上、0.82以上、0.83以上、0.84以上、0.85以上、0.86以上、0.87以上、0.88以上、0.89以上等中选择。

＜用于治疗或药物开发的细胞的制造方法及细胞的利用＞

根据本发明，获得包含用于治疗或药物开发的细胞的候选的细胞群体之后，通过基于本发明的细胞的品质管理方法，从细胞群体中筛选满足基准的特定细胞，从而能够制造用于治疗或药物开发的细胞。

通过本发明确认了品质的细胞能够用于再生医学或基础研究(例如，药物开发等)中。例如，通过本发明确认了品质的细胞能够用作以活组织的损伤或障碍的治疗或美容为目的的移植材料。在本发明的一例中，细胞为用作关节病治疗药物的细胞。例如，细胞可以为用作半月板治疗药物或骨关节炎治疗药物的细胞。

作为一例，以下说明将源自滑膜的间充质干细胞用作关节病治疗药物(骨关节炎治疗药物等)或半月板治疗药物的情况。

滑膜组织能够在麻醉下从关节采集。被切除的滑膜组织用胶原蛋白酶或胰蛋白酶等蛋白酶进行酵素处理，并使经酵素处理的细胞穿过筛网过滤器以进行过滤。能够将通过上述方法回收的有核细胞在本发明的方法中通过品质管理进行筛选，并将所筛选的细胞用于治疗中。

源自滑膜的间充质干细胞能够在ex vivo中培养并增殖而无需通过分化培养基预先使其分化诱导。能够将以上述方式增殖的未分化的源自滑膜的间充质干细胞移植到患者体内。为了实现有效的治疗，只要每10cm²左右的大小的软骨缺损部或半月板缺损部移植优选为5×10⁷个以上、更优选为1×10⁸个以上的间充质干细胞即可。

在本发明的另一例中，细胞能够用于药物开发中。作为一例，能够使用通过本发明的方法管理了品质的细胞来评价候选药物的药效或毒性，并筛选候选药物。例如，通过将使候选药物与细胞接触时的细胞的特性和不使候选药物与细胞接触时进行比较，能够评价候选药物的药效或毒性。

通过以下实施例对本发明进行进一步具体的说明，但是本发明并不受实施例限定。

实施例

在以下实施例1～实施例5中，无论是否为药效必需，通过选择表征细胞群体的相关基因组表达，并使用它们的基因组表达模式，证实了将细胞群体从相关性进行区分管理。

实施例1：细胞制备和各细胞的mRNA样品制备

实施例1-1：MSC细胞和其mRNA的制备

(1)细胞

准备了以下细胞。

滑膜MSC：滑膜干细胞(市面上销售)的制备(4Lot)

使用了从Articular Engineering,LLC购买的源自冷冻滑膜的干细胞(Cryopreserved Synoviocytes(低温保存的滑膜细胞)，Normal(正常)，P1型号：CDD-H-2910-N、批次：ST1414，ST1420，ST1434，ST1462)。

L骨髓MSC：源自骨髓的间充质干细胞(Lonza制)的制备(3Lot.)

使用了从LONZA公司购买的源自骨髓的间充质干细胞(Mesenchymal Stem cellscryo amp(间充质干细胞低温培养)型号：PT-2501、批次：18TL241909，0000494678，19TL155677)。

J骨髓MSC：源自骨髓的间充质干细胞(J-TEC制)的制备(3Lot.)

使用了Japan Tissue Engineering Co.,Ltd.(J-TEC)中所制作的源自骨髓的间充质干细胞(批次：BKXH)。

F骨髓MSC：源自骨髓的间充质干细胞(FF制)的制备(3Lot.)

使用了从Allcells公司购买的源自从骨髓液(Whole Bone Marrow(全骨髓)，Fresh(新鲜)，10mL、型号：ALL-ABM001、批次：3024624，3024625)单离而获得的骨髓的间充质干细胞。

REC-MSC：源自骨髓的间充质干细胞(REC：PuREC制)的制备(3Lot.)

使用了从PuREC公司购买的超高纯度人类间充质干细胞(REC)(型号：387-16591、批次：050780614，200370207，111090605)。

iPSC-MSC：源自iPSC的间充质干细胞(FCDI制)的制备(1Lot.)

使用了从FUJIFILM Cellular Dynamics,Inc.购买的iCell间充质干细胞(型号：R1098、批次：0004)。

L脂肪MSC：源自脂肪的间充质干细胞(Lonza制)的制备(3Lot.)

使用了从LONZA公司购买的源自脂肪的间充质干细胞(Adipose-Derived Stemcells(脂肪衍生干细胞)(amp)型号：PT-5606、批次：18TL241909，0000494678，19TL155677)。

(2)培养基

向基础培养基：MEMα(含有L-丙氨酰基(Alanyl)-L-谷氨酰胺、酚红、丙酮酸钠)(型号：289-33365、批次：SKH9471)中以使最终浓度成为15％(v/v)的方式添加作为抗生素的硫酸庆大霉素(“TAKATA Pharmaceutical Co.,Ltd.Gentamicin Injection(高田制药庆大霉素注60)”)20μg/mL及胎牛血清(Selborne公司型号：FBS-04)，并进行了使用。以下，将上述培养基称为培养培养基。

(3)来自骨髓液的源自骨髓的间充质干细胞的单离(源自Allcells公司骨髓液的间充质干细胞)

关于间充质干细胞的单离，将所购买的骨髓液(批次：3024624，3024625)以1000rpm进行10分钟的离心，并向去除了血浆的物质中以成为血浆去除之前的10倍量的方式加入培养基，并以成为0.20mL/cm²的方式将其播种到烧瓶中，在37℃、5％CO₂环境下的培养箱内进行了培养。每3天或4天更换培养基，播种后培养12天～13天之后，用0.05％胰蛋白酶-EDTA(乙二胺四乙酸)溶液(以下，胰蛋白酶、Life Technologies型号：25300)进行了剥离。剥离后，用等量的培养基进行胰蛋白酶的中和，并转移到另外准备的试管中。将培养烧瓶进一步用等量的培养基进行清洗，加入上述试管中，并回收了剩余的细胞。试管以200×g进行5分钟的离心，并去除了其上清液。向剩余的颗粒中加入适量的培养基，并使用血球计算板进行了细胞计数。以使最终浓度成为0.20～0.50×10⁴细胞/cm²的方式播种到烧瓶中，在37℃、5％CO₂环境下的培养箱内进行了培养。培养3天或4天，在细胞充满了烧瓶底面的60％以上时，通过与上述相同的操作反复传代，将在第2次传代结束时的细胞进行离心，并用与培养基进行混合而获得的冷冻液调整至成为100×10⁴细胞/mL以使最终浓度成为10％(v/v)二甲基亚砜(SIGMA-ALDRICH型号：D2650)。

(4)间充质干细胞的培养及基因的提取

所准备之间充质干细胞(上述7种、共计17批次)的推荐培养基分别不同，但是为了减少培养基对基因分析的影响，使用上述(2)中所记载的培养基对每个细胞进行了培养。将各MSC的冷冻原种在37℃的水浴中进行解冻，以200×g进行5分钟的离心，去除冷冻液，加入每个培养基，并以成为0.25～0.50×10⁴细胞/cm²的方式播种到烧瓶中，在37℃、5％CO₂环境下的培养箱内进行了3天或4天的培养。在细胞充满了烧瓶底面的60％以上时，通过上述方法进行了2次传代。关于所回收的细胞，向QIAGEN RNeasy(QIAGEN，74104)RLT Buffer中加入添加了DTT(Wako，047-08973)的裂解缓冲液(Lysis buffer)，并通过移液进行搅拌，从而制作溶菌液(Lysate)，并在-80℃下进行了保管。关于RNA提取，根据QIAGEN公司协议实施。所获得的RNA水溶液测定核酸浓度，并根据需要进行了稀释。

实施例1-2：非MSC细胞和其mRNA的制备

(1)细胞

准备了以下细胞。

LONZA公司成纤维细胞(FB)CC-2509

ATCC肺动脉内皮细胞(PAEC)PCS-100-022

Promocell公司内脏脂肪细胞(WP)C-12732

Promocell公司软骨细胞(CH)C-12710

Promocell公司造血前体细胞(CD34细胞)C-12921

LONZA公司T细胞(Tcell)2W-200

ATCC B细胞(Bcell)PCS-800-018

Promocell公司单核球(CD14细胞)C-12909

周边血液源自的iPSC细胞(iPSC)

(2)除了间充质干细胞以外的细胞的准备和基因提取

关于成纤维细胞、肺动脉内皮细胞、内脏脂肪细胞、软骨细胞、造血前体细胞、单核球，在37℃水浴中熔化冷冻小瓶，并缓慢添加到加温的MEMα/15％FBS/20μg/mL庆大霉素的培养基10mL中之后，进行了细胞计数。进行离心(300xG、5分钟、室温)之后，尽可能去除上清液，向QIAGEN RNeasy(QIAGEN，74104)RLT Buffer中加入添加了DTT(Wako，047-08973)的裂解缓冲液，并通过移液进行了搅拌，从而制作了溶菌液。将溶菌液以350μL为单位转移到1.5mL试管(tube)中，并用于RNA提取。

T细胞在37℃水浴中熔化，并转移到50ml锥形管(conical tube)中。向其中缓慢添加了加温的RPMI/NEAA/1mmol/L Sodium Pyruvate(丙酮酸钠)/2mmol/L L-Alanine&L-Glutamine(L-丙氨酰基&L-谷氨酰胺)/10mmol/L HEPES/10％FBS/20U/mL DNaseI(1mL)。将加温的上述培养基1mL加入空瓶中，并反复将该冲洗液向50mL试管中加入几滴之后轻轻搅拌，经1～2分钟添加了全部。反复向其中加入几滴上述培养基之后轻轻搅拌，经几分钟添加直至最终容量成为50mL。细胞计数之后，进行离心(300xG、5分、室温)，尽可能去除上清液，添加RLT/DTT+，并通过移液(Pipetting)进行了搅拌。将溶菌液以350μL为单位转移到1.5mL试管(tube)中，并用于RNA提取。

关于B细胞，在37℃水浴中熔化冷冻小瓶，并缓慢添加到加温的HBSS/10&HSA(5mL)之后，进行了细胞计数。进行离心(300xG、5分、室温)之后，尽可能去除上清液，添加RLT/DTT+，并通过移液进行了搅拌。将溶菌液以350μL为单位转移到1.5mL试管(tube)中，并用于RNA提取。

iPS细胞在6well plate(孔板)上培养，去除上清液之后添加RLT/DTT+350μL/well，并通过移液进行了溶解。将1well的溶菌液加入1个1.5mL试管中以用于RNA提取。

设成任一个细胞在1次RNA提取中所使用的细胞数均不超过4x10⁶个。并且，在溶菌液制作后不立即实施RNA提取的情况下，在-80℃下保存，在RNA提取实施当天在冰上熔化而用于RNA提取中。关于RNA提取，根据QIAGEN公司协议实施。所获得的RNA水溶液测定核酸浓度，并根据需要进行了稀释。

实施例2：基因表达模式基因包的制作

(1)在MSC中特征性基因组的选择

Amplicon sequence(扩增子序列)只要为1200个基因以下，则能够高精确度地测定。因此，将MSC的功能或状态、用作标记物的基因缩小到1200个基因，并构建高通量的评价系统。作为评价MSC的功能/状态的项目，参考市面上销售的基因表达分析的基因包，选择了16个项目作为与MSC相关的项目(表1)。

作为基因的选择方法，针对16个项目的各项目，使用市面上销售的基因包(ThermoFisher Scientific Inc.、Illumina公司、QIAGEN公司、Bio-Rad Laboratories)、文献、微阵列的数据、本体数据库(http：//www.informatics.jax.org/vocab/gene_ontology/)，选出出现频率高的基因。

[表1]

表1：市面上销售的基因包中的MSC相关项目和目标基因数

其结果，以市面上销售的基因包26种、文献294篇、本体数据库、微阵列数据为基础，根据其出现频率设定优先顺序而选出基因。整理了每个项目重复的基因的结果，能够提取合计1107个基因。进而，从微阵列的数据中选出92个基因。作为剩余的1个基因，选择GAPDH作为持家(House keeping)基因，合计为1200个基因。以下示出每个项目的基因的选拔方法和所选拔的基因。

＜1＞骨形成相关基因的选拔

从QIAGEN公司PAHS-049Z“Osteogenesis PCR Array(成骨PCR阵列)”中提取了84种、从本体数据库(Osteogenesis(成骨))中提取了392种、从与MSC/Osteogenesis相关的文献23篇中提取了92种，合计提取了477种基因。加入分化预测标记物11种，并按出现频率高的顺序设定优先顺序而选出96个基因。

＜2＞脂肪形成相关基因的选拔

从QIAGEN公司PAHS-026Z“Adipogenesis PCR Array(脂肪生成PCR阵列)”中提取了84种、从本体数据库(adipogenesis(脂肪生成))中提取了270种、从与MSC/Adipogenesis相关的文献23篇中提取了97种，合计提取了354种基因。加入分化预测标记物9种，并按出现频率高的顺设定优先顺序而选出101个基因。

＜3＞软骨形成相关基因的选拔

没有与软骨相关的市面上销售的基因包，因此根据本体数据库、R&D systems的软骨标记物、文献、软骨基质进行了选择。从本体数据库(chondrogenesis(软骨生成))中提取了214种、从R&D systems的网站(web site)中提取了30种、从与MSC/Chondrogenesis相关的论文(52篇)中提取了249种、从软骨基质中提取了14种，合计提取了398种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出119个基因。

＜4＞免疫相关基因的选拔

从以下市面上销售的3种基因包中选拔的基因(QIAGEN公司PAHS-052Z“Innate&Adaptive Immune Response PCR Array(先天&适应性免疫反应PCR阵列)”84种、ThermoFisher Scientific Inc.#4414073“TaqMan^TM Array Human Immune Response(TaqMan^TM阵列人体免疫反应)”96种、Illumina公司#20019169“AmpliSeq for Illumina ImmuneResponse Panel(Illumina免疫反应基因包的AmpliSeq)”401种)、从与MSC/免疫相关的文献15篇中提取了107种，合计提取了512种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出282个基因。

＜5＞炎症相关基因的选拔

从以下市面上销售的6种基因包中提取了798种(QIAGEN公司PAHS-011Z“Inflammatory Cytokines&Receptors PCR Array(炎症细胞因子&受体PCR阵列)”、QIAGEN公司PAHS-3803Z“Inflammatory Response and Autoimmunity 384H(炎症反应和自体免疫384H)”、Thermo Fisher Scientific Inc.EPX200-12185-901“Inflammation 20-PlexHuman ProcartaPlex^TM Panel(炎症20-Plex人体ProcartaPlex^TM基因包)”、Illumina公司#20020496“AmpliSeq for Illumina RNA Inflammation Response Research Panel(Illumina RNA炎症反应研究组的AmpliSeq)”、Bio-Rad Laboratories#171AL001M“Bio-Plex Pro人类Inflammation分析套组(Bio-Plex Pro人类炎症分析套组)”及Bio-RadLaboratories#12007283“Bio-Plex Pro^TM人类细胞因子筛选48-Plex基因包”)、从本体数据库(inflammatory response(炎症反应))中提取了715种、从与MSC/抗炎症相关的文献29篇中提取了110种，合计提取了1257种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出303个基因。

＜6＞血管新生相关基因的选拔

从以下市面上销售的3种基因包中提取了166种(QIAGEN公司PAHS-024Z“Angiogenesis PCR Array(血管生成PCR阵列)”、QIAGEN公司PAHS-072Z“AngiogenicGrowth Factors PCR Array(生成血管的生长因子PCR阵列)”及Thermo FisherScientific Inc.#4414071“TaqMan^TM Array Human Angiogenesis(TaqMan^TM阵列人体血管生成)”)、从本体数据库(angiogenesis：血管生成)中提取了531种、从与MSC/Angiogenesis相关的文献15篇中提取了179种，合计提取了647种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出121个基因。

＜7＞神经再生相关基因的选拔

从以下市面上销售的3种基因包中提取了246种(QIAGEN公司PAHS-404Z“Neurogenesis PCR Array(神经生成PCR阵列)”84种、QIAGEN公司PAHS-031Z“Neurotrophin and Receptors PCR Array(神经营养因子和受体PCR阵列)”84种及ThermoFisher Scientific Inc.#4414094“TaqMan^TM Array Human Neurotransmitters(TaqMan^TM阵列人体神经传递物)”92种)、从本体数据库(nerve development(神经发育))中提取了80种、从与MSC/神经再生相关的文献16篇中提取了92种，合计提取了380种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出109个基因。

＜8＞纤维化相关基因的选拔

从QIAGEN公司PAHS-026Z“Fibrosis PCR Array(纤维化PCR阵列)”中提取了84种、从本体数据库；collagen metabolic process(胶原代谢过程)(GO：0032963)、fibroblastproliferation(成纤维细胞增殖)(GO：0048144)、connective tissue replacement(结缔组织取代)(GO：0097709)、fibroblast migration(成纤维细胞迁移)(GO：0010761)中提取了268种、从与MSC/Fibrosis相关的文献19篇中提取了59种，合计提取了346种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出112个基因。

＜9＞免疫原性相关基因的选拔

由于没有与免疫原性相关的市面上销售的基因包，因此从文献20篇中选出共计42个基因。

＜10＞迁移相关基因的选拔

从QIAGEN公司PAHS-128Z“Cell Motility PCR Array(细胞运动PCR阵列)”中提取了84种、从本体数据库；negative regulation of cell migration(细胞迁移的负向调节)(GO：0030336)、positive regulation of cell migration(细胞迁移的正向调节)(GO：0030335)、regulation of cell migration(细胞迁移的调节)(GO：0030334)、mesenchymalstem cell migration(间充质干细胞迁移)(GO：1905319)中提取了925种、从与MSC/迁移相关的文献15篇中提取了137种，合计提取了199种基因。但是，由于本体的基因数较多，因此排除了仅在本体中出现的基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出137个基因。

＜11＞粘附相关基因的选拔

从Thermo Fisher Scientific Inc.#4418778“TaqMan^TM Array,HumanExtracellular Matrix&Adhesion Molecules(TaqMan^TM阵列，人体细胞外基质&粘附分子)”中提取了92种、从本体数据库；cell adhesion mediated by integrin(由整合素介导的细胞粘附)(GO:0033627)、negative regulation of cell adhesion(细胞粘附的负向调节)(GO:0007162)、positive regulation of cell adhesion(细胞粘附的正向调节)(GO:0045785)、regulation of cell adhesion(细胞粘附的调节)(GO:0030155)其他14项目中提取了952种、从与MSC/粘附/植入相关的文献16篇中提取了78种、作为粘附分子提取了34种，合计提取了138种基因。但是，由于本体的基因数较多，因此排除了仅在本体中出现的基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出95个基因。

＜12＞老化相关基因的选拔

从以下市面上销售的2种基因包中提取了163种(QIAGEN公司PAHS-178Z“AgingPCR Array(老化PCR阵列)”84种及QIAGEN公司PAHS-050Z“Cellular Senescence PCRArray(细胞老化PCR阵列)”84种)、从本体数据库；Cell aging(细胞老化)(GO：0007569)中提取了153种、从与MSC/老化相关的文献20篇中提取了273种，合计提取了493种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出113个基因。

＜13＞、＜14＞生长因子、细胞因子相关基因的选拔

生长因子和细胞因子的项目内的基因类似，因此进行了综合选拔。

从以下市面上销售的2种基因包中提取了144种(QIAGEN公司PAHS-041Z“GrowthFactor PCR Array(生长因子PCR阵列)”84种及QIAGEN公司PAHS-150Z“Cytokines andChemokines PCR Array(细胞因子和趋化因子PCR阵列)”84种)、从与MSC分泌的生长因子、细胞因子相关的文献15篇中提取了205种、进而用R&D systems公司的Proteome ProfilerHuman XL Cytokine Array Kit(蛋白酶体Profiler人体XL细胞因子阵列试剂盒)(型号：ARY022)对通过上述方法将J骨髓MSC、F骨髓MSC及iPSC-MSC传代至P6而获得的MSC的上清液进行如协议的操作，并通过LAS-3000(通用电气医疗集团)检测的细胞因子提取了38种，合计提取了350种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出177个基因。

＜15＞MSC标记物相关基因的选拔

从QIAGEN公司PAHS-082Z“Mesenchymal Stem Cell PCR Array(间充质干细胞PCR阵列)”中提取了84种、从与MSC标记物相关的文献16篇中提取了165种，合计提取了212种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出110个基因。

＜16＞表面标记物相关基因的选拔

根据从QIAGEN公司PAHS-055Z“Cell Surface Markers PCR Array(细胞表面标记物PCR阵列)”中90种、从在MSC标记物中没有选择的候选基因组中101种、进而用BD公司的Lyoplate^TM Human Cell Surface Marker Screening Panel(Lyoplate^TM人体细胞表面标记物筛选基因包)(型号：560747)对通过上述方法将J骨髓MSC、F骨髓MSC及iPSC-MSC传代至P6而获得的MSC的242种表面标记物进行全面分析而获得的数据，从阳性率高的(50％以上)及样品之间值的差异大的(50％以上)等这2个观点设定了优先度。操作如协议实施，并用Thermo Fisher Scientific Inc.的Attune NxT进行了检测。合计提取了348种基因。按出现频率高的顺设定优先顺序而选出87个基因。

＜所选择的1200基因＞

ABCB1(ATP-binding cassette,sub-family B(MDR/TAP),member 1A：ATP-结合盒，亚科B(MDR/TAP)，成员1A)、Abl1(c-abl oncogene 1,non-receptor tyrosine kinase：c-abl致癌基因1，非受体酪氨酸激酶)、ACACB(acetyl-Coenzyme A carboxylase beta：乙酰辅酶Aβ脱羰酶)、Acan(aggrecan：聚集蛋白聚糖)、ACHE(acetylcholinesterase：乙酰胆碱酯酶)、Ackr2(atypical chemokine receptor 2：非典型趋化因子受体2)、ackr3(atypical chemokine receptor 3：非典型趋化因子受体3)、ACLY(ATP citrate lyase：ATP柠檬酸裂解酶)、ACTA2(Actin,alpha 2,smooth muscle,aorta：肌动蛋白，α2，平滑肌，主动脉)、ACTB(actin,beta：肌动蛋白，β)、ACTG2(actin,gamma2,smooth muscle,enteric：肌动蛋白，γ2，平滑肌，肠囊肿)、ACTN3(actinin alpha 3：辅肌动蛋白α3)、ACTR2(ARP2actin-related protein 2：ARP2肌动蛋白相关蛋白2)、ACTR3(ARP3 actin-relatedprotein 3：ARP3肌动蛋白相关蛋白3)、Acvr1(activin A receptor,type 1：激活素A受体，类型1)、Acvr2a(activin receptor IIA：激活素受体IIA)、Acvr2b(activin receptorIIB：激活素受体IIB)、ADAMTS1(a disintegrin-like and metallopeptidase(reprolysintype)with thrombospondin type 1motif,1：具有血小板反应蛋白1型基元的解整合素样和金属肽酶(reprolysin型))、ADAMTS5(a disintegrin-like and metallopeptidase(reprolysin type)with thrombospondin type 1motif,5(aggrecanase-2)：具有血小板反应蛋白1型基元的解整合素样和金属肽酶(reprolysin型)，5(聚蛋白多糖酶-2))、Adgrb1(adhesion G protein-coupled receptor B1：粘附G蛋白偶联受体B1)、Adig(adipogenin：脂肪生成)、Adipoq(adiponectin,C1Q and collagen domain containing：脂联素，含C1Q和胶原蛋白的结构域)、Adora1(adenosine A1 receptor：腺苷A1受体)、Adora2a(adenosine A2a receptor：腺苷A2a受体)、Adrb2(adrenergic receptor,beta 2：肾上腺素受体，β2)、Afap1l2(actin filament associated protein 1-like 2：肌动蛋白纤维相关蛋白1样2)、Ager(advanced glycosylation end-product specific receptor：晚期醣基化终产物特异性受体)、AgRP(Agouti related protein：蹄鼠相关蛋白)、AGT(angiotensinogen(serpin peptidase inhibitor,clade A,member 8)：血管紧缩素原(丝氨酸蛋白酶抑制剂，分支A，成员8))、Ahsg(alpha-2-HS-glycoprotein：α-2-HS-糖蛋白)、Aif1(allograft inflammatory factor1：同种异体移植物炎性症因子1)、Aimp1(aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein 1：胺酰tRNA合成酶复合物相互作用多功能蛋白1)、Akt1(thymoma viral proto-oncogene 1：胸腺瘤病毒原致癌基因1)、Akt3(thymoma viral proto-oncogene 3：胸腺瘤病毒原致癌基因3)、Alcam(activated leukocyte cell adhesion molecule：活化白细胞粘附分子)、Alox15(arachidonate 15-lipoxygenase：花生四烯酸盐15-脂肪加氧酶)、Alox5(arachidonate 5-lipoxygenase：花生四烯酸盐5-脂肪加氧酶)、Alox5ap(arachidonate5-lipoxygenase activating protein：花生四烯酸5-脂氧合酶活化蛋白)、Alpl(alkalinephosphatase,liver/bone/kidney：碱性磷酸酶，肝/骨/肾)、AMOT(Angiomotin：血管动蛋白)、Ang(Angiogenin：血管生成素)、ANGEL2(angel homolog 2：天使同系物)、ANGPT1(angiopoietin 1：血管生成素1)、ANGPT2(angiopoietin 2：血管生成素2)、ANGPT4(angiopoietin4：血管生成素4)、ANGPTL1(Angiopoietin-like 1：血管生成素样1)、ANGPTL3(Angiopoietin-like 3：血管生成素样3)、ANGPTL4(Angiopoietin-like 4：血管生成素样4)、ANPEP(Alanyl(membrane)aminopeptidase：丙氨酰基(膜)氨肽酶)、Anxa1(annexin A1：膜联蛋白A1)、ANXA3(annexin A3：膜联蛋白A3)、ANXA5(annexin A5：膜联蛋白A5)、Anxa6(annexin A6：膜联蛋白A6)、Aoah(acyloxyacyl hydrolase：酰氧基酰基水解酶)、Aoc3(amine oxidase,copper containing 3：胺氧化酶，含铜3)、APAF1(apoptoticpeptidase activating factor 1：凋亡肽酶活化因子1)、APBA1(amyloid beta(A4)precursor protein binding,family A,member 1：类淀粉β(A4)前体蛋白结合，家族A，成员1)、APBA2(amyloid beta(A4)precursor protein-binding,family A,member 2：类淀粉β(A4)前体蛋白结合，家族A，成员2)、Apoa1(apolipoprotein A-I：脂蛋白元A-I)、

APOE(apolipoprotein E：脂蛋白元E)、Areg(Amphiregulin：双调蛋白)、ARF6(ADP-ribosylation factor 6：ADP核糖基化因子6)、

ARG1(arginase,liver：精氨酸酶，肝)、ARG2(arginase type II精氨酸酶，类型II)、Arhgap29(Rho GTPase activating protein 29：活化蛋白29)、ARHGAP35(Rho GTPaseactivating protein 35：活化蛋白35)、ARL6IP6(ADP-ribosylation factor-like6interacting protein 6：ADP核糖基化因子样6相互作用蛋白6)、Artn(Artemin：青蒿琥酯)、Atm(ataxia telangiectasia mutated：毛细血管扩张性共济失调突变)、Atrn(attractin：吸引素)、AURKB(aurora kinase B：极光激酶B)、

Axin1(axin 1：极光1)、Axl(AXL receptor tyrosine kinase：AXL受体酪氨酸激酶)、B2M(beta-2microglobulin：β-2微球蛋白)、B3gat1(beta-1,3-glucuronyltransferase 1：β-1,3-葡糖醛酸基移酶1)、B4GALNT1(beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 1：β-1,4-N-乙酰基-半乳糖氨基转移酶1)、B4galt1(UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4-galactosyltransferase,polypeptide 1：UDP-Gal：β-GlcNAc-β-1,4-半乳糖基转移酶，多肽1)、BAIAP2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2：脑特异性血管生成抑制剂1相关蛋白2)、BCAR1(breast canceranti-estrogen resistance 1：乳癌抗雌激素抵抗1)、BCL2(B cell leukemia/lymphoma2：B细胞白血病/淋巴瘤2)、Bcl6(B cell leukemia/lymphoma 6：B细胞白血病/淋巴瘤6)、

Bdkrb1(bradykinin receptor,beta 1：缓激肽受体，β1)、Bdkrb2(bradykininreceptor,beta 2：缓激肽受体，β2)、BDNF(Brain-derived neurotrophic factor：脑源性神经营养因子)、Bglap(bone gamma carboxyglutamate protein：骨含γ-羧基谷氨酸蛋白)、BGN(biglycan：二聚糖)、BMI1(Bmi1 polycomb ring finger oncogene：BMI1多梳无名指癌基因)、Bmp1(bone morphogenetic protein 1：骨形态发生蛋白1)、Bmp2(bonemorphogenetic protein 2：骨形态发生蛋白2)、Bmp3(bone morphogenetic protein 3：骨形态发生蛋白3)、Bmp4(bone morphogenetic protein 4：骨形态发生蛋白4)、Bmp5(bonemorphogenetic protein 5：骨形态发生蛋白5)、Bmp6(bone morphogenetic protein 6：骨形态发生蛋白6)、Bmp7(bone morphogenetic protein 7：骨形态发生蛋白7)、Bmpr1a(bonemorphogenetic protein receptor,type 1A：骨形态发生蛋白受体，类型1A)、Bmpr1b(bonemorphogenetic protein receptor,type 1B：骨形态发生蛋白受体，类型1B)、Bmpr2(bonemorphogenetic protein receptor,type II(serine/threonine kinase)：骨形态发生蛋白受体，类型II(丝氨酸/苏氨酸激酶))、Bsg(basigin：大鼠基础免疫球蛋白)、BST1(bonemarrow stromal cell antigen 1：骨髓基质细胞抗原1)、BTC(Betacellulin：乙胞素)、Btk(Bruton agammaglobulinemia tyrosine kinase：布鲁顿无-γ-球蛋白血症酪氨酸激酶)、BTLA-(B and T lymphocyte associated：B和T淋巴细胞相关)、Btn2a2(butyrophilin,subfamily 2,member A2：嗜乳脂蛋白，亚科2，成员A2)、C1qa(complement component 1,qsubcomponent,alpha polypeptide：补体成分1，q亚成分，α多肽)、C1QC(complementcomponent 1,q subcomponent,C chain：补体成分1，q亚成分，C链)、C1R(complementcomponent 1,r subcomponent A：补体成分1，r亚成分A)、C1S(complement component 1,ssubcomponent 1：补体成分1，s亚成分1)、C2cd4a(C2 calcium-dependent domaincontaining 4A：含C2依钙的结构域4A)、C3(complement component 3：补体成分3)、C3ar1(complement component 3a receptor 1：补体成分3a受体1)、Cadm1(cell adhesionmolecule1：细胞粘附分子1)、CALB1(calbindin 1：钙结合蛋白1)、Calcr(calcitoninreceptor：降钙素受体)Calr(calreticulin：钙网蛋白)、Camp(cathelicidinantimicrobial peptide：导管素抗菌肽)CAPN2(calpain 2：钙蛋白酶2)、Casp1(caspase1：凋亡蛋白酶1)、CASP3(Caspase 3,apoptosis-related cysteine peptidase：凋亡蛋白酶3，凋亡相关半胱氨酸肽酶)、CAV1(caveolin 1：小窝蛋白1)、CBLN2(cerebellin2precursor protein：小脑蛋白2前体蛋白)、CCL1(chemokine(C-C motif)ligand 1：趋化因子(C-C基元)配体1)、CCL11(chemokine(C-C motif)ligand 11：趋化因子(C-C基元)配体11)、CCL13(chemokine(C-C motif)ligand 13：趋化因子(C-C基元)配体13)、CCL15(chemokine(C-C motif)ligand 15：趋化因子(C-C基元)配体15)、CCL16(chemokine(C-Cmotif)ligand 16：趋化因子(C-C基元)配体16)、CCL17(chemokine(C-C motif)ligand 17：趋化因子(C-C基元)配体17)、CCL18(chemokine(C-C motif)ligand 18：趋化因子(C-C基元)配体18)、CCL19(chemokine(C-C motif)ligand 19：趋化因子(C-C基元)配体19)、CCL2(chemokine(C-C motif)ligand 2：趋化因子(C-C基元)配体2)、Ccl20(chemokine(C-Cmotif)ligand 20：趋化因子(C-C基元)配体20)、CCL21(chemokine(C-C motif)ligand 21：趋化因子(C-C基元)配体21)、CCL22(chemokine(C-C motif)ligand 22：趋化因子(C-C基元)配体22)、CCL23(chemokine(C-C motif)ligand 23：趋化因子(C-C基元)配体23)、CCL24(chemokine(C-C motif)ligand 24：趋化因子(C-C基元)配体24)、CCL25(chemokine(C-Cmotif)ligand 25：趋化因子(C-C基元)配体25)、CCL26(chemokine(C-C motif)ligand 26：趋化因子(C-C基元)配体26)、CCL27(chemokine(C-C motif)ligand 27：趋化因子(C-C基元)配体27)、CCL3(chemokine(C-C motif)ligand 3：趋化因子(C-C基元)配体3)、CCL4(chemokine(C-C motif)ligand 4：趋化因子(C-C基元)配体4)、CCL5(chemokine(C-Cmotif)ligand 5：趋化因子(C-C基元)配体5)、CCL7(chemokine(C-C motif)ligand 7：趋化因子(C-C基元)配体7)、CCL8(chemokine(C-C motif)ligand 8：趋化因子(C-C基元)配体8)、Ccn1(cellular communication network factor 1：细胞式通讯网路因子1)、Ccn2(cellular communication network factor 2：细胞式通讯网路因子2)、Ccn3(cellularcommunication network factor 3：细胞式通讯网路因子3)、Ccn4(cellularcommunication network factor 4：细胞式通讯网路因子4)、Ccnd1(cyclin D1：周期蛋白D1)、Ccr1(chemokine(C-C motif)receptor 1：趋化因子(C-C基元)受体1)、CCR10(chemokine(C-C motif)receptor 10：趋化因子(C-C基元)受体10)、CCR2(chemokine(C-Cmotif)receptor 2：趋化因子(C-C基元)受体2)、CCR3(chemokine(C-C motif)receptor 3：趋化因子(C-C基元)受体3)、CCR4(chemokine(C-C motif)receptor 4：趋化因子(C-C基元)受体4)、CCR5(chemokine(C-C motif)receptor 5：趋化因子(C-C基元)受体5)、CCR6(chemokine(C-C motif)receptor 6：趋化因子(C-C基元)受体6)、CCR7(chemokine(C-Cmotif)receptor 7：趋化因子(C-C基元)受体7)、CCR8(chemokine(C-C motif)receptor 8：趋化因子(C-C基元)受体8)、CCR9(chemokine(C-C motif)receptor 9：趋化因子(C-C基元)受体9)、Ccrl2(chemokine(C-C motif)receptor-like 2：趋化因子(C-C基元)受体样2)、CD14(CD14 antigen：CD14抗原)、CD151(CD151 antigen：CD151抗原)、CD160(CD160antigen：CD160抗原)、CD163(CD163 antigen：CD163抗原)、CD164(CD164 antigen：CD164抗原)、CD165(CD165 antigen：CD165抗原)、CD180(CD180 antigen：CD180抗原)、CD19(CD19antigen：CD19抗原)、CD1B(CD1b molecule：CD1b分子)、CD1C(CD1c molecule：CD1c分子)、CD1D(CD1d molecule：CD1d分子)、CD2(CD2 antigen：CD2抗原)、CD200(CD200 antigen：CD200抗原)、CD209(CD209 molecule：CD209分子)、CD22(CD22molecule：CD22分子)、CD226(CD226 molecule：CD226分子)、CD24(CD24 molecule：CD24分子)、CD244(CD244 molecule,natural killer cell receptor 2B4：CD244分子，自然杀手细胞受体2B4)、CD247(CD247molecule：CD247分子)、CD248(CD248 antigen,endosialin：CD248抗原，内皮唾液酸蛋白)、CD27(CD27 molecule：CD27分子)、CD274(CD274antigen：CD274抗原)、CD276(CD276antigen：CD276抗原)、CD28(CD28 antigen：CD28抗原)、CD33(CD33 antigen：CD33抗原)、CD34(CD34 antigen：CD34抗原)、CD36(CD36 molecule：CD36分子)、CD37(CD37 molecule：CD37分子)、CD38(CD38 antigen：CD38抗原)、CD3D(CD3d molecule：CD3d分子)、CD3E(CD3antigen,epsilon polypeptide：CD3抗原，ε多肽)、CD3G(CD3g molecule：CD3g分子)、CD4(CD4 antigen：CD4抗原)、CD40(CD40 antigen：CD40抗原)、CD40lg(CD40 ligand：CD40配体)、CD44(CD44 antigen：CD44抗原)、

CD47(CD47 antigen(Rh-related antigen,integrin-associated signaltransducer)：CD47抗原(Rh相关抗原，整合素相关信号转导子))、CD48(CD48 antigen：CD48抗原)、CD52(CD52 molecule：CD52分子)、CD53(CD53 molecule：CD53分子)、CD55(CD55molecule：CD55分子)、CD58(CD58 molecule：CD58分子)、CD59(CD59 molecule：CD59分子)、CD6(CD6 molecule：CD6分子)、CD63(CD63 molecule：CD63分子)、CD68(CD68 antigen：CD68抗原)、CD69(CD69 molecule：CD69分子)、CD70(CD70 antigen：CD70抗原)、CD74(CD74antigen：CD74抗原)、CD79A(CD79a molecule,immunoglobulin-associated alpha：CD79a分子，免疫球蛋白相关α)、CD79B(CD79b molecule,immunoglobulin-associated beta：CD79b分子，免疫球蛋白相关β)、CD80(CD80 antigen：CD80抗原)、CD83(CD83molecule：CD83分子)、CD86(CD86 antigen：CD86抗原)、CD8A(CD8antigen,alpha chain：CD8抗原，α链)、CD8B(CD8b molecule：CD8b分子)、CD9(CD9 antigen：CD9抗原)、CD93(CD93 antigen：CD93抗原)、CD99(CD99 antigen：CD99抗原)、CDH1(cadherin 1：钙粘蛋白1)、CDH11(cadherin11：钙粘蛋白11)、CDH2(cadherin 2：钙粘蛋白2)、CDH3(cadherin 3：钙粘蛋白3)、CDH4(cadherin 4：钙粘蛋白4)、CDH5(Cadherin 5,type 2(vascular endothelium)：钙粘蛋白5，类型2(血管内皮))、CDK4(cyclin-dependent kinase 4：细胞周期蛋白依赖性激酶4)、CDK6(cyclin-dependent kinase 6：细胞周期蛋白依赖性激酶6)、CDKN1A(cyclin-dependent kinase inhibitor 1A(P21)：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(P21))、CDKN1B(cyclin-dependent kinase inhibitor 1B：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B)、CDKN1C(cyclin-dependent kinase inhibitor 1C(P57)：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1C(P57))、CDKN2a(cyclin dependent kinase inhibitor 2A：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A)、CDKN2b(cyclin dependent kinase inhibitor 2B：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2B)、CDKN2D(cyclin dependent kinase inhibitor 2D：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2D)、CEACAM1(carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1：癌胚抗原相关细胞粘附分子1)、CEACAM3(CEA cell adhesion molecule 3：CEA细胞粘附分子3)、CEACAM5(CEA cell adhesion molecule 5：CEA细胞粘附分子5)、CEACAM6(CEA celladhesion molecule 6：CEA细胞粘附分子6)、CEACAM8(CEA cell adhesion molecule 8：CEA细胞粘附分子8)、Cebpa(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP),alpha：CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)，α)、Cebpb(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP),beta：CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)，β)、Cebpd(CCAAT/enhancer binding protein(C/EBP),delta：CCAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)，δ)、CFD(complement factor D(adipsin)：补体因子D(脂肪素))、Cfh(complement component factor h：补体成分因子h)、CFI(complementcomponent factor i：补体成分因子i)、CFL1(cofilin 1,non-muscle：肌动蛋白素1，非肌肉)、CHAD(chondroadherin：软骨蛋白)、Chadl(chondroadherin-like：软骨蛋白样)、CHAT(choline acetyltransferase：胆碱乙酰转移酶)、CHEK1(checkpoint kinase 1：检查点激酶1)、Chek2(checkpoint kinase 2：检查点激酶2)、CHI3L1(chitinase 3like 1：壳多糖酶3样1)、Chrd(chordin：脊索发生素)、CHRM2(cholinergic receptor,muscarinic 2,cardiac：胆碱能受体，毒蕈碱2，心脏)、Chrna7(cholinergic receptor,nicotinic,alphapolypeptide 7：胆碱能受体，烟碱，α多肽7)、CHRNB2(cholinergic receptor,nicotinic,beta polypeptide 2(neuronal)：胆碱能受体，烟碱，β多肽2(神经元))、Chst11(carbohydrate sulfotransferase11：碳水化合物磺基转移酶11)、Chst4(carbohydratesulfotransferase 4：碳水化合物磺基转移酶4)、CIITA(class II transactivator：II类反式激活因子)、Clcf1(cardiotrophin-like cytokine factor 1：心肌营养蛋白样细胞因子1)、CLEC11A(Stem cell growth factor：干细胞生长因子)、CLSTN2(calsyntenin2：钙同线蛋白2)、

Clu(clusterin：丛生蛋白)、Cmklr1(chemokine-like receptor 1：趋化因子样受体1)、Cnmd(chondromodulin：软骨调节素)、CNTF(Ciliary neurotrophic factor：睫状神经营养因子)、COL10A1(collagen,type X,alpha 1：胶原蛋白，类型X，α1)、COL11A1(collagen,type XI,alpha 1：胶原蛋白，类型XI，α1)、COL11A2(collagen,type XI,alpha2：胶原蛋白，类型XI，α2)、COL12A1(collagen,type XII,alpha 1：胶原蛋白，类型XII，α1)、COL14A1(collagen,type XIV,alpha 1：胶原蛋白，类型XIV，α1)、COL15A1(collagen,typeXV,alpha 1：胶原蛋白，类型XV，α1)、COL16A1(collagen,type XVI,alpha 1：胶原蛋白，类型XVI，α1)、COL18A1(Collagen,type XVIII,alpha 1：胶原蛋白，类型XVIII，α1)、COL1A1(collagen,type I,alpha 1：胶原蛋白，类型I，α1)、COL1A2(collagen,type I,alpha 2：胶原蛋白，类型I，α2)、COL2A1(collagen,type II,alpha 1：胶原蛋白，类型III，α1)、COL3A1(collagen,type III,alpha 1：胶原蛋白，类型III，α1)、COL4A2(collagen,type IV,alpha2：胶原蛋白，类型IV，α2)、COL4A3(Collagen,type IV,alpha 3(Goodpasture antigen)：胶原蛋白，类型IV，α3(古德帕斯丘抗原))、COL4A6(collagen,type IV,alpha 6：胶原蛋白，类型IV，α6)、COL5A1(collagen,type V,alpha 1：胶原蛋白，类型V，α1)、COL6A1(collagen,type VI,alpha 1：胶原蛋白，类型VI，α1)、COL8A1(collagen,type VIII,alpha 1：胶原蛋白，类型VIII，α1)、COL9A1(collagen,type IX,alpha 1：胶原蛋白，类型IX，α1)、COL9A2(collagen,type IX,alpha 2：胶原蛋白，类型IX，α2)、COL9A3(collagen,type IX,alpha3：胶原蛋白，类型IX，α3)、Comp(cartilage oligomeric matrix protein：软骨寡聚基质蛋白)、Cr2(complement receptor 2：补体受体2)、Creb1(cAMP responsive elementbinding protein 1：环腺苷酸反应元件结合蛋白1)、CRK(v-crk avian sarcoma virusCT10 oncogene homolog：v-crk禽肉瘤病毒CT10癌基因同系物)、Crp(C-reactiveprotein,pentraxin-related：C反应蛋白，五聚体蛋白相关)、Crppa(CDP-L-ribitolpyrophosphorylase A：CDP-L核糖醇焦磷酸化酶A)、CryAB(crystallin,alpha B：晶状体蛋白，αB)、CSF1(colony stimulating factor 1(macrophage)：集落刺激因子1(巨噬细胞))、CSF2(colony stimulating factor 2(granulocyte-macrophage)：集落刺激因子2(粒细胞巨噬细胞))、CSF3(colony stimulating factor 3(granulocyte)：集落刺激因子3(粒细胞))、Cst3(Cystatin C：胱抑素C)、Ctbp1(C-terminal binding protein 1：C末端结合蛋白1)、Ctbp2(C-terminal binding protein 2：C末端结合蛋白2)、CTLA4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4：细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4)、Ctnnal1(catenin(cadherin associated protein),alpha-like 1：链蛋白(钙粘蛋白相关蛋白)，α样1)、CTNNB1(catenin(cadherin associated protein),beta 1：链蛋白(钙粘蛋白相关蛋白)，β1)、CTNND1(catenin(cadherin associated protein),delta 1：链蛋白(钙粘蛋白相关蛋白)，δ1)、CTTN(cortactin：皮层蛋白)、Cx3cl1(chemokine(C-X3-C motif)ligand 1：趋化因子(C-X3-C基元)配体1)、

Cx3cr1(chemokine(C-X3-C motif)receptor 1：趋化因子(C-X3-C基元)受体1)、CXCL1(chemokine(C-X-C motif)ligand 1：趋化因子(C-X-C基元)配体1)、CXCL10(chemokine(C-X-C motif)ligand 10：趋化因子(C-X-C基元)配体10)、CXCL11(chemokine(C-X-C motif)ligand 11：趋化因子(C-X-C基元)配体11)、CXCL12(chemokine(C-X-Cmotif)ligand 12：趋化因子(C-X-C基元)配体12)、CXCL13(chemokine(C-X-C motif)ligand 13：趋化因子(C-X-C基元)配体13)、CXCL16(chemokine(C-X-C motif)ligand 16：趋化因子(C-X-C基元)配体16)、CXCL2(chemokine(C-X-C motif)ligand 2：趋化因子(C-X-C基元)配体2)、CXCL3(chemokine(C-X-C motif)ligand 3：趋化因子(C-X-C基元)配体3)、CXCL5(chemokine(C-X-C motif)ligand 5：趋化因子(C-X-C基元)配体5)、CXCL6(Granulocyte chemotactic protein2：粒细胞趋化蛋白)、CXCL8(C-X-C motif chemokineligand 8：C-X-C基元趋化因子配体8)、CXCL9(chemokine(C-X-C motif)ligand 9：趋化因子(C-X-C基元)配体9)、CXCR1(chemokine(C-X-C motif)receptor 1：趋化因子(C-X-C基元)受体1)、CXCR2(chemokine(C-X-C motif)receptor 2：趋化因子(C-X-C基元)受体2)、CXCR3(chemokine(C-X-C motif)receptor 3：趋化因子(C-X-C基元)受体3)、CXCR4(chemokine(C-X-C motif)receptor 4：趋化因子(C-X-C基元)受体4)、CXCR5(chemokine(C-X-C motif)receptor 5：趋化因子(C-X-C基元)受体5)、CXCR6(chemokine(C-X-Cmotif)receptor 6：趋化因子(C-X-C基元)受体6)、Cybb(cytochrome b-245,betapolypeptide：细胞色素b-245，β多肽)、Cygb(cytoglobin：细胞球蛋白)、Cyp26b1(cytochrome P450,family 26,subfamily b,polypeptide 1：细胞色素P450，家族26，亚科b，多肽1)、DAPK3(death-associated protein kinase 3：死亡相关蛋白激酶3)、DCN(decorin：核心蛋白聚糖)、Ddit3(DNA-damage inducible transcript 3：DNA损伤诱导转录物3)、Ddr2(discoidin domain receptor tyrosine kinase 2：盘状结构域受体酪氨酸激酶2)、DDX58(DEAD/H box helicase 58：DEAD/H盒解旋酶58)、DIAPH1(diaphanousrelated formin 1：蛋白透明同源物1)、Dio2(deiodinase,iodothyronine,type II：碘甲腺原氨酸脱碘酶II)、Dkk1(dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 1：dickkopfWNT信号通路抑制因子1)、Dlk1(delta like non-canonical Notch ligand 1：δ样非典型Notch配体1)、Dlx5(distal-less homeobox 5：同源转录因子5)、DLX6(distal-lesshomeobox 6：同源转录因子6)、DPF1(D4,zinc and double PHD fingers family 1：D4，锌和双PHD指家族1)、DPF3(D4,zinc and double PHD fingers,family 3：D4，锌和双PHD指，家族3)、DPP4(dipeptidylpeptidase 4：二肽基肽酶4)、Dpt(dermatopontin：皮连蛋白)、DRD2(dopamine receptor D2：多巴胺受体D2)、DSCAM(DS cell adhesion molecule：DS细胞粘附分子)、E2f1(E2F transcription factor 1：E2F转录因子1)、EBI3(Epstein-Barrvirus induced gene3：爱泼斯坦-巴尔病毒诱导基因3)、EDIL3(EGF-like repeats anddiscoidin I-like domains 3：EGF样重复盘状结构I样域蛋白3)、EDN1(endothelin 1：1内皮素)、Efemp1(epidermal growth factor-containing fibulin-like extracellularmatrix protein 1：含表皮生长因子的纤维蛋白样细胞外基质蛋白1)、EFNB2(Ephrin-B2：肝配蛋白B2)、EGF(epidermal growth factor：表皮生长因子)、Egfr(epidermal growthfactor receptor：表皮生长因子受体)、Egr2(early growth response 2：早期生长反应2)、Elane(elastase,neutrophil expressed：弹性蛋白酶，中性粒细胞表达)、Elf3(E74-like factor 3：E74样因子3)、ENC1(ectodermal-neural cortex 1：外胚层神经皮层)、Eng(endoglin：内皮糖蛋白)、Enpp3(ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase3：外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶3)、ENTPD1(ectonucleoside triphosphatediphosphohydrolase 1：外核苷三磷酸二磷酸水解酶1)、EP300(E1A binding proteinp300：E1A结合蛋白p300)、EPAS1(endothelial PAS domain protein 1：内皮PAS结构域蛋白1)、Epcam(epithelial cell adhesion molecule：上皮细胞粘附分子)、Epha2(Ephreceptor A2：Eph受体A2)、Ephb2(Eph receptor B2：Eph受体B2)、Ephb3(Eph receptorB3：Eph受体B3)、Ephx2(epoxide hydrolase 2,cytoplasmic：环氧化物水解酶2，细胞质)、Epo(erythropoietin：红血球生成素)、Epyc(epiphycan：骺蛋白聚糖)、ERBB2("V-erb-b2erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2,neuro/glioblastoma derivedoncogene homolog(avian)"：V-erb-b2红血球白血病病毒致癌基因同系物2，神经/胶质母细胞瘤衍生致癌基因同系物(禽))、EXT1(exostosin glycosyltransferase 1：外生骨素糖基转移酶1)、EZR(ezrin：埃兹蛋白)、F2(coagulation factor II：凝血因子II)、F2r(coagulation factor II(thrombin)receptor：凝血因子II(凝血酵素)受体)、F2rl1(coagulation factor II(thrombin)receptor-like 1：凝血因子II(凝血酵素)受体样1)、F3(coagulation factor III)、F8(coagulation factor VIII：凝血因子VIII)、Fabp4(fatty acid binding protein 4,adipocyte：脂肪酸结合蛋白4，脂肪细胞)、FAP(fibroblast activation protein：成纤维细胞活化蛋白)、FAS(Fas(TNF receptorsuperfamily member 6)：Fas(TNF受体超家族成员6))、Fasl(Fas ligand(TNFsuperfamily,member 6)：Fas配体(TNF超家族，成员6))、FASN(fatty acid synthase：脂肪酸合酶)、Fbxo5(F-box protein 5：F盒蛋白5)、Fcer1a(Fc receptor,IgE,high affinityI,alpha polypeptide：Fc受体，IgE，高亲和力I，α多肽)、

FCER1G(Fc receptor,IgE,high affinity I,gamma polypeptide：Fc受体，IgE，高亲和力I，γ多肽)、Fcgr1a(Fc fragment of IgG receptor Ia：IgG受体Ia的Fc片段)、FCGR3B(Fc fragment of IgG receptor IIIa：IgG受体IIIa的Fc片段)、FGF1(fibroblastgrowth factor 1：成纤维细胞生长因子1)、FGF10(fibroblast growth factor 10：成纤维细胞生长因子10)、FGF19(Fibroblast growth factor 19：成纤维细胞生长因子19)、FGF2(fibroblast growth factor 2：成纤维细胞生长因子2)、FGF4(Fibroblast growthfactor 4：成纤维细胞生长因子4)、FGF6(Fibroblast growth factor 6：成纤维细胞生长因子6)、FGF7(Fibroblast growth factor 7：成纤维细胞生长因子7)、FGF9(Fibroblastgrowth factor 9(glia-activating factor)：成纤维细胞生长因子9(胶质细胞激活因子))、FGFR1(fibroblast growth factor receptor 1：成纤维细胞生长因子受体1)、FGFR2(fibroblast growth factor receptor 2：成纤维细胞生长因子受体2)、FGFR3(fibroblast growth factor receptor 3：成纤维细胞生长因子受体3)、FGFR4(fibroblast growth factor receptor 4：成纤维细胞生长因子受体4)、FLRT3(fibronectin leucine rich transmembrane protein 3：纤连蛋白亮氨酸丰富跨膜蛋白3)、FLT1(FMS-like tyrosine kinase 1：FMS样酪氨酸激酶1)、FLT3LG(FMS-like tyrosinekinase 3ligan：FMS样酪氨酸激酶3配体)、FMOD(fibromodulin：纤维调节蛋白)、FN1(fibronectin 1：纤连蛋白1)、FOXC2(forkhead box C2：叉头盒C2)、FOXD1(forkhead boxD1：叉头盒D1)、FOXO1(forkhead box O1：叉头盒O1)、FOXO3(forkhead box O3：叉头盒O3)、FOXP3(forkhead box P3：叉头盒P3)、Fpr1(formyl peptide receptor 1：甲酰肽受体1)、Fpr2(formyl peptide receptor 2：甲酰肽受体2)、Frzb(frizzled-related protein：卷曲相关蛋白)、FUT1(Fucosyltransferase 1(galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase,H blood group)：岩藻糖基转移酶1(半乳糖苷2-α-L-岩藻糖基转移酶，H血型))、FUT4(fucosyltransferase 4：岩藻糖基转移酶4)、FZD9(Frizzled familyreceptor 9：卷曲家族受体9)、GABRA5(gamma-aminobutyric acid(GABA)A receptor,subunit alpha 5：γ氨基丁酸(GABA)A受体，亚基α5)、GABRB2(gamma-aminobutyric acid(GABA)A receptor,subunit beta 2：γ氨基丁酸(GABA)A受体，亚基β2)、GABRB3(gamma-aminobutyric acid(GABA)A receptor,subunit beta 3：γ氨基丁酸(GABA)A受体，亚基β3)、GAD1(glutamate decarboxylase 1：谷氨酸脱羧酶1)、GADD45A(growth arrest andDNA-damage-inducible 45alpha：生长停滞和DNA损伤诱导45α)、Gal(galanin and GMAPprepropeptide：甘丙肽和GMAP前肽原)、GALNT5(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5：多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶5)、GATA2(GATAbinding protein 2：GATA结合蛋白2)、GATA3(GATA binding protein 3：GATA结合蛋白3)、GATA4(GATA binding protein 4:GATA结合蛋白4)、GBX2(gastrulation brain homeobox2：原肠胚形成脑同源盒2)、Gdf10(growth differentiation factor 10：生长分化因子10)、GDF15(Growth differentiation factor 15：生长分化因子15)、GDF5(growthdifferentiation factor 5：生长分化因子5)、GDF6(growth differentiation factor 6：生长分化因子6)、GDF7(Growth differentiation factor7：生长分化因子7)、GDNF(Glialcell derived neurotrophic factor：胶质细胞衍生神经营养因子)、Ghsr(growthhormone secretagogue receptor：生长激素促分泌受体)、GLB1(galactosidase,beta 1：半乳糖苷酶，β1)、Gli1(GLI-Kruppel family member GLI1：GLI克鲁佩尔家族成员GLI1)、GNLY(granulysin：颗粒溶解素)、GPC3(glypican3：磷脂酰肌醇蛋白聚糖3)、

GPC4(glypican4：磷脂酰肌醇蛋白聚糖4)、GPI(Glucose-6-phosphateisomerase：葡萄糖-6-磷酸异构酶)、Gpm6b(glycoprotein m6b：糖蛋白m6b)、Gpr17(Gprotein-coupled receptor 17：G蛋白偶联受体17)、Gpx4(glutathione peroxidase 4：谷胱甘肽过氧化物酶4)、Grem1(gremlin 1,DAN family BMP antagonist：格莱姆林1，DAN家族BMP拮抗剂)、Grn(granulin：颗粒蛋白)、GTF3A(General transcription factor IIIA：通用转录因子IIIA)、GUSB(glucuronidase,beta：葡萄醣醛酸酶，β)、Gypa(glycophorin A：血型糖蛋白A)、GZMB(granzyme B：颗粒酶B)、H2ac21(H2A clustered histone 21：H2A聚集组蛋白21)、HAPLN1(hyaluronan and proteoglycan link protein 1：透明质酸和蛋白聚醣连接蛋白1)、HAS1(hyaluronan synthase 1：透明质酸合酶1)、HAT1(Histoneacetyltransferase 1：组蛋白乙酰转移酶1)、Havcr2(hepatitis A virus cellularreceptor 2：A型肝炎病毒细胞受体2)、Hbegf(heparin-binding EGF-like growthfactor：肝素-结合EGF样生长因子)、Hck(hemopoietic cell kinase：造血细胞激酶)、HDAC1(Histone deacetylase 1：组蛋白脱乙酰酶1)、Hdac5(histone deacetylase 5：组蛋白脱乙酰酶5)、Hdac7(histone deacetylase 7：组蛋白脱乙酰酶7)、Hdac9(histonedeacetylase 9：组蛋白脱乙酰酶9)、Hes1(hes family bHLH transcription factor 1：hes家族bHLH转录因子1)、Hgf(hepatocyte growth factor：肝细胞生长因子)、Hif1a(hypoxia inducible factor 1,alpha subunit：缺氧诱导因子1，α亚基)、HLA-A(majorhistocompatibility complex,class I,A：主要组织相容性复合体，I类，A)、HLA-B(majorhistocompatibility complex,class I,B：主要组织相容性复合体，I类，B)、HLA-C(majorhistocompatibility complex,class I,C：主要组织相容性复合体，I类，C)、HLA-DMA(major histocompatibility complex,class II,DM alpha：主要组织相容性复合体，II类，DMα)、HLA-DMB(major histocompatibility complex,class II,DM beta：主要组织相容性复合体，II类，DMβ)、HLA-DOA(major histocompatibility complex,class II,DOalpha：主要组织相容性复合体，II类，DOα)、HLA-DOB(major histocompatibilitycomplex,class II,DO beta：主要组织相容性复合体，II类，DOβ)、HLA-DPA1(majorhistocompatibility complex,class II,DP alpha 1：主要组织相容性复合体，II类，DPα1)、HLA-DPB1(major histocompatibility complex,class II,DP beta 1：主要组织相容性复合体，II类，DPβ1)、HLA-DQA1(major histocompatibility complex,class II,DQalpha 1：主要组织相容性复合体，II类，DQα1)、HLA-DQA2(major histocompatibilitycomplex,class II,DQ alpha 2：主要组织相容性复合体，II类，DQα2)、HLA-DQB1(majorhistocompatibility complex,class II,DQ beta 1：主要组织相容性复合体，II类，DQβ1)、HLA-DQB2(major histocompatibility complex,class II,DQ bete 2：主要组织相容性复合体，II类，DQβ2)、HLA-DRA1(major histocompatibility complex,class II,DRalpha：主要组织相容性复合体，II类，DRα)、HLA-DRB1(major histocompatibilitycomplex,class II,DR bete 1：主要组织相容性复合体，II类，DRβ1)、HLA-DRB5(majorhistocompatibility complex,class II,DR beta 5：主要组织相容性复合体，II类，DRβ5)、HLA-E(major histocompatibility complex,class I,E：主要组织相容性复合体，I类，E)、HLA-F(major histocompatibility complex,class I,F：主要组织相容性复合体，I类，F)、HLA-F-AS1(HLA-F antisense RNA 1：HLA-F反义RNA1)、HLA-G(majorhistocompatibility complex,class I,G：主要组织相容性复合体，I类，G)、Hmga2(highmobility group AT-hook 2：高速泳动群AT-hook 2)、Hmox1(heme oxygenase 1：血红素氧合酶1)、HNF1A(HNF1 homeobox A：HNF1同源盒A)、HPSE(Heparanase：乙酰肝素酶)、

Hras(Harvey rat sarcoma virus oncogene：哈维大鼠肉瘤病毒致癌基因)、HSD11B1(hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 1：羟类固醇11-β去氢酶)、HSF1(heatshock factor 1：热休克因子1)、HSPA9(heat shock protein 9：热休克蛋白9)、Hspd1(heat shock protein 1(chaperonin)：热休克蛋白(伴侣蛋白))、Ibsp(integrin bindingsialoprotein：整合素结合涎蛋白)、ICAM1(intercellular adhesion molecule 1：细胞间粘附分子1)、ICAM2(intercellular cell adhesion molecule：细胞间粘附分子)、ICAM5(intercellular adhesion molecule 5,telencephalin：细胞间粘附分子5，端脑蛋白)、ICOS(inducible Tcell co-stimulator：诱导T细胞共同刺激分子)、ICOSLG(icos ligand：icos配体)、ID1(inhibitor of DNA binding 1,HLH protein：DNA结合抑制剂1，HLH蛋白)、ID2(inhibitor of DNA binding 2：DNA结合抑制剂2)、ID4(inhibitor of DNA binding4：DNA结合抑制剂4)、IDO1(indoleamine 2,3-dioxygenase 1：吲哚胺2,3-二氧酶1)、IDO2(indoleamine 2,3-dioxygenase 2：吲哚胺2,3-二氧酶2)、IFI27(interferon,alpha-inducible protein 27：干扰素，α诱导蛋白27)、IFI35(interferon-induced protein 35：干扰素诱导蛋白35)、IFI44L(interferon-induced protein 44like：干扰素诱导蛋白44样)、IFI6(interferon alpha inducible protein 6：干扰素α诱导蛋白6)、IFIH1(interferon induced with helicase Cdomain 1：解旋酶C结构域1诱导的干扰素)、IFIT1(interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1：具有四肽重复序列1的干扰素诱导蛋白)、IFIT2(interferon-induced protein with tetratricopeptiderepeats 2：具有四肽重复序列2的干扰素诱导蛋白)、IFIT3(interferon-induced proteinwith tetratricopeptide repeats 3：具有四肽重复序列3的干扰素诱导蛋白)、IFITM1(interferon induced transmembrane protein 1：干扰素诱导跨膜蛋白1)、IFITM2(interferon induced transmembrane protein 2：干扰素诱导跨膜蛋白2)、IFNA1(interferon alpha 1：干扰素α1)、IFNA17(interferon alpha 17：干扰素α17)、IFNA2(Interferon,alpha 2：干扰素，α2)、IFNAR1(interferon(alpha and beta)receptor 1：干扰素(α和β)受体1)、IFNB1(interferon beta 1,fibroblast：干扰素β1，成纤维细胞)、Ifng(interferon gamma：干扰素γ)、Ifngr1(interferon gamma receptor 1：干扰素γ受体1)、Ifngr2(interferon gamma receptor 2：干扰素γ受体2)、IGF1(insulin-like growthfactor 1：胰岛素样生长因子1)、IGF1R(insulin-like growth factor I receptor：胰岛素样生长因子I受体)、IGF2(insulin-like growth factor 2：胰岛素样生长因子2)、IGF2R(insulin-like growth factor 2receptor：胰岛素样生长因子2受体)、IGFBP1(insulin-like growth factor binding protein 1：胰岛素样生长因子结合蛋白1)、IGFBP2(insulin-like growth factor binding protein 2：胰岛素样生长因子结合蛋白2)、IGFBP3(insulin-like growth factor binding protein 3：胰岛素样生长因子结合蛋白3)、IGFBP4(insulin-like growth factor binding protein 4：胰岛素样生长因子结合蛋白4)、IGFBP5(insulin-like growth factor binding protein 5：胰岛素样生长因子结合蛋白5)、IGFBP6(insulin-like growth factor binding protein 6：胰岛素样生长因子结合蛋白6)、IGFBP7(insulin-like growth factor binding protein 7：胰岛素样生长因子结合蛋白7)、Igsf11(immunoglobulin superfamily,member 11：免疫球蛋白超家族，成员11)、Ihh(Indian hedgehog：印度刺蝟)、IL10(interleukin 10：白细胞介素10)、IL10RA(interleukin 10receptor,alpha：白细胞介素10受体，α)、IL11(Interleukin 11：白细胞介素11)、IL12A(interleukin 12a：白细胞介素12a)、IL12B(interleukin 12b：白细胞介素12b)、IL13(interleukin 13：白细胞介素13)、IL13RA2(interleukin13receptor subunitalpha 2：白细胞介素13受体亚基α2)、IL15(interleukin 15：白细胞介素15)、IL16(interleukin 16：白细胞介素16)、IL17a(interleukin17A：白细胞介素17A)、IL17b(interleukin 17B：白细胞介素17B)、IL17c(interleukin 17C：白细胞介素17C)、IL17d(interleukin 17D：白细胞介素17D)、

IL17f(interleukin 17F：白细胞介素17F)、IL17ra(interleukin 17receptor A：白细胞介素17受体A)、IL17rb(interleukin 17receptor B：白细胞介素17受体B)、IL17rc(interleukin 17receptor C：白细胞介素17受体C)、IL17re(interleukin 17receptor E：白细胞介素17受体E)、IL18(interleukin 18：白细胞介素18)、IL18r1(interleukin18receptor 1：白细胞介素18受体1)、IL18rap(interleukin 18receptor accessoryprotein：白细胞介素18受体辅助蛋白)、IL1a(interleukin 1alpha：白细胞介素1α)、IL1b(interleukin 1beta：白细胞介素1β)、IL1f10(interleukin 1family,member 10：白细胞介素1家族，成员10)、IL1r1(interleukin 1receptor,type I：白细胞介素1受体，类型I)、IL1r2(interleukin 1receptor,type II：白细胞介素1受体，类型II)、IL1rap(interleukin 1receptor accessory protein：白细胞介素1受体辅助蛋白)、IL1rl1(interleukin 1receptor-like 1：白细胞介素1受体样1)、IL1rl2(interleukin1receptor-like 2：白细胞介素1受体样2)、IL1rn(interleukin 1receptor antagonist：白细胞介素1受体拮抗剂)、IL2(interleukin 2：白细胞介素2)、IL21(interleukin 21：白细胞介素21)、

IL22(interleukin 22：白细胞介素22)、IL22ra2(interleukin 22receptor,alpha 2：白细胞介素22受体，α2)、IL23a(interleukin 23,alpha subunit p19：白细胞介素23，α亚基p19)、IL23r(interleukin 23receptor：白细胞介素23受体)、IL24(Interleukin 24：白细胞介素24)、IL25(interleukin 25：白细胞介素25)、IL27(interleukin 27：白细胞介素27)、IL2ra(interleukin 2receptor,alpha chain：白细胞介素2受体，α链)、IL2RB(interleukin 2receptor,beta chain：白细胞介素2受体，β链)、IL2RG(interleukin 2receptor,gamma chain：白细胞介素2受体，γ链)、IL3(interleukin3：白细胞介素3)、IL31ra(interleukin 31receptor A：白细胞介素31受体A)、IL33(interleukin 33：白细胞介素33)、IL34(interleukin 34：白细胞介素34)、IL3RA(interleukin 3receptor,alpha chain：白细胞介素3受体，α链)、IL4(interleukin 4：白细胞介素4)、IL5(interleukin 5：白细胞介素5)、IL5ra(interleukin 5receptor,alpha：白细胞介素5受体α)、IL6(interleukin 6：白细胞介素6)、IL6R(interleukin 6receptor,alpha：白细胞介素6受体，α)、IL6ST(interleukin 6signal transducer：白细胞介素6信号转导子)、IL7(interleukin 7：白细胞介素7)、IL7R(interleukin 7receptor：白细胞介素7受体)、IL9(interleukin 9：白细胞介素9)、ILK(integrin linked kinase：整合素连接激酶)、INHBA(Inhibin,beta A：抑制素，βA)、INHBE(inhibin subunit beta E：抑制素亚基βE)、INS(Insulin：胰岛素)、INSC(INSC spindle orientation adaptor protein：INSC纺锤体定向转接蛋白)、INSR(insulin receptor：胰岛素受体)、Irak2(interleukin-1receptor-associated kinase 2：白细胞介素-1受体相关激酶2)、IRF1(interferonregulatory factor 1：干扰素调节因子1)、IRF3(interferon regulatory factor 3：干扰素调节因子3)、IRF4(interferon regulatory factor 4：干扰素调节因子4)、IRF7(interferon regulatory factor 7：干扰素调节因子7)、IRF9(interferon regulatoryfactor 9：干扰素调节因子9)、IRS1(insulin receptor substrate 1：胰岛素受体基质1)、IRS2(insulin receptor substrate 2：胰岛素干扰素受体基质2)、ITGA1(integrin a1：整合素a1)、ITGA10(integrin,alpha 10：整合素，α10)、ITGA11(integrin alpha 11：整合素α11)、ITGA2(integrin alpha 2：整合素α2)、ITGA2b(integrin alpha 2b：整合素α2b)、ITGA3(integrin a3：整合素a3)、ITGA4(integrin alpha 4：整合素α4)、ITGA5(integrinalpha 5：整合素α5)、ITGA6(integrin alpha 6：整合素α6)、ITGA7(integrin alpha 7：整合素α7)、ITGA8(integrin alpha 8：整合素α8)、ITGA9(integrin alpha 9：整合素α9)、ITGAD(integrin,alpha D：整合素，αD)、ITGAE(integrin alpha E,epithelial-associated：整合素αE，上皮相关)、ITGAL(integrin alpha L：整合素αL)、ITGAM(integrinalpha M：整合素αM)、ITGAV(integrin alpha V：整合素αV)、ITGAX(integrin alpha X：整合素αX)、ITGB1(integrin beta 1(fibronectin receptor beta)：整合素β1(纤连蛋白受体β))、ITGB2(integrin beta 2：整合素β2)、ITGB3(integrin beta 3：整合素β3)、ITGB4(integrin beta 4：整合素β4)、ITGB5(integrin b5：整合素b5)、ITGB6(integrin beta 6：整合素β6)、ITGB7(integrin beta 7：整合素β7)、ITGB8(integrin subunit beta 8：整合素亚基β8)、Itih4(inter alpha-trypsin inhibitor,heavy chain 4：间-α胰蛋白酶抑制剂，重链4)、JAG1(jagged 1：尖突1)、JAG2(jagged 2：尖突2)、JAK1(Janus kinase 1：詹纳斯激酶1)、JAK2(Janus kinase 2：詹纳斯激酶2)、

JAKMIP3(janus kinase and microtubule interacting protein 3：詹纳斯激酶和微管相互作用蛋白3)、JCAD(junctional cadherin 5associated：钙粘蛋白5相关)、JUN(jun proto-oncogene：jun原致癌基因)、KAT2B(K(lysine)acetyltransferase 2B：K(赖氨酸)乙酰转移酶)、Kdr(kinase insert domain protein receptor：激酶插入结构域蛋白受体)、KIF20B(kinesin family member20B：驱动蛋白家族成员20B)、KIRREL3(kirre likenephrin family adhesion molecule 3：kirre样肾病蛋白家族粘附分子3)、Kit(KITproto-oncogene receptor tyrosine kinase：KIT原致癌基因受体酪氨酸激酶)、KITLG(kit ligand：试剂盒配体)、KLF15(Kruppel-like factor 15：Kruppel样因子15)、KLF2(Kruppel-like factor 2(lung)：Kruppel样因子2(肺))、KLF3(Kruppel-like factor 3(basic)：Kruppel样因子3(碱性))、KLF4(Kruppel-like factor4(gut)：Kruppel样因子4(肠))、KLF5(Kruppel-like factor 5：Kruppel类因子5)、Klkb1(kallikrein B,plasma 1：激肽释放素B，血浆1)、KLRG1(killer cell lectin-like receptor subfamily G,member1：杀手细胞凝集素样受体亚科G，成员1)、Kng1(kininogen 1：激肽原1)、KRT1(keratin 1：角蛋白1)、KRT18(keratin 18：角蛋白18)、KRT8(Keratin 8：角蛋白8)、L1CAM(L1 celladhesion molecule：L1细胞粘附分子)、LAMA1(laminin,alpha 1：层连结蛋白，α1)、LAMA2(laminin,alpha 2：层连结蛋白，α2)、LAMA3(laminin,alpha 3：层连结蛋白，α3)、LAMA4(laminin,alpha 4：层连结蛋白，α4)、LAMB1(laminin B1：层连结蛋白B1)、Lamp1(lysosomal-associated membrane protein 1：溶酶体相关膜蛋白1)、Lamp2(lysosomal-associated membrane protein 2：溶酶体相关膜蛋白2)、Lamtor2(late endosomal/lysosomal adaptor,MAPK and MTOR activator 2：晚期胞内体/溶酶体转接子，MAPK和MTOR激活剂)、Lbp(lipopolysaccharide binding protein：脂多糖结合蛋白)、Lep(leptin：瘦素)、Lgals1(lectin,galactose binding,soluble 1：凝集素，半乳糖结合，可溶性1)、LGALS3(lectin,galactose binding,soluble 3：凝集素，半乳糖结合，可溶性3)、Lgals9(lectin,galactose binding,soluble 9：凝集素，半乳糖结合，可溶性9)、LIF(leukemia inhibitory factor：白血病抑制因子)、LIMK1(LIM-domain containing,protein kinase：含LIM的结构域，蛋白激酶)、LIPE(lipase,hormone sensitive：激素敏感脂酶)、Lmna(lamin A：核纤层蛋白A)、LMNB1(lamin B1：核纤层蛋白B1)、LMNB2(lamin B2：核纤层蛋白B2)、LOX(lysyl oxidase：赖氨酰氧化酶)、Lpl(lipoprotein lipase：脂蛋白脂酶)、Lrp1(low density lipoprotein receptor-related protein 1：低密度脂蛋白受体相关蛋白1)、Lrp5(low density lipoprotein receptor-related protein 5：低密度脂蛋白受体相关蛋白5)、LRRTM2(leucine rich repeat transmembrane neuronal 2：富含亮氨酸的重复跨膜神经元2)、LSAMP(limbic system-associated membrane protein：边缘系统相关膜蛋白)、LSM5(LSM5 homolog,U6 small nuclear RNA and mRNA degradationassociated：LSM5同系物，U6核小RNA和mRNA降解相关)、Lta(lymphotoxin A：淋巴毒素A)、Ltbp1(latent transforming growth factor beta binding protein 1：潜伏转化生长因子-β-结合蛋白1)、Ly86(lymphocyte antigen 86：淋巴细胞抗原86)、Ly96(lymphocyteantigen 96：淋巴细胞抗原96)、Lyn(LYN proto-oncogene,Src family tyrosine kinase：LYN原致癌基因，Src家族酪氨酸激酶)、LYZ(lysozyme 1：溶菌酶1)、MAFK(v-mafmusculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family,protein K(avian)：v-maf肌腱膜纤维肉瘤致癌基因家族，蛋白K(禽))、MAGEA1(melanoma antigen,family A,1：黑色素瘤抗原，家族A，1)、

MAGEA10(melanoma antigen family A,10：黑色素瘤抗原家族A，10)、MAGEA12(MAGE family member A12：MAGE家族成员A12)、MAGEA3(melanoma antigen,family A,3：黑色素瘤抗原，家族A，3)、MAGEA4(melanoma antigen,family A,4：黑色素瘤抗原，家族A，4)、

MAP2(microtubule-associated protein 2：微管相关蛋白2)、MAP2K1(mitogen-activated protein kinase kinase 1：丝裂原活化蛋白激酶激酶1)、MAPK1(mitogen-activated protein kinase 1：丝裂原活化蛋白激酶1)、MAPK14(mitogen-activatedprotein kinase 14：丝裂原活化蛋白激酶14)、MAPK3(mitogen-activated proteinkinase 3：丝裂原活化蛋白激酶3)、MAPK8(mitogen-activated protein kinase 8：丝裂原活化蛋白激酶8)、MAPKAPK2(MAP kinase-activated protein kinase 2：MAP激酶活化蛋白激酶2)、Matn1(matrilin 1,cartilage matrix protein：母系蛋白1，软骨基质蛋白)、Matn3(matrilin 3：母系蛋白3)、Matn4(matrilin 4：母系蛋白4)、MBP(myelin basicprotein：髓磷脂碱性蛋白)、MCAM(melanoma cell adhesion molecule：黑色素瘤细胞粘附分子)、Mdk(midkine：中期因子)、MEF2C(myocyte enhancer factor 2C：肌细胞增强因子2C)、Mefv(Mediterranean fever：地中海热)、MEG3(maternally expressed 3：母系表达3)、MET(met proto-oncogene：met原致癌基因)、Mgll(monoglyceride lipase：单甘油酯脂酶)、MICA(MHC class I polypeptide-related sequence A：MHCI类多肽相关序列A)、MICB(MHC class I polypeptide-related sequence B：MHCI类多肽相关序列B)、Mif(macrophage migration inhibitory factor：巨噬细胞迁移抑制因子)、Mir34a(microRNA34a：微小RNA34a)、Mki67(antigen identified by monoclonal antibody Ki 67：单克隆抗体Ki 67鉴定的抗原)、Mme(membrane metallo endopeptidase：膜金属内肽酶)、MMP1(matrix metallopeptidase 1：基质金属肽酶1)、MMP12(matrix metallopeptidase 12：基质金属肽酶12)、MMP13(matrix metallopeptidase 13：基质金属肽酶13)、MMP14(matrixmetallopeptidase 14(membrane-inserted)：基质金属肽酶14(插入膜))、MMP15(matrixmetallopeptidase 15：基质金属肽酶15)、MMP16(matrix metallopeptidase 16：基质金属肽酶16)、MMP2(matrix metallopeptidase 2：基质金属肽酶2)、MMP25(matrixmetallopeptidase 25：基质金属肽酶25)、MMP3(matrix metallopeptidase 3：基质金属肽酶3)、MMP7(matrix metallopeptidase 7：基质金属肽酶7)、MMP8(matrixmetallopeptidase 8：基质金属肽酶8)、MMP9(matrix metallopeptidase 9：基质金属肽酶9)、Morc3(microrchidia 3：小睾丸3)、MPO(myeloperoxidase：髓过氧化酶)、Mrap(melanocortin 2receptor accessory protein：黑皮质素2受体辅助蛋白)、MST1(macrophage stimulating 1：巨噬细胞刺激1)、MSTN(Myostatin：肌肉生长抑制素)、Msx1(msh homeobox 1：msh同源盒1)、Msx2(msh homeobox 2：msh同源盒2)、MX1(MX dynamin-like GTPase 1：MX发动蛋白样GTPase1)、Myc(MYC proto-oncogene,bHLH transcriptionfactor：MYC原致癌基因，bHLH转录因子)、Myd88(myeloid differentiation primaryresponse gene 88：髓样分化初级反应基因88)、MYL9(myosin,light polypeptide 9,regulatory：肌凝蛋白，轻多肽9，调节)、MYLK(myosin,light polypeptide kinase：肌凝蛋白，轻多肽激酶)、Nampt(nicotinamide phosphoribosyltransferase：烟碱酰胺磷酸核糖转移酶)、Nanog(Nanog homeobox：Nanog同源盒)、

NCAM(neural cell adhesion molecule 1：神经细胞粘附分子1)、NCOA2(nuclearreceptor coactivator 2：核受体辅助活化物2)、Ncor2(nuclear receptor co-repressor2：核受体辅抑制物)、NCR3LG1(natural killer cell cytotoxicity receptor 3ligand1：自然杀手细胞受体3配体1)、NDP(Norrie disease(pseudoglioma)(human)：诺里病(假神经胶质瘤)(人类))、Ndst1(N-deacetylase/N-sulfotransferase(heparan glucosaminyl)1：N-脱乙酰酶/N-转磺酶(乙酰肝素葡糖胺基)1)、NECTIN2(nectin cell adhesionmolecule 2：连接蛋白细胞粘附分子2)、NES(Nestin：巢蛋白)、NETO1(neuropilin(NRP)andtolloid(TLL)-like 1：神经纤毛蛋白(NRP)和tolloid(TLL)样1)、Neurog1(neurogenin 1：神经元素1)、NF1(neurofibromin 1：神经纤维瘤蛋白1)、Nfe2l1(nuclear factor,erythroid derived 2,-like 1：核因子，红系衍生2，样1)、Nfe2l2(nuclear factor,erythroid derived 2,like 2：核因子，红系衍生2，样1)、Nfkb1(nuclear factor ofkappa light polypeptide gene enhancer in B cells1,p105：B细胞1中的κ轻多肽基因增强因子的核因子,p105)、Nfkbia(nuclear factor of kappa light polypeptide geneenhancer in B cells inhibitor,alpha：B细胞抑制剂中的κ轻多肽基因增强因子的核因子，α)、Nfkbid(nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in Bcells inhibitor,delta：B细胞抑制剂中的κ轻多肽基因增强因子的核因子，δ)、NGF(Nervegrowth factor(beta polypeptide)：神经生长因子(β多肽))、

NGFR(nerve growth factor receptor(TNFR superfamily,member 16)：神经生长因子受体(TNFR超家族，成员16))、Ninj1(ninjurin 1：神经损伤诱导蛋白1)、Nlrp12(NLRfamily,pyrin domain containing 12：NLR家族，含脓素的结构域12)、Nlrp3(NLR family,pyrin domain containing 3：NLR家族，含脓素的结构域3)、NODAL(Nodal homolog(mouse)：结节同系物(小鼠))、Nog(noggin：头发生素)、NOS1(nitric oxide synthase 1,inducible：一氧化氮合酶1，诱导)、NOS2(nitric oxide synthase 2,inducible：一氧化氮合酶2，诱导)、NOS3(Nitric oxide synthase 3(endothelial cell)：一氧化氮合酶3(内皮细胞))、NOTCH1(Notch 1)、Nox4(NADPH oxidase 4：NADPH氧化酶4)、NR0B2(nuclearreceptor subfamily 0,group B,member 2：核受体亚科0，B组，成员2)、Nr1d1(nuclearreceptor subfamily 1,group D,member 1：核受体亚科1，D组，成员1)、NR1H3(nuclearreceptor subfamily 1,group H,member 3：核受体亚科1，H组，成员3)、NR3C1(nuclearreceptor subfamily 3,group C,member 1：核受体亚科3，C组，成员1)、NRF1(nuclearrespiratory factor1：核呼吸因子1)、NRG1(Neuregulin 1：神经调节蛋白1)、NRGN(neurogranin：神经颗粒素)、NRP1(neuropilin 1：神经纤毛蛋白)、NRP2(Neuropilin 2：神经纤毛蛋白2)、NT5E(5'nucleotidase,ecto：5'核苷酸酶，细胞外)、NTF3(Neurotrophin 3：神经营养因子)、NTF4(Neurotrophin 4：神经营养因子4)、NTN4(netrin 4：轴突导向因子)、Ntrk1(neurotrophic tyrosine kinase,receptor,type 1：神经营养酪氨酸激酶，受体，类型1)、NUDT6(Nudix(nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 6：Nudix(核苷二磷酸连接部分X)类型基元6)、Ogn(osteoglycin：骨甘氨酸)、Olr1(oxidized lowdensity lipoprotein(lectin-like)receptor 1：氧化低密度脂蛋白(凝集素样)受体1)、Orm1(orosomucoid 1：血清类粘蛋白1)、Orm2(orosomucoid 2：血清类粘蛋白2)、Osm(oncostatin M：制瘤素M)、Otor(otoraplin)、OXTR(oxytocin receptor：催产素受体)、P2rx7(purinergic receptor P2X,ligand-gated ion channel,7：嘌呤能受体P2X，配体门控离子通道，7)、Pak1(p21(RAC1)activated kinase 1：p21(RAC1)激活激酶1)、PAK4(p21(RAC1)activated kinase 4：p21(RAC1)激活激酶4)、

PAM(peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase：肽基甘氨酸α-酰胺化单加氧酶)、Parp4(poly(ADP-ribose)polymerase family,member 4：聚(ADP核醣)聚合酶家族，成员4)、PCM1(pericentriolar material 1：中心粒外周物质1)、PCNA(proliferating cell nuclear antigen：增殖细胞核抗原)、PDCD1(programmed celldeath 1：细胞程序性死亡1)、Pdcd1lg2(programmed cell death 1ligand 2：细胞程序性死亡1配体2)、PDGFA(platelet derived growth factor,alpha：血小板衍生生长因子，α)、PDGFb(platelet derived growth factor,B polypeptide：血小板衍生生长因子，B多肽)、PDGFRA(platelet derived growth factor receptor,alpha polypeptide：血小板衍生生长因子受体，α多肽)、PDGFRB(platelet derived growth factor receptor,betapolypeptide：血小板衍生生长因子受体，β多肽)、PECAM1(platelet/endothelial celladhesion molecule 1：血小板/内皮细胞粘附分子1)、PENK(preproenkephalin：前脑啡肽原)、PF4(Platelet factor 4：血小板因子4)、PGF(Placental growth factor：胎盘生长因子)、Pglyrp1(peptidoglycan recognition protein 1：肽聚醣辨识蛋白1)、Phex(phosphate regulating endopeptidase homolog,X-linked：磷酸盐调节内肽酶同系物，X连接)、PHOX2A(paired-like homeobox 2a：成对样同源盒2a)、PIGF(phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis,class F：磷脂酸肌醇聚醣锚定生物合成，F类)、PIGS(Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis,class S：磷脂酸肌醇聚醣锚定生物合成，S类)、PIK3CA(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha：磷脂酸肌醇-4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α)、Pik3cd(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta：磷脂酸肌醇-4,5-双磷酸3-激酶催化亚基δ)、Pik3cg(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma：磷脂酸肌醇-4,5-双磷酸3-激酶催化亚基γ)、Pknox1(Pbx/knotted 1homeobox：Pbx/打结1个同源盒)、Pla2g2d(phospholipaseA2,group IID：磷脂酶A2，IID组)、Pla2g5(phospholipase A2,group V：磷脂酶A2，V组)、Pla2g7(phospholipase A2,group VII(platelet-activating factor acetylhydrolase,plasma)：磷脂酶A2，VII组(血小板活化因子乙酰水解酶，血浆))、PLAT(plasminogenactivator,tissue type：纤维蛋白溶酶原激活剂，组织类型)、PLAU(plasminogenactivator,urokinase：纤维蛋白溶酶原激活剂，尿激酶)、PLAUR(plasminogen activator,urokinase receptor：纤维蛋白溶酶原激活剂，尿激酶受体)、PLCG1(phospholipase C,gamma 1：磷脂酶C，γ1)、PLD1(phospholipase D1：磷脂酶D1)、PLG(plasminogen：纤维蛋白溶酶原)、Plin1(perilipin 1：周脂素1)、Pml(PML nuclear body scaffold：PML核状体支架)、POT1(protection of telomeres 1A：端粒保护1A)、Pou4f1(POU domain,class 4,transcription factor 1：POU结构域，4类，转录因子1)、POU5F1(POU class 5homeobox 1：POU5类同源盒1)、PPARA(peroxisome proliferator activated receptor alpha：过氧化物酶体增殖物活化受体α)、Ppard(peroxisome proliferator activator receptordelta：过氧化物酶体增殖物激活剂受体δ)、Pparg(peroxisome proliferator activatedreceptor gamma：过氧化物酶体增殖物活化受体γ)、Ppargc1a(peroxisomeproliferative activated receptor,gamma,coactivator 1alpha：过氧化物酶体增殖活化受体，γ，辅助活化物1α)、PPARGC1B(peroxisome proliferative activated receptor,gamma,coactivator 1beta：过氧化物酶体增殖活化受体，γ，辅助活化物1β)、Ppbp(pro-platelet basic protein：原血小板碱性蛋白)、Prdm16(PR domain containing 16：含PR结构域16)、PRDX4(peroxiredoxin 4：过氧化物还原酶4)、PRF1(perforin 1(pore formingprotein)：穿孔蛋白1(孔形成蛋白))、Prg4(proteoglycan 4(megakaryocyte stimulatingfactor,articular superficial zone protein)：蛋白聚醣4(巨核细胞刺激因子，关节表面区蛋白))、Prkca(protein kinase C,alpha：蛋白激酶C，α)、Prkcd(protein kinase C,delta：蛋白激酶C，δ)、Prkcz(protein kinase C,zeta：蛋白激酶C，ζ)、PRL(Prolactin：泌乳素)、PROCR(protein C receptor,endothelial：蛋白C受体，内皮)、PROK1(Prokineticin1：促动力素1)、PROK2(Prokineticin 2：促动力素2)、PROM1(Prominin 1)、Pspn(Persefin)、Ptafr(platelet-activating factor receptor：血小板活化因子受体)、

PTEN(phosphatase and tensin homolog：磷酸酶和张力蛋白同系物)、PTGES(prostaglandin E synthase：前列腺素E合酶)、Ptgfr(prostaglandin Freceptor：前列腺素F受体)、Ptgis(prostaglandin I2(prostacyclin)synthase：前列腺素I2(周期蛋白)合酶)、Ptgs1(prostaglandin-endoperoxide synthase 1：前列腺素内过氧化物合酶1)、Ptgs2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2：前列腺素内过氧化物合酶2)、Pthlh(parathyroid hormone-like peptide：副甲状腺激素样肽)、Ptk2(PTK2 proteintyrosine kinase 2：PTK2蛋白酪氨酸激酶2)、Ptn(pleiotrophin：多效蛋白)、PTPRC(protein tyrosine phosphatase,receptor type,C：蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，C)、PTX3(pentraxin related gene：五聚体蛋白相关基因)、Pvr(poliovirus receptor：脊髓灰白质炎病毒受体)、pxn(paxillin：桩蛋白)、Pycard(PYD and CARD domain containing：含PYD和CARD的结构域)、RAB8A(RAB8A,member RAS oncogene family：RAB8A，RAS致癌基因家族成员)、RAC1(Rac family small GTPase 1：Rac家族小GTPase1)、Rara(retinoic acidreceptor,alpha：视黄酸受体，α)、RASA1(RAS p21 protein activator 1：RAS p21蛋白激活剂1)、RB1(RB transcriptional corepressor 1：RB转录辅抑制物1)、Rbl1(RBtranscriptional corepressor like 1：RB转录辅抑制物样1)、Reg3a(regeneratingislet-derived 3alpha：再生胰岛衍生3α)、Reg3g(regenerating islet-derived 3gamma：再生胰岛衍生3γ)、Rel(reticuloendotheliosis oncogene：网状内皮细胞增生症致癌基因)、Rela(v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A(avian)：v-rel网状内皮细胞增生症病毒致癌基因同系物A(禽))、Retn(resistin：抵抗素)、RHO(rhodopsin：视紫素)、Rhoa(ras homolog family member A：ras同系物家族成员A)、RHOB(ras homologfamily member B：ras同系物家族成员B)、RND3(Rho family GTPase 3：Rho家族GTPase3)、robo1(roundabout guidance receptor 1：迂回指引受体1)、ROBO3(roundabout guidancereceptor3：迂回指引受体3)、Rock1(Rho associated coiled-coil containing proteinkinase1：Rho相关的含缠绕线圈的蛋白激酶1)、Rock2(Rho associated coiled-coilcontaining protein kinase 2：Rho相关的含缠绕线圈的蛋白激酶2)、Ror2(receptortyrosine kinase-like orphan receptor 2：受体酪氨酸激酶样非病原性受体2)、RORC(RAR-related orphan receptor gamma：RAR相关非病原性受体γ)、ROS1(Ros1 proto-oncogene：Ros1原致癌基因)、Rpl13a(ribosomal protein L13A：核醣体蛋白L13A)、Runx1t1(RUNX1 translocation partner 1：RUNX1易位拍档1)、Runx2(runt relatedtranscription factor 2：矮小相关转录因子2)、RXRA(retinoid X receptor alpha：类视色素X受体α)、S100a8(S100 calcium binding protein A8(calgranulin A)：S100钙结合蛋白A8(钙粒蛋白A))、S100a9(S100 calcium binding protein A9(calgranulin B)：S100钙结合蛋白A9(钙粒蛋白B))、S1P3(sphingosine-1-phosphate receptor 3：神经鞘氨醇-1-磷酸受体3)、S1PR1(Sphingosine-1-phosphate receptor 1：神经鞘氨醇-1-磷酸受体1)、Saa4(serum amyloid A 4：血清淀粉样蛋白A4)、Scgb1a1(secretoglobin,family 1A,member 1(uteroglobin)：分泌素，家族1A，成员1(子宫珠蛋白))、SCN1B(sodium channel,voltage-gated,type I,beta：钠通道，电位门控，类型I，β)、SCN3B(sodium channel,voltage-gated,type III,beta：钠通道，电位门控，类型III，β)、SDC2(syndecan2：多配体蛋白聚糖2)、SDC3(syndecan3：多配体蛋白聚糖3)、Sele(selectin,endothelial cell：选择素，内皮细胞)、SELL(selectin,lymphocyte：选择素，淋巴细胞)、Selp(selectin,platelet：选择素，血小板)、selplg(selectin,platelet(p-selectin)ligand：选择素，血小板(p选择素)配体)、SEMA3A(sema domain,immunoglobulin domain(Ig),short basicdomain,secreted,(semaphorin)3A：sema结构域，免疫球蛋白结构域(Ig)，短碱性结构域，分泌物，(脑信号蛋白)3A)、Sema7a(sema domain,immunoglobulin domain(Ig),and GPImembrane anchor,(semaphorin)7A：sema结构域，免疫球蛋白结构域(Ig)和GPI膜锚，(脑信号蛋白)7A)、SERPINA1(serpin family A member 1：丝氨酸蛋白酶抑制剂家族A成员1)、SERPINB5(serpin family B member 5：丝氨酸蛋白酶抑制剂家族B成员5)、SERPINC1(Serpin peptidase inhibitor,clade C(antithrombin),member 1：丝氨酸蛋白酶抑制剂，分支C(抗凝血酶)，成员1)、Serpine1(serine(or cysteine)peptidase inhibitor,clade E,member 1：丝氨酸(或半胱氨酸)肽酶抑制剂，分支E，成员1)、SERPINF1("Serpinpeptidase inhibitor,clade F(alpha-2antiplasmin,pigment epithelium derivedfactor),member 1"：“丝氨酸蛋白酶抑制剂，分支F(α-2抗血浆素，色素上皮衍生因子)成员1”)、

Serpinf2(serine(or cysteine)peptidase inhibitor,clade F,member 2：丝氨酸(或半胱氨酸)肽酶抑制剂，分支F，成员2)、SERPINH1(serpin family H member 1：丝氨酸蛋白酶抑制剂家族H成员1)、Sfrp1(secreted frizzled-related protein 1：分泌型卷曲相关蛋白1)、SFRP5(secreted frizzled-related sequence protein 5：分泌型卷曲相关序列蛋白5)、SH2B2(SH2B adaptor protein 2：SH2B转接蛋白2)、SH3PXD2A(SH3 and PXdomains 2A：SH3和PX结构域2A)、SHB(src homology 2domain-containing transformingprotein B：src同系物2结构域的转化蛋白B)、SHBG(sex hormone binding globulin：性激素结合球蛋白)、SHH(sonic hedgehog：音猬因子)、Shox2(short stature homeobox2：矮小同源盒2)、Sigirr(single immunoglobulin and toll-interleukin 1receptor(TIR)domain：单一免疫球蛋白和toll白细胞介素1受体(TIR)结构域)、SIRT1(sirtuin 1：去乙酰化酶1)、SIRT2(sirtuin 2：去乙酰化酶2)、SIRT3(sirtuin 3：去乙酰化酶3)、SIRT6(sirtuin 6：去乙酰化酶6)、SLC17A5(Solute carrier family 17(anion/sugartransporter),member 5：溶质载体家族17(阴离子/糖转运子)成员5)、SLC1A3(solutecarrier family 1(glial high affinity glutamate transporter),member 3：溶质载体家族1(胶质高亲和力谷氨酸转运蛋白)，成员3)、Slc2a4(solute carrier family 2(facilitated glucose transporter),member 4：溶质载体家族2(促进葡萄糖转运蛋白)成员4)、Slc3a2(solute carrier family 3(activators of dibasic and neutral aminoacid transport),member 2：溶质载体家族3(二元酸和中性氨基酸运输激活剂)成员2)、Slc7a5(solute carrier family 7member 5：溶质载体家族7成员5)、SLC9A6(solutecarrier family 9(sodium/hydrogen exchanger),member 6：溶质载体家族9(钠/氢交换器)成员6)、

SLIT3(slit guidance ligand 3：狭缝指引配体3)、Slitrk6(SLIT and NTRK-like family,member 6：SLIT和NTRK样家族，成员6)、SMAD1(SMAD family member 1：SMAD家族成员1)、SMAD2(SMAD family member 2：SMAD家族成员2)、SMAD3(SMAD family member3：SMAD家族成员3)、SMAD4(SMAD family member 4：SMAD家族成员4)、SMAD5(SMAD familymember 5：SMAD家族成员5)、SMAD6(SMAD family member 6：SMAD家族成员6)、SMAD7(SMADfamily member 7：SMAD家族成员7)、Smurf1(SMAD specific E3 ubiquitin proteinligase 1：SMAD特异性E3泛素蛋白连接酶1)、SMURF2(SMAD specific E3 ubiquitinprotein ligase 2：SMAD特异性E3泛素蛋白连接酶2)、SNAI1(snail familytranscriptional repressor 1：蜗牛家族转录抑制蛋白1)、Snai2(snail family zincfinger 2：蜗牛家族锌指2)、SNCA(synuclein,alpha：突触核蛋白，α)、Snx19(sortingnexin 19：分选连接蛋白19)、Socs3(suppressor of cytokine signaling 3：细胞激素信号抑制剂3)、Socs5(suppressor of cytokine signaling 5：细胞激素信号抑制剂5)、Sod1(superoxide dismutase 1,soluble：超氧化物歧化酶1，可溶性)、Sort1(sortilin1：分拣蛋白1)、Sost(sclerostin：硬化蛋白)、SOX2(SRY(sex determining region Y)-box 2：SRY(性别决定区Y)框2)、SOX4(SRY(sex determining region Y)-box 4：SRY(性别决定区Y)框4)、SOX5(SRY(sex determining region Y)-box 5：SRY(性别决定区Y)框5)、SOX6(SRY(sexdetermining region Y)-box 6：SRY(性别决定区Y)框6)、SOX9(SRY(sex determiningregion Y)-box 9：SRY(性别决定区Y)框9)、SP1(Sp1transcription factor：Sp1转录因子)、Sp7(Sp7 transcription factor 7：Sp7转录因子7)、Sparc(secreted acidiccysteine rich glycoprotein：分泌型酸性富含半胱氨酸的糖蛋白)、SPG7(SPG7,paraplegin matrix AAA peptidase subunit：SPG7，截瘫蛋白基质AAA，肽酶亚基)、SPHK1(Sphingosine kinase 1：神经鞘氨醇激酶1)、Spn(sialophorin：涎福林)、SPON2(spondin2,extracellular matrix protein：脊椎蛋白2，细胞外基质蛋白)、Spp1(secretedphosphoprotein 1：分泌型磷蛋白)、SPTBN5(spectrin beta,non-erythrocytic 5：血影蛋白β，非红细胞5)、SRC(Rous sarcoma oncogene：劳斯肉瘤致癌基因)、Srebf1(sterolregulatory element binding transcription factor 1：胆固醇调节组件结合转录因子1)、ST3GAL2(ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2：β-半乳糖苷，α-2,3-涎酸转移酶2)、ST6GAL1(beta galactoside alpha 2,6sialyltransferase 1：β半乳糖苷α-2,6-涎酸转移酶1)、

Stab1(stabilin 1：稳定素1)、STAT1(signal transducer and activator oftranscription 1：信号转导子和转录活化因子1)、STAT3(signal transducer andactivator of transcription 3：信号转导子和转录活化因子3)、STAT4(signaltransducer and activator of transcription 4：信号转导子和转录活化因子4)、STAT5a(signal transducer and activator of transcription 5A：信号转导子和转录活化因子5A)、

STAT5b(signal transducer and activator of transcription 5B：信号转导子和转录活化因子5B)、STAT6(signal transducer and activator of transcription 6：信号转导子和转录活化因子6)、STC1(stanniocalcin 1：斯钙素1)、STMN3(stathmin-like 3：微管不稳定蛋白样3)、HSPA8(heat shock protein 8：热休克蛋白8)、SVIL(supervillin：超绒毛蛋白)、Syk(spleen tyrosine kinase：脾酪氨酸激酶)、SYNGR1(synaptogyrin 1：突触循环蛋白1)、TAZ(tafazzin)、Tbx2(T-box 2：T盒2)、TBX21(T-box 21：T盒21)、Tbx3(T-box 3：T盒3)、TBX5(T-box 5：T盒5)、Tcf7l2(transcription factor 7like 2,T cellspecific,HMG box：转录因子7样2，T细胞特异性，HMG盒)、Tek(TEK receptor tyrosinekinase：TEK受体酪氨酸激酶)、TENM2(teneurin transmembrane protein 2：teneurin跨膜蛋白2)、TERF1(telomeric repeat binding factor 1：端粒重复序列结合因子1)、Terf2(telomeric repeat binding factor 2：端粒重复序列结合因子2)、Tert(telomerasereverse transcriptase：端粒酶反转录酶)、TFAM(transcription factor A,mitochondrial：转录因子A，粒线体)、TFRC(transferrin receptor：运铁蛋白受体)、TGFA(Transforming growth factor,alpha：转化生长因子，α)、Tgfb1(transforming growthfactor,beta1：转化生长因子，β1)、Tgfb2(transforming growth factor,beta 2：转化生长因子，β2)、TGFb3(transforming growth factor,beta 3：转化生长因子，β3)、TGFBR1(transforming growth factor,beta receptor I：转化生长因子，β受体I)、TGFBR2(transforming growth factor,beta receptor II：转化生长因子，β受体II)、TGFBR3(transforming growth factor,beta receptor III：转化生长因子，β受体III)、TGIF1(TGFB induced factor homeobox 1：诱导因子同源盒1)、TGM2(transglutaminase 2,Cpolypeptide：转谷氨酰胺酶2，C多肽)、Thbs1(thrombospondin 1：血小板反应蛋白1)、THBS2(thrombospondin 2：血小板反应蛋白2)、THPO(Thrombopoietin：血小板生成素)、THY1(Thy-1cell surface antigen：Thy-1细胞表面抗原)、TIE1(Tyrosine kinase withimmunoglobulin-like and EGF-like domains 1：具有免疫球蛋白样和EGF样结构域的酪氨酸激酶1)、TIGIT(T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains：具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体)、TIMP1(tissue inhibitor of metalloproteinase 1：金属蛋白酶组织抑制剂1)、TIMP2(tissue inhibitor of metalloproteinase 2：金属蛋白酶组织抑制剂2)、TIMP3(tissue inhibitor of metalloproteinase 3：金属蛋白酶组织抑制剂3)、TIMP4(tissue inhibitor of metalloproteinase 4：金属蛋白酶组织抑制剂4)、Tirap(toll-interleukin 1receptor(TIR)domain-containing adaptor protein：含toll白细胞介素1受体(TIR)结构域的转接蛋白)、Tlr1(toll-like receptor 1：toll样受体1)、

Tlr2(toll-like receptor 2：toll样受体2)、Tlr3(toll-like receptor 3：toll样受体3)、Tlr4(toll-like receptor 4：toll样受体4)、Tlr5(toll-like receptor 5：toll样受体5)、Tlr6(toll-like receptor 6：toll样受体6)、Tlr7(toll-like receptor7：toll样受体7)、Tlr8(toll-like receptor 8：toll样受体8)、Tlr9(toll-like receptor9：toll样受体9)、TMEM33(transmembrane protein 33：跨膜蛋白33)、TMSB15A(thymosinbeta 15a：胸腺素β15a)、TNC(tenascin C：肌腱蛋白C)、Tnf(tumor necrosis factor：肿瘤坏死因子)、Tnfaip3(tumor necrosis factor,alpha-induced protein 3：肿瘤坏死因子，α诱导蛋白3)、Tnfaip6(tumor necrosis factor alpha induced protein 6：肿瘤坏死因子α诱导蛋白6)、TNFAIP8(tumor necrosis factor,alpha-induced protein 8：肿瘤坏死因子，α诱导蛋白8)、TNFRSF10C(TNF receptor superfamily member 10c：TNF受体超家族成员10c)、

TNFRSF10D(TNF receptor superfamily member 10c：TNF受体超家族成员10c)、Tnfrsf11b(tumor necrosis factor receptor superfamily,member 11b：肿瘤坏死因子受体超家族，成员11b)、Tnfrsf14(tumor necrosis factor receptor superfamily,member 14(herpesvirus entry mediator)：肿瘤坏死因子受体超家族成员14(疱疹病毒侵入介质))、TNFRSF17(tumor necrosis factor receptor superfamily,member 17：肿瘤坏死因子受体超家族，成员17)、TNFRSF18(tumor necrosis factor receptor superfamily,member 18：肿瘤坏死因子受体超家族，成员18)、Tnfrsf1a(tumor necrosis factorreceptor superfamily,member 1a：肿瘤坏死因子受体超家族，成员1a)、Tnfrsf1b(tumornecrosis factor receptor superfamily,member 1b：肿瘤坏死因子受体超家族，成员1b)、Tnfrsf4(tumor necrosis factor receptor superfamily,member 4：肿瘤坏死因子受体超家族，成员4)、TNFRSF9(tumor necrosis factor receptor superfamily,member9：肿瘤坏死因子受体超家族，成员9)、Tnfsf10(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 10：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员10)、Tnfsf11(tumor necrosisfactor(ligand)superfamily,member 11：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员11)、TNFSF13(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 13：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员13)、TNFSF13B(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 13b：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员13b)、Tnfsf14(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 14：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员14)、Tnfsf15(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 15：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员15)、Tnfsf18(tumornecrosis factor(ligand)superfamily,member18：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员18)、Tnfsf4(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 4：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员4)、Tnfsf8(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 8：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员8)、Tnfsf9(tumor necrosis factor(ligand)superfamily,member 9：肿瘤坏死因子(配体)超家族，成员9)、Tollip(toll interacting protein：toll相互作用蛋白)、TRA(T cell receptor alpha locus：T细胞受体α位点)、Traf6(TNFreceptor-associated factor 6：TNF受体相关因子6)、TRB(T cell receptor betalocus：T细胞受体β位点)、Trem1(triggering receptor expressed on myeloid cells 1：在骨髓细胞上表达的触发受体1)、Trem2(triggering receptor expressed on myeloidcells 2：在骨髓细胞上表达的触发受体2)、TRIM3(tripartite motif-containing 3：含三基元3)、Trp53(transformation related protein 53：转化相关蛋白53)、Trp53bp1(transformation related protein 53binding protein 1：转化相关蛋白53结合蛋白1)、Trpv1(transient receptor potential cation channel,subfamily V,member 1：瞬态感受器电位阳离子通道，亚科V，成员1)、Tsc2(TSC complex subunit 2：TSC复合物亚基2)、TSC22D3(TSC22 domain family,member 3：TSC22结构域家族，成员3)、Tslp(thymicstromal lymphopoietin：胸腺基质淋巴生成素)、Twist1(twist basic helix-loop-helixtranscription factor 1：扭转碱性螺旋-环-螺旋转录因子1)、Twist2(twist basichelix-loop-helix transcription factor 2：扭转碱性螺旋-环-螺旋转录因子2)、TXNIP(thioredoxin interacting protein：硫氧还原蛋白相互作用蛋白)、TYMP(Thymidinephosphorylase：胸苷磷酸化酶)、Ucp1(uncoupling protein 1(mitochondrial,protoncarrier)：解偶联蛋白1(粒线体，质子载体))、Uts2(urotensin 2：尾体素2)、VASH1(vasohibin 1：血管抑制蛋白1)、VASP(vasodilator-stimulated phosphoprotein：血管扩张刺激磷蛋白)、VCAM1(vascular cell adhesion molecule 1：血管细胞粘附分子1)、Vcan(versican：蛋白聚糖)、vcl(vinculin：纽带蛋白)、VDR(vitamin D(1,25-dihydroxyvitamin D3)receptor：维生素D(1,25-二羟维生素D3)受体)、Vegfa(vascularendothelial growth factor A：血管内皮生长因子A)、VEGFB(Vascular endothelialgrowth factor B：血管内皮生长因子B)、VEGFC(vascular endothelial growth factorC：血管内皮生长因子C)、VEGFD(vascular endothelial growth factor D：血管内皮生长因子D)、VIM(Vimentin：波形蛋白)、VPS13A(vacuolar protein sorting 13A：液泡蛋白分样13A)、VPS13C(vacuolar protein sorting 13C：液泡蛋白分样13C)、Vsir(V-setimmunoregulatory receptor：V-set免疫调节受体)、Vtcn1(V-set domain containing Tcell activation inhibitor 1：含T细胞活化抑制剂1的V-set结构域)、VTN(vitronectin：玻璃粘连蛋白)、VWA5A(von Willebrand factor A domain containing 5A：含血管性血友病因子A的结构域5A)、VWF(Von Willebrand factor：血管性血友病因子)、WEE1(WEE1homolog 1(S.pombe)：WEE1同系物1(裂殖酵母))、WIPF1(WAS/WASL interacting proteinfamily,member1：WAS/WASL相互作用蛋白家族，成员1)、Wnt1(wingless-type MMTVintegration site family,member 1：无翅型MMTV整合位点家族，成员1)、Wnt10b(wingless-type MMTV integration site family,member 10B：无翅型MMTV整合位点家族，成员10B)、Wnt3a(wingless-type MMTV integration site family,member 3A：无翅型MMTV整合位点家族，成员3A)、Wnt5a(wingless-type MMTV integration site family,member 5A：无翅型MMTV整合位点家族，成员5A)、Wnt5b(wingless-type MMTV integrationsite family,member5B：无翅型MMTV整合位点家族，成员5B)、Wrn(Werner syndrome RecQlike helicase：维尔纳综合症RecQ样解旋酶)、Xcl1(chemokine(C motif)ligand 1：趋化因子(C基元)配体1)、Xcr1(chemokine(C motif)receptor 1：趋化因子(C基元)受体1)、Ywhaz(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,zeta polypeptide：酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白，ζ多肽)、Zfp36(zincfinger protein 36：锌指蛋白36)、ZFP42(Zinc finger protein 42homolog(mouse)：锌指蛋白42同系物(小鼠))、Zhx3(zinc fingers and homeoboxes 3：锌指和同源盒3)、Zmpste24(zinc metallopeptidase,STE24：锌金属肽酶，STE24)、ZNF25(zinc fingerprotein 25：锌指蛋白25)、ACTC1(actin,alpha,cardiac muscle 1：肌动蛋白，α，心脏1)、AFF3(AF4/FMR2 family,member 3：AF4/FMR2家族，成员3)、AGMO(alkylglycerolmonooxygenase：烷基甘油单加氧酶)、AHNAK2(AHNAK nucleoprotein 2：AHNAK核蛋白2)、AK4(adenylate kinase 4：腺苷酸激酶4)、AKR1C1(aldo-keto reductase family 1,member C1：醛酮还原酵素家族1，成员C1)、ANKRD1(ankyrin repeat domain 1(cardiacmuscle)：锚定蛋白重复结构域1(心脏))、ANXA10(annexin A10：膜联蛋白A10)、B3GALT2(UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase 2：UDP-Gal：β-GlcNAc-β-1,3-半乳糖基转移酶2)、BST2(bone marrow stromal cell antigen 2：骨髓基质细胞抗原2)、C1orf198(chromosome 1open reading frame 198：染色体1可读框架198)、C2orf88(chromosome 2open reading frame 88：染色体2可读框架88)、CCND2(cyclin D2：周期蛋白)、CEMIP(cell migration inducing protein,hyaluronan binding：细胞迁移诱导蛋白，透明质酸结合)、CHAC1(ChaC glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 1：ChaC谷胱甘肽特异性γ-谷氨酰环转移酶1)、CHRNA1(cholinergic receptor,nicotinic alpha 1：胆碱能受体，烟碱α1)、

CLDN1(claudin 1：密连蛋白1)、CLDN11(claudin 11：密连蛋白11)、CNIH3(cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3：cornichon家族AMPA受体辅助蛋白3)、CNN1(calponin 1,basic,smooth muscle：钙调蛋白1，碱性，平滑肌)、CSGALNACT1(chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1：硫酸软骨素N-乙酰氨基半乳糖转移酶1)、CTSS(cathepsin S：组织蛋白酶S)、CYP1B1(cytochrome P450,family1,subfamily B,polypeptide 1：细胞色素P450，家族1，亚科B，多肽1)、DAPK1(death-associated protein kinase 1：死亡相关蛋白激酶1)、DDIT4(DNAdamage inducibletranscript 4：DNA损伤诱导转录物4)、DIRAS3(DIRAS family,GTP-binding RAS-like 3：DIRAS家族，GTP结合RAS样3)、EBF2(early B-cell factor 2：早期B细胞因子2)、ELN(elastin：弹性蛋白)、ESM1(endothelial cell-specific molecule 1：内皮细胞特异性分子1)、ETV1(ets variant 1：ets变异1)、FABP3(fatty acid binding protein 3,muscleand heart：脂肪酸结合蛋白3，肌肉和心脏)、FHL1(four and a halfLIM domains 1：四个半LIM结构域1)、FLG(filaggrin：丝聚合蛋白)、FOSB(FBJ murine osteosarcoma viraloncogene homolog B：FBJ小鼠骨肉瘤病毒致癌基因同系物B)、GBP4(guanylate bindingprotein 4：鸟苷酸结合蛋白4)、GBP5(guanylate binding protein 5：鸟苷酸结合蛋白5)、GFRA1(GDNF family receptor alpha 1：GDNF家族受体α1)、HAS2(hyaluronan synthase2：透明质酸合酶2)、HHIP(hedgehog interacting protein：刺蝟相互作用蛋白)、H2AC8(histone cluster 1,H2ae：组蛋白簇1，H2ae)、H2ac7(histone cluster1,H2ad：组蛋白簇1，H2ad)、H3C4(histone cluster 1,H3d：组蛋白簇1，H3d)、H3C8(histone cluster 1,H3g：组蛋白簇1，H3g)、HSPB6(heat shock protein,alpha-crystallin-related,B6：热休克蛋白，α晶状体蛋白相关，B6)、IL18BP(interleukin 18binding protein：白细胞介素18结合蛋白)、IL32(interleukin 32：白细胞介素32)、Acod1(immunoresponsive 1homolog(mouse)：免疫反应1同系物(小鼠))、KCTD16(potassium channel tetramerizationdomain containing 16：含钾通道四聚结构域16)、KLF10(Kruppel-like factor 10：Kruppel样因子10)、KRT34(keratin 34,type I：角蛋白34，类型I)、KRTAP1-1(keratinassociated protein 1-1：角蛋白相关蛋白1-1)、KRTAP1-5(keratin associated protein1-5：角蛋白相关蛋白1-5)、LMOD1(leiomodin 1(smooth muscle)：leiomodin1(平滑肌))、LRIG3(leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains 3：富含亮氨酸的重复序列和免疫球蛋白样结构域3)、LRRC15(leucine rich repeat containing 15：富含亮氨酸的重复序列15)、LRRC17(leucine rich repeat containing 17：富含亮氨酸的重复序列17)、LYPD6B(LY6/PLAUR domain containing 6B：含LY6/PLAUR结构域)、MALL(mal,T-celldifferentiation protein-like：mal，T细胞分化蛋白样)、MFAP4(microfibrillarassociated protein 4：微纤维相关蛋白4)、MKX(mohawk homeobox：lmohawk同源盒)、MYCT1(myc target 1：myc目标)、NEFM(neurofilament,medium polypeptide：神经元丝，中等多肽)、NFASC(neurofascin：神经束蛋白)、NFATC2(nuclear factor of activated T-cells,cytoplasmic,calcineurin-dependent 2：活化T细胞质的核因子，细胞质，钙调神经磷酸酶依赖性2)、NTSR1(neurotensin receptor 1(high affinity)：神经调压素受体1(高亲和力))、OAS1(2-5-oligoadenylate synthetase 1：2-5-寡腺苷酰合成酶1)、PHLDA1(pleckstrin homology-like domain,family A,member 1：PH样结构域，家族A，成员1)、PITX2(paired-like homeodomain 2：成对样同源域2)、PREX1(phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchange factor 1：磷脂酸肌醇-3,4,5-三磷酸依赖的Rac交换因子1)、PSAT1(phosphoserine aminotransferase 1：磷丝氨酸胺基转移酶1)、PSG9(pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9：怀孕特异性β-1-糖蛋白9)、RAB27B(RAB27B,member RAS oncogene family：致癌基因成员)、

RCAN2(regulator of calcineurin 2：钙调神经磷酸酶调节剂2)、RDH5(retinoldehydrogenase 5(11-cis/9-cis)：视黄醇去氢酶5(11-cis/9-cis))、RGCC(regulator ofcell cycle：细胞周期调节剂)、

RIMS1(regulating synaptic membrane exocytosis 1：调节突触膜胞吐作用1)、RORA(RAR-related orphan receptor A：RAR相关非病原性受体A)、RPL12(Zhang2013 ALT_ACCEPTOR,ALT_DONOR,coding,INTERNAL,intronic best transcript NM_000976：Zhang2013 ALT_受体,ALT_供体,编码,INTERNAL,内含子最佳转录物NM_000976)、RSAD2(radical S-adenosyl methionine domain containing 2：含自由基-S-腺苷基甲硫胺酸结构域2)、SCRG1(stimulator of chondrogenesis 1：软骨生成刺激剂1)、SERPINB2(serpin peptidase inhibitor,clade B(ovalbumin),member 2：丝氨酸蛋白酶抑制剂，分支B(卵白蛋白)成员2)、SLAMF8(SLAM family member 8：SLAM家族成员8)、SLC14A1(solutecarrier family 14(urea transporter),member 1(Kidd blood group)：溶质载体家族14(尿素转移子)，成员1(Kidd血型))、SLC38A1(solute carrier family 38,member 1：溶质载体家族38，成员1)、SYT1(synaptotagmin I：突触结合蛋白I)、TFPI2(tissue factorpathway inhibitor 2：组织因子路径抑制物2)、THBS4(thrombospondin 4：凝血酶敏感蛋白4)、TINAGL1(tubulointerstitial nephritis antigen-like 1：肾小管间质肾炎抗原样1)、TMEM130(transmembrane protein 130：跨膜蛋白130)、TNMD(tenomodulin：腱调蛋白)、UBD(ubiquitin D：泛素D)、VIT(vitrin：玻璃体蛋白)、XG(Xg blood group；Xgpseudogene,Y-linked 2：Xg血型，Xg伪基因，Y连接2)、GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase：甘油醛-3-磷酸去氢酶)、CMRF-56

(2)特定基因的去除

在上述(1)中所选择的基因中的CMRF-56由于为树状细胞标记物而被去除。向Illumina,Inc.订购Primer时，由于Illumina,Inc.没有销售的基因有18个基因，因此将其去除。该18个基因如下。

HLA-DRB5、NTF4、UTS2、MIF、CD24、CD70、IL17D、C2ORF88、HLA-DQB1、CEMIP、CD165、TRA、TRB、XCL1、ACOD1、CCR10、CXCR3、MIR34A

(3)2种引物组(Primer set)的制作

制作了以下2种引物组。

·包含高表达基因的引物组

·排除了高表达基因的引物组

关于除了CMRF-56及上述18个基因以外的1181基因中的38个基因，为了高表达而探讨了替换为另一个基因。在高表达基因包含于引物组中的情况下，担心这些基因在读取计数中所占的比率变多，制作了不包含高表达基因的引物组(1143个基因)和包含高表达基因的引物组(1181个基因)这2种。高表达基因38种如下。

ACTB、Ahsg、B2M、Bsg、C3、Calr、CD63、CFL1、Clu、COL6A1

CTNNB1、FASN、FN1、GPC3、GPI、HLA-A、HLA-B、Hspd1、IGFBP3、IGFBP4

IGFBP5、KRT18、KRT8、Lgals1、Mki67、Nfe2l1、SERPINA1、SERPINH1、Slc7a5、Sparc

HSPA8、TFRC、THBS2、TIMP2、TNC、VIM、Ywhaz、GAPDH

实施例3：基因表达的测定

(1)反转录

使用了Ampliseq cDNASynthesis for Illumina(Illumina的Ampliseq cDNA合成)(Illumina、20022654)。根据厂商协议，混合了AmpliSeq cDNA Reaction Mix(AmpliSeqcDNA反应混合物)、AmpliSeq RT Enzymer Mix(AmpliSeq RT酶混合物)及制备后的mRNA。将其安装于热循环仪中，并进行了RT反应。(在42℃、30分钟的条件下进行1个循环，接着在85℃、5分钟的条件下进行1个循环，之后维持在10℃，并完成)

(2)PCR反应(第1次)

使用了AmpliSeq for Illumina Custom RNA Panel(Illumina定制RNA基因包的AmpliSeq)(Illumina、20020496)、AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)。根据厂商协议，混合AmpliSeq HiFi Mix、AmpliSeq Custom RNAPanel、cDNA，将其安装于热循环仪中，并进行了PCR反应。(在99℃、2分钟的条件下进行1个循环，在99℃、15秒钟、接着在60℃、8分钟的条件下进行15循环，之后维持在10℃，并完成)

(3)扩增产物(Amplicon)的部分消化

使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)。向PCR中添加FuPa Reagent并进行混合之后，将其安装于热循环仪中，并进行了反应。(50℃、10分钟、在55℃、10分钟、在62℃、20分钟的条件下各进行1个循环。之后维持在10℃，并完成)

(4)索引配接器的连接

使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS(Illumina、20019102)及AmpliSeqfor Illumina CD Indexes Set A(Illumina CD索引集A的AmpliSeq)(Illumina、20029105)。在前工序之后，迅速依次添加了Switch Solution、AmpliSeq CD indexes(AmpliSeq CD索引)、DNALigase(DNA连接酶)。在混合之后，将其安装于热循环仪中，并进行了连接反应。(在22℃、30分钟、在68℃、5分钟、在72℃、5分钟的条件下各进行1个循环。之后维持在10℃，并完成)

(5)纯化

使用了AMPure XP 450mL Kit(BECKMAN COULTER、A63882)。向连接反应液中添加AMPure XP珠并进行了搅拌之后，在室温下静置了5分钟。将其安装于磁架中，静置2分钟之后，去除了上清液。添加70％乙醇，静置30秒钟之后，去除了上清液。将其反复进行了2次。风干了10分钟。

(6)PCR反应(第2次)

使用了AmpliSeq for Illumina Library PLUS。混合Lib Amp Mix、Library AmpPrimers，将其添加到纯化后样品中，并进行了搅拌。将其安装于热循环仪中，并进行PCR反应，从而制作了数据库。(在98℃、2分钟的条件下进行1个循环，在98℃、15秒钟、在64℃、1分钟的条件下进行7个循环。之后维持在10℃，并完成)

(7)纯化

使用AMPure XP 450mL Kit进行了纯化。向PCR反应液中添加AMPure XP珠并进行了搅拌之后，在室温下静置了5分钟。将其安装于磁架中，静置5分钟之后，去除了上清液。添加70％乙醇，静置30秒钟之后，去除了上清液。将其反复进行了2次。将其风干了5分钟。将其从磁架卸下，添加Low TE，并进行了搅拌。将其安装于磁架中，并静置了5分钟。回收上清液，并设为NGS数据库。

(8)定量

使用了KAPA Library Quantification Kit(KAPA BIOSYSTEMS)。对NGS数据库进行浓度调整，并与KAPA Master Mix进行混合。Standard也同样地与KAPAMaster Mix进行混合。利用CFX96 Real-Time System(CFX96即时呈现系统)进行qPCR，并进行了定量。

(9)序列

使用了PhiX Control kit v3(Illumina TG-110-3001)。稀释数据库，并添加0.2NNaOH溶液以使其改性为ssDNA。向其中添加了HT1。使PhiX对照DNA也同样地改性。将这些添加到套组的试剂盒中，并利用MiSeq(Illumina)进行了序列。

实施例4：基因表达的数据处理

将引线数据导入QIAGEN公司CLC Genomics Workbench中。在导入时参照的序列信息使用了Homo sapience sequence。引线数据按各碱基具有错误的几率的值。若将引线数据导入CLC Genomics Workbench中，则其会转换为Phred Score(phred分数)。Phred Score为取碱基的错误几率的Log并乘以-10而进行评分(下式)。

Phred Score＝-10×log₁₀P_err

使用Phred Score，实施了质量修整。将质量修整的顺序示于以下中。首先，将Phred Score转换为p值(下式)。

P_err＝10^{-phredScore/10}

接着，计算修整时所设定的Limit(0.05)与p值之差，并计算差的累积和。此时，0以下值设为0。修整后的引线开始点设为累积和首次成为0以上的点，修整后的引线结束点设为累积和成为最大的点。

在质量修整后，按以下顺序将引线数量转换为表达量。首先，将引线序列对准在基因体上最类似的区域。接着，使用下式计算出RPKM(Read Per Kilobase Million：每百万总读数每千碱基的读数)。

RPKM＝映射到外显子区域的引线数量÷[映射到其样品的所有引线数量(百万单位)×外显子的长度(kb)]

将RPKM除以RPKM的和而获得的值计算为TPM(Transcript Per Million：每百万说明书)。

在对TPM进行对数处理的情况下，通过“各基因的读取计数+(1×gene length/average of gene length：1×基因长度/基因透镜的平均值)”的式对缺损值进行处理，之后计算出RPKM、TPM。

并且，关于缺损值的处理，即使在使用被检测的最小值的情况或插入检测下限值的情况下，也能够获得相同的分析结果。

实施例5：基因表达数据分析

使用对各基因表达数据的TPM值进行对数处理而获得的值，计算基于测定基因组的相关系数及决定系数。关于相关系数，使用在本说明书中上述的Microsoft Excel(注册商标)中所采用的CORREL函数计算，关于决定系数，使用在本说明书中上述的MicrosoftExcel(注册商标)中所采用的RSQ函数计算。并且，也一并计算出采用了各细胞群体的中央值的、滑膜MSC群体的中央值、L骨髓MSC群体的中央值、REC-MSC群体的中央值。将该决定系数的数值以与1Lot的细胞值进行比较的形式记载于以下表2中。

[表2]

其结果，针对每个MSC，能够设定在品质管理时，与另一个MSC群体的边界值且与非MSC群体的边界值。

可知若为滑膜MSC，则作为滑膜MSC的另一批滑膜MSC具有0.886的决定系数，若为滑膜MSC群体的中央值，则具有0.949的决定系数。并且，可知在与源自其他组织的MSC的比较中成为0.821、0.786、0.821、0.663，并且在MSC群体中规定滑膜MSC时，通过采用0.83以上的决定系数作为阈值而能够进行管理。并且，也可知在与非MSC细胞种类的比较中为0.093～0.720左右的决定系数，作为源自活组织的MSC的阈值管理能够设定为0.75左右。

并且，可知若为L骨髓MSC，则作为骨髓MSC的另一批滑膜MSC具有0.916的决定系数，若为骨髓MSC群体的中央值，则具有0.961的决定系数。并且，可知在与源自其他组织的MSC的比较中成为0.864、0.873、0.833、0.755，并且在MSC群体中规定骨髓MSC时，通过采用0.88以上的决定系数作为阈值而能够进行管理。并且，也可知在与非MSC细胞种类的比较中为0.111～0.773左右的决定系数，作为源自活组织的MSC的阈值管理能够设定为0.78左右。

并且，可知若为L脂肪MSC，则作为脂肪MSC的另一批滑膜MSC具有0.905的决定系数，若为脂肪MSC群体的中央值，则具有0.960的决定系数。并且，可知在与源自其他组织的MSC的比较中成为0.841、0.823、0.826、0.711，并且在MSC群体中规定骨髓MSC时，通过采用0.85以上的决定系数作为阈值而能够进行管理。并且，也可知在与非MSC细胞种类的比较中为0.113～0.746左右的决定系数，作为源自活组织的MSC的阈值管理能够设定为0.75左右。

并且，也可知在所有情况下，iPSC-MSC在MSC细胞种类中具有较低的决定系数，并且具有与源自活组织的MSC不同(与FB(成纤维细胞)无法区分的程度)的性质。若鉴于iPSC-MSC为通过特殊的分化诱导而人工制作的细胞，并且制造工序显著不同，则认为这是非常合理的结果。

并且，可知鉴于基于包含高表达基因的测定结果及之后对品质管理的影响，准备不包含高表达基因的引物组(1143个基因)和包含高表达基因的引物组(1181个基因)而实施，但是作为结果，使用任一个引物组均能够相同，没有任何差异。根据这些结果，可知在细胞的品质管理中，管理该细胞特有的多个基因表达组的模式的步骤在证明等效性和同质性的观点上非常有用。

实施例6：所有基因表达分析

利用RIKEN GENESIS CO.,LTD.对在实施例1中进行制备的各细胞的mRNA样品实施了Human Transcriptome Sequencing(人类转录组测序)分析。通过NovaSeq6000(Illumina、20012850)实施受检体的序列分析之后，使用DRAGEN ver.3.7.5分析引线数据，从而计算所有基因(25,192)的基因表达水平作为TPM。将所有基因(25,192)的基因名称记载于本实施例的最后。

关于上述所有25,192个基因的组合及从所有25,192个基因表达中随机提取的1,143个基因的组合，进行了与实施例5相同的分析。另外，为了比较细胞的品质管理中的基因集的有用性，计算出检测力。

具体而言，首先计算各种细胞相对于每个基因集中的对象细胞群体的中央值的变动系数。然后，根据以下式，计算检测力。

检测力(针对无规1143个的筛选1143个)＝{“在实施例2中所筛选的排除了高表达基因的引物组的1143个基因表达”的变动系数}÷{“在实施例6中随机提取的无规1143个基因表达”的变动系数}

检测力(针对共计25192个的筛选1143个)＝{“在实施例2中所筛选的排除了高表达基因的引物组的1143个基因表达”的变动系数}÷{“在实施例6中所获取的共计25192个基因表达”的变动系数}

将如上所述求出的变动系数和与实施例5同样地求出的决定系数总结于表3、表4、表5中。

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其结果，可知无论使用所有25,192个基因集，还是使用随机提取的1,143个基因集，针对每个MSC，均能够设定在品质管理时，与另一个MSC群体的边界值且与非MSC群体的边界值。

例如，可知若为滑膜MSC，则作为滑膜MSC的另一批滑膜MSC在无规1,143个基因中具有0.950、在所有25,192个基因中具有0.947的决定系数，若为滑膜MSC群体的中央值，则在无规1,143个基因中具有0.978、在所有25,192个基因中具有0.978的决定系数。并且，可知在与源自其他组织的MSC的比较中，在无规1,143个基因中成为0.950、0.910、0.921、在所有25,192个基因中成为0.928、0.912、0.919，并且在MSC群体中规定滑膜MSC时，通过采用在无规1,143个基因中为0.96以上、在所有25,192个基因中为0.93以上的决定系数作为阈值而能够进行管理。并且，也可知在与非MSC细胞种类的比较中，在无规1,143个基因中为0.541～0.896、在所有25,192个基因中为0.592～0.886左右的决定系数，作为源自活组织的MSC的阈值管理能够设定为在无规1,143个基因中、在所有25,192个基因中均为0.90左右。可知在L骨髓MSC或L脂肪MSC中也同样地能够进行阈值管理。

另一方面，可知若比较检测力，则在实施例2中所筛选的1,143个基因集中，与使用了所有25,192个基因的情况相比，检测力显示2.07倍～2.99倍，与使用了无规1,143个基因的情况相比，也显示1.90倍～4.67倍，为能够以高检测力显示与各种细胞的差异的基因集。

事实上，可知与使用了无规1,143个基因集或所有25,192个基因集的情况相比，与各细胞种类的决定系数也显著低，因此作为该细胞种类中的品质管理的基因集，为优异的基因集。因此，可知无论使用所有基因集，还是使用随机提取的基因集，均能够实现本发明的品质管理，并且证实了通过筛选更敏感的基因集，能够进行精度更高的品质管理。

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13RA2、LRCH2、RBMXL3、LUZP4、PLS3、AGTR2、SLC6A14、CXorf61、LOC100126447、KLHL13、WDR44、MIR1277、DOCK11、IL13RA1、ZCCHC12、LONRF3、KIAA1210、PGRMC1、SLC25A43、SLC25A5-AS1、SLC25A5、CXorf56、UBE2A、NKRF、SEPT6、MIR766、SOWAHD、RPL39、SNORA69、UPF3B、RNF113A、NDUFA1、AKAP14、NKAP、RHOXF2B、RHOXF1、RHOXF2、NKAPP1、ZBTB33、FAM70A、ATP1B4、LAMP2、CUL4B、MCTS1、C1GALT1C1、CT47B1、CT47A12、CT47A11、CT47A10、CT47A9、CT47A8、CT47A7、CT47A6、CT47A5、CT47A4、CT47A3、CT47A2、CT47A1、GLUD2、MIR3672、GRIA3、THOC2、XIAP、STAG2、SH2D1A、TENM1、LOC100129520、DCAF12L2、DCAF12L1、CXorf64、ACTRT1、SMARCA1、OCRL、APLN、XPNPEP2、SASH3、ZDHHC9、UTP14A、BCORL1、ELF4、AIFM1、RAB33A、ZNF280C、SLC25A14、GPR119、RBMX2、FAM45B、ENOX2、ARHGAP36、IGSF1、OR13H1、LOC286467、MST4、FRMD7、RAP2C、MBNL3、HS6ST2、HS6ST2-AS1、USP26、TFDP3、GPC4、GPC3、MIR363、MIR92A2、MIR19B2、MIR20B、MIR18B、MIR106A、CCDC160、PHF6、HPRT1、MIR450B、MIR450A1、MIR450A2、MIR542、MGC16121、MIR503、MIR424、LINC00629、PLAC1、FAM122B、FAM122C、MOSPD1、CXorf69、FAM127C、FAM127A、FAM127B、LINC00087、LINC00633、LOC100287728、CXorf48、ZNF75D、ZNF449、LOC100506790、LINC00086、DDX26B、CT45A1、CT45A2、CT45A3、CT45A4、CT45A5、CT45A6、SAGE1、MMGT1、SLC9A6、FHL1、MAP7D3、GPR112、BRS3、HTATSF1、VGLL1、MIR934、LOC100128420、CD40LG、ARHGEF6、RBMX、SNORD61、GPR101、LOC100996525、ZIC3、LOC158696、FGF13、MIR504、FGF13-AS1、SRD5A1P1、F9、MCF2、ATP11C、MIR505、CXorf66、LOC389895、SOX3、RP1-177G6.2、CDR1、MIR320D2、SPANXB2、SPANXB1、LDOC1、SPANXC、SPANXA2-OT1、SPANXA1、SPANXA2、LOC645188、SPANXD、MAGEC3、MAGEC1、MAGEC2、SPANXN4、SPANXN3、SLITRK4、SPANXN2、UBE2NL、SPANXN1、SLITRK2、CXorf1、MIR890、MIR888、MIR892A、MIR892B、MIR891B、MIR891A、CXorf51B、CXorf51A、MIR513C、MIR513B、MIR513A1、MIR513A2、MIR506、MIR507、MIR508、MIR514B、MIR509-2、MIR509-3、MIR509-1、MIR510、MIR514A1、MIR514A2、MIR514A3、FMR1-AS1、FMR1、FMR1NB、AFF2、IDS、LOC100131434、CXorf40A、MAGEA9B、HSFX2、TMEM185A、MAGEA11、HSFX1、MAGEA9、MAGEA8、CXorf40B、LOC100272228、MIR2114、MAMLD1、MTM1、MTMR1、CD99L2、HMGB3、MIR4330、GPR50、VMA21、PASD1、PRRG3、FATE1、CNGA2、LOC100507199、MAGEA4、GABRE、MIR224、MIR452、MAGEA5、MAGEA10-MAGEA5、MAGEA10、GABRA3、MIR105-1、MIR767、MIR105-2、GABRQ、MAGEA6、CSAG3、MAGEA2B、MAGEA12、CSAG1、MAGEA2、CSAG2、MAGEA3、CETN2、NSDHL、ZNF185、PNMA5、PNMA3、PNMA6C、PNMA6D、PNMA6A、PNMA6B、MAGEA1、ZNF275、LOC649238、ZFP92、TREX2、HAUS7、BGN、ATP2B3、FAM58A、DUSP9、PNCK、SLC6A8、BCAP31、ABCD1、PLXNB3、SRPK3、IDH3G、SSR4、PDZD4、L1CAM、LOC100996465、AVPR2、ARHGAP4、NAA10、RENBP、HCFC1、TMEM187、MIR3202-1、MIR3202-2、IRAK1、MIR718、MECP2、OPN1LW、OPN1MW、OPN1MW2、TEX28、TKTL1、FLNA、EMD、RPL10、SNORA70、DNASE1L1、TAZ、ATP6AP1、GDI1、FAM50A、PLXNA3、LAGE3、UBL4A、SLC10A3、FAM3A、G6PD、IKBKG、FAM223A、CTAG1A、CTAG1B、FAM223B、CTAG2、GAB3、DKC1、SNORA36A、MIR644B、SNORA56、MPP1、CXorf68、F8、H2AFB1、F8A1、MIR1184-1、FUNDC2、CMC4、MTCP1、BRCC3、VBP1、RAB39B、CLIC2、H2AFB2、F8A2、MIR1184-2、F8A3、MIR1184-3、H2AFB3、TMLHE-AS1、TMLHE、SPRY3、VAMP7、IL9R、XGPY2、SRY、RPS4Y1、ZFY、LINC00278、TGIF2LY、PCDH11Y、TTTY23B、TSPY2、FAM197Y9、TTTY1B、TTTY2B、TTTY21B、TTTY7、TTTY8B、AMELY、TBL1Y、PRKY、TTTY16、TTTY12、TTTY18、TTTY19、TTTY11、RBMY1A3P、TTTY20、TSPY4、FAM197Y8、TSPY8、FAM197Y7、FAM197Y6、TSPY3、FAM197Y5、TSPY1、FAM197Y4、FAM197Y3、FAM197Y2、TSPY10、FAM197Y1、RBMY3AP、TTTY8、TTTY7B、TTTY21、TTTY2、TTTY1、TTTY22、TTTY23、GYG2P1、TTTY15、USP9Y、DDX3Y、UTY、TMSB4Y、VCY、VCY1B、NLGN4Y、NLGN4Y-AS1、FAM41AY1、FAM224B、XKRY、CDY2B、CDY2A、XKRY2、FAM224A、FAM41AY2、HSFY1、TTTY9B、TTTY9A、HSFY2、NCRNA00185、TTTY14、BCORP1、TXLNG2P、KDM5D、TTTY10、EIF1AY、RPS4Y2、CYorf17、RBMY2EP、RBMY1B、RBMY1A1、TTTY13、RBMY1D、RBMY1E、PRY2、TTTY6B、RBMY1F、TTTY5、RBMY2FP、RBMY1J、TTTY6、PRY、TTTY17A、TTTY4、BPY2、DAZ1、DAZ2、TTTY3B、CDY1B、GOLGA2P2Y、TTTY17B、TTTY4B、BPY2B、DAZ3、DAZ4、BPY2C、TTTY4C、TTTY17C、GOLGA2P3Y、CSPG4P1Y、CDY1、TTTY3

Claims (11)

1.一种方法，其为特定细胞的品质管理方法，包括如下步骤：

评价通过测定所述特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的所述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关关系，在所述相关关系为一定程度以上的情况下，判定为细胞能够使用。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，

评价通过测定所述特定细胞特征性的相关基因组的表达状态而获得的所述基因组的表达模式与作为基准的表达模式的相关系数或决定系数、或者相关系数及决定系数，在所述相关系数或所述决定系数为一定值以上的情况下，判定为细胞能够使用。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述特定细胞特征性的相关基因组由10～2000个基因构成。

4.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述特定细胞特征性的相关基因组选自免疫相关基因组、炎症相关基因组、血管新生相关基因组、神经再生相关基因组、软骨形成相关基因组、骨形成相关基因组、脂肪形成相关基因组、纤维化相关基因组、免疫原性相关基因组、迁移相关基因组、粘附相关基因组、老化相关基因组、间充质干细胞标记物相关基因组、表面标记物相关基因组、生长因子相关基因组及趋化因子或细胞因子相关基因组中的至少1个以上。

5.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

在评价所述相关系数或所述决定系数的情况下，通过进行下述中的任一个来计算所述相关系数或所述决定系数：

(i)用测定下限值代替无法测定基因的表达量的缺损值，

(ii)用测定值中的最低值代替无法测定基因的表达量的缺损值，或

(iii)用以下式：各基因的读取计数+(1×基因长度/基因长度的平均)对无法测定基因的表达量的缺损值进行处理。

6.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述细胞为选自由成体干细胞、诱导性多能干细胞、胚胎干细胞、源自成体干细胞的分化细胞、源自诱导性多能干细胞的分化细胞及胚胎干细胞组成的组中的至少一种细胞。

7.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述特定细胞为间充质干细胞。

8.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述特定细胞为用作关节病治疗药物的细胞。

9.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述细胞为用作半月板治疗药物或骨关节炎治疗药物的细胞。

10.根据权利要求1或2所述的方法，其中，

所述细胞为用于药物开发的细胞。

11.一种制造特定细胞的方法，其包括：

获得包含特定细胞的候选的细胞群体的步骤；及

通过权利要求1或2所述的方法，从所述细胞群体中筛选满足基准的细胞的步骤。