JP2009058356A - 画像読み取り方法および装置 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】本発明の画像読み取り方法は、蛍光物質が付与された検体が貫通孔に配置されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、蛍光画像を撮像する工程と、蛍光画像の画像データを貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、貫通孔毎にしきい値に基づいて輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、しきい値が外れ値と制限値を含み、画像データ群に制限値を越える画像データが含まれているときには外れ値より大きな画像データを輝点と判定して排除するとともに、画像データ群に制限値を越える画像データが含まれていないときには画像データ群に輝点が含まれていないと判定する。
【選択図】図1
Description
また、異物のみを励起する波長の光を照射することによって異物の位置を特定し、この部分のデータを除外する方法も知られている(特許文献2参照)。
異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射して各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射して、前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する工程と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記排除工程では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読み取り方法が提供される。
さらに、このような構成によれば、貫通孔毎の画像データ群内での明度差が小さい(分散値が小さい)場合であっても、より明るい画像データを輝点(ノイズ)と判定して除外してしまうことが抑制される。
異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り装置であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射する第1の光源と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射する第2の光源と、
前記第1の光源からの光による前記キャピラリー・アレイ・シートの透過画像を撮像する第1の撮像手段と、
前記第2の光源からの励起光によって前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する第2の撮像手段と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割するデータ分割手段と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出するしきい値算出手段と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する輝点データ排除手段とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記輝点データ排除手段では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読み取り装置が提供される。
さらに、このような構成によれば、貫通孔毎の画像データ群内での明度差が小さい(分散値が小さい)場合であっても、より明るい画像データを輝点(ノイズ)と判定して除外してしまうことが抑制される。
図1は、本発明の好ましい実施形態の画像読み取り装置の構成を模式的に示す図面である。画像読み取り装置1は、顕微鏡と類似の構造を有し、対物レンズ2と、読み取り対象のキャピラリー・アレイ・シートSが載置されるXYステージ4と、XYステージ4に載置されたキャピラリー・アレイ・シートSの表側面に励起光を照射する励起光源6と、XYステージ4に載置されたキャピラリー・アレイ・シートSの裏面側から照射光を照射する透過光源8とを備えている。
画像読み取り装置1は、さらに、励起光源6からの光によってキャピラリー・アレイ・シートSから放出された蛍光による蛍光画像と、透過光源8から照射されキャピラリー・アレイ・シートSを透過した透過画像とを撮像する撮像手段であるCCDカメラ10を備えている。
先ず、読み取り対象となるキャピラリー・アレイ・シートSを、XYステージ4に載置して透過光源8から照明光を照射し、キャピラリー・アレイ・シートSを透過した透過光の画像(透過画像)をCCDカメラ10で撮像する。透過画像の各画像データは、A/D変換によって、光量に応じた0〜65535の階調値とされ、データ処理手段18に送られる。
さらに、励起光源6からの励起光で励起される異物が貫通孔に存在すると、図3に示されるように、この異物からの蛍光が輝点28”として含まれる像28’となる。
外れ値=中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a・・・式1
ここで、aは、(1<a≦2)の範囲で適宜設定されるが、より好ましくは、(1.2<a≦1.8)の範囲である。
制限値=中央値×b(1<b≦3)・・・式2
本実施態様の判定処理では、検出領域の画像データ(画像データ群)に制限値を越える画像データが含まれているときには、外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定する一方、検出領域の画像データ(画像データ群)に制限値を越える画像データが含まれていないときには、検出用域の画像データには輝点による画像データが含まれていないと判定する。すなわち、制限値を基準にして輝点による画像データが含まれているか否かを判定し、輝点よる画像データが含まれていると判定された場合には、外れ値を基準にどの画像データが輝点であるかを判定する。
輝点を示す画像データと判定された輝点(ノイズ)画像データは、当該検出領域の他の画像データ(画像データ群)から分離され、排除される。
キャピラリー・アレイ・シートとして、三菱レイヨン株式会社製のGenopal(登録商標)(228スポット)を使用した。キャピラリー・アレイ・シートには、光を透過しない部材(マトリクス部)に228の貫通孔(スポット部)が設けられ、各貫通孔内には充填されたゲルによってプローブが固定されている。
図3から明らかなように、異物が存在する貫通孔に対応する蛍光画像には、輝点(ノイズ)28”が現れている。
外れ値の係数aを1.5、制限値の係数bを2として、上記式1および式2から検出領域毎の外れ値および制限値をそれぞれ算出し、検出領域毎に画像データの値(階調値)を外れ値および制限値を用いた輝点判定を行って、輝点と判定された画像データを除去し、残りの画像データで検出データを生成した。
1:画像読み取り装置
4:XYステージ
6:励起光源
8:透過光源
10:CCDカメラ
18:データ処理手段
Claims (2)
- 異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射して各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射して、前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する工程と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記排除工程では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読取り方法。 - 異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り装置であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射する第1の光源と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射する第2の光源と、
前記第1の光源からの光による前記キャピラリー・アレイ・シートの透過画像を撮像する第1の撮像手段と、
前記第2の光源からの励起光によって前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する第2の撮像手段と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割するデータ分割手段と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出するしきい値算出手段と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する輝点データ排除手段とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記輝点データ排除手段では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読取り装置。
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