JP2009058356A - 画像読み取り方法および装置 - Google Patents

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Abstract

【課題】煩雑な工程を経ることなく異物に起因する輝点等を排除し、検出すべき蛍光物質からの正確な蛍光画像の検出を可能とする画像読み取り方法および装置を提供すること。
【解決手段】本発明の画像読み取り方法は、蛍光物質が付与された検体が貫通孔に配置されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、蛍光画像を撮像する工程と、蛍光画像の画像データを貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、貫通孔毎にしきい値に基づいて輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、しきい値が外れ値と制限値を含み、画像データ群に制限値を越える画像データが含まれているときには外れ値より大きな画像データを輝点と判定して排除するとともに、画像データ群に制限値を越える画像データが含まれていないときには画像データ群に輝点が含まれていないと判定する。
【選択図】図1

Description

本発明は、画像読み取り方法および装置に関し、詳細には、異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法および装置に関する。
配列が明らかにされた遺伝子の機能を調べる方法として、塩基配列情報を利用した解析法が知られている。この解析法では、数十から数万個の異なる種類の遺伝子ペプチド、タンパク質、抗体等の生体関連物質がプローブとして固定されたバイオチップが使用される。
バイオチップでは、配列が明らかにされた遺伝子、あるいはその遺伝子の配列に基づいて作られたタンパク質等の検体を、特異的反応を利用してバイオチップに固定されたプローブに選択的に結合させることによって、検体とプローブとの生体機能発現関係を特定し、配列が明らかにされた遺伝子、あるいはその遺伝子の配列に基づいて作られたタンパク質等の検体の機能を知ることができる。
上記解析法を、バイオチップとしてキャピラリー・アレイ・シートが使用される場合を例に具体的に説明する。キャピラリー・アレイ・シートは、複数の貫通孔を有し、これら複数の貫通孔に、それぞれに異なった種類の遺伝子ペプチド、タンパク質、抗体等の生体関連物質(プローブ)が、ゲルによって所定位置に固定されているバイオチップである。
解析にあたっては、まず、配列が明らかにされた遺伝子、あるいはその遺伝子の配列に基づいて作られたタンパク質等の検体を蛍光物質で標識し、この蛍光物質で標識した検体を、ハイブリダイゼーション等によって、バイオチップにプローブとして固定されている生体関連物質と選択的に結合させる。
次いで、蛍光レーザスキャナや蛍光顕微鏡等の蛍光測定装置を用いて検体を標識している蛍光物質からの蛍光を蛍光画像として検出することにより、蛍光物質で標識された検体が、どのプローブと結合したかが検出され、この結果、配列が明らかにされた遺伝子等の検体とプローブとの生体機能発現関係を特定し、配列が明らかにされた遺伝子等の検体の機能を知ることができる。
このような蛍光画像を用いた解析には、キャピラリー・アレイ・シートの貫通孔等に異物が存在すると、異物からの蛍光が輝点として検出され、検出すべき蛍光物質からの蛍光の正確な検出が妨げられるという問題あった。
このような問題を解決するために、同一種類のプローブを固定化したスポットを複数用意し、異常に高い発光強度(例えば、最も低い発光強度の1.5倍以上)を除いた発光強度に基づいて読取値を求める処理方法が知られている(特許文献1参照)。
また、異物のみを励起する波長の光を照射することによって異物の位置を特定し、この部分のデータを除外する方法も知られている(特許文献2参照)。
特開2004−101376号公報 特許第3576523号公報
しかし、異常に高い発光強度を除いた発光強度に基づいて読取値を求める方法では、同一種類のプローブを固定したスポットを複数用意する必要があり、コストアップとなってしまう。
また、異物のみを励起する波長の光を照射することで異物を特定し、異物のデータを除外する方法では、検体を標識する蛍光物質が異物と同じ波長の光で励起する場合、すなわち異物のみを励起する波長の光が存在しない場合には、異物を特定することができないという問題があった。
本発明は、このような問題を解決するためになされたものであり、煩雑な工程を経ることなく異物に起因する輝点等を排除し、検出すべき蛍光物質からの正確な蛍光画像の検出を可能とする画像読み取り方法および装置を提供することを目的としている。
本発明によれば、
異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射して各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射して、前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する工程と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記排除工程では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読み取り方法が提供される。
このような構成によれば、煩雑な工程を経ることなく異物に起因する輝点等を排除し、検出すべき蛍光物質からの正確な蛍光画像の検出を可能となる。
さらに、このような構成によれば、貫通孔毎の画像データ群内での明度差が小さい(分散値が小さい)場合であっても、より明るい画像データを輝点(ノイズ)と判定して除外してしまうことが抑制される。
本発明の他の態様によれば、
異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り装置であって、
前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射する第1の光源と、
前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射する第2の光源と、
前記第1の光源からの光による前記キャピラリー・アレイ・シートの透過画像を撮像する第1の撮像手段と、
前記第2の光源からの励起光によって前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する第2の撮像手段と、
前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割するデータ分割手段と、
前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出するしきい値算出手段と、
前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する輝点データ排除手段とを、備え、
前記しきい値が、
中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
で表される外れ値と、
中央値×b (1<b≦3)
で表される制限値を含み、
前記輝点データ排除手段では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
ことを特徴とする画像読み取り装置が提供される。
このような構成によれば、煩雑な工程を経ることなく異物に起因する輝点等を排除し、検出すべき蛍光物質からの正確な蛍光画像の検出を可能となる。
さらに、このような構成によれば、貫通孔毎の画像データ群内での明度差が小さい(分散値が小さい)場合であっても、より明るい画像データを輝点(ノイズ)と判定して除外してしまうことが抑制される。
本発明によれば、煩雑な工程を経ることなく異物に起因する輝点等を排除し、検出すべき蛍光物質からの正確な蛍光画像の検出を可能とする画像読み取り方法および装置が提供される。
以下、添付図面を参照して本発明の好ましい実施形態の読み取り装置の構成について説明する。
図1は、本発明の好ましい実施形態の画像読み取り装置の構成を模式的に示す図面である。画像読み取り装置1は、顕微鏡と類似の構造を有し、対物レンズ2と、読み取り対象のキャピラリー・アレイ・シートSが載置されるXYステージ4と、XYステージ4に載置されたキャピラリー・アレイ・シートSの表側面に励起光を照射する励起光源6と、XYステージ4に載置されたキャピラリー・アレイ・シートSの裏面側から照射光を照射する透過光源8とを備えている。
画像読み取り装置1は、さらに、励起光源6からの光によってキャピラリー・アレイ・シートSから放出された蛍光による蛍光画像と、透過光源8から照射されキャピラリー・アレイ・シートSを透過した透過画像とを撮像する撮像手段であるCCDカメラ10を備えている。
励起光源6は、キャピラリー・アレイ・シートSの貫通孔に収容されたプローブとハイブリダーゼイションしている検体に付与されている蛍光物質を励起する波長の励起光を発生させるように構成されている。励起光源6から照射された励起光は、励起光フィルタ12を通過し、ダイクロイックミラー14でキャピラリー・アレイ・シートSに向けて偏向され、キャピラリー・アレイ・シートSの表側面を照射し、キャピラリー・アレイ・シートSの貫通孔に収容されたプローブとハイブリダーゼイションしている検体に付与されている蛍光物質を励起する。
キャピラリー・アレイ・シートSの貫通孔のプローブと結合している検体を標識する蛍光物質から放出された蛍光は、ダイクロイックミラー14および吸収用フィルタ16を通過して、CCDカメラ10に入射し、CCDカメラ10によってキャピラリー・アレイ・シートSの蛍光画像が撮像される。
透過光源8は、出射光の光軸と対物レンズ2の光軸とが一致するように、XYステージ4の下方に配置される。透過光源6として、例えば、ハロゲンランプ、LEDアレイ光源等を用いることができる。安定した光量、光源の長寿命化という観点から、LEDアレイを用いることが好ましい。
画像読み取り装置1は、更に、CCDカメラ10から画像データを処理、記憶等するデータ処理手段18と、画像読み取り装置1の各構成要素の動作を制御する制御装置20とを備えている。データ処理手段は、所定のプログラムがインストールされたコンピュータ等によって構成されている。
キャピラリー・アレイ・シートSは、中央に貫通孔を有する多数のキャピラリが二次元的に配列された構成を有し、各キャピラリの貫通孔のそれぞれに、異なった種類の生体関連物質(プローブ)がゲルによって固定されている構成を備えている。キャピラリー・アレイ・シートSでは、ゲルが充填された貫通孔は光を透過させるが、それ以外の部分は実質的に光を透過させない。本実施態様の画像読み取り装置では、プローブに、蛍光物質で標識された検体がハイブリダイゼーション等によって選択的に結合させられたキャピラリー・アレイ・シートからの画像読み取りが行われる。
次に、画像読み取り装置1を用いた画像読み取り方法について説明する。
先ず、読み取り対象となるキャピラリー・アレイ・シートSを、XYステージ4に載置して透過光源8から照明光を照射し、キャピラリー・アレイ・シートSを透過した透過光の画像(透過画像)をCCDカメラ10で撮像する。透過画像の各画像データは、A/D変換によって、光量に応じた0〜65535の階調値とされ、データ処理手段18に送られる。
図2は、得られた透過画像の一部を示している。上述したようにキャピラリー・アレイ・シートSでは、貫通孔のみが光を透過させるので、透過画像では、貫通孔に対応する略円形の像22、24、26、28が、貫通孔に対応した位置に現れる。
データ処理手段18では、この透過画像データの貫通孔の画像データが得られた領域が、蛍光画像中で輝点排除が行われる検出領域に設定される。
本実施形態では、各貫通孔の画像データを、所定のしきい値に基づいて、それ以外の画像データと分離し、分離された貫通孔の画像データ値が得られた領域を特定し、この領域の重心を中心とした円領域を貫通孔毎の検出領域としている。このようにして設定された各検出領域の位置データは、データ処理手段18内に記憶される。
なお、貫通孔の画像データ値が得られた領域を検出領域としても、あるいはオペレータが手動で検出領域を設定してもよい。
次に、励起光源6を作動させ、キャピラリー・アレイ・シートSに励起光を照射し、特定の貫通孔のプローブに選択的に結合している検体を標識している蛍光物質を励起し、この蛍光物質から発せられた蛍光の蛍光画像をCCDカメラ10で撮像する。
図3は、図2の透過画像に対応する蛍光画像である。プローブに検体が結合している貫通孔は、検体を標識している蛍光物質が励起光源6からの励起光で励起されるので、図3に示されるように貫通孔の形状に対応した明るい像24’となる。
これに対し、プローブに検体が結合していない貫通孔に対応する部分には、蛍光物質が存在しないので、図3に示されるように、暗い像22’、26’となる。
さらに、励起光源6からの励起光で励起される異物が貫通孔に存在すると、図3に示されるように、この異物からの蛍光が輝点28”として含まれる像28’となる。
この蛍光画像データも、A/D変換によって、光量に応じた0〜65535の階調値とされ、データ処理手段18に送られる。
データ処理手段18では、蛍光画像の画像データから、異物に起因する輝点を排除する処理が行われる。本実施態様では、異物に起因する輝点の排除は、透過画像に基づいて設定された検出領域のみで行われるので、データ処理手段18に記憶されている、検出領域の位置データに基づいて、蛍光画像データに検出領域30、32、34、36を設定し、検出領域30、32、34、36毎に、以下のような、異物に起因する輝点の排除処理が行われる。
まず、式1を用いて、各検出領域内で行われる輝点判定に用いる当該検出領域用のしきい値(外れ値)を、昇順に並べられた当該検出領域内の各画像データの値から算出する。
外れ値=中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a・・・式1
ここで、aは、(1<a≦2)の範囲で適宜設定されるが、より好ましくは、(1.2<a≦1.8)の範囲である。
ここで、第3四分位数とは、例えば100個のデータを昇順に並べた際の75番目のデータのことであり、第1四分位数とは25番目のデータである。
さらに、式2を用いて、各検出領域内で行われる輝点判定に用いる当該検出領域用のしきい値(制限値)を、昇順に並べられた当該検出領域内の各画像データの値から算出する。
制限値=中央値×b(1<b≦3)・・・式2
係数bを変更することにより、制限値を変更することができる。得られた蛍光画像データを参照しながら、輝点ノイズを適切に除外できるようにbを設定するのが好ましく、例えば、(1.5<b≦2.5)の範囲である。
次いで、検出領域毎に、当該検出領域内の各画像データの値(階調値)と、外れ値および制限値とを比較して、画像データが異物に起因する輝点を示すものであるか否かを判定する。
本実施態様の判定処理では、検出領域の画像データ(画像データ群)に制限値を越える画像データが含まれているときには、外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定する一方、検出領域の画像データ(画像データ群)に制限値を越える画像データが含まれていないときには、検出用域の画像データには輝点による画像データが含まれていないと判定する。すなわち、制限値を基準にして輝点による画像データが含まれているか否かを判定し、輝点よる画像データが含まれていると判定された場合には、外れ値を基準にどの画像データが輝点であるかを判定する。
輝点を示す画像データと判定された輝点(ノイズ)画像データは、当該検出領域の他の画像データ(画像データ群)から分離され、排除される。
なお、外れ値、制限値が飽和値である65535を超えた場合には、正確な輝点判定が不可能となるため、輝点判定は行われない。
図4は、異物38に起因する輝点を含む検出領域40近傍の蛍光画像の一例であり、図5は、図4の蛍光画像の各画像データを階調値の大きさに従って昇順に並べたグラフである。図5では、一点鎖線が外れ値を、二点鎖線が飽和値を、点線が制限値を、斜線部で示された部分が輝点と判定された画像データを示す。
図5に示されているように、この例では、検出領域の画像データに、点線で示されている制限値を越える階調値を有する画像データが含まれているので、一点鎖線で示される外れ値を越える(階調値がAより大きい)階調値(蛍光強度)を有する画像データが輝点による画像データと判定される。この時、図5に示されている通り、飽和した画像データであっても、正しく輝点による画像データと判定される。
一方、図6は、異物に起因する輝点を含まない検出領域42近傍の蛍光画像の一例であり、図7は、図6の蛍光画像の各画像を階調値の大きさに従って昇順に並べたグラフである。図7では、図5と同様に、一点鎖線が外れ値を、点線が制限値を示す。
図6および図7の例では、検出領域の画像データに、点線で示されている制限値を越える階調値(蛍光強度)を有する画像データが含まれていないので、検査領域の画像データに輝点による画像データが含まれておらず、全ての画像データが正常画像データと判定される。
その後、輝点による画像データであると判定された画像データが、当該検出領域の他の画像データ(画像データ群)から排除される処理が行われ、排除処理が終了した検出領域の画像データ群には、更なる処理、例えば、各検出領域内の画像データの階調値を平均して平均読取値を算出し、蛍光物質の濃度が求められる処理が行われる。
本発明は、以上の実施形態に限定されることなく、特許請求の範囲に記載された発明の範囲内で種々の変更が可能であり、それらも本発明の範囲内に包含される。
以下、本発明の実施例を説明する。
キャピラリー・アレイ・シートとして、三菱レイヨン株式会社製のGenopal(登録商標)(228スポット)を使用した。キャピラリー・アレイ・シートには、光を透過しない部材(マトリクス部)に228の貫通孔(スポット部)が設けられ、各貫通孔内には充填されたゲルによってプローブが固定されている。
キャピラリー・アレイ・シートのプローブに、蛍光物質で標識した検体をハイブリダイゼーションした後、三菱レイヨン株式会社製のDNAチップ検出器を用いて、スポット部分の透過画像と蛍光画像を取得した。DNAチップ検出器の透過画像撮像用の照明はLEDであり、チップ下方から照明した。また、蛍光画像撮像用の励起光源は水銀ランプであり、チップ上方から落射励起を行った。チップ上方にあるCCDカメラで、透過画像と蛍光画像を撮像した。
図2は、撮像した透過画像の一部であり、4つのスポットを含む。図3は、撮像した蛍光画像の一部であり、図2と同一範囲の画像である。
図3から明らかなように、異物が存在する貫通孔に対応する蛍光画像には、輝点(ノイズ)28”が現れている。
図2の透過画像を2値化し、2値化した透過画像のスポット部分(白色部分)の重心を中心とした円領域を検出領域と決定した。図3では、各貫通孔の像22’、24’、26’、28’に対応する検出領域は、それぞれ30、32、34、36で示されている。
輝点判定においては、各貫通孔の像22’、24’、26’、28’に対応する検出領域30、32、34、36内の画像データを数値化した。
外れ値の係数aを1.5、制限値の係数bを2として、上記式1および式2から検出領域毎の外れ値および制限値をそれぞれ算出し、検出領域毎に画像データの値(階調値)を外れ値および制限値を用いた輝点判定を行って、輝点と判定された画像データを除去し、残りの画像データで検出データを生成した。
各貫通孔の像22’、24’、26’は、全ての画像データの階調値が制限値よりも小さい、すなわちすべての画像データの階調値が制限値以下であるため、これらの貫通孔の像22’、24’、26’では全ての画像データを用いて検出データが生成された。
図8は、図3の貫通孔の像28’の拡大図であり、図9は、貫通孔の像28’の各画像データ毎の輝点判定の結果を示したものである。正常画像データを#、輝点(ノイズ)画像データを○で示している。
貫通孔の像28’では、階調値が制限値を越える画像データが含まれていたので、階調値が外れ値より大きい画像データを輝点よる画像データと判定して排除し、正常画像データのみを用いて検出データが生成された。得られた検出データを用いて検体の分析を行ったところ、輝点ノイズが無いため、信頼性の高い、高精度な分析結果を得ることができた。
本発明の好ましい実施形態の画像読み取り装置を模式的に示す図である。 図1の画像読み取り装置で得られた透過画像の一例である。 図2の透過画像に対応する蛍光画像である。 異物に起因する輝点を含む検出領域の蛍光画像の一例である。 図4の蛍光画像の各画像データを階調値の大きさに従って昇順に並べたグラフである。 異物に起因する輝点を含まない検出領域の蛍光画像の一例である。 図6の蛍光画像の各画像を階調値の大きさに従って昇順に並べたグラフである。 図3の貫通孔の像28’の拡大図である。 貫通孔の像28’の各画像データ毎の輝点判定の結果を示したものである。
符号の説明
S:キャピラリー・アレイ・シート
1:画像読み取り装置
4:XYステージ
6:励起光源
8:透過光源
10:CCDカメラ
18:データ処理手段

Claims (2)

  1. 異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り方法であって、
    前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射して各貫通孔の透過画像を撮像する工程と、
    前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射して、前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する工程と、
    前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割する工程と、
    前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出する工程と、
    前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する工程とを、備え、
    前記しきい値が、
    中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
    で表される外れ値と、
    中央値×b (1<b≦3)
    で表される制限値を含み、
    前記排除工程では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
    ことを特徴とする画像読取り方法。
  2. 異なる種類のプローブを収容した貫通孔が所定パターンで配列され、蛍光物質が付与された検体が前記プローブに選択的に結合されているキャピラリー・アレイ・シートから蛍光画像を読取る画像読取り装置であって、
    前記キャピラリー・アレイ・シートに光を照射する第1の光源と、
    前記キャピラリー・アレイ・シートに、前記蛍光物質を励起可能な波長の励起光を照射する第2の光源と、
    前記第1の光源からの光による前記キャピラリー・アレイ・シートの透過画像を撮像する第1の撮像手段と、
    前記第2の光源からの励起光によって前記蛍光物質から放出された蛍光による蛍光画像を撮像する第2の撮像手段と、
    前記透過画像および蛍光画像に基づいて、前記蛍光画像の画像データを、貫通孔毎の蛍光画像データ群に分割するデータ分割手段と、
    前記貫通孔毎の蛍光画像データ群から貫通孔毎のしきい値を算出するしきい値算出手段と、
    前記貫通孔毎に、当該貫通孔のしきい値に基づいて、当該貫通孔の蛍光画像データ群から輝点による蛍光画像データを排除する輝点データ排除手段とを、備え、
    前記しきい値が、
    中央値+(第3四分位数−第1四分位数)×a (但し、1<a≦2)
    で表される外れ値と、
    中央値×b (1<b≦3)
    で表される制限値を含み、
    前記輝点データ排除手段では、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれているときには、前記外れ値より大きな画像データを輝点による画像データと判定して排除するとともに、前記画像データ群に前記制限値を越える画像データが含まれていないときには、前記画像データ群に輝点による画像データが含まれていないと判定する、
    ことを特徴とする画像読取り装置。
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