JP2008515438A - 組換えタンパク質産生の改善方法および組成物 - Google Patents

組換えタンパク質産生の改善方法および組成物 Download PDF

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Abstract

組換えタンパク質(例えば、抗体)の発現を増強し、そして/あるいは誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー(IRT)副産物を減少または除去するように改変された核酸分子が開示される。本発明はまた、組換えタンパク質発現に適切な細胞培養条件下での、宿主細胞におけるそのようなベクターの使用によって、誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー副産物を含まないタンパク質を産生する方法を提供する。

Description

関連出願の相互参照
本願は2004年10月5日に出願された米国特許出願第60/616,474号に対して優先権を主張し、その特許の全ての内容を出典明示で援用する。
発明の背景
組換えタンパク質産生用発現ベクターは、少なくとも1980年代半ばから存在している。代表的には、タンパク質調製物の絶対的な純度が重要ではない基礎研究においておよび小規模な実験のためには、組換えタンパク質発現のためのベクターに基づくストラテジーが広く用いられている。対照的に、治療適用のために組換えタンパク質を使用する場合、少量の混入物、例えば誤スプライシング(mis−spliced)またはイントロンリードスルー(intron read−through)副産物の存在でさえ、生じる治療タンパク質の活性および収量を減少させ得る。誤スプライシングまたはリードスルータンパク質配列を有する治療タンパク質の患者への投与は、所望されない副作用の可能性を増加させ得る。
そのような副産物はまた、製造工業にとっても問題になる。副産物の存在は、精製プロセスを悪化させ得る。なぜならそのような副産物は代表的には、大きさ、親和性または生物活性に関して所望のタンパク質と類似しているからである。さらに、組換え宿主細胞を使用した、タンパク質発現のスケールアップは、代表的には、特に細胞を至適を下回る細胞培養条件下で培養した場合、所望の産物と比較して、副産物の量を増加させる。そのような至適を下回る細胞培養条件は、例えばバイオファーメンター(biofermenter)操作の終り、またはその他の理由により大規模培養の状態が悪化した場合に、大規模のタンパク質産生において頻繁に生じる。
従って、組換えタンパク質産生、特に治療タンパク質の大規模産生を改善する方法に対する必要性が存在する。
発明の概要
本発明は、組換えタンパク質またはペプチドの発現および/または産生を改善するための方法および組成物を提供する。1つの実施態様において、改変されて、誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー副産物が減少または除去され、そして/あるいは組換えタンパク質発現が増強された核酸分子が提供される。特定の実施態様において、核酸は組換え抗体(本明細書において、免疫グロブリンともいう)またはそのフラグメントをコードする。本発明はさらに、改変されて、誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー副産物が減少または除去され、そして/あるいは組換えタンパク質発現が増強されたベクター(例えば、発現ベクター);そのような核酸分子およびベクターを含む宿主細胞(例えば、哺乳動物宿主細胞);ならびにそのような細胞を培養して、組換えタンパク質またはペプチドを産生する(例えば、大規模に)方法を含む。誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー産物を実質的に含まない組換えタンパク質またはペプチド(例えば、抗体)の組成物(例えば、医薬組成物))もまた開示される。これら組成物は、例えば神経変性障害および悪性障害の処置を含む、治療用途に適切である。
従って、1つの態様において、本発明は、1つ以上のイントロンおよびエキソン配列を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子(例えば、改変または組換え核酸分子)を特徴とする。ここで、少なくとも1つのイントロン配列が天然配列に比較して改変されて、タンパク質発現が増強され、そして/あるいは誤スプライシングまたはイントロンリードスルー(IRT)副産物が減少または除去される。1つの実施態様において、核酸分子は、天然配列(例えば、ゲノム配列)と比較して所望のタンパク質またはペプチド、例えば抗体またはそのフラグメント(例えば、免疫グロブリンH鎖)の発現の増強を指令し、そして/あるいはイントロンリードスルー(IRT)副産物を減少または除去する。タンパク質またはペプチドは、哺乳動物起源、例えばヒトまたはマウス、代表的にはヒト起源であり得る。本明細書に記載する核酸分子は、天然配列からの改変形態をいうと理解される。いくつかの実施態様において、核酸分子は単離または精製されている。他の実施態様において、核酸分子は組換え分子である。
1つの実施態様において、核酸分子は、天然配列(例えば、ゲノム配列)に比較して、少なくとも1つ、2つ、3つのイントロンまたは1つを除いた全てまでのイントロンを欠失している。例えば、イントロンリードスルー(IRT)を促進するイントロンが、天然配列から欠失され得る。他の実施態様において、核酸分子は下記の1つ以上によって改変され、その結果、タンパク質発現の増強、および/または誤スプライシングもしくはイントロンリードスルー(IRT)副産物の減少もしくは除去が生じる:イントロン/エキソン配置の再配列(例えば、イントロン/エキソンの5’から3’への順序);1つ以上のイントロンの部分の欠失;または、イントロンもしくはその部分の異種イントロン配列での置換。
関連する実施態様において、核酸分子は抗体H鎖またはそのフラグメントをコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトゲノム配列)を含む。例えば、ヌクレオチド配列は、免疫グロブリンサブタイプ、例えば免疫グロブリンGサブタイプ(例えば、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4抗体サブタイプ)のH鎖可変領域、ヒンジ領域ならびに第1、第2および第3定常領域(例えば、C1、C2、C3)をコードする1つ以上のヌクレオチド(例えば、エキソン)配列を含む。代表的には、免疫グロブリンサブタイプは、哺乳動物起源(例えば、マウスまたはヒト)由来である。1つの実施態様において、ヒトIgG1もしくはIgG4、またはそれらの変異型が選択される。例えば、免疫グロブリンの定常領域が変異されて、以下の1つ以上を生じ得る:安定性の向上、エフェクター機能の低下、または補体固定の低下。1つの実施態様において、ヒトIgG4が変異されて、安定性が向上する。例えば、残基241におけるセリンからプロリンへの置換を有して、ヒンジ領域の安定性が向上する。他の実施態様において、定常領域が変異されて、グリコシル化が減少する。
1つの実施態様において、核酸分子は、配列のイントロンリードスルーを促進する少なくとも1つのイントロンが欠失されるように改変される。例えば、免疫グロブリンH鎖定常領域のC2とC3との間のイントロンが欠失され得る。独立してまたは組み合わせて欠失され得る他の免疫グロブリンH鎖イントロンの例は、免疫グロブリンH鎖定常領域のH鎖可変領域とC1との間のイントロン、C1とヒンジ領域との間のイントロン、およびヒンジ領域とC2との間のイントロンを含む。前記のイントロンの2つ、3つのイントロン、または1つを除く全てまでのイントロンの組み合わせを含む、前記のイントロンの任意の組み合わせも欠失され得る。いくつかの実施態様において、H鎖定常領域の3つのイントロン、例えばC1とヒンジ領域との間のイントロン、ヒンジ領域とC2との間のイントロン、およびC2とC3との間のイントロンが欠失される。以下の例示的な免疫グロブリンH鎖のイントロン欠失の組み合わせも、本発明の範囲内である:免疫グロブリンH鎖定常領域のC1とヒンジ領域との間のイントロン、C2とC3との間のイントロン;C1とヒンジ領域との間のイントロン、ヒンジ領域とC2との間のイントロン;ヒンジ領域とC2との間のイントロン、およびC2とC3との間のイントロン。
いくつかの実施態様において、核酸分子は以下の式によって示されるヌクレオチド配列を含む:
−Int1−C1−Int2−Hinge−Int3−C2−Int4−C3、
ここで、Vは、H鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列であり;
1、C2およびC3は、対応するH鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然、または変異形態)であり;
Hingeは、H鎖定常領域のヒンジ領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然または変異形態)であり;そして
Int1、Int2、Int3およびInt4は、H鎖ゲノム配列由来のイントロンである。1つの実施態様において、C2とC3との間のイントロン(本明細書においてInt4と表す)が欠失される。他の実施態様において、C1とヒンジ領域との間、ヒンジ領域とC2との間、および/またはC2とC3との間のイントロン(本明細書においてInt2、Int3およびInt4と表す)の1つ、2つまたは代表的には3つが欠失される。H鎖ゲノム配列のイントロン/エキソン配列のさらなる模式図を、図1、図5および図7に示す。
代表的には、核酸分子中には少なくとも1つのイントロン、例えばH鎖可変領域とC1との間のイントロン(本明細書においてInt1と表す)が存在する。独立してまたは組み合わせて存在し得る他の免疫グロブリンH鎖イントロンの例は、免疫グロブリンH鎖定常領域のC1とヒンジ領域との間のイントロン;ヒンジ領域とC2との間のイントロン;および、C2とC3との間のイントロンを含む。改変核酸分子中に、少なくとも1つのイントロンを含めることが、しばしば所望される。理論によって拘束されるわけではないが、イントロンは転写速度、ポリアデニル化、mRNA輸送、翻訳効率およびmRNA分解を含むタンパク質産生プロセスにおけるいくつかの事象に影響を及ぼすと信じられている。
1つの実施態様において、核酸分子は以下の式によって示されるヌクレオチド配列を含む:
−Int1−C1−Int2−Hinge−Int3−C2−C3、
ここで、VはH鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列であり;
1、C2およびC3は、対応するH鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然または変異形態)であり;
Hingeは、H鎖定常領域のヒンジ領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然または変異形態)であり;そして
Int1、Int2およびInt3は、H鎖ゲノム配列由来のイントロンである。1つの実施態様において、ヌクレオチド配列は、本質的に上記構成成分からなる(例えば、構造または機能を変化させる介在配列なしに)。
他の実施態様において、核酸分子は以下の式によって示されるヌクレオチド配列を含む:
−Int1−C1−Hinge−C2−C3、
ここで、Vは、H鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列であり;
1、C2およびC3は、対応するH鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然または変異形態)であり;
Hingeは、H鎖定常領域のヒンジ領域をコードするヌクレオチド配列(例えば、ヒトIgG1またはIgG4 H鎖遺伝子の天然または変異形態)であり;そして
Int1は、H鎖ゲノム配列由来のイントロンである。1つの実施態様において、ヌクレオチド配列は本質的に上記構成成分からなる(例えば、構造または機能を変化させる介在配列なしに)。
ヒトIgG1のゲノムヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列を図8に示す(それぞれ配列番号1および2)。C1、ヒンジ領域、C2およびC3をコードするエキソンは、それぞれ図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド231〜524、916〜960、1079〜1408および1506〜1829に位置する。Int1、Int2、Int3およびInt4は、それぞれ図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド1〜230、およそヌクレオチド525〜915、およそヌクレオチド961〜1078およびおよそヌクレオチド1409〜1505に位置するヒトIgG1 H鎖ゲノム配列由来のイントロンに対応する。
変異ヒトIgG4のゲノムヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列を、図9に示す(それぞれ配列番号3および4)。C1、ヒンジ領域、C2およびC3をコードするエキソンは、それぞれ図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド231〜524、916〜952、1071〜1400、および1498〜1820に位置する。Int1、Int2、Int3およびInt4は、それぞれ図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド1〜230、およそヌクレオチド525〜916、およそヌクレオチド953〜1070、およびおよそヌクレオチド1401〜1497に位置するヒトIgG4 H鎖ゲノム配列由来のイントロンに対応する。
本発明の改変核酸分子の例は、図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド1409〜1505に対応するヒトIgG1の、または図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド1401〜1497に対応する変異ヒトIgG4のC2とC3との間のイントロンの欠失を有するヒトゲノムH鎖定常領域配列を含む。独立してまたは組み合わせて欠失され得る他のH鎖免疫グロブリンイントロンの例は、図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド1〜230に対応するヒトIgG1、または図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド1〜230に対応する変異ヒトIgG4のH鎖可変領域とC1との間のイントロン;図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド525〜915に対応するヒトIgG1、または図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド525〜916に対応する変異ヒトIgG4のC1とヒンジ領域との間のイントロン;および図8(配列番号1)のおよそヌクレオチド961〜1078に対応するヒトIgG1、または図9(配列番号3)のおよそヌクレオチド953〜1070に対応する変異ヒトIgG4のヒンジ領域とC2との間のイントロンを含む。上記イントロンの2つ、3つ、4つのイントロンまたは1つを除く全てまでのイントロンの組み合わせを含む、上記イントロンの任意の組み合わせが欠失され得る。いくつかの実施態様において、H鎖定常領域の3つのイントロン、例えば、C1とヒンジ領域との間、ヒンジ領域とC2との間、およびC2とC3との間のイントロンが欠失される。いくつかの実施態様において、核酸分子は、本明細書において開示するヒトIgG1またはIgG4の、1つ以上のエキソンヌクレオチド配列、および1つ以上(しかし、全てではない)のイントロンヌクレオチド配列、または実質的にそれと同一の配列を含む。関連する実施態様において、核酸分子は、本明細書において開示するヒトIgG1またはIgG4の、1つ以上(しかし、全てではない)のイントロンヌクレオチド配列、または実質的にそれと同一の配列における欠失を有する。
1つの実施態様において、改変核酸分子は、図10(配列番号5)に示すヒトIgG1をコードするヌクレオチド配列、あるいは実質的にそれと同一の配列(例えば、配列番号5と少なくとも85%、90%、95%もしくは99%同一の配列、または配列番号5のヌクレオチド配列と比較して、1、5、10、50もしくはそれ以上のヌクレオチドの変化を有する配列)を含む。
別の実施態様において、改変核酸分子は、図11(配列番号6)に示す改変ヒトIgG4のヌクレオチド配列、あるいは実質的にそれと同一の配列(例えば、配列番号6と少なくとも85%、90%、95%もしくは99%同一の配列、または配列番号6のヌクレオチド配列と比較して、1、5、10、50またはそれ以上のヌクレオチドの変化を有する配列)を含む。
改変核酸分子は、L鎖およびH鎖抗体または免疫グロブリン配列をコードするヌクレオチド配列を含み得る。そのような配列は、同じ核酸分子(例えば、同じ発現ベクター)中に存在し得るか、あるいは別の核酸分子(例えば、別の発現ベクター)から発現され得る。代表的には、コードされる抗体もしくは免疫グロブリンまたはそのフラグメントは、少なくとも1つ、好ましくは2つの全長H鎖および少なくとも1つ、好ましくは2つのL鎖を含み得る。あるいは、コードされる免疫グロブリンまたはそのフラグメントは、1つの抗原結合フラグメント(例えば、Fab、F(ab’)2、Fvまたは単鎖Fvフラグメント)のみを含み得る。抗体またはそのフラグメントは、モノクローナルまたは単一特異性抗体であり得る。抗体またはそのフラグメントはまた、ヒト、ヒト化、キメラ、CDRグラフト(CDR−grafted)またはインビトロ生成抗体であり得る。さらに他の実施態様において、抗体は、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgDおよびIgEから選択される、より特定すると、例えばIgG1、IgG2、IgG3およびIgG4から選択されるH鎖定常領域を有する。別の実施態様において、抗体は、例えばκまたはλから選択されるL鎖を有する。
別の実施態様において、核酸分子は、可変領域、例えばヒト化、キメラ、CDRグラフトまたはインビトロ生成可変領域を含む。代表的には、可変領域は、事前に決定された抗原、例えば障害(例えば神経変性障害または悪性障害)に関連する抗原に特異的に結合する。
1つの実施態様において、障害は神経変性障害であり、抗体はアミロイドタンパク質、例えばAβペプチド(例えば、ヒトAβペプチド)に結合する。例えば、抗体はマウス抗体(例えば、マウス抗Aβ3D6抗体)由来の1つ以上の相補性決定領域(CDR)を含むH鎖およびL鎖可変領域を有するAβペプチドに対するヒト化抗体であり得る。ヒト化抗体の可変領域は、代表的には、ヒトまたは実質的にヒトのフレームワーク領域を含む。1つの実施態様において、核酸分子は、ヒト化抗Aβペプチド抗体のH鎖およびL鎖可変領域を含む。
別の実施態様において、障害は悪性またはガン障害であり、抗体は悪性細胞(例えば、固形ガン細胞)に関連する細胞表面タンパク質、例えば5T4タンパク質に結合する。5T4タンパク質は、ガン腫、特に直腸結腸および胃の転移ガンにおいて広く発現している72kDaの糖タンパク質である。いくつかの実施態様において、抗体は、マウス抗体由来の1つ以上の相補性決定領域(CDR)を含むH鎖およびL鎖可変領域を有する5T4タンパク質に対するヒト化抗体である。1つの実施態様において、核酸分子は、ヒト化抗5T4抗体のH鎖およびL鎖可変領域を含む。
別の態様において、本発明は1つ以上の上記改変核酸分子を含むベクター(例えば、発現ベクター)を特徴とする。ベクターは、以下の1つ以上を増強するヌクレオチド配列をさらに含み得る:宿主細胞における複製、選択、mRNA転写、mRNA安定性、タンパク質発現またはタンパク質分泌。例えば、ベクターは、複製またはエンハンサー発現を担うヌクレオチド配列、エンハンサープロモーターエレメント、リーダー配列をコードするヌクレオチド配列、選択マーカー(例えば、DHFR)をコードする遺伝子、配列内リボソーム進入部位配列(IRES)およびポリアデニル化配列を含み得る。
別の態様において、本発明は、上記核酸分子および/またはベクター(例えば、発現ベクター)の1つを含む、細胞、例えば真核生物宿主細胞、例えば哺乳動物宿主細胞(例えば、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞)を提供する。細胞は、本発明の核酸配列を用いて一過性にまたは安定にトランスフェクトされ得る。
別の実施態様において、本発明は、参照、例えば、天然ゲノム配列と比較して減少したレベル(例えば、実質的に含まない)の誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー産物を有する組換えタンパク質またはペプチド(例えば、抗体)の発現の増強方法、あるいは組換えタンパク質またはペプチド(例えば、抗体)の発現方法を提供する。この方法は、宿主細胞、例えば哺乳動物宿主細胞(例えば、CHO細胞)中に、本明細書に記載の核酸分子を導入する工程;組換えタンパク質またはペプチドの発現を可能にする条件下で宿主細胞を培養して、宿主細胞の培養物を産生する工程;および所望により宿主細胞の培養物(例えば、宿主細胞上清)から組換えタンパク質またはペプチドを得る(例えば、精製する)工程を包含する。
方法は、核酸サンプルおよびプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、サンプルを、イントロン配列および隣接エキソン配列に相補的な、あるいは隣接エキソン配列に相補的な核酸プローブと、接触させ;生じた複合体(例えば、プローブ配列のPCR増幅による)を検出することによる、核酸サンプル(例えば、宿主細胞由来のmRNAサンプル)におけるIRTまたはIRT産物を同定する(例えば、検出および/またはそのレベルを決定する)工程をさらに包含し得る。イントロン配列に相補的な核酸プローブを含むサンプルにおける複合体(例えば、PCR増幅産物)の検出は、IRTまたはIRT産物の出現を示す。IRT産物のレベルは、例えば実施例1に記載のように定量し得る。
別の態様において、標準参照(例えば、天然ゲノム配列)と比較して減少した(例えば、実質的に含まない)イントロンリードスルー(IRT)H鎖副産物を有する抗体またはそのフラグメントの産生方法が提供される。この方法は、本明細書に記載の核酸分子および所望により抗体L鎖をコードする核酸分子を含む細胞、例えば哺乳動物細胞(例えば、CHO細胞)を、H鎖およびL鎖が発現され、所望により作動的に関連するような条件下で培養する工程を包含する。抗体またはそのフラグメントは、所望により、細胞培養物から精製される。代表的には、抗体またはそのフラグメントは、減少した誤スプライシングまたはイントロンリードスルー(IRT)H鎖副産物を有する。
方法は、サンプル(例えば、宿主細胞由来のmRNAサンプル)におけるIRTまたはIRT産物のレベルを検出および/または決定する工程;核酸サンプルおよびプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、サンプルを、イントロンおよび隣接エキソン配列に相補的な、あるいは隣接エキソン配列に相補的な核酸プローブと接触させる工程;生じた複合体(例えば、プローブ配列のPCR増幅による)を検出する工程をさらに包含し得る。イントロン配列に相補的な核酸プローブを含むサンプルにおける複合体(例えば、PCR増幅産物)の検出は、IRTまたはIRT産物の出現を示す。IRT産物のレベルは、例えば実施例1に記載のように定量され得る。
別の態様において、本発明は、配列から少なくとも1つのイントロンを欠失させることにより、ゲノムH鎖配列から発現されるイントロンリードスルー(IRT)抗体H鎖副産物を減少させる方法を提供する。ここで、イントロンはIRTを促進する。
別の態様において、本発明は、サンプル、例えば核酸サンプルにおけるIRTまたはIRT産物を同定(例えば、検出および/またはそのレベルを決定)する方法を特徴とする。この方法は以下の工程を包含する:核酸サンプル、例えば細胞(例えば、組換え細胞(例えば、本明細書に記載の宿主細胞)由来のmRNAサンプル)を得る工程;核酸サンプルおよびプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、核酸サンプルを、イントロンおよび隣接エキソン配列に相補的な、あるいは隣接エキソン配列に相補的な核酸プローブと接触させる工程;生じた複合体(例えば、プローブ配列のPCR増幅による)を検出する工程をさらに包含し得る。イントロン配列に相補的な核酸プローブを含むサンプルにおける複合体(例えば、PCR増幅産物)の検出は、IRTまたはIRT産物の出現を示す。IRT産物のレベルは、例えば実施例1に記載のように定量がされ得る。
別の態様において、本発明は、本明細書に開示する方法により産生される、参照(例えば、天然ゲノム配列)と比較して、減少した(例えば、実質的に含まない)誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー産物を有する抗体(例えば、組換え抗体)、またはそのフラグメントを特徴とする。1つの実施態様において、抗体またはそのフラグメントは、キメラ、ヒト化、CDRグラフトまたはインビトロ生成抗体である。代表的には、抗体またはそのフラグメントは、事前に決定された抗原、例えば障害(例えば、神経変性障害または悪性障害に関連する抗原に、特異的に結合する可変領域を有する。
別の態様において、本発明は、参照(例えば、天然ゲノム配列)と比較して、減少した(例えば、実質的に含まない)誤スプライシングおよび/またはイントロンリードスルー産物を有する組換えタンパク質またはペプチド(例えば、抗体)および医薬上許容される担体を含む組成物(例えば、医薬組成物)を提供する。これら組成物は、治療用途(例えば、神経変性障害および悪性障害の処置を含む)に適切である。
本発明のその他の特徴および利点は、以下の発明の詳細な説明および請求の範囲から明らかとなる。
発明の詳細な説明
発現ベクターの設計および構築において、いくつかのアプローチを取り得、合理的なレベルのタンパク質が産生される前に、プロセスは代表的には実質的な試行錯誤実験を必要とする。設計プロセスにおける重大な考慮は、ベクターの構築におけるイントロン配列の使用に関する。1つのアプローチにおいて、イントロン配列およびエキソン配列両方の完全な相補物を含んで、遺伝子配列全体を、天然のままに利用し得る。そのような場合、細胞内の転写後スプライシング機構がイントロン配列を切り出して、遺伝子のエキソン配列のみを含む成熟mRNAを生じることが予想される。第2のアプローチは、遺伝子のcDNAに対応する配列のみを利用することである。この場合、スプライシング事象は起こらず、そしてプレmRNA配列はタンパク質コード内容においてmRNA配列と実質的に同じであることが予測される。さらなる第3の場合に、ベクター構築は、通常はもとの遺伝子配列と関連しないイントロンの選択および配置を含む。
ベクターの関連での遺伝子の発現に対するイントロン配列の効果は、完全には理解されていない。イントロンが、転写速度、ポリアデニル化、mRNA輸送、翻訳効率およびmRNA分解を含むタンパク質産生のプロセスにおけるいくつかの事象をもたらし得ることが報告されている(Nott et al (2003) RNA 9:607−617)。mRNA発現の関連では、ベクターからのタンパク質の収量についてのイントロンの結果に関する予測可能性の明るい道筋はない。例えば、種々のイントロン配列を含めることが、mRNA発現の大きな増加を引き起こす、効果を有しない、または減少させる可能性があることが様々に報告されている(Berg et al. (1988) Mol. Cell. Biol. 8:4395−4405; Bourdon et al. (2001) EMBO Rep. 2:394−398)。大部分の高等真核生物遺伝子はイントロンを含むので、高レベルで、および望まれないリードスルー副産物の非存在下で遺伝子のエキソン配列に対する密接な忠実度を有してイントロン含有遺伝子を予測可能に発現するために使用され得る系の開発は、明らかにタンパク質発現系の予測可能な開発の助けとなる。
イントロン配列に関係した予測不可能性が信頼性のある発現ベクターの設計に対する障害となっているが、目的のタンパク質が遺伝子工学技術に馴染みやすいモジュール形態を有する場合に、重大な設計の利益が実現され得る。抗体は、イントロン配列を含めることが発現ベクターの設計を容易にする1つのそのような例を提供する。
本明細書および請求の範囲において使用する特定の用語を以下に定義する。
用語「イントロンリードスルー」(「IRT」)は、それによってプレmRNA転写物の異常なスプライシングが異なる大きさまたはアミノ酸構成のタンパク質またはペプチドを生じるプロセスを示す。誤スプイライシング転写物から産生される最終的なタンパク質に関して種々の結果が生じ得る。例えば、予測より大きなタンパク質または不正確な終止コドンを有するタンパク質が生じ得る。この場合、タンパク質はそれぞれ予測より長くまたは短くあり得る。さらに、タンパク質はまた、グリコシル化、ミリストイル化、リン酸化、ユビキチン化または他の翻訳後修飾のためのタンパク質修飾を促進する不正確なまたはさらなる残基を有し得る。
用語「イントロンリードスルー副産物」は、イントロンリードスルーから生じる異常にスプライスされたmRNAから翻訳されるタンパク質またはペプチド(例えば、予測されない大きさまたはアミノ酸構成のタンパク質)をいう。イントロンリードスルー副産物は、遺伝子の既知のアミノ酸配列によって予測される、および/または遺伝子のcDNAによって予測されるポリペプチドより短くまたは長くあり得る。イントロンリードスルー副産物はまた、遺伝子の正確にスプライスされたmRNAから生じるタンパク質の認められた分子量とは異なる見かけの分子量を有し得る。さらに、用語「イントロンリードスルー副産物」は、目的のタンパク質と通常は関連しないタンパク質分解プロセシング事象から生じるタンパク質を含み、タンパク質分解プロセシングはイントロン−エキソンジャンクションのリード−スルーに起因するフレームシフトタンパク質産物から潜在的に生じる。
用語「H鎖副産物」は、イントロンリードスルーから生じる異常にスプライスされた免疫グロブリンH鎖mRNAから翻訳されるポリペプチド(例えば、予測されない大きさまたはアミノ酸構成のH鎖タンパク質)をいう。H鎖副産物は、免疫グロブリン遺伝子の既知のアミノ酸配列によって予測される、および/または遺伝子のcDNAによって予測されるポリペプチドより短くまたは長くあり得る。H鎖副産物はまた、H鎖遺伝子の正確にスプライスされたmRNAから生じるタンパク質の認められた分子量とは異なる見かけの分子量を有し得る。さらに、用語「H鎖副産物」は、タンパク質と通常は関連しないタンパク質分解プロセシング事象から生じるポリペプチドを含む。
用語「天然配列」または「天然ゲノム配列」は、その天然のまたは未変性の状態で見出される遺伝子のイントロンおよびエキソンの構成をいう。天然配列は、配列のイントロンおよびエキソンの構成が保持される限り、例えばその天然の染色体位置で、またはベクター中にクローン化されて見出され得る。
用語「免疫グロブリン」または「抗体」(本明細書において互換的に使用される)は、2つのH鎖および2つのL鎖からなる4ポリペプチド鎖構造を有するタンパク質をいい、鎖は、例えば鎖間ジスルフィド結合により安定化され、ここで免疫グロブリンまたは抗体は抗原に特異的に結合する能力を有する。
用語「単鎖免疫グロブリン」または「単鎖抗体」(本明細書において互換的に使用される)は、H鎖およびL鎖からなる2ポリペプチド鎖構造を有するタンパク質をいい、鎖は、例えば鎖間ペプチドリンカーによって安定化され、ここで免疫グロブリンまたは抗体は抗原に特異的に結合する能力を有する。
用語「免疫グロブリンまたは抗体ドメイン」は、例えばβプリーツシートおよび/または鎖内ジスルフィド結合により安定化されたペプチドループを含む(例えば、3〜4個のペプチドループを含む)H鎖またはL鎖ポリペプチド内の球状領域をいう。ドメインをさらに本明細書において「定常」または「可変」という。ここで、用語「定常」は、「定常」ドメインの場合の種々のクラスメンバーのドメイン内での配列多様性の相対的欠如をいい、用語「可変」は、「可変」ドメインの場合の種々のクラスメンバーのドメイン内の有意な多様性をいう。抗体またはポリペプチドの「ドメイン」は、抗体またはポリペプチドの「領域」と当該分野においてしばしば互換的に言及される。抗体L鎖の「定常」ドメインは、「L鎖定常領域」、「L鎖定常ドメイン」、「C」領域または「C」ドメインと互換的に言及される。抗体H鎖の「定常」ドメインは、「H鎖定常領域」、「H鎖定常ドメイン」、「C」領域または「C」ドメインと互換的に言及される。抗体L鎖の「可変」ドメインは、「L鎖可変領域」、「L鎖可変ドメイン」、「V」領域または「V」ドメインと互換的に言及される。抗体H鎖の「可変」ドメインは、「H鎖定常領域」、「H鎖定常ドメイン」、「V」領域または「V」ドメインと互換的に言及される。
用語「領域」もまた、抗体鎖または抗体鎖ドメインの一部または部分(例えば、本明細書において定義するH鎖もしくはL鎖の一部もしくは部分、または定常もしくは可変領域の一部もしくは部分)、ならびに上記鎖またはドメインのより分離した一部または部分をいう。例えば、L鎖およびH鎖またはL鎖およびH鎖可変ドメインは、本明細書において定義する「フレームワーク領域」または「FR]に散在する「相補性決定領域」または「CDR」を含む。
免疫グロブリンまたは抗体は、単量体または重合体形態で存在し得る。例えば、IgM抗体は五量体形態で存在し、そして/あるいはIgA抗体は単量体、二量体または多量体形態で存在する。用語「フラグメント」は、インタクトなまたは完全な抗体または抗体鎖より少ないアミノ酸残基を含む抗体または抗体鎖の一部または部分をいう。フラグメントは、インタクトなまたは完全な抗体または抗体鎖の化学的または酵素的処理を介して得ることができる。フラグメントはまた、組換え手段により得ることができる。例示的なフラグメントは、Fab、Fab’、F(ab’)、Fabcおよび/またはFvフラグメントを含む。用語「抗原結合フラグメント」は、抗原と結合するかまたはインタクトな抗体と(すなわち、フラグメントが由来するインタクトな抗体と)抗原結合(すなわち、特異的結合)について競合する免疫グロブリンまたは抗体のポリペプチドフラグメントをいう。
用語「立体構造」は、タンパク質またはポリペプチド(例えば、抗体、抗体鎖、そのドメインまたは領域)の三次構造をいう。例えば、用語「L鎖(またはH鎖)立体構造」は、L鎖(またはH鎖)可変領域の三次構造をいい、そして用語「抗体立体構造」または「抗体フラグメント立体構造」は、抗体またはそのフラグメントの三次構造をいう。用語「立体構造」はまた、1つまたはいくつかのタンパク質またはペプチド鎖の三次元関係から生じる四次構造をいってもよい。抗原決定基との関係において、用語「立体構造エピトープ」は、近接して存在する1つまたはいくつかのタンパク質内のアミノ酸の特異的な空間的配置を含む抗原決定基をいう。抗体の多機能性質(すなわち、IgG分子が1つより多いタンパク質分子上のいくつかのエピトープに同時に結合する能力)を考慮すると、抗体は、いくつかのアミノ酸鎖によって構成される立体構造エピトープに結合する本来的能力を有していると考えられ得る。例えば、斑を形成するAβの沈着は、1つの抗体がいくつかの近接して配置されたAβペプチドに結合し得る立体構造エピトープを提供する。
結合フラグメントは、組換えDNA技術によって、またはインタクトな免疫グロブリンの酵素的もしくは化学的切断によって産生される。結合フラグメントは、Fab、Fab’、F(ab’)、Fabc、Fv、単鎖および単鎖抗体を含む。「二重特異性」または「二機能性」免疫グロブリンまたは抗体以外では、免疫グロブリンまたは抗体は、その結合部位の各々を同一にしていると理解される。「二重特異性」または「二機能性抗体」は、2つの異なるH鎖/L鎖対および2つの異なる結合部位を有する人工的なハイブリッド抗体である。二重特異性抗体は、ハイブリドーマの融合またはFab’フラグメントの結合を含む、種々の方法によって産生し得る。例えば、以下を参照のこと、Songsivilai & Lachmann, Clin. Exp. Immunol. 79:315−321 (1990); Kostelny et al., J. Immunol. 148, 1547−1553 (1992)。
用語「有意な同一性」は、2つの配列(例えば、2つのポリペプチド配列)をデフォルトギャップウェイト(default gap weights)を用いてプログラムGAPまたはBESTFITによって至適に整列させた場合に、少なくとも50〜60%の配列同一性、好ましくは少なくとも60〜70%の配列同一性、より好ましくは少なくとも70〜80%の配列同一性、より好ましくは少なくとも80〜90%の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも90〜95%の配列同一性、そしてさらにより好ましくは少なくとも95%以上の配列同一性(例えば、99%以上の配列同一性)を共有することを意味する。用語「実質的な同一性」または「実質的に同一」は、2つの配列(例えば、2つのポリペプチド配列)が、例えばデフォルトギャップウェイトを用いてプログラムGAPまたはBESTFITによって至適に整列させた場合に、少なくとも80〜90%の配列同一性、好ましくは少なくとも90〜95%の配列同一性、より好ましくは少なくとも95%以上の配列同一性(例えば、99%以上の配列同一性)を共有することを意味する。配列比較のために、代表的には1つの配列が参照配列として作用し、それに対して試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験および参照配列はコンピューターに入力され、配列座標が指定され(必要であれば)、そして配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。次いで、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメーターに基づいて、参照配列に比較しての試験配列についての配列同一性の割合を算出する。
比較のための配列の至適アラインメントは、例えばSmith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)の局所相同性アルゴリズムによって、Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)の相同性アライメントアルゴリズムによって、Pearson & Lipman, Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)の類似性探索方法によって、これらのアルゴリズムのコンピューター化インプリメンテーション(the Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group,575 Science Dr., Madison, WI中のGAP、BESTFIT、 FASTAおよびTFASTA)、または目視の精査(一般に、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biologyを参照のこと)により行われ得る。配列同一性および配列類似性の割合を決定するために適切なアルゴリズムの一例は、BLASTアルゴリズムであり、これはAltschul et al., J. Mol. Biol. 215:403 (1990)に記載されている。BLAST分析を実行するためのプログラムは、the National Center for Biotechnology Information(the National Institutes of Health NCBIインターネットサーバーを通じて公にアクセス可能である)を通じて、公に利用可能である。代表的には、デフォルトプログラムパラメーターを使用して配列比較を実行し得るが、カスタマイズされたパラメーターも使用し得る。アミノ酸配列については、BLASTPプログラムはデフォルトとして3のワード長(W)、10の期待値(E)、BLOSUM62スコアリングマトリックスを使用する(Henikoff & Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915 (1989)を参照のこと)。
好ましくは、同一ではない残基位置は、保存的アミノ酸置換で異なる。アミノ酸置換を保存的または非保存的として分類する目的で、アミノ酸は以下のようにグループ分けされる:グループI(疎水性側鎖):leu、met、ala、val、leu、ile;グループII(中性親水性側鎖):cys、ser、thr;グループIII(酸性側鎖):asp、glu;グループIV(塩基性側鎖):asn、gln、his、lys、arg;グループV(鎖配向に影響を及ぼす残基):gly、pro;およびグループVI(芳香族側鎖):trp、tyr、phe。保存的置換は、同じクラス中のアミノ酸間での置換を含む。非保存的置換は、これらのクラスの1つのメンバーを別のクラスのメンバーと交換することを構成する。
抗体
本発明の方法は、望ましくないまたは所望されない副産物が検出される種々の抗体産生プロセスにおいて適用可能である。特に、この方法は産生される抗体の配列が既知である組換え抗体(例えば、キメラおよびヒト化モノクローナル抗体)の産生において適用可能である。
用語「ヒト化免疫グロブリン」または「ヒト化抗体」は、少なくとも1つのヒト化免疫グロブリンまたは抗体鎖(すなわち、少なくとも1つのヒト化L鎖またはH鎖)を含む免疫グロブリンまたは抗体をいう。用語「ヒト化免疫グロブリン鎖」または「ヒト化抗体鎖」(すなわち、「ヒト化免疫グロブリンL鎖」または「ヒト化免疫グロブリンH鎖」)は、実質的にヒト免疫グロブリンまたは抗体由来の可変フレームワーク領域および実質的に非ヒト免疫グロブリンまたは抗体由来の相補性決定領域(CDR)(例えば、少なくとも1つのCDR、好ましくは2つのCDR、より好ましくは3つのCDR)を含み、そして定常領域(例えば、L鎖の場合は少なくとも1つの定常領域またはその部分、そしてH鎖の場合は好ましくは3つの定常領域)をさらに含む可変領域を有する免疫グロブリンまたは抗体鎖(すなわち、それぞれL鎖またはH鎖)をいう。用語「ヒト化可変領域」(例えば、「ヒト化L鎖可変領域」または「ヒト化H鎖可変領域」)は、実質的にヒト免疫グロブリンまたは抗体由来の可変フレームワーク領域、および実質的に非ヒト免疫グロブリンまたは抗体由来の相補性決定領域(CDR)を含む可変領域をいう。
用語「実質的にヒト免疫グロブリンまたは抗体由来」あるいは「実質的にヒト」は、比較目的のためにヒト免疫グロブリンまたは抗体アミノ酸配列に対して整列させた場合に、領域がヒトフレームワークまたは定常領域配列と少なくとも80〜90%、90〜95%または95〜99%の同一性(すなわち、局所配列同一性)を共有することを意味する(例えば、保存的置換、コンセンサス配列置換、生殖系列置換、逆突然変異などを考慮して)。保存的置換、コンセンサス配列置換、生殖系列置換、逆突然変異などを、しばしばヒト化抗体または鎖の「至適化」という。用語「実質的に非ヒト免疫グロブリンまたは抗体由来」あるいは「実質的に非ヒト」は、非ヒト生物(例えば、非ヒト哺乳動物)の配列と少なくとも80〜95%、好ましくは少なくとも90〜95%、より好ましくは96%、97%、98%または99%同一の免疫グロブリンまたは抗体配列を有すること意味する。
従って、ヒト化免疫グロブリンもしくは抗体の、またはヒト化免疫グロブリンもしくは抗体鎖の全ての領域または残基は、おそらくCDRを除いて、1つ以上の天然ヒト免疫グロブリン配列の対応する領域または残基と実質的に同一である。用語「対応する領域」または「対応する残基」は、第1および第2の配列が比較目的のために至適に整列された場合、第1のアミノ酸またはヌクレオチド配列上の領域または残基と同じ(すなわち、等価な)位置を占める第2のアミノ酸またはヌクレオチド配列上の領域または残基をいう。
好ましくは、ヒト化免疫グロブリンまたは抗体は、対応する非ヒト化抗体の親和性の3、4または5の係数以内の親和性で抗原と結合する。例えば、非ヒト化抗体が10−1の結合親和性を有する場合、ヒト化抗体は少なくとも3×10−1、4×10−1または5×10−1の結合親和性を有する。免疫グロブリンまたは抗体鎖の結合特性を記載する場合、鎖はその「直接抗原(例えば、Aβまたは5T4)結合」の能力に基づいて記載され得る。インタクトな免疫グロブリンもしくは抗体(またはその抗原結合フラグメント)に特異的結合特性または結合親和性を与える場合に、鎖は「直接抗原結合」といわれる。変異を欠く等価の鎖を含む抗体(またはその抗原結合フラグメント)の結合親和性と比較して、その鎖を含むインタクトな免疫グロブリンもしくは抗体(またはその抗原結合フラグメント)の結合親和性に少なくとも1桁の影響を及ぼす(例えば、減少させる)場合に、変異(例えば、逆突然変異)はH鎖またはL鎖の直接抗原結合の能力に実質的に影響を及ぼすといわれる。変異を欠く等価の鎖を含む抗体(またはその抗原結合フラグメント)の結合親和性の2、3または4の係数のみで、その鎖を含むインタクトな免疫グロブリンもしくは抗体(またはその抗原結合フラグメント)の結合親和性に影響を及ぼす(例えば、減少させる)場合に、変異は「実質的に鎖の直接抗原結合の能力に影響を及ぼさない(例えば、減少させない)」。
用語「キメラ免疫グロブリン」または抗体は、その可変領域が第1の種に由来し、その定常領域が第2の種に由来する免疫グロブリンまたは抗体をいう。キメラ免疫グロブリンまたは抗体を、例えば遺伝子工学によって、異なる種に属する免疫グロブリン遺伝子セグメントから構築することができる。用語「ヒト化免疫グロブリン」または「ヒト化抗体」は、本明細書において定義するキメラ免疫グロブリンまたは抗体を含むことは意図されない。ヒト化免疫グロブリンまたは抗体は、その構築においてキメラである(すなわち、1つより多い種のタンパク質由来の領域を含む)が、これらは本明細書において定義するキメラ免疫グロブリンまたは抗体においては見出されないさらなる特徴(すなわち、ドナーCDR残基およびアクセプターフレームワーク残基を含む可変領域)を含む。
そのようなキメラおよびヒト化モノクローナル抗体は、当該分野において公知の組換えDNA技術によって、例えば以下に記載される方法を使用して産生することができる:Robinson et al. 国際出願第PCT/US86/02269号; Akira, et al. 欧州特許出願第184,187号; Taniguchi, M., 欧州特許出願第171,496号; Morrison et al. 欧州特許出願第173,494号; Neuberger et al. PCT国際公開第WO 86/01533号; Cabilly et al. 米国特許第4,816,567号; Cabilly et al. 欧州特許出願第125,023号; Better et al. (1988) Science 240:1041−1043; Liu et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:3439−3443; Liu et al. (1987) J. Immunol. 139:3521−3526; Sun et al. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:214−218; Nishimura et al. (1987) Canc. Res. 47:999−1005; Wood et al. (1985) Nature 314:446−449; Shaw et al. (1988) J. Natl. Cancer Inst. 80:1553−1559); Morrison, S. L. (1985) Science 229:1202−1207; Oi et al. (1986) BioTechniques 4:214; Winter 米国特許第5,225,539号; Jones et al. (1986) Nature 321:552−525; Verhoeyan et al. (1988) Science 239:1534;およびBeidler et al. (1988) J. Immunol. 141:4053−4060。
改変された(例えば、抗体の他の部分(例えば、定常領域)を欠失、付加または置換することにより)モノクローナル、キメラおよびヒト化抗体もまた本発明の範囲内にある。例えば、抗体は以下のように改変され得る:(i)定常領域を別の定常領域(例えば、抗体の半減期、安定性または親和性を増加させることが意図される定常領域、または別の種もしくは抗体クラス由来の定常領域)に置換することによる;あるいは(ii)改変のため、定常領域中の1つ以上のアミノ酸を改変して、例えば、とりわけグリコシル化部位の数、エフェクター細胞機能、Fc受容体(FcR)結合、補体固定を変化させることによる。抗体の定常領域を変化させる方法は当該分野において公知である。変化した機能(例えば、エフェクターリガンド(例えば、細胞上のFcR)、または補体のC1成分に対する変化した親和性)を有する抗体は、抗体の定常部分中の少なくとも1つのアミノ酸残基を異なる残基に置換することにより産生され得る(例えば、EP 388,151 A1、U.S. Pat. No. 5,624,821およびU.S. Pat. No. 5,648,260(その全ての内容を出典明示で援用する)を参照のこと)。マウスまたは他の種の免疫グロブリンに適用した場合にその機能を低下または除去する類似型の変化が記載され得る。
例えば、抗体(例えば、IgG(例えば、ヒトIgG))のFc領域のFcR(例えば、FcγR1)に対する、またはC1q結合に対する親和性を、特定の残基を適切な官能性をその側鎖上に有する残基で置換することにより、あるいは荷電した官能基(例えば、グルタミン酸もしくはアスパラギン酸)、またはおそらく芳香族非極性残基(例えば、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファンもしくはアラニン)を導入することにより変化させることが出来る(例えば、U.S. Pat. No. 5,624,821を参照のこと)。
トランスジェニック動物およびファージディスプレイ由来のヒト抗体
あるいは、免疫に際して、内在性免疫グロブリン産生の非存在下でヒト抗体の全レパートリーを産生し得るトランスジェニック動物(例えば、マウス)を作製することが現在可能である。例えば、キメラおよび生殖系列変異マウスにおける抗体H鎖結合領域(J)遺伝子のホモ接合型欠失は、内在性抗体産生の完全な阻害を生じることが記載されている。ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子アレイのそのような生殖系列変異マウス中の移入は、抗原チャレンジに際してのヒト抗体の産生を生じる。例えば、U.S. Patent Nos. 6,150,584; 6,114,598;および5,770,429を参照のこと。
完全ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリーに由来し得る(Hoogenboom et al., J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581−597 (1991))。
二重特異性抗体、抗体融合ポリペプチドおよび単鎖抗体
二重特異性抗体(BsAb)は、少なくとも2つの異なるエピトープに対する結合特異性を有する抗体である。そのような抗体は、全長抗体または抗体フラグメントに由来し得る(例えば、F(ab)’二重特異性抗体)。二重特異性抗体の作製方法は、当該分野において公知である。全長二重特異性抗体の伝統的な産生は、2つの免疫グロブリンH鎖−L鎖対の同時発現に基づき、ここで2つの鎖は異なる特異性を有する(Millstein et al., Nature, 305:537−539 (1983))。免疫グロブリンH鎖およびL鎖のランダムな取り合わせのために、これらのハイブリドーマ(クアドローマ)は、異なる抗体分子の潜在的な混合物を産生する(WO 93/08829およびTraunecker et al., EMBO J., 10:3655−3659 (1991)を参照のこと)。
二重特異性抗体はまた、架橋または「ヘテロコンジュゲート」抗体を含む。例えば、へヘテロコンジュゲート中の抗体の1つはアビジンと結合され得、他方はビオチンまたはその他のペイロードと結合され得る。ヘテロコンジュゲート抗体は、任意の好適な架橋法を使用して作製され得る。適切な架橋剤は当該分野において周知であり、U.S. Pat. No. 4,676,980中にいくつかの架橋技術とともに開示されている。
さらに別の実施態様において、抗体はペイロードドメイン(例えば、免疫毒素)に化学的または遺伝子的に融合され、抗体融合ポリペプチドを産生し得る。そのようなペイロードは、例えば免疫毒素、化学療法剤および放射性同位体を含み、その全ては当該分野において周知である。
単鎖抗体もまた本発明による安定化に適切である。フラグメントは、L鎖可変ドメイン(V)にリンカーを用いて連結されたH鎖可変ドメイン(V)を含み、リンカーは、各可変領域が互いに連係し、VおよびV領域が由来する親抗体の抗原結合ポケットを再生することを可能にする。Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照のこと。
抗Aβ抗体
一般に、本発明の抗体は、Aβペプチドを標的化することにより、アミロイド形成疾患、特にアルツハイマー病を処置するための抗体を含む。
用語「アミロイド形成疾患」は、不溶性アミロイド線維の形成または沈着に関係する(またはそれにより引き起こされる)任意の疾患を含む。例示的なアミロイド形成疾患は、限定するものではないが、全身性アミロイド症、アルツハイマー病、成人発症型糖尿病、パーキンソン病、ハンチントン病、前頭側頭型認知症およびプリオン関連感染性海綿状脳症(ヒトにおけるクールーおよびクロイツフェルト・ヤコブ病、ならびにそれぞれヒツジおよびウシにおけるスクレイピーおよびBSE)を含む。異なるアミロイド形成疾患は、沈着した線維のポリペプチド成分の性質によって定義または特徴付けされる。例えば、アルツハイマー病を有する対象または患者において、βアミロイドタンパク質(例えば、野生型、改変体または切断型βアミロイドタンパク質)は、特徴的なアミロイド沈着のポリペプチド成分である。従って、アルツハイマー病は、例えば対象または患者の脳における、「Aβの沈着によって特徴づけられる疾患」または「Aβの沈着に関連する疾患」の例である。用語「βアミロイドタンパク質」、「βアミロイドペプチド」、「βアミロイド」、「Aβ」および「Aβペプチド」は、本明細書において互換的に使用される。
「免疫原性因子」または「免疫原」は、哺乳動物への投与に際して(所望によりアジュバンドと組み合わせて)それ自体に対する免疫応答を誘発し得る。
用語「Aβ抗体」、「抗Aβ抗体」および「抗Aβ」は本明細書において互換的に使用され、APP、Aβタンパク質またはその両方の1つ以上のエピトープまたは抗原決定基に結合する抗体をいう。例示的なエピトープまたは抗原決定基は、ヒトアミロイド前駆体タンパク質(APP)内に見出され得るが、好ましくはAPPのAβペプチド内に見出される。APPの複数のアイソフォーム、例えばAPP695、APP751およびAPP770が存在する。APP内のアミノ酸には、APP770アイソフォームの配列に従って番号が割り当てられている(例えば、GenBank Accession No. P05067を参照のこと)。Aβ(本明細書においてβアミロイドペプチドおよびAβとも言う)ペプチドは、APPの39〜43アミノ酸の約4kDaの内部フラグメントである(Aβ39、Aβ40、Aβ41、Aβ42およびAβ43)。例えば、Aβ40はAPPの残基672〜711からなり、そしてAβ42はAPPの残基672〜713からなる。インビボまたはインサイチュにおける異なるセクレターゼ酵素によるAPPのタンパク質分解プロセシングの結果、Aβは「短形態」(長さ40アミノ酸)、および「長形態」(長さ42〜43アミノ酸の範囲)の両方で見出される。エピトープまたは抗原決定基は、AβペプチドのN末端内に位置し得、Aβのアミノ酸1〜10内、好ましくはAβ42の残基1〜3、1〜4、1〜5、1〜6、1〜7、2〜7、3〜6もしくは3〜7由来またはAβの残基2〜4、5、6、7もしくは8、Aβの残基3〜5、6、7、8もしくは9、またはAβ42の残基4〜7、8、9もしくは10内の残基を含む。「中央」エピトープまたは抗原決定基は、Aβペプチドの中央または中部内に位置し、Aβのアミノ酸16〜24、16〜23、16〜22、16〜21、19〜21、19〜22、19〜23または19〜24内の残基を含む。「C末端」エピトープまたは抗原決定基は、AβペプチドのC末端内に位置し、Aβのアミノ酸33〜40、33〜41または33〜42内の残基を含む。
種々の実施態様において、Aβ抗体は末端特異的である。本明細書において使用する用語「末端特異的」は、AβペプチドのN末端またはC末端残基に特異的に結合するが、この残基を含むより長いAβ種またはAPP中に存在する場合は、同じ残基を認識しない抗体をいう。
種々の実施態様において、Aβ抗体は「C末端特異的」である。本明細書において使用する用語「C末端特異的」は、Aβペプチドの遊離C末端を特異的に認識する抗体を意味する。C末端特異的Aβ抗体の例は以下を含む:残基40で終結したAβペプチドを認識するが、残基41、42および/または43で終結したAβペプチドは認識しない抗体;残基42で終結したAβペプチドは認識するが、残基40、41および/または43で終結したAβペプチドは認識しない抗体;など。
1つの実施態様において、抗体は3D6抗体もしくはその改変体、または10D5抗体もしくはその改変体であり、その両方が米国特許公開2003/0165496A1、米国特許公開2004/0087777A1、国際特許公開WO02/46237A3に記載されている。3D6および10D5の記載は、例えば、国際特許公開WO02/088306A2および国際特許公開WO02/088307A2においても見出され得る。3D6は、ヒトβアミロイドペプチド中に位置するN末端エピトープ、詳細には残基1〜5に特異的に結合するモノクローナル抗体(mAb)である。これに比較して、10D5は、ヒトβアミロイドペプチド中に位置するN末端エピトープ、詳細には残基3〜6に特異的に結合するmAbである。別の実施態様において、抗体は、米国特許公開20040082762A1および国際特許公開WO03/077858A2に記載の12B4抗体またはその変異体であり得る。12B4は、ヒトβアミロイドペプチド中に位置するN末端エピトープ、詳細には残基3〜7に特異的に結合するmAbである。さらに別の実施態様において、抗体は、米国特許出願10/858,855および国際特許出願PCT/US04/17514に記載の12A11抗体またはその変異体であり得る。12A11は、ヒトβアミロイドペプチド中に位置するN末端エピトープ、詳細には残基3〜7に特異的に結合するmAbである。さらに別の実施態様において、抗体は、米国特許出願10/789,273および国際特許出願WO01/62801A2に記載の266抗体であり得る。本発明における使用のために、ヒトβアミロイドペプチド中に位置するC末端エピトープに特異的に結合するよう設計された抗体は、限定するものではないが、米国特許5,786,160に記載の369.2Bを含む。
例示的な実施態様において、抗体は、選択的にAβペプチドに結合するヒト化抗Aβペプチド3D6抗体である。より詳細には、ヒト化抗Aβペプチド3D6抗体は、脳中の斑沈着物において(例えば、アルツハイマー病に罹患している患者において)見出されるヒトβアミロイド1〜40または1〜42ペプチド中に位置するNH末端エピトープに特異的に結合するよう設計されている。
抗5T4抗体
5T4抗原は以前に特徴付けられている(例えば、WO 89/07947を参照のこと)。ヒト5T4の全核酸配列は公知である(Myers et al. (1994) J Biol Chem 169: 9319−24およびGenBank Accession No. Z29083)。他の種由来の5T4抗原の配列もまた公知である(例えば、マウス5T4(WO00/29428)、イヌ5T4(WO01/36486)またはネコ5T4(US 05/0100958))。
ヒト5T4は、ガン腫において広く発現されているが、正常成人組織においては高度に制限された発現パターンを有する約72kDaの糖タンパク質である。これは、結腸直腸ガンおよび胃ガンにおける転移と強く相関しているようである。5T4抗原の発現はまた、高頻度で乳ガンおよび卵巣ガンにおいて見出される(Starzynska et al. (1998) Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. 10:479−84; Starzynska et al. (1994) Br. J. Cancer 69:899−902; Starzynska et al. (1992) Br. J. Cancer 66:867−9)。5T4は、可能な機構的関与を有して、腫瘍の進行および転移潜在能力のマーカーとして提案されている(Carsberg et al. (1996) Int J Cancer 68:84−92)。5T4はまた、免疫療法剤としての使用が提案されている(WO 00/29428を参照のこと)。5T4の抗原ペプチドは、例えばUS 05/0100958(その内容を出典明示で援用する)に開示されている。
いくつかの係属中の出願は、一般に、抗5T4モノクローナル抗体をコードする核酸、そのベクターおよび宿主細胞に関する(例えば、米国出願公開2003/0018004および2005/0032216、ならびに米国出願10/016,686)。一般に、ヒト化抗5T4 H8モノクローナル抗体およびそのカリチアマイシンコンジュゲートならびにこれらのカリチアマイシンコンジュゲートを使用した処置方法に関係する仮特許出願が出願されている(米国出願60/608,494)。これら全出願の全ての内容を、出典明示で援用する。
Fc融合物
いくつかの実施態様において、本発明の核酸分子は、融合またはキメラタンパク質をコードする。融合タンパク質は、標的化部分(例えば、可溶性レセプターフラグメントまたはリガンド)、ならびに免疫グロブリン鎖、Fcフラグメント(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgDおよびIgEを含む種々のアイソタイプのH鎖定常領域)を含む。例えば、融合タンパク質は、レセプターの細胞外領域、および例えばそれに融合して、ヒト免疫グロブリンFc鎖(例えば、ヒトIgG、例えば、ヒトIgG1もしくはヒトIgG4、またはその変異形態)を含み得る。1つの実施態様において、ヒトFc配列は1つ以上のアミノ酸において変異される(例えば、野生型配列から残基254および257において変異されて、Fcレセプター結合が低下される)。融合タンパク質は、第1の部分を第2の部分(例えば、免疫グロブリンフラグメント)に連結するリンカー配列をさらに含み得る。例えば、融合タンパク質は、例えば、約4〜20、より好ましくは5〜10アミノ酸長のペプチドリンカーを含み得る;ペプチドリンカーは8アミノ酸長である。例えば、融合タンパク質は、式(Ser−Gly−Gly−Gly−Gly)y(ここでyは1、2、3、4、5、6、7または8である)を有するペプチドリンカーを含み得る。他の実施態様において、さらなるアミノ酸配列を融合タンパク質のNまたはC末端に付加して、発現、立体的可撓性、検出および/または単離もしくは精製を容易にし得る。
本発明のキメラまたは融合タンパク質は、標準的な組換えDNA技術により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするDNAフラグメントを、例えば以下を用いることにより従来技術に従ってインフレームで一緒に結合する:ライゲーションのための平滑末端またはねじれ型末端、適切な末端を提供する制限酵素消化、適切な付着末端のフィルイン、所望されない連結を回避するアルカリホスファターゼ処理、および酵素的ライゲーション。別の実施態様において、自動DNA合成機を含む従来技術によって融合遺伝子を合成し得る。あるいは、2つの連続した遺伝子フラグメント間で相補的なオーバーハングを生じ、この遺伝子フラグメントが次いでアニールされ、そして再増幅されて、キメラ遺伝子配列を生じ得るアンカープライマーを使用して、遺伝子フラグメントのPCR増幅を行い得る(例えば、Ausubel et al. (編) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, 1992を参照のこと)。さらに、融合部分(例えば、免疫グロブリンH鎖のFc領域)をコードする多くの発現ベクターが市販されている。免疫グロブリン融合ポリペプチドは当該分野において公知であり、例えば、U.S. Pat. Nos. 5,516,964; 5,225,538; 5,428,130; 5,514,582; 5,714,147;および5,455,165に記載されている。
核酸分子、構築物およびベクター
本発明の例示的な実施態様は、望ましくないまたは所望されない副産物、特に、望ましくないまたは所望されない抗体(または免疫グロブリン)副産物を除去するよう設計された、加工された構築物を特徴とする。特定の態様において、構築物は天然抗体遺伝子配列の成分を含み、ここでこの成分は、得られる構築物が望ましくないまたは所望されない副産物の非存在下で目的の所望のタンパク質(例えば、抗体)を発現するように、遺伝子的に変化、改変または加工(例えば、遺伝子操作)されている。構築物は、下記で詳細に記載するような、組換え核酸分子(例えば、免疫グロブリン鎖遺伝子の成分を含む)を産生するための当該分野で認識されている技術を使用して生成し得る。
抗体遺伝子配列は、IgG(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgA1、IgA2、IgDまたはIgEを含む種々のアイソタイプの抗体をコードする。好ましくは、抗体遺伝子配列は、IgGアイソタイプである抗体をコードする。コードされる免疫グロブリンまたは抗体分子は、全長(例えば、IgG1またはIgG4免疫グロブリン)を含み得、あるいはフラグメント(例えば、Fcフラグメント)のみを含み得る。
本発明の抗体をコードするヌクレオチド配列が、遺伝コードおよび標準的な分子生物学技術を使用して、本願中に記載されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列に、または当該分野において公知の免疫グロブリン遺伝子の配列のさらなる供給源に由来し得ることが当業者によって理解される。本発明の核酸組成物は公知の免疫グロブリンDNA(例えば、cDNA配列)に由来し得る。特に、ヌクレオチド配列は、天然V、D、Jまたは定常cDNA配列と実質的に同一であるかまたはそれに由来し得る。H鎖およびL鎖定常領域遺伝子の配列は、当該分野において公知である。好ましくは、定常領域はヒトであるが、他の種、例えば齧歯類(例えば、マウスもしくはラット)、霊長類(マカク)、ラクダまたはウサギ由来の定常領域も使用され得る。これらの種由来の定常領域は当該分野において公知であり(例えば、Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91−3242を参照のこと)、これらの領域を含むDNAフラグメントは、標準的なPCR増幅により得ることができる。H鎖定常領域は、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgMまたはIgD定常領域であり得る。H鎖定常領域の配列は当該分野において公知であり、例えば、NCBI NG_001019において見出され得る。代表的な実施態様において、定常領域はIgG1またはIgG4定常領域である。FcフラグメントH鎖遺伝子については、FcをコードするDNAを直接発現のためにH鎖リーダー配列(例えば、H鎖可変鎖リーダー配列)に作動可能に連結し得る。
本発明のさらなる態様は、組み立てられた(assembled)免疫グロブリンDNAカセット配列を含む。組み立てられた免疫グロブリンカセット配列は、免疫グロブリンDNAカセットヌクレオチド配列によってコードされるヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を含む。
例示的なヒトIgG1定常領域ゲノム配列を以下に提供する:
GTGAGTCCTGTCGACTCTAGAGCTTTCTGGGGCAGGCCAGGCCTGACTTTGGCTGGGGGCAGGGAGGGGGCTAAGGTGACGCAGGTGGCGCCAGCCAGGCGCACACCCAATGCCCATGAGCCCAGACACTGGACGCTGAACCTCGCGGACAGTTAAGAACCCAGGGGCCTCTGCGCCCTGGGCCCAGCTCTGTCCCACACCGCGGTCACATGGCACCACCTCTCTTGCAGCCTCCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAAAGTTGGTGAGAGGCCAGCACAGGGAGGGAGGGTGTCTGCTGGAAGCCAGGCTCAGCGCTCCTGCCTGGACGCATCCCGGCTATGCAGTCCCAGTCCAGGGCAGCAAGGCAGGCCCCGTCTGCCTCTTCACCCGGAGGCCTCTGCCCGCCCCACTCATGCTCAGGGAGAGGGTCTTCTGGCTTTTTCCCCAGGCTCTGGGCAGGCACAGGCTAGGTGCCCCTAACCCAGGCCCTGCACACAAAGGGGCAGGTGCTGGGCTCAGACCTGCCAAGAGCCATATCCGGGAGGACCCTGCCCCTGACCTAAGCCCACCCCAAAGGCCAAACTCTCCACTCCCTCAGCTCGGACACCTTCTCTCCTCCCAGATTCCAGTAACTCCCAATCTTCTCTCTGCAGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGGTAAGCCAGCCCAGGCCTCGCCCTCCAGCTCAAGGCGGGACAGGTGCCCTAGAGTAGCCTGCATCCAGGGACAGGCCCCAGCCGGGTGCTGACACGTCCACCTCCATCTCTTCCTCAGCACCTGAACTCCTGGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGTGGGACCCGTGGGGTGCGAGGGCCACATGGACAGAGGCCGGCTCGGCCCACCCTCTGCCCTGAGAGTGACCGCTGTACCAACCTCTGTCCCTACAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGTAAATGA (配列番号1)
例示的なIgG4定常領域ゲノム配列を以下に提供する:
GTGAGTCCTGTCGACTCTAGAGCTTTCTGGGGCAGGCCAGGCCTGACTTTGGCTGGGGGCAGGGAGGGGGCTAAGGTGACGCAGGTGGCGCCAGCCAGGCGCACACCCAATGCCCATGAGCCCAGACACTGGACGCTGAACCTCGCGGACAGTTAAGAACCCAGGGGCCTCTGCGCCCTGGGCCCAGCTCTGTCCCACACCGCGGTCACATGGCACCACCTCTCTTGCAGCCTCCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACCTACACCTGCAATGTAGATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGGTGAGAGGCCAGCACAGGGAGGGAGGGTGTCTGCTGGAAGCCAGGCTCAGCCCTCCTGCCTGGACGCACCCCGGCTGTGCAGCCCCAGCCCAGGGCAGCAAGGCAGGCCCCATCTGTCTCCTCACCTGGAGGCCTCTGACCACCCCACTCATGCTCAGGGAGAGGGTCTTCTGGATTTTTCCACCAGGCTCCGGGCAGCCACAGGCTGGATGCCCCTACCCCAGGCCCTGCGCATACAGGGGCAGGTGCTGCGCTCAGACCTGCCAAGAGCCATATCCGGGAGGACCCTGCCCCTGACCTAAGCCCACCCCAAAGGCCAAACTCTCCACTCCCTCAGCTCAGACACCTTCTCTCCTCCCAGATCTGAGTAACTCCCAATCTTCTCTCTGCAGAGTCCAAATATGGTCCCCCATGCCCACCATGCCCAGGTAAGCCAACCCAGGCCTCGCCCTCCAGCTCAAGGCGGGACAGGTGCCCTAGAGTAGCCTGCATCCAGGGACAGGCCCCAGCCGGGTGCTGACGCATCCACCTCCATCTCTTCCTCAGCACCTGAGTTCCTGGGGGGACCATCAGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGTGGGACCCACGGGGTGCGAGGGCCACATGGACAGAGGTCAGCTCGGCCCACCCTCTGCCCTGGGAGTGACCGCTGTGCCAACCTCTGTCCCTACAGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCAGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGA (配列番号3)
抗体産生
本発明の抗体は、代表的には、組換え発現により産生される。L鎖およびH鎖をコードする核酸は、発現ベクター中に挿入され得る。L鎖およびH鎖は、同じまたは異なる発現ベクター中にクローン化され得る。免疫グロブリン鎖をコードするDNAセグメントは、免疫グロブリンポリペプチドの発現を確実にする発現ベクター中の制御配列に作動可能に連結される。発現制御配列は、限定するものではないが、プロモーター(例えば、天然に関連したまたは異種のプロモーター)、シグナル配列、エンハンサーエレメントおよび転写終結配列を含む。好ましくは、発現制御配列は、真核生物宿主細胞(例えば、COSまたはCHO細胞)を形質転換またはトランスフェクトし得るベクター中の真核生物プロモーター系である。
上記のような本発明のポリペプチドを提供するための単離された遺伝子材料の操作の後に、遺伝子は代表的には、宿主細胞中への導入のために発現ベクター中に挿入される。この宿主細胞を使用して所望の量の改変抗体を産生し得、この抗体は次いで本発明のポリペプチドを提供する。用語「ベクター」は、しばしば核酸(例えば、遺伝子)を含み、そしてさらに核酸の複製、転写、安定性および/または宿主細胞からのタンパク質の発現もしくは分泌に必要な最小エレメントを含む核酸構築物を含む。このような構築物は、染色体外エレメントとして存在し得るか、または宿主細胞のゲノム中に組み込まれ得る。
用語「発現ベクター」は、核酸構築物が所望のタンパク質産物の高レベル発現のために至適化されている特定の型のベクターを含む。発現ベクターは、特定の細胞型における高レベルの転写のために至適化され、そして/または特定の誘発剤の使用に基づいて発現が構成性であるよう至適化されている転写調節因子(例えば、プロモーターおよび/またはエンハンサーエレメント)をしばしば有する。発現ベクターはさらに、タンパク質の適正なおよび/または増強された翻訳をもたらす配列を有する。当業者に公知であるように、そのようなベクターは、プラスミド、ファージ、ウイルスおよびレトロウイルスからなる群より容易に選択され得る。用語「発現カセット」は、遺伝子を含み、そして遺伝子に加えて宿主細胞における遺伝子の適正なおよび/または増強された発現を可能にするエレメントを有する核酸構築物を含む。
用語「作動可能に連結」は、成分が、それらに意図されるように機能することを可能にする関係にある(例えば、機能的に連結される)近位を含む。例えば、目的のポリヌクレオチドに作動可能に連結しているプロモーター/エンハンサーは、プロモーター/エンハンサーによって指令される発現を活性化する条件下で、目的のポリヌクレオチドの発現が達成されるように、ポリヌクレオチドに結合されている。本明細書に記載する発明に関しては、作動可能な連結はまた、目的の遺伝子の1次転写産物(プレmRNA)に見出されるスプライスドナーおよびスプライスアクセプター部位の関係を含む。通常、スプライスアクセプターおよびドナー部位は、スプライシング事象が起こって成熟メッセンジャーRNAが生じるために、2つの配列が一緒に必要とされそして機能するという点で、作動可能に連結されている。
発現ベクターは、代表的には、エピソームとしてまたは宿主染色体DNAに組み込まれた部分としてのいずれかで宿主生物中で複製可能である。一般に、発現ベクターは選択マーカー(例えば、アンピシリン耐性、ハイグロマイシン耐性、テトラサイクリン耐性、カナマイシン耐性またはネオマイシン耐性)を含んで、所望のDNA配列を用いて形質転換された細胞の検出を可能にする(例えば、Itakura et al., 米国特許第. 4,704,362号を参照のこと)。免疫グロブリンDNAカセット配列、挿入配列および調節配列に加えて、本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞におけるベクターの複製を調節する配列(例えば、複製起点)および選択マーカー遺伝子のようなさらなる配列を保有し得る。選択マーカー遺伝子は、その中にベクターが導入された宿主細胞の選択を容易にする(例えば、U.S. Pat. Nos. 4,399,216、4,634,665および5,179,017(全てAxel et al)を参照のこと)。例えば、代表的には、選択マーカー遺伝子は、その中にベクターが導入された宿主細胞に対して、G418、ハイグロマイシンまたはメトトレキセートのような薬剤に対する耐性を与える。好ましい選択マーカー遺伝子は、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)遺伝子(dhfr宿主細胞において、メトトレキセート選択/増幅とともに使用するため)およびneo遺伝子(G418選択のため)を含む。
一旦ベクターが適切な宿主中に取り込まれると、宿主はヌクレオチド配列の高レベル発現ならびに所望の抗体の収集および精製に適切な条件下で維持される。哺乳動物細胞は、本発明の抗体の発現および産生のために好ましい。例えば、Winnacker, From Genes to Clones, VCH Publishers, N.Y., N.Y. (1987)を参照のこと。異種タンパク質(例えば、インタクトな免疫グロブリン)を分泌し得るいくつかの適切な宿主細胞株が当該分野において開発されているので真核生物細胞が好ましく、CHO細胞株、種々のCOS細胞株、HeLa細胞、好ましくはミエローマ細胞株、またはトランスフォームB細胞もしくはハイブリドーマを含む。好ましくは、細胞は非ヒトである。本発明の抗体を発現させるために好ましい哺乳動物宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO細胞)(DHFR選択マーカー(例えば、Kaufman and Sharp (1982) Mol. Biol. 159:601−621に記載)とともに使用されるdhfr CHO細胞(Urlaub and Chasin (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216−4220に記載)を含む)、リンパ球系細胞株(例えば、NSOミエローマ細胞およびSP2細胞)、COS細胞、ならびにトランスジェニック動物由来の細胞(例えば、乳腺上皮細胞)を含む。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
これら細胞のための発現ベクターは、発現制御配列(例えば、複製起点、プロモーターおよびエンハンサー)(Queen et al., Immunol. Rev. 89:49 (1986))、ならびに必要なプロセシング情報部位(例えば、リボソーム結合部位、RNAスプライス部位、ポリアデニル化部位および転写ターミネーター配列)を含み得る。好ましい発現制御配列は、免疫グロブリン遺伝子、SV40、アデノウイルス、ウシパピローマウイルス、サイトメガロウイルスなど由来のプロモーターである。例えば、Co et al., (1992) J. Immunol. 148:1149を参照のこと。哺乳動物宿主細胞発現のための好ましい調節配列は、FF−1aプロモーターおよびBGHポリA、サイトメガロウイルス(CMV)(例えば、CMVプロモーター/エンハンサー)、サルウイルス40(SV40)(例えば、SV40プロモーター/エンハンサー)、アデノウイルス(例えば、アデノウイルス主要後期プロモーター(AdMLP))ならびにポリオーマ由来のプロモーターおよび/またはエンハンサーのような、哺乳動物細胞における高レベルのタンパク質発現を指令するウイルスエレメントを含む。ウイルス調節エレメントおよびその配列のさらなる記載については、StinskiによるU.S. Pat. No. 5,168,062、Bell et alによるU.S. Pat. No. 4,510,245およびSchaffner et alによるU.S. Patent. No. 4,968,615を参照のこと。例示的な実施態様において、抗体H鎖およびL鎖遺伝子は、エンハンサー/プロモーター調節エレメント(例えば、CMVエンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメントまたはSV40エンハンサー/AdMLPプロモーター調節エレメントのようなSV40、CMV、アデノウイルスなどに由来する)に作動可能に連結されて、遺伝子の高レベルの転写を駆動する。本発明の例示的な実施態様において、構築物は、配列内リボソーム進入部位(IRES)を含んで、真核生物宿主細胞における本発明の相対的に高レベルのポリペプチドを提供する。適合性IRES配列はU.S. Pat. No. 6,193,980(これもまた出典明示で援用する)に開示されている。
あるいは、抗体コード配列を、トランスジェニック動物のゲノム中への導入およびその後のトランスジェニック動物の乳汁における発現のためにトランスジーン中に組み込み得る(例えば、Deboer et al., US 5,741,957、Rosen, US 5,304,489およびMeade et al., US 5,849,992を参照のこと)。適切なトランスジーンは、乳腺特異性遺伝子(例えば、カゼインまたはβラクトグロブリン)由来のプロモーターおよびエンハンサーと作動可能に連結しているL鎖および/またはH鎖のコード配列を含む。
原核生物宿主細胞もまた、本発明の抗体を産生するために適切であり得る。大腸菌は、本発明のポリヌクレオチド(例えば、DNA配列)をクローン化するために特に有用な1つの原核生物宿主細胞である。使用に適切な他の微生物宿主は、桿菌(例えば、枯草菌)、腸内細菌科(例えば、大腸菌属、サルモネラおよびセラチア)ならびに種々のシュードモナス種を含む。これら原核生物宿主においても発現ベクターを作製し得、その発現ベクターは代表的には宿主細胞と適合性の発現制御配列(例えば、複製起点)を含む。さらに、任意のいくつかの種々の周知のプロモーター(例えば、ラクトースプロモーター系、トリプトファン(trp)プロモーター系、βラクタマーゼプロモーター系またはラムダファージ由来のプロモーター系)が存在する。プロモーターは代表的には発現を制御し(所望によりオペレーター配列とともに)、そして転写および翻訳を開始および完了するためにリボソーム結合部位配列などを有する。
原核生物におけるタンパク質の発現は、大腸菌において、融合または非融合のいずれかのタンパク質の発現を指令する構成性または誘導性プロモーターを含むベクターを用いて最もよく行われる。融合ベクターは、そこにコードされる抗体に、しばしば組換え抗体の定常領域に、抗体の特異性または抗原認識に影響を及ぼすことなく、いくつかのアミノ酸を付加する。融合ペプチドのアミノ酸の付加は、抗体にさらなる機能(例えば、マーカー(例えば、ミック(myc)またはフラッグ(flag)のようなエピトープタグ)を付加し得る。
酵母のような他の微生物もまた発現のために有用である。サッカロミセスは好ましい酵母宿主であり、適切なベクターは発現制御配列(例えば、プロモーター)、複製起点、終止配列などを所望により有する。代表的なプロモーターは、3−ホスホグリセリン酸キナーゼおよびその他の解糖系酵素を含む。誘導性酵母プロモーターは、とりわけ、アルコールデヒドロゲナーゼ、イソシトクロムCならびにマルトースおよびガラクトース利用を担う酵素に由来するプロモーターを含む。
あるいは、本発明の抗体は、トランスジェニック植物(例えば、タバコ、トウモロコシ、ダイズおよびアルファルファ)において産生され得る。改良された「プランチボディー(plantibody)」ベクター(Hendy et al. (1999) J. Immunol. Methods 231:137−146)および精製ストラテジーは、形質転換可能な作物種の増加とともに、そのような方法を、組換え免疫グロブリン(ヒトおよび動物の治療用のみならず、産業適用用も(例えば、触媒抗体))の実用的かつ効率的な産生手段にする。さらに、植物産生抗体は安全および有効であることが示されており、動物由来の材料およびそれゆえ感染性海綿状脳症(TSE)因子の混入の危険性を回避する。さらに、植物および哺乳動物細胞産生抗体のグリコシル化パターンの差異は、抗原の結合もしくは特異性に対する影響をほとんどまたは全く有しない。さらに、植物由来分泌性二量体IgA抗体の局所経口適用を受けた患者において、毒性またはHAMAの証拠は観察されていない(例えば、Larrick et al. (1998) Res. Immunol. 149:603−608を参照のこと)。
トランスジェニック植物において組換え抗体を発現させるために、種々の方法が用いられ得る。例えば、抗体H鎖およびL鎖は独立して発現ベクター(例えば、アグロバクテリウム・チュメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)ベクター)中にクローン化され得、組換え細菌を用いるインビトロでの植物組織の形質転換、または、例えばベクターでコートされた粒子(これは次いで、例えば弾道(ballistics)を使用して植物組織中に物理的に導入される)を使用する直接的形質転換がそれに続く。次いで、個々の鎖を発現する全植物が再構成され、性的交配がそれに続き、最終的に完全に組み立てられた機能性の抗体の産生が得られる。同様のプロトコルが、タバコ植物において機能性抗体を発現させるために使用されている(例えば、Hiatt et al. (1989) Nature 342:76−87を参照のこと)。種々の実施態様において、鎖を適切な植物環境(例えば、アポプラズム(apoplasm)の水性環境または塊茎、果実もしくは種子を含む他の特異的な植物組織)に方向付けることにより、組み立てられていない抗体鎖の発現、結合および折りたたみを促進するためにシグナル配列が利用され得る(Fiedler et al. (1995) Bio/Technology 13:1090−1093を参照のこと)。植物バイオリアクターもまた、抗体収率を増加させるため、および有意にコストを低下させるために使用し得る。
適切な宿主細胞は、Goeddel (1990) Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Calif.においてさらに考察されている。あるいは、組換え発現ベクターは、例えばT7プロモーター調節配列およびT7ポリメラーゼを使用して、インビトロにおいて転写および翻訳され得る。
目的のポリヌクレオチド配列(例えば、H鎖およびL鎖コード配列ならびに発現制御配列)を含むベクターは周知の方法(細胞宿主の型に依存して変動する)により宿主細胞中に移入され得る。例えば、塩化カルシウムトランスフェクションが原核生物細胞のために一般に利用されており、一方、リン酸化カルシウム処理、エレクトロポレーション、リポフェクション、遺伝子銃またはウイルスに基づくトランスフェクションが他の細胞宿主のために使用され得る(一般に、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Press, 2nd ed., 1989を参照のこと)(その全体を全ての目的のために出典明示で援用する)。哺乳動物細胞を形質転換するために使用される他の方法は、ポリブレンの使用、プロトプラスト融合、リポソーム、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションを含む(一般に、Sambrook et al.,(前出)を参照のこと)。トランスジェニック動物の作製のために、トランスジーンは、受精卵母細胞中へマイクロインジェクトされ得るか、または胚性幹細胞のゲノム中に組み込まれ得、そしてそのような細胞の核は、除核卵母細胞中へ移入される。
H鎖およびL鎖が別の発現ベクターにクローン化される場合、ベクターはインタクトな免疫グロブリンの発現および組み立てを得るために同時トランスフェクトされる。一旦発現されると、抗体全体、その二量体、独立したL鎖およびH鎖または本発明の他の免疫グロブリン形態が、硫酸アンモニウム沈殿、アフィニティーカラム、カラムクロマトグラフィー、HPLC精製、ゲル電気泳動などを含む当該分野の標準的な手順に従って精製され得る(一般に、Scopes, Protein Purification (Springer−Verlag, N.Y., (1982)を参照のこと)。医薬用途のために少なくとも約90〜95%の均質性の実質的に純粋な免疫グロブリンが好ましく、98〜99%またはそれ以上の均質性が最も好ましい。
本発明よって産生された免疫グロブリンまたは抗体分子は、誘導体化され得るかまたは別の機能性分子(例えば、別のペプチドまたはタンパク質)に結合され得る。従って、抗体および抗体の部分または本明細書に記載の本発明の抗体の他の改変形態は、研究、診断および/または治療の関連での使用のためにさらに誘導体化され得る。例えば、本発明の抗体または抗体の部分は、1つ以上の他の分子物体(例えば、別の抗体(例えば、二重特異性抗体もしくはジアボディ(diabody))、検出可能薬剤、細胞毒性薬剤、医薬薬剤および/または別の分子(例えば、ストレプトアビジンコア領域もしくはポリヒスチジンタグ)と抗体または抗体の部分の会合を媒介し得るタンパク質またはペプチドと機能的に結合(化学結合、遺伝子融合、非共有性の会合またはその他により)され得る。
誘導体化抗体の1つの型は、2つ以上の抗体(同一の型のまたは異なる型の、例えば、二重特異性抗体を作製するために)を架橋することにより産生される。適切な架橋剤は、適切なスペーサーによって分離された2つの異なる反応性基を有するヘテロ二機能性のもの(例えば、m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル)またはホモ二機能性のもの(例えば、ジスクシンイミジルスベレート)のものを含む。そのようなリンカーは、Pierce Chemical Company, Rockford, ILから入手可能である。
例示的な蛍光検出可能薬剤は、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、5−ジメチルアミン−1−ナフタレンスルホニルクロリド、フィコエリトリンなどを含む。抗体はまた、検出可能な酵素(例えば、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、P−ガラクトシダーゼ、アセチルコリンエステラーゼ、グルコースオキシダーゼなど)とともに誘導体化され得る。抗体が検出可能な酵素とともに誘導化される場合、抗体は、酵素が使用して検出可能な反応産物を産生するさらなる試薬を添加することにより検出される。例えば、検出可能な薬剤である西洋ワサビペルオキシダーゼが存在する場合、過酸化水素およびジアミノベンジジンの添加が、検出可能な呈色反応産物を導く。抗体はまた、補欠分子族(例えば、ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/ビオチン)とともに誘導体化され得る。例えば、抗体はビオチンとともに誘導体化され得、アビジンまたはストレプトアビジン結合の間接的測定を通じて検出され得る。適切な蛍光物質の例は、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンを含み;発光物質の例は、ルミノールを含み;生物発光物質の例は、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンを含み、適切な放射性物質の例は、125I、131I、35SまたはHを含む。抗体(またはそのフラグメント)はまた、治療用部分(例えば、細胞毒素または他の治療用タンパク質)に結合され得る。あるいは、Segal、米国特許第4,676,980号に記載のように、抗体は第2の抗体に結合されて、抗体ヘテロコンジュゲートを形成し得る。
望ましくないポリペプチド副産物を減少または除去するための発現ベクター
治療用タンパク質のためのタンパク質発現系の開発の間に、精製された標的産物のHPLC分析は、ペプチドの予想外の低分子量(LMW)種を同定した。より詳細には、所望されないポリペプチド副産物が、3D6抗体を発現させるために開発されたCHO(チャイニーズハムスター卵巣)細胞株において観察された。この抗体は他所において記載されており、アルツハイマー病の処置に有用な免疫療法剤を開発する努力の結果である。この抗体は、A−βペプチドに対する特異性を有しており、A−β斑の浄化において有効であることが実証されている。CHO細胞株は当該分野において許容された方法を使用して開発され、発現カセット含有細胞の選択的培養のための遺伝子に加えて、3D6抗体のH鎖およびL鎖のコピーを含んでいた。
いくつかの細胞株のクローン単離物の検討は、LMV種の産生が利用されクローンに特異的な現象ではない、すなわち試験された細胞株の全てにおいて産生された総タンパク質の微量な画分が予想外のLMW種のものであることを実証した。タンパク質発現が誘導されると、総タンパク質に対して相対的なLMW種の画分が増加することがさらに観察された。質量分析を使用したポリペプチドのさらなる評価は、LMW種が、遺伝子のエキソン配列によっては予測されないアミノ酸を含むことを示した。
図1の上部パネルは、3D6 H鎖発現カセットを模式的に示し、イントロンおよびエキソンの関係ならびに配列内リボソーム進入部位(IRES)およびジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)選択マーカー遺伝子の位置を示す。示されるエキソンは、可変H鎖(V1)、ヒンジおよび定常H鎖1、2および3(C1、C2、C3)である。発現カセットのイントロンは、Int1、Int2、Int3およびInt4と示されている。図1はさらに、発現カセットに由来するmRNAについての予測される適正なスプライシング事象を示す。中部パネルは、バイシストロン性転写物のイントロン配列のみを含む適正にスプライスされたmRNAを示す。
発現ベクター中のイントロンおよびエキソン配列の精査ならびに質量分析データは、特異的スプライス部位ジャンクションのRNAポリメラーゼイントロンリードスルー(IRT)を示した。発現ベクター中に含まれるイントロンおよびエキソンならびにスプライスドナー部位およびアクセプター部位の構成は、遺伝子の本来のゲノム形態中に存在するものと実質的に同一であったので、誤スプライシング事象は予測可能でなかった。
図1の下部パネルは、第4イントロンのイントロンリードスルーによって生じる予測産物を示す。図2は、3D6抗体発現ベクターのゲノム配列の第4イントロンの領域におけるDNA配列のセンスおよびアンチセンス鎖を示す配列情報を提供する。スプライスジャンクション(スプライスドナーおよびアクセプター部位)は、核酸配列に対して垂直な垂直線によって示される。イントロン配列に対応するDNAには下線を付し、斜体で示す。所望のリード−スルー副産物ポリペプチドについて予測されるアミノ酸は、ゲノムDNAのアンチセンス鎖の下に示される。適正にスプライスされたRNAに由来するポリペプチドのアミノ酸配列は、太字の大文字で示し;不適正にスプライスされたRNAに由来するポリペプチド副産物は、小文字で示す。
本発明は、イントロンリードスルー(IRT)および望ましくないポリペプチド副産物が実質的に減少されるかまたは完全に除去されるように、タンパク質発現カセットおよびベクターを設計するための材料および方法を記載する。一部では、本発明は新規なベクターの設計を提供する。ここで、目的のタンパク質をコードする単離された核酸におけるイントロンおよびエキソンの天然の作動的な関連が変化させられ、その結果IRTが減少または除去され、それにより望ましくないIRTポリペプチド種が減少または除去される。特有の変化は、IgG1またはIgG4抗体に特に適切であるが、目的の遺伝子のいずれにも使用し得る。さらに、天然の作動的関連が変化させられたイントロンおよびエキソンを有する本発明のベクターは、減少または除去されたIRT副産物のみならず、標準的な当該分野で認識される技術を使用して設計されたベクターに比較して上昇したタンパク質発現レベルも示す。
実施例
材料および方法
実施例を通じて、特に記載しない限り、下記文において例示される材料および方法を使用した。
一般に、本発明の実施には、分子生物学、組換えDNA技術および免疫学、特に例えば抗体技術における当該分野で認識される技術を用いる。例えば、下記を参照のこと:Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning:Cold Spring Harbor laboratory Press (1989); Antibody Engineering Protocols (Methods in Molecular Biology), 510, Paul, S., Human Press (1996);Antibody Engineering:A Practical Approach (Practical Approach Series, 169), McCafferty, Ed IRL Press (1996);Antibodies:A Laboratory Manual, Harlow et al Cold Spring Harbor Press, (1999);および Current Protocols in Molecular Biology eds. Ausubel et al John Wiley & Sons (1992)。
実施例1.イントロンリードスルー転写の定量
イントロンリードスルーに起因して形成された異常転写物の相対的な量を定量するために、定量的PCRアッセイを設計した。IRT転写を評価するためのアプローチを、図3に図式的に概説する。詳細には、定量的PCRアッセイを、PCR増幅を用いて目的の核酸種を定量するTaqMan(登録商標)システムを使用して案出した。産生されたイントロンリードスルーmRNAの画分を決定するために、3つのプローブプライマーセットを設計した。第1のプローブプライマーセットを、目的のイントロンと天然の作動的関連にあるエキソンの配列の転写のレベルを定量するために設計した。3D6 H鎖発現カセットの場合、3D6第2定常H鎖(C2)エキソンを含むmRNA種を標的化した。これにより、総3D6 mRNA産生の尺度が提供された。第2のプローブプライマーセットは、作動的関連にあるイントロンおよびエキソン(ここでは3D6発現カセットのC2エキソン−第4イントロンの境界線)にまたがった。このプローブプライマーセット由来の増幅は、5’末端スプライスドナー配列ならびにC2エキソンおよびイントロン4にまたがる配列を含むイントロンリードスルー転写物の存在を示した。第3のプローブプライマーセットは、第4のイントロンの配列を標的化した。このプローブセットは、内部イントロン4配列を含む不適正にスプライスされたRNAの画分の定量を提供した。
図4は、記載したプローブプライマーセットを使用したQ−PCRアッセイの結果を示す。簡潔に記載すると、安定に組み込まれた発現ベクターを含むCHO細胞を播種し、2週間培養物中に維持した。7日目に、タンパク質発現を増加させるために培養物を誘導した。実験の過程の間、細胞培養物のサンプルを溶解し、上記の段落に記載のC2エキソンに特異的なまたはイントロンに特異的なプローブおよびプライマーセットを使用したアッセイにおいてRNA含量を評価した。チャートは、誘導前の不適正にスプライスされたRNA産物の低いレベル、および誘導後経時的なイントロン4含有RNAの割合の増加を示す。ここに記載したQ−PCRの方法は、天然に作動的関連にあるイントロンおよびエキソンを含む特定の発現カセットが、イントロンリードスルー副産物を生じる可能性を予測する。
3D6抗体発現系のIRTを定量するための詳細を明示的に提供したが、この技術は、IRTの潜在性が存在する任意のタンパク質発現系において実行され得る。この新規のアプローチは、それゆえ、本発明のベクター(以下で詳細に記載する)が望ましくないIRTポリペプチド副産物の産生が回避されるように、特定の目的タンパク質のために採用されるべきかどうかを評価するために特に有用である。IRT転写が約0.1%〜1%より多い量の場合、変化させた天然作動的関連を用いるベクターを、所望のタンパク質を発現させるために用い得る。イントロンリードスルーmRNAを検出し、そしてそれゆえイントロンリードスルーポリペプチドを予測するための方法が、スプライシング事象が生じる任意のタンパク質発現系に適用可能であることは、当業者に容易に明らかである。例えば、この系は任意の真核生物細胞系(例えば、サッカロミセス(Saccharomyces)、ショウジョウバエ(Drosophila)、マウス、サル、ウサギ、ラットまたはヒト細胞に基づく系)で使用され得る。
実施例2.改変された天然作動的関連を有するイントロンおよびエキソンを有するベクター
イントロンおよびエキソンの天然作動的関連が改変された発現ベクターを案出した。2つの例示的なベクター配列を図5に示す。この図は、イントロンリードスルー副産物の問題を解決するために開発された発現構築物を示す。上部パネルは、可変領域(V)、3つの定常領域(C1、C2、C3)およびヒンジ領域のエキソンを含む一般的な抗体H鎖のゲノムイントロン−エキソン構成を図式的に示す。中部および下部の図は、イントロンリードスルーH鎖副産物を除去した発現ベクター中に組み込まれたゲノム配列への改変を記載する。
3D6 L鎖を発現するCHO細胞を、3D6抗体の完全なゲノムH鎖配列を用いて形質転換するか、またはイントロンおよびエキソンの天然作動的関連が改変された改変3D6 H鎖発現ベクターを用いて形質転換した。材料および方法に記載したタンパク質発現の目的のための標準的な技術を使用して細胞を培養した。抗体を、馴化上清から精製し、次いで変性逆相(RP)HPLCを使用して分画した(図6)。抗体のH鎖およびL鎖構成成分が分離されるようにカラムを流した。
上部の図(3D6ゲノムクローンタンパク質調製物の分画を表す)において、H鎖およびL鎖のピークは容易に明らかである。さらに、H鎖とL鎖との間に分画され、H鎖イントロンリードスルー産物に対応する小さなピークが見分けられ得る。
下部の図は、イントロンリードスルーの問題が軽減された発現系の例である。上部の図におけるように、L鎖およびH鎖のピークは明らかに存在している。しかし、IRTのレベルは検出限界より下まで減少している。この知見は、エキソンおよびイントロンの天然作動的関連が変化させられた他のベクターに拡張されている。例えば、図5に記載したHCΔIntron4配列は、同様にIRTを検出可能でないレベルまで減少させる。
実施例3.抗5T4コード配列の起源および説明
抗5T4 H8を、可溶性5T4に対するマウスモノクローナル抗体として得た。抗5T4 H8抗体を、CDRグラフト(V、DP75生殖系列フレームワーク;V DPK24生殖系列フレームワーク)によってヒト化し、可変領域をヒトIgG4H鎖定常ドメイン(Vドメインについては)、またはヒトκL鎖定常ドメイン(Vドメイン)を含むベクター中に適切にサブクローン化した。ヒト化抗体はhuH8という。ヒンジを安定化させる変異(Ser 241からPro)をヒトIgG4中に導入した。huH8 H鎖およびL鎖をコードする配列を、マウスCMVエンハンサー/プロモーターにより駆動され、そして選択マーカー遺伝子、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(H鎖発現ベクター)またはネオマイシン耐性(L鎖発現ベクター)を含む発現ベクター中に連結した。
実施例4.イントロンの除去はタンパク質発現を増加させる
抗体発現に対するイントロン除去の効果を決定するために、異なる数のイントロンを有するいくつかの抗体の発現構築物を作製した。ゲノム配列、cDNA配列、および3つのイントロン(すなわち、C1とヒンジ領域との間のイントロン、ヒンジ領域とC2との間のイントロン、およびC2とC3との間のイントロン)が欠失されたゲノム配列を含む3つの定常領域発現構築物を用いて、3つの異なる抗体、12A11v3.1、356A11およびhuH8の可変領域をそれぞれCHO細胞中で安定に発現させた。12A11v3.1およびhuH8のように弱い発現を与えた構築物について、3つのイントロンの除去または全てのイントロンの除去(すなわち、cDNA)は抗体発現の有意な増加を与えた。より詳細には、3つのイントロンを欠失した12A11v3.1用の構築物において、ゲノム配列に比較して約5倍の発現の増加が検出された。cDNA配列を有する12A11v3.1構築物は、ゲノム配列に比較して6倍を上回る発現の増加を示した。CHO細胞におけるhuH8抗体についての発現の増加は、ゲノム配列と比較して、3つのイントロンが欠失された構築物およびcDNA構築物についてそれぞれおよそ4倍および9倍であった。代表的には、良好に発現される抗体は、イントロンを欠失した配列とゲノム配列との間でCHO細胞発現における有意な変化を示さなかった。
上記の発明を、理解の明確さの目的のために詳細に記載したが、添付の請求の範囲内で特定の改変が行われ得ることは明らかである。本明細書において引例する全ての刊行物および特許文献ならびに図および配列表に見られる文を、それぞれが個別にそう示されているのと同じ程度まで全ての目的のためにその全体を出典明示で援用する。
図1は、3D6 IgG遺伝子を含む発現ベクターから転写される、予想されるプレmRNA(上部)ならびに正確にスプライスされたmRNA(中部)およびイントロンリードスルーmRNA(下部)を示す。 図2は、ゲノム5’および3’スプライスジャンクションを示す3D6 H鎖発現ベクターのC2およびC3定常領域(第4イントロンという)の間のイントロンにわたる核酸配列を示す(配列番号7)。正確(配列番号8)および不正確(配列番号9)にスプライスされたmRNA由来のポリペプチドの予測される部分アミノ酸配列もまた示す。RNAスプライスジャンクションを二重実線により示す。 図3は、3D6 H鎖遺伝子転写の全レベル(C2含有mRNA転写物のレベル)、およびイントロン4リードスルー転写のレベルを評価するために使用した定量的ポリメラーゼ連鎖反応(Q−PCR)プローブの模式図である。 図4は、培養時間およびタンパク質発現誘導に応答して増加した、イントロン4含有転写物の蓄積を示す棒グラフである。 図5は、3D6のイントロンおよびエキソンのゲノム配列、ならびにイントロンリードスルー転写を解決するために開発した発現ベクターにおいて使用される改変配列を示す。 図6は、改変発現ベクターを用いて形質転換された細胞株におけるイントロンリードスルーH鎖副産物の欠如を実証する逆相高速液体クロマトグラフィー(RP−HPLC)クロマトグラムを示す。 図7は、H鎖ゲノム構築物におけるイントロンおよびエキソンの配列、構築物、最後の3つのイントロン配列が欠失された構築物ならびにイントロンを含まないcDNA構築物を示す。 図8は、ヒトIgG1のゲノムヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列(それぞれ配列番号1および2)を示す。C1、ヒンジ領域、C2およびC3をコードするエキソンは、それぞれおよそヌクレオチド231〜524、916〜960、1079〜1408および1506〜1829に位置する(配列番号1)。Int1、Int2、Int3およびInt4は、それぞれおよそヌクレオチド1〜230、およそヌクレオチド525〜915、およそヌクレオチド961〜1078、およびおよそヌクレオチド1409〜1505に位置するヒトIgG1 H鎖ゲノム配列由来のイントロンに対応する(配列番号1)。 図9は、ヒトIgG4のゲノムヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列(それぞれ配列番号3および4)を示す。C1、ヒンジ領域、C2およびC3をコードするエキソンは、それぞれおよそヌクレオチド231〜524、916〜952、1071〜1400および1498〜1820に位置する(配列番号3)。Int1、Int2、Int3およびInt4は、それぞれおよそヌクレオチド1〜230、およそヌクレオチド525〜916、およそヌクレオチド953〜1070、およびおよそヌクレオチド1401〜1497に位置するヒトIgG4 H鎖ゲノム配列由来のイントロンに対応する(配列番号3)。 図10は、定常領域のC2とC3との間のイントロンが欠したヒトIgG1のゲノムヌクレオチド配列(配列番号5)を示す。 図11は、以下のイントロンが欠失した改変ヒトIgG4のゲノムヌクレオチド配列(配列番号6)を示す:C1とヒンジとの間のイントロン;ヒンジとC2との間のイントロン;およびC2とC3との間のイントロン。

Claims (53)

  1. 天然ゲノム配列と比較して少なくとも1つのイントロン配列が欠失されて、誤スプライシングまたはイントロンリードスルー(IRT)副産物が減少される、1つ以上のイントロンおよびエキソン配列を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子。
  2. 天然ゲノム配列と比較して少なくとも1つのイントロン配列が欠失されて、タンパク質発現が増強される、1つ以上のイントロンおよびエキソン配列を含むヌクレオチド配列を含む核酸分子。
  3. 少なくとも3つのイントロン配列が欠失される、請求項2記載の核酸。
  4. ヌクレオチド配列が抗体H鎖またはそのフラグメントをコードする、請求項1〜3のいずれか1項記載の核酸分子。
  5. 抗体H鎖またはそのフラグメントが、ヒト免疫グロブリンGサブタイプのH鎖可変領域、ヒンジ領域、第1定常領域(C1)、第2定常領域(C2)および第3定常領域(C3)を含む、請求項4記載の核酸分子。
  6. 免疫グロブリンGサブタイプがヒトIgG1またはヒトIgG4である、請求項5記載の核酸分子。
  7. ヒトIgG1またはヒトIgG4が変異している、請求項6記載の核酸分子。
  8. 免疫グロブリンH鎖定常領域のC2領域とC3領域との間のイントロンが欠失される、請求項5記載の核酸分子。
  9. 1領域とヒンジ領域との間のイントロンの欠失をさらに含む、請求項8記載の核酸分子。
  10. ヒンジ領域とC2領域との間のイントロンの欠失をさらに含む、請求項8記載の核酸分子。
  11. H鎖可変領域とC1領域との間の1つのイントロンを含むH鎖を有する、請求項5記載の核酸分子。
  12. H鎖ヒンジ領域ならびに第1、第2および第3定常領域をコードするヌクレオチド配列が、図8に示すヌクレオチド配列(配列番号1)と少なくとも95%同一の配列を含む、請求項5記載の核酸分子。
  13. H鎖ヒンジ領域ならびに第1、第2および第3定常領域をコードするヌクレオチド配列が、図9に示すヌクレオチド配列(配列番号3)と少なくとも95%同一の配列を含む、請求項5記載の核酸分子。
  14. 2とC3との間のイントロンの欠失が、図8に示すヒトIgG1(配列番号1)のおよそヌクレオチド1409〜1505に対応する、請求項8記載の核酸分子。
  15. 2とC3との間のイントロンの欠失が、図9に示すヒトIgG4(配列番号3)のおよそヌクレオチド1401〜1497に対応する、請求項8記載の核酸分子。
  16. 1とヒンジ領域との間のイントロンの欠失が、図8に示すヒトIgG1(配列番号1)のおよそヌクレオチド525〜915に対応する、請求項9記載の核酸分子。
  17. 1とヒンジ領域との間のイントロンの欠失が、図9に示すヒトIgG4(配列番号3)のおよそヌクレオチド525〜916に対応する、請求項9記載の核酸分子。
  18. ヒンジ領域とC2との間のイントロンの欠失が、図8に示すヒトIgG1(配列番号1)のおよそヌクレオチド961〜1078に対応する、請求項10記載の核酸分子。
  19. ヒンジ領域とC2との間のイントロンの欠失が、図9に示すヒトIgG4(配列番号3)のおよそヌクレオチド953〜1070に対応する、請求項10記載の核酸分子。
  20. ヒトIgG1をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ヌクレオチド配列が図10に示す配列(配列番号5)と少なくとも90%同一である、核酸分子。
  21. ヒトIgG4をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ヌクレオチド配列が図11に示す配列(配列番号6)と少なくとも90%同一である、核酸分子。
  22. ヒトH鎖定常領域またはその変異形態をコードするゲノムヌクレオチド配列であって、ヌクレオチド配列が天然ゲノム配列に存在する少なくとも1つのイントロンを欠いており、イントロンがイントロンリードスルーを促進する、ゲノムヌクレオチド配列。
  23. ヒトIgG1またはその変異体をコードするゲノムヌクレオチド配列であって、ヌクレオチド配列が天然のゲノム配列に存在する少なくとも1つのイントロンを欠いており、イントロンがイントロンリードスルーを促進する、ゲノムヌクレオチド配列。
  24. 少なくとも1つのイントロンが定常領域のC2とC3との間のイントロンである、請求項22または23記載のヌクレオチド配列。
  25. 天然ゲノム配列に存在する3つのイントロンを欠く、ヒトIgG4またはその変異形態をコードするゲノムヌクレオチド配列。
  26. イントロンがC1とヒンジ領域との間のイントロン、ヒンジ領域とC2との間のイントロン、およびC2とC3との間のイントロンである、請求項25記載のヌクレオチド配列。
  27. 以下の式によって示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子:
    −Int1−C1−Int2−Hinge−Int3−C2−C3、
    ここで、VはH鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列であり;
    1、C2およびC3は、対応するH鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列であり;
    Hingeは、H鎖定常領域のヒンジ領域をコードするヌクレオチド配列であり;そして
    Int1、Int2およびInt3は、H鎖ゲノム配列由来のイントロンである。
  28. ヌクレオチド配列がヒト免疫グロブリンG H鎖をコードする、請求項27記載の核酸分子。
  29. 以下の式によって示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子:
    −Int1−C1−Hinge−C2−C3、
    ここで、VはH鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列であり;
    1、C2およびC3は、対応するH鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列であり;
    Hingeは、H鎖定常領域のヒンジ領域をコードするヌクレオチド配列であり;そして
    Int1は、H鎖ゲノム配列由来のイントロンである。
  30. ヌクレオチド配列がヒト免疫グロブリンG H鎖をコードする、請求項29記載の核酸分子。
  31. 請求項5記載の核酸分子を含む発現カセット。
  32. 請求項5記載の核酸分子を含む発現ベクター。
  33. 宿主細胞における複製、選択、mRNA転写、mRNA安定性、タンパク質発現またはタンパク質分泌を増強する1つ以上のヌクレオチド配列をさらに含む、請求項32記載の発現ベクター。
  34. 請求項5記載の核酸分子を含む宿主細胞。
  35. 請求項31記載の発現カセットを含む宿主細胞。
  36. 請求項32記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  37. チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である、請求項36記載の宿主細胞。
  38. 以下の工程を包含する、イントロンリードスルー(IRT)産物を実質的に含まない組換え抗体またはそのフラグメントの発現方法:
    哺乳動物宿主細胞中に請求項5記載の核酸分子を導入する工程;
    組換え抗体またはそのフラグメントの発現を可能にする条件下で宿主細胞を培養し、それにより宿主細胞の培養物を産生する工程;および
    組換え抗体またはそのフラグメントを、宿主細胞の培養物から得る工程。
  39. 宿主細胞由来の核酸サンプルにおけるIRT産物を同定する工程をさらに包含する、請求項38記載の方法。
  40. 同定する工程が以下を含む、請求項39記載の方法:
    宿主細胞の培養物から核酸サンプルを得ること;
    核酸サンプルを、イントロンおよび隣接エキソン配列に相補的な核酸プローブと、核酸サンプルとプローブとの間のハイブリダイゼーションを可能にする条件下で接触させること;および
    生じる複合体を検出すること、ここでイントロン配列に相補的な核酸プローブを使用した複合体のサンプルにおける検出がIRT産物の存在を示す。
  41. 宿主細胞がL鎖可変領域および定常領域をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項38記載の方法。
  42. 以下の工程を包含する、組換え抗体またはそのフラグメントの発現を増強する方法:
    哺乳動物宿主細胞中に請求項5記載の核酸分子を導入する工程;
    組換え抗体の発現を可能にする条件下で宿主細胞を培養し、それにより宿主細胞の培養物を産生する工程;および
    組換え抗体を宿主細胞の培養物から得る工程。
  43. 宿主細胞がL鎖可変領域および定常領域をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項42記載の方法。
  44. H鎖およびL鎖が発現されるような条件下で、請求項5記載の核酸分子および抗体L鎖をコードする核酸を含む哺乳動物宿主細胞を培養する工程を包含する、イントロンリードスルー(IRT)H鎖副産物を実質的に含まない組換え抗体またはそのフラグメントの産生方法。
  45. 培養物からH鎖およびL鎖を精製する工程をさらに包含する、請求項44記載の方法。
  46. H鎖およびL鎖が発現されるような条件下で、請求項5記載の核酸分子および抗体L鎖をコードする核酸を含む哺乳動物宿主細胞を培養する工程を包含する、組換え抗体またはそのフラグメントの発現の増強方法。
  47. 培養物からH鎖およびL鎖を精製する工程をさらに包含する、請求項46記載の方法。
  48. 以下の工程を包含する、サンプルにおけるIRT産物の検出方法:
    組換え細胞から核酸サンプルを得る工程;
    核酸サンプルを、イントロンおよび隣接エキソン配列に相補的な核酸プローブと、核酸サンプルおよびプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で接触させる工程;および
    生じる複合体を検出する方法、ここでイントロン配列に相補的な核酸プローブを使用した、複合体のサンプルにおける検出がIRT産物の存在を示す。
  49. 抗体またはそのフラグメントの発現および組立てを可能にする適切な条件下で、請求項38または40記載の工程を包含する方法によって作製される、抗体またはその抗原結合フラグメント。
  50. キメラ、ヒト化、CDRグラフトまたはインビトロ生成抗体である、請求項49記載の抗体。
  51. ヒト化抗体である、請求項50記載の抗体。
  52. ヒト5T4に結合する、請求項51記載の抗体。
  53. 請求項49記載の抗体、および医薬上許容される担体を含む、医薬組成物。
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