JP2008035866A - 脂肪分解酵素変異体 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】(a)サーモミセス・ラヌギノサス(Thermomyces lanuginosus)由来の特定なアミノ酸配列に対して少なくとも80%の相同性を有し、サーモミセス・ラヌギノサス(Thermomyces lanuginosus)由来の特定なアミノ酸配列に比べてL227F/P/G/Nに対応する弛緩を含むアミノ酸配列を有し、そして(b)サーモミセス・ラヌギノサス(Thermomyces lanuginosus)由来の特定なアミノ酸配列のアミノ酸配列を有する脂肪分解酵素に比べて熱安定性である、ことを特徴とする脂肪分解酵素。
【選択図】なし
Description
国際公開公報第92/05249号、国際公開公報第92/19726号及び国際公開公報第97/07202号は、サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)(フミコラ・ラヌギノサ(H. lanuginosa))リパーゼの変異体を開示している。
従って、本発明は、親真菌脂肪分解酵素の変異体を提供し、この変異体は、1個又は複数の特定のアミノ酸残基の置換を含み、かつ親脂肪分解酵素よりもより熱安定性である。
a)親真菌脂肪分解酵素を選択する工程、
b)この親脂肪分解酵素において、少なくとも1個の特定のアミノ酸残基を置換する工程、
c)任意に、b)以外の1個又は複数のアミノ酸を置換する工程、
d)工程a)-c)で得られた変異体を調製する工程、
e)この変異体の熱安定性を試験する工程、
f)増大した熱安定性を有する変異体を選択する工程、及び
g)選択された変異体を産生する工程、
を含む、脂肪分解酵素変異体を作出する方法も提供する。
熱安定性は、特に4℃より大きく増大され得る。これらの置換は、異なるアミノ酸残基、特にProとは異なるものによることができる。
本発明において使用される脂肪分解酵素は、Enzyme Nomenclature(酵素命名法)(http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/enzymeで入手可能)に従い、EC 3.1.1カルボン酸エステル加水分解酵素に分類される。基質特異性は、EC 3.1.1.3トリアシルグリセロールリパーゼ、EC 3.1.1.4ホスホリパーゼA2、EC 3.1.1.5リゾホスホリパーゼ、EC 3.1.1.26ガラクトリパーゼ、EC 3.1.1.32ホスホリパーゼA1、EC 3.1.1.73フェルロイルエステラーゼのような活性を含むことができる。
本発明の脂肪分解酵素変異体は、前述のいずれかの領域中のアミノ酸残基の1個又は複数の置換を含む。この置換は、例えば配列番号:1の206-208、224-228、227-228、227-231、242-243及び245-252に相当するいずれかの領域に行うことができる。置換されるアミノ酸残基は、配列番号:1の残基Y21、D27、P29、T32、A40、F51、S54、I76、R84、I90、G91、N94、N101、S105、D111、R118、R125、A131、H135、D137、N162、V187、T189、E210、G212、S216、G225、L227、I238又はP256に相当することができる。いくつかの関心のある特定の置換は、配列番号:1のD27N/R/S、P29S、T32S、F51I/L、I76V、R84C、I90L/V、G91A/N/S/T/W、L93F、N94K/R/S、F95I、D96G/N、N101D、D111A/G、R118M、A131V、H135Y、D137N、N162R、V187I、F211Y、S216P、S224I/Y、G225P、T226N、L227F/P/G/V、L227X、V228C/I、238V及びP256Tに相当するものである。
この変異体は、脂肪分解酵素活性を有し、すなわちこれはカルボン酸エステル結合を加水分解し、カルボキシラート(EC 3.1.1)を放出することが可能である。これは特に、リパーゼ活性(トリアシルグリセロールリパーゼ活性、EC 3.1.1.3)、すなわちトリグリセリドにおけるカルボン酸エステル結合の加水分解活性、例えば1,3-特異的活性を有することができる。
下記のものは、T. lanuginosusリパーゼの変異体のいくつかの例である。相当する置換は、他の真菌脂肪分解酵素における相当するアミノ酸置換を行うことにより達成することができる。
熱安定性は、適当な緩衝液を用い、意図された用途について関連のあるpHで測定することができる。緩衝液及びpHの例を以下に示す:pH10.0(50mMグリシン緩衝液)、pH7.0(50mM HEPES緩衝液)、又はpH5.0(緩衝液としての50mM酢酸ナトリウム)。
比較のための測定は、同じ緩衝液において、同じ条件下及び同じタンパク質濃度で行うこととする。熱安定性測定には、様々な方法を用いることができる:
DSCにおいて、加熱速度は、90度/時であることができる。試料は、均質に精製し、かつ融点(TM)を熱安定性の表現として採用することができる。
あるいは熱安定性は、選択された温度でのインキュベーション後の、残留脂肪分解酵素活性の測定により決定することができる。Giverらの論文(Proc. Natl. Acad. Sci. USA、95:12809-12813(1998))及びMooreらの論文(Nat. Biotech.、14:458-467(1996))に記されたように、10mM Tris-HCl(pH7.5)中のp-ニトロフェニルエステルを、基質として使用することができる。試料を、定期的に添加するか、もしくは、ただひとつの試料を、例えば96ウェルフォーマットにおいて、変性を防止又は増強するために様々な添加剤を伴う又は伴わずに使用することができる。
円偏光二色性(CD)測定は、例えばYamaguchiらの論文(Protein engineering、9:789-795(1996))に記されている。典型的酵素濃度は、ほぼ1mg/mlであり、温度は5〜80度である。
脂肪分解酵素変異体は、様々なプロセスにおいて使用することができ、いくつかの具体的用途を以下に記す。この変異体は、典型的には、60〜95℃(特に75〜90℃、70〜90℃、又は70〜85℃)及びpH4.5〜11(特に4.5〜8又は5〜6.5)で使用される。
前記リパーゼを、機械パルプの製造プロセス又は機械パルプを用いる製紙プロセスにおけるピッチの問題点を避けるプロセスにおいて使用することができ、これはリパーゼのパルプへの添加及びインキュベーションを含む。このリパーゼの添加は、いわゆる白水(リサイクルされた処理水)を生じることがある。これは、使用済みの紙からのインクの除去にも使用することができる。改善された熱安定性は、この変異体が比較的高温で使用されることを可能にし、これはこの産業においては一般に好ましいことである。これは、国際公開公報第9213130号、国際公開公報第9207138号、日本国特願2160984 A号、欧州特許第374700号と同様に行うことができる。
前述の脂肪分解酵素変異体は、ダフに添加することができ、かつこのダフは、焼き製品(特にパン)、パスタ又はヌードルの製造に使用することができる。変異体の改善された熱安定性は、加熱工程(焼く、煮る又は揚げる)において、より長期にわたり、これが活性を維持し続けることを可能にする。これは、国際公開公報第94/04035号、国際公開公報第00/32758号、PCT/DK第01/00472号、欧州特許第1057415号と同様に行うことができる。
前述の脂肪分解酵素変異体は、例えばこの脂肪分解酵素変異体の存在下で、エステルを水と反応する工程、酸をアルコールと反応する工程、又はエステルを、酸、アルコール又は第二エステルによりエステル交換する工程を含む、エステルの加水分解、合成又はエステル交換のプロセスにおけるような、有機合成における触媒として使用することができる。好ましいことに、改善された熱安定性は、反応速度を増大しかつ高温融解物質を処理するのに好ましいようなプロセスが比較的高温で実行されることを可能にする。
この変異体は、織物から疎水性エステルを酵素的に除去するプロセスにおいて使用することができ、このプロセスは、織物から疎水性エステルを除去するのに有効量の脂肪分解酵素で織物を処理する工程を含む。この処理は、温度75℃以上で、例えば1〜24時間の期間行うことができる。この処理は、液体含浸比50〜200%のリパーゼ変異体の水溶液へ、織物を含浸することにより進行することができ、引き続き洗浄及びすすぎを行い、脂肪酸を除去することができる。
本プロセスは、米国特許第5578489号又は米国特許第6077316号と同様に行うことができる。
この変異体は、洗剤添加剤として、例えば濃度(純粋な酵素タンパク質として表わす)が0.001〜10(例えば0.01〜1)mg/1gの洗剤で、又は0.001〜100(例えば、0.01〜10)mg/1Lの洗浄液で使用することができる。これは、国際公開公報第97/04079号、国際公開公報第97/07202号、国際公開公報第97/41212号、国際公開公報第98/08939号及び国際公開公報第97/43375号と同様に行うことができる。
本発明の変異体は、英国特許第2233665号又は欧州特許第505920号と同様に、革産業において使用することもできる。
アミノ酸置換を定義するために本願明細書において使用される命名法は、国際公開公報第92/05249号に開示されたような、一文字コードを使用する。
従って、D27Nは、27位のDがNで置換されていることを示す。D27N/Rは、D27が、N又はRにより置換されていることを示す。L227Xは、L227が、いずれかの他のアミノ酸で置換されていることを示す。D27N + D111Aは、2種の置換の組合せを示す。
本発明の目的に関して、相同の程度は、GCGプログラムパッケージ(Program Manual for the Wisconsin Package、8版、1994年8月、Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, WI、USA、53711)により提供されたGAPのような、当該技術分野において公知のコンピュータプログラムを用い(Needleman, S.B.及びWunsch, C.D.、Journal of Molecular Biology、48:443-45 (1970))、ポリペプチド配列比較に関する下記の設定でGAPを使用し、適切に決定することができる:GAPクリエーション・ペナルティ3.0及びGAPエクステンション・ペナルティ0.1。
脂肪分解酵素の変異体は、例えば国際公開公報第9522615号又は国際公開公報第0032758号に開示されたような、位置指定突然変異誘発、ランダム突然変異誘発又は局在化突然変異誘発のような、当該技術分野において公知の方法により得ることができる。
*突然変異誘発(エラー-頻発型、オリゴ浸漬型(doped oligo)、オリゴスパイク型(spiked oligo))
*一次スクリーニング
*より温度に対し安定した突然変異体の同定
*維持(グリセロール培地、LB-Ampプレート、ミニプレップ)
*別のアッセイプレート上への画線-二次スクリーニング(一次スクリーニングよりも1度高い)
*DNA配列決定
*Aspergillusにおける形質転換
*100mlスケールにおける培養、精製、DSC
下記のアッセイ法を用い、脂肪分解酵素変異体をスクリーニングし、かつ改善された熱安定性を伴う変異体を同定する。
脂肪分解酵素遺伝子の変異体を収容している大腸菌(E. coli)細胞を、エラー-頻発型PCR、ランダム突然変異誘発又は局在化ランダム突然変異誘発によるか、又は有益な突然変異体の組合せ及び飽和突然変異誘発により調製される。
プラスミドpMT2188
アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)発現プラスミドpCaHj483(国際公開公報第98/00529号)は、アスペルギルス・ニドランス(Aspergillus nidulans)トリオースリン酸イソメラーゼ非翻訳リーダー配列(Pna2/tpi)及びアスペルギルス・ニガー(A. niger)アミログリコシダーゼターミネーター(Tamg)に融合されたアスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)中性アミラーゼIIプロモーターを基にした発現カセットからなる。更にこのプラスミド上には、単なる窒素給源としてのアセトアミド上で増殖することができるアスペルギルス・ニドランス(A. nidulans)由来のアスペルギルス(Aspergillus)選択マーカーamdSも存在する。これらのエレメントは、大腸菌(E. coli)ベクターpUC19(New England Biolabs社)にクローニングした。このプラスミドの大腸菌(E. coli)における選択を可能にするアンピシリン耐性マーカーを、大腸菌(E. coli)におけるpyrF突然突然変異を補完することができるサッカロミセス・セレビシエー(Saccharomyces cerevisiae)のURA3マーカーと交換し、この交換は下記の方法で行った:
プライマー142780は、PCR断片にBbuI部位を導入する。伸長されたPCRシステム(Roche Molecular Biochemicals社、バーゼル、スイス)を、製造業者の指示に従い、この増幅及びその後のPCR増幅に使用した。
URA3遺伝子は、プライマー140288(配列番号:5)及び142778(配列番号:6)を用い、一般的なサッカロミセス・セレビシエー(S. cerevisiae)クローニングベクターpYES2(Invitrogen社、カールスバッド、Ca、USA)から増幅した。
得られた断片は、EcoRI及びBbulで消化し、かつ同じ酵素で消化された最大の断片pCaHj483にライゲーションした。このライゲーション混合物を使用し、Mandel及びHigaの方法(Mandel, M.及びA. Higa、J. Mol. Biol.、45:154(1970))により形質転換受容性にされたpyrF 大腸菌(E.coli)株DB6507 (ATCC 35673)を形質転換した。形質転換体を、1g/Lカザアミノ酸、500μg/lチアミン及び10mg/lカナマイシンを補充した固形M9培地(Sambrookら、Molecular cloning, a laboratory manual、第2版(1989)、Cold Spring Harbor Laboratory Press社)上で選択した。
ヌクレオチド134-144は、突然変異誘発プライマー141223(配列番号:9)を用い、配列番号:7から配列番号:8へと変換した。
ヌクレオチド423 -436は、突然変異誘発プライマー141222(配列番号:12)を用い、配列番号:10から配列番号:11へと変換した。
得られたプラスミドはpMT2188と称した。
pyrG遺伝子をpyrG発現に必須の配列へと短縮化するため、プラスミドのサイズを減少し、その結果形質転換頻度を改善するために、プラスミドpENI1849を作成した。PCR断片(約1800bp)を、鋳型としてpENI1299(国際公開公報第00/24883号に開示されている)、かつプライマー270999J8(配列番号:13)及び270999J9(配列番号:14)を用いて作成した。
PCR-断片を、制限酵素StuI及びSphlで切断し、かつpENI1298(国際公開公報第0024883号に開示されている)へクローニングし、更にStuI及びSphIで消化し;このクローニングを、配列決定により証明した。
プラスミドpENI1861を、発現プラスミド中に本アスペルギルス(Aspergillus)プロモーターの状態を有し、更にクローニングのための多くの独自の制限部位を有するために作成した。
PCR断片(およそ620bp)を、pMT2188(前記)を鋳型として並びにプライマー051199J1(配列番号:15)及び1298TAKA(配列番号:16)を用い作成した。
この断片は、BssHII及びBglIIで切断し、かつ同じくBssHII及びBglIIで切断したpENI1849へクローニングした。このクローニングを、配列決定により証明した。
プラスミドpENI1902を、大腸菌(E.coli)及びアスペルギルス(Aspergillus)の両方において作用するプロモーターを有するために作成した。これは、Stratagene(商標)の推奨に従い、「Chameleon二本鎖位置指定突然変異誘発キット」を用い、独自の部位の除去により行った。
5'リン酸化を伴う080399J19プライマー(配列番号:20)を、突然変異誘発プライマーとして使用し、アスペルギルス(Aspergillus)発現プロモーターにおいて-35及び-10プロモーターコンセンサス配列(大腸菌(E.coli)から)を導入した。突然変異の導入は、配列決定により証明した。
プラスミドpSMin001を、サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)リパーゼを大腸菌(E. coli)及びアスペルギルス(Aspergillus)において発現させるために作成した。
プラスミドpAHL(国際公開公報第9205249号に開示)をPCRの鋳型として用い、サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)リパーゼ遺伝子を下記プライマーにより増幅した:19671(配列番号:21)及び991213J5(配列番号:22)。プライマー991213J5は、SacII部位をPCR断片へ導入した。PCR断片(およそ1100bp)を、BamHI及びSacIIで切断し、同じ酵素で切断したpEni1902へクローニングした。このクローニングは、DNA配列決定により証明した。このプラスミドは、大腸菌(E. coli) DH5αにおいて形質転換し、かつリパーゼ発現を、説明されたフィルターアッセイを用いて検出した。
この新たに開発されたプラスミドを用い、所望の酵素を、修飾を伴わないアスペルギルス(Aspergillus)において発現することが可能であった。実現された大腸菌(E. coli)における発現率は極めて低いが、スクリーニングアッセイには十分であった。
いくつかの技術を用い、サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)リパーゼ遺伝子における多様性を作成した:エラー-頻発型PCR、浸漬したオリゴヌクレオチドによる局在化ランダム突然変異誘発、及び位置指定突然変異誘発。
次に、有益な変異体において認められたアミノ酸置換を組合せ、かつ飽和突然変異誘発を用い、20種全てのアミノ酸が所望の位置に導入されたことを確認した。
実施例2において一次及び二次スクリーニングにおいてより熱安定性であることが確定された全ての試料を、均質になるように精製し、かつそれらの安定性を、示差走査型熱量測定計(DSC)により、pH5.0及び/又は7.0で測定し、その融点(TM)でのタンパク質の安定性を決定した。サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)由来の親株リパーゼを比較のために含んだ。
8種の変異体が、pH5.0で増大した熱安定性を有し、4種の変異体が4℃を超える増大を示すことがわかった。2種の変異体は、pH7.0で試験し、かつ改善された熱安定性を有することがわかった。
サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)リパーゼの多くの変異体を調製・精製し、かつその熱安定性を、示差走査型熱量測定計(DSC)により、pH5.0でチェックし、その融点(TM)でのタンパク質の安定性を決定した。サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)由来の親株リパーゼを比較のために含んだ。
下記変異体は、親株リパーゼよりもより熱安定性であることがわかった:
サーモミセス・ラヌギノサス(T. lanuginosus)リパーゼの多くの変異体を調製し、かつ熱安定性について先に「一次スクリーニングアッセイ」において説明したように試験した。T. lanuginosus由来の親株リパーゼを比較のために含んだ。
下記変異体は、親株リパーゼよりもより熱安定性であることがわかった:
Claims (10)
- (a)配列番号:1に対して少なくとも80%の相同性を有し、そして配列番号:1に比べてL227F/P/G/Nに対応する弛緩を含むアミノ酸配列を有し、そして
(b)配列番号:1のアミノ酸配列を有する脂肪分解酵素に比べて熱安定性である、
ことを特徴とする脂肪分解酵素。 - 前記アミノ酸配列が、配列番号:1のY21、D27、P29、T32、A40、F51、S54、I76、R84、I90、G91、N94、N101、S105、D111、R118、R125、A131、H135、D137、N162、V187、T189、E210、G212、S216、G225、I238又はP256に対応するアミノ酸の弛緩を更に含む、請求項1に記載の脂肪分解酵素。
- 前記アミノ酸配列が、配列番号:1のD27N/R/S、P29S、T32S、F51I/L、I76V、R84C、I90L/V、G91A/N/S/T/W、L93F、N94K/R/S、F95I、D96G/N、N101D、D111A/G、R118M、A131V、H135Y、D137N、N162R、V187I、F211Y、S216P、S224I/Y、G225P、T226N、V228C/I、238V又はP256Tに対応する1又は複数の置換を含む、請求項1又は2に記載の脂肪分解酵素。
- 配列番号:1において下記に相当する置換を含む、親真菌脂肪分解酵素の変異体:
D27N
S224I + G225W + T226N + L227P + V228C
L227F + V228I
D27R + D111G + S216P + L227G + P256T
D27R + D111G + S216P + L227F + P256T
D27R + D111G + S216P + L227G
D27R + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + D111G + S216P + G225P + L227G + P256T
D27R + T37S + D111G + S216P + L227G + P256T
D27R + N39F + D111G + S216P + L227G + P256T
D27R + G38C + D111G + S216P + L227G + P256T
D27R + D111G + S216P + L227G + T244I + P256T
D27R + G91A + D111G + S216P + L227G + P256T
N25I + D27R + D111A + S216P + L227G + P256T
N25L + D27R + D111A + S216P + L227G + P256T
N26D + D27R + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + K46R + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + V60N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + D111A + P136A + S216P + L227G + P256T
D27R + D111A + S216P + L227G + P256T +I265F
D27R + S58Y + D111A + S216P + L227G + P256T +
N26D + D27R + E56Q + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91A + D96E + L97Q + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91A + D111A + S216P + L227G + P256T +
D27R + G91T + N94S + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + D111A + S216P + L227G + P256T +
D27R + G91N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + D96E + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90L + G91A + N94K + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + F95V + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90V + G91S + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91N + N94R + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90L + L93F + D96N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90L + G91A + D96E + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + L93F + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91T + N94K + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91T + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + L93F + D111A + D137N + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + D96N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91W + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90L + G91T + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + L93F + N94R + D96G + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91T + D96N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90V + G9IT + L93F + N94K + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + L93V + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + N94K + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + I90L + G91T + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + G91S + L93F + F95I + D96N + D111A + S216P + L227G + P256T
D27R + D111A + V187I + S216P + L227G + P256T
D27R + D111A + F211Y + S216P + L227G + P256T
D27R + R118M + D111A + A131V + S216P + L227G + P256T
D27R + P29S + R84C + D111A + H135Y + S216P + L227G + P256T
D27R + T32S + D111A + H135Y + S216P + L227G + P256T
D27R + G91R + D111A + I238V + S216P + L227G + P256T
D27R + F51I + I76V + N101D + D111A + N162R + S216P + L227G + P256T
D27R + F51L + D111A + S216P + L227G + P256T - 請求項1〜4のいずれか1項に記載の脂肪分解酵素をコードしているDNA。
- 脂肪分解酵素を産生する方法であり:
a)親真菌脂肪分解酵素を選択する工程、
b)親脂肪分解酵素において、配列番号:1のL227に対応するアミノ酸残基を置換する工程、
c)任意に、上記b)以外の1個又は複数のアミノ酸を置換する工程、
d)工程a)〜c)から得られる変異体を調製する工程、
e)変異体の熱安定性を試験する工程、
f)増大した熱安定性を有する変異体を選択する工程、及び
g)選択された変異体を産生する工程、
を含む方法。 - 請求項1〜4のいずれか1項に記載の脂肪分解酵素をパルプに添加する工程、及びインキュベーションする工程を含む、機械パルプの製造プロセス又は機械パルプを用いる製紙プロセスにおけるピッチの問題をコントロールする方法。
- 請求項1〜4のいずれか1項に記載の脂肪分解酵素を、生地へ添加する工程を含む、生地又は生地から調製された焼き製品を調製する方法。
- 請求項1〜4のいずれか1項に記載の脂肪分解酵素の存在下で、エステルを水と反応する工程、酸をアルコールと反応する工程、又はエステルを、酸、アルコールもしくは第二エステルによりエステル交換する工程を含む、加水分解、合成又はエステル交換する方法。
- 織物から疎水性エステルを酵素的に除去する方法であり、織物から疎水性エステル除去を達成するのに有効な量の請求項1〜4のいずれか1項に記載の脂肪分解酵素で織物を処理する工程を含む方法。
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