JP2006503590A - 飽和色素を用いたアンプリコン溶融解析 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、二本鎖核酸結合性色素の存在下で、核酸解析を行う方法に関する。
DNA配列変化を解析するための方法は、2種類の一般的なカテゴリーに分けることができる:1)既知配列変異体についての遺伝子型を決定すること、そして2)未知の変異体をスキャンすること。既知の配列変異体について遺伝子型を決定する方法は多数存在し、そして蛍光プローブを使用する一工程の均質的な閉鎖的チューブで行われる方法が利用可能である(Lay MJ, et al. , Clin. Chem 1997;43: 2262-7)。対照的に、未知変異体に関するほとんどのスキャン技術には、PCR後にゲル電気泳動またはカラム分離が必要とされる。これらには、一本鎖構造多型(Orita O, et al., Proc Natl Acad Sci USA 1989;86: 2766-70)、ヘテロ二本鎖移動度(Nataraj AJ, et al. , Electrophoresis 1999;20: 1177-85)、変性性勾配ゲル電気泳動(Abrams ES, et al., Genomics 1990;7: 463-75)、温度勾配ゲル電気泳動(Wartell RM, et al. , J Chromatogr A 1998 ;806: 169-85)、酵素または化学的切断方法(Taylor GR, et al. , Genet Anal 1999;14: 181-6)、ならびにDNA配列決定が含まれる。配列決定により新たな変異を同定するためには、PCR後に複数の工程、すなわち、サイクルシークエンシングおよびゲル電気泳動、も必要とされる。変性性高速液体クロマトグラフィー(Xiao W, et al., Hum Mutat 2001 ;17: 439-74)には、カラム中にPCR産物を注入することが含まれる。
本発明の一側面において、標準的なPCR試薬、プライマー、PCRの前に“飽和状態の”二本鎖(ds)DNA結合性色素を添加することのみを必要とする方法が提供される。本発明の目的のための“飽和状態の”色素は、色素の不在下においてPCRにより典型的に生成されるdsDNAの量(例示するならば約1O ng/μL)に対して最大の蛍光シグナルをもたらす濃度で存在する場合に、PCRを顕著には阻害しない色素である。色素は、ほぼ飽和状態の濃度でPCRにそれらが適合していることにより同定されるが、色素をもっと低い濃度で使用することができることは理解される。増幅のあいだまたは増幅に引き続いて、色素を使用して、標識プライマーを使用する様式と同様の様式の融解曲線解析により、ヘテロ二本鎖とホモ二本鎖とを識別することができる。ヘテロ二本鎖とホモ二本鎖の同定は、変異スキャニングおよびSNP遺伝子型決定を含む様々な解析のために使用することができる。用語“スキャニング”は、核酸断片を参照核酸断片と比較して、配列中の何らかの変化の存在を検出する方法のことをいう。配列の相違が存在することを示す積極的な回答は、配列変化の正確な性質または核酸断片上のその位置を必ずしも反映するわけではない。用語“遺伝子型決定”には、SNPs、塩基の欠損、塩基挿入、配列重複、再構成、逆位、塩基メチル化、短いタンデムリピートの数;および二倍体ゲノムの場合、ゲノムが配列変化についてホモ接合性であるかヘテロ接合性であるか、ならびにDNA鎖上の2またはそれ以上の配列変化のシス/トランス位置的関係(ハプロタイプ)が含まれる(しかしこれらには限定されない)、既知の核酸配列変化の検出および決定が含まれる。
本発明のさらなる特徴は、例示的態様についての以下の詳細な説明を考慮すれば、当業者にとって明らかであろう。
SYBR(商標)Green Iは、PCRのあいだに大幅な蛍光の変化を示すため、融解解析のために広範囲にわたって使用されている色素である(Wittwer CT, et al., Biotechniques 1997;22: 130-1, 134-8;Wittwer CT, et al. , Real-Time PCR. In: Persing D, et al., eds. Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, 2004: in press)。考えられる所では、そのような色素は、ホモ接合性の遺伝子型決定およびヘテロ接合性配列変化についてのスキャニングの両方について使用することができた。SYBR(商標)Green Iをはじめに融解解析において使用して、Tmが2℃またはそれ以上異なる異なるPCR生成物を識別した(Ririe KM, et al., Anal Biochem 1997;245: 154-160)。次に、SYBR(商標)Green Iを使用して、欠失を同定し(Aoshima T, et al. , Clin Chem 2000;46: 119-22)、ジヌクレオチドリピートを遺伝子型決定し(Marziliano N, et al. , Clin Chem 2000 ;46: 423-5)、そして様々な配列変化を同定した(Lipsky RH, et al. , Clin Chem 2001. ;47: 635-44;Pirulli D, et al. , Clin Chem 2000 ;46: 1842-4;Tanriverdi S, et al. , J Clin Microbiol. 2002;40: 3237-44;Hladnik U, et al. , Clin Exp Med. 2002;2: 105-8)。しかしながら、遺伝子型間でのTmの相違は小さいはずであり、そして現在の装置の解像度には要求が高いかもしれない。実際、SYBR(商標)Green Iは、“ルーチンの遺伝子型決定の用途のためには使用すべきでない”(von Ahsen N, et al. , Clin Chem 2001;47: 1331-1332)と示唆された。一般的に使用される二本鎖特異的DNA色素を用いた融解曲線遺伝子型決定には、融解転移の拡大を伴ったTmの上昇が含まれていてもよく(Douthart RJ, et al., Biochemistry 1973;12: 214-20)、そして遺伝子型間でのTmの差異の圧縮が含まれていてもよい(図5D)。これらの因子は、遺伝子型決定に関するSYBR(商標)Green Iの潜在能力を低下させる。
Xは、酸素、イオウ、セレニウム、テルリウム、またはC(CH3)2およびNR1から選択される基であり、ここでR1は水素またはC1-6アルキルまたはC2-6アルキルを含むアルキルであり;
R2は、C1-6アルキルおよびC2-6アルキルを含むアルキル、C3-8シクロアルキルを含むシクロアルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)を含むアリールアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキルおよびジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキルおよびアリールカルボニル、アルキルおよびアリールカルボキサミド、アルキルおよびアリールスルホニル、アルキレンカルボキシレート、アルキレンカルボキサミド、アルキレンスルホネート、アルキレンスルホン酸など、環状ヘテロ原子-含有部分、または非環状ヘテロ原子-含有部分であり、これらのそれぞれは、場合により置換されていてもよく;
例示的なヘテロ原子含有部分には、メトキシメチル、エトキシエチルなどを含む場合により置換されたヘテロアルキル、ピペリジニルなどを含むヘテロシクリル、メチルスルホネート、4-クロロフェニルスルホネートなどを含むアルキルおよびアリールスルホネート、メトキシ、エトキシなどを含むアルコキシ、メチルアミノ、ジメチルアミノなどを含むアミノ、アルキルおよびアリールカルボニル、アルキルアミノカルボニル、アルコキシカルボニルなどを含むカルボニル誘導体、アルケニルアミノアルキル、アルケニルオキシアルキル、アルキルアミノアルケニル、アルキルオキシアルケニル、アルキリデンアミノアルキルなどを含むヘテロアルケニル、ヘテロアリル、エステル類、アミン類、アミド類、リン-酸素、およびリン-イオウ結合が含まれ;およびU. S.特許No. 5,658,751およびPCT国際公開WO 00/66664中に記載されるヘテロ原子-含有部分を含むものが含まれ;それぞれの開示は、全体を本明細書中に援用する;
t = 0または1であり;
Zは、0または1から選択される電荷であり;
R3、R9、およびR10は、それぞれ独立して水素およびC1-6アルキルおよびC2-6アルキルを含むアルキルから選択され;
n=0、1、または2であり;そして
Qは、ピリジニウム、ピリミジニウム、キノリニウム、またはプリニウムなどのヘテロ環であり、それらのそれぞれは場合により置換されていてもよい。
のヘテロ環であるが、これらには限定されない。
本発明において使用するための例示的な色素には、ピリジニウムまたはピリミジニウムコア構造を有する式Iのシアニン色素も含まれ、ここでXは酸素またはイオウであり;部分
R5は、メチル、エチル、ブチル、sec-ブチル、イソブチルなどを含むC1-6アルキル;場合により置換されたフェニル;または(CH2)3N+(Me)3;そして
R6、R7、およびR8はそれぞれ独立して、水素またはメチルである。
Xは、酸素、イオウ、またはC(CH3)2、およびNR1(ここでR1は水素またはC1-6アルキルである)から選択される基であり;
R2はC1-6アルキルおよびC2-6アルキルを含むアルキル、C3-8シクロアルキルを含むシクロアルキル、アリール、アリールアルキル、アルキレンスルホネート、環状ヘテロ原子-含有部分、または非環状ヘテロ原子-含有部分であり、このそれぞれは場合により置換されていてもよく;
t = 0または1であり;
Zは0または1から選択される電荷であり;
R3、R9、およびR10はそれぞれ独立して、水素およびC1-6アルキルを含むアルキルから選択され;
n=0、1、または2であり;そして
R4、R5、R8、R11、R12、R13、およびR14は、式Iについて本明細書中で記載した通りであり、ただしR4は、約115よりも少ない分子量を有するか、または例示的には約105よりも少ない分子量を有する部分である。
Xは酸素またはイオウであり;
n = 0または1であり;
t = 0または1であり;
R2はメチルであり;
R4は水素、メチルを含むC1-6アルキル、または場合により置換されているフェニルであり;
R5はメチルを含むC1-6アルキル、または場合により置換されているフェニルであり;
R8は水素であり、そして
R11、R12、R13、およびR14は、水素またはメトキシを含むアルコキシである。
ここで部分
Xは、酸素またはイオウであり;
n = 0または1であり;
t = z = 0であり;
R4は水素またはメチルを含むC1-6アルキルであり;
R5はメチルを含むC1-6アルキル、場合により置換されているフェニルまたは基-(CH2)3N(Me)3などの荷電された基を有するヘテロアルキルを含むヘテロアルキルであり;
R8は水素であり;そして
R11、R12、R13、そしてR14は、水素、メチルを含むアルキル、またはメトキシを含むアルコキシである。
XおよびX'は、それぞれ独立して、酸素、イオウ、セレニウム、テルリウム、またはC(CH3)2、NR1、またはNR1'(ここでR1およびR1'はそれぞれ独立して水素またはC1-6アルキルである)から選択される基から選択され;
R2およびR2'は、それぞれ独立して、C1-6アルキルを含むアルキル、C3-8シクロアルキルを含むシクロアルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)を含むアリールアルキル、環状ヘテロ原子-含有部分、または非環状ヘテロ原子-含有部分から選択され、これらのそれぞれは場合により置換されていてもよく;
t=0または1であり;
t' = 0または1であり;
ZおよびZ'はそれぞれ、0または1から独立して選択される電荷であり;
R3、R9、R10、R3'、R9、およびR10'はそれぞれ、水素およびC1-6アルキルを含むアルキルから独立して選択され;
n = 0、1、または2であり;
n'= 0、1、または2であり;
BRIDGEは、アルキレン、ヘテロアルキレン、アルキルアミンジイル、アルキルアルキルアンモニウムジイルなど、例えば、(CH2)p、(CH2)pN+Me2(CH2)q、(CH2)pN+Me2(CH2)qN+Me2(CH2)rなど(ここで、p、q、およびrはそれぞれ独立して、1、2、および3から選択される)から選択される2〜約30個の二価ユニットを含む、二価のリンカーであり;そして
QおよびQ'は、以下のものからなる構造の基からそれぞれ独立して選択されるヘテロ環であり:
ここで、nは、0、1、または2であり;R2は、アルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキルおよびジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキレンカルボキシレート、アルキレンカルボキサミド、アルキレンスルホネートなどであり;R5は、アルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、モノまたはジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキレンカルボキシレート、アルキレンカルボキサミド、アルキレンスルホネート、場合により置換されたフェニルなどであり;Xは、酸素またはイオウであり;A、B、およびB'はそれぞれ、1またはそれ以上の独立して選択された場合による置換基、例えばアルキル、ハロ、アミノ、モノおよびジアルキルアミノ、ピロリジノ、ピペリジノ、ピペラジノ、フェニル、ヒドロキシ、アルコキシ、チオ、およびアルキルチオを示し、これらのそれぞれは、アルキル、アミノ、モノまたはジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキルなどにより場合により置換されていてもよく;そしてBRIDGEは、式(CH2)pN+Me2(CH2)q(ここでpおよびqは独立して2または3である)を有する二価のリンカーであり、これには、二価のリンカー(CH2)3N+Me2(CH2)3が含まれる。これらの色素が正味の電荷を有する場合、それらには、ハロゲン化物、アルカノエート、ホスフェートなどを含む対アニオン、およびリチウム、ナトリウム、カリウム、セシウム、アンモニウムなどを含む対カチオンなどの1またはそれ以上の対イオンを伴っていることが理解される。
SYBR(商標)Green I、SYTOX(商標)Green、SYTO(商標)14、SYTO(商標)21、SYTO(商標)24、SYTO(商標)25、TOTOTM-1およびYOYOTM-1など(しかし、これらには限定されない)のキノリニウムベースの非対称性シアニン類のいくつかは、ヘテロ二本鎖を検出するために、または閉鎖チューブシステム内での複数の生成物を検出するために、有用であるとは証明されていない。色素が、キノリニウムベースのシアニンのモノマーである場合、キノリニウム環の窒素の隣にある炭素(R4に対応する位置)での大型の(bulky)置換により、本発明の方法において機能する色素の能力を阻害することも可能である。大型(Bulky)の置換は、例えば、MWが約105より大きな分岐鎖脂肪族部分により置換された、長鎖分岐鎖ヘテロ原子含有の脂肪族部分または芳香族部分である。しかしながら、この限定は、前述したピリジニウムシアニン類またはピリミジニウムシアニン類のいずれにも適用されない。キノリニウムベースのシアニン二量体の場合、二価の断片:
1.標的Tmを選択し、そしてSNP位置にすぐ隣のそれぞれのプライマーの3'-末端から開始する。場合により、一つのプライマーを、SNP位置から若干離すように移動させ、プライマー間の3'相補性を避け、プライマー二量体形成のリスクを減少させることができる。
3. PCR試薬およびヘテロ二本鎖検出を可能にするdsDNA色素の存在下にて、サンプルを迅速に温度循環させる。
6.増幅がうまくいかない場合、プライマーの一つの3'-末端を1塩基外側に移動させ、そしてうまく行くまですべての工程を繰り返す。
標識オリゴヌクレオチドおよび非標識オリゴヌクレオチドを、IT Biochem(Salt Lake City, UT)、Qiagen Operon(Alameda, CA)、またはSynthegen(Houston, TX)から入手した。PCRを、これ以外に記載しなければ、10μl容量で、LightCycler(商標)(Roche Applied Systems, Indianapolis, IN)中で、20℃/sの遷移プログラムにより行った。増幅混合物には、これ以外に記載しなければ、鋳型としての50 ngのDNA、200μMの各dNTP、3 mMのMgCl2、100 mMの2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオール、pH 8.8、0.04 U/μlのTaqポリメラーゼ(Roche)、500μg/mlのウシ血清アルブミン、そして0.5μMの各プライマーが含まれた。遺伝子型決定されたヒトゲノムDNAは、以前の研究に基づいて(Gundry CN, et al., Genetic Testing, 1999;3: 365-70;Herrmann M, et al., Clin Chem 2000;46: 425-8)またはCoriell Cell Repositories(Camden, NJ)から、入手した。LightCycler Greenは、これ以外に記載しなければ、PCR反応物中に、10μMで含まれた。SYBR(商標)Green Iを指示薬として使用した場合、Molecular Probesのストックからの1:10,000の最終希釈を使用した。色素をPCRの前に添加し、増幅を行い、そしてアンプリコンの融解転移を、LightCycler(商標)上でモニターするかまたは高分解能の融解解析によりモニターする。異なるホモ接合体を、アンプリコン溶融温度(Tm)により識別する。ヘテロ接合体は、低温度融解性のヘテロ二本鎖により同定され、それにより総体的な融解転移が広げられる。融解解析には、約1分間が必要とされ、そしてPCR後にはサンプル処理が何も必要とされない。
融解解析を、温度循環の後すぐにLightCycler(商標)で行うかまたはそれに引き続いて高分解能融解装置(HR-1, Idaho Technology, Salt Lake City, UT)で行った。しかしながら、増幅しない場合に、融解曲線解析を行うことができることが理解される。LightCycler(商標)を使用した場合、サンプルを、はじめに94℃まで加熱し、-20℃/sのプログラム設定で60℃まで冷却し、その後0.2℃/sで蛍光を連続的に取得しながら融解した。高分解能の融解のため、これ以外に記載しなければ、サンプルを、はじめにLightCycler(商標)中で増幅し、次いでLightCycler(商標)中で94℃まで瞬間的に加熱し、そして40℃まで迅速に冷却した。(-20℃/sのプログラム設定で)。次に、これ以外に記載しなければ、LightCycler(商標)毛細管を、高分解能装置に1本ずつ移し、そして0.3℃/sで加熱した。HR-1は、アルミニウムシリンダーにより1本のLightCycler(商標)毛細管を取り囲む、1サンプル装置である。このシステムは、シリンダーの外側に巻かれたコイルを介してジュール加熱することにより加熱される。サンプルの温度は、やはりシリンダー中に配置された熱電対によりモニターされ、そして16-ビットのデジタル信号に変換される。蛍光は、毛細管の先端の落射照明(epi-illumination)によりモニターされ(Wittwer CT, et al., BioTechniques 1997;22: 176-81)、それはシリンダーの底部に位置し、そしてこれも16-ビット信号へ変換される。およそ50のデータ点が、すべてのCについて得られる。
第V因子Leiden変異の遺伝子型決定
43 bpのアンプリコンを、第V因子Leiden変異の位置にすぐ隣接する18塩基および24塩基の長さのプライマーから形成した。プライマーは両方とも、Tmが62℃であると推定された。サンプルを、以下のプロトコルにより35サイクル行った:94℃で保持時間なし、60℃で保持時間なし、そして72℃で10秒間保持。増幅の後、サンプルをLightCycler(商標)中で瞬間的に94℃まで加熱し、60℃まで急速に冷却し(-20℃/sのプログラム設定)、そして連続的に蛍光を取得しながら、0.2℃/sでPCR生成物を融解した。
遺伝子操作されたプラスミドを、すべての可能性のある一塩基変化の融解曲線遺伝子型決定を系統的に研究するために使用した。プラスミド(DNA Toolbox, Cambrex Bio Science Rockland Inc.)は、40%GC含量の状況下で、決められた位置にA、C、G、またはTのいずれかを含有した(Highsmith WE, et al., Electrophoresis 1999;20: 1186-94)。62±1℃のTmを有するプライマーは、多型位置のすぐ隣に位置していた。DNA鋳型を105コピーで使用し、そしてPCRを、94℃で保持時間なし、60℃で保持時間なし、そして75℃で5秒を1サイクルとして、35サイクル行った。LightCycler(商標)を融解解析のために使用した。
LightCycler GreenまたはSYBR(商標)Green I
KlenTaqlポリメラーゼ(0.04 U/μl, AB Peptides, St. Louis, MO)、88 ngのTaqStart抗体(ClonTech, Palo Alto, CA)、および50 mM Tris、pH 8.3を、Taqポリメラーゼおよび2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオールの代わりに、PCRにおいて使用した。44 bpの断片を、プライマーGGCACCATTAAAGAAAATAT(SEQ ID NO 1)およびTCATCATAGGAAACACCA(SEQ ID NO 2)を用いて増幅した。第一のプライマーは、Oregon Greenで5'-標識されているか、またはSYBR(商標)Green IまたはLightCycler Greenの存在下で反応を行った。プライマーは、F508del、I507del、およびF508C変異体を含有する変異多発点に隣接する。PCRを、85℃および58℃(保持時間0秒)を40サイクルすることにより行った。6種のサンプルを、LightCycler(商標)上で、融解曲線取得のあいだモニターした。
PCR生成物は、41塩基または44塩基の長さであった(図5A)。5'-標識プライマー(図5B)、LightCycler Green(図5C)、またはSYBR(商標)Green I(図5D)のいずれかを、二本鎖生成物と一本鎖生成物とのあいだの融解転移を蛍光的にモニタリングするために使用した。2種のホモ接合性の遺伝子型および3種のヘテロ接合性の遺伝子型から得た結果を示す。
HTR2A一塩基多型を調べた。PCRを、嚢胞性線維腫座位について記載したように、KlenTaq、TaqStart、およびTrisを用いて行った。ヒドロキシトリプタミン受容体2A(HTR2A)遺伝子の331 bpの断片が、エクソン1内に共通の多型(T102C)を含んだ(Lipsky RH, et al. , Clin Chem 2001;47: 635-44)。反応は、95℃で保持時間なし、62℃で2秒保持、そして74℃で20秒保持を1サイクルとして、40回のサイクルにより行った。高分解能融解曲線を得た。
SYBR(商標)Green IとLightCycler Greenとの比較
6種の別個のdsDNA種を有する100 ngのDNAサイズラダー(Low Mass DNA Ladder, Gibco BRL)を、3 mMのMgCl2、100 mMの2-アミノ-2-メチル-1,3-プロパンジオール、pH 8.7のバッファー中、SYBR(商標)Green I(1:10,000)またはLightCycler Green(10μM)のいずれかと混合した。融解曲線は、0.1℃/sで高分解能の装置で得られた。
100 ngの低質量DNAラダーを、10μlの最終容量中3 mMのMgCl2、50 mMのTris、pH 8.3、250μg/mlのBSAおよび各200μMのdNTPの存在下、様々な濃度の一般的dsDNA色素と混合した。サンプルを、LightCycler(商標)チューブに移し、そして蛍光を、40℃でリアルタイム蛍光計にて測定した。蛍光を、特定の色素のそれぞれにより得られた最大蛍光に対して正規化した。
DNAに結合したSYBR(商標)Green IおよびLightCycler Greenの励起スペクトルおよび放射スペクトルを、Photon Technology蛍光計(FL-1)を用いて測定した。LightCycler Green(10μM)またはSYBR(商標)Green 1(1:10,000)を、最終容量60μl中3 mMのMgCl2、50 mMのTris、pH 8.3、250μg/mlのBSAおよび200μMの各dNTPの存在下にて、100 ngのDNA(Low Mass DNA Ladder)に対して添加した。
110 bpの断片を、染色体11上のヒトβグロビン領域から増幅した(アクセッション番号NG_000007)。110 bp生成物には、一般的なβ-グロビン変異、HbSとHbCの部位が含まれた。DNAは、共通の遺伝子型それぞれの4個体の異なる個体の乾燥血液スポットから抽出した。遺伝子型には、3種のホモ接合性の(AA、SS、およびCC)の型および3種のヘテロ接合性の(AS、AC、およびSC)型が含まれた。フォワードプライマーおよびリバースプライマーは、それぞれ、ACACAACTGTGTTCACTAGC(SEQ ID NO 3)およびCAACTTCATCCACGTTCACC(SEQ ID NO 4)であった。各10μlの反応物は、50μgのゲノムDNA、0.50μMの各プライマー、10μMのLC Green、3 mMのMgCl2、50 mMのTris、pH 8.3、500μg/mlのウシ血清アルブミン、0.2 mMの各dNTP、0.04 U/μlのKlentaqTM(AB Peptides, St. Louis, MO)、88 ngのTaqStartTM抗体(CloneTech, Palo Alto, CA)を含有した。PCR反応条件は、以下の通りであった:95℃で5秒間のサイクル前変性を1回;2℃/secの温度勾配で94℃で0秒、50℃で2秒、72℃で2秒を1サイクルとして、35サイクル行う。1回の蛍光取得は、2秒の伸長の後にそれぞれのサンプルについて行った。PCR増幅の後、サンプルを-20℃/secのプログラム化速度で冷却した。急速な冷却のすぐ後に、特注の16-ビット高分解能融解装置で、0.30℃/secの速度で70℃から93℃まで、蛍光を継続的に取得しながら、融解を行った。
短いアンプリコンはしばしば、結果として遺伝子型決定のより大きな差異を生じるが、LightCycler Greenを使用して、より大きなアンプリコンを遺伝子型決定することもできる。DNA融解ドメインは、通常、50〜500 bpの長さであり、そして例えば500〜800 bpのより大きなアンプリコンは、複数の融解ドメインを有する。1つのドメインにおける配列変化は、その他のドメインの融解に影響を与えることはなく、そしてあるドメイン中で見られる多様性は、アンプリコンの長さとは無関係である可能性がある。このように、400〜650 bpの範囲で事例が提示されるが、配列変化の存在に関してスキャンすることができるPCR生成物のサイズに上限は存在しないようである。
LightCycler Greenをドナーとして使用して、オリゴヌクレオチドプローブに結合したアクセプター色素を励起することができる。LightCycler Greenを飽和性の濃度またはそれに近い濃度で使用して、ハイブリダイゼーションされたプローブに高密度に結合させることができるため(3塩基対毎に約2色素分子)、蛍光共鳴エネルギー移動について二本鎖DNAの長さ全体にわたって、色素を利用可能である。アクセプター色素を伴うプローブをPCR前に反応物に対して添加し、増幅し、そして生成物に対してハイブリダイズした場合に検出される。高密度での二本鎖に対するLightCycler Greenの結合は、プローブ上のアクセプター色素に対して好ましい励起を与え、その結果、高い程度のアクセプター蛍光を生成する。以前は、高いbp/色素比を有する色素を使用し、そして低レベルのアクセプター蛍光を生成するのみであった。
表1は、37種の異なる色素の特徴および特性をまとめたものである。試験されたこれらの色素のうち12種は、ヘテロ接合性のデルタF508遺伝子型が増幅された場合(非-機能的)、ヘテロ二本鎖ピークを形成しなかった。ヘテロ二本鎖ピークを、37種の異なる色素のうちの25種(機能的)により検出した。もっとも強いヘテロ二本鎖シグナルは、LightCycler Greenを使用した場合に生じたが、いくつかのその他の色素も良好なヘテロ二本鎖シグナルを示した。ヘテロ二本鎖を示した色素のほとんどは、飽和性の濃度あるいは飽和性に近い濃度で、PCRに適合性であった。この相関関係により、融解曲線解析によりヘテロ二本鎖を検出することができる色素を合理的に予想することが可能になる。50%飽和は、ヘテロ二本鎖検出の合理的な予想を提供する。いくつかの機能的な色素が失われるあいだ、約80%、90%の飽和%、または99%の飽和%でさえも、使用して、ヘテロ二本鎖を検出することができる色素を同定することができる。
2. 製造者により提示された蛍光スペクトル、または(上付きa)2.5μM bp(100 ng/60μl)のdsDNAおよびPCRバッファー(3 mMのMgCl2、50 mMのTris、pH 8.3、200μMの各dNTP、500μg/mlのBSA)中最大PCR適合性濃度での色素を使用して蛍光計にて得られる蛍光スペクトル。Ex-励起極大;Em=放射極大。
4.飽和性濃度(すなわち、可能な限り最高の蛍光強度を与える濃度)での同一の色素の蛍光と比較した、最大PCR適合性色素濃度での%蛍光。すべては15μM bp DNA(100 ng dsDNA/10μl)およびPCRバッファーの存在下。
6. 実施例5のdel F508ヘテロ接合体の44 bpのアンプリコンの融解曲線を使用し、加熱勾配0.3℃/sで得た、HR-1高分解能装置での450〜490 nm励起および510〜530 nm検出光学系を用いて測定した場合の、ヘテロ二本鎖特徴的ピークの%ピーク領域。
以下のピリミジニウムコア構造を有する色素の特定の態様が調製された:
この式を有する色素を調製する方法は多数存在するが、一つの方法は以下の通りのものである:
化合物H5を、5-ジフルオロメチルスルホニル-3-メチル-2-メチルチオベンゾチアゾリウムメチル硫酸(Aldrichから入手可能な5-ジフルオロメチルスルホニル-2-メチルチオベンゾチアゾールを、ジメチル硫酸と反応させることにより調製したもの)および化合物A6から化合物D6を調製するために使用される一般的方法にしたがって調製した。
本発明の色素を使用して、2個体のいずれもが遺伝子断片上の同一の対立遺伝子共有しているかどうかを決定することができる。以前の事例において、参照サンプルの遺伝子型(正確な対立遺伝子、ヘテロ接合性、およびハプロタイプを含む)が既知であった。いくつかの用途において、参照サンプルの正確な遺伝子型は、高分解能融解曲線解析により別の個体のサンプル(または未知の起源のサンプル)が参照サンプルと同一かどうかを決定することができる限りにおいて、既知である必要はない。例示的な実施例は、ファミリー構成員間で共有されるHLA対立遺伝子を同定することである。
HTR2A遺伝子の60 bpの断片を、フォワードプライマーおよびリバースプライマーとして、それぞれACCAGGCTCTACAGTAA(SEQ ID NO 21)およびGTTAAATGCATCAGAAG(SEQ ID NO 22)を用いて増幅した。増幅を、実施例11に記載した試薬を使用して、しかしLightCycler(商標)を用いて、95℃で0秒、62℃で2秒、74℃で20秒にしたというように温度循環パラメータに修飾をして、行った。様々な濃度のSYBR(商標)Green I、GelStar(商標);、およびSYTO(商標)16は、独立して反応混合物中に存在した。蛍光データを、各増幅サイクル毎に、40サイクルまで取得した。増幅プロット(x軸上にプロットされたサイクル数に対して、y軸上の蛍光強度)の第二の誘導された極大として計算された蛍光が交叉する点(Cp)は、以下のように得た:
Claims (82)
- 標的核酸、
PCR試薬、
標的核酸を増幅するために設計されたオリゴヌクレオチドプライマー、および
少なくとも50%の飽和%を有するdsDNA結合色素、
を含むPCR反応混合物。 - dsDNA結合色素が、少なくとも80%の飽和%を有する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- dsDNA結合色素が、少なくとも90%の飽和%を有する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- dsDNA結合色素が、少なくとも99%の飽和%を有する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、約410〜460 nmのあいだに励起極大を有し、そして約450〜500 nmのあいだに放射極大を有する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、約430〜460 nmのあいだに励起極大を有し、そして約460〜490 nmのあいだに放射極大を有する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、溶融温度解析のあいだにヘテロ接合体を検出することができるシアニン色素である、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- シアニン色素が、ピリジニウム、ピリミジニウム、またはキノリニウムのコア構造を有する、請求項7に記載のPCR反応混合物。
- シアニン色素が、以下の式:
Xは、酸素、イオウ、セレニウム、テルリウム、またはC(CH3)2およびNR1から選択される基であり、ここでR1は、水素またはアルキルであり;
R2はアルキルであり;
t=0または1であり;
Zは、0または1から選択される電荷であり;
R3、R9、およびR10のそれぞれは、独立して水素およびアルキルから選択され;
n=0、1、または2であり;そして
Qは、ピリジニウム、ピリミジニウム、キノリニウム(キノリニウム)、またはプリニウム(purinium)などのヘテロ環であり、そのそれぞれは場合により置換されていてもよい;
を有する化合物である、請求項7に記載のPCR反応混合物。 - シアニン色素が、以下の式:
Xは、酸素、イオウ、またはC(CH3)2、およびNR1から選択される基であり、ここでR1は水素またはC1-6アルキルであり;
R2はアルキルであり;
t=0または1であり;
Zは0または1から選択される電荷であり;
R3、R9、およびR10は、それぞれ独立して水素およびアルキルから選択され;
n=0、1、または2であり;そして
R4、R5、R8、R11、R12、R13、およびR14は、式Iに関して本明細書中に記載される通りであり、ただし、R4は、約115未満の分子量を有する部分であるか、または具体的には約105未満の分子量を有する部分である、
を有する化合物である、請求項7に記載のPCR反応混合物。 - シアニン色素が、LightCycler Greenである、請求項7に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、JO-PROTM-1、GelStar(商標)、SYTO(商標)44、SYTO(商標)45、POPOTM-3、SYTO(商標)12、TOTOTM-3、SYTO(商標)16、SYTOX(商標)Blue、Thiazole Orange、YOYO(商標)-3、SYTO(商標)43、SYTO(商標)11、SYTO(商標)13、SYTO(商標)15、BOBOTM-3、LO-PROTM-1、SYTO(商標)23、SYTO(商標)20、BOBOTM-1、POPOTM-1、G5、H5、D6、E6、P6、R6、Y6、Z6、およびD8からなる群から選択される、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、PCRに適合性の最大濃度の少なくとも50%の濃度で存在する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、PCRに適合性の最大濃度の90〜100%の濃度で存在する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 色素が、PCRに適合性の最大濃度の高々20%の濃度で存在する、請求項1に記載のPCR反応混合物。
- 少なくとも50%の飽和%を有するdsDNA結合色素の存在下にて、標的核酸を増幅する工程;
増幅された標的核酸を融解して融解曲線を作成する工程;そして
融解曲線から遺伝子型を同定する工程;
を含む、遺伝子型を決定する方法。 - 融解曲線を450〜490 nmの励起範囲および510〜530 nmの放射検出範囲を有する蛍光計を用いて作成し、そして色素が410〜465 nmの範囲の励起極大および450〜500 nmの範囲の放射極大を有する、請求項17に記載の方法。
- 色素の励起極大が430〜460 nmの範囲であり、そして放射極大が450〜500 nmの範囲である、請求項18に記載の方法。
- 標的核酸が一塩基多型を含み、そして同定工程が結果として得られるヘテロ二本鎖およびホモ二本鎖を同定することを含む、請求項17に記載の方法。
- 融解工程が、増幅に引き続いて生じる、請求項17に記載の方法。
- 融解工程が、増幅の間に生じる、請求項17に記載の方法。
- (a)標的核酸を含むサンプルに対して、少なくとも50%の飽和%を有するdsDNA結合色素を添加する工程;
(b)dsDNA結合色素の存在下にて、標的核酸を増幅する工程;
(c)増幅された標的核酸を融解して融解曲線を作成する工程;
(d)第二のサンプルについて工程(b)および(c)を繰り返して第二の第二の融解曲線を得る工程;そして
(e)両融解曲線を比較する工程;
を含む、変異スキャニングのための方法。 - 少なくとも50%の飽和%を有するdsDNA結合色素を、標的核酸と標的核酸を増幅する様に設計されたプライマーとを含むサンプルと混合する工程;
dsDNA結合色素の存在下にて標的核酸を増幅する工程;そして
dsDNA結合色素の蛍光をモニターする工程;
を含む、PCR解析の方法。 - 標的核酸についての融解曲線を作成する工程;
融解曲線の規模(magnitude)を正規化する工程;
混合工程、増幅工程、作成工程および正規化工程を少なくとも1つの追加の標的核酸を用いて繰り返す工程;そして
正規化された融解曲線を比較する工程;
をさらに含む、請求項24に記載の方法。 - 正規化された曲線間での温度差をプロットする工程をさらに含む、請求項25に記載の方法。
- それぞれの曲線の部分を重ね合わせる(superimposing)ことにより、融解曲線を温度シフトさせる工程をさらに含む、請求項25に記載の方法。
- 温度シフトされた曲線間での温度差をプロットする工程をさらに含む、請求項27に記載の方法。
- 色素が、LC Green、Gel Star、およびSYTO(商標)16からなる群から選択される、請求項24または25に記載の方法。
- 色素が、PO-PROTM-1、JO-PROTM-1、BO-PROTM-1、SYTO(商標)44、SYTO(商標)45、YO-PROTM-1、POPOTM-3、SYTO(商標)12、TOTOTM-3、SYTOX(商標)Blue、Thiazole Orange、YOYOTM-3、SYTO(商標)43、SYTO(商標)11、SYTO(商標)13、SYTO(商標)15、BOBOTM-3、LO-PROTM-1、SYTO(商標)23、TO-PROTM-1、SYTO(商標)20、BOBOTM-1、POPOTM-1、G5、H5、D6、E6、P6、R6、Y6、Z6、およびD8からなる群から選択される、請求項25に記載の方法。
- 蛍光を、増幅のあいだモニターする、請求項24に記載の方法。
- 蛍光を、増幅の後の融解曲線解析のあいだにモニターする、請求項24に記載の方法。
- サンプルが、標的核酸にハイブリダイズする様に設計されたプローブをさらに含み、このプローブはdsDNA結合色素からの蛍光共鳴エネルギー転移を許容するアクセプター色素により標識され、そしてアクセプター色素からの蛍光をモニターする工程をさらに含む、請求項24に記載の方法。
- 標的核酸が、高々100 bpである、請求項24に記載の方法。
- 標的核酸が、高々50 bpであり、そして一つの融解ドメインのみを含む、請求項34に記載の方法。
- 標的核酸が、可変の融解ドメインと不変の融解ドメインを含む、請求項24に記載の方法。
- 標的核酸に関する融解曲線を作成する工程;
混合工程、増幅工程、および作成工程を、少なくとも1つの追加の標的核酸を用いて繰り返す工程;
温度軸調整(temperature axis adjustment)のために不変の融解ドメインを使用する工程;そして
標的核酸についての融解曲線を、追加の標的核酸についての融解曲線と比較する工程;
をさらに含む、請求項36に記載の方法。 - 色素が、LC Green、PO-PROTM-1、JO-PROTM-1、およびBO-PROTM-1からなる群から選択される、請求項24に記載の方法。
- 増幅工程およびモニター工程が閉鎖性のチューブ中で生じ、そして増幅の開始の後は試薬を全く追加しない、請求項24に記載の方法。
- モニター工程が、増幅工程に引き続いて生じ、そして融解曲線解析を含む、請求項24に記載の方法。
- モニター工程が、増幅のあいだに生じる、請求項24に記載の方法。
- 増幅後の融解曲線解析を行う工程をさらに含む、請求項41に記載の方法。
- 請求項1〜17のいずれか1項に記載のPCR混合物を少なくともアニーリング温度と変性温度とのあいだで循環させる工程;
標的核酸を増幅し、標的核酸について融解曲線を作成する工程;そして
融解曲線を使用して標的核酸が第二の核酸として同一の配列を有するかどうかを決定する工程;
を含む、PCR解析の方法。 - 作成工程の循環が閉鎖系のチューブ中で生じ、そして増幅の開始の後はチューブに対して試薬を全く追加しない、請求項43に記載の方法。
- dsDNA結合色素を、標的核酸と標的核酸を増幅するために設計されたプライマーとを含むサンプルと混合する工程;
dsDNA結合色素の存在下にて、標的核酸を増幅する工程;
dsDNA結合色素の蛍光をモニターする工程;
標的核酸についての融解曲線を作成する工程;
融解曲線を正規化する工程;
混合工程、増幅工程、正規化工程、そして作成工程を、少なくとも1つの追加の標的核酸を用いて繰り返す工程;そして
正規化された融解曲線どうしを比較する工程
を含む、PCR解析の方法。 - 正規化された曲線間での温度差をプロットする工程をさらに含む、請求項45に記載の方法。
- それぞれの曲線の部分を重ね合わせることにより、融解曲線を温度シフトさせる工程をさらに含む、請求項45に記載の方法。
- 温度シフトされた曲線間での温度差をプロットする工程をさらに含む、請求項47に記載の方法。
- 以下の式:
Xは、酸素、イオウ、セレニウム、テルリウムまたはC(CH3)2およびNR1から選択される部分であり、ここでR1は、水素またはC1-6アルキルであり;
R2は、C1-6アルキル、C3-8シクロアルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキルおよびジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキレンカルボキシレート、アルキレンカルボキサミド、アルキレンスルホネート、場合により置換された環状ヘテロ原子-含有部分、および場合により置換された非環状ヘテロ原子-含有部分からなる群から選択され;
t=0または1であり;
Zは、0または1から選択される電荷であり;
R3、R9、およびR10は、それぞれ独立して、水素およびC1-6アルキルからなる群から選択され;
n=0、1、または2であり;そして
Qは、以下のもの:
ここでR4、R5、R6、R7、およびR8は、独立して、水素、ハロゲン、アルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アルケニル、ポリアルケニル、アルキニル、ポリアルキニル、アルケニルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アルキルチオ、およびジアルキルアミノ(これらのそれぞれは場合により置換されていてもよい);非環状ヘテロ原子-含有部分または環状ヘテロ原子-含有部分;BRIDGE- DYE;および反応性基(reactive group);からなる群から選択され、これらのそれぞれは場合により4級アンモニウム部分を含む;
を有する化合物。 - Xが、酸素またはイオウである、請求項49に記載の化合物。
- R2が、C1-6アルキル、C3-8シクロアルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキレンスルホネート、場合により置換された環状ヘテロ原子-含有部分、および場合により置換された非環状ヘテロ原子-含有部分からなる群から選択される、請求項49に記載の化合物。
- R3、R9、およびR10は、それぞれ独立して、水素およびメチルからなる群から選択される、請求項49に記載の化合物。
- R4、R5、R6、R7、およびR8は、独立して、水素、ハロゲン、チオール、アルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノ、4-メチルピペラジニウム-1-イル、およびアリールからなる群から選択される、請求項49に記載の化合物。
- tが1であり、n=0であり、そしてR4、R5、R6、R7、およびR8の少なくとも1つが、ハロゲン、チオール、C2-6アルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノ、4-メチルピペラジニウム-1-イル、およびアリールからなる群から選択される、請求項49に記載の化合物。
- R5が、ハロゲン、チオール、C2-6アルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノ、4-メチルピペラジニウム-1-イル、およびアリールからなる群から選択される、請求項57に記載の化合物。
- R2が、C1-6アルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、およびアルキレンスルホネートからなる群から選択される、請求項57に記載の化合物。
- R3、R9、およびR10が、それぞれ水素であり;そしてR2が、C1-6アルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、およびアルキレンスルホネートからなる群から選択される、請求項57に記載の化合物。
- R5が、C2-6アルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノ、4-メチルピペラジニウム-1-イル、およびアリールからなる群から選択される、請求項57に記載の化合物。
- 少なくとも部分的に二本鎖である標的核酸を、少なくとも50%飽和%を有するdsDNA結合色素と混合して、混合物を形成する工程、そして
混合物を加熱するにしたがって、dsDNA結合色素から出る蛍光を測定することにより、標的核酸についての融解曲線を作成する工程
を含む、核酸を解析する方法。 - 標的核酸についての融解曲線を、第二の核酸についての融解曲線と比較する工程をさらに含む、請求項63に記載の方法。
- 標的核酸が、第一の個体に由来するHLA遺伝子座位であり、そして第二の核酸が、第二の個体に由来するHLA遺伝子の同一の座位である、請求項63に記載の方法。
- 標的核酸についての融解曲線が第二の核酸についての融解曲線に類似しており、そして
標的核酸と第二の核酸との混合物についての融解曲線を作成する工程、そして
標的核酸についての融解曲線または第二の核酸についての融解曲線を、標的核酸と第二の核酸との混合物についての融解曲線と比較する工程
をさらに含む、請求項65に記載の方法。 - 標的核酸と第二の核酸とを混合して混合物を作製する工程、
dsDNA結合色素を添加する工程、
混合物を加熱および冷却する工程、
混合された標的核酸と第二の核酸についての融解曲線を作成する工程、そして
混合された標的核酸と第二の核酸についての融解曲線を標的核酸についての融解曲線と比較する工程、
をさらに含む、請求項63に記載の方法。 - 1対のオリゴヌクレオチドプライマーおよび増幅試薬を混合物に対して添加する工程、
混合物を増幅する工程、
をさらに含み、ここで増幅工程が融解曲線作成工程の前に生じる、請求項63に記載の方法。 - 増幅試薬、
標的核酸を増幅するように設計したオリゴヌクレオチドプライマー、および
少なくとも50%の飽和%を有するdsDNA結合色素、
を含む、標的核酸を増幅するためのキット。 - dsDNA結合色素が、少なくとも90%の飽和%を有する、請求項69に記載のキット。
- dsDNA結合色素が、少なくとも99%の飽和%を有する、請求項69に記載のキット。
- 色素がLC Greenである、請求項69に記載のキット。
- 色素が、JO-PROTM-1、GelStar(商標)、SYTO(商標)44、SYTO(商標)45、POPOTM-3、SYTO(商標)12、TOTOTM-3、SYTO(商標)16、SYTOX(商標)Blue、Thiazole Orange、YOYOTM-3、SYTO(商標)43、SYTO(商標)11、SYTO(商標)13、SYTO(商標)15、BOBOTM-3、LO-PROTM-1、SYTO(商標)23、SYTO(商標)20、BOBOTM-1、POPOTM-1、G5、H5、D6、P6、Y6およびD8からなる群から選択される、請求項69に記載のキット。
- 色素が、約410〜460 nmの励起極大、および約450〜500 nmの放射極大を有する、請求項69に記載のキット。
- 増幅試薬が、熱安定性ポリメラーゼを含む、請求項69に記載のキット。
- 以下の式:
Wは、-C(R8)=または-N=であり;
Aは水素であるか、またはAは、アルキル、ハロ、アミノ、ハロアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アルキルスルホニル、ハロアルキルスルホニル、アリールスルホニル、アルキルチオ、アリールチオ、ホルミル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、カルボン酸誘導体、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、トリアルキルアンモニウム、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノからなる群からそれぞれ独立して選択される1またはそれ以上の置換基を示し、これらのそれぞれは、アルキル、アミノ、モノまたはジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキルにより場合により置換されていてもよいか、またはアルキル基により窒素上で場合により4級化(quaternized)されていてもよく;
Bは水素であるか、またはBは、アルキル、ハロ、アミノ、ハロアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アルキルスルホニル、ハロアルキルスルホニル、アリールスルホニル、アルキルチオ、アリールチオ、ホルミル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、カルボン酸誘導体、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、トリアルキルアンモニウム、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、ピペリジノ、ピペラジノからなる群からそれぞれ独立して選択される1またはそれ以上の置換基を示し、これらのそれぞれは、アルキル、アミノ、モノまたはジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキルにより場合により置換されていてもよいか、またはアルキル基により窒素上で場合により4級化されていてもよく;
R2は、C1-6アルキル、C2-6アルキル、C3-8シクロアルキル、アリール、アリール(C1-2アルキル)、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、モノアルキルアミノアルキル、ジアルキルアミノアルキル、トリアルキルアンモニウムアルキル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アルキレンカルボキシレート、アルキレンカルボキサミド、アルキレンスルホネート、およびアルキレンスルホン酸からなる群から選択され;
R5は、C1-6アルキル、C2-6アルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、トリアルキルアンモニウム、ジアルキルアミノアルキル、およびトリアルキルアンモニウムアルキル、アリール、ヘテロアリールからなる群から選択され、これらのそれぞれは置換されていてもよく;
R8は、水素、ハロゲン、アルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アルケニル、ポリアルケニル、アルキニル、ポリアルキニル、アルケニルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アルキルチオ、およびジアルキルアミノ(これらのそれぞれは場合により置換されていてもよい);非環状ヘテロ原子-含有部分または環状ヘテロ原子-含有部分;BRIDGE-DYE;および反応性基からなる群から選択され;
Xは酸素またはイオウであり;そして
Lは脱離基である;
である、前記方法。 - Wが-CH=である、請求項79に記載の方法。
- R5が、C2-6アルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、モノアルキルアミノ、ジアルキルアミノ、トリアルキルアンモニウム、ジアルキルアミノアルキル、およびトリアルキルアンモニウムアルキル、アリール、ヘテロアリールからなる群から選択され、これらのそれぞれが場合により置換されていてもよい、請求項76に記載の方法。
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