JP2005539215A - チップ基材上でのゲル化反応により作製されたバイオチップ - Google Patents

チップ基材上でのゲル化反応により作製されたバイオチップ Download PDF

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Abstract

本発明は、ゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップ、該バイオチップの作製方法、及び該バイオチップの使用方法を提供する。
前記バイオチップは、チップ基材の表面に生体物質が共有結合により固定された従来のバイオチップとは異なって、生体物質がその中の気孔に捕集されカプセル化されているゲル状のスポットがチップ基材上に集積及び固定されたバイオチップである。

Description

本発明は、ゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップ、該バイオチップの作製方法、及び該バイオチップの使用方法に係る。
バイオチップは、新規のナノテクノロジー(Nanotechnology、NT)、バイオテクノロジー(Biotechnology、BT)、情報テクノロジー(Informationtechnology、IT)が融合された代表的な例のものである。バイオチップは、NT等の物質技術と該技術のコンテンツ及び応用分野であるBT、及び結果を解析し多量の結果を分析するIT技術とがあいまって出来上がった技術である。
バイオチップは、各種の生体物質を単位面積の固状支持体の表面に高集積マイクロアレイ(High−Density Microarraying)したものであって、表面に付着する生体物質によってDNAチップ、タンパク質チップ、セルチップ、ニューロンチップ等の各種のチップに分けることができる。また、バイオチップは、マイクロ流体学技術とあいまってLOC(Lab−on−a−chip)に発展しつつある。
バイオチップの詳細技術としては、生体物質を固定化させる技術、固状支持体を生体物質親和的にする技術、生体物質をマイクロアレイする技術、出来上がったチップ上において種々の生体反応を施すアッセイ技術、反応済みの結果を感知する技術、固定化対象の生体物質を作るタンパク質工学、遺伝子組み換え技術等が必要である。
本発明が代表的に応用され得るタンパク質チップは、バイオチップの一種であって、タンパク質チップは、各種のタンパク質を単位面積の固状支持体の表面に高集積マイクロアレイしたものである。タンパク質チップを用いると、少量の試料で疾病の診断、ハイスループット・スクリーニング(HTS)、酵素活性測定等のタンパク質を用いた様々な目的の実験を大規模で且つ容易に実施することができる。
既に開発され常用化されたDNAチップの作製と同様な原理と技術要素を導入してタンパク質チップを作製しようとする努力が行われている。一般に、常用化されたDNAチップの大半は、コート物質で表面を前処理したガラス板上にDNAを固定化して作製したものである。DNAチップの作製に用いられる方法と類似の方法でタンパク質チップを作製する場合、即ち、コート物質で表面を前処理したガラス板上にタンパク質を固定化することでタンパク質チップを製造する場合では、固定されるターゲットタンパク質の物理化学的特性の差により様々な問題点が生じている。
初期のタンパク質チップは、表面処理されたガラス板上にタンパク質をそのまま付着させた後、簡単な結合分析(binding assay)を行うものであったが、固定化されたタンパク質の活性有無によって実際の作動有無が左右され、本来の目的を達成するのに多くの困難があった(MacBeath及びSchreiberの文献[Science289:1760、2000]参照)。かかる問題点は、前述したようにタンパク質が有する固有の物理化学的特性の差により生じるタンパク質の変性(denaturation)或いは不活性化、分解(degradation)等からもたらされるものである。かかる問題点を克服すべく、DNAとは区別されるタンパク質の特性に符合するタンパク質付着表面の処理技術及びタンパク質固定物質等に関する研究が行われている。
かかる研究は、タンパク質チップの表面上において固定反応を起こしつつ、タンパク質の活性を保持するための方法を提供することにフォーカスが合わせられており、例えば、パーキンエルマー社(PerkinElmer)に最近引き取られたパッカードバイオサイエンス(Packard Bioscience)社製のヒドロゲル(Hydrogel,登録商標)コートスライド、プロリングス(Prolinx)社製のバーサリンクス(Versalinx)チップ、ザイオミックス(Zyomyx)社製のバイオチップのPDCチップ等が挙げられる。
特に、ヒドロゲル・コートスライドは、三次元ポリアクリルアミド・ゲルを用いた技術であって、光学的に平らなシラン処理されたスイス(Swiss)ガラスを基本支持物質として使用し、その上に表面を変形させたアクリルアミド重合体を載置してタンパク質の結合力及び構造的安定性を向上したものである。ここで、タンパク質は、ポリアクリルアミド・ゲルの官能基と共有結合を形成して固定化されている。
また、プロリングス社のバーサリンクスチップは、TiO表面上にビオチン誘導体化されたポリ(L-リシン)-g-ポリ(エチレングリコール)の自己組織化単分子膜(self assembly monolayer)を形成し、該形成された表面にタンパク質を固定化してタンパク質の活性を増加させたものである。
これらの方法は、三次元的なマイクロ構造をつくり、変形された表面にタンパク質を共有結合等で固定化することでスポット状のタンパク質の活性を保持するのに役立てるものである。これらの方法の他にもマイクロ加工を用いたマイクロウェル形態のチップを作って液状のチップを作製したりもする。
一方、本発明で用いられるゾル−ゲル工程は、マイクロ加工によりマイクロ構造を作るのに用いられてきた技術であって、特に、無機物質に生体分子を化学的に付着させる代わりに、穏和な工程により結合網を形成し、この結合網内に生体分子を共有結合ではない方法で固定化するのに多く用いられてきた技術である(非特許文献1参照)。酵素を始めとする多くの生体分子が塊状ゾル−ゲル・マトリックス内に固定され、生体触媒やバイオセンサの作製にも用いられている(非特許文献2参照)。特に、透明な光学的性質のため、光学的発色の検出にも用いられている。(非特許文献3参照)。また、生体分子は、ゾル−ゲルに固定化されると化学的に安定化するのみならず、熱的にも非常に安定化すると知られている(非特許文献4参照)。
バイオセンサーの場合、ゾル−ゲル反応は単なる固定のみならず、固状支持体上にマイクロ構造を形成しパターン化する方法として用いられている。ここで、パターン化方法では、流体力学を用いて液状のゾルをモールドにて形をつくり、ゲル化した後、モールドを取り外してパターンを形成する。例えば、毛細管内のマイクロ−モジューリング(Micro−Moduling in−capillaries;MIMIC)技法(非特許文献5、非特許文献6、非特許文献7参照)と指称される技術は、メゾスコピック(mesoscopic)シリカをパターン化する技術である。この技術は、マイクロ流体工学の基本的なパターン化に用いられ得る。
しかし、タンパク質の活性は、pH等の各種の因子により影響を受けるため、ゾル−ゲル過程では、ゾル状態からタンパク質を加えることで活性を保つ条件を設定することが重要である。このために、中性pH等の各種の穏和な条件を用いてタンパク質とゾルとを予め混ぜ合わせてタンパク質をパターン化するといった技術(非特許文献8参照)が発表されているが、中性pHでは、ゾル−ゲル過程が急激に進んでゲルになるのみならず、添加剤の選択によっては割れが生じたり不透明になる等の問題点がある。
Gill I.、Ballesteros A.ら、Trends Biotechnol.18:282、2000 Reetzら、Adv.Mater.9:943、1997 Edminstonら、J.Coll.Interf.Sci.163:395、1994 Daveら、Anal.Chem.66:1120、1994 Kimら、J.Ferment.Bioeng.82:239、1995 Marzolinら、Adv.Mater.10:571、1998 Schullerら、Appl.Optics 38:5799、1999 Kimら、Biotechnol.Bioeng.73:331〜337、2001
本発明の目的は、ゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップ、前記バイオチップの作製方法、及び前記バイオチップの使用方法を提供することである。
従来では、タンパク質を始めとする生体物質が含有されたゾル−ゲル・マトリックスをスポット状にチップ基材上に付着可能な技術が存在していなかったため、生体物質が固定されたゾル−ゲル・マトリックスをスポット状に集積したバイオチップが存在していなかった。
本発明は、下記のようにチップ基材の表面処理技術を開発することにより、チップ基材上でのゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップを初めて提供することができるようになった。本発明に係るチップ基材の表面処理技術により、生体物質が含有されたゾル混合物をスポット状にチップ基材上に集積でき、前記ゾル混合物をゲル化させるゾル−ゲル反応をチップ基材上で引き起こすことができ、更に、ゾル−ゲル・マトリックスをチップ基材上に固定化できる。
本発明は、チップ基材の表面に生体物質が共有結合により固定された従来のバイオチップとは異なって、生体物質がその中の気孔に捕集されカプセル化されているゲル状のスポットがチップ基材上に集積及び固定されたバイオチップを提供する。
本発明は、表面処理されたチップ基材上に生体物質を含有するゾル状の混合物をスポット状に集積する第1のステップ;及びチップ基材上にスポット状のゾル混合物をゲル化反応させる第2のステップと;を含むバイオチップの作製方法を提供する。
前記ゾル混合物のゲル化反応によりゲルの三次元網状組織が形成され、前記三次元網状組織により気孔が生じ、前記気孔中に生体物質が捕集される。結局として、チップ基材上に集積されたゲル状のスポット中に生体物質がカプセル化されたバイオチップを提供することができる。
また、本発明は、チップ基材上でのゾル−ゲル反応により生体物質が固定されたバイオチップに、前記生体物質との結合可否を分析するターゲット物質を含む試料を適用する第1のステップ;及び前記生体物質に特異的に結合されたターゲット物質を検出する第2のステップと;を含むバイオチップ上に固定された生体物質とターゲット物質との結合を分析する方法を提供する。
本発明は、チップ基材の表面処理技術を開発することにより、チップ基材上でのゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップを初めて提供することができるようになった。本発明に係るチップ基材の表面処理技術により、生体物質が含有されたゾル混合物をスポット状にチップ基材上に集積でき、前記ゾル混合物をゲル化させるゾル−ゲル反応をチップ基材上で引き起こすことができ、更に、ゾル−ゲル・マトリックスをチップ基材上に固定化できる。
本発明のバイオチップは、チップ基材上に集積されたスポットがその中に生体物質をカプセル化し、共有結合することなくフリー方向性を呈することができるように生体物質を担持したキャリア形態であって、新規概念のバイオチップである(図8参照)。
また、本発明によるバイオチップの作製時、チップ基材上でシリケートによるゾル−ゲル反応を引き起こして固定化させる方法は、新規概念のバイオチップの作製方法である。
本発明のバイオチップでは、生体物質を含むゾル混合物をチップ基材上でゲル化反応させることにより、生体物質をゲル・マトリックスに共有結合にて結合させることではなく、生体物質をゲル・マトリックスにより形成された気孔中に担持し、ゲル・マトリックスで形成されたスポットによりカプセル化することにより、生体物質の反応性を向上することができる。
従って、本発明をタンパク質チップに応用する場合、多くの量のタンパク質を個別のスポット中にタンパク質の立体構造を保ったまま入れることができるため、向上した敏感度を有するチップを作製することができる。また、多くのタンパク質がゾル−ゲル反応の基本物質であるシリケート構造物中の生体親和的な添加物により安定化し得るため、活性も同じく顕著に向上することができる。
(1)チップ基材の表面処理
本発明は、分子量の範囲が800(200,000のポリビニルアセテート(PVAc)、分子量の範囲が70,000(120,000のポリ(ビニルブチラール-co-ビニルアルコール-co-ビニルアセテート)、分子量が10,000以上のポリ(メチルメタクリレート-co-メタクリル酸)、分子量が200,000以上のポリ(メチルビニルエーテル-無水マレイン酸)、分子量が1,000,000以上のポリ(メチルビニルエーテル-無水マレイン酸)、分子量が10,000以上のポリ(メチルアクリレート)、3-グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン(GPTMOS)よりなる群から選ばれたコート剤を塩化メチレン(MC)、テトラヒドロフラン(THF)、エタノール、メタノール、ブタノール、メチルエチルケトン、アセトン、イソプロピルアルコール(IA)、エチルアセテート(EA)、メチルイソブチルケトン(MIBK)、ジ-アセトンアルコール(DAA)等よりなる群から選ばれた溶媒に溶解させたことを特徴とするチップ基材用コート液を提供する。
前記溶媒は、低い沸点を有する有機溶媒である。
前記溶媒の使用濃度は、総コート液に対し、5(20重量%の範囲が好ましく、より好ましくは、5重量%、10重量%、15重量%、20重量%である。
前記のようなコート剤を使用してチップ基材をコートすると、機能的にチップ基材上におけるゲル化反応を促進させ、ゲル化後も抗原・抗体反応等の水溶液中でのアッセイと激しい洗浄(washing)段階でもゲル状態が崩れないのみならず、物性面でも疎水性であることからスポットの形状を保ち、硬度が高く、光学的に透明にコートされており、反応後におけるバックグラウンド・レベルを下げる。前記コート剤の使用分子量と濃度は、実験の結果、上述のような物性と機能性を保たせるのに最も適していると示された。
また、本発明は、前記コート液でチップ基材をコートしたバイオチップ用基材を提供する。前記コート方法としては、スピンコートが好ましい。
更に、本発明に使用可能なチップ基材としては、一般に使用されるガラス、石英、シリコン、プラスチック、ポリプロピレン、ポリカーボネートまたは活性化したアクリルアミド等を使用することができるが、光学的な方法で測定及び分析するために、チップ基材は、光学的に透明なものであることが好ましい。従って、このために、チップ基材として、ポリメチルメタクリル酸(PMMA)、ポリカーボネート(PC)、環状オレフィン共重合体(COC)等の光学的に優れた高分子を使用することができる。
チップ基材は、多量のサンプルを多くのマーカーで反応させ得る形態で作製することができる。
(2)チップ基材上でのゲル化反応のためのゾル状の混合物の調製
チップ基材上でのゲル化反応によりチップ基材の表面にタンパク質を始めとする生体物質をカプセル化したスポットを高密度にて集積固定化するために、本発明は、ゾル−ゲルカプセル化に使用されるゾル−ゲル・マトリックス用基本物質として、シリケート単量体、下記の添加剤を使用することができる。
添加剤としては、ポリグリセリルシリケート(PGS)、3-グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン(3-Glycidoxypropyltrimethoxysilane;GPTMOS、98%)、(N-トリエトキシシリルプロピル)-O-ポリエチレンオキサイドウレタン[(N-triethoxysilylpropyl)-O-polyethylene oxide urethane;PEOU]、グリセロール、分子量400(10,000範囲のポリエチレングリコール(PEG)等が挙げられる。
シリケート単量体としては、テトラメチルオルソシリケート(TMOS)、テトラエチルオルソシリケート(TEOS)、メチルトリメトキシシラン(MTMOS)、エチルトリエトキシシラン(ETrEOS)、トリメトキシシラン(TMS)、メチルトリメトキシシリケート(MTMS)、3-アミノプロピルトリメトキシシリケート等が挙げられる。
特に、シリケート単量体、及び添加剤のうちのPGS、GPTMOS、PEOUは、単独でもゾル−ゲル反応が可能であるためゾル−ゲル・マトリックスを形成することができる。
好ましくは、シリケート単量体のうちの少なくとも1種と前記添加剤のうちの少なくとも1種との混合物を、ゾル−ゲル・マトリックス用基本物質として使用することができる。
ゾル−ゲル・マトリックス用基本物質としてのシリケート単量体と添加剤は、総ゾル溶液に対し、30〜60体積%の範囲で使用することが好ましい。
シリケート単量体は、総ゾル混合物に対し、10〜40体積%の範囲で使用することが好ましく、より好ましくは、20〜40体積%の範囲である。前記添加剤は、総ゾル混合物に対し、2〜10体積%の範囲で使用することがより好ましい。前記添加剤の使用量が10体積%を超える場合、ゾル混合物との相容性に劣り、チップ基材上へのスポットの形成がうまく行われない。
一方、表1、2に提示されたように、所望の生体物質の大きさ、タンパク質の活性、ゾル−ゲルの反応速度、スポットのモーフォロジー(Morphology)等を考慮し、用途に合わせて前記添加剤を選択し使用することができる。
添加剤は、総ゾル溶液に対し、それぞれPGS:0.5〜6体積%、GPTMOS:1〜10体積%、PEOU:5〜15体積%、グリセロール:1〜5体積%、PEG:1〜6体積%の範囲で使用することが好ましい。
ポリグリセリルシリケート(PGS)は、シリケート単量体とグリセロールとの反応で得られる重合中間体である。
前記重合中間体(PGS)は、気孔の大きさを調節するに当たって重要な機能を果たす物質である。バイオチップの表面に集積された生体物質(例えば、タンパク質)と反応物質との反応が起こり易くするためには、固定されたゲルが最適化された気孔の大きさを有することが好ましい。従って、好ましくは、前記PGSは、総ゾル溶液に対し、0.5〜6体積%の範囲で添加して気孔の大きさを調節することができる。
ポリグリセリルシリケート(PGS)は、単量体として、テトラメチルオルソシリケート(TMOS)、テトラエチルオルソシリケート(TEOS)、メチルトリメトキシシラン(MTMOS)、エチルトリエトキシシラン(ETrEOS)、トリメトキシシラン(TMS)、メチルトリメトキシシリケート(MTMS)、3-アミノプロピルトリメトキシシリケートから選ばれる少なくとも1種のシリケート誘導体とグリセロールとを反応させて得られる。ポリグリセリルシリケート(PGS)は、当分野における公知された方法により作製することができる。
チップ基材の表面上でゲル化反応するゾル混合物は、シリケート及び前記添加剤よりなる群から選ばれた少なくとも1種の物質とチップの表面上に集積しようとする生体物質(例えば、タンパク質)を含む。
本発明によりバイオチップに固定され得る生体物質としては、ターゲット物質と特異的に結合することでこれら間の結合を分析可能にする物質であればいずれでもよい。好ましくは、DNA、RNAまたはPNAを含む核酸、タンパク質またはオリゴペプチド等が挙げられる。
本発明によりチップ基材の表面に高密度で集積可能な生体物質のうちのタンパク質の非制限的な例としては、HIV p24、Combo、RgpIII、IgG−Cy3を含み、感染性疾病の診断(infectious disease diagnosis)用抗原或いは抗体、またはAFP(Alpha Fepto Protein)を含むガン診断(cancer diagnosis)用抗原或いは抗体、活性の測定に用いられる酵素等がある。また、タンパク質、抗原、抗体のみならず、新薬の開発に用いられる低分子物質も集積が可能である。
前記ゾル混合物は、pH緩衝溶液を更に含むことが好ましい。前記pH緩衝溶液としては、リン酸塩緩衝液を使用することが好ましく、pHは、4〜9の範囲から選択することができ、非制限的な例として、pH5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5がある。
前記pH緩衝溶液の濃度は、5〜100mMの範囲が好ましく、非制限的な例として、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100mMがある。
タンパク質チップの場合、集積のためには、ゾルのゲルになる時間が遅延するように調節することがゾル−ゲル過程の勝敗を決め付ける重要な要素の一つである。また、組成の適切な配合によりゾル−ゲル過程の間適宜の粘度を保ち、ゲルになった後、光学的に有用な物質に作り上げることもタンパク質チップの作製におけるもう一つの重要な要素である。
このために、本発明は、ゾル−ゲル化合物の添加剤の種類、及び添加組成とゲル化反応条件(温度、湿度)等を調節し、本発明の実施例で明示した条件に基づき、ゲル化時間を最大24時間まで延ばすことができる。
(3)ゾル−ゲルカプセル化反応を用いて生体物質をバイオチップの表面に固定化
本発明は、前記調製されたゾル混合物を前記チップ基材上にスポット状に適用し、前記チップ基材上でゲル化反応させ、ゲルの三次元網状組織により形成された気孔(pore)に生体物質が捕集されたバイオチップを提供する。
前記生体物質は、チップ基材上でゲル状のスポットによりカプセル化されており、ゲル状のスポットカプセルは、チップ基材上に固定されている。
前記ゾル混合物は、前記本発明の方法でコートされたチップ基材の表面に高密度マイクロ集積機を用いて集積することができる。この時、ゲル化反応条件は、温度4℃〜25℃、湿度40〜80%である。
タンパク質チップの場合、スポット径は、約100〜500μmが好ましく、1cm当たりに1〜1000個のスポットを集積することが好ましい。
下記の実施例では、100スポット/cmのチップを製作したが、高集積時には、1,000スポット/cmまで可能である。
本発明のバイオチップは、タンパク質チップ、DNAチップのみならず、新薬のスクリーニングチップと環境及び毒性の分析チップにも使用可能である。
(4)本発明のバイオチップの応用
本発明は、前記チップ基材上でのゾル−ゲル反応により生体物質が固定されたバイオチップに、前記生体物質との結合可否を分析するターゲット物質を含む試料を適用するステップと;前記生体物質に特異的に結合されたターゲット物質を検出するステップと;を含むバイオチップ上に固定された生体物質とターゲット物質との結合を分析する方法を提供する。
本発明では、気孔中に生体物質を捕集し生体物質をカプセル化したゲル状のスポット内の気孔中で生体物質とターゲット物質との反応が起きる。
ターゲット物質は、検出が容易になるように、蛍光染料等のような信号誘発物質をラベルすることが好ましい。生体物質とターゲット物質との結合に関する検出は、ターゲット物質にラベルする信号誘発物質の種類によって、現在多用されている蛍光検出法、電気化学的検出法、質量の変化を用いた検出法、電荷量の変化を用いた検出法、または光学的性質の差を用いた検出法等の各種の方法により行うことができる。
本発明によりゾル−ゲル反応で作製されたバイオチップの場合、反応時間が既存の免疫診断やバイオチップに比べて30分から2時間内に抗原−抗体反応を含む診断に要する反応と分析結果を出すことができる。
本発明によるバイオチップは、疾病の診断に応用することができ、新薬開発の基盤技術のみならず、環境及び毒性の分析に使用することができ、速く且つ非常に敏感なバイオチップとしての役割を果たすことができる。
本発明により作製されたタンパク質チップは、免疫診断の方法としてSandwich Assay方法と同様に抗原を蛍光染料でラベルして診断に使用することができる。ここで、結果を測定するステップにおいて蛍光スキャナーを使用し、所定のプログラムにより診断結果を分析し定量化することができる。
本発明により作製されたタンパク質チップは、HIVの診断方法に使用することができる。
本発明は、混合ゾル溶液状態で生体物質を添加することができるため、タンパク質または低分子物質の高集積が可能であり、この結果、作製されたバイオチップを用いてハイスループット・スクリーニング(HTS)が可能である。
また、混合ゾル溶液にタンパク質の活性の測定に用いられる酵素物質が集積可能であるため、この結果、作製されたバイオチップを酵素の活性測定方法に使用することができる。前記活性測定用酵素として、毒性分析、環境分析、食品菌分析に用いられる酵素等がある。
かかる抗原−抗体の診断反応は、Memorec社製の自動化されたA−Hyb chamberで実施することができ、また手動で外部において反応を実施することもできる。
(5)本発明の技術を用いた種々の製品群のプロトタイプ
本発明のチップ上でのゲル反応を用いると、一つのチップ上において最大10,000個以上のスポットに各種のタンパク質、及び抗原、抗体のみならず、低分子物質、バクテリア等を集積することができる。図7に示すように、本発明は、代表的に採血時における輸血適合性(感染疾患マーカー、例えば、HIV I、II、HCV、HBV、マラリア、H.pylori、Syphillis)をスクリーニングするBlood Bank Screeningに用いることができるのみならず(図7a)、一般のガンの診断マーカーと特定のガンの診断マーカーを一遍に診断することができる(図7b)。
本発明を実施例に基づいて詳細に説明すると、次の通りである。なお、下記の実施例は、本発明を例示するためのものに過ぎず、これらの実施例で限定されるものではない。
第1の実施例:PGS合成の例
テトラメチルオルソシリケート(TMOS)0.048モルとメタノール(10%)をよく混ぜ合わせた後、HCl(0.25M)を加えた。この混合溶液を還流しながら70℃で6時間反応させた。
反応混合溶液の温度を50℃まで下げた後、グリセロール(0.192モル)を加えた後、この混合溶液を50℃で16時間反応させた。メタノールを除去することで得られたポリグリセリルシリケート(PGS)を次のプロセスに使用した。
第2の実施例:チップ上でのゲル化反応によるタンパク質チップの作製
第1の実施例で合成されたポリグリセリルシリケート(PGS)20%(g/ml)水溶液とその他の添加剤を含むゾルをチップ上にスポットし、チップ上でのゲル化反応によりタンパク質チップを作製した。
ステップ1:チップ基材の表面処理
PMMAで作製したスライド(76mm×26mm)上に3%のポリ(メチルアクリレート)/THFからなるコート液でスピンコートを施した。スピンコートは、Laurellスピンコーターにて500rpmで10秒間前処理を施した後、1,000rpmで40秒間実施した。
ステップ2:ゾル混合物の調製
ゾル混合物を調製するために、ポリグリセリルシリケート(PGS)水溶液、PEOU、PEG、グリセロール、GPTMOS、MTMSのうちから選ばれたいずれか1種の添加剤;テトラメチルオルソシリケート(TMOS);メチルトリメトキシシラン(MTMOS)を混ぜ合わせた。HCl(最終濃度:5mM)を添加して混ぜ合わせた後、リン酸ナトリウム(最終濃度:10mM、pH7)、タンパク質(最終量:50pg)及びPBS溶液(15%)を入れて十分に混ぜ合わせた。使用されたタンパク質は、第3の実施例乃至第5の実施例で詳細に説明されている。
ステップ3:タンパク質チップの作製
前記ステップ1で表面処理を施したスライド上にステップ2で用意されたゾル混合物をアレイヤー(Cartexian)のインクジェット集積プログラムを用いて直径100〜500μm程の円形スポットになるようにチップの表面に集積し、25℃、80%の湿度でそのまま放置しゲル化反応を進めさせることでタンパク質チップを完成した。
第3の実施例:ゾル混合物の組成と生体物質との関係
本実施例では、シリケート単量体のみならず、各種の添加剤を使用することにより、タンパク質チップに固定しようとするタンパク質の大きさと種類(例えば、p24またはBSAタンパク質の大きさによって)或いは、抗原または抗体の使用によって最高の性能を示す組成を見出すことを目的としている。
前記組成は、最高の敏感度を示すゾル混合物の成分を見出すために、血液との反応時のバックグラウンド・レベル(background level)が最小で且つシグナル(signal)が最大を示し、またアッセイ反応の間、表面にゲル化したタンパク質が堅固に付着され、スポットの形状も定量分析し易い形状を示すことを基準にして選定した。これだけでなく、クォリティーの制御を容易にすべくデータ間の変異が小さいことも基準にした。
この結果、下記の表2で表すように、P24のような小さい抗原タンパク質を使用した場合、組成5の場合が同基準として最も適していることが分かる。特に、PEG8000を添加剤として使用した場合に最も優れた三次元構造を有するスポットを作るに寄与し、スライドの表面積当たりに多くのスポットを付けることができ、インキュベーションの後、カプセル化されたタンパク質に対して均一なシグナル強度(signal intensity)が示された。
小サイズの抗原とは異なって、そのサイズが比較的に大きい抗体を使用した場合、組成8が前記基準を考慮してみるに最も優れた性能を示している。特に、スポット・モーフォロジー(spot morphology)、シグナル強度(signal intensity)のいずれも均一な様相を示している。
表2から抗原に適する組成と抗体に適する組成とが異なることが分かる。
第4の実施例:タンパク質チップの性能分析
第2の実施例と同様な方法と表1における組成5と同一の成分で作製され、HIV P24タンパク質を固定したタンパク質チップに対し、集積されたスポットの物理的な特性、スポット中に固定化されたタンパク質の活性化状態、敏感度等のチップの性能を調べてみた。
実験1:CLSMを用いたスポット断面の観察
実際にスポット内のゲル中にタンパク質が存在し、三次元的にタンパク質が高集積され得るか否かを調べてみるために、共焦点走査型レーザー顕微鏡(Confocal Laser Scanning Microscope;CLSM)で断層別に測定した。その結果、図4に示すように、HIV P24タンパク質がゲル中に存在し、多量のタンパク質が集積されていることが確認できた。
実験2:タンパク質チップの最大敏感度の測定
実際に血液を処理した血清を用いて抗原−抗体反応を進めさせるために、まず、チップの表面で行われる各種の反応条件でもカプセル化されたタンパク質が依然として残留し得るか否か、また、シグナルが、無作為ではなく正確に抗原−抗体反応によりのみ示されるか否かを調べてみるために、Cy3でラベルしたCy3−共役の抗−ウサギ IgG(Sigma−Aldrich社)をタンパク質の代わりにゾル混合物(第2の実施例で記載したすべての組成に対しいずれも実施する)に入れ、チップ上でのゲル化反応を経て作製されたチップを、既存の診断方法と同様に第1次抗体反応、洗浄、第2次抗体反応、洗浄、乾燥の順に反応させ、スキャナでの感知時にシグナルが鮮明に見えることが確認でき、定量的にもバックグラウンドに比べて数千倍も高いことが分かる(図示せず)。
実際にAIDS診断に使用されるHIV P24タンパク質をゾル混合液に入れ、第2の実施例(表1中の組成5)と同様にバイオチップを作製し、AIDS患者の血液中の抗体との反応を試験した。図1aは、バイオチップに固定されたP24タンパク質が血液中のHIV抗体と反応し、それをCy3でラベルした抗体が認識したシグナルを示す図である。対照群としてタンパク質をゾルに含んでいない場合は、反応が起こらないことが分かった。
これに基づき、血液中の抗原が測定できる最小濃度を見出すために、知っている濃度のAIDS抗原を100ng/mlから次第にその濃度を下げながら実験を行った。本発明により作製されたチップでは、バックグラウンドに比べて5倍以上のシグナルを有する濃度は、0.01fg/mlまでであることを確認した。図1bのグラフによれば、感度の面において既存のPerkinElmer社製のヒドロゲルチップ(1pg/ml)に比べて10,000倍程度まで敏感度が向上したことが分かる。
実験3:タンパク質チップ上にゲル化反応により形成されたスポット形態の観察
タンパク質チップの表面に集積されたタンパク質スポットの透明度と割れ、及び形状を観察するために、集積されたスポットを光学顕微鏡とCLSMで観察し、その結果は、図2bの通りである。スポットが、透明で割れがなく、抗原−抗体の反応後のイメージ分析の時におけるスポットの形態も一定の形状を示すことが観察できた。図2aに示すように他の技術(Chem.Mater., 15(9)、1803−1811、2003)との比較時、スポットの形態と透明度において本発明が優位を示している。
実験4:チップ上でのゲル化反応により製作したタンパク質チップの安定性の確認
図3に示すように、4ヶ月間同スポットに対し抗原−抗体反応を施した場合、4℃または25℃に関係なく感度が5%程度の範囲内で一定に保たれることを観察した。また、本発明によりゲル化反応で形成されたスポットが、6ヶ月以上も安定しており、製品化可能であることを確認した(図示せず)。
実験5:チップ上でのゲル化反応により形成されたスポット内で反応可能なタンパク質の分布
チップ上でのゲル化反応により表面に三次元的に担持されたタンパク質がスポット内において均一に分布しているか否かを確認する目的で、前記実験2で集積したチップに対しスポットの三次元的構造を確認するためにCLSMを用いてタンパク質の分布を調べてみた。その結果は、図4の通りであり、100〜300μm程度の厚さを有するスポット内において、蛍光でラベルしたタンパク質が外面や底面に付着されておらず、内側に均一に分布していることが確認できた。
第5の実施例:診断用タンパク質チップの作製及び診断用抗原−抗体反応
実験1:HIV診断用抗原を含むタンパク質チップ
第2の実施例で使用した方法と同様にタンパク質−ゾル混合物(表1中の組成5)をチップ上でゲル化反応させ、この時に使用されたタンパク質は、精製されたHIV p24タンパク質(1μg/μl)、HIV診断に使用されるp24を含むコンボ(Combo)タンパク質(1μg/μl)、HIVポリメラーゼ RgpIII(1μg/μl)、BSA(1μg/μl)であった。
定量的な実験のために各タンパク質を10倍ずつ連続希釈し集積して、最も適した濃度条件(40pg〜4ng/spot)を見出した。
HIV診断標識因子のP24タンパク質を使用して人の血清中のHIV抗原を感知するAIDS診断の反応条件及び手順は、次の通りである。HIV p24の検出のために、抗−p24を第1次抗体として使用して25℃で30分間反応させてから、洗浄を施し、Cy3−共役の抗−ウサギ IgG(Sigma−Aldrich Company)を第2次抗体として使用して第1次抗体のインキュベーション処理と同様の条件で30分間反応させてから、洗浄を施した後、完全に空気乾燥させる。スキャナ(Exon)でCy3のシグナルを確認した。
該結果、タンパク質が入っていないスポットまたはHIVに関係のないBSAタンパク質を入れたスポットの場合は、シグナルが検出されなかったが、P24が入っている場合は、濃度依存的に検出され、40pg程度の濃度でも適切に検出されることが見られた(図5参照)。
また、P24を含むコンボ(Combo)タンパク質、HIVポリメラーゼ、RgpIIIは、反応をしてシグナルを示した(図6参照)。
前記結果をまとめてみるに、本発明で作製されたタンパク質チップ上において抗原−抗体反応が特異的に起こることが分かる。
実験2:抗原の他にも抗体を固定化する方法
前記実験1では、抗原タンパク質だけをタンパク質チップ上に固定したが、ゾル組成を調節して抗体を添加したゾル混合物を用いると、固定された抗体にも抗原−抗体反応が起こることを観察した。この時に使用した抗体は、AIDS診断に使用されるモノクローナル抗P24抗体であった。モノクローナル抗P24抗体が固定されたタンパク質チップに血液中のAIDSタンパク質を反応させ、再度第1次、第2次抗体で検出するサンドイッチ方法で検出した。
図6は、第2の実施例と同様な方法にて、抗原の場合に表1中の組成5にそれぞれの標識タンパク質を添加し、抗体の場合に表1中の組成7と8に抗体を添加してチップを作製し、前記実験1と同様にしてAIDS診断を実施した。
HIV診断用標識抗原のP24、combo、及びrgpIIIのいずれも デュープリケイトスポットのいずれからその抗原がHIV抗体により感知され、タンパク質を入れていないスポットからはシグナルが検出されなかった。また、抗体を診断用標識として使用したanti−P24の場合もHIV抗原により感知され、抗体を入れていないスポットからはシグナルが検出されなかった(図6参照)。
図6は、本発明のバイオチップが、既存の診断用チップとは差別化して抗原や抗体のいずれかを選択して診断するものではなく、同一の条件下において同じチップ上で抗原と抗体の両方とも診断できることを示している。
このように、本発明の詳細な説明では、その実施形態について説明したが、本発明の範疇を逸脱しない限度内で各種の変形が可能であることはいうまでもない。ゆえに、本発明の範囲は、説明された実施形態に限られて定められるものではなく、後述する請求の範囲のみならず、この請求の範囲と均等なものにより定められるべきである。
本発明によりチップ基材上でのゾル−ゲル反応を用いて作製したバイオチップを初めて提供することができるようになった。このようにして得られる本発明が代表的に応用され得るタンパク質チップを用い、少量の試料で疾病の診断、ハイスループット・スクリーニング(HTS)、酵素活性測定等のタンパク質を用いた様々な目的の実験を大規模で且つ容易に実施することができる。
第4の実施例により作製されたバイオチップの感度測定結果を示す図である。 図2aは、文献(Nicholas Rupcich et al.Chem.Mater.,15(9)、1803−1811、2003)に記載されたバイオチップのスポットの透明度を提示した写真図であり、図2bは、第4の実施例により作製されたバイオチップのスポットの透明度を提示した写真図である。 第4の実施例により作製されたバイオチップのシェルフライフ(Shelf life)の測定結果を示す図である。 共焦点走査型レーザー顕微鏡(Confocal Laser Scanning Microscope;CLSM)を用いて第4の実施例により作製されたバイオチップのスポットを断面撮影した写真図である。 本発明のバイオチップの作製方法によりHIV関連の標識タンパク質を集積し、これを診断に応用した具体例を示す図である。 HIV診断用の各種の標識抗原(p24、combo、rgpIII)と抗体(anti−p24)を用いてAIDSを診断した具体例を示す図である。 本発明を用いて製品化したプロトタイプを示す図であって、図7aは、血液検査に使用される診断チップの二つのプロトタイプを示し、図7bは、ガンの診断に使用される診断チップの二つのプロトタイプを示している。 本発明によるバイオチップのスポットの部分模式図である。

Claims (25)

  1. 生体物質がその中の気孔に捕集されカプセル化されているゲル状のスポットがチップ基材上に集積及び固定されたバイオチップ。
  2. バイオチップが、タンパク質チップ、DNAチップ、新薬のスクリーニングチップ、環境の分析チップ、及び毒性の分析チップ、または食品菌の分析チップとして使用されることを特徴とする請求項1に記載のバイオチップ。
  3. 分子量の範囲が800〜200,000のポリビニルアセテート(PVAc)、分子量の範囲が70,000〜120,000のポリ(ビニルブチラール-co-ビニルアルコール-co-ビニルアセテート)、分子量が10,000以上のポリ(メチルメタクリレート-co-メタクリル酸)、分子量が200,000以上のポリ(メチルビニルエーテル-無水マレイン酸)、分子量が1,000,000以上のポリ(メチルビニルエーテル-無水マレイン酸)、分子量が10,000以上のポリ(メチルアクリレート)、3-グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン(GPTMOS)よりなる群から選ばれたコート剤を塩化メチレン、テトラヒドロフラン、エタノール、メタノール、ブタノール、メチルエチルケトン、アセトン、イソプロピルアルコール、エチルアセテート、メチルイソブチルケトン、ジ-アセトンアルコールよりなる群から選ばれた溶媒に溶解させたことを特徴とするチップ基材用コート液。
  4. 前記溶媒の使用濃度は、総コート液に対し、5〜20重量%の範囲であることを特徴とする請求項3に記載のチップ基材用コート液。
  5. 請求項3に記載のコート液でコートされたチップ基材。
  6. スピンコート法によりコートされたことを特徴とする請求項5に記載のチップ基材。
  7. チップ基材は、ポリメチルメタクリル酸、ポリカーボネート、環状オレフィン共重合体よりなる群から選ばれることを特徴とする請求項5に記載のチップ基材。
  8. チップ基材は、スライド(Slide)形態であることを特徴とする請求項5に記載のチップ基材。
  9. 表面処理されたチップ基材上に生体物質を含有するゾル混合物をスポット状に集積する第1のステップ;及び
    チップ基材上にスポット状のゾル混合物をゲル化反応させる第2のステップと;
    を含むバイオチップの作製方法。
  10. 請求項5に記載のチップ基材を使用することを特徴とする請求項9に記載のバイオチップの作製方法。
  11. 前記ゾル混合物は、ゾル−ゲルカプセル化に使用されるゾル−ゲル・マトリックス用基本物質として、シリケート単量体、ポリグリセリルシリケート(PGS)、3-グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン(GPTMOS)、(N-トリエトキシシリルプロピル)-O-ポリエチレンオキサイドウレタン(PEOU)よりなる群から選ばれた少なくとも1種を含むことを特徴とする請求項10に記載のバイオチップの作製方法。
  12. シリケート単量体は、テトラメチルオルソシリケート(TMOS)、テトラエチルオルソシリケート(TEOS)、メチルトリメトキシシラン(MTrMOS)、エチルトリエトキシシラン(ETrEOS)、トリメトキシシラン(TMS)、メチルトリメトキシシリケート(MTMS)、3-アミノプロピルトリメトキシシリケートよりなる群から選ばれた少なくとも1種であることを特徴とする請求項11に記載のバイオチップの作製方法。
  13. 前記ゾル混合物は、ゾル−ゲル・マトリックス用基本物質として、グリセロール、分子量400〜8000範囲のポリエチレングリコール(PEG)よりなる群から選ばれた少なくとも1種を更に含むことを特徴とする請求項11に記載のバイオチップの作製方法。
  14. ゾル−ゲル・マトリックス用基本物質は、総ゾル混合物に対し、30〜60体積%の範囲で使用することを特徴とする請求項11又は13に記載のバイオチップの作製方法。
  15. シリケート単量体は、総ゾル混合物に対し、10〜40体積%の範囲で使用することを特徴とする請求項11に記載のバイオチップの作製方法。
  16. ポリグリセリルシリケート(PGS)、3-グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン(GPTMOS)、(N-トリエトキシシリルプロピル)-O-ポリエチレンオキサイドウレタン(PEOU)、グリセロール、ポリエチレングリコール(PEG)は、総ゾル混合物に対し、2〜10体積%の範囲で使用することを特徴とする請求項11又は13に記載のバイオチップの作製方法。
  17. 総ゾル混合物に対し、それぞれPGS:0.5〜6体積%、GPTMOS:1〜10体積%、PEOU:5〜15体積%、グリセロール:1〜5体積%、PEG:1〜6体積%の範囲で使用することを特徴とする請求項16に記載のバイオチップの作製方法。
  18. ポリグリセリルシリケート(PGS)は、シリケート単量体とグリセロールとの反応で得られる重合中間体であることを特徴とする請求項11に記載のバイオチップの作製方法。
  19. 前記ゾル混合物は、pH緩衝溶液を更に含むことを特徴とする請求項11に記載のバイオチップの作製方法。
  20. 前記pH緩衝溶液は、リン酸塩緩衝液であることを特徴とする請求項19に記載のバイオチップの作製方法。
  21. pHは、4〜9であることを特徴とする請求項19に記載のバイオチップの作製方法。
  22. pH緩衝溶液の濃度は、5〜100mMの範囲であることを特徴とする請求項19に記載のバイオチップの作製方法。
  23. ゲル化反応条件は、温度4℃〜25℃、湿度40〜80%であることを特徴とする請求項9に記載のバイオチップの作製方法。
  24. 請求項1のバイオチップまたは請求項9の作製方法により作製されたバイオチップに、前記生体物質との結合可否を分析するターゲット物質を含む試料を適用する第1のステップ;及び
    前記生体物質に特異的に結合されたターゲット物質を検出する第2のステップと;
    を含むバイオチップ上に固定された生体物質とターゲット物質との結合を分析する方法。
  25. 気孔中に生体物質を捕集し生体物質をカプセル化したゲル状のスポット内の気孔中で生体物質とターゲット物質との反応が起こることを特徴とする請求項24に記載の分析方法。
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