JP2003500652A - 生物学的サンプルから得られた標的化合物のチップ上での同定及び/又は定量方法 - Google Patents
生物学的サンプルから得られた標的化合物のチップ上での同定及び/又は定量方法Info
- Publication number
- JP2003500652A JP2003500652A JP2000620355A JP2000620355A JP2003500652A JP 2003500652 A JP2003500652 A JP 2003500652A JP 2000620355 A JP2000620355 A JP 2000620355A JP 2000620355 A JP2000620355 A JP 2000620355A JP 2003500652 A JP2003500652 A JP 2003500652A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- solid support
- target compound
- precipitate
- camera
- light sources
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B82—NANOTECHNOLOGY
- B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
- B82Y30/00—Nanotechnology for materials or surface science, e.g. nanocomposites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
- G01N21/47—Scattering, i.e. diffuse reflection
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54306—Solid-phase reaction mechanisms
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00596—Solid-phase processes
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00608—DNA chips
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00612—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports the surface being inorganic
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
- B01J2219/00617—Delimitation of the attachment areas by chemical means
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00623—Immobilisation or binding
- B01J2219/00626—Covalent
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
- B01J2219/00632—Introduction of reactive groups to the surface
- B01J2219/00637—Introduction of reactive groups to the surface by coating it with another layer
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00677—Ex-situ synthesis followed by deposition on the substrate
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/0068—Means for controlling the apparatus of the process
- B01J2219/00702—Processes involving means for analysing and characterising the products
- B01J2219/00704—Processes involving means for analysing and characterising the products integrated with the reactor apparatus
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
- B01J2219/00722—Nucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
- C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
Abstract
Description
得られた標的化合物の同定及び/又は定量方法に関する。
前記チップ上の結合された標的化合物の陽性の場所を同定及び/又は定量するこ
とを可能にする。
抗体又はリガンドとその受容体の間の特異的相互作用に主に基づいている。生物
学的アッセイの現在の挑戦はサンプル中に存在する分子の多数検出を同時に行う
ことである。「バイオチップ」の表面上のアレイのミニチュア化及び開発は顕微
鏡形式における多重反応を可能にするツールであり、前記検出は多数の可能な標
的化合物をスクリーニング及び/又は同定するため、限定された体積のサンプル
を用いて行われる。これらのアレイは標的化合物の結合のために用いられる特異
的捕獲分子を含む不連続領域を形成する。これらの不連続領域は数マイクロメー
トル程度の小ささであり、表面1cm2当たり数1000の捕獲分子の固定を可
能にする(WO 95/11995)。
は前記ミニチュア化のために極めて小さいからである(数フェムトモル又は数ア
トモルの場合もある)。従って、極めて感度の高い方法のみがかかる検出に適す
る。
ベリングすることが提案されている。RNA分子を検出する必要がある場合、そ
れはそのあり得る増幅前にまずcDNAへと変換される。もし標的化合物を直接
ラベリングすることが不可能であるならば、二重反応(サンドイッチ反応)を行
うことができる。しかし、蛍光性分子の量はとても少ないので、「ハイブリダイ
ゼーションチップ」上の結合化合物を検出及び/又は定量するためには特異的な
アレイスキャナーを開発する必要がある。前記の高価な特異的スキャナーは、蛍
光性分子を励起させるためのレーザースキャナー、ノイズ蛍光バックグラウンド
を減少させるためのピンホール及び検出の感度を増大させるための光電子増倍管
を含む。
160に記載されており、質量分析計の如き高価な装置を用いる検出に基づいて
いる。
67,US 4731325,EP−A−0301141)又は酵素活性の結果
に基づく方法(EP−A−0393868,WO 86/02733,EP−A
−0063810)も提案されている。しかしながら、これらの方法は感度が低
いか又は「ハイブリダイゼーションチップ」上での標的化合物の検出には適当で
ない。というのも沈澱が反応結合からいくらか離れた場所で生じてしまい、その
場所は特異的な結合標的化合物と容易には相互に関連させることができないから
である。加えて、かかる酵素反応の沈澱の密度は光吸収による検出を可能にする
ほどには十分不透明でない。
って検出を改良することも提案されている。しかし、前記酵素反応の結果は可溶
性生成物であるため、沈澱の場所と特異的な結合標的化合物の検出の間には相関
関係はない。
合物の新規な同定及び/又は定量方法であって、従来技術の欠点を有さない方法
を提供することを目的とする。
れた捕獲分子を用いた前記標的化合物の検出を可能にする方法を提供することを
目的とする。
とであり、この装置は「ハイブリダイゼーションチップ」上の結合標的化合物の
同定及び/又は定量を改良する。
び/又は定量方法に関する。この方法は固体支持体のアレイ(以後、「ハイブリ
ダイゼーションチップ」と称する)上に固定された捕獲分子上に標的化合物を結
合させることを含み、前記標的化合物のその対応する捕獲分子への結合は前記捕
獲分子の場所での金属沈澱の形成を生ずる。
子の間の特異的結合を可能にさせ(ただし、前記捕獲分子は1cm2当たり少な
くとも20個の不連続領域の密度を含むアレイに従って固体支持体の表面上に固
定されており、前記不連続領域の各々は一つの種類の捕獲分子で固定されている
)、 − 前記結合の場所での沈澱の形成に導く反応、好ましくは(化学的又は生化
学的)触媒反応を行わせ、 − 不連続領域における沈澱のあり得る存在を好ましくはスキャナーを用いて
決定し、そして − 不連続領域における沈澱の存在(沈澱パターン)を生物学的サンプル中の
前記標的化合物の同定及び/又は定量と相互に関連させる。
のアレイ(特定パターン)の形成を可能にさせるあらゆる種類の固体支持体であ
る。前記固体支持体はガラス、フィルター、電子装置、ポリマー又は金属材料等
からなることができる。好ましくは前記アレイは特定の場所(有利には特定パタ
ーンに従って表されている)を含み、これらの各々は通常一つの種類の捕獲分子
のみを含む。
付着される)が文献US−5561071に記載されている。捕獲化学物質がマ
イクロチューブに結合されることができ、それが次に空間的に配置されて文献G
B−3319838に記載されているようにアレイを作り出すことができること
、又は文献EP−0476014,US−5510270,US−544593
4,WO 97/29212,US−5605662,US−5632957及
びWO 94/22889に記載の通りにフォトリソグラフィー技術を用いるこ
とによって特定の表面上でのオリゴヌクレオチドの直接合成を得ることができる
ことも知られている。
れらの方法はすべて本発明と両立できる。
溶液又は培養培地から抽出された臨床サンプルの如き生物学的サンプル(又は所
望により非生物学的サンプル)中に存在することができる。前記標的化合物は「
ハイブリダイゼーションチップ」上でのそれらの検出及び/又は定量の前にもし
必要ならば当業者には知られている方法によって単離精製され、開裂され、複製
され及び/又は増幅されることが好ましい。
に伴って、又は酵素の存在下での金属の還元の結果として得られる。有利にはコ
ロイド状の金の存在下での銀の還元が捕獲分子に結合された標的化合物から数マ
イクロメートルを越えない距離で沈澱を形成することを可能にする。
。これらの場所又はスポットは10〜500μmの直径を有することが好ましく
、同様の大きさの程度の距離によって分離されている。従って、固体支持体のア
レイは1cm2の表面上に100〜250000個のスポットを含む。しかし、
1μm以下の小ささのスポットを調製し、その上に捕獲分子を固定することも可
能である。前記スポット又は場所の形成は、共有結合又は非共有結合吸着による
固体支持体の表面上への前記捕獲分子の固定を可能にする既知のマイクロエレク
トロニクス又はフォトリソグラフィー方法又は装置によって得られるであろう。
共有結合技術は捕獲分子固定の部位を特異的に制御してインキュベーション又は
洗浄ステップ中に脱着することがあり得るいくつかの捕獲分子(核酸又は抗体の
如き)を生じ得るあり得る欠点を回避するためには好ましい。
ノ基の結合によるタンパク質、ペプチド又は核酸配列の如き生物学的分子の固定
である。核酸鎖中へのアミン基の組み込みはそれらの合成中にアミノ化ヌクレオ
チドを用いることによって容易に得ることができる。アミノ化されたアミノ酸は
Schena等(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, pp. 10614−10619(1996))によっ
て記載されているように、又は文献US−5605662及びKrensky等の文献
(Nucleic Acids Research, 15, pp. 2891−2909(1987))において記載されてい
るようにガラス担持アルデヒド基の如き固体支持体の表面上に固定することがで
きる。アミノとカルボキシル基の間の結合はJoos等(Anal. Biochem., 247, pp.
96−101(1997))によって記載されているようにカルボジイミド化合物の如きカ
ップリング剤の存在によって得られる。チオール変性されたオリゴヌクレオチド
も架橋分子の存在下で固体支持体の表面上でのアミノ基との反応を得るために用
いることができる(Thrisey等,Nucleic Acids Research, 24, pp. 3031−3039(
1996))。同様に、オリゴヌクレオチドは文献US−5552270及びWO
98/28444に記載されているようにヒドロキシル基及びアルデヒド基を担
持するポリアクリルアミドの如きゲルに固定することができる。
条件で行われる場合は自発的な非共有結合反応である。それは非共有結合性化学
結合に関する。媒体の組成及び他の物理的及び化学的要因は結合の速度及び強度
に影響を与える。例えばヌクレオチド鎖の認識については低いストリンジェンシ
ー及び高温は二つの相補的鎖の間の結合の速度及び強さを低下させる。しかし、
これらの条件は二つの鎖(完全には相補的でない)の間の非特異的結合をも極め
て低下させる。いくつかの配列が類似である場合、結合の特異性は少量の非ラベ
ル分子を添加することによって増大させることができる。これらの非ラベル分子
はそれらの相補的配列と競合するが、他の配列とは一層強く競合するので、交差
反応のレベルを低下させる。
るが、それらは通常かなり特異的である。
的還元によって行うことである。金のナノ粒子は容易に入手可能であり、それら
はタンパク質の如き分子に容易に固定することができる。例えば、ストレプトア
ビジンでコートされた金粒子は市場で入手できる。
は次にコンジュゲートによって認識される。このラベルされた分子(ビオチン、
ハプテン、−−−)は結合対の第一メンバーとみなすことができる。DNAにつ
いては、ラベリングはそれらの増幅中のビオチン化されたヌクレオチドの組み込
みによって容易に行うことができる。RNAについては、ビオチン化されたヌク
レオチドはcDNA又はその後の増幅ステップにおけるそれらのコピーのために
用いられる。ヌクレオチド配列の増幅は一般的な習慣である。何故なら標的分子
はしばしば極めて低い濃度で存在するからである。タンパク質はNHS−ビオチ
ン又は他の反応を用いて容易にラベリングされる。ビオチン化された分子が一旦
捕獲されると、ストレプトアビジン−金複合体(これは結合対の第二メンバーで
ある)が添加され、ストレプトアビジンはビオチンを特異的に認識し、かくして
複合体は標的が固定された場所で固定される。もしハプテンがラベルとして用い
られるならば、抗体−金複合体が用いられるであろう。次にAg+及び還元剤を
含む反応性混合物が表面上に添加され、Ag層は金粒子上に沈澱し、結晶粒子の
形成に導く。
ヌクレオチドを用いることによって可能である。
る第二のヌクレオチド配列を用いることである。それらは次に標的及びラベリン
グされたヌクレオチド配列を固定する捕獲分子とのサンドイッチハイブリダイゼ
ーション又はサンドイッチ反応を形成し、検出を行うことを可能にする。上述の
ように、ラベリングされたヌクレオチド配列はそれ自体が金属の沈澱を触媒する
ことができるか、又はそれは第二複合体を介してそれを行う。
場所は良く規定されているので、前記沈澱の存在(アレイの特定スポット)を同
定することが可能である。
これらの小結晶の形成はシグナルの真の増幅を表す。何故ならそれらは直径数n
mの金粒子の存在から生じたものだからである。
範囲内では、濃度曲線が金でラベリングされたヌクレオチド配列の濃度と表面の
沈澱量の間で得ることができた。アレイの一つの制約は、検出シグナルがそれが
生ずる場所に相関関係を有する必要があるということである。
い拡散(スポット検出される)にも導き、これは既知の検出手段によって記録可
能である。かかる拡散アレイはフォトダイオードを用いて光ビームの反射から通
常検出され、記録される。一つの予期せぬ観察は銀結晶の存在用のこのアッセイ
は極めて感度が高いということを発見したことである。
(アレイの透明表面を通した光の吸収)。不溶性沈澱の存在は光を吸収し、それ
が次に検出されて記録される。スキャナーの利点はアレイの小部分のみが一時に
検出され、従ってずっと良好な解像度を得ることができるということである。照
射ビーム又は検出表面のいずれかが焦点合わせされ、シグナルが記録され、かく
してアレイの像が再構築されることができる。検出手段(検出器)はCCD又は
CMOSカメラであることができ、それはアレイ全体を測定する。検出の解像度
は次にカメラの画素の数に依存する。他方、検出器は線へと配置されたフォトダ
イオードからなることができ、像はこの線の前部を移動させることによってスキ
ャンされる。1画素当たり11μmの感度のスキャナーを構築することができ、
これは直径50μm以上のスポットを分析するのに十分である。
ーよりも迅速であるが、感度は劣るようにみえる)。
効率が低いとしても、それは存在し、そして銀沈澱(スポット)の場所を突き止
めるのに用いることができる。その金属としての性質のため、電磁場の変動又は
電気コンダクタンスの変動の如き他の方法も可能である。
物の診断及び/又は定量装置に関し、前記装置は以下のものを含む: − 標的化合物のその対応する捕獲分子への結合から生ずる固体支持体の表面
上の沈澱(スポット)を検出及び/又は定量する装置、 − 所望により前記固体支持体上に記録されている情報(例えばバーコード)
を読み取る装置、及び − 以下のことをプログラムされたコンピュータ: −所望により捕獲分子を担持する不連続領域を認識し、 −前記検出装置から得られた結果(前記読み取り装置から得られた情報と所
望により相関関係を有する)を収集し、そして −前記標的化合物の診断及び/又は定量を行う。
する。特に検出装置がCCDカメラを含む場合、信頼性はその画素数に依存する
。かくして画素数は定量の許容感度を制限する。通常、1画素につき10μmの
解像度のCCDを得ることが可能であり、これは直径100μm以上のスポット
を分析するのに十分である。しかし、かかる定量は画素数によって、各画素の解
像度によって、及び感度は一つの視点のみによって与えられるという事実によっ
て制限される。一つの視点は三つの以下のパターンに依存する:CCDカメラの
如き撮影要素の位置、検出されるべき対象の位置及び対象の照明の位置。
しくは金属結晶を含む沈澱)の体積を定量するための方法(本発明の沈澱の検出
及び/又は定量に使用されることが好ましいが、かかる沈澱に限られない)にも
関する。固体支持体の前記規定された表面は1cm2当たり少なくとも4個、少
なくとも10個、少なくとも16個、少なくとも20個又はそれ以上の不連続領
域のアレイによって規定されており、それぞれの不連続領域は沈澱を含むことが
できる。本発明によれば一以上の沈澱を含む前記規定された表面の像は異なる視
野に対応し、前記像は予め決められたパターンに従って相互に対して空間的に配
置された一つ又は複数の光源による照明に基づいて及び一つ又は複数のカメラに
よって撮影されたアナログ情報を含み;前記沈澱を含む前記規定された表面の対
応する像アナログ情報はディジタル形態又は一組のディジタル形態へと変換され
、第一及び第二の参照標準と比較されて定量されるべき沈澱の体積が決定される
。
ログ情報から得られたディジタル形態又は一組のディジタル形態に相当する。
れるアナログ情報から得られたディジタル形態又は一組のディジタル形態に相当
する。
解すべきである。本発明においては前記体積は化学又は生化学反応及びそれに続
く標的化合物とその対応する化合物の間の結合から生ずる。従って、前記の得ら
れた体積は前記化学又は生化学反応及びそれに続く標的化合物とその対応する捕
獲化合物の間の結合の表現である。
スクリーン又はプリンターの如きモニター上に位置決めされることができる一群
の画素を意味するものと理解されるべきである。
決められたパターンに従って相互に対して空間的に配置されかつアナログ情報獲
得システムと関連されている一つ及び/又は複数の光源及びカメラを備えられた
一つ又は複数のセンサーを含むことが好ましく、情報は前記センサーを用いて測
定され、そして処理装置によってディジタル形態へと変換される。
行われる。
類似の撮影技術であることが好ましい。
ることが好ましく、それは有利には単一ダイオード又は同一のスペクトル分布を
有する複数のダイオードを用いることによって作り出される。
前記光源の各々は光スポットに相当し、これは同時に又は連続的に自動的にスイ
ッチオンされることができる。
好ましい。
置された一つの光源及び一つのカメラの使用を含むことができ、前記カメラ及び
前記光源は空間中を三次元で移動可能である。
れた二つ以上のカメラ及び固体支持体の下方に配置された一以上の光源の使用を
も含むことができる。
って配置されかつ固体支持体の上方に配置された三つ以上のカメラ及び固体支持
体の下方に配置された一以上の光源の使用をも含むことができる。
体の上方であって前記カメラの下方に配置された第一の光源及び固体支持体の下
方に配置された第二の光源の使用を含むことができ、二つの光源は固体支持体の
位置に従ってほぼ対称的に配置される。
て用いることができる一以上のカメラ及び一以上の光源の使用に基づいている。
前記光源及び/又は前記カメラは撮影中固定して維持されることができるか又は
特定体積の沈澱を含む固体支持体に沿った又は固体支持体の周りの好ましい並進
又は回転に従って移動されることができる。
移動を可能にすることもできる。
数の光源(異なる光源は異なる対称的又は非対称的パターンに従って相互から配
置されている)、又は(ii)一つの光源及び複数のカメラ(前記カメラは異なる
対称的又は非対称的パターンに従って相互から配置されている)、又は(iii)
それらの組合せを含む装置である。光源は沈澱中に含まれている結晶の直径と同
様の波長を有する赤外光である。
ディジタル形態への変換を、ソフトウェア及びコンピュータ技術において存在す
る手段又は方法の如き既知の手段又は方法によって行うための手段を提供するこ
ともできる。
は前記プログラムがコンピュータで実行される場合に本発明による方法のステッ
プの全部又は一部を行うためのプログラムコード手段を含む。
うためのコンピュータ読み取り可能な媒体に記憶されているプログラムコード手
段を含むコンピュータプログラムプロダクトに関する。
読み取り装置によって得られた情報を収集することができ、及び前記手段は(所
望により読み取り情報と相互に関連された)前記結果の分析から生じた特異的標
的化合物の診断及び/又は定量を行うことができる。
されたバックグラウンドノイズの間の区別を得ることができる。これは例えばト
レーニングセットとして用いられる二つのクラスにマージされた後の像の均質部
分を同定することによって行うことができる。この区別は分類後の文脈フィルタ
(contextual filters)技術によって増大することができる。
ルの像と重ね合わせられてスポット中の同定されて計数された画素の強度レベル
の測定を可能にする。
強度の全体レベルの記録を可能にする。
準標的化合物)の間の統計的比較分析又は2以上のスポット(好ましくは固体支
持体の記録された情報と相互に関連されている)の間の統計的比較分析を可能に
する。像相関関係は他のテストと比較して一つのテストでは統計的に異なるスポ
ットを区別するためにスポット像と前記標準標的化合物スポットの間で得ること
ができる。
に情報化されたデータとして処理され、前記の好適なコンピュータプログラムプ
ロダクト(ソフトウェア)によって分析されることができる。
ヌクレオチド配列を担持し、それによって同一固体支持体上での核酸配列の検出
、増幅及び所望により定量を可能にする。実施の代替形態においてはアレイは固
定されたPCRプライマーを含み、それによってRasmussen等(Anal. Biochem.,
198, pp. 138−205(1991))によって記載されている方法に従って増幅物(ampl
icon)の生成及び表面上への増幅物の固定を行う。これはその後のそれらの検出
を可能にする。
所望により行った後、診断キットにおいて、自動的撮影を可能にする診断及び/
又は定量装置において用いられる。
如き統合されたシステム内に複数のステップ又はサブステップ(サンプル中の核
酸配列の精製、増幅(既知の遺伝子増幅方法を介した)、診断及び所望により定
量のステップ)を組み合わせたシステムである。
述される。
された標的DNAの三つの濃度を検出するために用いられたDNA捕獲ヌクレオ
チド配列からなるアレイ上で得られた標的分子の検出を比較する。
施態様におけるいくつかの要素の空間配置を表す。
ヌクレオチド配列上での直接ハイブリダイゼーションによって検出される。捕獲
ヌクレオチド配列はガラス上に共有結合的に結合され、直接ハイブリダイゼーシ
ョンは相補的ビオチン化DNAを用いて行われた。陽性ハイブリダイゼーション
はストレプトアビジンに結合されたナノ金粒子によって触媒される銀沈澱を用い
て検出された。
から購入された。CMV DNA用の活性化捕獲ヌクレオチド配列はZammatteo
等(Anal. Biochem., 253, pp. 180−189(1997))によって記載されるように活
性化されたプライマーを用いたDNAのPCR増幅によって構築された。プライ
マーはEurogentec(Liege, Belgium)から購入された。増幅物の定量は260n
mでのそれらの吸収によって行われた。
0.1M pH6.5の溶液がまず100℃で5分間加熱され、次に250μ
mの直径のピンを用いてロボット(Genetix, UK)によってスポットされた。2
0℃で1時間インキュベートされた後、それらは0.1%のSDS溶液で洗浄さ
れ、水で2回洗浄された。それらは次に2.5mg/mlのNaBH4と共に5
分間インキュベートされ、それから水で洗浄されて95℃で3分間加熱された後
、乾燥された。
れた(Alexandre等,Biotechniques, 25, pp. 676−683(1998))。CMVウィル
スの配列を含むプラスミドがPCR用に用いられた。増幅後、PCR生成物は高
純度PCR生成物の精製キット(Boehringer, Mannheim, Germany)を用いて精
製され、2%アガロースゲル上での分離後、エチジウムブロマイド染色によって
定量された。
6.7及び67fm/5μl)が20μgのサケDNAを含むSSC 2X De
nhard 溶液に添加された。この溶液の一滴(5μl)がアレイに添加され、湿潤
雰囲気中で65℃で2時間インキュベートされた。アレイは次にNaCl 15
mM及びTween 0.1%を含むマレイン酸緩衝液10mM pH7.5で
4回洗浄された。
Cl 100mM及び0.1%の乾燥乳粉末を含むマレイン酸緩衝液150mM
pH7.4中で1000倍に希釈されたもの)と共に45分間インキュベート
された。アレイは次に15mMのNaCl及びTween 0.1%を含むマレ
イン酸緩衝液10mM pH7.4中で2分間5回洗浄された。Sigmaから
の「銀増強試薬(silver enhancement reagent)」(40μl)がアレイに添加
され、10分後そして次は5分後に交換された。マレイン酸緩衝液中で洗浄した
後、アレイは乾燥された。
処理されてスポットが範囲を定められて同定された。各スポットの画素のレベル
は統合され、値が各スポットに与えられた。値は捕獲ヌクレオチド配列が固定さ
れていない三つの場所で得られたバックグラウンドについて修正された。
この実験において用いられた抗体は陽性コントロール用にはウシ血清アルブミン
に対して生産された抗体であり、陰性コントロール用には非特異的IgGに対し
て生産された抗体であった。抗体(10μg/ml PBS溶液)は250μm
の直径のピンを用いてガラス上に直接スポットされた。抗体のアミノ基はガラス
上に存在するアルデヒドと反応することができた。反応は室温で1時間行われた
。ガラスはPBS緩衝液で洗浄された。
ン(BSA)の溶液はアレイに添加され、30分間インキュベートされた。アレ
イは次に0.1%のTween 20を含むPBSで3回洗浄され、それから0
.1%のカゼインを含むPBS 1ml当たり20μgのビオチン化された抗B
SAの溶液と共にインキュベートされた。インキュベーションは30分間行われ
た。次に1μg/mlのストレプトアビジン−金複合体が0.1%のカゼインを
含むPBS溶液中で30分間インキュベートされた。金の存在は銀還元のための
センターとして働いた。銀沈澱はSigmaからの「銀増強試薬」を用いて行わ
れ、溶液は10分後にそして5分後に再び交換された。次にガラスはスキャンさ
れ、データは上述の例で行ったのと同様に分析された。
れている。装置は固体支持体1、円形支持体4上に相互から規則正しく間隔を置
かれているいくつかの光源2(前記円形支持体は前記固体支持体1の下方に配置
されている)、及び二つのカメラ、3,3′(前記カメラは前記固体支持体1の
上方に配置されており、平面内で相対して配置されている)を含む。
るいくつかの光源2(前記円形支持体は前記固体支持体1の下方に配置されてい
る)及び前記固体支持体1の上方に配置された一つのカメラ3を含んでもよい。
二の一組の光源2をも含み、各組の光源2,2′は平面内で相互から規則正しく
間隔を置かれており、好ましくは円形支持体4,4′上に配置されている。第一
の一組の光源2は固体支持体1の上方に配置されており、第二の一組の光源2′
は前記固体支持体1の下方に配置されており、前記第一及び第二の一組の光源2
,2′は前記固体支持体1の位置に従って対称的に配置されている。装置はカメ
ラ3をも含み、これは前記固体支持体1の上方であってかつ第一の一組の光源2
の上方に配置されている。
互から規則正しく間隔を置かれかつ固体支持体1の下方に配置されているいくつ
かの光源2(存在又は不在)を含んでもよい。装置は上方に配置されたカメラ3
をも含む。前記円形支持体4及び前記カメラ3は固体支持体1の位置に従って対
称的に配置されている。
いくつかの光源2(好ましくは円形支持体4上にあり、前記円形支持体は前記固
体支持体1の下方に配置されている)、及び三つのカメラ3,3′、3′′(前
記カメラは前記固体支持体1の上方に配置されており、平面内で三角形配置に従
って配置されている)を含んでもよい。
標的DNAの三つの濃度を検出するために用いられたDNA捕獲ヌクレオチド配
列からなるアレイ上で得られた標的分子の検出を比較する。
つかの要素の空間配置を表す。
つかの要素の空間配置を表す。
つかの要素の空間配置を表す。
つかの要素の空間配置を表す。
つかの要素の空間配置を表す。
つかの要素の空間配置を表す。
Claims (24)
- 【請求項1】 以下のステップを含むサンプル、好ましくは生物学的サンプ
ルから得られた標的化合物の同定及び/又は定量方法: − 標的化合物を捕獲分子と接触させて前記標的化合物と捕獲分子の間の特異
的結合を可能にさせ(ただし、前記捕獲分子は1cm2当たり少なくとも20個
の不連続領域の密度を含むアレイに従って固体支持体の表面上に固定されており
、前記不連続領域の各々は一つの種類の捕獲分子で固定されている)、 − 前記結合の場所で形成される沈澱に導く反応を行わせ、 − 不連続領域における沈澱のあり得る存在を決定し、そして − 不連続領域における沈澱の存在を前記標的化合物の同定及び/又は定量と
相互に関連させる。 - 【請求項2】 沈澱の形成に導く反応が、結合された標的化合物上での金属
化合物の沈澱によって得られることを特徴とする請求項1記載の方法。 - 【請求項3】 前記金属化合物が磁気金属化合物であることを特徴とする請
求項2記載の方法。 - 【請求項4】 沈澱の形成に導く反応が酵素の存在下での金属の還元である
ことを特徴とする請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項5】 沈澱の形成に導く反応が、結合された標的化合物に連結され
ているコロイド状金粒子の存在下での銀の化学的還元であることを特徴とする請
求項1又は2記載の方法。 - 【請求項6】 標的化合物とその対応する捕獲分子の間の特異的結合が二つ
のヌクレオチド配列の間のハイブリダイゼーションであることを特徴とする請求
項1〜5のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項7】 標的化合物とその対応する捕獲分子の間の結合が抗原構造と
その対応する抗体又はその超可変性部位の間の反応であることを特徴とする請求
項1〜5のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項8】 標的化合物とその対応する捕獲分子の間の結合が受容体とそ
の対応するリガンドの間の反応であることを特徴とする請求項1〜7のいずれか
一項記載の方法。 - 【請求項9】 沈澱のあり得る存在が前記沈澱上での光ビーム、好ましくは
レーザービームの反射、吸収又は拡散によって得られることを特徴とする請求項
1〜8のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項10】 不連続領域における沈澱の存在が電磁場の変動又は電流の
コンダクタンスの変動によって得られることを特徴とする請求項1〜9のいずれ
か一項記載の方法。 - 【請求項11】 固体支持体の規定された表面上の一以上の沈澱の体積を定
量するための請求項1〜10のいずれか一項記載の方法において、一以上の沈澱
を含みかつ異なる視野に対応する前記規定された表面の像(前記像はアナログ情
報を含む)が、予め決められたパターンに従って相互に対して空間的に配置され
た一以上の光源による照明に基づいて一以上のカメラによって撮影されること、
及び前記沈澱を含む前記規定された表面の対応する像アナログ情報がディジタル
形態又は一組のディジタル形態へと変換され、第一及び第二の参照標準と比較さ
れて定量されるべき沈澱の体積が決定されることを特徴とする方法。 - 【請求項12】 第一の参照標準が、沈澱を有さない前記固体支持体(1)
の表面上で撮影された像中に含まれるアナログ情報から得られたディジタル形態
又は一組のディジタル形態に相当することを特徴とする請求項11記載の方法。 - 【請求項13】 第二の参照標準が、既知の体積の沈澱を含む前記固体支持
体(1)の表面上で撮影された像中に含まれるアナログ情報から得られたディジ
タル形態又は一組のディジタル形態に相当することを特徴とする請求項12記載
の方法。 - 【請求項14】 サンプルから得られた一以上の同一の又は異なる標的化合
物の診断及び/又は定量装置において、前記装置が以下のものを含むことを特徴
とする装置: − 1cm2当たり少なくとも20個の不連続領域の密度を含むアレイに従っ
た固体支持体の表面上の捕獲分子(前記不連続領域の各々は一つの種類の捕獲分
子で固定されている)と前記標的化合物の結合の場所で形成される沈澱を検出及
び/又は定量する装置、 − 所望により前記固体支持体上に記録されている情報(例えばバーコード)
を読み取る装置、及び − 以下のことをプログラムされたコンピュータ: −所望により捕獲分子を担持する不連続領域を認識し、 −前記検出装置から得られた結果(特定の場所における沈澱の形成)及び所
望により前記読み取り装置から得られた情報を収集し、そして −前記標的化合物の診断及び/又は定量を行う。 - 【請求項15】 前記装置が、予め決められたパターンに従って相互に対し
て空間的に配置されかつアナログ情報獲得システムと関連されている一以上の光
源(2,2′)及びカメラ(3,3′,3″)を備えられた一以上のセンサーを
含み、前記情報がセンサーを用いて測定され、そして処理装置によってディジタ
ル形態へと変換されることを特徴とする請求項14記載の装置。 - 【請求項16】 カメラがCCD又はCMOSカメラ(3,3′,3″)で
あることを特徴とする請求項15記載の装置。 - 【請求項17】 光源(2,2′)が、沈澱中に含まれている金属結晶と同
様の波長を有する赤外光であることを特徴とする請求項15又は16記載の装置
。 - 【請求項18】 前記装置が平面内で相互から規則正しく間隔を置かれた一
組の光源(2,2′)を含み、前記光源の各々が同時に又は連続的に自動的にス
イッチオンされる光スポットに相当することを特徴とする請求項15〜17のい
ずれか一項記載の装置。 - 【請求項19】 前記装置が固体支持体の上方に配置された一つの光源(2
)及び一つのカメラ(3)を含み、前記光源及びカメラが空間中を三次元で移動
可能であることを特徴とする請求項15〜18のいずれか一項記載の装置。 - 【請求項20】 前記装置が、平面内で相対して配置されかつ固体支持体の
上方に配置された二つ以上のカメラ(3,3′)を含み、前記装置が固体支持体
(1)の下方に配置された一以上の光源(2,2′)を更に含むことを特徴とす
る請求項15〜18のいずれか一項記載の装置。 - 【請求項21】 前記装置が、三角形平面又は他の規則正しい又は不規則な
パターンに従って配置されかつ固体支持体(1)の上方に配置された三つ以上の
カメラ(3,3′,3″)を含み、そして固体支持体(1)の下方に配置された
一以上の光源(2,2′)を更に含むことを特徴とする請求項15〜18のいず
れか一項記載の装置。 - 【請求項22】 前記装置が固体支持体(1)の上方に配置された一つのカ
メラ(3)及び第一の光源(2)を含み、そして前記カメラ(3)の下方に固体
支持体(1)の下方に配置された第二の光源(2′)を含み、二つの光源(2,
2′)が固体支持体(1)の位置に従ってほぼ対称的に配置されていることを特
徴とする請求項15〜18のいずれか一項記載の装置。 - 【請求項23】 コンピュータプログラムがコンピュータで実行される場合
に、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法に従って不連続領域における沈澱
のあり得る存在を決定し、そして不連続領域における前記沈澱の存在を標的化合
物の同定及び/又は定量と相互に関連させるステップを行うためのプログラムコ
ード手段を含むコンピュータプログラム。 - 【請求項24】 コンピュータプログラムがコンピュータで実行される場合
に、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法に従って不連続領域における沈澱
のあり得る存在を決定し、そして不連続領域における前記沈澱の存在を標的化合
物の同定及び/又は定量と相互に関連させるステップを行うためのコンピュータ
読み取り可能な媒体に記憶されているプログラムコード手段を含むコンピュータ
プログラムプロダクト。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP99870106A EP1054259A1 (en) | 1999-05-19 | 1999-05-19 | Method for the identification of a target compound |
EP99870106.4 | 1999-05-19 | ||
EP00870025.4 | 2000-02-18 | ||
EP00870025A EP1126272A1 (en) | 2000-02-18 | 2000-02-18 | Detection and/or quantification device of a precipitate upon the surface of a solid support |
PCT/BE2000/000054 WO2000072018A1 (en) | 1999-05-19 | 2000-05-16 | Method for the identification and/or the quantification of a target compound |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2003500652A true JP2003500652A (ja) | 2003-01-07 |
JP4598960B2 JP4598960B2 (ja) | 2010-12-15 |
Family
ID=26074222
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000620355A Expired - Lifetime JP4598960B2 (ja) | 1999-05-19 | 2000-05-16 | 生物学的サンプルから得られた標的化合物のチップ上での同定及び/又は定量方法 |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7321829B2 (ja) |
JP (1) | JP4598960B2 (ja) |
CN (1) | CN100533146C (ja) |
AT (1) | ATE225940T1 (ja) |
AU (1) | AU779752B2 (ja) |
BR (1) | BR0011603A (ja) |
CA (1) | CA2371658C (ja) |
DE (1) | DE60000583T3 (ja) |
ES (1) | ES2185592T5 (ja) |
MX (1) | MXPA01011915A (ja) |
WO (1) | WO2000072018A1 (ja) |
Families Citing this family (36)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6582921B2 (en) * | 1996-07-29 | 2003-06-24 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses thereof |
US20030096321A1 (en) * | 1999-05-19 | 2003-05-22 | Jose Remacle | Method for the identification and/or the quantification of a target compound obtained from a biological sample upon chips |
US7829313B2 (en) | 2000-03-24 | 2010-11-09 | Eppendorf Array Technologies | Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components |
US7875442B2 (en) | 2000-03-24 | 2011-01-25 | Eppendorf Array Technologies | Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components |
US7202026B2 (en) | 2000-03-24 | 2007-04-10 | Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) | Identification of a large number of biological (micro)organisms groups at different levels by their detection on a same array |
US7205104B2 (en) | 2000-03-24 | 2007-04-17 | Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) | Identification of biological (micro) organisms by detection of their homologous nucleotide sequences on arrays |
EP1164201A1 (en) * | 2000-06-14 | 2001-12-19 | Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix | Reverse detection for identification and/or quantification of nucleotide target sequences on biochips |
DE50108396D1 (de) * | 2000-07-01 | 2006-01-19 | Clondiag Chip Tech Gmbh | Verfahren zum qualitativen und/oder quantitativen nachweis von molekularen wechselwirkungen auf sonden-arrays |
EP1184349A1 (en) | 2000-09-01 | 2002-03-06 | A.S.B.L. Facultes Universitaires Notre-Dame De La Paix | Method for obtaining a surface activation of a solid support for building biochips microarrays |
CA2440656A1 (en) * | 2001-03-09 | 2002-09-19 | Apollo Biotechnology, Inc. | Conjugate probes and optical detection of analytes |
EP1412536B1 (en) * | 2001-08-03 | 2009-02-25 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticle imaging system and method |
DE10201463B4 (de) * | 2002-01-16 | 2005-07-21 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Reaktionsgefäß zur Durchführung von Array-Verfahren |
EP1376111A1 (en) * | 2002-06-24 | 2004-01-02 | Universite Catholique De Louvain | Method and device for high sensitivity detection of the presence of DNA and other probes |
DE10315074A1 (de) | 2003-04-02 | 2004-10-14 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Vorrichtung zur Vervielfältigung und zum Nachweis von Nukleinsäuren |
DE102004003860A1 (de) | 2004-01-26 | 2005-08-18 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Verfahren zur Geno- und Pathotypisierung von Pseudomonas aeruginosa |
DE102005052713A1 (de) | 2005-11-04 | 2007-05-16 | Clondiag Chip Tech Gmbh | Vorrichtung und Verfahren zum Nachweis von molekularen Wechselwirkungen |
DE102004022263A1 (de) | 2004-05-06 | 2005-12-15 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Vorrichtung und Verfahren zum Nachweis von molekularen Wechselwirkungen |
US7338763B2 (en) | 2004-06-02 | 2008-03-04 | Eppendorf Array Technologies S.A. | Method and kit for the detection and/or quantification of homologous nucleotide sequences on arrays |
DE102004056735A1 (de) | 2004-11-09 | 2006-07-20 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Vorrichtung für die Durchführung und Analyse von Mikroarray-Experimenten |
AU2006293023A1 (en) * | 2005-09-22 | 2007-03-29 | Meiji Seika Kaisha, Ltd. | Metallo-beta-lactamase inhibitors |
EP2061588B1 (en) * | 2006-11-06 | 2016-07-13 | Clondiag GmbH | Device and process for binding assays |
DE102007025275A1 (de) * | 2007-05-31 | 2008-12-04 | Qiagen Gmbh | Butendisäure oder deren Derivate zur Behandlung einer biologischen Probe |
US20090075828A1 (en) * | 2007-09-17 | 2009-03-19 | Gentel Biosurfaces, Inc. | Integrated protein chip assay |
EP2077336A1 (en) | 2007-12-19 | 2009-07-08 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Device and method for parallel quantitative analysis of multiple nucleic acids |
WO2009105670A2 (en) * | 2008-02-21 | 2009-08-27 | Gentel Biosciences, Inc. | Substrates for multiplexed assays and uses thereof |
GB0809069D0 (en) | 2008-05-19 | 2008-06-25 | Univ Leuven Kath | Gene signatures |
EP2138588A1 (en) | 2008-06-23 | 2009-12-30 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Melting curve measurement during amplification |
EP2138587A1 (en) | 2008-06-23 | 2009-12-30 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Amplification of nucleic acids using temperature zones |
EP2138232A1 (en) | 2008-06-23 | 2009-12-30 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Detection of tapped aliquots of amplified nucleic acids |
US9279770B2 (en) * | 2010-10-15 | 2016-03-08 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Mid-infrared imaging of microarrays |
CA2819378A1 (en) | 2010-12-02 | 2012-06-07 | Katholieke Universiteit Leuven, K.U.Leuven R&D | Irak-related interventions and diagnosis |
EP2812704A4 (en) | 2012-02-07 | 2016-03-23 | Intuitive Biosciences Inc | KOCH BACILLUS SPECIFIC PEPTIDES FOR THE DETECTION OF INFECTION OR IMMUNIZATION IN NON-HUMAN PRIMATES |
WO2015127517A1 (en) | 2014-02-27 | 2015-09-03 | Katholieke Universiteit Leuven | Oxidative stress and cardiovascular disease events |
US10704097B2 (en) | 2014-02-27 | 2020-07-07 | Katholieke Universiteit Leuven | Oxidative stress and cardiovascular disease events |
WO2016094970A1 (en) | 2014-12-19 | 2016-06-23 | Vrije Universiteit Brussel | In vitro maturation of a mammalian cumulus oocyte complex |
WO2020014296A1 (en) | 2018-07-12 | 2020-01-16 | Luminex Corporation | Systems and methods for performing variable sample preparation and analysis processes |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH0783928A (ja) * | 1993-09-13 | 1995-03-31 | Masao Karube | 生物学的特異的反応性物質の存在を検出又は測定する方法 |
JPH10274653A (ja) * | 1997-03-28 | 1998-10-13 | Sanko Junyaku Kk | イムノクロマトグラフィによる検体の画像処理定量方 法 |
JPH10513263A (ja) * | 1995-02-03 | 1998-12-15 | ブリティッシュ バイオセル インターナショナル リミテッド | 分析デバイスおよび方法 |
WO1999023256A1 (en) * | 1997-10-30 | 1999-05-14 | Cold Spring Harbor Laboratory | Probe arrays and methods of using probe arrays for distinguishing dna |
Family Cites Families (31)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4244797A (en) * | 1979-04-13 | 1981-01-13 | Aladjem Frederick J | Quantitative protein analysis by immunodiffusion |
US4244803A (en) * | 1979-11-27 | 1981-01-13 | Aladjem Frederick J | Quantitative protein analysis by immunodiffusion |
JPS56132548A (en) * | 1980-03-21 | 1981-10-16 | Olympus Optical Co Ltd | Automatic analyzer |
EP0063810B1 (en) | 1981-04-29 | 1986-03-05 | Ciba-Geigy Ag | New devices and kits for immunological analysis |
US5112134A (en) * | 1984-03-01 | 1992-05-12 | Molecular Devices Corporation | Single source multi-site photometric measurement system |
AU593151B2 (en) | 1986-11-12 | 1990-02-01 | Molecular Diagnostics, Inc. | Method for the detection of nucleic acid hybrids |
US4880750A (en) * | 1987-07-09 | 1989-11-14 | Miragen, Inc. | Individual-specific antibody identification methods |
CN1014901B (zh) * | 1987-12-04 | 1991-11-27 | 武汉大学 | 制备生物分子固态薄膜的方法 |
EP0451141B1 (en) | 1988-05-20 | 1998-11-18 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Immobilized sequence-specific probes |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5744101A (en) * | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
EP0834576B1 (en) | 1990-12-06 | 2002-01-16 | Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) | Detection of nucleic acid sequences |
US5646001A (en) * | 1991-03-25 | 1997-07-08 | Immunivest Corporation | Affinity-binding separation and release of one or more selected subset of biological entities from a mixed population thereof |
WO1994019767A1 (en) * | 1993-02-26 | 1994-09-01 | E-Y Laboratories, Inc. | Optical specimen analysis system and method |
US5408535A (en) * | 1993-09-07 | 1995-04-18 | Miles Inc. | Video test strip reader and method for evaluating test strips |
JPH09507121A (ja) * | 1993-10-26 | 1997-07-22 | アフィマックス テクノロジーズ ナームロゼ ベノートスハップ | 生物学的チップ上の核酸プローブアレー |
US5807522A (en) * | 1994-06-17 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods for fabricating microarrays of biological samples |
US5985356A (en) * | 1994-10-18 | 1999-11-16 | The Regents Of The University Of California | Combinatorial synthesis of novel materials |
BE1008955A3 (fr) | 1994-11-14 | 1996-10-01 | Univ Catholique Louvain | Procede d'obtention de biomateriaux et produits obtenus. |
ATE291225T1 (de) | 1995-12-05 | 2005-04-15 | Gamera Bioscience Corp | Vorrichtung und verfahren zum bewegen von fluiden mittels zentrifugalbeschleunigung bei der automatischen laborbehandlung |
US6027890A (en) * | 1996-01-23 | 2000-02-22 | Rapigene, Inc. | Methods and compositions for enhancing sensitivity in the analysis of biological-based assays |
EP0880598A4 (en) * | 1996-01-23 | 2005-02-23 | Affymetrix Inc | RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM |
US6228575B1 (en) * | 1996-02-08 | 2001-05-08 | Affymetrix, Inc. | Chip-based species identification and phenotypic characterization of microorganisms |
ES2287956T3 (es) | 1996-07-29 | 2007-12-16 | Nanosphere Inc. | Nanoparticulas que tienen oligonucleotidos unidos a las mismas y usos de las mismas. |
US6506564B1 (en) * | 1996-07-29 | 2003-01-14 | Nanosphere, Inc. | Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor |
US5902727A (en) * | 1996-09-04 | 1999-05-11 | Washington University | Method for localization and quantitation of a substance in a biological sample |
US6060327A (en) * | 1997-05-14 | 2000-05-09 | Keensense, Inc. | Molecular wire injection sensors |
DE69832817T2 (de) | 1997-12-30 | 2006-09-14 | Jose Remacle | Verfahren mit auf einer disc-oberfläche gebundenen einfangsmolekül |
US20020177144A1 (en) | 1997-12-30 | 2002-11-28 | Jose Remacle | Detection and/or quantification method of a target molecule by a binding with a capture molecule fixed on the surface of a disc |
EP1179180B2 (en) | 1999-05-19 | 2008-08-20 | Eppendorf Array Technologies | Method for the identification and/or the quantification of a target compound |
-
2000
- 2000-05-16 MX MXPA01011915A patent/MXPA01011915A/es active IP Right Grant
- 2000-05-16 DE DE60000583T patent/DE60000583T3/de not_active Expired - Lifetime
- 2000-05-16 CA CA2371658A patent/CA2371658C/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-05-16 WO PCT/BE2000/000054 patent/WO2000072018A1/en active IP Right Grant
- 2000-05-16 AT AT00929132T patent/ATE225940T1/de not_active IP Right Cessation
- 2000-05-16 AU AU47355/00A patent/AU779752B2/en not_active Expired
- 2000-05-16 BR BR0011603-3A patent/BR0011603A/pt not_active IP Right Cessation
- 2000-05-16 ES ES00929132T patent/ES2185592T5/es not_active Expired - Lifetime
- 2000-05-16 JP JP2000620355A patent/JP4598960B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2000-05-16 CN CNB008077444A patent/CN100533146C/zh not_active Expired - Lifetime
- 2000-05-19 US US09/574,626 patent/US7321829B2/en not_active Expired - Lifetime
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH0783928A (ja) * | 1993-09-13 | 1995-03-31 | Masao Karube | 生物学的特異的反応性物質の存在を検出又は測定する方法 |
JPH10513263A (ja) * | 1995-02-03 | 1998-12-15 | ブリティッシュ バイオセル インターナショナル リミテッド | 分析デバイスおよび方法 |
JPH10274653A (ja) * | 1997-03-28 | 1998-10-13 | Sanko Junyaku Kk | イムノクロマトグラフィによる検体の画像処理定量方 法 |
WO1999023256A1 (en) * | 1997-10-30 | 1999-05-14 | Cold Spring Harbor Laboratory | Probe arrays and methods of using probe arrays for distinguishing dna |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20030124522A1 (en) | 2003-07-03 |
WO2000072018A1 (en) | 2000-11-30 |
AU4735500A (en) | 2000-12-12 |
CA2371658A1 (en) | 2000-11-30 |
MXPA01011915A (es) | 2003-09-04 |
JP4598960B2 (ja) | 2010-12-15 |
CA2371658C (en) | 2012-01-31 |
US7321829B2 (en) | 2008-01-22 |
CN100533146C (zh) | 2009-08-26 |
DE60000583T3 (de) | 2009-04-30 |
ATE225940T1 (de) | 2002-10-15 |
CN1351712A (zh) | 2002-05-29 |
AU779752B2 (en) | 2005-02-10 |
DE60000583T2 (de) | 2003-06-26 |
DE60000583D1 (de) | 2002-11-14 |
ES2185592T3 (es) | 2003-05-01 |
ES2185592T5 (es) | 2009-03-01 |
BR0011603A (pt) | 2002-03-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4598960B2 (ja) | 生物学的サンプルから得られた標的化合物のチップ上での同定及び/又は定量方法 | |
US8354231B2 (en) | Methods and systems for detecting and/or sorting targets | |
EP1054259A1 (en) | Method for the identification of a target compound | |
US6861251B2 (en) | Translucent solid matrix assay device for microarray analysis | |
US20100113301A1 (en) | Method for the identification and/or the quantification of a target compound obtained from a biological sample upon chips | |
JP2002526743A (ja) | アナライト検出算出法 | |
WO2001014425A1 (en) | Multipurpose diagnostic systems using protein chips | |
JP2009524819A (ja) | 表面処理されていない基質にプローブを固定するためのゾル−ゲルバイオチップ用のゾル組成物及びそのスクリーニング方法 | |
JP4250365B2 (ja) | イメージ化法 | |
US20040072274A1 (en) | System and method for visualization and digital analysis of protein and other macromolecule microarrays | |
JP3899831B2 (ja) | 生化学センサ及びこれを用いた生化学検査装置 | |
WO2003062444A2 (en) | Array systems and methods | |
EP1179180B1 (en) | Method for the identification and/or the quantification of a target compound | |
US20060014161A1 (en) | Combination comprising biochip and optical detection device | |
JP2012127807A (ja) | バイオチップ及びバイオチップの作製方法 | |
EP1327690A2 (en) | Solid phase method for analyzing a biomolecule | |
US20050124017A1 (en) | Quantitative alkaline-phosphatase precipitation reagent and methods for visualization of protein microarrays | |
JP2005030913A (ja) | バイオチップ | |
US20040161862A1 (en) | Method of visualization and quantification of biopolymer molecules immobilized on solid support | |
US20180364243A1 (en) | Automated silver enhancement system | |
US20030224459A1 (en) | Protein detection method |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20070411 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20091022 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20091027 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100125 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20100702 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100803 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100804 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20100827 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20100927 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 4598960 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131001 Year of fee payment: 3 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
EXPY | Cancellation because of completion of term |