JP2001511529A - バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置 - Google Patents

バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置

Info

Publication number
JP2001511529A
JP2001511529A JP2000504502A JP2000504502A JP2001511529A JP 2001511529 A JP2001511529 A JP 2001511529A JP 2000504502 A JP2000504502 A JP 2000504502A JP 2000504502 A JP2000504502 A JP 2000504502A JP 2001511529 A JP2001511529 A JP 2001511529A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
analysis
chip
experiment
identifier
target
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
JP2000504502A
Other languages
English (en)
Inventor
ディビッド ジェイ． バラバン，
アラン アガーワル，
Original Assignee
アフィメトリックス インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by アフィメトリックス インコーポレイテッド filed Critical アフィメトリックス インコーポレイテッド
Publication of JP2001511529A publication Critical patent/JP2001511529A/ja
Ceased legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M1/00—Substation equipment, e.g. for use by subscribers
    • H04M1/006—Call diverting means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/30—Microarray design
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M1/00—Substation equipment, e.g. for use by subscribers
    • H04M1/72—Mobile telephones; Cordless telephones, i.e. devices for establishing wireless links to base stations without route selection
    • H04M1/724—User interfaces specially adapted for cordless or mobile telephones
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M2207/00—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place
    • H04M2207/20—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place hybrid systems
    • H04M2207/206—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place hybrid systems composed of PSTN and wireless network
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M3/00—Automatic or semi-automatic exchanges
    • H04M3/42—Systems providing special services or facilities to subscribers
    • H04M3/46—Arrangements for calling a number of substations in a predetermined sequence until an answer is obtained
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M3/00—Automatic or semi-automatic exchanges
    • H04M3/42—Systems providing special services or facilities to subscribers
    • H04M3/54—Arrangements for diverting calls for one subscriber to another predetermined subscriber
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S128/00—Surgery
    • Y10S128/92—Computer assisted medical diagnostics
    • Y10S128/922—Computer assisted medical diagnostics including image analysis
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/912—Applications of a database
    • Y10S707/923—Intellectual property
    • Y10S707/924—Patent procedure
    • Y10S707/925—Drafting an application
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/953—Organization of data
    • Y10S707/955—Object-oriented
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99931—Database or file accessing
    • Y10S707/99933—Query processing, i.e. searching
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99931—Database or file accessing
    • Y10S707/99933—Query processing, i.e. searching
    • Y10S707/99934—Query formulation, input preparation, or translation
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99941—Database schema or data structure
    • Y10S707/99944—Object-oriented database structure
    • Y10S707/99945—Object-oriented database structure processing

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Signal Processing (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
  • Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
  • Measuring Pulse, Heart Rate, Blood Pressure Or Blood Flow (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

(57)【要約】 オリゴヌクレオチドアレイチップを含む、ポリマープローブアレイチップに関する情報を体系化するためのシステムおよび方法。サンプル調製（１１４）、チップレイアウト、サンプルのチップへの適用、チップのスキャニング（１１８）、チップの発現分析結果（１２０）等に関する情報を体系化するデータベースモデル（１０２）が提供される。このモデルはＳＱＬのようなデータベース言語へ容易に翻訳可能である。データベースモデルは、プローブアレイチップの大量処理を可能にするような大きさである。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （関連出願の相互参照） 本願は、１９９７年７月２５日に出願された、「ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ
ＢＩＯ−ＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ ＤＡＴＡＢＡＳＥ」と題する米国仮出願第
６０／０５３，８４２号、１９９７年１２月１１日に出願された、「ＣＯＭＰＲ
ＥＨＥＮＳＩＶＥ ＤＡＴＡＢＡＳＥ ＦＯＲ ＢＩＯ−ＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣ
Ｓ」と題する米国仮出願第６０／０６９，１９８号、および１９９７年１２月１
１日に出願された、「ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＡＮＤ ＥＶＡＬＵＡ
ＴＩＯＮ ＳＹＳＴＥＭ」と題する米国仮出願第６０／０６９，４３６号からの
優先権を主張している。３件全ての仮出願の内容は、本明細書中において参考と
して援用する。
【０００２】 本願の主題は、本願と同日に出願された、同一人に譲渡される以下３件の出願
の主題に関する。それらは「ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＡＮＤ ＥＶＡ
ＬＵＡＴＩＯＮ ＳＹＳＴＥＭ」（代理人事件番号０１８５４７−０３５０１０
号）、「ＭＥＴＨＯＤ ＡＮＤ ＳＹＳＴＥＭ ＦＯＲ ＰＲＯＶＩＤＩＮＧ
Ａ ＰＯＬＹＭＲＯＰＨＩＳＭ ＤＡＴＡＢＡＳＥ」（代理人事件番号０１８５
４７−０３３８２０号）、「ＭＥＴＨＯＤ ＡＮＤ ＳＹＳＴＥＭ ＦＯＲ Ｐ
ＲＯＶＩＤＩＮＧ Ａ ＰＲＯＢＥ ＡＲＲＡＹ ＣＨＩＰ ＤＥＳＩＧＮ Ｄ
ＡＴＡＢＡＳＥ」（代理人事件番号０１８５４７−０３３８３０号）である。こ
れら３件の出願の内容は、本明細書中において参考として援用する。
【０００３】 （発明の背景） 本発明は、生物学的サンプルを処理するためのチップに関する情報の収集およ
び格納に関する。
【０００４】 物質のアレイを基板上に形成し、そして用いるためのデバイスおよびコンピュ
ータシステムは公知である。例えば、ＰＣＴ出願ＷＯ９２／１０５８８（本明細
書中において、あらゆる目的のために参考として援用する）は、核酸および他の
物質を配列決定するため、または配列検査するための技術を記載している。これ
らの作業を行うためのアレイは、例えば米国特許第５，１４３，８５４号および
米国特許第５，５７１，６３９号（両件ともに本明細書中において、あらゆる目
的のために参考として援用する）に開示されている開拓的技術の方法によるアレ
イに形成され得る。
【０００５】 そこで記載されている技術の１つの局面によると、核酸プローブのアレイは、
チップまたは基板上の既知の位置において製作される。次いで、蛍光標識核酸は
、チップと接触させられ、そしてスキャナーは標識核酸がチップに結合する位置
を示すイメージファイルを生成する。これらの位置におけるプローブの同一性に
基づき、情報（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ中のモノマー配列）を抽出すること
が可能となる。このようなシステムは、例えば研究のために用いられ得るＤＮＡ
のアレイを形成し、嚢胞性線維症、Ｐ５３遺伝子（ある種の癌に関連する）、Ｈ
ＩＶ、および他の遺伝的特性に関連した変異を検出するために用いられてきた。
【０００６】 そのようなプローブのアレイを用いる遺伝子発現をモニタするためのコンピュ
ータ支援技術技術はまた、ＥＰ公開第０８４８０６７号およびＰＣＴ公開第ＷＯ
９７／１０３６５号（本明細書中においてその内容を参考として援用する）に開
示されるように開発されている。多くの疾患状態は、多様な遺伝子の発現レベル
における差異により特徴づけられ、これは特定の遺伝子の遺伝的ＤＮＡの複製数
における変化、あるいは転写のレベルにおける変化（例えば、イニシエーション
の制御、ＲＮＡ前駆体の取得、ＲＮＡプロセッシング等を介して）を介して特徴
づけられる。例えば、遺伝的材料の損得は、悪性の転換および進行において重要
な役割を果たす。さらに、特定の遺伝子（例えば発癌遺伝子または癌抑制遺伝子
）の発現（転換）レベルにおける変化は、多様な癌の存在および進行についての
標識を務める。
【０００７】 配列決定および発現モニタリングのためのこれらのコンピュータ支援技術は、
それら自体が、例えば配列を選択する段階、チップ全体のレイアウト、マスク設
計、プローブ合成、サンプル調製、サンプルのチップへの適用、サンプルのスキ
ャニング、およびスキャニング結果の分析を含む、多重段階プロセスである。各
段階には関連づけられた制御情報があり、この制御情報はどのように段階の処理
が行われるかを何らかの方法で決定する。多くの段階には、段階の間に生じた結
果情報もまたある。１つの段階における処理は、その前の段階からの制御情報あ
るいは結果情報に依存し得る。従って、便利なアクセスおよび検索のための関連
情報の全てを体系化する必要性がある。
【０００８】 プローブアレイチップの意図される用途の多くは、多様な段階全てを非常に大
規模に行うことを包含する。例えば、癌の特定の形態に関連する発癌遺伝子およ
び癌抑制遺伝子を発見するために、ヒトの被験体の大きな集合を調査すると考え
る。大きな数のサンプルが収集され、処理されなければならない。サンプルドナ
ーおよびサンプル調製状態についての情報は、後の分析を容易にするために維持
されるべきである。プローブアレイチップは、関連付けられたレイアウト情報を
有する。各チップは、サンプルと共に処理され、個々にスキャンされる。それゆ
え各チップは、それ自身のスキャニング結果を有する。最後にスキャニング結果
は、発癌遺伝子および癌抑制遺伝子を識別する試みにおいて、多くの被験体につ
いて解釈され、分析される。格納し、相関付ける情報の量は、莫大である。情報
管理の問題に折り合いをつけるのに、機器および他の研究資材は他のプロジェク
トと共有され得る。単一の研究所は多くの顧客にサービスし得るが、各顧客自身
は複数プロジェクトの完成を要求する。プローブアレイチップと合わせて用いら
れる、大量の情報を格納し、体系化することに適したシステムおよび方法が必要
とされる。
【０００９】 （発明の要旨） 本発明は、オリゴヌクレオチドアレイチップを含むポリマープローブアレイチ
ップに関連する情報を体系化するためのシステムおよび方法を提供する。サンプ
ル調製、チップレイアウト、サンプルのチップへの適用、チップのスキャニング
、チップの発現分析結果等に関する情報を体系化するデータベースモデルが提供
される。このモデルは、ＳＱＬのようなデータベース言語へ容易に翻訳可能であ
る。データベースモデルは、プローブアレイチップの大量処理を許容するような
大きさである。
【００１０】 本発明の第１の局面によると、ポリマープローブアレイの処理に関する情報を
管理するためのコンピュータ実現方法は、電子的に格納された実験テーブルを作
成する工程を含む。実験テーブルは、複数の実験の各々に対して第１の識別子お
よび第２の識別子を列挙する。第１の識別子は特定の実験においてポリマープロ
ーブアレイチップに適用される標的サンプルを識別し、第２の識別子はその特定
の実験においてその標的サンプルが適用されたポリマープローブアレイチップを
識別する。この方法は、さらに電子的に格納されたチップテーブルを作製する工
程を含む。チップテーブルは、複数のポリマープローブアレイチップの各々に対
して、第２の識別子および第３の識別子を列挙する。第２の識別子は特定のポリ
マープローブアレイチップを識別し、第３の識別子はオリゴヌクレオチドアレイ
チップ上のポリマープローブのレイアウトを特定する。
【００１１】 本発明の第２の局面によると、オリゴヌクレオチドの処理に関するコンピュー
タ実現方法は、電子的に格納された分析テーブルを作製する工程を含む。分析テ
ーブルは、複数の発現分析操作の各々に対して、第１の識別子および第２の識別
子を列挙する。第１の識別子は特定の分析操作を特定し、第２の識別子は、その
特定の発現分析操作の行われたオリゴヌクレオチドアレイ処理結果情報を特定す
る。この方法は、電子的に格納された遺伝子発現結果テーブルを作製する工程を
さらに含む。遺伝子発現結果テーブルは、複数の分析操作のうち選択された動作
の各々に対して、遺伝子のリスト、ならびにそれらの遺伝子の各々に適用された
特定の発現分析操作の結果を列挙する。
【００１２】 本発明の第３の局面によると、ポリマープローブアレイの処理に関する情報を
管理するためのコンピュータ実現方法は、以下の工程を含む。特定の実験におい
てポリマープローブアレイチップに適用される標的サンプルを識別する第１の識
別子を、電子的に格納された実験テーブルに複数の実験の各々に対して格納する
工程と、その特定の実験において標的サンプルが適用されたポリマープローブア
レイチップを識別する第２の識別子を、電子的に格納された実験テーブルに複数
の実験の各々に対して格納する工程と、特定のポリマープローブアレイチップを
識別する第２の識別子を、電子的に格納されたチップテーブルに複数のポリマー
プローブアレイチップの各々に対して格納する工程と、ポリマープローブアレイ
チップ上のポリマープローブのレイアウトを識別する第３の識別子を、電子的に
格納したチップテーブルに複数のポリマープローブチップの各々に対して格納す
る工程とを含む。
【００１３】 本明細書中の発明の性質および利点は、本明細書の以下の部分ならびに添付の
図面を参照することにより、さらに理解され得る。
【００１４】 （特定の実施態様の説明） （生物学的材料分析システム） 本発明の１つの実施態様は、それら自体が、ＲＮＡまたはＤＮＡのような生物
学的材料からなり得るプローブを含むアレイを用いて、生物学的もしくは他の材
料を分析するためのシステムの状況において動作する。ＶＬＳＩＰＳTMおよびＧ
ｅｎｅＣｈｉｐTM技術は、ポリマー（例えば、核酸）の非常に大きなアレイを非
常に小さなチップ上に作製し、用いる方法を提供する。米国特許第５，１４３，
８５４号およびＰＣＴ特許公開ＷＯ９０／１５０７０および９２／１００９２参
照（これらの各々を本明細書中において、あらゆる目的のために参考として援用
する）。チップ上の核酸プローブは、当該サンプル核酸（「標的」核酸）におけ
る相補的な核酸配列を検出するために用いられる。
【００１５】 プローブは核酸プローブである必要はないが、ペプチドのような他のポリマー
であってもよいことは理解されるべきである。ペプチドプローブは、サンプル中
のペプチド、ポリペプチド、またはポリマーの濃度を検出するために用いられて
もよい。プローブは、その濃度が計測のために用いられる化合物との結合親和性
を有するように、慎重に選択されなければならない。
【００１６】 図１は、ＲＮＡまたはＤＮＡのような生物学的材料のアレイを形成し、分析す
るためのシステム１００の全体を示す。バイオインフォマティクスデータベース
１０２は、システム１００の中心にある。バイオインフォマティクスデータベー
ス１０２は、アレイを形成および処理する多様な段階、ならびに結果を解釈およ
び分析することに関する情報を維持する。バイオインフォマティクスデータベー
ス１０２は、アレイの大規模な処理を容易にする。
【００１７】 チップ設計システム１０４は、生物学的ポリマー（例えば、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ）のようなポリマーのアレイを設計するために用いられる。チップ設計システ
ム１０４は、例えば、適切なメモリおよびＣＰＵを含む、適切にプログラムされ
たＳｕｎ Ｗｏｒｋｓｔａｔｉｏｎまたはパーソナルコンピュータもしくはワー
クステーション（例えばＩＢＭ ＰＣ等価物）であり得る。チップ設計システム
１０４は、当該遺伝子の特性を含むチップ設計対象についてユーザからの入力お
よびそのアレイの所望の特徴に関する他の入力を得る。必要に応じて、チップ設
計システム１０４は、バイオインフォマティクスデータベース１０２から、もし
くはＧｅｎＢａｎｋのような外部のデータベースから当該特定の遺伝子配列につ
いての情報を取得し得る。チップ設計システム１０４の出力は、例えばスイッチ
マトリックス（これはＰＣＴ出願ＷＯ９２／１００９２に記載される）の形態の
チップ設計コンピュータファイルならびに他の関連するコンピュータファイルの
セットである。チップ設計コンピュータファイルは、バイオインフォマティクス
データベース１０２の一部を形成する。配列決定および発現分析用のチップを設
計するためのシステムは、米国特許第５，５７１，６３９号およびＰＣＴ出願Ｗ
Ｏ９７／１０３６５に開示されており、これらの内容を本明細書中において参考
として援用する。
【００１８】 チップ設計ファイルは、ＤＮＡのような分子のアレイの製作において用いられ
るリトグラフマスクを設計するマスク設計システム（図示せず）に入力される。
このマスク設計システムは、プローブアレイの製作において使用されるリトグラ
フマスクを設計する。このマスク設計システムは、その後マスク構築システム（
図示せず）により用いられるマスク設計ファイルを生成し、ポリマーアレイの製
作における使用のためのクロム付きガラスマスクのようなマスクまたは他の合成
パターンを構成する。
【００１９】 このマスクは、合成システム（図示せず）において用いられる。この合成シス
テムは、基板またはチップ上のポリマーのアレイを製作するために用いられる、
必要なハードウェアおよびソフトウェアを含む。この合成システムは光源、なら
びにその基板またはチップがその上に配置される化学フローセルを含む。マスク
は、その光源とその基板／チップとの間に配置され、これら２つはそのチップの
選択された領域の脱保護のための適切な時間において、互いに相対的に変位され
る。選択された化学試薬は、そのフローセルを介して、脱保護領域への結合、な
らびに洗浄および他の操作に向けられる。この合成システムにより製作される基
板は、必要に応じて、より小さな複数のチップに切断される。合成システムの出
力は、標的サンプルの適用について準備の整ったチップである。
【００２０】 マスク設計、マスク構築、およびプローブアレイ合成システムについての情報
は、背景として示す。バイオインフォマティクスデータベース１０２は、それら
の操作に関する情報を含んでも、含まなくてもよい。
【００２１】 生物学的供給源１１２は、例えば植物または動物からの組織である。多様な処
理工程が、サンプル調製システム１１４により生物学的供給源１１２からの材料
に適用される。これらの工程は、ｍＲＮＡの単離、濃度を増加するため等のｍＲ
ＮＡの沈降、ｍＲＮＡからのｃＤＮＡの合成を含み得る。多様な処理工程の結果
は、合成システム１１０により生成されるチップに適用する準備のできた標的サ
ンプルである。発現分析のためのサンプル調製方法は、ＷＯ９７／１０３６５に
おいて詳細に述べられている。
【００２２】 調製されたサンプルは、ＲＮＡまたはＤＮＡのようなモノマーヌクレオチド配
列を含む。サンプルがサンプル曝露システム１１６によりチップに適用される場
合、そのヌクレオチドはプローブに結合しても、または結合しなくてもよい。こ
のヌクレオチドは、どのプローブがそのサンプルからのヌクレオチド配列に結合
したか決定するために、蛍光標識でタグ化されている。調製されたサンプルは、
スキャニングシステム１１８に配置される。スキャニングシステム１１８は、共
焦点顕微鏡またはＣＣＤ（電荷結合素子）のような、検出デバイスを含み、この
デバイスは標識レセプターがその基板に結合した場所を検出するために用いられ
る。スキャニングシステム１１８の出力は、蛍光標識レセプターの場合において
、蛍光強度（光子計数、または電圧のような他の関連計測値）をその基板上の位
置の関数として表示するイメージファイルである。これらのイメージファイルは
また、バイオインフォマティクスデータベース１０２の一部を形成し得る。より
高い光子計数が標識レセプターがより強くポリマーのアレイに結合しているとこ
ろで観測されるため、ならびにその基板上のポリマーのモノマー配列が位置の関
数として既知であるため、そのレセプターに相補的である基板上のポリマーの配
列を決定することが可能となる。
【００２３】 イメージファイルおよびチップの設計は、例えば、塩基配列を呼び出す、また
は遺伝子の発現レベルもしくは発現した配列タグを決定する分析システム１２０
に入力される。遺伝子またはＥＳＴの発現レベルが、遺伝子またはＥＳＴの転写
に起因するｍＲＮＡあるいはタンパク質のサンプル内の濃度であることは本明細
書中において理解される。そのような分析技術は、ＷＯ９７／１０３６５および
米国特許第０８／５３１，１３７号に開示されており、この内容は本明細書中に
おいて参考として援用する。分析結果は、バイオインフォマティクスデータベー
ス１０２に格納される。
【００２４】 チップ設計システム１０４、分析システム１２０、ならびに、曝露システム１
１６、サンプル調製システム１１４、およびスキャニングシステム１１８の制御
部分は、Ｓｕｎ ＷｏｒｋｓｔａｔｉｏｎまたはＩＢＭ互換ＰＣのような、適切
にプログラムされたコンピュータであり得る。各システムの独立したコンピュー
タは、これらのシステムのコンピュータ実現機能を行ってもよく、あるいは１つ
のコンピュータが２つ以上のシステムのコンピュータ化された機能を合わせても
よい。１つ以上のコンピュータが、図１のシステムを操作するコンピュータから
独立したバイオインフォマティクスデータベース１０２を維持してもよく、ある
いはバイオインフォマティクスデータベース１０２がそれらのコンピュータによ
り全体的に、または部分的に維持されてもよい。
【００２５】 図２Ａは、本発明を実現するために適したホストコンピュータシステム２１０
のブロック図を示す。ホストコンピュータシステム２１０は、中央プロセッサ２
１４のような主なサブシステムを相互接続するバス２１２、システムメモリ２１
６（代表的にＲＡＭ）、入力／出力（Ｉ／Ｏ）アダプタ２１８、ディスプレイア
ダプタ２２６を介したディスプレイスクリーン２２４のような外部デバイス、Ｉ
／Ｏアダプタ２１８を介したキーボード２３２およびマウス２３４、ＳＣＳＩホ
ストアダプタ２３６、ならびにフロッピーディスク２４０を作動可能に受け入れ
るためのフロッピーディスクドライブ２３８を含む。ＳＣＳＩホストアダプタ２
３６は、固定ディスクドライブ２４２またはＣＤ−ＲＯＭ２４６を作動可能に受
け入れるＣＤ−ＲＯＭプレイヤー２４４との格納インターフェースの働きをし得
る。固定ディスク２４２は、ホストコンピュータシステム２１０の一部であり得
るが、別々であって他のインターフェースシステムを介してアクセスされてもよ
い。ネットワークインターフェース２４８は、電話回線を介して遠隔サーバへの
直接接続もしくはインターネットへの直接的接続を提供し得る。ネットワークイ
ンターフェース２４８はまた、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）もしくは
多くのコンピュータシステムを相互接続する他のネットワークに接続されてもよ
い。多くの他のデバイスまたはサブシステム（図示せず）が、同様に接続されて
もよい。
【００２６】 また、本発明を実施するために存在している、図２Ａに示すデバイスの全てが
必要なわけではない（後述）。デバイスおよびサブシステムは、図２Ａに示すも
のとは違う方法で相互に接続され得る。図２Ａに示すようなコンピュータシステ
ムの動作は、当該分野においては容易にわかるものであり、本明細書中では詳細
に説明しない。本発明を実現するためのコードは、コンピュータ読み出し可能な
格納媒体（例えばシステムメモリ２１６、固定ディスク２４２、ＣＤ−ＲＯＭ２
４６、またはフロッピーディスク２４０）に操作可能に配置されても、あるいは
格納されてもよい。
【００２７】 図２Ｂは、複数のコンピュータシステム２１０を相互に接続しているネットワ
ーク２６０を示す。ネットワーク２６０は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡ
Ｎ）、広域ネットワーク（ＷＡＮ）等であり得る。バイオインフォマティクスデ
ータベース１０２および図２Ｂの他の構成要素のコンピュータ関連動作は、多様
なコンピュータ間において情報を通信するために用いられているネットワーク２
６０を用いて任意の方法において、複数のコンピュータシステム２１０間で分割
され得る。フロッピーディスクのような持ち運びのできる格納媒体が、ネットワ
ーク２６０の代わりに、コンピュータ間で情報を運ぶために使用され得る。 （データベースの一般モデル） バイオインフォマティクスデータベース１０２は、好ましくは複合的内部構造
を備えたリレーショナルデータベースである。バイオインフォマティクスデータ
ベース１０２の構造および内容は、データベースのテーブルの内容ならびにテー
ブル間の相互関係を説明する論理モデルを参照しながら説明する。このモデルの
視覚的表示は、エンティティ、関係、および属性を含むＥｎｔｉｔｙ Ｒｅｌａ
ｔｉｏｎｓｈｉｐ Ｄｉａｇｒａｍ（ＥＲＤ）である。ＥＲＤの詳細な説明は、
Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、ＮＪのＬｏｇｉｃ Ｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．から入手できる
「ＥＲｗｉｎ ｖｅｒｓｉｏｎ ３．０ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｇｕｉｄｅ」に見出
され、この内容は本明細書中において参考として援用する。Ｏｒａｃｌｅから入
手できるＤｅｖｅｌｏｐｅｒ ２０００のような自動化ツールが、図４からのＥ
ＲＤを実行可能なコード（例えばデータベースを作製および作動するＳＱＬコー
ド）に直接的に変換することは、当業者により理解される。
【００２８】 図３は、バイオインフォマティクスデータベース１０２の内容を記載するため
に用いられるＥＲＤへのキーである。集合（すなわち「〜を有する」）関係３０
２は、１つのエンティティが別のエンティティを有することを意味する。示す実
施例において、配列セット３０４は、配列３０６を有する。一対多関連（すなわ
ち「分類」）関係３０８は、１つのエンティティが他の複数のエンティティの等
価分類を定義することを意味する。示す実施例において、サンプル３１０は標的
３１２の等価分類を定義する。ＭｅｔａＣｌａｓｓ関係３１４は、１つのエンテ
ィティの収集が別のエンティティに対応することを意味する。示す実施例におい
て、チップの収集３１６は、チップ設計３１８に対応する。具体化（すなわち「
〜である」）関係３２０は、１つのエンティティが別のエンティティであること
を示す。示す実施例において、フラグメント３２２は、配列３２４である。
【００２９】 例示関係３２６は、１つのエンティティが別のエンティティのセットの例であ
ることを意味する。示す実施例において、Ｋ１０４−１０１ ３２８は、被験体
３３０のセットの例である。例示が固有の構成要素ではなくセットを導く場合、
例示されるセットはメタクラス（ｍｅｔａｃｌａｓｓ）として言及される。関連
目的関係３３２は、エンティティの第１のセットおよびエンティティの第２のセ
ットの、デカルト積サブセットがエンティティの第３のセットに対応することを
意味する。示す実施例において、被験体３３４は１つ以上の被験体群３３６に関
与し、そのような被験体関与３３８の各々はエンティティである。
【００３０】 図４は、本発明の１つの実施態様によるバイオインフォマティクスデータベー
ス１０２の要素を示すエンティティ関係ダイアグラム（ＥＲＤ）である。
【００３１】 ダイアグラム中の各矩形は、データベース１０２のテーブルに対応する。各矩
形について、そのテーブルの名称がその矩形の上に列挙されている。各矩形内に
、テーブルの列が列挙される。各矩形内の水平線の上には、キー列が列挙されて
おり、列の内容はテーブルにおける個々のレコードを識別するために用いられる
。この水平線の下は、キーではない（ｎｏｎ−ｋｅｙ）列の名前である。矩形間
の線は、１つのテーブルのレコードと別のテーブルのレコードとの間の関係を識
別する。まず、多様なテーブル間における関係を説明する。その後、各テーブル
の内容を詳細に述べる。
【００３２】 バイオインフォマティクスデータベース１０２の特定の詳細は発現分析に関す
るが、塩基呼び出しおよび多形性の発見のような他のタイプの分析もまた本発明
により容易となり得る。
【００３３】 実験テーブル４０２は、特定の物理チップを用いて標的上で行われ、プロトコ
ルに従ってなされる実験を列挙する。標的は、標的テーブル４０４に列挙され、
これは一対多関連関係４０６により実験テーブル４０２へリンクしている。プロ
トコルは、プロトコルテーブル４０８に列挙され、これは集合体関係４１０によ
り実験テーブル４０２へリンクしている。物理チップは、物理チップテーブル４
１２に列挙され、これは一対多関連関係４１４により実験テーブル４０２へリン
クしている。従って、実験テーブル４０２内の各レコードは、プロトコルテーブ
ル４０８からのレコード、ならびに物理チップテーブル４１２からの、およびそ
れに関連づけられた標的テーブルからのレコードへリンクしている。また、標的
テーブル４０４内の各レコードは、プロトコルテーブル４０８内のレコードへリ
ンクしている。よって、プロトコルテーブル４０８と標的テーブル４０４との間
でもまた集合体関係４０９がある。このようには図示されていないが、実験は、
関連目的であるか、または物理チップ、標的、およびプロトコル間の関連性関係
を定義する。
【００３４】 プロトコルは、概して実験または標的の調整のような手順を制御するために用
いられるパラメータの記載である。実験に用いられるプロトコルは、後の使用の
ために保存することが重要である数量（例えば、温度、機器の識別、等）を含む
。
【００３５】 プロトコルテーブルそれ自体は、それに関連づけられた、いかなる特定の情報
をも有さない。プロトコルは、プロトコルテンプレートに基づく。プロトコルテ
ンプレートは、多くの関連パラメータテンプレートを有する。従って、一対多関
連関係４１８によりプロトコルテーブル４０８へ、ならびに一対多関連関係４２
２によりパラメータテンプレートテーブル４２０へリンクしたプロトコルテンプ
レートテーブル４１６がある。パラメータテンプレートテーブル４２０内の各パ
ラメータテンプレートは、特定のコンテクスト（例えば、ある実験）において重
要と見なされるパラメータを列挙する。パラメータテンプレートもまた、特定の
パラメータについてのデフォルト値を含み得る。代表的に、プロトコルテーブル
４０８内の単一のレコードは、プロトコルテンプレートテーブル４１６内の単一
のレコードに関連づけられる。プロトコルテンプレートテーブル４１６は、次に
それに関連づけられたパラメータテンプレートテーブル４２０内に複数のパラメ
ータテンプレートを有する。
【００３６】 パラメータ自体は、プロトコルテーブル４０８が一対多関係４２６によりリン
クしているパラメータテーブル４２４において列挙される。プロトコルが実際に
用いられるときに、パラメータテンプレート内で識別される１つ以上のデフォル
ト値が変更されると、それらの変更はパラメータテーブル４２４に記録される。
【００３７】 各プロトコルテンプレートに関連したテンプレートタイプは、テンプレートの
種類を表示する。このテンプレートタイプは、例えばテンプレートが実験用、分
析用、または標的調製用のパラメータを識別するか否かを識別する。従って、テ
ンプレートタイプテーブル４２７は、プロトコルテンプレートテーブル４１６と
の一対多関連関係４２９を有する。
【００３８】 パラメータテンプレートテーブル４２０に列挙された各パラメータについて、
そのパラメータに対する計測のユニットがある。従って、パラメータテーブル４
３０は、パラメータテンプレートテーブル４２０との一対多関係４３２を有する
。
【００３９】 標的テーブル４２０に列挙された各標的レコードについて、その標的タイプテ
ーブル４３４に標的タイプレコードがある。標的タイプレコードは、標的供給源
のタイプ（例えば血液、唾液等）を同定する。標的テーブル４０４と標的タイプ
テーブル４３４との間に一対多関連関係４３６がある。
【００４０】 分析は、プロトコルに従って、そして分析スキームに従って、分析データセッ
ト収集上で実施される。従って、分析テーブル４３８、分析データセット収集テ
ーブル４４０、分析スキームテーブル４４２がある。プロトコルテーブル４０８
と分析テーブル４３８との間に集合体関係４４４、分析データセット収集テーブ
ル４４０と分析テーブル４３８との間に一対多関連関係４４６、ならびに分析ス
キームテーブル４４２と分析テーブル４３８との間に集合体関係４４８がある。
分析用のプロトコルは、実験および標的調製のために用いられるプロトコルと類
似している。
【００４１】 分析スキームレコードは、チップタイプの論理的レイアウトを与える。論理的
レイアウトは、ユニット、ブロック、原子、および細胞の階層型構築を構成し、
その各々は別々のテーブルにおいて詳述される。特定の物理チップ設計のために
、１つよりも多い論理的レイアウトが存在し得る。なぜなら、単一の物理チップ
設計のプローブの同じ収集は、異なる分析目的として使用可能であり得るからで
ある。
【００４２】 物理チップテーブル４１２との一対多関連関係４５２を有するチップ設計テー
ブル４５０がある。チップ設計テーブル４５０のレコードは、物理チップレイア
ウトを識別する。チップ設計テーブル４５０と分析スキーム４４２との間に一対
多関連関係４５４もまた存在し、特定の物理レイアウトに対する複数の論理的レ
イアウトの可能性を表す。
【００４３】 スキームユニットテーブル４５６は、論理的レイアウトのユニットについての
レコードを列挙する。ユニットは、１つ以上の生物学的項目（例えば、遺伝子）
を照会する、プローブの収集である。分析スキームテーブル４４２とスキームユ
ニットテーブル４５６との間に、一対多関係４５８がある。各ユニットは、ユニ
ットタイプテーブル４６０とスキームユニットテーブル４５６との間に存在する
一対多関連関係４６２により、ユニットタイプテーブル４６０に列挙された関連
ユニットタイプを有する。
【００４４】 スキームブロックテーブル４６４は、論理的レイアウトのブロックについての
レコードを列挙する。一対多関連関係４６６はスキームユニットテーブル４５６
とスキームブロックテーブル４６４との間に存在するが、発現分析にとって最適
化された好ましい実施形態においては、１つのユニットにつき１つのブロックの
みがある。スキームブロックテーブル４６４の各レコードは、特定の遺伝子を評
価するために用いられるプローブに関する。
【００４５】 スキーム原子テーブル４６８は、論理的レイアウトの原子を列挙する。スキー
ムブロックテーブル４６６４とスキーム原子テーブル４６８との間には、一対多
関連関係４７０がある。各原子は、完全に一致するプローブおよび不一致プロー
ブの組合せに対応する。
【００４６】 スキーム細胞テーブル４７２は、論理的レイアウトの細胞を列挙する。スキー
ム原子テーブル４６８とスキーム細胞テーブル４７２との間に、一対多関係４７
４がある。スキーム細胞テーブル４７２の各レコードは、特定のプローブについ
ての情報（例えば、その場所、およびそれがどのように目的の特定の遺伝子に関
係するか）を与える。
【００４７】 分析データセット収集は、分析されるデータを識別する。各分析データセット
収集は、１つ以上の分析データセットを含む。分析データセットは、実験あるい
は以前に行われた分析いずれかから取得されたデータを含み得る。よって分析は
、実験を基礎として分析結果をもたらすことができる。将来の分析は、以前の分
析を基礎として分析結果をもたらすことができる。分析データセット収集テーブ
ル４４０は、分析データセットテーブル４７６との集合体関係４７４を有する。
実験テーブル４０２は、一対多関連関係４２８により、１つの可能な供給源分析
データとして、分析データセットテーブル４７６へリンクしている。同様に分析
テーブル４３８は、別の一対多関連関係４８０により、データの別の可能供給源
として、分析データセットテーブル４７６へリンクしている。従って、分析テー
ブル４３８、分析データセット収集テーブル４４０、および分析データセットテ
ーブル４７６間におけるループが効果的に存在し、このループは以前の分析に基
づいた分析を定義することを可能にする再帰的関係を定義する。
【００４８】 テーブル４７６に列挙される分析データセットについての分析データセットタ
イプテーブル４８２。実験から得られるデータについて１つのタイプ、および以
前の分析から得られるデータについて１つのタイプがある。分析データセットテ
ーブル４７６と分析データセットタイプテーブル４８２との間に、一対多関連関
係４８４がある。
【００４９】 分析テーブル４３８に列挙された分析は、関連した分析アルゴリズムを有する
。分析アルゴリズムは、一対多関連関係４８８により分析テーブル４３８にリン
クしている、分析アルゴリズムテーブル４８６に列挙される。発現分析に合わせ
た好ましい実施態様においては、アルゴリズムの３つの可能なタイプがあり得る
。これらのアルゴリズムのタイプは、１）特定の細胞についての分析、２）相対
発現呼出し、および３）絶対発現呼出しに対応する。アルゴリズムタイプテーブ
ル４９０は、一対多関連関係４９２により分析アルゴリズムテーブル４８６にリ
ンクしている。
【００５０】 好ましくは、３つの結果テーブルである、絶対遺伝子発現結果テーブル４９４
、相対遺伝子発現結果テーブル４９６、および計測要素テーブル４９８がある。
各分析は、１つ以上の絶対遺伝子発現結果、相対遺伝子発現結果、または計測要
素結果をもたらし得る。従って、分析テーブル４３８を絶対遺伝子発現テーブル
４９４、相対遺伝子発現テーブル４９６、および計測要素テーブル４９８のそれ
ぞれにリンクさ細胞、一対多関連関係５００、５０２、および５０４がある。
【００５１】 生物学的参照テーブル５０６は、遺伝子名を列挙する。絶対遺伝子発現結果テ
ーブル４９４および相対遺伝子発現結果テーブル４９６内の各レコードは、特定
の遺伝子に対応する。従って、生物学的参照テーブル５０６と絶対遺伝子発現結
果テーブル４９４との間に一対多関連関係５０８があり、生物学的参照テーブル
５０６と相対遺伝子発現結果テーブル４９６との間に別の一対多関連関係５１０
がある。生物学的参照テーブル５０６とスキームブロックテーブル４６４との間
にもまた一対多関連関係５１２があり、これはなぜなら各列挙されたブロックが
特定名の遺伝子に対応するためである。
【００５２】 絶対遺伝子発現結果タイプテーブル５１４は、絶対遺伝子発現結果のタイプ（
存在、微量、不在、および不明を含む）を列挙する。絶対遺伝子発現結果タイプ
テーブル５１４と絶対遺伝子発現結果テーブル４９４との間に一対多関連関係５
１６がある。相対遺伝子発現結果タイプテーブル５１８は、相対遺伝子発現結果
のタイプ（増加、変化なし、減少、不明を含む）を列挙する。相対遺伝子発現結
果タイプテーブル５１８と相対遺伝子発現結果テーブル４９６との間に一対多関
係５２０がある。 （データベース内容） ここで、上記で導入したテーブルの内容をより詳細に呈示する。各テーブルが
複数のレコードを含み、各レコードがテーブルの列に対応する複数のフィールド
を有することが理解される。実験テーブル４０２は、実行された各実験について
１つのレコードを含む。ＩＤ列は、実験テーブル４０２に対する一次キーであり
、これは各実験に対して固有の識別子を保持している。その他のテーブルを説明
する際、常に「一次キー」がこの目的を果たすことが理解される。プロトコルＩ
Ｄ列は、プロトコルテーブル４０８に列挙された実験に用いられるプロトコルを
識別する。標的ＩＤ列は、標的テーブル４０４に列挙された実験に用いられた標
的サンプルを識別する。物理チップＩＤ列は、物理チップテーブル４１２に列挙
された実験に用いられた物理チップを識別する。実験名列は、各実験に対して固
有の名前を列挙する。ＤＡＴ＿ＦＩＬＥ＿ＮＡＭＥフィールドは、ディスク上の
実験の結果を格納するファイルに対して経路名を列挙する。このファイルは、代
表的にはスキャニングシステム１１８により記録される画素強度を含む。
【００５３】 標的タイプテーブル４０４は、このテーブルの一次キーを保持するＩＤ列を含
む。プロトコルＩＤ列は、標的サンプル調製に用いられたプロトコルを識別する
。標的タイプ列は、標的タイプテーブル４３４に列挙された標的サンプルに対し
て標的タイプを与える。濃度列は、各標的サンプルについての濃度を列挙する。
調製日列は、標的が調製された日付を与える。調製者列は、各標的の調製者の名
前を識別する。
【００５４】 標的タイプテーブル４３４は、血液、唾液等のような種々の標的タイプを列挙
する。このテーブル用の一次キーを保持するＩＤ列、ならびに標的タイプの名前
を列挙する名前列がある。
【００５５】 物理チップテーブル４１２は、標的が適用されたか、あるいは適用され得る物
理チップを列挙する。一次キー列がある。チップ設計フィールド４５０に列挙さ
れた物理チップレイアウトを識別する設計ＩＤ列がある。各チップに対して、チ
ップの有効期限日を列挙する有効期限日列、ならびにロット番号を識別するキャ
ップ番号列がある。
【００５６】 分析テーブル４３８は、実行された各分析に対して１つのレコードを含む。こ
のテーブルには一次キー列がある。プロトコルテーブル４０８に格納された分析
の実行に用いられるプロトコルを識別するプロトコルＩＤ列がある。分析スキー
ムテーブル４４２に列挙される分析に用いられる論理的チップレイアウトを識別
するスキームＩＤ列がある。分析アルゴリズムテーブル４８６に列挙された分析
に用いられたアルゴリズムを識別するアルゴリズムＩＤ列がある。データセット
収集ＩＤ列は、分析データセット収集テーブル４４０に列挙された分析への入力
として用いられたデータセット収集を識別する。分析ＩＤ列は、各分析に対して
分析の名前を示す。分析日列は分析の日付を与える。名前列は、この分析に対し
て固有の名前を与える。
【００５７】 分析データセット収集テーブル４４０は、分析が実行され得るデータセット収
集を列挙する。テーブル４４０は、ただ一次キー列を含むのみである。
【００５８】 分析データセットテーブル４７６は、分析についてのデータを列挙する。一次
キー列がある。分析データセット収集テーブル４４０に列挙された、どのデータ
セット収集に各データセットが属するかを識別する収集ＩＤ列がある。分析ＩＤ
列は、このデータセットが実際に分析の産物であるならば、このデータセットを
生成するために用いられる分析を識別する。実験ＩＤ列は、このデータセットが
代わりに実験の産物であるならば、このデータセットを生成するために用いられ
る実験を識別する。タイプＩＤ列は、データセットが実験または分析の産物であ
るか否かを示す。
【００５９】 分析データセットタイプテーブル４８２は、分析データセットのタイプ（好ま
しくはデータ供給源を示す「実験」および「分析」）を列挙する。一次キー列お
よびこのタイプ名を与える名前列がある。
【００６０】 分析アルゴリズムテーブル４８６は、分析に用いられるアルゴリズムを列挙す
る。一次キー列およびアルゴリズム名を与える名前列がある。タイプ列は、この
アルゴリズムが、絶対遺伝子発現結果、相対遺伝子発現結果、あるいはチップ上
の特定の細胞についての結果をもたらすかどうかを示す。
【００６１】 アルゴリズムタイプテーブル４９０は、アルゴリズム結果のタイプを列挙する
。一次キー列ならびに分析アルゴリズムテーブル４８６のタイプ列に用いられる
異なる結果タイプを列挙するタイプ列がある。
【００６２】 計測要素テーブル４９８は、個々の細胞またはプローブについての分析結果を
列挙する。分析テーブル４３８に列挙される分析を識別する分析ＩＤ列があり、
この分析テーブル４３８は計測要素テーブル４９８に列挙される結果をもたらす
。プローブにチップ上の座標を与える場所Ｘ列および場所Ｙ列がある。分析ＩＤ
、場所Ｘ列および場所Ｙ列は、合わせて計測要素テーブル４９８のキーである。
各細胞またはプローブに対する計算された平均蛍光強度を保持する強度列がある
。統計列は、プローブにわたって計測された強度の標準偏差に対応する標準偏差
を与える。画素列は、郷土列における平均強度を演算するために用いられる画素
の数を列挙する。フラグ列は、各個々の細胞分析結果に対する３つのビットフラ
グを格納する。第１のビットは、細胞が分析ＩＤ列に示された分析からマスクさ
れており、それゆえにこの強度および統計列が適用不可データを保持する場合に
設定される。第２のビットは、この分析がこの細胞を他の細胞と矛盾した結果に
より異常値であると決定したか否かを示す。第３のビットは、この細胞強度が、
実験的計測を基準にした値に比べて改変されたか否かを示す。本来の強度列は、
それが改変されている場合に細胞強度を列挙し、そうでない場合はこの列におけ
るエントリは「１」に設定される。
【００６３】 絶対遺伝子発現結果テーブル４９４は、絶対遺伝子発現分析からの結果を保持
し、チップによりその発現が計測される各遺伝子に対して１つのレコードを備え
る。代表的な発現分析は、チップ上に完全な一致および不一致プローブのペアを
提供する工程を含む。完全な一致プローブは、特定の遺伝子の発現を示すヌクレ
オチド配列と完全にハイブリダイズする。１つのペアの各不一致プローブは、ヌ
クレオチド位置におけるその完全に一致した一方とは異なる。絶対遺伝子発現分
析は、代表的に、比率および／または弁別閾に基づいて、プローブペアがこの特
定の遺伝子の発現に対して陽性であるか、あるいは陰性であるかを示す。
【００６４】 分析ＩＤ列は、分析テーブル４３８に列挙された分析を識別し、分析テーブル
４３８は絶対遺伝子発現結果をもたらす。項目ＩＤ列は、結果が格納される、生
物学的参照テーブル５０６に列挙される遺伝子を識別する。分析ＩＤおよび項目
ＩＤは、合わせて絶対遺伝子発現結果テーブル４９４の一次キーを構成する。結
果タイプＩＤ列は、列挙された発現結果が、絶対遺伝子発現結果タイプテーブル
５１４内のエントリーを参照することにより、遺伝子が存在、微量、不在、また
は不明であることを示す。ｎｕｍｂｅｒ＿ｐｏｓｉｔｉｖｅ列は、陽性と評定さ
れるプローブペアの数を列挙する。ｎｕｍｂｅｒ＿ｎｅｇａｔｉｖｅ列は、陰性
と評定されるプローブペアの数を列挙する。ｎｕｍｂｅｒ＿ｕｓｅｄ列は、分析
に用いられたプローブペアの数を示す。ｎｕｍｂｅｒ＿ａｌｌ列は、項目ＩＤ列
において識別された遺伝子の発現を評定するために割り当てられたチップ上のプ
ローブの数を示す。平均ログ比率列は、全ての分析されたプローブペアについて
、完全一致対不一致の平均対数強度比率を示す。ｎｕｍｂｅｒ＿ｐｏｓｉｔｉｖ
ｅ＿ｅｘｃｅｅｄｓ列は、陽性プローブペアの数と陰性プローブペアの数との間
の差異を示す。ｎｕｍｂｅｒ＿ｎｅｇａｔｉｖｅ＿ｅｘｃｅｅｄｓ列は、陽性プ
ローブペアの数を超える陰性プローブペアの数の過度を示す。平均示差強度列は
、各ペアに対する完全な一致プローブと不一致プローブとの間における強度の平
均的差異を示す。ｎｕｍｂｅｒ＿ｉｎ ａｖｅｒａｇｅ列は、平均値の演算に用
いられるプローブペアの数を示す。
【００６５】 絶対遺伝子発現結果タイプテーブル５１８は、絶対遺伝子発現結果テーブル４
９４の結果タイプ列を参照したタイプ（存在、微量、不在、および不明）を列挙
する。一次キー列およびこれらのタイプ名の列がある。
【００６６】 相対遺伝子発現結果テーブル４９６は、比較遺伝子発現分析からの結果を保持
する。比較分析は、２つの標的（ベースライン標的および実験的標的）上の実験
から得られる実験結果を基準とする。例えば、ベースライン標的は、正常な組織
から作製され得るが、実験的標的は癌組織から作製され得る。標的として用いら
れる他の組織タイプは、処置または疾患進行の異なる段階、異なる種、もしくは
異なる器官に対応し得る。
【００６７】 分析ＩＤ列は、相対遺伝子発現結果を生成した分析テーブル４３８に列挙され
る分析を識別する。項目ＩＤ列は、結果が格納される生物学的参照テーブル５０
６に列挙される遺伝子を識別する。分析ＩＤよび項目ＩＤは、合わせて相対遺伝
子発現結果テーブル４９６の一次キーを構成する。結果ＩＤ列は、相対遺伝子発
現結果タイプテーブル５１８におけるエントリーを参照することにより、列挙さ
れた相対発現結果が、発現増加、発現変化なし、発現現象、あるいは発現変化不
明を示すかどうかを示す。陽性ペア比率列は、２つの標的間における陽性プロー
ブペアの数の比率を示す。陽性ペア増加列は、完全な一致ハイブリダイゼーショ
ン強度と不一致ハイブリダイゼーション強度との間の差異が、実験的標的に対し
て有意により大きいプローブペアの数を示す。陽性デルタ列は、２つの標的間に
おける陽性プローブペアの数間の差異を示す。陰性ペア比率列は、２つの標的に
対する陰性プローブペアの数比率を列挙する。陰性増加列は、完全な一致ハイブ
リダイゼーション強度と不一致ハイブリダイゼーション強度との間の差異が、ベ
ースライン標的に対して有意に大きいプローブペアの数を示す。陰性デルタ列は
、２つの標的間における陰性プローブペアの数間の差異を示す。平均比率デルタ
列は、実験的およびベースライン標的に対する平均ログ比率間の差異を示す。平
均強度差異デルタ列は、実験的およびベースライン標的に対する平均強度差異間
の差異を示す。平均差異比率列は、実験的およびベースライン標的に対する平均
差異の比率の大きさを示す。ログ平均比率デルタ列は、実験的およびベースライ
ン標的のログ平均比率間における差異を示す。有意列は、実験的およびベースラ
イン標的間の発現における差異の指標を提供する。この有意列は、平均差異比率
および平均強度差異デルタの両方を基準とする。塩基不在列は、当該遺伝子がベ
ースライン標的において表面上発現していないか否かを示す。差異呼出し列（図
示せず）は、実験的標的対ベースライン標的の発現のレベルが増加したか、減少
したか、微量に増加したか、微量に減少したか、あるいは発現レベルに検出可能
な変化がなかったか否かを示す。
【００６８】 プロトコルテーブル４０８は、パラメータを実験、標的サンプル、および分析
に関連付ける。一次キー列およびプロトコル用のテンプレートを列挙する列があ
る。パラメータテーブル４２４は、実験、標的サンプル調製、および分析用の全
ての取り込まれたパラメータを格納する。各パラメータ値にはレコードがある。
プロトコルＩＤ列は、パラメータが属するプロトコルを識別する。パラメータイ
ンデックス列は、１から取り込まれたパラメータの数までを範囲とする、パラメ
ータ用のインデックス数を列挙する。プロトコルＩＤおよびパラメータインデッ
クスは、合わせてプロトコルテーブル４０８のキーである。ストリング値列はパ
ラメータ用の値を格納する。
【００６９】 プロトコルテンプレートテーブル４１６は、プロトコル用のテンプレートを保
持し、プロトコルテーブル４０８に列挙されるプロトコルをパラメータテンプレ
ートテーブル４２０により列挙されるパラメータセットに関連づける。一次キー
列がある。テンプレートのタイプ（例えば、実験用、分析用、標的用）を識別す
るテンプレートタイプ列がある。各プロトコルテンプレートに対して固有の名前
を列挙する、名前列がある。
【００７０】 パラメータテンプレートテーブル４２０は、各プロトコルテンプレートに関連
づけられたパラメータ名およびパラメータデフォルト値を含む。各パラメータは
、ここに関連したレコードを有する。プロトコルテンプレートＩＤ列は、パラメ
ータが関連づけられるプロトコルテンプレートを識別する。パラメータインデッ
クス列は、パラメータに対してインデックス数を与える。プロトコルテンプレー
トＩＤおよびパラメータインデックスは、合わせてパラメータテンプレートテー
ブル４２０のキーである。ユニットＩＤ列は、パラメータユニットテーブル４３
０に列挙されたものから選択されたパラメータに対して計測のユニットを与える
。名前列は、パラメータの名前を与える。ストリング値列は、パラメータの値を
与える。
【００７１】 テンプレートタイプテーブル４２７は、種々のタイプのプロトコルテンプレー
ト（例えば、実験用テンプレート、分析用テンプレート、標的の調製用テンプレ
ート）を列挙する。一次キー列およびタイプ名を与える名前列がある。
【００７２】 パラメータユニットテーブル４３０は、パラメータとして用いられる計測の種
々のユニットを列挙する。一次キー列およびユニット名を与える名前列がある。
【００７３】 チップ設計テーブル４５０は、チップタイプを列挙する。一次キー列および各
チップに対して固有の名前を与える名前列がある。各チップタイプは、特徴的な
物理レイアウトを有する。
【００７４】 分析スキームテーブル４４２は、チップタイプの論理的レイアウトを列挙する
。論理的レイアウトは、ユニット、ブロック、原子、および細胞の階層型構築を
構成する。一次キー列がある。チップ設計ＩＤ列は、各論理的レイアウトに対し
てチップタイプを識別する。同じチップタイプは１つよりも多い論理的レイアウ
トを有し得る。
【００７５】 ユニットタイプテーブル４６０は、論理的レイアウトを形成する種々のタイプ
のユニットを列挙する。一次キー列および各ユニットタイプに対して固有の名前
を列挙する名前列がある。
【００７６】 スキームユニットテーブル４５６は、論理的レイアウト内の各ユニットについ
てのレコードを格納している。ユニットが関連づけられる論理的レイアウトを識
別するスキームＩＤ列がある。１からチップ上のユニットの総数までを範囲とす
る、ユニットに対するインデックス数を与えるユニットインデックス列がある。
スキームＩＤ列およびユニットインデックス列は、合わせてスキームユニットテ
ーブル４５６へのキーとして動作する。各ユニットについてのユニットタイプを
与えるタイプＩＤ列がある。名前列は、各ユニットに対する名前を与える。方向
列は、ユニットがコード化方向において照会するか、あるいは非コード化方向に
おいて照会するか否か（すなわち、サンプルがセンスＤＮＡ鎖またはアンチセン
スＤＮＡ鎖からの配列を包含するか否か）を示す。
【００７７】 スキームブロックテーブル４６４は、各ブロックについてのレコードを格納す
る。論理的レイアウトの各ブロックは、単一遺伝子の活性を照会する。ブロック
が属する論理的レイアウトを示すスキームＩＤ列がある。ユニットインデックス
列は、ブロックが属するユニットを示す。ブロックインデックス列は、ブロック
に対するインデックス数を与え、１からユニットにおけるブロックの数までを範
囲とする。スキームＩＤ、ユニットインデックス、およびブロックインデックス
は、合わせてスキームブロックテーブル４６４の一次キーを構成する。項目ＩＤ
列は、生物学的参照テーブル５０６を参照することにより、照会された遺伝子を
識別する。
【００７８】 スキーム原子テーブル４６８は、論理的レイアウトの原子毎にレコードを列挙
する。原子は、完全な一致および不一致のプローブのペアに対応する。スキーム
ＩＤ列は、原子が属する論理的レイアウトを識別する。ユニットインデックス列
は、原子が属するユニットを識別する。ブロックインデックス列は、原子が属す
るブロックを示す。原子インデックス列は、１からブロック内の原子の数までを
範囲とする、原子に対するインデックス数を与える。スキームＩＤ、ユニットイ
ンデックス、ブロックインデックス、原子インデックスは、合わせてスキーム原
子テーブル４６８へのキーを構成する。位置列は、完全な一致プローブと不一致
プローブが異なる配列位置を示す。Ｔ塩基列は、置換位置における不一致プロー
ブ内の塩基を示す。原子数列は、そのユニット内のプローブペアについての位置
情報を与える。
【００７９】 スキーム細胞テーブル４７２は、論理的レイアウトの細胞毎にレコードを列挙
する。細胞は、個々のプローブに対応する。好ましくは、各原子に対して２つの
細胞がある。スキームＩＤ列は、細胞が属する論理的レイアウトを識別する。ユ
ニットインデックス列は、細胞が属するユニットを識別する。ブロックインデッ
クス列は、細胞が属するブロックを示す。原子インデックス列は、細胞が属する
原子を示す。細胞インデックスは、原子内の細胞を識別する。スキームＩＤ、ユ
ニットインデックス、ブロックインデックス、原子インデックス、および細胞イ
ンデックスは、合わせてスキーム細胞テーブル４７２へのキーを構成する。ｘ場
所列は、チップ上の細胞についてのｘ座標を示す。ｙ場所列は、チップ上の細胞
についてのｙ座標を示す。プローブ塩基列は、原子またはプローブのペアに対し
て置換位置におけるプローブ塩基を識別する。特徴列は、プローブのいくつかの
性状を記載するストリングを与える。修飾子列は、特徴列内で指定された特徴に
加える追加単語を与える。
【００８０】 生物学的参照テーブル５０６は、照会された遺伝子または発現配列タグ（ＥＳ
Ｔ）を列挙する。一次キー列ならびに遺伝子および発現配列タグ名を示す列があ
る。上記で遺伝子発現が言及されたいずれの場合においても、ＥＳＴの発現、ま
たはオリゴヌクレオチドアレイを含むポリマープローブアレイにより計測される
任意の濃度もまた適用のために理解され得ることが、認識される。
【００８１】 動作において、バイオファーマティクスデータベース１０２は、図１に示す種
々のプロセスの間に更新される。例えば、実験がプロトコルに従って標的サンプ
ルを物理チップに適用して行われる場合、エントリーが、標的サンプル、物理チ
ップ、およびプロトコルを識別する実験テーブル４０２に追加される。上記の説
明は、遺伝子発現分析を支持するデータベースを想定しているが、本発明は塩基
呼出しおよび変異検出を支持するデータベースをもまた包含する。
【００８２】 本明細書中に記載した実施例および実施態様は説明を意図したものに過ぎず、
これに鑑みて多様な改変および変更が当業者に示唆され、本出願の思想および範
囲、ならびに添付の請求項の範囲内に含まれることは理解される。例えば、照会
速度を改善するため、および／またはシステムメンテナンスを促進するために、
テーブルは削除されても、多数のテーブルの内容が合併されても、あるいは１つ
以上のテーブルの内容が本明細書中に記載したよりも多くのテーブルに分散され
てもよい。また、本明細書中に記載したデータベースアーキテクチャおよびデー
タモデルは、生物学的用途に制限されず、いかなる用途にも用いられ得る。本明
細書中において引用した全ての出版物、特許、および特許出願は、参考として援
用する。
【図面の簡単な説明】
【図１】 生物学的物質のアレイ（例えばＤＮＡまたはＲＮＡ）を形成し、分析するため
の全システムおよびプロセスを示す。
【図２Ａ】 図１の全システムと合わせた使用に適したコンピュータシステムを示す。
【図２Ｂ】 図１の全システムと合わせた使用に適したコンピュータネットワークを示す。
【図３】 データベースモデルを解釈するためのキーを示す。
【図４】 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持す
るためのデータベースモデルを示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (31)優先権主張番号 ６０／０６９，４３６ (32)優先日 平成９年12月11日(1997．12．11) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＪＰ (72)発明者 アガーワル， アラン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94040, マウンテン ビュー， トライナ ドラ イブ 3374

Claims (13)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ポリマープローブアレイの処理に関する情報を管理するため
    のコンピュータ実現方法であって、該方法は、 電子的に格納された実験テーブルを作成する工程であって、ここで該実験テー
    ブルは実験についてのレコードを格納し、該実験レコードが、 該実験においてポリマープローブアレイチップに適用される標的サンプル
    を識別する第１の識別子と、 該実験において該標的サンプルが適用された該ポリマープローブアレイチ
    ップを識別する第２の識別子とを含む、工程と、 電子的に格納されたチップテーブルを作製する工程であって、ここで該チップ
    テーブルは該ポリマープローブアレイチップについてのレコードを格納し、該チ
    ップレコードが、 該ポリマープローブアレイチップを識別する該第２の識別子と、 該ポリマープローブアレイチップ上のポリマープローブのレイアウトを特
    定する第３の識別子とを含む、工程と、 を含む、方法。
  2. 【請求項２】 実験を行う工程をさらに含む、請求項１に記載の方法であっ
    て、ここで前記標的サンプルが前記ポリマープローブアレイチップに適用される
    、方法。
  3. 【請求項３】 電子的に格納された標的テーブルを作製する工程をさらに含
    む請求項１に記載の方法であって、該標的テーブルは前記標的サンプルについて
    のレコードを格納し、該標的サンプルレコードが、 該標的サンプルを識別する前記第１の識別子と、 該標的サンプルの調製のパラメータを特定する第４の識別子とを含む、方
    法。
  4. 【請求項４】 前記ポリマープローブアレイチップがオリゴヌクレオチドア
    レイチップを含む、請求項１に記載の方法。
  5. 【請求項５】 オリゴヌクレオチドプローブアレイの処理に関する情報を管
    理するためのコンピュータ実現方法であって、該方法は、 電子的に格納された分析テーブルを作製する工程であって、該分析テーブルが
    複数の発現分析操作の各々に対して、 特定の分析操作を特定する第１の識別子と、 該特定の発現分析操作が行われたオリゴヌクレオチドアレイ処理結果情報
    を特定する第２の識別子とを列挙する、工程と、 電子的に格納された遺伝子発現結果テーブルを作製する工程であって、該遺伝
    子発現結果テーブルが、該複数の分析操作のうち選択された操作の各々に対して
    、遺伝子または発現された配列タグのリスト、および該遺伝子または発現された
    配列タグの各々に適用された、該特定の発現分析操作の結果を列挙する、工程と
    、 を含む、方法。
  6. 【請求項６】 ポリマープローブアレイの処理に関する情報を管理するため
    のコンピュータ実現方法であって、該方法は、 特定の実験においてポリマープローブアレイチップに適用される標的サンプル
    を識別する第１の識別子を、電子的に格納された実験テーブルに複数の実験の各
    々に対して格納する工程と、 該特定の実験において該標的サンプルが適用された該ポリマープローブアレイ
    チップを識別する第２の識別子を、該電子的に格納された実験テーブルに該複数
    の実験の各々に対して格納する工程と、 特定のポリマープローブアレイチップを識別する該第２の識別子を、電子的に
    格納されたチップテーブルに複数のポリマープローブアレイチップの各々に対し
    て格納する工程と、 該ポリマープローブアレイチップ上のポリマープローブのレイアウトを特定す
    る第３の識別子を、該電子的に格納したチップテーブルに該複数のポリマープロ
    ーブアレイチップの各々に対して格納する工程と、 を含む、方法。
  7. 【請求項７】 特定の標的サンプルを識別する前記第１の識別子を、複数の
    標的サンプルの各々に対して、電子的に格納された標的テーブルに格納する工程
    と、 該特定の標的サンプルの調製のパラメータを特定する第４の識別子を、該複数
    の標的サンプルの各々に対して、該電子的に格納された標的テーブルに格納する
    工程と、 をさらに含む、請求項６に記載の方法。
  8. 【請求項８】 前記ポリマープローブアレイチップがオリゴヌクレオチドア
    レイチップを含む、請求項６に記載の方法。
  9. 【請求項９】 コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、該媒体上に
    、 電子的に格納された実験テーブルを作製するためのコードであって、該実験テ
    ーブルは複数の実験の各々に対して、 特定の実験においてオリゴヌクレオチドアレイチップに適用される標的サ
    ンプルを識別する第１の識別子と、 該特定の実験において該標的サンプルが適用された該オリゴヌクレオチド
    アレイチップを識別する第２の識別子とを列挙する、コードと、 電子的に格納されたチップテーブルを作製するためのコードであって、該チッ
    プテーブルは複数のオリゴヌクレオチドアレイチップの各々に対して、 該特定のオリゴヌクレオチドアレイチップを識別する第２の識別子と、 該特定のオリゴヌクレオチドアレイチップ上のオリゴヌクレオチドプロー
    ブのレイアウトを特定する第３の識別子とを列挙する、コードと、 を格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
  10. 【請求項１０】 請求項９に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体で
    あって、該媒体上に、電子的に格納された標的テーブルを作製するためのコード
    を格納しており、該標的テーブルが、 前記複数の実験のうち１つ以上に対して該標的サンプルを識別する前記第
    １の識別子と、 該複数の実験のうち１つ以上に対して該標的サンプルの調製のパラメータ
    を特定する第４の識別子とを含むレコードを列挙する、コンピュータ読み出し可
    能な格納媒体。
  11. 【請求項１１】 コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、該媒体上
    に、 電子的に格納された実験テーブルであって、複数の実験の各々に対して、 特定の実験においてオリゴヌクレオチドアレイチップに適用される標的サ
    ンプルを識別する第１の識別子と、 該特定の実験において該標的サンプルが適用された該オリゴヌクレオチド
    アレイチップを識別する第２の識別子とを列挙する、テーブルと、 電子的に格納されたチップテーブルであって、該チップテーブルは複数のオリ
    ゴヌクレオチドアレイチップの各々に対して、 特定のオリゴヌクレオチドアレイチップを識別する該第２の識別子と、 該特定のオリゴヌクレオチドアレイチップ上のオリゴヌクレオチドプロー
    ブのレイアウトを特定する第３の識別子とを列挙する、テーブルと、 を格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
  12. 【請求項１２】 オリゴヌクレオチドアレイの処理に関する情報を管理する
    ためのコンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、該格納媒体は、該媒体上
    に、 電子的に格納された分析テーブルを作製するためのコードであって、該分析テ
    ーブルが複数の発現分析操作の各々に対して、 特定の分析操作を特定する第１の識別子と、 該特定の発現分析操作が行われたオリゴヌクレオチドアレイ処理結果情報
    を特定する第２の識別子とを列挙する、コードと、 電子的に格納された遺伝子発現結果テーブルを作製するためのコードであって
    、該遺伝子発現結果テーブルが、該複数の分析操作のうち選択された操作の各々
    に対して、遺伝子のリスト、および該遺伝子の各々に適用された該特定の発現分
    析操作の結果を列挙する、コードと、 を格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
  13. 【請求項１３】 コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、該媒体上
    に、 分析テーブルであって、該分析テーブルは複数の発現分析操作の各々に対し
    て、 特定の分析操作を特定する第１の識別子と、 該特定の発現分析操作が行われたオリゴヌクレオチドアレイ処理結果情報
    を特定する第２の識別子とを列挙する、テーブルと、 遺伝子発現結果テーブルであって、該遺伝子発現結果テーブルは、該複数の分
    析操作のうち選択された操作の各々に対して、遺伝子のリスト、および該遺伝子
    の各々に適用された該特定の発現分析操作の結果を列挙する、テーブルと、 を格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
JP2000504502A 1997-07-25 1998-07-24 バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置 Ceased JP2001511529A (ja)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US5384297P 1997-07-25 1997-07-25
US6919897P 1997-12-11 1997-12-11
US6943697P 1997-12-11 1997-12-11
US60/069,198 1997-12-11
US60/069,436 1997-12-11
US60/053,842 1997-12-11
PCT/US1998/015469 WO1999005591A2 (en) 1997-07-25 1998-07-24 Method and apparatus for providing a bioinformatics database

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2001511529A true JP2001511529A (ja) 2001-08-14

Family

ID=27368502

Family Applications (6)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504489A Pending JP2001511550A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 プローブアレイチップ設計データベースを提供するための方法よびシステム
JP2000504291A Pending JP2001515234A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 多型性データベースを提供するためのシステム
JP2000504502A Ceased JP2001511529A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置
JP2000504290A Expired - Lifetime JP3776728B2 (ja) 1997-07-25 1998-07-24 遺伝子発現および評価システム
JP2004256352A Withdrawn JP2005100389A (ja) 1997-07-25 2004-09-02 多型性データベースを提供するためのシステム
JP2005158223A Pending JP2005353057A (ja) 1997-07-25 2005-05-30 遺伝子発現および評価システム

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504489A Pending JP2001511550A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 プローブアレイチップ設計データベースを提供するための方法よびシステム
JP2000504291A Pending JP2001515234A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 多型性データベースを提供するためのシステム

Family Applications After (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504290A Expired - Lifetime JP3776728B2 (ja) 1997-07-25 1998-07-24 遺伝子発現および評価システム
JP2004256352A Withdrawn JP2005100389A (ja) 1997-07-25 2004-09-02 多型性データベースを提供するためのシステム
JP2005158223A Pending JP2005353057A (ja) 1997-07-25 2005-05-30 遺伝子発現および評価システム

Country Status (6)

Country Link
US (10) US6229911B1 (ja)
EP (4) EP1002264B1 (ja)
JP (6) JP2001511550A (ja)
AT (1) ATE264523T1 (ja)
DE (1) DE69823206T2 (ja)
WO (4) WO1999005324A1 (ja)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2014096183A (ja) * 1999-08-27 2014-05-22 Iris Biotechnologies Inc 遺伝子分析用人工知能システム
WO2016166800A1 (ja) * 2015-04-13 2016-10-20 国立研究開発法人産業技術総合研究所 実験データ記録装置、コンピュータプログラム、実験データ、実験データ記録方法、実験データ表示装置及び実験データ表示方法

Families Citing this family (323)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1223831A (en) 1982-06-23 1987-07-07 Dean Engelhardt Modified nucleotides, methods of preparing and utilizing and compositions containing the same
US5989835A (en) 1997-02-27 1999-11-23 Cellomics, Inc. System for cell-based screening
ATE264523T1 (de) * 1997-07-25 2004-04-15 Affymetrix Inc A Delaware Corp Verfahren zur herstellung einer bio-informatik- datenbank
US6420108B2 (en) * 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
US7068830B2 (en) * 1997-07-25 2006-06-27 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6826296B2 (en) * 1997-07-25 2004-11-30 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6990221B2 (en) * 1998-02-07 2006-01-24 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array image segmentation and analysis
US6349144B1 (en) * 1998-02-07 2002-02-19 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array segmentation and analysis
CA2325469A1 (en) * 1998-03-26 1999-09-30 Incyte Pharmaceuticals, Inc. System and methods for analyzing biomolecular sequences
US6324479B1 (en) 1998-05-08 2001-11-27 Rosetta Impharmatics, Inc. Methods of determining protein activity levels using gene expression profiles
US6606622B1 (en) * 1998-07-13 2003-08-12 James M. Sorace Software method for the conversion, storage and querying of the data of cellular biological assays on the basis of experimental design
US20040199544A1 (en) * 2000-11-02 2004-10-07 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing an expression data mining database
US6185561B1 (en) * 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
CA2350587C (en) 1998-11-13 2004-04-27 Cellomics, Inc. Methods and system for efficient collection and storage of experimental data
US6453241B1 (en) * 1998-12-23 2002-09-17 Rosetta Inpharmatics, Inc. Method and system for analyzing biological response signal data
US6245511B1 (en) * 1999-02-22 2001-06-12 Vialogy Corp Method and apparatus for exponentially convergent therapy effectiveness monitoring using DNA microarray based viral load measurements
US6142681A (en) 1999-02-22 2000-11-07 Vialogy Corporation Method and apparatus for interpreting hybridized bioelectronic DNA microarray patterns using self-scaling convergent reverberant dynamics
US6136541A (en) 1999-02-22 2000-10-24 Vialogy Corporation Method and apparatus for analyzing hybridized biochip patterns using resonance interactions employing quantum expressor functions
US20040111219A1 (en) * 1999-02-22 2004-06-10 Sandeep Gulati Active interferometric signal analysis in software
US6507788B1 (en) * 1999-02-25 2003-01-14 Société de Conseils de Recherches et D'Applications Scientifiques (S.C.R.A.S.) Rational selection of putative peptides from identified nucleotide, or peptide sequences, of unknown function
US6215894B1 (en) * 1999-02-26 2001-04-10 General Scanning, Incorporated Automatic imaging and analysis of microarray biochips
JP2000258368A (ja) * 1999-03-12 2000-09-22 Jeol Ltd サウンドモニタ機能を備えたｘ線マイクロアナライザ
EP1041514B1 (en) * 1999-03-30 2006-03-01 Fuji Photo Film Co., Ltd. Method and apparatus for selectively displaying measurement result and corresponding images
WO2000062205A1 (en) * 1999-04-13 2000-10-19 Schulze Michael D Method of obtaining an electronically-stored financial document
US7151847B2 (en) 2001-02-20 2006-12-19 Cytokinetics, Inc. Image analysis of the golgi complex
US6743576B1 (en) 1999-05-14 2004-06-01 Cytokinetics, Inc. Database system for predictive cellular bioinformatics
US20030228565A1 (en) * 2000-04-26 2003-12-11 Cytokinetics, Inc. Method and apparatus for predictive cellular bioinformatics
US6651008B1 (en) 1999-05-14 2003-11-18 Cytokinetics, Inc. Database system including computer code for predictive cellular bioinformatics
US6876760B1 (en) 2000-12-04 2005-04-05 Cytokinetics, Inc. Classifying cells based on information contained in cell images
US6334099B1 (en) 1999-05-25 2001-12-25 Digital Gene Technologies, Inc. Methods for normalization of experimental data
JP3469504B2 (ja) * 1999-06-01 2003-11-25 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 マイクロアレイチップ及びそのインデックス方法
US6716579B1 (en) 1999-06-11 2004-04-06 Narayan Baidya Gene specific arrays, preparation and use
AU5476600A (en) * 1999-06-11 2001-01-02 Clingenix, Inc. Gene specific arrays and the use thereof
US7058517B1 (en) 1999-06-25 2006-06-06 Genaissance Pharmaceuticals, Inc. Methods for obtaining and using haplotype data
US6931396B1 (en) 1999-06-29 2005-08-16 Gene Logic Inc. Biological data processing
US6631211B1 (en) * 1999-07-08 2003-10-07 Perkinelmer Las, Inc. Interactive system for analyzing scatter plots
WO2001013105A1 (en) * 1999-07-30 2001-02-22 Agy Therapeutics, Inc. Techniques for facilitating identification of candidate genes
US7062076B1 (en) 1999-08-27 2006-06-13 Iris Biotechnologies, Inc. Artificial intelligence system for genetic analysis
AU2246601A (en) 1999-08-30 2001-04-10 Illumina, Inc. Methods for improving signal detection from an array
US7099502B2 (en) * 1999-10-12 2006-08-29 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
WO2001027857A2 (en) 1999-10-13 2001-04-19 Sequenom, Inc. Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers
AU1574801A (en) * 1999-10-26 2001-05-08 Genometrix Genomics Incorporated Process for requesting biological experiments and for the delivery of experimental information
EP2210948A3 (en) 1999-12-10 2010-10-06 Life Technologies Corporation Use of multiple recombination sites with unique specificity in recombinational cloning
US7356416B2 (en) 2000-01-25 2008-04-08 Cellomics, Inc. Method and system for automated inference creation of physico-chemical interaction knowledge from databases of co-occurrence data
US20030097222A1 (en) * 2000-01-25 2003-05-22 Craford David M. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
JP2003521057A (ja) * 2000-01-25 2003-07-08 アフィメトリックス インコーポレイテッド ゲノムウェブポータルを提供するための方法、システムおよびコンピュータソフトウェア
US20050214825A1 (en) * 2000-02-07 2005-09-29 John Stuelpnagel Multiplex sample analysis on universal arrays
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7955794B2 (en) * 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US8076063B2 (en) 2000-02-07 2011-12-13 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US6770441B2 (en) * 2000-02-10 2004-08-03 Illumina, Inc. Array compositions and methods of making same
AU6052001A (en) 2000-03-29 2001-10-08 Ct For The Applic Of Molecular Methods for genotyping by hybridization analysis
DE10015816A1 (de) * 2000-03-30 2001-10-18 Infineon Technologies Ag Biosensorchip
WO2001074405A1 (en) * 2000-03-31 2001-10-11 Gene Logic, Inc. Gene expression profiles in esophageal tissue
AU784944B2 (en) * 2000-04-18 2006-08-03 Combimatrix Corporation Automated system and process for custom-designed biological array design and analysis
US20030171876A1 (en) * 2002-03-05 2003-09-11 Victor Markowitz System and method for managing gene expression data
US7020561B1 (en) 2000-05-23 2006-03-28 Gene Logic, Inc. Methods and systems for efficient comparison, identification, processing, and importing of gene expression data
US6772160B2 (en) * 2000-06-08 2004-08-03 Ingenuity Systems, Inc. Techniques for facilitating information acquisition and storage
US7577683B2 (en) 2000-06-08 2009-08-18 Ingenuity Systems, Inc. Methods for the construction and maintenance of a knowledge representation system
US6741986B2 (en) * 2000-12-08 2004-05-25 Ingenuity Systems, Inc. Method and system for performing information extraction and quality control for a knowledgebase
US6931326B1 (en) 2000-06-26 2005-08-16 Genaissance Pharmaceuticals, Inc. Methods for obtaining and using haplotype data
US20020152196A1 (en) * 2000-07-07 2002-10-17 Westbrook Carol A. cDNA database and biochip for analysis of hematopoietic tissue
JP3517644B2 (ja) * 2000-07-13 2004-04-12 孝 五條堀 生命体の発現現象表示方法およびシステム並びにプログラム
US20020059326A1 (en) * 2000-07-25 2002-05-16 Derek Bernhart System, method, and computer program product for management of biological experiment information
NL1016034C2 (nl) 2000-08-03 2002-02-08 Tno Werkwijze en systeem voor het identificeren en kwantificeren van chemische componenten van een te onderzoeken mengsel van materialen.
US7198924B2 (en) 2000-12-11 2007-04-03 Invitrogen Corporation Methods and compositions for synthesis of nucleic acid molecules using multiple recognition sites
US7062092B2 (en) 2000-08-22 2006-06-13 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for gain adjustment in biological microarray scanner
CA2388064A1 (en) 2000-08-22 2002-05-02 Affymetrix, Inc. System method, and computer software product for controlling biological microarray scanner
WO2002017190A1 (en) * 2000-08-22 2002-02-28 Varro Technologies, Inc. Method and system for sharing biological information
GB0021286D0 (en) * 2000-08-30 2000-10-18 Gemini Genomics Ab Identification of drug metabolic capacity
US6539102B1 (en) * 2000-09-01 2003-03-25 Large Scale Proteomics Reference database
US6813615B1 (en) 2000-09-06 2004-11-02 Cellomics, Inc. Method and system for interpreting and validating experimental data with automated reasoning
US20020040434A1 (en) * 2000-09-12 2002-04-04 Keith Elliston Techniques for providing and obtaining research and development information technology on remote computing resources
JP2004512514A (ja) * 2000-10-23 2004-04-22 ダイアチップ・リミテッド 再スポット機能を有する高精度知能型バイオチップアレイヤー
US7117095B2 (en) * 2000-11-21 2006-10-03 Affymetrix, Inc. Methods for selecting nucleic acid probes
US8255791B2 (en) 2000-11-29 2012-08-28 Dov Koren Collaborative, flexible, interactive real-time displays
US7218764B2 (en) 2000-12-04 2007-05-15 Cytokinetics, Inc. Ploidy classification method
US6706867B1 (en) * 2000-12-19 2004-03-16 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services DNA array sequence selection
US20020143768A1 (en) * 2000-12-21 2002-10-03 Berno Anthony Berno Probe array data storage and retrieval
US20020192671A1 (en) * 2001-01-23 2002-12-19 Castle Arthur L. Method and system for predicting the biological activity, including toxicology and toxicity, of substances
US20020183936A1 (en) * 2001-01-24 2002-12-05 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
WO2002059271A2 (en) * 2001-01-25 2002-08-01 Gene Logic, Inc. Gene expression profiles in breast tissue
US6949638B2 (en) * 2001-01-29 2005-09-27 Affymetrix, Inc. Photolithographic method and system for efficient mask usage in manufacturing DNA arrays
US20030017455A1 (en) * 2001-01-29 2003-01-23 Webb Peter G. Chemical array fabrication with identity map
US7315784B2 (en) 2001-02-15 2008-01-01 Siemens Aktiengesellschaft Network for evaluating data obtained in a biochip measurement device
US7016787B2 (en) 2001-02-20 2006-03-21 Cytokinetics, Inc. Characterizing biological stimuli by response curves
US6956961B2 (en) 2001-02-20 2005-10-18 Cytokinetics, Inc. Extracting shape information contained in cell images
JP3867046B2 (ja) * 2001-02-23 2007-01-10 株式会社日立製作所 分析システム
US7110885B2 (en) 2001-03-08 2006-09-19 Dnaprint Genomics, Inc. Efficient methods and apparatus for high-throughput processing of gene sequence data
US6804679B2 (en) 2001-03-12 2004-10-12 Affymetrix, Inc. System, method, and user interfaces for managing genomic data
US20020168651A1 (en) * 2001-03-12 2002-11-14 Affymetrix, Inc. Method and computer software product for determining orientation of sequence clusters
JP2002269114A (ja) * 2001-03-14 2002-09-20 Kousaku Ookubo 知識データベース及び知識データベースの構築方法
WO2002073504A1 (en) * 2001-03-14 2002-09-19 Gene Logic, Inc. A system and method for retrieving and using gene expression data from multiple sources
US20040033502A1 (en) * 2001-03-28 2004-02-19 Amanda Williams Gene expression profiles in esophageal tissue
JP2002297617A (ja) * 2001-03-29 2002-10-11 Hitachi Software Eng Co Ltd 生体高分子とプローブの相関関係表示方法
US20030087259A1 (en) * 2001-04-18 2003-05-08 Clancy Brian M. Methods and compositions for regulating bone and cartilage formation
US7251568B2 (en) 2001-04-18 2007-07-31 Wyeth Methods and compositions for regulating bone and cartilage formation
US7155453B2 (en) * 2002-05-22 2006-12-26 Agilent Technologies, Inc. Biotechnology information naming system
US20070015146A1 (en) * 2001-05-22 2007-01-18 Gene Logic, Inc. Molecular nephrotoxicology modeling
EP1392871A4 (en) * 2001-05-22 2006-04-19 Gene Logic Inc MODELING MOLECULAR TOXICITY
US20030009294A1 (en) * 2001-06-07 2003-01-09 Jill Cheng Integrated system for gene expression analysis
WO2002103030A2 (en) * 2001-06-14 2002-12-27 Rigel Pharmaceuticals, Inc. Multidimensional biodata integration and relationship inference
WO2003001335A2 (en) * 2001-06-22 2003-01-03 Gene Logic, Inc. Platform for management and mining of genomic data
KR100794698B1 (ko) * 2001-06-28 2008-01-14 (주)바이오니아 생화학 물질 미세 배열 칩의 품질 검사 방법
CA2452660A1 (en) * 2001-07-06 2003-01-16 Lipomics Technologies, Inc. Generating, viewing, interpreting, and utilizing a quantitative database of metabolites
US7447594B2 (en) * 2001-07-10 2008-11-04 Ocimum Biosolutions, Inc. Molecular cardiotoxicology modeling
EP1412537A4 (en) * 2001-07-10 2005-07-27 Gene Logic Inc MODELING OF THE MOLECULAR TOXICOLOGY OF A CARDIOTOXIN
JPWO2003027673A1 (ja) * 2001-07-31 2005-01-13 オリンパス株式会社 遺伝子検査装置およびそれを用いた標的核酸検出方法
US7251642B1 (en) 2001-08-06 2007-07-31 Gene Logic Inc. Analysis engine and work space manager for use with gene expression data
JP3977038B2 (ja) * 2001-08-27 2007-09-19 株式会社半導体エネルギー研究所 レーザ照射装置およびレーザ照射方法
US20030096248A1 (en) * 2001-09-04 2003-05-22 Vitivity, Inc. Diagnosis and treatment of vascular disease
AU2002348574A1 (en) * 2001-09-24 2003-04-07 Lipomics Technologies, Inc. Methods of using quantitative lipid metabolome data
JP2003099624A (ja) * 2001-09-25 2003-04-04 Toyo Kohan Co Ltd Ｄｎａ提供システム
AU2002334772A1 (en) * 2001-10-12 2003-04-28 Duke University Methods for image analysis of high-density synthetic dna microarrays
AU2002334769A1 (en) * 2001-10-12 2003-04-28 Duke University Image analysis of high-density synthetic dna microarrays
US20060141493A1 (en) * 2001-11-09 2006-06-29 Duke University Office Of Science And Technology Atherosclerotic phenotype determinative genes and methods for using the same
KR20040058278A (ko) * 2001-11-12 2004-07-03 네트워크 리서치 랩 리미티드 비인가된 사용에 대한 정보의 보호방법 및 보호장치
KR100474840B1 (ko) * 2001-11-15 2005-03-08 삼성전자주식회사 디렉토리를 이용한 유전자 분석용 마이크로어레이 탐침설계 방법 및 시스템
DE60228995D1 (de) * 2001-12-19 2008-10-30 Affymetrix Inc Arrayplatten und verfahren zur herstellung von arrayplatten
US9418204B2 (en) * 2002-01-28 2016-08-16 Samsung Electronics Co., Ltd Bioinformatics system architecture with data and process integration
US7225183B2 (en) * 2002-01-28 2007-05-29 Ipxl, Inc. Ontology-based information management system and method
US20030176929A1 (en) * 2002-01-28 2003-09-18 Steve Gardner User interface for a bioinformatics system
US8489334B2 (en) * 2002-02-04 2013-07-16 Ingenuity Systems, Inc. Drug discovery methods
US8793073B2 (en) 2002-02-04 2014-07-29 Ingenuity Systems, Inc. Drug discovery methods
US20030162183A1 (en) * 2002-02-27 2003-08-28 Robert Kincaid Array design system and method
AU2003223367A1 (en) * 2002-03-28 2003-10-13 Medical College Of Ohio Method and compositions for the diagnosis and treatment of non-small cell lung cancer using gene expression profiles
EP1578918A2 (en) * 2002-04-23 2005-09-28 Duke University Atherosclerotic phenotype determinative genes and methods for using the same
DE60323625D1 (de) * 2002-05-03 2008-10-30 Vialogy Llc Verfahren zur charakterisierung der ausgangssignale eines microarrays
US20030220844A1 (en) * 2002-05-24 2003-11-27 Marnellos Georgios E. Method and system for purchasing genetic data
US6763308B2 (en) 2002-05-28 2004-07-13 Sas Institute Inc. Statistical outlier detection for gene expression microarray data
US20030229848A1 (en) * 2002-06-05 2003-12-11 Udo Arend Table filtering in a computer user interface
US7504215B2 (en) 2002-07-12 2009-03-17 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling methods
US20050216459A1 (en) * 2002-08-08 2005-09-29 Aditya Vailaya Methods and systems, for ontological integration of disparate biological data
US20050112689A1 (en) * 2003-04-04 2005-05-26 Robert Kincaid Systems and methods for statistically analyzing apparent CGH data anomalies and plotting same
US7941542B2 (en) * 2002-09-06 2011-05-10 Oracle International Corporation Methods and apparatus for maintaining application execution over an intermittent network connection
US7512496B2 (en) * 2002-09-25 2009-03-31 Soheil Shams Apparatus, method, and computer program product for determining confidence measures and combined confidence measures for assessing the quality of microarrays
DE10393406T5 (de) 2002-09-30 2005-12-22 Nimblegen Systems, Inc., Madison Parallele Beladung von Arrays
JP2006500954A (ja) * 2002-10-01 2006-01-12 ニンブルゲン システムズ インコーポレイテッド 単一のアレイ特徴部に複数のオリゴヌクレオチドを有するマイクロアレイ
US20040259105A1 (en) * 2002-10-03 2004-12-23 Jian-Bing Fan Multiplex nucleic acid analysis using archived or fixed samples
US9453251B2 (en) 2002-10-08 2016-09-27 Pfenex Inc. Expression of mammalian proteins in Pseudomonas fluorescens
CA2505514A1 (en) * 2002-11-06 2004-05-27 Mount Sinai School Of Medicine Treatment of amyotrophic lateral sclerosis with nimesulide
EP2112229A3 (en) 2002-11-25 2009-12-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of breast cancer and treatments thereof
WO2004050840A2 (en) * 2002-11-27 2004-06-17 The Government Of The United States As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention Integration of gene expression data and non-gene data
JP2004191160A (ja) * 2002-12-11 2004-07-08 Yokogawa Electric Corp バイオチップの測定方法および測定装置
KR100506089B1 (ko) * 2003-02-05 2005-08-05 삼성전자주식회사 이형 유전정보를 이용한 프로브 어레이 설계 시스템 및 방법
US7750908B2 (en) * 2003-04-04 2010-07-06 Agilent Technologies, Inc. Focus plus context viewing and manipulation of large collections of graphs
EP1613734A4 (en) * 2003-04-04 2007-04-18 Agilent Technologies Inc VISUALIZATION OF EXPRESSION DATA ON CHROMOSOMIC GRAPHIC SCHEMES
US7825929B2 (en) * 2003-04-04 2010-11-02 Agilent Technologies, Inc. Systems, tools and methods for focus and context viewing of large collections of graphs
WO2004096842A2 (en) * 2003-04-28 2004-11-11 Public Health Agency Of Canada Sars virus nucleotide and amino acid sequences and uses thereof
US20040249791A1 (en) * 2003-06-03 2004-12-09 Waters Michael D. Method and system for developing and querying a sequence driven contextual knowledge base
CA2528572C (en) 2003-06-10 2020-08-25 The Trustees Of Boston University Gene expression analysis of airway epithelial cells for diagnosing lung cancer
WO2005003301A2 (en) * 2003-06-17 2005-01-13 Signal Pharmaceuticals, Inc. Methods, compositions, and kits for predicting the effect of compounds on hot flash symptoms
US20050014217A1 (en) 2003-07-18 2005-01-20 Cytokinetics, Inc. Predicting hepatotoxicity using cell based assays
GB2423988A (en) 2003-07-18 2006-09-13 Cytokinetics Inc Characterizing biological stimuli by response curves
US7235353B2 (en) 2003-07-18 2007-06-26 Cytokinetics, Inc. Predicting hepatotoxicity using cell based assays
US20050026306A1 (en) * 2003-07-31 2005-02-03 Robert Kincaid Method and system for generating virtual-microarrays
US20050026154A1 (en) * 2003-07-31 2005-02-03 Laurakay Bruhn Masking chemical arrays
US7353116B2 (en) * 2003-07-31 2008-04-01 Agilent Technologies, Inc. Chemical array with test dependent signal reading or processing
US7475087B1 (en) 2003-08-29 2009-01-06 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Computer display tool for visualizing relationships between and among data
US20050048506A1 (en) * 2003-09-03 2005-03-03 Fredrick Joseph P. Methods for encoding non-biological information on microarrays
US20050049796A1 (en) * 2003-09-03 2005-03-03 Webb Peter G. Methods for encoding non-biological information on microarrays
US9394565B2 (en) 2003-09-05 2016-07-19 Agena Bioscience, Inc. Allele-specific sequence variation analysis
EP1697534B1 (en) 2003-12-01 2010-06-02 Life Technologies Corporation Nucleic acid molecules containing recombination sites and methods of using the same
CA2497324A1 (en) 2004-02-17 2005-08-17 Affymetrix, Inc. Methods for fragmenting and labelling dna
US7660709B2 (en) * 2004-03-18 2010-02-09 Van Andel Research Institute Bioinformatics research and analysis system and methods associated therewith
AU2005230936B2 (en) 2004-03-26 2010-08-05 Agena Bioscience, Inc. Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis
KR100632973B1 (ko) * 2004-04-29 2006-10-12 주식회사 메딘텔 순환 짝짓기 시스템 및 순환 짝짓기 방법
US20060003335A1 (en) * 2004-06-30 2006-01-05 Crispino John D Methods for diagnosing acute megakaryoblastic leukemia
US7323318B2 (en) 2004-07-15 2008-01-29 Cytokinetics, Inc. Assay for distinguishing live and dead cells
WO2006022628A1 (en) * 2004-07-22 2006-03-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of type ii diabetes and treatments thereof
CN101031655A (zh) 2004-07-26 2007-09-05 陶氏环球技术公司 通过株工程改进蛋白表达的方法
WO2006130165A2 (en) * 2004-09-02 2006-12-07 Vialogy Corp. Detecting events of interest using quantum resonance interferometry
EP1647600A3 (en) 2004-09-17 2006-06-28 Affymetrix, Inc. (A US Entity) Methods for identifying biological samples by addition of nucleic acid bar-code tags
US20060073511A1 (en) 2004-10-05 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for amplifying and analyzing nucleic acids
US20060083609A1 (en) * 2004-10-14 2006-04-20 Augspurger Murray D Fluid cooled marine turbine housing
JP2006126204A (ja) 2004-10-29 2006-05-18 Affymetrix Inc ポリマーアレイを製造するための自動化方法
US7682782B2 (en) 2004-10-29 2010-03-23 Affymetrix, Inc. System, method, and product for multiple wavelength detection using single source excitation
US20090068650A1 (en) * 2005-02-11 2009-03-12 Southern Illinois University Metabolic Primers for the Detection of (Per) Chlorate-Reducing Bacteria and Methods of Use Thereof
US20060211004A1 (en) 2005-02-15 2006-09-21 Ilsley Diane D Methods and compositions for determining non-specific cytotoxicity of a transfection agent
US8178291B2 (en) 2005-02-18 2012-05-15 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining hypersusceptibility of HIV-1 to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors
US20090215028A1 (en) * 2005-02-18 2009-08-27 Ellen Paxinos Methods and Compositions for Determining Anti-HIV Drug Susceptibility and Replication Capacity of HIV
WO2006089268A2 (en) * 2005-02-18 2006-08-24 The University Of North Carolina At Chapel Hill Gene and cognate protein profiles and methods to determine connective tissue markers in normal and pathologic conditions
US20070118295A1 (en) * 2005-03-02 2007-05-24 Al-Murrani Samer Waleed Khedhe Methods and Systems for Designing Animal Food Compositions
US20060286569A1 (en) * 2005-03-10 2006-12-21 Bar-Or Yuval A Method, apparatus, and system for authentication using labels containing nucleotide sequences
EP2604703B1 (en) 2005-03-14 2017-02-01 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Methods for evaluating graft survival in a solid organ transplant recipient
EP3770278A1 (en) 2005-04-14 2021-01-27 The Trustees of Boston University Diagnostic for lung disorders using class prediction
US20070026426A1 (en) * 2005-04-26 2007-02-01 Applera Corporation System for genetic surveillance and analysis
US20090087841A1 (en) * 2005-05-27 2009-04-02 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining resistance of hiv-1 to protease inhibitors
WO2006133266A2 (en) 2005-06-06 2006-12-14 Monogram Biosciences, Inc. Methods for determining resistance or susceptibility to hiv entry inhibitors
WO2006133267A2 (en) * 2005-06-06 2006-12-14 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining altered susceptibility of hiv-1 to anti-hiv drugs
US8159959B2 (en) * 2005-11-07 2012-04-17 Vudu, Inc. Graphic user interface for playing video data
US7634363B2 (en) 2005-12-07 2009-12-15 Affymetrix, Inc. Methods for high throughput genotyping
US20090215055A1 (en) * 2005-12-13 2009-08-27 Erasmus University Medical Center Rotterdam Genetic Brain Tumor Markers
US7646450B2 (en) * 2005-12-29 2010-01-12 Lg Display Co., Ltd. Light emitting diode array, method of manufacturing the same, backlight assembly having the same, and LCD having the same
US20070198729A1 (en) * 2006-02-07 2007-08-23 Yechuri Sitaramarao S SQL network gadget
JP2009529329A (ja) 2006-03-09 2009-08-20 トラスティーズ オブ ボストン ユニバーシティ 鼻腔上皮細胞の遺伝子発現プロファイルを用いた、肺疾患のための診断および予後診断の方法
WO2007139402A2 (en) * 2006-05-30 2007-12-06 Synergenz Bioscience Limited Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders
EP2602321B1 (en) 2006-05-31 2017-08-23 Sequenom, Inc. Methods and compositions for the extraction and amplification of nucleic acid from a sample
CA2654165A1 (en) 2006-06-05 2007-12-13 Cancer Care Ontario Assessment of risk for colorectal cancer
US20080033985A1 (en) * 2006-06-09 2008-02-07 Gulfstream Bioinformatics Corporation Biomedical Information Modeling
US7700756B2 (en) * 2006-07-27 2010-04-20 Southern Illinois University Metabolic primers for the detection of perchlorate-reducing bacteria and methods of use thereof
CA2658991A1 (en) * 2006-07-28 2008-01-31 Ingenuity Systems, Inc. Genomics based targeted advertising
US8586006B2 (en) 2006-08-09 2013-11-19 Institute For Systems Biology Organ-specific proteins and methods of their use
CA2666584A1 (en) * 2006-10-17 2008-04-24 Synergenz Bioscience Limited Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders
US9845494B2 (en) 2006-10-18 2017-12-19 Affymetrix, Inc. Enzymatic methods for genotyping on arrays
WO2008066655A2 (en) 2006-11-02 2008-06-05 Yale University Assessment of oocyte competence
NZ551157A (en) * 2006-11-08 2008-06-30 Rebecca Lee Roberts Method of identifying individuals at risk of thiopurine drug resistance and intolerance - GMPS
US8293684B2 (en) * 2006-11-29 2012-10-23 Exiqon Locked nucleic acid reagents for labelling nucleic acids
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
CA2673092A1 (en) * 2006-12-19 2008-06-26 Synergenz Bioscience Limited Methods and compositions for the assessment of cardiovascular function and disorders
KR101483805B1 (ko) 2007-01-30 2015-01-16 파마시클릭스, 인코포레이티드 히스톤 데아세틸라제 억제제에 대한 암 내성을 확인하는 방법
AU2008213634B2 (en) 2007-02-08 2013-09-05 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for RhD typing, gender determination and nucleic acid quantification
US9581595B2 (en) 2007-02-26 2017-02-28 Laboratory Corporation Of America Holdings Compositions and methods for determining whether a subject would benefit from co-receptor inhibitor therapy
EP2243834A1 (en) 2007-03-05 2010-10-27 Cancer Care Ontario Assessment of risk for colorectal cancer
US8652780B2 (en) 2007-03-26 2014-02-18 Sequenom, Inc. Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection
KR101530395B1 (ko) 2007-04-27 2015-06-19 피페넥스 인크. 향상된 수율 및(또는) 품질로 이종 단백질을 발현하는 특정 균주를 동정하기 위해 미생물 숙주를 신속히 스크리닝하는 방법
US9580719B2 (en) * 2007-04-27 2017-02-28 Pfenex, Inc. Method for rapidly screening microbial hosts to identify certain strains with improved yield and/or quality in the expression of heterologous proteins
US8200440B2 (en) * 2007-05-18 2012-06-12 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for genotype determination using probe array data
ATE549419T1 (de) 2007-08-29 2012-03-15 Sequenom Inc Verfahren und zusammensetzungen für die universelle grössenspezifische polymerasekettenreaktion
WO2009039190A1 (en) * 2007-09-17 2009-03-26 Gene Express, Inc. Cancer risk biomarker
NZ587179A (en) 2008-01-25 2012-07-27 Theranostics Lab Detection of polymorphisms CYP2C19*17 and CYP2C19*3 in CYP2C19 gene related to antiplatelet drug metabolism (e.g. for clopidogrel metabolism)
KR101030476B1 (ko) * 2008-03-11 2011-04-25 국립암센터 Ｓｎｐ 어레이를 이용한 염색체, 유전자, 또는 특정 뉴클레오티드 서열의 카피 수 측정방법
US8709726B2 (en) 2008-03-11 2014-04-29 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
AU2009228312B2 (en) 2008-03-26 2015-05-21 Sequenom, Inc. Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection
US20110159492A1 (en) * 2008-06-04 2011-06-30 Rimsza Lisa M Diffuse Large B-Cell Lymphoma Markers and Uses Therefore
EP2631301B1 (en) 2008-08-18 2017-10-11 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Methods for determining a graft tolerant phenotype in a subject
US8476013B2 (en) * 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8962247B2 (en) * 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
EP2352503B1 (en) 2008-11-06 2017-07-19 University of Miami Role of soluble upar in the pathogenesis of proteinuric kidney disease
US8039794B2 (en) 2008-12-16 2011-10-18 Quest Diagnostics Investments Incorporated Mass spectrometry assay for thiopurine-S-methyl transferase activity and products generated thereby
KR101025848B1 (ko) * 2008-12-30 2011-03-30 삼성전자주식회사 개인 유전체 통합 관리 방법 및 장치
EP2382331B1 (en) 2009-01-07 2016-06-08 Myriad Genetics, Inc. Cancer biomarkers
AU2010206843B2 (en) * 2009-01-20 2015-01-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets
IL313131A (en) 2009-02-11 2024-07-01 Caris Mpi Inc Molecular characterization of tumors
US8832581B2 (en) * 2009-03-05 2014-09-09 Ming Zhang Gene expression browser for web-based search and visualization of characteristics of gene expression
EP2408936A4 (en) * 2009-03-18 2013-01-30 Sequenom Inc USE OF HEAT-STAINED ENDONUCLEASES FOR THE PREPARATION OF REPORTER MOLECULES
EP2414545B1 (en) 2009-04-03 2017-01-11 Sequenom, Inc. Nucleic acid preparation compositions and methods
WO2011056688A2 (en) 2009-10-27 2011-05-12 Caris Life Sciences, Inc. Molecular profiling for personalized medicine
US20110201008A1 (en) * 2009-12-01 2011-08-18 University Of Miami Assays, methods and kits for measuring response to therapy and predicting clinical outcome in patients with b-cell lymphoma
US9290813B2 (en) 2009-12-02 2016-03-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biomarkers for determining an allograft tolerant phenotype
US8501122B2 (en) 2009-12-08 2013-08-06 Affymetrix, Inc. Manufacturing and processing polymer arrays
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
DK2516680T3 (en) 2009-12-22 2016-05-02 Sequenom Inc Method and kits to identify aneuploidy
US9798855B2 (en) 2010-01-07 2017-10-24 Affymetrix, Inc. Differential filtering of genetic data
WO2011091435A2 (en) 2010-01-25 2011-07-28 Mount Sinai School Of Medicine Methods of treating liver disease
US9535075B2 (en) 2010-03-25 2017-01-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Protein and gene biomarkers for rejection of organ transplants
WO2011139714A2 (en) 2010-04-26 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of cysteinyl-trna synthetase
EP2563381B1 (en) 2010-04-27 2017-08-09 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of isoleucyl trna synthetases
EP2563911B1 (en) 2010-04-28 2021-07-21 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of alanyl trna synthetases
AU2011248490B2 (en) 2010-04-29 2016-11-10 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Asparaginyl tRNA synthetases
US9034320B2 (en) 2010-04-29 2015-05-19 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Valyl-tRNA synthetases
CA2797277C (en) 2010-05-03 2021-02-23 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of arginyl-trna synthetases
EP2566496B1 (en) 2010-05-03 2018-02-28 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of methionyl-trna synthetases
EP2566495B1 (en) 2010-05-03 2017-03-01 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-alpha-trna synthetases
AU2011248101B2 (en) 2010-05-04 2016-10-20 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of p38 multi-tRNA synthetase complex
AU2011252990B2 (en) 2010-05-14 2017-04-20 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-beta-tRNA synthetases
JP6046607B2 (ja) 2010-05-27 2016-12-21 エータイアー ファーマ， インコーポレイテッド グルタミニルｔＲＮＡ合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見
CA2800281C (en) 2010-06-01 2021-01-12 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of lysyl-trna synthetases
CA2804391A1 (en) 2010-07-07 2012-01-12 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
JP6116479B2 (ja) 2010-07-12 2017-04-19 エータイアー ファーマ， インコーポレイテッド グリシルｔＲＮＡ合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見
US9029506B2 (en) 2010-08-25 2015-05-12 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of tyrosyl-tRNA synthetases
US20120075325A1 (en) * 2010-09-09 2012-03-29 Abbott Laboratories Systems and methods for displaying molecular probes and chromosomes
CN103299188B (zh) 2010-09-15 2017-03-15 阿尔玛克诊断有限公司 用于癌症的分子诊断试验
US8450061B2 (en) 2011-04-29 2013-05-28 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
EP3418397B1 (en) 2012-01-24 2020-10-07 CD Diagnostics, Inc. System for detecting infection in synovial fluid
CN104334196B (zh) 2012-02-16 2018-04-10 Atyr 医药公司 用于治疗自身免疫疾病和炎性疾病的组氨酰‑tRNA合成酶
GB2513024B (en) 2012-02-27 2016-08-31 Cellular Res Inc A clonal amplification method
US11177020B2 (en) 2012-02-27 2021-11-16 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and uses for molecular tags
ES2930180T3 (es) 2012-03-02 2022-12-07 Sequenom Inc Métodos para enriquecer ácido nucleico canceroso a partir de una muestra biológica
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
US20140093873A1 (en) 2012-07-13 2014-04-03 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8766754B2 (en) 2012-07-18 2014-07-01 The Regents Of The University Of California Concave nanomagnets with widely tunable anisotropy
CA2891653A1 (en) 2012-11-16 2014-05-22 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
NZ709167A (en) 2012-11-27 2020-03-27 Univ Pontificia Catolica Chile Compositions and methods for diagnosing thyroid tumors
US9896728B2 (en) 2013-01-29 2018-02-20 Arcticrx Ltd. Method for determining a therapeutic approach for the treatment of age-related macular degeneration (AMD)
EP2971100A1 (en) 2013-03-13 2016-01-20 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
EP2971156B1 (en) 2013-03-15 2020-07-15 Myriad Genetics, Inc. Genes and gene signatures for diagnosis and treatment of melanoma
US10535420B2 (en) 2013-03-15 2020-01-14 Affymetrix, Inc. Systems and methods for probe design to detect the presence of simple and complex indels
KR101520615B1 (ko) 2013-03-20 2015-05-18 서울대학교산학협력단 간암 진단용 바이오 마커
US10390724B2 (en) 2013-06-26 2019-08-27 The Penn State Research Foundation Three-dimensional bio-medical probe sensing and contacting structures with addressibility and tunability
MX2016001854A (es) 2013-08-12 2016-09-06 Genentech Inc Composiciones y metodo para tratar condiciones asociadas con el complemento.
KR101527283B1 (ko) 2013-08-13 2015-06-10 서울대학교산학협력단 당단백질의 탈당화 검출을 통한 암 마커 스크리닝 방법 및 간세포암 마커
CA2938731A1 (en) 2014-02-08 2015-08-13 Genentech, Inc. Methods of treating alzheimer's disease
US11365447B2 (en) 2014-03-13 2022-06-21 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
RU2723079C2 (ru) 2014-04-22 2020-06-08 Инвайролоджикс, Инк. Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк
WO2015175692A1 (en) 2014-05-13 2015-11-19 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
ES2946681T3 (es) 2014-07-02 2023-07-24 Myriad Mypath Llc Genes y firmas génicas para el diagnóstico y tratamiento del melanoma
US11053550B2 (en) 2014-10-14 2021-07-06 The University Of North Carolina At Chapel Hill Gene-expression based subtyping of pancreatic ductal adenocarcinoma
EP3209802B1 (en) 2014-10-20 2022-09-07 Envirologix Inc. Compositions and methods for detecting an rna virus
BR112017007962A2 (pt) 2014-10-24 2018-01-23 Koninklijke Philips Nv método implementado por computador, aparelho, mídia de armazenamento, programa de computador, kit, e, uso do kit
WO2016062892A1 (en) 2014-10-24 2016-04-28 Koninklijke Philips N.V. Medical prognosis and prediction of treatment response using multiple cellular signaling pathway activities
BR112017007965A8 (pt) 2014-10-24 2022-11-08 Koninklijke Philips Nv Método implantado por computador para inferir a atividade de uma via de sinalização celular de tgf-b em um indivíduo; aparelho para inferir a atividade de uma via de sinalização celular de tgf-b em um indivíduo; meio de armazenamento não transitório; programa de computador; kits para medir níveis de expressão de três ou mais genes-alvo da via de sinalização celular de tgf-b em uma amostra de um indivíduo; inferir a atividade de uma via de sinalização celular de tgf-b em um indivíduo; inferir a atividade de uma via de sinalização celular de tgf-b em um indivíduo; e uso do kit
MX2017009833A (es) 2015-01-30 2017-11-02 Envirologix Inc Molecula de sustrato.
US10953370B2 (en) 2015-02-05 2021-03-23 The Penn State Research Foundation Nano-pore arrays for bio-medical, environmental, and industrial sorting, filtering, monitoring, or dispensing
GB201512869D0 (en) 2015-07-21 2015-09-02 Almac Diagnostics Ltd Gene signature for minute therapies
CA2994416A1 (en) 2015-08-04 2017-02-09 Cd Diagnostics, Inc. Methods for detecting adverse local tissue reaction (altr) necrosis
KR102618536B1 (ko) * 2015-08-12 2023-12-27 삼성전자주식회사 환자의 개인화된 치료를 위한 돌연변이 우선순위화 방법 및 장치
US10720227B2 (en) * 2015-08-12 2020-07-21 Samsung Electronics Co., Ltd. Method and device for mutation prioritization for personalized therapy
EP3334837B1 (en) 2015-08-14 2020-12-16 Koninklijke Philips N.V. Assessment of nfkb cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
EP3362580B1 (en) 2015-10-18 2021-02-17 Affymetrix, Inc. Multiallelic genotyping of single nucleotide polymorphisms and indels
CA3005119A1 (en) 2015-11-19 2017-05-26 Myriad Genetics, Inc. Signatures for predicting cancer immune therapy response
US9836444B2 (en) * 2015-12-10 2017-12-05 International Business Machines Corporation Spread cell value visualization
WO2017120456A1 (en) 2016-01-06 2017-07-13 Myriad Genetics, Inc. Genes and gene signatures for diagnosis and treatment of melanoma
US20190128895A1 (en) 2016-04-20 2019-05-02 Ldx Prognostics Limited Co. Methods and compositions for prognosing preterm birth
WO2017193062A1 (en) 2016-05-06 2017-11-09 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for renal cancer prognosis
CN109196362A (zh) 2016-05-17 2019-01-11 苏州爱尔迪思生物科技有限公司 用于提供子痫前期评估的方法和组合物
CN106066948B (zh) * 2016-06-07 2018-09-28 北京大学 一种基因表达量的展现方法及装置
EP3520225A4 (en) * 2016-09-27 2020-05-27 BAE SYSTEMS Information and Electronic Systems Integration Inc. METHOD FOR IMPLEMENTING A PORTABLE SPECTRUM ANALYZER
US20180165414A1 (en) * 2016-12-14 2018-06-14 FlowJo, LLC Applied Computer Technology for Management, Synthesis, Visualization, and Exploration of Parameters in Large Multi-Parameter Data Sets
KR102116178B1 (ko) 2017-05-10 2020-05-27 서울대학교산학협력단 간암 고위험군의 간암 발병 모니터링 또는 진단용 바이오마커 및 그 용도
JP7194119B2 (ja) 2017-05-25 2022-12-21 フロージョー エルエルシー 大規模マルチパラメータデータセットの可視化、比較分析、及び自動差異検出
JP7277058B2 (ja) 2017-06-26 2023-05-18 フェーズ ジェノミクス インコーポレイテッド Ｄｎａ配列のクラスター化のための方法
EP3461915A1 (en) 2017-10-02 2019-04-03 Koninklijke Philips N.V. Assessment of jak-stat1/2 cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
EP3502279A1 (en) 2017-12-20 2019-06-26 Koninklijke Philips N.V. Assessment of mapk-ap 1 cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
EP3728321A1 (en) 2017-12-22 2020-10-28 F. Hoffmann-La Roche AG Use of pilra binding agents for treatment of a disease
GB2574582A (en) * 2018-05-28 2019-12-18 Rainer Gabriel Schweiger Martin Method for simulating a technical device
WO2019246160A2 (en) 2018-06-18 2019-12-26 Igenomix, S.L. Methods, compositions, and kits for assessing endometrial transformation
WO2020076897A1 (en) 2018-10-09 2020-04-16 Genecentric Therapeutics, Inc. Detecting cancer cell of origin
EP4369356A3 (en) 2018-11-30 2024-07-24 Caris MPI, Inc. Next-generation molecular profiling
WO2020205993A1 (en) 2019-04-01 2020-10-08 The University Of North Carolina At Chapel Hill Purity independent subtyping of tumors (purist), a platform and sample type independent single sample classifier for treatment decision making in pancreatic cancer
US20220220564A1 (en) 2019-04-17 2022-07-14 Igenomix, S.L. Improved methods for the early diagnosis of uterine leiomyomas and leiomyosarcomas
JP2023504270A (ja) 2019-12-02 2023-02-02 カリス エムピーアイ インコーポレイテッド 汎がんのプラチナ反応予測子
WO2023178295A1 (en) 2022-03-18 2023-09-21 Ludwig Institute For Cancer Research Ltd Methods and systems for analyzing chromatins

Family Cites Families (71)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
NO870613L (no) 1986-03-05 1987-09-07 Molecular Diagnostics Inc Deteksjon av mikroorganismer i en prŸve inneholdende nukleinsyre.
US4740611A (en) * 1986-10-30 1988-04-26 The Standard Oil Company N,N'-disubstituted ureas
US4705864A (en) * 1986-11-10 1987-11-10 The Standard Oil Company Aryl oxime derivatives of hydantoins
EP0307476A4 (en) 1986-12-20 1990-12-12 Kukita, Takeshi Bilirubin antigen, monoclonal antibody therefor, process for their preparation, and their use
US5202231A (en) 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
ATE173508T1 (de) 1988-05-20 1998-12-15 Hoffmann La Roche Befestigung von sequenzspezifischen proben
US5206137A (en) 1988-09-08 1993-04-27 Lifecodes Corporation Compositions and methods useful for genetic analysis
US6203977B1 (en) * 1988-11-15 2001-03-20 Yale University Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization
EP0392546A3 (en) 1989-04-14 1991-09-11 Ro Institut Za Molekularnu Genetiku I Geneticko Inzenjerstvo Process for determination of a complete or a partial contents of very short sequences in the samples of nucleic acids connected to the discrete particles of microscopic size by hybridization with oligonucleotide probes
US6040138A (en) * 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5871928A (en) * 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5925525A (en) * 1989-06-07 1999-07-20 Affymetrix, Inc. Method of identifying nucleotide differences
US5800992A (en) * 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
EP1046421B8 (en) 1990-12-06 2006-01-11 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Methods and reagents for very large scale immobilized polymer synthesis
DE69132843T2 (de) 1990-12-06 2002-09-12 Affymetrix, Inc. (N.D.Ges.D.Staates Delaware) Identifizierung von Nukleinsäuren in Proben
GR1000797B (el) 1991-06-10 1993-01-25 Emmanouil E Petromanolakis Αποσβεστηρας ενεργειας κυματισμου κατα την προωση ενος πλοιου.
WO1993004165A1 (en) * 1991-08-13 1993-03-04 Wisconsin Milk Marketing Board DNA SEQUENCE ENCODING BOVINE α-LACTALBUMIN AND METHODS OF USE
US5846717A (en) * 1996-01-24 1998-12-08 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acid sequences by invader-directed cleavage
CA2134552A1 (en) 1992-04-27 1993-11-11 George D. Sorenson Detection of gene sequences in biological fluids
US6251920B1 (en) * 1993-05-13 2001-06-26 Neorx Corporation Prevention and treatment of cardiovascular pathologies
US6395494B1 (en) * 1993-05-13 2002-05-28 Neorx Corporation Method to determine TGF-β
US5524070A (en) * 1992-10-07 1996-06-04 The Research Foundation Of State University Of New York Local adaptive contrast enhancement
US5632282A (en) * 1993-07-20 1997-05-27 Hay; S. Hutson Ocular disease detection apparatus
EP0730663B1 (en) 1993-10-26 2003-09-24 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
JP3488465B2 (ja) 1993-10-28 2004-01-19 ヒューストン・アドバンスド・リサーチ・センター 結合反応を別々に検出する微細加工フロースルー多孔性装置
US6096503A (en) * 1993-11-12 2000-08-01 The Scripps Research Institute Method for simultaneous identification of differentially expresses mRNAs and measurement of relative concentrations
US6339767B1 (en) * 1997-06-02 2002-01-15 Aurigin Systems, Inc. Using hyperbolic trees to visualize data generated by patent-centric and group-oriented data processing
EP0667586A3 (en) * 1994-02-14 1996-08-28 Digital Equipment Corp Database creation system.
US5560005A (en) * 1994-02-25 1996-09-24 Actamed Corp. Methods and systems for object-based relational distributed databases
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5570291A (en) * 1994-08-24 1996-10-29 Wallace Computer Services, Inc. Custom product estimating and order processing system
US5795716A (en) * 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
US6600996B2 (en) * 1994-10-21 2003-07-29 Affymetrix, Inc. Computer-aided techniques for analyzing biological sequences
EP0805874A4 (en) 1995-01-27 1998-05-20 Incyte Pharma Inc COMPUTER SYSTEM FOR STORING AND ANALYZING MICROBIOLOGICAL DATA
US5961923A (en) * 1995-04-25 1999-10-05 Irori Matrices with memories and uses thereof
EP0747418B1 (en) * 1995-06-06 2002-07-03 Ube Industries, Ltd. Aromatic polyimide and gas separation
US5707806A (en) 1995-06-07 1998-01-13 Genzyme Corporation Direct sequence identification of mutations by cleavage- and ligation-associated mutation-specific sequencing
US5777888A (en) 1995-08-09 1998-07-07 Regents Of The University Of California Systems for generating and analyzing stimulus-response output signal matrices
US5871697A (en) 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
GB9522615D0 (en) 1995-11-03 1996-01-03 Pharmacia Spa 4-Phenyl-4-oxo-butanoic acid derivatives with kynurenine-3-hydroxylase inhibiting activity
US5778200A (en) 1995-11-21 1998-07-07 Advanced Micro Devices, Inc. Bus arbiter including aging factor counters to dynamically vary arbitration priority
JP2002515738A (ja) 1996-01-23 2002-05-28 アフィメトリックス，インコーポレイティド 核酸分析法
JP2000504575A (ja) 1996-02-08 2000-04-18 アフィメトリックス，インコーポレイテッド 微生物のチップベースの種分化および表現型特徴付け
US6108635A (en) * 1996-05-22 2000-08-22 Interleukin Genetics, Inc. Integrated disease information system
US5989835A (en) * 1997-02-27 1999-11-23 Cellomics, Inc. System for cell-based screening
WO1998020437A2 (en) * 1996-11-04 1998-05-14 3-Dimensional Pharmaceuticals, Inc. System, method and computer program product for identifying chemical compounds having desired properties
US5968784A (en) * 1997-01-15 1999-10-19 Chugai Pharmaceutical Co., Ltd. Method for analyzing quantitative expression of genes
US6205447B1 (en) * 1997-06-30 2001-03-20 International Business Machines Corporation Relational database management of multi-dimensional data
ATE264523T1 (de) * 1997-07-25 2004-04-15 Affymetrix Inc A Delaware Corp Verfahren zur herstellung einer bio-informatik- datenbank
US6032151A (en) * 1997-11-17 2000-02-29 Sun Microsystems, Inc. Database system employing polymorphic entry and entry matching
US6025194A (en) * 1997-11-19 2000-02-15 Geron Corporation Nucleic acid sequence of senescence asssociated gene
US5991766A (en) * 1997-12-02 1999-11-23 Electronic Data Systems Corporation Method and system for managing redundant objects in a distributed object system
US20030036855A1 (en) * 1998-03-16 2003-02-20 Praelux Incorporated, A Corporation Of New Jersey Method and apparatus for screening chemical compounds
US6324533B1 (en) * 1998-05-29 2001-11-27 International Business Machines Corporation Integrated database and data-mining system
US6331396B1 (en) * 1998-09-23 2001-12-18 The Cleveland Clinic Foundation Arrays for identifying agents which mimic or inhibit the activity of interferons
US6140054A (en) * 1998-09-30 2000-10-31 University Of Utah Research Foundation Multiplex genotyping using fluorescent hybridization probes
US6251601B1 (en) * 1999-02-02 2001-06-26 Vysis, Inc. Simultaneous measurement of gene expression and genomic abnormalities using nucleic acid microarrays
US6284465B1 (en) * 1999-04-15 2001-09-04 Agilent Technologies, Inc. Apparatus, systems and method for locating nucleic acids bound to surfaces
US6338071B1 (en) * 1999-08-18 2002-01-08 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a contract management system using an action-item table
US6754666B1 (en) * 1999-08-19 2004-06-22 A2I, Inc. Efficient storage and access in a database management system
AU6909300A (en) * 1999-08-20 2001-03-19 Merck & Co., Inc. Substituted ureas as cell adhesion inhibitors
US7072896B2 (en) * 2000-02-16 2006-07-04 Verizon Laboratories Inc. System and method for automatic loading of an XML document defined by a document-type definition into a relational database including the generation of a relational schema therefor
US6569615B1 (en) * 2000-04-10 2003-05-27 The United States Of America As Represented By The Department Of Veteran's Affairs Composition and methods for tissue preservation
US20020062258A1 (en) * 2000-05-18 2002-05-23 Bailey Steven C. Computer-implemented procurement of items using parametric searching
US7731904B2 (en) * 2000-09-19 2010-06-08 Canon Kabushiki Kaisha Method for making probe support and apparatus used for the method
US6872533B2 (en) * 2001-07-27 2005-03-29 The Regents Of The University Of California STK15 (STK6) gene polymorphism and methods of determining cancer risk
US20030126139A1 (en) * 2001-12-28 2003-07-03 Lee Timothy A. System and method for loading commercial web sites

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2014096183A (ja) * 1999-08-27 2014-05-22 Iris Biotechnologies Inc 遺伝子分析用人工知能システム
JP5966109B1 (ja) * 1999-08-27 2016-08-10 アイリス バイオテクノロジーズ インコーポレイテッドＩｒｉｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ． 遺伝子分析用人工知能システム
WO2016166800A1 (ja) * 2015-04-13 2016-10-20 国立研究開発法人産業技術総合研究所 実験データ記録装置、コンピュータプログラム、実験データ、実験データ記録方法、実験データ表示装置及び実験データ表示方法
JPWO2016166800A1 (ja) * 2015-04-13 2018-02-08 国立研究開発法人産業技術総合研究所 実験データ記録装置、コンピュータプログラム、実験データ、実験データ記録方法、実験データ表示装置及び実験データ表示方法

Also Published As

Publication number Publication date
JP2001511550A (ja) 2001-08-14
US20030125882A1 (en) 2003-07-03
WO1999005591A2 (en) 1999-02-04
US20050164270A1 (en) 2005-07-28
WO1999005574A1 (en) 1999-02-04
US6188783B1 (en) 2001-02-13
EP1007737A1 (en) 2000-06-14
JP2001515234A (ja) 2001-09-18
US7215804B2 (en) 2007-05-08
US20020012456A1 (en) 2002-01-31
EP0998697A1 (en) 2000-05-10
DE69823206T2 (de) 2004-08-19
EP1002264A2 (en) 2000-05-24
US20050157915A1 (en) 2005-07-21
US20020062319A1 (en) 2002-05-23
EP1009861A4 (en) 2002-10-16
US6567540B2 (en) 2003-05-20
ATE264523T1 (de) 2004-04-15
JP2005353057A (ja) 2005-12-22
EP1002264A4 (en) 2002-07-03
JP2005100389A (ja) 2005-04-14
US6484183B1 (en) 2002-11-19
US6882742B2 (en) 2005-04-19
WO1999005323A1 (en) 1999-02-04
WO1999005324A1 (en) 1999-02-04
US20030074363A1 (en) 2003-04-17
WO1999005591A3 (en) 1999-05-20
JP3776728B2 (ja) 2006-05-17
JP2001511546A (ja) 2001-08-14
US6308170B1 (en) 2001-10-23
US6532462B2 (en) 2003-03-11
EP1007737A4 (en) 2002-07-03
EP1009861A1 (en) 2000-06-21
EP1002264B1 (en) 2004-04-14
US6229911B1 (en) 2001-05-08
EP0998697A4 (en) 2002-07-24
DE69823206D1 (de) 2004-05-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2001511529A (ja) バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置
US9141913B2 (en) Categorization and filtering of scientific data
US6185561B1 (en) Method and apparatus for providing and expression data mining database
US20030171876A1 (en) System and method for managing gene expression data
US7451047B2 (en) System and method for programatic access to biological probe array data
US20030009295A1 (en) System and method for retrieving and using gene expression data from multiple sources
JP2003521057A (ja) ゲノムウェブポータルを提供するための方法、システムおよびコンピュータソフトウェア
US20020052882A1 (en) Method and apparatus for visualizing complex data sets
US6816867B2 (en) System, method, and user interfaces for mining of genomic data
US20030028501A1 (en) Computer based method for providing a laboratory information management system
US20060271513A1 (en) Method and apparatus for providing an expression data mining database
JP2004535612A (ja) 遺伝子発現データの管理システムおよび方法
Markowitz et al. Applying data warehouse concepts to gene expression data management
EP1396800A2 (en) Method and apparatus for providing a bioinformatics database
WO2000016220A9 (en) Method and apparatus for providing an expression data mining database and laboratory information management
JP2003526133A6 (ja) 発現データ・マイニング・データベースおよび実験室情報管理を提供する方法および装置
JP2003526133A (ja) 発現データ・マイニング・データベースおよび実験室情報管理を提供する方法および装置
WO2002005209A9 (en) Method and apparatus for visualizing complex data sets
Schofield et al. 6 Computational
US20020069208A1 (en) Method of and system for generating data-base compilation and storage, accessing, comparing and analyzing of scanned genetic spot pattern images and the like

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20050714

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20050714

RD02 Notification of acceptance of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422

Effective date: 20050714

RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20050714

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20070704

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20080708

A045 Written measure of dismissal of application [lapsed due to lack of payment]

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A045

Effective date: 20081120