JP2003521057A

JP2003521057A - ゲノムウェブポータルを提供するための方法、システムおよびコンピュータソフトウェア

Info

Publication number: JP2003521057A
Application number: JP2001555252A
Authority: JP
Inventors: デイビッドエム．クラフォード，; バーノンエイ．ノービエル，
Original assignee: アフィメトリックスインコーポレイテッド
Priority date: 2000-01-25
Filing date: 2001-01-24
Publication date: 2003-07-08
Also published as: EP1252513A4; CN1426534A; CA2398382A1; WO2001056216A3; EP1252513A2; WO2001056216A2; AU2001237965A1; CN100350406C; WO2001056216A9

Abstract

(57)【要約】生物学的デバイス、物質、または関連する試薬の購入の問い合わせまたは注文を処理するシステム、方法およびコンピュータプログラムプロダクトが記載される。いくつかのインプリメンテーションで、ユーザはマイクロアレイプローブセットを識別するプローブセット識別子を選択する。このマイクロアレイプローブセットは生物学的分子の検出を可能にし得る。対応する遺伝子またはＥＳＴが識別され、関連するプロダクトデータと相関付けられ、ユーザに提供される。さらに、ユーザはプロダクトデータに基づいて購入するプロダクトを選択し得る。この場合、購入注文に基きユーザのアカウントで清算することができる。同じまたは他のインプリメンテーションで、ローカルゲノムデータベースを定期更新する。ユーザのプローブセット識別子の選択に応答して対応する遺伝子またはＥＳＴの関連データをローカルゲノムデータベースからユーザに提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（関連出願）本出願は、２０００年１月２５日に出願された「ＭＥＴＨＯＤ，ＳＹＳＴＥＭ
ＡＮＤＣＯＭＰＵＴＥＲＳＯＦＴＷＡＲＥＦＯＲＰＲＯＶＩＤＩＮＧ
ＡＧＥＮＯＭＥＷＥＢＰＯＲＴＡＬ」というタイトルの米国仮特許出願シ
リアル番号第６０／１７８，０７７号によって得られる優先権を主張する。本明
細書中、同出願全体を参考としておよびあらゆる目的のために援用される。

【０００２】（背景）本発明は、バイオインフォマティクスの分野に関する。詳細には、本発明は、
インターネットなどのネットワークを介してゲノム情報を提供するためのコンピ
ュータシステム、方法およびプロダクトに関する。

【０００３】分子生物学、生化学、および多くの関連する医療分野における研究において、
新規の実験技術によって生成された複雑なデータを組織化し、分析する必要が高
まっている。このような課題に取り組んでいるのが、現在急速に進展を見せてい
るバイオインフォマティクス分野である。例えば、Ｈ．ＲａｓｈｉｄｉおよびＫ
．Ｂｕｅｈｌｅｒによる「ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＢａｓｉｃｓ：Ａｐ
ｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｉｎＢｉｌｏｇｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄ
Ｍｅｄｉｃｉｎｅ」（ＣＲＣＰｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，２０００）；「Ｂｉ
ｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＧｕｉｄｅｔｏｔｈ
ｅＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＧｅｎｅａｎｄＰｒｏｔｅｉｎｓ」（Ｂ．Ｆ
．ＯｕｅｌｅｔｔｅおよびＡ．Ｄ．Ｂｚｅｖａｎｉｓ，編、Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎ
ｓ，Ｉｎｃ．，１９９８）を参照のこと。本明細書中、これらの文献全体を参考
として援用される。広義には、バイオインフォマティクス分野の一領域では、遺
伝子の構造および／または位置と、タンパク質機能ならびに代謝プロセスとの間
の関係を解明するために、コンピュータ技術を大規模なゲノムデータベースに適
用する。このようなゲノムデータベースは、インターネットのようなネットワー
クに分散しており、このネットワークを通してアクセスされることが多い。

【０００４】（発明の要旨）マイクロアレイ技術の利用の拡大は、バイオインフォマティクスを発展させる
駆動力の１つである。詳細には、組織サンプルにおける遺伝子の発現または発現
配列タグ（ＥＳＴ）に関するデータを高速かつ大量に収集するためのマイクロア
レイおよび関連する計装ならびにコンピュータシステムが開発されてきた。この
ようなデータを使用して、特に、遺伝子の特性を研究し得、そして遺伝子的疾患
または状態および他の疾患または状態に関与する変異を検出し得る。より詳細に
は、マイクロアレイ実験を通じて得られたデータが研究者にとって貴重である。
これは、特に、多くの疾患状態が様々な遺伝子の発現レベルの差によって特徴付
けられ得、遺伝子ＤＮＡのコピー数の変化または特定の遺伝子の転写レベルの変
化のいずれかを通じて（例えば、開始の制御、ＲＮＡ前駆体の提供、またはＲＮ
Ａプロセシングを介して）行われ得るからである。従って、研究者らは、マイク
ロアレイを用いて例えば以下のような疑問に答える：悪性腫瘍細胞には発現する
が健常組織または特定の養生法に従って処置された組織には発現しない遺伝子と
は？；特定の器官には発現するが他の器官には発現しない遺伝子またはＥＳＴと
は？；特定の種には発現するが他の種には発現しない遺伝子またはＥＳＴとは？
。しかし、データ収集は、上記の疑問および他の疑問に答える第一歩に過ぎない
。研究者がマイクロアレイ技術によって得られた膨大な量のデータから生物学的
に意味のある情報を抽出し、後続実験の設計する際の負担はますます増えている
。そのため、このような課題を解消するための改良されたツールおよび情報を研
究者に与えることが必要である。

【０００５】本明細書中にて、上記および他の必要性に応えるためのシステム、方法および
コンピュータプログラムプロダクトが記載される。いくつかのインプリメンテー
ションにおいて、ウェブポータルによって、生物学的デバイスもしくは生物学的
物質、または関連する試薬の購入に関する問い合わせまたは注文を処理する。ユ
ーザは、「プローブセット識別子」（これは後述する広義の用語である）を選択
する。「プローブセット識別子」は、１つ以上のプローブからなるプローブセッ
トと関連付けられ得る。これらのプローブセットが、生物学的分子の検出を可能
にし得る。このような生物学的分子としては、ＤＮＡ提示物を含む核酸またはｍ
ＲＮＡ転写物および／もしくは対応する遺伝子の提示物（このような核酸は、便
宜上単に「ｍＲＮＡ転写物」と呼ぶ）が挙げられるが、これらに限定されない。
対応する遺伝子またはＥＳＴは、識別され、関連データと相関付られた後、ユー
ザに提供される。いくつかの局面において、ユーザは、購入するプロダクトをデ
ータに基づいて選択し得る。ユーザが購入を決心すると、そのユーザの購入注文
に基づいてユーザのアカウントを調節し得る。

【０００６】これらのインプリメンテーションのうちいくつかの利点は、初回実験の結果に
基づいて、ユーザに後続実験に関するプロダクトの示唆をし得ることである。こ
れらの初回実験結果の提示は、例えばユーザがコントロールサンプルおよび実験
サンプル中の比較的高レベルの差次的発現を示すプローブに対応するプローブセ
ット識別子を指定することにより、プローブセット識別子の選択に基づいて行わ
れる。

【０００７】同じまたは他のインプリメンテーションにおいて、ローカルゲノムデータベー
スが定期的に更新される。いくつかの局面において、この更新工程をリモートデ
ータベースから行い得る。ユーザがプローブセット識別子を選択するのに応答し
て、遺伝子またはＥＳＴに関連するデータがローカルゲノムデータベースからユ
ーザに提供される。他の局面において、ユーザによる遺伝子識別子および／また
はＥＳＴ識別子の選択に応答して、遺伝子またはＥＳＴに関連するデータをロー
カルゲノムデータベースからユーザに提供する。

【０００８】これらのインプリメンテーションのうちのいくつかの利点としては、ユーザが
実験結果に基づいてデータリクエストを開始し得ることが挙げられる。単なる１
つの例として、ユーザは、相対的に高い遺伝子発現に対応するプローブセット識
別子を選択することにより、これらの結果を提示し得る。これらのインプリメン
テーションは有利である。なぜならば、ユーザがリクエストした時点でゲノムデ
ータがローカルで利用が可能であり、そして、ユーザのリクエストに応答してリ
モートデータベースに対する問い合わせを行う必要も無いからである。それどこ
ろか、リモートデータベースへの問い合わせは、定期的（例えば、毎週）に行わ
れる。そのため、ユーザが膨大な量の遺伝子またはＥＳＴの発現または差次的発
現を示す膨大な量のプローブセット識別子を選択しても、ローカルゲノムデータ
ベースからの応答がユーザに迅速に提供され得る。従って、一般的にリモートデ
ータベースにおける複数またはバッチによるに呼掛けに起因する多大な遅延は回
避される。

【０００９】また、上記のインプリメンテーションまたは他のインプリメンテーションにお
いて、１つ以上のプロダクトの購入に関するコンピュータによってインプリメン
トされた問い合わせまたは注文をユーザが行うための方法が記載される。ユーザ
がプローブセット識別子の第１のセットを選択すると、その選択は、インターネ
ットを介してポータルシステムへと送られる。このポータルシステムは、データ
と、ユーザによって選択されたプローブセット識別子によって識別されるプロー
ブセットに対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴとを相関付け得る。ユーザは
、この相関付けされたデータをポータルシステムから受信する。ユーザは、この
ようなデータの一部または全体を選択し得、または、別の場合においてそのよう
なデータに関連するプロダクトを購入したいとの希望を示し得る。ユーザがプロ
ダクトの購入を選択すると、そのユーザのアカウントをそれに応じて調節するこ
とが可能となる。

【００１０】いくつかのインプリメンテーションにおいて、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴ
に関連するデータを提供するシステムが記載される。上記システムにおいて、遺
伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別子によって識別される少なくと
も１つの対応するプローブセットを有し、生物学的分子の検出を可能にする。生
物学的分子は、核酸であるか、または対応する遺伝子であり得る。上述したよう
に、１つ以上のプローブセット識別子は、遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子（例
えば、登録番号）を含み得る。本システムは、ユーザが選択したプローブセット
識別子の第１のセットを受信する入力マネージャと；上記プローブセット識別子
の第１のセットによって識別されるプローブセットに対応する遺伝子またはＥＳ
Ｔを識別する遺伝子決定子と；遺伝子またはＥＳＴとデータとを相関付ける相関
器と；上記のデータを上記のユーザに提供する出力マネージャを含む。これらの
インプリメンテーションの入力マネージャおよび出力マネージャは、インターネ
ットを介してユーザに結合され得る。

【００１１】プローブセット識別子の第１のセットが、これらの対応する遺伝子またはＥＳ
Ｔの発現または差次的発現を検出し得るプローブセットのプローブセット識別子
の第２のセットのサブセットであり得る。例えば、上記のユーザは、上記サブセ
ットの選択をプローブアレイソフトウェアアプリケーションによって提供された
グラフィカルユーザインターフェースを用いて行い得る。このような選択は、例
えば、プローブセットのスキャッタープロット表示におけるアウトライアー（ｏ
ｕｔ−ｌｉｅｒ）の周囲にループを描くことにより、行い得る。この場合、上記
アウトライアーは、相対的に高い程度の差次的発現を有するプローブセットを示
す。別の多くの可能な実施例として、上記のユーザは、注文テーブル中のプロー
ブセット識別子のエントリを強調表示することにより、上記サブセットを選択し
得る。

【００１２】上記プローブセットが、代表的には１つ以上のプローブアレイ上に配置される
ことが多い。プローブアレイは、上述したように、様々な型のマイクロアレイ（
例えば、ＶＬＳＩＰＳ（ＴＭ）技術（これについては後述する）を用いて合成さ
れたマイクロアレイ）またはスポットアレイ）のうち任意のものであり得る。そ
のため、「プローブセット」という用語は、（例えばＶＬＳＩＰＳ（ＴＭ）技術
による）一連の合成プローブだけではなく、様々なスポットアレイ技術（これに
ついても後述する）によって配置される１つ以上のスポットも含むものとして一
般に理解されている。上記スポットは、一例としてオリゴヌクレオチドであり得
、または別の例においてｃＤＮＡクローンもしくはそれらのクローンから生成さ
れたＰＣＲ生成物であり得る。このデータとしては、利用可能性、価格設定、組
成、適性、または様々なプロダクト（生物学的デバイスもしくは生物学的物質を
含む）もしくは試薬（これは生物学的デバイスもしくは生物学的物質と併用し得
る）の注文についてのプロダクトデータ、または付加的な情報（例えば、ヌクレ
オチドもしくはタンパク質配列情報、または位置に関するか、もしくは機能に関
する注釈情報）が挙げられ得る。いくつかの実施例として、上記デバイスはプロ
ーブアレイのスライドまたは顕微鏡スライドであり得、または、上記物質は、ク
ローン、オリゴヌクレオチド、抗体またはタンパク質であり得る。

【００１３】他のインプリメンテーションは、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデ
ータを提供する方法に関する。同方法において、各遺伝子または各ＥＳＴは、プ
ローブセット識別子によって識別される少なくとも１つの対応するプローブセッ
トを有し、生物学的分子の検出を可能にし得る。上記生物学的分子は、対応する
遺伝子の核酸または対応する遺伝子のｍＲＮＡ転写物であり得る。上記方法は、
以下の工程を含む。：すなわち、ユーザが選択したプローブセット識別子の第１
のセットを受信する工程と；上記プローブセット識別子の第１のセットによって
識別されるプローブセットに対応する遺伝子またはＥＳＴを識別する工程と；上
記遺伝子またはＥＳＴとデータとを相関付ける工程と；および上記のデータを上
記のユーザに提供する工程。さらに他のインプリメンテーションは、上記方法を
インプリメントするコンピュータプログラムプロダクトに関する。

【００１４】さらなるインプリメンテーションは、１つ以上のプロダクトの購入に関するコ
ンピュータによってインプリメントされた問い合わせまたは注文を行う方法に関
する。この方法は、以下の上記工程を含む：すなわち、ユーザのコンピュータに
おいて１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットのユーザによる選択を受
信する工程であって、ここで各プローブセット識別子は、対応する遺伝子の発現
の検出を可能にしたプローブセットを識別する、工程と；上記のユーザによる選
択をインターネットを介してポータルシステムに提供する工程であって、上記ポ
ータルシステムは、データと、上記プローブセット識別子の第１のセットによっ
て識別されるプローブセットに対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴとを相関
付けることが可能である、工程と；および上記相関付けされたデータを上記ポー
タルシステムから受信する工程。上記のユーザはまた、プロダクトデータも購入
対象として選択し得る。

【００１５】さらに別のインプリメンテーションは、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータを提供するためのシステムに関する。上記システムにおいて、遺伝子
またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別子によって識別される、少なくとも
１つの対応するプローブセットを有し、生物学的分子の検出を可能にし得る。上
記生物学的分子は、核酸または対応する遺伝子のｍＲＮＡ転写物であり得る。本
システムは、以下を含む：遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含む、ローカ
ルゲノムデータベースを定期的に更新するデータベースマネージャと；プローブ
セット識別子のユーザによる選択を受信する入力マネージャと；上記ローカルゲ
ノムデータベースから上記プローブセット識別子に対応する遺伝子またはＥＳＴ
に関するデータを構築するユーザ−サービスマネージャと；および上記のデータ
を上記のユーザに提供する出力マネージャ。

【００１６】上記インプリメンテーションにおいて、上記のデータベースマネージャは、上
記ローカルゲノムデータベースを定期的に（例えば、週１回）以下のデータを用
いて更新することができる：配列データ、エキソンの構造または位置データ、ス
プライス改変体データ、マーカ（ｍａｒｋｅｒ）の構造または位置データ、多型
性データ、相同性データ、タンパク質−ファミリ分類データ、経路データ、代替
遺伝子命名データ、文献詳説データ、注釈データ、他のゲノムデータもしくはプ
ロテオームデータ、またはこれらの任意の組み合わせ。この更新工程は、リモー
トデータベースとの（恐らくはインターネットを介した）定期的通信によって達
成し得る。このようなリモートデータベースとしては、公的リモートデータベー
スまたは個人所有のリモートデータベースが何百とあり、例えば、ＧｅｎＢａｎ
ｋ、ＧｅｎＢａｎｋＮｅｗ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＤＢＥ
ＳＴ、Ｕｎｉｇｅｎｅ、ＰＩＲ、Ｐｒｏｓｉｔｅ、ＰＦＡＭ、Ｐｒｏｄｏｍ、Ｂ
ｌｏｃｋｓ、ＰＤＢ、ＰＤＢｆｉｎｄｅｒ、ＥＣＥｎｚｙｍｅ、ＫｅｇｇＰ
ａｔｈｗａｙ、ＫｅｇｇＬｉｇａｎｄ、ＯＭＩＭ、ＯＭＩＭＭａｐ、ＯＭＩ
ＭＡｌｌｅｌｅ、ＤＢＳＮＰおよび／またはＰｕｂＭｅｄがある。上記のデ
ータベースマネージャとリモートデータベースとの間の定期的な通信は、代表的
には（ただし、必ずしもそうではない）ユーザのリクエストに応答せず、上記入
力マネージャが、代表的には（必ずしもそうではない）上記のユーザがプローブ
セット識別子の選択を動的に受信する。この文脈において用いられる「動的に」
という用語は、ユーザの問い合わせに対する本質的にリアルタイムの応答を指す
ものとして意図される。

【００１７】さらなるインプリメンテーションにおいて、プロダクトデータを提供するシス
テムが記載される。上記プロダクトデータは、生物学的プロダクトデータを含み
得る。本システムは、遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子をユ
ーザから受信する入力マネージャを有する。例えば、上記のユーザは、１つ以上
の遺伝子登録番号を指定し得る。本システムはまた、上記遺伝子、ＥＳＴおよび
／またはプローブセット識別子と１つ以上のプロダクトデータとの間の相関付け
または関連付けを行うユーザ−サービスマネージャを有する。ユーザ−サービス
マネージャは、必要に応じてデータベースマネージャと連携しながら、１つ以上
のローカルおよび／もしくはリモートデータベースまたは他のローカルもしくは
リモートにあるデータ供給源（例えば、ウェブページ）から得られるプロダクト
データを、さらに生じる。本システムには、上記プロダクトデータを上記のユー
ザに提供する出力マネージャもまた含まれる。いくつかの局面において、ユーザ
アカウントを上記購入に基づいて調節してもよく、または、上記のユーザをベン
ダーに照会させるためにベンダーアカウントを調節してもよい。上記のユーザか
らの情報の受取りおよびユーザへの情報の供給は、ネットワーク（例えば、上記
インターネット）を通じて行われ得る。他の局面において、プロダクトデータ（
例えば、生物学的プロダクトデータ）を提供する方法が記載される。上記方法は
、以下の工程を含む：すなわち、遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット
識別子をユーザから受信する工程と；上記遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプロー
ブセット識別子と１つ以上のプロダクトデータとを相関付ける工程と；ローカル
および／もしくはリモートデータベースまたは他のローカルのデータ供給源およ
び／もしくはリモートにあるデータ供給源から獲得し得る上記プロダクトデータ
を生じる工程と；上記プロダクトデータを上記のユーザに提供する工程。上記方
法は、上記購入に基づいてユーザアカウントを調節する工程または上記のユーザ
をベンダーに照会させるために上記ベンダーのアカウントを調節する工程を必要
に応じて含み得る。

【００１８】さらなる局面は、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデータ
を提供するシステムである。遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別
子によって識別される、少なくとも１つの対応するプローブセットを有し、生物
学的分子の検出を可能にし得る。本システムは、上記プローブセット識別子のう
ち１つ以上を受信する入力マネージャ；上記プローブセット識別子と１つ以上の
プロダクトデータの第１のセットとを相関付ける相関器；および上記データの第
１のセットを上記のユーザに提供する出力マネージャを含む。さらに別の局面は
、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデータを提供するシステ
ムである。本システムは、１つ以上の遺伝子および／またはＥＳＴ識別子を受信
する入力マネージャ；上記の識別子と１つ以上のプロダクトデータの第１のセッ
トとを相関付ける相関器；および上記のデータの第１のセットを上記のユーザに
提供する出力マネージャを含む。

【００１９】さらなる局面は、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデータ
を提供する方法である。遺伝子またはＥＳＴの各々は、少なくとも１つの対応す
るプローブセットを有する。このようなプローブセットが、プローブセット識別
子によって識別され、生物学的分子の検出を可能にする。上記方法は、上記プロ
ーブセット識別子の１つ以上を受信する工程；上記プローブセット識別子と１つ
以上のプロダクトデータの第１のセットとを相関付ける工程；および上記のデー
タの第１のセットを上記のユーザに提供する工程を含む。さらに別の局面は、１
つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデータを提供する方法である
。上記方法は、１つ以上の遺伝子および／またはＥＳＴ識別子を受信する工程；
上記識別子と１つ以上のプロダクトデータの第１のセットとを相関付ける工程；
および上記のデータの第１のセットを上記のユーザに提供する工程を含む。

【００２０】別の局面によれば、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデー
タを提供するシステムが記載される。本システムは、１つ以上の遺伝子識別子ま
たはＥＳＴ識別子をインターネットを介して受信するための受信手段；上記遺伝
子識別子またはＥＳＴ識別子と１つ以上のプロダクトデータとを相関付けるため
の相関付け手段；および上記プロダクトデータを上記のユーザに提供するための
提供手段を含む。

【００２１】さらに別の局面によれば、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダク
トデータを提供するためのシステムが記載される。同システムにおいて、遺伝子
またはＥＳＴの各々は、対応するプローブセットを少なくとも１つ有する。上記
プローブセットが、プローブセット識別子によって識別され、生物学的分子の検
出を可能にし得る。本システムは、ユーザが上記１つ以上のプローブセット識別
子から第１のセットの選択をユーザから受信するための受信手段；上記プローブ
セット識別子の第１のセットと１つ以上のプロダクトデータの第１のセットとを
相関付けるための相関付け手段；および上記のデータの第１のセットを上記のユ
ーザに提供するための提供手段を含む。

【００２２】さらなる局面において、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提
供するシステムが記載される。同システムにおいて、遺伝子またはＥＳＴの各々
は、対応するプローブセットを少なくとも１つ有する。上記対応するプローブセ
ットは、プローブセット識別子によって識別され、生物学的分子の検出を可能に
し得る。本システムは、遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲ
ノムデータベースを定期的に更新する更新手段；ユーザが上記１つ以上のプロー
ブセット識別子から第１のセットの選択をユーザから受信するための入力管理手
段；上記プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに
関連するデータの第１のセットを上記のローカルゲノムデータベースから定期的
に更新するための定期的更新のためのデータ管理手段；および上記のデータの第
１のセットを上記のユーザに提供するための提供手段を含む。

【００２３】上記インプリメンテーションは必ずしも互いに包括的関係または排他的関係に
あるのではなく、相反しない程度でかつ他の場合において（上記インプリメンテ
ーションが同じ局面もしくは異なる局面または同じインプリメンテーションもし
くは異なるインプリメンテーションと関連付けられて提示されたかに関係なく）
任意の様式での組み合わせられ得る。１つのインプリメンテーションについての
説明によって他のインプリメンテーションを限定することは意図していない。ま
た、代表的な別のインプリメンテーションにおいて、本明細書中のいずれかの箇
所において説明した任意の１つ以上の機能、工程、操作または技術を、本要旨中
に記載の任意の１つ以上の機能、工程、操作または技術と組み合わせ得る、従っ
て、上記インプリメンテーションは限定的なものではなく、例示的なものである
。

【００２４】（詳細な説明）上記およびさらなる利点は、以下の詳細な説明を添付の図面とともに読めばよ
り明確に理解される。図面中、同様の参照符号は同様の構造または方法工程を示
し、左端のまたは２桁の参照符号は、参照要素が初出した図の番号を示す（例え
ば、要素１８０が初出する図は図１であり、要素１０２０が初出する図は図１０
である）。機能ブロック図において、長方形は主に機能要素を示し、平行四辺形
は主にデータを示し、曲線の辺が付いている長方形は主に記憶データを示し、境
界線が２本ある長方形は主に事前に規定された機能要素を示し、キーストーン形
状は主にマニュアル操作を示す。方法フローチャートにおいて、長方形は主に方
法工程を示し、ひし形形状は主に決定要素を示す。しかし、これらの規約はすべ
て、代表的な例または例示的な例として示されるものであり、限定的なものとし
ては意図されていない。

【００２５】システム、方法およびコンピュータプロダクトが、ゲノムポータル４００と呼
ぶ例示的実施形態に関連して、以下に記載される。ポータル４００を図４におい
てインターネット環境中に示し、図５〜図１１においてより詳細に示す。

【００２６】代表的なインプリメンテーションにおいて、ポータル４００を用いて、プロー
ブアレイを用いた実験結果に関連する情報をユーザに提供し得る。このような実
験はしばしば、プローブ−標的対のハイブリダイゼーションを検出するためのス
キャニング機器を用い、検出されたハイブリダイゼーションを様々なソフトウェ
アアプリケーションを用いて分析される。これらは図１および図２と関連付けて
記載される。

【００２７】（プローブアレイ１０３）基板または支持体上に生物学的材料の高密度にアレイを配置または合成するた
めに使用され得る様々な技術およびテクノロジーがある。例えば、カリフォルニ
アのサンタクララのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標），Ｉｎｃ．製のＡｆｆｙ
ｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイは、ＶＬＳＩＰ
Ｓ（ＴＭ）（ＶｅｒｙＬａｒｇｅＳｃａｌｅＩｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄＰ
ｏｌｙｍｅｒＳｙｎｔｈｅｓｉｓ）技術と呼ばれることもある技術に従って合
成される。ＶＬＳＩＰＳ（ＴＭ）技術のいくつかの局面については、以下の米国
特許に記載される：Ｐｉｒｒｕｎｇの米国特許第５，１４３，８５４号；Ｆｏｄ
ｏｒの米国特許第５，４４５，９３４号；Ｆｏｄｏｒの米国特許第５，７４４，
３０５号；Ｐｅａｓｅの米国特許第５，８３１，０７０号；Ｃｈｅｅの米国特許
第５，８３７，８３２号；ＭｃＧａｌｌの米国特許第６，０２２，９６３号；お
よびＢｅｅｃｈｅｒの米国特許第６，０８３，６９７号。これらの特許の各々は
全体を参考として援用される。これらのアレイのプローブはオリゴヌクレオチド
からなり、このようなオリゴヌクレオチドは、基板の領域を活性化する工程およ
びその後のこの基板を選択されたモノマー溶液と接触させる工程を含む方法によ
り合成される。これらの領域は、集積回路製造に用いられるフォトリソグラフィ
ー技術と類似の様式でマスクを透過する光源を用いて活性化される。基板の他の
領域は、マスクによって照射からブロックされているため、不活性状態のままで
ある。異なる領域を活性化する工程および異なるモノマー溶液と基板とを接触す
る工程の繰り返しにより、多様なポリマーのアレイを基板上に生成する。様々な
他の工程（例えば、未反応のモノマー溶液を基板から洗浄する工程）がこれらの
方法の様々なインプリメンテーションにおいて用いられる。

【００２８】これらのプローブは代表的には、タグ付けされた生物学的サンプル（例えば、
細胞、タンパク質、遺伝子もしくはＥＳＴ、他のＤＮＡ配列、または他の生物学
的要素）とともに用いられる。これらのサンプル（本明細書中、これらのサンプ
ルを「標的」と呼ぶ）の処理は、これらのサンプルがプローブアレイ中の特定の
プローブと空間的に関連付けられるように、行われる。例えば、１つ以上の化学
的にタグ付けされた生物学的サンプル（すなわち、標的）をプローブアレイ上に
分布させる。いくつかの標的が、少なくとも部分的に相補的なプローブとハイブ
リダイズし、プローブの位置に残留する一方、ハイブリダイズしなかった標的は
洗浄除去される。

【００２９】「タグ」または「標識」を用いて、これらのハイブリダイズした標的は標的の
相補的なプローブと空間的に関連付けられる。ハイブリダイズしたプローブおよ
び標的は、「プローブ−標的対」と呼ばれるときもある。これらの対の検出は、
様々な目的（例えば、特定の参照配列と同一であるかまたは異なるヌクレオチド
配列を標的核酸が有するか否かを判定する目的）に用いることが可能である。例
えば、上記にて参照および援用した米国特許第５，８３７，８３２号を参照のこ
と。他の用途としては、遺伝子発現のモニタリングおよび評価（例えば、Ｆｏｄ
ｏｒの米国特許第５，８００，９９２号；Ｌｏｃｋｈａｒｔの米国特許第６，０
４０，１３８号；およびＢａｌａｂａｎの国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／１５１５
１（Ｗ０９９／０５３２３として公開）を参照のこと）、遺伝子型決定（ｇｅｎ
ｏｔｙｐｉｎｇ）（Ｄａｌｅの米国特許第５，８５６，０９２号）、または他の
核酸検出法が挙げられる。本明細書中、上記の’９９２特許、’１３８特許およ
び’０９２特許ならびに公開文献Ｗ０９９／０５３２３が全体としてあらゆる目
的の参考のために援用される。

【００３０】基板または支持体上にプローブを配置させる技術は他にもある。例えば、利用
可能な「スポットアレイ」は、顕微鏡スライド上に作製されている。これらのア
レイは、潜在的に組成および濃度が異なり得る生物学的材料を含む液体スポット
からなる。例えば、アレイ中の１つのスポットは、水溶液中に短オリゴヌクレオ
チドのストランドをいくつか含み得、または、高濃度の複合体タンパク質の長ス
トランドを含み得る。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）４１７（ＴＭ）Ａｒｒ
ａｙｅｒは、高密度に詰め込まれた生物学的材料のアレイをこれらの技術に従っ
て顕微鏡スライド上に配置させるデバイスであり、この局面については、ＰＣＴ
出願番号第ＰＣＴ／ＵＳ９９／００７３０（国際公開番号ＷＯ９９／３６７６０
）に記載される。同文献の全体を参考として援用される。スポットアレイを生成
する技術は他にもある。例えば、Ｗｉｎｋｌｅｒの米国特許第６，０４０，１９
３号は、スポットアレイを生成するために液滴を施す処理に関するものである。
この’１９３特許およびＷｉｎｋｌｅｒの米国特許第５，８８５，８３７号はま
た、生物学的材料のアレイを合成する際にマイクロチャネルまたは微細溝の基板
または基板上に置かれたブロックの使用を記載する。これらの特許は、基板の反
応領域と他の領域を不活性領域によって分離する工程、およびこの反応領域にス
ポットする工程をさらに記載する。これらの’１９３特許および’８３７特許の
全体は参考として援用される。別の技術では、生物学的材料を噴射してスポット
アレイを形成することに基づいている。他の噴射技術のインプリメンテーション
では、デバイス（例えば、注射器または圧電ポンプ（ｐｉｅｚｏｅｌｅｃｔｒｉ
ｃｐｕｍｐ））を用いて生物学的材料を駆出させ得る。生物学的材料を基板上
にまたは基板内に合成、配置（ｄｅｐｏｓｉｔｉｎｇ）または位置決め（ｐｏｓ
ｉｔｉｏｎｉｎｇ）する技術は、他にも様々なものがある。

【００３１】本明細書中において用いられる「プローブ」という用語を適切に理解してもら
うため、関連文献には矛盾した慣習がある点に留意されたい。「プローブ」とい
う単語は、文脈によっては、基板上で合成されたりスライド上に配置されたりす
る上述のような生物学的材料を指すものとしてではなく、本明細書中において「
標的」を指すものとして用いられる場合がる。よって、混乱を避けるため、本明
細書中、「プローブ」という用語を、以下のようなプローブを指すものとして用
いる：すなわち、ＶＬＳＩＰＳ（ＴＭ）技術に従って合成されたプローブ；スポ
ットアレイを生成するように配置された生物学的材料；および他の現在のまたは
将来の技術に従ってアレイ形成のために合成、配置および位置決めされた材料。
従って、これらの技術のうち任意のものに従って形成されたマイクロアレイであ
れば、便宜上、一般的にそして総称として「プローブアレイ」と呼ぶこととする
。さらに、「プローブ」という用語は、アレイフォーマットで固定化されたプロ
ーブに限定されない。それどころか記載された機能および方法はまた、他のパラ
レルアッセイデバイスのためのゲノム情報および知的電子商取引（ｉｎｔｅｌｌ
ｉｇｅｎｔｅ−ｃｏｍｍｅｒｃｅ）を提供する用途においても有用である。例
えば、これらの機能および方法は、ビーズ（ｂｅａｄｓ）、光ファイバまたは他
の基板もしくは媒体上に、またはそれらの内部に固定されたプローブを識別する
プローブセット識別子について適用し得る。

【００３２】プローブは代表的には、標的中に存在するｍＲＮＡ転写物の存在または存在量
を検出することにより、対応する遺伝子またはＥＳＴの発現を検出し得る。この
検出はまた、標的中のｍＲＮＡから導出されたｃＤＮＡから導出され、標識付け
されたｃＲＮＡを検出することによっても達成し得る。一般的に、プローブセッ
トは、転写物の特有の領域中に部分配列（ｓｕｂ−ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を含み、
遺伝子配列の全長には対応しない。「セット」という単語は、主に１つ以上のも
のを指すものとし用いられる；例えば、プローブセットは、１つ以上のプローブ
からなり得、プローブセットの識別子セットは、１つ以上のプローブセット識別
子からなり得る。

【００３３】（スキャナ１９０）図１は、標識付けされた標的とハイブリダイズしたプローブアレイを分析する
用途に特に適したシステムの機能ブロック図である。図１におけるハイブリダイ
ズしたプローブアレイ１０３の代表的なものとしては、上述したような任意の型
のプローブアレイが挙げられる。ハイブリダイズしたプローブアレイ１０３にお
ける標識付けされた標的は、様々な市販のデバイス（以下、このようなデバイス
を便宜上「スキャナ」と呼ぶ）を用いて検出し得る。例示的デバイスを図１中に
スキャナ１９０として示される。スキャナは、標識からの蛍光発光または他の発
光を検出することによって、または透過、反射、もしくは散乱した放射線を検出
することによって、この標的を画像化する。これらのプロセスは、一般的にまた
は総称的に、「放射線」の検出を含む工程として呼ばれる。放射の種類および他
のファクターに応じて、様々な検出方式が用いられる。代表的な方式では、光学
素子および他の素子を用いて励起光を提供し、放射線を選択的に収集する。フォ
トダイオード、電荷結合デバイス、光電子増倍管、または集められた放射線を記
録する類似のデバイスを採用する様々な光検出器システムがまた、一般的に挙げ
られる。例えば、蛍光標識を用いる使用のためのスキャニングシステムについて
、上記にて参考として援用された米国特許第５，１４３，８５４号に記載される
。他のスキャナまたはスキャニングシステムについて、米国特許第５，５７８，
８３２号；米国特許第５，６３１，７３４号；米国特許第５，８３４，７５８号
；米国特許第５，９８１，９５６号および米国特許第６，０２５，６０１号なら
びにＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ９９／０６０９７（Ｗ０９９／４７９６４として公
開）に記載される。同文献の各々は、全体をあらゆる目的のための参考として援
用される。

【００３４】スキャナ１９０は、検出された発光の強度（およびおそらくは他の特性（例え
ば、色））ならびに基板上の発光の検出位置とを表すデータを提供する。このよ
うなデータは代表的には、メモリデバイス（例えば、ユーザのコンピュータ１０
０のシステムメモリ１２０）中にデータファイルの形態で記憶される。データフ
ァイル（例えば、図２に示すイメージデータファイル２１２）は、代表的には、
スキャンされた基板の要素的なサブエリアに対応する強度情報および位置情報を
含む。この文脈において、「要素的な」という用語は、このエリアからの放射線
の強度および／または他の特性の各々が、単一の値によって表されることを意味
する。見る工程および処理する工程のためにイメージが表示される場合、要素的
なピクチャーエレメント、すなわちピクセルがしばしばこの情報を表す。従って
、例えば、ピクセルは、発光がスキャニングされた要素的なサブエリアの強度を
表す単一の値を有する。このピクセルはまた、別の特徴（例えば、色）を表す別
の値を有し得る。例えば、スキャニングされて高い強度の発光が検出された要素
的なサブエリアは、高い輝度を有するピクセル（以下、「明るい」ピクセル）に
よって表現され得、そして低い強度の発光は低い輝度のピクセル（「暗い」ピク
セル）で表現され得る。あるいは、ピクセルの色度値（ｃｈｒｏｍａｔｉｃｖ
ａｌｕｅ）は、検出した発光の強度、色、または他の特徴を表現するように作ら
れ得る。従って、高い強度の発光は赤いピクセルで表示され得、そして低い強度
の発光は青いピクセルで表現され得る。別の実施例として、基板上の特定のサブ
エリアにおける１つの波長の検出された発光を、赤のピクセルで表現し得、そし
て別のサブエリアで検出された第２の波長の発光を青のピクセルで表現し得る。
多くの他の表現方式が既知である。

【００３５】（プローブアレイ分析アプリケーション１９９）一般的に人間がイメージファイル中のデータから構築された印刷イメージまた
は表示イメージを調べ得、そのイメージの識別を、セルの明るさもしくは暗さま
たは他の場合においてピクセル特性（例えば、色）によって行い得る。しかし、
自動化され、定量化が可能でありそして反復可能であり、しかも様々なイメージ
処理および／または分析技術との適合性を有する方法でこの情報を提供すること
が往々にして所望される。例えば、この情報が、ハイブリダイズした標的が検出
された位置と既知の識別子のプローブが合成れたかまたは配置された既知の位置
を関連づけるコンピュータアプリケーションによって処理するために提供され得
る。従って、標的ＤＮＡまたはＲＮＡのヌクレオチドまたはモノマー配列のよう
な情報が推定され得る。このような推定を行う技術は、例えば、Ｌｉｐｓｈｕｔ
ｚの米国特許第５，７３３，７２９号（同特許の全体は、あらゆる目的のため参
考として援用される）および上記にて言及および援用した米国特許第５，８３７
，８３２号に記載される。

【００３６】スキャナ（およびハイブリダイゼーションプロセスに関連する他の器具（例え
ば、ハイブリダイゼーションチャンバ）を制御し、当該スキャナによって提供さ
れたイメージファイルの取得および処理を行う様々なコンピュータソフトウェア
アプリケーションが市販されている。例としては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録
商標），Ｉｎｃ．製のＪａｇｕａｒ（ＴＭ）アプリケーションがあり、アプリ
ケーションの局面については、２０００年８月２２日に出願された米国仮特許出
願，シリアル番号第６０／２２６，９９９号に記載があり、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉ
ｘ（登録商標）からのＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅアプリケーションもあ
り、そのようなアプリケーションの局面については、２０００年７月２５日に出
願された米国仮特許出願シリアル番号第６０／２２０，５８７号に記載される。
このようなアプリケーションによって生成され、処理されたイメージファイルに
さらに処理を行って、さらなるデータを抽出する。詳細には、データマイニング
ソフトウェアアプリケーションが、生物学的に興味深いパターンまたは程度のプ
ローブセットのハイブリダイゼーションを補足的に識別および分析するために、
しばしば使用される。この種類のソフトウェアアプリケーションの一例として、
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＤａｔａＭｉｎｉｎｇＴｏｏｌがある。
他にも、プローブアレイ実験ならびに上記のイメージ処理ソフトウェアおよびデ
ータマイニングソフトウェアによってしばしば生成される膨大な量のデータを記
憶および管理するためのソフトウェアアプリケーションがまた利用可能である。
これらのデータ管理ソフトウェアアプリケーションの一例としては、Ａｆｆｙｍ
ｅｔｒｉｘ（登録商標）のＬａｂｏｒａｔｏｒｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＭ
ａｎａｇｅｍｅｎｔＳｙｓｔｅｍ（ＬＩＭＳ）があり、そのようなアプリケー
ションの局面については、２０００年７月２５日に出願された米国仮特許出願の
シリアル番号第６０／２２０，６４５号に記載される。さらに、データベース管
理ソフトウェア（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）のＥＡＳＩ（Ｅｘ
ｐｒｅｓｓｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓＳｅｑｕｅｎｃｅＩｎｆｏｒｍａｔｉ
ｏｎ）データベースおよびデータベースソフトウェア）によってアクセスされる
様々な独自のデータベースは、プローブセットと遺伝子識別子またはＥＳＴ識別
子との間の関連性を研究者に提供する。この段落において記載した特許出願の全
体があらゆる目的の参考として援用される。

【００３７】参考の便宜上、この種のコンピュータソフトウェアアプリケーション（すなわ
ち、イメージファイルの取得および処理、データマイニング、データ管理、なら
びにプローブセット分析に関連する様々なデータベースおよび他のアプリケーシ
ョンのためのアプリケーション）が一般的そして総称的に、図１中で、プローブ
アレイ分析アプリケーション１９９として表現されている。図２は、プローブア
レイ分析アプリケーション１９９の機能ブロック図であり、これは、実行対象と
して（すなわち、アプリケーション１９９に対応する実行可能コード１９９Ａと
して）、図１のユーザのコンピュータ１００のシステムメモリ１２０中に例示的
に記憶されている。

【００３８】関連分野の当業者により理解されるように、アプリケーション１９９がコンピ
ュータ１００上にて記憶することおよび／またはこれがコンピュータ１００から
実行されることは必要でなく；さらには、アプリケーション１９９のいくつかま
たは全部が、コンピュータ１００がネットワーク上で接続しているアプリケーシ
ョンサーバもしくは他のコンピュータプラットフォーム上で記憶され得、そして
／またはこれらから実行され得る。例えば、大規模データベース（例えば、Ａｆ
ｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＬＩＭＳまたはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標
）ＤａｔａＭｉｎｉｎｇＴｏｏｌ（ＤＭＴ））の操作を伴うアプリケーショ
ンがデータベースサーバ（例えば、図４のユーザデータベースサーバ４１２）か
ら実行されることは特に有利であり得る。あるいは、ＬＩＭＳ，ＤＭＴおよび／
または他のアプリケーションがコンピュータ１００から実行され得るが、上記の
アプリケーションを動作するデータベースの一部または全体を、サーバ４１２上
の共通アクセス先（ｃｏｍｍｏｎａｃｃｅｓｓ）として（おそらくはデータベ
ース管理プログラム（例えば、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏ
ｎから利用可能なＯｒａｃｌｅ（登録商標）８．０．５データベース管理システ
ムと共に）記憶することも可能である。このようなネットワーク化された配置は
、市販のハードウェアおよびソフトウェアを用いた公知の技術（例えば、ローカ
ルエリアネットワークまたはワイドエリアネットワークをインプリメントするた
めに利用可能なもの）に従ってインプリメントされ得る。ローカルネットワーク
が、図４中でユーザのコンピュータ１００のユーザデータベースサーバ４１２に
対する（およびユーザ側のインターネットクライアント４１０に対する（これは
、同じコンピュータであり得る））ネットワークケーブル４８０を介した接続に
より、表現される。同様に、スキャナ１９０を制御する目的およびスキャナ１９
０からのデータ入力の受信のために、スキャナ１９０（または複数のスキャナ）
をユーザのネットワークがケーブル４８０を介して利用できるようにし得る。

【００３９】再度図２を参照して、アプリケーション実行可能部１９９Ａは、様々なフォー
マットの様々な種類のデータを生成する。そのようなデータのうち、図示してい
るものは単に例示的なものである。便宜上、本明細書中で、「ファイル」という
用語をアプリケーション実行可能部（ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｘｅｃｕｔａ
ｂｌｅ）１９９Ａによって生成および利用されるデータを指すものとして用いる
が、データの記憶、搬送および／または操作を行うための当該分野において公知
の様々な代替技術のうち任意のものを用い得る。この図の実施例において、デー
タ分析プログラム２１０は、スキャナ１９０からイメージデータファイル２１２
を受信し、特にセル強度ファイル２１６を生成する。この実施例のファイル２１
６は、スキャナ１９０によってスキャニングされる各プローブについて、スキャ
ナ１９０によって測定された当該プローブのピクセルの強度を表す単一の値を含
む。そのため、この値は、対応するプローブとハイブリダイズした標的中に存在
するタグ付けされたｍＲＮＡの存在量の尺度となる。各プローブ中にはこのよう
なｍＲＮＡが大量に存在する。なぜならば、プローブは、例えば、ｍＲＮＡを検
出するように設計された何百万のオリゴヌクレオチドを含み得るからである。

【００４０】図示の実施例において、プローブアレイデータ分析プログラム２１０は、実験
情報ファイル２１３を生成する。この実験情報ファイル２１３は、実験、サンプ
ルおよびプローブアレイに関する情報を含み、このような情報は、しばしばユー
ザ１０１によって入力される。この実施例のデータ分析プログラム２１０の主な
機能は、ファイル２１６および／またはファイル２１２を（おそらくは、プロー
ブおよびコントロールの配列およびロケーションに関する詳細を指定するファイ
ル２１３および内部ライブラリファイル（図示せず）からの情報と共に）分析す
ることである。この実施例のデータ分析プログラム２１０のようなプログラムの
目的は、情報（例えば、ハイブリダイゼーションの程度、絶対的な発現および／
または（２つ以上の実験にわたる）差次的発現、遺伝子型の比較、多型性および
突然変異の検出、ならびに他の分析結果）を提供することである。この実施例に
おいて、ファイル２１５は、データ分析プログラム２１０のこの分析結果出力を
表す。データ分析プログラム２１０は、ファイル２１５を処理して、レポートフ
ァイル２１４を作成し得る。これらのレポートファイル２１４は、ユーザ１０１
からの形式および内容に関するリクエストに応答し得る。関連分野の当業者に理
解されるように、例示的データ分析プログラム２１０によって生成されるファイ
ル、レポートおよびデータ表現の上記および下記の記載は単に例示的なものであ
り、記載のデータおよび他のデータは、他の多くの方法で処理、組み合わせ、配
置および／または提示し得る。

【００４１】データ分析プログラム２１０は、様々な種類のプロット、グラフ、テーブルお
よび他の表形式の提示物ならびに／または図による提示物として分析結果データ
（例えば、ファイル２１５中に含まれる）を生成し得る。その例示的実施例を図
１０に示す。図１０は、スキャッタープロットウィンドウ１０１０および表形式
ウィンドウ１０２０を有するグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）１
０００を示す。スキャッタープロットウィンドウ１０１０において、ライン１０
１１により、異なる実験におけるプローブセットにより測定された差次的発現レ
ベルに対する基準が得られる。ドットの位置の各々は、１つ以上のマイクロアレ
イからのプローブセットを表し、１つの実験または一連の実験（例えば、コント
ロールサンプルを測定する実験）におけるプローブセットの発現レベルを１本の
軸に沿って指定し、別の実験または一連の実験（例えば、疾患サンプルを測定す
る実験）における発現レベルを別の１本の軸に沿って指定する。

【００４２】図１０において、ユーザ１０１は、ドット１０１６のクラスターの周囲にライ
ン１０１４を（当業者に周知の技術を用いて）描いている。表形式ウィンドウ１
０２０において、ウィンドウ１０１０中の１つのドットに対応する各プローブセ
ットは別個の横行において識別および記述される。この実施例において、横行の
エントリは、特定の実験における発現レベルの尺度（例えば、縦列１０３２に示
すようなもの）および実験において発現が無かったか（Ａ）または有ったか（Ｐ
）の表示（例えば、縦列１０３４に示すようなもの）を含む。ループ１０１４に
よって包囲されている、ドットに対応する横行（すなわち、プローブセット）が
ウィンドウ１０２０中に強調表示され、これにより、ユーザ１０１が選択された
プローブセットに関する情報を容易に識別し得る。さらに、ウィンドウ１０２０
中の各横行は、プローブセット識別子（例えば、縦列１０３６に示すようなプロ
ーブセット識別子）も含む。

【００４３】例えば、横行１０２１および横行１０２２に対応するプローブセットが強調表
示されて、ウィンドウ１０１０中の横行１０２１および横行１０２２の対応する
ドットが取り囲まれていることが示される。これらの横行に対応する縦列１０３
６中のエントリ（すなわち、「Ｍ１３９０３ａｔ」および「Ｍ１４０９１ａ
ｔ」）はそれぞれ、その各々のプローブセットのプローブセット識別子である。
従って、図１０は、ユーザ１０１がプローブセット識別子を選択することを可能
にする多くの技術を例示したものである。詳細には、ユーザ１０１は、この実施
例において、これらの選択工程を、ウィンドウ１０１０中のドット（この場合、
選択されたプローブセット識別子は、取り囲まれたドットを含む）を取り囲むこ
とおよび／またはウィンドウ１０２０中の横行（この場合、選択されたプローブ
セット識別子は、縦列１０３６中の名称を含む）を選択することにより、行った
。図２に示すプローブセット識別子２２２は、上記のまたは他のプローブセット
識別子を表し、これらの識別子は、アプリケーション（例えば、ユーザ１０１に
より選択をするために用いられるデータ分析プログラム２１０）によって得られ
得る。また、プローブセットに名称を与えるための実施例のデータ分析プログラ
ム２１０において用いられる規約としては、場合によってはプローブセットに対
応する遺伝子のまたはＥＳＴの登録番号の情報が挙げられる。例えば、横行１０
２１中のプローブセット識別名「Ｍ１３９０３ａｔ」は、遺伝子もしくはＥＳ
Ｔの登録番号またはその横行に対応するプローブセットに対応する遺伝子もしく
はＥＳＴの登録番号はＭ１３９０３であることを示す。他の実施例において、対
応する登録番号は直接的に表示され得る。ユーザ１０１によって選択されるこれ
らの登録番号の提示は、図２中の登録番号１２４によって表される。上述したよ
うに、登録番号はある種類のプローブセット識別子（従って、登録番号１２４は
、プローブセットの識別子２２２のサブセットとしてみなし得る）として機能し
得るが、図２では、例示および説明の便宜上、これらを別個のものとして図示し
ている。

【００４４】他のアプリケーション実行可能部１９９Ａ（例えば、データマイニングツール
２２０）もまた、プローブセット識別子２２２（これは、必要に応じて登録番号
２２４を含む）をユーザ１０１に提供し得る。さらなる実施例としてデータベー
スアプリケーション２３０があり、このようなデータベースアプリケーション２
３０の例示的ＧＵＩを図１１に示す。データベースアプリケーション２３０は、
プローブセット（これは、代表的にはプローブセット識別子（例えば、名称、番
号および／または記号）によって識別される）を対応する遺伝子またはＥＳＴと
関連付けるためのアプリケーションである。データベース２３０の一例としては
、上述したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）から利用可能なＥＡＳＩデータベ
ースアプリケーションがある。図１１の実施例において、ＧＵＩ１１００は、ク
エリウィンドウ１１１０および結果ウィンドウ１１２０を含む。図１１に示され
るように、ユーザ１０１は、公知の技術に従って、特定のプローブアレイ１１１
２およびアレイ１１１２またはアレイ１１１２と関連付けられた任意のプローブ
セットと関連付けられた記述テキストの一部１１１４を選択することによりクエ
リを効果的に生成した。アプリケーション２３０は、自身のデータベースにサー
チ（図示せず）を行い、クエリの結果をウィンドウ１１２０に表示する。データ
ベースの図５に関して以下に説明するように、データベースアプリケーション２
３０およびそれに関連するデータベースの機能はまた、代替的に、ゲノムポータ
ル４００に含まれ、これにより、データベースマネージャ５１２によるローカル
ライブラリデータベース５１６の呼掛け信号によってユーザのクエリが満足され
るようにする。いずれの場合においても、ユーザのクエリの結果は、代表的には
プローブアレイ（例えば、アレイ１１２２）の同定およびクエリを満足するプロ
ーブセット識別子（例えば、識別子１１２４および１１２６）を含む。上記の実
施例の場合のように、識別子１１２４に与えられた名称「ＡＦ０５８７８９ａ
ｔ」は、それが同定するプローブセットに対応する遺伝子またはＥＳＴの登録番
号を示す。ユーザ１０１は、プローブセット識別子（例えば、識別子１１２６に
関して図１１に示すようなプローブセット識別子）を強調表示し得る。ウィンド
ウ１１２０の周知のツリー構造は、識別子１１２６によって識別されるプローブ
セットはアレイ１１２２上に配置されることを示す。識別子１１２６によって識
別されるプローブセットに関連する記述情報もまた強調表示され、ツリー構造の
同じ横行中に識別子１１２６として表示される。

【００４５】ＬＩＭＳアプリケーション２２５が分析アプリケーション実行可能部１９９Ａ
の例示として図２において図示されている。アプリケーション２２５は、データ
分析プログラム２１０によって利用および生成されるファイル（例えば、ファイ
ル２１２〜２１６）ならびにＤＭＴ２２０および他の種類のプローブアレイ分析
アプリケーションによって生成または利用されるファイルまたはデータとを管理
し得る。ＬＩＭＳ２２５は、１つ以上の実験装置によって経時生成された上記お
よび他のデータの記憶、維持、処理および表示を行って、それらの実験装置によ
って得られた結果に関する実験およびレポートの管理および計画を容易にし得る
。ＬＩＭＳ２２５はまた、ライブラリデータベース（図示せず）に基づいて、Ｓ
ＩＦ情報（これを図２中にファイル２１７として示される（これについては後述
する））を提供し得る。アプリケーション２３０に関して上述したように、ファ
イル２１７は、代替的に、またはさらにポータル４００によって記憶および維持
され得る。例えば、ＳＩＦ情報をローカルライブラリデータベース５１６に記憶
され得、データベースマネージャ５１２によって管理され得る。データベースマ
ネージャ５１２は、ＬＩＭＳ（例えば、ＬＩＭＳ２２５）を含むか、または、そ
の機能の一部またはすべてを取り入れることができる。

【００４６】（ユーザのコンピュータ１００）図１に示されたユーザのコンピュータ１００は、プローブアレイアプリケーシ
ョン１９９の機能の一部または全体をサポートし、そして実行するように特別に
設計および構成されたコンピューティングデバイスであり得る。コンピュータ１
００はまた、任意の様々な種類の汎用コンピュータ（例えば、パーソナルコンピ
ュータ、ネットワークサーバ、ワークステーションまたは他の現在開発中のまた
は将来開発されるコンピュータプラットフォーム）であってもよい。コンピュー
タ１００は代表的には、公知のコンポーネント（例えば、プロセッサ１０５、オ
ペレーティングシステム１１０、グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ
）コントローラ１１５、システムメモリ１２０、メモリ記憶デバイス１２５、お
よび入力−出力コントローラ１３０）を含む。関連分野の当業者であれば、コン
ピュータ１００のコンポーネントの構成には多くの可能なバリエーションがあり
、代表的にコンピュータ１００に含まれ得るいくつかのコンポーネント（例えば
、キャッシュメモリ、データバックアップユニットおよび他の多くのデバイス）
は図示されていないことを理解する。プロセッサ１０５は、市販のプロセッサ（
例えば、ＩｎｔｅｌＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ製のＰｅｎｔｉｕｍ（登録商標）
プロセッサ、ＳｕｎＭｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ製のＳＰＡＲＣ（登録商標）プ
ロセッサ）でもよいし、現在または将来利用可能な他のプロセッサの１つであっ
てもよい。プロセッサ１０５は、オペレーティングシステム１１０を実行する。
オペレーティングシステム１１０は、例えば、ＭｉｃｒｏｓｏｆｔＣｏｒｐｏ
ｒａｔｉｏｎから利用可能なＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）タイプのオペレーティ
ングシステム（例えば、ＳＰ６ａ付きのＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）ＮＴ（登録
商標）４．０）；多くのベンダーから利用可能なＵｎｉｘ（登録商標）タイプの
オペレーティングシステムまたはＬｉｎｕｘタイプのオペレーティングシステム
；別のもしくは将来のオペレーティングシステム；またはこれらの組み合わせ）
であればよい。オペレーティングシステム１１０は、ファームウェアおよびハー
ドウェアと周知の様式でインターフェースをとり、様々なプログラミング言語に
よって書かれ得る様々なコンピュータプログラムの機能をプロセッサ１０５が統
合および実行するのを容易にする。オペレーティングシステム１１０は代表的に
は、プロセッサ１０５と連動して、コンピュータ１００の他のコンポーネントの
機能を統合および実行する。オペレーティングシステム１１０はまた、スケジュ
ーリング、入力−出力制御、ファイルおよびデータ管理、メモリ管理および通信
制御ならびに関連するサービスをすべて公知の技術に従って行う。

【００４７】システムメモリ１２０は、任意の様々な公知のまたは将来のメモリ記憶デバイ
スであり得る。例としては、任意の一般的に利用可能なランダムアクセスメモリ
（ＲＡＭ）、磁気媒体（例えば、レジデント（ｒｅｓｉｄｅｎｔ）ハードディス
クもしくはテープ）、光学媒体（例えば、読出しコンパクトディスクおよび書込
みコンパクトディスク）または他のメモリ記憶デバイスが挙げられる。メモリ記
憶デバイス１２５は、様々な公知のまたは将来のデバイス（コンパクトディスク
ドライブ、テープドライブ、リムーバブルハードディスクドライブ、またはディ
スケットドライブを含む）のうち任意のものであり得る。このような種類のメモ
リ記憶デバイス１２５は、代表的にはプログラム記憶媒体（図示せず）における
読出しおよび／または書き込みを行い得る（例えば、それぞれにおいて、コンパ
クトディスク、磁気テープ、リムーバブルハードディスクまたはフロッピー（登
録商標）ディスケット）。任意のこれらのプログラム記憶媒体もしくは現在用い
られている他のプログラム記憶媒体または将来開発されるプログラム記憶媒体は
、コンピュータプログラムプロダクトとしてみなし得る。理解されるように、こ
れらのプログラム記憶媒体は代表的には、コンピュータソフトウェアプログラム
および／またはデータを記憶する。コンピュータソフトウェアプログラム（コン
ピュータ制御論理（ｃｏｍｐｕｔｅｒｃｏｎｔｒｏｌｌｏｇｉｃ）とも呼ば
れる）は、代表的には、システムメモリ１２０および／またはメモリ記憶デバイ
ス１２５と共に用いられるプログラム記憶デバイスに記憶される。

【００４８】いくつかの実施形態において、制御論理（プログラムコードを含むコンピュー
タソフトウェアプログラム）が内部に記憶されているコンピュータによって用い
ることが可能な媒体を含むコンピュータプログラムプロダクトが記載される。こ
の制御論理は、プロセッサ１０５によって実行されると、本明細書中に記載され
た機能をプロセッサ１０５に行わせる。他の実施形態において、いくつかの機能
は、例えばハードウェアステートマシン（ｈａｒｗａｒｅｓｔａｔｅｍａｃ
ｈｉｎｅ）を用いたハードウェアにおいて主にインプリメントされる。本明細書
中に記載された機能を行うためのハードウェアステートマシンのインプリメンテ
ーションは関連分野の当業者にとって明らかである。

【００４９】入力−出力コントローラ１３０は、ユーザからの情報の受信および処理を行う
様々な公知のデバイスのうち任意のものを含み得、人間またはマシンであっても
よいし、ローカル方式またはリモート方式であってもよい。このようなデバイス
としては、例えば、モデムカード、ネットワークインターフェースカード、サウ
ンドカード、または様々な公知の入力デバイス１０２のうち任意のもののための
他の種類のコントローラが挙げられる。入力出力コントローラ１３０の出力コン
トローラとしては、情報をユーザに提示する様々な公知の表示デバイス１８０用
のうち任意のもののためのコントローラがあり、このようなコントローラは、人
間またはマシンであってもよいし、ローカル方式またはリモート方式であっても
よい。表示デバイス１８０の１つが視覚情報を提供する場合、この情報は、代表
的にはピクチャエレメント（場合によってはピクセルとも呼ばれる）のアレイと
して論理的かつ／または物理的に組織化され得る。グラフィカルユーザインター
フェース（ＧＵＩ）コントローラ１１５は、コンピュータ１００とユーザ１０１
との間にグラフィカル入力インターフェースおよびグラフィカル出力インターフ
ェースを提供し、ユーザ入力を処理する様々な公知のまたは将来のソフトウェア
プログラムのうち任意のものを含み得る。図示した実施形態において、コンピュ
ータ１００の機能要素は、システムバス１０４を介して相互に通信する。これら
の通信の一部は、ネットワークまたは他の種類のリモート通信を用いた別の実施
形態において達成され得る。

【００５０】関連分野の当業者にとって明らかなように、アプリケーション１９９をソフト
ウェアとしてインプリメントした場合、そのアプリケーション１９９は、システ
ムメモリ１２０および／またはメモリ記憶デバイス１２５に入力デバイス１０２
の１つを通じてロードされ得る。アプリケーション１９９の全体または部分は、
読出し専用メモリまたはメモリ記憶デバイス１２５類似のデバイスに常駐し得、
このようなデバイスは、はじめにアプリケーション１９９を入力デバイス１０２
を介してロードすることを必要としない。関連分野の当業者であれば、アプリケ
ーション１９９またはその一部がプロセッサ１０５により公知の様式でシステム
メモリ１２０もしくはキャッシュメモリ（図示せず）またはその両方にロードさ
れ得、これが実行に対して有利であることを理解する。

【００５１】（ゲノムデータ入手のための従来の技術）インターネットを介してゲノムデータを入手するための多くの従来のアプロー
チが利用可能であり、そのようなアプローチのうちいくつかについての記載が、
上記にて援用した、ＯｕｅｌｅｔｔｅａｎｄＢｚｅｖａｎｉｓによって編集
された本中にある。図３は、簡略化な実施例を表す機能ブロック図である。図３
に示されるように、ユーザ１０１は、複数の公的供給源または他の供給源のうち
任意の供給源に照会して、登録番号２２４’を入手し得る。マニュアル操作３１
２によって示されるように、ユーザ１０１は、任意のウェブブラウザを通じて、
ＮａｔｉｏｎａｌＬｉｂｒａｒｙｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅａｎｄｔｈｅ
ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈのＮａｔｉｏ
ｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａ
ｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）（２００１年１月現在、インターネットＵＲＬは以下の
通り：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．．ｎｌｍ．ｎｉｈ．．ｇｏｖ／）のイ
ンターネットウェブサイトにアクセスすることによりリクエスト３１２を開始す
る。詳細には、ユーザ１０１は、Ｅｎｔｒｅｚｓｅａｒｃｈａｎｄｒｅｔ
ｒｉｅｖａｌｓｙｓｔｅｍにアクセスして、ここで、ＮＣＢＩにある様々なデ
ータベースからの情報を得ることができる。これらのデータベースは、ヌクレオ
チド配列、タンパク質配列、高分子構造、ゲノム全体、およびそれらに関連する
刊行物データに関する情報を提供する。ユーザ１０１がこのような様式でＮＣＢ
ＩＥｎｔｒｅｚヌクレオチドデータベース３１４にアクセスし、遺伝子配列ま
たはＥＳＴ配列３１６を含む情報を受信する場合を例示的に仮定する。特に、登
録番号２２４’が多数の（例えば、１００個の）目的のＥＳＴまたは遺伝子を表
す場合（このような事態は、プローブアレイ実験の分析が終了した後に頻繁に発
生するケースである）。その場合、ここまで述べてきたタスクを行うのにはかな
りの時間（おそらくは数時間）を要する。

【００５２】ユーザ１０１は代表的には、配列３１６から配列情報をコピーし、この情報を
ＨＴＭＬ文書に貼り付ける。このＨＴＭＬ文書は、ＮＣＢＩのＢＬＡＳＴウェブ
ページ３２４（２００１年１月現在、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ
．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／にてアクセス可能）を通じてアクセスし得る。
多くの配列が含まれる場合、この操作は時間がかかり、単調なものとなり得、ユ
ーザによって開始される図３のバッチＢＬＡＳＴリクエスト３２２によって示さ
れる。ＢＬＡＳＴは、ＢａｓｉｃＬｏｃａｌＡｌｉｇｎｍｅｎｔＳｅａｒ
ｃｈＴｏｏｌの頭文字をとって作られた言葉であり、当該分野において周知の
ように、類似性サーチプログラムからなる。これらの類似性サーチプログラムは
、ヒューリスティックなアルゴリズムを用いてタンパク質およびＤＮＡの両方に
対する配列データベースをサーチしてローカルアライメントを見つけ出すもので
ある。例えば、ユーザ１０１は、「ｂｌａｓｔｎ」を用いてヌクレオチド配列デ
ータベースのＢＬＡＳＴサーチを実施し得る。このバッチＢＬＡＳＴサーチの結
果は、類似するヌクレオチドおよび／またはタンパク質の配列データ３２６によ
って表され、この結果をユーザ１０１が利用できる時間は限定され得る。その後
、ユーザ１０１は、比較および評価３３２を開始し得る。この比較および評価３
３２の工程は、マニュアルで行ってもよいし、または、様々なソフトウェアツー
ルを用いて行ってもよい。その後、ユーザ１０１は、レポート３３４を発行し得
る。このレポート３３４は、サーチ結果を分析した結果と、その後の実験に関す
る仮定的戦略および用件とを示すものである（ユーザ１０１からゲノムポータル４００への入力）図４は、ユーザ１０１とゲノムウェブポータル４００との間の接続が得られる
例示的コンフィギュレーションを示す機能ブロック図である。図４は簡略化され
ておりまた例示として示したものに過ぎず、図４に示すネットワークとインター
ネットとの間の接続には、他にも多くのインプリメンテーションおよび改変例が
関連分野の当業者にとって自明であることが理解される。

【００５３】ユーザ１０１は、ユーザのコンピュータ１００と、上述したような分析アプリ
ケーション１９９（ファイル２１２〜２１７の一部または全体の生成および／ま
たはアクセスを含む）とを用いる。図４に示されるように、この実施例において
、ファイル２１２〜２１７をユーザデータベースサーバ４１２上で保持する。こ
のユーザデータベースサーバ４１２には、ユーザのコンピュータ１００がネット
ワークケーブル４８０を解して連結されている。コンピュータ１００’、１００
’’およびローカルネットワークまたはワイドエリアネットワーク（例えば、イ
ントラネット、インターネットまたは他の任意のネットワーク）内にいる他のユ
ーザのコンピュータをケーブル４８０を介してサーバ４１２に連結させることも
可能である。ケーブル４００は任意の種類のネットワーク接続のうち代表的なも
のに過ぎず、他にもケーブル、送信器、中継局、ネットワークサーバ、および他
の多くのコンポーネントなどの図示はしていないが関連分野の当業者にとっては
自明であるものを用い得ることが理解される。ユーザ１０１は、ユーザのコンピ
ュータ１００を介して、ユーザ側のインターネットクライアント４１０によって
動作させられているウェブブラウザを動作させ、インターネット４９９を介して
ポータル４００と通信し得る。ポータル４００も、他のユーザおよび／またはユ
ーザのネットワーク（例えば、インターネットクライアント４１０’および４１
０’’によって示すような他のユーザおよび／またはユーザのネットワーク）と
インターネット４９９を介して同様に通信し得る。

【００５４】上述したように、ユーザ１０１からポータル４００へと提供される情報は代表
的には、１つ以上の「プローブセット識別子」を含む。これらのプローブセット
識別子をユーザ１０１が認識するのは、プローブアレイに実験が行われたときで
ある場合が多い。例えば、ユーザ１０１は、プローブセット識別子のうち、特定
の目的となる対応する遺伝子またはＥＳＴからｍＲＮＡ転写物の発現を検出する
ことを可能にするマイクロアレイプローブセットをプローブセット識別子を識別
するものを選択し得る。関連分野の当業者にとって周知であるように、ＥＳＴは
遺伝子配列のフラグメントであり、完全に特徴付けることは不可能であるのに対
し、遺伝子配列は完全に特徴付けることが可能である場合が多い。本明細書中に
おいて「遺伝子」という単語が用いられる場合、それは、公知の配列のフルサイ
ズの遺伝子およびコンピュータを用いて予測された遺伝子の両方を指すものとし
て一般的に用いられる。いくつかのインプリメンテーションにおいて、アレイに
よって検出された特定の配列のうちこのような遺伝子またはＥＳＴを表す配列を
「配列情報フラグメント（ＳＩＦ’）」と呼び、このような配列を「ＳＩＦファ
イル」（例えば、ＬＩＭＳ２２５の動作について上述したようなＳＩＦファイル
）中に記録し得る。特定のインプリメンテーションにおいて、ＳＩＦは、コンセ
ンサス配列（ｃｏｎｓｅｎｓｕｓｓｅｑｕｅｎｃｅ）の一部であり、所与の遺
伝子またはＥＳＴからのｍＲＮＡ転写物を最良に表すものとみなされている。コ
ンセンサス配列は、ＥＳＴを比較およびクラスター化することによって得ること
ができ、ＥＳＴとゲノム配列情報とを比較することによっても得ることができる
。ＳＩＦは、アレイ上のプローブと設計が合わされたコンセンサス配列の一部で
ある。ウェブポータル４００の動作については、いくつかのマイクロアレイプロ
ーブセットを、ＥＳＴの配列に基づいて遺伝子発現を検出するように設計し得る
と仮定する。

【００５５】上記にて述べたように、「プローブセット」という用語は主に、マイクロアレ
イ上のプローブのアレイからの１つ以上のプローブを指す。例えば、プローブを
基板上で合成させるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）社のＧｅｎｅＣｈｉｐ（
登録商標）プローブアレイにおいて、１つのプローブセットは、３０個または４
０個のプローブからなり得、そのうち半分はコントロールである場合が多い。こ
れらのプローブは、ひとまとめとしてまたはその一部またはすべての様々な組み
合わせとして、遺伝子またはＥＳＴの発現を示すものとみなされる。スポットプ
ローブアレイにおいて、１つ以上のスポットによって同様に「プローブセット」
を構成してもよい。

【００５６】本明細書中、「プローブセット識別子」という用語を、多数の種類の上記のよ
うな識別子が可能であり、この用語の意味の範囲内に収まるものとして意図され
るものとして広義に用いる。ある種類のプローブセット識別子は、名称、数また
はプローブセットを識別する目的のために割り当てられた他の記号である。この
名称、数または記号をプローブセットに任意に割り当てる工程は、例えばプロー
ブアレイの製造者によって行い得る。ユーザは、この種のプローブセット識別子
を選択する工程を、例えば、名称を強調表示またはタイプ入力することにより、
行うことができる。本明細書中意図されている別の種類のプローブセット識別子
として、プローブセットをグラフィカルに表現したものがある。例えば、スキャ
ッタープロットまたは他の図の上にドットを表示することができ、その場合、各
ドットは１つのプローブセットを表す。代表的には、プロット上のドットの配置
構成により、１つ以上の実験においてハイブリダイズし、タグ付けされた標的（
これについては以下により詳細に説明する）からの信号の強度を表す。これらの
場合において、ユーザは、プローブセット識別子を選択する工程を、クリックす
るか、ループを描くか、または別の場合にドットのうち１つ以上を選択すること
により、行うことができる。このような選択工程の実施例について、データ分析
プログラム２１０の操作と関連付けて上記にて説明しており、より詳細には、ユ
ーザ１０１がスキャッタープロット上のドット周囲にループ１０１４を描く工程
および／または強調表示された横行１０２１または１０２２と関連付けられた名
称もしくは登録番号を選択する工程について、上記にて説明している。プローブ
セットと登録番号および他のゲノム情報とを相関付けるデータベース中の横行１
１２６をユーザ１０１が選択する工程についての他の実施例も上記にて説明して
いる。

【００５７】さらに別の種類のプローブセット識別子が本明細書中にて用いられる用語とし
て用いられる場合、そのプローブセット識別子はヌクレオチド配列を含む。例え
ば、特定のＳＩＦが５００個の塩基からなる特有の配列であり、ＥＳＴ情報およ
び／またはゲノム配列情報から少しずつ採取されたコンセンサス配列または例示
的配列の一部であると例示的に仮定する。さらに、１つ以上のプローブセットが
ＳＩＦを表すように設計されていると仮定する。これにより、ユーザが５００個
の塩基の配列の全体または部分を指定した場合、そのユーザが対応するプローブ
セットのすべてまたは一部を指定した者としてみなすことができる。さらなる実
施例として、ユーザは、そのＳＩＦに対して特有であり得る５００個の塩基の配
列の一部を指定することができ、または別のＳＩＦ、ＥＳＴ、クラスター、コン
センサス配列および／または遺伝子を識別し得る。その場合、ユーザは、１つ以
上の遺伝子またはＥＳＴのプローブセット識別子を指定している。別の改変例に
おいて、特定のＳＩＦが特定のコンセンサス配列の一部であると例示的に仮定す
る。ユーザが指定したコンセンサス配列の一部は、ＳＩＦに含まれておらず、か
つ、コンセンサス配列または当該コンセンサス配列によって表そうとしている遺
伝子もしくはＥＳＴに対して特有であるとさらに仮定する。この場合、ユーザに
よって指定された配列は、ＳＩＦに対応するプローブセットを識別するプローブ
セット識別子であり、この条件は、このユーザによって指定された配列がＳＩＦ
に含まれていなくても当てはまる。当業者に理解されるように、ユーザが指定し
たＥＳＴの部分配列および遺伝子またはＥＳＴについて、上記の場合が同時にあ
てはまる。

【００５８】プローブセット識別子のさらなる実施例として、遺伝子またはＥＳＴの登録番
号がある。遺伝子登録番号およびＥＳＴ登録番号は公開されており、誰でも利用
できる。そのため、登録番号またはプローブセットに対応する１つ以上のＥＳＴ
および／または遺伝子の数により、プローブセットを識別し得る。プローブセッ
トとＥＳＴまたは遺伝子との間の対応関係は、適切なデータベース（例えば、デ
ータベースアプリケーション２３０またはローカルライブラリデータベース５１
６によってアクセスされるデータベース）において維持することが可能であり、
このようなデータベースから、プローブセットとＥＳＴまたは遺伝子との間の対
応関係をユーザに与えることができる。同様に、遺伝子フラグメントまたはＥＳ
Ｔ以外の配列を、（例えば、適切なデータベースを参照することにより）対応す
る遺伝子またはＥＳＴにマッピングすることも可能であり、その目的は、遺伝子
フラグメントまたはＥＳＴ以外の配列の公的に利用可能な登録番号をプローブセ
ット識別子として用いるためである。例えば、ユーザは、ＥＳＴ−１およびＥＳ
Ｔ−２から得られた特定のＳＩＦに関連するプロダクトまたはゲノム情報に興味
を持ち得る。このユーザに、当該ＳＩＦ（またはＳＩＦの配列の一部もしくはす
べて）とＥＳＴ−１もしくはＥＳＴ２またはこれらの両方との対応関係を提供し
得る。ＳＩＦに関連するプロダクトもしくはゲノムデータまたはその部分的配列
を入手する際、ユーザは、ＥＳＴ−１、ＥＳＴ−２またはそれら両方の登録番号
を選択し得る。

【００５９】（ゲノムウェブポータル４００）ゲノムウェブポータル４００は、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデ
ータをユーザ１０１に提供する。各遺伝子またはＥＳＴは少なくとも１つの対応
するプローブセットを有し、これは、プローブセット識別子（これは、上述した
ように、例示的かつ非限定的例として、数、名称、登録番号、記号、グラフィカ
ル表現（例えば、ドットまたは強調表示された表形式のエントリ）またはヌクレ
オチド配列であり得る）によって識別される。対応するプローブセットは、自身
に対応する遺伝子の発現の検出を可能にし得る。ユーザが１つ以上のプローブセ
ット識別子を選択するのに応答して、ポータル４００は、ゲノム情報および／ま
たは生物学的プロダクトに関する情報をユーザ１０１に提供する。この情報は、
ユーザ１０１が実験結果を分析し、後続実験を設計または実施する際に有用とな
ることがある。

【００６０】図５は、ポータル４００の多くの可能な実施形態のうちの１つの機能ブロック
図である。この実施例において、ポータル４００には複数のハードウェアコンポ
ーネントがあり、これらのハードウェアコンポーネントは、３つのコンピュータ
プラットフォーム（すなわち、データベースサーバ５１０、インターネットサー
バ５３０およびアプリケーションサーバ５２０）を含む。ポータル４００の様々
な機能要素（例えば、データベースマネージャ５１２、入力マネージャおよび出
力マネージャ５３２および５３４、ならびにユーザ−サービスマネージャ５２２
）が、自身の動作をこれらのコンピュータプラットフォーム上で実行する。すな
わち、代表的なインプリメンテーションにおいて、マネージャ５１２、５３２、
５３４および５２２の機能を、サーバ５１０、５３０および５２０によって表さ
れるコンピュータプラットフォーム上のまたはそれにわたって存在するソフトウ
ェアアプリケーションを実行することによって実施する。ポータル４００につい
て、まずそのコンピュータプラットフォームを参照しながら説明し、その後、そ
の機能要素を参照しながら説明する。

【００６１】サーバ５１０、５２０および５３０はそれぞれ、任意の種類の公知のコンピュ
ータプラットフォームであってよいし、または将来開発されるある種類のもので
あってもよいが、これらのサーバは、あるクラスのコンピュータ（これは、サー
バと総称されることが多い）からなる場合が多い。しかし、これらのサーバは、
メインフレームコンピュータ、ワークステーションまたは他の種類のコンピュー
タであってもよい。これらのサーバは、任意の公知のケーブル配線もしくは将来
の種類のケーブル配線または他の通信システムを介して接続することが可能であ
り、ネットワーク化または他の様式での接続が可能である。これらのサーバ５１
０、５２０および５３０は、同じ場所に配置してもよいし、または物理的に別個
に配置してもよい。上記のコンピュータプラットフォームのうち任意のものの上
で、（おそらくは種類および／または選択されたコンピュータプラットフォーム
の構造に応じて）様々なオペレーティングシステムを用いることが可能である。
適切なオペレーティングシステムとしては、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）ＮＴ
（登録商標）、ＳｕｎＳｏｌａｒｉｓ、Ｌｉｎｕｘ、ＯＳ／４００、Ｃｏｍｐ
ａｑＴｒｕ６４Ｕｎｉｘ（登録商標）、ＳＧＩＩＲＩＸ、Ｓｉｅｍｅｎｓ
ＲｅｌｉａｎｔＵｎｉｘ（登録商標）などがある。

【００６２】このような様式でポータル４００の機能を複数のコンピュータプラットフォー
ム上で実施することによって得られる利点は多くあり、例えば、配置、データベ
ースの切り換え、もしくは企業アプリケーションへの変更および／またはファイ
ヤウォールの強化を低コストで行うことが可能となる。しかし、他のコンフィギ
ュレーションも可能である。例えば、当業者には周知のように、図５に示す３層
のサーバ側のコンポーネントアーキテクチャではなく、いわゆる２層またはＮ層
アーキテクチャが可能である。この点については、例えば、Ｅ．ＲｏｍａｎのＭ
ａｓｔｅｒｉｎｇＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅＪａｖａＢｅａｎｓ^ＴＭａｎｄ
ｔｈｅＪａｖａ^ＴＭ２Ｐｌａｔｆｏｒｍ（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎ
ｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ，１９９９）と、Ｊ．ＳｃｈｎｅｉｄｅｒおよびＲ．Ａｒｏ
ｎａ、ＵｓｉｎｇＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅＪａｖａ^ＴＭ（ＱｕｅＣｏｒｐｏ
ｒａｔｉｏｎ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、１９９７）とに記載される。この両
文献は、その全体としてあらゆる目的の参考のために本明細書において援用され
る。

【００６３】図５中、インターネット商取引用のサーバ−側のアーキテクチャを用いてイン
プリメントすることが可能な多くのハードウェアおよび関連するソフトウェアコ
ンポーネントまたはファームウェアコンポーネントが図示されていないことが理
解される。データおよびアプリケーション、無停電電源、ＬＡＮスイッチ、ウェ
ブ−サーバルーティングソフトウェアおよび他の多くのコンポーネントを保護す
るための１つ以上のファイヤウォールをインプリメントするためのコンポーネン
トも図示されていない。同様に、サーバクラスのコンピューティングプラットフ
ォームおよび他の種類のコンピュータ中に慣行として設けられている様々なコン
ピュータコンポーネントも図示されていないことが理解される。これらのコンポ
ーネントとしては、例えば、プロセッサ、メモリユニット、入力／出力デバイス
、バスおよびユーザのコンピュータ１０３に関連して上述した他のコンポーネン
トがある。関連分野の当業者であれば、これらのコンポーネントおよび他の従来
のコンポーネントをインプリメントする方法を容易に理解する。

【００６４】ポータル４００の機能要素は、様々なソフトウェアファシリテータおよびプラ
ットフォームに従ってインプリメントすることも可能である（ただし、これは、
ポータル４００の機能の一部またはすべてがハードウェアまたはファームウェア
としてインプリメント可能であることを排除するものではない）。様々な市販の
プロダクトのうち、電子商取引（ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔｅ−ｃｏｍｍｅｒｃ
ｅ）ウェブポータルをインプリメントする際に利用することが可能なものとして
はＢＥＡＳｙｓｔｅｍｓから販売されているＢＥＡＷｅｂＬｏｇｉｃがあり
、これは、いわゆる「ミドルウェア」アプリケーションである。このミドルウェ
アアプリケーションおよび他のミドルウェアアプリケーションは、「アプリケー
ションサーバ」と呼ばれる場合もあり、コンピュータであるアプリケーションサ
ーバ５２０と混同されるべきではない。これらのミドルウェアアプリケーション
の主な機能は、他のソフトウェアコンポーネント（例えば、マネージャ５１２、
５２２または５３２）がリ供給源を共有し、活動を調整することを支援すること
である。これらのミドルウェアアプリケーションの目的としては、ソフトウェア
コンポーネントの書き込み、維持および変更を容易にすることと；データボトル
ネックを回避することと；およびシステム故障を防止または回復することである
。そのため、これらのミドルウェアアプリケーションを用いると、ロード間の均
衡状態の調整、故障からの回復（ｆａｉｌ−ｏｖｅｒ）およびフォールトトレラ
ンスを得ることができる。これらの特徴はすべて、関連分野の当業者であれば理
解できるものである。

【００６５】他の開発プロダクト（例えば、ＳｕｎＭｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．
からのＪａｖａ^ＴＭ２プラットフォーム）をポータル４００に設けて、アプリケ
ーションプログラミングインターフェース（ＡＰＩ）のスイートを得ることがで
きる。とりわけこのようなアプリケーションプログラミングインターフェース（
ＡＰＩ）のスイートを用いると、スケーラブルでかつセキュアなコンポーネント
のインプリメンテーションが向上する。Ｊ２ＥＥ（Ｊａｖａ^ＴＭ２、企業版）と
して公知のプラットフォームが、ＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅＪａｖａＢｅａｎｓ^Ｔ ^Ｍでの用途用に構成されており、これらはどちらともＳｕｎＭｉｃｒｏｓｙｓ
ｔｅｍｓから販売されている。ＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅＪａｖａＢｅａｎｓ^ＴＭは、主に、Ｊａｖａ（登録商標）言語で書かれた分散型（ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅ
ｄ）オブジェクトアプリケーションを用いて、サーバ側のコンポーネントの構築
を容易にする。従って、１つのインプリメンテーションにおいて、ポータル４０
０の機能要素を、Ｊａｖａ（登録商標）で書き、Ｊ２ＥＥおよびＥｎｔｅｒｐｒ
ｉｓｅＪａｖａＢｅａｎｓ^ＴＭを用いてインプリメントし得る。当業者に理解
されるように、様々な他のソフトウェア開発アプローチまたはアーキテクチャを
用いて、ポータル４００の機能要素およびその相互接続をインプリメントするこ
とも可能である。

【００６６】これらのプラットフォームおよびコンポーネントの１つのインプリメンテーシ
ョンを図６に示す。図６は、ユーザ側のインターネットクライアント４１０と、
ポータル側のインターネットサーバ５３０の入力マネージャおよび出力マネージ
ャ５３２および５３４との間の例示的相互作用を簡略化されたグラフィカル表現
として示したものであり、また、ポータル４００の３つの層（サーバ５１０、５
２０および５３０）間の通信も示す。クライアント４１０上のブラウザ６０５は
、サーバ５３０とＨＴＭＬ文書６２０の送受信を行う。ＨＴＭＬ文書６２５は、
アプレット６２７を含む。ユーザのコンピュータ１０３上で動作するブラウザ６
０５により、アプレット６２７用の実行時間コンテナが得られる。サーバ５３０
上のマネージャ５３２および５３４の機能（例えば、ＧＵＩ動作の性能）は、Ｊ
ａｖａ^ＴＭプラットフォームと共に動作するサーブレットおよび／またはＪＳＰ
６４０によってインプリメントし得る。サーバ５３０上で動作するサーブレット
エンジンにより、サーブレット６４０用の実行時間コンテナが得られる。Ｓｕｎ
Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．から販売されているＪＳＰ（Ｊａｖａ
ＳｅｒｖｅｒＰａｇｅ）は、ＧＵＩを動作させるためのスクリプトに類似する
環境であり；その代替としては、ＭｉｃｒｏｓｏｆｔＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
からのＡＳＰ（ＡｃｔｉｖｅＳｅｒｖｅｒＰａｇｅｓ）がある。Ａｐｐサー
バ６５０は、上述したミドルウェアプロダクトであり、アプリケーションサーバ
５２０上で動作する。ＥＪＢ（ＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅＪａｖａＢｅａｎｓ^ＴＭは、アプリケーションコンポーネントであるエンタープライズビーンズ（ｅｎｔ
ｅｒｐｒｉｓｅｂｅａｎｓ）のためのアーキテクチャを規定する規格である。
ＣＯＲＢＡ（ＣｏｍｍｏｎＯｂｊｅｃｔＲｅｑｕｅｓｔＢｒｏｋｅｒＡｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ）も、分散型オブジェクトシステムに関する規格で
あり、すなわち、ＣＯＲＢＡ規格は、ＣＯＲＢＡに適合するプロダクト（例えば
、Ｊａｖａ^ＴＭＩＤＬ）によってインプリメントされる。ＥＪＢに適合するプロ
ダクトとしては、上述したＷｅｂＬｏｇｉｃがある。インターネットポータルお
よびそのクライアントとの通信を行うための規格、プラットフォーム、コンポー
ネントおよび他の要素のインプリメンテーションのさらなる詳細も、関連分野の
当業者にとって周知である。

【００６７】上述したように、ポータル４００の機能要素の１つは、入力マネージャ５３２
である。マネージャ５３２は、セットの（すなわち、１つ以上の）プローブセッ
ト識別子をユーザ１０１からインターネット４９９を介して受信する。マネージ
ャ５３２は、この情報を処理した後、ユーザ−サービスマネージャ５２２に転送
する。これらの機能は、インターネットサーバの動作に共通する公知の技術（こ
れは、同様の文脈において提示サーバとして言及されることも多い）に従って行
われる。ポータル４００の別の機能要素として、出力マネージャ５３４がある。
マネージャ５３４は、やはり公知の技術に従って、ユーザ−サービスマネージャ
５２２によって組み立てられた情報をインターネット４９９を介してユーザ１０
１に提供する。この動作の局面については、図６に関連して上記にて説明した。
マネージャ５２２によって組み立てられた情報を図５中にデータ５２４として表
しており、このデータ５２４は、「ユーザリクエストに応じて統合されたゲノム
および／またはプロダクトウェブページ」と標識付けされている。このデータ統
合は、特に、ユーザ１０１によって指定されたプローブセット識別子に少なくと
も部分的に基づいて行われるため、統合されたデータは、遺伝子および／または
当該識別子に対応するＥＳＴと共通する関係を有する。データ５２４のマネージ
ャ５３４による提示は、様々な公知の技術に従ってインプリメントし得る。いく
つかの例として、データ５２４は、ＨＴＭＬ文書またはＸＭＬ文書、Ｅメールも
しくは他のファイルまたは他の形式のデータを含み得る。このデータはインター
ネットＵＲＬアドレスを含み得るため、ユーザ１０１は、さらなるＨＴＭＬ文書
、ＸＭＬ文書もしくは他の文書またはデータをリモート供給源から検索し得る。

【００６８】ポータル４００は、データベースマネージャ５１２をさらに含む。図示した実
施形態において、データベースマネージャ５１２は、ローカルデータベース５１
１、５１３、５１４、５１６および５１８のいずれかからの／への記憶、維持、
補充，および他のすべてのトランザクションを調整する。マネージャ５１２は、
適切なデータベースアプリケーション（例えば、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）８．
０．５データベース管理システム）と協働しながらこれらの機能を行う。

【００６９】いくつかのインプリメンテーションにおいて、マネージャ５１２は、ローカル
ゲノムデータベース５１８を定期的に更新する。データベース５１８において更
新されるデータとしては、１つ以上のプローブセットに対応する遺伝子またはＥ
ＳＴに関連するデータがある。プローブセットは、任意のマイクロアレイプロダ
クト上での使用の際に用いられるかもしくは設計されたものであり、かつ／また
は、任意の製造者または研究者のマイクロアレイプロダクトにおいて使用される
ことを想定もしくは計算されたものである。例えば、そのようなプローブセット
としては、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標），Ｉｎｃ．から現在利用可能なＧ
ｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアレイのライン上で合成されたプローブセ
ットすべてがあり、具体的には、同社のＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓＧｅｎｏｍｅ
Ａｒｒａｙ、ＣＹＰ４５０Ａｒｒａｙ、ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａＧｅｎｏｍ
ｅＡｒｒａｙ、Ｅ．ｃｏｌｉＧｅｎｏｍｅＡｒｒａｙ、ＧｅｎＦｌｅＸＴ
ｍＴａｇＡｒｒａｙ、ＨＩＶＰＲＴＰｌｕｓＡｒｒａｙ、ＨｕＧｅｎｅ
ＦＬＡｒｒａｙ、ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＵ９５Ｓｅｔ、ＨｕＳＮＰ
ＰｒｏｂｅＡｒｒａｙ、ＭｕｒｉｎｅＧｅｎｏｍｅＵ７４Ｓｅｔ、Ｐ５
３Ｐｒｏｂｅ−Ａｒｒａｙ、ＲａｔＧｅｎｏｍｅＵ３４Ｓｅｔ、Ｒａｔ
ＮｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙＵ３４Ｓｅｔ、ＲａｔＴｏｘｉｃｏｌｏｇｙ
Ｕ３４Ａｒｒａｙ、またはＹｅａｓｔＧｅｎｏｍｅＳ９８Ａｒｒａｙが
ある。ユーザ１０１などに合わせたカスタムアレイ上で合成されたプローブセッ
トを用い得る。しかし、データベース５１８において更新されるデータはこれに
限定されず、任意の数の遺伝子またはＥＳＴに関連し得る。以下、データベース
５１８に記憶することのできるデータの種類について、マネージャ５２２がリモ
ート供給源から（データベース５１８中にローカルで維持されているデータをユ
ーザに提供する）このデータの定期的収集を指示する際のマネージャ５２２の動
作に関連して以下に説明する。

【００７０】データベース５１６は、上記にてデータベースアプリケーション２３０に関連
して述べた種類のデータ（すなわち、プローブセットとこのプローブセットの対
応する遺伝子またはＥＳＴおよびこのプローブセットの識別子とを関連付けるデ
ータ）を含む。データベース５１６はまた、ＳＩＦおよび他のライブラリデータ
も含み得る。ユーザ−サービスマネージャ５２２は、データベースマネージャ５
１２に時折ライブラリおよび他のデータに関する更新情報を提供し得る。場合に
よっては、この更新情報は、個人所有情報の所有者またはマネージャによって提
供されるが、（例えばウェブサイト上で）公開して更新してもよい。

【００７１】マネージャ５１２によってローカルプロダクトデータベース５１４に記憶され
る情報も、同様にベンダー、ディストリビュータもしくはエージェントによって
提供してもよいし、あるいは公的な供給源（例えば、ウェブサイト）から得ても
よい。多岐にわたるプロダクト関連情報をデータベース５１４に入れることがで
き、そのような情報の例としては、利用可能性データ、価格設定データ、組成デ
ータ、適切性データまたは注文データがある。このような情報は、広範囲にわた
るプロダクト（例えば、任意の種類の生物学的デバイスもしくは生物学的物質、
または生物学的デバイスもしくは生物学的物質と共に用いることが可能な任意の
種類の試薬）に関連し得る。その例を数個挙げると、デバイス、物質、または試
薬は、オリゴヌクレオチド、プローブアレイ、クローン、抗体またはタンパク質
であり得る。データベース５１４に記憶されるデータとしては、プロダクトデー
タを入手することが可能な場所であるリモートのサイト（例えば、ベンダーのウ
ェブサイト）に対するリンク（例えば、インターネットＵＲＬアドレス）もある
。

【００７２】データベース５１１は、プローブ配列に対するプローブセット識別子に関する
情報を含む。この情報の提供元としては、プローブの製造者、スポットアレイも
しくは他のカスタムアレイ用のプローブを考案する研究者などがある。さらに、
ポータル４００の用途は、アレイ状に構成されたプローブに限定されない。上述
したように、ビーズ、光ファイバ、または他の基板もしくは媒体上またはその内
部にプローブを固定し得る。そのため、データベース５１１は、これらのプロー
ブの配列に関する情報も含み得る。

【００７３】データベース５１９は、ポータル４００との取引またはポータル４００を通じ
た取引を行うためのユーザおよびユーザのアカウントに関する情報を含む。関連
分野の当業者にとって全て明らかであるように、任意の様々なアカウント情報（
例えば、現在の注文状況、過去の注文など）をユーザから得ることが可能である
。また、電子商取引において用いられる公知の技術に従ったユーザとポータル４
００との間の対話を記録および／または分析することにより、ユーザに関連する
情報を分析することも可能である。例えば、ユーザ−サービスマネージャ５２２
は、（ユーザが興味を持っているゲノムの領域、そのユーザの購入活動またはプ
ロダクト問い合わせ活動、そのユーザが様々なサービスにアクセスする頻度など
）を注意して見て、この情報をデータベースマネージャ５１２に提供して、デー
タベース５１９に記憶またはデータベース５１９において更新し得る。

【００７４】ポータル４００の別の機能要素として、ユーザ−サービスマネージャ５２２が
ある。マネージャ５２２は、データベースマネージャ５１２に様々な供給源（例
えば、リモートデータベース４０２）からローカルゲノムデータベース５１８を
定期的に更新させ得る。例えば、任意の時系列スケジュール（例えば、日単位、
週単位など）に従って、マネージャ５２２は、公知の技術に従ってリモートデー
タベース４０２のサーチを開始し、この工程を、様々なデータベース４０２のＵ
ＲＬにアドレス指定された適切なクエリを定式化するか、またはデータサーチの
実施および／またはインターネットを介したデータもしくは文書の検索を実施す
るための他の従来の技術により、行う。これらのサーチクエリおよび対応するア
ドレスは、データベース４０２への提示対象として公知の方法で出力マネージャ
５３４に提供され得る。入力マネージャ５３２は、これらのクエリに対する返答
を受信し、これらの返答をマネージャ５２２に提供する。その後、マネージャ５
２２は、これらの返答をデータベース５１８の更新のため、データベースマネー
ジャ５１２に提供する。上記の工程は全て、インターネットサイトへの／からの
／内部の情報の流れを管理するための様々な公知の技術のうち任意のものに従っ
て行われる。

【００７５】ポータルアプリケーションマネージャ５２６は、ポータル４００の管理的局面
を管理し、この管理工程は、おそらくはミドルウェアプロダクト（例えば、アプ
リケーションサーバプロダクト）の支援を得て行われる。これらの管理タスクの
１つとして、マネージャ５２２に対して定期的に命令を発行して、先ほど述べた
データベース５１８の定期的更新を開始させるタスクがあり得る。あるいは、マ
ネージャ５２２は、このタスクを自ら開始してもよい。データベース５１８中の
全データの更新を同一の定期的スケジュールに従って行う必要は無く、それより
も、異なる種類のデータおよび／または異なる供給源からのデータを異なるスケ
ジュールに従って更新し得る。さらに、これらのスケジュールは変更され得、一
貫したスケジュールに従う必要はない。すなわち、特定のデータの更新を１日後
に行い、その後２日後に行い、さらにその後、変更し続け得る異なる間隔で行っ
てもよい。マネージャ５２６またはマネージャ５２２がこれらの間隔の維持また
は変更を決定する際には膨大な要素が影響を与える可能性があり、そのような要
素の例としては、様々なリモートデータベース４０２からの応答、リモートデー
タベース中の情報の価値および／もしくは時宜性（ｔｉｍｅｌｉｎｅｓｓ）、デ
ータベースのアクセスもしくはライセンシングに関連するコストに考慮すべき事
柄、アクセスしなければならない情報の量が挙げられる。

【００７６】いくつかのインプリメンテーションにおいて、マネージャ５２２は、ローカル
ゲノムデータベース５１８中のデータから、ユーザ１０１が選択したプローブセ
ットの識別子のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連する一連のデータを
構築する。このユーザによる選択は、入力マネージャ５３２によって公知の技術
に従ってマネージャ５２２に転送し得る。マネージャ５２２も、このユーザによ
る選択に基づいて公知の技術に従って適切なクエリ（例えば、一種のＳＱＬ言語
で書かれたクエリ）を形成することにより、データベース５１８からのデータを
入手する。その後、マネージャ５２２は、データベース５１８に対する実行のた
めにこれらのクエリをデータベースマネージャ５１２に転送する。

【００７７】上述したように、リモートデータベース４０２から様々な種類のデータにアク
セスし得、上記のような方法で様々な種類のデータをローカルゲノムデータベー
ス５１８に保持し得る。そのようなデータの例としては、配列データ、エキソン
の構造または位置に関するデータ、スプライス改変体のデータ、マーカの構造ま
たは位置に関するデータ、多型性データ、相同性データ、タンパク質ファミリの
分類データ、経路データ、代替遺伝子命名データ（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ−ｇ
ｅｎｅｎａｍｉｎｇｄａｔａ）、文献詳説データおよび注釈データが挙げら
れる。他の多くの例が可能である。また、現在は利用できないが将来利用するこ
とが可能となるゲノムデータにアクセスし、本明細書中にて説明したようにロー
カルに維持し得る。本明細書中にて説明したような様式でのアクセスを行うのに
現時点で適切なリモートデータベース４０２の例としては、ＧｅｎＢａｎｋ、Ｇ
ｅｎＢａｎｋＮｅｗ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＤＢＥＳＴ、
Ｕｎｉｇｅｎｅ、ＰＩＲ、Ｐｒｏｓｉｔｅ、ＰＦＡＭ、Ｐｒｏｄｏｍ、Ｂｌｏｃ
ｋｓ、ＰＤＢ、ＰＤＢｆｉｎｄｅｒ、ＥＣＥｎｚｙｍｅ、ＫｅｇｇＰａｔｈ
ｗａｙ、ＫｅｇｇＬｉｇａｎｄ、ＯＭＩＭ、ＯＭＩＭＭａｐ、ＯＭＩＭＡ
ｌｌｅｌｅ、ＤＢＳＮＰおよびＰｕｂＭｅｄが挙げられる。現時点において適
切なデータベースは他にも何百とあるため、上記に挙げたものは例示に過ぎない
。

【００７８】さらに、データベースマネージャ５１２によってサービスを受けるローカルデ
ータベースのうち他のデータベースから（ユーザ−サービスマネージャ５２２が
）取得または推定したデータをローカルゲノムデータベース５１８に補充し得る
。詳細には、説明の便宜上、ローカルプロダクトデータベース５１４をデータベ
ース５１８と別個のものとして図示しているが、これらは同一のデータベースで
あり得る。あるいは、データベース５１４中のデータ全てまたはその一部を、デ
ータベース５１８において重複させてもよいし、またはデータベース５１８から
アクセス可能にしてもよい。

【００７９】ゲノム情報ならびにプロダクト情報および／または注文情報に関するユーザ１
０１からのリクエストをユーザ−サービスマネージャ５２２が受信して応答する
方法についてのより詳細な実施例がここに提供される。これらの実施例について
は、図７、図８および図９に関連して説明する。

【００８０】図７は、図示のポータル４００の実施形態がゲノム情報またはプロダクト情報
に関するユーザのリクエストに応答し得る際に用いられる例示的方法を表現する
フローチャートである。この実施例の工程７１０によれば、入力マネージャ５３
２は、そのリクエストをクライアント４１０からインターネット４９９を介して
ユーザ１０１のデータに関するリクエストを受信する。このリクエストは、例え
ば、ユーザ１０１が選択した特定のプローブセット識別子を含むＨＴＭＬ文書ま
たはＸＭＬ文書を含み得る。上述したように、これらのプローブセット識別子は
、数、名称、登録番号、記号、図による提示物またはヌクレオチドもしくは他の
配列であり得、これらの例は非限定的な例である。場合によっては、ユーザ１０
１は、上記選択工程を行う際、（例えば、上述したようにドット周囲にループを
描くことによって）プローブセット識別子を選択するための分析アプリケーショ
ン１９９Ａのうち１つ以上を用い、その後、様々な公知の技術（例えば、マウス
を右クリックするなど）のうち任意のものを用いてポータル４００との通信を活
性化させることにより、上記選択工程を行い得る。このリクエストはまた、様々
な公知の技術のうち任意のものに従って、ユーザ１０１のゲノムデータおよび／
またはプロダクトデータへの興味の有無ならびに所望の種類のデータに関する詳
細を指定され得る。例えば、ユーザ１０１は、プロダクトのカテゴリ、ベンダー
またはプロダクトの名称などをプルダウンメニューから選択し得る。マネージャ
５３２は、上記のようにして、ユーザ１０１のリクエストをユーザ−サービスマ
ネージャ５２２に提供する。

【００８１】工程７２０によれば、ユーザ−サービスマネージャ５２２は、ユーザ１０１の
識別を開始する。図８は、マネージャ５２２の機能要素をより詳細に示したブロ
ック図であり、アカウントＩＤ決定子８２２が設けられている。このアカウント
ＩＤ決定子８２２は、この例示的インプリメンテーションにおいて、ユーザ１０
１を識別するタスクを行う。決定子８２２は、この情報を入手するための様々な
公知の技術（例えば、クッキーの使用またはユーザが入力したＩＤ番号のユーザ
リクエストからの抽出）のうち任意のものを用いることができる。決定子８１０
は、データベースマネージャ５１２を通じて、ユーザのＩＤとユーザアカウント
データベース５１９中のエントリとを比較して、ユーザ１０１をさらに識別し得
る。他のインプリメンテーションにおいて、ユーザ１０１の身元を入手する必要
はないが、ユーザ１０１のリクエストに関する統計または情報を上記のように記
録し得る。

【００８２】工程７２５によれば、ユーザ−サービスマネージャ５２２は、プローブセット
識別子と対応する遺伝子またはＥＳＴを相関付けるために、適切なクエリを定式
化（例えば、あるバージョンのＳＱＬ言語を用いて）する。遺伝子またはＥＳＴ
の決定子８２０は、このタスクを例示的に実行するマネージャ５２２の機能要素
である。決定子８２０は、このクエリをデータベースマネージャ５１２に転送す
る。ユーザ１０１によって提供されたプローブセット識別子が配列情報を含む場
合、クエリは、データベース５１１および／またはデータベース５１６中のＳＩ
Ｆ情報から、対応する（例えば、生物学的重要性の点において類似する）配列を
有する１つ以上のプローブセットの身元を探し得る。プローブセット識別子が名
称または番号（例えば、登録番号）を含む場合、クエリは、（上述したような名
称、番号および他のプローブセット識別子と対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
付けるデータを含む）データベース５１６から、プローブセットの身元を探し得
る。ユーザ１０１はまた、データベースアプリケーション２３０をローカルに用
いてこの情報を入手し、その情報を公知の技術に従って情報リクエスト中に含み
得る。この場合、工程７２５は実施される必要はない。

【００８３】工程７３０に示されるように、その後、ユーザ−サービスマネージャ５２２は
、示された遺伝子および／またはＥＳＴと、ゲノム情報および／またはプロダク
ト情報とを相関付け得る。図示の実施例において、このタスクの履行は、相関器
８３０によって行われる。多くの可能なインプリメンテーションの１つにおいて
、相関器８３０は、ローカルプロダクトデータベース５１４および／またはロー
カルゲノムデータベース５１８中の適切な情報へのリンクを得るためにクエリ定
式化をデータベースマネージャ５１２を介してデータベース５１３に行う。図９
は、データベース５１３を簡略化した図による表現物である。関連分野の当業者
であれば、この表現は説明を明確にする目的のために設けたものであり、他にも
多くのインプリメンテーションが可能であることを理解する。データベース５１
３（例示目的のため、このデータベース５１３をリレーショナルデータベースで
あると仮定する）への適切なクエリの一局面において、遺伝子またはＥＳＴの登
録番号９０２を、プローブセットＩＤ９１２に対するリンク９０４と関連付ける
。図９においてＩＤ９０２Ａおよび９０２Ｂの両方と同一のリンク９０４Ｎとを
関連付けにより示されるように、複数の遺伝子および／またはＥＳＴを同一のプ
ローブセットＩＤと関連付け得る。これらの関連付けを確立する際に用いられる
情報は、上述したようなデータベース５１６中に設けられる情報と類似しており
、従ってデータベース５１６を用いて、このリンクは事前に決定され得るか、ま
たは動的に決定され得る。

【００８４】他のインプリメンテーションにおいて、相関器８３０は、１つ以上の遺伝子識
別子またはＥＳＴ識別子（例えば、登録番号）と、プロダクト（例えば、生物学
的プロダクト）との相関付けのみを行う。図８中、これらのインプリメンテーシ
ョンを、決定子８１０（これは任意選択である）から相関器８３０へと直接延び
ている矢印によって示す。この相関付けは、様々な従来の技術（例えば、ローカ
ルプロダクトデータベース５１４、リモートページ４０４および／またはリモー
トデータベース４０２にクエリを提供する技術）のうち任意のものに従って達成
可能である。これらのクエリに、カテゴリ、種類、名称またはプロダクトのベン
ダー（例えば、ルックアップテーブル、リレーショナルデータベース、または他
のデータ構造を調査する際に適切であり得る）によって索引付けまたはキー項目
の割当て（ｋｅｙ）を行い得る。さらに、クエリは、関連分野の当業者に公知の
技術に従って、論理またはシンタクス上遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子と関連
付けられたプロダクト、プロダクトウェブページ、または他のプロダクトデータ
供給源のサーチであり得る。その後、出力マネージャ５３４は、このクエリ結果
をユーザ１０１に（例えば、インターネット４９９を介してクライアント４１０
に）提供し得る。

【００８５】プローブセットＩＤ９１２への適切なリンク９０４を経て、関連するプロダク
トおよび／またはゲノムデータに対する１つ以上のリンク９１６を得ることがで
きる。例えば、リンク９０４Ｎはプローブセット９１２Ｃにリンクし得、これは
関連するプロダクトおよび／またはゲノムデータに対するリンク９１６Ｃと関連
付けられている。この関連付けを確立する際に用いられる情報は、専門家の入力
および／またはユーザによる問い合わせの性質のコンピュータによってインプリ
メントされた分析（例えば、統計的な分析および／または適応システム（ａｄａ
ｐｔｉｖｅｓｙｓｔｅｍ）（例えば、ニューラルネットワーク））に基づいて
、事前に決定され得る。例えば、ユーザが行っている遺伝子発現実験の結果特定
の遺伝子が同定され、そのユーザが（後続のタンパク質レベル実験を行うために
）これらの遺伝子に対する抗体を用いることを望むことが、（上述したような人
間またはコンピュータによって）観察または予測され得る。遺伝子と適切な抗体
とを関連付けた結果を、適切なデータベース（例えば、データベース５１６）に
記憶し得る。このようにして、リンク９１６Ｃは、適切な抗体に関するデータへ
のリンクを識別するプロダクトまたはゲノムデータ識別子へのリンク（例えば、
プロダクト／ゲノムＩＤ９２２Ａへのリンク）、一般的な抗体に関するカタログ
へのリンク（例えば、ＩＤ９２２Ｂ）、または目的の遺伝子の選択的にスプライ
スされた形態を検出するために特別に設計されたプローブアレイへのリンク（例
えば、ＩＤ９２２Ｃ）を含み得る。この実施例のいくつかの局面において、例示
目的のため、リンク９１６ＣはＩＤ９２２Ｃへとつながっていると仮定する。ス
プライス改変体プローブアレイの利用可能性に関する情報を、リンク９２６の内
容によって判定し得る。例えば、リンク９２６Ｄ（これらのリンクは、図示のよ
うにＩＤ９２２Ｃと関連付けられている）は、（ベンダーウェブページ、ローカ
ルプロダクトデータベース５１４および／またはローカルゲノムデータベース５
１８へと延びる）記憶されたインターネットおよび／またはデータベースクエリ
ＵＲＬであり得る。また、リンク９２６Ｄの内容を、データベース５１４もしく
は５１８またはリモートデータ供給源（例えば、データベース４０２もしくはウ
ェブページ４０４）のクエリによって動的に判定し得る。これらのプロセスおよ
び類似のプロセスを、図７の工程７３５によって示す。

【００８６】関連分野の当業者であれば本明細書をここまで読めば理解するように、このデ
ータベース５１３の例示的な取り合わせには、膨大な改変および代替的インプリ
メンテーションが可能である。例えば、プローブセット識別データがアレイ識別
子（例えば、アレイＩＤ９１４）にリンクされ得、これはさらにリンク９１６と
関連付けられ得る。多くの可能な実施例の別の実施例として、遺伝子登録番号ま
たはＥＳＴ登録番号を、プロダクトおよび／もしくはゲノムデータＩＤ９２２に
直接リンク付けしてもよいし、またはさらにはより直接的にリンク９２６にリン
ク付けしてもよい。上述したようなインプリメンテーションは、ユーザに範囲の
狭い問い合わせに基づいて広範囲の関連付けを行う機会を与える。例えば、ユー
ザが選択したただ１つのプローブセット識別子が、複数のプロダクトまたはゲノ
ムデータにリンク付けされた複数の遺伝子および／またはＥＳＴにリンク付けし
得る。別の実施例において、リンク９２６Ｄは、ローカルゲノムデータベース５
１８へのリンクを含み得る。プローブセット識別子、遺伝子登録番号もしくはＥ
ＳＴ登録番号、配列情報、または（ユーザ１０１の問い合わせによって得られた
もしくはユーザ１０１の問い合わせから推定された）他のデータに基づいて、公
知のクエリ技術および／またはサーチ技術に従ってデータベース５１８をサーチ
し得る。

【００８７】ここで図７および詳細には工程７４０に戻って、相関器８３０によって提示さ
れたクエリに従って返されたデータを、返されたデータの性質を鑑みて、プロダ
クトデータプロセッサ８４２、ゲノムデータプロセッサ８４４またはこれらの両
方のいずれかに適切なものとして提供する。説明の便宜上、プロセッサ８４２お
よび８４４の機能を別個のものとして図示しているが、必ずしもこのような構成
を採用することを必要としない。プロセッサ８４２および８４４は、様々な公知
のデータ表示技術またはデータ転送技術のうち任意の技術を適用して、グラフィ
カルユーザインターフェース、転送対象ファイル、および他の形式のデータを作
成する。その後、この処理されたデータをクライアント４１０への送信対象とし
て出力マネージャ５３４に提供する。

【００８８】いくつかのインプリメンテーションにおいて、ユーザ１０１は、このようにし
て送信されたデータに応答する際、プロダクトを購入するかまたはさらなる情報
を受信したいとの旨を示すことにより、応答し得る。さらなる情報に関するリク
エストは、図７に関連して上述したような様式と類似の様式で処理され得る。ユ
ーザ１０１がプロダクトの購入の希望を示した場合（決定要素７４５を参照）、
電子商取引（ｅ−ｃｏｍｍｅｒｃｅ）を実施するための公知の技術に従って、そ
のユーザが希望したプロダクトを出荷対象として準備するかまたは別の場合にそ
のユーザが希望したプロダクトを処理して、そのユーザのアカウントを調節し得
る。多くの代替的なインプリメンテーションの１つとして、ユーザ−サービスマ
ネージャ５２２は、ユーザ１０１の注文をプロダクトベンダーに通知し、そのベ
ンダーは、当該プロダクトを出荷するかまたは出荷を指示し得る。その後、マネ
ージャ５２２は、このインプリメンテーションの一局面において、そのベンダー
から委託にかかった費用を集金することが必要であることを認識する。

【００８９】ポータル４００のいくつかのインプリメンテーションにおいて、ユーザ１０１
は、１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの登録番号または他の遺伝子識別子またはＥ
ＳＴ識別子を（例えば、クライアント４１０、インターネット４９９および入力
マネージャ５３２を介して）ポータル４００に提供し得る。ユーザ１０１は、代
替的に、またはさらに１つ以上のプローブセット識別子をポータル４００に提供
し得る。ユーザ１０１は、遺伝子、ＥＳＴ、および／またはプローブセット識別
子を、以下から入手し得る：公的な供給元、プローブアレイまたは別の実験の結
果としてユーザ１０１が取った記録、プローブアレイ上にある対応するプローブ
を有する遺伝子またＥＳＴのリスト、もしくは任意の他の供給元。または、これ
らは任意の他の様式によっても得られ得る。入力マネージャ５３２は、１つ以上
の遺伝子、ＥＳＴまたはプローブセット識別子を受信し、それまたはそれらを（
データベースマネージャ５１２に対するクエリを定式化する）ユーザ−サービス
マネージャ５２２に提供する。クエリは、公知のクエリ技術およびフォーマット
に従って、遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子に関連するプロ
ダクト情報についてローカルプロダクトデータベース５１４からの情報を検索す
る。この目的のため、ローカルプロダクトデータベース５１４には索引を付ける
ことが可能であるか、または、別の場合において、遺伝子、ＥＳＴおよび／また
はプローブセット識別子のうち任意の１つ以上に基づくかまたはこれらにおいて
キー項目を割り当てられたプロダクトについて、検索可能である。いくつかのイ
ンプリメンテーションは、公知の技術に従って、遺伝子、ＥＳＴまたはプローブ
セット識別子の類似性に関するマッチングを含み得る（ただし、例えば、（プロ
ーブセット識別子応じて）遺伝子配列、ＥＳＴ配列、ＳＦＩ配列の全てまたは一
部が提出されている場合）。また、公知の技術による名称関連付け機能（例えば
、ルックアップテーブル）を行って、別の名称または別の形式の遺伝子、ＥＳＴ
またはプローブセット識別子を見出し、プロダクトデータ問い合わせにおいて用
い得る。さらに、いくつかのインプリメンテーションにおいて、マネージャ５２
２は、リモートデータベース４０２のリモートデータサーチおよび／またはリモ
ートのベンダーウェブページ４０４を公知のインターネットサーチ技術に従って
開始して、リモート供給源からプロダクト情報を得ることができる。これらのサ
ーチは、例えば、プロダクトカテゴリまたはベンダーに基づいて行うことができ
、このようなプロダクトカテゴリまたはベンダーは、ローカルプロダクトデータ
ベース５１４中において、ユーザ１０１によって提供された遺伝子、ＥＳＴまた
はプローブセット識別子と関連付けられたプロダクト、カテゴリまたはベンダー
と関連付けられている。マネージャ５２２は、（ローカルプロダクトデータベー
ス５１４および／またはリモートページまたはデータベース４０４もしくは４０
２から得られた）遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子に対応す
るプロダクトデータを提供し、このプロダクトデータを出力マネージャ５３４を
介してユーザ１０１に提供する。例えば、このプロダクトデータはウェブページ
５２４に含まれ得る。これらのインプリメンテーションのうちいくつかにおいて
、ポータル４００は、このようにしてプロダクトデータ（代表的には生物学的プ
ロダクトデータ）を提供するシステムを提供する。本システムは、一つ以上の遺
伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子をユーザ１０１から受信する
入力マネージャ５３２と；遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子
と１つ以上のプロダクトデータとを相関付けて、プロダクトデータを例えば、デ
ータベース５１４から（例えば、データベースマネージャ５１２を介して）ロー
カルで入手するか、または、いくつかのインプリメンテーションにおいて例えば
ページ４０４またはデータベース４０２からリモートに入手するユーザ−サービ
スマネージャ５２２と；プロダクトデータをユーザ１０１に提供する出力マネー
ジャ５３４とを含む。

【００９０】同様に、生物学的プロダクトデータを提供する方法が提供される。上記方法は
、任意の１つ以上の遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセット識別子をユー
ザ１０１から受信する工程と；上記遺伝子、ＥＳＴおよび／またはプローブセッ
ト識別子と１つ以上のプロダクトデータとを相関付ける工程と；ローカル（例え
ば、データベース５１４）またはリモート（例えば、ページ４０４またはデータ
ベース４０２）でプロダクトデータが得られるようにする工程；上記プロダクト
データをユーザ１０１に提供する工程、とを含む。

【００９１】上述したように、ポータル４００の機能要素は、ハードウェア、ソフトウェア
、ファームウェア，またはこれらの任意の組み合わせとしてインプリメントし得
る。上記の実施形態においては、便宜上、ポータル４００の機能をソフトウェア
としてインプリメントするものと一般的に仮定している。すなわち、図示した実
施形態の機能要素は、上記にて説明した機能を行わせる一連のソフトウェア命令
を含む。これらのソフトウェア命令は、任意のプログラミング言語（例えば、Ｊ
ａｖａ（登録商標）、Ｐｅｒｌ、Ｃ＋＋、別の高水準プログラミング言語、低水
準言語およびこれらの任意の組み合わせ）でプログラムし得る。従って、ポータ
ル４００の機能要素は、「ゲノムウェブポータル命令のセット」の実行と呼んで
もよく、その機能要素も、サーバ５１０、５２０および５３０によって実行され
るゲノムウェブポータル命令のセットとして記述してもよい。

【００９２】いくつかの実施形態において、コンピュータプログラムプロダクトについて、
内部に制御論理（コンピュータソフトウェアプログラム（プログラムコードを含
む））を有する、コンピュータによって用いることが可能な媒体を含むものとし
て説明している。この制御論理は、プロセッサによって実行されると、本明細書
中にて説明したようなポータル４００の機能を行う。他の実施形態において、い
くつかのこのような機能を、例えばハードウェアステートマシンを用いて主にハ
ードウェアとしてインプリメントしている。本明細書中に記載された機能を行う
ためのハードウェアステートマシンのインプリメンテーションは、関連分野の当
業者にとって明らかである。

【００９３】様々な実施形態およびインプリメンテーションについて説明してきたが、上記
の記載は例示的なものに過ぎず、限定的なものではなく、ひとえに例示目的のみ
のために提示されてきたことは、関連分野の当業者にとって明らかである。記載
の実施形態の様々な機能要素間に機能を分散させるための他の多くの方式が可能
である。別の代替実施形態において、任意の要素の機能を様々な様式で行い得る
。また、別の実施形態において、いくつかの要素の機能をより少数の要素で行っ
てもよいし、単一の要素で行ってもよい。

【００９４】例えば、明らかにするために、ユーザ−サービスマネージャ５２２の機能を、
図８に示す機能要素によってインプリメントされるものとして説明してきた。し
かし、マネージャ５２２をこれらのまたは他の別個の機能要素に分離する必要は
ない。同様に、便宜上別々に説明してきた特定の機能要素の作業も、別個に行う
必要はない。例えば、プロダクトデータプロセッサ８４２の機能の一部または全
体をゲノムデータプロセッサ８４４によってインプリメントしてもよいし、また
その逆を行ってもよい。同様に、いくつかの実施形態において、任意の機能要素
を、図示した実施形態について説明した作業の数よりも少ない作業で行ってもよ
いし、または図示した実施形態について説明した作業と異なった作業で行っても
よい。また、例示目的のために別個のものとして示した機能要素を特定のインプ
リメンテーションにおいて他の機能要素内に組み込んでもよい。例えば、プロセ
ッサ８４２および８４４の機能を単一の機能要素に割り当ててもよい。同様に、
データベースマネージャ５１２の機能の一部または全体を、ユーザ−サービスマ
ネージャ５２２および／または入力マネージャ５３２に行わせてもよい。

【００９５】また、機能または機能の一部の順序付けをほぼ変更してもよい。例えば、アカ
ウントＩＤ決定子８１０の機能をユーザデータプロセッサ８４０の機能の後に行
ってもよい。従って、図８中のデータおよび制御のフローは、この点において単
に例示的なものである。同様に、図７に示す方法工程は、必ずしも図７の例示的
実施例にて提案している順序で行わなくてもよい。例えば、ユーザを識別する方
法工程７２０を、工程７２５、工程７３０または工程７３５の後に行ってもよい
。

【００９６】特定の機能要素、ファイル、データ構造などを、図示した実施形態においてコ
ンピュータ１００のシステムメモリ１２０または主にサーバ５１０、５２０また
は５３０に配置されるものとして説明した場合がある。しかし、他の実施形態に
おいて、これらの特定の機能要素、ファイル、データ構造などを、同一箇所に配
置されるおよび／または互いに離れているコンピュータシステムまたは他のプラ
ットフォーム上に配置することまたはそれらの上部にわたって分配することも可
能である。例えば、図５においてサーバ５１０上に同一箇所に配置されかつ「ロ
ーカル」であると示されているデータファイルまたはデータ構造５１１、５１３
、５１４、５１６または５１８のうち任意の１つ以上を、サーバ５１０から離れ
た地点にある単数または複数のコンピュータシステムにこれらを配置することが
可能である。これらの場合において、データベースマネージャ５１２のこれらの
データファイルまたはデータ構造に対する作業を、ネットワーク上で実行しても
よいし、あるいは、リモートロケーションとのデータおよび／または制御のやり
とりを転送するための膨大な数の他の公知の手段のうち任意のものによって行っ
てもよい。

【００９７】加えて、当業者であれば、機能要素と様々なデータ構造との間の、ならびに機
能要素間およびデータ構造間の制御フローおよびデータフローは、上記の制御フ
ローおよびデータフローと多くの点において異なり得ることを理解する。より詳
細には、中間機能要素（図示せず）によって制御フローまたはデータフローを方
向付けてもよいし、様々な要素の機能を組み合わせ、分割し、または別の場合に
は再配置して、並行処理または他の事情を可能にしてもよい。また、中間データ
構造またはファイルを用い得るし、記載された様々なデータ構造またはファイル
を組み合わせるかまたは別の方法で配置してもよい。膨大な数の他の実施形態お
よびその改変が、本明細書の特許請求の範囲によって規定された本発明の範囲お
よびその均等物に当てはまるものとして企図される。

【図面の簡単な説明】

【図１】図１はプローブアレイ分析システムの機能ブロック図であり、このシステムに
は、スキャナおよびコンピュータシステムが設けられている。このコンピュータ
システム上では、プローブセット識別子の提供と、ユーザが処理対象となるプロ
ーブセット識別子の選択の受信とを行う用途に適切なコンピュータアプリケーシ
ョンを実行し得る。

【図２】図２は、プローブアレイ分析アプリケーションの一実施形態の機能ブロック図
であり、図１のコンピュータシステムのシステムメモリにおいて実行のために記
憶されたプローブアレイ分析アプリケーションを例示的に示したものである。

【図３】図３は、インターネットを介してゲノム情報を入手するための従来のシステム
の機能ブロック図である。

【図４】図４は、ゲノムポータルの一実施形態の機能ブロック図であり、このゲノムポ
ータルは、リモートデータベースおよびウェブページならびにクライアントにイ
ンターネットを介して結合されている。このクライアントには、ユーザのコンピ
ュータシステム（図１のユーザのコンピュータシステムを含む）を有するネット
ワークが含まれる。

【図５】図５は、図４のゲノムポータルの一実施形態の機能ブロック図であり、図中に
、データベースサーバ、ポータルアプリケーションコンピュータシステム、およ
びポータル側のインターネットサーバの例示的実施形態が示されている。

【図６】図６は、クライアント（例えば、図４に示すクライアント）と通信する図４お
よび図５のゲノムポータルをインプリメントするためのコンピュータアプリケー
ションプラットフォームの一実施形態を簡略化して図示したものである。

【図７】図７は、遺伝子発現または差次的発現の実験結果に関連するゲノムプロダクト
情報をユーザに提供するための方法の一実施形態のフローチャートである。

【図８】図８は、図５のポータルアプリケーションコンピュータシステム上で実行する
ことが可能なユーザ−サービスマネージャアプリケーションの一実施形態の機能
ブロック図である。

【図９】図９は、データベースに対する遺伝子またはプローブセット識別子の一実施形
態を簡略化して図示したものであり、このデータベースは、図７の方法を伴った
図８のユーザ−サービスマネージャによるものである。

【図１０】図１０は、図２のプローブアレイ分析アプリケーションによって生成され得る
グラフィカルユーザインターフェースの一実施形態である。

【図１１】図１１は、図２のプローブアレイ分析アプリケーションによって生成され得る
グラフィカルユーザインターフェースの別の実施形態である。

【手続補正書】

【提出日】平成１４年８月２日（２００２．８．２）

【手続補正１】

【補正対象書類名】図面

【補正対象項目名】全図

【補正方法】変更

【補正の内容】

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ，ＴＲ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＢＺ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者ノービエル，バーノンエイ．アメリカ合衆国カリフォルニア 95125，サンノゼ，エルアブラウェイ 1155 Ｆターム(参考） 4B063 QA08 QQ42 QR55 QS39 5B075 ND02 NS10 UU19

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供する
システムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別
子によって識別され、生物学的分子の検出を可能にし得る対応するプローブセッ
トを少なくとも１つを有し、該システムが、以下：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信
するように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別するように構築お
よび配置された、遺伝子決定子；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットと１つ以上のデータの第１のセットとを
相関付けるように構築および配置された、相関器；および該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項２】請求項１に記載のシステムであって、ここで、前記プローブ
セット識別子の第１のセットが、核酸からなる生物学的分子の検出を可能にし得
るプローブセットを識別する、システム。
【請求項３】請求項１に記載のシステムであって、ここで、前記プローブ
セット識別子の第１のセットが、対応する遺伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物
学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、システム。
【請求項４】請求項１に記載のシステムであって、ここで、前記プローブ
セット識別子の第１のセットが、プローブセットにおける１つ以上のプローブセ
ット識別子の第２のセットにおいて、その全部または一部を含み、該プローブセ
ットが該プローブセットに対応する遺伝子またはＥＳＴの発現または差次的発現
の検出を可能にする、システム。
【請求項５】前記プローブセット識別子の第２のセットによって識別され
るプローブセットが、１つ以上のプローブアレイ上に配置される、請求項４に記
載のシステム。
【請求項６】前記プローブセット識別子の第２のセットによって識別され
るプローブセットが、インサイチュ合成されたオリゴヌクレオチドを含む、請求
項５に記載のシステム。
【請求項７】前記プローブアレイは、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プロ
ーブアレイを含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】前記プローブセット識別子の第２のセットによって識別され
るプローブセットのうち少なくとも１つは、スポットされたプローブアレイ上の
単一のスポットからなる、請求項５に記載のシステム。
【請求項９】前記プローブアレイはスポットアレイを含む、請求項５に記
載のシステム。
【請求項１０】前記スポットアレイのうち少なくとも１つのスポットが、
オリゴヌクレオチドを含む、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】前記ユーザはリモートユーザを含み、そして前記入力マネ
ージャが、該リモートユーザによる選択をネットワークを介して受信する、請求
項１に記載のシステム。
【請求項１２】前記ネットワークがインターネットを含む、請求項１１に
記載のシステム。
【請求項１３】請求項１に記載のシステムであって、ここで、前記プロー
ブセット識別子の第１のセットの少なくとも第１のプローブセット識別子が、該
第１のプローブセット識別子に対応する遺伝子の遺伝子識別子を含む、システム
。
【請求項１４】前記遺伝子識別子が登録番号を含む、請求項１３に記載の
システム。
【請求項１５】請求項１に記載のシステムであって、ここで、前記ユーザ
は、前記プローブセット識別子の第１のセットを選択する工程を、該プローブセ
ット識別子の第１のセットによって識別されたプローブセットに対応する遺伝子
またはＥＳＴの発現または差次的発現の程度の表示に少なくとも部分的に基づい
て行う、システム。
【請求項１６】前記１つ以上のデータの第１のセットが、利用可能性、価
格設定、組成、適性、または注文に関連するプロダクトデータの１つまたは任意
の組み合わせを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１７】前記１つ以上のデータの第１のセットが、生物学的デバイ
スもしくは生物学的物質に関するプロダクトデータまたは生物学的デバイスまた
は物質と共に用いられ得る試薬を含む、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】前記デバイス、物質、または試薬は、オリゴヌクレオチド
、プローブアレイ、クローン、抗体、またはタンパク質の１つまたは任意の組み
合わせを含む、請求項１７に記載のシステム。
【請求項１９】前記１つ以上のデータの第１のセットが、ローカルプロダ
クトデータベースに少なくとも部分的に記憶されるデータを含む、請求項１に記
載のシステム。
【請求項２０】前記１つ以上のデータの第１のセットが、生物学的プロダ
クトのベンダーを表す、リモートデータへの少なくとも１つのリンクを含む、請
求項１９に記載のシステム。
【請求項２１】前記リンクがインターネットＵＲＬを含む、請求項２０に
記載のシステム。
【請求項２２】前記リモートデータがＨＴＭＬ文書またはＸＭＬ文書を含
む、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２３】前記ユーザは、リモートユーザを含み、そして、前記出力
マネージャは、前記プロダクトデータの第１のセットを前記ユーザにネットワー
クを介して提供する、請求項１に記載のシステム。
【請求項２４】前記ネットワークがインターネットを含む、請求項２３に
記載のシステム。
【請求項２５】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
る方法であって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別子
によって識別されかつ生物学的分子の検出を可能にし得る、少なくとも１つの対
応するプローブセットを有し、該方法が、以下の工程：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信
する工程；該プローブセット識別子の第１のセットにより識別された、プローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別する工程；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを１つ以上のデータの第１のセットと相
関付ける工程；および該データ第１のセットを該ユーザに提供する工程、を包含する、方法。
【請求項２６】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項２５に
記載の方法。
【請求項２７】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るコンピュータプログラムプロダクトであって、遺伝子またはＥＳＴは各々は、
プローブセット識別子によって識別されかつ生物学的分子の検出を可能にし得る
、少なくとも１つの対応するプローブセットを有し、ここで、該コンピュータプ
ログラムプロダクトが、コンピュータシステム上で実行されると、以下の工程：１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信す
る工程；該プローブセット識別子の第１のセットにより識別されたプローブセットに対
応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別する工程；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを１つ以上のデータの第１のセットと相
関付ける工程；および該データの第１のセットを該ユーザに提供する工程；を包含する方法を実行する、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項２９】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項２８に
記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３０】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項２８に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３１】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別子によ
って識別されかつ生物学的分子の検出を可能にし得る、少なくとも１つの対応す
るプローブセットを有し、該システムが、以下：１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザからインタ
ーネットを介して受信するように構築および配置された、入力マネージャであっ
て、該１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットが、プローブセットの１
つ以上のプローブセット識別子の第２のセットの全てまたは一部を含み、該プロ
ーブセットが、遺伝子またはＥＳＴの発現または差次的発現の検出を可能にして
いる、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別するように構築お
よび配置された、遺伝子決定子；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットと、生物学的デバイスもしくは生物学的
物質、また生物学的デバイスもしくは生物学的物質と共に用いられる試薬に関す
る１つ以上のプロダクトデータの第1のセットとを相関付けるように構築および
配置された、相関器；および該プロダクトデータの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配
置された、出力マネージャ；を備える、システム。
【請求項３２】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項３１に
記載のシステム。
【請求項３３】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３４】前記プローブセット識別子の第１のセットによって識別さ
れるプローブセットのうち少なくとも１つは、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プ
ローブアレイ上に配置される、請求項３１に記載のシステム。
【請求項３５】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識
別子によって識別されかつ生物学的分子の検出を可能にし得る、対応するプロー
ブセットを少なくとも１つを備え、該システムが、以下：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択をユーザから受信す
るように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別するように構築お
よび配置された、遺伝子決定子；該ユーザに対応するアカウントを識別するように構築および配置された、アカ
ウント識別決定子；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットと、プロダクト価格設定データを含む１
つ以上のプロダクトデータの第１のセットとを相関付けるように構築および配置
された、相関器；該ユーザに対応するアカウントを該プロダクト価格設定データに少なくとも部
分的に基づいて調節するように構築および配置された、アカウントデータプロセ
ッサ；および該プロダクトデータの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配
置された、出力マネージャを備える、システム。
【請求項３６】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項３５に
記載のシステム。
【請求項３７】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項３５に記載のシステム。
【請求項３８】該プローブセット識別子の第１のセットによって識別され
るプローブセットのうち少なくとも１つは、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プロ
ーブアレイ上に配置される、請求項３５に記載のシステム。
【請求項３９】１つ以上のプロダクトを購入にするためのユーザのよる注
文を処理するシステムであって、該システムは、以下：１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットの第１のユーザによる選択を
インターネットを介してユーザから受信するように構築および配置された、入力
マネージャであって、ここで、各プローブセット識別子は、生物学的分子の検出
を可能にし得るプローブセットを識別する、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別するように構築お
よび配置された、遺伝子決定子；該ユーザに対応するアカウントを識別するように構築および配置された、アカ
ウント識別決定子；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットと、プロダクト価格設定データを含む１
つ以上のプロダクトデータの第１のセットとを相関付けるように構築および配置
された、遺伝子／注文相関器；および該プロダクトデータの第１のセットのうち少なくとも一部を該ユーザに提供す
るように構築および配置された、出力マネージャを備える、システム。
【請求項４０】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項３９に
記載のシステム。
【請求項４１】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項３９に記載のシステム。
【請求項４２】前記入力マネージャが、前記プロダクトデータの第１のセ
ットに基づく購入についての、１つ以上のプロダクトの第２のユーザによる選択
を前記ユーザから受信するようにさらに構築および配置される、請求項３９に記
載のシステム。
【請求項４３】前記ユーザに対応するアカウントを、前記第２のユーザに
よる選択に対応するプロダクト価格設定データに少なくとも部分的に基づいて、
調節するように構築および配置された、アカウントデータプロセッサをさらに備
える、請求項４２に記載のシステム。
【請求項４４】１つ以上のプロダクトに関するユーザによる問い合わせま
たは注文を処理する方法であって、該方法は、以下の工程：１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットの選択をユーザから受信する
工程であって、ここで、各プローブセット識別子は、生物学的分子の検出を可能
にし得るプローブセットを識別する、工程；該プローブセット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに
対応する１つ以上の遺伝子またはＥＳＴの第１のセットを識別する工程；該遺伝子またはＥＳＴの第１のセットと、プロダクト価格設定データを含む１
つ以上のプロダクトデータの第１のセットとを相関付ける工程；および該プロダクトデータの第１のセットのうち少なくとも一部を該ユーザに提供す
る工程を包含する、方法。
【請求項４５】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項４４に
記載の方法。
【請求項４６】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】前記ユーザに提供された前記プロダクトデータの第１のセ
ットの部分に基づいた購入についての、１つ以上のプロダクトの第２のユーザに
よる選択を受信する工程をさらに包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】請求項４７に記載の方法であって、該方法が、以下の工程
：前記ユーザに対応するアカウントを識別する工程；および前記第２のユーザによる選択に対応するプロダクト価格設定データに少なくと
も部分的に基いて、該ユーザに対応するアカウントを調節する、工程をさらに含む、方法。
【請求項４９】１つ以上のプロダクトの購入に関する、コンピュータによ
ってインプリメントされた問い合わせまたは注文を行う方法であって、該方法は、以下の工程：１つ以上のプローブセット識別子の第１のセットの第１のユーザによる選択を
ユーザのコンピュータにおいて受信する工程であって、ここで、各プローブセッ
ト識別子が、生物学的分子の検出を可能にしているプローブセットを識別する、
工程；前記第１のユーザによる選択をインターネットを介してポータルシステムに提
供する工程であって、該ポータルシステムは、プロダクトデータと、該プローブ
セット識別子の第１のセットによって識別されるプローブセットに対応する１つ
以上の遺伝子またはＥＳＴとを相関付け得る、工程；および該相関付けされたプロダクトデータを該ポータルシステムから受信する工程を包含する、方法。
【請求項５０】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項４９に
記載の方法。
【請求項５１】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】請求項４９に記載の方法であって、該方法が以下の工程：
前記相関付けされた購入のためのプロダクトのデータのうち１つ以上の、第２の
ユーザによる選択を可能にする工程；および該第２のユーザによる選択を前記ポータルシステムに提供する工程をさらに包含する、方法。
【請求項５３】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、遺伝子またはＥＳＴの各々が、プローブセット識別子によ
って識別されかつ生物学的分子の検出を可能にし得る、対応するプローブセット
を少なくとも１つを有し、該システムが、以下：遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースを定
期的に更新するように構築および配置された、データベースマネージャ；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットのユーザによる選択を該ユ
ーザから受信するように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータの第１のセットを該ローカルゲノムデータベースから構築するように
構築および配置された、ユーザ−サービスマネージャ；および該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項５４】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項５３に
記載のシステム。
【請求項５５】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項５３に記載のシステム。
【請求項５６】前記データベースマネージャは、前記ローカルゲノムデー
タベースの更新を時系列の間隔に従って行う、請求項５３に記載のシステム。
【請求項５７】前記時系列の間隔が事前に規定される、請求項５６に記載
のシステム。
【請求項５８】前記時系列の間隔が、約１０時間よりも長くかつ約１０日
間よりも短い、請求項５６に記載のシステム。
【請求項５９】請求項５３に記載のシステムであって、前記データベース
マネージャは、前記ローカルゲノムデータベースの定期的な更新を更新データを
用いて行い、該更新データは、配列データ、エキソンの構造もしくは位置データ
、スプライス改変体データ、マーカの構造もしくは位置データ、多型性データ、
相同性データ、タンパク質−ファミリ分類データ、経路データ、代替遺伝子命名
データ、文献詳説データ、または注釈データのうちの１つ以上の任意の組み合わ
せからなる、システム。
【請求項６０】前記データベースマネージャは、前記ローカルゲノムデー
タベースを１つ以上のリモートデータベースからの更新データを定期的に更新す
る、請求項５３に記載のシステム。
【請求項６１】前記１つ以上のリモートデータベースからの更新が、イン
ターネットを介した更新を含む、請求項６０に記載のシステム。
【請求項６２】請求項６１に記載のシステムであって、ここで、前記リモ
ートデータベースは、ＧｅｎＢａｎｋ、ＧｅｎＢａｎｋＮｅｗ、ＳｗｉｓｓＰ
ｒｏｔ、ＧｅｎＰｅｐｔ、ＤＢＥＳＴ、Ｕｎｉｇｅｎｅ、ＰＩＲ、Ｐｒｏｓｉ
ｔｅ、ＰＦＡＭ、Ｐｒｏｄｏｍ、Ｂｌｏｃｋｓ、ＰＤＢ、ＰＤＢｆｉｎｄｅｒ、
ＥＣＥｎｚｙｍｅ、ＫｅｇｇＰａｔｈｗａｙ、ＫｅｇｇＬｉｇａｎｄ、Ｏ
ＭＩＭ、ＯＭＩＭＭａｐ、ＯＭＩＭＡｌｌｅｌｅ、ＤＢＳＮＰ、およびＰ
ｕｂＭｅｄのうちの１つ以上の任意の組み合わせからなる、システム。
【請求項６３】前記入力マネージャは、前記ユーザが開始した選択を動的
に受信するように構築および配置される、請求項５３に記載のシステム。
【請求項６４】請求項５３に記載のシステムであって、ここで、前記第１
の群が、プローブセットの１つ以上のプローブセット識別子の第２のセットの全
てまたは一部を含み、該プローブセットが、これらに対応する遺伝子またはＥＳ
Ｔの発現または差次的発現の検出を可能にする、システム。
【請求項６５】前記プローブセット識別子の第２のセットによって識別さ
れるプローブセットが、１つ以上のプローブアレイ上に配置される、請求項６４
に記載のシステム。
【請求項６６】前記プローブアレイはＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プロ
ーブアレイを備える、請求項６５に記載のシステム。
【請求項６７】請求項６５に記載のシステムであって、ここで、前記プローブセットが、単一のスポットされたプローブを含み、前記プローブセット識別子は、該単一のスポットされたプローブを識別するス
ポットされたプローブ識別子を含み；そして前記プローブアレイは、該単一のスポットされたプローブを含むスポットアレ
イを含む、システム。
【請求項６８】前記単一のスポットされたプローブがオリゴヌクレオチド
を含む、請求項６７に記載のシステム。
【請求項６９】前記ユーザがリモートユーザを含み、そして前記入力マネ
ージャは、該リモートユーザによる選択をネットワークを介して受信する、請求
項６４に記載のシステム。
【請求項７０】前記ネットワークがインターネットを含む、請求項６９に
記載のシステム。
【請求項７１】前記ユーザがリモートユーザを含み、そして前記出力マネ
ージャが前記データの第１のセットをネットワークを介して該ユーザに提供する
、請求項５３に記載のシステム。
【請求項７２】前記ネットワークがインターネットを含む、請求項７１に
記載のシステム。
【請求項７３】前記プローブセット識別子のうち少なくとも１つは、前記
プローブセット識別子に対応する遺伝子の遺伝子識別子を含む、請求項５３に記
載のシステム。
【請求項７４】前記遺伝子識別子は登録番号を含む、請求項７３に記載の
システム。
【請求項７５】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識
別子によって識別されかつ該遺伝子の発現の検出を可能にし得る、対応するプロ
ーブセットを有し、該システムは、以下：該遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースを
定期的に更新するように構築および配置された、データベースマネージャであっ
て、ここで、該更新は、事前に規定された間隔に従って行われる、データベース
マネージャ；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットのユーザが開始した選択を
動的に受信するように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータの第１のセットを該ローカルゲノムデータベースから構築するように
構築および配置された、ユーザ−サービスマネージャ；および該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項７６】１つ以上の事前に規定された遺伝子またはＥＳＴに関連す
るデータを提供するシステムであって、ここで、各事前に規定された遺伝子は、
対応する事前に規定されたプローブセットを有し、該プローブセットが、プロー
ブセット識別子によって固有に識別されかつ該遺伝子の発現の検出を可能にし得
、該システムは、以下：事前に規定された遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノム
データベースを定期的に更新するように構築および配置された、データベースマ
ネージャであって、ここで、該更新は、事前に規定された間隔に従って行われる
、データベースマネージャ；１つ以上の該事前に規定されたプローブセット識別子の第１のセットのユーザ
が開始した選択を動的に受信するように構築および配置された、入力マネージャ
；該事前に規定されたプローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子ま
たはＥＳＴに関連するデータの第１のセットを、該ローカルゲノムデータベース
から構築するように構築および配置された、ユーザ−サービスマネージャ；およ
び該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項７７】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識
別子によって識別されかつ該遺伝子の発現の検出を可能にし得る、対応するプロ
ーブセットを有し、該システムは、以下：遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースの更
新を１つ以上のリモートデータベースからの更新データを用いて行うように構築
および配置された、データベースマネージャであって、ここで、該更新は、事前
に規定された間隔にしたがってインターネットを介して行われる、データベース
マネージャ；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットのユーザが開始した選択を
動的に受信するように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータの第１のセットを該ローカルゲノムデータベースから構築するように
構築および配置された、ユーザ−サービスマネージャ；該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項７８】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るシステムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識
別子によって識別されかつ該遺伝子の発現の検出を可能にし得る、対応するプロ
ーブセットを有し、該システムは、以下：遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースを１
つ以上のリモートデータベースからの更新データを用いて更新するように構築お
よび配置された、データベースマネージャであって、該更新は、事前に規定され
た間隔にしたがってインターネットを介して行われる、データベースマネージャ
；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットのユーザが開始した選択を
インターネットを介して動的に受信するように構築および配置された、入力マネ
ージャ；該プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータの第１のセットを該ローカルゲノムデータベースから構築するように
構築および配置された、ユーザ−サービスマネージャ；および該データの第１のセットをインターネットを介して該ユーザに提供するように
構築および配置された、出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項７９】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
る方法であって、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセット識別子によって
識別されかつその対応する遺伝子の発現の検出を可能にし得る、少なくとも１つ
の対応するプローブセットを有し、該方法は、以下の工程：遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースを定
期的に更新する工程；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信
する工程；該ローカルゲノムデータベースから該プローブセット識別子の第１のセットに
対応する遺伝子またはＥＳＴに関連するデータの第１のセットを構築する工程；
および該データの第１のセットを該ユーザに提供する工程、を包含する、方法。
【請求項８０】請求項７９に記載の方法であって、ここで、前記ローカル
ゲノムデータベースが、１つ以上のリモートデータベースからインターネットを
介して更新データを用いて定期的に更新され、該更新データは、配列データ、エ
キソンの構造もしくは位置データ、スプライス改変体データ、マーカの構造もし
くは位置データ、多型性データ、相同性データ、タンパク質−ファミリ分類デー
タ、経路データ、代替遺伝子命名データ、文献詳説データ、または注釈データの
うちの１つ以上の任意の組み合わせからなる、方法。
【請求項８１】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを提供す
るコンピュータプログラムプロダクトであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの
各々は、プローブセット識別子によって識別されかつその対応する遺伝子の発現
の検出を可能にし得る、少なくとも１つの対応するプローブセットを有し、ここ
で、コンピュータプロダクトは、コンピュータシステム上で実行されると、以下
の工程：該遺伝子またはＥＳＴに関連するデータを含むローカルゲノムデータベースを
定期的に更新する工程；１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信
する工程；該プローブセット識別子の第１のセットに対応する遺伝子またはＥＳＴに関連
するデータの第１のセットを該ローカルゲノムデータベースから構築する工程；
および該データの第１のセットを該ユーザに提供する工程、を包含する方法を行う、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８２】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデー
タを提供するシステムであって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プロー
ブセット識別子によって識別されかつ、生物学的分子の検出を可能にし得る、少
なくとも１つの対応するプローブセットを有し、該システムは、以下：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットのユーザによる選択を該ユ
ーザから受信するように構築および配置された、入力マネージャ；該プローブセット識別子の第１のセットと、１つ以上のプロダクトデータの第
１のセットとを相関付けるように構築および配置された、相関器；および該データの第１のセットを該ユーザに提供するように構築および配置された、
出力マネージャ、を備える、システム。
【請求項８３】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項８２に
記載のシステム。
【請求項８４】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項８４に記載のシステム。
【請求項８５】前記プローブセット識別子の第２のセットによって識別さ
れるプローブセットが、１つ以上のプローブアレイ上に配置される、請求項８４
に記載のシステム。
【請求項８６】前記ユーザが、リモートユーザを含み、そして前記入力マ
ネージャは、該リモートユーザによる選択をインターネットを介して受信する、
請求項８５に記載のシステム。
【請求項８７】前記プローブセット識別子の第１のセットのうち少なくと
も第１のプローブセット識別子は、該第１のプローブセット識別子に対応する遺
伝子の遺伝子識別子を含む、請求項８２に記載のシステム。
【請求項８８】前記遺伝子識別子は登録番号を含む、請求項８７に記載の
システム。
【請求項８９】前記１つ以上のプロダクトデータの第１のセットが、利用
可能性、価格設定、組成、適性、または注文に関連するプロダクトデータのうち
の１つまたはその任意の組み合わせを含む、請求項８２に記載のシステム。
【請求項９０】前記１つ以上のプロダクトデータの第１のセットが、生物
学的デバイスもしくは生物学的物質または試薬に関するプロダクトデータを含み
、該試薬が生物学的デバイスまたは物質と共に使用され得る、請求項８９に記載
のシステム。
【請求項９１】前記デバイス、物質、または試薬は、オリゴヌクレオチド
、プローブアレイ、クローン、抗体またはタンパク質の１つまたはその任意の組
み合わせを含む、請求項９０に記載のシステム。
【請求項９２】前記１つ以上のプロダクトデータの第１のセットが、ロー
カルプロダクトデータベース内に少なくとも部分的に記憶されたデータを含む、
請求項８２に記載のシステム。
【請求項９３】前記１つ以上のデータの第１のセットが、生物学的プロダ
クトのベンダーを表すリモートデータへのリンクを少なくとも１つ含む、請求項
８２に記載のシステム。
【請求項９４】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデー
タを提供する方法であって、ここで、遺伝子またはＥＳＴの各々は、プローブセ
ット識別子によって識別されかつ、生物学的分子の検出を可能にし得る、少なく
とも１つの対応するプローブセットを有し、該方法が、以下の工程：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択をユーザから受信す
る工程；該プローブセット識別子の第１のセットと、１つ以上のプロダクトデータの第
１のセットとを相関付ける工程；および該データの第１のセットを該ユーザに提供する工程を包含する、方法。
【請求項９５】前記プローブセット識別子の第１のセットが、核酸からな
る生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセットを識別する、請求項９４に
記載の方法。
【請求項９６】前記プローブセット識別子の第１のセットが、対応する遺
伝子のｍＲＮＡ転写物からなる生物学的分子の検出を可能にし得るプローブセッ
トを識別する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】前記プローブセット識別子の第１のセットによって識別さ
れるプローブセットが、１つ以上のプローブアレイ上に配置される、請求項９４
に記載の方法。
【請求項９８】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデー
タを提供するコンピュータプログラムプロダクトであって、ここで、遺伝子また
はＥＳＴの各々は、プローブセット識別子によって識別されかつ、生物学的分子
の検出を可能にし得る、少なくとも１つの対応するプローブセットを有し、ここ
で、該コンピュータプログラムプロダクトが、コンピュータシステム上で実行さ
れると、以下の工程：１つ以上の該プローブセット識別子の第１のセットの選択を該ユーザから受信
する工程；該プローブセット識別子の第１のセットと、１つ以上のプロダクトデータの第
１のセットとを相関付ける工程；および該データの第１のセットを該ユーザに提供する工程、を包含する方法を行う、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項９９】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデー
タを提供するシステムであって、該システムが、以下：１つ以上の遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子をインターネットを介して受信す
るように構築および配置された、入力マネージャ；該遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子と、１つ以上のプロダクトデータとを相関
付けるように構築および配置された、相関器；および該プロダクトデータを該ユーザに提供するように構築および配置された、出力
マネージャを備える、システム。
【請求項１００】前記プロダクトデータは生物学的プロダクトデータであ
る、請求項９９に記載のシステム。
【請求項１０１】前記遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子は、遺伝子または
ＥＳＴ登録番号を含む、請求項９９に記載のシステム。
【請求項１０２】１つ以上の遺伝子またはＥＳＴに関連するプロダクトデ
ータを提供する方法であって、該方法が以下の工程：１つ以上の遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子をインターネットを介して受信す
る工程；該遺伝子識別子またはＥＳＴ識別子と１つ以上のプロダクトデータを相関付け
る工程；および該プロダクトデータを該ユーザに提供する工程を包含する、方法。