JP2003099624A - Dna提供システム - Google Patents

Dna提供システム

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JP2003099624A
JP2003099624A JP2001290889A JP2001290889A JP2003099624A JP 2003099624 A JP2003099624 A JP 2003099624A JP 2001290889 A JP2001290889 A JP 2001290889A JP 2001290889 A JP2001290889 A JP 2001290889A JP 2003099624 A JP2003099624 A JP 2003099624A
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dna
chip
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JP2001290889A
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Michifumi Nika
通文 丹花
Kojiro Takahashi
高橋浩二郎
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Toyo Kohan Co Ltd
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Toyo Kohan Co Ltd
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 時間や場所や環境等の要因に束縛されない効
率的なDNA情報・DNAチップ提供を可能にする。 【解決手段】DNA情報等を受信する提供情報受信部
と、提供情報の蓄積等を提供情報蓄積・選択部と、ユー
ザーが選択するDNA情報等を入力する選択情報入力部
と、選択情報を出力・蓄積する選択情報出力・蓄積部
と、選択情報を外部に出力する選択情報送信部と、提供
情報等を表示等する表示部・制御部とを備えるDNA情
報・チップ選択購入装置、及び選択情報を受信する選択
情報受信部と、DNA試料等を保存する保存管理部と、
選択情報に対応する提供情報を外部に出力・蓄積する提
供情報出力・蓄積部と、提供情報を外部に出力する提供
情報送信部と、ユーザー所望のDNAチップを作製する
DNAチップ作製部と、提供情報等を表示等する表示部
・制御部とを備える。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、遺伝子解析、遺伝
子診断・治療、遺伝子利用、遺伝子保存等の技術に対応
したユーザー希望のDNA情報(SNP、VNTR多型、マ
イクロサテライト多型、挿入・欠失型多型等の遺伝子多
型情報等も含む塩基配列情報等)の迅速な提供、及びそ
のDNA情報を含む遺伝子やDNA断片等のDNA試料
をチップに固定したDNAチップを提供するDNA提供
システム「ジーン・ネット・バンク(GNB)」に関す
る。
【0002】
【従来の技術】DNAは、遺伝子の本体であり、生体の
構成成分の決定に関わると共に疾病に関与する機能部分
を有し、遺伝子診断、薬物のスクリーニング等に有用で
あることが判明してきている。ヒトゲノム解析等、生体
全体の大規模なDNA解読も進んでいる状況下、DNA
の機能解析のスピードも上がり、遺伝子解析、遺伝子診
断・治療、創薬等へのDNA情報の利用も盛んに成りつ
つある。このようなDNA情報の利用を共通(公平)化
するための国際的なDNA情報バンクがいくつか構築さ
れてきており、またDNA情報の利用における企業化も
なされてきているが、DNA情報と該DNA試料とを統
括的に対応させたDNA提供システム「ジーン・ネット
・バンク(GNB)」は現存していない。
【0003】疾病関与等のDNAの機能情報と該DNA
の実際の塩基配列情報(SNP、VNTR多型、マイクロサ
テライト多型、挿入・欠失型多型等の遺伝子多型情報も
含む)とを関連付けるために、大学・研究所の研究者や
企業の開発研究者は膨大な費用と時間を掛けてDNAの
機能とその塩基配列情報を次々と解明してきている。そ
のような研究開発における膨大な費用と時間を減少させ
るための手段としてのDNAチップの開発利用が急速に
進展してきている。チップ(ガラス・シリコン基板のう
ち、主にガラス基板)に固定したDNAを用いての遺伝
子解析、遺伝子診断等の簡便性から、生化学、細胞生物
学、分子生物学、分子遺伝学、遺伝子医科学、実際の遺
伝子医療分野、食料問題・環境問題に関連した遺伝子利
用・保存分野におけるDNAチップの実用化も進展しつ
つある。また、上記のような解析型DNAチップに加え
て癌組織細胞等から入手される微量で貴重な遺伝子試料
に対して、将来、必要に応じていつでも再解析可能な形
にすることを目的として、ダイヤモンド基板を利用した
遺伝子試料やそのDNA断片を半永久的に保存できる保
存型DNAチップも開発されてきている。
【0004】特定のDNAを固定したDNAチップを入
手希望のユーザーは、例えば、ある疾病に関与するDN
Aの塩基配列を解明した後、その配列を有するDNAを
構築調製し、これをチップ上に自ら或いは外注して固定
してDNAチップを作製することができる。しかしなが
ら、自分で作製する場合には高価な機器が必要であり、
さらに必要なDNAが1種ないし数種と比較的少ない場
合でも経費、時間、手間がかかるという問題がある。一
方、外注する場合にも、所望のDNAの塩基配列が未解
明のときにはある程度の解明期間が必要であり、迅速な
入手は困難である。また、多くのDNA断片が固定化さ
れている既販のDNAチップ上にある一部のDNA断片
だけを利用したいユーザーにとっては費用的にも大きな
負担であり、効率も悪い現状である。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、上記の問題
点を解決するために成されたもので、その目的とすると
ころはユーザー希望のDNA(情報:SNP、VNTR多
型、マイクロサテライト多型、挿入・欠失型多型等の遺
伝子多型情報等も含む塩基配列情報等)の迅速な提供に
加えてそのDNA情報を含む該遺伝子或いは該DNA断
片試料をチップに固定したDNAチップを提供するDN
A提供システム「ジーン・ネット・バンク(GNB)」
に関する。
【0006】
【課題を解決するための手段】本発明は上記の問題点を
解決するため、鋭意検討した結果、特定のDNA情報・
チップ選択購入装置及びDNA情報・チップ提供装置か
らなるシステムを構築することにより、上記の問題点を
解決することを見出し、本発明に至った。
【0007】すなわち、請求項1記載の本発明は、通信
回線を介して提供されるDNA情報及び/又はDNAチ
ップ情報(以下、提供情報という。)を受信する提供情
報受信部と、提供情報受信部が受信する提供情報の蓄積
とその蓄積された提供情報の中からユーザー所望の提供
情報の選択を行う提供情報蓄積・選択部と、提供情報蓄
積・選択部の提供情報からユーザーが選択するDNA情
報及び/又はDNAチップ選択情報(以下、選択情報と
いう。)を入力する選択情報入力部と、選択情報入力部
で選択された選択情報を出力可能にすると共に蓄積する
選択情報出力・蓄積部と、選択情報出力・蓄積部からの
選択情報を外部に出力する選択情報送信部と、提供情報
・選択情報等を表示・制御する表示部・制御部と、を備
えるDNA情報・チップ選択購入装置、及び選択購入装
置の選択情報送信部からの選択情報を受信する選択情報
受信部と、選択情報、DNA情報、DNAチップのため
のDNA試料、DNAチップを保存する保存管理部と、
選択情報に対応する提供情報を保存管理部から外部に出
力可能にすると共に蓄積する提供情報出力・蓄積部と、
提供情報出力・蓄積部からの提供情報を外部に出力する
提供情報送信部と、ユーザー所望のDNAチップが保存
管理部のDNAチップ保存部に在庫しないときに該DN
Aチップを作製するDNAチップ作製部と、提供情報・
選択情報等を表示・制御する表示部・制御部とを備える
DNA情報・チップ提供装置、を含んで成るDNA提供
システム(ジーン・ネット・バンク(GNB))を提供
するものである。
【0008】ここで、請求項2に記載するように、前記
DNA情報・チップ選択購入装置において、選択情報入
力部はさらに、提供情報にない新規DNA情報及び/又
はDNAチップ(以下、新規DNA情報及び/又はDN
Aチップという。)を入力する機能を有するとともに、
選択情報出力・蓄積部は、かかる情報を出力可能にして
これを蓄積する機能を有するとともに、選択情報送信部
が新規DNA情報及び/又はDNAチップを外部に出力
する機能を有するものであることが好ましい。
【0009】さらに、請求項3に記載するように、前記
DNA情報・チップ提供装置において、選択情報受信部
は、選択購入装置の選択情報送信部からの新規DNA情
報及び/又はDNAチップを受信する機能をも有し、保
存管理部は、新規DNA情報及び/又はDNAチップに
ついて、提供情報としては保存していたがDNA情報・
チップ選択購入装置に未送信の状態であった場合には、
これを送信するための指示を行なう機能を、さらに有
し、提供情報出力・蓄積部は、かかる新規DNA情報及
び/又はDNAチップを提供情報として保存管理部から
外部に出力可能にすると共に蓄積する機能をさらに有す
るものであることが好ましい。
【0010】そして、請求項4に記載するように、前記
DNA情報・チップ提供装置が、ユーザー所望のDNA
チップを作製するためのDNA試料も在庫しないとき
に、DNA情報及び/又はDNA試料を他の提供機関或
いはユーザーから購入するDNA情報及び/又はDNA
試料購入部を更に備えることが好ましい。
【0011】さらにまた、請求項5に記載するように、
前記DNA情報・チップ提供装置が、購入したDNA試
料を固定したDNAチップの情報解析を行うDNAチッ
プ情報解析部を、更に備えることが好ましい。
【0012】そして、請求項6に記載するように、前記
DNA情報・チップ選択購入装置の選択情報送信部と前
記DNA情報・チップ提供装置の選択情報受信部との間
の選択情報の授受を、非接触にて成すようにしたもので
あることが好ましい。
【0013】請求項7に記載するように、前記DNA情
報・チップ提供装置の提供情報送信部と前記DNA情報
・チップ選択購入装置の提供情報受信部との間の提供情
報の授受を、非接触にて成すようにしたものであること
が好ましい。
【0014】請求項8に記載するように、前記DNA情
報・チップ提供装置の保存管理部が、選択情報保存部、
DNA情報保存部、DNA試料保存部及びDNAチップ
保存部を含んで成ることが好ましい。
【0015】請求項9に記載するように、前記DNA情
報・チップ提供装置のDNAチップ作製部が、DNA複
製手段、チップ活性化部及びDNA固定部を含んで成る
ものであることが好ましい。
【0016】
【発明の実施の形態】請求項1に係わる本発明のDNA
提供システム「ジーン・ネット・バンク(GNB)」に
ついて、図1〜3に基づき詳細に説明する。
【0017】図1は、請求項1に係わるDNA提供シス
テム「ジーン・ネット・バンク(GNB)」の概略を示
している。図2は、「ジーン・ネット・バンク(GN
B)」によるDNA提供システムの概略を示すブロック
図である。図3〜5は、「ジーン・ネット・バンク(G
NB)」の使用状況をフローチャートで示す説明図であ
る。
【0018】 (1)ジーン・ネットバンク(GNB)の概略 まず、DNA提供システム「ジーン・ネット・バンク
(GNB)」の概略について図1に沿って説明する。D
NA提供システム「ジーン・ネット・バンク(GN
B)」は、図1に示すように、通信回路(L1)を介し
た主システムと、通信回路(L2)を介した付随システ
ムとを含んで構成される。主システムとは、DNA情報
及び/又はDNA試料購入部とDNAチップ作製部とを
備えたDNA情報・チップ提供装置を持つDNA情報・
DNAチップの提供会社側と、DNA情報・チップ選択
購入装置を持つユーザー側とが、通信回路(L1)を介
したDNA情報及び/又はDNAチップの販売購入契約
後に、DNA情報及び/又はDNAチップの発送と代金
(DNA情報提供費用、チップ素材に応じたDNAチッ
プ提供費用)の支払いとを行うシステムである。一方、
付随システムとは、ユーザー側所望のDNA情報や、D
NAチップの材料が提供会社側に在庫しない場合に、提
供会社側とDNA情報及び/又はDNA試料の提供側と
が、通信回線(L2)を介したDNA情報及び/又はD
NA試料の購入販売契約後に、DNA情報及び/又はD
NA試料の発送と代金支払いを行うものである。
【0019】DNA情報・チップ選択購入装置は、例え
ばパソコン等の通信機器等であり、研究所、研究者個人
等のユーザーの手元に設置される。一方、DNA情報・
チップ提供装置は、DNA情報及び/又はDNAチップ
に関する情報を読み出しユーザーにその情報を提供する
装置であり、DNA情報・チップの提供元である提供会
社が所有している。また、DNA情報及び/又はDNA
試料提供側とは、他の提供機関あるいはユーザーであ
り、DNA情報や、DNAチップの材料となるDNA試
料を提供するもののことをいう。DNA情報を提供する
ものとしては、例えば、企業化されたDNAバンク(情
報)等が揚げられる。また、DNA情報のみならずDN
A試料をも提供するものとしては、ユーザーも含む研究
者(所)・開発者(所)等が挙げられる。
【0020】(2)DNA情報・チップ選択購入装置 以下、DNA情報・チップ選択購入装置について説明す
る。DNA情報・チップ選択購入装置は、図2に示すよ
うに、制御部と、(1):提供情報受信部と、(2):提供情
報蓄積・選択部と、(3):選択情報入力部と、(4):選択
情報出力・蓄積部と、(5):選択情報送信部と、提供情
報、選択情報等を表示する表示部と、を備えている。
【0021】制御部は、マイコン或いはマイクロプロセ
ッサを含んで構成されており、DNA情報・チップ選択
購入装置全体を制御する。
【0022】(2):提供情報蓄積・選択部は、提供情報
受信部が受信する提供情報を蓄積する機能を備えるとと
もに、その蓄積された提供情報の中からユーザー所望の
提供情報の選択を行う機能をも備えている。 (3):選択情報入力部は、(2):提供情報蓄積・選択部の
提供情報からユーザーが選択するDNA情報及び/又は
DNAチップ選択情報(以下、選択情報という。)を入
力する部分である。また、(4):選択情報出力・蓄積部
は、選択情報入力部で選択された選択情報を出力可能に
すると共に蓄積する機能を備えている。 (2):提供情報蓄積・選択部と(4):選択情報出力・蓄積
部とは、随時の書き込みと読み出しが可能なハードディ
スク或いは光磁気ディスク等の大容量記憶媒体にて構成
される。
【0023】通信回路(L1)と接続される(1):提供情
報受信部は、DNA情報・チップの提供元である提供会
社から通信回路(L1)を介して配信してくるDNA情報
及び/又はDNAチップに関する情報(以下、提供情報
という。)、即ち提供会社が提供可能なDNA(情報:
SNP、VNTR多型、マイクロサテライト多型、挿入・欠
失型多型等の遺伝子多型情報等も含む塩基配列情報)
や、該DNA試料の内、疾病に関与する部分や各種生体
成分に対応するDNA情報等を受信する。通信回路(L
1)と接続される(5):選択情報送信部も、提供情報から
ユーザーが選択するDNA情報及び/又はDNAチップ
選択情報(以下、選択情報という。)、を通信回路(L
1)を介して提供会社に送信する。
【0024】また、DNA試料・チップ選択購入装置で
は、ユーザー側が、提供情報にない新規DNA情報及び
/又はDNAチップ(以下、新規DNA情報及び/又は
DNAチップという。)を所望する場合にも対応するこ
とができるようになっている。すなわち、係る新規DN
A情報及び/又はDNAチップの依頼情報等も受け付け
ることが可能である。この場合は、ユーザーが(3):選
択情報入力部で新規DNA情報及び/又はDNAチップ
を入力すると、(4):選択情報出力・蓄積部が、かかる
情報を出力可能にしてこれを蓄積した後に、(5):選択
情報送信部がかかる情報を外部に出力する。すなわち、
新規DNA情報及び/又はDNAチップをDNA情報・
チップ提供装置の(11):選択情報受信部に送信し、DN
A情報及び/又はDNAチップに関する提供情報を構築
できるかどうか、DNAチップの場合はマザーチップを
作るための別注依頼に対応可能かどうかを打診すること
ができる。さらに、(1):提供情報受信部は、このよう
な問い合わせに対し、DNA情報・チップ提供装置から
の新規DNA情報及び/又はDNAチップの依頼に対す
る回答、対応を受信することができる。そして、新規D
NA情報及び/又はDNAチップの提供或いは別注依頼
に要する費用等の課金制御情報等の付随的情報も受信す
る。
【0025】DNA情報・チップ選択購入装置の制御部
は、(1):提供情報受信部の受信した提供情報等の(2):
提供情報蓄積・選択部への書き込み・蓄積を制御した
り、(3):選択情報入力部で入力した選択情報等の(4):
選択情報出力・蓄積部における出力・蓄積を制御する。
【0026】通信回路(L1)としては、電話回線などの
公衆回線、衛星通信回線等、DNA情報・チップ選択購
入装置の設置状況に応じて適切なものを利用できる。
【0027】提供情報は、提供会社の所有するDNA情
報・チップ提供装置から配信されるものであり、データ
圧縮されたものであることが好ましい。データ圧縮され
たものであれば、通信回線使用時間を短縮して通信コス
トを節約できるとともに、(2):提供情報蓄積・選択部
の容量も節約できる。
【0028】DNA情報・チップ選択購入装置の(2):
提供情報蓄積・選択部は、提供情報受信部が受信する提
供情報の蓄積とその蓄積された提供情報の中からユーザ
ー所望の提供情報の選択を行う。例えば、図6に示すよ
うに、表示部の適当なディスプレイに提供情報の検索画
面が表示され、生物名、酵素名、疾病名などから選択で
きるようになっており、所望のDNAに関する情報をユ
ーザーが入力すると、図7の提供情報一覧が表示され、
DNAの種類、価格、在庫情報等が表示される。この提
供情報は、通信回路(L1)を介して、提供会社のDNA
情報・チップ提供装置から配信されてくる。そして、ユ
ーザーがいずれかの提供情報をクリックすると、次に図
8の選択画面に移る。この画面では、DNA情報及び/
又はDNAチップ提供情報のうちから選択された、ユー
ザーが所望するDNAの種類、個数、DNA情報やDN
Aチップのいずれを希望するか(両方を希望する場合も
含む)を選択表示できるようになっている。さらに、ユ
ーザーの名前、住所、メールアドレスなど連絡先を入力
する選択部位も設けられている。また、提供情報一覧に
はない、新規DNA情報及び/又はDNAチップを購入
したい場合には、その情報などを書き込む選択部位が設
けられている。これらの選択部位は制御部の信号入力部
に接続しており、以降の処理に進むことができる。
【0029】DNA情報・チップ選択購入装置の(5):
選択情報送信部は、ユーザーが(3):選択情報入力部で
選択情報を入力すると、(4):選択情報出力・蓄積部
が、かかる選択情報を出力可能にしてこれを蓄積した後
に、かかる選択情報を外部に出力する。すなわち、選択
情報をDNA情報・チップ提供装置の(11):選択情報受
信部に送信することができる。なお、(5):選択情報送
信部が送信するDNA情報及び/又はDNAチップ選択
情報のデータについても、圧縮されたものであることが
好ましい。データ圧縮されたものであれば、通信回線の
使用時間を短縮して通信コストを節約できるとともに、
容量も節約できる。
【0030】また、DNA情報・チップ選択購入装置の
表示部は、(1):提供情報受信部を経由して(2):提供情
報蓄積・選択部が受信したDNA情報及び/又はDNA
チップ提供情報や、(2):提供情報蓄積・選択部の提供
情報のうち(3):選択情報入力部から選択入力された選
択情報等を表示する部位である。所望によりプリンター
等と接続させ、プリント可能とすることもできる。
【0031】(3)DNA情報・チップ提供装置 以下、DNA情報・チップ提供装置について説明する。
DNA情報・チップ提供装置は、図2に示すように、制
御部と、(11):選択情報受信部と、選択情報保存部、D
NA情報保存部、DNA試料保存部及びDNAチップ保
存部から成る(12):保存管理部と、(13):提供情報出力
・蓄積部と、(14):提供情報送信部と、DNA複製手段
・チップ活性化部・DNA固定部から成る(15):DNA
チップ作製部と、(16):DNA情報及び/又はDNA試
料購入部と、(17):DNAチップ情報解析部と、選択情
報、提供情報、保存管理情報等を表示する表示部と、を
備えている。
【0032】制御部は、マイコン或いはマイクロプロセ
ッサを含んで構成されており、DNA情報・チップ提供
装置全体を制御する。また、(12):保存管理部と(13):
提供情報出力・蓄積部は、随時に書き込みと読み出しと
が可能なRAM或いはフラッシュメモリ等、大容量の記
憶媒体にて構成される。
【0033】DNA情報・チップ提供装置の(11):選択
情報受信部は、DNA情報・チップ選択購入装置の
(4):選択情報出力部が出力し、(5):選択情報送信部が
送信する、ユーザーがDNA情報・チップ提供装置にお
いて選択した選択情報を受信する。さらに、新規DNA
情報及び/又はDNAチップの依頼情報をも受信する。
この(11):選択情報受信部にて受信された選択情報等
は、制御部によって(12):保存管理部の選択情報保存部
に蓄積される。
【0034】なお、DNA情報・チップ選択購入装置の
(5):選択情報送信部とDNA情報・チップ提供装置の
(11):選択情報受信部との間の通信回線(L1)は、機械
的且つ電気的に接触することによりデータの授受を行っ
ても良いが、機械的な接触のない赤外線通信、光通信或
いは電磁誘導通信等を利用することが好ましく、そうす
ることにより機密性、信頼性の高いDNA提供システム
にすることができる。
【0035】DNA情報・チップ提供装置の(12):保存
管理部は、DNA情報・チップ選択購入装置からのDN
A情報及び/又はDNAチップ選択情報を保存する選択
情報保存部と、提供可能なDNA情報に対するDNA情
報保存部と、DNAチップ作製用のDNA試料自体とD
NA試料の管理状況とを保存するDNA試料保存部と、
作製されたDNAチップ自体とDNAチップの管理状況
との保存及びユーザーへのDNAチップ発送業務を行う
DNAチップ保存部と、を含んで構成されるものであ
る。また、(12):保存管理部は、ユーザーが新規DNA
情報及び/又はDNAチップを依頼してきた場合、提供
情報としては保存していたがDNA情報・チップ選択購
入装置に未送信の状態であった場合には、これを送信す
るための指示を行なう機能を有する。さらに、(12):保
存管理部は、DNA情報やDNA試料が存在しない場合
には、(16):DNA情報及び/又はDNA試料購入部に
その旨を伝える機能をも有する。そして、(16):DNA
情報及び/又はDNA試料購入部が購入した情報及び試
料を、DNAチップ作製部に送り、DNAチップの作成
を指示する機能をも有する。
【0036】提供対象となるDNA情報・DNAチップ
は特に限定されず、オリゴヌクレオチドの他、RNAs
(mRNA・tRNA・rRNA等)、cDNA(相補
的DNA)或いはgDNA(染色体DNA)のライブラ
リー、これらのライブラリーからPCR増幅・プラスミ
ド増幅等を行った遺伝子・DNA断片等のDNA情報と
DNAチップが挙げられる。
【0037】DNA情報・チップ提供装置の(13):提供
情報出力・蓄積部は、選択情報に対応する提供情報を、
保存管理部から外部に出力可能にすると共に蓄積する。
(14):提供情報送信部は、この提供情報を通信回線(L
1)を利用して、外部に出力する。なお、(13):提供情
報出力・蓄積部が出力する選択情報のデータについて
も、圧縮されたものであることが好ましい。データ圧縮
されたものであれば、通信回線の使用時間を短縮して通
信コストを節約できるとともに、容量も節約できる。
【0038】DNA情報・チップ提供装置の表示部は、
(11):選択情報受信部を経由して(12):保存管理部が受
信した選択情報や(13):提供情報出力・蓄積部から出力
される提供情報等を表示する部位である。所望によりプ
リンター等との接続でプリント可能とすることもでき
る。
【0039】DNA情報・チップ提供装置の(15):DN
Aチップ作製部は、ユーザー所望のDNAチップが保存
管理部のDNAチップ保存部に在庫しないときに該DN
Aチップを作製する機能を有し、DNA複製手段と、チ
ップ活性化部と、DNA固定部とを備えている。この(1
5):DNAチップ作製部は、DNA情報・チップ提供元
である提供会社が通常は所有しているが、他の機関が所
有し提供会社が外注する形であってもよい。また、(1
6):DNA情報及び/又はDNA試料購入部は、(12):
保存管理部からの指示に応じて、ユーザー所望のDNA
チップを作製するためのDNA試料も在庫しないとき
や、新規DNA情報及び/又はDNAチップの別注依頼
に対応してDNA情報及び/又はDNA試料を他の提供
機関或いはユーザーから購入する。
【0040】(15):DNAチップ作製部のDNA複製手
段では、ユーザーの選択情報に基づき、提供会社が提供
可能なDNA試料及び/又はDNAチップを複製すべ
く、特定の塩基配列領域の選択及び複製処理を行う。実
際の複製手段は、DNA試料をプラスミド等のベクター
系に組み込んだ形での複製方法も可能であるが、後述す
るように、複製操作の極端な簡素化及び複製時間の大幅
な短縮化が可能な形であるDNAライブラリーを固定し
たマザーチップを利用した無ベクター系で行う(以下の
[0043]〜[0046]で説明)。
【0041】次に、(15):DNAチップ作製部のチップ
活性化部では、複製処理されたDNA試料を固定できる
ようにチップ表面の化学的処理を行う。チップ(固定化
用基板)としては、例えば、ダイヤモンド、シリコン、
ガラス等の基板が挙げられるが、特にDNA固定化能力
や安定性に優れる点でダイヤモンドチップが好ましい。
ダイヤモンドチップ表面を洗浄後、紫外線照射下で表面
炭素原子の塩素化を行い、更にアンモニアガス存在下の
紫外線照射で塩素置換して表面炭素原子の化学修飾的ア
ミノ化を行ったダイヤモンドチップ製品を用いて、その
チップ表面のアミノ基に2価カルボン酸の1つのカルボ
キシル基をアミド結合させてカルボキシル化ダイヤモン
ドチップを作製する。次に、カルボキシル化ダイヤモン
ドチップの未修飾カルボキシル基を活性化した状態でオ
リゴヌクレオチド溶液に浸すことによって、2価カルボ
ン酸をリンカーとして所望の遺伝子・DNA断片の固定
に対応したオリゴヌクレオチドを化学修飾して、その先
に所望の遺伝子・DNA断片等のDNA試料が固定でき
るようにした活性化チップを作製する。
【0042】そして、(15):DNAチップ作製部のDN
A固定部では、オリゴヌクレオチドを化学修飾してDN
A試料を固定できるようにした活性化チップに、複製処
理されたDNA試料を実際に固定する。このときの固定
化オリゴヌクレオチドに複製処理されたDNA試料を共
有結合的に結合させる反応は、通常の分子生物学的キッ
ト試薬と関連酵素を利用して行う。
【0043】ここで、提供するDNAチップを作製する
ための遺伝子・DNA断片等のDNA試料は、(12):保
存管理部のDNA試料部で、新規購入直後のDNA試料
でチップに固定していない形か、或いはマザーチップの
形(こちらが主)で保存されている。一方、ユーザーか
らの新規DNA情報及び/又はDNAチップの別注依頼
の場合は、マザーチップがまだ存在しないことになる。
そこで、(16):DNA情報及び/又はDNA試料購入部
を通じて新規購入されたDNA試料は、遺伝子・DNA
断片の単独の形か、或いはライブラリー状態の形で購入
直後に上記と同様に固定化オリゴヌクレオチドに通常の
分子生物学的キット試薬と関連酵素を利用してマザーチ
ップとして固定する。通常、マザーチップは、マイクロ
波気相合成法による高熱伝導性薄膜(例えば厚さ0.1〜
0.2mm)から成るダイヤモンド断片(例えば3mm×3mm)
の片面上に、上記の固定化前処理を行った後にそのチッ
プ1枚あたり数百憶〜数千億個のDNA分子を固定した
状態でのcDNAライブラリー或いはgDNAライブラ
リーである。
【0044】DNA情報・チップ提供装置の(16):DN
A情報及び/又はDNA試料購入部が、DNA試料を、
トータルRNA試料として購入しcDNAライブラリー
(一本鎖)を構築した場合や、トータルRNA試料から
のcDNAライブラリー(一本鎖)としてはじめから購
入した場合、これらに対するマザーチップは、5’末端
に1〜3個のアデノシンかシチジンを持ったオリゴ(dT)
nを活性化ダイヤモンドチップにその5’側で固定した
オリゴ(dT)nチップを調製されたトータルRNA溶液に
浸して、逆転写酵素の添加で作製する。(トータルRN
A試料の一部は、常時、(12):保存管理部のDNA試料
保存部で保存管理される)。そのマザーチップ作製時の
mRNAのリサイクルする仕方での同様な固定化方法が
可能なレプリカ自動作製装置によって、20枚以上のマザ
ーチップに対するレプリカチップも1日足らずで作製で
きる。cDNAライブラリー(一本鎖)の二本鎖化は、
必要に応じてマザーチップ或いはレプリカチップ上で比
較的簡単に行うことができる。一方、DNA情報・チッ
プ提供装置の(16):DNA情報及び/又はDNA試料購
入部が、DNA試料をgDNA試料(二本鎖)として購
入した場合は、適当な制限酵素で処理した後に同一の制
限酵素部位を所有するオリゴヌクレオチドを固定した二
本鎖DNA固定用チップにライゲースを作用させてマザ
ーチップとして作製できる。(gDNA試料の一部は、
常時、(12):保存管理部のDNA試料保存部で保存管理
される)。このマザーチップを用いてのレプリカチップ
作製も、レプリカ自動作製装置を用いて可能である。
【0045】これらのマザーチップ及びレプリカチップ
は、それぞれのチップの背面に刻印された識別用ナンバ
ー(マザーチップID番号)に基づいて、DNA情報・
チップ提供装置の(12):保存管理部のDNA試料保存部
に保管管理されている。
【0046】保存管理されているcDNAライブラリー
及びgDNAライブラリーのそれぞれのマザーチップ或
いはレプリカチップを利用して、それらのライブラリー
中に含まれる個々の遺伝子或いはDNA断片をPCR増
幅した後、その増幅産物を上記と同様に個々の活性化ダ
イヤモンドチップに固定したドウターチップを作製す
る。それらドウターチップに対しても、それぞれの背面
に刻印された識別用ナンバー(ドウターチップID番
号)に基づいてDNA情報・チップ提供装置の(12):保
存管理部のDNAチップ保存部に保管されている。
【0047】通信回線(L2)を介して購入されたDNA
情報単独或いはDNA試料購入に伴う該DNA情報の保
存及びマザーチップ、レプリカチップ、ドウターチップ
の管理情報の保存は、DNA情報・チップ提供装置の(1
2):保存管理部のDNA情報保存部で行われる。
【0048】(17):DNAチップ情報解析部は、購入し
たDNA試料を固定したDNAチップの情報解析を行
う。情報解析は、常に行なうものとしてもよいが、ユー
ザーが希望する場合に行われるものとしてもよい。
【0049】(4)「ジーン・ネット・バンク(GN
B)」によるDNA提供プロセス 次に、上述のDNA提供システム「ジーン・ネット・バ
ンク(GNB)」のDNA情報・チップ選択購入装置と
DNA情報・チップ提供装置の取り扱い方を図2のDN
A提供システムと図3〜5のフローチャートで説明す
る。
【0050】〔主システム〕図3は、DNA情報及び/
又はDNAチップの送信・発送まで〔主システム〕の一
連のフローを示すものである。まず、DNA情報・チッ
プ選択購入装置の(3):選択情報入力部から制御部に信
号を送り、(2):提供情報蓄積・選択部から提供情報を
開く。この操作は、ユーザーが行なうことになる。ユー
ザーの手元にDNA情報・チップ選択購入装置がない場
合は、該装置の設置場所に赴いて行なうことになる。
【0051】ユーザーは、(2):提供情報蓄積・選択部
から所望の提供情報を選択し、例えば押釦スイッチを押
すと、制御部は、選択したDNA情報及び/又はDNA
チップ(選択情報)が、提供情報の範囲内か否かを確認
する。例えば、ユーザーが、ある疾病等に関与するDN
A情報及び/又はDNAチップを選択した場合、これを
問い返してユーザー所望の提供情報を確認、認識する。
選択情報が、提供情報の範囲内である場合には(図3の
Yes)、以下のステップに進む。一方、選択情報が、
提供情報の範囲内ではない場合には(図3のNo
(*))、その状態では選択情報としてそのまま受け付
けることができないので、図5で説明する〔付随システ
ム〕のステップに進むことになる。
【0052】次に、(2):提供情報蓄積・選択部から所
望の提供情報を読み出し、(4):選択情報出力・蓄積部
経由で(5):選択情報送信部から選択情報を出力する。
すなわち、(2):提供情報蓄積・選択部から所望の提供
情報の中から、(3):選択情報入力部でユーザーが所望
の提供情報を選択情報を入力すると、(4):選択情報出
力・蓄積部が、かかる情報を出力可能にしてこれを蓄積
した後に、(5):選択情報送信部がかかる情報を外部に
出力する。
【0053】そして、DNA情報・チップ選択購入装置
とDNA情報・チップ提供装置とで送受信可能な場合に
は(Yes)、以下のステップに進む。
【0054】次に、DNA情報・チップ選択購入装置か
らの選択情報の信号を、DNA情報・チップ提供装置の
(11):選択情報受信部経由で制御部に送り、(12):保存
管理部からの所望のDNAチップ保存情報及び/又はD
NA情報とを読み出し、(13):提供情報出力・蓄積部、
(15):提供情報送信部経由で、DNA情報・チップ選択
購入装置の(1)提供情報受信部に送る。DNAチップ保
存情報とは、DNAチップが在庫する旨の情報や、DN
Aチップに対するマザーチップ、レプリカチップ或いは
DNA試料は存在するが、DNAチップ保存部には該D
NAチップが在庫していない旨の情報である。
【0055】ユーザーがDNA情報を所望する場合、D
NA情報・チップ選択購入装置とDNA情報・チップ提
供装置とで送受信可能なことを条件に(Yes)、DN
A情報・チップ提供装置から読み出した対応DNA情報
が送信される。ユーザーは、所望のDNA情報を、DN
A情報・チップ選択購入装置の受信部を介して受け取る
ことができる。
【0056】一方、ユーザーがDNAチップを所望する
場合、所望のDNAチップが保存されている(在庫があ
る)場合は(Yes)、そのDNAチップがユーザーに
対して発送される。所望のDNAチップが保存されてい
ない(在庫がない)場合には、〔付随システム〕の図4
のフローに進む。
【0057】なお、ユーザーがDNA情報とDNAチッ
プのいずれも所望する場合には、以上説明したプロセス
で、該DNA情報を付随したDNAチップを(12):保存
管理部のDNAチップ保存部からユーザーに発送する。
発送の際には、請求書をつけるなどして代金支払いを請
求する。
【0058】〔付随システム〕 〔1〕ユーザーの選択したDNAチップに対するマザー
チップ、レプリカチップ或いはDNA試料は存在する
が、DNAチップ保存部には該DNAチップが在庫して
いない場合(図4)。図4は、ユーザーの選択したDN
Aチップの在庫がない場合の、DNAチップ作製、発送
のプロセスの一連のフローを示すものである。所望のD
NAチップが保存されていない(在庫がない)場合に
は、DNA情報・チップ提供装置の(12):保存管理部
が、DNA試料などの不足している材料を調達する。具
体的には、(16):DNA情報及び/又はDNA試料購入
部に購入を依頼し、他の提供機関やユーザーにDNA試
料に限らず、チップ材料その他DNAチップを作製する
のに必要な材料を依頼することにより調達する。
【0059】チップに対応するDNA試料を固定できる
場合は(Yes)、(15):DNAチップ作製部でDNA
試料を固定し、ドウターチップとして作製する。すなわ
ち、(16):DNA情報及び/又はDNA試料購入部がD
NA試料等を購入すると、(12):保存管理部が指示を受
け、(15):DNAチップ作製部に対しDNA試料を送る
と共に、DNAチップ作製を指示する。作製したDNA
チップの情報解析が必要でない場合には(No)、作製
したDNAチップをユーザーに発送する。発送の際に
は、請求書をつけるなどして代金支払いを請求する。一
方、DNAチップの情報解析が必要な場合には(Ye
s)、(17):DNAチップ情報解析部で塩基配列を解析
が行なわれ、(12):保存管理部のDNA情報保存部に解
析情報を保存するとともに、DNAチップが発送され
る。
【0060】〔2〕提供情報にない新規DNA情報及び
/又はDNAチップの依頼があった場合(図5) 一方、図5は、提供情報の中に、ユーザーが所望するD
NA情報及び/又はDNAチップが存在していない場合
の処理フローを示すものである。DNA情報・チップ選
択購入装置の(2):提供情報蓄積・選択部の提供情報の
中に、ユーザー所望のDNA情報及び/又はDNAチッ
プが存在していない場合には(No(*))、選択購入
装置と提供装置とで送受信可能なことを条件に(Ye
s)、選択情報の信号を、DNA情報・チップ選択購入
装置の(5):選択情報送信部からDNA情報・チップ提
供装置の(11):選択情報受信部に接続し、新規の提供依
頼情報としてDNA情報・チップ提供装置の(12):保存
管理部に転送する。なお、選択情報の信号は、通常の場
合と同様にユーザーが(3):選択情報入力部に入力され
た新規DNA情報及び/又はDNAチップを、(4):選
択情報出力・蓄積部が、かかる情報を出力可能にしてこ
れを蓄積した後に、(5):選択情報送信部がかかる情報
を信号として外部に出力したものである。そして、(1
2):保存管理部のDNA情報保存部、DNA試料保存
部、DNAチップ保存部に、選択情報に対応した新規D
NA情報及び/又はDNAチップが存在するか否かを問
い合わせる。
【0061】対応した新規DNA情報及び/又はDNA
チップが(12):保存管理部に加わっている場合は、DN
A情報・チップ提供装置の制御部は、その旨を、(13)提
供情報出力・蓄積部及び(14)提供情報送信部を介して、
DNA情報・チップ選択購入装置の(2):提供情報蓄積
・選択部に返送して提供情報の中に追加挿入するととも
に、ユーザーの所望したDNA情報及び/又はDNAチ
ップを選択情報として受け付ける(図3の(*)に戻
り、上述したプロセスを繰り返す)。また、対応した新
規提供情報が存在しないときには(No)、ユーザーは
購入を諦めて通信全般を止めるか(Stop)、新規D
NA情報及び/又はDNAチップの別注依頼を行う(図
4の(**))。
【0062】新規DNA情報及び/又はDNAチップの
別注依頼を受けたDNA情報・チップ提供装置の(12):
保存管理部は、購入部を通してDNA情報及び/又はD
NA試料の提供側からユーザー所望の新規DNA情報或
いは新規DNA情報及び/又はDNA試料を探し出して
購入する。そして、マザーチップとして新規DNAチッ
プを作製し、そのドウターチップを作製して該DNA情
報を付随してユーザーに発送すると共に(12):保存管理
部のDNAチップ保存部にも何枚かのスペアーを保存す
る。
【0063】
【発明の効果】請求項1記載の本発明のDNA提供シス
テム「ジーン・ネット・バンク(GNB)」におけるD
NAチップ作製操作は、DNA情報・チップ提供装置の
(12):保存管理部に蓄積されているデータに基づいて行
っているものであり、ユーザーは、時刻や場所や環境等
の要因に束縛されることなくDNA情報・DNAチップ
を得ることができ、効率的な研究、診断を行うことがで
きる。
【0064】また、請求項1記載の本発明によれば、ユ
ーザーは、DNAの機能を選択するだけでその機能を有
するDNAの塩基配列情報や該DNAチップ等を即座に
入手することもできるので、研究や疾病診断に有用であ
る。
【0065】更に、請求項1記載の本発明によれば、D
NA情報・DNAチップ提供会社もユーザーの希望を早
急に受信することができるので、すばやいサービス提供
が可能であると共に顧客の増加による収入の増加が多い
に期待できる。そして、請求項1記載の本発明のシステ
ムを利用して、特にDNAの塩基配列解析や機能究明に
多額の投資を行ってきた大学・研究所・企業等もそれら
の投資を十分に回収することができるようになる。
【図面の簡単な説明】
【図1】請求項1記載の本発明のシステムの概略を示す
ブロック図である。
【図2】請求項1記載の本発明のシステムによるDNA
提供システムの概略を示すブロック図である。
【図3】請求項1記載の本発明のシステムの使用状況を
示す説明図である。
【図4】請求項1記載の本発明のシステムの使用状況を
示す説明図である。
【図5】請求項1記載の本発明のシステムの使用状況を
示す説明図である。
【図6】提供情報検索画面の一例を示す説明図である。
【図7】提供情報一覧画面の一例を示す説明図である。
【図8】選択画面の一例を示す説明図である。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 15/09 ZEC G01N 37/00 102 G01N 33/53 A61K 31/711 37/00 102 48/00 // A61K 31/711 A61P 43/00 105 48/00 C12N 15/00 ZECA A61P 43/00 105 F (72)発明者 高橋浩二郎 広島県広島市南区宇品御幸1丁目9番26号 Fターム(参考) 4B024 AA19 CA01 HA20 4B029 AA07 AA27 FA15 4C084 AA13 NA14 ZB212 4C086 AA01 EA16 NA14 ZB21

Claims (9)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 通信回線を介して提供されるDNA情報
    及び/又はDNAチップ情報(以下、提供情報とい
    う。)を受信する提供情報受信部と、提供情報受信部が
    受信する提供情報の蓄積とその蓄積された提供情報の中
    からユーザー所望の提供情報の選択を行う提供情報蓄積
    ・選択部と、提供情報蓄積・選択部の提供情報からユー
    ザーが選択するDNA情報及び/又はDNAチップ選択
    情報(以下、選択情報という。)を入力する選択情報入
    力部と、選択情報入力部で選択された選択情報を出力可
    能にすると共に蓄積する選択情報出力・蓄積部と、選択
    情報出力・蓄積部からの選択情報を外部に出力する選択
    情報送信部と、提供情報・選択情報等を表示・制御する
    表示部・制御部と、を備えるDNA情報・チップ選択購
    入装置、及び、選択購入装置の選択情報送信部からの選
    択情報を受信する選択情報受信部と、選択情報、DNA
    情報、DNAチップのためのDNA試料、DNAチップ
    を保存する保存管理部と、選択情報に対応する提供情報
    を保存管理部から外部に出力可能にすると共に蓄積する
    提供情報出力・蓄積部と、提供情報出力・蓄積部からの
    提供情報を外部に出力する提供情報送信部と、ユーザー
    所望のDNAチップが保存管理部のDNAチップ保存部
    に在庫しないときに該DNAチップを作製するDNAチ
    ップ作製部と、提供情報・選択情報等を表示・制御する
    表示部・制御部と、を備えるDNA情報・チップ提供装
    置、を含んで成るDNA提供システム。
  2. 【請求項2】 前記DNA情報・チップ選択購入装置に
    おいて、選択情報入力部はさらに、提供情報にない新規
    DNA情報及び/又はDNAチップ(以下、新規DNA
    情報及び/又はDNAチップという。)を入力する機能
    を有するとともに、選択情報出力・蓄積部は、かかる情
    報を出力可能にしてこれを蓄積する機能を有するととも
    に、選択情報送信部が新規DNA情報及び/又はDNA
    チップを外部に出力する機能を有するものである請求項
    1に記載のDNA提供システム。
  3. 【請求項3】 前記DNA情報・チップ提供装置におい
    て、選択情報受信部は、選択購入装置の選択情報送信部
    からの新規DNA情報及び/又はDNAチップを受信す
    る機能をも有し、保存管理部は、新規DNA情報及び/
    又はDNAチップについて、提供情報としては保存して
    いたがDNA情報・チップ選択購入装置に未送信の状態
    であった場合には、これを送信するための指示を行なう
    機能を、さらに有し、提供情報出力・蓄積部は、かかる
    新規DNA情報及び/又はDNAチップを提供情報とし
    て保存管理部から外部に出力可能にすると共に蓄積する
    機能をさらに有するものである請求項2に記載のDNA
    提供システム。
  4. 【請求項4】 前記DNA情報・チップ提供装置が、ユ
    ーザー所望のDNAチップを作製するためのDNA試料
    も在庫しないときに、DNA情報及び/又はDNA試料
    を他の提供機関或いはユーザーから購入するDNA情報
    及び/又はDNA試料購入部を、更に備えるものである
    請求項1〜3のいずれかに記載のDNA提供システム。
  5. 【請求項5】 前記DNA情報・チップ提供装置が、購
    入したDNA試料を固定したDNAチップの情報解析を
    行うDNAチップ情報解析部を、更に備えるものである
    請求項1〜4のいずれかに記載のDNA提供システム。
  6. 【請求項6】 前記DNA情報・チップ選択購入装置の
    選択情報送信部と前記DNA情報・チップ提供装置の選
    択情報受信部との間の選択情報の授受を、非接触にて成
    すようにした請求項1〜5のいずれかに記載のDNA提
    供システム。
  7. 【請求項7】 前記DNA情報・チップ提供装置の提供
    情報送信部と前記DNA情報・チップ選択購入装置の提
    供情報受信部との間の提供情報の授受を、非接触にて成
    すようにした請求項1〜6のいずれかに記載のDNA提
    供システム。
  8. 【請求項8】 前記DNA情報・チップ提供装置の保存
    管理部が、選択情報保存部、DNA情報保存部、DNA
    試料保存部及びDNAチップ保存部を含んで成る請求項
    1〜7のいずれかに記載のDNA提供システム。
  9. 【請求項9】 前記DNA情報・チップ提供装置のDN
    Aチップ作製部が、DNA複製手段、チップ活性化部及
    びDNA固定部を含んで成る請求項1〜8のいずれかに
    記載のDNA提供システム。
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