ES2627446T3

ES2627446T3 - Marcadores de riesgo para enfermedad cardiovascular

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Publication number: ES2627446T3
Application number: ES10725412.0T
Authority: ES
Inventors: Eduardo Salas Pérez-Rasilla; Jaume Marrugat de la Iglesia; Roberto Elosua Llanos; Sergio Castillo Fernandez; Joan Salgado Gómez; José Maria ORDOVÁS MUNOZ
Original assignee: Gendiag exe SL
Current assignee: Gendiag exe SL
Priority date: 2009-06-09
Filing date: 2010-06-09
Publication date: 2017-07-28
Anticipated expiration: 2030-06-09
Also published as: UY32698A; PT2440674T; ES2623633T3; MX2011013243A; PT2264183T; US9957565B2; AU2010257482B2; RU2524659C2; CA2764693C; EP2264183B1; EP2264183A1; EP2440674B1; US20120141450A1; BRPI1013082A2; WO2010142713A1; PE20121029A1; EP2440674A1; CL2011003129A1; AR077026A1; CA2764693A1

Abstract

Método para determinar si un sujeto tiene un riesgo aumentado de padecer una enfermedad o trastorno cardiovascular adverso en un sujeto, que comprende las etapas de determinar, en una muestra aislada de dicho sujeto, la presencia de polimorfismos en las posiciones 27 de las secuencias de ácido nucleico de SEQ ID NO: 1, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 y 12, en el que la presencia en la posición 27 de una C en SEQ ID NO: 1, C en SEQ ID NO: 3, T en SEQ ID NO: 4, A en SEQ ID NO: 6, T en SEQ ID NO: 7, C en SEQ ID NO: 8, C en SEQ ID NO: 9, T en SEQ ID NO: 10 y C en SEQ ID NO: 12 es indicativa de un riesgo aumentado de padecer una enfermedad o trastorno cardiovascular adverso.

Description

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El término “determinar si un sujeto tiene un riesgo alterado”, tal como se usa en el presente documento, se refiere a la evaluación de la probabilidad según la cual un sujeto va a padecer una enfermedad. El término “determinar la respuesta a una terapia cardiovascular”, tal como se usa en el presente documento, se refiere a la evaluación de la probabilidad de que un sujeto vaya a responder a una terapia. Tal como entenderán los expertos en la técnica, dicha evaluación, aunque se preferiría que fuera correcta, habitualmente puede no serlo para el 100 % de los sujetos que van a diagnosticarse o evaluarse. Sin embargo, el término requiere que pueda identificarse una parte estadísticamente significativa de sujetos como que tienen un riesgo aumentado o como que responden a la terapia. Si una parte es estadísticamente significativa, puede determinarse sin más preámbulos por el experto en la técnica usando diversas herramientas de evaluación estadística bien conocidas, por ejemplo, determinación de intervalos de confianza, determinación del valor de p, prueba de la t de Student, prueba de Mann-Whitney, etc. Se encuentran detalles en Dowdy y Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, Nueva York 1983. Intervalos de confianza preferidos son al menos el 50 %, al menos el 60 %, al menos el 70 %, al menos el 80 %, al menos el 90 % al menos el 95 %. Los valores de p son, preferiblemente, 0,2, 0,1 ó 0,05.

El término “enfermedad o trastorno cardiovascular”, tal como se usa en el presente documento, incluye enfermedades que afectan al corazón o a los vasos sanguíneos o a ambos o que están asociadas a los sistemas cardiopulmonar y circulatorio incluyendo pero sin limitarse a isquemia, angina de pecho, estados edematosos, arteriosclerosis, cardiopatía coronaria, oxidación de LDL, adhesión de monocitos a células endoteliales, formación de células espumosas, desarrollo de estría grasa, adherencia y agregación de plaquetas, proliferación de células de músculo liso, lesión por reperfusión, hipertensión arterial, enfermedad trombótica, arritmia (auricular o ventricular o ambas); alteraciones del ritmo cardíaco; isquemia de miocardio; infarto de miocardio; aneurisma cardíaco o vascular; vasculitis, accidente cerebrovascular; arteriopatía obstructiva periférica de una extremidad, un órgano o un tejido; lesión por reperfusión tras isquemia del cerebro, el corazón u otro órgano o tejido, choque endotóxico, quirúrgico o traumático; hipertensión, valvulopatía, insuficiencia cardíaca, tensión arterial anómala; choque; vasoconstricción (incluyendo la asociada a migrañas); anomalía vascular, inflamación, insuficiencia limitada a un único órgano o tejido.

En una realización preferida, la enfermedad cardiovascular cuyo riesgo va a detectarse se selecciona del grupo de infarto de miocardio, accidente cerebrovascular, angina de pecho, accidentes isquémicos transitorios, insuficiencia cardiaca congestiva, aneurisma aórtico o una combinación de los mismos.

El término “terapia cardiovascular”, tal como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier tipo de tratamiento que da como resultado la mejora o reduce el riesgo de padecer cualquiera de las enfermedades cardiovasculares mencionadas anteriormente. Las terapias adecuadas para su uso en la presente invención incluyen, sin limitación, anticoagulantes, agentes antiplaquetarios, agentes trombolíticos, antitrombóticos, agentes antiarrítmicos, agentes que prolongan la repolarización, agentes antihipertensores, vasodilatadores, antihipertensores, diuréticos, agentes ionotrópicos, agentes antianginosos y similares.

Los ejemplos no limitativos de anticoagulantes incluyen acenocumarol, ancrod, anisindiona, bromindiona, clorindiona, cumetarol, ciclocumarol, sulfato sódico de dextrano, dicumarol, difenadiona, biscumacetato de etilo, etilidendicumarol, fluindiona, heparina, hirudina, liapolato sódico, oxazidiona, polisulfato de pentosano, fenindiona, fenprocumón, fosvitina, picotamida, tioclomarol y warfarina.

Los ejemplos no limitativos de agentes antiplaquetarios incluyen aspirina, un dextrano, dipiridamol (Persantin), heparina, sulfinpiranona (Anturane), clopidrogel y ticlopidina (Ticlid). Los ejemplos no limitativos de agentes trombolíticos incluyen activador de plasminógeno tisular (Activase), plasmina, pro-urocinasa, urocinasa (Abbokinase) estreptocinasa (Streptase), anistreplasa/APSAC (Eminase).

En determinadas realizaciones en las que un paciente está padeciendo una hemorragia o tiene una posibilidad aumentada de padecer hemorragia, puede usarse un agente que puede potenciar la coagulación sanguínea. Los ejemplos no limitativos de agentes que promueven la coagulación sanguínea incluyen antagonistas de agentes trombolíticos y antagonistas de anticoagulantes. Los ejemplos no limitativos de antagonistas de anticoagulantes incluyen protamina y vitamina K1.

Los ejemplos no limitativos de antagonistas de agentes trombolíticos incluyen ácido aminocaproico (Amicar) y ácido tranexámico (Amstat). Los ejemplos no limitativos de antitrombóticos incluyen anagrelida, argatrobán, cilstazol, daltrobán, defibrotida, enoxaparina, fraxiparina, indobufeno, lamoparán, ozagrel, picotamida, plafibrida, tedelparina, ticlopidina y triflusal.

Los ejemplos no limitativos de agentes antiarrítmicos incluyen agentes antiarrítmicos de clase I (bloqueantes de los canales de sodio), agentes antiarrítmicos de clase II (bloqueantes beta-adrenérgicos), agentes antiarrítmicos de clase III (fármacos que prolongan la repolarización), agentes antiarrítmicos de clase IV (bloqueantes de los canales de calcio) y agentes antiarrítmicos diversos.

Los ejemplos no limitativos de bloqueantes de los canales de sodio incluyen agentes antiarrítmicos de clase IA, clase IB y clase IC. Los ejemplos no limitativos de agentes antiarrítmicos de clase IA incluyen dispiramida (Norpace),

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realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, la presencia o ausencia del SNP se identifica hibridando la muestra de ácido nucleico con un cebador marcado con un resto detectable. En otras realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el resto detectable se detecta en un ensayo enzimático, radioensayo, inmunoensayo o mediante detección de fluorescencia. En otras realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el cebador se marca con un colorante detectable (por ejemplo, SYBR Green I, YO-PRO-I, naranja de tiazol, Hex, PicoGreen, Edans, fluoresceína, FAM o TET). En otras realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, los cebadores se ubican en un chip. En otras realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, los cebadores para amplificación son específicos para dichos SNP.

Otro método para la amplificación es la reacción en cadena de la ligasa (“LCR”). La LCR difiere de la PCR porque amplifica la molécula de sonda en lugar de producir un amplicón a través de la polimerización de nucleótidos. En la LCR, se preparan dos pares de sondas complementarias, y en presencia de una secuencia diana, cada par se unirá a cadenas complementarias opuestas de la diana de manera que estén en contacto. En presencia de una ligasa, los dos pares de sonda se unirán para formar una única unidad. Mediante ciclos de temperatura, como en la PCR, las unidades ligadas vinculadas se disocian de la diana y entonces sirven como “secuencias diana” para la ligación de pares de sondas sobrantes. La patente estadounidense n.º 4.883.750 describe un método similar a la LCR para unir pares de sondas a una secuencia diana.

Amplificación isotérmica

Un método de amplificación isotérmica, en el que se usan endonucleasas de restricción y ligasas para lograr la amplificación de moléculas diana que contienen nucleótidos 5’-[[alfa]-tio]-trifosfatos en una cadena de un sitio de restricción también puede ser útil en la amplificación de ácidos nucleicos en la presente invención. En una realización, se usa el método de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) para la tipificación de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP).

Amplificación por desplazamiento de cadena

La amplificación por desplazamiento de cadena (SDA) es otro método de llevar a cabo la amplificación isotérmica de ácidos nucleicos que implica múltiples rondas de desplazamiento y síntesis de cadenas, es decir, desplazamiento de mella. Un método similar, denominado reacción en cadena de reparación (RCR), implica hibridar varias sondas por toda una región seleccionada como diana para la amplificación, seguido por una reacción de reparación en la que sólo están presentes dos de las cuatro bases. Las otras dos bases pueden añadirse como derivados biotinilados para una fácil detección.

Amplificación basada en la transcripción

Otros procedimientos de amplificación de ácidos nucleicos incluyen sistemas de amplificación basada en la transcripción, incluyendo amplificación basada en secuencias de ácidos nucleicos. En la amplificación basada en secuencias de ácidos nucleicos, los ácidos nucleicos se preparan para la amplificación mediante extracción convencional con fenol/cloroformo, desnaturalización con calor de una muestra clínica, tratamiento con tampón de lisis y columnas MiniSpin para aislamiento de ADN y ARN o extracción de ARN con cloruro de guanidinio. Estas técnicas de amplificación implican hibridar un cebador, que tiene secuencias específicas diana. Tras la polimerización, se digieren híbridos de ADN/ARN con ARNasa H mientras que las moléculas de ADN bicatenario se desnaturalizan con calor de nuevo. En cualquier caso, el ADN monocatenario se convierte completamente en bicatenario mediante la adición del segundo cebador específico de diana, seguido por polimerización. Las moléculas de ADN bicatenario se transcriben entonces múltiples veces mediante una polimerasa tal como T7 o SP6. En una reacción cíclica isotérmica, los ARN se someten a transcripción inversa dando ADN bicatenario, y se transcriben una vez más con una polimerasa tal como T7 o SP6. Los productos resultantes, ya estén truncados o completos, indican secuencias diana específicas.

Pueden usarse otros métodos de amplificación según la presente invención. En una realización, se usan cebadores “modificados” en una síntesis dependiente de molde y enzimas de forma similar a la PCR. Los cebadores pueden modificarse mediante marcaje con un resto de captura (por ejemplo, biotina) y/o un resto detector (por ejemplo, una enzima). En presencia de una secuencia diana, la sonda se une y se escinde catalíticamente. Tras la escisión, la secuencia diana se libera intacta para unirse mediante la sonda sobrante. La escisión de la sonda marcada señaliza la presencia de la secuencia diana. En otro enfoque, un procedimiento de amplificación de ácido nucleico implica sintetizar de manera cíclica ARN monocatenario (“ARNmc”), ADNmc y ADN bicatenario (ADNbc) que pueden usarse según la presente invención. El ARNmc es un primer molde para un primer oligonucleótido de cebador, que se extiende mediante transcriptasa inversa (ADN polimerasa dependiente de ARN). Entonces se retira el ARN del dúplex ADN:ARN resultante mediante la acción de la ribonucleasa H (ARNasa H, una ARNasa específica para ARN en dúplex o bien con ADN o bien con ARN). El ADNmc resultante es un segundo molde para un segundo cebador, que también incluye las secuencias de un promotor de ARN polimerasa (ejemplificado mediante ARN polimerasa de T7) en 5’ por su homología con el molde. Este cebador se extiende entonces mediante ADN polimerasa (ejemplificada mediante el fragmento “Klenow” grande de una ADN polimerasa I de E. coli), que da como resultado una molécula de ADN bicatenario (“ADNbc”), que tiene una secuencia idéntica a la del ARN original entre los

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cebadores y que tiene adicionalmente, en un extremo, una secuencia de promotor. Esta secuencia de promotor puede usarse por la ARN polimerasa apropiada para obtener muchas copias de ARN del ADN. Estas copias pueden volver a entrar entonces en el ciclo lo que conduce a una amplificación muy rápida. Con la elección apropiada de enzimas, esta amplificación puede realizarse de manera isotérmica sin la adición de enzimas en cada ciclo. Debido a la naturaleza cíclica de este procedimiento, puede elegirse que la secuencia de partida esté en forma o bien de ADN

o bien de ARN.

Métodos para la separación de ácidos nucleicos

Puede ser deseable separar productos de ácido nucleico de otros materiales, tales como el molde y el cebador sobrante. En una realización, los productos de amplificación se separaran mediante electroforesis en gel de agarosa, agarosa-acrilamida o poliacrilamida usando métodos convencionales (Sambrook et al., 1989). Los productos de amplificación separados pueden cortarse y eluirse del gel para su manipulación adicional. Usando geles de agarosa de bajo punto de fusión, puede retirarse la banda separada calentando el gel, seguido por extracción del ácido nucleico. La separación de ácidos nucleicos también puede efectuarse por técnicas cromatográficas conocidas en la técnica. Hay muchos tipos de cromatografía que pueden usarse en la práctica de la presente invención, incluyendo cromatografía de adsorción, partición, intercambio iónico, hidroxiapatita, tamiz molecular, fase inversa, columna, papel, capa fina y gases así como HPLC. En determinadas realizaciones, se visualizan los productos de amplificación. Un método de visualización típico implica la tinción de un gel con bromuro de etidio y la visualización de bandas bajo luz UV. Alternativamente, si los productos de amplificación se marcan de manera integral con nucleótidos radiomarcados o marcados fluorométricamente, los productos de amplificación separados pueden exponerse a una película de rayos X o visualizarse con luz que muestra los espectros de excitación apropiados.

Alternativamente, la presencia de las posiciones polimórficas según el método de la invención puede determinarse mediante hibridación o falta de hibridación con una sonda de ácido nucleico adecuada específica para un ácido nucleico polimórfico pero no con el ácido nucleico mutado. Mediante “hibridar” quiere decirse emparejarse para formar una molécula bicatenaria entre secuencias de polinucleótidos complementarias, o partes de las mismas, en diversas condiciones de rigurosidad. Por ejemplo, una concentración de sal rigurosa normalmente será de menos de aproximadamente 750 mM de NaCl y 75 mM de citrato de trisodio, preferiblemente menos de aproximadamente 500 mM de NaCl y 50 mM de citrato de trisodio, y más preferiblemente menos de aproximadamente 250 mM de NaCl y 25 mM de citrato de sodio. Puede obtenerse hibridación de baja rigurosidad en ausencia de un disolvente orgánico, por ejemplo, formamida, mientras que puede obtenerse hibridación de alta rigurosidad en presencia de formamida a al menos aproximadamente el 35 %, y más preferiblemente formamida a al menos aproximadamente el 50 %. Las condiciones de temperatura rigurosas normalmente incluirán temperaturas de al menos aproximadamente 30 ºC, más preferiblemente de al menos aproximadamente 37 ºC y lo más preferiblemente de al menos aproximadamente 42 ºC. Los expertos en la técnica conocen bien diversos parámetros adicionales, tales como el tiempo de hibridación, la concentración de detergente, por ejemplo, dodecilsulfato de sodio (SDS) y la inclusión o exclusión de ADN portador. Se logran diversos niveles de rigurosidad combinando estas condiciones diversas según sea necesario. En una realización preferida, la hibridación se producirá a 30 ºC en NaCl 750 mM, citrato de trisodio 75 mM y SDS al 1 %. En una realización más preferida, la hibridación se producirá a 37 ºC en NaCl 500 mM, citrato de trisodio 50 mM, SDS al 1 %, formamida al 35 % y ADN de esperma de salmón (ADNss) desnaturalizado 100 [mu]g/ml. En la realización más preferida, la hibridación se producirá a 42ºC en NaCl 250 mM, citrato de trisodio 25 mM, SDS al 1 %, formamida al 50 % y ADNss 200 [mu]g/ml. Variaciones útiles en estas condiciones resultarán fácilmente evidentes para los expertos en la técnica.

Para la mayoría de las aplicaciones, las etapas de lavado que siguen a la hibridación también variarán en rigurosidad. Las condiciones de rigurosidad del lavado pueden definirse mediante la concentración de sal y mediante la temperatura. Como anteriormente, la rigurosidad de lavado puede aumentarse disminuyendo la concentración de sal o aumentando la temperatura. Por ejemplo, una concentración de sal rigurosa para las etapas de lavado será preferiblemente de menos de aproximadamente 30 mM de NaCl y 3 mM de citrato de trisodio, y lo más preferiblemente de menos de aproximadamente 15 mM de NaCl y 1,5 mM de citrato de trisodio. Las condiciones de temperatura rigurosas para las etapas de lavado normalmente incluirán una temperatura de al menos aproximadamente 25 ºC, más preferiblemente de al menos aproximadamente 42 ºC e incluso más preferiblemente de al menos aproximadamente 68 ºC. En una realización preferida, las etapas de lavado se producirán a 25 ºC en NaCl 30 mM, citrato de trisodio 3 mM y SDS al 0,1 %. En una realización más preferida, las etapas de lavado se producirán a 42 ºC en NaCl 15 mM, citrato de trisodio 1,5 mM y SDS al 0,1 %. En una realización más preferida, las etapas de lavado se producirán a 68 ºC en NaCl 15 mM, citrato de trisodio 1,5 mM y SDS al 0,1 %. Variaciones adicionales en estas condiciones resultarán fácilmente evidentes para los expertos en la técnica. Los expertos en la técnica conocen bien las técnicas de hibridación y se describen, por ejemplo, en Benton y Davis (Science 196: 180, 1977); Grunstein y Hogness (Proc. Natl. Acad. Sci., USA 72:3961, 1975); Ausubel et al. (Actual Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience, Nueva York, 2001); Berger y Kimmel (Guide to Molecular Cloning Techniques, 1987, Academic Press, Nueva York); y Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Nueva York.

Las moléculas de ácido nucleico útiles para la hibridación en los métodos de la invención incluyen cualquier molécula de ácido nucleico que muestre identidad sustancial como para poder hibridarse específicamente con los

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limitación, edad, raza, sexo, índice de masa corporal, tensión arterial, estado de tabaquismo, antecedentes de consumo de alcohol, antecedentes de tabaquismo, antecedentes de ejercicio, dieta, antecedentes familiares de enfermedad cardiovascular, nivel de colesterol asociado alipoproteínas de baja densidad (LDL) o a lipoproteínas de alta densidad (HDL), tensión arterial sistólica, tensión arterial diastólica, antecedentes de insuficiencia cardiaca, diabetes, insuficiencia renal o hipertrofia ventricular izquierda.

Los conjuntos preferidos de marcadores de riesgo clásicos incluyen los que forman parte de modelos conocidos para predecir el riesgo de CVD tal como el original de Framingham y también los derivados del mismo tales como, pero sin limitarse a, los modelos REGICOR y SCORE, PROCAM o QRIESGO. Los factores de riesgo clásicos usados en el modelo de Framingham y en los derivados del mismo incluyen edad, colesterol total, colesterol-HDL, tensión arterial, diabetes y estado de tabaquismo. Los factores de riesgo clásicos usados en el modelo REGICOR incluyen edad, sexo, colesterol, colesterol-HDL, tensión arterial sistólica, estado diabético y estado de tabaquismo. Los factores de riesgo clásicos usados en el modelo SCORE incluyen edad, colesterol, tensión arterial sistólica y estado de tabaquismo. Los factores de riesgo clásicos usados en el modelo PROCAM incluyen edad, sexo, colesterol-LDL, colesterol-HDL, triglicéridos, tensión arterial sistólica, estado diabético, estado de tabaquismo, antecedentes familiares de infarto de miocardio. Los factores de riesgo clásicos usados en el modelo QRIESGO incluyen edad, proporción de colesterol total/colesterol-HDL, índice de masa corporal, antecedentes familiares de CVD prematura, estado de tabaquismo, puntuación de Townsend de área de salida, tensión arterial sistólica, tratamiento para hipertensión e interacción con tratamiento de SBP*HTN.

La invención puede emplear métricas (por ejemplo, métodos matemáticos) para evaluar si existe una relación entre información genética y riesgo de resultado cardiovascular adverso. La exactitud predictiva de tales métodos se mejora generalmente cuando se considera el efecto de uno o más de otros factores sobre el pronóstico cardiovascular. Puede usarse un método matemático de métrica, por ejemplo, para correlacionar una enfermedad cardiovascular o la probabilidad de propensión para desarrollar una enfermedad o trastorno cardiovascular con un SNP de alelo (variante) de una molécula de ácido nucleico de interés, solo o en combinación con otros factores. En una realización, se usa una métrica (por ejemplo, un algoritmo o fórmula matemática) para determinar si existe una correlación entre la presencia de un SNP de alelo variante y una enfermedad cardiovascular o acontecimiento cardiovascular adverso.

Métodos médicos personalizados de la invención

La firma de SNP identificada por autores de la presente invención también es adecuada para seleccionar pacientes para aplicar un tratamiento cardiovascular a un paciente en el que dicho paciente se ha seleccionado previamente basándose en la presencia de un factor de riesgo para CVD calculado a partir de dicha firma de SNP. Por tanto, un objeto de la presente memoria descriptiva es proporcionar un método de tratamiento de un paciente que padece una enfermedad cardiovascular con una terapia cardiovascular en el que el paciente se selecciona para dicha terapia basándose en la presencia en una muestra aislada de dicho sujeto de un polimorfismo en la posición 27 en las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 1 a 11, en el que dicho polimorfismo en dicha posición 27 es una C en SEQ ID NO: 1, A en SEQ ID NO: 2, C en SEQ ID NO: 3, T en SEQ ID NO: 4, C en SEQ ID NO: 5, A en SEQ ID NO: 6, T en SEQ ID NO: 7, C en SEQ ID NO: 8, C en SEQ ID NO: 9, T en SEQ ID NO: 10 yT en SEQ ID NO: 11.

Otro objeto de la presente memoria descriptiva es proporcionar el uso de una terapia cardiovascular para la preparación de un medicamento para el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad cardiovascular en el que el paciente se selecciona para dicha terapia basándose en la presencia en una muestra aislada de dicho sujeto de un polimorfismo en la posición 27 en las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 1 a 11, en el que dicho polimorfismo en dicha posición 27 es una C en SEQ ID NO: 1, A en SEQ ID NO: 2, C en SEQ ID NO: 3, T en SEQ ID NO: 4, C en SEQ ID NO: 5, A en SEQ ID NO: 6, T en SEQ ID NO: 7, C en SEQ ID NO: 8, C en SEQ ID NO: 9, T en SEQ ID NO: 10 y T en SEQ ID NO: 11.

Otro objeto de la presente memoria descriptiva es proporcionar una terapia cardiovascular para su uso en el tratamiento de un paciente que padece una enfermedad cardiovascular en el que el paciente se selecciona para dicha terapia basándose en la presencia en una muestra aislada de dicho sujeto de un polimorfismo en la posición 27 en las secuencias de nucleótidos de SEQ ID NO: 1 a 11, en el que dicho polimorfismo en dicha posición 27 es una C en SEQ ID NO: 1, A en SEQ ID NO: 2, C en SEQ ID NO: 3, T en SEQ ID NO: 4, C en SEQ ID NO: 5, A en SEQ ID NO: 6, T enSEQ ID NO: 7, C enSEQ ID NO: 8, C enSEQ ID NO: 9, T enSEQ ID NO: 10 yT en SEQ ID NO: 11

Las expresiones “terapia cardiovascular” y “enfermedad cardiovascular” se han explicado en detalle anteriormente. En una realización preferida, la terapia cardiovascular es una terapia con beta-bloqueante o terapia con verapamilo. Aún en otra realización, la enfermedad cardiovascular se selecciona del grupo de infarto de miocardio, accidente cerebrovascular, angina de pecho, accidentes isquémicos transitorios, insuficiencia cardiaca congestiva, aneurisma aórtico o una combinación de los mismos.

Los agentes que forman la terapia cardiovascular pueden administrarse a los humanos y otros animales mediante cualquier vía de administración adecuada, incluyendo vía oral, vía nasal, como mediante, por ejemplo, un aerosol,

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vía rectal, vía intravaginal, vía parenteral, vía intracisternal y vía tópica, como mediante polvos, pomadas o gotas, incluyendo por vía bucal y sublingual. Los niveles de dosificación reales del uno o más agentes administrados en los métodos de la presente invención pueden variarse para obtener una cantidad del principio activo que sea eficaz para lograr una respuesta en un animal. La cantidad eficaz real puede determinarse por un experto en la técnica usando experimentación de rutina y puede variar el modo de administración. Además, la cantidad eficaz puede variar dependiendo de una variedad de factores que incluyen el tamaño, la edad y el sexo del individuo que esté tratándose. Adicionalmente, la gravedad del estado que esté tratándose, así como la presencia o ausencia de otros componentes para el régimen de tratamiento individual influirán en la dosificación real. La cantidad o nivel de dosificación eficaz dependerá de una variedad de factores incluyendo la actividad del uno o más agentes particulares empleados, la vía de administración, el tiempo de administración, la tasa de excreción de los agentes particulares que estén empleándose, la duración del tratamiento, otros fármacos, compuestos y/o materiales usados en combinación con los agentes particulares empleados, la edad, el sexo, el peso, el estado, la salud general y antecedentes médicos anteriores del animal, y factores similares bien conocidos en las técnicas médicas.

El método médico personalizado de la invención también puede incluir la determinación de factores de riesgo clásicos tales como edad, raza, sexo, índice de masa corporal, tensión arterial, estado de tabaquismo, nivel de colesterol asociado a lipoproteínas de baja densidad (LDL) o a lipoproteínas de alta densidad (HDL), tensión arterial sistólica, tensión arterial diastólica, antecedentes de insuficiencia cardiaca, diabetes, insuficiencia renal, o hipertrofia ventricular izquierda, antecedentes de consumo de alcohol, antecedentes de tabaquismo, antecedentes de ejercicio, dieta y antecedentes familiares de enfermedad cardiovascular; y la correlación de la presencia del SNP y uno o más factores de riesgo de enfermedad cardiovascular con necesidad de una terapia cardiovascular personalizada, posiblemente temprana y/o agresiva, donde una correlación positiva identifica que el sujeto tiene un riesgo alterado, en particular aumentado, de una enfermedad o trastorno cardiovascular adverso. En una realización, el método implica además seleccionar un régimen de tratamiento apropiado. En otra realización, el método implica además administrar el régimen tratamiento al sujeto.

Métodos para determinar el riesgo cardiovascular en un sujeto

Otro objeto de la presente memoria descriptiva es la mejora de los CVRF en uso hoy en día introduciendo en la función el riesgo conferido por la combinación particular de marcadores de SNP tal como se expone en la tabla 1 asociados a un riesgo de CVD y/o a un riesgo de complicaciones de CVD incluyendo, pero sin limitarse a, infarto de miocardio, accidente cerebrovascular, angina de pecho, accidentes isquémicos transitorios, insuficiencia cardíaca congestiva, aneurisma aórtico y muerte. Los CVRF en uso hoy en día incluyen, pero no se limitan a, la función de Framingham original, la función de Framingham adaptada (tal como pero sin limitarse a la función REGICOR), función PROCAM, función SCORE y función QRISK. La mejora de las funciones de Framingham, PROCAM, REGICOR y QRISK se muestra como las funciones 1a y 1b.

Función 1a

Esta ecuación general puede usarse para calcular el riesgo coronario o cardiovascular usando los factores de riesgo y efectos de los factores de riesgo incluidos y definidos en las funciones de framingham (la original y/o la adaptada tal como pero sin limitarse a REGICOR), PROCAM y QRISK:

 P JPJ 

expCRFp*CRFp,i SNPj*SNPj,i CRFp*CRFpSNPj*SNPj 

p1j1p1j1 

prob(acontecimientoiCRF ,SNP )1Sˆ 

p,i j,i

en la que,

prob(acontecimiento | CRF,SNP): probabilidad de presentar un acontecimiento coronario dada una combinación de factores de riesgo coronario (CRF) y características genéticas (SNP).

acontecimientoi: acontecimiento coronario (infarto de miocardio o angina de pecho mortal y no mortal) en un periodo de 10 años para un individuo “i”.

CRFp,i: valor de cada factor de riesgo coronario “p” incluido en la ecuación para un individuo “i”. La lista de factores de riesgo coronario incluidos en el modelo se muestra en la tabla A.

SNPj,i: número de alelos de riesgo (0, 1, 2) para una variante genética específica “j” incluidos en la ecuación para un individuo “i”. Las variantes actualmente incluidas en el modelo se muestran en la tabla B.

Sˆ : supervivencia media libre de acontecimientos coronarios en la población. Esta supervivencia se adaptará a las tasas regionales o nacionales.

exp: exponenciación natural.

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P

a. función sumatoria a lo largo de los P factores de riesgo clásicos.



p1

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b. CRF logaritmo de la razón de riesgo que corresponde al factor de riesgo coronario clásico “p”. Los valores

p

de  para cada factor de riesgo coronario “p” se muestran en la tabla A. CRFp,i: valor de cada factor de riesgo coronario “p” incluido en la ecuación para un individuo “i”.

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J

a. función sumatoria a lo largo de las J variantes genéticas.



j1

15 SNPj logaritmo de la razón de riesgo que corresponde a la variante genética “j”. El posible intervalo de valores de  para cada variante genética “j” se muestra en la tabla B.

SNPj,i: número de alelos de riesgo (0, 1, 2) para una variante genética específica “j” incluidos en la ecuación para un individuo “i”. 20  CRFP : valor promedio para el factor de riesgo clásico “p” en la población. Este valor promedio se adaptará a la prevalencia regional o nacional.

SNPj : número de copias de alelo de riesgo promedio para la variante genética “j” en la población. Este valor 25 promedio se adaptará a la prevalencia regional o nacional.

p

cada factor de riesgo clásico por sexo, intervalo de los valores promedio para el factor de riesgo clásico “p” en la

población, y tasa de supervivencia media libre de acontecimientos coronarios en la población (Sˆ ) (intervalo de 30 posibles valores).

Tabla A. Lista de factores de riesgo coronario incluidos en modelo, logaritmo de la razón de riesgo, CRF , para

CRFp: p CRF para hombres p CRF para mujeres CRFP

FRAMINGHAM (original o adaptación): Edad 0,048 0,338 35-74

Edad2: 0 -0,003

Colesterol total (mg/dl)

<160: -0,659 -0,261 0-30

160 -<200: 0 0 0-30

200 -<240: 0,177 0,208 0-30

240 -<280: 0,505 0,244 0-30

≥280: 0,657 0,53 0-30

Colesterol-HDL (mg/dl)

<35: 0,497 0,843 0-30

35 -<45: 0,243 0,378 0-30

45 -<50: 0 0,198 0-30

50 -<60: -0,051 0 0-30

≥60: -0,487 -0,430 0-30

Tensión arterial

Óptima: -0,002 -0,534 0-30

Normal: 0 0 0-30

Límite alto: 0,283 -0,068 0-30

16

Hipertensión I: 0,522 0,263 0-30

Hipertensión II: 0,619 0,466 0-30

Diabetes: 0,428 0,597 0-30

Tabaquismo: 0,523 0,292 0-60

PROCAM: Edad 0,103 - 35-74

Colesterol-LDL (mg/dl): 0,013 - 100-250

Colesterol-HDL (mg/dl): -0,032 - 35-65

Triglicéridos (mg/dl): 0,317 - 100-200

Tensión arterial sistólica (mmHg): 0,010 - 100-160

Antecedentes familiares de MI: 0,382 - 1-45

Diabetes: 0,399 - 0-30

QRISK: Log(edad/10) 4,474 3,925 35-74

Colesterol total/col.-HDL: 0,001 0,001 2-10

Índice de masa corporal (kg/m2): 0,015 0,022 22-32

Antecedentes familiares de CVD prematura: 0,206 0,262 1-45

Tabaquismo: 0,425 0,349 0-60

Puntuación de Townsend de área de salida: 0,034 0,017 -3-3

Tensión arterial sistólica (mmHg): 0,005 0,004 100-160

Tratamiento para la hipertensión: 0,550 0,614 0-40

Interacción con tratamiento de SBP*HTN: -0,004 -0,007 ---

Supervivencia media Sˆ: 0,951 (0,01-9,00) 0,978 (0,01-9,00)

Tabla B. Variantes actualmente incluidas en el modelo, logaritmo de la razón de riesgo (intervalo de posibles valores), SNPj y número de copias de alelo de riesgo promedio (intervalo de posibles valores), SNPj , para cada variante genética.

SNPj SNPj SNPj

rs1333049 0,30010 (0-0,80) 0,94 (0,3-2,8) rs599839 0,16551 (0-0,60) 1,54 (0,3-2,8) rs17465637 0,12222 (0-0,60) 1,44 (0,3-2,8) rs501120 0,17395 (0-0,60) 1,74 (0,3-2,8) rs2943634 0,19062 (0-0,60) 1,32 (0,3-2,8) rs6922269 0,20701 (0-0,60) 0,50 (0,3-2,8) rs9982601 0,1823 (0-0,60) 0,26 (0,3-2,8) rs12526453 0,1133 (0-0,60) 1,10 (0,3-2,8) rs6725887 0,1570 (0-0,60) 0,28 (0,3-2,8) rs9818870 0,1398 (0-0,60) 0,34 (0,3-2,8) rs3184504 0,1222 (0-0,60) 0,76 (0,3-2,8) Otros SNP 0,1200 (0-0,60)

0,3-2,8 (0,3-2,8)

Función 1b

Esta ecuación general puede usarse para calcular el riesgo coronario o cardiovascular usando los factores de riesgo

10 y efectos de los factores de riesgo incluidos y definidos en las funciones de Framingham (la original y/o la adaptada tal como pero sin limitarse a REGICOR), PROCAM y QRISK:

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imagen13

CRFP: p CRF para hombres p CRF para mujeres
CRFP

FRAMINGHAM (original o adaptación): Edad 0,048 0,338 35-74

Edad2: 0 -0,003

Colesterol total (mg/dl)

<160: -0,659 -0,261 0-30

160 -<200: 0 0 0-30

200 -<240: 0,177 0,208 0-30

240 -<280: 0,505 0,244 0-30

≥280: 0,657 0,53 0-30

Colesterol-HDL (mg/dl)

<35: 0,497 0,843 0-30

35 -<45: 0,243 0,378 0-30

45 -<50: 0 0,198 0-30

50 -<60: -0,051 0 0-30

≥60: -0,487 -0,430 0-30

Tensión arterial

Óptima: -0,002 -0,534 0-30

Normal: 0 0 0-30

Límite alto: 0,283 -0,068 0-30

Hipertensión I: 0,522 0,263 0-30

Hipertensión II: 0,619 0,466 0-30

Diabetes: 0,428 0,597 0-30

Tabaquismo: 0,523 0,292 0-60

PROCAM: Edad 0,103 - 35-74

Colesterol-LDL (mg/dl): 0,013 - 100-250

Colesterol-HDL (mg/dl): -0,032 - 35-65

Triglicéridos (mg/dl): 0,317 - 100-200

Tensión arterial sistólica (mmHg): 0,010 - 100-160

Antecedentes familiares de MI: 0,382 - 1-45

Diabetes: 0,399 - 0-30

QRISK: Log(edad/10) 4,474 3,925 35-74

Colesterol total/Col.-HDL: 0,001 0,001 2-10

Índice de masa corporal (kg/m2): 0,015 0,022 22-32

Antecedentes familiares de CVD prematura: 0,206 0,262 1-45

Tabaquismo: 0,425 0,349 0-60

Puntuación de Townsend de área de salida: 0,034 0,017 -3-3

Tensión arterial sistólica (mmHg): 0,005 0,004 100-160

Tratamiento para la hipertensión: 0,550 0,614 0-40

Interacción con tratamiento de SBP*HTN: -0,004 -0,007 ---

Supervivencia media Sˆ: 0,951 (0,01-9,00) 0,978 (0,01-9,00)

Tabla D. Definición de quintiles de puntuación genética (GSQq) según el número de alelos de riesgo y logaritmo de razón de riesgo (intervalo de posibles valores), GSQq, para los quintiles de puntuación genética.

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imagen14

exp: exponenciación natural

Tercera etapa: calcular la supervivencia en 10 años 5 S(edad) = {S0(edad)}exp(w)

S(edad + 10) = {S0(edad + 10)}exp(w)

10 S10(edad) = S(edad + 10) / S(edad)

Cuarta etapa: calcular la probabilidad de padecer el acontecimiento durante el seguimiento de 10 años.

Riesgo10(edad) = 1 -S10(edad) 15

Quinta etapa: calcular la probabilidad de padecer un acontecimiento cardiovascular durante el seguimiento de 10

años como la suma del riesgo cardiovascular coronario y no coronario.

CVDRiesgo10 = [CHDRiesgo10(edad)] + [No-CHDRiesgo10(edad)] 20

Tabla E

CHD: CDV No CHD

Fumador actual, fumador: 0,71 0,63

Colesterol (mmol/l), col: 0,24 0,02

Tensión arterial sistólica (mmHg), SBP: 0,018 0,022

CHD: cardiopatía coronaria CVD: enfermedad cardiovascular

Tabla F

CHD: CDV No CHD

País: A p  p

Riesgo bajo: Hombres -22,1 4,71 -26,7 5,64

Mujeres: -29,8 6,36 -31,0 6,62

Riesgo alto: Hombres -21,0 4,62 -25,7 5,47

Mujeres: -28,7 6,23 -30,0 6,42

CHD: cardiopatía coronaria

CVD: enfermedad cardiovascular

Sorprendentemente, la combinación de marcadores de SNP incluidos en la presente invención y expuestos en la tabla 1 y usando las funciones descritas en las funciones 1a a 1d anteriormente han demostrado obtener una validez mayor y una validación superior en la predicción de CVD y/o complicaciones de CVD que las obtenidas usando los

30 factores de riesgo clásicos solos y usando las funciones en uso hoy en día o funciones publicadas incluyendo información genética. Además, también se mejoró la reclasificación.

Medios implementados por ordenador

35 Otro objeto de la presente memoria descriptiva es proporcionar un programa informático o medio legible por ordenador que contiene medios para llevar a cabo cualquiera de los métodos de la invención. La implementación por ordenador puede lograrse usando un programa informático que proporciona instrucciones de forma legible por ordenador. El ordenador recogería los datos, analizaría los datos según los métodos descritos en el presente documento, y entonces proporcionaría un resultado del análisis. Por tanto, en otra realización, la memoria

40 descriptiva se refiere a un programa informático o un medio legible por ordenador que contiene medios para llevar a cabo un método de la invención.

Pueden usarse diferentes tipos de lenguajes informáticos para proporcionar instrucciones de forma legible por ordenador. Por ejemplo, el programa informático puede escribirse usando lenguajes tales como C, C++, Microsoft

45 C#, Microsoft Visual Basic, FORTRAN, PERL, HTML, JAVA, S, o lenguajes de comandos shell UNIX o LINUX tales como la shell de C, y diferentes dialectos de tales lenguas. ”R,” un dialecto del lenguaje S, es un ejemplo de un dialecto con atributos que facilitan análisis como los representados aquí (véase http://cran.us.r-project.org).

Pueden usarse diferentes tipos de ordenadores para ejecutar un programa para realizar las técnicas de análisis

50 descritas en el presente documento. Los programa informáticos para realizar las técnicas de análisis descritas en el presente documento pueden ejecutarse en un ordenador que tenga suficiente capacidad de memoria y

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Claims

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