RU2323440C2 - Способ обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию - Google Patents
Способ обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию Download PDFInfo
- Publication number
- RU2323440C2 RU2323440C2 RU2004123610/15A RU2004123610A RU2323440C2 RU 2323440 C2 RU2323440 C2 RU 2323440C2 RU 2004123610/15 A RU2004123610/15 A RU 2004123610/15A RU 2004123610 A RU2004123610 A RU 2004123610A RU 2323440 C2 RU2323440 C2 RU 2323440C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- allelic variant
- predisposition
- factor xii
- genetic
- chromosome
- Prior art date
Links
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 title claims abstract description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 15
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 23
- 108010080865 Factor XII Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 102000000429 Factor XII Human genes 0.000 claims abstract description 18
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 14
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 8
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 6
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical group CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims abstract description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims abstract description 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims abstract description 3
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims abstract description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 12
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 10
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 10
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000001732 thrombotic effect Effects 0.000 claims description 2
- 210000002318 cardia Anatomy 0.000 claims 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 abstract description 15
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 14
- 208000007536 Thrombosis Diseases 0.000 description 12
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 6
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 4
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 3
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 206010047249 Venous thrombosis Diseases 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 2
- 230000007211 cardiovascular event Effects 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 206010003178 Arterial thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 206010051055 Deep vein thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 208000032382 Ischaemic stroke Diseases 0.000 description 1
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 208000010378 Pulmonary Embolism Diseases 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010000891 acute myocardial infarction Diseases 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 230000023555 blood coagulation Effects 0.000 description 1
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 230000023597 hemostasis Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 229940127234 oral contraceptive Drugs 0.000 description 1
- 239000003539 oral contraceptive agent Substances 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
Изобретение относится к медицине и касается способа обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию. Сущность изобретения включает способ идентификации в генетическом материале выделенного биологического образца человека аллельного варианта, состоящего в замене цитозина тимином в положении 46 относительно транскрипционного источника Фактора XII (46С/Т) в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, при этом присутствие упомянутого аллельного варианта является показателем предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию. Преимущество изобретения заключается в выявлении у человека предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию, что дает возможность разработать соответствующую профилактическую или терапевтическую стратегию. 2 н. и 2 з.п. ф-лы.
Description
ОБЛАСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Данное изобретение относится к новому способу обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию у людей.
ПРЕДПОСЫЛКИ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Кардиоваскулярные заболевания, в частности артериальный и венозный тромбоз, занимают одно из первых мест среди причин смертности в развитых странах.
В развитии тромбоза участвуют как генетические, так и внешние факторы. Широкая распространенность тромбоза и известное воздействие среды (например, использование оральных контрацептивов) позволяет предположить, что предрасположенность к данному заболеванию обусловлена участием многих генов.
В самом деле, были обнаружены и описаны некоторые генетические дефекты, приводящие к увеличению риска развития тромбоза (Lane DA, Mannucci PM, Bauer KA, Bertina RM, Bochkov NP, Boulyjenkov V, Chandy M, Dahlback B, Ginter EK, Miletich JP, Rosendaal FR, Seligsohn U. Inherited Thrombophilia: Part 1. Thromb Haemost 1996; 76: 651-662).
Однако в целом имеется очень мало информации, касающейся относительной важности генетических факторов для тромботического риска населения. Кроме того, маловероятно, чтобы эти известные мутации, при их относительно низкой частоте, составляли главную причину риска тромбоза.
Недавно авторы данного изобретения изучали генетический компонент подверженности тромбозу и соответствующие фенотипы (Souto JC, Almasy L, Borrell M, Gari M, Marinez E, Mateo J, Stone WH, Blangero J, Fontcuberta J. Genetic determinants of hemostasis phenotypes in Spanish families, Circulation, 101: 1546-1551. 2000; Souto JC, Almasy L, Borrell M, Blanco-Vaca F, Mateo J, Soria JM, Coll I, Felices R, Stone W, Fontcuberta J, Blangero J. Genetic susceptibility to thrombosis and its relationship to physiological risk factors: The GAIT study. Am J Hum Genet 67: 1452-1459, 2000), при этом было отмечено, что уровни фактора XII показывают одну из самых высоких способностей к наследованию (67%) и существенную положительную генетическую корреляцию (0,351); это означает, что некоторые из генов, влияющих на вариацию этого физиологического фактора риска, также оказывают влияние на риск возникновения тромбоза.
С другой стороны, раннее диагностирование данного типа заболеваний представляет большой интерес особенно у тех людей, которые, несмотря на отсутствие болезни, принадлежат к группе риска из-за наличия у них некоторых генетических изменений, поскольку таким образом можно избежать вторичных осложнений, связанных с такими заболеваниями.
Однако недостаток сведений о генетических причинах, влияющих на развитие тромбоза, влечет за собой различные проблемы, когда необходимо поставить соответствующий диагноз для идентификации лиц с генетическим риском развития кардиоваскулярных заболеваний, в частности тромбоза, поскольку, как указано выше, это заболевание, в котором принимают участие несколько генов.
Задача данного изобретения состоит в решении проблем диагностики кардиоваскулярного заболевания путем создания способа, который дает возможность идентификации, по меньшей мере, одного аллельного варианта в локусе хромосомы 5, ограниченного маркерами D5S400 и D5S408, для идентификации лиц, подверженных генетическому фактору риска развития какого-либо кардиоваскулярного заболевания.
ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Задачей данного изобретения является обнаружение, по меньшей мере, одного аллельного варианта в гене, который кодирует белок фактора XII, который был бы очень полезен для генетического диагностирования, поскольку гетерозиготные или гомозиготные по мутированной аллели лица имеют повышенную предрасположенность к кардиоваскулярным явлениям. Это существенное продвижение вперед особенно для профилактики упомянутых кардиоваскулярных заболеваний.
Данное изобретение относится к способу обнаружения присутствия, по меньшей мере, одного аллельного варианта у человека, при этом упомянутый способ включает идентификацию в генетическом материале выделенного биологического образца упомянутого человека аллельного варианта, состоящего в замене цитозина тимином в положении 46 относительно транскрипционного источника Фактора XII (46С/Т) в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, при этом присутствие упомянутого аллельного варианта является показателем предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию.
Таким образом, данное изобретение относится к идентификации лиц, которые при отсутствии признаков заболевания, тем не менее, входят в группу риска из-за наличия у них, по меньшей мере, одного аллельного варианта в упомянутом локусе хромосомы, что делает их подверженными развитию кардиоваскулярного заболевания.
В одном из вариантов осуществления изобретения биологический образец, получаемый от человека, предпочтительно представляет собой кровь.
В данном изобретении выражение "генетический материал" относится к последовательности ДНК, выделяемой из биологического образца. Выделение ДНК из физиологического образца может быть проведено на основе любого из протоколов, известных в науке (например, описанного в документе Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1988) A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells (Простая методика высаливания для выделения ДНК из человеческих ядерных клеток). Nucleic Acid Res 16: 1215).
В предпочтительном варианте осуществления способ по изобретению обеспечивает возможность идентификации, по меньшей мере, одного аллельного варианта в гене, который кодирует белок фактора XII.
В данном изобретении выражение "аллельный вариант" относится к генетической вариации в последовательности ДНК, которая кодирует белок фактора XII, при этом упомянутая генетическая вариация включает патологию, потерю или приобретение некоторой функции. В частности, упомянутая генетическая вариация влияет на подверженность кардиоваскулярной патологии.
Последовательность гена, который кодирует белок фактора XII у людей, описана во многих банках данных, например в банке данных OMIM, в котором последовательность гена, который кодирует белок фактора XII, имеет номер доступа 234000.004.
Генетические маркеры D5S400 и D5S408 также описаны в нескольких банках данных, например, в Genome DataBank или в Data Bank of Human Genome. Упомянутые маркеры сосредоточены в положениях 168.576.667 bp (D5S400) и 180.015.997 bp (D5S408) хромосомы 5 (отсчет пар оснований (bp) от начала хромосомы 5).
В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения идентификация, по меньшей мере, одного аллельного варианта в генетическом материале биологического образца включает проведение перед идентификацией полимеразной цепной реакции (ПЦР) для получения специфического геномного фрагмента.
Обнаружение присутствия, по меньшей мере, одного аллельного варианта в амплифицированном фрагменте проводят с использованием любого из протоколов, известных в науке, например, путем ферментативного расщепления фрагмента ДНК, полученного путем ПЦР, любыми рестрикционными ферментами, что обеспечивает получение различных картин электрофоретических полос у нормальных индивидуумов, носителей гетерозиготы и носителей гомозиготы.
Данное изобретение также относится к использованию биологического образца, подозреваемого на наличие аллельного варианта (46С/Т) в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, для выявления предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию, выражающемуся в тромботических явлениях.
Существует множество разновидностей кардиоваскулярных заболеваний, выражающихся в тромботических явлениях, например, острый инфаркт миокарда, ишемический инсульт, глубокий венозный тромбоз, эмболия легочной артерии и т.д.
Одно из преимуществ данного изобретения состоит в том, что оно не требует специального или сложного оборудования; в самом деле, используемое оборудование хорошо известно специалистам. Ключевой аспект данного изобретения состоит в обнаружении, по меньшей мере, одного аллельного варианта в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, для определения того, существует ли предрасположенность к кардиоваскулярному заболеванию у лиц, у которых пока отсутствуют признаки такого заболевания.
Кроме того, при помощи способа по изобретению можно идентифицировать генетические факторы, обеспечивающие понимание молекулярных основ кардиоваскулярных заболеваний, в частности, включающих тромботические явления, которые являются ключевым аспектом разработки более эффективных способов профилактики и терапии.
Кроме того, идентификация одного или более аллельных вариантов в последовательности гена, кодирующего белок фактора XII, имеет определенные преимущества в отношении медицинского обслуживания, поскольку в случае, если индивидуум идентифицирован как имеющий аллельный вариант в гене, кодирующем белок фактора XII, и этот индивидуум пока не имеет патологии, может быть разработана превентивная и терапевтическая стратегия.
Таким образом, данное изобретение обеспечивает возможность идентификации локусов гена, которые влияют на подверженность тромбозу, и их промежуточные фенотипы. Дополнительное преимущество заключается в том, что благодаря возможности диагноза в начальной стадии заболевания может быть снижена заболеваемость и смертность, связанная с тромбозом.
В настоящее время исследователи в области молекулярной генетики испытывают необходимость в выработке перечня всех генетических факторов, участвующих в развитии кардиоваскулярных явлений.
В идеале такой перечень позволит расширить понимание механизмов образования тромбов при различных внешних условиях и разработать стратегии профилактики и лечения, конкретизированные по отношению к генетическому профилю индивидуума (Holtzman NA, Marteau ТМ. Will genetics revolutionize medicine? N Engl J Med 2000 Julio13; 343(2): 141-4). Данное изобретение представляет собой важный шаг вперед в диагностике и профилактике кардиоваскулярных заболеваний.
Далее приведено описание примерного варианта осуществления настоящего изобретения. Данные примеры приведены исключительно в иллюстративных целях и не ограничивают объем данного изобретения.
ПРИМЕР
Ниже описан пример определения аллельного варианта в гене, кодирующем белок фактора XII.
Идентификация аллельного варианта в гене, кодирующем белок фактора XII
Сначала отбирают образцы крови у контрольных субъектов (250 здоровых индивидуумов) и у пациентов (250 индивидуумов, для которых необходимо провести диагностику). После отбора образцов крови выделяют ДНК с использованием любого известного стандартного протокола (Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1988) A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acid Res 16: 1215). При помощи ПЦР-технологии в стандартных условиях получают специфический геномный фрагмент для анализа.
Затем идентифицируют, по меньшей мере, один аллельный вариант в полученном фрагменте. Для этой цели может быть использован любой из протоколов, известных в науке, например прямое секвенирование амплифицированного фрагмента, расщепление рестрикционным ферментом (как описано выше) или специфическими гибридизационными зондами, меченными флуоресцентной меткой.
В частности, и в качестве иллюстрации, в гене, кодирующем белок фактора XII, определяют аллельный вариант, известный как 46 С/Т из-за его положения относительно стартовой точки транскрипции.
Диагноз основывают на анализе молекулы ДНК путем ПЦР-амплификации фрагмента генома из 369 пар оснований, который содержит нуклеотид 46 С/Т, и расщепления рестрикционным ферментом SfaNI, который узнает мутированную последовательность. Амплифицированный фрагмент мутированной аллели расщепляют SfaNI на фрагменты, длиной 247 и 122 (bp) (Kanaji Т, Okamura Т, Osaki К, Kuroiwa M, Shimoda К, Hamasaki N, Niho Y (1998)). Общий генетический полиморфизм (замещение С на Т в положении 46) в 5'-нетранслируемой области гена фактора коагуляции XII связан с низкой эффективностью трансляции и снижением уровня фактора XII в плазме (Blood 91: 2010-2014).
Амплификация путем ПЦР: фрагмент из 369 (bp)
Специфические олигонуклеотиды:
Олигонуклеотид 1: SEQ. ID NO: 1
Олигонуклеотид 2: SEQ. ID NO: 2
ПЦР-смесь (основная смесь Promega №М7502)
| Основная смесь | 12,5 мкл |
| Олигонуклеотид | 12,5 мкл |
| Олигонуклеотид | 22,5 мкл |
| ДНК | 4 мкл |
| Вода | 3,5 мкл |
| Конечный объем: | 25 мкл |
ПЦР-программа: Applied Biosystem PCR 9700
| 5 мин | 95°С |
| 1 мин | 95°С |
| 1 мин | 55°С×30 циклов |
| 1 мин | 72°С |
| 10 мин | 72°С |
Обнаружение: расщепление ферментом SfaNI
Сначала размораживают реагенты, необходимые для расщепления рестрикционным ферментом SfaNI. Затем в пробирку добавляют следующие компоненты:
5 мкл продукта ПЦР (без масла)*
0,1 мкл SfaNI**
5 мкл буфера NEBuffer
0,5 мкл BSA (альбумина бычьей сыворотки)
Н2О до конечного объема 50 мкл
* от пациентов и контрольных индивидуумов, гетерозиготных и гомозиготных по нормальной аллели.
** фермент должен постоянно находиться в ледяной бане.
Смесь перемешивают встряхиванием, центрифугируют при 14000 об/мин в течение 5 секунд и оставляют в печи при 37°С на ночь.
Затем реакцию останавливают при температуре 4°С и центрифугируют смесь при 14000 об/мин в течение 5 секунд.
РЕЗУЛЬТАТЫ
- Представление результатов:
Должен быть получен амплифицированный фрагмент из 369 bp.
Идентификацию полос расщепления ферментом SfaNI нормальных аллелей и несущих аллельный вариант 46 С/Т (мутированная аллель) проводят путем сравнения с картиной полос Phi-маркера:
| Величины полос | ||
| Нормальная аллель | С | 369 (1 полоса) |
| Мутированная аллель | Т | 247/122 (2 полосы) |
- Интерпретация результатов аллельного варианта 46С/Т:
Индивидуумы, у которых наблюдается лишь одна полоса из 369 пар оснований, являются гомозиготными по нормальной аллели, то есть они являются носителями двух С-аллелей (по одной на каждую из двух хромосом 5, в которой расположен ген, кодирующий белок фактора XII).
Индивидуумы, у которых наблюдается одна полоса из 369 пар оснований и еще две из 247/122 пар оснований, соответственно, являются гетерозиготными на нормальную и мутированную аллель, то есть они являются носителями С-аллели (нормальной) в одной из хромосом 5 и носителями Т-аллели (мутированной) в другой хромосоме 5.
Индивидуумы, у которых наблюдаются только две полосы, одна из 247 и вторая из 122 пар оснований (полоса из 369 пар оснований отсутствует), являются гомозиготными по мутированной аллели, то есть они являются носителями двух Т-аллелей (мутированных) по одной на каждую из двух хромосом 5, в которой расположен ген, кодирующий белок фактора XII.
Claims (4)
1. Способ обнаружения присутствия, по меньшей мере, одного аллельного варианта у человека, указывающего на предрасположенность к кардиоваскулярному заболеванию, включающий идентификацию в генетическом материале выделенного биологического образца упомянутого человека аллельного варианта, состоящего в замене цитозина тимином в положении 46 относительно стартовой точки транскрипции фактора коагуляции XII (46С/Т) в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, присутствие которого является показателем предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что биологический образец представляет собой кровь.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что перед идентификацией проводят полимеразную цепную реакцию (ПЦР) для получения специфического геномного фрагмента.
4. Применение ДНК, выделенной из биологического образца, подозреваемого на наличие аллельного варианта фактора коагуляции XII 46С/Т в локусе хромосомы 5, ограниченном маркерами D5S400 и D5S408, для выявления предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию, выражающемуся в тромботических явлениях, при помощи способа по любому из пп.1-3.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| ES200200308A ES2222775B1 (es) | 2002-01-31 | 2002-01-31 | Procedimiento para la deteccion de una predisposicion a una enfermedad cardiovascular. |
| ESP200200308 | 2002-01-31 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2004123610A RU2004123610A (ru) | 2005-06-10 |
| RU2323440C2 true RU2323440C2 (ru) | 2008-04-27 |
Family
ID=27635991
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2004123610/15A RU2323440C2 (ru) | 2002-01-31 | 2003-01-30 | Способ обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20070105095A1 (ru) |
| EP (1) | EP1499744A2 (ru) |
| JP (1) | JP2005515791A (ru) |
| KR (1) | KR20040102001A (ru) |
| CN (1) | CN1738907A (ru) |
| AU (1) | AU2003201505B2 (ru) |
| BR (1) | BR0307436A (ru) |
| CA (1) | CA2474724A1 (ru) |
| ES (1) | ES2222775B1 (ru) |
| MX (1) | MXPA04007441A (ru) |
| NZ (1) | NZ534341A (ru) |
| RU (1) | RU2323440C2 (ru) |
| WO (1) | WO2003064690A2 (ru) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2884637A1 (en) * | 2012-09-12 | 2014-03-20 | Berg Llc | Use of markers in the identification of cardiotoxic agents |
| CN109879213B (zh) * | 2019-03-30 | 2020-09-04 | 安徽永捷力智能装备有限公司 | 一种能自行上下货车的电动叉车 |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4683194A (en) * | 1984-05-29 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Method for detection of polymorphic restriction sites and nucleic acid sequences |
-
2002
- 2002-01-31 ES ES200200308A patent/ES2222775B1/es not_active Expired - Fee Related
-
2003
- 2003-01-30 EP EP03700194A patent/EP1499744A2/en not_active Withdrawn
- 2003-01-30 AU AU2003201505A patent/AU2003201505B2/en not_active Ceased
- 2003-01-30 WO PCT/IB2003/000315 patent/WO2003064690A2/en active IP Right Grant
- 2003-01-30 JP JP2003564280A patent/JP2005515791A/ja active Pending
- 2003-01-30 RU RU2004123610/15A patent/RU2323440C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2003-01-30 CN CN03802895.6A patent/CN1738907A/zh active Pending
- 2003-01-30 CA CA002474724A patent/CA2474724A1/en not_active Abandoned
- 2003-01-30 NZ NZ534341A patent/NZ534341A/en unknown
- 2003-01-30 MX MXPA04007441A patent/MXPA04007441A/es not_active Application Discontinuation
- 2003-01-30 BR BR0307436-6A patent/BR0307436A/pt not_active Application Discontinuation
- 2003-01-30 US US10/503,156 patent/US20070105095A1/en not_active Abandoned
- 2003-01-30 KR KR10-2004-7011928A patent/KR20040102001A/ko not_active Application Discontinuation
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| POORT S.R. et al. A common genetic variation in the 3'-untranslated region of the prothrombin gene is associated with elevated plasma prothrombin levels and increase in venous thrombosis, Blood, 1996, N 10 (November 15). 3698-3703. KANAJL T. et al. A common genetic-polymorphism (46C to T) substitution in the 5'-untanslatef region of the coagulation factor XII gene is associated with low translation efficiency and decrease in plasma factor XII level., Blood, 1998, 91(6) (Mar.15), 2010-2014. SOUTO J.C. et al., Genetic susceptibility to trombosis and its relation hip to physiological risk factors: the GAIT Study, Genetic analysis of idiopathic thrombophilia, American J. of Human genetics USA, 2000. v.67, N 6, pp.1452-1459. * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20070105095A1 (en) | 2007-05-10 |
| ES2222775A1 (es) | 2005-02-01 |
| WO2003064690A3 (en) | 2003-12-24 |
| CA2474724A1 (en) | 2003-08-07 |
| JP2005515791A (ja) | 2005-06-02 |
| NZ534341A (en) | 2008-04-30 |
| AU2003201505B2 (en) | 2007-06-28 |
| WO2003064690A2 (en) | 2003-08-07 |
| EP1499744A2 (en) | 2005-01-26 |
| BR0307436A (pt) | 2005-03-29 |
| ES2222775B1 (es) | 2006-12-16 |
| MXPA04007441A (es) | 2005-04-19 |
| KR20040102001A (ko) | 2004-12-03 |
| RU2004123610A (ru) | 2005-06-10 |
| CN1738907A (zh) | 2006-02-22 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Elmore et al. | Identification of a genetic variant associated with abdominal aortic aneurysms on chromosome 3p12. 3 by genome wide association | |
| US6376176B1 (en) | Methods of using a major histocompatibility complex class III haplotype to diagnose Crohn's disease | |
| CN101679971A (zh) | 青光眼恶化风险的判定方法 | |
| CN115772214B (zh) | F8突变体蛋白、f8基因突变体、检测f8基因突变体的引物组合、试剂及应用 | |
| CN115418400B (zh) | Ahnak2的snp标志物在抗血栓药物治疗血栓疗效预测中的应用 | |
| JP2004065203A (ja) | 冠動脈形成術後再狭窄のリスク診断方法 | |
| CN116024222B (zh) | 一种导致婴儿严重肌阵挛性癫痫的nac1基因突变体及其应用 | |
| RU2323440C2 (ru) | Способ обнаружения предрасположенности к кардиоваскулярному заболеванию | |
| CN115216477A (zh) | 一种家族性高胆固醇血症的致病基因突变体、蛋白、引物对、试剂、试剂盒及应用 | |
| CN104232650A (zh) | 特发性基底节钙化新的致病基因及其编码蛋白质和应用 | |
| JPH11511021A (ja) | ｔ−ＰＡ多型および血栓関連疾患の危険度の診断におけるその用途 | |
| CN107385076B (zh) | 一种甲状腺功能减退致病基因突变及基于此基因突变的诊断试剂 | |
| CN107312867A (zh) | 诊断甲状腺功能减退的snp及其应用 | |
| CN105765077B (zh) | 测定抗甲状腺药物诱导的粒细胞缺乏症风险的检测方法以及测定用试剂盒 | |
| CN117535402B (zh) | Frmpd4基因突变体作为检测靶点的应用、具有其的检测试剂及检测试剂盒 | |
| RU2423521C1 (ru) | Биочип для определения мутаций в гене галактоза-1-фосфат-уридил трансферазы, вызывающих поражение печени у новорожденных детей | |
| EP2578698A1 (en) | Genetic polymorphisms associated with venous thrombosis in women, methods of detection and uses thereof | |
| US20090053693A1 (en) | Identification of polymorphisms in the epcr gene associated with thrombotic risk | |
| AU2003201505A1 (en) | Process for detecting predisposition to a cardiovascular disease | |
| Alg | Genetic and Observational Subarachnoid Haemorrhage (GOSH) Study-A UK-wide clinical and genetic cohort study of aneurysmal subarachnoid haemorrhage | |
| US7514211B2 (en) | Genomic DNAs participating in rheumatoid arthritis, method of diagnosing the same, method of judging onset risk and diagnostic kit for detecting the same | |
| CN116121366A (zh) | 导致Carvajal综合征的致病基因、检测及应用 | |
| CN104293813B (zh) | 皮肤剥脱综合征新的致病基因及其编码蛋白质和应用 | |
| JP2021073993A (ja) | イヌ白内障の検査方法、イヌ白内障の検査をするための試薬、及びイヌ白内障の検査キット | |
| CN116479111A (zh) | 一种先天性无瞳孔-小眼球-白内障综合征筛查方法、筛查试剂盒 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20100131 |