ES2567132T3 - Modulación de la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y de IGF-I - Google Patents

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Abstract

Un oligonucleótido modificado de desde 12 a 30 bases nitrogenadas de largo, donde dicho oligonucleótido tiene una secuencia de bases nitrogenadas que tienen un 100% de complementariedad con un ARN del receptor de la hormona de crecimiento, donde las vinculaciones internucleosídicas de dicho oligonucleótido son modificadas, y donde dicho oligonucleótido inhibe la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y del factor de crecimiento similar a la insulina-I, para su uso en el tratamiento o profilaxis de una enfermedad o condición asociada con la expresión del receptor del hormona de crecimiento y el factor de crecimiento similar a la insulina-I, donde la enfermedad o condición es acromegalia, gigantismo, degeneración macular relacionada con la edad, retinopatía diabética, nefropatía diabética, diabetes, o cánceres o tumores que dependen de la hormona de crecimiento y del factor de crecimiento similar a la insulina I.

Description

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humano del receptor de la hormona de crecimiento donde los vínculos internucleosídicos de dicho oligonucleótido son modificados, y donde dicho oligonucleótido inhibe la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y del factor de crecimiento similar a la insulina-I, para su uso en el tratamiento o profilaxis de una enfermedad o condición asociada con la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y el factor de crecimiento similar a la insulina-I donde la enfermedad o condición es la acromegalia, el gigantismo, la degeneración macular relacionada con la edad, la retinopatía diabética, la nefropatía diabética, la diabetes, o cánceres o tumores que dependen de la hormona de crecimiento y del factor de crecimiento similar a la insulina I.
[0035] En este documento se presentan compuestos, especialmente ácidos nucleicos u oligómeros similares a ácidos nucleicos, que son dirigidos a un ácido nucleico que codifican al receptor de la hormona de crecimiento, y que modulan la señalización de la hormona de crecimiento o el eje hormona de crecimiento / factor de crecimiento similar a la insulina-I, particularmente a la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y/o el factor de crecimiento similar a la insulina-I. Además, se presentan métodos para la detección de moduladores del receptor de la hormona de crecimiento y/o el factor de crecimiento similar a la insulina-I y métodos para modular la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y/o el factor de crecimiento similar a la insulina-I en células, tejidos o animales que comprende de contactar a dichas células, tejidos o animales con uno o más de los compuestos o composiciones de la especificación. Se presentan también a Métodos y botiquines de diagnóstico. Los métodos para el tratamiento de un animal, particularmente un humano, que se sospecha que tiene o que es propenso a una enfermedad o condición asociada con la señalización de la hormona de crecimiento o el eje hormona de crecimiento / factor de crecimiento similar a la insulina-I, particularmente la expresión del receptor de la hormona de crecimiento y/o el factor de crecimiento similar a la insulina-I, también se presentan en este documento.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DEL INVENTO
A. Visión general del Invento
[0036] Este invento utiliza oligonucleótidos para su uso en la modulación de la función o del efecto de las moléculas de ácidos nucleicos que codifican al receptor de la hormona de crecimiento. Esto se logra al suministrar oligonucleótidos que se hibridan específicamente con una o más moléculas de ácidos nucleicos que codifican al receptor de la hormona de crecimiento. Tal como se utiliza en este documento, los términos “ácido nucleico objetivo” y “molécula de ácidos nucleicos que codifican al receptor de la hormona de crecimiento” han sido utilizados para la conveniencia de abarcar al ADN que codifica al receptor de la hormona de crecimiento, al ARN (incluyendo al pre-ARNm y al ARNm o sus porciones (incluyendo a las regiones codificadoras y no codificadoras), la transcripción de aquel ADN, y también a la ADNc entregada de aquel ARN. La hibridación de un compuesto para su uso en este invento con su ácido nucleico objetivo se denomina, generalmente, como “antisentido”. Consecuentemente, el mecanismo preferido que se cree es incluido en la práctica de algunas secciones importantes del invento se denomina en este documento como la “inhibición antisentido”. Aquella inhibición antisentido se basa comúnmente en una hibridación que se basa en enlaces de hidrógeno de hebras de oligonucleótidos o segmentos de tal forma que por lo menos un hebra o segmento es dividida, degradada o deshabilitada de cualquier otra forma. En este aspecto, actualmente se prefiere usar como objetivo a moléculas específicas de ácidos nucleicos y sus funciones para aquella inhibición antisentido.
[0037] Las funciones del ADN que van ser interferidas pueden incluir la replicación y la transcripción. La replicación y la transcripción, por ejemplo, pueden ser de una plantilla celular endógena, un vector, una estructura de plásmidos
o de otro tipo. Las funciones del ARN que serán interferidas pueden incluir a funciones tales como la translocación del ARN a un lugar de interpretación proteínica, la translocación del ARN a lugares dentro de la célula que están distantes del lugar de la síntesis del ARN, la interpretación de proteínas del ARN, el empalme del ARN para generar una o más especies de ARN, y la actividad catalítica o formación de complejos que involucra al ARN que podría interactuar en, o ser facilitado por, el ARN. Un resultado preferido de aquella interferencia con la función del ácido nucleico objetivo es modular la expresión del receptor de la hormona de crecimiento. En el contexto de esta especificación, una “modulación” y una “modulación de la expresión” significa ya sea un incremento (estimulación) o una reducción (inhibición) en el monto o niveles de una molécula de ácido nucleico que codifica al gen, por ejemplo, el ADN o el ARN. La inhibición es a menudo la forma preferida de modulación de la expresión y el ARNm es a menudo un ácido nucleico objetivo preferido.
[0038] En el contexto de esta especificación, la “hibridación” significa el emparejamiento de hebras complementarias de compuestos oligoméricos. En esta especificación, el mecanismo preferido de emparejamiento involucra a enlaces de hidrógeno, que podrían ser enlaces de hidrógeno tipo Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen en reversa, entre nucleósidos complementarios o bases de nucleótidos (bases nitrogenadas) de las hebras de los compuestos oligoméricos. Por ejemplo, la adenina y la timina son bases nitrogenadas que se emparejan a través de la formación de enlaces de hidrógeno. La hibridación puede ocurrir bajo varias circunstancias.
[0039] Un compuesto antisentido es capaz de hibridarse específicamente cuando enlaces del compuesto a los ácidos nucleicos objetivo interfiere con la función normal del ácido nucleico objetivo para causar una pérdida de la actividad, y existe un nivel suficiente de complementariedad para evitar enlaces no específicos del compuesto antisentido a secuencias no objetivo de ácidos nucleicos bajo condiciones en las cuales enlaces específicos son
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deseados, es decir, bajo condiciones fisiológicas, en el caso de ensayos in vivo, o de tratamientos terapéuticos, y bajo condiciones en las cuales los ensayos son realizados, en el caso de ensayos in vitro.
[0040] En esta especificación, la frase “condiciones estrictas de hibridación” o “condiciones estrictas” se refiere a condiciones bajo las cuales un compuesto para su uso en el invento se hibridará con su secuencia objetivo, pero se hibridará mínimamente con otras secuencias. Las Condiciones estrictas dependen de las secuencias y serán diferentes en circunstancias diferentes y en el contexto de esta especificación, las “condiciones estrictas” bajo las cuales los compuestos oligoméricos se hibridarán a una secuencia objetivo son determinadas por la naturaleza y la composición de los compuestos oligoméricos y los ensayos en los cuales se están investigando.
[0041] El término “complementario”, tal como se utiliza en este documento, se refiere a la capacidad para un emparejamiento preciso entre 2 bases nitrogenadas de un compuesto oligomérico. Por ejemplo, si una base nitrogenada en una cierta posición de un oligonucleótido (un compuesto oligomérico), es capaz de enlaces de hidrógeno con una base nitrogenada en cierta posición de un ácido nucleico objetivo, siendo dicho ácido nucleico objetivo una molécula de ADN, de ARN o de oligonucleótidos, entonces la posición de los enlaces de hidrógeno entre el oligonucleótido y el ácido nucleico objetivo es considerada como una posición complementaria. El oligonucleótido y la molécula adicional de ADN, ARN o de oligonucleótidos son complementarias entre sí cuando un número suficiente de posiciones complementarias en cada molécula es ocupada por bases nitrogenadas que pueden enlazarse con el hidrógeno entre sí. Por lo tanto, el término “capaz de hibridarse específicamente” y “complementario” son usados para indicar un nivel suficiente de emparejamiento preciso o complementariedad sobre un número suficiente de bases nitrogenadas para que enlaces estables y específicos ocurran entre el oligonucleótido y un ácido nucleico objetivo.
[0042] Se entiende en la industria que la secuencia de un compuesto antisentido no necesita ser 100% complementario a aquella de su ácido nucleico objetivo con el cual es capaz de hibridarse específicamente. Además, un oligonucleótido podría hibridarse sobre uno o más segmentos de tal forma que los elementos intervenidos o adyacentes no se involucran en el evento de la hibridación (por ejemplo, una estructura tipo circuito o una estructura tipo horquilla). Se prefiere que los compuestos antisentido aquí presentados comprendan por lo menos el 70% de la complementariedad secuencial a una región objetivo dentro del ácido nucleico objetivo, y más preferiblemente que comprendan el 90% de la complementariedad secuencial y aún más preferiblemente que comprendan el 95% de la complementariedad secuencial de la región objetivo dentro de la secuencia del ácido nucleico objetivo al cual están dirigidas. Por ejemplo, un compuesto antisentido en el cual 18 de 20 bases nucleótidos del compuesto antisentido son complementarias a una región objetivo, y por lo tanto, se hibridan específicamente, representando una complementariedad del 90%. En este ejemplo, las bases nitrogenadas restantes que no son complementarias podrían aglutinarse o entremezclarse con bases nitrogenadas complementarias y no necesitan ser contiguas entre sí o contiguas a bases nitrogenadas complementarias. Como tal, un compuesto antisentido que tiene una longitud de 18 bases nitrogenadas tiene 4 (cuatro) bases nitrogenadas no complementarias que están rodeadas por 2 regiones de complementariedad completa con una complementariedad general del 77.8 por ciento con el ácido nucleico objetivo y, por lo tanto, caería dentro del enfoque de esta presentación. La complementariedad porcentual de un compuesto antisentido con una región de un ácido nucleico objetivo puede determinarse rutinariamente utilizando los programas BLAST (basic local alignment search tolos -herramientas de búsqueda de alineación local básicas) y los programas PowerBLAST conocidos en la industria (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang y Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656).
B. Compuestos para su uso en el invento
[0043] De acuerdo a esta especificación, los compuestos incluyen compuestos oligoméricos antisentido, oligonucleótidos antisentido, ribozimas, oligonucleótidos de secuencia de orientación externa (EGS -external guide sequence), empalmadores alternos, cebadores, sondas y otros compuestos oligoméricos que se hibridan a por lo menos una porción del ácido nucleico objetivo. Como tal, éstos compuestos pueden ser introducidos en la forma de compuestos oligoméricos de una sola hebra, de doble hebras, circulares o tipo horquilla y podrían contener elementos estructurales tales como protuberancias o circuitos internos o terminales. Una vez introducidos a un sistema, los compuestos para su uso en el invento podrían provocar la acción de una o más enzimas o proteínas estructurales para efectuar modificaciones del ácido nucleico objetivo. Un ejemplo no limitante de una enzima como estas es la ribonucleasa H, una endonucleasa celular que divide a la hebra de ARN de un dúplex de ARN:ADN. Se conoce en la industria que compuestos antisentido de una sola hebra que son “similares al ADN” provocan a la ribonucleasa H. La activación de la ribonucleasa H, por lo tanto, resulta en una división del ARN objetivo, mejorando, por lo tanto, en una gran forma, a la eficiencia de la inhibición mediada por oligonucleótidos de la expresión genética. Roles similares han sido postulados para otras ribonucleasa las tales como aquellas en la familia enzimática de la ribonucleasa III y la ribonucleasa L.
[0044] Mientras que la forma preferida de compuesto antisentido es un oligonucleótido antisentido de una sola hebra, en muchas especies la introducción de estructuras de doble hebra, tales como moléculas de ARN de doble hebra (dsRNA -double-stranded RNA), ha demostrado inducir una reducción potente y mediada por antisentido se específicos de la función de un gen o sus productos genéticos asociados. Este fenómeno ocurre en plantas y animales y se cree que tiene una conexión evolucionaria para defensas virales y el silenciamiento de transposones.
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[0096] Los oligonucleótidos también podrían incluir a modificaciones o sustituciones de bases nitrogenadas (a menudo denominadas en la industria como simplemente “bases”). Tal como se utiliza en este documento, las bases nitrogenadas “no modificadas” o “naturales” incluyen las bases purinas, la adenina (A) y la guanina (G), y las bases pirimidinas, la timidina (T), la citosina (C) y el uracilo (U). Las bases nitrogenadas modificadas incluyen otras bases nitrogenadas sintéticas y naturales tales como la 5-metilcitosina (5-me-C), la citosina de 5-hidroximetilo, la xantina, la hipoxantina, la 2-aminoadenina, el 6-metilo y otros derivados alquilos de adenina y guanina, el 2-propilo y otros derivados alquilos de adenina y guanina, el 2-tiouracilo, la 2-tiotimina y la 2-tiocitosina, el 5-halouracilo y la citosina, el 5-propinilo (-C≡C-CH3) el uracilo y la citosina y otros derivados de bases de la pirimidina, el uracilo de 6-azo y citosina y otros derivados de alquinilos de bases de pirimidinas, uracilo de 6-azo, citosina y timina, 5-uracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8-hidroxilo y otras 8-sustituidas adeninas y guaninas, 5-halo particularmente 5-bromo, 5-trifluorometilo y otros uracilos y citocinas 5-sustituidos, 7-metilguanina y 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-amino-adenina, 8-azaguanina y 8-azaadenina, 7-deazaguanina y 7-deazaadenina y 3-deazaguanina y 3-deazaadenina. Bases nitrogenadas modificadas adicionales incluyen a pirimidinas tricíclicas tales como la citidina(1H-pirimido[5,4-b][1,4]benzoxacina-2(3H)-ona) de fenoxacina, (1H-pirimido[5,4b][1,4]benzotiacina-2(3H)-ona) de citidina de fenotiacina abrazadera G tales como una citidina de fenoxacina (por ejemplo, la 9-(2-aminoetoxi)-H-pirimido[5,4-b][1,4]benzoxacina-2(3H)-ona), la (2H-pirimido[4,5-b]indol-2-ona) de citidina de carabazol, la (H-pirido[3’,2’:4,5]pirrolo[2,3-d]pirimidin-2-ona) de citidina de piridoindol. Bases nitrogenadas modificadas podrían incluir aquellas en las cuales la base purina o pirimidina es reemplazada con otros heterociclo 2, por ejemplo, 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Bases nitrogenadas adicionales incluyen aquellas presentadas en la patente de Estados Unidos número 3,687,808, aquellas presentadas en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering (La Enciclopedia Concisa de Ciencia e Ingeniería Polimérica), páginas 858-859, Kroschwitz, J.I., ed. John Wiley & Sons, 1990, aquellas presentadas por Englisch et al., Angewandte Chemie, edición internacional, 1991, 30, 613, y aquellas presentadas por Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, Antisense Research and Applications (Investigación y Aplicaciones Antisentido), páginas 289-302, Crooke, S.T. y Lebleu, B., ed., CRC Press, 1993. Ciertas de estas bases nitrogenadas son particularmente útiles para incrementar la afinidad de enlaces de los compuestos para su uso en este invento. Estas incluyen pirimidinas 5-sustituidas, 6azapirimidinas y purinas sustituidas de N-2, N-6 y O-6, incluyendo a la 2-aminopropiladenina, el 5-propiniluracilo y la 5-propinilcitosina. Las sustituciones de 5-metilcitosina han demostrado incrementar la estabilidad dúplex de los ácidos nucleicos por 0.6-1.2 °C y son actualmente las sustituciones preferidas de bases, aún más específicamente cuando se combinan con modificaciones de azúcar de 2’-O-metoxietilo.
[0097] Patente representativa de Estados Unidos que es en la preparación de aquellas bases nitrogenadas modificadas mencionadas anteriormente así como otras bases nitrogenadas incluyen, pero no se limitan a, la patente antes mencionada Estados Unidos 3,687,808, así como Estados Unidos: 4,845,205; 5,130,302; 5,134,066; 5,175,273; 5,367,066; 5,432,272; 5,457,187; 5,459,255; 5,484,908; 5,502,177; 5,525,711; 5,552,540; 5,587,469; 5,594,121, 5,596,091; 5,614,617; 5,645,985; 5,830,653; 5,763,588; 6,005,096; y 5,681,941, y la patente de Estados Unidos 5,750,692.
Conjugaciones
[0098] Otra modificación de los oligonucleótidos para su uso en el invento involucra vincularlos químicamente a los oligonucleótidos, una o más partículas o conjugaciones que mejoran la actividad, la distribución celular o la absorción celular de los oligonucleótidos. Estas partículas o conjugaciones pueden incluir a grupos conjugados enlazados covalentemente a grupos funcionales tales como grupos de hidroxilos primarios o secundarios. Los grupos conjugados para su uso en el invento incluyen intercaladores, moléculas reportadoras, poliaminas, poliamidas, polietilenglicoles, poliéteres, grupos que mejoran las propiedades farmacodinámicas de los oligómeros. Grupos de conjugación típicos incluyen a los colesteroles, a los lípidos, a los fosfolípidos, a la biotina, a la fenacina, el folato, la fenantridina, la antraquinona, la acridina, las fluoresceínas, las rodaminas, las cumarinas, y colorantes. Grupos que mejoran las propiedades farmacodinámicas, en el contexto de esta especificación, incluyen a grupos que mejoran la absorción, mejora la resistencia a la degradación, y/o fortalecen la hibridación específica de secuencias con el ácido nucleico objetivo. Los grupos que mejoran las propiedades farmacocinéticas, en el contexto de esta especificación, incluyen a grupos que mejoran la absorción, la distribución, el metabolismo o la excreción de los compuestos para su uso en este invento. Grupos de conjugaciones representativas se presentan en la aplicación de patente internacional PCT/US92/09196, presentada el 23 de octubre de 1992, y la patente de Estados Unidos 6,287,860. Partículas de conjugación incluyen, pero no se limitan a, moléculas líquidas tales como una partícula de colesterol, ácido cólico, un tioéter, por ejemplo, el hexil-S-tritiltiol, un tiocolesterol, una cadena alifática, por ejemplo, el dodecandiol o residuos de undecilo, un fosfolípido, por ejemplo, el di-hexadecil-rac-glicerol o el trietil-amonio 1, 2di-O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato, una porliamina o una cadena de polietilenglicol, o ácido acético de adamantano, una partícula de palmitilo, o una partícula de octadecilamina o hexilamino-carbonil-oxicolesterol. Oligonucleótidos para su uso en el invento pueden ser conjugados a sustancias fármaco activas, por ejemplo, la aspirina, la warfarina, la fenilbutazona, el ibuprofeno, el suprofeno, el fenbufeno, el ketoprofeno, el (S)-(+)pranoprofeno, el carprofeno, la dansilsarcosina, el ácido 2,3,5-triiodobenzóico, el ácido flufenámico, el ácido folínico, una benzotiadiazida, la clorotiazida, una diazepina, una indometicina, un barbiturato, una cefalosporina, un medicamento sulfa, un antidiabético, un antibacterial o un antibiótico. Las conjugaciones oligonucleótidomedicamento y su preparación son descritas en la aplicación de patente de Estados Unidos 09/334,130 (presentada el 15 de junio de 1999).
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acuerdo a los métodos presentados en WO 93/24510 a Gosselin et al., publicado el 9 de diciembre de 1993 o en WO 94/26764 y U.S. 5,770,713 de Imbach et al.
[0106] El término “sales farmacéuticamente aceptables” se refiere a sales fisiológica y farmacéuticamente aceptables de los compuestos para su uso en el invento: es decir, sales que retienen la actividad biológica deseada del compuesto padre y no imparten efectos toxicológicos. Para los oligonucleótidos, ejemplos preferidos de sales farmacéuticamente aceptables y sus usos son descritos aún más en la patente de Estados Unidos 6,287,860.
[0107] Esta presentación también incluye composiciones y formulaciones farmacéuticas que incluyen a los compuestos antisentido del invento. Las composiciones farmacéuticas para su uso en este invento podrían administrarse en varias formas dependiendo de si un tratamiento es local o sistémico es deseado y dependiendo del área que va a ser tratada. La administración podría ser tópica (incluyendo las membranas oftálmicas y mucosas incluyendo una entrega vaginal y rectal), pulmonar, por ejemplo, por medio de la inhalación o la insuflación de polvos o aerosoles, incluyendo por medio de un nebulizador; intra -tráquea, intranasal, epidérmica y transdérmica), oral o parenteral. La administración parenteral incluye inyecciones o infusiones intravenosas, intra -arteriales, subcutáneas, intraperitoneales o intramusculares; o intracraneales, por ejemplo, una administración intratecal o intraventricular. Se cree que los oligonucleótidos que tienen por lo menos una modificación de 2’-O-metoxietilo son particularmente útiles para una administración oral. Las composiciones y formulaciones farmacéuticas para una administración tópica podrían incluir parches, ungüentos, lociones, cremas, geles, gotas, supositorios, aerosoles, líquidos y polvos transdérmicos. Los portadores farmacéuticos convencionales, bases acuosas, de polvos o de aceites, enlazadores y similares podrían ser necesarios o deseables. Condones cubiertos, guantes y similares también podrían ser útiles.
[0108] Las formulaciones farmacéuticas para su uso en este invento, que podrían presentarse convenientemente en formas de dosis unitarias, podría ser preparadas de acuerdo a técnicas convencionales bien conocidas en la industria farmacéutica. Aquellas técnicas incluyen el paso de asociar a los ingredientes activos con un portador o portadores o excipiente o excipientes farmacéuticos. En general, las formulaciones son preparadas al asociar uniformemente e íntimamente a los ingredientes activos con portadores líquidos o portadores sólidos divididos finamente o ambos, y luego, si fuese necesario, darle forma al producto.
[0109] Las composiciones para su uso en este invento podrían ser formuladas en cualquiera de muchas formas posibles de dosis tales como, pero sin limitarse a, tabletas, cápsulas, cápsulas de gel, jarabes líquidos, geles suaves, supositorios y enemas. Las composiciones para su uso en este invento también podrían ser formuladas como suspensiones en medios acuosos, no acuosos o mixtos. Las suspensiones acuosas podrían contener además sustancias que incrementan la viscosidad de la suspensión incluyendo, por ejemplo, a la carboximetilcelulosa de sodio, al sorbitol y/o al dextrano. La suspensión tamil podría contener estabilizadores.
[0110] Las composiciones farmacéuticas para su uso en este invento incluyen, pero no se limitan a, soluciones, emulsiones, espumas y liposomas que contienen formulaciones. Las composiciones y formulaciones farmacéuticas para su uso en este invento podrían comprender uno o más mejoradores de penetración, portadores, excipientes u otros ingredientes activos o inactivos.
[0111] Las emulsiones son sistemas comúnmente heterogéneos de un líquido dispersado en otro en la forma de gotas usualmente excediendo 0.1 µM de diámetro. Las emulsiones podrían contener componentes adicionales además de las fases dispersas, y el medicamento activo que podría estar presente como una solución en la fase acuosa, la fase de aceites o individualmente como una fase separada. Las micro emulsiones son incluidas como una sección de esta presentación. Las emulsiones y sus usos son bien conocidas en la industria y son descritas aún más en la patente de Estados Unidos 6,287,860.
[0112] Las formulaciones para su uso en este invento incluyen formulaciones de liposomas. Tal como se utiliza en esta especificación, el término “liposoma” se refiere a una vesícula compuesta de lípidos anfifílicos configurados en una bi-capa o bi-capas esféricas. Los liposomas son vesículas unilamlares o multilamelares que tienen una membrana formada de un material lipofílico y un interior acuoso que contiene la composición que va a ser entregada. Los liposomas catiónicos son liposomas cargados positivamente que se cree que interactúan con las moléculas de ADN cargadas negativamente para formar un complejo estable. Los liposomas que son sensibles al pH o que están cargados negativamente se cree que atrapan al ADN en vez de crear complejos con el punto ambos liposomas catiónicos y no catiónicos han sido utilizados para entregar el ADN a las células.
[0113] Los liposomas también incluyen a liposomas “estabilizados estéricamente”, un término que, tal como se utiliza en este documento, se refiere a liposomas que comprenden uno o más lípidos especializados que, cuando se incorporan a los liposomas, resultan en vidas útiles mejoradas de circulación en relación a los liposomas que no tienen dichos lípidos especializados. Ejemplos de liposomas estabilizados estéricamente son aquellos en los cuales una parte de la porción de lípidos que forma a la vesícula de liposoma comprende uno o más glucolípidos o es derivado con uno o más polímeros hidrofílicos, tal como una partícula de polietilenglicol (PEG). Los liposomas y sus usos son descritos aún más en la patente de Estados Unidos 6,287,860.
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M. H. J. Am. Chem. Soc., 1981, 203, 3185-3191; Beaucage, S. L. y Caruthers, M. H. Tetrahedron Lett., 1981, 22, 1859-1862; Dahl, B. J., et al., Acta Chem. Scand,. 1990, 44, 639-641; Reddy, M. P., et al., Tetrahedrom Lett., 1994, 25, 4311-4314; Wincott, F. et al., Nucleic Acids ([Acidos Nucleicos) Res., 1995, 23, 2677-2684; Griffin, B. E., et al., Tetrahedron, 1967, 23, 2301-2313; Griffin, B. E., et al., Tetrahedron, 1967, 23, 2315-2331).
[0147] Los compuestos antisentido de ARN (oligonucleótidos de ARN) para su utilización en este invento pueden sintetizarse por los métodos aquí presentados o pueden ser comprados de Dharmacon Research, Inc (Lafayette, CO). Una vez sintetizados, los compuestos antisentido de ARN complementarios pueden ser recocidos por medio de métodos conocidos en la industria para formar compuestos antisentido de doble hebra (dúplex). Por ejemplo, los dúplex pueden ser formados al combinar 30 µl de cada una de las hebras complementarias de los oligonucleótidos de ARN (50 µM de la solución de oligonucleótidos de ARN) y 15 microlitros de 5X de amortiguador de recocido (100 mM de acetato de potasio, 30 mM de HEPES-KOH pH 7.4, 2 mM de acetato de magnesio) seguido de un calentamiento durante un minuto a 90 °C, luego una hora a 37 °C. Los compuestos antisentido dúplex resultantes fueron utilizados en botiquines, ensayos, pruebas y otros métodos para investigar el rol de un ácido nucleico objetivo.
Ejemplo 4
Síntesis de Oligonucleótidos Quiméricos
[0148] Los oligonucleótidos, oligonucleósidos u oligonucleótidos/oligonucleósidos quiméricos mezclados para su uso en el invento pueden ser de diferentes tipos. Estos incluyen un primer tipo donde el segmento “vacío” de nucleósidos enlazados es posicionado entre los segmentos “ala” entre 5’ y 3’ de los nucleósidos enlazados y un 2º tipo de “extremo abierto” donde el segmento “vacío” está ubicado en la terminal de 3´ o de 5´ del compuesto oligomérico. Los oligonucleótidos del primer tipo también son conocidos en la industria como “gapmers” u oligonucleótidos con vacíos. Los oligonucleótidos del 2º tipo también son conocidos en la industria como “hemimers” o “wingmers”.
Oligonucleótidos Quiméricos de Fosforotioato [2’-O-Me]--[2’-deoxi]--[2’-O-Me]
[0149] Los oligonucleótidos quiméricos que tienen segmentos oligonucleótidos de fosforotioato de 2’-O-alquilo y 2’deoxi son sintetizados utilizando un sintetizador de ADN automatizado de Applied Biosystems modelo 394, tal como se mencionó anteriormente. Los oligonucleótidos son sintetizados utilizando el sintetizador automatizado y 2’-deoxi5’-dimetoxitritil-3’-O-fosfor-amidita para la porción de ADN y 5’-dimetoxitritil-2’-O-metil-3’-O-fosforamidita para las alas de 5’ y de 3’. El ciclo de síntesis de estándares es modificado al incorporar pasos de acoplamiento con tiempos incrementados de reacción para la 5’-dimetoxitritil-2’-O-metil-3’-O-fosforamidita. El oligonucleótido completamente protegido es dividido del soporte y desprotegido en amonio concentrado (NH4OH) durante 12-16 horas a 55 °C. El oligo es desprotegido y entonces recuperado por medio de un método apropiado (preparación, cromatografía de columnas, volumen reducido al vacío y analizado por medio de espectrofotometría para su producción y por pureza por medio de electroforesis capilar y por medio de espectrometría de masa.
Oligonucleótidos Quiméricos de Fosforotioato de [2’-O-(2-Metoxietil)]--[2’-deoxi]--[2’-O-(Metoxietilo)]
[0150] Oligonucleótidos quiméricos de Fosforotioato [2’-O-(2-Metoxietil)]--[2’-deoxi]--[2’-O-(Metoxietilo)] fueron preparados de acuerdo al procedimiento mencionado anteriormente para el nucleótido quimérico de 2’-O-metilo, con la sustitución de las amiditas de 2’-O-(metoxietil) para las amiditas de 2’-O-metilo.
Oligonucleótidos Quiméricos [2’-O-(2-Metoxietil)fosfodiester]--[Fosforotioato de 2’-deoxi]--[Fosfodiester de 2’-O-(2-Metoxietilo)]
[0151] Los oligonucleótidos quiméricos [2’-O-(2-Metoxietil)fosfodiester]--[Fosforotioato de 2’-deoxi]--[Fosfodiester de 2’-O-(2-Metoxietilo)] son preparados de acuerdo al procedimiento descrito anteriormente para el oligonucleótido quimérico de 2’-O-metilo con la sustitución de amiditas de 2’-O-(metoxietilo) para las amiditas de 2’-O-metilo, la oxidación con yodo para generar a los enlaces internucleosídicos de fosfodiéster dentro de las porciones ala para las estructuras quiméricas y la sulfurización utilizando 1,1 dióxido de 3,H-1,2benzoditiol-3-ona (Beaucage Reagent (Reactivo)) para generar los enlaces internucleosídicos de fosforotioato para el vacío central.
[0152] Otros oligonucleótidos quiméricos, oligonucleósidos quiméricos y oligonucleótidos/oligonucleótsidos quiméricos mezclados son sintetizados de acuerdo a la patente de Estados Unidos 5,623,065.
Ejemplo 5
Diseño y examinación de compuestos antisentido dúplex que usan como objetivo al receptor de la hormona de crecimiento
[0153] Una serie de dúplex de ácidos nucleicos que comprenden a los compuestos antisentido para su uso en este
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Tabla 1
Inhibición de los niveles de ARNm de receptor de la hormona de crecimiento humana por oligonucleótidos quiméricos de fosforotioato que tienen alas 2’-MOE y un vacío de deoxi
Isis #
Región Identificación secuencial objetivo número Lugar objetivo Secuencia % inhib Identificación secuencial número Identificación secuencial de control número
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Codificación 4 332 tcagggcattctttccattc 79 19 1
227453
Codificación 4 337 cataatcagggcattctttc 52 20 1
227464
Codificación 4 947 cctttaatctttggaactgg 58 21 1
227468
Codificación 4 1079 tcatcaatatctagctcaat 62 22 1
227465
Codificación 4 1124 cttagaagtctgtctgtgtc 63 23 1
227475
Codificación 4 1514 cctgctggtgtaatgtcgct 68 24 1
227480
Codificación 4 1724 atgtaaatgtcctcttggtt 66 25 1
227481
Codificación 4 1729 tggtgatgtaaatgtcctct 45 26 1
227402
Codificación 4 1734 ttctgtggtgatgtaaatgt 53 27 1
227483
Codificación 4 1733 aggctttctgtggtgatgta 75 28 1
227484
Codificación 4 1744 tggtaaggctttctgtggtg 63 29 1
227488
Codificación 4 1922 agttggtctgtgctcacata 86 30 1
227489
Codificación 4 1927 tgttcagttggtctgtgctc 75 31 1
227490
Codificación 4 1936 gcatgattttgttcagttgg 67 32 1
227499
3’UTR 4 2656 tataaaagggctttgtaaaa 14 33 1
227500
3’UTR 4 4043 catagcagcaaagtagcaga 69 34 1
227501
3’UTR 4 4183 gctatttttggctatagaaa 64 35 1
227502
3’UTR 4 4197 gattgaggtatttagctatt 56 36 1
272302
Codón inicial 4 31 gatccatacctgtaggacct 60 37 1
272303
Codón inicial 4 36 ccagagatccatacctgtag 55 38 1
272304
Codificación 4 115 tgctaaggatagctgctgtg 48 39 1
272305
Codificación 4 160 ttgtctttaggcctggatta 68 40 1
272306
Codificación 4 170 ttagaagaatttgtctttag 13 41 1
272307
Codificación 4 185 gtgaatttaggctccttaga 55 42 1
272308
Codificación 4 274 gctgtatgggtcctaggttc 57 43 1
272309
Codificación 4 362 taacagctgttttccccagc 85 44 1
272310
Codificación 4 439 tttcatccactgtaccacca 76 45 1
272311
Codificación 4 468 ttgcactatttcatcaacag 47 46 1
272312
Codificación 4 480 gggtggatctggttgcacta 57 47 1
272313
Codificación 4 564 attgcgtggtgcttcccatc 77 48 1
272314
Codificación 4 652 tagggtccatcattttccat 56 49 1
272315
Codificación 4 684 caatgagtacactggaactg 53 50 1
272316
Codificación 4 752 aactcgccataatttccaga 64 51 1
272317
Codificación 4 857 agcccaaatattccaaagat 65 52 1
272318
Codificación 4 913 tcagcattttaatcctttgc 55 53 1
272319
Codificación 4 979 attttccttccttgaggaga 67 54 1
272320
Codificación 4 1000 agattgtgttcacctcctct 70 55 1
272321
Codificación 4 1053 aacccaagagtcatcactgt 64 56 1
272322
Codificación 4 1084 ctggctcatcaatatctagc 84 57 1
272323
Codificación 4 1110 tgtgtctgattcctcagtct 67 58 1
272324
Codificación 4 1236 tatgtcattggcattgaaat 53 59 1
272325
Codificación 4 1302 aaggcataagagatctgctt 66 60 1
272326
Codificación 4 1420 actcagctccttcagtagga 77 61 1
272327
Codificación 4 1560 ggacatccctgccttattct 60 62 1
272328
Codificación 4 1623 ggcattgtccataaggaagt 85 63 1
272329
Codificación 4 1651 actttttggcatctgcctca 63 64 1
272330
Codificación 4 1656 gatgcactttttggcatctg 47 65 1
272331
Codificación 4 1861 cagtcgcattgagtatgagg 67 66 1
272332
Codificación 4 1884 ctctttgtcaggcaagggca 75 67 1
272333
Codificación 4 1913 gtgctcacatagccacatga 72 68 1
272334
Codón de parada 4 1949 aagaaaggctaaggcatgat 61 69 1
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3’UTR 4 1973 aaatacgtagctcttgggaa 47 70 1
272336
3’UTR 4 2196 caatcactgctactaaacag 69 71 1
272337
3’UTR 4 2249 aaacatagccattcaatgct 39 72 1
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3’UTR 4 2337 gtgctatggtttgcattcaa 78 73 1
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3’UTR 4 2454 gttttacatatccaaactat 72 74 1
272340
3’UTR 4 2853 catcaaccaagatttggtga 69 75 1
272341
3’UTR 4 2988 gaggctatagatcttatctc 65 76 1
272342
3’UTR 4 3271 tagtgagaaagaaagtttct 45 77 1
272343
3’UTR 4 3765 aatgctctcaagaatgatgt 48 78 1
272344
3’UTR 4 3980 acactcaattctagcttttc 60 79 1
272345
3’UTR 4 4011 catctattacaaataacatg 24 80 1
272346
3’UTR 4 4057 ctcttggagaaaaccatagc 67 81 1
272347
3’UTR 4 4097 tctacactgatgatacttta 62 82 1
272348
3’UTR 4 4120 cacagctttgaattgaatta 57 83 1
272349
3’UTR 4 4133 agtcttccaaacacacagct 68 84 1
272350
3’UTR 4 4156 aggctgttgtgaaatagtaa 67 85 1
272351
3’UTR 4 4170 atagaaatgttgtcaggctg 57 86 1
272352
3’UTR 4 4218 ccaaaatgacattctgagac 77 87 1
272353
3’UTR 4 4245 ataatggcttatgtggccac 72 86 1
272354
Intrón 18 2571 agttatgtaaccctgattga 65 89 1
272355
Unión intrón: exón 18 6416 ttgagtgttgttcctaaaatgaa 24 90 1
272356
Intrón 18 8405 atggaggctggaggttcaaa 63 91 1
272357
Unión intrón: exón 18 22712 tagggtccatctttcaagac 62 92 1
272358
Intrón 18 25543 tctccagatagaatctaaac 53 93 1
272359
Intrón 18 29755 tccaaatattctggtacttt 72 94 1
272360
Unión intrón: exón 18 29935 tattagttaccttgaggaga 0 95 1
272361
Unión intrón: exón 18 30267 attttccttcctagaaaata 10 96 1
[0204] Tal como se muestra en la tabla 1, las IDENTIFICACIONES SECUENCIALES NÚMEROS 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 , 70, 71, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 91, 92, 93 y 94 demostraron por lo menos un 45% de inhibición de la expresión del receptor de la hormona de crecimiento humana en este ensayo y son, por lo tanto, preferidas. Más preferidas son las IDENTIFICACIONES SECUENCIALES NÚMEROS 30, 44 y 57.
[0205] ISIS 272322 (la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 57) es dirigida al exón 10, una región que aparece en todas las transcripciones del receptor de la hormona de crecimiento. Los compuestos dirigidos al exón 10 son, por lo tanto, secciones preferidas para su uso en el invento. Se reportó que el exón 3 era alternamente empalmado en la transcripción o transcripciones humanas. Esta también podría ser una región objetiva preferida.
[0206] Las regiones objetivo a las cuales las secuencias antisentido preferidas de la tabla 2 complementan, son denominadas en este documento como “segmentos objetivo preferidos” y son, por lo tanto, objetivos preferidos de la dirección de los compuestos para su uso en este invento. Estos segmentos objetivo preferidos son mostrados en la tabla 3. Los segmentos representan el complemento en reversa de los compuestos antisentido preferidos que se muestra en la tabla 1. El “lugar objetivo” indica el primer número de nucleótido (5’-mayoría) en el ácido nucleico objetivo específico al cual se enlaza el oligonucleótido. También se muestra en la tabla 3 las especies en las cuales cada uno de los segmentos objetivo preferidos fueron encontrados.
Ejemplo 16
Inhibición antisentido de la expresión del receptor de la hormona de crecimiento del ratón por medio de oligonucleótidos quiméricos de fosforotioato que tienen alas 2’-MOE y un vacío de deoxi
[0207] Una 2ª serie de compuestos antisentido fue diseñada para usar como objetivo a regiones diferentes del ARN del receptor de la hormona de crecimiento del ratón, utilizando secuencias publicadas (acceso del GenBank (Banco Genético) número NM_010284.1, incorporada en este documento como la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 11, una variante del acceso del GenBank (Banco Genético) número AF120480.2 con un lugar de empalme alterno al exón 1B: exón 2, incorporada en este documento como la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 97, una variante del acceso del GenBank (Banco Genético) número AF120480.2 con un lugar alterno de empalme al exón IC:exón 2, incorporada en este documento como la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 98, una variante del acceso del GenBank (Banco Genético) número AF120480.2 con un lugar alterno de empalme al exón 1D:exón 2, incorporado en este documento como la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMERO: 99, y una secuencia derivada de los accesos del GenBank (Banco Genético) números AF120480.2 y AC073753.1, representando una secuencia genómica, incorporada en este documento como la IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL
33
NÚMERO: 100). Los compuestos se muestran en la tabla 2. El “lugar objetivo” indica el primer número de nucleótido (5’-mayoría) en el ácido nucleico objetivo específico al cual se enlaza el compuesto. Todos los compuestos en la tabla 2 son oligonucleótidos quiméricos (“gapmers”) de 20 nucleótidos de longitud, compuestos de una región “vacía” central que consiste de 10 2’-deoxinucleótidos, que son rodeados en ambos lados (en las direcciones 5’ y 3’) por 5 “alas” de 5-nucleótidos. Las alas son compuestas de nucleótidos 2’-metoxietilo (2’-MOE). Los enlaces internucleosídicos (estructurales) son fosforotioatos (P = S) a lo largo del oligonucleótido. Todos los residuos de citidina son 5-metilcitidinas. Los compuestos fueron analizados para detecta dar su efecto en los niveles de ARNm del receptor de la hormona de crecimiento del ratón por medio de PCR cuantitativo en tiempo real tal como se describió en otros ejemplos de este documento. Los datos son los promedios de 3 experimentos en los cuales las 10 células b.END fueron tratadas con oligonucleótidos antisentido. El control positivo para cada dato es identificado en la tabla por el número de identificación secuencial. Si estuviese presente, “N.D.” indica “sin datos” (“no data”).
Tabla 2
Inhibición de los niveles de ARNm del receptor de la hormona de crecimiento de ratón por oligonucleótidos quiméricos de fosforotioato que tienen alas 2’-MOE y un vacío de deoxi
Isis #
Región Identificación secuencial objetivo número Lugar objetivo Secuencia % inhib Identificación secuencial número Identificación secuencial de control número
227443
5 ’UTR 11 5 tgcttggcagctcgtgggtt 0 101 1
227444
5 ’UTR 11 16 atggctgcgcctgcttggca 53 102 1
227445
Codón inicial 11 221 tacctgagacctcggagttt 69 103 1
227446
Codón inicial 11 232 acaaagatccatacctgaga 87 104 1
227447
Codificación 11 300 gctggtgtagcctcacttcc 77 105 1
227440
Codificación 11 313 tttgccaagagtagctggtg 60 106 1
227449
Codificación 11 391 acgacacttggtgaatcgag 69 107 1
227450
Codificación 11 495 tggctttcccttttagcata 71 108 1
227451
Codificación 11 520 atgagcaabtcttgcagctt 49 109 1
227454
Codificación 11 590 agttgaagtaacagctgttt 69 110 1
227455
Codificación 11 620 agtagggtatccaaatggag 43 111 1
227456
Codificación 11 717 gtccagttgaggccaatggg 97 112 1
227457
Codificación 11 812 gaattatccatcccttcaga 67 113 1
227458
Codificación 11 832 gtactgaatttcatactcca 75 114 1
227459
Codificación 11 975 ctgaactcgctgtacttttc 60 115 1
227460
Codificación 11 1041 aactggatatcttcttcaca 43 116 1
227461
Codificación 11 1084 tgctactccaaatattcaca 75 117 1
227462
Codificación 11 1115 gctttgaaaatataactaca 31 118 1
227463
Codificación 11 1137 atcagcatcttaatcctttg 39 119 1
227465
Codificación 11 1190 tgagaagatctggatcaatc 51 120 1
227466
Codificación 11 1245 ttgtagttatcatgaatgcc 50 121 1
227467
Codificación 11 1265 catcattgtagaagtcgggt 33 122 1
227470
Codificación 11 1388 ctccaaggataccagctgat 82 123 1
227471
Codificación 11 1530 aggcacaagagatcagcttc 52 124 1
227472
Codificación 11 1579 agagccaagggaagcatcat 42 125 1
227473
Codificación 11 1710 aagtcaatgtttgccagtga 71 126 1
227474
Codificación 11 1730 tgtcgcttacttgggcataa 68 127 1
227476
Codificación 11 1837 gtaattttcttggcagggcg 41 128 1
227477
Codificación 11 1850 cactgttcatgctgtaattt 61 129 1
227478
Codificación 11 1878 tttttggcatctgactcaca 68 130 1
227479
Codificación 11 1947 atgtcctcttggttaaagct 59 131 1
227485
Codificación 11 2044 cgtggtgtagtctgggacag 45 132 1
227486
Codificación 11 2054 cggtgtgaaccgtggtgtag 39 133 1
227487
Codificación 11 2106 tcaggcaaaggcaaagcagt 44 134 1
227491
Codón de parada 11 2182 taggaaaggctactgcatga 65 135 1
227492
3’UTR 11 2239 taaaacatagttttggttta 7 136 1
227493
3’UTR 11 2253 tcccaacacagatttaaaac 51 137 1
227494
3’UTR 11 2517 caaaagccacctgattgttt 56 138 1
227495
3’UTR 11 2527 tcctgaactgcaaaagccac 47 139 1
227496
3’UTR 11 2537 gcattcaatttcctgaactg 51 140 1
227497
3’UTR 11 2637 taaatgttttgcatatccaa 77 141 1
227498
3’UTR 11 197 ttgtaaaaatctaacttgtt 49 142 1
227503
Unión exón: exón 97 197 tacctgagaccccagttcat 24 143 1
227504
Unión exón: exón 98 23 tacctgagaccccgcgcagc 34 144 1
227505
Unión exón: exón 99 61 tacctgagacccacaagcgg 39 145 1
227506
Unión exón: intrón 100 4352 cctccagtacctcggagttt 69 146 1
227507
Unión intrón: exón 100 4865 gtccttgctccaggttagca 89 147 1
227508
Unión exón: intrón 100 5071 ttccactcaccccagttcat 51 148 1
227509
Unión intrón: exón 100 5153 gcagttctatcagaactttg 82 149 1
227510
Intrón 100 5196 ctccagacgtgacccgactc 64 150 1
34
227511
Unión exón: intrón 100 5264 ccacgcacccacaagcggat 71 151 1
227512
Intrón 100 6350 taacctatggtgactatgtc 36 152 1
227513
Unión intrón: exón 100 7123 tacctgagacctgcaagaca 40 153 1
227514
Intrón 100 9753 atgctcacgtcagctattgg 43 154 1
227515
Unión exón: intrón 100 13932 aaattcttacttgtccccag 37 155 1
227516
Unión intrón: exón 100 17200 ttggctttccctggaggttc 57 156 1
227517
Unión exón: intrón 100 17224 cttcactaaccttgcagctt 63 157 1
227518
Unión exón: intrón 100 24259 cacggcttacctatttcgtc 6 158 1
227519
Unión exón: intrón 100 37843 tcacacctacctttgctgct 44 159 1
227520
Unión intrón: exón 100 40862 catcttaatccttggaaaca 42 160 1
[0208] Tal como se muestra en la tabla 2, las IDENTIFICACIONES SECUENCIALES NÚMEROS 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 110, 112, 113, 114, 115, 117, 120, 121, 123, 124, 126, 127, 129, 130, 131, 135, 137, 138, 140, 5 141, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 156 y 157 demostraron por lo menos un 50% de inhibición de la expresión del receptor de la hormona de crecimiento de ratón en este experimento y son, por lo tanto, preferidas. Más preferidas son las IDENTIFICACIONES SECUENCIALES NÚMEROS 104, 147 y 149.
[0209] ISIS 227446, 227507 y 227509 (IDENTIFICACIÓN SECUENCIAL NÚMEROS: 104, 147 y 149) fueron sujetas
10 a estudios de respuesta de dosis. Todos los 3 compuestos demostraron buena respuesta a dosis con IC50s de aproximadamente 25 nM, 12.5 nM y 12.5 nM, respectivamente.
[0210] las regiones objetivo a las cuales las secuencias antisentido preferidas de la tabla 2 son complementarias son referidas en este documento como los “segmentos objetivo preferidos” y son, por lo tanto, preferidas para servir de
15 objetivo para los compuestos para su uso en este invento. Estos segmentos objetivo preferidos son mostrados en la tabla 3. Las secuencias presentan el complemento en reversa de los compuestos antisentido preferidos mostrados en la tabla 2. El “lugar objetivo” indica el primer número de nucleótido (5’-mayoría) en el ácido nucleico objetivo específico al cual el oligonucleótido se enlaza. También se muestra en la tabla 3 los espacios en los cuales cada uno de los segmentos objetivo preferidos fueron encontrados.
20
Tabla 3
Secuencia y posición de los segmentos objetivo preferidos identificados en el receptor de la hormona de crecimiento
Identificación del lugar
Número de identificación secuencial objetivo Lugar objetivo Secuencia Rev comp de la identificación secuencial Activo en Identificación secuencial número
144070
4 332 gaatggaaagaatgccctga 19 H. sapiens 161
144071
4 337 gaaagaatgccctgattatg 20 H. sapiens 162
144082
4 947 ccagttccaaagattaaagg 21 H. sapiens 163
144086
4 1079 attgagctagatattgatga 22 H. sapiens 164
144087
4 1124 gacacagacagacttctaag 23 H. sapiens 165
144093
4 1514 agcgacattacaccagcagg 24 H. sapiens 166
144098
4 1724 aaccaagaggacatttacat 25 H. sapiens 167
144099
4 1729 agaggacatttacatcacca 26 H. sapiens 168
144100
4 1734 acatttacatcaccacagaa 27 H. sapiens 169
144101
4 1739 tacatcaccacagaaagcct 28 H. sapiens 170
144102
4 1744 caccacagaaagccttacca 29 H. sapiens 171
144106
4 1922 tatgtgagcacagaccaact 30 H. sapiens 172
144107
4 1927 gagcacagaccaactgaaca 31 H. sapiens 173
144108
4 1936 ccaactgaacaaaatcatgc 32 H. sapiens 174
144118
4 4043 tctgctactttgctgctatg 34 H. sapiens 175
144119
4 4183 tttctatagccaaaaatagc 35 H. sapiens 176
144120
4 4197 aatagctaaatacctcaatc 36 H. sapiens 177
188518
4 31 aggtcctacaggtatggatc 37 H. sapiens 178
188519
4 36 ctacaggtatggatctctgg 38 H. sapiens 179
188520
4 115 cacagcagctatccttagca 39 H. sapiens 180
188521
4 160 taatccaggcctaaagacaa 40 H. sapiens 181
188523
4 185 tctaaggagcctaaattcac 42 H. sapiens 182
188524
4 274 gaacctaggacccatacagc 43 H. sapiens 183
188525
4 362 gctggggaaaacagctgtta 44 H. sapiens 184
188526
4 439 tggtggtacagtggatgaaa 45 H. sapiens 185
188527
4 468 ctgttgatgaaatagtgcaa 46 H. sapiens 186
188528
4 480 tagtgcaaccagatccaccc 47 H. sapiens 187
188529
4 564 gatgggaagcaccacgcaat 48 H. sapiens 188
188530
4 652 atggaaaatgatggacccta 49 H. sapiens 189
188531
4 684 cagttccagtgtactcattg 50 H. sapiens 190
35
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  1. imagen1
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